Fauna Indonesia
pulau-pulau kecil di sekitarnya, seperti Serindit sangihe (Loriculus catamene), Seriwang sangihe (Eutrichomyias rowleyi), Gagak banggai (Corvus unicolor), Punggok Togian (Ninox burhani), Gosong sula (Megapodius bernsteinii), Kepudang-sungu sula (Coracina sula), dan Raja-perling sula (Basilornis galeatus). Sedangkan jenis-jenis endemik pulau Sulawesi meliputi Anis sulawesi
(Cataponera turdoides), Sikatan matinan (Cyornis sanfordi), Julang sulawesi (Aceros cassidix) dan Kangkareng sulawesi (Penelopides exarhatus). Banyak jenis yang hanya terdapat di subkawasan ini adalah jenis-jenis terancam punah secara global.
Dengan 222 spesies, 99 di antaranya endemik, Wallacea memiliki jenis reptil yang sangat beragam. Di antaranya adalah 118 spesies kadal yang 60 di antaranya adalah endemik; 98 spesies ular, 37 spesies di antaranya adalah endemik; lima spesies kura-kura, dua spesiesnya merupakan endemik; dan satu spesies buaya, buaya Indo-Pasifik (Crocodylus porosus). Tiga genus endemik ular
yang hanya dapat ditemukan di wilayah ini: Calamorhabdium, Rabdion, dan Cyclotyphlops. Salah satu reptil yang mungkin paling terkenal di Wallacea adalah komodo (Varanus komodoensis), yang diketahui keberadaannya hanya di Pulau Komodo, Padar, Rinca, dan tepi barat Flores.
Sebanyak 58 spesies amfibia khas dapat ditemukan di Wallacea. Sebanyak 32 spesies di antaranya adalah endemik. Ini menggambarkan kombinasi elemen katak daerah Indo-Melayu dan Australasia yang mempesona.
Ada sekitar 310 spesies ikan tercatat dari sungai-sungai dan danau-danau Wallacea. Sebanyak 75 spesies di antaranya adalah endemik. Walaupun masih sedikit yang dapat diketahui mengenai ikan ikan dari Kepulauan Maluku dan Kepulauan Sunda Kecil, 6 spesies diketahui sebagai endemik. Di pulau Sulawesi, ada 69 spesies yang diketahui, 53 di antaranya adalah endemik. Danau Malili di
Sulawesi Selatan, dengan kedalamannya yang kompleks dan arusnya yang deras memiliki paling sedikit 15 jenis ikan telmatherinid endemik, dua di antaranya mewakili genus endemik, tiga endemik Oryzia, dua endemik halfbeaks, dan tujuh endemik gobie.
Terdapat sekitar 82 spesies kupu-kupu yang ada di daerah Wallacea, 44 spesies di antaranya adalah endemik. Sejumlah 109 spesies kumbang juga terdapat di sekitar daerah wilayah ini, 79 di antaranya adalah endemik. Satu spesies yang mengagumkan dan mungkin merupakan lebah terbesar di dunia, (Chalicodoma pluto) terdapat di utara Maluku. Serangga yang hewan betinanya
bisa tumbuh sampai 4 cm ini, membangun sarang secara komunal pada sarang rayap di pepohonan hutan dataran rendah.
Sekitar 50 moluska endemik, tiga spesies kepiting endemik, dan sejumlah spesies udang endemik juga diketahui berasal dari Wallacea.
Walaupun 45% daerah Indonesia masih belum berpenghuni dan ditutupi hutan tropis, pertumbuhan populasi Indonesia yang tinggi dengan industrialisasinya, secara perlahan memengaruhi keberadaan fauna di Indonesia. Ditambah lagi, perdagangan hewan ilegal semakin menambah parah kondisi fauna Indonesia, termasuk di antaranya badak, orangutan, harimau, dan beberapa spesies amfibia. Hingga 95% hewan yang dijual di pasar diambil langsung dari
hutan dan bukannya melalui konservasi; dan lebih dari 20% hewan ini meninggal dalam perjalanan.. Pada tahun 2003, World Conservation Union mencatat 147 spesies mamalia, 114 burung, 91 ikan dan 2 invertebrata termasuk dalam hewan-hewan yang terancam punah.