Yan Xishan
diri dari kursi kepresidenan pada Januari 1949. Meskipun Chiang telah mengundurkan diri, banyak pejabat dan jenderal tetap setia kepadanya, dan Chiang menahan lebih dari AS$200 juta, yang tidak ia biarkan untuk digunakan oleh Li untuk melawan Komunis atau untuk menstabilkan mata uang. Perebutan kekuasaan yang sedang berlangsung antara Li dan Chiang secara serius mengganggu upaya yang lebih besar untuk mempertahankan wilayah Nasionalis dari pasukan Komunis.
Yan memfokuskan usahanya untuk mengusulkan kerja sama yang lebih besar antara Li dan Chiang. Pada satu kesempatan ia menangis ketika atas permintaan Chiang, mencoba untuk meyakinkan Li untuk tidak mengundurkan diri. Ia berulang kali menggunakan contoh lepasnya Shanxi dan memperingatkan bahwa masalah Nasionalis adalah takdir, kecuali hubungan Li dan Chiang membaik. Li
akhirnya berusaha untuk membentuk pemerintahan, yang melibatkan pendukung dan penentang Chiang, dengan Yan sebagai perdana menteri. Meskipun ada upaya Yan, Chiang menolak mengizinkan Li mengakses ke sebagian kecil kekayaan yang telah dikirim Chiang ke Taiwan dan perwira-perwira yang setia kepada Chiang menolak mengikuti perintah Li, memperburuk upaya untuk mengkoordinasikan pertahanan Nasionalis dan menstabilkan mata uang.
Pada akhir tahun 1949, posisi kaum Nasionalis telah genting. Mata uang yang dikeluarkan oleh pemerintah pusat dengan cepat menurun nilainya sampai menjadi hampir tidak berharga. Pasukan militer yang setia kepada Li berusaha untuk mempertahankan Guangdong dan Guangxi, sementara mereka yang setia kepada Chiang berusaha untuk mempertahankan Sichuan. Kedua pasukan menolak untuk
saling bekerja sama, yang akhirnya mengarah ke lepasnya kedua daerah. Yan terus-menerus berusaha untuk bekerja dengan kedua belah pihak yang menyebabkan ia menjadi terasing dari Li dan Chiang, yang membenci Yan karena bekerja sama dengan kedua sisi. Komunis berhasil mengambil semua wilayah yang di daratan pada akhir tahun 1949, mengalahkan Li dan Chiang. Li pergi ke
pengasingan di A.S., sementara Yan terus menjabat sebagai Perdana menteri, di Taiwan, sampai tahun 1950, ketika Chiang melanjutkan kekuasaan presiden.
Tahun-tahun terakhir Yan diisi dengan kekecewaan dan kesedihan. Setelah mengikuti Chiang ke Taiwan ia digelari "penasihat senior" Chiang, tetapi dalam kenyataannya ia sama sekali tidak memiliki kekuasaan. Chiang mungkin sudah lama menaruh dendam pada Yan karena aktivitas-aktivitasnya untuk Li di Guangdong. Lebih dari sekali Yan meminta izin untuk pergi ke Jepang, tapi ia tidak diperbolehkan meninggalkan Taiwan.
Yan dikucilkan oleh semua pihak, kecuali segelintir pengikut, dan menghabiskan sebagian besar sisa hidupnya menulis buku-buku tentang filsafat, sejarah, dan peristiwa kontemporer, yang sering ia terjemahkan ke dalam bahasa Inggris. Perspektif filosofisnya digambarkan sebagai "utopianisme Konghucu antikomunis dan antikapitalis". Beberapa bulan sebelum Perang Korea, Yan menerbitkan sebuah
buku, Damai atau Perang Dunia, yang dalam buku itu, ia memperkirakan bahwa Korea Utara akan menyerang Korea Selatan, Korea Selatan akan dengan cepat unggul, A.S. akan campur tangan dengan mendukung Korea Selatan, Korea Utara akan terdorong mundur ke Sungai Yalu, Komunis Tiongkok akan campur tangan mendukung Korea Utara, akan terjadi kebuntuan dan Amerika akan mempertahankan kehadiran jangka panjang di Korea Selatan setelahnya. Semua peristiwa ini kemudian terjadi setelah Perang Korea.
Yan meninggal di Taiwan pada 24 Mei 1960. Ia dimakamkan di wilayah Qixingjun, Yangmingshan. Selama beberapa dekade kediaman dan makam Yan diurus oleh sejumlah kecil mantan pembantunya, yang menemaninya dari Shanxi. Pada tahun 2011, ketika pembantu terakhirnya berusia 81 tahun dan tidak mampu lagi bekerja, tanggung jawab perawatan situs diambil alih oleh Pemerintah Kota Taipei.
Feng Chongyi dan Goodman, David S. G., eds.. Lanham, Maryland: Rowman and Littlefield. 2000. ISBN0-8476-9938-2. Diakses 3 Juni 2012.
Gillin, Donald G. The Journal of Asian Studies. Vol. 19, No. 3, Mei, 1960. Diakses 23 Februari 2011. Gillin, Donald G. Warlord: Yen Hsi-shan in Shansi Province 1911-1949. Princeton, New Jersey: Princeton University Press. 1967. Gillin, Donald G. and Etter, Charles. The Journal of Asian Studies. Vol. 42, No. 3, Mei, 1983. Diakses 23 Februari 2011. Lawson, K. M. Frog in a Well. 4-08-2010. Diakses 20 Maret 2011. Lew, Christopher R. The Third Chinese Revolutionary War, 1945-1949: An Analysis of Communist Strategy and Leadership. The USA and Canada: Routelage. 2009. ISBN0-415-77730-5.
TIME Magazine. Monday, Sep. 29, 1930. Diakses 23 Februari 2011. TIME Magazine. Monday, Dec. 24, 1928. p.293. Diakses 23 Februari 2011.. TIME Magazine. May 19, 1930. Diakses 24 Februari 2011. Wang Ke-wen, ed. Modern China: An Encyclopedia of History, Culture, and Nationalism. United States of America: Wang Ke-wen. 1998. ISBN0-8153-0720-9. Diakses 4 Juni 2012.
Yang, Benjamin. The China Quarterly. No. 135, Sep., 1993. Diakses 23 Februari 2011. Zhou Zhihou. (51   ). news.chinatimes.com. China Times. May 23, 2011. Diakses 3 Juni 2011. (bahasa Tionghoa)