Persatuan Sepak Bola Seluruh Indonesia
"Indonesische Voetbal Bond Magelang" (E.A. Mangindaan), dan SIVB- "Soerabajasche Indonesische Voetbal Bond"Surabaya (Pamoedji). Dari pertemuan tersebut, diambillah keputusan untuk mendirikan PSSI, singkatan dari Persatoean Sepak Raga Seloeroeh Indonesia. Nama PSSI lalu diubah dalam kongres PSSI di Solo pada tahun 1930 menjadi "Persatuan sepak bola Seluruh Indonesia" sekaligus menetapkan Ir. Soeratin sebagai ketua umumnya.
PSSI pada masa kepemimpinan Nurdin Halid memiliki beberapa hal yang dianggap kontroversi, antara lain mudahnya Nurdin Halid memberikan ampunan atas pelanggaran, kukuhnya Nurdin Halid sebagai Ketua Umum meski dia dipenjara, isu tidak sedap yang beredar pada masa pemilihan Ketua Umum tahun 2010, dan reaksi penolakan atas diselenggarakannya Liga Primer Indonesia.
Pada 13 Agustus 2007, Ketua Umum Nurdin Halid divonis dua tahun penjara akibat tindak pidana korupsi dalam pengadaan minyak goreng. Berdasarkan standar statuta FIFA, seorang pelaku kriminal tidak boleh menjabat sebagai ketua umum sebuah asosiasi sepak bola nasional. Karena alasan tersebut, Nurdin didesak untuk mundur dari berbagai pihak; Jusuf Kalla (Wakil Presiden RI saat
itu), Ketua KONI, dan bahkan FIFA menekan Nurdin untuk mundur. FIFA bahkan mengancam untuk menjatuhkan sanksi kepada PSSI jika tidak diselenggarakan pemilihan ulang ketua umum. Akan tetapi Nurdin bersikeras untuk tidak mundur dari jabatannya sebagai ketua PSSI, dan tetap menjalankan kepemimpinan PSSI dari balik jeruji penjara. Agar tidak melanggar statuta PSSI, statuta
mengenai ketua umum yang sebelumnya berbunyi "harus tidak pernah terlibat dalam kasus kriminal" () diubah dengan menghapuskan kata "pernah" () sehingga artinya menjadi "harus tidak sedang dinyatakan bersalah atas suatu tindakan kriminal" (). Setelah masa tahanannya selesai, Nurdin kembali menjabat sebagai ketua PSSI.
Pada Oktober 2010, Liga Primer Indonesia yang bertujuan untuk meningkatkan kualitas sepak bola Indonesia dideklarasikan di Semarang oleh Konsorsium dan 17 perwakilan klub. Kompetisi ini tidak direstui oleh PSSI dan dianggap ilegal. Meski PSSI memaparkan secara panjang lebar alasan mengapa LPI melawan hukum, organisasi ini tidak pernah menjelaskan alasan mengapa mereka tidak merestui LPI, kecuali menyebut
LPI sebagai "kompetisi ecek-ecek", "tarkam", dan "banci." LPI akhirnya mendapatkan izin dari pemerintah melalui Menteri Pemuda dan Olahraga Andi Mallarangeng.
Klub anggota yang keluar dari kompetisi PSSI dan mengikuti Liga Primer Indonesia dikenakan sanksi degradasi dan tidak diundang dalam Munas PSSI. Padahal klub-klub tersebut hanya mengundurkan diri dari Liga Super Indonesia dan bukan dari keanggotaan PSSI, sehingga masih memiliki hak suara dalam kongres. Selain itu, menurut Statuta PSSI, penghapusan keanggotaan klub dari PSSI tidak dapat ditentukan hanya oleh petinggi PSSI, harus melalui kongres dan disetujui minimal 3/4 anggota yang hadir.
Kisruh di PSSI semakin menjadi-jadi semenjak munculnya LPI. Ketua Umum Nurdin Halid melarang segala aktivitas yang dilakukan oleh LPI. Pada Kongres PSSI tanggal 26 Maret 2011 di Pekanbaru, Riau, masalah kekisruhan di tubuh PSSI seperti disengaja disembunyikan dari publik dengan cara mengadakan kongres secara tertutup. Kongres tersebut pada akhirnya tidak berhasil diselenggarakan karena terjadi kekisruhan mengenai hak suara.
Pada 1 April 2011, Komite Darurat FIFA memutuskan untuk membentuk Komite Normalisasi yang akan mengambil alih kepemimpinan PSSI dari komite eksekutif di bawah pimpinan Nurdin Halid. Komite Darurat FIFA menganggap bahwa kepemimpinan PSSI saat ini tidak dapat mengendalikan sepak bola di Indonesia, terbukti dengan kegagalannya mengendalikan LPI dan menyelenggarakan kongres. FIFA juga menyatakan bahwa 4 orang
calon Ketua Umum PSSI yaitu Nurdin Halid, Nirwan Bakrie, Arifin Panigoro, dan George Toisutta tidak dapat mencalonkan diri sebagai ketua umum sesuai dengan keputusan Komite Banding PSSI tanggal 28 Februari 2011. Selanjutnya, FIFA mengangkat Agum Gumelar sebagai Ketua Komite Normalisasi PSSI.
