Kontroversi yang melibatkan Michael Schumacher
hanya diberikan di dua GP terakhir musim 1999 karena saat itu Schumi secara sukarela (walaupun sampai saat ini Eddie Irvine menyatakan tidak) membantu rekan setimnya Eddie Irvine untuk meraih gelar juara dunia.
Kasus team order terbesar Ferrari adalah di tiga GP Austria berurutan (2000, 2001, dan 2002) dan di GP Amerika Serikat 2002.
Di GP Austria 2000, duet McLaren menguasai sesi kualifikasi, dan Schumi duduk di posisi empat di belakang rekan setimnya, Rubens Barrichello. Selepas start lomba, Barrichello melambat saat masuk ke Tikungan 1, dengan maksud untuk memberikan jalan kepada Schumi. Sayangnya, Schumi salah pengertian karena ia juga ikut-ikutan melambat. Sebagai akibatnya, Schumi akhirnya diseruduk
Ricardo Zonta (B.A.R) dan Giancarlo Fisichella (Benetton). Schumi kemudian melintir, dan ia kemudian malah melentangkan mobil ke tengah trek dengan harapan agar keluar bendera merah dan balapan dihentikan. Tak lama berselang, FIA bertindak dengan mengeluarkan safety car. Schumi tampak kecewa karena yang keluar ternyata tidak sesuai harapannya. Beberapa jurnalis F1
kemudian mendeskripsikan kasus GP Austria ini sebagai team order yang gagal, karena Rubens Barrichello masih belum paham dengan tim Ferrari yang baru ia bela pada tahun 2000. Sebagian lagi menyatakan bahwa ini adalah salah satu upaya Schumi untuk mencoba mengecoh panitia pengawas lomba (steward) agar bisa me-restart balapan.
Ferrari kemudian melakukan team order di GP Austria 2001. Karena poin Schumi dan David Coulthard hanya berselisih empat angka dan Coulthard berhasil tampil sebagai pemenang lomba, Jean Todt lantas memerintahkan Barrichello mengalah di tikungan akhir sebelum finis demi bonus dua angka untuk Schumi. Kali ini Barrichello menerima permintaan Todt. Diindikasikan bahwa Barrichello menerima perintah tersebut karena ia diancam akan dipecat dari tim Ferrari di akhir 2001.
Peraturan larangan team order di F1 kemudian dihapuskan di musim 2011 (musim kedua Schumi aktif membalap kembali di arena F1) setelah FIA mengaku kesulitan memantau trik kreatif dan kode-kode halus yang kerap digunakan tim untuk melakukan team order selama larangan tersebut berlaku.
Sekali lagi Schumi membuat kontroversi. Tanpa sepengetahuan Barrichello dan timnya sendiri, Schumi yang saat itu sedang memimpin secara tiba-tiba memperlambat mobilnya di akhir lap terakhir sehingga akhirnya Barrichello jadi juara. Awalnya Schumi berencana untuk membuat formasi finish yang bagus, sayangnya hal itu gagal, dan untuk menutupi rasa malunya, Schumi menuturkan pada pers
bahwa kemenangan Barrichello tersebut merupakan "balas jasa" atas tindakannya di Austria. Kembali Schumi dicemooh, bahkan ia pun berperan besar atas menurunnya minat masyarakat AS menonton F1 akibat tindakan tersebut. Melihat hal ini, legenda balap NASCAR, Richard Petty, berujar:
Saat membalap bersama tim Sauber di Sportscar World Championship musim 1991, Michael Schumacher sempat terlibat dalam insiden serius dengan Derek Warwick dalam lomba 430 km of Nürburgring. Ketika sedang melakukan lap tercepat untuk pencatatan waktu di babak kualifikasi, Schumacher bertemu Jaguar milik Warwick yang sedang melakukan lap pendinginan sehingga Schumi kehilangan banyak waktu. Sebagai pembalasan karena menghalangi jalannya, Schumacher yang emosi
kemudian membelokkan mobilnya ke mobil Warwick dengan menabrak hidung dan roda depannya. Marah oleh sikap Schumi, Warwick kemudian masuk ke pit Sauber dan kemudian mengejar Schumi yang mencoba melarikan diri dari area pit. Warwick lantas berhasil mencegat Schumi untuk kemudian meminta penjelasannya dan nyaris terlibat perkelahian sebelum dipisahkan oleh Jochen Mass.
