新幹線変形ロボ シンカリオン

Question: 『バック・トゥ・ザ・フューチャー』でタイムトラベルを可能にする燃料は、シリーズ中に変化しましたか？

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『新幹線変形ロボ シンカリオン』（しんかんせんへんけいロボ シンカリオン）は、ジェイアール東日本企画・小学館集英社プロダクション・タカラトミーの3社によって立ち上げられたプロジェクトにより開発され、2015年3月16日から展開[1] されている「新幹線」から変形する巨大ロボットならびにタカラトミーより発売されるプラレールの玩具シリーズ。2018年1月6日よりテレビアニメ『新幹線変形ロボ シンカリオン THE ANIMATION』が放送されている。
なお、英語表記は『SHINKALION』[2]。単に「シンカリオン」とも[3]。
概要
子供たちに鉄道ロボットという夢のある新しいコンテンツを提供すべく、“正体不明の巨大な敵に立ち向かうため、日本の夢と技術が詰まった新幹線をベースに開発されたロボ”という設定で、JR東日本監修[注 1] のもと、実在する新幹線がロボットに変形するキャラクターとして誕生した[1]。タカラトミーの変形ロボットで鉄道車両をモチーフとしたものは、前身のトミーが手がけていた『超特急ヒカリアン』・『電光超特急ヒカリアン』以来となる[注 2]。
本作の特徴として、企画時からJR東日本グループのジェイアール東日本企画が関与している。そのため前述のJR東日本のほか、新幹線を運行するJR各社（JR東海[注 3]・JR西日本・JR北海道・JR九州）や関連企業が協力しており、テレビアニメ版では新幹線車両のほか、実在する鉄道関係施設も登場する。
本作の企画はジェイアール東日本企画と小学館集英社プロダクションによる『Project E5』が前身であり、2014年の東京おもちゃショーでの展示が初出である。その後タカラトミーが参画したことでプラレールをベースとした商品化が前提となり、当初からのデザインもタカラトミーと小学館ミュージック&デジタル エンタテイメントの両社によって何度も検証を重ねたことで大幅に変更させている[4]。
商品展開はプラレールを基本としていることから、車両製品はプラレールの編成車両と同じ3両で構成されており、プラレールでの走行も可能となっている[注 4]。また、前述のプラレール規格に合わせるため、車両の造形もプラレールと可能な限り同じもの[注 5] に近づけている。
2018年1月からは、TBS系でテレビアニメ版を放送開始した[5]。
ストーリー
玩具版とアニメ版では、一部の内容（敵の名称やハヤトがシンカリオンに乗るきっかけなど）が変更されている。
玩具版
新さいたま市に住んでいる速杉ハヤトは鉄道博物館に勤める父・ホクトの影響で、新幹線や電車が大好きな少年である。ある朝ハヤトは、ホクトが置き忘れた『Shinca』というカードで鉄道博物館の地下に存在する特務機関「新幹線超進化研究所」へ迷い込んでしまう。
最深部の格納庫で新幹線E5系を発見したハヤト。すると、なぜか乗車扉が開いたので乗り込んでみたその時、突然、警報とアナウンスが響き渡った。新幹線E5系はハヤトの持つ『Shinca』に反応し、ハヤトを乗せたまま、自動操縦により目的地に向かって発車してしまう。
異次元からやってくる巨大な物体『バチガミ』が街へ近づき暴れているのが見えたとき、ハヤトがホクトの指示で運転席に『Shinca』をタッチすると、車両は『新幹線超進化研究所』が秘密裏に開発した人型ロボット『シンカリオン E5はやぶさ』へと変形する。日本の安心と安全を守るため、ハヤトはE5はやぶさと共にバチガミへ立ち向かう。
アニメ版
さいたま市大宮区に住んでいる速杉ハヤトは、冬休みの宿題を約束どおり終わらせたご褒美に、父・ホクトに連れられて東北新幹線「E5系はやぶさ」に乗せてもらう約束をしていた。普段は忙しいホクトと一緒に新幹線に乗れるということもあって、ハヤトは旅行をとても楽しみにしていた。ところが、ホクトがはやぶさの指定席券を取り忘れたために、「E2系やまびこ」で東京駅から新幹線の旅を楽しむことになった。だが、突然ホクトに仕事の電話がかかってきて、事態は一変した。ホクトは急に「鉄道博物館に向かうために大宮駅で下車する」とハヤトに告げ、旅は打ち切りとなってしまった。
ハヤトは座席に置き忘れたホクトのタブレットを持ち帰ろうとしたが、そのタブレットのカバーに『Shinca』が入ったままになっていることに気づく。ハヤトは、『Shinca』とタブレットをホクトに届けるために鉄道博物館に向かい、謎のドアの向こう側に迷い込んでしまう。そのドアは、鉄道博物館の地下に存在する特務機関『新幹線超進化研究所 東日本指令室大宮支部』への入口だった。
そこでは、ホクトが指令長の出水シンペイと共に格納庫で暴走する巨大怪物体を処理しようとするが、超進化研究所が秘密裏に開発した人型変形ロボット『シンカリオン』のうち、E5はやぶさ以外のシンカリオンはこの巨大怪物体を捕獲した際の損傷で起動不能となっていた。超進化研究所の格納庫がこのままではあと10分で破壊される事態となった。
ハヤトは、その様子を見ていると、車掌型ロボットであるシャショットに見つかり、不審者と間違えられる。ハヤトは、慌ててシャショットを抑え込んだが、シャショットは何かの計測を開始していた。すると、ホクトをはじめとする超進化研究所の職員に見つかり、何かの計測を終えたシャショットによってハヤトがシンカリオンの適合者だと分かる。シャショットは、ハヤトの適合率が「96.5%」と告げた。実は、ハヤトがホクトの目を盗んでプレーしていたタブレットに入れられたゲームが、『シンカリオン・シム』と呼ばれるシンカリオンの運転適性を判断するシミュレータであり、ホクトがスコアを見ると、とてつもない得点を記録していた。
着任したばかりの新人指令員の三原フタバは、ハヤトをシンカリオンに乗せることに強く反対したが、ハヤトは「お父さんの役に立てるなら」と、これまで誰1人動かせなかった『シンカリオン E5はやぶさ』に乗る。ハヤトがホクトのオペレーションで運転席にある『シンカギア』に『Shinca』をタッチすると車両は動き出し、シャショットのサポートを受けながらE5はやぶさへと変形する。日本の平和と安全を守るため、ハヤトはE5はやぶさと共に巨大怪物体へ立ち向かう。
登場人物
ほとんどのキャラクターの名前が鉄道の駅名や列車名、日本各地の地名などに由来する。また、エージェントの名前は「四神」（白虎、玄武、青龍、朱雀）に由来する。
パイロット / 運転士
玩具版では<b data-parsoid='{"dsr":[4864,4875,3,3]}'>パイロット、アニメ版では<b data-parsoid='{"dsr":[4882,4891,3,3]}'>運転士</b>と表記されている。
新幹線超進化研究所・東日本指令室大宮支部
単に「大宮支部」と呼ばれることも多い。玩具版では「東日本本部」と表記されている。
速杉 ハヤト（はやすぎ ハヤト）
声 - 佐倉綾音
本作の主人公。埼玉県さいたま市大宮区在住で、大宮小学校（さいたま市立大宮小学校がモデル）に通う小学5年生の少年[6]。2007年10月17日生まれ[7][8] の11歳[6]。血液型はA型、身長は145cm、体重は36.5kg[7]、得意な教科は理科（特に科学）と社会で、苦手な教科は国語と算数[9]。一人称は「俺」。
何よりも純粋に鉄道が好き（特に乗り鉄・音鉄）。夏休みの自由研究のテーマ[注 6] は、ホクトとシンペイが大学時代に歴史サークルに所属していた話を聞いたからか、｢お父さんの歴史｣とタイトルをつけており、ハヤト本人も｢そういえばお父さんのことよく知らない｣と言っている[注 7]。その反面、高所恐怖症であるため飛行機には乗ったことがない[10][注 8]。しかしレイとのパラグライダーでの特訓と、アキタとツラヌキによるアドバイス[注 9] により高所恐怖症を克服している[11]。「新幹線(シンカリオン)を好きな奴に悪い奴はいない」を信条[注 10] にするほど新幹線をこよなく愛しており、物事を始め数値や可能性などを何かと新幹線や鉄道に例える癖[注 11] があり、特にフタバやアズサをしばしば呆れさせている。大の駅弁好きという一面もある。父・ホクトのような新幹線の運転士になることが夢。とあるきっかけで<b data-parsoid='{"dsr":[6734,6753,3,3]}'>シンカリオン・E5はやぶさ</b>のパイロットになる。
アニメ版では、父・ホクトのタブレットに入っていたゲームアプリに偽装したシミュレータ「シンカリオン・シム」で高いスコアを叩き出していた[注 12] ことと、シャショットによる適合率の判定が96.5％と非常に高かったこともあり、「お父さんの力になりたい」と自ら志願したことでE5はやぶさの運転士として起用される。ホクトとのクロス合体では、適合率が99.8％と驚異の数値を出している。責任感が強く、「俺は時間と言ったことは守る男、だからね」が口癖。また、風呂場での入浴中に歌（主に鉄道唱歌）を歌う癖がある[12]。注射が大の苦手[13]。日記を小まめに綴っている[9]。下着はトランクスをはいている[14]。
各地の新幹線に乗るのが大好きで、特に初めて乗る路線・車両の場合は「うおおぉーっ、○○新幹線・○○系デビューだぁ!」などと叫ぶ癖がある[注 13]。初めて京都鉄道博物館や新大阪駅を訪れた時もテンションが高く、アキタとツラヌキをも呆れさせる程だった[15]。超グランクロスのバージョンアップのため京都支部へ向かう際には、アズサに感づかれ京都へ同行させる羽目になり、京都鉄道博物館の案内では主導権を握るも最終的にはアズサにキレられる。その後サクラの指示で行った二条城では鎧を着て刀を振り上げたまま転倒しかけたアズサを、真剣白刃取りで受け止めた[16]。
第36話では、自ら単身桜島に赴きエージェントたちと対話しようとしたが、ビャッコにより対話による和解を拒絶され、その際に破壊された捕縛フィールドの爆発に巻き込まれてE5はやぶさごと生き埋めとなる。しかし、一致団結したアキタたちによる連携により救出されている。
第38話では、シミュレーション用の「シンカリオン・シム」でのシンカリオンの操縦に関してはアキタたちよりも勝っていたが、大宮支部の運動会で自分の本来の運動能力の低さを改めて実感し、ドクターイエローで戦うリュウジに何かを見出したことで、リュウジに空手の弟子入りを志願する。名古屋支部での特訓の最中、空手が「言葉のない対話」だということをリュウジから学び、自分の思いをビャッコに伝えるべく、リュウジとともに再び桜島の敵アジトに向かいビャッコと対峙。鍛え上げられた実力で単身ビャッコに勝利し和解の道を選ぼうとするが、トラメの乱入により失敗する。
第41話で11歳の誕生日を迎え、アキタたちからはハヤトが愛読している「コンパス時刻表」（交通新聞社刊）[注 14]の生まれ年（2007年）の10月号をプレゼントされ、出水たちからは第1話で乗車することが叶わなかったE5系（10月20日の仙台行き「はやぶさ13号」）のグランクラス（10号車5番A席）のチケットがプレゼントされた。しかし、1人で行くのではなく、アキタたちや大宮支部の2人（出水とフタバ）も同行する新幹線総合車両センターを見学する日帰り旅行であり、帰路は通常のグリーン車であった。
第42話で自分たちを追いかけてきたゲンブと利府で三度目の対峙。成長した力を見せつけて勝利し、その後保護されたゲンブと親睦を深めていく。しかし、ソウギョクの策略により操られたゲンブに自分を倒してくれと懇願され、最後はビャッコの時と同様セイリュウのことを頼まれ、悲しい死別をしてしまう。ゲンブとの親睦を深めるため「ゲンブお友達計画」を提案、食べ物を議題するも、アズサに駅弁ばかりだとキレられ、結局ケーキとなった[17]。その後、第45話で今度はシノブが運転士を辞めると告げた際、自分は何も言えなかったことを後悔するが、アズサに励まされ好きな新幹線でシノブへ自分の気持ちを伝えることに成功する。しかしその直後人間界に紛れ再び現れたセイリュウにゲンブの死の真相を聞かれ答えようとするも、トラメとソウギョクの策略によって真相を伝える機会を逃してしまう。
ゲンブの死の真相をセイリュウに伝えられないまま、第47話でリュウジと共にブラックシンカリオンと三度目の対戦を迎え、敵討ちに燃えるセイリュウに全力でぶつかっていくしかなかった。しかし、クロス合体を実現させたE5×ドクターイエローでの戦闘中精神世界でセイリュウ本人と対峙し、セイリュウにゲンブは自分たちの仲間だと言い、ゲンブも自分同様新幹線やシンカリオンが好きだったと伝え、セイリュウも好きなものを聞きお互いを理解し合えば闘わずに済むかもしれないと諭すが、ハヤトはゲンブの仇だとセイリュウに和解を拒否される。その後ビャッコとゲンブに託されたセイリュウへの思いを理解したハヤトはE5×ドクターイエローのウルトラグランクロスでブラックシンカリオンに勝利し、戦いの後セイリュウの気持ちを受け止めることに成功し、和解への道へ少しずつ歩み始めた。
その後セイリュウにヒトの進化を伝える一方で、シャショットの扱いを悪くしてしまい、自分を見詰め直すことになる。それと同時にシャショットのことを調べているうちにシンカリオンとシャショットの謎の正体を知り、キトラルザスの橋渡しとなっているドクター・イザともう一度交渉してみることを出水に願い申し出る。
愛用品も新幹線、特にE5系のイメージのものが多く、スマホケースやパジャマは緑色にピンクのライン、リュックも緑・白・ピンクのE5系カラー。部屋のベットとワードローブには0系のイラストが描かれている。
玩具版では、住んでいる場所は架空の「新さいたま市」になっている。
アニメ版でのキャラクターデザインに関して、担当するあおのゆかは監督の池添隆博から「ハヤトは『キャプテン翼』の大空翼ように素直でまっすぐ、新幹線を追いかける鉄オタです」との指示があって、あおのは「ハヤトは爽やかなのかどうか混乱したが、実際は新幹線好きのよい子に落ち着いた[18]」と語っている。
男鹿 アキタ（おが アキタ）
声 - 沼倉愛美
秋田県北秋田市阿仁地区出身の小学5年生の少年[6]。7月8日生まれ[7] の11歳[6]。血液型はA型、身長は145cm、体重は36kg、得意な教科は国語と算数[7]。一人称は「俺」（後述のシノブとの会話では方言で「オラ」）。
先祖代々マタギの家系[注 15] で、全国レベルの腕を持つ競技ビームライフルの選手。競技ビームライフルの世界選手権で世界一となるのが夢の銃マニア。とあるきっかけで<b data-parsoid='{"dsr":[10335,10353,3,3]}'>シンカリオン・E6こまち</b>のパイロットになる。適合率は85.6％。冷静沈着な性格で物事の理解が早く、「話は読めた」が口癖[注 16]。ただ、自分の気持ちを素直に言葉にすることはあまりない。甘い食べ物が好き[注 17]。第29話では読唇術を使えることが明らかになった。
シンカリオン・シムで高得点を出していたが、アーケード版だったため超進化研究所の目に留まってはいても個人は特定されていなかった。その人物を探すためハヤトが秋田市まで向かった際に偶然出会い、さらに競技ビームライフル大会に参加するため乗車した東京行きのこまち車内で、ハヤトと隣席となる。その後、仙台駅で自分のスマホを持って行ってしまったハヤトを追いかけ、ハヤトの操縦するE5はやぶさに乗り込んでしまい、シンカリオンの存在を知る。その際に戦闘中のハヤトを的確にサポートしたことと、適合率の高さからシンカリオンの運転士になることを要請され、競技ビームライフルに専念したいという理由から一時は断るも、大会を2位で終えて秋田へ帰ろうとしていた際に言われたハヤトの「誰かが街を護るから、誰かの夢が繋がる」という言葉に感化され、E6こまちの運転士となる。これを機に、ハヤトが通う小学校に転校し、ハヤトとクラスメイトになる。教室での席はハヤトのすぐ前。また、大宮支部の寮で暮らすことになり、ツラヌキが来てからは彼と相部屋での共同生活をすることになった。
第36話でE5はやぶさが生き埋めになった際には、率先してリーダーシップを取りツラヌキたちに指示をだしてハヤトを救出している。
第45話でシノブが運転士を辞めると言い出した際、当初は彼の意思を尊重して何も言わずにいたが、彼の本心が「まだ、シンカリオンの運転士を辞めたくない」とわかると、シノブに一緒に彼の両親を説得しに行くことを申し出る。
玩具版での名前は、「優 あきた（すぐ あきた）」。
あおのは、池添から「『初期メンバーの中ではイケメンだけど、清洲リュウジが登場するまで凄いクールではありません』と説明があった[18]」と語っている。
大門山 ツラヌキ（だいもんやま ツラヌキ）
声 - 村川梨衣
石川県金沢市出身の小学5年生の少年[6]。11月27日生まれ[7] の11歳[6]。血液型はO型、身長は148cm、体重は38.5kg、得意な教科は体育と社会（特に歴史）と理科（特に地学）、好きな食べ物は寿司[7]。一人称は「俺」。
とある建設会社（アニメ版では、「大門山建設」）の長男でなおかつデジタルおたくだが、ふとしたきっかけで<b data-parsoid='{"dsr":[11743,11762,3,3]}'>シンカリオン・E7かがやき</b>のパイロットになる。適合率は84.5％。「金沢の土木王」を自称し、実家である大門山建設を日本屈指のゼネコンとするのが夢。トンネルや掘割のような建築物が好きな土木・地形マニア[注 18]。義理堅い性格の熱血漢で、「全くもって○○だ!」が口癖。また、戦闘中の気合い入れなど何かにつけて「俺の好きな四文字熟語は、『○○○○』だぁ!」 と四字熟語を用いる癖がある[注 19] 。ただ、言葉遣いが豪快かつ荒々しく、目上に対してはぞんざいな態度をとるため、シンペイを「出水の旦那」、フタバを「姐ちゃん」[19]または「フタバの姐ちゃん」、アカギを「兄（あん）ちゃん」[20] または「本庄の兄（にぃ）ちゃん」と呼ぶ。
家族構成は、大門山建設の社長を務める母・ミスズ、妹・カガリ、弟・ケンロクの4人家族。先代の社長であった父親が先立ったため、その妻であるミスズが社長を引き継いだ。ミスズが手厳しい性格のため、ミスズには頭が上がらない。また、大門山建設の従業員たちからは、「若」と呼ばれ慕われている[21]。アイドルユニット「スーパー・スパイス」の結成当初からの大ファンで、特にイナホを推している[22]。
シンカリオン・シムで高得点を出し、シンペイが直接スカウトに出向いている。その後、超進化研究所・東日本指令室石川支部で一通りのレクチャーを受けてから超進化研究所へ向い、説得交渉のために東京観光の案内役を引き受けたハヤトらと大宮駅で出会う。当初は運転士になることを頑なに拒んでいたが、出撃したハヤトたちの苦戦する姿を見て一時的にE7かがやきの運転士となる。その後も母親を助けて家業である建設会社の仕事に専念するためにシンカリオン運転士の誘いを改めて断り続けていたが、本心はハヤトたちと一緒に戦いたいと思っており、事情を知ったミスズに叱咤されて尻を叩かれ「『安全第一』だけは守る」という約束を交わして送り出され、正式にE7かがやきの運転士となる。これを機に、ハヤトとアキタが通う小学校に転校し、ハヤトらとクラスメイトになる。教室での席はハヤトのすぐ後ろ。また、大宮支部の寮でアキタと相部屋で共同生活をすることになった[23][注 20]。
第43話では大宮支部に保護されたゲンブの心を開くために対話する役を、アズサから指名される。当初は渋々しながら応じていたが、ゲンブの要望に応じていくことで、「一緒にいることはもう家族や仲間同然だ」と伝え、交流を成功させている。
玩具版での名前は、「前田 つらぬき（まえだ つらぬき）」[24]。
池添からのオーダーは、「主人公に成れそうな感じ」と説明があり、あおのは「自分が視聴した1990年代の王道ロボットアニメでは、主人公とイケメンに続く3人目は"ガタイのいい奴"である為、最初に書いたデザインはがっしり体格だが、主人公ぽく無かったと思い、書き直したが決定稿になった[18]」と語っている。
新幹線超進化研究所・東日本指令室山形分室
月山 シノブ（つきやま シノブ）
声 - 吉村那奈美[6]
アニメ版で登場。山形県米沢市出身の小学4年生の少年。シンカリオン・E3つばさ</b>および<b data-parsoid='{"dsr":[13415,13441,3,3]}'>シンカリオン・E3つばさアイアンウイング</b>の運転士。リュウジに次いで2種のシンカリオンを運転した運転士となる。12月20日生まれ[7] の10歳[6]。血液型はAB型、身長は135cm、体重は31kg、得意な教科は図画工作、好きな食べ物は山菜おこわと川魚[7]。一人称は「オラ」。了解に相当する返事は、武士言葉でもあった｢御意｣。平均適合率は79％。
代々続く忍者の家系で、本人も手裏剣に重きを置いている月山流忍術の伝承者である祖父の下で忍者として修行中。
第10話でワイルドボアに対して劣勢になったアキタを助け、その後祖父の家でアキタに雉蕎麦を振舞った際にお互いの出身地を明かし、方言で語り合ったことでアキタと信頼関係を築いている。
担当する山形を離れて、東日本指令室に定期的に滞在しており、滞在時はハヤトたちと行動を共にしている[注 21]。
第45話で父親が海の家を始めるため家族で沖縄に引っ越すことになり、沖縄には新幹線が走っていないという理由から運転士を辞めるという事態に陥ってしまう。その際に「みんなで山形新幹線で終点の新庄駅まで乗って、観光せずに大宮へ帰る」というハヤトの行動がきっかけで、今やりたいことを聞かれた際に「みんなと一緒にシミュレーターをやりたい」と伝え、シミュレーターをやった後に自分の好きなことが「シンカリオンに乗って戦う」ことだということを再認識する。その後、運転士を辞めたくないという気持ちを両親に伝えるためにアキタと共に両親を説得しに行くことを決意する[注 22]。
池添からのオーダーは「忍者」と説明があり、設定を聞いたあおのは、「当初のデザインはギャグ路線であったが、"可愛い系"にしたいと思い、現在のデザインに決まった。ホクトとの繋がりを感じて髪型と表情の一部を寄せた[18]」と語っている。
新幹線超進化研究所・東海指令室名古屋支部
清洲 リュウジ（きよす リュウジ）
声 - 逢坂良太[6] / 内藤有海（小学生期）
アニメ版で登場。愛知県名古屋市在住の少年。2月8日生まれの14歳[6]。血液型はB型。シンカリオン・N700Aのぞみ、後に<b data-parsoid='{"dsr":[14648,14669,3,3]}'>シンカリオン・ドクターイエロー</b>の運転士。運転士の中では初の中学生で、2種のシンカリオンを運転した最初の運転士でもある。一人称は「俺」。適合率は最大97％とハヤトに次いで高い。「抜かるなよ!」が口癖。
3人兄弟の長男であり、弟・タツミと妹・ミユがいる[25]。亡き父・チクマの友人であるハヤトの父・ホクトに、「適合率を調べて欲しい」と父が手掛けていたシンカリオンの運転士を志願したために、ホクトが直接指導を行って運転士となっている。
ハヤトの事例もあり、適合率の高い人間は子供（主に小学生世代）に限られると思われていたが、リュウジの出現によって初めて思春期世代の適合率の高い運転士が登場することになった。小学生の頃は鉄道好きであったために、“鉄分”を保ったことで高い適合率を示した。
静岡県内でN700Aのぞみの試運転中だったが、「東京駅に巨大怪物体が現れた」との連絡を受けたため、急遽派遣された。
自分よりも年下のハヤトたちのこれまでの戦闘経験を認めながらもあまり信頼しておらず一緒に戦うことを拒否していたが、ハヤトが母・サクラの話をした後は自身の母・カエデと重なったためか自らハヤトらに協力して闘っている。その後も一緒に戦うことには難色を示していたが、これは小学生期にカエデから「年長者として年下の者を守らなければいけない」と教育されており、ハヤトたちのことを信頼しきれていなかったためであった。しかし、入院中のカエデと看護師の言葉やブラックシンカリオンとの戦闘中にハヤトから「お互いを信じてないと何もできない」と言われたことによってお互いを信じ合うことの大切さに気付かされ、ハヤトたちに的確なアドバイスをし彼らと共闘した。
地下試験場におけるブラックシンカリオン・バーサーカーモードとの戦いで左肩を負傷ししばらく戦列から離れており、その間は臨時にハヤトが名古屋支部に派遣されるなどしていたが無事回復して復帰し、第38話では新たに開発されたシンカリオン・ドクターイエローで久々に出陣して、巨大怪物体化したビャッコと互角の勝負をした。その後ハヤトに弟子入りを志願される。
第46話では京都支部や門司支部の運転士たちと共にシミュレーターで行った訓練の結果に加え、来たるべきブラックシンカリオンとの決戦時に彼らの力を最大限に発揮させるため自分に何ができるか不安を抱えていた。そんな中、ホクトからフタバにオペレーションの弟子入りをすればいいと提案される。その後、大宮支部でオペレーションした際も京都支部での合同訓練の際と同様ハヤトたちの結果を気にしていたが、フタバは「ハヤトたちの好きなことや得意なこと、その長所を生かす」ことを重視し結果はあまり重視していないということを聞かされる。その翌日、レイたちと自分の好きなことを語り合うことで打ち解けている。
幼い頃から格闘技（空手）をやっていたため、シンカリオンでの戦闘の際にもその技術を取り入れている。チクマを早く亡くし、カエデが長期入院しているために好きな空手を辞めて夢を諦めなければならなかった過去がある。
第53話でタツミが運転士候補になったことに激怒、口も利かない状況となってしまう。先述の通り中途半端に空手を辞めてしまった過去があるため、タツミを自分と同じ道に進ませたいないという思いが喧嘩につながってしまい、組手を行っても「大局が見えていない」と判断し、さらに状況が悪化する。しかしハヤトが今のタツミの状況が空手やシンカリオンより兄である自分の背中についていきたいという思いが大事だと気付き、総指令長のスバルの命令もありこれを承諾。球体を3つ同時に破壊しなければ倒せないマスタートリロバイトのコアを弟の初陣となったN700Aのぞみと実戦で成功している。
清洲 タツミ（きよす タツミ）
声 - 日野佑美
アニメ版で登場。愛知県名古屋市在住の少年。12歳。リュウジの弟で、第54話で兄がドクターイエローを運転するために運転士が不在となった<b data-parsoid='{"dsr":[16348,16369,3,3]}'>シンカリオン・N700Aのぞみ</b>の運転士となる。兄弟でシンカリオン運転士となるのは、五ツ橋兄弟に次いで2組目となった。適合率は86.5%とアキタより高い。
リュウジと違い割とやんちゃで調子に乗りやすい。そのためリュウジに叱られることがある。ただ、兄に引けを取らない空手の実力者で、地区大会で優勝する程の腕前である。
第39話で名古屋支部に出入りしており、ハヤトが名古屋支部でリュウジから空手の特訓を受ける際には、これに同伴している。
第53話では年明けに名古屋支部で運転士の適合シミュレーションを受けて合格し、N700Aのぞみの運転士候補になるも、家族を戦いに巻き込むことを反対する兄とケンカになってしまう。ハヤトの提案でリュウジと組手を行うも、結局答えが見えずにいたが、セイリュウが東海道新幹線の「のぞみ」と「こだま」の違いを述べた際、彼が兄の背中を追いかけていることをハヤトが気付いたことにより、スバルも納得。総指令長命令によりN700Aのぞみで初出撃。球体を3つ同時に破壊しなければ倒せないマスタートリロバイトのコアを兄のドクターイエローと息の合ったコンビネーションで撃退に成功している。
あおの曰く、勇翔（BOYS AND MEN）がキャラクターのモデルだと語っている。
新幹線超進化研究所・北海道指令室北海道支部
発音 ミク（はつね ミク）
声 - 藤田咲
アニメ版で登場。北海道札幌市出身の小学5年生の少女。11歳[26][27]。運動性は抜群だが、とあるきっかけで<b data-parsoid='{"dsr":[17207,17226,3,3]}'>シンカリオン・H5はやぶさ</b>の運転士になる。シンカリオンの運転士の中では唯一の女子で尚且つメガネっ娘である。一人称は「私」。
性格はストイックで、勉強も得意な委員長タイプで、普段はメガネを掛けている。また洞察力にも優れており、第18話での合同演習の際にリュウジがハヤトとのコンビを組んだ時、ハヤトの力が生かされてなかったことやリュウジが昔空手をしていたことを見抜いている。特技は剣道。かつて青函連絡船として運航され、現在は函館港内に記念館として係留展示されている摩周丸のことが大好き。ただし、新幹線はもとより鉄道には興味がなく、ハヤトに教えられるまでE5系とH5系の違いを知らなかった。
運転士としての資質はずば抜けているが[14]、乗り物酔いしやすいという弱点を持つ。ハヤト達に対しては辛辣な態度で接しており、体調管理を怠り風邪が悪化して倒れたハヤトを<b data-parsoid='{"dsr":[17642,17653,3,3]}'>運転士失格</b>と評する[14]。その後、乗り物酔いを理由にH5はやぶさの運転をハヤトに譲ろうとした際には、ハヤトに「それで任務を諦めるなんてそれこそ運転士失格」と言われ、さらにハヤトが体調不良を押してすぐに出動しようとしたことから彼に運転士失格と言ったことを詫びる[28]。2度目のロープスパイダーIIとの戦いでは再び乗り物酔いしそうになるが、ソウヤのアドバイスを思い出して乗り物酔いを克服し、ハヤトとともにロープスパイダーIIを倒す。以降、ハヤト達とは打ち解けている。
その名の通りVOCALOID「初音ミク（初音ミクのメディア展開を参照）」をモチーフとしたキャラクターで、声も同じく初音ミクの音声データ提供者である藤田が務め、藤田がアフレコした音声を「初音ミク」の発売元であるクリプトン・フューチャー・メディアが音声合成してミクの形に音声化するという試みが行われている[29][30]。また、運転する時に装着されるパイロットスーツは、「初音ミク」の基本コスチュームをモチーフにしている。さらに初登場である第15話では、函館駅前のモブキャラクターとして他のボーカロイド達（鏡音リン・レン、巡音ルカ、MEIKO、KAITO）も登場している[注 23]。なお藤田曰く、初音ミクと発音ミクは別人とのこと[27]。
「シンカリオン キャラクター人気投票」では1位になっている[31]。また、発音ミクのぬいぐるみ版もある[32]。
新幹線超進化研究所・九州指令室門司支部
大空 レイ（おおぞら レイ）
声 - 松井恵理子[33]
アニメ版で登場。福岡県北九州市出身の小学3年生の少年。9歳[34]。シンカリオン・800つばめ</b>の運転士。運転士の中では最年少であり、唯一の体育会系である。一人称は「僕」。平均適合率は83％。
父親がJAXAの種子島宇宙センターに勤務していることもあって、宇宙飛行士になるのが夢。だが、身長制限が158cm以上なので大人になるまでに背を伸ばすため、牛乳を飲んだり煮干しでカルシウムを摂ったりしているが今のところ成果は出ていない模様。両耳にカフスピアス、首から認識票状の首飾りを付けている。
ロボット工学の超天才児で、自身が設計した800つばめの開発に携わった。ハヤトが新幹線を熱弁するようにレイはロボットについて熱弁していたが、ハヤトら3人はその話についていけなかった。真面目で素直な性格で、「○○っす!」が口癖。当初はハヤトたち3人を"先輩"と呼んでいたが、合同訓練後には3人に弟子入りを志願して"師匠"と呼び慕う。
霧島 タカトラ（きりしま タカトラ）
声 - 市来光弘[35]
アニメ版で登場。鹿児島県鹿児島市出身の小学6年生の少年。12歳。シンカリオン・N700みずほ</b>の運転士で、現在京都支部に派遣されている。一人称は「おい」。
適合率は五ツ橋兄弟と同じ83.5％である。ランドセルは「天使のはね」[注 24] を愛用している。
実家は料亭を営んでいるためか、体躯の割には料理が得意で、将来の夢も料理人。口調は丁寧であるが、古き伝統に拘り意固地になる事もある。料理には強い拘りがあり、当初は魚料理に拘りのあるギンやジョウとは反りが合わなかった。京都に来たのも、料理の腕前が伸び悩んでいたため、師匠にして父であるニチリンから一旦料理から離れるように勧められたためである[注 25]。このため戦闘中に五ツ橋兄弟と意見が割れた際に、ハヤトに「古いことも新しいこともどちらも大事だ」と一喝される。その後フタバに促され、気を取り直し2人と息を合わせてトリニティー合体を成功させた。
戦闘後にはハヤトたちに自分の作ったさつま揚げを振舞い、その味を気に入った五ツ橋兄弟と和解している。
新幹線超進化研究所・西日本指令室京都支部
碇 シンジ（いかり シンジ）
声 - 緒方恵美
アニメ版で登場。京都府京都市出身の中学2年生の少年。14歳。シンカリオン・500 TYPE EVAの運転士。運転士の中では2人目の中学生。
第31話でハヤトが熱中症で意識を失っている間に見た夢の中に登場してハヤトと共闘していたが、終盤ではハヤトのいる現実世界にも登場している。
原典であるアニメ『エヴァンゲリオン』シリーズでは第3新東京市に在住し、特務機関NERVに所属しているが、本作では出身地及び所属先が若干変更されている。着用するパイロットスーツは、原典でのエヴァンゲリオン初号機のプラグスーツをモチーフにしている。
五ツ橋 ギン（いつつばし ギン）
声 - 合田絵利[36]
アニメ版で登場。山口県出身の小学5年生の少年でジョウとは双子の兄。11歳。シンカリオン・700ひかりレールスター</b>の運転士。実家は漁師で、自身も釣りが得意。一人称は「ワシ」で、「ぶち○○」が口癖である。
適合率は弟のジョウやタカトラと同じ83.5％であり、3人が同じ数値になるのは非常に稀なケースである。瀬戸内海の漁業のため、多くの漁師との競争から勝ち抜くために様々な方法が必要なため、チャレンジ精神が兄弟そろって非常に高い。魚料理には拘りがあり、特に天然物の魚が好物であり、シンカリオン運転士になる動機も、「うまい魚が食えるかも」というのが理由であった。しかし、宿舎で出された魚料理は養殖ものばかりなため、作った人の心意気と古き伝統を守り抜くことを大事にするタカトラとは当初は反りが合わなかった。このため戦闘中にタカトラと意見が割れた際に、ハヤトに「古いことも新しいこともどちらも大事だ」と一喝される。その後フタバに促され気を取り直しタカトラと息を合わせてトリニティー合体を成功させた。
