Fidel Castro
sebuah perjanjian yang menyatakan bahwa Kuba akan mengirim 20000 tenaga medis ke Venezuela, dan sebagai gantinya Kuba akan memperoleh 53000 barel minyak setiap harinya dengan harga yang lebih murah; pada 2004, perdagangan tersebut ditingkatkan, dengan Kuba mengirim 40000 tenaga medis dan Venezuela menyediakan 90000 barel setiap harinya. Pada tahun yang sama, Castro memprakarsai "Misión
Milagro", yaitu sebuah proyek medis gabungan dengan Venezuela yang ditujukan untuk menyediakan operasi mata gratis kepada 300000 orang dari masing-masing negara. Persekutuan tersebut memperkuat ekonomi Kuba, dan pada Mei 2005 Castro menggandakan upah minimum 1.6 juta buruh, menaikkan dana pensiun, dan mengirimkan peralatan dapur baru kepada para penduduk termiskin di Kuba. Namun, permasalahan ekonomi masih belum
sepenuhnya terselesaikan; pada 2004, Castro menutup 118 pabrik, termasuk pabrik baja, gula, dan pengolah kertas, akibat kekurangan bahan bakar.
Kuba dan Venezuela menjadi negara pendiri Alternatif Bolivaria bagi Bangsa-bangsa Amerika (ALBA). ALBA ditujukan untuk meredistribusikan kekayaan di seluruh negara anggotanya, melindungi pertanian di kawasan tersebut, dan menentang liberalisasi dan privatisasi ekonomi. ALBA diawali dengan sebuah perjanjian pada Desember 2004 yang ditandatangani oleh kedua negara tersebut, dan diresmikan melalui Perjanjian Dagang Rakyat
yang juga ditandatangani oleh Bolivia di bawah kepemimpinan Evo Morales pada April 2006. Castro juga menyerukan penggalakkan integrasi Karibia sejak akhir era 1990-an dan berkata bahwa hanya kerjasama yang lebih kuat di antara negara-negara Karibia yang akan menghindarkan mereka dari dominasi negara-negara kaya dalam ekonomi global. Selain itu, Kuba membuka empat kedutaan besar baru di beberapa
negara anggota Komunitas Karibia yang meliputi Antigua dan Barbuda, Dominika, Suriname, dan Saint Vincent dan Grenadine. Alhasil Kuba menjadi satu-satunya negara yang memiliki kedutaan besar di semua negara merdeka yang merupakan anggota Komunitas Karibia.
Meskipun hubungan Kuba dengan sejumlah negara-negara Amerika Latin yang beraliran terus membaik, pada 2004 negara tersebut memutus hubungan diplomatik dengan Panama setelah Presiden Mireya Moscoso yang berhaluan tengah mengampuni empat orang Kuba di pengasingan yang dituduh pernah mencoba membunuh Castro pada 2000. Hubungan diplomatik dipulihkan kembali pada 2005 setelah terpilihnya presiden Martn Torrijos yang berhaluan.
Selain itu, Castro juga masih terus bermusuhan dengan AS. Namun, setelah Badai Michelle pada 2001 mengakibatkan kerusakan besar, Castro berhasil membuat kesepakatan pembelian pangan dari AS, walaupun ia menolak tawaran bantuan kemanusiaan dari negara tersebut. Castro menyatakan rasa solidaritasnya kepada AS setelah terjadinya serangan 11 September 2001, dan ia juga mengutuk Al-Qaeda dan menawarkan bandara-bandara Kuba
sebagai tempat pendaratan darurat bagi pesawat-pesawat AS. Ia sadar bahwa serangan tersebut akan membuat kebijakan luar negeri AS menjadi lebih agresif, dan menurutnya kebijakan semacam itu bersifat kontra-produktif.
Sementara itu, pada 1998, Perdana Menteri Kanada Jean Chrétien tiba di Kuba untuk menemui Castro. Ia menjadi pemimpin pemerintahan Kanada pertama yang mengunjungi pulau tersebut semenjak Pierre Trudeau berkunjung ke Havana pada 1976. Pada 2002, mantan Presiden AS Jimmy Carter mengunjungi Kuba, tetapi di situ ia menyoroti ketiadaan kebebasan sipil di negara tersebut dan menyerukan kepada pemerintah Kuba untuk memperhatikan Proyek Varela yang diprakarsai oleh Oswaldo Payá.
