GKI Yasmin
MA juga menghimbau jika jemaat GKI Yasmin merasa dirugikan atas dikeluarkannya SK Nomor 645.45-137 Tahun 2011, tgl 11 Maret 2011, tentang Pencabutan IMB GKI Yasmin, mereka dapat melakukan upaya hukum ke pengadilan yang berwenang.
Kementerian Koordinator Bidang Politik, Hukum, dan Keamanan mengeluarkan rekomendasi bahwa Pemerintah Kota Bogor, Polresta Bogor, dan Polda Jabar terus melaksanakan langkah dan proses hingga mendapat kepastian hukum. Langkah persuasif terhadap pihak GKI Yasmin juga perlu diintensifkan, serta menyediakan sarana dan prasarana yang diperlukan jika jemaat GKI Yasmin bersedia untuk
direlokasikan. Kementerian terkait diminta untuk memberikan dukungan kepada pemerintah Bogor hingga masalah ini dapat dfiselesaikan dalam waktu 3 bulan (19 Agustus 2011), Polresta Bogor dan Polda Jabar memberikan pengamanan terutama saat jemaat GKI Yasmin melaksanakan peribadatan pada hari minggu. Komunitas inteljen diminta melaksanakan penyelidikan terhadap usaha pihak tertentu yang
berusaha "memblow-up" masalah ini menjadi isu internasional tentang diskriminasi antar umat beragama sehingga merugikan nama Indonesia di forum internasional.
Putusan PTUN dan MA sudah dilaksanakan sebelum rekomendasi Ombudsman muncul sehingga kini yang berlaku adalah Surat Keputusan (SK) Wali kota Bogor No. 645.45-137 tahun 2011 yang dikeluarkan pada 11 Maret 2011 tentang pencabutan IMB GKI Yasmin. Ketua Forkami (Forum Komunikasi Muslim Indonesia), Ahmad Iman, menegaskan bahwa kasus GKI Yasmin bukan persoalan kerukunan umat beragama, melainkan murni
permasalahan hukum, yakni pemalsuan tanda tangan warga dalam proses pengajuan IMB GKI Yasmin. Forkami adalah perkumpulan warga Curug Mekar, Wangkal, dan Perumahan Taman Yasmin yang berdiri untuk mengawal kinerja aparat pemerintah dalam menangani kasus GKI Taman Yasmin Bogor, agar bekerja dengan baik, jujur, dan amanah.
Tahun 2012, Albert Hasibuan, salah satu anggota Dewan Pertimbangan Presiden, berinisatif menyelesaikan sengketa dengan mengajukan usulan agar wali kota Bogor menaati keputusan MA dan rekomendasi Ombudsman RI. Setelah gereja difungsikan kembali, maka di samping gereja dibangun masjid sebagai lambang kerukunan antar umat beragama. Kedua pihak setuju dengan tawaran tersebut. Menkopolkam TB
Silalahi mengontak pengurus PGI (Persatuan Gereja-Gereja di Indonesia) dan Sinode GKI untuk ikut menyelesaikan konflik, tetapi pengurus PGI menolak tawaran itu. Pengurus PGI mengingatkan TB Silalahi untuk tidak membuat opsi relokasi karena akan menjadi yurisprudensi bagi masalah gereja lain. Selain itu, menurut pendeta Gomar dari PGI, kebijakan relokasi akan memunculkan "kampung Islam dan kampung Kristen".
TB Silalahi bersama Sinode GKI, tanpa melibatkan jemaat GKI Yasmin, mengadakan pertemuan dengan Wali kota Bogor. Pemerintah kota Bogor mengirimkan surat bernomor 452.1/1845/huk kepada Sinode GKI yang isinya adalah penawaran relokasi GKI Yasmin ke jalan Sumeru no 33 sebagai lokasi yang baru. GKI Pengadilan Bogor, induk Bapos Jemaat Yasmin, menghentikan pengurus Jemaat GKI
Yasmin, kemudian menyerahkan penyelesaian persoalan kepada Sinode GKI. Sinode GKI mengeluarkan surat edaran kepada seluruh jemaat yang isinya pengambilalihan kasus GKI Yasmin serta semua publikasi yang menyangkut GKI Yasmin harus mendapat persetujuan dari Sinode. Kepada pengurus PGI, Sinode GKI mengirim surat yang isinya pelarangan ibadah di seberang istana sejak Maret 2012. Sinode GKI tidak
akan bertanggungjawab jika masih ada ibadah yang mengatasnamakan GKI Yasmin di seberang istana. Semua aktivitas menyangkut GKI Yasmin yang bukan berasal dari Sinode tidak berada di bawah tanggungjawab Sinode.
