Taira no Kiyomori
Pemerintahan otoriter klan Taira mendapat perlawanan dari keluarga kekaisaran, kalangan bangsawan, dan samurai. Minamoto no Yorimasa yang didukung Pangeran Mochihito (putra kedua mantan Kaisar Goshirakawa) memimpin pemberontakan pada tahun 1180. Kiyomori bertindak dengan mengangkat Taira no Tomomori (putra keempatnya) sebagai panglima untuk memadamkan pemberontakan. Pemberontakan
berakhir dengan tewasnya Yorimasa dan Pangeran Mochihito. Selanjutnya, Kiyomori menunjuk putra kelima yang bernama Taira no Shigehira sebagai pimpinan pasukan untuk menghancurkan kuil Onj-ji di kaki Gunung Hiei karena dianggap bersalah telah bekerja sama dengan Pangeran Mochihito.
Selain itu, Kiyomori masih merasakan ancaman dari gabungan kuil Shinto dan Buddha, khususnya kuil Enryaku-ji yang juga merupakan kuil sekte Tendai. Ancaman dari faksi pendukung Kaisar Goshirakawa di Kyoto membuat Kiyomori mengambil keputusan untuk memindahkan ibu kota dengan paksa ke Fukuhara pada bulan Juni 1180. Pada waktu itu, kota Fukuhara dan Pelabuhan wada no Tomari (sekarang disebut Pelabuhan Kobe) merupakan pusat kekuasaan dan perdagangan bagi klan Taira.
Walaupun Pangeran Mochihito sudah tewas, perintah yang dikeluarkannya untuk menghancurkan klan Taira masih menimbulkan pemberontakan di berbagai tempat. Pada bulan Agustus 1180, Minamoto no Yoritomo bersekutu dengan klan Hj dan mengangkat senjata melawan klan Taira. Di bulan berikutnya, Minamoto no Yoshinaka datang membantu sebagai panglima klan Minamoto. Kekuatan militer klan Minamoto
yang bertambah besar dilawan Kiyomori dengan mengangkat cucu pewarisnya yang bernama Taira no Koremori sebagai panglima pasukan gabungan. Pasukan diutus ke daerah Kanto yang menjadi basis kekuatan klan Minamoto. Pada Pertempuran Fujigawa, pasukan klan Taira yang dipimpin Koremori mundur ketakutan setelah mendengar suara kawanan burung air yang disangka sebagai serangan mendadak pasukan klan Minamoto.
Berita kekalahan pasukan Taira membuat kuil Kfuku-ji di Nara mulai menyatakan perlawanan secara terang-terangan terhadap Kiyomori. Kalangan bangsawan menentang pemindahan ibu kota ke Fukuhara, sehingga Kiyomori memindahkan kembali ibu kota ke Kyoto pada bulan November 1180. Pada bulan Desember tahun yang sama, Taira no Shigehira ditunjuk sebagai panglima untuk menyerbu dan
membakar kota Nara. Setelah itu, Kiyomori menunjuk Taira no Tomomori sebagai pemimpin pasukan yang bertugas memadamkan pemberontakan klan Minamoto di Provinsi mi dan Provinsi Mino. Perlawanan terhadap klan Taira di ibu kota Kyoto dan sekitarnya menjadi reda, tetapi nama Kiyomori tercemar sebagai musuh agama Buddha akibat perbuatannya menghancurkan kota Nara.
Pada tahun berikutnya (1181), pemberontakan meluas ke Provinsi Iyo dan Provinsi Bungo yang merupakan pusat kekuasaan militer klan Taira. Pasangan bapak-anak Kno Michikiyo dan Kno Michinobu memimpin pasukan dari Iyo. Kalangan bangsawan yang dipimpin Ogata Koreyoshi, Usuki Koretaka, dan Saga Korenori memimpin perlawanan dari Bungo. Sementara itu, Yoritomo sudah menaklukkan klan-klan yang menjadi sekutu klan Taira di negeri sebelah timur seperti klan Satake.
Di tengah keadaan yang semakin kacau, Kiyomori membentuk pemerintahan baru klan Taira yang berpusat di Kyoto, sekaligus menciptakan beberapa posisi baru. Kiyomori juga menyusun rencana penangkapan Minamoto no Yoshinaka dengan bantuan Sh Sukenaga dan Sh Sukemoto (Sh Nagamochi) asal Provinsi Echigo. Namun, di akhir Maret 1181, Taira no Kiyomori menderita demam tinggi dan meninggal di usia 64 tahun. Sepeninggal Kiyomori, pemerintahan klan Taira yang baru dibentuk ikut berakhir.
Ketika Kiyomori wafat, putra pertama yang merupakan pewarisnya (Taira no Shigemori) dan putra keduanya (Taira no Motomori) sudah lebih dulu meninggal dunia karena sakit. Kepala klan dijabat putra ketiga yang bernama Taira no Munemori. Dibandingkan Kiyomori, Munemori tidak mampu mengatasi pemberontakan. Kekuasaan Kaisar Goshirakawa kembali bertambah kuat, sedangkan
klan Taira semakin melemah. Setelah peristiwa kelaparan pada zaman Ywa dan kekalahan pasukan klan Taira dalam Pertempuran Kurikara di Provinsi Kaga, Kyoto jatuh ke tangan pasukan yang dipimpin Minamoto no Yoshinaka. Pada tahun 1185, klan Taira akhirnya dihancurkan klan Minamoto dalam Pertempuran Dan-no-Ura.