Boeing
sementara penyelidikan dugaan korupsi oleh salah satu mantan staf pengadaan, Darleen Druyun (yang mulai bekerja di Boeing pada bulan Januari) dimulai. Dampak dari ini mengakibatkan pengunduran diri CEO Boeing Philip M. Condit dan penghentian CFO Michael M. Sears. Harry Stonecipher, mantan CEO McDonnell Douglas dan COO Boeing, menggantikan Condit secara sementara. Druyun mengaku bersalah menggembungkan harga kontrak untuk mendukung masa
depan kariernya dan untuk memberikan informasi dalam menyaingi tawaran Airbus A330 MRTT. Pada bulan Oktober 2004, ia menerima hukuman penjara karena korupsi.
Pada bulan Maret 2005, dewan Boeing memaksa Presiden dan CEO Harry Stonecipher untuk mengundurkan diri. Boeing mengatakan penyelidikan internal mengungkapkan suatu hubungan "konsensus" antara Stonecipher dan seorang eksekutif wanita yang "tidak konsisten dengan Kode Etik Boeing" dan "akan merusak kemampuannya untuk memimpin perusahaan". James A. Bell menjabat sebagai CEO interim (di samping tugas biasanya sebagai CFO Boeing) sampai penunjukan Jim McNerney sebagai Pimpinan, Presiden, dan CEO yang baru pada tanggal 30 Juni 2005.
Pada bulan Juni 2003, Lockheed Martin menggugat Boeing, menyatakan bahwa perusahaan itu telah melakukan spionase industri pada tahun 1998 untuk memenangkan kompetisi Evolved Expendable Launch Vehicle (EELV). Lockheed Martin mengklaim bahwa mantan karyawan Kenneth Branch, yang bekerja untuk McDonnell Douglas dan Boeing, memberikan hampir 30000 halaman dokumen paten kepada para atasan barunya. Lockheed Martin menyatakan bahwa dokumen-dokumen ini memungkinkan Boeing untuk memenangkan 19 dari 28 peluncuran satelit militer yang ditenderkan.
Pada Juli 2003, Boeing dihukum, dengan Pentagon melucuti tujuh peluncuran dari perusahaan ini dan menghadiahkannya untuk Lockheed Martin. Selain itu, perusahaan ini dilarang untuk mengajukan tawaran untuk kontrak roket untuk jangka waktu dua puluh bulan, yang berakhir pada Maret 2005. Pada awal September 2005, dilaporkan bahwa Boeing juga bernegosiasi untuk suatu penyelesaian dengan Departemen Kehakiman
Amerika Serikat dimana perusahaan ini akan membayar hingga $500 juta untuk menutupi masalah ini serta skandal Darleen Druyun.
Sampai akhir tahun 1970, Amerika Serikat hampir memonopoli sektor Pesawat Sipil Besar (Large Civil Aircraft atau LCA). Konsorsium Airbus (yang dibentuk pada tahun 1969) mulai bersaing secara efektif pada tahun 1980-an. Pada tahap itu AS menjadi khawatir tentang kompetisi Eropa dan menduga subsidi dibayar oleh pemerintah Eropa untuk pengembangan model awal dari keluarga Airbus. Ini menjadi isu
utama pertentangan, sebagaimana pihak Eropa sama-sama prihatin dengan subsidi yang diperoleh produsen LCA Amerika Serikat melalui program NASA dan Pertahanan.
Uni Eropa dan AS memulai negosiasi bilateral untuk pembatasan subsidi pemerintah di sektor LCA pada akhir 1980-an. Negosiasi disimpulkan pada tahun 1992 dengan ditandatanganinya Perjanjian EC-AS dalam Perdagangan Pesawat Sipil Besar yang menetapkan disiplin pada dukungan pemerintah di kedua sisi Atlantik yang secara signifikan lebih ketat daripada peraturan Organisasi Perdagangan Dunia (WTO)
yang relevan: Khususnya, perjanjian ini mengatur secara rinci bentuk dan batas-batas dukungan pemerintah, mengatur kewajiban transparansi dan mengomitmenkan pihak-pihak itu untuk menghindari sengketa perdagangan.
Pada tahun 2004, Uni Eropa dan AS setuju untuk membahas kemungkinan revisi Perjanjian Uni Eropa-AS 1992 asalkan ini akan mencakup semua bentuk subsidi termasuk yang digunakan di AS, dan khususnya subsidi untuk Boeing 787; pesawat baru pertama diluncurkan oleh Boeing selama 14 tahun. Pada bulan Oktober 2004, AS memulai proses hukum di WTO dengan meminta konsultasi WTO pada peluncuran investasi Eropa untuk
Airbus. AS juga secara sepihak menarik diri dari Perjanjian Uni Eropa-AS 1992. AS mengklaim Airbus telah melanggar kesepakatan bilateral 1992 ketika Airbus menerima apa yang Boeing anggap sebagai subsidi yang "tidak adil" dari beberapa pemerintah Eropa. Airbus menanggapinya dengan mengajukan keluhan terpisah, menggugat bahwa Boeing juga telah melanggar kesepakatan itu ketika menerima keringanan pajak dari
Pemerintah AS. Selain itu, Uni Eropa juga mengeluh bahwa subsidi investasi dari maskapai penerbangan Jepang telah melanggar kesepakatan itu.
