Kebebasan beragama di Indonesia
Saifuddin dalam laporan tahunan kehidupan keagamaan Indonesia 2015 menyebutkan bahwa kerukunan umat beragama di Indonesia dinilai sangat baik (75.36%). Ia menegaskan bahwa isu agama seringkali dilatari oleh motif lain, misalnya saat menjelang pilkada.
Peristiwa separatisme ekstrimis (1950an), munculnya berbagai aliran kepercayaan baru yang dianggap bertentangan dengan ajaran agama, serta ketegangan antara PKI dengan NU pada pertengahan tahun 1960an menyebabkan Menteri Agama Saifuddin Zuhri mendesak Presiden Soekarno mengeluarkan Penpres No. 1/PnPs/1965 tentang Pencegahan Penodaan Agama (PPA) yang ditetapkan menjadi UU melalui UU No. 5/1969
Selain ditujukan untuk melindungi enam agama resmi sebagaimana disebutkan dalam penjelasan pasal demi pasal UU PPA Pasal 1, UU ini dipandang diskriminatif terhadap agama-agama lain. Pada akhir tahun 2009, tujuh LSM (Imparsial, Elsam, PBHI, Demos, Perkumpulan Masyarakat Setara, Desantara Foundation, dan YLBHI) dan empat individu (Abdurrahman Wahid, Musdah Mulia, Dawam Rahardjo, dan Maman Imanul Haq) mengajukan uji materi atas UU PPA.
Menurut Ester I. Jusuf (2010), UU PPA memberikan kewenangan pada pemerintah hingga masuk ke dalam wilayah pribadi antara warga negaranya dengan kepercayaannya. UU PPA mendiskriminasi kelompok yang dianggap memiliki kepercayaan menyimpang oleh suatu kelompok agama tertentu dan seharusnya sudah tidak berlaku semenjak 10 November 2008 dengan diterbitkannya UU Penghapusan
Diskriminasi Ras dan Etnis (UU PDRE). Menteri Agama Suryadharma Ali (2010) berpendapat bahwa UU PPA harus dipertahankan untuk mencegah konflik horisontal pada masyarakat karena perlindungan hukum dari pemerintah menjadi hilang, dan pelaku penistaan agama akan lolos dari jerat hukum. Ketua Komisi Kerukunan Antarumat Beragama MUI, Slamet Effendy Yusuf (2010), menyebutkan bahwa Mahkamah
Konstitusi harus berhati-hati karena belum ada UU pengganti. Juru Bicara Hizbut Tahrir Indonesia, Ismail Yusanto, menyatakan bahwa UU PPA hanya perlu direvisi atau diganti dengan yang lebih ketat membedakan antara kelompok beragama atau keyakinan dengan kelompok sempalan.
Penerapan UU PPA ini menyebabkan terjadinya diskriminasi terhadap penganut agama asli Nusantara yang tidak termasuk ke dalam enam agama resmi. Penganut agama asli kerap memperoleh perlakuan diskriminatif secara sosial dan hukum, dan sulit dalam mengurus akta seperti KTP dan akta pernikahan. Siti Musdah Mulia dalam Lokakarya Nasional Komnas HAM (2008)
menegaskan bahwa UU ini jelas menguntungkan mazhab mayoritas dalam agama-agama resmi untuk mengontrol munculnya mazhab-mazhab lain dalam agama mereka. Aliran mayoritas dilegalkan dalam organisasi-organisasi seperti MUI, Walubi, PGI, KWI, dan PHDI serta diberi wewenang dalam kegiatan dan tafsir keagamaan dalam masyarakat, apakah "menyimpang" atau
tidak. Beberapa aliran yang dianggap menyimpang dan dikenai UU ini adalah Lia Eden dengan kelompoknya yang disebut Salamullah (selanjutnya menjadi Kaum Eden) dan aliran Ahmadiyah yang ditetapkan sebagai aliran sesat oleh fatwa MUI. Contoh kasus lain adalah pemuka agama Syiah bernama Tajul Muluk yang dituduh melakukan penistaan agama pada tahun 2012 dan
mengalami penganiayaan serta penahanan, dan kasus penodaan agama yang dilakukan oleh Alexander Aan pada tahun 2012 melalui Facebook. Meskipun tindakannya cukup jelas menodai agama Islam, beberapa organisasi dalam dan luar negeri menilai tuntutan hukum terhadap Alexander Aan terlalu berlebihan dan memasung kebebasan berekspresi individu. Di lain pihak, Forum Umat Islam menyatakan bahwa Alexander
seharusnya dihukum mati. Mazhab-mazhab yang dianggap menyimpang atau sesat dalam agama lain misalnya adalah aliran Maitreya dalam agama Buddha dan Saksi-Saksi Yehuwa dalam agama Kristen.
