Kota Ternate
Posisi Nukila rentan di antara bangsawan istana yang diwakili oleh Taruwese. la didesak segera menyelesaikan benteng Portugis yang pastinya membuat murka Al Mansyur, ayahandanya sebagai seteru Portugis. Dua putranya dan beberapa pengikut ditahan oleh Portugis di dalam benteng yang terbengkalai. Jorge de Menezes, Gubernur Portugis yang dikenal sangat kejam, menghukum pancung Kaicil Darwis
yang menentangnya. Pada 1530, Boki Nukila menunjukkan para menteri dan rakyat. Sepanjang 1522 sampai 1535 adalah fase-fase pelik bagi Kesultanan Ternate akibat intrik dan adu domba Portugis. Deyalo yang naik tahta dan memerintah kerajaan beberapa tahun, wafat karena diracun. Hal yang sama pun selalu berusaha dilakukan Portugis kepada Boheyat.
Taruwese yang berkosnpirasi dan mendukung Portugis derni ambisinya menjadi sultan akhirnya dikhianati juga oleh Portugis. Lalu Tabariji, saudara sepupu Deyalo dan Boheyat diangkat menjadi sultan, Tabariji menunjukkan ketidaksukaannya pada Portugis hingga bersama Boki Nukila dan Pati Sarangi, ditahan dan diasingkan ke Goa, India pada 1535.
Sultan Khairun Jamil pengganti Sultan Tabariji, juga tidak menyukai tindak tanduk Portugis yang sewenang-wenang terhadap dirinya dan rakyat. la mengobarkan perlawanan yang didukung oleh rakyatnya.
Pada 1568 Lopez de Mesquita diangkat menjadi Gubernur Portugis ke-18 di Ternate (1566-1571), menggantikan Alvaro de Mendoza (1564-1566). Mesquita berusaha mematahkan perlawanan Sultan Khairun. Pada 27 Februari 1570, Portugis mengundang Sultan Khairun melakukan perundingan damai antara kedua pihak- dimana masing masing pihak bersumpah menurut keyakinan agama dan memegang kitab suci agamanya masing-masing- bahwa mereka akan memelihara kerja sama
dalam perdamaian. Tetapi ternyata Portugis berlaku curang karena keesokan harinya saat pesta perjamuan untuk menghormati perjanjian itu, saat Sultan Khairun memasuki gerbang benteng Gam Lamo, ia ditikam oleh Antonio Pimental hingga wafat.
Baabullah putra Khairun naik tahta menjadi Sultan. la lalu memobilisasi kekuatan menggempur Portugis di seluruh Maluku dan wilayah timur Indonesia. Setelah berperang selama lima tahun, pada 1575, Sultan Baabullah berhasil mengusir Portugis dari Ternate dan dari wilayah Maluku. Dalam sejarah Indonesia, ini merupakan kemenangan pertama bangsa-bangsa Nusantara melawan penjajah Eropa.
Setelah Portugis meninggalkan Ternate dan wilayah Maluku, Bangsa Spanyol yang sebelumnya pernah bekerjasama dengan Kesultanan Tidore sejak 1521 dan kemudian harus meninggalkan Tidore pasta perjanjian Saragosa 1528. kembali mengerahkan kekuatan untuk menaklukkan Ternate.
Pada 1 April 1606, Don Pedro da Cunha, Gubernur Jenderal Spanyol di Filipina dengan 33 kapal berbagai jenis dan ukuran. 3095 prajunt menyerang sejumlah kubu pertahanan kesultanan Ternate dan menjelang siang benteng dan seluruh ibukota Kesultanan Ternate, Gam Lamo berhasil direbut dan diduduki oleh pasukan Spanyol.
Sultan Saidi berhasil meloloskan diri bersama istri, putra-putrinya dan beberapa bobato, lalu berlayar dengan kora-kora ke Jailolo, kemudian ke Sahu. Beberapa waktu kemudian, Gubernur da Cunha setuju mengirim surat kepada Sultan Saidi, bahwa Sultan akan mendapatkan perhndungan bila menyerah. Pablo de Lima dan beberapa kaiicil berangkat ke Sahu membawa surat da Cunha kepada Sultan Saidi. Pada 28 Maret 1606, Sultan Saidi dan pengiringnya kembali ke Ternate.
Sumber lain menyebutkan, Spanyol berhasil menaklukkan Gam Lamo dan menangkap Sultan Saidi berserta keluarganya, kemenakannya Kaiicil Hamzah, sejumlah pejabat tinggi kesultanan, termasuk Sangaji Makian, Sahu dan Gamkonora, diasingkan ke Manila, Filipina. Sedangkan Jogogu Hidayat dan Kaiicil Ali- ketika itu berusia 21 tahun- berhasil meloloskan diri.
