Konflik Chad-Libya
Pengkhianatan ini menakutkan Gaddafi karena GUNT-lah yang melegitimasi kehadiran Libya di Chad. Untuk kembali menyatukan GUNT, ia melancarkan serangan besar di garis merah dengan tujuan untuk merebut N'Djamena. Serangan ini dimulai pada tanggal 10 Februari dan melibatkan 5000 tentara Libya dan 5000 tentara GUNT. Serangan ini dikonsentrasikan di markas FANT di Kouba Olanga, Kalait dan Oum Chalouba. Kampanye ini mengalami
kegagalan karena serangan balik FANT pada tanggal 13 Februari yang menggunakan perlengkapan baru dari Perancis berhasil memaksa para penyerang untuk mundur dan melakukan reorganisasi.
Hal yang paling penting adalah tanggapan Perancis terhadap serangan ini. Gaddafi mungkin telah berkeyakinan bahwa Mitterrand enggan melancarkan ekspedisi yang mahal dan berisiko besar untuk menyelamatkan Habré karena pemilihan umum akan segera diadakan di Perancis pada tahun 1986. Asumsi ini terbukti salah, karena Presiden Perancis tidak mau dianggap lemah dalam menghadapi
agresi Libya. Akibatnya, Operasi Epervier dilancarkan pada tanggal 14 Februari 1986. Operasi ini mengirim 1200 tentara Perancis dan beberapa skuadron Jaguars ke Chad. Dua hari kemudian, untuk mengirim pesan yang jelas kepada Gaddafi, angkatan udara Perancis mengebom lapangan udara Ouadi Doum. Beberapa hari kemudian, Libya melancarkan serangan balasan dengan mengebom bandara N'Djamena, tetapi serangan ini tidak mengakibatkan kerusakan yang besar.
Kekalahan yang diderita pada bulan Februari dan Maret mempercepat kehancuran GUNT. Pada bulan Maret, selama perundingan yang disponsori oleh Organisasi Kesatuan Afrika di Kongo, Goukouni tidak hadir dan banyak yang mencurigai Libya sebagai dalangnya. Akibatnya, wakil presiden GUNT Kamougué memutuskan untuk membelot. Tindakannya diikuti oleh Angkatan Bersenjata Pertama dan kelompok FROLINAT
Originel. Pada bulan August, CDR memutuskan untuk meninggalkan koalisi dan mengambil alih kota Fada. Pada bulan Oktober, Angkatan Bersenjata Rakyat Goukouni berusaha merebut kembali Fada, tetapi garnisun Libya malah menyerang tentara Goukouni, dan pertempuran ini secara efektif mengakhiri riwayat GUNT. Pada bulan yang sama, Goukouni ditangkap oleh Libya, sementara pasukannya memberontak melawan Gaddafi, mengusir orang Libya dari Tibesti, dan pada tanggal 24 Oktober berbalik mendukung Habré.
Untuk mendirikan kembali jalur persediaan dan merebut kembali kota Bardai, Zouar dan Wour, Libya mengirim pasukan sebesar 2000 orang dengan tank T-62 ke Tibesti dengan dukungan dari angkatan udara Libya. Serangan ini awalnya berhasil dan berhasil mengusir GUNT dari benteng-benteng utamanya (juga dengan menggunakan napalm). Serangan ini menjadi senjata makan tuan dan memicu reaksi dari Habré
yang mengirim 2000 tentara FANT untuk dihubungkan dengan pasukan GUNT. Mitterrand juga menanggapi serangan ini dengan memerintahkan sebuah misi yang mengirim bahan bakar, makanan, amunisi dan misil anti-tank yang diturunkan dengan parasut kepada para pemberontak, dan juga personal militer. Melalui aksi ini, Perancis telah menegaskan bahwa mereka tidak merasa harus tetap berada di sebelah selatan garis merah, dan siap untuk beraksi jika memang diperlukan.
Dari segi militer, Habré kurang berhasil mengusir Libya dari Tibesti (Libya akan meninggalkan daerah itu pada bulan Maret, setelah berbagai kekalahan di kawasan timur laut telah membuat daerah tersebut tak dapat dipertahankan lagi), tetapi kampanye militer ini merupakan pencapaian yang penting bagi FANT karena telah mengubah perang saudara menjadi perang nasional melawan asing dan mendorong rasa kesatuan nasional yang sebelumnya tidak pernah terlihat di Chad.
