Pemberontakan Morotai
untuk memberitahu bahwa semangat personel No. 1 TAF berada pada "tingkat yang terlalu rendah" dan menyarankan agar Jones memecat Cobby dan menggantinya dengan Komodor Udara Frederick Scherger. Jones menganggap aksi pilot tersebut "konyol", karena seorang perwira tidak dapat mengundurkan diri secara sah pada masa perang. Jones pun berangkat ke Morotai dari markasnya di Melbourne untuk menyelidiki persoalan ini secara pribadi. Ia
juga mewawancarai para pilot dan menyatakan, "Saya yakin mereka semua tulus dalam mengeluarkan pernyataan dan melakukan apa yang mereka rencanakan... Ya, kepercayaan yang dipegang teguh tak penting betapa buruknya yang mungkin didorong oleh rasa pengabdian bangsa yang agak berlebihan."
Letnan Jenderal Kenney juga terlibat dalam skandal ini setelah diberitahu Bostock. Ia memaksa agar dapat berbicara langsung dengan para pilot mengenai protes Jones bahwa ini adalah masalah disiplin internal RAAF. Dalam kunjungan ke Morotai dari markasnya di Manila, Kenney mencoba membujuk para perwira untuk mempertimbangkan kembali posisi mereka, tetapi ditolak. Ia sepakat dengan Bostock bahwa Cobby harus
digantikan oleh Scherger, dan menyatakan bahwa jika para pilot diadili di pengadilan militer, ia akan hadir untuk membela mereka. Komandan I Corps Angkatan Darat Australia, Letnan Jenderal Leslie Morshead, yang sedang berada di Morotai untuk mempersiapkan kampanye Borneo, ikut mendukung pemecatan Cobby. Morshea dan perwira AD senior lainnya khawatir permasalahan ini dapat mengganggu persiapan pendaratan pasukan Australia di
Borneo. Mereka lantas meminta pendapat Kenney. Jones menyatakan untuk memecat tidak hanya Cobby, tetapi juga para perwira stafnya, Kapten Grup Gibson dan Simms. Scherger diangkat menjadi Air Officer Commanding No. 1 TAF pada tanggal 10 Mei.
Ujung-ujungnya, tidak ada sidang militer yang diadakan untuk mengadili segala tindakan yang terkait dengan "pemberontakan" ini, dan kebanyakan pilot yang terlibat masih terus berdinas sampai perang berakhir. Penyelidikan RAAF membuktikan keabsahan pemecatan Cobby Gibson, dan Simms oleh Jones. Atas permintaan Jones, pemerintah Australia juga melakukan penyelidikan terhadap
rentetan peristiwa di Morotai yang dipimpin oleh Hakim John Vincent Barry. Sejak 16 Mei 1945, penyelidikan tersebut berfokus pada pengunduran diri dan laporan penyelundupan alkohol ilegal antara personel RAAF dan personel AS di pulau itu. Walaupun acuan Barry hanya mencakup No. 1 TAF, penyelidik juga mendengar adanya bukti kecacatan pada komando tinggi Angkatan Udara yang bisa jadi berkontribusi
pada masalah struktur dan semangat personel di Morotai, terutama permusuhan antara Jones dan Bostock yang sengit dan lama atas pemisahan kendali operasional dan administratif RAAF di Pasifik.
Laporan penyelidikan lengkap dirilis bulan Oktober setelah ringkasan temuannya dirilis pada tanggal 14 September 1945. Hakim Barry tidak mempermasalahkan "buku besar" Arthur dan sikap para pilot tersebut. Barry menemukan bahwa mereka memang tulus ingin mengundurkan diri. Tidak ada aksi lebih lanjut yang diambil terhadap mereka atas "pemberontakan" itu sendiri, tetapi Caldwell dan Gibbes diadili di
pengadilan militer atas keterlibatannya dalam penyelundupan alkohol, dan pangkat mereka diturunkan menjadi letnan penerbang. Barry menemukan bahwa Cobby telah "gagal mempertahankan kendalinya atas komandonya", sedangkan Cobby mempertahankan kepemimpinannya di No. 1 TAF. Cobby berpendapat bahwa meski ada "sedikit ketidakpuasan", ini adalah "tanda ketidakpuasan
yang sehat di kalangan perwira tertentu yang ingin lebih banyak beraksi dalam perang daripada yang mereka lakukan sekarang. Sayangnya, 1st T.A.F. tidak berkuasa untuk memberi mereka kerjaan yang lebih penting atau menarik..." Insiden ini tidak mengubah peran RAAF pada hari-hari terakhir perang di Pasifik dan mungkin telah mengganggu persiapan No. 1 TAF menjelang Pertempuran Tarakan. Akan
tetapi, insiden ini berhasil memperbaiki situasi di Morotai dengan bertambahnya semangat pasukan berkat upaya Komodor Udara Scherger. Para "pemberontak" menganggap mereka telah mencapai sebagian besar tujuannya dengan mengubah komando No. 1 TAF dan memicu penyelidikan pemerintah. Berita tentang pengunduran diri, penyelundupan alkohol, dan sidang militer Caldwell diliput besar-besaran di Australia. Pasca
dirilisnya temuan Barry, "The Daily Telegraph" di Sydney berkomentar bahwa "RAAF seharusnya membuat persetujuan yang benar-benar baru. Drama ini berjalan dengan buruk dan kesalahannya banyak sekali". Berkas yang sama menyebut sidang militer Caldwell sebagai "perburuan penyihir". Meski banyak diliput, aksi ini baru dikenal dengan nama ""Morotai Mutiny"" beberapa tahun kemudian. Frasa ini
sudah ada sejak hari-hari pertama insiden tersebut. Kapten Grup Arthur pernah menuliskannya di atas sebuah "aide-mémoire". Ia kemudian mengatakan bahwa, "aliterasi tersebut tampak lebih menarik bagiku". Sesaat setelah menulisnya, ia mencoret kata ""Morotai"" dan menambahkan tanda tanya setelah ""Mutiny"". Istilah ini belum mendapat perhatian publik pada waktu itu, tetapi kata-kata asli Arthur disebut sebagai sumber nama insiden ini.