Setelah sempat dioperasi akibat pendarahan usus, pada 31 Juli 2006 Castro menyerahkan tugas-tugas kepresidenannya kepada Ral Castro. Pada Februari 2007, Ral mengumumkan bahwa kesehatan Fidel telah membaik dan Castro kembali membantu pemerintahan dalam menghadapi permasalahan-permasalahan yang penting. Pada 21 April, Castro bertemu dengan Wu Guanzheng dari Politbiro Partai Komunis Tiongkok. Hugo Chávez mengunjungi Castro pada bulan
Agustus, dan Morales juga mendatanginya pada bulan September. Pada bulan yang sama, Gerakan Non-Blok mengadakan KTT ke-14 di Havana, dan selama pertemuan tersebut organisasi ini sepakat untuk mengangkat Castro sebagai presiden organisasi tersebut selama setahun.
Saat mengomentari proses pemulihan Castro, Presiden AS George W. Bush berkata: "Suatu hari, Allah yang baik akan membawa pergi Fidel Castro." Setelah mendengar pernyataan ini, Castro yang merupakan seorang ateis berbalik menjawab: "Sekarang aku mengerti kenapa aku selamat dari rencana Bush dan presiden-presiden lainnya yang memerintahkan agar aku dibunuh: Allah yang baik melindungiku."
Dalam sebuah surat yang berasal dari Februari 2008, Castro mengumumkan bahwa ia tidak akan menerima jabatan Presiden Dewan Negara dan Panglima Tertinggi, dan ia berkata, "Hati nuraniku akan terganggu jika saya mengemban tanggung jawab yang membutuhkan pergerakan dan pengabdian penuh, karena kondisi fisikku tidak mencukupi". Pada 24 Februari 2008, Majelis Kekuatan Rakyat Nasional memilih Ral
sebagai presiden. Ral sendiri mengatakan bahwa kakaknya "tak tergantikan", dan ia mengusulkan agar Fidel tetap dimintai nasihatnya terkait dengan permasalahan-permasalahan yang genting; usulan ini disetujui oleh 597 anggota Majelis Nasional.
Setelah memasuki masa pensiun, kesehatan Castro memburuk; pers internasional menduga bahwa ia terserang divertikulitis, tetapi pemerintah Kuba menolak membenarkan dugaan tersebut. Ia masih berinteraksi dengan rakyat Kuba, menerbitkan sebuah kolom opini yang berjudul "Refleksi" di koran "Granma", dan memberikan ceramah publik. Pada Januari 2009, Castro meminta kepada rakyat Kuba agar tidak
khawatir dengan kondisi kesehatannya yang memburuk, dan agar tidak terpukul jika ia harus menjemput ajal. Ia masih bertemu dengan pemimpin dan tamu asing, dan pada bulan yang sama foto-foto pertemuan Castro dengan Presiden Argentina Cristina Fernández dirilis.
Pada Juli 2010, ia muncul di muka umum untuk pertama kalinya semenjak ia jatuh sakit. Ia menyambut para pekerja pusat sains dan memberikan sebuah wawancara televisi kepada "Mesa Redonda". Di dalam wawancara tersebut, ia membahas ketegangan AS dengan Iran dan Korea Utara. Pada 7 Agustus 2010, Castro menyampaikan ceramah pertamanya di hadapan Majelis Nasional dalam rentang waktu empat tahun terakhir, dan
ia menyerukan kepada AS agar tidak menyerang negara-negara tersebut dan juga memperingatkan AS akan bahaya holokaus nuklir. Saat ditanya apakah Castro akan kembali ke pemerintahan, Menteri Kebudayaan Abel Prieto berkata kepada BBC, "Saya rasa ia selalu ada dalam kehidupan politik Kuba meskipun ia tidak dalam pemerintahan... Ia sangat berhati-hati terkait dengan hal tersebut. Perjuangan besarnya adalah urusan internasional."
Pada 19 April 2011, Castro mengundurkan diri dari komite pusat Partai Komunis, sehingga ia tidak lagi menjadi pemimpin partai. Ral kemudian terpilih menjadi penerusnya. Pada Maret 2011, Castro mengecam intervensi militer NATO di Libya. Pada Maret 2012, Paus Benediktus XVI mengunjungi Kuba selama tiga hari, dan selama kunjungan tersebut Paus sempat bertemu dengan Castro, meskipun Paus sebelumnya lantang bersuara menentang
pemerintahan Kuba. Belakangan, pada tahun yang sama, telah terkuak bahwa Castro dan Hugo Chávez berperan penting dalam mengatur perundingan antara pemerintah Kolombia dengan kelompok gerilyawan yang berhaluan jauh, FARC, untuk mengakhiri konflik yang telah terjadi sejak 1964. Kemudian, selama terjadinya Krisis Korea Utara 2013, ia meminta agar pemerintah Korea Utara dan AS
menahan diri. Ia menganggap krisis tersebut sebagai keadaan yang "sulit dipercaya dan konyol", dan menurutnya perang tidak akan menguntungkan kedua belah pihak.