Hindia Belanda
ditaklukan pada tahun 1895. Menjelang akhir abad ke-19, keseimbangan kekuatan militer bergeser ke arah negara Belanda dengan industri yang sedang berkembang melawan negara pribumi Indonesia dengan pra-industrinya, dan kesenjangan teknologi semakin melebar. Para pemimpin militer dan politikus Belanda percaya bahwa mereka memiliki kewajiban moral untuk membebaskan penduduk asli Indonesia dari para penguasa pribumi yang dianggap menindas, terbelakang, atau tidak menghormati hukum internasional.
Meskipun pemberontakan di Indonesia pecah, kekuasaan pemerintah kolonial diperluas ke seluruh wilayah nusantara dari tahun 1901 hingga 1910 dan kontrol atas wilayah tersebut juga diambil dari para penguasa lokal yang tersisa. Sulawesi barat daya dan tengah diduduki pada tahun 1905 hingga 1906, Pulau Bali ditaklukkan dengan kampanye militer pada tahun 1906 dan 1908, begitu pula
kerajaan-kerajaan lain yang tersisa di Maluku, Sumatera, Kalimantan, dan Nusa Tenggara. Para penguasa lain termasuk Sultan Tidore di Maluku, Pontianak (Kalimantan), dan Palembang di Sumatera, meminta perlindungan Belanda dari kerajaan-kerajaan tetangga sehingga membuat mereka menghindari penaklukan militer oleh Belanda dan mampu menegosiasikan kondisi yang lebih baik di bawah pemerintahan
kolonial. Semenanjung Kepala Burung (Nugini Barat), sudah berada di bawah pemerintahan Belanda pada tahun 1920. Wilayah terakhir ini di kemudian hari akan menjadi wilayah Republik Indonesia.
Belanda menyerahkan wilayah mereka di Eropa ke Jerman pada tanggal 14 Mei 1940. Keluarga kerajaan melarikan diri dalam pengasingan di Inggris. Jerman dan Jepang adalah sekutu Poros. Pada tanggal 27 September 1940, Jerman, Hongaria, Italia, dan Jepang menandatangani sebuah perjanjian yang mencakup "lingkup pengaruh". Hindia Belanda sendiri dimasukkan ke wilayah lingkup pengaruh Jepang.
Belanda, Inggris dan Amerika Serikat mencoba mempertahankan koloni ini dari pasukan Jepang ketika mereka bergerak ke selatan pada akhir 1941 untuk mencari minyak yang dikuasai Belanda. Pada tanggal 10 Januari 1942, selama Kampanye Hindia Belanda, pasukan Jepang menyerbu Hindia Belanda sebagai bagian dari Perang Pasifik. Perkebunan karet dan ladang minyak Hindia Belanda dianggap penting untuk kepentingan perang Jepang. Pasukan
sekutu dengan cepat ditundukkan oleh Jepang dan pada tanggal 8 Maret 1942, Tentara Kerajaan Hindia Belanda (KNIL) menyerah di Jawa.
Dipicu oleh propaganda perang Jepang Cahaya Asia dan Kebangkitan Nasional Indonesia, sebagian besar penduduk pribumi Hindia Belanda pertama-tama menyambut Jepang sebagai pahlawan pembebasan mereka dari pemerintah kolonial Belanda, tetapi sentimen ini dengan cepat berubah karena pendudukan Jepang ternyata jauh lebih opresif dan menghancurkan daripada pemerintah kolonial Belanda. Pendudukan Jepang selama Perang Dunia II
mengakibatkan jatuhnya negara kolonial di Indonesia, karena Jepang menyingkirkan sebanyak mungkin struktur pemerintah Belanda, dan menggantinya dengan rezim mereka sendiri. Meskipun posisi teratas di pemerintahan dipegang oleh Jepang, pengasingan semua warga Belanda menandakan bahwa banyak posisi kepemimpinan dan administrasi yang diduduki oleh orang Indonesia. Berbeda dengan penindasan Belanda terhadap
nasionalisme Indonesia, Jepang mengizinkan para pemimpin pribumi untuk menjalin hubungan di antara massa, dan mereka melatih dan mempersenjatai generasi yang lebih muda.
