Josef Stalin
banyak korban jiwa di pihak Tentara Merah yang berjatuhan, sehingga Lenin merasa prihatin dengan taktik yang memakan banyak korban ini. Di Tsaritsyn, Stalin menghukum mati orang-orang yang diduga anti-revolusi, kadang-kadang tanpa melalui proses pengadilan. Selain itu, meskipun tidak sejalan dengan perintah dari atas, ia tetap melakukan pembersihan di militer dan
badan pengumpulan pangan yang terdiri dari ahli-ahli dari golongan menengah, dan beberapa di antara mereka juga dihukum mati. Kekerasan dan teror yang diakibatkan oleh Stalin jauh lebih besar daripada yang disetujui oleh pemimpin-pemimpin Bolshevik. Contohnya, ia memerintahkan agar beberapa desa dibakar supaya orang-orang patuh dengan program pengadaan pangannya.
Pada Desember 1918, Stalin dikirim ke Perm untuk menyelidiki bagaimana pasukan Tentara Merah di sana dapat dihancurkan oleh serangan Tentara Putih pimpinan Alexander Kolchak. Ia kembali ke Moskwa antara Januari hingga Maret 1919, dan lalu ditugaskan di Front Barat di Petrograd. Setelah Resimen Ketiga membelot ke pihak lawan, ia memerintahkan agar para pengkhianat yang tertangkap ditembak mati di muka umum. Pada bulan September,
ia kembali ke Front Selatan. Selama berlangsungnya peperangan ini, ia berhasil membuktikan kecakapannya kepada Komite Pusat dengan menunjukkan ketegasan, kebulatan tekad, dan kemauan untuk mengambil tanggung jawab dalam keadaan konflik. Namun, ia seringkali mengabaikan perintah atasan, dan saat tindakannya ini dipertanyakan ia berulang kali mengancam akan
mengundurkan diri, sehingga Lenin harus meyakinkannya untuk mempertimbangkan kembali keinginannya ini. Meskipun begitu, pada November 1919, pemerintah menganugerahinya dengan Ordo Panji Merah sebagai penghargaan atas jasanya dalam perang tersebut.
Perang saudara terjadi sampai akhir tahun 1919 dan akhirnya dimenangkan oleh kaum Bolshevik. Sovnarkom kemudian ingin menyebarkan revolusi proletarian di luar negeri dengan membentuk Komunis Internasional pada Maret 1919; Stalin hadir di upacara pendiriannya. Meskipun Stalin tidak setuju dengan keyakinan Lenin bahwa kaum proletariat Eropa akan segera mengobarkan revolusi, ia mengakui bahwa Rusia akan
tetap terancam jika mereka berdiri sendiri tanpa sekutu. Pada Desember 1918, ia menyusun dekret-dekret yang mengakui republik-republik Soviet yang diperintah oleh kelompok Marxis di Estonia, Lituania, dan Latvia. Namun, pemerintahan-pemerintahan Marxis tersebut telah dilengserkan dan negara-negara Baltik ini pun merdeka sepenuhnya dari Rusia, sebuah tindakan yang dianggap
tidak sah oleh Stalin. Pada Februari 1920, Stalin diangkat menjadi kepala Inspektorat Buruh dan Petani; pada bulan yang sama, ia juga dikirim ke Front Kaukasia.
Setelah terjadinya bentrok antara pasukan Polandia dan Rusia, Perang Polandia-Rusia meletus pada musim semi tahun 1920. Stalin dikirim ke Ukraina di Front Barat Daya. Pada mulanya, Tentara Merah berhasil memaksa pasukan Polandia untuk mundur. Lenin meyakini bahwa kaum proletariat Polandia akan bangkit dan memberontak melawan pemerintahan Józef Pisudski. Stalin telah memperingatkan Lenin mengenai hal tersebut;
ia merasa bahwa nasionalisme akan mendorong buruh-buruh Polandia untuk mendukung pemerintah mereka. Ia juga berkeyakinan bahwa Tentara Merah belum siap untuk melakukan serangan dan tindakan tersebut akan memberikan sebuah kesempatan kepada Tentara Putih untuk bangkit di Krimea dan memulai kembali perang saudara. Stalin kalah berargumen, dan kemudian ia menerima
keputusan Lenin dan mendukungnya. Di Front Barat Daya, ia memutuskan untuk merebut kota Lwów; dengan memusatkan perhatiannya pada kota ini, ia melawan perintah pengiriman pasukan untuk membantu Mikhail Tukhachevsky. Pada bulan Agustus, Polandia berhasil mematahkan serangan Rusia dan Stalin kembali ke Moskwa. Sebuah perjanjian perdamaian ditandatangani oleh kedua negara tersebut, dan Stalin menganggap
penandatanganan perjanjian ini sebagai sebuah kegagalan dan ia menyalahkan Trotsky atas kegagalan tersebut. Di sisi lain, selama Konferensi Bolshevik Kesembilan, Trotsky menuduh Stalin telah melakukan "kesalahan-kesalahan strategis". Stalin merasa sakit hati dan tidak dihargai; ia marah setelah melihat bagaimana perang tersebut dijalankan, dan pada bulan September ia meminta agar diizinkan mengundurkan diri dari militer; permintaan ini kemudian dikabulkan.
