Taksonomi (biologi)
kegunaannya di dalam bukunya "Historia Plantarum. Sekali lagi, beberapa kelompok tanaman yang saat ini masih dikenal dapat ditelusuri kembali ke klasifikasi Theophrastus, seperti " Cornus ", " Crocus ", dan " Narcissus ".
Taksonomi di Abad Pertengahan sebagian besar didasarkan pada sistem Aristotelian, dengan tambahan tentang tatanan filosofis dan eksistensial makhluk. Ini termasuk konsep seperti rantai besar makhluk dalam tradisi skolastik Barat, lagi-lagi akhirnya berasal dari Aristoteles. Sistem Aristotelian tidak mengklasifikasikan tanaman atau jamur, karena kurangnya mikroskop pada
saat itu, karena idenya didasarkan pada penyusunan dunia yang utuh dalam satu rangkaian, sesuai dengan "scala naturae" (tangga alam). Ini, sebagaimana juga konsep yang diambil dalam prinsip rantai besar makhluk. Pengembangan klasifikasi ilmiah dibuat oleh para ilmuwan seperti Procopius, Timotheos dari Gaza, Demetrios Pepagomenos, dan Thomas
Aquinas. Pemikir abad pertengahan menggunakan kategorisasi filosofis dan logis abstrak yang lebih sesuai dengan filosofi abstrak daripada taksonomi pragmatis.
Selama Renaisans, Zaman kebangkitan akal budi, dan Pencerahan, pengkategorian organisme menjadi lebih lazim, dan hasil kerja taksonomi menjadi cukup ambisius untuk menggantikan teks-teks kuno. Hal ini terkadang dikreditkan pada pengembangan lensa optik yang canggih, yang memungkinkan morfologi organisme dipelajari dengan lebih rinci. Salah satu penulis paling awal yang memanfaatkan lompatan
teknologi ini adalah dokter Italia Andrea Cesalpino (1519-1603), yang disebut sebagai "ahli taksonomi pertama". Karya "Masterpiece"-nya "De Plantis" dipublikasikan pada 1583, dan mendeskripsikan lebih dari 1500 spesies tumbuhan. Dua famili besar tumbuhan yang pertama kali dikenali masih digunakan sampai sekarang: Asteraceae dan Brassicaceae. Kemudian pada abad ke-17 John Ray (Inggris,
1627-1705) menulis banyak karya taksonomi penting. Mungkin pencapaian terbesarnya adalah "Methodus Plantarum Nova" (1682), dimana ia menerbitkan rincian lebih dari 18000 spesies tanaman. Pada saat itu, klasifikasinya mungkin paling rumit yang pernah dibuat oleh ahli taksonomi manapun, karena ia mendasarkan taksirannya pada banyak karakter gabungan. Karya
taksonomi besar berikutnya dibuat oleh Joseph Pitton de Tournefort (Prancis, 1656-1708). Karyanya dari tahun 1700, "Institutiones Rei Herbariae", mencakup lebih dari 9000 spesies pada 698 genera, yang secara langsung mempengaruhi Linnaeus, karena ini adalah teks yang dia gunakan sebagai siswa muda.
Ahli botani swedia Carl Linnaeus (1707-1778) Mengantar era baru taksonomi. Dengan karya besarnya "Systema Naturae" edisi 1 pada tahun 1735, "Species Plantarum" pada tahun 1753, dan "Systema Naturae" Edisi ke-10, dia merevolusi taksonomi modern. Karya-karyanya menerapkan sistem penamaan binomial standar untuk spesies hewan dan tumbuhan, yang terbukti menjadi solusi elegan untuk
literatur taksonomi yang kacau dan tidak terorganisir. Dia tidak hanya memperkenalkan standar spesies kelas, ketertiban, genus, dan spesies tetapi juga memungkinkan identifikasi tanaman dan hewan dari bukunya, dengan menggunakan bagian bunga yang lebih kecil. Dengan demikian sistem Linnaean lahir, dan masih digunakan hingga saat ini dengan dasar-dasar dan cara
yang sama seperti pada abad ke-18. Saat ini, ahli taksonomi tumbuhan dan hewan menganggap karya Linnaeus sebagai "titik awal" untuk penamaan yang benar (masing-masing 1753 dan 1758). Nama yang diterbitkan sebelum tahun ini disebut sebagai "pra-Linnaean", dan tidak dianggap valid (kecuali laba-laba yang dipublikasikan di " Svenska Spindlar "). Bahkan
nama taksonomi yang diterbitkan oleh Linnaeus sendiri sebelum tanggal ini dianggap pra-Linnaean.
