Josef Stalin
Tentara Merah lalu memasuki negara-negara Baltik dan ketiga negara tersebut dipaksa bergabung dengan Uni Soviet pada bulan Agustus. Uni Soviet juga mengklaim wilayah Finlandia, tetapi pemerintah Finlandia menolak tuntutan mereka. Uni Soviet kemudian menyerang Finlandia pada bulan November; meskipun kalah jumlah, Finlandia dapat menahan serangan Tentara Merah. Opini internasional mendukung Finlandia dan Uni Soviet dikeluarkan dari Liga
Bangsa-Bangsa. Uni Soviet merasa dipermalukan karena tidak mampu mengalahkan Finlandia dan kemudian mereka menandatangani perjanjian perdamaian sementara. Berdasarkan perjanjian tersebut, Uni Soviet memperoleh beberapa wilayah dari Finlandia. Pada Juni 1940, wilayah Bessarabia dan Bukovina utara di Rumania dicaplok oleh Uni Soviet. Pada saat yang sama, pemerintah Soviet mencoba mencegah segala upaya perlawanan di
wilayah-wilayah Eropa Timur yang baru dikuasai. Salah satu peristiwa yang terjadi di tengah upaya tersebut adalah pembantaian Katyn pada April dan Mei 1940, ketika 22000 anggota angkatan bersenjata, polisi dan intelijensia Polandia dihukum mati.
Kemenangan Jerman yang diraih dengan gesit dan pendudukan Prancis pada musim panas 1940 membuat Stalin terkejut. Ia terus berusaha memuaskan Jerman untuk menunda konflik dengan mereka. Setelah Jerman, Jepang dan Italia menandatangani Pakta Tripartit dan membentuk Blok Poros pada Oktober 1940, Stalin mendekati Jerman dengan usulan untuk bergabung dengan Blok Poros. Untuk menunjukkan itikad-itikad perdamaian kepada Jerman, Soviet
menandatangani sebuah pakta netralitas dengan Jepang pada April 1941. Pada tanggal 6 Mei, Stalin menggantikan Molotov sebagai Perdana Menteri Uni Soviet. Meskipun sebelumnya telah lama menjadi kepala pemerintahan secara "de facto", Stalin menyimpulkan bahwa hubungan dengan Jerman telah begitu memburuk sehingga ia harus menyelesaikan permasalahan ini sebagai kepala pemerintahan "de jure".
Pada Juni 1941, Jerman menyerbu Uni Soviet dan memulai perang di Front Timur. Meskipun sebelumnya sudah mendapatkan peringatan, Stalin sangat dikejutkan oleh serangan mendadak ini. Ia membentuk Komando Tertinggi Militer (Stavka) dengan Georgy Zhukov sebagai Kepala Staf, serta Komite Pertahanan Negara yang dikepalai Stalin sebagai Komandan Tertinggi. Taktik "blitzkrieg" Jerman awalnya sangat mujarab; angkatan udara Soviet di
perbatasan barat dihancurkan dalam waktu dua hari. Wehrmacht Jerman masuk ke dalam wilayah Soviet, dan tidak lama sesudahnya wilayah Ukraina, Belarusia, dan negara-negara Baltik diduduki oleh Jerman. Para pengungsi Soviet membanjiri Moskwa dan Leningrad untuk lari dari Wehrmacht. Meskipun terdapat warga Soviet lainnya-yang bukan orang Rusia dan Yahudi-yang menyambut Tentara Jerman sebagai
pembebas, mereka kemudian menyadari bahwa Nazi menganggap mereka sebagai "Untermensch" yang hanya layak untuk dieksploitasi. Pada bulan Juli, Luftwaffe membombardir kota Moskwa, dan pada bulan Oktober, Wehrmacht melancarkan serangan besar-besaran ke kota tersebut. Pemerintah Soviet telah menyusun rencana untuk melakukan evakuasi ke Kuibyshev, tetapi Stalin memutuskan untuk tetap
berada di Moskwa karena ia yakin bahwa jika ia melarikan diri, maka moral pasukan akan hancur. Pada akhirnya, serangan Jerman ke Moskwa terhenti akibat kedatangan musim dingin.
Stalin lebih mementingkan serangan daripada pertahanan, walaupun pendekatan ini tidak sejalan dengan nasihat Zhukov dan jenderal-jenderalnya yang lain. Pada Juni 1941, ia memerintahkan kebijakan bumi hangus dengan menghancurkan infrastruktur dan persediaan pangan sebelum pasukan Jerman dapat merebutnya, dan ia juga memerintahkan kepada NKVD untuk membunuh sekitar 100000 tahanan politik di wilayah
yang didekati oleh Wehrmacht. Stalin juga melakukan "pembersihan" komando militer; beberapa tokoh berpangkat tinggi diturunkan jabatannya atau dipindahkan ke tempat lain, sementara yang lainnya ditangkap dan dihukum mati. Stalin bahkan mengeluarkan Perintah No. 270 yang memerintahkan kepada prajurit yang terancam akan ditangkap musuh untuk melakukan bunuh diri atau berjuang sampai mati,
dan menyatakan bahwa mereka yang tertangkap adalah seorang pengkhianat; salah satu orang yang ditawan oleh Jerman adalah putra Stalin, Yakov, yang akhirnya menjemput ajal di tahanan. Stalin mengeluarkan Perintah No. 227 pada Juli 1942 yang menyatakan bahwa pasukan yang mundur akan ditempatkan di "batalion-batalion hukuman" yang dikerahkan di barisan depan. Di tengah
sengitnya pertempuran, pasukan Jerman dan Soviet sama-sama mengabaikan hukum perang yang ditetapkan oleh Konvensi Jenewa. Walaupun begitu, Uni Soviet menyebarluaskan informasi mengenai pembantaian-pembantaian yang dilakukan oleh Nazi terhadap kaum komunis, Yahudi dan orang Rom. Stalin juga berupaya memanfaatkan antisemitisme di pihak Nazi dengan menyokong Komite Anti-Fasis Yahudi pada April 1942 untuk menggalang dukungan Yahudi dan asing.
Uni Soviet bersekutu dengan Britania Raya dan Amerika Serikat. Meskipun AS sudah turut serta dalam perang melawan Jerman sejak tahun 1941, tidak banyak bantuan langsung yang dikirim ke Uni Soviet hingga akhir tahun 1942. Untuk memenuhi kebutuhan perang, Uni Soviet mengintensifkan industri mereka di Rusia Tengah yang hampir seluruhnya difokuskan pada produksi militer. Tingkat produktivitas industri mereka sangat
tinggi dan bahkan melampaui Jerman. Pada masa-masa ini, Stalin juga menjadi lebih toleran dengan Gereja Ortodoks Rusia. Stalin memperbolehkan mereka meneruskan beberapa kegiatannya dan ia sendiri bertemu dengan Patriark Sergius pada September 1943. Ia juga melonggarkan beberapa pembatasan terhadap ekspresi budaya dan mengizinkan penulis dan seniman yang sebelumnya ditindas (seperti Anna Akhmatova dan Dmitri
Shostakovich) untuk menyebarluaskan karya mereka. Sementara itu, The Internationale tidak lagi menjadi lagu kebangsaan Uni Soviet dan digantikan dengan sebuah lagu yang lebih terkesan patriotik. Komintern dibubarkan pada tahun 1943, dan Stalin mendorong partai-partai Marxis-Leninis luar negeri untuk memperkuat nasionalisme di atas internasionalisme agar mereka dapat memperoleh semakin banyak dukungan dari dalam
negeri. Pemerintah Soviet juga mulai menggalakkan sentimen Pan-Slavisme. Pada masa yang sama, kritik terhadap kosmopolitanisme semakin meningkat, terutama gagasan "kosmopolitanisme tak berakar", sebuah pendekatan yang berdampak khusus terhadap orang Yahudi di Uni Soviet.
Pada April 1942, Stalin mengesampingkan wewenang Stavka dengan memerintahkan serangan balasan besar pertama yang mencoba merebut kota Kharkov di Ukraina timur. Serangan tersebut mengalami kegagalan. Pada tahun yang sama, Hitler mengubah tujuan utamanya dari yang tadinya hendak memperoleh kemenangan dengan cepat di timur, menjadi tujuan jangka panjang dengan menaklukkan daerah-daerah
penghasil minyak di wilayah selatan Uni Soviet yang sangat penting bagi militer Jerman. Walaupun para jenderal Tentara Merah telah melihat pertanda bahwa Hitler akan mengalihkan perhatiannya ke selatan, Stalin menganggapnya sebagai upaya Jerman untuk menyerang dari samping dan merebut kota Moskwa. Pada Juni 1942, Tentara Jerman menyerang Stalingrad; Stalin memerintahkan Tentara Merah untuk mempertahankan kota tersebut sampai
titik darah penghabisan. Maka meletuslah Pertempuran Stalingrad. Pada Desember 1942, Stalin menjadikan Konstantin Rokossovski sebagai komandan pertahanan Stalingrad. Pada Februari 1943, pasukan Jerman yang menyerang Stalingrad menyerah. Kemenangan Soviet menjadi titik balik dalam perang antara Jerman dan Soviet; untuk merayakan kemenangan ini, Stalin menyatakan dirinya sebagai Marsekal Uni Soviet.