Naruto Uzumaki
menyangka Sasuke tewas dan membuka kekuatan siluman rubah di dalam dirinya. Dia menghajar Haku tanpa ampun. Tetapi yang bersangkutan malah merelakan dirinya untuk dibunuh oleh Kakashi untuk melindungi Zabuza. Tanpa diduga Gatou membawa banyak anak buahnya untuk menghabisi mereka semua, termasuk Zabuza. Zabuza yang marah dan sedih meminta kunai ke Kakashi dan
merangsek maju ke arah Gatou, lalu memenggal kepalanya. Dia meninggal di samping Haku, lalu turunlah salju mengiringi kepergian mereka.
Beberapa waktu setelah kejadian di desa Nami, Konohagakure (desa Konoha) menyelenggarakan ujian untuk para "Genin" untuk naik tingkat menjadi "Chuunin", sekelas pemimpin tim. Naruto yang sedang bercengkrama dengan Konohamaru dikejutkan dengan kemunculan Temari dan Kankuro. Mereka lalu ditenangkan oleh Gaara yang datang hampir bersamaan dengan Sasuke.
Kakashi merekomendasikan seluruh timnya mengikuti ujian. Saat ujian tulis dimulai, Naruto merasa bingung karena dia merasa lemah dalam hal tersebut. Meskipun ditawari jawaban oleh Hinata Hyuga, tetapi ia menolak karena merasa ingin mengerjakan sendiri padahal dia tidak mampu sama sekali. Pertanyaan terakhir yang diberikan oleh
penguji, dijawab dengan polos dan keras oleh Naruto, yang tanpa disangka meloloskan semua yang ada di ruangan tersebut ke babak selanjutnya, babak "survival" (bertahan hidup). Babak "survival" dilangsungkan di hutan terlarang, di bawah pengawasan Anko Mitarashi, seorang "Jounin" wanita. Naruto dan rekan-rekannya memasuki hutan tersebut dan berusaha mendapatkan gulungan
sebanyak mungkin demi lolos dari babak tersebut. Di sana mereka bertemu dengan Orochimaru yang menyamar. Naruto dan kawan-kawannya tidak mampu menandingi Orochimaru. Naruto dan Sasuke terkapar, dan hanya Sakura yang masih bertahan untuk merawat kedua rekannya tersebut. Babak tersebut mereka lalui dengan susah payah dan mereka berhasil melakukannya berkat bantuan dari Kabuto Yakushi.
Babak ketiga adalah pertarungan satu lawan satu. Naruto melawan Kiba Inuzuka, seorang ninja yang menggunakan anjing sebagai rekan bertarung. Naruto mengakhiri pertarungan dengan menggunakan kentutnya sendiri. Naruto berhak maju ke babak utama dan bertarung melawan Neji Hyuga, si jenius dari klan Hyuga. Awalnya, Naruto kepayahan melawan Neji yang memiliki teknik bertarung yang
tinggi. Dia berhasil mengalahkan Neji setelah mengadu kekuatan dengan jurus "kaiten" (pusaran) milik Neji.
Setelah ujian selesai, Naruto diajak oleh Jiraiya mencari putri Tsunade, seorang ninja penyembuh legendaris. Sambil mencari ke berbagai kota, dia diajari jutsu yang sangat sulit bernama "Rasengan". Akhirnya mereka bertemu Tsunade yang ternyata telah bertemu lebih dulu dengan Orochimaru. Naruto menantang Tsunade untuk bertarung, dan kekalahan dialami
oleh Naruto. Kemudian Tsunade menantang Naruto untuk menguasai "rasengan" dalam waktu seminggu. Ketika hari perjanjian sudah tiba, Tsunade menemui Orochimaru dan melakukan transaksi rahasia. Jiraiya, Naruto dan Shizune yang mengetahui hal itu segera menyusul Tsunade. Akhirnya Tsunade sadar dan berbalik melawan Orochimaru dan Kabuto Yakushi. Akhirnya
Orochimaru dan Kabuto melarikan diri setelah Naruto berhasil memukul mundur Kabuto dengan "rasengan"-nya. Tak lama kemudian, Naruto pingsan tak sadarkan diri dan hampir saja terbunuh karena Kabuto masih sempat memutuskan otot jantung Naruto. Tsunade yang kalah taruhan memberikan kalungnya yang sangat mahal kepada Naruto. Tsunade lalu menyanggupi tawaran Jiraiya untuk menjadi Hokage ke-5.
