В соответствии с Законом РФ от 2002 года Об особенностях управления и распоряжения имуществом железнодорожного транспорта , с 2003 года Московская железная дорога, как и другие железные дороги России, потеряла статус юридического лица, прибыль от хозяйственной деятельности дороги перечисляется на единый расчётный счёт ОАО РЖД , начальник дороги действует по доверенности президента ОАО РЖД . С завершающим этапом реформирования отрасли в 2012 году каждая из 16 дорог стала функционировать в режиме Регионального центра корпоративного управления (РЦКУ). Московская дорога — это РЦКУ № 1.
В каком режиме каждая из 16 дорог стала функционировать в 2012 году?