Digimon
dikalahkan dan disegel oleh sepuluh Ancient Warrior yang terdiri dari AncientGreymon, AncientGarurumon, AncientBeatmon, AncientIrismon, AncientMegatheriumon, AncientWisemon, AncientVolcamon, AncientTroiamon, AncientMermaimon, dan AncientSphinxmon. Kekuatan Ancient Warriors kemudian dijaga oleh pemimpin dunia Digital yang baru, 3 Celestial Angels, yaitu Seraphimon, Ophanimon, dan Cherubimon. Namun permasalahan di antara ketiganya menyebabkan Cherubimon memulai penyerangan dan menangkap kedua rekannya.
Anak-anak terpilih menggunakan kekuatan Ancient Warriors untuk melakukan spirit evolution yaitu berevolusi menjadi digimon (Di season ini, manusia berubah menjadi digimon dan bertarung, bukannya berpartner dengan digimon). Takuya mewarisi kekuatan AncientGreymon, berubah menjadi Agnimon, Vritramon, Aldamon, dan KaiserGreymon. Koji mewarisi kekuatan AncientGarurumon, berubah menjadi Wolfmon, Garmmon, Beowulfmon,
dan MagnaGarurumon. Koji mewarisi kekutan AncientBeatmon, berubah menjadi Blitzmon dan Borgmon. Izumi mewarisi kekuatan AncientIrismon, berubah menjadi Fairymon dan Shutumon. Tomoki mewarisi kekuatan AncientMegatheriumon, berubah menjadi Chakkumon dan Blizzarmon. Anak buah Cherubimon juga pewaris kekuatan Ancient Warriors yaitu Mercuremon/Sakkakumon (pewaris AncientWisemon), Grottomon/Gigasmon (pewaris AncientVolcamon),
Arbormon/Petaldramon (pewaris AncientTroiamon), Ranamon/Calmaramon (pewaris AncientMermaimon), dan Duskmon/Velgmon (pewaris AncientSphinxmon). Mereka diperintahkan Cherubimon untuk mengumpulkan data-data seluruh dunia digital. Kemudian terjadilah pertempuran di antara pewaris Ancient Warriors.
Satu per satu anak buah Cherubimon berhasil dikalahkan dan dibersihkan dari kekuatan jahat. Tidak seperti rekannya yang memang digimon, Duskmon ternyata adalah manusia. Ia bernama Kimura Kouichi, saudara kembar Koji. Anak-anak terpilih berhasil membersihkan dirinya dari kekuatan jahat. Kouichi bergabung dengan anak-anak terpilih dan berubah menjadi Löwemon dan
KaiserLeomon. Seraphimon dibunuh oleh Mercurymon dan terlahir kembali sebagai Patamon. Patamon ikut berkelanana bersama anak-anak terpilih, Bokomon, dan Neemon. Ophanimon dibunuh oleh Cherubimon. Sedangkan Cherubimon akhirnya dikalahkan oleh KaiserGreymon dan MagnaGarurumon.
Selama ini ternyata Cherubimon hanya dimanfaatkan oleh Lucemon yang tersegel di inti dunia digital untuk mengumpulkan data-data dari seluruh dunia digital. Tujuannya adalah untuk menjadi kekuatan bagi Lucemon agar terbebas dari segel. Dua Royal Knights, Dynasmon dan LordKnightmon, muncul dan melanjutkan usaha Cherubimon mengumpulkan data-data dunia digital untuk dikirim ke Lucemon. Lucemon menjajikan
kepada mereka agar bisa ke dunia manusia, padahal seluruh Royal Knights seharusnya mengabdi kepada 3 Celestial Angels. Anak-anak terpilih berusaha mereka mencegah mereka, tetapi walaupun mereka sudah bersusah payah untuk mencegahnya dunia digital tetaplah hancur dan Lucemon terbebas. Sementara itu, Kouichi menyadari bahwa saat ia hanyalah rohnya saja, sedangkan tubuh masih berada di dunia manusia.
Setelah bangkit Lucemon membunuh dua Royal Knights dan menyerap data mereka untuk menjadi kuat. Lalu ia berubah menjadi Lucemon Falldown Mode dan mengalahkan anak terpilih. Setelah itu Lucemon Falldown Mode berusaha untuk pergi ke dunia manusia tetapi dicegah oleh anak terpilih, tetapi Kouichi malah terbunuh olehnya. Karena hal itu Takuya dan Koji marah besar dan
kemudian mereka menyatukan seluruh kekuatan Ancient Warriors untuk berubah menjadi Susanoomon dan kemudian mengalahkan Lucemon Falldown Mode, tetapi ternyata Lucemon belum kalah karena baru data baiknya. Data jahatnya berubah menjadi Lucemon Satan Mode dan pergi ke dunia manusia tetapi gagal karena Susanoomon yang berubah dari 5 anak terpilih berhasil mengalahkannya setelah menerima
kekuatan dari Patamon, Plotmon, dan Lopmon (3 Celestial Angels yang terlahir kembali), tetapi Lucemon Larva (bentuk sebenarnya dari Lucemon Satan Mode) menyerang Susanoomon dari belakang, kemudian Susanoomon mengeluarkan sepuluh pewaris Ancient Warrior (termasuk Mercuremon, Grottomon, Arbormon, Ranamon, dan Löwemon) dan kemudian mengalahkan Lucemon Larva.
