Pemberontakan Ionia
Athena, dengan dibantu oleh Sparta. Upaya ini gagal dan Hippias mencari perlindungan kepada Artaphernes. Hippias lalu membujuk Persia untuk menaklukkan Athena. Athena mengirim utusan kepada Artaphernes untuk mencegahnya mengambil tindakan, namun Artaphernes hanya menyuruh orang Athena untuk menerima kembali Hippias sebagai tiran. Orang Athena menolak keras hal
ini, dan dengan demikian mereka secara terbuka menyatakan perang kepada Persia. Dengan menjadi musuh Persia, Athena menjadi berada dalam posisi untuk mendukung kota-kota Ionia ketika mereka mulai melakukan pemberontakan. Selain itu, kenyataan bahwa demokrasi Ionia diilhami oleh Athena semakin mendorong Athena untuk mendukung Pemberontakan Ionia, apalagi kota-kota Ionia dipercaya bermmula sebagai koloni-koloni Athena.
Aristagoras juga berhasil membujuk kota Eretria untuk ikut mengirim bantuan kepada orang Ionia. Alasan Eretria membantu Pemberontakan Ionia tak sepenuhnya jelas. Kemungkinan faktornya adalah alasan perdagangan; Eretria adalah kota dagang, yang perniagaannya terancam oleh dominasi Persia di Aigeia. Herodotos sendiri berpendapat bahwa Eretria
mendukung pemberontakan sebagai balasan karena dulu orang Miletos pernah membantu Eretria dalam perang melawan Khalkis, barangkali pada Perang Lelantina.
Selama musim dingin, Aristagoras terus menggerakan pemberontakan. Pada suatu insiden, dia menyuruh sekelompok orang Paionia, dulunya datang dari Thrakia, yang dibawa oleh Darius untuk tinggal di Phrygia, untuk kembali ke tempat asal mereka. Herodotos menyataka bahwa satu-satunya tujuan Aristagoras melakukan itu adalah untuk membuat pihak Persia semakin marah.
Pada musim semi tahun 498 SM, satu armada Athena yang terdiri atas dua puluh trireme, dengan ditambah lima trireme dari Eretria, berangkat menuju Ionia. Mereka bergabung dengan pasukan Ionia utama di dekat Ephesos. Aristagoras menolak memimpin pasukan itu secara langsung dan memutuskan untuk menunjuk saudaranya Kharopinos dan orang Miletos lainnya, Hermophantos, sebagai jenderalnya.
Pasukan ini dipandu oleh orang Ephesos melalui pegunungan menuju Sardis, ibu kota kesatrapan Artaphernes. Pasukan Yunani mengejutkan orang Persia di sana dan berhasil menaklukkan kota bawahnya. Namun, Artaphernes masih mengausai citadel yang memiliki banyak tentara Persia. Kota bawah kemudian dilanda kebakaran yang, menurut Herodotos, menyebar dengan cepat. Pasukan Persia di citadel,
terkurung dalam kota yang terbakar, bergerak ke pasar Sardis, di sana mereka bertempur dengan pasukan Yunani dan berhasil memukul mundur mereka. Kekalahan itu membuat pasukan Yunani kehilangan semangat. Mereka mundur dari kota itu dan kembali ke Ephesos.
Herodotos menuturkan bahwa ketika Darius mengetahui kabar mengenai kebakaran Sardis, dia sangat marah dan bersumpah akan menghukum para pemberontak itu beserta negara yang membantu mereka, yaitu Athena dan Eretria. Dia bahkan menyuruh seorang pelayan untuk selalu mengingatkannya tiga kali sehari dengan mengatakan: "Baginda, ingatlah Athena."
Herodotos mencatat bahwa ketika pasukan Persia yang berada di Asia Kecil mengetahui penyerangan terhadap Sardis mereka langsung berkumpul dan bergerak untuk menemui Artaphernes. Setibanya di Sardis, mereka mendapati bahwa pasukan Yunani sudah pergi. Jadi mereka mengikuti jejak pasukan Yunani hingga ke Ephesos. Mereka menemukan pasukan Yunani di dekat Ephesos dan menyerang mereka. Pasukan Yunani terpaksa
berbalik dan bertempur menghadapi pasukan Persia. Holland berpendapat bahwa dalam bentrokan itu pasukan Persia kemungkinan erdiri terutama atas kavaleri sehingga dapat mengejar pasukan Yunani dengan cepat. Kavaleri Persia pada masa itu biasanya merupakan kavaleri misil, yang siasatnya adalah melemahkan musuh dengan melontarkan serangan jarak jauh secara terus-menerus.
Jelas bahwa pasukan Yunani, yang kelelahan dan kehilangan semangat, bukan tandingan bagi pasukan Persia, dan memang pada akhirnya pasukan Persia berhasil sepenuhnya mengalahkan pasukan Yunani melalui pertempuran di Ephesos. Banyak tentara Yunani yang terbunuh, termusuk jenderal Eretria, Eualkides. Tentara Ionia yang selamat dari pertempuran melarikan diri ke kota masing-masing, sedangkan
pasukan Athena dan Eretria berhasil tiba di kapal-lapal mereka dan kemudian berlayar kembali ke Yunani. Pasukan Athena mengakhiri persekutuan mereka dengan Ionia, karena mereka menyadari bahwa pasukan Persia tidak selemah seperti yang diceritakan oleh Aristagoras. Akan tetapi, orang Ionia tetap melanjutkan pemberontakan, dan Persia tampaknya tidak
menindaklanjuti kemenangan mereka di Ephesos. Kemungkinan pasukan Persia yang baru saja mengalahkan pasukan Yunani di Ephesos itu tidak memiliki perlengkapan yang cukup untuk melakukan pengepungan terhadap suatu kota. Sementara itu, meskipun mengalami kekalahan di Ephesos, pemberontakan malah semakin meluas. Orang Ionia mengirim pasukan ke Hellespontos dan Propontis dan menaklukkan Byzantion
serta kota-kota lain di sekitarnya. mereka juga membujuk Karia untuk ikut memberontak. Lebih jauh lagi, melihat bahwa pemberontakan semakin meluas, kerajaan-kerajaan di Siprus juga ikut memberontak terhadap kekuasaan Persia meskipun tanpa ada hasutan dari pihak luar.
Uraian herodotos setelah Pertempuran Ephesos ambigu dalam kronologi pastinya; para sejarawan pada umumnya menempatkan peristiwa di Sardis dan Ephesos pada tahun 498 SM. Herodotos selanjutnya menjabarkan penyebaran pemberontakan, dengan demikian pada tahun 498 SM juga, namun dia mengatakan bahwa bangsa Siprus mengalami satu tahun kemerdekaan, yang dengan demikian menaruh tindakan Siprus pada tahun 497 SM. Dia kemudian menyebutkan:"
Kutipan tersebut menyiratkan bahwa para jenderal Persia ini melancarkan serangan balasan "dengan segera" seusai Pertempuran Ephesos. Akan tetapi, kota-kota yang oleh Herodotos disebutkan dikepung oleh Daurises berada di Hellespontos, yang, berdasarkan perhitungan Herodotos sendiri, tidak terlibat dalam pemberontakan hingga "setelah" peristiwa di Ephesos. Maka cara paling
mudah untuk merukunkan pertentangan ini adalah dengan berasumsi bahwa Daurises, Hymaies, dan Otanes menunggu hingga musim kampanye berikutnya, yaitu tahun 497 SM, sebelum melancarkan serangan balasan. Tindakan Persia yang disebutkan oleh Herodotos di Hellespontos dan Karia tampaknya berlangsung pada tahun yang sama, dan sebagian besar sejarawan menempatkannya pada tahun 497 SM.
Di Siprus, semua kerajaannya memebrontak kecuali kerajaan Amathos. Pemimpin pemberontakan Siprus adalah Onesilos, saudara raja Salamis-di-Siprus, Gorgos. Gorgos sendiri tidak ingin memberontak, jadi Onesilos mengusir saudaranya itu dari kota dan mengangkat dirinya sendiri menjadi raja. Gorgos selanjutnya mendatangi pihak Persia, sementara Onesilos menghasut
kerajaan-kerajaan Siprus lainnya, kecuali Amathos, untuk memberontak. Setelah itu dia mengepung Amathos.
Setahun kemudian, yaitu tahun 497 SM, Onesilos, yang masih mengepung Amathos, mendengar bahwa pasukan Persia yang dipimpin Artybios telah dikerahkan ke Siprus. Onesilos pun mengirim utusan ke Ionia, meminta bantuan mereka. Orang Ionia setuju dan mengirimkan "pasukan besar" ke Siprus. Pasukan Persia akhirnya tiba di Siprus, dibantu oleh armada
Fenisia. Pasukan Ionia memutuskan untuk bertempur di laut dan berhasil mengalahkan armada Fenisia itu. Dalam pertempuran darat yang terjadi setelanya, pasukan Siprus memperoleh keuntungan awal dan mampu membunuh Artybios. Akan tetapi, dua kontingen mereka membelot dan berpihak kepada Persia. Akibatnya pasukan Siprus dan Ionia dikalahkan, dan Onesilos terbunuh. Pemberontakan di Siprus akhirnya berakhir, sedangkan pasukan Ionia berlayar pulang.
Pasukan Persia di Asia Kecil tampaknya dikumpulkan kembali pada tahun 497 SM, dengan tiga menantu Darius, yaitu Daurises, Hymaies, dan Otanes, memimpin tiga pasukan. Herodotos berpendapat bahwa ketiga jenderal ini membagi wilayah pemberontakan menjadi tiga dan masing-masing jenderal melancarkan serangan ke tiga wilayah itu.