戦闘後、タカトラが作ったさつま揚げを食べたことで、その味を気に入り和解している。
五ツ橋 ジョウ（いつつばし ジョウ）
声 - 合田絵利[36]
アニメ版で登場。山口県出身の小学5年生の少年でギンとは双子の弟。11歳。シンカリオン・700のぞみ</b>の運転士。一人称は兄と同じく「ワシ」で、語尾に「○○っちゃ」とつける癖がある。
適合率は兄のギンやタカトラと同じ83.5％である。兄と同じく魚料理には拘りがあり、当初はタカトラとは反りが合わなかった。
ギンと同じく、戦闘後にタカトラが作ったさつま揚げを食べたことで、その味を気に入り和解している。
新幹線超進化研究所関係者
東日本指令室大宮支部
速杉 ホクト（はやすぎ ホクト）
声 - 杉田智和
ハヤトの父。新幹線超進化研究所総合指令部の運転士指導長だが、表向きは鉄道博物館の職員となっている。かつては新幹線の運転士だった[注 26]。出水は大学時代の後輩であるため、彼からは「速杉さん」と敬称付きで呼ばれている。反面、日常生活ではだらしないため妻のサクラには頭が上がらない。そのため、彼女を「サクラちゃん」と呼ぶ。学生時代は撮り鉄で、サクラと交際を始めた頃のデートは、必ず鉄道関連の場所ばかりだったために最終的に彼女を怒らせてしまい、歴史に興味を持つ彼女主導で弘前城に行くこととなる。その際にアトラクションでやっていた真剣白刃取りを見て、「真剣白刃取りができたら俺と付き合って」とプロポーズをするも、真剣白刃取りは失敗に終わっている[16][注 27]。一人称は「俺」。第23話からは<b data-parsoid='{"dsr":[22618,22637,3,3]}'>シンカリオン・500こだま</b>の運転士となる（シンカリオン運転士として本格運用後初めてにして唯一の大人であり、最年長でもある[注 28]）。
ハヤトをE5はやぶさに乗せたことについて、当初は息子を危険な目に遭わせることに強く苦悩するが、フタバから「『大人が子供を守る時代』から『子供と大人が共に守る時代』に代わった」と言われて認識を改め、バックアップするようになる。
東日本指令室に配備される3機のシンカリオンの運転士が揃ったことで、ハヤトに対して「研究所内では『お父さん』ではなく『速杉指導長』と呼ぶように」と場を弁えるように求めた。そして、さらなる怪物体の脅威に備えて京都にある超進化研究所・京都支部へ単身赴任することになり、支部を改組して新設される事になった超進化研究所・西日本指令室の立ち上げに参加して、西日本指令室京都支部の初陣となったビッグアイ戦では指令長代理として指揮を執る[15]。第23話では、紀伊半島から大阪湾に逃走したノブナガスイグンに対処するため500こだまで初出撃。リュウジの支援もあり、敵の撃退に成功した。
盟友・チクマの急逝を受け、遺された家族の世話をしており、チクマの妻・カエデが入院する病院の手配をし、長男のリュウジをシンカリオン運転士として育て上げた。
第28話ではリニア・鉄道館の人員不足よる接客対応のために応援に駆け付けている。
あおのは、「家族の存在を大事にするキャラを表現したくて、結婚指輪は嵌めさせたいなと思った。そして"かっこいいお父さん"というデザインが浮かばず苦労した[18]」と語っている。
出水 シンペイ（いずみ シンペイ）
声 - 緑川光
新幹線超進化研究所東日本指令室の指令長。フタバの上司。ホクトと共にシンカリオンを開発し続けた中心人物の一人。ホクトは大学時代の先輩であり、歴史研究サークルに所属していたため、日本の歴史（特に戦国時代）は非常に詳しく、戦闘時には○○の戦いを参考に戦術を練ることもある。また醤油の東西の違いを語れるなど、日本の食文化にも造詣が深い[37]。かつては新幹線の車掌で、ホクトが運転士として乗務する列車に乗務することが多かった[注 29]。一人称は「私」。
シンカリオンの指令、出動権限を持つ。人使いが荒く、民生版シンカリオン・シムを導入した際には適合率のデータ蓄積のためにハヤトに「シミュレーション総数を百万回」と言ったり、シンカリオン運転士の適合者を探すためハヤトを秋田に行かせた際の理由を「類は友を呼ぶ」と例える[38] など、時折冗談とも本気ともつかない言動をとることもある。また、後述の温泉旅行など思いつきで様々なイベントを企画することもある。
常に角張った眼鏡を掛けており、重要な決断を下す時や何かを思いついた時は指で中央を押し上げる仕草をする。この時、眼鏡のレンズは白く不透明になる。
巨大怪物体の陰で糸を引くエージェントの存在をモニター越しで初めて確認（ただし、このことはホクトが以前から推測指摘していた）し、同じくその存在を確認したヒビキに対して、“極秘事項”として調査することを命じた。超進化研究所員総出（ただし、アカギとダイヤは不測の事態に対応するため超進化研究所で業務を行っていた）で岩手の温泉郷へ赴いた際、大量のサーバーを宿泊先の旅館に持ち込んでいた[注 30] が、フタバに臨時指令所の設営と事実上の指令長臨時代理を押し付けて自身は秘湯巡りを口実に外出した。だが、実は調査のための外出であり、そこでエージェントと接触して、エージェントの身体に漂う謎の『黒い粒子』を1粒、サンプルとして入手する。その後、研究チームにより人工培養に成功した『黒い粒子』を散布して、エージェントのゲンブに付着させることに成功し[39]、桜島付近にエージェントらのアジトがあることを突き止めた[40]。
第27話で、イザの「今は、退くのだ……セイリュウ」の言葉を聞き、どこかで聞き覚えがある声であることに衝撃を受け[注 31]、それが敵の正体につながるものと確信、録音したデータをヒビキに渡し、解析を命じる。
第28話では夏風邪で倒れたリンドウに代わって名古屋支部に指令長臨時代理として派遣されたが、夏休み初日のリニア・鉄道館の人員不足に対応するためホクトに接客を任された際に接客が苦手であることが判明する。また巨大怪物体出現時には、オペレーターのスルガが体調不良だったため代わりにオペレーションを務めた。
第38話の大宮支部の運動会では解説を担当した。
池添からのオーダーは、「『機動警察パトレイバー』の後藤喜一のような飄々としたキャラクター」だが、あおのは、「二転三転して今の"カッチリ系"になりました。イメージは『踊る大捜査線』の室井慎次。でも、彼ほど表情はきつくないですね。仕事終わりにホクトとお酒を飲みに行きそうな感じがあります[18]」と語っている。
三原 フタバ（みはら フタバ）
声 - 雨宮天
新幹線超進化研究所東日本指令室の新人女性指令員。指令室とシンカリオン運転士との相互通信・初心者へのマニュアル説明・シンカギアの起動確認・超進化速度ゲージの視認を担当する。一人称は「私」。
巨大怪物体の出現が活発化した事を受けて、指令員研修を済ませた上で配属の辞令を早める形で総合指令室から東日本指令室に着任した。着任早々、シンカリオンと巨大怪物体の戦いを目の当たりにし、日常とは全くかけ離れた真実を垣間見る事となる。
ハヤトをE5はやぶさに乗せることについて、当初は「大人が子供を守るのは当然。子供をシンカリオンに乗せて戦わせるなんて、どうかしている」と強く反対していたが、怪物体を交戦わずか10秒で倒したハヤトの「お父さんの力になりたかった」という言葉と強い意志に「大人と子供が一緒に未来を守っていかなくちゃいけない」と考え方を変え、ハヤトたちのサポートに全力を尽くすようになる。ホクトの転勤に伴い、指導長代理に指名された。スーパー戦隊マニアという一面がありぬ、各地のローカルヒーロー巡りが趣味。
東日本指令室の中で一番若いため、シンカリオン運転士のケアも担当する。仕事に対してとても真面目な性格で、シンカリオン運転士（特にハヤトとツラヌキ）や上司のシンペイらの予想外な言動に振り回されることもある。第23話では超進化研究所・京都支部に出張していたが、ハルカにはホクトの浮気相手だと誤解されており、初対面で「泥棒猫」と呼ばれた際にはキョトンとしている（後に誤解は解けている）。
第34話でハヤトと一緒に京都へ出張に行った際、ハヤトの成長の早さに驚きを隠せず、第36話でハヤトが単独で敵との対話に臨んだことで、彼の成長ぶりを認識すべく、休日にアカギと共に上野の国立科学博物館を訪れたことで、人類の進化の歴史とハヤトの成長が関連していると感じそのことをアカギに述べている。
第48話では着任してから間もなく一年が経過するため、出水から毎年超進化研究所の新人スタッフが企画する「超進化研究所大宮支部 大忘年会」の幹事に任命されるも、普通の忘年会とは違う企画だということを知らずにいた。しかし、昨年の幹事である本庄に手助けを頼まれたハヤトたちが協力したことにより無事企画は成功し、陰で支えてくれた本庄に感謝の気持ちを伝えた。
第50話では、幼馴染のヤクモと再会しプロポーズをされるが、断っている。
一度だけ次回予告とサブタイトル読み上げを行ったことがある[41]。
本庄 アカギ（ほんじょう アカギ）
声 - 古島清孝
新幹線超進化研究所東日本指令室の男性指令員。フタバが着任する前からシンカリオン運転士と指令室との相互通信を担当していたが、後にフタバがその役割を担うことになった。巨大怪物体のコードネーム呼称の命名を担当[注 32]。一人称は「僕」。
運転士の特性や行動パターン解析、体調管理、民生版シンカリオン・シムでハイスコアラー（適合者）が現れた地方の特定も務める。
超進化研究所員総出の旅行の際には、研究所の留守を預かってオペレーション業務を任されている。第9話の温泉旅行の際はダイヤと共に行っていたが、第29話の海水浴旅行の際ダイヤは不在であった[注 33]。
第37話では、名古屋支部に一週間出張[注 34] することになった出水から指令長代理を任されていたことをダイヤから知らされ[注 35]、出水から届いていたメールを見て苦悩する。その後フタバから「休日に上野の国立科学博物館に一緒に行ってほしい」と頼まれ、同行する[注 36]。フタバを意識してしまい当初はあたふたしていたが、フタバの頑張りとアキタたちの成長を目の当たりにして、指令長代理としての自覚に目覚めつつ、フタバへ好意を寄せるようになる。
しかし、前述の様子を目撃していたアズサとツラヌキには弱味を握られており、その事を口にすると異様に動揺してしまうことがある[注 37] 。
第48話では「超進化研究所大宮支部 大忘年会」の幹事に任命されたフタバに、昨年の自分の不甲斐ない経験[注 38] からこの企画の厳しさを教えようとするが、慣例により先輩からのアドバイスは禁じられているため困り果てていた。そこを通りがかったアズサに見られたことから、慣例に制約されていないハヤトたちに自分に代わってフタバを助けてくれるように頼み込む。結果忘年会は無事成功し、フタバから感謝の言葉をもらった。
第50話でフタバから婚約者と紹介されたヤクモの登場に気持ちが落ち込んでしまう。彼女と婚約者であるヤクモの仲が気になりツラヌキに唆され焼鳥屋まで尾行するが、うまく会話を聞き取ることができず、結局落ち込んだままツラヌキ達に同情されてしまう。しかしトラメとの戦いの後、ヤクモのプロポーズを断り戻ってきたフタバを見て一安心した。
久留米 ミドリ（くるめ ミドリ）
声 - 遠藤沙季
新幹線超進化研究所東日本指令室の女性医師。シンカリオン運転士のメディカルチェックを担当する。左目の下に泣きぼくろがあり、ウェーブした豊かなロングヘアやグラマラスなボディも相まって、セクシーな外見を持つ。「心のアルコール消毒」と称する程の酒豪である。
山口 ナガト（やまぐち ナガト）
声 - 伊原正明
新幹線超進化研究所東日本指令室の整備長。整備士の中では最も大柄で、筋骨隆々の逞しい身体を持つ。シンカリオン各機体のメンテナンスを担当する。
ハヤトを助けるべく研究所エリアに侵入したアキタを捕獲、首根っこを掴まえたまま指令室へ連行した。
第20話では、ブラックシンカリオン戦での損傷が激しかったE6・E7・E3を運転するアキタ・ツラヌキ・シノブに整備を手伝うように命じた。
三島 ヒビキ（みしま ヒビキ）
声 - 長谷川暖
新幹線超進化研究所東日本指令室の女性研究員。技術者としてシンカリオンの強化や巨大怪物体の解析も担当する。BL小説らしきモノを愛読しており、コミケでBL系同人誌の新刊を大量に購入する程である。
シンペイに続きエージェントの存在を確認し、出水から“極秘事項”としてエージェントと邂逅した際に採取した『黒い粒子』を解析し中間報告している。また、シンカリオン運転士の搭乗前の脈拍、心拍数の波形パターンに共通性があることを突き止め、最初の適合者であるハヤトの鉄道好きに肖って“鉄分”と命名した。
さらに、出水からイザの言葉に関する解析を命じられるが、これも難航している。
小田原 キントキ（おだわら キントキ）
声 - 北沢洋
新幹線超進化研究所東日本指令室の男性整備士（元整備長）。東日本指令室の中では最年長。一人称は「俺」。
非常に小柄で、身長はハヤト（小学5年としては標準的）の腰あたりまでしかない。また、頭髪はサイドとバックに白髪があるだけで、頭頂部は完全な禿頭。口髭、眉毛も完全に白髪。職人気質の頑固者で悪人面だが、熟練の技でシンカリオンを整備するその腕は確かである。ナガトの師匠で、整備長時代には若かりし頃のホクトやシンペイに機械の知識を指導している。E5はやぶさで初陣を飾ったハヤトをナガトと共に褒め称え労っている。
戦闘で破損したパーツの傷を見ただけでハヤトらの操縦の癖を見抜き、アキタはフミキリガンに頼りすぎて銃身を駄目にする、ツラヌキは操縦が雑でパワーばかりに頼り駆動系を駄目にする、ハヤトは毎回の戦闘でボディをボロ雑巾にすると指摘している。
自分の仕事部屋にスクラップを大量に溜め込んでいて、第11話ではナガトら整備スタッフたちから「崩れて下敷きにでもなられたら困ります」と懸念されている。第25話ではホクトの求めで超進化研究所・京都支部に出張して、500こだまの調整をしている。
第26話ではブラックシンカリオンを超進化研究所に転送する際に生じたダメージから研究所と本線を結ぶ地下トンネルの一部が800つばめ通過中に崩落し、整備スタッフ総出でも500こだまの通過予定時刻までに復旧させることが困難となった際に、アキタ・ツラヌキ・シノブらシンカリオン運転士や超進化研究所の一般所員、更にアズサまでもが復旧作業に参加したことに感動して奮起し整備スタッフに発破をかけ、なんとか500こだまの通過予定時刻までに復旧させている。
小山 ダイヤ（おやま ダイヤ）
声 - 天崎滉平 （第8話）/ 観世智顕（第26話以降）
新幹線超進化研究所東日本指令室の男性指令員。通称は“メガネ”。主にアカギのオペレーションの補佐を担当する。出水が指令室の指令員の養成を始めた頃に、その1期生として超進化研究所に入ったベテランの指令員でもある[42]。また、古生生物にも詳しく第43話以降に登場したクレアツルスが中生代に生息していた生物に酷似していることを指摘している。
アカギとは大宮支部への着任が同期であり、昨年の「超進化研究所大宮支部 大忘年会」ではアカギと共に幹事を担当し、余興も披露している[注 39]。
超進化研究所員総出の温泉旅行の際には、アカギと共に研究所でオペレーション業務を行っている。 極度の近視のために厚みのあるレンズのメガネを着用しているが、どんなに動いてもぶれずに落ちない。 第26話ではその奥にある少女マンガのような瞳が描かれた。
第38話の大宮支部の運動会ではスターターを担当。また、借り物競走でのくじのお題の作成も担当している[注 40]。
三条 ミノリ（さんじょう ミノリ）
声 - 金魚わかな
新幹線超進化研究所東日本指令室の女性指令員。フタバの立場上の先輩で、主にそのオペレーションの補佐を担当する。ダイヤと同様にメガネを着用している。第26話でツラヌキ達がトンネル復旧作業を手伝おうとする際、「素人には無理」と否定的な発言をしてしまうが、ダイヤに窘められその事を詫びた。500こだまの通過予定時刻までに復旧作業が完了したことに感動し、ダイヤとお互い無意識に抱き合ったことで、システム復旧作業に困惑しているダイヤを積極的に手伝うなど彼に思いを寄せ始めている[43]。
第38話での大宮支部の運動会では実況を担当した。
シャショット
声 - うえだゆうじ
ハヤトの戦闘をサポートする、E5はやぶさ専用の車掌型マスコットロボット。イサブロウが遺した設計図を基に開発した。他のシンカリオンは、運転士とのインターロック（同調）による起伏の激しさからインターフェース機能を省略されているために同種のロボットは存在しない。一人称は「わたくし」（通常時）、「わたし」（戦闘時）、「俺」（敵対モード時）。
シンカリオンの運転士適合者の適合率を計測する機能を持つが、ナビゲーション機能は付いていないため迷子になることもある。
直径30cm程度の高性能AIを内蔵する小型ロボットで、丸っこい身体に手足がついている。顔面に見える部分は曲面ディスプレイで、目や口は画像。適合率計測時には適合率の数値を、研究所内での侵入者発見や漆黒の新幹線出現などの緊急時には赤いアラートを表示する。ただ、適合率計測中に適合率が急激に上昇した場合は測定不能となって目を回し、機能を停止することがある。
饒舌かつ“一言多い”ことがしばしばあり、「黙れ!」「うるさい!」と怒られたり、自分の意見が周囲からまったく認められなかったりすると「ドア、閉まりまーす」と言った後にディスプレイがブラックアウトして、一時的に機能を停止する。
腹部には『Shinca』専用のICカードスロットがあり、リンク(クロス)合体の際には合体相手の『Shinca』が排出される。
原理は不明だが常に空中に浮かび、そのまま移動することができる。足の裏には移動用の車輪とおぼしきものが見られるが、それを使って移動することはほとんどない。第20話にて「ウイングパンタグラファーDX（デラックス）」という名称のバックパックを装備しチューンアップされた姿で登場。新装備として可動式のウイングと人物認識システム、USB接続を動力源とする機能を追加。認識システムは、Aランク=友達・Bランク=友好的な人物・Cランク=敵意はない模様・Dランク=敵エージェント注意せよの4ランクある。ただし、敵エージェントのスザクに対しては最初こそDランク判定をしたものの、優しくされ友達と言われたことで最終的に設定されていないはずのSランクと判定している。
長らくE5はやぶさの適合者が現れず超進化研究所の警備に従事していたため、E5はやぶさの運転士となったハヤトを相棒として慕っている。
ハヤトとの親睦を深めるために速杉家での同居を提案するも、母・サクラの手厳しい性格を懸念したハヤトに断られている。超進化研究所からの用件を伝えるために、空中移動でハヤトが通う小学校の校門の前に現れることもあり、ハヤトはシャショットと遭遇した際のアズサの行動を警戒していた[注 41] が、第18話で対面したもののアズサはあまり興味を示していない模様。
また、ハヤトに干渉しすぎた[注 42] ことが原因でハヤトとケンカになったこともある（このケンカが原因で、戦闘時に機能を停止して悪影響を及ぼした[9]）が、ツラヌキの強引な仲裁で仲直りしている。
通常は「○○でございまーす」「○○でありまーす」という車内アナウンス口調だが、戦闘時（シンカリオン内）では厳格で勇敢な口調に変わる。
ハヤトたちと行動する際はハヤト愛用のリュックに収納されており、そのリュックの黒い部分（メッシュポケットと推測される）から目の部分だけを出している。ただし、長岡を訪れた際にはハヤトと喧嘩していたためリュックごとツラヌキに背負われていた。
第20話ではハヤトに相手にしてもらえず[注 43]、アズサに「ただのオモチャ」[注 44]、シンペイに「本ワサビ」[注 45] と言われたことで自分が何のために研究所にいるのか分からなくなってしまい、自分探しの旅のため超進化研究所から家出した。その際にエージェントのスザクに接触され、認識システムの甘さを突かれてブラックShincaを挿入されて操られてしまう。その後、何事も無かったかのように超進化研究所に戻ると、ハヤトとともにE5はやぶさで出動し変形後に敵対モードとなってハヤトとのインターロックを拒絶して捕縛フィールドを破壊しスザクの元へ行こうとした。だが、ハヤトの説得とその様子をもどかしく思ったアズサの一喝によりシャショットが正気を取り戻し、排出されたブラックShincaが消滅したことでインターロックが復帰し、通常のシャショットに戻っている。
家出した際には内蔵されてるGPSを切り探索されないようにしていたが、スザクにブラックShincaを挿入された後にはGPSが再起動し40km/hで移動しているのが確認されている。
また、この時ICカードスロットから｢探さないでください｣という内容の手紙をプリントアウトしているため、プリンターの機能も搭載されていると思われる。
第36話でE5はやぶさが捕縛フィールドの爆発に巻き込まれ、甚大な損傷を負い数週間出撃できなくなったため、第37話ではヒビキからの要請によりメンテナンスを受けた後、第38話で「ウイングパンタグラファーDX」を再び装備した姿で復帰している。
第55話ではハヤトたちがセイリュウに人の知識を伝えることに必死だったため、自分への扱い方が最近おざなりだったので拗ねてしまうが、セイリュウに東京駅へ連れられ、新幹線の乗り方や切符の買い方などをナビゲートした。しかしその直後クレアツルスが出現し、そのままブラックシンカリオンに乗車してしまう。しかし、ブラックシンカリオンが超進化速度（1225km/h）を超えてその3倍となる3675km/hで加速してしまうが、ハヤトのアドバイスで初めてE5はやぶさ以外のシンカリオンをナビゲートするようになり、ブラックシンカリオンをブラックシンカリオン紅に進化させた。
「当初は玩具のキャラクターデザインが決まった為、アニメ用に手を加えて作画しやすいように調整したり、表情を追加した。ハヤトのリュックは『商品化を念願に置いてデザインして』と依頼を受けてオリジナル商品にするために、シャショットを入れると目が出る設定をデザインした[18]」とあおのは語っている。
北海道指令室北海道支部
大沼 ソウヤ（おおぬま ソウヤ）
声 - 土師孝也
新幹線超進化研究所北海道指令室の指令長だが、表向きは青函連絡船記念館摩周丸の館長となっている。かつては青函連絡船の船長をしていた。ミクを孫のような目で見ており、日課としている竹刀の素振りをするために摩周丸の甲板を貸し出している。
西日本指令室京都支部
明石 カイセイ（あかし カイセイ）
声 - 武蔵真之介
新幹線超進化研究所西日本指令室の指導員でもある男性指令員。フタバと同じ立ち位置にあり、ジョウ・ギン・タカトラの3人のシンカリオン運転士の指導・ケアも担当する。
葛城 ミサト（かつらぎ ミサト）
声 - 三石琴乃
音声のみの登場。超進化研究所西日本指令室の指令員として、シンジが搭乗する500 TYPE EVAのオペレーションを行う。前話である第30話では、次回予告が原典と同じミサトのナレーションにより放送された（地上波放送版のみ）[44]。
東海指令室名古屋支部
羽島 リンドウ（はしま リンドウ）
声 - 星野貴紀
新幹線超進化研究所東海指令室の指令長。第28話では夏風邪を引いてしまい、代役として出水が名古屋支部に出張してきた。第39話では出水から名古屋支部を「第一次地底世界戦略」の実行本部とさせて欲しいとの申し出に対して、ドクターイエローも同行させることを条件に同意している。
第54話ではN700Aのぞみの運転士候補にリュウジの弟・タツミを内定するが、兄のリュウジが反対したため頭を悩まされていた。そこで上層部に判断を任せることにし、視察に来たスバルと相談した。
浜松 スルガ（はままつ スルガ）
声 - 岩崎諒太
新幹線超進化研究所東海指令室の指導員でもある男性指令員。フタバと同じ立ち位置にあり、シンカリオン運転士（主にタツミ）の指導・ケアも担当する。
第28話ではリニア・鉄道館の人員不足よる接客対応で熱中症となってしまい、オペレーションを出水から止められる。
九州指令室門司支部
小倉 アカツキ （おぐら アカツキ）
声 - 矢崎文也
新幹線超進化研究所九州指令室の指令長。福岡弁で話し、西郷隆盛を思わせる典型的な九州男児の風貌からツラヌキには「暑苦しいおっさん」と称された。
総合指令部
東 スバル（あずま スバル）
声 - 山寺宏一
新幹線超進化研究所の最高責任者である総合指令部の総指令長。出水ら各地の指令長やホクトの上司。若くして要領の良さと才覚で異例の速さで昇進し、総指令長に就任することになった。
周りからは厳格な人間であると認知されており、クールを装い時折無意味な威厳を発動しながらも、素は大袈裟だが軽く話し掛けるなどフラットな性格。長時間の会議は苦手。出張・視察は、部下や秘書の付添や車での移動を好まず、現地まで各路線で向かう拘りを持つ大の鉄道マニアであり、その知識はハヤトと対等に語らえる程。
ブラックシンカリオンの現状査察の為に大宮支部を訪れようとするが、途中東京駅へ寄道しようとした所でハヤト達に出会い意気投合。その後大宮支部に到着すると、戦闘でのブラックシンカリオンを作戦に組み込むことを許可している。
ハヤト達とは、「総指令長と運転士という関係にはなりたくない」という理由で会わずに総合指令部に戻っている。また、ハヤトから普段はどんな仕事をしているのかと聞かれた際には、「主に動物（ペットのペンギンのこと）の飼育」と言って誤魔化した。
第54話では偶然名古屋支部で案件が出ており、この問題を解決する（という名目で実際は東海道新幹線に乗車する）ために自ら名古屋に行くことになる。途中東京駅の東海道新幹線ホームでハヤト達と再会し、秘書のハルナがわざわざグリーン車で手配した乗車券を指定席で座っていた高齢の女性と席を交換してもらい、ハヤトらが座っている席の通路側のD席に座った。名古屋支部到着後、N700Aのぞみの新しい運転士候補に悩まされていた羽島の案件に根本的な解決にはならないと判断。ハヤトがタツミの出撃の要請に総指令長の責任として許可、羽島に出撃を指示させた。
高崎 ハルナ（たかさき ハルナ）
声 - ふじたまみ
新幹線超進化研究所総合指令室の秘書室長。フタバが総合指令室に在籍していた時の上司。
スバルへのスケジュール管理と調整などを取り留めもなく円滑に纏められる才媛。 しかし、スバルのフラット過ぎる態度に度々あしらわれている。
ペンギン[45]
声 - なし
スバルが飼っているペット。 総指令長室のロッカーの中でこっそり飼われており、部屋に誰もいない時はスバルの本音の聞き役となっている。どこかの交通系ICカードのイラストで見たような外見をしている。
倉敷 ヤクモ（くらしき ヤクモ）
声 - 辻井健吾
科学産業省から出向して来たキャリア役人で、シンカリオンとキトラルザスとの戦闘の経緯や様々な謎を解明するために、新幹線超進化研究所と海外の研究機関、そして本省および政府との橋渡しをする役目を担う。
フタバとは4つ年上の幼馴染であり、二人の両親が勝手に決めた婚約者。フタバから「ヤッくん」とあだ名で呼ばれるほど仲が良い。子供の頃は、フタバがいじめられていたところを助けるフタバにとってのヒーロー的存在だったが、成績が優秀だったことから中学生になる際には別の街の進学校に通うために引越しすることになり、以降はフタバと会う機会が減ってしまっていた（ただし、クリスマスには地元に遊びに来ていた）。再会後に行った大宮駅東口の焼き鳥店を出た後、フタバに「3〜4年間海外で仕事することになったので、一緒に来てほしい」とプロポーズする。しかし、フタバには「大宮支部で支えたいものがある」ことを理由に断られている。
「シンカリオン」の企画を立ち上げの段階から参加した、ジェイアール東日本企画の鈴木寿広がキャラクターのモデルとされる。
キトラルザス
アニメ版で登場する謎の人物たち。当初は「地の底より這い出し種族」、後には「滅び行く種族」と名乗っていたが、第33話から登場したトラメの発言により「キトラルザス」という種族であることが判明した。人類が登場する前から存在する人種であり、地底でより高度な文明が発達していたが、環境の変化に対応できず進化の道が途絶え、やがて衰退していった。そして現在は、現代に生き残るために地上に住む人間達をすべて排除し、地上を彼らの新たな拠点にしようと行動していることがビャッコにより語られた。また、古き掟により敗北や裏切りを許さないということもビャッコにより語られた[46]。
胸に心臓の役割をする赤い宝石が溶け込んでおり、宝石の輝きが弱まると石化が始まり、その輝きが消えてしまうか抜かれた場合は完全に石化してしまう。それは、キトラルザスの死を意味する。
エージェント
下記の4人を指す。それぞれが人間を観察しながら、個々にシンカリオンに戦いを挑んでいる。第27話からスザクの提案により、共同して戦うようになる。ビャッコによれば、エージェント4人と後述の旧世代のエージェント3人はお互い不協和音な関係であり、ビャッコは彼らを危険視していた。
ビャッコ
声 - 細谷佳正[6]
エージェントの中で最も冷静で、俯瞰的にシンカリオンを観察し、戦略を立てる。一人称は「俺」。
背中の中央から、水晶のような柱状の物体が6本、放射状に生えている。
第36話では、イザが人類(ハヤト)とコンタクトをとったことに疑念を抱き、人間を観察する余裕のない状況に追い込まれ、同じ地底世界に住まう巨獣「サラマンダー・ゾラ」を連れだす。その後、単独で対話に来たハヤトに対し単独で相対する。しかし結局のところ、ハヤトとの対話は「お互いに考えていることが違うため、分かり合えることは思えない」ことからハヤトの質問にだけ答えると一方的に和解を拒絶し改めてシンカリオンに対して宣戦布告した。そして「サラマンダー・ゾラ」を繰り出し捕縛フィールドを破壊したが、E5はやぶさにはとどめを刺さずそのまま撤退した。続く第37話でもトラメの帰還により立場が危ういとゲンブから指摘され、さらにカイレンの帰還が近いことから焦燥感がさらに増し、鶯谷駅付近でマオウノブナガを3体繰り出したものの、成長を遂げているアキタたちを侮っていたため敗北した。第38話ではスザクがセイリュウに人間界を満喫させたと言ったことに冷静さを失いかけるも、セイリュウをブラックシンカリオンで戦わせるために自ら巨大怪物体し、新たに登場したリュウジのドクターイエローと対戦し小手調べをした後、自分たちの世界で決着をつけようとリュウジとハヤトを挑発している。そして第40話で自分たちの住まう世界で彼らと対峙、ゾラと組んでハヤトとリュウジを追い詰めるも、リュウジに鍛えられたハヤトに圧倒され、剣を切断されたことで敗北を認めたが、トラメの乱入に際しハヤトにセイリュウを守ってほしいと頼むと、トラメを道連れにしダメージを受ける。負傷し退却した後、自らキトラルザスの古き掟に従い帰還してきたカイレンにより胸の赤い石を抜かれ石化した。
ゲンブ
声 - マックスウェル・パワーズ[6]
人間に強い興味を持ち、様々な敵を送り込んでシンカリオンの力を試そうとする。
男性エージェント3名の中では最も大柄だが、やや猫背。一人称は「俺」。
第12話・第13話では自ら巨大怪物体となってシンカリオンと戦い一時は優勢に立つものの、新たに参戦したN700Aのぞみを加えたシンカリオンに敗退し姿を消す。ただし消滅はせず、重傷を負いながらも生存し、第13話で敗退した時に残した「I'll be back」の言葉通り、第18話に布を纏った状態で再登場。自身に深傷を負わせたN700Aのぞみに固執するセイリュウに「本当にすごいやつは他にいる」ことを忠告した。第24話では手負いから完治しており、セイリュウの代わりに再び直接戦いに行こうとしたが、これは人の力の源が結束力だとセイリュウに理解させるためのイザの策であった。
シンカリオンと戦ったことで、人間は自分たちの持たない心を持っているからこそ強く、心を持たないことが自分たちの弱点ではないかと考えるようになる。また、第40話でのビャッコを助けに行かなかったセイリュウの行動に対しても、「緑のシンカリオン（ハヤト）は、自分のためではなく仲間たちを護るために戦っているからこそ、ビャッコの命までは奪わないだろう」と擁護している。
第42話でビャッコがカイレンに命を奪われた後、シンカリオンと直接戦ったことで生き残る可能性を見つけたビャッコの意思をカイレンに伝えるために、ソウギョクに対し対話の時間を取るよう願い出る。ソウギョクに承諾されるとそのまま人間界に行こうとしていたが、スザクに指摘されたことからハロウィンの仮装をして人間界に入り、緑のシンカリオン（ハヤト）を探して鉄道博物館に乗り込む。そこでアカギとダイヤの会話からハヤトたちが新利府にいることを知ると新利府まで出向き、再び巨大怪物体となって彼らと直接対峙する。しかし、もともとシンカリオンの強さをソウギョクに見せるための戦いだったため、一方的に攻撃を受け敗北した。その後、地底世界に戻れず現場付近で倒れていたところを超進化研究所に保護される。保護された当初はセイリュウやスザクのことを考え心を開かずにいたが、その後ハヤトたちによって様々なもてなしを受けた[47]ことで心を開いて対話をし、家族（セイリュウとスザク）を連れてくるために一旦地底へ戻ろうとした。しかし、その際に三度巨大怪物体と化し、駆け付けたシンカリオンに攻撃を仕掛ける。ハヤトたちはこれに戸惑うが、それはゲンブ自らの意思ではなくソウギョクの手によるものであった。このためE5はやぶさの腕を掴んだ際に、ハヤトに「（胸の赤い）石を狙え」と懇願する。ハヤトはそれを拒むものの、シャショットとゲンブ自身に説得されグランクロスで石のある部分を狙い、撃破する。その後、鉄道博物館の本館屋上のパノラマデッキ[注 46]で座り込んで石化を始めている所に駆けつけたハヤトに「セイリュウを守ってほしい」と頼むと、胸の赤い石の輝きが消えて石化した。ハヤトはゲンブがハヤトたちを傷つけないために自ら石化する道を選んだことを知り号泣した[48]。
セイリュウ
声 - 真堂圭[6]
少年のような見た目をしているが、何を考えているかわからない側面がある。だが、シンカリオンに対しては非常に強い興味を持っている。一人称は「俺」。
