Konflik Chad-Libya
untuk menjadikan "buku hijau" sebagai peraturan resmi FROLINAT, dan mereka mencoba menunda isu tersebut hingga pergerakan FROLINAT telah sepenuhnya disatukan. Setelah gerakan ini disatukan kembali, Gaddafi kembali menekan mereka untuk menerapkan "buku hijau", sehingga muncul pertikaian di dalam tubuh dewan revolusi dan banyak yang menyatakan kesetiaan mereka kepada program FROLINAT
yang disetujui pada tahun 1966, ketika Ibrahim Abatcha menjadi sekretaris jendral pertama. Sementara itu, faksi yang lain (termasuk Acyl) secara penuh menganut gagasan Kolonel Gaddafi.
Di N'Djamena, kehadiran dua angkatan bersenjata yang sebaya (FAN yang dipimpin oleh Perdana Menteri Habré dan FAT yang dipimpin oleh Presiden Malloum) memicu pertempuran N'Djamena yang mengakibatkan kerutuhan negara dan bangkitnya elit-elit utara. Insiden kecil mulai membesar pada tanggal 12 Februari 1979 menjadi pertempuran berskala penuh antara pasukan Habré dan Malloum, dan
pertempuran semakin menggelora pada tanggal 19 Februari 1979 ketika tentara Goukouni memasuki ibukota untuk bertempur bersama Habré melawan FAT. Pada tanggal 16 Maret 1979, ketika konferensi perdamaian internasional pertama diadakan, 2000- 5000 orang terbunuh dan 60000- 70000 terpaksa mengungsi dari ibukota. Pasukan Chad yang jumlahnya sudah menipis meninggalkan N'Djamena dan kota tersebut jatuh ke
tangan pemberontak. Para pemberontak mereorganisasi diri mereka di selatan di bawah kepemimpinan Wadel Abdelkader Kamougué. Selama pertempuran, garnisun Perancis hanya menonton saja dan kadang membantu Habré seperti saat mereka meminta Angkatan Udara Chad untuk menghentikan pengeboman dari udara.
Konferensi perdamaian internasional diadakan di Kano, Nigeria, yang dihadiri oleh negara-negara tetangga Chad dan juga oleh Malloum, Habré dan Goukouni. Persetujuan Kano ditandatangani pada tanggal 16 Maret 1979 oleh semua yang hadir, dan Malloum lalu mengundurkan diri dan digantikan oleh dewan negara di bawah kepemimpinan Goukouni. Hal ini dipicu oleh tekanan dari Perancis dan Nigeria yang
ingin agar Goukouni dan Habré berbagi kekuasaan. Perancis menganggap tindakan ini sebagai strategi mereka untuk memutus semua hubungan antara Goukouni dan Gaddafi. Beberapa minggu kemudian, faksi yang sama membentuk Pemerintahan Transisi Persatuan Nasional (GUNT), yang disatukan oleh keinginan bersama untuk mengusir Libya dari Chad.
Walaupun sudah menandatangani persetujuan Kano, Libya murka karena GUNT tidak memasukkan pemimpin dari pasukan Volcan dan tidak mengakui klaim Libya atas Jalur Aouzou. Semenjak 13 April 1979, militer Libya sudah cukup aktif di Chad utara dan mereka juga memberikan dukungan kepada gerakan separatis di selatan. Namun, mereka baru menanggapi secara serius setelah tanggal 25 Juni 1979 dengan melayangkan sebuah ultimatum yang meminta
pembentukan pemerintahan yang baru dan lebih inklusif. Pada tanggal 26 Juni 1979, 2500 tentara Libya menyerang Chad dan bergerak menuju kota Faya-Largeau. Pemerintah Chad lalu meminta bantuan dari Perancis. Pasukan Libya pada awalnya dihalangi oleh milisi Goukouni, dan lalu dipaksa mundur oleh pesawat pengintai dan pengebom Perancis. Pada bulan yang sama, faksi-faksi yang
tidak diikutsertakan dalam pemerintahan GUNT mendirikan pemerintahan tandingan di Chad utara yang disebut Front untuk Aksi Gabungan Sementara (FACP).
Sebuah konferensi perdamaian kembali diadakan di Lagos, Nigeria, pada bulan Agustus akibat perang melawan Libya, boikot ekonomi oleh Nigeria dan tekanan internasional. Sebelas faksi yang ada di Chad turut serta dalam konferensi ini. Persetujuan Lagos ditandatangani pada tanggal 21 Agustus 1979. GUNT yang baru dibentuk dan terbuka untuk semua faksi. Tentara Perancis meninggalkan Chad dan digantikan dengan
pasukan perdamaian multinasional Afrika. GUNT yang baru mulai bertugas pada bulan November, dengan Goukouni sebagai Presiden, Kamougué sebagai Wakil Presiden, Habré sebagai Menteri Pertahanan dan Acyl sebagai Menteri Luar Negeri. Walaupun melibatkan Habré, Gaddafi merasa puas dengan jumlah orang-orang pro-Libya yang dilibatkan dalam pemerintahan GUNT.
Dari awal Habré sudah mengisolasi dirinya dari anggota GUNT lainnya. Ia juga dibenci oleh anggota GUNT lainnya. Sifat Habré yang bermusuhan dengan Libya ditambah dengan ambisi dan kekejamannya membuat para pengamat menyimpulkan bahwa sang pemimpin perang sepertinya hanya akan puas dengan jabatan tertinggi. Terdapat keyakinan bahwa konfrontasi bersenjata antara Habré dan faksi pro-Libya akan terjadi, khususnya konflik antara Habré melawan Goukouni.
Seperti yang telah diduga, bentrok di ibukota antara FAN yang dipimpin oleh Habré dan kelompok-kelompok pro-Libya secara perlahan semakin menguat. Pada akhirnya, pada tanggal 22 Maret 1980, sebuah insiden kecil (seperti pada tahun 1979) memicu pertempuran N'Djamena kedua. Dalam waktu sepuluh hari, perselisihan antara FAN melawan Angkatan Bersenjata Rakyat Goukouni
(keduanya memiliki sekitar 1000- 1500 pasukan di kota tersebut) telah menelan ribuan korban jiwa dan pengungsian sekitar setengah populasi ibukota. Beberapa pasukan Perancis yang tersisa (sebagian besar sudah meninggalkan Chad pada tanggal 4 Mei 1980) menyatakan netral; sikap yang sama diambil oleh pasukan perdamaian dari Zaire.
FAN mendapat bantuan ekonomi dan militer dari Sudan dan Mesir, sementara Goukouni menerima bantuan dari FAT yang dipimpin oleh Kamougué dan CDR yang dikepalai oleh Acyl serta bantuan artileri Libya. Pada tanggal 6 Juni 1980, FAN mengambil alih kekuasaan kota Faya. Peristiwa ini membuat Goukouni gelisah, sehingga ia menandatangani perjanjian persahabatan dengan Libya pada tanggal 15 Juni 1980.
Perjanjian itu memberikan izin kepada Libya untuk bebas bertindak di Chad dan melegitimasi intervensi Libya di negara tersebut. Pasal pertama perjanjian tersebut juga menegaskan komitmen pertahanan bersama di antara Chad dan Libya dan menyatakan bahwa ancaman terhadap salah satu akan dianggap sebagai ancaman terhadap keduanya.
Semenjak bulan Oktober, tentara Libya yang dipimpin oleh Khalifa Haftar and Ahmed Oun dikirim ke Jalur Aouzou lewat udara dan beroperasi bersama dengan pasukan Goukouni untuk menduduki kembali kota Faya. Kota ini lalu digunakan sebagai tempat pengumpulan tank, artileri dan kendaraan tempur lapis baja yang bergerak kearah selatan menuju ibukota Chad, N'Djamena.
Serangan dimulai pada tanggal 6 Desember 1980 yang dipimpin oleh oleh tank T-54 dan T-55 buatan Uni Soviet dan dikoordinasi oleh penasihat militer dari Uni Soviet dan Jerman Timur. N'Djamena jatuh pada tanggal 16 Desember 1980. Pasukan Libya yang berjumlah sekitar 7000 sampai 9000 orang dan paramiliter legiun Islam Pan-Afrika, 60 tank, dan kendaraan tempur lapis baja lainnya, telah diterbangkan sejauh 1100 kilometer dari
perbatasan selatan Libya, sebagian diangkut lewat udara atau dengan menggunakan transporter tank dan sebagian dengan tenaga mereka sendiri. Perbatasan selatan Libya sendiri terletak sekitar 1000 sampai 1100 kilometer dari pangkalan militer utama Libya di pesisir Laut Tengah. Intervensi Libya menunjukkan sebuah kemampuan logistik yang mengesankan, dan merupakan kemenangan militer pertamanya dan pencapaian politik Gaddafi yang penting.
Walaupun ia telah dipukul mundur hingga ke pengasingan dan pasukannya dibatasi di zona perbatasan Darfur, Habré tetap berpendirian teguh. Pada tanggal 31 Desember 1980, ia mengumumkan di Dakar bahwa ia akan meneruskan perang gerilya melawan GUNT.
Pada tanggal 6 Januari 1981, Gaddafi dan Goukouni mengeluarkan pengumuman resmi di Tripoli yang menyatakan bahwa Libya dan Chad telah memutuskan "untuk berupaya mencapai persatuan penuh di antara kedua negara". Rencana penyatuan ini memicu perlawanan di Afrika dan langsung dikutuk oleh Perancis. Pada tanggal 11 Januari 1981, Perancis menawarkan penguatan garnisun Perancis di negara-negara Afrika yang bersahabat