Catherine Howard
bahwa Culpeper mengalahkan dirinya dalam soal mendapat perhatian Sang Permaisuri. Kabar burung tentang perjanjian pranikahnya dengan Catherine juga menjadi perhatian Cranmer. Jika perjanjian tersebut telah benar dilangsungkan, terlebih bila perjanjian itu diikuti dengan hubungan seksual, maka secara hukum pernikahan Catherine dan Henry otomatis tidak sah. Namun tidak ada berkas-berkas yang dapat mendukung kabar tersebut, dan bila ada, diduga telah dibakar oleh Agnes Tilney.
Jane Parker diinterogasi dan karena takut disiksa, dia menceritakan semuanya, termasuk saat dia mengawasi dari tangga belakang ketika Culpeper keluar dari ruangan permaisuri. Saat penyelidikan, surat-surat cinta Catherine ditemukan di kamar Culpeper. Jane diinterogasi selama beberapa bulan. Meski tidak disiksa, dia sangat tertekan dan pada awal 1542, Jane dinyatakan gila.
Pada Hari Raya Semua Orang Kudus, 1 November 1541, Henry yang berada di kapel istana menerima surat penangkapan Catherine yang menggambarkan kejahatannya. 7 November 1541, Thomas Cranmer memimpin utusan di Istana Winchester, Southwark, untuk menanyai Catherine, tetapi Cranmer menemukan Catherine dalam keadaan panik dan menyedihkan, dan mengatakan bahwa keadaan Catherine akan membuat siapapun akan mengasihaninya. Cranmer kemudian memerintahkan para penjaga untuk mengenyahkan segala macam benda yang dapat digunakan Sang Permaisuri untuk bunuh diri.
Catherine secara resmi digulingkan dari kedudukannya sebagai permaisuri pada 23 November 1541 dan ditahan di Syon Abbey, Middlesex, bekas biara. Dia tetap di sana sepanjang musim dingin 1541. Majelis Penasihat Raja memaksa Catherine mengembalikan cincin Anne dari Cleves yang diberikan Henry padanya. Henry sendiri ada di Hampton Court, tetapi Catherine tidak melihatnya lagi. Namun terlepas dari segala pernuatan Catherine, pernikahan Henry dan Catherine tidak pernah dibatalkan secara resmi.
Pada 1 Desember 1541, Thomas Culpeper dan Francis Dereham diseret ke Guildhall atas dakwaan pengkhianatan dan akan dijatuhi hukuman sebagaimana para pengkhianat, yaitu digantung, ditarik, dan dipotong-potong. Kedua terdakwa mengajukan petisi pada Raja agar diizinkan mati dengan dipenggal, tetapi hanya petisi Thomas Culpeper yang dikabulkan, dikarenakan kedekatannya dengan Raja sebelum skandal ini terjadi. Mereka dihukum mati di Tyburn pada 10 Desember. Kepala mereka kemudian ditancapkan di Jembatan London.
Dalam kasus ini, beberapa kerabat Catherine juga turut ditahan di Menara London, terkecuali pamannya, Thomas Howard sang Adipati Norfolk, yang telah menjauhkan diri dari skandal tersebut dan mundur di Kenninghall. Meski begitu, putranya, Henry Howard yang seorang penyair tetap menjadi orang dekat Henry. Mengetahui keluarganya mengalami kejatuhan, Thomas Howard menulis surat permohonan maaf kepada Henry pada 14 Desember dan menimpakan segala kesalahan kepada Catherine dan Agnes Tilney.
Catherine dihukum mati pada Senin, 13 Februari 1542. Malam sebelumnya, dipercaya Catherine berlatih berjam-jam untuk meletakkan kepalanya di balok. Dia meninggal dengan cukup tenang, tetapi juga tampak pucat dan ketakutan. Dia sendiri meminta pendampingan saat menaiki perancah. Dia membuat pernyataan bahwa hukuman yang dia terima adalah "pantas dan adil", meminta pengampunan untuk
keluarganya dan berdoa untuk jiwanya. Menurut cerita populer, kata-kata terakhirnya adalah "aku mati sebagai permaisuri, tetapi aku lebih memilih mati sebagai istri Culpeper", meskipun tidak ada saksi mata yang mendukung pernyataan ini. Alih-alih, laporan menyatakan bahwa Catherine meminta ampun atas segala dosanya dan mengakui bahwa dirinya pantas
menerima "ribuan kali kematian" karena telah mengkhianati Raja yang telah memperlakukannya dengan baik. Catherine dipenggal dengan satu tebasan kapak. Jane Parker juga dipenggal setelah Catherine, tetapi Agnes Tilney dibebaskan.
Jenazah Catherine dan Jane Parker dikebumikan tanpa nisan di dekat Kapel St Peter ad Vincula, bersama jasad Anne Boleyn dan George Boleyn dimakamkan. Setelah kejadian ini, keluarga Howard menghapus lukisan Catherine dari galeri gambar keluarga mereka.