Kasus Mortara
anak harus menghormati ibu bapanya-"La Civiltà Cattolica" menangkisnya dengan menyatakan bahwa Edgardo masih mengasihi keluarganya meskipun mereka berbeda keyakinan dan menulis surat pertamanya kepada ibunya, setelah diajarkan para imam untuk membaca dan menulis, bertanda tangan "putra kecilmu yang sangat dikasihi". Louis Veuillot, penyunting ultramontane dari surat kabar "L'Univers" dan
salah satu pembela terkuat dari Sri Paus, dikabarkan setelah bertemu Edgardo di Roma, bocah tersebut berkata kepadanya "bahwa ia mengasihi ibu bapanya, dan bahwa ia akan tinggal dengan mereka saat sudah besar... sehingga ia dapat berkata kepada mereka tentang Santo Petrus, Allah dan Maria paling Kudus."
Tak berhasil di Roma, Momolo dan Marianna Mortara pulang ke Bologna pada awal Desember 1858, dan setelah itu pindah ke Torino, Piedmont. Kasus tersebut-sebuah "mimpi publisit" anti-Katolik, kutip Kertzer-sekarang menjadi kontroversi masif di Eropa dan Amerika Serikat, dengan suara-suara dari seluruh spektrum politik mendorong agar Sri Paus mengembalikan Edgardo ke orang tuanya. Mortara tak hanya
menjadi "cause célèbre" bagi Yahudi namun juga bagi Kristen Protestan, terutama di Amerika Serikat, dimana sentimen anti-Katolik merebak-"The New York Times" menerbitkan lebih dari 20 artikel tentang kasus tersebut pada Desember 1858 sendiri. Di Inggris, "The Spectator" menyebut kasus Mortara sebagai bukti bahwa Negara Gereja merupakan "pemerintahan terburuk di dunia-paling blangsak dan paling arogan, tak diragukan
dan sangat dimengerti". Pers Katolik di Italia dan luar negeri membela tindakan Sri Paus. Artikel-artikel pro-Gereja seringkali memegang sikap anti-Semitik, menyatakan bahwa sorotan di Inggris, Perancis atau Jerman sebagai kritikan mengejutkan "semenjak surat-surat kabar di Eropa berada di tangan Yahudi". Scazzocchio berpendapat bahwa Gereja sebenarnya bersifat kontra-produktif terhadap sebab keluarga Mortara, karena hal tersebut memurkai Sri Paus dan sehingga ia memutuskan untuk tidak bergeming.
Tidak jelas apakah Paus Pius IX telah secara pribadi terlibat dalam keputusan untuk mengambil Mortara dari orang tuanya-apakah ia telah atau tidak berdebat secara ekstensif dalam pers-apakah ia sangat terkejut dengan sorotan internasional yang meletup atas peristiwa tersebut, dan memegang posisi untuk memulangkan anak yang dibaptiskan tersebut kepada orang tua non-Kristennya
yang akan sangat bertentangan dengan doktrin Gereja. Karena pemerintah-pemerintah luar negeri dan berbagai cabang dari keluarga Rothschild satu per satu mengecam tindakannya, Pius IX menyatakan bahwa ia berpendirian pada apa yang ia pandang sebagai materi prinsip. Salah satu tokoh yang mengecam meliputi Kaisar Napoleon III dari Perancis, yang mengetahui bahwa peristiwa tersebut
mengancam keberadaan garisun Perancis-nya di Roma. Napoleon III telah mendukung pemerintahan temporal Sri Paus karena mendapatkan banyak dukungan dari umat Katolik Perancis; skandal atas Mortara menyadarkannya, dan menurut sejarawan Roger Aubert, membuat keputusan akhir untuk mengubah kebijakan Perancis. Pada Februari 1859, Napoleon III mengadakan pakta rahasia dengan Kerajaan Sardinia yang menyediakan dukungan militer Perancis untuk
sebuah kampanye untuk mendompleng Austria dan menyatukan Italia-kebanyakan domain kepausan direbut bersama dengan Dua Sisilia dan negara-negara kecil lainnya.
Kemudian, Sri Paus menerima seorang delegasi dari komunitas Yahudi Roma tak lama setelah Tahun Baru. Pertemuan pada 2 Februari 1859 dengan cepat berujung pada sebuah argumen panas, dengan Paus Pius menyatakan kepada para pengunjung Yahudi untuk "menarik kabar di seluruh belahan Eropa tentang kasus Mortara tersebut". Saat delegasi menyangkal bahwa Yahudi dari Roma telah menimbulkan artikel-artikel anti-rohaniwan, Sri Paus
menuduh Scazzocchio tidak berpengalaman dan bercanda, kemudian menyatakan: "Surat-surat kabar dapat menulis semua yang mereka inginkan. Aku tak peduli dengan apa yang dunia pikirkan!" Sri Paus kemudian meneruskannya dengan berkata: "Sekuat apa yang aku miliki bagimu, sehingga aku melindungimu, karena itu, aku harus melindungimu." Salah satu delegasi mengusulkan agar
Gereja tidak memberikan pernyataan apapun terhadap Morisi, menganggapnya kelewatan moral-Sri Paus membalasnya bahwa sikapnya tak bermutu, sehingga ia memandang pelayan tersebut tak memiliki alasan untuk memberikan cerita semacam itu, dan dalam kasus manapun, Momolo Mortara seharusnya tidak mempekerjakan orang Katolik dari awal.
Keputusan Paus Pius IX untuk mempertahankan Edgardo berkembang menjadi perhatian kuat terhadap orang tuanya. Menurut memoir-memoir Edgardo, Sri Paus giat mengunjunginya dan bermain dengannya; Sri Paus bercanda bersama anak tersebut dengan menyembunyikannya di balik cassocknya dan mengatakan: "Dimana bocah itu?" Pada sebuah pertemuan, Paus Pius berkata kepada Edgardo: "Putraku, kau
membuatku bahagia, dan aku sangat bersukacita karenamu." Ia kemudian berkata kepada orang-orang lain yang hadir: "Baik yang berkuasa maupun yang tak berkuasa berusaha untuk menjauhkan bocah ini dariku, dan menuduhku barbar dan memalukan. Mereka menangisi orang tuanya, namun gagal memahami bahwa aku juga ayahnya."
Banding Yahudi Italia mendapatkan perhatian Sir Moses Montefiore, presiden Badan Deputi Yahudi Britania, yang berkeinginan untuk menolong orang-orang seimannya, seperti halnya yang ia lakukan dalam fitnah darah Damaskus tahun 1840. Dari Agustus sampai Desember 1858, ia mengepalai sebuah komite Inggris khusus terhadap Mortara yang melayangkan laporan dari Piedmont kepada surat-surat kabar Inggris dan
rohaniwan Katolik, dan senang terhadap dukungan yang digelontorkan oleh umat Protestan Inggris, terutama Evangelical Alliance pimpinan Sir Culling Eardley. Setelah gagal berupaya untuk melobikan protes resmi kepada pemerintah Inggris terhadap Vatikan, Montefiore secara pribadi datang ke Roma untuk menghadirkan sebuah petisi kepada Sri Paus yang menyerukan agar Edgardo dikembalikan ke orang tuanya. Ia datang ke Roma pada 5 April 1859.
Montefiore gagal meraih tanggapan dari Sri Paus, dan baru diterima oleh Kardinal Antonelli pada 28 April. Montefiore memberikannya petisi Badan Deputi untuk diteruskan kepada Sri Paus, dan berkata bahwa ia akan menunggu selama seminggu di kota tersebut untuk tanggapan Sri Paus. Dua hari kemudian, Roma mendapatkan kabar bahwa pertikaian pecah antara pasukan Austria dan Piedmont di utara-Perang tahun
1859 pun terjadi. Meskipun kebanyakan tamu asing melarikan diri dari Roma secepatnya, Montefiore tetap menunggu jawaban Sri Paus; ia akhirnya pergi pada 10 Mei. Saat ia kembali ke Inggris, lebih dari 2.000 warga-termasuk 79 wali kota dan provost, 27 anggota Parlemen, 22 uskup dan uskup agung Anglikan dan 36 anggota parlemen-menandatangani sebuah protes yang menyerukan bahwa
tindakan Sri Paus "tidak menghormati Kekristenan", "mencederai kemanusiaan". Sementara itu, Gereja dengan cepat membuat Edgardo menjadi orang Katolik di sebuah kapel pribadi pada 13 Mei 1859. Pada waktu itu, Edgardo tidak lama berada di Katekumen namun di San Pietro in Vincoli, sebuah basilika di bagian lainnya dari Roma dimana Paus Pius secara pribadi mendidik bocah tersebut.
Pada perang pecah melawan pasukan Austria, garisun di Bologna hengkang pada pagi 12 Juni 1859. Pada hari yang sama, bendera-bendera kepausan yang dikibarkan di lapangan-lapangan diganti dengan bendera hijau, putih dan merah Italia, legasi kardinal meninggalkan kota tersebut, dan sebuah kelompok yang menyebut dirinya sendiri sebagai pemerintahan provinsional Bologna memproklamasikan keputusannya untuk bergabung