Paus Pius XII
telah siap untuk diterbitkan pada bulan September 1938 (menurut dua penerbit surat ensiklik tersebut dan sumber-sumber lainnya) tidak dikirimkan ke Vatikan oleh Sekretaris Jenderal Yesuit Wlodimir Ledochowski. Surat tersebut mengandung sebuah pengutukan yang terbuka dan jelas terhadap kolonialisme, rasisme, dan antisemitisme, namun juga mengandung tuduhan yang keras kepada kaum Yahudi dan
elemen-elemen antiyudaisme. Beberapa ahli sejarah menilai bahwa Pacelli yang mengetahui keberadaan surat ensiklik ini hanya setelah wafatnya Paus Pius XI tidak mengumumkannya secara resmi sebagai Paus, namun ia menggunakan sebagian dari surat ensiklik tersebut di dalam surat ensikliknya pada saat ia ditahbiskan sebagai Sri Paus, "Summi Pontificatus", yang ia sebut "Mengenai Persatuan Umat Manusia."
Berbagai pandangannya mengenai Gereja dan masalah-masalah kebijakan selama masa tugasnya sebagai Kardinal Sekretaris Negara diterbitkan oleh Vatikan pada tahun 1939. Salah satu hal yang paling penting di antara lima puluh pidatonya adalah ulasannya mengenai masalah hubungan Gereja dan negara di Budapest tahun 1938.
"Reichskonkordat" adalah sebuah bagian yang tak terpisahkan dari empat konkordat yang diselesaikan Pacelli atas nama Vatikan terhadap negara-negara bagian Jerman. Konkordat bagi negara-negara bagian ini diperlukan karena konstitusi negara Jerman Federalis Weimar memberikan kekuasaan kepada tiap-tiap negara bagian dalam bidang pendidikan dan kebudayaan, dua hal yang
menjadi perhatian kebijaksanaan Vatikan. Sebagai "Nuncio" Bavaria, Pacelli berhasil merundingkannya dengan Pemerintah Bavaria pada tahun 1925. Ia berharap konkordat dengan negara bagian Bavaria yang Katolik menjadi model untuk wilayah lainnya di Jerman. Prusia menunjukkan ketertarikan untuk berunding hanya setelah adanya konkordat dengan Bavaria, namun Pacelli menerima kondisi yang kurang
menguntungkan bagi Gereja di dalam konkordat dengan Prusia tahun 1929, yang tidak meliputi masalah-masalah pendidikan. Sebuah konkordat dengan Negara Bagian Jerman Baden diselesaikan oleh Pacelli pada tahun 1932 setelah ia kembali ke Roma. Di sana ia juga merundingkan sebuah konkordat dengan Austria pada tahun 1933. Sebanyak 16 konkordat dan perjanjian dengan negara-negara Eropa diselesaikan dalam periode sepuluh tahun (1922-1932).
"Reichskonkordat" yang ditandatangani pada tanggal 20 Juli 1933 antara Jerman dan Tahta Suci adalah suatu hal yang penuh kontroversi sejak awal, meskipun perjanjian ini merupakan bagian dari kebijaksanaan Vatikan secara keseluruhan. Perjanjian ini masih menjadi konkordat paling penting yang dibuat oleh Pacelli. Perjanjian ini diperdebatkan bukan karena isinya (yang masih berlaku hingga
hari ini), namun karena waktu pembuatannya. Sebuah konkordat nasional dengan Jerman merupakan tujuan utama Pacelli sebagai Menteri Luar Negeri karena ia berharap untuk memperkuat kedudukan legal Gereja di sana. Pacelli, yang mengenal kondisi Jerman dengan baik, menekankan (1) perlindungan terhadap perkumpulan-perkumpulan Katolik, (2) kebebasan bagi pendidikan dan sekolah-sekolah Katolik, dan (3) kebebasan penerbitan.
Sebagai "nuncio" di sana selama era 1920-an, usahanya ternyata gagal untuk mendapatkan persetujuan dengan Jerman terhadap perjanjian semacam itu. Antara tahun 1930-1933 ia mencoba untuk memulai perundingan dengan wakil-wakil penerus pemerintahan Jerman, namun Pacelli gagal mencapai tujuan ini karena penentangan partai-partai Protestan dan Sosialis, ketidak-stabilan pemerintahan
nasional, dan prioritas pemerintahan negara-negara bagian untuk melindungi status otonomi mereka. Khususnya, kesangsian mengenai kontribusi adanya denominasi-denominasi agama dan karya-karya rohaniwan di dalam angkatan bersenjata menghalangi persetujuan apa pun di tingkat nasional walaupun pembicaraan mengenai hal ini sempat terjadi pada musim dingin tahun 1932.
