> ap умеет писать в исходный файл. По крайней мере, в консольном режиме.

Тут скорее еще проблема в именовании узлов сборки. В bem-make.js не так просто сделать как в Make

```make
pages/index/_index.css:: pages/index/index.css
    borschik -i $< -o $@ -t css

pages/index/_index.css::
    autoprefixer -i $< -o $@
```

потому что цели генерятся находу (как в make-платформе). Я еще подумаю на выходных с этим.