Konsili Efesus
Berbagai hambatan, antara lain pengalihan rute perjalanan akibat banjir serta sakit dan kematian beberapa anggota delegasi, memperlambat waktu kedatangan Batrik Yohanes beserta uskup-uskup dari Antiokhia. Tersiar desas-desus bahwa Batrik Yohanes sengaja menunda-nunda kedatangannya karena enggan menghadiri konsili yang sudah diduga akan membidahkan Nestorius.
Dua minggu dari tanggal yang telah ditetapkan sebagai hari pembukaan konsili, Batrik Yohanes beserta serombongan besar uskup-uskup Suriah (42 orang) belum juga tampak batang hidungnya, sehingga Kirilos akhirnya membuka sidang konsili secara resmi pada hari Minggu, tanggal 22 Juni, dengan meletakkan Kitab Injil di atas mimbar khusus yang ditempatkan di tengah-tengah gedung gereja sebagai lambang kehadiran Kristus di tengah-tengah para peserta konsili.
Meskipun sudah dipanggil menghadap sebanyak tiga kali, Nestorius menolak mengakui kewenangan Kirilos untuk menghakiminya, dan menganggap tindakan pembukaan konsili sebelum kedatangan delegasi Antiokhia sebagai "ketidakadilan yang mencolok". 68 orang uskup yang menentang pembukaan konsili memasuki gedung gereja bersama-sama dengan "Komes" Kandidianus yang menyatakan sidang tidak sah
dan harus dibubarkan. Ia mendesak Kirilos untuk bersabar selama empat hari lagi, menanti kedatangan delegasi Suriah. Kendati demikian, berhubung para uskup penentang pembukaan konsili telah hadir di ruang sidang, Kirilos dengan cerdik memperdaya Kandidianus untuk membacakan imbauan suci kaisar yang kemudian disambut dengan sorakan para hadirin sebagai pengakuan akan keabsahannya.
Batrik Yohanes dan rombongan uskup Suriah menggelar tatap muka dengan Kandidianus, sesampainya mereka di kota Efesus lima hari kemudian. Kandidianus memberitahukan kepada mereka bahwa Kirilos telah membuka sidang konsili tanpa kehadiran mereka, dan telah meratifikasi putusan Paus Selestinus untuk membidahkan Nestorius. Batrik Yohanes dan rombongan uskup Suriah, yang gusar karena sudah
jauh-jauh datang hanya untuk mendapati kenyataan bahwa Kirilos telah melangkahi mereka, akhirnya menggelar sidang konsili sendiri yang dipimpin oleh Kandidianus. Konsili ini mengutuk Kirilos karena mengusung bidah Arianisme, Apolinarisme, dan Eunomianisme, serta mengutuk Memnon karena memicu tindak kekerasan. Sidang konsili versi Batrik Yohanes ini memakzulkan Kirilos maupun Memnon.
Mula-mula kaisar membenarkan persidangan konsili versi Batrik Yohanes, tetapi akhirnya menarik kembali pembenarannya.
Sesi kedua berlangsung di kediaman Uskup Memnon. Filipus, selaku wakil pribadi Sri Paus, mengawali persidangan dengan mengemukakan bahwa perkara Nestorius sudah diputuskan oleh Paus Selestinus sebagaimana yang ditunjukkan oleh isi suratnya, yakni surat yang telah dibacakan di hadapan sidang para uskup dalam sesi pertama. Ia mengaku membawa surat kedua dari Sri Paus yang
selanjutnya ia bacakan di hadapan sidang. Surat itu berisi taklimat umum yang ditujukan bagi sidang, dan diakhiri dengan pernyataan bahwa para utusan telah diberi petunjuk pelaksanaan putusan Sri Paus terkait perkara Nestorius serta keyakinan Sri Paus bahwa sidang akan menyetujuinya. Para uskup menunjukkan persetujuan mereka dengan mengelu-elukan nama Selestinus dan Kirilos.
Proyektus memaklumkan bahwa surat ini merupakan imbauan kepada sidang untuk melaksanakan putusan yang telah ditetapkan oleh Paus Selestinus. Firmus, "Eksarkos" (wakil batrik) untuk Kaisarea di Kapadokia, menanggapi maklumat Proyektus dengan pernyataan bahwa putusan Sri Paus telah dilaksanakan pada sesi pertama. Sesi kedua ditutup dengan pembacaan surat Sri Paus kepada kaisar.
