Konsili Ekumenis
Sebagian Gereja Protestan, termasuk sejumlah Gereja fundamentalis dan nontrinitarian, mengutuk Konsili Ekumenis karena alasan-alasan lain. Independensi atau kongregasionalisme di antara kaum Protestan mencakup penolakan terhadap struktur pemerintahan (atau otoritas apapun yang mengikat) di atas jemaat-jemaat lokal. Karena itu ketaatan kepada keputusan-keputusan dari konsili-konsili dianggap semata-mata
bersifat suka rela dan Konsili harus dianggap mengikat sejauh bahwa doktrin-doktrin tersebut diambil dari Kitab Suci. Banyak dari Gereja-gereja ini menolak gagasan bahwa ada suatu otoritas lain di luar para penulis Kitab Suci yang dapat secara langsung memimpin orang-orang Kristen lain melalui otoritas ilahi yang asli; setelah Perjanjian Baru, demikian mereka menyatakan,
pintu-pintu pewahyuan telah ditutup. Mereka menganggap doktrin-doktrin baru yang bukan berasal dari kanon Kitab Suci yang telah disegel tidak mungkin dan tidak perlu- entah diusulkan oleh Konsili Gereja ataupun oleh nabi-nabi yang lebih baru. Para pendukung Konsili berpendapat bahwa Konsili tidak menciptakan doktrin-doktrin baru melainkan
semata-mata menerangi doktrin-doktrin yang sudah ada di dalam Kitab Suci yang telah terlupakan.
Gereja Yesus Kristus dari Orang-orang Suci Zaman Akhir menolak Konsili Ekumenis pada abad-abad pertama karena apa yang mereka anggap sebagai upaya manusia yang sesat tanpa bantuan ilahi untuk memutuskan masalah-masalah doktrin seolah-olah doktrin harus diturunkan melalui perdebatan demokratis atau politik ketimbang melalui pewahyuan. Penghimpunan Konsili seperti itu bahkan dianggap sebagai
cukup bukti bahwa Gereja Kristen yang asli telah jatuh ke dalam kemurtadan dan tidak lagi secara langsung dipimpin oleh otoritas ilahi. Mereka menganggap penghimpunan Konsili seperti itu, misalnya, oleh seorang Kaisar Roma, yang belum dibaptiskan (apalagi tidak ditahbiskan) sebagai sebuah tindakan yang absurd dan menegaskan bahwa kaisar-kaisar itu
menggunakan Konsili untuk menunjukkan pengaruh mereka dalam membentuk dan melembagakan agama Kristen sesuai dengan selera mereka.
Konsili yang pertama dan konsili-konsili yang berikutnya tidak diakui oleh Gereja-gereja nontrinitarian: Arian, Unitarian, Saksi-Saksi Yehuwa dll.
Dalam beberapa puluh tahun terakhir banyak teolog Katolik Roma dan bahkan sejumlah Paus telah berbicara tentang ketujuh Konsili pertama sebagai ekumenis dalam pengertian "lengkap dan selayaknya", mendapatkan penerimaan oleh Gereja Timur maupun Barat. Lebih dari itu, Paus Yohanes Paulus II, dalam ensikliknya "Ut Unum Sint" ("Agar mereka kiranya menjadi satu"), mengundang
orang-orang Kristen lainnya untuk membicarakan bagaimana keutamaan Uskup Roma selayaknya diterapkan sejak sekarang. Ia berkata bahwa masa depan mungkin dapat menjadi pembimbing yang lebih baik daripada masa lalu. Dalam cara ini, Uskup Roma memungkinkan pengembangan sebuah eklesiologi yang akan lebih dapat diterima oleh Timur dan Barat, yang akan memungkinkan rekonsiliasi antara Gereja
Katolik Roma dan Gereja-gereja Ortodoks dan akan memberikan pemahaman bersama tentang wibawa Konsili yang disebut ekumenis.
Saling ekskomunikasi pada 1054 antara Paus Roma dan Patriarkh Konstantinopel dibatalkan pada 1965 oleh para pengganti mereka pada masa itu. Sementara Gereja-gereja ini kini berusaha menciptakan rekonsiliasi, pemulihan persekutuan yang penuh pun akan membutuhkan waktu.
Demikian pula pada 11 November 1994 dalam pertemuan antara Mar Dinkha IV, Patriarkh Babilonia, Selucia-Ctesiphon dan seluruh wilayah Timur (Chicago, Illinois), pemimpin Asiria atau Gereja "Nestorian", dan Paus Yohanes Paulus II dari Gereja Katolik Roma di Vatikan, ditandatanganilah sebuah "Pernyataan Kristologis Bersama", menjembatani sebuah skisma yang berasal dari Konsili Ekumenis Ketiga di Efesus. Pemisahan dari
Gereja Koptik dari Gereja Katolik yang esa, kudus dan apostolik setelah Konsili Ekumenis Keempat di Khalsedon dibahas dalam sebuah "Deklarasi Bersama antara Paus Paulus VI dan Paus dari Alexandria Shenouda III" di Vatikan pada 10 Mei 1973 dan dalam sebuah "Pernyataan Persetujuan" yang disiapkan oleh "Komisi Bersama untuk Dialog Teologis antara Gereja Ortodoks dan Gereja-gereja Ortodoks Oriental" di Biara Anba Bishoy di Wadi El-Natroun, Mesir pada 24 Juni 1989.