Universitas
berkembang seiring dengan berkembangnya kemampuan untuk menyelesaikan masalah-masalah sulit dan mencapai apa yang mereka inginkan. Munculnya paradigma humanisme juga memegang peranan penting dalam perspektif mereka tentang kegunaan universitas ini. Selain itu, ada pula rasa haus baru tentang pengetahuan yang muncul dari teks-teks Yunani Kuno.
Penemuan kembali karya-karya Aristoteles, yang mana lebih dari 3000 halaman dari karya-karya tersebut kemudian akan diterjemahkan, membakar kembali semangat keingintahuan akan proses-proses alamiah. Hal ini mulai muncul di abad ke-12. Ada ilmuwan yang percaya bahwa karya-karya ini merupakan salah satu penemuan dokumen terpenting dalam sejarah
intelektual Barat. Richard Dales, misalnya, mengatakan bahwa penemuan karya Aristoteles adalah "titik balik dalam sejarah pemikiran Barat". Setelah kemunculan kembali Aristoteles, ada sekumpulan ilmuwan yang berkomunikasi dalam bahasa Latin yang mempercepat proses dan praktik merekonsiliasi pemikiran Yunani Kuno, terutama yang berhubungan dengan pemahaman mereka atas alam, dengan
pemikiran Gereja. Usaha-usaha skolastikisme ini kemudian berfokus pada menggunakan logika serta pemikiran Aristotelian mengenai ilmu alam pada ayat-ayat Injil, dan mencoba untuk membuktikan ayat-ayat tersebut melalui akal budi. Hal ini kemudian menjadi misi utama para dosen dan hal yang diharapkan para mahasiswa.
Budaya universitas yang berkembang di Eropa utara (terutama Jerman, Perancis, dan Inggris) berbeda dengan yang berkembang di Eropa selatan (Italia), meskipun terdapat beberapa kesamaan. Pada keduanya, bahasa Latin digunakan sebagai bahasa pengantar, yang digunakan untuk semua teks pengajaran, perkuliahan, debat, serta ujian. Buku-buku Aristoteles digunakan untuk logika,
filsafat alam, serta metafisika. Sementara itu, karya-karya Hipokrates, Galen, serta Ibnu Sina digunakan untuk kedokteran. Di luar kesamaan-kesamaan ini, ada perbedaan-perbedaan besar antara universitas di utara dan selatan, antara lain di bidang pengajaran. Universitas di Italia berfokus pada hukum dan kedokteran, sementara universitas di Eropa Utara lebih berfokus pada
seni dan teologi. Ada pula perbedaan-perbedaan yang besar dalam kualitas pengajaran, yang kongruen dengan bidang yang menjadi fokus masing-masing daerah; mahasiswa yang ingin belajar dalam bidang kedokteran, misalnya, akan pergi ke Eropa selatan dan bukan ke utara. Ada pula perbedaan dalam jenis gelar yang diberikan universitas-univresitas itu.
Universitas-universitas di Inggris, Perancis, dan Jerman, biasanya akan memberikan gelar sarjana, kecuali untuk bidang teologi yang lebih didominasi dengan gelar doktoral. Universitas di Italia secara umum hanya memberikan gelar doktoral. Perbedaan ini dapat ditarik kembali kepada tujuan para pemegang gelar setelah lulus; pemegang gelar dari universitas di utara biasanya lebih tertarik untuk mencari posisi
pengajar, sementara yang di selatan, mereka lebih ingin segera masuk ke pekerjaan profesional. Struktur universitas di utara lebih mengikuti model pemerintahan fakultas yang dikembangkan di Universitas Paris. Sementara itu, di universitas selatan lebih condong ke pola model pengendalian mahasiswa yang dimulai di Universitas Bologna. Pada universitas-universitas di selatan, ada pula perbedaan
yang jelas antara universitas di Italia Utara dan Italia Selatan/Iberia: universitas di Italia Utara mengikuti pola Bologna sebagai "korporasi independen mahasiswa yang punya hukum sendiri", sementara universitas di selatan biasanya "didirikan oleh kaum bangsawan untuk mengisi kebutuhan pemerintah".