Adolf Hitler diangkat menjadi Kanselir pada tanggal 30 Januari 1933 dan segera mencoba mendapatkan rasa hormat dunia internasional atas dirinya serta mencoba menyingkirkan lawan-lawan politik dalam negeri dari pihak Gereja dan Partai Tengah Katolik. Ia mengirim Wakil Kanselir-nya Franz von Papen, seorang bangsawan Katolik dan mantan anggota Partai Tengah, ke Roma untuk menawarkan perundingan mengenai
"Reichskonkordat". Atas nama Kardinal Parcelli, Uskup Ludwig Kaas, pemimpin Partai Tengah yang ramah, merundingkan rancangan-rancangan pertama mengenai kondisi-kondisi perjanjian dengan Papen. Konkordat tersebut akhirnya ditanda-tangani oleh Pacelli atas nama Vatikan dan oleh von Papen atas nama Jerman pada tanggal 20 Juli dan diratifikasi pada tanggal 10 September 1933.
Antara tahun 1933 dan 1939, Pacelli mengeluarkan 55 protes atas pelanggaran "Reichskonkordat". Yang paling terkenal ialah pada awal tahun 1937 Pacelli meminta beberapa kardinal Jerman, termasuk Michael Cardinal von Faulhaber, untuk membantunya menulis sebuah protes atas pelanggaran Nazi terhadap "Reichskonkordat"; Surat ini nantinya menjadi surat ensiklik Paus Pius XI berjudul "Mit Brennender Sorge". Surat ensiklik
tersebut, yang mengutuk pandangan yang "meninggikan ras, atau masyarakat, atau negara, atau suatu bentuk khusus dari negara... di atas nilai-nilai dasar mereka dan mempertuhankan mereka (pandangan-pandangan ini) ke tahap menjadi barang pujaan berhala", ditulis dalam Bahasa Jerman, bukan Bahasa Latin seperti biasanya, dan dibacakan di gereja-gereja Jerman pada Hari Minggu Palma tahun 1937. Pada
tanggal 10 Juni 1941, ia mengomentari berbagai permasalahan dengan "Reichskonokordat" dalam sepucuk surat kepada Uskup Passau di Bavaria: "Sejarah "Reichskonkordat" menunjukkan bahwa pihak yang lain tidak memiliki prasyarat paling dasar untuk menerima kebebasan dan hak Gereja sedikitpun, yang tanpanya Gereja tidak akan bisa hidup dan berkarya, meski dengan adanya perjanjian-perjanjian formal sekalipun".
Paus Pius XI wafat pada tanggal 10 Februari 1939. Beberapa ahli sejarah telah memperkirakan bahwa konklaf yang akan diadakan untuk memilih penerus Sri Paus akan menghadapi sebuah pilihan besar antara calon yang memiliki kemampuan diplomatis atau yang memiliki kehidupan spiritual yang kuat. Para kardinal melihat pengalaman diplomatik Pacelli, terutama dengan Jerman, sebagai salah satu faktor yang membawa
pemilihannya sebagai Sri Paus berikutnya pada tanggal 2 Maret 1939, pada hari ulang tahun ke-63-nya, setelah hanya satu hari berembuk dan tiga kali pengisian kartu pemilihan. Ia menjadi Kardinal Sekretaris Negara pertama yang terpilih menjadi Sri Paus semenjak Paus Klemens IX pada tahun 1667. Ia juga menjadi salah satu dari dua pria yang pernah menjabat sebagai
"Camerlengo" tepat sebelum terpilih sebagai paus (yang lainnya adalah Paus Leo XIII). Pentahbisannya diadakan tanggal 12 Maret 1939.
Pacelli mengambil gelar kepausan yang sama dengan pendahulunya, sebuah gelar yang hanya digunakan oleh paus-paus orang Italia. Ia pernah berkata, "Saya memanggil diri saya Pius; seluruh hidup saya berada di bawah kepemimpinan Paus dengan nama ini, namun (saya memakai nama ini) khususnya sebagai tanda terima kasih saya pada Paus Pius XI."
Pada tanggal 15 Desember 1937, selama konsistorium-nya yang terakhir (berada di dalam pertemuan Kolegium para Kardinal yang bukan konklaf), Paus Pius XI memberikan isyarat yang cukup jelas kepada para kardinal bahwa ia berharap Pacelli menjadi penerusnya dengan ucapan "Ia berada di antara kalian". Ia pernah berkata: "Apabila hari ini Sri Paus meninggal dunia, kalian akan mendapatkan paus baru esok
harinya karena Gereja hidup terus. Adalah merupakan tragedi yang lebih besar apabila Kardinal Pacelli yang meninggal dunia karena ia hanya ada satu. Saya berdoa tiap hari agar Tuhan mengirimkan orang yang lain (seperti Pacelli) ke tengah-tengah kita, namun hingga hari ini, hanya ada satu (Pacelli) di dunia ini."