Universitas
dan hidup secara terhormat. Ilmuwan-ilmuwan lain di universitas terpengaruh dengan pendekatan humanis dalam pembelajaran, dan keahlian linguistik mereka dalam hal teks-teks kuno; ideologi yang menyatakan bahwa teks-teks kuno itu penting juga memengaruhi cara pandang mereka. Dosen kedokteran seperti Niccol Leoniceno, Thomas Linacre dan William Cop juga mengajar dalam perspektif humanis; selain itu,
mereka juga menerjemahkan teks-teks kedokteran kuno yang penting. Cara berpikir kritis yang dikembangkan humanisme menjadi amat penting bagi perubahan di universitas dan akademia. Misalnya, Andreas Vesalius dididik dalam gaya humanis sebelum akhirnya menerjemahkan Galen; dan pada akhirnya, ia memverifikasi ide-ide Galen melalui pembedahannya sendiri. Dalam bidang hukum, Andreas Alcatius
memberikan perspektif humanis pada "Corpus Juris" dan tulisan-tulisan humanis Jacques Cujas amat penting bagi reputasinya sebagai seorang juris. Philipp Melanchthon menggunakan karya-karya Erasmus sebagai petunjuk yang sangat penting untuk mengembalikan teologi kepada teks-teks awalnya, dan hal ini penting untuk reformasi di kampus-kampus Protestan. Galileo Galilei yang mengajar di Universitas Pisa dan Padua, serta Martin
Luther yang mengajar di Universitas Wittenberg (seperti Melanchthon), juga mendapatkan pendidikan dalam gaya humanis. Kaum humanis secara perlahan mulai masuk ke dalam universitas, meningkatkan keberadaan orang-orang berperspektif humanis sebagai dosen dan direktur, mengisi silabus dan buku pelajaran mereka, dan perlahan karya-karya terpublikasi mulai menggambarkan konsep ideal humanis mengenai sains dan pendidikan.
Meskipun fokus awal para ilmuwan humanis adalah menemukan, menggambarkan, dan memasukkan teks-teks dan bahasa-bahasa kuno ke universitas serta ide-ide yang dibawakan teks-teks itu ke tengah-tengah masyarakat, pengaruh mereka pada akhirnya tetap progresif. Kemunculan teks-teks klasik membawakan ide-ide baru dan menciptakan iklim universitas yang lebih
kreatif (sebagaimana ditunjukkan daftar ilmuwan di atas). Sebuah fokus baru pengetahuan yang lebih didasarkan pada diri sendiri, dari manusia, memiliki implikasi langsung terhadap bentuk baru pendidikan, dan hal ini pada akhirnya menjadi fondasi atas apa yang kemudian dikenal sebagai ilmu humaniora. Antusiasme terhadap pengetahuan ini tidak hanya muncul
dalam bentuk penerjemahan dan penyebaran teks-teks kuno, tetapi juga pada adaptasi dan perluasan teks-teks tersebut. Misalnya, Vesalius memegang peranan penting dalam menyebarkan pentingnya pemikiran Galen, akan tetapi ia juga menambahkan teks-teks itu dengan eksperimen, argumen, dan riset lanjutan. Penyebaran teks-teks tersebut, terutama di kampus, amat dibantu
dengan kemunculan mesin cetak dan penggunaan bahasa sehari-hari, yang memudahkan percetakan buku-buku teks besar dengan harga murah.
Apabila melihat pengaruh humanisme pada ilmuwan-ilmuwan kedokteran, matematika, astronomi, dan fisika, seseorang mungkin akan beranggapan bahwa humanisme dan universitas merupakan impetus besar terhadap revolusi sains. Meskipun koneksi awal antara humanisme dan penemuan sains mungkin sekali pada awalnya dimulai di universitas, koneksi ini kemudian dianggap terputus karena sifat sains yang
berubah pada masa revolusi sains. Sejarawan Richard S. Westfall, misalnya, berargumen bahwa tradisionalisme berlebihan di kampus-kampus mengganggu percobaan untuk mengonsepkan ulang hubungan alam dan pengetahuan, dan pada akhirnya menciptakan tegangan antara universitas dan ilmuwan. Resistensi terhadap perubahan dalam sains ini mungkin sekali merupakan faktor besar yang menyebabkan para
ilmuwan bergerak menjauh dari universitas dan pada pemberi dana swasta, misalnya kaum bangsawan, serta dalam pendirian komunitas-komunitas keilmuan baru.
