Penjajahan Utsmaniyah di Yunani
menetapkan Kapodistrias, yang menjadi Menteri Luar Negeri Rusia setelah meninggalkan Kepulauan Ionia, sebagai pemimpin pemberontakan tersebut. Pada 25 Maret 1821[lower-alpha 2], Uskup Ortodoks Germanos dari Patras mengumumkan perlawanan nasional.
Perlawanan simultan direncanakan di seluruh Yunani, termasuk di Makedonia, Kreta dan Siprus. Dengan keuntungan awal berupa efek kejutan, dibantu dengan inefesiensi Utsmaniyah serta perseteruan Utsmaniyah melawan Ali Pasya dari Tepelen, paskan Yunani berhasil menguasai Peloponnesos dan beberapa tempat lainnya. Beberapa tindakan pertama Yunani dilakukan terhadap para permukim Utsmaniyah
yang tak bersenjata, dengan 40% penduduk Muslim Turki dan Albania dibunuh langsung sementara sisanya melarikan diri atau diusir.
Utsmaniyah pulih dan memberikan pembalasan dengan amat keras, melakukan pembantaian terhadap penduduk Yunani di Khios dan kota-kota lainnya. Hal ini justru membuaat Utsmaniyah semakin terpojok karena memicu lebih banyak simpati di Britania dan Prancis terhadap perjuangan Yunani, walaupun pemerintah Britania dan Prancis curiga bahwa pemberontakan ini merupakan rencana Rusia untuk merebut
Yunani dan mungkin Konstantinopel dari Utsmaniyah. Bangsa Yunani sendiri kemudian tidak mampu mendirikan pemerintahan yang kuat di area yang mereka kuasai, dan malah terjebak dalam perseteruan di antara mereka sendiri. Perang tak menentu antara Yunani dan Utsmaniyah berlanjut hingga 1825 ketika Sultan mengirimkan pasukan dan armada yang kuat dari Mesir untuk menghancurleburkan Kepulauan Aigeia dan Peloponnesos.
Kekejaman yang menyertai ekspedisi tersebut, bersama dengan simpati yang ditimbulkan oleh kematian penyair dan philhellen terkemuka Lord Byron di Messolongi pada 1824, pada akhirnya menyebabkan negara-negara besar ikut campur. Pada Oktober 1827, armada Britania, Prancis dan Rusia, atas inisiatif komandan lokal, namun dengan persetujuan diam-diam dari pemerintahan, meluluhlantakkan armada Utsmaniyah dalam Pertempuran Navarino. Ini adalah momen yang menentukan dalam perang kemerdekaan.
Pada Oktober 1828, pasukan Prancis berlabuh di Peloponnesos untuk menghentikan kekejaman Utsmaniyah. Di bawah perlindungan mereka, bangsa Yunani mampu berkumpul kembali dan membentuk pemerintahan baru. Mereka kemudian bergerak maju untuk merebut sebanyak mungkin wilayah, termasuk Athena dan Thebes, sebelum negara-negara besar menetapkan gencatan senjata.
Suatu konferensi di London pada Maret 1829 mengajukan negara Yunani merdeka dengan perbatasan utara yang membentang dari Arta hingga Volos, dan hanya meliputi Euboia serta Kyklades di antara pulau-pulaunya. Pihak Yunani Yunani kecewa pada pembatasan perbatasan ini namun tidak dalam posisi untuk menolak kemauan Britania, Prancis dan Rusia, yang telah amat membantu dalam
perjuangan kemerdekaan mereka. Melalui Konvensi 11 Mei 1832, Yunani pada akhirnya diakui sebagai negara berdaulat.
Setelah Utsmaniyah akhirnya mengakui kemerdekaan Yunani, sebuah kesepakatan multinegara secara resmi ditetapkan pada 1830. Kapodistrias, yang telah menjadi kepala negara Yunani yang tak diakui sejak 1828, dibunuh oleh keluarga Mavromichalis pada Oktober 1831. Untuk mencegah eksperimen lanjutan dalam pemerintahan republik, negara-negara besar, terutama Rusia, mendesak agar Yunani menjadi sebuah monark, dan pangeran Bavaria Otto, dipilih menjadi raja pertamanya.
Situasi ekonomi sebagian besar Yunani menjadi amat buruk di bawah kekuasaan Utsmaniyah. Kehidupan menjadi beralih ke pedesaan dan termiliterisasi. Kewajiban pajak yang sangat berat dibebankan kepada penduduk Kristen, dan banyak orang Yunani yang hanya mampu bertani untuk memenuhi kebutuhan sendiri padahal pada masa sebelumnya kawasan Yunani telah sangat berkembang dan terurbanisasi.
