Kesultanan Kasepuhan
Cerita lisan yang dituturkan turun-temurun tentang Pangeran Raja (PR) Panengah Suryanegara mengatakan bahwa sang pangeran merupakan seorang figur ahli dalam ilmu agama, di antaranya "Nahwu", "Shorof","Balaghoh", "Manthiq","Ma'ani" dan "Bayan", dimana ilmu-ilmu tersebut menjadi rujukan dalam berijtihad untuk menentukan hukum syariah, oleh karenanya dia juga dikenal sebagai seorang figur ahli "natijah" (pembuat keputusan)
Ditempat Syekh Muhyidin, Pangeran Raja (PR) Panengah Suryanegara kemudian menikah dengan Ratu Ayu Jamaliyah (putri Syekh Muhyidin), dalam tulisannya tentang perjuangan Ki Bagus Rangin, bapak Opan Hasyim mengatakan bahwa dari pernikahan tersebut sang Pangeran Raja (PR) Panengah dikaruniai seorang anak laki-laki yang diberi nama Pangeran Idrus Wijayanegara atau yang dibeberapa kalangan masyarakat adat di Cirebon dikenal dengan nama Pangeran Idrus Surya Kusuma Jayanegara atau Pangeran Jayanegara.
Pada masa kepemimpinan Sultan Sepuh V Sjafiudin, gua Sunyaragi mengalami banyak perbaikan dan disamping kegunaannya sebagai taman air, gua Sunyaragi juga dipergunakan sebagai markas besar prajurit, gudang dan tempat pembuatan senjata, sementara menurut Pangeran Sulendraningrat dalam bukunya yang berjudul "Sejarah Cirebon" dikatakan bahwa Sultan Sepuh V Sjafiudin masih memiliki markas lainnya yang disebut sebagai markas garis belakang di desa Matangaji, kecamatan Sumber, kabupaten Cirebon.
Di dalam keraton, penjajah Belanda berusaha membujuk Sultan Sepuh V Sjafiudin untuk bekerjasama dalam berbagai bidang, namun sultan menolaknya, karena mengalami berbagai tekanan, Sultan Sepuh V Sjafiudin pergi meninggalkan keraton Kasepuhan, dalam sejarah lisan yang diturunkan secara turun temurun di Cirebon, dikatakan dalam perjalanannya Sultan Sepuh V Sjafiudin berjalan
ke arah blok Capar lalu meneruskankan lagi ke arah Bukit Pasir Anjing di desa Sidawangi untuk mencari tempat yang lebih aman, di desa tersebut sultan membangun sebuah pesantren ditempat yang sekarang disebut "blok pesantren" (dusun pesantren) yang kemudian banyak didatangi orang untuk belajar mengaji dan ilmu keagamaan, dikarenakan letak desa Sidawangi yang dirasa kurang aman,
maka sultan kembali melakukan perjalanan menuju pedalaman Cirebon dan tiba di daerah yang sekarang disebut desa Matangaji, di desa ini akhirnya dibuat sebuah tempat peristirahatan kecil yang oleh masyarakat hingga kini dikenal dengan nama "blok Pedaleman" (dusun Pedaleman) yang berarti tempatnya para pembesar keraton, di desa tersebut sultan juga kembali membangun sebuah pesantren
dan mengajarkan ilmu keislaman dan berpesan jika ingin mengaji harus sampai matang, oleh sebab itu wilayah tersebut dinamakan Matangaji.
Dekatnya Sultan Sepuh V Sjafiudin dengan masyarakat dan para santri membuat banyak dari mereka yang turut serta dalam perjuangan Sultan Sepuh V Sjafiudin, dukungan para kyai juga diperolehnya, Ali Mursyid, anggota Lakpesdam NU dan Fahmina Institute yang juga seorang alumnus pesantren Assalafie di Babakan Ciwaringin dalam catatannya yang berjudul Perjuangan Santri Cirebon untuk Kemerdekaan
menyatakan bahwa dukungan dari para kyai di antaranya datang dari Kyai Abdullah dari Lontang Jaya, Kyai Jatira dari Babakan Ciwaringin dan Kyai Idris dari Kempek. Kyai Jatira misalnya, dia tidak menyukai sikap para penjajah, terlebih saat penjajah Belanda berencana merubuhkan pesantren Babakan Ciwaringin untuk membangun jalan raya, Kyai Jatira kemudian memindahkan patok penanda pembangunan jalan ke sebelah utara pesantrennya.
Di wilayah antara desa Gintung (sekarang sudah mekar menjadi desa Gintung ranjeng, desa Gintung Tengah, desa Gintung Kidul dan desa Gintung Lor) hingga desa Kedongdong inilah yang menjadi pusat dari pertempuran besar para santri dan masyarakat Cirebon yang dipimpin oleh Sultan Sepuh V Sjafiudin, banyak dari para santri yang meninggal, di desa Gintung ada sebuah lapangan yang oleh masyarakat sekitar disebut sebagai
"Blambangan" (sebagian meyakini nama tersebut berasal dari kata dalam bahasa Cirebon yaitu "Plambangan" (bahasa Indonesia: Nyanyian) atau mars yang kemungkinan didengungkan para santri dan pejuang dalam melawan penjajah) di lapangan itulah para santri banyak yang terbunuh.
