Kebebasan beragama di Indonesia
Pasar Minggu, Formasat Tasik, FUIB, GEMPA, Gerakan Masyarakat Peduli Kerukunan, UNS Solo, Pengelola Website, Solidaritas Indonesia Anti Penindasan, KUIB, LDII, Lembaga Kajian, dan Ormas Almanar. Namun, hasil penelitian tersebut ditepis oleh Ketua MUI Ahmad Cholil Ridwan yang menyatakan bahwa fatwa dibuat atas dasar ayat-ayat Al-Qur'an dan Hadist serta berfungsi untuk menyelamatkan umat Muslim dari kesesatan.
Riset oleh Setara Institute (2015) menyimpulkan Kota Bogor sebagai kota yang paling intoleran di antara 94 kota administratif yang menjadi sampel, antara lain disebabkan penanganan kasus GKI Yasmin, pemerintah memfasilitasi kegiatan kelompok intoleran (Aliansi Nasional Anti Syiah atau ANNAS), dan dikeluarkannya Surat Edaran Nomor: 300/321-Kesbangpol tentang larangan perayaan Asyura oleh Wali Kota Bogor, Bima
Arya Sugiarto. Hal tersebut menyebabkan sejumlah warga Bogor yang bernaung dalam Yayasan Satu Keadilan menyomasi wali kotanya untuk menarik kembali surat edaran tersebut. Terkait survei tersebut, Bima Arya berkata bahwa mereka punya cara tersendiri dalam mengelola keberagaman dan kebersamaan di Kota Bogor.
Sementara itu, Kabupaten Purwakarta dinilai sebagai kabupaten yang menghargai kebebasan beragama bagi penduduknya serta menjadi salah satu calon penerima penghargaan sebagai daerah paling toleran oleh Dewan HAM Perserikatan Bangsa-bangsa. Pada Kongres Nasional Kebebasan Beragama dan Berkeyakinan (Jakarta, 23-2-2016), Komnas HAM memberikan penghargaan kepada Bupati Purwakarta, Dedi
Mulyadi, atas perannya dalam menegakkan hukum di wilayahnya. Dedi Mulyadi membentuk ""Satgas Toleransi"" dalam usaha membendung massa intoleran, mendirikan sekolah ideologi yang menanamkan nilai-nilai Pancasila, dan mengeluarkan Surat Edaran Nomor 450/2621/Kesra tentang Jaminan Melaksanakan Ibadah Berdasarkan Keyakinan. Sementara itu, FPI dan Manhajus Solihin menyebut Purwakarta
sebagai darurat akidah, dengan salah satu alasannya karena Dedi Mulyadi mengubah "Assalamualaikum" menjadi "Sampurasun". Ketua Umum PBNU Said Aqil Siroj menghimbau masyarakat Purwakarta untuk tidak menghiraukan tundingan tersebut dan berkomentar untuk membubarkan ormas yang sudah memprovokasi hingga dianggap meresahkan.
Pemberlakuan Syariat Islam di Aceh ditawarkan oleh Gus Dur (2001) sebagai jalan untuk menyelesaikan kasus Gerakan Aceh Merdeka (GAM). Meskipun UU No 11 tahun 2006 tentang pemerintahan Aceh menyebutkan bahwa Hukum Syariat berlaku untuk umat Islam sementara masyarakat non-muslim hanya wajib menghormati pelaksanaannya, penerapannya terus memperoleh sorotan dari dalam dan luar negeri. Suraiya
Kamaruzzaman, seorang aktivis HAM di Aceh, menilai bahwa peraturan pemberlakuan Syariat di Aceh (2014) atau "Qanun Jinayat" bersifat diskriminatif terhadap non-muslim. Sementara itu, Gubernur Aceh, Zaini Abdullah, memastikan bahwa Syariat Islam hanya diberlakukan bagi penduduk Aceh yang muslim, tidak bagi non-muslim yang menetap atau melakukan kegiatan di Aceh, sesuai Qanun Aceh Nomor 11 Tahun 2002 Pasal 13.
Pada tahun 2016, hukuman cambuk diberlakukan kepada seorang wanita non-muslim yang berjualan minuman keras di Takengon. Meskipun hukuman tersebut merupakan pilihannya sendiri untuk menghindari hukuman penjara, Komnas HAM khawatir peristiwa tersebut akan dipraktikkan secara meluas karena "hukum positif tidak berlaku di sana" dan menjadi "suatu pergeseran dalam penerapan hukum Islam."
