Naruto Shippuden
Danzo terlalu meremehkan Sasuke sehingga kurang hati-hati. Disaat akan kalah, Danzo mengeluarkan Sharingan milik Uchiha Shisui yang ada di mata kanannya, saat Sasuke akan menyerang Danzo, dengan cepat Danzo menghindar, kemudian dia menyandera Karin, dengan upaya agar Sasuke tidak menyerangnya, akan tetapi dengan kegelapan dan juga kebencian yang sudah begitu besar
tertanam di dalam diri Sasuke, tanpa memperdulikan Karin, Sasuke menyerang Danzo dan Karin dengan Tombak Chidori yang menembus Karin dan mengenai jantung Danzo, akhirnya Danzo pun kalah. Kemenangan Sasuke mencitrakan bahwa Sasuke telah dipenuhi dengan kebencian dan dendam. Lalu Sakura yang telah membuat tidur Sai, Kiba dan Rock Lee tiba di depan Sasuke dan meminta untuk
ikut dengannya.Ternyata Sasuke hanya berpura-pura menuruti ucapan Sakura dan kemudian menyerangnya disaat itulah Kakashi tiba dan bertarung dengan Sasuke. Disaat bertarung dengan Kakashi tiba-tiba mata Sasuke terasa sakit dan dia kehilangan kemampuan Susano'o untuk sementara. Sakura yang melihat keadaan itu kemudian mencoba membunuh Sasuke.
Ternyata Sasuke dengan mudahnya membalas serangan Sakura dan menyerangnya. Lalu tiba-tiba Naruto muncul dan menyelamatkan Sakura. Akhirnya Naruto dan Sasuke pun bertemu. Di saat itu terjadilah saling serang. Tiba tiba muncullah Zetsu dan Tobi yang membantu Sasuke untuk kabur dari pertarungan itu. Setelah itu Naruto pun kembali ke desa. Sewaktu di desa,
Naruto tiba-tiba dipanggil oleh sesepuh katak untuk mengatakan ramalannya dan membebaskan jurus penyegelan Kyuubi. Di lain pihak, Kisame yang disangka telah mati ternyata masih hidup dan menjadi mata-mata untuk mengetahui strategi negara petir, dan saat Sasuke di bawa Tobi untuk memulihkan kondisi Sasuke, tiba-tiba muncul Kabuto untuk mengajak Tobi bernegosiasi dengan membawa jasad Sasori, Kakuzu, Deidara, Nagato, dan Itachi
Naruto disuruh ketempat Killer Bee berlatih, di pulau kura-kura. Saat mereka bertemu, Naruto takjub dengan kekuatan Killer Bee yang dapat mengendalikan Bijuu dan membuat Naruto meminta dia untuk berlatih Mode Bijuu dari Killer Bee, tetapi Killer Bee menolak karena dia sedang berlibur. Setelah Motoi mengetahui mereka telah melakukan salam tinju, Naruto dibawa ke air terjun kebenaran tempat Killer Bee berlatih
untuk mengendalikan Bijuu. Di air terjun itu, Naruto bertemu dengan Naruto Kegelapan yang selalu berpendapat buruk tentang dia. Lalu mereka bertarung dan Naruto gagal. Motoi kemudian menceritakan bahwa dia mencoba membunuh Bee karena kematian ayahnya oleh Hachibi. Sebagai Jinchuriki, Bee memiliki pandangan sama dengan Naruto yaitu dijauhi oleh penduduk desa. Lalu Naruto pergi ke
tepi pulau untuk berpikir mengalahkan kegelapannya, tetapi tiba-tiba cumi-cumi menyerang Naruto dkk, dan akhirnya diselamatkan oleh Bee. Akhirnya, Naruto kembali ke sana dan berhasil mengalahkan Naruto kegelapan, dan mereka masuk ke sebuah kuil tempat Naruto berjuang mengalahkan Kyuubi. Naruto diberikan instruksi oleh Bee untuk mengalahkan Kyuubi
walaupun gagal dengan bantuannya karena kebencian Kyuubi. Tiba-tiba datang Kushina Uzumaki, ibu Naruto yang bercerita tentang dia bertemu dengan Minato, rambut merahnya dan penculikan dirinya oleh Ninja Kumogakure. Naruto berhasil mengalahkan Kyuubi dan menyegelnya. Kushina menceritakan bahwa dirinya, Jinchuriki sebelumnya dan dirinya berasal dari desa Uzushiogakure,
sekutu Konohagakure. Kushina juga menceritakan tentang kebenaran Peristiwa Kyuubi. Sebelum Naruto lahir, dia dibawa ke tempat rahasia untuk menjaga segel dengan Minato, Biwako, Taji, dan Anbu lainnya. Sebelum melahirkan, Tobi tiba-tiba membunuh Anbu dan menyusup ke tempat itu. Setelah Naruto lahir, Tobi membunuh Biwako dan Taji dan mencoba membunuh Naruto tetapi
diselamatkan oleh Minato ke tempat rahasianya. Di lain hal, Tobi berhasil mengambil Kyuubi dari Kushina dan mengendalikannya dan mencoba membunuh Kushina walaupun diselamatkan oleh Minato. Tiba di Konoha, Tobi langsung memanggil Kyuubi untuk menghancurkan Konoha. Lalu Minato datang dan menyerap Bijuu Dama Kyubi, tetapi Tobi datang dan terjadi pertarungan yang dimenangkan oleh Minato dengan
Rasengan dan Segel Kontrak untuk menghapus kontrol. Walaupun bebas kontrol, Kyuubi tetap menghancurkan Konoha, Lalu Minato datang dan memanggil Gamabunta untuk menahan Kyuubi dan Kushina pun menggunakan rantai untuk mengekangnya dan Minato bersiap menggunakan Shiki Fujin walaupun pada akhirnya mereka mengorbankan nyawa mereka.
