Kebebasan beragama di Indonesia
yang dianggap sebagai upaya kristenisasi. Menurut MUI, pemilik Rumah Sakit ini, yaitu James T. Riady, pernah menyatakan ingin mengkristenkan desa-desa miskin di Indonesia. Wali kota Padang, Fauzi Bahar, menuduh Gubernur Sumatera Barat, Irwan Prayitno, sebagai dalang di balik demonstrasi masyarakat Minangkabau, terutama karena Irwan Prayitno berasal dari PKS yang dikenal sebagai parta dakwah.
Sementara itu, Wali kota Solo, F.X. Hadi Rudyatmo, dianggap tidak mendengarkan aspirasi warga yang menolak pembangunan Rumah Sakit Siloam karena mengkhawatirkan dampak lingkungan dan alasan akidah.
Hubungan antara kelompok agama mayoritas dan minoritas di Indonesia secara keseluruhan atau pada daerah-daerah tertentu beberapa kali mengalami ketimpangan, terutama pada wilayah yang pemeluk agama mayoritasnya memiliki paham radikal. Ketegangan antara mayoritas dan minoritas mulai meningkat pada masa Orde Reformasi karena peran serta pemerintah tidak setegas selama masa Orde Baru yang menekan aliran-aliran
agama berpaham radikal. Selain itu, pemerintah terkesan membiarkan pertumbuhan kelompok-kelompok agama garis keras yang bahkan bertujuan melengserkan dasar negara Pancasila dengan paham agama yang mereka anut. Perselisihan yang terjadi pada daerah-daerah umumnya berupa penolakan kelompok agama mayoritas terhadap pembangunan tempat ibadah atau pelaksanaan
ibadah umat minoritas, yang terkadang bahkan diikuti kekerasan. Beberapa pemerintah daerah juga terlibat dan mendukung penekanan yang dilakukan kelompok agama mayoritas terhadap minoritas.
Aksi kekuasan mayoritas di tingkat nasional terjadi pada demonstrasi yang diakhiri kericuhan pada tanggal 4 November 2016 ("Demonstrasi 411") yang melibatkan ormas-ormas Islam berdemonstrasi ke Jakarta untuk menuntut Basuki Tjahaja Purnama agar diproses hukum karena dituduh telah melakukan pelecehan terhadap ayat Al-Qur'an. Hal tersebut dipicu tulisan Buni Yani melalui media Facebook yang mengomentari
pidato Pilkada Basuki. The Guardian dan South China Morning Post menganggap pemerintahan Basuki sebagai gubernur di Jakarta sebagai anomali karena ia merupakan bagian dari dua kelompok minoritas, yaitu etnis Tionghoa yang beragama Kristen. Beberapa media luar negeri lain, seperti theThe New York Times, juga mengungkapkan bahwa peristiwa ini merupakan peristiwa politik yang dilatarbelakangi agama karena ketakutan
kelompok mayoritas akan kehilangan kekuasaan yang selama ini dipegang oleh mereka. Penetapan Basuki sebagai tersangka oleh kepolisian menyebabkan Indonesia menjadi sorotan dunia internasional yang menunggu bukti terjaminnya pluralisme di Indonesia dan bahkan mempertanyakan kebenaran terjaminnya pluralisme pada masa Orde Baru. Sementara itu, peristiwa Bom Samarinda (13 November 2016) yang terjadi sekitar seminggu
setelah Demonstrasi 411 dianggap MUI sebagai pengalihan isu terhadap kasus Basuki. Komentar tersebut dicerca berbagai lapisan masyarakat karena kasus pengeboman gereja Kristen tersebut menyebabkan seorang balita meninggal dan tiga lainnya mengalami luka bakar. Selain itu, sebagian masyarakat juga mempertanyakan mengapa kasus Bom Samarinda tidak ramai ditanggapi sebagaimana Demonstrasi
411, terutama oleh para ulama dan pelaku demo 411. Sebelumnya juga terjadi teror bom pada beberapa tempat, seperti Sekolah Kristen Gloria di Surabaya dan Gereja Katolik Gembala Baik di Kota batu paska-demonstrasi 411.
Berikut ini merupakan daftar kerusuhan dengan latar belakang agama yang terjadi di Indonesia selama masa Orde Reformasi.
