Gereja Kristen Jawa
(DPG di Indonesia) yang dibentuk tahun 1946 di Yogyakarta; dan lewat organisasi ini mereka mencanangkan euforia kemerdekaan dengan tidak mau lagi menerima bekas zending-zendingnya, namun keinginan ini harus mengalami sedikit perubahan. Gereformeerde Kerken in Nederland (GKN) dan Nederlandsch Hervormde Kerk (NHK) yang mewakili gereja pengutus masih menghendaki paling tidak adanya kerjasama
dalam pekabaran Injil di Indonesia. Basoeki Probowinoto selaku utusan Geredja-geredja Kristen Djawa Tengah Selatan yang menjadi motor DPG ketika hadir sebagai utusan Gereja Jawa dalam Sinode GKN di Eindhoven tahun 1948 harus bersedia melangkah surut karena dia diingatkan oleh seniornya (S.U.Zuidema) bahwa jika gereja-gereja Gereformeerd Belanda tidak lagi diberi peran
dalam pekabaran Injil sama saja dengan mematikan mereka karena dalam pengertian mereka tidak ada gereja tanpa pekabaran Injil, yang berarti mereka berhenti sebagai gereja missioner. Terpaksa Gereja Jawa harus menerima konsep bekerjasama dengan bekas zendingnya lewat Regionaal Acccord dan Algemene Accord yang ditandatangi di Belanda tahun 1948. Kerjasama ini berlangsung mulai
tahun 1950-an saat Geredja-geredja Kristen Djawa Tengah Selatan disatukan dengan Geredja Kristen Djawa Tengah Utara dalam Sinode Persatuan di Salatiga 5- 6 Juli 1949, dan sejak itu bernama Geredja-geredja Kristen Djawa Tengah (GKDT). Akibatnya sampai tahun 1970 kedewasaan gereja Jawa kembali terbelenggu dan dikerdilkan di bawah supremasi kucuran dana dan tenaga dari partner gereja Eropa.
Basoeki Probowinoto sadar akan bahaya ini dan untuk itu pada tahun 1955 dia mengusulkan terobosan baru yang terkenal sebagai Nota Probowinoto, namun kenyamanan yang telanjur dibentuk lewat kucuran dana yang berlimpah itu sulit untuk diubah. Baru sesudah secara tiba-tiba gereja partner ini menyatakan tidak lagi melanjutkan bekerjasama dalam Pekabaran Injil,
justru inilah saat gereja Jawa (sejak tahun 1956 berubah nama menjadi Geredja-geredja Kristen Djawa/GKD) mendapat kesempatan menjalani kedewasaannya yang sesungguhnya dan harus dewasa dalam segalanya.
Waktu terus berjalan. Sesudah memproses gereja-gereja Jawa yang tumbuh dan dikembangkan di antara para transmigran di Sumatra (sejak 1936) menjadi Sinode tersendiri dengan nama Gereja-gereja Kristen Sumatra Bagian Selatan- GKSBS, Gereja-gereja Kristen Jawa yang tersebar di enam provinsi di pulau Jawa (Banten, DKI-Jakarta, Jawa Barat, Jawa Tengah, DIY dan Jawa Timur) kini berkembang pesat,
pada tahun 2011 menjadi 307 gereja, berhimpun dalam 32 Klasis, dengan jumlah warga sekitar +218998 orang, dari segala lapisan masyarakat, baik dari kalangan lapisan rendah seperti petani kecil, buruh pabrik, pedagang candak- kulak, lapisan menengah seperti pegawai, pengusaha maupun wiraswasta sampai dengan lapisan tinggi pengusaha sukses dan pejabat tinggi negara, tersebar di berbagai tempat, di kota dan di desa, dengan dilayani 307 pendeta jemaat dan 16 pendeta pelayanan khusus.
Tata Laksana GKJ adalah peraturan yang digunakan sebagai acuan penatalayananan GKJ. Tata Laksana juga merupakan penjelasan dari Tata Gereja. Tata Laksana yang sekarang berlaku bagi Gereja-Gereja Kristen Jawa adalah Tata Laksana GKJ edisi 2018 yang ditetapkan dalam Sidang Sinode GKJ Non Reguler, bulan November 2005 di Bandungan- Jawa Tengah.Ketua Umum: Pdt. Simon Julianto, S.Th.,M.Si- GKJ Boyolali, Klasis Boyolali
Bendahara Umum: DR. Usil Sis Sucahyo, SE.,MBA- GKJ Salatiga, Klasis Salatiga Bagian UtaraPdt. Windu Prihatmoko Hadisasono, M.Th (Ketua)- GKJ Kertanegara, Klasis Semarang Selatan
Pdt. Agus Hendratmo, M.Th- GKJ Nehemia, Klasis Jakarta Bagian BaratPdt. Widodo Suwandi, S.Th,M.Min (Ketua)- GKJ Bulu Sukoharjo, Klasis Sukoharjo
Pdt. Toto Pramono, S.Ag- GKJ Limpung, Klasis PekalonganPdt. Wiworo Adi Kawurjanto Setjo, S.Th- GKJ Purworejo Selatan, Klasis Purworejo
Pdt. Damar Kinandi Putera, S.Si- GKJ Kroya, Klasis Banyumas SelatanPdt. Elia Dwi Prasetyo, S.Si,M.Si- GKJ Grujugan, Klasis Kebumen
Pdt. Oktavianus Heri Prasetyo Nugroho, S.Si- GKJ Bekasi, Klasis Jakarta Bagian TimurPdt. Sundoyo, S.Si- GKJ Brayat Kinasih, Klasis Yogyakarta Selatan
Pdt. Sutomo, S.Th,M.Min- GKJ Gondangwinangun, Klasis Klaten BaratPdt. Bambang Puji Yanto, S.Si,M.Min- GKJ Kudus, Klasis Semarang Timur