Protozoa
menjadi 7 kelas baru, yaitu Sarcomastigophora, Ciliophora, Acetospora, Apicomplexa, Microspora, Myxospora, dan Labyrinthomorpha. Pada klasifikasi yang baru ini, Sarcodina dan Mastigophora digabung menjadi satu kelompok Sarcomastigophora, dan Sporozoa karena anggotanya sangat beragam, maka dipecah menjadi lima kelas. Contoh protozoa yang termasuk Sarcomastigophora
adalah genera Monosiga, Bodo, Leishmania, Trypanosoma, Giardia, Opalina, Amoeba, Entamoeba, dan Difflugia. Anggota kelompok Ciliophora antara lain genera Didinium, Tetrahymena, Paramaecium, dan Stentor. Contoh protozoa kelompok Acetospora adalah genera Paramyxa. Apicomplexa beranggotakan genera Eimeria, Toxoplasma, Babesia, Theileria. Genera Metchnikovella termasuk kelompok Microspora. Genera Myxidium dan Kudoa adalah contoh anggota kelompok Myxospora.
Protozoa umumnya bersifat aerobik nonfotosintetik, tetapi beberapa protozoa dapat hidup pada lingkung ananaerobik misalnya pada saluran pencernaan manusia atau hewan ruminansia. Protozoa aerobik mempunyai mitokondria yang mengandung enzim untuk metabolisme aerobik, dan untuk menghasilkan ATP melalui proses transfer elektron dan atom hidrogen ke oksigen. Protozoa umumnya mendapatkan
makanan dengan memangsa organisme lain (bakteri) atau partikel organik, baik secara fagositosis maupun pinositosis. Protozoa yang hidup di lingkungan air, maka oksideng dan air maupun molekul-molekul kecil dapat berdifusi melalui membran sel. Senyawa makromolekul yang tidak dapat berdifusi melalui membran, dapat masuk sel secara pinositosis. Tetesan cairan masuk melalui saluran pada
membran sel, saat saluran penuh kemudian masuk ke dalam membrane yang berikatan denga vakuola. Vakuola kecil terbentuk, kemudian dibawa ke bagian dalam sel, selanjutnya molekul dalam vakuola dipindahkan ke sitoplasma. Partikel makanan yang lebih besar dimakan secara fagositosis oleh sel yang bersifat amoeboid dan anggota lain dari kelompok
Sarcodina. Partikel dikelilingi oleh bagian membran sel yang fleksibel untuk ditangkap kemudian dimasukkan ke dalam sel oleh vakuola besar (vakuola makanan). Ukuran vakuola mengecil kemudian mengalami pengasaman. Lisosom memberikan enzim ke dalam vakuola makanan tersebut untuk mencernakan makanan, kemudian vakuola membesar kembali. Hasil pencernaan makanan didispersikan ke dalam
sitoplasma secara pinositosis, dan sisa yang tidak tercerna dikeluarkan dari sel. Cara inilah yang digunakan protozoa untuk memangsa bakteri. Pada kelompok Ciliata, ada organ mirip mulut di permukaan sel yang disebut sitosom. Sitosom dapat digunakan menangkap makanan dengan dibantu silia. Setelah makanan masuk ke dalam vakuola makanan kemudian dicernakan, sisanya dikeluarkan dari sel melalui sitopig yang terletak disamping sitosom.
Sebagai predator, mereka memangsa uniseluler atau berserabut ganggang, bakteri, dan microfungi. Protozoa memainkan peran baik sebagai herbivora dan konsumen di decomposer link dari rantai makanan. Protozoa juga memainkan peranan penting dalam mengendalikan populasi bakteri dan biomas. Protozoa dapat menyerap makanan melalui membran sel mereka, beberapa, misalnya amoebas, mengelilingi dan menelan makanan itu, dan yang lain
lagi memiliki bukaan atau "mulut pori-pori" ke mana mereka menyapu makanan. Semua protozoa yang mencerna makanan di perut mereka seperti kompartemen disebut vakuola.
Sebagai komponen dari mikro-dan meiofauna, protozoa merupakan sumber makanan penting bagi microinvertebrates. Dengan demikian, peran ekologis protozoa dalam transfer bakteri dan ganggang produksi ke tingkat trophic berurutan adalah penting. Protozoa seperti parasit malaria (Plasmodium spp.), Dan Leishmania trypanosomes juga penting sebagai parasit dan symbionts dari hewan multisel.
Beberapa protozoa memiliki tahap kehidupan bolak-balik antara tahap proliferatif (misalnya trophozoites) dan kista aktif. Seperti kista, protozoa dapat bertahan hidup kondisi yang sulit, seperti terpapar ke suhu yang ekstrem dan bahan kimia berbahaya, atau waktu lama tanpa akses terhadap nutrisi, air, atau oksigen untuk jangka waktu tertentu.
