Gereja Baptis
saat itu, terutama setelah gagalnya G30S/PKI tahun 1965, jemaat-jemaat Baptis produk badan penginjilan ini tumbuh pesat dan tersebar di seuruh provinsi yang ada di Jawa dan di empat provinsi di Sumatera, namun lebih dari 80% warganya terdapat di Jawa Tengah dan Jawa Timur.
Kehadiran gereja yang berpangkalan di Singkawang Kalimantan Barat ini dicikal-bakali oleh John G. Breman, seorang penginjil berdarah Belanda-Amerika sejak 1925. Namun pekerjaan itu baru terorganisasi dengan baik sejak 1956, dan semakin ditingkatkan lewat kerjasama dengan badan misi "Conservative Baptist "dari Amerika yang mengutus para penginjilnya ke sana sejak 1961, dan resmi melembaga menjadi gereja
sejak 1965. Di samping penginjilan verbal, badan ini juga giat menyelenggarakan rumah sakit di Serukam, hotel (penginapan murah) bagi pemuda-pemudi, sekolah Alkitab dan pendidikan teologi ekstensi bagi para pengerja pribumi. Sejak tahun 1984, selain ke provinsi-provinsi lain di Kalimantan, gereja ini melebarkan sayapnya ke Jawa, Sumatera dan Bali.
Gereja yang berkantor pusat di Manado ini dicikal-bakali oleh beberapa pemuda dari KGPM (Kerapatan Gereja Protestan Minahasa) yang belajar sekolah Alkitab di Makassar pada dasawarsa 1930-an dan 1940-an. Tahun 1951 KGPM melaksanakan Kongres di Sonder, Minahasa. hari pertama kongres tersebut menjadi hari terakhir karena perbedaan pandangan tentang beberapa hal yaitu, pertobatan, kelahiran kembali,
baptisan selam, pengabaran Injil dan nasionalisme. Kelompok yang memang banyak berbeda dalam ajaran dan cita-cita nasionalisme menghendaki KGPM meninggalkan ciri kesukuan 'Minahasa'. Kelompok ini memisahkan diri dan mengganti nama Minahasa dengan Indonesia. Nama gereja menjadi KGPI (Kerapatan Gereja Protestan Indonesia). Kemudian di antara warganya ada yang belajar di Seminari Baptis di Semarang, lalu
secara perlahan mereka mengindentifikasi diri sebagai bagian dari gereja Baptis, dan mengganti kata 'Protestan' menjadi 'Baptis' nama denominasi menjadi KGBI (Kerapatan Gereja Baptis Indonesia) sejak 1979. Selama periode 1951-1979 gereja ini dalam situasi 'krisis' identitas, karena menyandang nama 'Protestan' tetapi melaksanakan baptisan selam, dengan bergabung ke dalam kelompok
Baptis, gereja ini mendapatkan identitas yang lebih tegas. Gereja ini giat menginjili ke kawasan-kawasan lain di Sulawesi, juga ke kepulauan Sangihe-Talaud, Halmahera, bahkan sampai ke Jawa, Sumatera, dan Kalimantan. Untuk pekerjaan ini KGBI didukung oleh badan misi dari "Canadian Baptist, Baptist Missionary Society "dan "Southern Baptist Convention".
Pembentukan gereja yang berpangkalan di Jakarta ini diprakarsai oleh sejumlah penginjil Baptis independen sejak 1970. Mereka diutus oleh berbagai organisasi Baptis, antara lain dari Amerika dan Jepang. Berkat Undang-Undang tantang ke ormasan, mereka dipaksa melembaga dengan menggunakan nama GBII. Gereja ini menyelenggarakan sekolah Alkitab di Jakarta dan beberapa tempat lain
Gereja yang mempertahankan ejaan Inggris ("Baptist") untuk namanya ini bermula dari sebuah jemaat berbahasa Mandarin yang terbentuk tahun 1952 di Jakarta, dan berkat pengaruh seorang pendeta yang pindah dari Hongkong, sejak 1953 menggunakan nama Baptist. Belakangan jemaat ini didukung oleh salah satu badan penginjilan Baptis di Amerika Serikat. Selain jemaat induknya yang di Jakarta, gereja
ini juga punya beberapa jemaat di Sumatera dan Belitung. Gereja ini juga mendukung pekerjaan sejumlah penginjil Baptis di Irian.
Sebagian gerakan baptis di Indonesia juga berasal dari tradisi Reformed Baptist yang berasal dari kaum Puritan di Inggris pada abad ke 17. Gereja Reformed Baptist di Indonesia yang cukup dikenal adalah Gereja Komunitas Anugerah-Reformed Baptist di Salemba, Jakarta Pusat yang sejak tahun 2013 dikenal senantiasa melakukan pelayanan misi diakonia pembebasan kepada kelompok-kelompok marjinal di Jakarta.
