Rifa'iyah
Tahapan Ketiga; Mengaji dalil dan makna jadi satu dari kitab- kitab Tarojumah, tahapan ini dinamakan ngaji lafal makno (belajar menerjemahkan tiap kata dalil/kalimat dalil dengan bahasa jawa yang ada dibawah dalil itui), disini para santri membutuhkan kejelian dalam mencari arti.
Tahapan Keempat; Seorang santri diajak memahami maksud yang terkandung dalam kitab- kitab Tarojumah, karena hampir setiap kalimat mempunyai makna harfiah dan tafsiriah yang tentunya membutuhkan keterangan dan pemahaman yang dalam. Kitab- kitab Tarojumah disusun dengan formula lengkap: Kamaknanan, Kamurodan, Kasarahan, Kamaksudan Dan Kapertelanan,
atau dengan kata lain ngaji maksud, ngaji sorah, ngaji bandungan, atau ngaji sorogan. Pengajian ini berupa pembacaan dan penerangan isi kandungannya dan dilakukan oleh Syaikhina Haji Ahmad Rifai sendiri dihadapan para santri dan murid pilihan kemudian mereka satu persatu memcoba menirukan seperti apa kata dia. Dalam pengajian ini diajarkan pula oleh ulama' itu tentang ilmu dan amalan kesunahan yang tidak tertulis di dalam kitab- kitab Tarojumahnya.
Kitab- Kitab Tarojumah Karangannya Kitab-kitab karya Kiai Haji Ahmad Rifai di Jawa yang dapat diketahui pasti ada 62 buah judul kitab rangkuman berbagai soal keagamaan yang diambil dari Al- Qur'an dan Al- Hadits dan kitab- kitab bahasa Arab karangan ulama'- ulama' terdahulu yang diterjemahkan secara bebas kedalam bahasa Jawa, karenanya disebut Tarajumah,
berisi ilmu Tauhid, Fiqih dan Tasawuf, memakai huruf Arab Jawa Pegon, sebagian besar berbentuk nadzam (puisi tembang), setiap empat baris dengan akhiran sama dan sebagian lagi natsar (prosa) atau natsrah (nadzam dan natsar sekaligus), selain itu ada juga yang berbentuk miring yang disebut Tanbih Rejeng.
Perlu diketahui bahwa kitab Tanbih terdiri dari tiga halaman folio sebanyak 114 baris nadzam dan di dalam setiap tanbih membahas satu masalah agama yang berbeda dengan nyang lain, berati dalam 500 tanbih terdapat 500 judul. Kalau tiap satu tanbih dapat dihitung sebuah kitab, maka kitab- kitab karangan syeikhina Kiai Haji Ahmad Rifai ada
562 Kitab yang dikarang di Pulau Jawa saja, kitab- kitab yang dikarang di Ambon yang terdiri dari 60 Tanbih dan 4 kitab bahasa melayu serta dua surat wasiat kepada Maufuro, jadi kalau ditotal semua karangan Guru Besar Tarjumah ada 627 buah kitab. Adapun data mengenai nama kitab, tahun selesai dikarang, dan kandungan bersumber pada: Tahun 1272 H (1856) adalah
tahun permulaan krisis bagi gerakan Syeikhina Kiai Haji Ahmad Rifai. Hal ini disebabkan hampir seluruh kitab karangan (dan Hasil tulisan tangan dia) disita oleh pemerintah Belanda, disamping itu para murid dan Ahmad Rifai sendiri terus- menerus mendapat tekanan Ratu Kafir Tanah Jawa (RKTJ Bukan GITJ) yaitu Belanda. Sebelum Haji Ahmad Rifai diasingkan dari kaliwungu Kendal Semarang,
tuduhan yang dikenakan hanyalah persoalan menghasut pemerintah Belanda dan membawa Haji Ahmad Rifai dipenjara beberapa hari di Kendal, Semarang dan terakhir di Wonosobo.
