Muhammad Ali Jinnah
dan pembersihan etnis. Beberapa orang pada "sisi buruk" dari garis tersebut melarikan diri atau dibunuh, atau membunuh orang-orang lainnya, dengan harapan akan menarik keputusan komisi. Radcliffe menuliskan dalam laporannya bahwa ia mengetahui bahwa setiap sisi akan berbahagia dengan pendiriannya; ia menolak biayanya untuk kerja tersebut. Christopher Beaumont, sekretaris pribadi
Radcliffe, kemudian menyatakan bahwa Mountbatten "seharusnya yang dipersalahkan-meskipun bukanlah kesalahan tunggal-untuk pembantaian di Punjab dimana antara 500.000 sampai sejuta pria, wanita dan anak-anak menjadi korbannya". Sekitar 14.500.000 orang berpindah antara India dan Pakistan pada saat dan setelah partisi. Jinnah melakukan apa yang ia bisa agar delapan juta orang dapat bermigrasi ke
Pakistan; meskipun saat itu ia telah berusia lebih dari 70 tahun dan terserang penyakit paru-paru, ia berkunjung ke seluruh Pakistan Barat dan secara pribadi memberikan bantuan. Menurut Ahmed, "Apa yang Pakistan butuhkan pada bulan-bulan awal tersebut merupakan sebuah simbol negara, yang akan menyatukan bangsa dan memberikan mereka keberanian dan tekad untuk berhasil."
Jinnah mengalami masalah pertikaian dengan NWFP. Referendum NWFP Juli 1947, yang menentukan apakah wilayah tersebut menjadi bagian dari Pakistan atau India, mendapatkan hasil pemilihan yang rendah karena kurang dari 10% dari total populasi yang diperbolehkan ikut dalam referendum tersebut. Pada 22 Agustus 1947, tepat setelah seminggu menjadi gubernur jenderal, Jinnah membubarkan pemerintahan terpilih Dr. Khan Abdul Jabbar Khan. Kemudian,
Abdul Qayyum Khan ditempatkan oleh Jinnah di provinsi yang didominasi Pashtun meskipun ia seorang Kashmiri. Pada 12 Agustus 1948, pembantaian Babrra di Charsadda mengakibatkan kematian 400 orang yang bersekutu dengan gerakan Khudai Khidmatgar.
Bersama dengan Liaquat dan Abdur Rab Nishtar, Jinnah mewakili kepentingan Pakistan dalam Dewan Divisi untuk pembagian aset-aset publik antara India dan Pakistan. Pakistan meraih seperenam aset pemerintah pra-kemerdekaan, yang terbagi berdasarkan perjanjian, yang secara khusus menentukan bagaimana beberapa lembar kertas harus diisi pada setiap sisinya. Namun, negara India yang baru lambat untuk memberikannya, dengan harapan
pemerintahan Pakistan runtuh dan bersatu kembali. Beberapa anggota Layanan Sipil India dan Layanan Polisi India telah memilih Pakistan, yang mengakibatkan penurunan jumlah staf. Para petani memasarkan dagangan mereka di sisi lainnya dari perbatasan internasional. Penggunaan mesin menurun karena tidak semuanya dibuat di Pakistan. Selain masalah pengungsi masif, pemerintahan baru menjaga persediaan pangan, mendirikan keamanan
dalam situasi runyam, dan menyediakan layanan dasar. Menurut ekonom Yasmeen Niaz Mohiuddin dalam studinya terhadap Pakistan, "meskipun Pakistan lahir dalam pertumpahan darah dan kekacauan, negara tersebut bertahan dalam bulan-bulan awal dan sulit setelah partisi hanya karena pengorbanan luar biasa yang dibuat oleh rakyatnya dan upaya pemimpin besarnya yang tak mementingkan diri sendiri."
Negara-negara Kepangeranan India, yang berjumlah ratusan, diminta oleh Inggris untuk memilih apakah ingin bergabung dengan Pakistan atau India. Sebagian besar melakukannya sebelum kemerdekaan, namun pengambilan keputusan menyokong apa yang menjadi pemisahan abadi antara dua negara tersebut. Para pemimpin India murka kepada Jinnah yang meminta pangeran Jodhpur, Bhopal dan Indore untuk bergabung dengan
Pakistan-negara-negara kepangeranan tersebut tidak berbatasan dengan Pakistan, dan semuanya memiliki penduduk mayoritas Hindu. Negara kepangeranan pesisir Junagadh, yang memiliki penduduk mayoritas Hindu, memilih bergabung dengan Pakistan pada September 1947, dengan "dewan" penguasanya, Sir Shah Nawaz Bhutto, secara pribadi mengirimkan makalah-makalah aksesi kepada Jinnah. Angkatan darat India menduduki kepangeranan tersebut
pada bulan November, memaksa bekas para pemimpinnya, termasuk Bhutto, melarikan diri ke Pakistan, yang memulai keluarga Bhutto yang berpengaruh secara politik.
