Sandakan
pernah dibangun kembali. Residen Inggris pertama, William B. Pryer kemudian memindahkan administrasi ke sebuah pemukiman baru pada 21 Juni 1879 pada sebuah tempat tinggal yang sekarang dikenal sebagai "Buli Sim Sim" di dekat Teluk Sandakan.
Pada masa Pryer menjabat sebagai residen pertama Sandakan, salah satu tugas utamanya adalah mendirikan hukum dan perintah. Namun bagi penduduk lokal,meskipun dilindungi oleh meriam-meriam Angkatan Laut Britania Raya, menganggap Inggris sebagai perampas tanah mereka, sehingga mereka memberontak kepada otoritas Perusahaan Borneo Utara Britania. Akibatnya, Pryer mengimpor polisinya dari India dan
Singapura. Satuan polisi pertamanya terdiri dari orang Sikh India berbadan besar. Polisi India diyakini berasal dari Perusahaan Sepoy di India dan umumnya disebut 'Sipai' oleh penduduk lokal.
Sementara itu, Spanyol masih memperkuat blokade aktivitas dagang mereka di Kepulauan Sulu, yang menyebabkan perlawanan blokade dari Jerman setelah beberapa kapal dagang mereka disita oleh Spanyol. Baik Berlin maupun London menyatakan bahwa kepulauan tersebut masih terbuka untuk rute dagang dunia. Kemudian, Inggris mulai bekerja sama dengan Jerman ketika rumor tentang penyitaan kapal dagang mereka
oleh Spanyol mulai datang ke Britania Raya yang membuat Inggris menentang tindakan Spanyol tersebut. Inggris dan Jerman kemudian menolak untuk mengakui kedaulatan Spanyol atas Sulu. Namun dengan perlawanan kuat dari Jerman atas penyitaan ilegal dari kapal-kapal mereka dan ketakutan Inggris terhadpa kehadiran Jerman (yang lebih kuat ketimbang Spanyol pada waktu
itu), sebuah protokol yang dikenal sebagai Protokol Madrid ditandatangani di Madrid untuk menjaga kedaulatan Spanyol atas kepulauan tersebut, membuat Spanyol terbebas dari perang manapun dengan Kesultanan Sulu tanpa takut akan keterlibatan kekuatan barat asing lainnya, dan ketika berpulang, Spanyol tidak akan ikut campur dalam urusan Inggris di utara Borneo. Namun,
kejayaan Sandakan sebagai ibukota Borneo Utara berakhir ketika Jepang menduduki kota tersebut pada 19 Januari 1942. Pada masa pendudukan mereka, Jepang merestorasi nama sebelumnya dari kota tersebut, "Elopura" dan mendirikan sebuah kamp tahanan perang untuk menahan para musuh mereka. Sekutu berencana memulai serangan ke Sandakan pada September 1944. Ketika Jepang takut akan serangan dari pasukan Sekutu, mereka
mulai memindahkan seluruh tahanan dan memaksa mereka untuk berpawai ke Ranau. Ribuan prajurit Inggris dan Australia kehilangan nyawa mereka saat pawai paksa tersebut selain para buruh Jawa dari Hindia Belanda. Hanya enam prajurit Australia yang selamat dari kaml tersebut, semuanya setelah melarikan diri. Sandakan hancur secara keseluruban baik oleh pengeboman dari pasukan Sekutu maupun oleh pendudukan Jepang.
Pada akhir perang, Perusahaan Borneo Utara Britania kembali mengurus kota tersebut namun tak dapat mendanai biaya pembangunan kembali. Mereka menyerahkan kendali Borneo Utara kepada Mahkota Britania pada 15 Juli 1946. Pemerintah kolonial yang baru memiliki untuk memindahkan ibukota Borneo Utara ke Jesselton ketimbang membangunnya kembali karena biaya pembangunan kembalinya sangat tinggi
akibat kerusakan-kerusakan yang ada. Meskipun Sandakan tidak lama menjadi ibukota administratif, kota tersebut masih menjadi "ibukota ekonomi" dengan aktivitas pelabuhannya terkait dengan ekspor kayu dan produk agribudaya lainnya di pesisir timur. Untuk menyediakan fasilitas, pemerintahan Koloni Mahkota merancang sebuah rencana, yang kemudian dikenal sebagai
"Rencana Pengembangan dan Pembangunan Ulang Kantor Pemerintah untuk Borneo Utara: 1948-1955". Rencana tersebut mendirikan Departemen Perikanan Sandakan pada April 1948. Sebagai langkap pertama menuju pengembangan industri perikanan Sandakan, Koloni Mahkota mencanangkan "Rencana Kerja Muda" melalui "Skema Pengembangan dan Kesejahteraan Kolonial". Melalui rencana tersebut, pemerintah Inggris diberi tanggung jawab untuk
mengimpor bahan-bahan dasar dari Hong Kong untuk nelayan dan mendistribusikan bahan-bahan dengan harga yang lebih rendah ketimbang yang ditawarkan oleh kalangan kapitalis. Akibatnya, para "towkay" (bos) Hong Kong terlibat dalam industri perikanan di Sandakan.
Terdapat tiga anggota parlemen yang mewakili tiga konstituensi parlementer di distrik tersebut: Libaran ("P.184"), Batu Sapi ("P.185"), dan Sandakan ("P.186").
Kota tersebut diurus oleh Majelis Perkotaan Sandakan (Majlis Perbandaran Sandakan). Presiden Majelis Perkotaan Sandakan saat ini adalah Datuk Ir. James Wong, yang menggantikan Mr. Yeo Boon Hai pada 2009. Wilayah tersebut berada di bawah naungan yuridiksi Distrik Sandakan yang melingkupi wilayah kota (46 mil persegi), wilayah setengah kota (56 mil persegi), kawasan pedesaan dan kepulauan (773 mil persegi) yang semuanya memiliki total wilayah seluas 875 mil persegi.
Saat ini, Sandakan merupakan salah satu dari enam distrik yang terlibat dalam pengamanan timur laut Sabah yang dibentuk sejak 19 Juli 2014 oleh pemerintah Malaysia untuk menghalai serangan dari kelompok militan di Filipina Selatan.
Sandakan terletak di pesisir timur Sabah menghadap Laut Sulu, dengan kota yang dikenal sebagai salah satu kota pelabuhan di Malaysia. Kota tersebut berjarak sekitar 1.900 kilometer dari ibukota Malaysia Kuala Lumpur, 28 kilometer dari perbatasan internasional dengan Filipina dan 319 kilometer dari ibukota Sabah. Distrik itu sendiri bersebelahan dengan distrik Beluran (sebelumnya dikenal sebagai Distrik Labuk-Sugut) dan
Kinabatangan. Tidak jauh dari kota tersebut, terdapat tiga Pulau Penyu Malaysia, Selingaan, Gulisaan dan Bakkungan Kechil. Pulau-pulau terdekat dengan kota tersebut adalah pulau Berhala, Duyong, Nunuyan Darat, Nunuyan Laut, dan Bai.
Sandakan memiliki iklim hutan hujan tropis menurut klasifikasi iklim Köppen. Iklimnya relatif hangat dan basang dengan suhu rata-rata sekitar 32 °C, dengan sekitar 32 °C pada siang hari dan turun menjadi sekitar 27 °C pada malam hari. Kota tersebut mengalami pretisipasi sepanjang tahun, dengan tendensi bulan Oktober sampai Februari menjadi bulan-bulan terbasah, sementara April merupakan bulan terkering. Curah hujannya beragam dari 2184 mm sampai 3988 mm.
Menurut Sensus Malaysia pada 2010, secara keseluruhan kawasan munisipalitas kota tersebut memiliki total penduduk sejumlah 396.290 jiwa. Warga negara non-Malaysia menjadi kelompok mayoritas di kota tersebut dengan jumlah 144.840 jiwa yang disusul oleh Bumiputra lainnya (100.245), Tionghoa (63.201), Bajau/Suluk (38.897), Melayu (22.244), Kadazan-Dusun (16.616), India (974), Murut (519) dan lain-lain (8.754).
Sebagian besar warga negara non-Malaysia berasal dari selatan Filipina. Kaum Tionghoa, seperti halnya tempat lainnya di Sabah, sebagian besar adalah Kanton dan Hakka yang datang pada masa penjajahan Inggris dan memiliki pemukiman asli mereka sebelum kota tersebut didirikan yang sekarang dikenal sebagai "Dewan Sungai Kebun Tionghoa". Suku Bajau, Suluk dan Melayu mayoritas Muslim,
Kadazan-Dusun dan Murut utamanya mempraktikan Kekristenan dengan beberapa dari mereka menjadi Muslim sementara Tionghoa utamanya Buddhis dan beberapa Kristen. Terdapat juga sejumlah kecil Hindu, Sikh, Animis, dan sekuleris
Kelompok besar non-warga negara diifentifikasi sebagai mayoritas Muslim dan beberapa wanita Kristen Filipina berpindah ke Islam untuk menikahi Muslim Filipina disana. Seperti di Kota Kinabalu, arus imigran pertama datang pada akhir abad ke-15 pada masa penjajahan Spanyol, sementara yang lainnya datang pada awal 1970an karena ketegangan di selatan Filipina. Mereka terdiri dari para pekerja migran dengan beberapa di antara mereka
dinaturalisasi sebagai warga negara Malaysia, namun beberapa orang masih tinggal tanpa dokumentasi sebagai imigran ilegal di kota tersebut dengan pemukiman ilegal mereka sendiri.