Konsili Efesus
Kendati demikian, Kandidianus beserta pasukannya tetap berpihak pada Nestorius, demikian pula halnya dengan "Komes" Ireneus. Kaisar memang seorang pendukung Nestorius, tetapi pendiriannya mulai goyah setelah menerima laporan-laporan konsili. Kubu Kirilos tidak dapat berkomunikasi dengan kaisar karena sengaja dihalang-halangi oleh para pendukung Nestorius di Konstantinopel maupun di Efesus.
Sidang konsili versi Kirilos akhirnya dapat menyampaikan sepucuk surat kepada kaisar dengan cara menyembunyikannya di dalam sebatang tongkat berongga lalu diselundupkan ke dalam kota Konstantinopel oleh juru warta yang menyamar sebagai seorang pengemis.
Mekipun sudah lama menjadi pendukung setia Nestorius, Kaisar Teodosius II menjadi bimbang setelah menerima laporan sidang konsili yang dipimpin Kirilos. Sikap bimbang ini mendorong Kaisar mengambil keputusan yang luar biasa, yakni mengesahkan keputusan pemakzulan yang dikeluarkan oleh kedua-dua sidang konsili. Kaisar mengeluarkan pernyataan bahwa Kirilos, Memnon, dan Yohanes
sama-sama dimakzulkan dari jabatannya. Memnon dan Kirilos ditempatkan di bawah penjagaan ketat. Sekalipun kubu Antiokhia sudah berusaha mencegah dengan berbagai cara, rombongan utusan konsili dari kubu Kirilos yang akhirnya diperkenankan menghadap ke istana bersama-sama dengan Filipus, utusan Sri Paus, dapat membujuk kaisar untuk mengakui sidang konsili versi Kirilos sebagai sidang Konsili
Efesus yang sesungguhnya. Nestorius, yang sudah menginsafi ke arah mana angin kini bertiup dan sudah siap sedia menghadapi segala kemungkinan, meminta izin untuk undur diri ke biara asalnya. Sidang dibubarkan pada permulaan bulan Oktober, dan kepulangan Kirilos disambut dengan penuh sukacita di Aleksandria pada tanggal 30 Oktober. Paus Selestinus telah wafat pada tanggal 27 Juli, tetapi penggantinya, Paus Sikstus III, mengukuhkan keputusan-keputusan Konsili Efesus.
Penyelenggaraan Konsili Efesus menimbulkan skisma besar di antara para peserta kedua sidang yang digelar terpisah. Kedua kubu baru dapat dirukunkan setelah melewati perundingan yang berbelit-belit. Sidang yang dipimpin Batrik Yohanes dengan berat hati membenarkan pembidahan Nestorius, dan menerima keputusan-keputusan sidang yang dipimpin Kirilos setelah diberi penjelasan lebih lanjut.
Meskipun demikian, keretakan hubungan di antara kedua kubu kembali menganga dalam perdebatan-perdebatan yang bermuara pada penyelenggaraan Konsili Kalsedon.
Agama Kristen sudah lama hadir di Kekaisaran Persia, kendati umatnya seringkali ditindas oleh warga mayoritas Majusi karena dicurigai sebagai simpatisan Romawi. Pada tahun 424, Gereja Persia menyatakan kemandiriannya, lepas dari Gereja Bizantin dan semua Gereja lain, demi menghindari tuduhan-tuduhan sebagai antek asing. Selepas skisma Nestorian, Gereja Persia kian lama kian
mengeratkan hubungan dengan kaum bidah Nestorian. Langkah ini didukung oleh golongan penguasa Persia yang beragama Majusi. Doktrin Gereja Persia menjadi semakin berhaluan Nestorian pada dasawarsa-dasawarsa berikutnya, sehingga semakin memperlebar jurang pemisah antara umat Kristen di Kekaisaran Persia dan umat Kristen di Kekaisaran Romawi. Pada tahun 486, Barsauma, Uskup Metropolia
Nisibis, di hadapan umum menerima pembimbing Nestorius, yakni Teodoros, Uskup Mopsuestia, sebagai pemimpin rohani. Ketika Perguruan Edesa di Mesopotamia ditutup pada tahun 489 oleh Kaisar Zeno karena ajaran-ajarannya yang berhaluan Nestorian, lokasinya dipindahkan ke kota Nisibis, tempat perguruan itu pertama kali berdiri. Perpindahan lokasi ini membuat perguruan ini
sekali lagi dikenal dengan nama Perguruan Nisibis, dan mendorong kaum Nestorian untuk beramai-ramai hijrah ke Persia. Batrik Persia, Mar Babai I (497-502), mengukuhkan penerimaan Gereja Persia terhadap paham Nestorianisme yang kembali marak lantaran tingginya rasa hormat umat Kristen Persia pada Uskup Teodoros.
Deklarasi Kristologi Bersama Antara Gereja Katolik dan Gereja Asiria dari Timur tahun 1994 menandai resolusi sengketa di antara kedua Gereja yang telah berlangsung semenjak Konsili Efesus. Kedua belah pihak mengungkapkan kesepahaman mereka atas doktrin keilahian dan kemanusiaan Kristus, serta mengakui keabsahan dan kebenaran penyebutan Maria sebagai "Bunda Kristus, Allah dan Juru Selamat kita" oleh pihak Asiria maupun sebagai "Bunda Allah" sekaligus "Bunda Kristus" oleh pihak Katolik.