Sahwa
populer tidak lagi didapat sang raja. Atas permintaan Hong Gyeong-ju, Menteri Upacara Nam Gon, Menteri Kehakiman Sim Jung, beserta tokoh Hungu lain memberitahukan kepada raja bahwa sebenarnya rakyat di luar sana mengatakan Jo Gwang-jo lah yang memimpin negara dan memintanya menjadi raja. "Walau ia setia, ia tidak akan dapat menghentikan para pendukungnya", kata mereka kepada Jungjong.
Berdasarkan Babad Dinasti Joseon, Nam Gon kemudian menulis sindiran untuk Jo "Ju Cho akan menjadi raja" (, ) dengan daun mulberi yang dilumuri madu dan air gula agar ulat-ulat datang. Ketika hanja ju () and cho () disambung, akan membentuk huruf "jo" () yang merupakan marga Jo Gwang-jo. Permaisuri Gyeong dan Hui menunjukkan sindiran ini kepada raja dan mempengaruhinya
bahwa ini adalah peringatan Tuhan bahwa Jo akan merebut tahta setelah mengeliminasi Faksi Hungu. Raja Jungjong yang juga naik tahta karena pembalikan kekuasaan raja terdahulu, mulai terpengaruh cerita tersebut dan kehilangan kepercayaan terhadap Jo Gwang-jo. Kepercayaan seperti ini populer pada awal pembentukan Joseon ketika Goryeo
jatuh. Ketika itu ada ungkapan "putra kayu akan memenangkan negara" (;) Ketika dua hanja yang bermakna kayu () dan putra () dikombinasikan, mereka membentuk huruf yi (), yang merupakan marga Yi Seong-gye. Ia menyingkirkan raja Goryeo yang terakhir dan menggalang dukungan dengan mempergunakan ungkapan ini sebagai perintah dari Tuhan.
Merasa yakin bahwa Jungjong tidak percaya lagi kepada Jo Gwang-jo, Hong Gyeong-ju memasuki istana untuk mewanti-wanti raja bahwa istana akan dipenuhi para pendukung Jo dan tak seorangpun yang bisa menentangnya secara terbuka. Ketika Jo membuat petisi kepada raja agar memotong hak-hak khusus orang-orang berkontribusi palsu dalam pembersihan 1506, kecurigaan Jungjong semakin
besar. Jungjong mengirim surat rahasia kepada Hong, mengungkapkan ketakutannya bahwa Jo Gwang-jo selanjutnya akan meligitimasi kekuasaan lewat kudeta dan berbalik melawannya. Jungjong memerintahkan agar anggota Faksi Hungu mengeksekusi Jo Gwang-jo dan memberitahukan kepadanya. Pada tanggal 15 November 1519, Faksi Hungu memasuki istana secara rahasia pada malam hari dan memberikan
kepada raja permohonan tertulis: "Jo dan para pendukungnya telah mengelabui raja dan mengacaukan negara dengan membentuk kongsi dan menyalahgunakan kedudukan dengan mempromosikan pendukung mereka dan menyingkirkan para penentangnya". Inspektur Jo Gwang-jo, Menteri Kehakiman Kim Jung, dan keenam orang lain segera ditangkap dan menunggu dieksekusi tanpa investigasi ataupun diadili. Keseluruhan kejadian tampak seperti kudeta tetapi diperintahkan oleh sang raja sendiri.
