Hassan al-Hudaybi
dengannya melakukan baiat kepadanya. Dan sebelum baiat dia berkata: "Sebenarnya saya tahu, bahwa saya sedang menyerahkan diri pada kepemimpinan dakwah yang mengakibatkan syahidnya sang pionir, muassis dan mursyid pertama, berhadapan dengan ancaman pembunuhan, penyiksaan para pengikutnya, pengusiran di jalan Allah, mereka telah mendapatkan apa yang mereka harapkan, dan saya
tidak yakin pada diri ini akan mampu melakukan dari apa yang ditinggalkan oleh sang imam dan membawa maslahat di dalamnya seperti imam Hasan Al-Banna, namun walau begitu saya akan berusaha menghadirkan dan melakukan sesuai dengan amanah dan keinginan para Ikhwan, menunaikan amanah untuk Allah SWT, tidak mencari dan berharap apapun kecuali ganjaran dan ridha Allah, dan saya tidak meminta
pertolongan kepada siapapun kecuali pada kekuasaan dan kekuatan Allah SWT.Mursyid memulai hidup barunya menjadi Mursyid Am Ikwahnul Muslimin berhadapan dengan berbagai ujian dan cobaan yang begitu keras; berbagai penangkapan, vonis hukuman penjara, bahkan menerima siksaan dan hukuman mati atasnya, yang kemudian berganti menjadi hukuman kerja paksa.
Saat memulai kehidupannya menjadi mursyid am kedua Ikhwanul Muslimin, dia mulai mengalami kehidupan yang keras dan tidak pernah berhenti, beban yang berat dan ujian yang tidak pernah putus, cobaan terhadap jamaah terutama pemimpinnya terus berlanjut; dimasukkan di dalam penjara, disiksa, dijatuhi hukuman mati, kemudian di ganti dengan hukuman
kerja paksa. Di tengah ujian tersebut dia berkata:"Tegakkanlah daulah Islam di dalam hati-hati kalian, niscaya dia akan tegak di negeri kalian". Pada kondisi yang mengenaskan berada dipenjara yang terisolir-sementara para Ikhwan yang lain dan termasuk anak-anaknya ikut disiksa dan dipecut- dia memperkukuh jiwa mereka dan mengajak mereka untuk mempertahankan keimanan mereka.
DR. Ahmad Al-'Asal berkata tentangnya: "Dia selalu menghadirkan kepada mereka untuk memiliki hati yang tsabat, dan jiwa yang tenang; dengan mengatakan di hadapan para pelaku penyiksaan: "Mereka adalah sebaik-baik pemuda Mesir, karena itu, jagalah mereka untuk menjadi saham bagi negerinya, cukuplah kalian mengambil dan memenjarakan diri saya dan melakukan apa yang kalian inginkan".
Selama di penjara kesehatan dia sering terganggu, sehingga harus dipindah ke rumah sakit, namun setelah itu hukuman terhadapnya tidak berhenti namun dikembalikan ke tempat semula untuk ikut merasakan penderitaan Ikhwan lainnya serta anak-anaknya. Dia berkta: "Penjara adalah sebaik-baik tempat pengkondisian jiwa bukan sekadar tembok dan
jeruji besi". Ahmad Al-'Asal juga berkata: "saya tidak pernah lupa terhadap apa yang diceritakan dia kepada kami, dia meneteskan air mata saat bercerita tentang kondisi seorang Ikhwan yang miskin yang mendapatkan waktu berharga pada salah seorang Pasya saat dirinya membersihkan WC di tempat salah seorang terpidana, maka salah seorang dari teman-temannya berinisiatif memberikan uang
atas amanah yang dikerjakannya dan kembali bekerja. Maka Ikhwan tersebut berdiri sambil menegakkan badannya berkata: "Sungguh saya ingin menambah pekerjaan ini sesuai dengan amanah, dan saya tidak menginginkan upah tersebut kecuali karena Allah, dan saya tidak butuh harta tersebut". Kemudian Ustadz berkata: "Padahal saya tahu betul kondisinya, dirinya pasti membutuhkan
harta tersebut, namun karena kesucian dan kebersihan dirinya, ia tidak mau menerima uang tersebut". Kemudian air matanya meleleh kembali.
Ahmad Husain pemimpin pemuda Mesir berkata, kami dimasukkan di penjara perang pada bulan Maret tahun 1954, dan saya melihat Syeikh Hasan Al-Hudaibi ada di dalamnya bersama kami, dan ketika dia berada sama saya, seakan saya melihat dirinya penuh dengan kemuliaan dan ketawadhuan, serta berinteraksi dengannya yang penuh dengan kelembutan dan kasih sayang, dan saya mengira
bahwa kemuliaan yang besar ini baginya adalah kemuliaan bersama Ikhwanul Muslimin. Salah seorang wartawan bertanya kepada saya; apa pendapatmu terhadap Ikhwan pada perang di Palestina? Maka saya jawab bahwa hal tersebut merupakan fenomena yang sangat mulia; karena merekalah yang telah berhasil menyelamatkan tentara Mesir dari kekalahan, yaitu mereka berhasil melindungi
pasukan terakhir saat mundur, dan hendaknya dunia mesti memahami, bahwa orang yang memerangi Ikhwan dengan besi dan api, telah melakukan perbuatan demi kepentingan syaitan, janganlah kalian mengira wahai saudaraku bahwa saya mengucapkan ini saat ini sah; karena saya telah meninggalkan Mesir sejak tahun 1955; dan terakhir kali saya bertemu dengan Abdul Nasher
adalah karena terkait permasalahan ini. Kemudian dia berkata: "Bahwa syahid kalian dan syuhada Islam, sedang menikmati kenikmatan di sisi Tuhannya, dan kelak sejarah akan mencatat seperti Ibnu Hambal, yang menolak untuk disamakan atau dijauhkan terhadap apa yang dianggapnya benar".