Maria Theresia
adalah salah satu musuh bebuyutan Austria selain Rusia dan Utsmaniyah, tetapi setelah perjanjian tersebut, mereka disatukan oleh cita-cita bersama untuk membendung Friedrich II dan perluasan jajahan Britania. Namun, sejarawan menganggap perjanjian ini sebagai kambing hitam kekalahan Prancis yang membuat mereka kehilangan jajahan-jajahan mereka, karena Louis XV harus mengirim pasukan ke Jerman
dan menyediakan subsidi sebesar 25-30 juta pound setiap tahunnya kepada Maria Theresia untuk membiayai perang di Böhmen dan Schlesien.
Pada tanggal 1 Mei 1757, Perjanjian Versailles Kedua ditandatangani, dan Raja Louis XV berjanji bahwa ia akan menyediakan 130000 pasukan untuk Austria ditambah dengan 12 juta gulden setiap tahunnya. Mereka juga akan melanjutkan perang di benua Eropa hingga Prusia dapat dipaksa meninggalkan wilayah Schlesien dan Glatz. Sebagai gantinya, Austria akan memberikan beberapa kota di Belanda Austria kepada menantu Louis XV, Felipe dari Parma, dan Felipe sendiri akan menyerahkan kadipatennya di Italia kepada Maria Theresia.
Maximilian von Browne memimpin pasukan Austria selama perang ini. Seusai Pertempuran Lobositz yang tidak jelas juntrungannya pada tahun 1756, ia digantikan oleh Pangeran Karl Alexander dari Lorraine, saudara ipar Maria Theresia. Namun, ia dipilih bukan karena bakatnya. Belakangan terbukti bahwa ia bukanlah seorang panglima yang cakap, dan ia kemudian digantikan oleh Leopold Joseph von Daun, Franz Moritz von
Lacy, dan Ernst Gideon von Laudon. Friedrich sendiri dikejutkan oleh ketidakberhasilan di Lobositz; ia lalu menghimpun kembali pasukannya dan lalu melancarkan serangan pada Juni 1757. Maka meletuslah Pertempuran Koln, dan Austria berhasil memperoleh kemenangan yang gemilang. Friedrich kehilangan sepertiga pasukannya, dan ia sudah meninggalkan medan tempur sebelum pertempuran tersebut berakhir. Kemudian, Prusia mengalami
kekalahan di Hochkirch di Sachsen pada tanggal 14 Oktober 1758, di Kunersdorf di Brandenburg pada tanggal 12 Agustus 1759, serta di Landeshut di dekat Glatz pada Juni 1760. Kavaleri ringan Hongaria dan Kroasia yang dipimpin oleh András Hadik menyerbu Berlin pada tahun 1757. Pasukan Austria dan sekutunya Rusia bahkan berhasil menduduki Berlin selama beberapa hari pada Agustus 1760. Namun, keberhasilan-keberhasilan ini tidak serta merta membuat mereka
memenangkan perang, karena pasukan Prancis dan Habsburg mengalami kekalahan besar di Rossbach pada tahun 1757. Setelah mengalami kekalahan di Torgau pada tanggal 3 November 1760, Maria Theresia akhirnya sadar bahwa ia tidak dapat lagi merebut Schlesien. Sementara itu, Prancis telah dihajar oleh Britania di Amerika dan India, alhasil mereka harus mengurangi subsidi mereka sebesar 50%. Semenjak tahun 1761, Kaunitz sudah
mencoba mengadakan pertemuan diplomatik untuk memanfaatkan kenaikan takhta George III dari Britania Raya, karena Raja George tidak terlalu peduli dengan wilayah di Jerman. Perang ini akhirnya diakhiri oleh Perjanjian Hubertusburg dan Paris pada tahun 1763. Maka Austria harus meninggalkan wilayah-wilayah Prusia yang mereka duduki. Walaupun Schlesien tetap berada di bawah kendali Prusia, perang ini menciptakan
keseimbangan kekuatan yang baru di Eropa, dan kedudukan Austria sendiri menjadi lebih kuat berkat persekutuannya dengan Wangsa Bourbon di Madrid, Parma, dan Napoli. Maria Theresia sendiri memutuskan untuk mencurahkan perhatiannya pada reformasi dalam negeri dan berhenti mengobarkan perang di luar negeri.
