Naruto
mengancam Tsunade bila membantu Orochimaru maka dia akan membunuh Tsunade. Sementara itu, Shizune menceritakan kepada Naruto mengenai masa lalu dan penderitaan Tsunade semenjak kehilangan orang yang disayanginya. Naruto yang mendengar cerita itu terpacu untuk menuntaskan jurusnya. Tsunade menyaksikan latihan Naruto, kemudian mencampurkan obat di minuman Jiraiya. Kemudian ia pergi
menemui Orochimaru dan Kabuto. Orochimaru nyaris dibunuh Tsunade tetapi Kabuto menghalanginya. Tsunade memutuskan untuk tidak menolong Orochimaru. Pertempuran sengit antar Sannin dimulai saat Jiraiya tiba. Naruto menghantam Kabuto dengan Rasengan. Pertarungan semakin memuncak saat ketiga Sannin menggunakan jurus pemanggilan hewan masing-masing. Gamabunta dan Manda terlibat
pertarungan sengit. Di mana puncaknya, Manda kabur. Orochimaru dan Kabuto pun melarikan diri. Naruto dan Tsunade beradu pendapat lagi di restoran menyebabkan keduanya duel lagi. Kali ini Tsunade tidak memukul Naruto melainkan memberikan hadiah berupa kalung dan kecupan di kening.
Beberapa hari sesudah pertarungan Sannin yang dahsyat, Naruto telah kembali ke Konoha. Tsunade membicarakan masalah operasi untuk menyembuhkan Lee akibat terkena terkaman pasir saat melawan Gaara di Ujian Chuunin. Operasi kemungkinan gagal, Guy maupun Lee kaget, tetapi Guy tetap menyemangati Lee. Akhirnya Tsunade dapat memperbesar angka kemungkinan berhasil operasi setelah banyak mempelajari buku medis di perpustakaan Hokage.
Setelah Tim 7 menyelesaikan misinya, Sasuke dirawat di rumah sakit. Ia kesal karena merasa tersaingi oleh Naruto yang semakin kuat. Saat Sakura dan Naruto menjenguk, Sasuke malah menantang duel Naruto. Pertarungan keduanya cukup sengit, hingga nyaris beradu Rasengan dan Chidori, untungnya Kakashi muncul dan melerai keduanya.
Keempat ninja bunyi utusan Orochimaru, yaitu Tayuya, Sakon, Kidomaru, dan Jirobou datang ke Konoha untuk menjemput Sasuke ke tempat Orochimaru. Setelah diperintah Orochimaru pada malam hari, mereka bertemu Sasuke, terjadi pertarungan antara Sasuke dengan Tayuya, Sakon, Kidomaru, dan Jirobou. Setelah pertarungan itu, mereka mengajak Sasuke pergi dari Konoha. Mereka
mengatakan tentang kekuatan yang akan diberikan Orochimaru, lalu Sasuke tertarik untuk pergi dengan berpikir bahwa dirinya harus menjadi lebih kuat agar dapat membunuh Itachi. Mereka menunggu Sasuke di luar desa pada malam harinya, Sasuke segera meninggalkan Konoha, namun sebelum itu Sakura bermaksud meyakinkan Sasuke untuk tidak pergi tetapi gagal. Pada keesokan
paginya segera diketahui Tsunade dan segera memerintahkan Shikamaru untuk membuat tim untuk membawa pulang Sasuke. Setelah berkeliling Konoha tim terbentuk, tim terdiri dari Shikamaru, Chouji, Kiba, Naruto, dan Neji, pengejaran Sasuke dimulai.
Pengejaran terhadap Sasuke ternyata tidak semudah yang mereka bayangkan. Keempat Ninja bunyi sudah siap menghadang Tim Shikamaru. Mereka adalah bawahan Orochimaru yang memiliki kekuatan sangat hebat dan sangat kuat. Dan pada akhirnya mereka melawan para ninja bunyi dengan taruhan nyawa. Pertarungan pertama dimulai oleh Chouji melawan Jirobou, yang dimenangkan oleh Chouji setelah
ia menelan pil merah terakhir yang bisa mengubah lemak dalam tubuhnya yang sangat gemuk menjadi chakra. Pertarungan selanjutnya giliran Hyuga Neji si pemilik Byakugan dengan Kidoumaru. Pertandingan ini juga dimenangkan oleh pihak Shikamaru dan kawan-kawan. Setelah Neji menerima sengaja serangan terakhir Kidoumaru yang berbentuk panah berwarna emas yang terbuat dari jaring yang keluar
dari mulut Kidoumaru, yang kemudian Neji menyalurkan chakra melalui jaring-jaring itu untuk merusak jaringan organ dalam Kidoumaru. Selanjutnya pertarungan oleh Shikamaru dengan Tayuya, serta Kiba dengan Sakon, yang tidak lama kemudian Naruto pun bertarung dengan Kimimaro, bawahan Orochimaru yang menyusul misi keempat Ninja Bunyi, keturunan terakhir klan Kaguya pemilik
kemampuan tulang yang bisa memanipulasi tulang dalam tubuhnya. Tapi kemudian Naruto digantikan oleh Rock Lee yang tiba-tiba saja datang setelah proses penyembuhan operasi tulang belakang dirinya. Dan semua pertarungan itu dimenangkan oleh Tim Shikamaru setelah dibantu tiga Shinobi dari Sunagakure yang tidak lain adalah Gaara, Temari, dan Kankuro. Pertarungan dengan ninja
bunyi pun berakhir dengan kemenangan. Tapi pengejaran Sasuke tetap dilakukan oleh Naruto seorang diri, dan pengejaran berlanjut.
