Pertempuran Lade
sebelum pertempuran, atap sekolah di Khios runtuh dan menewaskan banyak anak, dengan hanya seratus dua puluh pelajar yang berhasil selamat. Selain itu, Herodotos mencatat bahwa Orakel Delphi pernah memberikan suatu ramalan yang menubuatkan kejatuhan Miletos. Ramalan tersebut berbunyi: Segera setelah pemberontakan terhadap Dionysos, armada Persia bergerak menyerang armada Ionia, yang bergerak
untuk menghadapi mereka. Pertempuran yang terjadi cukup membingungkan, karena Herodotos mengatakan bahwa "siapakah di antara pasukan Ionia yang merupakan seorang pemberani atau seorang pengecut dalam pertempuran laut itu aku tidak dapat mengatakannya secara pasti; karena mereka saling menyalahkan satu sama lain". Meskipun demikian adalah jelas bahwa sejak saar-saat awal
pertempuran, kontingen Samos menahan kapal-kapal mereka. Setelah beberapa lama, seperti yang telah mereka sepakati, armada Samos meninggalkan area pertempuran. Akan tetapi, 11 kapal Samos menolak untuk kabur dan tetap bertempur bersama aramda Ionia lainnya. Di kemudian hari, orang Samos mendirikan tiang di pasar mereka untuk mengenang keberanian dan pengorbanan orang-orang tersebut. Melihat
orang-orang Samos pergi, para tetangga mereka, yaitu armada Lesbos, juga ikut kabur. Keseluruhan sayap barat dari barisan tempur Ionia dengan demikian telah runtuh dengan sangat cepat. Kontingen Ionia lainnya juga meninggalkan pertempuran begitu keadaan menjadi semakin sulit.
Hanya armada Khios yang besar, dengan seratus kapal yang masing-masing kapalnya diisi sempat puluh orang, yang tampaknya tetap bertahan di posisi mereka, kemungkinan disertai oleh beberapa kapal lainnya. Mereka bertempur dengan berani dan tetap berusaha menembus kapal Persia. Armada Khios berhasil menenggelamkan banyak kapal Persia namun mereka juga harus menderita
kerugian yang amat besar karena banyak sekali kapal mereka yang ditenggelamkan oleh Persia. Pada akhirnya pasukan Khios merasa bahwa mereka sudah kalah sehingga mereka memutuskan untuk pergi. Kapal-kapal Khios yang masih utuh kemudian berlayar pulang ke Khios. Dengan demikian pertempuran itu berakhir dengan kemenangan Persia.
Sementara itu kapal-kapal Khios yang mengalami kerusakan berat masih terus dikejar oleh armada Persia hingga ke Mykale. Para kru kapal Khios itu berlabuh di pantainya dan meninggalkan kapal-kapal mereka di sana. Mereka melanjutkan pelarian dengan berjalan kaki hingga tiba di wilayah Ephesos, yang pada saat itu para wanitnyanya sedang merayakan festival Thesmophoria. Ketika
datang ke sana, orang-orang Khios disangka sebagai perampok dan penculik sehingga dibunuh oleh orang-orang Ephesos, yang tidak mengeahui bahwa yang mereka bunuh adalah orang-orang Khios yang selamat dari Pertempuran Lade.
Dengan kekalahan armada Ionia, pemberontakan secara efektif berhasil diakhiri. Miletos dengan segera didatangi dan dikepung dari darat dan laut. Pasukan Persia menyerang tembok pertahanan Miletos dan berusaha meruntuhkannya dengan menggunakan berbagai macam alat serta dengan menggalinya. Pada akhirnya pasukan Persia berhasil menghancurkan tembok itu dan menaklukkan Miletos. Menurut Herodotos, sebagian besar
pria dibunuh, sedangkan wanita dan anak-anak dijadikan budak. Temuan arkeologis cukup mendukung hal ini, menunjukkan tanda-tanda penghancuran yang luas, dan pengabaian sebagian besar kota sebagai akibat atas Pertempuran Lade. Akan tetapi, beberapa orang Miletos tetap bertahan di (atau dengan cepat kembali ke) Miletos, meskipun kota itu tak pernah kembali berkembang seperti
sebelumnya. Miletos dengan demikian bisa dibilang "ditinggalkan hingga kosong oleh penduduknya." Persia lalu mengambil kota dan daerah pesisirnya, sedangkan sisa wilayah Miletos diberikan oleh Persia kepada orang Karia dari Pedasos. Para tawanan Miletos dibawa ke hadapan Darius di Susa, yang kemudian mengirim mereka untuk bermukim di kota Ampe di dekat lautan yang disebut Laut Erythra
(keumngkinan di pesisir Teluk Persia). Kota ini disebutkan dilalui oleh sungai Tigris. Penghancuran Miletos oleh Persia membuat rakyat Athena amat berduka, karena Miletos pernah menjadi anak kota Athena. Herodotos menyebutkan bahwa suatu ketika di Athea dipentaskan sebuah drama berjudul "Penaklukan Miletos" gubahan Phrynikhos, dan para penontonnya menangis menyaksikan sandiwara
tersebut. Phrynikhos lalu didenda ribuan drakhma akibat mengingatkan rakyat Athena atas tragedi itu. Drama itu juga tidak diperbolehkan untuk dipentaskan lagi.
