Прежде всего, РН Протон широко применялась в советской и российской пилотируемой программах. В конце 1960-х — начале 1970-х годов РН Протон отрабатывалась в программе пилотируемого облёта Луны Л-1/ Зонд , а в конце 1970-х — начале 1980-х годов предполагалась носителем проектировавшегося многоразового пилотируемого корабля ЛКС. После закрытия программы разработки ракеты-носителя Н-1 она стала единственным из советских средств выведения на орбиту, обеспечивающих запуск тяжёлых модулей массой более 8 т, а с разработкой РН средне-тяжёлого класса Зенит-2 к 1985 году — более 14 т.[142] С её помощью были выведены на орбиту долговременные обитаемые станции Салют , в том числе гражданские ДОС и военные Алмаз , беспилотные космические корабли-модули ТКС к этим станциям, а также блоки-модули для сборки на орбите многомодульной станции Мир (базовый блок и все модули — Квант-1 , Квант-2 , Кристалл , Спектр и Природа )[21][141]. В настоящее время[когда?] РН Протон стала основным средством выведения с российской стороны в рамках проекта создания Международной космической станции ( Протон вывел на орбиту модули Заря , Звезда , и будет использован для запуска модуля Наука )[143].
В каких прогмаммах применялась РН Протон ?