Ultraman Cosmos
dengan Chaos Darkness dan membuatnya terpisah dengan Musashi untuk ketiga kalinya.Chaos Darkness kembali menyerang bumi secara brutal.Musashi yang sudah kehilangan kekuatannya sebagai ultraman mencoba untuk menjinakkan chaos Header/Chaos Darkness itu.tetapi usahanya gagal.para monster yang pernah dijinakkan oleh cosmos bermunculan menghalangi chaos Darkness dan mencoba menyadarkannya.tetapi usaha mereka
gagal.Akhirnya disaat kritis Ultraman Cosmos datang dalam keadaaan masih sekarat dengan color timer yang masih berkedip kedib.cosmos melawan chaos Darkness dengan cara kasar hingga energinya habis.Chaos header langsung melakukan pembalasan.cosmos tak berdaya.ditengah keputus asaan itu Musashi kembali menyatukan dirinya dengan cosmos dan mengakhiri pertempuran dengan Chaos Header.Cosmos akhirnya berpisah dengan Musashi di akhir cerita
Musashi yang sudah tidak bersatu dengan Cosmos kini menjadi antariksawan untuk menjaga kelestarian para monster, baik di bumi maupun di luar bumi, serta mencari planet baru yang cocok untuk dapat didiami Monster dengan hidup tenang bebas dari ulah manusia seperti pihak militer. Cerita pun diawali dengan kedatangan Musashi ke Planet Juran, ternyata planet itu sudah menjadi planet mati. Muncul monster yang langsung menyerang pesawat Musashi.
Lagi-lagi Musashi diselamatkan oleh Cosmos yang berwujud lain dari yang Musashi pernah berubah. Cosmos menghancurkan monster bernama Scorpis, dan membawa Musashi pergi menjauh dari Planet Juran.
Sekembalinya ke bumi, Musashi pergi ke pulau Saipan untuk menghadiri pernikahan sahabatnya yang bernama Mari. Di sana ia melihat seorang putri duyung bernama Shau yang menarik perhatiannya. Mari kemudian mengajak Musashi ke bawah laut untuk bertemu lagi dengan Shau. Di bawah laut, Musashi melihat Mari hendak membuka gerbang yang tampaknya menuju ke dunia lain. Secara
tiba-tiba Musashi kehilangan kesadaran, ternyata ia membentur monster bernama Reijer yang muncul dari balik gerbang. Antara sadar dan tidak, Musashi mendengar percakapan yang intinya adalah manusia adalah makhluk berbahaya sehingga harus dibunuh. Namun Musashi dilepaskan oleh Shau karena ia teman Mari.
Saat sadar, Musashi mendapati dirinya berada di sebuah ruangan dimana teman-temannya yang lain mencemaskannya. Tidak lama, Scorpis datang ke bumi dan mendarat di pulau Saipan. Musashi dan tim EYES pun menghadapinya, ia tidak bisa berubah menjadi Cosmos lagi. Mereka juga dibantu Reijer yang ingin melindungi Blue Area yang merupakan tempat tinggal manusia ikan. Manusia ikan ternyata
berasal dari planet lain karena planetnya hancur oleh Scorpis. Scorpis berhasil diusir keluar bumi. Shau cemas karena menurut pengalamannya akan kehancuran planetnya, Scorpis akan datang lagi dengan membawa armada. Sementara itu, sekitar 20 Scorpis terdeteksi sedang menuju bumi. Scorpis sangat berbahaya karena mareka hanyalah anak buah dari monster luar angkasa bernama Sandaros. Kekuatan Sandoros
yang mengerikan belum tentu mampu dihadapi oleh Cosmos sekalipun. Inilah pertempuran hidup mati Musashi yang terakhir sebagai pahlawan terpilih.
Dikisahkan EYES tengah menyiapkan transportasi yang aman untuk para monster bumi ke planet lain yang jauh dari jangkauan manusia. Militer ternyata telah menyiapkan sebuah robot raksasa untuk mengagalkan rencana itu. Cosmos kembali datang ke bumi untuk mencegah pertikaian. Saat itu pula, di luar angkasa, Ultraman Justice sedang memasuki arena pertempuran para alien yang bermaksud menginvasi
bumi. Cosmos tiba-tiba diserang Justice, dan alien menghancurkan kapal luar angkasa yang akan digunakan untuk mengangkut monster. Para alien tidak ingin spesies-spesies bumi meninggalkan planetnya. Saat Csmos pergi, alien pun memasuki area udara di atas perkotaan. Setiap serangannya disaksikan oleh wanita misterius berbaju hitam, yang tampak tanpa emosi dan enggan menolong para korban yang
mulai berjatuhan. Tanpa Cosmos, bumi tidak memiliki pertahanan. Belakangan diketahui, bahwa wanita bernama Julie tadi adalah Ultraman Justice yang dikendalikan oleh alien untuk membantu rencana mereka. Julie masuk ke ruang pimpinan SRC untuk menyampaikan pesan dari alien penginvasi. Isi pesan itu adalah bahwa menurut mereka, kelangsungan hidup di Bumi mengancam perdamaian
dalam Galaksi, dan mereka bermaksud untuk menghancurkan kehidupan di bumi dan memulainya lagi dengan spesies baru yang lebih bisa dierima oleh kalangan makhluk luar angkasa. Penghancuran akan dimulai dalam hitungan waktu 35 jam dan tidak ada negosiasi.
