Universitas Khairun
Karena belum memiliki gedung tetap, maka perkuliahan di masa-masa awal itu diadakan menumpang di berbagai tempat. Pernah diadakan di gedung SMEA (Takoma) dan gedung DPR (sekarang ex-kantor Gubernur). Memulai perkuliahan formal pada 16 Agustus 1964 itu, maka satu tahun selanjutnya Unkhair melakukan proses penerimaan mahasiswa baru tahun akademik 1965-1966.
Waktu penerimaan mahasiswa pada tahun 1965, Unkhair tidak memungut biaya pendaftaran. Selain bertujuan agar mempercepat lulusan SMA dan sederajat menempuh pendidikan tinggi, ini juga bertujuan agar kepercayaan Kopertis bahwa Unkhair bersungguh-sungguh benar-benar terbukti. Jika dipungut biaya, dalam kondisi masyarakat yang tidak mampu, bisa jadi akan menyulitkan orang tua calon mahasiswa.
Dengan mudahnya masuk Unkhair itu, setidaknya di mata Kopertis, Unkhair (yang baru dibuka itu) serius menjalankan proses perkuliahan, dan itu menjadi bahan evaluasi positif bagi Unkhair ke depannya.
Ketika sudah berjalan proses perkuliahan, Unkhair merasa perlu mengembangkan fakultas eksakta. Maka, Unkhair mengirimkan Adnan Amal, yang saat itu menjabat sebagai Sekretaris sekaligus Pembantu Rektor II ke kampus Institut Pertanian Bogor (IPB) untuk menjalin kerjasama dan dukungan dalam pendirian fakultas eksakta di Unkhair. Alhasil, pertemuan tersebut menjadi cikal-bakal dibukanya Fakultas Pertanian.
Pada tahun 1964, jumlah mahasiswa Unkhair terdaftar sebanyak 250 orang yang tersebar di tiga fakultas. Menurut Adnan Amal (2011), angka 250 orang itu belum terlalu banyak karena waktu itu SMA dan sederajat di kota Ternate masih sedikit, serta belum adanya penambahan fakultas dan jurusan. Dua tahun kemudian, perkembangan Unkhair mulai terlihat dengan dibukanya satu
fakultas lagi, yaitu Fakultas Pertanian. Dibukanya fakultas tersebut bertujuan agar Unkhair lebih maju-berkembang yang mengarah pada prospek ilmu pasti.
Tahun 1966-1967 Fakultas Pertanian dibuka, kemudian diikuti dengan penerimaan mahasiswa tahun Akademik 1968-1969, jumlah mahasiswa makin meningkat menjadi 360 mahasiswa. Peningkatan ini disebabkan sudah terjadi proses penerimaan dari beberapa SMA dan sederajat di Ternate dan di luar Ternate, seperti SMA I Ternate, SMA I Sanana, SMA I Tobelo, dan SMA I Labuha. Pada tahun 1968-1973 perkembangan
mahasiswa semakin tinggi disebabkan prospek Unkhair semakin efektif dengan berbagai sosialisasi seperti membuka jaringan informasi ke seluruh daerah Kabupaten Maluku Utara baik melalui radio maupun instruksi langsung dari Baharuddin Lopa, SH (Kajari Malut waktu itu) yang mewakili Muspida menghimbau agar pegawai dan guru-guru yang masih berstatus penddidikan SMA dan sederajat
melanjutkan kuliah di Unkhair. Dari perjuangan inilah, akhirnya Unkhair terus berkembang dan pada tahun 1973 jumlah mahasiswa yang masuk bertambah menjadi 370.
Perkembangan tersebut tidak hanya terjadi di tingkat mahasiswa, akan tetapi juga dosen. Perkembangan dosen semakin meningkat. Waktu itu, dosen Unkhair terdiri dari dosen biasa, yang meliputi dosen tetap yayasan berbadan hukum dan dosen Kopertis yang di perbantukan, dosen luar biasa, dan dosen tamu seperti Prof. Kandow dan Prof. Yasin Muhammad dari Manado yang memberi kuliah di
Unkhair. Di zaman itu, gaji di Unkhair juga masih sulit, namun dengan semangat pahlawan tanpa tanda jasa', akhirnya itu bisa di atasi dengan saling-membantu sama lain.
Dalam perkembangannya, Periode Presidium (1974-1977) mengalami kevakuman, salah satunya karena pejabat presidium berpindah tugas dari Ternate. Jurusan Pertanian akhirnya ditutup, dan ini mengakibatkan pasang-surut bagi Unkhair yang berimplikasi pada penurunnya peminat Unkhair ketika itu. Pada tahun 1972, Unkhair mengalami masa-masa sulit, atau yang diistilahkan sebagai kemacetan
akademik', namun sebagaimana macet di jalan raya-tak ada macet permanen, selama pengendara' tetap menjalankan mesinnya. Akhirnya, kemacetan itu berhasil di atasi dengan pengaktifan kembali proses akademik pada tahun-tahun berikutnya.
