Umat Katolik Mangalore
penduduk yang mau memeluk (konversi) Kekristenan. Jumlah penduduk setempat yang melakukan konversi di Kanara Selatan terus meningkat hingga tahun 1546. Selama pertengahan abad ke-16, orang-orang Portugis tersebut menghadapi perlawanan dari Abbakka Rani dari Ullal, Ratu wangsa Bednore. Hal ini segera menghentikan segala bentuk konversi. Pertempuran pertama antara Abbakka Rani dan orang-orang Portugis terjadi pada tahun 1546; sang ratu tampil sebagai pemenang dan memaksa Portugis keluar dari Kanara Selatan.
Pada tahun 1510, armada Portugis di bawah pimpinan Afonso de Albuquerque, dikirim oleh Raja Manuel I dari Portugal, merebut negara bagian Goa dari Sultan Yusuf Adil Shah dari Bijapur. Tahun 1534, Keuskupan Goa didirikan. Tidak lama kemudian para misionaris dikirim ke Goa, yang menyebabkan konversi penduduk dalam jumlah yang lumayan besar ke Katolik Roma. Bagian terbesar dari para pemukim Kristen datang
dalam tiga gelombang migrasi besar menuju Kanara Selatan. Semua migrasi ini berlangsung selama berbagai periode gejolak besar: Inkuisisi Goa terjadi sejak tahun 1560; peperangan antara bangsa Portugis-Adil Shahi terjadi antara tahun 1570-1579; dan peperangan antara bangsa Portugis-Maratha terjadi antara tahun 1667-1683 dan 1737-1740. Faktor-faktor lain yang menyebabkan migrasi
massal adalah wabah penyakit, bencana kelaparan, bencana alam, kepadatan penduduk yang berlebihan, kondisi hidup yang buruk, beban pajak yang berat, dan diskriminasi sosial oleh orang-orang Portugis.
Pada tahun 1542 Fransiskus Xaverius, seorang Yesuit dari Navarra dan rekan pendiri Serikat Yesus, tiba di Goa. Ia menemukan bahwa orang-orang yang baru memeluk Kristen mempraktikkan kembali tradisi dan kebiasaan Hindu. Ia kemudian meminta Raja Portugal Joo III untuk melakukan suatu Inkuisisi di Goa pada tahun 1545. Banyak leluhur orang-orang Goa dari umat Katolik Mangalore masa kini yang
melarikan diri dari Goa ketika Inkuisisi dimulai pada tahun 1560. Raja Sebastio I menetapkan bahwa setiap jejak kebiasaan atau adat India harus dihapus melalui Inkuisisi tersebut. Banyak umat Kristen Goa yang dengan gigih mempertahankan beberapa kebiasaan India mereka yang telah ada sejak dahulu, terutama kostum pernikahan Hindu tradisional mereka, dan menolak untuk meninggalkannya.
Mereka yang menolak untuk menaatinya terpaksa meninggalkan Goa dan menetap di luar kekuasaan Portugis, yang mengakibatkan gelombang migrasi besar pertama menuju Kanara Selatan.
Umat Kristen yang meninggalkan Goa sebagian besarnya merupakan para agrikulturis terampil yang meninggalkan lahan beririgasi mereka di Goa untuk memperoleh kebebasan. Sisanya merupakan para pedagang, pengrajin, pandai emas, dan tukang kayu terampil. Pada saat terjadinya migrasi, Kanara diperintah oleh Raja Keladi Shivappa Nayaka (1540-1560). Ia menunjukkan minat yang besar dalam
pembangunan pertanian di kerajaannya dan menyambut para agrikulturis ini, memberikan lahan subur kepada mereka untuk dibudidayakan. Mereka direkrut ke dalam angkatan bersenjata wangsa Bednore. Hal ini dikonfirmasi oleh Francis Buchanan, seorang dokter Skotlandia, ketika ia mengunjungi Kanara pada tahun 1801. Dalam bukunya "A Journey from Madras through the Countries of Mysore, Canara and Malabar" (1807), ia menyatakan
bahwa "Para pangeran dari Ikkeri tersebut memberi dorongan semangat yang besar bagi umat Kristen, dan menyebabkan 80000 di antara mereka menetap di Tuluva." Kemudian, pernyataan ini diidentifikasi sebagai suatu kesalahan potensial dan seharusnya dibaca "8000". Jumlah tersebut mencakup emigrasi umat Kristen yang kedua dari Goa. Kebijakan perpajakan wangsa Nayaka dari Keladi selama tahun
1598-1763 memungkinkan para migran Katolik Goa untuk tampil sebagai bangsawan pemilik tanah yang terkemuka di Kanara Selatan. Para migran ini umumnya membawa membawa modal mereka masing-masing dari Goa, yang mereka investasikan dalam lahan baru mereka, sehingga secara tidak langsung memberikan kontribusi terhadap kemakmuran kerajaan Keladi.
