Perang agama Eropa
Raja Henri memutuskan untuk menyerang lebih dahulu. Pada 23 Desember 1588, di Château de Blois, Henri de Guise dan saudaranya, Kardinal de Guise, dipancing memasuki perangkap dan dibunuh. Adipati de Guise adalah tokoh yang sangat dikagumi rakyat Perancis, sehingga pembunuhan atas dirinya mengakibatkan Liga Katolik memaklumkan perang terbuka melawan Raja Henri. Parlemen Paris menyusun dakwaan kriminal
atas Raja Henri, yang telah menyatukan kekuatan tempur dengan sepupunya, Henri de Navarre, untuk menghadapi Liga Katolik.
Charles de Lorraine, Adipati Mayenne mengambil alih kepemimpinan atas Liga Katolik, dan para pewarta Liga Katolik mulai mencetak selebaran-selebaran anti-royalis dengan menggunakan berbagai nama samaran, sementara Sorbonne mengeluarkan pernyataan bahwa pemakzulan Henri III adalah tindakan yang adil dan perlu. Pada Juli 1589, di kamp kerajaan di Saint-Cloud, seorang rahib bernama Jacques Clément
menghadap Sang Raja dan menusukkan sebilah pisau panjang ke limpanya. Clément langsung dieksekusi di tempat, membawa mati informasi mengenai orang, jika memang ada, yang telah menyuruhnya. Dalam keadaan sekarat, Henri III memanggil Henri de Navarre, dan memohon kepadanya demi kepentingan tadbir negara, agar bersedia menjadi penganut agama Katolik, serta memperingatkannya
akan peperangan brutal yang bakal meletus jika ia menolak. Sesuai dengan ketentuan Hukum Sali, ia menjadikan Henri sebagai ahli warisnya.
Pada 1589 Henri de Navarre yang telah menjadi Henri IV, Raja Perancis, menguasai kawasan selatan dan barat, sementara Liga Katolik menguasai kawasan utara dan timur wilayah Perancis. Tampuk kepemimpinan Liga Katolik kala itu dipegang oleh Adipati de Mayenne, yang telah ditunjuk menjadi Letnan Jenderal Kerajaan (kepala negara ad interim). Ia bersama pasukan-pasukannya menguasai
sebagian besar daerah pedesaan di Normandie. Akan tetapi pada September 1589, Henri menimpakan kekalahan telak atas Adipati de Mayenne dalam Pertempuran Arques. Bala tentara Henri merambah seluruh daerah Normandie, merebut kota demi kota selama musim dingin.
Sang Raja sadar bahwa ia harus merebut Paris jika ingin memerintah atas seluruh Perancis. Akan tetapi hal itu bukanlah perkara yang mudah. Para pewarta dan pendukung Liga Katolik terus-menerus menyiarkan kisah-kisah penyiksaan keji terhadap para padri dan awam Katolik di Inggris yang telah menjadi sebuah negara Protestan (lihat Empat Puluh Martir Inggris dan Wales).
Warga kota Paris pun bersiap-sedia untuk berperang sampai titik darah penghabisan ketimbang menjadi kawula seorang raja Kalvinis. Raja Henri sekali lagi keluar sebagai pemenang dalam pertempuran Ivry yang terjadi pada 14 Maret 1590, dan bala tentaranya segera bergegas mengepung Paris, akan tetapi pengepungan dapat dibuyarkan oleh warga Paris dengan dukungan Spanyol. Sadar akan
kebenaran yang terkandung dalam wasiat mendiang pendahulunya, bahwa mustahil seorang raja Protestan mampu berjaya di kota Paris yang Katolik, Henri konon melontarkan ucapannya yang termasyhur, "Paris vaut bien une messe" (Paris memang sepadan dengan satu misa). Ia diterima secara resmi menjadi anggota Gereja Katolik Roma pada 1593 dan dimahkotai di Chartres pada 1594.
Sejumlah anggota Liga Katolik ingin terus berperang, tetapi jumlah umat Katolik yang berbalik mendukung raja setelah berpindah keyakinan semakin lama semakin besar sehingga golongan yang bersikeras untuk tetap melawan raja akhirnya tidak berdaya. Spanyol menarik mundur pasukannya dari Perancis selepas penandatanganan Perjanjian Damai Vervins. Henri dihadapkan pada
tugas untuk membangun kembali kerajaan yang hancur berkeping-keping dan jatuh miskin, serta mempersatukan kembali seluruh Perancis di bawah satu pemerintahan tunggal. Peperangan berakhir dengan dikeluarkannya Maklumat Nantes oleh Henri IV dari Perancis, yang memberi toleransi beragama sampai taraf tertentu kepada kaum Protestan.
