Ca-bau-kan
penculikan tersebut tidak bertahan lama karena campur tangan Tan Soen Bie yang diakhiri dengan tewasnya Tan Peng Liang pertama di tangan Tjia Wan Sen yang dendam kepadanya. Kematian Tan Peng Liang pertama tersebut menjadi keuntungan bagi Tan Peng Liang kedua yang dapat memalsukan kematiannya sendiri.
Cerita berpindah ke kedatangan pasukan Jepang tahun 1942, dimana anggota Dewan "Kong Koan" akhirnya ditangkap dan Rahardjo Soetardjo bersama Max Awuy menjadi rekan seperjuangan bawah tanah dalam pasukan Jepang. Di negeri Siam, Tan Peng Liang telah mengganti namanya menjadi Simon Chen. Dia memulai hubungan asmara disertai bisnis menyelundupkan senjata dengan seorang pejuang bawah tanah
komunis merangkap pengusaha bernama Jeng Tut (Tutie Kirana). Cerita kemudian berpindah ke masa ini, dimana Oey Eng Goan tua bercerita bahwa untuk membebaskan anggota "Kong Koan" dari tangkapan Jepang, Thio Boen Hiap menghadiahkan Tinung yang cantik ke tentara Jepang sebagai seorang "jugun ianfu" di Rumah Panjang, Sukabumi. Kembali ke masa lalu, hilangnya Tinung memancing kemarahan Tan Soen Bie yang kemudian mengabarkan berita tersebut ke Tan Peng Liang.
Tan Peng Liang pulang dan berlabuh di Sunda Kelapa, Batavia, lalu bertemu dengan Rahardjo Soetardjo. Tan Peng Liang marah besar saat Rahardjo Soetardjo mengabarkan nasib Tinung dan perbuatan Thio Boen Hiap kepadanya. Dia kemudian berjanji akan membantu perjuangan pasukan Rahardjo Soetardjo asalkan dibantu untuk mendapatkan Tinung kembali. Tinung pun akhirnya dibebaskan keluar dari Rumah Panjang
oleh Rahardjo Soetardjo. Dalam penantiannya di sebuah Rumah Sakit, Tinung menjadi hancur dilanda oleh perasaan bersalah dari peristiwa-peristiwa hidupnya selama itu, namun akhirnya pertemuan dengan Tan Peng Liang mengubah hidupnya kembali ke normal. Cerita kemudian berpindah ke peran Tang Peng Liang dalam perjuangan kemerdekaan Indonesia. Tan Peng Liang akhirnya bergabung dengan Rahardjo
Soetardjo dan Max Awuy sebagai pemasok senjata dalam perjuangan kemerdekaan Indonesia. Perannya tersebut ditentang oleh Dewan "Kong Koan" yang mengetahui bahwa Tan Peng Liang masih hidup, dan dipersulit hubungannya dengan Jeng Tut yang mulai sulit karena pandangan ideologi mereka yang berbeda.
Di sisi lain, hubungan Tang Peng Liang dengan Tinung juga semakin renggang. Tinung merasa bahwa Ia tidak berguna untuk Tan Peng Liang karena tidak bisa mengandung anak lagi. Hal tersebut akhirnya memicu Tan Peng Liang untuk melampiaskan dendam lamanya kepada Thio Boen Hiap yang menyerahkan Tinung kepada pasukan Jepang sebelum kemerdekaan. Tan Peng Liang pun akhirnya menyerbu rumah Thio Boen
Hiap dan dalam kemarahannya akhirnya mengeksekusi Thio Boen Hiap dengan tembakan ke kepala. Cerita berpindah ke Batavia yang sekarang bernama Jakarta pada tahun 1960, dimana Tan Peng Liang menjadi seorang pengusaha yang sangat kaya dan sukses, dibantu oleh teman seperjuangannya, Rahardjo Soetardjo dan Max Awuy yang kini mendapat posisi di pemerintahan Indonesia. Di sini Tan Peng Liang
kembali menyatakan cintanya yang tulus kepada Tinung. Namun dibalik layar, anggota Dewan "Kong Koan" yang telah bubar masih menyimpan dendam pada Tan Peng Liang, karena mereka tahu siapa yang membunuh Thio Boen Hiap.
Hidup Tan Peng Liang akhirnya berakhir tak lama kemudian. Dia meninggal setelah memakan durian beracun yang dibawakan oleh Jeng Tut dalam sebuah pertemuan bisnis di rumahnya. Terungkap bahwa tak lama setelah meninggalnya Tan Peng Liang, Tinung pun akhirnya juga meninggal. Tak ada yang mencurigai bahwa Tan Peng Liang sebenarnya mati dibunuh, namun akhirnya Oey Eng Goan
tua bercerita bahwa Dia lah yang sebenarnya merencanakan pembunuhan tersebut. Giok Lan sangat marah setelah mengetahui perbuatan tersebut, namun akhirnya memutuskan untuk memaafkan Oey Eng Goan dan melupakan kejadian tersebut, walau ditentang oleh saudaranya.
