Universitas Mulawarman
memiliki 5 Fakultas, yakni: Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik, Fakultas Ekonomi, Fakultas Pertanian, Fakultas Kehutanan, dan Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan.
Mulai tahun 1983 Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik Jurusan Sosiatri dan Fakultas Ekonomi di Balikpapan tidak lagi menerima mahasiswa baru. Mahasiswa lama di Balikpapan diberi kesempatan untuk menyelesaikan pendidikannya di Balikpapan dan secara berangsur-angsur akhirnya semua kegiatan baik akademik maupun administratif, diselenggarakan di Samarinda. Kemudian pada tanggal 3 Desember 1985 didirikanlah Politeknik Universitas Mulawarman di Samarinda.
Sejak tahun 1990, Universitas Mulawarman mendirikan beberapa fakultas baru, yaitu: Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan pada tahun 1996, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam sebagai program studi pada 30 Agustus 2001 dan sebagai fakultas pada 3 Mei 2006, Fakultas Kedokteran sebagai program studi pada 25 September 2001 dan sebagai fakultas pada 7 Mei 2008, Fakultas Hukum pada tahun 2005,
Fakultas Kesehatan Masyarakat pada tahun 2005, Fakultas Teknik pada tahun 2007, Fakultas Farmasi pada tahun 2008, dan Fakultas Ilmu Budaya pada tahun 2009.
Selain itu, pada tanggal 28 April 1997, Politeknik Universitas Mulawarman membentuk perguruan tinggi tersendiri yang disebut Politeknik Negeri Samarinda.
Sejak tahun 1997, Universitas Mulawarman dipimpin oleh Prof. Ir. H. Rachmad Hernadi, M.Sc sebagai rektor keempat yang menjabat selama 2 periode sejak 1997 hingga 2005 dan dilanjutkan oleh Prof. Dr. Ir. Achmad Ariffien Bratawinata, M.Agr sebagai rektor kelima Universitas Mulawarman mulai tahun 2005 hingga tahun 2010.
Pada tahun 2010 Universitas Mulawarman membuka Fakultas Teknologi Informasi dan KomunikasiSurat Keputusan Menteri Pendidikan Nasional Nomor 28/D/O/2010.
Pemilihan Rektor pada tanggal 19 April 2010 memilih Prof. Dr. H. Zamruddin Hasid, S.E., sebagai Rektor Universitas Mulawarman yang baru, menggantikan Prof. Dr. Ir. Achmad Ariffien Bratawinata, M.Agr yang sempat tertunda karena usulan perubahan status Universitas Mulawarman menjadi Badan Hukum Pendidikan Pemerintah. Dia menjabat selama satu periode dan kemudian digantikan oleh Prof. Dr. H. Masjaya, M.Si berdasarkan hasil Pemilihan Rektor 19 Juli 2014
Daftar nama pimpinan Universitas Mulawarman Lambang Universitas Mulawarman berupa perisai dengan warna dasar hijau yang melambangkan ilmu pengetahuan. Di dalamnya terdapat jalinan rotan dengan warna kuning menunjukkan persatuan yang terjalin antara berbagai suku dan aliran yang terdapat di Indonesia, dengan perahu yang berwarna hitam putih, melingkari sisi-sisi lingkaran yang membawa
guci berwarna putih-cokelat menyatakan akan kewajiban Universitas untuk mengembangkan dan mengamalkan ilmu pengetahuan. Guci itu sendiri, khususnya di pedalaman Kalimantan Timur, adalah tempat menyimpan barang-barang keramat atau untuk menyimpan tulang-belulang nenek moyang. Guci melambangkan wadah untuk menyimpan ilmu pengetahuan yang harus dikembangkan dan disampaikan kepada
putra-putri Indonesia. Perahu tadi berlayar pada tiga garis putih berombak di bawah perahu, karena seperti diketahui, kota Samarinda tempat Universitas Mulawarman berdiri, terletak di pinggir sungai Mahakam. Roda gigi berwarna kuning yang melingkari perahu menunjukkan zaman berada dalam taraf kemajuan teknik yang luar biasa, namun tetap berkepribadian.
Hingga saat ini Universitas Mulawarman memiliki beberapa program studi yang terbagi dalam 14 fakultas dan 1 program pascasarjana yang dapat dilihat pada daftar di bawah ini:
Daftar nama pejabat dekan fakultas atau direktur program beserta warna bendera Ada beberapa fasilitas dan layanan yang tersedia, yang sebagian besar berada di kampus Gunung Kelua: asrama mahasiswa, auditorium, Balai Bahasa (di kampus Flores), bank dan ATM (Bank Negara Indonesia, Bank Muamalat, Bank Tabungan Negara, Bank Kaltim dan Bank Mandiri), fasilitas olahraga berupa lapangan sepak bola Kurusetra dan Gelanggang Olah Raga 27 September,
meliputi lapangan basket, bulu tangkis, tenis, dan voli, serta panjat tebing dan jalur joging, klinik Fakultas Kedokteran, koperasi mahasiswa, masjid Al-Fatihah, pusat kegiatan mahasiswa, radio Metro Mulawarman, satuan pengamanan dan wisma tamu.
