Konflik Chad-Libya
dengan Perancis, dan pada tanggal 15 Januari armada laut Perancis di Laut Tengah disiagakan. Libya membalasnya dengan mengeluarkan ancaman embargo minyak, sementara Perancis mengancam akan bereaksi jika Libya menyerang negara tetangga lainnya. Persetujuan ini juga ditentang oleh semua menteri GUNT yang hadir bersama dengan Goukouni di Tripoli (kecuali Acyl).
Banyak pengamat berkeyakinan bahwa Goukouni menerima persetujuan tersebut akibat gabungan ancaman, tekanan yang kuat dan bantuan finansial yang dijanjikan oleh Gaddafi. Sebelum mengunjungi ibukota Libya, Goukouni telah mengirim 2 panglima besarnya ke Libya untuk melakukan konsultasi. Di Tripoli, Goukouni diberitahu oleh Gaddafi bahwa kedua orang ini telah dibunuh
oleh "para pembangkang Libya", dan ia harus menerima rencana penyatuan jika ia tidak mau kehilangan kekuasaannya.
Akibat perlawanan yang dihadapi oleh Gaddafi dan Goukouni, mereka mencoba menyatakan bahwa yang dimaksud adalah "penyatuan" bangsa dan bukan negara, dan hal tersebut diklaim sebagai langkah awal menuju kerjasama yang lebih erat. Namun, reputasi Goukouni sebagai seorang negarawan dan nasionalis sudah terlanjur rusak.
Goukouni mencoba menanggapi tekanan internasional dengan menyatakan bahwa pasukan Libya berada di Chad atas permohonan pemerintah Chad, dan para penengah internasional sebaiknya menerima keputusan pemerintahan Chad yang sah. Dalam pertemuan yang diadakan pada bulan Mei, Gokouni menyatakan bahwa mundurnya pasukan Libya dari Chad bukan prioritas, tetapi ia akan menerima keputusan Organisasi
Kesatuan Afrika. Goukouni pada saat itu tidak dapat menolak bantuan militer Libya karena ia membutuhkan bantuan tersebut untuk melawan FAN yang dipimpin oleh Habré, apalagi FAN sendiri didukung oleh Mesir dan Sudan dan mendapat dana dari CIA lewat Mesir.
Hubungan antara Goukouni dan Gaddafi mulai memburuk. Tentara Libya ditugaskan di berbagai tempat di Chad utara dan tengah dengan jumlah yang mencapai sekitar 14000 tentara pada bulan Januari- Februari 1981. Tentara Libya membuat kesal banyak pihak di GUNT karena telah mendukung faksi Acyl dalam perselisihan dengan milisi-milisi lainnya, termasuk bentrok dengan Angkatan Bersenjata Rakyat
yang terjadi pada akhir bulan April. Terdapat juga usaha untuk melibyanisasi penduduk setempat, yang membuat banyak orang menyimpulkan bahwa "penyatuan" bagi Libya berarti Arabisasi dan penyebaran budaya politik Libya, khususnya penyebaran gagasan yang terkandung di dalam Buku Hijau.
Di tengah perselisihan yang terjadi antara Legiuner Islam Gaddafi melawan pasukan Goukouni pada bulan Oktober serta rumor bahwa Acyl merencanakan kudeta untuk menguasai kepemimpinan GUNT, pada tanggal 29 Oktober 1981 Goukouni meminta mundurnya pasukan Libya dari wilayah Chad. Ia meminta agar pasukan Libya mundur dari wilayah ibukota paling tidak pada tanggal 31 Desember 1981. Ia juga ingin agar
pasukan Libya digantikan oleh pasukan dari Organisasi Kesatuan Afrika yang disebut "Pasukan Inter-Afrika" (IAF). Gaddafi menuruti permintaan ini dan pada tanggal 16 November semua pasukan Libya meninggalkan Chad dan kembali ditugaskan di di Jalur Aouzou.
Keputusan Libya untuk mundur mengejutkan banyak pengamat. Salah satu alasannya adalah karena Gaddafi ingin menjadi tuan rumah konferensi Organisasi Kesatuan Afrika pada tahun 1982 dan mengambil alih jabatan kepresidenan Organisasi Kesatuan Afrika. Alasan lain adalah kesulitan yang dihadapi oleh Libya di Chad. Tanpa dukungan rakyat Chad dan dunia internasional, Libya tidak dapat mengambil
risiko perang melawan Mesir dan Sudan yang didukung oleh Amerika. Gaddafi masih tetap memiliki ambisi di Chad, tetapi ia perlu mencari pemimpin baru di Chad karena Goukouni terbukti tidak dapat dipercaya.
