Ketuanan Melayu
kemerdekaan. Konstitusi ini tidak secara eksplisit menyatakannya maupun mengklarifikasi tujuan pasal 153. Konstitusi menyatakan bahwa semua warga Malaya setara di depan hukum tanpa menyebut-nyebut "Kedaulatan Melayu" maupun gagasan-gagasan lain yang berhubungan dengan ketuanan Melayu. Kewarganegaraan Jus soli yang memberikan kewarganegaraan kepada siapapun yang
lahir dalam Federasi Malaya juga diberikan walaupun tidak secara retroaktif. Pemberian kewarganegaraan secara jus soli ini merupakan "pengorbanan" kaum Melayu yang sebelumnya dengan keras berkampanye menentang kewarganegaraan jus soli dalam Uni Malaya.
Di sisi lain, bahasa Melayu dan Islam dijadikan bahasa nasional dan agama resmi negara. Kedudukan Raja-raja Melayu juga tetap dipertahankan. Keputusan ini bertujuan untuk menghargai kaum Melayu sebagai orang Malaya yang sebenarnya, yakni menjadi seorang Malaya adalah sama halnya menjadi seorang Melayu. Di mata banyak orang pula, hal ini memberikan Malaya identitas
Melayu. Seorang akademiawan mengajukan bahwa "Kaum Melayu memiliki perasaan yang telah mendarah daging bahwa hanya merekalah yang merupakan bumiputera, dan sehingganya mempunyai hak-hak istimewa tertentu atas tanah Malaya." Dan sebenarnya pun pada tahun 1964 Tunku mengatakan "Adalah dimengerti semua orang bahwa negara ini dari namanya, tradisi dan
karakternya, adalah Melayu.... Di negara lain dimana pendatang asing mencoba untuk mendominasi bidang ekonomi dan bidang-bidang lain, pada akhirnya akan mendapatkan oposisi keras dari penduduk asli. Namun ini tidak sama halnya dengan kaum Melayu. Oleh karena itu, sebagai gantinya, pendatang-pendatang asing itu harus menghargai posisi orang Melayu..." Diajukan bahwa
nasionalitas Malaysia tidak muncul karena "semua simbol-simbol nasional Malaysia diturunkan dari tradisi Melayu".
Pembatasan konstitusional atas jumlah konstituensi Parlemen dari pedesaan kemudian dicabut dan dianggap sebagai "penopang tak langsung" hak khusus Melayu. Hal ini disebabkan karena kaum Melayu kebanyakan berpusat di daerah pedesaan dan secara tidak langsung meningkatkan kekuasaan politik kaum Melayu. Konstitusi awal negara secara implisit mengikuti sistem "satu orang, satu suara". Perubahan
pada konstituensi ini dikecam karena "memberikan satu orang satu suara, yang lainnya banyak suara: tidak didasarkan pada kemampuan intelektual tetapi hanya bertujuan untuk menjamin dominasi kelompok-kelompok tertentu."
Ketentuan-ketentuan konstitusional yang dirujuk sebagai "Agenda Melayu", mendapatkan sedikit sentimen dari kaum non-Melayu, walaupun kebanyakan dari mereka mendapatkan kewarganegaraan dan secara teoretis sejajar dengan warga Melayu di bawah konstitusi. Hal ini dapat disebabkan oleh penerimaan kontrak sosial yang salah seorang sejarahwan menulis: "Pada tingkat elit, kaum non-Melayu mengakui
bahwa kaum Melayu secara politik superior karena status penduduk asli mereka dan bahwa susunan pemerintahan Malaysia memiliki karakter Melayu... Kaum Melayu dijamin menjadi mayoritas baik dalam parlemen negara bagian maupun parlemen federal... Kaum Melayu mengontrol posisi yang tertinggi dalam pemerintahan dan... mendominasi anggota kabinet federal." Seorang sejarahwan Melayu menulis bahwa "Sebagai gantinya, kaum Cina
mendapatkan melebihi apa yang kaum Cina Asia Tenggara lainnya mimpikan- kewarganegaraan yang setara, partisipasi politik dan jabatan, kesempatan ekonomi yang tidak dihalang-halangi, dan toleransi kepada bahasa, agama, dan institusi kebudayaan mereka."
Beberapa pihak mengekspresikan kekhawatirannya kepada pasal 153. Sesaat sebelum kemerdekaan, China Press mensugestikan bahwa manakala hak-hak khusus "dapat dimengerti pada awal pembangunan negara," jika "periode 'hak-hak khusus' tidak dibatasi, ataupun ruang lingkupnya tidak ditentukan secara jelas, maka persengketaan yang tak habis-habisnya... akan bermunculan pada
hari-hari mendatang," dan berargumen bahwa hak-hak khusus pada akhirnya akan memisah-misahkan warga Malaya daripada menyatukannya.
