Digimon
Yamaki dan HYPNOS menciptakan Yuggoth, program komputer yang berfungsi untuk menghapus target-target digimon. Mereka menjadikan semua digimon di dunia manusia sebagai target, termasuk digimon para penjinak. Mereka juga menciptakan Shaggai, program komputer yang memiliki pusaran digital yang mampu menghisap digimon-digimon pada radius tertentu dan mengembalikan mereka ke dunia diigital. Namun Shaggai ternyata tidak
berfungsi terhadap digimon-digimon kuat yang menyebutkan diri mereka Deva, terdiri dari Antylamon, Canturamon, Indramon, Kumbhiramon, Majiramon, Makuramon, Mihiramon, Pajiramon, Sandiramon, Sinduramon, Vajramon, dan Vikaralamon. Mereka malah memanfaatkan Shaggai untuk masuk ke dunia manusia dan menyatakan permusuhan antara digimon dan manusia. Mereka menentang digimon-digimon yang berpartner dengan
manusia. Namun tujuan mereka yang sebenarnya adalah membawa Culumon yang memiliki kekuatan evolusi ke dunia digital. Selama pertempuran melawan Deva, digimon para penjinak mampu berevolusi ke tingkat yang lebih tinggi lagi yaitu MegaloGrowmon, Rapidmon, dan Taomon.
Takato, Jian Liang, Ruki, dan digimon mereka kemudian melakukan perjalanan ke dunia digital untuk mengambil kembali Culumon melalui portal yang mereka temukan di bawah tanah di sebuah taman di Shinjuku. Bersama mereka ikut pula teman-teman Takato yaitu Kato Juri, Shiota Hirokazu, dan Kitagawa Kenta. Juri menjadi penjinak digimon dan berpartner dengan Leomon. Sementara itu Yamaki dan HYPNOS
akhirnya bersekutu dengan para penjinak dan merekrut sekelompok ahli pemrogram yang disebut Monster Makers. Salah satunya adalah ayah dari Jian Liang. Merekalah yang menciptakan dunia digital dan suatu kehidupan kecerdasan buatan yang disebut Digimon. Proyek rahasia ini kemudian dihentikan, namun salah satu dari mereka yang bernama Shibumi diam-diam melanjutkan proyek ini sendirian.
Di dunia digital, Hirokazu dan Kenta akhirnya menjadi penjinak dan berpartner dengan Guardromon dan MarineAngemon. Mereka juga bertemu dan bergabung dengan seorang penjinak lainnya bernama Akiyama Ryo yang berpartner dengan Cyberdramon. Ia adalah pemain permainan kartu Digimon yang legendaris dan satu-satunya yang pernah mengalahkan Ruki dalam kejuaraan permainan kartu Digimon.
Sementara itu, Impmon yang terobsesi menjadi kuat diberi tawaran oleh Caturamon, salah satu deva. Ia akan mengevolusikan Impmon dengan syarat Impmon harus membunuh penjinak dan digimonnya. Impmon akhirnya menerima tawaran. Ia berevolusi menjadi Belzeebumon dan masuk ke dunia digital untuk memburu para penjinak dan digimonnya.
Para penjinak berhasil mengalahkan satu per satu Deva, kecuali Antylamon yang memilih untuk berpihak kepada mereka. Lee Shaochung, adik Jenrya secara tidak sengaja ikut masuk ke dunia digital dan menjadi penjinak dengan berpartner dengan Antylamon yang berwujud sebagai Lopmon. Walaupun begitu masih ada Belzeebumon yang berusaha memburu para penjinak dan digimonnya. Ia berhasil
membunuh Leomon, parter Juri. Juri menjadi kalut dalam kesedihan setelah kematian partnernya. Takato dan Guilmon kemudian melakukan evolusi BioMerge dimana manusia menjadi satu digimon dan menjadi sumber kekuatan. Takato dan Guilmon berevolusi menjadi Dukemon, Jenrya dan Terriermon menjadi SaintGargomon, Ruki dan Renamon menjadi Sakuyamon, dan Ryo dan Cyberdramon menjadi Justimon. Dukemon berhasil mengalahkan Beelzebumon tetapi membiarkan dia pergi atas permintaan Juri.
