Albertus Christiaan Kruyt
mengikuti ujian masuk pelatihan misionaris. Dia telah mendapatkan izin penuh dari ayahnya. Pada tanggal 15 September 1884, ia menyelesaikan ujian masuk. Dalam ujian tersebut, "Haagsche Commissie", komisi yang berhak menilai hasil studi dan minat seseorang dalam pekerjaan gerejawi menyatakan kelayakannya untuk menjadi seorang misionaris. Usia minimum untuk masuk adalah 15
tahun, sesuai dengan usianya saat itu. Direktur Neurdenburg mendukung permohonan Kruyt meskipun usianya masih sangat muda, karena sudah sering terjadi kasus calon misionaris dalam pelatihan yang memutuskan untuk berhenti. Dalam pandangannya, Neurdenburg berpendapat bahwa calon yang lebih muda memiliki semangat yang lebih baik dan hal ini akan memberikan jaminan yang lebih
baik untuk menjalankan tugas. Saudara-saudaranya, Arie dan Hendrik termasuk kelompok pemuda pertama yang diterima.
Mengingat pelatihannya yang menyeluruh, ujian Kruyt ini sangat mudah dan dia mendapat nilai yang lebih tinggi daripada calon siswa lainnya. Suami-istri Roskes ditunjuk lagi sebagai pengelola sekolah dan Kruyt kembali berada di bawah pengawasan dan pengaruh mereka. Kruyt sangat sederhana tentang motifnya dan pilihan untuk ujian masuk: "Tentu saja saya akan
menjadi misionaris, dan saya tidak pernah diberi kesempatan untuk menjadi yang lainnya". Namun, dia bertanya-tanya apakah hidupnya akan berbeda jika dia sebelumnya sudah memiliki ijazah HBS atau gimnasium yang akan dilewati. "Perjuangan besar yang harus saya selesaikan nanti, (...) membuat saya curiga bahwa jalan hidup saya akan berubah jika saya belum
memberikan kata-kata saya kepada Misi". Kruyt sampai pada kesimpulan bahwa tradisi yang sudah berakar di Sekolah Misionaris telah menentukan jalan hidupnya. Pelatihan misionaris berlangsung selama tujuh tahun, tiga tahun pertama digunakan untuk belajar bahasa dan matematika. Dalam empat tahun berikutnya, studi difokuskan pada teologi, sejarah misi, misiologi,
bahasa-bahasa dan studi agama Hindia. Sepanjang studinya, ia belajar bahasa Melayu. Kruyt berkolaborasi dengan teman sekelasnya Tammo Jacob Bezemer dalam penelitian ini. Menjelang akhir pelatihan, mereka telah menguasai bahasa Melayu dengan baik dan mengujinya kepada direktur NZG dengan menggunakan surat kabar Minahasa, Tjahaja Sijang. Ia juga belajar bahasa Jawa selama empat
tahun. Melalui pelatihan Kruyt yang bagus, dia ditempatkan di kelas yang lebih tinggi dengan para calon misionaris yang lebih tua. Melalui pelatihan persiapan dan pelajaran tambahan, Kruyt menganggap persiapannya lebih baik daripada yang lain.
Pada tanggal 3 Oktober 1889, Kruyt dan Hein Hiebink Rooker mengikuti ujian untuk Komisi Urusan Gereja Protestan di Hindia Belanda dan Hindia Barat dengan hasil yang cukup baik. Untuk melengkapi prestasi dalam studi dan persiapan untuk berangkat ke medan pekabaran injil, Kruyt menghabiskan satu tahun lagi untuk belajar tentang ilmu dan praktik kesehatan di Rumah Sakit Kotapraja Rotterdam di bawah asuhan
dr. van der Hooven. Saat ia kembali ke Indonesia, ia banyak belajar mengenai cara-cara pendekatan kepada masyarakat melalui pelayanan kesehatan dari kakaknya Arie yang juga penginjil. Pada tahun yang sama, Kruyt bertemu dengan Johanna Hendrika Moulijn, yang di kemudian hari akan menjadi istrinya. Kruyt ditahbiskan sebagai pendeta pada tanggal 19 Juli 1890, dan menikahi Johanna pada tanggal 12 November 1890.
Di Hindia Belanda, Asisten Residen Gorontalo yang baru ditempatkan, Gerrit Willem Wolter Carel Baron van Höevell, khawatir dengan pengaruh kuat Islam di wilayah tersebut. Fenomena ini membuat van Höevell melakukan upaya untuk menekan pengaruh tersebut dengan cara meminta lembaga pekabaran Injil untuk membuka pos baru di wilayah administrasinya. Secara kebetulan, NZG sedang mencari daerah misi baru, karena mereka
khawatir akan mengalami surplus lulusan misionaris yang akan segera menjalankan misinya sendiri. Van Höevell meningkatkan tekanan pada NZG dengan mencoba kemungkinan untuk membuka misi Katolik, sebelum akhirnya tawaran tersebut diterima oleh NZG.
