Taman Nasional Kepulauan Seribu
(a) Pendidikan, penelitian, wisata terbatas, dan penunjang budidaya; (b) Membangun sarana prasarana untuk kepentingan penelitian, pendidikan dan wisata terbatas, yang tidak mengubah bentang alam; (c) Pembinaan habitat, pembinaan populasi, dan pemanfaatan jasa lingkungan.
Zona Pemanfaatan Wisata Taman Nasional (59634.50 ha) adalah bagian kawasan taman nasional yang dijadikan sebagai pusat rekreasi dan kunjungan wisata. Zona Pemanfaatan Wisata meliputi perairan sekitar Pulau Nyamplung, Sebaru Besar, Lipan, Kapas, Sebaru Kecil, Bunder, Karang Baka, Hantu Timur, Hantu Barat, Gosong Laga, Yu Barat/Besar, Yu Timur, Satu/Saktu, Kelor Timur, Kelor
Barat, Jukung, Semut Kecil, Cina, Semut Besar, Sepa Timur/Kecil, Sepa Barat/Besar, Gosong Sepa, Melinjo, Melintang Besar, Melintang Kecil, Perak, Kayu Angin Melintang, Kayu Angin Genteng, Panjang, Kayu Angin Putri, Tongkeng, Petondan Timur, Petondan Barat/Pelangi, Putri Kecil/Timur, Putri Barat/Besar, Putri Gundul, Macan Kecil, Macan Besar/Matahari, Genteng Besar, Genteng Kecil, Bira Besar,
Bira Kecil, Kuburan Cina, Bulat, Karang Pilang, Karang Ketamba, Gosong Munggu, Kotok Besar, dan Kotok Kecil, pada posisi geografis 5°30'00"-5°38'00" LS dan 106°25'00"-106°40'00" BT, dan 5°38'00"-5°45'00" LS dan 106°25'00"-106°33'00" BT.
Pengelolaan dalam zona pemanfaatan wisata, dapat dilakukan kegiatan sebagai berikut: (a) Pemanfaatan kawasan dan potensi dalam bentuk kegiatan penelitian, pendidikan dan wisata alam/bahari; (b) Pengusahaan wisata alam/bahari oleh dunia usaha; (c) Penangkaran jenis untuk menunjang kegiatan penelitian, pendidikan, ilmu pengetahuan, dan restocking; (d)
Membangun sarpras pengelolaan, penelitian, pendidikan dan wisata alam/bahari, yang tidak mengubah bentang alam; (e) Pembinaan habitat, pembinaan populasi, dan pemanfaatan jasa lingkungan; (f) Pemanfaatan tradisional.
Zona Pemukiman Taman Nasional (17121 ha) adalah bagian kawasan taman nasional yang dijadikan sebagai pusat pemerintahan dan perumahan penduduk masyarakat. Memperhatikan Permenhut No 56 Tahun 2006 tentang Pedoman Zonasi Taman Nasional, Zona Permukiman dimaksud identik dengan Zona Khusus. Zona Khusus adalah bagian dari taman nasional yang karena kondisi yang tidak dapat dihindarkan
telah terdapat kelompok masyarakat dan sarana penunjang kehidupannya yang tinggal sebelum wilayah tersebut ditetapkan sebagai taman nasional antara lain sarana telekomunikasi, fasilitas transportasi dan listrik. Zona Permukiman di Taman Nasional Kepulauan Seribu meliputi perairan sekitar Pulau Pemagaran, Panjang Kecil, Panjang, Rakit Tiang, Kelapa, Harapan, Kaliage Besar, Kaliage Kecil,
Semut, Opak Kecil, Opak Besar, Karang Bongkok, Karang Congkak, Karang Pandan, Semak Daun, Layar, Sempit, Karya, Panggang, dan Pramuka, pada posisi geografis 5°38'00"-5°45'00" LS dan 106°33'00"-106°40'00" BT.
Pengelolaan dalam zona permukiman, dapat dilakukan kegiatan sebagai berikut: (a) Pemanfaatan kawasan dan potensi dalam bentuk kegiatan penelitian, pendidikan dan wisata alam/bahari; (b) Pengusahaan wisata alam/bahari oleh dunia usaha; (c) Penangkaran jenis untuk menunjang kegiatan penelitian, pendidikan, ilmu pengetahuan, dan restocking; (d) Membangun
sarpras pengelolaan, penelitian, pendidikan dan wisata alam/bahari, yang tidak mengubah bentang alam; (e) Pembinaan habitat dan pembinaan populasi, serta pemanfaatan jasa lingkungan; (f) Pemanfaatan tradisional; (g) Budidaya kelautan alami tradisional, budidaya kelautan alami tradisional diatur melalui rambu-rambu sebagai berikut: berlokasi dalam Zona Permukiman
TNKpS, mengedepankan upaya pemberdayaan masyarakat secara nyata (adanya transfer teknologi dan siap menjadi bapak angkat usaha budidaya masyarakat, menggunakan jaring apung dan bangunan yang tidak merusak terumbu karang dan padang lamun, melakukan restocking (pelepasan bibit ke alam/laut bebas) sekitar 1% hasil budidaya, membangun sarana yang dapat dijadikan sebagai objek
wisata alam bahari, biota laut yang dibudidayakan adalah jenis biota lokal (bukan jenis introduksi atau baru), melakukan konservasi ekosistem perairan laut dan atau mengadakan dana konservasi, secara periodik dilakukan monitoring dan evaluasi oleh Balai TNKpS.