Keshogunan Tokugawa
Merah) yang ingin berdagang dengan Asia. Setelah itu, perdagangan hanya diizinkan dengan kapal-kapal yang datang Tiongkok dan Belanda.
Menteri senior (rj) diangkat dari anggota keshogunan yang paling senior dan bertugas sebagai pengawas metsuke, machibugy, ongokubugy dan pejabat-pejabat tinggi lain. Tugas lain menteri senior adalah berhubungan dengan berbagai kalangan, seperti istana kaisar di Kyoto, kalangan bangsawan (kuge), daimyo, kuil Buddha dan Jinja, termasuk menghadiri berbagai macam rapat seperti rapat
pembagian daerah. Keshogunan Tokugawa memiliki 4-5 menteri senior yang masing-masing bertugas sebulan penuh secara bergantian. Shogun meminta pertimbangan menteri senior jika ada persoalan penting yang harus diselesaikan. Pada perombakan birokrasi pada tahun 1867, posisi menteri senior dihapus dan diganti dengan sistem kabinet, sehingga ada menteri dalam negeri, menteri keuangan, menteri luar negeri, menteri angkatan darat dan menteri angkatan laut.
Pada prinsipnya, Fudai Daimyo yang memiliki wilayah kekuasaan minimal 50000 koku memenuhi persyaratan untuk ditunjuk sebagai menteri senior. Walaupun demikian, pejabat menteri senior sering berasal dari birokrat yang dekat dengan shogun, seperti pejabat soba ynin, Kyoto shoshidai dan Osaka jdai.
Shogun kadang kala menunjuk seorang menteri senior untuk mengisi posisi Tair (tetua atau penasehat). Pejabat Tair dibatasi hanya berasal dari klan Ii, Sakai, Doi dan Hotta, walaupun Yanagisawa Yoshiyasu pernah juga diangkat sebagai pengecualian. Ii Naosuke merupakan Tair yang paling terkenal, tetapi tewas dibunuh pada tahun 1860 di luar pintu gerbang Sakurada, Istana Edo.
Sebagai kelanjutan dari dewan rokuninsh (1633-1649) yang terdiri dari 6 anggota, keshogunan Tokugawa membentuk dewan wakadoshiyori yang berada persis di bawah posisi menteri senior (rj). Dewan wakadoshiyori terbentuk pada tahun 1662 dan terdiri dari 4 anggota. Tugas utama dewan wakadoshiyori adalah mengurusi hatamoto dan gokenin yang merupakan pengikut langsung shogun.
Sebagian shogun juga mengangkat pejabat soba ynin yang bertugas sebagai perantara antara shogun dan rj. Posisi soba ynin menjadi sangat penting pada masa shogun Tokugawa ke-5 yang bernama Tokugawa Tsunayoshi akibat salah seorang pejabat wakadoshiyori bernama Inaba Masayasu membunuh pejabat tair bernama Hotta Masatoshi. Shogun Tsunayoshi yang cemas akan keselamatan dirinya memindahkan kantor rj hingga jauh dari bangunan utama istana.
Pejabat yang melapor kepada rj and wakadoshiyori disebut metsuke dan metsuke. Lima orang pejabat metsuke diberi tugas memata-matai para daimyo, kalangan bangsawan (kuge) dan istana kaisar agar segala usaha pemberontakan bisa diketahui sejak dini.
Di awal zaman Edo, daimyo seperti Yagy Munefuyu pernah ditunjuk sebagai pejabat metsuke. Selanjutnya, jabatan metsuke cuma diisi oleh hatamoto yang berpenghasilan minimal 5000 koku. Shogun sering menaikkan penghasilan metsuke menjadi 10000 koku agar metsuke bisa dihargai dan berkedudukan sejajar dengan daimyo yang sedang diawasi. Pejabat metsuke juga menerima gelar kami, seperti Bizen-no-kami yang berarti penguasa provinsi Bizen.
Sejalan dengan perkembangan waktu, fungsi pejabat metsuke berubah menjadi semacam kurir yang menyampaikan perintah dari keshogunan Tokugawa ke para daimyo. Pejabat metsuke juga diserahi tugas melangsungkan upacara seremonial di lingkungan Istana Edo. Pengawasan kehidupan beragama dan pengendalian senjata api merupakan tanggung jawab tambahan pejabat metsuke.
Pejabat metsuke melapor kepada wakadoshiyori dan bertugas sebagai polisi militer bagi shogun. Tugasnya mengawasi ribuan hatamoto and gokenin yang berpusat di Edo. Masing-masing wilayah han juga memiliki metsuke yang berfungsi sebagai polisi militer bagi para samurai.