第18話では、ゲンブを瀕死に追い込んで圧倒したN700Aのぞみ（白いシンカリオン）の力を見極めるために、イザから使用を禁じられている（いわゆる禁忌品）ブラックシンカリオンに自ら乗り込み、シンカリオンたちと対峙する。圧倒的な力でE5はやぶさ・E6こまち・E7かがやき・E3つばさ・H5はやぶさの5機のシンカリオンを寄せ付けず、N700Aのぞみをも圧倒する実力を発揮するが、信頼することの大切さに気付いたN700Aのぞみとの6機の連携攻撃によって追い込まれ、倒されかけたところをイザによって強制送還される。その戦闘中、ゲンブの忠告の真意がE5はやぶさ（緑のシンカリオン）とその運転士であるハヤトのことだと気付き、以降ハヤトに対し矛先を向けることになる。第24話ではブラックシンカリオンでの出撃をイザに申し出るも許可が得られない状況であったが、ビャッコ・ゲンブ・スザクの助力によって人間の進化の可能性が「人と協力しあう」ことであると気付き、それをイザに認められ出撃の許可と新たな力を授けられた。第25話では漆黒の新幹線（ブラックシンカリオン）で超進化研究所に直接乗り込んで研究所を破壊しようと画策するが、捕縛フィールドに捕らわれE6こまち・E7かがやき・E3つばさにより地下試験場に転送される。そこでN700Aのぞみと増援で駆けつけたH5はやぶさ・800つばめの連携を受けても圧倒的な強さを誇ったが、500こだまとのクロス合体を果たし皆の思いを背負ったE5×500と一対一の勝負に挑むも2発目の超グランクロスを受け、自ら敗北を認める。イザに促され撤退を余儀なくされるが、その間際に「なんでシンカリオンに乗っているのか?」、「シンカリオンのことが好きなんじゃないのか?」とシンカリオン同士が戦って勝利しても嬉しくないハヤトに問われ、気持ちが揺らぎ始める。その後、傷づいた体を癒すために体を休めていたが、トラメの帰還に合わせ、休眠から目覚めた。同時にトラメに、トラメの知っている以前の人間とは違うことを忠告した。第37話で完全に回復したもののハヤトの言葉を思い出し戸惑っていたが、スザクに「人間を直接知ればいい」というアドバイスをもらい、彼女の力によって人間の姿となって人間界に潜入する。その際に聞いた「新幹線」という言葉に反応し、上野駅で迷っていたところでアズサに声をかけられ偶然ハヤトに遭遇するも、お互いの顔を知らなかったためそのまま別れる。その後、アズサからさっきまで一緒にいた少年がハヤトだと聞かされ驚く。第40話でビャッコがハヤトとリュウジを招いて戦った際に力を貸して欲しいと頼まれるも、上述のように人間に対する考えに迷いが生じており、また緑のシンカリオン（ハヤト）はビャッコの命までは奪わないと思ったため出撃しなかった。このことが原因でビャッコがカイレンによって命を奪われる結果になってしまった。
第45話でソウギョクからゲンブが石化したという話を聞き、ソウギョクの「ゲンブを殺したのはシンカリオン（ハヤト）」という彼の言葉の真偽を確かめるべく、再び人間に化け鉄道博物館に向かうもハヤトの姿はなく、地底世界に戻ろうとしていた時に鉄道博物館駅のホームでハヤトに再会し、ハヤトがゲンブを倒したということが真実だと知る。だが、ゲンブを倒したハヤトの真意を聞く前にソウギョクの謀略によってスザクに呼び戻され、怒りの矛先をハヤトに向けたままブラックシンカリオンに乗り込む。そして第47話でハヤトと三度目の対戦となり、新たにクロス合体を果たしたE5×ドクターイエローの戦闘の最中、精神世界でハヤト本人と対峙する。再びゲンブのことを聞くが、「ゲンブは敵じゃなくて俺たちの仲間だ」と聞かされる。また、ゲンブもハヤトと同じく新幹線やシンカリオンが好きだったことやアキタ達仲間の運転士たちの好きなことがその人を表すものだと告げられ、「君の好きなものは何?」と問われるもその場では答えずにいた。ハヤトの言葉に何を信じればいいかわからなくなりビャッコとゲンブに問いかけた際に、イザに「自分で考え判断しろ」と告げられ、最後はウルトラグランクロスとへルグランクロスのぶつかり合いで敗れる。その後、ハヤトに「ハヤトたちを信じた自分の気持ちを信じる」と伝えた後「俺もシンカリオンが好きだ」と告げ、去っていった。その後は、上野駅近辺を徘徊している。
第47話におけるハヤトたちとの戦い以降、彼は地底世界に戻らないことを決意し、スザクに別れを告げた。そして、再び上野駅でアズサと再会した際に、ポリッドブロッサムに苦戦するハヤトたちを「助けてあげて」と懇願され、ブラックシンカリオンで駆け付けハヤトたちを勝利へと導かせたが、トラメの策略により彼は種族の反逆者と断定されてしまう。
第48話でアズサからゲンブがケーキを好きになったことを聞かされて以降はケーキに興味を持ち、ケーキに釣られて行動することも多くなった。
第49話におけるトラメからの挑戦を受け、ハヤトたちからの誘いを頑なに断り続けるが、アズサに振り回されるうちに、地底世界で味わったことのないスィーツや焼き鳥に魅了されながら徐々に親しくなっていく。そして第50話におけるトラメとの決戦の際、彼からゲンブの石化の真実を知り、今度はスザクが自分のせいで危うくなると言われ動揺して隙を作ってしまい追い込まれるも、駆け付けたハヤトに「人も種族も関係ない、同じ新幹線やシンカリオン好きの仲間」という言葉[注 47]に励まされ奮起。キトラルザスとは決別し、人と種族の垣根を超える覚悟を決めたことでハヤトたちと完全に和解。それと同時にハヤトを名前で呼び合うようになり、一緒にトラメを倒した。
第52話からアズサの家に居候することになり、2019年1月3日に速杉家で開催された「シンカリオン運転士新年会」にもアズサと共に参加した。
第55話で拗ねてしまったシャショットを宥めるため東京駅へ連れていき、新幹線の切符の買い方やハヤトの背中を追いかけていることを伝えた。しかしその直後クレアツルスが出現し、シャショットをそのままブラックシンカリオンに乗せてしまう。しかし、これにより超進化速度（1225km/h）を超えてその3倍となる3675km/hで加速してしまい、シャショットのアドバイスで流れに乗ったままチェンジした瞬間、ブラックシンカリオンがブラックシンカリオン紅へと進化し、同時にパイロットスーツが変化し、マスクも外れた。これを機にハヤトの強さの秘訣がわかってきた。
スザク
声 - 渡辺明乃
第13話の終盤に、シンカリオンに敗退し姿を消したゲンブの後釜として登場した女性エージェント。ゲンブとは対照的に、搦め手を用いるのが自身のスタイルと自負している。「ファッシネイティング」が口癖。一人称は「あたし」もしくは「わたし」。
人の心を操るのが得意で、セイリュウやゲンブを人間に化けさせる能力も持っている。
第14話では、人間の姿に化けてアイドルユニット「スーパー・スパイス」のライブ会場に乗り込み、アズサを利用してシンカリオンの存在を一般人に暴露しようとしたり、第20話ではシャショットにブラックShincaを挿入して操ったりと、他のエージェントに比べて狡猾であることが伺える。第24話ではアズサを再び利用してシンカリオンのデータを盗もうとしたが、黒い粒子を更に手に入れるために行動した出水の計略に嵌り、結果的に先述の行動を逆手に取られる形となった。しかし、その際の映像から人間の進化の可能性が「人と協力しあう」ということであるとセイリュウに気付かせることになる。
第30話では、強い怨念には影響を受け易い体質であることが判明している。
人間は心によって惑わされたり混乱することから、心があるということが人間の弱点だと考えていたが、第40話でゲンブに反論されている。
第45話でソウギョクから「ゲンブを殺したのはシンカリオン（ハヤト）」と告げられた際に、ソウギョクの言ったゲンブの行動に強い違和感を感じ、ソウギョクに対しても疑念を抱いている。
旧世代のエージェント
10年前に人類に攻撃を仕掛けた下記の3人を指す。カイレンが指揮を執ってファースト・エネミーを出撃させたが失敗に終わり、その5年後故郷から離れ、自分たちの環境に適した星を探索するために3人で宇宙に進出して長い旅をしていた。だが、そのような星を結局見つけられず、更にその5年後（現在）にトラメが先に帰還し、残りの2人も続いて帰還した。3人とも好戦的な性格であり、滅びから逃れるためには人類に対し武力行使による道しかないという思想のため、ビャッコたちは彼らを危険視していた。
トラメ
声 - 高階俊嗣
第33話から登場したゲンブよりも大柄なキトラルザスで、獣人のような容姿。カイレン・ソウギョクと共に行動していたが、後に単独で帰還してくる。一人称は「オレ」。
10年前に人類と戦っていたエージェントの一人であり、当時は人類を圧倒していた。戦闘能力ならキトラルザス一だが、反面頭の出来はいまいち。帰還後、10年の時を経た人間の進化を観察するために単独で「ファースト・エネミー」に頭部から搭乗して出撃するが、完成したシンカリオンと進化した人類の強さに圧倒され、E5+E6のグランクロスを受ける直前に撤退した。その後ビャッコがシンカリオンとの戦いで敗北を認めた直後に「ファースト・エネミー」で乱入し、シンカリオンに交戦を挑む。全力を出そうとしたがビャッコに楯突かれ、共にE5はやぶさのグランクロスでダメージを受け、またしても撤退した。
ブラックシンカリオンに興味を持ち、セイリュウから『ブラックShinca』を奪って運転しようとしたが、ブラックシンカギアから「適合率が足りません」と乗車を拒否されたために運転を諦めて、『ブラックShinca』をセイリュウに投げ返している。その後自分が乗れないブラックシンカリオンを、量産型ファーストエネミーを使って破壊しようとするが、これはソウギョクがセイリュウとブラックシンカリオンを自分の手駒にするための謀略であり、喜んで協力していた。
第47話でのシンカリオンとの戦い以降セイリュウがブラックシンカリオンと共に行方をくらましたことで、彼が敗北し逃亡したと判断。その真偽を確かめるために第48話ではクレアツルスの一種であるホリッドブロッサムを使ってセイリュウをおびき寄せる作戦に出る。その結果、彼の狙い通りホリッドブロッサムに苦戦するハヤトたちのピンチに駆けつけ、シンカリオンに協力したことで彼を反逆者と断定した。続く第49話でソウギョクの提案により、スザクを尾行することでセイリュウの居場所を特定し、彼を処刑するために自ら巨大怪物体となってハヤトたちをエサにしながら戦い、極秘に開発されていたE3つばさアイアンウイングの俊敏な攻撃によって翻弄されてもビクともしなかったが、再び駆け付けたブラックシンカリオンによって弱点をばらされ、E3つばさアイアンウィングの真・フミキリシュリケンで倒された。しかし、倒されたのは彼が用意した影武者であり、7日後に再び同じ大宮で決着をつけるとハヤトたちとセイリュウに宣戦布告した。そして約束の7日後の大宮で先手を打って現れたセイリュウの誘いに乗り黒い貨物列車に乗って出現。ブラックシンカリオンと共に捕縛され、捕縛フィールド内でぶつかり合う。最初はブラックシンカリオンバーサーカーモードを圧倒していたが、駆け付けたハヤトたちに励まされ「人と滅びゆく種族との垣根」を超えたセイリュウが奮起。E6こまち・E7かがやき・E3つばさアイアンウィングと後から駆け付けたH5はやぶさ・ドクターイエローの怒涛の攻撃で追い込まれ、捕縛フィールドを破壊しようとしたが最後はE5×ドクターイエローのウルトラグランクロスとブラックシンカリオンバーサーカーモードのへルグランクロスによるダブルグランクロスを受け倒された。
ソウギョク
声 - 山内健嗣
第33話でセイリュウにより存在を示唆されたキトラルザスで、第36話ではビャッコの回想シーンにシルエット状態で登場し、第41話から本格的に登場した。一人称は「オレ」。
得体のしれない容姿で、背中に薄紫の骨格翼のようなものが生えており、白と黒の仮面のようなものを被っている。紳士的なしゃべりをするのが特徴。人類やキトラルザス（主にカイレン）のことについて会話するも、その真意は不明。スザク以上に何を考えているかわからない策略家。しかも、敵を倒すためなら仲間を手駒として平然と利用し、自分の手を汚さず高みの見物をするような狡猾な作戦を得意としている。トラメ・カイレンと共に行動していたとされ、第41話でカイレンと共に帰還している。その後、ゲンブから「今一度対話の時間をくれ」と頼まれ、条件としてシンカリオンと人間（特にハヤト）の強さを見せることを約束させ、これを承諾。ゲンブを倒したシンカリオンの強さをしかと見届けた。第43話でイザに挨拶し、漆黒の貨物列車を借りてクレアツルスを地上に送り込むと、第44話でハヤトたちと合流していたゲンブを見限って彼を操りハヤトたちがゲンブを殺害するよう仕向け、ハヤトたちに深い心の傷を負わせた。仕上げとしてセイリュウに「ゲンブを殺したのはシンカリオン（ハヤト）」だと教えて疑心暗鬼にさせ、トラメの協力によりブラックシンカリオンとセイリュウを自分の手駒とすることに成功している。そして第47話でセイリュウを使ってまで戦いに執着するのは「人に屈したくない」という理由からであり、帰還した際ビャッコが人間に屈したのはイザによる入れ知恵ではないかと疑いつつ、戦いという道を選ぶという結論に至っている。
カイレン
声 - 増田俊樹[49]
第37話でビャッコにより存在を示唆されたキトラルザスで、第40話終盤から登場した。白髪で黒いコートのような衣を羽織っており、顔にひび割れがあり、スザク以上に人間に近い容姿をしている。黒曜石を物質変化させ、槍状の武器に変化させる能力を持っている。一人称は「私」。
3人の旧世代のエージェントの中でも特に人類とは戦うこと以外道はないという思想に偏っており、ビャッコから最も恐れられていた。トラメやソウギョクから「カイレン様」と呼ばれるほどの上司的な立ち位置であり、10年前に量産型ファースト・エネミーを仕切らせ、人類に攻撃を仕掛けている。その5年後に故郷から離れ、トラメ・ソウギョクと共に長い旅をしていたが、ソウギョクと共に帰還。ビャッコがシンカリオンとの戦いで敗北し退却してきた直後にその前に姿を現し、トラメに楯突いて裏切った彼を種族の古き掟により処刑した。その後ソウギョクと共に先に帰還していたトラメと合流し、イザと面会する前に挨拶代わりとして30体以上の量産型ファースト・エネミーを率いて人間側に攻撃を仕掛ける。戦闘中シンカリオンが優勢になると彼らの前に姿を現し、この10年の間に人間が開発したシンカリオンを高く評価し、自らの名を伝えた後消えていった。
トラメやソウギョクの行動に対し、全く興味を示していない。故に第50話では、トラメがシンカリオンとの戦いに敗れた際、何の戸惑いもなくトラメを「無様だな」と評している。しかし、52話でのディノウイングの強制送還後自ら動くようになり、53話でシンカリオンの本来の姿を察している。
エージェントたちを束ねる存在
ドクター・イザ/八代 イサブロウ（やつしろ イサブロウ）
声 - うえだゆうじ
第19話から登場したエージェント達を陰で束ねる首領的な存在。第18話でスザクにより、存在が示唆された。ブラックシンカリオンに乗り込んだセイリュウを強制送還させる能力を持っている。姿は白髪の老人であり、ほかのエージェント同様、緑の結晶体のようなものが生えている。第27話のセイリュウの敗北により、「協力し合う」ことを理解したエージェントたちに、今後の戦いには「進化」ではなく「変化」の道を示した。また、キトラルザスが生き残る術は、「戦いの道」・「移住の道」・「変革の道」の3つの道のいずれかであることを説く。その後、カイレンたちは移住の道を選んだが、移住先を見つけられず最終的に戦いの道を選び、残ったビャッコたちは人を観察しながら戦うも、やがて変革の道へ歩み始めるようになる。
第35話終盤でE5はやぶさに直接交信してハヤトと初めて対峙し、「さらなる進化を遂げるのは我々だ」とハヤトに忠告している。
第41話でソウギョクと共に帰還したカイレンは、その挨拶の際イザに対して「ドクター」と敬称を付けて呼んでいる。
第43話で体の石化が進行し始めていることが判明した。
プロジェクトシンカリオンの開発中に実施した「第1回超進化速度到達実験」で発生した爆発事故で消息不明となった、シンカリオン試験機を運転していた開発チームの開発責任者によく似ており[50]、第44話ではゲンブが彼の写真を見てイザと呼んでいる。同時に「ブラックシンカリオンを我々に与えた人だ」とも語っている。
そして第47話での回想シーンでシンカリオン試験機を運転していた開発チームの開発責任者本人、第55話で真名が「八代 イサブロウ」であると判明し、シンカリオンの基本的なシステムを設計し、E5はやぶさにシャショットを内蔵するシステムを構築したことも明らかとなった。
パイロット / 運転士の関係者
速杉 ハルカ（はやすぎ ハルカ）
声 - 金魚わかな
ハヤトの妹。ヘッドホンを身に付けており、語尾に「〜と思われ」「〜（て）なわけで」とつける説明口調の小声で会話する癖がある。一人称は「私」・「自分」・「ハルカ」。
兄のハヤトとは対等に話しているものの、鉄道の話題に付いていけず呆れてはいるが、その趣味や嗜好は完全に把握済み。話の内容の長さも覚えているほど理解を示している。ハヤトを「お兄（にい）」、ホクトを「お父（とう）」、サクラを「お母（かあ）」と呼ぶ[注 48]。母のサクラの雷落下レベルのお小言は恐れている。利き手は左利き[15]。これまで、父のホクトが超進化研究所の職員、兄のハヤトがシンカリオン運転士であることは、一切知らされていなかった。しかし、長いこと連絡をしてこないホクトが浮気しているのではないかと疑い、家族で京都へ訪れた際には猜疑心からホクトを「お父」ではなく「ホクトさん」・「速杉さん」と他人行儀な呼び方をして、ホクトの表情を幾度も顔面蒼白にさせた。家族から離れて電話でフタバと連絡している会話を盗み聞きしたことで、フタバという女性と浮気していると誤解する。ホクトが超進化研究所・京都支部へ戻る際には、本当は浮気相手（フタバ）の元へ行こうとしているのではないかと思い込み、不安になり泣き出す。この誤解を解くためにホクトはハヤトら家族を京都支部へ連れて行くことを決断し、父と兄の秘密やシンカリオンの存在を知ることになる（この時、京都支部に滞在していたフタバを「この泥棒猫!」と一喝してしまうも、その後の一件により父の浮気は誤解だと気付く）[51]。
あおのは、「（池添からの）オーダーが無かったので自由にデザインにしました。ヘッドホンは考え事をするときは一人でこもりたい私自身を投影させました[18]」と語っている。
速杉 サクラ（はやすぎ サクラ）
声 - 清水理沙
ハヤトの母。普段は優しいが、怒らせると恐い（別名、鬼嫁）。一人称は「私」。
夫のホクトに対しては恐妻のようだが、夫の仕事は認めており自身が納得したことは受け入れる。
第3話でホクトから、自身の本当の勤務先のことやハヤトがシンカリオン運転士になったことを打ち明けられるが、「聞かなかったことにする」としてそれらを全て受け入れた上で、ハヤトにはあくまで普通の母親として接することを決めた。しかし、家族で京都へ訪れた際、超進化研究所・京都支部へ案内され、シンカリオンの存在を改めて知ることになる。この時、パイロットスーツ姿の夫を見て、「ホクトくん」と呼んでいる[51]。
それでも、ハヤトが研究所からの呼び出しで早朝から朝食もそこそこに飛び出して行くと「学校に連絡しといてやるか」とつぶやく[9] など、シンカリオン運転士としてのハヤトの行動が通常の生活で問題とならないように、適切なフォローはしている。
第13話で、精神的に追い詰められ悩んで無理に明るく振る舞おうとするハヤトを見かねて、既にシンカリオンについて知っているということをほのめかし、それに気づいたハヤトからの「（俺たち子どもは）シンカリオンに乗らない方がいいのかな」という悩みを聞いて「お父さんは心配性なだけ。お父さんより強いお母さんが大丈夫って言っているんだから」と力づけてハヤトの悩みを払拭し、ハヤト本来の明るい笑顔と自信を取り戻させた。
第30話では筋金入りの歴女（城・幕末マニア）であることが判明。ホクトと結婚する前は、デートといえば専ら鉄道関連だったことに怒り、｢今回は私がデート場所を決める!｣と言って城に行った過去がある。第35話では、ハヤトが京都支部へ派遣された理由が「鹿児島から来た子（タカトラ）と山口から来た子（ギン・ジョウ）が京都で揉めていて、何とかして欲しい」と言うことを聞いて、禁門の変を連想してしまい、ハヤトに薩長同盟を結ばせた「坂本龍馬になるように」とアドバイスしている[注 49] 。またアズサのことを気に入っており[注 50]、アズサがハヤトに同行して京都に行った際にはホクトからの電話で「京都鉄道博物館で2人がデートをしてる」と聞き、自分たちの件もあってそのままじゃダメだとハヤトたちのデートを仕切る作戦に移る。その際のメールの内容は｢お城に連れていきなさい｣というものであり、そこにアズサを連れていかないとハヤトの日課でもある「ベランダからの新幹線観賞」を禁止するという徹底ぶりであった。
あおのは、「胸が大きい理由は、この時点で控えめな女性しかいなかったから[18]」と語っている。
上田 アズサ（うえだ アズサ）
声 - 竹達彩奈
ハヤトのクラスメイトの少女。ハヤトとは、幼馴染[注 51]で住んでいるマンションと教室での席が隣同士。一人称は「私」。目の横にピンク色の大きな形をしたつけまつげを付けている[52]。
ハヤトからは基本的にフルネームで呼ばれているが、第45話で久々に下の名前で呼ばれた。アキタからは名字、ツラヌキからは下の名前、フタバからは「アズサちゃん」と呼ばれている。自ら愛用のハンディカメラを用いて動画を撮影し、「JS（女子小学生）が初めて○○してみた」というタイトルのシリーズ動画を投稿している人気のユーチューバーでもある。投稿した動画の再生回数を増やしてユーチューブで世界制覇することが夢。虫が苦手[39]。特技はコスプレ[注 52]。「よく分かんないけど〜」が口癖。
好奇心旺盛で、動画のネタになりそうな物には何でも飛びつく性格。そのためならば休日を全て使い、単独で遠方まで行く行動力がある。そのためハヤトたちからは警戒されている。また、急に転校してきたアキタとツラヌキが、ハヤトと妙に仲がいいことを怪しんでいたが、後述の一件でその理由を知ることになる。
動画撮影など自分が好きな話題になると、周囲に大量のハートマークを出現させる。自宅のベランダで新作動画の撮影をしている所をハヤトに目撃されている[9]。
第14話にて、スザクに利用されたことで[注 53] シンカリオンの存在を知ることとなる。解決後、超進化研究所により動画を修正させられ[注 54]、ハヤトらからはお説教され"情報の秘密を厳守すること"を約束させられた。ただ、「約束する」とは言いつつも「仲間に入れなさい!」とハヤトに迫った[注 55] ことで、超進化研究所へ出入りするようになった[25][注 56][注 57]。直感に優れているのか、ホクトもこの件に関わっているであろう事を指摘し、直訴する為にホクトが単身赴任している京都支部へ赴こうとした。超グランクロスのバージョンアップ試験のためハヤトが京都支部へ向かうと知りハヤトに同行し、シンカリオンを踊らせるために鉄分を増やそうとハヤトに頼みこんで京都鉄道博物館を巡るも、ハヤトに主導権を握られ飽きた仕草をする度に「途中下車する?」と脅されつつも鉄分を増やすために我慢していたが、最終的に「もう限界! やっぱり無理!」とキレてしまう。その後サクラの指示で向かった二条城で鎧を着て刀を振り上げた姿の撮影をハヤトに頼むも転倒してしまい、ハヤトに真剣白刃取りで受け止められる[16]。
なお、シンカリオンを踊らせる動画を撮影するためにシンカリオンに乗りたがってはいるが、シンカリオンの運転士として戦いに赴くつもりはなく、LINEのグループを作るなどシンカリオンチームのまとめ役を買って出る[53]。
その後もセイリュウと度々上野で接触し、遂には居候として自宅へ招いた。ハヤト宅の新年会でスイーツのお土産を期待するも、アキタ、レイ、ツラヌキ、シノブが持ってきたもの、リュウジとミクから宅配便で送られてきたものがほとんど麺類[注 58]ばかりだったためブチギレした。その後、サクラもセイリュウにパスタを差し出した[54]。
長岡 イノリ（ながおか イノリ）
声 - 丸山ナオミ
大宮小学校に勤務する女性教師で、ハヤト・アキタ・ツラヌキ・アズサのクラスである5年2組の担任。ハヤトが毎年、夏休みの自由研究の題材に新幹線を取り上げているため、今年は新幹線を取り上げることを禁止した[注 59] 。
初登場時は「担任」とクレジットされていたが、第28話で名前が判明した。
男鹿 モミジ（おが モミジ）
声 - 真坂美帆
アキタの母。アキタを「アキタくん」と呼び非常に溺愛している親バカであり、アズサから「キャラ濃すぎ」と称され、ほかの一同をも唖然とさせた。同時に心配性でもあり、マタギである義理の父とその後継者である猟師の夫の意向で厳格に育ったアキタを見守っている。そのため、シンカリオンのことはアキタから直接あまり聞かされておらず、サクラから「親にできることはただ見守ることだけ」と諭され、シンカリオン運転士を子に持つミスズとチアキにも励まされている。アキタが巨大怪物体と戦っているところを偶然目撃してしまったことで、シンカリオンの存在を知る。その際は音声が繋がらない状態だったが、彼女の口の動きをアキタが読み取ったことよって勝利へつながっている。[20]
大門山 ミスズ（だいもんやま ミスズ）
声 - 高橋里枝
ツラヌキの母で大門山建設の社長。先代の社長であった夫を亡くし、大門山建設を女手一つで切り盛りしている。ツラヌキの豪快な性格や口癖は、母譲りでもある。ツラヌキが素直でなかったり調子乗っていたりすると、喝を入れる為に強烈な張り手を腰に食らわせている。
ツラヌキが自分のことを気遣って会社を手伝っていることを知っているが、ツラヌキには彼自身が本当にやりたいことをやらせたいと思っている。そのためツラヌキの本心を聞いた後は、「『安全第一』だけは守る」と約束させ彼を送り出している。
大門山 カガリ（だいもんやま カガリ）
声 - 小堀幸
ツラヌキの妹。兄に似ず金沢美人に例えられる程の容姿であるため、ミスズが「月日と云うのは時には残酷」と言うほどである。初登場時は「ツラヌキの妹」とクレジットされていたが、第29話で名前が判明した。
大門山 ケンロク（だいもんやま ケンロク）
声 - 社本悠
ツラヌキの弟。兄とは顔立ちがそっくりで、「だーっ」としか喋れない。初登場時は「ツラヌキの弟」とクレジットされていたが、第29話で名前が判明した。
月山 チアキ（つきやま チアキ）
声 - 足立由夏
シノブの母で、月山流忍術のくノ一である。シノブからは「母上」と呼ばれている。現在は沖縄に移住している。
清洲 カエデ（きよす カエデ）
声 - 広瀬有香
リュウジ・タツミの母。名古屋市ある超進化研究所付属病院[注 60] に現在長期入院している。リュウジの作る卵焼きが好物。亡き夫・チクマの友人であるホクトと面識がある。
清洲 ミユ（きよす ミユ）
声 - 真堂圭
リュウジ・タツミの妹。9歳。リュウジを「リュウ兄」、タツミを「タツ兄」と呼ぶ。
清洲 チクマ（きよす チクマ）
声 - 逢坂良太[55]
今は亡きリュウジ・タツミの父。ホクトやシンペイと共に新幹線超進化研究所に設置されたシンカリオン開発チームの主任研究員としてシンカリオンの開発、特に超進化速度を到達させる小型モーターに携わっており、その開発中に実施した「第1回超進化速度到達実験」で発生した爆発事故に巻き込まれて亡くなった。「目先の事よりも大局を見ろ」を口癖とする現実主義者で、リュウジの冷徹さは父譲りでもある。その言葉は、ホクトや息子・娘達にも言い続け受け継がれている。
霧島 ニチリン（きりしま ニチリン）
声 - 深川和征
タカトラの父で「料亭霧島」の主人。髪形はタカトラと同じである。
第3新東京市の市民
第31話でハヤトが東海道新幹線を走行中のN700Aを撮影している最中に熱中症になり、意識を失っている間に見た夢の中[注 61] に登場。キャストは、原典であるアニメ『エヴァンゲリオン』シリーズのオリジナルキャストが担当している。
洞木 ヒカリ（ほらき ヒカリ）[56]
声 - 岩男潤子
シンジのクラスメイト。洞木三姉妹の次女。学級委員長を務めている。面倒見の良い性格。アスカと仲が良い。ノゾミから「ヒカねえ」と呼ばれるが、家でも生真面目さが出ているため「イインチョ」と呼ぶこともある。
三姉妹の乗った車の前に飛び出してきたハヤトに注意したことがきっかけで、ハヤトと知り合う。その後、熱海駅でハヤトが言った「大宮へ行くのに山梨を通らない」という意味の言葉から、ハヤトが自分たちの世界とは別の世界から来たことに気付く[注 62]。
洞木 コダマ（ほらき コダマ）
声 - 岩男潤子[57][58]
ヒカリの姉で洞木三姉妹の長女。工科大学に通う20歳[59] の大学生でカフェでバイトをしているメガネ美人。ノゾミからは「コダねえ」と呼ばれる。 ヒカリと同じく、ハヤトが別の世界から来ていると気付きつつも、ハヤトを熱海駅からE5はやぶさが待機している箱根湯本駅まで車で送り届ける。
原典には名前のみ[注 63] が登場しており、後に「新幹線:エヴァンゲリオンプロジェクト」での「500 TYPE EVA」運行を記念して、プロジェクトオリジナルのキャラクターとして容姿が設定された。アニメーション作品への登場は本作が初となる。
洞木 ノゾミ（ほらき ノゾミ）
声 - 岩男潤子[57][58]
ヒカリの妹で洞木三姉妹の三女。サッカーが得意なやんちゃでおませな小学生。男子に混じり、チームのレギュラーを務めている。新幹線好きな三姉妹の中でも特に新幹線に詳しく、初めてハヤトと新幹線トークが噛み合う人物となる。500系を模したショルダーバッグを愛用している。
コダマ同様、原典には名前のみが登場しており「新幹線:エヴァンゲリオンプロジェクト」でのプロジェクトオリジナルのキャラクターとして容姿が設定された。アニメーション作品への登場は本作が初となる。
綾波 レイ（あやなみ レイ）、惣流・アスカ・ラングレー（そうりゅう・アスカ・ラングレー）
声 - 林原めぐみ（レイ）、宮村優子（アスカ）
シンジやヒカリと同じ学校に通う少女たち。「箱根湯本えゔぁ屋」[注 64] の前を横切るハヤトを道路越しに目撃しており、その際に2人はハヤトがシンカリオンの運転士であることを知っているような会話を交わしている。終盤ではハヤトがいる現実世界の熱海駅の在来線4・5番線ホームにある立ち食い蕎麦屋「熱海そば」にも登場し、レイがラーメン（ニンニクラーメンチャーシュー抜き）を注文して、アスカに「ここは駅そばだ」と注意されている。
その他の関係者
車掌・駅アナウンス
声 - 中川家（剛・礼二）
放送開始当初は、営業運転中の新幹線の車掌による車内アナウンスおよび駅員による駅のアナウンスは中川家の2人が担当していた。
その他の登場人物
スーパー・スパイス（イナホ・ミヤコ・ナスノ）
声 - 洲崎綾（イナホ）・金魚わかな（ミヤコ）・井上遥乃（ナスノ）
3人組の人気女性アイドルユニットで、イナホが桃色・ミヤコが黄色・ナスノが青色の衣装を着ている。
活動をSNSに拡散する事を歓迎しており、お台場でのライブも"撮影OK"としていた。
辻本 達規（つじもと たつのり）
声 - 辻本達規（BOYS AND MEN）
第48話に登場。王子駅近くの北とぴあで行われた超進化研究所大宮支部の忘年会に、出水がサプライズゲストとして招いた「BOYS AND MEN」のメンバーの1人。なお、このシーンでの「BOYS AND MEN」メンバーは1人のみしか本人役で出演することが出来ないため、メンバー全員によるオーディションを実施した池添による審査の結果、辻本に決定した。
シンカリオン
新幹線超進化研究所によって開発された、新幹線車両から変形する対巨大怪物体用のロボ。ただし、運用するためには各車両ごとに適合する運転士が必要となる。超進化速度（1225km/h）まで加速することで、戦闘形態である『モードシンカリオン』（玩具版では「シンカリオンモード」）へと変形を開始して、人型ロボット・シンカリオンへと変形する。なおアニメ版では状況によっては最初の変形シーンがカットされることがある。
通常は新幹線形態である『モードシンカンセン』（玩具版では「シンカンセンモード」）で格納庫に待機しており、出動の際には捕縛フィールドの最寄りの場所（超進化研究所の各指令室・支所）まで特別ダイヤを組んで各新幹線の路線を使い移動する。また、戦闘の際にも各新幹線の路線を経由し捕縛フィールド付近に向かい、そこから分岐した光のレールを通って捕縛フィールドに突入する。
運転士が運転室に入ると、インカムつきのパイロットスーツが自動的に装着される。このスーツを装着した運転士は、身体の動きがシンカリオンに連動する。インカムは指令室や他の運転士との相互通信用。運転室から出るとスーツ装着は自動解除となり、元の姿に戻る。
発進時は、適合する運転士が『シンカギア』のカードリーダ部に専用の『Shinca』をタッチすると、前方上部のディスプレイに「この車両は○○行き[注 65] です」と表示され、同じ内容が音声アナウンスで流れる。その後、運転士が「シンカリオン○○（機体名）、出発進行!」と喚呼し、シンカギアのレバーを下げることで発進する。
変形時には各車両のロゴマークが光り（ドクターイエローは除く）、700シリーズの3機と500こだま（500 TYPE EVAも含む）およびドクターイエローを除く各シンカリオンは先頭車と後尾車の先端同士を連結し[注 66]先頭車が上半身、後尾車が下半身を構成する。
稼働限界は、長期戦の場合は予備電源を使えば約2時間とされ、補給・再起動には最低20時間ほど要する（いずれも推定）[注 67]。
また、編成両数の少ないE3つばさ・E6こまち・800つばめ・500こだま（500 TYPE EVAも含む）・700ひかりレールスター・N700みずほ・ドクターイエロー以外のシンカリオンは1編成9両で運用されている模様。
出発時に東日本指令室・西日本指令室に配属されているシンカリオンが架線のない転車台（東日本指令室は鉄道博物館の本館内にある車両ステーション、西日本指令室は京都鉄道博物館内にある梅小路蒸気機関車庫の扇形庫）から出発しているので、漆黒の新幹線同様に架線から集電しなくても動くことが可能と思われる。
第28話での出水のシンカリオン開発の回想シーンでは、E2系が試作機であったと思しき描写があり[注 68]、第55話で試作機の名称が『シンカリオン E2（イー・ツー）』であることが判明し、爆破事故で残された機体の後尾車が大宮支部に留置されている。また、シリーズ構成の下山健人からはE3系も使用されていた可能性が示唆されている[60][注 69]。
玩具のシンカリオンはディフォルメされた車両からシンカリオンモードへ変形するが、アニメでは実車と同等の長さの車両から玩具と同様の形状に変形するため、変形する際に各部が収縮し格納される描写がある。

