Daerah Istimewa Yogyakarta
(rata-rata tumbuh 13% per tahun), sedangkan kondisi jalan terbatas, maka telah mengakibatkan terjadinya kesemrawutan, dan kemacetan lalu lintas, dan terjadinya kecelakaan lalu lintas yang terus meningkat setiap tahun.
Salah satu transportasi yang dikembangkan di DIY Pelayanan angkutan kereta api pemberangkatan, dan kedatangan berpusat di Stasiun Kereta Api Tugu untuk kelas eksekutif, dan bisnis, sedangkan Stasiun Lempuyangan untuk melayani angkutan penumpang kelas ekonomi, dan barang. Saat ini untuk meningkatkan layanan jalur Timur-Barat sudah dibangun jalur ganda (double track) dari Stasiun Solo
Balapan sampai Stasiun Kutoarjo. Berkaitan dengan keselamatan lalulintas, permasalahan yang berkaitan dengan layanan angkutan kereta api antara lain masih banyak perlintasan yang tidak dijaga. Selain kerata api, Pemda DIY mengembangkan layanan Bus Trans Jogja yang menjadi prototipe layanan angkutan massal pada masa mendatang.
Untuk angkutan sungai, danau dan penyeberangan, Waduk Sermo yang terletak di Kabupaten Kulon Progo yang memiliki luas areal 1.57 km2 dan mempunyai keliling  20 km menyebabkan terpisahnya hubungan lintas darat antara desa di sisi waduk dengan desa lain di seberangnya. Di sektor transportasi laut dI DIY terdapat Tempat Pendaratan Kapal (TPK) yang berfungsi sebagai pendaratan kapal
pendaratan pencari ikan, dan tempat wisata pantai. Terdapat 19 titik TPK yang dilayani oleh  450 kapal nelayan.
Di sektor transportasi udara, Bandara Adisutjipto yang telah menjadi bandara internasional sejak 2004 menjadi pintu masuk transportasi udara bagi Daerah Istimewa Yogyakarta, baik domestik maupun internasional. Keterbatasan fasilitas sisi udara, dan darat yang berada di Bandara Adisutjipto menyebabkan fungsi Bandara Adisutjipto sebagai gerbang wilayah selatan Pulau Jawa tidak dapat optimal. Status
bandara yang "enclave civil" menyebabkan landas pacu yang ada dimanfaatkan untuk dua kepentingan yakni penerbangan sipil, dan latihan terbang militer.
Terkait dengan potensi bencana alam, penanggulangan bencana memegang peranan yang sangat penting, baik pada saat sebelum, saat, dan sesudah terjadinya bencana. Seiring dengan kemajuan ilmu pengetahuan, dan teknologi, bencana dapat dilihat sebagai interaksi antara ancaman bahaya dengan kerentanan masyarakat, dan kurangnya kapasitas untuk menangkalnya. Penanggulangan bencana
diarahkan pada bagaimana mengelola risiko bencana sehingga dampak bencana dapat dikurangi atau dihilangkan sama sekali.
Secara geologis DIY merupakan salah satu wilayah di Indonesia yang rawan terhadap bencana alam. Potensi bencana alam yang berkaitan dengan bahaya geologi yang meliputi:
Bahaya alam Gunung Merapi, mengancam wilayah Kabupaten Sleman bagian utara, dan wilayah-wilayah sekitar sungai yang berhulu di puncak Merapi; Bahaya gerakan tanah/batuan, dan erosi, berpotensi terjadi pada lereng Pegunungan Kulon Progo yang mengancam di wilayah Kulon Progo bagian utara, dan barat, serta pada lereng Pengunungan Selatan (Baturagung) yang mengancam wilayah Kabupaten Gunungkidul
bagian utara, dan bagian timur wilayah Kabupaten Bantul. Bahaya banjir, terutama berpotensi mengancam daerah pantai selatan Kabupaten Kulon Progo, dan Kabupaten Bantul; Bahaya kekeringan berpotensi terjadi di wilayah Kabupaten Gunungkidul bagian selatan, khususnya pada kawasan bentang alam karst; Bahaya tsunami, berpotensi terjadi di daerah pantai selatan Kabupaten Kulon Progo, Kabupaten
Bantul, dan Kabupaten Gunungkidul, khususnya pada pantai dengan elevasi (ketinggian) kurang dari 30 m dari permukaan air laut. Bahaya alam akibat angin berpotensi terjadi di wilayah pantai selatan Kabupaten Kulon Progo, Kabupaten Bantul, dan daerah-daerah Kabupaten Sleman bagian utara, serta wilayah perkotaan Yogyakarta; Bahaya gempa bumi, berpotensi terjadi di wilayah DIY, baik
gempa bumi tektonik maupun vulkanik. Gempa bumi tektonik berpotensi terjadi karena wilayah DIY berdekatan dengan kawasan tumbukan lempeng (subduction zone) di dasar Samudra Indonesia yang berada di sebelah selatan DIY. Selain itu secara geologi di wilayah DIY terdapat beberapa patahan yang diduga aktif. Wilayah dataran rendah yang tersusun oleh sedimen lepas, terutama hasil endapan sungai, merupakan wilayah yang rentan mengalami goncangan akibat gempa bumi.
