Prabowo Subianto
tersebut karena menurutnya hal tersebut merupakan hal yang benar menurut rezim saat itu. Prabowo hanya mengakui menculik 9 orang aktivis pada saat itu, yang semuanya telah ia kembalikan dalam keadaan hidup. Sementara 13 orang sisanya, ia tidak tahu-menahu. Pernyataan ini dikuatkan oleh Pius Lustrilanang, yang mengaku telah dimintai maaf oleh Prabowo dan kini menjadi anggota DPR dari Partai Gerindra.
Sementara saat mengumumkan pembebastugasan Prabowo, Jenderal TNI Wiranto menyatakan bahwa Prabowo dapat diadili karena adanya bukti keterlibatan Prabowo dalam kasus penculikan aktivis ini. Namun, Prabowo masih belum diadili atas kasus tersebut hingga sekarang walau anggota Tim Mawar sudah dijebloskan ke penjara. Sementara itu, Prabowo dan koleganya, Sjafrie Syamsuddin,
tidak pernah memenuhi Panggilan Komnas HAM yang berusaha untuk mengusut kasus tersebut. Pengakuan mengejutkan datang dari Kivlan Zen yang pada masa 1998 setia kepada Prabowo. Ia mengaku mengetahui pasti dimana keberadaan 13 orang aktivis yang dipermasalahkan, dan tahu pasti mereka telah dibunuh. Kivlan Zen menantang dibukanya kembali kasus penculikan ini dan dia mengatakan seluruh hal yang
diketahuinya. Ia menyatakan operasi penculikan 13 orang tersebut adalah perbutan pihak yang ingin mendiskreditkan Prabowo. Karena pernyataan ini, Komnas HAM didesak untuk membuka kembali penyelidikan atas kasus ini, namun Komnas HAM berkomentar bahwa itu hanyalah pernyataan pribadi Kivlan Zen. Secara resmi pernyataan Kivlan Zen sudah pernah dicatat dalam penyelidikan Komnas HAM dan kini sudah berada di Kejaksaan Agung.
Menurut Friend (2003), saat dampak krisis finansial Asia 1997 memburuk, Prabowo mengajak Muslim Indonesia untuk bergabung melawan "pengkhianat bangsa". Selain itu, dari wawancara Adam Schwarz dengan Sofjan Wanandi, Prabowo pernah mengatakan pada Sofjan bahwa ia siap "mengusir semua orang Cina meskipun hal itu akan membuat ekonomi Indonesia mundur 20-30 tahun" dan mengatakan "kamu Cina Katolik mencoba menjatuhkan Suharto".
Sofjan sendiri membantah pernah berkata bahwa Prabowo akan mengusir semua orang Tionghoa dari Indonesia, dan menyatakan bahwa Schwarz hanya salah persepsi.
Prabowo diduga kuat mendalangi kerusuhan Mei 1998 berdasar temuan Tim Gabungan Pencari Fakta. Bahkan menurut Friend (2003), walaupun kubu Wiranto menekankan bahwa mereka tidak ingin pembantaian Tiananmen terjadi di Jakarta, kubu Prabowo memperingatkan Amien Rais bahwa militer tidak takut akan terjadinya "Tiananmen lain" dan "lautan darah" bila demonstrasi dilanjutkan. Dugaan motif Prabowo
adalah untuk mendiskreditkan rivalnya Pangab Wiranto, untuk menyerang etnis minoritas, dan untuk mendapat simpati dan wewenang lebih dari Soeharto bila kelak ia mampu memadamkan kerusuhan. Dia juga masih belum diadili atas kasus tersebut.
Prabowo mengklaim bahwa tuduhan tersebut tidak berdasar. Prabowo mengaku sadar bahwa menghancurkan Tionghoa di Indonesia dapat merugikan Indonesia sendiri. Ia juga menyayangkan Menko Polkam Feisal Tanjung dan Panglima ABRI Wiranto yang menurutnya konsisten menyangkal tuduhan bahwa perintah membuat kerusuhan berasal langsung dari mereka atau Soeharto sebagai Panglima Tinggi. Prabowo meyakini bahwa perintah
tersebut tidak dalam satu rangkaian komando karena atasannya senang bekerja secara melompat-lompat dalam berbagai tingkatan. Ia memastikan bahwa dirinya tidak pernah memperoleh perintah menyiksa orang.
Pembelaan lebih lanjut dari pihak Prabowo adalah dia hanya menjalankan tugasnya sebagai Pangkostrad atas permintaan Panglima Kodam Jaya waktu itu yang mendapat perintah dari Mabes ABRI. Pada waktu itu permintaan Prabowo agar ia difasilitasi pesawat Hercules juga ditolak, sehingga ia terpaksa menggunakan Garuda dan Mandala atas biaya sendiri.
