Kolese Kanisius
Hingga kini Kanisius membuka kelas SMP (VII, VIII, IX) dan kelas SMA (X, XI IPA dan IPS, XII IPA dan IPS). Yang menjadi ciri khas dari Kanisius adalah sifatnya sebagai kolese ("college"), dimana siswa tak hanya dibangun diri sebatas akademiknya saja namun memiliki sifat rohani dan beberapa sifat kelakuan yang ditonjolkan, yang dikenal dengan
3C. Prinsip 3C ini adalah "Competence" (kepintaran), "Conscience" (hati nurani), dan "Compassion" (kepedulian terhadap sesama). Dari prinsip ini dikembangkan beberapa prinsip lain yang berdasarkan 3C ini, yakni sikap kejujuran, sikap ""man for and with others"" (kita hidup untuk dan bersama sesama), berbagai Semangat "Ignatian" yang dibangun oleh Ignatius Loyola. Semangat "Ignatian" yang
dibangun adalah "Ad Maiorem Dei Gloriam" (Demi Lebih Besarnya Kemuliaan Tuhan), magis (selalu semakin baik dari hari-ke-hari), refleksi, diskresi (mampu membedakan perbuatan baik dan jahat).
Biaya sekolah tiap siswa berbeda-beda. Hal ini dikarenakan adanya subsidi silang antara siswa yang mampu untuk siswa yang tidak mampu. Biaya yang dikeluarkan bergantung pada keadaan finansial dari keluarga siswa. Masing-masing orang tua atau wali dan peserta didik akan diundang dalam wawancara selama proses seleksi. Hasil wawancara tidak hanya
menentukan calon siswa mana yang akan diterima, namun akan menentukan berapa yang harus dibayarkan untuk seorang murid. Setiap siswa yang kurang mampu dapat meminta dan/atau menerima beasiswa atau keringanan biaya dari yayasan.
Kolese Kanisius memiliki beberapa fasilitas sekolah, misalnya lapangan sepak bola yang langsung menyambut pengunjung yang datang. Kemudian terdapat dinding panjat untuk latihan panjat gunung. Di gedung utama terdapat laboratorium fisika, laboratorium biologi, laboratorium kimia, dan beberapa laboratorium komputer, serta laboratorium bahasa. Disediakan 1 aula di lantai 4 gedung utama dan 2 ruangan rapat/pertemuan. Di gedung perpustakaan
terdapat pula kantor administrasi, ruang kepala sekolah, dan di atasnya tersedia aula yang memiliki panggung drama. Selain itu terdapat 2 lapangan bola voli luar gedung, 1 lapangan bola basket luar gedung, 4 lapangan kecil untuk latihan basket, 1 "sport hall" yang dapat dijadikan 1 lapangan bola basket dalam ruangan dan 3 lapangan bulu tangkis dalam ruangan. "Sport hall" ini biasa digunakan untuk misa akbar. Sebagai sekolah Katolik, Kolese Kanisius memiliki 1 kapel dan 1 gua Bunda Maria di sisi utara.
Siswa tak hanya dituntut untuk berprestasi secara akademik saja, namun dikembangkan pula sisi non-akademis seperti olahraga dan seni. Hal ini dimaksudkan untuk memperoleh keseimbangan diri.
Kolese Kanisius mengadakan berbagai acara sekolah, di antaranya:Komunitas- komunitas non ekstrakurikuler
Proses belajar mengajar atau intrakurikuler di Kolese Kanisius dilaksanakan pada hari Senin hingga Jumat untuk siswa SMA dengan jam belajar dari pukul 07:00 sampai 14.45 WIB (Senin-Kamis), 07.00 sampai 14.00 WIB (Jumat). Kegiatan ekstrakurikuler, seni wajib budaya,dan muatan lokal dilaksanakan setelah jam intrakurikuler.
Untuk siswa SMP, jam belajar dimulai pada pukul 07:00 sampai 13:30 WIB (Senin-Jumat) dan hari Sabtu libur.Perhimpunan Alumni Kolese Kanisius Jakarta atau disingkat PAKKJ merupakan wadah alumni yang akan membantu para lulusan Kanisius setelah menyelesaikan masa SMP dan SMA, misalnya dengan bantuan beasiswa dan bursa kerja. Selain itu, PAKKJ juga seringkali mengadakan kegiatan
berkala untuk mendukung solidaritas antarangkatan, termasuk dengan mereka yang masih duduk di bangku SMP dan SMA. Sekretariat PAKKJ terletak di lantai 5 gedung utama Kolese Kanisius Jakarta. Dewan Pembina PAKKJ periode 2003-2006 diketuai oleh Bapak Fauzi Bowo, sedangkan Ketua Umum Dewan Pengurus Pusat adalah Michael Tedja dengan Sekretaris Jenderal Jacobus Dwihartanto. Untuk periode 2006-2009, Ketua Umum DPP
adalah Jacobus Dwihartanto dengan Sekretaris Jenderal Phoa Bing Hauw. Ketua Dewan Pembina adalah Fauzi Bowo.
Pada kepengurusan periode 2009-2012, Dewan Pembina PAKKJ diketuai oleh Bapak Fauzi Bowo, sedangkan Dewan Pengurus Pusat dipimpin oleh Adhi I. Anondo sebagai Ketua Umum dan FX Arifadi Budiarjo sebagai Sekretaris Jenderal. Berikut ini adalah beberapa daftar alumni dari Kolese Kanisius (SMP dan/atau SMA) yang telah dikenal masyarakat luas: