Genosida Timor Timur
sengaja membunuh anak-anak kecil dengan cara menghantamkan kepala mereka ke batu. Operasi ini gagal meredam pemberontakan. Penolakan masyarakat terhadap pendudukan Indonesia semakin kuat. Ketika tentara FRETILIN di pegunungan melanjutkan serangan sporadisnya, pasukan Indonesia melancarkan serangkaian operasi untuk meredamnya selama sepuluh tahun berikutnya. Sementara itu, di berbagai kota dan desa, gerakan pemberontakan damai (pasif) mulai terbentuk.
Gagalnya rangkaian operasi kontrapemberontak memaksa petinggi militer Indonesia memerintahkan Komandan Resor Militer Dili, Kolonel Purwanto, merintis dialog perdamaian dengan Komandan FRETILIN, Xanana Gusmo, di wilayah yang dikendalikan FRETILIN pada Maret 1983. Ketika Xanana menginginkan agar Portugal dan PBB dilibatkan dalam dialog ini, Komandan TNI Benny Moerdani membatalkan gencatan senjata dengan mengumumkan serangan
kontrapemberontak baru bernama "Operasi Sapu Bersih" pada Agustus 1983. Ia mengatakan, "Tidak boleh main-main lagi. Kali ini kita akan memusnahkan mereka tanpa ampun."
Batalnya gencatan senjata diikuti oleh gelombang pembantaian, eksekusi di tempat, dan "penghilangan" baru oleh militer Indonesia. Pada Agustus 1983, 200 orang dibakar hidup-hidup di desa Creras. 500 orang lainnya dibunuh di sungai di daerah itu. Pada Agustus hingga Desember 1983, Amnesty International mencatat pengangkapan dan "penghilangan" lebih dari 600 orang di ibu kota. Kerabat diberitahu oleh TNI bahwa orang-orang yang "menghilang" dibawa ke Bali.
Orang-orang yang diduga menolak integrasi biasanya ditangkap dan disiksa. Pada tahun 1983, Amnesty International merilis buku panduan militer Indonesia yang diperoleh di Timor Leste. Buku tersebut mengajarkan cara memancing kegelisahan fisik dan mental dan mewanti-wanti tentara untuk "tidak mengambil foto yang menampilkan penyiksaan (terhadap seseorang yang disetrum, ditelanjangi, dan lain-lain)". Dalam memoar
tahun 1997, "East Timor's Unfinished Struggle: Inside the Timorese Resistance", Constâncio Pinto menggambarkan penyiksaannya oleh tentara Indonesia: "Untuk setiap pertanyaan, wajah saya ditonjok dua atau tiga kali. Ketika seseorang menonjokmu seperti itu, wajahmu terasa hancur. Mereka memukul punggung dan pinggang saya dengan tangan, lalu menendang saya... [Di tempat lain] mereka menyiksa saya secara
psikologis; mereka tidak memukul, tetapi benar-benar mengancam akan membunuh saya. Mereka bahkan meletakkan pistol di meja." Dalam buku Michele Turner yang berjudul "Telling East Timor: Personal Testimonies 1942-1992", seorang perempuan bernama Fátima menggambarkan penyiksaan di sebuah penjara di Dili: "Mereka memaksa tahanan duduk di kursi, tetapi kursinya menindih jempol kaki mereka. Gila
memang. Para tentara mengencingi makanan dan mengaduk-aduknya sebelum diserahkan kepada tahanan. Mereka menyetrum tahanan menggunakan mesin listrik..."
Kekerasan terhadap perempuan oleh militer Indonesia di Timor Leste sangat banyak dan terdokumentasikan dengan baik. Selain mengalami penangkapan sepihak, penyiksaan, dan eksekusi tanpa pengadilan, perempuan-perempuan ini diperkosa dan dilecehkan secara seksual-kadang hanya karena memiliki hubungan dengan seorang aktivis kemerdekaan. Lingkup persoalannya sulit ditentukan karena militer sangat
berkuasa saat pendudukan Timor Leste ditambah rasa malu yang dialami korban. Dalam laporan kekerasan terhadap perempuan di Indonesia dan Timor Leste tahun 1995, Amnesty International USA menulis: "Para perempuan enggan menyampaikan informasi tentang pemerkosaan dan pelecehan seksual kepada lembaga swadaya masyarakat ataupun melaporkan pelanggaran kepada militer atau polisi."
