Pertempuran Ambon
Pada 30 Januari, sekitar 1000 marinir dan angkatan darat Jepang mendarat di Hitu-lama di pantai utara. Elemen lain dari Resimen ke=228 mendarat di pantai selatan Semenanjung Laitimor. Meskipun secara jumlah pasukan darat Jepang tidak terlalu banyak dibandingkan dengan pasukan Sekutu, namun Jepang memiliki keunggulan dalam dukungan udara, artileri laut dan medan, dan tank. Sisa-sisa skuadron
Sekutu mundur pada hari itu juga, meskipun staf darat RAAF tetap tinggal. Pada hari yang sama dengan pendaratan Jepang, detasemen KNIL di dekat mereka sudah menyerah dan/atau mundur ke Paso. Perusakan jembatan di Hitu tidak dikerjakan sesuai perintah, semakin mempercepat gerak maju Jepang.
Ada gelombang pendaratan ke-2 di Hutumori di tenggara Laitimor, dan di Batugong, dekat Paso. Sebuah peleton infantri Australia ditugaskan untuk memperkuat satuan perintis di plateau Nona. Pertahanan di Paso dirancang untuk menangkal serangan dari utara dan barat dan sekarang dari selatan. 1 peleton KNIL yang dikirim dari Paso untuk menahan serangan di Batugong, membuat ada celah dalam garis pertahanan Belanda. Jepang memanfaatkan peluang ini, dan dibantu oleh kegagalan sambungan telepon KNIL.
Batugong jatuh pada 31 Januari dini hari, memungkinkan Jepang untuk mengepung lambung timur posisi pasukan Sekutu di Paso. Sementara itu, Kapitz memerintahkan kompi Ambon KNIL di Eri untuk mengambil posisi di Kudamati, yang tampaknya lebih rentan diserang.
Pada tengah hari, Kapitz memindahkan markasnya dari Halong ke Lateri, lebih dekat ke Paso. Komunikasi telepon antara Kapitz dan anak buahnya, termasuk Lt.Col. Scott, terputus ketika Jepang memotong kabel telepon. Pasukan Jepang yang sudah mendarat di Hitu-Lama kemudian menyerang pertahanan Paso dari timur laut. Kemudian dalam penuturan sejarahwan resmi Australia:
Tidak jelas siapa yang memerintahkan untuk menyerah. Tidak ada respons cepat dari pihak Jepang, dan- dalam rapat dengan para komandan kompi- Kapitz dan Tieland memerintahkan pasukan KNIL untuk tetap bertempur. Akan tetapi, ketika Tieland dan komandan-komandan kompi kembali ke posisi mereka, mereka menjumpai anak buah mereka sudah ditawan musuh, dan mereka dipaksa untuk menyerah.
Serangan darat pertama ke Laha berlangsung pada 31 Januari sore hari. Peleton Australia yang berada di timur laut lapangan terbang diserang oleh pasukan Jepang yang lebih kuat, yang bisa mereka halau.
Pasukan Jepang juga mendekati pusat kota Ambon dari arah barat daya. Sekitar pukul 16.00, pasukan Jepang sudah menguasai pusat kota, termasuk menawan unit pertolongan medis Australia.
Beberapa serangan Jepang dilancarkan secara simultan pada tanggal 1 Februari Posisi pasukan Australia juga menerima sejumlah besar personil pasukan KNIL yang mundur dari Paso. Pada pukul 22:30, Scott memerintahkan mundur pasukan Sekutu di Amahusu dan di barat daya, ke Eri. Posisi di Kudamati secara efektif sudah terkepung.
Pada tanggal 2 Februari (beberapa sumber menyebut 1 Februari), Kapal penyapu ranjau Jepang "W-9" menabrak ranjau laut yang digelar oleh kapal ranjau Belanda "Gouden Leeuw" di Teluk Ambon dan tenggelam. Dua kapal penyapu ranjau Jepang lainnya juga rusak akibat ranjau laut.
Selepas matahari terbit, pasukan utama Australia di plateau Nona, dipimpin oleh Letnan Bill Jinkins, dalam ancaman bahaya terkepung. Jinkins memerintahkan mundur ke Amahusu, dimana ia baru sadar bahwa Belanda sudah menyerah. Tidak tahu dimana keberadaan pasukan atasannya, Lt.Col Scott, Jinkins memutuskan menemui perwira senior Jepang dengan mengibarkan bendera putih di pusat kota Ambon. Mereka mengijinkannya berbicara dengan
Kapitz, yang menulis pesan lainnya yang menghimbau agar komandan pasukan Australia untuk menyerah. Jinkins pergi mencari Lt.Col. Scott.
Sementara itu, pasukan Jepang yang menyerang Laha sudah diperkuat dan serangan yang terkonsentrasi terhadap Sekutu pun dimulai, termasuk artileri kapal laut, pesawat pembom tukik, pesawat pemburu dan serangan menyelidik oleh infantri. Serangan malam Jepang di ilalang tinggi di dekat pantai, di antara 2 posisi pasukan Sekutu, dipukul mundur oleh peleton Australia. Namun, sebuah serangan masif Jepang
dilakukan pada saat fajar. Pada pukul 10:00, hanya sekitar 150 prajurit Australian dan beberapa personil KNIL yang masih bertahan dan mampu bertempur di Laha, dan Newbury memerintahkan mereka untuk menyerah.
Di pagi hari tanggal 3 Februari, pasukan Australia di sektar Eri berjuang untuk mengatasi serangan udara dan laut yang meningkat, prajurit Australia yang luka-luka, arus pengungsi personil Belanda, menipisnya persediaan dan kelelahan. Bendera Jepang terlihat sudah berkibar di tepi seberang teluk, di Laha. Saat Jinkins berhasil menemui Lt Col. Scott, Scott sudah memutuskan untuk menemui perwira Jepang dan menyerah. Posisi pasukan Sekutu di Kudamati menyerah secara terpisah saat tengah hari.
Jumlah korban jiwa di pihak Sekutu dalam pertemuran relatif kecil. Akan tetapi, malam setelah penyerahan pasukan Sekutu, prajurit IJN memilih lebih dari 300 orang tawanan perang Australia dan Belanda secara acak dan dieksekusi di atau dekat lapangan terbang Laha. Sebagian, ini merupakan balas dendam atas tenggelamnya kapal penyapu ranjau Jepang, lantaran beberapa awak kapal penyapu
ranjau tersebut tampak terlibat saat eksekusi. Mereka yang dibunuh termasuk Wing Commander Edward Scott dan Major Newbury. Menurut sejarahwan utama "Australian War Memorial", Dr Peter Stanley, setelah tiga setengah tahun, POW yang selamat:
Pada tahun 1946, insiden yang mengikuti jatuhnya Ambon menjadi subyek dari salah satu pengadilan kejahatan perang terbesar dalam sejarah: 93 prajurit Jepang diadili oleh pengadilan militer Australia di Ambon. Laksamana Muda Hatakeyama yang didapati memerintahkan pembantaian massacres, bagaimanapun telah meninggal sebelum ia bisa diseret ke pengadilan. Komodor Kunito
Hatakeyama, yang memberikan perintah langsung pembantaian tersebut, dijatuhi hukuman gantung. Letnan Kenichi Nakagawa dihukum 20 tahun penjara. Tiga perwira Jepang lainnya dieksekusi untuk perlakuan yang tidak manusiawi atas POW dan/atau warga sipil dalam kesempatan yang berbeda, antara 1942-45. (Proses-proses pengadilan ini merupakandasar pembuatan film fitur Australia berjudul Blood Oath (1990), dirilis tahun 1990.)
Jenderal It dihukum mati pada tahun yang sama untuk kejahatan perang yang ia lakukan di bagian lain dari Perang DUnia II Teater Pasifik.
Sekitar 30 tentara Australia, termasuk Jinkins, berhasil melarikan diri dari Ambon, hanya beberapa minggu setelah penyerahan, sering kali dengan mendayung perahu ke Seram.
Hasil lainnya dari pendudukan Ambon adalah realisasi ketakutan Australia akan serangan udara, ketika pesawat-pesawat Jepang yang berpangkalan di Ambon ambil bagian dalam penyerangan udara ke Darwin, Australia pada 19 Februari 1942.