มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย

Question: มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย เปิดสอนตั้งแต่ระดับชั้นใด ?

ระวังสับสนกับ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย

มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย (มจร.) คือสถาบันการศึกษาพระพุทธศาสนาชั้นสูงในรูปแบบมหาวิทยาลัย [1] ได้รับพระมหากรุณาธิคุณจากพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงสถาปนาขึ้นเพื่อถวายแด่คณะสงฆ์ฝ่ายมหานิกาย โดยเริ่มจัดการเรียนการสอนด้านพุทธศาสตร์เป็นสาขาแรก แล้วต่อมาได้ขยายการเรียนการสอนไปยังสาขาวิชาอื่นๆ คล้ายกับรูปแบบการก่อตั้ง มหาวิทยาลัยปารีส ประเทศฝรั่งเศส และมหาวิทยาลัยออกซฟอร์ด ประเทศอังกฤษ ที่เริ่มต้นจากสาขาด้านศาสนาแล้วขยายไปยังสาขาอื่นอีกมายมาย
มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ถือกำเนิดจาก "มหาธาตุวิทยาลัย" [2] ที่พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้สถาปนาขึ้นภายในวัดมหาธาตุฯ เมื่อปี พ.ศ. 2430 โดยเริ่มทำการสอนตั้งแต่ปี พ.ศ. 2432 ต่อมาได้พระราชทานนามใหม่ว่า "มหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย" เมื่อคราวทรงสถาปนาอาคารสังฆิกเสนาสน์ราชวิทยาลัยในปี พ.ศ. 2439 โดยทรงตั้งพระทัยจะให้เป็นสถาบันการศึกษาชั้นสูงของพระสงฆ์[3][4] การดำเนินงานของวิทยาลัยได้เริ่มต้นอย่างจริงจังเมื่อ พ.ศ. 2490 โดยพระพิมลธรรม (ช้อย ฐานทตฺตเถร) และมีการดำเนินงานมาตามลำดับจนได้รับการยกฐานะให้เป็นมหาวิทยาลัยในกำกับของรัฐในปี พ.ศ. 2540 ตามความในพระราชบัญญัติ<b data-parsoid='{"dsr":[2774,2814,3,3]}'>มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย พ.ศ. 2540[5] อธิการบดีรูปปัจจุบัน คือพระราชปริยัติกวี (สมจินต์ สมฺมาปญฺโญ)[6],ศาสตราจารย์,ดร. 
มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย เป็นมหาวิทยาลัยรัฐที่มีบทบาทโดดเด่นในการส่งเสริมการศึกษาด้านพระพุทธศาสนาที่สำคัญแห่งหนึ่งของโลก[7] และเป็นมหาวิทยาลัยศูนย์กลางการศึกษาด้านพุทธศาสตร์ที่สำคัญของคณะสงฆ์ไทย มีการจัดตั้งวิทยาเขต, วิทยาลัยสงฆ์, ศูนย์วิทยบริการและห้องเรียน กระจายไปทั่วทุกภูมิภาคของประเทศ ปัจจุบัน เปิดการเรียนการสอนใน 4 คณะ ครอบคลุมทั้งระดับปริญญาพุทธศาสตรบัณฑิตจนถึงปริญญาพุทธศาสตรดุษฏีบัณฑิต หลักสูตรนานาชาติและภาษาอังกฤษ รวมทั้งสิ้น 33 สาขาวิชา[8] นอกจากนี้ ยังได้จัดตั้งสถาบันวิจัยขึ้นภายในมหาวิทยาลัยเพื่อดำเนินการวิจัยในด้านพุทธศาสตร์ประยุกต์ด้วย[9]
นิสิตที่จบการศึกษาจากมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยในอดีต ได้รับพระกรุณาให้เข้ารับประทานปริญญาบัตรจากพระหัตถ์ของสมเด็จพระสังฆราชหรือสมเด็จพระราชาคณะฝ่ายมหานิกาย ในปัจจุบันสมเด็จพระอริยวงศาคตญาณ สมเด็จพระสังฆราช (อัมพร อมฺพโร) ทรงมีพระเมตตาธิคุณเป็นองค์ประธานในการประสาทปริญญาบัตรแก่บัณฑิต มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย
ศิษย์เก่าหลายท่าน เมื่อจบจากสถาบันแห่งนี้ได้รับการตอบรับให้เข้าศึกษาต่อในสถาบันการศึกษาชั้นนำของโลกหลายแห่ง เช่น มหาวิทยาลัยเยล ประเทศสหรัฐอเมริกา, มหาวิทยาลัยฮ่องกง, มหาวิทยาลัยฟู่ตั้น ประเทศจีน, มหาวิทยาลัยอ๊อกฟอร์ด, มหาวิทยาลัยเคมบริดจ์, มหาวิทยาลัยลอนดอน, มหาวิทยาลัยเซ็นปีเตอร์สเบิร์ก ประเทศรัสเซีย ฯลฯ
ประวัติ

 เมื่อกล่าวถึงประวัติและความเป็นมาของมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยนั้น สามารถแบ่งออกเป็น ๗ ยุค กล่าวคือ ยุคการก่อตั้งมหาวิทยาลัย ยุคเริ่มการจัดการศึกษา ยุคปรับปรุงและขยายการศึกษา ยุครับรองปริญญาบัตรและสถานะของมหาวิทยาลัย ยุคพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ยุคเข้าสู่การเป็นศูนย์กลางมหาวิทยาลัยพระพุทธศาสนานานาชาติ ยุครุ่งเรืองของของมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย โดยมีรายละเอียดดังต่อไปนี้

ยุคการก่อตั้งมหาวิทยาลัย
 พระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาจุฬาลงกรณ์ พระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ได้ทรงสถาปนามหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยขึ้น โดยให้ย้ายการสอนพระปริยัติธรรมจากศาลาบอกพระปริยัติธรรมภายในวัดพระศรีรัตนศาสดารามไปตั้งที่วัดมหาธาตุ เพื่อเป็นที่เล่าเรียนของพระสงฆ์ฝ่ายมหานิกายและคฤหัสถ์ เมื่อ พ.ศ. ๒๔๓๐ และโปรดให้เรียกว่า มหาธาตุวิทยาลัย
  มหาธาตุวิทยาลัยได้เปิดทำการสอนเป็นทางการ เมื่อวันที่ ๘ พฤศจิกายน พ.ศ. ๒๔๓๒ ต่อมา พระยาภาสกรวงศ์ เสนาบดีกระทรวงธรรมการ ได้ยกร่างพระราชบัญญัติฉบับแรกของมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย เรียกว่าร่างพระราชบัญญัติมหาธาตุวิทยาลัย ร.ศ.๑๑๑ (พ.ศ. ๒๔๓๕) ขึ้นทูลเกล้าฯ ถวายพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว เพื่อทรงนำเข้าปรึกษาในที่ประชุมเสนาบดี ร่างพระราชบัญญัติฉบับนี้ยังไม่ได้ลงพระปรมาภิไธย จึงถือว่ายังมิได้เป็นพระราชบัญญัติที่มีผลบังคับใช้แต่อย่างใด
  ประเด็นที่น่าสนใจในร่างพระราชบัญญัติฉบับนี้ซึ่งมี ๒๔ มาตราอยู่ที่มาตรา ๑ ที่กำหนดให้วิทยาลัยแห่งนี้เป็นสถานศึกษาสำหรับพระภิกษุสามเณรและคฤหัสถ์ดังนี้
  “มาตรา ๑ มหาธาตุวิทยาลัยนี้ให้ตั้งขึ้นโดยราชูปถัมภกบำรุงพระบรมพุทธศาสนาเป็นที่สั่งสอนพระบาลีคัมภีร์พระไตรปิฎก พุทธพจนภาษิต แก่ภิกษุสามเณร ฝ่ายคณะมหานิกายและคฤหัสถ์ตามแต่มีความศรัทธาจะศึกษาสืบเสาะข้อวัตรปฏิบัติพุทธภาษิตซึ่งจะได้เป็นคณาจารย์สืบไป”
  ต่อมา พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ได้โปรดให้คิดแบบสร้างถาวรวัตถุ เรียกว่า “สังฆเสนาสน์ราชวิทยาลัย” ขึ้นในวัดมหาธาตุ เพื่อใช้เป็นสถานที่บำเพ็ญพระราชกุศลพระศพสมเด็จเจ้าฟ้ามหาวชิรุณหิศ และทรงประสงค์จะอุทิศถวายถาวรวัตถุนี้เป็นสังฆิกเสนาสน์สำหรับมหาธาตุวิทยาลัย เพื่อเป็นที่เล่าเรียนพระปริยัติสัทธรรมและวิชาชั้นสูง โดยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว เสด็จพระราชดำเนินไปทรงวางศิลาก่อพระฤกษ์ เมื่อวันที่ ๑๓ กันยายน พ.ศ. ๒๔๓๙ และได้พระราชทานเปลี่ยนนามมหาธาตุวิทยาลัยเป็นมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย เพื่อเป็นการเฉลิมพระเกียรติยศของพระองค์ ตามประกาศพระราชปรารภในการก่อพระฤกษ์สังฆเสนาสน์ราชวิทยาลัย ร.ศ. ๑๑๕ (พ.ศ. ๒๔๓๙) ความตอนหนึ่งว่า



มหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยได้จัดการศึกษาพระปริยัติธรรมแผนเดิมในนามมหาธาตุวิทยาลัยตลอดมา จนกระทั่งวันที่ ๙ มกราคม พ.ศ. ๒๔๙๐ พระมหาเถรานุเถระ ฝ่ายมหานิกายจำนวน ๕๗ รูป มีพระพิมลธรรม (ช้อย ฐานทัตตเถร) เป็นประธานได้ประชุมกัน ณ ตำหนักสมเด็จ วัดมหาธาตุฯ ประกาศให้มหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ดำเนินการจัดการศึกษาในรูปมหาวิทยาลัย ตามพระราชปณิธานของพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว มหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยได้เปิดการศึกษาในรูปแบบมหาวิทยาลัย ตั้งแต่วันที่ ๑๘ กรกฎาคม พ.ศ. ๒๔๙๐ เป็นต้นมา
  ในช่วงเตรียมการประชุมพระมหาเถรานุเถระเพื่อประกาศให้มหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยจัดการศึกษาในรูปมหาวิทยาลัยนั้น หลวงวิจิตรวาทการ ได้ทำบันทึกโครงการปรับปรุงมหาธาตุวิทยาลัยหรือมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย เพื่อประกอบการพิจารณาของที่ประชุม
  บันทึกดังกล่าวนี้ หลวงวิจิตรวาทการเสนอว่า สถานศึกษาในรูปแบบมหาวิทยาลัยที่วัดมหาธาตุนี้ ถ้าใช้ชื่อมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยจะได้ประโยชน์ที่สำคัญคือมีสถานภาพเป็นมหาวิทยาลัยตามกฎหมาย หลวงวิจิตรวาทการได้อ้างประกาศพระราชปรารภในการก่อพระฤกษ์สังฆเสนาสน์ราชวิทยาลัย ร.ศ. ๑๑๕ (พ.ศ. ๒๔๓๙) แล้วสรุปประเด็นไว้ว่า
 “ชื่อมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยเป็นชื่อที่มีอยู่ในประกาศรัชกาลที่ ๕ ซึ่งมีผลเป็นกฎหมาย ถ้าใช้ชื่อนี้ได้ อาจทำให้สำนักเรามีฐานะเป็นมหาวิทยาลัยตามกฎหมาย การให้ปริญญาจะเป็นการสมบูรณ์และทางบ้านเมืองก็จะต้องรับรองฐานะของมหาวิทยาลัยนี้เท่าเทียมมหาวิทยาลัยของบ้านเมืองเอง”
อย่างไรก็ตาม แม้มหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยจะได้เปิดการศึกษาในรูปแบบมหาวิทยาลัยตั้งแต่ พ.ศ. ๒๔๙๐ เป็นต้นมา ทางบ้านเมืองก็มิได้รับรองสถานภาพให้เป็นมหาวิทยาลัยตามกฎหมาย นั่นคงเป็นเพราะว่าประกาศพระราชปรารภในการก่อพระฤกษ์สังฆเสนาสน์ราชวิทยาลัย ร.ศ.๑๑๕ (พ.ศ. ๒๔๓๙) ที่หลวงวิจิตรวาทการกล่าวถึงนั้นเป็นเพียงประกาศพระราชปรารภในการวางศิลาฤกษ์อาคารของมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ซึ่งไม่อาจถือได้ว่า เป็นพระราชบัญญัติมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย
  ด้วยเหตุที่มหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยไม่มีพระราชบัญญัติรับรองสถานภาพเป็นมหาวิทยาลัยตามกฎหมาย รัฐบาลและคณะผู้บริหารมหาวิทยาลัยจึงได้ดำเนินการต่างกรรมต่างวาระในช่วงเวลากว่า ๔๐ ปีเพื่อให้มีการตราพระราชบัญญัติรับรองสถานภาพเป็นมหาวิทยาลัยให้แก่มหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย
 ยุคริเริ่มการจัดการศึกษา

ตามที่พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงมีพระราชปณิธานในการจัดการศึกษาเพื่อพัฒนาบุคลากรของประเทศให้มีความรู้ ความเข้าใจ สามารถนำมาประยุกต์ใช้ในชีวิตประจำวัน มีความสามารถในการรักษา และเผยแผ่พระพุทธศาสนาให้มีความมั่นคงยิ่งขึ้น ในปี พ.ศ. ๒๔๘๙ พระพิมลธรรม (ช้อย ฐานทตฺตเถร) อธิบดีสงฆ์วัดมหาธาตุยุวราชรังสฤษฎิ์ รูปที่ ๑๕ มีความประสงค์จะปรับปรุงการศึกษา ภายในสถาบันการศึกษาที่เป็นอยู่ในขณะนั้นให้เจริญก้าวหน้ายิ่งขึ้น จึงมอบหมายให้ พระมหาบุญเลิศ ทตฺตสุทฺธิ ป.ธ.๘ (สมณศักดิ์สุดท้าย พระสุเมธาธิบดี อธิบดีสงฆ์วัดมหาธาตุ ฯ) อาจารย์แห่งมหาธาตุวิทยาลัย และบรรณารักษ์ห้องสมุดมหาธาตุวิทยาลัย ซึ่งกำลังปรับปรุงกิจการห้องสมุดของมหาธาตุวิทยาลัย ได้ช่วยรวบรวมความเป็นมาด้านการจัดการศึกษาของมหาธาตุวิทยาลัยทั้งปวง เพื่อเก็บไว้เป็นหลักฐานทางเอกสารของมหาธาตุวิทยาลัยสืบไป
เมื่อพระมหาบุญเลิศ ทตฺตสุทฺธิ ได้ไปติดต่อกับนายธนิต อยู่โพธิ์ หัวหน้าแผนกวรรณคดี ได้ให้ความอนุเคราะห์ด้วยดี และได้ขอความร่วมมือจากนายยิ้ม ปัณฑยางกูร หัวหน้ากองจดหมายเหตุ กรมศิลปากร ช่วยอำนวยความสะดวกอีกต่อหนึ่ง และได้พบเอกสารสำคัญที่เกี่ยวกับ มหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย เอกสารที่พบนี้ คือ ลายพระหัตถ์ ในพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงมีไปถึงหม่อมเจ้าประภากร ลงวันที่ ๒๓ กันยายน ร.ศ. ๑๑๕ ดังจะขออัญเชิญ สำเนาลายพระราชหัตถ์ มาแสดงดังต่อไปนี้
เมื่อพระมหาบุญเลิศ ทตฺตสุทฺธิ ได้พบลายพระหัตถ์นี้แล้ว ได้นำสำเนาลายพระหัตถ์ไปถวายพระพิมลธรรม (ช้อย ฐานทตฺตเถร) ซึ่งพระพิมลธรรมได้นำเรื่องนี้ไปปรึกษาหารือกับพระเถรานุเถระในวัดมหาธาตุยุวราชรังสฤษฎิ์ และต่างวัด โดยทุกรูปเห็นพ้องต้องกันว่า สมควร ที่จะได้จัดการศึกษาของพระสงฆ์ให้เป็นไปตามพระราชปณิธานที่ล้นเกล้ารัชกาลที่ ๕ ได้ทรงพระราชทานไว้* (*ความนี้ปรากฏในส่วนหนึ่งของวิทยานิพนธ์ครุศาสตรมหาบัณฑิต ชื่อเรื่อง “พัฒนาการของมหาวิทยาลัยสงฆ์ในประเทศไทย” ของ นายมนัส เกิดปรางค์, พ.ศ. ๒๕๒๗.) จนกระทั่งในที่สุดพระพิมลธรรม (ช้อย ฐานทตฺตเถร) จึงได้มีหนังสือนิมนต์พระเถระทั้งจากวัดมหาธาตุ และวัดอื่นๆ จำนวน ๕๗ รูป และฆราวาสอีกจำนวนหนึ่งมาประชุมกัน ณ หอปริยัติ วัดมหาธาตุฯ ในวันจันทร์ที่ ๒๓ ธันวาคม พ.ศ. ๒๔๘๙ เวลา ๑๗.๐๐ น. โดยถือเป็นการประชุมที่ด่วนมาก และลับเฉพาะ จะสังเกตเห็นได้ชัดก็คือหนังสือนัดประชุมออก

