GitRepo : Deprecated ._git_* commands. Fix docs.

* git.add() improve docstring
* git.commit() improve docstring
* git.commit() now uses --author argument
* Deprecate git._git_init()
* Deprecate git._git_add()
* Deprecate git._git_commit()
Merge branch 'master' into test-git
test explicit author_name and author_email