Но в то же время не было найдено корреляции между мт-гаплотипами и принадлежностью собак к породе. Это может служить свидетельством того, что породная дифференциация начиналась и происходила в генетически разнообразных популяциях примитивных пород, которые были широко распространены по всему миру. Исследования на уровне ядерной ДНК выявили большое генетическое разнообразие собак. Эти данные также предполагают, что генетический пул современных собак произошёл от разнообразного генного пула, что, в свою очередь, может указывать на многократные независимые события одомашнивания волка в разных местах и в разное время. Несмотря на то, что современные данные предполагают возникновение собак в Юго-Восточной Азии около 12—15 тыс. лет назад, в Западной России в это же время уже были дивергировавшие от волка собаки.
Какая дифференциация начиналась и происходила в генетически разнообразных популяциях примитивных пород, которые были широко распространены по всему миру?