Muchtar Jahja
Sunan Kalijaga Yogyakarta untuk memperoleh gelar Doktor di bidang Ilmu Tafsir dengan promotor Prof. H. Mukhtar Yahya. Gelar yang sama di IAIN Syarif Hidayatullah Jakarta, baru ada pada tahun 1990-an yaitu diwakili oleh Prof. Dr. Quraish Shihab, dan pada tahun 1994 yang lalu ditambah satu lagi yaitu Prof. Dr. Salman Harun. Kemudian pada umur PTAIN sewindu, tepatnya tanggal 6
September 1959, Prof. Mukhtar Yahya diangkat menjadi Dekan Fakultas PTAIN menggantikan Prof. KH. Moh. Adnan yang telah pensiun, dan sebagai sekretarisnya adalah Mr. Wasil Aziz.
Periode ini merupakan suatu kemajuan pesat bagi perkembangan Perguruan Tinggi Agama Islam Negeri (PTAIN) Yogyakarta. yang bersama dengan Akademi Dinas Ilmu Agama (ADIA) di Jakarta (berdiri tahun 1957), digabungkan menjadi satu dengan nama Institut Agama Islam Negeri (IAIN) dan berpusat di Yogyakarta. Demikianlah IAIN Al-Djami'ah ini lahir pada tanggal 2 Rabi'ulawwal 1380 H bertepatan dengan tanggal 24 Agustus
1960 M. Pada tanggal 7 Januari 1961, Prof. Mukhtar Yahya mendapat kehormatan menjadi promotor dari IAIN Al-Djami'ah untuk memberikan gelar Doctor Honouris Causa kepada Yang Mulia Dr. Al-Ustadz Al-Azhar Syeikh Mahmoud Syaltout, Rector Magnificus Universitas Al-Azhar.
Pada tahun 1960 setelah IAIN diresmikan, maka jabatan Dekan Fakultas Ushuluddin dipercayakan pada Prof. H. Mukhtar Yahya. Karena IAIN menambah dua fakultas lagi yaitu: Fakultas Tarbiyah (tahun ajaran 1960-1961) dan Fakultas Adab (tahun ajaran 1961-1962), maka dekan Fakultas Adab dijabat untuk sementara oleh Prof. Mukhtar Yahya, sedangkan Fakultas Tarbiyah dijabat
sementara oleh Prof. R.H.A. Soenarjo. Pada tanggal 16 April 1962 jabatan Dekan Fakultas Tarbiyah definitif diserahterimakan kepada Prof. Mukhtar Yahya, sedangkan jabatan Dekan Fakultas Ushuluddin definitif diserahterimakan kepada K.H. Anwar Musaddad dan jabatanDekan Fakultas Adab definitif diserahterimakan kepada H. Husein Yahya. Jabatan Dekan Fakultas Tarbiyah ini dipegang oleh Prof. Mukhtar Yahya
sampai dengan tanggal 15 Juli 1972. Selain dari jabatan Dekan seperti tersebut di atas, ia juga diangkat sebagai anggota Pengurus Senat dan Anggota Senat IAIN Sunan Kalijaga dan Pembantu Rektor Bidang Akademis Urusan Ilmu Pengetahuan Agama. Selain dari itu, ia memberi kuliah pula di Fakultas Tarbiyah dan Syari'ah UII serta Fakultas Sastra dan Fakultas Filsafat UGM.
Dengan adanya pergantian total pimpinan teras institut pada tahun 1972, maka berakhirlah semua jabatan yang disandang oleh Prof. H. Mukhtar Yahya, kecuali sebagai tenaga pengajar honoraium di semua fakultas di lingkungan IAIN dan perguruan tinggi lainnya, sebab pada tahun yang sama ia menjalani masa pensiun. Sungguh pun begitu, sebagai anggota Penterjemah dan Penafsir Al Qur'an ia tetap diperlukan.
Lembaga ini beranggotakan sebanyak tiga belas orang, diketuai oleh Prof. Mr. R.H.A. Soenarjo dan diwakili oleh Prof. T.M. Hasbi Ash-Shiddieqy merangkap anggota. Sedangkan anggota-anggota yang lain adalah: 12 Prof. Muhammad Zulfikar, sebagai anggota, 13 H. Aryadi Mahmud Darmono, sebagai anggota.
Pada pertengahan tahun 1971, Departemen Agama RI mengadakan proyek untuk meningkatkan mutu para dosen IAIN di seluruh Indonesia. Nama proyek ini ialah Post Graduate Course (PGC) yang berlangsung selama tiga bulan, dan hanya diadakan sebanyak tiga kali. Pada setiap angkatan disajikan mata pelajaran yang berbeda. Pada angkatan II, umpamanya, diadakan peningkatan dalam bidang pelajaran Ilmu
Tafsir. Bidang ini diserahkan tanggungjawabnya kepada Prof. H. Mukhtar Yahya, dan berlangsung dari 20 November 1972 sampai dengan 17 Februari 1973. Angkatan III berakhir pada 17 Februari 1974. Masih dalam rangka peningkatan mutu dosen-dosen, maka setelah PGC rampung, dilanjutkan lagi dengan program yang masih non-degree tetapi lebih intensif, yaitu program Studi Purna Sarjana (SPS). Program ini berlangsung selama 9 bulan
dengan muatan pelajaran yang cukup sarat sebanyak 21 mata pelajaran pokok. Angkatan I dimulai pada tahun ajaran 1974-1975, dan berakhir pada Angkatan-IX yang diadakan pada tahun ajaran 1982-1983. Pada semua angkatan, Prof. H. Mukhtar Yahya ikut memberi kuliah mata pelajaran Agama dan Sejarah Islam. Di kala mengajar di SPS Angkatan-II (1975-1976), Prof. H. Mukhtar Yahya
dianugerahi derajat Doctor Honouris Causa dalam bidang Ilmu Tarbiyah. Pemberian gelar Doktor itu berlangsung pada tanggal 29 Oktober 1975, yaitu dalam rangka peringatan Dies Natalis XXIV IAIN Sunan Kalijaga. Prof. H. Bustami A. Gani bertindak sebagai Promotor.
Setelah SPS Angkatan-IX berakhir, dilanjutkan dengan program berikutnya yang dibuka pada Tahun Ajaran 1983-1984. Prof. Dr. H. Mukhtar Yahya ikut mengajar di Fakultas Pasca Sarjana ini. Ia memegang mata pelajaran Bahasa Arab. Karena merasa telah begitu lemah fisiknya, ia terpaksa mengundurkan diri atas permintaan sendiri pada akhir tahun ajaran 1986-1987. Hal ini sangat mungkin sebab umur ia waktu itu telah mencapai 80 tahun.