Penaklukan Altishahr oleh Zunghar
dan ternak. Kalung emas, berlian, mutiara, dan batu-batu mulia dari India diambil paksa dari orang-orang Uighur di bawah kepemimpinan Dniyl Khoja oleh Tsewang Rabtan ketika putrinya menikah.
Ketika orang-orang Zunghar memungut pajak orang Alban nomaden tradisional dari orang-orang Muslim Altishahr, orang-orang Muslim tersebut memandang hal itu sebagai pembayaran jizyah (pajak secara tradisional diambil dari non-Muslim oleh Muslim penakluk).
Orang-orang Uighur dikenal sebagai "tariyachin" diperbudak dan terpaksa pindah ke Ili dan bagian lain Zungharia untuk dipekerjakan di lahan-lahan pertanian oleh bangsa Zunghar. Orang-orang Zunghar memberi hukuman berat bagi orang-orang Muslim yang mencoba melarikan diri dan memandang rendah bangsa Uighur. Bangsa Zunghar memaksa petani Muslim Turkik yang menjadi tawanan mereka untuk pindah dari
Xinjiang selatan (Altishahr) ke Xinjiang utara (Zungharia) untuk bekerja di pertanian-pertanian di Ili, sehingga bangsa Zunghar memperoleh hasil lebih dari pertanian-pertanian itu.
Kaum pedagang Uighur (Boderge) memainkan peran penting dalam perdagangan sebagai perantara antara orang-orang asing dengan para bangsawan Zunghar, tetapi mereka tetap dipandang rendah dan "dianggap budak" oleh bangsa Zunghar. Qianlong mengatakan, "Selama masa kejayaan bangsa Zunghar, mereka (bangsa Uighur) dipekerjakan seperti budak, dipaksa meninggalkan tempat tinggal mereka sebelumnya untuk
pindah ke Ili dan membuat saluran air untuk mengairi sawah. Mereka melayani dan membayar pajak tanpa keringanan. Selama bertahun-tahun mereka menyembunyikan kebencian!"
Sebagian besar elite Zunghar, seperti bangsawan, pemuka agama, dan para pejabat yang diuntungkan dari perampasan milik orang lain, makan enak dan berpakaian bagus, dan kuil-kuil spektakuler dibangun. Sementara itu, orang-orang Zunghar kalangan bawah tetap dalam kemiskinan. Sistem "penindasan rasial dan kasta" oleh bangsa Zunghar pada orang-orang Uighur yang menyebabkan Uighur melawan kekuasaan Zunghar.
Kekalahan Zunghar dari Qing terjadi bersamaan dengan perlawanan anti-Zunghar dari rakyat bawah Uighur, "banyak dari mereka, tidak mampu menanggung penderitaan mereka, yang seperti hidup dalam lautan api, melarikan diri tetapi tidak dapat menemukan tempat untuk hidup dengan damai." Bangsa Uighur melakukan "tindakan perlawanan" seperti menyembunyikan barang-barang yang dikumpulkan sebagai pajak atau
secara keras menolak para pengumpul pajak Oirat Zunghar, tapi hal ini jarang terjadi dan pihak oposisi anti-Zunghar tidak bertambah. Lawan-lawan penguasa Zunghar, seperti bangsa Uighur dan beberapa pembangkang Zunghar melarikan diri dan membelot ke Qing di Tiongkok dalam periode 1737-1754 dan memberikan keterangan-keterangan mengenai Zunghar pada pihak Qing. Abdullah Tarkhan Beg dan orang-orang
Uighur Hami membelot dan menyerahkan diri pada Qing Tiongkok setelah Qing mengalahkan dan menghancurkan Zunghar yang dipimpin oleh Galdan dalam pertempuran Jao Modo pada bulan September 1696.
Pemimpin Uighur, Amin Khoja dari Turpan, memberontak terhadap Zunghar tahun 1720 saat Zunghar di bawah pimpinan Tsewang Rabtan diserang oleh Qing. Kemudian Amin juga membelot dan menyerahkan diri pada Qing. Bangsa Uighur di Kashgar di bawah pimpinan Yusuf dan kakaknya Jahn Khoja dari Yarkand memberontak terhadap Zunghar tahun 1754, tapi Jahn ditawan oleh Zunghar setelah ia
dikhianati oleh Xiboke Khoja dari Uighur Uch-Turpan dan Ayyb Khoja dari Uighur Aksu. Kashgar dan Yarkand diserang oleh 7000 orang Uighur Khotan yang dipimpin oleh Sdiq, putra Jahn Khoja. Bangsa Uighur membantu penyerangan Qing terhadap Zunghar di Ili tahun 1755, yang terjadi bersamaan dengan pemberontakan Uighur terhadap Zunghar. Orang-orang Uighur,
seperti Amin Khoja, Abdul Mu'min dan Yusuf Beg membantu serangan Qing terhadap Dawachi, sang Khan Zunghar. Khojis Beg (Huojisi) dari Uighur Uch-Turpan membantu Panglima Qing, Ban-di, dengan memperdaya Davachi dan menahannya. Qing dan Amin Khoja serta putra-putranya bekerja sama untuk mengalahkan Zunghar yang di bawah pimpinan Amursana.
Dari abad ke-17 hingga pertengahan abad ke-18, semua wilayah antara Tiongkok dan Transoxania berada di bawah kekuasaan Zunghar. Di Semirechye, bangsa Kyrgyz dan Kazakah diusir secara paksa oleh Zunghar dan Kekhanan Kashgar ditaklukkan. Tetapi, Kekaisaran Zunghar ditumpas oleh Qing Tiongkok dari tahun 1755 hingga 1758 melalui sebuah penyerangan hebat, yang mengakhiri ancaman bahaya oleh Zunghar terhadap negara-negara Asia Tengah.