Mutsuhito
kapal-kapal mereka, dan pasukan asing membalasnya. Pasukan keshogunan berhasil mengusir hampir semua "shishi" dari Kyoto, dan upaya mereka untuk kembali pada tahun 1864 berhasil digagalkan. Meskipun demikian, kerusuhan sudah menjalar ke seluruh Jepang.
Tidak diketahui pasti apakah Mutsuhito muda sadar tentang adanya kemelut politik. Pada waktu itu, ia sedang belajar puisi "tanka", pertama dari ayahnya, lalu dari pujangga-pujangga istana. Sewaktu ia meneruskan pendidikan klasiknya pada tahun 1866, Tokugawa Yoshinobu terpilih sebagai shogun baru. Shogun Yoshinobu adalah seorang reformis yang ingin mengubah Jepang
menjadi negara ala Barat. Ia ternyata nantinya menjadi shogun terakhir Jepang. Yoshinobu mendapat perlawanan dari kalangan keshogunan sendiri, sejalan dengan berlanjutnya aksi-aksi militer dan kerusuhan. Pada pertengahan tahun 1866, tentara keshogunan dikirim untuk memadamkan pemberontakan di Jepang selatan, namun berakhir dengan kekalahan tentara keshogunan.
Kaisar Kmei memiliki kondisi kesehatan yang prima, dan baru berusia 36 tahun pada Januari 1867 ketika ia jatuh sakit parah. Meskipun ia tampaknya agak sembuh, tetapi keadaannya tiba-tiba memburuk dan meninggal dunia pada 30 Januari 1867. Sebagian sejarawan percaya Kaisar Kmei diracuni, perkiraan yang lumrah pada zaman itu: Diplomat Britania Sir Ernest Satow
menulis, "sulit untuk disangkal bahwa menghilangnya [Kaisar Komei] dari panggung politik, meninggalkan seorang anak laki-laki berusia lima belas atau enam belas [sebenarnya empat belas], sebagai penggantinya adalah yang paling tepat".
Putra Mahkota Mutsuhito secara resmi naik takhta pada 3 Februari 1867 dengan sebuah upacara singkat di Kyoto. Sebagai kaisar baru, ia meneruskan pendidikan klasik yang tidak memasukkan urusan politik. Pada saat bersamaan, Shogun Yoshinobu sedang berjuang untuk mempertahankan kekuasaan. Ia berulang kali meminta persetujuan kaisar untuk tindakan-tindakannya, yang
akhirnya ia terima, namun tidak ada indikasi kalau kaisar yang masih muda itu ikut serta dalam pengambilan keputusan. Sementara itu, para "shishi" dan pemberontak lainnya terus membentuk visi mereka untuk Jepang baru. Meski mereka mendukung kaisar, mereka tidak berpikiran untuk membuatnya berperan aktif dalam proses politik.
Perjuangan politik mencapai klimaksnya pada akhir 1867. Pada bulan November, persetujuan dengan keshogunan tercapai. Yoshinobu masih dapat mempertahankan gelar shogun dan sejumlah kekuasaannya, tetapi kekuasaan legislatif akan diberikan kepada badan legislatif bikameral berdasarkan model Britania. Pada bulan berikutnya, perjanjian tersebut batal setelah para pemberontak berbaris ke Kyoto, dan mengambil alih
Istana Kekaisaran. Pada 4 Januari 1868, kaisar secara seremonial membacakan sebuah dokumen di hadapan istana memproklamasikan "restorasi" atau pemulihan kekuasaan kekaisaran. Pada bulan berikutnya, dokumen-dokumen tersebut dikirim ke negara-negara asing:
Kaisar Jepang mengumumkan kepada penguasa dari semua negara-negara asing dan rakyat mereka bahwa izin telah diberikan kepada Shogun Tokugawa Yoshinobu untuk mengembalikan kekuasaan pemerintah sesuai dengan permintaannya sendiri. Mulai saat ini kami akan melaksanakan kekuasaan tertinggi untuk urusan-urusan dalam dan luar negeri dari negara ini. Maka dari itu,
semua penyebutan "Taikun" dalam perjanjian-perjanjian yang telah dibuat harus diganti dengan perkataan Kaisar. Pejabat-pejabat sedang ditunjuk oleh kami untuk melaksanakan urusan-urusan luar negeri. Perwakilan-perwakilan dari negara-negara penandatangan traktat hendaknya memaklumi pengumuman ini.Mutsuhito Yoshinobu mencoba untuk melawan untuk waktu singkat, namun
baru pada akhir tahun 1869, kubu pertahanan terakhir keshogunan akhirnya dikalahkan. Pada bulan sembilan tahun berikutnya, nama zaman diganti menjadi Meiji, atau "pemerintahan terang" yang nantinya dipakai sebagai nama anumerta Kaisar Mutsuhito. Peristiwa ini menandai dimulainya tradisi penamaan zaman di Jepang sesuai dengan masa pemerintahan kaisarnya, dan menyebut nama kaisar yang sudah meninggal dunia dengan nama era pemerintahannya.
Segera setelah naik takhta, pejabat-pejabat istana mencalonkan Ichij Haruko sebagai calon permaisuri. Ia adalah anak perempuan dari seorang pejabat istana yang berusia tiga tahun lebih tua dari kaisar yang masih harus menunggu hingga selesai "gembuku" (upacara kedewasaan) sebelum dapat menikah. Keduanya menikah pada 11 Januari 1869. Istri dari Kaisar Meiji,
setelah meninggal dunia disebut Permaisuri Shken, sekaligus permaisuri kaisar yang pertama kali menerima gelar "kg" (arti harfiah: istri kaisar, diterjemahkan sebagai Permaisuri) setelah ratusan tahun sebelumnya. Meski Permaisuri Shken bukan permaisuri kaisar yang pertama kali menjalankan tugas kenegaraan, ia tidak dikaruniai keturunan. Lima belas anak Kaisar Meiji
dilahirkan oleh lima selir resmi. Hanya lima anak di antaranya yang hidup hingga dewasa: seorang pangeran anak dari Putri Naruko (1855-1943, anak dari Yanagiwara Mitsunaru), dan empat putri yang dilahirkan Putri Sachiko (1867-1947, anak tertua Pangeran Sono Motosachi). Nama anak-anak Kaisar Meiji:Walaupun keshogunan terusir, para pemberontak tidak sempat menyusun pemerintah pusat yang
efektif. Pada 23 Maret 1868, utusan negara-negara asing untuk pertama kalinya diizinkan mengunjungi Kyoto dan beraudiensi dengan kaisar Pada 7 April 1868, kebijakan dasar pemerintah Meiji dinyatakan dalam Sumpah Tertulis Lima Pasal yang isinya berupa lima butir pernyataan tentang karakteristik pemerintah baru, dimaksudkan untuk merangkul pihak-pihak yang belum mendukung rezim baru. Dokumen
tersebut kemudian diumumkan secara resmi oleh kaisar, isinya menghapus feodalisme dan menyatakan pembentukan pemerintah demokrasi modern di Jepang. Sumpah Tertulis Lima Pasal nantinya dikutip oleh Kaisar Hirohito dalam Deklarasi Humanitas sebagai dukungannya untuk perubahan yang ditetapkan dalam Pemerintah Jepang setelah Perang Dunia II. Pada pertengahan Mei, untuk pertama kalinya
sejak masa kecilnya, Kaisar Meiji keluar dari kompleks istana di Kyoto untuk menjadi komandan tentara yang mengejar sisa-sisa tentara keshogunan. Perjalanan dilakukan dalam iring-iringan yang lambat, perjalanan dari Kyoto ke Osaka memakan waktu tiga hari, melalui jalan-jalan yang sudah dipenuhi oleh barisan penonton. Di Osaka sedang tidak ada perang, pemimpin pemerintah baru
ingin kaisar lebih banyak tampil di depan rakyatnya dan utusan negara asing. Pada akhir Mei, setelah dua minggu di Osaka (dalam suasana yang kurang formal dibandingkan di Kyoto), kaisar pulang ke Kyoto. Tidak lama setelah tiba kembali di Kyoto, istana mengumumkan bahwa kaisar akan mulai memimpin semua urusan negara, sedangkan studi sastra lebih lanjut akan dilakukan
pada waktu luang. Baru mulai tahun 1871, buku-buku pelajaran kaisar berisi materi mengenai urusan kontemporer.
Pada 19 September 1868, kaisar mengumumkan penggantian nama kota Edo menjadi Tokyo, atau "ibu kota timur". Ia secara resmi dimahkotai di Kyoto pada 15 Oktober (upacara yang ditunda dari tahun sebelumnya akibat ketidakstabilan dalam negeri). Tidak lama sebelum naik takhta, ia mengumumkan era baru atau "neng" (nama zaman) yang disebut "Meiji" atau "pemerintahan terang".
Sebelumnya, nama zaman sering diganti berulang kali sepanjang masa pemerintahan seorang kaisar. Mulai saat itu, ia mengumumkan hanya akan ada satu "neng" untuk satu masa pemerintahan.
Tidak lama setelah naik takhta, kaisar melakukan perjalanan ke Tokyo lewat jalan Tkaid, sekaligus kunjungan pertamanya ke Tokyo. Ia tiba pada akhir November, dan mulai memperpanjang masa tinggalnya di Tokyo. Kaisar menghadiahkan sake kepada penduduk Tokyo yang menanti-nantikan kunjungan kekaisaran. Tokyo (Edo) adalah ibu kota keshogunan, dan penduduk khawatir