Sementara Linnaeus mengklasifikasikan organisme untuk memudahkan identifikasi, gagasan tentang taksonomi Linnaean yang diterjemahkan menjadi semacam dendrogram dari kerajaan hewan dan tumbuhan diformulasikan menjelang akhir dari abad ke-18, jauh sebelum "The Origin of Species" diterbitkan. Di antara karya awal yang mengeksplorasi gagasan tentang transmutasi spesies adalah karya Erasmus Darwin tahun 1796
"Zoönomia" dan karya "Jean-Baptiste Lamarck", "Philosophie Zoologique" tahun 1809. Gagasan itu dipopulerkan di dunia Anglophone oleh sebuah karya spekulatif tetapi banyak dibaca pada saat itu, "Vestiges of the Natural History of Creation" diterbitkan secara anonim oleh Robert Chambers pada tahun 1844.
Dengan teori Darwin, sebuah penerimaan umum dengan cepat muncul bahwa klasifikasi harus merefleksikan prinsip turunan umum Darwin. Representasi pohon kehidupan menjadi populer dalam karya ilmiah, pohon kehidupan ini dibentuk dengan kelompok fosil yang dikenal. Salah satu kelompok modern pertama yang terikat pada nenek moyang fosil adalah burung. Dengan menggunakan fosil
"Archaeopteryx" dan "Hesperornis" yang baru ditemukan, Thomas Henry Huxley mengatakan bahwa mereka telah berevolusi dari dinosaurus, sebuah kelompok yang secara formal dinamai oleh Richard Owen pada tahun 1842. Deskripsi yang dihasilkan, bahwa dinosaurus "menimbulkan" atau menjadi "nenek moyang" burung, merupakan ciri penting dari pemikiran taksonomi evolusioner. Karena semakin banyak kelompok fosil
ditemukan dan dikenal pada akhir abad 19 dan awal abad ke-20, palaeontolog bekerja untuk memahami sejarah hewan selama berabad-abad dengan menghubungkan bersama kelompok-kelompok yang dikenal.
Metode kladistik (atau cladisme) telah muncul sejak tahun 1960an. Pada tahun 1958, Julian Huxley menggunakan istilah clade. Belakangan, pada tahun 1960, Cain dan Harrison mengenalkan istilah kladistik. Ciri yang menonjol adalah mengatur taksa dalam hierarki pohon evolusioner, dengan mengabaikan tingkatan taksa. Sebuah takson disebut monofiletik, jika mencakup semua keturunan dari bentuk
leluhur. Kelompok yang memiliki kelompok keturunan dihapus dari mereka (misalnya dinosaurus, dengan burung sebagai kelompok keturunan) disebut parafiletik, sedangkan kelompok yang mewakili lebih dari satu cabang dari pohon kehidupan disebut polifiletik. "International Code of Phylogenetic Nomenclature" atau " PhyloCode" dimaksudkan untuk mengatur penamaan formal klad. Tingkatan Linnaean akan menjadi sebuah
opsional di bawah "PhyloCode", yang dimaksudkan untuk digunakan bersama-sama dengan kode berbasis peringkat yang digunakan saat ini.
Jauh sebelum Linnaeus, tumbuhan dan hewan dianggap sebagai Kerajaan yang terpisah. Linnaeus menggunakan ini sebagai peringkat teratas, membagi dunia fisik ke dalam kerajaan tumbuhan, hewan dan mineral. Seiring kemajuan mikroskopi membuat klasifikasi mikroorganisme memungkinkan, jumlah kerajaan meningkat, lima dan enam sistem kerajaan menjadi yang paling umum.
Domain adalah pengelompokan yang relatif baru. Pertama kali diusulkan pada tahun 1977, dalam sistem tiga domain Carl Woese tetapi kemudian tidak diterima secara umum. Salah satu karakteristik utama dari metode tiga domain adalah pemisahan Archaea dan Bakteri, yang sebelumnya dikelompokkan ke dalam kerajaan tunggal Bakteri (sebuah kerajaan yang juga kadang-kadang disebut
Monera), dengan Eukaryota untuk semua organisme yang selnya mengandung sebuah nukleus. Sejumlah kecil ilmuwan memasukan kerajaan keenam, Archaea, namun tidak menerima metode domainnya.
Thomas Cavalier-Smith, yang telah secara ekstensif menerbitkan klasifikasi protista, baru-baru ini mengusulkan bahwa Neomura, adalah klade yang mengelompokan secara bersama Archaea dan Eucarya, akan berevolusi dari Bakteri, lebih tepatnya dari Actinobacteria. Klasifikasinya pada 2004 memperlakukan archaeobacteria sebagai bagian dari subkingdom dari Kingdom Bakteria, dan dia menolak sistem