Che Guevara
buruk". Menurut Guzman, betis Guevara tertembak, rambutnya kusut dan kotor, pakaiannya robek-robek, dan kakinya ditutupi dengan sarung kulit. Meskipun berpenampilan lesu, ia menyatakan bahwa "Che menegakkan kepalanya, melihat orang langsung di matanya, dan hanya meminta rokok." De Guzman menyatakan bahwa ia "merasa kasihan" dan memberikannya sekantong
kecil tembakau untuk pipanya, dan Guevara kemudian tersenyum dan berterima kasih kepadanya. Setelah itu, pada malam tanggal 8 Oktober, Guevara dengan tangan yang terikat berhasil menendang seorang perwira Bolivia yang bernama Kapten Espinosa setelah perwira tersebut mencoba mengambil pipa Guevara dari mulutnya sebagai cendera mata. Guevara juga pernah meludahi wajah
Laksamana Muda Bolivia Ugarteche, yang berusaha menginterogasi Guevara beberapa jam sebelum Guevara dihukum mati.
Pada pagi berikutnya tanggal 9 Oktober, Guevara meminta dipertemukan dengan seorang guru wanita berusia 22 tahun di desa tersebut yang bernama Julia Cortez. Cortez kemudian menyatakan bahwa ia menganggap Guevara sebagai seorang "pria yang tampak ramah dengan pandangan sekilas yang lembut dan ironis", dan saat mereka saling berbicara ia "tak dapat menatap matanya" karena "tatapannya
tak tertahankan, menusuk, dan begitu tenang". Selama perbincangan mereka yang singkat, Guevara membahas soal kondisi sekolah yang buruk, dan ia mengatakan bahwa itikad untuk mendidik para pelajar dari golongan "campesino" di dalam sebuah bangunan dengan kondisi seperti itu merupakan hal yang "anti-pedagogi", sementara "para pejabat pemerintah mengemudikan mobil-mobil Mercedes", sehingga Guevara menegaskan bahwa "Hal itulah yang berusaha kami lawan".
Pada hari yang sama, Presiden Bolivia René Barrientos memerintahkan agar Guevara dibunuh. Perintah tersebut dikirimkan oleh Félix Rodrguez kepada satuan yang menahan Guevara, meskipun pemerintah Amerika Serikat sebelumnya sudah meminta agar Guevara dibawa ke Panama untuk diinterogasi lebih lanjut. Orang yang mengajukan diri sebagai sukarelawan untuk menghabisi nyawa
Guevara adalah Mario Terán, seorang sersan alkoholik berusia 27 tahun di angkatan darat Bolivia. Alasannya adalah untuk membalas kematian tiga temannya dari Kompi B beberapa hari sebelumnya selama pertempuran melawan kelompok gerilyawan Guevara. Agar luka tembaknya sesuai dengan cerita yang telah dirangkai oleh pemerintah Bolivia untuk diumumkan kepada khalayak luas,
Félix Rodrguez memerintahkan agar Terán tidak menembak kepala Guevara, tetapi ia harus mencoba membuat seolah-olah Guevara gugur dalam pertempuran. Gary Prado, seorang kapten yang memimpin kompi yang berhasil menangkap Guevara, menyatakan bahwa alasan Barrientos memerintahkan penghukuman mati Guevara adalah agar Guevara tidak dapat lari dari penjara, dan juga karena proses pengadilan dirasa akan menimbulkan drama yang dapat merugikan pemerintah.
Tiga puluh menit sebelum Guevara dibunuh, Félix Rodrguez berupaya untuk mencari tahu letak para gerilyawan lainnya yang masih buron, tetapi Guevara tetap bergeming. Rodrguez, yang dibantu oleh beberapa tentara Bolivia, membantu mengangkat Guevara dan membawanya ke luar gubuk untuk mengaraknya di hadapan para tentara Bolivia lainnya. Mereka lalu berfoto dan salah seorang tentara
mengabadikan sebuah foto Rodrguez dan tentara-tentara lainnya yang berdiri di sebelah Guevara. Sesudah itu, Rodrguez memberitahu kepada Guevara bahwa ia akan dihukum mati. Tidak lama sesudahnya, Guevara ditanyai oleh salah satu tentara Bolivia yang menjaganya tentang apakah ia memikirkan tentang keabadiannya. "Tidak," jawabnya, "Aku berpikir tentang
keabadian revolusi." Beberapa menit kemudian, Sersan Terán masuk ke dalam gubuk tersebut untuk menembaknya, dan Guevara dikabarkan berdiri dan berkata: "Aku tahu kau datang untuk membunuhku. Tembak, pengecut! Kau hanya akan membunuh satu orang." Terán sempat ragu, dan kemudian mengarahkan pistol karbin M2 miliknya dan menembakkannya. Tembakan tersebut mengenai
Guevara di bagian lengan dan tungkainya. Kemudian, saat Guevara menggeliat kesakitan (dan tampaknya ia menggigit salah satu pergelangan tangannya agar tidak menjerit kesakitan), Terán menembak lagi, dan tembakan ini mengakibatkan luka fatal di dadanya. Guevara dinyatakan tewas pada pukul 13.10 waktu setempat menurut Rodrguez. Secara keseluruhan, Guevara ditembak sembilan kali
oleh Terán, termasuk lima tembakan di tungkainya, satu di pundak dan lengan kanannya, dan satu di dada dan tenggorokannya.
Berbulan-bulan sebelumnya, selama deklarasi publik terakhirnya di Konferensi Tiga Benua, Guevara sudah menulis orasi pemakamannya sendiri: "Di manapun kematian dapat mengejutkan kita, mari kita sambut, asalkan seruan perjuangan kita mungkin telah didengar oleh beberapa telinga yang mau mendengar dan tangan lain dapat diulurkan untuk memegang senjata kita."
Setelah dihukum mati, jenazah Guevara diangkut ke dalam sebuah helikopter dan diterbangkan ke Vallegrande. Di situ foto-foto jenazah Che diabadikan di dalam binatu Nuestra Seora de Malta. Beberapa saksi mata dipanggil untuk memastikan identitasnya, salah satunya adalah jurnalis Inggris Richard Gott, satu-satunya saksi mata di dalam ruangan tersebut yang pernah bertemu
Guevara saat ia masih hidup. Jenazahnya diperlihatkan kepada umum, dan ratusan warga setempat lalu berjalan melewati jenazahnya. Banyak yang menganggap jenazah Guevara memiliki wajah yang "mirip Kristus", dan beberapa orang bahkan diam-diam memotong rambutnya karena dianggap sebagai pusaka ilahi. Perbandingan semacam itu juga dibuat oleh kritikus seni Inggris John
Berger dua minggu kemudian saat sedang melihat foto-foto post-mortem Guevara; foto-foto tersebut mengingatkannya kepada dua lukisan terkenal, yaitu "Pelajaran Anatomi Dr. Nicolaes Tulp" karya Rembrandt dan "Peratapan Jenazah Yesus" karya Andrea Mantegna. Sementara itu, terdapat empat koresponden yang hadir saat jenazah Guevara didatangkan ke Vallegrande, termasuk Björn Kumm dari harian Swedia, "Aftonbladet", yang melaporkan momen tersebut pada tanggal 11 November 1967 khusus untuk "The New Republic".
Sebuah memorandum tertanggal 11 Oktober 1967 yang ditujukan kepada Presiden Amerika Serikat Lyndon B. Johnson dari Penasihat Keamanan Nasional-nya, Walt Whitman Rostow, menyebut keputusan untuk membunuh Guevara sebagai keputusan yang "bodoh", tetapi "dapat dipahami dari sudut pandang Bolivia". Sementara itu, Rodrguez telah mengambil beberapa barang pribadi Guevara, termasuk sebuah arloji yang kemudian
ia kenakan selama bertahun-tahun dan seringkali dipamerkan kepada para wartawan. Setelah dokter militer mengamputasi tangan Guevara, para perwira militer Bolivia memindahkan jasad Guevara ke sebuah tempat rahasia dan menolak memberitahu apakah jasadnya sudah dikuburkan atau dikremasi. Kedua tangannya dikirim ke Buenos Aires untuk proses identifikasi sidik jari. Kedua tangan Guevara lalu dikirim ke Kuba.
Pada tanggal 15 Oktober, Fidel Castro secara terbuka mengakui bahwa Guevara telah wafat dan memproklamirkan masa berkabung selama tiga hari di seluruh Kuba. Kemudian, pada tanggal 18 Oktober, Castro membahas tentang sifat Guevara sebagai seorang revolusioner di hadapan satu juta orang yang berkabung di Plaza de la Revolución, Havana. Fidel Castro menutup pidatonya dengan berkata:
Barang-barang Guevara lain yang disita meliputi buku harian berisi 30000 kata, sebuah kumpulan puisi pribadinya, dan sebuah cerita pendek yang ia karang tentang seorang gerilyawan komunis muda yang belajar bagaimana melawan rasa takut. Buku hariannya mendokumentasikan peristiwa-peristiwa yang terjadi selama kampanye gerilya di Bolivia, dengan entri pertama pada tanggal 7 November 1966, tak lama