Militer Australia dalam konfrontasi Indonesia-Malaysia
bentrok dengan pasukan Indonesia dalam sejumlah kesempatan. Namun, hal itu tidak begitu berarti, dan batalion itu utamanya beroperasi di wilayah Malaysia dimana mereka menghadang jalur dari perbatasan Indonesia. Malaysia dan Indonesia sepakat untuk berdamai pada 11 Agustus, lalu 4 RAR dan unit lainnya di Kalimantan menghentikan operasi pada hari berikutnya. Batalion kembali ke Kamp Terendak pada 30 Agustus. Mereka kehilangan lima anggota di Kalimantan, meskipun hanya satu orang yang tewas saat bertugas.
Australia juga mengerahkan dua skuadron dari resimen udara khusus (SASR) selama konflik, menandai awal operasional dari resimen itu. Skuadron 1 melakukan pengintaian patroli di Sarawak pada Februari hingga Juli 1965, dan menggelar operasi lintas-perbatasan antara Mei dan Juli. Mereka kehilangan jiwa satu anggota mereka pada 2 Juni, ketika Lance-Kopral Paul Denehey ditanduk oleh gajah.
Skuadron 2 tiba di Kalimantan pada Januari 1966 untuk waktu empat bulan. Meski saat itu dalam ketegangan operasi Claret, mereka juga melakukan pengintaian patroli dan operasi lintas-perbatasan. Kedua skuadron tercatat melakukan 45 patroli di kedua sisi perbatasan, hingga keduanya ditarik pada bulan Juli. Dua anggota skuadron tenggelam saat mencoba menyeberangi sungai
selama patroli pada 20-21 Maret. Patroli SASR juga menimbulkan korban di pihak Indonesia, meskipun Indonesia sering melakukan pengintaian.
Selain operasi di Malaysia, pasukan Australia berpatroli di perbatasan Indonesia-Papua Nugini selama konfrontasi. Operasi ini dilakukan oleh Resimen Kepulauan Pasifik (PIR), yang merupakan bagian dari Tentara Australia, diawaki oleh penduduk asli Nugini dan dipimpin oleh perwira Australia. Meskipun hanya terjadi satu insiden kontak antara PIR dan pasukan Indonesia, sejumlah serangan terjadi dan patroli ini-yang sering
dilakukan di medan kasar-memicu permintaan cukup besar terhadap sumber daya pertahanan Australia yang terbatas. Pasukan PIR juga diperluas dari satu sampai dua batalyon pada tahun 1963 dalam menanggapi meningkatnya ancaman yang ditimbulkan Indonesia, meskipun batalyon ketiga yang diresmikan pada tahun 1964 tidak terbentuk. Tindakan pencegahan lainnya termasuk pembangunan dan peningkatan sejumlah lapangan terbang di Papua Nugini untuk digunakan oleh AU Australia.
Keterlibatan Angkatan Laut Australia (RAN) dalam Konfrontasi juga dimulai pada tahun 1964. Saat itu dua kapal perusak dan kapal pengawal Australia selalu berada di perairan Malaysia sebagai bagian dari FESR dan kapal perang lain, termasuk kapal induk HMAS "Melbourne", melakukan kunjungan berkala. Kapal perang Australia bertugas sebagai bagian dari armada hingga 80 kapal perang, yang misinya adalah untuk mengalahkan upaya penyusupan dari laut oleh TNI, memberikan bantuan untuk serangan laut, dan mencegah pembajakan.
Kapal perang RAN melakukan patroli pantai di Selat Malaka, Singapura dan Tawau-Wallace Bay area Sabah. Enam kapal penyapu ranjau kelas Ton dari Skuadron ke-16 tiba pada bulan Mei1964 dan sangat berhasil dalam tugas ini. Patroli operasi umumnya lancar dan jarang ada kontak serangan dengan pasukan Indonesia. Kapal penyapu ranjau HMAS "Teal "menggelar serangan dengan sebuah kapal Indonesia dekat wilayah Singapura pada 13
Desember 1964. Kapal Indonesia itu menyerah setelah tiga dari tujuh orang di dalam kapal tewas. Mereka memergoki lagi satu kapal Indonesia lain yang mengangkut 9 penyusup bersenjata di Selat Malaka pada 23 Februari 1965. HMAS "Hawk" diserang oleh tentara dari pantai Indonesia saat beroperasi di wilayah perairan Singapura pada 13 Maret 1966.
Dua belas kapal perang RAN bertugas di perairan Malaysia selama keterlibatan Australia dalam Konfrontasi, beberapa melakukan lebih dari satu tugas. Satu tentara laut Australia terluka saat bertugas selama Konfrontasi dan dua meninggal akibat sakit atau kecelakaan.
