Holokaus
menyusul di deportasi ke Lublin. Pomerania adalah wilayah pertama yang mendeklarasikan dirinya sebagai ""judenrein"" ("bebas Yahudi"). Pada tanggal 24 Maret 1940, Hermann Göring menyatakan bahwa Rencana Nisko akan diakhiri sepenuhnya pada bulan April. Pada saat Rencana Nisko dihentikan, jumlah orang Yahudi yang telah diangkut ke Nisko mencapai 95000 orang, banyak di antaranya yang tewas karena
kelaparan. Pada bulan Juli 1940, karena kesulitan untuk menggalakkan pertambahan populasi di Pemerintahan Umum, Hitler memutuskan bahwa deportasi Yahudi dihentikan untuk sementara waktu.
Pada bulan Oktober 1940, "Gauleiter" Josef Bürckel dan Robert Heinrich Wagner ditugaskan untuk mengawasi Operasi Bürckel, yaitu pengusiran orang-orang Yahudi ke wilayah Perancis yang tidak ditaklukkan Jerman. Hanya orang-orang Yahudi yang berasal dari pernikahan campuran yang tidak diusir. Sekitar 6500 orang Yahudi yang menjadi target Operasi Bürckel diberikan peringatan untuk meninggalkan Jerman selama dua jam pada
malam tanggal 22-23 Oktober 1940, lebih dari itu, mereka akan ditangkap. Sembilan kereta yang digunakan untuk mengangkut orang-orang Yahudi memasuki Perancis "tanpa memberikan peringatan kepada pihak yang berwenang Perancis", sehingga mereka tidak senang menerima para pendatang Yahudi. Perancis tidak mengizinkan para pendatang Yahudi membawa barang-barang mereka, sehingga barang-barang tersebut akhirnya disita
oleh pemerintah Jerman. Menteri Luar Negeri Jerman, Joachim von Ribbentrop, mengeluhkan lambatnya kinerja pemerintah Vichy dalam menangani para Yahudi buangan. Sebagai hasilnya, orang-orang Yahudi yang terusir ditahan oleh otoritas Vichy di kamp-kamp di Gurs, Rivesaltes dan Les Milles sambil menunggu kesempatan untuk mengembalikan mereka ke Jerman.
Sepanjang tahun 1940 dan 1941, sejumlah besar pembunuhan terhadap orang-orang Yahudi di wilayah Polandia yang diduduki Jerman terus berlangsung, dan pendeportasian Yahudi ke wilayah Pemerintahan Umum juga terus dilakukan. Deportasi Yahudi dari Jerman, terutama Berlin, belum selesai sampai tahun 1943 (banyak Yahudi di Berlin yang mampu bertahan hidup dalam persembunyian). Pada bulan Desember 1939, sekitar 3.5 juta orang Yahudi sudah dideportasi ke wilayah-wilayah di Pemerintahan Umum.
Dari awal pendirian kamp konsentrasi pada masa Reich Ketiga, sebenarnya kamp-kamp tersebut dimaksudkan sebagai tempat penahanan. Meskipun angka kematian di kamp-kamp konsentrasi itu juga tinggi, dengan angka kematian mencapai 50%, namun kamp-kamp tersebut tidak dirancang sebagai pusat pembunuhan massal. Pada tahun 1942, enam kamp pemusnahan besar telah didirikan di wilayah Polandia yang diduduki Nazi,
yang dibangun semata-mata untuk tujuan pembunuhan massal. Setelah tahun 1939, kamp-kamp ini semakin dipusatkan menjadi tempat dimana orang-orang Yahudi dan tawanan perang (POW) dibunuh atau dipekerjakan sebagai buruh budak, dan pada akhirnya banyak yang kekurangan gizi dan disiksa. Diperkirakan bahwa Jerman membangun 15000 kamp dan sub-kamp di negara-negara yang mereka
taklukkan, sebagian besar di Eropa Timur. Kamp-kamp baru didirikan di wilayah-wilayah yang memiliki banyak penganut Yahudi, intelektual Polandia, komunis, atau populasi Roma dan Sinti, termasuk di Jerman. Transportasi tahanan sering dilakukan dalam kondisi yang mengerikan dengan menggunakan kereta barang, dimana banyak yang meninggal sebelum mencapai tujuan mereka.
Pemusnahan melalui kerja paksa adalah salah satu kebijakan genosida sistematis yang diterapkan oleh Jerman, dimana penghuni kamp akan dipekerjakan sampai mati, atau bekerja sampai kelelahan, dan kemudian dijebloskan ke dalam kamar gas atau ditembak mati. Pekerja budak digunakan untuk memproduksi logistik perang, seperti roket V-2 di Mittelbau-Dora, dan berbagai
produksi senjata di sekitar kompleks kamp konsentrasi Mauthausen-Gusen. Setelah para tahanan memasuki kamp, beberapa kamp akan mentato para tahanan dengan sebuah ID tahanan. Para tahanan dipekerjakan selama 12 sampai 14 jam perhari, dengan makanan yang tidak memadai, sehingga banyak di antara mereka yang sekarat atau meninggal saat bekerja.