Pada permulaan tahun 1987 (tahun terakhir perang), pasukan Libya masih berjumlah 8000 pasukan dan 300 tank, tetapi telah kehilangan dukungan sekutunya di Chad, yang sebelumnya menjadi pengintai dan bertindak sebagai infantri penyerang. Tanpa mereka, garnisun Libya mirip dengan pulau yang terisolasi dan mudah diserang di padang pasir Chad. Di sisi lain, FANT sendiri menjadi semakin
kuat dan kini memiliki 10000 tentara yang sangat termotivasi. Mereka juga memiliki truk Toyota yang dapat bergerak dengan cepat dan cocok untuk digunakan di wilayah padang pasir. Truk-truk ini dilengkapi dengan misil anti-tank MILAN, sehingga fase terakhir konflik Chad-Libya dijuluki "Perang Toyota".
Pada tanggal 2 Januari 1987, Habré memulai serangannya terhadap Chad utara dan berhasil merebut basis komunikasi Libya di Fada. Untuk melawan tentara Libya, panglima besar Chad Hassan Djamous melakukan berbagai pergerakan menjepit yang cepat, mengepung posisi Libya dan menghancurkan mereka dengan serangan mendadak dari semua sisi. Strategi ini diulang oleh Djamous pada bulan Maret selama pertempuran B'ir Kora dan pertempuran Ouadi Doum. Serangan-serangan ini memaksa Gaddafi untuk mundur dari Chad utara.
Serangan Chad kini membahayakan kekuasaan Libya di Jalur Aouzou. Aouzou sempat jatuh ke tangan FANT pada bulan Agustus, tetapi mereka kemudian diusir oleh Libya dan Perancis menolak memberikan perlindungan dari udara. Habré membalas kekalahan ini dengan melakukan serangan Chad pertama ke wilayah Libya yang memicu pertempuran Maaten al-Sarra pada tanggal 5 September. Serangan ini adalah serangan kejutan dan
merupakan bagian dari rencana untuk menghilangkan ancaman kekuatan udara Libya sebelum mereka dapat kembali melancarkan serangan ke Aouzou.
Serangan yang direncanakan ke Aouzou tidak pernah terjadi. Kemenangan Chad di Maaten membuat Perancis khawatir bahwa Chad akan meneruskan serangan ke wilayah Libya lainnya. Kemungkinan ini tidak dapat ditolerir Perancis. Sementara itu, Gaddafi mendapat tekanan dari dalam dan luar negeri, sehingga ia menyetujui gencatan senjata yang dipelopori oleh Organisasi Kesatuan Afrika pada tanggal 11 September.
Walaupun gencatan senjata seringkali dilanggar, insiden yang terjadi relatif kecil. Kedua pemerintahan dengan segera memulai manuver diplomatik untuk menyetir opini dunia atas kasus ini. Pemerintahan Reagan menganggap kelanjutan konflik ini sebagai kesempatan terbaik untuk menjatuhkan Gaddafi.
Hubungan antara kedua negara secara perlahan membaik, dengan Gaddafi memberi pertanda bahwa ia ingin menormalisasi hubungan dengan pemerintah Chad, hingga ia mengakui bahwa perang ini merupakan sebuah kesalahan. Pada bulan Mei tahun 1988, Gaddafi menyatakan bahwa ia akan mengakui Habré sebagai presiden Chad "sebagai hadiah untuk Afrika"; berkat tindakan ini, hubungan diplomatik
di antara kedua negara dipulihkan pada tanggal 3 Oktober. Pada tanggal 31 Agustus 1989, perwakilan Chad dan Libya bertemu di Aljazair untuk menegosiasikan Kerangka Pesetujuan mengenai Penyelesaian Sengketa Wilayah secara Damai. Gaddafi bersedia untuk membawa isu Jalur Aouzou ke Mahkamah Internasional jika perundingan bilateral mengalami kegagalan. Setelah perundingan yang tidak membuahkan hasil selama
setahun, kedua belah pihak membawa sengketa ini ke Mahkamah Internasional pada bulan September tahun 1990.
Hubungan Chad-Libya semakin membaik ketika Idriss Déby yang didukung Libya menjatuhkan Habré pada tanggal 2 Desember. Gaddafi adalah kepala negara pertama yang mengakui pemerintahan baru, dan ia juga menandatangani perjanjian persahabatan dan kerjasama dalam berbagai tingkatan, tetapi Déby menyatakan bahwa ia akan tetap berjuang untuk menjaga jalur tersebut dari tangan Libya.
Permasalahan Aouzou diakhiri dengan baik pada tanggal 3 Februari 1994 ketika hakim di Mahkamah Internasional dengan jumlah 16 banding 1 memutuskan bahwa Jalur Aouzou merupakan wilayah Chad. Pengadilan atas kasus tersebut dilaksanakan tanpa gangguan. Pada tanggal 4 April, keduanya menandatangani sebuah persetujuan mengenai implementasi putusan Mahkamah Internasional. Dengan diawasi dunia internasional,