Rainilaiarivony
kesepakatan baru dengan Britania. Perundingan dengan Prancis dilakukan antara November 1881 hingga Agustus 1882, tetapi perundingan tersebut gagal meraih kesepakatan terkait dengan klaim tanah. Akibatnya, Prancis mengobarkan Perang Prancis-Hova Pertama pada tahun 1883 dan menduduki kota-kota pelabuhan pesisir seperti Mahajanga, Antsiranana, Toamasina, dan Vohemar. Ratu Ranavalona II mangkat di tengah
berkecamuknya perang pada Juli 1883. Rainilaiarivony memilih keponakan Ranavalona II yang masih berusia 22 tahun, Putri Razafindrahety, sebagai penggantinya dengan nama resmi Ranavalona III. Namun, sempat tersebar kabar burung bahwa Rainilaiarivony mungkin telah memerintahkan agar suami pertama Ranavalona III diracuni supaya ia dapat menikahi sang putri. Ranavalona III sendiri
berumur 33 tahun lebih muda daripada suaminya, dan perannya hanya bersifat upacara semata, sementara urusan-urusan penting negara tetap diatur oleh Perdana Menteri. Pada Desember 1885, upaya perundingan yang dilakukan oleh Rainilaiarivony berhasil mengakhiri Perang Prancis-Hova pertama.
Perjanjian yang dirumuskan oleh pemerintah Prancis dan Madagaskar tidak secara gamblang mendirikan protektorat Prancis di pulau tersebut, salah satunya karena keterlibatan militer Prancis dalam kampanye militer Tonkin mulai mengubah pandangan rakyat terkait dengan perluasan jajahan Prancis. Kerajaan Madagaskar bersedia membayarkan sepuluh juta franc kepada Prancis untuk menyelesaikan sengketa,
dan uang ini sebagian diperoleh dari penggalakan kebijakan "fanampoana" (kerja paksa sebagai pengganti pungutan pajak dalam bentuk uang) untuk mendulang emas di sungai. Selain itu, Rainilaiarivony juga memutuskan untuk mengambil koin emas dan perak yang bernilai $50000 dari makam Ranavalona I untuk melunasi biaya pembelian persenjataan pada masa menjelang Perang Prancis-Hova
Pertama. Beban biaya yang harus ditanggung oleh Madagaskar mengakibatkan kekosongan cadangan kas negara. Prancis berupaya memanfaatkan keadaan dengan menduduki kota pelabuhan Antsiranana dan mengangkat Le Myre de Vilers sebagai Residen Jenderal Prancis di Antananarivo, dengan menggunakan dalih yang memanfaatkan isi perjanjian yang bersifat multitafsir. Residen Jenderal diberi wewenang oleh pemerintah
Prancis untuk mengendalikan perdagangan internasional dan hubungan luar negeri di Madagaskar, meskipun wewenang monarki atas urusan dalam negeri tetap tidak dapat diganggu gugat. Rainilaiarivony menolak mengakui keabsahan penafsiran perjanjian dari sudut pandang Prancis, sehingga ia tetap mengatur hubungan luar negeri dan perdagangan internasional. Ia juga mencoba meminta bantuan dari Amerika Serikat
untuk mempertahankan kedaulatan negara, tetapi upaya ini tidak membuahkan hasil. Pada tahun 1894, pemerintah Prancis mencoba menekan Rainilaiarivony untuk menerima status Madagaskar sebagai protektorat Prancis. Namun, Rainilaiarivony malah memutus semua hubungan diplomatik dengan Prancis pada November 1894.
Prancis menanggapi tindakan pemutusan hubungan diplomatik dengan melancarkan kampanye militer yang kemudian dikenal dengan sebutan Perang Prancis-Hova Kedua. Ekspedisi tersebut berakhir sebelas bulan kemudian pada September 1895, ketika pasukan Prancis berhasil mencapai kota Antananarivo dan membombardir istana kerajaan dengan menggunakan artileri berat sampai-sampai melubangi atap tempat tinggal ratu dan menimbulkan korban
jiwa yang besar di kalangan abdi dalem yang sedang berkumpul di halaman istana. Rainilaiarivony mengirimkan seorang juru bahasa untuk membawa bendera putih sebagai tanda menyerah dan juga untuk memohon pengampunan. Empat puluh lima menit kemudian, putra sang Perdana Menteri, Radilifera, juga ikut datang untuk menyerah. Keesokan harinya, Ratu Ranavalona III menandatangani perjanjian
yang menerima status protektorat Prancis di Madagaskar. Sang ratu dan abdi-abdinya diizinkan untuk tetap berada di istana dan mengelola negara sesuai dengan perintah Prancis.