Setelah berhasil menggunakan mode Bijuu, Naruto merasakan sesuatu terhadap Samehada Killer Bee yang ternyata Kisame berada di sana dan lolos dan mencoba melarikan diri walaupun gagal karena dihentikan Guy dan terjadi pertarungan mereka yang dimenangkan Guy dengan Hirutora. Lalu Yamato menahan dia, dan Aoba mencoba membaca otak Kisame. Ketika dia mengetahui Tobi sebenarnya, Kisame mengigit
lidahnya dan menciptakan kubah air di dalam dirinya. Teringat kata Itachi, Kisame bunuh diri oleh Hiu kuchiyosenya.Walaupun mereka dapat informasi Kisame tetapi dia gagal karena itu hanya jebakan.Di lain hal, Tobi datang ke Amegakure untuk mengambil Rinnegan Nagato. Tobi pun menanyakan pada Konan tetapi dia tidak memberitahukan dan Tobi memberitahukan bahwa dia yang memberi
Rinnegan pada Nagato dan mendorong Yahiko membentuk Akatsuki. Lalu Konan berubah menjadi ribuan kertas dan menyerang Tobi namun gagal. Lalu konan mengeluarkan 600 Miliar kertas peledak untuk menghancurkan Tobi tetapi gagal karena Tobi menggunakan Izanagi, dan akhirnya Tobi berhasil menusuk Konan dan menggunakan sharingan pada Konan untuk memberitahukan lokasinya. Tobi pun masuk ke sana dan mengambil
Rinnegan Nagato. Setelah tiba di Tempat persembunyian Akatsuki, Tobi mendapatkan informasi Naruto berada.Di pulau kura-kura, Naruto diberikan misi palsu S-Rank untuk menganalisis hewan. Di lain hal, Tobi, Kabuto dan Zetsu memasuki ruangan khusus yang berisi Gedo Mazo,tiruan tubuh Hashirama dan 100000 Pasukan Zetsu Putih. Di Kumogakure, 5 Kage membahas strategi melawan Akatsuki dan
Oonoki turun tangan ke tempat Naruto. Kabuto dan Deidara Edo Tensei datang kepulau kura-kura, tetapi tiba-tiba diserang Oonoki, tetapi mereka terus menyerang Oonoki dan pengawalnya dan berhasil menyerang pulau Kura-kura, Tetapi Kabuto terjebak jurus Kurotsuchi dan Aoba, Yamato dan Motoi datang dan pada akhirnya, tetapi sebenarnya Kabuto datang bukan untuk menculik
Hachibi dan Kyubi, tetapi untuk menculik Yamato untuk di ambil DNA Hokage pertamanya untuk memperbanyak pasukan Zetsu putih.
Oonoki membawa pulau Kura-Kura untuk kembali ke Desa Kumogakure dan Killer Bee mulai melatih Naruto. Di dekat persembunyian Akatsuki, Tokuma menggunakan Byakugan dan menemukan 100000 Pasukan Zetsu kemudian memberikan informasi tersebut pada Kumogakure yang sedang bersiap perang dimana seluruh Shinobi berkumpul dan dibagi menurut divisi mereka masing-masing. Di markas Akatsuki, Akatsuki mempersiapkan mayat
Edo tensei yang terdiri dari Anggota Akatsuki, Kage sebelumnya, Ninja-ninja hebat dan Jinchuriki. Selain itu, Akatsuki juga mempersiapkan pasukan Zetsu yang telah diperkuat Yamato yang diculik Kabuto dan menandai Perang Dunia Shinobi keempat dan kemudian mengeluarkan tentara mereka. Di dekat persembunyian Akatsuki, Tim Anko ditangkap oleh Kabuto. Di desa Kumogakure, beberapa shinobi
berkelahi karena permusuhan mereka yang sudah dari dulu terjadi namun dengan tegas Gaara memberikan pidato bahwa shinobi harus menghapus kebencian mereka dan menjadi teman seperti Naruto dan membuat para shinobi sadar dan kemudian Shinobi Aliansi pergi dari markas untuk berperang.