Sejarah Indonesia
1561 Sultan Prawata dari Demak meninggal dunia. Misi Dominikan Portugis didirikan di Solor. 1564 Wabah cacar di Ambon. 1565 Aceh menyerang Johor. Kutai di Kalimantan menjadi Kesultanan. 1566 Misi Dominikan Portugis di Solor membangun sebuah benteng batu. 1568 Serangan yang gagal oleh Aceh di Melaka Portugis. 1569 Portugis membangun benteng kayu di pulau Ambon. 1570 Aceh menyerang Johor lagi, namun gagal. Sultan Khairun dari Ternate menandatangani
sebuah perjanjian damai dengan Gubernur Lopez de Mezquita, tetapi agen Portugis membunuh Sultan Hairun. Baabullah menjadi Sultan Ternate (hingga * 1583), dan bersumpah untuk mengusir Portugis keluar dari benteng-benteng mereka. Maulana Yusuf menjadi Sultan Banten.
1571 Alaudin Riyat Shah meninggal, kekacauan di Aceh hingga 1607. 1574 Jepara memimpin serangan yang gagal di Melaka. 1575 Sultan Babullah berhasil mengusir Portugis dari Ternate. Karena itu Portugis membangun sebuah benteng di Tidore. 1576 Portugis membangun benteng di kota Ambon sekarang. 1577 Ki Ageng Pemanahan mendirikan Kota Gede (dekat Yogyakarta sekarang). 1579 Banten menyerang dan meluluhlantakkan Pajajaran merebut sisa-sisa Kerajaan
Sunda, dan melakukan Islamisasi. Raja Sunda terakhir yang enggan memeluk Islam, yaitu Prabu Ragamulya atau Prabu Suryakancana, meninggalkan ibukota Kerajaan Sunda tersebut dan meninggal dalam pelarian di daerah Banten. November, Sir Francis Drake dari Britania, setelah menyerang kapal dan pelabuhan Spanyol di Amerika, tiba di Ternate. Sultan Babullah, yang juga membenci orang-orang Spanyol, mengadakan
perjanjian persahabatan dengan Britania. 1580 Maulana Muhammad menjadi Sultan Banten. Kerajaan Portugal jatuh ke tangan kerajaan Spanyol dibawah Raja Philip II; usaha-usaha kolonial Portugis tidak dipedulikan. Drake mengunjungi Sulawesi dan Jawa, dalam perjalanan pulang ke Britania. Ternate menguasai Butung. 1581 Sekitar saat ini, Kyai Ageng Pemanahan mengambil alih distrik Mataram (yang telah dijanjikan kepadanya
oleh Joko Tingkir, yang menundanya hingga Sunan Kalijaga dari Wali Songo mendesaknya), mengubah namanya menjadi Kyai Gedhe Mataram. 1584 Sutawijaya menggantikan ayahnya Kyai Gedhe Mataram sebagai pemerintah lokal dari Mataram, memerintah dari Kota Gede. 1585 Sultan Aceh mengirim surat kepada Elizabeth I dari Britania. Kapal Portugis yang dikirim untuk membangun sebuah benteng dan misi di Bali karam tepat
di lepas pantai. 1587 Sutawijaya mengalahkan Pajang dan Joko Tingkir meninggal; garis keturunan beralih kepada Sutawijaya. Gunung Merapi meletus. Portugis di Melaka menyerang Johor. Portugis menandatangani perjanjian perdamaian dengan Sultan Aceh. Sir Thomas Cavendish dari Britania mengunjungi Jawa. 1588 Sutawijaya mengganti namanya menjadi Panembahan Senopati; merebut Pajang dan Demak. 1590 Desa asli Medan didirikan.
1591 Senopati merebut Madiun, lalu Kediri. Sir James Lancaster dari Britania tiba di Aceh dan Penang, tetapi misinya gagal. Ternate menyerang Portugis di Ambon. 1593 Ternate mengepung Portugis di Ambon kembali. 1595 2 April, ekspedisi Belanda di bawah De Houtman berangkat ke Hindia Belanda. Suriansyah menjadikan Banjar di Kalimantan sebuah Kesultanan (belakangan Banjarmasin). Portugis membangun benteng di Ende, Flores.
Mulai tahun 1602 Kongsi dagang VOC yang didirikan di Republik Persekutuan Tujuh Provinsi bersaing dengan kerajaan Portugal dan Kerajaan Spanyol dalam dominasi perdagangan rempah di Hindia Timur (Nusantara), secara perlahan-lahan menjadi penguasa wilayah yang kini adalah Indonesia, dengan memanfaatkan Perselisihan dan perpecahan di antara kerajaan-kerajaan kecil yang telah menggantikan
Majapahit. VOC berhasil mengeliminasi Kongsi dagang EIC yang didirikan oleh kerajaan Inggris yang bertahan di bengkulu hingga 1824, satu-satunya koloni Portugal yang masih bertahan hingga abad 20 adalah Timor Portugis, yang tetap dikuasai Portugal hingga 1975 ketika berintegrasi menjadi provinsi Indonesia bernama Timor Timur.
