Tokugawa Ieyasu
Oposisi terhadap Ieyasu berpusat di sekitar Ishida Mitsunari, daimyo yang kuat tetapi bukan salah satu dari bupati. Mitsunari merencanakan kematian Ieyasu dan berita rencana ini sampai ke beberapa jendral Ieyasu. Mereka berusaha untuk membunuh Mitsunari tapi dia melarikan diri dan mendapat perlindungan dari tak lain adalah dari Ieyasu sendiri. Tidak
jelas mengapa Ieyasu melindungi musuh yang kuat dari anak buahnya sendiri, tapi Ieyasu adalah seorang ahli strategi dan ia mungkin menyimpulkan bahwa ia akan lebih baik dengan Mitsunari yang memimpin pasukan musuh, bukan salah satu dari para bupati, yang akan memiliki legitimasi lebih.
Hampir semua daimyo Jepang dan samurai kini terpecah menjadi dua faksi- Pasukan Barat (kelompok Mitsunari) dan Tentara Timur (kelompok anti-Mitsunari). Ieyasu mendukung kelompok anti-Mitsunari, dan membentuk mereka sebagai sekutu potensial. Sekutu Ieyasu adalah klan Date, klan Mogami, klan Satake dan klan Maeda. Mitsunari bersekutu dengan tiga bupati
lainnya: Ukita Hideie, Mori Terumoto, dan Uesugi Kagekatsu serta banyak daimyo dari ujung timur Honshu.
Pada bulan Juni 1600, Ieyasu dan sekutu-sekutunya menggerakan pasukan mereka untuk mengalahkan klan Uesugi, yang dituduh merencanakan pemberontak melawan pemerintahan Toyotomi (dipimpin oleh Ieyasu, yang teratas dari Dewan Lima Sesepuh). Sebelum tiba di wilayah Uesugi, Ieyasu telah mendapat informasi bahwa Mitsunari dan sekutu-sekutunya
telah menggerakan pasukan mereka melawan Ieyasu. Ieyasu mengadakan pertemuan dengan daimyo, dan mereka setuju untuk mengikuti Ieyasu. Dia kemudian memimpin mayoritas pasukan baratnya menuju Kyoto. Pada akhir musim panas, pasukan Ishida merebut Fushimi.
Ieyasu dan sekutu-sekutunya berbaris sepanjang Tkaid, sementara anaknya Hidetada pergi bersama Nakasend dengan 38000 pasukan. Sebuah pertempuran melawan Sanada Masayuki di Provinsi Shinano memperlambat pasukan Hidetada, dan mereka tidak tiba pada waktunya di pertempuran utama.
Pertempuran ini adalah yang terbesar dan kemungkinan pertempuran yang paling penting dalam sejarah Jepang. Itu dimulai pada 21 Oktober 1600 dengan total 160000 orang saling berhadapan. Pertempuran Sekigahara berakhir dengan kemenangan Tokugawa. Blok Barat hancur dan selama beberapa hari berikutnya Ishida Mitsunari dan banyak bangsawan barat lainnya ditangkap dan dibunuh. Tokugawa Ieyasu sekarang adalah penguasa de facto di Jepang.
Segera setelah kemenangan di Sekigahara, Ieyasu membagikan ulang tanah ke pengikut yang melayaninya. Ieyasu meninggalkan beberapa daimyo barat tanpa terluka, seperti klan Shimazu, tetapi yang lainnya hancur total. Toyotomi Hideyori (anak Hideyoshi) kehilangan sebagian besar wilayahnya yang berada di bawah pengelolaan daimyo barat, dan ia
terdegradasi ke daimyo biasa, bukan penguasa Jepang. Dalam tahun berikutnya pengikut yang telah berjanji setia kepada Ieyasu sebelum Sekigahara dikenal sebagai fudai daimyo, sementara mereka yang berjanji setia kepadanya setelah pertempuran (dengan kata lain, setelah kekuasaannya tidak perlu dipertanyakan lagi) dikenal sebagai tozama daimyo. Tozama daimyo dianggap lebih rendah dari fudai daimyo.
Pada tanggal 24 Maret 1603, Tokugawa Ieyasu menerima gelar shogun dari Kaisar Go-Yzei. Ieyasu telah berusia 60 tahun. Dia mengalahkan semua orang besar lainnya pada zamannya: Nobunaga, Hideyoshi, Shingen, Kenshin. Dia adalah shogun dan ia menggunakan sisa hidupnya untuk menciptakan dan memantapkan Keshogunan Tokugawa (yang akhirnya menjadi zaman Edo, sekitar
dua ratus tahun dibawah keshogun Ieyasu), pemerintah shogunal ketiga (setelah Minamoto dan Ashikaga). Untuk mengkonsolidasikan kekuasaannya, Ieyasu mengumpulkan anak buahnya untuk satu pertempuran terakhir untuk menghilangkan sisa-sisa klan Toyotomi di Istana Osaka. Dia berhasil dalam Pengepungan Osaka dan menghapus semua kemungkinan ancaman bagi
kekuasaannya. Ia mengaku sebagai keturunan dari klan Minamoto lewat keluarga Nitta. Keshogunan Tokugawa akan memerintah Jepang selama lebih dari 250 tahun ke depan.
