Pasukan Rakyat Kalimantan Utara
Indonesia juga mendapat dukungan dari Filipina. Presiden Filipina, Diosdado Macapagal mengklaim Sabah sebagai bagian dari wilayah negaranya atas dasar hubungan antara Filipina dan Sultan Sabah pada masa pra-kolonial. Filipina juga takut bahwa federasi baru itu akan menjadi basis bagi tekanan komunis dari populasi Cina-Malaysia dan elemen komunis Indonesia.
Pada tanggal 8 Desember 1962, bersama dengan berdirinya Negara Nasional Kalimantan Utara, Tentara Nasional Kalimantan Utara dibentuk sebagai kekuatan pertahanan. Inggris mengerahkan tentara untuk melawan NNKU sehingga membuat Azahari tidak mampu mempertahankan pemerintahan pusat di Kalimantan Utara kemudian memindahkannya ke Manila. Kebijaksanaan Pemerintah Indonesia saat itu adalah memberikan asylum politik kepada Perdana Menteri Azahari dan Panglima Abang Kifli di Jakarta.
Berdirinya Negara Kalimantan Utara mengakibatkan Partai Komunis Sarawak mendapat tekanan dari penguasa. Sejalan dengan kebijaksanaan politik Indonesia masa itu, pemimpin-pemimpin komunis dari Sarawak berpindah ke Kalimantan Barat. Sedangkan RRT (Republik Rakyat Tiongkok), dalam rangka menyelamatkan Partai Komunis Sarawak, mengirim Wen Min Tjuen dan Wong Kee Chok ke Kalimantan Barat pada awal tahun 1963. Kedua
pemimpin Partai Komunis Tiongkok tersebut menemui Yap Chung Ho, Wong Ho, Liem Yen Hwa, dan Yacob dari Sarawak Advance Youth Association (SAYA) untuk membahas garis perjuangan dari Partai Komunis Sarawak. Azahari dan Abang Kifli dengan Tentara Nasional Kalimantan Utara (TNKU)-nya kemudian berhubungan dan bekerja sama dengan mereka. Tanggal 2 Desember 1963, Soebandrio, Wakil Menteri Pertama atau Menteri Luar Negeri Indonesia, dan atas nama
KOPERDASAN (Komando Pertahanan Daerah Perbatasan), datang ke Kalimantan Barat dalam rangka kampanye konfrontasi anti Malaysia dan memperkenalkan Azahari kepada khalayak ramai.
Azahari (Brunei), Kelompok Yap Chung Ho (Sarawak), dan Soebandrio (Indonesia) mengadakan pertemuan di Sintang dan muncul gagasan untuk membentuk suatu pasukan bersenjata. Pertemuan kedua di Bogor dihadiri Soebandrio, Njoto, Soeroto, Perdana Menteri NNKU Azahari, dan kelompok Yap Chung Ho dari SUPP. Dalam pertemuan itu, diputuskan membentuk pasukan bersenjata yang akan
berkedudukan di perbatasan Kalimantan Barat (Asuangsang di sebelah Utara Sambas). Soebandrio dengan BPI (Badan Pusat Intelijen) Indonesia membantu melatih sepuluh orang anak buah Yap Chung Ho selama sebulan di Bogor, kemudian dibawa ke Asuangsang untuk melatih 60 orang pasukan lagi. Dengan basis pasukan ini, dibentuk Pasukan Gerilya Rakyat Sarawak (PGRS) dan Pasukan Rakyat Kalimantan Utara (PARAKU) sebagai bagian dari Tentara Nasional Kalimantan Utara (TNKU).
Menurut Lie Sau Fat atau X. F. Asali, budayawan Tionghoa Kalimantan Barat dan saksi sejarah, ketika peristiwa Dwikora, banyak sukarelawan membantu perang dengan Malaysia. Mereka terdiri dari para pelarian dari Sarawak, yang umumnya etnis Tionghoa dan partisipan komunis, juga sukarelawan dari Singkawang, Bengkayang, dan berbagai wilayah di Indonesia yang terdiri atas berbagai etnis seperti
Melayu, Dayak, dan Tionghoa. Kodam Tanjungpura pada Mei dan Juni 1964 memberikan latihan militer pada 28 orang sukarelawan dari SUPP (Sarawak United People Party) yang lari ke Kalimantan Barat dan juga para sukarelawan yang dikirim dari Jakarta. Latihan militer tersebut di lakukan di Dodiktif 18- Tandjungpura, Bengkayang. Letnan Kolonel Harsono Subardi, mantan Biro Intel POM Kodam XII Tanjungpura, mengungkapkan, "Saat itu, kita melatih PGRS/PARAKU untuk dipergunakan membantu memerdekakan Malaysia. Mereka dilatih oleh RPKAD di Bengkayang."
