Perancangan cerdas
raises a question: Does God have a place in science class?"" (Dorongan untuk mengajarkan "perancangan cerdas" mencuatkan pertanyaan: "Apakah Tuhan mempunyai tempat dalam kelas-kelas sains?"). Dalam kasus "Kitzmiller v. Dover", pengadilan memutuskan bahwa perancangan cerdas memiliki posisi religius dan kreasionis, setelah menemukan bahwa baik perancangan cerdas maupun Tuhan merupakan bahan ajaran yang tidak seharusnya ada dalam kelas-kelas sains.
Sains empiris menggunakan metode ilmiah untuk menciptakan pengetahuan "a posteriori" yang didasarkan pada pengamatan dan pengujian hipotesis dan teori secara berulang-ulang. Para pendukung perancangan cerdas berusaha mengubah dasar fondasi ilmiah ini dengan menghilangkan "naturalisme metodologis" dari sains dan menggantikannya dengan apa yang disebut oleh Phillip E. Johnson sebagai "realisme teistik". Beberapa pihak telah menyebut
pendekatan ini sebagai "supranaturalisme metodologis", yang berarti kepercayaan akan realitas transeden di luar dimensi alam yang dihuni oleh dewa transeden yang non-natural pula. Para pendukung perancangan cerdas berargumen bahwa penjelasan naturalistik gagal dalam menjelaskan fenomena-fenomena tertentu, manakala penjelasan supranatural dapat memberikan penjelasan yang sangat sederhana dan intuitif mengenai asal usul
kehidupan dan alam semesta. Mereka mengatakan pula bahwa bukti-bukti argumen ini terdapat dalam bentuk kerumitan tak tersederhanakan dan kerumitan spesifik yang tidak dapat dijelaskan oleh proses-proses alam.
Mereka juga berpendapat bahwa netralitas keagamaan mempersyaratkan pengajaran baik evolusi maupun perancangan cerdas dalam kurikulum sekolah. Mereka beralasan bahwa dengan hanya mengajarkan evolusi, hal ini merupakan diskriminasi terhadap keyakinan para kreasionis. Oleh karena itu, mereka berargumen bahwa dengan pengajaran perancangan cerdas, negara dapat mengizinkan kepercayaan
religius dalam pengajaran sekolah tanpa sendirinya mendukung salah satu agama tertentu. Banyak pengikut perancangan cerdas percaya bahwa "Saintisme" itu sendiri juga adalah agama yang mempromosikan sekularisme dan materialisme dalam suatu upaya untuk menghapus peranan teisme dari kehidupan publik. Mereka memandang bahwa usaha mereka dalam mempromosikan perancangan cerdas
merupakan salah satu cara untuk mengembalikan agama dalam bidang pendidikan sebagai pemain utamanya.
Menurut para pengkritik, perancangan cerdas tidak pernah sekalipun memberikan contoh-contoh ilmiah yang kredibel. Para pengkritik juga menduga advokat perancangan cerdas berusaha menggantikan riset ilmiah dengan dukungan publik dalam usahanya memasukkan perancangan cerdas dalam kurikulum sekolah.
Di Istanbul pada tahun 2007 diselenggarakan sebuah pertemuan publik guna mempromosikan perancangan cerdas yang disponsori oleh pemerintah lokal, dimana David Berlinski dari Discovery Institute merupakan pembicara kunci di pertemuan tersebut pada Mei 2007.
Pada 2011, International Society for Krishna Consciousness (ISKCON) Bhaktivedanta Book Trust menerbitkan buku tentang perancangan cerdas yang berjudul "Rethinking Darwin: A Vedic Study of Darwinism and Intelligent Design". Buku tersebut meliputi kontribusi dari para advokat perancangan cerdas William A. Dembski, Jonathan Wells dan Michael Behe serta dari kreasionis Hindu Leif A. Jensen and Michael Cremo.