Jan III Sobieski
menjadi cikal bakal dari Liga Suci, yang diprakarsai oleh Paus Inosensius XI untuk mempertahankan eksistensi dunia Kristen.
Sementara itu, pada musim semi 1683, mata-mata Polandia berhasil mendapatkan informasi mengenai persiapan perang yang sedang dilakukan oleh orang-orang Turki. Yohanes curiga perang itu menyasar dua kota Polandia, Lwów dan Kraków. Sebagai tindakan antisipasi, Yohanes mulai membentengi kota-kota itu dan memerintahkan pendaftaran tentara di seluruh wilayah persemakmuran. Pada bulan
Juli, datang utusan dari Austria meminta bantuan Polandia. Angkatan Bersenjata Polandia segera bersiap-siap untuk berperang melawan Imperium Osmanli. Pada bulan Agustus, bala tentara sekutu dari Bayern dan Sachsen datang bergabung, di bawah pimpinan Karl dari Lothringen.
Keberhasilannya yang terbesar adalah memenangkan Pertempuran Wina pada 1683 bersama bala tentara gabungan Polandia dan Jerman, melawan orang-orang Turki Osmanli di bawah pimpinan Kara Mustafa.
Ketika ia tiba di Wina, bala tentara Osmanli sudah hampir berhasil membobol tembok kota itu. Yohanes Sobieski segera memerintahkan bala tentara untuk bersiap-siap melancarkan serangan besar-besaran pada 12 September. Pada dini hari tersebut, bala tentara gabungan beranggotakan sekitar 65000-76000 prajurit (termasuk 22000-27000 prajurit Polandia) menyerbu bala tentara Turki berkekuatan sekitar 300000-350000 prajurit.
Sekitar pukul 5 petang, setelah memantau pertempuran pasukan infantri dari puncak bukit Kahlenberg, Yohanes Sobieski memimpin pasukan kavaleri husaria Polandia beserta bala tentara Austria dan Jerman dalam serangan besar-besaran di kaki bukit itu. Tak lama kemudian, barisan tempur lawan berhasil diterobos dan bala tentara Osmanli pun tercerai berai. Pada pukul 5:30 petang, Raja Yohanes Sobieski masuk ke dalam tenda panglima Osmanli yang telah ditinggalkan Kara Mustafa, dan Pertempuran Wina pun usai.
Sri Paus dan para pembesar negara asing mengelu-elukan Yohanes sebagai "Juru Selamat kota Wina dan tamadun Eropa Barat." Dalam sepucuk surat kepada istrinya, ia menulis, "Semua orang dari kalangan rakyat jelata menciumi kedua tanganku, kedua kakiku, dan pakaianku; yang lain hanya menyentuhku, sambil berkata: 'Ah, mari kita cium tangan yang gagah
perkasa ini!'" Perang melawan Imperium Osmanli masih belum berakhir. Yohanes harus kembali menghadapi bala tentara Osmanli dalam Pertempuran Párkány pada 7-9 Oktober. Setelah serangkaian kemenangan awal, orang-orang Polandia pun menyadari bahwa mereka bukanlah pasukan utama dalam bala tentara Liga Suci; keikutsertaan mereka tidak diganjari keuntungan wilayah maupun politik yang bertahan
lama. Peperangan yang berlarut-larut juga menggerogoti kedudukan Yohanes di dalam negeri Polandia. Selama empat tahun berikutnya, pasukan Polandia terus memblokade benteng-benteng penting yang dikuasai pasukan Osmanli di Kamenets, sementara pasukan Tatar Osmanli menjarahi daerah-daerah di kawasan perbatasan. Pada 1691, Yohanes kembali berperang di Moldavia dengan hasil yang sedikit lebih baik, namun tidak mampu meraih kemenangan yang paripurna.
Meskipun sebagian besar waktunya dihabiskan di medan perang, sehingga terkesan memiliki kondisi kesehatan yang prima, namun menjelang akhir hayatnya Sang Raja pun jatuh sakit, dan kondisi kesehatannya terus menurun dari hari ke hari.
Raja Yohanes III Sobieski menghembuskan nafas terakhir di Wilanów, Polandia, pada 17 Juni 1696 akibat serangan jantung mendadak. Permaisurinya, Marie Casimire Louise de La Grange d'Arquien, mangkat pada 1716 di Blois, Perancis; jenazahnya diantar kembali ke Polandia. Sang Raja dan permaisurinya disemayamkan bersama-sama di ruang bawah tanah Katedral Wawel, Kraków, Polandia. Ia digantikan oleh August II.
Yohanes Sobieski dikenang oleh rakyat Polandia sebagai seorang "raja pahlawan", sang pemenang yang berjaya mematahkan ancaman Osmanli di Wina. Citra ini kian luas tersebar setelah kisah hidupnya diriwayatkan kembali dalam banyak karya tulis abad ke-19. Dalam "Polski Sownik Biograficzny" (Kamus Biografi Polandia), ia digambarkan sebagai "sesosok pribadi yang melampaui
orang-orang sezamannya, namun tetap menjadi bagian dari mereka"; seorang oligarka dan pembesar, yang mementingkan harta dan kekuasaan pribadi. Sebagian besar ambisinya timbul berkat dorongan istrinya, yang jelas-jelas lebih ia cintai daripada takhta (ketika didesak untuk menceraikan sang istri dan menikahi mantan permaisuri sebagai syarat untuk mendapatkan
takhta, dengan serta-merta ia menolak takhta), dan yang cenderung ia turuti kata-katanya, kadang-kadang secara membabi buta.
Ia gagal mereformasi Persemakmuran Polandia-Lituania yang kian merosot, dan juga gagal mewariskan takhta Polandia kepada keturunannya. Selain memiliki kecakapan militer yang mumpuni, ia juga seorang yang berpendidikan tinggi lagi terpelajar, serta seorang pengayom ilmu pengetahuan dan seni rupa. Ia memberi dukungan untuk berkarya bagi astronom Johannes Hevelius, matematikawan Adam
Adamandy Kochaski, dan sejarawan sekaligus penyair Wespazjan Kochowski. Tempat kediamannya, Istana Wilanów, adalah istana pertama di antara sekian banyak istana yang kelak dibangun bertebaran di seantero wilayah Persemakmuran Polandia-Lituania selama dua abad kemudian.
Pada 5 Juli 1665, Yohanes menikahi janda mendiang Jan "Sobiepan" Zamoyski, Marie Casimire Louise de La Grange d'Arquien (1641-1716), yang berasal dari Nevers, Burgundia, Perancis. Anak-anak mereka adalah: