Kira Yamato
angkasa,Eternal yang kewalahan akhirnya meluncurkan komandan mereka, Andrew Waltfeld beserta mobile suitnya Gaia Gundam untuk membantu Eternal. Kira yang sudah sampai di tempat Eternal segera membantu Waltfeld (yang menyuruhnya untuk cepat mengambil "unit baru" miliknya, daripada membuang waktu dengan cara membantunya), namun karena jumlah musuh yang sangat banyak dan kemampuan
Strike Rouge yang sudah tergolong model lama, Kira akhirnya kalah (Strike Rouge tertembak kepala dan kedua kakinya) dan ditarik masuk ke dalam Eternal. Kira bertemu dengan Lacus, dan segera menanyakan dimana "unit baru" tersebut, Lacus akhirnya membawa Kira ke tempat ZGMF-X20 A Strike Freedom Gundam dan memberi mobile suit tersebut kepadanya, Kira pun mengucapkan terima kasih dan segera meluncur bersama
senjata barunya tersebut. Akhirnya Strike Freedom menghancurkan sebanyak 25 Mobile suit berupa Zaku dan Gouf dalam waktu 2 menit, serta menghancurkan 3 buah mesin kapal perang NAZCA milik ZAFT dengan menggunakan DRAGOON system yang telah diaplikasikan di Strike Freedom.
Operasi Fury dilaksanakan ZAFT untuk menemukan keberadaan pemimpin Blue Cosmos, yaitu Lord Djibril yang diduga kabur menuju Orb, sehingga militer ZAFT menggempur langsung ke wilayah Orb, dan tentu saja, Minerva (beserta Shinn dan Rey yang keduanya telah diberi mobile suit baru oleh Gilbert Durandal) ikut dalam operasi tersebut. Pihak Minerva terkejut ketika mendapati Archangel masih
utuh dan ikut dalam pertempuran, karena dalam Operasi Angel Down mereka melihat Archangel seakan-akan tenggelam dan meledak dalam air (sesungguhnya yang meledak adalah mesin Archangel no.2 yang memang "sengaja" dilepas dan diledakkan,agar Minerva mengira bahwa Archangel "benar-benar" meledak). Sementara itu,Shinn sedang menghadapi Akatsuki milik Cagalli dengan mobile suit
barunya,ZGMF-X42S Destiny Gundam,dan terlihat hampir memenangkan pertarungan ketika lemparan beam boomerang akan mengenai Akatsuki. Bersamaan dengan itu,di radar Minerva terlihat ada dua objek mendekat dengan kecepatan luar biasa dari luar angkasa, ternyata mereka adalah Strike Freedom dan Infinite Justice (yang dipiloti Lacus Clyne). Strike Freedom pun mendekat dan menembak 2 buah beam boomerang yang dilemparkan Destiny
ke arah Akatsuki. Shinn merasa kaget dan akhirnya bertarung dengan Strike Freedom. Sementara itu,Infinite Justice mendarat ke Archangel dan pilotnya,Lacus bertemu dengan Athrun dan Meyrin Hawke. Rey menyuruh Shinn untuk kembali ke Minerva untuk mengisi ulang kembali senjata yang hancur oleh Strike Freedom dan bertempur bersama, akhirnya Shinn pun menurut dan kembali ke Minerva.
Setelah Destiny pergi untuk kembali ke Minerva, Kira yang merupakan bagian dari prajurit Orb membantu para prajurit Orb mengalahkan para prajurit ZAFT, sementara itu, Lacus mengatakan bahwa Athrun sendirilah yang memutuskan akan menjadi prajurit lagi atau tidak, Athrun pun memutuskan untuk bertempur kembali dan menggunakan Infinite Justice. Sementara itu, proses isi ulang senjata Destiny
Gundam telah selesai, dan Shinn pun langsung take off bersama dengan Rey dan Legend Gundam miliknya, dan bertarung kembali melawan Strike Freedom. Athrun yang memutuskan untuk bertempur kembali juga take off dan menggunakan Infinite Justice untuk bertempur. Serangan Destiny dimulai dengan menggundakan "beam saber", tetapi berhasil ditangkis dengan "beam shield" oleh Strike Freedom, dan ketika Legend menyerang dengan DRAGOON system, Kira
masih berhasil mem-blok serangan tersebut, namun keseimbangan Strike Freedom goyah dan menjadi bidikan "beam cannon" Destiny. Ketika Shinn hampir menekan pelatuk "beam cannon", datang Athrun beserta Infinite Justice, mencegah tembakan Destiny. Shinn pun terkejut, tetapi Rey menyadarkan kembali Shinn yang "shock" karena mengira telah membunuh Athrun saat Athrun hendak membelot dan menuju Archangel.
