Thomas Müller
sebelumnya, dicadangkan, dan bahkan menerima cacian dari Louis van Gaal setelah kehilangan peluang mudah dalam kekalahan 2-0 dari 1. FC Kaiserslautern pada bulan Agustus. Namun, dia tetap filosofis mengenai keadaannya, dan setelah delapan pertandingan liga tanpa gol, dia mencetak gol dalam kemenangan 4-1 atas Eintracht Frankfurt pada 27 November; Dia melanjutkannya dengan mencetak gol dalam pertandingan
Bundesliga dan DFB-Pokal melawan VfB Stuttgart tiga pekan kemudian. Gol tersebut menambah jumlah gol yang dicetaknya menjadi delapan gol di semua kompetisi, termasuk gol spektakuler yang memulai penambahan skor pada kemenangan dalam pertandingan Liga Champions melawan A.S. Roma pada 15 September.
Saat tim sedang menikmati jeda musim dingin, Müller merenungkan hal yang dia bayangkan sebagai "tahun pertama yang hampir luar biasa sebagai seorang pemain profesional." Müller memulai paruh kedua musim dengan baik, tetapi terlibat pertengkaran dengan rekan setim Arjen Robben, yang kesal saat Müller memperlihatkan ketidakpuasannya pada tendangan bebas yang dimanfaatkan Robben dengan buruk saat pertandingan yang
berakhir kemenangan 3-1 atas Werder Bremen. Müller kembali bermain di setiap pertandingan di sepanjang musim dan mencetak 19 gol (12 di antaranya pada liga domestik), tetapi musim ini berakhir dengan kurang sukses bagi Bayern, yang mengakhiri musim di posisi ketiga, tersingkir di babak semi-final DFB-Pokal oleh Schalke 04, serta dalam pertandingan babak 16 besar Liga Champions UEFA melawan Inter Milan; Bayern menang 1-0 di San Siro, dan Müller
mencetak gol di "leg" kedua untuk memperlebar skor agregat 3-1, tetapi Inter mengimbangkan skor menjadi 3-3 pada menit ke-88 sehingga lolos berkat peraturan gol tandang. Louis van Gaal semakin dikritik karena kekakuannya dalam kebijakan taktis, transfer, dan pemilihan pemain; sehingga dia kehilangan pekerjaannya dan digantikan oleh Jupp Heynckes.
Pada pertandingan pertama di DFB-Pokal Müller terpilih sebagai pemain terbaik setelah dua tendangan penalti dikonversi menjadi gol oleh Mario Gómez dan Bastian Schweinsteiger, Müller kemudian menambahkan gol ketiga di babak pamungkas untuk mengamankan kemenangan 3-0 atas Eintracht Braunschweig. Perlu lima pertandingan bagi Müller untuk mencetak gol pertama di Bundesliga musim ini; ke gawang Schalke 04 dalam kemenangan 2-0 bagi Bayern. Müller
kemudian mencetak gol dalam pertandingan kandang berikutnya sepanjang babak pertama pertandingan, yang berakhir dengan kemenangan 3-0. Pada 26 November 2011, Müller mencetak gol pembuka di paruh awal pertandingan yang berakhir kemenangan Bayern 6-0 atas FC Ingolstadt, memberikannya gol kedua dalam DFB-Pokal. Müller masuk ke dalam daftar kandidat peraih penghargaan FIFA Ballon d'Or tahun ini.
Pada 10 dan 15 Januari 2012, dalam pertandingan persahabatan yang dilakoni oleh Bayern, Müller mencetak tiga gol dalam dua pertandingan, dua di antaranya dalam pertandingan melawan tim nasional India (yang berakhir dengan kemenangan 4-0 bagi Bayern) dan satu gol dalam kemenangan berikutnya dengan skor 4-0 atas Rot-Weiß Erfurt. Müller memberikan dua "assist" dalam kemenangan Bayern atas VfB Stuttgart dalam
DFB-Pokal. Pada 11 Februari, Bayern menghadapi 1. FC Kaiserslautern dan Müller mengakhiri masa tanpa gol yang berlangsung sejak 24 September 2011 melalui sundulan kepala dalam kemenangan 2-0. Pada 31 Maret, Müller memainkan pertandingan keseratusnya di Bundesliga saat menghadapi 1. FC Nürnberg. Pada 19 Mei, Müller mencetak gol pembuka dalam pertandingan final Liga Champions melawan Chelsea melalui sundulan kuat. Dia digantikan beberapa saat setelahnya. Akan
tetapi, Bayern München kalah dalam pertandingan final melalui adu penalti. Müller menyatakan ketidakpuasannya atas waktu yang terbuang saat duduk di bangku cadangan. Müller berkata bahwa meski dia tidak puas dia ingin bertahan di Bayern. Di sepanjang musim, Müller mencetak tujuh gol dalam 34 pertandingan liga, dua gol dalam lima pertandingan Piala Jerman, dan dua gol dalam 14 pertandingan Liga Champions.
