Denominasi Kristen
Ada klaim yang menyatakan bahwa Kredo Khalsedonian memulihkan Nestorianisme, namun hal tersebut dibantah dengan mempertahankan perbedaan antara kedua kodrat (manusia dan Allah) dari pribadi Yesus Kristus: 2 pribadi 2 kodrat (Nestorian), 1 pribadi 1 kodrat (Monofisit), 1 pribadi 2 kodrat (Ortodoks/Katolik).
Meskipun gereja secara keseluruhan tidak mengalami perpecahan besar selama berabad-abad sesudah itu, Gereja Timur dan Gereja Barat semakin berjauhan hingga pada suatu saat para patriark dari kedua keluarga saling mengekskomunikasi satu sama lain sekitar tahun 1054-dalam peristiwa yang dikenal sebagai Skisma Besar. Alasan-alasan politik dan teologis dalam skisma ini
sangat kompleks, namun satu hal yang dianggap sebagai kontroversi besar adalah dimasukkannya filioque oleh pihak Barat ke dalam Kredo Nicea, dimana oleh pihak Timur dipandang keliru.
Kontroversi lainnya adalah keutamaan kepausan, dimana Gereja Barat menuntut bahwa Paus (sebagai Patriark Roma) memiliki wewenang atas yurisdiksi yang lain di antara kelima patriark (empat lainnya: Alexandria, Antiokia, Konstantinopel, dan Yerusalem); sementara Gereja Timur menganggap bahwa keutamaan Roma bukanlah dalam hal kekuasaan untuk mengatur yang lain, tetapi
hanya dalam hal "kehormatan". Berbagai upaya dialog antar kedua Gereja terus diusahakan, dan langkah-langkah signifikan untuk memperbaiki hubungan kedua belah pihak baru mulai tercapai sekitar tahun 1960-an pada masa Paus Paulus VI dan Patriark Athenagoras I.
Dalam Kekristenan Barat, ada segelintir gerakan yang terisolasi secara geografis, yang mendahului semangat Reformasi Protestan. Kaum Kathar adalah suatu gerakan yang sangat kuat di Perancis barat daya pada abad pertengahan, tetapi gerakan ini tidak bertahan hingga masa modern. Di Italia utara dan Perancis tenggara, Peter Waldo mendirikan gerakan Waldensian pada abad ke-12. Gerakan ini umumnya telah
diserap oleh kelompok Protestan pada masa modern. Di Bohemia, suatu gerakan pada awal abad ke-15 oleh Jan Hus yang disebut kaum Hussit menolak dogma Katolik Roma dan masih ada hingga sekarang (juga dikenal sebagai kelompok Moravian).
Reformasi Protestan dimulai dengan dikeluarkannya 95 dalil Martin Luther di Sachsen pada 31 Oktober 1517. Mulanya ke-95 dalil tersebut ditulis sebagai rangkaian keluhannya untuk mendorong Gereja Katolik agar memperbarui dirinya, dan bukan untuk memulai sebuah sekte baru. Tulisan-tulisan Luther, ditambah dengan karya teolog Swiss Ulrich Zwingli dan teolog dan politikus Perancis Yohanes Calvin berusaha untuk mereformasi
masalah-masalah dalam hal doktrin dan praktiknya. Akibat dari reaksi para pejabat gerejani saat tersebut, Gereja Katolik Roma terpisah dari mereka dan menimbulkan perpecahan dalam Kekristenan Barat-dengan lahirnya Protestanisme.
Di Inggris, Henry VIII dari Inggris menyatakan dirinya sebagai pimpinan tertinggi Gereja Inggris melalui Akta Supremasi pada 1531, dimana peristiwa ini dikenal sebagai Reformasi Inggris. Reformasi tersebut dianggap dimulai oleh Thomas Cranmer sebagai Uskup Agung Canterbury, sebagai suatu kompromi antara Calvinis dan Lutheran.
Ada kelompok kecil, seperti Old Catholic Church yang menolak infalibilitas kepausan saat Konsili Vatikan I, dan memisahkan diri dari Gereja Katolik Roma pada tahun 1870-an. Istilah 'Old Catholic' digunakan sejak tahun 1853 untuk menggambarkan anggota-anggota dari Tahta Utrecht, yang mana tidak berada di bawah otoritas Paus. Selain itu ada juga Anglo-Catholicism yang
adalah bagian dari Anglikan yang mempercayai bahwa Anglikanisme adalah suatu kelanjutan dari sejarah Katolisisme dan menggabungkan banyak keyakinan dan praktik Katolik. Gereja Katolik sendiri menyebut dirinya dengan istilah "Katolik" dan "Katolisisme" (yang secara harafiah berarti universal).
