Theodore Beza
Pada waktu itu keadaan di Perancis semakin buruk buat masa depan Protestantisme. Raja Antoine dari Navarre, mengalah kepada desakan kuat para bangsawan Evangelikal, menyatakan kesediaannya untuk mendengarkan penjelasan seorang guru terkemuka dari Gereja. Beza, yang termasuk bangsawan Perancis dan kepala akademi di ibukota Protestantisme Perancis, diundang ke Castle Nerac, tetapi ia tidak dapat menanamkan benih iman Evangelikal ke dalam hati raja.
Pada tahun berikutnya, 1561, Beza mewakili kaum Evangelikal pada Colloquy di Poissy, dan dengan fasih membela prinsip-prinsip iman Evangelikal. Colloquy itu tidak menghasilkan apa-apa, tetapi Beza sebagai kepala dan advokat seluruh jemaat Reformasi di Perancis menjadi dihormati dan sekaligus dibenci.
Ratu memaksa mengadakan colloquy lain, yang dibuka di St. Germain pada tanggal 28 Januari 1562, sebelas hari setelah proklamasi dekrit Januari yang terkenal, yang memberikan hak kebebasan penting bagi para penganut iman Reformasi. Namun,colloquy itu terpecah setelah terbukti bahwa pihak Katolik telah mempersiapkan (setelah Pembantaian Vassy, pada tanggal 1 Maret 1562) untuk menggulingkan Protestantisme.
Beza dengan buru-buru menerbitkan suatu surat untuk dibaca berkeliling (25 Maret 1562) kepada seluruh jemaat Reformasi di kekaisaran, dan pergi ke Orléans bersama pemimpin Huguenot Conde dan tentaranya. Penting untuk maju secepatnya dan dengan bersemangat, tetapi tidak ada tentara maupun uang. Atas permintaan Conde, Beza mengunjungi semua kota kaum Huguenot untuk memperoleh tentara
dan uang. Ia juga menulis suatu manifesto dimana ia berargumen bagi keadilan untuk kepentingan Reformasi. Sebagai salah seorang utusan untuk mengumpulkan tentara dan uang di antara kaum coreligionists, Beza ditunjuk untuk mengunjungi Inggris, Jerman, dan Swiss. Ia pergi ke Strasburg dan Basel, tetapi mengalami kegagalan. Ia lalu pulang ke Jenewa, tiba tanggal 4 September. Belum sampai 14 hari
di sana, ia sekali lagi dipanggil ke Orléans oleh D'Andelot. Kampanyenya lama lain lebih sukses; tetapi publikasi dekrit perdamaian yang kurang menguntungkan yang diterima oleh Conde (12 Maret 1563) menyebabkan Beza dan semua orang Protestan Perancis dipenuhi rasa kaget yang negatif.
Selama 22 bulan Beza telah pergi dari Jenewa, dan urusan sekolah maupun Gereja di sana, terutama kondisi kesehatan Calvin membuatnya harus kembali karena tidak ada orang lain yang bisa menggantikan Calvin, yang sakit-sakitan dan tidak bisa bekerja penuh. Calvin dan Beza mengatur melaksanakan tugas bersama pada minggu-minggu berselingan. Setelah kematian Calvin pada tanggal 27 Mei 1564, Beza menjadi penerusnya.
Sampai tahun 1580, Beza bukan hanya menjabat moderator Company of Pastors, tetapi juga jiwa sejati bagi institusi agung pembelajaran di Jenewa yang didirikan oleh Calvin pada tahun 1559, yang terdiri dari satu gymnasium dan satu akademi. Seumur hidupnya, Beza menaruh minat pada pendidikan tinggi. Selama hampir 40 tahun orang-orang muda Protestan memenuhi ruang
kuliahnya untuk mendengar kuliah teologinya, yang memaparkan ortodoksi murni Calvinisme. Sebagai seorang penasihat, pendapatnya didengarkan oleh para magistrat dan pastor. Ia mendirikan suatu sekolah hukum di Jenewa dimana François Hotman, Jules Pacius, dan Denys Godefroy, para ahli hukum terkemuka abad itu, memberikan kuliah secara bergantian (cf. Charles Borgeaud, L'Academie de Calvin, Geneva, 1900).
Beza berhasil menjadi pengganti Calvin, bukan hanya meneruskan pekerjaannya tetapi juga memberikan damai pada Gereja di Jenewa. Para magistrat sepenuhnya menerima ide-ide Calvin, dan pengarahan urusan rohani, badan yang terdiri dari "ministers of the word" (=pelayan Firman) dan "consistory", ditetapkan dengan dasar kuat. Tidak ada kontroversi doktrin yang muncul setelah tahun 1564. Diskusi berkisar pertanyaan
terkait hal-hal praktis, sosial atau gerejawi, seperti kepangkatan magistrat di atas para pastor, kebebasan berkotbah, dan kewajiban para pastor untuk tunduk pada mayoritas Company of Pastors.
