Mr. Children
Pada 13 Januari 1999, mereka merilis singel ke-16, "Hikari no Sasu Hou e" yang diikuti album ke-7 "Discovery" (3 Februari 1999). Sebelas hari kemudian, tur promosi Discovery Tour '99 diadakan dari 14 Februari hingga 12 Juli 1999. Di tengah tur yang berlangsung di 16 kota, Mr. Children merilis singel ke-17, "I'll Be", dan dijadikan lagu iklan deodoran Shiseido Sea Breeze. Walaupun lagu "I'll Be" sudah ada di dalam album
"Discovery", lagu tersebut dirilis kembali sebagai singel dengan "beat" yang diperlambat. Penjualan singel "I'll Be" ternyata tidak sukses, dan menjadi singel Mr. Children yang paling lesu setelah singel "Cross Road". Ide untuk merekam album konser muncul sewaktu tur promosi Discovery Tour '99 sedang berlangsung. Hasilnya adalah album konser "1/42" yang dirilis [8 September 1999. Judul album berasal dari 42 kali
pertunjukan yang mereka gelar selama tur. Sebagian besar isi album "1/42" adalah lagu-lagu yang direkam di arena es Makomanai (16 Juni 1999), sedangkan trek bonus "Dakishimetai" direkam di taman tepi laut Okinawa Ginowan-shi.
Singel ke-18 sekaligus singel pertama Mr. Children pada abad ke-21 adalah "Kuchibue" yang dirilis 13 Januari 2000. Lagu tersebut dipakai sebagai lagu tema serial drama "Bus Stop". Walaupun tidak menjadi hit, singel "Kuchibue" laku hingga 724070 keping. Setelah itu, mereka merilis singel ke-19 "Not Found" yang kembali dijadikan lagu tema serial "Bus Stop". Sebulan kemudian, mereka merilis album studio ke-9, "Q" yang direkam di
New York. Album tersebut berisi rekaman ulang lagu Mr. Children dari era indie, dan menjadi album debut bagi produser Takeshi Kobayashi sebagai personel Mr. Children. Tur promosi album "Q" diberi nama "Concert tour Q", dan berlangsung sebanyak 35 pertunjukan di 13 kota (15 Oktober 2000-24 Februari 2001).
Dua album kompilasi, "Mr. Children 1992-1995" dan "Mr. Children 1996-2000" dirilis 11 Juli 2001, dan keduanya laku sebanyak 4034785 keping. Empat hari setelah kedua album tersebut dirilis, Mr. Children memulai tur keliling "Popsaurus". Di tengah-tengah berlangsungnya tur, Mr. Children merilis singel ke-20 "Yasashii Uta" yang dipakai untuk lagu iklan kopi kaleng "Wonda". Dua bulan setelah tur
"Popsaurus", singel ke-21 "Youthful Days" dirilis untuk lagu sisipan serial drama "Antique", dan menjadi singel Mr. Children yang paling laku tahun 2001. Dua tahun kemudian, lagu "Drawing" yang menjadi sisi B singel "Youthful Days" dipakai untuk lagu tema serial drama "Koufuku no Ouji".
Awal tahun baru 2002, singel ke-22 "Kimi ga Suki" yang dirilis 1 Januari menjadi lagu tema serial drama "Antique". Empat bulan kemudian, album studio ke-10 "It's a Wonderful World" dirilis pada 10 Mei 2002. Album "It's a Wonderful World" menandai 10 tahun karier Mr. Children di dunia musik, dan diperingati dengan tur keliling berjudul sama. Sewaktu Piala Dunia FIFA 2002 berlangsung di Jepang dan Korea, "I'll Be" dari album "Discovery"
dipakai sebagai lagu resmi. Dua bulan setelah "It's a Wonderful World" beredar, mereka merilis singel ke-23, "Any" untuk iklan telepon genggam NTT DoCoMo. Sewaktu bersiap untuk tur keliling, Sakurai masuk rumah sakit pada 21 Juli 2002 karena stroke. Tur "The Wonederful World" dibatalkan, dan semua kegiatan Mr. Children dibekukan. Sewaktu dalam pemulihan, Sakurai menulis lagu berjudul
"Hero" yang inspirasinya berasal dari pengalamannya masuk rumah sakit. Singel ke-24 "Hero" dirilis dengan bonus DVD tentang pengalaman vokalis Sakurai di rumah sakit yang menjadi inspirasi untuk lagu tersebut. Sebagai pengganti tur "The Wonederful World" yang batal, Mr. Children melakukan satu kali konser pada tanggal 21 Desember 2002. Rekamannya dikemas dalam bentuk DVD berjudul "Wonederful World on Dec. 21".