Dalam Kekristenan Timur saat ini yang memiliki jumlah umat terbesar adalah Gereja Ortodoks Timur. Gereja ini kadang-kadang secara keliru disebut "Ortodoks Yunani" karena sejak jaman Kristus sampai dengan Kekaisaran Bizantium, Yunani merupakan bahasa yang digunakan secara umum di kalangan mereka. Sebenarnya "Ortodoks Yunani" mengacu kepada Gereja Ortodoks Yunani, yang
hanyalah suatu bagian dari keseluruhan Gereja Ortodoks Timur. Gereja-Gereja Ortodoks Timur menganggap bahwa mereka secara spiritual merupakan satu tubuh, yang mana secara administratif dikelompokkan dalam beberapa yurisdiksi otosefalus (juga sering disebut sebagai "Gereja-Gereja", meskipun masing-masing adalah bagian dari satu Gereja). Mereka tidak mengakui kepemimpinan
uskup tunggal sebagai pemimpin Gereja universal, melainkan setiap uskup hanya mengatur keuskupannya masing-masing.
Gereja Ortodoks Timur mempercayai bahwa Gereja-nya adalah kelanjutan dari Gereja Kristen yang asli yang didirikan oleh Yesus Kristus, dan para Rasul. Ortodoks Timur dan Katolik Roma telah terpisah sejak abad ke-11, akibat Skisma Besar, dimana masing-masing mengaku sebagai Gereja pra-skisma yang asli. Perbedaan pemahaman mengenai keutamaan kepausan,
yaitu mengenai kedudukan Uskup Roma (Patriark Roma) di antara kedua Gereja tersebut, masih menjadi salah satu pokok pembicaraan dalam usaha rekonsiliasi di antara keduanya.
Patriark Konstantinopel (Konstantinopel saat ini adalah Istanbul, Turki), juga dikenal sebagai Patriark Ekumenis, memegang gelar kehormatan di antara para uskup Ortodoks Timur (primus inter pares, atau yang pertama di antara semua yang sederajat). Yang terbesar di antara semua Gereja Ortodoks Timur, dan memiliki jumlah umat terbanyak, adalah Gereja Ortodoks Rusia. Lainnya adalah Patriarkat Konstantinopel,
Aleksandria, Antiokhia dan Yerusalem, Georgia, Rumania, Serbia dan Bulgaria, serta beberapa yang lain yang lebih kecil. Banyak dari kelompok-kelompok ini diwakili oleh lembaga-lembaga gerejawi independen di Amerika yang, pada umumnya, masih berada dalam persekutuan penuh satu sama lainnya sebagai satu Gereja.
Kelompok terbesar kedua dalam Kekristenan Timur adalah Gereja Ortodoks Oriental, yang mana penataannya serupa dengan Gereja Ortodoks Timur, dengan 6 kelompok otosefalus (masing-masing memiliki satu kepala atau pemimpin) nasional dan 2 badan otonom, meskipun ada perbedaan internal yang cukup besar dibandingkan dengan Ortodoks Timur (terutama dalam hal keragaman ritus yang digunakan). Di
daerah yang berbahasa Aram di Timur Tengah, Gereja Ortodoks Suriah telah lama mendominasi. Meskipun wilayah Ethiopia dan Eritrea sekarang ini mempunyai sejumlah besar pengikut sejak lahirnya agama Kristen, kedua wilayah tersebut baru mendapatkan status otosefalusnya masing-masing pada tahun 1963 dan 1994.
Ortodoks Oriental dibedakan dari Ortodoks Timur terutama karena adanya perbedaan doktrin mengenai persatuan kodrat manusia dan Allah dalam diri Yesus Kristus. Dimana dalam hal tersebut Ortodoks Oriental mempunyai paham miafisit, berbeda dengan Ortodoks Timur dan Gereja Barat (Katolik Roma) yang memiliki kesamaan paham. Ortodoks Oriental memisahkan diri sebagai konsekuensi penolakan mereka
atas hasil Konsili Khalsedon pada tahun 451, terutama karena perbedaan doktrin tersebut. Namun sampai saat ini telah ada upaya-upaya dari para pihak yang telah terpisahkan sekian lama untuk rekonsiliasi.
Karena relatif tidak dikenal di Barat, literatur mengenai Gereja-Gereja Timur terkadang memasukkan Gereja Asiria Timur sebagai bagian dari Persekutuan Ortodoks Oriental. Namun Gereja Asiria- setelah mengenal Kekristenan pada abad pertama- sebenarnya telah memelihara kemandirian gerejawi, teologis, dan budaya daripada semua Gereja Kristen lainnya sejak tahun 431.