Naruto Shippuden
Keadaan desa Konoha sedang sangat kacau karena diserang pemimpin 'Akatsuki' yaitu Pain beserta teman kecil sekaligus anggota Akatsuki, Konan. Pain yang telah memiliki satu tubuh baru lagi, yang menggantikan tubuh yang dihancurkan Jiraiya sebelumnya, menjadi sangat kuat dan tidak terkalahkan. Pain yang bertemu dengan Iruka langsung hendak membunuhnya tetapi
diselamatkan oleh Kakashi. Pertarungan Pain dan Kakashi pun dimulai. Kakashi yang mengeluarkan Raikiri ditangkis dengan mudah oleh Pain. Tsunade memerintahkan seekor kodok yang berasal dari Myobokuzan yang ditinggalkan di Konoha, untuk memanggil Naruto kembali ke Konoha, tetapi kodok tersebut dibunuh oleh Danzo. Naruto yang sedang menjalani 'tes percobaan dengan chakra Senjutsu'
untuk yang terakhir ternyata juga mendapat hambatan. Konoha semakin gawat. Konan juga mulai beraksi dengan jutsu mengubah tubuh menjadi kertas. Tsunade yang sangat khawatir dengan keadaan desa Konoha, segera memanggil Kuchiyose miliknya. Pertarungan Kakashi melawan Pain semakin mendekati akhir. Tapi pada waktu itu datanglah salah satu tubuh pain untuk
membantu pain salah satu tubuh tersebut berubah menjadi senjata dan menyerang Kakashi, tetapi karena kehebatan Kakashi kakashi mengubah cakranya menjadi bayangan klon petir, tubuh kakashi pun lemah karena melepaskan semua chakranya. akhinya datanglah dua anggota klan Akimichi salah satu yang datang adalah ayah Chouji. Kedatangan klan Akimichi, sangat membantu
banyak bagi Kakashi. Walaupun dalam keadaan terdesak, Kakashi masih bisa mempunyai Ide. Awalnya, ide itu berjalan mulus untuk menyerang Pain lewat dalam tanah oleh serangan Kakashi. Ternyata itu hanya sebuah trik Kakashi, untuk menyerang Pain oleh Chouji dan ayahnya. Serangan itu bisa ditahan oleh salah satu tubuh Pain yaitu Asura. Dalam Keadaan
terkejut, Kakashi semakin tak berdaya. Dan dia diserang Pain dengan salah satu paku yang berasal dari bangunan yang runtuh. Di lain tempat, Naruto yang sedang istirahat mengkhawatirkan keadaan desanya jika diserang oleh Akatsuki. Fukasaku mencoba menghiburnya dengan memuji ninja-ninja Konoha. Setelah istirahat selesai, Fukasaku mengajak Naruto untuk latihan yang baru
yaitu Fusion. Sesaat sebelum paku tersebut mengenai Kakashi dia menggunakan Mangekyou Sharingan untuk menghilangkan paku itu dan Kakashi menggunakan tenaga terakhirnya untuk menolong Chouji yang akan melapor pada Tsunade tentang kemampuan salah satu Pain. Disaat yang sama Danzo menunjukkan niat yang asli yaitu menjadi hokage yang baru.
Sementara itu, Tsunade menugaskan Katsuyu untuk mengevakuasi seluruh korban ninja Konoha. Klan Yamanaka juga ikut andil. Mereka tengah mencari informasi tentang Pain di desa Amegakure. Tubuh Pain yang satunya yaitu Deva, ternyata masih hidup dan menyerang Chouji dan digagalkan Kakashi lewat mangekyo sharingan. Dengan Chakra yang terbatas, Kakashi untuk terakhir kalinya mengenang masa lalunya dan memikirkan kenapa dia tidak memiliki pacar walau sudah setua ini.
Naruto telah kembali dari latihannya dengan menggunakan pakaian seperti baju hokage. Naruto meminta agar Tsunade untuk mundur dari pertarungan melawan Pain. Kekuatan sage naruto diperlihatkan, ternyata satu tubuh pain mati ditangan Naruto. Pain kemudian mengeluarkan kuchiyose no jutsunya tetapi naruto berhasil menangkisnya. Bahkan Naruto berhasil menghajar 2 tubuh pain
sekaligus dengan rasengan. Setelah mengalami pertempuran yang dahsyat akhirnya hanya 1 Pain yang tersisa dan diketahui memiliki kenyataan yang mengerikan bahwa Pain yang terakhir,bukan yang asli. Tubuh asli Pain ada di dalam pohon yang terbuat dari kertas bersama dengan Konan. Kesal karena Naruto akan kalah Hinata turun dan melindungi Naruto akan tetapi Hinata
langsung sekarat oleh Pain, sebelumnya Hinata mengungkapkan perasaanya kepada Naruto. Naruto yang mengetahui Hinata diserang, marah hingga mengeluarkan chakra Kyuubi hingga ekor 6. Pain yang terdesak mengeluarkan segel terkuat dan terlarang yang disebut "Chibaku Tensei" untuk mengurung Kyuubi. Di saat yang sama, Naruto dihasut oleh siluman rubah agar membuka seluruh segelnya, pada
saat akan membuka segel terakhir yaitu segel ekor ke sembilan, tiba tiba datanglah hokage ke empat menemui naruto. Yondaime memberitahu bahwa Naruto adalah anaknya sendiri, dan membuat Naruto bangga karena ayahnya adalah hokage. Ternyata Yondaime juga mengetahui tentang Jiraiya, Tobi alias Madara, dan kekuatan Pain. Lalu Naruto bangkit dan
mengeluarkan Chakra Sage akhirnya ia mulai menyerang Pain God Realm dengan Rasengan Shuriken. Lalu God Realm melawan Rasen Shuriken dengan Shinra Tensei. Di tempat lain, Hinata akhirnya bisa diselamatkan oleh Sakura. Kagebunshin Naruto memegang Pain agar tidak bergerak. Tapi Shinrai Tensei yang gagal melawan Rasen Shuriken juga menyelamatkan Pain. Akhirnya Naruto mengeluarkan Jurus Seribu bayangan dan Pain hanya memberi waktu 5
detik. Serangan Kagebunshin tidak bisa menyelamatkan Naruto. Tapi Jurus terakhir, Rasengan mengenai tubuh Pain. Pain terlempar dan kalah. Dia lalu mengambil besi di tubuh Pain agar Nagato tidak bisa mengendalikan Pain God Realm. Dia bertemu ayah Ino dan ayah Shikamaru. Mereka menahan Naruto untuk diselamatkan. Tapi Naruto mendesak ingin pergi. Ayah Shikamaru melepaskan Naruto karena teringat perkataan
Shikamaru. Naruto pergi ke sebuah pohon yang terbuat dari kertas buatan Konan lalu masuk ke dalam pohon itu dengan merobeknya. Naruto menanyakan pada Nagato kebenaran sebelum Naruto menjawab pertanyaan dari Nagato. Nagato pun menceritakan bahwa orang tuanya telah dibunuh oleh orang Konoha ketika perang besar ninja terjadi di desa Amegakure. Secara tidak sengaja Nagato
membunuh kedua orang Konoha tersebut. Setelah mengubur orang tuanya, Nagato bertemu Konan dan Yahiko. Ketika mereka melihat pertarungan 3 orang Konoha (Jiraiya, Tsunade, Orochimaru) dan Hanzou, Yahiko mengatakan bahwa dia akan menjadi dewa agar peperangan tidak akan pernah terjadi. Disaat yang sama Nagato menginginkan impian yang sama dengan Yahiko. Setelah itu mereka
mencari shinobi yang dapat bertahan hidup di medan perang tersebut. Mereka bertemu Jiraiya, Tsunade dan Orochimaru. Jiraiya akhirnya mengajarkan mereka Ninjutsu. Setelah tiga tahun bersama akhirnya Jiraiya kembali ke Konoha dan ketiga orang itu (Yahiko, Konan, Nagato) mencari rekan yang senasib dengan mereka. Organisasi mereka cukup terkenal dengan pemimpinnya
yaitu Yahiko. Hanzou yang merasa kekuasaannya akan terganggu dengan organisasi Yahiko dkk, akhirnya bergabung dengan Danzou. Konan diculik oleh mereka dan mengajukan syarat agar Konan selamat, yaitu membunuh Yahiko. Nagato merasa bimbang akan syarat itu karena tidak mau membunuh temannya dan tidak ingin pula temannya dibunuh Hanzou.
Yahiko akhirnya berlari ke Nagato dan menusukkan kunai ke tubuhnya sendiri, akhirnya Yahiko pun tewas. Kemarahan Nagato pada Hanzou tak terbendung, dia mengeluarkan kekuatan dari mata 'Rinnegan' nya memanggil Kuchiyose: 'Gedou Mazou'. Lalu muncul ah sebuah patung besar (yang kini menjadi alat penyimpanan Bijuu oleh Akatsuki) yang melahap pasukan
Amegakure milik Hanzou dan Anbu Konoha. Dan Hanzou pun berhasil kabur dari serangan Nagato,dan itulah jawaban yang Nagato berikan pada Naruto. Nagato pun menginginkan jawaban dari Naruto. Naruto berkata bahwa pertapa mesum telah mempercayainya dan Naruto percaya apa yang dipercayai oleh pertapa mesum dan itulah jawaban yang Naruto berikan pada Nagato. Nagato pun akhirnya mempercayai Naruto
Uzumaki dan ia pun menggunakan jurusnya yaitu Gedo Rinne Tensei no Jutsu untuk menghidupkan kembali semua warga desa Konoha yang telah dia bunuh dalam penyerangannya. Semua telah berakhir, sebagai perpisahan Konan pun memberikan bunga harapan kepada Naruto.