Более того, он применяется автоматически во всех случаях, кроме случаев применения sql внутри кода как было в этом случае.
Так что либо всегда писать высокими функциями(лично я придерживаюсь этого подхода), либо просто аккуратно вносить изменения.
PS Я вроде уладил все вопросы по обоим пулл реквестам. По миграции проверил, применилась нормально.