Jumlah penduduk Wakatobi menurut hasil Sensus Penduduk tahun 2000 berjumlah 87.793 jiwa yang terdiri dari laki-laki 42.620 jiwa dan perempuan 45.173 jiwa.
Penduduk pria di Wakatobi lebih banyak daripada perempuan pada tahun 2000.