Kota Ternate
Armada-armada perdagangan antar bangsa datang ke pelabuhan ini terutama mencari rempah, komoditi penting dalam perdagangan pasar Internasional saat itu yang menempatkan gugusan kepulauan ini menjadi ajang lalu lintas niaga yang sibuk. Pesatnya perdagangan rempah-rempah para Raja Maluku pun saling bersaing memantapkan posisinya masing-masing sehingga tidak
jarang menimbulkan konflik di antara mereka. Kolano Sida Arif Malamo pun mengambil prakarsa mengadakan pertemuan raja-raja se-Maluku untuk membentuk persekutuan bersama yang dikenal dengan Persekutuan Moti (Motir Verbond), atau juga dikenal sebagai persekutuan Moloku Kie Raha (Empat Kerajaan Maluku).
Musyawarah persekutuan itu melahirkan keputusan antara lain penyeragaman bentuk-bentuk kelembagaan kerajaan-kerajaan di Maluku dan penentuan peringkat kerajaan peserta musyawarah. Jailolo ditetapkan sebagai kerajaan yang menempati peringkat pertama dalam senioritas, menyusul Ternate, Tidore dan bacan. disepakati pula pembagian peran masing-masing kerajaan. Raja Ternate berperan
sebgai Alam Makolano, penjaga dan penjamin stabilitas perdagangan dan urusan keduniaan. Raja Bacan berperan sebagai Dehe Makolano, penjaga perbatasan. Raja Tidore berperan sebagai Kie Makolano, penjaga dan penjamin keamanan dalam negeri. Raja Jailolo berperan sebagai Jiko Makolano, penjaga serangan dan ancaman dari luar.
Manfaat persekutuan ini adalah sejak 1322 Maluku mengalami masa aman dan damai. Berhasil meredam sementara waktu ambisi, permusuhan dan ekspansi para anggota persekutuan. Rakyat Maluku menikmati suasana aman dan damai selama kurang lebih 20 tahun. Tetapi perdamaian yang ditegakkan dengan susah payah itu sirna ketika Kolano Tulu Lamo naik tahta sebagai Kolano
Ternate (1334-1347). Ia secara sepihak membatalkan hasil persekutuan Moti dan menyatakan hasil persekutuan tersebut tidak lagi mengikat bagi Ternate. Tulu Lamo menempatkan Ternate pada peringkat teratas sebagai yang tertua. Keputusan itu mendapat reaksi keras dari ketiga kerajaan lainnya. Ia juga menyerang makian, bandar niaga rempah terbesar kedua di Maluku
setelah Ternate. Ternate setelah kepemimpinan Kolano Tulu Lamo terus menyerah beberapa daerah sekitarnya. Sula diserbu oleh Kolano Ngolo Macahaya (1350-1375), menyusul Jailolo diserang oleh Kolano Marhum (1465-1486). Kemudian berbagai penaklukan dilakukan Ternate atas Maluku Tengah, Seram Barat dan Buru.
Naiknya Kolano Zainal Abidin (1468-1500) menandai berakhirnya era kerajaan dan berganti ke era Kesultanan. Gelar Kolano atau Raja berubah menjadi Sultan. Sultan Zainal Abidin memproklamirkan Islam sebagai agama resmi Kesultanan Ternate, dan pembentukan lembaga Jolebe, lembaga baru dalam struktur kesultanan yang membantu sultan dalam urusan-urusan keagamaan Islam. Struktur baru
Kesultanan Ternate ini memengaruhi kerajaan-kerajaan lain di Maluku. Struktur tersebut segera diadopsi oleh Tidore, Bacan dan Jailolo.
Sultan Zainal Abidin diganti oleh Sultan Bayan Sirrullah (1500-1522), kemudian diganti oleh Sultan Hidayat alias Deyalo. Pengangkatan Sultan Hidayat yang usianya belum akil baligh, sehingga ibunya Boki Rainha Nukila diangkat sebagai Mangkubumi dan Taruwese diangkat sebagai wakil Sultan (1529-1530). Kemudian berturut-turut digantikan oleh Sultan Abuhayat alias Boheyat (1530-1532), Sultan Tabariji (1532-1535), Sultan Khairun Jamil (1535-1570), kemudian Sultan Baabullah Datu Syah (1570-1683).
Ternate di masa Sultan Baabullah mencapai penaklukan yang spektakuler. Wilayah Kesultanan ternate membentang dari Mindanao di Utara sampai Bima di Selatan dan dari Makassar di Barat sampai Banda di Timur. Karena itu, Baabullah, Sultan Ternate terbesar ini dikenal sebagai penguasa atas 72 pulau yang seluruhnya berpenghuni.
