Pemberontakan Batavia
juga bertanggung jawab atas banyak kasus kekerasan seksual pada anak laki-laki Batavia membuat misi Vitellius tidak berkenan bagi orang-orang Batavia. Ketidakpuasan di tanah air Batavia memuncak dan membuat suasana hubungan antara Romawi-Batavia memanas.
Pada musim panas tahun 69 M, Civilis berkedudukan sebagai komandan pasukan auxilia Batavia ditempatkan dalam legiun Rhine. Mengamati taktik militer Romawi yang dalam posisi lemah akhirnya memberinya ide tentang taktik untuk mengalahkan mereka. Tindakan pertama adalah untuk mengatur umpan dan Civilis memicu sebuah pemberontakan di luar Batavia.
Suku Cananefates yang tinggal di tanah antara Batavia dan Laut Utara. Dengan bujukan Civilis dihasut dalam pemberontakan yang misterisu. Pemberontakan suku Cananefates ini dipimpin oleh kepala suku mereka Brinno yang menyerang beberapa benteng Romawi, termasuk Traiectum (Utrecht). Dengan sebagian besar pasukan di Italia berjuang dalam perang sipil, orang-orang Romawi yang tertangkap basah. Flaccus, komandan legiun
Rhine, mengirim pasukan tambahan untuk mengendalikan situasi. Hasilnya adalah bencana lain untuk Roma. Civilis berperan sebagai dalang pemberontakan dan mengalahkan Roma dekat Arnhem modern.
Untuk menghadapi kekuatan pemberontak yang kuat. Flaccus memerintahkan Alaudae V dan legiun XV Primigenia untuk menangani masalah ini. Kekuatan Romawi terdiri dari tiga unit auxilia, termasuk satu skuadron kavaleri Batavia yang dipimpin Claudius Labeo (dikenal sebagai seorang musuh Civilis). Pertempuran terjadi di dekat Nijmegen modern. Resimen Batavia mengabaikan untuk melawan dengan saudara sebangsa
mereka, hal ini menjadi pukulan tersendiri bagi keruntuhan moral pasukan Romawi. Akibatnya adalah bencana dimana tentara Romawi dikalahkan dan legiun-legiun Roma terpaksa mundur ke markas mereka di Castra Vetera (Xanten modern).
Pada saat ini, orang Batavia yang independen dan jelas berada di atas angin. Bahkan Vespasianus, yang berjuang untuk takhta kekaisaran Vitellius, memberi hormat pada musuhnya yang melakukan pemberontakan, namun ia menghadapi pemberontakan dengan memanggil legiun dari Rhine ke Italia. Olehnya Batavia dijanjikan kemerdekaan dan Civilis digadang-gadangkan akan menjadi raja.
Tetapi untuk alasan pihak Batavia yang misterius, janji Vespasianus tidaklah cukup untuk meredakan perlawanan. Civilis memilih melanjutkan melakukan pemberontakan, ia terus melakukan pembalasan dan bersumpah akan menghancurkan dua legiun Romawi. Waktu pemberontakan dipersiapkan dengan baik, disaat perang sipil Tahun Empat Kaisar pada puncaknya, ia memanfaatkan kesempatan dan peluang tersebut
dimana Roma tidak mampu menghasilkan serangan balik yang efektif atas kekuatan pemberontak. Pada saat yang sama delapan unit auxilia Batavia yang mengabdi sebagai tentara Vitellius sedang dalam perjalanan pulang mereka dengan mudah dibujuk untuk bergabung dengan pemberontak untuk Batavia yang merdeka. Hal ini menjadi penguatan penting, selain terdiri dari sejumlah tentara veteran, jumlah legiun auxillia Batavia ini lebih besar dari gabungan tentara Romawi yang ditempatkan di Moguntiacum (Mainz) dan Bonna (Bonn).
Pada bulan September tahun 69 M, Civilis mulai melancarkan pengepungan terhadap Castra Vetera, kamp yang dipertahankan oleh 5000 tentara dari legiun Alaudae V dan legiun Primigenia XV. Kamp tersebut sangat modern, dipenuhi dengan perlengkapan dan cukup baik sebagai benteng pertahanan berdinding dari batu bata lumpur dan kayu, kamp tersebut juga memiliki menara dan parit ganda. Setelah beberapa kali gagal untuk merebut
kamp dengan paksa, Civilis akhirnya memutuskan melanjutkan pengepungan sehingga pasukan Romawi kelaparan dan menyerah.