Pemerintahan Daerah Istimewa Yogyakarta merupakan metamorfosis dari Pemerintahan Negara Kesultanan Yogyakarta dan Pemerintahan Negara Kadipaten Pakualaman, khususnya bagian Parentah Jawi yang semula dipimpin oleh Pepatih Dalem untuk Negara Kesultanan Yogyakarta, dan Pepatih Pakualaman untuk Negara Kadipaten Pakualaman. Oleh karena itu Pemerintahan Daerah Istimewa Yogyakarta memiliki
hubungan yang kuat dengan Keraton Yogyakarta maupun Puro Paku Alaman. Sehingga tidak mengherankan banyak pegawai negeri sipil daerah yang juga menjadi Abdidalem Keprajan Keraton maupun Puro. Walau demikian mekanisme perekrutan calon pegawai negeri sipil daerah tetap dilakukan sesuai mekanisme peraturan perundang-undangan yang berlaku.
Menurut UU Nomor 22 Tahun 1948 (yang juga menjadi landasan UU Nomor 3 Tahun 1950 mengenai pembentukan DIY), Kepala, dan Wakil Kepala Daerah Istimewa diangkat oleh Presiden dari keturunan keluarga yang berkuasa di daerah itu, pada zaman sebelum Republik Indonesia, dan yang masih menguasai daerahnya; dengan syarat-syarat kecakapan, kejujuran, dan kesetiaan, dan dengan mengingat
adat istiadat di daerah itu. Dengan demikian Kepala Daerah Istimewa, sampai tahun 1988, dijabat secara otomatis oleh Sultan Yogyakarta yang bertahta, dan Wakil Kepala Daerah Istimewa, sampai tahun 1998, dijabat secara otomatis oleh Pangeran Paku Alam yang bertahta. Nomenklatur Gubernur, dan Wakil Gubernur Daerah Istimewa baru digunakan mulai tahun 1999 dengan adanya
UU Nomor 22 Tahun 1999. Saat ini mekanisme pengisian jabatan Gubernur, dan Wakil Gubernur DIY diatur dengan UU 13/2012 tentang Keistimewaan Daerah Istimewa Yogyakarta. Adapun daftar Kepala, dan Wakil Kepala Daerah Istimewa sebagai berikut: Daftar gubernur Daerah Istimewa Yogyakarta
Di bidang pengembangan kelembagaan Pemerintah DIY telah menetap Peraturan Daerah (Perda) Nomor 5 Tahun 2008 tentang Organisasi, dan Tata Kerja Sekretariat Daerah, dan Sekretariat DPRD DIY, Perda Nomor 6 Tahun 2008 tentang Organisasi, dan Tata Kerja Dinas Daerah DIY, Perda Nomor 7 Tahun 2008 tentang Organisasi, dan Tata Kerja Inspektorat, Badan Perencanaan Pembangunan Daerah, Lembaga Teknis Daerah, dan Satuan Polisi Pamong Praja DIY; serta menerapkannya mulai tahun 2009.
Sekretariat Daerah Sekretariat DPRD Dinas Kebudayaan Dinas Kehutanan, dan Perkebunan Dinas Kelautan dan Perikanan Dinas Kesehatan Dinas Pariwisata Dinas Pekerjaan Umum, Perumahan, dan Energi Sumber Daya Mineral Dinas Pendapatan, Pengelolaan Keuangan, dan Aset Dinas Pendidikan, Pemuda, dan Olahraga Dinas Perhubungan, Komunikasi, dan Informatika Dinas Perindustrian, Perdagangan Koperasi, dan Usaha Kecil
Menengah Dinas Pertanian Dinas Sosial Dinas Tenaga Kerja, dan Transmigrasi Inspektorat Badan Perencanaan Pembangunan Daerah Badan Kepegawaian Daerah Badan Kerja Sama, dan Penanaman Modal Badan Kesatuan Bangsa, dan Perlindungan Masyarakat Badan Ketahanan Pangan, dan Penyuluhan Badan Lingkungan Hidup Badan Pemberdayaan Perempuan, dan Masyarakat Badan Pendidikan, dan Pelatihan Badan Perpustakaan, dan Arsip Daerah Sekretariat Komisi Pemilihan Umum DIY Rumah Sakit Grhasia Satuan Polisi Pamong Praja
Lembaga Perwakilan Rakyat di Daerah Istimewa Yogyakarta dirintis dengan pembentukan KNI Daerah Yogyakarta pada tahun 1945. Pada Mei 1946 KNI Daerah Yogyakarta dibubarkan, dan dibentuk Parlemen Lokal pertama di Indonesia dengan nama Dewan Daerah. Walaupun anggotanya tidak dipilih melalui pemilihan umum, parlemen ini tetap bekerja mewakili rakyat sampai tahun 1948 saat Invasi Belanda ke Kota Yogyakarta.