Kepausan Avignon
penguasa di Perancis, yang mendukung posisinya. Raja Perancis mengeluarkan tuduhan-tuduhan sodomi, korupsi, ilmu hitam dan ajaran sesat terhadap Sri Paus dan memerintahkannya untuk datang di hadapan mereka. Jawaban Sri Paus adalah penegasan paling kuat mengenai kekuasaan Sri Paus hingga hari ini. Dalam "Unam Sanctam", terbit tanggal 18 November 1302, Sri Paus menetapkan bahwa "sangat penting bagi penyelamatan jiwa bahwa setiap umat manusia tunduk kepada Uskup Roma".
Saat Sri Paus sedang mempersiapkan surat resmi yang akan mengucilkan Raja Perancis dan Perancis, dan akan memecat semua rohaniwan di Perancis, William Nogaret, kritikus paling tajam terhadap tahta kepausan di lingkaran penguasa Perancis, memimpin sebuah delegasi ke Roma dengan perintah Raja Perancis yang sengaja dibuat tidak mengikat untuk membawa Sri Paus, bila perlu dengan
paksa, ke sebuah pengadilan untuk memutuskan semua tuduhan terhadapnya. Nogaret bekerja sama dengan para kardinal dari Keluarga Colonna, yang sejak lama merupakan musuh-musuh Paus Bonifasius VIII, yang pernah diancam akan diserbu oleh Sri Paus pada awal-awal masa kepemimpinannya. Pada tahun 1303 tentara-tentara Perancis dan Italia menyerang Sri Paus di Anagni, kota
asalnya, dan berhasil menangkapnya. Ia dibebaskan oleh para penduduk Anagni tiga hari kemudian. Namun, akibat usianya yang sudah lanjut (86 tahun) dan kondisinya yang tercabik-cabik akibat serangan fisik terhadap dirinya, Paus Bonifasius VIII meninggal dunia beberapa minggu setelah kejadian ini.
Wafatnya Paus Bonifasius VIII menyebabkan tahta kepausan kehilangan politisi yang paling handalnya yang mampu bertahan melawan kekuatan sekuler Raja Perancis. Setelah masa damai di bawah kepemimpinan Paus Benediktus XI (1303-1304), Paus Klemens V (1305-1314) terpilih menjadi Sri Paus. Ia dilahirkan di Perancis bagian selatan (Gascony), tetapi tidak memiliki hubungan langsung dengan para
bangsawan Perancis. Ia berhutang budi pada para rohaniwan Perancis atas terpilihnya dia menjadi Sri Paus. Ia tidak menyetujui pindah kembali ke Roma dan mendirikan istananya di Avignon.
Dalam situasi ketergantungan terhadap tetangga-tetangga yang berkuasa di Perancis, tiga prinsip utama menjadi strategi politis Paus Klemens V: penindasan terhadap gerakan-gerakan sesat (seperti aliran Kathar di Perancis bagian selatan); reorganisasi administrasi internal gereja; dan usaha-usaha pelestarian citra gereja sebagai alat tunggal Tuhan di bumi. Prinsip ketiganya itu langsung ditentang
oleh Raja Philippe IV ketika ia mendorong sebuah pengadilan malawan mantan musuhnya, Paus Bonifasius VIII, atas tuduhan ajaran sesat. Memberikan pengaruh yang kuat pada Asosiasi para Kardinal, hal ini bisa menjadi sebuah pukulan yang telak pada kekuasaan gereja. Dan sebagian besar politik dari Paus Klemens V memang dirancang untuk menghindari pukulan politis seperti itu, yang pada
akhirnya ia memang berhasil mengelakkannya. Namun, harga yang dibayar untuk hal ini sangat banyak. Salah satunya, meski secara pribadi sangat ragu, pada akhirnya Sri Paus mendorong diambilnya tindakan-tindakan terhadap Kesatria Kenisah, dan ia secara pribadi memutuskan untuk menindas organisasi tersebut.
Salah satu masalah penting pada masa kepemimpinan Paus Yohanes XXII (terlahir Jacques Dueze di Cahors, dan sebelumnya adalah Kardinal Avignon), adalah konfliknya dengan Kaisar Louis IV dari Kekaisaran Romawi Suci. Sang kaisar menolak hak Sri Paus untuk mengangkat seorang kaisar dengan meletakkan mahkota di atas kepalanya. Ia menggunakan taktik yang mirip dengan apa yang dipakai oleh Raja
Perancis Philippe sebelumnya dan memerintahkan para bangsawan Jerman untuk mendukung keputusannya. Marsilius dari Padua memberikan pembenaran terhadap supremasi sekuler di atas wilayah Kekaisaran Romawi Suci. Konflik dengan sang kaisar ini, yang seirngkali menyebabkan perang-perang yang mahal, membawa tahta kepausan semakin ke dalam tangan kekuasaan Raja Perancis.