Beza tidak memaksakan kehendaknya pada para sejawatnya, dan tidak mengambil tindakan keras terhadap rekan-rekan yang tidak adil atau pemarah, meskipun kadangkala ia mengambil alih kasus mereka dan bertindak sebagai mediator/penengah; tetapi ia sering mengalami perlawanan yang sangat ekstrim sehingga mengancam untuk mengundurkan diri. Meskipun ia cenderung
berpihak kepada para magistrat, ia tahu bagaimana membela hak dan kebebasan kuasa rohani jika diperlukan, tanpa mengurangi kewibawaan sebagaimana halnya Calvin.
Menurut Beza tidaklah bijaksana Company of Pastors mempunyai ketua tetap. Ia meyakinkan Company untuk menyampaikan petisi kepada Small Council agar masa jabatan moderator dibatasi waktunya. Pada tahun 1580 Council menyetujui perputaran jabtan kepresidenan mingguan.
Aktivitasnya semakin meningkat, terutama menjadi penengah antara compagnie dan magistrasi, dimana magistrasi terus-menerus meminta nasihatnya bahkan untuk urusan politik. Ia berkomunikasi dengan seluruh pemimpin kelompok-kelompok Reformasi di Eropa. Setelah Pembantaian Hari Santo Bartolomeus (1572), ia menggunakan pengaruhnya agar para pengungsi diterima dengan baik di Jenewa.
Pada tahun 1574, ia menulis De jure magistratuum (Hak Magistrat) dimana ia secara tegas memprotes tirani dalam hal-hal agamawi, dan menegaskan bahwa sah bagi umat untuk menentang magistrasi yang tidak berharga dalam urusan praktis dan jika perlu menggunakan senjata dalam menggulingkannya.
Tanpa menjadi dogmatis besar seperti Calvin, juga bukan jenius kreatif dalam dunia keagamaan, Beza memiliki kualitas-kualitas yang membuatnya terkenal sebagai humanis, penafsir Alkitab, orator, dan pemimpin dalam urusan agama dan politik, serta berkompeten menjadi pemandu kaum Calvinis di seluruh Eropa.
Beza terus membina hubungan erat dengan kaum Reformasi Perancis. Ia menjadi moderator sinode am yang bertemu pada bulan April 1571 di La Rochelle. Sidang itu memutuskan tidak menghapuskan disiplin gereja atau mengakui pemerintah sipil sebagai kepala Gereja, seperti yang dituntut oleh pendeta Paris, Jean Morel, dan filsuf Pierre Ramus; sementara memutuskan menegaskan kembali doktrin Calvinistik mengenai
Perjamuan Kudus (dengan pernyataan: "substansi tubuh Kristus"/"substance of the body of Christ") bertentangan dengan Zwinglianisme, yang menyebabkan pertikaian antara Beza dan Ramus dan Heinrich Bullinger.
Pada tahun berikutnya (Mei 1572) Beza berperan penting dalam sinode nasional di Nîmes. Ia juga tertarik pada kontroversi yang terkait Pengakuan Iman Augsburg di Jerman, khususnya setelah tahun 1564, mengenai doktrin Pribadi Kristus dan sakramen, serta menerbitkan beberapa karya menentang Westphal, Hesshusen, Selnecker, Johannes Brenz, dan Jakob Andrea. Ini menyebabkan dia dibenci
oleh semua orang yang melekat pada Lutheranisme yang berlawanan dengan Melanchthon, terutama setelah tahun 1571.
Konflik polemik terakhir penting yang dijumpai oleh Beza dari kaum Lutheran adalah pada Colloquy Montbéliard, 14-27 Maret 1586, dimana ia diundang oleh Lutheran Count, Frederick dari Württemberg, atas permintaan penduduk berbahasa Perancis dan kaum Reformasi saerta para bangsawan Perancis yang telah melarikan diri ke Montbéliard. Tujuan pertemuan colloquy itu sendiri tidak diajukan, namun mengakibatkan perkembangan serius dalam Gereja Reformasi.
Ketika edisi tindakan-tindakan colloquy, yang disiapkan oleh Jakob Andrea, diterbitkan, Samuel Huber, dari Burg dekat Bern, yang merupakan anggota faksi Lutheranizing dalam Swiss clergy, merasa sangat terluka terhadap doktrin supralapsarian mengenai predestinasi yang diajukan di Montbéliard oleh Beza dan Musculus sehingga ia merasa sebagai kewajibannya untuk menolak Musculus