Brakiopoda
kelas membuka katup untuk sudut sekitar 10°. Set yang lebih kompleks dari otot yang digunakan oleh brakiopoda inartikulata juga dapat mengoperasikan katup gunting, mekanisme yang digunakan lingulid untuk menggali. Setiap katup terdiri dari tiga lapisan, sebuah periostrakum luar yang terbuat dari senyawa organik dan dua lapisan terbiomineralisasi. Brakiopoda artikulata
memiliki periostrakum terluar terbuat dari protein, "lapisan utama" dari kalsit (bentuk dari kalsium karbonat) di bawah itu, dan terdalam campuran protein dan kalsit. Cangkang brakiopoda tdk jelas memiliki urutan lapisan yang sama, tetapi komposisi mereka adalah berbeda dari brakiopoda artikulata dan juga bervariasi di antara kelas brakiopoda artikulata. Lingulid dan
discinid, yang memiliki pedikel, memiliki matriks glikosaminoglikan (polisakarida tidak bercabang dan panjang), dimana bahan-bahan lain yang tertanam: kitin di periostrakum; apatit yang mengandung kalsium fosfat dalam lapisan terbiomineralisasi utama; dan campuran kompleks di lapisan terdalam, yang mengandung kolagen dan protein lainnya, kitinofosfat dan apatit. Craniidae, yang tidak
memiliki pedikel dan melekatkan dirinya langsung ke permukaan keras, memiliki periostrakum kitin dan lapisan mineral kalsit. Cangkang bisa tumbuh secara holoperiferal, dimana materi baru ditambahkan di seluruh bagian pinggir, atau secara miksoperiferal, dimana materi baru ditambahkan ke daerah posterior dari cangkang dengan arah anterior, tumbuh ke arah cangkang lainnya.
Brakiopoda, seperti moluska, memiliki mantel epitel yang mensekresikan dan melapisi cangkang, dan membungkus organ-organ internal. Tubuh brakiopoda hanya menempati sekitar sepertiga dari ruang internal di dalam cangkang, terdekat dengan engsel. Sisa ruang dilapisi dengan lobus mantel, ekstensi yang menutup ruang berisi air dimana lofofor berada. Selom meluas ke masing-masing lobus sebagai jaringan kanal, yang membawa nutrisi ke tepi mantel.
Sel yang relatif baru dalam alur pada tepi mantel mensekresikan material yang memperluas periostrakum. Sel-sel ini secara bertahap dipindah ke bawah mantel oleh sel yang lebih baru dalam alur, dan beralih ke mensekresikan bahan mineral dari katup cangkang. Dengan kata lain, di tepi katup periostrakum diperpanjang terlebih dahulu, dan kemudian diperkuat oleh
perluasan lapisan mineral di bawahnya. Dalam kebanyakan spesies tepi mantel juga memiliki bulu bergerak, sering disebut chaetae atau setae, yang dapat membantu mempertahankan hewan dan dapat bertindak sebagai sensor. Dalam beberapa brakiopoda sekelompok chaetae membantu untuk menyalurkan aliran air masuk dan keluar dari rongga mantel.
Dalam kebanyakan brakiopoda, divertikula (ekstensi berongga) dari mantel menembus lapisan mineral katup ke periostraka. Fungsi dari divertikula ini tidak pasti dan disarankan bahwa mereka mungkin ruang penyimpanan untuk bahan kimia seperti glikogen, dapat mensekresi penolak untuk mencegah organisme menempel ke cangkang atau mungkin membantu dalam respirasi. Percobaan menunjukkan bahwa konsumsi oksigen brakiopoda menurun jika jeli petroleum dioleskan pada cangkang, menyumbat divertikula.
Seperti bryozoa dan phoronida, brakiopoda memiliki lofofor, mahkota tentakel dimana silia (rambut-rambut halus) membuat arus air yang memungkinkan mereka untuk menyaring partikel makanan dari air. Namun lofofor bryozoa atau phoronida adalah cincin dari tentakel terpasang pada tangkai tunggal yang dapat ditarik, sedangkan bentuk dasar dari lofofor brakiopoda adalah berbentuk U, membentuk brachia
("lengan") yang menjad asal dari nama filum. Lofofor brakiopoda tidak dapat ditarik dan menempati hingga dua-pertiga dari ruang internal, di daerah paling depan katup menganga ketika dibuka. Untuk menyediakan kapasitas penyaringan yang cukup dalam ruang terbatas ini, lofofor dari brakiopoda yang lebih besar dilipat dalam bentuk yang sedang sampai sangat kompleks-loop dan gulungan
umum, dan lofofor beberapa spesies menyerupai tangan dengan jari-jari terentang. Dalam semua spesies lofofor didukung oleh kartilago dan oleh rangka hidrostatik (dengan kata lain oleh tekanan dari cairan internal), dan cairan mencapai tentakel. Beberapa brakiopoda artikulata juga memiliki brachidium, dukungan berkapur untuk lofofor yang melekat pada bagian dalam katup brakialis.
