Penduduk asli Taiwan
Kodama. Penelitian pada masa depan menemukan kesalahan pada klasifikasi mereka sebab Atayal berarti 'saya' dan Yami ternyata menyebut diri mereka sendiri 'Tao', seperti 'yami' dalam bahasa Tao artinya adalah "kita/kami". Kemudian suku Paiwan disebut Ruval dan Batsul, sebuah istilah yang juga digunakan bagi kaum Rukai. Kemudian Puyuma dinamakan menurut kota Beinan
dan bukan nama suku yang sebenarnya. Meski kaum Pepo juga dikenali, mereka tidak dilindungi, sementara Pong So No Daoo (Pulau Anggrek (Orchid Island) atau Lanyu), tempat asal Tao, ditutup secara hermetis dari dunia luar sampai tahun 1930-an, dan hanya boleh dimasuki oleh para ilmuwan dan ahli antropologi.
Hanya sedikit hal yang berubah bagi para suku tanah tinggi ini sampai masa pendudukan Jepang pada tahun 1895. Ketika orang-orang Jepang sampai di Taiwan, mereka memiliki rencana-rencana muluk-muluk untuk mengubah Taiwan menjadi jajahan teladan, sebuah model bagi ambisi-ambisi colonial lainnya pada masa depan. Demi mengeploatasi kekayaan alam, orang-orang Jepang harus mengkategorisasikan para penduduk
pribumi dan membatasi mereka pada daerah-daerah reservasi. Kaum-kaum pribumi dibatasi dari pergaulan dengan masyarakat umum yang hidup di tanah datar dan dipaksa untuk memakai pakaian tradisional mereka supaya membatasi klaim-klaim teritorial mereka. Kampanye-kampanye awal untuk menundukkan kaum pribumi biasanya sangat kejam dengan suku Taroko yang menderita pengeboman terus menerus dari
kapal-kapal perang dan pesawat terbang yang menjatuhkan gas mustard. Mulai tahun 1910, pemerintahan Jepang berusaha memberikan kaum pribumi sebuah identitas Jepang. Mereka membangun sekolah-sekolah di desa-desa di pegunungan yang dijaga oleh pejabat kepolisian/kepala sekolah. Sekolah-sekolah ini mengajari matematika, etika, bahasa Jepang, dan pelajaran praktik. Atribut administratif
suku pribumi ini menjadi sesuatu hal yang diwariskan di bawah pemerintahan Jepang dan membuat hubungan kebudayaan Taiwan semakin kabur dan rumit.
Mendekati tahun 1940, 71% dari anak-anak kaum pribumi Taiwan duduk di bangku sekolah dan kebudayaan Jepang mengganti kebudayaan pribumi. Istilah 'Takasago zoku' (, "ras Formosa") juga mengubah istilah 'hoan-á' (, orang liar/barbar) sebagai nama untuk menyebut mereka. Pemerintahan Jepang telah menginvestasi banyak waktu dan uang untuk menghilangkan beberapa tradisi yang mereka anggap kurang baik seperti tattoo, pembunuhan anak-anak, dan pengayauan.
Para anggota suku-suku tanah tinggi terkenal akan kemampuan dalam pengayauan, yang seringkali dipandang sebagai liar dan tak beradab. Mereka yang menolak fenomena ini mengatakannya tanpa melihat fungsinya dalam konteks sosialnya di dalam beberapa masyarakat di Taiwan.
Di Taiwan, pengayauan dianggap merupakan simbol keberanian dan kejantanan. Hampir semua suku pribumi, kecuali Yami (Tao) melakukannya. Seringkali kepala-kepala yang telah dipenggal diundang sebagai anggota suku untuk menjaga dan melindungi mereka. Para penghuni dan penduduk Taiwan menerima peraturan pengayauan sebagai risiko kehidupan persukuan yang telah diperhitungkan. Kepala-kepala yang
telah dipenggal direbus dan dikeringkan, seringkali bergantungan dari pohon atau rak-rak kepala. Sebuah kelompok yang pulang membawa sebuah kepala diterima dengan meriah karena hal ini dianggap akan membawa keberuntungan.
Suku Bunun seringkali akan mengambil tawanan dan menuliskan doa-doa atau pesan pada para sahabat dan sanak saudara yang telah meninggal dunia pada panah-panah mereka. Lalu panah-panah mereka tembakkan pada tawanan mereka dengan harapan doa mereka akan dibawakan kepada kenalan mereka di dunia baka. Para pendatang Han seringkali merupakan korban serangan pengayauan karena mereka diangkap pembohong dan
musuh oleh para suku pribumi. Sebuah serangan pengayauan biasanya terjadi di ladang atau dengan membakar sebuah rumah dan memenggal semua penghuninya ketika mereka melarikan diri. Selain itu juga dianggap kebiasaan untuk memelihara anak-anak korban pengayauan mereka sebagai anggota penuh suku mereka. Suku-suku terakhir yang melakukan pengayauan adalah Paiwan, Bunun, dan
Atayal. Pemerintahan Jepang mengakhiri praktik ini pada tahun 1930, namun beberapa orang Taiwan yang sudah lanjut usia masih bisa mengingat kebiasan pengayauan tersebut.
