Serangan lintas perbatasan di Sabah
Pada tahun 2000, kelompok Abu Sayyaf menculik sejumlah besar sandera. 10 daripadanya adalah para wisatawan dari Eropa dan Timur Tengah, sementara 11 adalah pekerja resort Malaysia. Semua sandera kemudian diselamatkan oleh pasukan keamanan Filipina di Jolo, Sulu. Pada tahun 2003, enam orang asing diculik oleh 10 bajak laut Moro. Pada tahun 2004, dua warga Serawak dan seorang
warga Indonesia diculik oleh kelompok berbasis Abu Sayyaf. Pada tahun 2005, lima warga Filipina menculik tiga awak Indonesia dari sebuah perusahaan perdagangan berbasis Sandakan di Pulau Mataking berhampiran Semporna. Pada tahun 2010, sekumpulan kru kapal nelayan ditangkap kelompok bersenjata Filipina ketika perahu mereka tersesat ke perairan Filipina dekat Pulau Boan. Semua kru kemudian
dibebaskan tanpa sebarang uang tebusan dibayarkan. Juga pada tahun yang sama, seorang manajer dan pengawasan rumput laut diculik oleh empat warga Filipina bersenjata di Pulau Sebangkat. Kedua korban dibebaskan 11 bulan kemudian. Pada tahun 2011, sepuluh warga Filipina bersenjata menculik seorang pengusaha Malaysia. Pada 11 Februari 2013, sekelompok warga Filipina berada dalam sekitar 100-200 orang,
yang mana beberapa dari mereka bersenjata, tiba dengan perahu di Lahad Datu, Sabah dari pulau Simunul, Tawi-Tawi, di selatan Filipina. Mereka dikirim oleh Jamalul Kiram III, salah satu pengadu ke tahta Kesultanan Sulu. Tujuan mereka adalah untuk menegaskan klaim teritorial yang belum terselesaikan pada Sabah. Selama kebuntuan, 68 pengikutnya tewas
termasuk 2 warga sipil dan 10 polisi dan tentara Malaysia. Pada November 2013, tersangka militan Abu Sayyaf menewaskan seorang warga Taiwan di Pulau Pom Pom dan membebaskan istrinya sebulan kemudian di selatan Filipina.
Pada bulan Januari 2014, sebuah percobaan penyusupan lebih lanjut oleh unsur-unsur asing di Sabah dapat diblokir oleh pasukan keamanan Malaysia. Pada 2 April 2014, seorang turis Cina dan warga Filipina diculik dari Singamata Adventures Reef and Resort, Semporna. Dua bulan kemudian, mereka diselamatkan oleh pasukan keamanan Malaysia dan Filipina. Pada tanggal 6 Mei 2014, penculikan yang melibatkan seorang warga negara Cina
terjadi di Silam, dekat daerah Lahad Datu di Sabah. Ia kemudian dibebaskan pada 10 Juli. Pada tanggal 16 Juni, seorang peternak ikan dan pekerja Filipina diculik dari Kunak. Manajer peternakan ikan dibebaskan pada tanggal 13 Desember dengan bantuan dua perunding Filipina, dengan salah satu dari mereka adalah pemimpin dari Front Pembebasan Nasional Moro. Pada tanggal 12 Juli, seorang polisi ditembak mati dan polisi laut lainnya diculik di
Mabul Water Bungalows Resort, Pulau Mabul. Polisi itu kemudian dibebaskan pada tanggal 7 Maret 2015, setelah 9 bulan di penangkaran. Pada bulan Oktober 2014, dua nelayan Vietnam yang bekerja untuk majikan Malaysia, telah ditembak oleh bajak laut Filipina. Semua dari mereka kemudian diselamatkan oleh pasukan keamanan Malaysia dan dikirim ke Rumah Sakit Queen Elizabeth di Kota Kinabalu, Sabah.
Taktik ini berbeda berdasarkan motif mereka untuk setiap kelompok, pada dasarnya mereka akan menyerang dan melarikan diri ke wilayah Filipina atau pulau terdekat ketika kegiatan mereka terlihat oleh pasukan keamanan. Pada saat modern ini, mereka biasanya akan mencuri mesin perahu, makanan dan hal-hal lain yang berguna seperti televisi dan bahkan decoder Astro. Dalam beberapa kasus, orang Moro juga
menyerang kota-kota, membunuh warga sipil tak berdosa dan penculikan seperti yang dibuktikan pada serangan Lahad Datu dan Semporna. Imigran ilegal Filipina memainkan peran penting untuk membantu mereka untuk memberikan informasi tentang target mereka yang selanjutnya.
Sejak zaman pemerintahan Inggris, Inggris telah mengalami sejumlah besar serangan dari bajak laut, hal ini menyebabkan pengerahan Henry Keppel dan James Brooke pada tahun 1846 untuk mencari setiap sarang bajak laut di utara pulau Kalimantan. Setelah perjalanan panjang berjuang dengan bajak laut, sarang bajak laut terakhir di Tunku, Lahad Datu dihancurkan oleh Inggris.