Maka selama di Kalisalak persidangan panjang dialaminya, menghasut, mendoktrin jamaah membuat Syair- Syair protes dan beberapa Kitab yang isinya menyinggung Anti kolonial Belanda dan Kroni- kroninya serta mengkader pejuang pejuang militan di Pesantrennya adalah selalu menjadi tuduhannya. Tuduhan itu dari wedono Kalisalak yang meminta agar Haji Ahmad Rifai diasingkan dari Kalisalak
ternyata tidak bisa dibuktikan sebagaimana dalam surat keputusan kelima dari Gubernur Jenderal Duymaer Van Twist yang dibuat pada tanggal 2 Juli 1855 menyatakan bahwa seluruh tuduhan terhadap Haji Ahmad Rifai belum bisa dibuktikan, dan perlu diperiksa dalam persidangan biasa. Untuk sementara waktu waktu perkara tersebut ditutup.
Pada tahun 1856 Jendral Albertus Jacub Duymaer Van Twist oleh Jendral Charles Ferdinand Pahud, Wedono Kalisalak memandang perlu untuk mengangkat kembali permasalahan pengasingan Kiai Haji Ahmad Rifai, namun ternyata jendral Pahud pun menyatakan menolak sebagaimana yang ditulis dalam suratnya tertanggal 23 November 1858. Akan tetapi tekad dan dendam Iblis Wedono Kalisalak tidak berhenti
sampai disini, Dia menulis surat kepada Bupati Batang tertanggal 19 April 1859 No.1 A yang isinya diteruskan ke Karisidenan Pekalongan oleh bupati Batang pada tanggal 24 April 1859 No.29. Inti surat tersebut isinya adalah sebagaimana bunyi surat yang pernah dikirim sebelumnya tertanggal 9 November 1858 No.578 dan 5 November 1858 No.700, mengigat belum juga mendapat perhatian dari Residen Pekalongan, maka diperjelas lagi
dengan suratnya tertanggal 29 April 1859. Selain itu pada tanggal 30 April 1859 Residen Pekalongan menulis surat kepada Buiten Zorg di Bogor yang isinya agar Kyai Haji Ahmad Rifai disidangkan ke pengadilan dan diasingkan dari Kalisalak. Pada tanggal 6 Mei 1859 secara resmi Haji Ahmad Rifai dipanggil Residen Pekalongan Franciscus Netscher untuk pemeriksaan terakhir dan syarat untuk memenuhi pengasingan ke Ambon.
Sejak tanggal 6 Mei 1859 Haji Ahmad Rifai sudah tidak diperkenankan kembali ke rumah lagi untuk menunggu keberangkatan pengasingan hingga tanggal 9 Mei 1859, berdasarkan surat keputusan No.35 tertanggal 19 Mei 1859 K.H. Ahmad Rifai meninggalkan jamaah beserta para keluarganya karena mulai hari itu dia diasingkan di Ambon,Maluku.
Setelah dua tahun Haji Ahmad Rifai di Ambon dia telah mengirim kitab sebanyak empat buah dalam bahasa Melayu dan 60 buah judul Tanbih berbahasa Melayu juga surat wasiat tertanggal 21 Dzulhijjah 1277 H kepada menantunya Kyai Maufura bin Nawawi di Keranggongan, Batang yang isinya agar para muridnya beserta keluarganya jangan sekali-kali taat pada pemerintah Belanda dan
orang-orang yang berkolaborasi dengannya. Setelah di Ambon Haji Ahmad Rifai bersama Kyai Modjo dan 46 ulama lainnya dipindahkan ke kampung Jawa Tondano, Manado, Sulawesi Utara karena ia bersama ulama-ulama Tarojumah menganggap perlu lahirnya organisasi Rifaiyah secara nasional, dan dia tinggal disana untuk menanti panggilan dari sang Robb, Dia wafat dengan tenang sebagai " Pahlawan
Islam dan bukan Pahlawan Nasional" pada Kamis 25 Robiul Akhir 1286 H (usia 86 tahun), ada riwayat lain yang mengatakan dia wafat pada 1292 H (92 tahun, semoga yang ini benar, karena itu berarti dia panjang umur) di kampung Jawa Tondono Kabupaten Minahasa, Manado Sulawesi Utara dan dimakamkan dikomplek makam pahlawan kiai Modjo disebuah bukit yang terletak kurang lebih 1 km dari kampung Jawa Tondano (Jaton).