เมื่อวันที่ ๒๒ ธันวาคม เพื่อนิมนต์เข้าประชุมวันที่ ๒๓ ธันวาคม เป็นการออกหนังสือเชิญล่วงหน้าเพียงหนึ่งวันเท่านั้น โดยผู้ที่ได้รับอาราธนาหรือเชิญเข้าประชุมครั้งนี้ ประกอบด้วยทั้งฝ่ายบรรพชิต ๗ รูป และฆราวาส ๔ คน ซึ่งทุกท่านจะได้รับ เอกสารบันทึกโครงการปรับปรุงมหาธาตุวิทยาลัย หรือ มหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย จัดทำโดย หลวงวิจิตรวาทการ ซึ่งหลวงวิจิตรวาทการให้ถือว่าบันทึกนี้เป็นความลับ และอ่านได้เฉพาะผู้ที่ได้รับเชิญมาประชุมเท่านั้น
ต่อมาพระพิมลธรรม (ช้อย ฐานทัตตมหาเถร) อธิบดีสงฆ์วัดมหาธาตุยุวราชรังสฤษฎิ์ ในสมัยนั้นจึงจัดประชุมพระเถรานุเถระฝ่ายมหานิกาย จำนวน ๕๗ รูป เมื่อวันที่ ๙ มกราคม พ.ศ. ๒๔๙๐ และประกาศให้มหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ดำเนินการจัดการศึกษาพระไตรปิฎกและวิชาชั้นสูงในระดับมหาวิทยาลัย เปิดสอนระดับปริญญาตรี คณะพุทธศาสตร์เป็นคณะแรกเมื่อวันที่ ๑๘ กรกฎาคม พ.ศ. ๒๔๙๐ หลังจากนั้น พ.ศ. ๒๕๐๐ ได้มีการปรับเปลี่ยนระบบการวัดผลมาเป็นระบบหน่วยกิต โดยกำหนดให้นิสิตต้องศึกษา อย่างน้อย ๑๒๖ หน่วยกิต และปฏิบัติศาสนกิจ ๑ ปีก่อนรับปริญญาบัตร
ต่อมาในปี พ.ศ. ๒๕๐๕ เปิดสอนคณะครุศาสตร์ และในปี พ.ศ. ๒๕๐๖ เปิดสอนหลักสูตรแผนกอบรมครูศาสนศึกษา ระดับประกาศนียบัตรและเปิดสอน คณะเอเชียอาคเนย์ และเปลี่ยนเป็นคณะมานุษยสงเคราะห์ศาสตร์ เมื่อ พ.ศ. ๒๕๑๖ และในปี พ.ศ. ๒๕๑๒ ปรับหลักสูตรแผนกอบรมครู ศาสนศึกษาเป็นวิทยาลัยครูศาสนศึกษา และปรับเปลี่ยนหน่วยกิตเป็น ๒๐๐ หน่วยกิต อย่างไรก็ดี การจัดการเรียนการสอนช่วง ๒ ทศวรรษแรก ยังไม่ได้รับการสนับสนุนจากคณะสงฆ์และรัฐเท่าที่ควร ทำให้ประสบปัญหาด้านสถานะของมหาวิทยาลัย และงบประมาณเป็นอย่างมาก แต่ก็สามารถจัดการศึกษามาได้อย่างต่อเนื่อง
ยุคปรับปรุงและขยายการศึกษา
 ความพยายามที่จะให้มีการตราพระราชบัญญัติเกี่ยวกับมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยปรากฏขึ้นเป็นครั้งแรกใน พ.ศ. ๒๕๐๐ เมื่อรัฐบาลจอมพล ป. พิบูลสงครามได้ยกร่างพระราชบัญญัติรับรองวิทยฐานะปริญญาของมหามกุฏราชวิทยาลัย และมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย เพื่อสนองต่อสภาผู้แทนราษฎร แต่รัฐบาลของจอมพล ป. พิบูลสงคราม สิ้นสุดลงเพราะถูกยึดอำนาจการปกครอง ร่างพระราชบัญญัตินี้จึงตกไป
 ต่อมา ใน พ.ศ. ๒๕๐๙ คณะสงฆ์ได้เปิดการอบรม “พระธรรมทูตไปต่างประเทศ” ขึ้น โดยสำนักฝึกอบรมตั้งอยู่ที่วัดบวรนิเวศวิหารและมอบให้เจ้าหน้าที่ของมหามกุฏราชวิทยาลัยและมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยเป็นผู้ดำเนินงาน และให้ผู้สำเร็จการศึกษาจากมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองแห่งนี้เข้ารับการฝึกอบรมเป็นหลัก เมื่อการดำเนินงานบรรลุวัตถุประสงค์ด้วยดี จึงมีโครงการที่จะขยายการศึกษาของสำนักฝึกอบรมพระธรรมทูตขึ้นเป็นการศึกษาระดับปริญญาโทและเห็นว่า ควรจัดตั้งบัณฑิตวิทยาลัยขึ้น
 คณะอนุกรรมการที่ตั้งขึ้นมาพิจารณาเรื่องนี้ได้พบปัญหาว่า ก่อนที่จะจัดการศึกษาขั้นปริญญาโทได้นั้น การศึกษาระดับปริญญาตรีจะต้องได้รับการรับรองมิฉะนั้น ปริญญาโทก็จะไร้ความหมาย ทุกฝ่ายจึงเห็นพ้องกันว่า “จะต้องให้รัฐบาลไทยรับรองฐานะและปริญญาของมหาวิทยาลัยสงฆ์เสียก่อน” และผู้มีส่วนเกี่ยวข้องต่างเคยมีประสบการณ์ร่วมกันมาว่า ทุกครั้งที่รัฐบาลพิจารณาเรื่องการรับรองมหาวิทยาลัยสงฆ์ รัฐบาลมักอ้างว่า “มหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้ง ๒ แห่งนั้น คณะสงฆ์เองก็ยังไม่รับรอง แล้วจะให้รัฐบาลรับรองได้อย่างไร”
 คณะอนุกรรมการจึงตกลงกันว่าจะดำเนินการให้คณะสงฆ์รับรองเสียก่อน จะได้ปูพื้นฐานให้รัฐบาลรับรองต่อไป ในที่สุด ก็ได้มีคำสั่งมหาเถรสมาคมเรื่องการศึกษาของมหาวิทยาลัยสงฆ์ พ.ศ. ๒๕๑๒ โดยมติที่ประชุมมหาเถรสมาคม เมื่อวันอังคารที่ ๖ พฤษภาคม ๒๕๑๒ การที่มหาเถรสมาคมได้ออกคำสั่งนี้ถือเป็นการรับรองอย่างเป็นทางการว่ามหามกุฏราชวิทยาลัยและมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยเป็นมหาวิทยาลัยสงฆ์และถือเป็นส่วนหนึ่งของระบบการศึกษาของคณะสงฆ์ไทย
 คำสั่งมหาเถรสมาคมฉบับนี้ มี ๑๒ ข้อ สาระสำคัญอยู่ในข้อต่อไปนี้
  ข้อ ๓ นับแต่วันประกาศใช้คำสั่งนี้ ให้การศึกษาของสภาการศึกษามหามกุฏราชวิทยาลัย ในพระบรมราชูปถัมภ์ ณ วัดบวรนิเวศวิหาร และของมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ในพระบรมราชูปถัมภ์ ณ วัดมหาธาตุยุวราชรังสฤษฎิ์ ซึ่งดำเนินการอยู่แล้ว เป็นการศึกษาของคณะสงฆ์
  ข้อ ๗ ถ้าเป็นการสมควร มหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองจะร่วมกันจัดการศึกษาขั้นบัณฑิตวิทยาลัยอีกส่วนหนึ่ง โดยอนุมัติของสภาการศึกษาของคณะสงฆ์ก็ได้
  คำสั่งมหาเถรสมาคมฉบับนี้มีความสำคัญมาก เมื่อมีความพยายามที่จะให้มีการรับรองมหาวิทยาลัยสงฆ์ในระยะต่อมา เหตุผลสำคัญที่บุคคลผู้เกี่ยวข้องยกขึ้นชี้แจงต่อรัฐบาลคือ การอ้างถึงคำสั่งมหาเถรสมาคมฉบับนี้ และการดำเนินงานเกี่ยวกับการศึกษาของมหาวิทยาลัยสงฆ์ ก็ได้อาศัยคำสั่งมหาเถรสมาคม พ.ศ. ๒๕๑๒ เป็นฐาน
  ใน พ.ศ. ๒๕๑๕ จอมพลถนอม กิตติขจร เป็นหัวหน้าคณะปฏิวัติบริหารประเทศหัวหน้าฝ่ายอำนวยการศึกษาและสาธารณสุขของคณะปฏิวัติได้ตั้งคณะอนุกรรมการขึ้นมาคณะหนึ่งเพื่อพิจารณาเรื่องมหาวิทยาลัยสงฆ์ ประกอบด้วยอนุกรรมการ ๗ ท่าน มี นายจวน เจียรนัย เป็นประธาน นายระบิล สีตสุวรรณ เป็นรองประธานเลขาธิการมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย คือ พระธรรมคุณาภรณ์ (เกี่ยว อุปเสโณ) เป็นอนุกรรมการ พระศรีวิสุทธิโมลี (ประยุทธ์ ปยุตฺโต) ได้เข้าร่วมประชุม ผลของการประชุมของคณะอนุกรรมการทำให้มีการร่างประกาศคณะปฏิวัติ ๑๐ ข้อเพื่อรับรองสถานภาพมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองแห่ง แต่ในระหว่างที่ดำเนินการอยู่นั้น คณะปฏิวัติได้สิ้นสุดลงเพราะมีการประกาศใช้รัฐธรรมนูญ พ.ศ. ๒๕๑๕ ร่างประกาศคณะปฏิวัติฉบับนี้จึงค้างอยู่
  จอมพลถนอมได้กลับมาเป็นนายกรัฐมนตรีในระบบรัฐธรรมนูญการปกครองราชอาณาจักรไทย พ.ศ. ๒๕๑๕ มีสภานิติบัญญัติแห่งชาติทำหน้ที่ออกพระราชบัญญัติ ได้มีการนำประกาศคณะปฏิวัติ พ.ศ. ๒๕๑๕ กลับมาพิจารณาและปรับเปลี่ยนเป็นร่างพระราชบัญญัติเพื่อรับรองสถานภาพของมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองแห่ง คณะรัฐมนตรีมีมติเห็นชอบร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์เมื่อวันที่ ๒ ตุลาคม พ.ศ. ๒๕๑๖ แต่ยังไม่ทันได้เสนอสภานิติบัญญัติ รัฐบาลจอมพลถนอม กิตติขจรสิ้นสุดลงเพราะเกิดวันมหาวิปโยคในวันที่ ๑๔ ตุลาคม พ.ศ. ๒๕๑๖ ร่างพระราชบัญญัตินี้จึงตกไป
  สมัยรัฐบาลของนายกรัฐมนตรีสัญญา ธรรมศักดิ์ ได้มีการเสนอร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์เข้าสู่ที่ประชุมคณะรัฐมนตรีเมื่อวันที่ ๘ มกราคม พ.ศ. ๒๕๑๗ คณะรัฐมนตรีได้มีมติให้รอเรื่องนี้ไว้ก่อน ต่อมาเมื่อวันที่ ๒๙ มกราคม พ.ศ. ๒๕๑๗ คณะรัฐมนตรีมีมติรับหลักการร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ โดยกำหนดนโยบายไว้ว่า สถาบันการศึกษาที่จะให้ปริญญาได้ต้องปรับปรุงวิธีการและหลักสูตร
  กระทรวงศึกษาธิการจึงได้แต่งตั้งคณะกรรมการขึ้นมาชุดหนึ่งเรียกว่าคณะกรรมการปรับปรุงวิธีการและหลักสูตรมหาวิทยาลัยสงฆ์ให้สามารถให้ปริญญาได้โดยสมบูรณ์ ประกอบด้วยกรรมการ ๑๔ ท่าน มี นายจรูญ วงศ์สายัณห์ เป็นประธานกรรมการจากมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย คือ พระพรหมคณาภรณ์ (เกี่ยว อุปเสโณ) พระราชวรมุนี (ประยุทธ์ ปยุตฺโต) พระมหาเสถียร ถิรญาโณ และนายจำนงค์ ทองประเสริฐ
  คณะกรรมการชุดนี้ประชุม ๘ ครั้ง ได้ยกร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ ๒ ฉบับ คือพระราชบัญญัติมหามกุฎราชวิทยาลัยและพระราชบัญญัติมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย กล่าวเฉพาะร่างพระราชบัญญัติมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยนั้น มี ๔๕ มาตรา สาระสำคัญคือการรับรองสถานภาพเป็นมหาวิทยาลัย ดังความในมาตรา ๕ ว่า “ให้มหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยเป็นนิติบุคคล มีฐานะเป็นสถาบันการศึกษาของคณะสงฆ์ ได้รับความอุปถัมภ์และอำนาจบริหารงานจากรัฐ โดยทางกระทรวงศึกษาธิการ” คณะรัฐมนตรีมีมติรับหลักการร่างพระราชบัญญัติเมื่อวันที่ ๘ ตุลาคม พ.ศ. ๒๕๑๗ และส่งให้คณะกรรมการกฤษฎีกาพิจารณา เมื่อคณะกรรมการกฤษฎีกาพิจารณาเสร็จก็ได้มีการเปลี่ยนแปลงรัฐบาล ร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์จึงค้างอยู่
  ในสมัยรัฐบาลถัดมาซึ่งมี หม่อมราชวงศ์คึกฤทธิ์ ปราโมช เป็นนายกรัฐมนตรี นายนิพนธ์ ศศิธร รัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการได้นำเอาร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ที่คณะกรรมการกฤษฎีกาพิจารณาแล้วในสมัยรัฐบาลนายสัญญา ธรรมศักดิ์ เสนอต่อสภาผู้แทนราษฎร ร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองฉบับมีชื่อว่า ร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยมหามกุฎราชวิทยาลัยและร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย พระราชบัญญัติแต่ละฉบับมี ๕๖ มาตรา สาระสำคัญยังคงเป็นเรื่องการรับรองสถานภาพเป็นมหาวิทยาลัย ประเด็นที่น่าสนใจคือมาตรา ๔๑ ความว่า “ผู้สอนในมหาวิทยาลัยมีดังนี้ คือ (๑) ปวราจารย์ ซึ่งอาจเป็นปวราจารย์ประจำหรือ ปวราจารย์พิเศษ (๒) วราจารย์ (๓) อาจารย์ ซึ่งอาจเป็นอาจารย์ประจำหรืออาจารย์พิเศษ”
  ในวันที่ ๒๒ สิงหาคม พ.ศ. ๒๕๑๘ สภาผู้แทนราษฎรลงมติในวาระที่ ๑ รับหลักการร่างพระราชบัญญัติทั้งสองฉบับด้วยคะแนนเสียงเป็นเอกฉันท์และมอบให้คณะกรรมาธิการการศึกษาพิจารณาแปรญัตติ คณะกรรมาธิการการศึกษาซึ่งมีนายปรีชา เพ็ชรสิงห์ เป็นประธานได้ใช้เวลานานถึง ๔ เดือนในการประชุมเพียง ๔ ครั้ง พิจารณาร่างพระราชบัญญัติทั้งสองฉบับ พระราชวรมุนี (ประยุทธ์ ปยุตฺโต) รองเลขาธิการมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยเป็นผู้แทนจากมหาวิทยาลัยเข้าชี้แจงในที่ประชุมคณะกรรมาธิการ หลังจากพิจารณาแปรญัตติเสร็จแล้ว ประธานคณะกรรมาธิการการศึกษาได้ทำหนังสือลงวันที่ ๒๘ พฤศจิกายน พ.ศ. ๒๕๑๘ แจ้งประธานสภาผู้แทนราษฎรว่า คณะกรรมาธิการได้พิจารณาร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์เสร็จแล้ว และขอให้เสนอที่ประชุมสภาผู้แทนราษฎรพิจารณาต่อไป สภาผู้แทนราษฎรไม่มีโอกาสพิจารณาร่างพระราชบัญญัติฉบับนี้เพราะได้มีพระราชกฤษฎีกายุบสภาเสียก่อน ร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองฉบับจึงตกไปอย่างน่าเสียดาย
  ในสมัยรัฐบาลของหม่อมราชวงศ์เสนีย์ ปราโมช สมาชิกสภาผู้แทนราษฎร ๒ ท่านคือ นายประมวล กุลมาตย์และนายเปลื้อง พลโยธา ได้ยกร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยมหามกุฎราชวิทยาลัยและร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยขึ้นมาคนละ ๒ ฉบับ เนื้อหาสาระและหลักการยังคงเป็นเช่นเดียวกับฉบับที่ตกไปในรัฐบาลก่อน สมาชิกสภาผู้แทนราษฎรทั้งสองท่านได้เสนอร่างพระราชบัญญัติดังกล่าวต่อสภาผู้แทนราษฎร เนื่องจากเป็นร่างพระราชบัญญัติที่เกี่ยวด้วยการเงิน รัฐบาลได้ขอรับร่างพระราชบัญญัตินี้ไปพิจารณาก่อนภายในกำหนดเวลา ๖ เดือน ในขั้นตอนหาข้อมูลเพื่อประกอบการพิจารณาของรัฐบาลนี้ สำนักเลขาธิการคณะรัฐมนตรีได้มีหนังสือลงวันที่ ๙, ๑๐ และ ๑๑ มิถุนายน พ.ศ. ๒๕๑๙ แจ้งให้กระทรวงศึกษาธิการเสนอความเห็นเกี่ยวกับร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองแห่งของนายประมวล กุลมาตย์และนายเปลื้อง พลโยธา
  กระทรวงศึกษาธิการได้มีคำสั่งที่ ๓๘๐/๒๕๑๙ ลงวันที่ ๘ สิงหาคม พ.ศ. ๒๕๑๙ ตั้งคณะกรรมการพิจารณาร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองแห่ง มีกรรมการมหาเถรสมาคมรูปหนึ่งร่วมเป็นกรรมการอยู่ด้วย เรื่องพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์จึงถูกส่งเข้าสู่การพิจารณาของมหาเถรสมาคม
  เมื่อวันที่ ๓๐ สิงหาคม พ.ศ. ๒๕๑๙ มหาเถรสมาคมประชุมครั้งที่ ๒๑/๒๕๑๙ ได้พิจารณาร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองแห่ง และได้มีมติตั้งคณะกรรมการคณะหนึ่ง จำนวน ๑๕ ท่าน เพื่อพิจารณาเรื่องนี้โดยเฉพาะ
  ต่อมาในวันที่ ๒๑ กันยายน พ.ศ. ๒๕๑๙ นายประจวบ คำบุญรัตน์ รองอธิบดีกรมการศาสนา ได้เสนอความเห็นถวายมหาเถรสมาคมว่า สมควรยกร่างพระราชบัญญัติฉบับใหม่ในรูปของพระราชบัญญัติการศึกษาสงฆ์ที่มีเนื้อหาครอบคลุมการศึกษาสงฆ์ทุกระดับ
  มหาเถรสมาคมได้ประชุมครั้งพิเศษในวันจันทร์ที่ ๒๗ กันยายน พ.ศ. ๒๕๑๙ มีมติให้กรมการศาสนาดำเนินการเกี่ยวกับร่างพระราชบัญญัติการศึกษาแห่งสงฆ์เสนอกระทรวงศึกษาธิการเพื่อตราเป็นพระราชบัญญัติต่อไป ต่อมาในวันที่ ๖ ตุลาคม พ.ศ. ๒๕๑๙ คณะปฏิรูปการปกครองได้ยึดอำนาจการปกครองจากรัฐบาลหม่อมราชวงศ์เสนีย์ ปราโมช การดำเนินการเกี่ยวกับร่างพระราชบัญญัติการศึกษาแห่งสงฆ์จึงชะงักไป
  ในพ.ศ. ๒๕๒๐ สมัยรัฐบาลที่ นายธานินทร์ กรัยวิเชียร เป็นนายกรัฐมนตรี ดร.ภิญโญ สาธร รัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการเห็นว่า พระราชบัญญัติการศึกษาแห่งสงฆ์ควรให้คณะสงฆ์ดำเนินการจัดทำ จึงมอบหมายให้กรมการศาสนานำร่างพระราชบัญญัติเกี่ยวกับการศึกษาของสงฆ์ทุกฉบับซึ่งรวมถึงร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองแห่งเสนอมหาเถรสมาคมพิจารณาเลือกหรือแก้ไขเพิ่มเติมหรือร่างขึ้นใหม่เพียงฉบับเดียว
  มหาเถรสมาคมได้พิจารณาในคราวประชุมครั้งที่ ๓/๒๕๒๐ เมื่อวันที่ ๓๑ มกราคม พ.ศ. ๒๕๒๐ มีมติเลือกร่างพระราชบัญญัติการศึกษาแห่งสงฆ์เพื่อดำเนินการต่อไป ในที่สุดมหาเถรสมาคมได้ประชุมครั้งที่ ๑๑/๒๕๒๐ เมื่อวันที่ ๑๐ พฤษภาคม พ.ศ. ๒๕๒๐ รับหลักการและเสนอร่างพระราชบัญญัติการศึกษาแห่งสงฆ์ให้กระทรวงศึกษาธิการดำเนินการ
  กระทรวงศึกษาธิการได้นำร่างพระราชบัญญัติฉบับนี้เสนอในการประชุมคณะรัฐมนตรี เมื่อวันที่ ๒๕ พฤษภาคม พ.ศ. ๒๕๒๐ คณะรัฐมนตรีมีมติรับหลักการแล้วส่งต่อให้คณะกรรมการกฤษฎีกาพิจารณา คณะกรรมการกฤษฎีกาพิจารณาแก้ไขจากที่มหาเถรสมาคมร่างมา ๑๗ มาตรา เพิ่มเป็น ๒๗ มาตราแล้ว ส่งกลับมาที่มหาเถรสมาคม ที่ประชุมมหาเถรสมาคมพิจารณาเห็นว่ามีการแก้ไขมาก จึงตั้งคณะกรรมการขึ้นมาคณะหนึ่ง จำนวน ๙ ท่านเพื่อพิจารณาร่างพระราชบัญญัติการศึกษาแห่งสงฆ์ที่คณะกรรมการกฤษฎีกาแก้ไข ร่างพระราชบัญญัตินี้ค้างการพิจารณาของมหาเถรสมาคมนานถึง ๓ ปี จนกระทั่งสำนักงานเลขาธิการคณะรัฐมนตรีมีหนังสือลงวันที่ ๑๙ สิงหาคม พ.ศ. ๒๕๒๓ แจ้งกระทรวงศึกษาธิการว่า สำนักงานคณะกรรมการกฤษฎีกาได้มีหนังสือเตือนเรื่องการพิจารณาร่างพระราชบัญญัติการศึกษาแห่งสงฆ์ ๒ ครั้งแล้วยังไม่ได้คำตอบ จึงเห็นสมควรระงับการพิจารณา
ยุครับรองปริญญาบัตรและสถานะของมหาวิทยาลัย
 ต่อมาในวันที่ ๒๕ กุมภาพันธ์ พ.ศ. ๒๕๒๖ สมัยรัฐบาลของพลเอกเปรม ติณสูลานนท์ นายชำเลือง วุฒิจันทร์ อธิบดีกรมการศาสนา ได้นำเรื่องการรับรองวุฒิเปรียญธรรม ๙ ประโยคและปริญญาตรีของมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองแห่งเสนอกระทรวงศึกษาธิการเพื่อพิจารณาดำเนินการ นายสมาน แสงมะลิ ปลัดกระทรวงศึกษาธิการได้เสนอเรื่องนี้ต่อที่ประชุมอธิบดี เมื่อวันที่ ๑ มิถุนายน พ.ศ. ๒๕๒๖ ที่ประชุมอธิบดีมีมติเห็นชอบในหลักการที่จะรับรองวุฒิเปรียญธรรม ๙ ประโยคและปริญญาตรีจากมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองแห่ง และมอบหมายให้กรมการศาสนาดำเนินงานโดยให้ประสานงานกับทบวงมหาวิทยาลัยและสำนักงานคณะกรรมการข้าราชการพลเรือน (ก.พ.)
   สำนักงานคณะกรรมการข้าราชพลเรือนเสนอว่า ก่อนที่จะรับรองวุฒิเปรียญธรรม ๙ ประโยคและปริญญาตรีจากมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองแห่ง กระทรวงศึกษาธิการควรเทียบวุฒิเปรียญธรรมประโยคต่างๆ กับวุฒิการศึกษาตามหลักสูตรมัธยมศึกษาในระบบโรงเรียน จากนั้นก็ได้มีประกาศกระทรวงศึกษาธิการลง วันที่ ๒๒ สิงหาคม พ.ศ. ๒๕๒๖ เรื่องการเทียบความรู้วุฒิเปรียญธรรม ดังนี้ คือ เปรียญธรรม ๓ ประโยค (ป.ธ.๓) เทียบเท่ามัธยมศึกษาตอนต้น (ม.๓) และเปรียญธรรม ๕ ประโยค (ป.ธ.๕) เทียบเท่ามัธยมศึกษาตอนปลาย (ม.๖)
   ต่อมาในวันที่ ๙ กันยายน ๒๕๒๖ นายสวัสดิ์ คำประกอบ สมาชิกสภาผู้แทนราษฎรได้เสนอร่างพระราชบัญญัติกำหนดวิทยฐานะผู้สำเร็จวิชาการพระพุทธศาสนาเพื่อเข้าสู่การพิจารณาของสภาผู้แทนราษฎร ร่างพระราชบัญญัติฉบับนี้คล้ายกับพระราชบัญญัติกำหนดวิทยฐานะผู้สำเร็จวิชาการทหาร พ.ศ. ๒๔๙๗ และพระราชบัญญัติกำหนดวิทยฐานะผู้สำเร็จวิชาการตำรวจ พ.ศ. ๒๕๑๗ สาระสำคัญของร่างพระราชบัญญัติฉบับนี้คือกำหนดให้เปรียญธรรม ๙ ประโยคและปริญญาตรีของมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองแห่งมีศักดิ์และสิทธิเท่าปริญญาตรีของมหาวิทยาลัยทั่วไป
   สำนักงานเลขาธิการรัฐสภาได้ส่งร่างพระราชบัญญัติฉบับนี้ให้สำนักงานเลขาธิการคณะรัฐมนตรีพิจารณาล่วงหน้า สำนักงานเลขาธิการคณะรัฐมนตรีได้ส่งเรื่องให้กระทรวงศึกษาธิการพิจารณาเมื่อวันที่ ๒๘ กันยายน พ.ศ. ๒๕๒๖ และกระทรวงศึกษาธิการส่งเรื่องต่อให้กรมการศาสนาพิจารณา เมื่อวันที่ ๒ ตุลาคม พ.ศ. ๒๕๒๖
   กรมการศาสนาพิจารณาแก้ไขร่างพระราชบัญญัติแล้วส่งเรื่องกลับกระทรวงศึกษาธิการ กระทรวงศึกษาธิการได้ทำเรื่องเสนอต่อไปยังสำนักงานเลขาธิการคณะรัฐมนตรี เมื่อวันที่ ๑๘ พฤศจิกายน พ.ศ. ๒๕๒๖
   ในวันที่ ๒๗ มีนาคม พ.ศ. ๒๕๒๗ คณะรัฐมนตรีซึ่งมี พลเอกเปรม ติณสูลานนท์ เป็นนายกรัฐมนตรี ได้พิจารณาร่างพระราชบัญญัติกำหนดวิทยฐานะผู้สำเร็จวิชาการพระพุทธศาสนา พ.ศ....ของกระทรวงศึกษาธิการแล้วมีมติรับหลักการและให้ส่งคณะกรรมการกฤษฎีกาพิจารณาต่อไป
   ในวันที่ ๑๒ พฤษภาคม พ.ศ. ๒๕๒๗ สมาคมศิษย์เก่ามหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยได้จัดประชุมสัมมนาเรื่องสถานภาพของมหาวิทยาลัยสงฆ์ ณ สำนักธรรมวิจัยโดยอาราธนาพระราชวรมุนี (ประยุทธ์ ปยุตฺโต) บรรยายเรื่อง “ความเป็นมาของพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์” ที่ประชุมได้เสนอให้ตั้งคณะกรรมการประสานงานของพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ขึ้นมาคณะหนึ่ง มีนายจำนงค์ ทองประเสริฐ เป็นประธาน
   คณะกรรมการชุดนี้ประชุมครั้งแรกเมื่อวันที่ ๒๗ พฤษภาคม พ.ศ. ๒๕๒๗ ที่ประชุมแสดงความห่วงใยว่าร่างพระราชบัญญัติกำหนดวิทยฐานะผู้สำเร็จวิชาการพระพุทธศาสนาที่คณะรัฐมนตรีเห็นชอบนั้นไม่มีการรับรองสถานภาพมหาวิทยาลัยสงฆ์สาระสำคัญอยู่ที่การรับรองวุฒิเปรียญธรรม ๙ ประโยคและปริญญาตรีจากมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองแห่ง ที่ประชุมได้รับทราบมติของคณะกรรมการกฤษฎีกาที่ว่าร่างพระราชบัญญัติฉบับนี้ไม่สามารถรับรองสถานภาพของมหาวิทยาลัยสงฆ์เพราะมีเรื่องการรับรองวุฒิเปรียญธรรม ๙ ประโยคพ่วงเข้ามา
   ในวันที่ ๔ กรกฎาคม พ.ศ. ๒๕๒๗ ที่ประชุมสภาผู้แทนราษฎรครั้งที่ ๑๑/๒๕๒๗ ได้พิจารณาร่างพระราชบัญญัติกำหนดวิทยฐานะผู้สำเร็จวิชาการพระพุทธศาสนา พ.ศ....ซึ่งมี ๔ ฉบับคือร่างพระราชบัญญัติที่เสนอโดยรัฐบาล นายสวัสดิ์ คำประกอบ นายนิยม วรปัญญา นายณรงค์ นุ่นทอง แล้วมีมติรับหลักการและตั้งคณะกรรมาธิการวิสามัญคณะหนึ่งเพื่อพิจารณาโดยใช้ร่างของรัฐบาลเป็นหลัก คณะกรรมาธิการวิสามัญจำนวน ๒๕ ท่าน มีนายสัมพันธ์ ทองสมัคร เป็นประธาน นายชำเลือง วุฒิจันทร์ เป็นเลขานุการ และมีนายจำนงค์ ทองประเสริฐ นายสิริ เพ็ชรไชย นายมาณพ พลไพรินทร์ ร่วมเป็นกรรมาธิการในคณะนี้ คณะกรรมาธิการใช้เวลาพิจารณาเพียง ๑ เดือนก็เสนอสภาผู้แทนราษฎร
   ในวันที่ ๓๑ สิงหาคม พ.ศ. ๒๕๒๗ ที่ประชุมสภาผู้แทนราษฎรครั้งที่ ๒/๒๕๒๗ (สมัยวิสามัญ) ได้ลงมติเห็นชอบในวาระที่ ๒ และ ๓ แล้วให้เสนอต่อวุฒิสภาเพื่อพิจารณา
  ในวันที่ ๓ กันยายน พ.ศ. ๒๕๒๗ วุฒิสภาพิจารณาให้ความเห็นชอบผ่านร่างพระราชบัญญัติฉบับนี้ พระมหากษัตริย์ทรงลงพระปรมาภิไธยในร่างพระราชบัญญัติฉบับนี้ โดยมีพลเอกประจวบ สุนทรางกูร รองนายกรัฐมนตรี เป็นผู้รับสนองพระบรมราชโองการเมื่อวันที่ ๒๗ กันยายน พ.ศ. ๒๕๒๗ พระราชบัญญัติฉบับนี้มี ๑๓ มาตรา ประกาศในราชกิจจานุเบกษาฉบับพิเศษ เล่ม ๑๐๑ ตอนที่ ๑๔๐ วันที่ ๘ ตุลาคม พ.ศ. ๒๕๒๗
   สาระสำคัญของพระราชบัญญัติฉบับนี้คือรับรองวิทยฐานะเปรียญธรรม ๙ ประโยค และปริญญาตรีของมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองแห่งให้มีศักดิ์และสิทธิเท่าปริญญาตรีของมหาวิทยาลัยทั่วไปและให้มีคณะกรรมการการศึกษาของคณะสงฆ์เป็นผู้ควบคุมดูแลการจัดการศึกษามหาวิทยาลัยสงฆ์

ยุคพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย
พระราชบัญญัติกำหนดวิทยฐานะผู้สำเร็จการศึกษาวิชาพระพุทธศาสนา พ.ศ. ๒๕๒๗ ทำให้มหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยเติบโตอย่างรวดเร็ว จากที่เคยมีวิทยาเขตเพียงหนึ่งแห่งใน พ.ศ. ๒๕๒๗ ได้มีวิทยาเขตเพิ่มขึ้นเป็น ๙ แห่งใน พ.ศ. ๒๕๓๔ มหาวิทยาลัยตั้งบัณฑิตวิทยาลัยใน พ.ศ. ๒๕๓๑ และเปิดการศึกษาระดับปริญญาโทในปีเดียวกัน ปัญหาที่ตามก็คือการที่มหาวิทยาลัยไม่มีสถานภาพเป็นนิติบุคคลตามกฎหมายทำให้การประสานงานกับวิทยาเขตหละหลวม ทั้งในด้านบริหารทั่วไปและการบริหารงบประมาณ นอกจากนี้ พระราชบัญญัติกำหนดวิทยฐานะผู้สำเร็จการศึกษาวิชาการพระพุทธศาสนา พ.ศ. ๒๕๒๗ รับรองวิทยฐานะเฉพาะปริญญาตรี ไม่รับรองวิทยฐานะปริญญาโทที่เปิดสอนแล้วนั้น มหาวิทยาลัยจึงไม่สามารถขยายการศึกษาถึงระดับปริญญาเอก
  เพื่อแก้ไขข้อขัดข้องดังกล่าวมา ผู้บริหารมหาวิทยาลัยจึงเห็นพ้องต้องกันว่าจะดำเนินการเพื่อให้ได้มาซึ่งสถานภาพเป็นมหาวิทยาลัยที่สมบูรณ์ตามกฎหมายจุดเริ่มต้นแห่งความพยายามที่เป็นรูปธรรมคือการกำหนดนโยบายไว้ในแผนพัฒนามหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ระยะที่ ๗ (พ.ศ. ๒๕๓๕-๒๕๓๙) ว่า “พัฒนามหาวิทยาลัยให้มีสถานภาพสมบูรณ์ตามกฎหมาย” และมีมาตรารองรับว่า “ดำเนินการให้ตราพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย” แผนพัฒนามหาวิทยาลัยนี้เริ่มใช้ตั้งแต่เดือนตุลาคม พ.ศ. ๒๕๓๕ การดำเนินการที่เป็นระบบเพื่อให้ได้มาซึ่งพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ยกใหม่จึงเริ่มต้นในปีนั้น
  วันที่ ๑๑ ธันวาคม พ.ศ. ๒๕๓๕ นายปราโมทย์ สุขุม รัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงศึกษาธิการของรัฐบาลที่มีนายชวน หลีกภัย เป็นนายกรัฐมนตรี ได้เดินทางพร้อมคณะมาเยี่ยมชมกิจการของมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย เพื่อรับทราบปัญหาเกี่ยวกับการบริหารงานของมหาวิทยาลัยด้วยตนเอง รัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงศึกษาธิการได้ประชุมร่วมกับผู้บริหารระดับสูงของมหาวิทยาลัยนำโดยพระสุเมธาธิบดี (บุญเลิศ ทตฺตสุทฺธิ) นายกสภามหาวิทยาลัย และพระอมรเมธาจารย์ (นคร เขมปาลี) อธิการบดี ที่ตำหนักสมเด็จ วัดมหาธาตุฯ ผู้บริหารระดับสูงของมหาวิทยาลัยได้ชี้แจงให้ทราบถึงปัญหาสำคัญที่มหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยประสบอยู่ในขณะนั้น คือปัญหาเกี่ยวกับสถานภาพของมหาวิทยาลัยที่ยังไม่เป็นนิติบุคคลตามกฎหมายและปัญหาหลายอย่างที่ตามมา โดยเฉพาะปัญหาด้านงบประมาณและการขยายการศึกษาให้สูงถึงระดับปริญญาโทและปริญญาเอก รัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงศึกษาธิการรับว่าจะสนับสนุนการดำเนินการเรื่องพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย
  ต่อมาในวันที่ ๒๕ ธันวาคม พ.ศ. ๒๕๓๕ คณะกรรมาธิการศาสนาศิลปะและวัฒนธรรม นำโดยนายอำนวย สุวรรณคีรี ประธานกรรมาธิการ และนายดุสิต โสภิตชา รองประธานกรรมาธิการ ได้มาเยี่ยมชมกิจการของมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย และประชุมร่วมกับนายกสภามหาวิทยาลัย อธิการบดี รองอธิการบดี และคณบดี ที่ตำหนักสมเด็จ วัดมหาธาตุฯ คณะกรรมาธิการรับว่าจะดำเนินการเรื่องพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย
  ในวันที่ ๙ กุมภาพันธ์ พ.ศ. ๒๕๓๖ มหาวิทยาลัยได้มีคำสั่งที่ ๑๔๙/๒๕๓๖ แต่งตั้งคณะกรรมการดำเนินงานเกี่ยวกับร่างพระราชบัญญัติมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย จำนวน ๑๑ ท่าน มีพระอมรเมธาจารย์ อธิการบดี เป็นประธาน คณะกรรมการได้ประชุมครั้งแรก ณ ตำหนักสมเด็จ วัดมหาธาตุฯ เมื่อวันที่ ๒๒ กุมภาพันธ์ พ.ศ. ๒๕๓๖
  คณะกรรมาธิการศาสนาศิลปะและวัฒนธรรมมอบหมายให้นายประเทือง เครือหงศ์ เลขานุการคณะกรรมาธิการยกร่างพระราชบัญญัติสถาบันมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยและมหามกุฏราชวิทยาลัย มี ๗๕ มาตรา สาระสำคัญของร่างพระราชบัญญัติฉบับนี้ คือ มหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองแห่งมีสภามหาวิทยาลัยร่วมกันเพียงสภาเดียวเรียกว่า สภาสถาบันเหมือนกับสถาบันราชภัฏ ๓๖ แห่งที่มีสภาสถาบันเพียงสภาเดียว เมื่อยกร่างเสร็จแล้ว นายอำนวย สุวรรณคีรี ได้ส่งร่างพระราชบัญญัติฉบับนี้ถึงนายปราโมทย์ สุขุม รัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงศึกษาธิการ เมื่อวันที่ ๑ มีนาคม พ.ศ. ๒๕๓๖ และได้มีหนังสือลงวันที่ ๒ มีนาคม พ.ศ. ๒๕๓๖ แจ้งให้มหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยทราบเรื่องร่างพระราชบัญญัตินี้เช่นกัน
  ในวันที่ ๘ มีนาคม พ.ศ. ๒๕๓๖ คณะผู้บริหารระดับสูงของมหามกุฏราชวิทยาลัย ประกอบด้วย พระเทพวราจารย์ พระราชธรรมนิเทศ พระกวีวรญาณ และพระอมรโมลี มาประชุม ณ ตำหนักสมเด็จ วัดมหาธาตุฯ ร่วมกับคณะผู้บริหารระดับสูงของมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยนำโดย พระสุเมธาธิบดี พระอมรเมธาจารย์ พระเมธีธรรมาภรณ์ พระครูวรกิจจาภรณ์ และพระมหาสมชัย กุสลจิตฺโต เพื่อกำหนดแนวทางดำเนินการเกี่ยวกับพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ร่วมกัน ที่ประชุมมีมติให้ยกร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองฉบับเหมือนกับที่เคยผ่านสภาผู้แทนราษฎรเมื่อ พ.ศ. ๒๕๑๘
  ต่อมา ในวันที่ ๑๐ มีนาคม พ.ศ. ๒๕๓๖ คณะผู้บริหารมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยและคณะผู้บริหารมหามกุฏราชวิทยาลัยได้เข้าประชุมร่วมกับคณะกรรมาธิการการศาสนา ศิลปะและวัฒนธรรม ที่กรมการศาสนา มีนายปราโมทย์ สุขุม เป็นประธาน เพื่อพิจารณาร่างพระราชบัญญัติสถาบันที่คณะกรรมาธิการได้ยกร่างเสร็จเรียบร้อยแล้ว ที่ประชุมมีมติให้ยกร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์แยกกันเป็นสองฉบับ คือ ร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยมหามกุฏราชวิทยาลัยและร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย
  ในวันที่ ๑๒ มีนาคม พ.ศ. ๒๕๓๖ คณะผู้บริหารมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยได้ไปร่วมประชุมกับคณะผู้บริหารมหามกุฏราชวิทยาลัยที่วัดบวรนิเวศวิหาร เพื่อพิจารณากำหนดแนวทางร่วมกันในการผลักดันร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์
  ในวันที่ ๑๕ เมษายน พ.ศ. ๒๕๓๖ นายประเทือง เครือหงศ์ เลขานุการคณะกรรมาธิการการศาสนาศิลปะและวัฒนธรรมได้ส่งร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์สองฉบับ คือ ร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยมหามกุฏราชวิทยาลัยและร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยที่ปรับปรุงแก้ไขแล้วถึงนายปราโมทย์ สุขุม รัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงศึกษาธิการ
  ในวันที่ ๒๒ เมษายน พ.ศ. ๒๕๓๖ พระเมธีธรรมาภรณ์ (ประยูร ธมฺมจิตฺโต) รองอธิการบดีฝ่ายวิชาการ นำเรื่องปรึกษาสภามหาวิทยาลัยในการประชุมครั้งที่ ๔/๒๕๑๖ เรื่องตำแหน่งทางวิชาการที่จะกำหนดในพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ สภามหาวิทยาลัยมีมติให้ใช้แบบสากลนิยม คือ ผู้ช่วยศาสตราจารย์ รองศาสตราจารย์ และศาสตราจารย์
  ในวันที่ ๒๙ เมษายน พ.ศ. ๒๕๓๖ นายปราโมทย์ สุขุม รัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงศึกษาธิการได้ส่งร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองฉบับถึงนายสัมพันธ์ ทองสมัคร รัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการเพื่อพิจารณาดำเนินการต่อไป นายสัมพันธ์ ทองสมัครได้ทำบันทึกถึงนายโกวิท วรพิพัฒน์ ปลัดกระทรวงศึกษาธิการว่า เรื่องนี้สำคัญละเอียดอ่อนควรขอความเห็นจากคณะผู้บริหารมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองแห่งเกี่ยวกับเรื่องนี้ ปลัดกระทรวงศึกษาธิการได้ทำบันทึกถึง นายสุรัฐ ศิลปอนันต์ รองปลัดกระทรวงศึกษาธิการให้นิมนต์และเชิญประชุมผู้ที่เกี่ยวข้องกับเรื่องนี้ เช่น ผู้แทนมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ผู้แทนมหามกุฏราชวิทยาลัย นายอำนวย สุวรรณคีรี อธิบดีกรมการศาสนา อธิบดีกรมวิชาการ อธิบดีกรมสามัญศึกษา เลขาธิการการประถมศึกษาแห่งชาติ ในวันที่ ๒๑ พฤษภาคม พ.ศ. ๒๕๓๖ เพื่อพิจารณาเรื่องพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์โดยเฉพาะผู้แทนมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยที่เข้าร่วมประชุมในครั้งนี้คือ พระอมรเมธาจารย์ อธิการบดี พระเมธีธรรมาภรณ์ รองอธิการบดีฝ่ายวิชาการ พระครูศรีวรนายก รองอธิการบดีฝ่ายบริหาร และพระมหาโกวิทย์ สิริวณฺโณ รองอธิการบดีฝ่ายกิจการวิทยาเขต
  ในวันที่ ๔ พฤษภาคม พ.ศ. ๒๕๓๖ นายอำนวย สุวรรณคีรี ในฐานะสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรได้เสนอร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยมหามกุฏราชวิทยาลัยและร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยที่คณะกรรมาธิการศาสนาศิลปะและวัฒนธรรมยกร่างไว้นั้นต่อประธานสภาผู้แทนราษฎร
  ประธานสภาผู้แทนราษฎรพิจารณาแล้ววินิจฉัยว่า ร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองฉบับเป็นร่างพระราชบัญญัติเกี่ยวด้วยการเงินเพราะรัฐต้องจัดสรรและโอนงบประมาณรายจ่ายของแผ่นดินมาดำเนินกิจการมหาวิทยาลัยสงฆ์ จึงสั่งการให้ส่งเรื่องไปยังนายกรัฐมนตรีเพื่อพิจารณารับรอง เลขาธิการสภาผู้แทนราษฎรจึงส่งร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองฉบับถึงเลขาธิการคณะรัฐมนตรี เมื่อวันที่ ๗ พฤษภาคม พ.ศ. ๒๕๓๖ เพื่อคณะรัฐมนตรีพิจารณาล่วงหน้า
  ในวันที่ ๑๒ พฤษภาคม พ.ศ. ๒๕๓๖ เลขาธิการคณะรัฐมนตรีมีหนังสือถามความเห็นเกี่ยวกับร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ไปที่กระทรวงศึกษาธิการและทบวงมหาวิทยาลัย ทบวงมหาวิทยาลัยมีหนังสือตอบลงวันที่ ๑๖ มิถุนายน พ.ศ. ๒๕๓๖
  ในวันที่ ๒๗ กันยายน พ.ศ. ๒๕๓๖ นายปราโมทย์ สุขุม รัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงศึกษาธิการได้เสนอร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์สองฉบับต่อเลขาธิการคณะรัฐมนตรีเพื่อถือเป็นร่างของรัฐบาล
  ในวันที่ ๔ ตุลาคม พ.ศ. ๒๕๓๖ นายวิษณุ เครืองาม เลขาธิการคณะรัฐมนตรีมีหนังสือถามความเห็นเกี่ยวกับร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ไปที่ทบวงมหาวิทยาลัย สำนักงบประมาณกระทรวงการคลังและสำนักนายกรัฐมนตรี
  ในเดือนตุลาคม พ.ศ. ๒๕๓๖ กรมการศาสนาทำหนังสือแจ้งปลัดกระทรวงศึกษาธิการว่า กรมการศาสนาได้นำเรื่องพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองแห่งเสนอที่ประชุมมหาเถรสมาคมและที่ประชุมคณะกรรมการการศึกษาของคณะสงฆ์ทุกฝ่ายเห็นชอบในหลักการของร่างพระราชบัญญัติทั้งสองฉบับในเดือนตุลาคมนั่นเอง กระทรวงศึกษาธิการแจ้งเลขาธิการคณะรัฐมนตรีว่า ร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองฉบับมีความเหมาะสมชอบด้วยหลักการและเหตุผล
  ในวันที่ ๑๖ ตุลาคม พ.ศ. ๒๕๓๖ มหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยได้มีคำสั่งแต่งตั้งคณะกรรมการประสานงานร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยขึ้นมาอีกชุดหนึ่ง เพิ่มจำนวนกรรมการเป็น ๒๑ ท่าน มีพระอมรเมธาจารย์ อธิการบดีเป็นประธาน มีพระเมธีธรรมาภรณ์และพระครูศรีวรนายก เป็นรองประธาน ทำหน้าที่ติดต่อประสานงานให้ร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยผ่านการพิจารณาของรัฐสภา
  ในวันที่ ๒๘ พฤศจิกายน พ.ศ. ๒๕๓๖ นายวิษณุ เครืองาม เลขาธิการคณะรัฐมนตรีมีหนังสือถึงนายบัญญัติ บรรทัดฐาน รองนายกรัฐมนตรี สรุปความว่า ทบวงมหาวิทยาลัย สำนักงบประมาณ กระทรวงการคลัง และสำนักนายกรัฐมนตรีพิจารณาแล้วเห็นควรสนับสนุนร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ โดยทบวงมหาวิทยาลัยเสนอว่ามหาวิทยาลัยสงฆ์ควรอยู่ภายใต้การกำกับดูแลของทบวงมหาวิทยาลัย
  ในวันที่ ๒๑ ธันวาคม พ.ศ. ๒๕๓๖ ที่ประชุมคณะรัฐมนตรีพิจารณาร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองฉบับ คณะรัฐมนตรีตั้งข้อสังเกตว่า การจะให้มหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองแห่งบริหารด้วยตนเองตามระบบเดิมจะมีประสิทธิภาพและเหมาะสมกว่าการกำหนดให้อยู่ภายใต้ระบบราชการหรือไม่ และเป็นการสมควรหรือไม่ที่มหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองแห่งจะอยู่ภายใต้การกำกับดูแลของทบวงมหาวิทยาลัย รัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการขอถอนร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ไปแก้ไขปรับปรุงใหม่ก่อนที่จะเสนอคณะรัฐมนตรีพิจารณาอีกครั้ง
  ในวันที่ ๒๔ ธันวาคม พ.ศ. ๒๕๓๖ เลขาธิการคณะรัฐมนตรี มีหนังสือแจ้งมติคณะรัฐมนตรีไปที่ทบวงมหาวิทยาลัยและกระทรวงศึกษาธิการเพื่อให้พิจารณาตกลงเรื่องหน่วยงานที่จะกำกับดูแลมหาวิทยาลัยสงฆ์
  ในวันที่ ๑๐ มกราคม พ.ศ. ๒๕๓๗ คณะผู้บริหารระดับสูงของมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย มีอธิการบดีเป็นประธาน ได้ประชุม ณ ตำหนักสมเด็จ วัดมหาธาตุ พิจารณาสาเหตุที่ร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ไม่ผ่านที่ประชุมคณะรัฐมนตรี ผู้บริหารระดับสูงมีมติให้ส่งผู้แทนมหาวิทยาลัยไปประสานงานกับรัฐมนตรีและรัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงศึกษาธิการอย่างใกล้ชิด
  ในวันที่ ๑๓ มกราคม พ.ศ. ๒๕๓๗ กรมการศาสนาได้เสนอคณะกรรมการการศึกษาของคณะสงฆ์ในการประชุมครั้งที่ ๑/๒๕๓๗ ให้แต่งตั้งคณะอนุกรรมการยกร่างหรือปรับปรุงแก้ไขพระราชบัญญัติกำหนดวิทยฐานะผู้สำเร็จวิชาการพระพุทธศาสนา พ.ศ. ๒๕๒๗ ที่ประชุมมีมติเห็นชอบให้ดำเนินการแต่งตั้งคณะอนุกรรมการดังกล่าว จำนวน ๑๒ ท่าน
  วันที่ ๑๗ มกราคม พ.ศ. ๒๕๓๗ คณะผู้บริหารมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยนำโดยอธิการบดีได้เข้าพบนายสัมพันธ์ ทองสมัคร รัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการเพื่อหาทางออกให้กับร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ ในการพบครั้งนี้ได้มีข้อตกลงให้มหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยและมหามกุฏราชวิทยาลัย ส่งผู้แทนแห่งละ ๕ ท่าน ไปประชุมปรึกษาหารือกับผู้แทนจากกระทรวงศึกษาธิการและผู้แทนจากทบวงมหาวิทยาลัยเพื่อตกลงในประเด็นเรื่องการกำกับดูแลมาหาวิทยาลัยสงฆ์
  วันที่ ๑ มีนาคม พ.ศ. ๒๕๓๗ สมเด็จพระสังฆราช สกลมหาสังฆปริณายก ในฐานะองค์ประธานเสนอคณะกรรมการการศึกษาของคณะสงฆ์ มีพระบัญชาแต่งตั้งคณะอนุกรรมการยกร่างหรือปรับปรุงแก้ไขพระราชบัญญัติกำหนดวิทยฐานะผู้สำเร็จวิชาการพระพุทธศาสนา พ.ศ. ๒๕๒๗ จำนวน ๑๒ ท่าน มีพระราชธรรมนิเทศ เป็นประธาน และมีนายมาณพ พลไพรินทร์ ผู้อำนวยการกองศาสนาศึกษา เป็นกรรมการและเลขานุการ
  ในวันที่ ๑๔ มีนาคม พ.ศ. ๒๕๓๗ ผู้แทนมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ๕ รูป นำโดยอธิการบดีและผู้แทนมหามงกุฏราชวิทยาลัย ๕ รูป ไปประชุมร่วมกับคณะอนุกรรมการยกร่างหรือปรับปรุงแก้ไขพระราชบัญญัติกำหนดวิทยฐานะผู้สำเร็จวิชาการพระพุทธศาสนา พ.ศ. ๒๕๒๗ ที่กรมการศาสนา ที่ประชุมมีมติให้กระทรวงศึกษาธิการมีคำสั่งแต่งตั้งคณะอนุกรรมการและผู้แทนมหาวิทยาลัยสงฆ์แห่งละ ๕ รูปนั้นเป็นกรรมการชุดใหญ่มีหน้าที่พิจารณาพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์และพระราชบัญญัติที่เกี่ยวข้อง นอกจากนี้ เลขานุการที่ประชุมยังได้เสนอว่า “ควรจะมีการแก้ไขปรับปรุงพระราชบัญญัติกำหนดวิทยฐานะผู้สำเร็จวิชาการพระพุทธศาสนา พ.ศ. ๒๕๒๗ เป็นหลัก เพราะนโยบายของท่านรัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงศึกษาธิการ มหาวิทยาลัยสงฆ์จะไม่มีสองมหาวิทยาลัยอย่างที่เป็นอยู่ในปัจจุบัน เพราะขณะนี้จะมีมหาวิทยาลัยพระพุทธศาสนาแห่งโลกเกิดขึ้นโดยตั้งงบประมาณไว้แล้ว”
  ต่อมา ทางฝ่ายเลขานุการในคณะอนุกรรมการยกร่างหรือปรับปรุงแก้ไขพระราชบัญญัติกำหนดวิทยฐานะผู้สำเร็จวิชาการพระพุทธศาสนา พ.ศ. ๒๕๒๗ ได้ยกร่างพระราชบัญญัติกำหนดวิทยฐานะผู้สำเร็จวิชาการพระพุทธศาสนา พ.ศ.....ซึ่งเป็นการแก้ไขเพิ่มเติมพระราชบัญญัติกำหนดวิทยฐานะผู้สำเร็จวิชาการพระพุทธศาสนา พ.ศ. ๒๕๒๗ ร่างพระราชบัญญัติฉบับแก้ไขเพิ่มเติมนี้กำหนดให้ผู้สำเร็จเปรียญธรรม ๙ ประโยคมีวิทยฐานะปริญญาเอก พร้อมกับรับรองวิทยฐานะปริญญาโทและปริญญาเอกในมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองแห่ง เลขานุการในคณะอนุกรรมการชุดนี้ได้มีหนังสือเชิญอนุกรรมการไปประชุมพิจารณาร่างพระราชบัญญัติฉบับดังกล่าวในวันที่ ๗ มิถุนายน พ.ศ. ๒๕๓๗
  เมื่อข่าวเรื่องร่างพระราชบัญญัติฉบับนี้แพร่ออกไป ผู้บริหารมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยเห็นว่าร่างพระราชบัญญัติฉบับนี้จะทำให้ร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์หมดความหมาย อธิการบดีจึงมีหนังสือแจ้งให้เจ้าหน้าที่และคณาจารย์ทั้งหมดเข้าร่วมเสวนาเรื่องพระราชบัญญัติมหาวิทยังสงฆ์ ณ ศูนย์วัดศรีสุดาราม ในวันที่ ๖ มิถุนายน พ.ศ. ๒๕๓๗ มหาวิทยาลัยได้เชิญนายอำนวย สุวรรณคีรี ประธานกรรมาธิการศาสนาศิลปะและวัฒนธรรม และนายดุสิต โสภิตชา รองประธานกรรมาธิการศาสนาศิลปะและวัฒนธรรมมาเป็นวิทยากรบรรยายนำ ผู้เข้าร่วมเสวนามีมติยืนยันให้เสนอร่างพระราชบัญญัติมหามกุฏราชวิทยาลัยและร่างพระราชบัญญัติมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยกลับเข้าที่ประชุมคณะรัฐมนตรี
  ในวันที่ ๑๔ มิถุนายน พ.ศ. ๒๕๓๗ ผู้แทนมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองแห่งพร้อมด้วยผู้แทนทบวงมหาวิทยาลัย สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาแห่งชาติสำนักงานข้าราชการพลเรือน สำนักงานเลขาธิการคณะรัฐมนตรี และผู้แทนกรมการศาสนาไปประชุมร่วมกับคณะกรรมาธิการศาสนาศิลปะและวัฒนธรรมที่รัฐสภาตามหนังสือเชิญของประธานคณะกรรมาธิการ ที่ประชุมมีมติให้รีบเสนอร่างพระราชบัญญัติมหามกุฏราชวิทยาลัยและร่างพระราชบัญญัติมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยเข้าที่ประชุมคณะรัฐมนตรีเพราะเวลาได้ล่วงเลยมานานแล้ว และเห็นควรให้มหาวิทยาลัยสงฆ์อยู่ในความควบคุมดูแลชองมหาเถรสมาคมและกระทรวงศึกษาธิการตามที่เคยเสนอเข้าที่ประชุมคณะรัฐมนตรี ที่ประชุมมีมติให้ผู้เกี่ยวข้องประชุมร่วมกันอีกครั้งหนึ่งที่วัดบวรนิเวศวิหารในวันที่ ๒๔ มิถุนายน พ.ศ. ๒๕๓๗
  ในวันที่ ๑๕ มิถุนายน พ.ศ. ๒๕๓๗ ผู้แทนกรมการศาสนา (นายศิริ ศิริบุตร รองอธิบดีกรมการศาสนา) ได้มีหนังสือรายงานผลการประชุมที่รัฐสภาต่อนายสัมพันธ์ ทองสมัคร รัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการ รัฐมนตรีได้ทำบันทึกท้ายหนังสือว่ามอบให้ ดร.รุ่ง แก้วแดง อธิบดีกรมการศึกษานอกโรงเรียน เป็นผู้ปรับปรุงร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ ในฐานะที่ ดร.รุ่ง แก้วแดง เป็นประธานคณะทำงานนโยบายของกระทรวงศึกษาธิการ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการได้ทำบันทึกแยกต่างหาก มอบหมายงานปรับปรุงร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์แก่ ดร.รุ่ง แก้วแดงว่า
  “เรียนคณะทำงาน (ดร.รุ่ง แก้วแดง)
  ด้วย ครม. ได้ให้ศธ. มาปรับ พ.ร.บ. จัดการศึกษาสงฆ์ ผมมอบเรื่องให้กรมการศาสนาไปนานแล้ว ยังไม่มีอะไรคืบหน้า ขอดร.รุ่ง ได้ปรับปรุงแก้ไข พ.ร.บ. ดังกล่าวให้ด้วย เมื่อพิจารณาแก้ไขแล้วเสร็จ จะได้สัมมนาหารือร่วมกันอีกสักครั้งก่อนเสนอ ครม.”
  ในวันที่ ๒๔ มิถุนายน พ.ศ. ๒๕๓๗ ผู้แทนมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองแห่งพร้อมด้วยผู้แทนของหน่วยงานที่เกี่ยวข้องได้ประชุมร่วมกับคณะกรรมาธิการศาสนาศิลปะและวัฒนธรรมที่วัดบวรนิเวศวิหารเพื่อพิจารณาปรับปรุงร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์โดยเปรียบเทียบกับร่างพระราชบัญญัติสถาบันราชภัฏ
  ในวันที่ ๑๑ กรกฎาคม พ.ศ. ๒๕๓๗ ดร.รุ่ง แก้วแดง ได้เชิญผู้แทนมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองแห่ง ประธานกรรมาธิการศาสนาศิลปะและวัฒนธรรมและผู้เกี่ยวข้องประชุมครั้งแรกที่กรมการศึกษานอกโรงเรียน เพื่อพิจารณาปรับปรุงร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ ในการประชุมครั้งนี้ ดร.รุ่ง ได้กำหนดประเด็นปัญหาไว้ ๒๕ ข้อ เพื่อหาคำตอบให้ตรงกันก่อนว่ามหาวิทยาลัยสงฆ์ต้องการอะไรเมื่อได้ประเด็น คำตอบตรงกันทุกฝ่ายแล้วจึงใช้เป็นหลักการประกอบการร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ พระเมธีธรรมาภรณ์ (ประยูร ธมฺมจิตฺโต) เป็นผู้ชี้แจงคำตอบในประเด็นปัญหาเหล่านั้นในนามของมหาวิทยาลัยสงฆ์
  ดร.รุ่ง แก้วแดง ได้ประชุมครั้งที่ ๒ ในวันที่ ๑๔ กรกฎาคม และครั้งที่ ๓ ในวันที่ ๒๕ กรกฎาคม พ.ศ. ๒๕๓๗ ผลของการประชุมทำให้ได้หลักการและคำอธิบายประกอบร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์จำนวน ๒๒ ข้อซึ่งที่ประชุมใช้เป็นกรอบในการปรับปรุงร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ ร่างพระราชบัญญัติที่ปรับปรุงใหม่นี้ได้ยึดแนวของพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีสุรนารี พ.ศ. ๒๕๓๓ และพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยวลัยลักษณ์ พ.ศ. ๒๕๓๕
  ในวันที่ ๓ สิงหาคม พ.ศ. ๒๕๓๗ ดร.รุ่ง แก้วแดง เสนอร่างพระราชบัญญัติมหามกุฏราชวิทยาลัยและร่างพระราชบัญญัติมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยที่ได้ปรับปรุงใหม่ต่อที่ประชุมอธิบดีของกระทรวงศึกษาธิการ ที่ประชุมเห็นชอบตามเสนอ
  ต่อมาในวันที่ ๕ กันยายน พ.ศ. ๒๕๓๗ รัฐมนตรีว่ากระทรวงศึกษาธิการได้ส่งร่างพระราชบัญญัติทั้งสองฉบับถึงเลขาธิการคณะรัฐมนตรีเพื่อนำเสนอคณะรัฐมนตรีพิจารณาต่อไป
  เลขาธิการคณะรัฐมนตรีได้มีหนังสือถามความเห็นไปยังกระทรวงแรงงานและสวัสดิการสังคมและสำนักงบประมาณในวันที่ ๘ กันยายน พ.ศ ๒๕๓๗
  สำนักงบประมาณทำหนังสือตอบลงวันที่ ๑๔ ตุลาคม พ.ศ. ๒๕๓๗ ยืนยันการสนับสนุนร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์
  ในวันที่ ๒๐ ตุลาคม พ.ศ. ๒๕๓๗ กระทรวงแรงงานและสวัสดิการสังคมทำหนังสือตอบเลขาธิการคณะรัฐมนตรีว่า พระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ไม่ต้องอยู่ภายใต้บังคับกฎหมายแรงงาน
  วันที่ ๓ มกราคม พ.ศ. ๒๕๓๘ ที่ประชุมคณะรัฐมนตรีมีมติรับหลักการร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยมหามกุฏราชวิทยาลัยและร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย และให้ส่งคณะกรรมการกฤษฎีกาพิจาราณา
  วันที่ ๔ มกราคม พ.ศ. ๒๕๓๘ เลขาธิการคณะรัฐมนตรีส่งรางพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ให้คณะกรรมการกฤษฎีกาพิจารณา
  ในวันที่ ๒๑ กุมภาพันธ์ พ.ศ. ๒๕๓๘ มีการประชุมคณะกรรมการกฤษฎีกาชุดเล็กเพื่อพิจารณาร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์เป็นครั้งแรก มีนางสาวพวงเพชร สารคุณ ผู้ช่วยเลขาธิการคณะกรรมการกฤษฎีกาเป็นประธานที่ประชุมมีผู้แทนมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ๓ รูป ไปชี้แจง คือ พระอมรเมธาจารย์ พระเมธีธรรมาภรณ์ และพระมหาสุรพล สุจริโต ดร.รุ่ง แก้วแดงเข้าชี้แจงในนามกระทรวงศึกษาธิการพร้อมด้วยผู้แทนหน่วยงานต่างๆ คือ สำนักงบประมาณ กรมธนารักษ์ กรมบัญชีกลาง กรมสวัสดิการและคุ้มครองแรงงาน สำนักงานส่งเสริมตุลาการ และสำนักงานปลัดทบวงมหาวิทยาลัย
  คณะกรรมการกฤษฎีกาชุดนี้ประชุมครั้งที่ ๒ ในวันที่ ๓ มีนาคม และประชุมครั้งที่ ๓ ในวันที่ ๒๑ มีนาคม พ.ศ. ๒๕๓๘
  ในวันที่ ๑๙ พฤษภาคม พ.ศ. ๒๕๓๘ มีประกาศยุบสภา รัฐบาลของนายกรัฐมนตรีชวน หลีกภัยได้สิ้นสุดลง ร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองฉบับจึงตกไปในขณะที่ยังค้างการพิจารณาของคณะกรรมการกฤษฎีกา
  เมื่อรัฐบาลที่นายบรรหาร ศิลปอาชา เป็นนายกรัฐมนตรีเข้ามาบริหารประเทศมหาวิทยาลัยเริ่มดำเนินการเกี่ยวกับร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ต่อไปด้วยการแต่งตั้งคณะกรรมการดำเนินการเกี่ยวกับพระราชบัญญัติมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยชุดใหม่ มีพระเมธีธรรมาภรณ์เป็นประธาน พระครูศรีวรนายกเป็นรองประธาน และพระมหาสุรพล สุจริโต เป็นกรรมการและเลขานุการ เมื่อวันที่ ๔ สิงหาคม พ.ศ. ๒๕๓๘
  ในวันที่ ๘ สิงหาคม พ.ศ. ๒๕๓๘ คณะสังคมศาสตร์ มหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย จัดอภิปรายเรื่อง “แนวทางการสานต่อ พ.ร.บ. มหาวิทยาลัยสงฆ์” ผู้ร่วมอภิปรายประกอบด้วย นายสุขวิช รังสิตพล รัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการคนใหม่ ดร.รุ่ง แก้วแดง นายอำนวย สุวรรณคีรี ร้อยโทกุเทพ ใสกระจ่าง และนายจำนงค์ สวมประคำ โดยมีพระเมธีธรรมาภรณ์ เป็นผู้ดำเนินการอภิปราย คณะวิทยากรและผู้ดำเนินการอภิปรายได้เสนอให้รัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการสานต่อพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ นายสุขวิช รังสิตพล ให้ความมั่นใจแก่ที่ประชุมว่า จะถือเรื่องพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์เป็นนโยบายสำคัญของกระทรวงศึกษาธิการ
  ภายหลังการอภิปรายในวันนั้น พระเมธีธรรมาภรณ์ได้นัดประชุมคณะกรรมการดำเนินการเกี่ยวกับพระราชบัญญัติมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยเป็นครั้งแรกเพื่อกำหนดแนวทางการประสานงานเรื่องพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์
  ในวันที่ ๑๑ สิงหาคม พ.ศ. ๒๕๓๘ กระทรวงศึกษาธิการส่งร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองฉบับถึงเลขาธิการคณะรัฐมนตรีเพื่อเสนอที่ประชุมคณะรัฐมนตรี
  ผู้บริหารระดับสูงของมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองแห่งได้เข้าพบ ร.ต.ท. เชาวริน ลัทธศักดิ์ศิริ รัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงศึกษาธิการ ในวันที่ ๑๔ สิงหาคม พ.ศ. ๒๕๓๘ และได้เข้าพบนายสุขวิช รังสิตพล รัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการในวันที่ ๒๑ สิงหาคม พ.ศ. ๒๕๓๘ เพื่อสอบถามความคืบหน้าของพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์
  เลขาธิการคณะรัฐมนตรีมีหนังสือลงวันที่ ๒๐ สิงหาคม พ.ศ. ๒๕๓๘ ถึงเลขาธิการคณะกรรมการกฤษฎีกาให้เร่งพิจารณาร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองฉบับที่ค้างการพิจารณาในสมัยรัฐบาลก่อน
  ในวันที่ ๒๓ สิงหาคม พ.ศ. ๒๕๓๘ คณะกรรมการกฤษฎีกาประชุมพิจารณาร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ต่อจากที่ค้างไว้จนครบทุกมาตรา
  ต่อมาในวันที่ ๑๖ กันยายน พ.ศ. ๒๕๓๘ ที่ประชุมคณะกรรมการกฤษฎีกาพิจารณาปรับปรุงร่างพระราชบัญญัติกำหนดวิทยฐานะผู้สำเร็จวิชาการพระพุทธศาสนา พ.ศ. ๒๕๒๗ เพื่อให้สอดคล้องกับร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์
  ในวันที่ ๒๙ กันยายน พ.ศ. ๒๕๓๘ เลขาธิการคณะกรรมการกฤษฎีกามีหนังสือถึงเลขาธิการคณะรัฐมนตรีรายงานผลการพิจารณาร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองฉบับและร่างพระราชบัญญัติกำหนดวิทยฐานะผู้สำเร็จวิชาการพระพุทธศาสนา ฉบับแก้ไขเพิ่มเติม
  ในวันที่ ๑๖ มกราคม พ.ศ. ๒๕๓๙ ที่ประชุมคณะรัฐมนตรีมีมติเห็นชอบร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยมหามกุฏราชวิทยาลัย ร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย และร่างพระราชบัญญัติกำหนดวิทยฐานะผู้สำเร็จวิชาการพระพุทธศาสนา ฉบับแก้ไขเพิ่มเติม
  ในวันที่ ๒๔ มกราคม พ.ศ. ๒๕๓๙ สำนักเลขาธิการคณะรัฐมนตรี มีหนังสือถึงนายโภคิน พลกุล รัฐมนตรีประจำสำนักนายกรัฐมนตรีเพื่ให้พิจารณาประเด็นที่ว่ามหาวิทยาลัยสงฆ์ควรมีอำนาจกู้ยืมเงินเพื่อการศึกษาและการวิจัยโดยมีรัฐบาลค้ำประกันหรือไม่
  ในวันที่ ๓๐ มกราคม พ.ศ. ๒๕๓๙ คณะผู้บริหารและเจ้าหน้าที่มหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ประกอบด้วยพระครูศรีวรนายก พระมหาสุรพล สุจริโต พระมหาไพเราะ ฐิตสีโล พระมหาไสว โชติโก และดร.พรรษา พ่วงแตง ได้เข้าพบนายบุญเอื้อ ประเสริฐสุวรรณ ประธานสภาผู้แทนราษฎรเพื่อขอให้เร่งนำร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์บรรจุในวาระการประชุมของสภาผู้แทนราษฎรพิจารณาโดยเร็ว
  ในวันที่ ๒๘ กุมภาพันธ์ พ.ศ. ๒๕๓๙ คณะกรรมาธิการการศึกษา สภาผู้แทนราษฎรมีมติสนับสนุนร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ และนายอภิสิทธิ์ เวชชาชีวะ ประธานคณะกรรมาธิการมีหนังสือแจ้งให้พระสุเมธาธิบดี นายกสภามหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยทราบในวันที่ ๕ มีนาคม พ.ศ. ๒๕๓๙
  ในวันที่ ๒๙ มีนาคม พ.ศ. ๒๕๓๙ นายโภคิน พลกุล ได้เพิ่มประเด็นที่ว่าให้กระทรวงการคลังค้ำประกันหนี้ต่างๆ ของมหาวิทยาลัยสงฆ์และได้แจ้งไปยังประธานคณะกรรมการประสานงานสภาผู้แทนราษฎรเพื่อดำเนินการต่อไป
  ในวันที่ ๓ กรกฎาคม พ.ศ. ๒๕๓๙ นายปองพล อดิเรกสาร ประธานคณะกรรมการประสานงานสภาผู้แทนราษฎรได้นัดประชุมคณะกรรมการเพื่อพิจารณาร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ที่ทำเนียบรัฐบาล มีผู้แทนมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยไปร่วมประชุมชี้แจง ๓ รูป คือ พระราชรัตนโมลี พระเมธีธรรมาภรณ์ และพระมหาสุรพล สุจริโต
  ในวันที่ ๑๑ กรกฎาคม พ.ศ. ๒๕๓๙ นายบรรหาร ศิลปอาชา นายกรัฐมนตรีมีหนังสือถึงประธานสภาผู้แทนราษฎรเพื่อส่งร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยมหามกุฏราชวิทยาลัย ร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย และร่างพระราชบัญญัติกำหนดวิทยฐานะผู้สำเร็จวิชาการพระพุทธศาสนา ฉบับแก้ไขเพิ่มเติมเสนอสภาผู้แทนราษฎร
  ในวันที่ ๑๒ กรกฎาคม พ.ศ. ๒๕๓๙ คณะผู้บริหารระดับสูงของมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองแห่งได้เข้าเฝ้าสมเด็จพระญาณสังวร สมเด็จพระสังฆราช สกลมหาสังฆปริณายก เพื่อกราบทูลถวายรายงานความคืบหน้าของการเสนอร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองฉบับ สมเด็จพระสังฆราชได้มีลิขิตถึงนายบรรหาร ศิลปอาชา นายกรัฐมนตรี นายบุญเอื้อ ประเสริฐสุวรรณ ประธานสภาผู้แทนราษฎร นายชวน หลีกภัย ผู้นำฝ่ายค้าน และนายมีชัย ฤชุพันธ์ ประธานวุฒิสภา เพื่อให้เร่งดำเนินการเกี่ยวกับ พระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองฉบับจนทันประกาศใช้ในปีกาญจนาภิเษก
  ในวันที่ ๑๗ กรกฎาคม พ.ศ. ๒๕๓๙ ที่ประชุมสภาผู้แทนราษฎรได้มีมติรับหลักการร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองฉบับ และร่างพระราชบัญญัติกำหนดวิทยฐานะผู้สำเร็จวิชาการพระพุทธศาสนา ฉบับแก้ไขเพิ่มเติมที่คณะรัฐมนตรีเป็นผู้เสนอ พร้อมด้วยร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์อีก ๓ ร่างที่นายอำนวย สุวรรณคีรี นายไพจิต ศรีวรขาน และพันตำรวจเอกสุทธี คะสุวรรณ เป็นผู้เสนอ ที่ประชุมได้ตั้งคณะกรรมาธิการวิสามัญพิจารณาแปรญัตติโดยให้ถือร่างของรัฐบาลเป็นหลัก
  คณะกรรมาธิการวิสามัญชุดนี้ประกอบด้วยกรรมาธิการจำนวน ๒๗ ท่าน มี ร.ต.ท. เชาวริน ลัทธศักดิ์ศิริ เป็นประธาน นายอำนวย สุวรรณคีรี นายไพจิต ศรีวรขาน และนายดุสิต โสภิตชาเป็นรองประธาน มีกรรมการที่เป็นศิษย์เก่ามหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ๓ ท่าน คือ นายจำนงค์ ทองประเสริฐ ร้อยโทกุเทพ ใสกระจ่าง และนายสนิท ศรีสำแดง ผู้บริหารมหาวิทยาลัยที่เข้าร่วมประชุมชี้แจงในคณะกรรมาธิการ คือ พระเมธีธรรมาภรณ์ รองอธิการบดีฝ่ายวิชาการ และพระมหาสุรพล สุจริโต รองอธิการบดีฝ่ายวิจัยและวางแผน คณะกรรมาธิการประชุมรวม ๕ ครั้ง คือ
  ครั้งที่ ๑ วันที่ ๒๔ กรกฎาคม พ.ศ. ๒๕๓๙
  ครั้งที่ ๑ วันที่ ๑	สิงหาคม พ.ศ. ๒๕๓๙
  ครั้งที่ ๑ วันที่ ๗ สิงหาคม พ.ศ. ๒๕๓๙
  ครั้งที่ ๑ วันที่ ๘ สิงหาคม พ.ศ. ๒๕๓๙
  ครั้งที่ ๕ วันที่ ๒๐	สิงหาคม พ.ศ. ๒๕๓๙
  ประธานสภาผู้แทนราษฎรได้บรรจุเรื่องร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ที่คณะกรรมาธิการพิจารณาเสร็จเรียบร้อยแล้วเข้าสู่ระเบียบวาระการประชุมสภาผู้แทนราษฎรในวันที่ ๒๕ กันยายน พ.ศ. ๒๕๓๙ เรื่องอยู่ในอันดับที่ ๔ แต่ยังไม่ทันได้รับการพิจารณาก็ปิดประชุมเสียก่อน
  ในวันที่ ๒๗ กันยายน พ.ศ. ๒๕๓๙ ได้มีพระราชกฤษฎีกายุบสภา รัฐบาลซึ่งมีนายบรรหาร ศิลปอาชา ได้สิ้นสุดลง ร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์จึงตกไป
  ต่อมาในวันที่ ๓ ตุลาคม พ.ศ. ๒๕๓๙ สำนักเลขาธิการคณะรัฐมนตรีได้มีหนังสือถึงกรมการศาสนาว่า “ถ้ามีความประสงค์จะดำเนินงานต่อ ให้ยืนยันร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์และเสนอไปยังสำนักเลขาธิการคณะรัฐมนตรีอีกครั้ง
   ในวันที่ ๑๒ ธันวาคม พ.ศ. ๒๕๓๙ กรมการศาสนามีหนังสือถึงปลัดกระทรวงศึกษาธิการ ยืนยันร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองฉบับ เพื่อเสนอนายสุขวิช รังสิตพล รัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการในคณะรัฐบาลที่มีพลเอกชวลิต ยงใจยุทธ เป็นนายกรัฐมนตรี พิจารณาลงนามในหนังสือแจ้งเลขาธิการคณะรัฐมนตรีต่อไป
  ในวันที่ ๑๙ ธันวาคม พ.ศ. ๒๕๓๙ รัฐมนตรีว่ากระทรวงศึกษาธิการ ได้มีหนังสือถึงเลขาธิการคณะรัฐมนตรี ยืนยันร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองฉบับ
  ในวันที่ ๒๔ ธันวาคม พ.ศ. ๒๕๓๙ ที่ประชุมคณะรัฐมนตรีมีมติรับหลักการร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ และมีมติให้เสนอสภาผู้แทนราษฎรในวันเดียวกันนั่นเอง โดยไม่ต้องให้คณะกรรมการกฤษฎีกาพิจารณาอีก
  ในวันที่ ๖ มกราคม พ.ศ. ๒๕๔๐ หลังจากที่ได้บรรจุเรื่องร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์เข้าสู่การประชุมสภาผู้แทนราษฎรแล้ว คณะกรรมการประสานงานสภาผู้แทนราษฎร มีมติให้เลื่อนระเบียบวาระเรื่องพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ขึ้นมาพิจารณาในอันดับที่ ๖.๓, ๖.๔ ในการประชุมสภาผู้แทนราษฎรซึ่งจะมีขึ้นในวันที่ ๘ ธันวาคม โดยมีผู้เสนอร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสอง คือ คณะรัฐมนตรี นายอำนวย สุวรรณคีรีและคณะ นายณัฐวุฒิ ประเสริฐสุวรรณ และคณะ นายเปรมศักดิ์ เพียยุระและคณะ
  ในวันที่ ๘ มกราคม พ.ศ. ๒๕๔๐ ที่ประชุมสภาผู้แทนราษฎรได้พิจารณาร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองฉบับและร่างพระราชบัญญัติกำหนดวิทยฐานะผู้สำเร็จวิชาการพระพุทธศาสนา (ฉบับที่ ๒) และลงมติด้วยคะแนนเสียงเป็นเอกฉันท์รับหลักการร่างพระราชบัญญัติทั้งสามฉบับ ที่ประชุมได้ตั้งคณะกรรมาธิการวิสามัญพิจารณาแปรญัตติโดยให้ถือร่างของรัฐบาลเป็นหลัก
  คณะกรรมาธิการวิสามัญชุดนี้ประกอบด้วยกรรมาธิการจำนวน ๒๗ ท่าน มีนายสังข์ทอง ศรีธเรศ รัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงศึกษาธิการเป็นประธาน นายอำนวย สุวรรณคีรี ร.ต.ท.เชาวริน ลัทธศักดิ์ศิริ และนายดุสิต โสภิตชา เป็นรองประธาน มีกรรมการที่เป็นศิษย์เก่ามหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ๓ ท่าน คือ นายจำนงค์ ทองประเสริฐ ร้อยโทกุเทพ ใสกระจ่าง และนายสนิท ศรีสำแดง ผู้บริหารมหาวิทยาลัยที่เข้าร่วมประชุมชี้แจงในคณะกรรมาธิการ คือ พระราชวรมุนี (ประยูร ธมฺมจิตฺโต) รองอธิการบดีฝ่ายวิชาการ พระมหาสุรพล สุจริโต รองอธิการบดีฝ่ายวิจัยและวางแผน และพระมหาโกวิทย์ สิริวณฺโณ รองอธิการบดีฝ่ายกิจการวิทยาเขต
  คณะกรรมาธิการวิสามัญชุดนี้ได้ประชุมพิจารณาร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ ๓ ครั้ง คือ
  ครั้งที่ ๑ วันที่ ๑๕ มกราคม พ.ศ. ๒๕๔๐
  ครั้งที่ ๒ วันที่ ๒๓ มกราคม พ.ศ. ๒๕๔๐
  ครั้งที่ ๓ วันที่ ๓๐ มกราคม พ.ศ. ๒๕๔๐
  ผลการประชุมพิจารณาในครั้งที่ ๓ นี้กล่าวเฉพาะในส่วนพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย มีประเด็นสำคัญที่ควรทราบคือ มาตราที่ ๖ ความเดิมวรรคหนึ่งมีว่า “ให้จัดตั้งมหาวิทยาลัยขึ้นมหาวิทยาลัยหนึ่ง เรียกว่ามหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย และเป็นนิติบุคคลอยู่ในพระบรมราชูปถัมภ์” คณะกรรมาธิการได้ขอแปรญัตติตัดคำว่า “อยู่ในพระบรมราชูปถัมภ์” ที่ประชุมพิจารณาเห็นว่า การจะให้มหาวิทยาลัยอยู่ในพระบรมราชูปถัมภ์ควรเป็นไปตามพระราชวินิจฉัยขององค์พระมหากษัตริย์ การตรากฎหมายกำหนดให้อยู่ในพระบรมราชูปถัมภ์เป็นเรื่องไม่เหมาะสม เมื่อได้อภิปรายกันแล้ว ที่ประชุมมีมติให้ตัดคำว่า “อยู่ในพระบรมราชูปถัมภ์”ออกไป
  เมื่อคณะกรรมาธิการพิจารณาเสร็จแล้ว นายสังข์ทอง ศรีธเรศ ประธานคณะกรรมาธิการได้ส่งร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองฉบับ และร่างพระราชบัญญัติกำหนดวิทยฐานะผู้สำเร็จวิชาการพระพุทธศาสนา ฉบับแก้ไขเพิ่มเติมถึงประธานสภาผู้แทนราษฎร ในวันที่ ๕ กุมภาพันธ์ พ.ศ. ๒๕๔๐ เพื่อเสนอสภาผู้แทนราษฎรต่อไป
  ในวันที่ ๑๒ กุมภาพันธ์ พ.ศ. ๒๕๔๐ ที่ประชุมสภาผู้แทนราษฎรได้พิจารณาร่างพระราชบัญญัติทั้งสามฉบับซึ่งคณะกรรมาธิการวิสามัญได้พิจารณาเสร็จแล้วลงมติในวาระที่ ๒ และที่ ๓ เห็นชอบกับร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยทั้งสองฉบับและร่างพระราชบัญญัติกำหนดวิทยฐานะผู้สำเร็จวิชาการพระพุทธศาสนาฉบับแก้ไขเพิ่มเติม ด้วยคะแนนเสียงเป็นเอกฉันท์
  ในวันที่ ๒๐ กุมภาพันธ์ พ.ศ. ๒๕๔๐ ที่ประชุมวุฒิสภา ได้ลงมติรับหลักการร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์และร่างพระราชบัญญัติกำหนดวิทยฐานะผู้สำเร็จวิชาการพระพุทธศาสนา (ฉบับที่ ๒) และมอบให้คณะกรรมาธิการการศึกษาและวัฒนธรรมของวุฒิสภาพิจารณาแปรญัตติภายใน ๕ วัน
  คณะกรรมาธิการชุดนี้จำนวน ๑๗ คน มีนายเกษม สุวรรณกุลเป็นประธาน มีนายสิปปนนท์ เกตุทัต และนายวิจิตร ศรีสอ้านเป็นรองประธาน นายจำนงค์ ทองประเสริฐเป็นเลขานุการ ผู้แทนมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยเข้าร่วมประชุมชี้แจงแสดงความเห็น ๔ ท่าน คือ พระราชวรมุนี พระมหาสุรพล สุจริโต พระมหาโกวิทย์ สิริวณฺโณ และพระมหาไสว โชติโก คณะกรรมาธิการได้ประชุม ๕ ครั้ง คือ
  ครั้งที่ ๑ วันที่ ๗ มีนาคม พ.ศ. ๒๕๔๐
  ครั้งที่ ๒ วันที่ ๑๒ มีนาคม พ.ศ. ๒๕๔๐
  ครั้งที่ ๓ วันที่ ๔ เมษายน พ.ศ. ๒๕๔๐
  ครั้งที่ ๔ วันที่ ๒ พฤษภาคม พ.ศ. ๒๕๔๐
  ครั้งที่ ๕ วันที่ ๑๖	พฤษภาคม พ.ศ. ๒๕๔๐
  ในวันที่ ๑๒ มิถุนายน พ.ศ. ๒๕๔๐ นายเกษม สุวรรณกุล ประธานคณะกรรมาธิการการศึกษาและวัฒนธรรมได้ส่งร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองฉบับ และร่างพระราชบัญญัติกำหนดวิทยฐานะ ผู้สำเร็จวิชาการพระพุทธศาสนาฉบับแก้ไขเพิ่มเติม ต่อวุฒิสภาเพื่อพิจารณา
  ในวันที่ ๑๑ กรกฎาคม พ.ศ. ๒๕๔๐ ที่ประชุมวุฒิสภามีมติเห็นชอบตามที่คณะกรรมาธิการการศึกษาและวัฒนธรรมวุฒิสภาแก้ไขเพิ่มเติม และให้ส่งต่อสภาผู้แทนราษฎรเพื่อพิจารณา
  ในวันที่ ๒๓ กรกฎาคม พ.ศ. ๒๕๔๐ ที่ประชุมสภาผู้แทนราษฎรรับทราบมติของวุฒิสภาเกี่ยวกับร่างพระราชบัญญัติกำหนดวิทยฐานะผู้สำเร็จวิชาการพระพุทธศาสนา ฉบับแก้ไขเพิ่มเติม ร่างพระราชบัญญัติฉบับนี้จึงสำเร็จเป็นกฎหมายไปก่อน แต่เนื่องจากที่ประชุมสภาผู้แทนราษฎรเห็นว่า ร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ที่ผ่านการพิจารณาของวุฒิสภาแล้วนั้น มีแก้ไขเพิ่มเติม ๑๙ มาตรา บางมาตราเป็นการแก้ไขเพิ่มเติมในสาระสำคัญ โดยเฉพาะมาตรา ๗ ความเดิมมีว่า “มหาวิทยาลัยไม่เป็นส่วนราชการหรือรัฐวิสาหกิจ ตามกฎหมายว่าด้วยวิธีการงบประมาณหรือกฎหมายอื่น” วุฒิสภาได้แก้ไขเป็น “มหาวิทยาลัยไม่เป็นส่วนราชการหรือรัฐวิสาหกิจ” ที่ประชุมสภาผู้แทนราษฎรจึงมีมติให้ตั้งคณะกรรมาธิการร่วมกันเพื่อพิจารณาร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองฉบับ ประกอบด้วยกรรมาธิการจำนวน ๒๒ คน คณะกรรมาธิการชุดนี้มีนายสังข์ทอง ศรีธเรศ เป็นประธาน นายสุรัฐ ศิลปอนันต์ และนายวิจิตร ศรีสอ้าน เป็นรองประธาน ร้อยโทกุเทพ ใสกระจ่าง เป็นเลขานุการ
  พระราชวรมุนี อธิการบดีมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยได้มีหนังสือลงวันที่ ๒๔ กรกฎาคม พ.ศ. ๒๕๔๐ ถึงนายสังข์ทอง ศรีธเรศ รัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงศึกษาธิการว่า การที่พระราชบัญญัติกำหนดวิทยฐานะผู้สำเร็จวิชาการพระพุทธศาสนา ฉบับแก้ไขเพิ่มเติม ผ่านรัฐสภาเป็นกฎหมายไปแล้ว ทั้งที่พระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ยังค้างอยู่นั้นก่อให้เกิดปัญหาต่อมา ถ้าพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ตกไปเพราะเหตุใดเหตุหนึ่ง จะมีผลให้การดำเนินงานทั้งหมดของมหาวิทยาลัยสงฆ์ไม่มีกฎหมายรองรับ เพราะประเด็นที่เกี่ยวกับมหาวิทยาลัยสงฆ์ในพระราชบัญญัติกำหนดวิทยฐานะผู้สำเร็จวิชาการพระพุทธศาสนา ฉบับแก้ไขเพิ่มเติม ได้ถูกตัดออกไป
  ต่อมาคณะกรรมาธิการร่วมกันเพื่อพิจารณาร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองฉบับ ได้มีการประชุม ๒ ครั้ง คือ
  	ครั้งที่ ๑ วันที่ ๓๑ กรกฎาคม พ.ศ. ๒๕๔๐
  ครั้งที่	๒ วันที่ ๖ สิงหาคม พ.ศ. ๒๕๔๐
  ประเด็นเกี่ยวกับมาตรา ๗ นั้น ที่ประชุมคณะกรรมาธิการร่วมมีมติแก้ไขเพิ่มเติมว่า “ให้มหาวิทยาลัยเป็นมหาวิทยาลัยของรัฐ”
  ในวันที่ ๘ สิงหาคม พ.ศ. ๒๕๔๐ นายสังข์ทอง ศรีธเรศ ได้เสนอร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองฉบับที่ผ่านการพิจารณาของคณะกรรมาธิการร่วมแล้วต่อสภาผู้แทนราษฎรอีกครั้งหนึ่ง
  ในวันที่ ๒๐ สิงหาคม พ.ศ. ๒๕๔๐ ที่ประชุมสภาผู้แทนราษฎร มีมติเห็นชอบร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองฉบับ
  ในวันที่ ๒๒ สิงหาคม พ.ศ. ๒๕๔๐ ที่ประชุมวุฒิสภามีมติเห็นชอบ ต่อจากนั้น เลขาธิการสภาผู้แทนราษฎร ได้ส่งร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ ทั้งสองฉบับ และร่างพระราชบัญญัติกำหนดวิทยฐานะผู้สำเร็จวิชาการพระพุทธศาสนา (ฉบับที่ ๒) ถึงเลขาธิการคณะรัฐมนตรี ให้นำขึ้นทูลเกล้าฯ เพื่อทรงลงพระปรมาภิไธย
  ในวันที่ ๒๑ กันยายน พ.ศ. ๒๕๔๐ พระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดชฯ รัชกาลปัจจุบัน ได้ทรงลงพระปรามาภิไธยในพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองฉบับ คือ พระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยมหามกุฏราชวิทยาลัย พ.ศ. ๒๕๔๐ และพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย พ.ศ. ๒๕๔๐ และพระราชบัญญัติกำหนดวิทยฐานะผู้สำเร็จวิชาการพระพุทธศาสนา (ฉบับที่ ๒) พ.ศ. ๒๕๔๐
  ในวันที่ ๑ ตุลาคม พ.ศ. ๒๕๔๐ พระราชบัญญัติทั้งสามฉบับประกาศในราชกิจจานุเบกษา เล่ม ๑๑๔ ตอนที่ ๕๑
  ในที่สุด ความพยายามที่จะให้มีการตราพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยที่เริ่มขึ้นเมื่อ ๔๐ ปีที่แล้วก็ประสบความสำเร็จเพราะความพยายามอย่างต่อเนื่องยาวนานของผู้บริหารมหาวิทยาลัยชุดแล้วชุดเล่าและเพราะความร่วมมือที่ได้รับจากทุกฝ่ายที่เกี่ยวข้อง
  การได้มาซึ่งพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยนับเป็นจุดเปลี่ยนที่สำคัญอีกครั้งหนึ่งในประวัติศาสตร์ของมหาวิทยาลัยแห่งนี้
  เมื่อได้รับการยอมรับสถานภาพว่าเป็นมหาวิทยาลัยของรัฐเช่นนี้แล้ว ก้าวต่อไป คือ ความพยายามที่จะให้ได้รับการยอมรับว่าเป็นมหาวิทยาลัยระดับภูมิภาคและระดับโลกในที่สุด
ยุคเข้าสู่การเป็นศูนย์กลางมหาวิทยาลัยพระพุทธศาสนานานาชาติ(๒๕๔๑-๒๕๕๘)
 ตั้งแต่ปี พ.ศ. ๒๕๔๐ ที่มหาวิทยาลัยได้รับการรับรองสถานะให้เป็นมหาวิทยาลัยของรัฐเป็นต้นมา มหาวิทยาลัยได้ดำเนินการพัฒนา ทั้งในเชิงกายภาพ (Hardware) และเชิงคุณภาพ (Software) อีกทั้งเตรียมคนเพื่อรองรับการพัฒนามหาวิทยาลัยเข้าสู่การเป็นศูนย์กลางการศึกษาพระพุทธศาสนาทั้งในระดับชาติและนานาชาติอย่างต่อเนื่อง ดังนี้