Jumlah pasukan PGRS adalah sekitar 800 orang yang berbasis di Batu Hitam, Kalimantan Barat, bersama dengan 120 pasukan dari Indonesia dan sedikit kader yang dilatih di RRT. Partai Komunis Indonesia (PKI) terbukti memiliki keterlibatan dan dipimpin oleh Syarif Ahmad Sofyan Al Barakbah, seorang etnis Arab yang revolusioner. PGRS beberapa kali melakukan perampokan di Serawak, tetapi lebih banyak lagi berusaha
meningkatkan pendukung mereka dari wilayah tersebut. Militer Indonesia tidak menyukai kecondongan PGRS ke sayap sehingga secara umum menghindari mereka.
Paraku-PGRS bahu-membahu bersama TNI dan sukarelawan Indonesia menghadapi pasukan Malaysia yang dibantu balatentara Gurkha, Inggris, dan Australia sepanjang masa konfrontasi. Wilayah perbatasan antara Kalimantan Barat dengan Kalimantan Utara menjadi garis depan pertempuran. Seorang peneliti Tionghoa, Benny Subianto, mengungkapkan kehebatan gerilyawan Paraku-PGRS ketika melawan pasukan Gurkha Inggris. Kedua pasukan itu hampir berhasil
menghancurkan garnisun 1/2 British Gurkha Rifles dalam sebuah serangan terhadap distrik Long Jawi pada tanggal 28 September 1963. Buku A Face Like A Chicken Backside-An Unconventional Soldier in Malaya and Borneo 1948-1971 karya JP Cross mencatat kehebatan serangan relawan Indonesia serta Paraku-PGRS yang menewaskan beberapa prajurit Gurkha dan anggota Border Scout. Dari fakta-fakta sejarah tersebut, Paraku-PGRS tampak menjadi pahlawan bagi Indonesia selama era konfrontasi.
Kebijakan Pemerintah Indonesia, melalui BPI (Badan Pusat Intelijen), membuat "kisah" PGRS/PARAKU tidak menjadi konsumsi publik pada tahun 1963-1965 (sebelum G 30 S). Seperti yang diuraikan L.H. Kadir, saksi sejarah, mantan Wakil Gubernur Kalbar 2003-2008, pada masa konfrontasi bekerja sebagai pegawai negeri di Putusibau (1963-1965) dan Mahasiswa APDN (1965-1968):
"Sekitar tahun 1963-1964 tidak ada pernyataan dukungan Indonesia terhadap PGRS/PARAKU. Masyarakat hanya tahu bahwa ada pergolakan rakyat di perbatasan. Setahu saya setelah peristiwa G 30 S baru ada di koran berita tentang PGRS/PARAKU. Sebelum itu yang dikenal sukwan... Sewaktu masih di Putusibau, saya pernah mengantar sukwan dari Putusibau untuk berlatih di perbatasan.
Saya dengan speed ke Semitau diperintah Dandim Hartono supaya mengantar. Orang-orang yang saya antar Cina semua waktu itu. Mereka bawa senjata, ada pula amoi-amoi, banyak perempuan. Ada juga dokter dua orang, mereka latihan di Badau."
Pasca G 30 S, situasi belum mempengaruhi PGRS/PARAKU karena pemerintah belum membubarkan PKI. Situasi komando di Kalimantan Barat masih belum jelas. Satu-satunya komando yang diberikan oleh Pangdam XII/Tanjungpura adalah tetap di pos masing-masing dan mempertinggi kewaspadaan. Situasi itu dimanfaatkan PGRS/PARAKU untuk mengonsolidasi kekuatan; banyak simpatisan
PKI yang bergabung karena situasi politik yang semakin menekan PKI. Mereka sama-sama memperoleh pelatihan militer dari Tentara RI dan sama-sama diterjunkan di perbatasan. PKI memanfaatkan pengerahan sukarelawan untuk melatih para kadernya, yang kebanyakan dari etnis Tionghoa, sehingga akan sulit dibedakan yang mana PGRS/PARAKU, kader PKI, dan kelompok yang tidak mengetahui tentang semua itu.
Pemerintah Orde Baru di bawah pimpinan Presiden Soeharto tidak berniat untuk melanjutkan konfrontasi terhadap Malaysia dan Inggris. Pada 29 Mei- 1 Juni 1966, diadakan perundingan antara Menteri Luar Negeri RI Adam Malik dan Menteri Luar Negeri Malaysia Tun Abdul Razak di Bangkok atas bantuan Menteri Luar Negeri Thailand Thanat Khoman. Puncak dari semua perundingan adalah ditandatanganinya persetujuan Indonesia dan Malaysia untuk normalisasi
hubungan di Jakarta pada tanggal 11 Agustus 1966. Persetujuan itu dikenal dengan Jakarta Accord yang mengakui kedaulatan Malaysia. KOLAGA (Komando Mandala Siaga) mengeluarkan instruksi dengan radiogram tanggal 10 Agustus 1966 No. TSR-26/1966 kepada semua Komando Bawahan untuk menghentikan kegiatan-kegiatan operasi. Langkah selanjutnya yang diambil oleh Komando Tempur (Kopur) IV/Mandau adalah menyerukan agar