Rainilaiarivony
berhasil mempertahankan wewenangnya atas para penjaga istana yang cemas menunggu perintah dari salah satu faksi untuk membantai yang lain. Ketika pelayan sang ratu diam-diam memberitahukan bahwa sang ratu akan segera mangkat, Rainilaiarivony memanggil Radama dan Rainivoninahitriniony dari istana Perdana Menteri ke kompleks kerajaan Rova dan memerintahkan agar sang pangeran
dinobatkan di hadapan para tentara yang berkumpul tepat saat sang ratu diumumkan meninggal. Ramboasalama segera diantar ke istana dan diwajibkan untuk bersumpah setia kepada Raja Radama di hadapan umum.
Rainilaiarivony diberikan tanggung jawab untuk mengawasi proses pengadilan para pendukung Ramboasalama. Mereka terbukti melakukan subversi dan lalu dijatuhi hukuman pengasingan dan hukuman-hukuman lainnya. Ramboasalama dikirim untuk tinggal bersama istrinya Ramatoa Rasoaray (saudara perempuan Rainilaiarivony) di desa dataran tinggi Ambohimirimo yang terpencil, dan
Ramboasalama kemudian tutup usia di tempat tersebut pada April 1862. Rainijohary, mantan Perdana Menteri dan suami Ranavalona, dibebastugaskan dari jabatannya dan diasingkan, sehingga yang menjadi Perdana Menteri satu-satunya adalah Rainivoninahitriniony. Pada saat yang sama, Rainilaiarivony diangkat oleh Radama menjadi Panglima Tertinggi Militer.
Sebagai Panglima Tertinggi, Rainilaiarivony menjaga jarak dari panggung politik sepanjang masa pemerintahan Radama II, dan ia memilih untuk fokus pada tanggung jawab militer yang ia emban. Sementara itu, perselisihan antara Perdana Menteri Rainivoninahitriniony dan Raja Radama terus memanas, karena sang raja muda ingin mewujudkan reformasi-reformasi radikal yang tidak disukai oleh
kelompok tradisional. Perselisihan ini mencapai puncaknya pada tanggal 7 Mei 1863, ketika Radama bersikeras melegalkan pertarungan satu lawan satu, meskipun para penasihat raja sudah memberikan peringatan bahwa kebijakan tersebut akan mengakibatkan anarki. Perdana Menteri lalu memulai penangkapan "menamaso", yaitu penasihat-penasihat Radama, sementara Rainilaiarivony mengikuti
petunjuk kakaknya untuk menjaga perdamaian di ibu kota. Namun, keadaan langsung memburuk, dan Raja Radama II dinyatakan meninggal pada pagi hari tanggal 12 Mei, setelah ia tewas dicekik atas perintah Perdana Menteri.
Walaupun tidak terlibat dalam kudeta, Rainilaiarivony memberikan pengarahan kepada kakaknya dan anggota istana lainnya. Ia lalu mengusulkan agar para penguasa monarki ke depannya tidak lagi berkuasa secara absolut, tetapi memerintah dengan persetujuan dari para bangsawan. Kemudian para bangsawan sepakat untuk menjadikan istri mendiang Radama, Rasoherina, sebagai ratu. Di
bawah sistem monarki baru yang dicetuskan oleh Rainilaiarivony, sang ratu memerlukan persetujuan dari para bangsawan untuk menjatuhkan hukuman mati atau menetapkan undang-undang baru, dan juga tidak diperbolehkan membubarkan militer. Perjanjian pembagian kekuasaan antara penguasa monarki dengan bangsawan ini diresmikan oleh oleh perkawinan politik antara Ratu dan Perdana Menteri.
Peristiwa pencekikan Radama bukanlah sekadar kudeta. Sistem baru yang dipaksakan terhadap Rasoherina dan penguasa-penguasa monarki setelahnya mencerminkan pergeseran kekuasaan dari kelompok Andriana ke kelompok Hova; sebelumnya, kelompok Andriana mengesahkan kekuasaan mereka melalui keyakinan tradisional bahwa garis keturunan kerajaan dikaruniai oleh "hasina",
yaitu wewenang suci yang dianugerahkan oleh "ray aman-dreny" (nenek moyang). Maka dari itu, struktur politik baru di Imerina melambangkan penggerusan nilai-nilai sosial tradisional di kalangan elit Merina, yang sudah terpengaruh oleh pemikiran politik Eropa dan memeluk sejumlah asas pemerintahan Barat. Peristiwa ini juga telah melebarkan jurang antara kelompok elit
yang cenderung progresif dan pro-Eropa (termasuk Rainilaiarivony dan saudaranya) dengan mayoritas penduduk di Madagaskar yang masih sangat mementingkan nilai-nilai tradisional seperti "hasina"; jurang ini akan terus melebar dalam kurun waktu beberapa dasawarsa berikutnya akibat upaya Rainilaiarivony untuk mengubah kondisi politik dan sosial di seluruh Madagaskar.
