Suikoden
menyerang salahsatu kelompok Brigadir Muda Highland dan menumpahkan kesalahan itu ke Jowston, sehingga kemudian Highland menyerang satu per satu kota utama Jowston mulai dari Muse, Greenhill, Two River, Tinto, Matilda, dan Southwindow. Luca Blight juga membakar desa Toto, Ryube, dan benteng-benteng Jowston.
Di antara kelompok Brigadir Muda Highland terdapat 2 pemuda yang bernama Riou dan Jowy, yang dimana Riou adalah pemeran utama dalam permainan ini. Kedua orang ini berumur antara 15-17 tahun dan merupakan sahabat baik karena dibesarkan bersama. Riou adalah seorang anak yatim dan dibesarkan oleh seseorang yang dianggap sebagai kakek angkatnya, Genkaku.
Riou dibesarkan oleh Genkaku bersama dengan seorang wanita bernama Nanami yang dianggap sebagai kakak perempuan oleh Riou. Setelah penyerangan Luca ke kelompok Brigadir Muda Highland, Riou dan Jowy berhasil melarikan diri dengan melompat melalui tebing di daerah Tenzan Pass.
Setelah mereka melompat, Riou pingsan dan setelah bangun dari sadar, dia menyadari dirinya sedang berada didaerah Jowston dan kemudian ditangkap oleh pasukan Jowston, sedangkan Jowy diselamatkan oleh seorang anak kecil yang bernama Pilika yang berasal dari desa Toto. Jowy berhasil menyelamatkan Riou yang ditangkap oleh pasukan Jowston dan kembali ke kampung halaman mereka di Kyaro dan
bertemu dengan Nanami. Tetapi pasukan Rowd (salah satu anak buah Luca) datang untuk menangkap mereka, disaat itu pasukan Flik dan Viktor dari Jowston datang dan menyelamatkan mereka. Setelah mengetahui bahwa Luca sendiri yang berada dibalik ambisius ini, Riou dan Jowy menyadarinya dan bergabung dengan Jowston. Mereka kemudian mendengar berita bahwa pasukan Highland telah membakar desa Toto dan Ryube, dan
Pilika seorang anak kecil yang menyelamatkan Jowy dulu, telah kehilangan suaranya akibat trauma karena kedua orang tuanya dibunuh oleh pasukan Highland.
Saat di Toto, Riou dan Jowy bertemu dengan seorang wanita misterius yang bernama Leknaat dan mengatakan bahwa takdir telah memutuskan bahwa mereka berdua harus menerima pecahan Rune of Beginning, rune itu terbagi 2, yang satu bernama Bright Shield Rune diambil oleh Riou, dan yang lain bernama Black Sword Rune diambil oleh Jowy. Bersama dengan Flik dan Viktor, mereka menuju ke beberapa daerah untuk
menginformasikan tentang ambisi Luca, dan akhirnya mereka sampai ke sebuah daerah yang telah hancur bernama North Window, kota ini telah dihancurkan oleh Vampir bernama Neclord. Kota ini lah yang kemudian menjadi markas utama dari Riou untuk menggalang kekuatan.
Pada awalnya pasukan jowston sangat lemah dan sering dikalahkan, tetapi setelah mereka berhasil merekrut seorang ahli strategi bernama Shu, kemudian keadaan berbalik, ditambah lagi semua pasukan dari kota-kota utama Jowston bersatu. Pada akhirnya Jowston berhasil mengalahkan Highland melalui penyerangan ke ibukota Highland, LRenouille. Dan kemudian negara Highland jatuh dan menjadi
salah satu bagian dari kota utama Jowston, tetapi disaat itu juga kota utama lainnya, Tinto, menyatakan diri untuk berpisah dengan Jowston dan membentuk negara sendiri dengan nama Republik Tinto. Kerajaan Jowston kemudian berganti nama menjadi Republik Dunan.
Suikoden III menceritakan tentang sekelompok orang kuat yang berusaha untuk merebut 5 True Rune yang berunsur alam. Dan dalam menjalankan rencananya itu, kelompok tersebut berhasil mengendalikan Harmonia, salah satu negara adikuasa, untuk berperang dengan negara Federasi Zexen dan negara rimba Grassland, akibatnya ketiga negara itu saling bermusuhan. Dengan adanya peperangan ini, semua true rune akan
semakin mudah dideteksi keberadaannya dan kemudian dapat direbut satu per satu. Luc, pemimpin kelompok tersebut, telah memiliki True Wind Rune. Dia dibantu oleh Sarah, dan Yuber yang dikatakan bukan manusia asli. Luc dengan dibantu oleh Albert Silverberg berhasil menguasai sebagian besar pasukan Harmonia untuk dikendalikan. Ketua Bishop dari Harmonia yaitu Sasarai, dikatakan mempunyai
hubungan khusus dengan Luc, mereka dilahirkan berasal dari sumber yang sama dan tidak melalui proses yang sama seperti manusia pada umumnya. Dikatakan mereka itu diciptakan dan bukan dilahirkan, dan mereka diciptakan oleh Hikuusak, salah satu pendiri negara suci Harmonia yang melegenda dan tidak diketahui jejaknya lagi.
