Negara Islam Irak dan Syam
Pada tanggal 28 Juni 2015, sebuah sumber yang dekat dengan Organisasi Intelijen Nasional mengklaim bahwa pemerintahan Assad dan NIIS sepakat untuk menghancurkan FSA di Suriah utara, melanjutkan perdagangan minyak, membunuh Zahran Alloush, dan menyerahkan Tadmur dan Sukhna. Sumber tersebut mengatakan bahwa beberapa komandan dari kedua belah pihak bertemu di pabrik gas alam di al-Shaddadi, Hasaka, pada tanggal 28 Mei
2015. Bukannya menyepakati gencatan senjata, mereka justru berfokus menghancurkan musuh bersama, yaitu pasukan pemberontak Suriah, khususnya FSA. Perdana Menteri Turki Ahmet Davutolu menuduh NIIS bangkit karena komunitas internasional tidak mampu membendung rezim Assad sehingga menciptakan kekosongan kekuasaan yang kemudian direbut oleh NIIS.
Pada Juli 2014, BBC melaporkan bahwa kepala penyelidik PBB menyatakan, "Para pejuang Negara Islam Irak dan Syam (NIIS) akan dimasukkan ke daftar terduga pelaku kejahatan perang di Suriah." Per Juni 2014, menurut laporan PBB, NIIS telah membunuh ratusan tahanan perang dan lebih dari 1000 warga sipil.
Bulan November 2014, Komisi Penyelidikan Suriah PBB menyatakan bahwa NIIS melakukan kejahatan terhadap kemanusiaan. Laporan Human Rights Watch bulan November 2014 menuduh NIIS di Derna, Libya, melakukan kejahatan perang dan pelanggaran HAM karena meneror penduduk setempat. Human Rights Watch mendokumentasikan tiga eksekusi di tempat dan sepuluh pelaksanaan hukuman cambuk secara terbuka oleh Dewan Syura Pemuda Islam yang bergabung
dengan NIIS bulan November. HRW juga mendokumentasikan pemenggalan tiga penduduk Derna dan pembunuhan puluhan hakim, pejabat publik, anggota pasukan keamanan, dan unsur masyarakat lainnya dengan alasan politik. Sarah Leah Watson, Direktur HRW Timur Tengah dan Afrika Utara, mengatakan, "Para komandan [NIIS] harus tahu bahwa mereka akan menghadapi penolakan dalam negeri atau luar negeri atas pelanggaran hak asasi yang dilakukan oleh bawahan mereka."
Mengenai metode NIIS, Komisi Hak Asasi Manusia Perserikatan Bangsa-Bangs menyatakan bahwa kelompok tersebut "berusaha menundukkan warga sipil di bawah kekuasaannya dan mengambil alih segala aspek kehidupan mereka lewat teror, indoktrinasi, dan penyediaan layanan masyarakat bagi penduduk yang mau mematuhi mereka".
NIIS memaksa orang-orang di wilayahnya untuk menjalani hidup sesuai hukum syariah versi NIIS. Ada banyak laporan mengenai penggunaan ancaman hukuman mati, penyiksaan, dan mutilasi untuk memaksa perpindahan agama ke Islam, dan pembunuhan sejumlah ulama karena menolak berbaiat kepada Negara Islam. NIIS menargetkan tindakan kekerasannya terhadap Muslim Syiah, Alawi, Asiria, Kaldea, Suriah, dan Kristen Armenia, Yazidi, Druze, Shabak, dan Mandea.
Para pejuang NIIS menargetkan sekte minoritas Alawi di SUriah. Negara Islam dan kelompok-kelompok jihadis lainnya kabarnya memimpin serangan terhadap desa-desa Alawi di Kegubernuran Latakia, Suriah, bulan Agustus 2013.
Amnesty International menyatakan bahwa NIIS bertanggung jawab atas pembersihan etnis terhadap etnis dan kelompok minoritas agama tertentu di Irak utara dalam "skala yang belum pernah terjadi sebelumnya". Aksi mereka membuat kaum minoritas "terancam terhapus dari peta Irak". Dalam laporan khusus yang dirilis tanggal 2 September 2014, NIIS "secara sistematis menargetkan permukiman Muslim non-Arab dan
non-Sunni, membunuh atau menculik ratusan, mungkin ribuan, orang dan memaksa lebih dari 830000 orang mengungsi dari wilayah yang didudukinya sejak 10 Juni 2014". Di antara orang-orang tersebut terdapat kaum Kristen Asiria, Syiah Turkmen, Syiah Shabak, Yazidi, Kaka'i, dan Mandea Sabea yang sudah hidup bersama selama berabad-abad di Provinsi Nineveh, sebagian besar wilayahnya diduduki oleh NIIS.
