Pemberontakan Ionia
Setelah pertempuran dimulai, armada Persia maju menyerang armada Ionia, yang juga belayar maju. Akan tetapi, ketika dua pasukan ini sudah saling mendekati, kapal-kapal Samos berlayar pergi dari medan tempur, karena mereka memilih untuk membelot kepada Persia. Pasukan Lesbos, melihat kapal-kapal Samos meninggalkan barisan tempur Ionia, ikut melarikan diri juga. Ini membuat barisan tempur
armada Ionia pecah. Hanya armada Khios, beserta sedikit kapal dari beberapa kota lainnya, yang tetap bertahan dan bertempur melawan Persia, sementara sebagian besar kapal Ionia memilih untuk kabur ke kota mereka masing-masing. Herodotos menuturkan bahwa pasukan Khios bertempur dengan gagah berani dan sempat berhasil menembus barisan tempur armada Persia serta merebut banyak kapal
Persia. Namun, mereka juga kehilangan banyak kapal, dan pada akhirnya sisa-sisa kapal Khios berlayar pergi, sekaligus mengakhiri Pertempuran Lade dengan kemenangan Persia.
Dengan kekalahan armada Ionia, pemberontakan secara efektif berhasil diakhiri. Miletos dengan segera didatangi dan dikepung dari darat dan laut. Pasukan Persia menyerang tembok pertahanan Miletos dan berusaha meruntuhkannya dengan menggunakan berbagai macam alat serta dengan menggalinya. Pada akhirnya pasukan Persia berhasil menghancurkan tembok itu dan menaklukkan Miletos. Menurut Herodotos, sebagian besar
pria dibunuh, sedangkan wanita dan anak-anak dijadikan budak. Temuan arkeologis cukup mendukung hal ini, menunjukkan tanda-tanda penghancuran yang luas, dan pengabaian sebagian besar kota sebagai akibat atas Pertempuran Lade. Akan tetapi, beberapa orang Miletos tetap bertahan di (atau dengan cepat kembali ke) Miletos, meskipun kota itu tak pernah kembali berkembang seperti sebelumnya.
Miletos dengan demikian bisa dibilang "ditinggalkan hingga kosong oleh penduduknya." Persia lalu mengambil kota dan daerah pesisirnya, sedangkan sisa wilayah Miletos diberikan oleh Persia kepada orang Karia dari Pedasos. Para tawanan Miletos dibawa ke hadapan Darius di Susa, yang kemudian mengirim mereka untuk bermukim di kota Ampe di dekat lautan yang disebut Laut Erythra (keumngkinan di pesisir Teluk Persia). Kota ini disebutkan dilalui oleh sungai Tigris.
Banyak orang Samos yang terkejut dan tidak senang dengan tindakan para jenderal mereka di Lade, dan akhirnya mereka memutuskan untuk berpindah dari Samos sebelum tiran lama mereka, Aiakes, kembali untuk memerintah mereka, karena rakyat Samos tak mau lagi hidup di bawah kekuasaan Persia. Mereka menerima tawaran dari rakyat Zankle untuk bermukim di pesisir
Sisilia, dan membawa serta sejumlah orang Miletos yang berhasil kabur dari pasukan Persia. Kota Samos sendiri diampuni oleh Persia karena pembelotan mereka di Lade.
Ketika Histiaios mengetahui berita mengenai kejatuhan Miletos, dia tampaknya menunjuk dirinya sendiri sebagai pemimpin perlawanan terhadap Persia. Berangkat dari Byzantion dengan pasukan Lesbosnya, dia berlayar menuju Khios. Rakyat Khios tak mau menerimanya, maka dia pun menyerang dan menghancurkan sisa-sisa armada Khios. Dengan armada yang hancur lebur, rakyat Khios terpaksa menerima kepemimpinan Histiaios.
Histiaios kini mengummpulkan pasukan besar Ionia dan Aiolia lalu berangkat mengepung Thasos. Namun, dia menerima kaabr bahwa armada Persia sedang berlayar dari Miletos untuk menyerang wilayah Ionia lainnya, jadi dengan cepat ia kembali ke Lesbos. agar dapat memberi makan pasukannya, dia melancarkan ekspedisi ke wilayah di Asia Kecil di dekat Atarneus dan Myos. Akan
tetapi,pPasukan besar Persia pmpinan Harpagos sedang berada di ddaerah itu dan berhasil menyergap satu ekspedisi tersbut di dekat Malene. Pertempuran yang terjadi kemudian berlangsung ketat, namun berakhir dengan keberhasilan serangan kavaleri Persia, yang mengobrak-abrik barisan tempur Yunani. Histiaios sendiri menyerah kepada Persia karena dia merasa bahwa
dia akan dapat meminta pengampunan kepada Darius. Akan tetap, dia ternyata dibawa ke hadapan Artaphernes, yang menyadari pengkhianatan Histiaois dan mmutuskan untuk menghukumnya dengan cara menyulanya dan kemudian mengirim kepalanya, yang telah dibalsem, kepada Darius.
