Ashikaga Takauji
Setelah Kamakura direbut kembali, Takauji dan Tadayoshi terus menduduki Kamakura dan menjadikannya sebagai markas. Takauji menyita tanah dan membagi-bagikannya kepada samurai anak buahnya. Akibatnya, Kaisar Go-Daigo memerintahkan Takauji untuk pulang ke Kyoto. Takauji menolak perintah kaisar, dan mendirikan pemerintahan militer dengan caranya sendiri. Takauji
menyatakan bahwa di antara samurai yang setia terhadap kaisar, kekuatan militer yang terbesar ada di tangan Nitta Yoshisada (kepala kantor prajurit Mushadokoro),dan meminta agar dirinya diberi izin untuk menghancurkan Yoshisada. Sebagai jawaban, Kaisar Go-Daigo mengirim Yoshisada dan pasukannya dari Kyoto untuk menghabisi Takauji. Setelah Kitabatake Akiie dan pasukannya juga diturunkan dari sh, Takauji memohon pengampunan dan menyatakan dirinya pensiun.
Kekalahan pihak Ashikaga (antara lain pasukan Tadayoshi dan K no Moronao) dalam berbagai pertempuran, termasuk di Provinsi Mikawa) akhirnya membuat Takauji menyatakan perang terhadap pemerintahan Kaisar Go-Daigo. Pasukan Nitta Yoshisada ditaklukkannya dalam Pertempuran Hakone-Takenoshita, dan pasukan Ashikaga maju menuju Kyoto. Izin untuk memasuki Kyoto diberikan kepada Takauji oleh mantan
Kaisar Kgon dari garis keturunan Jimy-in. Kyoto akhirnya jatuh ke tangan pasukan Ashikaga Takauji pada tahun baru Kemmu tahun 3, dan Kaisar Go-Daigo melarikan diri ke Gunung Hiei. Tidak lama kemudian, kedudukan Takauji di Kyoto diserang pasukan gabungan Kitabatake Akiie, Kusunoki Masashige, dan Nitta Yoshisada. Atas saran Akamatsu Enshin, Takauji mengundurkan diri dari Kyoto menuju Kyushu.
Dalam perjalanan menuju Kyushu, Takauji disambut Shni Yorinao di Akamagaseki, Provinsi Nagato (sekarang kota Shimonoseki, Prefektur Yamaguchi). Di Kyushu, Takauji dibantu Munakata Ujinori yeng menjadi pengurus kuil Munakata Taisha di Munakata, Provinsi Chikuzen. Kekuatan militer Takauji pulih setelah menaklukkan Kikuchi Taketoshi yang berada di pihak Kaisar Go-Daigo dalam Pertempuran Tataragahama di
Tataragahama, Provinsi Chikuzen (sekarang kota Fukuoka). Di tengah perjalanan menuju Kyoto, Takauji mendapat izin dari mantan Kaisar Kgon untuk memasuki ibu kota. Akibatnya, samurai dari sebelah barat negeri beramai-ramai menjadi pendukung Takauji. Setelah pasukan Nitta Yoshisada dan Kusunoki Masashige dikalahkan dalam Pertempuran Minatogawa, Kyoto jatuh ke tangan Ashikaga Takauji, dan Kaisar Go-Daigo melarikan diri ke Gunung Hiei.
Setelah menguasai Kyoto, Takauji mengajak Kaisar Go-Daigo untuk berdamai. Tawaran tersebut diterima Kaisar Go-Daigo yang menyerahkan Tiga Harta Suci kepada Kaisar Kmy (adik mantan Kaisar Kgon). Selanjutnya, Takauji menetapkan 17 pasal Kemmu Shikimoku sebagai kebijakan dasar pemerintahan, dan mengumumkan berdirinya pemerintahan militer yang baru. Sementara itu, Kaisar
Go-Daigo melarikan diri dari Kyoto dengan membawa Tiga Harta Suci. Di Yoshino, Kaisar Go-Daigo mendirikan pemerintahan Istana Selatan, dan Tiga Harta Suci yang berada di tangan Kaisar Kmy dinyatakan sebagai barang palsu.
Pada tahun 1338, Kaisar Kmyo mengangkat Takauji sebagai Sei-i Taishgun (masa jabatan 1338-1358) yang menandai dimulainya pemerintahan militer yang disebut Keshogunan Muromachi. Tahun berikutnya (1339), Kaisar Go-Daigo mangkat di Yoshino, dan Takauji memulai pembangunan Tenry-ji, sebuah kuil di Kyoto untuk mendoakan arwahnya. Uang untuk biaya pembangunan kuil tersebut didapat dari Kapal dagang Tenry-ji yang dikirimnya ke Dinasti Yuan.
Berbeda dengan masa Keshogunan Kamakura ketika shogun berperan sebagai kepala pemerintahan sekaligus kepala kalangan samurai, Takauji menjalankan pemerintah diarki. Takauji menunjuk Tadayoshi adiknya sebagai kepala administrasi pemerintahan, sedangkan dirinya menjadi kepala kalangan samurai. Pemerintahan diarki yang dijalankan Takauji ternyata menimbulkan konflik internal di dalam keshogunan. K no
Moronao beserta pendukungnya yang anti-Tadayoshi berhadapan dengan kelompok pro-Tadayoshi, sehingga pecah Kerusuhan zaman Kann. Takauji yang mulanya bersikap netral akhirnya berubah menjadi pendukung Moronao. Pada tahun 1349, Tadayoshi diserang, dan melarikan diri ke rumah kediaman Takauji. Dalam keadaan terkepung pasukan Moronao, Tadayoshi dipaksa mengundurkan diri dari jabatannya dan ditahbiskan sebagai biksu.
