Kebebasan beragama di Indonesia
pemerintahan kolonial setelahnya, serta pemberlakuan "Cultuurstelsel" pada tahun 1830, memungkinkan kelompok minoritas seperti guru-guru agama memiliki tanah yang luas dan menjadi independen sehingga diperkirakan menjadi penyebab utama islamisasi di Jawa secara berkelanjutan. Selain itu, pembangunan jaringan jalan memungkinkan lebih banyak kaum intelektual muslim dari Arab untuk datang
atau intelektual lokal untuk belajar ke luar Jawa. Misalnya Ahmad Rifa'i (1786-1875) yang belajar ke Mekkah dan membawa pulang Mazhab Syafi'i.
Antara paska-Perang Diponegoro (1830an) hingga reformasi Islam (1870an), lahir beberapa karya sastra "anti-islam" seperti Babad Kediri, Suluk Gatoloco, dan Serat Darmagandhul yang diperkirakan ditulis oleh kalangan priayi yang tidak puas terhadap aktivitas islamisasi di Pulau Jawa, atau menurut Phillipus van Akkeren adalah reaksi terhadap kegagalan politik Islami Pangeran Diponegoro. Hal ini
berujung pada pelarangan publikasi Suluk Gatholoco berdasarkan UU No 4/PNPS/1963 karena isinya anti-Islam dan porno. Di lain pihak, beberapa kalangan menganggap isi suluk sebenarnya bukan anti-Islam melainkan sebagai "pengingat" karena pada masa tersebut banyak orang yang mengagungkan Syariat Islam.
Pergesekan cara pandang golongan putihan dan abangan masih terjadi hingga masa sekarang. Selepas periode Reformasi, gerakan Islam militan seperti Front Pembela Islam, Hizbut Tahrir Indonesia, Laskar Jihad, dan Jamaah Islamiyah semakin aktif dalam menuntut penerapan syariah bahkan menggelar aksi kekerasan di ruang publik. Aliran-aliran baru seperti Salafi, Wahabi, Majelis Tafsir Al Quran (MTA), Hizbut
Tahrir (HTI), dan Lembaga Dakwah Islam Indonesia (LDII) menganggap akidah amaliah NU seperti tahlilan, yasinan, dan shalawatan adalah perbuatan bidaah yang haram. Hal tersebut menjadi perhatian Nahdlatul Ulama, yang sekalipun tergolong Islam putihan, akhirnya mengemukakan istilah Islam Nusantara yang sesuai dengan budaya Indonesia.
Meskipun memperoleh dukungan dari presiden ke-7 Indonesia, banyak pihak yang menolak pelabelan "Nusantara" terhadap Islam. Azhar Ibrahim dari Universitas Nasional Singapura memandang Islam Nusantara bisa menjadi teladan bagi negara-negara muslim lain yang sebagian besar mengalami konflik. Islam Nusantara yang memiliki ciri khas Islam Indonesia diklaim mengedepankan nilai-nilai toleransi yang bertolak belakang dengan "Islam Arab".
Menjelang kemerdekaan Indonesia, elit politik di Indonesia terbagi menjadi kelompok yang menginginkan Indonesia menjadi negara Islam dan kelompok nasionalis (terdiri atas Islam sekuler, komunis, dan Kristiani). Pada sidang BPUPKI tanggal 1 Juni 1945, Ir. Soekarno menyampaikan pidato Lahirnya Pancasila yang ditindaklanjuti dengan dibentuknya Panitia Sembilan untuk merumuskan Pancasila sebagai dasar negara Indonesia. Terjadi
perdebatan antara kelompok Nasionalis dan kelompok Islam mengenai sila pertama sehingga dibentuk Panitia 94. Akhirnya, tanggal 22 Juni 1945 diperoleh persetujuan berupa Piagam Jakarta yang memenangkan kelompok Islam. Hal tersebut tidak mengakhiri keberatan-keberatan yang diajukan oleh kelompok Kristen (seperti Johannes Latuharhary), kelompok Islam berpendidikan Barat (seperti Hussein Jayadiningrat), dan
kelompok abangan/Kejawen (seperti Wongsonegoro), tetapi baru pada tanggal 18 Agustus 1945 ketujuh kata pada Piagam Jakarta dihilangkan akibat tuntutan Umat Kristen di Indonesia Timur. Hal tersebut menjadi salah satu titik ketegangan hubungan antara Islam dan Kristen. Hal tersebut juga menyebabkan timbulnya pemberontakan Sekarmadji Maridjan Kartosoewirjo (1949) yang memproklamasikan Negara Islam Indonesia, dan
memperoleh dukungan dari Abdul Kahar Muzakkar dan Daud Beureu'eh. Permasalahan ini juga kembali diangkat oleh Front Pembela Islam melalui Muhammad Rizieq Shihab (1 Juni 2016) yang menuntut Pemerintah Indonesia "kembali pada Pancasila dan UUD 1945 yang asli dan dijiwai Piagam Jakarta".