  ๑. การเตรียมพื้นที่รองรับการเป็นศูนย์กลางมหาวิทยาลัยพระพุทธศาสนานานาชาติ
   วันที่ ๒๐ พฤษภาคม พุทธศักราช ๒๕๔๒ นายแพทย์รัศมี คุณหญิงสมปอง วรรณิสสรได้ถวายที่ดินจำนวน ๘๔ ไร่ ๑ งาน ๓๗ ตารางวา ที่ตำบลลำไทร อำเภอวังน้อย จังหวัดพระนครศรีอยุธยาแก่มหาวิทยาลัย รวมกับที่ดินที่มหาวิทยาลัยได้ดำเนินการจัดซื้อเพิ่มเติม ปัจจุบันมีเนื้อที่ทั้งหมด ๓๒๓ ไร่
  หลังจากนั้น ในวันที่ ๙ กรกฎาคม พุทธศักราช ๒๕๔๒ คณะผู้บริหารมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ได้เข้าเฝ้าสมเด็จพระบรมโอรสาธิราชฯ สยามมกุฎราชกุมาร ทูลเกล้าถวายโฉนดที่ดินทั้ง ๒ แปลงเพื่อพระราชทานแก่มหาวิทยาลัย
  ต่อมา ในวันที่ ๑๓ ธันวาคม พุทธศักราช ๒๕๔๒ สมเด็จพระบรมโอรสาธิราช ฯ สยามมกุฎราชกุมาร เสด็จพระราชดำเนินประกอบพิธีวางศิลาฤกษ์โครงการก่อสร้างมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ณ ตำบลลำไทร อำเภอวังน้อย จังหวัดพระนครศรีอยุธยา โดยทรงวางศิลาฤกษ์อาคารสำนักงานอธิการบดี
  จนกระทั่ง ในวันที่ ๑ ตุลาคม พุทธศักราช ๒๕๕๑ มหาวิทยาลัยได้ย้ายที่ทำการจากวัดมหาธาตุและวัดศรีสุดาราม กรุงเทพมหานคร มายังที่ทำการแห่งใหม่ ณ กิโลเมตรที่ ๕๕ ถนนพหลโยธิน ตำบลลำไทร อำเภอวังน้อย จังหวัดพระนครศรีอยุธยา
  ในที่สุด วันที่ ๓ ธันวาคม พุทธศักราช ๒๕๕๓ สมเด็จพระบรมโอรสาธิราชฯ สยามมกุฎราชกุมาร ได้เสด็จพระราชดำเนินทรงประกอบพิธีเปิดป้ายหอประชุม มวก ๔๘ พรรษา และเปิดป้ายมหาวิทยาลัยอย่างเป็นทางการ
  ๒. การขยายสถาบันสมทบไปสู่นานาชาติ
  วันที่ ๒๓ กุมภาพันธ์ พุทธศักราช ๒๕๔๔ ขยายการศึกษาไปสู่ต่างประเทศ โดยรับวิทยาลัยพุทธศาสนาดองกุก ชอนบอบ ประเทศเกาหลีใต้เข้าเป็นสถาบันสมทบเป็นแห่งแรก ปัจจุบันมีสถาบันทั้งในประเทศและต่างประเทศ จำนวน ๗ แห่ง ในปี ๒๕๔๗ รับมหาปัญญาวิทยาลัย อ.หาดใหญ่ จ. สงขลา และมหาวิทยาลัยพระพุทธศาสนาจิ้ง เจวี๋ย เมืองเกาสง ไชนิสไทเป เป็นสถาบันสมทบ หลังจากนั้น ในปี ๒๕๕๐ มหาวิทยาลัยได้รับวิทยาลัยพระพุทธศาสนานานาชาติ ประเทศศรีลังกา และวิทยาลัยพระพุทธศาสนาสิงคโปร์ เป็นสถาบันสมทบ ต่อมาในปี ๒๕๕๓ มหาวิทยาลัยได้รับมหาวิทยาลัยพระพุทธศาสนา ธรรมะเกต ปูดาเปสท์ ประเทศฮังการี เป็นสถาบันสมทบ
  การดำเนินการเปิดรับมหาวิทยาลัยและวิทยาลัยจาก ๖ ประเทศเข้าเป็นสถาบันสมทบนั้น นับเป็นการพัฒนามหาวิทยาลัยให้เป็นที่ยอมรับขององค์กรทางการศึกษาในระดับนานาชาติ จนทำให้องค์กรต่างๆ มุ่งมั่นที่จะร่วมเป็นส่วนหนึ่งของมหาวิทยาลัยในการนำระดับ
  การจัดการศึกษา และหลักสูตรของมหาวิทยาลัยไปเปิดสอนกลุ่มบุคคลที่เป็นบรรพชิตและคฤหัสถ์ได้ศึกษาและเรียนรู้พระพุทธศาสนาในมิติที่หลากหลายมากยิ่งขึ้น
  ๓. การจัดตั้งหน่วยงานเพื่อรองรับภารกิจการเป็นศูนย์กลางการศึกษาพระพุทธศาสนาระดับนานาชาติ
  (๑) การจัดตั้งวิทยาลัยพุทธศาสตร์นานาชาติ
  การขยายตัวของมหาวิทยาลัยนั้น ไม่ได้จำกัดวงอยู่ในพื้นที่ของภาษาไทยเท่านั้น ด้วยเหตุที่มหาวิทยาลัยได้รับการยอมรับจากชาวพุทธทั่วโลก จึงเป็นเหตุให้มหาวิทยาลัยจำเป็นต้องเปิดหลักสูตรนานาชาติ เพื่อรองรับกลุ่มบุคคลที่เป็นบรรพชิตและคฤหัสถ์จากทั่วโลกมาศึกษา ณ มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย อำเภอวังน้อย จังหวัดพระนครศรีอยุธยา
  ในปี พ.ศ. ๒๕๕๑ มหาวิทยาลัยได้อนุมัติโครงการวิทยาลัยพุทธศาสตร์นานาชาติเพื่อเป็นที่ศึกษาของบรรพชิตและและคฤหัสถ์ทั้งในประเทศและต่างประเทศ โดยดำเนินการจัดซื้อที่ดิน จำนวน ๗๗ ไร่ ๒ งาน ๕๓ ตารางวา ซึ่งตั้งอยู่ติดกับที่ดินของมหาวิทยาลัยด้านทิศตะวันออก ต่อมามหาวิทยาลัยได้ร่างแผนแม่บทการก่อสร้างวิทยาลัยพุทธศาสตร์นานาชาติ ในปีงบประมาณ ๒๕๕๓ มหาวิทยาลัยได้รับการจัดสรรงบประมาณเพื่อก่อสร้างอาคารเรียนรวมวิทยาลัยพุทธศาสตร์นานาชาติ จำนวน ๘๐,๐๐๐,๐๐๐ บาท นอกจากนี้ มหาวิทยาลัยได้ดำเนินการก่อสร้างระบบสาธารณูปโภค ซื้อวัสดุครุภัณฑ์ประกอบอาคารต่างๆ ซื้อที่ดินเพิ่มเติม ปรับปรุงพื้นที่ ก่อสร้างลานจอดรถ ก่อสร้างป้ายมหาวิทยาลัย งานปรับภูมิทัศน์ต่างๆ โดยรวมงบประมาณในการดำเนินการทั้งสิ้น ๒,๑๓๔,๕๙๑,๒๐๖ บาท
  ๒. จัดตั้งสมาคมมหาวิทยาลัยพระพุทธศาสนานานาชาติ
  ในวันที่ ๑๘ มิถุนายน ๒๕๕๑ โดยสำนักงานคณะกรรมการวัฒนธรรมแห่งชาติ (สวช.) อนุมัติให้ดำเนินการจัดตั้งสมาคมวิทยาลัยพระพุทธศาสนานานาชาติ โดยมีมหาวิทยาลัย และวิทยาลัยพระพุทธศาสนาทั่วโลกเข้าเป็นสมาชิกจำนวน ๑๑๗ สถาบัน สำหรับวัตถุประสงค์ในการจัดตั้งนั้น เพื่อสนับสนุนมวลสมาชิก สร้างกรอบการทำงานร่วมกัน รวมไปถึงสร้างความเข้าใจและร่วมมือการทำงานร่วมกันระหว่างมวลสมาชิก ในการการเรียนการสอน การเผยแผ่พระพุทธศาสนา ทั้งนี้ ได้มีการประชุมอธิการบดีและการสัมมนาวิชาการ ระดับนานาชาติ ครั้งที่ ๑ ของสมาคมมหาวิทยาลัยพระพุทธศาสนานาชาติ ระหว่าง วันที่ ๑๓-๑๕ กันยายน พ.ศ. ๒๕๕๑ มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ได้ร่วมมือกับสมาคมมหาวิทยาลัยพระพุทธศาสนานาชาติ จัดประชุมอธิการบดีมหาวิทยาลัยพระพุทธศาสนา และสัมมนาวิชาการระดับนานาชาติ เรื่อง “พระพุทธศาสนากับจริยศาสตร์” ณ อุโบสถกลางน้ำ และอาคารเรียนรวม มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ตำบลลำไทร อำเภอวังน้อย จังหวัดพระนครศรีอยุธยา โดยมีอธิการบดี นักวิชาการทั่วโลกเข้าร่วมประชุมกว่า ๑,๗๐๐ รูป/คน
  ๓. การจัดสมาคมสภาสากลวันวิสาขบูชาโลก
  ในวันที่ ๒๙ เมษายน ๒๕๕๒ มหาวิทยาลัยร่วมกันองค์กรพระพุทธศาสนาทั่วโลกได้ร่วมกันลงนามจัดตั้งสมาคมสภาสากลวันวิสาขบูชาโลกขึ้น เพื่อกระตุ้นให้องค์กรพระพุทธศาสนาได้ร่วมกันเฉลิมฉลองวันวิสาขบูชาโลกในฐานะวันประสูติ ตรัสรู้ และปรินิพพานของพระพุทธเจ้า และธำรงไว้ซึ่งความเป็นเอกสาร และความสามัคคีของกลุ่มชาวพุทธทั่วโลก โดยให้มีสำนักงานใหญ่ตั้งอยู่ ณ มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ทั้งนี้ องค์การสหประชาชาติ (UN) มีมติตั้งสภาสากลวันวิสาขบูชาโลก (International Council for the Day of Vesak) ให้เป็นที่ปรึกษาด้านเศรษฐกิจและสังคมแห่งสหประชาชาติ นับเป็นครั้งแรกที่วงการพระพุทธศาสนาไทย ได้รับสิทธิในการเข้าร่วมกิจกรรมต่าง ๆ ของยูเอ็น
  พระพรหมบัณฑิต,ศ.ดร. (ประยูร ธมฺมจิตฺโต) ประธานสมาคมสภาสากลวันวิสาขบูชาโลก และ อธิการบดีมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ได้เป็นกำลังสำคัญในการผลักดันส่งเสริมให้ยื่นเสนอขอรับรองเป็นองค์ที่ปรึกษาพิเศษดังกล่าว และได้มีกิจกรรมส่งเสริมงานของยูเอ็นอย่างต่อเนื่อง โดยการประสานความร่วมมือกับชาวพุทธทั่วโลก เพื่อจัดประชุมวิสาขบูชาโลกแล้ว บูรณาการกับพันธกิจของการจัดตั้ง ๔ ด้าน คือ (๑) การพัฒนาที่ยั่งยืน (๒) สภาพภูมิอากาศเปลี่ยนแปลง (โดยเฉพาะเรื่องภาวะโลกร้อน) (๓) การศึกษา และ (๔) การสร้างสันติภาพ
  สมาคมสภาสากลวิสาขบูชาโลกนี้ นับเป็นสะพานที่จะทำหน้าที่ในการเชื่อมโยงชาวพุทธทั่วโลก ทั้งนิกายมหายาน วัชรยาน และเถรวาท ให้สามารถศึกษา เรียนรู้ และเข้าใจซึ่งกันและกัน อันส่งผลในเชิงบวกต่อการเผยแผ่พระพุทธศาสนาทั้งในระดับท้องถิ่น (Local) และในระดับโลก (Global) ให้สอดรับกับวิถีชีวิตและความเป็นไปของสังคมได้อย่างมีประสิทธิภาพมากยิ่งขึ้น
   ๔. การจัดตั้งสถาบันภาษา
  พระพรหมบัณฑิต, ศ.ดร. อธิการบดีได้ให้นโยบายต่อการพัฒนาสถาบันภาษาเพื่อรองรับการเป็นศูนย์กลางการศึกษาพระพุทธศาสนานานาชาติว่า “ภารกิจของมหาวิทยาลัย และกิจกรรมมีสำคัญที่มหาวิทยาลัยได้ดำเนินการมา นอกเหนือจากกิจกรรมการเรียนการสอนโดยเฉพาะกาประชุมชาวพุทธนานาชาติ เนื่องในวันวิสาขบูชาโลก ซึ่งมหาวิทยาลัยเป็นเจ้าภาพหลักในการประชุม กระทั่งชาวพุทธทั่วโลกมีมติให้พุทธมณฑล เป็นศูนย์กลางพระพุทธศาสนาของโลก ผลของการจัดกิจกรรมนี้ ทำให้รู้ว่ามหาวิทยาลัยขาดแคลนบุคลกรที่มีความรู้ ความสามารถในด้านภาษา ดังนั้น มหาวิทยาลัย จึงได้ตั้งสถาบันภาษาขึ้นเพื่อรองรับการเป็นศูนย์กลางพระพุทธศาสนาโลก ซึ่งปัจจุบันประเทศที่นับถือพระพุทธศาสนาทั่วโลกของไทย ต่างๆให้ความสนใจส่งบุคคลกรเข้ามาศึกษาในมหาวิทยาลัยมาขึ้น”
จากวิสัยทัศน์ดังกล่าว ในปี ๒๕๕๐ มหาวิทยาลัยจึงได้เริ่มต้นในการจัดตั้งโครงการสอนภาษาอังกฤษขึ้น เพื่อสนองตอบต่อการพัฒนาภาษาอังกฤษเพื่อเสริมสร้างการใช้ภาษาพูดและภาษาเขียนแก่นิสิตต่างประเทศที่เลือกเรียนในระดับปริญญาตรีภาคภาษาอังกฤษ หลังจากนั้น ในวัน
  ที่ ๒๗ มิถุนายน พ.ศ. ๒๕๕๕ จึงมีการจัดตั้งสถาบันภาษาขึ้นอย่างเป็นทางการโดยให้มีสถานะเทียบเท่าคณะ ทั้งนี้ ขณะนี้ สถาบันภาษาได้ดำเนินการรองรับวิสัยทัศน์ของอธิการบดี ทั้งในมิติของการเปิดสอนหลักสูตรประกาศนียบัตรการแปลภาษา และภาษาอังกฤษเพื่อวิชาชีพ รวมไปถึงการเปิดสอนภาษาต่างๆ คือ ภาษาอังกฤษ ภาษาจีน ภาษาญี่ปุ่น ภาษาเกาหลี ภาษาบาฮาซา ภาษาเวียดนาม ภาษาพม่า ภาษาไทย และภาษาบาลี
สถาบันภาษาได้จัดการเรียนการสอนทั้งในระดับประกาศนียบัตร และการสอนภาษาอังกฤษในรายวิชาศึกษาทั่วไปที่เป็นภาษาอังกฤษที่ไม่นับหน่วยกิตของคณะต่างๆ และการบริการด้านภาษาให้แก่หน่วยงานภายในมหาวิทยาลัยที่เป็นผู้บริหาร คณาจารย์ และเจ้าหน้าที่เพื่อให้สามารถสื่อสารภาษาต่างประเทศรวมไปถึงการให้บริการแก่นิสิตต่างประเทศ ในขณะเดียวกัน ได้ให้บริการแก่หน่วยงานภายนอกทั่วไปที่ประสงค์พัฒนาทักษะการใช้ภาษาอังกฤษและภาษาอาเซียน โดยให้สถาบันภาษาไปดำเนินการจัดการเรียนการสอนให้แก่บุคลากรของหน่วยงานต่างๆ
  ๕. การจัดตั้งศูนย์อาเซียนศึกษา
  การพัฒนามหาวิทยาลัยสู่การเป็นศูนย์กลาง (HUB) ของการศึกษาพระพุทธศาสนาในประชาคมอาเซียนนั้น ถือเป็นยุทธศาสตร์ของมหาวิทยาลัย ด้วยเหตุนี้ ในวันที่ ๒๕ กันยายน ๒๕๕๖ มหาวิทยาลัยจึงได้จัดตั้งศูนย์อาเซียนศึกษา ให้มีสถานะเทียบเท่ากับคณะ (ศูนย์อาเซียนศึกษา วิทยาลัยพุทธศาสตร์นานาชาติ และวิทยาลัยพระธรรมทูต) เพื่อรองรับการเข้าสู่ประชาคมอาเซียนโดยให้ศูนย์อาเซียนศึกษา มีภารกิจเกี่ยวกับการบริหารงาน การวางแผนงาน การพัฒนาเครือข่าย การศึกษาวิจัย การจัดระบบสารสนเทศ และการให้บริการวิชาการองค์ความรู้ที่เกี่ยวข้องกับการบริการงานอาเซียน คอยประสานความร่วมมือกับส่วนงานของมหาวิทยาลัยและหน่วยงานอื่น ๆ ในประชาคมอาเซียน แบ่งการบริหารงานออกเป็น ๒ ส่วน คือ ส่วนงานบริหาร และ ส่วนวิจัย สารสนเทศและบริการวิชาการ
  ๖. การจัดตั้งวิทยาลัยพระธรรมทูต
  วิทยาลัยพระธรรมทูตมีพัฒนาการมาจากโครงการฝึกอบรมพระธรรมทูตสายต่างประเทศ โดยสมเด็จพระพุฒาจารย์ (เกี่ยว อุปเสโณ) กรรมการมหาเถรสมาคม ได้เป็นกรรมการอำนวยการฝึกอบรม โดยมีวัตถุประสงค์ใกล้เคียงกันในการดำเนินงานคือ (๑) เพื่อฝึกอบรมพระธรรมทูตให้มีความรู้ความสามารถ จริยาวัตรอันงดงาม และความมั่นใจในการปฏิบัติศาสนกิจในต่างประเทศยิ่งขึ้น (๒) เพื่อเตรียมพระธรรมทูต ผู้มีคุณสมบัติเหมาะสมส่งไปต่างประเทศ (๓) เพื่อสนองงานเผยแผ่พระพุทธศาสนาในต่างประเทศของคณะสงฆ์ไทย
  ด้วยเหตุนี้ ในวันที่ ๒๕ กันยายน ๒๕๕๖ จึงได้จัดตั้งวิทยาลัยพระธรรมทูตขึ้นมาอย่างเป็นทางการ โดยมีภารกิจเกี่ยวกับงานการเรียนการสอนเพื่อพัฒนาพระธรรมทูต จัดการฝึกอบรมพระธรรมทูต วิจัยพัฒนารูปแบบและวิธีการเผยแผ่พระพุทธศาสนาทั้งในประเทศและต่างประเทศ ทั้งนี้ ได้กำหนดให้มี ๒ ส่วนงานทำหน้าที่ในการบริหารและพัฒนาวิทยาลัย กล่าวคือ (๑) สำนักงานวิทยาลัย มีอำนาจหน้าที่และความรับผิดชอบเกี่ยวกับงานบริหาร และงานสารสนเทศของวิทยาลัย และ (๒) สำนักงานวิชาการ มีอำนาจหน้าที่และความรับผิดชอบ เกี่ยวกับงานวางแผนและพัฒนาหลักสูตร งานวิจัยและพัฒนา
   ๔. การประชุมในระดับนานาชาติอย่างต่อเนื่อง มหาวิทยาลัยเป็นสถาบันทางการศึกษาที่เป็นศูนย์กลางการศึกษาพระพุทธศาสนาของชาวพุทธทั่วโลก ดังจะเห็นได้จากการที่ผู้นำทางการเมือง ผู้นำทางศาสนาต่างๆ นักวิชาการพระพุทธศาสนาและกลุ่มคนทั่วไปได้เดินทางมาร่วมกิจกรรมนานาชาติที่มหาวิทยาลัยได้จัดขึ้นตามลำดับดังต่อไปนี้
   ก. การประชุมเพื่อเสริมสร้างสันติภาพโลก
   (๑) การจัดประชุมสุดยอดผู้นำชาวพุทธเพื่อการเผยแผ่พระพุทธศาสนาแห่งโลก ครั้งที่ ๒ ในระหว่างวันที่ ๙ – ๑๑ พฤศจิกายน พ.ศ. ๒๕๔๓ มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ได้ร่วมมือกับคณะสงฆ์นิกายเนนบุตซูชุ ประเทศญี่ปุ่น จัดประชุมสุดยอดผู้นำชาวพุทธเพื่อการเผยแผ่พระพุทธศาสนา แห่งโลก ครั้งที่ ๒ ณ หอประชุมพุทธมณฑล จังหวัดนครปฐม การประชุมครั้งนี้เน้นการส่งเสริมความสัมพันธ์อันดีระหว่างชาวพุทธทั่วโลก เพื่อแลกเปลี่ยนประสบการณ์ในการเผยแผ่ศาสนา และเพื่อร่วมเฉลิมพระเกียรติในวโรกาส มหามงคลที่พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ทรงเจริญพระชมมายุครบ ๗๒ พรรษา

   (๒) การประชุมสภาผู้นำศาสนาแห่งโลก ระหว่าง วันที่ ๑๒ – ๑๔ มิถุนายน พ.ศ. ๒๕๔๔ มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ได้ร่วมมือกับองค์การสหประชาชาติ จัดประชาสภาผู้นำศาสนาโลก ณ หอประชุมพุทธมณฑล จังหวัดนครปฐม และที่ศูนย์ประชุมสหประชาชาติ
   การประชุมครั้งนี้ มุ่งสงเสริมเรื่องความร่วมมือทางศาสนาในการแก้ปัญหาความรุนแรงและสร้าง สันติภาพให้เกิดขึ้นในโลก

   (๓) การประชุมสุดยอดผู้นำเยาวชนโลกเพื่อสันติภาพ ระหว่างวันที่ ๒๔ – ๒๙ กุมภาพันธ์ พ.ศ. ๒๕๔๗ มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ได้ร่วมมือกับองค์การสหประชาชาติ จัดประชุมสุดยอดผู้นำเยาวชนโลกเพื่อสันติภาพ ณ ศูนย์ประชุมสหประชาชาติกรุงเทพฯ การประชุมครั้งนี้เน้นการสนับสนุนให้เยาวชนได้แลกเปลี่ยนความคิดความเห็น เรื่องสันติภาพและเพื่อสร้างเครือข่ายเยาวชน ให้ทำกิจกรรมส่งเสริมสันติภาพและการพัฒนาที่ยั่งยืน

   (๔) การประชุมเถรวาทและมหายาน
   ระหว่าง วันที่ ๑๖ – ๒๐ กรกฎาคม พ.ศ. ๒๕๔๗ มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ได้จัดประชุมนานาชาติว่าด้วยพระพุทธศาสนาเถรวาทและมหายาน ณ หอประชุมพุทธมณฑล จังหวัดนครปฐม และศูนย์ประชุมสหประชาชาติ กรุงเทพฯ การประชุมครั้งนี้เน้นการสร้างเครือข่ายความสัมพันธ์ระหว่างองค์กรทางพระ พุทธศาสนา ในระดับท้องถิ่นและระดับนานาชาติ แสวงหาหนทางทำให้การศึกษาพระพุทธศาสนาเป็นที่สนใจของเยาวชนคนรุ่นใหม่
   (๕) การสัมมนาร่วมเกี่ยวกับพระพุทธศาสนาและศาสนาอิสลามในประเด็นความสัมพันธ์ทางประวัติศาสตร์ศาสนาระหว่างอีหร่านกับไทย ในวันที่ ๖ กุมภาพันธ์ ๒๕๕๒ ทั้งนี้ มีนักวิชาการทั้งสองศาสนาเข้าร่วมกว่า ๙๕๐ รูป/คน
   (๖) การประชุมการประชุมผู้นำศาสนาเพื่อสันติภาพในประชาคมอาเซียน ครั้งที่ ๑ เรื่อง ขันติธรรมทางศาสนา ระหว่างวันที่ ๒๔-๒๙ กันยายน พ.ศ. ๒๕๕๗ โดยมีผู้นำศาสนา ๕ ศาสนาจาก ๑๐ ประเทศในประชาคมอาเซียน ๘๐ คน รวมถึงคนไทยร่วมงานประมาณ ๕๐๐ คน ซึ่งจัดโดยมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย (มจร.) และสำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติ (พศ.) ภายใต้การดำเนินการของโครงการปริญญาโทหลักสูตรสันติศึกษา มจร. โดยเริ่มอย่างเป็นทางการ เมื่อวันที่ ๒๖ กันยายน พ.ศ. ๒๕๕๗ ที่ มจร.วังน้อย โดยมีสมเด็จพระมหารัชมังคลาจารย์ ผู้ปฏิบัติหน้าที่สมเด็จพระสังฆราช เป็นประธาน

   การประชุมครั้งนี้ผู้นำทั้ง ๕ ศาสนาเห็นชอบในปฏิญญาที่ตกลงร่วมกัน ดังนี้ คือ ๑.ส่งเสริมขันติทางศาสนาตามประกาศของยูเนสโก ปี ค.ศ.๑๙๙๕ ๒.จะดำเนินการเสวนาต่อไปและเสริมสร้างเครือข่ายของผู้นำศาสนา ส่งเสริมกันและกัน ๓.เพื่อให้ประชาคมอาเซียนมีความรู้ในศาสนาของตนเองและศาสนา อื่นๆ ๔.เพื่อดำเนินแบบต่อเนื่องไม่เหน็ดเหนื่อยเพื่อสันติภาพ เข้าใจถึงศักดิ์ศรีความเป็นมนุษย์ ๕.จะกระทำให้เกิดความคุ้นเคยระหว่างกันเพื่อความเป็นเอกภาพของผู้นำศาสนา และ ๖.เพื่อส่งเสริมการอยู่ร่วมกันด้วยความสามัคคี ไม่ให้ศาสนาตกเป็นเครื่องมือของนักการเมืองและสื่อมวลชน
   ข. การประชุมเพื่อเฉลิมฉลองวันวิสาขบูชาโลก
   (๑) การประชุมวิสาขบูชาโลก ครั้งที่ ๑
   เมื่อ วันที่ ๒๕ พฤษภาคม ๒๕๔๗ มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ร่วมกับมหาเถรสมาคม และรัฐบาลไทย เป็นเจ้าภาพจัดประชุมผู้นำชาวพุทธโลกว่าด้วยวันวิสาขบูชา วันสำคัญสากลของโลก ณ หอประชุมพุทธมณฑล จังหวัดนครปฐม และศูนย์ประชุมสหประชาชาติ กรุงเทพฯ
   การประชุมครั้งนี้เน้นส่งเสริมการศึกษา การปฏิบัติ การเผยแผ่ และปกป้องคุ้มครองพระพุทธศาสนา รวมทั้งร่วมกันจัดการเฉลิมฉลองวันวิสาขบูชาทั้งที่ศูนย์ประชุมใหญ่และศูนย์ ประจำภูมิภาค

   (๒) การประชุมวิสาขบูชาโลกครั้งที่ ๒
   ระหว่าง วันที่ ๑๘ – ๒๑ พฤษภาคม พ.ศ. ๒๕๔๘ มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ได้จัดประชุมชาวพุทธนานาชาติว่าด้วยวันวิสาขบูชา ณ หอประชุมพุทธมณฑล จังหวัดนครปฐม และศูนย์ประชุมสหประชาชาติ กรุงเทพฯ
   การปะชุมครั้งนี้ เน้นส่งเสริมสนับสนุนการพัฒนาที่ยั่งยืน ให้พุทธมณฑลเป็นศูนย์กลางพระพุทธศาสนาแห่งโลก เป็นศูนย์ประสานงานระหว่างองค์กรทางพระพุทธศาสนาและส่งเสริมแลกเปลี่ยนแหล่ง ข้อมูลทางพระพุทธศาสนา

   (๓) การประชุมวิสาขบูชาโลกครั้งที่ ๓
   ระหว่าง วันที่ ๗ – ๑๐ พฤษภาคม พ.ศ. ๒๕๔๙ มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ได้จัดประชุมชาวพุทธนานาชาติว่าด้วยวันวิสาขบูชา ณ หอประชุมพุทธมณฑล จังหวัดนครปฐม และศูนย์ประชุมสหประชาชาติ กรุงเทพฯ การประชุมครั้งนี้เน้นเรื่องสันติภาพโลก ความร่วมมือระหว่างพระพุทธศาสนานิกายต่างๆ การพัฒนาแบบยั่งยืน และเศรษฐกิจพอเพียงของพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว

   (๔) การประชุมวิสาขบูชาโลกครั้งที่ ๔
   ระหว่าง วันที่ ๒๖ – ๒๙ พฤษภาคม พ.ศ. ๒๕๕๐ มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ได้ร่วมมือกับมหาเถรสมาคม และรัฐบาลไทย จัดประชุมชาวพุทธนานาชาติว่าด้วยวันวิสาขบูชา วันสำคัญของสหประชาชาติ ณ หอประชุมพุทธมณฑล จังหวัดนครปฐม และศูนย์ประชุมสหประชาชาติ กรุงเทพฯ
   การประชุมปีนี้มีผู้นำชาวพุทธ นักวิชาการ และผู้แทนจากประเทศต่างๆ ทั่วโลก เดินทางมาร่วมประชุมประมาณ ๒,๐๐๐ คน การประชุมปีนี้ เน้นเรื่องพระพุทธศาสนากับธรรมาภิบาล และเฉลิมฉลองเนื่องในวโรกาสที่พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว เจริญพระชนมพรรษาครบ ๘๐ พรรษา

