Keshogunan Kamakura
mengeluarkan perintah untuk menyingkirkan Hj Yoshitoki. Di luar perkiraan mantan Kaisar Go-Toba, Keshogunan Kamakura memiliki basis pendukung yang kuat dari kalangan Gokenin. Dalam perang yang berlangsung sekitar singkat, Keshogunan Kamakura berhasil menghancurkan pasukan kekaisaran dalam waktu dua bulan.
Seusai perang, Keshogunan Kamakura memutuskan hukuman pengasingan bagi mantan Kaisar Go-Toba dan seluruh anggota keluarga, membantu Kaisar Chky naik tahta, dan menjatuhkan hukuman mati bagi samurai dan bangsawan dari pihak istana yang mendukung mantan Kaisar Go-Toba. Rakyat terkejut dengan keputusan keshogunan untuk mengasingkan mantan kaisar, kaisar, dan
sejumlah pejabat menteri. Pandangan rakyat berubah akibat keputusan yang diambil keshogunan, dan tidak lagi memandang kaisar berkedudukan lebih tinggi dari kalangan samurai. Selanjutnya, Keshogunan Kamakura mendirikan kantor Rokuhara Tandai di Kyoto untuk mengawasi gerak-gerik pihak istana kekaisaran.
Keshogunan Kamakura secara berturut-turut ditinggalkan para pendirinya. Hj Yoshitoki wafat tahun 1224, diikuti Hj Masako serta e Hiromoto yang wafat tahun 1225. Jabatan shikken selanjutnya dijabat putra Yoshitoki yang bernama Hj Yasutoki. Agar pergantian kekuasaan shikken bebas kekacauan, Yasutoki menciptakan jabatan Rensho yang bertugas sebagai pendamping
shikken. Kakek Yasutoki yang bernama Hj Tokifusa diangkat sebagai pejabat Rensho yang pertama. Selain itu, Yasutoki meletakkan dasar-dasar kepemimpinan kolektif dengan membentuk lembaga "Hyjsh" yang bertugas memberi pertimbangan atas keputusan politik pemerintah.
Kasus peradilan agraria yang semakin bertambah seusai Perang Jky membuat Yasutoki merasa perlu menetapkan prosedur peradilan yang jelas. Prosedur peradilan ditetapkan Yasutoki menurut kitab hukum Goseibai Shikimoku yang mudah dimengerti dan diterapkan. Keshogunan Muromachi juga terus menggunakan kitab Goseibai Shikimoku sebagai dasar hukum. Berkat bakat kepemimpinan dan berbagai kebijakan politiknya, Yasutoki berhasil meletakkan dasar-dasar pemerintahan oleh pejabat shikken.
Yasutoki mewariskan jabatan shikken kepada cucunya, Hj Tokiyori yang sangat menaruh perhatian pada bidang hukum. Pada tahun 1249, Tokiyori mendirikan lembaga pengadilan tinggi yang disebut Hikitsuke untuk menciptakan proses peradilan yang lebih adil. Faksi yang dipimpin shogun sebelumnya, Minamoto no Yoritsune bersama Nagoshi no Mitsutoki diusir karena berencana
menyingkirkan Tokiyori pada tahun 1246. Pejabat Gokenin yang berpengaruh, Miura Yasumura beserta keluarganya juga dibunuh pada tahun 1247. Shogun Fujiwara Yoritsugu disingkirkan pada tahun 1252 karena berkomplot melawan pemerintah keshogunan, dan sebagai penggantinya Pangeran Munetaka diangkat sebagai shogun baru.
Pangeran Munetaka merupakan shogun pertama dari kalangan pangeran (Miyashgun) yang tidak turut serta dalam pemerintahan. Keberadaan shogun pangeran membuat klan Hj semakin berkuasa, dan kendali pemerintahan berpusat pada garis keturunan utama klan Hj. Setelah Tokiyori jatuh sakit, jabatan shikken diwariskan kepada Hj Nagatoki yang berasal dari
percabangan klan Hj, tetapi kendali pemerintahan tetap tidak terlepas dari klan Hj. Pada waktu itu, istilah Tokuso digunakan untuk menyebut garis keturunan utama klan Hj yang memimpin pemerintahan tirani selama 9 generasi.