Munarman
akan kabur dari proses hukum. Munarman sendiri menolak menandatangani berita acara penahanan dan mengancam melakukan aksi mogok makan apabila pengajuan penahanan ditolak polisi. Gugatan ini kemudian dicabut dan Supir Blue Bird Paniran dan Munarman berdamai.
Pada bulan November 2012 Munarman dikeroyok dua orang lantaran membunyikkan klakson berkali-kali di tengah kemacetan saat keluar dari kediamannya di kawasan Pondok Cabe dengan menggunakan mobil Mistubishi Pajero berwarna merah kearah ke Cinere Kedua pengendara sepeda motor yang tidak menyukai tindakannya lalu turun dan terjadi cekcok di tengah kemacetan yang dilerai
masyarakat. Seusainya ketika melewati mobil Munarman, mereka memukul kaca spion mobil Pajero Munarman. Munarman mengejar dan memepet pengendara motor kemudian berhenti dan turun dari mobilnya. Namun dua pengendara motor tadi menarik kerah baju Munarman hingga ia jatuh terjengkang, telapak tangannya lecet terkena aspal. Munarman sempat melapor ke kantor Polsek Pamulang namun karena tidak membuat laporan resmi sehingga dua pengendara motor tadi dilepaskan.
Munarman menjadi salah seorang penentang keberadaan Ahmadiyah di Indonesia bersama beberapa tokoh-tokoh Islam lainnya yang ada di Indonesia. Dalam Insiden Monas 1 Juni 2008 terkait dengan penyerangan dan kekerasan yang dilakukan oleh FPI dan Laskar Islam terhadap massa AKK-BB, sekitar 500 orang memukuli peserta apel akbar AKK-BB dan merusak kendaraan bermotor di monas. Munarman dalam rekaman pemberitaan di Metro TV
dibulan Juni 2008 Munarman tampil menyatakan akan bertanggung jawab sebagai Panglima Laskar Islam yang menyebabkan insiden tersebut dan meminta polisi untuk tidak menangkap anak buahnya secara diam-diam, dan sebaiknya menangkap dirinya saja sebagai ketuanya. Tanggal 4 Juni 2008 sekitar 1500 polisi diturunkan ke Markas FPI di Petamburan Jakarta setelah tidak ada dari pihak FPI yang menyerahkan diri. Munarman
menghilang dan menolak untuk menyerahkan diri. Iapun menjadi buronan polisi setelah dijadikan tersangka, dan masuk menjadi DPO (Daftar Pencarian Orang) nomor teratas bersama beberapa orang yang terlibat dalam aksi tersebut oleh Kepolisian RI (Polri) dan jajaran-jajaran di bawahnya (termasuk seluruh Polda di seluruh Indonesia) untuk diperiksa dan dimintai keterangan akibat terlibat aksi dalam insiden tersebut.
Dalam pelariannya Munarman mengirimkan sebuah rekaman video selama keberadaannya belum diketahui oleh Polri. Ia mengajukan beberapa syarat untuk menyerahkan diri ke pihak kepolisian, salah satu syaratnya adalah keluarnya SKB (Surat Keputusan Bersama) oleh Pemerintah Indonesia tentang pembubaran Ahmadiyah di seluruh wilayah Indonesia. Ia juga dicekal untuk tidak boleh berpergian
ke luar negeri selama masih menjadi DPO tersebut oleh Pemerintah Indonesia. Di Cirebon sebanyak 1000 orang polisi dikerahkan di Cirebon untuk mencari Munarman.
Upaya Munarman untuk menyerahkan diri didampingi Anton Medan dan pengacaranya Syamsul Bahri yang juga menjadi wali dalam pernikahannya pada 6 Juni 2008 batal, padahal beberapa media telah melansir Polisi telah melakukan penangkapan. Namun Kadiv Humas Polri Irjen Pol Abubakar Nataprawira mengaku pihaknya belum menangkap Munarman dan masih mencarinya.
Pada tanggal 28 Juni 2013, ketika tampil dalam acara Live di TV One yakni program Apa Kabar Indonesia Pagi dengan bahasan tentang pembatasan jam malam tempat hiburan di Jakarta, Munarman menyiram muka Sosiolog UI Tamrin Amagola dengan segelas teh setelah terjadi silang pendapat antara keduanya. Merespons insiden ini, TV One menyampaikan permintaan maaf melalui akun @akipagi_tvone. Wakil Ketua Komisi Penyiaran Indonesia
(KPI) Ezki Tri Rezeki Widianti menyatakan bahwa hal ini merupakan pelajaran dimana siaran langsung lebih berisiko sehingga kriteria pemilihan narasumber harus lebih jelas. TVONe diminta untuk tidak mengedepankan sensasi dalam memilih nara sumber dan lebih menekankan pada informasi dan pengetahuan apa yang didapat publik dari narasumber yang bersangkutan. Ia juga menyayangkan
pemilihan nara sumber TV One dengan menyatakan bahwa banyak tokoh ormas lain yang lebih santun yang lebih baik yang bisa diwawancara. Tamrin sendiri menolak untuk melaporkan tindakan tersebut ke polisi dengan alasan tidak mau melayani tindak premanisme.