Pasukan Rakyat Kalimantan Utara
PGRS/PARAKU mengadakan konsolidasi di tempat-tempat yang sudah ditentukan. Ternyata yang mengikuti seruan tersebut hanya 99 orang, sedangkan sejumlah 739 orang membangkang. AM Hendropriyono, prajurit Para Komando dengan kemampuan di bidang Sandi Yudha pada 1969-1972 di belantara Kalimantan Barat-Sarawak, mengungkapkan:
"Ini kita (TNI) melatih Tentara Nasional Kalimantan Utara dan PGRS di Surabaya, Bogor, dan Bandung. Akhirnya, setelah pergantian pemerintah, Presiden Soeharto memutuskan berdamai dengan Malaysia dan gerilyawan tersebut diminta meletakkan senjata. Karena PGRS tidak menyerah, terpaksa kita sebagai guru harus menghadapi murid dengan bertempur di hutan rimba Kalimantan."
Tendensi politik anti-komunis serta keinginan untuk berdamai dengan Malaysia-Inggris menempatkan Paraku-PGRS sebagai musuh pemerintah Indonesia dan TNI. Gerakan PGRS/PARAKU yang memiliki dasar ideologi komunis merupakan sumber potensial terhadap munculnya kerawanan sosial politik yang mengancam terhadap eksistensi suatu negara. TNI bersekutu dengan militer Malaysia dan Inggris dalam menumpas Paraku-PGRS, dan memberikan
julukan baru bagi Paraku-PGRS, yaitu Gerombolan Tjina Komunis (GTK), sementara pihak Malaysia yang sudah berdamai dengan Indonesia memberi cap "CT" (Communist Terrorist). Perang antara TNI dengan gerilyawan Paraku-PGRS meletus, salah satunya yang terjadi di Pangkalan Udara Sanggau Ledo, Bengkayang, Kalimantan Barat. Memasuki tahun 1967, operasi penumpasan diintensifkan oleh pemerintah Orde Baru melalui
Operasi Sapu Bersih (Saber) I, II, dan III yang digelar sejak April 1967 hingga Desember 1969 di bawah komando Brigadir Jenderal AJ Witono.
Pelaksanaan Operasi Saber I tidak memuaskan. Faktor-faktor kegagalan disebabkan kurangnya tenaga tempur, dan pihak PGRS/PARAKU lebih mengenal keadaan medan dan dapat menarik simpati kaum pribumi yaitu suku Dayak setempat. PGRS/PARAKU juga mudah memencar dan menyusup ke dalam masyarakat untuk menghilangkan diri dari pengejaran. Hal itu disebabkan masyarakat dan kampung-kampung Tionghoa
tersebar luas sampai daerah pedalaman seluruh Kalimantan Barat. Dalam Operasi Saber, terjadi peristiwa Mangkok Merah pada bulan Oktober-November 1967. Peristiwa Mangkok Merah dipicu oleh terjadinya penculikan dan kekerasan yang dialami Temenggung Dayak di Sanggau Ledo. Bulan Maret 1967, seorang guru orang Dayak ditemukan dibunuh di Sungkung, Kecamatan Siding, Kabupaten Bengkayang. Tanggal 3 September 1967 ada sembilan orang Dayak
diculik di Kampung Taum dan baru ditemukan tidak bernyawa oleh masyarakat dan TNI pada tanggal 5 September 1967. TNI mempropagandakan kekerasan itu dilakukan oleh GTK alias Paraku-PGRS. Propaganda diperkuat penemuan sembilan mayat oleh Resimen Para Komando Angkatan Darat (RPKAD) yang diklaim sebagai mayat tokoh-tokoh Dayak.
Gerakan pembasmian PGRS/PARAKU pada tanggal 14 Oktober 1967 dikenal dengan sebutan "Demonstrasi Suku Dayak". Gerakan ini kemudian menyebar luas menjadi luapan emosi etnis Dayak, hingga upacara mangkok merah diadakan. Gerakan ini menjadi sentimen rasial dengan mengidentikkan etnis Tionghoa sebagai anggota PGRS/PARAKU dan menjadi korban gerakan demonstrasi. Gerakan ini mengakibatkan pengungsian
besar-besaran etnis Tionghoa menuju ke Kota Pontianak, menimbulkan masalah beban pengungsi di kota-kota penampungan, derita psikis yang dialami keluarga korban pembantaian, dan lumpuhnya sirkulasi perdagangan di daerah pedalaman Kalimantan Barat. Setelah gerakan Suku Dayak, kegiatan-kegiatan PGRS/PARAKU mulai menurun. Tekanan-tekanan Pasukan Indonesia menyebabkan PGRS/PARAKU semakin
terjepit. Putusnya jalur logistik dengan mengungsinya ribuan orang Tionghoa menyebabkan banyak anggota PGRS/PARAKU yang menyerahkan diri. Presiden Soeharto, dalam pidato kenegaraan tanggal 16 Agustus 1968 malam, secara khusus mengucapkan terima kasih kepada Suku Dayak di Kalbar yang telah membantu pemerintah menumpas tuntas sisa-sisa gerombolan PGRS/PARAKU di Kalbar.
Pada tahun 1974, pecahan fraksi yang dipimpin oleh Bong Kee Chok menandatangani perjanjian damai dengan pemerintah. Fraksi Bong Kee Chok lebih besar daripada sisanya yang dipimpin oleh Wen Ming Chyuan.
NKCP menurun secara bertahap. Tahun 1989, CIA memperkirakan fraksi tersebut memiliki sekitar 100 pasukan. Akhirnya, tanggal 17 Oktober 1990, NKCP menandatangani perjanjian damai dengan pemerintah. Beberapa prajurit gerilya selanjutnya hidup sebagai masyarakat biasa.
Kasus Paraku/PGRS didokumentasikan sebagai salah satu pelanggaran HAM di Indonesia. Beberapa pihak menengarai dalam peristiwa ini juga terjadi pembersihan etnis terhadap warga Tionghoa di pedalaman Kalimantan. Dalam buku Tandjoengpoera Berdjoeng, 1977, disebutkan setidaknya ada 27000 orang mati dibunuh, 101700 warga mengungsi di Pontianak dan 43425 orang di antaranya direlokasi di Kabupaten Pontianak.