Albertus Soegijapranata
Tituler Athyra. Upacara itu diikuti berbagai tokoh politik serta sultan, dari Batavia, Semarang, Yogyakarta, dan Surakarta, serta klerus dari Malang dan Lampung; dengan konsekrasi ini Soegijapranata menjadi uskup pribumi pertama. Tindakan pertama Soegijapranata sebagai uskup ialah mengeluarkan sebuah surat pastoral bersama Willekens yang menceritakan sejarah sehingga Soegijapranata
bisa ditentukan sebagai uskup, termasuk surat "Maximum Illud" yang dibuat Paus Benediktus XV serta usaha Paus Pius XI dan Paus Pius XII untuk menahbiskan lebih banyak pastor dan uskup dari suku asli di seluruh dunia. Soegijapranata lalu mulai menentukan hierarki Gereja di Jawa Tengah, termasuk mendirikan paroki baru.
Dalam wilayah yang dipimpin Soegijapranata terdapat 84 pastor (73 orang Eropa, 11 orang pribumi), 137 bruder (103 orang Eropa, 34 orang pribumi), dan 330 biarawati (251 orang Eropa, 79 orang pribumi). Vikariat ini meliputi Semarang, Yogyakarta, Surakarta, Kudus, Magelang, Salatiga, Pati, dan Ambarawa. Keadaan geografisnya juga berbeda-beda, termasuk wilayah Dataran Kedu yang subur hingga
daerah Pegunungan Sewu yang kering. Sebagian besar penduduknya orang Jawa. Ada lebih dari 15000 orang Katolik pribumi di wilayah tersebut pada tahun 1940, dengan jumlah orang Katolik Eropa yang hampir sama; jumlah orang Katolik pribumi meningkat dengan cepat, sehingga ada lebih dari 30000 pada tahun 1942. Ada pula sejumlah organisasi Katolik, yang sebagian besarnya bergerak di bidang pendidikan.
Setelah Jepang memasuki Nusantara pada awal tahun 1942, yang tidak dapat dicegah pasukan kolonial, pada tanggal 9 Maret 1942 Guberner-Jenderal Tjarda van Starkenborgh Stachouwer dan pemimpin KNIL Jenderal Hein ter Poorten menyerah. Ini membawa berbagai perubahan dalam pemerintahan di Nusantara dan mengurangi kualitas hidup orang non-Jepang. Dalam buku hariannya, Soegijapranata menulis bahwa
"dimana-mana ada kebakaran... Tidak ada tentara, tidak ada polisi, tidak ada pegawai. Di jalanan pun terdapat berbagai bangkai kendaraan yang terbakar... Untung masih ada beberapa pegawai kejaksaan dan beberapa tokoh Katolik yang tidak pergi. Mereka bekerja dengan mengatasnamakan diri dari instansiyang berwenang untuk mengatur kota agar tercipta suasana "rust en order", tertib dan damai."
Pemerintah Jepang menangkap dan menahan ribuan pria dan wanita (sebagian besar orang Belanda), baik orang awam maupun klerus. Pemerintah juga menentukan kebijakan yang mengubah cara orang mengadakan misa. Penggunaan bahasa Belanda dilarang, baik yang dilafalkan maupun yang ditulis, dan sejumlah bangunan milik Gereja disita. Soegijapranata berusaha untuk mencegah penyitaan
ini. Ia pernah mengisi gedung kosong dengan orang supaya tidak disita, dan menyatakan bahwa gedung lain, misalkan bioskop, akan lebih bermanfaat untuk Jepang. Saat penguasa Jepang berusaha untuk menyita Katedral Semarang untuk digunakan sebagai kantor, Soegijapranata menyatakan bahwa mereka hanya boleh mengambil gereja tersebut kalau mereka memenggal kepalanya dulu; pihak Jepang
kemudian menemukan tempat lain. Soegijapranata juga mencegah penyitaaan Pastoran Gedangan, tempat ia tinggal, serta menugaskan penjaga di sekolahan dan tempat lain, supaya tidak disita. Namun, usaha ini tidak selalu berhasil, dan berbagai bangunan milik Gereja disita; begitu pula dana Gereja.
Soegijapranata tidak dapat menghentikan disiksanya tahanan perang, termasuk para klerus, tetapi diri Soegijapranata diperlakukan dengan baik oleh Jepang. Ia kerap diundang untuk upacara Jepang, tetapi tidak pernah hadir; sebagai ganti, ia mengirim karangan bunga. ia menggunakan kedudukannya itu untuk memastikan bahwa tahanan perang diperlakukan dengan baik. Ia
berhasil membujuk penguasa Jepang untuk membiarkan para biarawati bekerja di rumah sakit dan tidak diwajibkan untuk mengikuti paramiliter. Ia dan warga Katolik lain juga mengumpulkan makanan untuk klerus yang ditahan, dan Soegijapranata terus menjaga hubungannya dengan para tahanan; ia memberikan informasi dan berita kepada mereka.
