Transmigrasi
Kepulauan Riau, dengan jumlah total 15.5 juta jiwa di pulau Sumatera. Di Kalimantan, terdapat kurang lebih 700000 transmigran dan keturunannya di Kalimantan Barat, 400000 di Kalimantan Tengah, 500000 di Kalimantan Selatan, dan lebih dari 1 juta di Kalimantan Timur, dengan total 2.6 juta di seluruh pulau Kalimantan. Meski angka resminya dirahasiakan oleh pemerintah, lebih dari satu juga
transmigran diperkirakan menetap di Papua dan Papua Barat. Jumlah transmigran di seluruh Indonesia mencapai 20 juta jiwa.
Transmigran tidak selalu dari Jawa dan/atau beragama Islam. Pada tahun 1994, ketika Timor Timur masih bagian dari Indonesia, kelompok transmigran terbesar justru orang Bali yang beragama Hindu (1634 jiwa) dan orang Jawa beragama Katolik (1212 jiwa).
Masyarakat pribumi memandang program ini sebagai upaya pemerintah Indonesia yang berpusat di pulau Jawa untuk memperluas kekuasaan ekonomi dan politiknya di wilayah lain, khususnya dengan memindahkan orang-orang yang punya hubungan dekat dengan pulau Jawa dan setia dengan pemerintah Indonesia. Lembaga pemerintah yang bertugas mengurus transmigrasi sering dituduh mengabaikan adat setempat atau hak tanah ulayat. Pengabaian adat setempat ini terjadi di pulau Kalimantan yang dihuni suku Dayak.
Kerusakan lingkungan akibat proyek transmigrasi bukan disebabkan oleh kebodohan, melainkan karena kurangnya perhatian, tidak ada kelanjutan program, dan tidak adanya akuntabilitas selama transmigrasi dilaksanakan. Banyak kelemahan yang dipaparkan dalam amdal proyek seperti potensi erosi lahan, potensi turunnya kesuburan tanah, kurangnya perlindungan dari
wabah penyakit, dampak negatif terhadap lingkungan liar dan suku pribumi, deforestasi, dan perlunya memperkuat kapasitas transmigran untuk mengelola sumber daya alam. Audit program kadang menunjukkan bahwa tindakan pencegahan yang diusulkan justru tidak realistis dan kurang diawasi pemerintah.
Di provinsi Papua dan Papua Barat, program transmigrasi mengakibatkan jumlah penduduk pribumi melanesia (percampuran berbagai budaya dan suku) jauh lebih sedikit ketimbang jumlah pendatang di tanahnya sendiri. Suku Papua melanesia telah menghuni pulau Nugini selama kurang lebih 50000 tahun, kemudian bagian baratnya dianeksasi oleh Indonesia pada tahun 1969. Dalam
kurun 50 tahun terakhir, jumlah orang Papua Barat sudah terlampaui oleh jumlah pendatang, kebanyakan dari pulau Jawa. Program ini dikritik sebagai upaya melenyapkan orang Papua Barat lewat pembersihan etnis secara perlahan. Terjadi konflik terbuka antara pendatang, pemerintah, dan warga pribumi akibat perbedaan budaya-terutama dalam hal administrasi dan kebudayaan
seperti telanjang, makanan, dan jenis kelamin. Agama juga menjadi biang masalah karena kebanyakan penduduk Papua Barat beragama Kristen atau memegang kepercayaan tradisional, sedangkan para pendatang Indonesia kebanyakan Muslim. Indonesia menggiring anak-anak Papua Barat ke pesantren Islam untuk proses "re-edukasi". Banyak warga Papua Barat yang mengungsi ke Papua Nugini. Per Januari 2013, terdapat 8000 pengungsi Papua Barat di negara tersebut.
Tingkat pertumbuhan penduduk di Papua sangat tinggi berkat transmigrasi. Para penentang transmigrasi berpendapat bahwa banyak sekali sumber daya yang terbuang demi menempatkan orang-orang tidak mampu mencukupi diri sendiri sehingga terjadi kerusakan yang mengancam eksistensi masyarakat suku. Berbagai kontrak penambangan besar-besaran di Papua oleh perusahaan Amerika Serikat dan Inggris-Australia juga dikeluarkan.
Australia dari dulu mengabaikan atau membungkam suara orang-orang Papua Barat yang menuntut kemerdekaan dari Indonesia karena khawatir akan mengecewakan kekuatan militer terbesar di Asia Tenggara itu. Pada bulan Maret 2006, Indonesia menarik duta besarnya dari Australia karena Australia memberi visa pengungsi kepada 42 orang Papua Barat yang datang menggunakan kano kayu. Hubungan diplomatik baru normal kembali delapan bulan kemudian
setelah Australia menandatangani perjanjian Lombok; isi perjanjian tersebut adalah gerakan kemerdekaan Papua Barat di Australia tidak akan digubris lagi. Australia masih terus membungkam aktivis Papua Barat setelah Perdana Menteri Tony Abbott berkata bahwa, "Australia tidak akan memberi tempat untuk melancarkan protes terhadap Indonesia". Australia juga telah menandatangani nota kesepahaman dengan Papua Nugini agar orang Papua Barat yang mengungsi ke Australia bisa dipindahkan ke Papua Nugini.
(in Indonesian) Transclusion error: En is only for use in File namespace. Use lang-en or en icon instead., suatu laporan tahun 2001 oleh "Down to Earth", organisasi berbasis di Britania Raya yang mengurusi masalah lingkungan hidup di Indonesia. Laporan ini merupakan pembahasan kritis terhadap pelaksaan program ini pada pemerintahan Soeharto.