Kanon Alkitab Kristen
menegaskan bahwa kitab-kitab yang mereka tolak tidak memiliki kualitas rohaniah sama sekali.
Sebagai contoh Konsili Quinisextum tahun 692, yang mana ditolak oleh Paus Sergius I (lihat pula Pentarki), mengesahkan kanonisitas daftar-daftar tulisan berikut ini: Kanon Para Rasul (385), Konsili Laodikia (363), Konsili Kartago yang Ketiga (397), dan Surat Paskah Athanasius yang ke-39 (367). Dan selanjutnya daftar-daftar ini tidak disepakati. Demikian pula kanon-kanon
Perjanjian Baru dari Gereja Suriah, Armenia, Georgia, Koptik Mesir, dan Ethiopia memiliki beberapa perbedaan kecil antara satu dengan yang lainnya. Wahyu kepada Yohanes dikatakan sebagai salah satu kitab yang paling tidak pasti; di Timur, khiliasme dan Montanisme membuatnya dicurigai; kitab tersebut tidak diterjemahkan ke dalam bahasa Georgia sampai dengan abad ke-10, dan
tidak pernah dimasukkan dalam leksionari resmi Gereja Ortodoks Timur sejak zaman Bizantium hingga saat ini. Namun demikian status kanoniknya diakui.
Peshitta adalah versi standar Alkitab yang digunakan dalam gereja-gereja dengan tradisi Siria. Sebagian besar kitab deuterokanonika dari Perjanjian Lama ditemukan dalam Alkitab Siria; Kebijaksanaan Sirakh diterjemahkan dari teks Ibrani, bukan dari Septuaginta. Bagian Perjanjian Baru, awalnya tanpa memuat sejumlah kitab yang saat itu masih diperdebatkan (2 Petrus, 2
Yohanes, 3 Yohanes, Yudas, dan Wahyu), telah menjadi standar pada awal abad ke-5. Kelima kitab itu ditambahkan dalam Versi Harklean (tahun 616 M) karya Thomas dari Harqel.
Perjanjian Baru Peshitta dari United Bible Societies 1905 didasarkan pada edisi-edisi yang dipersiapkan oleh Philip E. Pusey, George Gwilliam, dan John Gwynn. Keseluruhan 27 kitab yang termasuk dalam kanon Perjanjian Baru pada umumnya termasuk dalam edisi Peshitta tahun 1905 dari British and Foreign Bible Society ini.
Alkitab Armenia memuat satu tambahan: sebuah surat yang ketiga kepada Jemaat di Korintus, juga ditemukan dalam Kisah Paulus, yang mana dikanonisasikan dalam Gereja Armenia, tetapi tidak termasuk dalam Alkitab Armenia masa kini. Namun Kitab Wahyu tidak termasuk dalam Alkitab Armenia hingga 1200 M ketika Uskup Agung Nerses mengorganisir suatu Sinode Armenia di Konstantinopel untuk memperkenalkan
teks tersebut. Meskipun demikian ada upaya-upaya yang menemui kegagalan, bahkan sampai tahun 1290 M, untuk memasukkan beberapa kitab apokrif ke dalam kanon Armenia, yaitu: Nasihat Bunda Allah kepada Para Rasul, Kitab Criapos, dan Surat Barnabas yang pernah populer.
Gereja Apostolik Armenia terkadang memasukkan Perjanjian Kedua Belas Patriark dalam Perjanjian Lama dan Surat Paulus yang Ketiga kepada Jemaat di Korintus, tetapi tidak selalu memasukkannya bersama dengan 27 kitab kanonik Perjanjian Baru yang lain.Martin Luther merasa terganggu dengan empat kitab Perjanjian Baru: Yudas, Yakobus, Ibrani, dan Wahyu; dan meskipun ia menempatkannya dalam posisi
yang relatif lebih rendah dibandingkan dengan kitab lainnya, ia tidak mengeluarkannya. Luther mengusulkan untuk mengeluarkan kitab-kitab ini dari kanon, menyinggung dukungan dari beberapa umat Katolik seperti Kardinal Thomas Cajetan dan Desiderius Erasmus, dan sebagian lagi karena kitab-kitab tersebut dianggap bertentangan dengan doktrin Protestan tertentu seperti "sola gratia" dan "sola fide", tetapi hal ini
tidak diterima secara umum di antara para pengikutnya. Bagaimanapun kitab-kitab ini tetap ditaruh dalam urutan terakhir di Alkitab Luther berbahasa Jerman hingga saat ini. Luther juga mengeluarkan kitab-kitab yang disebut "deuterokanonika" dari Perjanjian Lama Alkitab terjemahannya, ia menempatkan kitab-kitab tersebut dalam "Apokrifa, yakni kitab-kitab yang tidak dianggap setara dengan Kitab Suci, namun berguna dan baik untuk dibaca".
