Amangkurat II
bahaya kelaparan sangat melemahkan moral barisan yang kira-kira masih terdiri atas 3000 orang itu. Tidak ada jalan lain daripada menyerah. Akhirnya Pangeran Trunajaya menyuruh pengikutnya mengumpulkan tombak dan kerisnya. Setelah terkumpul lalu Pangeran Trunajaya beserta pengikutnya menyerah kepada Kapten Joncker. Terlebih dulu dikirim para wanita dan abdi biasa,
baru kemudian Pangeran Trunajaya beserta pengikutnya, antara lain Pangeran Mugatsari, Bupati Anggakusuma, Ngabehi Wiradersana, dan pasukan Makassar. Pangeran Trunajaya dan pasukan pengikutnya menyerahkan diri pada tanggal 26 Desember 1679. Kedua tangan beliau diikat dengan cinde sutera. Diberitakan kemudian bahwa saat menjadi tawanan Pangeran Trunajaya masih mempunyai
rencana mengadakan perlawanan, maka dari itu Amangkurat II menuntut supaya dia segera diserahkan kepadanya. Untuk menepati sumpahnya, keris "Kyai Balabar" tidak akan diberi sarung besar sebelum dipakai untuk menusuk dada Pangeran Trunajaya. Di sekitar tapal batas Kediri, Amangkurat II menikam Pangeran Trunajaya dengan keris tersebut, kemudian para menteri secara bergiliran memberikan tikamannya pula pada tanggal 2 Januari 1680.
Giri Kedaton yang sudah menjadi bawahan Mataram kemudian mendukung pemberontakan Trunojoyo dari Madura terhadap pemerintahan Amangkurat I putra Sultan Agung. Panembahan Ageng Giri aktif mencari dukungan untuk memperkuat barisan pemberontak.
Puncak pemberontakan terjadi tahun 1677 dimana Kesultanan Mataram mengalami keruntuhan. Amangkurat I sendiri tewas dalam pelarian. Putranya yang bergelar Amangkurat IIdatang ke wilayah Kadilangu untuk menemui Panembahan Natapraja salah satu sosok sesepuh keturunan Sunan Kalijaga yang dianggap bijaksana dan sangat sakti serta memiliki kecerdasan dan pasukan yang siap
membantu Amangkurat II saat itu Panembahan Natapraja (Pangeran Adilangu I) juga diminta untuk membuat kumpulan cerita ulang mengenai keaslian dari Sejarah Tanah Jawa karena naskah asli tanah jawa sudah di bumi hanguskan oleh para pemberontak dan disinilah awal terciptanya Babad Tanah Jawi yang sekarang kita kenal, selain itu Amangkurat juga bersekutu dan melakukan perjanjian dengan
VOC agar mendapatkan dukungan persenjataan demi melancarkan aksi pembalasan kepada pihak pemberontak yaitu Giri kedaton.
Amangkurat II yang saat itu belum memiliki keraton dan pasukan dalam jumlah banyak akhirnya berhasil menghimpun dukungan dan kekuatan yang akhirnya dapat menghancurkan pemberontakan Trunojoyo akhir tahun 1679. Sekutu Trunojoyo yang bertahan paling akhir adalah Giri Kedaton yang masih mempunyai kekuatann cukup besar. Pada bulan April 1680 terjadi serangan
besar-besaran terhadap Giri dilancarkan oleh Panembahan Natapraja dari Adilangu dan juga didukung oleh VOC-Belanda yang membantu Amangkurat II. Panglima perang dan murid terbaik andalan Giri yang menjadi ujung tombak para prajurit Giri bernama Pangeran Singosari (Senopati Singosekar) yang terkenal tangguh dan kebal terhadap senjata api dan senjata tajam akhirnya
gugur dalam peperangan setelah berduel satu lawan satu melawan Panembahan Natapraja. jumlah Pasukan Adilangu (pasukan Natapraja) hanya sedikit namun dapat memporak porandakan pasukan Giri kedaton.
Panembahan Ageng Giri ditangkap dan dihukum mati menggunakan cambuk. Tidak hanya itu, anggota keluarganya juga dimusnahkan. Sejak saat itu berakhirlah riwayat Giri Kedaton.
Pada bulan September 1680 Amangkurat II membangun istana baru di hutan Wanakarta karena istananya yang lama di Plered telah diduduki adiknya, yaitu Pangeran Puger. Istana baru tersebut bernama Kartasura.
Pangeran Puger yang semula menetap di Kajenar pindah ke Plered setelah kota itu ditinggalkan oleh Trunajaya. Ia menolak bergabung dengan Amangkurat II karena mendengar berita bahwa Amangkurat II bukan Mas Rahmat (kakaknya) melainkan anak Cornelis Speelman yang menyamar sebagai Mas Rahmat, Berita simpang siur tersebut akhirnya menyebabkan kericuhan.
Perang antara Plered dan Kartasura meletus pada bulan November 1680. Babad Tanah Jawi menyebutnya sebagai perang antara Mataram melawan Kartasura. Akhirnya setahun kemudian, yaitu 28 November 1681 Pangeran Puger menyerah kalah.
Babad Tanah Jawi menyebut Mataram runtuh tahun 1677, sedangkan Kartasura adalah kerajaan baru sebagai penerus dari kerajaan Mataram. yang memberikan legitimasi pengasahan kekuasaan Amangkurat ke II adalah Panembahan Natapraja dari Adilangu yang di anggap sebagai sesepuh Mataram.
Amangkurat II dikisahkan sebagai raja berhati lemah yang mudah dipengaruhi. Pangeran Puger adiknya, jauh lebih berperan dalam pemerintahan. Amangkurat II naik takhta atas bantuan VOC dengan hutang atas biaya perang sebesar 2.5 juta gulden. Tokoh anti VOC bernama Patih Nerangkusuma berhasil menghasutnya agar lepas dari jeratan hutang tersebut.
Pada tahun 1683 terjadi pemberontakan Wanakusuma, seorang keturunan Kajoran. Pemberontakan yang berpusat di Gunung Kidul ini berhasil dipadamkan.
Pada tahun 1685 Amangkurat II menampung buronan VOC bernama Untung Suropati yang tinggal di rumah Patih Nerangkusuma. Untung Suropati diberinya tempat tinggal di desa Babirong untuk menyusun kekuatan.
Bulan Februari 1686 Kapten François Tack tiba di Kartasura untuk menangkap Untung Suropati. Amangkurat II pura-pura membantu VOC. Pertempuran terjadi. Pasukan Untung Suropati menumpas habis pasukan Kapten Tack. Sang kapten sendiri mati dibunuh oleh pasukan Untung Suropati
Amangkurat II kemudian merestui Untung Suropati dan Nerangkusuma untuk merebut Pasuruan. Anggajaya bupati Pasuruan yang semula diangkat Amangkurat II terpaksa menjadi korban. Ia melarikan diri ke Surabaya bergabung dengan adiknya yang bernama Anggawangsa alias Adipati Jangrana.
Sikap Amangkurat II yang mendua akhirnya terbongkar oleh VOC. Pihak VOC menemukan surat-surat Amangkurat II kepada Cirebon, Johor, Palembang, dan bangsa Inggris yang isinya ajakan untuk memerangi Belanda. Amangkurat II juga mendukung pemberontakan Kapitan Jonker tahun 1689.
Pihak VOC menekan Kartasura untuk segera melunasi biaya perang Trunajaya sebesar 2.5 juta gulden. Amangkurat II sendiri berusaha memperbaiki hubungan dengan pura-pura menyerang Untung Suropati di Pasuruan.
Amangkurat II akhirnya meninggal dunia tahun 1703. Sepeninggalnya, terjadi perebutan takhta Kartasura antara putranya, yaitu Amangkurat III melawan adiknya, yaitu Pangeran Puger.