Thomas Aquinas
sebagai kekeliruan-kekeliruan itu, Thomas menulis dua karya tulis, salah satunya berjudul "De unitate intellectus, contra Averroistas" ("Tentang Kemanunggalan Intelek, melawan Kaum Averrois"), yang di dalamnya ia berargumen mengenai ketidaksesuaian Averroisme dengan ajaran Kristiani. Selama masa jabatannya yang kedua ini, ia merampungkan bagian kedua "Summa Theologiae" serta
menulis "De virtutibus" dan "De aeternitate mundi, contra murmurantes" ("Tentang Keabadian Dunia Ini, melawan Para Penggerutu"); karya yang disebutkan terakhir membahas paham kontroversial Averrois dan Aristotelian mengenai "tiada berawalnya" dunia ini.
Perbedaan pendapat dengan beberapa tokoh penting Fransiskan pada waktu yang relatif bersamaan mengakibatkan masa jabatan keduanya jauh lebih berat dan menantang daripada masa jabatan pertamanya. Setahun sebelum Thomas kembali mengemban jabatan tersebut, pada ajang debat di Paris tahun 1266-67, seorang "magister" Fransiskan bernama William Baglione menuduh Thomas mempromosikan paham Averrois, kemungkinan besar menganggapnya
sebagai salah seorang di antara "para pemimpin buta dari kaum buta". Eleonore Stump mengatakan, "Telah dikemukakan juga secara persuasif bahwa "De aeternitate mundi" karya Aquinas ditujukan secara khusus terhadap rekannya [pengajar] teologi dari [tarekat] Fransiskan, John Pecham."
Pada kenyataannya, Thomas sangat terganggu dengan merebaknya Averroisme dan merasa marah ketika ia mendapati Sigerus dari Brabant sedang mengajarkan penafsiran Averroistik mengenai Aristoteles kepada para mahasiswa Paris. Pada tanggal 10 Desember 1270, Uskup Paris Étienne Tempier mengeluarkan sebuah dekret yang menyatakan bahwa tiga belas proposisi Aristotelian dan Averroistik adalah bidah dan mengekskomunikasi siapa
saja yang tetap mendukung paham-paham tersebut. Banyak pihak dalam komunitas gerejawi, yang disebut Agustinian, merasa khawatir kalau pengenalan akan Aristotelianisme dan Averroisme yang lebih ekstrem itu dapat mencemari kemurnian iman Kristiani. Dalam upayanya melawan kekhawatiran yang semakin besar terhadap pemikiran Aristotelian, Thomas menulis serangkaian bantahan antara
tahun 1270 sampai 1272 untuk mengajar para Agustinian tersebut: "De virtutibus in communi" ("Tentang Kebajikan-Kebajikan Secara Umum"), "De virtutibus cardinalibus" ("Tentang Kebajikan-Kebajikan Pokok"), "De spe" ("Tentang Harapan").
Pada tahun 1272, Thomas mengambil cuti dari Universitas Paris ketika para Dominikan dari provinsi asalnya memanggilnya untuk mendirikan satu "studium generale" dimana saja dan untuk mengelola institusi itu seturut kehendaknya. Ia memilih untuk mendirikannya di Napoli, dan pindah ke sana untuk mengemban tugas sebagai "Magister regens". Ia melewatkan waktunya di Napoli untuk mengerjakan bagian ketiga
"Summa Theologiae" sambil memberikan pengajaran seputar beragam topik keagamaan. Ia juga berkhotbah kepada umat di Napoli, setiap hari selama masa Prapaskah tahun 1273. Khotbah-khotbahnya ketika itu, mengenai Sepuluh Perintah Allah, Syahadat (Pengakuan Iman), Doa Bapa Kami, dan Salam Maria, sangat populer.
Suatu ketika, pada tahun 1273, dalam kapel Santo Nikolas di rumah Dominikan di Napoli, setelah Ibadat Bacaan atau Matutinum, Thomas tetap tinggal di dalam kapel dan terlihat oleh seorang sakristan (yang diidentifikasi sebagai Domenico dari Caserta) kalau ia sedang terangkat ketika berdoa sambil menangis di hadapan ikon Kristus Tersalib. Kristus berkata kepada Thomas, "Engkau telah
menulis dengan baik tentang Aku, Thomas. Upah apa yang akan engkau dapatkan atas pekerjaanmu?" Thomas menjawab, "Tidak ada selain Engkau, Tuhan." Dikatakan bahwa setelah percakapan tersebut terjadi sesuatu, tetapi Thomas tidak pernah membicarakannya ataupun menuliskannya.
