Edith Stein
dan kerajaan-Nya kelak datang dalam kemuliaan, demi keselamatan Jerman dan kedamaian dunia, [dan] akhirnya demi semua orang yang saya kasihi, yang masih hidup [di dunia ini] ataupun yang telah meninggal dunia, dan demi segala yang Allah berikan kepada saya: supaya tidak satu satupun dari mereka dibiarkan tersesat."
Pemindahan Stein ke Echt mendorongnya untuk lebih bertumbuh dalam kesalehan dan bahkan lebih taat akan Regula Karmel. Setelah jabatan mengajarnya dicabut melalui pemberlakuan Undang-Undang Pemulihan Layanan Sipil Profesional beberapa tahun silam, Stein dengan cepat beralih secara bertahap ke dalam peranan pengajar di biara di Echt, mengajar bahasa Latin dan filsafat kepada sesamanya biarawati dan para murid di dalam komunitasnya.
Sejak sebelum pendudukan Nazi di Belanda, Stein telah meyakini bahwa ia tidak akan bertahan hidup melewati masa perang, dan bahkan ia menulis kepada priorin atau kepala biaranya agar diizinkan untuk "mempersembahkan dirinya kepada hati Yesus sebagai suatu kurban pendamaian bagi perdamaian sejati" dan membuat suatu wasiat. Para biarawati sesamanya kelak mengisahkan bagaimana Stein
mulai "secara diam-diam melatih diri untuk hidup dalam kamp konsentrasi, dengan menanggung kedinginan dan kelaparan", setelah invasi Nazi ke Belanda pada bulan Mei 1940.
Pada akhirnya, keamanannya di Belanda terancam. Konferensi Uskup Belanda mengeluarkan suatu pernyataan terbuka yang dibacakan di semua gereja di seluruh negeri pada tanggal 20 Juli 1942, yang mengutuk rasisme Nazi. Dalam satu tanggapan balasan pada tanggal 26 Juli 1942, Arthur Seyss-Inquart sebagai Reichskommissar Belanda memerintahkan penangkapan semua orang Yahudi yang beralih keyakinan yang sampai
saat itu dibiarkan tetap hidup. Bersama dengan 243 orang Yahudi yang telah dibaptis yang tinggal di Belanda, Stein ditangkap oleh SS pada tanggal 2 Agustus 1942. Stein dan Rosa saudara perempuannya dipenjarakan di kamp konsentrasi Amersfoort dan Westerbork sebelum dideportasi ke Auschwitz. Seorang petugas Belanda di Westerbork dilaporkan sangat terkesan dengan keteguhan iman dan ketenangannya, sehingga ia menawarkan
kepada Stein suatu rencana pelarian. Stein dengan tegas menolak tawarannya, dengan menyatakan, "Apabila seseorang campur tangan pada titik ini dan mengambil kesempatan darinya untuk senasib sepenanggungan dengan para saudara dan saudarinya, itu akan menjadi pemusnahan secara menyeluruh."
Pada pagi hari tanggal 7 Agustus 1942, 987 orang Yahudi dideportasi ke kamp konsentrasi Auschwitz. Kemungkinan tanggal 9 Agustus 1942 adalah hari Suster Teresa Benedikta dari Salib, saudara perempuannya, dan banyak orang dari bangsanya, terbunuh dalam suatu kamar gas massal.
Edith Stein dibeatifikasi sebagai martir pada tanggal 1 Mei 1987 di Köln, Jerman, oleh Paus Yohanes Paulus II, dan dikanonisasi oleh paus yang sama 11 tahun kemudian pada tanggal 11 Oktober 1998 di Kota Vatikan. Mukjizat yang menjadi dasar kanonisasinya adalah kesembuhan Benedicta McCarthy, seorang gadis kecil yang menelan sejumlah besar parasetamol (asetaminofen), yang membuatnya
mengalami nekrosis hati. Ayah sang gadis, Pastor Emmanuel Charles McCarthy, seorang imam dari Gereja Katolik Yunani Melkit, segera memanggil para kerabatnya dan berdoa memohon perantaraan Beata Teresa. Tak lama kemudian, para perawat di unit perawatan intensif (ICU) melihatnya duduk dalam keadaan sehat sepenuhnya. Dokter Ronald Kleinman, spesialis pediatrik di Massachusetts General Hospital di Boston yang merawat gadis itu, memberi kesaksian tentang
pemulihannya di hadapan tribunal Gereja, dengan menyatakan: "Saya bersedia mengatakan bahwa itu ajaib." McCarthy kemudian hadir dalam misa kanonisasi Beata Teresa.
St. Teresa Benedikta dari Salib dinyatakan sebagai salah seorang dari enam santo/santa pelindung Eropa, bersama dengan St. Benediktus dari Nursia, St. Sirilus dan Metodius, St. Brigitta dari Swedia, dan St. Katarina dari Siena.
Saat ini terdapat banyak sekolah yang menggunakan nama Edith Stein sebagai bentuk penghormatan kepadanya, misalnya di Darmstadt, Jerman, Hengelo, Belanda, dan Mississauga, Ontario, Kanada. Namanya juga digunakan untuk satu asrama wanita di Universitas Tübingen, dan satu gedung kampus College of the Holy Cross di Worcester, Massachusetts.
Filsuf Alasdair MacIntyre menerbitkan sebuah buku pada tahun 2006 yang berjudul "Edith Stein: A Philosophical Prologue, 1913-1922", yang di dalamnya ia mengontraskan St. Teresa yang menjalani hidup berdasarkan filosofi pribadinya sendiri dengan Martin Heidegger, yang tindakan-tindakannya selama era Nazi, menurut MacIntyre, mengindikasikan suatu pribadi yang mendua (""bifurcation of personality"", "bifurkasi kepribadian").
Dramawan Arthur Giron menulis "Edith Stein", sebuah drama yang terinspirasi oleh kehidupan St. Teresa. Drama tersebut dibuat di pada tahun 1988.
Pada tahun 2008, sebuah "stolperstein" memorial (disebut "kamienie pamici" dalam bahasa Polandia) ditempatkan di dekat rumah masa kecil St. Teresa di 38 ul. Nowowiejska (dahulu Michaelisstrasse) di Wrocaw.
Pada tahun 2009, patung kepalanya ditempatkan di Walhalla di dekat Regensburg, Jerman. Pada bulan Juni 2009, International Association for the Study of the Philosophy of Edith Stein (IASPES) didirikan, dan mengadakan konferensi internasional pertamanya di Maynooth University, Irlandia, dalam rangka memajukan tulisan-tulisan filosofis dari St. Teresa.
Pada tanggal 6 Juni 2014, hari peringatan D-Day yang ke-70, sebuah bel yang didedikasikan untuknya dinamai oleh Pangeran Charles di Katedral Bayeux.