Di masa pemerintahan Sultan Baabullah, Ternate tampil sebagai kesultanan paling berpengaruh dalam politik maupun militer di kawasan Timur Nusantara. Baabullah menurut sebuah sumber, mampu mengerahkan 90700 tentara bila diperlukan.Kontributor terbesar- di atas 10000- pasukan ini adalah dari veranullah dan Ambon (15000 tentara), Teluk Tomini (12000 tentara), Batu Cina dan sekitarnya termasuk Halmahera Utara (10000 tentara),
Gorontalo dan Limboto (10000 tentara) serta Yafera (10000 tentara). Penyumbang pasukan tersedikit adalah dari Moti dan Hiri, masing-masing 300 tentara.
Keberhasilan Sultan Baabullah tidak terlepas dari kecakapan sejumah panglima dan komandan tentaranta, seperti Kapita Laut Kapalaya dan Rubohongi. Kapalaya adalah penakluk pantai timur Sulawesi, khususnya Buton, dan Rubohongi adalah penakluk Maluku Tengah. Enam tahun setelah bertahta, baabullah telah menguasai pulau-pulau di ambon, Hoamoal di pulau Seram, Buru,
Manipa, Ambalau, Kelang dan Buano. Empat tahun setelah itu, ia juga menguasai desa-desa sepanjang pantai timur SUlawesi, Banggai, Tobongku, Buton, Tiboro, dan Pangasani. Setelah itu giliran Makassar dan Selayar datang ke Ternate. Tahun kedatangannya merupakan awal dari monopoli rempah-rempah Kompeni di Ternate.
Orang Portugis pertama yang tiba di Ternate pada awal 1512 adalah Fransico Serrao beserta awak kapalnya sebagai bagian dari ekspedisi d'Alburquerque menaklukkan Malaka pada 1511. Sultan Bayan Sirullah alias Bayanullah (1500-1522) mengirim utusan dengan sembilan juanga yang dipimpin oleh saudaranya sendiri, Kaicil Vaidua, menjemput Serrao dan awak kapalnya dari Nusa Tellu di Hitu Barat
ke Ternate. Sultan Bayanullah ingin membuka akses perdagangan cengkih ke Eropa dan Serrao diyakini oleh Bayanullah dapat mendukung keinginan tersebut.
Di awal kehadirannya, Portugis diperlakukan dengan balk dan mendapat banyak kemudahan. Sultan menjadikan Serrao orang kepercayaan dan penasehat utamanya. Belum dua tahun sejak Serrao tiba, Sultan memberi hak monopoli niaga cengkih kepada Portugis. Sultan lalu berpesan bila nanti Serrao kembali ke Portugis, ia harus meyakinkan Raja Don Manuel agar segera mendirikan benteng Portugis di Ternate.
Beberapa eskader Portugis pun susul menyusul ke Ternate, masing-masing dipimpin oleh antara lain, Antonio Miranda de Azevedo (1513), Don Tristao de Menezes (1520), dan De Brito (Januari 1521). Saat de Brito tiba di Ternate Sultan Bayanullah dan Serrao telah wafat. De Brito diterima dengan baik di istana, sebagai bukti bahwa persahabatan antara Ternate dengan Portugis tetap ada. Beberapa kesepakatan pun dicapai.
Portugis boleh mendirikan benteng di Gam Lamo, yang diberi nama Benteng Nuestra Seiiora del Rosario, juga diizinkan berdagang dan membangun gudang penyimpanan barang dagangannya.
Sultan Bayanullah yang wafat meninggalkan Boki Nukila- boki adalah sebutan untuk istri sultan atau permaisuri- dan dua puteranya Hidayat (Deyalo) dan Abu Hayat (Bohiyat). Deyalo diangkat sebagai sultan, menggantikan mendiang ayahandanya dalam usianya yang belum akil baligh, sehingga ibunya, Boki Nukila diangkat sebagai Mangkubumi dan Taruwese, adik Bayanullah, dipercayakan menjadi wakil sultan. Mereka berdua untuk sementara waktu mengendalikan kesultanan.
Boki Nukila adalah puteri Al Mansur, Sultan Tidore, yang dibenci de Brito karena bermitra dengan Spanyol, rival Protugis. De Brito tidak mempercayai juga meremehkan Boki Nukila, sebaliknya lebih mempercayai dan memberi peran kepada Taruwese.
Dalam kurun ini banyak intrik dilakukan oleh de Brito yang tidak setuju Deyalo diangkat menjadi sultan dan lebih mendukung Taruwese. Terjadi pula beberapa kali penyerangan de Brito yang dibantu oleh Taruwese terhadap Tidore dan beberapa kawasan Maluku. Klimaksnya ialah penahanan pangeran Deyalo dan Bohiyat. Demikian, selama kepemimpinan 19 Gubernur Protugis di
Ternate, sebagian besar melaksanakan pemerintahannya melalui "durch blut and eisen" atau melalui besi dan darah.