Naruto Uzumaki
Tetapi penyamaran Yamato terbongkar dan terjadilah pertarungan antara Kabuto dan Orochimaru melawan tim Yamato. Naruto yang dilanda amarah melepaskan kekuatan kyuubi hingga ekor 4. Kekuatannya yang dahsyat membuat Orochimaru yang sudah sembuh kewalahan. Akhirnya Orochimaru mundur bersama Kabuto dan Sai yang berkhianat. Naruto yang masih mengamuk akhirnya berhasil ditenangkan
oleh Yamato menggunakan kekuatan pohon miliknya. Naruto yang sudah sadar dinasihati oleh Yamato agar jangan terlalu bergantung pada kekuatan Kyuubi. Mereka lalu meneruskan perjalanan dan menemukan buku harian Sai yang agak aneh. Setelah mereka sampai ke persembunyian Orochimaru, mereka dihadang oleh Kabuto. Tanpa diduga, Sai membantu tim Yamato karena tergugah dengan
"ikatan" antara Naruto dan Sasuke. Mereka lalu mencari Sasuke. Naruto bersama Sai malah bertemu dengan Orochimaru, dan Naruto menyuruh Sai (yang misi utamanya adalah membunuh Sasuke) untuk mencari Sasuke. Setelah bertemu Sasuke, Sasuke malah menyerang Sai dan mengatakan pada Naruto bahwa di antara mereka sudah tidak ada "ikatan". Orochimaru lalu menyuruh Sasuke dan Kabuto untuk menyingkir sementara waktu.
Setelah Naruto kembali dari persembunyian Orochimaru, dia menemui Kakashi di rumah sakit. Dia lalu diberi tahu bahwa dia bisa menjadi ninja yang kuat dengan metode latihan yang diberikan Kakashi. Di lain pihak, dua orang Akatsuki bernama Hidan dan Kakuzu menyerang kuil api desa Konoha dan menghabisi hampir semua pendeta di sana. Naruto yang tidak tahu-menahu
hal tersebut meneruskan latihannya. Pertama-tama dia harus mengenal jenis chakra yang ia miliki, kemudian berlatih memotong daun menggunakan chakra miliknya. Setelah berhasil, dia lalu diberi ujian memotong air terjun yang dibuat oleh Yamato. Naruto lalu memasuki tahap akhir latihan, memasukkan chakra angin miliknya ke dalam Rasengan untuk menemukan jenis Rasengan yang baru. Awalnya
dia kesulitan mencarinya, lalu menggunakan Kagebunshin untuk membantunya mencari Rasengan baru tersebut. Setelah berhasil, dia lalu berangkat membantu tim Kakashi, Shikamaru, Chouji dan Ino menghadapi Hidan dan Kakuzu. Pertama-tama Naruto kesulitan mengenai musuhnya dengan Rasenshuriken, jurus barunya karena putarannya yang melemah sebelum sampai ke musuh. Setelah tubuh asli
Naruto ikut dalam jebakan, akhirnya dia berhasil mengenai Kakuzu dan membuatnya terkapar. Kakuzu akhirnya dihabisi oleh Kakashi. Kakashi mengatakan kalau Naruto benar-benar melampauinya dan penyebabnya ialah tekad dan keinginannya untuk menjadi lebih kuat dari Sasuke dan mengembalikannya ke Konoha. Setelah mengetahui tujuan Sasuke yang
sebenarnya, Naruto bertekad untuk menemui Itachi, berharap bertemu kembali dengan Sasuke. Naruto yang menjalankan misi mencari Sasuke dan mengembalikannya lagi, tanpa disangka, salah satu klon bayangan yang dilepaskan oleh Naruto berhasil menemukannya, tetapi segera dihancurkan oleh "Chidori" Sasuke. Naruto yang akhirnya menemukan teman lamanya, bergegas menuju
ke sana, tetapi dihadang oleh Tobi. Naruto segera menyerang Tobi dengan "Rasengan", tetapi serangan Naruto tidak mengenainya karena menembus tubuhnya. Setelah itu Tobi diberitahu oleh Zetsu bahwa Itachi telah mati bertarung dengan Sasuke. Setelah mengetahui dimana tempat Sasuke dan Itachi bertarung, Naruto dan kawan-kawan segera bergegas cepat ke sana. Setelah
sampai, Yamato memberikan jalan dengan elemen kayu miliknya agar bisa dilewati, tetapi Sasuke dan Itachi sudah tidak ada, karena telah didahului oleh Tobi dan Zetsu.
Saat Naruto mendengar kematian gurunya, yaitu Jiraiya karena menyusup ke Amegakure untuk menguak misteri tentang Pain, ia merasa sedih. Tapi setelah Naruto dinasihati oleh Shikamaru, akhirnya dia mau membantu untuk menguak misteri kode yang tertera pada punggung Fukasaku. Setelah itu Naruto diminta mempelajari Chakra Senjutsu seperti Jiraiya oleh Fukasaku.