Setelah melalui serangkaian kegagalan, termasuk kembali gagalnya penyelengaraan Kongres tanggal 20 Mei 2011 di Jakarta, akhirnya dalam Kongres Luar Biasa tanggal 9 Juli 2011 di Solo, Djohar Arifin Husin terpilih sebagai Ketua Umum PSSI periode 2011-2015.
Pemecatan dan penunggakan gaji Alfred Riedl menimbulkan hal yang kontroversial karena pihak PSSI mengaku bahwa Alfred Riedl dikontrak oleh Nirwan Bakrie dan bukan oleh PSSI akan tetapi Alfred Riedl membantah hal tersebut dan membawa persoalan ini ke FIFA dan kasus ini belum terselesaikan.
Setelah berganti kepengurusan Ketua umum PSSI dari Nurdin Halid ke Djohar Arifin Husin dimulai era kompetisi baru. Dalam pembentukan IPL, banyak masalah yang terjadi karena aturan-aturan yang ditetapkan oleh PSSI. Pembentukan IPL mendapat tekanan dari 12 klub sepak bola atau kelompok 14 karena kompetisi berjumlah 24 klub dan 6 klub di antaranya langsung menjadi klub IPL.
Namun, PSSI meyakinkan bahwa untuk memenuhi standar kompetisi profesional AFC, klasemen musim sebelumnya (musim 2010/2011) dihapuskan. Sebagai gantinya, yang dilihat adalah poin tertinggi dalam verifikasi tentang profesionalisme klub Indonesia. Akan tetapi, dengan adanya IPL, Indonesia terhindar dari sanksi AFC.
Berawal dari ikut sertanya Arema Indonesia dan Persebaya Surabaya dalam ajang QNB League yang telah dilarang ikut serta oleh Badan Olahraga Profesional Indonesia, Kementerian Pemuda dan Olahraga memberikan surat peringatan kepada PSSI. Surat peringatan pertama diberikan pada 8 April 2015 yang menyatakan bahwa PSSI telah mengabaikan rekomendasi BOPI atas larangan ikut sertanya Arema dan Persebaya.
Selain itu, Kemenpora meminta kedua klub untuk mengikuti rekomendasi BOPI. Selang seminggu kemudian, Kemenpora kembali mengeluarkan surat peringatan kedua karena PSSI serta Arema dan Persebaya tidak juga mematuhi perintah BOPI sebelumnya. Ketua Umum PSSI Djohar Arifin Husin menilai ini hanya kesalahpahaman antara PSSI dengan Kemenpora dan BOPI. Ia
pun yakin masalah ini dapat selesai jika PSSI serta Kemenpora dan BOPI duduk bersama. Sebelumnya pada 10 April, FIFA mengirim surat kepada Menteri Pemuda dan Olahraga Imam Nahrawi agar pemerintah tidak mengintervensi PSSI. Apabila intervensi berlanjut, FIFA akan memberikan sangsi kepada PSSI. Pada 16 April, Kemenpora kembali mengirimkan surat peringatan ketiga kepada PSSI. Kemenpora menilai
PSSI mengabaikan surat peringatan pertama dan kedua sebelumnya. PSSI juga kembali diminta patuh kepada rekomendasi BOPI sebelumnya. Akhirnya, pada 17 April 2015, Menpora Imam Nahrawi membekukan PSSI. Menpora juga tidak mengakui penyelenggaraan Kongres Luar Biasa PSSI yang tengah berlangsung di Surabaya. Dalam keputusan menteri tersebut, Menpora menerangkan pemerintah
akan membentuk Tim Transisi yang mengambil alih hak dan kewenangan PSSI sampai dengan terbentuknya kepengurusaan PSSI yang kompeten sesuai dengan mekanisme organisasi dan statuta FIFA. Sedangkan soal Timnas Indonesia untuk SEA Games dan penyelenggaraan QNB League akan diambil alih oleh KONI dan KOI. Tim Transisi tersebut adalah FX Hadi Rudyatmo, Lodewijk Freidrich Paulus, Ridwan Kamil, Eddy
Rumpoko, Ricky Yakobi, Bibit Samad Riyanto, Darmin Nasution, Cheppy T. Wartono, Tommy Kurniawan, Iwan Lukminto, Francis Wanandi, Saut H. Sirait, Andrew Darwis, Farid Husaini, Zuhairi Misrawi, Diaz Faisal Malik Hendropriyono, Velix F. Wanggai. Dari 17 nama tersebut, Velix F. Wanggai, Darmin Nasution, Farid Husain dan Ridwan Kamil mengundurkan diri sebelum Tim bekerja.
Pada 25 Mei 2015, Pemerintah melalui Wakil Presiden Jusuf Kalla, menganjurkan untuk mencabut pembekuan PSSI pimpinan La Nyalla Mattalitti. Hal ini dilakukan setelah adanya pertemuan tertutup dengan Menteri Pemuda dan Olahraga, Imam Nahrawi, Wakil Ketua Umum PSSI Hinca Panjaitan, Ketua Komite Olimpiade Indonesia Rita Subowo dan mantan Ketua Umum PSSI Agum Gumelar di Istana Wapres. Alasan