Kebebasan beragama di Indonesia
Hamengkubuwana X (2014) menyadari bahwa penegakan hukum yang lemah merupakan penyebab permasalahan intoleransi di Yogyakarta, tetapi ia kesulitan "menggunakan otoritas tertingginya sebagai kepala daerah untuk mendesak Kepala Kepolisian Daerah DIY menuntaskan kasus-kasus intoleransi secara hukum".
Pada masyarakat Bali yang mayoritas beragama Hindu, kebebasan beragama tergolong tinggi karena, menurut IDG Ngurah Utama, Hindu memiliki ajaran yang sangat toleran, yaitu ""om basudewa kumtu ba kamyang"" (semua manusia bersaudara). Bimas Islam Bali menyebutkan bahwa kehidupan umat beragama di Bali tergolong tinggi dan patut ditiru oleh provinsi lain di Indonesia. Di Bali tidak pernah
terjadi bentrok antar umat beragama, tempat ibadah antar agama banyak yang berdampingan, dan terdapat tradisi "Ngejot" atau mengirim makanan kepada tetangga saat hari raya kepada umat berbeda agama sebagai tanda kehidupan yang rukun dalam bertetangga. Akulturasi budaya juga tampak dalam bidang keagamaan, seperti umat Katolik di Dusun Tuka, Dalung yang
beribadah menggunakan pakaian khas Bali serta masih melestarikan nama Balinya. Ketua Matakin Bali, Ahi Matain (2015), juga menegaskan bahwa kerukunan beragama di Bali sudah terjalin sejak lama. Pada tahun 2016, FKUB Bali memutuskan memberi toleransi umat Islam untuk salat sunah gerhana pada saat Nyepi. Meskipun demikian, Perda Nyepi di Bali dianggap sebagai salah satu perda diskriminatif
di Indonesia karena memaksakan umat beragama lain untuk tidak beraktivitas sebagaimana mayoritas Hindu. Kegiatan keagamaan Hindu yang kerap menggunakan badan jalan juga dianggap mengganggu oleh sebagian umat non-Hindu, sementara yang lain memaklumi karena kegiatan tersebut merupakan budaya turun-temurun di Bali.
Pasca Bom Bali I dan II, ketegangan kerap terjadi antara umat Hindu dan Islam di Bali, misalnya pelarangan penggunaan jilbab di sekolah-sekolah negeri di Bali. Meskipun akhirnya diterbitkan Permendikbud 45/2014 yang melegalisasi penggunaan jilbab oleh pelajar sehingga sekolah-sekolah bersedia menerima siswi berjilbab. Pada tahun 2014, ratusan pemuda Bali berdemonstrasi di depan kantor Bank
Indonesia (BI) Denpasar untuk menolak perbankan syariah. Aliansi Hindu Muda Bali menyatakan bahwa tujuh kabupaten di Bali menolak pendirian bank syariah. Melalui Dr Shri I.G.N. A. Wedakarna M.W.S., ia tidak mempermasalahkan sistem ekonomi syariah, tetapi curiga ada keinginan dari pihak-pihak tertentu di balik "branding" syariah yang dibawa ke Bali, misalnya karena ada
karyawan beragama Hindu yang tidak boleh memasang sarana persembahyangan umat Hindu di bank syariah. Selain itu, ia juga menyatakan bahwa umat Islam kurang dapat menyesuaikan dengan unsur budaya lokal. Ali Rama, perwakilan Ikatan Ahli Ekonomi Islam (IAEI), menyayangkan pandangan bahwa perbankan syariah berkaitan dengan agama tertentu.
Instruksi penggunaan peci dan kerudung pada beberapa perusahaan seperti PT Jasamarga Bali Tol (JBT), Hypermart, Smartfren, Hoka Hoka Bento, dan Taman Nusa untuk menyambut Lembaran (2014) juga menuai protes dari Aliansi Hindu Bali yang terdiri atas Cakrawahyu, Yayasan Satu Hati Ngrestiti Bali, Yayasan Hindu Nusantara, dan Pusat Koordinasi Hindu Nusantara karena dianggap atribut khas agama tertentu. Sikap
tersebut dinilai Ketua PHDI Jakarta Pusat, IDG Ngurah Utama, sebagai tindakan intoleran yang dilakukan oknum fanatik yang ada di tiap agama. Ketua PHDI Provinsi Bali, I Gusti Ngurah Sudiana, menganjurkan seluruh umat Hindu untuk tidak mengusik kenyamanan kelompok berbeda keyakinan dengan menuntut pelarangan jilbab, peci, atau pendirian bank syariah. Wasekjen MUI
Bidang Budaya, Natsir Zubaedi, menegaskan bahwa penggunaan lambang keagamaan adalah hak; pelarangan terhadap hal tersebut merupakan pelanggaran hak asasi manusia.
Menurut survei Lembaga Studi dan Advokasi Masyarakat (ELSAM) bersama dengan Yayasan TIFA selama tahun 2011-2012, Papua merupakan provinsi terbaik di Indonesia berkenaan dengan kebebasan beragama, diikuti oleh Kalimantan Barat. Disebutkan bahwa hampir tidak ada persoalan tentang keberagamaan di Papua, kecuali bahwa tidak ada perda khusus yang mengatur
perlindungan kebebasan beragama. Menurut Ketua Presidium Perhimpunan Indonesia Timur (PPIT), Laode Ida (2015), warga asli Papua sangat menghormati kebebasan beragama dan toleran dengan penganut keyakinan yang berbeda. Namun, pada tahun 2015, terjadi pelarangan perayaan Idul Fitri yang berujung pada pembakaran masjid di Tolikara hingga korban meninggal di pihak GIDI (17 Juli 2015). Komnas HAM menyampaikan bahwa Bupati
Tolikara, Usman Wanimbo, bersama dua fraksi DPRD Tolikara (2013), mengakui telah menandatangani Perda tentang pelarangan dan pembatasan agama dan pengamalan agama tertentu di Tolikara. Gereja Injili di Indonesia (GIDI) juga mengeluarkan surat nomor 90/SP/GIDI-WT/VII/2015 yang ditujukan kepada umat Islam Tolikara bahwa akan diadakan kegiatan Kebaktian kebangunan rohani (KKR) tingkat
Internasional pada tanggal 13-19 Juli 2015. Bersama dengan surat tersebut, umat Islam tidak diizinkan merayakan Lebaran di wilayah Kabupaten Tolikara dan dilarang memakai pakai jilbab. Insiden ini menyebabkan banyak media menyulut kebencian terhadap umat Kristen hingga hoax yang menyebutkan bahwa Idul Fitri sudah dirayakan di Papua semenjak tahun 1945, bahkan terjadi pembakaran gereja di Kota Palu, Yogyakarta,
Solo, dan Purworejo sambil menyebut pelaku pembakaran di Tolikara sebagai teroris Kristen. Meskipun pada tanggal 15 Juli 2015, perayaan Idul Fitri di Tolikara sudah tidak lagi dilarang, insiden tanggal 17 Juli 2015 terjadi akibat Arianto Koyoga dan Jundu Wanimbo menghasut 80 orang untuk menyerang 300 warga yang sedang beribadah di halaman Koramil Karubaga.