Reformasi Protestan di Swiss
keuangan untuk hal yang sama. Mereka tidak bisa kehilangan sumber pendapatan ini, yang merupakan sasaran utama kritik reformator. Sebaliknya, ekonomi kota-kota lebih terdiversifikasi, seperti pada bidang kerajinan dan pertukangan yang kuat sebagaimana halnya sektor industri yang sedang berkembang. Fribourg dan Solothurn juga tetap memeluk agama Katolik.
Provinsi-provnsi lima alpine mempersepsikan Reformasi sebagai ancaman sejak dini; sejak tahun 1524 mereka membentuk "Liga Lima Provinsi" ("Bund der fünf Orte") untuk memerangi penyebaran keyakinan baru. Kedua pihak berusaha memperkuat posisi mereka dengan mengakhiri aliansi pertahanan dengan pihak ketiga: Provinsi Protestan membentuk aliansi kota, termasuk kota-kota Protestan Konstanz dan Strasbourg ("Christliches
Burgrecht"), yang diterjemahkan secara beragam sebagai Uni Sipil Kristen (Cristian Civic Union), Korporasi Kristiani, Konfederasi Kristiani, dan Federasi Kristiani (dalam bahasa Latin Zwingli menyebutnya "Civitas Christiana" atau Negara Kristen); dimana pemeluk Katolik menandatangani perjanjian dengan Ferdinand dari Austria.
Dalam suasana tegang, insiden kecil dapat mudah memanas. Konflik-konflik muncul dengan situasi tersebut di wilayah-wilayah umum; administrasi berubah setiap tahun di antara provinsi-provinsi dan beralih dari aturan Katolik dan Protestan. Beberapa upaya mediasi gagal akibat adanya sengketa Baden pada tahun 1526.
Setelah sejumlah insiden kecil dan provokasi kedua belah pihak, seorang pendeta Protestan dibakar di tiang pancang di Schwyz, pada tahun 1529, serta dalam pembalasan Zürich, menyatakan perang. Dengan mediasi wilayah lain, perang terbuka (yang dikenal sebagai Perang Pertama Kappel) hampir tidak terhindarkan, tetapi perjanjian damai ("Erster Landfriede") tidak menguntungkan partai Katolik, yang harus
membubarkan aliansinya dengan pihak Habsburg Austria. Ketegangan pun tetap tak terselesaikan. Dua tahun kemudian, perang kedua Kappel pecah. Zürich memutuskan menolak provinsi Katolik supaya membantu Grisons dalam Perang Musso sebagai dalih, tetapi pada 11 Oktober 1531, provinsi Katolik mengalahkan pasukan Zürich dalam pertempuran Kappel am Albis secara meyakinkan. Zwingli terbunuh di medan perang. Provinsi Protestan
harus menyetujui perjanjian damai, yang disebut "Zweiter Kappeler Landfriede", yang memaksa peristiwa pembubaran aliansi Protestan ("Christliches Burgrecht"). Hal ini menjadikan prioritas pada Katolisisme di wilayah umum, tetapi memungkinkan komune yang telah dikonversi supaya tetap beragama Protestan. Hanya tempat-tempat strategis yang penting seperti Freiamt atau yang ada di sepanjang rute dari Schwyz ke lembah Rhein
di Sargans (sehingga perjalanan ke Alpine melewati Grisons) dilakukan peng-Katolik-an ulang secara paksa. Di wilayah mereka sendiri, provinsi-provinsi tersebut bebas menerapkan satu atau agama lain. Dengan demikian perdamaian tersebut menentukan asas "Cuius regio, eius religio" yang selanjutnya diadopsi di dalam perdamaian Augsburg di Kekaisaran Romawi Suci pada tahun 1555. Secara
politis, hal ini menjadikan provinsi Katolik sebagai mayoritas dalam dewan federasi "Tagsatzung" dari konfederasi tersebut.
