Kira Yamato
Selama peperangan di Mendel, ia mengetahui dari Raww Le Kluezze bahwa Caridad dan Haruma Yamato bukanlah orangtua kandungnya. Orang tua kandung sebenarnya adalah Ulen Hibiki dan Via Hibiki, dua orang ahli genetika yang telah meninggal dunia. Ia juga mengetahui bahwa dirinya adalah seorang Ultimate Coordinator; janin Kira dikembangkan di luar rahim ibunya, dan terhadap janin
tersebut, dilakukanlah beberapa pengembangan kemampuan Kira. Dan Kira-lah satu-satunya hasil dari proyek Ultimate Coordinator yang sukses. Kira juga mengetahui bahwa Cagalli adalah benar-benar saudara kembarnya, yang dilahirkan secara natural tanpa mofifikasi genetika, seperti halnya Kira.
Setelah itu, Kira terkejut bahwa Fllay Allster, yang sebelumnya diyakininya telah ditransfer dari Archangel bersama Natarle Badgiruel, ternyata berada di luar angkasa, yakni di dalam "escape pod" yang diluncurkan oleh Raww Le Klueze. Di dalam "escape pod" tersebut, Fllay berkata kepada semuanya (baik itu Archangel ataupun Dominion yang kala itu menjadi lawannya), bahwa ia
memiliki sesuatu yang dapat mengakhir perang. Setelah mendengar suara Kira, Fllay pun senang, karena sebelumnya ia berpikir bahwa Kira telah tewas oleh Athrun.
Sayangnya, Kira gagal mendapatkan escape pod dimana Fllay berada, karena Freedom dihadang oleh GAT-X252 Forbidden Gundam dan GAT-X370 Raider Gundam, setelah Kira tanpa pikir-pikir panjang lagi untuk mendapatkan "escape pod" tersebut. Fllay pun akhirnya ke kapal tempur kembaran Archangel, Dominion. Pada saat Forbidden dan Raider menyerang Kira, Athrun dan Dearka pun datang menyelamatkan Kira (Freedom kehilangan kepalanya).
Setelah kembali ke Eternal, Kira melihat Lacus, tetapi yang terbayang adalah Fllay dan kemudian pingsan di depan mata Lacus. Ketika bangun dari pingsannya yang lama, lagi-lagi ia melihat Fllay ketika melihat Lacus, seperti sebelumnya. Dari koloni Mendel, Kira juga membawa foto yang sama seperti yang dimiliki oleh Cagalli dan pada saat Cagalli bertanya
kepada Kira, mengenai siapa orang yang menggendong mereka ketika masih bayi, Athrun mengajak Cagalli keluar dan meninggalkan Lacus dan Kira berduaan. Kira memberitahukan kepada Lacus bahwa ia telah berjanji untuk tidak menangis lagi, tetapi Lacus memberitahukan kepadanya bahwa Kira dapat menangis ketika memang harus menangis. Setelah itu, Kira pun menangis di pelukan Lacus.
Kira, Lacus, Athrun, Cagalli dan Aliansi Tiga Kapal pun berniat untuk mengakhiri perang Valentine Berdarah pertama. Sebelum pertarungan itu dilakukan, Lacus pun memberikan cincin yang sebelumnya dimiliki oleh ibunya, dan memberikan cintanya kepada Kira. Kira pun meresponsnya dengan tanda terima kasih dan menciumnya di pipi.
Pada saat perang terakhir di Jachin Due, Kira bertarung melawan pasukan ZAFT dan Earth Alliance sekaligus, dan membantu menghancurkan semua misil nuklir yang dibawa oleh pasukan Earth Alliance, melalui skuadron Peacemaker. Kira pun bertarung dengan Raww Le Kluezze, yang telah menggunakan ZMGF-X13 A Providence Gundam. Ketika pertarungan tersebut berlangsung, lagi-lagi Kira mendengar suara Fllay dari sebuah escape pod yang keluar dari
Dominion, dan kemudian mencoba mengambilnya. Tetapi, Le Kluezze malahan menembaknya dengan menggunakan DRAGOON System, membunuh Fllay dan semua yang berada di dalamnya (kru Dominion). Kira pun menangis sejadi-jadinya dan menyalahkan dirinya karena jika ia telah menghancurkan Providence Gundam milik Raww Le Kluezze, Fllay tidak akan mati. Arwah Fllay pun kemudian berterima kasih kepada Kira dan meminta maaf kepadanya.
Dengan kemarahan yang didapatnya akibat kematian Fllay, Kira mengaktifkan mode SEED. Meskipun demikian, Freedom Gundam rusak berat dalam pertarungan selanjutnya, ia berhasil mencederai Le Kluezze, dan mendorong Providence Gundam ke dekat meriam GENESIS yang dihancurkan oleh Athrun dengan mengaktifkan "self-destruct" yang dimiliki oleh Justice Gundam. Setelah itu, Kira pun melayang di luar Freedom, kemudian ia ditolong oleh
Athrun dan Cagalli dengan menggunakan MBF-02 Strike Rouge dan ternyata ia menggunakan cincin yang diberikan oleh Lacus sebagai kalung. Perang Valentie Berdarah pertama pun selesai.
