「各参照項目はカテゴリに属し、カテゴリは@src/docs/ref@ディレクトリに配置されます。」

配置するのはドキュメントを記述するユーザなので、

「各参照項目はカテゴリに属し、カテゴリは@src/docs/ref@ディレクトリに配置します。」

のほうが読みやすい気がします。