Известно два вида хроматина. В эухроматине ДНК наименее плотно организована; он содержит гены, которые транскрибируются наиболее часто[19]. Другой вид хроматина, гетерохроматин, более компактен и содержит ДНК, транскрибируемую редко или никогда. Гетерохроматин подразделяется на факультативный, который присутствует только в клетках определённого типа и на определённой стадии клеточного цикла, и конститутивный, представленный такими структурами хромосом, как теломеры и центромеры[20]. В течение интерфазы хроматин каждой хромосомы занимает строго определённую область ядра — хромосомную территорию[21][22]. Активные гены, которые, как правило, располагаются в эухроматине, обычно располагаются на границе хромосомной территории[23].
Где располагаются активные гены?