Holokaus
wilayah-wilayah ini terdapat sekitar tiga juta orang Yahudi, termasuk ratusan ribu yang melarikan diri dari Polandia pada tahun 1939. Penduduk lokal di beberapa wilayah Soviet yang diduduki Jerman juga ikut berpartisipasi aktif dalam pembunuhan orang Yahudi dan yang lainnya. Di Lithuania, Latvia dan Ukraina barat, penduduk setempat sangat terlibat dalam pembunuhan orang-orang Yahudi dari awal
pendudukan Jerman. Arajs Kommando Latvia adalah contoh unit militer setempat yang berpartisipasi aktif dalam pembunuhan ini. Di selatan, penduduk Ukraina membantai sekitar 24000 orang Yahudi. Selain itu, unit-unit militer di Latvia dan Lithuania meninggalkan negara mereka sendiri dan berpartisipasi dalam pembunuhan Yahudi di Belarus, dan militer Ukraina menjabat sebagai penjaga kamp-kamp konsentrasi dan kematian di Polandia. Milisi
Ustae di Kroasia juga melakukan tindakan penganiayaan dan pembunuhan. Pada kenyataannya, Jerman-lah yang mengorganisir dan menyalurkan para "partisipan lokal" ini untuk terlibat dalam Holocaust. Banyak dari pembunuhan massal tersebut dilakukan di depan umum, suatu perubahan dari praktik sebelumnya. Saksi Jerman untuk pembunuhan ini menekankan adanya partisipasi dari penduduk setempat.
Pembantaian yang dilakukan oleh tentara Jerman biasanya dibenarkan dengan alasan untuk menegakkan operasi anti-partisan atau anti-bandit, namun sejarawan Jerman Andreas Hillgruber menyatakan bahwa ini hanyalah alasan untuk memperkecil keterlibatan Tentara Jerman dalam Holocaust di Rusia dan istilah "kejahatan perang" dan "kejahatan kemanusiaan" adalah istilah yang tepat untuk menggambarkan apa yang
mereka lakukan. Hillgruber menegaskan bahwa pembantaian terhadap sekitar 2.2 juta pria, wanita, dan anak-anak yang tak berdaya karena alasan ideologi rasisme tidak mungkin bisa dibenarkan dengan alasan apapun, dan pernyataan jenderal-jenderal Jerman yang mengklaim bahwa "Einsatzgruppen" diperlukan untuk merespon anti-partisan adalah kebohongan.
Kerjasama militer dengan SS dalam operasi anti-partisan dan anti-Yahudi berlangsung dengan sangat intensif. Pada musim panas 1941, Brigadir Kavaleri SS diperintahkan oleh Hermann Fegelein dalam operasi anti-partisan di Pripyat Marshes yang menewaskan 699 pasukan Tentara Merah, 1100 partisan dan 14178 orang Yahudi. Sejarawan Jerman Jürgen Forster, seorang pakar terkemuka yang mengkaji tentang kejahatan perang "Wehrmacht" berpendapat
bahwa "Wehrmacht" memainkan peran kunci dalam Holocaust, dan adalah hal yang salah jika mengatakan bahwa Holocaust ini semata-mata merupakan "hasil karya" SS. Raul Hilberg mengungkapkan bahwa komandan "Einsatzgruppen" Jerman adalah warga biasa, sebagian besar berasal dari kalangan profesional, sebagian besar lagi intelektual, dan mereka dilatih untuk menjadi pembunuh yang efisien.
Skala besar pembunuhan orang Yahudi di wilayah-wilayah Soviet yang diduduki Jerman dilaksanakan oleh "Einsatzgruppen" (regu pembunuh keliling) di bawah komando Heydrich. Hal ini telah dioperasikan dalam skala terbatas di Polandia pada tahun 1939, namun kemudian dioperasikan dalam skala yang lebih besar. "Einsatzgruppe" A ditugaskan ke wilayah Baltik, "Einsatzgruppe" B ke Belarus,
"Einsatzgruppe" C ke Ukraina utara dan tengah, dan "Einsatzgruppe" D ke Moldova, Ukraina selatan, Krimea, dan Kaukasus utara.
Menurut Otto Ohlendorf di persidangannya, ""Einsatzgruppen" memiliki misi untuk melindungi garis belakang pasukan dengan membunuh orang-orang Yahudi, Gipsi, fungsionaris komunis, komunis aktif, dan semua orang yang akan membahayakan keamanan." Dalam praktiknya, korban-korban mereka hampir semuanya merupakan warga sipil Yahudi (tidak satupun anggota "Einsatzgruppe" yang tewas selama operasi).
Pada bulan Desember 1941, empat "Einsatzgruppe" yang tercantum di atas telah membunuh masing-masing: 125000, 45000, 75000, dan 55000 orang, dan total 300000 orang, terutama dengan cara penembakan atau dengan granat tangan di berbagai lokasi pembunuhan massal di luar kota-kota besar.
