Pertempuran Sekigahara
tidak bisa ikut bertempur akibat dihalangi di jalan oleh Kikkawa Hiroie dan terpaksa balik ke tanah asalnya. Ieyasu sebelumnya sudah melakukan perundingan rahasia dengan Hiroie yang dijanjikan untuk memperoleh wilayah kekuasaan klan Mri.
Kobayakawa Hideakiyang berada di pihak Pasukan Barat sudah diam-diam bersekongkol dengan Ieyasu, tetapi sampai lepas tengah hari masih bersikap ragu-ragu dan pasukan Hideaki cuma diam saja. Tokugawa Ieyasu menjadi hilang kesabaran dan memerintahkan pasukannya untuk menembak ke posisi pasukan Hideaki di gunung Matsuo. Kobayakawa Hideaki yang masih ragu-ragu akhirnya
memutuskan untuk turun gunung dan bertempur untuk pihak Ieyasu. Pertempuran yang sebenarnya akan dimenangkan pihak Toyotomi berubah drastis setelah pembelotan Kobayakawa Hideaki yang menjadi penyebab utama kekalahan Pasukan Barat.
Pasukan Kobayakawa Hideaki menggempur sayap gugusan pasukan tani Yoshitsugu. Walaupun sudah bersekongkol dengan Ieyasu, Wakisaka Yasuharu, Ogawa Suketada, Akaza Naoyasu dan Kutsuki Mototsuna yang masih menunggu situasi jalannya pertempuran, akhirnya membelot ke kubu Pasukan Timur. Akibat aksi pembelotan demi pembelotan ke kubu Pasukan Timur, hasil akhir pertempuran Sekigahara yang seharusnya dimenangkan Pasukan Barat berubah dimenangkan Pasukan Timur.
Kobayakawa Hideaki hanya berdiri di gunung Matsuo pada saat pasukannya menyerang pasukan Mitsunari,dan sama sekali tidak ikut perang.
Di tengah keadaan Pasukan Barat yang mulai tercerai-berai, pasukan yang dipimpin Shimazu Yoshihiro berusaha mundur dengan memotong garis depan menerobos pasukan Ieyasu sambil terus menerus melepaskan tembakan ke arah gugus tempur Ieyasu. Pasukan Fukushima menjadi ketakutan melihat kenekatan pasukan Shimazu yang mundur memotong garis depan. Ii Naomasa dan Matsudaira Tadayoshi berusaha
mengejar pasukan Shimazu, tetapi malah tertembak dan luka-luka. Kuda yang sedang ditunggangi Honda Tadakatsu tertembak sehingga Tadakatsu jatuh dan menderita luka-luka.
Pada akhirnya, pasukan Shimazu berhasil mundur walaupun menderita korban tewas seperti Shimazu Toyohisa dan Ata Moriatsu dan pasukan yang tersisa jumlahnya tinggal sekitar 80 prajurit. Shimazu Yoshihiro bisa lolos berkat penyamaran Ata Moriatsu yang mengenakan mantel tempur ("jinbaori") milik Yoshihiro yang dihadiahkan oleh Toyotomi Hideyoshi. Moriatsu bertempur mati-matian dengan lawan yang
menyangkanya sebagai Shimazu Yoshihiro, hingga sadar pasti tewas dan melakukan seppuku. Gugus tempur Pasukan Barat yang lain juga berhasil dihancurkan atau lari tercerai-berai.
Pertempuran Sekigahara tidak hanya terbatas di provinsi Mino, melainkan juga meluas ke daerah-daerah lain. Sebelum dan sesudah Sekigahara, di berbagai daerah di seluruh Jepang seperti di Tohoku, Hokuriku, Kinai, Kyushu terjadi bentrokan bersenjata yang dapat disebut perang proxy antara daimyo pendukung Pasukan Timur dan daimyo pendukung Pasukan Barat.
Ada cerita yang didasarkan bukti kuat bahwa penghancuran klan Uesugi akibat dijelek-jelekkan oleh Hori Hideharu yang berada di pihak Pasukan Timur, tetapi dokumen yang ditemukan belakangan ini justru membuktikan bahwa Hideharu berada di pihak Pasukan Barat.
Dalam mengawasi pergerakan pasukan Ishida Mitsunari, Ieyasu mengeluarkan perintah untuk kepada Yki Hideyasu sebagai kekuatan utama dalam mengawasi Uesugi Kagekatsu, dibantu oleh para daimyo yang mempunyai wilayah yang bertetangga dengan wilayah Kagekatsu seperti Mogami Yoshiaki, Hori Hideharu dan Date Masamune.
Mogami Yoshiaki yang ingin wilayah yang dekat dengan laut melihat kesempatan emas untuk merebut wilayah kekuasaan Uesugi menyusun rencana penyerangan bekerja sama dengan Date Masamune. Pengikut setia klan Uesugi seperti Naoe Kanetsugu yang mendengar rencana ini mengambil keputusan untuk menyerang lebih dulu daripada diserang. Pada tanggal 9 September 1600, kekuatan Naoe Kanetsugu yang datang dari
arah Yonezawa berhasil mendesak masuk ke dalam wilayah Mogami dan beberapa hari kemudian berhasil mengepung Istana Yamagata yang merupakan tempat kediaman Mogami Yoshiaki.