Pada tahun 1961, ketika pemerintah Malaya mulai mendiskusikan kemungkinan penggabungan dengan Singapura, Sabah, Sarawak, dan Brunei, permasalahan hubungan antar etnis mulai mencuat kembali. Proposal pembentukan "Malaysia" tanpa Sabah dan Sarawak telah bergulir lebih dari satu dasawarsa, namun negosiasi sebelumnya gagal. Warga Singapura sendiri tidak begitu
tertarik untuk diperintah oleh pemerintah Melayu. Namun, pada tahun 1961, Singapura mulai menerima gagasan untuk bergabung dengan Malaysia karena terdapat anggapan pada saat itu bahwa industri Singapura tidak dapat bertahan tanpa akses ke pasar Malaya.
Pemerintah Malaya tidak bergitu suka menerima warga Cina Singapura yang akan menekan populasi Melayu menjadi minoritas dalam negara Malaysia yang baru. Banyak kaum Melayu merasa bahwa mengubah dominasi Melayu dalam militer dan kepolisian akan membuat posisi Melayu dalam keadaan bahaya. Ada juga yang berargumen bahwa posisi ekonomi Melayu yang inferior akan semakin
kentara apabila kaum Cina Singapura yang lebih kaya masuk dan menimbulkan ketidakpuasan publik. Pemerintah Malaya memutuskan untuk menyelesaikan permasalahan ini dengan bergabung dengan Sabah dan Sarawak. Kedua koloni Britania ini memiliki populasi penduduk asli yang besar, yang oleh pemerintah Malaya dianggap sebagai "Melayu". Di bawah pasal 160 Konstitusi Malaya, kebanyakan penduduk asli
Sabah dan Sarawak bukanlah Melayu karena mereka kebanyakan merupakan animis ataupun beragama Kristen, sehingganya tidak sesuai dengan konstitusi yang mengharuskan Melayu beragama Islam. Untuk mengatasinya, pemerintah Malaya memperluas definisi informal "Melayu" agar dapat melingkupi penduduk-penduduk asli Sabah dan Sarawak.
Warga Sabah dan Sarawak tidak melihat keuntungan apapun dari penggabungan ini. Banyak yang menganggap Malaya hanyalah untuk orang Melayu, manakala mereka tidak menganggap diri mereka sebagai Melayu. Istilah "Malaysia" dengan frasa "Malay" (Melayu) juga dianggap menakutkan. Adanya agama resmi Islam dan bahasa nasional Melayu juga meperparah ketakutan akan "dominasi
Melayu". Agar penggabungan dapat terjadi, Sabah dan Sarawak menuntut bahwa penduduk asli Sabah dan Sarawak juga diberikan hak khusus yang sama dengan kaum Melayu. Dua puluh butir perjanjian antara pemerintah Malaya dengan Sabah dan 18 butir perjanjian antara pemerintah Malaya dengan Sarawak kemudian ditandatangani. Setelah negosiasi yang berlarut-larut dan dukungan dari Britania, berbagai masalah akhirnya berhasil diselesaikan. Penggabungan ini secara efektif berlaku tanggal 16 September 1963.
Dalam Pemilihan Umum Singapura tahun 1963, aliansi UMNO menantang pemerintahan Partai Aksi Rakyat (PAP) melalui Partai Aliansi Singapura. Politikus-politikus UMNO secara aktif berkampanye di Singapura mendukung Aliansi Singapura, melontarkan pendapat bahwa kaum Melayu Singapura diperlakukan sebagai warga negara kelas dua oleh pemerintah PAP yang multirasial. Walaupun demikian, semua kandidat
Melayu yang didukung oleh UMNO kalah dalam pemilu ini. Politikus-politikus PAP, yang melihat hal ini sebagai pelanggaran perjanjian oleh aliansi UMNO untuk tidak mengikuti pemilu di Singapura, memutuskan untuk sebaliknya mengikuti pemilihan umum di Malaya dalam Pemilihan Umum Malaysia tahun 1964. Walaupun PAP menarik banyak orang dalam pawai politiknya, partai ini hanya
memenangi satu suara. Beberapa sejarahwan menganggap bahwa permintaan Presiden MCA yang saat itu menjabat sebagai Menteri Keuangan kepada kaum Cina untuk tidak menantang hak khusus Melayu agar Malaysia tidak beresiko bergabung dengan Indonesia membantu MCA mengamankan statusnya sebagai "pemimpin kaum Cina di semenanjung Malaya". Akibat keikutsertaan PAP dalam pemilu Malaysia, pemimpin-pemimpin UMNO sangat marah kepada PAP.