Kira Yamato
mengetahui bahwa Kira adalah pilot Strike, ia tidak memberitahukan kepada semua rekan-rekannya (Dearka Elthman, Nicol Amalfi, dan Yzak Joule yang sangat ingin membunuh Kira akibat luka yang diderita di wajahnya).
Sebelum meninggalkan Orb dengan Archangel, Cagalli memberitahukan kepada Kira bahwa orang tuanya sedang melihat dirinya. Kira memberitahukan kepada Cagalli untuk memintakan maaf kepada mereka, dan memberitahukan bahwa Kira tidak dapat bertemu dengan mereka, karena mungkin nantinya Kira akan mengatakan sesuatu yang ia tidak sadari dan kemudian ia menyesalinya. Cagalli pun
kemudian memeluknya dengan menangis dan bilang kepadanya jangan mati dan kembali ke Orb untuk bertemu dengannya. Kira pun berjanji hal itu akan dilakukannya, tanpa tahu ada bahaya yang mengintainya kemudian.
Ketika dalam perjalanan menuju markas besar Earth Alliance di Alaska, JOSH-A, Archangel pun diserang oleh Athrun dan kawan-kawan. Pada awal-awal pertarungan dengan mereka, Kira dapat mengalahkan mereka, dengan merusak mobile suit bawaan mereka sehingga mereka tidak dapat menyerang Archangel lagi. Kira pun bertarung satu lawan satu dengan Athrun, dan Athrun pun dikalahkan karena baterai Aegis mulai habis dan mengalami "Phase
Shift Down", dan ketika hendak menghancurkan Aegis, Nicol muncul dari samping Strike untuk melindungi Athrun dari Strike dan langsung menyerang Kira. Kira, secara tidak sengaja, menghindar dan langsung menebas kokpit Blitz beserta pilotnya, Nicol. Saat kembali ke pangkalan, Athrun menyadari bahwa hanya dengan kematian Kira, kematian Nicol dapat dihindari dan kemudian ia pun marah dan akan membunuh Kira, pada kemudian hari mereka bertemu.
Sesuai janjinya, Kira pun bertemu kembali dengan Athrun. Athrun,beserta Yzak dan Dearka yang masih dendam akan kematian Nicol, menyerang Archangel dengan ganas. Mereka pun berhasil merusak sebagian persenjataan Archangel, terutama Athrun. Kira dan Strike-pun turun tangan, dan berhasil melumpuhkan Duel, meski pada saat jatuh Duel sempat menembak hancur "beam rifle" Strike. Kira lalu
bertempur dengan Athrun, dan pada saat keduanya bertarung di sebuah pulau kecil, mereka menyerang saling membabi-buta. Tolle Koenig akhirnya turun membantu Strike menggunakan FX-550 Skygrasper unit 2, dan menembakkan rudal menuju Aegis. Athrun berhasil menghindar dan akhirnya membunuh Tolle dengan melemparkan "shield" Aegis dan tepat mengenai kokpit. Karena sangat marah, Kira pun mengaktifkan mode
SEED miliknya untuk membalas dendam Tolle, begitu pun dengan Athrun, ia mengaktifkan mode SEED miliknya. Pertarungan keduanya terlihat seimbang, sampai Athrun mengaktifkan fungsi "self-destruct" milik Aegis dan mengunci Strike untuk menghancurkannya dan membunuh Kira, sementara dirinya sendiri keluar dari kokpit. Aegis pun meledak, dan memberikan "damage" yang sangat parah terhadap Strike. Kira pun mengalami cedera cukup parah.
Meskipun Kira telah dianggap mati, baik oleh kru Archangel maupun pasukan ZAFT, Kira ternyata berada di PLANT, di rumah Lacus Clyne. Dalam versi Anime, tidak dijelaskan bagaimana caranya Kira bisa sampai ke taman dimana Malchio dan anak-anak yatim yang dilindunginya berada, tetapi memang Malchio-lah yang membawa Kira kepada Lacus Clyne. Tapi, dalam manga Gundam
SEED (diterbitkan di Indonesia oleh M dan C), hal tersebut dijelaskan bagaimana Kira terlempar ke taman rumah Malchio, sebelum sadarkan diri. Dalam manga Astray, ia bahkan ditarik dari reruntuhan Strike oleh anggota Junk Guild, Lowe Guele, yang kemudian memberikannya kepada Malchio. Kira pun kemudian berterima kasih kepada Lowe Guele saat ReHOME memberikan suplai kepada aliansi tiga kapal pada akhir-akhir perang.
