that no longer exists がどこにかかるのかポイントだと思いますが、起動していたインスタンスで libvirt XML ファイルが存在しないことはないはずなので、「libvirt の XML ファイルの何かがすでに存在しないことで、エラーが発生する」ではないでしょうか。
次の文で、XML ファイルを再作成すると言っていることとも一致すると思います。