Nas Laut Mati
Teori Qumran-Sektarian merupakan variasi dari teori Qumran-Eseni. Pokok utama perbedaannya dari teori Qumran-Eseni adalah keraguan untuk menghubungkan secara khusus Gulungan Naskah Laut Mati dengan kaum Eseni. Sebagian besar pendukung teori Qumran-Sektarian memahami bahwa sekelompok kaum Yahudi yang tinggal di atau dekat Qumran bertanggung jawab atas Gulungan Naskah Laut Mati tersebut, tetapi belum tentu dapat disimpulkan kalau kaum sektarian tersebut adalah Eseni.
José O'Callaghan Martnez, seorang Yesuit Spanyol, berpendapat bahwa salah satu fragmen (7Q5) merupakan bagian teks Perjanjian Baru dari Injil Markus, pasal 6, ayat 52-53. Teori ini difalsifikasi pada tahun 2000 melalui analisis paleografik dari fragmen tertentu.
Dalam beberapa tahun terakhir, Robert Eisenman telah mengembangkan teori bahwa beberapa gulungan naskah menggambarkan komunitas Kristen awal. Eisenman juga berpendapat bahwa karier Yakobus sang Orang Benar dan Rasul Paulus sesuai dengan peristiwa-peristiwa yang tercatat dalam beberapa dokumen ini.
Beberapa akademisi berpendapat bahwa gulungan-gulungan naskah tersebut merupakan buatan kaum Yahudi yang tinggal di Yerusalem, yang menyembunyikan gulungan-gulungan tersebut dalam gua-gua dekat Qumran saat melarikan diri dari kejaran orang-orang Romawi selama kehancuran Yerusalem pada tahun 70 M. Karl Heinrich Rengstorf lebih dahulu mengusulkan bahwa Naskah Laut Mati
berasal dari perpustakaan Bait Suci Yahudi di Yerusalem. Di kemudian hari Norman Golb mengusulkan bahwa gulungan-gulungan tesebut berasal dari beberapa perpustakaan di Yerusalem, dan belum tentu perpustakaan Bait Suci Yerusalem. Para pendukung teori ini merujuk pada keragaman pemikiran dan tulisan tangan di antara gulungan-gulungan tesebut sebagai bukti untuk menentang teori yang menyatakan
bahwa Qumran adalah daerah asal gulungan-gulungan tersebut. Beberapa arkeolog juga menerima teori mengenai asal usul gulungan tersebut selain dari Qumran, termasuk Yizhar Hirschfeld dan baru-baru ini Yizhak Magen dan Yuval Peleg, yang mana semuanya menganggap bahwa peninggalan Qumran tersebut berasal dari sebuah benteng Hashmonayim yang digunakan kembali selama periode-periode selanjutnya.
Suatu variasi khusus dari teori Qumran-Sektarian yang memiliki popularitas tinggi belakangan ini adalah karya Lawrence Schiffman, yang mengusulkan bahwa komunitas tersebut dipimpin sekelompok imam Zadokit (Saduki). Dokumen terpenting yang digunakan untuk mendukung pandangan ini adalah "Miqsat Ma'ase Ha-Torah" (4QMMT), yang mana mengutip hukum-hukum kemurnian
(misalnya perpindahan kenajisan) sama dengan apa yang disebut dalam tulisan-tulisan para rabi kepada orang-orang Saduki. 4QMMT juga memunculkan kembali suatu kalender festival yang mengikuti prinsip-prinsip Saduki perihal penanggalan hari-hari festival tertentu.
Beberapa fragmen dan gulungan naskah dipublikasikan lebih awal. Sebagian besar naskah berukuran panjang berupa gulungan-gulungan yang lebih lengkap dipublikasikan segera setelah penemuannya. Semua tulisan dari Gua 1 tampil di media cetak antara tahun 1950 dan 1956; yang dari delapan gua lainnya dirilis tahun 1963; dan Gulungan Kitab Mazmur dari Gua 11 diterbitkan tahun 1965.
Kemudian langsung dilanjutkan dengan terjemahan naskah-naskah tersebut ke dalam bahasa Inggris.
Penerbitan gulungan-gulungan tersebut membutuhkan waktu beberapa dasawarsa, dan berbagai penundaan telah menjadi sumber kontroversi akademik. Gulungan-gulungan tersebut berada dalam kendali sekelompok kecil akademisi yang dipimpin oleh John Strugnell, sedangkan sebagian besar akademisi tidak memiliki akses atasnya dan bahkan atas foto-foto teks tersebut. Para akademisi seperti
Hershel Shanks, Norman Golb, dan banyak lainnya berargumen selama puluhan tahun demi penerbitan teks-teks tersebut agar tersedia bagi para peneliti. Kontroversi ini berakhir tahun 1991, ketika Perhimpunan Arkeologi Biblika dapat menerbitkan "Edisi Reproduksi dari Naskah Laut Mati", setelah suatu campur tangan dari pemerintah Israel dan Otorita Antikuitas Israel (IAA). Pada tahun 1991 Emanuel Tov ditunjuk
sebagai ketua Yayasan Naskah Laut Mati, dan disusul dengan penerbitan gulungan-gulungan naskah tersebut pada tahun yang sama.
