Fix resource leak.

When you create or update a wiki page, an exception occurs when you delete the project.

ATTENTION: If this exception occurs, gitbucket will not work.

1.  Create new repository.
2.  Create or update some wiki pages.
3.  Delete this repository by repository setting.
4.  Exception occurs!!
5.  gitbucket will not work. (all pages)

(日本語で失礼します。)
Wikiページを作成または更新した際、gitbucketはtmpディレクトリにwikiページ用のリポジトリからclone(pull)し、そのページを作成または更新しています。

上記の操作をJGitで実行した際に、cloneしたリポジトリやwikiページ用のリポジトリの参照が残っているようです。

ですので、`JGitUtil.withGit`を極力利用したり、参照が残っているオブジェクトで`close()`を実行するように修正しました。