Pemberontakan Shimabara
Dalam rangka membangun istana baru milik klan Matsukura di Shimabara, pemerintah setempat menaikkan pajak secara berlebihan yang memicu kemarahan dari petani lokal dan para ronin. Ketidakpuasan terhadap pemerintah juga diperburuk dengan adanya penindasan terhadap orang Kristen setempat yang berakhir dengan pecahnya pemberontakan bersenjata pada tahun 1637. Keshogunan Tokugawa mengirimkan
lebih dari 125000 prajurit untuk mengepung para pemberontak yang bertahan di Istana Hara. Setelah pemberontakan dipadamkan, pemimpin pemberontak bernama Amakusa Shiro dipancung, dan Kekristenan semakin dilarang. Kebijakan negara tertutup semakin diperketat, dan pemburuan sewenang-wenang terhadap orang Kristen terus berlanjut hingga tahun 1850-an.
Shimabara pada zaman Sengoku adalah wilayah kekuasaan klan Arima yang penganut Kristen, sehingga sebagian besar penduduk telah menerima agama baru yang disebarkan oleh kaum misionaris Spanyol. Klan Arima kehilangan wilayah kekuasaannya pada tahun 1614, dan wilayah bekas milik klan Arima diberikan kepada Matsukura Shigemasa. Shigemasa awalnya bersikap lunak
pada orang-orang Kristen di Shimabara, namun belakangan mulai menindas mereka untuk meyakinkan kesetiaannya pada shogun.
Pada pertengahan tahun 1630-an, petani di Semenanjung Shimabara dan Kepulauan Amakusa memberontak melawan para tuan tanah mereka. Pemberontakan ini terutama terjadi di wilayah yang dikuasai Matsukura Katsuie di Domain Shimabara, dan Terazawa Katataka di Domain Karatsu. Walaupun sering disebut sebagai pemberontakan berlatar belakang agama, Pemberontakan Shimabara juga disebabkan ketidakpuasan terhadap beban
pajak yang berlebihan dan penderitaan akibat paceklik. Tidak hanya di kalangan petani, ketidakpuasan juga dirasakan kalangan nelayan, perajin, dan pedagang. Setelah pemberontakan meluas, para ronin yang dulunya mengabdi untuk klan Amakusa, klan Shiki, klan Arima, dan kan Konishi juga ikut memberontak.
Untuk mencari muka pada shogun, Shigemasa ikut serta dalam berbagai proyek konstruksi, termasuk pembangunan dan perluasan Istana Edo, dan membangun istana baru di Shimabara. Pembiayaan proyek-proyek berasal dari pajak yang harus dibayar oleh penduduk di wilayah kekuasaannya. Penduduk semakin marah setelah Shigemasa melakukan persekusi terhadap penganut Kristen
di Shimabara. Penindasan agama Kristen yang dilakukan Shigemasa bahkan membuat terkejut orang Belanda yang diizinkan berdagang di pos perdagangan Nagasaki. Shigemasa juga mengajukan proposal ambisius berupa penyerbuan ke Pulau Luzon, Filipina. Pada waktu itu, Spanyol menjadikan Luzon sebagai basis untuk menyebarkan agama Kristen ke Jepang. Setelah proposal itu mendapat persetujuan, Shigemasa segera
melakukan persiapan dengan meminjam modal dari para pedagang di Sakai, Hirato, dan Nagasaki untuk membiayai perang. Shogun Tokugawa Iemitsu akhirnya membatalkan rencana penyerangan Luzon dengan alasan belum siap dan situasi dalam negeri yang belum sepenuhnya stabil.
Shigemasa meninggal tahun 1630 dan digantikan oleh putranya, Matsukura Katsuie yang mewarisi kebijakan dan utang ayahnya. Pajak dinaikkan secara drastis, dan tindakan Katsuie terhadap mereka yang tidak mampu membayar pajak bahkan lebih kejam daripada ayahnya. Banyak petani miskin yang tewas karena siksaan akibat tidak bisa membayar pajak. Penindasan terhadap orang Kristen pun semakin menjadi-jadi.
Penduduk di Kepulauan Amakusa yang dulunya merupakan wilayah kekuasaan Konishi Yukinaga juga mengalami nasib serupa ditindas oleh klan Terazawa. Dalam kondisi tertekan, tersebar desas-desus di kalangan rakyat yang mengatakan bahwa akan muncul seorang Juru Selamat yang membebaskan mereka dari penderitaan.
