Flea
Flea dan Kiedis mengambil beberapa waktu untuk memulihkan diri mereka, namun memutuskan untuk bersama-sama mempertahankan band. Gitaris DeWayne "Blackbyrd" McKnight dan drummer D.H. Peligro dimasukkan, dan band masuk studio untuk merekam sebuah album baru. McKnight kemudian mulai menciptakan ketegangan di dalam grup, dimana gayanya tidak terhubung dengan seluruh anggota band. Peligro, mantan drummer dari band punk
rock Dead Kennedys, adalah teman dari John Frusciante, seorang gitaris berusia delapan belas tahun dan merupakan penggemar berat Red Hot Chili Peppers. Peligro memperkenalkan d Frusciante ke Flea, dan bertiga mereka bermain bersama pada beberapa kesempatan. Flea terkesan dengan keahlian Frusciante, dan tercengang dengan pengetahuan gitaris itu akan daftar lagu Chili Peppers. Flea menyadari kalau
Frusciante dapat menghadirkan percikan yang kurang pada McKnight. McKnight lalu diberhentikan dan Frusciante menerima sebuah undangan untuk bergabung dengan band. Peligro dalam waktu singkat kemudian diberhentikan; Chili Peppers memasukkan drummer Chad Smith sebagai penggantinya. Flea dan Zeviar mulai merenggang, dan dia mulai menciptakan kembali ingatan akan masa remajanya dengan sehari-hari mengisap ganja. The Chili Peppers
masuk studio, dan menyelesaikan rekaman album keempat mereka, "Mother's Milk", pada awal tahun 1989. Pada perilisan, album tersebut mendapatkan reaksi yang bervariasi dari para kritikus, namun mendapatkan perhatian komersial yang lebih banyak, berada pada posisi lima puluh delapan di tangga lagu "Billboard" 200. Setelah ini, Flea muncul memainkan trumpet di album tahun 1988 Jane's Addiction "Nothing's
Shocking", dan bass dalam album Young MC tahun 1989 yang mendapatkan pengakuan kritikal "Stone Cold Rhymin'". Dia juga muncul dalam video untuk "Bust a Move", hit single di album yang sama.
Tour "Mother's Milk" yang terjadi kemudian menjadi beban pada pernikahan Flea. Demi menghasilkan uang, dia butuh melakukan tur, dan karena itu menghabiskan waktu jauh dari keluarganya. Selain itu, dia dan Smith ditahan atas tuduhan kekerasan dan pelecehan seksual setelah suatu pertunjukan di liputan musim semi MTV; tuduhan kemudian akhirnya ditarik. Band,
bagaimanapun, menarik lebih dari tiga ribu orang tiap acara; "Mother's Milk" telah diresmikan sebagai rekaman emas pada awal tahun 1990. Pada saat itu Red Hot Chili Peppers kembali ke Los Angeles, Flea dan Zeviar setuju untuk berpisah. Dia berusaha untuk mengeluarkan perpisahan itu dari benaknya dengan cara mengisap ganja dan berhubungan seks dengan sembarangan groupie ketika band sedang melakukan tur "Mothers Milk".
Ketika tur telah selesai, Red Hot Chili Peppers memutuskan ikatan dengan EMI dan menandatangani kontrak denganWarner Bros. Records. Rick Rubin, yang dulunya menolak sebuah kesempatan untuk memproduksi "The Uplift Mofo Party Plan", setuju untuk memproduksi album mereka berikutnya. Flea lebih banyak menggunakan teknik "slap bass" dalam keempat albumnya yang terdahulu, dan memutuskan untuk mengecilkan gaya
ini untuk memunculkan nada bass melodis yang lebih konvensional. Untuk merekam album itu, Rubin menyarankan sebuah "mansion" yang dulunya milik pesulap Harry Houdini. Flea merasa hal itu "sebuah situasi yang penuh dengan rencana-rencana kreatif", dan memutuskan untuk membawa serta anak perempuannya Clara. Dia dan seluruh anggota band, kecuali Smith, menetap di dalam rumah itu
sepanjang proses rekaman. Ketika tidak sedang menulis atau merekam album, Flea menghabiskan banyak waktunya dengan Frusciante mengisap sejumlah besar ganja. Emosi yang Flea rasakan selama merekam album seperti emosi yang tidak pernah ia rasakan selama ini.:
Ketika "Blood Sugar Sex Magik" rilis pada 24 September 1991, album tersebut menerima sebuah respon kritikal positif yang luar bisaa. Album tersebut berada di nomor tiga dalam Billboard Hot 200, dan terjual lebih dari tujuh juta kopi di Amerika Serikat saja. Tur album tersebut yang terjadi kemudian secara kritikal disambut dengan gembira-Chili Peppers bisaa tampil dengan penonton melebihi dua puluh ribu orang.
