Republik Demokratik Afganistan
krisis karena adanya penindasan massal oleh Amin. Menurut Andropov, rencana yang akan diambil adalah membawa tentara yang jumlahnya kecil untuk menginvasi, lalu menggulingkan Amin dan menggantinya dengan Karmal. Uni Soviet berencana untuk menginvasi Afganistan pada 12 Desember 1979, dan memulai Operasi Badai-333 (fase awal intervensi) pada 27 Desember 1979.
Amin tetap percaya kepada Uni Soviet sampai akhir, meskipun hubungannya dengan Uni Soviet memburuk. Saat lembaga intelijen memberitahu Amin bahwa Uni Soviet akan menginvasi negara itu dan menggulingkannya, Amin menganggap laporan itu sebagai produk imperialisme. Beberapa waktu kemudian tentara Soviet mulai memasuki Afganistan (Amin telah diberitahu tentang hal ini). Pada akhirnya, Amin dibunuh oleh tentara Soviet pada 27 Desember 1979.
Karmal memperoleh tampuk kekuasaan setelah pembunuhan Amin. Pada 27 Desember Radio Kabul menyiarkan pidato Karmal yang telah direkam sebelumnya. Ia menyatakan "Sekarang, mesin penyiksa Amin telah dihancurkan serta pembantunya-para eksekutor, pembunuh dan algojo ribuan saudara sebangsa kita-bapak, ibu, adik-kakak, anak laki-laki dan perempuan, dan
orang-orang tua kita...". Pada 1 Januari, Leonid Brezhnev dan Andrei Gromyko mengucapkan selamat atas "pemilihan" Karmal sebagai pemimpin Afganistan, bahkan sebelum pemilihan yang sesungguhnya.
Karmal juga berusaha menarik dukungan publik, ia berjanji akan menghentikan eksekusi oleh pemerintah, mendirikan rezim yang demokratis, pemilu yang jurdil, adanya konstitusi dan legalisasi partai, penghargaan atas hak milik, amnesti bagi para tahanan, serta pemerintahan koalisi non-sosialis. Ia juga mengatakan telah meminta Uni Soviet memberikan sejumlah bantuan.
Meskipun Karmal telah berjanji seperti itu, keberadaan Uni Soviet membuatnya sulit melaksanakan janji itu. Publik rupanya juga tidak percaya terhadapnya, karena ia dahulu juga berjanji "akan melindungi hak pribadi" yang ternyata hanya sebuah kebohongan.
Setelah upaya penyelesaian secara politis mengalami kegagalan, rezim Karmal dan tentara Soviet bertekad menyelesaikan masalah ini secara militer. Perubahan cara penyelesaian masalah ini berlangsung secara bertahap dan dimulai pada Januari 1981. Upaya yang dilakukan seperti peningkatan gaji bagi pegawai militer, memberikan sejumlah penghargaan, dan satu jenderal serta 13 kolonel diberi tanda kehormatan.
Lalu, usia masuk ketentaraan diturunkan, waktu kewajiban dinas militer ditingkatkan, dan usia masuk bagi tentara cadangan ditingkatkan menjadi 35 tahun. Pada Juni 1981, Assadullah Sarwari kehilangan jabatannya di Politbiro PDRA, dan ia digantikan oleh Mohammad Aslam Watanjar, pemimpin tank dan Menteri Komunikasi, Mayor Jenderal Mohammad Rafi, Menteri Pertahanan dan pemimpin KHAD Mohammad Najibullah.
Kebijakan tersebut dilakukan karena semakin menurunnya kualitas tentara; sebelum invasi tentara dapat berjumlah 100000 orang, setelah invasi hanya berjumlah 25.000. Pembelotan begitu luas, serta perekrutan bagi kaum muda umumnya diakhiri dengan larinya mereka ke pihak oposisi. Untuk meningkatkan penorganisasian militer, 7 zona militer didirikan dengan masing-masing Dewan Pertahanan, yang didirikan pada
tingkat nasional, provinsi dan distrik untuk mendelegasikan kekuasaan kepada PDRA lokal. Diperkirakan hampir 40% pendapatan pemerintah dipakai untuk kebutuhan militer.
Karmal dipaksa untuk turun dari jabatannya pada Mei 1985, karena tekanan Soviet terhadap pemerintah Afganistan. Jabatannya sebagai ketua Komite Pusat PDRA diganti oleh Mohammad Najibullah, mantan Menteri Keamanan Negara. Pengaruhnya di eselon tinggi pemerintahan serta negara tetap bertahan hingga ia diturunkan dari jabatannya sebagai ketua Dewan Revolusi pada November 1986. Di jabatan ini, Karmal digantikan oleh Haji Mohammad Chamkani (ia berasal dari luar PDRA).