Setelah membaca berita acara sesi pertama, rombongan utusan Sri Paus hanya meminta sidang untuk membacakan secara resmi pernyataan pembidahan Nestorius di hadapan mereka. Setelah sidang melakukannya, ketiga utusan Sri Paus membenarkan langkah-langkah yang telah diambil sidang dengan membubuhkan tanda tangan masing-masing pada lembaran-lembaran berita acara sesi pertama, sesi ke-2, dan sesi
ke-3. Sidang mengirimkan sepucuk surat kepada kaisar berisi pemberitahuan bahwa pembidahan terhadap Nestorius telah disetujui bukan hanya oleh uskup-uskup Gereja Timur yang bersidang di Efesus melainkan juga oleh uskup-uskup Gereja Barat yang telah bersidang di kota Roma dalam sinode yang diselenggarakan oleh Paus Selestinus. Para uskup memohon Kaisar
Teodosius II untuk mengizinkan mereka membubarkan diri karena banyak dari antara mereka yang menderita lantaran diharuskan tinggal di Efesus.
Dalam sesi ini, Kirilos dan Memnon mengajukan protes resmi terhadap Batrik Yohanes, karena telah menggelar sidang sendiri. Sidang mengeluarkan surat panggilan menghadap kepada Batrik Yohanes, tetapi yang bersangkutan tidak berkenan untuk dijumpai petugas pengantar surat.
Sesi ini digelar di dalam gereja yang sama. Batrik Yohanes, telah membentangkan selebaran di kota yang menuding sidang sebagai sekumpulan ahli bidah Apolinarisme. Sidang sekali lagi mengeluarkan surat panggilan menghadap yang diperhitungkan sebagai panggilan resmi ke-3. Karena tidak kunjung digubris, sidang mencabut keikutsertaan Batrik Yohanes dan mengucilkannya
bersama 34 orang uskup pendukungnya, tetapi tidak memakzulkan mereka. Sejumlah pendukung Batrik Yohanes sudah lebih dahulu beralih haluan, dan hanya sejumlah kecil yang masih setia berpihak padanya. Dalam surat-surat kepada kaisar dan Sri Paus, sidang mengabarkan bahwa keanggotaannya kini hanya terdiri atas 210 orang uskup. Dalam sepucuk surat panjang
kepada Sri Paus, sidang menjabarkan seluruh berita acara persidangan konsili dan mengabarkan bahwa maklumat pembidahan kaum Pelagian yang dikeluarkan Sri Paus telah dibacakan dan dibenarkan.
Dalam sesi ini, para uskup menyetujui kanon nomor 7 yang membidahkan segala bentuk penyimpangan dari syahadat yang telah ditetapkan oleh Konsili Nikea I, khususnya terhadap penjabaran syahadat Kristen yang disusun oleh seorang imam bernama Karisius. Dalam laporan tertulisnya kepada Paus Selestinus, Kirilos mengabarkan bahwa Yubenalios, Uskup Yerusalem, berusaha tetapi
gagal memperjuangkan pembentukan sebuah kebatrikan tersendiri, lepas dari yurisdiksi Kebatrikan Antiokhia. Cita-cita Yubenalios akhirnya terwujud bertahun-tahun kemudian dalam Konsili Kalsedon.
Dalam sesi ini, sidang mengesahkan klaim para uskup Siprus bahwa takhta Keuskupan Siprus dahulu kala dan selayaknya lepas dari yurisdiksi Antiokhia. Sidang juga meloloskan lima kanon pembidahan terhadap Nestorius dan Selestius beserta pengikut-pengikut mereka, dan satu kanon pemakzulan dari jabatan gerejawi atau pengucilan terhadap pihak-pihak yang tidak menerima keputusan-keputusan konsili.
Sidang Konsili Efesus mengecam ajaran-ajaran Nestorius sebagai ajaran-ajaran yang keliru, serta memaklumkan bahwa Yesus bukanlah dua pribadi (hipostasis) yang terpisah melainkan satu pribadi utuh yang memiliki kodrat insani maupun kodrat ilahi, dan Perawan Maria sepatutnya digelari Teotokos, Sang Walidatullah (Yang Melahirkan Allah).
Sidang "melarang siapa saja untuk mengutarakan, menulis, maupun mereka-reka keyakinan lain () sebagai tandingan ketetapan bapa-bapa suci yang berhimpun dalam persekutuan dengan Roh Kudus di Nikea". Sidang mengutip versi Syahadat Nikea yang diterima oleh Konsili Nikea I pada tahun 325, bukan versi yang sudah ditambah-tambahi dan dimodifikasi oleh Konsili Konstantinopel I pada tahun 381.
Jumlah uskup peserta sidang konsili versi Kirilos jauh lebih besar daripada jumlah uskup peserta sidang konsili versi Batrik Yohanes, mendekati empat banding satu. Lagi pula Kirilos mengantongi persetujuan utusan-utusan Sri Paus dan dukungan warga Efesus yang sangat menghormati Memnon, uskup mereka.