Kerusuhan Poso
Kerumunan warga Muslim mulai berkumpul di depan gereja, dan bukannya menyerahkan diri, Tibo serta yang lainnya justru melarikan diri ke perbukitan di belakang kompleks gereja. Gereja tersebut dibakar pada pukul 10.00 pagi dan pertempuran terjadi di seluruh kota, yang paling parah di Sayo, dimana sepuluh orang terluka terkena panah dan lemparan batu. Gubernur kembali mengisyaratkan
bahwa ada pihak-pihak luar-merujuk kepada status imigran Tibo- yang menjadi provokator, sementara kepolisian mengumumkan bahwa tiga tersangka dari kelompok ninja telah ditahan dan dibawa ke Palu setelah dikeroyok oleh massa Muslim. Dua minggu kemudian tiga orang yang diduga sebagai provokator, diidentifikasi sebagai Yen, Raf, dan Leo, ditahan atas tuduhan menghasut kerusuhan pada tanggal 23 Mei.
Pada tanggal 28 Mei, serangan meluas terhadap warga Islam terjadi di beberapa desa di kabupaten ini. Dalam sebuah peristiwa yang paling terkenal, sekelompok orang Kristen-beberapa sumber menyebut bahwa Tibo dan kelompoknya ikut berpartisipasi- mengelilingi Desa Sintuwu Lemba, yang juga dikenal sebagai Kilo Sembilan.[lower-alpha 5] Para wanita dan anak-anak ditangkap dan beberapa di
antaranya mengalami pelecehan seksual. Sekitar tujuh puluh orang berlari ke pesantren terdekat-Pesantren Walisongo- dimana banyak warga Muslim dibunuh dengan senjata api dan parang, tanpa peduli mereka menyerah atau tidak. Mereka yang kabur, berhasil ditangkap untuk kemudian dieksekusi dan mayatnya dilemparkan ke Sungai Poso. Tiga puluh sembilan mayat kemudian
ditemukan di tiga kuburan massal, meskipun sebuah sumber Islam memperkirakan total 191 kematian dalam serangan tersebut. Seorang warga yang selamat dari serangan tersebut mengatakan kepada wartawan bahwa dirinya kembali ditangkap empat hari kemudian dan dibawa ke sungai untuk dieksekusi, namun ia sekali lagi berhasil lolos dan selamat.
Setelah kerusuhan mulai surut, Mabes Polri di Jakarta bergerak dengan mendirikan Komando Lapangan Operasi. Melalui kebijakan dari Jakarta, operasi militer di Poso dilaksanakan dengan berbagai sandi operasi. Operasi Sadar Maleo digelar pada tahun 2000, dengan BKO (badan kendali operasi) Polres Poso. Satuan-satuan TNI yang bergabung dalam operasi tersebut adalah Batalyon Infanteri 711/Raksatama
Poso, Batalyon Infanteri 726/Tamalatea Makassar, Batalyon Infanteri 721/Makassau Palopo, dan Batalyon Zeni Tempur 8 Makassar. Di sisi lain, satuan kepolisian termasuk Brimob Polres Pare-Pare, Brimob Polres Makassar, Perintis dan Satuan Intel Polda Sulawesi Tengah.
Mobilisasi kekuatan TNI-Polri melalui sandi Operasi Sintuwu Maroso terjadi setiap tahunnya, dan pada pertengahan bulan April 2004, operasi ini kembali diperpanjang. Satuan TNI dan Polri yang dimasukkan ke dalam BKO operasi ini, termasuk Brimob Polda Papua, Brimob Polda Kalimantan Timur, Brimob Kelapa Dua Bogor, Brimob Polda Jawa Tengah, Brimob Polda
Sulawesi Utara, Brimob Kendari, Brimob Polres Pare-Pare, Brimob Polres Makassar, Resimen Pelopor dan Brimob Polda Sulawesi Tengah. Untuk TNI, satuan yang di BKO-kan adalah Batalyon Infanteri 711/Raksatama Palu, Batalyon Infanteri 712/Wiratama Manado, Batalyon Infanteri 713/Satyatama Gorontalo, Batalyon Infanteri 721/Makassau Palopo, dan Batalyon Artileri Medan
6/Tamarunang Makassar. Pasukan gabungan ini ditempatkan di 142 pos penjagaan, dimulai dari Desa Tumora hingga ke perbatasan Sulawesi Tengah dengan Sulawesi Selatan, Desa Mayoa.
Dalam kekerasan dan kerusuhan yang terjadi antara masyarakat Kristen dan Islam di ibu kota Poso, kedua belah pihak didukung oleh massa seiman dari luar kota. Masyarakat Muslim dibantu oleh orang-orang yang berasal dari Ampana yang termasuk wilayah Tojo Una-Una dan terletak di sebelah timur laut kota Poso, dan Parigi yang berada di sebelah barat Kabupaten Poso. Di sisi lain, masyarakat Kristen
dibantu oleh orang-orang Lage dari desa-desa seperti Sepe dan Silanca di Kecamatan Lage, sebelah tenggara ibu kota Poso.
