Perkembangan kanon Perjanjian Lama
sehingga beberapa sejarawan menganggap bahwa para pekerja di percetakan membuangnya atas inisiatif mereka sendiri. Namun Alkitab-Alkitab Anglikan dan Lutheran pada umumnya masih memuat kitab-kitab ini sampai dengan abad ke-20, sedangkan Alkitab Calvinis tidak. Beberapa alasan yang diajukan untuk mengeluarkan kitab-kitab ini dari kanon antara lain adalah adanya dukungan untuk
doktrin-doktrin Katolik seperti purgatorium dan doa untuk orang yang telah meninggal dalam Kitab 2 Makabe. Luther sendiri mengatakan bahwa ia mengikuti ajaran Hieronimus mengenai "veritas Hebraica".
Konsili Trente pada tanggal 8 April 1546 menyetujui pemberlakuan Kanon Alkitab Katolik Roma sebagaimana adanya saat ini, yang memuat Kitab-kitab Deuterokanonika, sebagai sebuah tulisan keimanan (isi kanon itu sendiri telah ditegaskan kembali secara aklamasi), dan keputusan ini dikonfirmasi dengan anatema melalui pemungutan suara (24 setuju, 15 tidak, 16 abstain). Kanon Trente dikatakan
berisi daftar yang sama seperti yang dihasilkan dalam Konsili Florence (Sesi 11, tanggal 4 Februari 1442), Konsili Kartago tahun 397-419, dan mungkin Konsili Roma tahun 382. Daftar ini juga ditetapkan kanonisitasnya dalam pengakuan iman yang diajukan untuk Gereja Ortodoks Suriah.
Saat itu (pada Konsili Florence) daftar tersebut tidak dianggap mengikat bagi Gereja Katolik, dan karena tuntutan Martin Luther, Gereja Katolik mengkaji ulang kanon tersebut pada Konsili Trente, yang mana kemudian menegaskan kembali kanon dari Konsili Florence dan menambahkan klausul anatema terhadap segala upaya untuk mengubah isi kanon tersebut. Kitab-kitab Perjanjian Lama yang dahulu diperdebatkan diberi
istilah deuterokanonika, bukan menandakan tingkatan pengilhaman yang lebih rendah tetapi karena persetujuan akhirnya belakangan. Di luar kitab-kitab ini, beberapa edisi Vulgata Latin memuat Mazmur 151, Doa Manasye, 1 Esdras (disebut 3 Esdras), 2 Esdras (disebut 4 Esdras), dan Surat kepada Jemaat di Laodikia dalam sebuah lampiran ""Apogryphi"".
Pada tanggal 2 Juni 1927, Paus Pius XI memutuskan bahwa Comma Johanneum dalam Perjanjian Baru menjadi terbuka untuk diperdebatkan; pada tanggal 30 September 1943, Paus Pius XII mengeluarkan ensiklik "Divino afflante Spiritu" yang menegaskan bahwa penerjemahan Alkitab Katolik dalam bahasa sehari-hari berdasarkan teks Ibrani, Yunani, dan Aramaik diizinkan kembali sejak pelarangannya dalam dekret Konsili Trente.
Gereja Inggris memisahkan diri dari Roma pada tahun 1534, dan menerbitkan 39 Artikel mereka dalam bahasa Latin pada tahun 1563 serta bahasa Inggris Modern Awal pada tahun 1571. Artikel 6 dari revisi Amerika tahun 1801 diberi judul: "Tentang Kecukupan Kitab Suci demi Keselamatan":
Alkitab Versi Raja James asli tahun 1611 mencakup Apokrifa Versi Raja James yang seringkali dihilangkan dalam cetakan-cetakan modern. Kitab-kitab ini yaitu: 1 Esdras, 2 Esdras, Tobit, Yudit, Selebihnya dari Ester, Kebijaksanaan, Eklesiastikus, Barukh dan Surat Yeremia, Lagu Ketiga Pemuda, Kisah Susana, Dewa Bel dan Naga, Doa Manasye, 1 Makabe, 2 Makabe.
Perang Saudara Inggris berlangsung mulai tahun 1642 sampai tahun 1649. Pada masa tersebut, Parlemen Panjang pada tahun 1644 memutuskan bahwa hanya Kanon Ibrani yang akan dibacakan dalam Gereja Inggris, dan pada tahun 1647 Pengakuan Iman Westminster menetapkan 39 kitab PL dan 27 kitab PB, sementara yang lainnya yang biasa diberi label "Apokrifa" tidak
diikutsertakan. Dekret tersebut pada masa kini merupakan kekhasan Protestan, suatu konsensus dari gereja-gereja Protestan yang tidak terbatas pada Gereja Skotlandia, Presbiterian, dan Calvinis, namun juga Baptis dan Anabaptis.
Pemulihan Monarki kepada Charles II dari Inggris (1660-1685) menyebabkan Gereja Inggris sekali lagi didasarkan pada 39 Artikel, sebagaimana tercetak dalam Buku Doa Umum (1662), yang mana secara eksplisit tidak menyertakan Apokrifa tersebut dalam tulisan-tulisan yang terilhami karena dianggap tidak cocok untuk pembentukan doktrin, namun mengakui nilainya untuk pendidikan sehingga jemaat diperkenankan untuk membaca dan mempelajarinya. Menurut "The Apocrypha, Bridge of the Testaments":
Kanon Gereja Ortodoks Timur mencakup kitab-kitab yang termasuk dalam tradisi liturgi, Bisantin, Patristik, dan Septuagintal mereka. Dalam Sinode Yerusalem pada tahun 1672, Gereja Ortodoks menetapkan kanonisitas kitab-kitab berikut ini:
Tidak semua kitab dari Perjanjian Lama tercakup dalam "Prophetologion", yakni leksionari Perjanjian Lama yang resmi: "Karena satu-satunya pengenalan yang didapat kebanyakan umat Kristen Timur dari Perjanjian Lama adalah dari bacaan-bacaan selama ibadat, Prophetologion dapat disebut sebagai Perjanjian Lama Gereja Bisantin."