Pada tanggal 11 Januari 2005, Boeing dan Airbus sepakat bahwa mereka akan mencoba untuk menemukan solusi sengketa itu di luar WTO. Namun, pada bulan Juni 2005, Boeing dan pemerintah Amerika Serikat membuka kembali sengketa perdagangan dengan WTO, mengklaim bahwa Airbus telah menerima subsidi ilegal dari pemerintah Eropa. Airbus juga telah menanggapi klaim ini menentang Boeing, membuka kembali sengketa dan juga menuduh Boeing menerima subsidi dari Pemerintah AS.
Pada tanggal 15 September 2010, WTO memutuskan bahwa Boeing telah menerima miliaran dolar dalam subsidi pemerintah. Boeing menanggapi dengan menyatakan bahwa keputusan itu adalah sebagian kecil dari ukuran kuasanya melawan Airbus dan bahwa hal itu memerlukan beberapa perubahan dalam operasinya. Boeing telah menerima dukungan $8.7 milyar dari negara bagian Washington.
Pada bulan Mei 2006, empat desain konsep sedang ditelaah oleh Boeing yang diuraikan dalam The Seattle Times berdasarkan dokumen internal perusahaan. Penelitian ini tertuju dalam dua arah: pesawat murah, dan pesawat ramah lingkungan. Dengan nama sandi dari karakter terkenal Muppets, tim desain yang dikenal sebagai Green Team berkonsentrasi terutama pada pengurangan penggunaan bahan bakar. Keempat desain mengilustrasikan rancangan pesawat rear-engine.
"Fozzie" menggunakan rotor terbuka dan menawarkan kecepatan jelajah yang lebih rendah. "Beaker" berbadan sangat kurus, bersayap panjang dengan kemampuan melipat secara parsial untuk memudahkan proses taxi. "Kermit Kruiser" mempunyai sayap menyapu-ke depan yang memosisikan mesinnya di atasnya, dengan tujuan menurunkan kebisingan di bawah karena refleksi dari tanda gas buang ke
atas. "Honeydew" dengan desain sayap deltanya, menyerupai perkawinan konsep sayap terbang dan tabung bodi pesawat tradisional.
Seperti kebanyakan konsep, desain ini hanya dalam tahap eksplorasi, dimaksudkan untuk membantu Boeing mengevaluasi potensi teknologi radikal tersebut.
Boeing baru-baru ini mematenkan teknologi medan gayanya sendiri, juga dikenal sebagai sistem redaman gelombang kejut, yang akan melindungi kendaraan dari gelombang kejut yang dihasilkan oleh ledakan di dekatnya. Boeing belum mengonfirmasi kapan mereka berencana untuk membangun dan menguji teknologi tersebut.
Pada tahun 2010, Boeing menyelesaikan akuisisi Argon ST Inc. Berbasis di Fairfax, Virginia, Argon ST mengembangkan C4ISR (Command, Control, Communications, Computers, Intelligence, Surveillance, and Reconnaissance) dan sistem tempur. Pada tanggal 30 Juni 2010, Boeing mengumumkan niatnya untuk mengakuisisi Argon ST sebagai bagian dari strategi perusahaan untuk memperluas kemampuan menangani pasar C4ISR, cyber, dan intelijen.
Pada tanggal 17 November 2011, dilaporkan bahwa Lion Air telah berkomitmen untuk memesan 201 pesawat Boeing 737 MAX dan 29 737-900ER. Pesanan ini, ketika difinalisasikan, bernilai $21.7 milyar pada daftar harga. Ini lebih besar daripada setiap penjualan pesawat komersial Boeing sebelumnya. Kesepakatan itu termasuk opsi untuk lebih dari 150 pesawat.
Pada tanggal 5 Januari 2012, Boeing mengumumkan rencana untuk menutup fasilitas di Wichita, Kansas dengan 2160 pekerja sebelum 2014, lebih dari 80 tahun setelah didirikan. Boeing telah memekerjakan sebanyak 40000 orang di sana.
Boeing mengumumkan pada 13 Mei 2013 akan memangkas 1500 pekerja TI di Seattle, Washington selama tiga tahun ke depan dalam kombinasi PHK, pengurangan, dan relokasi. Kebanyakan dari mereka akan direlokasi (sekitar 600 pekerjaan masing-masing) ke St. Louis, Missouri, dan North Charleston, Carolina Selatan.