William S. Clark
terhormat," ia merasa "kecewa dan tidak puas" terhadap pemerintah dan tentara. Pada April 1863, prajurit Resimen Massachusetts ke-21 telah sangat berkurang. Clark menyebut keadaan itu disebabkan oleh "nasib kejam dari perang". Resimen yang dipimpinnya dapat dikatakan sudah hampir tamat, dan komando Clark hanya bersifat nominal. Oleh karena itu, ia mengundurkan diri dari jabatannya dan kembali ke Massachusetts.
Gerakan mendirikan sebuah perguruan tinggi pertanian di Massachusetts telah dimulai pada awal tahun 1830-an. Di antara para pemimpinnya terdapat tokoh-tokoh terkenal seperti pedagang kaya dari Boston sekaligus Ketua Ikatan Pertanian Norfolk Marshall Wilder dan Hakim Henry Flagg French yang kemudian menjadi rektor pertama Sekolah Tinggi Pertanian Massachusetts. Upaya mereka hanya sedikit memperoleh kemajuan hingga diloloskannya
Undang-Undang Hibah Tanah Morrill pada tahun 1862. Undang-undang yang disponsori anggota Dewan Perwakilan Rakyat Justin Smith Morrill tersebut mengalokasikan tanah federal di sebelah Barat setiap negara bagian. Dana dari penjualan tanah ini dipakai untuk membiayai pendirian perguruan-perguruan tinggi yang "terkait dengan pertanian dan seni mekanik." Massachusetts menyatakan keikutsertaannya dalam program federal tersebut, dan mendirikan Sekolah Tinggi Pertanian Massachusetts pada bulan April 1863.
Para pendukung pendidikan pertanian, termasuk William Clark berpendapat bahwa para petani memerlukan kemajuan ilmu pengetahuan. Ia mengeluh bahwa petani di Massachusetts hanya sedikit memiliki akses ke pendidikan tinggi. Sebagai akibatnya, profesi petani merosot secara ekonomi dan intelektual. Menurut Clark, Pada masa depan, memperbaiki, meninggikan, dan memperkuat pengaruh kebudayaan intelektual dan estetika akan
dianggap penting dalam profesi pertanian sama seperti halnya dalam profesi kedokteran, hukum, atau teologi... Jika petani di lapangan tetap mengabaikan semua cabang ilmu pengetahuan tingkat tinggi dan hanya memiliki budaya serta disiplin mental yang didapat mereka dari sekolah-sekolah umum di pedesaan, maka mereka tidak akan pernah dapat menduduki posisi layak dalam
masyarakat. Menurut pemimpin gerakan pendidikan pertanian, meraih "posisi layak dalam masyarakat" merupakan masalah utama petani di New England. Peningkatan industrialisasi pada pertengahan abad ke-19 menyebabkan penduduk kota-kota penggilingan tumbuh dengan pesat sekaligus mengorbankan kota-kota pedesaan, sebagian di antaranya banyak berakhir sebagai kota-kota yang ditinggalkan, terutama di Massachusetts Barat. Krisis tersebut
diperburuk oleh fenomena pergerakan ke barat dan iming-iming tanah murah di Amerika Serikat Barat Tengah. Sebagai reaksi atas krisis tersebut, gerakan pendidikan pertanian di Massachusetts menilainya dengan nada sangat moralis. Dalam tulisannya, Clark mengkritik orang-orang yang meninggalkan New England, "Apakah orang bijak bersedia menukar pemandangan indah dan beraneka di New England... Apakah dia akan meninggalkan selama-lamanya
sekolah dan gereja-gereja serta hak-hak sosial dari sebuah masyarakat sejahtera demi kondisi semibarbar di distrik-distrik yang baru dan berpenduduk jarang?" Clark juga memperingatkan kalau pelapukan daerah pedesaan di Massachusetts terus berlangsung, pertanian nantinya akan dianggap sebagai "bersifat merendahkan, dan dirancang... hanya untuk orang-orang miskin, bodoh, atau malang." Clark mengundurkan
diri dinas ketentaraan sebulan sesudah Dewan Perwakilan Rakyat Massachusetts mengizinkan didirikannya sekolah tinggi pertanian di Massachusetts. Setelah tiba kembali ke Amherst, Clark dengan segera melibatkan diri. Ia bekerja dengan giat meyakinkan pejabat berwenang di negara bagian agar sekolah tinggi pertanian dapat didirikan di Amherst. Pada waktu itu, kota-kota lainnya yang sedang dipertimbangkan sebagai
lokasi kampus di antaranya Springfield, Lexington, dan di tanah milik Universitas Harvard di Roxbury. Setelah terpilih sebagai anggota dewan legislatif Massachusetts pada tahun 1864, Clark berhasil memperoleh obligasi untuk Kota Amherst sehingga diperoleh sumbangan uang sejumlah AS$50000 untuk pembangunan kampus. Perkembangan baru itu berhasil meyakinkan para anggota dewan untuk memilih Amherst.