Dalam periode modern awal (sekitar akhir abad 15 hingga tahun 1800), terdapat pertumbuhan yang besar dalam produktivitas dan riset inovatif di universitas-universitas Eropa. Pada akhir Abad Pertengahan, sekitar 400 tahun setelah pendirian universitas Eropa pertama, terdapat 29 universitas yang tersebar di seluruh Eropa. Di abad ke-15, kembali berdiri 28 universitas baru, dan 18
universitas baru berdiri dalam periode antara 1500 hingga 1625. Perkembangan cepat ini terus berlanjut hingga akhir abad ke-18. Pada masa itu terdapat 143 universitas di Eropa, dengan konsentrasi tertinggi pada Imperium Jerman (34), negara-negara Italia (26), Perancis (25), dan Spanyol (23). Ini menunjukkan perkembangan 500% dalam jumlah universitas di akhir Abad Pertengahan. Angka ini tidak
termasuk banyak sekali universitas-universitas yang kemudian menghilang atau bergabung dengan universitas lainnya. Pada periode modern awal, nama "universitas" memang tidak selalu digunakan karena kata ini baru digunakan pada beberapa institusi saja. Negara-negara di sekitar Laut Mediterania lebih banyak menggunakan kata "studium generale", sementara universitas-universitas di Eropa Utara lebih banyak menggunakan
kata "Akademi". Universitas tidak berkembang secara stabil karena pada abad 17 banyak sekali hal-hal yang memengaruhi perkembangan universitas secara negatif. Pada saat itu terjadi banyak perang, terutama Perang Tiga Puluh Tahun, yang mengganggu lanskap universitas di seluruh Eropa. Ada pula pengaruh-pengaruh yang bersifat negatif pada dukungan masyarakat terhadap institusi
universitas, misalnya perang, penyakit, bencana kelaparan, regisida, serta berbagai perubahan dalam kekuatan dan struktur keagamaan. Kerusuhan internal seperti tawuran antarmahasiswa dan dosen yang tidak hadir juga mengganggu stabilitas institusi-institusi tersebut. Universitas juga malas mengganti kurikulum lama, dan buku-buku Aristoteles terus digunakan meskipun telah terjadi
perkembangan dalam sains dan seni. Dalam periode ini pula berkembanglah konsep negara kebangsaan. Universitas-universitas semakin berada di bawah kendali negara atau bahkan dibentuk dalam sayap negara; hal ini membuat model pemerintahan fakultas yang dimulai oleh Universitas Paris semakin banyak digunakan. Meskipun universitas gaya lama yang dikendalikan mahasiswa masih ada,
universitas-universitas ini juga perlahan mulai bergerak ke arah organisasi struktural yang sama. Universitas juga cenderung masih independen, meskipun kepemimpinannya semakin diambil alih oleh negara.
Model struktural yang dikembangkan Universitas Paris, yaitu model mahasiswa dipimpin oleh "pimpinan" fakultas, kemudian menjadi standar dalam universitas Eropa. Akan tetapi, pada praktiknya, terdapat tiga bentuk berbeda dari model ini. Ada universitas-universitas yang memiliki sistem fakultas yang mengajarkan kurikulum yang sangat spesifik dan lulusannya cenderung menjadi
spesialis. Ada pula model kolegial atau tutorial yang berdasar pada sistem Universitas Oxford; pada model seperti ini, pengajaran dan organisasi lebih ter-desentralisasi dan pengetahuan berkembang secara lebih generalis. Ada pula universitas yang mengembangkan model-model tersebut, menggunakan model kolegial namun juga memiliki organisasi sentral.
Universitas pada periode modern awal, pada awalnya, melanjutkan kurikulum dan riset Abad Pertengahan. Yang mereka pelajari adalah filsafat alam, logika, kedokteran, teologi, matematika, astronomi dan astrologi, hukum, tata bahasa, serta retorika. Aristoteles digunakan secara meluas di dalam kurikulum. Dalam bidang kedokteran, terdapat ketergantungan yang besar pada Galen dan
ilmu-ilmu Arab. Peran humanisme dalam mengubah kurikulum ini amat penting. Dosen-dosen humanis mulai masuk ke dalam fakultas universitas dan mereka mulai mengubah studi tata bahasa dan retorika melalui studia humanitatis. Dosen humanis pada umumnya berfokus pada kemampuan mahasiswa untuk menulis dan berbicara secara akademik, menerjemahkan serta menginterpretasikan teks-teks klasik,