Pertempuran Jolo
Sultan Qudarat secara resmi dinobatkan sebagai Sulu Sultan Nasir ud-Din di Bauang atau Jolo, sekitar akhir tahun 1645, sementara Salikula dan Wasit tetap di Tawi-Tawi. Pada tanggal 14 April 1646, Pemerintah Spanyol Manila menandatangani perjanjian damai dengan Sulu Sulta Nasir ud-Din yang mengakui kemerdekaan kesultanan dari Spanyol, hak kedaulatannya untuk memperluas ke
Tawi-Tawi Group sejauh pulau Tup-Tup dan Balabac di Palawan, dan monopolinya pada perdagangan Maguindanao-Sulu-Borneo.
Sultan Nasir ud-Din memerintah sampai 1648, ketika, setelah kematian putra Wasit, Salikula (kadang-kadang dieja Sarikula) Wasit menegaskan haknya untuk memerintah sebagai Sultan sekali lagi, dan Nasir ud-Din diminta untuk turun takhta. Namun, pemerintahan kedua Sultan Muwallil Wasit akan berumur pendek, ketika ia meninggal pada sekitar tahun 1649 atau 1650, memberi jalan kepada putranya, Pangiran Bakhtiar untuk menjadi Sultan.
Mindanao dan Sulu tidak akan pernah sama setelah de Corcuera melangkah masuk, dalam upayanya untuk menenangkan dan menyatukan pulau-pulau Filipina menjadi satu koloni bangsa Spanyol. Keterlibatannya dalam interior Maguindanao menyebabkan Qudarat dan Datus lain dari Mindanao untuk memulai pembentukan kembali dan membentuk menjadi entitas politik yang lebih besar. Untuk
pertama kalinya dalam sejarah, Kesultanan Maguindanao dapat diakui sebagai negara Islam dan sebuah kerajaan yang bersatu, dengan gabungan pemerintahan Buayan, Cotabato-Maguindanao di bawah Qudarat, dan para Sultan Lanao untuk membentuk ke dalam satu bangsa.
Beberapa tahun kemudian, hampir semua pasukan di Mindanao dipanggil kembali ke Manila untuk mempertahankannya dari serangan yang diharapkan oleh Perompak Tiongkok Koxinga. Hal ini memungkinkan Kesultanan di selatan untuk berkumpul kembali dan mulai memobilisasi pasukan mereka, karena mereka sekarang tidak terganggu, karena ketidakhadiran dan pengabaian banyak benteng, terutama dari
Zamboanga. Serangan oleh Koxinga tidak pernah datang dan Mindanao mengalami periode perdamaian dan stabilitas relatif yang ditandai oleh peningkatan perdagangan dan produksi, serta mobilisasi militer.
Dampak pada Sulu juga signifikan. Meskipun pendudukan Jolo sudah lama, dan epidemi yang menyebabkannya, prestise Kesultanan akan tumbuh seiring perdagangan berlanjut dan Monopoli terkonsolidasi dengan perdagangan dengan Kalimantan dan Belanda. Kekayaan baru datang mengalir masuk dan Kesultanan pada akhirnya akan mencapai puncaknya pada abad ke-18. Namun, dampaknya juga negatif bagi Sulu, perang
telah merusak ladang-ladang di pulau utama dan kurangnya beras terbukti, masalah yang akan dihadapi Sulu pada abad ke-19 dan seterusnya. Jolo mungkin telah ditangkap kembali, tetapi Sultan dan istananya tidak akan melihat Jolo lagi sampai tahun 1736 ketika istana akan dipindahkan ke Jolo dari Tawi-Tawi.
Dampak yang ditimbulkannya terhadap para pemimpin perang juga akan sangat besar. Sultan Muwallil Wasit dipermalukan oleh kekalahannya oleh Corcuera dan tidak pernah benar-benar ditebus sampai Son Sarikula berjuang melawan orang-orang Spanyol. Dia dikenang sebagai pahlawan Sulu yang gagah berani.
Salikula, pewaris takhta Sulu memerintah selama 4 setengah tahun sebagai Sultan de facto, tidak pernah benar-benar mengalami kekuatan Sultan penuh.
Sultan Qudarat akan tetap menentang orang-orang Spanyol dan akan terus merampok pantai-pantai di Filipina Spanyol, sampai kematiannya pada usia 90 tahun, setelah memerintah sebagai Sultan di hampir semua Mindanao, dan sebagai Sultan Sulu.
Sebastian de Corcuera tidak akan disambut sebagai pahlawan di Manila, karena ia telah membuat banyak musuh, terutama di gereja, dan reputasinya sebagai salah satu gubernur Filipina yang paling inovatif dan sukses segera dihapus dari memori oleh gereja, dan masa jabatannya berakhir pada 1644. Karier dan kampanyenya dalam perang Moro termasuk yang paling sukses di seluruh konflik. Dia berhasil
mempertahankan Jolo selama 8 tahun, pertama kalinya dalam sejarah bahwa orang Spanyol menduduki Jolo untuk jangka waktu yang lama. Ekspedisinya untuk menenangkan Moro juga memunculkan berbagai drama komik di seluruh nusantara, yang menggambarkan pertarungannya dengan Moro, drama lucu ini akan menjadi bagian integral dari budaya dan seni Filipina sebagai "Moro-moro" atau "Moros y Cristianos".
Namun apa yang tidak berubah adalah bahwa hampir semua Kerajaan di Filipina selatan tetap independen dan kuat. Perompak Moro terus merusak dan menyerang pantai Filipina dan tidak ada serangan militer Spanyol lainnya yang akan mendekati keberhasilan Corcuera, sampai abad ke-19.