Keterlibatan Amerika Serikat dalam pergantian rezim
ia pulang ke Irak-Saddam dan Partai Ba'ath mendadak terkenal di Irak, padahal sebelumnya kurang dikenal masyarakat, dan berperan pentin dalam citra publik Saddam sebagai Presiden Irak. Saddam diduga kuat mengunjungi kedutaan besar AS di Kairo saat dalam pengasingan.
Pada tanggal 9 Agustus 1960, Kapten Kong Le dan batalyon payung terjunnya menduduki ibu kota Vientiane dalam kudeta damai sambil mengusung agenda "Netralis" dengan tujuan mengakhiri perang saudara Laos, mengakhiri campur tangan asing di negara tersebut, mengakhiri korupsi akibat bantuan luar negeri, dan memperbaiki kesejahteraan tentara. Dengan bantuan CIA, Marsekal Lapangan Sarit Thanarat, Perdana Menteri Thailand,
membentuk kelompok penasihat militer rahasia Thailand bernama Kaw Taw. Kaw Taw dan CIA merancang kontra-kudeta November 1960 terhadap pemerintahan Netralis baru di Vientiane. Mereka mengirim artileri, tentara artileri, dan penasihat kepada Jenderal Phoumi Nosavan, sepupu jauh Sarit. Kaw Taw juga mengerahkan Unit Bantuan Udara Kepolisian (PARU) dalam operasi militer di Laos. Melalui organisasi palsu CIA
bernama Air America yang memasok perlengkapan perang beserta bantuan militer dan bantuan rahasia AS dari Thailand, pasukan yang dipimpin Jenderal Phoumi Nosavan menduduki Vientiane pada bulan November 1960.
Pada Mei 1961, penguasa Republik Dominika, Rafael Trujillo, dibunuh menggunakan senjata yang dipasok oleh Central Intelligence Agency (CIA). Memorandum internal CIA menyatakan bahwa penyelidikan Office of Inspector General pada tahun 1973 mengungkap "besarnya kerja sama antara CIA dan para perencana pembunuhan." Menurut CIA, perannya dalam "mengganti" pemerintahan Republik Dominika "'berhasil' karena mengubah Republik Dominika dari
kediktatoran totaliter menjadi demokrasi ala Barat." Juan Bosch, penerima dana CIA, terpilih sebagai presiden Republik Dominika tahun 1962 dan digulingkan tahun 1963.
CIA membentuk pasukan yang terdiri dari eksil Kuba yang dilatih CIA untuk menyerbu Kuba. Pasukan ini menerima bantuan dan perlengkapan dari militer Amerika Serikat dan berencana menggulingkan pemerintahan Fidel Castro. Penyerbuan ini terjadi pada April 1961, tiga bulan setelah John F. Kennedy dilantik sebagai presiden Amerika Serikat. Angkatan bersenjata Kuba yang dilatih dan dipersenjatai negara-negara Blok Timur mengalahkan pasukan eksil tersebut selama tiga hari.
Operasi MONGOOSE adalah upaya pemerintah Amerika Serikat selama bertahun-tahun untuk menggulingkan pemerintahan Kuba. Operasi ini terdiri dari perang ekonomi, termasuk embargo terhadap Kuba "untuk memicu kegagalan rezim Komunis dalam memenuhi kebutuhan ekonomi Kuba", inisiatif diplomatik untuk mengucilkan Kuba, dan operasi psikologis "supaya opini masyarakat terhadap
pemerintah semakin negatif." Perang ekonomi tersebut juga melibatkan penyusupan agen-agen CIA untuk menyabotase target-target sipil seperti jembatan kereta api, gedung penyimpanan molase, pembangkit listrik, dan hasil panen tebu sambil mengabaikan rentetan permintaan Kuba agar pemerintah Amerika Serikat menghentikan operasi militernya. Selain itu, CIA berkali-kali merencanakan pembunuhan Fidel Castro, kepala pemerintahan Kuba, bahkan sampai melibatkan mafia Amerika Serikat.
Ketika presiden Brasil mundur bulan Agustus 1961, ia secara sah digantikan oleh Joo Belchior Marques Goulart, wakil presiden yang terpilih secara demokratis. Joo Goulart adalah pendukung hak-hak demokratis, legalisasi Partai Komunis, dan reformasi ekonomi dan tanah, tetapi pemerintah AS menuntut Goulart menerapkan program pengetatan anggaran. Pemerintah Amerika Serikat menjalankan rencana bernama
Operasi Brother Sam untuk destabilisasi Brasil dengan memangkas bantuan ke pemerintah Brasil, membantu gubernur-gubernur Brasil yang menolak presiden baru ini, dan mendorong perwira militer senior Brasil untuk merebut kekuasaan dan mengangkat kepala staf angkatan darat, Jenderal Humberto de Alencar Castelo Branco, sebagai pemimpin kudeta. Jenderal Branco memimpin penggulingan pemerintahan konstitusional Goulart pada bulan April
1964 dan diangkat sebagai presiden pertama rezim militer. Ia langsung mengumumkan keadaan darurat dan menangkap lebih dari 50000 lawan politik dalam satu bulan pertamanya. AS menyatakan puas dan kembali mengucurkan bantuan dan investasi ke negara tersebut.
