Operasi Seroja
Pada bulan Maret 1976, pemimpin UDT Lopes da Cruz melaporkan bahwa 60000 orang Timor telah tewas selama invasi. Sebuah delegasi pekerja bantuan Indonesia setuju dengan statistik ini. Dalam sebuah wawancara pada tanggal 5 April 1977 dengan "Sydney Morning Herald", Menteri Luar Negeri Indonesia Adam Malik mengatakan jumlah korban tewas adalah "50000 orang atau mungkin 80000". Seorang tokoh menyebut korban sebanyak 100000 yang dikutip
oleh McDonald (1980) dan oleh Taylor. Amnesty International memperkirakan bahwa sepertiga penduduk Timor Timur, atau 200000 total, meninggal karena aksi militer, kelaparan dan penyakit dari tahun 1975 sampai 1999. Pada tahun 1979 "US Agency for International Development" memperkirakan bahwa 300000 orang Timor Timur telah pindah ke kamp-kamp yang dikuasai oleh angkatan bersenjata Indonesia. Komisi PBB untuk Penerimaan, Kebenaran
dan Rekonsiliasi di Timor Timur memperkirakan jumlah kematian selama pendudukan juga kelaparan dan kekerasan menjadi sekitar 90800 sampai 202600 termasuk antara 17.600 sampai 19.600 mengalami kematian kekerasan atau penghilangan, dari populasi penduduk sekitar 823386 pada tahun 1999. Komisi kebenaran diselengarakan untuk pasukan Indonesia yang bertanggung jawab atas sekitar 70% pembunuhan dan kekerasan yang sudah dilakukan.
Sejalan dengan aksi militer, Indonesia juga menjalankan pemerintahan sipil. Timor Timur diberi status sama dengan provinsi lain, dengan struktur pemerintahan yang identik. Provinsi ini dibagi menjadi kabupaten, kecamatan, dan desa-desa di sepanjang struktur seperti desa di Jawa. Dengan memberikan posisi pemimpin suku adat tradisional dalam struktur baru ini, Indonesia berusaha untuk mengasimilasi Timor melalui patronase.
Meskipun status provinsi yang sama diberikan, dalam praktik Timor Timur secara efektif diatur oleh militer Indonesia. Pemerintahan baru membangun infrastruktur baru dan tingkat produktivitas dibesarkan untuk usaha pertanian komersial. Produktivitas dalam hal kopi dan cengkeh naik menjadi dua kali lipat, meskipun petani Timor Timur dipaksa untuk menjual kopi mereka dengan harga rendah untuk koperasi desa.
Pemerintahan Sementara Timor Timur didirikan pada pertengahan Desember 1975, yang terdiri dari pemimpin APODETI dan UDT. Upaya oleh Perwakilan Khusus Sekretaris Jenderal PBB, Vittorio Winspeare Guicciardi untuk mengunjungi daerah-daerah Fretilin- yang diadakan dari Darwin, Australia terhalang oleh militer Indonesia, yang memblokade Timor Leste. Pada tanggal 31 Mei 1976, sebuah 'Majelis Rakyat' di Dili, dipilih
oleh intelijen Indonesia, secara bulat mendukung 'Tindakan Integrasi', dan pada tanggal 17 Juli, Timor Timur resmi menjadi provinsi ke-27 Republik Indonesia. Pendudukan Timor Timur tetap menjadi isu publik di banyak negara, khususnya Portugal, dan PBB tidak pernah mengakui baik rezim yang didirikan oleh Indonesia atau aneksasi berikutnya.
Pemerintah Indonesia menampilkan pencaplokannya atas Timor Timur sebagai masalah persatuan antikolonial. Sebuah buku tahun 1977 dari Departemen Luar Negeri Indonesia, berjudul Dekolonisasi di Timor Timur, membayar upeti kepada "hak suci untuk menentukan nasib sendiri" dan diakui APODETI sebagai wakil sejati dari mayoritas Timor Timur. Ini menyatakan bahwa popularitas yang didapat FRETILIN adalah
hasil dari "kebijakan ancaman, pemerasan dan teror" Kemudian, Menteri Luar Negeri Indonesia Ali Alatas menegaskan posisi ini pada tahun 2006 dalam memoarnya "The Pebble in the Shoe: The Diplomatic Struggle for East Timor". Divisi pulau-pulau asli dari timur ke barat, Indonesia berpendapat setelah invasi, adalah "hasil dari penindasan kolonial" ditegakkan oleh kekuasaan kekaisaran Portugis dan Belanda.
