Teologi Yohanes Calvin
Doktrin predestinasi "tidak berdiri pada awal sistem dogmatis seperti yang terjadi pada Zwingli atau Beza", tapi, menurut Fahlbusch, "doktrin itu cenderung hancur melalui kerangka soteriologis-Kristologis." Berbeda dengan beberapa Reformator Protestan lainnya, Calvin mengajarkan predestinasi ganda. Bab 21 dari Buku III "Institutio "ini disebut "Tentang pemilihan yang kekal, yang dengannya Allah telah menetapkan sebagian kepada keselamatan, dan yang lainnya kepada kehancuran".
Buku terakhir dari "Institutio " menjelaskan apa yang ia anggap sebagai Gereja yang sejati dan pelayanannya, wewenang, dan sakramen-sakramen. Ia membantah klaim paus yang menyatakan dirinya memiliki keutamaan dan tuduhan bahwa para reformator itu skismatik. Bagi Calvin, Gereja didefinisikan sebagai tubuh orang-orang percaya yang menempatkan Kristus sebagai kepalanya. Menurut definisi ini,
hanya ada satu Gereja yang "katolik" atau "universal". Oleh karena itu, ia berpendapat bahwa para reformator "harus meninggalkan mereka, supaya kita bisa datang kepada Kristus." Para pendeta Gereja digambarkan dari sebuah perikop dari Surat Efesus, dan mereka terdiri dari para rasul, nabi, penginjil, gembala, dan doktor gereja. Calvin menganggap yang ketiga jabatan yang pertama bersifat
sementara, dibatasi keberadaannya di masa Perjanjian Baru. Dua jabatan yang terakhir ditetapkan di gereja di Jenewa. Meskipun Calvin menghargai karya konsili-konsili ekumenis, ia menganggap semua itu harus taat kepada Firman Allah di dalam Alkitab. Dia juga percaya bahwa kekuasaan sipil dan gereja harus terpisah dan tidak saling mencampuri.
Calvin mendefinisikan sakramen sebagai tanda duniawi yang berhubungan dengan janji dari Allah. Ia menerima hanya dua sakramen yang sah di bawah perjanjian yang baru: baptisan dan Perjamuan Tuhan (melawan Katolik yang menerima tujuh sakramen). Ia sama sekali menolak doktrin Katolik tentang transubstansiasi dan perlakukan terhadap Perjamuan sebagai pengurbanan. Ia juga
tidak bisa menerima doktrin Lutheran tentang kesatuan sakramental dimana Kristus berada "di dalam, bersama, dan di bawah" unsur-unsur sakramen. Pandangannya sendiri dekat dengan pandangan simbolik Zwingli, tapi tidak identik. Bukannya menganggap sakramen semata-mata bersifat simbolik, Calvin mengatakan bahwa dengan partisipasi dari Roh Kudus, iman itu dipelihara dan diperkuat oleh sakramen. Dalam
kata-katanya, ritus ekaristi adalah "rahasia yang terlalu luhur untuk saya pahami dengan pikiran saya atau untuk diungkapkan dengan kata-kata saya. Saya mengalaminya dan bukan memahaminya."
Sama dengan para Reformator Protestan lainnya, Calvin percaya bahwa hanya ada dua sakramen, baptisan dan Perjamuan Tuhan. Calvin juga mengakui bahwa penahbisan juga bisa disebut sakramen, tetapi menyarankan bahwa itu adalah "ritual khusus untuk fungsi tertentu."
Calvin percaya akan baptisan anak-anak, dan menghabiskan satu bab dalam bukunya "Institutes" untuk membahas masalah ini.
Calvin percaya akan kehadiran rohani yang nyata dari Kristus di dalam Ekaristi. Bagi Calvin, kesatuan dengan Kristus berada di tengah-tengah Perjamuan Tuhan.
Menurut Brian Gerrish, ada tiga interpretasi yang berbeda tentang Perjamuan Tuhan dalam teologi Protestan non-Lutheran: Teologi sakramental Calvin dikritik para penulis Reformasi yang kemudian. Robert L. Dabney, misalnya, menyebutnya "tidak hanya tak bisa dimengerti tapi tidak mungkin."