Setelah sang ratu menandatangani perjanjian, pemerintah Prancis menggulingkan Rainilaiarivony dari jabatannya sebagai Perdana Menteri dan Panglima Tertinggi. Prancis dan Ranavalona III memilih seorang Menteri Luar Negeri yang sudah tua yang bernama Rainitsimbazafy sebagai penggantinya. Prancis memerintahkan agar Rainilaiarivony diasingkan ke Aljazair Prancis, tetapi ia masih tinggal di
Antananarivo selama beberapa bulan setelah perjanjian dengan Prancis ditandatangani. Mulai dari tanggal 15 Oktober 1895, Rainilaiarivony menjadi tahanan rumah di Amboditsiry dan dijaga oleh pasukan asal Senegal. Kemudian, pada tanggal 6 Februari 1896, Rainilaiarivony yang saat itu berusia 68 tahun menaiki sebuah kapal menuju Aljir dan meninggalkan Madagaskar untuk yang pertama kalinya. Ia
ditemani oleh cucunya, Ratelifera, serta seorang penerjemah dan empat pembantu. Pada tanggal 17 Maret 1896, kapal yang ditumpangi oleh sang mantan Perdana Menteri merapat di pelabuhan Aljir. Di kota inilah ia akan menjalani sisa masa hidupnya.
Pemerintah Prancis menempatkan Rainilaiarivony di kawasan Géryville, salah satu bagian kota Aljir yang terbengkalai. Seorang pelayan dan pengawal Prancis bernama Joseph Vasse ditugaskan untuk mengawasinya. Vasse kemudian mendokumentasikan kepribadian dan kegiatan Rainilaiarivony pada masa pengasingannya. Vasse menggambarkan sang mantan Perdana Menteri sebagai orang yang memiliki spontanitas yang besar,
keramahan yang tulus, dan keterbukaan hati, tetapi juga dapat mengalami perubahan suasana hati yang cepat, mudah tersinggung, dan memiliki kecenderungan untuk banyak meminta, terutama terkait dengan pakaiannya. Kecerdasan, kebijaksanaan, dan kemampuannya dalam memimpin membuatnya dikagumi oleh orang-orang yang mengenalnya, termasuk Le Myre des Vilers, yang
menyebutnya sebagai seorang musuh sekaligus teman. Setelah mendengar kabar tentang kehidupan Rainilaiarivony di Aljir, Le Myre de Vilers secara pribadi melobi pemerintah Prancis untuk menyediakan tempat tinggal yang lebih baik. Kemudian Vasse menemukan rumah baru untuk sang mantan Perdana Menteri di daerah perumahan yang elok bernama "Villa des Fleurs" di kawasan Mustapha Supérieur yang merupakan
kawasan elit. Di situ ia bertetangga dengan kediaman mantan raja Annam Ham Nghi yang juga diasingkan dari tanah airnya.
Keindahan tempat tinggal barunya dan sambutan hangat yang diterimanya di Aljazair membuat Rainilaiarivony senang. Ia kemudian memperoleh nama baik di kalangan elit setempat, yang menganggapnya sebagai sosok yang baik, cerdas, murah hati, dan menawan. Gubernur Jenderal Aljazair Prancis secara berkala mengundangnya untuk hadir dalam acara diplomatik dan sosial, dan
dalam acara semacam itu Rainilaiarivony menari dengan penuh semangat seperti seorang pria yang jauh lebih muda. Ketika sedang tidak disibukkan oleh kegiatan-kegiatan sosialnya yang bermacam-macam, Rainilaiarivony rajin membaca koran dan menjalin hubungan surat-menyurat dengan kenalannya di Madagaskar. Pada saat pemberontakan "menalamba" meletus di Madagaskar, ia menulis
sebuah surat yang diterbitkan di sebuah surat kabar Madagaskar pada tanggal 5 Juli 1896 yang mengutuk para pemberontak sebagai orang-orang yang tidak tahu diuntung. Acara terakhirnya di Aljir adalah acara kembang api Hari Bastille pada tanggal 14 Juli 1896. Saat ia sedang berjalan untuk bergabung dengan penonton yang lain di pestanya, ia disambut dengan sorak-sorai dan seruan ""Vive le Ministre!"" ("Hidup Menteri!").
Panas yang begitu terik selama perayaan Hari Bastille membuat sang Perdana Menteri kelelahan. Pada sore harinya, ia mengalami demam, dan kemudian ia susah tidur dan terganggu oleh mimpi ketika ia melihat mantan ratu Rasoherina berdiri di samping tempat tidurnya dan berkata, "Atas nama saudaramu, Rainivoninahitriniony, bersiaplah." Salah satu hamba