Naruto Shippuden
Dengan kemampuannya, Zetsu berhasil membunuh beberapa shinobi yang sedang beristirahat dan para ninja medis. Saat fajar datang, Tobi bersama para edo tensei jinchuuriki pergi ke medan perang. Di tempat lain, Naruto dan Killer Bee ingin pergi ke medan perang, namun dihalangi oleh A dan Tsunade dengan alasan perang ini adalah untuk melindungi Naruto dan Killer Bee dari Akatsuki. Setelah pertarungan singkat, A memperbolehkan Naruto dan Killer Bee pergi.
Itachi dan Nagato bertemu dan bertarung bersama Naruto dan Killer Bee. Akhirnya, Itachi lepas dari edo tensei oleh genjutsu Kotoamatsukami yang ia tanamkan pada burung gagak yang ia berikan pada Naruto dulu, lalu menyegel Nagato secara permanen oleh pedang Totsuka yang terdapat pada susanoonya.Setelah perbincangan singkat dengan Naruto dan Killer Bee, Itachi lalu pergi untuk
menghentikan edo tensei Kabuto. Kakashi bersama divisinya melawan "Seven Ninja Swordsmen of the Mist" lalu Shikamaru,Ino dan Chouji melawan guru mereka sendiri Asuma Sarutobi yang sudah dibangkitkan. Sedangkan pemimpin divisi 1, Darui, bertarung dengan Ginkaku dan Kinkaku. Sesudah Asuma mati kembali lalu datang Tobi dan mengeluarkan Kuchiyose miliknya yaitu "Gedo Mazou" dan
berhasil dikalahkan oleh Choji yang berubah menjadi sayap kupu-kupu nya dan membesar tubuhnya. Di tempat persembunyian pemimpin Negara Api, Air, Tanah, Angin, dan Petir, Zetsu Putih menyerang, namun dijaga oleh Mei Terumi dan pasukannya.
Gaara dan Oonoki bersama divisi 4 bertarung melawan Kazekage keempat, tsuchikage kedua, mizukage kedua, dan raikage ketiga. Akhirnya seluruh kage disegel namun Madara Uchiha muncul dan mulai berperang. Oonoki terluka, namun klon Naruto datang membantu. Di tempat lain, Naruto dan Bee bertemu dan bertarung dengan Tobi dan para jinchuuriki, sedangkan Sasuke dan Itachi bertemu
untuk menghentikan Kabuto dan Edo Tensei-nya. Kabuto memasuki mode petapa, namun kalah karena terkena Izanami Itachi, lalu memaksa Kabuto menghentikan Edo Tensei. Seluruh Edo Tensei, termasuk Itachi, jiwanya terbebas, kecuali Madara karena ia bisa menentang Edo Tensei, dan melanjutkan pertarungan dengan para kage. Naruto dan Bee melawan Tobi, namun kesulitan karena juga berhadapan
dengan para jinchuuriki. Namun, para jinchuuriki juga terbebas jiwanya. Sementara di gua persembunyian Kabuto, Suigetsu dan Juugo bertemu Sasuke, dan Sasuke mendatangkan lagi Orochimaru agar Sasuke dapat berbicara dengan "Orang yang tahu segalanya"
Meskipun para jinchuuriki menghilang, Tobi tetap menjalankan rencananya. Naruto, yang dibantu Killer Bee, Kakashi, dan Guy, bertarung melawan Tobi. Dan akhirnya, identitas Tobi pun diketahui, yaitu Obito Uchiha, teman lama Kakashi. Tak lama setelah itu, Madara datang dan mengatakan bahwa para kage dalam keadaan buruk. Naruto pun berkelahi sengit dengan Madara dan Tobi. Killer Bee dan Naruto pun
memasuki mode bijuu dan mengeluarkan "Bijuudama" untuk menyerang Gedo Mazou. Saat dikira kalah, ternyata Juubi bangkit kembali.
Naruto, Killer Bee, Kakashi, dan Guy bertarung sengit melawan Juubi, Madara, dan Obito. Saat Juubi mengeluarkan bijuudama-nya, tiba-tiba serangannya meleset Obito dikendalikan sesaat oleh Ino dan Klan Hyuuga, yang menandakan bahwa aliansi shinobi telah datang
Setelah Sasuke berhasil mengalahkan Kabuto untuk menghentikan edo tensei bersama kakaknya Itachi dan langsung mengetahui kebenaran tentang Itachi dari perkataan Itachi sendiri, membuat Sasuke penasaran apa arti Desa, Uchiha dan Shinobi itu sendiri. Lalu Sasuke meminta Suigetsu dan Juugo untuk membangkitkan Orochimaru kembali dari segel kutukan Anko dan bagian tubuh Kabuto yang
telah menyerap kekuatan Orochimaru. Setelah itu Orochimaru bangkit oleh fuinjutsu kebalikan Fuuja Honin yaitu Kouja Honin.
