Pusat Penelitian Arkeologi Nasional
arkeologi maju pesat. Kerjasama masih terus berlanjut sampai dengan masa kepemimpinan Dr. Hasan Muarif Ambary.
Puslit Arkenas di bawah kepemimpinan Dr. Hasan Muarif Ambari berkembang lebih luas lagi. Pada saat ini dibuka delapan UPT, yaitu Balai Arkeologi Palembang, Balai Arkeologi Medan, Balai Arkeologi Bandung (Lab, Palrad terpaksa dilikuidasi dan digabungkan dengan Balai), Balai Arkeologi Banjarmasin, Balai Arkeologi Manado, Balai Arkeologi Ambon, dan Balai Arkeologi Jayapura. Lab. Bio-antropologi dan Paleo-antropologi dilepas dan dikembalikan ke Universitas Gajah Mada.
Krisis moneter yang berkepanjangan yang mengakibatkan pergolakan politik, terjadi perubahan kekuasaan dan perubahan dalam organisasi pemerintahan. Pada tahun 2000 Puslit Arkenas yang semula berada di bawah Departemen Pendidikan Nasional, kemudian berada dalam struktur di bawah Direktorat Jenderal Sejarah dan Purbakala, Departemen Kebudayaan dan Pariwisata. Namanya berubah menjadi Pusat Arkeologi. Sementara itu,
Ditlinbinjarah yang juga berada di bawah Direktorat Jenderal Sejarah dan Purbakala, dan namanya berubah menjadi Direktorat Purbakala.
Pada tahun 2001 terjadi lagi perubahan kekuasaan yang disusul dengan perubahan struktur organisasi pemerintahan. Departemen Kebudayaan dan Pariwisata berubah menjadi Mentri Negara Kebudayaan dan Pariwisata. Pusat Arkeologi juga berubah menjadi Pusat Penelitian Arkeologi, dan Direktorat Purbakala berubah menjadi Direktorat Purbakala dan Permuseuman. Kedua instansi tersebut berada dalam struktur Deputi Bidang
Pelestarian dan Pengembangan Kebudayaan, Badan Pengembangan Kebudayaan dan Pariwisata. UPT dari Direktorat Purbakala dan Permuseuman yang semula bernama Suaka Peninggalan Sejarah Purbakala kemudian berubah menjadi Balai Pelestarian Peninggalan Purbakala.
Dimulai dengan kabar yang beredar pada bulan April-Mei 2003, mengabarkan bahwa akan terjadi penghapusan Badan Pengembangan Kebudayaan dan Pariwisata dan digabungkan kepada Menteri Negara Kebudayaan dan Pariwisata. Kabar menjadi kenyataan setelah turun Keputusan Presiden No. 29, 30, 31, dan 32 tertanggal 26 Mei 2003 yang isinya tentang pembubaran Badan Pengembangan Kebudayaan dan Pariwisata dan dilebur
pada Menteri Negara Kebudayaan dan Pariwisata. Pada struktur yang baru ini nasib Pusat Penelitian Arkeologi berubah menjadi Asisten Deputi Urusan Arkeologi Nasional dan saudaranya Direktorat Purbakala dan Permuseuman menjadi Asisten Deputi Urusan Purbakala dan Permuseuman berada di bawah Deputi Bidang Sejarah dan Purbakala. Balai Arkeologi dan Balai Pelestarian Peninggalan Purbakala merupakan UPT dari Deputi Bidang Bidang Sejarah dan
Purbakala. Nama "Urusan" mengingatkan kembali kepada masa pendudukan Jepang. Sebagai sebuah institusi penelitian, Asisten Deputi Urusan Arkeologi Nasional dan Unit Pelaksana Teknisnya mempunyai tenaga peneliti yang cukup memadai. Peneliti-peneliti tersebut, selain berlatar belakang pendidikan arkeologi, juga ada yang berlatar belakang pendidikan geologi, biologi, sejarah, dan antropologi.
Seluruhnya tersebar dalam berbagai jenjang Jabatan Fungsional, mulai dari Asisten Peneliti, Ajun Peneliti, Peneliti, dan Ahli Peneliti.
Tugas Pusat Penelitian Arkeologi Nasional sebagai institusi adalah menyusun, mendaftar dan mengawasi peninggalan-peninggalan purbakala yang berada dalam wilayah Hindia Belanda, membuat rencana dan tindakan penyelamatan bangunan purbakala dari keruntuhan, pengukuran dan penggambaran peninggalan purbakala serta menelitinya lebih dalam. Pusat Penelitian Arkeologi Nasional dibawah naungan Badan Pengembangan
Kebudayaan dan Pariwisata yang bertugas melaksanakan kegiatan penelitian dan pengembangan arkeologi. Dalam melaksanakan tugas Pusat Penelitian dan Pengembangan Arkeologi Nasional menyelenggarakan fungsi: Pelaksanaan urusan tata usaha; Penyusunan rencana dan program kegiatan, pengembangan sistem dan metode, serta hubungan kerja sama penelitian dan pengembangn Arkeologi; Pelaksanaan pengumpulan,
pengolahan, dokumentasi dan publikasi data penelitian dan pengembangan Arkeologi; Pembinaan jabatan fungsional di lingkungan Pusat Penelitian dan Pengembangan Arkeologi Nasional..
Pada tahun 2011, seiring dengan reorganisasi Kementerian Negara yaitu Departemen Pendidikan Nasional yang menjadi Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan, Departemen Kebudayaan Pariwisata yang menjadi Kementerian Pariwisata dan Ekonomi Kreatif, susunan organisasi Pusarkenas berubah kembali. Selain dibentuknya Direktorat Jenderal Kebudayaan di Kemendikbud (yang didalamnya terdapat instansi saudara, Direktorat Pelestarian Cagar Budaya dan Pemuseuman), Pusarkenas dimasukan kedalam Badan Penelitian Pengembangan Kemendikbud.
Berdasarkan Peraturan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan no. 11 tahun 2015, dalam melaksanakan tugas, Pusat Penelitian Arkeologi Nasional menyelenggarakan fungsi: