Kerusuhan Poso
Parimo, yang disebut-sebut sebagai pemimpin iring-iringan kendaraan Kristen yang berangkat dari Tentena, ditangkap.[lower-alpha 1] Desas-desus terus berlanjut bahwa ada pejabat tinggi di Poso yang berada di balik kekerasan ini, seperti Bupati Arief Patanga yang beragama Islam, atau Sekretaris Kabupaten Yahya Patiro yang beragama Kristen. Patiro diberi jabatan di pemerintahan provinsi
di Palu, meyebabkan kemarahan umat Islam Poso. Pada bulan Februari 1999, polisi menahan adik laki-laki Bupati, Agfar Patanga, dengan tuduhan memberikan hasutan untuk melakukan kekerasan. Pada bulan Juni 1999, Gubernur H.B. Paliudju mencopot Arief sebagai bupati. Laboratorium forensik di Sulawesi Selatan kemudian menyimpulkan bahwa Agfar Patanga adalah penulis dari surat tanpa nama yang isinya menuduh para pejabat Kristen Poso sebagai pihak yang memulai kerusuhan.
Setelah undang-undang baru tentang desentralisasi disahkan, posisi bupati harus diisi bukan melalui pengangkatan tapi oleh pemilihan di DPRD Poso. Beberapa kandidat termasuk Patiro, seorang Protestan, dan Damsyik Ladjalani dari partai Muslim PPP, dicoret. Keadaan ini menyisakan tiga calon: seorang anggota Muslim dari Partai Golkar yang berkuasa sebelumnya bernama Muin Pusadan; seorang Muslim bernama
Ismail Kasim; dan seorang politikus Kristen bernama Eddy Bungkundapu. Pada bulan Juni 1999, pemilihan umum secara demokratis untuk yang pertama kali dalam lebih dari empat dekade pasca kejatuhan Orde Baru, dilaksanakan secara nasional untuk memilih anggota DPRD di tingkat pusat, provinsi, dan kabupaten. Berbanding terbalik dengan partai oposisi seperti Partai Demokrasi Indonesia-Perjuangan (PDI-P) yang menang di
Jawa, partai Golkar yang berkuasa mampu meraih kemenangan di Sulawesi, dan di pulau-pulau terluar lainnya. Keberhasilan mereka memastikan bahwa calon dari Golkar, Muin Pusadan, terpilih sebagai Bupati Poso dalam sebuah pemungutan suara yang ketat pada bulan Oktober 1999, meskipun hasil ini mengecewakan para pendukung Muslim dan Protestan dari kandidat lainnya.[lower-alpha 2]
Setelah lebih dari satu tahun masa tenang, rangkaian peristiwa politik dan hukum pada bulan April 2000 menimbulkan ketegangan. Fase kedua berlanjut di sepanjang garis pertempuran yang sama dengan fase pertama, kali ini wilayah Kristen yang menderita kerusakan. Persidangan saudara mantan bupati Agfar Patanga telah dimulai. Dalam persidangan korupsi lainnya, seorang pengusaha lokal bernama
Aliansa Tompo didakwa telah menyalahgunakan dana dari program kredit pedesaan (Kredit Usaha Tani, KUT). Ada desas-desus bahwa sebagian dari uang ini digunakan untuk menyewa massa untuk menyerang gedung pengadilan dan membakar dokumen-dokumen perihal keterlibatannya, yang memaksa penangguhan kedua kasus tersebut. Pengadilan Patanga kemudian kembali diadakan di Palu. Selain itu,
posisi tertinggi kedua di Poso, sekretaris wilayah atau sekwilda sedang dipertimbangkan, dan persaingannya sangat ketat. Sebuah surat kabar yang dicetak pada tanggal 15 April memuat pernyataan oleh Chaelani Umar, seorang anggota DPRD provinsi dari Partai Persatuan Pembangunan, yang memprediksi bahwa akan ada lebih banyak kekerasan yang terjadi apabila mantan calon bupati, Damsik Ladjalani, tidak dipilih.
Keesokan harinya, seorang pemuda Muslim mengklaim telah diserang oleh sekelompok pemuda Kristen, dan menunjukkan luka di lengannya sebagai bukti. Pihak Islam membalas, dan pertarungan antara pemuda-pemuda dari kelurahan mayoritas Kristen Lombogia dan para pemuda Islam dari kelurahan Kayamanya dan Sayo meningkat menjadi kekerasan yang meluas. Selama beberapa hari berikutnya, rumah-rumah
yang dimiliki umat Kristen Poso di dekat terminal bus dan di Lombogia dibakar. Peristiwa ini memaksa Kapolres Poso saat itu untuk mendatangkan pasukan Brigade Mobil (BRIMOB) dari Palu.
