Yoweri Museveni
NRA kemudian mendapatkan reputasi karena menghormati hak-hak warga sipil- meskipun belakangan Museveni dikritik kaerna menggunakan tentara anak-anak. Unsur-unsur yang tidak berdisiplin di dalam NRA segera merusakkan reputasi yang adil yang dengan susah payah dibangun "Ketika orang-orang Museveni pertama-tama dating, mereka bertindak dengan baik sekali- kami menyambut mereka," kata seorang penduduk desa, "tetapi kemudian mereka mulai menangkapi orang dan membunuhnya."
Dalam bulan Maret 1989, Amnesty Internasional menerbitkan sebuah laporan hak-hak asasi manusia tentang Uganda, yang berjudul Uganda, the Human Rights Record 1986-1989. Dokumen ini mencatat pelanggaran-pelanggaran hak-hak asasi manusia yang luar biasa yang dilakukan oleh pasukan-pasukan NRA. Dalam salah satu tahap yang paling tegang dalam perang itu, antara Oktober dan Desember 1988, NRA dengan paksa menyingkirkan sekitar 100000 people
dari rumah-rumah mereka di dan di sekitar kota Gulu. Tentara melakukan ratusan hukuman mati tanpa proses pengadilan, sementara mereka memaksa orang-orang itu pindah, membakar habis rumah-rumah dan lumbung. Namun, ada pula beberapa laporan tentang penyiksaan sistematis, yang serupa dengan apa yang dilakukan pada masa rezim Amin dan Obote. Dalam kesimpulannya, laporan itu memberikan sedikit harapan:
Setiap pertimbangan terhadap perilaku pemerintahan NRM menyangkut hak-hak asasi manusia, mau tidak mau, mungkin, akan kurang positif setelah empat tahun berkusa daripada dalam bulan-bulan pertamanya. Namun, tidaklah benar bila dikatakan, seperti yang disebutkan oleh sejumlah pengecam dan pengamat luar, bahwa pelanggaran hak-hak asasi manusia terus merosot, bahwa dalam pengertian tertentu Uganda ditakdirkan akan menderita di tangan pemerintahan yang buruk."
Pemilu diadakan pada 9 Mei 1996. Museveni mengalahkan Paul Ssemogerere dari Partai Demokrat, yang ikut sebagai kandidat dari "Koalisi kekuatan antar partai", dan kandidat baru, Mohamed Mayanja. Museveni menang telak dengan 75.5% suara pemilih dari 72.6% pemilih yang berhak memilih. Meskipun para pengamat internasional maupun dalam negeri menyatakan bahwa pemilu itu sah, kedua kandidat yang kalah menolak hasilnya. Museveni dilantik sebagai Presiden untuk kedua kalinya pada 12 Mei 1996.
Senjata utama dalam kampanye Museveni adalah pemulihan keamanan dan normalisasi ekonomi di sebagian besar wilayah negara. Sebuah gambar yang tidak terlupakan selama masa kampanye diproduksi oleh timnya yang melukiskan tumpukan tengkorak di Segi tiga Luwero. Simbolisme yang kuat ini tidak terlupakan oleh para penduduk wilayah ini, yang telah menderita hebat
selama perang saudara. Para calon lainnya mengalami kesulitan dalam menandingi keampuhan Museveni dalam menyampaikan pesan-pesan kuncinya. Museveni tampaknya mempunyai kemampuan yang luar biasa dalam menyampaikan pesan-pesan politik dengan menggunakan bahasa-bahasa rakyat kecil, khususnya untuk rakyat di selatan. Metafora "memikul batu penggiling untuk
kepemimpinan", yang mengacu kepada "pribadi yang berwibawa, yang memikul beban wewenang," adalah salah satu dari gambaran imajinatif yang diciptakannya untuk kampanyenya. Ia sering menyampaikan hal ini dalam bahasa rakyat setempat di manapun ia berpidato, dan dengan demikian ia menunjukkan rasa hormat dan berusaha mengatasi politik kesukuan. Bahwa Museveni
fasih berbahasa Inggris, Luganda, Runyankole dan Swahili seringkali menolongnya untuk menyampaikan pesan-pesannya.
