Perang Barito
menyebabkan Letnan Bangert merasa puas akan keberhasilan misinya. Dalam perundingan itu Letnan Bangert didampingi oleh Haji Muhammad Thalib sebagai juru runding dan perantara yang menghubungkan pihak Belanda dengan Tumenggung Surapati. Haji Muhammad Thalib sebelumnya sudah curiga dengan perahu-perahu yang ditumpangi Tumenggung Surapati dengan pengikutnya. Perahu-perahu tersebut tidak memakai atap, sedangkan
kebiasaannya perahu mempunyai atap. Tetapi pihak Belanda tidak mengerti dengan kebiasaan orang-orang Dayak dengan perahu tanpa atap tersebut, karena Tumenggung Surapati dengan pengikutnya memperlihatkan keramah tamahannya. Perahu tanpa atap suatu pertanda sikap permusuhan dan sangat menggembirakan bagi seluruh rakyat yang berjuang melawan Belanda.
Akibat kekalahan yang sangat memalukan ini pihak Belanda mengirim serdadu sebagai ekspedisi dengan perintah bunuh semua Orang Dayak dan Melayu (Banjar) yang membantu menenggelamkan kapal perang Onrust. Untuk keperluan ini, Gustave Verspijck memberangkatkan kapal perang Suriname, Boni dan beberapa kapal pembantu pada tanggal 27 Januari 1860. Kapal ini membawa 300 serdadu bersenjata lengkap, diantaranya 10 serdadu
Eropa, beberapa pucuk meriam dan mortir. Pimpinan ekspedisi Letnan Laut De Haes melaksanakan perintah dengan membabi buta, membakar semua kampung yang dilewati dan membunuh rakyat yang ditemukan. Ketika sampai di Lalutong Tuwur ternyata kampung itu telah dikosongkan penduduk. Kapal terus berlayar ke arah hulu sambil menembaki tempat-tempat yang dicurigai. Kapal Suriname
dan Boni melewati kampung Leogong yang letaknya agak rendah. Dengan tidak diduga Belanda, meriam yang beratnya 30 pond menembak ke arah lambung kapal Suriname. Korbanpun berjatuhan. Kapal itupun miring karena tembakan itu mengenai kedua ketel (boiler) sehingga mesin kapalpun mati. Baru menjelang tengah malam barulah kapal itu dihanyutkan dan ekspedisi itu pulang tanpa membawa hasil apa-apa. Pertempuran di Leogong ini terjadi pada 11 Februari 1860.
Pada 22 Februari 1860, kembali kapal perang Celebes dan Monterado dikirim menyerang benteng Leogong. Benteng ini dikepung dengan dua buah kapal perang di hulu dan disebelah hilir serta 200 serdadu didaratkan. Pertempuran sengit pun terjadi sepanjang sungai Barito. Menyadari terhadap pengepungan ini Pangeran Antasari dan Tumenggung Surapati melakukan siasat mundur untuk menghindarkan banyaknya jatuh korban.
Perang ini berakhir tanpa hasil yang memuaskan bagi Belanda. Untuk mengantisipasi kapal-kapal perang Belanda, Tumenggung Surapati dan Pangeran Antasari mengerahkan beratus-ratus perahu dengan sebuah perahu komando yang besar. Pada perahu besar ini dipancangkan bendera kuning. Armada perahu ini disertai pula dengan beberapa buah lanting kotta-mara (katamaran) semacam panser terapung.
Bentuk kotta-mara ini sangat unik karena dibuat dari susunan bambu yang membentuk sebuah benteng terapung. Kotta-mara dilengkapi dengan beberapa pucuk meriam dan lila. Selain kapal perang Onrust yang berhasil ditenggelamkan pada 26 Desember 1859, sebelumnya yaitu pada bulan Juli 1859 juga ditenggelamkan kapal perang Cipanas dalam pertempuran di sepanjang Barito di sekitar pulau Kanamit.
Perang Banjar yang terjadi di Barito, memberikan posisi penting terhadap keberpihakan Dayak. Seperti juga masyarakat Banjar maka masyarakat Dayak juga terbelah, sebagian memihak Belanda karena mereka diangkat oleh Belanda sebagai bagian dari pemerintahan Sultan Tamjidullah II yang didukung Belanda. Kiai Raden Adipati Danu Raja sebagai gubernur Banua Lima berada di pihak Sultan Tamjidullah II dan Belanda,
demikian kepala-kepala pemerintahan di negeri Tanah Bumbu dan sultan Kutai yang berada di bawah tekanan Belanda. Sutaono yang berasal dari desa Telang (Paju Epat) seorang kepala suku dayak Maanyan dan Temanggung Nikodemus Jaya Negara seorang kepala suku Dayak Ngaju. Pangeran Antasari dan pengikutnya serta keturunannya menghadapi tekanan yang berat dari saudara sebangsa baik dari suku Banjar,
Dayak, Bugis, Kutai yang sudah berada dalam gengaman kolonialisme Belanda. Sultan Kutai membantu Belanda menangkap Pangeran Perbatasari (Sultan Muda) yang akhirnya diasingkan ke Kampung Jawa Tondano. Keturunan Tumenggung Surapati yang tertangkap diasingkan ke Bengkulu.
Untuk menghadapi perang ini sebanyak 142 militer Belanda diterjunkan ditambah pasukan Dayak yang disiapkan Belanda berjumlah 426 terdiri:
Orang Maanyan Sihong dibawah pimpinan Suta Ono berjumlah: 224 Orang Maanyan Patai dibawah pimpinan Tumenggung Jaya Karti (Jelan): 176 Orang Dayak Katingan sebanyak: 26
M. Gazali Usman, Kerajaan Banjar: Sejarah Perkembangan Politik, Ekonomi, Perdagangan dan Agama Islam, Banjarmasin: Lambung Mangkurat Press, 1994.