Yuan Shikai
dan Guangxi menyatakan kemerdekaannya pada Maret. Pendanaan untuk upacara aksesi Yuan dipotong pada 1 Maret, dania secara resmimeninggalkan kekaisaran pada 22 Maretsetelah 83 hari. Hal ini belum cukup untuk para musuh-musuhnya, yang menginginkan pengunduran dirinya sebagai presiden. Banyak provinsi yang memberontak hingga akhirnya Yuan meninggalkarena uremia pada 5 Juni 1916, pada usia lima
puluh enam tahun. Kematiannya ini diumumkan keesokan harinya. Jasadnya lalu dibawa ke kampung halamannya dan ditempatkan di mausoleum besar. Pada 1928, makamnya ini ditempati oleh jasad Feng Yuxiang, seorang Tentara Guominjun selama Ekspedisi Utara. Ia memiliki tiga putra: Pangeran Yuan Keding, yang cacat dan dipanggil "idiot" oleh ayahnya; Pangeran Yuan
Kewen, yang dipanggil ayahnya sebagai 'sarjana palsu', dan Pangeran Yuan Keliang, yang dipanggil "bandit".
Banyak dari kebijakan Yuan dinilai menyebabkan dampak negatif bagi kehidupan berbangsa di Tiongkok. Meskipun ia adalah orang yang telah melatih dan mengorganisasi salah satu pasukan modern Tiongkok dan memperkenalkan modernisasi dalam ranah hukum dan sosial, para loyalis Yuan yang sebelumnya diberi kekuasaan untuk mengurus pasukannya sendiri-sendiri bersaing dan melakukan
pertempuran tak perlu setelah kematian Yuan. Yuan juga hanya melakukan sedikit perbaikan ekonomi dan perkembangan teknologi, dan ia membiayai rezimnya melalui pinjaman luar negeri yang sangat besar. Ia dikritik karena dianggap sebagai pihak yang membuat moral dan reputasi internasional Tiongkok merosot, hal ini juga berhubungan dengan kebijakannya yang memperbolehkan Jepang memperoleh konsesi dari pemerintahannya.
Setelah kematian Yuan, ada usaha untuk mengembalikan republik oleh Li Yuanhong dengan cara memanggil legislator yang diusir pada tahun 1913, namun usaha ini dirasa tidak efektif untuk memulihkan keadaan, karena Li tidak memiliki dukungan militer yang memadai. Selain itu ada percobaan untuk mengembalikan kembali Dinasti Qing oleh Jenderal Zhang Xun pada tahun 1917,
namun pasukannya dikalahkan oleh komandan perang yang lain pada tahun yang sama. Setelah kegagalan gerakan Zhang, pemerintahan di tingkat pusat menjadi hancur, dan Tiongkok berada dalam masa komandan perang. Dalam beberapa dekade berikutnya, kantor kepresidenan dan parlemen hanya menjadi alat bagi kegiatan militer, dan politisi di Peking sangat bergantung pada para gubernur untuk alat dukungan dan mencari ketahanan politik.
Setelah kematian Yuan, Tiongkok menjadi negara tanpa pemerintah pusat yang diakui, dantentara nasional terpecah menjadi para komandan-komandan perang yang berkompetisi untuk memperebutkan pengaruh. Karena alasan ini Yuan disebut sebagai "Bapak Komandan Perang". Selama hidupnya, ia sangat mengerti persoalan pengelolaan pasukan, kemampuannya ini menjadikan ia mampu membentuk pasukan
Tiongkok modern yang terorganisasi. Setelah ia kembali berkuasa pada 1911, ia mengandalkan kemampuan pasukan yang ia buat untuk ambisi kekaisaran serta untuk menghancurkan ide mengenai republik di sana.
Pada program CCTV berjudulTowards the Republic, Yuan digambarkan sebagai pengelola yang mumpuni, ia juga seorang manipulator situasi politik yang hebat. Deklarasi dirinya sebagai kaisar dipengaruhi oleh kekuatan luar serta putranya Yuan Keding.
Sebuah patung kura-kura bixi yang dibuat untuk penghormatan kepada Yuan Shikai, dibuat diTaman Huanyuan di Anyangsetelah kematiannya, patung ini lalu dipugar sebagian pada 1993.
