Yoweri Museveni
yang gagal dilakukan oleh RPF terhadap pemerintahan Hutu di Rwanda pada paruhan pertama tahun 1990-an dari basis-basis di Uganda barat daya. Baru setelah terjadinya genosida Rwanda pada 1994 RPF mengambil alih kekuasaan dan pemimpinnya, Paul Kagame (seorang bekas tentara di pasukan Museveni), menjadi presiden.
Setelah Genosida Rwanda, pemerintah Rwanda yang baru merasa terancam oleh kehadiran bekas tentara-tentara Rwanda dan anggota-anggota dari rezim sebelumnya (di seberang perbatasan Rwanda di Kongo- yang saat itu dikenal sebagai Zare). Para serdadu ini dibantu oleh Mobutu Sese Seko- yang memimpin Rwanda (dengan bantuan Museveni) dan para pemberontak Laurent Kabila untuk menggulingkannya dan mengambil alih kekuasaan di Kongo. (lihat Artikel utama: Perang Kongo I).
Pada Agustus 1998, Rwanda dan Uganda berusaha menyerang Kongo kembali, kali ini untuk menggulingkan bekas sekutu Museveni dan Kagame- Kabila (lihat Artikel utama: Perang Kongo II). Museveni dan segelintir penasihat militer dekatnya saja yang membuat keputusan untuk mengirim Tentara Pertahanan Rakyat Uganda (UPDF) ke Kongo. Sejumlah sumber di tingkat tinggi menunjukkan bahwa parlemen dan para penasihat sipil Uganda tidak
dikonsultasikan tentang hal ini, seperti yang diwajibkan oleh konstitusi 1995. Museveni tampaknya berhasil meyakinkan seorang panglima yang mulanya enggan untuk ikut serta dalam usaha ini. "Kami merasa bahwa orang-orang Rwanda yang memulai perang, dan sudah menjadi tugas mereka untuk melanjutkan dan menyeleasikan tugas ini, tetapi Presiden kita mengambil waktu yang
lama dan meyakinkan kita bahwa kita mempunyai kepentingan dalam apa yang sedang terjadi di Kongo", demikian dilaporkan dikatakan oleh seorang pejabat senior. Alasan-alasan resmi yang diberikan Uganda untuk intervensi ini adalah untuk menghentikan "genosida" terhadap orang-orang Banyamulenge di Republik Demokratis Kongo, bersamaan dengan pasukan-pasukan Rwanda, dan bahwa Kabila telah gagal
memberikan jaminan keamanan di sepanjang perbatasan dan membiarkan Pasukan-pasukan Demokratis Sekutu (ADF) menyerang Uganda dari garis belakang di Kongo. Pada kenyataannya UPDF tidak dikerahkan di daerah perbatasan, melainkan lebih dari 1.000 km di sebelah barat perbatasan Uganda dengan Kongo dan untuk mendukung para pemberontak Mouvement de Libération du Kongo (MLC) yang berusaha menggulingkan Kabila. Oleh karena itu, mereka tidak dapat mencegah ADF menyerang kota utama Fort Portal dan mengambil alih sebuah penjara di Uganda Barat.
Pasukan-pasukan dari Rwanda dan Uganda menjarah cadangan-cadangan mineral dan kayu yang kaya di negara itu. Amerika Serikat menjawab invasi itu dengan menunda semua bantuan militer untuk Uganda. Hal ini mengecewakan pemerintahan Clinton, yang telah berharap bahwa Uganda akan menjadi pusat dari Inisiatif Tanggapan Krisis Afrika. Pada 2000, pasukan-pasukan Rwanda dan Uganda melakukan tembak-menembak pada tiga kesempatan di kota Kisangani di
Kongo, sehingga menimbulkan ketegangan dan merosotnya hubungan antara Kagame dan Museveni. Pemerintah Uganda juga telah dikritik karena memperparah konflik Ituri, sebuah sub-konflik dari Perang Kongo II. Pada Desember 2005, Mahkamah Internasional menyatakan bahwa Uganda harus membayar ganti rugi kepada Republik Demokrasi Kongo atas pelanggaran-pelanggaran hak-hak asasi manusia selama Perang Kongo II.
Di utara, Uganda telah mendukung Tentara Pembebasan Rakyat Sudan (SPLA) dalam Perang Saudara Sudan Kedua melawan pemerintah Khartoum bahkan sebelum Museveni berkuasa. Dukungan yang berlanjut untuk SPLA, yang dipimpin oleh sahahat lama Museveni John Garang, memimpin Sudan untuk mendukung Tentara Perlawanan Tuhan (LRA) dan kelompok-kelompok pemberontak anti-Museveni lainnya pada pertengahan 1990-an.