Sementara terkait penembakan mahasiswa dalam peristiwa Trisakti, hasil uji balistik di Belfast, Irlandia Utara, memperlihatkan bahwa peluru tersebut berasal dari senjata milik Gegana, Polri, bukan tipe senjata yang digunakan oleh TNI. Penembakan itu juga tidak mungkin dilakukan oleh sniper karena peluru yang digunakan jenis kaliber 5.56 mm, sementara
senjata sniper berkaliber 7 mm ke atas. Target penembakan juga acak, berbeda dengan pola penembakan sniper yang akan memilih pemimpin demonstrasi atau sasaran strategis tertentu.
Pada pagi hari tanggal 22 Mei 1998, Wiranto melaporkan kepada B.J. Habibie bahwa telah terjadi pergerakan pasukan Kostrad menuju Jakarta dan konsentrasi pasukan di kediaman Presiden B.J. Habibie tanpa sepengetahuan dirinya sebagai Panglima ABRI. Pergerakan pasukan tersebut diduga sebagai upaya kudeta dan oleh karena itu atas instruksi Presiden Habibie, Prabowo diberhentikan sebagai Panglima Kostrad.
Di siang hari pada tanggal yang sama, Prabowo dihubungi Markas Besar Angkatan Darat perihal pemberhentiannya sebagai Panglima Kostrad. Prabowo langsung menghadap Presiden B.J. Habibie di istana untuk mendapat kepastian pemberhentiannya. Presiden B.J. Habibie mengatakan bahwa pemberhentiannya adalah permintaan langsung dari Soeharto dan ia akan ditunjuk sebagai Duta Besar untuk Amerika Serikat. Sore harinya Prabowo menyerahkan jabatan Panglima Kostrad kepada Pangdiv I Kostrad Mayjen Johny Lumintang.
Prabowo yakin ia bisa saja melancarkan kudeta pada hari-hari kerusuhan pada bulan Mei itu. Tetapi yang penting baginya ia tidak melakukannya. "Keputusan mempercepat pensiun saya adalah sah," ujarnya. "Saya tahu, banyak di antara prajurit saya akan melakukan apa yang saya perintahkan. Tetapi saya tidak mau mereka mati berjuang demi jabatan saya. Saya
ingin menunjukkan bahwa saya menempatkan kebaikan bagi negeri saya dan rakyat di atas posisi saya sendiri. Saya adalah seorang prajurit yang setia. Setia kepada negara, setia kepada republik".
Setelah Mei 1998, ia terbang ke Amman, Yordania. Ia diisukan mendapat tawaran status kewarganegaraan dari Abdullah II. Namun tawaran ini ditolaknya. Pangeran Abdullah II yang kemudian pada 1999 menjadi Raja Yordania adalah kawan Prabowo di sekolah militer. Prabowo kembali ke Indonesia pada November 2001.
Prabowo terpilih menjadi Ketua Umum Himpunan Kerukunan Tani Indonesia HKTI periode 2004-2009. Selain itu, Prabowo juga mendirikan beberapa organisasi masyarakat seperti Asosiasi Petani Indonesia, Asosiasi Pedagang Pasar Tradisional Indonesia dan Asosiasi Pencak Silat Indonesia.
Pada tanggal 5 Desember 2004, Prabowo terpilih sebagai ketua umum HKTI (Himpunan Kerukunan Tani Indonesia) mengalahkan Setiawan Djodi dan Ja'far Hafsah. Pada saat Musyawarah Nasional (Munas) HKTI ke-7, Prabowo Subianto digantikan oleh DR. Oesman Sapta Odang dan pergantian ini telah mendapat Pengesahan dari Kementerian Hukum dan HAM Republik Indonesia dengan Nomor: AHU-14. AH.01.06. Tahun 2011 tertanggal 18
Januari 2011. Terhadap Keputusan Keabsahan Kepengurusan HKTI di bawah kepemimpinan Ketua Umum DR. Oesman Sapta tersebut telah dilakukan gugatan oleh Prabowo Subianto melalui Pengadilan Tata Usaha Negara Jakarta dan terakhir mendapatkan Putusan Mahkamah Agung Nomor: 310 K/TUN/2012 tertanggal 23 Juli 2013 yang menolak gugatan Prabowo tersebut.
Pada tanggal 6 Agustus 2008, Munas APPSI secara aklamasi memilih Prabowo sebagai ketua umum APPSI untuk periode 2008-2013. Prabowo terpilih setelah mendapat dukungan dari 29 Dewan Pimpinan Wilayah tingkat provinsi dan 199 Dewan Pimpinan Daerah tingkat kabupaten.
Selaku Ketua Umum APPSI, Prabowo kerap menyuarakan agar pemerintah membatasi hipermarket dengan mengatur jaraknya agar tidak merugikan pedagang kecil. "Selama ini pedagang pasar tradisional selalu dianaktirikan sehingga ketika pasar modern didirikan para pemilik modal pedagang pasar harus rela dibubarkan karena ada pembongkaran", cetus Prabowo.