Intrusi terbaru tahun 2013 membuat pemerintah Malaysia menetapkan Perintah Keselamatan Timur Sabah (ESSCOM), Zona Keamanan Timur Sabah (ESSZONE) dan mengerahkan aset ketentaraan terbesar bagi Sabah. Selain aktivitas serangan bajak laut Moro dan Abu Sayyaf yang tak terbendung, pemerintah Malaysia telah memutuskan untuk memberlakukan jam malam di perairan timur Sabah dan mulai menggunakan radar untuk mendeteksi aktivitas yang mencurigakan pada setiap pemukiman kecil di sepanjang kawasan pantai timur.
Terdapat juga panggilan dari mantan Ketua Menteri Sabah, Harris Salleh kepada pemerintah federal Malaysia untuk mempertimbangkan kembali usulan untuk memindahkan pangkalan Angkatan Udara Malaysia (RMAF) dari Butterworth ke Labuan. Dia menyarankan pangkalan angkatan udara harus dipindahkan ke Tawau untuk kepentingan keamanan di timur Sabah. Menteri Transportasi Malaysia, Liow Tiong Lai juga telah mengusulkan untuk
memperluas wilayah ESSCOM dan ESSZONE untuk menutupi seluruh Sabah sebagaimana yang telah diusulkan oleh Yong Teck Lee.
Pada tanggal 23 Januari 2015, Angkatan Udara Kerajaan Brunei memberi tetangga Malaysia empat helikopter S-70 A Black Hawk sebagai hadiah. Malaysia mengatakan bahwa ia akan menggunakannya dalam penambahan aset yang tersedia untuk mempertahankan Sabah dari kemungkinan serangan lebih lanjut oleh warga Moro Filipina. Pada tanggal 28 Februari, Amerika Serikat memasok 12 kapal kepada Perintah Keselamatan Timur Sabah (ESSCOM)
setelah sejumlah perjanjian yang ditandatangani antara kedua negara pada tahun 2014 ketika kunjungan Presiden Obama ke Malaysia.
Mantan Perdana Menteri Malaysia, Mahathir Mohamad telah menyarankan pemerintah Sabah untuk menghapus semua desa air di timur Sabah dan memukimkan kembali masyarakat lokal di sana kerana era desa air telah berlalu dan gaya hidup warga desa di sana yang tinggal di laut tidak cocok untuk cara hidup modern di Malaysia sebagai bangsa yang bertujuan untuk mencapai Visi 2020. Anggota Parlemen Sabah, Rosnah
Shirlin mencadangkan penutupan kamp pengungsi Filipina di Kinarut, mengatakan ia adalah ancaman bagi keamanan di daerah Papar. Dia mengutip;
Pemimpin Partai Bersatu Rakyat Sabah, Joseph Kurup berbagi pandangan yang sama tentang hal ini, menambahkan pengungsi dan imigran Moro harus kembali dan mengembangkan tanah air mereka di Mindanao, Filipina kerana situasi perdamaian semakin dipulihkan di sana. Mantan Ketua Menteri Sabah, Yong Teck Lee telah menyarankan untuk menangguhkan layanan feri di Sandakan untuk memblokir migrasi warga Moro dari
selatan Filipina yang kini telah menjadi masalah utama bagi Sabah apabila mereka tidak mahu pulang dan tinggal secara ilegal. Pada bulan Oktober 2014, Menteri Dalam Negeri, Ahmad Zahid Hamidi mengumumkan bahwa semua anak tanpa kewarganegaraan di Sabah akan diberikan akta kelahiran untuk keperluan sekolah. Usulan itu segera ditentang oleh sejumlah politisi Sabah baik dari pihak oposisi ataupun
pemerintah seperti Joseph Pairin Kitingan, Darell Leiking dan Yong Teck Lee, sambil mengutip bahwa tindakan itu hanya akan membawa masalah besar bagi Sabah pada masa depan. Sementara pemimpin partai oposisi lain Sabah, Jeffrey Kitingan telah mencadangkan akta kelahiran berbeda dikeluarkan untuk orang asing. Anggota Legislatif Sabah bagi bagian Kamunting di Sandakan, Charles O Pang percaya sistem pendidikan akan terbebani jika kemungkinan anak-anak tanpa kewarganegaraan diberikan akta kelahiran. Dia memberitahu;
Jumlah ongkos besar telah dikeluarkan untuk pemeliharaan kehidupan imigran ilegal Filipina dan jumlah ini belum dibayar sampai saat ini meskipun upaya untuk mendapatkan kembali uang. Departemen Kesehatan Sabah mengatakan bahwa penyakit berbahaya dari imigran ini semakin menular sehingga membutuhkan lebih banyak pengeluaran ongkos, serta keperluan dana lebih bagi