Reduksionisme
membingungkan pemikiran yang melibatkan baik hewan maupun tumbuhan. Reduksionisme dapat menghapus perbedaan yang penting, khususnya dalam bidang filsafat yang lebih abstrak, seperti moralitas atau ilmu agama. Sekarang, tidak semua perbedaan dianggap penting. Memperlakukan orang hitam dan putih dengan sama biasanya akan dibenarkan, di luar pengobatan, sejarah, atau studi kultural,
misalnya. Hal ini karena mudah untuk menyatakan bahwa tidak ada perbedaan intrinsik antara keduanya, meskipun mungkin jelas ada perbedaan ekstrinsik, seperti tradisi dan budaya. Dalam kasus seperti ini, dimana perbedaan antara kedua hal tidak relevan dengan topik, mereka dapat diperlakukan sebagai sesuatu yang sama.
Dalam beberapa tahun terakhir, perkembangan sistem berfikir telah melengkapi metode-metode untuk mengatasi perkara-perkara dalam suatu pandangan holistik dibandingkan cara reduksionis, dan banyak ilmuan yang melakukan pendekatan pada pekerjaannya dalam suatu paradigma holistik. Ketika banyak istilah digunakan dalam konteks ilmiah, holisme dan reduksionisme mula-mula mengarah pada berbagai macam model atau
teori-teori yang menawarkan penjelasan yang berlaku pada dunia; metode ilmiah dari pemutarbalikkan hipotesis, pemeriksaan data empiris yang melawan teori, sebagian besar tidak berubah, namun pendekatan menuntun pada teori-teori yang dipandang. Konflik antara reduksionisme dan holisme pada ilmu pengetahuan bukan hal umum-bagaimanapun juga suatu pendekatan holistik ataupun reduksionisme layak berada pada konteks pembelajaran suatu sistem khusus atau fenomena.
Dalam banyak kasus (seperti teori kinetika gas), diberikan sebuah pemahaman yang baik dari komponen-komponen suatu sistem, salah satunya dapat memprediksikan semua sifat yang paling penting dari sistem secara keseluruhan. Dalam kasus lain, mencoba melakukan hal ini mengarah pada sebuah kekeliruan dari komposisi. Dalam sistem itu, sifat-sifat yang bermunculan dari sistem tersebut sudah
hampir tidak mungkin untuk memprediksi pengetahuan tentang bagian-bagian dari sistem. Teori Kompleksitas mempelajari sistem-sistem tersebut.
Alfred North Whitehead mengatur pemikiran metafisiknya dalam pertentangan terhadap reduksionisme. Ia menyebut teknik ini sebagai 'kesalahan dari kenyataan yang salah tempat'. Rencananya berangkat untuk membingkai pemahaman rasional, pemahaman tentang hal-hal umum, yang berasal dari realita kita.
Strategi reduksionis atau metode penyederhanaan dalam disiplin ilmu berisiko mengabaikan atau meniadakan kesadaran yang sudah ada. Teori kekacauan, konsep entropi dalam studi kimia, dan prinsip ketidakpastian Heisenberg dalam fisika partikel, semua menunjukkan bahwa pengetahuan dan kognisi dunia menjadi lebih kompleks karena tingkat kesadaran itu meningkat. Para ilmuwan yang
menggunakan metode reduksionis sering mengambil pendekatan yang bertentangan dengan kontribusi sebelumnya dalam konteks ilmu pengetahuan dalam rangka untuk membenarkan sebuah teori baru, kadang-kadang tidak perlu untuk membantah teori yang sudah ada dalam memberikan wawasan baru. Membuktikan teori yang tidak valid dan membuktikan asumsi baru menjadi kenyataan
yang benar harus berlangsung berdasarkan kemampuannya sendiri. Teori-teori ilmiah yang setengah valid dan setengah tidak valid dapat sepenuhnya ditolak dengan reduksionisme, sedangkan dengan paradigma holistik seperti additivisme, seseorang dapat menambahkan setengah-bagian untuk memperbarui asumsi. Seorang reduksionis akan kecil kemungkinannya untuk melihat teori saat ini tidak valid
sebagai kontribusi yang berlaku dalam konteks dimana mereka diamati, digunakan dan disajikan, mengingat bahwa teori kompleksitas lebih dari hal tersebut.
Sven Erik Jorgensen, seorang ahli ekologi, memaparkan baik dari segi teori maupun dari sisi argumen pratik untuk suatu pendekatan holistik dalam beberapa cakupan ilmu pengetahuan, terutama ekologi. Ia mengatakan bahwa banyak sistem yang terlalu kompleks sehingga tidak akan mungkin untuk menjelaskan semua secara detail. Menarik sebuah analogi Hukum Ketidakpastian Heisenberg
dalam ilmu fisika, ia mengatakan bahwa banyak sesuatu yang menarik dan relevan dengan fenomena ekologi yang tidak dapat ditiru dalam kondisi laboratorium, dan dengan demikian tidak dapat diukur atau diamati tanpa mempengaruhi dan mengubah sistem dalam berbagai cara. Ia juga menunjukan pentingnya keterkaitan dalam sistem biologi. Menurut pandangannya, ilmu pengetahuan hanya akan
berkembang dengan cara menguraikan pertanyaan yang belum terjawab dan menggunakan model yang tidak berusaha untuk menjelaskan semuanya dalam tingkat hierarki yang lebih kecil dari organisasi, tetapi menggunakan model dari skala sistem itu sendiri dengan mempertimbangkan beberapa (tetapi tidak semua) faktor dari kedua tingkatan, baik yang lebih tinggi atau lebih rendah di dalam hierarki.