Serangan 11 September 2001
Penerbangan 77. Mohammed juga mengatakan al-Qaeda awalnya berencana menargetkan instalasi nuklir, bukannya World Trade Center dan Pentagon, namun mereka memutuskan tidak jadi, khawatir semuanya menjadi "tidak terkendali". Keputusan terakhir dalam menentukan target, menurut Mohammed, ada di tangan para pilot. Bersama Menara Kembar berlantai 110 itu, beberapa bangunan lain di lahan World Trade Center hancur atau rusak parah, termasuk gedung WTC3
sampai 7 dan St. Nicholas Greek Orthodox Church. Menara Utara, Menara Selatan, Marriott Hotel (3 WTC) dan 7 WTC hancur sepenuhnya. U.S. Customs House (6 World Trade Center), 4 World Trade Center, 5 World Trade Center, dan dua jembatan pejalan kaki yang menghubungkan bangunan-bangunan tersebut rusak parah. Deutsche Bank Building di 130 Liberty Street rusak setengah dan akhirnya diruntuhkan. Dua gedung World Financial Center juga mengalami kerusakan.
Deutsche Bank Building di seberang Liberty Street dari komplek World Trade Center akhirnya dicap tak dapat dihuni kembali karena suasana beracun di dalam menara perkantoran itu dan akhirnya diruntuhkan. Fiterman Hall milik Borough of Manhattan Community College di 30 West Broadway juga diruntuhkan karena kerusakan parah dalam serangan ini dan akhirnya dibangun kembali. Gedung-gedung tetangga lainnya seperti 90 West Street dan Verizon Building mengalami kerusakan parah
namun telah diperbaiki. Gedung-gedung World Financial Center, One Liberty Plaza, Millenium Hilton, dan 90 Church Street mengalami kerusakan tingkat menengah dan telah diperbaiki. Peralatan komunikasi di puncak Menara Utara juga hancur, namun stasiun media mampu mengalihkan sinyal dengan cepat dan melanjutkan siaran.
The Pentagon, di Arlington County, Virginia, rusak parah akibat tabrakan American Airlines Penerbangan 77 dan kebakaran yang berlangsung setelahnya, mengakibaktan satu sisi bangunan runtuh. Ketika mengarah ke Pentagon, sayap pesawat menabrak beberapa tiang lampu dan mesin kanannya menabrak pembangkit listrik sebelum menabrak sisi barat Pentagon dan menewaskan ke-53 penumpang, 5 pembajak, dan 6 awaknya. Pesawat ini menabrak Pentagon di lantai
pertama dan bagian depan badannya patah ketika tabrakan, sementara bagian tengah dan ekornya terus menabrak selama kurang dari satu detik. Reruntuhan bagian ekor menembus jauh ke dalam bangunan, melewati tiga lingkaran luar gedung seluas.
New York City Fire Department langsung memberangkatkan 200 unit (setengah departemen) ke tempat tersebut. Upaya mereka dibantu oleh berbagai pemadam kebakaran dan teknisi medis darurat yang tidak bertugas pada hari itu. New York City Police Department mengirimkan Emergency Service Units dan personel polisi lainnya, serta memberangkatkan satuan helikopternya. Setelah tiba di tempat kejadian, FNY, NYPD, dan Port Authority tidak mengkoordinasi upaya
penyelamatan dan akhirnya mengalami kesulitan dalam mencari warga sipil. Ketika situasi semakin memburuk, satuan penerbangan NYPD menyampaikan informasi kepada komandan polisi, yang mengeluarkan perintah kepada personelnya untuk mengungsikan diri dari kedua menara; sebagian besar petugas NYPD berhasil keluar dengan aman sebelum kedua bangunan runtuh. Karena pos komando didirikan
terpisah dan komunikasi radio antar lembaga tidak mampu dilakukan, perintah tersebut tidak sampai kepada para komandan FDNY.
Setelah menara pertama runtuh, komandan FDNY mengeluarkan perintah evakuasi; tetapi karena kesulitan teknis dengan sistem pengulang radio yang gagal berfungsi, banyak pemadam yang tidak pernah mendengarkan perintah evakuasi. Petugas 9-1-1 juga menerima informasi dari penelepon yang tidak diteruskan kepada para komandan di tempat kejadian. Dalam beberapa jam setelah serangan, operasi pencarian dan
penyelamatan besar-besaran diluncurkan. Setelah beberapa bulan operasi 24 jam di tempat tersebut, lahan World Trade Center akhirnya dibersihkan pada akhir Mei 2002.
