Hagia Sophia
tahun 797-802, ikonoklasme kembali merebak pada masa Kaisar Theophilos yang sangat dipengaruhi oleh seni rupa Islam, yang melarang penggambaran makhluk hidup. Theophilos membuat pintu-pintu perunggu bersayap dua, yang memperlihatkan monogramnya, di pintu masuk gereja bagian selatan.
Basilika ini mengalami kerusakan pertama kali dalam kebakaran besar tahun 859, dan kemudian saat gempa bumi pada 8 Januari 869, yang membuat sebagian kubahnya runtuh. Kaisar Basilius I memerintahkan agar gereja ini diperbaiki.
Pada masa pendudukan Konstantinopel pada Perang Salib Keempat, gereja ini dijarah dan dinodai oleh Tentara Salib, sebagaimana dijelaskan oleh sejarawan Bizantium Niketas Choniates. Pada masa pendudukan Latin di Konstantinopel (1204-1261), gereja ini berubah menjadi Katedral Katolik Roma. Baldwin I dimahkotai sebagai kaisar pada 16 Mei 1204 di Hagia Sophia, dengan upacara yang pelaksanaannya menggunakan adat Bizantium. Enrico
Dandolo, "Doge" Republik Venesia yang memimpin pendudukan dan invasi terhadap Konstantinopel oleh Tentara Salib Latin pada 1204, dimakamkan di dalam gereja ini. Makam yang telah terukir namanya, yang menjadi bagian dari dekorasi lantai, diludahi oleh banyak masyarakat Romawi Timur yang merebut kembali Konstantinopel pada tahun 1261 M. Namun, saat restorasi yang dipimpin
oleh Fossati bersaudara sepanjang tahun 1847-1849, timbul keraguan terhadap keaslian makam doge tersebut; tampaknya lebih seperti sebuah peringatan simbolis daripada situs pemakaman.
Setelah direbut kembali pada 1261 oleh bangsa Bizantium, gereja ini dalam keadaan bobrok. Pada 1317, Kaisar Andronikus II memerintahkan agar empat penopang (, bahasa Yunani:"Piramdas") baru dibangun di sisi timur dan utara gereja, pembiayaannya menggunakan warisan dari almarhumah istrinya, Irene. Kubah gereja mengalami keretakan setelah gempa bumi bulan Oktober 1344,
dan beberapa bagian bangunan runtuh pada 19 Mei 1346; alhasil gereja ini ditutup sampai 1354 saat perbaikan dilakukan oleh arsitek-arsiteknya, Astras dan Peralta.
Konstantinopel ditaklukkan oleh Utsmani pada 29 Mei 1453. Banyak catatan yang merekam kejadian itu, walaupun beberapa ditulis sekian lama setelah peristiwa tersebut terjadi dan masing-masing menyatakan sebagai catatan yang mendekati aslinya. Baik Yunani, Italia, Slavia, Turki, dan Rusia, semuanya memiliki versi mereka masing-masing yang mungkin sulit untuk disatukan. Salah satu versi cerita
tersebut adalah yang ditulis sejarawan kontemporer Inggris bernama yang dikenal karena bukunya yang berjudul "".
Sesuai dengan kebiasaan, Sultan Mehmed II memberikan kebebasan bagi pasukannya untuk melakukan penjarahan selama tiga hari atas kota yang baru ditaklukkan, dan setelahnya ia akan mengklaim isi kota untuk dirinya. Hagia Sophia tidak dikecualikan dari penjarahan, dan menjadi titik fokusnya karena para penakluk meyakini bahwa di tempat itu mengandung harta terbesar dari seluruh
kota. Tidak lama sesudah pertahanan kota runtuh, para penjarah bergerak menuju Hagia Sophia dan mendobrak pintunya. Sepanjang pengepungan, jamaah sedang berpartisipasi dalam Doa dan Liturgi Kudus di Hagia Sophia, dan gereja menjadi salah satu tempat perlindungan bagi banyak dari mereka yang tidak mampu berkontribusi dalam mempertahankan kota, seperti perempuan, anak-anak, dan orang
tua. Karena terjebak di dalam gereja, jemaah dan para pengungsi menjadi sasaran para penakluk. Bangunan itu dinodai dan dijarah, dan penghuninya diperbudak, dicabuli atau dibunuh; orang-orang tua dan lemah dibunuh, perempuan dan anak-anak gadis diperkosa, yang lain dibelenggu dan dijual sebagai budak. Imam-imam terus melakukan ritual Kristen sampai dihentikan oleh para
penakluk. Ketika Sultan dan anak buahnya memasuki gereja, ia menegaskan bahwa bangunan itu harus sekaligus diubah menjadi masjid. Salah seorang ulama kemudian naik ke mimbar dan membacakan Syahadat.