Bulan Desember 2012, pengurus Sinode GKI mengadakan rapat kerja dan memberikan keputusan menyangkut GKI Yasmin sebagai berikut:
Jemaat GKI Yasmin Bogor dan HKBP Filadelfia Bekasi memutuskan melaksanakan ibadah di depan Istana Negara dengan harapan bisa mendapat perhatian dari Presiden. Setiap dua minggu sekali para jemaat dari dua rumah ibadah tersebut melaksanakan ibadahnya di depan Istana Merdeka di Jalan Medan Merdeka Utara, Jakarta Pusat.
Banyak kalangan mendesak Presiden Susilo Bambang Yudhoyono untuk turun tangan menertibkan Wali kota Bogor dan bertanggung jawab menutup polemik GKI Yasmin, karena dikhawatirkan kasus serupa akan menjalar kemana-mana. Pejuang HAM sekaligus pendiri lembaga pemantau HAM Imparsial, Rachland Nashidik, mengatakan, tidak tersedia dasar hukum yang cukup bagi presiden untuk melakukan intervensi.
Meskipun Mendagri memerintahkan Wali kota membatalkan pencabutan IMB Gereja Yasmin, wali kota berkeras menolak dengan argumen putusan pengadilan pada tingkat PN dan Banding justru mengalahkan GKI Yasmin. Dalam kompleksitas masalah demikian, tidak tersedia dasar hukum yang cukup bagi Presiden untuk melakukan intervensi. Dalam era otonomi daerah saat ini, Presiden tidak bisa memecat kepala
daerah yang melanggar konstitusi sekalipun. Pemcetan, bila dimungkinkan, hanya bisa dilakukan pada level pemerintahan daerah.
Tanggal 15 Januari 2015, Majelis Jemaat GKI Pengadilan yang memiliki Wewenang Membawahi GKI Yasmin, Membubarkan GKI Yasmin.
Kekisruhan rumah ibadah Gereja Kristen Indonesia (GKI) Yasmin masuk dalam laporan dunia yang dikeluarkan Human Rights Watch tahun 2012. Laporan yang diberi nama ""Human Rights Watch World Report 2012, Events of 2011"", halaman 337, alinea 2 dan 3, dikeluarkan dan disebarluaskan secara mendunia oleh Human Rights Watch.
Yang perlu dicermati, Ketua Desk Bidang Kebebasan Beragama dan Kepercayaan Komnas HAM, yaitu Jayadi Damanik, adalah anggota Jemaat GKI Yasmin. sehingga Komnas HAM dalam hal ini sudah mengalami Conflict of Interest, dan membuat Komnas HAM terlalu jauh menjadikan Permasalahan Hukum berubah menjadi permasalahan HAM.
Peduli Yasmin adalah perjuangan damai jemaat GKI Yasmin yang belandaskan keyakinan bahwa semangat iman dan kebangsaan mereka adalah satu, dengan demikian mereka memiliki hak yang sama untuk beribadah sebagaimana penduduk Indonesia yang lain.
Pada tanggal 25 Desember 2013, Anita Hayatunnufus Wahid dan Inayah Wulandari Wahid, dua putri Gus Dur, hadir dalam kebaktian Natal yang digelar jemaat GKI Yasmin dan HKBP Filadelfia di depan Istana Negara. Mereka sengaja datang untuk memberikan dukungan kepada jemaat GKI Yasmin dan HKBP Filadelfia Tambun agar dapat memperoleh kebebasan dan hak untuk beribadah di tempat yang layak.