Perang Ōnin
Hatakeyama Masanaga yang diperlakukan sebagai pemberontak, meminta bantuan pasukan dari Katsumoto, namun permintaan tersebut tidak dikabulkan.
Pada 22 Februari 1467, setelah membakar sendiri rumah kediamannya, Masanaga memimpin pasukan menuju Kuil Kamigory di Kyoto. Shogun Yoshimasa sendiri menolak untuk campur tangan dalam konflik internal keluarga Hatakeyama. Namun Szen diperitahkannya untuk mengungsikan Kaisar Tituler Go-Hanazono dan Kaisar Go-Tsuchimikado ke markas keshogunan di Muromachi-tei, dan Yoshinari dibantu dengan tambahan pasukan. Katsumoto waktu itu belum terlibat karena sedang bertugas sebagai pelindung Shogun Yoshimasa.
Kuil Kamigory dikelilingi hutan bambu. Di sebelah barat mengalir sebuah sungai kecil, sementara di sebelah selatan terdapat parit Shkoku-ji. Yoshinari datang menyerang Masanaga dengan bantuan Shiba Yoshikado, Yamana Masatoyo, dan Asakura Takakage. Pertempuran berlanjut hingga malam hari. Pada tengah malam, Masanaga membakar kuil untuk memberi kesan dirinya telah tewas bunuh diri. Setelah berhasil melarikan diri, ia dikabarkan bersembunyi di rumah kediaman Katsumoto.
Seusai pertempuran di Kuil Kamigory, Katsumoto mengumpulkan pasukan dari 9 provinsi termasuk dari Shikoku, dan mengumpulkannya di Kyoto. Katsumoto juga menyerang Provinsi Harima dan merebutnya dari klan Yamana. Sebelum diambil alih klan Yamana, penguasa sebelumnya Provinsi Harima adalah klan Akamatsu (Akamatsu Masanori adalah menantu Katsumoto). Sementara itu di Kyoto, pasukan Katsumoto membakar jembatan di
berbagai tempat, termasuk jembatan di Sungai Uji dan Sungai Yodo. Keempat penjuru kota diduduki oleh pasukan Katsumoto. Pasukan di bawah pimpinan Takeda Nobukata dan Hosokawa Shigeyuki pada bulan 5 merebut Provinsi Wakasa milik klan Isshiki. Kediaman resmi milik Isshiki Yoshinao di Kyoto dan markas jenderal Pasukan Barat diserang. Dari Provinsi Owari, Shiba Yoshitoshi menyerbu ke Provinsi
Ttmi. Ashikaga Yoshimi sudah mencoba menengahi kedua belah pihak yang bertikai sejak sebulan sebelumnya, namun tidak berhasil.
Pada bulan 5, Katsumoto mengajak para daimyo sekutunya di berbagai daerah untuk mengangkat senjata, termasuk Hatakeyama Masanaga yang sedang bersembunyi di Hokuriku. Setelah menguasai kembali Hana no Gosho, Katsumoto menjemput Shogun Yoshimasa, Kaisar Go-Tsuchimikado dan Kaisar Tituler Go-Hanazono dari markas keshogunan di Muromachi-tei dengan alasan untuk melindungi mereka dari peperangan. Katsumoto
menempatkan pasukan utama di kediaman resmi shogun (Imadegawa-tei). Pada bulan berikutnya, Katsumoto memperoleh bendera keshogunan yang dimintanya dari Shogun Yoshimasa, dan secara resmi Katsumoto dan pasukannya menjadi pasukan kekaisaran. Di pihak yang berseberangan, Szen memusatkan pasukan utamanya di Itsutsu-dri, sebuah jalan di dalam kota Kyoto. Kedua belah pihak
menjadi saling berhadapan, pasukan Hosokawa Katsumoto disebut Pasukan Timur, sementara pasukan Yamana Szen disebut Pasukan Barat. Menurut buku sejarah ninki, Pasukan Timur terdiri dari 160000 prajurit, dan Pasukan Barat terdiri dari 110000 prajurit. Meskipun demikian, jumlah prajurit yang dimiliki kedua belah pihak kemungkinan terlalu dibesar-besarkan.
Pasukan Barat didukung jenderal-jenderal dari wilayah Hokuriku, Shin'etsu, Tkai, dan Kyushu (Chikuzen, Bungo, Buzen). Dibandingkan Pasukan Barat, Pasukan Timur didukung lebih banyak pasukan dari daerah-daerah. Klan Hosokawa adalah daimyo wilayah Kinai dan Shikoku, ditambah pasukan dari provinsi sekitarnya yang mendukung faksi Hosokawa. Sebaliknya, Pasukan Barat dibantu pasukan dari
wilayah yang merasa cemas dengan klan Hosokawa dan sekutu-sekutunya. Pasukan Barat juga banyak dibantu oleh pihak-pihak yang berselisih dengan Takeda Nobukata seperti Isshiki Yoshinao, Rokkaku Takayori, dan Toki Shigeyori yang walaupun dekat dengan Shogun Yoshimasa terpaksa ikut dengan Pasukan Barat.