Pada saat itu, Lacus dan Kira pun semakin dekat antara satu dengan lainnya. Lacus memberitahukan kepada Kira bahwa dirinya aman berada di PLANT, dan ia dapat tinggal di situ selama ia mau. Tapi, ternyata, ia tidak sengaja mendengar pesan Eileen Canaver, salah satu anggota dewan ZAFT kepada Siegel Clyne bahwa sasaran operasi Spit Break bukanlah Panama, tetapi
pangkalan militer JOSH-A, di Alaska, markas besar pasukan Earth Alliance dan juga tempat dimana Archangel berada saa itu. Kira pun memutuskan bahwa ia tidak dapat berlama-lama di PLANT dan kembali ke Bumi untuk menyelamatkan teman-temannya. Lacus pun membantu Kira untuk memasuki markas ZAFT dan memberikan ZMGF-X10 A Freedom Gundam kepadanya, sembari menciumnya di pipi. Akhirnya, Kira pun turun ke Bumi untuk membantu Archangel dengan menggunakan "mobile suit" barunya.
Pada saat Kira muncul di hadapan Archangel, Murrue Ramius memberitahukan kepada Kira bahwa ada sebuah superweapon yang dipasang di bawah tanah Alaska. Kira pun mengaktifkan mode SEED-nya dan kemudian menyebarkan berita bahwa akan ada bahaya yang mengintai. Yzak menolak untuk percaya dan menyerang Freedom dengan Duel miliknya. Meskipun Yzak membunuh Elle dan para pengungsi Heliopolis
lainnya, Kira menghindari serangan ke kokpit Duel, dan tidak mau membalas dendam untuk mereka. Malahan Kira menjadikan Duel Gundam miliknya tidak dapat bergerak, dengan dihancurkannya kaki serta tangannya, dan menendangnya ke bawah sebelum diselamatkan oleh rekan ZAFT lainnya.
Setelah serangan besar-besaran JOSH-A, Archangel pun keluar dari Earth Alliance untuk membelot ke Orb, karena jika mereka ke Panama, sama saja itu dengan bunuh diri. Pada saat sampai di Orb, Cagalli pun menyambut Kira dengan pelukan hingga keduanya jatuh ke tanah. Cagalli menyebut Kira sebagai idiot, saat memukuli dadanya, dan sangat khawatir kepadanya, karena memang
dialah yang mencari reruntuhan Strike pada saat dimintai pertolongan oleh Archangel menyusul kehancuran Strike. Kira pun membalas Cagalli dengan mengembalikan janjinya bahwa ia akan kembali ke Cagalli.
Selanjutnya, setelah diberitahu oleh Lacus bahwa Kira masih hidup, Athrun pun mengambil keputusan bahwa Kira bukanlah musuh baginya. Dengan menggunakan ZMGF-X09 A Justice Gundam, Athrun membantu Archangel, Freedom, dan Strike yang telah diperbaiki (dinaiki oleh Mwu La Fllaga setelah sistem operasi Strike diganti dengan sistem operasi M1 Astray, sehingga dapat digunakan oleh Natural) saat serangan
terhadap Orb dilakukan oleh Earth Alliance. Setelah mengusir pasukan Earth Alliance, Athrun dan Kira pun mulai bercakap-cakap. Mereka mengakui bahwa Tolle Koenig dan Nicol Amalfi tidak harus mati, dan mereka pun mengakui bahwa mereka memiliki nafsu untuk saling membunuh dikarenakan kematian dua orang tersebut, meskipun Kira dan Athrun merupakan sahabat lama. Kira kemudian menyebutkan apa
yang harus diperangi, seperti yang dikatakan oleh Lacus Clyne, dan meminta Athrun untuk kembali bertarung bahu membahu bersamanya untuk mempertahankan Orb dan menyelesaikan perang.
Hari berikutnya, Earth Alliance kembali menyerang Orb. Uzumi Nala Athha pun mengorbankan dirinya dengan meledakkan Kaguya (tempat dimana "mass driver" milik Orb yang diincar oleh Earth Alliance berada) untuk mencegah pasukan Earth Alliance memperoleh target utamanya. Sebelum itu, Uzumi memberikan sebuah foto kepada Cagalli yang di dalamnya terdapat foto dirinya dan Kira ketika masih bayi dan memberitahukan
kepadanya meskipun ia meninggalkan dirinya, Cagalli tidaklah sendirian, karena ada saudara kembarnya, yang tidak disangka-sangka: Kira Yamato. Ketika Cagalli memperlihatka foto tersebut kepada Kira setelah Archangel dan Kusanagi ke luar angkasa, Kira pun terkejut, terutama ketika melihat wanita yang sedang menggendong keduanya bukanlah Caridad Yamato, satu-satunya ibu yang dikenalnya.
Setelah itu, Lacus Clyne dan Faksi Clyne pun bergabung dengan Archangel serta Kusanagi untuk membentuk Aliansi Tiga Kapal ("Three Ships Alliance"), yang didukung oleh Freedom dan Justice. Di manga Astray, kelompok ini mendapatkan bantuan dari Junk Guild, dan Archangel menganggap bahwa kapal perang ReHOME bertindak sebagai bala bantuan untuk aliansi tiga kapal.