Perang Saudara Somalia
Pertarungan untuk menguasai Mogadishu terjadi pada paruh pertama tahun 2006 disaat ARPCT, sebuah koalisi para pemimpin milisi yang didukung AS, menghadapi Uni Pengadilan Islam (ICU) yang berkuasa. Namun, ICU meraih kemenangan yang menentukan di bulan Juni tahun itu. Kemudian dengan cepat memperluas dan mengkonsolidasikan kekuatannya di seluruh Somalia selatan. Pada bulan
Agustus 2006, daerah yang dikontrol TFG terbatas di wilayah Baidoa di bawah perlindungan Ethiopia. (Interpeace, 104) Kaum Islam garis keras kemudian memperoleh kekuasaan di dalam ICU, yang memicu ketakutan akan Talibanisasi dari gerakan tersebut. Pada bulan Desember 2006, pasukan Ethiopia memasuki Somalia untuk membantu TFG melawan Uni Pengadilan Islam yang terus bergerak maju, yang sebelumnya memenangkan Pertempuran
Baidoa. Dengan dukungan mereka, pasukan pemerintah Somalia merebut kembali ibu kota dari ICU. Serangan tersebut membantu TFG memperkuat kekuasannya. Pada tanggal 8 Januari 2007, saat Pertempuran Ras Kamboni berkecamuk, Presiden dan pendiri TFG Abdullahi Yusuf Ahmed memasuki Mogadishu untuk pertama kalinya sejak terpilih. Tetapi seperti yang dinyatakan Menkhaus, TFG dipandang oleh sebagian besar
penduduk Mogadishu sebagai "boneka Ethiopia", dan pasukan keamanan TFG yang tidak terkontrol menjadi sumber utama ketidaknyamanan penduduk lokal, dan terlibat dalam penculikan, penyerangan, atau lebih buruk." Dalam beberapa minggu, sebuah pemberontakan bersenjata kemudian muncul di ibu kota melawan TFG dan sekutu Ethiopia-nya. Pemerintah kemudian pindah ke ibu kota dari lokasi sementara di Baidoa.
Embargo senjata di Somalia diubah pada bulan Februari 2007, untuk memungkinkan negara-negara lain memasok senjata ke pasukan keamanan TFG, selama mereka mendapat persetujuan terlebih dahulu dari Komite Sanksi PBB di Somalia. Setelah diskusi panjang, Uni Afrika menyetujui pengerahan awal Misi Uni Afrika ke Somalia (AMISOM) pada bulan Maret 2007. Organisasi ini membentuk "segitiga perlindungan" di sekitar bandara
Mogadishu, pelabuhan laut, dan Villa Somalia, dan mulai mengadopsi sikap negosiasi yang rendah hati dengan tokoh kunci. Pada bulan November 2008, setelah pelanggaran berulang atas blokade senjata, Dewan Keamanan memutuskan bahwa embargo senjata dapat dikenakan pada organisasi atau kelompok yang terlibat dalam pelanggaran tersebut. Setelah proses konsultasi selama dua tahun,
TFG dibentuk pada tahun 2004 oleh para politisi Somalia di Nairobi di bawah naungan Otoritas Antarpemerintah untuk Pembangunan (IGAD). Proses tersebut juga mengarah pada pembentukan Institut Transisi Federal (TFI), dan diakhiri pada bulan Oktober 2004 dengan terpilihnya Abdullahi Yusuf Ahmed sebagai presiden. TFG kemudian menjadi pemerintah Somalia yang diakui secara internasional. Setelah kekalahan mereka, Uni
Pengadilan Islam terpecah menjadi beberapa faksi yang berbeda. Beberapa elemen yang lebih radikal, termasuk Al-Shabaab, bergabung kembali untuk melanjutkan pemberontakan mereka melawan TFG dan menentang kehadiran militer Ethiopia di Somalia. Sepanjang tahun 2007 dan 2008, Al-Shabaab mencatatkan kemenangan militer, merebut kendali kota-kota utama dan pelabuhan di Somalia tengah dan selatan. Pada
akhir tahun 2008, kelompok ini telah menguasai Baidoa. Pada tanggal 1 Mei 2008, AS melakukan serangan udara di Dhusamareb, dan dilanjutkan pada tanggal 3 Mei dengan serangan udara lainnya di kota perbatasan Dobley. Menurut International Crisis Group, para pemimpin Ethiopia terkejut dengan kegigihan dan kekuatan pemberontakan dan frustrasi terhadap masalah internal TFG yang kronis. Hingga bulan Januari 2009,
Al-Shabaab dan milisi lainnya telah memaksa pasukan Ethiopia untuk mundur, meninggalkan pasukan penjaga perdamaian Uni Afrika yang kekurangan tenaga.