AU Australia juga terlibat dalam Konfrontasi Indonesia-Malaysia. Selama tahun 1960-an empat skuadron terbang Australia berbasis di Pangkalan Butterworth di Malaysia sebagai bagian dari FESR. Unit terbesar adalah Sayap Nomor 78, yang terdiri atas Skuadron Sabre No. 3 dan Skuadron No. 77. Unit lainnya yaitu Skuadron No. 2, yang mengoperasikan pesawat pembom Canberra dan beberapa pesawat angkut Dakota, serta
Skuadron No. 5 yang dilengkapi helikopter UH-1 Iroquois. Sayap Nomor 78 dan Skuadron No. 2 telah berbasis di Butterworth sejak tahun 1958. Skuadron No. 5 tiba pada 1964, sebagai respons atas salah satu permintaan bantuan dari Pemerintah Malaysia.
Pendaratan pasukan terjun payung di Johor selama September 1964 menyebabkan ketegangan meningkat. Di bawah 'Rencana Addington,' pesawat pembom V milik Australia berbasis di Pangkalan Darwin di Australia utara untuk menyerang fasilitas udara Indonesia jika target di Malaysia diserang. Ketika Pemerintah Australia khawatir pendaratan parasut bisa menyebabkan peperangan terbuka, mereka memerintahkan AU mereka untuk memindahkan pesawat Sabre 16 dari Skuadron No.
76, yang berbasis di Pangkalan Williamtown, ke Darwin. Tujuan dari ini adalah untuk melindungi Darwin terhadap serangan dari pesawat pembom Il-28 milik Indonesia saat perang. Barisan tentara baterai anti-pesawat juga dikerahkan ke Darwin, serta tambahan pilot dan awak darat Sabre dan dikirim ke Butterworth untuk memperkuat Sayap Nomor 78. Pesawat Sabre tiba pada 8 September dan tetap dalam level peringatan tinggi hingga 17 Oktober.
Setelah ketegangan mereda, Skuadron No. 76 mulai kembali ke Williamstown pada 20 Oktober. Aturan pengerahan pejuang Australia di Malaysia dikendurkan sebagai akibat dari pendaratan di Johore, untuk memungkinkan setiap pesawat Indonesia segera diatasi, yang mungkin teridentifikasi positif sedang berada di wilayah udara Malaysia atau Singapura.
Pesawat AU Australia juga membantu operasi darat selama Konfrontasi. Yang dilakukan oleh Skuadron No. 5 antara tahun 1964 dan 1966, termasuk mengangkut pasukan Australia, Malaysia dan Singapura selama operasi melawan Indonesia di Semenanjung Malaysia. Pesawat mereka juga secara rutin mengangkut pasukan dan perlengkapan antara semenanjung Malaysia dan Kalimantan. Pesawat Hercules C-130 Australia melakukan antaran reguler antara Darwin dan Butterworth, meskipun Indonesia mencabut izin
bagi pesawat untuk terbang melalui wilayah udaranya pada Juli 1964. Detasemen Saber Sayap Nomor 78 mulai beroperasi di pulau Labuan di Kalimantan pada September 1965 untuk meningkatkan pertahanan udara RAF di wilayah itu. Status waspada untuk pesawat di Butterworth berkurang pada akhir Konfrontasi dan Indonesia kembali mengizinkan pesawat Australia untuk melewati wilayah udaranya. Antara tahun 1969 dan 1972 Australia menyumbangkan pesawat Sabre, serta dukungan teknis dan pelatihan, kepada angkatan udara Indonesia dan Malaysia.
Setelah kudeta militer di Indonesia pada 1965, yang akhirnya membawa Jenderal Soeharto berkuasa, Malaysia dan Indonesia menandatangani perjanjian damai di Bangkok pada Agustus 1966, sekaligus mengakhiri konflik. Pasukan Australia di Malaysia kemudian dikembalikan ke peran utama mereka dalam FESR.
Operasi di Kalimantan-terutama misi lintas-perbatasan, yang tidak pernah diakui selama perang-sangat sensitif dan hanya sedikit diliput pers Australia. Karena sensitivitas ini, editor dari penyusun sejarah resmi Australia tentang keterlibatan Australia dalam konflik Asia Tenggara, Peter Edwards, sampai harus membujuk pemerintah agar kisah Konfrontasi ini bisa dimasukkan. Pengakuan resmi dari keterlibatan
Australia dalam operasi Claret terjadi pada 1996, ketika makalah kabinet pemerintah yang membahas operasi itu, dirilis.