Peran Kira di Mobile Suit Gundam Seed Destiny berawal saat tempat tinggalnya bersama Lacus Clyne diserang oleh sekelompok pilot ZAFT yang dikirim oleh Gilbert Durandal untuk membunuh Lacus Clyne (yang asli), Kira kembali bertempur dan mengalahkan semua pilot mobile suit tersebut dengan cara menonaktifkan (melumpuhkan) semua mobile suit mereka.
Dalam Pertempuran Crete, Kira dan Archangel secara tidak langsung ikut dalam pertempuran, karena Kira (dan Freedom) mengacaukan pertempuran dengan cara melumpuhkan semua senjata mobile suit, tidak peduli itu MS milak ZAFT ataupun Orb.
Saat itu, Athrun dan ZGMF-X23S Saviour Gundam yang melihat Kira kemudian menyusulnya dan berusaha menghentikan Freedom. Athrun bertanya kenapa Kira melakukan hal seperti ini, Kira lalu mengatakan kenapa Athrun tidak bisa mengerti perasaan emosional Cagalli, adiknya yang menangis karena banyak prajurit Orb yang menjadi korban.
Kira pun kemudian marah kepada Athrun dan mengeluarkan modus SEED dan menyerang Athrun. Athrun yang lengah dan memang tidak ingin bertarung melawan Kira pun akhirnya kalah, ditambah lagi kekuatan Saviour tidak sebanding dengan Freedom, sehingga Freedom menghancurkan sebagian besar tubuh Saviour (namun tetap,Kira yang tidak ingin membunuh, tidak menyerang kokpit Saviour).
Dewan tinggi ZAFT mengeluarkan pernyataan bahwa Archangel dan Freedom adalah ancaman dan musuh terbesar ZAFT saat itu, dan harus dihancurkan, maka Durandal mengumumkan agar dilaksanakannya Operasi Angel Down, dimana Archangel dan Freedom menjadi target utama.
Pada saat itu, Archangel sedang akan kembali menuju Orb, namun mereka secara tiba-tiba diserang oleh banyak mobile suit milik ZAFT. Seperti biasa, Kira dan Freedom meluncur keluar dan mengahadapi mereka, namun di saat bersamaan muncul Shinn Asuka dan ZGMF-X56S Force Impulse Gundam, bersama dengan Minerva. Kapten Minerva Talia Gladys menyarankan agar pihak Archangel meyerah saja, tetapi tawaran
itu ditolak dengan sopan oleh kapten Archangel, Murrue Ramius, dan akhirnya Archangel harus bertempur mati-matian dengan Minerva dan para prajurit ZAFT.
Sementara itu, Kira yang berusaha "melarikan diri" dari Shinn, terpaksa harus bertarung dengannya. Shinn yang memang menunggu kesempatan ini untuk membalaskan dendamnya atas kematian Stella Loussier sudah berlatih dengan simulasi melawan Freedom, sehingga semua strategi Kira yang berprinsipkan "tidak menyerang kokpit" sudah terbaca. Pada akhirnya satu tebasan beam sword Freedom gagal (karena
kemampuan bongkar pasang Impulse) dan Impulse pun memanfaatkan kesempatan tersebut dengan menembak sayap Freedom. Ketika Freedom hampir berhasil kabur, Shinn melemparnya dengan beam boomerang (namun berhasil diblok oleh shield Freedom), dan akhirnya menusuk Freedom dengan sword dari bagian Sword Silhouette. Kira beruntung, karena serangan itu tidak mengenai kokpitnya (karena posisi kokpit Freedom sedikit lebih ke atas,tidak
seperti MS kebanyakan yang posisi kokpitnya berada di tengah batang tubuh) dan ia juga berhasil menyerang kepala dari Impulse. Namun pada akhirnya, Freedom jatuh ke laut dan meledak. Di dalam laut, bagian kokpit Freedom masih utuh namun sudah mulai kemasukan air, Kira pun mengalami cedera yang parah. Akhirnya,Cagalli dan MBF-02 Strike Rouge menyelamatkan Kira dengan membawa bagian kokpit Freedom kepada Archangel.
Setelah sembuh dari cedera parah yang diderita saat dikalahkan Shinn Asuka, Kira mendengar bahwa Eternal (besrta Lacus Clyne di dalamnya) akan bergerak menuju bumi, namun ketahuan oleh mobile suit pengintai milik ZAFT dan diserang secara bertubi-tubi oleh kapal perang ZAFT. Kira pun menggunakan MBF-02 Strike Rouge yang dipasangi space booster untuk menyelamatkan Eternal. Di luar