Thomas Müller
memanfaatkan tendangan titik untuk saat ini." Dia bermain dalam UEFA Super Cup. Pada 25 September saat menghadapi Hannover 96 di babak kedua DFB-Pokal, Müller menambahkan dua gol ke dalam jumlah gol yang dicetaknya hanya dalam dua pertandingan. Pada 28 September, Müller mencetak satu-satunya gol dalam kemenangan 1-0 atas VfL Wolfsburg, memberikannya gol pertama pada musim Bundesliga 2013-2014. Müller mencetak gol
pertamanya di Liga Champions UEFA 2013-2014 dan Bayern mengalahkan Manchester City 3-1 di City of Manchester Stadium pada 2 Oktober. Dia bermain dalam suatu pertandingan di Piala Dunia Antarklub FIFA.
Pada 17 Mei 2014, Müller mencetak gol kedua bagi Bayern dalam pertandingan Final DFB-Pokal 2014 melawan Borussia Dortmund dengan skor akhir 2-0 setelah perpanjangan waktu, memberikan "die Roten" gelar "double" kesepuluh di liga dan piala domestik dalam sejarah klub. Müller menjadi pencetak gol terbanyak dalam turnamen dengan delapan gol dalam lima penampilan. Dia menuntaskan musim dengan mencetak 13 gol dalam 31 pertandingan liga, delapan gol dalam lima pertandingan DFB-Pokal, dan lima gol dalam 12 pertandingan Liga Champions.
Setelah musim 2013-2014, Müller menandatangani kontrak baru yang membuatnya bertahan di Bayern hingga 2019 dan menolak tawaran kontrak dari Manchester United. Müller bermain dalam pertandingan DFL-Supercup 2014, yang merupakan pertandingan pertama bagi Bayern pada musim 2014-2015. Akan tetapi, Bayern kalah dengan skor 2-0. Gol pertamanya untuk musim ini adalah gol yang dihasilkan pada pertandingan melawan Preußen Münster dalam
DFB-Pokal pada tanggal 17 Agustus 2014. Kemudian di laga pembuka Bundesliga, pada 22 Agustus, Müller mencetak gol pembuka Bundesliga musim ini saat menghadapi VfL Wolfsburg. Bayern memenangkan pertandingan dengan skor 2-1.
Pada 11 Maret 2015, Müller mencetak dua gol saat menghadapi Shakhtar Donetsk dengan kemenangan 7-0 sekaligus mengimbangi mantan rekan setim Mario Gómez sebagai pemain Jerman yang mencetak gol terbanyak dalam sejarah Liga Champions UEFA. Dia kemudian memimpin perolehan gol sebagai pemain Jerman saat mencetak gol dalam kemenangan 6-1 atas Porto pada 21 April. Dia menyelesaikan musim dengan 13 gol dalam 32 pertandingan
liga, satu gol dalam lima pertandingan DFB-Pokal, dan tujuh gol dalam sepuluh pertandingan Liga Champions.
Müller memulai musim ini dengan bermain dalam pertandingan DFL-Supercup melawan VfL Wolfsburg. Dia memulai musim liga dengan mencetak dua gol ke gawang Hamburger SV, satu gol ke gawang 1899 Hoffenheim, dua gol ke gawang Bayer Leverkusen, dan satu gol ke gawang FC Augsburg dalam empat "matchday" pertama. Dia mencetak gol dari titik penalti saat melawan Bayer Leverkusen dan Augsburg. Akan tetapi, dia gagal mencetak gol dalam
tiga pertandingan Bundesliga berikutnya yang dilakoninya. Dia gagal mengonversi tendangan penalti menjadi gol saat menghadapi Mainz 05 di "matchday" tujuh. Gol berikutnya di Bundesliga tercipta saat dia mencetak dua gol ke gawang Borussia Dortmund di "matchday" delapan. Salah satu golnya diciptakan dari titik penalti. Kemampuannya mencetak gol berlanjut di kompetisi yang lain. Dia mencetak dua gol saat
menghadapi Wolfsburg di babak kedua DFB-Pokal; dan di Liga Champions, dua gol melawan Olympiacos, dua gol ke gawang Arsenal, dan satu gol pada "leg" kedua melawan Olympiacos. Saat mencetak gol dalam kemenangan kandang melawan Olympiacos, Müller menjadi pemain termuda yang memenangkan 50 pertandingan Liga Champions UEFA, memecahkan rekor Lionel Messi setelah bertahan selama 14 bulan.
