Kabupaten Raja Ampat adalah salah satu kabupaten di provinsi Papua Barat, Indonesia. Ibukota kabupaten ini terletak di Waisai. Kabupaten ini memiliki 610 pulau, termasuk kepulauan Raja Ampat. Empat di antaranya, yakni Pulau Misool, Salawati, Batanta dan Waigeo, merupakan pulau-pulau besar. Dari seluruh pulau hanya 35 pulau yang berpenghuni sedangkan pulau lainnya tidak berpenghuni dan sebagian besar belum memiliki nama.
Waisai adalah ibukota dari kabupaten Raja Ampat.