Jemaah Islamiyah Mujahidin KOMPAK Laskar Jundullah, dipimpin oleh Agus Dwikarna dengan markas lokal di Pendolo, Pamona Selatan. Laskar Wahdah Islamiyah, sebuah kelompok yang berbasis di Makassar dan berafiliasi dengan Wahdah Islamiyah dan dipimpin oleh Zaitun Rusmin. Laskar Bulan Sabit Merah, dipimpin oleh seorang tokoh Darul Islam dari Jawa Barat dan menjalin hubungan erat dengan Laskar
Jundullah. Laskar Jihad, dengan pemimpin lokal Mohamed Harits dan Abu Ibrahim, dan dikirim ke Poso sekitar bulan Juli tahun 2001. Laskar Khalid bin Walid, sebuah milisi kecil yang berasosiasi dengan Partai Keadilan dan dipimpin oleh Sugianto Kaimudin.
Forum Perjuangan Ummat Islam, dipimpin oleh Adnan Arsal dan merupakan organisasi dimana banyak anggota Jundullah direkrut. Majelis Dzikir Nurkhaerat Poso, dipimpin oleh Habib Saleh al-Idrus. Gerakan Anak Monginsidi, dipimpin oleh Mohammed Dong. Anak Tanah Runtuh, sebuah milisi kecil yang dipimpin oleh Adnan Arsal dan berbasis di kelurahan Gebangrejo, Poso Kota. Brigade Pemuda Hisbullah Sulteng, sebuah pasukan kecil yang berkaitan dengan cabang lokal dari Partai Bulan Bintang.
Berbeda dengan milisi Islam, milisi Kristen sedikit sulit untuk diidentifikasi. Salah satu di antara beberapa kelompok milisi yang berhasil diidentifikasi adalah Brigade Manguni. Milisi ini berpusat di Manado, Sulawesi Utara dengan jumlah personel sekitar 700 orang. Dalam kerusuhan Poso, pasukan ini diduga berbasis di daerah Sepe dan Silanca, Lage. Brigade Manguni memiliki divisi di masing-masing daerah yang membawahi
cabang satuan. Pada fase ketiga yang berlangsung pada bulan Mei 2000, muncul milisi dengan nama Laskar Kristus. Kelompok ini disebut-sebut terdiri dari tiga kelompok, yaitu pasukan Macan, pasukan Kelelawar, dan pasukan kipas (sisiru).
Kelompok lain yang terorganisir oleh warga Kristen di Poso adalah Angkatan Muda Sintuwu Maroso (ANSIMAR). Kelompok ini pada umumnya terdiri dari para kaum muda terpelajar di kota Poso. Para anggota ANSIMAR sebagian besar terdiri dari warga kelurahan Lombogia. Rumah-rumah mereka dibakar massa Islam saat fase kedua kerusuhan yang terjadi bulan April tahun 2000,
sehingga sebagian besar dari mereka terpaksa mengungsi ke Tentena. Mereka tidak berpartisipasi dalam bentrokan fisik, melainkan lebih kepada upaya untuk mencari penyelesaian konflik.
Pertanyaan tentang jumlah korban sangat sensitif dan berunsur politis. Hal ini didorong oleh rasa keberatan yang dibuat lebih kuat oleh laporan berita yang tidak lengkap atau kabar miring tentang serangan dan desas-desus terbaru tentang pembantaian yang akan terjadi. Kurangnya pelaporan yang jelas oleh media atau investigasi oleh pemerintah, ditambah dengan medan yang luas dan durasi konflik
yang panjang, menyulitkan untuk menentukan jumlah korban yang sebenarnya. Meski demikian, Human Rights Watch mencatat bahwa kedua belah pihak telah menderita banyak korban dalam kerusuhan ini. Meski ada beberapa perkiraan yang mencapai sekitar 2000 korban jiwa, sebagian besar memperkirakan antara 500 hingga 1000 korban. Versi pemerintah, yang dikeluarkan pada tanggal 5 Desember 2001-tepat sebelum
penandatanganan Deklarasi Malino- dirinci menjadi 577 korban tewas, 384 terluka, 7932 rumah hancur, serta 510 fasilitas umum terbakar atau rusak. Sebuah kelompok Muslim, Tim Evakuasi Pencari Fakta Korban Muslim Kerusuhan Poso (Victims of the Poso Conflict Evacuation and Fact Finding Team), mengklaim bahwa antara bulan Mei 2000 hingga Desember 2001, 840 mayat Muslim ditemukan, kebanyakan ditemukan di Sungai Poso dan
hutan-hutan di tepi kota. Jumlah yang tidak diketahui juga dikatakan hilang. Kebanyakan korban jiwa diperkirakan sampai pada kerusuhan ketiga, pada bulan Mei dan Juni 2000.