Masjid Agung Kauman Pleret
Tahun 2008 dilakukan ekskavasi tahap kelima yang menitikberatkan pada bagian barat situs (pondasi dinding sebelah barat, struktur sudut barat daya, dan struktur barat laut), struktur umpak dan landasan di bagian tengah serta bagian timur masjid. Ekskvasi tahap ke VI pada tahun 2009 berhasil mendapatkan data pintu masuk sebelah timur yang mebujur arah utara-selatan sepanjang 175 cm dan memiliki lebar 50 cm.
Penelitian dan ekskavasi tahap VII tahun 2010 dilakukan di sektor barat, barat daya dan timur. Hasil penelitian menunjukkan bahwa di sebelah barat daya situs Masjid Agung Gedhe Kauman Pleret terdapat bangunan pendukung masjid yang diperkirakan sebagai tempat tinggal imam. Di sisi selatan ada indikasi terputusnya struktur pondasi dinding masjid. Temuan di sisi timur menunjukan
adanya stuktur yang diperkirakan bagian dari struktur serambi, sedangkan di sisi barat menunjukan indikasi perbedaan ketinggian antara lantai pengimaman dan lantai jamaah.
Ekskavasi terakhir dilaksanakan pada tahun 2017 bertujuan untuk mengungkap keberadaan banguna masjid secara keseluruhan baik denahnya maupun komponen bangunan yang ada pada masjid tersebut. Upaya mengungkap denah masjid dan komponen masjid ini penting dilakukan sebagai dasar bagi pemanfaatan situs ini sebagai situs museum.
Hasil penelitian Mundardjito menunjukkan bahwa ada enam variabel sumberdaya lingkungan yang dapat diamati di sekitar Cagar Budaya Masjid Agung Pleret: Ketinggian situs ini sekitar 57 mdpl dan termasuk dalam kategori dataran rendah. Kontur tanah tidak merata atau menurun. Tanah di sisi barat lebih tinggi daripada sisi timur. Jenis tanah yang diketahui dari kotak ekskavasi adalah tanah humus dan tampaknya sudah teraduk.
Adapun kelerengan situs adalah  2%. Lokasi kelerengan 0-2% dapat dikatakan memiliki kelerengan rata atau hampir rata.
Bentuk lahan Dusun Kauman, Pleret dikategorikan ke dalam bentuk dataran fluvio vulkanik (Dfg) yang rentang ketinggiannya mulai dari 125 mdpl hingga 0 mdpl di daerah pantai selatan.
Tanah di sekitar situs dapat dikategorikan sebagai tanah kambisol dengan tekstur geluh berpasir hingga gelur berlempung, struktur remah hingga gumpal, gembur hingga teguh dan agak lekat bila dalam kondisi basah, berwarna cokelat hingga cokelat kelabu, permeabilitas sedang, daya serap terhadap air tinggi serta tanah dapat diolah dengan ringan.
Disebabkan bentuklahannya merupakan dataran fluvio vulkanik, maka jenis batuannya juga termasuk dalam batuan vulkanik muda yaitu batuan hasil proses pengendapan material asal gunungapi yang terdiri dari tufa.
Keraton Pleret dibatasi oleh dua sungai yaitu Kali Gajah Wong di sebelah barat dan Kali Opak di sebelah timur. Kedua sungai ini diperkirakan berperan penting terhadap keberadaan Masjid Kauman Pleret. Salah satunya sebagai sumber air untuk mengairi jagang masjid yang diperkirakan dialirkan dari Kali Opak melalui kanal buatan yang melewati masjid tersebut.
Dinamika yang terjadi dalam rentang waktu yang cukup panjang telah menyebabkan situs ini tinggal reruntuhan. Sejarah Masjid Agung Kauman Pleret sebagai bagian dari perjalanan panjang Kesultanan Mataram Islam perlu dilakukan upaya rekonstruksi, penataan kembali dan perlindungan agar situs tidak semakin rusak. Sebaliknya, situs ini dapat lebih bermanfaat untuk khalayak umum.
Upaya pelestarian pertama kali dilakukan tahun 2016. Pada saat itu dilakukan penataan dan perlindungan situs dari cuaca hujan dan panas. Pelestarian tahap kedua dilaksanakan tahun 2017. Pelstarian tahap kedua berupaya untuk membuat situs ini menjadi museum berbasis situs arkeologi atau situs museum.