シンカリオン E5（イー・ファイブ）はやぶさ
新幹線モード：E5系はやぶさ
全長：40m（アニメ版では26.5m）
重量：100t
運転士：速杉ハヤト[注 70]
新幹線超進化研究所が初めて開発したシンカリオン。JR東日本E5系をベースとしている。
特徴は脚部のスラスターで、これによって空中での高速機動を可能としているほか、空中の浮遊物へ飛び移ることもできる。背部にウイングを装備することでその性能を強化することも可能となっている。
使用武器は「カイサツソード」。必殺技の際には敵の周辺に自動改札機型のエネルギーを発生させ、フラップドアを閉じて敵の動きを止めることができる。前述のウイングを装備することで必殺武器「超カイサツソード」[注 71] となる。
必殺技は胸部のE5系先頭部の連結器カバーを開いて粒子ビームを発射する「グランクロス」。
アニメでは適合する運転士が不在で専用の車庫に留置されていたが、地下格納庫内で再起動し暴れ始めた巨大怪物体・レイルローダーに応戦するためハヤトが志願し、彼を運転士として起動する。その結果、E6こまちとE7かがやきの2体がかりでダメージを受けつつ動作を止めるのが精一杯だったレイルローダーを交戦わずか10秒で、なおかつダメージを受けずに瞬殺[注 72] し、シンカリオンでの戦闘における運転士の適合率の高さの重要性を実証した。第36話でハヤトが単独で対話に向かった際、ビャッコが繰り出したサラマンダー・ゾラの攻撃による捕縛フィールドの爆発に巻き込まれ甚大な損傷を負い、数週間は出撃不可能な状態に陥っている。
シンカリオン E5 + E7（イー・ファイブ リンク イー・セブン）
E5はやぶさの上半身にE7かがやきの下半身がリンク合体した形態。
カイサツソードとシャリンドリルを装備している。なお、E7かがやき単体ではシャリンドリルを右腕に装着しているが、リンク合体時は右腕にカイサツソードを装備しているため、シャリンドリルは左腕に装着される。第43話では、シャリンドリル・パワードモードを必殺武器「超シャリンドリル」として使用している。
シンカリオン E5 + E6 （イー・ファイブ リンク イー・シックス）
E5はやぶさの上半身にE6こまちの下半身がリンク合体した形態。
カイサツソードとフミキリキャノンを装備している。第9話では超カイサツソードを使用した。
シンカリオン E5 + 800 （イー・ファイブ リンク はっぴゃく）
E5はやぶさの上半身に800つばめの下半身がリンク合体した形態。
カイサツソードとパンタグラフアローを装備。また背面にスワローウイングも装備されるため、空中戦にも対応できるようになった。
シンカリオン E5 × 500 （イー・ファイブ クロス ごひゃく）
全長：31.0m
重量：180t
E5はやぶさと500こだまがクロス合体したシンカリオン。E5はやぶさのカイサツソードが500こだまのシンゴウスピアと合体し、「カイサツトライデント」に進化している。
アニメでの必殺技は、「グランクロス」を上回る大出力の粒子ビームを発射する「超グランクロス」。しかし、電力の消費が激しく一発しか撃てないという欠点がある。このため第27話では、地下試験場を除く研究所の全電力を充電することで2発目の超グランクロスを発射している。
なお、玩具においてはE5はやぶさのほかにE6こまち・E7かがやき・H5はやぶさ・E3つばさ/E3つばさアイアンウイング（旧製品版のE3つばさフレアウイング/アイアンウイングも含む）・800つばめ・N700Aのぞみが500こだまとクロス合体可能となっている。
シンカリオン E5 × ドクターイエロー （イー・ファイブ クロス ドクターイエロー）
全長：38m
重量：275t
E5はやぶさとドクターイエローがクロス合体したシンカリオン。ブラックシンカリオンバーサーカーモードを圧倒する力を持った最強形態。
合体するには、両運転士の適合率の差を0.2%以内に合わせなければならない。
必殺技は、「超グランクロス」をさらに上回る大出力の粒子ビームを発射する「ウルトラグランクロス」。E5 × 500の弱点であった電力の大量消費を解消するため[注 73] に、背中のウイング上の翼に大気中のエネルギーを収束することで発射される。
500こだま同様玩具においてはE5はやぶさのほかにE6こまち・E7かがやき・H5はやぶさ・E3つばさ/E3つばさアイアンウイング[注 74]・800つばめ・N700Aのぞみ・ブラックシンカリオンがドクターイエローとクロス合体可能となっている。

シンカリオン E6（イー・シックス）こまち
新幹線モード：E6系こまち
全長：38.5m（アニメ版では25.0m）
重量：95t
運転士：男鹿アキタ[注 75]
E5はやぶさに続いて起動したシンカリオン。JR東日本E6系をベースとしている。
脚部にホイールを装備しており、これによって地上を高速移動する。障害物の多い場所や狭い場所でも速度を落とすことなく高速移動でき、E5はやぶさやE7かがやきなどの"フル規格新幹線"車両をベースにしたシンカリオンが入線できない秋田・山形新幹線区間に入線できるなど、地上での運動性能はシンカリオン随一である。
使用武器は2丁の「フミキリガン」。正確性を重視した2丁拳銃としての運用のほか、長距離狙撃に適したライフルモードの「フミキリライフル」、火力重視のキャノンモードの「フミキリキャノン」に変化させるなど、多彩な攻撃が可能となっている。また、放水銃や火炎放射銃として使うことも可能。なお、キャノンモード時は両肩に装備されるようになっている。必殺技の際には敵の周辺に遮断棒柄でリング型のエネルギーを発生させ、敵の動きを止めることができる。頭部には射撃用スコープ「ナマハゲゴーグル」が装備されており、これを下ろすことでフミキリガンでの正確な射撃及び敵の弱点解析も行える。
高い敏捷性と主武装が射撃系のため、敵とある程度の距離を置いた攻撃を得意とし、接近戦や格闘戦に持ち込まれると苦戦する[61]。
アニメではE5はやぶさより以前にアキタ以外の運転士により起動しており、巨大怪物体に応戦していた。
シンカリオン E6 + E3 （イー・シックス リンク イー・スリー）
E6こまちの上半身にE3つばさの下半身がリンク合体した形態。E5はやぶさ以外同士のリンク合体は初となる。
フミキリキャノンとフミキリシュリケンを装備している。機動力に優れたE6と敏捷性に優れたE3両機の合体により、超高速による攻撃回避が可能となる。必殺技も「超フミキリシュリケン」と「超フミキリキャノン」にパワーアップしている。

シンカリオン E7（イー・セブン） かがやき
新幹線モード：E7系かがやき
全長：40m（アニメ版では26.0m）
重量：110t
運転士：大門山ツラヌキ[注 75]
E5はやぶさ、E6こまちに続く第3のシンカリオン。JR東日本E7系をベースとしている。
脚部はクローラーとなっており、これにより荒地でも最大の力を発揮することが可能となっている。
E5はやぶさ、E6こまちに比べて装甲が厚くなっており、敵の攻撃をものともしない防御力を誇っている。特に拳部分は強力にされており、本機のパワーとクローラーの安定性によって豪快な格闘戦を得意としているが、スピードは他の2体に劣っている。
使用武器はE7系の台車をベースに開発された「シャリンドリル」。必殺技の際には敵の周辺に複数の岩山型のエネルギーを発生させ、敵の動きを止めることができる。どんな相手も貫くほどの凄まじい威力を誇るが[注 76]、非常に重量があるため本機のパワーがないと扱いが難しい武器となっている。第37話から、シャリンドリルを通常の2倍以上のサイズにパワーアップし、攻撃時には触れたものをすべて巻き込むパワーを持つ強化形態「シャリンドリル・パワードモード」が登場した。
格闘戦が得意だが、ビームや砲撃などの遠距離攻撃や、機敏な敵から一撃離脱戦法での攻撃を受けると苦戦を強いられる。
アニメではE5はやぶさより以前にツラヌキ以外の運転士によって起動しており、巨大怪物体に応戦していた。
E5はやぶさに対するH5はやぶさのように、W7かがやきが存在するのかは不明である[注 77]。

シンカリオン E3（イー・スリー）つばさ
新幹線モード：E3系1000番台つばさ
全長：38.5m（アニメ版では25.0m）
重量：95t
運転士：月山シノブ
JR東日本E3系1000番台（新塗装）をベースに開発されたシンカリオン。
塗色は、2014年から施工された新塗装となっている。
玩具版では<b data-parsoid='{"dsr":[63890,63903,3,3]}'>フレアウイング</b>の呼称がつけられており、後述のアイアンウイングとは兄弟機であり連結して出動することが多く、タッグでの攻撃は誰にも止められないとされており、両機によるリンク合体は"連結モード"と呼ばれる。
使用武器は遠近両用の赤い「フミキリシュリケン」。玩具版では、連結モード時にフレアウイングとアイアンウイングのフミキリシュリケンが合体した「シュリケンソレイユ」となり、あらゆる敵を切り裂くことが可能である。
アニメ版では、E5はやぶさやE7かがやきなどの"フル規格新幹線"車両をベースにしたシンカリオンが入線できない山形新幹線区間をカバーするための"山形局地戦専用シンカリオン"[62][注 78] として新塗装（フレアウイングと同色）の車両が月山シノブが運転する「E3つばさ」として登場した。また、武器もフミキリシュリケンを2分割させ素早く立ち回る"クナイモード"、合体させて大きな手裏剣として使用する"シュリケンモード"の2種が有り、これらを使い分けて戦う。分身の術を使い複数の幻影で敵を翻弄することもできる。
戦線を離脱する際には掌から煙幕を放ち手首のウィンチを使用する。
第48話のホリッドブロッサム戦では、ホリッドブロッサムが繰り出した粘液攻撃によって、右腕とフミキリシュリケンの片刃を溶かされてしまう。その際の損傷が酷かったため、しばらく（年内）は出撃できない状況に陥ってしまい、第49話で大宮支部で改修中の状態が描写されている。

シンカリオン E3（イー・スリー）つばさ アイアンウイング
新幹線モード：E3系1000番台つばさ
全長：38.5m（アニメ版では25.0m）
重量：95t
運転士：月山シノブ
JR東日本E3系1000番台（旧塗装）をベースに開発されたシンカリオン。
塗色は、実車就役時の明るい銀色と灰色の2色の塗り分けに緑色の帯を配した旧塗装となっている。
玩具版では、前述の通りフレアウイングとは兄弟機とされている。
使用武器の「フミキリシュリケン」は緑色となっており、刃の形も鋸歯状にすることで破壊力が向上している。
アニメ版では、損傷したE3つばさの代わりに出水がシノブへのクリスマスプレゼントとして用意していたものだったが、第49話でシノブが「オラも出撃したい」と言ったことから、クリスマスよりも早く登場することとなった。
E3つばさと同じく、分身の術を使い複数の幻影で敵を翻弄することもできる。必殺技はフミキリシュリケン（シュリケンモード）を巨大化させて投擲する「真・フミキリシュリケン」。

シンカリオン N700A（エヌ・ななひゃく・エー）のぞみ
新幹線モード：N700系1000番台（N700A）のぞみ
全長：40m（ノーマルモード時）/45m（アドバンスドモード時）（アニメ版ではノーマルモード時26.5m/アドバンスドモード時27.5m）
重量：100t（ノーマルモード時）/140t（アドバンスドモード時）
運転士：清洲リュウジ→清洲タツミ[注 79]
JR東海N700系1000番台（N700A）をベースに開発されたシンカリオン。
N700Aの高機能を活かし、様々な場面でハイレベルな活躍が可能。シンカリオンとしての戦闘性能は格闘戦に重きが置かれており、徒手空拳で敵を圧倒する戦闘スタイルを取っている。一対一での戦闘に持ち込んだ場合には、周囲に<b data-parsoid='{"dsr":[65805,65818,3,3]}'>デュエルモード</b>と呼ばれる特殊バリアを展開して戦闘性能を向上させて闘いに臨む。デュエルモードを発動している間は、外部からの干渉を受けない。尚デュエルモードは後に開発されたドクターイエローのケンソクレーザーシールドのベースとなっている。使用武器は登場当初はなかったため、場合により他のシンカリオンの武器を借りて闘うこともあった[63]。後に追加武装として「マクラギヌンチャク」を二つ携える。
第54話からタツミが運転することになり、戦闘に入る際の構え方も異なっている。[注 80]
通常の両先頭車で変形するノーマルモードに加え、中間車1両[注 81] が変形合体することでその性能をさらに引き上げる<b data-parsoid='{"dsr":[66284,66299,3,3]}'>アドバンスドモード</b>への進化が可能である。
アドバンスドモード時には右腕が「アドバンスドアーム」と呼ばれる巨大な腕に変形し、左腕に「クルマドメシールド」を備え、頭部がヘッドギア状に変形する。
ノーマルモード時の必殺技は両手首から伸びた刃で斬りつける「エアロダブルスマッシュ」。
アドバンスドモード時の必殺技はアドバンスドアームから放たれる「ドラゴンナックル」。
本機のベースとなったN700系1000番台の本来の編成両数は16両だが、画像や公式動画でのモードシンカンセン時の編成両数は8両となっている。
アニメ版ではオープニングにモードシンカンセンの状態で登場しており、本編には第12話のラストから登場している。

シンカリオン H5（エイチ・ファイブ）はやぶさ
新幹線モード：H5系はやぶさ
全長：40m（アニメ版では26.5m）
重量：100t
運転士：発音ミク[26]
JR北海道H5系をベースに開発されたシンカリオン。北海道に配備されている。
E5はやぶさのスピードや空中での機動性はそのままだが、YHS（ユーバリ・ヒート・システム）と呼ばれる発熱システムをボディやカイサツソードに内蔵しており、これによって寒冷地である北海道でも問題なく活躍できるようになっている。
E5はやぶさとの外観上での相違点は、ヘッドパーツが「北海道の雄大さ」と北海道に飛来する「シロハヤブサ」をモチーフにしたH5系のロゴマークをベースにしたデザインとなったこと、ボディにオレンジ色のパーツが入っていることである。
アニメ版では第13話終盤のハヤトとホクトの電話のシーンにシルエット状態で登場し、その後第15話から本格的に登場した。

シンカリオン 800（はっぴゃく）つばめ
新幹線モード：800系1000番台・2000番台（新800系）つばめ
全長：不明（アニメ版では26.5m）
重量：不明（アニメ版では95t）
運転士：大空レイ
JR九州800系1000番台・2000番台（新800系）をベースに開発されたシンカリオン。
空中の敵への対処能力を高めるためにダブルウイングシステムを搭載し、空中戦での強さはシンカリオンの中でもトップクラスとされている。
背部に装着した大型の「スワローウイング」が長時間の滑空を、燕尾をモチーフにした「サブウイング」が空中での姿勢制御を担当しており、それら2種類のウイングによって空を舞う姿はツバメのようであると形容される。
使用武器は「パンタグラフアロー」。
アニメ版では第13話終盤のハヤトとホクトの電話のシーンにシルエット状態で登場し、その後第21話から本格的に登場した。また、運転士の大空レイ自身が機体の開発に携わっている。

