Taksonomi (biologi)
Taksonomi () adalah ilmu untuk menentukan dan memberi nama kelompok organisme berdasarkan karakteristik dasar yang sama. Organisme dikelompokkan menjadi taksa (tunggal: takson) dan kelompok-kelompok ini diberi tingkatan taksonomi; kelompok-kelompok yang diberi tingkat tertentu dapat digabungkan untuk membentuk kelompok super dengan tingkatan lebih tinggi, sehingga
menciptakan hirarki taksonomi. Bagian utama dalam penggunaan taksonomi modern adalah domain, kerajaan, filum (divisi kadang-kadang digunakan dalam botani untuk menyebut filum), kelas, ordo, keluarga (familia), genus dan spesies. Ahli botani Swedia Carl Linnaeus dianggap sebagai bapak taksonomi, karena ia mengembangkan sebuah sistem yang dikenal sebagai taksonomi Linnaea untuk kategorisasi organisme dan "binomial nomenclature" untuk menamai organisme.
Dengan munculnya bidang studi seperti filogenetik, kladistik, dan sistematika, sistem Linnaean telah berkembang menjadi sistem klasifikasi biologis modern berdasarkan hubungan evolusi antar organisme, baik organisme hidup maupun yang sudah punah.
Definisi taksonomi yang tepat bervariasi dari satu sumber dengan sumber yang lain, namun inti dari disiplin ini tetap, yaitu: konsepsi, penamaan, dan klasifikasi kelompok organisme. Sebagai rujukan, definisi taksonomi terkini disajikan sebagai berikut:Definisi taksonomi bervariasi, baik menempatkan taksonomi sebagai sub-bidang sistematika (definisi
2), membalikkan hubungan itu (definisi 6), atau tampaknya mempertimbangkan dua istilah yang sama. Ada beberapa ketidaksepakatan mengenai apakah nomenklatur biologi dianggap sebagai bagian taksonomi (definisi 1 dan 2), atau sebagian sistematika diluar taksonomi. Misalnya, definisi 6 dipasangkan dengan definisi sistematika berikut yang menempatkan tata nama di luar
taksonomi:Seluruh rangkaian istilah termasuk taksonomi, biologi sistematik, sistematika, biosistematik, klasifikasi ilmiah, klasifikasi biologis, dan filogenetika terkadang memiliki makna yang tumpang tindih- terkadang sama, kadang sedikit berbeda, tapi selalu berhubungan dan berpotongan. Arti luas "taksonomi" digunakan disini. Istilah itu sendiri diperkenalkan pada tahun 1813 oleh de Candolle, di dalam bukunya "Théorie élémentaire de la botanique".
Istilah "taksonomi alfa" terutama digunakan saat ini untuk merujuk pada disiplin untuk menemukan, menggambarkan, dan memberi nama taksa, khususnya spesies. Dalam literatur sebelumnya, istilah tersebut memiliki arti yang berbeda, mengacu pada taksonomi morfologis, dan produk penelitian sampai akhir abad ke-19.
William Bertram Turrill memperkenalkan istilah "taksonomi alfa" dalam serangkaian makalah yang diterbitkan pada tahun 1935 dan 1937 dimana dia membahas filosofi dan kemungkinan arah masa depan dari disiplin ilmu taksonomi.... ada keinginan yang meningkat di kalangan ahli taksonomi untuk mempertimbangkan masalah mereka dari sudut pandang yang lebih luas, untuk menyelidiki kemungkinan
kerjasama yang lebih dekat dengan rekan sitologi, ekologi dan genetika mereka dan untuk melakukan beberapa revisi atau perluasan, mungkin bersifat drastis, dari tujuan metode mereka, hal semacam ini mungkin diperlukan... Turrill (1935) telah menyarankan bahwa ketika menerima taksonomi lama yang tak ternilai, berdasarkan struktur, yang disebut sebagai "alfa", adalah
mungkin untuk melihat taksonomi jauh di masa depan yang dibangun di atas dasar fakta morfologi dan fakta fisiologis seluas mungkin. Dan satu dimana "tempat ditemukan untuk semua data pengamatan dan eksperimen yang berkaitan, bahkan jika secara tidak langsung, dengan konstitusi, subdivisi, asal, dan perilaku spesies dan kelompok taksonomi lainnya". Mungkin sangat ideal, mudah
untuk dikatakan, tetapi sulit untuk benar-benar terealisasi. Namun, mereka memiliki nilai besar untuk bertindak sebagai stimulan permanen, dan jika kita memiliki beberapa, bahkan meskipun samar-samar, idealisme dari taksonomi "omega" kita dapat berkembang sedikit menuruni alfabet Yunani. Beberapa dari kita menyenangkan diri kita sendiri dengan berpikir bahwa kita sekarang meraba-raba taksonomi "beta".
