Kota Ternate
Setelah melakukan observasi seperlunya terhadap kekuatan Spanyol, de Jong akhirnya setuju membantu Ternate. Perjanjian antara de Jonge dan pihak kesultanan ditandangani pada 26 Juni 1607. Isinya antara lain, Belanda bersedia membantu Ternate mengusir orang-orang Spanyol dan melindungi kawula Ternate di seluruh wilayah kekuasaannya, Belanda diberikan hak monopoli perdagangan rempah dan diizinkan membangun benteng, yang kemudian dinamakan Fort Oranje (Benteng Oranye).
Sejak saat itu, Pulau Ternate sekaligus menjadi pusat tiga kekuatan. yaitu Spanyol di Gam Lamo, sedangkan Ternate dan Belanda di bagian timur pulau, di benteng VOC atau Fort Oranje, dan sekitarnya. Tidak mudah bagi Ternate untuk melepaskan diri dari campur tangan kekuasaan asing Eropa. Ketika Portugis bercokol di kesultanan ini, selain memperoleh hak monopoli dalam tata niaga
rempah-rempah dan izin mendirikan benteng di Gam Lamo, Portugis juga ingin mencampuri urusan pemerintahan Ternate. Bahkan sejak 1532, Portugis mulai bersiasat memengaruhi proses pengangkatan sultan-sultan Ternate. Keadaan ini baru berakhir setelah Portugis terusir. Tetapi, setelah Kompeni Belanda datang, campur tangan dalam pengangkatan sultan Ternate juga menjadi salah satu kebijakannya. Mulai dari Sultan Mandarsyah, setiap pergantian sultan Ternate harus dengan persetujuan Kompeni.
Sultan Mandarsyah ditekan secara halus untuk menandatangani perjanjian dengan Gubernur Jenderal VOC, Reiner, di Batavia. Perjanjian itu menentukan bahwa Kesultanan Ternate tidak boleh lagi mengangkat Salahakan Baru untuk wilayah seberang lautnya di Maluku Tengah, yakni di Hoamoal dan daerah ini langsung berada di bawah pemerintahan Kompeni di Ambon. Ternate juga harus melaksanakan hongi (penebangan pohon-pohon
cengkih) di daerah tersebut. Ini akibat ketidaksenangan Kompeni terhadap pejabat yang ditugaskan oleh Kesultanan Ternate di sana.
Kaicil Majira yang diangkat Sultan Hamzah pada 1641 sebagai Salahakan di Hoamoal atas desakan Kompeni Ambon untuk menggantikan Salahakan Luhu yang tidak disenangi, karena pada 1651 ia melakukan pemberontakan bersenjata. Kompeni menilai Sultan Mandarsyah tidak mengambil tindakan tegas terhadap Majira untuk mengakhiri pemberontakannya. Selain itu, sejak 1652, Kerajaan Buton mulai memusingkan
Mandarsyah karena tentara Kerajaan Makassar melakukan infiltrasi dan menduduki beberapa pulau di sekitar Buton, yang diperburuk lagi oleh pengkhianatan sejumlah besar bobato Buton yang memihak Kerajaan Makassar. Kapita Laut Kaicil Ali dan pasukannya yang sebagian besar terdiri dari orang-orang Sanana dan Alifuru Jailolo, dengan susah payah mempertahankan pulau-pulau itu dari serangan Makassar.
Walaupun permaisuri Sultan Mandarsyah adalah seorang puteri Buton, tetapi pengaruhnya telah merosot jauh di mata rakyat Buton.
Gempuran pasukan Makassar semakin gencar dan posisi Buton semakin lemah. Dengan susah payah Kaicil Ali coba menghalau serangan itu, dan dalam suatu pertempuran mempertahankan ibukota Buton, Kaicil Ali gugur. Gugurnya Kaicil Ali mengakibatkan semakin kecil peluang Mandarsyah mempertahankan Buton. Mandarsyah lalu mengutus Kapita Laut Saidi untuk membangun kembali pertahanan Buton, dan dalam
keadaan putus asa ia menghubungi Kompeni untuk meminta bantun. Mandarsyah berhasil meyakinkan de Vlaming. Gubernur Kompeni Ambon, untuk memabantu menyelamatkan Buton.
Pada September 1654, dengan menumpang t ang kapal Zas van Gent, de Vlaming dan Mandarsyah menuju Buton, tetapi yang mereka temukan di sana adalah Raja Buton telah menjalin persekutuan dengan Makassar, dan rakyat maupun para bobato andalan Mandarsyah sebagian besarnya tidak lagi setia kepada Ternate. De Vlaming, setelah melihat kenyataan tersebut, meneruskan pelayarannya ke
Makassar dan meninggalkan Mandarsyah di Buton. Walaupun Raja Buton telah berkhianat, Mandarsyah coba mempertahankan Buton dengan mengumpulkan sisa-sisa Bobato- antara lain Hukum Lau dan Kaicil Lasinuru- dan rakyatnya yang masih setia dalam suatu pertemuan. la meminta mereka mendobrak kepungan tentara Makassar dan mengusirnya keluar dari wilayah Buton. Tetapi, upaya terakhir
Mandarsyah tidak rnembuahkan hasil. Dengan masygul, Mandarsyah kembali ke Ternate dan tidak pernah lagi mengunjungi Buton hingga akhir hayatnya. Kapita Laut Saidi pun tidak mampu lagi menahan lajunya serbuan Makassar dan jatuhlah Buton ke tangan Raja Makassar pada 1655, sekaligus berakhir pula kekuasaan Ternate atas Buton selama hampir satu abad (1580-1655). Kapita Laut
Saidi dan pasukannya yang tersisa mundur ke Tobungku, dan dari kejauhan ia menatap pulau yang ditinggalkannya itu dengan sedih.
Pada 1675, Sultan Mandarsyah mangkat dan digantikan putranya Sibori Amsterdam. Sebagaimana ayahnya, Sibori pun tidak dapat mempertahankan identitas Ternate secara lebih baik. Selain karena perangainya yang buruk, ia juga tidak mampu melepaskan diri dan tekanan-tekanan Kompeni. Setelah penobatannya, Sibori mengutus pejabat kepercayaannya ke Batavia untuk berunding dengan Gubernur jenderal Jaan
Maatsuyker. Perjanjian yang ditandatangani pada 12 Oktober 1672 itu, secara praktis dan politis sangat merugikan Ternate, karena menetapkan antara lain: Pertarna. wilayah seberang laut Kesultanan Ternate di kepulauan Ambon akan digabungkan ke dalam provinsi. Kedua, akan diangkat penguasa-penguasa khusus di pulau Buru, Ambalau, Buano dan Kelang.
Setelah meratifikasi perjanjian ini, Sibori memperoleh tanda jasa berupa bintang penghargaan dari Kompeni. Namun, bermula dari Seram, Ternate pun berangsur kehilangan kontrolnya atas seluruh wilayah seberang lautnya di Maluku Tengah. Demikian pula, lepasnya Buton dan kekuasaan Ternate berimplikasi negatif bagi daerah-daerah kekuasaan Ternate lainnya di Sulawesi Utara,
dan semenanjung pantai timur Sulawesi. Kepulauan Sangir Talaud, Gorontalo, Limboto, Buol, Tolitoli, Inobonto, Moutong, Teluk Tomini, Parigi dan lainnya mulai memudar loyalitasnya kepada Ternate.
Sibori menyadari kenyataan ini dan berupaya memulihkan kesetiaan wilayah-wilayah tersebut. Ia pun mendekati Gubernur Maluku, Padtbrugge untuk meminta bantuan. Sebagai argumen, Sibori merujuk perjanpan 1652 dan 1676, yang memuat penyerahan daerah seberang laut Kesultanan Ternate di Maluku Tengah kepada kekuasaan Kompeni di Amban. Padtbrugge menerima argumentasi tersebut dan berjanji akan membantu Sibori sebagai balas budi atas penyerahan wilayah tersebut.
Dengan bantuan Kompeni, Ternate menyerang Gorontalo dan daerah pesisir timur Sulawesi untuk memulihkan loyalitas mereka kepada Ternate. Bahkan untuk memulihkan loyalitas Sangir Talaud, dilakukan sendiri oleh Sibori tanpa bantuan Kompeni. Untuk sementara waktu. Ternate lega karena berhasil memulihkan loyalitas daerah-daerah tersebut, tetapi loyalitas yang ada tentu tidak sekuat di masa kekuasaan Sultan Baabullah.
Abad ke-17 merupakan masa paling suram bagi kesultanan Ternate berkaitan dengan daerah-daerah taklukannya. Satu demi satu daerah tersebut melepaskan diri, dan dipenghujung abad ke-17 sampai abad ke-18, daerah seberang taut Kesultanan Ternate yang tersisa hanyalah kepulauan Sanana dan Tobungku-Banggai.
Kompeni Belanda juga dapat dihitung sebagai salah satu kontributor, penyebab terpuruknya Kesultanan Ternate. Dengan berbagai perjanjian bilateral yang dibuatnya dengan Ternate, para Sultan Ternate yang tidak berdaya itu secara halus maupun secara kasar ditekan untuk menyetujui konsep-konsep yang disatu pihak memperkokoh kekuasaan Kompeni tetapi di lain pihak menempatkan Ternate dalam posisi dilematis serta hampir tidak ada advokasi.
Selama abad ke-18, kondisi Ternate tidak banyak mengalami perubahan berarti. Sebagai mitra, Ternate dipandang cukup balk sekaligus sahabat yang dapat diandalkan oleh Kompeni, dibandingkan dengan kesultanan-kesultanan tetangga lainnya, yakni Tidore, dan Bacan. Ternate punya prestasi bagus dalam menjalankan hongi tochten untuk kepentingan Belanda. Ini dapat dilihat pada acte van investiture yang