Michel Aflaq
al-Shufi. Di Kongres Regional Ba'athis Suriah, Komite Militer "sepakat" bahwa mereka sama-sama memberontak melawan Aflaq dan kepemimpinan tradisionalnya, karena menentang kebijakan ekonomi dan sosial moderat mereka. Komite Militer memutuskan untuk melengserkan Aflaq dari posisi berkuasa dengan alasan bahwa ia telah berusia tua dan lemah. Di Kongres Nasional Keenam yang
diadakan pada Oktober 1963, Aflaq masih mempertahankan jabatannya sebagai Sekretaris Jenderal- faksi Marxis yang dipimpin oleh al-Shufi dan Ali Salih al-Sadi, yang masih-masing berada di Suriah dan Irak, menjadi kelompok mayoritas. Masalah lainnya yang dihadapi oleh Aflaq adalah beberapa koleganya tidak terpilih pada jabatan partai, selain al-Bitar
tidak terpilih lagi untuk sebuah kursi di Komando Nasional. Selain kepemimpinan sipil tradisional, kepemimpinan yang baru terdiri dari para perwira militer yang bertumbuh secara bertahap; Jadid dan Amin al-Hafiz dari Suriah dan Ahmed Hassan al-Bakr dan Salih Mahdi Ammash dari Irak terpilih pada Komando Nasional. Meskipun pada kenyataannya Komite Militer memegang kekuasaan atas Partai
Ba'ath dari kepemimpinan sipil, mereka bersifat sensitif terhadap kritikan, dan menyatakan, dalam sebuah pamflet ideologi, bahwa simbiosis sipil-militer adalah pengaruh besar, jika rekonstruksi sosialis dicapai. Di luar itu, Aflaq merencanakan perubahan. Dalam surat kabar Tunisia, "", ia disebut "Seorang filsuf yang membuat dua kudeta [kudeta Irak dan Suriah] dalam sebulan".
Gerakan Ba'ath tidak berjalan mulus seperti yang dikira orang luar; Cabang Regional Irak mulai kehilangan anggotanya. Militer Irak dan sayap militan partai tersebut, Pertahanan Nasional, saling berseteru satu sama lain. Al-Sadi, Sekretaris Regional Cabang Regional Irak, kemudian diasingkan ke Madrid, Spanyol pada 11 November oleh beberapa perwira militer dan Ba'athis maderat. Aflaq langsung pergi dari
Suriah dan membubarkan Komando Regional Cabang Kawasan Irak dengan alasan Komando Nasional akan memerintah Irak pada tempatnya sampai Komando Regional yang baru terpilih. Hal ini tidak disambut hangat oleh mayoritas perwira militer Irak dan Ba'athis- gagasan bahwa seorang Kristen memerintah sebuah negara Muslim dianggap "tidak peka".
Situasi di Irak tidak mendukung, Abdul Salam Arif, Presiden Irak dan seorang Nasseris, merencanakan kudeta melawan Partai Ba'ath pada 18 November, yang berhasil. Impian menikung proyek pan-Arab Nasser terwujud; sebaliknya, Nasser dan kaum Nasseris menikung gerakan Ba'ath. Saat mendengar kabar tersebut, Aflaq dan beberapa Ba'athis pergi dari Irak ke Suriah.
Setelah jatuh dengan Komite Militer, dimana seorang anggota, Muhammad Umran berkata kepada Aflaq tentang rencana-rencana rahasia Komite untuk melengserkan kepemimpinan sipil, yang dipimpin oleh Aflaq, dan mengambil alih Partai Ba'ath. Tak lama kemudian, Umran dikirim ke pengasingan sebagai Duta Besar untuk Spanyol karena mendukung faksi Aflaq. Aflaq menanggapi ancaman
terhadap kepemimpinannya dengan meletakkan jabatannya sebagai Sekretaris Jenderal, dan menyerukan Komando Nasional untuk membubarkan Komando Regional. Ia terpaksa menarik permintaannya, saat kebanyakan anggota Partai Ba'ath sepakat untuk menentang pergerakan semacam itu. Bersaing kekuasaan, antara Aflaq dan Komite Militer, terjadi secara terbuka; namun hal tersebut membuat perjuangan Aflaq
dikalahkan. Hal tersebut menjadi permulaan dari inisiatif pasukan anti-Aflaq. Untuk melawan ancaman militer, Aflaq meletakkan peratusan dan regulasi partai melawannya. Untuk melawannya, Komite Militer berteman dengan sebuah faksi sipil anti-Aflaq yang menyebut diri mereka sendiri "Regionalis"- kelompok tersebut tidak membubarkan organisasi partai mereka karena diperintah oleh Aflaq pada 1950an.
