Perang Saudara Somalia
Pada bulan Oktober 2011, setelah sebuah pertemuan persiapan akhir pekan antara para pejabat militer Somalia dan Kenya di kota Dhobley, Operasi Linda Nchi, yang melibatkan Pasukan Pertahanan Kenya dan Angkatan Bersenjata Somalia, mulai melawan kelompok pemberontak Al-Shabaab di Somalia bagian selatan. Serangan lintas batas tersebut dilaporkan telah memakan waktu hampir dua tahun perencanaan, karena
disaat yang sama para pejabat Kenya juga mencari dukungan AS. Misi ini secara resmi dipimpin oleh tentara Somalia, dan pasukan Kenya memberikan peran pendukung, namun justru pihak Kenya-lah yang melibatkan personel yang lebih besar. Pada awal bulan Juni 2012, pasukan Kenya secara resmi diintegrasikan ke dalam AMISOM.
Pada akhir bulan September dan awal Oktober 2012, pasukan AMISOM Angkatan Darat Kenya dan milisi sekutunya, Raskamboni, berhasil merebut kota strategis Kismayo dari Al-Shabaab. Kota ini merupakan sumber pendapatan utama bagi kelompok pemberontak dan merupakan benteng besar terakhir mereka.
Hingga bulan November 2012, sekitar 85 persen wilayah yang disengketakan di Somalia telah berada di bawah kendali pemerintah menurut Perwakilan Khusus PBB untuk Somalia, Augustine Mahiga. Tanggal resmi ditariknya pasukan AMISOM juga akan diumumkan setelah pasukan keamanan dan kepolisian Somalia dilatih dan dipersiapkan dengan memadai.
Pada bulan Januari 2013, mandat AMISOM diperpanjang untuk setahun lagi setelah diadopsinya Resolusi 2093 oleh Dewan Keamanan PBB. Dewan Keamanan dengan suara bulat juga memilih untuk menangguhkan embargo senjata Somalia terhadap senjata ringan untuk jangka waktu satu tahun. Selain itu, Dewan Keamanan menyambut baik rencana pemerintah federal Somalia mengenai strategi keamanan nasional
yang baru, mendesak pemerintah pusat untuk mempercepat pelaksanaan rencana tersebut, selanjutnya menentukan komposisi pasukan keamanan Somalia, dan mengidentifikasi kesenjangan kemampuan untuk membantu mitra internasional mereka, dalam rangka membantu otoritas Somalia dengan lebih baik.
Menurut Laura Hammond dari Sekolah Studi Oriental dan Afrika, pemerintah federal yang dibantu oleh AMISOM berhasil menguasai kembali semua pusat kota utama Somalia. Namun, Al-Shabaab masih menguasai banyak daerah pedesaan, dimana sejumlah anggota mereka dilaporkan telah berbaur ke komunitas lokal untuk lebih memanfaatkan kesalahan yang dilakukan oleh otoritas pusat.
Pada bulan Oktober 2013, Komando Afrika AS mulai membentuk Blok Koordinasi Mogadishu di ibu kota Somalia tersebut, dan mulai beroperasi penuh pada akhir bulan Desember. Unit ini dibentuk atas permintaan pemerintah Somalia dan AMISOM, yang telah melobi Sekretaris Jenderal Departemen Pertahanan Amerika Serikat, Chuck Hagel, pada bulan September tentang kemungkinan tersebut. Unit ini terdiri dari tim kecil yang
terdiri dari kurang dari lima penasihat, termasuk perencana dan komunikator antara otoritas Somalia dan AMISOM. Unit ini dimaksudkan untuk memberikan konsultasi dan perencanaan dukungan kepada pasukan sekutu untuk meningkatkan kapasitas mereka dan untuk mempromosikan perdamaian dan keamanan di seluruh negeri dan wilayah yang lebih luas. Pada bulan November 2013, seorang pejabat senior pemerintah Ethiopia
mengumumkan bahwa pasukan Ethiopia yang ditempatkan di Somalia akan segera bergabung dengan AMISOM, karena telah mengajukan permintaan untuk melakukannya. Pada saat itu, diperkirakan 8000 tentara Ethiopia ditempatkan di negara tersebut. Kementerian Luar Negeri Somalia menyambut baik keputusan tersebut, dengan menegaskan bahwa langkah tersebut akan menggembleng kampanye AMISOM melawan Al-Shabaab.