Sementara itu, Flaccus memutuskan untuk menunggu hasil dari perang di Italia. Tidak lama sebelumnya, legiun Rhine telah dihukum oleh Galba atas tindakan mereka terhadap Vindex pemberontak Gallia Lugdunensis. Vespasianus memenangkan perang dan Civilis dianggap telah membantu dia untuk menjadi kaisar dengan mencegah setidaknya dua legiun dikepung di Xanten oleh pasukan yang setia kepada
Vitellius. Flaccus dan komandannya tidak ingin mengambil risiko kejanggalan militer kedua dan memutuskan untuk menunggu instruksi.
Namun ketika kabar kekalahan Vitellius tiba di ibukota dan Civilis masih terus pengepungan, Flaccus menyadari bahwa Civilis tidak berjuang untuk Vespasianus, faktanya Civilis berjuang untuk kemerdekaan Batavia. Flaccus mulai mempersiapkan serangan balik untuk menyelamatkan legiun yang terkepung. Civilis tidak akan menunggu sampai mereka sepenuhnya siap dan meluncurkan serangan
kejutan. Di malam hari tanggal 1 Desember delapan resimen kavaleri Batavia menyerang Romawi di Krefeld. Serangan ini berhasil digagalkan oleh tentara Romawi yang memenangkan pertempuran dan menghancurkan kavaleri Batavia. Tetapi kerugian Romawi sendiri sangat besar.
Mengetahui bahwa pasukan Romawi akan datang ke Castra Vetera, Civilis mengakhiri pengepungan dan mengarahkan pasukannya mengancam akan menyerang Moguntiacum. Pasukan Romawi keliru menafsirkan tujuan Civilis bergegas untuk menyelamatkan basis utama mereka di Germania Atas. Tiba di Moguntiacum mereka menerima berita dari aksesi takhta Vespasianus. Flaccus memutuskan untuk merayakan acara tersebut dengan membagikan
sejumlah uang kepada legiun. Tetapi legiun ini secara historis masih setia kepada Vitellius, mantan komandan mereka. Tindakan kemurahan hati Flaccus ditafsirkan sebagai suatu pelanggaran hingga akhirnya Flaccus dibunuh dan meninggalkan tentara Romawi dalam keadaan kebingungan.
Civilis melihat peristiwa ini sebagai kesempatan dan sebelum Romawi tahu apa yang telah terjadi, Civilis dan pasukannya mengepung Castra Vetera sekali lagi.
Tahun 70 dimulai dengan peluang yang mendukung para pemberontak. Dua legiun masih terkepung di Castra Vetera dan sisa tentara Romawi tidak cukup besar untuk mengatasi pemberontakan. Terlepas dari pemberontakan Batavia ditempat lain suku Treveri dan suku Lingones telah menyatakan kemerdekaan Gaul. Julius Sabinus pemimpin besar pemberontak, berhasil membujuk Germanica I dan Gallica XVI untuk bergabung denganya.
Di Castra Vetera para tentara Romawi menghadapi situasi putus asa, persediaan makanan telah habis dan legiun yang mengepung bahkan menjadikan kuda dan keledai mereka sebagai bahan makanan untuk bertahan hidup dan melanjutkan pengepungan. Tanpa harapan yang berarti komandan pasukan Castra Vetera Munius Lupercus, memutuskan untuk menyerah.
Legiun Romawi yang menyerah dijanjikan mendapatkan keamanan atas jiwa mereka ketika meninggalkan kamp yang direbut oleh pemberontak. Semua senjata, bahan artileri dan emas yang tersisa dijarah oleh pemberontak. Alaudae V dan Primigenia XV berbaris keluar dari kamp tetapi setelah beranjak hanya beberapa kilometer dari kamp mereka disergap oleh pasukan Jerman dan dihancurkan.
Komandan dan perwira utama ditangkap sebagai budak dan diberikan sebagai hadiah untuk Veleda (seorang pemimpin agama yang telah meramalkan munculnya kerajaan Batavia).
Setelah keberhasilan ini, Civilis pergi ke Colonia Agrippina (Cologne) dan mendirikan kemah pasukan di sana. Dalam bulan-bulan berikutnya, ia menghabiskan waktunya di tengah suku-suku lain dan mencoba meyakinkan para penduduk mulai Gaul utara dan Germania untuk bergabung dalam pemberontakan.
Pemberontakan di Germania sekarang merupakan ancaman nyata terhadap Kekaisaran. Dua legiun telah hilang, dua orang lain (Germanica I dan Gallica XVI) telah dikendalikan oleh pemberontak. Perkembangan ini tidak bisa dibiarkan lebih lama lagi. Begitu Vespasianus telah berhasil menegakan kekuasaan tertinggi Kekaisaran di tangannya dan situasi di Italia telah dikendalikan, ia memutuskan