Peter Petrelli
kembali ke apartemennya lalu mendapati Mohinder dan Nathan. Mohinder percaya bahwa dia dapat membantu Peter sementara Nathan mendesak Peter untuk tidak kabur lagi. Untuk lolos, Peter berpura-pura mempertimbangkan bantuan mereka, kemudian berjalan keluar. Mohinder dan Nathan terkejut melihat jendela yang terbuka dan menganggap Peter telah terbang; Walaupun Peter sebenarnya bersembunyi secara tak terlihat dengan Claude, oleh sebab Claude telah bersedia melatih dia mengendalikan kemampuan super.
Pelajaran dimulai dengan menyuruh Peter meninggalkan orang-orang yang disayanginya. Peter menolak, tetapi Claude mengatakan bahwa peduli tentang orang-orang- khususnya Nathan- akan membawa dia kembali seperti semula. Claude mengingatkan Peter bahwa ia harus berusaha keras untuk memanfaatkan kekuatan-kekuatan yang selama ini dia dapat. Claude mencoba memotivasi Peter untuk melakukan hal
ini dengan mendorong dia dari atap gedung tinggi dan menyuruhnya terbang. Peter jatuh ke sebuah taksi dan terluka parah, tetapi ia selamat dengan mengingat Claire Bennet dan menyalin kekuatannya. Peter menyadari bahwa ia tidak perlu menghapus banyak hal dari pikirannya; ia hanya perlu mengingat cara yang membuatnya memiliki "super power" untuk mempergunakan kemampuan yang
telah ia dapat. Akan tetapi Peter mulai kehilangan kendali karena memikirkan terlalu banyak kemampuan sekaligus lalu jatuh pingsan.
Peter terbukti memiliki kontrol lebih kuat terhadap kemampuan yang telah dia serap. Selama sesi perdebatan dengan Claude, Peter menggunakan telekinesis untuk melindungi dirinya dari pukulan. Hal ini membingungkan Claude karena tidak ada kenalan Peter yang memiliki kekuatan itu. Peter menduga bahwa ia mendapatnya dari pemburu Claire, Sylar, ketika berada di Texas. Tiba-tiba Mr. Bennet dengan
orang Haiti menangkap Peter dan Claude karena pengkhianatan Isaac, sehingga Peter terpaksa melesat terbang untuk menyelamatkan diri. Claude menyalahkan Peter yang dia tuduh sengaja memanggil Bennet dan orang Haiti untuk menangkapnya. Claude mengungkapkan bahwa selama ini ia tetap tak terlihat untuk menghindari mereka, dan meninggalkan Peter sendiri.
Peter kemudian menemui Isaac tentang pengkhianatan ini, tapi Isaac bersikeras bahwa apa yang ia lakukan akan menyelamatkan dunia. Peter, bagaimanapun juga, menyimpulkan bahwa rasa cemburu yang memotivasi Isaac. Ketika Isaac mencoba untuk menembak dia, Peter menjadi tak terlihat. Dalam kepanikan, Isaac meminta supaya Peter mengungkapkan dirinya. Ketika Simone memasuki ruangannya, Isaac menembak dua kali di
dadanya, walau sebenarnya ia maksudkan kepada Peter. Peter memeluk Simone dan Isaac menangis menyadari ia membuat seseorang jatuh sekarat. Peter pergi untuk menemui Mohinder Suresh, akan tetapi Sylar menyergapnya. Untuk melawan dia, Peter menjadi tak terlihat, tetapi Sylar berupaya diam-diam dengan menyebar pecahan kaca dimana-mana, salah satunya menyerang Peter pada
bagian belakang kepala, menjadikan dia pingsan lalu Sylar diserang oleh Suresh. Suresh kemudian mengantarkan tubuh Peter ke rumah Nathan. Semua orang percaya Peter telah mati, akan tetapi setelah Claire menarik kaca dari belakang kepala Peter, dia pulih.
Percaya bahwa ia akan menjadi orang yang menyebabkan ledakan, Peter mencoba meyakinkan Claire untuk tetap di dekatnya, sebagaimana kemampuan Claire dapat menghentikan dia dari mati meledak. Saat Peter berjumpa dengan Ted, tangan Peter mulai bersinar, tetapi Peter berhasil mengendalikan kekuatan yang baru diserap. Mereka memutuskan untuk segera meninggalkan kota dan menggagalkan bencana yang diramalkan,
tetapi FBI menangkap Ted. Sylar menyerang kendaraan FBI dan mencuri kekuatan Ted setelah membunuh dia. Menyadari bahwa Sylar sekarang memiliki kekuatan Ted, Peter mengasumsikan bahwa Sylar yang akan menyebabkan ledakan nuklir.
