Perang Tiga Puluh Tahun
Rudolf II (memerintah 1557-1612), raja Bohemia dan kaisar Romawi Suci (yang menggantikan ayahnya Maximilian II), ingin meluncurkan sebuah perang agama melawan Protestan. Dia menutup gereja-gereja Lutheran pada tahun 1578, mengingkari janji sebelumnya kepada bangsawan Bohemia bahwa dia akan menoleransi agama, yang dianut sebagian besar penduduk yang telah berpindah agama.
Selain itu, sepupu Rudolf II; Adipati Agung Ferdinand II (memerintah 1578-1637) menarik toleransi agama yang diberikan Maximilian II di Austria Hilir. Pasukan kekaisaran Rudolf II, yang telah memerangi orang-orang Turki sejak tahun 1593, telah menganeksasi Transilvania. Kaisar bergerak melawan Protestan di sana dan di Hongaria. Namun pada tahun 1605, ketika tentara Rudolf II melakukan kampanye melawan orang-orang Turki
di Balkan, orang-orang Protestan memberontak di kedua tempat tersebut. Sebuah tentara Protestan menginvasi Moravia, yang terletak di sebelah timur Bohemia dan utara Austria, dekat dengan ibukota Habsburg di Wina. Sementara itu, Kaisar Rudolf II, mengalami depresi dan kemudian merasa tidak waras, dan hidup sebagai pertapa di kastilnya di Praha. Keluarganya meyakinkan saudaranya Matthias (memerintah 1557-1619) untuk
bertindak atas nama Rudolf II dengan berdamai dengan penduduk Protestan Hongaria dan Transilvania, serta orang-orang Turki. Traktat Wina (1606) menjamin kebebasan beragama di Hongaria. Matthias kemudian dikenal sebagai kepala ahli waris atau penerus Dinasti Habsburg dan Rudolf II.
Kebanyakan orang sepakat dengan perdamaian yang diakui pada Traktat Wina (1606), kecuali Rudolf II. Dia mengklaim wabah yang menyebar di Bohemia adalah bukti bahwa Tuhan tidak senang dengan konsesi yang diberikannya kepada penganut Protestan. Dia juga mencela Matthias dan Ferdinand II atas akomodasi mereka dengan orang-orang Protestan dan dengan orang-orang Turki. Matthias bersekutu dengan tanah milik Hongaria yang Protestan
dan bergerak melawan Rudolf II. Kemudian Rudolf II menyerah, dan memberikan Hongaria, Austria, dan Moravia kepada Matthias pada tahun 1608, dan Bohemia pada tahun 1611. Rudolf II dipaksa menandatangani "Letter of Majesty" pada tahun 1609, dan memberikan hak kepada penduduk Bohemia untuk memilih agama Katolik, Lutheranisme, atau satu dari dua kelompok ajaran Husite. Gereja-gereja Protestan, sekolah, dan
juga kuburan ditoleransi. Penurunan efektif atas otoritas Kekaisaran Romawi Suci berkontribusi pada akhir periode perdamaian di negara-negara Jerman. Dalam dasawarsa terakhir di abad ke-16, negara-negara ini saling bermusuhan dan dimiliterisasi. Untuk beberapa saat, Reformasi Katolik diuntungkan dari perdebatan sengit, atau bahkan perang kecil antara pemeluk Lutheran dan Kalvinis. Namun semakin banyak
pemeluk Protestan mengesampingkan perbedaan keduanya, betapapun besarnya, dalam menghadapi desakan penguasa Katolik yang ingin memenangkan kembali wilayah-wilayah yang hilang akibat Protestanisme.
