Yu Qian
bernegosiasi selalu menemui kebuntuan bahkan pernah dibuntuti untuk melakukan serbuan terhadap pos-pos jaga di perbatasan. Meskipun para menteri dan keluarga istana mengharapkan Zhengtong dikembalikan dengan selamat, Yu selalu menegaskan bahwa kedaulatan negara lebih penting daripada kaisar karena sekarang negara sudah memiliki kaisar baru dan jangan sampai tunduk oleh tekanan
musuh hanya demi kembalinya Zhengtong. Di dalam negeri, Yu juga banyak membantu Kaisar Jingtai menjalankan pemerintahan.
Hingga pertengahan 1450, Esen Khan semakin frustasi, usahanya menembus perbatasan tidak pernah ada yang berhasil karena Yu telah membuat persiapan-persiapan perang yang matang, selain itu konflik internal di pihaknya semakin membara. Esen merasa tidak ada gunanya lagi menahan Zhengtong lebih lama sehingga ia memutuskan untuk mengakhiri perang dan mengembalikan
Zhengtong ke Tiongkok. Tak lama kemudian Esen tewas terbunuh dalam konflik internal itu. Kembalinya Zhengtong disambut gembira oleh para menteri dan keluarganya, kecuali adiknya. Kaisar Jingtai tidak rela mengembalikan singasana yang telah didudukinya pada kakaknya. Ia mengenakan tahanan rumah pada kakaknya dan memberinya gelar sebagai mantan kaisar
(, Taishanghuang). Dalam hal ini, Yu berpihak pada Jingtai dan mendukungnya untuk tetap bertahta.
Walaupun telah berjasa besar bagi negara, Yu tidak pernah bersikap besar kepala dan selalu disiplin terhadap dirinya sendiri. Ketika Kaisar Jingtai menghadiahi sebuah rumah mewah di daerah elit padanya, ia lebih memilih tetap tinggal di rumahnya yang sederhana, jawabnya pada sang kaisar, "Negara kini sedang susah, hamba sebagai menteri tidak dapat
mendahului kepentingan pribadi." Shi Heng yang kurang memberi kontribusi ketika Beijing diserang, mencoba mencari muka pada Yu Qian. Ia mengirim surat rekomendasi untuk mengangkat Yu Mian, putra Yu Qian, sebagai pejabat di ibukota. Yu Qian, yang anti nepotisme dan tahu persis bahwa putranya bukanlah orang yang tepat untuk jabatan itu, menolak. Ia menegaskan alasannya di hadapan kaisar, "Shi
Heng sebagai pejabat seharusnya mencari dari kalangan rakyat bukannya dari kalangan keluarga menteri, putra hamba bukanlah orang yang mampu untuk jabatan itu, hamba yakin masih banyak orang berbakat di kalangan bawah yang lebih pantas mengisi jabatan itu, tindakan Shi Heng itu sangat tidak etis di hadapan publik."
Pada awal tahun 1457, Kaisar Jingtai jatuh sakit akibat terlalu berduka atas kematian putra mahkotanya setahun sebelumnya dan ia tidak memiliki putra lain untuk dijadikan pewarisnya. Kesempatan ini dimanfaatkan oleh para pejabat yang tidak puas padanya seperti Shi Heng, Xu Youzhen dan kasim Cao Jixiang untuk menyerbu ke istana selatan, tempat
Zhengtong dikenai tahanan rumah. Keesokan harinya menjelang fajar, Zhengtong telah resmi bertahta untuk kedua kalinya. Tak lama setelah bertahta, ia menangkapi para pejabat yang pro-Jingtai termasuk Yu Qian.
Ketika Yu dan Wang Wen, seorang menteri lain yang pro-Jingtai diadili atas tuduhan pemberontakan, hakim tidak menemukan bukti apapun mengenai tuduhan itu. Namun Xu Youzhen dan Shi Heng berkata, "Walau tidak ada bukti yang jelas, namun maksud pemberontakan mereka telah jelas." Wang Wen yang tidak terima dengan tuduhan yang dibuat-buat itu,
membela diri dengan penuh amarah. Namun Yu Qian hanya tersenyum sinis dan berkata, "Sudahlah Tuan Wang, sekuat apapun pembelaan anda tidak akan ada gunanya, mereka tidak akan peduli benar ataupun salah, mereka hanya menginginkan kematian kita." Zhengtong sendiri sebenarnya ragu untuk menghukum mati Yu mengingat kontribusinya yang sangat besar pada negara, namun karena hasutan Xu Youzhen, dengan berat hati ia memutuskan Yu Qian untuk dihukum mati.
Pada 1457, Yu Qian yang telah berusia 59 tahun digiring ke pasar timur Beijing untuk dihukum mati. Setelah itu keluarganya dikirim ke pengasingan. Ketika istana mengirim prajurit untuk menyegel rumahnya dan menyita harta bendanya, mereka tidak menemukan barang berharga di rumah itu. Disana hanya terdapat buku-buku, senjata untuk latihan beladiri, dan peralatan
rumah tangga seadanya. Para prajurit itu sangat terharu dan meneteskan air mata mengetahui pejabat yang demikian jujur dan setia harus berakhir setragis itu. Rakyat jelata juga sangat berduka setelah mendengar kabar ia dihukum mati. Pada tahun 1460, Shi Heng dan Cao Jixiang melakukan pemberontakan yang gagal. Saat itulah Zhengtong sangat menyesal telah menghukum mati Yu Qian. Ia merehabilitasi
nama Yu Qian dan keluarganya. Jenazah Yu dibawa pulang ke kampung halamannya dan dimakamkan dengan layak di tepi Danau Barat (Xihu), Hangzhou.