Menjadi spesies parasit kista memungkinkan untuk bertahan hidup di luar tuan rumah, dan memungkinkan mereka transmisi dari satu host ke yang lain. Ketika protozoa adalah dalam bentuk trophozoites (Yunani, tropho = untuk memberi makan), mereka secara aktif memberi makan dan tumbuh. Proses mana protozoa yang mengambil bentuk kista disebut encystation, sedangkan proses mentransformasikan kembali ke trophozoite disebut excystation.
Protozoa dapat mereproduksi dengan pembelahan biner atau beberapa fisi. Beberapa protozoa bereproduksi secara seksual, beberapa aseksual, sementara beberapa menggunakan kombinasi, (mis. Coccidia). Seorang individu protozoon adalah hermaphroditic.
Rhizopoda ("Sarcodina"),alat geraknya berupa pseudopoda (kaki semu) Bergerak dengan kaki semu (pseudopodia) yang merupakan penjuluran protoplasma sel. Hidup di air tawar, air laut, tempat-tempat basah, dan sebagian ada yang hidup dalam tubuh hewan atau manusia.Jenis yang paling mudah diamati adalah Amoeba.Ektoamoeba adalah jenis Amoeba yang
hidup di luar tubuh organisme lain (hidup bebas), contohnya Ameoba proteus, Foraminifera, Arcella, Radiolaria.Entamoeba adalah jenis Amoeba yang hidup di dalam tubuh organisme, contohnya Entamoeba histolityca, Entamoeba coli.
Flagellata ("Mastigophora"),alat geraknya berupa flagel (bulu cambuk).Bergerak dengan flagel (bulu cambuk) yang digunakan juga sebagai alat indra dan alat bantu untuk menangkap makanan.Dibedakan menjadi 2 (dua), yaitu:
Fitoflagellata Flagellata autotrofik (berkloroplas), dapat berfotosintesis. Contohnya: Euglena viridis, Noctiluca milliaris, Volvox globator.Zooflagellata.
Flagellata heterotrofik (Tidak berkloroplas).Contohnya: Trypanosoma gambiens, Leishmania Dibagi menjadi 2 kelompok, yaitu:- Euglena viridis (makhluk hidup peralihah antara protozoadengan ganggang)- Volvax globator (makhluh hidup peralihah antara protozoa dengan ganggang)- Noctiluca millaris (hidup di laut dan dapat mengeluarkan cahaya bila terkena rangsangan mekanik)- "Trypanosoma"
"gambiense" dan "Trypanosoma" "rhodesiense." Menyebabkan penyakit tidur di Afrika dengan vektor (pembawa)  lalat Tsetse ("Glossina sp.") "Trypanosoma gambiense" vektornya "Glossina" "palpalis"  tsetse sungai "Trypanosoma rhodeslense" vektornya "Glossina morsitans"  tsetse semak- "Trypanosoma cruzl"  penyakit chagas- "Trypanosoma
evansi"  penyakit surra, pada hewan ternak (sapi).- "Leishmaniadonovani"  penyakit kalanzar- "Trichomonas vaginalis"  penyakit keputihan
Ciliata ("Ciliophora"),alat gerak berupa silia (rambut getar). Anggota Ciliata ditandai dengan adanya silia (bulu getar) pada suatu fase hidupnya, yang digunakan sebagai alat gerak dan mencari makanan. Ukuran silia lebih pendek dari flagel.Memiliki 2 inti sel (nukleus), yaitu makronukleus (inti besar) yang mengendalikan fungsi hidup sehari-hari dengan cara mensisntesis
RNA, juga penting untuk reproduksi aseksual, dan mikronukleus (inti kecil) yang dipertukarkan pada saat konjugasi untuk proses reproduksi seksual. Ditemukan vakuola kontraktil yang berfungsi untuk menjaga keseimbangan air dalam tubuhnya. Banyak ditemukan hidup di laut maupun di air tawar. Contoh: Paramaecium caudatum, Stentor, Didinium, Vorticella, Balantidium coli.Memiliki dua jenis
inti  Makronukleus dan Mikronukleus (inti reproduktif). Cara reproduksi, aseksual  membelah diri, seksual  konyugasi.Sporozoa,adalah protozoa yang tidak memiliki alat gerak. Cara bergerak hewan ini dengan cara mengubah kedudukan tubuhnya. Pembiakan secara vegetatif (aseksual) disebut juga Skizogoni dan secara generatif (seksual) disebut Sporogoni.Marga yang berhubungan dengan