Pada GP Hongaria 2010, karena khawatir posisinya diambil alih Rubens Barrichello, Schumi memepet pembalap Brazil tersebut ke sisi tembok pit di area garis start-finis dalam kecepatan 290 km/j. Menurut Barrichello, aksi Schumi tersebut bisa membahayakan dirinya. Pengawas lomba seusai balapan kemudian menghukum Schumi dengan penalti turun posisi 10 grid di balapan selanjutnya di GP Belgia. Tanpa melakukan protes, Schumi dan Mercedes menerima hukuman tersebut dan meminta maaf kepada publik dan Barrichello.
Di musim 1994 muncul kecurigaan kecurangan yang dilakukan oleh tim Benetton (yang akhirnya ditemukan telah bertanggung jawab atas beberapa pelanggaran teknis selama musim berjalan) melalui penyelidikan dan dugaan dari Ayrton Senna saat itu. Senna yang tersingkir selepas start di lomba GP Pasifik memilih untuk mengamati dan menonton jalannya lomba dari pinggir trek dan ia tertarik dengan
suara mesin yang tidak biasanya dari mobil tim Benetton. Schumi tampil sebagai pemenang di lomba GP Pasifik ini. FIA kemudian mengeluarkan siaran pers yang menetapkan tindakan yang diperlukan untuk mengambil keputusan sebelum GP Jerman, mengingat bahwa berbagai mobil ditemukan memiliki sistem manajemen mesin canggih yang meniru sistem peluncuran dan kontrol traksi.
Pada GP Brazil 1995, Schumi dan David Coulthard dari tim Williams terkena diskualifikasi akibat memakai bahan bakar ilegal. Pengadilan FIA kemudian memutuskan bahwa kemenangan yang diraih Schumi tetap sah, tetapi baik Benetton dan Williams tidak dicatatkan poinnya dalam klasemen. Di musim 1995 sendiri, baik Williams dan Benetton menggunakan mesin yang sama dari pabrikan Renault dan bahan bakar
yang sama dari Elf, dimana Elf sendirilah yang secara teknis harusnya disalahkan karena membawa bahan bakar yang salah bagi kedua tim mitranya.
Grand Prix F1 Kanada 1998 membuat Schumi dijuluki "pembalap berbahaya" karena ia, yang baru saja keluar dari pitlane, secara tiba-tiba menyeruduk Heinz-Harald Frentzen sampai Frentzen koprol keluar trek dan kemudian tersingkir. Schumi kemudian terkena penalti 10 detik. Tetapi ia berhasil bangkit dan kemudian memenangi lomba. Dalam konferensi pers usai lomba, Schumi
ironisnya malah meminjam perkataan Hill yang pernah diungkapkan kepadanya di Australia 1994: ""Jika kamu ingin membunuh saya, carilah jalan yang lain!"", yang kemudian didefinisikan oleh para pengamat F1 sebagai ungkapan kepura-puraan dari Schumi yang malu atas tindakannya tersebut.
Di musim yang sama, di GP Belgia 1998, setelah Schumi dan DC tersingkir akibat bertabrakan di Les Combes, Schumi melabrak masuk ke garasi McLaren untuk mencari Coulthard. Dengan memakai ungkapan yang sama seperti yang Hill katakan pada Schumi di 1994, Schumi menuduh DC mencoba membunuhnya. Penonton TV di seluruh dunia kemudian disuguhi adegan perang mulut dan nyaris baku pukul dari Schumi dan DC, namun untungnya para mekanik Ferrari dan McLaren bisa memisahkan keduanya.
Pada sesi kualifikasi untuk GP Monako 2006, Schumi secara tiba-tiba menghentikan mobilnya di tikungan Rascasse dan melentangkan mobilnya di tengah trek untuk menghalangi laju Fernando Alonso, yang saat itu tengah mencatat lap pencatatan waktu. Schumi lantas menerangkan bahwa ia mengalami masalah pengereman dan pembelokan sehingga kesulitan mengendalikan mobilnya. Sementara Alonso yakin bahwa
ia bisa meraih pole kalau saja Schumi tidak melakukan aksi tersebut. Malam harinya seusai kualifikasi, FIA berkesimpulan bahwa tindakan Schumi tersebut memang disengaja, dan hasilnya ia terkena hukuman harus start dari posisi paling buncit (posisi ke-20).
Pada lap terakhir lomba GP Monako 2010, ketika safety car baru saja masuk pit, Schumi dengan nekat memepet dan menyalip Fernando Alonso. Seusai lomba pengawas lomba kemudian menyelidiki adanya kejanggalan pada aksi menyalip Schumi. Sesuai peraturan, sekalipun lampu telah hijau, pembalap hanya diperbolehkan menyalip saat semua mobil telah melindas garis start/finish. Sebagai akibatnya, Schumi kemudian dikenai hukuman tambahan waktu lomba selama 20 detik.