Sekalipun selalu diperintah oleh raja Katolik, Perancis telah berperan besar mendukung kaum Protestan di Jerman dan negeri Belanda untuk melawan saingannya, wangsa Habsburg. Kurun waktu perang-perang agama di Perancis secara efektif meredupkan pamor Perancis sebagai sebuah kekuatan besar di Eropa, sehingga memberi peluang bagi pasukan-pasukan Katolik di Kekaisaran Romawi Suci untuk kembali merapatkan barisan dan memulihkan kekuatan tempurnya.
Reformasi Protestan masuk ke Inggris dan Irlandia ketika Raja Henry VIII dari Inggris memutuskan hubungan dengan Gereja Katolik pada 1533. Kala itu hanya ada segelintir penganut agama Protestan di tengah-tengah masyarakat Inggris, dan sebagian besar dari mereka menetap di kota-kota yang berada di kawasan selatan dan timur wilayah Inggris. Dengan dikeluarkannya perintah kerajaan untuk memutuskan
hubungan dengan Sri Paus di Roma, Gereja di Inggris, Wales, dan Irlandia pun ditempatkan di bawah kekuasaan Raja dan Parlemen.
Perubahan-perubahan besar pertama dalam ajaran dan praktik agama terjadi pada masa pemerintahan Vikaris-Jenderal Thomas Cromwell, dan Uskup Agung Canterbury berhaluan Protestan yang baru saja ditunjuk menjabat, Thomas Cranmer. Tantangan pertama terhadap pelembagaan perubahan-perubahan ini datang dari Irlandia, tempat Thomas Fitzgerald 'Sutra' memanfaatkan kontroversi yang timbul akibat perubahan-perubahan itu sebagai pembenaran bagi
pemberontakan bersenjata yang dilakukannya pada 1534. Akan tetapi Fitzgerald gagal mengumpulkan cukup dukungan di Irlandia, dan pada bulan Oktober bala tentara berkekuatan 1600 prajurit Inggris dan Wales mendarat di Irlandia, membawa serta empat senjata kepung modern. Pada tahun berikutnya Fitzgerald digempur hingga tak berdaya, dan pada bulan Agustus ia dapat dibujuk untuk menyerah.
Tak lama setelah peristiwa ini, timbul penentangan rakyat terhadap perubahan-perubahan keagamaan di Inggris. Tindakan penutupan biara-biara yang dilakukan sejak 1536, menyulut pemberontakan umat Katolik di kawasan utara wilayah Inggris dalam gerakan Ziarah Kasih Karunia, yang akhirnya dapat dipadamkan dengan penuh pertumpahan darah. Reformasi terus dipaksakan atas rakyat
yang enggan menerimanya dengan cara mengundangkan hukum-hukum keji yang membuat penentangan terhadap tindakan-tindakan Raja di bidang keagamaan dipandang sebagai tindakan pengkhianatan berancaman hukuman mati. Perlawanan bersenjata besar-besaran berikutnya adalah Pemberontakan Buku Ibadat pada 1549, yang merupakan sebuah pemberontakan gagal di kawasan barat Inggris
menentang paksaan untuk mengganti Misa Katolik dalam bahasa Latin dengan tata ibadat dalam bahasa Inggris yang disusun oleh Cranmer.
Setelah agama Katolik dipulihkan di Inggris pada masa pemerintahan Ratu Mary I dari Inggris pada 1553, timbul sebuah pemberontakan singkat kaum Protestan di kawasan tenggara wilayah Inggris yang berakhir dengan kegagalan.
Reformasi Protestan di Skotlandia bermula dengan konflik. Juru dakwah Kalvinis yang berapi-api, John Knox, pulang ke Skotlandia pada 1560 setelah menjalani hukuman buang karena terlibat dalam peristiwa pembunuhan Kardinal Beaton. Ia bergegas menuju Dundee, tempat sejumlah besar bangsawan dan simpatisan Protestan telah berkumpul. Perlindungan hukum atas diri Knox telah dicabut oleh Wali Ratu
Skotlandia, Marie de Guise, tetapi kaum Protestan segera berlindung di Perth, sebuah kota berbenteng yang dapat dijadikan pangkalan pertahanan jika dikepung. Di gedung Gereja Santo Yohanes Pembaptis, Knox berkhotbah dengan berapi-api sehingga menyulut kerusuhan ikonoklastis. Gerombolan perusuh menyerbu masuk ke gedung Gereja dan menandaskan seluruh isinya. Mengikuti pola gerakan huru-hara
Kalvinis di Perancis dan negeri Belanda, gerombolan perusuh kemudian menyerang dua wisma frateran di kota itu, merampas emas dan perak dan menghancurkan citra-citra yang mereka temukan. Marie de Guise pun bergegas menghimpun para bangsawan yang setia padanya serta sepasukan kecil prajurit Perancis.