Digimon
digital. Ternyata Yggdrasil, untuk melindungi dunia digital, memutuskan untuk menghancurkan dunia manusia, sehingga kedua dunia tidak akan bertemu dalam satu dimensi dan bertabrakan. Delapan Royal Knights yaitu Craniummon, Dukemon, Magnamon, Dynasmon, LordKnightmon, UlforceVeedramon, Duftmon dan Omegamon yang merupakan digimon ksatria mengabdi kepada Yggdrasil, diutus untuk melaksanakan tugas tersebut.
Yggdrasil berwujud Daimon Suguru, ayah Masaru yang menghilang di dunia digital saat melakukan penelitian dan eksplorasi di dunia digital. Tubuh Suguru diambil oleh Yggdrasil dan rohnya diambil oleh BanchoLeomon, digimon partner Suguru.
Setelah mengalahkan beberapa Royal Knights, Tim D.A.T.S. akhirnya mulai bertarung melawan Yggdrasil. Yggdrasil keluar dari tubuh Suguru, dalam wujud robot yang kuat untuk menghancurkan dunia manusia dengan tangannya sendiri. Yggdrasil kemudian tidak hanya berencana untuk menghapus dunia manusia, tetapi juga dunia digital dan kemudian menciptakan dunia baru.
Royal Knights yang tersisa mulai melaksanakan pemberontakan melawan Yggdrasil dan berpihak kepada Tim D.A.T.S. Melalui pertempuran yang sengit dan emosi dari Masaru dan Agumon, Yggdrasil berhasil dikalahkan dan kedua dunia tidak jadi bertabrakan. Sebelum lenyap, Yggdrasil mengembalikan Suguru ke dunia manusia sehingga ia bisa bertemu kembali dengan keluarganya.
Masaru kemudian memilih untuk tetap tinggal di dunia digital bersama Agumon untuk membantu menjaga perdamaian di dunia digital.
Ada sebuah spesial episode yang berisi tentang recap scene-scene dari berbagai episode terutama di saat Agumon, Lalamon dan Gaomon berubah yang masing-masing dikomentari oleh Agumon, Lalamon dan Gaomon.
Seri ini tayang sejak tanggal 06 Juli 2010 di TV Asahi. Seri ini adalah seri yang mengadakan perubahan besar-besaran tentang konsep Digimon. Di seri ini tidak ada lagi yang namanya level, evolusi, attribute, field dll. Dan juga seri ini adalah satu-satunya yang tidak memiliki ending song serta banyak melakukan remake Digimon yang lama. Serial kali ini mengisahkan seorang anak lelaki
yang memakai goggle yang bernama Kudou Taiki, ia selalu membantu orang-orang yang sedang kesusahan. Semua berawal ketika Taiki mendengar suara 'seseorang' yang mengatakan "Aku akan mati". Mendengar itu Taiki mencari sumber suaranya dan menolongnya yang ternyata adalah sebuah mahkluk tak dikenal. Taiki pun menerima XrosLoader. Bersama Hinomoto Akari, teman masa kecilnya
yang setahun lebih muda darinya, dan Tsurugi Zenjiro, anak yang menganggap dirinya sendiri sebagai rival Taiki, mereka terbawa ke sebuah cahaya. Ketika mereka sadar dari 'tidurnya', barulah mereka sadar bahwa mereka berada di dunia lain yang tak lain di Dunia Digital.
Mereka sudah bertemu dengan Shoutmon, Ballistamon, Dorolumon, Cutemon, Starmon, Pickmonz, Jijimon, ChibiKamemon, Knightmon, Bastemon, Revolmon, Beelzebumon (versi Xros Wars), dan Wisemon. Dengan kekuatan DigiXros, Taiki mengalahkan Digimon-Digimon jahat yang berusaha merebut XrosLoader miliknya.
Taiki sudah melakukan DigiXros yang menghasilkan ShoutmonX2 (pergabungan atara Shoutmon dan Ballistamon), ShoutmonX2PlusM (pergabungan ShoutmonX2 dengan ChibiKamemon), ShoutmonX3 (pergabungan antara Shoutmon, Ballistamon, dan Dorulumon), ShoutmonX4 (pergabungan antara Shoutmon, Ballistamon, dan Dorulumon, serta Star Sword), ShoutmonX4B (pergabungan ShoutmonX4 dengan Beelzemon (versi Xros Wars), ShoutmonX4K (pergabungan ShoutmonX dengan
Knightmon dan beberapa White PawnChessmon), ShoutmonX5 (pergabungan ShoutmonX4 dengan Sparrowmon), ShoutmonX5B (ShoutmonX4B + Sparrowmon), Shoutmon + Dorulu Cannon (pergabungan Shoutmon dengan Dorulumon), Shoutmon + Star Sword (pergabungan Shoutmon dengan Starmon dan beberapa Pickmonz), Rare Star Sword (pergabungan Starmon dengan 3 Pickmon silver dan 1 Pickmon merah, biasa dipakai oleh Zenjirou), Pickmonz Slingshot (pergabungan Starmon dan beberapa Pickmon yang membentuk katapel),
Dorulu-copter (pergabungan Dorulumon dengan Starmon dan Pickmonz), Jijishoutmon (Jijimon + shoutmon), ShouCutemon (Shoutmon + Cutemon), PawnShoutmon (PawnChessmon white + Shoutmon), DonShoutmon (Dondokomon + Shoutmon), Shonitamon (Shoutmon + Monitamon), BalliBastemon (Ballistamon + Bastemon).
Ada 4 tim di dunia digital yaitu Xros Heart yang diketuai oleh Kudou Taiki; Blue Flare yang diketuai oleh Aonuma Kiriha, pemuda yang berdarah dingin, memiliki partner Greymon (versi Xros Wars), MailBirdramon, Golemon (sementara waktu), Deckerdramon, Gaosumons dan Cyberdramon (versi Xros Wars)., Kiriha telah melakukan DigiXros yang menghasilkan MailBirdramon + Golemon, MetalGreymon (versi Xros Wars),
MetalGreymon + Cyber Launcher, dan DeckerGreymon; Twilight (yang nantinya akan menjadi sub-divisi dari Bagra Army) yang diketuai oleh Amano Nene, perempuan misterius yang selalu mengintai Taiki dan Kiriha dari kejauhan, memiliki partner Monitamon, Monimon, Sparrowmon, SkullKnightmon, DeadlyAxemon, SkullSatamon, SkullGreymon, Guardromons dan Tsuwamon; tim terakhir adalah tim
antagonis utama yaitu Bagra Army yang diketuai oleh Baguramon, tim ini memiliki 3 komandan yaitu Tactimon, Lilithmon dan Blastmon.
Ada beberapa perubahan yang di mulai di episode 31, di antaranya adalah munculnya evolution, Twilight hilang dan bergabung ke Bagra Army, konsep dunia digital diubah dari 108 zones menjadi 7 lands, adanya 7 Death Generals sebagai musuh baru, Opening baru yang dinyanyikan oleh perempuan (pertama kali di sejarah Digimon Opening Song dinyanyikan perempuan) dan juga pakaian baru untuk Taiki, Kiriha dan Nene serta judul yang diubah menjadi Digimon Xros Wars: The Evil Death Generals And The Seven Kingdoms.
Setelah mengalahkan ketujuh Death General, akhirnya Nene bisa menyelematkan adiknya yaitu Yuu dari tangan Bagra Army. Season ini diakhiri dengan pertarungan DarknessBagramon melawan ShoutmonX7 Superior Mode di dunia nyata yang dibekukan (yang merupakan hasil DigiXros Shoutmon dengan seluruh Digimon yang ada di dunia nyata dan dunia digital kecuali DarknessBagramon) dengan satu serangan. Dan seperti Savers dan Tamers, Digimon yang berada di dunia nyata harus kembali ke dunia digital.
Seri terbaru yang merupakan sekuel langsung dari Digimon Xros Wars. Ceritanya hanya berjarak 1 tahun dari petualangan Taiki dkk di musim panas itu. Setelah peristiwa 1 tahun yang lalu itu, Taiki dan Yuu (yang baru saja naik ke SMP) membuat tim bola basket yang diberi nama Xros Heart, Nene menjadi artid di Hong Kong, sedangkan Zenjirou, Akari dan Kiriha masih belum diketahui
nasibnya. Ada 5 tokoh utama baru yang muncul di sekuel ini, Akashi Tagiru yang bergabung dengan Taiki dan Yuu di tim Xros Heart, dia memiliki Digimon utama yang bernama Gumdramon yang chou-shinka menjadi Arresterdramon; Ryouma Mogami, pemimpin dari tim rival Xros Heart yang memiliki Digimon utama Psychemon yang chou-shinka menjadi Astamon; Tobari Ren, anggota tim rival yang memiliki Digimon utama
Dracumon yang chou shinka menjadi Yaksamon; Airu Suzaki satu-satunya perempuan di tim rival yang memiliki Digimon utama Opposumon yang chou-shinka menjadi Cho-Hakkaimon; dan seorang kakek misterius yang memberikan Tagiru sebuah XrosLoader yang disebut Clock shop's owner, dia sering terlihat bersama Clockmon yang diredesign; serta karakter terbaru yaitu Mashimo Hideaki yang memiliki Digimon yang bernama Dobermon.
Konsep General diganti menjadi Hunters di sini karena yang mereka lakukan adalah menangkap Digimon yang berkeliaran di DigiQuartz (dunia misterius yang berada di antara dunia digital dan dunia nyata, seringkali merefleksikan bentuk fisik dari sebuah lokasi di dunia nyata) dan menambah mereka di koleksinya.
Cerita dari seri ini lebih mirip ke Tamers dan Savers dibandingkan Xros Wars season 1 dan 2 yang lebih mirip ke Adventure dan Frontier, dikarenakan orang yang mendireksikan adalah orang yang sama dengan orang yang mendireksikan Digimon Tamers.