Added appengine-maven-plugin and changed project structure.

GAEの1.7.3移行、appengine-maven-pluginなるものがGoogleの手によってリリースされているぽいです。
それを使う時に、現在のプロジェクトルートにwar/がある形式ではなくて、src/main/webapp/配下にあるのを想定しているようなので、それに対応するための修正です。
http://search.maven.org/#search%7Cgav%7C1%7Cg%3A%22com.google.appengine%22%20AND%20a%3A%22appengine-maven-plugin%22