Masa jabatan Rainivoninahitriniony sebagai Perdana Menteri tidak berlangsung lama. Ia berperilaku secara kasar dan tidak pantas terhadap Rasoherina, dan ia juga dibenci oleh banyak orang akibat keterlibatannya dalam penjatuhan Raja Radama, sehingga para bangsawan pun mulai berbalik melawannya. Sebagai Panglima Tertinggi, Rainilaiarivony berusaha menasihati
saudaranya sekaligus mengawasi upaya-upaya diplomatik dan militer untuk mendamaikan kembali suku Sakalava dan suku-suku lainnya yang menganggap kudeta sebagai indikasi melemahnya kendali Merina. Namun, Perdana Menteri tidak berterima kasih dengan segala upaya ini dan malah berulangkali mencerca para pejabat berpangkat tinggi dan mengancam Rainilaiarivony dengan menggunakan pedang.
Dua sepupu Rainilaiarivony mendesaknya untuk menggantikan kakaknya agar keluarga mereka tidak lagi harus menanggung malu akibat tindak tanduk Rainivoninahitriniony. Setelah mempertimbangkan usulan tersebut, Rainilaiarivony mendekati Rasoherina dengan usulan tersebut. Sang ratu langsung setuju dan membantu Rainilaiarivony dengan menggalang dukungan dari para bangsawan di istana. Belum
sampai setahun setelah kudeta yang terakhir, Rasoherina menjatuhkan dan menceraikan Rainivoninahitriniony pada tanggal 14 Juli 1864, dan Rainivoninahitriniony sendiri diasingkan pada tahun berikutnya. Setelah Rainivoninahitriniony dijatuhkan, Rainilaiarivony diangkat sebagai Perdana Menteri. Rainilaiarivony kemudian menikahi Rasoherina dan menurunkan status istrinya yang
sebelumnya, Rasoanalina, menjadi istri kedua. Rainilaiarivony mengaku kepada seorang teman lama sebelum ia meninggal bahwa ia sangat mencintai istri pertama dan keduanya, tetapi tidak pernah merasakan hal yang sama untuk ratu-ratu berikutnya berikutnya yang ia nikahi. Tak satupun dari pasangan kerajaan ini memberikan anak kepadanya.
Rainilaiarivony menjadi anggota golongan Hova pertama yang merangkap jabatan sebagai Perdana Menteri sekaligus Panglima Tertinggi. Perubahan sosiopolitik yang telah dipicu oleh peristiwa pencekikan Radama II mencapai puncaknya setelah Rainilaiarivony mengukuhkan kekuasaannya. Rasoherina dan penerus-penerusnya tetap menjadi "pemimpin" secara resmi dan turut serta dalam dewan-dewan
politik dan memberikan persetujuan resmi terhadap kebijakan-kebijakan. Perdana Menteri juga mengeluarkan kebijakan dan undang-undang baru atas nama sang ratu. Namun, urusan pemerintahan, keamanan, dan diplomatik pada dasarnya diatur oleh Rainilaiarivony dan para penasihatnya. Dengan wewenang yang begitu besar, sang Perdana Menteri dapat memperkaya diri, baik itu melalui warisan,
hadiah, ataupun pembelian, termasuk 57 rumah, perkebunan dan sawah yang luas, hewan ternak, serta ribuan budak. Yang paling menonjol adalah Istana Andafiavaratra, yang dibangun khususnya untuknya di lereng tepat di bawah kompleks kerajaan Rova oleh arsitek asal Britania, William Pool, pada tahun 1873.
Pada masa kepemimpinan Rainilaiarivony, administrasi dan birokrasi diperkuat. Pada Maret 1876, Rainilaiarivony mendirikan sebuah kabinet dengan delapan kementerian untuk mengatur urusan luar negeri, dalam negeri, pendidikan, perang, hukum, perdagangan dan industri, keuangan, dan perundang-undangan. Utusan-utusan negara ditempatkan di seluruh provinsi di Madagaskar untuk mengelola administrasi,
memastikan penerapan hukum, memungut pajak, dan mengirimkan laporan secara berkala ke Antananarivo tentang keadaan setempat. Metode pemungutan pajak tradisional melalui pemerintah setempat diperluas di provinsi-provinsi, sehingga negara memperoleh pemasukan baru, biasanya dalam bentuk barang yang dihasilkan di kawasan setempat seperti tikar, ikan, atau kayu. Rainilaiarivony mencoba mendorong