Kleopatra
menolak mempelajari bahasa asli Mesir. Kleopatra justru berbeda; ia sudah mampu bertutur dalam beberapa macam bahasa saat mencapai usia dewasa, dan menjadi penguasa pertama dari wangsa Ptolemaios yang belajar bahasa Mesir. Ia juga mampu bertutur dalam bahasa Etiopia, bahasa Trogodit, bahasa Ibrani (atau bahasa Aram), bahasa Arab,
bahasa Suriah (mungkin bahasa Suryani), bahasa Media, bahasa Partia, dan bahasa Latin, meskipun orang-orang Romawi sezamannya lebih suka bercakap-cakap dengannya dalam bahasa Yunani Koine, bahasa ibunya. Bahasa-bahasa yang dikuasai Kleopatra selain bahasa Yunani, bahasa Mesir, dan bahasa Latin, mencerminkan hasratnya untuk menguasai
kembali daerah-daerah di Afrika Utara dan Asia Barat yang pernah menjadi bagian dari wilayah Kerajaan Wangsa Ptolemaios.
Campur tangan Romawi dalam urusan pemerintahan Mesir sudah berlangsung lama sebelum masa pemerintahan Kleopatra. Ptolemaios IX Latiros mangkat pada penghujung tahun 81 SM, dan digantikan oleh putrinya, Berenike III. Penentangan yang muncul di lingkungan istana terhadap gagasan penobatan seorang perempuan menjadi kepala monarki tanpa pendamping membuat Berenike III terpaksa bersedia
untuk menikah dan memerintah bersama-sama dengan saudara sepupu sekaligus anak tirinya, Ptolemaios XI Aleksandros II, sesuai dengan arahan Diktator Republik Romawi, Sula. Tak seberapa lama selepas menikah pada tahun 80 SM, Ptolemaios XI menyuruh orang membunuh Berenike III, tetapi ia sendiri akhirnya tewas dihakimi massa dalam kerusuhan yang dipicu oleh
peristiwa pembunuhan Berenike III. Ptolemaios XI, dan mungkin pamannya, Ptolemaios IX, atau mungkin pula ayahnya, Ptolemaios X Aleksandros I, menjadikan Kerajaan Wangsa Ptolemaios sebagai jaminan pinjaman dana dari Republik Romawi, sehingga pemerintah Republik Romawi memiliki landasan hukum untuk mengambil alih pemerintahan Mesir, yang sudah berstatus negara gundalnya,
ketika Ptolemaios XI mangkat dibunuh. Meskipun demikian, pemerintah Republik Romawi justru memutuskan untuk memecah wilayah Kerajaan Wangsa Ptolemaios, dan membagi-bagikannya kepada anak-anak Ptolemaios IX di luar pernikahan. Siprus diserahkan kepada Ptolemaios dari Siprus, sementara Mesir diserahkan kepada Ptolemaios XII Auletes.
Kleopatra VII lahir pada awal tahun 69 SM sebagai putri pasangan Firaun Ptolemaios XII Auletes dan seorang perempuan yang tidak diketahui namanya. Mungkin saja ibu Kleopatra adalah permaisuri Ptolemaios XII, Kleopatra VI Trifaina (juga dikenal sebagai Kleopatra V Trifaina), yakni ibu dari kakak Kleopatra, Berenike IV Epifaneia. Nama Kleopatra
Trifaina tidak lagi disebut-sebut dalam catatan-catatan resmi kerajaan beberapa bulan setelah kelahiran Kleopatra pada tahun 69 SM. Tiga anak Ptolemaios XII yang paling kecil, yakni Arsinoe IV, Ptolemaios XIII Teos Filopator, dan Ptolemaios XIV, lahir sepeninggal permaisurinya. Guru pribadi Kleopatra semasa kecil adalah Filostratos,
yang mengajarinya seni berpidato dan ilmu filsafat Yunani. Sewaktu remaja, Kleopatra agaknya menuntut ilmu di Mouseion, lembaga ilmu pengetahuan dan seni budaya Helenistik di Aleksandria yang juga mencakup Perpustakaan besar kota itu.
