Septuaginta
tidak memasukkannya. Setelah Reformasi Protestan, banyak Alkitab Protestan mulai mengikuti kanon Yahudi dan tidak memasukkan teks-teks tambahan tersebut, yang kemudian disebut "Apokrifa" (awalnya berarti "tersembunyi", namun menjadi disamakan artinya dengan "yang keabsahannya dipertanyakan"). Apokrifa tersebut disertakan dengan suatu judul tersendiri dalam Alkitab Versi Raja James, yang merupakan dasar bagi Revised Standard Version.
Semua kitab Perjanjian Lama dalam kanon-kanon Barat termasuk dalam Septuaginta, meskipun urutannya tidak selalu bersesuaian. Pengurutan kitab-kitab Perjanjian Lama dalam Septuaginta terlihat dalam Alkitab-alkitab Kristen paling awal (pada abad ke-4).
Beberapa kitab yang dipisahkan dalam teks Masoretik dikelompokkan bersama. Sebagai contoh, Kitab Samuel dan Kitab Raja-raja merupakan satu kitab dalam LXX yang dibagi menjadi 4 bagian yang disebut  (""Reigns"", "Masa-masa Meraja"). Dalam LXX, Kitab Tawarikh merupakan pelengkap "Reigns" dan disebut Paralipomenon (, hal-hal yang dikesampingkan). Septuaginta menata nabi-nabi kecil dalam 12 bagian dari satu Kitab Dua Belas ("Book of the Twelve").
Beberapa kitab suci kuno ditemukan dalam Septuaginta namun tidak ada dalam Alkitab Ibrani. Kitab-kitab tambahan ini yaitu Kitab Tobit, Yudit, Kebijaksanaan Salomo, Kebijaksanaan Yesus bin Sirakh, Barukh, Surat Yeremia (kemudian menjadi Barukh bab 6 dalam Vulgata), penambahan pada Daniel (Doa Azarias, Lagu Ketiga Pemuda, Susana, Bel dan Naga), penambahan pada Ester, 1
Makabe, 2 Makabe, 3 Makabe, 4 Makabe, 1 Esdras, Syair Pujian, termasuk Doa Manasye, Mazmur Salomo, dan Mazmur 151.
Penerimaan kanonik atas kitab-kitab ini bervariasi di antara berbagai tradisi Kristen yang berbeda, dan ada juga kitab-kitab kanonik yang tidak berasal dari Septuaginta. Informasi lebih lanjut mengenai kitab-kitab ini termuat dalam artikel apokrifa Alkitab, kanon Alkitab, kitab-kitab dalam Alkitab, dan kitab-kitab Deuterokanonika.
Dalam kebanyakan salinan kuno Alkitab yang memuat Perjanjian Lama versi Septuaginta, Kitab Daniel bukanlah versi asli Septuaginta, tetapi merupakan suatu salinan terjemahan Theodotion dari Alkitab Ibrani, yang mana lebih menyerupai Teks Masoret. Versi Septuaginta tersebut digantikan untuk mendukung versi Theodotion pada abad ke-2 dan ke-3 M. Di daerah-daerah yang menggunakan
bahasa Yunani, hal ini terjadi sekitar abad ke-2 akhir, dan di daerah-daerah berbahasa Latin (setidaknya di Afrika Utara) terjadi pada pertengahan abad ke-3. Sejarah tidak mencatat alasan mengenai hal ini, dan St. Hieronimus melaporkan, dalam kata pengantar Daniel versi Vulgata, "Hal ini terjadi begitu saja". Beberapa teks Yunani Kuno dari Kitab Daniel telah ditemukan
kembali baru-baru ini dan sekarang sedang berlangsung pekerjaan rekonstruksi bentuk asli dari kitab tersebut.
Ezra-Nehemia kanonik dikenal dalam Septuaginta sebagai "Esdras B", dan 1 Esdras adalah "Esdras A". 1 Esdras adalah suatu teks yang sangat mirip dengan kitab-kitab Ezra-Nehemia, dan para ahli menganggap secara luas keduanya berasal dari teks asli yang sama. Ada pandangan, dan dianggap sangat mungkin oleh para ahli, bahwa "Esdras
B" (Ezra-Nehemia kanonik) adalah versi Theodotion dari materi ini, dan "Esras A" adalah versi yang sebelumnya terdapat dalam Septuaginta itu sendiri.
Kaum Yahudi pra-Kristen, Filo dan Yosefus menanggap Septuaginta berada pada kedudukan yang sama dengan teks Ibrani. Naskah-naskah Septuaginta ditemukan di antara Gulungan Naskah Qumran di Laut Mati, dan dianggap telah digunakan di kalangan orang-orang Yahudi pada masa itu.
