Mahathir Mohamad
istana dan memukulnya. Parlemen federal dengan suara bulat memprotes kelakuan Iskandar. Mahathir memanfaatkan kesempatan ini untuk menghapus kekebalan konstitusional sultan dari gugatan pidana dan perdata. Pers pun mendukung Mahathir dan mulai menerbitkan berbagai keburukan anggota keluarga kerajaan Malaysia. Setelah pers mengungkapkan kekayaan kerajaan yang sangat mewah, Mahathir memutuskan memotong pasokan
keuangan kerajaan. Karena pers dan pemerintah bersatu melawan kerajaan, para sultan tunduk pada tuntutan pemerintah. Hak kerajaan untuk menolak menyetujui undang-undang dibatasi oleh amendemen konstitusi tahun 1994. Dengan lenyapnya status dan kekuasaan kerajaan Malaysia, Wain menulis bahwa pada pertengahan 1990-an Mahathir telah menjelma menjadi "raja Malaysia tanpa mahkota".
Pada pertengahan 1990-an, tampak jelas bahwa ancaman terbesar bagi kekuasaan Mahathir adalah ambisi kekuasaan wakilnya, Anwar. Anwar mulai menjauhkan diri dari Mahathir, mengumbar ketaatan agamanya, dan mendukung pelonggaran kekangan kebebasan sipil yang menjadi ciri khas pemerintahan Mahathir. Namun, Mahathir terus membela Anwar sebagai penggantinya sebelum hubungan mereka
merenggang di tengah krisis keuangan Asia. Posisi keduanya semakin berseberangan. Mahathir menolak kebijakan moneter dan fiskal ketat yang disarankan IMF. Pada musyawarah nasional UMNO tahun 1998, seorang pendukung Anwar, Ahmad Zahid Hamidi, mengkritik pemerintah karena bertindak lamban dalam melawan korupsi dan kroniisme. Seiring bertambahnya kekuasaan Mahathir dalam
kebijakan ekonomi Malaysia selama beberapa bulan berikutnya, Anwar semakin disampingkan. Pada tanggal 2 September, ia dicopot dari jabatan wakil perdana menteri dan menteri keuangan dan langsung dikeluarkan dari UMNO. Pemecatannya tidak disertai alasan, tetapi media mengaitkannya dengan tuduhan pelecehan seksual yang tersebar melalui "surat ancaman tanpa nama" di musyawarah
nasional. Seiring bertambahnya tuduhan, masyarakat mengadakan demonstrasi besar-besaran untuk mendukung Anwar. Tanggal 20 September, Anwar ditangkap dan ditahan di bawah Undang-Undang Keamanan Dalam Negeri.
Anwar disidang atas empat tuduhan korupsi setelah muncul dugaan bahwa Anwar menyalahgunakan kekuasaannya dengan meminta polisi mengintimidasi orang-orang yang menuduh dirinya melakukan sodomi terhadap mereka. Sebelum sidang Anwar dimulai, Mahathir mengatakan kepada pers bahwa ia yakin Anwar bersalah. Anwar dinyatakan bersalah pada April 1999 dan dihukum penjara enam tahun.
Dalam sidang selanjutnya, Anwar divonis penjara sembilan tahun dalam kasus sodomi. Dakwaan sodomi ini dibatalkan oleh pengadilan banding setelah Mahathir mengundurkan diri.
Mahathir telah melenyapkan pesaingnya, tetapi reputasinya di dunia internasional dan perpolitikan dalam negeri jatuh. Menteri Luar Negeri Amerika Serikat Madeleine Albright membela Anwar sebagai "sosok pemimpin yang sangat dihormati" yang "berhak mendapat proses hukum dan persidangan yang adil". Dalam pidatonya di Kuala Lumpur, Wakil Presiden Amerika Serikat Al Gore menyatakan bahwa
"kami akan selalu mendengar suara-suara yang menginginkan demokrasi", termasuk "suara masyarakat Malaysia yang berani". Pada KTT APEC tahun 1999, Perdana Menteri Kanada Jean Chrétien menolak bertemu Mahathir, sedangkan menteri luar negeri Kanada bertemu istri Anwar, Wan Azizah Wan Ismail. Wan Azizah membentuk partai oposisi liberal, Partai Keadilan Rakyat ("Keadilan"), untuk bertarung dalam pemilu 1999.
UMNO kehilangan 18 kursi dan dua pemerintahan negara bagian karena banyak orang Melayu yang memilih PAS dan Keadilan, sebagian besar di antaranya memilih sebagai bentuk protes atas perlakuan Mahathir terhadap Anwar.
