Athrun Zala
Athrun ditemukan pingsan dan cedera di pantai oleh Cagalli, yang diberi tugas untuk mencari Strike dan Skygrasper yang hancur oleh Archangel. Ketika Athrun siuman, Cagalli langsung menodongkan pistol kepadanya dan memintanya untuk mengatakan apa yang terjadi dengan Kira. Athrun, dengan sangat menyesal, mengatakan bahwa dirinya telah membunuh sahabatnya. Cagalli pun marah dan bertanya
mengapa Athrun membunuh Kira, tetapi langsung dibalas karena Kira membunuh beberapa rekan dirinya sesama ZAFT dan puncaknya ketika Kira membunuh Nicol. Cagalli pun menjelaskan beberapa wasiat dari ayahnya, bahwa membunuh untuk balas dendam tidak akan membawa kedamaian, bahkan akan menambah runyam masalah. Sebelum dikembalikan ke ZAFT, Cagalli memberikan kalung jimat
kepada Athrun, dan berharap bahwa jimat tersebut akan melindunginya, karena Cagalli tidak menginginkan siapa pun mati.
Setelah kembali ke ZAFT, Athrun pun diberi medali Nebula atas prestasinya menghancurkan Strike, dan menjadi pasukan khusus ZAFT yang berada langsung di bawah Dewan PLANT. Ia pun diberi ZMGF-X09 A Justice Gundam sebagai pengganti Aegis, dan misi pertamanya adalah untuk mengambil kembali ZMGF-X10 A Freedom Gundam yang dicuri oleh Kira Yamato dengan bantuan Lacus Clyne. Lacus pun dituduh sebagai
pengkhianat karena dianggap memberikan informasi berharga mengenai operasi Spit Break dan tentunya Freedom. Tapi, Athrun tidak lantas memercayai hal itu hingga ia bertemu secara langsung dengan Lacus. Setelah bercakap-cakap, ia tersadarkan untuk apa ia bertarung, apakah untuk mendapatkan medali atau mengikuti perintah ayahnya. Lacus pada saat itu merujuk Athrun sebagai Athrun
dari ZAFT. Dan setelah itu, ia bahkan menyelamatkan Lacus dari percobaan pembunuhan oleh beberapa agen. Athrun pun mencoba untuk mengikuti perintah ayahnya, dengan mengendarai Justice Gundam. Sebelum menemukan Kira, ia kembali ke lokasi dimana ia bertarung dengan Kira dengan menggunakan Aegis dan Strike. Akhirnya ia berbicara dengan Pastur Malchio, yang memberikannya informasi mengenai perang Valentine Berdarah Pertama yang terbaru.
Setelah meninggalkan Pastur Malchio, ia akhirnya menemukan Kira di Orb, yang sedang bertarung dengan GAT-X131 Calamity Gundam, GAT-X252 Forbidden Gundam, dan GAT-X370 Raider Gundam. Athrun pada awalnya melihat saja apa yang dilakukan oleh Kira, dan ia berpikir terhadap loyalitasnya, hingga Kira kalah oleh ketiga Gundam milik Earth Alliance tersebut. Athrun pun memutuskan untuk
menyelamatkan temannya tersebut. Setelah mobile suit musuh kembali ke pangkalannya akibat habisnya bahan bakar dan juga kurangnya obat yang diberikan kepada para pilotnya, Athrun bertemu dengan Kira, mereka saling mengenang apa yang sudah terjadi. Cagalli yang melihat mereka berdua terlihat terharu dan memeluk mereka berdua, Kira dan Athrun pun tersenyum. Athrun dan Kira pun berbicara dan
mencoba untuk menyamakan pendapat keduanya. Keduanya tidak mau lagi menjadi musuh satu sama lainnya dan keduanya berkeinginan untuk mengakhiri perang Valentine Berdarah Pertama. Athrun tidak ingin Kira dan penduduk ORB mati. Akan tetapi, untuk melakukan hal tersebut keduanya harus menanggalkan atribut kemiliterannya, dan akhirnya Athrun dan Dearka Elthman pun membelot dari
ZAFT. Athrun sadar selama ini dia tidak menjadi dirinya sendiri, seperti yang dikatakan Lacus, dia hanya seorang prajurit dari ZAFT yang patuh terhadap perintah. Athrun memutusksn untuk bersama-sama mencari arti dari sebuah peperangan bersama sahabatnya Kira. Athrun juga dipengaruhi oleh perkataan Uzumi Nara Attha, yang mengatakan bahwa Patrick Zala
ingin menguasai dunia. Athrun pun ikut bertempur bersama Kira. Dia terkejut saat ORB hancur oleh peledakan yang dilakukan Uzumi (untuk menyelamatkan ORB). Saat diluar angkasa, dia terlihat khawatir dengan Cagalli setelah meninggalnya Uzumi. Athrun pun ikut membantu kru Archangel dan orang-orang yang selamat dari ORB.
