Plot Naruto
berhenti dan mempertanyakan bagaimana bisa Haku, orang baik dijadikan senjata oleh Zabuza, Naruto menerima jawaban yang mengejutkan bahwa sebenarnya Haku adalah sepertinya, orang yang tak dibutuhkan dan tak berarti bagi siapapun, sebagaimana Haku ingin membuktikan bahwa ia berarti bagi orang lain, demikian pula Naruto yang ingin diakui sebagai Hokage oleh penduduk Konoha.
Sementara itu, Kakashi juga berhasil melukai Zabuza dengan "Kuchiyose no Jutsu" miliknya. Ia pun mengeluarkan jurus "Chidori" atau sering juga disebut "Raikiri" untuk membunuh Zabuza. Tapi ternyata Haku meninggalkan pertarungannya dengan Naruto dan maju melindungi Zabuza dengan tubuhnya sendiri, sama seperti Sasuke yang menolong Naruto. Ia pun tewas terkena Chidori Kakashi
dalam usahanya melindungi Zabuza. Melihat itu, Zabuza menyerang Kakashi. Tapi pertarungan mereka kemudian terhenti dengan kedatangan kelompok Gato. Gato menertawakan mereka dan berkata bahwa mereka adalah ninja yang bodoh yang mudah diadu domba. Mendengar hal ini, Zabuza menghentikan pertarungan karena merasa alasannya untuk membunuh Tazuna sudah tidak ada. Di Saat
bersamaan, Sakura yang mencari Sasuke terkejut ketika mendapati tubuh Sasuke yang tergeletak serta dingin, sambil menangis Sakura berkisah bahwa ia adalah ninja yang pandai di akademi yang hafal ratusan peraturan dalam dunia ninja, namun peraturan ke-25, sebuah peraturan yang tidak bisa ia lakukan yaitu seorang ninja dilarang menunjukkan
perasaan dalam misi dan keadaan apapun. Ketika merasa sangat murka kepada Gato akibat ucapan Naruto, Zabuza pun maju menerobos samurai-samurai kelompok Gato untuk membunuh Gato. Setelah melakukannya, ia pun pingsan lalu tewas karena terlalu banyak terkena serangan pedang samurai. Kisah ini adalah pertarungan berdarah dan tragis bagi Naruto, Haku, Sasuke dan Zabuza.
Naruto menyelesaikan misi ini dengan penuh kesan. dia belajar bahwa perjuangan seorang ninja tidak diukur seberapa kuat kemampuan seseorang melainkan seberapa besar pengorbanan ninja demi apa yang berharga baginya. Jembatan yang selesai pembangunannya itu dinamai Jembatan Naruto, berkat jasa dan semangatnya yang telah membantu dan menginspirasi penduduk desa.
Cerita ini menampilkan saat mereka pulang menyelesaikan misi di Nami no Kuni (Kirigakure). Ini adalah saat dimana ujian untuk menjadi Chuunin dibuka. Dalam Perjalanan menuju tempat Ujian Chuunin, Naruto, Sasuke dan Sakura bejumpa Konohamaru bersama kawan-kawannya juga mendapati ninja dari Sunagakure (Gaara, Kankuro dan Temari). Sebelum Ujian dimulai, Sasuke ditantang bertarung
oleh Rock Lee dan Sasuke hampir menerima serangan fatal dari Lee. Ujian pertama adalah ujian tertulis. Soal-Soal pada Ujian itu adalah Soal yang tidak setingkat ninja selevel Genin, Akibatnya banyak peserta yang kesulitan menjawab pertanyaan dan berusaha memperoleh informasi mempergunakan jutsu ninja secara diam-diam. Hampir semua peserta yang lolos berkat kecerdikan Naruto (meskipun kertas jawaban milik Naruto kosong sama sekali).
Ujian kedua adalah ujian bertahan hidup di Hutan Kematian Konoha. Setiap Tim diharuskan bertahan hidup di hutan itu dan memperebutkan dua gulungan rahasia untuk lolos ke babak berikutnya di sebuah tempat pertemuan di pusat hutan. Ujian ini membutuhkan kerjasama tim yang baik.
Naruto, Sasuke, dan Sakura pun memulai ujian ini dengan tenang. Sampai pada saat dimana ada seorang ninja misterius yang menyerang tim Naruto. Dia adalah Orochimaru, seorang ninja buronan dari Konoha yang juga murid Hokage Ketiga serta salah satu dari Tiga Ninja Legendaris ("Sannin"). Ia menggunakan tubuh orang lain dalam ujian Chuunin dan berpura-pura sebagai Naruto ketika
menemui Sakura dan Sasuke. Merasa curiga, Sasuke berhasil mengungkap bahwa ia bukan Naruto dan terpaksa bertarung sendiri karena Naruto untuk sesaat terpisah. Dalam Pertarungan ini, Sasuke merasa begitu takut dan tidak percaya diri menghadapinya. Dia merasa bahwa kekuatannya yang sekarang tidak cukup untuk menghadapi ninja sekelas Orochimaru.