Setelah kemenangan Tokugawa Ieyasu dalam Sekigahara, Date Masamune yang berada di bawah Pasukan Timur mendapat tambahan wilayah sebanyak 7 distrik yang bernilai 1000000 koku. Ieyasu memang menjanjikan 1000000 koku bagi daimyo yang mau berpihak kepadanya dalam Sekigahara. Istana Shiraishi yang merupakan wilayah kekuasaan Uesugi kemudian juga diserang dan dikuasai oleh pasukan Date Masamune.
Mogami Yoshiaki yang panik akibat serangan mendadak dari pasukan Uesugi segera meminta bantuan pasukan kepada Date Masamune. Di kalangan pengikut Date Masamune seperti Katakura Kagetsuna berpendapat pasukan Uesugi yang sudah kelelahan bertempur dengan pasukan Mogami dapat ditaklukkan dengan mudah dan wilayah Yamagata dapat dikuasai tanpa bersusah payah.
Date Masamune perlu menolong klan Mogami karena kehancuran klan Mogami akan membuat Uesugi Kagekatsu menjadi ancaman langsung bagi Masamune. Pada tanggal 17 September 1600 Date Masamune menunjuk panglima tertinggi Rusu Masakage untuk menyerang pasukan Naoe Kanetsugu. Ada juga pendapat yang mengatakan Date Masamune kuatir dengan nasib ibunya yang berada di Istana Yamagata disandera oleh Mogami Yoshiaki.
Berkat pasukan tambahan dari Masamune, pasukan pengikut Sakenobe Hidetsuna yang berada di pihak Mogami bertempur gagah berani melawan pasukan Naoe Kanetsugu. Pertempuran menjadi berlangsung seimbang. Istana Hased yang dipertahankan Shimura Mitsuyasu hanya dengan sedikit prajurit ternyata tidak bisa juga ditaklukkan oleh Kanetsugu. Setelah hasil Pertempuran Sekigahara diketahui oleh kubu kedua belah pihak pada tanggal 29 September, pertempuran secara cepat dimenangkan pasukan Mogami Yoshiaki.
Naoe Kanetsugu segera memerintahkan pasukannya untuk mundur dengan Maeda Toshimasu berada di bagian paling belakang. Mogami Yoshiaki segera memerintahkan pasukannya untuk mengejar sekaligus memimpin sendiri penyerangan besar-besaran. Pengejaran ini berubah menjadi pertempuran yang kacau balau, topi baja yang dikenakan Mogami Yoshiaki sempat tertembak dan harus bersusah payah melarikan diri sementara pasukan
Mogami Yoshiyasu (putra Yoshiaki) terus melakukan pengejaran. Pada tanggal 4 Oktober, pasukan Kanetsugu berhasil kembali dengan selamat di Istana Yonezawa.
Maeda Toshinaga yang merasa harus mendukung penyerangan terhadap Uesugi Kanetsugi berangkat dari Kanazawa pada tanggal 26 Juli 1600. Memasuki bulan Agustus, Yamaguchi Munenaga yang bertahan di dalam Istana Daishji berhasil dikepung oleh pasukan Maeda Toshinaga dan jatuh pada tanggal 3 Agustus. Istana Kitanoj yang dijaga Aoki Kazunori juga sudah berhasil dikepung, tetapi
akhirnya pasukan Toshinaga terpaksa mundur dengan tergesa-gesa akibat kabar bohong tentang pasukan tani Yoshitsugu yang datang menyerang dari belakang. Kabar bohong ini konon disebarkan sendiri oleh Yoshitsugu.
Di tengah jalan, Maeda Toshinaga membagi pasukannya menjadi dua. Setengah dari pasukannya dikirim untuk menyerang Niwa Nagashige yang bertahan di dalam Istana Komatsu. Pada tanggal 9 Agustus 1600, pasukan Nagashige yang sebelumnya sudah tercerai berai akibat serangan mendadak kembali dihantam oleh pasukan inti Toshinaga sehingga korban jatuh dalam jumlah besar di pihak Nagashige. Niwa
Nagashige akhirnya menawarkan perdamaian dan menyerahkan Istana Komatsu. Toshinaga yang berhasil pulang ke Kanazawa segera menyusun kembali pasukannya dengan tergesa-gesa dan baru berhasil berangkat dari Kanazawa pada tanggal 12 September 1600 sehingga pada akhirnya tidak berhasil sampai di Sekigahara.
Kygoku Takatsugu yang berada di kubu Pasukan Timur tidak berhasil mempertahankan Istana tsu dan diasingkan sebagai pendeta di kuil Onjji, Gunung Kya. Hosokawa Tadaoki ketika sedang pergi berperang menitipkan Istana Tanabe di provinsi Tango kepada Hosokawa Ysai yang hanya ditemani 500 prajurit. Pasukan Barat yang dipimpin panglima tertinggi Onogi Shigekatsu (penguasa