Douglas MacArthur
Setelah menguasai Manila, MacArthur memberikan jabatan kepada salah satu sahabatnya di Filipina, yaitu Manuel Roxas (yang juga merupakan salah satu dari segelintir orang yang tahu menahu soal uang yang diberikan Quezon kepada MacArthur pada tahun 1942); jabatan ini kelak membantu Roxas menjadi presiden Filipina yang berikutnya. Roxas pernah menjadi pendukung Jepang dan
bergabung dalam pemerintahan boneka José Laurel, tetapi MacArthur mengklaim bahwa Roxas diam-diam menjadi agen Amerika. Perihal klaim MacArthur bahwa Roxas merupakan bagian dari gerakan perlawanan terhadap Jepang, sejarawan Amerika Gerhard Weinberg menulis bahwa "...bukti yang memperkuat hal ini masih belum ditemukan", dan ia juga mengamati bahwa dengan mendukung Roxas, MacArthur
telah memastikan bahwa tidak akan ada upaya yang serius untuk mengangkat isu soal kolaborasi orang Filipina dengan Jepang setelah perang berakhir.
Seusai Pertempuran Manila, MacArthur mengalihkan perhatiannya kepada Yamashita yang telah mundur ke kawasan pegunungan di Luzon tengah dan utara. Yamashita memilih untuk bertahan, dan pasukannya dipukul mundur secara perlahan oleh Krueger. Pasukan Yamashita masih tetap berjuang pada masa ketika Perang Dunia II berakhir, yang membuat kesal MacArthur karena ia ingin membebaskan seluruh Filipnia sebelum
perang berakhir. Pada tanggal 2 September 1945, Yamashita (yang sempat tidak dapat meyakini bahwa Kaisar telah memerintahkan Jepang untuk menandatangani gencatan senjata) turun dari pegunungan dan menyerah bersama dengan sekitar 100000 pasukannya.
Meskipun MacArthur tidak mendapatkan arahan khusus untuk melakukan hal ini dan pertempuran di Luzon masih belum selesai, ia mengerahkan pasukannya untuk membebaskan wilayah Filipina yang tersisa. Dalam pengumuman resmi Markas Besar Umum pada 5 Juli, ia mengumandangkan bahwa Filipina telah dibebaskan dan semua operasi sudah diakhiri, padahal Yamashita masih bertahan di Luzon utara.
Semenjak Mei 1945, MacArthur mengirim pasukan Australia untuk melancarkan serangan ke Pulau Kalimantan. Ia mengiringi serangan di Labuan, dan ia juga mengunjungi prajuritnya di pesisir. Sekembalinya di Markas Besar Umum di Manila, ia mengunjungi Davao, dan di kota tersebut ia berkata kepada Eichelberger bahwa jumlah pasukan Jepang yang tersisa di pulau Mindanao tidak melebihi 4000 jiwa.
Beberapa bulan kemudian, pasukan Jepang dengan jumlah enam kali lipat dari taksiran MacArthur menyerah kepada Sekutu. Pada Juli 1945, ia dianugerahi Distinguished Service Medal keempatnya.
Sebagai bagian dari persiapan untuk melancarkan Operasi Downfall (serangan besar-besaran ke Jepang), MacArthur menjadi panglima tertinggi Pasukan Angkatan Darat Amerika Serikat di Pasifik pada April 1945, alhasil ia mengambil alih komando atas semua satuan Angkatan Darat dan Pasukan Udara Angkatan Darat di Pasifik kecuali Angkatan Udara Keduapuluh. Pada saat yang sama, Nimitz menjadi
panglima seluruh angkatan laut. Oleh sebab itu, komando di Pasifik masih tetap terbagi. Ketika MacArthur tengah merencanakan serangan ke Jepang, ia menegaskan kepada para perumus kebijakan di Washington bahwa Uni Soviet harus ikut berperang melawan Jepang agar Angkatan Darat Kwantung disibukkan oleh Tentara Merah di Manchuria. Pada akhirnya, Operasi Downfall tidak pernah dilancarkan karena
Jepang menyerah tanpa syarat pada Agustus 1945. Pada tanggal 2 September, MacArthur secara resmi menerima penyerahan Jepang di atas kapal tempur, sehingga berakhirlah Perang Dunia II. Sebagai penghargaan atas jasanya sebagai penyusun strategi maritim, Angkatan Laut AS menganugerahi Navy Distinguished Service Medal kepadanya.
Pada 29 Agustus 1945, MacArthur diperintahkan untuk menjalankan kewenangan dengan memanfaatkan sistem pemerintahan Jepang, termasuk Kaisar Hirohito. Markas besar MacArthur terletak di Gedung Asuransi Jiwa Dai Ichi di Tokyo. Tidak seperti negara Jerman yang dibubarkan oleh Sekutu pada Mei 1945, Amerika Serikat memutuskan untuk mempertahankan negara Jepang, meskipun negara tersebut tetap berada di bawah kendali mutlak mereka.
Selain itu, tidak seperti di Jerman, terbentuk semacam kemitraan antara Amerika Serikat dengan Jepang, karena MacArthur memerintah Jepang melalui perpanjangan tangan Kaisar dan elit-elit Jepang yang tersisa. Kaisar dianggap sebagai dewa hidup oleh rakyat Jepang, dan MacArthur menyadari bahwa keberadaan Kaisar mempermudah pekerjaannya.
MacArthur berkeyakinan bahwa segelintir tokoh militer ekstrem telah "membajak" Jepang pada tahun 1931 dengan mendalangi Insiden Mukden, sementara bagi Douglas, Kaisar merupakan sosok "moderat" pro-Barat yang tidak berdaya dalam menghadapi tokoh-tokoh militer tersebut, sehingga ia dianggap tidak bertanggung jawab atas segala kejahatan perang yang telah dilakukan oleh
Jepang antara tahun 1931 hingga 1945. Sejarawan Amerika Serikat Herbert P. Bix menggambarkan hubungan antara sang jenderal dengan Kaisar sebagai berikut: "Sang Panglima memanfaatkan Sang Kaisar, sementara Sang Kaisar pun sengaja membiarkan dirinya dimanfaatkan. Hubungan di antara keduanya merupakan hubungan kemanfaatan dan saling melindungi, yang secara politik lebih menguntungkan Hirohito daripada MacArthur, karena
taruhan Hirohito jauh lebih besar, yakni segala kebesaran dan kewenangan yang melekat pada jabatan Kaisar Jepang."
Pada saat yang sama, staf MacArthur telah mengedarkan gambar pertemuan pertama sang jenderal dengan Kaisar, dan gambar tersebut mengejutkan rakyat Jepang karena itu adalah kali pertamanya mereka melihat sang Kaisar sebagai orang yang tampak lebih kecil daripada MacArthur dan bukannya sebagai dewa hidup. Sebelum tahun 1945, Kaisar adalah sosok yang dianggap misterius
oleh rakyatnya. Ia jarang terlihat di muka umum dan foto-fotonya selalu diambil dari sudut tertentu agar ia terlihat lebih besar dan tinggi. Tidak ada tukang foto Jepang yang berani mengambil foto Kaisar dengan postur tubuh yang lebih kecil daripada MacArthur. Pemerintah Jepang langsung mencekal foto tersebut karena dianggap merusak aura mistis Kaisar, tetapi MacArthur
mencabut pelarangan tersebut dan malah memerintahkan kepada semua surat kabar Jepang untuk menerbitkannya. Foto tersebut dimaksudkan sebagai sebuah pesan kepada Kaisar untuk menunjukkan siapa yang lebih tinggi dalam hubungan di antara mereka.
MacArthur masih membutuhkan sosok Kaisar, sehingga ia melindunginya dari segala upaya untuk menyeretnya ke meja hijau, dan ia juga mengizinkannya untuk mengeluarkan pernyataan-pernyataan yang keliru bahwa zaman demokratis pasca-perang merupakan kelanjutan dari reformasi era Meiji. MacArthur tidak mengizinkan penyelidikan terhadap Kaisar, dan pada Oktober 1945, ia
memerintahkan kepada stafnya "demi kepentingan pendudukan yang damai dan rehabilitasi Jepang, pencegahan revolusi dan komunisme, [agar] disusun semua fakta seputar penyampaian pernyataan perang dan posisi Kaisar sesudahnya yang menunjukkan tipuan, ancaman, atau paksaan [terhadapnya]." Pada Januari 1946, MacArthur melaporkan kepada pemerintah pusat bahwa Kaisar tak dapat didakwa atas tuduhan kejahatan perang atas dasar:
Demi melindungi Kaisar, MacArhur mengutus salah satu stafnya, Brigadir Jenderal Bonner Fellers, untuk memberitahukan kepada Laksamana "genr" Mitsumasa Yonai pada 6 Maret 1946:
Dari sudut pandang Amerika Serikat maupun Jepang, keberadaan sosok "jahat" Jenderal Hideki Tojo sangat bermanfaat secara politik, terutama mengingat bahwa segala tanggung jawab dapat dilemparkan kepadanya. Dalam pertemuan kedua yang digelar pada tanggal 22 Maret 1946, Fellers berkata kepada Laksamana Yonai:
Upaya MacArthur untuk melindungi Kaisar dan mengambinghitamkan Tojo terbukti berhasil, dan Herbert P. Bix mengamati bahwa keberhasilan tersebut "...memberikan dampak berkelanjutan dan sangat menyesatkan pemahaman Jepang mengenai perang yang sudah kalah tersebut".