Selain UU PPA, beberapa peraturan juga dianggap melanggar kebebasan beragama, misalnya Surat Edaran Menteri Dalam Negeri No. 477/74054/1978 tentang petunjuk pengisian kolom agama pada KTP yang menyebutkan "Agama yang diakui pemerintah, yaitu Islam, Katolik, Kristen/Protestan, Hindu, dan Budha". Semenjak dikeluarkannya SE Mendagri ini, istilah agama resmi dan tidak resmi menjadi
muncul sehingga terjadi pengabaian hak-hak agama lain seperti agama-agama asli dan agama Konghucu. Pengakuan terhadap "agama resmi negara" secara eksplisit ditegaskan dalam UU Perubahan atas UU Nomor 23 Tahun 2006 tentang Administrasi Kependudukan, bahwa negara hanya mengakui enam agama resmi.
TAP MPR Nomor II/MPR/1998 tentang GBHN juga dinilai sangat diskriminatif dan menyerang penganut agama asli. Pasal yang dipermasalahkan adalah Butir 6 tentang Agama dan Kepercayaan terhadap Tuhan Yang Maha Esa yang berbunyi:
Pasal tersebut menyebabkan komunitas agama asli seperti Sunda Wiwitan, Parmalim, Tolotang, dan Kaharingan menjadi target islamisasi atau kristenisasi agama-agama pendatang. Sebagian penganut agama asli seperti Sunda Wiwitan berusaha mempertahankan kepercayaan mereka meskipun harus menghadapi perlakuan diskriminasi dalam kehidupan sehari-hari dan memilih untuk mengosongkan kolom agama di
KTP semenjak dikeluarkannya UU Nomor 23 tahun 2006 tentang Administrasi Kependudukan. Sementara itu, beberapa agama asli lain seperti Kaharingan dan Tolotang memilih untuk bergabung dengan agama Hindu meskipun disertai ketidakpuasan.
SKB Menag-Mendagri No. 1/Ber/MDN-MAG/1969 diterbitkan setelah terjadi beberapa kerusuhan lintas agama. Namun, SKB tersebut tidak memiliki petunjuk pelaksanaan sehingga dalam praktiknya sering mempersulit pembangunan tempat ibadah non-masjid karena menjadi wewenang bupati atau wali kota setempat untuk tidak atau memberikan izin. Setelah terjadi berbagai
peristiwa intoleransi pada tahun 2005 terkait penutupan tempat ibadah, antara Oktober 2005-Maret 2006 dilakukan musyawarah antar majelis-majelis agama (MUI, PGI, KWI, PHDI, dan Walubi) dan SKB tersebut disempurnakan menjadi Perber Menag-Mendagri No. 9/8 Tahun 2006.
Perber Menag-Mendagri 2006 masih menuai protes karena dianggap tidak memberikan toleransi kepada umat agama yang minoritas, khususnya pasal 13 dan 14 (batasan 90 orang pengguna dan 60 orang dukungan masyarakat setempat). Di samping itu, dikeluarkannya Perber 2006 tersebut memicu peningkatan penolakan tempat-tempat ibadah minoritas hingga pemukulan dan penusukan aktivis dan pendeta Gereja Huria Kristen Batak
Protestan (HKBP) di Bekasi (12 September 2010), meskipun dalam sambutannya, Menag M.M. Basyuni telah menegaskan bahwa tempat ibadah yang telah dipergunakan secara permanen atau memiliki nilai sejarah tetapi belum memiliki IMB sebelum berlakunya Perber 2006, Bupati/Wali kota wajib membantu memfasilitasi penerbitannya. Perber ini juga meningkatkan ketegangan antar kelompok-kelompok minoritas
dan mayoritas, yaitu bahwa ada usaha-usaha kelompok tertentu untuk mencegah pendirian tempat ibadah melalui penolakan atas nama penduduk setempat atau usaha pencegahan kuota 60 orang pendukung tidak terpenuhi.
Kasus pengrusakan tempat ibadah yang terkait dengan Perber Menag-Mendagri 2006 antara lain adalah pengrusakan sebuah rumah yang digunakan sebagai tempat ibadah Kristen Pantekosta di Ngaglik, Sleman oleh Front Jihad Islam pada tanggal 2 Juni 2014, setelah sebelumnya disegel pada tahun 2012 karena izin IMBnya ditolak oleh masyarakat pada tahu 2010. Pembakaran juga dialami Sanggar Sapta Darma di
Rembang (11 November 2015) oleh sekelompok orang yang mengatasnamakan Forum Umat Islam (FUI) Desa Plawangan yang disayangkan Lembaga Studi Sosial dan Agama (eLSA) Semarang karena pembangunan sanggar aliran kepercayaan diatur dalam peraturan bersama Mendagri dan Menteri Kebudayaan dan Pariwisata Nomor: 43/41 Tahun 2009 tentang Pedoman Pelayanan Kepada Penghayat Kepercayaan Terhadap Tuhan Yang Maha Esa.