Persengketaan paling berkelanjutan terjadi di negara kepangeranan Kashmir. Negara kepangeranan tersebut memiliki penduduk mayoritas Muslim dan seorang maharaja Hindu, Sir Hari Singh, yang tidak memberikan keputusan untuk memilih bergabung dengan negara yang mana. Dengan pemberontakan penduduk pada Oktober 1947, yang dibantu oleh pasukan khusus Pakistan, maharaja bergabung dengan India; pasukan India pun diterjunkan. Jinnah keberatan akan tindakan
tersebut, dan memerintahkan agar pasukan Pakistan bergerak ke Kashmir. Angkatan Darat Pakistan masih dikomandai oleh para perwira Inggris, dan perwira komandonya, Sir Jenderal Douglas Gracey, menolak perintah tersebut, dengan alasan bahwa ia tidak dapat berpindah ke apa yang ia anggap teritorial negara lainnya tanpa persetujuan dari otoritas tingginya, yang tidak datang-datang.
Jinnah menarik perintah tersebut. Peristiwa tersebut tak menghentikan kekerasan disana, dimana pecah peperangan antara India dan Pakistan dari waktu ke waktu semenjak itu. Beberapa sejarawan menuduh bahwa bujukan Jinnah terhadap para penguasa negara-negara mayoritas Hindu dan kedekatannya dengan Junagadh merupakan bukti pandangan buruk terhadap India, karena Jinnah yang telah dituduh memisahkan diri
atas dasar agama, berusaha untuk meraih aksesi dari negara-negara mayoritas Hindu. Dalam bukunya "Patel: A Life", Rajmohan Gandhi menyatakan bahwa Jinnah berharap mendapatkan Junagadh, yang gagal Pakistan dapatkan, dengan harapan agar juga bisa mendapatkan Kashmir. Namun, saat Mountbatten menyatakan kepada Jinnah bahwa, di seluruh Negara-negara kepangeranan dimana penguasanya tidak masuk sebuah
Dominion yang diisi oleh populasi mayoritas (yang meliputi Junagadh, Hyderabad dan juga Kashmir), akses akan ditolak oleh sebuah rujukan impartial atas kehendak rakyat', Jinnah menolak tawaran tersebut. Di samping, yang dikeluarkan atas permintaan India untuk mengukuhkan kedaulatannya atas Kashmir setelah penarikan tentara Pakistan, tak pernah terwujud.
Pada Januari 1948, pemerintah India akhirnya sepakat untuk membayar Pakistan atas pembagian aset-aset India Britania-nya. Kesepakatan tersebut dihalangi oleh Gandhi, yang mengancam akan berpuasa sampai mati. Beberapa hari kemudian, Gandhi dibunuh oleh Nathuram Godse, seorang nasionalis Hindu, yang menganggap Gandhi merupakan pro-Muslim. Jinnah membuat pernyataan terkait peristiwa tersebut, dengan menyebut Gandhi "salah satu pria teragung yang dihasilkan oleh komunitas Hindu".
Pada bulan Maret, Jinnah, meskipun kesehatannya menurun, sempat berkunjung ke Pakistan Timur pasca-kemerdekaan. Dalam pidato yang dihadiri sekitar 300.000 orang, Jinnah menyatakan (dalam bahasa Inggris) bahwa Urdu sendiri harus menjadi bahasa nasional, dengan meyakini bahwa sebuah bahasa tunggal dibutuhkan untuk sebuah negara agar tetap bersatu. Orang-orang pemakai bahasa Bengali
di Pakistan Timur menentang kebijakan tersebut, dan pada 1971, masalah bahasa resmi menjadi salah satu penyebab pecahnya wilayah tersebut menjadi Bangladesh.
Setelah pendirian Pakistan, uang kertas mata uang Pakistan yang menampilkan gambar George V dicetak. Uang kertas tersebut beredar sampai 3 Juni 1949. Namun pada 1 April 1949, uang-uang kertas tersebut dicap dengan "Pemerintah Pakistan" dan digunakan sebagai tender-tender hukum. Pada hari yang sama, Menteri Keuangan Pakistan pada waktu itu, Malik Ghulam Muhammad, mempersembahkan set baru dari tujuh koin (Re. 1,
Rs., Rs., A. 2, A. 1, A. dan Pe. 1) kepada Jinnah di Dewan Gubernur dan dikeluarkan sebagai koin-koin pertama yang dicetak oleh Pemerintah Pakistan.