Pertempuran Lade
rakyat Ionia sendiri memang sudah ingin memberontak, terutama karena mereka merasa kesal dengan para tiran yang ditunjuk oleh Persia untuk memimpin mereka. Dengan demikian tindakan Aritagoras bisa dibilang menjadi pemicu bagi keinginan orang Ionia yang sudah bertumpuk. Pemberontakan itu menyebar ke seluruh Ionia, bahkan hingga ke Aiolis dan Doris. Di berbagai kota Yunani di sana,
rakyat menggulingkan kekuasaan para tiran dengan menggantinya dengan pemerintahan demokrasi. Setelah berhasil menghasut seluruh Asia Kecil untuk memberontak, Aristagoras jelas menyadari bahwa orang Ionia masih membutuhkan sekutu lainnya untuk menghadapi Persia. Pada musim dingin tahun 499 SM, dia berlayar ke Yunani daratan untuk mencoba mencari sekutu. Dia gagal mengajak
Sparta, namun kota Athena dan Eretria bersedia mendukung pemberontakan. Pada musim semi tahun 498 SM, Athena mengirim dua puluh trireme, dan Eretria mengirim lima trireme, sehingga totalnya menjadi dua puluh lima trireme, untuk berlayar ke Ionia. Mereka bergabung dengan pasukan Ionia utama di dekat Ephesos. Pasukan ini kemudian dipandu oleh orang Ephesos melalui pegunungan menuju ke Sardis, ibu kota kesatrapan Artaphernes.
Setibanya di Sardis, pasukan Yunani mampu mengejutkan orang Persia, yang saat itu sedang tak waspada. Mereka berhasil merebut kota bawahnya namun kota itu kemudian terbakar habis, dan pasukan Yunani, yang kehilangan semangat, memilih untuk mundur dari kota. Mereka berjalan kembali ke Ephesos. Pasukan Persia di Asia Kecil menyusul pasukan Yunani, memergoki mereka di dekat Ephesos.
Jelas bahwa pasukan Yunani, yang kelelahan dan kehilangan semangat, bukan tandingan bagi pasukan Persia, dan memang pada akhirnya pasukan Persia berhasil sepenuhnya mengalahkan pasukan Yunani melalui pertempuran di Ephesos. Tentara Ionia yang selamat dari pertempuran melarikan diri ke kota masing-masing, sedangkan pasukan Athena dan Eretria berhasil tiba di kapal-lapal mereka untuk kemudian berlayar kembali ke Yunani.
Meskipun mengalami kegagalan, pemberontakan terus menyebar. Orang Ionia mengirim pasukan ke Hellespontos dan Propontis, dan merebut Byzantion serta kota-kota lain di sekitarnya. Mereka juga membujuk Karia untuk ikut memberontak. Lebih jauh lagi, melihat pemberontakan yang semain menyebar, kerajaan Siprus juga ikut memberontak meski tanpa ajakan dari pihak luar. Selama tiga tahun
berikutnya, pasukan dan armada Persia sibuk bertempur untuk menghentikan pemberontakan di Karia dan Siprus, sedangkan Ionia tampaknya mengalami masa damai yang tak tenang pada masa-masa tersebut. Pada puncak serangan balasan Persia, Aristagoras, yang merasa bahwa posisinya sudah tak dapat lagi dipertahankan, memutuskan untuk meninggalkan jabatannya sebagai pemimpin Miletos sekaligus
pemimpin pemberontakan, lalu dia pun pergi dari Miletos. Herodotos, yang jelas memiliki pandangan buruk terhadap Aristagoras, berpendapat bahwa dia telah kehilangan keberaniannya dan melarikan diri. Setelah meninggalkan Ionia, Aristagoras pergi ke Thrakia dan terbunuh di sana ketika berusaha menaklukkan sebuah kota.
Pada tahun keenam pemberontakan (494 SM), pasukan Persia dikumpulkan ulang. Semua tentara darat yang tersedia digabungkan ke dalam satu pasukan, dan diiringi oleh armda, yang diambil dari Siprus, yang telah dikuasai kembali, juga dari Mesir, Kilikia, dan Fenisia. Pasukan Persia langsung menuju Miletos, tidak terlalu memedulikan pertahanan pemberontakan di tempat lainnya, kemungkinan berniat untuk menghentikan pemberontakan langsung di pusatnya.
Jenderal Persia asal Media, Datis, seorang ahli mengenai urusan Yunani, jelas dikerahkan ke Ionia oleh Darius pada masa ini. Dengan demikian mungkin dia memegang komando penuh atas pasukan Persia dalam serangan ini. Setelah mengetahui bahwa armada Persia akan segera tiba, orang Ionia berkumpul di Panionion (tempat pertempuran suci), lalu memutuskan untuk tidak berusaha
bertempur di daratan, dan menyerahkan pertahanan kota Miletos kepada orang Miletos sendiri. Alih-alih bertempur di daratan, mereka memilih untuk mengumpulkan setiap kapal yang mereka miliki, dan bersiap-siap di pulau Lade di lepas pantai Miletos, untuk kemudian menghadapai pasukan Persia dalam suatu pertempuran laut.
