Uzbek
kesepuluh, sebagai Samanids mulai kehilangan kendali atas Mawannahr dan timur laut Iran, beberapa tentara datang ke posisi kekuasaan dalam pemerintahan daerah, dan akhirnya mendirikan negara mereka sendiri, meskipun sangat Persianized. Dengan munculnya kelompok penguasa Turki di wilayah itu, suku-suku Turki lainnya mulai bermigrasi ke Mawannahr.
Yang pertama dari negara-negara Turki di wilayah itu Persianate yang Kekaisaran Ghaznavid, didirikan pada tahun-tahun terakhir abad kesepuluh. Negara Ghaznavid, yang ditangkap domain Samanid selatan Amu Darya, mampu menaklukkan daerah-daerah besar Iran, Afghanistan, dan utara India pada masa pemerintahan Sultan Mahmud. Para Ghaznawi yang diikuti oleh Turki Qarakhanids, yang mengambil Samanid ibukota
Bukhara pada 999 AD, dan memerintah Transoxiana selama dua abad berikutnya. Samarkand dibuat ibukota negara Qarakhanid Barat.
Dominasi Ghazna yang dibatasi, namun, ketika Seljuk membawa diri mereka ke bagian barat wilayah tersebut, menaklukkan wilayah Ghaznavid dari Khorazm (juga dieja Khorezm dan Khwarazm). Seljuk juga mengalahkan Karakhanids, tetapi tidak lampiran wilayah mereka langsung. Sebaliknya mereka membuat Karakhanids sebuah negara bawahan. Seljuk didominasi wilayah yang luas dari Asia Kecil ke
bagian barat Mawannahr, di Afghanistan, Iran, dan Irak pada abad kesebelas. Kekaisaran Seljuk kemudian dipecah menjadi negara yang diperintah oleh penguasa Turki dan berbagai lokal Iran. Kehidupan budaya dan intelektual daerah terus terpengaruh oleh perubahan politik tersebut, namun. Suku Turki dari utara terus bermigrasi ke daerah selama periode ini. Kekuatan Seljuk namun menjadi berkurang ketika Sultan Seljuk Ahmed Sanjar dikalahkan oleh Kara-Khitans] ] pada [Pertempuran [dari Qatwan pada 1141.
Pada akhir abad kedua belas, seorang pemimpin Turki dari Khorazm, yang merupakan wilayah selatan Laut Aral, bersatu Khorazm, Mawannahr, dan Iran di bawah pemerintahannya. Di bawah pemerintahan Khorazm shah Kutbeddin Muhammad dan putranya, Muhammad II, Mawannahr terus menjadi makmur dan kaya tetap menjaga Perso-Islam identitas daerah. Namun, serangan baru nomaden dari utara segera berubah situasi ini. Kali ini penyerang itu Genghis Khan dengan nya Mongol tentara.
Invasi Mongol dari Asia Tengah merupakan salah satu titik balik dalam sejarah wilayah tersebut. Bangsa Mongol memiliki dampak yang langgeng karena mereka mendirikan tradisi bahwa penguasa yang sah dari setiap negara Asia Tengah hanya bisa menjadi darah keturunan Jenghis Khan.
The Mongol penaklukan Asia Tengah, yang berlangsung 1219-1225, menyebabkan perubahan grosir di populasi Mawannahr. Penaklukan mempercepat proses Turkifikasi di beberapa bagian daerah karena, meskipun tentara Genghis Khan yang dipimpin oleh Mongol, mereka sebagian besar terdiri dari suku-suku Turki yang telah dimasukkan ke dalam tentara Mongol sebagai suku yang ditemui di Mongol 'menyapu selatan. Seperti tentara
menetap di Mawannahr, mereka bercampur dengan penduduk lokal yang tidak lari. Efek lain dari penaklukan Mongol adalah kerusakan besar-besaran tentara dijatuhkan pada kota-kota seperti Bukhoro dan daerah seperti Khorazm. Sebagai provinsi terkemuka negara kaya, Khorazm dirawat terutama parah. The irigasi jaringan di wilayah tersebut mengalami kerusakan parah yang tidak
diperbaiki selama beberapa generasi. Banyak Iran berbahasa populasi dipaksa meninggalkan selatan untuk menghindari penganiayaan.
Setelah kematian Genghis Khan pada 1227, kerajaannya dibagi di antara empat anaknya dan anggota keluarganya. Meskipun potensi fragmentasi yang serius, Mongol hukum dari Kekaisaran Mongol mempertahankan suksesi teratur untuk generasi lebih beberapa, dan menguasai sebagian besar dari Mawannahr tinggal di tangan keturunan langsung dari Chaghatai, putra kedua dari Jenghis. Suksesi tertib,
kemakmuran, dan perdamaian internal yang berlaku di tanah Chaghatai, dan Kekaisaran Mongol secara keseluruhan tetap kuat dan bersatu.