Berjam-jam setelah serangan, FBI mengeluarkan nama-nama pembajak dan pilot yang dicurigai kepada umum, di samping informasi pribadi tertentu mereka. Mohamed Atta dari Mesir merupakan ketua 19 perampas dan salah seorang pilot. Atta tewas dalam serangan bersama semua pembajak yang lain, tetapi bagasinya (yang tidak terhubung dari penerbangannya dari Portland ke Penerbangan 11) mengandung
kertas-kertas yang mengungkapkan identitas semua 19 pembajak dan petunjuk-petunjuk penting yang lain rencana, motif dan latar belakang mereka. Pada tengah hari, Badan Keamanan Negara memintas komunikasi yang mengarah ke Osama bin Laden, begitu juga dengan lembaga intelijen Jerman.
Pada 27 September 2001, FBI mengeluarkan gambar 19 perampas beserta informasi kewarganegaraan dan nama-nama lain yang mungkin digunakan oleh mereka. 15 dari mereka berasal dari Arab Saudi, dua dari Uni Emirat Arab, seorang dari Mesir (Atta), dan seorang dari Libanon.
Investigasi FBI terhadap kejadian yang bernama kode Operasi PENTTBOM, merupakan upaya investigasi yang terbesar dan paling rumit dalam sejarah FBI, melibatkan lebih 7000 agen khusus. Kerajaan Amerika Serikat menemukan bahwa al-Qaeda pimpinan Osama bin Laden bertanggung jawab atas serangan ini, sementara FBI mengatakan bahwa "bukti yang mengaitkan al-Qaeda dan bin Laden dengan serangan 11 September adalah
jelas dan tidak dapat disangkal". Kerajaan United Kingdom mendapat kesimpulan yang sama bahwa al-Qaeda dan Osama bin Laden bersalah atas serangan 11 September.
Pengarang Laurie Mylroie yang menulis dalam majalah siasah konservatif "" pada tahun 2006, berhujah bahawa Khalid Sheikh Mohammed sekeluarga merupakan perancang utama 9/11 dan serangan-serangan seumpamanya, manakala kaitan Khalid Sheikh Mohammed dengan Osama bin Laden adalah sampingan dan pengakuan bertanggungjawab al-Qaeda atas serangan itu datang selepas hakikat itu dan bersifat oportunis. Bekas pejabat
CIA, Robert Baer, menuliskan pernyataan yang bertentangan dengan argumen Mylorie dalam majalah "Time"pada tahun 2007, dengan menegaskan bahwa pengungkapan pengakuan bertanggung jawab Khalid Sheikh Mohammed pada 9/11 dan tindakan-tindakan lain oleh pemerintah pimpinan George W. Bush merupakan cobaan yang berdusta untuk mengklaim bahwa semua pelaku utama 9/11 telah ditangkap.
Asal usul al-Qaeda boleh disusuri ke tahun 1979, ketika Uni Soviet menyerang Afghanistan. Segera setelah serangan itu, Osama bin Laden pergi ke Afghanistan untuk mengulurkan bantuan dalam mendirikan kelompok mujahidin Arab dan mendirikan organisasi Maktab al-Khidamat (MAK) untuk melawan Soviet. Ketika berperang dengan Uni Soviet, bin Laden dan para pejuangnya menerima pembiayaan Amerika dan Saudi yang kebanyakan disalurkan melalui ISI, layanan
intelijen Pakistan. Pada tahun 1989, ketika Soviet mundur, MAK diubah menjadi "angkatan respon cepat" yang ber jihad ke atas pemerintah-pemerintah di seluruh dunia Islam. Dengan bimbingan Ayman al-Zawahiri, Osama bin Laden menjadi lebih radikal. Pada tahun 1996, bin Laden mengeluarkan fatwa pertamanya yang mendesak tentara Amerika agar meninggalkan Arab Saudi.
Bin Laden mengeluarkan fatwa keduanya pada tahun 1998 untuk membantah dasar luar Amerika Serikat terhadap Israel, serta kehadiran prajurit Amerika yang berkelanjutan di Arab Saudi setelah Perang Teluk. Bin Laden menggunakan kitab suci Islam untuk mendorong tindakan kekerasan terhadap tentara dan rakyat Amerika Serikat sehingga tuntutan-tuntutannya diakur, dengan argumen bahwa "para ulama sepanjang
sejarah Islam setuju sebulat suara bahwa jihad merupakan tugas tunggal jika musuh menghancurkan negara-negara Islam."
Dalam beberapa jam setelah serangan, FBI mendapatkan nama-nama dan data pribadi dari pilot dan pembajak yang dicurigai. Koper Muhammad Atta, yang tidak diteruskan dari penerbangan Portlandnya ke penerbangan 11, berisi berkas-berkas yang membuka identitas semua 19 pembajak, dan petunjuk penting lainnya mengenai rencana mereka, motif, dan latar belakang. Pada hari penyerangan, NSA menyadap komunikasi