Karena tuntutan Martin Luther, Konsili Trente pada tanggal 8 April 1546 mengesahkan pemberlakuan kanon Alkitab Katolik sebagaimana adanya saat ini, yang memuat kitab-kitab deuterokanonika, dan keputusan ini dikonfirmasi dengan anatema melalui pemungutan suara (24 setuju, 15 tidak, 16 abstain). Konsili tersebut menegaskan daftar yang sama seperti yang dihasilkan dalam Konsili Florence tahun 1442, Konsili
Kartago tahun 397-419, dan mungkin Konsili Roma tahun 382. Kitab-kitab Perjanjian Lama yang ditolak oleh Luther kemudian disebut dengan istilah deuterokanonika, bukan menandakan tingkatan pengilhaman yang lebih rendah tetapi karena persetujuan akhirnya belakangan. Selain kitab-kitab tersebut, Vulgata Sixto-Clementina dalam lampirannya memuat beberapa kitab yang dipandang apokrif dalam konsili tersebut: Doa Manasye, 3 Esdras, and 4 Esdras.
Sinode Yerusalem pada tahun 1672 menetapkan Kanon Ortodoks Yunani yang mana serupa dengan yang diputuskan oleh Konsili Trente. Gereja Ortodoks Timur umumnya memandang Septuaginta adalah versi Perjanjian Lama yang seharusnya diterima, dengan menganggapnya terinspirasi sebagaimana pendapat beberapa Bapa Gereja seperti St Agustinus, yang dilanjutkan oleh semua terjemahan modern
lainnya. Mereka menggunakan istilah "Anagignoskomena" ( "dapat dibaca, layak untuk dibaca") untuk menggambarkan kitab-kitab dari Septuaginta Yunani yang tidak terdapat dalam Tanakh Ibrani. Kitab-kitab Perjanjian Lama Ortodoks Timur mencakup semua kitab deuterokanonika Katolik Roma, ditambah 3 Makabe dan 1 Esdras (juga terdapat dalam lampiran Vulgata Clementina), sedangkan Barukh
dipisahkan dengan Surat Nabi Yeremia sehingga berjumlah total 49 kitab Perjanjian Lama, kontras dengan kanon 39 kitab Protestan. Teks-teks lainnya yang tercetak dalam berbagai Alkitab Ortodoks dianggap memiliki nilai tertentu (seperti tambahan Mazmur 151, dan Doa Manasye) atau disertakan sebagai suatu lampiran (seperti 4 Makabe Yunani, dan 2 Esdras Slavia).
Sebagian besar kitab Perjanjian Lama dalam Apokrifa Protestan disebut deuterokanonika oleh kalangan Katolik sesuai hasil Konsili Trente, dan semua kitab tersebut disebut "anagignoskomena" oleh kalangan Ortodoks Timur sesuai hasil Sinode Yerusalem. Komuni Anglikan menerima "Apokrifa tersebut sebagai ajaran teladan hidup dan tata krama; tetapi tidak digunakan untuk menetapkan
doktrin", dan banyak "bacaan leksionari dalam Buku Doa Umum yang diambil dari Apokrifa ini", serta pengajaran ini "dibacakan dengan cara yang sama seperti pengajaran dari Perjanjian Lama". Apokrifa Protestan mencakup tiga kitab (3 Esdras, 4 Esdras, dan Doa Manasye) yang diterima oleh banyak Gereja Ortodoks Timur dan Ortodoks Oriental sebagai kanonikal, tetapi dipandang non-kanonik oleh Gereja Katolik dan karenanya tidak termuat dalam Alkitab-Alkitb Katolik modern.
Berbagai kitab yang tidak pernah dikanonisasikan oleh gereja apa pun, tetapi diketahui eksistensinya pada zaman awal, memiliki kemiripan dengan Perjanjian Baru dan sering kali kepengarangannya diklaim berasal dari para rasul; kitab-kitab ini dikenal sebagai apokrifa Perjanjian Baru. Beberapa tulisan ini dikutip sebagai kitab suci oleh kalangan Kristen awal, namun sejak abad
ke-5 timbul suatu konsensus yang tersebar luas untuk membatasi Perjanjian Baru hingga 27 kitab sebagaimana dikenal dalam kanon modern. Karenanya kalangan Katolik Roma, Ortodoks Timur, dan Protestan pada umumnya tidak menganggap apokrifa Perjanjian Baru ini sebagai bagian dari Alkitab.
Saat ini kebanyakan kompilasi Alkitab mengikuti baik standar yang ditentukan oleh British and Foreign Bible Society pada tahun 1825 yang mana sesuai dengan apa yang disebut "Alkitab Protestan", atau standar yang ditetapkan untuk penyertaan kitab-kitab deuterokanonika bagi Alkitab Katolik dan "anagignoskomena" bagi Alkitab Ortodoks Yunani/Timur.
Variasi umum lainnya misalnya versi-versi dari Gideons International yang meliputi Perjanjian Baru, Mazmur, dan Amsal, namun pemilihan kitab-kitab yang disertakan ini tidak mewakili suatu kanon.