Setelah menginvasi Polandia, Nazi mendirikan ghetto sebagai tempat bagi orang-orang Yahudi dan Romani "dipenjarakan" sebelum mereka dikirim ke kamp-kamp pemusnahan. Proses pertama yang diketahui dalam pendirian ghetto-ghetto ini berasal dari surat bertanggal 29 September 1939 dari Heydrich kepada kepala "Einsatzgruppen". Masing-masing ghetto dijalankan oleh "Judenrat" (dewan Yahudi) Jerman sebagai pemimpin
komunitas Yahudi, yang bertanggung jawab untuk mengelola aktivitas di ghetto sehari-hari, termasuk distribusi makanan, air, pemanas, obat-obatan, dan tempat tinggal. Strategi dasar yang dianut oleh dewan Yahudi dalam mengelola ghetto salah satunya adalah dengan mencoba untuk meminimalkan kerugian, terutama dengan bekerja sama dengan pihak berwenang Nazi (atau penggantinya), meskipun fasilitas yang diberikan sangat mengerikan.
"Judenrat" juga ditugaskan untuk mengatur proses deportasi ke kamp-kamp pemusnahan, termasuk memberikan nama-nama kelompok yang akan di deportasi. Para anggota "Judenrat" ini mengupayakan berbagai cara untuk menyelamatkan komunitasnya, seperti dengan memperlambat, penyuapan, menghalang-halangi, memohon, dan berargumentasi, namun pada akhirnya keputusan tetap harus
dibuat. Beberapa pihak, seperti Chaim Rumkowski, berpendapat bahwa tanggung jawab mereka adalah untuk menyelamatkan orang-orang Yahudi yang bisa diselamatkan, dan oleh karena itu orang lain harus dikorbankan. Pemimpin "Judenrat" seperti Dr. Joseph Parnas menolak untuk menyerahkan daftar, alhasil, ia ditembak mati. Pada tanggal 14 Oktober 1942, para "Judenrat" di Byaroza memilih untuk bunuh diri daripada harus bekerja sama dengan Nazi.
Ghetto Warsawa adalah ghetto yang terbesar, dengan 380000 penghuni, diikuti oleh Ghetto ód (160000). Michael Berenbaum menyatakan bahwa ghetto-ghetto ini pada dasarnya adalah sebuah penjara yang sangat sesak, dan digunakan sebagai alat "pembunuhan secara lambat dan pasif." Meskipun Ghetto Warsawa ditempati oleh hampir 400000 orang (30% dari penduduk Warsawa pada saat itu), lokasinya hanya menempati 2.4% dari luas kota, atau rata-rata 9.2 orang per kamar.
Dari tahun 1940 sampai 1942, kelaparan dan penyakit, terutama tifus, telah menewaskan ratusan ribu nyawa di ghetto. Lebih dari 43000 penduduk ghetto Warsawa meninggal di sana pada tahun 1941, dan lebih dari setengah penduduk di ghetto Theresienstadt meninggal pada tahun 1942. Himmler memerintahkan dimulainya deportasi pada tanggal 19 Juli 1942, dan tiga hari kemudian,
deportasi dari Ghetto Warsawa dimulai. Selama 52 hari berikutnya, hingga tanggal 12 September, sekitar 300000 orang dari Warsawa telah diangkut dengan kereta barang ke kamp pemusnahan Treblinka. Banyak ghetto lainnya yang dikosongkan setelahnya.
Pemberontakan ghetto pertama terjadi pada bulan September 1942 di kota kecil achwa di sebelah tenggara Polandia. Upaya perlawanan bersenjata di ghetto-ghetto yang lebih besar terjadi pada tahun 1943, seperti Pemberontakan Ghetto Warsawa dan Pemberontakan Ghetto Biaystok, namun upaya itu gagal dalam melawan kekuatan militer besar Nazi, dan orang-orang Yahudi yang tersisa entah dibunuh atau dideportasi ke kamp kematian.
Invasi Jerman ke Uni Soviet pada bulan Juni 1941 membuka fase baru dalam perkembangan Holocaust. Holocaust diintensifkan setelah Nazi menduduki Lithuania, yang memiliki hampir 80% penduduk Yahudi dan hampir semuanya dibasmi sebelum akhir tahun. Wilayah Soviet yang diduduki pada awal tahun 1942 juga mencakup Belarus, Estonia, Latvia, Lithuania, Ukraina, dan Moldova dan wilayah Rusia paling barat di garis Leningrad-Moscow-Rostov. Di