シンカリオン 500（ごひゃく）こだま
新幹線モード：500系7000番台こだま
全長：不明（アニメ版では27.0m）
重量：不明（アニメ版では120t）
運転士：速杉ホクト
JR西日本500系をベースに開発されたシンカリオン。
史上初の4両で変形するシンカリオンであり、8両編成の1・2・7号車の3両でボディ[注 82] を構成し、8号車は脚部ミサイルポッドとミサイルシールドに変形する。
500系の性能をフルに活用した攻撃型のシンカリオンで、全車電動車の高出力を活かして全身から大量のミサイルを発射することが可能である。また、その大量のミサイルを活かし、敵の攻撃を撃ち落としながら攻撃に転じることが可能である。
使用武器として「シンゴウスピア」を装備しており、その名の通りスピア（槍）として使用することができるほか、ライフルモード・メイスモードへ変形させることが可能である[注 83]。

アニメ版では放送開始前のメインビジュアルにN700Aのぞみと並んで登場している。なお、第13話終盤のハヤトとホクトの電話のシーンではその時点で登場していない他のシンカリオンがシルエット状態で登場したのに対し、本機と後述のシンカリオン 500 TYPE EVAのみ登場しなかった。また、第17話の新大阪駅のシーンでは新幹線車両としても通常の500系こだまは登場していない[注 84]。
第23話において、不測の事態に備えて"大人でも操縦できるシンカリオン"として試験的に開発が進められていたこと、運転士をホクトが務めること、500こだまでの出撃に備えてホクトが厳しい訓練を受けていたことが明かされ[注 85]、以降本格的に登場している。なお、大人でも操縦できるものの適合率が他のシンカリオンに比べて低いなど、未だ改良の余地は多い模様である。

（ごひゃく・タイプ・エヴァ）
新幹線モード：500系7000番台V2編成
全長：28.5m
重量：123t
運転士：碇シンジ
使徒型バチガミの持つA.T.フィールドに対抗するために、2015年11月7日より2018年5月13日まで山陽新幹線で運行された「500 TYPE EVA」をベースに、『新世紀エヴァンゲリオン』に登場する特務機関「NERV」と共同で緊急極秘開発されたシンカリオン。
500こだまが持つ本来の性能に加え、対使徒型バチガミ用の性能の引き上げが各部に実施されており、ミサイルシールドは使徒型バチガミ同様にA.T.フィールドを発生させることが可能となっている。また、500こだま同様に近接戦闘用の装備としてシンゴウスピアを所持するが、色が赤に変更されている。
第2形態が存在し、この形態においてはヘッドパーツにエヴァンゲリオン初号機を模したパーツが形成され、さらにリミッターの解除によって全機能の性能が向上するなど、より闘争に特化した形態となる。
アニメ版では第17話に新幹線車両として登場した[注 86]。なお登場の際、ハヤトが碇ゲンドウのようなポーズと言動をとる[注 87]、ナレーションで『汎用500型決戦車両』と紹介される、車内チャイムにも用いられている『残酷な天使のテーゼ』が挿入曲として流れる[注 88]、シャショットが「これはまた、『逃げちゃダメ〜』なカラーリングでございまーす」と叫ぶなど、エヴァンゲリオンをリスペクトした演出がなされた。
第31話では、熱中症で意識を失ったハヤトの夢の中にシンカリオンとして登場し、地上波放送版では変形BGMに『残酷な天使のテーゼ』が使用された[64]。ただし、原型となる500こだまとは武器を持つ手が左右逆になっている。また、アニメ版では変形中に前述のエヴァ初号機を模したヘッドパーツが形成され、玩具版での第2形態に直接変形したほか、玩具版では赤に設定されていたシンゴウスピアの色は通常の500こだまと同色で、カイサツトライデントへの変形後に赤に変化している。劇中ではE5はやぶさからカイサツソードを借り、シンゴウスピアをカイサツトライデントに変形させてキングシトエルのA.T.フィールドを破壊している。その後、第33話ではハヤトの絵日記に『モードシンカンセン』形態で描かれる形で登場している。
シンカリオン E5 × 500 TYPE EVA （イー・ファイブ クロス ごひゃく・タイプ・エヴァ）
500 TYPE EVA（第2形態）とのクロス合体ではE5はやぶさと500 TYPE EVAの本来の限界以上の性能を引き出すことが可能となり、「神に近い存在」と形容されるほどの破壊力を持った状態となる。また、カイサツトライデントにA.T.フィールドを無効化する「アンチA.T.フィールド」が備わり、使徒型バチガミを殲滅することが可能となる。
アニメ版には未登場。
なお、玩具においてはE5はやぶさのほかにE6こまち・E7かがやき・H5はやぶさ・E3つばさ/E3つばさアイアンウイング（旧製品版のE3つばさフレアウイング/アイアンウイングも含む）・800つばめ・N700Aのぞみが500 TYPE EVAとクロス合体可能となっている。

シンカリオン 700（ななひゃく）のぞみ
新幹線モード：700系3000番台のぞみ
全長：30m（アニメ版では19.0m）
重量：45t
運転士：五ツ橋ジョウ
JR西日本700系3000番台をベースに開発されたシンカリオン。初の1両だけで変形するシンカリオンであり、車両の中央付近で分割され前部が上半身、後部が下半身となる。後述する700ひかりレールスター・N700みずほと合わせて、「シンカリオン 700シリーズ」と呼ばれる。
バランスタイプとして性能が調整されており、車両の総合性能の高さを活かしてどんな場面でも活躍できるようになっている。
使用武器は専用ICカード『Shinca』をモチーフにした「シンカブレード」。
本機もN700Aのぞみ同様、モードシンカンセン時の編成両数は本来の700系3000番台の16両編成ではなく、下記の700ひかりレールスターやN700みずほと同じ8両となっている。
アニメ版では第13話終盤のハヤトとホクトの電話のシーンにシルエット状態で700ひかりレールスター・N700みずほと共に登場し、第34話から本格的に登場している。また、第26話からはEDの映像に登場している。

シンカリオン 700（ななひゃく）ひかりレールスター
新幹線モード：700系7000番台ひかりレールスター
全長：30m（アニメ版では19.0m）
重量：45t
運転士：五ツ橋ギン
JR西日本700系7000番台をベースに開発されたシンカリオン。700のぞみと同様に1両だけで変形するシンカリオンであり、「シンカリオン 700シリーズ」の1機である。
使用武器は踏切をモチーフにした「カンカンガン」。遠距離からの狙撃に優れており、正確な狙撃で仲間をサポートする。
アニメ版では第13話終盤のハヤトとホクトの電話のシーンにシルエット状態で700のぞみ・N700みずほと共に登場し、第34話から本格的に登場している。また、第26話からはEDの映像に登場している。

シンカリオン N700（エヌ・ななひゃく）みずほ
新幹線モード：N700系7000番台みずほ
全長：30m（アニメ版では19.0m）
重量：45t
運転士：霧島タカトラ
JR西日本N700系7000番台をベースに開発されたシンカリオン。700のぞみと同様に1両だけで変形するシンカリオンであり、「シンカリオン 700シリーズ」の1機である。
使用武器は動輪をモチーフにした「ドウリンハンマー」。パワーに優れており、そのパワーを活かした攻撃を得意としている。
アニメ版では第13話終盤のハヤトとホクトの電話のシーンにシルエット状態で700のぞみ・700ひかりレールスターと共に登場し、第34話から本格的に登場している。第21話ではアカツキやレイから、「現在開発中で、超進化研究所・門司支部に配属される予定だが、運転士は選考中である」と語られていた。しかし、後述の「シンカリオン トリニティー」として運用される都合上、超進化研究所・京都支部に配属される事になった。また、第26話からはEDの映像に登場している。
シンカリオン トリニティー
全長：不明（アニメ版では28.0m）
重量：不明（アニメ版では140t）
700のぞみ・700ひかりレールスター・N700みずほの3機が、「トリニティー合体」により合体したシンカリオン。性能は謎に包まれているが、トップクラスの性能を持つとされている。使用武器は、700シリーズそれぞれの武器を合体させた「トリニティーハルバード」。必殺技はE5はやぶさのグランクロス同様、各車両先頭部の連結器カバーを開いて粒子ビームを同時に発射する「トリニティーストライク」。威力はグランクロスを大きく上回る。合体の仕方により3つの形態[注 89]になる。
シンカリオン トリニティー のぞみバージョン
700のぞみを中心に右腕と右脚に700ひかりレールスター、左腕と左脚にN700みずほが合体した基本形態。玩具での名称は「シンカリオン トリニティー N（ネオ[注 90]）」。
シンカリオン トリニティー ひかりバージョン
700ひかりレールスターを中心に右腕と右脚にN700みずほ、左腕と左脚に700のぞみが合体した狙撃を重視した形態。玩具での名称は「シンカリオン トリニティー H（ハイパー[注 91]）」。
シンカリオン トリニティー みずほバージョン
N700みずほを中心に右腕と右脚に700のぞみ、左腕と左脚に700ひかりレールスターが合体した格闘を重視した形態。玩具での名称は「シンカリオン トリニティー M（メガ[注 92]）」。

シンカリオン ドクターイエロー
新幹線モード：923形新幹線電気軌道総合試験車（ドクターイエロー）
全長：35m
重量：255t
運転士：清洲リュウジ
アニメ版で登場。JR東海923形新幹線電気軌道総合試験車（ドクターイエロー）T4編成をベースに開発されたシンカリオン。
史上初の5両で変形するシンカリオンであり、7両編成の1・2・4・6・7号車で構成される[注 93]。初の検測車型のシンカリオンでもある。また、アニメ版のシンカリオン中で全長と重量の数値が最も大きいのも特徴。
使用武器は変形可能な「レーザーウェポン」を装備。接近戦では剣状の「レーザーソード」、ガン形状の「レーザーブラスター」に変化させ、あらゆる敵に対応が可能。また、周囲に小型のバリアを張る「ケンソクレーザーシールド」も展開可能。このシールドは、運転士のリュウジが第27話まで搭乗していたN700Aのデュエルモードをベースとして開発し搭載された。頭部には相手の弱点などを探る「レーザースキャン」を搭載されており、一撃で相手を撃退する攻守共に圧倒的な力を持ったシンカリオンである。
初登場となった第36話と第37話では名古屋支部で調整中の状態が描写され、第38話から本格的に登場している。
敵
バチガミ
玩具版での町を襲う未知の敵。
異次元からゲートを通りやってくる謎の存在で、人間にバチを当てるために襲っているらしい。 古来から日本各地で目撃されており、遺物、伝承、信仰、民話などで伝わっている。
土偶タイプが多く確認されているが、使徒型など他にも存在する。
動画では射出可能なドリルを装備していたり、目と目の間からビームを放ったり、ロケットパンチで攻撃をしたりしていた。
アニメ版では第1話にて10年前に出現した最初の巨大怪物体として説明され、「シンカリオン・シム」のプレイ画面にも登場している。その後第33話にて「ファースト・エネミー」という名称で登場した。
漆黒の新幹線/ブラックシンカリオン
ブラックシンカリオン
新幹線モード：漆黒の新幹線
全長：26.5m（ノーマルモード時）/19.5m（ドラグーンモード時）/34m（バーサーカーモード時）
重量：100t（ノーマルモード時）/150t（ドラグーンモード時）/120t（バーサーカーモード時）
運転士：セイリュウ
アニメ版で初登場した、シンカリオンと対を成す黒いシンカリオン。シンカリオンと同じく『ブラックシンカギア』と『ブラックShinca』により新幹線形態からシンカリオンへと変形する。当初はモードシンカンセンのまま新幹線網に突如として現れる神出鬼没の謎の列車「漆黒の新幹線」として、高速で走行しながら車体から放出する『黒い粒子』によって周りの建造物などに作用し、巨大怪物体を誕生させていた。作中での動画サイト（YouTube）内では“謎の新幹線現る”とのタイトル名で走行する様子が投稿されている。この動画を視聴した人の中には、上越新幹線の越後湯沢駅～新潟駅間を運行するE3系を改造した「現美新幹線」ではないかと思い込む人もいる[注 94]。
「漆黒の新幹線」とは新幹線超進化研究所が名付けたコードネームで、その名の通り車体は黒色で赤い帯が入る。また、先頭車と後尾車の形状は異なっている。
後述の巨大怪物体と同様に動力源は不明で、架線の電力は使用していない[注 95]。
通常は高速で走行する姿しか見られないが、第12話のアバンタイトルでは珍しくトンネル内で停車している姿が見られる。
また、第34話で大鳴門橋の下層部（新幹線用スペース）、第35話では鹿児島市中心部の上空に光のレールを現出させる事で、レールの無い場所でも走行出来る事が明らかとなった。
第18話にて、正式名称が「ブラックシンカリオン」であることが明かされた。（因みに第5話の冒頭のワンシーンにて上半身のみが披露されている）。スザクによればブラックシンカリオンはイザから戦闘で使うことを禁じられていたらしいが、エージェントのセイリュウが乗り込み、有楽町駅付近で停車後に捕縛フィールド内で超進化速度まで加速して変形し、シンカリオンと初交戦する。武器はダークカイサツソード・ダークフミキリガン・ダークシャリンドリル・ダークフミキリシュリケンなど、シンカリオンに準じた装備を全7種[注 96] 持つ。シンカリオンと怪物体との戦闘から学習したと思しき戦術を駆使する。必殺技は胸部から粒子ビームを繰り出す『デスグランクロス』。戦闘能力は非常に高く、N700Aのぞみをも圧倒するが、リュウジのアドバイスにより連帯感を増した6機のシンカリオンの連係攻撃に追い込まれて撤退を余儀なくされた[25]。
第25話では超進化研究所を破壊すべく上越新幹線を高速で南下。走行中に捕縛フィールドを射出されることになるが、速過ぎて捕縛できなかったため、東北新幹線と合流する埼玉県伊奈町の丸山分岐[注 97] 付近で捕縛フィールドを射出されてフィールド内に封じられる。
モードシンカンセンからモードシンカリオンに変形する際に走る光のレールは、通常のシンカリオンの緑色とは違い紫色のレールを走行する。
第47話におけるE5×ドクターイエローとの戦い以降は仲間としてクレアツルスやトラメとの戦いに苦戦するハヤトたちに助太刀するようになる。超進化研究所のシンカリオンたちと比べ、酸やアルカリなどの毒に対する耐性が高い。
なお、次回予告のラストにモードシンカンセンの静止画が毎回登場している[65][66]。
アニメに続き玩具版でも登場し、シンカリオンモード（ノーマルモード）の他、全装備と中間車が合体した『ドラゴン』と合体し、竜騎士の姿であらゆる角度から攻撃を仕掛けられる形態である『ドラグーンモード』[注 98]、全装備を鎧として身に纏い、すべてを焼き払う最恐必殺技『ヘルグランクロス』を放つ最終形態となる『バーサーカーモード』[注 99] の4形態にモードチェンジ出来ることが明らかとなった[67]。
なお、タカラトミー公式Twitterによると、品切れになるほどの人気作になっている[68]。
ブラックシンカリオン ドラグーンモード
N700Aのぞみのアドバンスドモード同様に、モードチェンジカードをブラックシンカギアの上部スロットに挿入し「チェンジ、ドラグーンモード!」と叫ぶことで、ブラックシンカリオンの上半身と下半身が分離した後に全装備と中間車が合体したドラゴンが現れ、そのドラゴンの尾と後脚が分離した後部に下半身が変形した後部車両が合体しさらに後部車両に後脚だったパーツが合体、ドラゴンの背面にブラックシンカリオンの上半身が合体しドラゴンの尾となっていたダークシャリンドリルを装備することで竜騎士の姿となる。
第25話ではE6こまち・E7かがやき・E3つばさと対峙し、ジェットコースターのように、曲折したビームレールを出現させ、その上を火球を連続で放ちながら走行し、突進する『ドラゴンレールアタック』で3機を窮地へと追い込む。「捕縛フィールドの中では敵に分がある」というリュウジの進言で、E6こまち・E7かがやき・E3つばさの3機に押さえ込まれる形で超進化研究所の地下試験場へ転送された。その際セイリュウは、イザから「更なるモード、バーサーカーモードを使え」と命ぜられ、新たなモードチェンジカードを渡される。
ブラックシンカリオン バーサーカーモード
イザから授かった新たなモードチェンジカードをブラックシンカギアに挿入し、変形した姿。ドラグーンモードからノーマルモードに再変形後、ドラゴンを構成していた全装備（中間車を除く）を鎧として装着[注 100] する。必殺技は胸部から粒子ビームを放つ『ヘルグランクロス』で、威力は『デスグランクロス』を上回る。第26話では、N700Aのぞみと更に応援に駆け付けたH5はやぶさ・800つばめの3機を圧倒し、N700Aのぞみを起動停止に追い込んだ。第27話では、E5×500と対峙し超グランクロスを凌ぎきって善戦するも、充電を完了したE5×500による2度目の超グランクロスを受け敗北し撤退した。
第46話ではE5はやぶさとドクターイエローと捕縛フィールドで対峙するが、へルグランクロスをケンソクレーザーシールドで防がれ、さらにクロス合体が可能となったE5×ドクターイエローとの激しい戦いを繰り広げる。その際双方エネルギーが急激に高まり、運転士のハヤトとセイリュウの二人が精神世界へ飛ばされたため、一旦は両者機能停止してしまうが、決着をつけるため再起動し、最後はへルグランクロスとウルトラグランクロスとのぶつかり合いで敗れ、完全に敗北した。
ブラックシンカリオン紅（くれない）
シャショットを乗せたまま出撃した状態で超進化速度（1225km/h）に加速した瞬間、超進化速度を超えその3倍となる3675km/hで走行し、シャショットとインターロックして変形した瞬間に全体が赤くなった姿。運転士のセイリュウのパイロットスーツ姿が一新され、マスクが外れた。武器のダークカイサツソードも、パワーアップした『超ダークカイサツソード』になり、さらにE6こまちやE3つばさアイアンウィングも超えるスピードを誇る。
黒い貨物列車
第43話から登場した漆黒の新幹線に続くキトラルザスの新たな戦力。漆黒の新幹線同様黒い粒子を振り撒く。超進化研究所の「ウェポントレイン」と同様の編成。地底生物クレアツルスを積載したコンテナを牽引し、その運搬を目的に使用している。第49話ではトラメ自身がコンテナに乗り込み、第50話では先手を打って現れたセイリュウが乗る漆黒の新幹線（ブラックシンカリオン）を追走した。
黒い粒子
漆黒の新幹線や黒い貨物列車が走行しながら大量に撒き散らす、正体不明の小さな物質。沿線の建造物や生物などを巨大怪物体化する他、水では消せない炎を出す燃料にもなる。また、エージェントはこの粒子を纏うことで巨大怪物体化することができる。
外見は先端が針のように尖った十字形で、大きさは差し渡し1cm程度。「黒」と呼ばれてはいるが実際には濃紫色で、十字形の中央部は淡緑色の微光を発する。
エージェントが姿を消す時にも、少量ながら撒き散らす。シンペイは温泉旅行でエージェントと遭遇した後にこれを1粒持ち帰り、ヒビキら「巨大怪物体進化行動研究チーム」に解析を命じた。だが、第一報で「地球のものとは思えない」という結果が出ただけだったが、更なる解析を進めたところ、付着した物質を変形させ独自の進化を促す作用を持つことが明らかとなり、この粒子を“ナノマシン”と命名した。その正体の解明は、なお困難を極めている。第32話では、研究チームにより人工培養に成功した。
巨大怪物体
10年前に突如現れた正体不明のモンスターの総称で、漆黒の新幹線が放出する『黒い粒子』の作用により周りの建造物などが巨大ロボに変化する場合が多いが、漆黒の新幹線を介さずエージェントが直接巨大怪物体を出現させることもある。
「怪物・体（かいぶつ・たい）」ではなく「怪・物体（かい・ぶったい）」なので、読みは「きょだいかいぶったい」である。
動力源などは一切不明で、形態も出現する度に毎回変化している[注 101]。出現の度、超進化研究所によってその形態からコードネームが付与される。
レイルローダー
第1・2話に登場。栃木県矢板市の片岡駅付近にあった踏切警報機などの鉄道資材が怪物体化した。怪力を使った力任せな戦闘をする。E6こまちとE7かがやきの2体がかりで動作停止させられた後、超進化研究所の格納庫に送られた。
分解して調査を始めかけたところで再起動、分解されていたパーツが集合して元の姿に戻り、格納庫の中で暴走を始める。格納庫に接する指令室を認識して攻撃し、強化ガラスにヒビを入れて指令室員をパニックに陥れる[注 102] が、それがハヤトのE5はやぶさ搭乗につながった。
最期は、E5はやぶさのカイサツソードで斬られ撃破された。
第18話でのシンカリオン運転士合同演習の際には、シミュレーター上での対戦する敵として登場した。
マッドフェリス
第2話に登場。福島県郡山市にある廃遊園地[注 103] の観覧車やメリーゴーランドなどのアトラクションが怪物体化した。観覧車からビームを放って攻撃する。最期はE5はやぶさのグランクロスで撃破された。
フロストツリー
第3話に登場。宮城県名取市の雪原が怪物体化した。吹雪を起こして相手を翻弄する戦法が得意。胸部が弱点であり、最期はそこにE5はやぶさのグランクロスを撃たれ撃破された。
フロストツリーII
第4話に登場。前述のフロストツリーが強化されたもの。フロストツリー時より強力な冷凍攻撃でE5はやぶさを凍りつかせることで戦闘不能に陥らせた。また、弱点は胸から頭に変わっているが、E6こまちのナマハゲゴーグルによりそれを見抜かれ、最期は再起動したE5はやぶさに動きを封じられたところをE6こまちのフミキリキャノンで撃破された。
アイアンスチーマー
第5話、第6話に登場。石川県金沢市の博物館にあったD51形蒸気機関車9999号機[注 104] が怪物体化した[注 105]。ボディは頑丈で、剣や銃による攻撃は一切効かなかった。突進攻撃や大砲による攻撃を得意としている。最期はE7かがやきのシャリンドリルで貫かれ撃破された。
スターストリーム
第7話に登場。東京都品川区の大井車両基地付近の東京港に出現した。何が怪物体化したかは謎だが、ホクトは海洋生物と人工物が融合したものだと語っている[注 106]。体を手裏剣のように回転させて体当たりしたり、腕からビームを発射したり金属製の刃を高速振動させて攻撃するほか、体を切断されてもある程度の大きさがあれば分裂再生する能力を持つ。最初に現れた個体は2体に分裂後それぞれE6こまちとE7かがやきに撃破されたが、後に3体のシンカリオンそれぞれに対応した緑・赤・青の三色の別個体が出現。この3体は最初の個体同様の攻撃のほかに体の中央からビームを放って攻撃する。最期は3体まとめてE5はやぶさのグランクロスで撃破された。
フュリアスフレイム
第8話に登場。新潟県長岡市の火祭りの火が怪物体化した。全身が火に包まれた般若の面を付けた能楽師のような姿をしており、炎を放って攻撃する。『黒い粒子』を燃料にして燃えている炎だったため水による消火が効かず、ハヤトたちは苦戦を強いられる。しかしハヤトが思いついた「酸素を遮断して弱体化させる[注 107]」という作戦により火炎攻撃が使えなくなり、体を包む火も消滅してしまう。最期はそのスキを突かれてリンク合体したE5＋E7にグランクロスを撃たれて撃破された。
マイティクラブ
第9話に登場。岩手県花巻市の花巻温泉郷方面に出現した。蟹の姿をしているが、何が怪物体化したのか詳細は不明（ただし、ゲンブが蟹らしきものを手にしていたシーンがあったため、蟹が怪物体になった可能性は高い）。剣や銃による攻撃はおろか、ドリル攻撃も効かないという、アイアンスチーマー以上の防御力を見せた。一度はE6こまちの火炎攻撃で焼きガニにされたかに見えたが、脱皮して復活する。2度目の戦闘でも硬いボディをなかなか攻略できず、またハサミを剣や盾に変えての攻撃や人の手の形に変えてE5はやぶさを握り潰そうとしてハヤトとアキタを苦戦させたが、フタバが思いついた「関節を攻撃する[注 108]」という作戦を受けてリンク合体したE5+E6の超カイサツソードでハサミ2本と脚4本を切断されてしまい、すかさずグランクロスを撃たれて撃破された。
ワイルドボア
第10話に登場。山形県米沢市の大沢駅付近の山中にいた野生のイノシシ[注 109] が怪物体化した。大型でパワーとスピードを兼ね備えており、一時はE6こまちを戦闘不能にまで追い込んでいる。E3つばさの救援により離脱する。その後はしばらく活動を停止していたがその間にガトリング砲を装備し、捕縛フィールドを破壊すると米沢市街方面へと向かう。しかし、E6こまちとE3つばさの連携によりダム [注 110] 付近に誘い込まれ、E6こまちに挑発されて飛び出した所をE3つばさの罠で足を縛られて身動きできなくなり、最期はE3つばさのフミキリシュリケンで撃破された。
自力で捕縛フィールドを破壊・突破した怪物体としては、初めてかつ唯一。
プログレスクリーナー
第11話に登場。廃棄されていたサイクロン式掃除機が怪物体化した。通常はスリープモードのままじっとしているが、攻撃を受けるとその攻撃をゴミと認識して起動し、吸引ホース状の腕から吸い込む。これによりE6こまちの光弾とE7かがやきのシャリンドリルを吸い込み攻撃を無効化し、撤退に追いやった。その後、キントキのアドバイスを受けたE5はやぶさのグランクロス[注 111] を吸い込み攻撃を受け流すも、E3つばさのフミキリシュリケンで回転を与えられてグランクロスの威力が上がったことにより内部から破壊され撃破された。
ゲンブ[注 112]
第12話、第13話に登場。「シンカリオンと直接戦いたい」と強く願っていたエージェントのゲンブが自ら巨大怪物体化、東京駅丸の内口に出現しシンカリオンに戦いを挑んだ。
それまでの巨大怪物体とは違い自我を持ち、人間と会話が可能[注 113]。
頑丈な装甲を持つ鎧武者のような姿で、その装甲と強力な怪力による格闘戦を得意とする。E6こまち・E7かがやき・E3つばさの3体を相手に圧倒的な強さを誇り、グランクロスをも跳ね返しE5はやぶさを機能停止に追い込んだ。しかし、突如現れたN700Aのぞみの格闘戦の前に圧倒され、一時退却する。その後再び巨大怪物体となりE5はやぶさ・E6こまち・E7かがやき・E3つばさの4機を圧倒するも、援護に来たN700Aのぞみにより胸部の装甲を割られ、最期はその傷に対してE3つばさ（フミキリシュリケン）・E7かがやき（シャリンドリル）・E6こまち（フミキリキャノン）・N700Aのぞみアドバンスドモード（ドラゴンナックル）・E5はやぶさ（グランクロス）と、各機の必殺技を連続して撃ち込まれ、「シンカリオン……良いものだ」・「I'll be back」の言葉を残し、爆発四散した。
第42話では、ハヤトたちに対話を求めつつソウギョクにシンカリオンの強さを見せるべく再び巨大怪物体となりハヤトらと直接対峙したため、ハヤトたちを倒す気は無くE5＋E7とE6＋E3の連携攻撃を一方的に受け、E5＋E7のグランクロスにより撃破され、「シンカリオン……まこと、良いものだ」の言葉を残し、敗北した。
第44話では、ソウギョクにより無理矢理巨大怪物体にさせられ、シンカリオンと対峙する。その際に自分の意思で動けないことと、自身を倒すために「（自身の）胸の石を狙え」とハヤトに訴える。ハヤトには一度躊躇されるが、最終的にはシャショットとゲンブ自身に説得されたハヤトによりグランクロスで撃破される。
PSYディーバ（サイ・ディーバ）
第14話に登場。アイドルユニット「スーパー・スパイス」のお台場ライブ会場のステージに設置された女神型モニュメントが怪物体化した。魔法少女をそのままロボットにしたような外観で、手に持った魔法のステッキのような武器であたかもライブの演出のような攻撃をする。スザクによって捕縛フィールドへと連れ込まれたアズサを利用しシンカリオンを翻弄するが、援護に来たN700Aのぞみアドバンスドモードのドラゴンナックルにより撃破された。
ロープスパイダー
第15話に登場。セイリュウが持っていたクモと函館市郊外にある函館山ロープウェイのゴンドラが融合し怪物体化した。クモの下半身と人型の上半身を合わせたロボットのような外観で全高25m。ワイヤーをあたかも蜘蛛の巣のように展開して足場を作り、東日本指令室からE5はやぶさ・E6こまち・E7かがやきが到着するまでに捕縛フィールドを破壊しようとしていたが、北海道支部から出動したH5はやぶさにより食い止められる。その後到着したE5はやぶさ・E6こまち・E7かがやきを不安定な足場で翻弄するも、YHS（ユーバリ・ヒート・システム）を搭載するH5はやぶさのカイサツソードにより撃破された。
ロープスパイダーII
第15・16話に登場。上記ロープスパイダーと同型の怪物体だが、全高45mと大型化しているほか、両脇部に保冷車から取り込んだ冷凍用コンプレッサーを搭載する。素早い動きでE7かがやきとE6こまちを拘束し強力な冷凍攻撃で凍りつかせ戦闘不能に陥らせ、乗り物酔いで動けなくなったH5はやぶさを撤退に追い込んだ。その後、乗り物酔いを克服したH5はやぶさによってE7かがやきとE6こまちは救出され、最期はE5はやぶさとH5はやぶさによるダブルカイサツソードで撃破された。
ビッグアイ
第17話に登場。大阪道頓堀川上空に出現した怪物体で大阪の町工場で作られた高性能レンズが取り込まれている。外観は岩石の様な球体で、本体内部には眼球状のレンズがあり、対象の弱点を常時観測し脆弱な部分を集中的に突いてくる戦術を執る。周辺には棒状のビットが6機随伴し、本体のビーム砲とビットのビーム砲と堅牢な装甲による体当たりを駆使したオールレンジ攻撃を繰り出す。またビット自体もミサイルとなる。本体は堅牢な装甲に覆われているが内部はゲル状の粘性のある物質で構成されている。この形状をカイセイがタコ焼きに例えたことで、ハヤトは対抗策を思いついている。
E6こまちとE7かがやきの膝関節をピンポイントで攻撃し動きを止め、カイサツソードとそれを抜こうとした拳をゲル部分に取り込み身動きできなくなったE5はやぶさを背後から攻撃しようとするも、至近距離からのグランクロスによりゲル部分を硬化させられ脱出を許す。その攻撃によりエネルギーを使い果たしたE5はやぶさを起動停止に追い込むも硬化して物理的攻撃を無効化できなくなり、応援に駆け付けたN700Aのぞみのエアロダブルスマッシュを受け撃破された。
レイルローダー2
第20話に登場。前述のレイルローダーの強化版で、栃木県那須塩原市黒磯付近に出現した。E5はやぶさに迎撃されるが、シャショットがスザクに操られハヤトとのインターロックを拒絶したためE5はやぶさが戦闘不能となる。その後、整備中で出動できないE6こまち・E7かがやき・E3つばさに代わってE5はやぶさを助けに来たN700Aのぞみを連結器型の手で拘束し、操られたシャショットが操縦するE5はやぶさとともに捕縛フィールドを破壊しようとした（ただし、スザクの目的がE5はやぶさの奪取[注 114] にあったため、レイルローダーに比べるとそれほど暴れてはいない）。最終的にはシャショットが正気を取り戻し、N700ＡのぞみのエアロダブルスマッシュとE5はやぶさのグランクロスを受け撃破された。
スカイハイ・ギガ・ブースター
第21話に登場。福岡県北九州市八幡東区にある遊園地[注 115] にあるロケットのモニュメントが怪物体化した。外観はロケットから変形した人型ロボットで、脚部がそのままロケットとなっている。空中を超音速で飛び回るため、空中での捕縛フィールドによる捕捉が出来ず、到達予想地点に張った捕縛フィールド内でシンカリオンに迎え撃たれるも、捕縛フィールド外から一方的にシンカリオンを攻撃している。この時点で唯一飛行能力を持つ800つばめと、それに強引に抱え上げられたE5はやぶさにより迎撃されるが、E5はやぶさは早々に脱落し墜落[注 116]。結局800つばめのパンタグラフアローにより撃破される。なお、これ以前に捕縛フィールド外で撃破された巨大怪物体としてはレイルローダーやワイルドボアがいるが、発生から撃破まで一貫して通常空間で活動した怪物体となるとこれが初の怪物体である。
マントルイーター
第21話、第22話に登場。桜島の溶岩が怪物体化した。外観は岩石が人型に固まったような姿で、胴体中央部には単眼がある。溶岩と一体化しているため全身が常時高温で、体内の熱エネルギーをレーザーのように周辺に照射することで、本体の周辺を捕縛フィールドの耐熱温度を上回る高温状態にすることができる。両腕部はそれ単体でもシンカリオンに匹敵する大きさを誇り胴体から発射することが可能で、、胴体上部には火口の様な噴射坑が存在する。桜島に出現後、捕縛フィールド内を耐熱限界を超える温度まで加熱し迎え撃ったE6こまちとE7かがやきをその熱で戦闘不能に陥らせるも、800つばめがE6こまちとE7かがやきを連れて捕縛フィールドから離脱後、捕縛フィールドが消失し地上に落下。そのままマグマまで戻ると地中を伝って移動し北九州市にある皿倉山に出現した。その後リンク合体したE5+800のグランクロスにより撃破された。
第35話でアジトの場所を突き止めた超進化研究所の研究チームを迎撃するため、再び登場した。第34話での大鳴門橋同様、漆黒の新幹線が鹿児島中央駅から桜島へと光のレールを出現させ走行することで無数の個体を出現させ数で押そうとするが、トリニティー合体を成功させたシンカリオン トリニティーのトリニティーストライクによって全て一掃され撃破された。
ノブナガスイグン
第23話で登場。織田信長が九鬼水軍に命じて作らせた鉄甲船がモデル。堅固な船体に取り付けられた多数のレーザー砲で攻撃してくる。三重県伊勢志摩に出現しN700Aのぞみと対峙するものの捕縛フィールドが水中に展開できないという弱点を突き海中に逃走する。太平洋から紀伊水道を通り大阪港に再出現、京都支部が保有する現時点で唯一の戦力であるホクトが操縦する500こだまに応戦し適合率を低下させ追い詰めるが、遅れて駆け付けたN700Aのぞみアドバンスドモードのドラゴンナックルと500こだまのミサイルシールドによる連続攻撃で撃破される。
デヴィリッシュ・セルラー
第24話で登場。体長は約20cm。漆黒の新幹線を撮影しようとしたアズサのスマートフォンに黒い粒子が付着し怪物体化した。その体長から「巨大怪物体」ではなく、「極小（ごくしょう）怪物体」と呼ばれている。極小であることを生かして、超進化研究所の指令室に侵入しシンカリオンのデータを盗もうとしたが、今回の事件もアズサが引き起こしたと思ったハヤトが彼女に電話をかけた瞬間に着信音が指令室内で響き、床下を覗いたアカギによって発見される。発見された後は指令室や研究所内を逃げ回り、所員総出で捕獲に乗り出されるがことごとくすり抜ける。ハヤトのひらめきでアズサ宛の着信を次々送られた結果、着信の処理が追いつかず動作が鈍ったところをハヤトに捕獲された。なお、この事件はシンペイが漆黒の新幹線から放出される黒い粒子を更に採取するために、アズサを囮に使った計画だった。盗まれたシンカリオンのデータも、シンペイに依頼されて用意したダミーだったことがヒビキによって明らかにされている。ただ、シンペイやヒビキはアズサのスマホが怪物体となることまでは予想しておらずその後の対策も立てていなかった。また、捕獲後の黒い粒子の採取とこの怪物体（およびアズサのスマホ）がどうなったかの詳細は不明[注 117]。
インベイジョンプラント
第28話に登場。愛知県中京工業地域沿岸部にある工場が怪物体化した。スターストリーム以来の3体同時出現となった。変形と同時にクロス合体を行ったE5×500と対峙する。シンペイは「桶狭間の戦いのように親分を倒せば…」という算段だったが、3体の協力攻撃によりカイサツトライデントを破壊する。その後、シンペイの撤退命令により捕縛フィールド内の線路に背中を見せて逃げるE5×500を追いかけ、線路上に1列に並んだところを即座に反転し放たれた超グランクロスを受け三体同時に撃破された。
インベイジョンプラントを撃破した作戦は三方ヶ原の戦いの武田軍の戦法だが、戦闘後ホクトからその戦法を最初から使わなかった理由を問われたシンペイは、「東海にゆかりのある徳川軍を壊滅させた戦いのため、あまり使いたくなかった」と語っている。
マリーンハンター
第29話に登場。静岡県熱海の海にいたシャチが怪物体化した。2体出現しており、射撃を主とした連携攻撃を得意としている。シャチやイルカがコミュニケーションで超音波を用いるエコーロケーションを利用し、その音波でシンカリオンの通信を遮断[注 118] することでシンカリオン同士の連携を取れなくし巨大怪物体のみコミュニケーションが取れる状態にし窮地に追い込む。第一陣として出撃したE7かがやきとE3つばさを寄せ付けず撤退に追い込む[注 119]。事前にブリーフィングをして出撃した第二陣のE6こまちとE5×500に対しても、海中に逃げこみシンカリオンが自分たちを見失ったところを後ろから攻撃しようとする。だが、モミジが｢後ろ! 後ろ!」と叫んでいる姿をモニター越しに見たアキタが読唇術でそれを読み取ったことで攻撃を回避される。その後、武器をE6こまちのフミキリキャノンで破壊され、最終的にE5×500の超グランクロスで撃破された。
マオウノブナガ
第30話で登場。本能寺の変で命を落とした織田信長の魂をスザクが信長の遺品と言われる焼け兜に吹き込んだことで巨大怪物体と化した。このため漆黒の新幹線の出現なしに登場している。俊敏な動きでE5×500を翻弄するも、指令室に潜入したアズサの真剣白刃取りという言葉で速杉親子が揃って閃き、真剣白刃取りで動きを封じられ、超グランクロスにより撃破された。
2人が真剣白刃取りを閃いたのは、ハヤトは戦闘の直前に二条城で甲冑を着てバランスを崩したアズサの模造刀を、ホクトはサクラと結婚する前のデートでそれぞれ真剣白刃取りをした経験があったからである。ただし、結果はハヤトは成功しホクトは失敗している。
第37話では鶯谷駅付近に再び登場した。今回は、ビャッコが鎧兜を巨大怪物体化させている。武器（弓・刀・三叉槍）と色の異なる3体が出現し、E6こまち・E7かがやき・E3つばさとそれぞれ1対1で応戦するも、うち1体はE7かがやきのシャリンドリル・パワードモードの攻撃によって倒され、残りの2体もリンク合体したE6+E3の超フミキリシュリケンと超フミキリキャノンによってそれぞれ撃破された。
キングシトエル
第31話で登場。熱海駅付近に出現。ハヤトの夢の中であるため、第30話と同様に漆黒の新幹線は出現しておらず、またエージェントも登場していない。外観はヱヴァンゲリヲン新劇場版に登場した使徒達の集合体で、能力も原典に則したものとなっている。A.T.フィールドを展開しE5はやぶさでは全く歯が立たなかったが、500 TYPE EVAのカイサツトライデントによりA.T.フィールドを破壊され、E5はやぶさのグランクロスによりコアを撃破され沈黙した。
ガイスト・パンツァー
第32話に登場。長野県長野市の豊野駅付近に出現。表面の装甲は光学迷彩となっており、視認は一切不可能であるばかりか、内部からの赤外線なども遮断するなど高度なステルス機能を有しているためレーダーやE6こまちの「ナマハゲスコープ」による探知も不可能、文字通り「見えない巨大怪物体」である。外観は語源のように戦車であるが、旋回砲塔の主砲と副砲の他に、車体全体にビーム砲をハリネズミの如く配している巨大な多砲塔戦車である。出現当初は指令室によって視認されていたが、捕縛フィールドに捕縛された際に姿を消し、シンカリオンに対して一方的に攻撃を仕掛け、一時撤退に追い込んだ。再戦においては、神経を研ぎ澄ましたE6こまちに位置を特定されてしまい、シンカリオンの新装備・「超進化タイタンパー」により装甲を破壊され視認されると、E5はやぶさ・E6こまち・E7かがやきの超進化タイタンパーによる同時攻撃により撃破される。
ファースト・エネミー
第33話から登場。第1話同様に栃木県矢板市の片岡駅上空に出現。遮光器土偶のような外観で、頭部にビーム砲、左腕部に巨大なドリルを搭載しており、両腕部は有線による脱着が可能となっている。コードネームにもあるように、10年前、初めて出現した巨大怪物体と同型である。これまでの巨大怪物体とは異なり、搭乗型の機動兵器で、新たなエージェント・トラメが搭乗。シンカリオンの性能を見定めるために出撃するが、E5+E6のグランクロスの直撃を受ける前に撤退する。第40話で再びトラメが搭乗してシンカリオンとの戦いでビャッコが敗北した直後に現れるも、ビャッコの裏切りによりダメージを受け再び撤退した。第41話にて、灰色の量産タイプ（無人操縦型）が大量に登場し、第45話でもブラックシンカリオンを破壊するために量産タイプが大量に登場した。
ギガントブリッジ
第34話に登場。瀬戸内海に出現した怪物体。兵庫県と徳島県を結ぶ大鳴門橋が怪物体化した。外観は、トラス橋が人型に変形した巨大ロボットで、腕部には巨大なハンマーを装備している。全長が340メートルもあり、驚異の大きさを誇る。その巨体故に高い防御力をもつが、四肢が吊橋そのままの構造ゆえに、シンカリオン700シリーズ3機の突入を許しトラス内部から破壊され、最終的にN700みずほのドウリンハンマーによりとどめを刺され撃破される。この巨大怪物体は、付近に鉄道が存在しない地点で出現した初のケースで、漆黒の新幹線は2層構造になっている大鳴門橋の下層部[注 120] 内に光のレールを出現させて走行していた。
ビャッコ
第38話から登場。前述のゲンブと同じく、エージェント・ビャッコの怪物体形態。プレートアーマーを装着した騎士のような外見で、蛇腹剣を装備。初出撃したドクターイエローと対峙し互角に戦うもレーザーソードの攻撃を受けると、ハヤトとリュウジに「我々の世界で決着を付けよう」と言い残し撤退した。前述の言葉通り、第40話でゾラと連携をとって攻撃するも、鍛えられたハヤトに蛇腹剣を折られたことで敗北を認め、乱入してきたトラメの乗るファーストエネミーに楯突き共にE5はやぶさのグランクロスを受け撤退した。
トラメ
第49話から登場。前述のゲンブやビャッコと同じく、エージェント・トラメの怪物体形態。中生代・白亜紀に生息していた角竜類の恐竜スティラコサウルスに酷似した外見をしており、尾は3本あるのが特徴。頭は弱いが、キトラルザス随一の圧倒的パワーと防御力、さらに見た目に似合わない速さを兼ね備えている。シンカリオン3体でも抑えられないほどのパワーを持っているが、ブラックシンカリオンには1体で抑え込まれE3つばさアイアンウイングの真・フミキリシュリケンにより弱点ののどを狙われ撃破された。しかし倒されたのは影武者であり、7日後の再戦を宣言し撤退した。
再戦時は背中に蛇の頭が5つ生えた状態で姿を現す。5頭の蛇たちは独立して行動しており口からビームを放出するが、それぞれE6こまちのフミキリキャノン・E7かがやきのシャリンドリルパワードモード・E3つばさアイアンウィングの真フミキリシュリケン・H5はやぶさのカイサツソード・ドクターイエローのレーザーソードの各攻撃により倒され、トラメ自身もE5×ドクターイエローのウルトラグランクロスとブラックシンカリオンバーサーカーモードのヘルグランクロスを同時に受け倒された。
クレアツルス
第36話から登場したキトラルザスと同様地底世界に住まう生物達。第43話でフタバがオペレーションを行う移動指令所（ノートパソコン）のモニターを見たゲンブの発言により、「クレアツルス」という生物であることが判明した。クレアツルスは、先述の黒い貨物列車のコンテナから出現する。攻守ともに絶大な能力を誇るが、そのままでは地上で活動できない。しかし、黒い球体を取り込むことで地上での活動が可能となり、球体が破壊されると元の地底世界へ強制送還される。
サラマンダー・ゾラ
第36話から登場。厳密には巨大怪物体ではなく、キトラルザスと同様地底世界に住まう巨獣型の種族であるが、その詳細は一切不明。後にクレアツルスということが判明。E5はやぶさ1機だけでは全く相手にならないほどの戦闘力を備えている。
第36話では、単身で対話に来たハヤトの乗ったE5はやぶさを迎撃するためにビャッコが解き放ったが、捕縛フィールドに甚大なダメージを与えたのみで撤退している。その後は、アーマーを装着した姿で怪物体形態のビャッコと共に行動している。
テレストリアル・サラマンダー
第46話から登場。サラマンダー・ゾラとは同種の別個体。2体が地上世界に送られ、西日本側は京都・滋賀府県境の音羽山付近、東日本側は第1話・第33話同様に栃木県矢板市の片岡駅付近にほぼ同時に出現した。ただし、この2体は連携して戦うシンカリオンたちを分散させ、ブラックシンカリオンとE5はやぶさ（ハヤト）を一騎打ちさせるためにソウギョクが用意した囮である。
西日本側はドクターイエローと800つばめ・トリニティー、東日本側はE5はやぶさとE6こまち・E7かがやき・E3つばさが対処するが、ブラックシンカリオンが出現した事を受け、そちらに向かうためにE5はやぶさとドクターイエローが離脱する事態になる。その後、第47話で西日本側は800つばめとトリニティー、東日本側はE6こまち・E7かがやき・E3つばさと増援を受けて到着したH5はやぶさの各必殺技を受けそれぞれ倒された。
ヒュージタートル
第43話に登場。ソウギョクにより黒い貨物列車に載せられて地上世界に送られた。中生代に生息していた古代亀「アーケロン」によく似た外観をしている。これまでのように地上世界の生物や現代社会の構造物をベースにしたものではなく、キトラザトスの本拠地である地底世界に生息している「クレアツルス」と呼ばれる生命体の一種。シンカリオンの攻撃を受け付けない防御力を誇るが、ゲンブから「（腹部の）球体を狙え」というアドバイスを受けたE5＋E7の超シャリンドリルで真下から球体を破壊され、元の世界に還された。
ホリッドブロッサム
第48話に登場。トラメにより黒い貨物列車に載せられて地上世界に送られた。全長およそ６０ｍ。中生代に存在してした被子植物に似た外観をしているが、ゲームやアニメ・特撮作品に登場する植物系モンスターも連想させる。急所である球体物質を体内に内包しているうえに、シンカリオンの武器や装甲を瞬時に溶かしてしまう強酸性の粘液攻撃を繰り出す。この粘液攻撃によってE3つばさの右腕とフミキリシュリケンの片刃を溶かし、修復が困難なほどダメージを与えた。しかし、突如現れたブラックシンカリオンの特攻で口から体内に侵入され、体内からの攻撃で球体物質を剥き出しにされた後、E5はやぶさのグランクロスにより破壊され、強制送還された。
ディノウイング
第52話に登場。ソウギョクにより黒い貨物列車に2体載せられて地上世界に送られた。全長およそ38ｍ。中生代に生息していた翼竜「プテラノドン」によく似た外観をしている。尾にS極とN極を持つ個体が存在し、２体の連携によって地面に超高圧の電流を放電、フィールドそのものを支配することでE6こまち、E7かがやき、E3つばさアイアンウィングの動きを止める戦いを得意とする。さらにE5＋800の追撃でも追いつけない音速を誇るが、ドラグーンモードで現れたブラックシンカリオンのダークシャリンドリルによってS極とN極が逆転し、自分たちが電流のダメージを受け、同時に弱点の球体が露出。機能が回復したE6達の攻撃で怯み、一体はブラックシンカリオンのデスグランクロス、もう一体はE5＋800のパンダグラフアローにE5はやぶさのカイサツソードを射出させた攻撃[注 121] で破壊された。
トラキュレントシャーク
第53話に登場。カイレンにより黒い貨物列車に載せられて地上世界に送られた。中生代の鮫に酷似した姿をしている。頭部や鱗に鋭いワイヤーを武装している。ワイヤーの針にはシンカリオンの駆動部が致命傷になるほど金属を腐食させるアンモニア系の毒が含まれている。水中に身を潜めて攻撃するが、アンモニア毒に耐性のあるブラックシンカリオンによって毒付きワイヤーをつかまれ、そのままE7かがやきのシャリンドリル・パワードモードで絡め取られて吊り上げられたところを、E5はやぶさのカイサツソードで額の球体を潰され、強制送還された。
マスタートリロバイト
第54話に登場。ソウギョク・カイレンにより黒い貨物列車に載せられて地上世界に送られた。古生代に生息した三葉虫に似た姿をしている。背部に複数のコアがあり、1つを破壊しても他のコアが残っていればすぐに復活する。完全に破壊するには複数のコアを寸分の狂いもなく同時に破壊しなければならない。ドクターイエロー・ブラックシンカリオン・E5はやぶさが同時攻撃を試みるの僅かにタイミングがずれ失敗。後にハヤトの要請を受ける形で、タツミが運転するN700Aのぞみが増援に入り、リュウジが運転するドクターイエローとの連携によってコアを同時破壊され、強制送還された。
マキシマムドラゴン
第55話に登場。ソウギョク・カイレンにより黒い貨物列車に載せられて地上世界に送られた。ドラゴンのような姿をしているが、中生代に生息した竜脚類にも酷似している。見た目はツラヌキが思わずパワータイプに思えそうな図体をしているが、実際にはE6こまちをもしのぎ、捕縛フィールドを滑走するほど図体から想像もつかない機動力を誇り、口から冷気のようなものを吐き出す。圧倒的なスピードを持ってE6こまちたちを制圧するが、駆け付けたブラックシンカリオンがシャショットと接続したことでブラックシンカリオン紅へと進化。そのままスピード勝負で逆に圧倒されてしまう。E6こまち達の攻撃を必死で回避するも、ブラックシンカリオン紅の超ダークカイサツソードを発動する際の自動改札機型のフラップドアで動きを封じられ、最後は超ダークカイサツソードで球体を破壊され、強制送還された。
用語