Sultan Sepuh V Sjafiudin sempat berusaha menyelamatkan diri, namun dia akhirnya meninggal di Matangaji pada tahun 1786.
Setelah pertempuran dengan Sultan Sepuh V Sjafiudin yang telah menghancurkan taman sari, Belanda kemudian memperhatikan aktifitas-aktifitas yang ada pada bangunan tersebut. Pada tahun 1852, Pangeran Adiwijaya yang kelak menjadi "wali" bagi Pangeran Raja Satria (putera tertua dari Sultan Sepuh IX Sultan Radja Sulaeman), membangun kembali dan memperkuat taman sari Gua
Sunyaragi, dia mempekerjakan seorang aristek beretnis tionghoa, namun kemudian arsitek tersebut ditangkap dan dipaksa mengatakan seluk-beluk taman sari Gua Sunyaragi kepada Belanda untuk kemudian dibunuh. Terbongkarnya aktifitas di taman sari Gua Sunyaragi membuat Belanda memerintahkan kepada Pangeran Adiwijaya untuk menghancurkan taman sari Gua Sunyaragi, namun
perintah tersebut tidak pernah dilaksanakan. Pangeran Adiwijaya kemudian memerintahkan kepada para bawahan dan para prajurit untuk bersiap menghadapi segala kemungkinan yang akan terjadi, akhirnya keputusan diambil untuk mengungsikan seluruh persenjataan dan para prajurit keluar dari Taman Sari Gua Sunyaragi, sehingga penyerangan Belanda yang terjadi kemudian tidak mendapatkan apa-apa.
Aturan adat atau dalam bahasa Cirebon disebut "pepakem" mengenai pengganti "sultan" telah diatur dan dicontohkan semenjak didirikannya kesultanan Cirebon, menurut sejarah kesultanan Cirebon telah mencontohkan pengangkatan pemimpin atau "sultan" berdasarkan aturan Islam atau "syariah" yakni:contoh pengangkatan dengan yang sesuai dengan hukum syariah ini terlah terjadi pada
saat Pangeran Cakrabuana memberikan kepemimpinan kesultanan Cirebon kepada "Sunan Gunung Jati (anak dari Nyimas Rarasantang yang merupakan adik perempuan dari Pangeran Cakrabuana)" dan bukan kepada anak laki-lakinya, hal tersebut karena "Pangeran Cakrabuana" melihat adanya kecakapan yang lebih di dalam diri "Sunan Gunung Jati" untuk menggantikannya sebagai "pemimpin
kesultanan Cirebon". Sehingga adat yang berlaku dalam sistem pewarisan kepemimpinan di kesultanan Cirebon bukanlah mengutamakan sistem "keturunan" melainkan mengutamakan sistem syariah Islam yakni, harus laki-laki, memiliki kecakapan dan tidak memiliki cacat jasmani dan rohani.
Pada masa pemerintahan penjajahan Belanda, pemerintah Belanda memberitahukan surat penetapan dari Raja Belanda mengenai aturan tentang penerus tahta atau kepemimpinan kesultanan harus "putera kandung yang tertua" selama yang bersangkutan tidak menyalahgunakan gelar tersebut.. Penetapan Raja Belanda pada surat rahasia dari Menteri Jajahan Jean Chrétien Baud tanggal 23 Maret 1844 tersebut mengenai "gelar
Sultan harus diwariskan kepada putera sulung yang sah", diperkuat dengan telegram dari Gubernur Jendral Pieter Mijer pada tahun 1871.
Ketetapan yang dipergunakan oleh Raja Belanda tersebut mengikuti aturan yang biasa berlaku di eropa yang disebut sebagai "sistem salic" yakni hanya keturunan laki-laki yang sah yang berhak mewarisi tahta. aturan sejenis "sistem salic" yang dipergunakan di eropa ada juga yang disebut sebagai sistem "semi-salic" sistem ini tetap mengutamakan keturunan
sebagai acuannya, sistem semi salic mengatakan jika tidak ada keturunan laki-laki yang sah untuk mewarisi tahta maka anak perempuan juga dapat menjadi pewaris tahta.
Penggunaan "sistem salic" pada kesultanan-kesultanan di Cirebon bertentangan dengan sistem syariah yang telah lama digunakan pada kesultanan Cirebon, dimana sistem syariah mengutamakan "kecakapan atau kemampuan seorang calon pemimpin" dan bukan mengutamakan "garis keturunan" seperti yang ditetapkan oleh Raja Belanda.