Putra pewaris Takauji yang bernama Yoshiakira dipanggil dari Kamakura untuk menggantikan Tadayoshi sebagai kepala pemerintahan. Takauji mengangkat putra kedua, Ashikaga Motouji sebagai pengganti Yoshimitsu sebagai penguasa Kamakura (Kamakura Kub), dan kantor pemerintah Kamakura (Kamakura-fu) didirikannya untuk memerintah wilayah timur negeri. Setelah Tadayoshi mengundurkan diri,
putra angkatnya yang bernama Ashikaga Tadafuyu melarikan diri ke Kyushu, dan memulai pemberontakan terhadap keshogunan. Tadafuyu adalah anak luar nikah dari Takauji yang tidak mau diakuinya, dan dijadikan anak angkat oleh Tadayoshi.
Pada tahun 1350, ketika Takauji sedang memimpin ekspedisi ke wilayah Chgoku untuk menghabisi Tadafuyu, Tadayoshi meloloskan diri dari Kyoto dan bergabung dengan Istana Selatan. Sejumlah samurai ulung seperti Momonoi Tadatsuna dan Hatakeyama Kunikiyo turut menyertai Tadayoshi bergabung dengan Istana Selatan. Pasukan Tadayoshi menjadi semakin kuat, sehingga Yoshiakira melarikan diri dari Kyoto
karena kalah dalam jumlah pasukan. Sementara itu, pasukan Takauji kalah melawan pasukan Tadayoshi dalam pertempuran di Provinsi Settsu (sekarang kota Nishinomiya, Hyogo). Dengan syarat kakak beradik K no Moronao dan K no Morouji dijadikan biksu, Takauji menawarkan Tadayoshi untuk berdamai.
Perdamaian tercapai antara Takauji dan Tadayoshi pada tahun 1351, namun K no Moronao dan K no Morouji dibunuh Uesugi Yoshinori sewaktu sedang dikawal dalam perjalanan. Tadayoshi kembali sebagai pembantu Yoshiakira. Takauji dan Yoshiakira pergi melakukan perundingan damai dengan Istana Selatan, dengan alasan pergi menumpas pemberontakan Akamatsu Norisuke-Sasaki Dyo di Provinsi
Harima dan Provinsi mi. Selain itu, mereka berdua memiliki rencana untuk menghabisi Tadayoshi dan Tadafuyu. Namun Tadayoshi lebih dulu melarikan diri ke Kamakura melalui rute Hokuriku.
Masih pada tahun 1351, Takauji berhasil berdamai dengan Istana Selatan. Nama zaman yang digunakan Istana Utara untuk sementara diganti menjadi zaman Shhei untuk mengikuti nama zaman yang sedang digunakan Istana Selatan. Sementara itu, Takauji mengejar Tadayoshi melalui rute Tkaid. Setelah kalah dalam dua kali pertempuran di Provinsi Suruga dan Sagami, Tadayoshi tertangkap dan
dipenjarakan di Kamakura. Tahun berikutnya (1352), Tadayoshi meninggal dunia. Menurut Taiheiki, Tadayoshi tewas diracun oleh Takauji.
Selanjutnya, pihak Istana Selatan yang dipimpin Pangeran Muneyoshi, Nitta Yoshioki, Nitta Yoshimune, serta Hj Tokiyuki menyerang pasukan Takauji. Setelah sempat mundur hingga ke Provinsi Musashi, lewat serangan balasan terhadap kekuatan Istana Selatan di daerah Kanto, Takauji melakukan akhirnya merebut kembali Kyoto. Sesudah itu, Tadafuyu menyerang Kyoto, namun gagal dan
terpaksa mundur ke Kyushu. Pada tahun 1354, pihak Istana Selatan untuk sementara berhasil menduduki Kyoto untuk direbut kembali oleh Istana Utara pada tahun berikutnya. Takauji secara pribadi masih memiliki rencana untuk membunuh Tadafuyu, namun penyakit bisul (radang di bawah kulit) lebih dulu merenggut nyawanya. Ashikaga Takauji, 54 tahun, meninggal dunia di rumah kediamannya di daerah Nij, Kyoto pada tahun 1358.
Lukisan berjudul Kiba Mushaz (Lukisan Samurai Naik Kuda) yang disimpan Museum Nasional Kyoto pernah diketahui secara luas sebagai lukisan potret Ashikaga Takauji. Namun kini, pengurus klan Ashikaga yang bernama K no Moronao, atau putranya yang bernama K no Moroakira diperkirakan sebagai tokoh yang digambar dalam lukisan tersebut. Alasannya, cap di bagian atas lukisan adalah
milik shogun kedua Muromachi (Ashikaga Yoshiakira), dan lambang keluarga pada pelana kuda adalah lambang klan K.