Pengelolaan Industri Strategis Indonesia
dilakukan, karena dalam waktu yang cukup pendek (1998-2002) PT BPIS lebih banyak berkonsentrasi pada pembenahan masalah keuangan dan pendanaan yang dihadapi BUMN Industri Strategis.
Dengan dikeluarkannya Peraturan Pemerintah No 52 Tahun 2002 pada tanggal 23 September 2002, maka PT Bahana Pakarya Industri Strategis (BPIS) Persero, secara resmi dibubarkan. Sejak dikembalikannya pembinaan BUMN Industri Strategis dari BPIS ke Kementrian Negara BUMN pada tahun 2002, maka pembinaanya menjadi wewenang Deputi Pertambangan, Industri Strategis, Energi dan Telekomunikasi (PISAT) dan Mentri Negara BUMN. Kementrian negara BUMN
didirikan berdasarkan UU no 17 tahun 2003 tentang Keuangan Negara dan UU no. 19 tentang BUMN yang kemudian ditindaklanjuti dengan PP No 41 tahun 2003, PP No 35 tahun 2005, PP No 43, No.44, No. 45 tahun 2005.
Pembinaan dan arah pengelolaan BUMN Industri Strategis sejak 2002 hingga sekarang menjadi tidak fokus pada pengembangan industri hankam (maritim dan dirgantara) akan tetapi lebih banyak pada pengelolaan perusaaan BUMN persero yang menghasilkan keuntungan. Hal ini juga yang mengakibatkan banyak kegiatan pengembangan teknologi di BUMN Industri Strategis terhenti karena kurangnya pendanaan bantuan
pemerintah dan tidak adanya road map pengembangan yang sinergi. Para BUMN Industri Strategis tersebut juga mengalami banyak masalah pendanaan seperti hutang yang menumpuk. Selain itu, timbul sentimen politik anti-Orde Baru dari kalangan proponen reformasi yang menghendaki penghentian segala proyek pembangunan yang melibatkan Suharto dan keluarganya. Sejak saat itu, industri strategis di Indonesia menjadi
tercerai-berai dan mengalami kemunduran. Berbagai kebijakan pemerintah dianggap mematikan industri strategis, aturan baru pemerintah membuat keistimewaan perusahaan milik negara dipreteli satu per satu seperti hak monopoli bahan peledak. Namun sisi lain dari periode sulit tersebut, manajemen perusahaan belajar banyak dan tumbuh semangat untuk tak bergantung pada pemerintah.
Pembubaran Badan Pengelola Industri Strategis (BPIS) dan likuidasi PT Dua Satu Tiga Puluh Tbk (DSTP) merupakan contoh dari suatu keadaan dimana perubahan ekonomi-politik nasional memengaruhi kebijakan industri nasional. Sejauh menyangkut industri, program pembangunan dan kesejahteraan masyarakat pun tak terelakkan akan turut terpengaruh, entah itu bergerak menuju kemajuan atau
keterpurukan. F. Harry Sampurno-Kuffal, seorang mantan komisaris BUMN dan pemegang gelar doktor industri militer, dalam buku berjudul "Keruntuhan Industri Strategis Indonesia" berpendapat bahwa pembubaran BPIS dan PT DSTP merupakan langkah mundur dari perjalanan industri di Indonesia. Indonesia mundur ke fase industrialisasi sektor ekstraktif, yaitu Indonesia menjadi produsen bahan mentah tanpa nilai tambah, karena
saat ini Indonesia lebih menggantungkan diri kepada ekspor sumber daya alam dibandingkan komoditas teknologi. Padahal jika mau maju, Indonesia mesti menyesuaikan diri dengan konstelasi kompetisi bisnis global yang memosisikan kapabilitas teknologi dan inovasi yang berorientasi kepada produk bernilai tambah sebagai keunggulan kompetitif suatu negara ("competitive advantage").