   (๕) การประชุมวิสาขบูชาโลก ครั้งที่ ๕
   ระหว่าง วันที่ ๑๘ – ๑๙ พฤษภาคม พ.ศ. ๒๕๕๑ มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ได้ร่วมมือกับมหาเถรสมาคม และรัฐบาลไทย จัดพิธีฉลองวันวิสาขบูชา วันสำคัญสากลของโลก ณ หอประชุมพุทธมณฑล จังหวัดนครปฐม และศูนย์ประชุมสหประชาชาติ กรุงเทพฯ การประชุมนี้มีผู้นำชาวพุทธ นักวิชาการ และผู้แทนจากประเทศต่างๆ ทั่วโลก เดินทางมาร่วมประชุมจำนวน ๑,๕๐๐ คน
   (๖) การประชุมวิสาขบูชาโลก ครั้งที่ ๖
   การจัดประชุมชาวพุทธนานาชาติ เนื่องในวันวิสาขบูชาโลก เรื่อง “พระพุทธศาสนากับการแก้วิกฤติการณ์ของโลก” วันที่ ๔- ๖ พฤษภาคม พ.ศ. ๒๕๕๒ ณ หอประชุมพุทธมณฑล อำเภอพุทธมณฑล จังหวัดนครปฐม มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ต.ลำไทร อ.วังน้อย จ.พระนครศรีอยุธยา และศูนย์ประชุมสหประชาชาติ ถนนราชดำเนินนอก กรุงเทพมหานคร

   (๗) การประชุมวิสาขบูชาโลก ครั้งที่ ๗
   การจัดประชุมชาวพุทธนานาชาติ เนื่องในวันวิสาขบูชาโลกเรื่อง “การฟื้นตัวจากวิกฤติการณ์ของโลก ตามทัศนะชาวพุทธ ”Global Recovery: The Buddhist Perspective เนื่องในวันวิสาขบูชา วันสำคัญสากลของโลก ประจำปี ๒๕๕๓ วันที่ ๒๓ - ๒๕ พฤษภาคม พ.ศ. ๒๕๕๓ ณ มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ต.ลำไทร อ.วังน้อย จ.พระนครศรีอยุธยา และศูนย์ประชุมสหประชาชาติ ถนนราชดำเนินนอก กรุงเทพมหานคร

   (๘) การประชุมวันวิสาขบูชาโลก ครั้งที่ ๘
   การจัดประชุมชาวพุทธนานาชาติ เนื่องในวันวิสาขบูชาโลก เรื่อง "พุทธธรรมกับการพัฒนาสังคมและเศรษฐกิจ" วันที่ ๑๒-๑๔ พฤษภาคม พ.ศ. ๒๕๕๔ ณ หอประชุมพุทธมณฑล อำเภอพุทธมณฑล จังหวัดนครปฐม มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ต.ลำไทร อ.วังน้อย จ.พระนครศรีอยุธยา และศูนย์ประชุมสหประชาชาติ ถนนราชดำเนินนอก กรุงเทพมหานคร การประชุมปีนี้มีอธิการบดี มหาวิทยาลัยต่างๆ ผู้นำชาวพุทธ นักวิชาการ และผู้แทนจากประเทศต่างๆ ทั่วโลก เดินทางมาร่วมประชุมประมาณ ๕,๐๐๐ คน
   (๙) การประชุมวันวิสาขบูชาโลก ครั้งที่ ๙
   การจัดกิจกรรมวิสาขบูชานานาชาติครั้งที่ ๙ เนื่องในโอกาสเฉลิมฉลอง “พุทธชยันตี: ๒๖๐๐ ปี แห่งการตรัสรู้ของพระพุทธเจ้า”เรื่อง“พระปัญญาตรัสรู้ของพระพุทธเจ้าเพื่อ ประโยชน์สุขของมวลมนุษยชาติ” วันที่ ๓๑ พฤษภาคม - ๒ มิถุนายน พ.ศ. ๒๕๕๕ ณ มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ต.ลำไทร อ.วังน้อย จ.พระนครศรีอยุธยา ศูนย์การประชุมสหประชาชาติ ถนนราชดำเนินนอก กรุงเทพมหานคร และพุทธมณฑล อ.พุทธมณฑล จ.นครปฐม การประชุมปีนี้มีอธิการบดี มหาวิทยาลัยต่างๆ ผู้นำชาวพุทธ นักวิชาการ และผู้แทนจากประเทศต่างๆ ทั่วโลก เดินทางมาร่วมประชุมประมาณ ๕,๐๐๐ คน

   (๑๐) การประชุมวิสาขบูชาโลก ครั้งที่ ๑๐
   การจัดกิจกรรมวิสาขบูชานานาชาติครั้งที่ ๑๐ เรื่อง “การศึกษากับการเป็นพลเมืองของโลก: มุมมองของพระพุทธศาสนา” ระหว่างวันที่ ๒๑-๒๒ พฤษภาคม ณ มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ต.ลำไทร อ.วังน้อย จ.พระนครศรีอยุธยา ศูนย์การประชุมสหประชาชาติ ถนนราชดำเนินนอก กรุงเทพมหานคร และพุทธมณฑล อ.พุทธมณฑล จ.นครปฐม ในการประชุมปีนี้มีอธิการบดี มหาวิทยาลัยต่างๆ ผู้นำชาวพุทธ นักวิชาการ และผู้แทนจากประเทศต่างๆ ทั่วโลก เดินทางมาร่วมประชุมประมาณ ๕,๐๐๐ คน

   (๑๑) การประชุมวันวิสาขบูชาโลก ครั้งที่ ๑๑
   การจัดกิจกรรมวิสาขบูชานานาชาติครั้งที่ ๑๑ ในวันที่ ๑๐ พฤษภาคม ๒๕๕๗ ณ มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ต.ลำไทร อ.วังน้อย จ.พระนครศรีอยุธยา ในการประชุมปีนี้มีอธิการบดี มหาวิทยาลัยต่างๆ ผู้นำชาวพุทธ นักวิชาการ และผู้แทนจากประเทศต่างๆ ทั่วโลก เดินทางมาร่วมประชุมประมาณ ๑,๕๐๐ คน   (๑๒) การจัดประชุมวันวิสาขบูชาโลก ครั้งที่ ๑๒
การจัดกิจกรรมวิสาขบูชานานาชาติครั้งที่ ๑๒ เรื่อง “พระพุทธศาสนากับวิกฤติการณ์ของโลก” ระหว่างวันที่ ๒๘-๓๐ พฤษภาคม ๒๕๕๘ ณ มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ต.ลำไทร อ.วังน้อย จ.พระนครศรีอยุธยา ศูนย์การประชุมสหประชาชาติ ถนนราชดำเนินนอก กรุงเทพมหานคร และพุทธมณฑล อ.พุทธมณฑล จ.นครปฐม ในการประชุมปีนี้มีอธิการบดี มหาวิทยาลัยต่างๆ ผู้นำชาวพุทธ นักวิชาการ และผู้แทนจากประเทศต่างๆ ทั่วโลก เดินทางมาร่วมประชุมประมาณ ๕,๐๐๐ คน

ยุคพัฒนาความรุ่งเรืองของการเป็นศูนย์กลางของมหาวิทยาลัย
 หลังจากที่มหาวิทยาลัยได้รับการพัฒนาให้เจริญเติบโตทั้งเชิงกายภาย และคุณภาพมาอย่างต่อเนื่อง ตั้งแต่ ปี พ.ศ. ๒๔๓๐ จนถึง พ.ศ. ๒๕๕๓ นั้น ในปี พ.ศ.	๒๕๕๓ สิ่งที่สะท้อนให้เห็นถึงความรุ่งเรืองของมหาวิทยาลัยสามารถประเมินได้จากผลลัพธ์เชิงประจักษ์ของการบริหารงานในหลายด้าน ทั้งในเชิงปริมาณ และคุณภาพ
  (๑)จำนวนงบประมาณที่เพิ่มสูงขึ้น
   เมื่อวิเคราะห์จากเอกสารของมหาวิทยาลัยที่สามารถสืบค้นได้พบว่า ในปี ๒๕๒๑ ซึ่งเป็นปีที่มหาวิทยาลัยได้เริ่มขยายการจัดการศึกษาไปสู่ภูมิภาค โดยได้ตั้งวิทยาเขตหนองคายเป็นแห่งแรกนั้น มหาวิทยาลัยได้รับการจัดสรรงบประมาณผ่านกรมการศาสนาเป็นจำนวนเงิน ๑,๗๙๘,๐๐๐ บาท หลังจากได้มีการตราพระราชบัญญัติกำหนดวิทยฐานะผู้สำเร็จการศึกษาวิชาการพระพุทธศาสนานั้น มหาวิทยาลัยได้รับงบประมาณสนับสนุนผ่านกรมการศึกษาสูงขึ้น จำนวน ๒,๗๙๘,๐๐๐ บาท หลังจากได้มีการตราพระราชบัญญัติกำาหนดวิทยฐานะผู้สำาเร็จการศึกษาวิชาการพระพุทธศาสนานั้น มหาวิทยาลัยได้รับงบประมาณสนับสนุนผ่านกรมการศึกษาสูงขึ้น จำานวน ๒,๘๑๗,๙๔๓ บาท ในขณะที่ปี ๒๕๔๐ ซึ่งเป็นปีสุดท้ายที่มหาวิทยาลัยได้รับงบสนับสนุนผ่านกรมการศาสนา มหาวิทยาลัยได้รับงบประมาณ จำานวน ๗๖,๓๔๖,๘๐๐ บาท หลังจากมหาวิทยาลัยมีพระราชบัญญัติแล้ว ได้รับการจัดสรรงบประมาณในจำานวนที่เพิ่มสูงขึ้น โดยในปี พ.ศ. ๒๕๕๘ มหาวิทยาลัยได้รับการจัดสรรงบประมาณที่เพิ่มสูงขึ้น จำานวน ๑,๗๑๕,๔๒๙,๑๐๐บาท เมื่อเทียบงบประมาณจากปี ๒๕๒๑ กับปีงบประมาณ ๒๕๕๘ จะพบว่า งบประมาณได้เพิ่มสูงขึ้น ๙๕๔ เท่าของงบประมาณ ปี ๒๕๒๑
   (๒) จำนวนส่วนงานที่เพิ่มขึ้น
   สำาหรับส่วนงานสนับสนุนการศึกษานั้น เมื่อวิเคราะห์จากข้อมูลตั้งแต่ ปี ๒๕๒๑ พบว่ามีจำานวน ๑๑	แห่ง ประกอบด้วยสำานักงานอธิการบดี สำานักส่งเสริมพระพุทธศาสนาและบริการสังคม โรงเรียนพุทธศาสนาวันอาทิตย์ ส่วนธรรมนิเทศ มหาจุฬาอาศรม ศูนย์พัฒนาศาสนามหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ศูนย์พุทธวิปัสสนานานาชาติ โครงการอบรมพระธรรมทูตสายต่างประเทศ นอกจากนี้ มีมัธยมศึกษา ๓ แห่ง คือโรงเรียนบาลีเตริยมอุดมศึกษา โรงเรียนบาลีอบรมศึกษา และโรงเรียนบาลีสาธิตศึกษา
   ในขณะที่หลังมีพระราชบัญญัตินั้น ตั้งแต่ ปี พ.ศ. ๒๕๔๑-๒๕๕๘ ได้มีส่วนงานขยายเพิ่มเติมเป็นจำานวนมาก โดยเพิ่มจากเดิมเป็น ๑๔ แห่ง สำนักหอสมุดและเทคโนโลยีสารสนเทศ สถาบันภาษา สำานักทะเบียนและวัดผล สถาบันวิปัสสนาธุระ ศูนย์อาเซียนศึกษา กองกิจการวิทยาเขต กองคลังและทรัพย์สิน กองนิติการ กองวิเทศสัมพันธ์ กองสื่อสารองค์กร สำานักงานประกันคุณภาพ สำานักงานตรวจสอบภายใน สำานักงานพระสอนศีลธรรม และสำานักงานสภามหาวิทยาลัย
   สำาหรับส่วนงานที่จัดการศึกษานั้น หลักฐานที่ค้นพบตั้งแต่ ปี พ.ศ. ๒๕๒๑-๒๕๔๐พบว่า มีวิทยาเขตจำนวน ๑๐ แห่ง และวิทยาลัยสงฆ์ จำานวน ๔ แห่ง ในขณะที่มีพระราชบัญญัติแล้วพบว่า มีวิทยาลัยสงฆ์จำานวน ๘ แห่ง ห้องเรียนจำานวน ๕ แห่ง หน่วยวิทยบริการ จำานวน ๑๗ แห่ง และ สถาบันสมทบจำานวน ๖ สถาบันสมทบ
   (๓) จำนวนผู้จบการศึกษาเพิ่มมากขึ้น
   พุทธศาสตรบัณฑิต ๒๔๙๙-๒๕๔๐ มีจำนวน ๕,๐๔๒ รูป/คน ในขณะที่ พ.ศ. ๒๕๔๑-๒๕๕๘ มีผู้จบการศึกษา จำนวน ๓๔,๖๓๘ รูป/คน จะเห็นว่า เมื่อเทียบจำานวนของผู้จบการศึกษาก่อนและหลังการมีพระราชบัญญัติของมหาวิทยาลัย ผู้จบการศึกษาจะมีจำานวน ๗ เท่าก่อนมีพระราชบัญญัติ ในขณะที่ผู้จบการศึกษาในระดับพุทธศาสตรมหาบัณฑิต ปี พ.ศ. ๒๔๙๙-๒๕๔๐ มีจำนวน ๔๙ รูป/คน ส่วน ตั้งแต่ ปี พ.ศ. ๒๕๔๑-๒๕๕๘ มีจำนวน	๒๙๑๐ รูป/คน ในระดับพุทธศาสตรดุษฏีบัณฑิต ตั้งแต่ ปี พ.ศ. ๒๔๙๙-๒๕๔๐ ยังไม่มีการเปิดการศึกษาจึงยังไม่มีจำนวนของผู้จบการศึกษา หลังจากที่มีการเปิดการศึกษาตั้งแต่ ปี พ.ศ. ๒๕๔๑-๒๕๕๘ มีผู้จบการศึกษาจำนวน ๒๑๖ รูป/คน
   (๔) จำนวนหลักสูตรเพิ่มมากขึ้น
   เมื่อวิเคราะห์จำานวนของหลักสูตรคระยะก่อนมีพระราชบัญญัติ ตั้งแต่ พ.ศ. ๒๔๙๐ –๒๕๔๐ มีหลักสูตรระดับปริญญาตรี จำนวน ๑๓ หลักสูตร ประกอบด้วย คณะพุทธศาสตร์ มี ๕ หลักสูตร คือ ปรัชญา ศาสนา พระพุทธศาสนา บาฬีพุทธศาสตร์ บาลี-สันสกฤต คณะครุศาสตร์ มี ๒ หลักสูตร คือ การสอนสังคมศึกษา การบริหารการศึกษา คณะมนุษยศาสตร์ มี ๓ หลักสูตร คือภาษาอังกฤษ จิตวิทยา ภาษาไทย และคณะสังคมศาสตร์ มี ๓ หลักสูตร คือ รัฐศาสตร์ สังคมวิทยา เศรษฐศาสตร์ ในขณะที่บัณฑิตวิทยาลัยได้จัดการศึกษาในระดับ ปริญญาโท ๔ หลักสูตรคือ พระพุทธศาสนา ปรัชญา ธรรมนิเทศ และภาษาบาลี ส่วนปริญญาเอกยังไม่มีหลักสูตรปริญญาเอก – หลักสูตร
   ในขณะที่หลังยุคที่มีการตราพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัย ตั้งแต่ พ.ศ. ๒๕๔๑-๒๕๕๘ระดับปริญญาตรี ปัจจุบันเปิดสอนใน ๔ คณะ มีหลักสูตร รวมทั้งสิ้น	๒๖ สาขาวิชา คือ คณะพุทธศาสตร์ สาขาวิชา คณะครุศาสตร์ ๔ สาขาวิชา คณะมนุษยศาสตร์ ๔ สาขาวิชา และคณะสังคมศาสตร์ ๗ สาวิชา โดยหลักสูตรทั้งหมดนี้ ยังได้เปิดสอนที่วิทยาเขต วิทยาลัย โครงการขยายห้องเรียน หน่วยวิทยบริการ และสถาบันสมทบของมหาวิทยาลัย
   (ก) หลักสูตรคณะพุทธศาสตร์ ประกอบด้วย ๑๑ สาขาวิชา คือ (๑) สาขาวิชาพระพุทธศาสนา (๒) สาขาวิชาศาสนา (๓) สาขาวิชาปรัชญา (๔) สาขาวิชาบาลีพุทธศาสตร์ (๕) สาขาวิชาภาษาบาลี (๖) สาขาวิชาบาลีสันสกฤต (๗) สาขาวิชาพุทธศิลปกรรม (๘) สาขาวิชามหายานศึกษา (๙) สาขาวิชาพระพุทธศาสนามหายาน (๑๐) สาขาวิชาพระพุทธศาสนาจีน(๑๑) สาขาวิชาภาวะผู้นำาทางพระพุทธศาสนา
   (ข) หลักสูตรคณะครุศาสตร์ ประกอบด้วย ๑๑ สาขาวิชา คือ (๑) สาขาวิชาสังคมศึกษา (๒) สาขาวิชาการสอนภาษาไทย (๓) สาขาวิชาการสอนภาษาอังกฤษ (๔) สาขาวิชาการสอนพระพุทธศาสนาและจิตวิทยาแนะแนว
   (ค) หลักสูตรคณะมนุษยศาสตร์ ประกอบด้วย ๔ สาขาวิชา คือ (๑) สาขาวิชาภาษาไทย(๒) สาขาวิชาภาษาอังกฤษ (๓) สาขาวิชาจิตวิทยา (๔) สาขาวิชาพุทธจิตวิทยา
   (ง) หลักสูตรคณะสังคมศาสตร์ ประกอบด้วย ๗ สาขาวิชา คือ (๑) สาขาวิชารัฐศาสตร์ (๒) สาขาวิชารัฐประศาสนศาสตร์ (๓) สาขาวิชาการจัดการเชิงพุทธ (๔) สาขาวิชาสังคมวิทยา(๕) สาขาวิชาสังคมสงเคราะห์ศาสตร์ (๖) สาขาวิชาเศรษฐศาสตร์ (๗) สาขาวิชานิติศาสตร์
  ในระดับปริญญาโท มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยเปิดสอน ตั้งแต่พุทธศักราช ๒๕๓๑ เป็นต้นมา และเปิดสอนหลักสูตรนานาชาติ พุทธศักราช ๒๕๔๓ ปัจจุบัน มีหลักสูตรระดับประกาศนียบัตรบัณฑิต จำนวน ๒ หลักสูตร และหลักสูตรระดับปริญญาโท จำนวน ๒๒ สาขาวิชา กล่าวคือ
   (ก) หลักสูตรระดับประกาศนียบัตรบัณฑิต จำานวน ๒ หลักสูตร ประกอบด้วย (๑) พระไตรปิฎกศึกษา และ (๒) วิชาชีพครู
   (ข) หลักสูตรระดับปริญญาโท ประกอบด้วย ๒๒ สาขา วิชา คือ (๑) สาขาวิชาพระพุทธศาสนา (๒) สาขาวิชาปรัชญา (๓) สาขาวิชาธรรมนิเทศ (๔) สาขาวิชาวิปัสสนาภาวนา(๕) สาขาวิชาสันติศึกษา (๖) สาขาวิชาพระไตรปิฎกศึกษา (๗) สาขาวิชาศาสนาเปรียบเทียบ (๘) สาขาวิชามหายานศึกษา(๙) สาขาวิชาการบริหารการศึกษา (๑๐) สาขาวิชาการสอนสังคมศึกษา(๑๑)สาขาวิชาจิตวิทยาการศึกษาและการแนะแนว (๑๒) สาขาวิชาชีวิตและความตาย (๑๓) สาขาวิชาพุทธจิตวิทยา(๑๔) สาขาวิชาพุทธศาสตร์และศิลปะแห่งชีวิต (๑๕) สาขาวิชาภาษาศาสตร์ (๑๖) สาขาวิชาการจัดการเชิงพุทธ (๑๗) สาขาวิชารัฐประศาสนศาสตร์ (๑๘) สาขาวิชาเศรษฐศาสตร์การพัฒนาเชิงพุทธ (๑๙) สาขาวิชาการพัฒนาสังคม (๒๐) สาขาวิชาภาษาอังกฤษ(หลักสูตรนานาชาติ) (๒๑) สาขาวิชาพระพุทธศาสนา (หลักสูตรนานาชาติ) และ (๒๒) สาขาวิชาอาเซียนศึกษา (หลักสูตรนานาชาติ)

   (ค) ระดับปริญญาเอก มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยได้เปิดสอน ตั้งแต่ พุทธศักราช ๒๕๔๓ เป็นต้นมา ปัจจุบัน มีหลักสูตรระดับปริญญาเอก จำนวน ๑๑ สาขาวิชา ประกอบด้วย (๑) สาขาวิชาพระพุทธศาสนา (๒) สาขาวิชาพระพุทธศาสนา (หลักสูตรนานาชาติ) (๓) สาขาวิชาปรัชญา (๔) สาขาวิชาบาลีพุทธศาสตร์ (๕) สาขาวิชาพุทธบริหารการศึกษา (๖)สาขาวิชาพุทธจิตวิทยา (๗) สาขาวิชาภาษาศาสตร์ (๘) สาขาวิชาการจัดการเชิงพุทธ (๙) สาขาวิชารัฐประศาสนศาสตร์ (๑๐) สาขาวิชารัฐประศาสนศาสตร์ (หลักสูตรนานาชาติ) และ(๑๑) สาขาวิชาการพัฒนาสังคม
   (๕) การใช้เทคโนโลยีสนับสนุนการบริหาร การเรียนการสอน และการเผยแผ่ (MIS)เทคโนโลยีการศึกษาเป็นเครื่องมือสำคัญในการเสริมศักยภาพให้การเรียนการสอนการศึกษามีความหมายมากขึ้น ผู้เรียนเรียนได้กว้างขวางมากขึ้น เรียนได้เร็วขึ้น เข้าใจได้อย่างสมบูรณ์ สามารถสนองเรื่องความแตกต่างระหว่างบุคคลได้ ผู้เรียนมีอิสระในการเรียนรู้มีความรับผิดชอบ ทำาให้การจัดการศึกษาพระพุทธศาสนาสามารถบูรณาการกับศาสตร์ สมัยใหม่ได้อย่างสมสมัย อีกทังจะช่วยให้การศึกษามีพลังมากขึ้น
   ด้วยการตระหนักรู้ในคุณค่าและความสำคัญของเทคโนโลยีเพื่อการศึกษาในลักษณะดังกล่าว จึงทำาให้มหาวิทยาลัยได้ตัดสินใจ พัฒนา MCUTV มาเป็นเครื่องมือช่วยพัฒนาการจัดการเรียนการสอน โดยเฉพาะอย่างยิ่ง การเปิดพื้นที่ให้นิสิตในส่วนภูมิภาคได้เรียนรู้จากอาจารย์ผู้เชี่ยวชาญในส่วนกลางอีกทั้งสามารถเข้าใจถึงวิสัยทัศน์ของมหาวิทยาลัยที่มุ่งให้นำหลักพระพุทธศาสนาไปบูรณาการกับศาสตร์ใหม่ๆ นอกจากนั้น มหาวิทยาลัยได้พัฒนาอินเทอร์เน็ตความเร็วสูงเพื่อให้ส่วนงานจัดการศึกษา และส่วนงานสนับสนุนการศึกษาสามารถพัฒนาอีบุ๊ค (E-Book) เพื่อเป็นสื่อในการเรียนการสอนได้อย่างมีประสิทธิภาพมากยิ่งขึ้น
   การนำพัฒนาเทคโนโลยีมิได้มีนัยที่จำากัดตัวเฉพาะในส่วนของการจัดการศึกษาเท่านั้นมหาวิทยาลัยได้นำเอา UNI-Net มาพัฒนาการให้การบริการของห้องสมุด และเป็นเครื่องมือในการบริหารสารสนเทศ โดยการนำาระบบสารสนเทศมาใช้ประกอบการตัดสินใจเพื่อการบริหาร จัดการส่วนงานต่างๆ เพื่อให้สอดรับกับสถานการณ์และความต้องการของนิสิตมากยิ่งขึ้น
   (๖) พัฒนาคัมภีร์ งานวิจัย ตำรา และหนังสือทางวิชาการอย่างต่อเนื่อง มหาวิทยาลัยได้มีคำสั่งแต่งตั้งคณะกรรมการเพื่อพัฒนาพระไตรปิฎก ภาษาไทย และภาษาบาลี ฉบับมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย รวมไปถึง พระไตรปิฎก ภาษาไทย ฉบับมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยบน ซีดี – รอม ตั้งแต่ พ.ศ. ๒๕๓๓ จนแล้วเสร็จสมบูรณ์ในปี พ.ศ. ๒๕๔๒ ซึ่งพระไตรปิฎก ภาษาไทย ฉบับนี้มีอิทธิพลสำคัญต่อการพัฒนางานวิจัย งานตำรา และหนังสือของมหาวิทยาลัยจำนวนมาก ในขณะเดียวกัน มหาวิทยาลัยได้สนับสนุนการการพัฒนาหนังสือพระไตรปิฎกฉบับสากล(Common Buddhist Text) ซึ่งมีเนื้อหาจาก ๓ นิกายใหญ่ คือ มหายาน วัชรยานและเถรวาท โดยมีนักวิชาการทั้ง ๓ ยานมาร่วมกันพัฒนาและปรับปรุงเนื้อหาภายใต้กรอบ ของพระรัตนตรัย คือ เนื้อหาเกี่ยวกับประวัติของพระพุทธเจ้า เนื้อหาเกี่ยวกับพระธรรม และเนื้อหาเกี่ยวกับบทบาทและความสำาคัญของพระสงฆ์ นอกจากนี้ มหาวิทยาลัยได้สนับสนุนให้มีโครงการพัฒนาสหบรรณานุกรมพระไตรปิฎก (The Union Catalog of Buddhist Text) เพื่อให้นักวิชาการและผู้สนใจสามารถเข้าถึงเนื้อหาของคัมภีร์พระพุทธศาสนาของนิกายต่างๆได้อย่างกว้างขวางมากยิ่งขึ้น
   กล่าวโดยสรุปแล้ว ความรุ่งเรืองของมหาวิทยาลัยสามารถประเมินการเติบโตและเพิ่มขึ้นขึ้นงบประมาณ หลักสูตร จำนวนนิสิต จำนวนผู้จบการศึกษา จำนวนของส่วนงานจัดการศึกษาและสนับสนุนการศึกษา จำนวนการผลิตผลงานทางวิชาการ ทั้งคัมภีร์ ตำรา หนังสือ และงานเขียนต่างๆ จำนวนมาก สำหรับตัวแปรสำาคัญที่นำไปสู่ความรุ่งเรืองนั้นเกิดจากการที่มหาวิทยาลัยมีพระราชบัญญัติเป็นกรอบในการบริหารจัดการในฐานะเป็นมหาวิทยาลัยของรัฐ การมีวิสัยทัศน์ที่ชัดเจนในการบริหาร การมีทรัพยากรทั้งงบประมาณ และบุคลากรที่พร้อมพลัน การนำเทคโนโลยีมาปรับใช้เพื่อการบริหารและการจัดการเรียนการสอนการสร้างเครือข่ายของชาวพุทธทั้งในระดับประเทศและต่างประเทศจนทำให้เกิดการยอมรับและร่วมมือกันสร้างนวัตกรรมทางการศึกษา และจัดงานนานาชาติร่วมกัน ดังจะเห็นได้จากการจัดงานเฉลิมฉลองวันวิสาขบูชาโลก และการจัดสัมมนานานาชาติอย่างต่อเนื่อง