Ketika aliansi kota Protestan mereka dibubarkan, Zürich dan kota-kota Jerman selatan bergabung dengan Liga Schmalkaldik, tetapi dalam perang agama Jerman 1546/47, Zürich dan provinsi yang beragama Protestan Swiss lainnya tetap netral. Dengan kemenangan Charles V yang sebelumnya memiliki hubungan dekat dengan Swabia di kota-kota Protestan, Kekaisaran Romawi Suci akhirnya dipisahkan, dimana banyak kota, seperti Konstanz, kembali dilakukan peng-Katolik-an ulang dan ditempatkan di bawah aturan ketat aristokrat.
Sementara Gereja resmi tetap pasif selama awal Reformasi, Provinsi-provinsi Katolik Swiss mengambil langkah-langkah awal dalam mempertahankan gerakan baru. Mereka mengambil kekuasaan hukum dan keuangan atas para klerus, menetapkan aturan-aturan perilaku yang tegas bagi para imam, melarang pergundikan, dan mereservasi hak menominasikan para imam dalam tempat pertama, yang sebelumnya
ditugaskan oleh keuskupan. Mereka juga melarang pencetakan, pendistribusian, dan kepemilikan traktat-traktat reformis; dan melarang kajian Ibrani, serta Yunani (dalam mengakhiri penelitian independen atas sumber-sumber Alkitab). Secara keseluruhan, langkah-langkah ini berhasil, yang tidak hanya mencegah penyebaran Reformasi ke wilayah Katolik, tetapi juga membuat Gereja bergantung pada
negara dan secara umum memperkuat kekuatan otoritas sipil. Provinsi-provinsi Katolik yang mempertahankan dominasi terhadap Gereja Katolik, setelah Konsili Trente (1545- 1563), meskipun mereka telah menerima posisi tersebut. Mereka menentang rencana Carolus Borromeus dalam pembentukan keuskupan baru di Swiss tengah. Namun, mereka ikut serta dalam program pendidikan Trente. Pada tahun 1574, sekolah
Yesuit pertama didirikan di Lucerne. Pada tahun 1579, sebuah universitas Katolik "Collegio helvetico" bagi para imam Swiss, didirikan di Milan. Kemudian pada tahun 1586, sebuah duta paus dibuka di Lucerne. Capuchin juga terpanggil; sebuah biara kapusin didirikan pada tahun 1581 di Altdorf.
Sejalan dengan upaya-upaya mereformasi Gereja Katolik ini, provinsi-provinsi Katolik melanjutkan upaya peng-Kristen-an daerah-daerah yang telah beralih menjadi Protestan. Selain perubahan ulang di wilayah-wilayah umum, provinsi-provinsi Katolik di awal tahun 1560 percobaan pembatalan Reformasi di Glarus, dimana pemeluk Katolik merupakan minoritas.
Lima provinsi Katolik membentuk sebuah aliansi militer dengan Paus dan Adipati Savoy yang notabene beragama Katolik, dan mendapat dukungan dari Aegidius Tschudi, yaitu seorang "Landammann" (kepala "magistrate") dari Glarus. Tetapi karena kekurangan uang, mereka tidak dapat melakukan intervensi di Glarus. Pada tahun 1564, mereka menetapkan sebuah perjanjian yang mengatur pemisahan agama-agama di Glarus.
Saat ini terdapat "dua" majelis legislatif ("Landsgemeinde") di provinsi, yang satu adalah seorang Katolik dan yang lainnya adalah seorang Protestan, serta Glarus mengirim satu perwakilan Katolik dan satu perwakilan Protestan ke "Tagatzung".
Jakob Christoph Blarer von Wartensee yaitu seorang Uskup dari Basel, memindahkan kekuasaannya ke Porrentruy di pegunungan Jura pada tahun 1529, ketika Basel berubah menjadi Protestan. Pada tahun 1581, keuskupan tersebut kembali ke lembah Birs yang terletak di sebelah barat daya Basel. Di dalam Appenzell, dimana kedua pengakuan hidup berdampingan secara damai, kegiatan-kegiatan
kontra-reformasi yang dimulai dengan kedatangan Saudara Capuchin menghasilkan perpecahan di antara provinsi tersebut pada tahun 1597 menjadi Appenzell Innerrhoden yang Katolik dan Ausserrhoden yang Protestan, yang keduanya memiliki satu suara di "Tagsatzung".Sumber-sumber utama yang digunakan meliputi: Sumber lainnya: