Joseph Hardy Neesima
Dshisha adalah nama ciptaan Yamamoto, dibuatnya dari tiga aksara kanji yang secara harfiah berarti "ikatan sama tujuan", dan "eigakk" berarti "sekolah Inggris". Sekolah yang dibukanya tidak hanya mengajarkan bahasa Inggris, melainkan juga ilmu-ilmu dari Barat yang memakai bahasa Inggris.
Ketika sekolah baru dibuka, pengajarnya hanya dua orang: Niijima J yang merangkap kepala sekolah, dan misionaris Amerika Serikat, Jerome D. Davis. Muridnya pun hanya 8 orang semuanya laki-laki, di antaranya Motora Yjir, Nakajima Rikiz, dan Ueno Hidesabur. Pada 3 Januari 1876, Niijima menikahi adik perempuan Yamamoto Kakuma yang bernama Yae.
Dosen lulusan Universitas Yale, Dr. Dwight Whitney Learned tiba untuk menjadi pengajar pada bulan April 1876. Setelah sekitar setengah tahun di Teramachi, Doshisha pindah ke dua gedung kecil dan satu gedung ruang makan di Imadegawa pada tahun ajaran baru September 1876. Kampus Imadegawa hingga kini masih dijadikan kampus utama Doshisha. Di Imadegawa, Doshisha menerima 35 siswa pindahan dari
Kumamoto pada bulan September 1876. Mereka disebut Kelompok Kumamoto ("Kumamoto Band") karena berasal dari Sekolah Ilmu Barat Kumamoto yang sudah dibubarkan tahun 1876 akibat tekanan penguasa setempat. Siswa Kelompok Kumamoto sebelumnya belajar bahasa Inggris dan Kekristenan dari orang-orang Amerika, termasuk Kapten Leroy Lansing Janes.
Pada April 1877, Niijima membuka sekolah khusus untuk siswa putri, Doshisha Bunko Nyokoba di Kyoto. Ia sendiri bertindak sebagai kepala sekolah. Sekolah ini berawal dari sekolah putri yang didirikan misionaris wanita A.J. Starkweather pada Oktober 1876, tempatnya di rumah kediaman Jerome Dean Davis, di dalam kompleks Taman Istana Kekaisaran Kyoto. Dshisha Bunk Nyokba diganti namanya menjadi
Doshisha Jogakko pada bulan September tahun yang sama. Penggantian nama ini disebabkan kata "nyokba" dapat menimbulkan salah pengertian sebagai sekolah yang mengajarkan menjahit dan keterampilan untuk perempuan.
Doshisha meluluskan 15 siswa angkatan pertama pada bulan Juni 1879. Dalam upacara pagi, 13 April 1880, Niijima memukuli telapak tangannya sendiri dengan sebilah tongkat kayu hingga tongkat patah menjadi tiga bagian. Sebagai kepala sekolah, dirinya merasa bertanggung jawab atas para siswa yang membolos karena menentang penggabungan kelas yang diputuskan sekolah.
Pada 6 April 1884, Niijima untuk kedua kalinya mengadakan perjalanan Eropa dan Amerika, dan tiba kembali di Jepang pada Desember 1885. Ketika berada di Jerman, ia berkunjung ke rumah Johannes Hesse, dan bertemu dengan Hermann Hesse yang ketika itu masih anak-anak.
Setelah sekolah yang didirikannya semakin berkembang, Niijima pada tahun 1882 menyatakan niatnya untuk mendirikan universitas. Pada November 1888, esainya yang berjudul "Sasaran Pendirian Universitas Doshisha" ("Dshisha Daigaku Setsuritsu no Shii") dimuat dalam majalah dan surat kabar utama di Jepang.
Di tengah usaha mengumpulkan dana pendirian universitas, ia jatuh sakit di Maebashi, Prefektur Gunma. Di ryokan Mukadeya, saki, Prefektur Kanagawa tempatnya beristirahat, Jo Niijima meninggal dunia pada 23 Januari 1890 dalam usia 47 tahun. Sebelum meninggal dunia, ia menitipkan 10 butir wasiatnya kepada Tokutomi Soh dan Kozaki Hiromichi.
Upacara pemakaman dilangsungkan 27 Januari 1890 di kapel Doshisha. Makamnya berada di Wakaji, Higashiyama, Kyoto. Batu nisannya ditulis oleh Katsu Kaish.
Ketika meninggal dunia, cita-citanya menjadikan sekolah yang didirikannya berstatus universitas belum tercapai, namun reputasinya sebagai seorang pendidik telah diakui, dan sekolah yang didirikannya terus berkembang. Doshisha memiliki gedung bata pertama, Sheikan yang selesai dibangun tahun 1884, sebuah kapel dan gedung perpustakaan, masing-masing selesai dibangun pada tahun Juni
1886 dan November 1887. Pengusaha Amerika Serikat J.N. Harris yang menyumbangkan uang sebesar AS$10000 sebagai modal membuka Sekolah Sains Harris pada bulan Juli 1890.