Kehidupan di antara suku-suku pribumi setelah datangnya pemerintahan Jepang menjadi berubah secara drastis, karena banyak struktur-struktur tradisional mereka diganti dengan kekuasaan militer. Suku-suku pribumi yang ingin memperbaiki status sosial mereka menggunakan pendidikan sebagai sarana yang baru dan bukan pengayauan. Para anggota suku-suku pribumi yang telah belajar bekerja sama
dengan orang-orang Jepang lebih pantas untuk menjadi kepala desa. Mendekati akhir Perang Dunia II, kaum pribumi yang mana ayah-ayah mereka tewas dalam kampanye pasifikasi merelakan diri untuk mati bagi sang Kaisar Jepang. Banyak kaum pribumi yang telah tua merasakan rasa identifikasi yang kuat terhadap orang Jepang dan lebih banyak atau lebih suka menggunakan bahasa Jepang daripada bahasa Mandarin.
Ketika pemerintahan Nasionalis China mendarat di Taiwan, mereka ketakutan bahwa daerah-daerah pegunungan yang dilanda kemiskinan akan menjadi basis komunisme. Partai KMT mengasosiasikan kaum pribumi Taiwan dengan pemerintahan Jepang dan mereka dianggap sebagai 'shan bao' atau penduduk gunung. Pada tahun 1946, sekolah-sekolah desa yang didirikan Jepang diubah menjadi pusat-pusat ideology KMT.
Dokumen-dokumen Dinas Pendidikan menunjukkan bahwa kurikulum kala tersebut sarat dengan proganda dengan penekanan pada bahasa Mandarin, sejarah, dan kewarganegaraan. Sebuah laporan pemerintahan mengenai daerah-daerah pegunungan dari tahun 1953 menunjukkan bahwa tujuan mereka terutama mulai dari tahun ini ialah mempromosikan bahasa Mandarin demi memperkuat posisi nasional
dan menciptakan tatakrama yang baik. Hal ini dimasukkan pada kebijakan 'Shandi Ping di hua' supaya membuat "daerah pegunungan menjadi lebih mirip dengan tanah datar". Kekurangannya para guru pada tahun-tahun pertama pemerintahan KMT menciptakan jurang-jurang yang dalam pada pendidikan kaum pribumi karena hanya sedikit guru-guru Tionghoa yang tinggal di Taiwan dan lebih sedikit
lagi yang ingin mengajar di daerah pegunungan. Banyak pekerjaan berat mengajari kaum pribumi dilakukan oleh guru-guru yang kurang cakap namun bisa berbahasa Mandarin dan mampu mengajarkan ideologi dasar.
Pada tahun 1951 sebuah kampanye besar diluncurkan untuk mengubah adat-istiadat kaum pribumi supaya lebih mirip sukubangsa Han. Pada waktu yang sama, anggota suku-suku pribumi yang pernah bergabung dengan Tentara Dai Nippon ditugaskan untuk berperang pada peperangan yang sangat berdarah dalam mempertahankan pulau Kinmen dan Matsu, kedua pulau ini berada di bawah
kekuasaan Republik Tiongkok namun posisinya paling dekat dengan daratan. Kemudian para prajurit KMT yang mengungsi dari Daratan Tiongkok seringkali menikahi wanita-wanita pribumi karena mereka berasal dari daerah-daerah miskin dan bisa lebih mudah dibeli sebagai istri. Kebijakan resmi pada identitas kaum pribumi ada pada rasio 1.1, dimana setiap pernikahan antarsuku
menghasilkan seorang anak Tionghoa. Kemudian kebijakan ini diubah dimana status kesukuan sang bapak menentukan status si anak.
Medan penelitian budaya pribumi Taiwan hampir saja dihilangkan dari kurikulum pendidikan Taiwan dengan memberikan perhatian lebih khusus pada hal-hal yang lebih bernapaskan Tionghoa demi menolong memperkokoh kedudukan KMT di Taiwan. Hasilnya ialah punahnya beberapa bahasa Austronesia di Taiwan dan pengekalan rasa malu bagi mereka yang merupakan keturunan penduduk pribumi Taiwan. Hanya sedikit orang Taiwan