Prabowo Subianto
unit-unit Kopassus di bawah pengawasannya di Timor Leste dari Dili menuju Yogyakarta, kemudian menuju Jakarta menggunakan kereta api. Menurut beberapa sumber, Prabowo juga dimintai pertolongan oleh Mayor Jenderal Sjafrie Sjamsoeddin, Panglima Komando Operasi Jakarta Raya, untuk ikut mengirimkan pasukannya untuk mengamankan ibu kota. Permintaan ini dipenuhi oleh Prabowo dengan mengirimkan serdadu Kostrad untuk mengamankan
beberapa bangunan penting, seperti rumah dinas Wakil Presiden B.J. Habibie di Kuningan. Prabowo berperan membujuk Amien Rais, salah satu tokoh pemimpin gerakan reformasi, untuk membatalkan rencana digelarnya doa bersama di kawasan sekitar Monas untuk alasan keamanan. Pada 14 Mei, ia bertemu dengan beberapa penggerak reformasi seperti Adnan Buyung Nasution dan Bambang Widjajanto untuk mendiskusikan situasi yang tengah genting.
Presiden Soeharto mengumumkan pengunduran dirinya pada tanggal 21 Mei 1998. Penggantinya, Habibie, dilantik pada hari yang sama. Pada siang harinya, Prabowo menemui Habibie dan meminta agar dirinya ditunjuk sebagai Panglima ABRI menggantikan Wiranto. Justru, Habibie memberhentikan Prabowo dari jabatannya sebagai panglima Kostrad. Prabowo yang berang mendatangi Istana Negara, namun dihalangi untuk bertemu presiden.
Ia kemudian memerintahkan agar istana dikelilingi oleh tank dan serdadu Kostrad. Prabowo digantikan oleh Jenderal Johny Lumintang, yang hanya menjabat selama tujuh belas jam sebelum digantikan oleh Letnan Jenderal Djamari Chaniago.
Setelah diberhentikan, Prabowo menemui ayah mertuanya Soeharto, yang justru tidak mendukungnya. Ia akhirnya menerima penugasan sebagai komandan Sekolah Staf dan Komando ABRI di Bandung, menggantikan Letnan Jenderal Arie J. Kumaat.
Pada 14 Juli 1998, Panglima ABRI membentuk sebuah Dewan Kehormatan Perwira yang diketuai oleh Jenderal Subagyo Hadi Siswoyo dan dianggotai oleh enam orang letnan jenderal: Fachrul Razi (wakil ketua); Djamari Chaniago (sekretaris); Arie J. Kumaat; Agum Gumelar; Susilo Bambang Yudhoyono; dan Yusuf Kartanegara. Dewan ini memeriksa Prabowo dalam tujuh butir
tuduhan; salah satunya adalah "sengaja melakukan kesalahan dalam analisa tugas", "melaksanakan dan mengendalikan operasi dalam rangka stabilitas nasional yang bukan menjadi wewenangnya tetapi menjadi wewenang Pangab", "tidak melibatkan staf organik dalam prosedur staf, pengendalian dan pengawasan", dan "sering ke luar negeri tanpa ijin dari Kasad ataupun Pangab".
Selama persidangan, Prabowo mengklaim dirinya sebagai seorang tawanan perang yang dilindungi oleh Konvensi Jenewa dan kerap menggunakan haknya untuk tidak bicara, sehingga membuat frustrasi para anggota dewan yang sudah harus memakai rompi antipeluru.
Sebagai seorang perwira tinggi militer, Prabowo diadili berdasarkan Kitab Undang-Undang Hukum Pidana dan Kitab Undang-undang Hukum Pidana Militer. Dalam putusannya, DKP memutuskan ia bersalah melakukan tindak pidana "ketidakpatuhan" (pasal 103 KUHPM); "memerintahkan perampasan kemerdekaan orang lain" (pasal 55 (1) ke-2 KUHPM dan pasal 333 KUHP); dan penculikan (pasal 55 (1) ke-2 dan pasal
328 KUHP). Menurut Fahrul Razi, dewan tersebut pada awalnya ingin menggunakan kata "pemecatan" pada putusan akhirnya. Namun, mempertimbangkan status Prabowo sebagai menantu dari mantan presiden, DKP akhirnya menggunakan kata "pemberhentian dari dinas keprajuritan".
Pemberhentian Prabowo dari dinas militer menimbulkan kontroversi pada saat pemilihan umum 2009, apabila politisi Gerindra Fadli Zon membantah bahwa Prabowo dipecat, melainkan "diberhentikan dengan hormat".
Prabowo memiliki dan memimpin dua puluh tujuh perusahaan di Indonesia dan di luar negeri. Ia adalah Presiden dan CEO PT Tidar Kerinci Agung yang bergerak dalam bidang produksi minyak kelapa sawit, lalu PT Nusantara Energy yang bergerak dalam bidang migas, pertambangan, pertanian, kehutanan dan pulp, juga PT Jaladri Nusantara yang bergerak di bidang perikanan.