新幹線超進化研究所
シンカリオンの開発・運用と、巨大怪物体の研究を行っている特務機関。略称はS.U.E.I.(S</b>hinkansen U</b>ltra E</b>volution I</b>nstitute)。JR北海道の新函館北斗駅、JR東日本の鉄道博物館、JR東海のリニア・鉄道館、JR西日本の京都鉄道博物館、JR九州の九州鉄道記念館の地下に施設（指令室・分室の指令所およびシンカリオンの整備場）が存在する。アニメ版では、日本のみならず世界各地にも支部がある設定になっている。なお、超進化研究所とシンカリオンに関係する情報は一般には秘密にされており、表向きは“国家戦略に基づき、官民合同で新幹線に関する最先端技術（新幹線コア技術）の研究・開発を行う組織”とされている[62]。
Shinca（シンカ）
超進化研究所メンバーに支給されるIDカード。体裁は一見「Suica」のようなデザイン[注 122] だが、一般のICカード類に比べてかなり厚みがあり、カード本体もプラスチックではなく金属のようで、かつてのPCカードに似ている。
これを持っていれば、鉄道博物館（東日本指令室の場合）の入館と超進化研究所エリアへの出入りが自由。さらに研究所のセキュリティエリアに入るには、エリア入口横のリーダーにタッチする。
シンカリオン運転士には、研究所員と同じカード[注 123] に加え、運転士専用の『Shinca』が支給されている[注 124]。これには、搭乗するシンカリオンの機体名称（「E5はやぶさ」など）が表記されている。リンク合体およびクロス合体する相手の『Shinca』は合体する際にシャショットから排出される[注 125]。また、モードチェンジが可能なN700Aのぞみの運転士には専用のモードチェンジカード[注 126] も併せて支給されている。トリニティー合体が可能な700シリーズの運転士には同じデザインの「トリニティー」と表記されている専用の『Shinca』が支給されている。
なお、セイリュウは運転士専用の『Shinca』同様に「ブラックシンカリオン」と書かれた運転士専用の『ブラックShinca』とイザから託された2枚の「モードチェンジカード」を、スザクは何も書かれていない『ブラックShinca』を所持している。
超進化マスコン シンカギア
声 - じんぼぼんじ
アニメ版で登場。運転士たちがシンカリオンを操縦する際のマスコン型コントローラー[62]。外観はシンカリオンの機体を問わずN700A（N700系1000番台・4000番台）を模した形状をしている。また右側面後部には上下2段のShinca用のスロットが設けられている。通常は運転席にセットされているが、「シンカギア、装着!」と喚呼しながらシンカギアを左腕へ装着し運転席から取り外すことで起動する。超進化速度まで超加速する際には、「超進化速度、突入!」と喚呼すると超加速を開始する。先述の運転士専用の『Shinca』をタッチすることでシンカリオン発進時の認証を行い、超進化速度に到達後に『Shinca』をシンカギアの下部スロットに挿入し、「チェンジ、シンカリオン!」と叫ぶことで「モードシンカンセン」から「モードシンカリオン」への変形指示を出すことができる。また、合体相手の『Shinca』をシンカギアの上部スロットに挿入し、「リンク、シンカリオン!」と叫ぶことでリンク合体することが可能となる（「500こだま」または「ドクターイエロー」の『Shinca』をシンカギアの上部スロットに挿入した場合は、「クロス、シンカリオン!」と叫ぶことでクロス合体することが可能となる）。N700Aのぞみのアドバンスドモードへの変型時には、専用のモードチェンジカードを上部スロットに挿入し、「チェンジ、アドバンスドモード!」と叫ぶことで変形する。700シリーズがシンカリオン トリニティーへの合体時には、専用の『Shinca』を上部スロットに挿入し、「チェンジ、トリニティー!」と叫ぶことでトリニティー合体することが可能となる。
各動作をする際には音声によるアナウンスが流れる。
また、漆黒の新幹線にも同等の『ブラックシンカギア』が設置されており、シンカギアと同様に扱うことで漆黒の新幹線の運転やブラックシンカリオンへの変形とモードチェンジを行える。
ブラックシンカギアの各動作の音声アナウンスは、シンカギアよりも禍々しいものとなっている。
シンカリオン・シム
シンカリオンの運転士適合者の判断材料として用いられるシミュレータ。当初は新幹線超進化研究所の関係者のみで使用されていたが、部外者であったハヤトが好成績を叩き出し、非常に高い適合率を示したため、以降は民生用に転用する形でリズムゲームとしてアーケードゲームでの稼働やスマートフォン・タブレット端末向けのゲームアプリとして配信し、新たなシンカリオンの運転士適合者の発掘に活用されている。
シンカ・アプリ
超進化研究所員や、シンカリオン運転士が持つスマホやタブレット端末にインストールされているアプリ。漆黒の新幹線や巨大怪物体の出現といった緊急時に、駅の発車ブザーに似たアラーム音とともに警報の内容を画面表示して通知する。
超進化研究所からの設定により、個別に通知を止めることができる[注 127]。
適合率
シンカリオン運転士がシンカリオンの能力をどれだけ引き出せるかを表した数値。この数値が高い運転士でないとシンカリオンを動かすことすらできない。また、より数値が高い運転士が操縦するほど、それまで使えなかった専用武器や必殺技などが使えるようになる。また、適合率は大人より子どものほうが高い数値を出す傾向があり、戦闘中の運転士の状態によって数値が激しく変化する[注 128] ことがあるなど、未解明の要素が多い。
捕縛フィールド
巨大怪物体が出現した時、怪物体による被害を最小限に抑えるため展開される特殊空間。超進化研究所によって打ち上げられた人工衛星からの光線により起動する。
この中であれば、激しい戦闘をしても現実世界への被害を抑えることができる。フィールド内部は円形のステージと高低差のある外周レールが敷設され、熱源調整機能や熱源調整・空気圧確保・監視カメラなども備えられている。また、外壁には光学迷彩機能が備わっており、一般人が外部からフィールド内の様子を見ることはできない。ただし、エージェント達には光学迷彩は全く通用せず外部からシンカリオンの戦闘を常に観察しており、第48話ではセイリュウがステルス機能に関係なく金属や鉱物を見ることが出来ると語っている。また、外壁に衝撃があれば外部からでもわかることがある。
シンカリオンは、通常の新幹線の軌道から分岐して出現する超硬質金属製の特殊軌道「光のレール」に転線し[注 129]、超進化速度まで加速しつつフィールド内へと突入しモードシンカリオンへと変形する[注 130]。突入後、シンカリオンはこの中で怪物体との戦闘に臨む。
フィールドを維持できる展開時間には限界があり、時間内に怪物体を撃破しなければ付近に甚大な被害を出してしまうことになる[注 131]。また、一度破られたフィールドを再展開するにはフルチャージのためにある程度の時間を要する。
怪物体が一時的に機能停止状態となった場合には、フィールドの出力を下げることで展開時間を延長することができる。
また、捕縛フィールドの出力自体にも限界があるため、捕縛フィールドを複数展開する必要がある場合はそれぞれの捕縛フィールドの出力を絞らなくてはならない。
制限時間数分前にはレッドシグナルが点滅する。
高速で移動する敵に対しては照準が合わせられず捕縛できない場合があり、状況によっては捕縛フィールド外で戦わなければならないこともある[10]。また、水中には展開できないという欠点があり、第23話では巨大怪物体ノブナガスイグンに水中からの逃走を許した。
超進化研究所に敵が侵入した場合には、機密保持のためにシンカリオンを退避させるシェルターの役割も持つ。
リンク合体
2機のシンカリオンを合体させて、それぞれの長所を引き出すシステム。E5はやぶさの上半身に、E6こまち・E7かがやき・800つばめの下半身を合体させる形が基本的なパターンとなるが、第37話ではE6こまちの上半身にE3つばさの下半身を合体させている。合体時にはE5はやぶさ（E6こまち）の下半身と、頭部を収納したE6こまち・E7かがやき・800つばめ（E3つばさ）の上半身および運転士は別の場所に転送される。また、合体後はE5はやぶさ（E6こまち）の頭部に下半身の車両に対応した色のヘッドギアが装着される。
E5はやぶさにE6こまちが合体した場合はスピード、E7かがやきが合体した場合はパワー、800つばめが合体した場合は飛行能力がそれぞれ付加され、これにより状況に応じた戦術が可能となる。また、E6こまちにE3つばさが合体した場合は、E6の機動力にE3の敏捷性が付加され超高速による攻撃回避が可能となる。ただし、合体のためにはそれぞれの運転士たちが呼吸を合わせることが必要となる。
クロス合体
2両で変形するシンカリオン（主にE5はやぶさ）と4両以上で変形するシンカリオン（現状では500こだま・ドクターイエローのみ）を合体させることで、運転士の適合率を上昇[注 132] させるためのシステム。ドクターイエローの場合、合体を実現させるには双方の運転士の適合率が0.2％以内の誤差でないと合体できないという制約があり、3度目のブラックシンカリオンとの戦いでようやくたどり着いている。
500こだまとの合体では腕を収納したE5はやぶさの上半身に、500こだまの先頭車（1号車）と後尾車（8号車）を腕[注 133] として、中間車（2号車・7号車）を下半身[注 134] として合体させる。合体時にはE5はやぶさの下半身は別の場所に転送される。また、合体後はE5はやぶさの頭部に金色で大型のヘッドギアが装着される。
ドクターイエローとの合体では腕を収納したE5はやぶさの上半身を下から囲むようにドクターイエローの4号車が合体し先頭車（1号車）と後尾車（7号車）が腕[注 135]となり 、E5はやぶさの下半身は脚部が膝から後ろへたたまれ、2号車が右脚、6号車が左脚となる。背後にレーザーウェポンをウイング状に広げ、E5はやぶさの頭部にドクターイエローの頭部にあった大型のヘッドギアが装着される。
トリニティー合体
シンカリオン700シリーズ（700のぞみ・700ひかりレールスター・N700みずほ）のみが持つ特別な合体システム。3機のうちの1機を核として残りの2機をそれぞれ右か左の腕と脚（膝下）として合体させる。ただし、700シリーズを運転する3人の運転士の適合率が同じで、尚且つ息が合わないと合体できない。なお第35話では、700シリーズを運転する3人の運転士（ギン・ジョウ・タカトラ）の適合率が3人とも83.5％で揃っていたため、成功に至っている。
ウイング・パンタグラファーDX
シャショットに新装備として追加された翼の付いたバックパック。不要な場合は、シャショットの体内に格納することもできる。動力源はUSBではあるが、普段から浮遊しているシャショットに何の目的で装備されたのかは不明である。背面にE5はやぶさの頭部が描かれている。
超進化電動貨物
シンカリオンの支援車両として超進化研究所が開発・保有しており、牽引機は赤と黒をベースにゴールドのラインと超進化研究所のロゴが入ったシンカリオンオリジナルデザインのF級[注 136]交流電気機関車（双頭連結器を装備）。専用コンテナ「ウェポンコンテナ」を積載する無蓋貨車数両を連結する形で運用され、この編成を「ウェポントレイン」と総称される。
第27話では地下試験場を除く研究所の全電力を蓄電した電源コンテナを積載して牽引し、地下試験場到着後に有線でE5×500に急速充電[注 137] することで、2発目の超グランクロスの発射を可能とした。
ウェポンコンテナ
超進化電動貨物のコンテナ車に積載された緑色のコンテナで、「超進化タイタンパー」に変形する。複数個存在し、戦闘中のシンカリオン全機に装備可能となっている。なお、名古屋支部のウェポンコンテナには、「マクラギヌンチャク」を積載するコンテナが配備されている。
超進化タイタンパー
白兵戦のために開発された武器。各シンカリオンの右腕に装着し、削岩機のように敵の装甲などを破壊する。
コミカライズ
『てれびくん』2015年11月号から2018年1月号までコミカライズ連載した。当初は玩具版をベースにする形であったが、アニメ版の放送開始を受けて、同年12月号よりアニメ版をベースにする形にリニューアルした。その後、『別冊コロコロコミックSpecial』2018年4月号 より『新幹線変形ロボ シンカリオン 超変形ギャグ外伝』のタイトルで同年8月号まで連載された[注 138]。
テレビアニメ
『新幹線変形ロボ シンカリオン THE ANIMATION』（しんかんせんへんけいロボ シンカリオン ジ・アニメーション）のタイトルで2018年1月6日よりTBS系列『アニメサタデー630』第2部で放送されている[5]。なお、実在する会社や地名などが登場するということもあり、次回予告後のラストで必ず「この番組はフィクションです」というテロップが流れている[65]。
スタッフ
原案 - プロジェクトシンカリオン（タカラトミー・ジェイアール東日本企画・小学館集英社プロダクション）
協力 - 北海道旅客鉄道、東日本旅客鉄道、東海旅客鉄道、西日本旅客鉄道、九州旅客鉄道、ジェイアール東海エージェンシー、ジェイアール西日本商事、Google Inc、鉄道博物館
各話ごとの協力 - 交通新聞社(#1,#41,#51)、関根屋(#3,#51)、テレビユー山形(#10,#51)、京都鉄道博物館(#10,#17,#23,#30,#34,#35,#46,#51)、しまだフーズ(#12,#51)、日本レストランエンタプライズ(#12,#25,#51)、リニア・鉄道館（#19,#28,#38-#40,#51,#54）、九州鉄道記念館（#21,#22,#36,#51）、国立科学博物館（#37,#51）、(C)さかざきちはる/JR東日本/dentsu（#53,#54）
発音ミク協力 - クリプトン・フューチャー・メディア（#15,#16,#18,#19,#26,#27,#47,#50,#51）
エヴァンゲリオン企画協力 - キングレコード(#17,#31)、カラー(#17,#31)、グラウンドワークス：(#17,#31)、箱根湯本 えゔぁ屋（#31）
監督 - 池添隆博[69]
副監督 - 山岸大悟（第52話までは助監督）
助監督 - 板井寛貴（第53話 - ）
シリーズ構成 - 下山健人[69]
キャラクターデザイン・プロップデザイン・OP&ED作画監督 - あおのゆか[69]
プロップデザイン - 永作友克
メカニックデザイン・シンカリオンモデリング・モデリングディレクター - 服部恵大[69]
CGディレクター - 安田兼盛
色彩設計 - 村田恵理子
美術監督 - 古賀徹
撮影監督 - 村上展之
編集 - 沖田秀樹
音響監督 - 三間雅文[69]
音楽 - 渡辺俊幸[69]
シンカリオン変形音アレンジ - 大間々昂[70]
音楽制作 - フェイスミュージック
エグゼクティブプロデューサー - 源生哲雄→平野隆、弓矢政法、島村優子→江藤寛之、横山拓也、沢辺伸政
プロデューサー - 那須田淳[71]、渡辺信也、鈴木寿広、根岸智也→針原剛、新井孝介→小嶋慶也、岡本順哉
アニメーションプロデューサー - 山野井創、太田昌二、山口達也→三浦俊一郎
アニメーション制作 - OLM[69]
アニメーション制作協力 - 亜細亜堂（第1話 - 第52話）[69]→SynergySP（第53話 - ）
CGアニメーション制作・オフライン編集・公式サイトデザイン - SMDE[69]
制作 - 小学館集英社プロダクション[69]
制作著作 - 超進化研究所[注 139]、TBS
主題歌
オープニングテーマ
「進化理論」（第1話 - ）
作詞 - 藤林聖子 / 作曲 - Coffee Creamers / 編曲 - Soma Genda / 歌 - BOYS AND MEN
第1話ではエンディングとして使用。また、必殺技発動時にも挿入歌として使用される。回によっては一部シーンが差し替えになることもある[72]。
第28話では映像が一部変更され、EDで先行披露されたジョウ・ギン・タカトラ及び、スザク・イザや超進化研究所各支部の指令長、シンカリオントリニティーが登場している。
第48話では、フタバとハヤトたちが大宮支部の忘年会の余興として歌っており、その後忘年会にBOYS AND MEN本人が登場し歌の続きを披露している。
エンディングテーマ
「Go One Step Ahead」（第2話 - 第25話）
作詞・作曲・歌 - 村上佳佑 / 編曲 - シライシ紗トリ
第18話、第22話、第28話、第43話、第45話では挿入歌として使用。映像では第2話からデフォルメされた5両編成の車両がE5はやぶさ・E6こまち・E7かがやき・E3つばさの順で登場していたが、第17話からはN700Aのぞみ・H5はやぶさ・800つばめ・E5はやぶさの順に変更されている。また車両の上に描かれた窓の部分には下を走っている車両や路線にちなんだ場所や物が描かれている。
変更後の第26話以降からは挿入歌としての使用となる。
「I WANNA BE WITH YOU」（第26話 - 第38話）
作詞・作曲・歌 - TETSUYA / 編曲 - Jun Suyama、TETSUYA
第26話より使用。映像ではジョウ・ギン・タカトラが登場している。第37話では必殺技発動時の挿入歌として使用された。
「Go Way!」（第39話 - 第51話）
作詞 - すぅ / 作曲 - すぅ・クボナオキ / 編曲 - クボナオキ / 歌 - SILENT SIREN
第39話より使用。映像にはアズサがメインで登場しており、彼女の動画の映像や過去に劇中で活躍した場面の写真も描かれている。
「STARTRAiN」（第52話 - ）
作詞・作曲 - Saku・天月ｰあまつきｰ / 編曲 - Saku / 歌 - 天月-あまつき-
第52話より使用。映像にはタツミと人間態のセイリュウが登場している。
挿入歌
「チェンジ！シンカリオン」（第13・14・17・23・35・53・54話）
作詞・作曲・編曲 - 井上裕治 / 歌 - 山寺宏一
元々は玩具版のテーマソングとして制作され、ミュージックビデオも作られている[73]。
アニメでは、主にN700Aのぞみやトリニティーが戦闘に参加した際（必殺技発動時など）およびスバルが指揮を執る際に使用される。第17話ではインストゥルメンタルバージョンが使用された。
「残酷な天使のテーゼ」（第17話、第31話）[74]
作詞 - 及川眠子 / 作曲 - 佐藤英敏 / 編曲 - 大森俊之 / 歌 - 高橋洋子
「DECISIVE BATTLE」（第17話、第31話）[74]
「Both of You、Dance Like You Want to Win!」（第31話）
「ASUKA STRIKES!」（第31話）
「The Day Tokyo-3 Stood Still」（第31話）
作曲 - 鷺巣詩郎
上記5曲はシンカリオン 500 TYPE EVAが登場する回で使用された『新世紀エヴァンゲリオン』の楽曲群。いずれの楽曲も地上波放送版・Blu-ray版[75]のみ使用され、ネット配信版・DVD版では別の曲（通常のBGM等）に差し替えられている。
「クリスマス・イブ」（第49・50話）
作詞・作曲・歌 - 山下達郎
JR東海がかつて制作したCM（「クリスマス・エクスプレス」等）の再現シーンのBGMとして登場。ネット配信版では諸事情によりインストゥルメンタル版になっている[76]。
各話リスト
サブタイトルは『○○!!××』として統一している。(第21話と第37話は例外)





























































2018年4月7日はマスターズ・トーナメント放送のため、休止。
放送局

日本国外での放送
時間帯は全て現地時間。
香港
2018年11月22日より無綫電視翡翠台にて、『新幹線戰士』のタイトルで毎週木曜、金曜の17時20分-17時50分に放送。広東語 & 日本語二ヶ国語放送、繁体字字幕あり。
DVD・Blu-ray
この作品を収録したDVD版が2018年12月21日以降、Blu-ray版が2019年1月30日以降順次発売予定。発売元はNBCユニバーサル・エンターテイメントジャパン[77]。
また、Blu-ray BOX2に収録される第17話及び第31話（エヴァンゲリオンコラボ回）は地上波放送版（エヴァンゲリオンのオリジナルBGM使用）となる（DVDに収録される第17話及び第31話は配信版となる）[75]。
DVD

DVD BOX

Blu-ray BOX

備考
配信サイトによって内容が若干異なる(例えばシンカリオンTVではコメントできない仕様になっている[65]、タカラトミー公式YouTubeチャンネルでは「毎週土曜 あさ7：00から TBS系全国28局ネットで放送中！」[78] というテロップが左上にほぼ常時表示されている(コロコロチャンネル版にもあるがテロップが少し異なる[79])など)。回によっては番組が始まる前に視聴者プレゼント告知シーンがあったり[80]、ラストにアニメサタデー630第1部の番宣（『七つの大罪 戒めの復活』→『ゾイドワイルド』）が流れることもある[81]。
番組公式ハッシュタグは「#みんなでシンカリオン見ようぜ」である。
次回予告の最後の台詞は「チェンジ！シンカリオン」。ただし、次回予告によっては「チェンジ」の部分が別のセリフになることもある[82]。

映画
2018年8月24日公開『映画 ドライブヘッド〜トミカハイパーレスキュー 機動救急警察〜』でハヤトとE5はやぶさがゲスト出演した。
アーケードゲーム

新幹線変形ロボ シンカリオン カードがもらえる! 超シンカバトル
2018年3月下旬より順次稼動開始[83]したトレーディングカードアーケードゲーム。発売元はタカラトミーアーツ。
ゲームアプリ
『エイリアンのたまご』（パオン・ディーピー）：シンカリオン限定ガチャや限定ミッションを2018年7月27日から2018年8月26日まで実施。
『共闘ことばRPG コトダマン』（セガゲームス）：2018年12月6日から2019年1月9日13:59まで（予定）[84]。「E5はやぶさ」をはじめとして（各運転士も含む）、敵側エージェント（ゲンブ、ビャッコ、スザク、セイリュウ）も登場する。
ショップ
テレビアニメと連動した店舗である<b data-parsoid='{"dsr":[124252,124267,3,3]}'>シンカリオンストア</b>を期間限定で全国各地に出店している。

脚注

注釈

出典

外部リンク




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