Peter berniat menghadapi Sylar di Kirby Plaza untuk menghentikannya. Matt Parkman dan Niki Sanders juga hendak menolong Peter. Peter mendapat kekuatan lebih dari Niki. Peter bisa mengalahkan Sylar, tetapi kedua tangannya mulai menandakan akan meledak dan Peter takut bahwa ia tidak dapat mengontrol kemampuan ini menjadi orang yang meledak. Sylar menyatakan bahwa Peter adalah orang jahat sedang dirinya
yang menjadi pahlawan. Tiba-tiba Hiro muncul dan menusuk Sylar dengan pedang. Claire sempat berupaya menembak Peter, namun rencana ini digagalkan Nathan yang menghindarkan bencana dengan menerbangkan Peter tinggi ke langit dimana Peter meledak tanpa menghancurkan New York. Segera setelah ledakan, Peter pulih, kemudian menyelamatkan saudaranya yang hangus terbakar.
Setelah mengantarkan saudaranya ke rumah sakit, Peter ditangkap oleh Bob dan Elle Bishop dan dibawa ke sebuah fasilitas The Company. Bob menyatakan bahwa The Company sedang mengembangkan obat untuk sebuah "penyakit" dan adalah pilihan terbaik bagi Peter untuk tinggal di fasilitas itu. Peter memilih berada di fasilitas karena tidak bersedia untuk membahayakan orang lain, terlebih setelah nyaris meledak di Kirby Plaza. Bagian dari perawatan termasuk "pil Haiti" untuk menekan kemampuannya.
Selain berurusan dengan Elle, Peter menjalani kehidupan biasa sampai ia bebicara dengan narapidana di sel sebelah, Adam Monroe (yang telah dikenal sebagai Takezo Kensei untuk Hiro Nakamura pada masa feodal Jepang). Adam telah berumur empat ratus tahun dan menegaskan bahwa The Company tidak berniat membantu siapapun. Setelah Bob menolak untuk mengizinkan Peter melihat keadaan keluarganya,
Peter percaya pada Adam dan diam-diam berhenti meminum obatnya. Setelah lima hari, ia mampu menggunakan kemampuan super tembus benda padat, untuk melewati dindingnya dan bertemu dengan Adam. Setelah itu, mereka melarikan diri dari tempat tersebut.
Memenuhi janji kepada Peter, Adam pergi ke sebuah rumah sakit di Manhattan untuk melihat keadaan Nathan yang masih belum pulih dari kritis akibat ledakan. Mengingat kekuatan regeneratifnya, Adam menyuntikkan darahnya ke IV Nathan. Keadaan fisik Nathan mulai sembuh seketika. Mengetahui bahwa berada di dekat tempat tidur Nathan akan menjadi tempat yang mudah ditangkap, Adam mendesak Peter melarikan diri dengan
cepat. Mereka terburu-buru, tetapi Elle dan orang Haiti mengejar mereka. Adam mengatakan kepada Peter untuk menemuinya di sebuah gudang di Montreal dan kedua orang ini berpencar. Orang Haiti berhasil menyergap Peter ke sebuah ruang kosong. Peter menolak, tetapi orang Haiti itu mengatakan bahwa Peter berhak untuk kehidupan yang lebih baik daripada dipenjara oleh The Company. Orang Haiti mengatakan bahwa ibu Peter
pernah membantunya dalam masa sulit, sehingga ia membalas budi. Peter tidak mengerti seperti apa pikiran orang Haiti, lalu memberikan kalung di leher Peter, menempatkan tangan pada wajahnya dan menghapus ingatannya.
Sekelompok preman yang dipimpin oleh Ricky McKenna mendapati Peter bertelanjang dada dan diborgol di dalam kontainer kargo di pelabuhan di Cork, Irlandia. Preman menuduh Peter mencuri isi kargo kontainer. Setelah ia dan anak buahnya memukulinya, Ricky akhirnya yakin bahwa Peter menderita amnesia. Dia mengatakan tentang nama Peter dan mengungkapkan bahwa ia memiliki sebuah kotak berisi barang-barang yang
akan memberikan petunjuk identitas Peter. Namun Ricky hanya akan menyerahkan kotak jika Peter mau membantu dia dan gengnya dalam sebuah pekerjaan. Setelah membantu geng merampok sebuah rumah judi, Peter mendapat kotak tetapi awalnya tidak mau membukanya karena takut bahwa ia mungkin tidak bisa menerima siapa dirinya sebelumnya. Caitlin,
adik Ricky, mendorong dia untuk melakukannya, sambil berkata bahwa Peter adalah orang baik. Lalu mereka berdua cepat menjalin hubungan romantis.