Mikrobiologi pangan
Mikrobiologi pangan adalah studi terhadap mikroorganisme yang mendiami, membuat, hingga yang merusak makanan. Probiotik yang merupakan bakteri yang baik, menjadi sub-bidang pembahasan yang penting dalam mikrobiologi pangan. Mikroorganisme juga merupakan bagian penting dalam berbagai jenis bahan pangan seperti keju, yoghurt, roti, bir, tempe, dan oncom.
Keamanan pangan merupakan fokus utama di dalam mikrobiologi pangan. Bakteri, virus, dan mikroorganisme lainya menghasilkan toksin yang mengkontaminasi makanan. Namun beberapa mikroorganisme (seperti "bacteriocin") juga dipakai untuk meningkatkan keamanan pangan dengan melawan toksin tersebut. "Bacteriocin" yang telah dimurnikan seperti nisin bisa diaplikasikan secara langsung ke produk pangan. Bakteriofag juga
dipakai dalam bidang keamanan pangan karena virus ini mapu membunuh bakteri patogen. Beberapa tahap penyiapan bahan pangan, seperti memasak dapat mengeliminasi sebagian besar bakteri dan virus. Namun toksin yang telah dihasilkan mungkin tidak bisa diurai dengan panas sehingga beberapa tetap tertinggal di dalam bahan pangan.
Fermentasi merupakan sebuah proses dimana mikroorganisme digunakan untuk membuat bahan pangan. Ragi telah digunakan sejak lama untuk mengembangkan roti, membuat bir, dan membuat minuman anggur. Bakteri asam laktat digunakan untuk membuat yoghurt, keju, dan acar. Fermentasi menghasilkan karakteristik bahan pangan yang tidak mudah dihinggapi oleh mikroorganisme yang mampu merusak bahan pangan,
seperti perubahan tingkat keasaman, kadar gula, kadar garam, dan sebagainya. Fermentasi juga membuat beberapa bahan pangan menjadi lebih mudah dicerna manusia, seperti tempe.
Alginat digunakan sebagai bahan pengental ("thickening agent"). Alginat diproduksi dari alga coklat seperti "Laminaria hyperborea" dan "Laminaria japonica". Disebut biopolimer mikrobial karena alga merupakan eukariot yang tidak termasuk ke dalam kingdom animalia maupun plantae.
Selulosa merupakan polisakarida sederhana yang terdiri dari satu jenis gula, yaitu glukosa, dan tersusun secara linear dihubungkan dengan sambungan ß-1.4. Meski tersusun dari satu jenis gula, namun mekanisme biosintesisnya oleh makhluk hidup cukup kompleks. Tumbuhan bukanlah satu-satunya makhluk hidup yang bisa menghasilkan selulosa. Nata de Coco merupakan salah satu contoh selulosa yang bisa dimakan, yang dihasilkan dari proses mikroba.
Beberapa virus perut ("enteric virus", "viral gastroenteritis") menyumbang sejumlah besar penyakit. Yang paling terkenal adalah virus hepatitis A, hepatitis E, rotavirus, astrovirus, adenovirus, norovirus, dan sapovirus. Mereka masuk ke dalam tubuh melalui makanan.
Parasit protozoa yang menginfeksi makanan dapat menyebabkan penyakit pada manusia. Parasit ini banyak ditemukan di negara miskin dan negara berkembang. Kontaminasi terjadi sejak dipanen hingga makanan siap disajikan, umumnya karena proses yang tidak higienis.
Mycotoksin merupakan satu grup toksin yang dihasilkan dari jamur yang mengkontaminasi bahan pangan, yang mampu menyebabkan penyakit bagi manusia ketika dicerna. Spesies dari jamur Aspergillus, Fusarium, Penicillium, dan Claviceps mampu tumbuh di berbagai komoditas pangan yang dihasilkan manusia dan mampu menghasilkan mycotoksin. Komoditas bahan pangan yang mampu dikontaminasi jamur
penghasil mycotoksin yaitu serealia (barley, gandum, jagung, rye), kopi, produk susu, buah-buahan, kacang-kacangan, dan rempah-rempah.
"Staphylococcus aureus" menghasilkan toksin yang mampu menyebabkan muntah-muntah dan diare ketika tertelan."Listeria monocytogenes" adalah bakteri gram positif yang mampu menyebabkan penyakit listeriosis. Infeksi bakteri "Listeria monocytogenes" biasanya hanya terjadi pada manusia yang memiliki kekebalan tubuh yang rendah. Namun tingkat kematian akibat infeksi bakteri ini cukup tinggi dibandingkan bakteri patogen lainnya.
"Salmonella" merupakan infeksi yang paling terkenal di seluruh dunia. Jenis bahan pangan yang dikontaminasi biasanya adalah produk peternakan berupa daging dan telur, termasuk bahan olahannya seperti daging dalam kaleng.
"Shigella" merupakan bakteri gram negatif yang mampu menyebabkan gejala diare ringan dengan atau tanpa keluarnya darah, demam, dan sakit otot perut. Komplikasi tingkat lanjut bisa berupa kejang-kejang, keracunan pada usus besar, arthritis reaktif, dan sindrom "hemolytic uremic".