Invasi Anjouan 2008
Laporan awal menyatakan bahwa pemerintahan Bacar telah melarikan diri ke pedalaman. Namun, laporan lain dari pemerintah Komoro pada 25 Maret menyatakan bahwa Mohamed Bacar telah melarikan diri ke Mayotte. Tidak ada tanggapan dari pemerintah Bacar, tetapi juru bicara Komoro menyatakan bahwa tentara invasi telah diberi tahu untuk mencarinya dan melakukan pencarian di rumah-rumah.
Tentara invasi terus bertempur melawan kantung-kantung perlawanan di seluruh pulau pada 26 Maret. Ambulans datang untuk membawa pemberontak yang terluka dan suara senapan sporadis terdengar. Pejabat menyatakan tiga pemberontak tewas dan 10 terluka. Selain itu, 100 orang, anggota polisi Anjouan dan penduduk yang dekat dengan Bacar dan anggota komite politik-militer pemerintahan telah ditangkap.
Mohamed Bacar melarikan diri ke Mayotte dengan mengendarai perahu motor. Laporan pada 26 Maret memastikan keberadaannya di pulau tersebut dan dinyatakan ia telah meminta suaka politik kepada Perancis. Associated Press melaporkan dari Paris bahwa Perancis sedang mempertimbangkan permintaan suaka politik. tetapi para pemimpin Komoro meminta Perancis untuk mengembalikan Bacar kepada Komoro, dan terjadi demonstrasi anti-Perancis yang menyerukan
hal serupa. Perancis menyatakan bahwa Perancis akan memproses suaka politik secepatnya, tetapi pada 27 Maret, Bacar dipindahkan ke pulau Réunion, dimana ia dituntut dan diselidiki karena secara ilegal memasuki wilayah Perancis ketika membawa senjata, bersama dengan 23 orang pengikutnya. Kasus ditolak untuk alasan prosedur, tetapi Bacar dan 23 orang lainnya tetap berada dalam tahanan.
Pada akhir Maret, beberapa pendukung dari Bacar telah ditangkap, termasuk Caabi El-Yachroutu, seorang mantan wakil presiden, Perdana Menteri dan Presiden Interim dari Komoro. Tiga lainnya ditemukan bersembunyi di Domoni pada 29 Maret, termasuk Mohamed Abdou Mmadi (mantan Menteri Transportasi dan juru bicara Bacar), Ibrahim Halidi (mantan Perdana Menteri dan penasihat Bacar), dan Ahmed Abdallah Sourette (mantan Kepala Pengadilan Konstitusional).
Pada 5 April 2008, Bacar ditahan. Presiden Komoro Sambi mengunjungi Anjouan pada awal April, menandai kunjungan pertamanya sejak Mei 2007. Dia menyatakan bahwa ia berharap agar gerakan separatis di Anjouan akan berhenti dengan penghapusan kekuatan Bacar, dan ia memuji para pemimpin Afrika yang telah memberikan bantuan untuk invasi.
Bertentangan dengan laporan sebelumnya bahwa Perancis tidak mendukung invasi tersebut, Perancis menyetujuinya dan membantu mengangkut tentara Uni Afrika ke Anjouan melalui udara. Menteri Luar Negeri Perancis Bernard Kouchner menekankan pada 8 April bahwa Perancis tidak mendukung Bacar atau menyediakan perlindungan apapun padanya, dan memberikan dukungan penuh pada Uni Afrika.
Pada 18 April, Bacar, dengan 21 pengawal terdekatnya, dilepaskan dari penjara dan dikembalikan ke tahanan rumah di pangkalan udara Réunion. Pada 23 April, diumumkan bahwa Kantor Perlindungan Pengungsi dan Orang Tak Berkewarganegaraan Perancis ("Office français de protection des réfugiés et apatrides"; OFPRA) menerima permintaan suaka dari dua bawahan Bacar dan menolak enam dari mereka; mereka yang suaka politiknya ditolak dikirim
ke negara pihak ketiga dan tidak dikembalikan ke Komoro karena kekhawatiran akan terjadinya persekusi. OFPRA masih perlu menangani kasus Bacar dan bawahannya.
Permintaan suaka Bacar di tolak pada 15 Mei 2008. Akan tetapi, kantor pengungsi Perancis memutuskan bahwa pemimpin terusir tidak dapat diekstradisi ke Komoro karena bahaya persekusi. "Ministre de l'Outre-Mer" Perancis Yves Jégo menyatakan bahwa Perancis akan mendukung usaha pemerintah Komoro. "Kami akan meneruskan konsultasi dengan Komoro sehingga hukum dapat
diterapkan." Pemilihan Presiden di Anjouan diadakan pada 15 Juni dan 29 Juni 2008. Pemilu ini dimenangkan oleh Moussa Toybou.