Kakashi Hatake
mempercepat waktu penggunaan segel jutsu-nya. contohnya ketika dia memakai jurus "Suiton: Suiryuudan no Jutsu" yang memerlukan 42 segel jutsu, tetapi dia dapat menggunakannya hanya dengan waktu 4 detik. Naruto dan Sakura pun agak kewalahan menghadapinya. Tetapi Naruto dengan "cerdik" berhasil mendapatkan kedua kerincing tersebut dengan trik khusus. Karena mereka berhasil mendapatkannya, mereka diterima kembali di Tim 7.
Mereka lalu diberi misi oleh Tsunade untuk memberi bantuan kepada desa Suna. Di sana Kakashi malah salah dikenali sebagai "Konoha White Fang", ayahnya, karena kemiripannya dengan Kakashi. Setelah mendengar semuanya, mereka bergegas menolong Gaara yang ditangkap. Kakashi kemudian bertemu dengan Itachi untuk yang kedua kalinya. Kakashi bertarung sengit, dibantu Naruto. Setelah dia
terkena "Tsuyokomi", ternyata tidak mempan, dan Itachi menyadari bahwa Kakashi telah menguasai mangekyou sharingan, sama seperti dirinya. Ternyata, itu bukan Itachi yang asli melainkan tubuh bayangan Itachi. Setelah sampai di tempat persembunyian, ternyata Gaara malah dibawa lari oleh Deidara. Kakashi mengejarnya bersama Naruto. Dia lalu menggunakan
"mangekyou sharingan" untuk memindahkan Deidara ke dimensi lain, tetapi meleset dan hanya mengenai tangannya. Deidara yang terdesak berhasil dipukul jatuh oleh Naruto. Setelah keadaan makin genting, Deidara menggunakan jutsu bunuh diri dan meledakkan daerah sekitarnya. Tetapi bisa dipindahkan oleh Kakashi ke dimensi lain dan gagal melukai orang-orang di sekitarnya.
Namun Kakashi gagal membunuhnya, karena kemampuan dan staminanya tidak bisa menyesuaikan dengan mata sharingan legendarisnya.
Kakashi yang terbaring di rumah sakit mengatakan pada Naruto kalau dia bisa membuat Naruto menjadi lebih kuat dari dirinya dengan latihan yang akan diberikan olehnya. Naruto lalu dibawa ke suatu tempat bersama Yamato. Kakashi lalu menjelaskan tentang elemen dasar dalam dunia Naruto. Dan setelah melalui tes kecil, Naruto ternyata memiliki chakra berelemen angin. Kakashi lalu memberi
latihan pada Naruto untuk memanipulasi chakra. Dia diberi latihan yang bertujuan menyempurnakan "Rasengan" yang diciptakan oleh Hokage ke 4. Sementara Naruto berkutat dengan latihannya, Shikamaru dan Asuma bertarung melawan Hidan dan Kakuzu.
Shikamaru yang kalut berniat melawan kembali Hidan dan Kakuzu setelah sempat tertunda karena mereka keburu dipanggil oleh ketua Akatsuki. Shikamaru dicegah oleh Tsunade karena alasan kekuatan tempur yang tidak mencukupi untuk mengejar dan menangkap mereka. Kakashi datang dan menawarkan diri membantu Shikamaru membalaskan kematian Asuma. Tim Kakashi, Shikamaru, Ino, dan Choji
berangkat menuju hutan milik keluarga Nara. Mereka lalu bertemu dan terjadi pertarungan brutal. Shikamaru lalu memancing Hidan untuk mengikutinya dan bertarung satu lawan satu. Sisanya bertarung melawan Kakuzu. Kakuzu sempat terkena "Chidori" milik Kakashi. Ternyata dia bisa menumbuhkan kembali bagian tubuhnya dengan benang-benang yang ada di seluruh tubuhnya. Dia
juga mempunyai beberapa nyawa tergantung seberaapa banyak dia membawa jantung saat itu. Kakuzu lalu beradu jurus dengan Kakashi. Ditengah pertarungan, Kakuzu terkena jurus kutukan yang salah sasaran dari Hidan dan membuatnya kehilangan satu nyawa.
Kakashi lalu terdesak karena Kakuzu bisa menembakkan "jutsu-jutsu" berkekuatan besar. Ketika jantung Ino, Chouji dan Kakashi hampir diambil, Yamato datang menolong. Dia dan Naruto menggabungkan elemen air dan angin yang menciptakan badai besar untuk memblok jurus milik Kakuzu. Naruto lalu mengatakan untuk membunuhnya sendirian untuk membuktikan bahwa dia bukanlah Naruto lemah yang
dulu. Dia membuktikan ucapannya walaupun dengan tangan yang hampir cacat karena menghabisi Kakuzu dengan menggunakan "Rasenshuriken" terus menerus.
Sementara keadaan desa Konoha sedang sangat kacau karena diserang pemimpin 'Akatsuki' yaitu Pain dan Konan. Pain yang telah memiliki satu tubuh baru lagi, menjadi sangat kuat dan tidak terkalahkan.
Pain bertemu dengan Iruka, dan hendak membunuhnya tetapi diselamatkan oleh Kakashi. Pertarungan Pain dan Kakashi pun dimulai. Kakashi yang mengeluarkan Raikiri ditangkis dengan mudah oleh Pain.
Pertarungan Kakashi dan Pain semakin mendekati akhir. Tapi pada waktu itu datanglah salah satu tubuh Pain untuk membantu Pain. Tubuh tersebut berubah menjadi senjata dan menyerang Kakashi. Tapi karena kehebatan Kakashi, Kakashi mengubah cakranya menjadi bayangan klon petir. Tubuh Kakashi pun melemah karena penggunaan jurusnya menguras chakra-nya.
Akhinya datanglah dua anggota klan Akimichi, Choji Akimichi dan ayahnya Chouza Akimichi. Kedatangan klan Akimichi, sangat membantu Kakashi. Walaupun dalam keadaan terdesak, Kakashi masih bisa mempunyai ide. Awalnya, ide itu berjalan mulus untuk menyerang Pain lewat dalam tanah. Ternyata itu hanya sebuah trik agar Chouji dan Chouza bisa menyerang Pain. Serangan itu bisa ditahan oleh salah satu tubuh Pain yaitu Deva.
Dalam keadaan terkejut, Kakashi semakin tak berdaya. Ia diserang Pain dengan salah satu paku yang berasal dari bangunan yang runtuh. Sesaat sebelum paku tersebut mengenai Kakashi dia menggunakan Mangekyou Sharingan untuk menghilangkan pakunya dan Kakashi menggunakan tenaga terakhirnya untuk melindungi Chouji yang akan melapor pada Tsunade.
Tubuh Pain yang satunya yaitu Ashura, ternyata masih hidup dan menyerang Chouji dan digagalkan Kakashi lewat mangekyou sharingan. Dengan Chakra yang terbatas, Kakashi untuk terakhir kalinya mengenang masa lalunya dan memikirkan teman ninja satu timnya yaitu Uchiha Obito dan Rin. Kakashi terus mengenang masa lalunya ketika Obito memberinya mata sharingan dan ninja-ninja Konoha yang
lain. Kakashi meminta maaf pada Obito karena tidak bisa melindungi Rin serta melihat masa depan dunia ninja lagi. Di alam yang lain, Kakashi ternyata bertemu dengan ayahnya yang sudah meninggal lebih dahulu.
Chouji yang telah bertemu Tsunade menanyakan apakah Kakashi baik-baik saja karena Tsunade bisa memeriksa keadaan shinobi yang diperiksa kumpulan Katsuyu, namun Tsunade tidak mengatakan apapun. Naruto yang telah menguasai teknik sage bisa merasakan semua chakra didesa Konoha menanyakan pada Tsunade apakah Kakashi pergi keluar desa untuk mengerjakan
suatu misi karena Naruto tidak merasakan chakra Kakashi. Tsunade yang tidak mengatakan apapun membuat Naruto mengerti apa yang terjadi pada Kakashi.
Setelah Naruto berhasil mengalahkan Pain, Pain memutuskan untuk memperbaiki kesalahannya. Ninja-ninja Konoha yang telah dibunuhnya seperti Shizune dan Kakashi hidup kembali.