Dari sisi kinerja perusahaan, hanya ada tiga perusahaan yang menunjukkan perkembangan kinerja yang cukup baik, yaitu; PT KS, PT LEN dan PT BARATA. Sedangkan ke-7 perusahaan lain menunjukkan penurunan kinerja selama lima tahun (2001 s/d 2005). PT INTI selama kurun waktu tersebut menunjukkan pertumbuhan kinerja yang tidak stabil, PT PINDAD mengalami
peningkatan kinerja, tetapi pada tahun 2005 mengalami penurunan kinerja kembali, sedangkan PT. PAL peningkatan kinerja baru dimulai pada tahun 2005. Dari 10 Perusahaan Industri Strategis dilihat dari kinerja perusahaan tidak stabil berfluktuasi, hanya terdapat dua perusahaan yang grafiknya selalu naik yaitu PT Krakatau Steel (KS) dan PT LEN Industri yang kinerja
perusahaannya bagus dan kinerja yang selalu menurun yaitu PT Barata Indonesia dan PT INKA yang kinerja makin turun drastis sedangkan perusahaan lainnya bervariasi naik turun kinerja perusahaan yang tidak stabil, dikarenakan program perusahaan dan kinerja perusahaannya yang tidak mendapat dukungan atau kontribusi Pemegang Saham maupun Komisaris untuk mendapatkan proyek baik swasta
maupun instansi Pemerintah berbeda dengan sebelumnya masih di bawah Departemen atau Menteri masing-masing pasti proyek tersebut diberikan atau dimonopoli sendiri dari induknya. Misalkan PT Industri Telekomunikasi Indonesia dengan PT TELKOM dan PT Industri Kereta Api dengan PT Kereta Api Indonesia. Bahkan sempat ada wacana merger antar perusahaan saat itu, yaitu rencana akan dimerger yaitu PT. INTI
dengan PT. LEN, dan PT. PINDAD dengan PT. DAHANA, dan PT. Boma Bisma Indra dengan PT. Barata Indonesia, serta PT. PAL dengan PT. INKA.
Embargo Militer yang dilakukan oleh Amerika Serikat (1999-2005) dan Eropa (1999-2000) menambah keyakinan bahwa pentingnya pengusaan teknologi dan industri pertahanan dalam negeri agar mengurangi ketergantungan Indonesia akan senjata serta perawatan dari negara lain.
Pemerintah melalui Kementerian Pertahanan mengeluarkan kebijakan Kekuatan Pokok Minimum (Minimum Essential Force). Pembaharuan alat utama sistem persenjataan terus diperbaharui setiap tahun dan membuat industri dalam negeri bekerja keras untuk memenuhinya.
Pada tahun 2012, Pemerintah dan DPR mengesahkan UU 16 tahun 2012 tentang Industri Pertahanan. UU itu awalnya bernama RUU Pengembangan dan Pemanfaatan Industri Strategis untuk Pertahanan atau RUU Industri Strategis Pertahanan dan Keamanan yang dibahas selama 2 tahun sejak 2010-2012. UU tersebut mengamanatkan pembelian alutsista harus mendahulukan industri dalam negeri terlebih
dahulu. Pemerintah juga dilarang membeli alutsista melalui rekanan, harus resmi G-to-G (antar pemerintah). UU tersebut mengamanatkan pembentukan Komite Kebijakan Industri Pertahanan yang diketuai oleh Presiden langsung, untuk mengoordinasikan kebijakan nasional dalam perencanaan, perumusan, pelaksanaan, pengendalian, sinkronisasi, dan evaluasi Industri
Pertahanan. Pada tahun 2014, Pemerintah dan DPR mengesahkan UU 3 tahun 2014 tentang Perindustrian yang didalamnya diatur mengenai Industri Strategis. Industri strategis dikuasai negara dengan cara pengaturan kepemilikan; penetapan kebijakan; pengaturan perizinan; pengaturan produksi distribusi dan harga; dan pengawasan.