Isis
diserupakan dengan Isis dan Aphrodite. Beberapa ratu Ptolemaik pada masa berikutnya menganggap diri mereka memiliki kaitan dengan Isis. Kleopatra III pada abad kedua SM memakai nama Isis sebagai pengganti namanya sendiri di dalam inskripsi-inskripsi, sementara Kleopatra VII, penguasa terakhir Mesir sebelum negara tersebut jatuh ke tangan Romawi, menggunakan julukan "Isis yang baru".
Menjelang akhir zaman Kerajaan Baru, pemujaan Isis semakin dikaitkan dengan para dewa laki-laki seperti Osiris, Min, atau Amun. Ia seringkali disembah bersama dengan mereka sebagai ibu atau pasangan mereka, dan Isis juga disembah secara luas sebagai ibunda Horus. Selain itu, ia memiliki imamnya tersendiri di beberapa tempat, dan setidaknya satu kuil yang dipersembahkan untuknya di pusat pemujaan Osiris di Abydos pada akhir Kerajaan Baru.
Kuil-kuil besar pertama untuk Isis yang diketahui keberadaannya adalah Iseion di Behbeit el-Hagar, Mesir utara, dan Philae di ujung selatan. Keduanya mulai dibangun pada masa Dinasti Ketiga Belas dan diselesaikan atau diperbesar oleh para firaun Ptolemaik. Berkat ketenaran Isis, Philae didatangi peziarah dari berbagai wilayah di Laut Tengah. Banyak kuil Isis lainnya
yang bermunculan pada zaman Ptolemaik di wilayah yang terbentang dari Alexandria dan Canopus di pesisir Laut Tengah hingga perbatasan Mesir dengan Nubia. Kuil-kuil tersebut menjadi tempat ibadah bangsa Mesir dan Nubia. Bangsa Nubia dari Kush juga membangun kuil-kuil mereka sendiri untuk Isis di berbagai tempat hingga mencapai Wad ban Naqa di ujung selatan, termasuk satu kuil di ibu kota mereka, Meroe.
Ritus kuil yang paling sering dilakukan untuk para dewa adalah ritus persembahan harian, dan selama ritus tersebut para imam memakaikan baju kepada objek kultus yang menggambarkan dewa atau dewi dan menawarkan makanan kepadanya. Pada zaman Romawi, kuil-kuil untuk Isis di Mesir dibangun dengan gaya Mesir (dan di situ objek kultus disimpan di dalam ruangan yang hanya
dapat dimasuki oleh para imam) dan dengan gaya Yunani-Romawi (yang mengizinkan umat melihat objek kultus). Budaya Yunani dan Mesir saling bertumpang tindih pada masa itu, dan mungkin tidak terdapat pemisahan etnis di antara para pengikut Isis. Orang yang sama mungkin berdoa kepada Isis di luar kuil-kuil bergaya Mesir dan di hadapan patung Isis di dalam kuil-kuil bergaya Yunani.
Kuil-kuil juga mengadakan banyak perayaan sepanjang tahun, baik perayaan nasional maupun lokal. Sejumlah ritus diadakan di seluruh Mesir untuk Osiris pada bulan Khoiak, dan Isis dan Nephthys menjadi sosok yang menonjol dalam ritus-ritus tersebut paling tidak dari masa Kerajaan Baru. Pada zaman Ptolemaik, dua wanita berperan sebagai Isis dan
Nephthys pada bulan Khoiak, dan mereka bernyanyi untuk berkabung atas kematian saudara mereka. Nyanyian mereka diabadikan di dalam karya sastra Lagu-lagu Perayaan Isis dan Nephthys dan Ratapan Isis dan Nephthys.
Pada akhirnya, Isis memiliki perayaannya tersendiri. Pada zaman Romawi, bangsa Mesir merayakan hari ulang tahunnya yang disebut "Amesysia" dengan membawa patung kultus Isis melewati ladang-ladang mereka, kemungkinan untuk merayakan kekuatan kesuburannya. Para imam di Philae mengadakan sebuah perayaan setiap sepuluh hari saat patung kultus Isis dibawa ke pulau
tetangga Bigeh, yang konon merupakan tempat penguburan Osiris, dan para pendeta melakukan upacara pemakaman untuk Osiris. Patung kultus tersebut juga dibawa ke kuil-kuil tetangga di wilayah selatan, termasuk pada masa-masa akhir kegiatan di Philae saat kuil-kuil tersebut jatuh ke tangan suku bangsa Nubia di luar kekuasaan Romawi.