Ajaran Gereja Baptis pada umumnya hampir sama dengan ajaran kebanyakan Gereja-gereja Protestan, seperti pengakuan terhadap kewibawaan Alkitab, Tritunggal, hakikat manusia dan dosanya, dll. Namun, ada juga sejumlah perbedaan bahkan di lingkungan Gereja Baptis sendiri. Sebagian Gereja mengakui bahwa Alkitab tidak mengandung kesalahan (ineransi) dan karena itu harus
diterima dan ditafsirkan secara harafiah, sementara yang lainnya menerima infalibilitas Alkitab dalam arti pengajarannya dapat dan layak diterima dan dijadikan pegangan hidup orang Kristen.
Gereja Baptis mengakui bahwa baptisan hanya dilayankan kepada orang dewasa. Perjamuan kudus dipahaminya hanya sebagai peringatan tentang penderitaan dan kematian Yesus, sehingga peristiwa itu tidak dianggap memiliki arti yang lebih istimewa dibandingkan dengan bagian lain dari liturgi.
Gereja Baptis tidak mempunyai ajaran yang resmi. Satu-satunya keyakinan mereka yang paling jelas adalah kebebasan beragama. Keyakinan ini berkembang karena dari pengalaman mereka sendiri ketika mereka ditindas oleh Gereja karena mereka tidak mengikuti ajaran yang berlaku saat itu.
Namun, ada juga kecenderungan-kecenderungan di kalangan gereja-gereja Baptis tertentu untuk merumuskan ajarannya. Secara tradisional Gereja Baptis percaya akan ajaran tentang "imamat am orang percaya." Namun kini mereka cenderung untuk menempatkan kewibawaan pendeta di atas kedudukan kaum awam. Secara tradisional Gereja Baptis menempatkan Yesus dan Roh Kudus sebagai kriteria satu-satunya dalam
menafsirkan Alkitab, namun kini rumusan "Iman Baptis dan Pesan 2000" dari Southern Baptist Convention dipergunakan sebagai satu-satunya pemahaman yang sah untuk menafsirkan Alkitab. Southern Baptist juga menolak penahbisan perempuan sebagai pendeta, sehingga banyak pendeta perempuan di Gereja itu terpaksa harus melepaskan jabatan mereka.
Di lingkungan "Southern Baptist Convention" yang mempunyai anggota sekitar 16 juta orang ini muncul pula perdebatan tentang aliran teologi Gereja ini. Sebagian orang berpendapat bahwa Southern Baptist secara historis menganut teologi Calvinis, khususnya kelima butir doktrinnya: TULIP- "Total depravity, Unconditional election, Limited atonement, Irresistible Grace, Perseverance of the Saints" (Keadaan manusia yang sama sekali
berdosa, Manusia dipilih tanpa syarat oleh Allah, Penebusan yang terbatas, Anugerah yang tidak dapat ditolak, dan Ketekunan hidup orang Kristen).
Sebagian teolog lainnya menekankan bahwa meskipun secara teologis mereka Calvinis, pada kenyataannya mereka lebih dipengaruhi oleh Arminianisme yang membuat teologi Calvinis mereka lebih moderat dan lebih evangelikal. Jadi tampaknya kedua aliran teologi yang sesungguhnya bertentangan ini justru dipertemukan di Gereja Baptis.
Di dunia ada banyak sekali denominasi Gereja Baptis. Di Amerika Serikat saja diperkirakan ada lebih dari 50 denominasi yang menyebut dirinya Baptis. Yang terbesar di antaranya adalah Gereja Baptis Selatan (Southern Baptist Convention) yang terbentuk pada tahun 1845 karena masalah perbudakan. Gereja-gereja Baptis yang menolak perbudakan umumnya berada di Utara, dan pada tahun
1907 mereka membentuk Konferensinya sendiri yang bernama Northern Baptist Convention yang kini berubah namanya menjadi American Baptist Convention. Sebelumnya pada tahun 1905 dari Southern Baptist terbentuk kelompok "Landmarkism" yang membentuk "American Baptist Association" dan "Baptist Bible Fellowship" pada tahun 1950-an. Kelompok Baptis Landmark ini percaya bahwa Gereja Baptis sudah ada sejak masa Yohanes Pembaptis.
Dari "Northern Baptist Convention" muncul "General Association of Regular Baptist Churches" pada tahun 1932 dan "Conservative Baptist Churches" pada tahun 1940. Ada pula "Baptist General Conference" (yang berasal dari Baptis Swedia) dan "North American Baptist Conference" (yang berasal dari Baptis Jerman). Masih banyak lagi Gereja Baptis lainnya di Amerika Serikat, khususnya di kalangan kaum kulit hitam.