Mulai sejak abad ke-2 M, beberapa faktor telah menyebabkan kebanyakan orang Yahudi meninggalkan penggunaan LXX. Umat Kristen awal yang bukan Yahudi menggunakan LXX karena merupakan satu-satunya Alkitab versi Yunani pada masa itu, dan sebagian besar (atau semuanya) dari mereka tidak dapat dapat membaca bahasa Ibrani. Asosiasi LXX dengan suatu agama saingan mungkin
membuatnya dicurigai dalam pandangan para cendekiawan Yahudi dan orang-orang Yahudi dari generasi yang lebih baru. Sebaliknya, kaum Yahudi menggunakan naskah-naskah Targum yang belakangan disusun oleh kaum Masoret; dan juga terjemahan-terjemahan Aramaik otoritatif, seperti karya-karya Onkelos dan Rabi Yonatan ben Uziel.
Orang-orang Yahudi berbahasa Yunani sendiri cenderung lebih memilih versi-versi Yahudi lainnya yang berbahasa Yunani, daripada LXX, seperti hasil terjemahan Akwila pada abad ke-2, yang tampaknya lebih sesuai dengan teks-teks Ibrani masa kini.
Gereja Kristen Awal menggunakan teks-teks Yunani, karena bahasa Yunani merupakan suatu "lingua franca" (bahasa sehari-hari) dalam Kekaisaran Romawi pada saat tersebut, dan bahasa dari Gereja Yunani-Romawi (Aramaik merupakan bahasa dari Kekristenan Suriah, yang mana menggunakan Targumim).
Hubungan antara penggunaan Perjanjian Lama pada zaman para rasul, misalnya, Septuaginta dan teks-teks Ibrani yang sekarang telah hilang (meskipun dalam tingkatan dan bentuk tertentu dilanjutakan dalam tradisi Masoretik) adalah hal yang rumit. Tampaknya Septuaginta menjadi satu sumber utama bagi para Rasul, walaupun bukan satu-satunya. St Hieronimus menyajikan Matius
2:15 dan 2:23, Yohanes 19:37, Yohanes 7:38, 1 Korintus 2:9 sebagai contoh-contoh ayat yang tidak ditemukan dalam Septuaginta, namun terdapat dalam teks-teks Ibrani. Matius 2:23 juga tidak terdapat dalam tradisi Masoretik saat ini, kendati St. Hieronimus menganggapnya terdapat dalam Yesaya 11:1. Para penulis Perjanjian Baru,
ketika mengutip kitab-kitab suci Yahudi, atau ketika menyebut Yesus melakukannya, dengan bebas menggunakan terjemahan Yunani, sehingga mengisyaratkan bahwa Yesus, para Rasul-Nya, dan pengikut-pengikut mereka menganggapnya dapat diandalkan.
Dalam Gereja perdana, anggapan bahwa Septuaginta diterjemahkan oleh orang-orang Yahudi sebelum zaman Kristus, dan bahwa di beberapa tempat tertentu Septuaginta lebih memberikan suatu penafsiran kristologis daripada teks-teks Ibrani abad ke-2, digunakan sebagai bukti bahwa orang-orang Yahudi telah mengubah teks Ibrani dengan suatu cara tertentu sehingga membuatnya
kurang kristologis. Sebagai contoh, tulisan St. Ireneus tentang: Septuaginta dengan jelas menuliskan bahwa seorang "perawan" () yang akan mengandung. Sedangkan teks Ibraninya, menurut Ireneus, pada waktu itu ditafsirkan oleh Theodotion dan Akwila (keduanya adalah proselit dari agama Yahudi) sebagai seorang "perempuan muda" yang akan mengandung. Menurut Ireneus, kaum
Ebionit menggunakan hal ini untuk mengklaim bahwa Yusuf adalah ayah biologis Yesus. Dari sudut pandangnya hal tersebut murni ajaran sesat, difasilitasi oleh perubahan-perubahan anti Kristen (di kemudian hari) terhadap kitab suci dalam bahasa Ibrani, sebagaimana terlihat pada bukti yang termuat dalam Septuaginta yang lebih dahulu ada, sebelum adanya Kekristenan.
Ketika Hieronimus melakukan revisi terjemahan-terjemahan Latin Kuno (Vetus Latina) dari Septuaginta, ia membandingkan Septuaginta dengan teks-teks Ibrani yang tersedia belakangan. Ia tidak mengikuti tradisi gereja dan menerjemahkan sebagian besar Perjanjian Lama (Vulgata) dari teks Ibrani, bukannya Yunani. Pilihannya itu dikritik oleh Agustinus, yang hidup sezaman
dengannya; banyak kritikan lain berasal dari mereka yang menganggap Hieronimus sebagai seorang pemalsu. Di satu sisi ia menganggap teks-teks Ibrani lebih unggul untuk mengoreksi Septuaginta baik dengan alasan teologis maupun filologis; di sisi lain, dalam konteks tuduhan bidah terhadapnya, Hieronimus mengakui teks Septuaginta juga. Dengan berlalunya waktu,
penerimaan atas versi Hieronimus meningkat secara bertahap hingga menggantikan terjemahan-terjemahan Latin Kuno dari Septuaginta.