Turrill dengan demikian secara eksplisit "mengecualikan" dari taksonomi alfa berbagai bidang studi yang ia sertakan dalam taksonomi secara keseluruhan, seperti ekologi, fisiologi, genetika, dan sitologi. Dia lebih jauh mengecualikan rekonstruksi filogenetik dari taksonomi alfa (pp. 365-366).
Penulis pada era berikutnya kemudian menggunakan istilah tersebut dalam arti yang berbeda, yang berarti batasan spesies (bukan subspesies atau taksa dari jajaran lainnya), dengan menggunakan teknik investigasi apa pun yang tersedia, termasuk teknik komputasi atau laboratorium yang canggih. Hingga, Ernst Mayr pada tahun 1968 mendefinisikan taksonomi beta sebagai klasifikasi dengan tingkatan
yang lebih tinggi dari spesies.Pemahaman tentang makna biologis variasi dan asal usul evolusioner kelompok spesies terkait bahkan lebih penting lagi untuk tahap kedua aktivitas taksonomi, pemilahan spesies menjadi kelompok kerabat ("taksa") dan pengaturannya dalam hierarki kategori yang lebih tinggi. Kegiatan ini adalah apa yang dimaksud dengan istilah klasifikasi; Ini juga disebut sebagai " 'taksonomi beta' ".
Bagaimana spesies harus didefinisikan dalam kelompok organisme tertentu menimbulkan masalah praktis dan teoretis yang disebut sebagai masalah spesies. Kerja ilmiah untuk menentukan bagaimana menentukan spesies disebut mikrotaksonomi. Dengan perluasan, makrotaksonomi adalah studi kelompok pada tingkat taksonomi yang lebih tinggi, hanya dari subgenus dan yang lebih tinggi dari spesies.
Meskipun beberapa deskripsi sejarah taksonomi bisa dirunut dari peradaban kuno, usaha ilmiah untuk mengklasifikasikan organisme tidak terjadi sampai abad ke-18. Karya sebelumnya terutama bersifat deskriptif dan berfokus pada tanaman yang berguna dalam pertanian atau obat-obatan. Ada sejumlah tahapan dalam pemikiran ilmiah ini. Taksonomi awal
didasarkan pada kriteria sewenang-wenang, dan apa yang disebut "sistem buatan", termasuk sistem klasifikasi seksual Linnaeus. Kemudian muncul sistem berdasarkan pertimbangan karakteristik taksa yang lebih lengkap, yang disebut sebagai "sistem alami", seperti de Jussieu (1789), de Candolle (1813) dan Bentham dan Hooker (1862-1863). Ini adalah pemikiran pra evolusi. Publikasi Charles Darwin " On the Origin of Species "
(1859) menghasilkan cara berpikir baru tentang klasifikasi berdasarkan hubungan evolusioner. Inilah konsep sistem filetik, dari tahun 1883 hingga seterusnya. Pendekatan ini ditandai oleh Eichler (1883) dan Engler (1886-1892). Munculnya genetika molekuler dan metodologi statistik memungkinkan penciptaan era modern "sistem filogenetik" berdasarkan kladistik, bukan morfologi saja.
Penamaan dan pengklasifikasian organisme disekitar kita mungkin telah berlangsung sejak manusia dapat berkomunikasi. Selalu penting untuk mengetahui nama tanaman dan hewan beracun dan dapat dimakan untuk mengkomunikasikan informasi ini kepada anggota keluarga atau kelompok lainnya. Ilustrasi tanaman obat muncul di lukisan dinding Mesir dari tahun 1500 SM, menunjukkan bahwa sudah dipahami penggunaan spesies yang berbeda dan ini dapat disebut sebagai taksonomi dasar.
Organisme pertama kali diklasifikasikan oleh Aristoteles (Yunani, 384-322 SM) selama dia berada di Pulau lesbos. Dia mengklasifikasikan makhluk berdasarkan bagian mereka, atau dalam istilah modern "atribut", seperti memiliki kelahiran hidup, memiliki empat kaki, bertelur, memiliki darah, atau bertubuh hangat. Dia membagi semua benda hidup ke dalam dua kelompok: tumbuhan dan hewan.
Beberapa kelompok hewannya, seperti "Anhaima" (binatang tanpa darah, diterjemahkan sebagai invertebrata dan "Enhaima" (binatang dengan darah, kemungkinan vertebrata, demikian juga kelompok seperti hiu dan cetacea, yang masih umum digunakan hingga saat ini. Muridnya Theophrastus (Yunani, 370-285 SM) mengikuti tradisi ini, menyebutkan sekitar 500 tanaman dan