Kekristenan
Meskipun pada awalnya hanya mengajarkan mata kuliah teologi, universitas-universitas mulai menambahkan mata-mata kuliah lain, seperti ilmu pengobatan, filsafat, dan hukum. Universitas-universitas yang mengajarkan berbagai mata kuliah tambahan ini menjadi cikal bakal dari lembaga-lembaga pendidikan tinggi modern. Pada umumnya universitas dianggap sebagai lembaga
yang berlatar belakang agama Kristen Abad Pertengahan. Sebelum universitas-universitas didirikan, penyelenggara pendidikan tinggi di Eropa selama ratusan tahun adalah sekolah-sekolah katedral atau sekolah-sekolah biara (), tempat para biarawan dan biarawati mengajarkan berbagai mata pelajaran. Sekolah-sekolah yang merupakan para leluhur langsung dari universitas-universitas ini terbukti sudah ada di berbagai tempat semenjak abad ke-6.
Seiring maraknya pendirian "kota-kota baru" di seluruh Eropa, terbentuk pula tarekat-tarekat pengemis yang membawa keluar cara hidup bakti dari lingkungan biara ke tengah-tengah lingkungan perkotaan. Dua tarekat pengemis yang paling menonjol adalah Tarekat Fransiskan yang didirikan oleh Santo Fransiskus, dan Tarekat Dominikan yang didirikan oleh Santo Dominikus. Kedua
tarekat ini sangat berjasa bagi tumbuh kembangnya universitas-universitas besar di Eropa. Tarekat baru lainnya adalah Tarekat Sistersien yang membangun biara-biara besar di daerah-daerah yang belum dihuni orang. Biara-biara Sistersien ini berjasa merintis berdirinya permukiman-permukiman baru. Pada masa itu, gedung-gedung gereja dan seni arsitektur gerejawi meraih
capaian-capaian baru, yang berpuncak pada gaya arsitektur Romanik dan Gothik, serta katedral-katedral megah di Eropa.
Sejak tahun 1095, yakni pada masa pontifikat Paus Urbanus II, Perang Salib dikobarkan. Perang Salib adalah serangkaian aksi militer di Tanah Suci dan di tempat-tempat lain, yang dilancarkan sebagai tanggapan atas permohonan bantuan yang diajukan Kaisar Bizantin, Aleksios I, untuk melawan usaha perluasan wilayah yang dilakukan oleh bangsa Turki. Perang Salib pada akhirnya gagal
membendung agresi Islam, bahkan menjadi penyebab timbulnya rasa permusuhan di kalangan umat Kristen sendiri setelah kota Konstantinopel dijarah bala tentara Kristen dari Eropa Barat semasa Perang Salib yang ke-4.
Dari abad ke-7 sampai abad ke-13, umat Kristen di Dunia Barat dan umat Kristen di Dunia Timur lambat laun terasing satu sama lain. Keterasingan ini bermuara pada skisma yang memecah-belah umat Kristen menjadi Gereja cabang barat, yakni Gereja Katolik, dan Gereja cabang timur (sebagian besar adalah Kristen Yunani), yakni Gereja Ortodoks. Dua Gereja ini berselisih
pendapat mengenai sejumlah isu seputar tadbir, liturgi, dan doktrin, terutama isu keutamaan yurisdiksi Sri Paus. Konsili Lyon II pada 1274, dan Konsili Firenze pada 1439 berusaha mempersatukan kembali kedua Gereja ini, akan tetapi Gereja Ortodoks menolak memberlakukan putusan-putusan Konsili Lyon maupun Konsili Firenze, sehingga kedua Gereja masih tetap terpisah sampai sekarang.
Meskipun demikian, Gereja Katolik telah berhasil memulihkan persatuan dengan sejumlah Gereja Timur yang lebih kecil.
Mulai sekitar tahun 1184, sesudah Perang Salib melawan bidah Katarisme, berbagai lembaga peradilan, yang secara umum disebut Inkuisisi, dibentuk dengan tujuan memberantas bidah serta menjaga kesatuan agama dan doktrin Kristen melalui konversi agama dan gugatan hukum.
Semangat Pembaharuan pada abad ke-15 menghidupkan kembali minat orang pada khazanah ilmu pengetahuan peninggalan Abad Kuno. Skisma besar lainnya, yakni Reformasi Protestan, memecah-belah umat Kristen di Dunia Barat menjadi beberapa mazhab. Pada 1517, Martin Luther memprotes penjualan indulgensi (anugerah penghapusan ganjaran dosa) dan tak seberapa lama kemudian mulai menafikan sejumlah pokok penting dalam doktrin Gereja Katolik.