Film diakhiri dengan kedatangan Giok Lan ke sebuah kuburan Tionghoa, untuk berziarah ke makam kedua orang tuanya, Tan Peng Liang dan Siti Noerhajati yang diakhiri dengan pembelaan dan pembenarannya atas pekerjaan Ibunya sebagai seorang "Ca-bau-kan".Setelah mendapat izin dari Remy Sylado, Nia di Nata memulai proses pembuatan "Ca-bau-kan" dengan melakukan riset serius untuk
penataan artistik. Tim risetnya memulai riset pada Maret 2000 dengan melibatkan pengajar program studi bahasa Cina di Universitas Indonesia, Eddy Prabowo, yang melakukan penelitian berdasarkan dokumentasi foto kebudayaan Cina periode 1930-1950. Dari riset ditemukan sejumlah lokasi, antara lain Gedung Arsip Nasional di kawasan Kota Jakarta, Cileungsi di Bogor, pelabuhan Sunda Kelapa, Lasem, Klenteng Cina Tay Kak Sie di gang Lombok dan gedung Lawang Sewu di Semarang, Rumah Sakit di Magelang, dan stasiun kereta api lama di Ambarawa.
Pembuatan film "Ca-bau-kan" mengonsumsi dana sebesar kurang lebih 5 miliar rupiah. Film "Ca-bau-kan" adalah proyek perdana Kalyana Shira Film dimana banyak kru dan Nia di Nata sendiri memiliki pengalaman nyaris nol di dunia film. Film ini mengalami banyak kendala dalam masalah dana. Banyak dana yang habis untuk keperluan syuting berpindah-pindah di daerah pecinan di
Lasem, Semarang, Ambarawa, Bantir, Tuntang dan Magelang. Menurut Nia di Nata di Koran Tempo, pencarian dana untuk film "Ca-bau-kan" adalah proses yang sulit. "Tabungan saya dan teman-teman terkuras," "Ini film independen. Kita cari uang sendiri, bukan untuk kita, tapi untuk biaya film." Tutur Nia di Nata
Menurut Koran Tempo, Film ini menggunakan 3000 kostum dan melibatkan tokoh-tokoh fashion Indonesia saat itu. Untuk menampilkan detail ambisius untuk pakaian dengan setting Indonesia pada 1918-1951, Nia di Nata mendapat kontribusi penuh dari sejumlah perancang yang di antaranya juga turut berakting dalam film "Ca-bau-kan". Desainer seperti Chossy Latu, Robby Tumewu, dan Yongki Komaladi tampil sebagai aktor dalam
film tersebut sembari mengenakan pakaian desain mereka sendiri. "Untuk menyiasati dana membengkak, inilah peran para donatur dan sponsor", kata Nia di Nata.
Kain untuk kostum dan "Props" disediakan dari Texmaco. Desainer seperti Anton Diaz dan Sebastian Gunawan menangani penggunaan kostum sarung, kebaya, dan aneka kemeja seperti yang dikenakan Jeng Tut. Sepatu dalam film didesain oleh Yongki Komaladi. Pakaian, aksesori dan perhiasan yang dikenakan Tinung dalam film disediakan oleh Thomas Sigar. Hutama Adhi serta Usaha Tailor mendesain dan
menyediakan kostum untuk Tan Peng Liang dan anggota "Kong Koan". Kebaya yang digunakan Tinung dan sarung yang dipakai tuan-tuan Cina dan Belanda antara lain: kebaya taman teratai, terang bulan, buketan, pucuk rebung. Sari Ayu bertanggung jawab untuk "make-up" para pemeran saat syuting film.
Menurut Koran Tempo, Nia di Nata cukup selektif dalam tim yang terlibat dalam pembuatan film "Ca-bau-kan". Fotografi ditangani oleh German G. Mintapradja, yang biasa menangani fotografi bersama Garin Nugroho dalam Anak Seribu Pulau dan juga juara ketiga "The Best Short Breda Film Festival" Belanda tahun 1996. Posisi penata artistik dipegang oleh Iri Supit, yang pernah menangani "Art", kostum dan make-up beberapa film Teguh Karya.
Untuk menyamakan arah cerita dan agar cerita film bisa dipahami, Nia di Nata mewawancarai semua tim yang akan terlibat dan selalu memberikan buku "" untuk dibaca lebih dulu sebagai petunjuk bagaimana karakter tokoh yang akan diperankan. Nia di Nata membaca buku tersebut sampai delapan kali sebelum pembuatan film "Ca-bau-kan". Film "Ca-bau-kan" melibatkan 100 kru produksi, 30 pemain
utama dan 500 figuran. Menurut Nia di Nata, kru produksi film juga diisi banyak personel wanita. Mulai dari posisi produser, asisten manajer produksi, sampai "still photo". Ada 45 perempuan dari 100 kru produksi.