สัญลักษณ์ประจำมหาวิทยาลัย
พระจุลมงกุฎ (พระเกี้ยว) 

พระราชลัญจกรประจำพระองค์พระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาจุฬาลงกรณ์ พระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 5 ตรงฐานของพระเกี้ยวมีอักษรย่อว่า ม จ ร และมีรูปธรรมจักรวางเป็นฉากเบื้องหลัง
เป็นรูปวงกลมครอบธรรมจักรส่วนกลางเป็นพระเกี้ยว

เป็นพระราชลัญจกรประจำพระองค์พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 5 รอบกรอบด้านบนมีอักษรภาษาบาลีว่า ปญฺญา โลกสฺมิ ปชฺโชโต รอบกรอบด้านล่างมีอักษรว่า มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย
การศึกษา
คณะในมหาวิทยาลัย
[10]
[11]
[12]
[13]
[14]
คณะนิติศาสตร์
วิทยาเขต
[15] (วิทยาเขตแห่งแรก)
[16]
[17]
[18]
[19]
[20]
[21]
[22]
[23]
[24]
[25]
วิทยาลัย

โครงการขยายห้องเรียน



โครงการวิทยาลัยสงฆ์รัตนบุรี อำเภอรัตนบุรี จังหวัดสุรินทร์
หน่วยวิทยบริการ




หน่วยวิทยบริการ จ.จันทบุรี
หน่วยวิทยบริการ วัดพระรูป จ.เพชรบุรี
หน่วยวิทยบริการ วัดหนองขุนชาติ จ.อุทัยธานี
หน่วยวิทยบริการ วัดพระบรมธาตุกำแพงเพชร
หน่วยวิทยบริการ วัดพฤกษะวันโชติการาม จ.พิจิตร
หน่วยวิทยบริการ วัดท่านา จ.ตาก
หน่วยวิทยบริการ วัดหมอนไม้ จ.อุตรดิตถ์
หน่วยวิทยบริการ วัดป่าเลไลยก์ จ.สุพรรณบุรี
หน่วยวิทยบริการ วัดสระแก้ว จ.สระแก้ว
หน่วยวิทยบริการ สาวิกาสิกขาลัย กรุงเทพมหานคร
หน่วยวิทยบริการ วัดมัชฌิมาวาส จ.อุดรธานี
สถาบันสมทบ 7 แห่ง
วิทยาลัยพระพุทธศาสนาดองกุก ชอนบอบ สาธารณรัฐเกาหลี
มหาปัญญาวิทยาลัย อำเภอหาดใหญ่ จังหวัดสงขลา
มหาวิทยาลัยพระพุทธศาสนาซินจู สาธารณรัฐไต้หวัน
ศูนย์การศึกษาพระอาจารย์พรัหม ประเทศสิงคโปร์
วิทยาลัยพระพุทธศาสนานานาชาติ ประเทศศรีลังกา
วิทยาลัยพระพุทธศาสนา ประเทศสิงคโปร์
วิทยาลัยพระพุทธศาสนาธรรมเกท ประเทศอิตาลี
ส่วนงานในมหาวิทยาลัย

สำนักงานอธิการบดี

สถาบันภาษา 

สถาบันวิจัยพุทธศาสตร์ 

สถาบันวิปัสสนาธุระ  

สำนักทะเบียนและวัดผล  

สำนักหอสมุดและเทคโนโลยีสารสนเทศ

สำนักส่งเสริมพระพุทธศาสนาและบริการสังคม

ศูนย์อาเซียนศึกษา 

วิทยาลัยพุทธศาสตร์นานาชาติ  

วิทยาลัยพระธรรมทูต   

หน่วยงานอื่นๆ


งานบริการวิชาการแก่สังคม

การวิจัย

การรับบุคคลเข้าศึกษาต่อในมหาวิทยาลัย
คุณสมบัติของผู้เข้าศึกษาระดับปริญญาตรี พุทธศาตรบัณฑิต
 คุณสมบัติของผู้สมัครเข้าศึกษาที่เป็นพระภิกษุ และสามเณร
เป็นผู้สอบได้เปรียญธรรม 3 ประโยคและต้องศึกษาวิชาสามัญเพิ่มเติมตามที่มหาวิทยาลัยกำหนด หรือ
เป็นผู้สอบได้เปรียญธรรม 3 ประโยค และสำเร็จการศึกษาระดับมัธยมศึกษาตอนต้น หรือ
เป็นผู้สอบได้เปรียญธรรม 3 ประโยค และได้รับประกาศนียบัตรอื่นที่มหาวิทยาลัยกำหนด หรือ
เป็นผู้สำเร็จการศึกษาประโยคมัธยมศึกษาตอนปลายของโรงเรียนพระปริยัติธรรมแผนกสามัญศึกษา หรือ
เป็นพระสังฆาธิการหรือครูสอนพระปริยัติธรรมที่สำเร็จการศึกษาหลักสูตรประกาศนียบัตรการบริหารกิจการคณะสงฆ์ (ป.บส.) หรือ
เป็นพระสังฆาธิการหรือครูสอนพระปริยัติธรรมที่สอบได้นักธรรมชั้นเอกและสำเร็จการศึกษาระดับมัธยมศึกษาตอนปลายหรือเทียบเท่า หรือ
เป็นผู้สอบได้นักธรรมชั้นเอกและสำเร็จการศึกษาระดับมัธยมศึกษาตอนปลายหรือเทียบเท่า และต้องศึกษาวิชาภาษาบาลี ไม่น้อยกว่า 12 หน่วยกิต ยกเว้นผู้สำเร็จการศึกษาหลักสูตรประกาศนียบัตรสาขาวิชาบาลีที่มหาวิทยาลัยรับรอง หรือ
เป็นผู้สำเร็จระดับมัธยมศึกษาตอนปลาย หรือผู้ได้รับประกาศนียบัตรอื่นที่มหาวิทยาลัยรับรอง และต้องศึกษาวิชาภาษาบาลี ไม่น้อยกว่า 24 หน่วยกิต ยกเว้นผู้สำเร็จการศึกษาหลักสูตรประกาศนียบัตรสาขาวิชาบาลีที่มหาวิทยาลัยรับรอง หรือ
เป็นผู้ที่มหาวิทยาลัยอนุมัติให้เข้าศึกษาเป็นกรณีพิเศษเพื่อขอรับปริญญาตามเกณฑ์ที่สภาวิชาการกำหนด
ไม่เคยถูกคัดชื่อออกหรือถูกไล่ออกจากสถาบันการศึกษาใดๆ เพราะความผิดทางความประพฤติหรือวินัย
คุณสมบัติของผู้สมัครเข้าศึกษาที่เป็นคฤหัสถ์ หรือประชาชนทั่วไป
เป็นผู้สอบได้เปรียญธรรมหรือบาลีศึกษา 3 ประโยค และต้องศึกษาวิชาสามัญเพิ่มเติมตามที่มหาวิทยาลัยกำหนด หรือ
เป็นผู้สอบได้เปรียญธรรมหรือบาลีศึกษา 3 ประโยค และสำเร็จการศึกษาระดับมัธยมศึกษาตอนต้น หรือ
เป็นผู้สอบได้เปรียญธรรมหรือบาลีศึกษา 3 ประโยค และได้รับประกาศนียบัตรอื่นที่มหาวิทยาลัยอื่นรับรอง หรือ
เป็นผู้สำเร็จการศึกษาประโยคมัธยมศึกษาตอนปลายของโรงเรียนพระปริยัติธรรมแผนกสามัญศึกษา หรือ
เป็นผู้สำเร็จการศึกษาระดับมัธยมศึกษาตอนปลายหรือผู้ได้รับประกาศนียบัตรอื่นที่มหาวิทยาลัยรับรอง และต้องศึกษาวิชาภาษาบาลีไม่น้อยกว่า 12 หน่วยกิต ยกเว้นผู้สำเร็จหลักสูตรประกาศนียบัตรสาขาวิชาภาษาบาลีที่มหาวิทยาลัยรับรอง หรือ
เป็นผู้ที่มหาวิทยาลัยอนุมัติให้เข้าศึกษาเป็นกรณีพิเศษเพื่อขอรับปริญญาตามเกณฑ์ที่สภาวิชาการกำหนด
ไม่เคยถูกคัดชื่อออกหรือถูกไล่ออกจากสถาบันการศึกษาใดๆ เพราะความผิดทางความประพฤติหรือวินัย (ให้เป็นไปตามข้อบังคับมหาวิทยาลัยจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ว่าด้วยการศึกษาระดับปริญญาตรี พ.ศ. 2542 ข้อบังคับมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ว่าด้วยการศึกษาระดับปริญญาตรี (ฉบับที่ 2) พ.ศ. 2550 และข้อบังคับมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ว่าด้วยการศึกษาระดับปริญญาตรี (ฉบับที่ 3) แก้ไขเพิ่มเติม พ.ศ. 2551)

สาขาวิชาที่เปิดสอน
ปัจจุบันมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย เปิดทำการเรียนการสอนทั้งในระดับประกาศนียบัตร, ปริญญาบัณฑิต, ประกาศนียบัตรบัณฑิต, ปริญญามหาบัณฑิต และปริญญาดุษฎีบัณฑิต กระจายไปตามสาขาวิชาต่าง ๆ ดังนี้[26]

ระดับปริญญาตรี
หลักสูตรพุทธศาสตรบัณฑิต แบ่งเป็น 4 คณะ ได้แก่ 
คณะพุทธศาสตร์ ประกอบด้วย  (1) ภาควิชาพระพุทธศาสนา,  (2) ภาควิชาศาสนาและปรัชญา และ (3) ภาควิชาบาลีและสันสกฤต
คณะครุศาสตร์ ประกอบด้วย  (1) ภาควิชาจิตวิทยาการศึกษาและการแนะแนว,  (2) ภาควิชาบริหารการศึกษา และ (3) ภาควิชาหลักสูตรและการสอน
คณะมนุษยศาสตร์ ประกอบด้วย  (1) ภาควิชาภาษาไทย,  (2) ภาควิชาภาษาต่างประเทศ และ (3) ภาควิชาจิตวิทยา
คณะสังคมศาสตร์ ประกอบด้วย (1)  ภาควิชารัฐศาสตร์  (วิชาเอกการปกครอง , วิชาเอกรัฐประศาสนศาสตร์ , วิชาเอกการปกครองระหว่างประเทศ , วิชาเอกการจัดการเชิงพุทธ),  (2) ภาควิชาเศรษฐศาสตร์   (3) ภาควิชาสังคมวิทยาและมานุษยวิทยา  (4) ภาควิชานิติศาสตร์
ระดับปริญญาโท
หลักสูตรพุทธศาสตรมหาบัณฑิต  มีทั้งหมด 19 สาขาวิชา ได้แก่ 
สาขาวิชาธรรมนิเทศ, สาขาวิชาภาษาศาสตร์, สาขาวิชารัฐประศาสนศาสตร์, สาขาวิชาศาสนาเปรียบเทียบ, สาขาวิชาการจัดการเชิงพุทธ, สาขาวิชาชีวิตและความตาย, สาขาวิชาปรัชญา, สาขาวิชาพุทธจิตวิทยา, สาขาวิชาพุทธศาสตร์ และศิลปะแห่งชีวิต, สาขาวิชาภาษาอังกฤษ (หลักสูตรนานาชาติ), สาขาวิชาการบริหารการศึกษา (คณะครุศาสตร์), สาขาวิชาวิปัสสนาภาวนา, สาขาวิชาการพัฒนาสังคม, สาขาวิชาพระพุทธศาสนา, สาขาวิชาสันติศึกษา, สาขาวิชาบาลีศึกษา, สาขาวิชามหายานศึกษา, สาขาวิชาสันสกฤต และสาขาวิชาหลักสูตรและการสอน (แขนงวิชาการสอนทั่วไป สำหรับผู้ที่มีใบประกอบวิชาชีพครู, สาขาการสอนสังคมศึกษา การสอนภาษาไทย การสอนภาษาอังกฤษ และการสอนพระพุทธศาสนา) 
นอกจากนี้มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย มีหลักสูตรพุทธศาสตรมหาบัณฑิต (นานาชาติ) คือ Buddhist Studies, Philosophy และ Mahayana Buddhism
ระดับปริญญาเอก
หลักสูตรพุทธศาสตรดุษฎีบัณฑิต  มีทั้งหมด  สาขาวิชา ได้แก่  สาขาวิชาพุทธจิตวิทยา, สาขาวิชาบาลีพุทธศาสตร์, สาขาวิชาพุทธบริหารการศึกษา, สาขาวิชาการจัดการเชิงพุทธ, สาขาวิชารัฐประศาสนศาสตร์, สาขาวิชาปรัชญา, สาขาวิชาบาลี, 	สาขาวิชาพระพุทธศาสนา, สาขาวิชาธรรมนิเทศ, สาขาวิชาศาสนาเปรียบเทียบ, 	สาขาวิชาวิปัสสนาภาวนา, 	สาขาวิชามหายานศึกษา, สาขาวิชาการบริหารการศึกษา, สาขาวิชาชีวิตและความตาย, สาขาวิชาสันสกฤต, สาขาวิชาพุทธศาสตร์และศิลปะแห่งชีวิต และสาขาวิชาภาษาศาสตร์
พื้นที่มหาวิทยาลัย
ส่วนกลาง
ส่วนกลาง อำเภอวังน้อย จังหวัดพระนครศรีอยุธยา
นายแพทย์รัศมี คุณหญิงสมปอง วรรณิสสรได้ถวายที่ดินจำนวน 84 ไร่ 1 งาน 37 ตารางวา ที่ตำบลลำไทร อำเภอวังน้อย จังหวัดพระนครศรีอยุธยา แก่มหาวิทยาลัย รวมกับที่ดินที่มหาวิทยาลัยได้ดำเนินการจัดซื้อเพิ่มเติม ปัจจุบันมีเนื้อที่ทั้งหมด 323  ไร่ วันที่ 20 พฤษภาคม พุทธศักราช  2542 ต่อมา ในวันที่ 13 ธันวาคม พุทธศักราช 2542 สมเด็จพระบรมโอรสาธิราช ฯ สยามมกุฎราชกุมาร  เสด็จพระราชดำเนินประกอบพิธีวางศิลาฤกษ์โครงการก่อสร้างมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ณ ตำบลลำไทร อำเภอวังน้อย จังหวัดพระนครศรีอยุธยา โดยทรงวางศิลาฤกษ์อาคารสำนักงานอธิการบดี  จากนั้นการบริหารมหาวิทยาลัย ได้ย้ายที่ทำการจากวัดมหาธาตุและวัดศรีสุดาราม กรุงเทพมหานคร มายังที่ทำการแห่งใหม่ ณ กิโลเมตรที่ 55 ถนนพหลโยธิน ตำบลลำไทร อำเภอวังน้อย จังหวัดพระนครศรีอยุธยา ในที่ตั้งปัจจุบัน 
สำนักงานอธิการบดี
สำนักงานห้องสมุด
พิพิธภัณฑ์พระไตรปิฏก
อาคารสำนักงานวิปัสสนา
อาคารเรียนรวม
อาคารหอประชุม มวก 48 พรรษา
อาคารหอฉัน
อาคารบรรณาคาร
ตึกอาคันตุกะ 92 ปัญญานันทะ
อุโบสถกลางน้ำ
วิทยาลัยนานาชาติ
หอพักนิสิตนานาชาติ
พอหักนิสิต 
ส่วนภูมิภาค
วิทยาเขต
 (วิทยาเขตแห่งแรก)


มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย วิทยาเขตขอนแก่น







วิทยาลัยสงฆ์

โครงการขยายห้องเรียน
โครงการขยายห้องเรียน วัดพิกุลทอง จ.สิงห์บุรี
โครงการขยายห้องเรียน วัดพัฒนาราม จ.สุราษฎร์ธานี
โครงการขยายห้องเรียน วัดไชยชุมพลชนะสงคราม จ.กาญจนบุรี
หน่วยวิทยบริการ
หน่วยวิทยบริการสงขลา
หน่วยวิทยบริการมหาสารคาม
หน่วยวิทยบริการชลบุรี
หน่วยวิทยบริการระยอง
หน่วยวิทยบริการเพชรบุรี
หน่วยวิทยบริการอุทัยธานี
หน่วยวิทยบริการกำแพงเพชร
หน่วยวิทยบริการพิจิตร
หน่วยวิทยาบริการตาก
หน่วยวิทยบริการอุตรดิตถ์
หน่วยวิทยบริการสุพรรณบุรี
หน่วยวิทยบริการสระแก้ว
หน่วยวิทยบริการกรุงเทพมหานคร(สาวิกาสิกขาลัย)
หน่วยวิทยบริการอุดรธานี(วัดมัชฌิมาวาส)
หน่วยวิทยบริการจันทบุรี
พิธีประสาทปริญญาบัตร

ผู้ที่จบการศึกษาจากมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย จะได้รับพระเมตตาธิคุณให้เข้ารับประสาทปริญญาบัตรจากพระหัตถ์ของสมเด็จพระสังฆราช หรือโดยสมเด็จพระราชาคณะฝ่ายมหานิกาย ในปัจจุบันสมเด็จพระอริยวงศาคตญาณ สมเด็จพระสังฆราช (อัมพร อมฺพโร) ทรงมีพระเมตตาธิคุณเป็นองค์ประธานในพิธีประสาทปริญญาของมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย แก่บัณฑิต มหาบัณฑิต และดุษฎีบัณฑิต แห่งมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยนั้น จะจัดขึ้นที่หอประชุมใหญ่มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย เป็นประจำทุกปี[27]
ทำเนียบเลขาธิการมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ในพระบรมราชูปถัมภ์






ลำดับรูปรายนาม/สมณศักดิ์เริ่มวาระสิ้นสุดวาระวัด1สมเด็จพระพุฒาจารย์ (เกี่ยว อุปเสโณ) พ.ศ. 2506 พ.ศ. วัดสระเกศราชวรมหาวิหาร
ทำเนียบอธิการบดี
















ลำดับรูปรายนาม/สมณศักดิ์เริ่มวาระสิ้นสุดวาระวัด1สมเด็จพระพุทธโฆษาจารย์ (ฟื้น ชุตินฺธโร) พ.ศ. 2490พ.ศ. 2491วัดสามพระยา2สมเด็จพระธีรญาณมุนี (ธีร์ ปุณฺณโก)[28]พ.ศ. 2491 พ.ศ. 2496วัดจักรวรรดิราชาวาสวรมหาวิหาร3พระธรรมวรนายก (สมบูรณ์ จนฺทโก)[29]พ.ศ. 2496พ.ศ. 2529วัดอุดมธานี จังหวัดนครนายก4พระราชรัตนโมลี (นคร เขมปาลี) , ดร.[30]พ.ศ. 2529พ.ศ. 2540วัดมหาธาตุยุวราชรังสฤษฎิ์5ศาสตราจารย์ ดร.  พระพรหมบัณฑิต (ประยูร ธมฺมจิตฺโต)พ.ศ. 2540พ.ศ. 2561วัดประยุรวงศาวาสวรวิหาร6ศาสตราจารย์ ดร. พระราชปริยัติกวี (สมจินต์ สมฺมาปญฺโญ), พ.ศ. 2561ปัจจุบันวัดปากน้ำ เขตภาษีเจริญ กรุงเทพฯ
ทำเนียบนายกสภา
















