Paus Pius XII
XII akan mengeluarkan pernyataan yang sama dengan pernyataan negara-negara sekutu "Kebijaksanaan Jerman mengenai Pemusnahan Ras Yahudi", Maglione menjawab bahwa Vatikan "tidak bisa mengutuk kekejaman-kekejaman tertentu di depan umum".
Pada akhir tahun 1942, Paus Pius XII menyarankan para uskup Jerman dan Hongaria bahwa bersuara menentang pembunuhan massal di wilayah timur akan memiliki keuntungan dari segi politik. Pada tanggal 7 April 1943, Monsinyur Tardini, salah satu penasihat terdekat Paus Pius XII, memberitahu Sri Paus bahwa adalah suatu hal yang menguntungkan secara politik untuk melakukan langkah-langkah membantu orang-orang Yahudi dari Slowakia setelah masa perang.
Pada bulan Januari 1943, Paus Pius XII sekali lagi menolak untuk secara publik mengutuk kekejaman Nazi terhadap orang-orang Yahudi, setelah adanya permintaan dari Wadysaw Raczkiewicz, Presiden Pemerintahan Polandia di pembuangan, dan Uskup Konrad von Preysing dari Berlin. Pada tanggal 26 September 1943, setelah Jerman menduduki Italia bagian utara, pejabat-pejabat Nazi memberikan waktu 36 jam bagi para pemimpin
Yahudi di Roma untuk menyetorkan 50 kilogram emas (atau yang setara dengannya) kepada Nazi dengan ancaman Nazi akan menyandera 300 orang apabila hal tersebut tidak terpenuhi. Pemimpin Rabbi di Roma saat itu, Israel Zolli, menulis dalam bukunya bahwa ia diutus untuk pergi ke Vatikan untuk mencari bantuan. Vatikan menawarkan bantuan dalam bentuk pinjaman 15 kilogram emas, namun ternyata tawaran ini
tidak diperlukan lagi ketika orang-orang Yahudi menerima perpanjangan waktu. Tak lama kemudian, ketika deportasi dari Italia tidak bisa dihindarkan lagi, 477 orang Yahudi disembunyikan di dalam Vatikan sendiri dan 4238 orang lainnya dilindungi di berbagai biara di Roma.
Pada tanggal 30 April 1943, Paus Pius XII menulis kepada Uskup von Preysing di Berlin: "Kami memberikan tugas kepada para imam yang bekerja di lapangan untuk menentukan bila dan hingga pada derajat mana bahaya tindakan balas dendam dan berbagai bentuk penindasan akan terjadi dengan pernyataan gereja... "ad maiora mala vitanda" (untuk menghindari hal yang lebih parah)... untuk selalu berhati-hati.
Di sinilah terletak salah satu alasan mengapa kita menahan diri kita sendiri dalam amanat-amanat kita; pengalaman yang terjadi dengan adanya amanat Sri Paus pada tahun 1942 yang kami izinkan untuk disampaikan kepada semua umat, membenarkan pendapat kami sejauh yang bisa kami lihat... Tahta Suci telah melakukan segala sesuatu di dalam kemampuannya melalui
bantuan-bantuan amal, keuangan dan moral, tak termasuk jumlah uang yang sangat besar yang telah kami gunakan dalam bentuk mata uang Amerika untuk biaya-biaya para imigran".
Pada tanggal 28 Oktober 1943, Ernst von Weizsäcker, Duta Besar Jerman bagi Vatikan, mengirimkan telegram ke Berlin yang berisi: "... Sri Paus masih belum terpengaruh untuk mengutuk secara resmi pendeportasian orang-orang Yahudi dari Roma. Dengan anggapan bahwa pihak Jerman tidak akan mengambil langkah-langkah yang lebih jauh lagi terhadap orang-orang Yahudi di Roma, pertanyaan mengenai hubungan kita dengan pihak Vatikan bisa dianggap selesai".
Pada bulan Maret 1944, melalui "nuncio" Tahta Kepausan di Budapest, Angelo Rotta mendesak Pemerintah Hungaria untuk melunakkan perlakuannya terhadap orang-orang Yahudi. Protes-protes ini, bersama dengan protes yang sama dari Raja Swedia, Palang Merah Internasional, Amerika Serikat, dan Inggris, mengakibatkan penghentian deportasi pada tanggal 8 Juli 1944. Juga pada tahun 1944, Paus Pius XII menyerukan kepada 13
pemerintah negara-negara Amerika Latin untuk menerima "paspor darurat", walau hal ini membutuhkan intervensi dari Departemen Dalam Negeri Amerika Serikat agar negara-negara ini menerima dokumen semacam itu.
Ketika pihak gereja memindahkan 6000 anak-anak Yahudi di Bulgaria ke Palestina, Kardinal Sekretaris Negara Maglione menegaskan kembali bahwa Tahta Suci bukanlah pendukung Zionisme.
Pada bulan Agustus 2006 beberapa kutipan dari catatan pribadi seorang biarawati dari Biara "Santi Quattro Coronati" yang telah berusia 60 tahun diterbitkan di media Italia, menyatakan bahwa Paus Pius XII memerintahkan biara-biara di Roma untuk menyembunyikan orang-orang Yahudi selama Perang Dunia II.
Kebijakan Gereja setelah Perang Dunia II dari kepemimpinan Paus Pius XII memfokuskan pada bantuan material bagi Eropa yang tercabik-cabik oleh perang, sebuah gerakan internasionalisasi internal Gereja Katolik Roma, serta pembangunan hubungan-hubungan diplomatik seluruh dunia-nya. Surat ensikliknya, "Evangelii Praecones" dan "Fidei Donum" yang diterbitkan tanggal 2 Juni 1951 dan 21 April 1957, memberikan
hak yang lebih besar bagi misi-misi Katolik untuk mengambil keputusan sendiri. Banyak misi-misi ini yang kemudian menjadi keuskupan-keuskupan yang berdiri sendiri. Paus Pius XII menuntut pengakuan terhadap kebudayaan-kebudayaan lokal sebagai sesuatu yang sejajar dengan kebudayaan Eropa. Melanjutkan garis kebijakan pendahulunya, Paus Pius XII mendukung
pembentukan administrasi lokal di dalam urusan-urusan gereja: pada tahun 1950, hierarki gereja di Afrika Barat menjadi berdiri sendiri; pada tahun 1951 di Afrika Selatan; dan tahun 1953 di Afrika Timur Britania. Finlandia, Burma, dan Afrika Perancis menjadi keuskupan-keuskupan yang berdiri sendiri tahun 1955.
Meski Gereja berkembang di dunia Barat dan di kebanyakan negara-negara yang berkembang, Gereja menghadapi penindasan serius di dunia Timur. Rezim-rezim komunis di Albania, Bulgaria, dan Rumania hampir membasmi Gereja Katolik Roma di negara-negara mereka.
Hubungan yang sulit antara Vatikan dengan Uni Soviet, atau Rusia, bermula dari Revolusi Rusia tahun 1917 dan berlanjut terus hingga masa kepemimpinan Paus Pius XII. Situasi ini memengaruhi hubungan dengan Gereja Ortodoks pula. Gereja-gereja Oriental Katolik dibasmi di sebagian besar Uni Soviet selama era pemerintahan Joseph Stalin dan para penerusnya. Penindasan terhadap Gereja terus berlangsung selama masa kepemimpinan Paus Pius XII ini.
Hubungan antara Tahta Suci dengan Republik Rakyat Tiongkok tahun 1939-1958 bermula dengan penuh harapan ketika Vatikan mengakui keabsahan ritus Cina dalam Gereja yang telah berlangsung lama pada tahun 1939, pengangkatan kardinal Tiongkok pertama pada tahun 1946, dan pembentukan sebuah hierarki Gereja lokal di Cina. Hubungan ini berakhir dengan penindasan dan pembasmian nyata terhadap Gereja
Katolik pada awal dasawarsa 1950-an dan berdirinya Asosiasi Umat Katolik Patriotik Tiongkok pada tahun 1957, sebuah organisasi Gereja Katolik yang tidak diakui oleh Vatikan.
Pada tahun 2005, "Corriere della Sera" menerbitkan sebuah dokumen bertanggal 20 November 1946 dengan topik anak-anak Yahudi yang dibaptis di Perancis masa perang. Dokumen tersebut memerintahkan agar anak-anak yang telah dibaptis, bila yatim-piatu, harus dipelihara di tempat-tempat asuh Katolik dan menyatakan bahwa keputusan tersebut "telah disetujui oleh Sri Paus". "Nuncio" Angelo Roncalli
(yang nantinya akan menjadi Paus Yohanes XXIII dan mendapat penghargaan dari Yad Vashem-organisasi Israel yang menjaga peringatan atas holocaust-sebagai Yang Berbudi Di Antara Semua Bangsa) mengabaikan berita ini. Abe Foxman, direktur nasional organisasi Liga Anti-Defamasi-sebuah organisasi perlindungan kaum Yahudi di Amerika Serikat-yang dirinya sendiri pernah dibaptis dan mengalami perseteruan
perwalian setelahnya, menyerukan penghentian secepatnya terhadap proses beatifikasi Paus Pius XII hingga semua Arsip Rahasia Vatikan dan catatan pembaptisan yang relevan dibuka. Dua orang cendekiawan Italia, Matteo Luigi Napolitano dan Andrea Tornielli, memastikan bahwa memorandum tersebut adalah asli, namun mereka juga menyampaikan bahwa apa yang diungkapkan oleh "Corriere della Sera"