Pada abad ke-17 dan 18 Hindia Belanda tidak dikuasai secara langsung oleh pemerintah Belanda namun oleh perusahaan dagang bernama Perusahaan Hindia Timur Belanda (bahasa Belanda: Verenigde Oostindische Compagnie atau VOC). VOC telah diberikan hak monopoli terhadap perdagangan dan aktivitas kolonial di wilayah tersebut oleh Parlemen Belanda pada tahun 1602. Markasnya berada di Batavia, yang kini bernama Jakarta.
Kongsi Dagang VOC dan dilanjutkan oleh pemerintah kolonial Belanda mendominasi Indonesia selama hampir 350 tahun (antara 1602 dan 1945), kecuali untuk suatu masa pendek dimana sebagian kecil dari Indonesia dikuasai Britania setelah Perang Jawa Britania-Belanda (perpanjangan dari perang Napoleonik di Eropa) dan masa penjajahan Jepang pada masa Perang Dunia II. Pada masa penguaasaan VOC terhadap nusantara banyak penduduk di nusantara
menderita akibat monopoli, peperangan dan pajak dari VOC, salah satu perusahaan terbuka yang terbesar dalam sejarah, Setelah VOC bangkrut pada 1799 dan aset-asetnya di nusantara diambil alih oleh kerajaan Belanda dalam bentuk pemerintahan kolonial, Belanda mulai mengembangkan Hindia Belanda menjadi salah satu kekuasaan kolonial terkaya di dunia. 350 tahun
penjajahan Belanda bagi sebagian orang adalah berlebihan karena banyak wilayah di Indonesia seperti Aceh dan Papua baru ditaklukkan secara penuh oleh Belanda mendekati abad ke 20.
Tujuan utama VOC adalah mempertahankan monopolinya terhadap perdagangan rempah-rempah di Nusantara. Hal ini dilakukan melalui penggunaan dan ancaman kekerasan terhadap penduduk di kepulauan-kepulauan penghasil rempah-rempah, dan terhadap orang-orang non-Belanda yang mencoba berdagang dengan para penduduk tersebut. Contohnya, ketika penduduk Kepulauan Banda terus
menjual biji pala kepada pedagang Inggris, pasukan Belanda membunuh atau mendeportasi hampir seluruh populasi dan kemudian mempopulasikan pulau-pulau tersebut dengan pembantu-pembantu atau budak-budak yang bekerja di perkebunan pala.
VOC menjadi terlibat dalam politik internal Jawa pada masa ini, dan bertempur dalam beberapa peperangan yang melibatkan pemimpin Mataram dan Banten.
Setelah VOC (Vereenigde Oostindische Compagnie) jatuh bangkrut dan dibubarkan pada akhir abad ke-18, tepatnya adalah pada tahun 1 Januari 1800 dan setelah Belanda kalah Perang Eropa dan dikuasai Perancis, maka Hindia Belanda jatuh ke tangan Perancis, walaupun secara pemerintahan masih di bawah negara kesatuan Republik Belanda (hingga 1806), kemudian dilanjutkan Kerajaan Hollandia
(hingga 1810). Sejak saat itu dimulailah perang perebutan kekuasaan antara Perancis (Belanda) dan Britania Raya, yang ditandai dengan peralihan kekuasaan beberapa wilayah Hindia Belanda dan perjanjian, antara lain Persetujuan Amiens hingga Kapitulasi Tuntang.
Dalam masa ini Hindia Belanda berturut-turut diperintah oleh Gubernur Jenderal Overstraten, Wiese, Daendels, dan yang terakhir adalah Janssens. Pada masa Daendels dibangunlah Jalan Raya Pos (jalur Pantura sekarang), kemudian meluaskan daerah jajahan hingga ke Lampung, namun kehilangan Ambon, Ternate dan Tidore yang direbut Britania. Tahun 1810 ketika Perancis menganeksasi Belanda, maka bendera Perancis dikibarkan
di Batavia, dan Daendels kembali ke Eropa untuk berperang di bawah Napoleon. Janssens, penggantinya, tidak memerintah lama, karena Britania di bawah Lord Minto datang dan merebut Jawa dari Belanda-Perancis.
Setelah Britania menguasai Jawa, pemerintahan beralih sementara dari Belanda ke Britania, hingga akhir perang Napoleon pada 1816 ketika Britania harus mengembalikan Hindia Belanda kepada Kerajaan Belanda. Lord Minto menjadi Gubernur Jenderal pertama yang bermarkas di India, sedangkan Raffles diangkat menjadi Letnan Gubernur yang memimpin Jawa. Raffles kemudian membenahi pemerintahan di Jawa sesuai sistem pemerintahan Britania.