Perikanan tangkap
Perikanan tangkap, berbeda dengan perikanan budi daya, adalah usaha penangkapan ikan dan organisme air lainnya di alam liar (laut, sungai, danau, dan badan air lainnya). Kehidupan organisme air di alam liar dan faktor-faktornya (biotik dan abiotik) tidak dikendalikan secara sengaja oleh manusia. Perikanan tangkap sebagian besar dilakukan di laut, terutama di sekitar pantai dan landasan
kontinen. Perikanan tangkap juga ada di danau dan sungai. Masalah yang mengemuka di dalam perikanan tangkap adalah penangkapan ikan berlebih dan polusi laut. Sejumlah spesies mengalami penurunan populasi dalam jumlah yang signifikan dan berada dalam ancaman punah. Hal ini mengakibatkan jumlah tangkapan ikan di alam liar dapat mengalami penurunan secara umum.
Berlawanan dengan perikanan tangkap, perikanan budi daya dioperasikan di daratan menggunakan kolam air atau tangki, dan di badan air yang terpagari sehingga organisme air yang dipelihara tidak lepas ke alam liar. Budi daya perikanan meniru sistem yang terdapat di alam untuk membiakan dan membesarkan ikan. Meski perikanan budi daya terus berkembang, namun sumber ikan utama yang dikonsumsi manusia masih didapatkan dari perikanan tangkap, bahkan sumber protein utama yang didapatkan dari alam liar.
Berdasarkan data FAO, hasil tangkapan dunia oleh perikanan komersial pada tahun 2010 mencapai 88.6 juta ton dan 0.9 juta ton berupa tanaman air (rumput laut, dan sebagainya). Jumlah ini bisa dibedakan dengan 59.9 juta ton 19.0 juta ton tanaman air yang dihasilkan budi daya perairan. Faktor yang mempengaruhi perikanan tangkap antara lain:
Produktivitas perikanan tangkap sebagian besar masih ditentukan oleh topografi laut, termasuk interaksinya dengan arus laut dan tingkat pencahayaan sinar matahari pada kedalaman tertentu. Topografi laut dibentuk dengan berbagai jenis pantai, delta sungai, landasan benua, terumbu karang, dan ciri khas laut dalam seperti palung dan punggung laut.
Arus laut adalah pergerakan air laut yang terarah dan kontinu. Arus laut adalah aliran air yang bergerak karena gaya yang bekerja pada air seperti rotasi bumi, angin, perbedaan temperatur dan kadar garam, dan gravitasi bulan. Kontur dasar laut dan garis pantai juga mempengaruhi arah dan kekuatan arus laut.
Fitoplankton adalah produsen utama dalam rantai makanan, yang mengubah karbon menjadi biomassa dengan bantuan sinar matahari. Fitoplankton dikonsumsi zooplankton yang merupakan tingkat kedua dari rantai makanan, termasuk krill, larva ikan, cumi, lobster, dan kepiting juga crustacea kecil lainnya seperti copepod. Zooplankton dikonsumsi oleh zooplankton lain dan hewan penyaring (ikan
kecil, porifera, timun laut, dan sebagainya). Setelah itu, mereka dikonsumsi oleh tingkatan yang lebih tinggi, seperti ikan predator (salmon dan sebagainya) maupun mamalian air lain seperti singa laut. Namun hewan besar seperti paus memangsa plankton secara langsung.Terumbu karang adakah struktur aragonite yang diproduksi oleh organisme hidup, berada di perairan tropis dangkal dengan sedikit nutrisi
di dalam air. Aliran dari sungai yang mengandung sisa pupuk pertanian mengangung nutrisi tinggi dan dapat merusak terumbu karang karena mempercepat pertumbuhan alga yang menempel di terumbu karang. Terumbu karang dapat ditemukan di perairan beriklim sedang dan tropis, namun terumbu karang umumnya diterbentuk di zona antara 30°N hingga 30°S dari ekuator. Terumbu karang merupakan tempat pembiakan alami bagi organisme laut
Jaring ikan yang hilang atau ditinggalkan di laut oleh nelayan disebut dengan jaring hantu, dan dapat menjerat ikan, lumba-lumba, penyu, hiu, hingga burung laut yang mencari makan dengan menyelam. Jaring ini berperilaku seperti ketika ia dibuat, yaitu menahan pergerakan hewan yang tertangkap, sehingga dapat menyebabkan kelaparan, luka, hingga sesak nafas bagi hewan air yang membutuhkan udara.
Setiap spesies di ekosistem memiliki pengaruh atau dipengaruhi oleh spesies lain dalam ekosistem tersebut. Hanya terdapat sedikit sekali hubungan antara predator dan mangsa yang tunggal. Kebanyakan memakan, atau dimakan oleh, lebih dari satu spesies. Hubungan mereka dipengaruhi oleh faktor lingkungan. Dalam banyak kasus, jika satu spesies dihilangkan dari ekosistem, maka spesies lain akan terpengaruh.
Keanekaragaman spesies adalah kontribusi utama dalam menjaga stabilitas ekosistem. Ketika suatu organisme mengeksploitasi berbagai jenis sumber daya cenderung memiliki dampak yang kecil. Namun organisme yang hanya mengeksploitasi jenis sumber daya yang terbatas akan memiliki dampak yang kuat.
Standar dunia mengenai pencatatan spesies laut yang spesies adalah IUCN Red List of Threatened Species. Daftar ini adalah dasar dari prioritas konservasi kelautan di dunia. Satu spesies terdaftar dalam kategori jika diperhitungkan dalam kondisi kritis, terancam, atau rentan. Kategori lainnya seperti hampir terancam dan kekurangan data.
Hingga tahun 2008, IUCN telah menilai sebanyak 3000 spesies laut. Hal ini termasuk penilaian spesies dalam kategori Elasmobranchii (hiu dan pari), kerapu, terumbu karang, penyu, burung laut, dan mamalia laut. Hampir seperempat dari kelompok tersebut dikategorikan terancam.
IUCN pada tahun 2012 melakukan penilaian terhadap 17000 spesies laut. Penilaian mencakup spesies yang berada di perairan hutan bakau dan yang mendiami terumbu karang dan rumput laut, serta invertebrata penting seperti mollusc dan echinodermata.
Perikanan air tawar memiliki keragaman spesies yang kurang seimbang jika dibandingkan dengan luasnya ekosistem mereka. Air tawar merupakan rumah bagi seperempat spesies ikan meski luas perairan air tawar hanya 1% dari luas permukaan dunia. Pembangunan industri dan pertanian memberikan tekanan bagi ekosistem air tawar. Air mulai tercemar atau diekstraksi dalam jumlah besar. Rawa-rawa
mulai dikeringkan, sungai dibelokkan arusnya, dan hutan dihilangkan sehingga meningkatkan erosi dan sedimentasi sungai. Spesies invasif juga dipaparkan ke ekosistem air tawar.
Pada tahun 2008, IUCN telah menilan sebanyak 6000 spesies air tawar dan sebanyak 21000 masih dalam proses. Namun dari data yang telah dihasilkan, secara global spesies air tawar banyak yang terancam, dan mungkin lebih terancam dari spesies laut.