Yerusalem
Selama 400 tahun berikutnya ketenaran Yerusalem berkurang karena berbagai kekuatan kaum Arab di wilayah tersebut saling berebut kendali atasnya. Yerusalem direbut pada tahun 1073 oleh Kekaisaran Seljuk di bawah komando Atsiz bin Uwaq. Setelah Atsz terbunuh, Pangeran Seljuk Tutush I memberikan Yerusalem kepada Artuk Bey, seorang komandan Seljuk lainnya. Setelah
meninggalnya Artuk pada tahun 1091 kedua putranya, Sökmen dan Ilghazi, memerintah kota ini sampai dengan direbutnya kembali kota ini oleh Kekhalifahan Fatimiyah pada tahun 1098.
Suatu gerakan Karait mesianik untuk berhimpun di Yerusalem berlangsung pada pergantian milenium pertama, menyebabkan suatu "Zaman Keemasan" keilmuan Karait di sana, yang mana berakhir karena Perang-perang Salib. Pada tahun 1099, penguasa Fatimiyah mengusir penduduk Kristen pribumi sebelum Yerusalem ditaklukkan oleh Tentara Salib yang kemudian melakukan pembantaian terhadap kebanyakan
penduduk Yahudi dan Muslim ketika mereka merebut kota yang dipertahankan dengan kukuh ini melalui serangan, setelah suatu periode pengepungan. Yerusalem ditinggalkan dalam keadaan kosong, lalu Tentara Salib mendirikan Kerajaan Yerusalem. Kota ini praktis dikosongkan dan dikolonisasi kembali dengan arus masuk dari beraneka ragam kaum Yunani, Bulgaria, Hongaria, Georgia, Armenia, Siria, Mesir, Nestorian, Maronit,
Miafisit Yakobit, Koptik, dan lain-lain, untuk menghalangi kembalinya kaum Yahudi dan Muslim yang masih bertahan hidup. Di bagian timur laut kota dimukimkan kembali kaum Kristen Timur dari Transyordan (sebelah timur Sungai Yordan). Alhasil pada tahun 1099 populasi Yerusalem meningkat kembali menjadi sekitar 30000 penduduk.
Pada tahun 1187, Yerusalem direbut dari Tentara Salib oleh Saladin (Salahuddin Ayyubi) yang mengizinkan kaum Yahudi dan Muslim untuk kembali dan menetap di kota ini. Menurut ketentuan penyerahan, 60000 orang Franka dibebaskan dengan tebusan dan diusir dari kota ini. Penduduk Kristen Timur diizinkan untuk menetap. Di bawah Dinasti Ayyubiyyah pimpinan Saladin, suatu periode investasi besar dimulai dengan
dibangunnya berbagai perumahan, pasar, pemandian umum, dan hostel untuk peziarah serta penetapan wakaf. Meski demikian, hampir sepanjang abad ke-13, Yerusalem mengalami penurunan status menjadi sebuah desa karena jatuhnya nilai strategis kota ini dan pergulatan di internal Ayyubiyyah.
Dari tahun 1229 sampai 1244, Yerusalem dikembalikan secara damai ke dalam kendali kaum Kristen sebagai hasil dari suatu perjanjian pada tahun 1229 antara Kaisar Romawi Suci Friedrich II mewakili Tentara Salib dan Sultan Ayyubiyyah al-Kamil dari Mesir sehingga mengakhiri Perang Salib Keenam. Kaum Ayyubiyyah mempertahankan kendali atas tempat-tempat suci Muslim, dan sumber-sumber Arab menunjukkan bahwa Friedrich tidak diizinkan untuk memulihkan fortifikasi-fortifikasi Yerusalem.
Pada tahun 1244 Yerusalem dijarah dan direbut oleh kaum Tatar Khwarezmia, sebagian besar populasi Kristen dibinasakan dan orang-orang Yahudi diusir keluar. Kaum Tatar Khwarezmia dihalau keluar Yerusalem oleh Ayyubiyah pada tahun 1247. Ketika Nahmanides berkunjung pada tahun 1267, ia hanya menemukan dua keluarga Yahudi dalam suatu populasi berjumlah 2000 penduduk
(300 di antaranya adalah orang Kristen) di kota ini. Dari tahun 1260 sampai 1517, Yerusalem diperintah oleh kaum Mamluk. Selama periode waktu ini terjadi banyak bentrokan antara kaum Mamluk di satu sisi dan para tentara salib serta suku Mongol di sisi lainnya. Daerah ini juga mengalami banyak gempa bumi dan wabah hitam. Beberapa keberadaan kaum Kristen Eropa dipertahankan di kota ini dengan adanya Ordo Makam Kudus.
