Albertus Soegijapranata
Setelah dirawat di Rumah Sakit Elisabeth Candi pada tahun 1963, Soegijapranata dilarang melaksanakan tugasnya. Justinus Darmojuwono, seorang mantan tahanan Jepang dan vikaris jenderal Semarang sejak tanggal 1 Agustus 1962, menjalani tugas uskup. Pada tanggal 30 Mei 1963 Soegijapranata meninggalkan Indonesia dan kembali ke Eropa untuk menghadiri pemilihan Paus Paulus VI. Ia lalu pergi ke Nijmegen dan
dirawat di Rumah Sakit Canisius Hospital dari tanggal 29 Juni hingga 6 Juli; perawatan ini tidak berhasil. Soegijapranata meninggal dunia pada tanggal 22 Juli 1963 di sebuah susteran di desa Steyl, Belanda; ia mengalami serangan jantung tidak lama sebelum meninggal.
Karena Soekarno tidak ingin Soegijapranata dikebumikan di Belanda, jenazah Soegijapranata diterbangkan ke Indonesia setelah doa yang dipimpin Kardinal Bernardus Johannes Alfrink. Soegijapranata dinyatakan seorang Pahlawan Nasional Indonesia pada tanggal 26 Juli 1963 melalui Keputusan Presiden No. 152/1963, saat jenasahnya masih dalam perjalanan ke Indonesia. Pesawat yang membawa Soegijapranata tiba di Bandar Udara
Kemayoran di Jakarta pada tanggal 28 Juli. Pada hari berikutnya jenasahnya diterbangkan ke Semarang dan, pada tanggal 30 Juli dikebumikan di Taman Makam Pahlawan Giri Tunggal. Darmojuwono dipilih pada bulan Desember 1963 sebagai uskup agung Semarang yang baru; ia dikonsekrasi pada tanggal 6 April 1964 oleh Uskup Agung Ottavio De Liva.
Soegijapranata dibanggakan oleh orang Jawa yang beragama Katolik; mereka memuji kekuatannya selama pendudukan Jepang dan revolusi nasional. Penulis Anhar Gonggong menyatakan bahwa Soegijapranata bukan hanya seorang uskup, melainkan pemimpin Indonesia yang "teruji sebagai pemimpin yang baik dan memang layak dijadikan pahlawan nasional." Sejarawan Indonesia Anton Haryono menyatakan bahwa
kenaikan Soegijapranata menjadi uskup sangat "monumental", mengingat bahwa ia baru ditahbiskan sembilan tahun sebelumnya, dan tetap diangkat meskipun ada pastor lain yang lebih berpengalaman. Henricia Moeryantini, seorang suster dalam Orde Carolus Borromeus, menulis bahwa di bawah Soegijapranata Gereja Katolik berperan di tingkat nasional, dan bahwa Soegijapranata terlalu peduli akan keperluan masyarakat sehingga tidak bisa menjadi bagaikan orang luar saat revolusi.
Universitas Katolik Soegijapranata di Semarang dinamakan untuk Soegijapranata. Ada pula berbagai jalan yang diberi nama Soegijapranata, termasuk di Semarang, Malang, dan Medan. Makam Soegijapranata di Giri Tunggal sering menjadi tempat ziarah untuk orang Indonesia yang Katolik; mereka sering mengadakan misa di tempat itu.
Pada bulan Juni 2012 sutradara Garin Nugroho mengeluarkan film biopik tentang Soegijapranata, yang diberi judul "Soegija". Dibintangi Nirwan Dewanto sebagai Soegijapranata, film ini mengikuti kegiatan Soegijapranata pada dasawarsa 40-an, yang dilatarbelakangi dengan pendudukan Jepang dan perang kemerdekaan Indonesia. Film ini, yang menelan dana Rp 12 miliar, ditonton lebih dari 100000 orang pada hari pertama tayang.
Peluncuran film ini diikuti oleh novelisasi kehidupan Soegijapranata, yang dilakukan secara fiksi, oleh pengarang Katolik Ayu Utami. Beberapa tulisan biografis yang bukan fiksi, yang ditulis baik oleh orang beragama Katolik maupun tidak, juga diterbitkan dalam kurung waktu itu.
Dalam budaya populer Indonesia, Soegijapranata dikenang karena pernyataan "100% Katolik, 100% Indonesia". Moto ini, yang sudah digunakan dalam iklan berbagai tulisan biografi serta film "Soegija", berasal dari pidato Soegijapranata saat Kongres Katolik Seluruh Indonesia di Semarang pada tahun 1954, sebagaimana berikut: