John F. Kennedy
Akibat pembentukan aliansi keamanan ini, Kennedy menciptakan ketegangan dengan pemerintah Israel seputar produksi bahan nuklir di Dimona yang diyakininya dapat memunculkan perlombaan senjata nuklir di Timur Tengah. Setelah keberadaan pabrik nuklir dibantah oleh pemerintah Israel, David Ben-Gurion menyatakan dalam pidatonya di Knesset Israel tanggal 21 November 1960 bahwa tujuan pabrik nuklir di Beersheba
adalah "penelitian terhadap flora dan fauna wilayah gersang dan gurun". Ketika Gurion bertemu Kennedy di New York, ia mengklaim bahwa Dimona dikembangkan untuk menyediakan tenaga nuklir untuk desalinisasi dan keperluan damai "untuk sementara".
Setelah Kennedy menulis bahwa ia skeptis dan menyatakan dalam suratnya ke Ben-Gurion bulan Mei 1963 bahwa bantuan Amerika Serikat ke Israel bisa terganggu jika informasi tepercaya soal program nuklir Israel tidak ada, Ben-Gurion kembali menjamin bahwa Dimona dikembangkan untuk keperluan damai. Pemerintah Israel menolak tekanan Amerika Serikat untuk membuka fasilitas nuklirnya
agar diperiksa International Atomic Energy Agency (IAEA). Pada tahun 1962, pemerintah AS dan Israel menyetujui inspeksi tahunan. Atase iptek di kedutaan AS di Tel Aviv mengatakan bahwa sebagian fasilitas Dimona ditutup sementara untuk menyesatkan para ilmuwan Amerika Serikat ketika mereka berkunjung ke sana.
Menurut Seymour Hersh, Israel membangun ruang kontrol palsu untuk ditunjukkan ke utusan Amerika Serikat. Pelobi Israel, Abe Feinberg, mengatakan bahwa, "Sudah tugas saya untuk merahasiakannya dari [inspeksi] yang dituntut Kennedy." Hersh menegaskan bahwa inspeksi dilakukan dengan cara sedemikian rupa sehingga "menjamin keseluruhan prosedur lebih dari sekadar menutup-nutupi kebenaran
seperti yang harus dimengerti Presiden dan penasihat seniornya: tim inspeksi Amerika Serikat perlu menjadwalkan kunjungannya terlebih dahulu dan mau tidak mau harus diterima Israel.". Marc Trachtenberg berpendapat: "Meski tahu banyak soal aktivitas Israel, Kennedy memilih menganggapnya sebagai bukti memuaskan bahwa Israel patuh dengan kebijakan non-proliferasi Amerika Serikat." Pihak Amerika Serikat
yang memimpin tim inspeksi mengatakan bahwa tujuan utama pemeriksaan ini adalah menemukan "cara-cara yang tidak berujung pada pengambilan tindakan terhadap program senjata nuklir Israel".
Pada Maret 1965, Rodger Davies, direktur Office of Near Eastern Affairs di Departemen Luar Negeri, melaporkan bahwa Israel sedang mengembangkan senjata nuklir. Ia mengatakan bahwa target Israel untuk mencapai kemampuan nuklirnya adalah tahun 1968-69. Pada tanggal 1 Mei 1968, Wakil Menteri Luar Negeri Nicholas Katzenbach memberitahu Presiden Johnson bahwa Dimona memproduksi plutonium dalam jumlah yang cukup untuk memproduksi dua bom
setiap tahunnya. Departemen Luar Negeri berpendapat jika Israel menginginkan senjata, negara itu harus menerima pengawasan internasional terhadap program nuklirnya. Dimona tidak pernah ditempatkan di bawah pengawasan IAEA. Segala upaya yang memaksa Israel mematuhi Perjanjian Non-Proliferasi Nuklir (NPT) dalma kontrak suplai senjata AS terus berlanjut sampai 1968.
Pada tahun 1963, pemerintahan Kennedy membantu kudeta terhadap pemerintah Irak yang dipimpin Abdul Karim Qasim. Lima tahun sebelumnya, Qasim menggulingkan kerajaan Irak yang bersekutu dengan Barat. Tanggal 8 Februari 1963, Kennedy menerima memo yang berisi: "Kita akan membuat tanda bersahabat tak resmi setelah kita mengetahui siapa yang harus diajak bicara, dan langsung
mengakui sesaat setelah kita yakin bahwa mereka akan terus mengiringi kita. CIA punya laporan lengkap tentang rencana ini, namun saya meragukan klaim kontribusi mereka atau Britania Raya." CIA pernah berencana menjatuhkan Qasim, tetapi tidak terlaksana.
