Bayezid II
Para pengungsi Spanyol yang terdiri dari umat Yahudi dan Muslim ini diterima oleh pihak Utsmani. Di antara mereka adalah seorang Yahudi bernama Moses Hamon yang menjadi tabib terkenal di istana Utsmani. Bayezid mengeluarkan maklumat di seluruh kekaisaran bahwa kedatangan para pengungsi diterima dan mereka dijadikan warga negara Utsmani. Bayezid mengkritik tindakan Raja Aragon Fernando II dan Ratu
Kastila Isabel I yang mengusir dari Spanyol orang-orang yang berbakat dan berguna bagi negara. Di hadapan para pejabatnya, Bayezid berujar, "Kalian berusaha mengatakan kalau Fernando adalah pemimpin yang bijak. Dia memiskinkan negaranya sendiri dan memakmurkan negaraku!"
Pada masa Bayezid, Utsmani kembali berhadapan dengan Republik Venesia untuk memperebutkan kepulauan di Laut Aegea, Ionia, dan Adriatik. Januari 1499, Kemal Reis berlayar dari Konstantinopel dengan kekuatan 10 galai dan 4 kapal jenis lain dan mengambil alih kepemimpinan dari armada Utsmani yang lebih besar pada Juli 1499 untuk mengobarkan perang skala besar dengan Venesia. Armada Utsmani
sendiri terdiri dari 67 galai, 20 galiut (galai yang lebih kecil), dan 200 kapal kecil. Agustus 1499, Kemal Reis berhasil mengalahkan armada Venesia di bawah pimpinan Antonio Grimani pada Pertempuran Zonchio (juga dikenal dengan Pertempuran Sapienza dan Pertempuran Lepanto pertama). Itu adalah pertempuran laut pertama yang menggunakan meriam dalam kapal. Perang ini terjadi dalam empat hari
terpisah, yakni tanggal 12, 20, 22, dan 25 Agustus 1499. Setelah mencapai Laut Ionia, Kemal Reis memukul mundur pasukan Venesia yang terdiri dari 47 galai, 17 galiut, dan 100 kapal kecil pimpinan Antonio Grimani. Antonio ditahan pada 29 September tetapi kemudian dibebaskan. 10 galai Venesia hasil rampasan perang diberikan kepada Kemal Reis.
Desember 1499, pihak Venesia menyerang Lepanto yang berada di pesisir utara Teluk Korintus dengan harapan dapat mengambil kembali wilayah mereka di kawasan Laut Ionia. Kemal Reis berlayar dari Kefalonia dan mengambil alih kembali Lepanto. Dia berdiam di Lepanto pada bulan April hingga Mei 1500 dan kapal-kapalnya diperbaiki 15000 perajin Utsmani dari daerah tersebut. Dari sini, Kemal Reis berlayar dan menyerang pelabuhan
Venesia di Kerkyra (Korfu) dan kembali mengalahkan Venesia. Kemal Reis juga menyerang benteng Modon (Methoni) dari laut dan menduduki kota tersebut. Pasukan Utsmani dengan cepat mengambil alih wilayah kekuasaan Venesia di Yunani, termasuk Modon dan Koroni yang keduanya terletak di Peloponnesa barat daya. Doge (pemimpin/adipati) Venesia saat itu, Agostino Barbarigo, meminta
bantuan Paus, juga Raja Fernando dan Ratu Isabel. Pada 24 Desember, pasukan gabungan Spanyol-Venesia di bawah kepemimpinan Gonzalo Fernández de Córdoba menduduki Kefalonia, menahan laju serangan Utsmani ke wilayah timur Venesia untuk sementara.
Serangan Utsmani ke Dalmasia memaksa Venesia untuk mengadakan perjanjian dengan Raja Hongaria Vladislaus II dan Paus Aleksander VI untuk membayar 140000 dukat setiap tahun kepada Kerajaan Hongaria demi mendapat bantuan perlindungan di kawasan Kroasia selatan, termasuk mempertahankan Dalmasia. Perjanjian ditandatangani pada 13 Mei 1501 setelah perundingan alot. Pada 1501, pasukan Utsmani di bawah Firuz Bey menduduki Durrs yang berada di kawasan Venesia Albania.
Pihak Utsmani dan Venesia sepakat melakukan gencatan senjata pada akhir 1502. Januari 1503, Venesia menandatangani perjanjian lain dengan Vladislaus II, yang telah membayar 124000 dukat sesuai perjanjian terdahulu, untuk membayar 30000 dukat per tahun dengan tujuan yang sama.
Pada 1503, pasukan kavaleri Utsmani menyerang wilayah Venesia di Italia utara, memaksa Venesia mengakui pencapaian Utsmani dan mengakhiri perang.
Di masa kekuasaannya, Sultan Bayezid II menetapkan beberapa kebijakan yang bertentangan dengan kebijakan ayah dan pendahulunya, Sultan Mehmed II. Dipengaruhi para ulama dan para pejabat tinggi, Bayezid mengembalikan hak kepemilikan yang diperuntukkan untuk kepentingan agama dan amal yang diambil pada masa Mehmed untuk kepentingan negara. Bayezid juga membatalkan beberapa kebijakan ayahnya yang
pro-Eropa, seperti menghilangkan gambar-gambar karya pelukis Italia dari istana. Dikatakan bahwa Bayezid adalah seorang Muslim yang saleh dan sangat ketat dalam menjalankan perintah Al Qur'an dan syariat Islam. Pada masanya, pendapatan negara diabdikan untuk pembangunan berbagai bangunan umum seperti masjid, sekolah, rumah sakit, dan jembatan. Dia juga menjadi pendukung para
ahli hukum, ilmuwan, dan pujangga, baik di dalam maupun di luar negeri. Menurut duta Venesia, Bayezid menaruh ketertarikan pada ilmu filsafat dan kosmografi. Tak seperti sultan lainnya, Bayezid bekerja keras untuk memastikan kelancaran politik domestik, yang membuatnya mendapatkan julukan "Yang Adil".
Sebagaimana tradisi, Bayezid menugaskan putra-putranya untuk memerintah suatu daerah tertentu, sebagai bekal para "şehzade" (pangeran) bila kelak naik takhta. Ahmed memerintah Amasya, Korkud memerintah Antalya, dan Selim memerintah Trebizond. Tradisi menyatakan bahwa "şehzade" yang tiba lebih dulu di ibukota setelah sultan yang lama
mangkat akan menjadi sultan yang baru, sehingga jauh dekatnya penugasan yang diterima para pangeran sangat berpengaruh. Pangeran yang memiliki wilayah penugasan paling dekat dengan ibukota juga ditafsirkan sebagai pangeran pilihan sultan yang menjadi pewaris takhtanya kelak. Di antara ketiga bersaudara putra Bayezid ini, Ahmed yang memiliki wilayah penugasan paling dekat dengan Konstantinopel.
Meski putra Selim, Suleiman, ditugaskan memerintah wilayah Bolu yang dekat dengan ibukota, dia kemudian dipindah di Kaffa, Krimea, karena penolakan dari ehzade Ahmed. Hal ini kemudian ditafsirkan oleh Selim sebagai bentuk dukungan Bayezid terhadap Ahmed sebagai calon pewaris. Selim kemudian meminta wilayah penugasan di Rumelia, istilah untuk merujuk pada wilayah Utsmani di Eropa.
Meski awalnya menolak dengan alasan bahwa kawasan tersebut tidak diperuntukkan untuk para pangeran, atas dukungan Meli I Giray, Khan Krimea saat itu, Selim ditugaskan Bayezid memerintah di Semendire (termasuk kawasan Serbia). Meski memang masuk kawasan Rumelia, jarak Semendire ke Konstantinopel terbilang jauh sehingga Selim menolak dan justru tetap berdiam di ibukota. Bayezid memandang
penolakan Selim ini sebagai bentuk pemberontakan dan dia mengalahkan pasukan Selim di pertempuran pada Agustus 1511. Selim kemudian mengungsi ke Krimea.
Di sisi lain, Bayezid menyaksikan kebangkitan Dinasti Safawiyah di Iran dan sekitarnya, menggeser kepemimpinan negara Aq Qoyunlu yang semula menjadi penguasa di kawasan tersebut. Pendiri dinasti ini, Ismail I, adalah putra Martha (Halima Begum), putri Uzun Hasan dan Theodora. Uzun Hasan sendiri adalah pemimpin Aq Qoyunlu yang berkuasa pada 1453 sampai 1478,
sedangkan Theodora adalah putri Yohanes (Ioannes) IV Komnenos, Kaisar Trebizond. Pada masa Ismail, Islam Sunni mulai tersingkir dari Persia karena para pemeluknya dipaksa berpindah ke Syi'ah, diusir, atau dihukum mati. Daniel W. Brown menyatakan bahwa Ismail adalah "penguasa Syi'ah paling berhasil dan tidak toleran setelah jatuhnya Fatimiyah." Kebenciannya pada
Sunni dikenal tanpa batas dan siksaannya atas mereka sangat kejam. Bayezid memberikan nasihat secara kebapakan kepada Ismail untuk menghentikan kebijakan anti-Sunni yang dia lakukan, tetapi Ismail mengabaikannya dan melanjutkan penyebaran Syi'ah dengan pedang. Alasan penyebaran Syiah secara paksa oleh Ismail di antaranya untuk memberikan jati diri yang khas bagi
Safawiyah untuk membedakan mereka dengan negara-negara tetangga mereka yang merupakan negara-negara militer Turki-Sunni seperti Utsmani.