Karena berinteraksi dengan seorang gadis kecil dengan anjingnya, Julie merasakan kebaikan dan berhasil melepaskan diri dari kendali alien. Ia pun memanggil Cosmos sebelum penghancuran dimulai. Dengan adanya kombinasi dari dua Ultraman, Alien pun menyiapkan robot-robot dan trik lainnya. Semua robot tadi bersatu menjadi sebuah robot yang super besar yang mampu mendesak Cosmos maupun Justice. Kekuatan spiritual dalam
jiwa Musashi seolah menambah tenaga Cosmos dan ia mampu berubah menjadi Future Mode. Begitu juga dengan Justice yang berubah menjadi Crusher Mode. Cosmos Future Mode dan Justice Crusher Mode mampu bersatu menjadi bentuk Ultraman baru, Ultraman Legend. Energi baru itu berhasil mengusir alien dari bumi.
Sebenarnya hanya ada satu Ultraman lain yang muncul selain Ultraman Cosmos itu sendiri, yaitu Ultraman Justice. Namun, dikisahkan mereka juga mampu bergabung membentuk satu wujud Ultraman baru bernama Ultraman Legend. Jadi total ada tiga Ultraman yang pernah muncul dalam serial ini.
Luna mode adalah bentuk dasar dari Cosmos saat Musashi berubah. Warna dasarnya adalah biru yang terdapat corak perak. "Gentle" adalah kata kunci dari wujud ini karena ia tidak memiliki keinginan untuk melukai lawannya. Disebut "Luna" karena diibaratkan selembut cahaya bulan. Luna lebih sering melumpuhkan dan menenangkan monster yang dihadapi daripada membunuhnya.
Karenanya, kekuatan spesial yang dimilikinya lebih bersifat bertahan dan melindungi. Luna tidak ingin menyerang lawannya.Luna hanya bertahan dan menjinakkan lawan.Bahkan hampir tak pernah melawan dengan tangan terkepal. Pada bagian kepala, terdapat Moony Spot yang terlihat seperti sinar biru kecil menyala. Sinar itu berfungsi untuk menenangkan monster yang terinfeksi Chaos Header sekaligus mengeluarkan virus dari tubuh monster yang bersangkutan. Jurus lainnya: Luna Shootles, Reverse Spike, dan Fullmoon Rect.
Luna akan berubah menjadi Corona jika ia gagal menyelesaikan konflik dengan cara damai.Luna akan berubah menjadi Corona bila ia benar-benar sangat terdesak.Wujud ini didominasi oleh warna merah. Desain warnanya dibuat asimetris yang sangat jarang ditemui dalam serial Ultraman sebelumnya. Perlu diketahui, saat Luna menjadi Corona, bentuk kepalanya juga mengalami perubahan. "Strong" adalah
kata kunci untuk bentuk ini. Corona merupakan super combat dimana Cosmos menjadi lebih kuat dan cepat serta memiliki lebih banyak senjata.Diwujud ini cosmos mampu mengalahkan Chaos Header yang berevolusi sekalipun bahkan dapat mengalahkan ultraman Chaos.Sinar dari batu di kepalanya adalah Sunny Spot. Sinar ini lebih bersifat menghancurkan. Jadi selain mampu menghancurkan Chaos Header juga dapat melukai monster lawannya. Jurus lain: Raybuster Ray, Rage Whipper, Blazing Wave, dan Prominence Ball.
Wujud ini berwarna dominan biru tua, sedikit merah, perak, serta emas, yang kembali simetris. "Courageous" adalah kata kunci wujud ini yang merupakan wujud terkuat dari Cosmos dan baru muncul mulai episode ke-30.Wujud cosmos yang ini hanya bisa dipakai jika Musashi bersatu dengan Ultraman Cosmos karena mode ini merupakan kekuatan hati yang terdapat dalam diri
Musashi.Sinar dari batu di kepalanya adalah Pluck Spot yang dapat menghancurkan Chaos Header tetapi tanpa melukai monster yang dilawannya, bahkan dapat menghancurkan virus cahaya yang masih berada di dalam monster sekalipun. Jurus lain: Cosmium Beam dan Eclipse Blade.