Zaman Nanboku-cho
Sementara itu, Kitabatake Chikafusa dari Istana Selatan berencana untuk mengumpulkan kekuatan militer yang mendukung Istana Selatan di daerah Kanto. Chikafusa dalam keadaan terkepung di Istana Oda, Provinsi Hitachi menulis buku sejarah Jinn Shtki. Isi buku tersebut menyatakan Istana Selatan sebagai pemerintah yang sah. Setelah Kaisar Go-Daigo mangkat pada tahun 1339,
Chikafusa berperan sebagai tokoh berpengaruh di Istana Selatan. Setelah Chikafusa tutup usia pada tahun 1354, Istana Selatan kembali mengalami kemunduran.
Setelah kalah dalam konflik internal keshogunan, Hosokawa Kyji dan Kusunoki Masanori bergabung dengan Istana Selatan. Keduanya berhasil menduduki Kyoto hingga ditaklukkan pada tahun 1367. Sejak itu pula, Istana Selatan tidak lagi memiliki kekuatan militer yang patut diperhitungkan. Sewaktu shogun Ashikaga Yoshiakira berkuasa di Istana Utara, kekuatan militer Istana Selatan sempat mengalami pasang
surut di bawah pimpinan uchi Hiroyo dan Yamana Tokiuji. Setelah shogun Yoshiakira wafat, Keshogunan Muromachi mengangkat Ashikaga Yoshimitsu yang masih berusia 11 tahun sebagai Seii Taishogun. Atas petunjuk pejabat kanrei Hosokawa Yoriyuki yang menjadi wakil shogun Yoshimitsu, perlawanan terhadap Istana Selatan terus gencar dilakukan. Termasuk di antaranya membuat panglima Istana Selatan, Kusunoki Masanori (putra Kusunoki Masashige) berada pihak Istana Utara.
Di Kyushu, perang terus berlanjut antara pasukan Istana Selatan melawan pasukan Istana Utara seperti pasukan pimpinan Isshiki Noriuji dan Niki Yoshinaga yang ditinggalkan Ashikaga Takauji di Kyushu. Kekuatan militer Istana Selatan antara lain diwakili klan Kikuchi yang pernah dikalahkan pihak Ashikaga dalam Pertempuran Tatarahama. Pangeran Kaneyoshi (putra Kaisar Go-Daigo) diutus ke Kyushu untuk memperkuat
kedudukan Istana Selatan. Akibatnya terjadi Pertempuran Chikugo yang konon melibatkan 100 ribu prajurit dari kedua belah pihak.
Ketika pecah Kerusuhan zaman Kan-, Kyushu berubah menjadi medan perang yang melibatkan tiga belah pihak yang bertikai. Penyebabnya adalah kedatangan Ashikaga Tadafuyu yang melarikan diri ke Kyushu. Pada waktu itu, bajak laut Jepang (wak) merajalela di sepanjang lepas pantai Semenanjung Korea dan Tiongkok. Setelah berjanji kepada Dinasti Ming untuk mengatasi persoalan bajak laut Jepang, Pangeran Kaneyoshi (Istana Selatan) mendapat pengakuan dari Dinasti Ming sebagai "raja Jepang".
Keshogunan Muromachi (Istana Utara) mengutus Imagawa Sadayo dan pasukannya ke Kyushu untuk menghancurkan Istana Selatan. Pada akhirnya, Ashikaga Tadafuyu menyerah dan Kyushu berada di bawah penguasaan Istana Utara. Setelah Pangeran Kaneyoshi tidak lagi berkuasa di Kyushu, Dinasti Ming mengakui shogun Ashikaga Yoshimitsu sebagai "raja Jepang" yang baru.
Memasuki zaman Kwa/Eitoku, dan zaman Gench/Shitoku, Pangeran Kaneyoshi, Kitabatake Akiyoshi, Pangeran Muneyoshi yang merupakan pemimpin berpengaruh dari Istana Selatan tutup usia secara berturut-turut. Kaisar Chkei yang merupakan tokoh bergaris keras juga mengundurkan diri, sehingga kedudukan Istana Selatan semakin lemah. Sementara itu, Ashikaga Yoshimitsu mengeluarkan peraturan
yang membatasi kekuatan militer shugo daimy. Akibatnya, kekuatan militer yang dimiliki shugo daimy dalam melawan Istana Utara mulai habis. Kesempatan ini dimanfaatkan shogun Yoshimitsu untuk menjadi juru penengah bagi Istana Utara dan Istana Selatan. Pada tahun 1392, keshogunan menghidupkan kembali sistem Ryttetsuritsu yang memungkinkan kaisar dari
masing-masing faksi/garis keturunan dapat naik tahta secara bergantian. Hak kepemilikan tanah pemerintah di seluruh negeri juga diberikan kepada garis keturunan Daikaku-ji. Sebagai balasannya, Kaisar Go-Kameyama (Istana Selatan) mengembalikan Tiga Harta Suci kepada Kaisar Go-Komatsu (Istana Timur). Perdamaian akhirnya tercapai dengan bersatunya Istana Utara dan Istana Selatan.
Setelah bersatunya Istana Utara-Istana Selatan, perjanjian bahwa kaisar dari masing-masing faksi/garis keturunan dapat naik tahta secara bergantian (sistem Ryttetsuritsu) ternyata tidak dipatuhi Istana Utara. Kaisar yang naik tahta selalu berasal dari faksi Jimy-in (Istana Utara). Sepanjang periode yang disebut Go-Nanch
(pasca-Istana Selatan) dan berlangsung hingga pertengahan abad ke-15, Istana Selatan terus menerus mengadakan pemberontakan. Sejak tahun 1428, perlawanan Istana Selatan semakin gencar setelah terputusnya garis keturunan Jimy-in karena tidak lagi memiliki pewaris yang berhak atas tahta.
Pada tahun 1443, pihak Go-Nanch yang terdiri dari sisa-sisa pengikut Istana Selatan dan bangsawan istana klan Hino menyerang istana kaisar. Penyerbuan tersebut dipimpin dua anggota keluarga Istana Selatan. Dua dari Tiga Harta Suci, yakni permata dan tsurugi (katana) berhasil dirampas. Peristiwa ini disebut Insiden Kinketsu. Keshogunan berhasil merebut kembali tsurugi, namun permata
terus berada di bawah kekuasaan Go-Nanch. Pihak Go-Nanch menghilang dari peredaran, dan tidak disebut-sebut lagi dalam buku sejarah sejak permata kembali berhasil direbut, dan kakak beradik keturunan Istana Selatan, Pangeran Jiten dan Pangeran Chgi dibunuh. Pembunuhnya adalah pengikut klan Akamatsu (Istana Utara) yang memendam dendam terhadap Istana Selatan karena
pernah dihancurkan pada peristiwa Pemberontakan Kakitsu. Setelah berabad-abad berlalu, Kaisar Meiji akhirnya pada tahun 1911 memutuskan bahwa Istana Selatan adalah pewaris kekuasaan yang sah.
Tahun1330133113321333133413351336133713381339SelatanGentoku tahun 2Genk tahun 1Genk tahun 2Genk tahun 3Kemmu tahun 1Kemmu tahun 2Engen tahun 1Engen tahun 2Engen tahun 3Engen tahun 4UtaraGentoku tahun 3Shkei tahun 1Shkei tahun 2Kemmu tahun 3Kemmu tahun 4Ryaku tahun
1Ryaku tahun 2Tahun1340134113421343134413451346134713481349SelatanKkoku tahun 1Kkoku tahun 2Kkoku tahun 3Kkoku tahun 4Kkoku tahun 5Kkoku tahun 6Shhei tahun 1Shhei tahun 2Shhei tahun 3Shhei tahun 4UtaraRyaku tahun 3Ryaku tahun 4Kei tahun 1Kei
tahun 2Kei tahun 3Jwa tahun 1Jwa tahun 2Jwa tahun 3Jwa tahun 4Jwa tahun 5Tahun1350135113521353135413551356135713581359SelatanShhei tahun 5Shhei tahun 6Shhei tahun 7Shhei tahun 8Shhei tahun 9Shhei tahun 10Shhei tahun 11Shhei tahun 12Shhei
tahun 13Shhei tahun 14UtaraKan- tahun 1Kan- tahun 2Bunna tahun 1Bunna tahun 2Bunna tahun 3Bunna tahun 4Embun tahun 1Embun tahun 2Embun tahun 3Embun tahun 4Tahun1360136113621363136413651366136713681369SelatanShhei tahun 15Shhei tahun 16Shhei tahun 17Shhei tahun
18Shhei tahun 19Shhei tahun 20Shhei tahun 21Shhei tahun 22Shhei tahun 23Shhei tahun 24Istana UtaraEmbun tahun 5Kan tahun 1Jji tahun 1Jji tahun 2Jji tahun 3Jji tahun 4Jji tahun 5Jji tahun 6an tahun 1an tahun
2Tahun1370137113721373137413751376137713781379SelatanKentoku tahun 1Kentoku tahun 2Bunch tahun 1Bunch tahun 2Bunch tahun 3Tenju tahun 1Tenju tahun 2Tenju tahun 3Tenju tahun 4Tenju tahun 5Utaraan tahun 3an tahun 4an tahun 5an tahun 6an tahun 7Eiwa tahun 1Eiwa tahun
2Eiwa tahun 3Eiwa tahun 4Kryaku tahun 1Tahun1380138113821383138413851386138713881389SelatanTenju tahun 6Kwa tahun 1Kwa tahun 2Kwa tahun 3Gench tahun 1Gench tahun 2Gench tahun3Gench tahun 4Gench tahun 5Gench tahun 6UtaraKryaku tahun 2Eitoku tahun 1Eitoku
tahun 2Eitoku tahun 3Shitoku tahun 1Shitoku tahun 2Shitoku tahun 3Kakei tahun 1Kakei tahun 2K tahun 1Tahun1390139113921393SelatanGench tahun 7Gench tahun 8Gench tahun 9Meitoku tahun 4UtaraMeitoku tahun 1Meitoku tahun 2Meitoku tahun 3
Tanaka Takashi. Kyy Nihonshi (). Ise: Seiseikikaku, 1997. Heibonsha Nihonshi Jiten. Tokyo: Heibonsha, 2001. ISBN 4-582-12716-9