Kekerasan terhadap perempuan juga terjadi dalam bentuk perundungan, intimidasi, dan pernikahan paksa. Laporan Amnesty mencantumkan kasus seorang perempuan yang dipaksa tinggal bersama seorang komandan di Baucau, kemudian dilecehkan setiap hari oleh tentara setelah dibebaskan. "Pernikahan" seperti ini lumrah pada masa pendudukan di Timor Leste. Sejumlah perempuan juga didorong
mengikuti prosedur sterilisasi. Beberapa di antaranya dipaksa menelan obat kontraseptif Depo Provera dan tidak diberitahu kegunaannya.
Pada tahun 1999, Rebecca Winters menerbitkan buku berjudul "Buibere: Voice of East Timorese Women" yang menceritakan kisah-kisah pribadi tentang kekerasan dan pelecehan sejak hari-hari pertama pendudukan di Timor Leste. Seorang perempuan mengaku diinterogasi dalam keadaan setengah telanjang, disiksa, dilecehkan, dan diancam akan dibunuh. Seorang perempuan lain mengaku kaki dan tangannya dirantai,
diperkosa berkali-kali, dan diinterogasi selama beberapa pekan. Seorang perempuan yang menyiapkan makanan untuk pemberontak FRETILIN ditangkap, disundut rokok, disetrum, dan dipaksa berjalan telanjang melewati kumpulan tentara dan disuruh masuk tank yang dipenuhi air kencing dan kotoran manusia.
Pada misa pemakaman tanggal 12 November 1991, untuk mengenang seorang pemuda pro-kemerdekaan ditembak oleh tentara Indonesia, pengunjuk rasa di tengah kerumunan berjumlah 2500 orang membentangkan bendera dan panji Fretilin dengan slogan pro-kemerdekaan dan meneriakkan yel-yel dengan damai. Usai konfrontasi singkat antara tentara Indonesia dan pengunjuk rasa, 200 tentara Indonesia melepaskan tembakan ke kerumunan dan menewaskan sedikitnya 200 warga Timor Leste.
Kesaksian warga asing di pemakaman tersebut segera diliput oleh organisasi berita internasional. Rekaman pembantaian disiarkan dan memancing kemarahan di seluruh dunia. Menanggapi pembantaian ini, aktivis di seluruh dunia bersimpati dengan rakyat Timor Leste. Mereka menuntut penentuan nasib sendiri di Timor Leste. TAPOL, organisasi Britania Raya yang dibentuk tahun 1972 untuk
mendukung demokrasi di Indonesia, mengalihkan fokus aktivitasnya ke Timor Leste. Di Amerika Serikat, East Timor Action Network (kini East Timor and Indonesia Action Network) didirikan dan memiliki cabang di sepuluh kota di sana. Kelompok solidaritas lain juga didirikan di Portugal, Australia, Jepang, Jerman, Malaysia, Irlandia, dan Brasil.
Liputan pembantaian ini menjadi contoh bagaimana pertumbuhan media baru di Indonesia mempersulit Orde Baru mengontrol arus informasi ke dalam dan luar Indonesia. Selain itu, pada era pasca-Perang Dingin tahun 1990-an, pemerintah Indonesia menjadi sorotan dunia internasional. Sejumlah perkumpulan mahasiswa pro-demokrasi beserta majalah secara terbuka dan kritis membahas Timor Leste, Orde Baru, serta sejarah dan masa depan Indonesia.
Kecaman keras terhadap militer Indonesia berdatangan, tidak hanya dari komunitas internasional, tetapi juga para petinggi pemerintahan Indonesia. Pembantaian ini mengakhiri penyerbuan Indonesia di Timor Leste tahun 1989. Gelombang penindasan baru pun dimulai. Warouw dipecat dan pendekatannya yang lebih lunak kepada pemberontak Timor ditolak oleh atasannya. Para terduga simpatisan Fretilin ditangkap, pelanggaran HAM
meroket, dan larangan wartawan asing diberlakukan kembali. Penduduk Timor semakin benci dengan kehadiran militer Indonesia di daerahnya. Kopassus Grup 3 pimpinan Mayor Jenderal Prabowo melatih geng-geng militer berjaket hitam untuk meredam sisa-sisa pemberontakan.
Jumlah korban tewas pastinya sulit ditentukan. Laporan Komisi Pengakuan, Kebenaran, dan Rekonsiliasi di Timor Leste (CAVR) PBB memperkirakan jumlah minimal korban tewas terkait konflik mencapai 102800 (+/- 12000) jiwa. Dari angka tersebut, kurang lebih 18600 (+/-1000) di antaranya dibunuh atau menghilang dan kurang lebih 84000 (+/-11000) orang lainnya meninggal akibat kelaparan atau