Tentara Pembebasan Nasional Zapatista
diajukan oleh anggota kongres yang dikenal, Subcommandante Marcos dan sebagian kelompoknya memutuskan untuk pergi, tanpa dipersenjatai, ke Mexico City untuk berbicara dengan kongres untuk mendukung proposal yang orisinil. Setelah berparade melalui tujuh negara bagian Meksiko dengan dukungan substansial dari masyarakat dan liputan media (dan dikawal polisi untuk melindungi anggota EZLN), perwakilan EZLN
(tidak termasuk Marcos) berbicara di depan kongres pada Maret 2001, dalam sebuah acara yang kontroversial. Parade tersebut dijuluki ""Zapatour"", dan pada hari kedatangan mereka sebuah konser untuk perdamaian yang tidak berkaitan berlangsung. Selama berkunjung, mereka mengunjungi sekolah-sekolah dan universitas.
Segera setelah EZLN kembali ke Chiapas, Kongres menyetujui versi lain dari "Undang-undang COCOPA", yang tidak termasuk klausul otonomi, beralasan bahwa hal itu bertentangan dengan beberapa hak konstitusional (termasuk properti pribadi dan pemilihan rahasia); hal ini dianggap sebagai pengkhianatan bagi EZLN dan kelompok-kelompok politik lainnya. Perubahan konstitusi ini
masih harus disetujui oleh mayoritas anggota kongres negara bagian. Banyak kelompok politik dan etnis mengajukan keberatan menentang perubahan tersebut, yang pada akhirnya disetujui dan berlaku pada 14 Agustus 2001. Hal ini, dan kemenangan pemilihan Presiden Fox yang baru saja terjadi pada 2000 memperlambat gerakan, yang sejak itu mengakibatkan menurunnya liputan media.
Sebagai usaha terakhir untuk membatalkan perubahan, protes konstitusional diajukan untuk disahkan oleh Mahkamah Agung Meksiko, yang berkuasa 6 September, 2002 karena perubahan konstitusi tersebut dilakukan oleh kongres dan bukan dalam tataran hukum (bukan undang-undang) yang sebelumnya sudah diberlakukan, hal tersebut tidak mempunyai kekuatan untuk membalikkan perubahan yang telah dibuat, hal tersebut sama dengan penjajahan terhadap kedaulatan Kongres.
Sampai 2004 banyak orang percaya bahwa Subkommandan Marcos lari dari Chiapas. Usaha untuk menghubunginya gagal atau hanya dijawab lewat email atau lewat publikasi di Internet. Meskipun Marcos tidak mengaku sebagai pemimpin gerakan Zapatista, dan hanya menampilkan diri sebagai juru bicara, bagaimanapun dia adalah figur utama EZLN bagi publik. Kepemimpinan kolektif EZLN terdiri dari 23 komandan dan 1
subkomandan yang berjumlah total 24 orang, satu karakteristik unik mereka, yang dikenal sebagai "Comite Clandestino Revolucionario Indgena" atau CCRI, (Komite Revolusioner Masyarakat Adat Clandestina).
Daftar Keberhasilan dan kegagalan gerakan mereka diungkapkan tahun 2004. Dari sudut pandang mereka Sendiri,Dewan Pemerintah yang Baik, atau Juntas de buen Gobierno"telah sukses", "seperti juga upaya untuk menjaga kekerasan Antara mereka dan pihak militer menjadi minimum. Usaha mereka untuk meningkatkan peran perempuan dalam hal budaya dan politik tidaklah se-berhasil itu.
Dari komunike yang disampaikan tampaknya Marcos telah mengikuti perkembangan, dari manapun dia berada. Dia juga menegaskan oposisi mereka terhadap apa yang dikenal sebagai neoliberal globalized economy dan mengklaim bahwa tren saat ini dalam kebijakan pemerintah telah melemahkan masyarakat dan membentuk sebuah pemerintahan de facto oleh perusahaan. Perang Amerika Serikat melawan teror,
kebijakan ekonomi yang disponsori IMF/Bank Dunia, dan perjanjian perdagangan bebas dipandang sebagai penerapan kebijakan tersebut.