Museum Memorial Holocaust Amerika Serikat mengisahkan tentang salah satu korban selamat dari pembantaian "Einsatzgruppen" di Piryatin, Ukraina, ketika mereka membunuh 1600 orang Yahudi pada tanggal 6 April 1942, hari kedua Paskah:
Pembantaian yang paling terkenal dari orang-orang Yahudi di Uni Soviet berlangsung di sebuah jurang yang disebut Babi Yar di luar Kiev, dimana 33771 orang Yahudi tewas dalam satu operasi pada tanggal 29-30 September 1941. Pembunuhan orang-orang Yahudi di Kiev diputuskan oleh gubernur militer (Mayor-Jenderal Friedrich Eberhardt), Komandan Polisi untuk Tentara Kelompok Selatan (SS-"Obergruppenführer" Friedrich Jeckeln) dan Komandan "Einsatzgruppe" C
Otto Rasch. Pembunuhan dilakukan oleh gabungan pasukan SS, SD dan Polisi Keamanan, serta dibantu oleh polisi Ukraina. Pasukan dari Angkatan Darat ke-6 "Wehrmacht" memang tidak berpartisipasi dalam pembunuhan, namun mereka memainkan peran kunci dalam mengumpulkan orang-orang Yahudi di Kiev dan mengangkut mereka untuk ditembak mati di Babi Yar.
Pada hari Senin, orang-orang Yahudi dari Kiev dikumpulkan di sebuah pemakaman, berharap akan dinaikkan atau diangkut dengan kereta. Kerumunan tersebut cukup besar, sebagian besar laki-laki, perempuan, dan anak-anak tidak mampu mencari tahu apa yang terjadi hingga terlambat; pada saat mereka mendengar tembakan senapan mesin, tidak ada kesempatan untuk melarikan
diri. Semuanya berlarian menyusuri barisan tentara, dan kemudian ditembak. Seorang sopir truk menggambarkan adegan tersebut: Pada bulan Agustus 1941 Himmler melakukan kunjungan ke Minsk. Di sana, ia secara pribadi menyaksikan 100 orang Yahudi yang ditembak di sebuah selokan di luar kota. Peristiwa ini dijelaskan oleh Karl Wolff dalam buku hariannya: "Wajah Himmler menghijau. Dia mengeluarkan
sapu tangan dan mengusap pipinya yang terkena cipratan sepotong otak. Kemudian ia muntah." Setelah tenang, dia mengajari anggota SS untuk mematuhi "hukum moral tertinggi Partai" dalam melaksanakan tugas mereka.
Mulai bulan Desember 1939, Nazi memperkenalkan metode baru pembunuhan massal dengan menggunakan gas. Nazi melengkapi van gas eksperimental dengan tabung gas dan sebuah kompartemen bagasi tertutup, yang digunakan untuk membunuh pasien perawatan mental sanatorium di Pomerania, Prusia Timur, dan wilayah Polandia yang diduduki Jerman sebagai bagian dari operasi yang disebut dengan Aksi T4. Di kamp konsentrasi Sachsenhausen, sebuah van besar yang mampu
memuat hingga 100 orang digunakan dari bulan November 1941. Van ini juga diperkenalkan di kamp pemusnahan Chemno pada bulan Desember 1941, dan 15 van lainnya dioperasikan oleh "Einsatzgruppen" di wilayah Soviet yang diduduki Jerman. Van-van ini dioperasikan di bawah pengawasan dari Kantor Keamanan Utama Reich dan digunakan untuk membunuh sekitar 500000 nyawa, terutama orang-orang Yahudi, orang Rom, dan lain-lain. Penggunaan van-van
ini dipantau secara berhati-hati, dan setelah satu bulan pengamatan, sebuah laporan menyatakan bahwa "sembilan puluh tujuh ribu nyawa telah dihabisi dengan menggunakan van tanpa menimbulkan kerusakan pada mesin".
Kebutuhan akan teknik pembunuhan massal baru ini juga diungkapkan oleh Hans Frank, Gubernur Pemerintah Umum, yang menyatakan bahwa kebanyakan orang tidak bisa dengan hanya ditembak. "Kita harus mengambil langkah-langkah, merancang beberapa cara untuk memusnahkan mereka." Masalah tersebut menyebabkan SS melakukan eksperimen pembunuhan dalam skala besar dengan menggunakan gas beracun. Pada akhirnya, Christian Wirth mengungkapkan penemuannya tentang kamar gas.
Konferensi Wannsee diselenggarakan oleh Reinhard Heydrich pada tanggal 20 Januari 1942 di Wannsee, sebuah wilayah di pinggiran kota Berlin, bersama dengan sekitar 15 pemimpin Nazi lainnya serta sejumlah sekretaris negara, pejabat senior, pemimpin partai, perwira SS dan para pemimpin lainnya dari departemen pemerintah yang bertanggung jawab atas kebijakan yang terkait dengan isu-isu Yahudi. Tujuan awal dari pertemuan ini