Pembantaian pesantren Walisongo 2000
Gawalise, oleh berbagai kelompok Muslim lokal. Pada pertengahan tahun 2008, beberapa penduduk desa Sintuwulemba yang mengungsi akibat kekerasan masih menduduki rumah yang telah dibakar dengan sanitasi yang sedikit dan tidak memadai.
Beberapa pengamat menyarankan kekerasan itu dirundingkan selama kontes membaca Al-Qur'an nasional di Palu yang dihadiri oleh Presiden dan Wakil Presiden, dengan pemikiran bahwa otoritas akan terganggu oleh acara besar dan kehadiran para pemimpin eksekutif Indonesia.
Sejumlah kelompok yang mencari pembalasan atas serangan, yang paling menonjol Al-Khaira'at, sebuah lembaga pendidikan Islam yang penting di Indonesia Timur, yang diduga telah membeli bahan untuk memproduksi senjata dan mendistribusikan parang dan sejumlah uang yang dikirim oleh truk relawan dari Palu ke Poso. Saksi menyatakan dua truk yang mengangkut bantuan dan kelompok jihad dari
Palu terlibat pertempuran dengan militan Kristen di desa Tokorondo pada 29 Mei, tetapi menderita korban dan tidak berpartisipasi secara langsung dalam konflik yang terjadi kemudian.
Menanggapi pembantaian dan pembalasan yang terus terjadi, Kodam Wirabuana mengirim 1500 tentara lagi, sepuluh tank, dan unit tempur ke daerah Poso dan meningkatkan kehadiran militer di daerah tersebut dengan tiga batalyon infanteri atau 2200 tentara tamtama. Pada tanggal 6 Juni, milisi Kristen bertempur dengan TNI-Polri di bagian timur dari Poso, dan menderita korban berat.
Gubernur saat itu mengidentifikasi Advent L. Lateka, seorang tokoh Protestan, sebagai dalang dari pembantaian dan kekerasan yang terjadi. Lateka pada akhirnya tewas pada tanggal 2 Juni saat ratusan orang bertempur di kelurahan Kayamanya. Dan pada pertengahan Juli, sekitar 124 orang Protestan ditangkap di Kolonodale di bagian tenggara Poso, karena membawa senjata, yang sebagian besar terdiri dari parang.
Pada bulan Juli, tiga militan yang berasal dari Nusa Tenggara Timur, yang diduga sebagai pembunuh, yaitu Tibo, Dominggus da Silva dan Marinus Riwu Don, ditangkap karena dicurigai mengatur pembantaian. Pada tahun 2001, dalam tiga kali pengadilan setelah mendengar kesaksian dari 28 saksi, hakim menyatakan bahwa Tibo sebagai pemimpin milisi Kristen yang disebut Pasukan
Merah, dan menemukan bahwa da Silva adalah salah satu komandan dan juga bahwa Marinus Riwu mengambil bagian dalam pembunuhan. Meskipun para pembela mengklaim Tibo mungkin hanya sedikit dari preman yang disewa, ketiganya dijatuhi hukuman mati oleh regu tembak dan dieksekusi pada bulan September 2006 atas kejahatan mereka.
Selama persidangan, Tibo menyatakan kesaksiannya dan menyebutkan nama 16 orang yang menurutnya merupakan koordinator dari pembantaian, termasuk beberapa pemimpin gereja Kristen senior, meskipun tidak satupun dari mereka yang disebut pernah didakwa atau diajukan ke pengadilan.
Serangan serupa yang diduga dilakukan oleh anggota Pasukan Merah terjadi di dusun yang dihuni mayoritas Muslim Buyung Katedo pada 3 Juni 2001, dan menewaskan sedikitnya 14 orang dan dua dari mereka adalah perempuan dan anak-anak. Di antara mereka yang dibunuh di Buyung Katedo adalah Imam dari masjid lokal dan Firman, seorang bayi.
Militan Muslim dituduh melakukan dua pembantaian terpisah terhadap warga sipil pada bulan Oktober 2003, yang menewaskan 8 orang di desa-desa yang didominasi penduduk Kristen, yaitu Saatu, Pantangolemba dan Pinedapa. Tiga desa lagi, seperti Beteleme di daerah tetangga Kabupaten Morowali beberapa hari sebelumnya, juga diserang. Dengan total tiga puluh rumah dan sebuah gereja digeledah dan dibakar.
Hingga tahun 2011, jumlah total orang tewas dalam pembantaian 28 Mei masih tetap tidak jelas, dengan kuburan massal masih digali di Kabupaten Poso. Mayat 63 orang tak dikenal ditemukan di dasar jurang terdekat desa Tagolu beberapa bulan setelahnya, sementara kuburan massal lain yang diduga merupakan tempat pembunuhan warga Sintuwulemba, digali pada bulan Mei 2006 mengikuti informasi yang diberikan di pengadilan oleh Tibo dan lainnya.