Perang agama Eropa
Dalam upayanya untuk mempertahankan kekuasaan Katolik atas Negeri-Negeri Dataran Rendah, Spanyol mengalami kesulitan karena sementara berperang pula melawan Imperium Osmanli di kawasan Mediterania. Meskipun demikian, pada 1570 Spanyol berhasil memberantas sebagian besar aksi pemberontakan di seluruh negeri Belanda. Akan tetapi pada 1 April 1572, para penyerbu Kalvinis Belanda, yang terkenal
dengan julukan Pengemis-Pengemis Laut, bertolak dari tempat berlindung mereka di Inggris, dan di luar dugaan berhasil merebut kota Brielle yang nyaris tak berpertahanan di kawasan utara negeri Belanda. Sebagian besar kota-kota penting di provinsi Holandia dan Selandia langsung memaklumkan kesetiaannya kepada para pemberontak, kecuali Amsterdam dan Middelburg yang tetap setia kepada kubu Katolik
sampai direbut pada 1578. Willem van Oranje yang didaulat menjadi pemimpin pemberontakan, memasuki negeri Belanda dengan bala tentara berkekuatan 20000 prajurit darat beserta pasukan-pasukan pendukung dari kaum Huguenot Perancis.
Pemberontakan baru ini menimbulkan perpecahan di antara orang-orang Belanda. Di satu pihak ada kaum minoritas Kalvinis militan yang ingin terus memerangi Raja Katolik Felipe II, dan menjadikan seluruh warga negeri Belanda sebagai pengikut mazhab Kalvinis. Di lain pihak ada segolongan kecil umat Katolik yang ingin tetap setia kepada Tuan Tanah () dan pemerintah di bawahnya yang didukung
Spanyol. Di antara kedua pihak ini ada mayoritas warga negara beragama Katolik yang tidak berpihak, tetapi juga menghendaki hak-hak istimewa Belanda dipulihkan dan bala tentara bayaran Spanyol disingkirkan. Alba digantikan pada 1573 oleh Luis de Requesens dan suatu kebijakan baru yang moderat dicoba untuk diterapkan. Meskipun demikian, ketidakmampuan Spanyol untuk membayar upah
prajurit-prajurit bayaran dalam angkatan daratnya menimbulkan aksi-aksi dahagi, dan pada November 1576 pasukan-pasukan prajurit bayaran menjarah-rayah Antwerpen sehingga merenggut 8000 korban jiwa. Peristiwa yang terkenal dengan julukan "Murka Spanyol" ini semakin membulatkan tekad rakyat di tujuh belas provinsi untuk bangkit memberontak. Willem van Oranje yang memanfaatkan
situasi anarki itu untuk memperluas kekuasaannya atas hampir seluruh wilayah Belanda dalam aliansi dengan Dewan Negara, memasuki kota Brussel pada September 1577.
Pada 6 Januari 1579, karena digusarkan oleh perilaku berlebihan kaum Kalvinis di Oudenarde, Kortrijk, Brugge dan Ieper, serta penyebaran mazhab Kalvinis secara agresif yang terus-menerus berlangsung di praja-praja utara, beberapa praja di selatan menandatangani Perjanjian Uni Arras (Atrecht), memaklumkan kesetiaan mereka pada Raja Spanyol. Sebagai tanggapan, Willem mempersatukan praja-praja
utara, yakni Holandia, Selandia, Utrecht, Gelre, dan Provinsi Groningen dalam Perjanjian Uni Utrecht pada 23 Januari 1579. Beberapa kota di selatan seperti Brugge, Gent, Brussel, dan Antwerpen bergabung dengan Uni Utrecht, dan dengan demikian ketujuh belas provinsi pun terbagi-bagi ke dalam dua kubu yang saling berseteru.
Pada tahun-tahun berikutnya, Gubernur Spanyol yang baru, Alexander Farnese (Adipati Parma), menaklukkan kembali sebagian besar wilayah Flandria dan Brabant, serta sebagian besar wilayah provinsi-provinsi timur laut. Agama Katolik Roma dipulihkan di sebagian besar kawasan ini. Pada 1585, Antwerpen-kota terbesar di wilayah Negeri-Negeri Dataran Rendah kala itu-jatuh ke
tangan Alexander Farnese, sehingga mengakibatkan sekitar setengah dari populasinya melarikan diri ke utara (lihat pula Kejatuhan Antwerpen).
