Pemerintah Indonesia
dianut dewasa ini masih beraroma parlementer. Bahkan ada juga orang yang berpendapat bahwa sistem pemerintahan yang sekarang kita anut justru semakin memperlihatkan gejala sistem parlementer. Jika pada masa Orde Baru, pusat kekuasaan berada sepenuhnya di tangan Presiden, maka sekarang pusat kekuasaan itu dianggap telah beralih ke DPR. Sebagai akibat pendulum perubahan dari sistem yang
sebelumnya memperlihatkan gejala "executive heavy", sekarang sebaliknya timbul gejala "legislative heavy" dalam setiap urusan pemerintahan yang berkaitan dengan fungsi parlemen.
Keberadaan MPR yang selama ini disebut sebagai lembaga tertinggi negara itu memang telah mengalami perubahan yang sangat mendasar, akan tetapi keberadaannya tetap ada sehingga sistem yang dianut saat ini tidak dapat disebut sistem bikameral ataupun satu kamar, melainkan sistem tiga kamar (trikameralisme), perubahan-perubahan mendasar dalam kerangka struktur parlemen Indonesia itu memang telah terjadi mengenai
hal-hal sebagai berikut. Pertama, susunan keanggotaan MPR berubah secara struktural karena dihapuskannya keberadaan Utusan Golongan yang mencerminkan prinsip perwakilan fungsional (functional representation) dari unsur keanggotaan MPR. Dengan demikian, anggota MPR hanya terdiri atas anggota Dewan Perwakilan Rakyat (DPR) yang mencerminkan prinsip perwakilan politik (political representation) dan anggota Dewan Perwakilan Daerah (DPD) yang
mencerminkan prinsip perwakilan daerah (regional representatif). Kedua, bersamaan dengan perubahan yang bersifat struktural tersebut, fungsi MPR juga mengalami perubahan mendasar (perubahan fungsional). Majelis ini tidak lagi berfungsi sebagai 'supreme body' yang memiliki kewenangan tertinggi dan tanpa kontrol, dan karena itu kewenangannyapun mengalami perubahan-perubahan mendasar.
Berdasarkan ketentuan UUD 1945 pasca Perubahanan Keempat, fungsi legislatif berpusat di tangan Dewan Perwakilan Rakyat. Hal ini jelas terlihat dalam rumusan pasal 20 ayat (1) yang baru yang menyatakan: "Dewan Perwakilan Rakyat memegang kekuasaan membentuk Undang-Undang". Selanjutnya dinyatakan: "setiap rancangan Undang-Undang dibahas oleh DPR dan Presiden untuk mendapat persetujuan bersama.
Rancangan Undang-Undang itu tidak boleh diajukan lagi dalam persidangan DPR masa itu". Kemudian dinyatakan pula" Presiden mengesahkan rancangan Undang-Undang yang telah mendapat disetujui bersama untuk menjadi Undang-Undang" (ayat 4), dan "dalam hal rancangan Undang-Undang yang telah disetujui bersama tersebut tidak disahkan oleh Presiden dalam waktu 30 hari
semenjak rancangan Undang-Undang tersebut disetujui, rancangan Undang-Undang tersebut sah menjadi Undang-Undang dan wajib diundangkan".
Keberadaan Dewan Perwakilan Daerah menurut ketentuan UUD 1945 pasca perubahan juga banyak dikritik orang. Lembaga ini semula didesain sebagai kamar kedua parlemen Indonesia pada masa depan. Akan tetapi, salah satu ciri bikameralisme yang dikenal di dunia ialah apabila kedua-dua kamar yang dimaksud sama-sama menjalankan fungsi legislatif sebagaimana seharusnya. Padahal, jika diperhatikan DPD sama
sekali tidak mempunyai kekuasaan apapun dibidang ini. DPD hanya memberikan masukan pertimbangan, usul, ataupun saran, sedangkan yang berhak memutuskan adalah DPR, bukan DPD. Karena itu, keberadaan DPD di samping DPR tidak dapat disebut sebagai bikameralisme dalam arti yang lazim. Selama ini dipahami bahwa jika kedudukan kedua kamar itu di bidang legislatif sama kuat, maka
sifat bikameralismenya disebut 'strong becameralism', tetapi jika kedua tidak sama kuat, maka disebut 'soft becameralism'. Akan tetapi, dalam pengaturan UUD 1945 pasca perubahan Keempat, bukan saja bahwa struktur yang dianut tidak dapat disebut sebagai 'strong becameralism' yang kedudukan keduanya tidak sama kuatnya, tetapi bahkan juga tidak dapat disebut sebagai 'soft becameralism' sekalipun.