Beberapa sumber, khususnya Said Aburish, menduga bahwa kudeta Februari 1963 yang menjadi awal berdirinya pemerintahan Ba'athis di Irak "diotaki" oleh CIA. Akan tetapi, tidak ada dokumen rahasia AS yang menguatkan tuduhan ini. Tareq Y. Ismael, Jacqueline S. Ismael, dan Glenn E. Perry menulis bahwa "pasukan perwira Ba'this menggulingkan Qasim pada
tanggal 8 Februari 1963 setelah bekerja sama dengan CIA." Sebaliknya, Gibson menulis bahwa "banyak bukti menunjukkan bahwa CIA bukan otak kudeta Ba'athis Februari 1963." Amerika Serikat menawarkan bantuan material kepada pemerintahan Ba'athis yang baru setelah kudeta, walaupun ada pembantaian anti-komunis dan kekerasan terhadap pemberontak dan warga sipil Kurdi. Karena itu, Nathan Citino
mengatakan, "Meskipun Amerika Serikat tidak memicu kudeta 14 Ramadan, setidaknya AS membiarkan atau bahkan membantu kekerasan yang terjadi kemudian." Pemerintahan Ba'athis bubar pada bulan November 1963 akibat persoalan penyatuan wilayah dengan Suriah (cabang saingan Partai Ba'ath merebut kekuasaan di Suriah pada Maret). Ada banyak diskusi ilmiah seputar tuduhan Raja Hussein dari
Yordania dan berbagai pihak bahwa CIA (atau lembaga AS lainnya) memberi daftar orang komunis dan orang berhaluan kepada pemerintah Ba'athis. Orang-orang di dalam daftar tersebut kelak ditangkap atau dibunuh oleh milisi Partai Ba'ath-Garda Nasional. Gibson dan Hanna Batatu menekankan bahwa identitas anggota Partai Komunis Irak diketahui secara terbuka dan Ba'ath tidak perlu bergantung
kepada intelijen AS, sedangkan Citino menilai tuduhan tersebut mungkin saja benar karena kedutaan besar AS di Irak benar-benar membuat daftar tersebut dan anggota Garda Nasional Irak yang terlibat pembantaian dilatih di Amerika Serikat.
Meski Amerika Serikat bersekutu dengan Vietnam Selatan pada Perang Vietnam, pemerintahan Kennedy semakin frustrasi dengan pemerintahan Presiden Vietnam Selatan Ngo Dinh Diem yang korup dan represif. Karena Diem menolak melakukan reformasi, sejumlah pejabat Amerika Serikat mempertimbangkan untuk mendukung pihak-pihak yang ingin menggantinya. Mereka mengirim Kawat 243 pada tanggal 24 Agustus 1963 yang menginstruksikan Duta Besar Amerika
Serikat untuk Vietnam Selatan, Henry Cabot Lodge Jr., untuk "mempertimbangkan semua pemimpin alternatif potensial dan membuat rencana terperinci tentang cara mengangkat pengganti Diem apabila perlu". Lodge dan penghubungnya, Lucien Conein, mengontak perwira-perwira Angkatan Darat Republik Vietnam yang tidak puas dan meyakinkan mereka untuk menggulingkan Diem. Upaya-upaya ini berbuah kudeta pada tanggal 2 November 1963 yang menewaskan Diem dan adiknya.
Pentagon Papers menyimpulkan bahwa "Sejak Agustus 1963, kami menyetujui, mengizinkan, dan mendukung rencana kudeta oleh jenderal-jenderal Vietnam dan menawarkan bantuan penuh untuk pemerintahan baru. Pada bulan Oktober, kami menghentikan bantuan untuk Diem secara kasar dan memberi lampu hijau kepada para jenderal. Kami menghubungi mereka secara rahasia sepanjang perencanaan dan pelaksanaan kudeta dan berusaha meninjau rencana operasinya dan merencanakan pemerintahan baru."
Dalam Perang Saudara Dominika, junta pimpinan Presiden Joseph Donald Reid Cabral melawan pasukan "konstitusionalis" atau "pemberontak" yang mendukung pengangkatan kembali presiden pertama Republik Dominika yang terpilih secara demokratis, Juan Emilio Bosch Gavio, yang tidak sempat menyelesaikan masa jabatannya karena dikudeta. AS melancarkan "Operasi Power Pack," operasi yang menempatkan militer AS di antara pihak pemberontak dan pihak junta