Luc memiliki suatu pengetahuan khusus dalam merebut setiap true rune alami, dengan cara menggunakan 2 true rune tertentu untuk merebut lainnya, dikatakan cara ini didapat Luc dari klan Sindar, suatu klan legendaris yang menghilang. Tujuan Luc untuk mengumpulkan semua 5 true rune alami adalah untuk mengubah takdir karena dia merasa dunia ini terlalu dikendalikan oleh True Rune dan dunia
dianggap sebagai penjara bagi manusia karena berada dibawah True Rune, jadi 5 true rune itu dikumpulkan dan kemudian dengan melalui ritual tertentu akan dihancurkan, biarpun kehancurkan ke-5 true rune ini dikatakan akan membuat rata sebagian dunia karena kekuatannya, sebagai contoh salah satu true rune yaitu True Fire Rune, sewaktu lepas kendali kekuatannya mampu membunuh puluhan ribu orang
harmonia dan grassland yang berada disana dan meratakan seperempat daerah Grassland, yang akhirnya mengakibatkan gencatan senjata antara Grassland dan Harmonia yang saat itu sedang terlibat perang. Luc juga mendapat berbagai informasi tentang true rune melalui perpustakaan paling lengkap yang berada di daerah Crystal Valley, Harmonia.
Pada awalnya Suikoden III terbagi menjadi 3 bagian cerita, masing-masing bagian menceritakan tentang seorang pemeran utama dari masing-masing 3 negara tersebut; Hugo dari Grassland, Chris Lightfellow yang seorang prajurit perang wanita dari Zexen, dan Geddoe anggota salah satu pasukan pertahanan selatan dari Harmonia, pada akhirnya mereka bertiga bergabung dengan Thomas karena dia bisa menjadi penengah
ketiganya dan daerah yang dikuasainya juga merupakan daerah netral. Selain 6 klan dari Grassland (klan bebek, reptil, chisha, karaya, Alma Kinan, dll), negara Zexen, dan kelompok-kelompok dari Harmonia bergabung, ikut bergabung juga Le Buque yang sebelumnya dijajah oleh Harmonia, utusan negara Tinto, dan pasukan bebas Kamaro dari daerah utara Grassland untuk
melawan pasukan kelompok Luc yang telah mengendalikan sebagian besar pasukan Harmonia. Kelompok Luc ini pada akhirnya berhasil dikalahkan dan Luc, Sarah meninggal dunia, tetapi Yuber menghilang.
Menceritakan tentang sebuah negara yang bernama Kekaisaran Kooluk ingin menginvasi suatu negara kecil yang terdiri dari gabungan pulau-pulau dan kerajaan, Island Nations. Kerajaan terkuat di Island Nations adalah Obel, yang dikepalai oleh Lino en Kuldes. Obel juga merupakan tempat istirahatnya salah satu True Rune yaitu "Rune of Punishment", suatu true rune yang memberikan kekuatan besar
kepada pemegangnya, tetapi juga selalu mennghisap nyawa pemiliknya sedikit demi sedikit, true rune ini pernah dimiliki oleh banyak orang, salah satunya adalah Ratu Obel. Ratu Obel pernah menggunakan kekuatan penuh dari rune of punishment ini untuk menghalau para pembajak laut yang menyerang mereka, setelah mengeluarkan kekuatan penuh dari rune of punishment, kemudian Ratu Obel meninggal. Satu per satu
pulau dikuasai oleh Kooluk, mulai dari Na-Nal (pulau yang dihuni oleh manusia dan peri), Razril, Obel, dan Kooluk juga menghancurkan pulau Illuya dengan kekuatan rune cannon, yang kemudian illuya digunakan sebagai markas militer bagi Kooluk.
Rune of Punisment nantinya akan menjadi milik pemeran utama dalam seri Suikoden IV ini, pemeran utama Suikoden IV mempunyai nama resmi Lazlo. Dia adalah seorang anak yatim yang ditemukan oleh penduduk di sekitar aliran sungai. Sewaktu Lazlo berada di Obel, pulau ini diserang oleh Kooluk, Lazlo dan raja dari negara itu, Lino en Kuldes berhasil melarikan diri,