Pada tanggal 16 Juli 1890, dalam sebuah pertemuan dewan pusat NZG, Kruyt ditunjuk untuk memulai pekerjaannya di Hindia Belanda dan akan ditempatkan di Gorontalo. Sempat terjadi permasalahan karena NZG tidak akan membayar biaya perjalanan untuk istrinya, yang juga akan ikut. Kruyt sempat memohon agar dewan setidaknya membayar sebagian biayanya, namun ditolak dengan
alasan bahwa tindakan tersebut akan menimbulkan masalah internal dalam tubuh NZG. Biaya tersebut-sekitar 700 - pada akhirnya dibayar oleh keluarganya.
Kruyt menginjakkan kakinya di pantai selatan Teluk Tomini, dekat muara Sungai Poso. Pada saat itu, wilayah pedalaman belum ditempati oleh pemerintah kolonial. Penduduk setempat saat itu tunduk pada Kerajaan Islam Luwu di selatan, dan dua kerajaan yang lebih kecil, Sigi dan Tojo, tetapi hubungan mereka dengan kerajaan ini terutama dari karakter mitos dan ritual. Beberapa tahun
kemudian, Nederlands Bijbelgenootschap ("Bible Society") Belanda mengirim ahli bahasa Nicolaus Adriani, untuk membantu Kruyt dengan menerjemahkan Alkitab. Mereka meninggalkan jejak mereka pada pekerjaan misionaris Belanda di Indonesia selama dekade pertama abad ke-20. Dalam banyak aspek, pendekatan Kruyt itu masih menggunakan sistem dari abad ke-19. Dia mencoba menemukan sekolah, belajar bahasa lokal, memberikan hadiah
kecil untuk mereka yang hadir pada ibadah hari Minggu, dan memberikan bantuan medis untuk orang sakit dan terluka. Namun, dalam beberapa hal ia mengambil sikap yang berbeda.
Pada awalnya, Kruyt, seperti para pendahulunya di bidang misi lainnya, mencoba untuk "membuktikan" bahwa roh-roh dan kekuatan yang ditakuti dan disembah oleh orang Toraja itu tidak nyata, dan tidak ada. Tetapi orang-orang tidak menerima pendapat "ilmiah"-nya. Kruyt memutuskan untuk memahami sikap mereka dan berhenti
menyerang agama mereka secara langsung. Sebaliknya, ia berpendapat bahwa Tuhan dengan pesan yang dia bawa bersamanya adalah lebih kuat daripada dewa lokal dan roh. Ini adalah tingkat berdebat yang bisa dimengerti orang. Beberapa tahun kemudian, untuk membuktikan hal tersebut, di sebuah desa ditata dua set kebun: satu disertai dengan ritual adat,
yang lain tanpa ritual apapun, dengan tujuan untuk melihat mana yang akan melakukan lebih baik. Ketika tidak ada perbedaan sama sekali, desa tersebut menyatakan bahwa mereka siap untuk merangkul iman Kristen.
Namun, Kruyt berpendapat bahwa "serangan" langsung pada agama tradisional tidak cukup. Seperti pendahulunya dari abad ke-19, dia ingin pesan Injil untuk menembus ke dalam hati orang-orang dan membawa mereka ke pertobatan pribadi. Tapi lebih baik daripada mereka, dia mengerti bahwa untuk menyentuh bagian terdalam dari para pendengarnya, dia harus mengetahui pola
yang berlaku dalam pikiran mereka. Jadi dia mulai mempelajari agama dan budaya setempat di beberapa daerah lain di Hindia Belanda dengan intensitas tanpa preseden dalam misi penginjilan, yang membuatnya salah satu ahli etnografi terkemuka pada masanya, dikutip juga oleh para sarjana asing, dan membuatnya mendapatkan gelar doktor Honoris Causa dari Universitas Utrecht pada
tahun 1993. Mungkin apa yang membuatnya terobosan baru dalam aspek ini adalah fakta bahwa, sebagai rekannya yang berpikiran di Papua Barat, F.J.F. van Hasselt, adalah putra seorang misionaris, untuk siapa masyarakat adat dan cara mereka ada sesuatu yang ia lihat dari masa mudanya paling awal. "Magnum opus"-nya adalah "De Bare'e-sprekende
Toradja's van Midden-Celebes" (Orang-orang Toraja yang berbahasa Pamona dari Sulawesi Tengah), berjumlah tiga volume, yang diterbitkan bersama-sama dengan Adriani.