Ditengah ketakutan Sasuke, Naruto yang lolos dari tubuh seekor ular besar muncul melindungi Sasuke dari serangan Orochimaru. Merasa terganggu, Orochimaru mengeluarkan "Jutsu"nya yang menambal segel Ekor Sembilan di perut Naruto yang membuat Naruto pingsan dan terjatuh, beruntungnya tubuhnya ditahan oleh "Kunai" Sakura. Setelah menyadari bahwa Sasuke mempunyai
kekuatan Sharingan, Orochimaru menggigit leher Sasuke. Dan gigitan itu membentuk Segel Kutukan seraya berkata bahwa Sasuke akan mencarinya karena Sasuke berniat mencari kekuatan untuk membalaskan dendam kepada Uchiha Itachi, kakak kandung Sasuke yang telah membantai seluruh klan Uchiha. Karena rasa sakit yang luar biasa, Sasuke pun tak sadarkan diri. Orochimaru kemudian
pergi meninggalkan mereka dan mengirim tiga Ninja Oto untuk mencari Sasuke. Tinggal Sakura seorang diri yang bisa melindungi kedua rekannya. Tak lama kemudian, muncul shinobi Konoha dari Tim 10, Rock Lee untuk menolonganya. Saat rambutnya dijambak oleh Kin Tsuchi, seorang Kunoichi Oto, Sakura menyadari kemampuannya tidak berkembang sama sekali dan hanya menjadi beban bagi Naruto maupun
Sasuke. Akhirnya Sakura memotong rambutnya sendiri dengan kunai. Tim Oto pun mundur dan menyerahkan gulungan rahasia kepada Tim 7 karena Sasuke yang terbangun dan mengalahkan ninja Oto dengan Kekuatan Segel Gaib Orochimaru.
Tim 7 melanjutkan perjalanan menuju babak berikutnya. Ketika sedang beristirahat, secara tak sengaja mereka didatangi Kabuto Yakushi yang menghalangi Naruto dan Sakura yang ingin membuka lembaran gulungan rahasia. Kabuto menjelaskan bahwa ia juga seorang ninja Konoha yang sedang terpisah dari rekan-rekannya dan hendak menyusul mereka. Saat melanjutkan perjalanan, mereka berempat terkena
genjutsu dari jebakan tim lain dan dipaksa menghadapi Jurus Ilusi Bayangan, namun mereka berhasil mengalahkan ninja-ninja itu berkat kecerdikan Naruto.
Ujian ketiga adalah ujian final. Namun karena banyak peserta yang lolos, maka diadakan babak satu lawan satu. Naruto terkejut saat Kabuto memutuskan tak mengikuti babak ini. Akhirnya, ada 8 ninja yaitu Naruto, Shikamaru, Neji, Sasuke, Shino, Gaara, Kankurou dan Temari yang lolos ke babak utama. di tahap ini, Naruto berhasil mengalahkan Neji
dengan jurus pengendalian chakra yang diajarkan Jiraiya sementara Shikamaru memilih mengundurkan diri saat menghadapi Temari walau sebenarnya dia unggul dalam pertandingan. Saat pertarungan terakhir yaitu Gaara vs Sasuke, seketika terjadi serangan besar-besaran oleh Sunagakure dan Otogakure di Konoha yang didalangi oleh Orochimaru. Hokage ketiga menjadi sasaran utama Orochimaru
dalam serangan ini. untuk melawan Hokage Ketiga, Orochimaru membangkitkan dua Hokage terdahulu dengan Jurus Terlarang "Edo Tensei". Naruto yang tak mengerti dengan insiden yang terjadi, diberi misi darurat oleh Kakashi sebagai misi tingkat-S bersama Sakura, Shikamaru dan Pakkununtuk mengejar Sasuke dan Gaara. Sasuke pun berhasil menghadapi Gaara akan tetapi dia kalah karena serangan
Shukaku dari dalam tubuh Gaara. Naruto pun mengeluarkan chakra yang luar biasa yang membuat Gaara yang menjelma sebagai siluman Ekor Satu bertekuk lutut. Serangan ini diakhiri dengan pengorbanan nyawa Hokage Ketiga serta lumpuhnya tangan Orochimaru akibat terhisap Jurus Dewa Kematian.
Beberapa Saat setelah Ujian Chuunin, Uchiha Itachi dan Hoshigaki Kisame dari organisasi Akatsuki datang ke Konoha untuk mengincar Musang Ekor Sembilan pada tubuh Naruto. mereka sempat bertarung dengan para jounin Konoha (Asuma, Kurenai, Kakashi dan Guy) yang mengakibatkan Kakashi harus beristirahat karena mendapat serangan fatal dari Tsukuyomi Itachi, Mengetahui keberadaan Itachi di Konoha, Sasuke dipenuhi dendam