Pada masa demokrasi liberal tahun 1950an, Muhammadiyah melalui Masyumi berupaya menjalin kerja sama dengan kelompok Islam tradisional dan Nasrani. Namun, insiden pada tahun 1952 menjadi titik kritis perpecahan kelompok Islam modern dan tradisional. Sementara itu, Persis menepatkan diri di tengah-tengah konflik antara Islam-Nasrani, Islam-PKI, dan Islam tradisional-reformis. Setelah perpecahan pada tahun 1952, NU
mengambil sikap oposisi terhadap Masyumi sementara masih bersikap kerja sama dengan Nasrani dan komunis. Persis beranggapan bahwa universitas-universitas Islam di Indonesia masih terlalu liberal sehingga mereka mengirim siswa ke Mesir, Libya, Saudi Arabia, dan Pakistan serta bergabung dalam gerakan muslim global dalam melawan kristenisasi.
Setelah Pemilu 1955, Konstituante dibentuk untuk menghasilkan UUD baru yang menggantikan UUDS 1950, keinginan pembentukan negara Islam kembali mencuat. Hal tersebut menyebabkan Konstituante gagal dalam tugasnya sehingga Presiden Soekarno mengeluarkan Dekret Presiden 5 Juli 1959 yang membubarkan Konstituante dan kembalinya UUD 1945 sebagai konstitusi negara.
Jatuhnya komunis di Indonesia menyebabkan konflik Islam-Kristiani semakin memanas, yang beberapa kali meletus menjadi konflik terbuka. Alwi Shihab memperkirakan sekitar dua juta umat muslim abangan berpindah agama ke Kristen dan Katolik untuk menghindari pembataian massal terhadap orang komunis. Pertambahan umat Nasrani tersebut dianggap sebagai proses kristenisasi. Pada tahun 1967, pergesekan
terjadi akibat sebuah gereja dibangun di Meulaboh yang masyarakatnya tidak ada yang beragama Nasrani. Hingga tahun 1970an, akibat aktivitas misionaris Katolik dalam bentuk pendidikan dan kesehatan, Suara Muhammadiyah banyak memberikan kritik dan serangan terhadap Katolik, antara lain mengenai praktik selibat yang dilakukan oleh rohaniwan Katolik (September 1971), diskriminasi yang dilakukan umat
Katolik di Filipina (Oktober 1971), dan proses kristenisasi di Indonesia (1974). Muhammadiyah, Persis, dan Dewan Da'wah Islamiyah Indonesia (DDII) menjalin hubungan dengan organisasi internasional seperti Organisasi Konferensi Islam dan Rabit'at al-Alam al-Islami, untuk menghambat bahaya kristenisasi.
Selama Orde Baru, agama menjadi alat kontrol stabilitas politik. Jumlah tempat ibadah yang dibangun sangat banyak, tetapi jumlah kasus penutupan, pengrusakan, dan pembakaran rumah ibadah juga meningkat pesat. Pada tahun 1945-1964 tecatat 2 gereja mengalami pengrusakan, sementara periode tahun 1955-1999 meningkat menjadi 55 buah masjid dan 609 gereja (lebih dari 50% terjadi selama
tahun 1995-1999). Berbagai penyelesaian konflik dilakukan secara tertutup dan diakhiri dengan kompromi tanpa proses hukum. Menurut Pdt. Weinata Sairin (2002), kasus pengrusakan gereja yang diselesaikan secara hukum hanya terjadi pada kasus pembakaran GKJ Batang (1995).
Pada periode ini, konflik antara Islam dan Kristen terus terjadi. Untuk menyelesaikan konflik, musyawarah antar-agama pertama kali diprakarsai oleh Menag Muhammad Dahlan di Jakarta pada tanggal 30 November 1967. Musyawarah ini gagal karena perwakilan Kristen memprotes masalah pembatasan dakwah sementara perwakilan Islam menolak melakukan dialog. Akhirnya, pada periode Mukti Ali sebagai Menag (1971-1978), dialog antar-agama berhasil
dijembatani, meskipun masalah kristenisasi berulang kali diangkat kembali dalam berbagai aspek politik dan sosial.
Disamping konflik antara Islam dan Kristen, peran pemerintah Orde Baru dalam menekan ekstrimis melalui tangan militer juga membawa korban dan intoleransi pada pihak Islam. Selain itu, pergesekan antara kelompok Islam konservatif dan Islam moderat juga terjadi dan saling menjatuhkan, misalnya penggusuran masjid milik minoritas Muhammadiyah (1993) yang dianggap melakukan dakwah di Lamongan.