Che Guevara
meninjau banding yang diajukan oleh orang-orang yang telah divonis selama proses pengadilan revolusioner. Pengadilan dilakukan oleh 2-3 perwira tentara, seorang asisten hakim, dan seorang warga setempat yang dihormati. Kadang-kadang hukuman yang diganjar oleh pengadilan ini adalah hukuman tembak mati. Ral Gómez Treto, seorang penasehat hukum senior untuk Kementerian
Kehakiman Kuba, berpendapat bahwa hukuman mati dapat dibenarkan agar rakyat tidak mencoba main hakim sendiri, seperti yang pernah terjadi dua puluh tahun sebelumnya dalam pemberontakan anti-Machado. Para penulis biografi mengamati bahwa pada Januari 1959, masyarakat Kuba ingin melakukan penghukuman mati dengan tangan mereka sendiri, dan sebuah survei pada waktu itu menunjukkan
bahwa 93% warga negara setuju dengan proses pengadilan tersebut. Selain itu, pada tanggal 22 Januari 1959, "Universal Newsreel" (yang disiarkan di Amerika Serikat dan dinarasikan oleh Ed Herlihy) menayangkan Fidel Castro yang sedang bertanya kepada sekitar satu juta orang Kuba apakah mereka setuju dengan penghukuman mati ini, dan mereka menjawab dengan teriakan ""Si!"" (ya). Mengingat bahwa sebelumnya
ribuan orang Kuba telah dibunuh oleh para kolaborator Batista, banyak penjahat perang yang dijatuhi hukuman mati; pemerintahan Kuba yang baru menjalankan penghukuman mati tersebut dengan diiringi oleh teriakan dari kerumunan ""al paredón!"" ([ke] tembok!), dan menurut penulis biografi Jorge Castaeda hal ini "tidak menghormati proses hukum yang semestinya". Meskipun terdapat
berbagai versi, diperkirakan ada ratusan orang yang dihukum mati di seluruh Kuba pada masa itu, dan jumlah orang yang dihukum mati di yurisdiksi Guevara di La Cabaa berkisar antara 55 hingga 105. Terdapat perbedaan pendapat terkait dengan bagaimana Guevara menyikapi penghukuman mati di La Cabaa. Beberapa penulis biografi yang berasal dari kalangan oposisi di pengasingan
melaporkan bahwa Guevara menikmati ritual regu penembak, dan menggelarnya dengan penuh semangat, sementara yang lainnya menyatakan bahwa Guevara berusaha mengampuni sebanyak mungkin tahanan. Walaupun begitu, para ahli mengakui bahwa Guevara telah menjadi orang yang "keras", yang tidak merasa ragu dengan penghukuman mati atau pengadilan yang bersifat singkat dan
kolektif. Jika satu-satunya cara untuk "mempertahankan revolusi adalah dengan menghukum mati musuh-musuhnya, ia tidak akan digoyahkan oleh argumen-argumen kemanusiaan atau politik". Hal ini semakin ditegaskan di dalam sebuah surat tertanggal 5 Februari 1959 kepada Luis Paredes López di Buenos Aires, yang menyatakan bahwa "Penghukuman mati menggunakan regu tembak tak hanya diperlukan demi rakyat Kuba, tetapi juga dijatuhkan oleh rakyat."
Selain memastikan "keadilan revolusioner", hal penting lain yang ingin diwujudkan oleh Guevara adalah reformasi lahan pertanian. Setelah keberhasilan revolusi pada 27 Januari 1959, Guevara menyampaikan salah satu pidatonya yang paling terkenal yang membahas "gagasan-gagasan sosial pasukan pemberontak". Dalam pidato tersebut, ia mengumandangkan bahwa perhatian utama pemerintahan
Kuba yang baru adalah "keadilan sosial yang dibawa oleh redistribusi lahan". Beberapa bulan kemudian pada tanggal 17 Mei 1959, Hukum Reformasi Agraria yang dirumuskan oleh Guevara mulai berlaku, sehingga membatasi luas semua lahan pertanian menjadi 1000 ekar (400 hektare). Kepemilikan lahan yang lebih luas daripada batas ini akan disita oleh pemerintah dan lalu
diredistribusikan kepada para petani dalam bentuk lahan seluas 67 ekar (270000 m) atau dijadikan komune milik negara. Hukum tersebut juga menyatakan bahwa perkebunan gula tak dapat dimiliki oleh orang asing.