Jadi, menurut pemerintah Indonesia, pencaplokannya atas provinsi ke-27 itu hanya sebuah langkah lain dalam penyatuan Nusantara yang telah dimulai pada tahun 1940-an.
Ada sedikit perlawanan dari masyarakat internasional atas perilaku invasi oleh Indonesia, yang dilakukan pada puncak Perang Dingin selama pemerintahan Orde Baru secara resmi bersikap netral terhadap perilaku Indonesia yang ditampilkan oleh negara-negara Barat sebagai kunci untuk kepentingan mereka di Asia Tenggara.
Setahun sebelumnya, pada bulan Desember 1974, Menteri Luar Negeri Amerika Serikat Henry Kissinger telah diminta oleh perwakilan pemerintah Indonesia mengenai apakah AS akan menyetujui invasi. Pada bulan Maret 1975, Duta Besar AS untuk Indonesia David Newsom, merekomendasikan "kebijakan keheningan" tentang masalah ini dan didukung oleh Kissinger. Pada 8 Oktober 1975, anggota Dewan Keamanan Nasional Amerika Serikat, Philip Habib, mengatakan
peserta rapat bahwa "Sepertinya orang Indonesia telah memulai serangan terhadap Timor". Tanggapan Kissinger Habib adalah, "Aku menduga anda benar-benar akan tutup mulut tentang hal ini".
Pada hari sebelum invasi, Presiden AS Gerald R. Ford dan Kissinger bertemu dengan Presiden Indonesia Soeharto. Amerika Serikat telah mengalami kemunduran setelah menghancurkan Vietnam, menyisakan Indonesia sebagai sekutu paling penting di wilayah tersebut. Kepentingan nasional AS "harus berada di sisi Indonesia," Ford menyimpulkan. Menurut dokumen yang dideklasifikasi dan dirilis oleh Arsip Keamanan Nasional (NSA) pada bulan Desember 2001, mereka memberi lampu hijau
untuk invasi. Menanggapi Suharto yang mengatakan, "Kami ingin pemahaman anda jika dianggap perlu untuk mengambil tindakan yang cepat atau drastis [di Timor Timur]," jawab Ford, "Kami akan memahami dan tidak mempermasalahkan hal tersebut. Kami memahami masalah dan niat yang anda miliki". Kissinger setuju, meskipun ia memiliki kekhawatiran bahwa penggunaan senjata
buatan AS di invasi akan terkena pengawasan publik, berbicara tentang keinginan mereka untuk "mempengaruhi reaksi di Amerika" sehingga "akan ada sedikit kesempatan orang-orang berbicara dalam cara yang tidak sah". AS juga berharap invasi akan relatif cepat dan tidak berlarut-larut hingga melibatkan perlawanan. "Adalah penting bahwa apa pun yang anda lakukan berhasil dengan cepat", kata Kissinger ke Soeharto.
AS juga memainkan peran penting dalam memasok senjata ke Indonesia. Seminggu setelah invasi Timor Timur, Dewan Keamanan Nasional menyiapkan analisis rinci dari unit militer Indonesia yang terlibat dan peralatan AS yang mereka gunakan. Hasil analisis menunjukkan bahwa hampir semua peralatan militer yang digunakan dalam invasi disediakan AS: AS- menyediakan pendamping dalam perusakan Timor Timur saat serangan berlangsung; Marinir Indonesia
turun dari kapal pendarat yang disediakan AS; AS-menyediakan C-47 dan pesawat C-130 untuk pasukan terjun payung Indonesia dan memberondong Dili dengan senapan mesin kaliber 50; sedangkan brigade Airborne 17 dan 18 yang memimpin serangan terhadap ibukota Timor yang "benar-benar didukung US MAP", dan pelompat master mereka dilatih oleh AS. Sementara pemerintah AS mengklaim telah menangguhkan bantuan militer dari Desember 1975 sampai
Juni 1976, bantuan militer sebenarnya atas apa yang Departemen Luar Negeri AS usulkan dan persetujuan Kongres AS yang terus meningkat, hampir dua kali lipat. AS juga membuat empat penawaran senjata baru, termasuk persediaan dan komponen untuk 16 OV-10 Bronco, yang menurut Profesor Cornell University Benedict Anderson, yang "dirancang khusus untuk tindakan kontra-pemberontakan terhadap musuh tanpa senjata dan
pesawat yang efektif dan sepenuhnya berguna untuk membela Indonesia melawan musuh asing". Kebijakan ini berlanjut di bawah pemerintahan Carter. Secara total, Amerika Serikat menghabiskan lebih dari $ 250000000 bantuan militer ke Indonesia antara tahun 1975 dan 1979.