Belisarius
di Nisibis namun tidak dapat mengambil kota karena benteng tersebut diperkuat dan dipertahankan dengan baik oleh orang-orang Persia. Dia menangkap Sisauranon, sebuah benteng kecil Persia di sebelah timur. Di sini Belisarius mengirim Harith dengan 1200 tentara Romawi di bawah John the Glutton dan Trajan untuk menjarah Asyur. Ekspedisi tersebut merambah jauh ke wilayah Persia dan mengumpulkan banyak jarahan. Dalam
kampanye 542, kehadiran Belisarius hanya di sebelah barat sungai Efrat mencegah Khosrow I untuk maju lebih jauh dan raja memutuskan untuk mundur. Belisarius diakui di seluruh Timur atas keberhasilannya dalam menaklukkan Persia.
Selama Pengepungan Roma, sebuah insiden terjadi dimana jenderal tersebut akan dikutuk: Belisarius, seorang Ritus Byzantine Christian, diperintahkan oleh Perawan Kristen monofisit Theodora untuk menggulingkan Paus yang memerintah, yang telah diangkat oleh kaum Goth. Paus ini adalah mantan subdeacon Silverius, putra Paus Hormisdas. Belisarius menggantikannya Diaken Vigilius, Apocrisarius dari Paus Yohanes II di
Konstantinopel. Vigilius sebenarnya telah dipilih pada tahun 531 oleh Paus Bonifasius II untuk menjadi penerusnya, namun pilihan ini sangat dikritik oleh pendeta Romawi dan Bonifasius akhirnya membalikkan keputusannya. Pada tahun 537, pada puncak pengepungan, Silverius dituduh berkomplot dengan Raja Gothic dan beberapa senator Romawi untuk secara diam-diam membuka gerbang kota.
Belisarius menyuruhnya melepaskan jubahnya dan diasingkan ke Patara di Lycia di Asia Kecil. Setelah melakukan advokasi ketidakbersalahannya oleh uskup Patara, dia diperintahkan untuk kembali ke Italia atas perintah Kaisar Justinian dan, jika dibebaskan dari penyelidikan, dipulihkan. Namun, Vigilius sudah dipasang di tempatnya dan Silverius dicegat sebelum dia bisa mencapai Roma dan
diasingkan sekali lagi, kali ini di pulau Palmarola (Ponza), dimana oleh satu akun dia dikatakan telah kelaparan sampai mati, yang lain mengatakan dia berangkat ke Konstantinopel. Namun mungkin saja, dia tetap menjadi santo pelindung Ponza hari ini. Belisarius, pada bagiannya, membangun sebuah pidato kecil di lokasi gereja Santa Maria saat ini di Trivio di Roma sebagai pertanda
pertobatannya. Dia juga membangun dua rumah sakit untuk peziarah dan vihara, yang sejak itu telah lenyap. Santa Maria di Trivio terletak sekitar sudut dari air mancur Trevi; Prasasti abad ke-12 adalah satu-satunya monumen yang masih ada dari jenderal agung.
Karier Belisarius mulai berakhir pada tahun 559, ketika tentara Kutrigur Bulgars di bawah Khan Zabergan menyeberangi Sungai Danube untuk menyerang wilayah Romawi untuk pertama kalinya dan mengancam Konstantinopel. Justinianus memanggil Belisarius untuk memimpin tentara Romawi. Dalam kampanye terakhirnya, Belisarius mengalahkan Kutrigurs pada Pertempuran Melantias dan membawa mereka kembali menyeberangi sungai dengan jumlah
pasukan yang kalah jauh di bawah komandonya. Pada tahun 562, Belisarius diadili di Konstantinopel dengan tuduhan melakukan korupsi. Tuduhan tersebut dianggap palsu dan penelitian modern menunjukkan bahwa mantan sekretaris Procopius dari Kaisarea mungkin telah menilai kasusnya. Belisarius dinyatakan bersalah dan dipenjara namun tidak lama kemudian, Justinian mengampuni dia,
memerintahkan pembebasannya, dan mengembalikannya ke istana kekaisaran. Belisarius memiliki tanah milik Rufinianae di sisi Asia pinggiran Konstantinopel. Dia mungkin telah meninggal di sana pada tahun 556, dan dikuburkan di dekat salah satu dari dua gereja di daerah tersebut, mungkin Santo Petrus dan Paulus.