Puri Himeji
Pada tahun 1871, pemerintah Meiji menghapus sistem wilayah feodal "Han" dan menggantinya dengan sistem prefektur. Sebagai kelanjutannya, pada tahun 1873 pemerintah juga menghapus sistem istana, sehingga istana-istana yang tersebar di seluruh Jepang menjadi tidak berguna lagi dan harus dihancurkan.
Istana Himeji lalu dijual secara lelang. Lelang dimenangkan seorang penduduk yang tinggal di Yonedamachi (masih sekitar lingkungan istana) dengan harga 23 yen 50 sen. Pemenang lelang cuma bermaksud mencari keuntungan dengan menjual genteng-genteng istana. Pekerjaan membongkar genteng ternyata memakan banyak biaya sehingga genteng tidak jadi dijual dan istana dibiar-biarkan begitu saja. Hak
kepemilikan istana lalu dihapus dengan alasan pemilik menelantarkan istana yang sudah dibeli. Tiba-tiba pada tahun 1927, menurut berita di suatu surat kabar, ada orang yang mengaku sebagai anak laki-laki pemenang lelang bermaksud menuntut hak kepemilikan Istana Himeji, tetapi menurut surat kabar lain yang terbit beberapa hari kemudian, tuntutan itu ternyata sama sekali tidak beralasan.
Pasukan angkatan darat berulang kali dipusatkan di bekas Istana Himeji, karena lokasinya cocok sekali untuk dijadikan pangkalan militer. Pada tahun 1874, resimen infantri ke-10 ditempatkan di daerah bekas istana. Pada saat itu, bangunan-bangunan yang terdapat di Sannomaru, antara lain istana utama, rumah kediaman bernama Musashino-Goten dan Mukai-yashiki serta beberapa bangunan lainnya
dirobohkan. Selain itu, Bizenmaru yang dulunya merupakan rumah kediaman Ikeda Terumasa terbakar habis pada tahun 1882.
Di lain pihak, usaha-usaha pelestarian bangunan istana mulai terlihat sekitar tahun 1877 setelah gejolak besar-besaran yang terjadi pada tahun-tahun awal restorasi Meiji mulai menjadi agak tenang. Di sebelah dalam pintu gerbang Mugi-no-Mon masih bisa tersisa batu monumen peringatan untuk mengenang jasa Kolonel Nakamura Shigeto yang menaruh perhatian pada pemugaran
Istana Himeji. Pada tahun 1878, Kolonel Nakamura Shigeto yang menjabat penanggung jawab pekerjaan pemugaran/pembangunan angkatan darat menyarankan kepada atasannya, kepala markas angkatan darat Yamagata Aritomo agar melestarikan Istana Nagoya dan Istana Himeji.
Pemugaran istana dapat dimulai karena permohonan yang diajukan Yamagata Aritomo ternyata diluluskan oleh "Dajokan" (kantor perundang-undangan, administrasi dan kehakiman), tetapi anggaran yang ditunggu-tunggu ternyata tidak kunjung turun. Setelah anggaran turun, biaya pelestarian istana ternyata besarnya tidak sampai setengah dari jumlah yang
diminta, dan itu pun masih harus diutak-utik dari dana milik angkatan darat. Walaupun keadaan sedang sulit, pemugaran mau tidak mau harus dikerjakan agar tidak kalah berlomba dengan pelapukan yang terus berlanjut di sana sini.
Berkat petisi anggota parlemen dari berbagai wilayah yang prihatin dengan nasib istana yang ada di wilayahnya, pada tahun 1910 pemugaran istana pada zaman Meiji akhirnya dapat dimulai dengan anggaran negara sebesar 93000 yen. Anggaran yang disediakan ternyata masih kurang cukup. Kemiringan menara utama yang terus berlanjut berhasil dihentikan, tetapi pekerjaan menegakkan menara utama
yang miring tidak bisa diteruskan karena kurang biaya. Pada tahun 1919 markas angkatan darat membantu perbaikan wilayah Nishinomaru dan setelah pekerjaan selesai, resimen infantri ke-10 dipindahkan ke Okayama.
Istana Himeji berhasil lolos dua kali dari bencana kerusakan yang diakibatkan peperangan pada zaman Bakufu dan Perang Dunia II sehingga mendapat julukan "istana tidak pernah perang" (bahasa Jepang: ; "fusen no shiro").
Sewaktu Perang Dunia II, Istana Himeji disamarkan dari udara dengan menutup bagian-bagian yang strategis dengan jaring-jaring berwarna hitam. Alasannya, istana sudah pasti akan menjadi sasaran empuk serangan udara Amerika karena tembok-temboknya yang berwarna putih terlihat mencolok dari udara, apalagi angkatan darat juga menempatkan pasukannya di dalam wilayah istana.
Serangan udara besar-besaran atas Himeji terjadi tanggal 3 Juli 1945, akibatnya kota seputar Istana Himeji musnah menjadi abu. Di dalam wilayah istana, serangan udara menghanguskan bangunan sekolah menengah pertama yang menempati bekas lokasi istana utama. Kebakaran yang terjadi di wilayah Nishinomaru juga segera dapat dipadamkan, sehingga bangunan istana secara ajaib luput dari
lalapan api. Pagi keesokan harinya, kabarnya penduduk kota tidak mampu menahan air mata haru menyaksikan Istana Himeji yang masih berdiri dengan selamat di tengah-tengah kota yang telah rata dengan tanah.
Ada pendapat yang mengatakan bahwa Istana Himeji tidak pernah dijadikan sasaran serangan udara karena merupakan peninggalan budaya yang penting. Pendapat yang banyak dikutip ini menjadi sumber perdebatan karena serangan udara ternyata juga menghancurkan istana-istana yang terdapat di kota-kota lain di Jepang (misalnya Istana Nagoya), serta bangunan-bangunan bersejarah yang ada di Jerman.
Pada tahun 1928, Istana Himeji ditunjuk sebagai peninggalan bersejarah di bawah pengawasan kementerian pendidikan, sedangkan pengelolaannya dilakukan oleh kota Himeji. Menara utama kemudian ditetapkan sebagai pusaka negara pada tahun 1931. Undang-undang perlindungan peninggalan budaya yang diberlakukan sejak tahun 1950 memasukkan Istana Himeji ke dalam daftar situs peninggalan budaya yang terpenting.
Peluang untuk memulai pemugaran besar-besaran zaman Showa mulai terbuka pada tahun 1934 setelah tembok batu "Watari-yagura" yang terletak di Nishinomaru roboh secara beruntun akibat hujan deras. Pemugaran dilakukan dengan membongkar bangunan yang ada kemudian memasangnya kembali setelah memperbaiki bagian-bagian yang rusak. Pekerjaan dimulai dari bangunan-bangunan di luar
menara utama, tetapi pekerjaan terpaksa dihentikan pada tahun 1944 karena keadaan Jepang yang makin memburuk dalam Perang Dunia II. Istana Himeji ternyata beruntung dapat lolos dari serangan udara, sehingga pada tahun 1950 proyek pemugaran dapat dimulai kembali. Pada tahun 1955, pemugaran semua bangunan dinyatakan selesai kecuali pemugaran menara utama.
Pemugaran besar-besaran menara istana dimulai pada tahun 1956. Pada saat itu seluruh bagian atap menara istana yang berukuran raksasa dibongkar, diperbaiki, dan dipasang kembali. Pada saat pekerjaan pemugaran, para pekerja menemukan berbagai macam catatan yang ditulis pada bagian-bagian bangunan istana. Catatan-catatan ini nantinya sangat bermanfaat bagi penelitian tentang
Istana Himeji. Fondasi dari batu terpaksa dibongkar karena menurut perhitungan tidak mampu lagi menahan berat menara utama. Fondasi baru dari konstruksi beton bertulang baja dibangun untuk menggantikan fondasi dari batu yang dibongkar dan dipindahkan ke sebelah utara lapangan Sannomaru.
Sewaktu menara utama dibongkar, salah satu tiang penyangga utama (bahasa Jepang: , "shinbashira") yakni tiang penyangga utama sebelah barat ternyata ditemukan sudah membusuk dari dalam sehingga tidak bisa dipakai lagi. Perburuan batang kayu berukuran raksasa pun dimulai untuk mencari penggantinya. Pada mulanya, pohon Hinoki ("Japanese cypress") yang
terdapat di lingkungan kuil Kasagata Jinja (kota Ichikawa, Kanzaki-gun, Prefektur Hyogo) diusulkan untuk ditebang menjadi tiang penyangga utama yang baru. Pohon ini kemudian dianggap tidak cocok karena batang bagian atas membengkok dan batang bagian bawah dicurigai sudah membusuk. Pada akhirnya baru pada tahun 1959, di tengah-tengah hutan yang termasuk wilayah kota
Tsukechi (sekarang kota Nakatsugawa), Ena-gun, Prefektur Gifu berhasil ditemukan pohon Hinoki yang memenuhi persyaratan. Pohon ini sayangnya patah waktu ditebang. Satu batang pohon Hinoki lain yang ditemukan di dekatnya juga patah sewaktu diangkut. Sebagai usaha terakhir, tidak ada pilihan lain kecuali menyambung bagian bawah pohon yang patah sewaktu diangkut