Pertempuran Midway
Operasi militer Jepang di Kepulauan Aleut (disingkat Operasi AL; AL singkatan untuk "Aleutian Islands") juga mengurangi jumlah kapal-kapal yang sebenarnya bisa dipakai untuk menyerang Midway. Kalau sebelumnya buku-buku sejarah sering menyebut Operasi Aleut sebagai usaha Jepang untuk mengecoh dan mengundang kedatangan kapal-kapal perang Amerika Serikat, hasil penelitian yang lebih baru mengungkap bahwa Operasi
Aleut sebetulnya menurut rencana dilancarkan secara bersamaan dengan serangan ke Midway. Namun keterlambatan satu hari dalam perjalanan gugus tugas Nagumo menjadikan Operasi AL dilancarkan sehari lebih awal daripada serangan Midway.
Dalam usaha menyiapkan diri melawan kekuatan musuh yang dapat mengerahkan empat hingga lima kapal induk sekaligus, Laksamana Chester W. Nimitz (Panglima Tertinggi, Kawasan Samudra Pasifik) membutuhkan semua kapal induk yang dimiliki Amerika Serikat. Ia telah menyiapkan gugus tugas dua kapal induk ("Enterprise" dan) di bawah komando Laksamana Madya William Halsey. Namun Halsey
menderita psoriasis dan digantikan oleh Laksamana Muda Raymond A. Spruance (komandan kapal pengawal Halsey). Nimitz juga secara tergesa-gesa memanggil kembali gugus tugas yang dipimpin Laksamana Muda Frank Jack Fletcher dari Kawasan Pasifik Barat Daya. Fletcher sampai di Pearl Harbor tepat waktu untuk mengisi perbekalan dan diberangkatkan kembali.
Kapal induk sudah rusak parah akibat Pertempuran Laut Koral. Meskipun kapal ini menurut perkiraan butuh beberapa bulan untuk perbaikan di Galangan Kapal Angkatan Laut Selat Puget, lift-lift pesawat yang dimilikinya masih utuh dan sebagian besar dek pesawat dalam kondisi baik. Galangan Kapal Angkatan Laut Pearl Harbor bekerja nonstop, dan dalam 72 jam, "Yorktown" sudah kembali dalam keadaan siap tempur, dan
dianggap cukup layak untuk dua hingga tiga minggu di laut, seperti yang dibutuhkan Nimitz. Dek landas pacu ditambal, dan seluruh bagian rangka dalam dipotong dan diganti, serta beberapa skuadron baru dikerahkan dari "Saratoga", namun mereka tidak memiliki waktu untuk berlatih. Nimitz mengabaikan prosedur yang sudah ada dalam usahanya mempersiapkan kapal induk ketiga
sekaligus terakhir yang tersedia agar siap tempur. Bahkan setelah "Yorktown" diberangkatkan, pekerjaan perbaikan masih terus berlangsung. Perbaikan dilakukan oleh awak kapal reparasi (kapal ini juga rusak akibat Serangan Pearl Harbor enam bulan sebelumnya) yang ikut dibawa oleh "Yorktown". Setelah tiga hari masuk dok kering di Pearl Harbor, "Yorktown" sudah kembali bertugas lagi.
Di Kepulauan Midway, USAAF menempatkan empat skuadron B-17 Flying Fortress bersama beberapa B-26 Marauder. Korps Marinir memiliki sembilan belas pesawat pengebom tukik SBD Dauntless, tujuh F4F-3 Wildcat, tujuh belas Vought SBU-3 Vindicators, dua puluh satu F2 A-3 Brewster Buffalo, dan enam pesawat pengebom torpedo Grumman TBF-1 Avenger yang diambil dari Skuadron Torpedo 8 (VT-8) yang berpangkalan di.
Sementara itu, "Zuikaku" yang selesai bertugas di Pertempuran Laut Koral, sedang berada di Kure sambil menanti datangnya awak pesawat pengganti. Awak pesawat yang tidak dapat dikumpulkan dengan segera merupakan kegagalan program pelatihan awak Angkatan Laut Jepang yang sudah menunjukkan tanda-tanda tidak bisa mengganti awak yang tewas atau luka. Instruktur dari Korps Udara Yokosuka ikut dikerahkan
untuk mengisi kekosongan. "Shkaku" rusak berat akibat kejatuhan bom di Laut Koral dan perlu waktu berbulan-bulan untuk memperbaikinya di dok kering. Walaupun ada kemungkinan pesawat-pesawat terbang dari kapal induk yang rusak bisa dikerahkan untuk "Zuikaku", pihak Jepang tidak berusaha serius untuk menyiapkan kapal induknya untuk bertempur. Sebagai akibatnya,
Laksamana Nagumo hanya bisa mengerahkan empat kapal induk: dan sebagai Divisi Kapal Induk ke-1 sementara dan sebagai Divisi Kapal Induk ke-2. Kapal-kapal induk Jepang telah terus-menerus beroperasi sejak 7 Desember 1941, termasuk di antara Darwin dan penyerangan ke Colombo.