Bulan Juni 2003, Sakurai membantu pendirian Artists' Power Bank (AP Bank), sebuah organisasi nirlaba untuk pembiayaan proyek lingkungan. Pencetus ide adalah komponis Sakamoto Ryuichi yang ingin membangun pembangkit listrik tenaga angin. Setelah dibantu Sakurai dan produser musik Takeshi Kobayashi, AP Bank berubah sebagai penanam modal bagi proyek ramah lingkungan. Pada akhir tahun 2003, Mr. Children kembali
dengan singel ke-25 "Tenohira/Kurumi". Singel tersebut menjadi singel pertama mereka yang berisi dua lagu unggulan (sama-sama menempati "sisi A"). Setelah dipakai untuk lagu iklan NTT Docomo, singel "Kurumi" laku keras, dan menjadi singel terlaris Mr. Children setelah "Youthful Days" (2001).
Proyek solo Bank Band untuk mengumpulkan dana bagi AP Bank dimulai Sakurai pada tahun 2004. Bank Band merilis album perdana "Soushi Souai" yang berisi rekaman ulang 2 buah lagu Mr. Children, "Hero" dan "Yasashii Uta".Selanjutnya Mr. Children merilis album ke-11, "Shifuku no Oto" (4 April 2004) yang dilengkapi DVD berisi rekaman gambar proses pembuatan album. Bulan berikutnya, mereka merilis singel
ke-26, "Sign" yang dipakai untuk lagu tema serial drama "Orange Days". Mr. Children dengan lagu "Sign" memenangi Penghargaan Japan Grand Prix sebagai Lagu Terbaik Tahun 2004. Pada tahun 2005, total penjualan rekaman Mr. Children menembus angka 45 juta.
Singel ke-28 "Houkiboshi" yang dirilis 5 Juli 2006 adalah lagu iklan mobil Toyota dan lagu tema siaran langsung Piala Dunia FIFA 2006 di televisi NTV. Mr.Children sibuk dengan konser "ap bank fes. '06" sehingga singel "Houkiboshi" tidak dipromosikan di majalah atau radio, dan hanya ada 3 kali pertunjukan untuk promosi "Houkiboshi". Namun singel tersebut sukses sebagai lagu
iklan, dan terpilih sebagai lagu iklan favorit tahun 2006. Selain itu, "Houkiboshi" terpilih sebagai lagu musim dingin yang paling digemari untuk didengarkan orang Jepang di musim panas. Sepuluh hari setelah singel "Houkiboshi" dirilis, Mr.Children ikut serta dalam konser "ap bank fes. '06" yang berlangsung selama 3 hari. Bulan berikutnya, Mr. Children
menjadi bintang tamu konser "The Mujintou Fes. 2006". Setelah itu, Mr. Children mengumumkan tur "Mr.Children dan the pillows new big bang tour This is Hybrid Innocent" bersama grup the pillows dari 26 September sampai 11 Oktober 2006.
Selesai tur, mereka merilis singel ke-29 "Shirushi". Serial drama "Jyyonsai no Haha" di jaringan televisi NTV menggunakan "Shirushi" sebagai lagu tema. Sisi B singel "Shirushi" berisi rekaman ulang dari lagu "Kurumi", dan diangkat film "Koufuku na Shokutaku" sebagai lagu tema.
Film "Dororo" memakai singel ke-30, "Fake" sebagai lagu tema. Setelah "Fake", Mr. Children merilis album ke-13, "Home". Setelah hampir 13 tahun tidak memiliki album di urutan nomor satu tangga album Oricon, "Home" menduduki puncak tangga album Oricon selama 2 minggu berturut-turut. Tiga hari setelah album "Home" beredar, Mr. Children dengan singel "Shirushi" memenangi penghargaan Space Shower Music Awards '07
untuk kategori "Video Terbaik" dan "Video Grup Musik Terbaik" versi televisi kabel Space Shower Tur promosi album "Home" dibagi menjadi dua bagian. Bagian pertama diberi nama Mr. Children Home Tour 2007 (4 Mei-23 Juni 2007), dan bagian kedua diberi nama "Mr.Children Home Tour 2007-In the Field-" (4 Agustus- 30 September 2007). Semasa tur berlangsung, album kompilasi "B-Side" dirilis 10 Mei 2007 untuk memperingati 15 tahun Mr. Children.
Pada akhir tahun 2007, singel Mr. Children, "Tabidachi no Uta" dirilis 31 Oktober sebagai lagu tema film "Koizora" yang dibintangi Yui Aragaki.
Klub penggemar resmi Mr. Children disebut Father dan Mother. Walaupun sudah berdiri sejak tahun 1994, keberadaan klub penggemar baru diumumkan di situs web mereka sejak dirilisnya singel ke-29, "Shirushi" pada tahun 2006.