Komando Pasukan Khusus
Struktur organisasi Kopassus berbeda dengan satuan infanteri pada umumnya. Meski dari segi korps, para anggota Kopassus pada umumnya berasal dari Korps Infanteri, namun sesuai dengan sifatnya yang khusus, maka Kopassus menciptakan strukturnya sendiri, yang berbeda dengan satuan infanteri lainnya.
Kopassus sengaja untuk tidak terikat pada ukuran umum satuan infanteri, hal ini tampak pada satuan mereka yang disebut Grup. Penggunaan istilah Grup bertujuan agar satuan yang dimiliki mereka terhindar dari standar ukuran satuan infanteri pada umumnya (misalnya Brigade). Dengan satuan ini, Kopassus dapat fleksibel dalam menentukan jumlah personel, bisa lebih banyak dari ukuran brigade (sekitar 5000 personel), atau lebih sedikit.
Kecuali Pusdikpassus, yang berfungsi sebagai pusat pendidikan, Grup-Grup lain memiliki fungsi operasional (tempur). Dengan demikian struktur Pusdikpassus berbeda dengan Grup-Grup lainnya. Masing-masing Grup (kecuali Pusdikpassus), dibagi lagi dalam batalyon, misalnya: Yon 11, 12, 13 dan 14 (dari Grup 1), serta Yon 21, 22 dan 23 (dari Grup 2).
Karena Kopassus merupakan pasukan khusus, maka dalam melaksanakan operasi tempur, jumlah personel yang terlibat relatif sedikit, tidak sebanyak jumlah personel infanteri biasa, dengan kata lain tidak menggunakan ukuran konvensional mulai dari peleton hingga batalyon. Kopassus jarang sekali (mungkin tidak pernah) melakukan operasi dengan melibatkan kekuatan satu batalyon sekaligus.
Karena berbeda dengan satuan pada umumnya, satuan di bawah batalyon bukan disebut kompi, tetapi detasemen, unit atau tim. Kopassus jarang melibatkan personel yang banyak dalam suatu operasi. Supaya tidak terikat dengan ukuran baku pada kompi atau peleton, maka Kopassus perlu memiliki sebutan tersendiri bagi satuannya, agar lebih fleksibel.Saat ini, Kopassus di pimpin oleh
seorang Komandan Jenderal (Danjen) yang berpangkat Mayor Jenderal. Saat ini jabatan Danjen diduduki oleh Mayjen TNI Eko Margiyono.
Nama besar dan citra yang disandang Kopassus sejak didirikannya menyebabkan banyaknya pihak yang menarik-narik Kopassus untuk masuk kedalam kegiatan bernuansa politis. Kopassus sejak dulu telah menjadi tempat persemaian perwira-perwira muda potensial, yang kelak mengisi pos-pos jabatan pimpinan TNI. Nama-nama seperti Benny Moerdani, Sintong Panjaitan, Yunus Yosfiah, Agum
Gumelar, Hendropriyono, Prabowo Subianto, dan lain-lain, adalah perwira-perwira yang sudah dikenal publik, saat mereka masih berpangkat Kapten atau Mayor, berkat prestasi mereka di lapangan.
Kopassus juga kerap dituding oleh LSM dan media Barat (dan sebagian terbukti, dan penyelesaiannya tidak jelas sampai hari ini) melakukan serangkaian pelanggaran HAM di Aceh, Papua, Timor Timur, dan Jakarta (lihat bagian Kasus penculikan aktivis reformasi). Masalah HAM inilah yang sempat membuat pasukan khusus Australia tidak lagi berlatih dengan Kopassus selama beberapa tahun, sebelum kembali diadakan pada saat ini.
Pada tahun 1998, nama Kopassus sempat tercoreng berkaitan dengan aktivitas Tim Mawar yang dituding bertanggung jawab terhadap kegiatan penculikan dan penghilangan nyawa beberapa aktivis pro demokrasi. Nama Kopassus kembali tercoreng setelah Peristiwa Mei 1998, ketika banyak hasil penelitian tim pencari fakta independen menemukan adanya organisasi terstruktur rapi dalam militer yang dengan sengaja dan maksud
tertentu menyulut kerusuhan massa di Jakarta dan Surakarta (kedua kota tersebut secara kebetulan adalah daerah basis/markas Kopassus, yaitu Cijantung-Jakarta dan Kandang Menjangan-Surakarta). Pada 2007 masalah Tim Mawar ini kembali mencuat ke permukaan melihat kenyataan bahwa 11 tentara yang terlibat (6 di antaranya dipecat pada 1999), ternyata tidak jadi dipecat tetapi tetap meniti
karier, naik pangkat dan beberapa diketahui memegang posisi-posisi penting seperti Dandim dengan pangkat kolonel. Panglima TNI menyatakan hanya 1 dari 6 perwira tersebut yang benar-benar dipecat.