Tentakel menanggung silia (rambut halus dapat bergerak) di tepi dan di sepanjang pusat. Pemukulan silia luar menggerakkan arus air dari ujung tentakel ke dasar, dimana air itu keluar. Partikel makanan yang bertabrakan dengan tentakel terjebak oleh lendir, dan silia di bawah bagian tengah menggerakkan campuran ini ke dasar tentakel. Sebuah alur brakialis mengelilingi dasar dari tentakel, dan silianya sendiri melewatkan
makanan di sepanjang alur menuju mulut. Metode yang digunakan oleh brakiopoda dikenal sebagai "mengumpulkan ke hulu", karena partikel makanan ditangkap saat mereka memasuki bidang silia yang menciptakan arus makan. Metode ini digunakan oleh phoronida dan bryozoa, dan juga oleh pterobranchia. Entoprocta menggunakan mahkota tentakel yang hampir sama, tetapi padat dan
aliran berjalan dari dasar ke ujung, membentuk sistem "mengumpulkan ke hilir" yang menangkap partikel makanan karena mereka akan keluar.
Kebanyakan spesies modern menempel pada permukaan keras dengan pedikel ("tangkai") silindris, merupakan perpanjangan dari dinding tubuh. Pedikel memiliki kutikula berkitin ("kulit" non-seluler) dan menonjol melalui pembukaan di engsel. Namun, beberapa genera seperti inartikulata "Crania" dan artikulata "Lacazella" tidak memiliki pedikel, dan melekatkan bagian belakang katup "pedikel" ke permukaan
sehingga bagian depan sedikit naik dari permukaan. Dalam beberapa genera artikulata seperti "Neothyris" dan "Anakinetica", pedikel layu ketika dewasa tumbuh dan akhirnya berbaring longgar di permukaan. Dalam genera ini cangkang menebal dan berbentuk sehingga pembukaan katup yang menganga tetap bebas dari sedimen.
Pedikel spesies inartikulata adalah ekstensi dari selom utama, yang merupakan tempat organ internal. Sebuah lapisan otot memanjang melapisi epidermis dari pedikel tersebut. Anggota ordo Lingulida memiliki pedikel panjang, yang mereka gunakan untuk menggali ke dalam substrat lunak, untuk mengangkat cangkang ke pembukaan liang untuk mencari makan, dan untuk menarik kembali cangkang ketika
terganggu. Lingulid menggerakkan tubuhnya naik turun pada bagian dua pertiga atas dari liang, sementara sepertiga sisanya ditempati hanya oleh pedikel, dengan bohlam di ujung yang membangun tambatan "konkret". Namun, pedikel dari ordo Discinida pendek dan menempel pada permukaan keras.
Sebuah pedikel artikulata tidak memiliki selom, dibangun dari bagian yang berbeda dari tubuh larva, dan memiliki inti yang terdiri dari jaringan ikat. Otot di bagian belakang tubuh dapat meluruskan, membengkokkan atau bahkan memutar pedikel. Ujung dari pedikel umumnya memiliki ekstensi seperti akar atau papila pendek ("benjolan"), yang menempel pada permukaan keras. Namun,
brakiopoda artikulata dari genus "Chlidonophora" menggunakan pedikel bercabang untuk berjangkar di sedimen. Pedikel muncul dari katup pedikel, baik melalui takik di engsel atau, dalam spesies dimana katup pedikel lebih panjang dari katup brakialis, dari lubang dimana katup pedikel ganda kembali menyentuh katup brakialis. Beberapa spesies berdiri dengan ujung depan ke atas, sementara yang lain berbaring horisontal dengan katup pedikel paling atas.
Aliran air memasuki lofofor dari sisi katup terbuka dan keluar di bagian depan binatang. Dalam lingulid pintu masuk dan keluar saluran dibentuk oleh kelompok chaetae yang berfungsi sebagai corong. Pada brakiopoda lainnya saluran masuk dan keluar diatur oleh bentuk lofofor. Lofofor menangkap partikel makanan, terutama fitoplankton (organisme fotosintetik kecil), dan mengantarkan mereka ke