Peristiwa intoleransi tejadi dan memanaskan perselisihan antar agama. Pada tahun 1606, di Donauwörth, sebuah kota kekaisaran bebas Jerman bagian selatan dimana pemeluk Lutheran dan Katolik sudah saling bersikap toleran. Kerusuhan bermula ketika penganut Lutheran berusaha mencegah dan menahan pemeluk Katolik ketika melaksanakan sebuah prosesi. Pada tahun berikutnya, Adipati Maximilian I
dari Bavaria mengirim pasukan untuk memastikan dominasi Katolik di wilayah tersebut. Hal ini membuat para pangeran Kalvinis marah, sama halnya dengan beberapa penguasa Lutheran. Dewan Kekaisaran, yang diadakan dua tahun kemudian, bubar dalam kekacauan; saat Rudolf II menolak meningkatkan representasi Protestan di dalam Dewan Kekaisaran. Krisis politik menyebar lebih jauh ketika beberapa negara Katolik
Jerman mengupayakan intervensi Spanyol dalam sebuah perselisihan mengenai suksesi pangeran di wilayah kecil Katolik Rheinland utara di Cleves-Jülich; dimana Henri IV dari Perancis mengancam akan menyerang. Pangeran-pangeran Katolik Jerman mengorganisir sebuah Liga Katolik pada tahun 1609, yang dipimpin oleh Maximilian I dari Bavaria. Enam pangeran Protestan kemudian menandatangani aliansi defensif,
dimana Serikat Protestan melawan Liga Katolik. Matthias, yang telah terpilih sebagai kaisar Romawi Suci pada tahun 1612, ingin menjadikan Liga Katolik sebagai institusi Habsburg. Selain itu, dia juga berharap dapat merayu orang Lutheran dari Serikat Protestan yang pada saat itu didominasi oleh pemeluk Kalvinis. Tetapi obsesi Matthias atas ambisi Dinasti Habsburg, membuatnya dipercaya oleh beberapa pangeran
Katolik. Adipati Agung Ferdinand II, penguasa Austria Hilir, menunggu di pihak Kaisar Romawi Suci untuk memimpin sebuah perang salib Katolik melawan Protestanisme. Ferdinand II, yang telah mewarisi tahta Hongaria pada tahun 1617 dan Bohemia pada tahun berikutnya, menjadi kaisar Romawi Suci atas kematian pamannya Matthias pada tahun 1619. Ferdinand II adalah seorang pria saleh yang mengaku bahwa dia
hanya bisa menyelamatkan jiwanya dengan meluncurkan sebuah perang agama. Sementara itu, perlawanan Protestan di Bohemia dimobilisasi, dengan mencari bantuan Protestan dari Transilvania dan Palatinate.
Di Bohemia, Ferdinand II memberlakukan pembatasan signifikan kepada pemeluk Protestan. Pemeluk Kalvinisme dan Lutheranisme di Praha mulai melihat pemerintahan di luar Bohemia, untuk mendapatkan dukungan potensial dari para pangeran Protestan. Kemudian para pemimpin Protestan mengadakan pertemuan dengan Ferdinand II, Kaisar Romawi Suci dan Raja Bohemia, dalam pertemuan tersebut-yang juga dihadiri oleh pemilik tanah di Bohemia-dengan mengutip
hak-hak yang telah disepakati bersama Rudolf II dalam "Letter of Majesty" pada tahun 1609. Kemudian Ferdinand II memerintahkan untuk segera membubarkan majelis tersebut. Peristiwa ini berlanjut dengan Pelemparan di Praha pada tahun 1618, dimana bangsawan Protestan membentuk pemerintahan sementara di Bohemia.
Bohemia bangkit dengan pemberontakan penuh yang tidak hanya melawan Gereja, tetapi juga Dinasti Habsburg. Karena hampir tidak ada bantuan dari para bangsawan; para pemberontak beralih ke Serikat Protestan, yang menjanjikan mahkota Bohemia bagi Friedrich V, seorang elektor Kalvinis muda dari Palatinate dan pangeran Protestan di Eropa Tengah. Pada tahun 1619, pemilik tanah menawari Friedrich V mahkota
tersebut, dan dia menerimanya. Persoalan yang dialami pihak Protestan, dialami juga oleh pihak Katolik, dengan semakin terinternasionalisasinya pihak-pihak yang terlibat, yang juga terkait dengan pertimbangan Dinasti Habsburg (Lihat peta). Ferdinand II, Kaisar Romawi Suci mengetahui bahwa para pemberontak Protestan menolak mengakui otoritasnya di Bohemia dan menawarkan tahtanya kepada Friedrich V. Dia
bertekad mengusir orang-orang Protestan dari wilayahnya, walaupun tidak memiliki tentara. Kemudian Ferdinand II meminta bantuan pihak luar. Raja Katolik Spanyol setuju akan mengirim pasukan yang tidak mampu dia bayar; dan mensyaratkan kawasan negara Rheinland di Rheinland-Pfalz, menjadi wilayah kekuasaan Spanyol. Maximilian I dari Bavaria juga mengirim tentara, dengan harapan mendapat balasan atas
masalahnya di wilayah Oberpfalz, juga persoalan jabatan Friedrich V yang menjadi elektor di Kekaisaran Romawi Suci.
Tentara Protestan mengepung kota Wina, ibu kota Habsburg, hingga kedatangan tentara Katolik pada tahun 1619. Belanda tidak dapat memberi bantuan kepada orang-orang Protestan, karena mereka sedang berjuang memerdekakan diri dari Spanyol. Beberapa negara Protestan Jerman juga menolak meberikan bantuan, karena takut akan pemberontakan Katolik di wilayah mereka sendiri. Namun, dengan adanya tentara Spanyol
dan uang yang sudah ada, internasionalisasi krisis di Bohemia telah sampai pada titik tanpa hasil.