Mahathir Mohamad
dan dijerat Undang-Undang Keamanan Dalam Negeri. Mahathir mengalahkan PAS pada pemilu 1986 dengan memenangi 83 dari 84 kursi; PAS hanya diwakili oleh satu anggota parlemen.
Bayangan dominasi politik Mahathir usai pemilu 1986 tidak berlangsung lama. Pada tahun 1987, Tengku Razaleigh Hamzah menantang Mahathir dalam perebutan kursi presiden UMNO dan perdana menteri. Karier Razaleigh semakin memburuk di era Mahathir. Ia diturunkan dari Menteri Keuangan menjadi Menteri Perdagangan dan Industri. Razaleigh didukung oleh Musa yang setahun sebelumnya mundur dari jabatan wakil perdana
menteri. Meski Musa dan Mahathir awalnya sekutu dekat, keduanya berselisih pada masa pemerintahan Mahathir. Musa mengklaim bahwa Mahathir tidak lagi memercayainya. Razaleigh dan Musa bertarung merebut jabatan presiden dan wakil presiden UMNO melawan Mahathir dan wakilnya yang baru, Ghafar Baba. Kedua pasangan ini masing-masing dikenal dengan sebutan Tim B dan Tim A. Tim A Mahathir didukung pers,
sebagian besar pejabat tinggi partai, dan bahkan Iskandar, kini Raja Malaysia, tetapi beberapa tokoh penting seperti Abdullah Badawi mendukung Tim B. Dalam pemilu tanggal 24 April 1987, Tim A menang. Mahathir terpilih lagi dengan selisih kecil. Ia mendapat 761 suara delegasi partai, sedangkan Razaleigh mendapat 718. Ghafar mengalahkan Musa dengan selisih yang agak besar. Mahathir kemudian memecat
tujuh pendukung Tim B dari kementeriannya, sedangkan Tim B menolak mengakui kekalahan dan mengajukan gugatan hukum. Pada Februari 1988, Pengadilan Tinggi memutuskan bahwa UMNO adalah organisasi ilegal karena sebagian cabangnya tidak terdaftar secara resmi. Setiap faksi berlomba mendaftarkan partai baru dengan nama UMNO. Kubu Mahathir berhasil mendaftarkan nama
"UMNO Baru", sedangkan permohonan pendaftaran "UMNO Malaysia" oleh Tim B ditolak. UMNO Malaysia, di bawah kepemimpinan Tengku Razaleigh Hamzah dan didukung mantan PM Abdul Rahman dan Hussein, memutuskan mendirikan partai Semangat 46.
Setelah selamat dari krisis politik, setidaknya sementara, Mahathir mulai menantang cabang yudisial. Ia khawatir putusan pendaftaran UMNO Baru akan dibatalkan oleh banding Tim B. Ia merumuskan amendemen konstitusi lewat parlemen yang menghapus kekuasaan Pengadilan Tinggi untuk melakukan peninjauan hukum. Kini, Pengadilan Tinggi hanya bisa memproses peninjauan hukum sesuai
undang-undang khusus yang mengatur kekuasaan tersebut.Presiden Mahkamah Agung, Salleh Abas, menanggapinya dengan mengirim nota protes ke Raja. Mahathir kemudian membebastugaskan Salleh atas "penyalahgunaan kekuasaan parah" karena surat tersebut merupakan pelanggaran protokol. Pengadilan yang dibentuk Mahathir menyatakan Salleh bersalah dan menyarankan kepada Raja agar Salleh dipecat. Lima
hakim lain mendukung Salleh dan juga dibebastugaskan oleh Mahathir. Pengadilan baru menolak banding Tim B sehingga faksi Mahathir bisa mempertahankan nama UMNO. Menurut Milne dan Mauzy, peristiwa ini menghancurkan independensi kehakiman Malaysia.
Bersamaan dengan krisis politik dan yudisial, Mahathir mulai memburu oposisi dengan memanfaatkan Undang-Undang Keamanan Dalam Negeri. Pengangkatan kepala-kepala sekolah yang tidak bisa berbahasa Mandarin di sekolah-sekolah Tionghoa memancing kemarahan etnis Tionghoa-Malaysia. Mitra koalisi UMNO, Malaysian Chinese Association dan Gerakan, bergabung dengan Partai Aksi Demokratis (DAP)
sebagai bentuk protes atas pengangkatan tersebut. Sayap pemuda UMNO mengadakan unjuk rasa provokatif yang memancing penembakan oleh seorang pelaku bersenjata dari etnis Melayu. Hanya campur tangan Mahathir yang dapat mencegah UMNO mengadakan unjuk rasa yang lebih besar lagi. Mahathir kemudian mengeluarkan perintah yang disebut-sebut Wain sebagai "pembungkaman oposisi politik
terbesar dalam sejarah Malaysia". Dalam Operasi Lalang, 119 orang ditangkap dan ditahan tanpa alasan di bawah Undang-Undang Keamanan Dalam Negeri. Mahathir berpendapat bahwa penahanan perlu dilakukan untuk mencegah berulangnya kerusuhan ras tahun 1969. Sebagian besar tahanan merupakan aktivis oposisi ternama, termasuk ketua DAP, Lim Kit Siang, dan sembilan anggota parlemen dari partainya. Tiga surat kabar yang bersimpati kepada oposisi ditutup.
