Rencana bergabungnya Makedonia dengan Uni Eropa
provisial khusus oleh mediator Perserikatan Bangsa-bangsa Matthew Nimetz pada tahun 1993. Sejak lama Yunani telah meminta agar Makedonia mengubah namanya untuk menghindari kesamaan dengan teritori maupun warisan kuno di wilayah bagian utara yang juga bernama Makedonia- tempat kelahiran Alexander Agung. Teritori ini merupakan separuh bagian dari wilayah seluruh Yunani.
Yunani, dan negara lain Uni Eropa, memiliki Hak Veto untuk menolak bergabungnya Makedonia sebelum masalah penamaan ini diselesaikan. Pada KTT NATO di Bukares April 2008, Yunani menolak semua usulan pemerintah Makedonia termasuk usulan nama "Republik Makedonia (Skopje)". Veto Yunani ini mengingkari Interim Agreement 1995.
Tahun 2009, Yunani kembali memveto negosiasi awal Makedonia untuk bergabung ke Uni Eropa. Dan sejak 2008, resolusi tentang konflik penamaan telah ditambahkan sebagai pra-kondisi yang diajukan oleh Uni Eropa.
Pada Oktober 2012, Komisi Eropa merekomendasikan agar negosiasi dengan Makedonia diluncurkan kembali setelah sebelumnya selalu di-veto oleh Yunani. Penyelesaian perselisihan nama tersebut makin mendekati penyelesaian setelah Menteri Luar-negeri Yunani mengajukan usulan untuk Nota Kesepahaman (MOU) untuk mengatasi persoalan yang dipertanyakan. Usulan ini ditanggapi dengan baik oleh Menteri Luar-negeri Makedonia pada 8 Nopember 2012.
Pada 11 Desember 2012, Dewan Uni Eropa menyimpulkan bahwa negosiasi dapat dimulai kembali pada kwartal kedua tahun 2013. Namun pada saat yang sama terjadi konflik dan ketidak-stabilan politik di Makedonia, termasuk boikot kepada parlemen, dan ancaman untuk memboikot pemilihan umum lokal oleh Uni Sosial Demokrasi Makedonia. Konflik ini diselesaikan saat Uni Eropa menjembatani dan mencapai kompromi antara partai-partai politik pada 1 Maret 2013.
Konflik bilateral juga terjadi antara Makedonia dan Bulgaria. Bulgaria bersama dengan Yunani selalu mem-veto usulan penggabungan Makedonia. Konflik ini berhubungan dengan pandangan yang berbeda dari kedua negara mengenai sejarah bersama abad ke 19 dan 20, dan mengenai pembagian etnis diantara kedua negara. Bulgaria bergabung dengan Uni Eropa pada 1 Januari 2007. Pada Juli 2006, Menteri Luar-negeri Bulgaria menyatakan bahwa dukungan untuk
Makedonia belum tentu dilakukan mengingat aksi yang agresif terhadap Bulgaria dan sejarah Bulgaria yang diakui sepihak oleh otoritas Makedonia. Hal ini memperoleh jawaban keras dari pemimpin politik di Skopje, ibukota Makedonia.
Pada 31 Oktober 2012 Presiden Bulgaria kembali memberitahukan bahwa Makedonia dilihat tidak siap untuk memulai diskusi penggabungan. Perdana Menteri Bulgaria menuduh Makedonia memanipulasi sejarah Bulgaria dan pemerintah Skopje mengatakan hal-hal yang buruk tentang negaranya.
Komisi Eropa untuk Pengembangan dan Policy Negara-negara Tetangga, tefan Füle, memberikan keterangan pers pada tanggal yang sama 31 Oktober 2012, yang berisikan pernyataan: "Bulgaria memiliki policy sendiri dengan Makedonia sebagai bagian dari bekas pecahan Yugoslavia, untuk menyamakan visi perluasan dan potensi sebagai pemain kunci dalam kawasan. Bulgaria sebagai anggota Uni Eropa adalah contoh keinginan
untuk dapat bergabung dengan Uni Eropa dan struktur Euro-Atlantik. Bulgaria memiliki hubungan erat dengan Makedonia untuk dapat menyelesaikan persoalan dengan negara tetangga dengan spirit berdasarkan nilai-nilai Uni Eropa."
Menurut Perjanjian Stabilisasi dan Asosiasi (SAA) tahun 2001 di Luxemburg, yang berlaku penuh 1 April 2004, EU akan membebaskan perdagangan untuk produk Makedonia sampai dengan 95% ke wilayah Uni Eropa. Warga-negara Makedonia diperkenankan untuk bepergian bebas tanpa visa ke Kawasan Schengen sejak bulan Desember 2009.
Uni Eropa adalah mitra dagang utama Makedonia dengan expor 60% dan impor 48% dari negara ini. Expor dari Makedonia terutama untuk produk: Campuran Ferro-nikel, besi baja dan tekstil. Sedangkan impor dari negara wilayah Uni Eropa adalah minyak mentah, listrik, rol-besi, produk baja, dan kendaraan.
Pada tanggal 12 Juni 2018 tercapai kesepakatan antara Makedonia dan Yunani, yang masing-masing diwakili oleh Perdana Menteri Alexis Tsipras dan Perdana Menteri Zoran Zaev untuk perubahan nama negara menjadi Republik Makedonia Utara. Kesepakatan ini mengakhiri perdebatan untuk penamaan negara Makedonia dan perselisihan teritorial di bagian utara Yunani.
Kesepakatan perubahan nama ini akan dimasukkan dalam amandemen konstitusi dan nama yang baru digunakan secara domestik maupun internasional. Kesepakatan ini menunggu hasil referendum di Makedonia dan persetujuan parlemen Yunani. Kesepakatan ini disambut baik oleh President Dewan Eropa, Donald Tusk, Sekretaris Jendral NATO, Jens Stoltenberg, dan mediator PBB untuk isu ini, Matthew Nimetz.
Kesepakatan ini juga disambut baik oleh Kanselir Austria dan membuka jalan bagi negara Balkan dan khususnya Makedonia untuk bisa diterima sebagai anggota Uni Eropa.
Presiden Gjorge Ivanov dari Makedonia mengatakan tidak akan menanda-tangani kesepakatan perubahan nama ini karena dianggap terlalu banyak memberikan konsesi kepada Yunani. Meskipun masing-masing Perdana Menteri dari kedua negara telah sepakat untuk penamaan negara Makedonia, namun tanda-tangan persetujuan presiden masih dibutuhkan.
Menteri Pertahanan Yunani, Panos Kammenos, menentang kesepakatan ini dan akan menolak di voting parlemen. Oposisi Partai Demokrasi Yunani, Kyriakos Mitsotakis, juga menganggap Perdana Menteri Tsipras telah melangkah terlampau jauh dan kesepakatan tersebut problematik. Ia mengharap Presiden dapat menengahi perdebatan di parlemen sebelum ditanda-tangani.