Digimon
Wormmon akhirnya hidup kembali dan hubungannya dengan Ken mulai membaik. Ken dan Wormmon begabung dengan Daisuke dan kawan-kawan. Archnemon dan Mummymon kemudian muncul dan mengaku bahwa mereka berada dibalik kejahatan untuk memanfaatkan Ken sebagai Kaisar Digimon. Archnemon mampu menciptakan digimon-digimon buatan dari dark towers. Untuk melawan mereka, kini digimon anak terpilih sudah bisa berevolusi secara
konvensional. V-mon menjadi XV-mon, Hawkmon menjadi Aquilamon, Armadimon menjadi Ankylomon, Patamon menjadi Angemon dan HolyAngemon, Tailmon menjadi Angewomon, dan Wormmon menjadi Stingmon. Daisuke bersatu dengan Ken membuat XV-mon dan Stingmon mereka dapat berevolusi Jogress (penggabungan) menjadi Paildramon.
Keseimbangan dunia digital ditopang oleh batu-batu suci. Arukenimon akhirnya membuat 100 menara kegelapan yang berubah menjadi BlackWarGreymon untuk memusnahkan batu suci tersebut. Namun, BlackWarGreymon membangkang dari Archnemon dan Mummymon dan memilih untuk menghancurkan batu suci sendirian. Saat ingin menghancurkan batu suci terakhir, ia dihentikan oleh Qinglongmon, salah satu dari empat penguasa
dunia digital. Empat penguasa dunia digital terdiri dari Qinglongmon, Xuanwumon, Zhuqiaomon, dan Baihumon dimana Huanglongmon sebagai pemimpin mereka. Sebelumnya mereka disegel oleh Apocalymon dan Dark Masters. Para Gennai adalah pesuruh mereka.
Arukenimon dan Mummymon kemudian mendirikan dark towers di dunia manusia. Selain itu portal-portal antara dua dunia terbuka sehingga banyak digimon yang berbondong-bondong memasuki dunia manusia. Sementara itu evolusi jogress lainnya terjadi yaitu digimon Hikari dan Miyako menjadi Silphymon dan digimon Takeru dan Iori menjadi Shakkoumon. Paildramon mampu berevolusi menjadi Imperiladramon. Anak-anak
terpilih dari generasi pertama dan kedua kemudian keliling dunia pada malam natal dan bekerja sama dengan anak-anak terpilih dari seluruh dunia untuk mengembalikan digimon-digimon yang berkeliaran di dunia manusia dan menghancurkan dark towers.
Saat anak-anak terpilih pergi, seorang pria bernama Yukio Oikawa yang selama ini adalah bos dari Arukenimon dan Mummymon berencana ingin masuk ke dunia digital dengan bantuan bibit kegelapan yang akan ditanam di dalam anak-anak yang diculiknya. Bibit kegelapan saat itu berada di dalam Ken, tetapi Ken tidak menyadarinya. Bibit inilah yang menimbulkan
kekuatan jahat dalam diri Ken dan menjadikannya Kaisar Digimon. Oikawa beserta Archnemon dan Mummymon selama ini memanfaatkan tubuh Ken sebagai ladang tumbuhnya bibit kegelapan. Oikawa akhirnya menculik Ken setelah anak-anak terpilih kembali ke Jepang untuk mengambil bibit kegelapan dari dalam dirinya dan menanamkannya kembali kepada anak-anak yang diculik. Demon dan anak
buahnya datang dari dunia digital untuk merebut bibit kegelapan dari Oikawa. Demon yang terlalu kuat bagi anak-anak terpilih akhirnya disegel oleh Ken ke dunia kegelapan, semacam alam paralel di dunia digital.
Setelah itu, BlackWarGreymon datang dari dunia digital. Karena hanyalah digimon buatan yang dicipatkan dari dark towers, BlackWarGreymon berkelana untuk mencari jati dirinya dan menemukan hakikat kehidupan. Ia akhirnya berada di pihak anak-anak terpilih dan mengorbankan dirinya untuk menutup portal dunia digital sehingga tidak ada lagi digimon yang berkeliaran di dunia manusia.
Setelah itu Oikawa menggunakan kekuatan dari bibit kegelapan yang ditanam pada anak-anak yang diculiknya untuk membuka portal ke dunia digital. Karena BlackWarGreymon telah menutup portal menuju dunia digital, Oikawa malah masuk ke dunia lain bersama Archnemon dan Mummymon dan diikuti oleh anak-anak terpilih. Musuh sesungguhnya kemudia muncul yang ternyata adalah
Vamdemon yang pernah dikalahkan anak-anak terpilih generasi pertama, ternyata ia masih hidup dan berevolusi menjadi BelialVamdemon. Selama ini ia hidup di dalam tubuh Oikawa yang saat itu sedang berkabung karena kematian sahabatnya satu-satunya. Sejak kecil ia dan sahabatnya percaya akan adanya dunia digital dan bermimpi untuk bisa
pergi kesana. BelialVamdemon memanfaatkan Oikawa untuk mengumpulkan energi dari bibit kegelapan untuk memperkuat dirinya. Imperialdramon berhasil mengalahkannya setelah menerima kekuatan dari digivice seluruh anak-anak terpilih dari seluruh dunia. Oikawa akhirnya mengorbankan nyawanya dengan memberikan seluruh tenaga yang ia miliki untuk memperbaiki kerusakan di dunia digital. Setelah itu dunia digital dan dunia manusia menjadi terbuka.