Ketidakamanan dan konflik-konflik yang muncul karena itu telah melahirkan sejumlah besar pengungsi, kematian dan kehancuran di Sudan selatan dan Uganda utara. Hubungan yang menghangat dengan Sudan sesudah itu melahirkan tekad untuk menghentikan dukungan kepada kekuatan-kekuatan yang memusuhi (dari kedua belah pihak) dan pemberian persetujuan kepada uPDF untuk menyerang LRA di Sudan sendiri.
Pada 2001 Museveni memenangkan pemilu presiden dengan jumlah suara mayoritas yang cukup besar. Lawannya yang benar-benar serius hanyalah sahabatnya dan dokter pribadinya, Kizza Besigye. Dalam sebuah acara publisitas yang merakyat, Museveni dalam usianya yang 50-an tahun, mengendarai sebuah ojek motor bodaboda untuk menyerahkan formulir nominasinya untuk pemilu
itu. Bodaboda adalah sebuah sarana transportasi yang murah dan agak berbahaya untuk membawa penumpang keliling kota dan desa-desa di Afrika Timur.
Ada banyak tuduhan dan kegetiran dalam pemilu presiden 2001. Berbagai kekerasan terjadi setelah hasilnya diumumkan- yang dimenangi oleh Museveni. Besigye menantang hasil-hasil pemilu di Mahkamah Agung Uganda. Dua dari lima hakim agung menyimpulkan bahwa dalam pemilu itu terjadi begitu banyak penyimpangan dan hasilnya harus ditolak. Tiga hakim lainnya memutuskan bahwa
penyimpangan-penyimpangan itu tidak memengaruhi hasil pemilu itu secara berarti, namun mereka menyatakan bahwa "ada cukup bukti bahwa di sejumlah tempat pemungutan suara terjadi kecurangan" dan bahwa di sejumlah daerah di negara itu, "prinsip pemilu yang adil dan bebas tidak sepenuhnya dilakukan." Besigye ditahan sebentar dan ditanyai oleh polisi,
konon karena hubungannya dengan pengkhianatan. Pada bulan September ia terbang ke AS dan menyatakan bahwa nyawanya terancam.
Setelah pemilu, kekuatan-kekuatan politik yang bersekutu dengan Museveni mulai mengadakan kampanye untuk mengendurkan batas-batas konstitusional tentang masa jabatan presiden untuk memunginkannya bertarung dalam pemilu kembali pada 2006. Konstitusi Uganda 1995 menyebutkan bahwa masa jabatan presiden dibatasi hingga dua kali saja. Dengan sejarah rezim dictator Uganda, pembatasan ini dimaksudkan untuk
mencegah sentralisasi kekuasaan yang berbahaya pada seorang pemimpin yang berkuasa dalam jangka waktu yang panjang. Pada masa ini terjadilan penyingkiran pendukung-pendukung Museveni yang penting dan berpengaruh dari pemerintahannya, termasuk temannya sejak masa kecil, Eriya Kategaya dan menteri kabinet Jaberi Bidandi Ssali.
Langkah-lang untuk mengubah konstitusi dan upaya-upaya yang konon dimaksudkan untuk menekan kekuatan politik oposisi telah mengundang kritik dari para komentator dalam negeri dan komunitas internasional serta negara-negara pemberi bantuan untuk Uganda. Dalam sebuah siaran pers, partai oposisi utama, Forum untuk Perubahan Demokratis (FDC), menuduh Museveni terlibat dalam sebuah "proyek presiden
seumur hidup", dan menyogok para anggota parlemen untuk menolak amendemen konstitusi, demikian tuduhan para pemimpin FDC.
"Negara terpolarisasi karena banyak rakyat Uganda yang menentang [amendemen konstitusi]. Bila Parlemen jalan terus dan menghapuskan batas masa jabatan, hal ini dapat menimbulkan ketegangan yang serius, pergulatan politik dan membawa kepada pergolakan baik pada masa transisi maupun sesudahnya... Karena itu kami ingin mengimbau kepada Presiden Museveni agar menghormati dirinya sendiri, rakyat yang telah
memilihnya sebagai Presiden pada 2001 ketika ia menjanjikan kepada negara dan dunia pada umumnya untuk menyerahkan kekuasaan dengan damai dan dalam cara yang tertib pada akhir masa jabatannya yang kedua dan terakhir. Bila tidak, tekadnya untuk bertarung kembali akan membuat dunia melihat dia seagai seorang penipu ulung dan pembohong politik terbesar yang pernah dikenal negara ini.
Seperti yang diamati oleh sejumlah komentator politik (mis. Wafula Okumu), Museveni sebelumnya telah menyatakan bahwa ia menganggap ide bertahan dalam jabatan selama "15 tahun atau lebih" bukan sesuatu yang baik, dan mengumumkan bahwa ia adalah "anggota dari kelompok pemimpin Afrika yang mabuk kekuasaan"- sambil membandingkan dirinya dengan Robert Mugabe