Pada tanggal 17 April, anggota BRIMOB secara tidak sengaja menembaki kerumunan massa, menewaskan Mohammad Yusni (23) dan Yanto (13) dan melukai delapan orang Muslim lainnya, termasuk seorang pria bernama Rozal Machmud yang dilaporkan meninggal kemudian karena luka-lukanya. Setelah penguburan korban pada siang yang sama, Muslim yang marah menyerang Lombogia dan membakar rumah, gereja, dan
sekolah. Keesokan harinya, Gubernur Paliudju mengunjungi Poso dan disambut oleh sekelompok Muslim yang dipimpin oleh pengusaha dan tersangka penipuan Aliansa Tompo. Mereka menuntut agar Ladjalani menerima posisi sekwilda, agar kasus melawan Agfar Patanga ditutup, agar Kapolres dipecat, dan agar pasukan BRIMOB dikirim kembali ke Palu. Human Rights Watch menilai tuntutan
tersebut mencerminkan tema konflik yang mendasar: persaingan politik, sistem peradilan yang dipolitisir, dan ketidakpuasan terhadap para penegak hukum. BRIMOB dikirim pulang, namun pembakaran rumah berlanjut setelah sebuah mayat tak dikenal ditemukan di samping sejenis topi yang biasanya dikenakan oleh pihak Islam. Muslim dari kota dan sekitarnya membakar rumah, gereja, dan kantor cabang
PDI-P, meninggalkan Lombogia dan Kasintuwu dalam kondisi hancur. Razia dalam bentuk pengecekan identitas-terutama terkait agama- dimulai di wilayah mayoritas Muslim. Beberapa orang Kristen dilaporkan ditarik paksa untuk keluar dari mobil dan dibunuh.
Pangdam Wirabuana Mayor Jenderal TNI Slamet Kirbiantoro di Makassar, Sulawesi Selatan, akhirnya mengirim 600 tentara dan pertempuran mereda. Gubernur meminta masyarakat Kristen Poso, yang banyak di antaranya telah melarikan diri ke Tentena atau bukit-bukit di sekitar kota Poso, untuk tidak membalas dendam namun menyerahkannya kepada Tuhan. Polisi mengumumkan tahap kedua selesai pada tanggal 3 Mei
2000. Selama fase kedua, kedua belah pihak mulai menggunakan ikat kepala berwarna dan ban lengan untuk membedakan diri. Para pejuang Kristen dikenal sebagai pasukan merah atau kelompok merah, dan kelompok Islam sebagai pasukan putih atau kelompok putih. Meskipun pentingnya agama tidak boleh diabaikan, kedua kelompok ini juga mengatur jalur sosial, etnis, dan ekonomi, dan dengan demikian istilah pejuang Protestan atau Muslim berisiko terlalu menyederhanakan konflik.
Baru tiga minggu sejak fase kedua selesai, fase ketiga-yang menurut beberapa pengamat, merupakan yang terbesar dan terparah- dimulai. Periode ini didominasi oleh gelombang serangan balasan oleh kelompok merah Kristen terhadap warga Muslim. Di samping bentrokan langsung dengan kelompok putih Islam, ada juga penculikan dan pembunuhan orang-orang yang tidak
berkepentingan. Hasil wawancara yang dilakukan Human Rights Watch mengonfirmasi bahwa para migran dari Sulawesi Selatan dan Gorontalo yang umumnya menjadi korban atas tindakan tersebut, namun kelompok etnis dan suku lainnya juga menderita.
Pada awal bulan Mei, muncul desas-desus bahwa banyak pemuda Kristen yang mengungsi telah melarikan diri ke sebuah kamp pelatihan kelompok merah di Kelei. Pasukan Kristen yang beroperasi pada fase ini disebut "kelelawar merah" dan "kelelawar hitam".[lower-alpha 3] Kelelawar hitam yang bertopeng seperti "ninja" ini, disebut-sebut menargetkan para Muslim di Kayamanya yang dianggap bertanggung
jawab atas serangan di Lombogia pada fase sebelumnya.[lower-alpha 4] Pasukan ninja ini disebut-sebut dipimpin oleh Fabianus Tibo, seorang imigran sekaligus pekerja perkebunan beragama Katolik yang datang dari pulau Flores (Nusa Tenggara Timur), yang pernah dipenjara atas kasus pembunuhan seorang pria bertahun-tahun sebelumnya. Selain itu, seorang tokoh Kristen bernama Adven
Lateka digambarkan oleh pers dan kepolisian sebagai otak, pemodal keuangan, atau "aktor intelektual" di balik kekerasan tersebut.
Pada pagi hari tanggal 23 Mei, sekelompok pasukan bertopeng ala ninja membunuh seorang polisi, Sersan Mayor Kamaruddin Ali, dan dua warga sipil Muslim, yang masing-masing bernama Abdul Syukur dan Baba. Kelompok ninja ini kemudian dilaporkan bersembunyi di sebuah gereja Katolik di Kelurahan Moengko. Kelompok tersebut, termasuk Tibo, mulai bernegosiasi dengan polisi untuk menyerah.