Kontroversi vaksin MMR
lingkungan. Pada Maret 2004, tidak lama setelah berita tentang dugaan konflik kepentingan disiarkan, sepuluh dari 12 penulis artikel Wakefield mencabut interpretasi tersebut, tetapi menegaskan bahwa kemungkinan kondisi gastrointestinal khusus pada anak-anak yang mengalami autisme dapat diteliti lebih lanjut. Namun, penelitian lain terhadap anak-anak yang mengalami gangguan gastrointestinal tidak menemukan perbedaan antara
anak-anak dengan gangguan spektrum autisme dan anak-anak tanpa gangguan tersebut meskipun ada RNA virus campak di usus; penelitian tersebut juga menemukan bahwa gejala gastrointestinal dan gejala autisme tidak berkaitan secara bersamaan dengan penyuntikan vaksin MMR.
Pada tanggal 8 Februari 2009, Brian Deer melaporkan di "The Sunday Times" bahwa Wakefield telah "memperbaiki" hasil dan "memanipulasi" data pasien dalam artikelnya tahun 1998 sehingga seolah-olah menciptakan hubungan dengan autisme. Wakefield membantah tuduhan tersebut dan bahkan mengajukan keluhan kepada Press Complaints Commission (PCC) atas artikel berita tersebut pada tanggal 13 Maret 2009. Keluhan ini diperluas dalam adendum
tanggal 20 Maret 2009 oleh penerbit Wakefield. Pada Juli 2009, PCC menyatakan bahwa mereka menahan penyelidikan apapun terhadap artikel "Times" karena menunggu kesimpulan penyelidikan GMC. Setelah itu, Wakefield tidak melanjutkan keluhannya. Deer menerbitkan keluhan tersebut beserta pernyataan bahwa ia dan The Sunday Times menolaknya karena "[keluhan ini] keliru dan bohong seutuhnya". PCC menghentikan penyelidikan pada bulan Februari 2010.
General Medical Council (GMC), badan yang bertugas melisensi dokter dan mengawasi etika medis di Britania Raya, menyelidiki skandal ini. GMC menerima sendiri kasus ini tanpa keluhan dari siapapun dan mengklaim bahwa penyelidikan ini atas dasar kebaikan bersama. Menteri Kesehatan John Reid meminta penyelidikan oleh GMC, penyelidikan yang tampaknya diharapkan oleh Wakefield. Dalam debat di
Dewan Rakyat tanggal 5 Maret 2004, Dr. Evan Harris, seorang anggota parlemen dari Partai Demokrat Liberal, meminta penyelidikan yudisial terhadap aspek etika dalam kasus ini. Ia bahkan menyarankan agar penyelidikan dilakukan oleh CPS. Pada bulan Juni 2006, GMC membenarkan bahwa mereka akan mengadakan sidang dengar pendapat disipliner untuk Wakefield.
Dewan Kelayakan Praktik GMC (Fitness to Practise Panel) bertemu pada tanggal 16 Juli 2007 untuk mempertimbangkan kasus Dr. Wakefield, Profesor John Angus Walker-Smith, dan Profesor Simon Harry Murch. Ketiganya dituduh melakukan tindakan tidak profesional. Di antara sejumlah aspek etika, GMC mempelajari apakah Wakefield dan rekan-rekannya mendapat persetujuan yang diperlukan untuk melakukan pengujian terhadap
anak-anak; tuduhan manipulasi data di "Times" yang muncul setelah kasus ini disiapkan tidak diangkat dalam sidang tersebut. GMC menekankan bahwa mereka tidak akan menilai keabsahan teori ilmiah yang bertentangan mengenai MMR dan autisme. General Medical Council menuduh ketiganya bersikap tidak etis dan tidak jujur saat mempersiapkan penelitian vaksin MMR. Mereka
membantah tuduhan tersebut. Kasus ini diangkat di hadapan Dewan Kelayakan Praktik GMC yang terdiri atas tiga anggota medis dan dua anggota awam.
Pada tanggal 28 Januari 2010, dewan GMC menyampaikan keputusannya atas fakta-fakta dalam kasus ini: Wakefield dinyatakan telah bersikap "tidak jujur dan tidak bertanggung jawab" dan bertindak "dengan ceroboh" terhadap anak-anak dalam penelitiannya, melakukan pengujian yang tidak perlu dan invasif. Dewan menemukan bahwa pengujian dilakukan secara tidak layak tanpa persetujuan komite etik independen dan Wakefield memiliki beberapa konflik kepentingan yang disembunyikan.
Sebagai tanggapan terhadap penyelidikan dan temuan GMC, para penyunting "The Lancet" mengumumkan pada 2 Februari 2010 bahwa mereka "sepenuhnya mencabut artikel penelitian ini dari catatan penerbitan".
