Perang Kotor
yang menyebut dirinya Ibu-ibu dari Plaza de Mayo telah menuntut dikembalikannya anak-anak yang diculik ini, yang diperkirakan jumlahnya mencapai 500 orang. Sebagian korban bahkan didorong jatuh dari pesawat ke perairan Ro de la Plata atau Samudera Atlantik hingga tenggelam (bentuk penghilangan ini diistilahkan "vuelos de la muerte", "penerbangan maut").
Pada 1977, Jorge Videla mengatakan kepada para wartawan Inggris, "Dengan tegas saya menyangkal bahwa di Argentina ada kamp konsentrasi, atau lembaga-lembaga militer dimana orang-orang ditahan lebih lama daripada yang mutlak diperlukan dalam... perjuangan melawan subversi ini." Namun ada orang-orang seperti Alicia Partnoy, yang disiksa dan yang telah menuliskan pengalamannya dalam buku "The Little School", yang mengklaim sebaliknya.
Pada 1980, Adolfo Pérez Esquivel, seorang aktivis hak asasi manusia Katolik yang telah mengorganisasi "Servicio de Paz y Justicia" dan mengalami siksaan sementara ditahan tanpa pernah diadili selama 14 bulan di sebuah kamp konsentrasi di Buenos Aires, diberikan Penghargaan Perdamaian Nobel atas usaha-usahanya untuk membela hak-hak asasi manusia di Argentina.
Pada 1981 Videla pensiun dan Jenderal Roberto Eduardo Viola menggantikannya, tetapi sembilan bulan kemudian Viola mengundurkan diri karena alasan-alasan kesehatan, dan Jenderal Leopoldo Fortunato Galtieri mengambil alih kedudukannya. Demokarsi kembali bersama Ral Alfonsn, yang membentuk CONADEP ("Komisi Nasional untuk Orang-orang yang Hilang) pada 15 Desember 1983. Ral Alfonsn kemudian
mengajukan "Ley de Punto Final" dan "Ley de Obediencia Debida" sebagai undang-undang amnesty, namun dibatalkan pada Juni 2005 oleh Mahkamah Agung.
Pada 1982, militer Argentina menyerbu ke Kepulauan Falkland yang dikuasai Britania, dalam sebuah upaya yang putus asa mempersatukan rakyat di sekitar perang ini, mengangkat semangat patriotik. Junta dengan segera dikalahkan oleh Britania, yang dipimpin oleh Margaret Thatcher, yang merebut kembali kepulauan itu. Tampaknya junta, yang begitu yakin akan dukungan AS, mengira bahwa Britania tidak akan menyerang
untuk wilayah yang begitu kecil. Kekalahan dalam perang ini menyebabkan pengunduran diri Galtieri pada 17 Juni tahun yang sama, dan junta ketiga (dan yang terakhir) dibentuk dan diberikan kekuasaan di bawah presiden yang baru, Reynaldo Bignone. Pendudukan terhadap Kep. Falkland mempercepat berakhirnya pemerintahan junta.
Misi junta konon adalah untuk mempertahankan diri dalam menghadapi komunisme internasional. Memang, doktrin "perang ideologi" dari militer Argentina adalah memusatkan perhatian pada upaya menghapuskan basis sosial pemberontakan serta menyerang kaum gerilyawan itu sendiri. Mereka juga berhubungan dengan pemerintahan diktatur Amerika Selatan lainnya dalam Operasi Burung Kondor, dan bekerja sama dengan erat dengan Liga
Anti komunis se-Dunia yang berbasis di Asia, dan afiliasinya di Amerika Latin, Confederación Anticomunista LatinoAmericana. Pada 1980, militer Argentina membantu penjahat perang Nazi Klaus Barbie, Stefano Delle Chiaie dan para juragan narkoba besar melakukan kudeta kokain berdarah terhadap Luis Garca Meza Tejada di negara tetangga Bolivia. Sejumlah satuan khusus, seperti misalnya "Batallón de Inteligencia 601", juga melatih tentara-tentara Contras Nikaragua pada tahun 1980-an.
Sejak berakhirnya diktatur, sebagian bekas militer, politikus dan wartawan telah berusaha membenarkan kejahatan-kejahatan ini sebagai sesuatu yang disayangkan atau semata-mata sebagai "ekses" yang tidak terhindari yang disebabkan oleh hakikat lawan sendiri (artinya, kaum pemberontak), yang menggunakan taktik yang sama. Para kritik juga menciptakan ungkapan
"doktrin dua iblis" untuk mendukung tesis yang berpandangan bahwa kekuatan hukum dari negara nasional dan kelompok-kelompok subversif radikal secara moral adalah entitas yang sebanding. Lawan-lawan dari teori ini berbicara tentang strategi ketegangan yang disengaja.
