JavaDoc corrected and Maven deps introduced
Merge remote-tracking branch 'origin/master'

Conflicts:
	.idea/artifacts/javabio_jar.xml
	JAVA_BIO/src/META-INF/MANIFEST.MF
	JAVA_BIO/src/blast/event/BLAST_FinishedEvent.java
	JAVA_BIO/src/blast/ncbi/NCBI_BLAST.java
	JAVA_BIO/src/blast/ncbi/local/exec/NCBI_EX_BLAST.java
	JAVA_BIO/src/blast/ncbi/local/exec/NCBI_EX_BLASTN.java
	JAVA_BIO/src/blast/ncbi/local/exec/NCBI_EX_BLASTP.java
	JAVA_BIO/src/blast/ncbi/multithread/NCBI_EX_BLASTer.java
	JAVA_BIO/src/blast/ncbi/multithread/NCBI_EX_BLASTer_FinishedEvent.java
	JAVA_BIO/src/blast/ncbi/remote/NCBI_Q_BLAST.java
	JAVA_BIO/src/blast/ncbi/remote/NCBI_Q_BLASTP.java
	JAVA_BIO/src/blast/ncbi/remote/NCBI_Q_BLAST_Parameter.java
	JAVA_BIO/src/blast/ncbi/remote/NCBI_Q_TBLASTN.java
	JAVA_BIO/src/format/clustal/ClustalW2Aln.java
	JAVA_BIO/src/format/fasta/protein/ProteinFasta.java
	JAVA_BIO/src/rmi/RemoteBLASTerCore.java
	JAVA_BIO/src/taxonomy/AbstractTree.java
	JAVA_BIO/src/util/BlastOutputUtil.java