Dua puluh tahun kemudian para anak-anak terpilih yang terdiri dari Taichi, Yamato, Sora, Koushiro, Mimi, Joe, Takeru, Hikari, Daisuke, Ken, Miyako, dan Iori, beranjak dewasa. Digimon-digimon partner mereka hidup bersama mereka dan semua orang di seluruh dunia memiliki digimon partnernya masing-masing.
Serial ketiga terjadi di dunia alternatif yang seperti dunia "kita", dimana Digimon Adventure 01 dan Digimon Adventure 02 hanyalah anime. Digimon adalah sebuah bisnis waralaba yang terdiri dari anime, permainan video, dan permainan kartu seperti di dunia "kita". Digimon Tamers memiliki cerita yang lebih dalam karena memang ditujukan untuk penggemar Digimon yang lebih dewasa. Diceritakan tentang seorang anak bernama Takato
Matsuda, seorang penggemar Digimon terutama permainan kartunya, menemukan kartu digimon biru yang misterius. Takato mencoba untuk menggesekkan kartu tersebut pada semacam mainan alat pembaca kartu-kartu digimon, dan mainannya itu kemudian berubah menjadi D-Arc (digivice versi Digimon Tamers). D-Arc melakukan scanning terhadap sebuah sketsa digimon yang dirancang sendiri oleh Takato
yang diberi nama Guilmon. Guilmon kemudian tercipta di dunia digital dan masuk ke dunia manusia untuk menjadi partner dengan Takato. Takato tidak menyangka bahwa digimon dan dunia digital benar-benar ada. Seorang pemilik D-Arc dan digimon partner disebut "penjinak" bukan "anak-anak terpilih" seperti di Digimon Adventure 01 dan 02. Takato bukan satu-satunya penjinak, terdapat Li
Jian Liang yang berpartner dengan Terriermon dari suatu permainan video Digimon. Terdapat pula Makino Ruki seorang anak perempuan yang dijuluki sebagai Ratu Digimon karena keunggulannya dalam kejuaraan permainan kartu Digimon. Banyak digimon mendatangi Ruki untuk dijadikan partner, tetapi akhirnya Ruki memilih Renamon. Selain itu terdapat pula dua digimon yang berkeliaran di wilayah Shinjuku, Tokyo yaitu Culumon,
digimon kecil misterius yang tidak memiliki penjinak yang memiliki kekuatan untuk mengevolusikan digimon lain, dan Impmon yang kabur dari dua orang penjinakknya yang egois dan selalu berkelahi sehingga kemudian ia berpikir bahwa digimon yang memiliki penjinak adalah digimon yang memalukan. Terdapat pula Yamaki Mitsuo yang adalah seorang pemimpin HYPNOS,
organisasi rahasia milik pemerintah yang berfungsi untuk memonitor sistem jaringan komunikasi elektronik dunia yang bermarkas pusat di Shinjuku. Sejak kemunculan digimon-digimon di dunia nyata, HYPNOS berusaha untuk mencegah masuknya digimon-digimon dan mencegah terjadinya kebocoran fakta mengenai keberadaan digimon di kalangan media massa agar tidak diketahui publik.
Banyak digimon yang seenaknya menyebrang ke dunia manusia dan membuat kekacauan, karena mereka percaya apabila mereka pergi ke dunia manusia dan memiliki seorang penjinak maka mereka akan menjadi kuat. Takato dan Jian Liang merasa bahwa adalah tanggung jawab mereka sebagai penjinak digimon untuk mengalahkan digimon-digimon tersebut agar tidak menimbulkan masalah, sedangkan Ruki
mengaggap digimon dan dunia digital adalah permainan sehingga ia dan Renamon berusaha untuk membunuh digimon-digimon yang masuk ke dunia manusia dan mengkonsumsi data mereka sehingga Renamon menjadi lebih kuat. Walapun begitu, Takato dan Jian Liang pada akhirnya bersatu dengan Ruki. Dengan D-Arc yang diaktifkan dengan kartu-kartu digimon dan kekuatan dari Culumon, digimon para penjinak mampu berevolusi menjadi Growmon, Gargomon, dan Kyuubimon.