DPD, menurut ketentuan pasal 22D (a) dapat mengajukan rancangan UU tertentu kepada DPR (ayat 1), (b) ikut membahas rancangan UU tertentu (ayat 2), (c) memberikan pertimbangan kepada DPR atas rancangan UU APBN dan rancangan UU tertentu (ayat 2), (d) dapat melakukan pengawasan atas pelaksanaan UU tertentu (ayat 3). Dengan kata lain, DPD hanya memberikan masukan, sedangkan yang
memutuskan adalah DPR, sehingga DPD ini lebih tepat disebut sebagai Dewan Pertimbangan DPR, karena kedudukannya hanya memberikan pertimbangan kepada DPR.
Pemerintahan Republik Indonesia berdasarkan Undang-Undang Dasar 1945 sering dikatakan menganut sistem presidensil. Akan tetapi, sifatnya tidak murni, karena bercampur baur dengan elemen-elemen sistem parlementer. Percampuran itu antara lain tercermin dalam konsep pertanggung-jawaban Presiden kepada MPR yang termasuk ke dalam pengertian lembaga parlemen, dengan kemungkinan pemberian kewenangan kepadanya untuk memberhentikan
Presiden dari jabatanya, meskipun bukan karena alasan hukum. Kenyataan inilah yang menimbulkan kekisruhan, terutama dikaitkan dengan pengalaman ketatanegaraan ketika Presiden Abdurrahman Wahid diberhentikan dari jabatannya. Jawaban atas kekisruhan itu adalah munculnya keinginan yang kuat agar anutan sistem pemerintahan Republik Indonesia yang bersifat Presidensil dipertegas dalam kerangka perubahan Undang-Undang Dasar 1945.
Selain alasan yang bersifat kasuitis itu, dalam perkembangan praktik ketatanegaraan Indonesia selama ini memang selalu dirasakan adanya kelemahan-kelemahan dalam praktik penyelenggaraan sistem pemerintahan Indonsia berdasarkan UUD 1945. sistem pemerintahan yang dianut, dimata para ahli cenderung disebut 'quasi presidentil' atau sistem campuran dalam konotasi negatif, karena dianggap
banyak mengandung "distorsi" apabila dikaitkan dengan sistem demokrasi yang mempersyaratkan adanya mekanisme hubungan "checks and balances" yang lebih efektif di antara lembaga-lembaga negara yang ada. Kerana itu, dengan empat perubahan pertama UUD 1945, khususnya dengan diadopsinya sistem pemilihan Presiden langsung, dan dilakukannya perubahan struktural maupun fungsional terhadap kelembagaan Majelis Permusyawaratan Rakyat, maka anutan sistem pemerintahan Indonesia semakin tegas sebagai sistem pemerintahan Presidensil.
Sebelum adanya Perubahan UUD, kekuasaan kehakiman atau fungsi yudikatif (judicial) hanya terdiri atas badan-badan pengadilan yang berpuncak pada mahkamah agung. Lembaga Mahkamah Agung tersebut, sesuai dengan prinsip 'independent of judiciary' diakui bersifat mendiri dalam arti tidak boleh diintervensi atau dipengeruhi oleh cabang-cabang kekuasaan lainnya,
terutama pemerintah. Prinsip kemerdekaan hakim ini selain diatur dalam Undang-Undang pokok kekuasaan kehakiman, juga tercantum dalam penjelasan pasal 24 UUD 1945 yang menegaskan bahwa kekuasaan kehakiman tidak boleh dipengaruhi oleh cabang-cabang kekuasaan lain. Namun, setelah perubahan ketiga UUD 1945 disahkan, kekuasaan kehakiman negara kita mendapat
tambahan satu jenis mahkamah lain yang berada di luar Mahkamah Agung. Lembaga baru tersebut mempunyai kedudukan yang setingkat atau sederajat dengan Mahkamah Agung. Sebutannya adalah Mahkamah Konstitusi ("constitutional court") yang dewasa ini makin banyak negara yang membentuknya di luar kerangka Mahkamah Agung ("supreme court"). Indonesia merupakan negara ke-78 yang mengadopsi gagasan
pembentukan Mahkamah Konstitusi yang berdiri sendiri ini, setelah Austria pada tahun 1920, Italia pada tahun 1947 dan Jerman pada tahun 1948.
Dalam perubahan ke tiga Undang-Undang Dasar, Mahkamah Konstitusi ditentukan memiliki lima kewenangan, yaitu: (a) melakukan pengujian atas konstitusionalitas Undang-Undang; (b) mengambil putusan atau sengketa kewenangan antar lembaga negara yang ditentukan menurut Undang-Undang Dasar; (c) mengambil putusan atas pendapat Dewan Perwakilan Rakyat bahwa Presiden dan/atau Wakil Presiden telah