Joseph Priestley
awalnya yang di kemudian hari diakui sebagai difusi gas, kemudian mengarahkan John Dalton dan Thomas Graham untuk merumuskan teori kinetika gas.
Pada tahun 1777, Lavoisier menulis "Mémoire sur la combustion en général", tulisan pertama yang diyakini sebagai rangkaian serangan terhadap teori flogiston; Priestley kemudian merespon serangan ini pada tahun 1783. Priestley tidak menyetujui seluruh kesimpulan dari Lavoisier-pandangannya untuk meruntuhkan teori flogiston, kimia berbasis konsepsi unsur dan senyawa, dan tata nama
kimia yang baru-dan terus memegang teguh teori flogiston. Yakin bahwa kimiawan Perancis memaksakan kepercayaan mereka pada komunitas ilmiah dengan cara yang mirip dengan "pendirian" dogma agama dan politik Anglikan, kecenderungan Priestley pada Peningkar memperkuat perlawanannya pada "sistem baru kimia" Lavoisier. Percobaan awal Priestley mengenai "udara tak terflogiston" (oxygen),
pembakaran, dan air menyediakan Lavoisier data yang ia perlukan untuk membangun banyak dari sistem miliknya; namun Priestley tidak pernah menerima teori baru Lavoisier dan terus mempertahankan teori flogiston selama sisa hidupnya. Sistem Lavoisier sebagian besar didasarkan pada konsep 'kuantitatif' bahwa massa tidak diciptakan atau dihancurkan dalam reaksi kimia (yaitu,
kekekalan massa). Sebaliknya, Priestley lebih suka mengamati perubahan "kualitatif" dalam panas, warna, dan khususnya volume. Eksperimennya menguji "udara" untuk "kelarutannya dalam air, kekuatannya dalam memicu atau memadamkan api, apakah mereka dapat bereaksi, bagaimana mereka berperilaku dengan udara asam dan basa, dan dengan oksida nitrat dan udara yang tidak mudah terbakar, dan terakhir bagaimana mereka dipengaruhi oleh lucutan listrik."
Untuk mengklarifikasi posisinya, pada tahun 1800 ia menerbitkan sebuah pamflet tipis, "Doctrine of Phlogiston Established, and That of the Composition of Water Refuted", yang ia perluas ke dalam sebuah buku pada tahun 1803. "Doctrine of Phlogiston" memberikan penjelasan rinci mengenai apa yang ia bayangkan sebagai kekurangan empiris, teoretis, dan metodologis dari teori oksigen. Teori flogiston kemudian digantikan oleh teori oksidasi Lavoisier mengenai pembakaran dan respirasi.
Walaupun Priestley sibuk mempertahankan pandangannya terhadap teori flogiston dari "para kimiawan baru", karya-karya yang ia terbitkan di Birmingham lebih banyak bertema teologis. Pada tahun 1782 ia menerbitkan volume keempat dari "Institutes of Natural and Revealed Religion", bertajuk "An History of the Corruptions of Christianity", yang menjelaskan bagaimana pemikiran pengajaran gereja Kristen awal yang telah "menyimpang".
Schofield menjelaskan karyanya ini "turunan, tidak teratur, bertele-tele, dan berulang-ulang, terperinci, melelahkan, dan berdebat dengan sangat buruk". Tulisan ini membahas berbagai permasalahan mulai dari keilahian Kristus hingga bentuk yang tepat bagi Perjamuan Tuhan. Priestley kemudian melanjutkannya pada tahun 1786 dengan menerbitkan sebuah buku berjudul provokatif, "An History of Early Opinions concerning Jesus Christ, compiled
from Original Writers, proving that the Christian Church was at first Unitarian" (). Thomas Jefferson kemudian membuat tulisan mengenai pengaruh kedua buku tersebut pada dirinya: "Saya telah membaca buku "Corruptions of Christianity", dan "Early Opinions of Jesus", berulang-ulang kali; dan saya bersandar padanya... sebagai dasar dari kepercayaan saya sendiri. Tulisan-tulisan ini tidak pernah dijawab." Meskipun beberapa pembaca seperti Jefferson dan penganut
Pengingkar Rasional lainnya menyetujui karya ini, buku itu mendapat tinjauan keras lantaran posisi teologisnya yang ekstrem, terutama terkait penolakannya terhadap Trinitas.
