Jesuit Refugee Service
JRS memutuskan untuk membuka kantor di Ambon pada akhir Maret 2000. JRS menyewa rumah sebagai kantor, dekat perbatasan masyarakat muslim dan kristen. Memilih tempat itu karena menginginkan adanya suatu kantor yang dapat didatangi orang kristen maupun muslim. JRS membuat proyek dalam kerjasama dengan banyak LSM lokal dan Gereja lokal. Yulius Setiarto ditunjuk sebagai koordinator Proyek dan berbasis di Ambon. Beberapa relawan dan penduduk lokal bergabung dalam tim pada bulan Mei 2000.
Dengan kerja awal Ibu Margareta, JRS dapat mudah memasuki tempat para pengungsi di Ambon, baik kristen maupun muslim. JRS kemudian mengunjungi pulau lain seperti Seram dan Buru untuk melihat kemungkinan bekerja di sana.
Team JRS kemudian dibagi dalam dua kelompok yang melayani tempat berbeda. Kelompok pertama melayani pengungsi di Halong dan Arema. Untuk mencapai tempat itu harus menggunakan "speedboat" setiap hari. Tidak mungkin pergi dari Ambon ke tempat lain melalui darat karena tidak aman. Kelompok kedua melayani pengungsi di Soya, Hatalai, Kayu Putih, Latuhalat, Benteng, dan beberapa tempat di Ambon. Banyak kali relawan JRS tidak dapat mencapai beberapa lokasi karena banyak barikade di jalan.
Sebelum JRS dievakuasi dari Ambon, JRS telah menyiapkan pelayanan kesehatan bergerak dalam kerjasama dengan RS Hative. JRS menyediakan obat dan relawan sementara RS Hative meyediakan perawat dan mobil. JRS juga bekerjasama dengan dokter di Puskesmas di wilayah Piru, Seram Barat untuk melayani kesehatan bagi orang muslim dan kristen. Di Leksula, Buru Selatan JRS memberi obat pada LSM lokal, juga
pakaian, alat rumah tangga, terpal dan susu untuk para pengungsi. Sebagian obat berasal dari donatur di Jakarta, sisanya dibeli di Ambon.
JRS membantu kebutuhan anak-anak di Maluku. Dari kontak dengan mereka di beberapa tempat penampungan, diketahui bahwa banyak anak yang tidak dapat bersekolah. JRS mulai membuka tempat tinggal agar sekelompok anak dapat belajar bersama. Bersama banyak LSM lokal mulai mengatur kurikulum dan mencoba membuat sistem. Di Leksula dilakukan pengumpulan data dan merekrut lima guru dari Buru untuk terlibat dalam program JRS.
Bersama dengan pengungsi sendiri, JRS menggali pekerjaan alternatif yang dapat membantu mereka. Di Latuhalat, bekerjasama dengan pemimpin tradisional untuk menggunakan tanah kosong agar pengungsi dapat menanam sayur. Di Soya, pengungsi berinisiatif mengolah tanah untuk sayur dan beternak. JRS menyediakan benih, pupuk dan alat untuk pengungsi. Di Halong Indah, dibentuk satu kelompok penjual dan tiga kelompok pembuat sagu.
JRS juga bekerja dengan LSM lokal untuk menyediakan barang kebutuhan pokok seperti pakaian, susu, mi instan, buku dll untuk pengungsi. Ada beberapa LSM yang mengirim bantuan tetapi JRS tidak mempunyai cukup banyak relawan untuk membagi barang itu. LSM lokal sangat antusias membantu pengungsi tetapi biasanya mereka tidak punya cukup dana untuk menyewa mobil yang dapat membawa barang itu ke tempat pengungsi.
JRS juga memberi bantuan darurat dengan menyediakan atap daun di Arema karena bangunan yang ditempati tidak mempunyai atap. JRS mengevakuasi pengungsi dari tempat lama karena alasan keamanan, kemudian menempati tempat baru.
JRS juga sering menemani para wartawan dan pekerja kemanusiaan dari Jakarta atau kota lain untuk pergi ke tempat pengungsi dan kantor LSM lokal, baik kristen maupun muslim.
Pada akhir Juni 2000, Direktur nasional memutuskan menarik semua staff JRS dari Maluku karena alasan keamanan. Pada waktu itu, setiap hari ada orang yang ditembak penembak gelap, bahkan di depan kantor JRS. Pertempuran terjadi tiap hari dengan menggunakan senjata otomatis. Pemerintah kemudian menyatakan status darurat sipil di Ambon dan merencanakan untuk menutup transportasi dari dan menuju Ambon. Semua staff berpindah ke Timor Barat dan bekerja di sana.