Seperti halnya anggota Wangsa Habsburg lainnya, Maria Theresia adalah seorang Katolik, dan ia merupakan seorang penganut yang taat. Ia berkeyakinan bahwa kesatuan agama diperlukan demi kehidupan yang damai, sehingga ia menolak mentah-mentah gagasan toleransi beragama. Ia bahkan menganjurkan agar agama Katolik dijadikan agama negara. Akibatnya, para
pengelana pada zaman itu menganggap rezimnya fanatik, tidak toleran, dan penuh dengan takhayul. Namun, ia tidak pernah mengizinkan gereja ikut campur dalam wewenang penguasa monarki dan ia juga menjaga jaraknya dari Roma. Ia juga mengendalikan proses pemilihan uskup agung, uskup, dan abbas. Secara keseluruhan, kebijakan Maria Theresia yang berkenaan dengan gereja
dimaksudkan untuk memastikan keutamaan negara dalam hubungannya dengan gereja. Ia juga dipengaruhi oleh gagasan-gagasan Jansenisme, dan salah satu hal yang dianjurkan oleh ajaran tersebut adalah kebebasan maksimal gereja-gereja nasional dari Roma. Walaupun Austria dari sebelumnya sudah selalu berupaya untuk menegakkan hak negara dalam hubungannya dengan gereja, Jansenisme memberikan pembenaran teoretis yang baru.
Maria Theresia mendukung Katolik Yunani dan menegaskan bahwa mereka berkedudukan sama dengan Katolik Roma. Walaupun Maria Theresia adalah orang yang sangat taat beragama, ia juga memberlakukan kebijakan yang melarang pemameran kesalehan yang berlebihan, seperti pelarangan tindakan mencambuk diri di muka umum. Selain itu, ia mengurangi jumlah hari libur keagamaan dan ordo-ordo kebiaraan.
Hubungannya dengan ordo Yesuit terbilang rumit. Para anggota Yesuit mendidiknya, menjadi penerima pengakuan dosa untuknya, dan juga mengawasi pendidikan keagamaan putra sulungnya. Yesuit merupakan ordo yang kuat dan berpengaruh pada awal masa kekuasaan Maria Theresia. Namun, para menteri Maria Theresia berhasil meyakinkannya bahwa ordo Yesuit membahayakan wewenangnya sebagai penguasa
monarki. Tanpa keraguan ataupun rasa sesal, Maria Theresia mengeluarkan sebuah titah yang mengeluarkan mereka dari semua lembaga monarki. Ia melarang penerbitan bula Paus Klemens XIII yang mendukung Yesuit, dan juga langsung menyita harta benda ordo Yesuit begitu paus selanjutnya, Klemens XIV, memutuskan untuk menindas ordo tersebut.
Walaupun pada akhirnya ia tidak lagi berupaya mengatolikkan rakyatnya, Maria Theresia menganggap orang Yahudi dan Protestan sebagai kelompok yang berbahaya dan mencoba menindas mereka. Kemungkinan ia merupakan penguasa monarki yang paling anti-Yahudi pada masa hidupnya. Ia tidak hanya mengulangi prasangka-prasangka buruk yang sudah ada di benak nenek
moyangnya, tetapi juga memiliki prasangka-prasangka baru. Anti-Semitisme pada diri Maria Theresia merupakan akibat dari pengabdian terhadap agama yang amat mendalam, dan ia tidak mencoba merahasiakan prasangka semacam ini. Pada tahun 1777, ia menulis sesuatu mengenai orang-orang Yahudi: "Tidak ada yang lebih busuk daripada ras ini, yang membuat
rakyatku melarat dengan tipu daya, riba, dan keserakahan. Maka dari itu, sebisa mungkin orang Yahudi perlu dijauhkan dan dihindari." Ia sungguh membenci orang Yahudi sampai-sampai ia mau menerima keberadaan pemodal yang berlatar belakang Protestan di kota Wina (seperti Johann Fries yang lahir di Swiss), karena ia ingin membebaskan pemerintahannya dari para pemodal Yahudi.
Pada Desember 1744, ia mengusulkan kepada para menterinya agar orang-orang Yahudi diusir dari Austria dan Böhmen. Pada mulanya ia ingin agar semua orang Yahudi sudah dideportasi pada tanggal 1 Januari, tetapi ia kemudian mengikuti nasihat menteri-menterinya yang merasa khawatir dengan banyaknya jumlah orang yang harus diusir (diperkirakan bisa mencapai 50000),
sehingga tenggat waktunya diundur menjadi bulan Juni. Perintah-perintah pengusiran baru dicabut pada tahun 1748 akibat tekanan dari negara-negara lain, termasuk Britania Raya. Ia juga memerintahkan pengusiran sekitar 20000 orang Yahudi dari Praha di tengah maraknya tuduhan bahwa mereka adalah kelompok pengkhianat pada saat kota tersebut diduduki oleh pasukan Bayern
dan Prancis selama Perang Pewaris Austria. Cakupan perintah tersebut lalu diperluas menjadi semua orang Yahudi di Böhmen dan kota-kota besar di Mähren. Belakangan ia mencabut perintahnya ini, kecuali untuk orang Yahudi Praha yang sudah terlanjur diusir. Tidak hanya orang Yahudi yang menjadi korban pada masa kekuasaannya. Ia juga mengusir orang Protestan dari Austria ke Transilvania (termasuk