Penduduk asli Taiwan
Namun, suku-suku penduduk asli Taiwan yang sebelumnya bersekutu dengan Belanda melawan Tiongkok pada Pemberontakan Guo Huaiyi pada 1652 berbalik melawan Belanda pada Pengepungan Benteng Zeelandia dan mengalahkan pasukan Tiongkok yang dipimpin Koxinga. Penduduk asli (Formosa) dari Sincan mengalahkan Koxinga setelah ia menawarkan mereka amnesti; penduduk asli Sincan kemudian bekerja untuk Tiongkok
dan memegang orang Belanda dalam penghukuman mati saat pendidik asli di dataran tinggi dan dataran rendha juga menyerah dan melindungi Tiongkok pada 17 Mei 1661, merayakan kebebasan mereka dari pendidikan wajib di bawah kekuasaan Belanda dengan berburu orang Belanda dan memenggal mereka dan membuang buku-buku teks sekolah Kristen mereka.
Periode Belanda berakhir pada 1662 saat pasukan loyalis Ming dari Zheng Chenggong (Koxinga) mendepak Belanda dan mendirikan kerajaan keluarga Zheng yang berusia pendek di Taiwan. Keluarga Zheng membawa 70.000 prajurit ke Taiwan dan mulai memnyelesaikan traktat-traktat lahan untuk mendukung pasukan mereka. Disamping bertarung dengan Kekaisaran Qing sebelum pendudukan, keluarga Zheng berfokus untuk menyejahterakan
penduduk asli di Taiwan. Keluarga Zheng membangun aliansi, mengumpulkan pajak dan mendirikan sekolah-sekolah penduduk asli, dimana pendidik asli Taiwan pertama kali diperkenalkan dengan Konghucu Klasik dan penulisan Tionghoa. Namun, pengaruh bangsa Belanda sangat mendarah-daging di antara masyarakat pribumi Taiwan. Pada abad ke-19 dan ke-20, para penjelajah bangsa Eropa menulis bahwa mereka disambut
sebagai kerabat oleh orang pribumi yang mengira mereka adalah orang Belanda yang telah berjanji untuk kembali.
Setelah pemerintah Qing mengalahkan pasukan loyalis Ming yang meliputi keluarga Zheng pada 1683, sebagian Taiwan menjadi makin terintegrasi dalam Kekaisaran Qing. Pasukan Qing menguasai wilayah barat yang sangat berpenduduk di Taiwan selama lebih dari dua abad, sampai 1895. Era tersebut dikarakteristikan dengan peningkatan jumlah Tionghoa Han di Taiwan, yang menimbulkan keteganggan sosial, peralihan hak
milik (dalam berbagai arti) sebagian besar lahan dari penduduk asli ke Han, dan akulturasi yang hampir bulat terhadap Penduduk Asli Dataran Rendah ke kebiasaan Han Taiwan.
Selama dua abad pemerintahan Dinasti Qing di Taiwan, populasi Han di pulau tersebut meningkat secara dramatis. Namun, tidak jelas apakah terjadi karena membludaknya pemukim Han, yang umumnya terdiri dari pria muda dari Zhangzhou dan Quanzhou di provinsi Fujian, atau dari berbagai faktor lainnya, yang meliputi: pernikahan silang berkelanjutan antara Han dan pendidik asli, perombakan rumah
tangga dan penghapusan aborsi, dan merebaknya adopsi gaya hidup pertanian Han karena menurunnya harga kebutuhan tradisional, yang berujung pada meningkatnya tingkat kelahiran dan pertumbuhan penduduk. Selain itu, akulturasi penduduk asli meningkat seiring meningkatnya pendatang Han.
Pemerintah Qing tak hanya secara resmi mengendalikan pemukiman Han, namun juga mengurusi ketegangan antara berbagai wilayah dan kelompok etnis. Selain itu, pemerintahan tersebut seringkali mengakui klaim suku-suku dataran rendah untuk teritorial tradisional dan lahan rusa. Otoritas Qing berharap daoat memasukkan suku-suku dataran rendah dalam subyek-subyek loyal, dan
mengadopsi pajak kepala dan corvée terhadap penduduk asli, yang membuat penduduk asli dataran rendah secara langsung bertuga untuk pembayaran kepada pemerintah yamen. Perhatian yang dibayarkan oleh otoritas Qing kepada hak tanah penduduk asli merupakan bagian dari tujuan administratif yang lebih besar untuk meningkatkan perdamaian pada ketegangan Taiwan, yang seringkali menimbulkan konflik
etnis dan regional. Pemberontakan, kerusuhan dan penyerangan sipil berkelanjutan di Taiwan pada masa Dinasti Qing seringkali dituangkan dalam kalimat "setiap tiga tahun kebangkitan; setiap lima tahun pemberontakan". Keikutsertaan penduduk asli dalam sejumlah pemberontakan besar pada era Qing, termasuk pemberontakan Ta-Chia-hsi yang dipimpin Taokas pada 1731-1732,
menandakan suku-suku dataran rendah masih menjadi faktor berpengaruh dalam pembuatan kebijakan pemerintah Qing sampai akhir kekuasaan Qing pada 1895.