Munculnya gerakan terorisme di Indonesia semenjak awal periode Reformasi, seperti kasus bom Mataram dan Poso serta bom malam Natal 2000, Bom Bali 2002, Bom Bali 2005, Bom McDonald's Makassar 2002, Bom Palu 2005, Bom Solo 2011, bom Vihara Ekayana di Jakarta (2013), bom Medan 2016, bom Samarinda 2016, Bom Singkawang 2016, dan sebagainya dikaitkan dengan Jamaah Islamiyah dan ormas-ormas Islam lain seperti Jamaah Ansharut Tauhid (JAT). Meskipun banyak pihak yang
menolak kaitan antara Islam dan terorisme, atau mencoba memberikan bukti terorisme yang dilakukan non-muslim, hal tersebut tidak mencegah timbulnya Islamofobia di Indonesia. Misalnya di Bali, munculnya sentimen terhadap Islam paska Bom Bali menyebabkan terjadinya pengawasan ketat terhadap pendatang, penolakan RUU APP, penolakan pembangunan mushola dan masjid, penolakan pendirian bank syariah, sertifikasi halal, dan penolakan pemakaian jilbab.
Menurut Prof. Didin Hafidhuddin, radikalisme dianggap sebagai pangkal dari terorisme meski tidak semua radikalis merupakan teroris. Ia menyatakan bahwa radikalisme diduga memiliki dua ciri, yaitu mudah memberikan cap kafir kepada kelompok lain dan memahami jihad secara sempit dalam arti perang semata. Namun, lanjut Prof. Didin Hafidhuddin, penggunaan istilah "terorisme berbasis
agama" adalah kurang tepat karena dapat menimbulkan kesan pembenaran bahwa radikalisme yang merupakan akar terorisme diajarkan dalam agama.
Berdasarkan pernyataan mantan petinggi Jamaah Islamiah (JI) Abdul Rahman Ayub, jaringan teroris saat ini melakukan perekrutan anggota melalui dunia maya. Usaha pihak-pihak tertentu dalam menyebarkan berita kebohongan mengenai agama Islam (dikenal dengan sebutan ""hoax Islami"") kerap kali menyebabkan terjadinya cyberbullying. NU, melalui sekelompok anggotanya yang disebut "Cyber Warriors", mencoba menghadang propaganda Islam radikal dan teroris di internet, antara lain dengan pembuatan meme dan melalui twitter.
Aksi teror juga menimpa Bupati Purwakarta, Dedi Mulyadi, pada awal tahun 2016. Bupati Dedi dianggap sebagai penista dan perusak akidah agama Islam karena banyak membangun patung dan mengedepankan budaya Sunda di Purwakarta, yaitu lebih mengedepankan salam menurut budaya Sunda ("sampurasun") dibandingkan salam secara Islam. Selain memperoleh tuntutan hukum atas kasus penistaan agama, Dedi juga memperoleh ancaman melalui media sosial dan secara fisik.
Pada 16 November 2016, Setara Institute melakukan penelitian dan penilaian terhadap 94 kota di Indonesia dalam hal mempromosikan dan mempraktikkan toleransi beragama. Penelitian yang dilakukan sejak Agustus hingga Oktober 2015 ini mengukur tingkat toleransi beragama dari masing-masing kota dari empat variabel utama, yakni regulasi pemerintah, tindakan pemerintah, regulasi sosial atau peristiwa dan juga demografi agama.
Hasilnya kota-kota yang dianggap memiliki tingkat toleransi beragama tertinggi meliputi Pematang Siantar, Salatiga, Singkawang, Manado, Tual, Sibolga, Ambon, Sorong, Pontianak, dan Palangkaraya. Sementara itu, kota-kota dengan tingkat toleransi beragama terendah meliputi Bogor, Bekasi, Banda Aceh, Tangerang, Depok, Bandung, Serang, Mataram, Sukabumi, Banjar dan Tasikmalaya.
Dalam paparan hasil pantauan Wahid Institute yang dilakukan selama Januari hingga Desember 2013, Majelis Ulama Indonesia (MUI) menduduki peringkat pertama sebagai pelaku pelanggaran toleransi dalam beragama. Menurut Kalau Subhi Azhari, salah satu peneliti Wahid Institute, hal ini dikarenakan MUI sering mengeluarkan fatwa-fatwa yang cenderung intoleran. Peringkat kedua ditempati oleh Front Pembela Islam (FPI) yang sebelumnya menduduki peringkat
pertama. Selain MUI dan FPI, pelaku intitusi lain yang masuk ke dalam pantauan Wahid Institute di antaranya Forum Umat Islam (FUI) dengan 8 kasus, Aliansi Ormas Islam dengan 5 kasus, 3 kasus dikoleksi oleh JAT, perusahaan dan Aliansi Anti Ahmadiyah. Sementara dua kasus pelanggaran oleh GARIS, GP Ansor, Kampus, MMI, MTA, Muhammadiyah, dan LSM Muslim. Sisanya satu kasus oleh BASSRA, FBR, FKUM