Teks Hansard tanggal 16 Maret 2010 melaporkan bahwa Lord McColl bertanya apakah pemerintah berencana mengembalikan uang bantuan hukum yang dibayarkan kepada para pakar yang terkait dengan gugatan vaksin campak, beguk, dan rubela/campak dan rubela. Menteri Kehakiman Lord Bach menjawab tidak mungkin.
Dalam laporan "The BMJ" bulan April 2010, Deer membahas lebih lanjut aspek laboratorium dalam temuannya yang menjabarkan bagaimana hasil histopatologi klinis normal dari Royal Free Hospital diganti di sekolah kedokteran menjadi hasil abnormal dan diterbitkan di "The Lancet". Deer menulis sebuah artikel di "The BMJ" yang meragukan "enterokolitis autistik" yang diklaim Wakefield ditemukan oleh dirinya. Dalam edisi yang sama, Deirdre Kelly,
Presiden European Society of Pediatric Gastroenterology and Nutrition dan penyunting Journal of Pediatric Gastroenterology and Nutrition, mengungkapkan kekhawatirannya terhadap penerbitan artikel ini oleh "The BMJ" karena GMC masih menyelidiki kasus ini.
Pada tanggal 24 Mei 2010, dewan GMC menyatakan Wakefield bersalah atas sikap tidak profesional serius dengan empat bukti ketidakjujuran dan 12 bukti perlakuan tidak pantas terhadap anak yang mengalami gangguan perkembangan. Dewan memerintahkan agar ia dicoret dari daftar dokter resmi. John Walker-Smith juga dinyatakan bersalah atas sikap tidak profesional serius dan dicoret dari daftar dokter
resmi, tetapi keputusan ini dibatalkan di sidang banding oleh Pengadilan Tinggi pada tahun 2012 karena dewan GMC tidak bisa memutuskan apakah Walker-Smith benar-benar mengira ia sedang melakukan penelitian yang dicantumkan sebagai penyelidikan dan perawatan klinis. Pengadilan Tinggi mengkritik "sejumlah" kesimpulan keliru oleh dewan disipliner serta "alasan yang tidak cukup dan berlebihan". Simon Murch dinyatakan tidak bersalah.
Pada tanggal 5 Januari 2011, "The BMJ" menerbitkan artikel pertama dari serangkaian artikel karya Brian Deer yang menjabarkan cara Wakefield dan rekan-rekannya memalsukan sejumlah data di balik artikel Lancet tahun 1998. Dengan melihat catatan dan mewawancarai orang tua, Deer menemukan bahwa diagnosis keduabelas anak dalam penelitian Wakefield telah diubah atau tanggalnya diganti agar pas dengan kesimpulan artikel. Dalam artikel berikutnya
di "BMJ" tanggal 11 Januari 2011, Deer menulis bahwa berdasarkan dokumen yang ia peroleh sesuai Undang-Undang Kebebasan Informasi, Wakefield-bekerja sama dengan bapak salah satu anak yang diteliti-berencana membangun usaha dengan memanfaatkan kepanikan vaksinasi MMR yang akan meraup untung dari uji medis baru dan "uji berbasis gugatan hukum". "The Washington Post" melaporkan bahwa Deer
mengatakan bahwa Wakefield memperkirakan ia "dapat menghasilkan lebih dari $43 juta per tahun dari alat diagnosis" untuk penyakit baru ini, enterokolitis autistik. WebMD menurunkan laporan tentang laporan Deer di "BMJ" bahwa prediksi laba tahunan sebesar $43 juta tersebut berasal dari alat pemasaran untuk "mendiagnosis pasien yang mengalami autisme" dan "pasar pertama untuk diagnosis tersebut adalah pengujian
berbasis gugatan hukum terhadap pasien yang mengalami AE [enterokolitis autistik, gangguan tak terbukti yang diklaim Wakefield] di Britania Raya dan Amerika Serikat". Menurut WebMD, artikel "BMJ" juga mengklaim bahwa usaha tersebut akan berhasil memasarkan produk dan mengembangkan vaksin pengganti apabila "kepercayaan publik terhadap vaksin MMR hilang".
Para pengamat mengkritik keterlibatan media massa dalam kontroversi yang dikenal dengan istilah 'sains lewat konferensi pers'. Mereka menuduuh bahwa media memberi kredibilitas berlebihan terhadap penelitian Wakefield. Artikel bulan Maret 2007 di "BMC Public Health" oleh Shona Hilton, Mark Petticrew, dan Kate Hunt menyatakan bahwa laporan media mengenai penelitian Wakefield telah "menciptakan kesan keliru bahwa bukti hubungan