Mengikuti pola kemapanan yang baik dari Jepang, Ieyasu turun tahta dari posisi resminya sebagai shogun pada tahun 1605. Penggantinya adalah putranya dan ahli warisnya, Tokugawa Hidetada. Ini mungkin telah dilakukan, sebagian untuk menghindari terikat dalam tugas-tugas seremonial, dan sebagian untuk membuatnya lebih sulit
bagi musuh-musuhnya untuk menyerang pusat kekuasaan yang sesungguhnya, dan sebagian untuk mengamankan pewarisan gelar yang lancar untuk anaknya. Pelepasan Ieyasu itu tidak berpengaruh pada tingkat praktik kekuasaannya, tetapi Hidetada tetap berperan sebagai kepala formal birokrasi bakufu.
Ieyasu, bertindak sebagai pensiunan shogun (,gosho), tetap menjadi penguasa efektif Jepang hingga kematiannya. Ieyasu pensiun ke istana Sunpu di Sunpu, tetapi ia juga mengawasi pembangunan istana Edo, proyek pembangunan besar-besaran yang berlangsung selama sisa hidup Ieyasu. Hasil akhirnya adalah istana terbesar di seluruh
Jepang, biaya untuk membangun benteng ditanggung oleh semua daimyo lain, sementara Ieyasu menuai semua manfaatnya. Menara utama pusat, atau tenshu, terbakar pada tahun 1657. Hari ini, Istana Kekaisaran berdiri di situs benteng.
Ogosho Ieyasu juga mengawasi urusan diplomatik dengan Belanda dan Spanyol. Dia memilih untuk menjauhkan Jepang dari Eropa mulai tahun 1609, meskipun bakufu tidak memberikan hak eksklusif perdagangan Belanda dan mengizinkan mereka untuk mempertahankan sebuah "pabrik" untuk tujuan perdagangan. Dari 1605 sampai kematiannya, Ieyasu berkonsultasi dengan perintis Inggris
Protestan dari pekerja Belanda, William Adams, yang memainkan peran penting dalam membentuk dan memajukan hubungan Keshogunan yang berkembang dengan Spanyol dan Gereja Katolik Roma.
Pada tahun 1611, Ieyasu, memimpin 50000 orang, mengunjungi Kyoto untuk menyaksikan penobatan Kaisar Go-Mizunoo. Di Kyoto, Ieyasu memerintahkan renovasi istana dan bangunan kekaisaran, dan memaksa sisa daimyo barat untuk menandatangani sumpah setia kepadanya. Pada 1613, ia menulis Kuge Shohatto, sebuah dokumen yang menempatkan pemerintahan daimyo di bawah pengawasan
ketat, meninggalkan mereka sebagai boneka seremonial. Pengaruh kekristenan, yang diliputi kekacauan selama Reformasi Protestan dan sesudahnya, di Jepang yang membuktikan permasalahan bagi Ieyasu. Pada 1614, ia menandatangani Dekrit Pengusiran Kristen yang melarang kekristenan, mengusir semua orang Kristen dan orang asing, dan Kristen dilarang mempraktikkan agama mereka. Akibatnya, banyak Kirishitan (Kristiani awal Jepang) melarikan diri baik ke Portugis Macau maupun Spanyol Filipina.
Pada tahun 1615, ia mempersiapkan Buke Shohatto (), sebuah dokumen menetapkan masa depan rezim Tokugawa.
Puncak kehidupan Ieyasu adalah pengepungan Istana Osaka (1614-1615). Ancaman terakhir yang tersisa bagi kepemimpinan Ieyasu adalah Toyotomi Hideyori, putra dan pewaris sah Hideyoshi. Dia sekarang seorang daimyo muda yang hidup di Istana Osaka. Banyak samurai yang menentang Ieyasu berkumpul di sekitar Hideyori, mengklaim bahwa dia adalah
penguasa sah Jepang. Ieyasu menemukan kesalahan dengan upacara pembukaan sebuah kuil yang dibangun oleh Hideyori; itu seolah-olah Hideyori berdoa untuk kematian Ieyasu dan kehancuran bagi klan Tokugawa. Ieyasu memerintahkan Toyotomi untuk meninggalkan Istana Osaka, tetapi orang-orang di dalam benteng menolak dan memanggil samurai untuk
berkumpul ke dalam istana. Kemudian Tokugawa, dengan pasukan besar yang dipimpin oleh Ogosho Ieyasu dan Shogun Hidetada, mengepung benteng Osaka apa yang sekarang dikenal sebagai "Pengepungan Musim Dingin Osaka". Akhirnya, Tokugawa mampu melakukan negosiasi dan gencatan senjata setelah tembakan meriam diarahkan mengancam ibu Hideyori, Yodogimi. Namun, setelah perjanjian