まずはChromeBookmarkEntryListのみを使用するよう方針転換
ブックマークソース変更処理の移行
初回ロードが完了するまでbookmark_updatedメッセージを送出しないよう変更

app.messageは非同期のため、タイミングによってはgetAll等でDOMを構築した後、更にbookmark_updatedイベントが届いてDOMが重複してしまう場合がある。

この処置は根本的な解決にはならないが、実質的に問題ないレベルまで問題の発生頻度を落とす事が期待出来る。
ChromeBookmarkEntryList::addで追加されたブックマークのidが適切に取り扱われていなかったバグを修正
テストケース追加