MTR
Airport Express dan Jalur Tung Chung memulai pelayanan tahun 1998. Keputusan pembangunannya bulan Oktober 1989, untuk membangun bandara baru di Chek Lap Kok di Pulau Lantau untuk menggantikan Bandara Kai Tak yang sudah terlalu padat. Pemerintah mengundang MTRC untuk membangun jalur kereta baru (yang kemudian dikenal dengan Lantau Airport Railway) ke bandara yang konstruksinya dimulai November 1994.
Jalur ini termasuk dalam skema pembiayaan Bandar Udara Internasional Hong Kong karena bandara ini tidak layak tanpa adanya koneksi transportasi umum langsung. Lantau Airport Railway kemudian menjadi 2 jalur MTR, Jalur Tung Chung dan Airport Express. Jalur Tung Chung resmi dibuka 21 Juni 1998 oleh Kepala Eksekutif Hong Kong Tung Chee Hwa, dan mulai beroperasi sehari kemudian. Airport Express dibuka 6 Juli 1998, bersamaan dengan beroperasinya bandara baru Hong Kong.
Airport Express juga memiliki fasilitas check-in di Stasiun Kowloon dan Stasiun Hong Kong, ada juga bus shuttle untuk mengangkut penumpang dari kedua stasiun ini menuju hotel dengan biaya gratis. Tersedia juga porter untuk membantu mengangkut bagasi penumpang. Kereta bandara ini menjadi transportasi paling populer kedua setelah bus. Tahun 2012, kereta mempunyai pangsa pasar 21.8% penumpang dari dan ke bandara. Meski begitu, pada tahun 1999 pernah mencapai 32%.
Quarry Bay Congestion Relief Works memperpanjang akhir Jalur Kwun Tong dari Quarry Bay ke North Point via sepasang terowongan sepanjang 2.1 kilometer. Proyek ini dimulai karena kepadatan berlebih di Quarry Bay dan penumpang yang mengeluh akibat harus berjalan kaki 5 menit dari platform Jalur Pulau ke platform Jalur Kwun Tong. Konstruksi dimulai September 1997 dan selesai September 2001 dengan biaya HK$3.0 milyar (US$385 juta).
Konstruksi Jalur Tseung Kwan O disetujui 18 Agustus 1998 untuk melayani pengembangan daerah perumahan baru. Konstruksi dimulai 24 April 1999 dan jalur ini resmi beroperasi tahun 2002, kereta melaju sepanjang Terowongan Eastern Harbour dari Po Lam ke North Point. Jalur Kwun Tong diubah rutenya ke Tiu Keng Leng di jalur baru. Ongkos konstruksi sebagian dibiayai Pemerintah Hong Kong dan sisanya dibiayai
swasta yang menghubungkan konstruksi Jalur Tseung Kwan O ke kawasan perumahan dan komersial baru, sehingga kawasan sebelumnya yang belum terbangun saat ini bisa berkembang dengan adanya transportasi.
Ketika konstruksi Jalur Tung Chung masih berlangsung, ada rencana untu membangun jalur ke bagian barat laut New Territories. Lahan telah disediakan untuk adanya stasiun persilangan dan 2 jalur ekstra antara Olympic dan Lai King. Awalnya dikenal dengan Kereta Bandara fase 2, kontrak West Rail Line Interface Works disetujui tidak lama setelah pembangunan Jalur West Rail dimulai. Proyek ini terdiri dari
Persilangan Mei Foo (modifikasi Stasiun Mei Foo di Jalur Tsuen Wan sehingga ada jalur jalan kaki ke Jalur West Rail); Stasiun Nam Cheong (stasiun persilangan di Jalur Tung Chung, dioperasikan bersama MTRCL dan KCRC) dan penambahan 2 lajur rel sepanjang 4 km, sehingga memungkinkan kereta Jalur Tung Chung berhenti di Nam Cheong tanpa menganggu perjalanan kereta Airport Express).
Pengerjaan ini diselesaikan dalam beberapa tahap. Kereta Jalur Tung Chung dialihkan ke jalur baru sejak Mei 2003, kemudian persilangan Stasiun Mei Foo dan Nam Cheong dibuka bersamaan dengan Jalur West Rail bulan Desember 2003. Perpanjangan Kowloon Southern Link dari Stasiun Nam Cheong ke Stasiun East Tsim Sha Tsui dibuka 16 Agustus 2009, sehingga kereta Jalur West Rail saat ini berakhir di Stasiun Hung Hom, persilangan dengan Jalur East Rail.
