Pertempuran Toba-Fushimi
Pengembalian kekuasaan ke tangan Kaisar Jepang secara resmi diproklamasikan pada 4 Januari 1868. Shogun Tokugawa Yoshinobu yang sebelumnya telah mengembalikan kekuasaan pemerintahan ke tangan kaisar, setuju untuk bertindak sebagai "instrumen pelaksana" perintah kekaisaran. Peristiwa ini menandai berakhirnya pemerintah Keshogunan Tokugawa. Meski pengunduran diri Yoshinobu
menyebabkan kekosongan pada tingkat tertinggi pemerintahan, aparat negara dari pihak keshogunan tetap bertahan. Keluarga Tokugawa juga bertahan sebagai kekuatan utama dalam tatanan politik yang sedang berubah. Kenyataan ini tidak dapat ditolerir oleh tokoh garis keras dari Satsuma dan Chsh.
Meskipun mayoritas anggota dewan penasihat cenderung mendukung berlanjutnya kerja sama dengan keluarga Tokugawa dan merasa puas dengan deklarasi resmi kekuasaan langsung di tangan Kaisar Meiji yang masih berusia 15 tahun, Saig Takamori secara fisik mengancam anggota dewan agar memerintahkan penyitaan tanah-tanah feodal milik Yoshinobu.
Walaupun awalnya setuju dengan permintaan istana, Yoshinobu pada 17 Januari 1868 menyatakan "bahwa ia tidak akan terikat oleh proklamasi Restorasi dan mengimbau istana untuk membatalkannya." Pada 24 Januari 1868, setelah termakan provokasi para "ronin" dari Satsuma di Edo, Yoshinobu dari markasnya di Istana Osaka memutuskan untuk menyiapkan serangan ke Kyoto, dengan dalih membersihkan unsur-unsur Domain
Satsuma dan Domain Chsh yang mendominasi istana, sekaligus "membebaskan" Kaisar Meiji yang masih muda dari pengaruh mereka.
Pertempuran dimulai oleh pasukan keshogunan yang bergerak ke Kyoto untuk menyampaikan sepucuk surat dari Shogun Yoshinobu. Isi surat berupa peringatan untuk kaisar tentang adanya intrik-intrik yang sedang direncanakan Domain Satsuma dan bangsawan istana pendukung mereka, seperti Iwakura Tomomi.
Pasukan keshogunan yang berjumlah lebih dari 15000 prajurit unggul dalam jumlah, 3 banding 1 dibandingkan pasukan gabungan Domain Satsuma-Domain Chsh. Pasukan keshogunan sebagian besar terdiri dari prajurit Domain Kuwana dan Domain Aizu, diperkuat oleh prajurit nonreguler "Shinsengumi". Meski sebagian dari tentara keshogunan adalah tentara bayaran, sebagian lainnya seperti korps elite
"Denshtai" telah menerima pelatihan dari penasihat militer Perancis. Sebagian prajurit dari kedua belah pihak diterjunkan ke garis depan dengan persenjataan tradisional tombak dan pedang. Sebaliknya, pasukan Aizu terdiri dari kombinasi tentara modern dan samurai, dan kurang lebih begitu pula keadaan pasukan dari Satsuma. Keshogunan memiliki pasukan bersenjata lengkap, sementara pasukan
Domain Chsh paling terorganisir dan dilengkapi persenjataan paling modern. Menurut Conrad Totman: "Dalam istilah organisasi ketentaraan dan persenjataan, keempat pihak yang bertikai kemungkinan dapat diurutkan sebagai: Chsh yang terbaik, pasukan infanteri Bakufu nomor dua, pasukan Satsuma berikutnya, sementara pasukan dari Aizu dan sebagian pasukan dari domain-domain bawahan paling belakang".
Sebagian pasukan keshogunan tidak memiliki semangat bertempur yang jelas, terbukti dari banyaknya senapan kosong yang dibawa prajurit garis depan. Motivasi dan kepemimpinan dari pihak keshogunan juga terbukti kurang.
Walaupun pasukan Chsh dan Satsuma kalah dalam jumlah, mereka dipersenjatai dengan senjata modern, seperti howitzer Armstrong, senapan Minié, dan sebuah senapan Gatling. Pasukan keshogunan agak tertinggal dalam soal perlengkapan, meski pasukan elite keshogunan baru saja selesai dilatih oleh misi militer Perancis untuk Jepang. Shogun juga mengandalkan pasukan yang disediakan oleh domain yang
bersekutu dengan keshogunan. Namun pasukan dari domain sekutu keshogunan tidak selalu maju dalam hal perlengkapan dan teknik militer. Akibatnya, pasukan keshogunan terbentuk dari campuran tentara modern dan tentara ketinggalan zaman.