Negeri Belanda terpecah menjadi wilayah utara yang merdeka dan wilayah selatan yang tetap tunduk pada kekuasaan Spanyol. Karena pemerintahan golongan separatis yang didominasi kaum Kalvinis berjalan nyaris tanpa jeda, sebagian besar populasi provinsi-provinsi utara beralih keyakinan menjadi penganut agama Protestan sepanjang beberapa dasawarsa kemudian. Wilayah
selatan, di bawah pemerintahan Spanyol, tetap menjadi benteng pertahanan Katolik; sebagian besar kawulanya yang beragama Protestan melarikan diri ke utara. Spanyol menempatkan bala tentara dalam jumlah besar di wilayah selatan, sehingga sewaktu-waktu dapat pula dikerahkan untuk melawan Perancis. Setelah keadaan damai berjalan beberapa waktu, perang kembali meletus pada
1622, dan akhirnya usai pada 30 Januari 1648, dengan penandatanganan Traktat Münster antara Spanyol dan negeri Belanda merdeka. Traktat ini merupakan bagian dari keseluruhan Perjanjian Damai Westfalen tingkat Eropa yang juga mengakhiri Perang Tiga Puluh Tahun.
Pada 1529, di bawah pimpinan Huldrych Zwingli, kanton dan kota Protestant Zürich bersepakat dengan kanton-kanton Protestan lainnya untuk membentuk aliansi pertahanan "Christliches Burgrecht", yang juga mencakup kota Konstanz dan kota Straßburg. Menanggapi perkembangan ini, kanton-kanton Katolik pun membentuk aliansi dengan Ferdinand dari Austria.
Setelah beberapa kali terjadi insiden kecil-kecilan dan aksi saling provokasi, seorang imam Katolik dieksekusi mati di Thurgau pada Mei 1528, dan pendeta Protestan J. Keyser dibakar hidup-hidup di Schwyz pada 1529. Peristiwa terakhir yang memicu konflik besar-besaran adalah pelantikan seorang pamong praja yang beragama Katolik di Baden. Zürich pun memaklumkan perang pada 8 Juni (Perang Kappel I),
menduduki Thurgau dan wilayah Biara Sankt Gallen dan berbaris menuju Kappel di perbatasan dengan Zug. Perang terbuka dapat dihindari melalui kesepakatan damai ("Erster Landfriede") yang tidak begitu menguntungkan pihak Katolik karena harus menuruti hasil kesepakatan untuk membubarkan aliansi dengan wangsa Habsburg Austria. Ketegangan antarkubu pada dasarnya belum reda, dan kembali berkobar dalam Perang Kappel II, dua tahun kemudian.
Pada 11 Oktober 1531, kanton-kanton Katolik berhasil menang telak atas bala tentara Zürich dalam Pertempuran Kappel. Pasukan-pasukan Zürich tidak banyak mendapat dukungan dari aliansi kanton-kanton Protestan, dan Huldrych Zwingli tewas di medan pertempuran bersama dua puluh empat pendeta lain.
Sesudah dikalahkan, prajurit-prajurit Zürich kembali berhimpun dan berusaha menduduki Zugerberg. Beberapa diantaranya berkemah di Bukit "Gubel", tak jauh dari Menzingen. Sepasukan kecil prajurit dari geri menyerbu perkemahan itu, dan bala tentara Zürich yang patah semangat akibat penyerbuan itu pun terpaksa mundur, sehingga kaum Protestan terpaksa menandatangani kesepakatan damai yang tidak
menguntungkan pihaknya. Swiss terpecah-belah menjadi selang-seling kanton-kanton Protestan dan Katolik. Kaum Protestan umumnya mendominasi kota-kota besar, sementara umat Katolik lebih banyak menguasai daerah pedesaan.
Pada 1656, ketegangan antara kubu Protestan dan kubu Katolik kembali memanas dan menyulut Perang Villmergen I. Kubu Katolik menjadi pemenang dan dapat mempertahankan dominasi politiknya.
Perang Toggenburg yang meletus pada 1712 adalah sebuah konflik antara kanton-kanton Katolik dan kanton-kanton Protestan. Berdasarkan Perjanjian Damai Aarau bertarikh 11 Agustus 1712 dan Perjanjian Damai Baden bertarikh 16 Juni 1718, perang ini berakhir dengan lenyapnya hegemoni Katolik.
Sejak 1532, Raja François I dan Raja Henri II (sejak 1551) telah melakukan intervensi politik dan militer guna membantu para pembesar praja Jerman yang beragama Protestan melawan wangsa Habsburg. Meskipun demikian, dua-duanya dengan gigih memberantas setiap upaya penyebaran gagasan-gagasan Lutheran di wilayah Perancis. Arus masuk para pendakwah Kalvinis secara terencana dari Jenewa dan tempat-tempat lain sepanjang era 1550-an, berhasil membentuk ratusan jemaat Kalvinis bawah tanah di Perancis.