În iunie 2000, revine în administrația publică, ca președinte al Consiliului Județean Cluj, iar din decembrie același an, după câștigarea alegerilor de către PSD, devine ministru de Interne în guvernul condus de către  Adrian Năstase.  Din octombrie 2001, Ioan Rus este ales președinte al PSD Cluj, iar un an mai târziu, vicepreședinte al PSD.