Potrivit PwC, posibile dificultăți pentru companii la implementarea plății defalcate a TVA țin de actualizarea sistemelor ERP si modificarea procedurilor interne de lucru, costuri de persona, monitorizarea plăților și transferurilor, evidențierea separată a tranzacțiilor in conturi dedicate de TVA si verificarea acestora de către autorități și costuri cu prefinanțarea TVA.