Filioque
klausa "Filioque" itu dianggap tidak sesat dan bukan suatu hambatan menuju pemulihan persekutuan penuh. Kaisar sungguh-sungguh berharap mendapatkan bala bantuan dari pihak Barat guna menghadapi ancaman Ottoman sehingga menekan beberapa uskup Timur untuk menandatangani dekret persatuan antara Timur dan Barat, "Laetentur Coeli" pada tahun 1439.
Dengan demikian dalam waktu singkat, secara resmi dan di hadapan publik, Gereja Katolik Romawi dan Gereja Ortodoks Timur telah bersatu kembali. Konsili Florence membantu menetapkan sebuah prinsip fundamental: Gereja haruslah satu dalam keyakinan-keyakinan esensialnya, namun boleh berbeda dalam budaya, adat-kebiasaan, dan ritusnya. Permasalahan klausa "Filioque" pada masa itu dipandang tidaklah merusak keseragaman iman tersebut.
Sekalipun demikian, tak lama kemudian rekonsiliasi yang dicapai di Florence itu hancur. Salah seorang di antara para uskup Ortodoks peserta konsili itu, Markus dari Efesus, menolak menandatangani dekret tersebut dengan alasan bahwa Roma sesat sekaligus skismatik karena menerima klausa "Filioque" serta klaim yurisdiksi universal dari Sri Paus atas Gereja. Banyak umat dan uskup Ortodoks lainnya
menolak persatuan itu. Bagi banyak pihak di Barat, kesepakatan Florence dipandang sebagai suatu tindak pemaksaan teologi skolastik, serta sebagai suatu upaya habis-habisan untuk meminta pertolongan.
Bala tentara Barat yang dijanjikan itu terlambat tiba untuk dapat mencegah jatuhnya Konstantinopel ke tangan Bangsa Turki pada tahun 1453. Sejak saat itu, Bangsa Turki berusaha memperlebar perpisahan dari Barat, yang dipandang sebagai ancaman terhadap dominasi militer dan politik Islami. Patriark Konstantinopel kini tunduk di bawah kehendak penguasa Muslim; Gereja Timur tak lagi merdeka. Sekalipun
kontroversi "Filioque" telah resmi terselesaikan baik bagi pihak Ortodoks maupun Katolik Romawi, resolusi di Florence tidak sepenuhnya diterima atau pun bertahan lama.
Klausa Filioque menjadi bagian integral dari sebagian teologi Barat mengenai Trinitas karena ajaran-ajaran para Bapa Gereja Barat seperti St. Augustinus dari Hippo, Anselmus dari Canterbury dan Thomas Aquinas berisi pernyataan-pernyataan bahwa Roh Kudus keluar dari Sang Bapa dan Sang Putera. Para Bapa Gereja Timur, seperti St. Yohanes dari Damaskus dan Gregorius Palamas, melestarikan tradisi Kredo asli yang
dikeluarkan di Konstantinopel pada tahun 381 dan oleh karena itu Filioque terasa asing bagi teologi Gereja Timur. Para teolog di Timur seperti Patriark Photius berkeberatan atas ajaran yang diekspresikan Filioque, karena bertentangan dengan doktrin yang berterima dan alkitabiah. Mereka berpendapat bahwa karena Roh Kudus keluar dari Sang Bapa dan Sang Putera maka terdapat dua sumber
keilahian, padahal di dalam Allah Yang maha Esa itu hanya boleh terdapat satu sumber keilahian atau ketuhanan saja.
Para teolog Barat menjawab keberatan ini dengan mengatakan bahwa Roh Kudus keluar dari Sang Bapa dan Sang Putera "selayaknya dari satu sumber." Akan tetapi pihak Timur sekali lagi berkeberatan dengan alasan formulasi ini akan menggabungkan dan membaurkan pribadi Sang Bapa dan pribadi Sang Putera. Mereka juga berpendapat bahwa jika Sang Bapa dan Sang Putera sama-sama merupakan sumber
keilahian dan hanya Roh Kudus yang tidak demikian, artinya status Roh Kudus menjadi relatif lebih rendah daripada Sang Bapa dan Sang Putera. Meskipun demikian, guna membela tradisi Barat, Thomas Aquinas berpendapat bahwa Roh Kudus adalah baik Roh dari Sang Bapa maupun Roh dari Sang Putera, dan bahwa Sang Bapa dan Sang Putera sudah termasuk dalam eksistensi Roh Kudus, sehingga menjadikan klausa
Filioque sebagai suatu kebutuhan teologis. Dia menemukan perbedaan pribadi mereka dalam hubungan oposisi mereka (Sang Bapa secara aktif menggenerasi Sang Putera dan menspirasi Roh Kudus, Sang Putera secara pasif digenerasi dari Sang Bapa dan secara aktif menspirasi Roh Kudus, Roh Kudus secara pasif dispirasi dari Sang Bapa dan dari Sang Putera sehingga dengan demikian menghubungkan ketiga pribadi tersebut dalam hubungan oposisi, yang
membedakan mereka satu sama lain) dan dia menemukan kesetaraan-penuh mereka dalam hakikat ilahiah mereka yang sama. Karena Aquinas memandang kuasa untuk men-"spirasi" (atau menghembuskan) Roh Kudus sebagai sesuatu yang berasal dari hakikat ilahi maka ia menganggap bahwa kemampuan itu tentunya dimiliki bersama oleh Sang Bapa dan sang Putera.
Meskipun demikian, para teolog Timur berpendapat bahwa jika esensi ilahi itu sendiri merupakan sumber keilahian di dalam Allah, maka akan timbul masalah baru: orang akan beranggapan bahwa Roh Kudus keluar dari diriNya sendiri, karena Roh Kudus tentunya tidaklah terpisah dari esensi ilahi tersebut. Namun para teolog skolastik Barat seperti Anselmus dari Canterbury
dalam karyanya "Monologion," menggunakan Kitab Suci dan akal budi untuk menanggapi pokok bahasan tersebut serta menunjukkan bahwa memang terdapat suatu urutan prosesi dalam Keallahan yang mengatur prosesi Roh Kudus dari diriNya sendiri.
Sekalipun ada argumen-argumen para Bapa Barat tersebut, klausa Filioque dan teologi yang terkait dengannya di Barat, tetaplah tidak dapat diterima di Gereja Timur. Hal ini terjadi karena para teolog utama Gereja Timur memahami perbedaan-perbedaan antar pribadi Trinitas itu sedemikian rupa sehingga mengharuskan prosesi Roh Kudus itu hanya dari Sang Bapa semata. Yohanes dari
Damaskus, dalam karyanya "Eksposisi yang Tepat dari Iman Ortodoks" berpendapat bahwa perbedaan antara Sang Putera dan Roh Kudus terdapat dalam kekhasan cara mereka berasal usul dari Sang Bapa, yang merupakan satu-satunya penyebab yang tak berasal usul bagi kedua Pribadi Ilahi lainnya. Dia menerangkan bahwa Sang Putera secara unik "lahir" dari Sang Bapa
sedangkan Roh Kudus itu "keluar" dari Sang Bapa, serta bahwa perbedaan antara kedua cara berasal usul tersebut tidak dapat difahami oleh manusia.
Para teolog Barat seperti Anselmus dari Canterbury dan Thomas Aquinas mengkritik pihak Timur karena tidak cukup menjelaskan hubungan dan urutan kekal antara Sang Putera dan Roh Kudus. Aquinas berpendapat bahwa jika benar bahwa Roh Kudus itu secara kekal "keluar dari" Sang Putera maka sampai tingkat tertentu Roh Kudus itu mesti pula secara kekal "berasal dari" Sang Putera, sebagainya yang dinyatakan
oleh klausa Filioque. Akan tetapi hubungan antara Sang Putera dan Roh Kudus dijelaskan oleh para Bapa Timur dengan cara yang tidak perlu melibatkan Filioque. Yohanes dari Damaskus menyatakan bahwa digenerasinya Sang Putera dan diprosesinya Roh Kudus itu terjadi bersamaan, dan bahwa Roh Kudus secara kekal keluar dari Sang Bapa dan hinggap pada Sang Putera.. Teolog modern dari Gereja
Ortodoks Timur, Dumitru Stăniloae melihat adanya sebuah jawaban yang lebih lengkap mengenai hubungan antara Sang Putera dan Roh Kudus ini dalam teologi dari Gregorius Palamas, karena dia mendapati dalam teologi Palamas terdapat gagasan bahwa Roh Kudus keluar dari Sang Bapa dan hinggap pada Sang Putera lalu kembali dari Sang Putera dalam wujud kasihnya akan Sang Bapa..
Hingga hari ini Gereja Ortodoks menggunakan Kredo Nicea-Konstantinopel tahun 381 tanpa "Filioque". Gereja-Gereja Timur berulang kali telah menolak frasa tersebut karena menganggapnya sebagai sebuah interpolasi yang tidak sah, suatu contoh dari apa yang mereka anggap sebagai kesewenang-wenangan pihak barat.
Baik Patriark Photius pada tahun 862 maupun Patriark Kerularius pada tahun 1054 menuduh pihak Barat sebagai bidaah karena mengintroduksi "Filioque" dalam Kredo. Pada umumnya, kecuali selama jeda rekonsiliatif pada tahun 1274 dan 1439, yakni di saat Konsili Lyons II dan Konsili Florence, banyak umat Ortodoks telah mengulangi tuduhan bidaah mereka sampai sekarang. Di lain pihak,