Yu-Gi-Oh!
kartu transparan yang terdapat kepingan puzzle di dalamnya dan merupakan kartu buatan Kaiba Corp. yang diserahkan masing-masing satu buah kepada duelist yang ikut, dan untuk maju ke babak selanjutnya duelist membutuhkan enam "Puzzle Card".
Babak selanjutnya didikuti oleh delapan duelist. Babak ini dilangsungkan bukan lagi di "Domino City" melainkan di Zeppelin milik Kaiba. Delapan orang yang berhasil lolos adalah Yugi Mutou, Jounouchi, Kaiba, Malik Ishtar (Nam), Rishid (menyamar menjadi Malik), Isis Ishtar, Mai Kujaku, Ryo Bakura.
Giliran duel ditentukan secara acak, duel pertama antara Yugi Mutou dan Ryo Bakura berlangsung dengan campur tangan Yami Bakura dan berakhir dengan kemenangan Yugi. Duel kedua membawa Jounouchi ke babak semifinal setelah mengalahkan Rishid. Dalam duel ini Rishid menggunakan kartu dewa Ra yang palsu dan berujung pada pingsannya Rishid di akhir duel. Duel selanjutnya antara Mai Kujaku dan Malik. Di sini muncul
kepribadian gelap Malik dan berlangsung game kegelapan. Mai kalah dan tidak sadarkan diri akibat game kegelapan itu. Duel keempat dimenangkan oleh Kaiba. Kaiba melihat "flashback" masa lalunya sebagai pendeta bersama gadis pemilik Naga Putih (Kisara).
Babak semifinal menyajikan pertandingan Jounouchi-Malik dan Yugi-Kaiba. Malik mengalahkan Jounochi dan menyebabkan Jounochi koma seperti Mai, sedangkan duel Yugi merupakan duel yang sudah ditakdirkan sejak 3000 tahun yang lalu. Berakhir dengan kemenangan Yugi.
Merupakan bagian terakhir, setelah Battle City dan mendapatkan 3 kartu dewa, sekaligus terkumpulnya 7 millenium item. Para tokoh menguak rahasia yang terdapat pada millenium item, dan sejarah mesir kuno yang ada di dalam diri Yami Yugi (yang kemudian diketahui adalah Pharaoh tak bernama.
Pharaoh berusaha untuk mencari ingatan nya sendiri melalui patung 2 pendeta yang sedang berduel disana, yami yugi menunjukkan 3 kartu dewa untuk masuk dalam dunia ingatan, kemudian teman teman dan partner yami yugi berusaha untuk menemukan nama nya yang sebenarnya. akan tetapi disana ada seorang musuh bebuyutan yang bernama yami bakura ingin
membalas dendam atas kejadian yang terjadi pada desa El Kuno. melalui shadow RPG game yang dirancang oleh yami bakura. setelah itu muncul parasite mind yami bakura yang berusaha untuk menghadang yugi mutou dan teman temannya kemudian yugi melawan yami bakura melalui duel dan akhirnya menang menggunakan monster dragon gandora destruction untuk mengalahkan lock deck game yami bakura setelah itu yugi dan teman temannya
mengikat persatuan melalui pikiran untuk mencatat nama pharaoh yang diberikan anzu melalui kalung kartush dan akhirnya namanya adalah atem.
kemudian pharaoh atem menyebut namanya dan kemudian 3 kartu dewa membentuk menjadi the creator of horakhty untuk mengalahkan zorc necrophades untuk pertama dan terakhir kalinya, setelah itu yami yugi/pharaoh kembali ke dunia nyata untuk menunjukkan takdirnya yang sebenarnya dan kemudian dialkukuan the ceremonial battle antara yugi dan atem kemudian duel itu
menentukan apakah atem akan menang dan menuju ke masa depan atau kalah dan menuju ke masa lalunya setelah pertempuran duel antara yugi dan atem akhirnya yugi menang dan anzu, jonouchi, dan honda menangis karena ditinggal oleh seorang sahabat yang sudah lama bersama sama dan berjuang.
"Yu-Gi-Oh! Trading Card Game" (Permainan Kartu "Yu-Gi-Oh!") adalah permainan kartu koleksi di Jepang yang dibuat dan dipublikasikan oleh Konami. Permainan ini didasari oleh Duel Monsters, yang mendominasi dalam "Yu-Gi-Oh!".