Sasuke yang merasa tertinggal jauh oleh Naruto, menyanggupi tawaran para ninja desa Oto untuk bergabung dengan Orochimaru. Di tengah-tengah perjalanan, Sasuke dihadang oleh Sakura yang tetap tidak bisa mencegah Sasuke untuk pergi. Kabar itu akhirnya sampai ke Tsunade, dan memerintahkan Shikamaru Nara, Choji Akimichi, Kiba Inuzuka, Neji Hyuga, dan
Naruto Uzumaki untuk mengejar para ninja desa Oto. Mereka terlibat pertarungan satu lawan satu yang sengit. Choji melawan Jiroubou, Neji vs Kidomaru, Shikamaru vs Tayuya, Kiba dan Akamaru vs Sakon dan Ukon. Akhirnya, hanya Naruto dan Sasuke yang tersisa dan mereka berhadapan satu sama lain di air terjun di Lembah Akhir. Mereka bertarung mati-matian, dan berakhir dengan
kemenangan di tangan Sasuke. Sasuke meneruskan perjalanannya sambil menyimpan dendam dan kebencian pada Itachi Uchiha, kakaknya. Naruto yang sudah pingsan ditemukan oleh Kakashi dan dibawa ke rumah sakit. Setelah sembuh, Naruto dijemput oleh Jiraiya untuk berlatih supaya menjadi ninja yang lebih kuat dari sebelumnya. Pada seri berikutnya, judul kisah tersebut bukan "Naruto", melainkan "Naruto Shippuden".
Setelah hampir 3 tahun, Naruto kembali ke Konohagakure dengan penampilan yang baru. Dia bertemu dengan para penduduk Konoha yang sudah lama tidak ditemuinya. Kakashi menemui Naruto dan Sakura untuk menguji mereka dengan memperebutkan dua lonceng seperti saat dahulu mereka baru menjadi Genin, dan berakhir dengan kemenangan di tangan Naruto dan Sakura. Kakashi membentuk timnya
kembali, dan diberi nama Tim Kakashi. Tak lama setelah dibentuk, mereka langsung mendapatkan misi, yaitu menyelamatkan Gaara dari tangan organisasi misterius bernama Akatsuki.
Tim Kakashi yang mendapat misi penyelamatan Gaara langsung berangkat menuju Sunagakure (desa Suna), desa yang tersembunyi di padang pasir. Mereka berangkat terburu-buru dan bertemu Temari yang langsung ikut bersama mereka. Setelah sampai di paya labu mereka mendapati bahwa Kankuro terkena racun mematikan oleh Sasori, seorang anggota Akatsuki. Sakura berhasil menetralisir racun yang ada di dalam
tubuh Kankuro. Lalu mereka mencari keberadaan Akatsuki sambil ditemani oleh nenek Chiyo. Di tengah perjalanan, mereka dihadang oleh Itachi Uchiha yang palsu. Setelah mereka berhasil mengatasinya, akhirnya Naruto berhasil sampai ke persembunyian Akatsuki dan menerobos masuk. Tubuh Gaara yang sudah mati dibawa kabur oleh Deidara, salah satu anggota Akatsuki.
Naruto dan Kakashi mengejar Deidara, sementara Chiyo dan Sakura menghadapi Sasori.Sasori berhasil dikalahkan oleh Nenek Chiyo dan Sakura. Dia mati dengan cara ditusuk jantungnya oleh pedang yang ditusukkan oleh ke-2 boneka yang berbentuk mirip orang tuanya. Naruto dan Kakashi lalu mengejar Deidara yang menaiki burung tanah liat sambil membawa Gaara. Akhirnya Kakashi berhasil
memojokkan Deidara dengan menggunakan "Mangekyou Sharingan" miliknya. Naruto dengan segera menghajar Deidara, tetapi dia berhasil lolos. Tim Guy yang dipimpin Might Guy akhirnya bisa menyusul dan berhasil memojokkan Deidara untuk kedua kalinya. Deidara yang kehabisan akal lalu meledakkan dirinya, yang ternyata klon tanah liat. Sementara itu, dirinya yang asli melarikan diri
dari bawah tanah. Gaara yang sudah tidak terselamatkan, dihidupkan kembali oleh Nenek Chiyo, dengan nyawanya sendiri sebagai penggantinya. Dan setelah Gaara hidup kembali, semua ninja Sunagakure datang untuk menyusul Naruto, Kakashi, dan Sakura.
Setelah pertempuran melelahkan melawan dua anggota Akatsuki, Naruto dkk. kembali ke desa Konoha. Kakashi yang tidak bisa bergerak akibat menggunakan "Mangekyou Sharingan" dirawat di rumah sakit dan digantikan sementara oleh juniornya, Yamato. Yamato, Naruto, dan Sakura menjadi tim baru, dan membutuhkan 1 orang lagi. Ternyata satu orang tersebut adalah Sai, yang pernah menyerang
Naruto. Baik Naruto maupun Sakura tidak menyukainya karena mulutnya yang kasar dan sikap tidak berperasaannya. Tim Yamato lalu diberi misi untuk melakukan kontak dengan mata-mata Sasori di Jembatan Tenchikyou. Dalam perjalanan, Naruto dan Sai terus bertengkar, dan keadaan ini diperburuk dengan insiden pemukulan oleh Sakura. Yamato yang kesal karena tidak adanya
kerjasama tim, mengurung mereka bertiga dengan jurusnya, agar mereka akrab satu sama lain. Akhirnya mereka sampai di jembatan