Alain Prost
memulai start dari posisi 13. Dalam kedua balapan yaitu di Meksiko dan Spanyol, ia memimpin Mansell dan Ferrari di posisi 1-2 sampai lomba selesai. Prestasi Prost yang bagus kembali mengantarkannya masuk ke dalam kandidat juara dunia. Tapi kembali lagi kisah GP Jepang 1989 terulang, dan Prost kembali lagi bertabrakan dengan Senna di Jepang, kali ini di tikungan pertama
selepas start. Prost hanya berada di posisi kedua klasemen pembalap dengan selisih tujuh poin dari Senna dan Ferrari berada di P2 klasemen akhir konstuktor di belakang McLaren.
Pada tahun 1991, Mansell meninggalkan tim Scuderia, karena hubungan yang tidak stabil dengan Prost, dan ia bergabung kembali ke tim lamanya, Williams. Pengganti Mansell adalah pembalap Prancis lainnya, Jean Alesi, yang telah memukau seisi grid F1 selama dua tahun sebelumnya di tim Tyrrell. Ferrari tampak memasuki masa penurunan, sebagian di antara masalah mereka adalah karena mesin V12
tidak lagi kompetitif terhadap mesin yang lebih kecil, yaitu versi V10 yang terkenal akan efisiensi bahan bakar dan juga berat yang lebih ringan. Sasis Ferrari, meskipun telah berulang kali di revisi besar-besaran sejak GP Perancis masih juga tidak mampu selevel dengan McLaren dan Williams. Prost tidak satupun memenangkan lomba di 1991, dan ia hanya mendapatkan
posisi podium lima kali. Ia melampiaskannya kekesalannya pada tim Italia, publik Italia pun mengkritik Prost, dan Prost malah berbicara lantang dengan mengatakan bahwa mobil Ferrari-nya tidak lebih baik daripada truk. Sebagai akibatnya, ia lantas dipecat sebelum akhir musim, tepat sebelum Grand Prix Australia. Posisi Alain Prost kemudian digantikan oleh Gianni Morbidelli untuk balapan akhir musim
1991, dan oleh Ivan Capelli untuk musim berikutnya. Meski dipecat, Ferrari tetap membayar gaji sesuai kontrak yang masih berjalan untuk Prost.
Gagal mendapat tim dengan performa kompetitif, Prost memutuskan untuk cuti sementara di musim 1992, yang didominasi oleh Nigel Mansell di Williams-Renault. Setelah mendengar bahwa Prost akan kembali pada tahun 1993, Mansell meninggalkan Williams untuk membalap di seri CART. Prost dengan klausul kontraknya yang semakin rumit, meminta agar Williams tidak menarik pembalap sekaliber seperti Ayrton Senna pada tahun
yang sama. Akhirnya sebagai mitra dipilihlah Damon Hill untuk menemani Prost di 1993. Pembalap sebelumnya, Riccardo Patrese memilih hengkang ke Benetton karena muak mendengar permintaan Prost tersebut meskipun Patrese sebetulnya masih memiliki peluang untuk bertahan di tim.
Di musim terakhirnya di F1 ini, Alain Prost akhirnya berhasil memenangi gelar juara dunianya yang keempat kali, sekaligus yang terakhir, setelah membalap tanpa persaingan berarti dari Ayrton Senna dengan mobil McLaren-Ford yang buruk. Damon Hill sempat beberapa kali merepotkan Prost, tetapi atas persetujuan tim, ia dilarang untuk mengalahkan seniornya tersebut. Di akhir musim di
GP Portugal, Prost mengumumkan bahwa ia tidak akan menetap bersama Williams untuk 1994, dan Senna diumumkan sebagai penggantinya untuk musim 1994. Prost sendiri memutuskan untuk pensiun sebagai pembalap F1. Di balapan terakhir di Adelaide, Prost memeluk mantan rekan setimnya Ayrton Senna, dan meminta maaf apabila selama mereka bersaing dulu ada tindakkan dari Prost yang tidak
berkenan di hati Senna. Prost sendiri kemudian dianugerahi gelar OBE dari Ratu Elizabeth II pada akhir tahun 1993. Rekor mengagumkan Prost adalah 51 kemenangan balapan (Michael Schumacher memecahkan rekor Prost tersebut di musim 2001). Selain itu, Sang Professor juga masih memegang rekor sebagai pembalap terbanyak yang melakukan start dengan mesin turbo (126 kali), dan menjadi pemenang paling banyak di GP Perancis
untuk kategori pembalap tuan rumah. Sampai saat ini pun hanya Alain Prost-lah satu-satunya pembalap Perancis yang memenangi balapan di kandang sendiri.
