В 2006 году началась работа по восстановлению полного генома неандертальцев (не только мДНК)[30]. Сравнение вариаций в геномах современных людей и неандертальцев позволило вычислить время существования последнего общего предка двух видов и соответственно, время их расхождения. Эволюционные ветви неандертальцев и современных людей разошлись около 500—700 тысяч лет назад. По данным изучения ядерной ДНК обитателей испанской пещеры Сима де лос Уэсос в Сьерра-де-Атапуэрка, живших 400 тыс. л. н., денисовцы и неандертальцы разделились около 500 тыс. лет назад, а их общий предок отделился от Homo sapiens 700—765 тыс. лет назад[31]. По Y-хромосоме время разделения линий неандертальцев и современного человека оценили в 588 тыс. лет назад (95 % доверительный интервал: 447—806 тыс. лет назад)[32]. Эти данные также свидетельствуют против гипотезы о неандертальском происхождении человечества, так как анализ митохондриальной и ядерной ДНК современных людей показывает, что генетическая ветвь современных людей отделилась от общего с неандертальцами предка около 500 тыс. лет назад[33][34].
Когда разошлись эволюционные неандертальцев и современных людей согласно исследованиям, начавшимся в 2006 году?