Fixed for parsing command line arguments

日本語で恐縮ですが、D, A, Uのフラグに関するコマンドラインオプションに
ついて先頭の '='を取り除くループが意味をなしていないように思えます。
なおこれは plenvでも見られました。

あと Getopt::Longの pass_throughオプションを指定しているため、
'--'をつけた場合, それが ARGVに含まれてしまいます。なので、

````
perl-build -Dusethreads -- 5.16.2 /usr/local/perl-5.16.2
````

のような実行を行うと、stuffが '--', destが 5.16.2と設定されてしまいます。

ついでにですが、トップの README.podのリンク先が存在しないファイルに
なっており、プロジェクトのトップページでドキュメントが見れなくなって
います。

ご確認のほどよろしくお願いします。