Konflik Mali Utara
Pagi berikutnya, Kapten Amadou Sanogo, pemimpin Komite Nasional untuk Pemulihan Demokrasi dan Negara (CNRDR), tampil di televisi dimana ia mengumumkan bahwa junta telah menangguhkan konstitusi Mali dan mengambil alih kendali negara. Para pemberontak menyebut bahwa kegagalan Touré dalam penanganan pemberontakan dan kurangnya peralatan untuk tentara Mali sebagai alasan untuk memberontak. CNRDR
akan bertindak sebagai sebuah penguasa sementara sampai kekuasaan bisa dikembalikan ke pemerintahan baru yang dipilih secara demokratis.
Kudeta ini dikutuk oleh komunitas internasional, termasuk oleh Dewan Keamanan Perserikatan bangsa-Bangsa, Uni Afrika, dan Economic Community of West African States (ECOWAS), yang diumumkan pada 29 Maret itu menyatakan bahwa CNRDR memiliki 72 jam untuk melepaskan kontrol sebelum perbatasan Mali akan ditutup oleh negara tetangga, aset-aset negara akan dibekukan oleh Uni Ekonomi dan Moneter Afrika Barat, dan individu
dalam CNRDR akan menerima pembekuan aset dan larangan perjalanan. ECOWAS dan Uni Afrika juga akan menangguhkan keanggotaan Mali. AS, Bank Dunia, dan Bank Pengembangan Afrika menangguhkan tambahan bantuan dana untuk mendukung ECOWAS dan Uni Afrika sebagai reaksi atas kudeta tersebut.
Presiden Pantai Gading Alassane Ouattara, yang merupakan ketua ECOWAS, mengatakan bahwa ketika pemerintah sipil telah dipulihkan, maka ECOWAS dengan 2000 tentara bisa bergerak melawan pemberontakan. Presiden Burkina Faso Blaise Compaore ditunjuk sebagai mediator oleh ECOWAS untuk mengatasi krisis. Sebuah kesepakatan dicapai antara junta dan ECOWAS pada tanggal 6 April, dimana Sanogo dan
Touré akan mengundurkan diri, sanksi akan dicabut, para pemberontak akan diberikan amnesti, dan kekuasaan akan diserahkan kepada pemimpin Majelis Nasional Mali Diouncounda Traoré. Setelah pengangkatannya, Traoré berjanji untuk berperang tanpa henti pada pemberontak Tuareg kecuali mereka melepaskan kendali kota di wilayah utara Mali.
Selama ketidakpastian setelah kudeta, para pemberontak melancarkan sebuah serangan dengan tujuan dari menguasai beberapa kota dan kamp-kamp tentara ditinggalkan oleh tentara Mali. Meskipun serangan tersebut melibatkan kelompok MNLA dan Ansar Dine, menurut Jeremy Keenan dari University of London's School of Oriental dan African Studi, kontribusi kelompok Ansar Dine untuk bidang militer adalah sedikit: "Apa yang tampaknya
terjadi adalah bahwa ketika mereka masuk ke kota, MNLA mengambil alih pangkalan militer- dimana tidak ada banyak perlawanan- dan Iyad [ag Aghaly] pergi ke kota dan memasang bendera dan mulai berceramah tentang hukum syariah."
Pada tanggal 30 Maret 2012, pemberontak merebut kendali Kidal, ibukota dari Wilayah Kidal, serta Ansongo dan Bourem di Wilayah Gao. Pada tanggal 31 Maret, Gao jatuh ke pemberontak, dan bendera kelompok MNLA dan Ansar Dine muncul di kota ini. Pada hari berikutnya, pemberontak menyerang Timbuktu, kota besar terakhir yang masih dikuasai oleh pemerintah; dengan sedikit pertempuran.
kecepatan dan kemudahan pemberontak dalam mengambil kontrol atas wilayah utara ini disebabkan oleh kebingungan yang terjadi karena kudeta militer.
Pada tanggal 6 April 2012, setelah menyatakan bahwa mereka sudah mengamankan semua wilayah yang diinginkan, MNLA menyatakan kemerdekaan dari Mali. Namun, deklarasi tersebut ditolak sebagai hal yang tidak sah oleh Uni Afrika dan Uni Eropa.
Setelah penarikan mundur pasukan pemerintah Mali dari daerah konflik, para mantan sekutu ini, Ansar Dine, MOJWA, dan MNLA segera bertempur antar kelompok mereka sendiri.
Pada tanggal 5 April 2012, kelompok muslim, mungkin dari AQIM atau MOJWA, memasuki konsulat Aljazair di Gao dan mengambil sandera. MNLA berhasil dalam negosiasi untuk melepaskan sandera tanpa kekerasan, dan salah satu komandan MNLA mengatakan bahwa gerakan ini telah memutuskan untuk melucuti kelompok-kelompok bersenjata lain. Pada tanggal 8 April, sebagian besar
milisi Arab menyebut kelompoknya sebagai Front Pembebasan Nasional Azawad (FNLA) mengumumkan niatnya untuk menentang kekuasaan Tuareg, melawan MNLA, dan "mengembalikan perdamaian dan kegiatan ekonomi"; kelompok ini mengklaim terdiri dari 500 pejuang.
MNLA melawan pengunjuk rasa di Gao pada tanggal 14 Mei, dilaporkan melukai empat orang dan membunuh satu orang. Pada tanggal 6 Juni, penduduk kota Kidal protes terhadap pemaksaan hukum syariah di kota tersebut dan menyatakan dukungan kepada MNLA, yang kemudian dibubarkan secara paksa oleh anggota kelompok Ansar Dine. Pada malam tanggal 8 Juni, MNLA dan kelompok Ansar Dine
bertarung melawan satu sama lain di dalam kota dengan menggunakan senjata otomatis, dengan dua korban mati di pertempuran tersebut.
Pada awal Juni, Presiden Nigeria Mahamadou Issoufou menyatakan bahwa pejuang Afghanistan dan Pakistan melatih pasukan pemberontak Azawad.
Mali pertama kali menang pada gelaran kejuaraan sepak bola Piala Afrika 2013 pada tanggal 20 januari 2013 dengan menang 1-0 di Niger. Setelah mencetak satu-satunya gol, Seydou Keita menampilkan T-shirt dengan tanda damai tersemat dalam kaos tersebut. Sejumlah musisi dari Mali datang bersama-sama untuk merekam lagu "Mali-ko" (yang berarti damai) dan merilis video "Suara Bersatu untuk
Mali-'Mali-ko"' pada awal 2013 sesaat setelah konflik berlangsung di negeri ini. Kolaborasi ini diikuti musisi terkenal Mali, termasuk Oumou Sangaré, Vieux Farka Touré, dan Amadou dan Mariam.