Paus Pius XII
Akibat kontroversi dari "Sang Deputi", pada tahun 1964 Paus Paulus VI mengizinkan para cendekiawan Yesuit untuk meneliti arsip-arsip Departemen Dalam Negeri Vatikan, yang biasanya tidak dibuka selama tujuh puluh lima tahun. "Actes et Documents du Saint Siège relatifs à la Seconde Guerre Mondiale" (Tindakan-tindakan dan Dokumen-dokumen dari Sri Paus selama Perang Dunia II) diterbitkan dalam
sebelas jilid antara tahun 1965 dan tahun 1981. Jilid-jilid ini diterbitkan oleh Angelo Martini, Burkhart Schneider, Robert Graham, dan Pierre Blet. Pierre menerbitkan sebuah rangkuman dari sebelas jilid ini. Keempatnya, dengan Robert Graham yang paling sering, menerbitkan artikel-artikel dan buku-buku berdasarkan topik ini.
Pada tahun 1999, buku "Hitler's Pope" (Paus milik Hitler) karya John Cornwell mengkritik Paus Pius XII karena tidak cukup melakukan atau menyuarakan penentangan terhadap holocaust. Cornwell menilai bahwa seluruh karier Paus Pius XII sebagai "nuncio" untuk Jerman, Kardinal Sekretaris Negara, dan Paus ditandai dengan sebuah keinginan yang besar untuk meningkatkan dan memusatkan kekuasaan
Tahta Kepausan, dan ia menempatkan lebih rendah penentangannya terhadap Nazi dibandingkan tujuannya tersebut. Ia lebih lanjut menilai bahwa Paus Pius XII adalah antisemit dan akibatnya ia tidak terlalu peduli dengan nasib orang-orang Yahudi Eropa.
Karya Cornwell merupakan karya pertama yang menelaah pengakuan-pengakuan dari proses beatifikasi Paus Pius XII dan juga banyak dokumen dari masa "nuncio" Pacelli yang baru saja dibuka sesuai dengan aturan tujuh puluh lima tahun arsip-arsip Kesekretariatan Negara Vatikan. Cornwell menyimpulkan bahwa "kegagalan Pacelli untuk menanggapi besarnya kekejaman kasus holocaust lebih
dari hanya sebuah kegagalan pribadi. Hal ini adalah juga kegagalan dari Tahta Kepausan dan kebudayaan Katolik yang besar".
Karya Cornwell ini menerima banyak pujian maupun kritik. Kebanyakan pujian bagi Cornwell berpusat pada pernyataannya bahwa dirinya adalah seorang umat Katolik yang mencoba untuk "membersihkan" Paus Pius XII dengan karyanya. Karya-karya tulis seperti "Under His Very Windows: The Vatikan and the Holocaust in Italy" (2000, Di Bawah Jendelanya Sendiri: Vatikan dan Holocaust di Italia) karya Susan Zuccotti dan "The Catholic Church and the Holocaust,
1930-1965" (2000, Gereja Katolik dan Holocaust Tahun 1930-1965) sangat kritis baik terhadap Cornwell maupun terhadap Paus Pius XII.
Segi ilmiah dari karya Cornwell menerima banyak kritik. Salah satu contoh, Kenneth L. Woodward menyatakan dalam ulasannya mengenai buku Cornwell tersebut di majalah Newsweek bahwa "terdapat kesalahan mengenai fakta dan ketidak-tahuan mengenai konteks sejarah hampir di setiap halamannya". Cornwell sendiri memberikan masukan yang lebih membingungkan mengenai tindakan Paus Pius
XII dalam sebuah wawancara tahun 2004. Ia menyatakan bahwa "Paus Pius XII memiliki cakupan tindakan yang sangat sempit sehingga adalah sesuatu yang tidak mungkin untuk menilai alasan dari kebisuannya selama masa perang". Paling belakangan, buku "The Myth of Hitler's Pope" (Mitos mengenai Paus milik Hitler) karya Rabbi David Dalin menilai bahwa para pengkritik Paus Pius XII
adalah orang-orang Katolik liberal dan orang-orang bekas Katolik yang "mengeksploitasi tragedi orang-orang Yahudi selama Holocaust untuk membantu mengembangkan agenda politik mereka sendiri untuk memaksakan perubahan dalam Gereja Katolik masa kini" dan bahwa Paus Pius XII nyatanya berjasa atas penyelamatan hidup beribu-ribu orang Yahudi.
Pada tahun 1999, dalam sebuah usaha untuk mengakhiri kontroversi ini, Vatikan membentuk International Catholic-Jewish Historical Commission (ICJHC) atau Komisi Sejarah Katolik-Yahudi Internasional, sebuah badan yang terdiri atas tiga orang cendekiawan Yahudi dan tiga orang cendekiawan Katolik untuk menyelidiki peran Gereja semasa Holocaust. Pada tahun 2001, ICJHC menerbitkan penemuan awalnya yang menimbulkan
beberapa pertanyaan mengenai cara Vatikan berurusan dengan Holocaust, berjudul "The Vatican dan the Holocaust: A Preliminary Report" (Vatikan dan Holocaust: Sebuah Laporan Awal).
Komisi ini menemukan dokumen-dokumen yang merujuk dengan jelas bahwa Paus Pius XII sadar akan penganiayaan anti-Yahudi yang meluas pada tahun 1941-1942, dan mereka mencurigai bahwa pihak Gereja mungkin terpengaruh untuk tidak membantu imigrasi orang-orang Yahudi dari "nuncio" di Chili dan wakil Tahta Kepausan di Bolivia yang mengeluhkan "invasi orang-orang Yahudi" ke
negara-negara mereka, tempat orang-orang Yahudi ini terlibat di dalam "transaksi bisnis yang tidak jujur, aksi-aksi kekerasan, tindakan-tindakan tidak bermoral, dan bahkan sikap tidak hormat kepada agama".
ICJHC mengajukan 47 pertanyaan mengenai cara Gereja berurusan dengan Holocaust, meminta agar dokumen-dokumen yang belum pernah diterbitkan kepada publik sebelumnya dikeluarkan agar mereka bisa meneruskan pekerjaan mereka. Karena tidak memperoleh izin tersebut, komisi ini dibubarkan pada bulan Juli 2001 tanpa pernah mengeluarkan satu laporan akhir pun. Tak puas dengan penemuan-penemuan ini, Dr. Michael Marrus,
salah satu dari tiga orang Yahudi anggota komisi tersebut, menyatakan bahwa komisi mereka "bertubrukan dengan sebuh tembok batu... seharusnya akan menjadi sesuatu yang sangat membantu apabila memiliki dukungan dari Tahta Suci mengenai masalah ini".