Pada tanggal 6 Desember 1273, terjadi pengalaman mistik yang lain. Ketika sedang merayakan Misa, ia mengalami suatu ekstase dalam waktu yang sangat lama. Karena apa yang dialaminya, ia mengabaikan rutinitasnya dan menolak untuk mendiktekan Reginaldo dari Piperno, yang adalah asisten sekaligus bapa pengakuannya. Ketika Reginaldo mendesaknya untuk melanjutkan kembali pengerjaan
karyanya, Thomas menjawab: "Reginaldo, aku tidak dapat, karena semua yang telah kutuliskan tampak seperti jerami bagiku" ("mihi videtur ut palea"). Akibatnya, "Summa Theologiae" tetap tidak terselesaikan hingga akhir hidupnya di dunia ini. Apa yang sebenarnya memicu perubahan sikap Thomas diyakini oleh umat Katolik sebagai semacam pengalaman
adikodrati akan Allah. Setelah pergi tidur dan beristirahat, sebagian tenaganya pulih kembali.
Skisma Besar yang terjadi pada tahun 1054 menyebabkan perpisahan antara Gereja Latin yang dipimpin Paus (dikenal sebagai Gereja Katolik) di Barat dengan Patriarkat Konstantinopel di Timur (dikenal sebagai Gereja Ortodoks Timur). Dalam upayanya untuk menyatukan kembali Gereja Ortodoks Timur dan Gereja Katolik, Paus Gregorius X bermaksud menghimpun Konsili Lyon II yang akan diadakan pada tanggal 1 Mei
1274 dan memanggil Thomas untuk turut menghadirinya. Dalam pertemuan tersebut Thomas diminta untuk mempresentasikan "Contra errores Graecorum", karya tulisnya mengenai umat Yunani yang dibuat sekitar satu dasawarsa sebelumnya berdasarkan penugasan dari Paus Urbanus IV.
Dalam perjalanannya menuju Konsili, dengan menunggangi seekor keledai menyusuri Via Appia, kepalanya terantuk batang pohon yang tumbang dan ia menderita sakit parah. Ia kemudian segera dibawa ke Monte Cassino untuk menjalani pemulihan. Setelah beristirahat sejenak, ia kembali melanjutkan perjalanan, namun ia jatuh sakit lagi dan singgah di Biara Fossanova, suatu biara Sistersien. Para
rahib di sana merawatnya selama beberapa hari, dan, ketika Thomas menerima ritus-ritus terakhirnya, ia menyatakan: "Aku telah menulis dan mengajarkan banyak tentang Tubuh yang teramat kudus ini, dan tentang sakramen-sakramen lain dalam iman Kristus, serta tentang Gereja Roma yang Kudus, yang kepada [keputusan dan] penilaiannya kupaparkan dan kuserahkan segala
sesuatu yang telah kutuliskan [bilamana aku telah menuliskan sesuatu yang keliru]." Ia meninggal dunia pada tanggal 7 Maret 1274 ketika sedang menyajikan tafsir Kitab Kidung Agung.
Selama berabad-abad, terdapat klaim berulang kali bahwa Thomas memiliki kemampuan untuk mengangkat tubuhnya dari atas tanah (levitasi). Sebagai contoh, G. K. Chesterton menulis bahwa, "Pengalaman-pengalamannya termasuk peristiwa-peristiwa levitasi dalam ekstase yang didukung banyak bukti; dan Perawan Terberkati menampakkan diri kepadanya, menghiburnya dengan kabar gembira bahwa ia tidak akan pernah menjadi seorang Uskup."
Pada tahun 1277, Étienne Tempier, uskup Paris yang juga mengeluarkan pengecaman tahun 1270, mengeluarkan satu lagi pengecaman yang lebih ekstensif. Salah satu tujuan dari pengecaman tersebut adalah untuk mengklarifikasi bahwa kekuasaan absolut Allah melampaui prinsip-prinsip logika yang mungkin Aristoteles ataupun Averroes (Ibnu Rusyd) terapkan padanya. Secara
lebih spesifik, pengecaman tersebut berisi daftar 219 proposisi yang sang uskup tetapkan telah melanggar pandangan akan kemahakuasaan Allah, dan 20 proposisi Thomistik termasuk di dalam daftar itu. Pencantuman proposisi-proposisi itu sangat merusak reputasi Thomas selama bertahun-tahun.
Dalam "Divina Commedia" ("Komedi Ilahi"), Dante Alighieri melihat jiwa Thomas yang dimuliakan di dalam Surga Matahari bersama para teladan agung kebijaksanaan religius lainnya. Dante menyatakan kalau Thomas meninggal dunia akibat diracun, atas perintah Carlo I dari Napoli; Villani (ix. 218) menyitir keyakinan itu, dan "Anonimo Fiorentino" mendeskripsikan kejahatan tersebut beserta
motifnya. Namun, sejarawan Ludovico Antonio Muratori mereproduksi laporan yang dibuat oleh salah seorang teman Thomas, dan versi cerita ini tidak memberi petunjuk apa-apa mengenai adanya permainan kotor.