Paus Benediktus XII (1334-1342), terlahir Jacques Fournier di Pamiers, sebelumnya aktif dalam gerakan inkuisisi melawan gerakan Kathar. Tidak seperti gambaran kejam dalam gerakan inkuisisi pada umumnya, ia diceritakan sangat hati-hati dalam berhubungan dengan orang-orang yang diperiksa, mengambil banyak waktu dalam proses pemeriksaan mereka. Keinginannya untuk membuat Perancis bagian
selatan yang damai juga menjadi motivasinya untuk menengahi konflik antara Raja Perancis dan Raja Inggris sebelum pecahnya Perang Seratus Tahun.
Di bawah kepemimpinan Paus Klemens VI (1342-1352) kepentingan-kepentingan Perancis mulai mendominasi Tahta Suci. Paus Klemens VI sebelumnya adalah Uskup Agung Rouen dan penasehat Philippe IV, sehingga ia memiliki hubungan yang jauh lebih kuat pada Istana Perancis dibandingkan para pendahulunya. Pada beberapa kesempatan ia bahkan membiayai usaha-usaha perang Perancis dari hartanya
sendiri. Ia diceritakan mencintai pakaian-pakaian mahal dan di bawah kepemimpinannya gaya hidup mewah di Avignon mencapai puncak yang lebih tinggi.
Paus Klemens VI adalah juga Sri Paus yang memerintah pada saat terjadi Wabah Hitam atau Kematian Hitam. Epidemi ini menyapu seluruh Eropa antara tahun 1347-1350, dan dipercaya telah membunuh sekitar sepertiga populasi Eropa.
Paus Innosensius VI (1352-1362), terlahir Etienne Aubert, tidak terlalu bersikap memihak seperti Paus Klemens VI. Ia giat berusaha mendamaikan Perancis dan Inggris karena ia sebelumnya berada di dalam delegasi Sri Paus untuk perihal tersebut pada tahun 1345 dan 1348. Penampilannya yang sederhana yang kepribadiannya yang penuh perhatian mendapatkan rasa hormat di mata para bangsawan
dari kedua belah pihak yang sedang di dalam konflik. Namun, ia juga seseorang yang tidak bisa mengambil keputusan dengan cepat dan mudah terpengaruh karena ia sudah berusia sangat lanjut ketika terpilih sebagai Sri Paus.
Dalam situasi ini, Raja Perancis berhasil memengaruhi Tahta Suci, walaupun para wakilnya memainkan peran-peran penting dalam berbagai usaha untuk menghentikan konflik. Yang paling terkenal adalah pada tahun 1353 saat Uskup Porto, Guy de Boulogne, mencoba mengadakan sebuah konferensi. Setelah sukses berbicara dengan kedua belah pihak, usaha ini akhirnya gagal akibat
ketidak-percayaan pihak Inggris atas hubungan kuat Guy dengan Istana Perancis. Paus Innosensius VI secara pribadi menulis surat kepada Bangsawan Lancaster: "Walaupun kami dilahirkan di Perancis dan walaupun oleh karenanya kami memiliki kecintaan khusus bagi tanah Perancis, namun dalam bekerja demi perdamaian kami telah menyisihkan segala prasangka pribadi kami dan mencoba untuk berjuang demi kepentingan semua orang".
Dengan Paus Urbanus V (1362-1370) kendali Istana Perancis atas Tahta Kepausan semakin besar. Paus Urbanus V sendiri digambarkan sebagau yang paling rendah hati dari para paus Avignon setelah Paus Benediktus XII dan mungkin yang paling religius di antara semuanya. Namun, ia bukanlah seorang ahli strategi dan membuat konsesi-konsesi penting kepada tahta kerajaan Perancis terutama di bidang keuangan,
sebuah masalah penting dalam perang melawan Inggris. Pada tahun 1369 Paus Urbanus V mendukung pernikahan Philip II, Bangsawan Burgundy, dan Margaret dari Flanders, daripada memberikan dispensasi pada salah satu putra Raja Edward III dari Inggris untuk menikahi Margaret. Hal ini secara jelas menunjukkan keberpihakan Tahta Kepausan sehingga menyebabkan rasa hormat kepada gereja menjadi turun secara drastis.
Keputusan berpengaruh terpenting pada masa kepemimpinan Paus Gregorius XI (1370-1378) adalah untuk kembali ke Roma pada tahun 1378. Walau Sri Paus adalah orang Perancis dan masih di bawah pengaruh kuat Raja Perancis, konflik-konflik yang semakin meningkat antara pihak-pihak yang bersahabat dan yang bermusuhan dengan Sri Paus memberikan ancaman nyata terhadap daerah kekuasaan