`一般的な問題は、依存関係のチェックサムが関連付けられたJARファイルと一致しない問題で、Ivyはその依存関係を拒否します。`

「一般的な問題は」というくだりが少し直訳な気がしました。

よくある問題で、依存関係のチェックサムが関連付けられたJARファイルと一致しない場合に、Ivyはその依存関係を拒否します。