Pemerintahan baru yang dipimpin Presiden Abdul Salam Arif dan didominasi Partai Ba'ath (bersama koalisi Nasseris dan nasionalis Irak) ini menggunakan daftar-yang kemungkinan disediakan CIA-berisi para terduga komunis dan pihak sayap untuk melenyapkan banyak elit berpendidikan Irak secara sistematis. Setelah memperebutkan kekuasaan dengan Perdana Menteri Ahmed Hassan al-Bakr yang Ba'athis, Arif
mendepak Partai Ba'ath dari pemerintahan. Mantan pejabat CIA James Chritchfield meragukan tudingan bahwa CIA menawarkan "bantuan aktif" bagi para pelaku kudeta. Ia mengaku bahwa meski CIA "mendapat informasi lengkap" tentang kudeta pertama, lembaga tersebut "terkejut" melihat perebutan kekuasaan yang terjadi setelahnya.
Dalam kunjungannya selama empat hari ke kampung halaman leluhurnya di Irlandia bulan Juni 1963, Kennedy menerima hadiah lencana kehormatan dari Chief Herald of Ireland dan gelar doktor kehormatan dari National University of Ireland dan Trinity College, Dublin. Ia mengunjungi kabin di Dunganstown, dekat New Ross, County Wexford, tempat para leluhurnya tinggal sebelum pindah ke Amerika.
Ia juga menjadi pemimpin asing pertama yang berpidato di Oireachtas (parlemen Irlandia). Pada tanggal 22 Desember 2006, Departemen Kehakiman Irlandia merilis dokumen polisi yang mengindikasikan adanya peningkatan keamanan setelah Kennedy dijadikan target tiga ancaman pembunuhan dalam kunjungannya ke Irlandia.
Dipersulit oleh bahaya jangka panjang kontaminasi radioaktif dan proliferasi senjata nuklir, Kennedy dan Khrushchev setuju merundingkan perjanjian larangan uji nuklir yang awalnya diusulkan saat kampanye presiden Adlai Stevenson tahun 1956. Dalam pertemuan Wina Juni 1961, Khrushchev dan Kennedy membuat persetujuan informal melawan pengujian nuklir, tetapi Uni Soviet mulai menguji senjata nuklirnya September itu juga.
Amerika Serikat menanggapinya dengan melakukan pengujian lima hari kemudian. Tidak lama setelah itu, satelit-satelit baru AS mulai mengirimkan foto yang menegaskan bahwa Uni Soviet berada di belakang AS dalam perlombaan senjata. Meski begitu, kekuatan nuklir AS yang lebih besar hanya bernilai sedikit jika Uni Soviet masih menganggap dirinya setara.
Bulan Juli 1963, Kennedy mengutus Averell Harriman ke Moskwa untuk menegosiasikan perjanjian dengan Soviet. Sidang pembukanya melibatkan Khrushchev yang kemudian mengutus Andrei Gromkyo sebagai perwakilan Soviet. Semakin jelas bahwa larangan uji menyeluruh tidak akan diberlakukan, sebagian besar dikarenakan keengganan Soviet mengizinkan inspeksi yang dapat membuktikan kepatuhannya.
Akhirnya, Amerika Serikat, Britania Raya, dan Uni Soviet menjadi penandatangan awal perjanjian terbatas ini. Perjanjian ini melarang pengujian atom di darat, udara, atau bawah laut, kecuali bawah tanah. Senat AS meratifikasinya dan Kennedy mengesahkannya pada Oktober 1963. Perancis langsung menyatakan negaranya bebas melanjutkan pengembangan dan pengujian pertahanan nuklirnya.
Kennedy menyebut program dalam negerinya "New Frontier" (Batas Baru). Program ini dengan ambisiusnya menjanjikan kucuran dana federal untuk sektor pendidikan, layanan kesehatan untuk lansia, bantuan ekonomi untuk kawasan pedesaan, dan intervensi pemerintah untuk menghambat resesi. Kennedy juga menjanjikan berakhirnya diskriminasi ras.
Dalam pidato State of the Union-nya tahun 1963, ia mengusulkan reformasi pajak besar-besaran dan pengurangan pajak pendapatan dari kisaran 20-90% menjadi 14-65%; ia mengusulkan pengurangan pajak perusahaan dari 52 menjadi 47%. Kennedy menambahkan bahwa batas tertinggi pajak seharusnya 70% jika pengurangan tertentu tidak diterapkan pada penduduk berpendapatan tinggi. Kongres baru mengambil
tindakan tahun 1964, setelah kematiannya, dengan menurunkan batas tertinggi pajak perorangan sampai 70% dan batas tertinggi pajak perusahaan sampai 48% (lihat Revenue Act of 1964).