Persaingan antara Prost dengan Ayrton Senna adalah salah satu persaingan yang terkemuka. Persaingan ini diawali pada musim 1988, ketika Senna bergabung dengan Prost di tim McLaren. Persaingan di antara keduanya paling terkemuka terjadi pada Grand Prix Portugal 1988, dimana Senna mencoba untuk memblok Prost dari mengambil pimpinan balap dengan "memaksa" Prost untuk berjalan berdekatan dengan
tembok pit. Prost kemudian berhasil keluar dari pinggir mobil Senna, mengambil pimpinan, dan kemudian masuk pada tikungan pertama, namun dia tetap marah terhadap Senna atas maneuver berbahaya yang ia lakukan.
Persaingan semakin menjadi intensif pasca GP San Marino 1989, dimana kedua pembalap menyutujui dimana keduanya akan mendapatakan jalan masing- masing menuju tikungan pertama. Pada saat balapan dimulai, Senna segera meninggalkan garis awal dan Prost kemudian mengikutinya melewati tikungan pertama, tanpa memasuki jalan Senna. Kecelakaan Gerhard Berger pada putaran keempat menghentikan balapan. Pada
saat dimulai kembali, adalah saat bagi Prost menjauh dibandingkan pembalap lainnya, namun Senna memaksa jalan dirinya untuk melewati Prost di tikungan pertama, yang menghancurkan perjanjian di antara keduanya pada awal balapan, membuat Prost sangat geram akan Senna. Prost sendiri kemudian justru dimarahi oleh tim McLaren, yang agaknya mendukung Senna. Hal itu membuat dirinya memilih untuk bergabung dengan Scuderia Ferrari untuk musim 1990.
Persaingan ini mencapai puncaknya pada akhir musim 1989, dimana gelar juara dunia ditentukan di antara Senna dan Prost pada Grand Prix Jepang di Suzuka. Kedua pembalap McLaren bertabrakan di sebuah tikungan ketika Prost memblok usaha Senna melewati dirinya. Prost berjalan meninggalkan balapan ketika Senna kembali ke trek dengan secara illegal memotong tikungan. Walau kemudian ia memenangkan balapan, manuver
tersebut membuat dirinya terdiskualifikasi. Setelah banding yang diajukan McLaren gagal, Senna diharuskan membayar denda 100000 Dolar AS dan skors enam bulan. Hal ini membuat Senna menuduh bahwa Presiden FIA Jean-Marie Balestre menguntungkan Prost. Diskualifikasi Senna berarti membuat Senna secara hitungan matematis tidak mungkin menyalip total poin Prost, sehingga juara dunia tahun 1989
diraih oleh Prost. Terdapat banyak perdebatan mengenai apakah Prost sengaja menabrak Senna, atau apakah Senna terlalu berambisi dalam manuver pengambilan posisi, atau apakah kecelakaan ini hanya insiden balapan di antara dua rekan balap yang saling sakit hati.
Musim 1990 kembali memperlihatkan kedua pembalap kembali terlibat dalam kecelakaan. Saat itu, Senna memimpin di depan Prost, yang kini dengan Ferrari, dalam perebutan gelar juara dunia. Prost telah terkualifikasi di posisi kedua untuk balapan kedua dari akhir musim ini di Suzuka, Jepang, dan Senna berada di tempat pertama. Sebelum balapan, Senna telah menyatakan keberatannya
bahwa sisi awal balapannya merupakan sisi yang kotor, yang berarti dia akan grip yang lebih sedikit dan karenanya ia akan memulai balapan lebih lambat dibanding dengan Prost, yang menurutnya memulai balapan di sisi yang bersih. Namun, keberatan Senna ini ditolak oleh FIA. Pada awal balapan, Prost memulai balapan lebih baik, namun pada saat
pengereman di tikungan pertama, Senna menolak untuk menjauhkan diri, sehingga menabrak Prost pada kecepatan 160 mpj (260 kpj). Hal itu membuat gelar menjadi milik Senna. Prost yang hampir pension dari dunia olahraga, menyatakan, "Apa yang ia lakukan adalah menjijikan. Dia adalah pria tanpa nilai." Setahun kemudian, Senna mengakui pergerakan yang
dilakukan dirinya adalah pergerakan yang telah direncanakannya sebelumnya, dalam rencana bals dendam atas Prost yang mengambil keduanya keluar dari balapan di tikungan di tempat yang sama tahun sebelumnya dalam posisi yang hamper sama.