Komponen pertama IAF yang tiba di Chad adalah pasukan payung Republik Demokratik Kongo yang diikuti oleh pasukan Nigeria dan Senegal, sehingga jumlah pasukan IAF mencapai 3275 orang. Sebelum pengiriman pasukan penjaga perdamaian diselesaikan, Habré mencoba memanfaatkan situasi ketika pasukan Libya mundur dari Chad dan ia melancarkan serangan besar-besaran di Chad timur, termasuk kota penting Abéché yang
jatuh pada tanggal 19 November 1981. Setelah itu, pada awal bulan Januari 1982, Oum Hadjer juga jatuh. Kota ini hanya terletak sejauh 160 km dari Ati, yang merupakan kota besar terakhir yang memisahkan pasukan Habré dengan N'Djamena. GUNT sempat diselamatkan oleh IAF setelah mereka berhasil mempertahankan Ati.
Akibat serangan yang dilancarkan oleh Habré, Organisasi Kesatuan Afrika meminta GUNT untuk memulai perundingan rekonsiliasi dengan Habré, tetapi permintaan tersebut ditolak oleh Goukouni dengan nada penuh amarah. Nantinya ia berkata:
Pada bulan Mei 1982, FAN memulai serangan terakhir dan tidak dihalangi oleh penjaga perdamaian di Ati dan Mongo. Penolakan IAF untuk melawan Habré membuat Goukouni murka, sehingga ia berupaya untuk memulihkan hubungannya dengan Libya dan mendatangi Tripoli pada tanggal 23 Mei 1982. Namun, Gaddafi masih kesal dengan pengalamannya pada tahun sebelumnya, sehingga ia menyatakan kenetralan Libya.
Pasukan GUNT mencoba untuk bertahan di Massaguet yang terletak 80 km di sebelah utara N'Djamena, tetapi mereka dikalahkan oleh oleh FAN pada tanggal 5 Juni 1982 setelah terjadinya pertempuran yang sengit. Dua hari kemudian, Habré memasuki N'Djamena tanpa adanya perlawanan, sehingga ia menjadi pemimpin "de facto" Chad, sementara Goukouni melarikan diri dari Chad dan mencari perlindungan di Kamerun.
Setelah wilayah ibukota berhasil diduduki, Habré mulai mengkonsolidasikan kekuasaannya dengan menduduki wilayah Chad yang tersisa. Dalam waktu enam minggu, ia menguasai Chad selatan dan menghancurkan FAT. Kamougué mengharapkan bantuan dari Libya, tetapi harapan tersebut pupus. Satu-satunya wilayah Chad di sebelah selatan Jalur Aouzou yang tidak ditaklukan oleh Habré adalah wilayah Tibesti.
Gaddafi telah menjaga jaraknya dari Chad beberapa bulan sebelum jatuhnya N'Djamena, sehingga Habré pada awalnya ingin mencoba bersepakat dengan Libya (kemungkinan melalui persetujuan dengan Acyl yang tampak siap berdialog). Namun, Acyl meninggal dunia pada tanggal 19 Juli dan digantikan oleh Acheikh ibn Oumar. CDR sendiri tidak menyukai hasrat besar Habré untuk menyatukan Chad.
Sementara itu, Goukouni dapat menghimpun kembali GUNT dengan bantuan Libya. Pada bulan Oktober, ia mendirikan Pemerintahan Perdamaian Nasional di kota Barda di Tibesti dan menyatakan pemerintahan ini sebagai pemerintahan yang sah sesuai dengan ketentuan persetujuan Lagos. Untuk pertempuran yang akan datang, Goukouni memiliki 3000- 4000 pasukan yang diambil dari beberapa milisi, yang kemudian digabung dalam "Armée Nationale de Libération" (ANL) di bawah komando orang dari selatan, Negue Djogo.
Sebelum Gaddafi mendukung Goukouni secara penuh, Habré menyerang GUNT di Tibesti, tetapi ia mengalami kekalahan pada bulan Desember tahun 1982 dan pada bulan Januari tahun 1983. Dalam waktu beberapa bulan, bentrok semakin menguat di utara, sementara upaya perundingan mengalami kegagalan. Oleh sebab itu, pada tanggal 17 Maret, Habré membawa konflik ini ke Perserikatan Bangsa Bangsa dan meminta kepada Dewan Keamanan PBB untuk mempertimbangkan "agresi dan pendudukan" Libya di wilayah Chad.
Gaddafi kini siap untuk melancarkan serangan. Serangan dimulai pada bulan Juni, ketika 3000 pasukan GUNT menyerang Faya-Largeau, benteng pemerintahan di utara. Kota ini jatuh pada tanggal 25 Juni dan pasukan GUNT lalu melanjutkan serangan ke Koro Toro, Oum Chalouba dan Abéché. Mereka pun berhasil menguasai jalur utama menuju N'Djamena. Libya membantu GUNT dalam hal perekrutan, pelatihan dan
penyediaan artileri berat. Mereka hanya mengirim beberapa ribu pasukan reguler dan sebagian besar di antaranya adalah satuan artileri dan logistik. Hal ini dilakukan karena Gaddafi ingin agar konflik ini tetap dipandang sebagai urusan dalam negeri Chad.