Perang Boshin
membunuh shogun Yoshinobu. Atas usulan daimyo Tosa, Yoshinobu sudah lebih dulu mengundurkan diri dan mengembalikan kekuasaan kepada kaisar, dan setuju dirinya dijadikan "sarana untuk melaksanakan" perintah kaisar. Peristiwa ini menandai berakhirnya Keshogunan Tokugawa.
Walaupun Yoshinobu sudah mengundurkan diri dan jabatan tingkat atas dalam pemerintahan menjadi kosong, anak buahnya tetap menjalankan tugas seperti biasa. Pemerintah keshogunan, khususnya keluarga Tokugawa, tetap merupakan kekuatan utama dalam sistem politik, dan masih memegang kekuasaan eksekutif. Keadaan ini tidak dapat ditolerir kalangan garis keras dari
Satsuma dan Chsh. Peristiwa penting terjadi pada 3 Januari 1868 ketika faksi garis keras mengambil alih istana kaisar di Kyoto. Pada hari berikutnya, Kaisar Meiji yang waktu itu berusia 15 tahun mengumumkan kembalinya kekuasaan di tangan kaisar. Walaupun mayoritas dewan penasihat setuju dengan proklamasi resmi kekuasaan langsung di tangan istana, mereka cenderung mendukung kerja
sama dengan keluarga Tokugawa di bawah konsep pemerintahan bersama. Saig Takamori mengancam dewan agar menghapus jabatan shogun dan mengeluarkan perintah penyitaan tanah-tanah yang dimiliki Yoshinobu.
Walaupun awalnya setuju dengan permintaan-permintaan tersebut, Yoshinobu menyatakan bahwa "dirinya tidak akan terikat oleh proklamasi tentang Restorasi dan meminta pengadilan untuk membatalkannya." Pada 24 Januari, Yoshinobu menyatakan serangan terbuka atas Kyoto yang dikuasai tentara Satsuma dan Chsh. Keputusan Yoshinobu dibalas dengan pembakaran bagian luar Istana Edo yang menjadi
kediaman keluarga Tokugawa. Ronin asal Satsuma dituduhnya sebagai pelaku di balik peristiwa pembakaran karena pada hari itu mereka juga menyerang kantor-kantor pemerintah. Keesokan harinya tentara keshogunan membalas dengan menyerang rumah kediaman daimyo Satsuma di Edo. Dalam rumah kediaman tersebut berlindung sejumlah besar musuh keshogunan yang atas perintah Takamori membuat
kerusuhan di Edo. Rumah kediaman daimyo Satsuma di Edo dibakar habis. Musuh keshogunan banyak yang terbunuh atau dieksekusi.
Pada 27 Januari 1868 terjadi bentrokan antara pasukan keshogunan dan pasukan Chsh di Toba dan Fushimi yang merupakan gerbang pintu masuk selatan ke Kyoto. Sebagian dari 15000 tentara keshogunan dilatih oleh penasihat militer Perancis, namun sebagian besar di antaranya masih samurai tradisional. Pasukan Chsh dan Satsuma kalah dalam jumlah dengan perbandingan 1 lawan 3, namun membawa
senjata modern seperti howitzer merek Armstrong, senapan Minié, dan beberapa senapan Gatling. Setelah awal pertempuran tidak bisa menentukan pihak yang unggul, panji-panji kekaisaran pada hari kedua diserahkan ke pasukan pembela istana. Salah seorang saudara kaisar yang bernama Ninnajinomiya Yoshiaki ditunjuk sebagai penjabat panglima tertinggi sehingga tentara Chsh dan Satsuma secara
resmi menjadi tentara kekaisaran (kan-gun). Selain itu, beberapa daimyo lokal yang hingga saat itu masih setia terhadap shogun mulai berada di pihak istana setelah dibujuk oleh para pejabat istana. Di antara daimyo yang membelot terdapat daimyo dari Domain Yodo (5 Februari), daimyo dari Domain Tsu (6 Februari). Hasilnya berupa kekuatan militer pihak istana menjadi lebih kuat.
Pada 7 Februari, Tokugawa Yoshinobu melarikan diri dari Osaka setelah tersudut dengan adanya persetujuan istana atas tindakan pihak Domain Satsuma dan Chsh. Yoshinobu mundur ke Edo menumpang kapal Kaiy Maru. Demoralisasi pasukan akibat larinya Yoshinobu dan membelotnya pasukan Domain Yodo dan Domain Tsu membuat pihak keshogunan mundur. Pertempuran Toba-Fushimi dinyatakan sebagai kemenangan
pihak kekaisaran. Walaupun demikian, keunggulan pihak kekaisaran sering diperdebatkan, sebagian di antara sejarawan menganggap pihak keshogunan justru lebih unggul. Istana Osaka segera dikuasai pihak kekaisaran pada 8 Februari (1 Maret menurut kalender Gregorian). Pertempuran Toba-Fushimi secara resmi berakhir.
Pada 28 Januari 1868, pertempuran laut terjadi di Awa antara Angkatan Laut Keshogunan dan unsur-unsur Angkatan Laut Satsuma. Pertempuran Laut Awa merupakan pertempuran laut pertama yang memakai angkatan laut modern dalam sejarah Jepang. Pertempuran Awa berakhir dengan keunggulan Angkatan Laut Keshogunan.
Di meja diplomasi berlangsung pertemuan antarmenteri negara-negara asing pada awal Februari 1868 di pelabuhan Hygo (sekarang disebut Kobe). Mereka membicarakan nasib keshogunan sebagai pemerintah yang sah di Jepang. Selain itu, mereka berharap Tokugawa Yoshinobu yang didukung pemerintah asing (khususnya Perancis) mau menerima campur tangan mereka. Beberapa hari kemudian, utusan dari
kekaisaran menemui para menteri dan menyatakan keshogunan sudah dibubarkan, pelabuhan-pelabuhan di Jepang terbuka sesuai perjanjian internasional, dan semua orang asing dilindungi. Para menteri akhirnya memutuskan untuk mengakui pemerintahan yang baru.
Bangkitnya sentimen antiasing menimbulkan tindakan kekerasan terhadap orang asing pada bulan-bulan berikutnya. Sebelas pelaut Perancis dari korvet Dupleix tewas oleh samurai Domain Tosa dalam Peristiwa Sakai 8 Maret 1868. Lima belas hari kemudian, Duta Besar Inggris Sir Harry Parkes diserang sekelompok samurai di Kyoto.
Mulai bulan Februari, Duta Besar Perancis Léon Roches membantu penyusunan rencana menghentikan laju pasukan kekaisaran di Odawara yang merupakan gerbang masuk ke Edo. Rencana tersebut ditentang oleh Yoshinobu sehingga Léon Roches marah dan mengundurkan diri dari jabatannya. Pada awal Maret, di bawah usulan Harry Parkes seorang menteri Britania, negara-negara asing menandatangani perjanjian netralitas yang
ketat. Negara-negara asing tidak dapat turut campur atau memberikan pasokan militer kepada pihak-pihak yang bertikai hingga konflik selesai.
Saig Takamori memimpin pasukan kekaisaran di utara dan timur Jepang, dan menghancurkan kekuatan pasukan keshogunan di Pertempuran Ksh-Katsunuma. Takamori akhirnya menyerah di Edo pada Mei 1868 setelah berunding tentang syarat-syarat penyerahan diri dengan Menteri Angkatan Darat Katsu Kaishu dari pihak keshogunan. Sejumlah kelompok pengikutnya terus bertahan setelah Takamori menyerahkan diri, namun mereka dikalahkan dalam Pertempuran Ueno.
Sementara itu, panglima Angkatan Laut Keshogunan, Enomoto Takeaki menolak untuk menyerahkan semua kapal-kapalnya. Ia hanya menyerahkan empat buah kapal (di antaranya Fujisan) sebelum melarikan diri ke utara bersama armada Angkatan Laut Keshogunan. Sejumlah 2000 perwira dan pelaut ikut melarikan diri bersama armada kapal perang yang terdiri dari Kaiten, Banry, Chiyodagata,
Chgei, Kaiy Maru, Kanrin Maru, Mikaho, dan Shinsoku. Mereka berencana untuk melakukan serangan balasan dibantu daimyo asal Jepang utara. Takeaki ditemani oleh sejumlah penasihat militer Perancis, terutama Jules Brunet yang secara formal mengundurkan diri dari Dinas Ketentaraan Perancis untuk bergabung dengan para pemberontak.
Setelah Shogun Yoshinobu menyerah, seluruh wilayah Jepang menerima kekuasaan kaisar, kecuali beberapa domain di Jepang Utara pendukung klan Aizu yang tetap membangkang. Pada bulan Mei, beberapa daimyo utara membentuk Aliansi Utara (Ouetsu Reppan Domei) yang berintikan kekuatan militer Domain Sendai, Domain Yonezawa, Domain Aizu, Domain Shonai, dan Domain Nagaoka. Aliansi Utara berkekuatan
total sekitar 50000 prajurit. Pangeran Kitashirakawa Yoshihisa ikut melarikan diri ke utara bersama pendukung Keshogunan Tokugawa. Pangeran Yoshihisa ditunjuk sebagai Kepala Aliansi Utara dengan maksud mengangkatnya di kemudian hari sebagai "Kaisar Tobu".
Armada Enomoto bergabung di Pelabuhan Sendai pada 26 Agustus. Walaupun pasukan Aliansi Utara cukup banyak, mereka kurang peralatan dan masih bergantung pada teknik berperang tradisional. Sedikitnya peralatan modern memaksa mereka membuat meriam kayu yang diperkuat lilitan tali dengan batu sebagai proyektil. Meriam kayu hanya bisa menembak empat hingga lima kali sebelum pecah berantakan. Daimyo dari