Spanyol dengan cerdik mengubah kepulangan Sultan Saidi, itu menjadi penstiwa kenegaraan dengan penghormatan kerajaan kepada sang Sultan. Da Cunha menasehati Sultan agar menenma nasib buruknya dan mengajukan petisi kepada Raja Spanyol agar mendapat pengampunan. Sultan ditempatkan dalam rumah terindah dengan pengawalan ketat.
Spanyol kemudian menginm ekspedisi ke seluruh kawasan, membujuk atau memaksa kepala-kepala desa agar mengikuti perintah mereka. Penduduk desa diharuskan sujud di depan bendera Spanyol, menyerahkan semua senjata musket dan meriam. Spanyol lalu memperbaiki benteng Gam Lamo dan beberapa benteng lainya untuk memperkuat kedudukannya di Ternate. Pada 10 April, di Benteng Gam Lamo,
Spanyol dan Ternate menandatangani perjanjian perdamaian resmi dan keluarga Sultan memberi sumpah setia kepada Raja Philip Ill, dan bahwa rakyat Ternate tidak boleh mengadakan hubungan dengan orang Belanda atau Inggris, tidak memusuhi misi-misi Kristen, serta mentaati persyaratan berkenan dengan monopoli rempah oleh Spanyol.
Pada 10 April 1606 Spanyol mememancangkan benderanya di berbagai kawasan Ternate "atas nama yang Maha Mulia Raja Spanyol". Dengan jatuhnya Ternate ke tangan Bangsa Spanyol mulailah proses pengambilan aset-aset penting kerajaan dan reposisi dominasi Spanyol atas Ternate. Spanyol berada di Ternate dan wilayah Maluku antara 1521 sampai 1663. Pada 2 Mei 1663, Gubernur terakhir Spanyol di
Ternate, Francisco Ibanez serta seluruh pasukannya meninggalkan Ternate menuju ke Manila, Filipina. Sejak itu berakhirlah pendudukan Spanyol atas Ternate dan seluruh Maluku.
Orang-orang Belanda pertama yang tiba di Ternate, menurut catatan de Clerq, adalah Wijbrand van Warwijck dengan dua Kapal yang dipimpinnya, Amsterdam dan Utregt, yang rnerapat di pelabuhan Talangame, Ternate, 2 Juni 1599.
Sementara terdapat dua sumber lain yang menyebutkan tentang orang-orang Belanda yang pertama kali mencapai Ternate. Sumber pertama menyebutkan, van Warwijck bersama 560 orang dengan dua kapal, Amsterdam dan Utrecht, tiba di Ternate pada 22 Mei 1599, dan sumber kedua menyebutkan pada 1598 ekspedisi Belanda dengan 22 kapal yang dibiayai oleh 5 (lima) perusahaan Belanda, di bawah pimpinan Jacob Chr. van Neck dan Wybrechr
van Warwyck, berlayar menuju Maluku. Armada yang dipimpin oleh van Neck yang pertama tiba di Maluku pada Maret 1598 dan kembali ke Belanda pada 1599, membawa cukup banyak rempah dengan keuntungan sebesar 400 persen. Keuntungan berlimpah ini memicu sejumlah perusahaan berbeda membiayai ekspedisi ke Maluku, saling bersaing satu sama lainnya, sehingga harga
rempah-rempah menjadi tinggi. Semakin banyak rempah masuk ke Belanda, namun semakin sedikit keuntungan yang didapat. Pada 1598 Staten Generaal- parlemen Belanda- mengajukan usul supaya semua perusahaan yang saling bersaing menggabungkan diri demi kepentingan bersama. Pada 20 Maret 1562 didirikan Vereenigde Oost-Indesche Compagnie (VOC), yang dipimpin sebuah badan yang berkedudukan di Amsterdam yang terdiri atas 17 orang, mewakili 6 wilayah di Belanda, atau yang dikenal dengan Heeren Zeventien.
Tetapi kehadiran kekuasaan bangsa Belanda secara politis dan militer di Ternate. adalah karena diminta oleh kesultanan Ternate sendiri. Saat ibukota Gam Lamo jatuh ke tangan Spanyol dan Sultan Saidi mengamankan diri ke Jailolo lalu ke Sahu- merujuk sumber pertama- atau ditangkap dan diasingkan ke Manila- merujuk sumber kedua- kekuasaan kesultanan dikendalikan sementara
waktu oleh Jogugu Hidayat. Jogugu Hidayat mengutus Kapita Lau Kaicil All dan Kimalaha Aja ke Banten untuk meminta pertolongan Belanda agar bersedia membantu Ternate mengusir Spanyol dari Gam Lamo.
Setelah Kaicil All dan Kimalaha Aja bertemu dengan Matelief de Jonge dan menyampaikan maksud kedatangannya, berikut setuju dengan syarat-syarat yang diajukan oleh de Jonge sebagai kompensasi atas bantuan yang akan diberikan oleh Belanda, pada 29 Maret 1607 de Jonge dan sejumlah prajurit bersama Kaicil Ali dan Kimalaha Aja bertolak dari Banten dan tiba di Ternate pada 13 Mei 1607.