Banyak orang Samos yang terkejut dan tidak senang dengan tindakan para jenderal mereka di Lade, dan akhirnya mereka memutuskan untuk berpindah dari Samos sebelum tiran lama mereka, Aiakes, kembali untuk memerintah mereka, karena rakyat Samos tak mau lagi hidup di bawah kekuasaan Persia. Mereka menerima tawaran dari rakyat Zankle untuk bermukim di pesisir
Sisilia, dan membawa serta sejumlah orang Miletos yang berhasil kabur dari pasukan Persia. Kota Samos sendiri diampuni oleh Persia karena pembelotan mereka di Lade.
Sementara itu, Dionysios dari Phokaia merebut tiga kapal Persia dan berlayar pergi. Dia tidak pergi ke kampung halamannya, Phokaia, karena dia tahu bahwa kotanya itu pasti akan ditaklukkan oleh Persia dan seluruh penduduknya akan dijadikan budak. Dionysios memutuskan untuk berangkat ke Fenisia, di sana dia menyerang kapal-kapal dagang dan
merampas banyak barang berhaga. Setelah itu dia berlayar menuju Sisilia dan menjadi seorang bajak laut. Sebagai bajak laut, Dionysisos hanya menyerang kapal dagang Kartago atau Tyrsenia dan tidak menyerang kapal Yunani. Sebagian besar Karia menyerah kepada Persia seusai Pertempuran Lade, meskipun beberapa benteng tetap harus ditaklukkan melalui kekerasan. Armada dan pasukan Persia menjalani musim
dingin di Miletos, sebelum kemudian berlayar pada tahun 493 SM untuk benar-benar mengalahkan sisa-sisa pertahanan terakhir pemberontak. Mereka menyerang dan merebut pulau Khios, Lesbos dan Tenedos, lalu bergerak menuju Asia Kecil dan menaklukkan tiap kota Ionia yang tersisa. Meskipun kota-kota Ionia tak diragukan lagi mengalami kerusakan akibat pemberontakan mereka, namun
tampaknya tidak ada yang mangalami nasib seburuk Miletos. Pasukan Persia kemudian menaklukkan kembali permukiman-permukiman di sisi Asia di Propontis, sedangkan armada Persia berlayar menuju pesisir Eropa Hellepontos dan menaklukkan tiap permukiman di sana. Setelah seluruh Asia Kecil berhasil dikuasai kembali oleh Persia, pemberontak akhirnya benar-benar berakhir.
Bagi Persia, satu-satunya urusan yang belum tuntas pada akhir 493 SM hanyalah penghukuman bagi Athena dan Eretria atas bantuan mereka kepada para pemberontak. Pemberntakan Ionia telah amat mengancam kestabilan kekaisaran Darius, dan negara-negara di Yunani daratan dapat ikut mengancam kestabilan juga jika tak diatasi. Oleh karena itu Darius memulai upaya untuk
menguasai Yunani, yang dia rencanakan untuk dimulai dengan penghancuran Athena dan Eretria. Invasi pertama Persia ke Yunani akhirnya dimulai setahun kemudian, pada tahun 492 SM, ketika itu Mardonios dikerahkan (melalui Ionia) untuk menguasai daerah-daerah yang berdekatan dengan Yunani, dan mendesak Athena dan Eretria jika memungkinkan. Dalam prosesnya, Thrakia
diduduki kembali setelah sebelumnya sempat melepaskan diri dari kekuasaan Persia selama pemberontakan, sedangkan Makedonia dipaksa menjadi negara bawahan Persia. Meskipun memperoleh kesuksesan awal, ekspedisi itu terhenti akibat kapal-kapal Persia dihantam badai. Ekspedisi kedua dilancarkan pada tahun 490 SM dengan komandan Datis dan Artaphernes, putra satrap