Athrun kembali ke Jachin Due untuk berbicara dengan ayahnya yang telah menjadi Pemimpin Dewan Supremasi PLANT, untuk menanyakan apa keinginan sebenarnya dari ayahnya. Athrun kembali ke PLANT tanpa menggunakan Justice, malahan menggunakan pesawat milik Earth Alliance yang ada di dalam Archangel, dan berbicara dengan ayahnya mengenai perang. Akhirnya keduanya pun beradu argumentasi, dan ia
pun mengetahui bahwa keinginan ayahnya adalah untuk menghancurkan semua Natural, untuk membalas dendam kematian istrinya Lenore Zala, yang juga merupakan ibu dari Athrun Zala. Athrun pun terkejut dan ditembak oleh Patrick, karena memang ia menolak untuk memberitahukan dimana lokasi penyimpanan Justice dan Freedom. Sempat ditawan, untuk diinterogasi, akan tetapi dibebaskan oleh Martin
DaCosta (yang disuruh oleh Lacus Clyne) dan kemudian kabur dari Jachin Due dengan menggunakan Eternal. Saat mencoba untuk kabur, justru jalur Eternal pun diganggu oleh pasukan ZAFT, untuk kemudian diselamatkan oleh Kira dengan Freedomnya yang meskipun sebelumnya disuruh oleh Athrun untuk kembali ke Archangel, masih menunggu di luar PLANT.
Setelah membelot dari ZAFT. Athrun bergabung dengan aliansi tiga kapal yang terdiri dari achrangel,eternal,dan kusanagi. Pada saat itulah terjadi kisah romantis antara Athrun dan Cagalli. Athrun mengatakan akan melindungi Cagalli. Setelah mengatakan itu, Athrun mencium Cagalli dan Cagalli pun membalasnya. Dengan Justice Gundam miliknya,ia membantu aliansi tiga kapal saat
perang valentine berdarah pertama.Serta membantu menggagalkan Operasi GENESIS yang dilakukan ZAFT untuk menghancurkan bumi.
Keterlibatan Athrun dalam perang Valentine berdarah kedua adalah saat ia menemani Cagalli Yula Athha (Kepala Perwakilan ORB) ke Armory One untuk menyetujui perjanjian kerjasama militer antara ORB dan ZAFT. Athrun mengubah namanya menjadi Alex Dino dan memutuskan menjadi seorang bodyguard untuk Cagalli. Pada saat kunjungan itu, tiba-tiba Armory One diserang oleh Earth Alliance.Earth
Alliance Mencuri Tiga Mobile Suit Yang Dikembangkan ZAFT,yaitu ZGMF-X24S Chaos Gundam,ZGMF-X31S Abyss Gundam,dan ZGMF-X88S Gaia Gundam.Athrun pun membantu mengalahkan tiga Mobile Suit musuh dengan unit yang ada. Athrun ikut bertarung dan menyelamatkan bumi dari jatuhnya Junius Seven (dipengaruhi oleh prinsip yang dibawa mendiang ayahnya, Patrick Zala).
Ketika di ORB, Athrun terus memikirkan bagaimana caranya menghentikan konflik yang terjadi antara Natural dan Koordinator. Setelah berbicara dengan Cagalli, dia memutuskan untuk pergi ke ZAFT. Sebelum pergi ke ZAFT, Athrun sempat mengungkapkan kepada Cagalli bahwa dia tidak menyukai atas perjodohan antara Cagalli dan Yuna. Setelah itu, Athrun memasangkan cincin di jari manis Cagalli.
Setelah memutuskan bergabung dengan ZAFT, Athrun mengetahui bahwa Cagalli menikah dengan Yuna. Athrun sangat kaget dan marah. Namun, setelah mengetahui batalnya pernikahan Cagalli dan yang menculiknya adalah Kira, Athrun merasa lega.
Setelah mengetahui ORB bergabung dengan Logos dan bertarung dengan ZAFT, hubungan Athrun dengan Cagalli dan Kira berubah menjadi kesalahpahaman. Athrun pun sempat mengungkapkan kekecewaannya terhadap Cagalli (atas pernikahannya). Di perang berikutnya Kira menghancurkan Gundam Saviour milik Athrun, hal itu dikarenakan Athrun tidak fokus karena Kira mengungkapkan tentang Cagalli yang menangis dan ingin melindungi ORB. Athrun pun memikirkan kata-kata Kira setelah itu.
Athrun tersadarkan ketika Kira dikalahkan oleh Shinn Asuka dan Archangel yang menghilang. Athrun mulai memikirkan perkataan Kira tentang Kepala ZAFT Gilbert yang tidak bisa dipercaya. Dari Meer akhirnya Athrun bisa mengetahui fakta bahwa dirinya selama ini menjadi boneka, dan dengan bantuan Meyrin, akhirnya Athrun bisa melarikan diri dari markas ZAFT.