Yonatan Apfus
Yonatan dan Simeon memimpin kekuatan 10000 pasukan menyerang Jaffa dimana pasukan Apollonius bermarkas. Tidak mengira diserang begitu awal dalam permusuhan ini, Jaffa tidak siap untuk menghadapi pengepungan. Gerbang-gerbang dibuka sukarela di hadapan pasukan Yahudi karena ketakutan.
Namun kemenangan itu belum bisa dipastikan. Apollonius menerima bala bantuan dari Asdod (Azotus) dan muncul di dataran dengan memimpin 3000 orang. Mereka jelas kalah jumlah tapi Apollonius bergantung pada kekuatan kavaleri tangguhnya yang memaksa Yonatan untuk terlibat dalam pertempuran. Yonatan menyerang, merebut dan membakar Asdod bersama dengan kuil Dagon setempat dan desa-desa sekitarnya.
Sebagai hadiah kemenangannya, Alexander Balas memberikan kota Ekron bersama dengan wilayah luarnya kepada Imam Besar yang menang itu. Orang-orang Asdod dengan sia-sia mengeluh kepada Raja Ptolemaios VI, yang telah datang untuk berperang melawan menantunya, Alexander Balas, bahwa Yonatan telah menghancurkan kota dan kuil mereka. Yonatan dengan damai bertemu Ptolemaios di Jaffa dan
menemaninya sejauh Sungai Eleutherus. Dia kemudian kembali ke Yerusalem, menjaga perdamaian dengan Raja Mesir meskipun dukungan mereka kepada pesaing yang berbeda untuk tahta Seleukia.
Pada tahun 145 SM, Pertempuran Antiokhia mengakibatkan kekalahan akhir dari Alexander Balas oleh kekuatan mertuanya, Ptolemaios VI. Ptolemaios sendiri gugur dalam pertempuran. Demetrios II Nikator tetap satu-satunya penguasa Kekaisaran Seleukia dan menjadi suami kedua Cleopatra Thea.
Yonatan yang tidak mempunyai piutang terhadap raja Seleukia yang baru dan mengambil kesempatan ini untuk mengepung benteng Seleukia di Yerusalem yang merupakan simbol kekuasaan Seleukia atas Yudea. Tempat itu dijaga kuat oleh garnisun tentara Seleukia dan menawarkan suaka bagi orang Yahudi Helenis. Demetrius sangat marah, ia muncul dengan tentara di Ptolemais dan memerintahkan
Yonatan untuk datang menghadap dia. Tanpa membatalkan pengepungan, Yonatan, disertai oleh para tua-tua dan imam-imam, pergi menghadap raja, dan menenangkankannya dengan hadiah-hadiah, sehingga raja tidak hanya menegaskan jabatannya sebagai Imam Besar, tetapi memberikan kepadanya tiga toparkhi Samaria, yaitu Pegunungan Efraim, Lod, dan Ramataim-Zofim.
Sebagai ganti hadiah 300 talenta seluruh negeri dibebaskan dari pajak, pembebasan itu dikonfirmasi dalam sebuah surat yang dilestarikan dalam Kitab 1 Makabe dan tulisan Yosefus.
Namun, segera setelahnya, muncul seorang muda yang menuntut tahta Seleukia, Antiokhos VI Dionysos, putra Alexander Balas dan Cleopatra Thea. Dia berusia sedikitnya tiga tahun, tapi jenderal Diodotos Tryphon menggunakannya untuk meraih tahta bagi dirinya sendiri. Dalam menghadapi musuh baru ini, Demetrios tidak hanya berjanji untuk menarik pasukan dari
Yerusalem, tetapi juga menyebut Yonatan sekutunya dan memintanya untuk mengirim pasukan. Yonatan mengirim 3000 pasukannya melindungi Demetrios di ibukota, Antiokhia, terhadap bawahannya.
Karena Demetrios II tidak menepati janjinya, Jonathan berpikir lebih baik mendukung raja baru ketika Diodotos Tryphon dan Antiokhos IV merebut ibukota. Sekutu baru ini mengkonfirmasi semua haknya dan mengangkat abangnya, Simeon, sebagai strategos wilayah pantai, dari "Ladder dari Tirus" sampai perbatasan Mesir. Yonatan dan Simeon berkeliling wilayah itu untuk menghapus
garnisun-garnisun Demetrios II; Ashkelon menyerah secara sukarela sementara Gaza diambil secara paksa. Yonatan mengalahkan pasukan Demetrios II yang menyerbu dari utara, di dataran Hazar, dan mengusir mereka kembali menyeberangi sungai Eleutherius. Sementara itu, Simeon merebut benteng Beth Zur dan mengganti garnisun Demetrios II dengan pasukannya sendiri.
Sumber-sumber melaporkan bahwa Yonatan mencari aliansi dengan orang asing pada saat ini. Ia memperbaharui perjanjian dengan Republik Romawi, dan bertukar pesan ramah dengan Sparta dan tempat-tempat lain.
Pada tahun 143 SM, Diodotos Tryphon pergi dengan tentaranya ke Yudea dan mengundang Yonatan ke Scythopolis untuk suatu konferensi persahabatan, dan membujuknya untuk menyuruh pulang pasukannya sebanyak 40000 orang, menjanjikan untuk memberikan dia Ptolemais (Akko) dan benteng-benteng lainnya. Yonatan jatuh ke dalam perangkap, ia hanya membawa 1000 orang ke Ptolemais, semuanya dibunuh; ia sendiri ditawan.
Ketika Diodotos Tryphon hendak memasuki Yudea di Hadid, ia berhadapan dengan pemimpin Yahudi baru, Simon Thassi, sedia untuk pertempuran. Tryphon, menghindari pertempuran, menuntut seratus talenta dan dua putra Yonatan sebagai sandera, dengan imbalan bahwa ia berjanji untuk membebaskan Yonatan. Meskipun Simon tidak mempercayai Tryphon, dia memenuhi permintaan supaya ia tidak akan
dituduh menyebabkan kematian saudaranya. Tapi Tryphon tidak membebaskan tahanan; marah bahwa Simon memblokir jalan dimana-mana dan bahwa ia tidak bisa mencapai apa-apa, dia menghukum mati Yonatan di Baskama, di wilayah sebelah timur sungai Yordan. Yonatan dimakamkan oleh Simon di Modi'in. Tidak diketahui mengenai nasib dua putranya yang ditawan. Salah satu putrinya adalah nenek moyang dari Flavius Yosefus.