Pada 9 Desember 2015, Müller menjadi pemain pengganti untuk Franck Ribéry pada menit ke-46 dalam kemenangan 2-0 atas Dinamo Zagreb. Dia gagal mengonversi tendangan penalti pada pertandingan tersebut dan mengakhiri babak grup dengan lima gol dalam enam penampilan. Pada 18 Desember, Müller menandatangani kontrak baru bersama Bayern, yang mempertahankannya dalam klub hingga 2021. Pada 19 Desember, Bayern mengalahkan Hannover 96 dengan skor 1-0
berkat gol dari titik penalti oleh Müller. Bayern memulai jeda musim dingin setelah pertandingan. Müller mengakhiri paruh awal musim liga dengan 14 gol dari 17 penampilan, termasuk lima gol dari titik penalti dalam enam peluang. Dia telah mencetak 21 gol dalam 25 penampilan di semua kompetisi hingga jeda musim dingin.
Pada 12 Maret 2016, Müller mencetak dua gol dalam kemenangan 5-0 atas Werder Bremen. Empat hari kemudian, saat Bayern tertinggal 1-2 di "leg" kedua dari babak 16 besar Liga Champions, dia mencetak gol penyeimbang pada menit ke-91 sebelum Bayern memenangkan pertandingan melalui perpanjangan waktu dengan skor akhir 4-2 (agregat 6-4).
Pada 19 April 2016, Müller mencetak dua gol saat Bayern mengalahkan Werder Bremen di babak semi-final DFB-Pokal dengan skor 2-0. Gol pertamanya dalam pertandingan ini merupakan gol ke-150 yang dia persembahkan bagi klub di semua kompetisi.
Pada 3 Mei, tendangan penalti Müller diselamatkan oleh Jan Oblak dalam "leg" kedua semi-final Liga Champions saat menjamu Atlético Madrid. Pertandingan berakhir dengan kemenangan 2-1 bagi Bayern tetapi tersingkir karena peraturan gol tandang.
Dia mengakhiri musim dengan mencetak 20 gol dalam 31 pertandingan liga, empat gol dalam lima pertandingan DFB-Pokal, dan delapan gol dalam 12 pertandingan Liga Champions. Namun, dia tidak mencetak gol dalam pertandingan DFL-Supercup.
Müller memulai musim dengan mencetak gol dan memenangkan pertandingan DFL-Supercup 2016 melawan Borussia Dortmund pada 14 Agustus 2016. Pada pertandingan liga, Müller tidak mencetak gol selama 999 menit hingga dia berhasil mencetak gol selama pertandingan kandang melawan VfL Wolfsburg pada menit ke-76. Dia mengakhiri musim 2016-2017 dengan mencetak lima gol dalam 29 penampilannya di Bundesliga, tidak ada gol dalam tiga penampilan di
DFB-Pokal, dan tiga gol dalam sembilan penampilan di Liga Champions. Müller menambah rekor dalam kariernya dengan 12 "assist" di Bundesliga.
Beberapa pakar sepak bola Jerman seperti Lothar Matthäus menyalahkan manajer Carlo Ancelotti karena perjuangan Müller di depan gawang. Ancelotti lebih sering menggunakan Thiago Alcântara sebagai pemain di belakang penyerang, posisi utama Müller. Müller sering dicadangkan pada beberapa pertandingan penting di Eropa dan Bundesliga.
Müller memulai musim 2017-2018 dengan bermain dalam pertandingan DFL-Supercup 2017. Dia bermain selama 67 pertama sebelum digantikan oleh Kingsley Coman. Gol pertamanya pada musim ini dicetak pada pertandingan melawan Mainz di "matchday" empat dari Bundesliga. Pada 21 Januari 2018, dia mencetak dua gol ke gawang Werder Bremen pada pertandingan Bundesliga. Pada 20 Februari, Müller mencetak dua gol ke gawang Beşiktaş di Liga Champions.
Müller memulai musim 2018-2019 dengan bermain sebagai pemain lini utama dalam pertandingan DFL-Supercup 2018. Dia digantikan oleh Leon Goretzka pada menit ke-64. Müller mencetak gol dalam dua pertandingan pertama Bundesliga musim ini. Dia mencetak gol dalam pertandingan babak kedua DFB-Pokal melawan SV Rödinghausen. Dia mencetak dua gol ke gawang Fortuna Düsseldorf dalam pertandingan Bundesliga pada 24 November 2018. Pada 12 Desember, Müller bermain dalam pertandingan Liga Champions
yang ke-105 dalam kariernya, yakni dalam pertandingan Liga Champions melawan Ajax, sekaligus mengimbangi legenda klub Philipp Lahm sebagai pemegang rekor penampilan terbanyak di Liga Champions bersama Bayern. Pada pertandingan yang sama, Müller dikeluarkan dari lapangan untuk pertama kalinya setelah diganjar kartu merah langsung. Akibat dari pelanggaran tersebut, dia mendapat hukuman berupa larangan bermain selama
dua pertandingan di Liga Champions. Pada 15 Desember, Müller membuat penampilannya yang ke-300 di Bundesliga untuk Bayern dalam pertandingan melawan Hannover 96.