Yerusalem
Yerusalem Timur, beserta beberapa wilayah Tepi Barat di dekatnya yang terdiri dari beberapa lusin desa Palestina, selanjutnya dianeksasi oleh Israel, begitu juga tempat-tempat suci Kristen dan Muslim. Pada tanggal 27 Juni 1967, beberapa minggu setelah perang berakhir, Israel memperluas yurisdiksi dan hukumnya untuk Yerusalem Timur dan beberapa daerah di sekitarnya, menggabungkannya dengan
Munisipalitas Yerusalem, kendati istilah aneksasi berusaha dihindarinya. Pada tanggal 10 Juli, Menteri Luar Negeri Abba Eban menjelaskan kepada Sekretaris Jenderal PBB: "Istilah 'aneksasi' yang digunakan oleh para pendukung suara tersebut tidaklah akurat. Langkah-langkah yang diambil [oleh Israel] berhubungan dengan integrasi Yerusalem di area-area munisipal dan administratif, serta
berfungsi sebagai suatu dasar hukum untuk perlindungan tempat-tempat suci di Yerusalem." Israel melakukan sensus penduduk Arab di area-area yang dianeksasinya. Mereka diberikan status penduduk permanen dan opsi untuk mengajukan permohonan kewarganegaraan Israel. Sejak tahun 1967, berbagai area Yahudi yang baru bertumbuh dengan cepat di sektor timur, sementara belum ada pembuatan lingkungan Palestina yang baru.
Akses kaum Kristen dan Yahudi ke tempat-tempat suci di dalam kota lama yang bertembok tersebut dipulihkan. Israel membiarkan Bukit Bait Suci tetap di bawah yurisdiksi wakaf Islam, namun membuka Tembok Barat untuk akses kaum Yahudi. Kawasan Maroko, yang mana letaknya berdekatan dengan Tembok Barat, dievakuasi lalu dihancurkan demi pembuatan ruang untuk sebuah plaza bagi mereka yang mengunjungi tembok
tersebut. Pada tanggal 18 April 1968, suatu perintah pengambilalihan properti oleh Kementerian Keuangan Israel menjadikan Kawasan Yahudi lebih dari dua kali lipat besarnya, mengusir para penduduk Arab di sana dan mengambil dengan paksa 700 bangunan yang hanya 105 di antaranya merupakan milik penduduk Yahudi pra-1948. Dengan demikian kawasan lama itu diperluas ke Mughrabi Harat Abu Sa'ud, serta kawasan Arab
dan Palestina lainnya yang bersejarah. Perintah tersebut memperuntukkan area-area ini untuk keperluan umum, tetapi hanya ditujukan untuk kaum Yahudi. Pemerintah Israel memberikan 200 dinar Yordania bagi setiap keluarga Arab yang dievakuasi. Setelah Perang Enam Hari, populasi Yerusalem meningkat 196%. Populasi Yahudi tumbuh sebesar 155%, sedangkan populasi Arab meningkat 314%. Proporsi
populasi Yahudi turun dari 74% pada tahun 1967 menjadi 72% pada tahun 1980, dan 68% pada tahun 2000, lalu menjadi 64% pada tahun 2010. Menteri Pertanian Israel Ariel Sharon mengusulkan pembangunan suatu lingkar permukiman Yahudi di sekitar tepi timur Yerusalem. Rencana tersebut dimaksudkan untuk membuat Yerusalem Timur lebih bercorak Yahudi dan mencegahnya supaya tidak menjadi
bagian dari suatu blok perkotaan Palestina yang terentang dari Betlehem sampai Ramallah. Pada tanggal 2 Oktober 1977 Kabinet Israel menyetujui rencana tersebut dan selanjutnya tujuh lingkungan permukiman dibangun di tepi timur kota ini. Semuanya itu kemudian dikenal sebagai Pemukiman Lingkar. Lingkungan permukiman Yahudi lainnya dibangun di Yerusalem Timur, dan kaum Yahudi Israel juga bermukim di lingkungan-lingkungan Arab.
Aneksasi Yerusalem Timur ditanggapi dengan kecaman internasional. Kementerian Luar Negeri Israel membantah kalau aneksasi Yerusalem merupakan suatu pelanggaran hukum internasional. Status akhir Yerusalem telah menjadi salah satu hal terpenting dalam perselisihan antara para juru runding Israel dan Palestina untuk mencapai perdamaian. Hal-hal yang menjadi perselisihan antara lain mencakup apakah bendera
Palestina dapat dikibarkan di area-area dalam perwalian Palestina serta kekhususan batas-batas wilayah Palestina dan Israel.
Setelah Perang Enam Hari tahun 1967, Israel memperluas administrasi dan yurisdiksinya atas Yerusalem Timur, mendirikan batas-batas munisipal baru.
