Kereta Api Indonesia
diselesaikan adalah Jakarta-Cirebon-Semarang-Surabaya, Cikampek-Purwakarta, Purwokerto-Cirebon, dan Kutoarjo-Yogyakarta-Surakarta. Pada saat ini jalur Kutoarjo-Gombong-Kroya, Surakarta-Madiun dan Kroya-Purwokerto sedang dikerjakan.
PT Kereta Api Indonesia memberikan layanan kereta api penumpang dan barang. Hampir semua jalur yang beroperasi memiliki layanan angkutan kereta api penumpang yang dijalankan secara teratur.
Kapasitas angkut penumpang yang disediakan PT Kereta Api Indonesia di Jawa dan Sumatera adalah sebanyak 106638 tempat duduk per hari dengan rasio kelas eksekutif (30%), bisnis (22%), dan ekonomi (59%). Bila tempat duduk dikaitkan dengan jarak tempuh, maka total kapasitas melambung menjadi sebanyak 41528450 tempat duduk per kilometer per hari dengan rasio kelas eksekutif (39%), kelas bisnis (25%), dan kelas ekonomi (58%).
Bagian dalam kereta eksekutif buatan INKA dengan cita rasa pesawat terbang. Kelas Eksekutif adalah kelas layanan tertinggi PT Kereta Api Indonesia, yaitu dengan kereta penumpang berkapasitas 50 orang per kereta. Layanan yang disediakan adalah tempat duduk yang bisa diatur, pendingin udara, hiburan audio visual dan layanan makanan.
Awalnya, kelas eksekutif dibedakan menjadi dua, yaitu kelas Argo dan kelas Satwa. Perbedaan antara dua kelas ini terletak pada nama kereta, jenis armada yang digunakan, dan tingkat kenyamanan pada masing-masing layanan. Namun, saat ini layanan kelas Argo dan Satwa telah disamakan sehingga hanya terdapat kelas Eksekutif saja.
Argo Bromo Anggrek yang melayani rute Gambir-Surabaya Pasar Turi. Argo Muria yang melayani rute Gambir-Semarang Tawang. Argo Lawu yang melayani rute Gambir-Yogyakarta-Solo Balapan.
Argo Dwipangga yang melayani rute Gambir-Yogyakarta-Solo Balapan. Argo Sindoro yang melayani rute Gambir-Semarang Tawang. Argo Parahyangan yang melayani rute Gambir-Bandung (tidak setiap rangkaian). Sembrani yang melayani rute Surabaya Pasar Turi-Gambir. Gajayana yang melayani rute Malang-Gambir. Bangunkarta yang melayani rute Gambir-Semarang Tawang-Surabaya Gubeng. Taksaka yang melayani
rute Yogyakarta-Gambir. Bima yang melayani rute Malang-Gambir. Turangga yang melayani rute Surabaya Gubeng-Bandung. Purwojaya yang melayani rute Cilacap-Gambir.
Kelas campuran adalah kelas layanan kedua tertinggi, dengan kereta penumpang kelas eksekutif (50 penumpang), bisnis AC (64 Penumpang) dan ekonomi AC (80-106 Penumpang). Layanan kelas campuran antara lain:
Argo Parahyangan (Eksekutif-Ekonomi) yang melayani rute Bandung-Gambir (tidak semua rangkaian). Pangandaran (Eksekutif-Ekonomi) yang melayani rute Gambir-Bandung-Banjar. Cirebon Ekspres (Eksekutif-Ekonomi) yang melayani rute Cirebon-Gambir. Tegal Bahari (Eksekutif-Ekonomi) yang melayani rute Tegal-Gambir. Ranggajati
(Eksekutif-Bisnis) yang melayani rute Cirebon-Surabaya Gubeng-Jember. Sancaka (Eksekutif-Ekonomi) yang melayani rute Surabaya Gubeng-Yogyakarta. Mutiara Timur (Eksekutif-Bisnis) yang melayani rute Surabaya Gubeng-Banyuwangi. Pernah ada layanan terusan hingga Denpasar, Bali menggunakan bus dari Banyuwangi, namun sedang dibekukan. Lodaya
(Eksekutif-Ekonomi) yang melayani rute Bandung-Yogyakarta-Solo Balapan. Malabar (Eksekutif-Bisnis-Ekonomi) yang malayani rute Bandung-Stasiun Yogyakarta-Stasiun Malang. Gumarang (Eksekutif-bisnis) yang melayani rute Pasar Senen-Surabaya Pasar Turi. Mutiara Selatan (Eksekutif-Bisnis) yang melayani rute Malang-Surabaya-Bandung.
Sawunggalih Utama (Eksekutif-Ekonomi) yang melayani rute Pasar Senen-Karanganyar-Kutoarjo. Harina (Eksekutif-Ekonomi) yang melayani rute Bandung-Surabaya Pasar Turi lewat Stasiun Cikampek. Malioboro Ekspres (Eksekutif-Ekonomi) yang melayani rute Malang-Yogyakarta. Ciremai Ekspres (Eksekutif-Bisnis) yang melayani Bandung-Cirebon-Semarang
Tawang. Pangrango (Eksekutif-Ekonomi) relasi Bogor-Sukabumi. Senja Utama Solo (Eksekutif-Ekonomi) dari Pasar Senen ke Stasiun Yogyakarta, dan Solo Balapan. Wijayakusuma (Eksekutif-Ekonomi) yang melayani rute Cilacap-Banyuwangi Sidomukti (Eksekutif-Ekonomi) yang melayani rute Yogyakarta-Solo Balapan. Kamandaka (Eksekutif-Ekonomi)
yang melayani rute Purwokerto-Semarang Tawang. Sribilah (Eksekutif-Bisnis) yang melayani Medan-Rantauprapat. Sindang Marga (Eksekutif-Bisnis) yang melayani Kertapati (Palembang)-Lubuklinggau. Sriwijaya (Eksekutif-Bisnis) yang melayani Kertapati (Palembang)-Tanjungkarang (Bandar Lampung).
