Naruto
(guru Lee) tidak datang tepat waktu untuk menghentikannya. Sementara itu Kakashi memberikan segel untuk tanda kutukan yang diberikan Orochimaru kepada Sasuke. Kakashi nyaris bertarung dengan Orochimaru yang muncul secara tiba-tiba. Di sini juga terungkap bahwa Kabuto adalah mata-mata Orochimaru.
Hokage ke-3 memberikan masa istirahat dan latihan untuk para peserta selama 3 bulan sebelum babak ke-4 dimulai. Naruto pun dilatih oleh guru pribadi Konohamaru, Ebisu, untuk latihan berjalan di atas air. Sedangkan Kakashi melatih Sasuke. Naruto yang menjalani latihan dengan guru barunya ini bertemu dengan seorang pertapa aneh yang mengaku bernama Jiraiya sang Sannin katak. Jiraiya lalu membuka
segel chakra Kyuubi saat melatih Naruto berjalan di atas air, karena sebelumnya chakra Naruto tidak stabil. Naruto lalu memaksa Jiraiya untuk mengajarinya jurus baru karena menganggap Jiraiya telah mengganggu latihannya. Jiraiya mengajarkan jurus pemanggilan hewan. Semula Naruto hanya dapat memanggil seekor berudu merah kecil, setelah Jiraiya melemparkannya ke tebing, Naruto berhasil
memanggil Gamabunta. Jiraiya tertarik pada sifat Naruto yang penuh tekad dan pantang menyerah menjinakkan Gamabunta.
Setelah itu, Naruto dibawa Gamabunta ke rumah sakit karena kelelahan. Di rumah sakit, Naruto mendapat kunjungan dari Shikamaru. Mereka berdua lalu mendapati Gaara mencoba membunuh Lee yang sedang tidur. Saat Guy muncul Gaara mengalami trauma kemudian pergi. Gaara memata-matai latihan Sasuke dan Kakashi, ia ketahuan oleh Kakashi. Malamnya ia membunuh shinobi negeri bunyi yang mencoba membunuhnya di bawah bulan sabit merah.
Babak keempat dimulai. Naruto akhirnya bertarung melawan Neji yang kuat, dengan tekad dan kecerdikannya Naruto pun dapat mengalahkan Neji serta memenuhi janjinya kepada Hinata. Shikamaru mengalahkan Temari dengan kecerdikannya, tetapi malah mengundurkan diri diakhir pertandingan padahal ia bisa menang. Kankurou yang juga mundur dari pertandingan membuat Shino kesal. Pertarungan Sasuke dan
Gaara yang paling lama dimulai, karena Sasuke terlambat datang bersama Kakashi. Gaara didesak oleh Sasuke hingga terpaksa bersembunyi di dalam perisai pasir dan hendak mengeluarkan Ichibi. Sasuke melancarkan serangan Chidori membuat perisai pasir hancur dan Garaa terluka untuk yang pertama kalinya. Ichibi nyaris keluar, semua kacau saat terdengar ledakan di
gerbang Konoha, Kazekage menyerang Hokage ke-3 dan para ninja negeri pasir dan bunyi bergerak menyerang, Konoha dalam bahaya.
Gaara yang terluka dibawa lari oleh Kankurou dan Temari ke hutan, sementara Sasuke mengejar mereka. Para penonton tertidur karena terkena jurus Genjutsu dari Kabuto yang menyamar sebagai anggota Anbu. Hanya beberapa ninja yang tidak terpengaruh, antara lain Kakashi, Guy, Sakura, Shino, dan Shikamaru. Naruto yang terkena dibangunkan oleh Sakura, sementara Shikamaru pura-pura pingsan
pun dibangunkan. Shikamaru, Sakura dan Naruto mengejar Sasuke dibantu oleh pakkun. Kazekage ternyata adalah Orochimaru yang menyamar, Hokage ke-3 pun memulai pertarungan sengitnya dengan Orochimaru. Lalu Orochimaru menggunakan jurus terlarang yaitu Edo Tensei yang membangkitkan Hokage pertama dan Hokage ke-2 untuk membunuh Hokage ke-3. Kankurou bertarung dengan Shino yang muncul
tiba-tiba, keduanya imbang. Sasuke mengalahkan Temari lalu mengejar Gaara. Sasuke nyaris terbunuh oleh Gaara. Untungnya, Naruto dan Sakura tiba. Shikamaru melawan para ninja bunyi tetapi kehabisan chakra. Dia ditolong oleh Asuma saat kritis. Gaara menyerang Sakura, membuat Naruto yang semula ketakutan pada Gaara menjadi marah. Sasuke yang sudah lemah
tidak dapat menolong Naruto. Gaara berubah menjadi Ichibi. Naruto hendak memanggil Gamabunta, tetapi malah Gamakichi yang keluar, katak kecil putra Gamabunta. Naruto berhasil memanggil Gamabunta dengan chakra rubah ekor sembilannya setelah mengeluarkan banyak chakra birunya. Pertarungan sengit terjadi, Naruto dan Gamabunta menang melawan Gaara. Sementara di Konoha, Hokage ke-3 menggunakan jurus terlarang
Dewa Kematian yang pernah digunakan oleh Hokage ke-4 yang mengharuskan penggunanya mengorbankan nyawa dan Orochimaru berhasil lolos meski kedua tangannya lumpuh akibat dihisap oleh Dewa Kematian. Pertempuran berakhir dengan mundurnya musuh dan kematian Hokage ke-3.
