Kanon Alkitab
menyatakan bahwa Musa menerima Sepuluh Perintah Allah di Gunung Gerizim, bukan di Gunung Sinai, dan di atas Gunung Gerizim inilah pengorbanan kepada Allah harus dilakukan-bukan di Yerusalem. Meski demikian para akademisi tetap mencari keterangan dalam versi Samaria ini dalam upaya untuk mengetahui makna dari teks-teks Torah asli, serta untuk melacak perkembangan dari berbagai rumpun teks. Beberapa
gulungan naskah di antara berbagai gulungan naskah Laut Mati telah diidentifikasi sebagai jenis teks Pentateukh proto-Samaritan.
Kaum Samaria memandang Torah sebagai kitab suci yang terinspirasi (atau terilhami), tetapi tidak menerima bagian-bagian lain dari Alkitab-mungkin posisi yang sama juga dipegang oleh kaum Saduki. Mereka tidak memperluas kanon mereka dengan menambahkan suatu komposisi Samaritan apa pun. Ada Kitab Yosua Samaritan, namun ini merupakan suatu kronik populer yang ditulis dalam
bahasa Arab dan tidak dianggap sebagai kitab suci. Teks keagamaan Samaritan non-kanonik yang lain misalnya "Memar Markah" (Pengajaran Markah) dan "Defter" (Buku Doa)-keduanya berasal dari abad ke-4 atau kemudian.
Mereka yang merupakan keturunan Samaria di Israel/Palestina zaman modern mempertahankan Taurat versi mereka sebagai kanonik sepenuhnya dan berwibawa. Mereka menganggap diri mereka sebagai "para penjaga Hukum" yang sejati. Penegasan ini ditekankan kembali semata-mata oleh klaim dari komunitas Samaria di Nablus (suatu daerah yang secara tradisi dikaitkan dengan kota kuno Sikhem) untuk
memiliki salinan Torah yang paling tua dan masih terlestarikan-yang mereka yakini ditulis oleh Abisha, seorang cucu Harun.
Meskipun Gereja perdana menggunakan Perjanjian Lama berdasarkan kanon Septuaginta (LXX), mungkin sebagaimana ditemukan dalam Daftar Bryennios atau daftarnya Melito, para Rasul tidak mewariskan suatu set ketetapan tentang kitab-kitab suci baru; sebaliknya, Perjanjian Baru berkembang dari waktu ke waktu.
Tulisan-tulisan terkait para rasul telah tersebar di kalangan komunitas-komunitas Kristen paling awal. Surat-surat Paulus beredar dalam bentuk-bentuk yang sudah terkumpulkan pada akhir abad ke-1 M. Yustinus Martir, pada awal abad ke-2, menyebutkan tentang "memoar para Rasul", yang mana umat Kristen () menyebutnya "injil", dan secara otoritatif dianggap setara dengan Perjanjian Lama.
Marsion dari Sinope merupakan seorang pemimpin Kristen pertama dalam catatan sejarah (meski kemudian dipandang sesat) yang mengusulkan dan mengutarakan suatu kanon Kristen yang unik (140 M). Daftarnya memuat 10 surat dari Rasul Paulus, serta sebuah versi Injil Lukas yang saat ini dikenal sebagai Injil Marsion. Dengan demikian ia telah membentuk suatu cara tertentu dalam memandang teks-teks keagamaan, yang hingga kini menetap dalam pemikiran Kristen.
Setelah Marsion, umat Kristen mulai memisahkan teks-teks yang selaras dengan "kanon" (tongkat pengukur) dari pemikiran teologis yang dapat diterima dan teks-teks yang memicu penyesatan. Hal ini memainkan peranan utama dalam menuntaskan struktur dari kumpulan karya-karya yang disebut Alkitab. Ada pendapat bahwa desakan awal bagi proyek kanonisasi dari kalangan Kristen proto-ortodoks berawal dari perlawanan terhadap kanon yang diusulkan oleh Marsion.
Sebuah kanon empat injil ("Tetramorf") dinyatakan oleh Ireneus dalam kutipan berikut: "Adalah tidak mungkin jumlah Injil dapat lebih banyak atau lebih sedikit dari yang ada. Sebab ada empat penjuru bumi dimana kita hidup, dan ada empat mata angin utama, sementara Gereja tersebar di seluruh dunia, serta 'pilar dan dasar' dari Gereja
adalah Injil dan Roh kehidupan. Maka sudah sepatutnya Gereja memiliki empat pilar yang memberi nafas keabadian di setiap penjuru, dan memberi hidup kembali pada manusia... Oleh karenanya Injil selaras dengan hal-hal ini... Sebab makhluk hidup memiliki empat aspek dan Injil memiliki empat aspek... Karena itu semua orang yang menghancurkan bentuk Injil ini adalah sia-sia,
tidak terpelajar, dan juga lancang; [yaitu] mereka yang menyatakan aspek-aspek Injil lebih banyak, atau, di pihak lain, lebih sedikit dari yang telah disebutkan sebelumnya."
Pada awal abad ke-3, teolog Kristen seperti Origen dari Aleksandria mungkin telah menggunakan (atau setidaknya telah akrab dengan) 27 kitab yang sama dengan yang terdapat dalam edisi-edisi Perjanjian Baru modern, meskipun masih ada pertentangan atas kanonisitas beberapa tulisan tersebut (lihat pula Antilegomena). Demikian pula dari sekitar abad ke-2, fragmen
Muratori menunjukkan bahwa ada satu set tulisan-tulisan Kristen yang agak mirip dengan apa yang sekarang menjadi Perjanjian Baru, yang mana mencakup keempat Injil dan menentang keberatan atasnya. Jadi, sementara ada suatu ukuran yang baik tentang perdebatan dalam Gereja perdana atas kanon Perjanjian Baru, tulisan-tulisan penting tersebut telah diterima oleh hampir semua kalangan Kristen pada pertengahan abad ke-3.
Origen dari Aleksandria (184/5-253/4), salah seorang cendekiawan mula-mula yang terlibat dalam kodifikasi kanon Alkitab, memiliki latar belakang pendidikan yang baik dalam teologi Kristen maupun filsafat paganisme, namun secara anumerta dikutuk dalam Konsili Konstantinopel II tahun 553 karena beberapa ajarannya dianggap sesat. Kanon yang diajukan Origen mencakup semua kitab dalam
kanon Perjanjian Baru saat ini kecuali empat kitab: Surat Yakobus, Surat Petrus yang Kedua, Surat Yohanes yang Kedua dan Ketiga.
Ia juga memasukkan Gembala Hermas yang mana kemudian ditolak. Bruce M. Metzger, seorang akademisi keagamaan, menjelaskan upaya yang dilakukan Origen dengan mengatakan, "Proses kanonisasi yang direpresentasikan oleh Origen dilanjutkan dengan cara seleksi, beranjak dari banyak kandidat untuk disertakan lebih sedikit." Hal ini merupakan upaya besar pertama untuk menyusun berbagai surat dan kitab
tertentu sebagai ajaran yang terinspirasi dan berwibawa bagi Gereja perdana pada saat itu, meskipun tidak ada kejelasan apakah Origen menganggap daftarnya berwibawa bagi dirinya sendiri.
Dalam surat Paskah yang ditulisnya pada tahun 367, Patriark Athanasius dari Aleksandria memberikan sebuah daftar kitab yang persis sama dengan apa yang menjadi 27 kitab protokanonik Perjanjian Baru, dan menggunakan ungkapan "yang dikanonisasi" ("kanonizomena") berkenaan dengan kitab-kitab tersebut. Athanasius juga memasukkan Kitab Barukh dan Surat Nabi Yeremia dalam kanon Perjanjian Lama yang diajukannya. Namun ia mengeluarkan Kitab Ester dari kanon ini.
Gereja-gereja Timur secara umum memiliki firasat yang lebih lemah dibandingkan dengan Barat berkenaan dengan kebutuhan untuk membuat suatu gambaran yang jelas terkait kanon Alkitab. Mereka lebih sadar akan adanya tingkatan kualitas rohaniah di antara kitab-kitab yang mereka terima (misalnya klasifikasi dari Eusebius; lihat pula Antilegomena) dan lebih jarang
menegaskan bahwa kitab-kitab yang mereka tolak tidak memiliki kualitas rohaniah sama sekali. Sebagai contoh Konsili Quinisextum tahun 692, yang mana ditolak oleh Paus Sergius I (lihat pula Pentarki), mengesahkan kanonisitas daftar-daftar tulisan berikut ini: Kanon Para Rasul (385), Konsili Laodikia (363), Konsili Kartago yang Ketiga (397), dan Surat Paskah Athanasius yang
ke-39 (367). Dan selanjutnya daftar-daftar ini tidak disepakati. Demikian pula kanon-kanon Perjanjian Baru dari Gereja Suriah, Armenia, Georgia, Koptik Mesir, dan Ethiopia memiliki beberapa perbedaan kecil antara satu dengan yang lainnya. Wahyu kepada Yohanes dikatakan sebagai salah satu kitab yang paling tidak pasti; di Timur, khiliasme dan Montanisme membuatnya dicurigai;
kitab tersebut tidak diterjemahkan ke dalam bahasa Georgia sampai dengan abad ke-10, dan tidak pernah dimasukkan dalam leksionari resmi Gereja Ortodoks Timur sejak zaman Bizantium hingga saat ini.