Create update_lemp_conf.sh

Нужно убедиться в правильности путей к php.ini и nginx
Нужно учесть, что php для командной строки, скорее всего, имеет свою отдельную версию

У меня это пути:
/etc/php5/fpm/php.ini
/etc/php5/cli/php.ini

Настройки nginx лежат обычно тут:

Копируем заготовки настроек Nginx
/etc/nginx/nginx.conf
 
Если у вас всё пути совпадают, можно просто запустить скрипт lemp-helper/update_lemp_conf.sh, он всё сделает сам