Diperbatasan negara Hi, Naruto berniat membawa kembali Sasuke ke Konoha namun keduanya bertarung di Lembah Kematian Konoha, tempat pertarungan bersejarah antara Hashirama Senju (Hokage pertama) dan Madara Uchiha (mantan ketua klan Uchiha). Saat pertarungan, Naruto berubah menjadi mode 1 ekor sementara Sasuke memasuki Joutai ke-2 dan membangkitkan Sharingan level 3, yang akhirnya pertarungan itu
dimenangkan oleh Sasuke setelah beradu Rasengan dengan Chidori, sebab serangan terakhir Naruto hanya menggores ikat kepala Sasuke sementara Sasuke berhasil menimpakan hantaman keras di dada Naruto.
Setelah kejadian itu, Naruto masih bertekad memenuhi janji seumur hidup kepada Sakura untuk membawa pulang Sasuke ke Konoha, meski dia sering merasa terbebani karena gagal memperoleh kepercayaan sahabatnya sendiri, Sasuke. Jiraiya mengajak Naruto untuk mengembara dan berlatih selama 3 tahun dengan harapan memperkuat Naruto ketika Akatsuki bergerak lagi.
Dua setengah tahun kemudian, Naruto kembali dari latihan dengan Jiraiya. Organisasi kriminal bernama Akatsuki, yang salah satu anggotanya adalah Itachi, mulai mengincar Jinchuuriki, termasuk Naruto, untuk mengambil Bijuu dari tubuh mereka. Beberapa ninja dari Konoha, termasuk Tim 7, berperang melawan anggota Akatsuki dan mencari rekan mereka, Sasuke. Akatsuki berhasil menangkap tujuh
Jinchuuriki yang akhirnya tewas setelah proses pengambilan Bijuu, kecuali Gaara, Jinchuuriki dari Ichibi yang hidupnya diselamatkan oleh nenek Chiyo menggunakan jurus terlarang dengan mengorbankan nyawanya dan dibantu dengan chakra Naruto. Sementara itu, Sasuke mengkhianati Orochimaru dan menghadapi Itachi untuk balas dendam. Setelah Itachi tewas dalam pertempuran, Sasuke diberitahu oleh
pengembang Akatsuki, yang kemudian menjadi ketua setelah kematian Pain, yaitu Tobi bahwa Itachi diperintahkan oleh pejabat Konoha untuk membasmi klan Uchiha untuk mencegah kudeta kepada pimpinan Konoha, namun Itachi memberikan syarat bahwa Sasuke harus terhindar dari masalah ini. Sedih dengan pernyataan tersebut, Sasuke bergabung dengan Akatsuki untuk membunuh pejabat
Konoha yang memerintahkan pembasmian klan Uchiha dan untuk menghancurkan Konoha demi balas dendamnya. Sementara itu, karena beberapa anggota Akatsuki telah dikalahkan, pengendali Pain, yaitu Nagato, memutuskan menggunakan Pain untuk turun langsung memburu Naruto sekaligus meluncurkan serangan terhadap Konoha untuk balas dendam. Namun, Naruto menebusnya dengan mengalahkan Pain dan menyadarkan Nagato, sehingga Naruto mendapatkan kekaguman dari penduduk Konoha.
Dengan kematian Nagato yang merelakan nyawanya untuk menghidupkan kembali penduduk Konoha yang tewas, Tobi yang menyamar sebagai Madara Uchiha, mengumumkan bahwa ia ingin mendapatkan semua dari sembilan Bijuu, sehingga yang belum tertangkap hanya dua Bijuu lagi, untuk melakukan ilusi yang kuat untuk mengendalikan seluruh umat manusia. Para Kage dari lima desa ninja
menolak untuk membantunya dan bekerjasama untuk menghadapi Tobi dan sekutu-sekutunya. Hal ini menyebabkan perang dunia ninja keempat antara pasukan aliansi dari seluruh desa ninja melawan Akatsuki. Naruto dan Killer Bee, menolak untuk bersembunyi sebagaimana desakan para Kage. Ketika Naruto muncul di medan perang, ia berhasil menghancurkan topeng Tobi yang terungkap bahwa