Aksi T4
dan Gürtner kelak menulis suatu surat bernada keras kepada Hitler untuk memprotes program ini; Hitler tidak membacanya tetapi mendapatkan penyampaian dari Lammers tentang surat keberatan ini. Namun pada umumnya gereja Protestan telah tertangkap dalam jerat Nazi dan tidak mau mengkritik tindakan Nazi.
Gereja Katolik sejak tahun 1933 memiliki kebijakan untuk menghindari konfrontasi dengan rejim Nazi dengan harapan bahwa hal tersebut dapat memelihara keutuhan lembaga gereja, namun gereja semakin tidak mampu untuk menahan diri menghadapi bukti-bukti nyata adanya pembunuhan-pembunuhan terhadap penghuni rumah sakit dan tahanan. Pemimpin gereja Katolik Michael Kardinal von
Faulhaber, Kardinal dari München, menulis surat pribadi kepada pemerintah untuk memprotes kebijakan T4 tersebut. Pada bulan Juli 1941 gereja Katolik mulai bersuara dengan adanya surat pastoral dari uskup yang dibacakan di semua gereja. Pada surat pastoral tersebut dinyatakan bahwa "pembunuhan adalah suatu perbuatan yang tidak dapat dibenarkan (terkecuali dalam pembelaan diri dalam suatu perang resmi). Inilah yang membesarkan hati kaum Katolik untuk menyuarakan lebih banyak protes.
Beberapa minggu setelah surat pastoral tersebut dibacakan, Clemens August Graf von Galen, uskup dari Münster di Westfalen secara terbuka mencela program T4 di khotbahnya dan mengirimkannya khotbahnya tersebut dengan menggunakan telegram kepada Hitler yang isinya mengatakan bahwa "Führer harus melindungi rakyatnya terhadap Gestapo. Adalah sangat tidak baik dan tidak adil serta merupakan suatu malapetaka apabila
seseorang memaksakan kehendaknya dengan menentang kehendak Tuhan" selanjutnya Galen mengatakan juga bahwa "kita sedang berbicara mengenai pria dan wanita, patriot (pejuang), saudara dan saudari kita. Yang dapat kamu katakan adalah orang-orang tidak berguna yang harus mendapatkan belas kasihan, tetapi apakah ini berarti bahwa mereka tidak lagi memiliki hak untuk
hidup?" Robert Lifton mengomentari khotbah ini sebagai berikut: Khotbah yang sangat hebat dan penuh pengharapan ini diperbanyak dan diedarkan keseluruh Jerman oleh angkatan udara Kerajaan Inggris yang menjatuhkan selebaran berisikan khotbah ini ke tengah-tengah pasukan Jerman. Khotbah Galen ini memiliki akibat yang sangat besar dibandingkan pernyataan-pernyataan anti eutanasia lainnya yang pernah ada."
Walaupun Hitler amat marah sekali, namun ia menyadari bahwa ia tidak mungkin berkonfrontasi dengan Gereja pada saat yang bersamaan dengan dua peperangan hidup mati yang sedang dihadapi Jerman. Himmler mengatakan bahwa: "apabila operasi T4 diserahkan kepada SS maka hasilnya akan menjadi lain sama sekali sebab sewaktu Führer mempercayai kami untuk melaksanakan suatu tugas, kami tahu bagaimana melakukannya dengan benar tanpa menimbulkan suatu kegemparan di masyarakat.
Pada tangal 24 Agustus 1941 Hitler memerintahkan untuk menghentikan program T4 serta menginstruksikan pula kepada para Gauleiter untuk menghentikan provokasi terhadap gereja-gereja sepanjang peperangan.
Invasi Uni Soviet pada bulan Juni membuka suatu kesempatan baru bagi para personel T4, yang mana kelak mereka dikirim ke wilayah timur untuk memulai suatu tugas pembunuhan yang sangat besar yang disebut dengan sandi Solusi Akhir (Jerman: "Die Endlösung der Judenfrage"), yang merujuk kepada rencana Nazi untuk melakukan suatu genosida yang sistematis terhadap bangsa Yahudi selama Perang Dunia II.
Pada bulan Desember 1946, pengadilan militer Amerika yang biasa dikenal dengan sebutan Pengadilan Dokter mengajukan sebanyak 23 orang dokter dan administratur untuk bertanggung jawab atas kejahatan perang dan kejahatan kemanusiaan. Tuduhan ini mencakup pula kejahatan pembunuhan sistimatis terhadap mereka yang cacat fisik termasuk penderita keterbelakangan mental. Setelah melalui proses persidangan selama 140 hari dengan
mendengarkan keterangan saksi-saksi sebanyak 85 orang serta mempelajari sebanyak 1500 dokumen maka pada bulan Agustus 1947, pengadilan memutuskan bersalah terhadap 16 terdakwa dan 7 diantaranya dijatuhi hukuman mati dan dieksekusi pada tanggal 2 Juni 1948 termasuk dr. Karl Brandt dan Viktor Brack.
Dakwaan terhadap mereka adalah sebagai berikut: Pada tahun 1945, 7 orang staf dari Institut Hadamar juga didakwa atas pembunuhan warga Soviet dan Polandia namun bukan untuk pembunuhan warga Jerman dalam jumlah besar yang terjadi di institut tersebut. Alfons Klein, Karl Ruoff and Wilhelm Willig dijatuhi hukuman mati dan dieksekusi sedangkan 4 orang lainnya dijatuhi hukuman penjara seumur hidup.
Philipp Bouhler dan Leonardo Conti membunuh diri sewaktu ditangkap pada bulan Mei 1945, sedangkan dr. Ernst-Robert Grawitz melakukan bunuh diri sesaat sebelum jatuhnya Berlin. Dr Friedrich Menneke meninggal pada tahun 1947 sewaktu menunggu persidangan perkaranya. Paul Nitsche dihukum mati dan dieksekusi oleh pengadilan Jerman Timur pada tahun 1948. Werner Heyde, membunuh diri pada tahun 1964 setelah menjadi buronan selama 18 tahun. Dr Heinrich Gross lolos dari hukuman.