Slobodan Milošević
Pengadilan ini sendiri masih merupakan masalah kontrovesial dan telah menampilkan banyak kesaksian yang bertentangan dan aneh, yang dipandang oleh banyak pihak mendukung teori penyelubungan dan ketidakjujuran dari pihak-pihak yang belawanan. Misalnya:Jaksa penuntut membutuhkan dua tahun untuk menyampaikan tuntutannya pada bagian pertama dari pengadilan itu, yang mencakup
perang di Kroasia, Bosnia dan Kosovo. Sepanjang dua tahun itu, proses peradilan ini diikuti dengan cermat oleh masyarakat dari republik-republik bekas Yugoslavia karena menakup berbagai kejadian penting dari perang tersebut serta melibatkan sejumlah saksi penting.
Miloevi semakin parah sakitnya sepanjang waktu ini (tekanan darah tinggi dan flu yang parah), yang menyebabkan jeda dan pengadilan yang diperpanjang hingga sekurang-kurangnya enam bulan. Pada awal 2004, ketika akhirnya ia muncul di pengadilan untuk mulai menyampaikan pembelaanya (dengan menyebutkan lebih dari 1200 orang saksi), kedua hakim ICTY memutuskan
untuk menunjuk dua orang pengacara sesuai dengan pandangan-pandangan kardiolog di pengadilan. Tindakan ini ditentang oleh Miloevi sendiri serta kedua pengacara Britania yang ditunjuk mendampinginya.
Pada November 2004, bekas Perdana Menteri Soviet, Nikolai Ryzhkov menjadi tokoh penting pertama yang memberikan kesaksian yang meringankan.
Ada anggapan bahwa bila diizinkan mengajukan pembelaan, Miloevi akan berusaha membuktikan bahwa serangan NATO atas Yugoslavia adalah sebuah agresi, dan karena itu merupakan suatu kejahatan perang di bawah undang-undang internasinoal dan bahwa, sementara mendukung KLA, mereka sadar bahwa mereka telah mempraktikkan dan bermaksud untuk melanjutkan genosida, yang
merupakan kejahatan terhadap kemanusiaan. Bila tuntutan prima facie atas kedua klaim itu terbukti, ICTY secara hukum, berdasarkan kerangka acuannya sendiri, harus menyiapkan tuduhan terhadap para pemimpin dari kebanyakan negara NATO, meskipun Jaksa Penuntut telah menyimpulkan suatu "penelitian" terhadap para pemimpin NATO.
Ada sejumlah penulis dan wartawan yang mengatakan bahwa kejahatan dari tindakan-tindakan Miloevi selama Perang Saudara Bosnia telah dilebih-lebihkan untuk dijadikan pembenaran bagi intervensi militer. Ilmuwan politik Michael Parenti mengajukan pembelaan terhadap Miloevi, dan mengatakan bahwa tindakan-tindakan orang-orang Serbia pada umumnya, secara sistematik telah
dilebih-lebihkan oleh media arus utama AS selama masa pengeboman NATO (lihat buku Parenti "To Kill a Nation" untuk penjelasan lebih terinci).
Selain itu, wartawati yang berbasis di Paris, Diana Johnstone menyatakan dalam bukunya, Fool's Crusade, bahwa tindakan-tindakan Miloevi paling-paling marginal, dan tidak lebih parah daripada kejahatan-kejahatan yang dilakukan oleh orang-orang Kroasia maupun Muslim Bosnia, bahkan ia sampai menyatakan bahwa pembantaian Srebrenica tidak terjadi, dan hanya merupakan
rekayasa media. Namun ada yang menyatakan bahwa Johnstone adalah seorang teman lama dari Mirjana Markovi, istri Miloevi.
Ilmuwan politik Edward Herman (bekas rekan penulis Noam Chomsky) secara terbuka mendukung temuan-temuan Johnstone di dalam tinjauannya di dalam The Fool's Crusade dalam Monthly Review setelah buku itu terbit. Noam Chomsky sendiri tidak memberikan komentar tentang keakuratan temuan-temuan Johnstone meskipun ia telah menyatakan bahwa ia menyesal bahwa ia tidak cukup kuat mendukung bukunya
ketika diterbitkan. Komentar ini kemudian kabarnya didistorsikan oleh Emma Brockes, seorang wartawati, dalam sebuah wawancara dengan Chomsky dalam The Guardian yang membuat seolah-olah Chomsky seniri menyangkal pembantaian Srebrenica. Sebagai tanggapan Chomsky mengeluakan sebuah surat terbuka kepada The Guardian yang isinya menuduh Brockes dan para redakturnya telah membuat rekayasa The Guardian belakangan meminta maaf kepada Chomsky dan mencabut kembali artikel itu dalam sebuah surat singkat.
Diana Johnstone belakangan membuat komentar di koran The Guardian dalam jurnal Alexander Cockburn CounterPunch. Chomsky tidak setuju dengan pandangan-pandangan Johnstone tentang Miloevi, Serbia, ataupun Srebrenica khususnya, tetapi ia kritis tentang campur tangan NATO dan telah menyatakan bahwa kampanye itu dilakukan dengan pengetahuan sebelumnya bahwa pengeboman itu akan meningkatkan kekejaman. Pandangan-pandangannya tentang topik ini dapat ditemukan di dalam dalam bukunya The New Military Humanism.
Jurnalisme investigatif profesor dari Universitas Pennsylvania Francisco Gil-White tentang Baju Raja yang Baru dan Penelitian Historis dan Investigatifnya mengungkapkan dokumen-dokumen, yang diyakininya, mendukung bahwa klaim-klaim tentang tindakan kriminal Miloevi sebagai Presiden Yugoslavia dilebih-lebihkan, kalau tidak malah direkayasa seluruhnya. Penelitiannya tentang hal ini dan berbagai topik kontroversial lainnya telah menyebabkan ia dipecat dari Universitas.
Miloevi ditemukan meninggal dunia di selnya pada 11 Maret 2006 di pusat tahanan pengadilan penjahat perang PBB di Den Haag. Seorang pejabat di kantor jaksa penuntut utama mengatakan bahwa Miloevi ditemukan sekitar pk. 10 pagi hari Sabtu dan tampaknya telah meninggal selama beberapa jam. International Criminal Tribunal for the former Yugoslavia (ICTY) mengatakan bahwa Miloevi telah lama menderita
masalah dengan jantungnya dan tekanan darah tinggi. Peradilannya mestinya dilanjutkan kembali pada 14 Maret dengan mendengarkan kesaksian dari bekas presiden Montenegro, Momir Bulatovi. Baru-baru ini pengadilan menolak permintaannya untuk pergi ke Rusia untuk mendapatkan perawatan dokter spesialis. Ia merencanakan untuk naik banding atas keputusan ini, karena katanya kondisinya semakin
memburuk. Kematiannya yang tampaknya disebabkan oeh hal-hal yang wajar, diumumkan oleh Partai Sosialis Serbia, meskipun berbicara di depan kamera televisi di Den Haag, pengacara Miloevi, Zdenko Tomanovi, menyatakan bahwa Miloevi telah menyatakan kekuatirannya bahwa ia diracuni, dan menuntut agar jenazahnya diotopsi di Rusia dan bukan di Belanda. Permintaan
untuk otopsi di Rusia ditolak oleh ICTY dan jenazahnya dipindahkan ke Institut Forensik Belanda. Permintaan agar otopsi dihadiri oleh seorang ahli patologi dari Beograd dikabulkan.