Pada September 1986, Komisi Kompromi Nasional didirikan sesuai perintah Najibullah. Lembaga ini bertugas untuk menghubungi pihak kontra revolusi "untuk menyelesaikan tujuan Revolusi Saur dalam fase yang baru." Sekitar 40.000 pemberontak dihubungi oleh pemerintah. Akhir 1986, Najibullah meminta adanya gencatan senjata dan perundingan dengan pihak oposisi, sesuai dengan gerakan
Rekonsiliasi Nasional-nya. Jika perundingan ini berhasil, maka direncanakan akan terbentuk pemerintahan koalisi yang mengakhiri monopoli kekuasaan PDRA. Namun, sayangnya program ini mengalami kegagalan. Meskipun gagal, pihak pemerintah mampu menarik dukungan dari mujahidin yang tidak puas. Rekonsiliasi Nasional membuat dukungan kepadanya dari masyarakat perkotaan meningkat serta stabilisasi militer.
Meskipun kelihatannya Najibullah adalah pemimpin "de jure" Afganistan, para penasihat dari Uni Soviet yang malah banyak mengerjakan tugas negara. Bahkan, pemimpin Uni Soviet Mikhail Gorbachev, menyatakan "Kami melakukan semuanya di sini sendiri[...]. Itulah yang pihak kami tahu tentang mereka. Mereka juga mengikat kaki dan tangan Najibullah." Sampai-sampai, Fikryat Tabeev, Duta Besar Uni Soviet untuk
Afganistan, dicurigai Gorbachev menjadi "gubernur jenderal" Afganistan. Ia pun dipanggil pulang dari negara itu pada Juli 1986. Namun di saat yang sama ketika Gorbachev menyerukan agar pihak Soviet tidak ikut campur lagi di negara itu, dia tidak dapat menahan diri untuk ikut campur juga. Pada pertemuan Politbiro Soviet, Gorbachev berkata, "Sulit membangun bangunan baru dari bahan lama[...]Kuharap, kita tidak melakukan kesalahan kepada Najibullah."
Waktu yang terus berjalan membuktikan keinginan Najibullah bertentangan dengan keinginan Uni Soviet. Najibullah menentang keluarnya tentara Soviet dari negaranya, dan Uni Soviet ingin sebaliknya. Keinginan Najibullah beralasan karena tentaranya dalam kondisi hampir hancur, dan satu-satunya jalan menurutnya adalah dengan mempertahankan keberadaan tentara Soviet. Pada bulan Juli 1986 enam resimen Soviet,
sampai 15000 tentara, ditarik dari Afganistan. Tujuan penarikan awal ini adalah, menurut Gorbachev, untuk menunjukkan kepada dunia bahwa pihak Soviet serius meninggalkan Afganistan. Pihak Soviet juga menyatakan kepada AS bahwa mereka berencana keluar dari Afganistan, tetapi pihak AS tidak mempercayainya. Ketika Gorbachev bertemu Ronald Reagan dalam kunjungannya ke AS, secara mengejutkan Reagan ingin tentara Afganistan dibubarkan.
Pada 14 April 1988 pemerintah Afganistan dan Pakistan mentandatangani Perjanjian Jenewa, dan Uni Soviet serta Amerika Serikat menjadi penjaminnya. Perjanjian ini secara spesifik menyebutkan bahwa tentara Soviet harus keluar dari Afganistan terhitung sejak 15 Februari 1989. Dalam pertemuan Politburo Eduard Shevardnadze mengatakan "Kita akan meninggalkan negara ini dalam keadaan menyedihkan", serta mengatakan akan terjadi kehancuran
ekonomi. Ia menyarankan agar tetap ada 10.000-15.000 pasukan di Afganistan. Vladimir Kryuchkov, ketua KGB, mendukung rencana itu. Namun, jika hal ini benar-benar dilaksanakan maka telah melanggar perjanjian Jenewa. Najibullah rupanya juga menentang tentara Soviet meninggalkan Afganistan. Sejumlah tentara Soviet tetap bertahan di negara itu setelah tentara lainnya meninggalkan Afganistan, seperti tentara
terjun payung yang melindungi kepala militer, penasihat militer dan pasukan khusus, dan tentara pengamat tetap berada di "daerah terluar", khususnya di wilayah perbatasan.
Pakistan tetap mendukung mujahidin meskipun hal ini merupakan pelanggaran Perjanjian Jenewa. Awalnya, sejumlah pengamat menilai rezim Najibullah akan segera runtuh dan digantikan oleh rezim Islamis. CIA dalam laporannya, memprediksi rezim baru ini akan menjalin hubungan yang ambivalen, atau bahkan bermusuhan dengan pemerintah AS. Beberapa saat setelah keluarnya tentara Soviet, terjadilah