Herodotos mengatakan bahwa armada Persia memiliki 600 kapal, yang disediakan oleh orang Fenisia (yang paling ingin bertempur), selain juga diambil dari Mesir, Kilikia, dan Siprus, yang tidak lama sebelumnya ikut memberontak juga namun telah dihentikan. Armada Persia kemungkinan dipimpin oleh jenderal veteran asal Media, Datis. Catatan Persia menunjukkan bahwa dia dikirim
oleh Darius ke Ionia pada masa konflik tersebut. Akan tetapi, Herodotos tampaknya tidak menyebutkan nama komandan Persia lainnya dalam kampanye ini.
Dalam pertempuran ini, kota-kota Ionia dibantu oleh orang-orang Aiolia Lesbos. Herodotos menyebutkan jumlah kapal yang dikerahkan oleh tiap kota negara:
Herodotos memberikan urutan barisan tempur Ionia sebagai berikut, dari timur ke barat: Miletos-Priene-Myos-Teos-Khios-Erythrai-Phokaia-Lesbos-Samos.
Ketika pasukan Persia tiba di pesisir Lade dan melihat jumlah kapal Ionia, mereka mulai khawatir bahwa mereka tidak akan dapat mengalahkan orang Ionnia, dan takut Darius akan marah kepada mereka. Para tiran Ionia yang diusir pada awal pemberontakan hadir di sana, dan menurut Herodotos, mereka diberikan instruksi oleh Persia:
Para tiran lalu mengirimkan pesan itu kepada bangsanya masing-masing. Secara kritis, tiap-tiap kelompok merasa bahwa hanya mereka yang memperoleh tawaran ini; tidak tampak adanya pembicaraan mengenai tawaran ini antara kontingen yang berbeda, dan tidak terlihat adanya kemungkinan pembelotan.
Akan tetapi pasukan Ionia menggelar pertemuan untuk membahas pertempuran yang akan dilaksanakan. Dionysios, jenderal Phokaia, menawarkan diri untuk melatih dan memimpin pasukan Yunani: Dionysios pun memulai program pelatihan yang intensif, setiap hari memimpin armada untuk melatih para pendayung untuk melakukan manuver tubrukan, dan mealtih para Marinir untuk bertarung. Selama tujuh hari pasukan
Ionia menerima kepemimpinanya, namun mereka tidak terbiasa bekerja keras, dan lama-lama mereka tak mau lagi mematuhi perintah latihan. Mereka lebih suka berdiam di perkemahan. Herodotos mencatat bahwa muncul keluh-kesah di kalangan pasukan Ionia: Menurut Herodotos, ketika pasukan Samos melihat ketidakpatuhan dan perpecahan dalam perkemahan Ionia, para komandan
mereka mulai mempertimbangkan untuk menerima tawaran Persia untuk membelot, yang disampaikan kepada mereka oleh Aiakes. Orang-orang Samos itu merasa bahwa, dengan adanya kekacauan di dalam pasukan, tidak mungkin untuk mengalahkan armada Persia. Selain itu, mereka memperkirakan bahwa walaupun mereka berhasil menang dalam pertempuran ini, Persia pasti akan mengirim
lebih banyak pasukan untuk menaklukkan mereka. Setelah mempertimbangkan bahwa lebih baik mengutamakan keselamatan kota, yang meliputi kuil dan rumah mereka, para komandan Samos memutuskan untuk menerima tawaran Persia dan bersiap untuk membelot.
Meskipun demikian, beberapa sejarawan modern menolak gagasan adanya ketidakpatuhan di perkemahan Yunani. Herodotos memperoleh kisah tentang peristiwa di Lade langsung dari orang Samos sendiri, dan diduga bahwa orang Samos berusaha mencari pembenaran atas pembelotan mereka dengan kisah tersebut. Walau bagaimanapun, pasukan Samos tetap bersama pasukan Yunani lainnya menjelang pertempuran.
Herodotos menuturkan bahwa sebelum terjadinya pertempuran di Lade, sudah muncul beberapa pertanda buruk terkait kota-kota Ionia yang mengindikasikan bahwa pasukan Ionia akan kalah oleh Persia. Kota Khios pernah mengirim paduan suara, yang terdiri atas seratus orang pemuda, ke Delphi, namun hanya dua yang kembali, sedangkan sisanya mati akibat wabah penyakit. Lalu tidak lama