Universitas Khairun
Di masa itu juga, Unkhair juga dibantu oleh tenaga pendidik/peneliti dari LIPI, Unsrat Manado, dan Unhas Makassar. Kendala paling besarnya adalah pada pendanaan, karena ketika mahasiswa ujian, maka perlu mendatangkan dosen, dan kedatangan dosen membutuhkan pendanaan yang cukup. Namun, kendala dana ini bisa di atasi dengan jalinan kemitraan dengan berbagai pihak.
Dalam periode ini, dr. Saleh Sahib sempat memimpin Unkhair selama tiga tahun (bukan empat tahun seperti biasanya jabatan Rektor), kemudian dilanjutkan oleh Drs. HM. Jusuf Abdulrahman sejak 1983 hingga 1998.
Menurut Fachri Ammarie, Pembantu Rektor bidang Kemahasiswaan di masa Rektor Saleh Sahib, perkembangan Unkhair ketika itu dalam tahap berusaha membuka dan menyebarkan informasi atau prospek tentang pendidikan Unkhair ke sekolah-sekolah SMA dan sederajat, yang berada di Kabupaten Maluku Utara [Morotai, Tobelo, Bacan, Sanana, dan Jailolo]. Sosialisasi ini dilakukan kembali karena pasca kevakuman itu, terjadi kekurangan minat lulusan SMA untuk berkuliah di Unkhair.
Mengenai peran dr. Saleh Sahib dan Jusuf Abdulrahman, Dr. Saiful Bahri Ruray menulis, ...di tangan dingin Jusuf Abdulrahman dan dr. Saleh Sahib, Unkhair menggeliat kembali pada fase ketiganya, memiliki kampus sendiri, seakan-akan eksistensi institusi ini hadir secara fisik nyata di tengah-tengah kebutuhan Maluku Utara akan putra-putra daerah yang cendikia.
Transisi dari Rektor dr. Saleh Sahib ke Drs. HM. Jusuf Abdulrahman tidak lepas dari tantangan internal yang masih mendera Unkhair, dari segi jumlah mahasiswa, akademik, dan manajemen keuangan. Di tangan Rektor Jusuf Abdulrahman, ia melakukan perubahan dari perkembangan mahasiswa, akademik, dan manajemen keuangan.
Pada masa awal kepemimpinan Rektor Jusuf pada tahun 1984 terjadi perubahan akta lagi, dan terbit Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan tanggal 22 Mei 1986 Nomor 392/0/1986 dengan perubahan program studi di lingkungan Unkhair sebagai berikut:
Di masa kepemimpinan Rektor Jusuf, Unkhair memperbaiki akademiknya untuk menarik minat pelajar dan masyarakat belajar di Unkhair. Perubahan ini dilakukan dengan tetap mengacu pada sistem pendidikan nasional dengan kemitraan bersama beberapa kampus di Kopertis.
Dalam akademik, perkuliahan mahasiswa menggunakan Sistem Kredit Semester (SKS) yang menetapkan besarnya beban studi kegiatan akademik mahasiswa yang setara dengan 1x 50 menit tatap muka dikelas dan 1x 2 jam mandiri. Sedangkan beban studi untuk satu kesatuan pada setiap jurusan atau program studi bervariasi antara 144 sampai 160 SKS. Mekanisme perkuliahan dan ujian dilaksanakan dengan sistem semester awal (ganjil) dan semester akhir (genap) sedangkan Ujian Negara Cicilan (UNC) berada di bawah Kopertis wilayah XII Maluku-Irian Jaya.
Kurikulum yang dipakai dalam proses belajar-mengajar berpatokan pada Kurikulum Nasional 1994 dan diboboti oleh muatan lokal serta didasarkan pada perguruan tinggi mitra. Hal tersebut dikembangkan karena pada tahun 1979 sebagian masyarakat punya anggapan miring', ...kuliah di Unkhair itu tidak menjamin. Jadi, ada semacam rasa ragu di hati masyarakat akan mutu pendidikan
lembaga ini. Abdul Hakim Ahmad, mahasiswa Unkhair angkatan 1970-an, menceritakan pengalamannya waktu itu, ...pada tahun-tahun 1970-an itu merupakan tahun dimana Unkhair belum terlalu banyak menyatu dengan masyarakat, belum memiliki dosen yang bermutu serta masih terjadi carut-marut birokrasi di bidang akademik. Menyikapi anggapan miring' sebagian masyarakat kepada Unkhair itu,
maka dilakukanlah sosialisasi hingga tahun 1980-an ke desa-desa lewat radiogram di RRI Ternate, dan sosialisasi langsung ke sekolah-sekolah yang ada di Tobelo, Morotai, Bacan dan Sanana. Unkhair waktu itu bersosialisasi dengan melakukan perjalanan dari utara [desa-desa di Morotai, Jailolo, Tobelo], bahkan ke selatan [Bacan dan Sanana], dan
tidak kalah pentingnya juga diberikan kesempatan perkuliahan gratis untuk Jurusan Matematika agar mahasiswa mau masuk kuliah.
