Permesta
saja karena tempat tersebut berhasil direbut oleh Pasukan APRI dan AURI. Setelahnya pasukan APRI dan AURI berhasil menduduki beberapa tempat yang sebelumnya merupakan basis terkuat dari Permesta.
Selama 1957 pihak Amerika meningkatkan perhatian bahwa Indonesia akan sangat rapuh di bawah komunisme akibat meningkatnya pengaruh Partai Komunis Indonesia. Pada January 1958, Central Intellegence Agency mulai mengembangkan jaringan dukungan misi rahasia kepada pemberontak PRRI dan Permesta. CIA mendukung pemberontak Permesta dalam bentuk pemberian 15 buah bomber B-26 dan fighter P-51 Mustang yang membentuk pemberontak angkatan udara bernama Angkatan
Udara Revolusioner dengan markas di lapangan udara Manado, jumlah besar senjata dan peralatan lainnya, dana yang signifikan, ditambah agen CIA internasional dan tentara bayaran dari Taiwan, Filipina, dan Amerika. Merasa berani dengan suplai dari CIA, para pemberontak memulai serangkaian serangan udara di Sulawesi dan Maluku yang dipegang pemerintah pusat. Kota-kota tersebut dibom oleh
pesawat-pesawat pemberontak yang dipiloti CIA, termasuk Balikpapan, Makassar, dan Ambon. Pada 15 Mei 1958, para pesawat pemberontak membom pasar Ambon, membunuh sejumlah besar warga sipil yang menghadiri hari kenaikan Yesus pada hari minggu.
Menanggapi serangan para pemberontak, Presiden Sukarno memerintahkan militer Indonesia untuk menghancurkan pemberontakan Pemerintahan Revolusioner Republik Indonesia-Permesta. Sejumlah serbuan Angkatan Udara Republik Indonesia di Manado menghancurkan pesawat-pesawa B-26. Sementara itu, seorang dari mereka ditembak jatuh pada 18 Mei 1958 oleh pilot Indonesia diatas Kepulauan Ambon. Pilot B-26, agen CIA Amerika Allen Pope, tertangkap hidup, yang menyorot
keterlibatan lebih dalam CIA di pemberontakan tersebut. Konsekuensinya CIA memulai menarik dukungannya pada pemberontakan. Pope sudah berusaha mengakui dan dihukum mati di Jakarta, sebelum dilepaskan di kemudian hari.
Setelah menyingkirkan pemberontak Angkatan Udara Revolusioner, tentara pemerintah pusat meluncurkan serangan amfibi dan udara di jantung kota pemberontakan Manado yang dinamakan Operasi Merdeka. Tentara Indonesia dengan cepat mengeluarkan para pemberontak dari Manado, setelah mereka bertahan melakukan pertahanan gerilya sekitar area Danau Tondano. Bagaimanapun, pemerintah pusat memulai kampanye keberhasilan menawarkan amnesti untuk mereka
yang menyerah secara sukarela. Para pemberontak yang mempunyai hubungan kekeluargaan dan keramahan dengan banyak prajurit pemerintah pusat mulai menyerah. Prajurit Permesta terakhir menyerah dan menyatakan sumpah kesetiaannya kepada pemerintah pusat pada 1961.
Pada tahun 1960 Pihak Permesta Menyatakan kesediaanya untuk berunding dengan pemerintah pusat. Perundingan pun dilangsungkan Permesta diwakili oleh Panglima Besar Angkatan Perang Permesta, Mayor Jenderal Alex Evert Kawilarang serta pemerintah pusat diwakili oleh Kepala Staf Angkatan Darat Nicolas Bondan. Dari perundingan tersebut tercapai sebuah kesepakatan yaitu bahwa pasukan Permesta akan membantu pihak
TNI untuk bersama-sama menghadapi pihak Komunis di Jawa. Pada tahun 1961 Pemerintah Pusat melalui Keppres 322/1961 memberi amnesti dan abolisi bagi siapa saja yang terlibat PRRI dan Permesta tetapi bukan untuk itu saja bagi anggota DI/TII baik di Jawa Barat, Aceh, Jawa Tengah, Kalimantan Selatan dan Sulawesi Selatan juga berhak menerimanya.
Sesudah keluar keputusan itu, beramai-ramai banyak anggota Permesta yang keluar dari hutan-hutan untuk mendapatkan amnesti dan abolisi. Seperti Kolonel D.J. Somba, Mayor Jenderal A.E. Kawilarang, Kolonel Dolf Runturambi, Kolonel Petit Muharto Kartodirdjo, dan Kolonel Ventje Sumual beserta pasukannya menjadi kelompok paling akhir yang keluar dari hutan-hutan untuk mendapatkan amnesti dan abolisi. Pada tahun itu pula Permesta dinyatakan bubar.