Sebagai PTS, Unkhair berada di bawah yayasan. Sejak beroperasi secara formal pada 1964, akta Yayasan Unkhair telah mengalami perubahan sebanyak lima kali, namun perubahan-perubahan tersebut tidak mengakibatkan perubahan pendidikan di lingkungan Unkhair. Perubahan akta tersebut, sebagai dikutip dari Proposal Penegerian Unkhair, adalah sebagai berikut:
Dalam Akta Residen Muskita nomor 2 tahun 1964, para Pendiri Yayasan Pembina Pendidikan Khairun tercatat sebagai berikut:
Sedangkan Badan Pengurus Yayasan Pembina Pendidikan Khairun sesuai Akta Residen Muskita nomor 2 tahun 1964 adalah sebagai berikut:
Setelah akta pertama ini terbit, kemudian terjadi perubahan akta kedua pada tahun yang sama (1964). Pada tahun 1977, akta kembali diubah dengan susunan Badan Pengurus sebagai berikut:
Di masa-masa awal, hanya ada tiga fakultas di lingkungan Unkhair, yaitu Fakultas Hukum, Fakultas Ekonomi, dan Fakultas Pertanian. Selanjutnya pada 1977, beberapa jurusan (Civic Hukum, Ilmu pasti, dan Bahasa Indonesia) dalam FKIP. Maka pada tahun 1977 itu, Unkhair telah memiliki tiga fakultas, yaitu Fakultas Ekonomi, Fakultas Hukum,
dan Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan (FKIP). FKIP kemudian dikhususkan lagi dalam beberapa jurusan dengan program sarjana muda, yaitu:
Pada tahun 1984 terjadi perubahan akta lagi, dan terbit Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan tanggal 22 Mei 1986 Nomor 392/0/1986 dengan perubahan program studi di lingkungan Unkhair sebagai berikut:
Pada tahun 1991, sesuai dengan SK Mendikbud No.0382/0/1991 tanggal 27 Juni 1991, ditambah dua Program Studi di lingkungan Unkhair, yaitu:
Pada tahun 1992, sesuai dengan SK Mendikbud Nomor 0174/0/1992 tanggal 28 Maret 1992, terjadi pula perubahan program pendidikan dari DIII ke S1 untuk Program Studi Pendidikan Matematika dan Program Studi Pendidikan Bahasa Inggris. Pada tahun 1992 itu juga, Fakultas Ekonomi menambah satu jurusan, yaitu Jurusan Manajemen Perusahaan sesuai SK Dirjen DIKTI Nomor. 399/Dikti/Kep/1992 tanggal 19 Aggustus 1992
dan pada tahun yang sama itu juga dibuka juga Fakultas Pertanian dengan Jurusan Budidaya Pertanian dan Manejemen Sumberdaya Perikanan sesuai SK Dirjen Dikti Nomor. 417/Dikti/Kep/1992 tanggal 26 Agustus 1992.
Dalam fase ini, terjadi peningkatan yang cukup signifikan. Satu persatu program studi pun berdiri. Pada tahun 1993, sesuai dengan SK Dirjen Dikti Nomor 51/Dikti/Kep/1993 tanggal 29 Januari 1993, kembali ditetapkan dalam status TERDAFTAR untuk beberapa fakultas sebagai berikut:
3. Fakultas Ilmu Pendidikan Jurusan Ilmu Pendidikan Sosial Program Studi PMP-KN, Jurusan Pendidikan Bahasa dan Seni Program Studi Bahasa dan Sastra Indonesia.
Terjadinya perubahan akta selama beberapa kali itu merupakan bagian dari dinamika perkembangan di lingkungan Unkhair. Dinamika itu terlihat dari berkembangnya program studi dan terjadinya perubahan susunan pengurus Yayasan Pembina Pendidikan Khairun. Tugas yayasan Unkhair, sebagaimana dikutip dari Statuta Unkhair 1993, adalah sebagai berikut:
2. Menetapkan segenap pengembangan fakultas atau program pendidikan yang sesuai dengan kondisi dan tuntutan daerah sesudah mendapatkan persetujuan menteri/Dirjen Dikti.
3. Memilih dan mengangkat Rektor atas usulan senat Unkhair dengan memperhatikan ketentuan lain yang berlaku dalam lingkungan Unkhair.
4. Mengesahkan usulan Rektor Unkhair tentang perencanaan anggaran, tenaga dan sarana untuk setiap tahun anggaran.
5. Menetapkan personalia dan struktur organisasi Unkhair atas usul Rektor dengan mengacu pada ketentuan perundang-undangan yang berlaku.
Selain itu, dalam pembinaannya terhadap Unkhair Yayasan Pembina melakukan usaha-usaha sebagai berikut:
Pada tahun 1998, akta yayasan kembali diubah sejak tanggal 30 juli 1998. Susunan Badan Pengurus Yayasan adalah sebagai berikut: