Mutsuhito
kotanya mengalami kemunduran setelah dihapuskannya keshogunan. Namun baru pada tahun 1889, keputusan akhir diambil untuk memindahkan ibu kota ke Tokyo. Sewaktu berada di Tokyo, kaisar untuk pertama kalinya menaiki kapal angkatan laut Jepang, dan keesokan harinya memberi instruksi untuk mempelajari cara-cara memperkuat angkatan laut Jepang. Segera setelah tiba kembali di Kyoto,
sebuah titah dikeluarkan atas nama kaisar (tapi kemungkinan besar ditulis oleh pejabat istana). Isinya menunjukkan niat kaisar untuk terlibat dalam urusan pemerintahan, dan memang ia menghadiri rapat-rapat kabinet dan tugas-tugas pemerintahan yang jumlahnya tidak terhitung, meskipun jarang berbicara, hampir hingga hari kematiannya.
Tokoh-tokoh revolusioner mengatur diri mereka dalam sebuah Dewan Negara. dan kemudian menjadi sebuah sistem pemerintahan yang dipimpin tiga menteri utama. Sistem ini bertahan hingga diciptakannya jabatan perdana menteri yang memimpin sebuah kabinet model Barat pada tahun 1885. Pada awalnya, kelangsungan kaisar bahkan tidak jelas, pemimpin revolusioner Got Shojiro kemudian hari
menyatakan bahwa beberapa pejabat "takut para ekstremis mungkin bertindak lebih jauh dan menghapus Mikado".
Pemimpin-pemimpin baru Jepang berusaha melakukan reformasi sistem tambal sulam domain yang diperintah oleh daimyo. Pada tahun 1869, beberapa "daimyo" yang sebelumnya mendukung revolusi menyerahkan tanah-tanah mereka kepada kaisar, dan ditunjuk kembali sebagai gubernur dengan gaji cukup. Pada tahun berikutnya, tindakan itu diikuti semua "daimyo" lainnya.
Pada tahun 1871, kaisar mengumumkan bahwa semua domain dihapus, dan Jepang dibagi menjadi 72 prefektur. Mantan "daimyo" diberi gaji tahunan setara hingga sepuluh persen dari pendapatan mereka sebelumnya (yang tidak perlu lagi dikurangi biaya pemerintahan), tetapi mereka diharuskan pindah ke ibu kota baru, Tokyo. Sebagian besar dari mereka pensiun dari dunia politik.
Pemerintah baru secara bertahap menghapus sebagian besar hak istimewa samurai, termasuk hak mereka untuk mendapat uang saku dari pemerintah. Namun tidak seperti para "daimyo", samurai banyak yang menderita secara finansial dari perubahan ini. Sebagian besar pembedaan berdasarkan kelas dihapus. Diskriminasi legal terhadap "burakumin" diakhiri. Meskipun demikian, sebagian di antara mereka tetap menderita diskriminasi di Jepang hingga kini.
Ketika Parlemen Jepang bentuk saja dibentuk, dewan ini tidak memiliki kekuasaan riil dan begitu pula kaisar. Keshogunan Tokugawa mendistribusikan kekuasaan ke tangan-tangan daimyo dan samurai lainnya yang memimpin restorasi. Jepang waktu itu dikendalikan oleh "Genr" atau sebuah oligarki yang terdiri dari tokoh-tokoh paling berpengaruh dari kalangan militer,
politik, dan ekonomi. Kekuasaan politik Kaisar Meiji ternyata bertahan lama dibandingkan kaisar-kaisar sebelumnya. Kaisar Meiji adalah kaisar pertama Jepang yang tetap bertakhta setelah usia 50 tahun setelah Kaisar gimachi turun takhta pada tahun 1586.
Orang Jepang sangat bangga dengan Restorasi Meiji karena restorasi dan industrialiasi yang menyertainya menjadikan Jepang sebagai kekuatan unggul di Pasifik dan sebagai salah satu negara utama di dunia hanya dalam satu generasi. Walaupun demikian, peran Kaisar Meiji masih terus dapat diperdebatkan. Ia memang dapat mengendalikan Jepang, tetapi seberapa besar pengaruhnya tidak diketahui. Perannya
juga tidak akan pernah jelas apakah memang mendukung Perang Sino-Jepang (1894-1895) dan Perang Rusia-Jepang (1904-1905). Perasaan pribadi Kaisar Meiji antara lain dituangkannya ke dalam puisi, yang isinya tampak menunjukkan kesan pasifisme, atau sedikitnya dari seorang laki-laki yang berharap perang dapat dihindari. Ia menggubah puisi tanka bernada pasifisme berikut ini:
Menjelang akhir hidup Kaisar Meiji, beberapa anarkis, termasuk Kotoku Shusui dieksekusi (1911) dengan dakwaan telah bersekongkol menyusun rencana membunuh kaisar. Persekongkolan ini disebut Insiden Pengkhianatan Besar (1910).
Kaisar Meiji menderita diabetes, nefritis, dan gastroenteritis, meninggal karena uremia pada usia 61 tahun. Meskipun pengumuman resmi Kantor Badan Rumah Tangga Kekaisaran mengatakan Kaisar Meiji meninggal dunia pada 30 Juli 1912 pukul 00.43, ia sebenarnya meninggal dunia di istana pada pukul 22.40 tanggal 29 Juli 1912. Setelah kematiannya, Parlemen Jepang pada tahun 1912 mengeluarkan resolusi untuk
memperingati perannya dalam Restorasi Meiji. Sebuah taman "Iris germanica" di Tokyo yang pernah dikunjungi Kaisar Meiji dan Permaisuri Shoken dipilih sebagai lokasi pembangunan kuil Shinto bernama Meiji-jingu.