Sejarah pemerintahan daerah di Indonesia
UU ini disusun berdasarkan Konstitusi Republik IV pasal 18 dan dikembangkan dengan mengadopsi beberapa ide dalam penjelasan konstitusi pasal 18 khususnya bagian II. UU ini cukup istimewa karena diberlakukan dalam masa Republik IV, Republik V, dan Republik VI. Dalam perjalanannya Provinsi Daerah Khusus Ibukota Jakarta diatur dengan Undang-Undang No. 34 Tahun 1999. Provinsi Aceh juga ditegaskan keistimewaannya dengan
Undang-Undang No. 44 Tahun 1999 dan diberi otonomi khusus dengan Undang-Undang No. 18 Tahun 2001 serta perubahan nomenklatur menjadi Aceh. Selain itu Provinsi Irian Jaya juga diberi otonomi khusus dengan UU No. 21 Tahun 2001 serta perubahan nomenklatur menjadi Provinsi Papua. Selain pemberian penegasan dan pemberian status khusus, beberapa provinsi lainnya mengalami pemekaran menjadi provinsi baru. Provinsi
Timor-Timur juga memperoleh kemerdekaan penuh pada 2002 dengan nama Timor Leste/Timor Lorosae dari Pemerintahan Transisi PBB. Kemerdekaan tersebut berdasarkan hasil referendum atas status koloni Portugis pada 1999 setelah sekitar 23 tahun bergabung dengan Indonesia.
Pada periode ini berlaku Undang-Undang No. 32 Tahun 2004 tentang Pemerintahan Daerah. UU ini menggantikan Undang-Undang No. 22 Tahun 1999. Menurut UU ini Indonesia dibagi menjadi satu jenis daerah otonom dengan perincian Negara Kesatuan Republik Indonesia dibagi atas daerah-daerah provinsi dan daerah provinsi itu dibagi atas daerah kabupaten dan daerah kota. Selain itu Negara mengakui kekhususan dan/atau
keistimewaan yang ada pada empat daerah yaitu Aceh, Jakarta, Papua, dan Yogyakarta. Negara juga mengakui dan menghormati kesatuan-kesatuan masyarakat hukum adat (Desa atau nama lain) beserta hak tradisionalnya sepanjang masih hidup dan sesuai dengan perkembangan masyarakat dan prinsip Negara Kesatuan. Undang-undang menentukan bahwa pemerintahan lokal menggunakan
nomenklatur "Pemerintah Daerah". Pemerintahan Daerah adalah penyelenggaraan urusan pemerintahan oleh pemerintah daerah dan DPRD menurut asas otonomi dan tugas pembantuan dengan prinsip otonomi seluas-luasnya dalam sistem dan prinsip Negara Kesatuan Republik Indonesia sebagaimana dimaksud dalam Undang-Undang Dasar Negara Republik Indonesia Tahun 1945. Pemerintahan lokal secara umum terdiri dari:
Pemerintahan daerah provinsi yang terdiri atas Pemerintah Daerah Provinsi dan DPRD Provinsi. Untuk Provinsi Aceh disebut Pemerintah Aceh (Pemda Aceh) dan Dewan Perwakilan Rakyat Aceh (DPR Aceh). Khusus Aceh terdapat Majelis Permusyawaratan Ulama (MPU) yang menjadi mitra DPR Aceh dan Pemda Aceh. Untuk Provinsi Papua dan Provinsi Papua Barat disebut Dewan Perwakilan Rakyat
Papua (DPR Papua). Khusus Papua dan Papua Barat terdapat Majelis Rakyat Papua (MRP) sebagai representasi kultural orang asli Papua.
Pemerintahan daerah Kabupaten/Kota terdiri atas Pemerintah Daerah Kabupaten/Kota dan DPRD Kabupaten/Kota. Untuk Kabupaten/Kota di lingkungan Provinsi Aceh disebut Dewan Perwakilan Rakyat Kabupaten/Kota (DPR Kabupaten/Kota). Khusus Kabupaten/Kota di lingkungan Provinsi Aceh terdapat Majelis Permusyawaratan Ulama Kabupaten/Kota (MPU) yang menjadi mitra DPR Kabupaten/Kota dan Pemda Kabupaten/Kota di dalam lingkungan Provinsi Aceh.
DPRD merupakan lembaga perwakilan rakyat daerah dan berkedudukan sebagai unsur penyelenggaraan pemerintahan daerah. DPRD memiliki fungsi legislasi, anggaran, dan pengawasan. Ketentuan tentang DPRD sepanjang tidak diatur secara khusus berlaku ketentuan undang-undang yang mengatur Susunan dan Kedudukan MPR, DPR, DPD, dan DPRD. Khusus untuk DPR Aceh, DPR Papua, dan DPRD Provinsi
DKI Jakarta dapat memiliki anggota sebanyak 125% dari jumlah yang ditentukan dalam UU yang mengatur mengenai DPRD.