Pada awal abad keempat belas, bagaimanapun, sebagai kekaisaran mulai pecah menjadi bagian-bagian penyusunnya, wilayah Chaghatai juga terganggu sebagai pangeran dari berbagai kelompok suku bersaing mencari pengaruh. Salah satu kepala suku, Timur (Tamerlane), muncul dari perjuangan ini dalam 1380s sebagai kekuatan dominan di Mawannahr. Meskipun ia bukan keturunan Jenghis,
Timur menjadi penguasa de facto Mawannahr dan melanjutkan untuk menaklukkan seluruh Barat Asia Tengah, Iran, Asia Kecil, dan wilayah utara padang selatan Aral Sea. Dia juga menyerang Rusia sebelum meninggal selama invasi Cina tahun 1405.
Timur memprakarsai berbunga terakhir Mawannahr dengan berkumpul di ibukotanya, Samarqand, pengrajin banyak dan ulama dari tanah yang telah ditaklukkan. Dengan mendukung orang-orang seperti, Timur dijiwai kerajaannya dengan budaya Perso-Islam yang sangat kaya. Selama pemerintahan Timur dan pemerintahan keturunan langsungnya, berbagai proyek konstruksi agama dan megah yang
dilakukan di pusat-pusat populasi Samarqand dan lainnya. Timur juga dilindungi ilmuwan dan seniman, cucunya Ulugh Beg adalah salah satu astronom pertama di dunia yang besar. Itu selama dinasti Timurid yang Turki, dalam bentuk Chaghatai dialek, menjadi bahasa sastra dalam dirinya sendiri di Mawannahr, meskipun Timurids yang Persianate di alam. Penulis Chaghataid terbesar, Ali Shir Nava'i, aktif di kota Herat, sekarang di barat laut Afghanistan, pada paruh kedua abad kelima belas.
Negara Timurid cepat pecah menjadi dua bagian setelah kematian Timur. Pertempuran internal yang kronis dari Timurids menarik perhatian Uzbekistan suku-suku nomaden yang hidup di sebelah utara Laut Aral. Pada tahun 1501 Uzbek mulai invasi grosir Mawannahr.
Pada 1510 Uzbek telah menyelesaikan penaklukan Asia Tengah, termasuk wilayah Uzbekistan kini. Dari negara mereka mendirikan, yang paling kuat, Kekhanan dari Bukhoro, berpusat di kota Bukhoro. The Mawannahr dikendalikan khanat, khususnya wilayah Tashkent, yang Lembah Fergana di timur, dan utara Afghanistan. Sebuah negara Uzbekistan kedua, Kekhanan Khiva didirikan di oasis Khorazm di mulut Amu
Darya. The Kekhanan dari Bukhoro awalnya dipimpin oleh energik Dinasti Shaybanid. Para Shaybanids bertanding melawan Iran, yang dipimpin oleh Dinasti Safawi, untuk wilayah yang jauh-Timur yang kaya kini Iran. Perjuangan dengan Iran juga memiliki aspek religius karena Uzbek itu Sunni Muslim, dan Iran adalah Syiah
Menjelang akhir abad keenam belas, negara Uzbekistan Bukhoro dan Khorazm mulai melemah karena perang tak berujung mereka terhadap satu sama lain dan Persia dan karena kompetisi yang kuat untuk tahta di antara para khan dalam kekuasaan dan ahli warisnya. Pada awal abad ketujuh belas, Dinasti Shaybanid digantikan oleh Dinasti Janid.
Faktor lain yang berkontribusi terhadap kelemahan khanat Uzbekistan pada periode ini adalah penurunan umum perdagangan bergerak melalui wilayah tersebut. Perubahan ini telah dimulai pada abad sebelumnya ketika rute perdagangan laut didirikan dari Eropa ke India dan China, menghindari Silk Route. Sebagai Eropa yang didominasi transportasi laut diperluas dan beberapa pusat perdagangan hancur, kota-kota
seperti Bukhoro, Merv, dan Samarqand di Kekhanan dari Bukhoro dan Khiva dan Urganch (Urgench) di Khorazm mulai untuk terus menurun.
Perjuangan Uzbek 'dengan Iran juga menyebabkan isolasi budaya Asia Tengah dari seluruh dunia Islam. Selain masalah ini, perjuangan dengan nomaden dari padang rumput utara terus. Pada abad ketujuh belas dan kedelapan belas, Kazakhstan perantau dan Mongol terus menggerebek khanat Uzbekistan, menyebabkan kerusakan dan gangguan. Pada awal abad kedelapan belas, dengan Kekhanan dari Bukhoro kehilangan wilayah Fergana yang subur, dan baru Uzbekistan khanat dibentuk pada Quqon.