Gol pertama yang dicetak oleh Müller dalam Bundesliga musim ini terjadi saat menghadapi juara 2. Bundesliga musim lalu SpVgg Greuther Fürth yang berakhir dengan kemenangan 3-0 untuk Bayern pada 27 Agustus 2012. Pada 2 September, dia mencetak dua gol saat mengalahkan VfB Stuttgart dengan skor akhir 6-1 di hadapan 71000 penonton di Allianz Arena yang baru saja diperluas. Müller membantu Bayern memecahkan rekor di awal musim, saat dia
mencetak dua gol ke gawang Fortuna Düsseldorf pada tanggal 20 Oktober dalam kemenangan 5-0, menorehkan delapan kemenangan beruntun bagi Bayern. Tiga hari kemudian, dia mencetak gol pertama di Liga Champions musim ini dari titik penalti saat Bayern mengalahkan Lille 1-0 di Grand Stade Lille Métropole yang baru saja dibangun.
Pada 13 Desember, setelah menjalani paruh awal musim Bundesliga dengan baik, Müller menjanjikan kesetiaannya dengan menyatakan bahwa dia merasa München bagaikan tempat tinggalnya dan bahwa, "Tidak ada klub yang berkembang jika Anda meninggalkan FC Bayern... hampir tidak ada klub yang lebih baik." Enam hari kemudian, dia menandatangani perpanjangan kontrak dua tahun, yang membuatnya
bertahan di Allianz Arena hingga 2017. Pada jeda musim dingin Bundesliga, dia telah mencetak sembilan gol dan memberikan tujuh "assist" dalam 16 penampilan di liga dan tiga gol tambahan di Liga Champions; hal ini memberikannya total 13 gol pada sepanjang paruh awal musim, termasuk gol yang dia ciptakan saat melawan Borussia Dortmund dalam pertandingan DFL-Supercup 2012 yang berakhir kemenangan bagi Bayern. Müller kembali mencetak gol
setelah jeda musim dingin saat menghadapi VfB Stuttgart dengan kemenangan tandang 2-0. Müller mencetak gol kelimanya di Liga Champions pada 2 April 2013, melengkapi kekalahan Juventus di "leg" pertama dengan skor 2-0 sekaligus mengakhiri rekor tak terkalahkan oleh klub Italia setelah 18 pertandingan di Eropa. Pada 23 April, Müller mencetak dua gol dan memberi satu "assist" dalam kemenangan 4-0 atas Barcelona pada pertandingan semi-final Liga Champions
di Allianz Arena. Pada pertandingan selanjutnya, Müller mencetak gol melalui sundulan kepala saat Bayern menang dengan skor 3-0 dan memberikan kekalahan terbesar bagi Barcelona di Liga Champions dengan skor agregat 7-0. Müller kemudian memainkan peran penting dalam kemenangan Bayern 2-1 atas Borussia Dortmund pada pertandingan final. Pada 1 Juni, Müller mencetak gol melalui tendangan penalti pada pertandingan final DFB-Pokal 2012-2013. Bayern memenangkan DFB-Pokal dengan skor
akhir 3-2 sekaligus melengkapi "treble" historis. Müller mencetak 23 gol di sepanjang musim (termasuk semua kompetisi), 13 di antaranya pada pertandingan Bundesliga, satu gol pada DFB-Pokal, dan delapan gol impresif di Liga Champions, dia juga menambahkan satu pada pertandingan DFL-Supercup 2012 yang memberi kemenangan 2-1 bagi Bayern. Musim ini menjadi musim dengan gol terbanyak yang dicetak oleh Müller pada saat itu.
Müller memulai musim 2013-2014 dengan mencetak beberapa gol dalam tujuh dari 12 pertandingan pra-musim yang dilakoni oleh Bayern. Pertandingan kompetitif pertamanya adalah pertandingan melawan Borussia Dortmund di DFL-Supercup. Pada 5 Agustus 2013, Müller mencetak "hat-trick" saat Bayern menang 5-0 dalam pertandingan babak pertama DFB-Pokal 2013-2014 melawan Schwarz-Weiß Rehden. Pada pertandingan pembuka musim Bundesliga 2013-2014, Müller
menyia-nyiakan tendangan penalti untuk pertama kali. Beberapa saat kemudian, penyelamatan bola dari tendangan penalti mengibaskan tangan lvaro Domnguez yang mengakibatkan tendangan penalti berikutnya yang berhasil dimanfaatkan David Alaba. Setelah pertandingan, Müller berkata, "Saya masih senang melakukan tendangan penalti, tetapi saya pikir David Alaba adalah pemain terbaik dalam