Suikoden
kemudian mereka berhasil mengumpulkan satu demi satu kekuatan masing-masing pulau dan membentuk aliansi kuat dan menyerang balik kerajaan Kooluk. Dengan bantuan salah satu ahli strategi wanita ternama yang pernah bekerja untuk Kerajaan Scarlet Moon Empire yaitu Elenor Silverberg, kelompok aliansi Lazlo berhasil merebut kembali satu per satu pulau dan mengusir Kooluk dari wilayah Island
Nations, serta menghancurkan benteng pertahanan Kooluk, yaitu benteng El-Eal. Setelah mengalahkan Kooluk, pulau-pulau tersebut kemudian membentuk sebuah federasi negara baru yaitu Federasi Island Nations, dengan tambahan pulau Razril yang sebelumnya merupakan milik negara Gaien.
Bercerita tentang sebuah negara Falena, sebuah negara keratuan yang dipimpin oleh seorang ratu bernama Arshtat Falenas. Ratu ini memiliki salah satu dari 27 True Rune yaitu Sun Rune. Di dalam negara ini selain kerajaan, terdapat juga 2 kelompok fraksi besar yang memainkan peranan penting, yaitu Godwin dan Barows. Keduanya memiliki misi dan visi berbeda dengan kerajaan, sehingga
terjadi 3 persengketaan politik yang bertentangan antara pihak kerajaan Falena, Godwin, dan Barows. Sun Rune juga merupakan salah satu pembahasan penting di Suikoden V, bersama dengan turunan rune dari Sun Rune, Dawn Rune dan Twilight Rune. Nantinya pemeran utama Suikoden V akan memiliki salah satu dari turunan Sun Rune,yaitu Dawn Rune yang memiliki kekuatan untuk menyembuhkan. Pemeran utama Suikoden
V adalah anak dari ratu Arshtat, seorang pangeran Falena, Freyjadour Falenas, yang berumur belasan tahun, dia mempunyai adik perempuan bernama Lymsleia Falenas, yang dikatakan bakal menjadi penerus ratu Falena selanjutnya.
Keadaan semakin tegang salah satu di antara dua fraksi besar kelompok tersebut menyerang Istana Timur Falena dan merampas salah satu turunan dari Sun Rune yaitu Dawn Rune. Tidak ada yang mengetahui bahwa serangan itu dibuat fraksi Barows dan sengaja mengkambing-hitamkan ke pihak rakyat Lordlake. Hal ini membuat ratu Arshtat marah dan kemudian dengan menggunakan kekuatan
Sun Rune menghancurkan kota Lordlake yang dianggapnya sebagai pemberontak. Kota Lordlake yang telah hancur tersebut kemudian susah untuk dibangun ulang karena efek dari Sun Rune membuat kota itu gersang, dan berkabut yang menyebabkan sumber penyakit. Setelah menggunakan kekuatan Sun Rune, ratu Arshtat semakin susah untuk mengontrol diri sendiri dan semakin dikendalikan oleh kekuatan Sun Rune.
Fraksi Godwin suatu waktu mengadakan kudeta dan menyerang istana dengan bantuan Organisasi Ninja Pembunuh bernama Nether Gate, pemimpin Godwin yaitu Marscal Godwin dan Gizel Godwin berhasil menguasai Sun Palace (Istana Matahari). Ratu Arshtat yang sedang dikepung menggunakan kekuatan Sun Rune, yang tanpa disadarinya juga menyebabkan kematian suaminya, Ferid Egan. Akibatnya, ratu
Arshtat yang mengalami kesedihan dan kemarahan semakin menggunakan kekuatan paling besar dari Sun Rune, disaat itu salah satu pengawal elite kerajaan, Queen's Knight, yaitu Georg Prime, membunuh sang Ratu karena kekuatannya itu dapat menghancurkan seluruh kerajaan Falena. Setelah membunuh, Georg Prime berhasil membawa kabur Freyjadour, tetapi gagal menolong putri Lymselia yang sudah tertangkap
lebih dulu oleh pihak Godwin.Fraksi Godwin juga mengambil Twilight Rune yang diberikan kepada salah seorang Queen Knights,Alenia,tetapi,ia gagal mengendalikan Twilight Rune tersebut.Twilight Rune tersebut memilih Sialeeds Falenas yang memihak kepada fraksi Godwin pada akhirnya,tetapi,ia juga tidak dapat mengendalikan kekuatan nya dan kemudian berpindah tangan kepada Lyon,Bodyguard Freyjadour Falenas.