Pelaksanaan pemerintahan dilakukan oleh san-bugy (tiga lembaga administrasi): jishabugy, kanjbugy dan machibugy. Pejabat jishabugy berstatus paling elit karena para pejabat selalu berhubungan dengan kuil Buddha (ji) dan kuil Shinto (sha) dan diberi hak penguasaan atas tanah. Pejabat jishabugy juga menerima pengaduan dari pemilik tanah di luar 8
provinsi Kanto. Pejabat jishabugy ditunjuk dari kalangan daimyo, dengan oka Tadasuke sebagai pengecualian.
Pejabat kanjbugy yang terdiri dari 4 orang melapor langsung kepada rj. Tugasnya sebagai auditor keuangan keshogunan Tokugawa.
Pejabat machibugy merupakan pelaksana pemerintahan tingkat lokal. Tugasnya merangkap-rangkap sebagai wali kota, kepala polisi, kepala pemadam kebakaran, dan hakim pengadilan pidana dan hukum perdata, tetapi tidak bertanggung jawab terhadap samurai. Pejabat machibugy yang terdiri dari 2 orang (pernah juga sampai 3 orang) biasanya diambil dari hatamoto, bertugas bergantian selama satu bulan penuh.
Tiga orang pejabat machibugy menjadi terkenal berkat film samurai (jidaigeki), pejabat bernama oka Tadasuke dan Tyama Kinshir (Tyama no Kinsan) selalu digambarkan sebagai pahlawan, sedangkan Torii Yz sebagai penjahat.
Pejabat san-bugy merupakan anggota dari dewan yang disebut Hyjsho. Anggota dewan hyjsho bertanggung jawab dalam soal administrasi tenry, mengawasi gundai, daikan dan kura bugy. Selain itu, anggota dewan hyjsho juga hadir sewaktu diadakan dengar pendapat sehubungan dengan kasus yang melibatkan samurai.
Shogun juga menguasai secara langsung tanah di berbagai daerah di Jepang. Tanah milik shogun disebut Bakufu Chokkatsuchi yang sejak zaman Meiji disebut sebagai Tenry. Shogun memiliki tanah yang sangat luas, mencakup daerah-daerah yang sudah sejak dulu merupakan wilayah kekuasaan Tokugawa Ieyasu, ditambah wilayah rampasan dari para daimyo yang kalah dalam Pertempuran Sekigahara,
serta wilayah yang diperoleh dari pertempuran musim panas dan musim dingin di Osaka. Di akhir abad ke-17, seluruh wilayah kekuasaan Tokugawa bernilai 4 juta koku. Kota perdagangan seperti Nagasaki dan Osaka, berbagai lokasi pertambangan seperti tambang emas di Sado termasuk ke dalam wilayah kekuasaan langsung shogun.
Wilayah kekuasaan shogun tidak dipimpin oleh daimyo melainkan oleh pelaksana pemerintahan yang memegang jabatan gundai, daikan, dan ongoku bugy. Kota-kota penting seperti Osaka, Kyoto and Sumpu dipimpin oleh machibugy, sedangkan kota pelabuhan Nagasaki dipimpin oleh Nagasaki bugy yang ditunjuk oleh shogun dari hatamoto yang sangat setia pada shogun.
Tokugawa Ieyasu (1543-1616), berkuasa: 1603-1605 Tokugawa Hidetada (1579-1632), berkuasa: 1605-1623 Tokugawa Iemitsu (1604-1651), berkuasa: 1623-1651 Tokugawa Ietsuna (1641-1680), berkuasa: 1651-1680 Tokugawa Tsunayoshi (1646-1709), berkuasa: 1680-1709 Tokugawa Ienobu (1662-1712), berkuasa: 1709-1712 Tokugawa Ietsugu (1709-1716), berkuasa: 1713-1716
Tokugawa Yoshimune (1684-1751), berkuasa: 1716-1745 Tokugawa Ieshige (1711-1761), berkuasa: 1745-1760 Tokugawa Ieharu (1737-1786), berkuasa: 1760-1786 Tokugawa Ienari (1773-1841), berkuasa: 1787-1837 Tokugawa Ieyoshi (1793-1853), berkuasa: 1837-1853 Tokugawa Iesada (1824-1858), berkuasa: 1853-1858 Tokugawa Iemochi (1846-1866), berkuasa: 1858-1866 Tokugawa Yoshinobu (Keiki) (1837-1913), berkuasa: 1867-1868