Shinto negara
keperadaan negara yang lebih kuat dalam Shinto, dan sekte Izumo, yang tidak demikian. Sekte Izumo mengadvokasikan pengakuan dewa kuninushi disetarakan dengan Amaterasu, yang memiliki konsekuensi teologi untuk pemujaan kaisar. Perdebatan tersebut, "debat perkuilan," menimbulkan ancaman ideologi serius pada pemerintahan era Meiji.
Hasil dari debat perkuilan adalah bahwa Kementerian Dalam Negeri berkonsentrasi pada pembedaan "agama" dan "doktrin", menyatakan bahwa "ritual-ritual Shinto ("shinsai") dipegang oleh negara sementara doktrin-doktrin agama ("kyh") dipegang oleh para individual dan keluarga." Disamping pemikiran tersebut, ritual-ritual Shinto menjadi tanggung jawab sipil yang seluruh subyek Jepang ditarik
untuk ikut serta, sementara Shinto "relijius" menjadi materi kepercayaan personal dan subyek kebebasan beragama. Perdebatan tersebut menandai kegagalan awal dalam perancangan praktek Shinto nasional yang bersatu, dan berujung pada penurunan tajam dalam pemberian negara kepada kuil-kuil Shinto dan pelantikan para pendeta Shinto dalam jabatan-jabatan pemerintahan. Kementerian Urusan Dalam
Negeri memegang tanggung jawab untuk kuil-kuil pada 1877, dan mulai memisahkan praktek-praktek keagamaan Shinto dari indoktrinasi. Pada 1887, Kementerian menghentikan dukungan finansial untuk sebagian besar kuil, selain dari kuil-kuil Kekaisaran terpilih yang terikat pada fungsi-fungsi negara.
Pada 1879, Kuil Yasukuni dibangun untuk menghormati para korban tewas pada masa perang. Kaisar mengunjungi dan memimpin upacara untuk para korban tewas pada masa pernag di Yasukuni, penghormatan yang mungkin tertinggi dalam Shinto. Sepanjang masa itu, negara mulai mendorong kuil-kuil untuk mengajarkan soal nasionalisme patriotik; termasuk jaringan kuil yang didedikasikan kepada para prajurit yang
tewas dalam pertempuran. Kewajiban tersebut tak memiliki hubungan dengan sejarah kuil lokal tersebut, yang berujung pada penarikan.
Pada zaman kontemporer, kuil tersebut menjadi simbol kontroversial untuk nasionalis Jepang. Meskipun beberapa warga negara dari berbagai unsur politik mengunjungi situs tersebut untuk menghormati para keramat yang tewas dalam pertempuran, yang "kami"-nya (jiwa) bermukim disana, sehingga beberapa diantaranya adalah para penjahat perang kelas A. Para penjahat tersebut dikuilkan dalam sebuah
upacara rahasia pada 1978, yang telah menjadi desas-desus yang berkembang di kalangan pasifis Jepang dan komunitas internasional.
Tak ada Kaisar yang mengunjungi kuil tersebut sejak itu, dan kunjungan oleh perdana menteri dan pejabat pemerintah ke kuil tersebut menjadi bahan gugatan dan kontroversi media.
Saat Jepang meluaskan wilayah jajahannya, kuil-kuil dibangun untuk keperluan mentuanrumahi "kami" Jepang di wilayah-wilayah yang diduduki. Praktek tersebut dimulai dengan Kuil Naminoue di Okinawa pada 1890. Kuil-kuil besar yang dibangun di belahan Asia meliputi Kuil Karafuto di Sakhalin pada 1910 dan Kuil Chosen, Korea pada 1919; kuil-kuil tersebut dirancang di bawah Kuil Ise dalam kepentingan
nasional. Kuil-kuil lain meliputi Kuil Shonan di Singapura, Kuil San'a di Pulau Hainan (Tiongkok), Kuil Okinawa di Shuri, Okinawa, Kuil Akatsuki di Saigon, dan Kuil Hokoku di Jawa.
Jepang membangun setidaknya 400 kuil di Korea pada masa pendudukan, dan penyembahan diwajibkan untuk orang-orang Korea. Sebuah pernyataan dari kepala Jawatan Dalam Negeri di Korea menuliskan soal kuil-kuil tersebut dalam sebuah pengarahan: "...mereka memiliki keberadaan yang secara penuh berbeda dari agama, dan pemujaan di kuil-kuil adalah tindakan patriotisme dan loyalitas, nilai-nilai moral dasar dari negara kami."
Pada 1 Januari 1946, Kaisar Shwa mengeluarkan sebuah pernyataan, yang terkadang disebut sebagai Deklarasi Kemanusiaan, dimana ia mengutip Lima Sumpah Piagam Kaisar Meiji, mengumumkan bahwa ia bukanlah "Akitsumikami" (dewa dalam wujud manusia) dan bahwa Jepang tak dibangun pada mitos-mitos. Markas Besar Utama AS dengan cepat mendeginisikan dan melarang praktik yang
diidentifikasikan sebagain "Shinto Negara", namun karena AS memandang kebebasan beragama sebagai aspek krusial dari Jepang pada masa setelah perang, mereka tak memberikan larangan bulat terhadap upacara-upacara keagamaan Jepang yang melibatkan Kaisar. Jenderal Douglas MacArthur dan Departemen Negara berniat untuk menghimpun otoritas Kaisar untuk menghindari "penarikan berkelanjutan" di kalangan rakyat Jepang pada masa pendudukan dan rekonstruksi Jepang.
Pengarahan Shinto menyatakan bahwa aturan tersebut memberikan "kebebasan rakyat Jepang dari campur tangan langsung atau tak langsung untuk percaya atau memegang kepercayaan dalam sebuah agama atau pemujaan yang secara resmi dirancang oleh negara" dan "menghindari kebangkitan perversi teori dan keyakinan Shinto dalam propaganda militeristik dan ultranasionalistik Shinto".
Saat ini, meskipun Wangsa Kekaisaran masih mengadakan ritual-ritual Shinto sebagai "upacara-upacara pribadi", partisipasi dan keyakinan tak lagi diwajibkan bagi para warga negara Jepang, maupun didanai oleh negara.
Aspek penegakan "suprarelijius" pemerintah lain dari praktek-praktek Shinto, seperti kunjungan sekolah ke kuil-kuil Shinto, telah dilarang. Beberapa inovasi dari Shinto era Meiji hadir dalam Shinto kontemporer, seperti keyakinan di kalangan pendeta bahwa Shinto adalah praktek kebudayaan non-relijius yang mendorong persatuan nasional.
Kontroversi timbul pada pemakaman dan perkawinan para anggota keluarga Kekaisaran Jepang, saat mereka menghadirkan penggabungan Shinto dan fungsi negara. Perbendaharaan Jepang tak membayar acara-acara tersebut, yang menyajikan kekhasan antara fungsi negara dan kuil.
Asosiasi Kuil Shinto secara politik aktif dalam mendorong dukungan untuk Kaisar, termasuk kampanye-kampanye seperti menyebarkan jimat-jimat dari Kuil Ise. Kuil Ise adalah salah satu kuil paling penting dalam Shinto negara, melambangkan keberadaan Amaterasu dan hubungan dengan Kaisar. Sebaliknya, Kuil Yasukuni era Meiji kemudian menjadi target kontroversi Shinto negara, kebanyakan karena membiarakan para penjahat perang Jepang.
Para politikus konservatif dan kelompok kepentingan nasionalis masih mengadvokasikan pengembalian Kaisar ke posisi keagamaan dan politik utama, yang mereka yakini akan merestorasi esensi nasional dari persatuan.