นับตั้งแต่ก่อตั้ง องค์กร EU มีการดำเนินงานในระบบกฎหมายทั้งระดับชาติและระดับสากลจำนวนมาก ด้วยเหตุนี้ ทั้ง ศาลยุติธรรมสหภาพยุโรปและศาลสูงสุดในประเทศนั้นๆ จึงต้องสร้างหลักในการแก้ไขข้อขัดแย้งทางกฎหมายระหว่างระบบต่างๆ สำหรับภายใน EU เอง ศาลยุติธรรมมีหลักว่าหากกฎหมาย EU ขัดกับมาตราใดๆ ในกฎหมายของประเทศ ให้ยึดตาม กฎหมาย EU เป็นสำคัญ ในกรณีพิพาทสำคัญครั้งแรกเมื่อ ปี 1964 ระหว่างนายคอสต้ากับบริษัท ENEL (Costa v ENEL) นายคอสต้าซึ่งเป็นทนายความจากมิลานและอดีตผู้ืถือหุ้นของบริษัทด้านพลังงานแห่งหนึ่ง ปฏิเสธที่จะจ่ายค่าไฟให้แก่ Enel เพื่อแสดงการต่อต้านการโอนบริษัทด้านพลังงานสัญชาติอิตาลีให้เป็นของรัฐ โดยอ้างว่ากฎหมายการโอนเป็นของรัฐในอิตาลีขัดกับสนธิสัญญากรุงโรม และร้องขอหนังสือรับรองจากทั้งศาลรัฐธรรมนูญและศาลยุติธรรมของอิตาลีตามข้อกำหนด TFEU มาตรา 267 ศาลรัฐธรรมนูญของอิตาลีลงความเห็นว่า เนื่องจากกฎหมายการโอนเป็นของรัฐมีมาตั้งแต่ปี 1962 ในขณะที่สนธิสัญญาดังกล่าวมีผลบังคับใช้ตั้งแต่ปี 1958 คำร้องของนายคอสต้าจึงตกไป ในทางกลับกัน ศาลยุติธรรม ตัดสินว่าในท้ายที่สุดแล้ว สนธิสัญญากรุงโรมมิได้ห้ามการโอนกิจการพลังงานเป็นของรัฐแต่อย่างใด และผู้ที่มีสิทธิ์ยื่นคำร้องภายใต้มาตราใดๆ ของสนธิสัญญามีเพียงคณะกรรมาธิการเท่านั้น นายคอสต้าจึงไม่สามารถยื่นคำร้องในกรณีนี้ได้ อย่างไรก็ดี ตามหลักแล้ว นายคอสต้ามีสิทธิ์แก้ต่างว่าสนธิสัญญาดังกล่าวขัดกับกฎหมายในประเทศ และศาลมีหน้าที่พิจารณาคำร้องของตนเพื่อใช้เป็นเกณฑ์อ้างอิงหากไม่มีผู้ใดยื่นอุทธรณ์ต่อคำตัดสินของศาล ศาลยุติธรรมยังคงตัดสินเช่นเดิมในกรณีแวนเจนด์เอนลูส (Van Gend en Loos) โดยกล่าวว่าประเทศสมาชิก “มีสิทธิอธิปไตยที่จำกัดและได้สร้างตัวแทนทางกฎหมายที่มีผลทั้งต่อประชาชนและตนเอง แม้ว่าจะอยู่ในพื้นที่จำกัดก็ตาม” ตาม “หลักของภาวะถ้อยทีถ้อยปฏิบัติ” กฎหมาย EU “จะไม่มีถูกลบล้างโดยข้อกฎหมายในท้องถิ่น ไม่ว่าจะวางกรอบไว้อย่างไรก็ตาม... หากไม่มีหลักทางกฎหมายของชุมชนที่เกี่ยวข้อง” นั่นหมายความว่า “การกระทำฝ่ายเดียวที่เกิดขึ้นตามมา” ของประเทศสมาชิกจะไม่มีผลบังคับใช้ ในเชิงเดียวกัน กรณีพิพาทระหว่างอัมมินีสตราซิอองเดลเลไฟแนนซ์ กับ ซิมเมนธัลสปา (Amministrazione delle Finanze v Simmenthal SpA) บริษัทซิมเมนธัลสปา อ้างว่าค่าธรรมเนียมการตรวจสุขภาพสาธารณะตามกฎหมายอิตาลีในปี 1970 สำหรับการนำเข้าเนื้อวัวจากฝรั่งเศสมายังอิตาลีขัดกับข้อกำหนด 2 ข้อจากปี 1964 และ 1968 ศาลยุติธรรมกล่าวว่า “ตามหลักเจตนารมณ์ของกฎหมายชุมชน มาตรการของสถาบันที่มีผลบังคับโดยตรง” (เช่น ข้อกำหนดในกรณีนี้) “จะแปลความได้โดยอัตโนมัติว่าไม่มีผลบังคับกับมาตราที่ขัดกันของกฎหมายปัจจุบันในประเทศ” ซึ่งจำเป็นต่อการป้องกัน “การปฏิเสธพันธะที่เกี่ยวข้อง” ในสนธิสัญญา “ที่ประเทศสมาชิกต้องรับผิดชอบอย่างไม่มีเงื่อนไขและเพิกถอนไม่ได้” ซึ่งอาจ “เป็นภัยต่อรากฐาน” ของ EU แม้ศาลยุติธรรมจะเห็นเป็นเช่นนี้ แต่ศาลของประเทศสมาชิกกลับไม่ยอมรับในผลวิเคราะห์เดียวกัน

คำถาม: หากพบข้อขัดแย้งระหว่างกฎหมาย EU และกฎหมายในประเทศ จะยึดหลักกฎหมายใดเป็นสำคัญ
คำตอบ: กฎหมาย EU

คำถาม: อะไรคือสาเหตุที่ศาลรัฐธรรมนูญของอิตาลีตัดสินให้นายคอสต้าแพ้คดีต่อ ENEL
คำตอบ: เนื่องจากกฎหมายการโอนเป็นของรัฐมีมาตั้งแต่ปี 1962 ในขณะที่สนธิสัญญาดังกล่าวมีผลบังคับใช้ตั้งแต่ปี 1958 คำร้องของนายคอสต้าจึงตกไป

คำถาม: ในคดีซิมเมนธัลสปา ข้อกำหนด 2 ข้อที่ขัดกับกฎหมายอิตาลีเริ่มมีขึ้นในปีใด
คำตอบ: 1964 และ 1968

คำถาม: หน่วยงานใดรับผิดชอบเรื่องการวางหลักเกณฑ์สำหรับระงับข้อขัดแย้งระหว่างกฎหมายของระบบต่างๆ
คำตอบ: ศาลยุติธรรมสหภาพยุโรปและศาลสูงสุดในประเทศนั้นๆ

คำถาม: ข้อขัดแย้งระหว่างนายคอสต้ากับ ENEL เกิดขึ้นเมื่อใด
คำตอบ: ปี 1964

คำถาม: ศาลใดแย้งว่าสนธิสัญญากรุงโรมไม่ได้กีดกันการโอนกิจการด้านพลังงานให้เป็นของรัฐ
คำตอบ: ศาลยุติธรรม