Pada tahun 65 SM, Sensor Markus Lisinius Krasus mengemukakan pendapatnya di hadapan Senat Republik Romawi bahwa Roma sepatutnya menganeksasi Mesir, tetapi usulannya maupun usulan serupa dari Tribun Servilius Rulus pada tahun 63 SM ditolak oleh senat. Ptolemaios XII menanggapi ancaman kemungkinan aneksasi ini dengan menawarkan imbalan dan hadiah-hadiah mewah kepada para negarawan Romawi
yang memiliki kekuasaan besar semisal Pompeyus sewaktu berperang melawan Mitridates VI dari Pontos, dan juga kepada Yulius Kaisar setelah terpilih menjadi konsul pada tahun 59 SM. Meskipun demikian, perilaku hidup boros Ptolemaios XII membuatnya jatuh bangkrut sehingga terpaksa berhutang pada cukong Romawi, Gayus Rabirius Postumus. Pada tahun 58 SM, Republik Romawi
menganeksasi Siprus. Dengan dakwaan pidana perompakan, pihak Romawi mendesak Ptolemaios dari Siprus, adik laki-laki Ptolemaios XII, untuk bunuh diri alih-alih menjalani hukuman pembuangan di Pafos. Ptolemaios XII memutuskan untuk tidak mengungkit-ungkit kematian adiknya di muka umum. Sikap seperti ini, ditambah pula dengan penyerahan wilayah kekuasaan
turun-temurun wangsa Ptolemaios kepada Republik Romawi, membuat Ptolemaios XII kehilangan kepercayaan rakyatnya, yang kala itu sudah tidak puas dengan kebijakan-kebijakan ekonominya. Ptolemaios XII kemudian dipaksa meninggalkan Mesir. Mula-mula ia pindah ke Rodos, kemudian ke Athena, dan akhirnya ke vila milik Triwira
Pompeyus di daerah perbukitan Albanus, dekat Preneste, Italia. Ptolemaios XII tinggal hampir setahun lamanya di tempat yang terletak di kawasan sekitar kota Roma itu, agaknya ditemani oleh putrinya, Kleopatra, yang kala itu berumur sekitar 11 tahun. Berenike IV mengirim rombongan perutusan ke Roma guna mengukuhkan kekuasaannya sekaligus mencegah pemulihan kekuasaan ayahnya,
tetapi Ptolemaios XII mengirim pembunuh untuk menewaskan kepala rombongan perutusan itu. Peristiwa ini sengaja ditutup-tutupi oleh orang-orang kuat di Roma yang mendukungnya. Manakala Senat Romawi menolak memberi bekal dan sepasukan tentara untuk menemani kepulangannya ke Mesir, Ptolemaios XII memutuskan untuk meninggalkan Roma pada penghujung tahun 57 SM, dan pindah ke Kuil Artemis di Efesus.
Para cukong Romawi yang memodali Ptolemaios XII bertekad mengembalikannya ke tampuk kekuasaan. Pompeyus membujuk Aulus Gabinius, Wali Negeri Romawi atas Suriah, untuk menginvasi Mesir dan memulihkan kekuasaan Ptolemaios XII dengan imbalan 10000 talenta. Meskipun melanggar hukum Romawi, Aulus Gabinius mengerahkan pasukannya untuk menginvasi Mesir pada musim semi tahun 55 SM melalui
Yudea, wilayah kekuasaan wangsa Hasmonayim, tempat bala tentara yang dipimpin orang-orang Romawi itu dipasoki perbekalan oleh Antipatros orang Edom, ayah Herodes Agung, atas perintah Hurqanos II. Selaku seorang perwira muda dalam jajaran pasukan berkuda, Markus Antonius kala itu bertugas di bawah pimpinan Aulus Gabinius. Watak kepemimpinannya tampak menonjol tatkala mencegah Ptolemaios XII
membantai habis warga Pelousion, juga ketika menyelamatkan jenazah Arkelaos, suami Berenike IV, yang gugur dalam pertempuran, serta memastikan agar jenazah Arkelaos dimakamkan secara layak sesuai dengan statusnya sebagai raja. Kleopatra, yang kala itu sudah berumur 14 tahun, tentunya juga ikut dalam rombongan bala tentara Romawi yang bergerak menuju Mesir. Bertahun-tahun
kemudian, Markus Antonius mengakui bahwa pada saat itulah ia pertama kali jatuh cinta pada Kleopatra.
Aulus Gabinius dihadapkan ke sidang mahkamah di Roma atas dakwaan penyalahgunaan kewenangan, dan diputuskan tidak bersalah, tetapi dalam sidang mahkamah kedua yang mengadilinya atas dakwaan menerima suap, ia diputuskan bersalah dan dijatuhi hukum buang. Tujuh tahun kemudian, pada tahun 48 SM, ia dipanggil pulang dari
pembuangan oleh Yulius Kaisar. Markus Lisinius Krasus menjadi Wali Negeri Suriah yang baru menggantikan Aulus Gabinius, dan memperluas wilayah kewenangannya sampai ke Mesir, tetapi akhirnya tewas dibunuh orang Partia dalam Pertempuran Karai pada tahun 53 SM. Ptolemaios XII menjatuhkan hukuman mati terhadap Berenike IV berikut para hartawan pendukungnya, dan menyita
seluruh harta kekayaan mereka. Ia mengizinkan Pasukan Gabiniani, garnisun Romawi titipan Aulus Gabinius yang sebagian besar personelnya adalah orang-orang Jermani dan Galia, untuk bertidak keras terhadap masyarakat di jalanan kota Aleksandria, dan mengangkat Gayus Rabirius Postumus, cukong Romawi yang sudah lama memodalinya itu, menjadi menteri keuangan. Dalam setahun, Gayus Rabirius