Angkatan Laut Inggris pada dasarnya mendukung Satsuma dan Chsh, dan menempatkan sebuah armada yang kuat di Pelabuhan Osaka. Keberadaan armada Inggris di Osaka menjadi faktor ketidakpastian yang memaksa keshogunan untuk mempertahankan garnisun di Osaka ditambah sebagian pasukan dalam jumlah signifikan, dan bukan mengerahkan mereka semua untuk menyerang Kyoto. Keberadaan pasukan asing ini
sehubungan dengan baru dibukanya pelabuhan-pelabuhan di Hyogo (sekarang Kobe) dan saka) untuk pelabuhan asing, tiga minggu sebelumnya pada 1 Januari 1868.
Tokugawa Yoshinobu sendiri sedang terbaring di tempat tidur akibat demam tinggi, dan tidak berpartisipasi langsung dalam operasi ke Kyoto.
Pada 27 Januari 1868 (hari ketiga tahun baru kalender lama Jepang), Tokugawa Yoshinobu dari markasnya di Istana Osaka (sebelah selatan Kyoto) mulai memberangkatkan pasukannya ke utara ke arah Kyoto, lewat dua rute utama: jalan utama Toba () dan jalan utama Fushimi (). Seluruhnya ada sekitar 13000 tentara yang diberangkatkan. Meskipun demikian, mereka terpencar-pencar, hanya sekitar 8500
prajurit yang terlibat bentrokan di Toba-Fushimi. Komandan gabungan ("Rikugun Bugy") operasi tersebut bernama Takenaka Shigekata.
Pasukan keshogunan bergerak ke arah Toba di bawah pimpinan wakil komandan kubo Tadayuki, seluruhnya terdiri dari kira-kira 2000 hingga 2500 prajurit. Pada sekitar 17.00, pasukan garis depan keshogunan yang sebagian besar terdiri dari sekitar 400 anggota polisi khusus "Mimawarigumi" dipersenjatai tombak dan sejumlah senjata api di bawah pimpinan Sasaki Tadasaburo mendekati pos
pemeriksaan yang dijaga pasukan Satsuma di Jembatan Koeda (), Toba (sekarang berada di Minami-ku, Kyoto). Mereka diikuti dua batalion infanteri () yang membawa senapan kosong karena mereka tidak benar-benar mengantisipasi adanya pertempuran. Dua batalion infanteri keshogunan dikomandani oleh Tokuyama Ktar, diikuti jauh di selatan oleh delapan kompi dari Kuwana yang
membawa empat meriam. Sebagian pasukan dari Matsuyama dan Takamatsu dan domain lainnya juga ikut serta, namun pasukan kavaleri dan artileri dari keshogunan tampaknya tidak ikut. Pasukan keshogunan menghadapi sekitar 900 pasukan Domain Satsuma yang berlindung di parit-parit dan dilengkapi persenjataan empat meriam.
Setelah menolak memberi izin pasukan keshogunan untuk lewat, pasukan Satsuma mulai menembak dari arah samping yang menjadi tembakan pertama dalam Perang Boshin. Peluru yang ditembakkan pasukan Satsuma meledak di kereta senjata yang berada di sebelah kuda yang ditunggangi komandan pasukan keshogunan Takigawa Tomotaka. Kuda yang terkejut itu melempar Takigawa, lalu berlari dengan
liarnya, menyebabkan kolone keshogunan panik dan kacau balau. Serangan Satsuma begitu hebat dan segera membuat tentara keshogunan kacau balau dan mundur. Sasaki memerintahkan anak buahnya untuk menyerbu penembak meriam Satsuma, namun anggota Mimawarigumi hanya dipersenjatai tombak dan pedang. Mereka tewas secara massal. Meskipun demikian, pasukan dari Kuwana dan sebuah unit di bawah pimpinan
Kubota Shigeaki bertahan di posisi mereka, terlibat tembak-menembak tanpa menimbulkan korban berarti. Ketika ditarik mundur, pasukan keshogunan membakar rumah-rumah penduduk. Aksi tersebut justru mempermudah penembak jitu Satsuma untuk membidik mereka. Pertempuran mereda pada malam hari setelah pasukan bala bantuan dari Kuwana tiba.
Sekarang ini lokasi Pertempuran Toba telah diubah menjadi taman umum bernama Taman Tobarikyato (). Di taman ini didirikan monumen untuk memperingati Pertempuran Toba. Letaknya persis di antara Jembatan Koeda, lokasi pasukan Satsuma ditempatkan, dan sebuah kuil bernama Jnang () tempat bermarkasnya pasukan kekaisaran.
Pada hari yang sama, pasukan Satsuma-Chsh yang maju ke tenggara Fushimi juga bentrok dengan pasukan keshogunan, dan berakhir tanpa ada pihak yang menang atau kalah. Pasukan gabungan Satsuma-Chsh mulai menembaki pasukan keshogunan setelah mereka mendengar tembakan meriam dari kawasan Toba. Pasukan keshogunan terdiri dari pasukan Bakufu, Shinsengumi, dan pasukan Aizu.