Sejarawan lain menemukan ide ini tidak kongruen. Menurut mereka, aneh sekali bahwa tempat yang menjadi tempat pendidikan para ilmuwan yang pada akhirnya memengaruhi revolusi sains, juga merupakan tempat yang mempersulit riset serta perkembangan sains. Faktanya, lebih dari 80% peneliti Eropa pada tahun 1450-1650 yang masuk ke dalam Kamus Biografi Sains pernah dididik di universitas,
dan sekitar 45% dari mereka memegang jabatan di universitas. Memang, fondasi-fondasi akademik yang berasal dari Abad Pertengahan dianggap stabil dan dapat digunakan sebagai lingkungan yang mendukung pertumbuhan dan perkembangan sains. Ada pula kekhawatiran universitas itu sendiri untuk berpindah dari simetri dan kelengkapan yang ada pada sistem Aristotelian, sebuah sistem yang koheren dan
efektif untuk memahami dan menginterpretasi dunia. Di sisi lain, dosen-dosen universitas itu juga memiliki otonomi, setidaknya dalam ilmu pengetahuan, untuk memilih dasar-dasar dan metode epistemologis mereka. Misalnya, Melanchthon dan murid-muridnya di Universitas Wittenberg memegang peranan penting untuk mengintegrasikan konstruk matematis Kopernikus ke dalam debat dan pengajaran astronomi.
Contoh lain adalah pengadopsian cepat (dan cepat juga hilangnya) epistemologi dan metodologi Kartesian di universitas-universitas di Eropa serta debat-debat mengenai adopsi tersebut, yang pada akhirnya mengantarkan pada pendekatan penyelesaian masalah sains yang lebih mekanistik dan membuka potensi perubahan. Ada banyak contoh yang melawan anggapan bahwa universitas itu kaku dan sulit
berubah. Meskipun universitas memang kadang lambat untuk menerima ilmu serta metodologi baru, tetapi ketika mereka menerima sebuah ilmu atau metodologi baru, ilmu atau metodologi itu mendapatkan legitimasi dan rasa hormat. Hal ini bersifat baik bagi perubahan saintifik karena adanya lingkungan stabil untuk pengajaran dan sumber daya material.
Selain ketegangan antara universitas, ilmuwan individual, serta revolusi sains, ada pula pengaruh langsung pada konstruksi pengajaran di universitas itu sendiri. Epistemologi Aristotelian memberikan wahana yang koheren bagi pengetahuan dan konstruksi pengetahuan, serta untuk pengajaran mahasiswa dalam latar belakang pendidikan tinggi. Penciptaan konstruk-konstruk ilmu baru pada masa
revolusi sains serta tantangan-tantangan epistemologi baru yang inheren dalam penciptaan tersebut pada akhirnya membawakan ide otonomi sains dan hierarki disiplin ilmu. Pada masa ini, mahasiswa masuk kampus tidak untuk menjadi "ilmuwan general" yang hendak menjadi ahli dalam semua bidang di kurikulum, tetapi pada akhirnya lahirlah sejenis ilmuwan yang mengedepankan
sains dan menganggap sains sebagai suatu pekerjaan. Pemisahan antara orang-orang yang menganggap sains sebagai suatu pekerjaan tersendiri, serta orang-orang yang masih ingin menjadi "ilmuwan general", pada akhirnya memperparah tensi epistemologis yang mulai muncul.
Tensi epistemologis antara ilmuwan dan universitas juga diperparah dengan realita ekonomi penelitian pada masa ini. Ilmuwan-ilmuwan individual, asosiasi, serta universitas, semuanya bersaing untuk mendapatkan pendanaan yang terbatas. Ada pula persaingan dari pembangunan kolese-kolese baru yang didirikan oleh pihak-pihak swasta yang didesain untuk memberikan pendidikan gratis
kepada masyarakat umum, atau diciptakan pemerintah lokal untuk memenuhi permintaan pengetahuan sebagai pengganti universitas-universitas tradisional. Meskipun universitas biasanya mendukung penelitian-penelitian saintifik baru dan menyediakan pelatihan serta otoritas dasar untuk melakukan riset dan membuat kesimpulan, universitas-universitas itu biasanya tidak dapat bersaing dengan sumber daya yang tersedia secara swasta.
Pada akhir periode modern awal, struktur dan organisasi pendidikan tinggi sudah jauh berubah, lebih mirip dengan struktur serta organisasi yang ada dalam konteks modern. Aristoteles tidak lagi digunakan sebagai fokus epistemologis dan metodologis perguruan tinggi. Selain itu, ada pula orientasi sains yang lebih mekanistik. Peran pengetahuan teologis telah digantikan dan ilmu humaniora