Para penjinak dan digimonnya akhirnya bertempur melawan Zhuqiaomon, salah satu dari empat penguasa Digimon yang mengutus Deva untuk memerangi manusia. Namun, salah satu dari empat penguasa Digimon yang lain, Qinglongmon, menghentikan perempuran tersebut dan mengatakan bahwa tidak seharusnya digimon bermusuhan dengan manusia. Para penjinak akhirnya berdamai dengan empat penguasa Digimon
dan menyatakan kerja sama untuk melawan D-Repear. D-Reaper adalah musuh digimon yang sebenarnya. Ia adalah program komputer kecerdasan buatan (bukan digimon) yang diciptakan oleh United States Department of Defense yang bertujuan untuk mengendalikan semua kecerdasan buatan digital, namun program ini menjadi tidak terkendali dan mulai mengahapus dunia digital dan seisinya. Empat
penguasa Digimon kemudian menggunakan kekuatan Culumon untuk mengevolusikan digimon-digimon untuk bertempur melawan D-Reaper, setelah itu mengembalikannya kepada para penjinak. Para penjinak (termasuk Ryo dan Cyberdramon) beserta digimon mereka dan Culumon kembali ke dunia manusia atas bantuan dari Yamaki, HYPNOS, dan Monster Makers.
Kembalinya mereka ke dunia manusia ternyata diikuti oleh D-Reaper. Mereka muncul dari markas HYPNOS dan dengan cepat menciptakan massa yang besar yang menelan Shinjuku menjadi kota mati sehingga penduduknya terpaksa mengungsi. Mereka menciptakan monster-monster buatan yang menyerang kota Tokyo. D-Reaper juga muncul di seluruh dunia, membuat sistem jaringan komunikasi diseluruh
dunia mengalami krisis D-Reaper. Mereka memanfaatkan kekalutan Juri dengan menculiknya dan menyekapnya di massa D-Reaper dan menciptakan agen D-Reaper yang menerupai Juri untuk memepelajari hakikat manusia. Kesedihan Juri menjadi energi D-Reaper sehingga mereka berusaha untuk terus mempengaruhi pemikiran Juri. Namun Juri akhirnya mulai berusaha untuk kembali bangkit dan menyingkarkan kesedihannya.
Belzeebumon yang merasa bersalah atas kesedihan Juri, bersama dengan Culumon, memerangi D-Reaper untuk menyelamatkan Juri. Namun Belzeebumon kalah dan kembali menjadi Impmon. Sedangkan Culumon diculik oleh D-Reaper bersama Juri. Kemudian Impmon akhirnya bertemu kembali dengan penjinaknya yang sebenarnya, Ai dan Mako, dan ternyata mereka sudah tidak egois dan saling berkelahi seperti dulu.
Dukemon, SaintGargomon, Sakuyamon, dan Justimon bertempur melawan D-Reaper dan akhirnya berhasil menyelamatkan Juri dan Culumon. Sementara itu Yamaki, HYPNOS, dan Monster Makers berhasil mengembangkan Shaggai. Dengan bantuan dari kekuatan empat penguasa Digimon, Shaggai berhasil menghisap dengan kecepatan cahaya seluruh D-Reaper di seluruh dunia. Para penjinak dan digimonnya kemudian diselamatkan dari
lubang Shaggai oleh Hirokazu, Kenta, Shaochung, dan digimon mereka. Namun Shaggai, seperti sebelumnya, tetap memiliki efek yang sama dengan digimon, sehingga para digimon terpaksa untuk segera kembali ke dunia digital meninggalkan penjinak mereka. Para penjinak kemudian kembali hidup normal tanpa digimon, hingga Takato menyadari bahwa portal menuju dunia digital yang berada di bawah tanah di taman Shinjuku masih terbuka.
Serial keempat ini juga tidak ada hubungannya dengan 3 serial sebelumnya. Walaupun begitu terdapat teori fans yang mengindikasikan anak-anak Digimon Frontier sebagai anak terpilih pertama yang diceritakan Gennai di Digimon Adventure 01 atas beberapa alasan yang cukup kuat. Digimon Frontier memilki gaya cerita dan karakteristik yang kembali mirip dengan Digimon Adventure 01, setelah sebelumnya penonton disuguhkan dengan Digimon Tamers yang
memiliki gaya cerita yang berbeda dari yang lain. Digimon Frontier bercerita tentang 5 anak, Kanbara Takuya, Minamoto Koji, Shibayama Junpei, Orimoto Izumi, dan Himi Tomoki yang dipanggil oleh salah satu dari 3 Celestial Angels yaitu Ophanimon lewat telepon seluler mereka yang kemudian berubah menjadi D-Scanner (digivice versi Digimon Frontier) untuk membebaskan Ophanimon dan Seraphimon dan mengalahkan Cherubimon. Selama berpetualang mereka ditemani oleh Bokomon dan Neemon sebagai pemandu.
Diceritakan bahwa menurut legenda di dunia digital, digimon saling berperang hingga Lucemon muncul dan menegakkan kedamaian di dunia digital dan menjadi pemimpin di dunia Digital. Ia mulai berpikir bahwa para digimon lain tidak lebih baik dari dia, sehingga oleh sebab itu sebaiknya dia memiliki kekuasaan yang absolut atas dunia digital. Ia mulai menindas para Digimon. Lucemon akhirnya berhasil