Pada tanggal 12 Juni 1959, Castro mengirim Guevara ke 14 negara yang kebanyakan merupakan anggota Konferensi Asia-Afrika. Guevara ditugaskan selama tiga bulan, dan ini mungkin dilakukan agar Castro dapat menjaga jarak dari Guevara dan rasa simpatinya kepada ideologi Marxis, yang dipermasalahkan oleh Amerika Serikat dan beberapa anggota Gerakan 26 Juli. Saat berada di Jakarta, Guevara mengunjungi Presiden Indonesia Sukarno untuk
membicarakan revolusi yang baru saja terjadi di Indonesia dan untuk membina hubungan dagang di antara kedua negara tersebut. Mereka cepat akrab, karena "keduanya penuh energi dan bergaya informal"; selain itu, mereka sama-sama memiliki haluan sayap revolusioner dan menentang imperialisme barat. Guevara kemudian berkunjung ke Jepang selama 12 hari (15-27 Juli), ikut serta dalam perundingan
yang ingin memperkuat hubungan dagang Kuba dengan Jepang. Selama kunjungan tersebut, ia menolak untuk mengunjungi dan meletakkan karangan bunga di Makam Prajurit Tak Dikenal yang mengenang para prajurit Jepang yang menjadi korban Perang Dunia II, dengan alasan bahwa "imperialis" Jepang telah "membunuh jutaan orang Asia". Guevara malah diam-diam mengunjungi Hiroshima, yang pernah terkena serangan bom
atom Amerika 14 tahun sebelumnya. Walaupun Guevara mengutuk Kekaisaran Jepang, ia juga menganggap Presiden Truman sebagai seorang "badut mengerikan" akibat serangan bom tersebut, dan setelah mengunjungi Hiroshima dan Museum Peringatan Perdamaian-nya, ia mengirimkan sebuah kartu pos ke Kuba yang menyatakan bahwa "Agar dapat berjuang dengan lebih baik demi perdamaian, kita harus melihat Hiroshima."
Sekembalinya Guevara di Kuba pada September 1959, tampak jelas bahwa Castro memiliki kekuasaan politik yang lebih besar. Pemerintahannya mulai menyita lahan yang masuk ke dalam cakupan hukum reformasi agraria, tetapi menghindari pemberian ganti rugi kepada para tuan tanah, dan sebagai gantinya memberikan "obligasi" yang berbunga rendah, sebuah langkah yang membuat
Amerika Serikat waspada. Pada saat itu, para peternak kaya asal Camagüey yang terkena dampak dari kebijakan ini melancarkan sebuah kampanye yang menentang redistribusi lahan, dan mereka berhasil mendapatkan dukungan dari seorang pemimpin pemberontak yang merasa tidak puas, Huber Matos; mereka bersama-sama dengan sayap anti-Komunis di dalam Gerakan 26 Juli mengutuk apa yang mereka sebut "gangguan
Komunis". Pada masa yang sama, diktator Republik Dominika Rafael Trujillo menawarkan bantuan kepada "Legiun Anti-Komunis Karibia" yang mendapatkan pelatihan di negara tersebut. Pasukan multi-nasional ini, yang kebanyakan terdiri dari orang Spanyol dan Kuba, dan beberapa juga orang Kroasia, Jerman, Yunani, dan tentara bayaran yang berhaluan sayap, berencana untuk melengserkan rezim Castro. Ancaman semacam ini
semakin menguat ketika pada tanggal 4 Maret 1960 terjadi dua ledakan besar yang menerjang kapal kargo Prancis "La Coubre", yang mengangkut munisi Belgia dari pelabuhan Antwerpen dan sedang berlabuh di Havana. Ledakan tersebut menewaskan sekitar 76 orang dan melukai ratusan orang lainnya, dan Guevara secara pribadi menyediakan pertolongan pertama kepada beberapa korban. Pemimpin Kuba Fidel Castro langsung menuduh CIA
sebagai dalang "tindakan terorisme" dan menggelar pemakaman kenegaraan untuk para korban ledakan tersebut satu hari kemudian. Pada saat upacara pemakaman itulah Alberto Korda mengabadikan foto terkenal Guevara, yang kini dikenal dengan sebutan "Guerrillero Heroico".
Ancaman tersebut mendorong Castro untuk memusnahkan unsur-unsur "kontra-revolusi", dan ia menugaskan Guevara untuk mempercepat reformasi lahan. Maka dari itu, sebuah badan pemerintahan baru yang disebut Lembaga Reformasi Agraria Nasional (LRAN) didirikan untuk menjalankan hukum Reformasi Agraria yang baru. LRAN dengan segera menjadi badan pemerintahan paling penting di negara tersebut, dan Guevara menjadi kepalanya
sebagai menteri perindustrian. Atas perintah Guevara, LRAN mendirikan sebuah milisi yang terdiri dari 100000 orang, yang mula-mula dikerahkan untuk membantu pemerintah mengambil alih lahan yang disita dan mengawasi proses redistribusinya, dan kemudian membentuk lahan-lahan kooperatif. Dari antara lahan-lahan yang masuk ke dalam cakupan, terdapat 480000 ekar (190000 ha) lahan