Kontroversi mengenai Saksi-Saksi Yehuwa
dengan cara yang sama seperti anggota yang telah dikeluarkan dari persekutuan karena kesalahan yang serius. Kebijakan baru ini berarti bahwa anggota-anggota sidang (jemaat) tidak diberitahukan apakah seseorang itu dijauhi karena "dikeluarkan dari persekutuan" atau karena "memisahkan diri" atau karena alasan apa. Banyak dari perubahan-perubahan ini dikeluarkan karena kejadian-kejadian di sekitar Raymond Franz, seorang mantan anggota Badan Pimpinan.
Para kritik menyatakan bahwa rasa takut dijauhi dan perpecahan keluarga menyebabkan orang yang mungkin ingin meninggalkan agama ini memutuskan untuk tidak keluar. Satu-satunya cara untuk secara resmi meninggalkan agama ini adalah menulis sepucuk surat permohonan untuk memisahkan diri atau untuk dikeluarkan dari persekutuan, tetapi kedua-duanya melahirkan
serangkaian larangan dan hukuman yang sama. Para kritik berpendapat bahwa proses yuridis yang dilakukan, karena sifatnya yang pribadi dan hampir otonom, berlawanan dengan preseden yang ditemukan dalam Kitab Suci dan ajaran-ajaran organisasi ini sendiri dan dapat digunakan secara sembarang bila ada konsensus di antara segelintir orang saja untuk menggunakan wewenang mereka.
Para pengritik telah menuduh bahwa Saksi-Saksi Yehuwa menggunakan kebijakan-kebijakan organisasi yang mempersulit anggota-anggotanya melaporkan kasus pelecehan seksual. Agar sebuah laporan pelecehan dapat dianggap "terbukti" (hingga dapat dikenai disiplin hukum sidang), harus ada dua orang Saksi-Saksi Yehuwa atau pengakuan oleh si tertuduh (hanya dalam kasus-kasus tidak adanya bukti pelecehan secara fisik).
Sejumlah korban pelecehan seksual juga menyatakan bahwa ketika melaporkan hal itu mereka disuruh tutup mulut untuk menghindari rasa malu pada pihak si terdakwa dan organisasi.
Kebijakan resmi mengenai perlindungan anak untuk Saksi-Saksi Yehuwa, yang membahas prosedur-prosedur pelaporan kasus pelecehan seksual anak-anak, menyatakan bahwa para penatua menaati semua tuntutan hukum untuk melaporkan para pelaku pelanggaran seksual, termasuk pelaporan tuduhan-tuduhan yang tidak berdasar atau tidak beralasan apabila dituntut oleh
hukum dan bahwa mereka harus mengenakan disiplin kepada pelaku pedofilia. Kebijakan ini juga menekankan hak si korban untuk memberitahukan pihak yang berwenang bila mereka mau melakukan hal itu. Sebuah artikel tentang penanganan kasus-kasus pelecehan seksual anak mengakui hal ini, dan menyatakan bahwa, "Lembaga Menara Pengawal merekomendasikan bahwa orang tua atau wali si korban- atau bahkan si tertuduh itu sendiri- melaporkan pelecehan ini kepada polisi."
Lembaga Lembaga Menara Pengawal telah memerintahkan Saksi-Saksi Yehuwa agar berhati-hati dalam menggunakan Internet karena tersedianya apa yang dianggap oleh Saksi-Saksi Yehuwa sebagai informasi yang "berbahaya". Ini dapat mencakup informasi yang tak dapat diterima berdasarkan alasan-alasan moral seperti misalnya pornografi, tetapi juga informasi
yang dianggap 'murtad'. Kata 'murtad' diberikan makna khusus oleh Saksi-Saksi Yehuwa, untuk merujuk kepada orang-orang yang meninggalkan agama mereka berdasarkan masalah-masalah doktrin ketimbang pengertian yang lebih luas yaitu orang-orang yang berpindah agama ataupun aliansi politik.
