Minamoto no Yoritomo
Pada tahun berikutnya (1181), Kikuchi Takanao asal Provinsi Higo dan Minamoto no Yukiie asal Owari ikut berperang melawan klan Taira. Di tengah ancaman serangan besar-besaran klan Minamoto, Taira no Kiyomori meninggal pada 4 Februari 1181 akibat demam dan panas tinggi. Pimpinan klan Taira beralih kepada Taira no Munemori. Dalam pesan terakhirnya sebelum meninggal, Kiyomori
mengatakan bahwa dirinya tidak perlu upacara pemakaman, melainkan agar di atas makamnya diletakkan potongan kepala Yoritomo. Putra ke-5, Taira no Shigehira bermaksud melaksanakan pesan terakhir ayahnya dan berangkat dari Kyoto untuk membunuh Yoritomo. Yoritomo bermaksud menahan serangan pasukan Shigehira di Matsuhama, Provinsi Totomi dengan mengutus Yasuda
Yoshisada asal klan Kai Genji dan kawan-kawan. Namun di tengah perjalanan, Shigehira sudah dihadang Minamoto no Yukiie dalam Pertempuran Sunomata. Pertempuran berakhir dengan kekalahan pasukan Minamoto, dan Shigehira kembali ke Kyoto.
Sekitar bulan Juli 1181, Yoritomo mengirim surat pernyataan kepada mantan Kaisar Go-Shirakawa bahwa dirinya tidak bermaksud memberontak. Klan Taira tetap ingin mewujudkan pesan terakhir Kiyomori, dan kembali memberangkatkan pasukan untuk menyingkirkan Yoritomo. Perintah yang sama juga dikeluarkan kepada Fujiwara no Hidehira di Provinsi sh. Di tengah perjalanan, pasukan Taira dialihkan ke Provinsi Echigo untuk memadamkan pemberontakan Minamoto no Yoshinaka.
Peperangan reda hingga pada tahun berikutnya (1182), Yoritomo menyatakan permohonan kepada Kami di Kuil Ise untuk menghancurkan klan Taira. Selain itu, Yoritomo mengirimkan teluh untuk Fujiwara no Hidehira, dan mendirikan cabang kuil Benzaiten ke Pulau Enoshima.
Tahun berikutnya (1183), paman Yoritomo yang berdiam di Provinsi Hitachi, Minamoto no Yoshihiro menyerbu Kamakura. Sebagian besar pasukan sedang bersiap-siap menghadapi serbuan klan Taira di Suruga, sehingga Yoritomo kesulitan mempertahankan Kamakura. Yoritomo pergi mengunjungi kuil Tsurugaoka Hachiman, dan hanya bisa berdoa atas keberhasilan Oyama Tomomasa dan
rekan-rekan yang ditugaskannya menghadapi pasukan klan Taira. Yoshihiro akhirnya dikalahkan dalam Pertempuran Nogimiya dan melarikan diri. Pasukan Yoshihiro yang melarikan diri dihancurkan oleh adik Yoritomo yang bernama Minamoto no Noriyori.
Di musim semi tahun 1183, Minamoto no Yukiie yang berdiam di Matsuda, Provinsi Sagami meminta pembagian wilayah kekuasaan dari Yoritomo. Permintaan tersebut ditolak, dan Yukiie lari berlindung kepada Minamoto no Yoshinaka di Shinano. Akibat fitnah yang disampaikan Takeda Nobumitsu, Yoritomo memutuskan untuk menyingkirkan Yoshinaka. Sekitar 2 ribu prajurit berkuda Yoshinaka yang menunggu
di Echigo tidak mampu mengatasi serangan 100 ribu prajurit berkuda Yoritomo. Sadar posisinya yang lemah, Yoshinaka mundur ke Echigo dan mengirim surat pernyataan setia kepada Yoritomo. Sebagai jawaban, Yoritomo mengutus Amano Tkage dan Okazaki Yoshizane untuk menyampaikan permintaan agar menyerahkan Yukiie atau Yoshitaka putra sulungnya. Yoshinaka memilih untuk
mengirimkan Yoshitaka yang masih berusia 11 tahun. Di Kamakura, Yoshitaka diasuh Yoritomo dan dinikahkan dengan Putri , putri sulungnya yang masih kecil.
Setelah berdamai dengan Yoritomo, Yoshinaka dibantu Yukiie melanjutkan pertempuran demi pertempuran melawan klan Taira dan menang. Pada bulan Juli 1183, Kyoto jatuh dan klan Taira terusir ke provinsi sebelah barat. Mantan kaisar Go-Shirakawa memberi mandat kepada Yoshinaka untuk menghabisi klan Taira. Kekejaman di luar batas oleh pasukan Yoshinaka membuat penduduk Kyoto dan kalangan istana
meminta bantuan Yoritomo untuk menguasai Kyoto. Mantan kaisar Go-Shirakawa menugaskan Yoshinaka pergi memburu klan Taira di provinsi sebelah barat, supaya Kyoto dapat dijaga pasukan Yoritomo. Permintaan bantuan ditolak Yoritomo dengan alasan Kamakura sedang dalam bahaya diserang Fujiwara no Hidehira dan Satake Takayoshi. Dengan terusirnya klan Taira, pihak istana memulihkan jabatan Yoritomo yang dicabut setelah Pemberontakan Heiji.
Yoshinaka cemas dengan kemungkinan Kyoto direbut Yoritomo, sehingga langsung kembali ke Kyoto setelah kalah dalam pertempuran melawan klan Taira. Setibanya di Kyoto, Yoshinaka meminta mandat kaisar untuk membunuh Yoritomo tetapi tidak diizinkan. Atas perintah Yoritomo, pasukan klan Minamoto di bawah pimpinan Yoshitsune sudah sampai di Provinsi mi. Yoshinaka menyerbu istana,
dan Kaisar Go-Shirakawa ditahan agar mau mengeluarkan mandat untuk menyingkirkan Yoritomo. Pada bulan Januari 1184, Yoshinaka diangkat sebagai Seii Taishogun. Selanjutnya di bulan Februari 1184, beberapa puluh ribu prajurit berkuda yang dipimpin Noriyori dan Yoshitsune bergerak menuju Kyoto. Yoshinaka berusaha mengatasi pasukan Yoshitsune dan tewas terbunuh di Awazu, Provinsi mi.
Setelah Yoshinaka tewas, Yoritomo menyusun rencana untuk membunuh Yoshitaka (putra Yoshinaka) yang dikawinkan dengan Putri . Rencana tersebut dibocorkan istrinya, dan Yoshitaka dengan menyamar sebagai wanita melarikan diri dari Kamakura. Pasukan dikirim untuk mengejar Yoshitaka, dan pengejaran berakhir dengan tewasnya Yoshitaka di Provinsi Musashi. Putri  menjadi sangat sedih dan
ibunya, Hj Masako menghukum mati prajurit yang membunuh menantunya. Sepeninggal suami, Putri  terus larut dalam kesedihan dan meninggal pada usia 20 tahun.
Pasukan Minamoto yang dipimpin Yoshitsune dan Noriyori mengalahkan pasukan Taira dalam Pertempuran Ichi no Tani di Provinsi Settsu di bulan Maret 1184. Taira no Shigehira ditawan dan dibawa pulang ke Kyoto. Yoritomo masih belum puas dan mengeluarkan surat perintah kepada samurai di Shikoku dan Kyushu untuk menghancurkan sisa klan Taira yang melarikan diri ke Shikoku.
Pada 6 Agustus 1184, Yoshitsune yang sedang berada di Kyoto menerima kenaikan jabatan dan gelar dari istana tanpa seizin Yoritomo. Yoritomo menjadi marah dan mencopot Yoshitsune dari jabatan komandan pasukan. Pada 8 Agustus 1184, Noriyori memimpin pasukan Minamoto berangkat dari Kamakura. Di dalamnya bergabung pengikut klan Minamoto, seperti Hj Yoshitoki, Ashikaga Yoshikane, Chiba Tsunetane, Miura Yoshizumi, yama Tomomitsu, Hiki Yoshikazu, Wada Yoshimori, dan Amano Tkage.
Di bulan berikutnya, 6 Oktober 1184, Keshogunan Kamakura membuka kantor pemerintahan yang pertama. Kantor administrasi ini disebut Kumonjo dan dikepalai e Hiromoto. Setelah berganti nama menjadi Mandokoro, kantor ini mengurusi pemerintahan dan keuangan. Pada 20 Oktober 1184, Keshogunan Kamakura membuka kantor pengadilan (Monchjo) yang dikepalai Miyoshi no Yasunobu. Pejabat tingkat
menengah ke bawah makin bertambah jumlahnya di Keshogunan Kamakura, antara lain politisi terkenal seperti Nikaid Yukimasa dan Taira no Moritoki.
Pada 6 Januari 1185, Yoritomo menerima surat permintaan tambahan perbekalan dan kapal dari Noriyori yang sedang bertugas mengamankan Kyushu. Yoritomo mengirim surat balasan yang memerintahkan agar Noriyori tidak menggerakkan pasukan dan berbaik hati pada samurai setempat. Selain itu, Yoritomo mengirimkan surat kepada kelompok samurai di Provinsi Tsukushi agar membantu Noriyori
menghancurkan klan Taira. Sementara itu, 10 Januari 1185, Yoshitsune diberangkatkan juga ke Yashima di Provinsi Sanuki dengan tujuan menyerang basis klan Taira. Setelah samurai dari Kyushu datang membawa perbekalan dan kapal-kapal pada tanggal 26 Januari 1185, Noriyori menyeberang dari Provinsi So ke Provinsi Bungo.
Pada 22 Maret 1185, pasukan Yoshitsune mengusir pasukan klan Taira ke tengah laut dalam Pertempuran Yashima. Pertempuran Dan no Ura (25 April 1185) menandai tamatnya klan Taira. Semua pimpinan klan Taira tewas atau ditawan. Taira no Munemori dan Taira no Noriko ditawan, sedangkan Kaisar Antoku mati tenggelam. Atas keberhasilan menangkap Munemori, Yoritomo menerima kenaikan pangkat dari istana.