Pada tahun 1785, ketika Priestley terlibat dalam perang pamflet melawan "Corruptions", ia juga menerbitkan "The Importance and Extent of Free Enquiry", yang mengklaim bahwa Reformasi belum benar-benar mereformasi gereja. Dengan kata-kata yang kemudian menjadi perdebatan di seluruh penjuru negeri, ia menantang para pembacanya untuk melakukan perubahan:
Karena itu, janganlah kita berkecil hati, untuk saat ini, kita seharusnya melihat (bahwa) hanya sedikit gereja yang mengaku sebagai Unitarian... Kita, seolah-olah, sedang meletakkan bubuk mesiu, sedikit demi sedikit, di bawah bangunan tua yang penuh dengan kesalahan dan takhayul, yang hanya dengan sepercik api saja mampu membakarnya, hingga menghasilkan ledakan dengan
seketika; akibatnya bangunan itu, yang telah didirikan selama bertahun-tahun, mungkin dapat terjungkir dalam sesaat, dan karenanya tidak akan pernah bisa dibangun kembali meski dengan fondasi yang sama...
Meskipun rekan-rekannya menghambatnya untuk menggunakan bahasa yang menghasut seperti itu, Priestley menolak untuk mundur dari penyampaian pendapatnya di media cetak, selamanya mencap dirinya sebagai "Gunpowder Joe". Setelah publikasi terhadap apa yang terlihat sebagai panggilan revolusi di tengah-tengah Revolusi Perancis, para penerbit pamflet meningkatkan serangan mereka pada Priestley serta mengancam akan melakukan tindakan hukum pada Preistley serta gerejanya.
Rasa permusuhan yang telah dibangun terhadap kelompok Pengingkar serta pendukung Revolusi Amerika dan Perancis meledak pada Juli 1791. Priestley dan beberapa anggota Pengingkar lainnya awalnya telah merencanakan acara makan malam pada hari peringatan penyerbuan Bastille, sebuah tindakan provokatif di negara yang sebagian besar penduduknya menentang Revolusi Perancis dan khawatir bahwa revolusi tersebut
akan menyebar ke Inggris. Di tengah kekhawatiran akan kekerasan yang mungkin akan terjadi, Priestley diminta oleh teman-temannya untuk tidak hadir dalam acara tersebut. Perusuh memadati luar hotel selama jamuan makan malam tersebut dan menyerang mereka yang hadir ketika mereka keluar dari hotel tersebut. Perusuh kemudian bergerak ke Gereja New Meeting dan Old Meeting-dan membakar habis
kedua gereja tersebut. Priestley dan istrinya meninggalkan rumahnya; meskipun putra mereka William dan lainnya memilih untuk tetap di rumah dan menjaga barang-barang milik mereka, kerumunan perusuh mendatangi rumah Priestley "Fairhill" di Sparkbrook dan membakarnya, menghancurkan laboratoriumnya yang berharga serta seluruh barang-barang milik keluarga tersebut. Sebanyak 26 rumah dan 3 gereja lain milik
kelompok Pengingkar dibakar habis dalam kerusuhan yang berlangsung selama tiga hari tersebut. Priestley menghabiskan beberapa hari bersembunyi bersama rekan-rekannya sampai ia mampu berpergian secara aman ke London. Serangan hati-hati yang dilakukan oleh "kerumunan perusuh" tersebut serta hanya segelintir "pimpinan" yang diadili secara aneh meyakinkan banyak pihak saat
itu-serta sejarawan modern kemudian-bahwa serangan ini direncanakan dan dibiarkan oleh pejabat pengadilan lokal Birmingham. Ketika George III akhirnya dipaksa untuk mengirim pasukan ke daerah tersebut, ia mengatakan: "Saya tidak dapat merasa lebih senang bahwa Priestley menderita karena doktrin yang telah ia dan kelompoknya tanamkan, dan bahwa orang-orang melihat mereka dalam cahaya sejati mereka."
Setelah perusakan kediamannya, Priestley tidak pernah kembali Birmingham. Ia awalnya mengungsi ke London, dan tinggal selama beberapa lama, di Tottenham. Kemudian, guna mencari anonimitas dan kebijaksanaan yang lebih besar, Priestley dan keluarganya akhirnya menetap di Lower Clapton, sebuah distrik di Hackney, Middlesex. Ia memberi serangkaian kuliah mengenai sejarah dan filsafat alam di Akademi
Pengingkar, New College at Hackney, dan mempertahankan pandangan anti-pemerintah Britania Raya dalam tulisannya yang berjudul "Letters to the Right Honourable Edmund Burke" (1791). Rekan-rekan mereka membantu Priesley dan istrinya untuk membangun kembali kehidupan mereka, menyumbangkan uang, buku, dan peralatan laboratorium kepada mereka. Priestley berusaha mendapatkan uang ganti rugi dari pemerintah atas penghancuran kediamannya di Birmingham,