Kira Yamato
Lalu Athrun menyerang Minerva yang sudah mengalami kerusakan akibat Archangel dengan "FATUM" "backflight Flier" milik Infinite Justice dan menonaktifkan mesinnya sehingga Minerva pun terjatuh ke permukaan Bulan. Kapten Minerva Talia Gladys pun mengalihkan kepemimpinannya kepada Arthur Trine dan keluar menuju Messiah dengan menggundakan "life pod". Sementara itu, Rey menggunakan DRAGOON system untuk menyerang Strike Freedom, namun bisa ditangkis
oleh "beam shield", dan pada saat itu Rey mengatakan bahwa drinya adalah Raww Le Kluezze. Kira pun terkejut dan merasa tidak percaya, tetapi Rey mengatakan bahwa itu memang benar, dan merupakan hasil dari buah impian umat manusia, yang tidak sebagian orang mengerti, termasuk Kira Yamato sendiri. Namun Kira tetap menyangkal bahwa Rey adalah Le Kluezze,
karena menurut Kira, semua manusia hanya mempunyai satu perasaan dan jiwa, sehingga tidak ada yang namanya dua manusia (apalagi sudah tewas) berada dalam satu tubuh. Mendengar pernyataan Kira, membuat Rey tidak fokus, sehingga stu per satu serangan DRAGOON system milik Legend gagal dan malah dihancurkan oleh "beam rifle" milik Strike Freedom. Rey pun
takluk ketika Kira menggunakan modus "HiMAT"(High Mobility Aerial Tactics) milik Strike Freedom yang merusak sebagian besar tubuh Legend "kecuali" kokpit.
Setelah mengalahkan Rey, Kira pun menyerang Messiah dengan menggunakan Strike Freedom yang dilengkapi dengan METEOR, dan masuk ke dalam Messiah, Kira pun menghampiri sambil menodongkan pistolnya ke arah pemimpin ZAFT, Gilbert Durandal yang masih hidup dan masih berada di dalam Messiah. Kira hendak mengajak Durandal keluar dan menyerahkan diri, tetapi Durandal malah menodongkan pistol juga kepada Kira. Saat itu,
Talia pun datang dan menodongkan pistolnya kepada Kira secara diam-diam, lalu tak lama Rey yang masih hidup pun datang dan juga mengarahkan pistolnya kepada Kira secara diam-diam pula. Kira lalu mengatakan bahwa perang dan semua proyek yang dilaksanakan olehnya (Durandal) tidaklah membawa manfaat, dan hanya membawa kesengsaraan bagi semua umat
manusia. Mendengar hal tersebut Rey pun menembak Durandal dan menangis, sementara Talia mendekati tubuh Durandal dan memeluknya, sambil mengatakan kepada Kira bahwa dia memiliki seorang anak dan ingin agar kapten Murrue Ramius menengok serta mengurusnya, Talia mengatakan bahwa itu adalah perintah terakhirnya. Dia pun memanggil Rey dan memeluknya pula serta mengatakan bahwa Rey sudah
melakukan tugasnya dengan baik, sementara Kira pergi meninggalkan Messiah yang akan meledak (karena ulah Infinite Justice dan ORB-01 Akatsuki yang dipiloti oleh Mu La Flaga), Shinn dan Lunamaria pun menangis, saat melihat Messiah yang runtuh dan meledak.
Pada saat Messiah meledak, Athrun melihat Shinn dan Lunamaria di suatu tempat di bulan, ia pun membawa keduanya untuk kembali ke pangkalan ZAFT terdekat. Saat itu,Lacus Clyne menyatakan bahwa peperangan ini harus diselesaikan, dan beberapa bulan setelahnya, representatif Orb Cagalli Yula Athha menandatangani perjanjian damai di PLANT.
Shinn, Athrun, Lunamaria, dan Meyrin sedang ziarah ke suatu nisan di Orb yang dipersembahkan untuk para korban dari peperangan, lalu Athrun mendengar suara dari Torii, dan melihat Kira serta Lacus membawa bunga menuju nisan tersebut. Athrun lalu mengenalkan Kira kepada Shinn, dan memberitahu Shinn bahwa Kira adalah "pilot Freedom". Setelah mengetahui hal itu, Shinn dijabat tangannya oleh Kira dan
berkata agar mau berjuang bersamanya mempertahankan perdamaian. Shinn lalu menangis dan merasa bersalah karena orang yang "hampir" dibunuhnya saja mau memaafkannya. Shinn pun setuju dan membalas menyalami tangan Kira.Perang Valentine Berdarah kedua pun selesai.
Dalam serial Mobile Suit Gundam SEED, Kira terlihat tidak dapat menggunakan senjata pistol, dan ia hanya melemparkan pistol tersebut kepada penyerang, saat percobaan pembunuhan terhadap Andrew Waltfeld. Ia bahkan diingatkan oleh Mwu La Fllaga untuk melepaskan pengaman pistol yang digunakannya saat bertemu dengan Le Kluezze ketika di Mendel. Tetapi, ketika menggunakan "mobile suit", ia luar biasa hebat.
Dalam Mobile Suit Gundam SEED Destiny, kemampuannya dalam menggunakan pistol meningkat, dan terlihat pada saat Lacus hendak dibunuh oleh Coordinator suruhan Gilbert Durandal.
Pada awalnya, Kira hanya dimanfaatkan oleh Flay untuk melindungi Archangel dalam pertempuran. Fllay pun melaksanakan niat tersebut dengan cara pura-pura cinta kepada Kira, bahkan Fllay pun pernah berhubungan dengan Kira (hal ini merupakan yang pertama bagi seorang tokoh utama serial Gundam melakukan hubungan sex). Namun pada akhirnya, tanpa sebab yang jelas, Kira pun memutuskan hubungan dengan
Fllay. Sementara hubungan Kira dengan Lacus ditandai ketika Lacus memberikan cincin ibunya kepada Kira, yang diikuti dengan ciuman di pipi. Dalam tradisi Jepang, ketika seorang perempuan memberikan sebuah ornamen kepada seorang laki-laki, umumnya hal ini merupakan tanda cinta romantis dan kemudian menjadi pernikahan. Hubungan mereka semakin erat pada saat Lacus memberikan ZGMF-X10 A Freedom Gundam kepada Kira.
Torii, adalah sebuah robot berbentuk burung berwarna hijau-kuning yang dimiliki oleh Kira. Torii, dalam versi bahasa Jepangnya diisi suaranya oleh Naomi Shindou. Robot tersebut dibuat oleh Athrun Zala untuk Kira, sebagai tanda persahabatan keduanya, saat keduanya hendak berpisah.
Torii pertama kali muncul pada episode pertama Mobile Suit Gundam SEED, saat Kira dan kawan-kawan berada di kampus. Torii awalnya menemani Kira dengan hinggap di pundaknya, tetapi tanpa alasan yang jelas, ia kabur entah ke mana. Ketika Archangel berada di Orb untuk diperbaiki, Kira dan Athrun pun bertatap muka kembali; Athrun pun kembali mengembalikan Torii kepada Kira tanpa berbincang banyak dengannya. Torii pun muncul pada episode terakhir Gundam Seed Destiny