Menurut laporan PBB, empat juta orang meninggal di Indonesia sebagai akibat dari pendudukan Jepang. Setelah Jepang menyerah pada bulan Agustus 1945, pemimpin nasionalis Soekarno dan Mohammad Hatta menyatakan kemerdekaan Indonesia. Perang empat setengah tahun menyusul peristiwa ini ketika Belanda mencoba membangun kembali koloni mereka; Meskipun pasukan Belanda menduduki kembali sebagian besar wilayah Indonesia, perang gerilya
terjadi, dan mayoritas orang Indonesia-serta opini internasional, lebih menyukai kemerdekaan Indonesia. Pada bulan Desember 1949, Belanda secara resmi mengakui kedaulatan Indonesia dengan pengecualian wilayah Nugini Belanda (Nugini Barat). Pemerintahan Soekarno mengklaim kendali Indonesia atas wilayah itu, dan dengan tekanan dari Amerika Serikat, Belanda menyetujui Perjanjian New York yang hasilnya meminta Belanda untuk menyerahkan wilayah tersebut kepada pemerintahan Indonesia pada bulan Mei 1963.
Pada tahun 1898, jumlah penduduk di Jawa telah mencapai angka 28 juta, sedangkan 7 juta jiwa lainnya menduduki pulau-pulau terluar Indonesia. Pada paruh pertama abad ke-20, imigrasi besar-besaran mulai dilakukan oleh orang Belanda dan Eropa lainnya menuju koloni, tempat mereka bekerja di sektor pemerintah atau swasta. Pada tahun 1930, ada lebih dari 240000 orang
dengan status hukum Eropa di koloni tersebut, sekitar 0.5% dari jumlah total populasi. Sekitar 75% dari orang-orang Eropa ini pada faktanya orang asli Eurasia yang dikenal dengan sebutan Indo-Eropa.
Pihak penjajah Belanda membentuk kelas sosial atas istimewa yang terdiri dari prajurit, pegawai pemerintah, manajer, guru dan para pelopor. Mereka hidup bersama dengan para "pribumi", namun berada di puncak sistem kasta sosial dan rasial yang kaku. Hindia Belanda memiliki dua kelas hukum untuk seorang warga negara; Eropa dan pribumi. Kelas ketiga, orang Timur asing, ditambahkan pada tahun 1920.
Pada tahun 1901, Belanda mengadopsi apa yang mereka sebut sebagai Politik Etis, dimana pemerintah kolonial memiliki tugas untuk meningkatkan kesejahteraan masyarakat Indonesia dalam bidang kesehatan dan pendidikan. Langkah-langkah baru lainnya di bawah kebijakan tersebut mencakup program irigasi, transmigrasi, komunikasi, mitigasi banjir, industrialisasi, dan perlindungan industri pribumi. Industrialisasi
tidak berpengaruh secara signifikan terhadap mayoritas penduduk Indonesia, dan Indonesia tetap saja merupakan koloni yang bergantung pada pertanian. Pada tahun 1930, ada 17 kota dengan populasi lebih dari 50000 dan populasi gabungan mereka berjumlah 1.87 juta dari total 60 juta.
Sistem sekolah Belanda diperluas dan mengizinkan kaum muda Indonesia menempuh pendidikan, dan sekolah-sekolah paling bergengsi menerima anak-anak Belanda dan anak-anak Indonesia dari kelas atas. Tingkat kedua dari sekolah didasarkan pada etnis dengan sekolah terpisah untuk orang Indonesia, Arab, dan Tionghoa yang diajarkan di Belanda dengan menggunakan kurikulum Belanda. Orang Indonesia biasa dididik dengan bahasa
Melayu dalam alfabet Romawi, dan sekolah "penghubung" yang mempersiapkan siswa-siswa Indonesia yang cerdas untuk masuk ke sekolah-sekolah berbahasa Belanda. Sekolah-sekolah kejuruan dan program-program didirikan oleh pemerintah kolonial dalam rangka melatih penduduk pribumi Indonesia untuk peran khusus dalam ekonomi kolonial. Orang Tionghoa dan Arab, yang secara resmi disebut "timur asing", tidak bisa mendaftar di sekolah kejuruan atau sekolah dasar.
Sejak jaman VOC, otoritas tertinggi Belanda di Hindia Belanda berada di "Kantor Gubernur Jenderal". Selama era Hindia Belanda, Gubernur Jenderal berperan sebagai presiden eksekutif utama dari pemerintah kolonial dan menjabat sebagai panglima tertinggi tentara kolonial (KNIL). Hingga tahun 1903, semua pejabat dan organisasi pemerintah adalah agen resmi Gubernur Jenderal dan
sepenuhnya bergantung pada administrasi pusat dari "Kantor Gubernur Jenderal" untuk anggaran mereka. Hingga tahun 1815, Gubernur Jenderal memiliki hak mutlak untuk melarang, menyensor atau membatasi publikasi apa pun di wilayah koloni. Kekuasaan Gubernur Jenderal yang terlalu besar memungkinkannya untuk mengasingkan siapa pun yang dianggap sebagai pihak subversif dan berbahaya bagi perdamaian dan ketertiban, tanpa melibatkan Pengadilan Hukum.