Di Kupang ada sekitar 150 pengungsi dari Ambon. Beberapa staff JRS kemudian melayani pengungsi ini dengan menyediakan obat, makanan, beasiswa dll. Juga menyediakan transportasi ketika beberapa pengungsi memutuskan kembali ke Ambon.
Pada bulan Januari 2001 JRS memutuskan kembali ke Maluku, setelah mempertimbangkan bahwa situasi cukup aman untuk bekerja kembali. Banyak pengungsi menyambut ketika tim JRS tiba. JRS mulai bekerja dengan mengunjungi beberapa tempat dulu seperti: kota Ambon (Gedung Serba Guna, "Crisis Center", Soya]], Hatalai, gereja Stella Maris, gereja Hati Kudus, Mess Kowad, Latuhalat, Perigi Lima, SLB, Gunung Lama, Geofisika, Passo, dll), Tual di Maluku Tenggara dan beberapa tempat di Pulau Seram.
JRS menghubingi LSM lokal muslim di Ambon dan dapat bekerja bersama tanpa banyak kesulitan. Dari banyak kontak dengan kelompok kristen, JRS juga dapat bekerja bersama dengan mereka. Dengan komunikasi ini, JRS dapat mengunjungi pengungsi baik muslim maupun kristen. Aktivitas Laskar Jihad dan termasuk tekanan terhadap relawan muslim membuat proses saling mengunjungi tidak dapat dilanjutkan. JRS masih
menghubungi dan membantu Tim Relawan Kemanusiaan Muslim, tetapi tidak dapat langsung melayani pengungsi muslim. JRS di Ambon terutama menangani anak-anak korban perang agar mereka lebih memikirkan dan menyiapkan masa depannya daripada harus ikut berperang. Selain itu juga melakukan pemberdayaan terhadap para pengungsi dan memberikan bantuan darurat.
Sejak Desember 2001 JRS Maluku memasuki Pulau Buru untuk merespon kebutuhan informasi para pengungsi Buru di Ambon mengenai tempat asal mereka, sekaligus melayani IDPs yang ada di P. Buru, yang tinggal di gunung-gunung sehingga tidak ada LSM yang berani mendampingi dan melayani di sana. Karena kebutuhan yang mendesak, maka JRS memutuskan mengirim dua staff JRS untuk mendampingi dan melayani pengungsi di Buru. Sejak
bulan Maret 2002 JRS mengutus satu staff untuk tinggal dan melayani para pengungsi di Seram bersama para relawan TIRAM (Tim Relawan Kemanusiaan Masohi) yang selama ini menyalurkan bantuan dari JRS. Tujuan kehadiran relawan JRS di sana adalah untuk efektifnya pelayanan pengungsi di P. Seram dan mendampingi LSM lokal agar menjadi mandiri.
Konflik berkepanjangan di Aceh juga menimbulkan banyak korban yang akhirnya terpaksa mengungsi di dalam Aceh atau keluar Aceh. Pengungsi di Aceh punya karakteristik berbeda. Semula mereka dapat mengungsi di tempat-tempat umum dan tempat terbuka seperti masjid, pinggir jalan, atau gedung pemerintah. Lalu banyak dari pengungsi tidak dapat lagi mengungsi seperti itu, karena ada pihak aparat yang
tidak suka ada pengungsian, sehingga mereka pun terpaksa menyelamatkan diri ke bukit-bukit maupun desa-desa terpencil yang dianggap aman. Bagi sebagian aparat, pengungsian menunjukkan bahwa situasi tidak aman. Aparat menutupi pengungsian, sehingga terkesan situasi aman. Tetapi teror terhadap masyarakat terus terjadi, situasi tetap belum aman karena
rumah-rumah dibakar, pertanian dirusak atau dirampas. Para pemuda dan laki-laki dikejar-kejar dan dicurigai sebagai anggota Gerakan Aceh Merdeka. Di banyak tempat, tidak ada lagi lelaki atau mahasiswa, karena kebanyakan lari ke kota besar atau bukit.
Para pengungsi seperti itu banyak yang kekurangan makanan, sarana kesehatan dan pendidikan. Sementara LSM-LSM internasional tidak lagi mau bekerja di sana karena alasan keamanan. Dalam situasi ini JRS hadir mendampingi dan membela hak-hak para pengungsi. Pada akhir Juni 2001, JRS melakukan penjajagan sekaligus membentuk tim JRS di Aceh pada awal Juli 2001. Tim JRS memilih pelayanan pertama di Aceh Timur dengan bantuan darurat di bidang kesehatan, pendidikan dan makanan.
JRS Aceh bernama Jroeh Refugee Service (Pelayan Pengungsi yang Baik) yang dijalankan sendiri oleh orang-orang Aceh. Demi alasan keamanan, maka orang Jawa belum mungkin bekerja langsung bersama tim ini.