Perang agama Eropa
Meskipun demikian, dengan berdatangannya tambahan pasukan Protestan dari daerah-daerah tetangga, Wali Ratu pun terpaksa mundur ke Dunbar. Saat itu gerombolan perusuh Kalvinis telah merambah sebagian besar kawasan tengah wilayah Skotlandia, menghacurkan biara-biara dan gedung-gedung Gereja Katolik di sepanjang laluan mereka. Pada 30 Juni, kaum Protestan berhasil menduduki Edinburgh tetapi hanya mampu
mempertahankannya selama sebulan. Sebelum mereka tiba, gerombolan perusuh sudah menjarah-rayah gedung-gedung Gereja dan frateran. Pada 1 Juli, Knox berkhotbah di mimbar Gereja Santo Egidius, tempat yang sangat berpengaruh di ibu kota.
Knox melakukan perundingan melalui surat dengan William Cecil, Baron Burghley I, penasihat utama Ratu Elizabeth, untuk mendapatkan dukungan dari Inggris. Ketika tambahan pasukan Perancis tiba di Leith, pelabuhan laut kota Edinburgh, kaum Protestan menanggapinya dengan merebut kembali Edinburgh. Pada 24 Oktober 1559, kaum bangsawan Skotlandia secara resmi memecat Marie de Guise dari jabatan Wali Ratu. Sekretarisnya, William Maitland dari Lethington,
membelot ke pihak Protestan, membawa serta kecakapan tata negara yang ia miliki. Pada tahap akhir revolusi kaum Protestan ini, Maitland berusaha menggugah patriotisme bangsa Skotlandia untuk bangkit melawan dominasi Perancis. Dukungan dari Inggris akhirnya tiba pada akhir Maret, prajurit-prajurit Ingris dalam jumlah yang cukup besar datang bergabung dengan pasukan-pasukan Protestan
Skotlandia. Kematian mendadak Marie de Guise di Puri Edinburgh pada 10 Juni 1560 membuka jalan bagi penandatanganan Traktat Edinburgh serta penarikan mundur pasukan-pasukan Perancis dan Inggris dari Skotlandia, sehingga kaum Kalvinis Skotlandia sepenuhnya menguasai negeri itu. Agama Katolik dihapuskan secara paksa.
Kepulangan Mary, Ratu Skotlandia ke Skotlandia pada 1560, meningkatkan ketegangan antara dirinya dan Tuan-Tuan Jemaat yang beragama Protestan. Mary menyukai toleransi agama cara Perancis, namun kaum rohaniwan Protestan khawatir agama Katolik akan ditegakkan kembali dan meminta bantuan Inggris untuk meredam atau memakzulkan Mary. Pernikahan Mary dengan seorang pembesar Katolik mendorong saudara
tiri Mary, Earl Moray, bergabung dengan para pembesar Protestan lainnya dan memberontak secara terang-terangan. Mary bertolak ke Stirling pada 26 Agustus 1565 untuk menghadapi mereka. Moray dan para pembesar pemberontak dikalahkan dan melarikan diri ke luar negeri, aksi militer yang krusial ini kelak terkenal dengan sebutan Penyergapan Bersikejar. Meskipun demikian pada 1567, Mary dapat diringkus oleh pasukan pemberontak lain di Bukit
Carberry dan dipenjarakan di Puri Loch Leven, tempat ia dipaksa untuk turun takhta dan mewariskan jabatannya kepada James, putranya yang baru berumur setahun. Mary berhasil lolos dari Loch Leven pada tahun berikutnya, dan sekali lagi berhasil menghimpun sepasukan kecil bala tentara. Setelah bala tentaranya dikalahkan dalam Pertempuran Langside pada 13 Mei, ia melarikan diri ke Inggris, tempat ia
dipenjarakan oleh Ratu Elizabeth. Putranya, James VI, yang diasuh menjadi seorang Protestan, kelak naik takhta menjadi Raja Inggris merangkap Raja Skotlandia.
Kebangkitan Utara sejak 1569 sampai 1570, merupakan upaya gagal para bangsawan Katolik dari Inggris Utara untuk memakzulkan Ratu Elizabeth I dari Inggris dan menggantikannya dengan Mary, Ratu Skotlandia.
Inggris, Skotlandia, dan Irlandia, merupakan sebuah uni personal di bawah pemerintahan raja dari wangsa Stuart, James I dan VI, yang meneruskan kebijakan Ratu Elizabeth I untuk memberi dukungan militer kepada kaum Protestan Eropa di negeri Belanda dan Perancis. Raja Charles I memutuskan untuk mengirim sepasukan ekspedisi militer demi membebaskan kaum Huguenot Perancis yang terkepung di dalam kota La Rochelle oleh
pasukan-pasukan Kerajaan Perancis. Akan tetapi kewenangan untuk menarik pajak demi mendanai perang-perang itu semakin lama semakin sukar didapatkan dari parlemen.
