Pemberontakan Shimabara
Pada April 1638, lebih dari 27000 pemberontak harus menghadapi sekitar 125000 prajurit keshogunan. Para pemberontak yang sudah putus asa melakukan serangan habis-habisan pada tanggal 4 April sehingga pasukan keshogunan harus mundur. Para pemberontak yang tertangkap dan pengkhianat dari pihak pemberontak yang diberitakan bernama Yamada Uemonsaku, mengaku para pemberontak di kastil sudah kehabisan makanan dan mesiu.
Pada 12 April 1638, pasukan di bawah komando Kuroda Tadayuki dari klan Kuroda dari Domain Hizen melakukan serbuan untuk merebut pertahanan luar pemberontak. Pemberontak tetap bertahan di dalam kastil, dan menyebabkan korban besar di pihak penyerbu hingga harus ditarik mundur pada tanggal 15 April.
Pemberontakan Shimabara adalah operasi militer skala besar pertama setelah Pengepungan Osaka 1614-1615. Pihak keshogunan harus menggalang kekuatan pasukan gabungan dari pasukan milik beberapa domain sekaligus. Panglima pasukan gabungan, Itakura Shigemasa secara langsung membawahi 800 prajurit. Ketika ditunjuk sebagai penggantinya, Matsudaira Nobutsuna membawahi 1500 prajurit. Wakil panglima Toda Ujikane membawa
2500 prajurit. Di antara pasukan keshogunan juga terdapat 2500 samurai dari Domain Shimabara. Sebagian besar tentara keshogunan berasal dari kekuatan militer domain-domain yang bertetangga dengan Domain Shimabara. Pasukan terbesar berasal dari Domain Saga yang mengirimkan lebih dari 35000 prajurit di bawah komando Nabeshima Katsushige. Domain Kumamoto dan Domain Fukuoka merupakan pengirim pasukan terbesar nomor dua,
masing-masing 23500 prajurit di bawah pimpinan Hosokawa Tadatoshi dan 18000 prajurit di bawah pimpinan Kuroda Tadayuki. Dari Domain Kurume didatangkan 8300 prajurit di bawah pimpinan Arima Toyouji. Dari Domain Yanagawa didatangan 5500 prajurit di bawah pimpinan Tachibana Muneshige. Terazawa Katataka membawa 7570 prajurit dari Domain Karatsu, sementara Arima Naozumi membawa 3300 prajurit dari Domain Nobeoka. Ogasawara Tadazane dan
pengikut paling seniornya, Takada Matabei dari dari Domain Kokura mengerahkan 6000 prajurit. Dari Domain Nakatsu, Ogasawara Nagatsugu mengerahkan 2500 prajurit; dari Bungo-Takada sejumlah 1500 prajurit di bawah pimpinan Matsudaira Shigenao, dan dari Domain Kagoshima, pengikut senior klan Shimazu, Yamada Arinaga mengerahkan 1000 prajurit. Satu-satunya pasukan dari luar Kyushu (selain pasukan di bawah komando langsung
panglima) adalah pasukan dari Domain Fukuyama yang berjumlah 5600 prajurit di bawah pimpinan Mizuno Katsunari, Katsutoshi, dan Katsusada. Ada pula sejumlah kecil pasukan dari berbagai daerah lain, dan jumlahnya sekitar 800 prajurit. Pasukan keshogunan secara total beranggotakan lebih dari 125800 prajurit. Di lain pihak, kekuatan pasukan pemberontak tidak diketahui secara jelas.
Petempur di pihak pemberontak diperkirakan berjumlah di atas 14000 orang, sementara warga sipil yang berlindung di dalam kastil selama pengepungan diperkirakan di atas 13000 orang. Total kekuatan pemberontak diperkirakan antara 27 ribu hingga 37 ribu, jauh lebih sedikit dibandingkan kekuatan militer yang dikerahkan keshogunan.
Setelah pemberontakan ditumpas, pemerintah keshogunan melakukan pembalasan dengan melakukan pemancungan massal 37000 orang pemberontak dan simpatisannya. Potongan kepala Amakusa Shir dibawa ke Nagasaki dan dipertontonkan di muka umum. Kastil Hara dibakar habis bersama mayat para pemberontak yang berada di dalamnya.
Keshogunan mencurigai pihak-pihak penyebar agama Katolik dari Barat terlibat dalam pemberontakan, dan pedagang Portugis diusir dari Jepang. Kebijakan negara tertutup diperkeras pada tahun 1639. Pelarangan agama Kristen dijalankan dengan tegas. Penganut Kristen dianiaya dan diburu. Mereka yang selamat hanya bisa mempraktikkan keyakinannya secara sembunyi-sembunyi sebagai Kakure Kurishitan.
Sebagai ucapan terima kasih kepada klan-klan yang telah membantu mengirimkan pasukan, pemerintah keshogunan membebaskan mereka dari sumbangan biaya pembangunan yang sebelumnya dipungut dari pemerintah di daerah. Matsukura Katsuie dipersalahkan karena tindakannya yang sewenang-wenang sehingga memicu pemberontakan itu. Ia diminta melakukan seppuku dan wilayahnya
dialihkan pada Koriki Tadafusa. Klan Terazawa luput dari hukuman dan tetap berkuasa, namun berakhir belasan tahun kemudian karena Katataka tidak memiliki pewaris.
Seusai pemberontakan, kerusakan besar terjadi di Shimabara, dan penduduk di kota-kota berkurang secara drastis. Pemerintah memindahkan penduduk dari daerah lain di Jepang untuk dipekerjakan sebagai petani penggarap sawah dan ladang yang telantar. Semua penduduk diwajibkan mendaftarkan diri di kuil-kuil setempat, dan para biksu diharuskan memastikan agama mereka. Setelah terjadinya
Pemberontakan Shimabara, agama Buddha disebarluaskan secara gencar. Hingga kini, beberapa tradisi unik tetap bertahan di daerah ini. Kota-kota di Semenanjung Shimabara juga memiliki penduduk yang berbicara dalam berbagai dialek yang dibawa para leluhur mereka yang didatangkan dari daerah-daerah lain di Jepang.
Selain pemberontakan petani yang sekali-kali berlangsung dalam skala kecil, Pemberontakan Shimabara adalah konflik bersenjata skala besar yang terakhir di Jepang hingga tahun 1860-an.
Adegan pembukaan dalam film "Samurai Resurrection" (, "Makai Tensh", 2003) memperlihatkan saat-saat terakhir kejatuhan Kastil Hara dan pasukan pemerintah membantai orang-orang di dalam kastil.