Hingga prospek pemilu presiden, Ssemogerere (saingan politik Museveni saat ini) adalah menteri dalam pemerintahan NRM. Keputusannya untuk menantang Museveni dan NRM, dan bukannya mengklaim saham dalam "gerakan" Museveni, dilihat sebagai oportunisme yang naif, dan dianggap sebagai kekeliruan politik. Aliansi Ssemogerere dengan UPC merupakan tabu bagi Baganda, yang
mestinya dapat memberikan dukungan kepada Ssemogerere sebagai pemimpin Partai Demokrat. Ssemogerere juga menuduh Museveni orang Rwanda, sebuah pernyataan yang sering diulang-ulang oleh lawan-lawan Museveni karena tempat kelahirannya dekat perbatasan Uganda-Rwanda, dan konon asal-usulnya adalah orang Rwanda (Museveni berasal dari etnis Munyankole, yang masih kerabat dengan
etnis Banyarwanda dari Rwanda), dan bahwa tentaranya didominasi oleh orang-orang Rwanda, termasuk Presiden Rwanda sekarang Paul Kagame.
Museveni memperoleh pujian dari pemerintah-pemerintah barat karena ia mengikuti program-program penyesuaian struktural IMF, yaitu. privatisasi perusahaan-perusahaan negara, mengurangi belanja pemerintah dan mendesak kemandirian Afrika. Museveni dipilih menjadi ketua Organisasi Kesatuan Afrika (OAU) pada 1991 dan 1992. Ia mengizinkan suasana bebas dan di situ media surat kabar dapat beroperasi dan stasiun-stasiun radio FF swasta menjamur pada akhir tahun 1990-an.
Barangkali keberhasilan Museveni yang paling banyak dicatat adalah kampanye pemerintahannya yang sukses dalam menghadapi AIDS. Pada tahun 1980-an, Uganda mempunyai salah satu tingkat infeksi HIV tertinggi di dunia, namun kini relatif rendah, dan negara itu mewakili salah satu kisah sukses yang jarang ditemukan dalam perjuangan sedunia melawan virus tersebut (lihat AIDS di Afrika).
Sejak dibentuknya Gugus Tugas AIDS Nasional Uganda pada 1990, kampanye besar-besaran dilakukan meliputi lagu, drama, konsultasi, opera sabun, poster, pendekatan seks sehat, mengurangi pasangan, dan penggunaan kondom. Persentase wanita hamil yang menderita HIV menurun sejak 1991. Persentase penggunaan kondom meningkat dari 20% pada 1989 menjadi 60% pada 1995.
Pada April 1998, Uganda menjadi negara pertama yang dinyatakan berhak mendapatkan pembebasan utang di bawah inisiatif negara-negara miskin yang berhutang besar (HIPC), dan menerima bantuan sekitar 700 juta dolar AS. Museveni dipuji karena programnya membantu kaum perempuan di negaranya. Selama hampir 10 tahun ia dibantu oleh wakil presidennya, seorang perempuan, Specioza Kazibwe. Ia pun
telah banyak mendorong kaum perempuan untuk melanjutkan studi di sekolah tinggi. Di pihak lain, Museveni menolak seruan-seruan agar memberikan lebih banyak hak atas tanah keluarga kepada kaum perempuan.
Sejak pertengahan tahun 1990-an, Museveni dianggap merupakan teladan bagi suatu generasi baru pemimpin Afrika, antitesis dari sindrom "tokoh besar" yang telah mendominasi politik di benua itu sejak kemerdekaan. Potongan dari artikel New York Times pada 1997 menggambarkan rasa hormat yang mendalam yang diberikan kepada Museveni oleh media, pemerintah maupun akademikus barat:
Ini adalah hari-hari bahagia bagi bekas gerilya yang memerintah Uganda. Ia bergerak dengan langkah yang teratur dan sikap yang pasti dari seorang pemimpin yang yakin akan kekuasaan dan visinya. Tidak mengherankan. Bila kita mendengar sejumlah diplomat dan pakar Afrika menyampaikannya, Presiden Yoweri K. Museveni memulai sebuah Gerakan yang ideologis yang menata kembali sebagian besar dari wajah Afrika,
mengakhiri pemerintahan-pemerintahan yang korup yang dipimpin oleh tokoh yang kuat yang menjadi cirri khas dari era perang dingin era. Hari-hari ini, para pakar politik di seluruh benua ini menyebut Tn. Museveni sebagai Bismarck Afrika. Sebagian orang kini menyebutnya sebagai "negarawan lainnya," dari Afrika, yang kedua setelah Presiden Afrika Selatan, Nelson Mandela yang dihormati.
Di Uganda, ada banyak sekali imigran Rwanda dari etnis Tutsi- yang merupakan bagian yang cukup besar dari pejuang-pejuang NRA. Kelompok pemberontak Front Patriotik Rwanda yang didominasi suku Tutsi dan berbasis di Uganda adalah sekutu-seku erat NRA, dan telah begitu Museveni berhasil mengukuhkan genggamannya di pusat kekuasaan, ia membantu perjuangan mereka. Serangan-serangan