James Charles Stuart
Lennox adalah seorang penganut Protestan, tetapi dia tidak dipercaya oleh Calvinis Skotlandia yang memperhatikan tampilan fisik kasih sayang antara dia dan raja dan menuduh bahwa Lennox "pergi untuk menarik Raja ke nafsu duniawi". Pada bulan Agustus 1582, dalam apa yang dikenal sebagai Serangan Ruthven, earl Protestan Gowrie dan Angus memikat James ke Puri Ruthven,
memenjarakannya, dan memaksa Lennox meninggalkan Skotlandia. Selama penjara James (19 September 1582), John Craig, yang raja pribadi telah menunjuk Royal Chaplain pada tahun 1579, menghardiknya begitu tajam dari mimbar karena telah mengeluarkan pernyataan yang begitu menyinggung para rohaniwan "bahwa raja menangis".
Setelah James dibebaskan pada bulan Juni 1583, ia mengambil alih kendali atas kerajaannya. Dia mendorong melalui Aksi Hitam untuk menegaskan otoritas kerajaan atas Kirk, dan mencela tulisan-tulisan mantan tutornya, Buchanan. Antara tahun 1584 dan 1603, ia mendirikan pemerintahan kerajaan yang efektif dan kedamaian relatif di antara para bangsawan, dengan kemampuan dibantu oleh John
Maitland dari Thirlestane yang memimpin pemerintah sampai tahun 1592. Sebuah komisi delapan orang yang dikenal sebagai Oktavianus mengendalikan situasi keuangan James yang menghancurkan pada tahun 1596, tetapi itu menarik oposisi dari kepentingan pribadi. Itu dibubarkan dalam waktu satu tahun setelah kerusuhan di Edinburgh, yang dipicu oleh anti-Katolik dan memimpin istana untuk mundur ke Linlithgow sementara.
Satu upaya Skotlandia terakhir terhadap raja terjadi pada bulan Agustus 1600, ketika James rupanya diserang oleh Alexander Ruthven, adik laki-laki Earl Gowrie, di Wangsa Gowrie, kedudukan Ruthven. Ruthven dijalankan oleh orang-orang James John Ramsay, Earl pertama Holderness dan Earl Gowrie terbunuh dalam keributan berikutnya; ada beberapa saksi yang masih hidup. Mengingat sejarah James dengan Ruthven dan
fakta bahwa ia berutang banyak uang kepada mereka, laporannya tentang keadaan itu tidak diyakini secara universal.
Pada tahun 1586, James menandatangani Traktat Berwick dengan Inggris. Itu dan eksekusi ibundanya pada tahun 1587, yang ia kecam sebagai "prosedur yang tidak masuk akal dan aneh", membantu membersihkan jalan bagi suksesinya di perbatasan selatan. Ratu Elizabeth tidak menikah dan tidak memiliki keturunan, dan James adalah kemungkinan penerus terbesarnya. Mengamankan
suksesi Inggris menjadi landasan kebijakannya. Selama krisis Armada Spanyol pada tahun 1588, ia meyakinkan Elizabeth tentang dukungannya sebagai "putra dan rekan senegara anda yang asli".
Sepanjang masa mudanya, James dipuji karena kesuciannya, karena dia menunjukkan sedikit minat pada wanita. Setelah kehilangan Lennox, ia terus memilih ditemani laki-laki. Namun, pernikahan yang sesuai diperlukan untuk memperkuat monarki, dan pilihan jatuh pada Anna dari Denmark, putri muda Frederik II yang Protestan. Tak lama setelah pernikahan proksi di Kopenhagen pada bulan Agustus 1589, Anne
berlayar ke Skotlandia tetapi dipaksa oleh badai ke pantai Norwegia. Mendengar bahwa penyeberangan telah ditinggalkan, James berlayar dari Leith dengan 300 pengiring yang kuat untuk menjemput Anna secara pribadi dalam apa yang oleh sejarahwan David Harris Willson disebut sebagai "satu episode romantis dalam hidupnya". Pasangan itu menikah secara resmi di Oslo Bispeborg pada tanggal 23 November dan kembali ke
Skotlandia pada tanggal 1 Mei 1590, setelah tinggal di Helsingr dan Kopenhagen dan pertemuan dengan Tycho Brahe. Secara keseluruhan, James pada awalnya tergila-gila dengan Anna dan, pada tahun-tahun awal pernikahan mereka, tampaknya selalu menunjukkan kesabaran dan kasih sayangnya. Pasangan kerajaan itu menghasilkan tiga orang anak yang selamat hingga dewasa: Henry Frederick, yang
meninggal karena demam tifoid tahun 1612, pada usia 18 tahun; Elizabeth, kemudian ratu Bohemia; dan Charles, pewarisnya. Anna meninggal sebelum suaminya pada bulan Maret 1619.
Kunjungan James ke Denmark, sebuah negara yang akrab dengan perburuan penyihir, memicu minat dalam mempelajari sihir, yang dianggapnya sebagai cabang teologi. Dia menghadiri persidangan penyihir Berwick Utara, penganiayaan besar pertama di Skotlandia di bawah Undang-undang Sihir Skotlandia 1563. Beberapa orang dihukum karena menggunakan sihir untuk mengirim badai melawan kapal James, terutama Agnes Sampson.
James menjadi terobsesi dengan ancaman yang diajukan oleh para penyihir dan menulis "Daemonologie" pada tahun 1597, sebuah traktat yang diilhami oleh keterlibatan pribadinya yang menentang praktik sihir dan yang menyediakan materi latar belakang untuk "Tragedi Macbeth, Shakespeare". James secara pribadi mengawasi penyiksaan terhadap wanita yang dituduh sebagai penyihir. Setelah tahun
1599, pandangannya menjadi lebih skeptis. Dalam surat yang kemudian ditulis di Inggris kepada putranya Henry, James memberi selamat kepada pangeran atas "penemuan yon kecil palsu. Aku berdoa agar Tuhan kamu menjadi pewarisku dalam penemuan-penemuan semacam itu... kebanyakan mukjizat sekarang membuktikannya tetapi ilusi-ilusi, dan kamu dapat melihat dengan cara ini bagaimana hakim yang waspada harus memercayai tuduhan ".
Pembubaran paksa dari Lordship of the Isles oleh James IV pada tahun 1493 telah menyebabkan masa sulit bagi pesisir barat. Dia telah menaklukkan kekuatan militer yang yang terorganisir dari Hebrides, tetapi dia dan para penerusnya tidak memiliki kemauan atau kemampuan untuk memberikan bentuk pemerintahan alternatif. Akibatnya, abad ke-16 menjadi dikenal sebagai "linn nan creach",
saat penggerebekan. Lebih jauh lagi, efek reformasi lambat untuk mempengaruhi "Gàidhealtachd", menggerakkan irama agama antara daerah ini dan pusat-pusat kendali politik di Sabuk Tengah.
Pada tahun 1540, James V melakukan tour ke Hebrides, memaksa kepala-kepala suku untuk menemaninya. Setelah itu ada periode damai, tetapi klan segera berselisih satu sama lain lagi. Selama pemerintahan James VI, warga Hebrides digambarkan sebagai orang barbar yang tidak patuh hukum daripada menjadi tempat kelahiran Kekristenan dan kebangsaan Skotlandia. Dokumen
resmi menggambarkan orang-orang Dataran Tinggi sebagai "hampa pengetahuan dan takut Allah" yang rentan terhadap "semua kekejaman barbar dan kekejaman terbaik". bahasa Gaelik, yang diucapkan dengan lancar oleh James IV dan mungkin oleh James V, dikenal pada masa James VI sebagai "Erse" atau Irlandia, menyiratkan bahwa itu asing di alam. Parlemen Skotlandia memutuskan bahwa Gaelik telah menjadi penyebab utama dari kekurangan Highlanders dan berusaha untuk menghapusnya.
Itu bertentangan dengan latar belakang ini bahwa James VI mengesahkan "Gentleman Adventurers of Fife" untuk membudayakan "Pulau Barbar yang terbarbar" pada tahun 1598. James menulis bahwa kolonis harus bertindak "tidak berdasarkan kesepakatan" dengan penduduk setempat, tetapi "oleh pemusnahan thame". Pendaratan mereka di Stornoway dimulai dengan baik, tetapi para kolonis diusir oleh
pasukan lokal yang diperintahkan oleh Murdoch dan Neil MacLeod. Para kolonis mencoba lagi pada tahun 1605 dengan hasil yang sama, meskipun upaya ketiga pada tahun 1607 lebih berhasil. Statutes of Iona diberlakukan pada tahun 1609, yang mengharuskan kepala suku untuk: mengirim ahli waris mereka ke Dataran rendah Skotlandia untuk dididik di sekolah-sekolah Protestan berbahasa
Inggris; memberikan dukungan untuk para pendeta Protestan ke paroki-paroki Dataran Tinggi; penjahat-penjahat terlarang; dan secara teratur melapor ke Edinburgh untuk menjawab tindakan mereka. Jadi mulailah sebuah proses "secara khusus ditujukan untuk pemusnahan bahasa Gaelik, penghancuran budaya tradisionalnya dan penindasan pengusungnya."
Di Kepulauan Utara, sepupu James Patrick Stewart, Earl Orkney, menolak Statutes of Iona dan akibatnya dipenjara. Putra kandungnya, Robert, memimpin pemberontakan yang gagal melawan James, dan Earl dan putranya digantung. Wilayah-wilayah mereka dihilangkan, kepulauan Orkney dan Shetland dianeksasi ke Mahkota.