Para ronin bekas pengikut daimyo bersama para petani mengadakan pertemuan rahasia untuk merencanakan pemberontakan. Pada musim gugur 1637, 16 orang petani ditangkap dan dijatuhi hukuman mati karena berdoa pada Tuhan Yesus. Kejadian tersebut membangkitkan kemarahan rakyat. Mereka menyerang dan membunuh petugas pajak Hayashi Hyzaemon. Pada waktu yang bersamaan, pemberontakan juga
terjadi di Kepulauan Amakusa. Pemberontak menyerang kantor-kantor pemerintah dan kuil Buddha. Mereka juga membunuhi para pejabat, biksu dan biksuni. Potongan kepala korban diarak menuju Kastil Shimabara milik Matsukura Katsuie. Para pemberontak mengangkat Amakusa Shiro, putra Masuda Jinbei (mantan pengikut daimyo Konishi Yukinaga) yang masih berusia remaja, sebagai pemimpin mereka.
Di Karatsu, rakyat ikut mengangkat senjata dan mengepung dua kastil milik klan Terazawa yaitu Kastil Hondo dan Kastil Tomioka. Ketika kedua kastil tersebut sudah dalam kondisi kritis, pasukan pemerintah yang didatangkan dari wilayah lain di Pulau Kyushu tiba, dan berhasil memaksa pemberontak untuk mundur. Pengepungan yang dipimpin Amakusa Shiro terhadap Kastil Shimabara juga
berhasil dipatahkan. Pemberontak mundur dan memusatkan kekuatan mereka di Kastil Hara yang sudah dibongkar. Kastil Hara adalah kastil milik klan Arima sebelum mereka dipindahkan ke Domain Nobeoka. Hingga 3 Desember 1637, jumlah pemberontak yang berkumpul di Kastil Hara sudah mencapai 35000 orang, mereka meliputi para ronin, petani pemberontak, serta rakyat sipil termasuk wanita, anak-anak, dan orang
tua. Mereka membangun pagar-pagar pertahanan dari kayu yang dibongkar dari kapal-kapal mereka. Persenjataan, amunisi, dan persediaan makanan pun cukup memadai. Mereka mendapat sebagian besar perbekalan dari hasil menjarah gudang-gudang milik klan Matsukura.
Pada 27 Desember 1637, para pemberontak mengalahkan gubernur Nagasaki, Terazawa Katataka. Dari 3000 pasukan yang dibawa Katataka hanya tersisa sejumlah 200 orang termasuk dirinya. Ia mundur dan meminta bantuan pada pemerintah pusat untuk menumpas pemberontak. Pada 3 Januari 1638, pasukan pemerintah di bawah pimpinan Itakura Shigemasa, dengan kekuatan lebih dari 30000 prajurit, tiba di Shimabara dan
berhasil mengalahkan para pemberontak dalam sebuah pertempuran. Pasukan pemerintah terus mengejar dan mengepung mereka di jantung kekuatan mereka, Kastil Hara. Pertahanan kastil itu terbukti sangat sulit ditembus, serangan pertama menjatuhkan banyak korban di pihak pemerintah termasuk Shigemasa sendiri.
Pasukan keshogunan asal domain-domain setempat di bawah pimpinan Itakura Shigemasa mulai melakukan pengepungan terhadap Istana Hara. Ahli pedang Miyamoto Musashi dikabarkan ikut sebagai penasihat Hosokawa Tadatoshi. Matsuidara Nobutsuna, pengganti Shigemasa meminta bantuan dari orang Belanda yang mulanya memberikan mereka mesiu, namun kemudian juga memberikan meriam. Nicolas Koekebakker, kepala pos perdagangan
Belanda di Hirado memberi bantuan berupa mesiu dan meriam. Ketika tentara keshogunan meminta bantuan berupa kapal, Koekebakker juga menyanggupinya. Ia bahkan memimpin sendiri kapal "de Ryp" ke lepas pantai dekat Kastil Hara. Kastil itu dibombardir dari darat dan laut, termasuk 20 meriam kapal "de Ryp".. Dalam pengepungan selama 15 hari, meriam-meriam tersebut menembakkan sekitar 426 peluru,
namun tidak terlalu memberikan hasil berarti. Dua orang Belanda yang bertugas sebagai pengintai bahkan tertembak oleh para pemberontak. Kapal Belanda akhirnya ditarik mundur atas permintaan keshogunan. Para pemberontak bahkan sempat mengirimkan pesan yang mengolok-olok tentara keshogunan:
Itakura Shigemasa terbunuh dalam pertempuran merebut kastil. Keshogunan mendatangkan lebih pasukan tambahan di bawah pimpinan Matsudaira Nobutsuna yang naik pangkat menggantikan Itakura. Walaupun demikian, pemberontak di Kastil Hara tetap bertahan di dalam kastil selama berbulan-bulan. Pasukan keshogunan yang mengepung mereka bahkan menderita korban besar. Kedua belah pihak mendapat kesulitan bertempur di
tengah cuaca musim dingin. Pada 3 Februari 1638, serangan mendadak dari pihak pemberontak berhasil menewaskan 2000 prajurit dari Domain Hizen. Namun akibat kemenangan kecil ini, pemberontak mulai kehabisan makanan, amunisi, dan perbekalan lainnya.