Setelah itu anak terpilih kembali ke dunia manusia dan berpisah dengan Bokomon, Neemon, dan 3 Celestial Angels yang terlahir kembali. Mereka segera menuju rumah sakit dimana tubuh Kouichi berada dan akhirnya Kouichi sadar dari masa komanya.
Digimon Frontier tidak ada ada hubungannya dengan season-season sebelumnya dan terjadi pada dunia alternatif yang berbeda. Namun terdapat teori fans yang percaya bahwa anak-anak terpilih Digimon Frontier adalah anak-anak terpilih pertama yang diceritakan Gennai di Digimon Aventure 01. Berikut alasan yang memperkuat teori tersebut:
Walaupun begitu tidak ada pernyataan resmi mengenai hal ini, sehingga tidak pasti benar. Teori tersebut hanyalah salah satu teori yang dibuat oleh fans mengenai siapa sebenarnya anak-anak terpilih pertama yang disebutkan Gennai.
Serial kelima ini tidak ada hubungannya dengan 4 seri lainnya. Seri kelima ini dimunculkan setelah masa kosong selama 3 tahun. Seri yang ini mengalami perubahan drastis jika dibandingkan dengan seri yang lainnya dalam desain karakter, alur cerita dan juga gambar untuk menjangkau penonton yang lebih dewasa, walau begitu cukup mirip dengan Digimon Tamers. Ceritanya berfokus kepada tantangan
yang dihadapi D.A.T.S. (Digital Accident Tactics Squad) sebuah organisasi yang dibuat untuk menjaga kerahasiaan Dunia Digital dan Digimon dari umat manusia dan untuk menyelesaikan masalah yang berkaitan dengan kemunculan Digimon di bumi dalam kerahasiaan. Para karakter utama saat ini adalah remaja (bukan anak-anak) terdiri dari Daimon Masaru dengan Agumon, Touma H. Norstein dengan Gaomon, dan Fujieda Yoshino dengan Lalamon. Mereka beserta digimon partnernya adalah anggota D.A.T.S.
Suatu saat Mercurymon muncul ke dunia manusia. Merkurimon adalah salah satu anggota Olympus Twelve, yaitu sekelompok digimon pejuang penjaga dunia digital yang terdiri dari Apollomon, Dianamon, Marsmon, Mercurymon, Minervamon, Mervamon, dan Neptunemon. Olympus Twelve menyatakan permusuhan digimon kepada manusia. Setelah kejadian itu tim D.A.T.S. (Masaru, Toumas, Yoshino, dan digimon
mereka) memutuskan untuk pergi ke dunia digital untuk mengalahkan Mercurymon. Mereka bertemu dengan anak berumur 10 tahun bernama Noguchi Ikuto bersama dengan partnernya Falcomon yang mengabdi kepada Olympus Twelve. Ternyata penyebab kebencian mereka kepada manusia adalah Kurata Akihiro, seorang ilmuwan pengecut yang menciptakan kerusuhan besar di dunia digital dan menyebabkan banyaknya digimon yang
tewas, termasuk Yukidarumon yang selalu merawat Ikuto sejak orang tuanya tidak ada. Ikuto dan Falcomon kemudian bergabung dengan Tim D.A.T.S. Kurata mengumpulkan dukungan dari pemerintahan Jepang dan pengusaha-pengusaha besar termasuk ayah Thomas untuk melaksanakan rencananya untuk menyerang dunia digital dan membunuh seluruh digimon dengan mengatakan bahwa mereka adalah
ancaman yang berbahaya bagi umat manusia. Sebenarnya tujuan utamanya adalah untuk mengumpulkan data-data para digimon sebanyak mungkin untuk menjadi kekuatan bagi Belphemon, digimon kuat yang ingin dimanfaatkannya sebagai senjata untuk menguasai dunia manusia dan dunia digital. Ambisi jahatnya tersebut berhasl digagalkan oleh Tim D.A.T.S. dan sekutunya.
Namun, Kurata kemudian memicu bom yang menyebabkan runtuhnya perbatasan dunia manusia dan dunia digital. Kedua dunia yang terhubung secara paralel kemudian saling mendekat dan memicu tabrakan besar yang akan melenyapkan kedua dunia. Untuk menyelesaikan masalah ini, Tim D.A.T.S. pergi mencari Yggdrasil, program kecerdasan buatan (buka digimon) yang menjadi penguasa dunia