Kereta kelas ekonomi AC. Dalam rangka pemerataan pelayanan kepada semua lapisan masyarakat, selain mengoperasikan sejumlah kereta api komersial yang berfungsi sebagai subsidi silang pada pelayanan kereta api kelas ekonomi, PT Kereta Api Indonesia juga mengoperasikan sejumlah rangkaian kereta api kelas ekonomi unggulan, yaitu:
Matarmaja yang melayani rute Malang-Pasar Senen. Pasundan yang melayani rute Bandung-Surabaya Gubeng. Brantas yang melayani rute Pasar Senen-Blitar. Logawa yang melayani rute Purwokerto-Jember. Sri Tanjung yang melayani rute Banyuwangi-Lempuyangan. Tawang Jaya yang melayani rute Pasar Senen-Semarang Poncol. Tawang Alun yang melayani rute Malang Kotalama-Banyuwangi. Bengawan yang melayani rute Pasar
Senen-Purwosari. Progo yang melayani rute Pasar Senen-Lempuyangan. Serayu yang melayani rute Pasar Senen-Kroya-Purwokerto. Kutojaya Utara yang melayani rute Pasar Senen-Karanganyar-Kutoarjo, (Ekonomi AC Premium non-PSO). Kutojaya Selatan yang melayani rute Kiaracondong-Kutoarjo. Kertajaya yang melayani rute Pasar Senen-Surabaya Pasar Turi. Kahuripan yang melayani rute
Kiaracondong-Blitar. Gaya Baru Malam yang melayani rute Pasar Senen-Surabaya Gubeng. Putri Deli yang melayani rute Medan-Tanjungbalai. Siantar Ekspres yang melayani rute Medan-Siantar. Serelo yang melayani Kertapati (Palembang)-Lubuklinggau. Rajabasa yang melayani Kertapati (Palembang)-Tanjungkarang (Bandar Lampung). Menoreh yang melayani rute Pasar Senen-Semarang Tawang, (Ekonomi AC Plus
non-PSO). Bogowonto yang melayani rute Pasar Senen-Lempuyangan, (Ekonomi AC Plus non-PSO). Gajah Wong yang melayani rute Pasar Senen-Lempuyangan, (Ekonomi AC Plus non-PSO). Singasari yang melayani rute Pasar Senen-Purwokerto-Karanganyar-Yogyakarta-Blitar, (Ekonomi AC Plus non-PSO). Majapahit yang melayani rute Pasar Senen- Malang, (Ekonomi AC Plus non-PSO). Jayabaya yang melayani
rute Pasar Senen- Malang, (Ekonomi AC Plus non-PSO). Jaka Tingkir yang melayani rute Purwosari-Yogyakarta-Pasar Senen, (Ekonomi AC Plus non-PSO). Joglokerto Ekspres yang melayani rute Purwokerto-Yogyakarta-Solo Balapan, (Ekonomi AC Plus non-PSO). Jayakarta yang melayani rute Pasar Senen-Surabaya Gubeng, (Ekonomi AC Premium non-PSO). Tegal Ekspres yang melayani Pasar Senen-Tegal.
Kalijaga yang melayani rute Solo Balapan-Semarang Poncol. Kaligung yang melayani rute Brebes-Tegal-Semarang Poncol (Ekonomi AC Plus non-PSO). Kuala Stabas yang melayani rute Tanjungkarang-Baturaja, (Ekonomi AC Premium non-PSO).
Tarif kereta api kelas ekonomi ditetapkan oleh pemerintah sehingga secara keseluruhan biaya operasi tidak dapat ditutup dengan tarif yang dikenakan kepada masyarakat. Sampai saat ini, PT Kereta Api Indonesia melakukan subsidi silang dari pendapatan rangkaian kereta api kelas Argo dan kelas satu pada kelas ekonomi. Beberapa kereta yang dioperasikan adalah:
Kereta Api Siliwangi yang melayai rute Sukabumi-Cianjur KRD Kertosono yang melayani rute Surabaya Pasar Turi-Cepu dan Surabaya Kota-Kertosono. Penataran yang melayani rute Surabaya Kota-Blitar via Malang. Probowangi yang melayani rute Probolinggo-Banyuwangi. Rapih Dhoho yang melayani rute Surabaya Kota-Blitar via Kediri. Patas Purwakarta yang melayani rute
Purwakarta-Tanjung Priok. Lokal Merak yang melayani rute Merak-Rangkasbitung. Pandanwangi yang melayani rute Jember-Banyuwangi. Kereta api Patas Bandung Raya dan kereta api lokal Cibatu relasi Purwakarta-Padalarang-Cicalengka-Cibatu. KRD Surabaya Lamongan yang melayani rute Surabaya-Lamongan, Surabaya-Sidoarjo, dan Surabaya-Mojokerto. KRD Perintis Jenggala yang melayani rute