Perang agama Eropa
Umum Gereja mengeluarkan keputusannya, akan tetapi berbagai unsur Protestan menolak interim ini, dan perang Schmalkaldis kedua pun meletus pada 1552.
Perjanjian Damai Augsburg (1555), ditandatangani oleh Karl V, Kaisar Romawi Suci, mengukuhkan keputusan Sidang Umum Speyer tahun 1526 dan mengakhiri kekerasan antara kaum Lutheran dan Katolik di Jerman. Perjanjian ini berisi pernyataan bahwa:
Ketegangan-ketegangan antaragama masih tetap tinggi sepanjang paruh kedua abad ke-16. Perjanjian Damai Augsburg mulai dilanggar ketika beberapa uskup yang sudah beralih ke mazhab Protestan menolak untuk melepas wilayah keuskupannya. Perang Köln yang berlangsung sejak 1582 sampai 1583 terjadi karena uskup agung pangeran kota itu tidak bersedia turun takhta sekalipun telah
menjadi pengikut mazhab Kalvinis. Ketegangan-ketegangan antaragama juga meletus menjadi tindak kekerasan di kota swapraja Donauwörth di Jerman pada 1606, tatkala warga mayoritas Lutheran menghalang-halangi arak-arakan keagamaan yang diselenggarakan oleh warga Katolik sehingga menyulut kerusuhan. Peristiwa ini memaksa Adipati Maximilian dari Bayern untuk turun tangan membela umat Katolik.
Pada akhir abad ke-16, sebagian besar praja-praja di sepanjang Rhein dan di kawasan selatan Jerman tetap Katolik, sementara kaum Lutheran mendominasi kawasan utara, dan kaum Kalvinis mendominasi kawasan barat Jerman Tengah, Swiss, dan Belanda. Praja-praja Kalvinis membentuk Liga Serikat Injili pada 1608.
Pada 1617, Jerman benar-benar sudah terpecah-belah, dan sudah nyata bagi semua orang bahwa Matthias, Kaisar Romawi Suci merangkap Raja Bohemia, akan mangkat tanpa ahli waris. Oleh karena itu wilayah-wilayah kekuasaannya diwariskan kepada kerabat laki-laki terdekatnya, yakni sepupunya Ferdinand dari Steiermark. Ferdinand, yang dididik para Jesuit, adalah seorang penganut
Katolik yang taat. Penolakan terhadap pengangkatan Ferdinand sebagai Putra Mahkota, terutama oleh Bohemia yang bermazhab Husit, memicu terjadinya Perang Tiga Puluh Tahun pada 1618 ketika wakil-wakil Ferdinand didefenestrasi di Praha.
Perang Tiga Puluh Tahun berkobar antara 1618 sampai 1648, terutama di wilayah yang kini termasuk negara Jerman, dan melibatkan sebagian besar dari kekuatan-kekuatan utama di Eropa. Bermula sebagai sebuah konflik agama antara kaum Protestan dan Katolik di Kekaisaran Romawi Suci, perang ini perlahan-lahan membesar menjadi sebuah perang umum yang melibatkan sebagian besar Eropa, dengan
alasan-alasan yang tidak melulu berkaitan dengan agama. Perang ini menandai kesinambungan persaingan Perancis-Habsburg dalam memperebutkan kedudukan sebagai penguasa terkuat di Eropa, dan kelak menjadi penyebab timbulnya perang antara Perancis dan Spanyol. Intervensi militer yang dilakukan oleh kekuatan-kekuatan dari luar seperti Denmark dan Swedia yang memihak kaum
Protestan membuat perang semakin berlarut-larut dan semakin mengharu biru. Pada tahap-tahap akhir perang ini, Perancis yang Katolik juga ikut melakukan intervensi militer dengan berpihak pada kaum Protestan akibat kekhawatirannya terhadap peningkatan kekuatan Habsburg.
Dampak besar Perang Tiga Puluh Tahun, yang banyak memanfaatkan pasukan-pasukan angkatan darat bayaran, adalah kehancuran di seluruh wilayah yang dijarah habis-habisan oleh prajurit-prajurit pencari nafkah itu. Sejumlah bencana kelaparan dan wabah penyakit beruntun-runtun mendera populasi praja-praja Jerman, dan pada taraf yang lebih rendah juga menimpa Negeri-Negeri Dataran
Rendah dan Italia, serta mempailitkan banyak negara yang terlibat. Perang ini berakhir dengan Traktat Münster, sebagian dari keseluruhan isi Perjanjian Damai Westfalen.
Sepanjang perang, populasi Jerman susut 30% secara rata-rata. Di wilayah Brandenburg, populasi susut sampai 50%, sementara di beberapa daerah dua pertiga dari seluruh populasi tewas akibat perang. Populasi wilayah-wilayah Ceko berkurang sepertiga. Angkatan Darat Swedia saja menghancurkan 2000 puri, 18000 desa, dan 1500 kota di Jerman, yakni sepertiga dari seluruh kota di Jerman. Kerusakan parah juga menimpa
biara-biara, gereja-gereja, dan lembaga-lembaga keagamaan lainnya. Perang ini terbukti menjadi malapetaka bagi "Kekaisaran Romawi Suci" bangsa Jerman. Jerman kehilangan populasi serta wilayah, dan semenjak itu terpecah-pecah menjadi ratusan praja semimerdeka yang lemah. Pamor kekaisaran pun surut ke Austria dan wilayah-wilayah kekuasaan wangsa Habsburg.
Belanda dan Swiss menyatakan kemerdekaannya. Perjanjian Damai Westfalen melembagakan perpecahan Katolik, Lutheran, serta Kalvinis di Jerman. Rakyat Jerman pun harus beralih iman atau berpindah ke wilayah-wilayah yang dipimpin penguasa seiman.
Negeri-Negeri Dataran Rendah memiliki riwayat khusus seputar konflik agama yang berpangkal pada gerakan reformasi Kalvinis di era 1530-an. Konflik-konflik ini kelak dikenal sebagai Pemberontakan Belanda atau Perang Delapan Puluh Tahun. Berdasarkan hukum waris wangsa-wangsa Eropa, Seluruh negeri Belanda (meliputi Belanda dan Belgia sekarang ini) merupakan wilayah kekuasaan raja-raja
Spanyol. Akibat terhasut oleh dakwah-dakwah Kalvinis yang agresif di dalam dan di sekitar kota-kota niaga yang makmur di kawasan selatan Belanda, protes-protes terencana yang anti-Katolik muncul semakin sering dan dengan kekerasan yang semakin meningkat. Pada 1566, sebuah liga beranggotakan sekitar 400 bangsawan tinggi yang memendam ketidakpuasan terhadap pemerintahan
Spanyol, mengajukan petisi kepada Gubernur Spanyol Margarita dari Parma, untuk menangguhkan aksi penghakiman atas kaum Kalvinis.
Pada awal Agustus 1566, pecah kerusuhan di gedung Gereja Hondschoote di Flandria (Perancis Utara sekarang ini). Warta tentang insiden yang relatif kecil ini menyebar ke utara dan menimbulkan "Beeldenstorm", gerakan ikonoklastis kaum Kalvinis, yang menyerbu gedung-gedung Gereja dan gedung-gedung keagamaan lainnya untuk menista dan merusak patung-patung dan gambar-gambar orang kudus Katolik di seluruh negeri
Belanda. Bagi kaum Kalvinis, patung-patung ini adalah unsur dari penyembahan berhala. Jumlah para perusak-citra tampaknya relatif kecil. Limm (1989) mencatat bahwa "hanya ada segelintir kasus yang melibatkan 200 orang dalam setiap peristiwa" sekalipun di provinsi-provinsi utara, tempat peristiwa-peristiwa ikonoklastis dihadiri oleh kerumunan besar masyarakat. Sementara
itu di provinsi-provinsi selatan, menurutnya ada suatu kelompok yang relatif kecil namun terorganisasi bergerak menjelajahi kawasan itu. Spaans (1999) berpendapat bahwa ikoklasme sebenarnya direkayasa oleh para elit lokal demi kepentingan politik Pada umumnya para penguasa lokal tidak turun tangan meredam aksi vandalisme itu. Aksi-aksi ikonoklasme membuat kaum
bangsawan terpecah menjadi dua kubu, yakni Willem van Oranje bersama bangsawan-bangsawan tinggi di kubu pendukung, dan bangsawan-bangsawan lain, teristimewa Hendrik van Brederode, di kubu penentang para pelaku aksi ikonoklastis.
Pada 1568, Willem pulang untuk berupaya menyingkirkan Adipati Alba yang sangat dibenci rakyat dari Brussel. Suatu upaya terkoordinasi dilakukan oleh kaum Protestan untuk menguasai Belanda dari keempat penjuru wilayah negeri itu, dengan bala tentara angkatan darat yang dipimpin oleh saudara-saudara Willem yang menyerbu dari wilayah Jerman dan bala tentara orang-orang Perancis Huguenot yang menyerbu dari
selatan. Pertempuran Dalheim dekat Roermond pecah pada 23 April 1568 dan dimenangkan oleh kubu Spanyol, tetapi Pertempuran Heiligerlee yang pecah pada 23 Mei 1568 berakhir dengan kemenangan di pihak bala tentara pemberontak. Meskipun demikian, perang pemberontakan ini berakhir dengan kegagalan karena Willem kehabisan dana untuk membayar upah para prajurit dan sekutu-sekutunya dihancurkan oleh Adipati Alba.