Armada dan pasukan Persia menghabiskan musim dingin di Miletos, sebelum kemudian berlayar pada tahun 493 SM untuk benar-benar menumpas sisa-sisa pemberontakan. Mereka menyerang dan menaklukkan pulau Khios, Lesbos, dan Tenedos. Di masing-masing pulau, mereka membuat 'jaring manusia' yang terdiri atas para tentara dan menyisir keseluruhan pulau-pulau itu untuk
membasmi setiap pemberontak yang bersembunyi. Mereka lalu bergerak menuju Asia Kecil dan menaklukkan kota-kota yang masih memberontak di Ionia, dan sama seperti sebelumnya, mereka juga mencari tiap pemberontak yang bersembunyi. Meskipun kota-kota Ionia jelas mengalami kerusakan dalam prosesnya, namun tampaknya tak ada yang dirusak seburuk Miletos.
Herodotos menuturkan bahwa pasukan Persia memilih anak lelaki paling tampan dari tiap kota dan mengebiri mereka, serta memilih anak perempuan paling cantik dan mengirimkan mereka ke harem raja. Pasukan Persia kemudian membakar kuil di kota-kota tersebut. Meskipun ini kemungkinan benar, Herodotos juga kemungkinan melebih-lebihkan tingkat pengrusakannya. Dalam beberapa tahun,
kota-kota itu telah kurang lebih kembali normal dan mampu menghasilkan armada yang besar untuk invasi kedua Persia ke Yunani, hanya dalam waktu tiga belas tahun.
Pasukan Persia kemudian menaklukkan kembali pemukiman-pemukiman di bagian Asia Propontis, sedangkan armada Persia berlayar ke pesisir Eropa Hellespontos, merebut tiap pemukiman di sana. Dengan seluruh Asia kecil kini berhasil dikuasai kembali oleh Persia, pemberontakan telah benar-benar berakhir.
Setelah pemberontakan berhasil dihentikan, Persia kini ingin berdamai. Karena daerah yang memberontak telah dikendalikan kembali, Persia merasa tak perlu lagi merusak ekonomi mereka atau memicu terjadinya pemberontakan lainnya. Oleh karena itu Artaphernes berencana memulai hubungan baik dengan bangsa-bangsa taklukannya itu. Di Sardis, ia mengumpulkan perwakilan dari
tiap kota Ionia, dan kemudian memberitahu mereka bahwa, alih-alih berselisih dan berperang tanpa henti dengan mereka, dia ingin menyelesaikan segala permasalahan melalui perundingan, tampaknya dengan sekumpulan hakim. Lebih jauh lagi, dia meninjau ulang tanah tiap kota, menetapkan besaran upeti berdasarkan ukuran tanah masing-masing negara Ionia.
Artaphernes juga telah melihat betapa orang Ionia amat tidak menyukai tirani. Maka dia pun mulai mempertimbangkan ulang posisinya di pemerintahan lokal Ionia. Setahun kemudian, Mardonios, menantu Darius lainnya, pergi ke Ionia dan menghapuskan pemerintahan tirani di sana, menggantikannya dengan demokrasi. Perjanjian damai disepakati oleh Artaphernes yang kelak dikenal adil. Darius secara
aktif mendorong para bangsawan Persia untuk ikut serta dalam praktik keagamaan Yunani, terutama yang berkaitan dengan dewa Apollo. Catatan dari periode ini menunjukkan bahwa para bangsawan Yunani dan Persia mulai saling melakukan pernikahan, dan anak-anak bangsawan Persia diberikan nama-nam Yunani alih-alih nama Persia. Kebijakan damai Darius digunakan sebagai sejenis kampanye propaganda
melawan Yunani daratan, sehingga pada tahun 491 SM, ketika Darius mengirim utusan ke seluruh Yunani untuk meminta tanah dan air (ketundukan) negara-negara kota Yunani daratan, pada awalnya sebagian besar negara kota tunduk kepada Persia, Athena dan Sparta menjadi pengecualian yang paling nyata.
Bagi Persia, satu-satunya urusan yang belum tuntas pada akhir tahun 493 SM adalah penghukuman terhadap Athena dan Eretria atas bantuan mereka dalam pemberontakan. Pemberontakan Ionia telah amat mengancam kestabilan Kekaisaran Persia, dan negara-negara di Yunani darata dapat terus memberikan ancaman terhadap kestabilan tersebut kecuali diselesaikan. Maka Darius memulai upaya untuk menguasai Yunani, yang rencananaya dimulai dengan penghancuran Athena dan Eretria.