Setelah diadopsinya Resolusi Dewan Keamanan PBB 2124, yang memberi wewenang untuk mengerahkan 4000 tentara tambahan untuk menambah kekuatan AMISOM yang berjumlah 22126, tentara Ethiopia secara resmi bergabung dalam misi tersebut pada bulan Januari 2014. Mereka diberi mandat untuk bekerja sama dengan Tentara Nasional Somalia, dengan tanggung jawab untuk operasi sekutu di wilayah bagian selatan Somalia berupa Gedo, Bakool dan Bay. Pasukan Ethiopia mewakili kontingen keenam AMISOM setelah pasukan dari Djibouti, Burundi, Sierra Leone, Kenya dan Uganda.
Pada bulan Januari 2014, pada Konferensi Tingkat Tinggi Uni Afrika di Addis Ababa, Presiden Hassan Sheikh Mohamud meminta perpanjangan mandat Dewan Keamanan PBB perihal pembelian senjata untuk Somalia menjelang batas berakhirnya mandat tersebut pada bulan Maret. Ia mengindikasikan bahwa pasukan pertahanan Somalia membutuhkan peralatan militer dan senjata yang lebih baik untuk lebih efektif memerangi militan. Bulan
berikutnya, Kelompok Pemantau PBB Somalia dan Eritrea melaporkan adanya pelanggaran sistematis oleh pejabat di dalam lingkup pemerintah Somalia yang mengizinkan senjata-senjata tersebut dialihkan dari pasukan keamanan Somalia ke tangan pemimpin faksi dan militan Al-Shabaab. Kelompok pemantau tersebut telah mengamati berbagai masalah dan kekhawatiran seputar pengelolaan
stok senjata dan amunisi, termasuk kesulitan mereka dalam mengakses persediaan senjata lokal dan untuk mendapatkan informasi tentang senjata tersebut. Para pemantau juga menyebut bahwa seorang penasehat utama presiden terlibat dalam merencanakan pengiriman senjata ke Al-Shabaab dan bahwa pengiriman senjata dari Djibouti dan Uganda tidak dapat
dipertanggungjawabkan. Kepala Staf Angkatan Bersenjata Somalia Dahir Adan Elmi melakukan penyangkalan proforma atas tuduhan tersebut. Ia juga mengindikasikan bahwa tim pemantau PBB telah dua kali mengunjungi fasilitas penyimpanan senjata dan amunisi pemerintah di Mogadishu, dimana mereka memeriksa tumpukan stok dan dilaporkan telah menyatakan kepuasannya. Elmi
menyatakan bahwa pemerintah telah dua kali membeli senjata sejak embargo senjata di Somalia diangkat sebagian. Elmi juga menegaskan bahwa Al-Shabaab sudah memiliki persediaan senjata yang memadai, terutama menggunakan alat peledak dan bom yang canggih. Pada bulan Februari 2014, sebuah delegasi yang dipimpin oleh Perdana Menteri Somalia Abdiweli Sheikh Ahmed bertemu dengan Perdana
Menteri Ethiopia Hailemariam Desalegn di Addis Ababa untuk membahas penguatan hubungan kedua negara. Ahmed memuji peran Ethiopia dalam proses perdamaian dan stabilisasi yang sedang berlangsung di Somalia serta dukungan mereka dala melawan Al-Shabaab, dan menyambut baik keputusan militer Ethiopia untuk bergabung dengan AMISOM. Hailemariam Desalegn pada gilirannya menjanjikan dukungan terus-menerus dari pemerintahannya untuk upaya
perdamaian dan stabilisasi di Somalia, serta kesiapannya untuk membantu inisiatif yang bertujuan untuk membangun pasukan keamanan Somalia melalui berbagi pengalaman dan pelatihan. Pertemuan tersebut diakhiri dengan sebuah Nota Kesepahaman tripartit yang sepakat untuk mempromosikan kemitraan dan kerja sama, termasuk sebuah kesepakatan kerjasama untuk mengembangkan pasukan kepolisian.
Pada tanggal 5 Maret 2014, Dewan Keamanan PBB dengan suara bulat memilih untuk memperpanjang pelonggaran parsial embargo senjata di Somalia sampai 25 Oktober tahun 2014. Resolusi tersebut mengizinkan pemerintah Somalia untuk membeli senjata ringan, dengan ketentuan bahwa semua negara anggota harus mengambil langkah-langkah untuk mencegah pasokan, pengiriman atau penjualan senjata dan peralatan militer secara
langsung atau tidak langsung kepada individu atau entitas di luar pasukan keamanan Somalia. Pemerintah Somalia juga diharuskan untuk secara rutin melaporkan status struktural militer, serta memberikan informasi mengenai infrastruktur dan protokol yang ada, yang dirancang untuk menjamin pengiriman, penyimpanan dan pemeliharaan peralatan militer yang aman.