Band grunge asal Seattle, Nirvana, juga tur bersama mereka selama tur Amerika di bagian pantai barat. Perhatian yang besar yang mulai Chili Peppers terima, kemudian, menyebabkan Frusciante merasa sangat tidak nyaman, dan dia dengan tiba-tiba berhenti dari band selama tur album di Jepang. Band merekrut gitaris Arik Marshall untuk menyelesaikan jadwal tur yang tersisa.
Marshall diberhentikan pada akhir tur, dan band memasukkan mantan gitaris Jane's Addiction, Dave Navarro untuk merekam album baru. Kiedis sedang di tengah situasi kembali ke kebisaaan buruknya akan heroin, yang memaksa Flea untuk mengambil alih peran sebagai penulis lirik, sesuatu yang belum selesai ia lakukan. Dia menulis hampir seluruh lagu "Transcending", dan intro untuk "Deep Kick". Flea juga menulis
lirik-lirik untuk keseluruhan lagu; "Pea", dimana dia juga bermain bass dan menyanyi. Ketiga lagu ini muncul dalam album keenam Chili Peppers', "One Hot Minute", yang dirilis pada tanggal 12 September 1995. album tersebut menerima tinjauan yang beragam dan secara signifikan secara komersial kurang sukses dibandingkan "Blood Sugar Sex Magik". Tur "One Hot Minute" akhirnya dibatalkan karena berbagai macam luka yang dialami
Kiedis dan Smith, dan the Red Hot Chili Peppers kemudian memutuskan untuk istirahat. Flea mulai berlatih yoga, dan perlahan-lahan mengurangi penggunaan ganja. Selama ketidakaktifan Chili Peppers', Flea bergabung dengan Navarro dalam tur reuni Jane's Addiction pada tahun 1997, mengisi posisi basis mantan Jane's Addiction, Eric Avery. Gosip beredar bahwa band tersebut sudah bubar, hingga Navarro menyatakan hal
sebaliknya: "Saya ingin mengklarifikasi bahwa Chili Peppers tidak bubar... Flea dan saya sangat gembira untuk melakukan kedua proyek, selama waktu memungkinkan."
Flea juga memiliki rencana untuk merekam album solo. Ia meminta manajer Chili Peppers, Lindy Goetz untuk membantunya mempromosikan rekaman dan karier solonya kedepan. Flea akhirnya melupakan ide karena ia sedang membantu memberikan permainan bassnya untuk musisi-musisi lain. Ia muncul di lebih dari empat puluh rekaman dari tahun 1995 hingga 1998, mulai dari "Jagged Little Pill"nya Alanis
Morissette hingga ke debut album solo mantan bassis Minutemen,Mike Watt, "Ball-Hog or Tugboat?". Ia juga bekerja dengan Tori Amos dan Michael Stipe pada lagu soundtrack untuk film Johnny Depp tahun 1995 "Don Juan DeMarco". Navarro diberhentikan dari Chili Peppers pada tahun 1998, dan Flea menanyakan apakah Red Hot Chili Peppers masih akan tetap bersama atau tidak: "... satu-satunya cara yang dapat saya bayangkan untuk tetap bertahan
adalah jika kita mendapatkan John [Frusciante] kembali masuk ke dalam band." Frusciante telah menyelesaikan rehabilitasi narkobanya pada tahun 1997 setelah suatu kecanduan heroin dankokain parah hampir merenggut nyawanya. Flea mengunjungi Frusciante pada awal tahun 1998, mengundangnya kembali ke Chili Peppers; yang kemudian secara emosional dengan senang hati diterima Frusciante.
Band, dengan Frusciante kembali mengisi posisi gitar, mulai menulis lagu-lagu baru selama musim panas tahun 1998 di garasi Flea. Dia dan Kiedis saat itu kurang percaya diri dalam menciptakan album, setelah hasil yang mengecawakan dari "One Hot Minute". Flea juga kemudian berpisah dengan pacarnya selama dua tahun, Marissa Pouw, yang menyebabkannya berada dalam periode depresi, yang hanya bisa terangkat ketika anak perempuannya, Clara, menghiburnya setelah beberapa minggu menangis.
Flea sangat dipengaruhi electronica selama menulis dan merekam "Californication" dan ia berniat untuk menerapkannya ketika menulis nada bass untuk album. "Californication" membutuhkan kurang dari dua minggu untuk merekam; berlawanan dengan, "One Hot Minute" membutuhkan waktu setahun. Ketika "Californication" dirilis pada tanggal 8 June 1999, album tersebut menerima tinjauan kritikal yang luar bisaa positif dan terjual