Petrus Martir Vermigli
Pada 1549, serangkaian kebangkitan yang dikenal sebagai Pemberontakan Buku Doa memaksa Vermigli meninggalkan Oxford dan menetap di Istana Lambeth dengan Cranmer. Pemerontakan tersebut melibatkan oposisi konservatif terhadap liturgi vernakular, yang tercantum pada Buku Doa Umum di Pentakosta pada 1549. Para pemberontak di jalanan Oxford mengancam Vermigli dengan kematian. Di Lambeth, Vermigli membantu Cranmer dengan membantu menulis
kotbah-kotbah melawan pemberontakan tersebut. Setelah beberapa waktu, ia kembali ke Oxford, dimana ia menjadi kanon pertama Christ Church pada Januari 1551. Vermigli, imam menikah pertama di Oxford, menimbulkan kontroversi karena membawa istrinya ke ruangnya di Fish Street, Great Quadrangle. Jendela-jendelanya dirusak beberapa kali sampai ia pindah ke sebuah tempat tertutup, dimana ia membuat kajian bentang batu.
Vermigli menjadi makin terlibat dalam politik gereja Inggris. Pada 1550, ia dan Martin Bucer menyediakan rekomendasi kepada Cranmer untuk perubahan-perubahan tambahan pada liturgi Ekaristi pada "Buku Doa Umum". Vermigli mendukung posisi gereja dalam kontroversi vestarian, tentang apakah uskup John Hooper harus wajib mengenakkan surplis. Vermigli sepakat dengan keinginan Hooper untuk mendorong pemakaian garmen gereja, ia tak
meyakini mereka dilarang ketat. Ia menasehati Hooper untuk menghormati otoritas para superiornya. Vermigli mungkin menjadi instrumental dalam membujuk Hooper untuk menurunkan oposisinya pada Februari 1551. Pada Oktober 1551, ia ikut serta dalam sebuah komisi untuk menulis ulang hukum kanon Inggris. Pada musim dingin, ia membantu penulisan set rancangan hukum semacam itu yang diterbitkan oleh John Foxe dengan judul "Reformatio legum ecclesiasticarum" pada 1552.
Raja Edward wafat pada 1553, dan disusul oleh kenaikan tahta Mary I dari Inggris, yang menentang para reformator Protestan. Vermigli ditempatkan di bawah penahanan rumah selama enam bulan, dan para lawan Katolik-nya di Oxford tampaknya akan mengeksekusinya, seperti yang kemudian Cranmer alami pada 1556. Disamping berrisiko, ia menyepakati persengketaan publik dengan Cranmer melawan pemerintahan Katolik
baru tersebut, namun tak pernah membuahkan hasil karena Cranmer dipenjara. Vermigli diberi ijin dari Privy Council untuk meninggalkan Inggris, dan dinasehati oleh Cranmer untuk melakukannya.
Istri Vermigli, Katarina, menjadi dikenal di Oxford karena pengabdian dan pelayanannya terhadap kaum ibu. Ia juga suka mengukir wajah pada batu-batu ukir. Ia wafat tanpa memiliki anak pada bulan Februari sebelum Vermigli pergi. Tak lama setelah keberangkatan Vermigli, Kardinal Pole mengangkat jasadnya dan melemparkannya ke sebuah tumpukan kotoran. Setelah kenaikan tahta Ratu Protestan Elizabeth pada 1558, ia dimakamkan ulang dengan relik Santo Frithuswith di Christ Church Cathedral.
Vermigli datang ke Strasbourg pada Oktober 1553, dimana ia merestorasikan posisinya di Senior School dan mulai mengajar Kitab Hakim-Hakim serta "Etika Nikomakea" karya Aristoteles. Vermigli sering berkumpul dengan para korban pengasingan Marian lainnya untuk melakukan kajian dan berdoa di rumahnya. Kotbah-kotbahnya tentang Hakim-Hakim sering ditujukan kepada masalah politik yang sejalan dengan para korban pengasingan,
seperti hak untuk melawan sebuah tiran. Sejak keberangkatan Vermigli dan kematian Bucer pada 1551, Lutheranisme meraih pengaruh di Strasbourg di bawah kepemimpinan Johann Marbach. Vermigli menyatakan Pengakuan Iman Augsburg dan Konkorda Wittenberg agar diangkat lagi menjadi profesor. Ia mengakui Pengakuan Iman Augsburg, namun tidak dengan Konkordat, yang menyatakan kehadiran nyata Kristus dalam Ekaristi. Ia memulihkan dan
menyatakan kembali hal apapun, namun kontroversi tentang Ekaristi serta doktrin kuatr Vermigli terhadap predestinasi ganda masih berlanjut dengan umat Lutheran. Profesor lain di Strasbourg, Girolamo Zanchi, yang berpindah ke Protestanisme saat Vermigli masih berada di Lucca, memiliki pemikiran yang sama dengan Vermigli tentang Ekaristi dan predestinasi. Zanchi dan Vermigli menjadi teman dan rekan.