Berdasarkan perjanjian sementara antara bangsa Portugis dan para penguasa Bednore, serta Padroado, umat Kristen diizinkan untuk membangun gereja-gereja; hal ini mendorong pertumbuhan Kekristenan di Kanara Selatan. Datangnya bangsa Inggris dan Belanda menghentikan aktivitas bangsa Portugis, dan mereka secara bertahap tidak dapat lagi mengirim sejumlah misionaris yang dibutuhkan ke Mangalore. Shivappa Nayaka
sebelumnya telah mengusir Portugis dari benteng-benteng mereka beberapa saat sebelum tahun 1660, yang mana mengakibatkan perubahan cukup besar dalam situasi gerejawi. Penunjukan Vikaris Apostolik Mangalore dirasakan oleh Takhta Suci sebagai suatu hal yang penting. Nayaka menekan otoritas gereja untuk menunjuk seorang imam pribumi sebagai Vikaris Apostolik, dan menyebabkan ditunjuknya Pastor
Andrew Gomez untuk menempati posisi tersebut; namun ia keburu meninggal sebelum surat penunjukkannya sampai di Mangalore.
Atas rekomendasi Vikaris jenderal Verapoly, Mgr. Joseph Sebastiani, Paus Klemens X menunjuk Uskup Thomas de Castro, seorang Theatines Goa dan Uskup Fulsivelem, sebagai Vikaris Apostolik "Propaganda Fide" di Vikariat Kanara pada tanggal 30 Agustus 1675, dengan maksud menyediakan kepemimpinan rohani bagi umat Kristen Kanara. Setelah konsekrasinya, ia pertama kali pergi ke Calicut dan kemudian pindah Mangalore,
dimana ia menjalankan tugasnya sejak tahun 1677 hingga 1684. Pada tahun 1677, Uskup de Castro mengalami suatu konflik dengan Uskup Agung Goa, Dom Frei António Brando, karena sang uskup mengabaikannya sebagai Padroado. Akibatnya mereka tidak saling berbagi wewenang kepadanya kendati ada surat penunjukan dari Paus. Konflik antara Padroado-"Propaganda" memisahkan umat Katolik di Kanara
menjadi dua pihak-mereka yang mengakui kewenangan (yurisdiksi) Uskup Agung Padroado di Goa dan mereka yang mendukung Uskup de Castro.
Orang-orang Portugis menolak mengakui penunjukan Uskup de Castro dan menentang dengan keras berbagai aktivitasnya. Kematian Uskup Agung Brando secara mendadak pada 6 Juli 1678 membuat situasi bertambah rumit, dan kapitel katedral ("cathedral chapter") yang mengelola Keuskupan Agung Goa setelah kekosongan takhta akibat kematiannya, melarang umat Katolik Kanara menerima sakramen-sakramen dari sang uskup atau dari para imam
yang ditunjuk olehnya. Sebaliknya, Uskup de Castro mengekskomunikasi umat Katolik yang tunduk pada otoritas sang Padroado di Goa dan para imam mereka. Pada tahun 1681, Takhta Suci menunjuk imam Goa lainnya, Pastor Joseph Vaz, sebagai "Vicar Forane" Kanara; ia diminta untuk tidak tunduk pada Uskup de Castro kecuali ia diperlihatkan surat penunjukannya. Namun setelah diyakinkan akan
keabsahannya, Pastor Vaz tunduk kepada Uskup de Castro dan menghasilkan suatu perdamaian. Ia kemudian berhasil membujuk Uskup de Castro untuk mendelegasikan kewenangan kepadanya sementara sang uskup tetap pada posisinya. Pada tahun 1700, umat Katolik di Kanara kembali berada di bawah yurisdiksi Uskup Agung Padroado di Goa.
Gereja Milagres, salah satu gereja tertua di Kanara Selatan, dibangun pada tahun 1680 oleh Uskup Thomas de Castro. Sebelumnya pada tahun 1568, Gereja "Nossa Senhora do Rosário de Mangalore" (Bunda Maria Ratu Rosari dari Mangalore) didirikan oleh Portugis di Bolar, Mangalore. Sementara Gereja "Nossa Senhora de Mercês de Velala" (Bunda Maria Bunda Kerahiman dari Ullal) dan Gereja "So Francisco de Assis"
(Santo Fransiskus Asisi) di Farangipet didirikan oleh Portugis di Kanara Selatan pada rentang waktu yang bersamaan. Ketiga gereja tersebut disebutkan oleh penjelajah Italia Pietro Della Valle, yang mengunjungi Mangalore pada tahun 1623.