Henry III dari Inggris
untuk memperkuat klaimnya terhadap takhta tersebut. William menggelari bocah itu knight, dan Kardinal Guala Bicchieri, Legatus Kepausan untuk Inggris, kemudian mengawasi penobatannya di Katedral Gloucester pada tanggal 28 Oktober. Dengan tidak adanya uskup agung Canterbury atau York, ia diurapi oleh para uskup Worcester dan Exeter, dan dimahkotai oleh Peter des Roches. Mahkota kerajaan telah hilang atau terjual
selama perang sipil, jadi alih-alih upacara tersebut menggunakan mahkota emas corolla sederhana milik Ratu Isabella.
Raja muda mewarisi situasi yang sulit, dengan lebih dari setengah dari Inggris diduduki oleh pemberontak dan sebagian besar milik kontinental ayahandanya masih berada di tangan Perancis. Namun ia mendapat banyak dukungan dari Guala yang bermaksud untuk memenangkan perang saudara untuk Henry dan menghukum para pemberontak. Guala mulai memperkuat hubungan antara Inggris dan Kepausan,
dimulai dengan penobatan itu sendiri, dimana Henry memberikan penghormatan mengakui Paus sebagai lord feodalnya. Paus Honorius menyatakan bahwa Henry adalah vasal dan wali Paus, dan bahwa legatus memiliki wewenang penuh untuk melindungi Henry dan kerajaannya. Sebagai ukuran tambahan, Henry mengambil salib, menyatakan dirinya sebagai tentara perang salib dan berhak mendapatkan perlindungan khusus dari Roma.
Dua bangsawan senior menonjol sebagai calon pemangku takhta Henry. Yang pertama adalah William, yang, meskipun sudah tua, terkenal karena kesetiaan pribadinya dan dapat membantu mendukung perang dengan orang-orang dan materinya sendiri. Yang kedua adalah Ranulf de Blondeville, Earl Chester dan salah satu baron loyalis paling kuat. William dengan diplomatis menunggu sampai baik Guala dan Ranulf memintanya
untuk mengambil jabatan itu sebelum memegang kekuasaan. William kemudian menunjuk des Roches untuk menjadi wali Henry, dan membebaskan dirinya untuk memimpin usaha militer.
Perang itu tidak berjalan dengan baik bagi para loyalis dan pemerintah wilayah yang baru mempertimbangkan untuk mundur ke Irlandia. Bagaimanapun Pangeran Louis dan baron pemberontak juga merasa kesulitan untuk membuat kemajuan lebih lanjut. Meskipun Louis mengendalikan Westminster Abbey, ia tidak bisa dinobatkan sebagai raja karena Gereja Inggris dan Kepausan mendukung Henry. Kematian John telah menjauhkan
beberapa kekhawatiran pemberontak, dan kastil-kastil kerajaan masih bertahan di daerah-daerah yang diduduki negara tersebut. Dalam upaya untuk memanfaatkan hal ini, Henry mendorong para baron pemberontak untuk kembali ke tujuannya dengan imbalan kembalinya tanah mereka, dan menerbitkan kembali versi "Magna Carta", meskipun telah terlebih dahulu dihapus beberapa klausul, termasuk
yang tidak menguntungkan Kepausan. Langkah itu tidak berhasil dan oposisi terhadap pemerintahan baru Henry mengeras.
Pada bulan Februari, Louis berlayar ke Perancis untuk mengumpulkan bala bantuan. Dalam ketidakhadirannya, argumen muncul antara pengikut Louis Perancis dan Inggris, dan Kardinal Guala menyatakan bahwa perang Henry melawan pemberontak adalah sebuah perang salib religius. Hal ini mengakibatkan serangkaian pembelotan dari gerakan pemberontak, dan gelombang konflik berayun karena Henry. Louis kembali pada akhir April dan
menghidupkan kembali kampanyenya, membelah pasukannya menjadi dua kelompok, mengirim sebuah kapal ke utara untuk mengepung Kastil Lincoln dan menahannya di selatan untuk menangkap Kastil Dover. Ketika ia mengetahui bahwa Louis telah membagi pasukannya, William Marshal berjudi dalam mengalahkan para pemberontak dalam satu pertempuran tunggal. William berbaris ke utara dan menyerang Lincoln pada tanggal 20 Mei;
masuk melalui gerbang samping, ia membawa kota itu dalam serangkaian pertempuran jalanan yang sengit dan merusak beberapa bangunan. Sejumlah besar pemberontak senior ditangkap, dan sejarawan David Carpenter menganggap pertempuran tersebut sebagai "salah satu yang paling menentukan dalam sejarah Inggris". Sebagai akibat dari Lincoln, kampanye loyalis terhenti dan baru kembali pada akhir Juni ketika para
pemenang telah mengatur pembebasan tahanan mereka. Sementara itu, dukungan untuk kampanye Louis semakin berkurang di Perancis dan ia menyimpulkan bahwa perang di Inggris kalah. Pangeran Perancis menegosiasikan persyaratan dengan Kardinal Guala, dimana ia akan melepaskan klaimnya ke takhta inggris; sebagai gantinya, pengikutnya akan diberikan kembali tanah mereka, setiap
hukuman ekskomunikasi akan dicabut dan pemerintah Henry berjanji untuk menegakkan "Magna Carta". Kesepakatan yang diusulkan segera mulai terungkap di tengah klaim dari beberapa loyalis bahwa mereka terlalu bermurah hati terhadap pemberontak, khususnya para ulama yang telah bergabung dalam pemberontakan tersebut. Dengan tidak adanya penyelesaian, Louis tetap tinggal di London dengan pasukannya yang tersisa.
