Petrus Martir Vermigli
lingkup pemikiran reformasi untuk melalukannya saat masih menganut Kristen Katolik. Vermigli menyanjung doktrin Protestan dari pembenaran oleh iman saja ("sola fide") pada masa itu, dan ia mungkin menolak pandangan Katolik tentang sakramen. Vermigli juga tampaknya mempengaruhi Valdés. Para cendekiawan meyakini bahwa doktrin kuat Valdés terhadap predestinasi ganda, bahwa
Allah telah memilih beberapa orang untuk keselamatan dan perbuatan baik lainnya, dipahami dari Vermigli. Vermigli sendiri mendalaminya dari kajiannya terhadap Gregorius dari Rimini di Padua.
Pergerakan Vermigli menjauh dari keyakinan Katolik ortodoks mulai tampak pada 1539 saat ia berkotbah tentang, sebuah ayat yang umum dipakai sebagai bukti doktrin api penyucian. Vermigli tak memakai pandangan ini dalam kotbahnya, meskipun ia tak secara terbuka membantu keberadaan api penyucian. Gaetano da Thiene, seorang penentang "spirituali", melaporkan gugatannya
terhadap Vermigli kepada wali raja Spanyol dari Napoli Don Pedro de Toledo, yang melarang Vermigli berkotbah. Larangan tersebut dihapuskan pada banding Vermigli di Roma, dimana ia meraih beberapa bantuan dari para teman berkuasa yang ia miliki di Padua, seperti Kardinal Pole dan Bembo. Disamping kontroversi tersebut, Vermigli masih tersohor di Kongregasi Lateran. Ia diangkat menjadi salah satu dari empat
pengunjung oleh kapitel-umum pada 1540. Para pengunjung tersebut memegang jabatan rektor umum dengan memeriksa rumah-rumah keagamaan dari Kongregasi. Pada 1541, Kongregasi memilih Vermigli pada jabatan prior Basilika San Frediano di Lucca. Prior di San Frediano memegang beberapa otoritas episkopal atas separuh kota tersebut, serta kontrol atas rumah-rumah keagamaan Lateran. Seperti jabatan sebelumnya di Spoleto, para biarawan dari biara
San Frediano serta rohaniwan Lucca dikenal karena kurang bermoral, yang berujung pada kemunculan Lutheran di tempat tersebut. Vermigli memandang tugasnya sebagai salah satu pendidikan serta koreksi moral. Ia mendirikan sebuah kolese berbasis prinsip humanis dari pendidikan dan dihimpun berdasarkan pada St John's College, Cambridge yang baru didirikan, dan Corpus Christi College, Oxford. Bahasa pengantarnya adalah Yunani,
Latin dan Ibrani. Beberapa profesornya adalah humanis Immanuel Tremellius, Paolo Lacizi, Celio Secondo Curione, dan Girolamo Zanchi, semuanya kemudian akan berpindah ke Protestanisme. Kongregasi tersebut mengauki karya Vermigli dengan memilihnya pada komisi disipliner tujuh kanon pada Mei 1542.
Vermigli banyak dihargai dan sangat disanjung. Ia dapat melanjutkan upaya reformasinya di Lucca tanpa gugatan pandangan tak ortodoks apapun, selain sebuah pertemuan kepausan disana dengan Kaisar Charles V pada 1541. Kejatuhannya pada masa selanjutnya disebabkan oleh dua pengikutnya, yang satu secara terbuka mempertanyakan otoritas kepausan dan yang lainnya menyanjung bentuk Ekaristi
Protestan. Rekonstruksi Inkuisisi Roma pada 1542 telah menjadi bagian dalam menanggapi kekhawatiran dari kemungkinan bahwa Luzza dan kota-kota lainnya akan membangkang dari Gereja Katolik. Otoritas Republik Lucca mulai mengkhawatirkan kemerdekaan politik mereka dari Kekaisaran Romawi Suci jika kota mereka masih dipandang terpengaruh Protestan. Pencekalan buku-buku Protestan yang saat itu
diabaikan diberlakukan, perayaan agama yang ditinggalkan diadakan lagi, dan prosesi keagamaan dihimpun untuk menunjukkan kesetiaan Lucca terhadap Roma.
Vermigli dipanggil ke Kapitel Luar Biasa Kongregasi Lateran, dan teman-temannya memperingatkannya bahwa ia tak memiliki kekuasaan. Ini makin menimbulkan peristiwa yang berkontribusi pada keputusannya untuk menghiraukan panggilan tersebut dan kabur, namun ia akhirnya didorong oleh hati nuraninya melawan Misa dan ia memutuskan untuk hadir. Vermigli pergi dari Lucca ke Pisa pada 12 Agustus
1542 memakai kuda dengan tiga kanonnya. Disana, ia menyanjung bentuk Ekaristi Protestan untuk pertama kalinya. Saat berhenti di Firenze, singgah di Badia Fiesolana dimana ia masuk kehidupan relijius, Vermigli mengetahui bahwa Bernardino Ochino datang kesana. Vermigli membujuk Ochino, seorang pengkotbah populer dengan pemahaman Protestan, untuk kabur juga dari Italia. Pada 25 Agustus, Vermigli pergi ke Zürich lewat Ferrara dan Verona.
