Naruto Shippuden
Sennin/Sage of the Six Paths" yang bernama Rinnegan. Dalam keadaan terdesak, Jiraiya memanggil dua kodok tua; Fukasaku dan Shima dan dia memasuki Sage Mode, pertarungan terjadi antara Jiraya dan Pain dan Jiraiya berhasil mendesak Pain lewat genjutsu nyanyian katak yang dikeluarkan kedua katak tersebut dan dia berhasil mengalahkan tiga tubuh Pain namun ternyata muncul 3 tubuh Pain
yang lain. Tangan Jiraiya terpotong, bahkan Pain menghidupkan lagi tubuh-tubuh Pain yang dikalahkan Jiraiya dan salah satu dari mereka mirip dengan Yahiko mantan muridnya. Dalam keadaan terdesak Jiraiya masih mampu mengalahkan satu tubuh Pain dan meminta Shima pergi ke desa Konoha untuk memberikan informasi ini. Akhirnya dia menyadari siapa wujud asli Pain tetapi Jiraiya
tertusuk 5 tombak dan tenggorokannya hancur. Dalam keadaan sekarat dia teringat masa lalunya bersama Tsunade, Orochimaru, Hiruzen Sarutobi dan Hokage keempat (Minato Namikaze) dan dia ingat bahwa Naruto adalah nama yang diambil Yondaime (Hokage keempat) dari karakter novel pertamanya, "Tale of a Gutsy Shinobi" dan dia menyadari bahwa Naruto adalah murid
yang diramalkan oleh pertapa kodok raksasa yang pernah dia temui puluhan tahun yang lalu, dan bukan Pain dan dia memberitahukan Naruto rahasia tentang tubuh Pain dengan memberikan kode rahasia pada Fukasaku sebelum dia mati.
Naruto dan rekan-rekan kemudian melanjutkan pencarian, dengan mengandalkan "Kagebunshin" Naruto. Tanpa disangka-sangka salah satu Kagebunshin itu menemukan Sasuke meskipun langsung dihancurkan Sasuke dengan Chidori. Naruto yang menerima berita itu lewat pengalaman yang didapatkan kagebunshin kemudian meminta Hinata melacak Sasuke dan tim segera melakukan pengejaran.
Namun di tengah perjalanan, mereka dihadang oleh Tobi. Naruto yang merasa diganggu langsung menyerang dengan Rasengan, namun Tobi tidak terlihat mengalami cedera sedikitpun, bahkan seperti tidak pernah terkena sesuatu.
Sementara Sasuke yang menemukan Itachi langsung memulai pertarungan dengan saling serang lewat genjutsu melawan Itachi. Di tengah pertarungan Itachi bercerita tentang seorang pemilik Mangekyou Sharingan, yaitu Madara Uchiha, yang ternyata guru dari Itachi. Itachi juga mengatakan bahwa pada malam pembantaian klan Uchiha, dia juga dibantu oleh Madara Uchiha. Itachi menceritakan bahwa Madara Uchiha telah
mempunyai kekuatan Mangekyou Sharingan yang abadi (Eternal Mangekyou Sharingan) setelah mengambil Mangekyou Sharingkan adiknya sendiri. Itachi pun memberitahukan kepada Sasuke bahwa ia ingin mengambil bola mata Sasuke untuk menyempurnakan Mangekyou Sharingannya.
Mereka pun bertarung dengan disaksikan Zetsu. Itachi langsung mendesak Sasuke dengan jurus Tsukoyomi dengan ilusi mata Sasuke diambil Itachi. Namun di luar dugaan, Sasuke berhasil mematahkan Tsukuyomi. Itachi juga terluka karena efek Tsukuyomi yang membuat mata kirinya mengeluarkan darah dan penglihatannya mulai kabur.
Sasuke pun memanfaatkannya dengan mengeluarkan perangkap shuriken dan kaki Itachi terluka. Sasuke dan Itachi pun mengeluarkan jurus Goukakyuu no Jutsu. Itachi yang terdesak mengeluarkan jurus kedua, Amaterasu, api hitam yang langsung membakar hutan di sekitarnya dan berhasil membakar sayap joutai 2 Sasuke, tetapi Sasuke berhasil meloloskan diri dengan jurus Kawarimi no Jutsu milik Orochimaru yang menghabiskan chakranya.
Dia menjebak Itachi dengan jurus naga langit yang memanaskan udara. Hujan turun dan petir menyambar-nyambar. Sasuke memanfaatkan kekuatan alam dengan jurus Kirin tetapi Itachi berhasil selamat dengan jurus Susano'o.
Orochimaru keluar dari segel gaib Sasuke dengan wujud Yamata no Orochi dengan pedang Kusanagi. Tapi dia dikalahkan dengan pedang Totsuka yang tersembunyi dalam jurus Susano'o dan mengirim Orochimaru dan seluruh joutai Sasuke ke dalam genjutsu mimpi. Sasuke mencoba menyerang Itachi namun gagal karena Itachi masih terlindungi dengan Susano'o.