Tokoh-tokoh Reformasi Protestan lainnya seperti Hulderikus Zwingli, Yohanes Oecolampadius, Yohanes Kalvin, Yohanes Knox, dan Yakobus Arminius bertindak lebih jauh lagi dengan mengecam ajaran dan peribadatan Katolik. Penentangan-penentangan terhadap Gereja Katolik ini berkembang menjadi sebuah gerakan bernama Protestantisme yang menafikan keutamaan Sri Paus, peranan Tradisi Suci, Tujuh Sakramen,
serta berbagai doktrin dan praktik lainnya. Gerakan Reformasi Protestan di Inggris bermula pada 1534, manakala Raja Henry VIII dipermaklumkan sebagai Kepala Gereja Inggris. Mulai dari tahun 1536, biara-biara di seluruh Inggris, Wales, dan Irlandia dibubarkan.
Tomas Müntzer, Andreas Karlstadt, dan sejumlah teolog lainnya beranggapan bahwa baik Gereja Katolik maupun mazhab-mazhab Reformasi Magisterial sudah menyimpang dari kebenaran. Para teolog ini memprakarsai gerakan Reformasi Radikal yang melahirkan berbagai denominasi Anabaptis.
Gereja Katolik menanggapi gerakan Reformasi Protestan dengan melakukan serangkaian upaya perombakan dan pembaharuan internal yang disebut Kontra Reformasi atau Reformasi Katolik. Konsili Trento menjelaskan dan menegaskan kembali doktrin Gereja Katolik. Selama abad-abad berikutnya, persaingan antara agama Kristen Katolik dan agama Kristen Protestan dicampuradukkan dengan perjuangan politik negara-negara Eropa.
Sementara itu, penemuan Amerika oleh Kristoforus Kolumbus pada 1492 menimbulkan suatu gelombang kegiatan dakwah yang baru. Berkat semangat baru untuk berdakwah ini, meskipun seiring sejalan dengan usaha perluasan wilayah jajahan oleh negara-negara kuat di Eropa, agama Kristen menyebar ke Amerika, Oseania, Asia Timur, dan Afrika Sub-Sahara.
Di seluruh Eropa, perpecahan yang ditimbulkan oleh Reformasi Protestan bermuara pada maraknya aksi kekerasan bermotif agama dan pembentukan gereja-gereja negara yang berdiri sendiri-sendiri. Mazhab Lutheran menyebar ke kawasan utara, tengah, dan timur dari wilayah negara Jerman, Livonia, dan Skandinavia. Mazhab Anglikan terbentuk di Inggris pada 1534. Mazhab Kalvinis dan beragam
pecahannya (misalnya Mazhab Presbiterian) menyebar di Skotlandia, Negeri Belanda, Hongaria, Swiss, dan Perancis. Mazhab Arminian mendapatkan pengikut di Belanda dan Frisia. Semua perbedaan ini pada akhirnya menimbulkan sengketa-sengketa yang dipicu oleh masalah agama. Perang Tiga Puluh Tahun, Perang Saudara Inggris, dan Perang Agama Perancis merupakan contoh-contoh yang paling menonjol. Peristiwa-peristiwa semacam ini memanaskan perdebatan di kalangan umat Kristen seputar persekusi dan toleransi.
Pada era yang terkenal dengan sebutan Penyimpangan Besar, manakala Abad Pencerahan dan Revolusi Ilmiah di Dunia Barat menimbulkan perubahan-perubahan besar di bidang kemasyarakatan, agama Kristen dihadapkan pada berbagai macam bentuk skeptisisme dan ideologi-ideologi politik modern tertentu seperti sosialisme dan liberalisme. Agama Kristen ditentang dalam berbagai macam peristiwa yang berkisar dari sekadar aksi antiklerikalisme
sampai luapan aksi kekerasan semisal aksi dekristenisasi saat berlangsungnya Revolusi Perancis, Perang Saudara Spanyol, dan gerakan-gerakan Marxis tertentu, khususnya Revolusi Rusia dan penindasan umat Kristen di Uni Soviet oleh rezim ateis.
Perkembangan yang sangat pesat di Eropa kala itu adalah pembentukan negara-negara bangsa selepas era Napoleon. Di seluruh negara Eropa, berbagai macam denominasi Kristen sadar sedang terlibat dalam kancah persaingan, pada taraf tinggi maupun rendah, antara satu sama lain maupun dengan negara. Variabel-variabel dalam persaingan ini adalah ukuran nisbi dari
denominasi-denominasi serta orientasi keagamaan, politik, dan ideologi dari negara. Urs Altermatt dari Universitas Fribourg, yang secara khusus mencermati agama Kristen katolik di Eropa, berhasil mengidentifikasi empat ragam kehidupan berbangsa di Eropa. Di negeri-negeri yang mayoritas warganya turun-temurun memeluk agama Kristen Katolik seperti Belgia, Spanyol, dan sampai taraf tertentu juga