Michel Aflaq
al-Bitar terpilih menjadi Sekretaris Jenderal Komando Nasional. Zaki al-Arsuzi, pemimpin Ba'ath Arab, tidak diberikan posisi apapun, atau kenggotaan dalam partai tersebut. Aflaq sebagai "Amid" bertanggung jawab atas urusan di ideologi dan menjadi mentor partai, sementara al-Bitar mengendalikan manajemen sehari-hari partai tersebut. Penggabungan tersebut menjadi bermasalah, beberapa anggota
Partai Ba'ath pimpinan al-Arsuzi menjadi lebih sayap, dan kemudian, pada masa jabatan Aflaq sebagai pemimpim menjadi sangat kritis terhadap kepemimpinannya.
Pada akhir 1940an, Aflaq dan al-Bitar memberikan pelajaran-pelajaran gratis tentang pemikiran Ba'athis, dan pada 1948 mereka mendirikan surat kabar "al-Ba'ath" (Indonesia: "kelahiran kembali"/"kebangkitan"). Aflaq mengetes kekuatan Partai Ba'ath saat Perang Arab-Israel 1948 setelah awal kekalahan Suriah- ia memimpin beberapa unjuk rasa menentang pemerintahan pimpinan Presiden Shukri
al-Quwatli. Ia secara pribadi memimpin unjuk rasa, dan mengklaim bahwa al-Quwatli, seorang tuan tanah, merupakan seorang politikus kapitalistik dan korup, yang menuduhnya menyebabkan kekalahan tentara Suriah. Aflaq menyerukan pelengseran al-Quwatli, dan menulis beberapa artikel "al-Ba'ath" yang mengkritik kepresidenannya dan perdana menterinya, Jamil Mardam Bey. Aflaq
kemudian ditangkap atau perintah perdana menteri al-Quwatli, Bey. Pemerintah Al-Quwali lengser dalam sebuah kudeta pimpinan perwira militer Husni al-Za'im. Al-Za'im mencekal seluruh partai, mengklaim bahwa Suriah belum siap untuk menganut demokrasi parlementer. Aflaq, yang telah bebas, ditangkap lagi pada masa kepresidenan al-Zai'm dan dikirim ke Penjara
Mezzeh. Pemerintah Al-Za'im tidak berlangsung lama, dan pada Agustus 1949, ia dilengserkan, dan Hashim al-Atassi, yang terpilih secara demokratis, mengambil tempatnya. Al-Atassi mendirikan pemerintahan persatuan nasional, dan Aflaq dipilih menjadi Menteri Pendidikan, satu-satunya jabatan pemerintah yang pernah ia pegang; ia menjabat dari Agustus sampai Desember
1949. Kepresidenan Al-Attasi juga tidaklah berlangsung lama, dan pada 1951, Adib Shishakli mengambil alih kekuasaan dalam sebuah kudeta militer.
Aflaq mula-mula menyatakan dukungannya terhadap pemerintahan baru tersebut dengan meyakini bahwa ia dan Partai Ba'ath akan berkolaborasi dengan Shishakli karena mereka berbagi sentimen nasionalis Arab yang sama. Analisisnya terhadap Shishakli ternyata hanya isapan jempol, dan salah satu keputusan pertama Shishakli sebagai penguasa adalah mencekal seluruh partai
politik, termasuk Partai Ba'ath. Para pemimpin dan beberapa anggota utama Partai Ba'ath kabur ke Lebanon saat menyadari tekanan pemerintah meningkat. Di Lebanon, Aflaq dan al-Bitar sepakat untuk menggabung Partai Ba'ath Arab dan Partai Sosialis Arab (PSA), pimpinan Akram al-Hawrani, untuk mendirikan Partai Ba'ath Sosialis Arab pada 1952. Partai yang baru dibentuk tersebut bekerja sebagai basis operasi
melawan pemerintah Shishali- Aflaq dan sisa-sisa anggotanya juga bekerja sama dengan pasukan oposisi non-Ba'athis. Shishakli dilengserkan pada Februari 1954.
Setelah pelengseran al-Shishakli, Suriah mengadakan pemilihan demokratis pertamanya dalam lima tahun. Partai Ba'ath, pimpinan Aflaq, al-Bitar dan al-Hawrani, memiliki 22 anggota yang terpilih pada parlemen. Peningkatan dalam pengaruh ini sebagian besar dapat diatributkan kepada al-Hawrani- beberapa anggota PSA lama memperkuat suara untuk Partai Ba'ath karena
keberadaan al-Hawrani. Pada masa itu, Aflaq menyerahkan kekuasaannya kepada al-Hawrani dan para pendukungnya, yang menjadi mayoritas dalam partai tersebut. Hal tersebut membuat Partai Ba'ath memutuskan untuk secara terbuka bekerja sama dengan Partai Komunis Suriah, suatu langkah yang ditolak Aflaq. Aflaq terpilih menjadi Sekretaris Jenderal partai tersebut dari
Komando Nasional yang baru didirikan, sebuah jabatan yang setara dengan 'pemimpin partai', oleh Kongres Nasional Kedua partai tersebut.