Itachi mendekati Sasuke. Sasuke mengira Itachi mau mengambil mata Sasuke, namun Itachi menyentuh dahi Sasuke seperti yang sering dilakukannya saat kecil dulu. Itachi roboh dan tewas. Kelelahan, Sasuke pun roboh di sebelahnya.
Di lain tempat, Tobi sedang bertarung dengan kelompok tujuh dan delapan. Shino mengambil alih penyerangan terhadap Tobi. Tobi dikerumuni dengan ribuan serangga, namun setelah beberapa saat ia menghilang tanpa jejak. Lalu Hinata menemukannya di atas ranting pohon dengan Byakugan.
Saat mereka masih berpikir tentang sosok Tobi yang dapat menggunakan space travel time jutsu, muncul Zetsu yang memberitahukan pada Tobi bahwa pertandingan antara Sasuke dan Itachi telah selesai dan pemenangnya adalah Sasuke. Naruto dan kawan-kawan terkejut mendengar hal tersebut. Kakashi melihat ke arah Tobi, dan ia melihat Sharingan di lubang topeng Tobi. Tobi dan Zetsu seketika pergi
dan menghilang. Naruto dan kawan-kawan segera menuju ke tempat pertarungan Sasuke dan Itachi dengan kecepatan penuh. Di tengah perjalanan mereka menghadapi rintangan api hitam Amaterasu, Yamato membelah Amaterasu untuk dilalui. Namun setelah sampai, mereka telah terlambat karena Sasuke dan Itachi telah dibawa oleh Zetsu dan Tobi.
Di sebuah gua yang gelap Sasuke terbangun dari pingsannya dan tampak kebingungan, saat itu tiba-tiba terdengar suara dari kegelapan gua. Suara tersebut berasal dari Tobi, Tobi pun mulai memperkenalkan diri dengan membuka topeng yang menjadi misteri selama ini. Walau belum terbuka sepenuhnya sudah terlihat Sharingan milik Tobi yang membuat Sasuke sangat terkejut
melihatnya. Dalam keadaan terkejut, tanpa sengaja Sasuke mengeluarkan Amaterasu, Amaterasu itu pun langsung mengenai tangan Tobi kemudian membakar seluruh tubuh Tobi tanpa sisa, anehnya beberapa saat kemudian dari dalam kegelapan gua, Tobi kembali muncul tanpa luka sedikitpun. Sasuke yang merasa aneh dengan apa yang telah
dilakukannya terhadap Tobi, bertanya kepada Tobi dan Tobi pun menjelaskan kepada Sasuke mengapa dia dapat mengeluarkan Amaterasu. Tobi menjelaskan bahwa Sasuke mendapatkan jurus tersebut karena sesaat sebelum kematian Itachi, Itachi memberikan seluruh jurusnya kepada Sasuke. Akhirnya Tobi pun menceritakan kisah masa lalunya tentang berdirinya desa Konohagakure, kisah
kekalahannya dengan hokage pertama dan alasan mengapa Itachi membunuh semua anggota Klan Uchiha. Sebenarnya, Konohagakure adalah desa hasil pergabungan dan gencatan senjata antara Klan Uchiha dan klan Senju. Setelah terbentuknya Konohagakure, Madara Uchiha ingin melakukan pemberontakan terhadap Klan Senju yang saat itu menguasai pemerintahan. Ia mengajak sesama klan
untuk melakukan pemberontakan, tetapi mereka lebih cinta perdamaian dan menolak ajakan Madara. Madara pun pergi dan melawan hokage pertama sendirian, tetapi, ia kalah. Itachi membunuh Klan Uchiha karena diberi misi oleh Konoha. Itachi dihadapkan oleh pilihan-pilihan mengerikan, pada saat itulah Itachi akhirnya memilih membantai seluruh Klan Uchiha. Tapi, ia
tidak bisa membunuh adiknya sendiri. Sasuke pun mengenang masa lalunya bersama Itachi. Di Konoha, Naruto pun mengetahui bahwa Jiraiya sudah tewas. Fukasaku, guru dari Jiraiya meminta agar Naruto mempelajari teknik Sage melebihi dirinya dan mengalahkan Pain. Akhirnya Naruto memutuskan berangkat ke Myobokuzan bersama Fukasaku. di tempat lain Sasuke memburu Hachibi. Hachibi sangat
kuat sehingga merepotkan tim Taka tetapi bisa dikalahkan oleh Sasuke dengan jurus Amaterasu. Disisi lain, Raikage keempat (A), kakak Killer Bee (Jinchuuriki dari Hachibi) memberi izin penangkapan Sasuke ke Konoha. Pada saat penyegelan, Hachibi yang disegel Akatsuki ternyata palsu. Sementara itu keadaan Konoha mulai terdesak setelah Pain memulai serangan.