Pues no lo tengo muy claro, #cabecera sólo puede haber 1 en el documento pero nav, o header pueden existir varios, además el rendimiento del navegador es mejor si vamos por id que si se tiene que recorrer toda la lista de tags del dom. Si en algún momento metemos varios nav se nos va complicar el css.

Personalmente no lo cambiaría.

Es más me parece una guarrería que hayan puesto como nombre de etiqueta header a una cosa que no tiene porque ir al principio, pero esto es otra guerra.