Pada abad keempat dan kelima Masehi, agama Kristen menjadi agama dominan di Kekaisaran Romawi, termasuk di Mesir. Pemujaan kuil-kuil Mesir ditinggalkan secara bertahap akibat kurangnya pendanaan dan permusuhan dari kelompok Kristen. Kuil Isis di Philae, yang didukung oleh para pengikutnya dari Nubia, masih memiliki imam yang terorganisir dan perayaan secara berkala setidaknya hingga pertengahan abad kelima M, menjadikannya kuil terakhir yang berfungsi secara penuh di Mesir.
Di dalam mantra-mantra "Teks Piramida", Isis dan Nephthys membantu firaun yang sudah meninggal memasuki akhirat. Isis juga semakin sering muncul di dalam "Teks Peti Mati" dari masa Kerajaan Pertengahan, meskipun di dalam teks tersebut Osiris lebih sering dianggap sebagai dewa yang membangkitkan orang mati daripada Isis. Sumber-sumber dari periode Kerajaan Baru seperti "Kitab Orang Mati"
mendeskripsikan Isis sebagai pelindung jiwa-jiwa orang mati saat mereka menghadapi bahaya di Duat. Karya tersebut juga menyebut Isis sebagai anggota dewan ilahi yang menghakimi kebajikan moral para roh sebelum menerima mereka di akhirat, dan ia digambarkan berdiri di samping Osiris saat Osiris memimpin pengadilan tersebut.
Isis dan Nephthys ikut serta dalam upacara pemakaman, dan selama upacara tersebut terdapat dua wanita yang meratapi orang mati sebagaimana kedua dewi tersebut berkabung atas kematian Osiris. Semenjak itu, Isis sering digambarkan dalam berbagai benda yang terkait dengan pemakaman: di sarkofagus dan peti kanopik sebagai salah satu dari empat dewi yang melindungi
Empat Putra Horus, di hiasan makam sebagai dewi yang menawarkan susu kehidupan kepada orang mati, dan di jimat "tyet" yang seringkali ditempatkan di atas mumi agar kekuatan Isis melindungi mereka dari bahaya. Teks-teks pemakaman pada masa berikutnya menampilkan ia berkabung atas kematian Osiris, dan salah satu Kitab Pernapasan konon ditulis oleh Isis sendiri demi Osiris.
Sementara itu, dalam agama Nubia, Isis dianggap lebih penting daripada suaminya, karena ia merupakan dewi yang aktif sementara Osiris hanya menerima persembahan dari Isis secara pasif untuk bertahan di akhirat.
Tak seperti kebanyakan dewa-dewi Mesir, Isis jarang disebutkan di dalam doa-doa atau dalam nama pribadi sebelum penghujung periode Kerajaan Baru. Semenjak Periode Akhir Mesir Kuno, ia menjadi salah satu dewa-dewi yang paling sering disebutkan dalam sumber-sumber tersebut, yang seringkali merujuk kepada sifatnya yang baik hati dan kemauannya untuk menjawab
orang-orang yang meminta pertolongannya. Ratusan ribu jimat dan arca Isis yang sedang menyusu Horus dibuat pada milenium pertama SM, dan pada zaman Romawi, ia menjadi salah satu dewa-dewi yang paling umum digambarkan dalam seni rupa keagamaan di rumah-rumah, seperti arca dan lukisan dinding.
Isis adalah tokoh yang penting dalam teks-teks sihir dari Kerajaan Pertengahan. Bahaya yang dihadapi oleh Horus pada masa kecilnya menjadi tema yang sering muncul dalam mantra-mantra penyembuhan ajaib, dan upaya Isis untuk menyembuhkan Horus juga berlaku untuk orang sakit. Dalam mantra-mantra tersebut, Isis memaksa Ra membantu Horus dengan menyatakan bahwa ia
akan menghentikan matahari pada tempatnya di langit jika putranya tidak disembuhkan. Mantra lainnya menyetarakan ibu hamil dengan Isis untuk memastikan agar mereka akan melahirkan dengan selamat.
Sihir Mesir mulai memasukkan konsep-konsep Kristen saat agama Kristen diperkenalkan di Mesir, tetapi dewa-dewi Mesir dan Yunani masih muncul dalam mantra-mantra bahkan setelah mereka tidak lagi dipuja di kuil-kuil. Sebagai contoh, mantra-mantra dari abad keenam, ketujuh, atau kedelapan M mencantumkan nama Isis bersama dengan figur-figur Kristen.
Kultus-kultus yang berbasis di kota atau negara tertentu merupakan hal yang lumrah pada zaman kuno sampai pertengahan atau akhir milenium pertama SM, ketika peningkatan hubungan antara kebudayaan-kebudayaan yang berbeda mengakibatkan penyebaran beberapa kultus secara lebih luas. Bangsa Yunani sudah mengetahui keberadaan dewa-dewi Yunani, termasuk Isis, setidaknya dari Zaman