Peningkatan alienasi Vermigli dari gerakan Lutheran membuat menerima tawaran dari Heinrich Bullinger pada 1556 untuk mengajar di sekolah Carolinum, Zürich. John Jewel, seorang korban pengasingan Marian sejawatnya, mendatanginya. Di Zürich, Vermigli menggantikan Konrad Pellikan pada jabatan ketua bahasa Ibrani, sebuah jabatan yang ia pegang sampai kematiannya. Ia menikahi istri keduanya, Katarina Merenda dari Brescia, Italia, pada
1559. Vermigli berbagi tugas mengajarnya dengan Hebrais sejawatnya Theodor Bibliander, yang memberikannya waktu untuk mengkaji dan menyiapkan catatan dari kotbah-kotbahnya pada masa sebelumnya untuk diterbitkan. Ia mulai berkotbah tentang Kitab Samuel dan Kitab Raja-Raja. Saat di Zürich, Vermigli menolak undangan untuk menjabat di Jenewa, Heidelberg, dan Inggris.
Pandangan Ekaristi Vermigli diterima di Zürich, namun ia menimbulkan kontroversi atas doktrin predestinasi gandanya. Mirip dengan Yohanes Kalvin, Vermigli meyakini bahwa dalam beberapa cara, Allah mengkehendaki penghancuran orang-orang yang tak dipilih untuk keselamatan. Vermigli berniat untuk menghindari konfrontasi atas masalah tersebut, namun Bibliander mulai menyerangnya secara terbuka pada 1557, di
satu titik dinyatakan menantangnya untuk duel dengan kapak belati ganda. Bibliander menyatakan bahwa pandangan Erasmian soal Allah hanya mempredestinasikan orang-orang yang meyakini-Nya akan selamat, bukan keselamatan individual manapun. Para teolog Reformasi pada masa itu memegang berbagai keyakinan tentang predestinasi, dan posisi Bullinger bersifat ambigu, namun mereka sepakat bahwa Allah secara berdaulat dan
dan tak kondisional memilih orang untuk diselamatkan. Mereka meyakini keselamatan tak berdasarkan pada sifat apapun dari seseorang, termasuk iman mereka. Bullinger dan gereja Zürich tak menyepakati pandangan predestinarian ganda Vermigli, namun pandangan Bibliander dianggap tak dapat diterima. Ia dikeluarkan pada 1560, dalam rangka mendorong gereja Reformasi lain ke arah pandangan ortodoksi gereja Zürich. Vermigli terlibat
dalam kontroversi predestinarian kembali saat Zanchi, yang menetap di Strasbourg saat Vermigli pergi ke Zürich, dituduh mengajarkan ajaran sesat tentang Ekaristi dan predestinasi oleh Lutheran Johann Marbach. Vermigli dipilih untuk menulis pernyataan resmi terhadap gereja Zürich tentang materi dalam pernyataan yang ditandatangani oleh Bullinger dan para pemimpin gereja lainnya pada Desember1561. Dukungannya terhadap doktrin predestinasi yang kuat menyajikan tanggapan gereja Zürich secara keseluruhan.
Vermigli menghadiri Kolokium Poissy pada musim panas 1561 dengan Theodore Beza, sebuah konferensi yang diadakan di Perancis dengan tujuan merekonsiliasi Katolik dan Protestan. Ia dapat berbincang dengan ibu suri Perancis Kataria de'Medici dalam bahasa aslinya Italia. Ia memberikan pidato tentang Ekaristi, berpendapat bahwa firman Yesus "inilah tubuh-Ku" di Perjamuan Terakhir bersifat figuratif
ketimbang literal. Kesehatan Vermigli makin menurun saat ia terserang wabah demam pada 1562. Ia wafat pada 12 November 1562d di rumahnya di Zürich, yang didatangi oleh dokter Conrad Gesner. Ia dikebumikan di katedral Grossmünster, dimana penerusnya Josias Simler memberikan pidato pemakaman, yang diterbitkan dan menjadi sumber penting untuk biografi-biografi Vermigli pada masa berikutnya. Vermigli memiliki dua anak
dari istri keduanya, Katarina, saat ia masih hidup, namun tak ada yang bertahan hidup pada masa bayi. Empat bulan kemudian setelah kematiannya, istrinya melahirkan seorang putri darinya, Maria.