Seusai pemakaman Hokage ke-3, para penasihat Konoha menemui Jiraiya dan memintanya untuk menjadi Hokage ke-5. Jiraiya menolak dengan alasan masih ada satu Sannin lagi yang lebih baik daripada dirinya dan Orochimaru, dan orang itu ahli dalam bidang medis. Jiraiya mengajak Naruto mencari Sannin ketiga tersebut sambil menawarkan mengajari jurus baru di perjalanan.
Dua sosok menyaksikan Konoha yang sudah porak-poranda dari kejauhan. Mereka adalah anggota organisasi Akatsuki yang dapat diartikan sebagai "Fajar" dan bisa menjadi arti kiamat. Kakashi mendapatkan informasi mengenai organisasi Akatsuki dari Jiraiya. Sasuke diundang oleh Kakashi untuk minum di sebuah kedai, dimana kedai tersebut dua anggota Akatsuki tadi sedang
istirahat. Kurenai dan Asuma tiba, mereka memata-matai dua anggota Akatsuki tadi. Kurenai dan Asuma kaget saat mengetahui bahwa salah satu dari mereka adalah Itachi Uchiha. Seorang klan Uchiha yang membantai seluruh anggota klannya serta merupakan kakak kandung Sasuke yang ingin Sasuke bunuh. Itachi ditemani oleh seorang pengkhianat dari negeri
kabut, Kisame Hoshigaki yang juga senior dari Zabuza. Asuma dan Kurenai nyaris kalah hingga Kakashi tiba. Pertarungan Kakashi dan Itachi dimenangkan Itachi. Kakashi terluka mental karena jurus ilusi Itachi. Guy tiba dan mengancam memanggil banyak bala bantuan sehingga membuat Itachi serta Kisame kabur. Tujuan Itachi dan Kisame ke Konoha adalah menangkap Jinchuuriki Kyuubi, yaitu
Naruto. Namun sebenarnya itu hanya kedok Itachi saja, karena sebenarnya ia ingin memantau Uchiha Sasuke yang merupakan adiknya dan memperingatkan kepada petinggi desa Konoha bahwa sang pembantai klan Uchiha ini masih hidup agar mereka tidak berbuat buruk kepada Sasuke.
Kakashi yang terluka akibat jurus Tsukuyomi Itachi dirawat di rumah sakit. Sasuke yang datang menjenguk tanpa sengaja mendengar percakapan para Jounin mengenai Itachi yang datang ke Konoha mencari Naruto. Sasuke dengan amarah mencari Itachi. Itachi dan Kisame menemukan Naruto di hotel saat Jiraiya sedang pergi bersama gadis yang sudah dihipnotis oleh Itachi. Sasuke tiba tepat
waktu, tetapi Itachi terlalu kuat untuk Sasuke. Itachi menghajar Sasuke hingga babak belur. Naruto mencoba menolong, namun chakranya diserap pedang milik Kisame. Naruto nyaris ditebas, untungnya Jiraiya tiba tepat waktu. Itachi dan Kisame melarikan diri karena merasa tidak dapat menandingi Jiraiya. Guy tiba sesaat kemudian tetapi ia salah
tanggap dengan menendang Jiraiya yang disangka musuh. Sasuke yang terluka parah dibawa kembali ke Konoha oleh Guy, sementara Naruto dan Jiraiya meneruskan mencari Sannin ketiga.
Jiraiya menjelaskan kepada Naruto mengenai bahaya Akatsuki lalu mengajarkan Naruto jurus baru yang dulunya merupakan salah satu jurus andalan Hokage ke-4 yaitu "Rasengan". Naruto dengan susah payah mempelajarinya. Naruto menggunakan "Kagebunshin" miliknya untuk mengeluarkan Rasengan. Perjalanan berlanjut, Jiraiya dan Naruto tiba di sebuah desa. Naruto dan Jiraiya
akhirnya bertemu dengan Shizune dan Tsunade. Naruto yang mengetahui Tsunade adalah Hokage ke-5, Naruto kesal dan menantang Tsunade bertarung. Dengan mudah Tsunade mematahkan serangan "Rasengan" Naruto yang belum sempurna. Melihat keteguhan Naruto, Tsunade menantang Naruto untuk menguasai jurus itu dalam waktu satu minggu. Naruto semula menolak tetapi
setelah diiming-imingi kalung Hokage pertama yang harganya mahal, Naruto bersedia. Di luar dugaan, Kabuto dan Orochimaru menemui Tsunade dan bernegosiasi bahwa bila Tsunade menyembuhkan Orochimaru maka dia akan menghidupkan adik dan pacar Tsunade yang telah lama meninggal. Tsunade minta waktu untuk berpikir. Jiraiya mengajak Tsunade minum kemudian