Ruangan Rafael
kepausan, adalah "San Pietro in Vincoli" (Santo Petrus yang sedang dirantai), jadi lukisan ini sekaligus merupakan sebuah referensi kepada jabatan kepausan pada umumnya dan kepada Julius pada khususnya. Fresko ini adalah suatu pelajaran untuk menggambar cahaya: cahaya bulan yang alami, cahaya obor buatan manusia dan cahaya malaikat yang dikaruniai oleh Tuhan. Cahaya paling akhir, tentunya, yang mengalahkan cahaya lainnya.
"Stanza della segnatura" ("Ruang Tanda Tangan") adalah ruangan pertama yang dihiasi oleh fresko Raphael. Ruangan ini adalah ruang belajar yang mencakup perpustakaan Paus Julius II, dimana rapat pertimbangan "Apostolic Signatura" awalnya berada. Konsep lukisan Raphael menggabungkan secara harmonis unsur-unsur Jaman Kuno dan Kristiani serta menampilkan isi dari perpustakaan Sri Paus dengan tema-tema
seperti teologi, filosofi, jurispruden dan karya-karya seni puitis, yang diwakili oleh adanya "tondo" di atas "lunette" dinding. Tema ruangan ini adalah kebijaksanaan duniawi dan rohani, serta yang menurut kaum humanis Renaissance merupakan keselarasan antara ajaran Kristen dan filosofi Yunani. Tema kebijaksanaan ini cocok dengan tempatnya
sebagaimana ruangan ini merupakan kamar dewan "Apostolic Signatura", dimana kebanyakan dokumen-dokumen penting kepausan ditandatangani dan dicap.
Komposisi pertama Raphael yang dilakukan pada tahun 1508 atau 1509 adalah "Perdebatan mengenai Sakramen Suci", nama tradisional untuk menggambarkan peristiwa yang sesungguhnya adalah sebuah "Adorasi Sakramen". Di dalam lukisan itu, Raphael menciptakan sebuah gambaran gereja yang ditampilkan hadir di surga dan bumi.
Pada akhir tahun 1509, Raphael memulai berkeja pada dinding yang berseberangan dengan "Disputa". Lukisan kedua ini, berjudul "Aliran Pendidikan Athena", menggambarkan bahwa kebenaran diperoleh melalui akal budi; lukisan ini dimaksudkan untuk berada di bagian filosofi perpustakaan Paus Julius II. Lukisan ini mungkin merupakan fresko Raphael yang paling terkenal.
Raphael memulai komposisi lukisan ketiganya pada akhir tahun 1509 atau mungkin bahkan pada awal tahun 1510. Lukisannya menggambarkan "Parnassus", tempat tinggal dewa Apollo dan para Musai serta merupakan rumah puisi, menurut mitologi klasik. Di dalam fresko tersebut Apollo dan para Musai dikelilingi oleh para penyair dari zaman kuno hingga zaman saat Raphael masih hidup.
Dua gambar di dinding keempat, yang diselesaikan oleh para pekerjanya, dan di "lunette" (langit-langit yang melengkung) di atasnya, menceritakan tentang "Kebajikan Utama", dilukis pada tahun 1511. "Kebajikan Utama" secara alegoris menampilkan kebajikan-kebajikan dari sifat berani, bijaksana dan sederhana.
"Stanza dell'incendio del Borgo" dinamai menurut fresko "Kebakaran di Borgo" yang menggambarkan Paus Leo IV sedang membuat tanda salib untuk memadamkan api yang sedang membara di kawasan Borgo, sebuah distrik di Roma dekat Vatikan. Ruangan ini dipersiapkan sebagai ruang musik untuk penerus Julius, Paus Leo X. Fresko-nya mengambarkan peristiwa-peristiwa kehidupan Paus Leo III dan Paus Leo IV.
Lukisan-lukisan lain di dalam ruangan ini adalah "Sumpah Leo III", "Pentahbisan Charlemagne oleh Leo III", dan "Pertempuran Ostia". Walaupun lukisan "Kebakaran di Borgo" berdasarkan atas rancangan akhir Raphael, lukisan ini nyatanya dibuat oleh para pembantunya, yang mengerjakan tiga lukisan lainnya tanpa bimbingannya.
Pada tanggal 23 Desember 800, Paus Leo III mengambil sumpah untuk dibakar oleh api penyucian sehubungan dengan tuduhan-tuduhan yang dijatuhkan kepadanya oleh para keponakan Paus Adrianus I yang digantikannya.
"Pentahbisan Charlemagne" menggambarkan suasana bagaimana Charlemagne dimahkotai "Imperator Romanorum" pada Hari Natal, tahun 800.
"Kebakaran di Borgo" menggambarkan sebuah peristiwa yang tercatat di dalam "Liber Pontificalis": sebuah kebakaran yang terjadi di kawasan Borgo di dalam kota Roma pada tahun 847. Menurut Gereja Katolik, Paus Leo IV memadamkan api kebakaran itu dengan cara upacara pemberkatan.
"Pertempuran Ostia" terinspirasi oleh kemenangan angkatan laut Paus Leo IV dalam Pertempuran Ostia atas kaum Saracen di daerah yang dikenal dengan nama Ostia Antica pada tahun 849.