Seonjo dari Joseon
dan memerintahkannya untuk mempertahankan ibukota. Kemudian raja pindah ke Pyongyang, karena Jepang mulai merebut ibukota. Ia kemudian pindah lebih jauh lagi ke utara ke kota perbatasan Uiju tak lama sebelum Pyongyang jatuh. Ketika raja absen dari ibukota, banyak orang yang telah kehilangan harapan di dalam pemerintah merampok istana dan
membakar banyak gedung-gedung publik. Ini mengakibatkan lebih banyak lagi kerusakan dari yang telah dilakukan Jepang setelah mereka merebut kota tersebut.
Meskipun pasukan terus kehilangan orang dan perang, angkatan laut berhasil memotong sumber bahan dari laut; Laksamana Yi Sun-sin mengalahkan armada Jepang beberapa kali dan melakukan banyak kerusakan atas kapa-kapal penyalur bahan. Dengan angkatan laut yang memblokir bahan, pasukan dari Tiongkok di bawah Jenderal Li Rusong tiba, dan mulai mendorong Jepang ke arah selatan, akhirnya merebut kembali
Pyongyang. Konishi Yukinaga berhasil menahan kemajuan Tiongkok di dalam Perang Byeokjegwan, dan mencoba kembali untuk mendorong Korea ke arah utara, namun pukulan penting datang lewat Perang Hangju, dimana Jenderal Gwon Yul mengalahkan Jepang dengan kekuatan yang jauh lebih kecil. Jepang kemudian memutuskan untuk memasuki negosiasi damai, ketika kedua belah pihak masih melanjutkan
perangnya. Selama negosiasi ini Korea mengambil kembali Seoul, namun istana-istana seluruhnya telah terbakar habis, kemudian Seonjo memperbaiki satu dari rumah-rumah kuno milik keluarga kerajaan dan menamakannya Deoksugung, menjadikannya sebagai salah satu istana resminya.
Negosiasi damai antara Tiongkok dan Jepang berakhir tanpa hasil, karena kurangnya pengertian antara kedua belah pihak dan misinterpresentasi bangsa Korea. Jepang menyerang Korea lagi pada tahun 1597; namun kali ini seluruh ketiga negara siap untuk berperang, dan Jepang tidak dapat maju semudah seperti pada tahun 1592. Jepang mencoba untuk merebut Hanyang baik dari rute darat dan
laut. Mulanya rencana itu kelihatannya berjalan lancar ketika Todo Takatora mengalahkan Laksamana Won Gyun di Perang Chilchonryang, namun rencana itu diabaikan ketika angkatan laut Korea di bawah Laksamana Yi Sun-sin berhasil mengalahkan armada Jepang di bawah pimpinan Todo Takatora di dalam Perang Myeongnyang dengan hanya 13 kapal. Hasil dari pertempuran itu secara efektif mengakhiri perang selama 7 tahun,
dan pada tahun 1598 Jepang akhirnya mundur dari Korea setelah kematian mendadak Toyotomi Hideyoshi. Perang Noryang menandai akhirnya perang tersebut, dengan unit terakhir Jepang di bawah pimpinan Konishi Yukinaga meninggalkan Korea.
Terlepas dari semua upaya yang diletakkan Seonjo selama perang, seperti membangun fasilitas pelatihan militer dan reformasi hukum pajak- rakyat diberikan hadiah dengan kenaikan kelas sosial, pembebasan tenaga kerja atau kejahatan ditukar dengan pembayaran pajak atas beras- perang meninggalkan tanah yang hancur dan orang-orang yang kelaparan. Setelah perang, keinginan untuk
merekonstruksi negara terganggu oleh kekacauan politik yang disebabkan oleh faksi-faksi politik dan memerangi kelaparan. Raja Seonjo kehilangan harapan untuk memerintah negara tersebut, dan membiarkan Putra Mahkota Gwanghaegun menggantikan tempatnya. Namun, ketika ratu melahirkan seorang putra (Gwanghaegun merupakan putra kedua Nyonya Kim, selir raja), suksesi juga menjadi
masalah yang dipertentangkan. Raja Seonjo meninggal pada tahun 1608, sedangkan divisi politik dan ancaman dari luar membuat langit masih menggelapi Korea.kisah raja seonjo dan putra mahkota Gwanghaegun diceritakan dalam film the king face.raja seonjo ketika kecil juga hadir pada film the lady of prison.