Sementara itu, daerah-daerah yang jauh dari pengawasan ibu kota seperti wilayah Kanto dan Tohoku, serta Kyushu bagian selatan sudah terjadi pertempuran skala besar antara para klan samurai yang berpengaruh. Pemberontakan di kawasan Kanto disebut Peristiwa Kytoku.
Pertempuran awalnya dimenangi Pasukan Timur. Pasukan Barat berhasil diusir dari sekitar istana kaisar dan Hana no Gosho. Keluarga kekaisaran dan Shogun Yoshimasa berhasil diamankan. Shogun Yoshimasa mendukung Pasukan Timur dan menjadikannya sebagai pasukan kekaisaran. Klan Hosokawa dan wilayah para sekutunya berasal dari sekitar Kinai sehingga menguntungkan posisi Pasukan Timur. Keadaan berubah hingga
sejumlah 80000 prajurit klan Yamana yang sebelumnya menduduki Provinsi Tamba milik klan Hosokawa diturunkan ke Kyoto. Pada bulan 8 tahun 1467, kekuatan Pasukan Barat pulih setelah mendapat bantuan pasukan dari 7 provinsi, di antaranya pasukan uchi Masahiro dari Provinsi Suo, pasukan Kno Michiharu dari Shikoku, dan pasukan angkatan laut. Korban tewas dalam jumlah besar diderita
kedua belah pihak dalam pertempuran di Shkoku-ji, namun tidak ada pihak yang kalah atau menang.
Pada 27 September 1467, Ashikaga Yoshimi secara tiba-tiba melarikan diri dari Pasukan Timur, dan meminta perlindungan kepada Kitabatake Noritomo asal Provinsi Ise. Pembelotan Yoshimi diperkirakan menjadi sebab Shogun Yoshimasa memanggil kembali Ise Sadachika yang sebelumnya diusir akibat perubahan politik zaman Bunsh. Yoshimi diperkirakan membelot dari Pasukan Timur setelah mengetahui dirinya ingin
disingkirkan oleh Shogun Yoshimasa dan Katsumoto, agar Yoshihisa dapat diangkat sebagai shogun. Setelah kelahiran Yoshihisa, Yoshimi sebenarnya sudah kehilangan tempat dalam Keshogunan Muromachi. Perang nin menjadi berkepanjangan akibat Shogun Yoshimasa melanggar janji untuk memberikan jabatan shogun kepada Yoshimi, sementara Katsumoto yang melindungi shogun juga sekaligus mendukung Yoshimi. Di pihak yang berseberangan, Hino Tomiko dan Yamana Szen mendukung Yoshihisa untuk diangkat sebagai shogun.
Setelah beberapa lama berada di Provinsi Ise, Yoshimi mau bergabung kembali dengan Pasukan Timur setelah dibujuk oleh Katsumoto dan Shogun Yoshimasa. Namun Yoshimi kembali membelot dan bersembunyi di Gunung Hiei. Katsumoto yang telah beralih menjadi pendukung Yoshihisa berhasil mengucilkan Yoshimi dari segala kedudukannya di istana. Pada 19 Desember 1467, Pasukan Barat mengirim utusan ke Gunung
Hiei untuk menjemput Yoshimi, dan mengangkatnya menjadi "shogun baru" dan secara terbuka menyatakan perang terhadap Pasukan Timur. Pasukan Barat waktu itu juga meminta bantuan dari sisa-sisa kekuatan Istana Selatan yang disebut Go-Nanch.
Pada 31 Desember 1467, istana kekaisaran memutuskan untuk memecat para pejabat dari faksi Pasukan Barat. Mereka sebagian besar berasal dari klan Sanj yang berselisih dengan klan Hino (keluarga Tomiko, istri Shogun Yoshimasa) dan mendukung Yoshimi.
Perang antara Pasukan Timur dan Pasukan Barat makin sulit karena kelompok-kelompok militer dari kedua belah pihak, demi keuntungan sendiri, berulang kali membelot ke pihak musuh. Sebagian di antaranya kemudian kembali membelot ke pasukan asal. Dalam keadaan tersebut, hanya sedikit kelompok yang benar-benar berusaha memenangkan perang. Perang Pasukan Timur melawan Pasukan Barat berakhir
dalam keadaan tidak ada pihak yang kalah atau menang. Jenderal Ashigaru Honekawa Dken dari Pasukan Timur mencoba mencari nama dengan mengacau di garis belakang dengan taktik perang gerilya. Namun sebagian besar pasukannya adalah pelaku kriminal, termasuk kelompok perampok dan penjahat, sehingga perang tidak juga bisa diakhiri.
Memasuki tahun 1469, pelayan senior klan uchi yang dikenal ahli sastra sekaligus strategi militer bernama Masuda Kanetaka menarik mundur pasukannya hingga ke Provinsi Iwami. Bersama tomo Chikashige dan Shni Masasuke dari Kyushu, Kanetaka mengajak uchi Noriyuki untuk menyerang ke wilayah kekuasaan klan uchi, namun usaha mereka gagal. Pada 1471, Asakura Takakage yang