Printre cele mai importante dificultăți/efecte negative se numără creșterea birocrației, dublarea numărului de plăți, măsuri suplimentare de verificare și de management pentru TVA (obligația contribuabililor de a determina/verifica contul de TVA, obligația de a vira direct la bugetul de stat suma reprezentând TVA aferentă achizițiilor de la furnizorii/prestatorii care nu le-au comunicat un cont de TVA și de a notifica acest fapt furnizorilor/prestatorilor), afectarea fluxurilor de numerar și chiar blocarea banilor, costuri bancare suplimentare cu noul cont, comisioane bancare suplimentare, costuri suplimentare pentru contribuabili generate de modificarea sistemelor informatice contabile și - în general - un efort semnificativ de implementare tehnică, având în vedere termenul foarte scurt de aplicare, neclarificarea tuturor aspectelor procedurale.