Jalur Disneyland Resort menyediakan jasa menuju Hong Kong Disneyland Resort yang dibuka 12 September 2005. Pelayanan ke Sunny Bay di Jalur Tung Chung dimulai tahun 2005. Jalur baru dan stasiun Disneyland Resort dibuka 1 Agustus 2005. Jalur ini merupakan rel sepanjang 3.5 km yang menghubungkan antara Stasiun Sunny Bay dengan Stasiun Disneyland Resort. Stasiunnya pun didesain berbeda, sesuai dengan tema Disney. Jalur ini beroperasi otomatis, kereta ada tiap 4 sampai 10 menit tanpa masinis dengan kereta bertema khusus.
Stasiun AsiaWorld-Expo adalah kelanjutan dari Airport Express yang menghubungkan ke pusat pameran internasional AsiaWorld-Expo di Bandara Internasional Hong Kong. Stasiun dibuka 20 Desember 2005 bersamaan dengan pusat pameran. Untuk mengantisipasi lonjakan penumpang, kereta Airport Express juga dipanjangkan menjadi 8 gerbong dari sebelumnya yang hanya 7 buah. Kereta tambahan juga akan diberangkatkan dari Jalur Tung Chung jika ada pameran dan acara besar.
Tanggal 5 Oktober 2000, operator jaringan MTR, MTR Corporation Limited (MTRCL), menjadi perusahaan kereta pertama Hong Kong yang diprivatisasi, menandakan awal inisiatif pemerintah Hong Kong di prasarana umum. Sebelum terdaftar di Bursa Saham Hong Kong, Mass Transit Railway Corporation (MTRC) dimiliki sepenuhnya oleh Pemerintah Hong Kong. Bulan Juni 2001, MTRCL dipindah ke Indeks Hang Seng.
MTRCL juga mengembangkan properti dekat stasiun untuk menambah bisnis kereta mereka yang sudah menguntungkan. Banyak stasiun-stasiun baru yang digabungkan dengan kompleks perumahan besar atau kompleks perbelanjaan. Misalnya, Tsing Yi dibangun bersebelahan dengan mal Maritime Square.
Tanggal 11 April 2006, MTRCL menandatangani memorandum of understanding tak mengikat dengan Pemerintah Hong Kong, untuk menggabungkan operasi 2 jaringan kereta di Hong Kong meski mendapat penolakan keras dari staf KCRC. Rapat umum luar biasa tanggal 9 Oktober 2007 memungkinkan MTRCL mengambil alih operasi jaringan KCR dan menggabungkan sistem tarif kedua jaringan tanggal 2 Desember 2007.
Tanggal 2 Desember 2007, Kowloon-Canton Railway Corporation (KCRC) memberikan konsesi 50 tahun jaringan KCR ke MTRCL, maka menggabungkan operasi kereta dibawah manajemen MTRCL. MTRCL kemudian mengubah nama bahasa Mandarinnya dari "" (Subway Limited Company) menjadi "" (Hong Kong Railway Limited Company), namun nama Inggrisnya tetap. Setelah merger, jaringan MTR bertambah 3 jalur, yaitu Jalur East Rail, Jalur West Rail, dan Jalur Ma On Shan, juga jaringan Kereta Ringan dan Guangdong Through Train ke Guangzhou.
Arsitektur stasiun MTR cenderung tidak artistik, lebih mengutamakan penggunaannya. Dengan lalu lintas penumpang hariannya yang sangat padat, fasilitas di stasiun-stasiun dibangun dengan ketahanan dan aksesibilitas yang baik. Setelah perbaikan yang ekstensif, sistem MTR pada saat ini umumnya telah ramah bagi penyandang disabilitas- keretanya telah dilengkapi ruang bagi
kursi roda, stasiunnya telah dilengkapi dengan lantai khusus untuk membantu para tunanetra, serta pintu masuk dan keluar ekstra besar bagi kursi roda. Di rangkaiannya juga telah dilengkapi peta berkedip yang menunjukkan lokasi kereta. Selain itu juga dilengkapi TV onboard Newsline Express yang menampilkan pesan-pesan dari operator kereta.
Jaringan telepon seluler GSM (GSM-900.1800), CDMA dan TDMA tersedia di semua jaringan MTR, baik stasiun maupun di dalam kereta sehingga penumpang dapat tetap terhubung dibawah tanah. Saat ini, jaringan 3 G telah tersedia di semua stasiun dan kereta (kecuali seksi bawah tanah di Jalur East Rail dan West Rail) yang dilayani oleh 3 Hong Kong, SmarTone-Vodafone dan PCCW Mobile.
MTR juga telah dilengkapi dengan fasilitas Wi-Fi untuk kereta bandara Airport Express, untuk ke rute lainnya saat ini masih dipertimbangkan oleh MTR. Per 8 Juli 2013, semua 84 stasiun MTR dilengkapi Wi-Fi gratis selama 15 menit per sesi dan maksimum 5 sesi per hari.
Pengumuman informasi tentang stasiun yang dituju diumumkan dengan bahasa Inggris dan Kanton. Saat ini, bahasa Mandarin Standar juga telah ditambahkan.