Enzim restriksi
0 mM NaCl = low salt buffer (L) 50 mM NaCl = medium salt buffer (M) 100 mM NaCl = hi salt buffer (H) 150 mM NaCl = very high salt buffer (VH)
Ketika melakukan digesti dengan 2 atau lebih enzim restriksi yang berbeda buffer reaksinya, perlu dilihat rujukan tabel aktivitas enzim tersebut pada buffer reaksi tertentu. Misalnya: reaksi digesti dilakukan dengan menggunakan EcoRI (garam tinggi) dan HpaII (garam rendah, KCl). Setelah dilihat pada tabel, kedua enzim aktif pada keadaan garam sedang. Oleh
karena itu, digunakan buffer reaksi dengan konsentrasi KCl sedang. Buffer reaksi yang digunakan adalah KCl karena HpaII memerlukan KCl, bukan NaCl; sedangkan EcoRI dapat menggunakan kedua garam tersebut. Kondisi optimal ketika melakukan proses digesti sangat penting. Karena jika kondisi optimal tidak tercapai, enzim akan memotong secara tidak normal. Contohnya: EcoRI pada buffer reaksi dengan konsentrasi
garam rendah tidak hanya memotong pada situs pengenalan normal G  displaystyle downarrow  AAATTC, namun akan juga memotong situs pengenalan  displaystyle downarrow  AATT. Aktifitas seperti ini dinamakan star activity.
Enzim restriksi yang biasa digunakan dalam laboratorium biologi molekuler memotong molekul DNA pada situs pengenalan dan menghasilkan salah satu dari ketiga jenis pola hasil pemotongan. Ketiga pola hasil pemotongan enzim restriksi sebagai berikut:
Enzim restriksi memotong secara asimetris pada situs pemotongan, menghasilkan hasil pemotongan memanjang pada ujung 5'. Contoh enzim yang menghasilkan ujung menggantung 5' adalah BamHIpus Pola Ujung menggantung 5' oleh enzim BamHI
Enzim restriksi ini juga memotong secara asimetris pada situs pengenalan, namun menghasilkan hasil pemotongan memanjang pada ujung 3'. Contoh enzim yang menghasilkan pola seperti ini adalah KpnIpus Pola Ujung menggantung 3' oleh enzim KpnI
Enzim ini memotong secara simetris antara kedua utas DNA sehingga menghasilkan ujung tumpul. Contoh enzim yang menghasilkan pola seperti ini adalah SmaI pus Pola Ujung tumpul oleh enzim SmaI
Pola ujung menggantung, baik yang 3' ataupun 5', sering disebut juga dengan ujung lengket (sticky ends) atau ujung kohesif (cohesive ends). Pola seperti ini lebih mudah menempel (annealing) dengan pasangan DNA nya karena adanya ikatan basa antara ujung-ujung yang menggantung.
Setelah proses inkubasi selesai, reaksi digesti enzim dapat dihentikan dengan menambahkan EDTA. Penambahan EDTA akan mengkelat ion logam; dalam reaksi ini ion logam yang dikelat adalah Mg2+. Untuk beberapa tipe enzim lainnya, inaktivasi dapat dihentikan dengan cara pemanasan; menggunakan pendenaturasi protein, contohnya fenol atau kloroform; atau memisahkan enzim dari DNA menggunakan kolom kromatografi.
SubtypeContohSitus PengenalanOrthodoxEcoRIG  displaystyle downarrow  AATTCCTTAA  displaystyle uparrow  GEcoRVGAT  displaystyle downarrow  ATCCTA  displaystyle uparrow  TAGBglIGCCNNNN  displaystyle downarrow  NGGCCGGN  displaystyle uparrow  NNNNCCGType IISFokIGGATGN9  displaystyle downarrow  NNNNCCTACN9NNNN  displaystyle uparrow  Type
IIENaeIGCG  displaystyle downarrow  CGCCGC  displaystyle uparrow  GCGType IIFNgoMIVG  displaystyle downarrow  CCGGCCGGCC  displaystyle uparrow  GType IITBpu10ICC  displaystyle downarrow  TNAGCGCANT  displaystyle uparrow  CGBslICCNNNNN  displaystyle downarrow  NNGGGGNN  displaystyle uparrow  NNNNNCCType IIGEco57ICTGAAGN14NN  displaystyle downarrow
GACTTCN14  displaystyle uparrow  NNType IIBBcgINN  displaystyle downarrow  N10CGATN6TGCN10NN  displaystyle downarrow   displaystyle uparrow  NNN10GCTN6ACGN10  displaystyle uparrow  NNBplINN4  displaystyle downarrow  N8GAGN5CTCN8N4N  displaystyle downarrow   displaystyle uparrow  NN4N8CTCN5GAGN8  displaystyle uparrow  N4NType IIMDpnIGmA  displaystyle downarrow  TCCT  displaystyle uparrow  mAG