Pada bulan Oktober 2004, Subkomandan Marcos mengeluarkan komunike menjelaskan telah terjadi masalah antara EZLN dengan pemerintah Meksiko. Beberapa komunitas Zapatista diusir dari rumah mereka. EZLN mengklaim bahwa ini adalah usaha untuk menguasai daerah yang kaya sumber daya alam (keanekaragaman hayati dan minyak). Komunitas-komunitas yang direlokasi menghadapi kesulitan besar karena
kurangnya sumber daya, tindakan EZLN untuk mengatasi ini adalah dengan memanggil bantuan internasional. Pemerintah Meksiko mempertahankan sikap tegas mereka terhadap masalah ini, menyatakan bahwa orang-orang tersebut dipindahkan untuk kepentingan mereka sendiri.
Meskipun begitu, keterkaitan EZLN terhadap agenda politik nasional hilang. Zapatista mengklaim bahwa selama periode diam dari pergumulan mereka ini telah terjadi usaha yang sangat kaya, berpusat pada usaha mengorganisasi "pemerintahan yang baik", hidup mandiri; khususnya pengaturan pendidikan dan sistem kesehatan mandiri, dengan sekolah, rumah sakit, dan apotek mereka sendiri di tempat-tempat
yang yang terabaikan oleh pemerintah Meksiko. Belakangan dengan Deklarasi Keenam Hutan Lacandon tampaknya Zapatista akan memasuki arena politik kembali.
Saat ini ada 32 "kotamadya pemberontak otonom zapatista" (komunitas independen Zapatista, MAREZ dalam bahasa Spanyol) di Chiapas.
Pada akhir 2002, Subkomandan Marcos menulis surat pada para pendukungnya di Spanyol pada 12 Oktober, tanggal dimana Columbus sampai di benua Amerika pada 1492, diingat oleh pribumi sebagai awal penderitaan mereka. Di surat yang panjang tersebut, Marcos menyebut hakim Spanyol Baltasar Garzón seorang "badut kasar" karena, di antara hal-hal lain, melarang Batasuna, partai independen Basque karena dianggap
mendukung kelompok terroris Spanyol ETA, dan kemudian menyebut usaha Garzón untuk menyidangkan Jenderal Chili Pinochet karena pelanggaran hak asasi terhadap masyarakat Spanyol sebagai "cerita palsu yang konyol". "Marcos" juga mengkritisi kerajaan Spanyol dan kemudian Perdana Menterinya José Mara Aznar. Setelah publikasi surat tersebut oleh pers Meksiko pada 25 November, Marcos dan
Garzón berbalas lebih banyak lewat pers internasional, pada perang kata yang tidak begitu baik, termasuk guyonan Marcos' tentang persetujuan tantangan Garzón dalam debat, dengan bertaruh akan membuka identitas rahasianya jika kalah dan Garzon akan berkomitmen pada EZLN jika dia menang. Insiden ini menyebabkan keributan di antara pendukung Marcos'. Beberapa kesal karena Marcos menghabiskan
waktu untuk hal lain; yang lain lain berpendapat nada surat-suratnya tidak tepat sebagai juru bicara resmi EZLN dan sisanya menafsirkan surat-suratnya sebagai dukungan terhadap ETA.
Pada Februari 2003, Marcos menulis surat lain, kali ini mengutuk anggota kongres dari satu-satunya partai yang mendukung Zapatista, sampai tingkat tertentu, Partai Revolusi Demokrat, karena telah menyetujui untuk mengesahkan versi yang telah dimodifikasi dari undang-undang COCOPA yang di tolak oleh EZLN tahun sebelumnya. Surat dan balasan yang menyertainya membuat banyak
pengikut, sekutu kuat dan berpengaruh meninggalkan Marcos. Ini bukan sebuah langkah yang mengejutkan, namun disebabkan karena PRD (Partai Revolusi Demokratik) telah membatalkan Persetujuan San Andres. Selain kritik terhadap aktor politik, Marcos menggarahkan pekerjaan EZLN pada daerah pengaruhnya, dan perubahan dalam organisasi internal EZLN. [Persetujuan San Andres]]
Since December 1994, the Zapatistas had been gradually forming several autonomous municipalities, independent of the Mexican government. By August 2003 these municipalities had evolved into local government "juntas", implementing communitarian food-producing programs, health and school systems, supported in part by NGOs. Then several "Juntas of Good Government" formed by representatives of the autonomous municipalities and overseen by the EZLN were created as an upper level of government under the motto "mandar obedeciendo" (to command obeying). These renegade municipalities had been tolerated by the government despite being a state within the state. Although they do not tax the inhabitants, the zapatistas decide, through assemblies, to work in communitarian projects; when someone does not participate in these communitarian efforts it is discussed