Karena kurangnya dana dan sumber daya manusia, embargo senjata yang menyulitkan untuk membangun kembali pasukan keamanan nasional, dan ketidakpedulian umum dari pihak masyarakat internasional, Presiden Yusuf merasa dirinya berkewajiban untuk menyebarkan ribuan pasukan dari Puntland ke Mogadishu untuk mempertahankan pertempuran melawan elemen pemberontak di bagian selatan negara
tersebut. Dukungan finansial untuk usaha ini diberikan oleh pemerintah daerah otonom. Hal ini menyisakan sedikit pendapatan bagi pasukan keamanan Puntland dan pegawai negeri sipil, sehingga wilayah ini rentan terhadap pembajakan dan serangan teroris.
Pada tanggal 29 Desember 2008, Abdullahi Yusuf Ahmed mengumumkan di hadapan sebuah parlemen gabungan di Baidoa perihal pengunduran dirinya sebagai Presiden Somalia. Dalam pidatonya, yang disiarkan di radio nasional, Yusuf menyatakan penyesalan karena gagal mengakhiri konflik tujuh belas tahun di negara tersebut seperti yang telah diamanatkan pemerintahannya. Ia juga menyalahkan dunia internasional
karena kegagalan mereka untuk mendukung pemerintah Somalia, dan mengatakan bahwa juru bicara parlemen akan menggantikannya sebagai Presiden dari Pemerintah Transisi Federal sesuai dengan ketetapan dari Piagam Transisi Federal Republik Somalia.
Antara tanggal 31 Mei dan 9 Juni 2008, perwakilan pemerintah federal Somalia dan kelompok gerilyawan pemberontak Aliansi untuk Pembebasan Kembali Somalia (ARS) yang moderat berpartisipasi dalam perundingan damai di Djibouti yang ditengahi oleh mantan Utusan Khusus PBB untuk Somalia, Ahmedou Ould-Abdallah. Konferensi tersebut diakhiri dengan sebuah kesepakatan yang ditandatangani, yang intinya
meminta penarikan tentara Ethiopia sebagai ganti penghentian konfrontasi bersenjata. Jumlah kursi di parlemen kemudian ditambah menjadi 550 kursi untuk mengakomodasi anggota ARS, yang kemudian memilih Sheikh Sharif Sheikh Ahmed, mantan ketua ARS, ke kursi parlemen. Presiden Sharif segera menunjuk Omar Abdirashid Ali Sharmarke, putra mantan Presiden Abdirashid Ali Sharmarke yang tewas, sebagai Perdana Menteri baru Somalia.
Dengan bantuan AMISOM, pemerintah koalisi juga mulai melakukan serangan balasan pada bulan Februari 2009 untuk mengambil alih kendali penuh di bagian selatan negara tersebut. Untuk memperkuat kekuasannya, TFG membentuk aliansi dengan Uni Pengadilan Islam, para anggota lain dari Aliansi untuk Pembebasan Kembali Somalia, dan Ahlu Sunna Waljama'a, sebuah kelompok milisi sufi yang moderat.
Lebih jauh lagi, Al-Shabaab dan Hizbul Islam, dua kelompok Islam utama yang menjadi oposisi, mulai mengalami kekacauan di dalam kelompok mereka sendiri pada pertengahan tahun 2009.
Sebagai simbol gencatan senjata, pada bulan Maret 2009, pemerintah koalisi Somalia mengumumkan bahwa mereka akan menerapkan kembali syariah sebagai sistem peradilan resmi negara tersebut. Namun, konflik tetap berlanjut di bagian selatan dan tengah negara ini. Dalam beberapa bulan, pemerintah koalisi yang sebelumnya menguasai 70% wilayah konflik Somalia di bagian selatan dan
tengah, wilayah yang diwarisi dari pemerintahan Yusuf sebelumnya, kehilangan kontrol atas 80% wilayah yang dipersengketakan tersebut kepada para pemberontak Islam.
Pada bulan November 2010, sebuah pemerintahan teknokratik baru terpilih, yang memberlakukan banyak reformasi. Di antaranya, dalam 50 hari pertama di kantornya, pemerintah baru menyelesaikan pembayaran bulanan pertama dari uang saku kepada tentara pemerintah. Upaya berulang untuk menerapkan daftar biometrik terdaftar dari pasukan keamanan belum berhasil hingga awal tahun 2016. Pada tanggal 6 Agustus 2011,
Al-Shabaab dipaksa untuk menarik diri dari sebagian besar wilayah di Mogadishu. Pasukan pemerintah Somalia dan sekutu AMISOM mereka kemudian melancarkan serangan pada Januari 2012 di pertahanan terakhir kelompok pemberontak di pinggiran utara kota. Perpecahan ideologis dalam kepemimpinan Al-Shabaab juga muncul setelah kekeringan yang terjadi pada tahun 2011 dan pembunuhan para tokoh berpengaruh di organisasi tersebut.