Keduanya pun menjauh dan akhirnya saling menyerang, Kira pun membantu Athrun yang sedang terdesak oleh Destiny dan Legend. Shinn pun membantu Rey, dan menembak Strike Freedom,tapi berhasil dihindari dan selanjutnya berhadapan langsung dengan Athrun. Infinite Justice pun mengeluarkan "beam saber"-nya dan melawan Destiny, sementara Kira merasa ketika melawan Rey yang dia hadapi adalah Raww Le Kluezze (wajar
Kira merasa seperti itu,karena Rey belakangan ketahuan adalah kloning dari Le Kluezze). Shinn menggunakan modus SEED-nya dan mengeluarkan "Wings of Light" system Destiny dan menyerang Athrun, Athrun pun tak mau kalah dia berbalik menyerang Destiny dan menghancurkan sebelah tangan Destiny. Pada saat itu, Lord Djibril pun melarikan diri dengan menggunakan shuttle milik keluarga Seiran, Lunamaria Hawke pun
diutus Minerva untuk menembak jatuh shuttle tersebut, namun tidak berhasil. Setelah Lord Djibril lolos, Minerva pun memerintahkan untuk menarik mundur semua unit militer ZAFT dari wilayah teritorial Orb. Pertarungan Shinn, Athrun, Kira, dan Rey pun berakhir, pada saat Destiny meninggalkan Infinite Justice, Athrun yang masih terluka pingsan dan mengakibatkan Infinite Justice jatuh, namun berhasil ditolong
oleh Strike Freedom. Pada saat di Archangel, Kira membuka helm dan "pilot suit" Athrun, dan ditemukan kepala dan tubuh Athrun mengalami pendarahan hebat.
Setelah Gilbert Durandal mengumumkan pada dunia bahwa akan segera melaksanakan "Destiny Plan", suatu rencana untuk menghancurkan Bumi, Kira beserta Aliansi Tiga Kapal ("Three Ships Alliance") dan juga para prajurit militer Orb berusha mencegah rencana tersebut dan akan menyerang Messiah, suatu unit senjata pemusnah massal milik ZAFT yang berada di bulan.
Tentu saja ZAFT tidak membiarkan pihak Orb berbuat itu, mereka juga mengirimkan pasukannya, termasuk Minerva, sehingga Kira, Athrun, Shinn, dan Rey akan bertarung kembali.
Peperangan besar tak terhindarkan, lalu Kira menyuruh agar Archangel (beserta Infinite Justice) dan Kusanagi pergi saja berusaha menyerang Messiah, sementara Strike Freedom dan Eternal menghadapi para pasukan ZAFT. Shinn akhirnya kembali bertemu dengan Strike Freedom, dan dia tentu saja menyerang dengan ganas, tetapi serangannya selalu berhasil ditangkis oleh Strike Freedom, sampai pada akhirnya Rey datang dan
menyuruh Shinn untuk pergi, menghadapi Athrun dan Archangel karena Rey berniat balas dendam terhadap kematian saudara kloningnya, Raww Le Kluezze pada akhir pertempuran Valentine Berdarah pertama di Jachin Due.
Sementara itu, Shinn pergi mengejar Archangel dan Infinite Justice, Shinn ingin "menuntaskan" pertarungannya pada saat Operasi Fury yang tertunda. Athrun pada saat itu sedang bertarung melawan Impulse Gundam yang dipiloti Lunamaria Hawke, dan berhasil mengalahkannya. Tepat pada saat itu, Destiny pun datang, dan menyerang Infinite Justice yang dianggap sudah melukai Lunamaria (padahal sebetulnya tidak). Shinn yang
marah pun menggunakan modus SEEDnya, dan bertarung hebat dengan Athrun. Sampai pada akhir pertarungan, Athrun mengatakan apa alasan Shinn untuk bertarung adalah untuk membuat dunia hanya berdasarkan kekuatan, dan Athrun juga mengatakan bahwa apapun yang sudah mati tidak akan bisa kembali lagi. Mendengar perkataan Athrun, Shinn pun emosinya meledak dan menyerang Infinite justice dengan "Shinning
hand" Destiny. Lunamaria pun menghalangi Shinn dan menyuruhnya berhenti, tetapi Shinn yang sedang kalap malah menganggap Impulse sebagai Freedom yang sudah membunuh kedua orang yang paling dia sayangi, Mayu Asuka, adiknya dan Stella Loussier dan tidak menghentikan serangannya, Athrun pun mengeluarkan modus SEED miliknya dan menghentikan Destiny, serta langsung menghancurkan Destiny tanpa melukai Shinn.