Karena jumlah klerus terbatas sekali, Soegijapranata pergi dari gereja ke gereja untuk berkhotbah secara aktif; hal ini juga menangkal desas-desus bahwa ia telah ditangkap Jepang. ia pergi jalan kaki, naik sepeda, atau naik kereta kuda, sebab mobilnya telah disita. Ia juga dapat mengirimkan pastor ke prefektur apostolik lain di Bandung, Surabaya, dan Malang untuk
menghadapi kurangnya jumlah klerus di sana. Soegijapranata juga menentukan agar seminari terus menghasilkan pastor baru, dengan menentukan Pr. Hardjawasita, yang baru ditahbiskan pada tahun 1942, sebagai rektor. Ia juga memberi pastor lokal kekuasaan untuk memimpin acara pernikahan. Supaya masyarakat Katolik tetap tenang, Soegijapranata mengunjungi rumah mereka dan menyatakan bahwa semuanya aman-aman saja.
Setelah serangan bom atom di Hiroshima dan Nagasaki dan Proklamasi Kemerdekaan Indonesia pada bulan Agustus 1945, orang-orang Jepang mulai mengundurkan diri dari negara Indonesia. Untuk mendukung kemerdekaan Indonesia, Soegijapranata memerintahkan agar sebuah bendera Indonesia dikibarkan di depan Pastoran Gedangan. ia dan klerus lain juga merawat misionaris Belanda yang baru dibebaskan; orang-orang ini banyak yang terluka dan sangat kurang
gizi, sehingga ada yang harus dirawat di rumah sakit. Beberapa orang ditahan lagi oleh pihak Indonesia, tetapi pemerintah masih mengizinkan agar tahanan itu dirawat orang-orang Katolik. Sementara, beberapa gedung gereja dibakar dan klerus dibunuh karena perselisihan antar-agama. Pemerintah juga mengambil alih beberapa bangunan milik Gereja, dan dari bangunan yang pernah disita Jepang tidak semuanya dikembalikan.
Pasukan Sekutu yang ditugaskan untuk mengambil senjata Jepang dan membawa pulang tahanan perang mendarat di Indonesia pada bulan September 1945. Di Semarang, hal ini memicu suatu pertempuran antara pihak Jepang dan Republik, yang mulai pada tanggal 15 Oktober; orang-orang Indonesia bermaksud untuk mengambil senjata Jepang. Pada tanggal 20 Oktober 1945 pasukan Sekutu mulai mendarat di Semarang, dan beberapa di antara mereka pergi ke
Gedangan untuk berbicara dengan Soegijapranata. Karena peduli akan kesengsaraan rakyat, vikar apostolik itu menyatakan bahwa pihak Sekutu harus menghentikan pertempuran di luar; pihak Sekutu mengaku bahwa mereka tidak bisa, sebab mereka tidak kenal dengan komandan Jepang. Soegijapranata lalu menghubungi pihak Jepang dan, siang itu, menjadi perantara dalam pembuatan gencatan senjata.
Adanya pertempuran besar di seluruh wilayah Semarang, serta terus beradanya pihak Sekutu, membuat masyarakat kota Semarang kelaparan; dan juga diberlakukannya jam malam dan pemadaman listrik. Kelompok-kelompok yang dipimpin warga sipil berusaha untuk menangani kekurangan ini, tetapi tidak mampu mengatasinya. Sebagai usaha untuk menyelesaikan masalah di Semarang, Soegijapranata mengirim
seorang warga lokal ke ibu kota di Jakarta untuk membicarakannya dengan pemerintah pusat. Warga itu bertemu dengan Perdana Menteri Sutan Sjahrir, yang mengirim Wongsonegoro ke Semarang untuk membantu dalam pembentukan pemerintahan sipil. Namun, pemerintah kota itu masih tidak mampu menangani masalah di Semarang, dan beberapa pemimpinnya ditangkap oleh "Nederlandsch Indi Civil Administratie"
(NICA) dan ditahan; Soegijapranata, biarpun kadang-kadang menyembunyikan para revolusioner Indonesia, tidak ditahan.
Pada bulan Januari 1946 pemerintah Indonesia pindah dari Jakarta- yang sudah dikuasai Belanda- ke Yogyakarta. Hal ini diikuti sejumlah warga sipil mengungsi dari daerah yang dikuasai Belanda. Soegijapranata awalnya tetap di Semarang, tempat ia berusaha untuk menjaga keamanan dan kesejahteraan. Namun, pada tanggal 18 Januari 1947 ia akhirnya pindah ke Yogyakarta, sehingga