Pangeran Arya Jepara
III. Penguasa yang terakhir ini adalah penguasa Mataram yang terakhir sebab setelah itu Jepara menjadi wilayah Belanda. Namun pada masa transisi, Belanda masih tetap memakai Adipati Citro Sumo III. Ia kemudian digantikan oleh Citro Sumo IV, Citro Sumo V, dan Adipati Citro Sumo VI
Ketika Sultan Maulana Yusuf sakit keras, datanglah Pangeran Arya Jepara dengan membawa pasukan besar ke Banten dengan maksud untuk menjeguk. Pangeran Arya Jepara dengan pasukannya yang dipimpin oleh Ki Demang Laksamana, kemudian ditempatkan di Pagebangan di luar tembok batas kota. Pangeran Arya Jepara adalah saudara ipar dari Maulana Yusuf yang sewaktu masih kecil pendidikannya diserahkan
kepada bibinya Ratu Kalinyamat di Jepara. Mendengarwafatnya Maulana Yusuf yang kemudian digantikan Pangeran Muhammad yang masih kecil itu, timbullah niat Pangeran Arya untuk menjadi pengganti Raja Banten. Keinginan ini mendapat sambutan baik dari Patih Mangkubumi yang semenjak Sultan sakit memegang kendali pemerintahan. Melihat keadaan demikian, Kadhi (hakim), Senapati Pontang, Dipati
Jayanegara, Ki Waduaji dan Ki Wijamanggala yang ditunjuk sebagai Wali Sultan, mengirim surat kepada Mangkubumi supaya Mangkubumi tetap setia kepada raja yang baru saja mangkat.
Sindiran halus ini dapat dipahami oleh Mangkubumi, sehingga diadakanlah rapat di antara pembesar-pembesar istana tanpa diketahui Pangeran Arya Japara. Akhirnya disetujuilah usul supaya Pangeran Muhammad tetap diangkat menjadi Raja, sedangkan roda pemerintahan untuk sementara tetap ditangani oleh Patih Mangkubumi sampai Putra Mahkota dewasa. Diaturlah cara menyampaian berita itu
kepada Pangeran Japara agar tidak terjadi pertumpahan darah di antara para saudara sepupu yang akan menambah kedukaan rakyat Banten. Mangkubumi pergi dengan membawa seekor gajah kerajaan menemui Pangeran Arya Japara di luar kota, dan minta supaya Pangeran menaiki gajah tersebut dengan memakai pakaian kebesaran lengkap ke keraton, seolah-olah memang usul Pangeran Japara diterima rakyat.
Dengan diapit oleh Mangkubumi dan Ki Demang Laksamana, Pangeran Japara dan pasukannya beriringan pergi ke keraton. Sampai di tepi sungai di luar tembok benteng keraton, sebelum darpalagi, Mangkubumi memberi aba-aba untuk berhenti. Di seberang sungai, di bawah atap srimanganti, yaitu gerbang di luar istana, sudah menanti Putra Mahkota yang duduk dalam pangkuan Kadhi dikelilingi para
ponggawa dan para menteri kerajaan dengan pasukan Banten yang cukup kuat. Selanjutnya, Mangkubumi menyeberangi sungai sendirian, untuk kemudian menyiagakan pasukan Banten supaya waspada apabila terjadi yang tidak dikehendaki.
Setelah persiapan beres, Mangkubumi kembali menemui Pangeran Arya Jepara, dan mengatakan bahwa ia diperintahkan Putra Mahkota untuk menghalang-halangi Pangeran Jepara dan rombongan menyeberangi sungai, dan dengan segala hormat minta supaya Pangeran segera meninggalkan Banten dengan kapal-kapal yang telah disediakan. Mengetahui muslihat Mangkubumi itu, marahlah Pangeran Jepara dan memerintahkan
pasukannya untuk menyerbu keraton. Maka terjadilah pertempuran hebat di luar benteng istana. Dalam pertempuran itu Ki Demang Laksamana tewas di tangan Mangkubumi sehingga akhirnya pasukan Pangeran Arya Japara melarikan diri kembali ke Jepara. Setelah kejadian tersebut dinobatkanlah Pangeran Muhammad menjadi Raja Banten ke-3 dengan gelar Kanjeng Ratu Banten Surosowan. Kadhi menyerahkan perwaliannya kepada Mangkubumi.
Ratu Kalinyamat tidak mempunyai anak oleh itu kemenakannya, yang dijadikan anak angkat, bernama Pangeran Jepara (anak Sultan Maulana Yusuf dari Kesultanan Banten), menggantikannya sebagai penguasa Jepara. Pangeran, yang diberitakan pernah berusaha menduduki tahta Banten dan berhasil menduduki Bawean ini, berkuasa sampai tahun 1599. Kekuasaannya berakhir karena pasukan Panembahan
Senopati dari Mataram datang menyerbu Jepara ketika Pangeran Arya Jepara sedang di Banten karena adik iparnya Maulana Yusuf wafat. Jepara diduduki dan kota Kalinyamat dihancurkan. Tidak ada kabar mengenai nasib keluarga penguasa dan orang-orang penting Jepara waktu itu. Sejak saat itu pula Jepara dipimpin oleh pejabat setingkat bupati yang ditunjuk oleh Kesultanan Mataram.
Dalam catatan Silsilah Walisongo lan Babad Demak Bintoro di Makhtab Walisongo, Demak, Jawa Tengah "Nasab silsilah Kesultanan Banten Nasab silsilah Kesultanan Cirebon Nasab silsilah Kesultanan Demak Sejarah kota-kota lama Jawa Barat Negarakerthabumi Parwa I Sargha II Berita-berita sumber Eropa abad ke-15 dan k"-16: Barros, Hendrik de Lame van Naerssen, Frits Herman, R. C. de
Iongh, The economic and administrative history of early Indonesia, Brill, 1977 Pires, Tomé, Suma Oriental Ricklefs, M. C., A History of Modern Indonesia since c. 1200, Palgrave MacMillan, New York, 2008 (terbitan ke-4), ISBN 978-0-230-54686-8