Beberapa layanan dikelola dalam unit pelaksana teknis: Balai Bahasa, Distance Learning, Hutan Penelitian dan Pendidikan Bukit Soeharto, Kebun Raya Universitas Mulawarman Samarinda, Laboratorium Ilmu Dasar, Matakuliah Pengembangan Kepribadian, Pembinaan Manajemen Bisnis, Pengembangan Masyarakat Pedesaan Berbasis Sumberdaya Alam dan Lingkungan, Perbatasan, Perpustakaan Universitas Mulawarman, Pusat Komputer, Pusat Pengembangan Akademik dan Instruksional, Pusat Perhutanan Sosial, dan Pusat Studi dan Reboisasi Hutan Tropika Lembab.
Balai Bahasa Universitas Mulawarman didirikan pada tahun 1973 di kampus Flores. Balai Bahasa memiliki misi sebagai pusat pelayanan dan pelatihan bagi mahasiswa dan staf pengajar Universitas Mulawarman, dalam rangka meningkatkan pengetahuan, kemampuan dan keterampilan menyimak serta menggunakan bahasa asing, khususnya bahasa Inggris secara lisan maupun tulisan. Balai Bahasa menyediakan kursus bahasa Inggris mulai dari Children Class hingga TOEFL Preparation dan juga kursus bahasa Jepang.
Kebun Raya Universitas Mulawarman Samarinda (KRUS) yang merupakan hutan alam yang vegetasinya didominasi oleh jenis-jenis famili "Dipterocarpaceae" memliki luas 300 hektar di Tanahmerah. Kebun Raya ini mempunyai fungsi utama sebagai sarana penelitian dan pendidikan, rekreasi alam dan juga sebagai hutan konservasi yang memiliki keanekaragaman hayati yang alami, baik flora maupun fauna.
Hutan penelitian dan pendidikan Bukit Soeharto terletak di Kabupaten Kutai Kartanegara dan Kabupaten Penajam Paser Utara dengan luas 20271 hektar. Pengelolaannya diberikan kepada Universitas Mulawarman sejak tanggal 4 Juni 2004. Hutan Bukit Soeharto memiliki beberapa tipe ekosistem antara lain, hutan campuran "Dipterocarpaceae" dataran rendah, hutan kerangas, hutan pantai, semak belukar dan
alang-alang. Taman Hutan Raya Bukit Soeharto merupakan tempat sebaran beberapa jenis flora [ meranti ("Shorea spp."), keruing ("Dipterocarpus sp."), mahang ("Hypoleuca sp."), mengkungan ("Gigantea sp."), hora ("Ficus sp."), medang ("Lauraceae"), kapur ("Dryobalanops spp."), kayu tahan ("Anisoptera costata"), nyatoh ("Palaquium spp."), keranji ("Dialium spp."),
dan perupuk ("Laphopetalum solenospermum")], serta fauna [ orang utan ("Pongo pygmaeus"), beruang madu ("Helarctos malayanus"), macan dahan ("Neofelis nebulosa"), dan landak ("Hystrix brachyura")]. Selain itu terdapat di fasilitas rehabilitasi orangutan di Pusat Reintroduksi Orangutan Wanariset Samboja, dan objek wisata pantai Tanahmerah Samboja.
Perpustakaan Universitas Mulawarman memiliki 89090 judul dalam 202151 eksemplar buku teks, majalah, surat kabar, buletin, laporan penelitian, laporan kerja sama penelitian, skripsi, thesis, disertasi, laporan Kuliah Kerja Nyata dan Praktik Pengalaman Lapangan.
Pusat Perhutanan Sosial didirikan pada tanggal 1 Juli 1997 dengan mandat untuk mendukung pemanfaatan dan pengelolaan sumber daya hutan, sebagai bagian integral dari program pembangunan nasional, yang sekaligus berkontribusi terhadap kesejahteraan manusia global dan lingkungan yang sehat. Oleh karena itu sejak berdirinya, Pusat Perhutanan Sosial telah diupayakan untuk mengarahkan kegiatannya dalam
pengembangan kurikulum, penelitian, kegiatan pelatihan perpanjangan di Kehutanan Sosial dalam menanggapi isu-isu yang berkembang dan permintaan untuk sistem pengelolaan hutan berkelanjutan yang berusaha memperhatikan baik kelestarian sumber daya hutan dan kesejahteraan penghuni hutan serta manfaat umum bagi pemangku kepentingan hutan lainnya.