Seperti banyak tokoh Tiongkok sebelum 1949, Yuan memiliki banyak nama yang berbeda. Nama penghormatannya adalah "Weiting" (ejaan Wade-Giles: Wei-ting; Chinese:; pinyin:Wèitng; Wade-Giles:Wei4-t'ing2), ia juga memakai nama samaran "Rong'an" (ejaan Wade-Giles: Jung-an; Chinese:; pinyin:Róng'n; Wade-Giles:Jung2-an1).Ia juga kadang-kadang
menggunakan nama tempat lahirnya, "Xiangcheng" (simplified Chinese:; traditional Chinese:; pinyin:Xiàngchéng; Wade-Giles:Hsiang4-ch'eng2), atau sebutan tutor pangeran mahkota, "Kung-pao" (simplified Chinese:; traditional Chinese:; pinyin:Gngbo; Wade-Giles:Kung1-pao3).
Kakek (pihak ayah) Yuan Shusan () Ayah Yuan Baozhong () (1823-1874), Nama penghormatan Shouchen () Paman Yuan Baoqing () (1825-1873), Nama penghormatan: Duchen (), pseudonim: Yanzhi (),adik Yuan Baozhong Istri Yu Yishang (), putri Yu Ao (), saudagar kaya dari Shenqiu County, Henan; menikah dengan Yuan Shikai pada 1876; ibu Yuan Keding Selir Lady Shen (), sebelumnya
adalah seorang pelacur dari Suzhou Lady Lee (), dari Korea; ibu dari Yuan Bozhen, Yuan Kequan, Yuan Keqi, Yuan Kejian, dan Yuan Kedu Lady Kim (), dari Korea; ibu Yuan Kewen, Yuan Keliang, Yuan Shuzhen, Yuan Huanzhen, dan Yuan Sizhen Lady O (), dari Korea; ibu Yuan Keduan, Yuan Zhongzhen, Yuan Cizhen, and Yuan Fuzhen Lady Yang (), ibu Yuan Kehuan, Yuan Kezhen, Yuan Kejiu, Yuan Ke'an, Yuan
Jizhen, dan Yuan Lingzhen Lady Ye (), sebelumnya adalah pelacur Nanjing; ibu Yuan Kejie, Yuan Keyou, Yuan Fuzhen, Yuan Qizhen, and Yuan Ruizhen Lady Zhang (), originally from Henan Lady Guo (), originally a prostitute from Suzhou; mother of Yuan Kexiang, Yuan Kehe, dan Yuan Huzhen Lady Liu (), sebelumnya adalah pelayan selir kelima Yuan Shikai Lady Yang; ibu Yuan Kefan dan Yuan Yizhen Sons Yuan Keding ()
(1878-1958), Nama penghormatan: Yuntai () Yuan Kewen () (1889-1931), Nama penghormatan: Baocen () Yuan Keliang (), menikahi putri dari Zhang Baixi Yuan Keduan (), menikahi He Shenji () (anak dari He Zhongjing ()) Yuan Kequan () (1898-1941), Nama penghormatan: Gui'an (), pseudonim: Baina (), menikahi putri dari Toteke Duanfang (.) Yuan Kehuan (), menikah dengan Chen Zheng
() (anakdari Chen Qitai ()) Yuan Keqi (), menikah dengan putri dari Sun Baoqi Yuan Kezhen (), menikahi Zhou Ruizhu () (anakdari Zhou Fu ()) Yuan Kejiu (), menikahi Li Shaofang () (29 Desember 1906- 15 April 1945) (anak kedua Li Yuanhong) pada tahun 1934 Yuan Kejian (), menikah dengan anak dari Lu Jianzhang () Yuan Ke'an (), menikahi Li Baohui () (anak dari Li Shiming
()) Yuan Kedu (), menikah dengananak saudagar kaya Luo Yunzhang () Yuan Kexiang (), menikah pertama kali dengan Zhang Shoufang () (cucu Na Tong ()), menikah kedua kalinya dengan Chen Sixing () (putri Chen Bingkun) Yuan Kejie (), menikah dengan Lady Wang () Yuan Kehe (), menikah dengan putri dari Zhang Diaochen () Yuan Kefan (), meninggal muda Yuan Keyou (), menikah dengan Yu Yunpeng () Cucu dan
cicit terkenal Luke Chia-Liu Yuan (1912-2003) fisikawan Tiongkok-Amerika Serikat (cucu) Li-Young Lee (1957-), lahir diIndonesia, adalah sastrawan Tiongkok-Amerika Serikat. (cicit)