Pengecualian untuk keadaan ini adalah di Konstantinopel dan Kepulauan Ionia yang dikuasai oleh Venesia, dimana banyak orang Yunani yang hidup sejahtera. Bangsa Yunani amat menyesalkan situasi ekonomi yang memburuk di negeri mereka selama penjajahan Utsmaniyah.
Orang Yunani diharuskan membayar pajak tanah dan pajak yang berat untuk perdagangan, pajak perdagangan ini memanfaatkan kaum kaya Yunani untuk mengisi keuangan Kesultanan. Orang Yunani, seperti orang Kristen lainnya, juga diharuskan membayar jizyah, atau pajak Islam yang harus dibayar oleh semua penduduk nonmuslim di Kesultanan, sedangkan penduduk Muslim harus membayar zakat yang
merupakan bagian dari rukun Islam. Kegagalan membayar jizyah dapat menyebabkan hilangnya janji perlindungan terhadap kehidupan dan harta benda orang Kristen, akibatnya orang tersebut dihadapkan pada beberapa pilihan, perpindahan agama, perbudakan atua kematian. Seperti di tempat-tempat lainnya di Utsmaniyah, orang Yunani harus selalu membawa surat resmi yang menunjukkan pembayaran jizyah mereka kemanapun, jika tidak, mereka dapat dipenjara.
Ketika Utsmaniyah mengalami kemunduran sekitar 1600-an, posisi tuan tanah Utsmaniyah, yang sebelumnya ditunjuk langsung oleh Sultan, menjadi jabatan turun-temurun (chiflik), yang dapat dijual atau diwariskan kepada ahli waris. Kelas baru tuan tanah Utsmaniyah menurunkan status para petani Yunani yang awalnya bebas menjadi serf ("budak"), menyebabkan kemiskinan dan pengurangan
populasi yang semakin parah, dengan orang-orang melarikan diri ke pegunungan agar terbebas dari kemiskinan. Sebagian besar kota Athena menjadi desa yang tidak terurus, penduduk petani Yunaninya amat miskin dan terisolasi, tidak diizinkan mendekati kawasan Akropolis dimana orang-orang Turk yang kaya raya menetap.
Diplomat dan philhellen Prancis François-René de Chateaubriand, setelah kunjungannya ke Sounion pada 1806, menuliskan kesannya, "Di sekitarku terdapat makam, kesunyian, bencana, kematian dan beberapa pelaut Yunani tidur tak terurus di reruntuhan Yunani. Aku mengabaikan tempat dewata itu selamanya, kepalaku terisi oleh keagungannya pada masa lalu dan kejatuhannya pada masa kini." Meskipun
demikian, selama abad ke-17, keseluruhan populasi Yunani bertambah dengan kembalinya sejumlah orang Yunani dari pegunungan.
Pada abad ke-17 dan 18, posisi orang Yunani yang terdidik dan berwawasan menjadi amat meningkat karena Utsmaniyah semakin menyadari keterbelakangannya yang semakin jauh dibanding negara-negara Eropa, maka Utsmaniyah pun merekrut semakin banyak orang Yunani yang memiliki keahlian administrasi, teknis, dan keuangan yang tidak dimiliki oleh Utsmaniyah.
Sebagian besar orang Yunani tidak harus bertugas dalam pasukan Sultan, namun anak-anak lelaki sering diambil dan diislamkan untuk kemudian dimasukkan ke dalam militer Utsmaniyah. Selain itu, para anak gadis juga diambil untuk dijadikan odalisk (pelayan wanita atau selir) di harem Sultan.
Praktik ini disebut "upeti anak" (devsyirmeh) (dalam bahasa Yunani disebut  (paidomazoma, bermakna "pengumpulan anak"), dimana tiap komunitas Kristen diwajibkan mengirimkan satu dari lima anak lelaki untuk dijadikan Muslim dan dimasukkan ke dalam korps Yanisari, kesatuan elite dalam pasukan Utsmaniyah. Terjadi banyak perlawanan terhadap kewajiban ini, cerita rakyat
Yunani mengisahkan tentang para ibu yang membuat putra-putranya cacat agar mereka tidak diambil. Meskipun demikian, dengan menjadi Muslim dan masuk ke dalam Yanisari, seseorang dapat memperoleh kesempatan untuk meraih jabatan tinggi seperti gubernur atau bahkan Wazir Agung. Salah satu contohnya adalah Pargali Ibrahim Pasya, putra seorang petani Yunani dari Parga, yang menjadi salah seorang
penasehat paling terpercaya bagi Sultan Suleyman serta menjadi seorang jenderal lapangan dan negerawan dengan istananya sendiri. Beberapa proses perekrutan terkadang berlangsung secara sukarela karena ada orang tua yang ingin anak-anaknya masuk ke dalam Yanisari untuk memastikan mereka memiliki karier yang sukses serta hidup yang sejahtera.