Beberapa kasus pembunuhan warga sipil dari kalangan agama dan etnis minoritas oleh NIIS terjadi di desa dan kota Quiniyeh (70-90 orang Yazidi tewas), Hardan (60 orang Yazidi tewas), Sinjar (500-2000 orang Yazidi tewas), Ramadi Jabal (60-70 orang Yazidi tewas), Dhola (50 orang Yazidi tewas), Khana Sor (100 orang Yazidi tewas), Hardan (250-300 orang Yazidi
tewas), al-Shimal (puluhan orang Yazidi tewas), Khocho (400 orang Yazidi tewas dan 1000 diculik), Jadala (14 orang Yazidi tewas), dan Beshir (700 orang Turkmen Syiah tewas). Kasus pembunuhan lainnya terjadi di dekat Mosul (670 tahanan Syiah di penjara Badush tewas) dan penjara Tal Afar, Irak (200 orang Yazidi tewas karena menolak pindah agama). PBB memperkirakan bahwa
5000 etnis Yazidi dibunuh oleh NIIS saat sebagian wilayah Irak utara dicaplok kelompok tersebut bulan Agustus 2014. Pada akhir Mei 2014, 150 anak laki-laki Kurdi dari Kobani berusia 14-16 tahun diculik dan disiksa, menurut laporan Human Rights Watch. Di kota Ghraneij, Abu Haman, dan Kashkiyeh, 700 anggota suku Al-Shaitat yang beraliran Sunni dibunuh karena merencanakan
pemberontakan terhadap NIIS. PBB melaporkan bahwa pada bulan Juni 2014, NIIS telah membunuh puluhan ulama Islam Sunni yang menolak berbaiat kepada kelompok tersebut.
Umat Kristen yang ingin tetap tinggal di wilayah pendudukan NIIS diberi tiga pilihan: pindah agama ke Islam, membayar jizyah, atau dibunuh. Sesuai pernyataan NIIS, "Kami menawarkan mereka tiga pilihan: Islam; kontrak dzimmi yang mencakup pembayaran pajak jizyah; bila menolak, jalan keluarnya hanyalah pedang." NIIS telah menerapkan aturan serupa bagi umat Kristen di Raqqa, kota yang dulunya sangat liberal di Suriah.
Pada tanggal 23 Februari 2015, menanggapi serangan besar-besaran Kurdi di Kegubernuran Al-Hasakah, NIIS menculik 150 orang Kristen Asiria dari pedesaan dekat Tal Tamr (Tell Tamer) di Suriah timur laut setelah melancarkan serangan di kawasan tersebut.
Kampanye NIIS di permukiman Kurdi Dan Yazidi di Irak dan Suriah diduga merupakan bagian dari rencana Arabisasi yang terorganisasi. Misalnya, seorang pejabat Kurdi di Kurdistan Irak mengklaim bahwa kampanye NIIS di Sinjar merupakan bagian dari program Arabisasi.
Semasa konflik Irak tahun 2014, NIIS merilis puluhan video yang menampilkan perlakuan buruk terhadap warga sipil. Banyak di antaranya yang menjadi target atas dasar agama atau etnis. Navi Pillay, Komisaris Tinggi Hak Asasi Manusia PBB, memperingatkan soal kejahatan perang di zona perang Irak. Ia juga merilis laporan PBB mengenai pembunuhan tentara Irak dan 17 warga sipil di satu jalan raya Mosul
oleh militan NIIS. PBB melaporkan bahwa dalam kurun 17 hari sejak 5 Juni sampai 22 Juni, NIIS telah membunuh lebih dari 1000 warga sipil Irak dan menceerai lebih dari 1000 orang. Setelah NIIS merilis foto para pejuangnya menembaki beberapa pemuda, PBB menyatakan bahwa "eksekusi" berdarah dingin oleh militan di Irak utara sudah bisa digolongkan sebagai kejahatan perang.
Laju NIIS di Irak pada pertengahan 2014 diiringi oleh berlanjutnya kekerasan di Suriah. Tanggal 29 Mei, NIIS menyerbu sebauh desa di Suriah dan 15 warga sipil di sana dibunuh, termasuk sedikitnya enam anak, menurut Human Rights Watch. Sebuah rumah sakit di kawasan tersebut menerima 15 jenazah pada hari yang sama. Syrian Observatory for Human Rights melaporkan bahwa pada tanggal 1 Juni, seorang pria berusia
102 tahun dibunuh bersama keluarganya di sebuah desa di Kegubernuran Hama. Menurut Reuters, 1878 orang dibunuh oleh NIIS di Suriah sepanjang paruh akhir 2014, kebanyakan di antaranya merupakan warga sipil.
Di Mosul, NIIS memperkenalkan kurikulum syariah yang melarang pelajaran kesenian, musik, sejarah nasional, sastra, dan Kristen. Meski teori evolusi Charles Darwin tidak pernah diajarkan di sekolah-sekolah Irak, pelajaran tersebut dihapus dari kurikulum sekolah. Lagu-lagu patriotik dinyatakan sebagai bentuk pengkhianatan, dan foto-foto tertentu dihapus dari buku teks sekolah. Banyak orang tua di Irak yang memboikot sekolah-sekolah yang menggunakan kurikulum baru.