Pada tanggal 24 Agustus 1217, sebuah armada Perancis tiba di lepas pantai Sandwich, membawa tentara Louis, mesin pengepungan dan persediaan segar. Hubert de Burgh, pejabat istana Henry, berlayar untuk mencegatnya, menyebabkan Pertempuran Sandwich. Armada De Burgh menceraiberaikan tentara Perancis dan merebut kapal mereka, yang diperintah oleh Eustace Busket, yang segera dieksekusi. Saat berita tersebut sampai di Louis,
ia melakukan negosiasi damai baru. Henry, Isabella, Louis, Guala dan William sepakat mengenai Perjanjian terakhir Lambeth, yang juga dikenal sebagai Traktat Kingston, pada tanggal 12 dan 13 September. Perjanjian tersebut serupa dengan tawaran perdamian pertama, namun mengecam para ulama pemberontak, yang tanah dan jabatannya tetap dikecualikan. Louis menerima hadiah sebesar £6.666 untuk mempercepat kepergiannya dari
Inggris, dan berjanji untuk mencoba meyakinkan Raja Philippe untuk mengembalikan tanah Henry di Perancis. Louis meninggalkan Inggris sebagaimana disepakati dan bergabung dengan Perang Salib Albigensian di selatan Perancis.
Dengan berakhirnya perang sipil, pemerintahan Henry menghadapi tugas membangun kembali otoritas kerajaan di sebagian besar negara. Pada akhir tahun 1217 banyak mantan pemberontak secara rutin mengabaikan instruksi dari pusat, dan bahkan pendukung setia Henry dengan iri mempertahankan kendali independen mereka atas kastil-kastil kerajaan. Benteng yang dibangun secara ilegal, yang disebut Kastil adulterine,
bermunculan di sebagian besar negara. Jaringan sherifftelah runtuh, dan dengan itu kemampuan untuk menaikkan pajak dan mengumpulkan pendapatan kerajaan. Pangeran Llywelyn yang kuat menjadi ancaman utama di Wales dan di sepanjang Batasan Welsh.
Meskipun sukses dalam memenangkan perang, William tidak terlalu sukses dalam memulihkan kerajaan yang mengikuti perdamaian. Sebagian, ini karena William tidak dapat menawarkan patronase yang signifikan, meskipun ada harapan dari para baron loyalis bahwa mereka akan diberi ganjaran. William berusaha untuk menerapkan hak-hak tradisional Mahkota untuk menyetujui pernikahan dan perwalian, namun
tidak begitu sukses. Meskipun demikian, William mampu menyusun kembali bangku hakim agung dan membuka kembali Exchequer kerajaan. Pemerintah mengeluarkan Carter Hutan, yang berusaha mereformasi tata kelola hutan kerajaan. Wilayah dan Llywelyn menyetujui kesepakatan Traktat Worcester pada tahun 1218, namun persyaratannya bagus- Llywelyn secara efektif menjadi pejabat pengadilan
Henry di seluruh Wales- menggarisbawahi kelemahan Mahkota Inggris. Ibunda Henry tidak dapat membangun peran untuk dirinya sendiri di pemerintahan wilayah dan ia kembali ke Perancis pada tahun 1217, menikah dengan Hugues de Lusignan, seorang bangsawan Poitevin yang tangguh. William Marshal jatuh sakit dan meninggal pada bulan April 1219. Pemerintahan pengganti dibentuk di sekitar pengelompokan tiga