Lalu Sasuke memberikan gulungan yang diberikan Suigetsu dan meminta bantuan Orochimaru agar Sasuke dapat berbicara dengan "Orang Yang Tahu Segalanya". Lalu mereka pergi pergi ke tempat yang tdk asing lagi bagi mereka yaitu Desa Konoha untuk mendatangi Kuil Topeng Klan Uzumaki di pinggir desa untuk mengambil topeng Shinigami. Setelah itu mereka pergi ke Kuil Nakano untuk mengambil jiwa tangan Orochimaru
yang disegel di perut Shinigami oleh Hokage Ketiga. Setelah ritual selesai, Orochimaru memanggil keempat "Orang yang tahu segalanya", yaitu para Hokage sebelumnya. Lalu Sasuke bertanya pada Hokage Ketiga tentang misi khusus Itachi dan apa itu benar,memang benar itu kejadiannya, dan bertanya pada Hokage Kedua apa yang iya tahu tentang Uchiha bahwa uchiha adalah
klan kutukan yang terdiri dari cinta dan kebencian, dimana jika seorang Uchiha telah mengenal rasa cinta dan saat seorang Uchiha kehilangan cinta tersebut, maka suatu chakra khusus merasuki sistem otaknya dan menjalur pada matanya yang disebut Sharingan, yaitu mata yang penuh kebencian. Kemudian Sasuke bertannya pada Hokage Pertama apa arti Desa sebenarnya, dan Hokage Pertama Hashirama pun memulai cerita masa lalu Hashirama dan Madara.
Dikisahkan, suatu hari, saat Konoha belum terbentuk, Madara kecil bertemu dengan Hashirama kecil dan beradu melempar batu. Mereka mulai saling mengenal dan berlatih bersama, tanpa memberitahu klan mereka (saat itu klan Uchiha dan Senju bermusuhan). Suatu hari, adik Hashirama tewas oleh karena klan Uchiha dan menceritakan kejadian itu pada Madara. Hashirama pun mengungkapkan impiannya
bahwa ia ingin membuat anak-anak tidak perlu bertarung. Setelah beberapa lama, Hashirama dipanggil Butsuma Senju, ayahnya, karena ketahuan berteman dengan seorang asing yang tanpa disadarinya adalah seorang Uchiha. Hashirama pun diberi misi untuki membunuh Madara dan besoknya, pada pertemuan mereka, Butsuma Senju dan Tobirama, adik hashirama mengikuti Hashirama untuk
membunuh Madara, dan Mereka bertarung dengan Tajima Uchiha, ayah Madara, dan Izuna, adik Madara, yang ingin membunuh Hashirama. Pada saat Butsuma Senju ingin membunuh Izuna dan Tajima Uchiha ingin membunuh Tobirama, Madara dan Hashirama melemparkan batu yang dipegang oleh keduanya ke arah pedang yang ingin membunuh adik mereka berdua. Madara melemparkannya ke Butsuma Senju dan Hashirama
melemparkannya ke Tajima Uchiha. Mengetahui bahwa Hashirama berasal dari klan Senju, Madara memutuskan tidak ingin berteman dengan Hashirama lagi, karena klan Senju penyebab kematian saudara-saudaranya. Mereka berdua sebenarnya menginginkan adanya perdamaian antara klan Uchiha dan klan Senju. Akhirnya, Hashirama mengajak Madara untuk melakukan gencatan senjata dan mendirikan desa
bersama yaitu Konohagakure. Pada saat pemilihan ketua desa (Hokage), Hashirama mengusulkan Madara menjadi Hokage, namun ditolak adik Hashirama, yaitu Tobirama. Mengetahui hal tersebut, Madara putus asa dengan kelancaran hubungan baik dengan klan Senju, terutama Tobirama. Madara kemudian mengajak para klan Uchiha untuk memberontak terhadap Hashirama namun gagal, karena masyarakat klan Uchiha
yang menginginkan kedamaian. Akhirnya, Madara keluar dari desa untuk mewujudkan impiannya yaitu menggunakan jurus Tsukuyomi tak terbatas dan saat kembali lagi ke Konoha ia membawa Kyuubi untuk menghadapi Hashirama. Diketahui pertarungan dimenangkan Hashirama, namun Madara belum mati saat itu.
Sasuke yang merasa puas dengan jawaban 4 hokage memutuskan untuk membantu pihak aliansi dalam perang, 4 hokage,tim taka dan orochimaru pun bergegas ke medan perang
Ketika bijuudama raksasa juubi hampir mengenai aliansi,minato datang dan memindahkan bijuudama dengan hiraishin,lalu 3 hokage,tim taka dan orochimaru menyusul,Hashirama tanpa tanggung-tanggung langsung masuk mode sennin dan melumpuhkan juubi dengan kekuatan luar biasa miliknya, 4 hokage pun mengurung dengan kekkai super kuat yang bahkan mampu menahan bijuudama raksasa milik juubi,
disisi lain kakashi membawa obito ke dimensi kamui dan bertarung melawannya yang diakhiri dengan kemenangan kakashi, obito pun keluar dalam keadaan sekarat lalu Uchiha Madara mengendalikannya dan langsung membuat obito menyerap kekuatan juubi.