Sebagian besar gulungan-gulungan naskah tersebut terdiri atas fragmen-fragmen yang kecil dan rapuh, yang mana banyak kalangan menganggap penerbitannya terlalu lambat. Selama karya penerjemahan dan perangkaian awal oleh para akademisi melalui Museum Rockefeller, dari tahun 1950-an sampai 1960-an, akses ke dokumen-dokumen yang belum dipublikasikan hanya terbatas pada komite editorial.
Isi dari gulungan-gulungan tersebut diterbitkan dalam serial 40 jilid oleh Oxford University Press antara tahun 1955 dan 2005, dan dikenal sebagai Discoveries in the Judaean Desert ("Penemuan di Gurun Yudea"). Pada tahun 1952, Dinas Antikuitas Yordania membentuk suatu tim akademisi untuk memulai penelitian, perangkaian, dan penerjemahan gulungan-gulungan naskah tersebut dengan maksud menerbitkannya.
Terbitan awalnya, yang mana dirangkai oleh Dominique Barthélemy dan Józef Milik, diterbitkan dengan judul Qumran Cave 1 pada tahun 1955. Setelah serangkaian penerbitan lainnya pada akhir 1980-an dan awal 1990-an, serta dengan ditunjuknya Emanuel Tov (seorang akademisi tekstual berkebangsaan Belanda Israel) sebagai pemimpin redaksi Proyek Penerbitan Naskah Laut Mati pada tahun 1990,
penerbitan gulungan-gulungan tersebut menjadi lebih cepat. Tim pimpinan Tov berhasil menerbitkan 5 jilid yang meliputi dokumen-dokumen dari Gua 4 pada tahun 1995. Antara tahun 1990 dan 2009, Tov telah membantu tim tersebut menerbitkan 32 jilid. Volume XL, sebagai jilid akhir, diterbitkan pada tahun 2009.
Pada tahun 1991, Ben Zion Wacholder dan Martin Abegg, para peneliti di Hebrew Union College di Cincinnati, Ohio, mengumumkan pembuatan sebuah program komputer yang menggunakan gulungan-gulungan naskah yang telah diterbitkan sebelumnya untuk merekonstruksi teks-teks yang belum diterbitkan. Para pejabat Perpustakaan Huntington di San Marino, California, yang dipimpin oleh Kepala Perpustakaan William Andrew Moffett, mengumumkan bahwa mereka akan mengizinkan para
peneliti untuk memiliki akses tanpa batas pada set lengkap foto gulungan-gulungan tersebut yang merupakan milik perpustakaan itu. Pada musim gugur tahun itu, Wacholder menerbitkan 17 dokumen yang telah direkonstruksi pada tahun 1988 dari sebuah konkordansi dan diterima oleh para akademisi di luar Tim Internasional; pada bulan yang sama, berlangsung penerbitan suatu set lengkap reproduksi dari
materi-materi Gua 4 di Perpustakaan Huntington. Setelah itu para pejabat Otorita Antikuitas Israel setuju untuk melepas pembatasan yang mereka lakukan sejak lama atas penggunaan gulungan-gulungan tersebut.
Setelah beberapa penundaan lebih lanjut, William John Cox selaku pengacara mewakili seorang "klien yang dirahasiakan", yang menyediakan satu set lengkap foto-foto yang belum dipublikasikan, dan dikontrak untuk penerbitan foto-foto tersebut. Robert Eisenman dan James M. Robinson mengindeks foto-foto tersebut dan menulis sebuah pengantar untuk A Facsimile Edition of the Dead Sea Scrolls (Edisi Reproduksi dari Naskah Laut Mati) yang diterbitkan
oleh Perhimpunan Arkeologi Biblika pada tahun 1991. Menyusul penerbitan Edisi Reproduksi tersebut, Profesor Elisha Qimron menggugat Hershel Shanks, Eisenman, Robinson, dan Perhimpunan Arkeologi Biblika karena pelanggaran hak cipta atas salah satu gulungan naskah tersebut, yaitu MMT, yang mana merupakan hasil penguraiannya. Pengadilan Negeri Yerusalem memenangkan gugatan Qimron pada bulan September
1993. Pengadilan tersebut mengeluarkan suatu perintah yang melarang publikasi teks yang telah diuraikan itu, dan memerintahkan para terdakwa untuk membayar Qimron sejumlah ILS 100000 atas pelanggaran hak cipta dan hak atribusi. Para terdakwa mengajukan banding ke Mahkamah Agung Israel, yang kemudian menyetujui keputusan pengadilan negeri tersebut, pada bulan Agustus