Pada musyawarah nasional UMNO tahun 2002, Mahathir mengumumkan bahwa ia akan mengundurkan diri dari jabatan perdana menteri, tetapi para pendukungnya segera naik panggung dan memintanya tetap menjabat. Ia memastikan akan pensiun pada Oktober 2003 agar bisa mempersiapkan peralihan kekuasaan ke penggantinya, Abdullah Badawi. Dengan masa jabatan 22 tahun, Mahathir merupakan
pemimpin terpilih dengan masa jabatan terlama di dunia. Ia masih menjadi perdana menteri dengan masa jabatan terlama di Malaysia.
Sepanjang masa pemerintahan Mahathir, hubungan Malaysia dengan Barat baik-baik saja walaupun Mahathir dikenal sebagai kritikus paling vokal. Pada awal pemerintahannya, perselisihan sepele dengan Britania Raya terkait biaya kuliah memancing Mahathir untuk menyerukan boikot barang-barang Britania, sebuah kampanye yang dikenal dengan nama "Buy British Last". Persoalan ini mendorong pencarian model pembangunan di Asia, khususnya
Jepang. Ini merupakan awal dari Kebijakan Melihat ke Timur yang digagas Mahathir. Meski persoalan ini diselesaikan oleh Perdana Menteri Margaret Thatcher, Mahathir terus mengutamakan model pembangunan Asia daripada Barat. Ia mengkritik standar ganda negara-negara Barat.
Mahathir selalu mengkritik kebijakan luar negeri Amerika Serikat secara terbuka. Namun demikian, hubungan antara kedua negara tetap positif dan Amerika Serikat merupakan sumber investasi asing terbesar sekaligus pelanggan terbesar Malaysia pada masa pemerintahan Mahathir. Selain itu, perwira militer Malaysia rutin latihan bersama militer Amerika Serikat lewat program International Military Education And Training (IMET).
BBC melaporkan bahwa hubungan dengan Amerika Serikat memburuk pada tahun 1998, ketika Wakil Presiden AS Al Gore berpidato di konferensi Asia-Pacific Economic Cooperation (APEC) di Kuala Lumpur:Demokrasi memberikan legitimasi yang diperlukan oleh reformasi supaya berjalan efektif. Karena itu, di antara negara-negara yang mengalami krisis ekonomi, kami selalu mendengar tuntutan demokrasi, tuntutan reformasi, dalam
berbagai bahasa- People Power, doi moi, reformasi. Kami mendengar seruan itu hari ini- di sini, saat ini- dari masyarakat Malaysia yang pemberani.
Gore dan Amerika Serikat memprotes penahanan wakil perdana menteri Mahathir, Anwar Ibrahim, dan mencapnya "persidangan semu". "US News and World Report" menjuluki persidangan tersebut "hiburan murahan". Selain itu, Anwar merupakan pendukung kebijakan ekonomi IMF yang meliputi kenaikan suku bunga. Sebuah artikel di "Malaysia Today" mencantumkan bahwa, "komentar Gore adalah serangan nyata terhadap
Perdana Menteri Malaysia, Mahathir Mohamad, dan pemerintahan-pemerintahan lain, termasuk Jepang, yang menolak tuntutan reformasi pasar Amerika Serikat". Desakan reformasi Gore yang mencakup pergantian kekuasaan merupakan anatema bagi Mahathir. Ia berkomentar bahwa, "Saya belum pernah menemui orang sekasar ini". Ini merupakan gambaran harapan orang Malaysia bahwa tamu tidak boleh menjelek-jelekkan tuan rumah.
Akan tetapi, pandangan Mahathir memang tidak bisa digoyahkan sebelum APEC. Contohnya, dalam pidato KTT ASEAN tahun 1997, ia mengutuk Deklarasi Hak Asasi Manusia Universal dan mencapnya sebagai instrumen opresif Amerika Serikat dan negara-negara lain untuk memaksakan nilai-nilai mereka kepada bangsa Asia. Ia menambahkan bahwa bangsa Asia lebih memerlukan kestabilan dan pertumbuhan
ekonomi daripada kebebasan sipil. Pernyataan ini membuat dirinya tidak disukai Menteri Luar Negeri Amerika Serikat, Madeleine Albright, yang juga hadir dalam KTT itu.
Hubungan kedua negara sama-sama tidak stabil. Usai pemecatan dan penahanan Anwar, Madeleine Albright menjenguk istri Anwar. Mahathir sendiri menjadikan Amerika Serikat sebagai alasan kebijakannya. Terkait penahanan politik tanpa persidangan di Malaysia, ia mengatakan, "Berbagai peristiwa di Amerika Serikat menunjukkan bahwa pemerintah mereka memiliki kekuasaan khusus yang bisa dilaksanakan untuk melindungi publik demi kemaslahatan bersama."