Pemberontakan Ionia
kemudian menempatkan seorang tiran di tiap kota di Ionia, meskipun ini menyeret mereka ke dalam konflik internal Ionia. Selain itu, tiran tertentu kemungkinan mengembangkan gagasan untuk merdeka dan harus diganti. Para tiran itu sendiri menghadapi tugas yang sulit, mereka mesti mengalihkan kebencian terburuk warganya terhadap Persia, sambil tetap mengabdi kepada Persia.
Sekitar 40 tahun setelah penaklukan Persia atas Ionia, dan pada masa pemerintahan raja Persia keempat, Darius Agung, tiran Miletos saat itu, Aristagoras, mendapati dirinya berada dalam permasalahan seperti di atas. Paman Aristagoras, Histiaios, pernah menemani Darius dalam kampanyenya pada tahun 415 SM, dan ketika ditawarkan imbalan, meminta bagian wilayah Thrakia
yang telah ditaklukkan Persia. Meskipun permintaan itu dikabulkan, ambisi Histiaios membuat para penasehat Darius cemas, akibatnya Histaios kembali diberi "hadiah" lain, yaitu dijadikan "Kawan Semeja Raja" (kemungkinan sebagai penasehat) Darius, yang membuat Histaios harus terus berada di Susa, sehingga Persia tak perlu cemas lagi akan
ambisinya. Jabatan tiran kemudian diwariskan kepada Aristagoras, yang harus menghadapi rasa ketidaksukaan rakyat Miletos kepada Persia.
Pada tahun 500 SM, Aristagoras didekati oleh beberapa aristokrat yang terusir dari Naxos. Mereka meminta Aristagoras untuk membantu mereka kembali berkuasa di Naxos. Melihat adanya kesempatan untuk memperkuat posisinya di Miletos dengan cara menaklukkan Naxos, Aristagoras pun mendatangi satrap Lydia, Artaphernes, dengan sebuah tawaran. Jika Artaphernes menyediakan
pasukan, Aristagoras akan menaklukkan Naxos atas nama Dairus sehingga wilayah Persia akan bertambah luas, dan Artaphernes juga akan diberikan bagian dari rampasan perang untuk mengganti biaya pembentukan pasukan. Artaphernes setuju dan meminta izin Darius untuk melancarkan ekspedisi. Darius memberi izin dan dibentuklah armada laut yang terdiri atas 200 trireme yang akan dikerahkan untuk menyerang Naxos setahun kemudian.
Pada musim semi tahun 499 SM, Artaphernes menyiapkan armada Persia, dan menunjuk sepupunya Megabates sebagai komandan. Dia lalu mengirim pasukan itu ke Miletos, di sana mereka mengangkut pasukan Ionia yang dipimpin Aristagoras. Setelah itu bersama-sama mereka berlayar menuju Naxos. Dalam perjalanan, Aristagoras bertengkar dengan Megabetes mengenai seorang kapten kapal Ionia bernama Skylax
yang tak menyertakan petugas jaga. Herodotos menuturkan bahwa akibat perselisihan itu, Megabetes mengirim utusan ke Naxos untuk memberitahu rakyat Naxos mengenai kedatangan pasukan Pesia. Sebagian sejarawan modern meragukan bahwa Megabetes membocorkan rencana penyerangan kepada rakyat Naxos. Ada kemungkinan bahwa kisah ini disebarkan oleh Aristagoras setelah ekspedisi, sebagai alasan mengapa dia gagal dalam kampanye itu.
Walau bagaimanapun, yang jelas rakyat Naxos sudah mengetahui bahwa mereka akan diserbu oleh Persia sehingga mereka benar-benar mempersiapkan diri untuk pengepungan. Mereka mengumpulkan persediaan makanan di dalam kota dan memperkuat tembok kota. Ketika pasukan Persia tiba di Naxos, mereka mendapati bahwa kota sasaran mereka sudah terlindungi dengan baik. Setelah
melakukan pengepungan selama empat bulan, persediaan uang yang dibawa oleh pasukan Persia mulai habis, selain itu para tentara Persia juga sudah kehilangan semangat. Akhirnya armada Persia terpaksa pulang kembali ke Asia tanpa membawa kemenangan. Sebelum pergi, mereka membangun sebuah benteng di pulau tersebut bagi para aristokrat Naxos yang terusir.
Dengan kegagalan menaklukkan Naxos, Aristagoras mendapati dirinya berada dalam keadaan yang sulit; dia tidak dapat membayar biaya ekspedisi kepada Artaphernes. Selain itu dia semakin menjauh dari keluarga kerajaan Persia. Dia cemas dirinya akan dipecat dari jabatannya oleh Artaphernes. Dalam upaya putus asa untuk menyelamatkan dirinya sendiri, Aristagoras
memilih untuk menghasut rakyatnya, yakni penduduk Miletos, untuk memberontak melawan kekuasaan Persia, yang dengan demikian memulai Pemberontakan Ionia.
Pada musim gugur tahun 499 SM, Aristagoras mengadakan pertemuan dengan para anggota faksinya di Miletos. Dia menyatakan pendapatnya bahwa Miletos mesti memberontak. Semua anggota, kecuali sejarawan Hekataios, setuju. Pada saat yang sama, seorang utusan yang dikirim oleh Histiaios tiba di Miletos, menyuruh Aristagoras untuk memberontak terhadap
Darius. Herodotos berpendapat bahwa ini karena Histiaios amat sangat ingin kembali ke Ionia, dan berpikir bahwa dia akan dikirim ke sana jika terjadi pemberontakan. Maka dari itu Aristagoras secara terbuka menumumkan pemberontakannya terhadap Darius. Dia mundur dari jabatannya sebagai tiran dan memproklamirkan Miletos sebagai negara demokrasi. Herodotos meyakini bahwa pelepasan
kekuasaan ini hanyalah muslihat Aristagoras. Menurutnya Aristagoras melakukannya supaya rakyat Miletos bersemangat untuk memberontak.
Pasukan yang sebelumnya dikerahkan ke Naxos masih berkumpul di Myos dan meliputi kontingen-kontingen dari kota-kota Yunani lainnya di Asia Kecil, seperti Aiolia dan Doris, selain juga dari Mytilene, Mylasa, Temera dan Kyme. Aristagoras mengirim orang untuk menangkap semua tiran Yunani yang ada dalam pasukan, lalu menyerahkan para tiran itu ke kota mereka masing-masing
supaya kota-kota itu mau bekerja sama dengannya. Beberapa tiran itu dihukum mati di kota mereka, namun sebagian besarnya diusir. Meskipun tidak dinyatakan secara jelas oleh Herodotos, namun diduga bahwa Aristagoras menghasut seluruh pasukan untuk bergabung dalam pemberontakannya, dan juga merebut kapal-kapal yang sebelumnya disediakan oleh Persia untuk mengepung
Naxos. Jika ini benar, maka dapat menjelaskan mengapa Persia butuh waktu lama untuk melancarkan serangan laut terhadap Ionia, karena mereka membutuhkan waktu lama untuk membangun armada yang baru.
Meskipun Herodotos menyebutkan bahwa pemberontakan itu terjadi sebagai akibat dari motif pribadi Aristagoras, namun jelas bahwa rakyat Ionia sendiri memang sudah ingin memberontak, terutama karena mereka merasa marah kepada para tiran yang ditunjuk oleh Persia untuk memimpin mereka. Meskipun negara-negara Yunani pada masa lalu pernah dipimpin oleh tiran, ini adalah bentuk
pemerintahan yang tengah mengalami kemunduran. Selain itu, para tiran pada masa lampau cenderung (dan memang harus) kuat dan cakap, sementara orang-orang yang ditunjuk oleh Persia hanya bertindak sebagai perwakilan dari pemerintahan Persia. Didukung oleh kekuatan militer, para tiran ini tidak membutuhkan dukungan dari rakyat, dan dengan demikian dapat berkuasa secara mutlak. Maka dari
itu tindakan Aritagoras bisa dibilang menjadi pemicu bagi keinginan orang Ionia itu sendiri. Pemberontakan itu menyebar ke seluruh Ionia, di berbagai kota Yunani di sana, rakyat menggulingkan kekuasaan para tiran dan menggantinya dengan pemerintahan demokrasi.
Aristagoras berhasil menghasut seluruh Asia Kecil Hellenik untuk memberontak, namun ia menyadari bahwa Ionia membutuhkan sekutu lain supaya mampu menghadapai Persia. Pada musim dingin tahun 499 SM, dia pertama-tama berlayar ke Sparta, negara yang terkenal kuat dalam berperang. Akan tetapi, meskipun telah dibujuk oleh Aristagoras, raja Sparta Kleomenes I menolak
tawaran untuk memimpin pasukan Yunani melawan Sparta. Maka dari itu Aristagoras pun mencari bantuan ke negara lainnya, yaitu Athena.
Pada saat itu Athena sendiri baru saja menjalankan demokrasi, menggulingkan tirannya sendiri Hippias. Dalam perjuangan mereka mendirikan demokrasi, orang Athena sempat meminta pertolongan kepada Persia dan menawarkan kekuasan atas Athena. Pada akhirnya bantuan tersebut tak dibutuhkan oleh Athena. Beberapa tahun kemudian, Hippias berupaya untuk berkuasa kembali di