Laut-laut yang ada di kawasan Asia Tenggara juga cukup banyak dimanfaatkan dengan budidaya biota lautnya, seperti Laut Andaman, Laut China Selatan, Laut Natuna, Laut Jawa, Laut Bali, Laut Sulawesi, Laut Banda, Laut Flores, Laut Maluku, Laut Arafuru, Laut Timor, dan Laut Sabu.
Laut Timor tidak termasuk laut di wilayah Asia Tenggara,.