Perjuangan atas sumber daya lahan adalah salah satu sumber konflik. Wilayah dataran rendah barat merupakan subyek perebutan lahan besar yang disebut Huan Da Zu (-artinya, "Perebutan Besar Barbar"), sebuah kejadian yang masih ada sampai zaman penjajahan Jepang. Sebagian besar besar lahan rusa, yang dinaungi oleh Qing, dimiliki oleh suku-suku dan para anggota individual mereka.
Suku-suku umumnya menawarkan para petani Han sebuah hak milik permanen untuk digunakan, meskipun mengutamakan kepemilikan anak tanah (), yang disebut "dua juragan dari sebuah lahan" (). Suku-suku dataran rendah seringkali mencurangi hak atas tanah dan menjualnya dengan harga yang tidak sepadan. Beberapa subgrup yang tak senang berpindah ke tengah atau timur Taiwan, namun
sebagian besar masih berada di lokasi lama mereka dan berakulturasi atau berasimiliasi dalam masyarakat Han.
Penduduk asli seringkali menyerang para kru kapal tenggelam dari kapal-kapal barat. Pada 1867, seluruh kru Amerika Rover dibantai oleh para penduduk asli dalam insiden Rover. Saat pasukan Amerika meluncurkan Ekspedisi Formosa untuk pemulihan, para penduduk asli mengalahkan pasukan Amerika dan memaksa mereka pergi, dengan membunuh seorang marinir Amerika meskipun tidak ada korban dari pihak mereka sendiri.
Dalam Insiden Mudan (1871), penduduk asli menyerang 54 pelaut Ryky yang berujuk pada invasi Jepang ke Taiwan (1874) melawan penduduk asli.
Pada Perang Tiongkok-Perancis, Perancis berupaya untuk melakukan invasi ke Taiwan saat Kampanye Keelung. Liu Mingchuan, yang memimpin pertahanan Taiwan, mengajak para penduduk asli untuk bekerja sama dengan prajurit Tiongkok dalam pertarungan melawan Perancis. Perancis dikalahkan pada Pertempuran Tamsui dan pasukan Qing mendepak pasukan Perancis dari Keelung dalam kampanye delapan bulan sebelum pasukan Perancis mundur.
Sedikit yang diketahui mengenai keadaan para suku pribumi Taiwan dari dataran tinggi sebelum mereka dikunjungi oleh para penjelajah dan misionaris dari Eropa dan Amerika pada abad ke-19 dan awal abad ke-20. Kekurangan data ini terutama diakibatkan oleh karantina Qing atas daerah di sebelah timur garis yang tidak boleh didatangi.
Kontak antara kaum Han dan para suku yang tinggal di pegunungan biasanya ialah karena mereka mencari kapur Barus, sebuah zat kimia yang diambil dari pohon kapur Barus yang dipakai sebagai bahan obat-obatan. Pertemuan antara mereka biasanya berakhir dengan dipenggalnya kepala sang Han. Para anggota suku tanah datar seringkali dipakai sebagai penterjemah untuk berdagang antara para pedagang Han dan para anggota
suku-suku tanah tinggi. Para suku pribumi ini berdagang kain, kulit, dan daging. Bahan-bahan ini dibarter besi dan senapan. Besi sebagai bahan dasar dipakai untuk membuat parang-parang untuk berburu dan mengayau para musuh.
Penelitian lapangan pertama mengenai budaya para suku tanah tinggi dipelopori pada tahun 1897 oleh seorang ahli antropologi Jepang Ino Kanori, yang kemudian hari bergabung dengan kawannya Torii Ryuzo. Karya yang diterbitkan oleh kedua pria ini merintis ilmu antropologi modern Taiwan. Ino beragumentasi untuk mendukung hak-hak kaum pribumi Taiwan dan berpendapat bahwa akal budi mereka
tidaklah lebih rendah, bertentangan dengan sumber-sumber Tionghoa, meski Ino juga menulis bahwa mereka lebih mudah diatur di bawah sebuah kekuasaan kolonial. Penelitian awal oleh para pakar Jepang ini menghasilkan penciptaan delapan suku Taiwan, Atayal, Bunun, Saisiat, Tsou, Paiwan, Puyuma, Ami dan, Pepo (tanah datar). Penemuan mereka diterima oleh Gubernur Jepang,