Madrasah Muallimin Muhammadiyah Yogyakarta
kemerdekaan bersikap kepada para santrinya yang akhirnya membentuk mental kepemimpinan dan kepeloporan yang kuat, serta mereka telah terbiasa melakukan berbagai koordinasi dan aksi sebagai imbas manfaat dari banyaknya organisasi-organisasi dan komunitas-komunitas yang ada di Mu'allimin. Tak disangkal kini para santri Mu'allimin banyak dikagumi dan
dikenal menjadi pimpinan organisasi dan event organizer dalam acara-acara besar. Berikut adalah daftar organtri-organtri dan komunitas-komunitas yang menunjang di Mu'allimin:
Kemudian pada tahun 1987, di bawah kepemimpinan Drs. H. Sri Satoto, dilakukanlah resistematisasi kurikulum. Tujuannya agar proses pendidikan dan pengajaran dapat lebih berdaya guna dan berhasil guna. Sehubungan dengan itu, pengembangan Mu'allimin dilajutkan lagi dengan kebijakan untuk merekayasa suatu paket terpadu yang menyangkut materi bidang studi Al-Islam dan Kemuhammadiyahan dengan teknik
kurikulum silang (crossing curriculum), yakni memadukan materi GBPP Madrasah Tsanawiyah dan Madrasah Aliyah Departemen Agama Republik Indonesia dengan materi Mu'allimin yang merujuk kepada referensi "kitab kuning". Proses terakhir inilah yang masih terus berlangsung hingga saat ini. Tentu saja, dalam rangka memperoleh hasil yang sempurna, evaluasi dan revisi (perbaikan) terus menerus dilakukan terhadap materi bidang studi Al-Islam dan Kemuhammadiyahan.
Ketika Muallimin membuka jurusan Keagamaan dalam program pendidikan Aliyah pada tahun pendidikan 1996/1997, antara lain untuk mengimbangi program MAN PK (Pendidikan Keagamaan) yang digagas dan dicanangkan oleh Menteri Agama RI waktu itu, Prof. Drs. H. Munawir Sjadzali, M.A., maka Muallimin pun mempertegas orientasi program pendidikannya dengan memberikan peluang sebesar-besarnya kepada para
siswanya untuk melanjutkan studi ke berbagai Perguruan Tinggi Agama dan Umum, baik di dalam negeri maupun di luar negeri. Program pendidikan yang dimaksud terbagi dua, yaitu pertama, Madrasah Aliyah Umum (MAU) jurusan IPA dan IPS, serta kedua, Madrasah Aliyah Keagamaan (MAK).
Di antara 16 direktur yang pernah memimpin Mu'allimin terdapat 3 diantaranya yang anugerahi gelar "Pahlawan Nasional" yaitu: K.H. Ahmad Dahlan, K.H. Mas Mansur, K.H. Abdul Kahar Muzakkir
Pondok Pesantren Mu'allimin Muhammadiyah Yogyakarta pada dasarnya menganut sistem pelajaran "long life education." Sehingga, kehidupan di asrama/"ma'had" pondok masih berada dalam satu naungan di bawah pimpinan direksi madrasah. Sehingga kebijakan di asrama masih terkontrol oleh pihak madrasah. Walaupun demikian, letak asramanya banyak yang berada di luar lingkungan madrasah. Dari 10 asrama yang
ada, 9 di antaranya berada di luar. Hanya asrama Abu Bakar Ash-Shiddiq yang berada di dalam madrasah. Adapun asrama yang terjauh adalah asrama Abdurrahman bin Auf (asrama 9), Yang terletak di Jl. Pareanom No.6, Wirobrajan Yogyakarta.
Jl S. Parman 68 Yogyakarta Jl Pandu 18 Ketanggungan Jl Pandu 11 Ketanggungan Jl Kresna 2 Ketanggungan Jl Kresna 18 Ketanggungan Jl Wekudara 12 Wirobrajan Jl Patangpuluhan 10 Wirobrajan Jl. Sadewa 19 Ketanggungan Jl Pareanom 6 Patangpuluhan Jl S. Parman 64 Yogyakarta Jl. Sadewa 19 Ketanggungan
Para alumni dari madrasah ini kemudian membentuk suatu organisasi yang menyatukan mereka yang diberi nama KABAMMMA (Keluarga Besar Abiturient Mu'allimin Mu'allimaat Muhammadiyah Yogyakarta). Saat ini KABAMMMA dipimpin oleh Dr. Khairuddin Bashori, M.Si. dengan alamat sekretariat di Jl. S.Parman 64 Yogyakarta. Salah satu tokoh pentingnya adalah Ahmad Syafii Maarif. Selain KABAMMMA alumni
Madrasah Mu'allimin dan Mu'allimaat Muhammadiyah juga memiliki organisasi kemahasiswaan yang disebut dengan IKMAMMM. Organisasi kemahasiswaan tersebut merupakan Ortom ("organisasi Otonom") dari KABAMMMA. Saat ini IKMAMMM di pimpin oleh Velandani Prakoso, S.IP