Petrus Martir Vermigli
memerintah gereja di wilayah mereka, sementara Kristus menjadi satu-satunya kepala gereja universal. Ia menolak gagasan bahwa Sri Paus atau otoritas gerejawi lainnya dapat memegang otoritas atas seorang penguasa sipil seperti raja, sebuah masalah penting pada masa itu yang menimbulkan konflik antara Paus Klemens VII dan Henry VIII pada permulaan Reformasi Inggris. Meskipun Vermigli menempatkan magistrat sipil dengan
pemberlakuan tugas-tugas keagamaan, ia mengikuti pernyataan Agustinus dalam "Kota Allah" antara lingkup spiritual (dalam kata-kata Vermigli "pergerakan bagian dalam pada pikiran") dan "disiplin luar" masyarakat. Otoritas magistrat sipil hanyalah materi eksternal ketimbang pencurahan relijius spiritual dan bagian dalam. Pembenaran teologi Vermigli untuk Supremasi Kerajaan dipakai oleh para
pencetus Elizabethan Settlement tahun 1559, penempatan ibadah Protestan berdasarkan pada "Buku Doa Umum" sebagai agama negara.
Kepemimpinan Vermigli di Lucca menjadikannya kota yang paling dianggap Protestan di Italia. Inkuisisi membuat beberapa umat Protestan kabur, menciptakan populasi pengungsi Protestan signifikan di Jenewa. Beberapa pemimpin penting dalam Reformasi juga menjalin hubungan dengan karya Vermigli di Lucca, termasuk Girolamo Zanchi dan Bernardino Ochino.
Para cendekiawan makin mengakui pengaruh figur-figur selain Yohanes Kalvin dan Huldrych Zwingli pada formasi awal tradisi Reformasi. Richard Muller, seorang kepala otoritas pengembangan dari gerakan tersebut, berpendapat bahwa Vermigli, Wolfgang Musculus, dan Heinrich Bullinger berpengaruh jika tak melebihi pengaruh Kalvin pada pengembangan teologi Reformasi pada abad keenam belas. Vermigli adalah figur transisional antara
periode Reformasi dan periode yang dikenal sebagai ortodoksi Reformasi. Pada periode ortodoks Reformasi, teologi mula-mula fiartikulasikan oleh figur-fugyr Reformasi secara terkodifikasi dan tersistematis. Para teolog makin memakai metode teologi skolastik dan tradisi Aristotelianisme. Vermigli adalah teolog skolastik Reformasi pertama, dan mempengaruhi para skolastik pada masa berikutnya scholastics Theodore Beza dan Girolamo Zanchi.
Vermigli memiliki pengaruh menonjol pada Reformasi Inggris melalui hubungannya dengan Thomas Cranmer. Sebelum kontak dengan Vermigli, Cranmer memegang pandangan Ekaristi Lutheran. Vermigli tampaknya membujuk Cranmer untuk mengadopsi pandangan Gereja Reformasi, yang mengubah tatanan Reformasi Inggris sejak Cranmer utamanya bertanggung jawab atas revisi Buku Doa Umum dan menulis Empat Puluh Dua Pasal. Vermigli memiliki peran langsung
dalam modifikasi "Buku Doa Umum" pada tahun 1552. Ia juga diyakini berkontribusi pada, jika tak menuliskan, artikel tentang predestinasi yang ditemukan dalam Empat Puluh Dua Pasal Agama pada tahun 1553. Di Oxford dan Cambridge pada zaman Elizabethan, teologi Vermigli lebih berpengaruh ketimbang Kalvin. Teologi politiknya membentuk penetapan agama Elizabethan dan otoritasnya secara konstan merasuk dalam kontroversi-kontroversi pada periode ini.
Berbagai tulisan Vermigli dicetak sekitar 110 kali antara 1550 dan 1650. "Loci Communes" dari tahun 1562 menjadi buku pelajaran standar dalam pendidikan teologi Reformasi. Ia dikenal secara khusus di kalangan pembaca teologi Inggris pada abad ketujuh belas. John Milton mungkin mengkonsultasikan komentarnya tentang Kitab Kejadian saat menulis "Paradise Lost". Edisi Inggris dari "Loci
Communes" dibawa ke Koloni Teluk Massachusetts dimana karya tersebut menjadi buku pelajaran penting di Harvard College. Karya-karya Vermigli banyak ditemukan di perpustakaan Harvard Divinity School dari abad ketujuh belas ketimbang Kalvin. Karya-karya Vermigli sangat dihargai oleh para teologi Puritan New England seperti John Cotton dan Cotton Mather.