Sekolah Tinggi Ilmu Keislaman Annuqayah
Institut Ilmu Keislaman Annuqayah (INSTIKA) sebagai lembaga pendidikan tinggi yang berada di bawah naungan Yayasan Annuqayah mengemban misi mulya yakni menyelenggarakan pendidikan tinggi dan penelitian serta pengabdian pada masyarakat.
Berdirinya INSTIKA pada awalnya didorong oleh keinginan luhur pengurus Yayasan Annuqayah dimana dengan melihat perkembangan santri Annuqayah tahun demi tahun yang semakin bertambah, dan memperhatikan alumni Madrasah Aliyah, baik madrasah aliyah 1 dan madrasah aliyah 2 Annuqayah yang berminat melanjutkan studi ke jenjang pendidikan tinggi terutama ke IAIN, maka dewan pengurus
Yayasan Annuqayah mempunyai keinginan mendirikan perguruan tinggi. Keinginan itu kemudian ditindak lanjuti dengan keluarnya SK. Ketua Umum Yayasan Annuqayah Nomor: I.b./B/KPTS/1984. dari hasil kerja panitia yang dibentuk, didirikanlah Perguruan Tinggi Islam Annuqayah (PTIA) dengan fakultas pertama yang dipilih adalah Fakultas Syari'ah Jurusan Tafsir
Hadits (TH), karena dianggap paling sesuai dengan kajian-kajian yang diberikan di pondok-pondok pesantren. PTIA dibuka resmi pada tanggal 13 Oktober 1984, dengan mahasiswa angkatan pertama 43 orang. Acara pembukaan PTIA ini dihadiri oleh Purek IAIN Sunan Ampel Surabaya, dan diisi dengan studium general oleh salah seorang dosen senior IAIN Sunan Ampel Surabaya. Kemudian pada tanggal 1 Januari 1986, PTIA diubah menjadi
Sekolah Tinggi Ilmu Syari'ah Annuqayah (STISA), karena masih belum memenuhi syarat untuk menjadi sebuah perguruan tingi. Sedangka Izin Operasional STISA baru diperoleh pada
tanggal 20 Maret 1986 dengan surat nomor: 79/K/F/I/P/1986, setelah dilakukan supervisi oleh Kopertais Wilayah IV Surabaya, dan pada bulan berikutnya mahasiswa STISA memperoleh Nomor Induk Kopertais (NIMKO). Memperhatikan minat alumni Madrasah Aliyah Annuqayah yang beragam, dengan satu jurusan saja belum cukup menampung minat yang beragam tersebut, maka melalui SK Ketua Umum Yayasan
Annuqayah Nomor: 6/B/KPTS/YAN/1986, didirikanlah Sekolah Tinggi Ilmu Tarbiyah Annuqayah (STITA) Jurusan Pendidikan Agama Islam, yang dibuka secara resmi pada tanggal 5 September 1986 sekaligus pelaksanaan kuliah perdana, dengan jumlah mahasiswa angkatan pertama 51 orang. Sekalipun Annuqayah memiliki dua perguruan tinggi pada tahun 1986, tetapi baru pada tahun akademik 1991/1992 santri
putri turut serta mengikuti program studi di Perguruan Tinggi Annuqayah dengan mahasiswa angkatan pertama 23 orang yang diterima di STITA. Keterlambatan ini hanya semata-mata karena permasalahan teknis saja. Setelah dilakukan supervisi pada tanggal 9 Agustus 1987, maka sejak tanggal 27 Februari 1989 STISA secara resmi memperoleh status Terdaftar dengan SK. Menteri Agama RI. Nomor 46 Tahun 1989, dan pada bulan Juli 1989
untuk pertama kalinya STISA mengikut sertakan mahasiswa dalam Ujian Negara Cicilan (UNC), sedangkan STITA yang memperoleh Izin Operasional pada tanggal 1 Juli 1987, dan status Terdaftar diperoleh pada tanggal 9 Agustus 1990 dengan SK Menteri Agama RI. No. 160 tahun 1990, dan baru pada bulan Desember 1990 mahasiswa STITA dapat mengikuti Ujian Negara Cicilan (UNC). Hingga saat ini, dengan menyesuaikan diri pada
tuntutan perkembangan dan kebutuhan pengguna lulusan, maka dengan mengacu pada petunjuk dari Kopertais Wilayah IV Surabaya, STISA telah mengalami beberapa perubahan jurusan, dari semula jurusan Tafsir Hadits (TH), menjadi Mu'amalat Jinayat (MJ), dan kini menjadi jurusan Mu'amalat. Sedangkan STITA sejak semula berdiri hingga saat ini tetap dengan jurusan Pendidikan Agama Islam (PAI). Memperhatikan
surat dari Kopertais Wilayah IV Surabaya, nomor: 1249/PP.03.2/KOP-IV/96, tentang perubahan PTAIS, pada tanggal 24 Agustus 1996, Yayasan Annuqayah mengadakan rapat gabungan: Pimpinan Yayasan Annuqayah, Pimpinan STISA dan STITA. Dari rapat tersebut lahir Surat Keputusan Ketua Umum Yayasan Annuqayah Nomor: 59/ST.01/C/IX/1996, tentang penyatuan STISA dan STITA menjadi Sekolah Tinggi Ilmu Keislaman Annuqayah (STIKA), serta penentuan jurusannya yakni Jurusan Mu'amalat dan Jurusan Pendidikan Agama Islam.
Sarana yang dimiliki INSTIKA saat ini meliputi 6 unit gedung berlantai 2 dan 3 yang terdiri dari: 1 gedung perkantoran (1 ruang BAU, 4 ruang untuk Rektor dan Pembantu Rektor, dan 1 ruang Perpustakaan), dan 4 unit gedung Perkuliahan (20 ruang perkuliahan untuk mahasiswa dan 12 ruang perkuliahan untuk mahasiswi).