Pada tahun 1517 Yerusalem dan daerah sekitarnya jatuh ke dalam kekuasaan kaum Turki Utsmaniyah (Ottoman); secara umum mereka masih memegang kendali atas wilayah ini sampai tahun 1917. Yerusalem mengalami suatu periode pembaruan dan perdamaian dalam pemerintahan Suleiman yang Luar Biasa, salah satunya adalah pembangunan kembali tembok-tembok megah di sekeliling
Kota Lama. Selama hampir sepanjang pemerintahan Utsmaniyah, Yerusalem tetap berstatus provinsi di samping sebagai sentra penting keagamaan, dan tidak turut campur dalam jalur perdagangan utama antara Damaskus dan Kairo. Modern history or the present state of all nations, sebuah buku rujukan berbahasa Inggris yang ditulis pada tahun 1744, menyatakan bahwa "Yerusalem masih diperhitungkan sebagai ibu kota Palestina".
Kaum Utsmaniyah membawa banyak inovasi: sistem pos modern yang dikelola oleh berbagai konsulat serta layanan pengangkutan dan kereta pos reguler merupakan tanda-tanda awal modernisasi di dalam kota. Pada pertengahan abad ke-19, kaum Utsmaniyah membangun jalan aspal pertama dari Yafo ke Yerusalem, dan sejak tahun 1892 jalur kereta api telah ada di kota ini.
Setelah aneksasi Yerusalem oleh Muhammad Ali dari Mesir pada tahun 1831, berbagai konsulat dan misi dari luar negeri mulai didirikan di kota ini. Pada tahun 1836 Ibrahim Pasha mengizinkan warga Yahudi di Yerusalem untuk merestorasi empat sinogaga besar, di antaranya yaitu Sinagoga Hurba. Dalam Pemberontakan Petani yang terjadi di seluruh negeri, Qasim al-Ahmad memimpin pasukannya dari
Nablus untuk menyerang Yerusalem, dengan dibantu oleh klan Abu Ghosh, dan memasuki kota pada tanggal 31 Mei 1834. Kaum Kristen dan Yahudi di Yerusalem menjadi sasaran serangan. Pada bulan berikutnya, pasukan Mesir pimpinan Ibrahim mengusir pasukan Qasim di Yerusalem.
Pemerintahan Utsmaniyah dipulihkan kembali statusnya pada tahun 1840, namun banyak kaum Muslim Mesir yang tetap tinggal di Yerusalem serta semakin banyak kaum Yahudi dari Aljir dan Afrika Utara yang mulai menetap di kota ini. Pada tahun 1840-an dan 1850-an, kekuatan-kekuatan internasional mulai saling berebut pengaruh di Palestina karena mereka berupaya untuk memperluas
perlindungan mereka atas kelompok minoritas keagamaan di wilayah ini, suatu perjuangan yang utamanya dilakukan melalui perwakilan-perwakilan konsuler di Yerusalem. Menurut konsul Prusia, populasi Yerusalem pada tahun 1845 adalah 16410 penduduk, dengan komposisi 7120 Yahudi, 5000 Muslim, 3390 Kristen, 800 tentara Turki dan 100 orang Eropa. Jumlah peziarah Kristen mengalami peningkatan selama pemerintahan Utsmaniyah, dan melipatgandakan populasi kota ini pada sekitar masa Paskah.
Pada tahun 1860-an, lingkungan-lingkungan baru mulai berkembang di luar tembok Kota Lama untuk menampung para peziarah juga untuk mengurangi kepadatan penduduk dan sanitasi yang buruk di dalam kota ini. Kawasan Rusia dan Mishkenot Sha'ananim didirikan pada tahun 1860, diikuti oleh banyak lainnya seperti Mahane Israel (1868), Nahalat Shiv'a (1869), Koloni Jerman (1872), Beit David (1873),
Mea Shearim (1874), Shimon HaTzadik (1876), Beit Ya'aqov (1877), Abu Tor (1880s), Koloni Swedia-Amerika (1882), Yemin Moshe (1891), dan Mamilla, Wadi al-Joz pada waktu sekitar pergantian abad itu. Pada tahun 1867 seorang misionaris Amerika melaporkan suatu perkiraan populasi Yerusalem dengan jumlah 'di atas' 15000 penduduk, dengan komposisi 4000-5000 Yahudi dan 6000 Muslim. Setiap tahun terdapat
sekitar 5000-6000 peziarah Kristen Rusia. Pada tahun 1874 Yerusalem menjadi pusat dari sebuah distrik administratif khusus, dilepaskan dari Vilayet Suriah dan berada di bawah kewenangan langsung Istanbul yang disebut Mutasarrf Yerusalem.
Hingga tahun 1880-an tidak terdapat satu pun panti asuhan resmi di Yerusalem, sebab para keluarga pada umumnya saling merawat satu sama lain. Pada tahun 1881, Panti Asuhan Diskin didirikan di Yerusalem dengan datangnya anak-anak Yahudi yang menjadi yatim piatu karena suatu pogrom Rusia. Panti asuhan lainnya yang didirikan di Yerusalem pada awal abad ke-20 yaitu Panti Asuhan Blumenthal Zion (1900) dan Rumah Yatim Israel Umum untuk Perempuan (1902).
Para misionaris Kristen dari Gereja Anglikan dan Lutheran tiba di kota ini pada abad ke-19, beserta para misionaris dari Christian and Missionary Alliance (CMA).