Serangan-serangan Mongol ke Tibet
ekspedisi Kublai ke Yunnan, nomor dua, Uriyangkhadai, harus ditempatkan di Tibet pada tahun 1254-55 mungkin untuk menekan suku-suku seperti perang di Tibet. Hulegu menunjuk wakilnya, Kokochu, di Tibet pada pertengahan tahun 1250-an saat berbaris menuju Iran. Sejak itu, wangsa Ilkhan memiliki harta di Tibet.
Pada tahun 1265 Qongridar menghancurkan daerah Tufan/mDo-smad, dan dari tahun 1264 hingga 1275 beberapa kampanye menenteramkan masyarakat Tibet dan Yi di Xifan di sekitar Xichang modern. Pada tahun 1278 moyang Mongol: tumen dan pos-pos jalan dicapai melalui mDo-khams sejauh barat Litang.
Tibet ditaklukkan ke Kekaisaran Mongol di bawah kekuasaan administrasi Mongolia, tetapi wilayah itu diberikan dengan tingkat otonomi politik. Kubilai Khan kemudian akan memasukkan Tibet ke dalam Dinasti Yuan, dan wilayah itu secara administratif terpisah dari provinsi Dinasti Song Tiongkok.
Menurut pandangan tradisional Tibet, khan dan lhama menjalin hubungan "imam-pelindung". Ini berarti manajemen administratif dan bantuan militer dari Khan dan bantuan dari Lama dalam masalah spiritual. Tibet ditaklukkan oleh bangsa Mongol sebelum invasi Mongol ke Tiongkok Selatan. Setelah penaklukan dinasti Song, Kubilai Khan mengkonsolidasikan Tibet ke dalam dinasti Yuan yang baru, tetapi Tibet diperintah di bawah Biro urusan Buddha dan
Tibet (Xuanzheng Yuan), terpisah dari provinsi-provinsi Tiongkok. Bangsa Mongol memberi Sakya lama otoritas politik tingkat, tetapi mempertahankan kendali atas administrasi dan militer wilayah tersebut. Sebagai upaya untuk menguasai kedua wilayah itu sambil mempertahankan identitas Mongol, Kublai Khan melarang orang Mongol menikahi orang-orang Tionghoa, tetapi membiarkan sistem administrasi
dan hukum Tiongkok dan Tibet tetap utuh. Meskipun sebagian besar institusi pemerintah yang didirikan oleh Kublai Khan di istananya mirip dengan yang ada di masa dinasti Tiongkok sebelumnya, Tibet tidak pernah mengadopsi ujian kekaisaran atau kebijakan Neo-Konfusianisme.
Biksu Buddha dari Tibet sangat populer dan dihormati di negara yang dikuasai Mongol-Iran (Ilkhanate), Mongolia, Tiongkok (Yuan) dan Asia Tengah (Kekhanan Chagatai). Menjelang akhir Dinasti Yuan pada pertengahan abad ke-14, Tibet mendapatkan kembali kemerdekaannya dari Mongol.
Suku Oirat dikonversi ke agama Buddha Tibet sekitar tahun 1615, dan itu tidak lama sebelum mereka terlibat dalam konflik antara sekolah Gelug dan Karma Kagyu. Atas permintaan sekolah Gelug, pada 1637, Güshi Khan, pemimpin Khoshut di Koko Nor, mengalahkan Choghtu Khong Tayiji (1581-1637), pangeran Khalkha yang mendukung sekolah Karma Kagyu.
Tsogtu Khuntaiji telah mendirikan pangkalan di sungai Tuul. Dikenal sebagai seorang intelektual, ia memeluk sekte Karma dan membangun biara dan istana. Dia menyerahkan dirinya ke Ligdan Khan, khan terakhir dari Mongol. Dia mengambil bagian dalam kampanye Ligdan ke Tibet untuk membantu sekte Karma meskipun Ligdan Khan meninggal pada tahun 1634 sebelum mereka bergabung bersama. Tapi Tsogtu mengejar
kampanyenya. Pada tahun yang sama ia menaklukkan Tümed di sekitar Kokonor (Danau Qinghai) dan memindahkan pangkalannya di sana. Atas permintaan Shamar Rabjampa ia mengirim pasukan di bawah putranya Arslan ke Tibet tengah pada 1635. Namun, Arslan menyerang sekutunya, tentara Tsang. Dia bertemu Dalai Lama kelima dan memberi penghormatan kepada biara-biara Gelukpa, daripada menghancurkannya. Arslan akhirnya dibunuh atas perintah Choghtu.