Mahathir mengalami serangan jantung pada awal 1989, tetapi segera pulih dan memimpin Barisan Nasional menuju kemenangan pada pemilu 1990. Semangat 46 gagal merebut kursi di luar negara bagian Kelantan, kampung Razaleigh. Sejak itu, Musa bergabung lagi dengan UMNO.
Berakhirnya Dasar Ekonomi Baru (DEB) tahun 1990 membuka kesempatan bagi Mahathir untuk menetapkan visi ekonomi Malaysia. Pada tahun 1991, ia meresmikan Wawasan 2020 yang menggariskan rencana Malaysia menjadi negara maju dalam kurun 30 tahun. Pencapaian sasaran ini memerlukan pertumbuhan ekonomi rata-rata sebesar tujuh persen produk domestik bruto per tahun. Salah satu rencana
Wawasan 2020 adalah melenyapkan batas kesukuan secara bertahap. Wawasan 2020 dilengkapi oleh pengganti DEB, Dasar Pembangunan Nasional (DPN). Menurut DPN, program-program pemerintah yang sebelumnya dirancang untuk mengutamakan bumiputera akan dibuka bagi suku-suku lain. DPN berhasil mencapai salah satu sasaran utamanya, yaitu pengentasan kemiskinan. Tahun 1995, kurang dari
sembilan persen penduduk Malaysia hidup miskin dan kesenjangan upah semakin menyusut. Pemerintahan Mahathir memangkas pajak perusahaan dan membebaskan aturan keuangan demi menarik investasi asing. Ekonomi tumbuh lebih dari sembilan persen per tahun sampai 1997. Negara berkembang lainnya pun mencoba meniru kebijakan Mahathir. Sebagian besar pertumbuhan ekonomi Malaysia tahun 1990-an
adalah hasil kebijakan Anwar Ibrahim; ia diangkat sebagai menteri keuangan tahun 1991. Pemerintah menikmati pertumbuhan ekonomi ini dan memenangi pemilu 1995 dengan penambahan suara mayoritas.
Mahathir merintis sejumlah proyek infrastruktur besar pada tahun 1990-an. Salah satunya adalah Multimedia Super Corridor, sebuah kawasan di selatan Kuala Lumpur yang dirancang untuk industri teknologi informasi. Namun, proyek ini gagal menggaet investasi yang diharapkan. Proyek lainnya adalah pembangunan Putrajaya sebagai pusat pelayanan publik Malaysia dan memboyong Formula One Grand Prix ke Sepang. Salah
satu pembangunan paling kontroversial era Mahathir adalah Bendungan Bakun di Sarawak. Proyek hidroelektrik ini bertujuan mengalirkan listrik melintasi Laut Cina Selatan untuk memenuhi kebutuhan listrik di Semenanjung Malaysia. Pembangunan dihentikan akibat krisis keuangan Asia.
Krisis keuangan mengancam Malaysia. Nilai ringgit terjun bebas akibat spekulasi mata uang, investasi asing keluar, dan indeks bursa efek utama jatuh lebih dari 75 persen. Atas desakan Dana Moneter Internasional (IMF), pemerintah memangkas belanja pemerintah dan menaikkan suku bunga, tetapi malah memperparah situasi ekonomi. Pada tahun 1998, Mahathir membatalkan kebijakan tersebut
sebagai bentuk penolakan terhadap IMF dan wakilnya sendiri, Anwar. Ia menaikkan belanja pemerintah dan memperbaiki nilai ringgit terhadap dolar AS. Hasilnya mengejutkan para kritikusnya dan IMF. Malaysia pulih dari krisis keuangan lebih cepat daripada negara-negara tetangganya di Asia Tenggara. Di dalam negeri, ini merupakan kemenangan politik. Di tengah krisis
ekonomi 1998, Mahathir memecat Anwar dari jabatan menteri keuangan dan wakil perdana menteri. Mahathir kini dapat mengklaim bahwa ia menyelamatkan ekonomi negara dari kebijakan-kebijakan Anwar.
Dalam dasawarsa kedua masa pemerintahannya, Mahathir kembali berselisih dengan kerajaan Malaysia. Pada tahun 1992, putra Sultan Iskandar, pemain hoki, dilarang mengikuti kejuaraan selama lima tahun karena menyerang lawan. Iskandar kemudian menarik semua tim hoki Johor dari kejuaraan nasional. Ketika keputusannya dikritik oleh seorang pelatih setempat, Iskandar memintanya datang ke