Konsili Efesus
selanjutnya mengutus empat orang uskup sufragannya untuk menyampaikan amanat Sri Paus maupun surat keputusan sinode Mesir kepada Nestorius. Kirilos menulis sepucuk surat resmi kepada Nestorius yang kelak terkenal dengan judul "Surat Ketiga Santo Kirilos kepada Nestorius." Surat resmi ini banyak mengutip berbagai ketetapan bapa-bapa Gereja dan memuat pasal yang paling masyhur dari ajaran Kristen
Ortodoks Aleksandria, yakni "Dua Belas Anatema Santo Kirilos." Dalam rangkaian kalimat anatema ini, Kirilos mengucilkan siapa saja yang menganut ajaran-ajaran Nestorius. Sebagai contoh, Kirilos menegaskan dalam suratnya bahwa "barang siapa yang berani menafikan gelar "Teotokos" dari Sang Perawan Suci, anatema!" Kendati demikian, Nestorius tidak menarik kembali
ajaran-ajarannya. John Anthony McGuckin mengemukakan bahwa wakil-wakil lain dari mazhab Antiokhia seperti Yohanes, Batrik Antiokhia, maupun Teodoretos, Uskup Kiros, dan Andreas, Uskup Samosata, mampu menyadari "pokok perdebatan menyangkut integritas Kristus" serta menyesali "kekeliruan sikap Nestorius yang enggan mengalah." Karena khawatir hasil konsili akan berdampak buruk bagi Nestorius, mereka mendesaknya agar mengalah dan menyetujui penggunaan istilah "Teotokos" sebagai gelar Perawan Maria.
Batrik Yohanes menyurati Nestorius, memintanya untuk tunduk pada pertimbangan Sri Paus dan berhenti memicu kontroversi seputar kata yang tidak disukainya (yakni "Teotokos") tetapi yang sesungguhnya dapat ditafsirkan mengandung makna yang ortodoks, apalagi banyak orang kudus dan doktor Gereja membenarkan penggunaan kata itu dengan cara turut menggunakannya. Batrik Yohanes memperingatkan
Nestorius, "jangan sampai engkau kehilangan kepala. Sepuluh hari! Tidak sampai dua puluh empat jam engkau sudah bisa memberi jawaban yang dikehendaki... Mintalah nasihat dari orang-orang yang dapat engkau percaya. Minta mereka untuk mengutarakan fakta-fakta, bukan sekadar kata-kata yang mereka sangka akan menyenangkan hatimu... Seantero Dunia Timur menentang dirimu, demikian pula Mesir."
Meskipun sudah dinasihati rekan-rekan sejawatnya, Nestorius tetap teguh pada pendiriannya dengan keyakinan bahwa dirinya adalah pihak yang benar.
Pada tanggal 19 November, guna mengantisipasi ultimatum yang tidak lama lagi akan diumumkan, Nestorius meyakinkan Kaisar Teodosius II untuk menyelenggarakan sebuah konsili umum yang ia harapkan dapat dimanfaatkan untuk membidahkan Kirilos, dan dengan demikian membenarkan ajaran-ajarannya sendiri. Kaisar Teodosius II mengeluarkan imbauan suci kepada uskup-uskup metropolia untuk
bersidang di kota Efesus, kota yang dikhususkan bagi penghormatan terhadap Maria, tempat gelar "Theotokos" sangat populer. Tiap-tiap uskup metropolia diharapkan hanya membawa serta uskup-uskup sufragannya yang terkemuka. Kaisar telah menetapkan bahwa konsili akan dibuka pada hari raya Pentakosta (tanggal 7 Juni) tahun 431.
John Anthony McGuckin mencermati bahwa ketaksaan imbauan suci membuat imbauan itu ditafsirkan berbeda-beda oleh para uskup. Yohanes, Batrik Antiokhia, membawahi wilayah gerejawi yang sangat luas, sehingga perlu waktu yang lama untuk menyebarluaskan pemberitahuan dan mengumpulkan rombongan delegasi Kebatrikan Antiokhia. Karena perjalanan darat dari Antiokhia ke Efesus sangat panjang dan
menguras tenaga, Batrik Yohanes memerintahkan agar masing-masing uskup metropolia hanya membawa serta dua orang uskup sufragan, dan dengan demikian meminimalkan jumlah anggota rombongan yang akan berangkat ke Efesus. Kaisar sendiri tidak akan menghadiri sidang konsili, tetapi menunjuk "Komes" Kandidianus selaku kepala pasukan pengawal istana kekaisaran untuk mewakilinya. Sang
"Komes" (kepala pasukan 200) ditugaskan mengawasi jalannya sidang serta memelihara keamanan dan ketertiban kota Efesus. Sekalipun diselenggarakan dengan agenda memperkarakan Kirilos, Kaisar Teodosius II menghendaki agar perhatian konsili semata-mata terarah pada kontroversi kristologi. Oleh karena itu, ia memberi amanat tegas kepada Kandidianus agar bersikap netral dan tidak
ikut campur dalam pembahasan perkara-perkara teologi. Pada umumnya orang menduga bahwa Kandidianus mula-mula bersikap netral sesuai amanat kaisar, barulah lambat laun semakin condong memihak Nestorius, tetapi John Anthony McGuckin menduga bahwa Kandidianos mungkin saja sejak semula sudah berpihak pada Nestorius.
