Kontroversi yang melibatkan Basuki Tjahaja Purnama
tendensius. Ia lalu membuka tawaran Ketua BPK DKI, Efdinal, di masa lalu terkait penawaran penjualan tanah kepada Pemprov DKI Jakarta. Indonesia Corruption Watch kemudian melaporkan Efdinal ke Mahkamah Kehormatan BPK. Efdinal akhirnya Dicopot dan Dipindah menjadi Staf Fungsional di BPK Pusat Laporan BPK kemudian diteruskan ke KPK, yang kemudian ditanggapi KPK, dengan kesepakatan bulat di
antara seluruh komisioner, bahwa kasus ini belum cukup bukti untuk berlanjut menjadi kasus korupsi.
Pada tanggal 10 Desember 2015, seusai mengikuti rapat Badan Anggaran, seorang ibu bernama Yusri Isnaeni bersama rekannya melaporkan masalah yang dihadapinya dalam menggunakan KJP. Awalnya kasus yang dilaporkan adalah dipersulit dan dimintai biaya tambahan dalam menggesek KJP untuk keperluan anaknya. Basuki yang tidak yakin kemudian meminta
bukti-bukti pembayaran dan menemukan bahwa Yusri menggunakan KJP anaknya untuk menarik tunai di toko sebelah. Yusri mengaku terpaksa melakukan itu karena merchant resmi terus-terusan menolak penggunaan KJP anaknya dengan alasan mesin EDC offline.Basuki kemudian menolak diskusi dan membalas "Ibu kenapa cairin duit KJP di toko? Ini bukan tokonya yang salah,
melainkan Ibu yang salah," lalu menutup pembicaraan dengan mengatakan Yusri kemudian memperkarakan Basuki Tjahaja Purnama dengan tuduhan dampak psikologis akibat disebut 'maling' oleh pria yang akrab disapa Ahok itu begitu besar dengan diwakili pengacara Alexandara dari Posko Advokasi Pendidikan Jakarta Utara. Ganti rugi yang dituntut sebesar Rp 100 Miliar atau meminta maaf atas
ucapannya. Ahok mengancam akan balik memperkarakan Yusri dengan alasan menyalahgunakan KJP anaknya untuk mengambil dana tunai yang menyalahi ketentuan penggunaan kartu tersebut.
Pada tanggal 8 Maret 2016, saat dalam proses peresmian RPTRA Saharjo, Menteng Atas, Basuki Tjahaja Purnama menyelingi pidato sambutannya dengan kelakar sekaligus menegur PNS yang mencuri-curi kesempatan peresmian sebagai alasan untuk bolos kerja. Ia mengungkapkan lebih senang kepada PNS yang minta izin tidak ikut serta karena masih banyak pekerjaan lain.
Konflik antara DKI Jakarta dan Bekasi bermula dengan rencana memutuskan kontrak kerja dengan PT. Godang Tua Jaya, selaku pengelola TPST Bantargebang. Pemutusan kontrak ini diikuti kecurigaan kongkalikong antara PT. Godang Tua Jaya dan DPRD Bekasi. Sebab DPRD Bekasi mengajukan protes karena DKI Jakarta dianggap menyalahi ketentuan jenis truk, rute, dan waktu pengiriman sampah dari Jakarta melewati
jalanan Bekasi tidak sesuai dengan perjanjian sehingga akhirnya 6 truk pengangkut sampah dari Jakarta ditangkap Dinas Perhubungan Bekasi. Padahal selama bertahun-tahun, Pemprov DKI menganggarkan Rp 400 Miliar ke PT Gondang Tua Jaya untuk mengamankan hal ini, padahal lahan tersebut diklaim sebagai milik Pemprov DKI sendiri. Sehingga bila ada kekacauan, seharusnya PT GTJ lah
yang harus bertanggung jawab. PT Gondang Tua Jaya juga dianggap wanprestasi karena tidak kunjung membangun sarana teknologi GALFAD (Gasification, Landfill, and Aerobic Digestion) yang harusnya sudah terbangun sejak 2009.
Surat Peringatan yang dikirimkan Basuki ke PT Godang Tua Jaya dicurigai Basuki menyebabkan DPRD Bekasi balas memanggil dirinya. Sementara Basuki merasa ada aroma permainan antara PT Godang Tua Jaya dengan DPRD sebab wakil direktur PT GTJ dan menantunya adalah anggota DPRD Bekasi.
Pada tahun 2015, pemerintahan Basuki terlibat sengketa dengan DPRD DKI Jakarta berkaitan dengan penetapan APBD tahun itu. Akibat sengketa ini, hingga Februari 2015 APBD DKI Jakarta belum ditetapkan. APBD DKI 2015 gagal disahkan meskipun mediasi telah dilakukan oleh Kementerian Dalam Negeri, sehingga DKI Jakarta harus berbalik menggunakan pagu APBD 2014.
Pada Juni 2016, Ahok dikabarkan melarang sekolah-sekolah negeri yang mewajibkan siswi-siswinya memakai jilbab sehingga menuai kontroversi.