Pada 1638 Kovenan Nasional Skotlandia ditandatangani oleh kaum bangsawan dan rakyat jelata yang memendam ketidakpuasan terhadap pemerintah kerajaan. Sebuah pemberontakan yang terkenal dengan nama Perang Para Uskup meletus tak lama kemudian, menimpakan kekalahan atas bala tentara kubu Royalis yang lemah pada 1640. Para pemberontak selanjutnya merebut Newcastle upon Tyne sehingga semakin memperlemah kewenangan Raja Charles.
Pada Oktober 1641, sebuah pemberontakan besar meletus di Irlandia. Charles pun harus segera mengumpulkan dana guna memadamkan Pemberontakan ini. Sementara itu, kaum Puritan Inggris dan kaum Kalvinis Skotlandia dengan gigih menentang keputusan kerajaan untuk menggabungkan Gereja Inggris dan Gereja Skotlandia menjadi satu Gereja Anglikan beraliran Gereja Tinggi. Mereka yakin bahwa kebijakan ini akan membuat
tata ibadat menjadi terlampau bernuansa Katolik dan membuat gereja mereka harus bergantung pada wewenang para uskup.
Parlemen Inggris menolak memberi keputusan terkait pemberian dana yang cukup kepada Charles untuk mengalahkan orang-orang Skotlandia jika Sang Raja tidak rela melepas sejumlah besar kewenangannya dan mereformasi gereja Inggris agar lebih sehaluan dengan ajaran-ajaran mazhab Kalvinis. Syarat-syarat parlemen ini ditampik raja, dan hubungan yang memburuk antara raja dan parlemen berkobar
menjadi perang pada 1642. Pertempuran berancang pertama dalam perang ini berlangsung di Edgehill pada 23 Oktober 1642 dan berakhir dengan hasil imbang. Baik kubu Royalis maupun kubu Parlemen mengaku sebagai pemenang. Pada pertempuran kedua yang berlarut-larut di Turnham Green, Charles terpaksa mundur ke Oxford. Kota ini kelak menjadi pangkalannya sampai perang berakhir.
Pada umumnya bagian permulaan dari perang ini menguntungkan kubu Royalis. Titik balik terjadi pada penghujung musim panas dan permulaan musim gugur 1643, ketika bala tentara Earl Essex memaksa raja menghentikan pengepungan atas Gloucester dan kemudian memukul mundur bala tentara Royalis dalam Pertempuran Newbury I pada 20 September 1643. Raja Charles berusaha memperbesar bala tentaranya untuk meraih kemenangan dengan cara menyepakati gencatan
senjata dengan para pemberontak Katolik di Irlandia sehingga dapat menarik pulang pasukan dari Irlandia guna berperang membela kubu Royalis di Inggris. Pada saat yang sama kubu Parlemen menawarkan konsesi-konsesi kepada orang-orang Skotlandia sebagai imbalan jika mereka bersedia membantu dan ikut berperang bersama kubu Parlemen.
Berkat bantuan orang-orang Skotlandia, kubu Parlemen mampu memenangkan Pertempuran Marston Moor pada 2 Juli 1644, menguasai York dan sebagian besar kawasan utara wilayah Inggris. Tindak-tanduk Oliver Cromwell dalam pertempuran ini terbukti menjadi penentu kemenangan, dan pertempuran ini mebuka peluang untuk mempertontonkan bakat kepemimpinannya. Pada 1645 Parlemen meloloskan "Self-denying Ordinance", yang
mewajibkan seluruh anggota majelis rendah dan majelis tinggi dalam Parlemen untuk melepaskan kepemimpinan mereka atas bala tentara masing-masing sehingga seluruh kekuatan tempur kubu Parlemen dapat ditata kembali menjadi Angkatan Darat Model Baru. Pada 1646 Raja Charles dipaksa menyerah oleh orang-orang Skotlandia dan pasukan-pasukan Parlemen berhasil menguasai Inggris. Raja Charles
dieksekusi mati pada 1649, dan pemerintahan monarki pun berakhir sejak saat itu sampai dipulihkan kembali pada 1660. Perseteruan antaragama masih terus berlanjut kala itu dalam peristiwa Revolusi Agung dan bahkan sesudahnya.
Irlandia terus-menerus berperang semenjak meletusnya pemberontakan 1641. Sebagian besar dari pulau ini dikuasai oleh Konfederasi Irlandia. Karena semakin merasa terancam diserang bala tentara Parlemen Inggris setelah Raja Charles I ditahan pada 1648, Konfederasi Irlandia menandatangani sebuah perjanjian aliansi dengan kaum Royalis Inggris. Gabungan bala tentara kaum Royalis dan Konfederasi Irlandia di bawah pimpinan