В решениях Тридентского собора нет ни слова об атомизме. Можно трактовать принятое собором толкование евхаристии как конфликтующее с атомизмом, и такие мнения действительно высказывались, но они оставались частным мнением своих авторов. Официального церковного запрета атомизма (в отличие от гелиоцентризма) не было, и судить Галилея за атомизм не было юридических оснований. Поэтому, если Папа действительно хотел спасти Галилея, то ему следовало поступить наоборот — заменить обвинение в гелиоцентризме на обвинение в поддержке атомизма, тогда вместо отречения Галилей отделался бы увещанием, как в 1616 году. Отметим, что как раз в эти годы Гассенди свободно публиковал книги с пропагандой атомизма, и никаких возражений со стороны церкви не было.
Когда Галилей отделался увещанием?