Pada Maret 1965, Kongres Regional Cabang Regional Suriah mengembangkan kekuasaan dari pusat, Komando Nasional, menjadi Komando Regional. Dari situs, Sekretaris Regional Komando Regional dianggap menjadi kepala negara "ex officio" Suriah. Sekretaris Regional memiliki kekuasaan untuk melantik Perdana Menteri, kabinet, kepala staf dan para komandan militer papan atas. Aflaq tidak ditempatkan oleh perubahan tersebut, dan pada bulan Mei ia
mengadakan Kongres Nasional Kedelapan dalam rangka menjalin hubungan antara para pengikutnya dan orang-orang dari Komite Militer. Namun hal tersebut tak pernah berbuah. Beberapa anggota sipil dari Komando Nasional, seperti Jibran Majdalani dari Lebanon dan Ali Ghannam dari Saudi meyakini bahwa jika ia ikut Komite Militer, maka akan sulit bagi militer untuk mengambil alih Cabang Regional Suriah, dan kemudian Partai
Ba'ath-muncul di Irak setelah pelengseran Cabang Regional Irak. Arena perhatian kereka, Aflaq masih bungkam. Namun, kebungkamannya membuatnya kehilangan jabatannya sebagai Sekretaris Jenderal- Aflaq digantikan sebagai Sekretaris Jenderal Komando Nasional oleh Munif al-Razzaz, orang Yordania asal Suriah. Namun, kekuasaan antara dua kamp tersebut dirombak ulang saat Amin al-Hafiz
mengalahkan kamp Aflaq. Selain itu, para perwira militer al-Hafiz lainnya hanya memiliki pengaruh yang sangat kecil di dalam atau di luar partai. Kekalahan Al-Hafiz berujung pada penarikan aktivitas dalam faksi Aflaq, al-Bitar dan Umran dibawa kembali dari Spanyol untuk membentuk pemerintahan baru.
Al-Razzaz, penerus Aflaq sebagai Sekretaris Jenderal, datang dari faksi pro-Aflaq. Atas nasehat al-Hafez, ia memerintahkan agar Komando Nasional menjadi badan pemerintahan "de jure" dari Partai Ba'ath. Ia melantik al-Bitar menjadi Perdana Menteri, Umran menjadi menteri pertahanan, Mansur al-Atrash menjadi Ketua Dewan Komando Revolusioner Nasional dan al-Hafiz menarik
jabatannya sebagai Presiden Suriah. Salah Jadid, anggota Komite Militer, menanggapinya dengan menahan beberapa pendukung Umran. Umran menanggapinya dengan merombak jabatan-jabatan pro-Jadid. Perombakan paling menonjolnya adalah pemindahan Ahmad Suwaydani dari jabatan kepala intelijensi militer negara tersebut menjadi kepala Kantor Administrasi. Pada 23 Februari, sebuah kudeta yang dipimpin oleh Jadid dan Hafez
al-Assad melengserkan Pemerintah Suriah dan kepemimpinan Partai Ba'ath. Aflaq meninggalkan Suriah, dan tak pernah berniat kembali ke kampung halamannya. Para anggota faksi lainnya dari partai tersebut kabur; Aflaq ditangkap dan ditahan, bersama dengan para pendukung pro-Aflaq lainnya, di sebuah rumah tamu pemerintah. Saat para penguasa baru meluncurkan
ketegangan pada bulan Agustus, Aflaq berkesempatan untuk melarikan diri, dengan bantuan Nasim Al Safarjalani dan Malek Bashour, yang keduanya merupakan teman dan kolega dekat kepercayaannya, dan kemudian pergi ke Beirut, Lebanon, dan kemudian ke Brasil.
Pelengseran Aflaq menyebabkan perpecahan dalam Partai Ba'ath; partai tersebut menjadi bubar secara "de facto" dan dua Partai Ba'ath berdiri, yang satu Partai Ba'ath pimpinan Irak dan yang satu Partai Ba'ath pimpinan Suriah. Partai pimpinan Suriah dipimpin oleh Jadid dan para pendukungnya dan menyanjung Zaki al-Arsuzi, pendiri Ba'ath Arab pada 1940, sebagai bapak pemikiran
Ba'athis, sementara partai pimpinan Irak dipimpin oleh Ahmed Hassan al-Bakr dan Saddam Hussein, yang masih menganggap Aflaq merupakan pendiri pemikiran Ba'athis. Pada Februari 1966 di Kongres Nasional Kesembilan, yang diadakan setelah kudeta yang melengserkan faksi pro-Aflaq, delegasi Irak terpecah dengan Ba'athis Suriah. Pihak Irak mengadakan Kongres Nasional Kesembilan "yang
sebenarnya" pada Februari 1968 di Beirut, dan memilih Aflaq menjadi Sekretaris Jenderal Komando Nasional. Terpilihnya Aflaq menjadi Sekretaris Jenderal juga menandakan perpecahan akhirnya dengan al-Bitar; sebelum kongres tersebut mempersilahkan al-Bitar meninggalkan Partai Ba'ath dan berpegang pada gerakan Ba'athis secara keseluruhan.