Assassin's Creed
untuk para Templar. Ezio, bersama ibu dan adik perempuannya mengungsi ke vila Monteriggioni yang dimiliki oleh pamannya yaitu Mario Auditore, yang membantu melatih Ezio untuk menjadi Assassin. Ezio dan Mario menemukan fakta bahwa Rodrigo Borgia adalah pemimpin dari beberapa Templar yang semuanya bertanggung jawab atas eksekusi keluarganya, dan dengan bantuan dari
kawannya seperti Leonardo da Vinci, secara metodis membunuh beberapa Templar berpangkat rendah, sekaligus mengetahui bahwa Borgia telah merebut Piece of Eden yang disebut Apple of Eden. Pada suatu waktu, Ezio menghadapi Borgia, yang memegang Piece of Eden dan kabur; Ezio dimasukkan ke dalam pangkat Persaudaraan dan dipercaya menjadi utusan berdasarkan naskah kuno yang mereka percayai. Satu dekade
kemudian, Persaudaraan mengetahui bahwa Borgia telah menjadi Paus Alexander VI, menggunakan pengaruh gereja untuk memperkuat Templar. Ezio menginvasi Kota Vatikan dan menghadapi Borgia, mengetahui bahwa staf Kepausan juga merupakan Piece of Eden. Setelah mengalahkan Borgia tetapi membiarkannya hidup, Ezio menggunakan Apple of Eden dan staf Kepausan untuk mengungkap teknologi ruang kuno. Di
dalam ruangan tersebut, dia didatangi oleh hologram dari perempuan humanoid yang menyebut dirinya Minerva yang berbicara langsung kepada Desmond melalui Ezio. Minerva menjelaskan bahwa masyarakatnya memiliki peradaban kuno, tetapi bencana besar hampir menyapu bersih peradaban tersebut, dan memperingatkan bahwa peristiwa berikutnya akan segera terjadi, menaruh
takdir umat manusia di tangan Desmond. Atas penemuan tersebut, Desmond dan teman-temannya mengetahui bahwa rumah aman mereka telah dikepung oleh Abstergo dan kemudian melarikan diri dari tempat tersebut.
Seperti halnya pada permainan pertama, Assassin's Creed II berlatar pada pembuatan ulang sejarah dari Venesia, Florence, Forl, San Gimignano, dan daerah Toscana, serta memadukan peristiwa yang terjadi pada masa itu sebagai bagian dari cerita. Misi dibagi ke dalam misi cerita utama, yang terbagi ke dalam urutan memori yang menggambarkan peristiwa-peristiwa penting di dalam kehidupan Ezio,
dan misi sampingan yang dapat diselesaikan setiap saat; pendekatan pada struktur misi dipertahankan dalam permainan lain dari seri ini. Vila Monteriggioni menyediakan beberapa fungsi yang dapat dikembangkan dengan cara membayar uang untuk peningkatan bangunan sekitar, atau membeli karya seni, senjata, dan pelindung bagi vila; sebagai balasannya, vila akan memberikan kekayaan bagi pemain
berdasarkan nilai peningkatan dan akuisisi barang tersebut. Misi tambahan termasuk mencari lokasi segel-segel Assassin rahasia, dan menemukan tanda-tanda tersembunyi yang ditinggalkan oleh "Subject 16," pengguna Animus sebelumnya, yang memberi petunjuk tentang ciri-ciri masyarakat Minerva.
Desmond dan teman-temannya berlindung di reruntuhan vila Monteriggioni, dan Desmond masuk kembali ke dalam Animus untuk melanjutkan memori Ezio, terutama untuk mengidentifikasi lokasi Apple of Eden. Setelah menghadapi Rodrigo Borgia, Ezio kembali ke Monteriggioni, namun terjadi penyerangan yang di lakukan oleh Cesare Borgia, anak dari Rodrigo. Mario (paman Ezio) terbunuh dan Apple of Eden direbut
kembali. Ezio bersumpah untuk membalas dendam dengan membantu membebaskan rakyat Roma dari pengaruh keluarga Borgia. Saat Ezio diam-diam mengubah penduduk kota menjadi penentang keluarga Borgia, dia memperoleh pengikut yang ingin bergabung di dalam perjuangannya, dan Ezio melatih mereka menjadi Assassin. Dalam usaha membunuh Cesare dan Rodrigo di Castel Sant'Angelo, Ezio justru
menyaksikan Cesare memaksa ayahnya untuk memakan apel beracun yang sudah dia siapkan untuk membunuh anaknya. Ezio mengejar Cesare dan pada akhirnya Ezio berhasil menangkapnya dan mendapatkan kembali Apple of Eden. Cesare dipenjara di Viana, Spanyol tetapi berusaha kabur dengan bantuan sekutunya. Para Assassin memimpin pertarungan melawan Cesare dan tentara setianya, dan kemudian Ezio
membunuh Cesare dengan melemparnya dari atas dinding benteng. Tanpa adanya ancaman, Ezio menyembunyikan Apple of Eden di Colosseum. Di masa kini, Desmond mampu menjelajahi ruang-ruang di bawah Colosseum untuk mencari lokasi Apple of Eden. Saat mengangkatnya, Desmond disaksikan oleh sosok hologram yang lain, menyebut dirinya Juno, dan yang mengontrol Desmond untuk menikam Lucy (yang berkhianat ke Templar) sebelum Desmond jatuh pingsan.
Brotherhood memberikan banyak fitur seperti pada permainan sebelumnya meski berlatar tempat utama di Roma. Seperti halnya vila, pemain dapat menggunakan uang untuk membeli dan meingkatkan toko dan fasilitas lainnya di dalam kota sambil meningkatkan pendapatan yang dapat dikumpulkan; pemain harus menghancurkan menara Borgia yang mengontrol berbagai bagian dalam kota sebelum membelinya. Persaudaraan Assassin
diperkenalkan, dengan menyelamatkan warga dari peristiwa tertentu, pemain dapat mengundang mereka sebagai Assassin; yang dapat ditugaskan ke lokasi pinggiran di seluruh Eropa untuk mendapat pengalaman dan uang, atau dapat dipanggil untuk membantu pemain langsung ke dalam misi. Untuk pertama kalinya dalam seri ini, permainan ini mendukung permainan multi-pemain secara daring. Pemain berperan sebagai karyawan Abstergo,
yang, melalui penggunaan Animus, menggunakan memori genetik dari Templar Renaisans di berbagai mode permainan. Permainan ini merupakan permainan terakhir yang menampilkan Patrice Désilets, kreator Assassin's Creed, sebagai creative director dari seri ini.
Di dalam "inti" terkomputerisasi dari Animus, Subject 16 (Clay Kaczmarek) menjelaskan kepada Desmond yang sedang koma bahwa pikirannya harus mencapai sinkronisasi penuh bersama Altar dan Ezio, atau dia akan jatuh ke dalam kondisi demensia. Desmond melihat memori Ezio yang sudah mulai menua beberapa tahun setelah cerita di Brotherhood. Ezio meneliti tentang sejarah Assassin dan
pergi ke Masyaf untuk mencari lokasi perpustakaan Altar, yang dirumorkan memiliki kekuatan besar. Para Templar juga berusaha untuk membuka perpustakaan ini, tetapi hanya bisa dibuka dengan lima kunci yang tersebar di Konstantinopel, Kesultanan Ottoman. Ezio mengetahui bahwa kota Konstantinopel sedang berada dalam perseteruan antara Selim dan Ahmet yang memperebutkan jabatan sultan.
Ezio dibantu oleh Sofia Sartor; dimana keduanya kemudian jatuh cinta. Ahmet belakangan diketahui sebagai Templar, dan dibunuh oleh Selim setelah bertarung melawan Ezio. Ezio menggunakan kunci yang diperoleh tersebut untuk menyaksikan memori Altar sebelum dan setelah kematian Al Mualim, yang memperlihatkan kematian istri dan anak bungsu dari Altar di tengah kudeta
di antara para Assassin. Altar mengasingkan diri selama dua puluh tahun, kemudian kembali ke Masyaf untuk membunuh perampas kekuasaan dan mengambil kembali kekuasaannya. Altar menggambarkan memorinya di dalam kunci tersebut dan meminta temannya Niccol Polo untuk menyembunyikannya. Setelah itu, Ezio dan Sofia pergi ke Masyaf dan membuka perpustakaan untuk
menemukan mayat Altar dan Piece of Eden. Ezio meninggalkannya bersama peralatan assassin-nya, dan menyampaikan kepada Desmond, yang kini memahami perannya sebagai utusan baginya. Makhluk holografik yang menyebut dirinya Jupiter menjelaskan kepada Desmond (melalui Ezio) bahwa bagaimana masyarakatnya musnah akibat badai semburan matahari, dan kunci untuk menghentikan badai matahari 2012
terletak pada teknologi peradaban pertama yang disimpan di dalam ruang brangkas yang terhubung dengan ruang brankas di New York. Di dalam Animus, Clay mengorbankan dirinya untuk membantu Desmond terbangun dari koma, menyatakan bahwa memorinya selesai. Bersama Shaun, Rebecca, dan ayahnya William, Desmond berangkat ke New York untuk menyelamatkan umat manusia.