Pada hari ketiga penaklukan, Mehmed II memerintahkan agar penjarahan dihentikan dan mengirimkan pasukannya kembali ke luar dinding kota. Sejarawan Bizantium, yang bekerja di istana pada masa tiga Kaisar Romawi Timur terakhir (Manouel II, John VIII, dan Konstantinus XI), menjadi saksi mata jatuhnya Konstantinopel pada 1453, menjadi budak Utsmani namun dibebaskan tidak lama kemudian, menjelaskan tindakan sultan pada hari ketiga tersebut:
Kemudian Hagia Sophia, disebut Aya Sofya dalam pelafalan Turki, diubah menjadi masjid kekaisaran. Walaupun begitu, keberadaan Gereja Kristen Ortodoks tetap diakui, sebagaimana dalam sistem "millet" Utsmani yang memberikan agama non-Islam kewenangan khusus dalam mengatur urusan masing-masing. Gennadius Scholarius lantas ditetapkan sebagai Patriark Konstantinopel pertama pada masa Utsmani,
kemudian menetapkan kedudukannya di Gereja Rasul Suci, yang kemudian berpindah ke Gereja Pammakaristos.
Seperti dijelaskan oleh beberapa pengunjung dari Barat (misalnya bangsawan dari Kordoba bernama Pero Tafur dan Cristoforo Buondelmonti dari Firenze), gereja saat itu dalam keadaan bobrok, dengan beberapa pintu telah terlepas dari engselnya. Mehmed II memerintahkan perbaikan dan pengubahannya menjadi masjid. Mehmed menghadiri ibadah Jumat yang pertama kalinya di masjid
pada 1 Juni 1453. Hagia Sophia menjadi masjid kekaisaran pertama di Istanbul. Pada wakaf yang bersangkutan dianugerahkan sebagian besar rumah yang saat ini berdiri di kota tersebut dan daerah yang kelak menjadi Istana Topkap. Sejak tahun 1478, sebanyak 2360 toko, 1360 rumah, 4 karavanserai, 30 toko "boza", dan 23 toko domba memberikan penghasilan mereka untuk yayasan
tersebut. Melalui piagam kekaisaran tahun 1520 (926 H) dan 1547 (954 H), berbagai toko dan bagian dari Grand Bazaar dan pasar-pasar lain, juga ditambahkan ke dalamnya.
Sebelum 1481, sebuah menara kecil telah didirikan di sudut barat daya bangunan di atas menara tangga. Kemudian Sultan Bayezid II (1481-1512), membangun menara lain di sudut timur laut. Salah satu dari menara itu runtuh setelah gempa bumi pada tahun 1509, dan sekitar pertengahan abad keenam belas keduanya diganti dengan dua menara yang dibangun di sudut timur dan barat bangunan.
Pada abad keenam belas, Sultan Suleiman Al Kanuni membawa dua batang lilin kuno dari penaklukannya atas Hungaria dan ditempatkan mengapit mihrab. Pada masa Selim II, dikarenakan mulai menunjukkan tanda-tanda kerapuhan, Aya Sofya diperkuat dengan dukungan struktural untuk bagian luar. Proyek ini dikepalai arsitek Utsmani saat itu, Mimar Sinan, yang juga dikenal sebagai salah satu
insinyur gempa pertama di dunia. Untuk memperkuat struktur bersejarah Bizantium ini, Sinan membangun dua menara besar di barat yang awalnya ruang khusus sultan, dan "türbe" (bangunan untuk makam di Turki) untuk makam Selim II di tenggara bangunan pada 1576-7 M/984 H. Selain itu, lambang bulan sabit emas dipasang di atas kubah. Kemudian, makam ini juga menjadi makam bagi 43
pangeran Utsmani. Pada 1594 M/1004 H "Mimar" (kepala arsitek) Davud Aa membangun makam Murad III (1574-1595), tempat sultan dan permaisurinya, Safiye Sultan, putra, dan putri mereka dikebumikan. Bangunan makam persegi delapan putra mereka Mehmed III (1595-1603) dibangun arsitek kekaisaran Dalgiç Mehmet Aa pada 1608/1017 H. Di bangunan ini, dimakamkan pula Handan Sultan, selir Mehmed III yang
menjadi ibu suri bagi putra mereka Ahmed I. Dimakamkan pula putra dan putri Ahmed I, putri dari Murad III, dan putra sultan lainnya. Putranya yang lain, Mustafa I (1617-1618; 1622-1623), mengubah bekas ruang untuk pembaptisan menjadi "türbe"-nya.
Murad III juga membawa dua guci besar Helenistik dari batu pualam dari Pergamum dan menempatkannya di dalam kedua sisi tengah bangunan.