Paus Selestinus mengutus Arkadius dan Proyektus untuk mewakili dirinya dan sinode uskup-uskup Gereja Barat yang telah diselenggarakan di Roma. Sri Paus juga mengutus Filipus, salah seorang imam Keuskupan Roma, sebagai wakil pribadinya. Sidang konsili dipimpin oleh Kirilos, Batrik Aleksandria. Sri Paus sudah mewanti-wanti para utusannya untuk tidak melibatkan diri dalam pembahasan, dan hanya mengeluarkan keputusan terkait pembahasan.
Para uskup berdatangan ke Efesus dalam jangka waktu beberapa minggu. Sambil menunggu kedatangan rekan-rekan sejawatnya yang lain, mereka menggelar diskusi-diskusi informal yang cenderung "mempersengit, alih-alih merukunkan silang pendapat di antara mereka". Memnon, Uskup Metropolia Efesus, selaku tuan rumah, sudah bersiap sedia di Efesus bersama 52 orang uskup sufragannya.
Batrik Nestorius bersama 16 orang uskup sufragannya merupakan rombongan pertama yang tiba di Efesus, tak lama seusai hari raya Paskah. Selaku uskup agung kota kekaisaran Konstantinopel, ia berangkat dengan kawalan satu detasemen prajurit di bawah pimpinan "Komes" Kandidianus. John Anthony McGuckin mencermati bahwa kehadiran pasukan tersebut bukan untuk mengawal Nestorius melainkan mengawal Kandidianus
selaku wakil kaisar. Kendati demikian, John Anthony McGuckin mencetuskan teori bahwa pudarnya sikap netral Kandidianus dan keberpihakannya kepada Nestorius mungkin telah menimbulkan persepsi bahwa pasukan yang dipimpinnya memang sengaja disiapkan untuk mengawal Nestorius. Kandidianus memerintahkan agar seluruh rahib dan semua orang asing yang bukan rohaniwan untuk meninggalkan kota
Efesus, serta melarang para uskup untuk meninggalkan kota itu dengan alasan apa pun sampai dengan penutupan konsili. Menurut beberapa sumber, larangan ini bertujuan mencegah para uskup meninggalkan sidang konsili untuk berurusan langsung dengan kaisar.
Menurut John Anthony McGuckin, Memnon, selaku Uskup Efesus, "sangat disegani dan dijunjung tinggi" oleh warga kota, sehingga dapat mengandalkan dukungan mereka guna mengimbangi kekuatan militer yang dibawa Kandidianus. Dengan berpedoman pada keputusan Roma yang membidahkan Nestorius, Memnon menolak menjalin komunikasi dengan Nestorius, dan menutup semua gedung gereja di kota Efesus baginya.
Kirilos tiba beberapa hari menjelang hari raya Pentakosta dengan membawa serta 50 orang uskup. Sangat sedikit uskup Gereja Barat yang hadir, karena rombongan utusan Sri Paus baru tiba pada bulan Juli. Delegasi Palestina yang terdiri atas 16 orang uskup di bawah pimpinan Flavianus, Uskup Metropolia Filipi, tiba lima hari lebih lambat dari tanggal yang telah ditetapkan sebagai hari pembukaan konsili, dan langsung berpihak pada Kirilos.
Setelah kedatangan delegasi Palestina, Kirilos memaklumkan niatnya untuk membuka konsili, namun tidak dikabulkan oleh Kandidianus dengan alasan delegasi Roma dan delegasi Antiokhia belum hadir. Mula-mula Kirilos menuruti larangan Kandidianus karena insyaf bahwa konsili mustahil terselenggara secara sah tanpa pembacaan imbauan suci kaisar.
Sejumlah uskup, yang belum menentukan keberpihakannya, tidak membenarkan Kirilos memimpin sidang dan memutuskan agenda persidangan karena Kirilos adalah salah satu pihak yang berperkara, tetapi akhirnya berpihak pada Kirilos karena satu dan lain hal.