Pada tahun 2016, sebuah kelompok pendukung Basuki melalui jalur independen dibuat dengan nama Teman Ahok dalam rangka mendukung Ahok dalam pemilihan umum Gubernur DKI Jakarta 2017 dengan kegiatan pengumpulan KTP sebanyak 1 juta buah. Namun pada 27 Juli 2016, Basuki mengeluarkan keputusan untuk memilih jalur parpol yang terdiri dari Nasdem, Hanura dan Golkar.
Pada tanggal 27 September 2016, saat memperkenalkan sebuah proyek pemerintah melalui sebuah pidato di depan warga Kepulauan Seribu, Basuki menghimbau agar warga setempat tetap menerima proyek pemerintah tersebut tanpa harus sungkan meskipun tidak memilihnya. Basuki mengakui dan menyadari bahwa beberapa warga dapat dimengerti jika mereka tidak memilihnya karena mereka "diancam
dan ditipu" oleh beberapa kelompok yang menggunakan Surat Al-Maidah Ayat 51 yang mengacu pada sebuah ayat yang oleh beberapa kelompok disebut sebagai alasan untuk menentangnya. Tanggal 28 September 2016 Humas Pemerintah Provinsi DKI mengunggah rekaman kunjungan tersebut yang berdurasi 1 jam 48 menit dan 33 detik tersebut ke YouTube dalam sebuah saluran resmi pemerintah yang sering
menampilkan kegiatan gubernur. Video tersebut kemudian disunting menjadi 30 detik dan diunggah oleh Buni Yani melalui akun Facebooknya dengan statusnya yang mengutip dengan memenggal kata dari kutipan kalimat dari ucapan Basuki tersebut sehingga menimbulkan salah tafsir atas pernyataan Basuki dan menjadi viral karena beberapa warga menganggapnya sebagai penghinaan terhadap Quran.
Tersebarnya status Buni Yani tersebut oleh pihak yang tidak menyukai Basuki membuat Basuki banyak diserang di media sosial seperti Facebook dan Twitter.
Basuki pun mengeluarkan ucapan minta maaf terkait pernyataan tersebut. Sementara itu, Mohamad Guntur Romli, salah satu anggota tim sukses Ahok, mengatakan bahwa pernyataan tersebut telah dipelintir dan menganggap bahwa yang dimaksud "dibohongi" tersebut bukanlah ayatnya melainkan orang-orang yang melakukan politisasi Kitab Suci.
Kasus ini memicu terjadinya aksi 4 November yang berakhir ricuh dengan 3 mobil aparat dibakar, 18 mobil rusak, 160 pendemo dirawat karena terkena gas air mata, dan lebih dari 80 polisi luka termasuk 8 polisi yang luka berat.
Pada tanggal 16 November 2016, Ahok secara resmi ditetapkan sebagai tersangka. Meskipun demikian, Basuki tetap dapat mengikuti tahapan Pilkada sebagai Calon Gubernur.
Setelah dilakukan beberapa kali sidang, maka sebuah lembaga pengamat menyatakan Basuki adalah korban kriminalisasi, dimana MUI tidak melakukan klarifikasi sebelumnya dengan Ahok, sebelum membuat pernyataan yang ternyata makin membuat kegaduhan. Dapat dikatakan terjadi 'trial in absentia' dan 'trial by mob'. Zuhairi Misrawi, anggota salah satu organisasi Muslim
terbesar di Indonesia, Nahdlatul Ulama sekaligus politisi Partai Demokrasi Indonesia Perjuangan (PDIP) mengatakan kasus ini digunakan umtuk menggoyang Ahok dalam pemilihan Gubernur yang berdasarkan hasil polling suaranya menjadi merosot, tetapi berangsur bangkit, setelah beberapa kali sidang dilakukan.
Pada saat sidang kasus penistaan agama, Basuki dan tim pengacaranya menyatakan bahwa mereka memiliki bukti pembicaraan antara mantan Presiden Indonesia ke-6 Susilo Bambang Yudhoyono atau SBY dengan Ketua Umum Majelis Ulama Indonesia atau MUI, Maruf Amin. Akibatnya, Basuki pun dilaporkan ke bareskrim atas dugaan penyadapan dan penghinaan.
Dibalik keteguhan sikapnya membenahi Jakarta, ada konsep Hak Asasi Manusia (HAM) versi Ahok sendiri. Ini dinyatakan Ahok saat rapat rapat dengan Komunitas Ciliwung Merdeka di Balai Kota DKI, Jl Medan Merdeka Selatan, Jakarta, pada 24 Juli 2015 yang lalu. Rekaman videonya diunggah di Youtube oleh Pemprov DKI pada 25 Juli.
"Kalau saya ditanya, 'Apa HAM anda?' Saya ingin 10 juta orang hidup, bila dua ribu orang menentang saya dan membahayakan 10 juta orang, (maka dua ribu orang itu) saya bunuh di depan anda," kata Ahok dengan wajah serius.