Sekte Geluk meminta bantuan Törü Bayikhu (Güshi Khan), pemimpin suku Khoshut suku Oirat konfederasi. Pada 1636 Törö Bayikhu memimpin Khoshut dan Zunghar ke Tibet. Pada tahun berikutnya perang yang menentukan antara Tsogtu Khuntaiji dan Törü Bayikhu berakhir dengan kemenangan terakhir dan Tsoghtu terbunuh.
Dia secara tradisional digambarkan sebagai jahat oleh sekte Geluk. Di sisi lain, film Mongolia "Tsogt taij" (1945) memperlakukannya sebagai pahlawan nasional. Itu mencerminkan sikap rezim komunis terhadap agama Buddha Tibet.
Dengan kemenangannya yang menghancurkan Tsogtu, Güshi Khan menaklukkan Amdo (kini Qinghai). Penyatuan Tibet diikuti pada tahun 1641-42, ketika Güshi Khan menyerbu Tibet Tengah dan mengalahkan Dinasti Tsangpa pribumi. Setelah kemenangannya dia diproklamasikan (Chogyal), yaitu Raja Dharma, atau Pengajaran, oleh Dalai Lama Kelima. Dengan kejadian ini pembentukan Kekhanan Khoshut
dikonfirmasi. Gushi khan diberikan kepada otoritas Dalai Lama atas Tibet dari Dartsedo ke Ladakh. Gelar "Dalai Lama" sendiri sebelumnya telah diberikan kepada lama ketiga dari silsilah Gelug tulku oleh Altan Khan (berbeda dengan Altan Khan dari Khalkha), dan berarti, dalam bahasa Mongol, "Laut Kebijaksanaan."
Amdo, sementara itu, menjadi rumah bagi Khoshut. Keturunan Güshi Khan terus memerintah sebagai raja-raja Dharma (Chogyals) Tibet, meskipun mereka dikalahkan oleh Dalai Lama dan pemangku takhtanya untuk waktu yang lama. Pada tahun 1717, bagaimanapun, Dzungaria, yang dipimpin oleh saudara Tsewang Rabtan, Tsering Dondup, menyerang Tibet. Para penjajah mengalahkan dan
membunuh Lha-bzang Khan (khan terakhir Kekhanan Khoshut), cicit Güshi Khan dan raja Dharma kelima Tibet. Orang-orang Dzungaria menggulingkan pretender ke posisi Dalai Lama yang sebelumnya dipromosikan oleh Lha-bzang Khan. Dalai Lama ke-5 telah mendorong lama Mongolia untuk mencegah pengajaran non-dGe-lugs-pa di antara bangsa Mongol. Orang Dzungaria segera mulai menjarah Lhasa,
sehingga kehilangan niat baik awal Tibet terhadap mereka. Banyak Nyingmapa dan Bonpo dieksekusi dan warga Tibet yang mengunjungi pejabat Zunghar dipaksa untuk menjulurkan lidah mereka sehingga para Zunghar dapat mengetahui apakah orang tersebut mengucapkan mantra yang konstan (yang dikatakan membuat lidah menjadi hitam atau coklat). Ini memungkinkan mereka untuk memilih Nyingmapa dan Bonpo, yang membacakan banyak mantra
sihir. Kebiasaan menjulurkan lidah ini sebagai tanda hormat untuk menyapa seseorang tetap merupakan kebiasaan Tibet sampai saat ini.
Serangan Zunghar merupakan tantangan bagi kebijakan kekaisaran Kaisar Kangxi, karena Lha-bzang Khan telah bersekutu dengan dinasti Qing. Kaisar membalas pada 1718, tetapi ekspedisi militernya menderita logistik yang tidak memadai dan dimusnahkan oleh Zunghar pada Pertempuran Sungai Salween yang tidak jauh dari Lhasa. Ekspedisi kedua dan yang lebih besar dikirim
oleh Kaisar dan bertemu dengan kesuksesan yang cepat. Manchu mengusir pasukan Tsewang Rabtan dari Tibet pada tahun 1720 dan pasukan dipuji sebagai pembebas. Mereka membawa Kälzang Gyatso bersama mereka dari Kumbum ke Lhasa dan dia dipasang sebagai Dalai Lama ke-7 pada tahun 1721. Pada tahun 1723 Lobzang Danjin, keturunan Güshi Khan lainnya, membela Amdo terhadap
upaya dinasti Qing untuk memperluas kekuasaannya ke Tibet, tetapi dihancurkan pada tahun berikutnya. Dengan demikian, Amdo jatuh di bawah dominasi Tiongkok.