Setara Institute menyampaikan bahwa Provinsi Aceh berada di urutan kedua tertinggi terjadinya pelanggaran kebebasan beragama di Indonesia dengan pelaku pelanggaran terbanyak adalah aparatur Pemkab atau Pemkot. Intoleransi keberagamaan banyak terjadi di Aceh Singkil. Ketua Forum Cinta Damai Aceh Singkil (Forcidas), Boas Tumangger, dan tokoh muslim Ramli Manik, dan perwakilan Posko Kemanusiaan Lintas Iman
mendatangi Komnas HAM (2016) untuk mengadukan persoalan kebebasan beragama dan beribadah di Aceh Singkil. Disebutkan bahwa sesudah peristiwa pembakaran gereja HKI (13 Oktober 2015), izin pembangunan gereja dipersulit. Dinas Pendidikan dan Kementerian Agama Aceh Singkil juga melakukan praktik diskriminasi bahwa semua peserta didik wajib mengikuti pelajaran agama Islam sehingga selama
puluhan tahun semua SDN di Singkil tidak memiliki guru agama Nasrani. Semua siswa non-muslim harus mengikuti pelajaran agama Islam, termasuk baca tulis Arab dan Al-Quran, supaya bisa naik atau lulus. Forcidas dan Posko Kemanusiaan Lintas Iman juga menuntut peradilan yang adil dan independen untuk Wahid Tumangger serta menuntut Komisi Yudisial mengusut Majelis Hakim PN Singkil yang terlibat karena diduga memberikan keputusan hukum yang tidak adil.
Peristiwa pembakaran gereja HKI menyebabkan ribuan penduduk Kristen Singkil mengungsi ke beberapa kabupaten di Sumatera Utara. Dewan Pakar NU Aceh, Teuku Kemal Fasya (2015), menilai bahwa proses islamisasi dan kristenisasi berjalan secara alamiah di Singkil, tetapi isu kristenisasi diangkat dalam kampanye hitam dan bernuansa politis. Ia menilai kekerasan di Singkil, termasuk perobohan 10
gereja oleh bupati, dimobilisasi oleh aktor tertentu karena massa mengabaikan himbauan ulama Singkil, polisi kurang memberikan respon, dan massa anarkis datang dari wilayah yang jauh. Ramli Manik menyampaikan bahwa sebenarnya tidak ada ketegangan antar umat Islam dengan Kristen dan Katolik di Aceh Singkil, terutama karena mereka juga terikat hubungan keluarga. Namun, Pemkab Aceh Singkil
mengeluarkan kebijakan-kebijakan diskriminatif dan restriktif sehingga menyebabkan terjadinya intoleransi keberagamaan.
Setelah beberapa kasus kekerasan yang terjadi di Indonesia, seperti Cikeusik, Temanggung, dan Jawa Timur, Aliansi Jogja untuk Indonesia Damai (Aji Damai) mendeklarasikan ""Yogya Kota Toleran"" bersama tokoh lintas agama DIY pada tanggal 3 Maret 2011. Menurut koordinator pelaksana, Subkhi Ridho, Yogyakarta sebagai kota budaya dan kota pendidikan pantas menjadi teladan toleransi
keberagamaan di Indonesia. Namun, berbagai kasus kekerasan dan intoleransi agama menyebabkan Yogyakarta dinilai sebagai Kota Intoleran, misalnya penyerangan umat Katolik di Sleman (2014 dan 2016), penutupan Lembaga Rausyan Fikr (2014) akibat MUI Yogyakarta mengeluarkan fatwa sesat atas permintaan Front Jihad Islam (FJI), pengusiran dan penganiayaan, penyerangan dan penutupan gereja yang sudah atau belum
memiliki IMB, penolakan perayaan keagamaan, pembubaran diskusi, pengrusakan situs makam dan kelenteng, dan sebagainya.
Berdasarkan dokumentasi Aliansi Nasional Bhinneka Tunggal Ika (ANBTI) di Universitas Gadjah Mada (2016), Kabupaten Gunungkidul merupakan wilayah yang tingkat intoleransinya paling tinggi. Menurut Najib Azca (2014), sosiolog dan peneliti Pusat Studi Keamanan dan Perdamaian (PSKP) UGM, pada tahun 2000an banyak eksmujahid Poso dan Ambon membangun komunitas di Yogyakarta. Ia menyatakan bahwa, "Mereka dulu
giat menyerang minoritas dalam Islam, seperti Syiah dan Ahmadiyah, tapi sekarang sudah menyasar nonmuslim." Pada Desember 2016, Universitas Kristen Duta Wacana (UKDW) untuk menurunkan baliho mereka yang menampilkan mahasiswi berjilbab atas desakan Forum Umat Islam (FUI). Sementara itu, Rektor Universitas Sanata Dharma menyatakan akan menolak tuntutan FUI untuk menurunkan baliho mereka yang juga menampilkan mahasiswi
berjilbab, karena selain tidak ingin kewenangan universitas Katolik tersebut diatur oleh ormas tertentu, penampilan mahasiswi berjilbab merupakan bentuk penghargaan terhadap semua mahasiswa muslim yang berkuliah di kampus tersebut.
Serikat Jurnalis untuk Keberagaman (Sejuk) memandang Sultan Hamengkubawana X membiarkan tindakan intoleransi yang terjadi dan mendesak pengusutan serta penangkapan pihak yang melakukan kekerasan. Bahkan, Masyarakat Anti-Kekerasan Yogyakarta (Makaryo) mendesak agar Penghargaan Pluralisme yang diberikan oleh oleh Jaringan Antar-Iman (JAI) kepada Sultan (Mei 2014) untuk dicabut. Sultan