Sebuah terbitan "Menara Pengawal" tahun 2000 menyatakan, "beberapa orang yang murtad telah menggunakan Internet untuk memberitakan informasi palsu mengenai Saksi-Saksi Yehuwa. Akibatnya, ketika orang-orang yang tulus melakukan riset tentang keyakinan-keyakinan kita, mereka mungkin menemukan propaganda murtad. Menghindari hubungan dengan lawan-lawan ini akan melindungi kita dari pemikiran mereka yang
korup." Sementara Saksi-Saksi Yehuwa mendefinisikan keberadaan informasi yang "berbahaya" itu, para kritiknya mendefinisikan semua informasi yang akurat sebagai informasi yang sah. Apa yang dianggap oleh Saksi-Saksi Yehuwa sebagai "propaganda murtad", dianggap oleh para kritiknya sebagai sudut pandang alternatif, yang harus dipertimbangkan untuk
mengklaim bahwa seseorang memiliki suatu sudut pandang yang utuh. Saksi-Saksi Yehuwa mengajarkan bahwa Kitab Suci seperti misalnya 2 Yohanes 8-11 berlaku untuk "orang-orang murtad" seperti itu dan karenanya mereka sendiri harus "waspada" terhadap dan tidak penah "menerima" ajaran-ajaran seperti itu dalam bentuk apapun.
Para kritik telah menyatakan bahwa peringatan terhadap penggunaan Internet ini adalah sebuah contoh tentang "kontrol lingkungan ". Dalam hal ini, lembaga mengontrol anggota-anggota dengan membaasi informasi negatif mengenai dirinya. Saksi-Saksi Yehuwa menanggapi kritik seperti itu dengan menyatakan bahwa perpustakaan-perpustakaan cabang, yang dapat diakses oleh ribuan
Saksi-Saksi Yehuwa dan pengunjung, memiliki buku-buku yang berbicara negatif tentang Saksi-Saksi Yehuwa.
Pada 8 Oktober 2001, sebuah artikel diterbitkan dalam suratkabar Inggris Guardian yang mempertanyakan pendaftaran Watchtower Bible and Tract Society sebagai sebuah organisasi non pemerintah (LSM) pada Departemen Informasi Masyarakat PBB dan menuduh bahwa Lembaga Menara Pengawal munafik. Alasan untuk kritik ini ialah bahwa Saksi-Saksi Yehuwa sejak lama telah mengajarkan bahwa PBB adalah
"gambaran binatang buas" yang dirujuk dalam Wahyu 13:1-18 dan penggenapan kedua tentang " Pembinasa keji" dari Matius 24:15. Doktrin Saksi-Saksi Yehuwa jelas mengungkapkan bahwa mereka perlu berhati-hati dalam membentuk ikatan-ikatan sukarela dengan organisasi-organisasi yang tujuan-tujuannya bertentangan dengan penafsiran mereka atas Kitab Suci.
Dalam beberapa hari seelah terbitnya artikel tersebut, Lembaga Menara Pengawal Kitab Suci dan Risalat mengajukan permohonan resmi untuk melepaskan hubungannya dengan PBB, dan menerbitkan sepucuk surat yang menyatakan bahwa alasannya untuk berhubungan dengan Departemen Informasi Publik PBB adalah untuk mengakses sumber-sumber perpustakaan, dan bahwa mereka tidak menyadari perubahan dalam bahasa
yang dikandung dalam kriteria untuk asosiasi LSM. Keanggotaan sebagai LSM tidak dibutuhkan untuk mengakses perpustakaan-perpustakaan Departemen Informasi Publik PBB, sementara tujuan keanggotaan adalah "meningkatkan pengetahuan tentang prinsip-prinsip dan aktivitas-aktivitas PBB." Namun, hubungan dengan Departemen Informasi Publik sebagai LSM tidak berarti menjadi bagian dari PBB.