Saat berada di bawah Republik Arab Bersatu (RAB), Aflaq dipaksa oleh Nasser untuk membubarkan partai tersebut sehingga ia membubarkan partainya sendiri atas dasar materi kongres. RAB memandang buruk Partai Ba'ath- partai tersebut dianggap sebagai ancaman besar bagi pemerintah Nasser. Gerakan Ba'ath, yang menjadi gerakan nasionalis Arab dominan pada 1958, menyadari hal tersebut setelah tiga
tahun masa pemerintahan Nasseris. Hanya orang-orang Ba'athis berkuasa penuh yang diberikan jabatan publik dalam pemerintahan RAB, al-Hawrani menjadi Wakil Presiden dan al-Bitar menjadi Menteri Budaya dan Pemanduan. Beberapa anggota, yang kebanyakan kaum muda, mencemooh Aflaqatas keadaan tersebut; hal ini karena ia membubarkan partainya pada 1958 tanpa
berkonsultasi kepada Kongres Nasional. Hafez al-Assad, Salah Jadid dan tokoh lainnya, kemudian mendirikan Komite Militer untuk menyelamatkan gerakan Ba'ath Suriah dari kekosongan. Kongres Nasional Ketiga partai tersebut pada 1959 mendukung keputusan Aflaq untuk membubarkan partai tersebut, namun Kongres Nasional 1960, dimana Jadid menjadi delegasi mewakili Komite Militer yang tidak diketahui pada
waktu itu, menangkis keputusan tersebut dan menyerukan agar Partai Ba'ath didirikan kembali. Kongres tersebut juga memutuskan untuk menjalin hubungan dengan Nasser dengan mendemokratisasikan RAB. Sebuah faksi dalam partai tersebut, yang dipimpin oleh al-Hawrani, menyerukan pemisahan diri dari Suriah. Saar RAB terpecah pada 1961, beberapa anggota menyambut pembubarannya, beberapa diantaranya adalah al-Bitar.
Partai Ba'ath menduduki 20 kursi, turun dari 22, dalam pemilihan 1961. Pada 1962, setelah empat tahun, Aflaq mengadakan Kongres Kelima di Homs. Al-Hawrani tidak diundang; sel-sel yang masih aktif dan mencela perintah Aflaq, dan kaum Ba'athis yang menjadi Nasseris pada masa RAB, tidak diundang pada kongres tersebut. Aflaq terpilih kembali menjadi
Sekretaris Jenderal Komando Nasional, dan memerintahkan pendirian kembali organisasi Ba'ath regional Suriah. Pada kongres tersebut, Aflaq dan Komite Militer, melalui Muhammad Umran, mengadakan kontak untuk pertama kalinya; komite tersebut meminta ijin untuk mengadakan kudeta; Aflaq mendukung persekongkolan tersebut. Setelah kesuksesan Kudeta Irak Februari 1963, yang dipimpin oleh Cabang Wilayah
Irak dari Partai Ba'ath, Komite Militer memutuskan untuk melakukan kudeta melawan kepresidenan Nazim al-Kudsi. Revolusi 8 Maret, sebuah kudeta militer yang diluncurkan pada 1963, meraih kesuksesan, dan gerakan Ba'athis didirikan di Suriah. Perintah pertama para pembuat rencananya adalah mendirikan Dewan Komando Revolusioner Nasional (DKRN), yang terdiri dari seluruh Ba'athis dan Nasseris, dan dikendalikan oleh personil militer ketimbang sipil dari awal permulaannya.
Hubungan antara Ba'athis dan the Nasseris makin tak harmonis. Partai Ba'ath meraih kekuasaan di Irak dan Suriah dari Nasser, seperti ia menempatkannya "antara palu dan paron". Pendirian persatuan antara Irak dan Suriah akan menyadarkan pendiriannya sebagai seorang pemimpin pan-Arab. Nasser mulai meluncurkan serangan propaganda melawan partai tersebut; Aflaq dituduh pakar teori tak berefek
yang bertindak sebagai "kaisar Romawi" boneka dan menuduhnya "Kristen Siprus". Dalam beberapa pertemuan Partai Ba'ath, Aflaq menanggapinya dengan murka, dan menjadi anti-Nasseris. Karena posisi yang ia pegang, terjadi keretakan hubungan antara Aflaq dengan al-Bitar yang masih percaya bahwa ada kesempatan untuk menjalin lagi hubungan baik dengan Nasser.
Perpecahan dengan Nasser terjadi di antara para pemimpin asli Partai Ba'ath, yang memutuskan untuk memperluas ruang Komite Militer. Setelah mengambil kekuasaan, Komite Militer dijadikan paduan teoretikal, namun sebagai gantinya dapat membuat Aflaq dapat menyelesaikan masalah (yang terjadi sebelumnya), mereka mengkontak faksi Marxis dari partai tersebut pimpinan Hammud