Keputusan untuk mengeksekusi Jo dan pendukungnya tidak disarankan oleh Menteri Perang Yi Jang-gon, yang juga ikut menangkap para sarjana Sarim. Ia menyarankan agar hal seperti ini dikonsultasikan dengan para menteri. Rapat kabinet keesokan hari yang membahas tentang ini ditulis secara lengkap di Babad Dinasti Joseon. Sebagian besar pejabat terkejut atas penangkapan Jo Gwang-jo dan
maksud raja mengeksekusinya. Mereka berpendapat bahwa ia mungkin saja agak ekstrem dalam aksinya untuk memperbaiki negara namun tampak tidak mungkin menyimpan agenda pribadi. Perdana Menteri Jeong Gwang-pil, yang seringkali berbantahan dengan Jo dan bahkan pernah diminta dukungannya oleh Nam Gon berkata dengan berlinang air mata: "Saya telah seringkali menyaksikan
malapetaka semasa Yeonsangun berkuasa, namun bagaimana bisa saya membayangkan hal seperti itu terjadi lagi bahkan setelah bertemu dengan raja yang bijaksana?" Perdana Menteri dan Enam Menteri menyayangkan keputusan eksekusi akan menghancurkan nama baik raja. Hong Sook, yang menjadi Menteri Kehakiman dalam semalam dan ikut menginterogasi Jo, melaporkan kepada raja bahwa ia tersentuh akan kesetian Jo kepada raja.
Inspektur Jenderal Yu Eun memprotes dengan kata-kata yang lebih keras: "Jika Jo Gwang-jo terbukti bersalah, ia harus dihukum secara terbuka dan cara yang adil... Namun, Yang Mulia memberikan hukuman seperti itu hanya karena kata-kata dari dua orang di tengah malam... Apakah begitu sulit untuk menghukum beberapa seonbi dengan kekuasaan raja sehingga Yang Mulia
harus melakukannya secara diam-diam lewat pesan rahasia?... Jika ada perbuatan kriminal, hal itu harus diusut secara jelas dan adil, Yang Mulia tampaknya sangat mempercayai dan akrab dengan bawahan jika dilihat dari luar namun ternyata berpikir untuk mengeliminasi mereka". (Babad Dinasti Joseon, 18 November 1519). Sementara itu, 150 mahasiswa Seonggyungwan berdemo di istana untuk
menyampaikan protes bahwa Jo Gwang-jo tidak bersalah. Mereka bahkan meminta agar dipenjara bersama-sama. Dukungan kepada Jo semakin membuat raja marah. Perdana Menteri Jeong, Wakil Perdana Menteri Ahn Dang dan bahkan Menteri Perang Yi Jang-gon diberhentikan karena menentang penangkapan Jo Gwang-jo.
Jo Gwang-jo masih kacau akibat berubahnya raja yang sangat cepat. Faksi Sarim baru saja mendapatkan kemenangan terbesar mereka 4 hari yang lalu ketika Jungjong mengabulkan petisi mereka untuk mencabut status istimewa 70 orang pejabat Hungu. Ia masih tetap percaya bahwa raja dikelabui oleh para pejabat Hungu yang licik. Ia yakin ia dapat mendapatkan kembali kepercayaan
raja asalkan ia diizinkan bertatap muka pada saat interogasi. Ia menulis kepada raja tentang ketakutannya bahwa insiden ini dapat menjadi pembersihan berdarah. Ia juga meyakinkan bahwa ia tidak menyesal mati sepuluh ribu kali apa bila ia diberi kesempatan bertemu raja. (Babad Dinasti Joseon, 16 November 1915, No.11 Namun, kesempatan itu tidak pernah ia dapatkan. Di
tengah banyaknya petisi untuk pengampunan Jo, Jungjong meringankan hukuman mati menjadi hukum buang ke Neungju. Tapi, kurang dari seminggu kemudian, Jungjong memecat banyak menteri yang mendukung Jo dan memperbarui hukuman menjadi hukuman minum racun. Sebelum meminum racun, Jo menulis puisi kematian yang berisi tentang kesetiaannya dan membungkukkan diri 4 kali di depan istana (Babad Dinasti Joseon, 16 Desember 1519).
Pembersihan Literati Ketiga tahun 1519 secara luas dipandang oleh generasi rakyat Korea selanjutnya sebagai kesempatan yang meleset dalam memenuhi perikehidupan berdasarkan neo-Konnfusianisme dikarenakan perebutan kekuasaan dan kekacauan dalam istana. Para korban, yakni sarjana-sarjana Sarim dihormati sebagai "orang bijak Gimyo" dan dipuja sebagai orang suci dalam Konfusianisme Korea.