Pada akhirnya, Freyjadour mengumpulkan satu per satu pasukan, mulai dari prajurit sisa kerajaan yang masih setia, anggota Barows dan Godwin yang memihaknya, rakyat Lordlake, Raftleet, pasukan Dragon Horse,Pasukan Kurcaci Penambang (Dwarves), Beavers, pasukan dari negara Armes, dan ahli strategi Lucretia Merces membentuk suatu pasukan besar. Kekuatan pasukan baru Freyjadour
Falenas akhirnya menang dan mengambil kembali Sun Palace. Putri Lymsleia diangkat menjadi ratu selanjutnya menggantikan ibunya. Sun Rune kembali disimpan di dalam ruangan khusus di Sun Palace bersama dengan Dawn Rune dan Twilight Rune.
Cerita dimulai dari sebuah rombongan yang kelihatan seperti petualang, yang di dalamnya terdapat salah satu pemeran utama seri ini, Kyril. Kyril,adalah anak dari seorang mata-mata dari kerajaan "Scarlet Moon" yang bernama Walter. Sejak kecil Kyril selalu ikut dalam rombongan bersama dengan dua asisten ayahnya, Andarc dan Seneca, beserta seorang perempuan bisu
bernama Yohn (dikatakan bukan manusia asli biarpun fisiknya dalam wujud manusia). Pada saat Kyril masih kecil, salah satu misinya adalah meneliti rune cannon di Island Nation. Disalah satu perjalanannya, mereka bertemu dengan bajak-laut jahat bernama Stelle. Dua orang bajak laut lain yang bernama Edgar dan Brandeau berencana melawan Stelle. Walter ikut karena ingin melihat rune cannon.
Tapi Walter terkena radiasi Rune Cannon, sehingga menjadi manusia ikan. Kyril juga terluka parah sewaktu terjadi pertempuran sehingga kemudian menyembunyikan keberadaannya untuk menghindari perang selama beberapa tahun (tepatnya sampai "perang Island Nation-Kooluk" berakhir). Lalu suatu ketika, Kyril melanjutkan pekerjaannya mencari rune cannon. tetapi kali ini dia berencana
menghancurkan rune cannon. Dia dibantu oleh raja Lino En Kuldes,dan beberapa anggota yang pernah ikut dalam perang "Island Nation Liberation". Kyril akhirnya menjadi salah satu tokoh dibalik layar dalam kehancuran rune cannon dan Kekaisaran Kooluk.
Cerita berpusat pada "The Hundreth-Year Monster", yaitu monster mengerikan yang persis setiap seratus tahun sekali akan muncul dan menghancurkan semuanya. Lalu pada masa lalu akhirnya Holy Aionian Empire berjuang mempersatukan seluruh wilayah untuk bersatu mengalahkan "The Hundreth-Year Monster". Setiap wilayah yang ditaklukan/dikuasai oleh Holy Aionian Empire akan diberi beban yang berat untuk
kejayaan dan kedigdayaan Holy Aionian Empire ini.Akhirnya banyak kota-kota yang tidak senang dengan pemerintahan Holy Aionian Empire, dan akhirnya memberontak untuk memerdekakan diri dari Holy Aionian Empire. Daerah-daerah yang memberontak ini menamakan diri dengan sebutan "Regional Forces".
Setelah lama berperang, akhirnya Regional Forces mendapatkan kemerdekaan mereka. Jumlah korban nyawa akibat peperangan Holy Aionian Empire dan Regional Forces sangat banyak, sementara di sisi lain The Hundreth-Year Monster siap menyerang setiap 100 tahun sekali. Maka Holy Aionian Empire dan Regional Forces berjanji untuk saling membantu jika diperlukan dalam menghadapi The Hundreth-Year Monster, walau dari pihak Regional Forces sendiri banyak yang tidak setuju.
Pada masa sekarang, di Telbe Village, salah satu daerah kekuasaan Regional Forces, sang tokoh utama beserta dua teman masa kecilnya, Gino dan Myura, sehari-harinya menghabiskan waktu dengan berlatih untuk menghadapi kedatangan The Hundreth-Year Monster. Sang tokoh utama sejak kecil sudah diajarkan ilmu pedang aliran Blue-Flash Style oleh ibunya Signey. Ayahnya meninggal saat dia masih sangat
kecil, dan ibunya meninggal bertahun-tahun lalu dalam peperangan melawan Holy Aionian Empire. Suatu hari sepulang berlatih di sebuah reruntuhan kuno, sang tokoh utama serta Gino dan Myura bertemu dengan The Hundreth-Year Monster yang selama ini ditakuti tersebut. Gino pergi ke desa untuk meminta bantuan, sedangkan tokoh utama dan Myura mencoba melawannya. Mereka berusaha melawan dan
mengalahkan mahkluk ini, tetapi ternyata mahkluk ini semakin dikalahkan semakin melipatgandakan dirinya. Akhirnya mereka bertiga terdesak kembali ke reruntuhan tersebut.