Sosialisasi tersebut membuahkan hasil dengan makin berkembangnya jumlah mahasiswa Unkhair. Pada tahun 1989 di masa Rektor Jusuf Abdulrahman, menurut Abdul Hakim Ahmad, SE-yang belakangan menjadi Kepala Biro Administrasi Umum dan Keuangan-terjadi beberapa perkembangan sebagai berikut: (1) jumlah mahasiswa makin meningkat, (2) manajemen keuangan makin baik, (3) jumlah dosen yang semakin bermutu dibanding
sebelum-sebelumnya, (4) kepercayaan dan kesadaran masyarakat mulai positif tentang pentingnya pendidikan di Unkhair.
Visi Unkhair di masa itu telah mulai terejawantah secara baik, yaitu untuk menghasilkan lulusan yang bermoral, memiliki kompetensi akademik, profesional, memiliki kemampuan kewirausahaan, adaptif, meningkatkan kemampuan akademik dan atau profesional. Menurut Buku Panduan Profil Unkhair, di masa itu pendidik dan tenaga kependidikan juga meningkatkan kinerja manajemen internal, meningkatkan daya tampung
dan kesempatan belajar, dan meningkatkan kualitas penelitian dan pengabdian kepada masyarakat yang relevan dengan pengembangan sumber daya pesisir dan kepulauan secara berkelanjutan. Dengan usaha tersebut, kualitas Unkhair makin baik, setidaknya dilihat dari jumlah mahasiswa yang dari tahun ke tahun meningkat dari 20% sampai 25 % sebagaimana tabel di bawah ini.
Pada tahun 1991 Unkhair menambah dua Program Studi Jurusan MIPA sesuai SK Mendikbud No. 0382/0/1991 Tanggal 27 Juni 1991, dibuka Program Studi Pendidikan Biologi (jenjang S1) dan Program Studi Pendidikan Fisika (jenjang S1). Pun demikian pada tahun 1992 terjadi perubahan Program Pendidikan dari DIII ke S1 untuk Program Studi Pendidikan Matematika dan Program Studi Pendidikan Bahasa Inggris sesuai SK Mendikbud Nomor 0174/0/1992 tanggal 28 Maret 1992. Pada Tahun 1992
Fakultas Ekonomi menambah satu jurusan lagi (Jurusan Manajemen Perusahaan) sesuai SK Dirjen DIKTI Nomor. 399/Dikti/Kep/1992 tanggal 19 Agustus 1992. Pada Tahun 1992 dibuka kembali Fakultas Pertanian [yang pernah ditutup] dengan Jurusan Budidaya Pertanian dan Manajemen Sumber Daya Perikanan sesuai SK Dirjen Dikti Nomor 417/Dikti/Kep/1992 tanggal 26 Agustus 1992. Dan
Sesuai dengan surat keputusan Dirjen Dikti Nomor 51/Dikti/Kep/1993 tanggal 29 Janwari 1993, menetapkan kembali status terdaftar untuk Fakultas Hukum Program Studi Hukum Keperdataan dan Program Studi Hukum Kepidanaan; Fakultas Ekonomi Program Studi Ilmu Ekonomi dan Studi pembangunan; Fakultas ilmu Pendidikan Jurusan Ilmu Pendidikan Sosial Program Studi PMP-KN Jurusan Pendidikan Bahasa dan Seni Program Studi
Bahasa dan Sastra Indonesia. Dengan penambahan jurusan dalam perbaikan status terdaftar dan perbaikan birokrasi, akademik, manajemen keuangan, dan penambahan jumlah mahasiswa, akhirnya pada tahun 1995-1996 Unkhair telah memiliki 60 dosen yayasan serta 25 dosen Kopertis dan 15 dosen luar biasa serta 2450 mahasiswa di seluruh fakultas. Di masa Rektor Jusuf Abdulrahman ini, perkembangan Unkhair semakin baik
dengan manajemen keuangan semakin jelas karena mendapatkan bantuan (tetap dan tidak tetap), terutama dari Pemerintah Daerah Maluku Utara melalui APBD, sumber-sumber pendapatan yang dikelola Yayasan, bantuan-bantuan sah dan tidak mengikat, dan dari masyarakat (SPP mahasiswa, biaya Seleksi Masuk Perguruan Tinggi, dan penerimaan-penerimaan lainnya). Fase
ini merupakan fase peningkatan pesat dari yang sebelumnya pernah vakum. Hal ini, seperti yang diungkapkan Dr. Saiful Bahri Ruray, tidak lepas dari tangan dingin Rektor Jusuf Abdulrahman yang dengan tanggungjawab dan idealisme tinggi mempertahankan, bahkan memajukan Unkhair hingga di titik paling maju waktu masih berstatus Perguruan Tinggi Swasta (PTS).
Pada akhir tahun 1980-an sampai dengan pengalihan kepemimpinan dari Drs. H.M. Jusuf Abdulrahman, tanggal 27 Agustus 1998, Unkhair telah berkembang pesat terutama dari sisi pembukaan program studi, jumlah mahasiswa dan proses pembelajaran/perkulihan. Namun perkembangan itu belum didukung dengan penyediaan fasilitas pendidikan yang standar.