Akhirnya Naruto pergi ke Gunung Myobokuzan untuk berlatih Chakra Senjutsu dengan tetua katak. Tapi saat latihan berlangsung, Naruto mengkhawatirkan desanya jika diserang Akatsuki nantinya, tetapi Fukasaku yakin ninja-ninja Konoha mampu menjaga diri.
Saat Konoha benar-benar hancur, Shima (istri Fukasaku) memanggil Naruto dan para katak lainnya dari Myobokuzan untuk mengalahkan Pain. Di sini Naruto tampil berbeda dengan matanya yang Sage Mode dan juga jubah seperti Hokage ke-4, tetapi berwarna jingga. Naruto bisa merasakan chakra para ninja Desa Konoha, tetapi Naruto tidak dapat merasakan chakra Kakashi dan lalu bertanya kepada Tsunade apakah Kakashi baik-baik saja, tetapi Tsunade tidak menjawabnya.
Terjadi Pertempuran seru antara Naruto dan Pain disini Naruto meminta kepada Tsunade untuk kasih tahu ke warga konoha jangan ikut campur dalam pertarungannya dengan Pain dikarenakan Naruto akan sulit bertarung sambil melindunginya disini naruto memulai dengan jurus Senpo Oodama Rasengan, disaat- saat genting tiba tiba Hinata muncul dan membantu Naruto, kemudian
Naruto marah kepada Hinata untuk tidak membantunya disaat ini Hinata mulai mengungkapkan perasaanya ke Naruto bahwa Hinata mencintainya kemudian Hinata menyerang Pain dengan jurus Juho Soshiken dan serangannya berhasil melumpuhkan Pain Sementara tetapi Pain memulai serangan Balik kepada Hinata setelah itu Pain menyerang Hinata dengan jurus Shinra Tensei dan Hinata langsung tersungkur ke tanah dan langsung di tusuk oleh Pain.
Naruto melihat Hinata ditusuk oleh Pain, Naruto langsung berubah menjadi Kyuubi ekor 6 disaat naruto menjadi Kyuubi naruto menyerang Pain dengan sangat brutal membuat tanah hancur dan disaat Kyuubi Naruto meninggalkan desa, Pain menggunakan jurus Chibaku Tensei untuk mengekang Kyuubi disini Kyuubi sangat kuat dan membentuk ekor 9 langsung, kemudian di dalam tubuh naruto Kyuubi berusaha untuk melepas
segelnya di dalam tubuh naruto tetapi kejadian tersebut digagalkan oleh Minato Namikaze/Hokage ke-4, di dalam perut Naruto Minato berbicara kepada Naruto bahwa Naruto adalah anaknya, kemudian naruto tidak menyangka bahwa dia adalah anak Hokage ke-4 setelah itu minato membuat segel baru unuk naruto dan langsung meninggalkan Naruto.
Kemudian Kyuubi langsung menghilang dan Naruto memakai Sage Mode terakhir untuk menyerang Pain, setelah itu naruto berhasil memukul Pain dan dan mengambil tindik Pain tersebut disana Naruto berhasil melacak keberadaan Nagato/Pain Ke-7 setelah berhasil melacaknya Naruto menggunakan Jurus Seribu Bayangan dan Rasengan dan Pain berhasil dikalahkan oleh Naruto kemudian Naruto menuju ke Tempat nagato disana Naruto
langsung berubah menjadi chakra Kyuubi dan setelah berubah ke jati diri Naruto menanyakan ke Nagato dan Nagato bercerita tentang masa lalunya setelah itu Nagato mempercayakan kepada Naruto untuk membawa Perdamaian yang sesungguhnya setelah itu Nagato menggunakan Gedou Rinne Tensei No Jutsu untuk membangkitkan Orang- Orang Desa yang dibunuhnya, tetapi dari efek jurus tersebut membuat
Nagato harus merelakan nyawanya sendri, Kemudian setelah itu naruto kembali ke desa sambil digendong sama Kakashi tidak disangka naruto mendapat sambutan dari orang desa dan di episode inilah naruto mulai diakui oleh orang desa dan menjadi Pahlawan Desa Konoha.
Pain telah dikalahkan, desa Konohagakure sudah aman kembali, tetapi Tsunade sang Hokage sedang dalam keadaan koma setelah mempertahankan desanya dari serangan Pain. Danzo Shimura pun tidak tinggal diam, dia mencari celah untuk menjadi Hokage, dia memaksakan dirinya untuk menjadi Hokage dengan alasan komanya Tsunade, dengan begitu, Danzo Shimura telah diangkat menjadi Hokage
ke-6. Mengetahui itu, Naruto merasa tidak setuju, terlebih lagi Danzo telah menetapkan Sasuke Uchiha sebagai pengkhianat bagi desa. Naruto dan Sakura bertanya kepada Sai tentang Danzo, ingin mengetahui bagaimana caranya dia bisa mengubah pikirannya, tetapi Sai tidak bisa membantu mereka. Perbincangan mereka menarik perhatian dua Kumo-nin, Karui dan Omoi. Mereka memberitahu Naruto