Stalin meyakini bahwa setiap bangsa dan kelompok etnis sebaiknya memiliki hak untuk berekspresi. Ia memfasilitasi hal ini dengan mendirikan "republik-republik otonom" di negara Rusia, dan di situ kelompok etnis minoritas dapat mengatur berbagai urusan regional. Beberapa orang komunis merasa kecewa karena Stalin dirasa terlalu tunduk kepada nasionalisme "petit-bourgeois" (secara
harfiah berarti "borjuis kecil"), sementara yang lainnya menganggapnya terlalu memusatkan diri kepada Rusia dengan mendirikan institusi-institusi tersebut di dalam negara Rusia. Wilayah Kaukasus menjadi persoalan tersendiri karena daerah ini sangat multikultural. Stalin menentang gagasan pendirian republik otonom Georgia, Armenia, dan Azerbaijan, karena ia merasa bahwa republik-republik tersebut
akan menindas kelompok minoritas di wilayah mereka; sebagai gantinya, ia menyerukan pembentukan Republik Soviet Federatif Sosialis Transkaukasia. Partai Komunis Georgia menentang gagasan tersebut, sehingga memicu Skandal Georgia. Pada musim panas tahun 1921, ia kembali ke Kaukasus selatan, dan di situ ia menyerukan kepada para komunis Georgia untuk menghindari nasionalisme Georgia yang bersifat chauvinistik yang
ia yakini akan mengesampingkan minoritas Abkhazia, Ossetia dan Adjaria. Selama kunjungan ini, Stalin bertemu dengan putranya, Yakov, dan membawanya kembali ke Moskwa; Sementara itu, Nadya melahirkan putra Stalin yang lain, Vasily, pada Maret 1921.
Seusai perang saudara, para buruh melakukan mogok kerja dan para petani memberontak, kebanyakan menentang proyek penuntutan pangan dari Sovnarkom; akibatnya, Lenin memberlakukan program reformasi berorientasi pasar yang disebut Kebijakan Ekonomi Baru. Pada saat yang sama, terjadi kekacauan di tubuh Partai Komunis, karena Trotsky memimpin sebuah faksi yang menyerukan pembubaran
serikat-serikat buruh; Lenin menentangnya dan Stalin kemudian membantu Lenin menggalang dukungan melawan Trotsky. Stalin juga bersedia memimpin Departemen Pergolakan dan Propaganda di Sekretariat Komite Pusat. Selama Kongres Partai ke-11 pada tahun 1922, Lenin mengangkat Stalin sebagai Sekretaris Jenderal Partai yang baru, meskipun muncul kekhawatiran bahwa jabatan baru ini akan membuatnya kewalahan
dan memberikannya terlalu banyak kekuasaan. Bagi Lenin, Stalin adalah sekutunya, dan dengan menempatkan sekutunya di jabatan yang penting, ia dapat mempertahankan kebijakan-kebijakannya.
Pada Mei 1922, Lenin mengalami serangan stroke dan lumpuh sebagian. Ia tinggal di dacha Gorki miliknya, dan pada masa ini hubungannya dengan Sovnarkom ditengahi oleh Stalin yang sering berkunjung. Lenin dua kali meminta Stalin untuk menyediakan racun agar ia dapat bunuh diri, tetapi Stalin tak pernah menurutinya. Meskipun begitu, Lenin sebenarnya tidak menyukai apa yang ia sebut sebagai
watak "Asiatik" Stalin, dan berkata kepada saudarinya Maria bahwa Stalin "tidak cerdas". Lenin dan Stalin beradu pendapat soal masalah perdagangan luar negeri; Lenin meyakini bahwa negara Soviet harus memiliki monopoli atas perdagangan luar negeri, tetapi Stalin mendukung pandangan Grigori Sokolnikov bahwa hal ini tak dapat diwujudkan pada saat itu. Ketidaksepakatan lainnya berkaitan dengan Skandal Georgia, karena Lenin mendukung keinginan Komite Pusat Georgia untuk mendirikan Republik Soviet Georgia.