Pada tahun 2010 Israel menyetujui undang-undang yang memberikan Yerusalem status prioritas nasional tertinggi di Israel. Hukum ini memprioritaskan pembangunan di seluruh kota, serta menawarkan berbagai manfaat pajak dan dana bantuan bagi para penduduk untuk menjadikan perumahan, infrastruktur, pendidikan, kesempatan kerja, bisnis, pariwisata, dan acara budaya lebih terjangkau. Menteri
Komunikasi Moshe Kahlon mengatakan bahwa rancangan undang-undang tersebut mengirim "suatu pesan politik yang tegas dan jelas bahwa Yerusalem tidak akan terbagi", dan bahwa "semua orang dalam komunitas internasional dan Palestina yang mengharapkan pemerintah Israel sekarang menerima tuntutan apapun menyangkut kedaulatan Israel atas ibu kotanya adalah keliru dan menyesatkan".
Status kota ini, terutama tempat-tempat sucinya, masih menjadi suatu masalah utama dalam konflik Israel-Palestina. Pemerintah Israel telah menyetujui rencana-rencana pembangunan di Kawasan Muslim di Kota Lama dalam rangka memperluas keberadaan Yahudi di Yerusalem Timur, sementara beberapa pemimpin Islam mengklaim bahwa kaum Yahudi tidak memiliki keterkaitan sejarah dengan Yerusalem, dan
menyatakan bahwa Tembok Barat yang berusia 2500 tahun tersebut dibangun sebagai bagian dari sebuah masjid. Kaum Palestina memandang Yerusalem sebagai ibu kota Negara Palestina, dan batas-batas kota ini telah menjadi subjek pembicaraan bilateral. Suatu tim ahli yang dihimpun oleh Ehud Barak (kelak menjadi Perdana Menteri Israel) pada tahun 2000 menyimpulkan bahwa kota
ini harus dibagi, karena Israel telah gagal meraih tujuan-tujuan nasionalnya di sana. Namun pada tahun 2014 Perdana Menteri Israel Benjamin Netanyahu mengatakan bahwa "Yerusalem tidak akan pernah terbagi". Suatu jajak pendapat yang diselenggarakan pada tahun Juni 2013 mendapati bahwa 74% orang Yahudi Israel menolak gagasan mengenai suatu ibu kota Palestina di bagian manapun dari Yerusalem,
kendati 72% masyarakat memandangnya sebagai sebuah kota yang terbagi. Suatu jajak pendapat pada tahun 2011, yang dilakukan oleh Palestinian Center for Public Opinion dan American Pechter Middle East Polls for the Council on Foreign Relations, mengungkapkan bahwa 39% penduduk Arab di Yerusalem Timur lebih memilih kewarganegaraan Israel daripada 31% lainnya yang lebih memilih kewarganegaraan Palestina. Menurut jajak pendapat tersebut, 40%
penduduk Palestina lebih memilih untuk meninggalkan lingkungan permukiman mereka jika mereka ditempatkan di bawah pemerintahan Palestina.
Pada tanggal 5 Desember 1949, Perdana Menteri pertama Israel, David Ben-Gurion, memproklamirkan Yerusalem sebagai ibu kota Israel, dan sejak saat itu semua cabang pemerintahan Israel-legislatif, yudisial, dan eksekutif-berada di sana, kecuali Kementerian Pertahanan yang mana terletak di HaKirya di Tel Aviv. Pada saat proklamasi tersebut Yerusalem terbagi antara Israel dan Yordania, karenanya hanya Yerusalem Barat yang diproklamasikan sebagai ibu kota Israel.
Pada bulan Juli 1980, Israel mengesahkan Hukum Yerusalem sebagai Hukum Dasar. Hukum ini menyatakan Yerusalem sebagai ibu kota "bersatu dan penuh" dari Israel. "Hukum Dasar: Yerusalem, Ibu Kota Israel" merupakan suatu alasan utama bagi masyarakat internasional untuk tidak mengakui Yerusalem sebagai ibu kota Israel. Dewan Keamanan PBB mengesahkan Resolusi 478 pada tanggal 20 Agustus 1980, yang
mana menyatakan bahwa Hukum Dasar tersebut adalah "suatu pelanggaran hukum internasional", juga "batal dan tidak berlaku serta harus segera dicabut". Negara-negara anggota dihimbau untuk menarik perwakilan diplomatik mereka dari Yerusalem. Menanggapi resolusi tersebut, 22 dari 24 negara yang sebelumnya memiliki kedutaan di Yerusalem (Barat) memindahkan kedutaan mereka ke Tel Aviv, dimana
banyak kedutaan telah terdapat di sana sebelum Resolusi 478. Kosta Rika dan El Salvador menyusul pada tahun 2006. Saat ini tidak ada kedutaan di dalam batas-batas kota Yerusalem kendati terdapat beberapa kedutaan di Mevaseret Zion, di pinggiran kota Yerusalem, dan empat konsulat di dalam kota itu sendiri.