「オペレーティングシステムを持つベアメタルサーバーをブートストラップし」は訳になっていないと思います。
boostrap は本来 OS をロードする処理を指しますが、ここではOSをインストールし、くらいでも同じ意味だと思います。

これを踏まえると、こんな感じでしょうか。
「自動配備システムを使ってベアメタルサーバーにオペレーションシステムをインストールと起動を行い、次に
構成管理システムにより OpenStack Compute サービスのインストールと設定を行います。」