Saat Vermigli datang ke Zürich, ia ditanya tentang pandangan teologinya oleh beberapa pemimpin Protestan yang meliputi Heinrich Bullinger, Konrad Pellikan, dan Rudolph Gualther. Mereka kemudian memutuskan agar ia dapat diijinkan untuk mengajar teologi Protestan, namun tak ada jabatan lowong untuknya untuk diisi disana atau di Basel, dimana ia kemudian datang. Dalam sebuah surat kepada bekas
kongregasinya di Lucca, ia menjelaskan motif-motifnya untuk belajar dna juga mengekspresikan kekecewaan atas tidak dapat ditemukannya sebuah jabatan. Humanis Basler membantunya dengan uang, dan reformator Oswald Myconius merekomendasikannya ke Martin Bucer di Strasbourg, dimana tulisan-tulisan Vermigli menjadi familiar. Vermigli datang ke Strasbourg dan menjadi teman dekat dan sekutu Bucer, yang mengangkatnya
menjadi ketua Perjanjian Lama di Sekolah Senior, menggantikan Wolfgang Capito. Ia mulai mengajar tentang nabi-nabi kecil, disusul oleh Kitab Ratapan, Kitab Kejadian, Kitab Keluaran, dan Kitab Imamat. Vermigli dapat mengajar dari teks bahasa asli Perjanjian Lama, sehingga beberapa muridnya dapat membaca bahasa Ibrani. Ia disukai oleh para muridnya dan cendekiawan sejawatnya.
Vermigli dikenal karena presisi, kesederhanaan, dan klaritas pidato kontras dengan propensitas Bucer untuk disgresi yang terkadang membuat para muridnya pergi.
Dua bekas kolega Vermigli di Lucca-Lacizi dan Tremellius-kemudian menyusulnya ke Strasbourg. Pada 1544, ia terpilih menjadi kanon Gereja St. Thomas, Strasbourg. Pada 1545, Vermigli menikahi istri pertamanya, Katarina Dammartin, seorang mantan biarawati asal Metz. Katarina tak mengetahui bahasa Italia, dan Petrus sangat sedikit memahami bahasa Jerman, sehingga mereka dianggap berbincang dalam bahasa Latin.
Edward VI meraih tahta Inggris pada 1547, dan para reformator Protestan disana berharap untuk meraih kesempatan untuk reformasi yang lebih luas terhadap Gereja Inggris. Uskup Agung Thomas Cranmer mengundang Vermigli dan Ochino untuk membantu upaya tersebut. Selain itu, kemenangan Kaisar Katolik Charles V dalam Perang Schmalkaldic dan dampak Interim Augsburg berujung pada masa ketegangan bagi umat Protestan di Jerman. Vermigli
menerima undangan tersebut pada bulan November dan berlayar dengan Ochino ke Inggris. Pada 1548, ia menggantikan Richard Smyth, menjadi Regius Professor of Divinity kedua di Oxford. Ini adalah sebuah jabatan paling berpengaruh di sebuah universitas yang lambat menerima reformasi.
Saat datang ke Oxford, Vermigli mulai berkotbah tentang 1 Korintus, menentang doktrin api penyucian Katolik, selibasi rohaniwan, dan puasa prapaskah. Ia kemudian berpidato menentang doktrin Ekaristi Katolik, ranah paling sensitif dari ketidaksepakatan antara umat Protestan dan Katolik di Inggris pada masa itu. Pihak konservatif, pimpinan Smyth, menantang Vermigli untuk mempertahankan pandangannya dalam
persengketaan formal. Smyth kabur ke St Andrews dan kemudian ke Leuven sebelum persengketaan tersebut diadakan, sehingga tiga pihak Katolik, William Tresham, William Chedsey dan Morgan Phillips, melangkah maju untuk menggantikannya. Persengketaan tersebut diadakan pada 1549 oleh Richard Cox, Kanselir Universitas dan pihak Protestan. Ini berfokus pada doktrin transubstansiasi, dengan para lawan Vermigli mendukung hal
tersebut dan ia tentang. Kanselir Cox menjadikannya kesempatan agar ia menyaksikan Vermigli mengeluarkan argumen bagus, namun tak resmi dideklarasikan menjadi pemenang. Persengketaan tersebut menempatkan Vermigli di bagian depan perdebatan atas ranah Ekaristi.