Kira Yamato
Saat Archangel mengalami defisit air (akibat banyaknya penumpang dan kru), para eksekutif di Archangel pun terpaksa mencari air di luar angkasa, dan akhirnya mereka ke reruntuhan Junius Seven yang dulunya merupakan kota argraris. Di sana, Kira menembak satu buah GINN yang melindungi sebuah pesawat luar angkasa, dan akhirnya bertemu dengan Lacus Clyne, seorang diva pop yang juga merupakan tunangan Athrun, setelah mengambil "life pod" yang mengapung.
Pada saat pertarungan selanjutnya bersama Athrun, Natarle Badgiruel pun menggunakan Lacus sebagai tameng untuk melindungi Archangel dari kehancuran, setelah satu skuaton Earth Alliance dihancurkan oleh pasukan ZAFT, yang juga membunuh wakil meneri luar negeri George Allster (ayah Flay Allster). Athrun pun bersumpah untuk menolong Lacus, tunangannya tersebut.
Selanjutnya, Kira pun mengembalikan Lacus ke pangkuan Athrun. Athrun lagi-lagi meminta Kira agar bergabung dengan ZAFT, tetapi Kira lagi-lagi menolaknya dengan menggunakan alasan yang sama. Athrun pun berkata kepada Kira, bahwa lain kali mereka bertemu ia tidak akan bimbang untuk membunuhnya; Kira pun berkata demikian. Lacus pun terlihat sedih sesaat
setelah Kira terpisah darinya, dan menyadari bahwa Kira membenci perang, tetapi ia memiliki kekuatan untuk bertarung.
Ketika Flay menyaksikan ayahnya terbunuh oleh ZAFT, ia marah besar kepada Kira mengapa ia tidak melindungi ayahnya, setelah berjanji akan melakukannya. Flay pun menuduh Kira tidak serius bertarung mengingat lawannya adalah Athrun Zala. Tuduhan ini jelas menjadikan luka baru di hati Kira. Selanjutnya, Flay pun meminta maaf, dan berpura-pura suka
terhadapnya untuk memanfaatkannya agar membunuh semua Coordinator yang jadi musuhnya untuk dirinya. Kira pun mengembalikan rasa suka tersebut dengan bertarung mati-matian. Bahkan cara bertarung Kira menjadi lebih membabi buta (dengan mengaktifkan mode SEED di dalam dirinya) saat merusak GAT-X102 Duel Gundam dan merusak wajah pilotnya, Yzak Joule.
Selanjutnya, ketika Archangel bertemu dengan pasukan Earth Alliane di markas militer di Bulan, Flay dan kemudian teman-teman Kira menjadi sukarelawan dan mendaftarkan dirinya untuk masuk ke dalam susunan militer. Kira pun ikut-ikutan mendaftarkan diri, secara resmi. Sesaat setelahnya, ketika sebuah pertarungan yang menyebabkan kehancuran armada kedelapan pimpunan Jendral Haliburton,
Kira gagal melindungi sebuah pesawat ulang alik yang tertembak oleh Yzak yang bersumpah akan membalas dendam kepada Kira. Yzak menembaknya, dengan berpikiran bahwa di dalamnya terdapat orang-orang militer (padahal di dalamnya adalah orang-orang sipil) yang lari dari kepungan para prajurit ZAFT.
Hal ini terus menghantui Kira untuk waktu yang lama. Salah satu penumpang pesawat ulang alik itu, adalah seorang anak kecil perempuan bernama Elle yang memberinya origami berbentuk bunga kepadanya, sebagai tanda terima kasih kepadanya telah melindungi dirinya di atas Archangel pada beberapa pertarungan sebelumnya. Pada saat Flay membawa origami bunga tersebut kepada
Kira, Kira malah menangis. Flay pun menciumnya. Selanjutnya, Kira pun terobsesi untuk selalu melindungi Archangel dari serangan musuh. Hal ini menjadikan Kira semakin membabi buta dalam menghancurkan musuh-musuhnya (bahkan tanpa ampun ia menghancurkan beberapa BuCUE) saat pertarungan di padang pasir.
Saat bertarung dengan pasukan Kira di Afrika Utara bersama dengan sebuah kelompok pemberontak yang menamakan dirinya Desert Dawn, Kira bertemu kembali dengan orang yang diselamatkannya dulu di Heliopolis, Cagalli Yula Atha. Cagalli mengatakan kepadanya sangat khawatir akan Kira, dan saat melihatnya menjadi pilot mobile suit Strike, ia pun sangat terkejut.