Setelah meninggalkan karier militernya, Prabowo memilih untuk mengikuti karier adiknya, Hashim Djojohadikusumo, dan menjadi pengusaha. Karier Prabowo sebagai pengusaha dimulai dengan membeli Kiani Kertas, perusahaan pengelola pabrik kertas yang berlokasi di Mangkajang, Kalimantan Timur. Sebelumnya, Kiani Kertas dimiliki oleh Bob Hasan, pengusaha yang dekat dengan Presiden Suharto. Prabowo membeli Kiani Kertas menggunakan pinjaman senilai Rp 1.8 triliun dari Bank Mandiri.
Selain mengelola Kiani Kertas, yang namanya diganti oleh Prabowo menjadi Kertas Nusantara, kelompok perusahaan Nusantara Group yang dimiliki oleh Prabowo juga menguasai 27 perusahaan di dalam dan luar negeri. Usaha-usaha yang dimiliki oleh Prabowo bergerak di bidang perkebunan, tambang, kelapa sawit, dan batu bara.
Pada Pilpres 2009, Prabowo ialah cawapres terkaya, dengan total asset sebesar Rp 1.579 triliun dan US$ 7.57 juta, termasuk 84 ekor kuda istimewa yang sebagian harganya mencapai 3 miliar per ekor serta sejumlah mobil mewah seperti BMW 750Li dan Mercedes Benz E300. Kekayaannya ini besarnya berlipat 160 kali dari kekayaan yang dia laporkan pada tahun 2003. Kala itu ia hanya melaporkan kekayaan sebesar 10.153 miliar.
Namun, pada tahun 2011, dilaporkan bahwa PT Kertas Nusantara memiliki 161 kreditor, yang terdiri terdiri dari 136 kreditor konkuren, 18 kreditor istimewa, dan 7 kreditor separatis. Berdasarkan verifikasi Komisi Pengawas Persaingan Usaha, total utang Kertas Nusantara pada saat itu mencapai Rp 14.31 triliun. Bahkan pada tanggal 9 Juni 2011, Pengadilan Niaga Jakarta Pusat memerintahkan kepada PT Kertas Nusantara
agar membayar utang sebesar Rp 142 miliar kepada PT Multi Alphabet sebagai salah satu kreditor dalam waktu 45 hari, dan bila tidak Kertas Nusantara terancam dinyatakan bangkrut. Namun, pada tanggal 21 Juli 2011, PT Kertas Nusantara selamat dari ancaman kebangkrutan setelah 89% kreditor setuju untuk memberikan perpanjangan masa pembayaran utang.
Pada tanggal 20 Januari 2014, Tempo melansir pernyataan dari Ketua SP Kahutindo PT Kertas Nusantara, Indra Alam, bahwa PT Kertas Nusantara kembali diterpa masalah karena sekitar 600 karyawan PT Kertas Nusantara di Kabupaten Berau, Kalimantan Timur, berunjuk rasa menuntut gaji yang belum dibayarkan selama lima bulan Tempo juga memberitakan bahwa buruh mengancam tidak akan memilih Prabowo dan
menggelar aksi di Bundaran HI. Namun berita ini kemudian dibantah sendiri oleh Indra Alam sebagai pemberitaan palsu. Ia merasa tidak pernah menyatakan bahwa ia mengajak buruh untuk berdemonstrasi di Bundaran HI dan memboikot Prabowo dalam pemilu. Terkait ancaman ini, manajemen PT Kertas Nusantara juga mengkonfirmasi bahwa masalah utang gaji telah diselesaikan
sejak Maret 2014. Direktur PT Kertas Nusantara Winston Pola pernah menyatakan meminta maaf dan menjelaskan bahwa hal tersebut disebabkan oleh kesulitan keuangan karena pabrik yang tidak beroperasi dengan kapasitas penuh pada pertengahan tahun 2013.
Prabowo memulai kembali karier politiknya dengan mencalonkan diri sebagai calon presiden dari Partai Golkar pada Konvesi Capres Golkar 2004. Meski lolos sampai putaran akhir, akhirnya Prabowo kandas di tengah jalan. Ia kalah suara oleh Wiranto.
Prabowo, bersama adiknya Hashim Djojohadikusumo, mantan aktivis mahasiswa Fadli Zon, dan mantan Deputi V Badan Intelijen Negara Bidang Penggalangan Muchdi Purwoprandjono serta sederetan nama lainnya mendirikan Partai Gerakan Indonesia Raya atau Partai Gerindra pada tanggal 6 Februari 2008. Ia menjabat sebagai Ketua Dewan Pembina Dewan Pimpinan Pusat (DPP). Partai tersebut meraih 4646406 suara (4.46 %) dan menempatkan 26 orang wakilnya di DPR RI pada Pemilu legislatif Indonesia tahun 2009.