Kepala daerah untuk provinsi disebut Gubernur, untuk kabupaten disebut Bupati, dan untuk kota disebut Wali kota. Wakil kepala daerah untuk provinsi disebut Wakil Gubernur, untuk kabupaten disebut Wakil Bupati dan untuk kota disebut Wakil Wali kota. Gubernur yang karena jabatannya berkedudukan juga sebagai wakil Pemerintah di wilayah provinsi yang bersangkutan dan bertanggung jawab
kepada Presiden. Kepala daerah dan wakil kepala daerah dipilih dalam satu pasangan calon yang dilaksanakan secara demokratis berdasarkan asas langsung, umum, bebas, rahasia, jujur, dan adil.
Perangkat daerah provinsi secara umum terdiri atas sekretariat daerah, sekretariat DPRD, dinas daerah, dan lembaga teknis daerah. Perangkat daerah kabupaten/kota secara umum terdiri atas sekretariat daerah, sekretariat DPRD, dinas daerah, lembaga teknis daerah, kecamatan, dan kelurahan.
Desa atau nama lain adalah kesatuan masyarakat hukum yang memiliki batas-batas wilayah yang berwenang untuk mengatur dan mengurus kepentingan masyarakat setempat, berdasarkan asal usul dan adat istiadat setempat yang diakui dan dihormati dalam sistem Pemerintahan Negara. Termasuk dalam pengertian ini adalah Nagari di Sumatera Barat, Gampong di provinsi Aceh, Lembang di Sulawesi Selatan,
Kampung di Kalimantan Selatan dan Papua, Negeri di Maluku. Secara bertahap, Desa dapat diubah atau disesuaikan statusnya menjadi kelurahan.
Dalam pemerintahan daerah kabupaten/kota dibentuk pemerintahan desa yang terdiri dari Pemerintah Desa dan Badan Permusyawaratan Desa. Pemerintah Desa terdiri atas Kepala Desa dan Perangkat Desa. Kepala Desa dipilih langsung oleh dan dari penduduk desa yang syarat dan tata cara pemilihannya diatur dengan Perda. Masa jabatan kepala desa adalah 6 (enam) tahun dan dapat dipilih kembali
hanya untuk 1 (satu) kali masa jabatan berikutnya. Badan Permusyawaratan Desa berfungsi menetapkan peraturan desa bersama kepala desa, menampung dan menyalurkan aspirasi masyarakat. Anggota badan permusyawaratan desa adalah wakil dari penduduk desa bersangkutan yang ditetapkan dengan cara musyawarah dan mufakat. Masa jabatan anggota badan permusyawaratan desa adalah 6 (enam) tahun dan dapat dipilih lagi untuk 1 (satu) kali masa jabatan berikutnya.
Undang-Undang No. 32 Tahun 2004 disusun berdasarkan Konstitusi Republik VI pasal 18, 18 A, dan 18B. Dalam perjalanannya UU ini telah diubah sebanyak dua kali dengan Perppu No. 3 Tahun 2005 (ditetapkan menjadi Undang-Undang No. 8 Tahun 2005) dan dengan Undang-Undang No. 12 Tahun 2008. Selanjutnya daerah Aceh dan Jakarta kembali diatur dengan UU tersendiri. Aceh diatur secara penuh dengan UU No. 11 Tahun 2006 tentang Pemerintahan
Aceh. Sedangkan Jakarta diatur kembali dengan UU No. 29 Tahun 2007 tentang Pemerintahan Provinsi Daerah Khusus Ibukota Jakarta sebagai Ibukota Negara Kesatuan Republik Indonesia. Provinsi Papua tetap diatur dengan UU No. 21 Tahun 2001 tentang Otonomi Khusus bagi Provinsi Papua. Provinsi Papua Barat sebagai pemekaran dari Provinsi Papua juga mendapatkan otonomi khusus sebagaimana provinsi induknya dengan Perppu
No. 1 Tahun 2008 tentang Perubahan Atas Undang-Undang Nomor 21 Tahun 2001 tentang Otonomi Khusus bagi Provinsi Papua (ditetapkan menjadi Undang-Undang No. 35 Tahun 2008).
Menurut "Regeering Reglement" (RR) 1854, Nederlandse Indie diperintah oleh Gubernur Jenderal atas nama Raja/Ratu Nederland secara sentralistis. Daerah Nederlandse Indie dibagi dalam dua kategori besar yaitu "daerah Indirect Gebied" dan "Direct Gebied".
Daerah Indirect Gebied adalah daerah yang diperintah secara tidak langsung oleh penguasa Batavia. Daerah ini biasanya berbentuk kerajaan atau kesultanan yang terikat dengan perjanjian politik baik jangka panjang maupun jangka pendek. Perjanjian ini dilakukan oleh raja/sultan dari kerajaan/kesultanan lokal dengan Residen/Gubernur sebagai wakil Gubernur Jenderal atas nama