Setelah sebuah skuadron BuCUE yang berada di bawah pimpinan Andrew Waltfeld menghancurkan sebuah desa Tassil, Cagalli dan beberapa anggota Desert Dawn pun tanpa pikir panjang mengejar mereka, yang akhirnya menewaskan beberapa petarung Desert Dawn, termasuk salah seorang temannya, Ahmad El Fasi. Kira datang tepat waktu untuk menyelamatkan Cagalli dan menggunakan mode SEED untuk membunuh beberapa pilot BuCUE. Setelah pertarungan
berakhir, Kira berdebat dengan Cagalli. Kira pun bertanya kepadanya, apakah bisa melindungi sesuatu hanya dengan perasaan saja sebagai senjata? Kira pun menampar Cagalli di muka.
Selanjutnya, Kira dan Cagalli pun keluar ke kota untuk membeli beberapa bahan makanan. Pada saat mereka berdua duduk hendak memakan Kebab, mereka bertemu dengan Andrew Waltfeld yang sedang menyamar. Kemudian, ada segerombolan teroris Blue Cosmos yang menyerang Andrew. Pada saat kebingungan, Kira menyelamatkan Andrew dari sebuah senapan yang diarahkan kepadanya dari belakang. Andrew pun berterima
kasih kepadanya telah menyelamatkan dirinya, dan akhirnya ia memperlihatkan siapa dirinya. Cagalli pun sadar bahwa ia adalah musuh Desert Dawn.
Andrew membawa Kira dan Cagalli ke markas besarnya, meskipun mereka mau pergi, untuk berterima kasih kepadanya. Pada saat Cagalli, yang saat itu terkena saus cabe dan yoghurt, sedang membersihkan dirinya, Kira dan Andrew pun bercakap-cakap.
Aisha (pacar Andrew Waltfeld) pun memberikan kepada Cagalli baju gaun yang elegan. Ketika Cagalli dipertemukan lagi dengan Andrew, Andrew ternyata mengambil sebuah pistol dan menodongkannya kepada Cagalli dan menanyakan kepadanya apakah perang akan selesai setelah semua musuh telah mati? Andrew berkata bahwa ia tidak tahu mengapa Kira bertarung dengan orang-orang dari rasnya sendiri
(Coordinator), tetapi selama Kira menjadi pilot Strike, maka Andrew menganggap Kira sebagai musuh. Kemudian, Andrew pun menaruh senjata yang tadinya ditodongkan kepadanya dengan beranggapan bahwa sekarang ini adalah bukan di medan pertempuran, tetapi di rumahnya, sekalian juga ia berterima kasih kepada Kira telah menyelamatkannya. Ia pun mengizinkan Kira dan Cagalli untuk pulang ke Archangel.
Karena saling mengetahui, Kira dan Andrew pun merasa kesulitan dalam pertarungan selanjutnya. Kira menaiki Strike sementara Andrew menaiki mobile suit yang baru, TMF/A-803 LaGOWE untuk bertarung secara pribadi dengan Kira. Kira pun menyatakan kepadanya untuk berhenti saat kapal induknya, Lesseps, telah hancur, tetapi Andrew masih keras kepala dan mengatakan bahwa perang tidak akan
selesai hingga salah satu di antara keduanya mati. Kira pun mengaktifkan mode SEED di dalam dirinya dan menghancurkan LaGOWE yang dipiloti oleh Andrew dan Aisha, menewaskan Aisha dan mengambil satu lengannya. Kira pun menangis saat LaGOWE hancur, karena memang Kira tidak mau membunuh Andrew.
Ketika menuju Alaska melalui Samudra Hindia, Kira mengingat pertarungan sebelumnya dengan Andrew, kematian ayahnya Flay, dan pesawat ulang alik sipil yang gagal dilindunginya, dan kemudian menangis. Cagalli datang dan langsung memeluk badannya dan bilang kepadanya bahwa semuanya akan baik-baik saja, dan akhirnya Cagalli pun memegang tangannya. Cagalli bilang kepadanya bahwa semua itu dilakukan hanya untuk mencegah Kira menangis.
Cagalli bertanya mengapa dirinya, yang adalah seorang Coordinator, berada di Earth Alliance yang semuanya adalah Natural. Kira pun mengingat beberapa kali ia ditanyai hal yang serupa. Cagalli pun bertanya apa yang dapat dilakukan oleh Coordinator, dan Kira pun menjawabnya bahwa semua kemampuan Coordinator tidaklah datang dari masa kelahiran, tetapi datang dari proses belajar dan latihan. Flay, yang
memanfaatkan Kira, mendengar suara mereka berdua dan cemburu terhadap Cagalli. Flay pun membuka seragam Earth Alliance dan memeluk Kira.
Kemudian, ketika Archangel berada Orb untuk melakukan reparasi, Kira mengakhiri hubungannya dengan Flay. Di sini tidak dijelaskan apakah Kira mengetahui Flay hanya memanfaatkan Kira atau tidak. Ia juga bertemu dengan Athrun "face-to-face", setelah Torii terbang menuju dirinya, yang sedang mencari keberadaan Archangel yang selama beberapa kali pertarungan tidak dapat dihancurkan. Meskipun Athrun sangat