Menurut Arsip Keamanan Nasional, junta yang dipimpin oleh Jorge Rafael Videla percaya bahwa mereka mendapatkan persetujuan Amerika Serikat untuk serangan totalnya terhadap golongan atas nama "doktrin keamanan nasional". Kedutaan besar AS di Buenos Aires mengadu ke Washington bahwa para pejabat Argentina "bergembira" ketika mendapatkan sinyal-sinyal dari pejabat-pejabat tinggi AS, termasuk Menteri Luar Negeri Henry Kissinger.
Setelah pengunduran diri Richard Nixon, penekanan hak-hak asasi manusia oleh Presiden Jimmy Carter menyebabkan hubungan yang tegang antara AS dan rezim militer di Argentina pada puncak Perang Kotor pada akhir tahun 1970-an.
Namun Reagan yang terpilih pada 1981, menegaskan bahwa Carter telah memperlemah hubungan diplomatic AS dengan sekutu-sekutunya dalam Perang Dingin dan membalikkan kutukan resmi pemerintahan sebelumnya terhadap praktik-praktik hak-hak asasi manusia junta. Pembentukan kembali hubungan diplomatik memungkinkan CIA bekerja sama dengan dinas intelijen Argentina dalam latihan dan persenjataan
tentara-tentara Contra Nikaragua melawan pemerintahan Sandinista. 601 Intelligence Battalion, misalnya, melatih Contras di pangkalan Lepaterique, di Honduras. (lihat Affair Iran-Contra).
Junta melepaskan kekuasaannya pada 1983. Setelah pemilu yang demokratis, Presiden terpilih Ral Alfonsn membentuk National Commission for Forced Disappearances (CONADEP) pada Desember 1983, yang dipimpin oleh penulis Ernesto Sábato, untuk mengumpulkan bukti-bukti tentang kejahatan Perang Kotor. Rincian-rincian yang mengerikan, termasuk dokumentasi mengenai hilangnya hampir 11000 orang, mengejutkan
dunia..Jorge Rafael Videla, pemimpin junta, termasuk di antara jenderal-jenderal yang dinyatakan bersalah melakukan kejahatan terhadap hak-hak asasi manusia, termasuk penghilangan paksa, penyiksaan, pembunuhan, dan penculikan. Presiden Alfonsn memerintahkan sembilan anggota junta militer dikenai tuduhan hokum, bersama-sama dengan pemimpin gerilya, Mario Firmenich, Fernando Vaca Narvaja, Rodolfo Galimberti, Roberto Perda, dan Enrique Gorriarán Merlo.
Pada 1985, Videla dijatuhi hukuman penjara seumur hidup di penjara militer Magdalena. Namun pada 1990-12-29, Presiden Carlos Menem memberikan pengampunan kepada Videla dan para jenderal lain yang terbukti bersalah. Pada 1998, Videla menerima hukuman penjara atas peranannya dalam penculikan 11 anak pada masa pemerintahan rezimnya dan atas pemalsuan dokumen-dokumen identitas anak-anak itu ("bayi-bayi yang dicuri", diculik dari orang tua mereka yang ditangkap, dan dibesarkan oleh keluarga militer).
Sebagian orang menganggap pengampunan ini sebagai keputusan pragmatis untuk rekonsiliasi nasional yang berusaha memuaskan pihak militer dan dengan demikian mencegah pemberontakan lebih jauh. Yang lainnya mengutuknya dan menganggapnya inkonstitusional, sambil mencatat bahwa hak Presiden yang diakui konsitusional untuk mengampuni tidak mencakup orang-orang yang belum dinyatakan
bersalah- seperti yang terjadi dalam kasus sejumlah pejabat militer. Yang lainnya lagi menganggap bahwa hak istimewa Presiden ini tidak tepat untuk masa modern, menganggapnya seagai sisa-sisa pemerintahan monarkhi yang harus dihapuskan.
Ironisnya, diktator Videla secara "de facto" tidak dapat meninggalkan rumahnya, karena setiap kali ia keluar di muka umum, ia dapat dihina atau bahkan diserang. Suatu kali, jalanan dicat dengan tanda-tanda panah yang besar menunjuk ke rumahnya, ditambah dengan kata-kata: "30000 orang hilang, pembunuh bebas berkeliaran."
Pemerintah-pemerintah asing yang warga negaranya menjadi korban Perang Kotor ini melakukan tuntutan-tuntutan individual terhadap bekas rezim militer. Prancis telah mengusahkan ekstradisi atas Kapten Alfredo Astiz atas penculikan dan pembunuhan warganya, di antaranya biarawati Leonie Duquet. Adolfo Scilingo, seorang bekas perwira Angkatan Laut Argentina, dinyatakan bersalah di Spanyol pada 19 April 2005, dan dijatuhi hukuman 640 tahun dengan tuduhan kejahatan terhadap kemanusiaan.