ลำดับรูปรายนาม/สมณศักดิ์เริ่มวาระสิ้นสุดวาระวัด1พระพิมลธรรม (ช้อย ฐานทตฺโต)  [31]พ.ศ. 2494พ.ศ. 2490วัดมหาธาตุยุวราชรังสฤษฎิ์2พระพิมลธรรม (อาจ อาสโภ)พ.ศ. 2490พ.ศ. 2503วัดมหาธาตุยุวราชรังสฤษฎิ์3พระธรรมปัญญาบดี (สวัสดิ์ กิตฺติสาโร)[32][33]พ.ศ. 2503พ.ศ. 2523วัดมหาธาตุยุวราชรังสฤษฎิ์2สมเด็จพระพุฒาจารย์ (อาจ อาสโภ)พ.ศ. 2523พ.ศ. 2532วัดมหาธาตุยุวราชรังสฤษฎิ์4พระสุเมธาธิบดี (บุญเลิศ ทตฺตสุทฺธิ)[34]พ.ศ. 2533พ.ศ. 2547วัดมหาธาตุยุวราชรังสฤษฎิ์5พระธรรมปัญญาบดี (พีร์ สุชาโต)พ.ศ. 2549ปัจจุบันวัดมหาธาตุยุวราชรังสฤษฎิ์
ศิษย์เก่าที่มีชื่อเสียง
ศาสตราจารย์พิเศษ สมเด็จพระพุทธโฆษาจารย์ (ประยุทธ์ ปยุตฺโต),กรรมการมหาเถรสมาคม ,ราชบัณฑิตกิตติมศักดิ์       ท่านเป็นคนไทยคนแรกที่ได้รับรางวัลการศึกษาเพื่อสันติภาพ จากองค์การยูเนสโก (UNESCO Prize for Peace Education)[35]
ศาสตราจารย์ ดร. พระพรหมบัณฑิต (ประยูร ธมฺมจิตฺโต), ป.ธ.9, เจ้าอาวาสวัดประยุรวงศาวาสวรวิหาร,อาจารย์ประจำหลักสูตรปริญญาพุทธศาสตรมหาบัณฑิต สาขาสันติศึกษา มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย
พระพรหมโมลี (สุชาติ ธมฺมรตโน) ป.ธ.9,  เจ้าคณะภาค 5, ผู้ช่วยเจ้าอาวาสวัดปากน้ำ, กรรมการมหาเถรสมาคม, แม่กองบาลีสนามหลวง, เลขานุการแม่กองงานพระธรรมทูต, รองประธานคณะพระธรรมจาริก, หัวหน้าพระธรรมทูตสายที่ 3, ประธานคณะเลขานุการผู้ปฏิบัติหน้าที่สมเด็จพระสังฆราช, เลขาธิการสมัชชามหาคณิสสร
พระพรหมสิทธิ (ธงชัย สุขญาโณ) เจ้าคณะภาค 10,  เจ้าอาวาสวัดสระเกศราชวรมหาวิหาร,  กรรมการมหาเถรสมาคม, ประธานสำนักงานกำกับดูแลพระธรรมทูตไปต่างประเทศ,  หัวหน้าพระธรรมทูตสายที่  6 ,  รองแม่กองธรรมสนามหลวง
พระเทพปฏิภาณวาที (สุนทร ญาณสุนฺทโร) ป.ธ.5, ผู้ช่วยเจ้าอาวาสวัดสุทัศนเทพวรารามราชวรมหาวิหาร เจ้าคณะเขตดุสิต ผู้ช่วยแม่กองธรรมสนามหลวง และนักเทศน์ชื่อดัง
ศาสตราจารย์ ดร. พระราชปริยัติกวี (สมจินต์ สมฺมาปญฺโญ)[36] ป.ธ.9,ดร., ศษ.บ., พธ.ม., Ph.D.(Pali&Buddhist Studies) ผู้ช่วยเจ้าอาวาสวัดปากน้ำ, อธิการบดีมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย
พระราชวรเมธี (ประสิทธิ์ พรหมรํษี) รองอธิการบดีฝ่ายบริหาร  มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย
พระราชเขมากร ผศ.ดร. (ประยุทธ วงศ์ยศ ปธ.๙)
ผู้จัดการโรงเรียนพุทธโกศัยวิทยา รองอธิการบดีมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย วิทยาเขตแพร่ เจ้าคณะจังหวัดแพร่ และเจ้าอาวาสวัดพระบาทมิ่งเมืองวรวิหาร
พระศรีวิสุทธิคุณ (มานพ ปิยสีโล) ป.ธ.9,ดร.  เจ้าคณะจังหวัดสุรินทร์
พระสุธีวีรบัณฑิต (โชว์ ทสฺสนีโย) ป.ธ.7,พธ.บ(ศาสนา),ศศ.ม.(การบริหารองค์การ),Ph.D.(Phil.),DODT.(ODT.),DM.(Pub.man) ผู้ช่วยเจ้าอาวาสวัดศรีสุดารามวรวิหาร ผู้อำนวยการสำนักส่งเสริมพระพุทธศาสนาและบริการสังคม มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย
พระเมธีธรรมาจารย์ (ประสาร จนฺทสาโร) ผู้ช่วยเจ้าอาวาสวัดมหาธาตุยุวราชรังสฤษฎิ์ราชวรมหาวิหารรองอธิการบดีฝ่ายประชาสัมพันธ์และเผยแผ่ มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย
พระมหาวุฒิชัย วชิรเมธี ผู้ก่อตั้งสถาบันวิมุตตยาลัย
พระมหาสมปอง ตาลปุตฺโต พระนักเทศน์ นักบรรยาย
ศาสตราจารย์ ดร.พระชาตรี เหมพนฺโธ พระธรรมทูตในต่างประเทศ วัดพุทธวิหาร ประเทศรัสเซีย ศาสตราจารย์ประจำ มหาวิทยาลัยเซ็นปีเตอร์สเบิร์ก
ดร.พระมหามงคลกานต์ ฐิตธมฺโม (กลางพนม) ป.ธ.9 เจ้าของตำแหน่งจบปริญญาตรีมากสาขาที่สุดในประเทศไทย ถึง 12 สาขา อาจารย์ประจำคณะพุทธศาสตร์ ภาควิชาศาสนาและปรัชญา มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณ์ราชวิทยาลัย นักคิด นักเขียน เจ้าของผลงาน อาทิ ปิ่นโตใบเก่า สายธารแห่งปรัชญา ปรัชญาสังคมและการเมือง จิตในปรัชญาของวิลเลียม เจมส์ เมื่อชีวิตถึงคราวต้องก้าวข้าม และเป็นผู้ก่อตั้งอุทยานการศึกษามงคลกานต์ ที่จังหวัดสุรินทร์
พระศรีปริยัติธาดา รองเจ้าคณะจังหวัดบุรีรัมย์ ผู้อำนวยวิทยาลัยสงฆ์บุรีรัมย์
พระครูนิเทศก์ธรรมคุณ เจ้าคณะอำเภอโนนดินแดง จังหวัดบุรีรัมย์
ร้อยโท ดร.กุเทพ ใสกระจ่าง  อดีตสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรจังหวัดศรีสะเกษ เขต 2 และอดีตโฆษกพรรคพลังประชาชน
ศาสตราจารย์ ดร. อุทิส ศิริวรรณ ประธานคณะกรรมการบริหารบริษัทฐาน Research & Market จำกัดกิจการวิจัยการจัดการ การตลาดและการลงทุนระดับนานาชาติ
ศาสตราจารย์พิเศษ ดร. จำลอง สารพัดนึก อดีตอาจารย์ประจำภาควิชาภาษาตะวันออก คณะโบราณคดี มหาวิทยาลัยศิลปากร
ศาสตราจารย์พิเศษ จำนงค์ ทองประเสริฐ ราชบัณฑิต   สาขาตรรกศาสตร์ ประจำราชบัณฑิตยสถาน[37]
ศาสตราจารย์ ดร.สมภาร พรหมทา อาจารย์ประจำคณะอักษรศาสตร์  จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย
ศาสตราจารย์ ดร.วัชระ งามจิตเจริญ อาจารย์ประจำคณะศิลปศาสตร์  มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์
รองศาสตราจารย์พิเศษ ดร.  อดิศร เพียงเกษ อดีตสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรจังหวัดขอนแก่น และอดีตรัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงเกษตรและสหกรณ์   อดีตรัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงคมนาคม
รองศาสตราจารย์ ดร. สำเนียง เลื่อมใส  อาจารย์ประจำคณะโบราณคดี อดีตผู้อำนวยการศูนย์สันสกฤตศึกษา มหาวิทยาลัยศิลปากร
ผู้ช่วยศาสตราจารย์ ร้อยโท ดร. บรรจบ บรรณรุจิ  อาจารย์ประจำคณะอักษรศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย และภาคีสมาชิก สาขาศาสนศาสตร์ สำนักธรรมศาสตร์และการเมือง ราชบัณฑิตยสถาน
นายมานัส ทารัตน์ใจ ป.ธ.๖, พธ.บ., M.A.  อธิบดีกรมการศาสนา กระทรวงวัฒนธรรม
นายกำภู ภูริภูวดล ผู้ประกาศข่าว และพิธีกรรายการวิทยุโทรทัศน์
สิเรียม ภักดีดำรงฤทธิ์ สาขาวิชาพระพุทธศาสนา, ดารานักแสดงชื่อดัง
ปภัสรา เตชะไพบูลย์  สาขาวิชาพระพุทธศาสนา,ดารานักแสดงชื่อดัง
สุดารัตน์ เกยุราพันธุ์  สาขาวิชาพระพุทธศาสนา,นักการเมือง,อดีตสมาชิกสภาผู้แทนราษฎร,อดีตรัฐมนตรี
สู่มหาวิทยาลัย
เลขที่ 79 หมู่ที่ 1 หลักกิโลเมตรที่ 55 ตำบลลำไทร อำเภอวังน้อย จังหวัดพระนครศรีอยุธยา รหัสไปรษณีย์ 13170
ลำดับเหตุการณ์ของมหาวิทยาลัย
พ.ศ. 2432 วันที่ 8 พฤศจิกายน 2532 พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 5 ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯสถาปนาและพระราชทานนามสถาบัน มหาธาตุวิทยาลัย ขึ้นภายในวัดมหาธาตุฯ  เพื่อให้เป็นสถานที่บอกพระปริยัติธรรม และเป็นที่เล่าเรียนพระปริยัติธรรมของพระสงฆ์ฝ่ายมหานิกาย ซึ่งจากเดิมเคยใช้พื้นที่บริเวณเก๋งจีนหน้าวัดพระศรีรัตนศาสนาดาราม
พ.ศ. 2435 วันที่ 18 กันยายน 2435  รัชกาลที่ 5  ทรงมีลายพระหัตถเลขาถึงพระยาภาสกรวงษ์ เสนาบดีกระทรวงธรรมการ ปรารภถึงการที่ทรงจะเปลี่ยนชื่อ มหาธาตุราชวิทยาลัย เป็น มหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย
พ.ศ. 2439 วันที่ 13 กันยายน 2439 พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว พระราชทานนามใหม่ว่า "มหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย" พร้อมสถาปนาอาคารสังฆิกเสนาสน์ราชวิทยาลัยให้เป็นมหาวิทยาลัยสงฆ์  โดยทรงตั้งพระทัยจะให้เป็นสถาบันการศึกษาชั้นสูงของพระสงฆ์
พ.ศ. 2490 พระพิมลธรรม (ช้อย ฐานทตฺตเถร) ประชุมพระเถรานุเถระฝ่ายมหานิกาย 57 รูป เพื่อประกาศให้มีการจัดการศึกษาระดับอุดมศึกษา และประกาศใช้ระเบียบมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย พุทธศักราช 2490 พร้อมทั้งประกาศแต่งตั้งสมาชิกสภามหาวิทยาลัย คณะแรก [10 มกราคม 2490]
พ.ศ. 2490   วันที่ 30 มกราคม 2490 ประชุมสภามหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยคร้งแรก เพื่อเลือกตั้งอธิการบดี เลขาธิการและคณบดี รวมทั้งตั้งกรรมาธิการแผนกต่าง ๆ ของมหาวิทยาลัย
พ.ศ. 2490   วันที่ 18 กรกฎาคม 2490 ประกอบพิธีเปิดเรียนในชั้นอบรมพื้นความรู้ใหม่แก่พระนิสิตรุ่นแรกของมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย
พ.ศ. 2490 เปิดบริการมหาจุฬาบรรณาคาร
พ.ศ. 2492  วันที่ 1 กรกฎาคม 2492 เปิดดำเนินการโรงเรียนแผนกบาลีมัธยมศึกษา ต่อมาได้เปลี่ยนชื่อเป็นโรงเรียนบาลีสาธิตศึกษา มหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย
พ.ศ. 2492 วันที่ 18 กรกฎาคม 2492 เปิดดำเนินการศึกษาแผนกบาลีเตรียมอุดมศึกษา มหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย อย่างเป็นรูปธรรม
พ.ศ. 2493 จัดตั้งคณะพุทธศาสตร์ แต่เปิดสอนครั้งแรกในปี พ.ศ. 2494
พ.ศ. 2497 มีผู้สำเร็จพุทธศาสตรบัณฑิต (พธ.บ.) รุ่นแรก 6 รูป
พ.ศ. 2498 สมเด็จพระสังฆราชเจ้า กรมหลวงวชิรญาณวงศ์ ทรงเป็นประธานในการวางศิลาฤกษ์อาคารเรียนมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย 3 ชั้น เมื่อ 20 กันยายน 2498[38]
พ.ศ. 2499 เมื่อ 10 ธันวาคม 2499 จัดตั้งสำนักธรรมวิจัย เพื่อสนองงานเผยแผ่และกิจกรรมต่าง ๆ ของ มหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย
พ.ศ. 2500 ประกาศใช้หลักสูตรระบบทวิภาคหรือชีเมสเตอร์และระบบหน่วยกิตเป็นแห่งแรกของประเทศไทย
พ.ศ. 2501 กำเนิดโรงเรียนพุทธศาสนาวันอาทิตย์แห่งแรกในประเทศไทย ที่มหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย และขยายสาขาออกไปทั้งประเทศและต่างประเทศในช่วงต่อมา (13 กรกฎาคม 2501)
พ.ศ. 2503  คณะศรัทธานำโดยนายสำราญ กัลยาณรุจ นายปรีดา รามอินทรา และคณะ ได้มอบถวายที่ดินที่บ้านบางปลากด ต.บางปลากด อ.องครักษ์ จ.นครนายก จำนวน 156 ไร่ 2 งาน 60 ตารางวา ให้แก่มหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย โดยในชั้นแรกโอนฝากไว้กับวัดมหาธาตุ (3 มิถุนายน 2503)
พ.ศ. 2504  เมื่อวันที่  1 กรกฎาคม 2504 เปิดคณะครุศาสตร์ มหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย เป็นคณะที่ 2
พ.ศ. 2506  เมื่อวันที่ 1 มีนาคม พ.ศ. 2506  เปิดประชุมครั้งแรกเพื่อดำเนินการสร้างพระไตรปิฎกบาลี มหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย โดยเจ้าประคุณสมเด็จพระวันรัต วัดพระเชตุพน ฯ เป็นประธาน 9 พฤษภาคม พ.ศ. 2506  เปิดแผนกอบรมครูศาสนศึกษาขึ้น เป็นหลักสูตรวิชาสามัญชั้น ป.กศ. และเพิ่มบาลีธรรมและยกฐานะขึ้นเป็น ป.กศ.สูง ต่อมาปี พ.ศ. 2512 ได้ยกฐานะเป็นวิทยาลัยครูศาสนศึกษา และได้ยุบไปรวมกับคณะครุศาสตร์ในปี พ.ศ. 2530
พ.ศ. 2506  เมื่อวันที่ 21 พฤษภาคม 2506 พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ทรงบริจาคพระราชทรัพย์ส่วนพระองค์จำนวน 70,000 บาท สมเด็จพระบรมราชินีนาถ บริจาคทรัพย์ส่วนพระองค์จำนวน 70,000 บาท สมเด็จพระศรีนครินทราบรมราชชนนี ทรงบริจาคจำนวน 70,000 บาท เพื่อสมทบทุนการจัดสร้างพระไตรปิฎกบาลี มหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย
พ.ศ. 2506 เมื่อวันที่ 1 กรกฎาคม 2506 เปิดการศึกษาคณะเอเซียอาคเนย์ ต่อมาปี 2507 ได้เปลี่ยนชื่อเป็นคณะมานุษยสงเคราะห์ศาสตร์ จนกระทั่งปีการศึกษา 2529 ได้แยกออกเป็น 2 คณะ คือ คณะมนุษยศาสตร์  และคณะสังคมศาสตร์
พ.ศ. 2507 เมื่อวันที่ 13 มกราคม 2507 จัดตั้ง<b data-parsoid='{"dsr":[120827,120863,3,3]}'>มูลนิธิมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ปรากฏเป็นหลักฐานดังประกาศในราชกิจจานุเบกษา เล่มที่ 82 ตอนที่ 50  ในวันที่ 22 มิถุนายน 2508 หน้า 1695 [39]
พ.ศ. 2507  เมื่อวันที่  23 พฤศจิกายน 2507 นางบุญรอด ไพสิษฎิ์ บริจาคที่ดินจำนวน 7 ไร่ 2 งาน 32 ตารางวา ตรงบริเวณปากตรอกจรเข้ ต.บางนาเกร็ง จ.สมุทรปราการ แก่มหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย
พ.ศ. 2511 ก่อตั้งอภิธรรมโชติกวิทยาลัย วัดมหาธาตุ ฯ (ย้ายมาจากวัดระฆังโฆสิตาราม)
พ.ศ. 2512 เมื่อวันที่ 25 กันยายน พ.ศ. 2512 ยกฐานะแผนกอบรมครูศาสนศึกษา เป็นวิทยาลัยครูศาสนศึกษา (ป.กศ.สูง)
พ.ศ. 2512 เมื่อวันที่ 16 พฤษภาคม 2512 มหาเถรสมาคม มีประกาศคำสั่งเรื่องการศึกษาของมหาวิทยาลัยสงฆ์ให้มหาจุฬา ฯ เป็นการศึกษาของคณะสงฆ์
พ.ศ. 2513 เมื่อวันที่ 17 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2513 มีการจัดตั้งสมาคมศิษย์เก่ามหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย
พ.ศ. 2513 เมื่อวันที่ 7 มิถุนายน พ.ศ. 2513  ตั้งมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย วิทยาเขตหนองคาย มีพื้นฐานมาจาก "วิทยาลัยสงฆ์ภาคตะวันออกเฉียงเหนือ" [จัดตั้งมูลนิธิวิทยาลัยสงฆ์ภาคตะวันออกเฉียงเหนือ เป็นนิติบุคคล ราชกิจจานุเบกษา เล่มที่  89  ตอนที่  106 ง หน้า 1816 ประกาศเมื่อ 11 กรกฎาคม พ.ศ. 2515][40]
พ.ศ. 2514  เมื่อวันที่ 29 กรกฎาคม 2514  ตั้งวิทยาลัยสงฆ์ภาคทักษิณ   แต่ต่อมาปี พ.ศ. 2528 ได้เปลี่ยนชื่อเป็นมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย วิทยาเขตนครศรีธรรมราช [จัดตั้ง "มูลนิธิวิทยาลัยสงฆ์ภาคทักษิณ" เป็นนิติบุคคล   ราชกิจจานุเบกษา เล่มที่ 93  ตอนที่  148 ง หน้า 3602 ประกาศเมื่อ 30 พฤศจิกายน พ.ศ. 2519][41]
พ.ศ. 2517  เมื่อวันที่  12 กรกฎาคม 2517 ตกลงซื้อที่ดินในามมูลนิธิ มจร. สร้างมหาจุฬาอาศรมที่ อ.ปากช่อง จ.นครราชสีมา
พ.ศ. 2518  เมื่อวันที่ 18 พฤศจิกายน พ.ศ. 2518 วางศิลาฤกษ์สร้างหอประชุมศูนย์พัฒนาศาสนา มหาจุฬามหาลงกรณราชวิทยาลัยแคมป์สน ส่วนเจดีย์อิสรภาพนั้นวางศิลาฤกษ์เมื่อ 25 พฤษภาคม พ.ศ. 2518
พ.ศ. 2522  เมื่อวันที่ 5 สิงหาคม 2522 สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดา สยามบรมราชกุมารี ได้เสด็จมาเป็นองค์ประธานงานอนุสรณ์ครบรอบปีที่ 32 ของมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย
พ.ศ. 2522 เมื่อวันที่ 8 พฤศจิกายน 2522 จัดงานและก่อตั้งสถาบันวิจัยพุทธศาสตร์ เนื่องในโอกาสที่ มจร.ครบรอบ 90 ปี
พ.ศ. 2524 เมื่อวันที่ 24 กันยายน พ.ศ. 2524 ตั้งสถาบันวิปัสสนาธุระ
พ.ศ. 2525  มีการจัดตั้งมูลนิธิเพื่อร้องรับการบริหารโรงเรียนพระพุทธศาสนาวันอาทิตย์ ตามประกาศกระทรวงมหาดไทย เรื่องให้อำนาจจัดตั้ง "มูลนิธิโรงเรียนพุทธศาสนาวันอาทิตย์ มหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย" เป็นนิติบุคคล  ปรากฏตามราชกิจจานุเบกษา เล่ม 99 ตอนที่ 18 ประกาศเมื่อ  9  กุมภาพันธ์ 2525[42]
พ.ศ. 2526 แยกคณะมานุษยสงเคราะห์ศาสตร์  เป็นคณะมนุษย์ศาสตร์ และคณะสังคมศาสตร์
พ.ศ. 2526 ประกาศใช้หลักสูตรพุทธศาสตรบัณฑิต ไม่น้อยกว่า 150 หน่วยกิต
พ.ศ. 2527 เมื่อวันที่  27 กันยายน 2527 ประกาศใช้พระราชบัญญัติกำหนดวิทยฐานะผู้สำเร็จวิชาการพระพุทธศาสนา พ.ศ. 2527
พ.ศ. 2527 เมื่อวันที่  1 มีนาคม พ.ศ. 2527 ตั้งมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย วิทยาเขตเชียงใหม่
พ.ศ. 2528 เมื่อวันที่  20 กรกฎาคม พ.ศ. 2528 ประกาศจัดตั้งโรงพิมพ์มหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย
พ.ศ. 2529 เมื่อวันที่ 1 ตุลาคม พ.ศ. 2529 ตั้งมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย วิทยาเขตขอนแก่น
พ.ศ. 2529  เมื่อวันที่  30 ตุลาคม พ.ศ. 2529 ตั้งมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย วิทยาเขตนครราชสีมา
พ.ศ. 2530 ตั้งมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย วิทยาเขตอุบลราชธานี เดิมทีมีการเปิดวิทยาลัยครูศาสนศึกษา มจร. มาตั้งแต่ พ.ศ. 2527
พ.ศ. 2530 เมื่อวันที่ 30 มีนาคม พ.ศ. 2530  ตั้งมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย วิทยาเขตแพร่
พ.ศ. 2531 เมื่อวันที่ 23 มกราคม พ.ศ. 2531  ตั้งบัณฑิตวิทยาลัย (ปริญญาโท)
พ.ศ. 2531 เมื่อวันที่ 24 มีนาคม พ.ศ. 2531 ตั้งมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย วิทยาเขตสุรินทร์
พ.ศ. 2532 เมื่อวันที่ 8 พฤศจิกายน พ.ศ. 2532 จัดงานมหาจุฬา ฯ ในรอบ ศตวรรษ (100 ปี)
พ.ศ. 2534 เมื่อวันที่ 20 สิงหาคม พ.ศ. 2534 ตั้งมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย วิทยาเขตพะเยา
พ.ศ. 2535 เมื่อวันที่ 13 มีนาคม พ.ศ. 2535 พระสุเมธาธิบดี นายกสภามหาวิทยาลัย นำคณะผู้บริหารและกรรมการชำระพระไตรปิฎก จำนวน 15 ท่าน เข้าเฝ้าสมเด็จพระเทพพระรัตนราชสุดา ฯ  สยามบรมราชกุมารี เพื่อถวายพระไตรปิฎก จำนวน 9 ชุด และอรรถกถาฉบับมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย จำนวน 9 ชุด
พ.ศ. 2535 เมื่อวันที่ 12 กันยายน พ.ศ. 2535 สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดา ฯ สยามบรมราชกุมารี เสด็จพระราชดำเนินมาเป็นองค์ประธานงานสัปดาห์สมโภชพระไตรปิฏก ฯ ภาษาบาลี ฉบับมหาจุฬา ฯ
พ.ศ. 2535 เมื่อวันที่ 1 กันยายน พ.ศ. 2535 ยกฐานะสถาบันบาฬีพุทธโฆส เป็ฯมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย เป็นวิทยาเขตบาฬีศึกษาพุทธโฆส  นครปฐม
พ.ศ. 2535-2536 เจ้าอาวาสวัดศรีสุดาราม (พระราชพิพัฒนน์โกศล) สร้างอาคารมหาจุฬา ฯ แห่งที่ 2 ที่วัดศรีสุดาราม กทม.
พ.ศ. 2537 เมื่อวันที่ 22 ธันวาคม 2537 จัดแสดงมุทิตาสักการะพระธรรมปิฎก (ป.อ.ปยุตฺโต) เนื่องในโอกาสที่องค์การ UNESCO ถวายรางวัล "การศึกษาเพื่อสันติภาพ"
พ.ศ. 2538 ช่วงเดือนมีนาคม พ.ศ. 2538 มีการประกาศใช้หลักสูตรพุทธศาสตรบัณฑิต พ.ศ. 2538
พ.ศ. 2539  เมื่อวันที่ 13 กันยายน 2539 สมเด็จพระบรมโอรสาธิราช ฯ สยามมกุฏราชกุมา เสด็จพระราชดำเนินทรงเปิดอาคารเฉลิมพระเกียรติ ฯ ที่มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ศูนย์วัดศรีสุดาราม
พ.ศ. 2540  เมื่อวันที่  28 มกราคม  พ.ศ. 2540 คณะเจ้าหน้าที่ผู้บริหารมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย จำนวน 14 รูป ได้เข้าเฝ้าสมเด็จพระบรมโอรสาธิราช ฯ สยามมกุฏราชกุมาร เพื่อถวายพระไตรปิฏกภาษาไทย ฉบับมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย จำนวน 3 เล่ม
พ.ศ. 2540  เมื่อวันที่ 22 สิงหาคม พ.ศ. 2540 วุฒิสภาได้มีมติเห็นชอบร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัย ที่แก้ไขโดยกรรมาธิการร่วม
พ.ศ. 2540  เมื่อวันที่ 21 กันยายน พ.ศ. 2540 พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวทรงลงพระปรมาภิไธย พระราชบัญญัติ มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย พ.ศ. 2540
พ.ศ. 2540  เมื่อวันที่ 1 ตุลาคม พ.ศ. 2540 พระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ได้รับการประกาศในราชกิจจานุเบกษา ฉบับกฤษฎีกา เล่มที่ 114 ตอนที่ 51 ก
พ.ศ. 2540  เมื่อวันที่ 8 พฤศจิกายน พ.ศ. 2540 สมเด็จพระบรมโอรสาธิราช ฯ สยามมกุฏราชกุมาร เสด็จเป็นองค์ประธานทรงเปิดงานอนุสารณ์ครบ 50 ปี อุดมศึกษา มจร.
พ.ศ. 2540  เมื่อวันที่ 8-9 พฤศจิกายน พ.ศ. 2540 จัดงานครบ 50 ปี อุดมศึกษา มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย
พ.ศ. 2542  เมื่อวันที่ 20 พฤษภาคม พุทธศักราช 2542 นายแพทย์รัศมี คุณหญิงสมปอง วรรณิสสรได้ถวายที่ดินจำนวน 84 ไร่ 1 งาน 37 ตารางวา ที่ตำบลลำไทร อำเภอวังน้อย จังหวัดพระนครศรีอยุธยาแก่มหาวิทยาลัย รวมกับที่ดินที่มหาวิทยาลัยได้ดำเนินการจัดซื้อเพิ่มเติม ปัจจุบันมีเนื้อที่ทั้งหมด 323 ไร่   หลังจากนั้น ในวันที่ 9 กรกฎาคม พุทธศักราช 2542 คณะผู้บริหารมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ได้เข้าเฝ้าสมเด็จพระบรมโอรสาธิราชฯ สยามมกุฎราชกุมาร ทูลเกล้าถวายโฉนดที่ดินทั้ง 2 แปลง เพื่อพระราชทานแก่มหาวิทยาลัย 
พ.ศ. 2542  เมื่อวันที่ 13 ธันวาคม พุทธศักราช 2542 สมเด็จพระบรมโอรสาธิราช ฯ สยามมกุฎราชกุมาร เสด็จพระราชดำเนินประกอบพิธีวางศิลาฤกษ์โครงการก่อสร้างมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ณ ตำบลลำไทร อำเภอวังน้อย จังหวัดพระนครศรีอยุธยา โดยทรงวางศิลาฤกษ์อาคารสำนักงานอธิการบดี จนกระทั่ง ในวันที่ 1 ตุลาคม พุทธศักราช 2551 มหาวิทยาลัยได้ย้ายที่ทำการจากวัดมหาธาตุและ วัดศรีสุดาราม กรุงเทพมหานคร มายังที่ทำการแห่งใหม่ ณ กิโลเมตรที่ 55 ถนนพหลโยธิน  ตำบลลำไทร อำเภอวังน้อย จังหวัดพระนครศรีอยุธยา ในที่สุด วันที่ 3 ธันวาคม พุทธศักราช 2553 สมเด็จพระบรมโอรสาธิราชฯ สยามมกุฎราชกุมาร ได้เสด็จพระราชดำเนินทรงประกอบพิธีเปิดป้ายหอประชุม มวก 48 พรรษา และเปิดป้ายมหาวิทยาลัยอย่างเป็นทางการ
พ.ศ. 2548  จัดตั้งวิทยาลัยสงฆ์พุทธชินราช จ.พิษณุโลก ตามที่ปรากฏในข้อกำหนดมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย เรื่อง การจัดตั้งวิทยาลัยสงฆ์พุทธชินราช พุทธศักราช 2548  ประกาศในราชกิจจานุเบกษา เล่มที่ 122 ตอนที่ 44 ง ลงวันที่ 2 มิถุนายน 2548 หน้า 60  [43]
พ.ศ. 2552  การรับวิทยาลัยพระพุทธศาสนา ประเทศสิงคโปร์ (Buddhist College of Singapore) เข้าเป็นสถาบันสมทบ ตามหลักฐานที่ปรากฏในราชกิจจานุเบกษา เล่ม 126 ตอนที่ พิเศษ 61  ง  ประกาศเมื่อ 24 เมษายน พ.ศ. 2552 หน้า 106[44]
พ.ศ. 2552  เปลี่ยนชื่อสถาบันสมทบ Kandy Buddhist Institute for Advanced Studies (KBI) ประเทศศรีลังกา เป็น Sri  Lanka  International Buddhist  Academy  (SIBA) ประเทศศรีลังกา  ตามหลักฐานที่ปรากฏในราชกิจจานุเบกษา เล่ม 126 ตอนที่ พิเศษ 61  ง  ประกาศเมื่อ 24 เมษายน พ.ศ. 2552 หน้า 107[45]
พ.ศ. 2553 จัดตั้งวิทยาลัยสงฆ์บุรีรัมย์[46]
พ.ศ. 2553  จัดตั้งวิทยาลัยสงฆ์ปัตตานี[47]
พ.ศ. 2555 จัดตั้งวิทยาลัยสงฆ์เชียงราย[48]
พ.ศ. 2555 จัดตั้งวิทยาลัยสงฆ์นครลำปาง[49]
พ.ศ. 2556 จัดตั้งศูนย์อาเซียนศึกษา (ASIAN Studies Center)[50]
พ.ศ. 2556 จัดตั้งวิทยาลัยพระธรรมทูต[51]
พ.ศ. 2556 จัดตั้งวิทยาลัยพุทธศาสตร์นานาชาติ [52]
พ.ศ. 2556 สถาบันวิปัสสนาธุระ [53]
พ.ศ. 2556 จัดตั้งวิทยาลัยสงฆ์ศรีสะเกษ[54]
พ.ศ. 2558  จัดตั้งวิทยาลัยสงฆ์ชัยภูมิ [55]
พ.ศ. 2558  จัดตั้งวิทยาลัยสงฆ์พุทธปัญญาศรีทวารวดี จ.นครปฐม[56]
พ.ศ. 2558  จัดตั้งวิทยาลัยสงฆ์ร้อยเอ็ด[57]
พ.ศ. 2558   จัดตั้งวิทยาลัยสงฆ์พ่อขุนผาเมือง จ.เพชรบูรณ์[58]
พ.ศ. 2558 จัดตั้งวิทยาลัยสงฆ์ราชบุรี[59]
พ.ศ. 2560 จัดงานครบรอบ 130 ปีการสถาปนามหาวิทยาลัย ระหว่าง 13-17 กันยายน 2560
พ.ศ. 2561 พระราชปริยัติกวี ศ.ดร. ได้รับแต่งตั้งเป็นอธิการบดีรูปที่ 6 ต่อจากพระพรหมบัณฑิต ศ.ดร. ที่หมดวาระลงไป
[60]
เชิงอรรถ
มหาวิทยาลัยมหามกุฏราชวิทยาลัย  เป็นสถาบันการศึกษาชั้นสูงของคณะธรรมยุตินิกาย
อ้างอิง

แหล่งข้อมูลอื่น






หมวดหมู่:สถาบันอุดมศึกษาในกำกับของรัฐ
หมวดหมู่:สถาบันอุดมศึกษาในกรุงเทพมหานคร
หมวดหมู่:สถาบันอุดมศึกษาในจังหวัดหนองคาย
หมวดหมู่:สถาบันอุดมศึกษาในจังหวัดนครศรีธรรมราช
หมวดหมู่:สถาบันอุดมศึกษาในจังหวัดเชียงใหม่
หมวดหมู่:สถาบันอุดมศึกษาในจังหวัดขอนแก่น
หมวดหมู่:สถาบันอุดมศึกษาในจังหวัดนครราชสีมา
หมวดหมู่:สถาบันอุดมศึกษาในจังหวัดอุบลราชธานี
หมวดหมู่:สถาบันอุดมศึกษาในจังหวัดแพร่
หมวดหมู่:สถาบันอุดมศึกษาในจังหวัดเพชรบูรณ์
หมวดหมู่:สถาบันอุดมศึกษาในจังหวัดพะเยา
หมวดหมู่:สถาบันอุดมศึกษาในจังหวัดนครปฐม
หมวดหมู่:สถาบันอุดมศึกษาในจังหวัดน่าน
หมวดหมู่:สถาบันอุดมศึกษาในจังหวัดอุทัยธานี
หมวดหมู่:สถาบันอุดมศึกษาในจังหวัดพิจิตร
หมวดหมู่:สถาบันอุดมศึกษาในจังหวัดเลย
หมวดหมู่:สถาบันอุดมศึกษาในจังหวัดนครพนม
หมวดหมู่:สถาบันอุดมศึกษาในจังหวัดลำพูน
หมวดหมู่:สถาบันอุดมศึกษาในจังหวัดพิษณุโลก
หมวดหมู่:สถาบันอุดมศึกษาในจังหวัดปัตตานี
หมวดหมู่:สถาบันอุดมศึกษาในจังหวัดบุรีรัมย์
หมวดหมู่:สถาบันอุดมศึกษาในจังหวัดน่าน
หมวดหมู่:สถาบันอุดมศึกษาในจังหวัดฉะเชิงเทรา
หมวดหมู่:สถาบันอุดมศึกษาในจังหวัดเชียงราย
หมวดหมู่:สถาบันอุดมศึกษาในจังหวัดลำปาง
หมวดหมู่:สถาบันอุดมศึกษาในจังหวัดศรีสะเกษ
หมวดหมู่:สถาบันอุดมศึกษาในจังหวัดชัยภูมิ
หมวดหมู่:สถาบันอุดมศึกษาในจังหวัดร้อยเอ็ด
หมวดหมู่:สถาบันอุดมศึกษาในจังหวัดราชบุรี
หมวดหมู่:สถาบันอุดมศึกษาในจังหวัดเพชรบูรณ์
หมวดหมู่:สถาบันอุดมศึกษาในจังหวัดนครปฐม
หมวดหมู่:เขตพระนคร
หมวดหมู่:สถานที่ที่ตั้งชื่อตามพระนามของพระบรมวงศานุวงศ์ไทย