Pesawat penyerang Jepang dikerahkan adalah pesawat pengebom tukik Aichi D3A1 dan Nakajima B5N2 yang dapat berfungsi sebagai pesawat pengebom torpedo atau sebagai pesawat pengebom biasa. Pesawat tempur utama yang dikerahkan adalah Mitsubishi A6 M2 Zero yang bisa terbang cepat dan berkemampuan manuver yang tinggi. Kapal-kapal induk "Kido Butai" memang sedang menderita
kekurangan pesawat andalan. Berdasarkan berbagai alasan, produksi pesawat D3 A telah dikurang drastis, sementara produksi pesawat B5N sudah dihentikan secara total. Sebagai akibatnya tidak ada pengganti untuk pesawat yang rusak atau hancur. Hal ini juga berarti sebagian besar pesawat yang digunakan sepanjang operasi-operasi bulan Juni 1942 adalah pesawat lama yang mulai
digunakan sejak November 1941. Walaupun dipelihara dengan baik, pesawat-pesawat tersebut hampir usang dan makin tidak dapat diandalkan. Sebagai akibatnya, kapal-kapal induk Jepang dikerahkan dengan total pesawat yang kurang dari seharusnya dan hanya sedikit pesawat cadangan.
Persiapan intelijen strategis Jepang sebelum pertempuran juga dalam keadaan kacau. Kapal-kapal selam Jepang yang membentuk garis penjagaan terlambat tiba (sebagian di antaranya disebabkan ketergesa-gesaan Yamamoto). Akibatnya, kapal-kapal Amerika Serikat sampai di titik pertemuan mereka di timur laut Midway (disebut "Point Luck"), dan luput dari deteksi Jepang. Usaha kedua untuk
pengintaian dilakukan dengan kapal amfibi bermesin empat Kawanishi H8K juga dibatalkan. Menurut rencana yang merupakan bagian dari Operasi K, Kawanishi H8K ditugaskan mengamat-amati Pearl Harbor sebelum pertempuran dimulai (dan mendeteksi ada atau tidak adanya kapal induk Amerika Serikat di sana). Namun, kapal-kapal selam Jepang yang dikirim untuk mengisi bahan bakar pesawat pengintai
mengetahui bahwa di lokasi yang direncanakan sebagai titik pengisian ulang bahan bakar (teluk di Gosong Fregat Perancis yang sebelumnya selalu sepi) sudah disatroni kapal-kapal perang Amerika Serikat (karena Jepang pernah melakukan misi serupa pada bulan Maret). Oleh karena itu, sebelum pertempuran berlangsung, Jepang tidak punya informasi tentang pergerakan kapal-kapal induk Amerika Serikat.
Walaupun demikian, intersepsi gelombang radio yang dilakukan Jepang mencatat peningkatan aktivitas dan lalu lintas pesan kapal selam Amerika Serikat. Informasi ini disampaikan ke Yamamoto sebelum pertempuran berlangsung. Namun rencana Jepang tetap tidak diubah. Yamamoto yang berada di atas "Yamato" tidak memberitahukan Nagumo tentang peningkatan aktivitas kapal selam Amerika Serikat karena tidak ingin
mengungkap lokasi dirinya, dan mengasumsikan Nagumo sudah diberi tahu Tokyo tentang hal itu. Namun antena radio Nagumo tidak dapat menerima transmisi gelombang panjang, dan ia sama sekali tidak tahu tentang pergerakan kapal-kapal Amerika Serikat.
Laksamana Nimitz memiliki aset yang tidak ternilai, analis kriptografi Amerika Serikat telah membongkar sandi angkatan laut Jepang JN-25. Letnan Kolonel Laut Joseph J. Rochefort dan timnya di HYPO dapat melakukan konfirmasi bahwa Midway adalah target serangan Jepang yang berikutnya, dan 4 Juni atau 5 Juni sebagai Hari-H, serta memberi tahu Nimitz data lengkap "order of battle" (susunan
kekuatan) Angkatan Laut Kekaisaran Jepang. Usaha Jepang memperkenalkan buku sandi yang baru ditunda, hingga cukup memberi waktu selama beberapa hari. Walaupun komunikasi Jepang dimatikan sebelum serangan dimulai, sandi-sandi Jepang sudah bocor lebih dulu.
Sebagai hasilnya, Amerika Serikat terjun dalam pertempuran dengan pengetahuan yang tepat tentang dimana, kapan, dan jumlah kekuatan pihak Jepang. Nimitz sudah tahu, misalnya, armada Jepang dibagi menjadi tidak kurang dari empat gugus tugas, dan serangan akan datang dari kapal induk yang hanya dilindungi sejumlah kecil kapal-kapal cepat. Berdasarkan alasan ini,