Selama empat tahun pertama pendiriannya, Sekolah Tinggi Pertanian Massachusetts telah mengalami kepemimpinan dua orang rektor. Namun pada tahun 1867, sekolah tinggi tersebut masih belum memiliki staf pengajar, mahasiswa, dan belum ada bangunan yang sudah selesai. Clark diangkat sebagai rektor pada tahun 1867 dan segera mengangkat staf pengajar dan menyelesaikan rencana pembangunan gedung. Manajemen
tegas yang dijalankannya berhasil. Sekolah tinggi yang dipimpinnya akhirnya menerima mahasiswa angkatan pertama sejumlah 49 orang. Selain menjabat rektor, Clark juga menjabat sebagai dosen botani dan hortikultura.
Meskipun pada awalnya dianggap sebagai keberhasilan besar, sekolah tinggi yang dipimpinnya selalu kekurangan mahasiswa sepanjang tahun 1870-an. Clark terutama sangat kecewa dengan kurangnya dukungan dari komunitas petani. Menurutnya, "Bagi orang yang mengerti sepenuhnya tentang pentingnya upaya-upaya yang dilakukan di Amherst... ketidakpedulian sepenuhnya tentang sekolah tinggi ini seperti terlihat pada 75000 petani Massachusetts adalah benar-benar mencengangkan ".
Pada akhir masa jabatannya, Clark dijadikan korban kecaman media massa dan politikus di Boston. Utang sekolah yang dipimpinnya makin lama makin besar, dan sebagian orang menganggap sekolah yang didirikannya gagal. Clark mengundurkan diri pada tahun 1879 setelah sangat marah terhadap pihak-pihak yang disebutnya, "politikus yang hanya menunggu berakhirnya masa jabatan dan surat kabar yang hanya berani mengapung di atas gelombang opini publik".
Clark termasuk salah satu dari tiga anggota komisi yang ditunjuk oleh Gubernur Massachusetts John Albion Andrew pada tahun 1863 untuk mempertimbangkan pendirian akademi militer negara bagian. Ia juga seorang elektor dalam pemilihan presiden 1864, serta anggota Dewan Perwakilan Rakyat Massachusetts dari tahun 1864 hingga 1865 dan 1867. Selain itu, ia juga anggota American Academy of Arts and Sciences, dan anggota beberapa perkumpulan ilmiah lainnya.
Pada tahun 1876, Clark diundang ke Jepang oleh Pemerintah Meiji untuk mendirikan Sekolah Tinggi Pertanian Sapporo (sekarang Universitas Hokkaido). Setelah Restorasi Meiji 1867, pemerintah melakukan modernisasi secara besar-besaran, dan merekrut akademisi serta pakar militer dalam jumlah besar dari Eropa dan Amerika Serikat. Mereka didatangkan untuk membantu mempercepat proses modernisasi.
Pemerintah Jepang menyebut tenaga ahli asing tersebut sebagai "oyatoi gaikokujin" atau "orang asing sewaan".
Ketika sedang mencari model untuk perguruan tinggi pertanian di Jepang, Menteri Urusan Amerika Serikat Mori Arinori meminta pendapat Komisaris Departemen Pertanian Amerika Serikat Horace Capron. Jepang disarankan oleh Capron agar mengambil Sekolah Tinggi Pertanian Massachusetts sebagai model. Setelah mengunjungi kampus di Massachusetts, Mori kemudian merekomendasikan William Clark kepada Pemerintah Jepang sebagai kandidat yang ideal untuk mendirikan Sekolah Tinggi Pertanian Sapporo.
Clark menandatangani kontraknya dengan Pemerintah Jepang pada 3 Maret 1876 di Washington, D.C.. Akibat inkonsistensi dalam terjemahan, hingga kini terdapat perbedaan mengenai nama jabatan resminya yang sebenarnya. Menurut penulis biografi John Maki, nama jabatan dalam surat kontrak bahasa Jepang berbeda dengan surat kontrak versi bahasa Inggris. Surat kontrak versi bahasa Jepang menulis jabatannya
sebagai, "kepala pengajar (yakni, asisten direktur)." Oleh karena itu, orang Jepang menyebut Clark sebagai "asisten direktur" atau kadang-kadang "wakil rektor". Namun, dalam surat kontrak versi bahasa Inggris, kata "'rektor' dimasukkan ke dalam teks dan diparaf oleh Yoshida Kiyonari (Menteri Urusan Amerika Serikat)." Terlepas dari nama jabatannya, Clark mendapat dukungan penuh dari