Teologi Calvin bukan tanpa kontroversi. Pierre Caroli, seorang pendeta Protestan di Lausanne menuduh Calvin serta Viret dan Farel menganut Arianisme pada tahun 1536. Calvin membela keyakinannya tentang Trinitas dalam "Confessio de Trinitate propter calumnias P. Caroli". Pada tahun 1551 Jérôme-Hermès Bolsec, seorang dokter di Geneva, menyerang doktrin predestinasi Calvin dan menuduhnya membuat Allah sebagai penyebab dosa.
Bolsec diusir dari kota itu, dan setelah kematian Calvin, ia menulis sebuah biografi yang sangat menjelek-jelekkan karakter Calvin. Pada tahun berikutnya, Joachim Westphal, seorang pendeta Gnesio-Lutheran di Hamburg, mengutuk Calvin dan Zwingli sebagai bidat karena menolak doktrin ekaristi tentang persatuan tubuh Kristus dengan unsur-unsur sakramen. Tulisan Calvin "Defensio sanae et orthodoxae
doctrinae de sacramentis" (Pembelaan atas yang Doktrin yang Sadar dan Ortodoks mengenai Sakramen) adalah tanggapannya pada tahun 1555. Pada tahun 1556 Justus Velsius, seorang pembangkang Belanda, menggelar perdebatan terbuka dengan Calvin selama kunjungannya ke Frankfurt. Di situ Velsius membela kehendak bebas melawan doktrin predestinasi Calvin. Setelah hukuman matis atas
Servetus, seorang rekan dekat dari Calvin, Sebastian Castellio, memisahkan diri dengan dia karena perlakuannya terhadap para bidat. Dalam tulisan Castellio "Risalah Bidah" (1554), ia menuntut agar perhatian difokuskan kepada ajaran moral Kristus dan bukan pada kesia-siaan teologi, dan ia kemudian mengembangkan teori toleransi yang didasarkan pada prinsip-prinsip alkitabiah.
Para pakar telah memperdebatkan pandangan Calvin tentang orang-orang Yahudi dan Yudaisme. Sebagianberpendapat bahwa Calvin adalah orang yang paling terbuka terhadap orang Yahudi di antara semua reformis dari masanya, terutama bila dibandingkan dengan Martin Luther. Yang lainnya berpendapat bahwa Calvin jelas-jelas berada di kelompok anti-semit. Namun para pakar sepakat bahwa penting kita membedakan antara pandangan Calvin tentang orang
Yahudi di Alkitab dan sikapnya terhadap orang-orang Yahudi kontemporer. Dalam teologinya, Calvin tidak membedakan antara perjanjian Allah dengan Israel dan Perjanjian yang Baru. Dia menyatakan, "semua anak-anak perjanjian, yang dilahirkan kembali dari Allah, telah mematuhi perintah iman yang bekerja melalui kasih, tergolong kepada Perjanjian yang Baru sejak dunia dimulai." Namun
demikian, dia adalah seorang supersesionis dan berpendapat bahwa orang-orang Yahudi adalah orang-orang yang ditolak yang harus menerima Yesus untuk masuk kembali ke dalam perjanjian.
Sebagian besar dari pernyataan Calvin tentang orang Yahudi di zamannya adalah polemik. Misalnya, Calvin pernah menulis, "Saya banyak bercakap-cakap dengan banyak orang Yahudi: saya belum pernah melihat baik setetes pun kesalehan atau sedikit pun kebenaran atau keluguan mereka- tidak, saya belum pernah menemukan akal sehat dalam diri setiap orang Yahudi." Dalam hal ini, dia sedikit berbeda dengan para teolog
Protestan lain dan teolog Katolik pada zamannya. Di antara tulisan-tulisannya yang masih ada, Calvin hanya secara eksplisit membahas isu-isu kontemporer orang-orang Yahudi dan Yudaisme di salah satu risalah, "Menanggapi Pertanyaan dan Keberatan dari seorang Yahudi". Dalam hal ini, ia berpendapat bahwa orang-orang Yahudi keliru membaca Kitab Suci mereka sendiri karena mereka kehilangan kesatuan dari Perjanjian Lama dan Perjanjian Baru.