独立行政法人水資源機構法
第一条　（目的）
この法律は、独立行政法人水資源機構の名称、目的、業務の範囲等に関する事項を定めることを目的とする。
第二条　（定義）
この法律において「水資源開発基本計画」とは、水資源開発促進法（昭和三十六年法律第二百十七号）の規定による水資源開発基本計画をいう。 ２ この法律において「水資源開発施設」とは、独立行政法人水資源機構（以下「機構」という。）による第十二条第一項第一号の業務の実施により生じる施設及び水資源開発公団による附則第六条の規定による廃止前の水資源開発公団法（昭和三十六年法律第二百十八号。以下「旧水公団法」という。）第十八条第一項第一号の業務の実施により生じた施設で附則第二条第一項の規定により機構が承継したものをいう。 ３ この法律において「愛知豊川用水施設」とは、愛知用水公団による水資源開発公団法の一部を改正する法律（昭和四十三年法律第七十三号）附則第九条の規定による廃止前の愛知用水公団法（昭和三十年法律第百四十一号。以下「旧愛知公団法」という。）第十八条第一項第一号イ及びロの事業の施行により生じた施設で附則第二条第一項の規定により機構が承継したものをいう。 ４ この法律において「特定施設」とは、洪水（高潮を含む。）防御の機能又は流水の正常な機能の維持と増進をその目的に含む多目的ダム、河口 堰 ぜき 、湖沼水位調節施設その他の水資源の開発又は利用のための施設であって政令で定めるものをいう。 ５ この法律において「河川」とは、河川法（昭和三十九年法律第百六十七号）第三条第一項に規定する河川をいう。 ６ この法律において「河川管理者」とは、河川法第七条に規定する河川管理者をいう。 ７ この法律において「河川管理施設」とは、河川法第三条第二項に規定する河川管理施設をいう。
第三条　（名称）
この法律及び独立行政法人通則法（平成十一年法律第百三号。以下「通則法」という。）の定めるところにより設立される通則法第二条第一項に規定する独立行政法人の名称は、独立行政法人水資源機構とする。
第四条　（機構の目的）
機構は、水資源開発基本計画に基づく水資源の開発又は利用のための施設の改築等及び水資源開発施設等の管理等を行うことにより、産業の発展及び人口の集中に伴い用水を必要とする地域に対する水の安定的な供給の確保を図ることを目的とする。
第四条の二　（中期目標管理法人）
機構は、通則法第二条第二項に規定する中期目標管理法人とする。
第五条　（事務所）
機構は、主たる事務所を埼玉県に置く。
第六条　（資本金）
機構の資本金は、附則第二条第六項の規定により政府から出資があったものとされた金額とする。 ２ 政府は、必要があると認めるときは、予算で定める金額の範囲内において、機構に追加して出資することができる。 ３ 機構は、前項の規定による政府の出資があったときは、その出資額により資本金を増加するものとする。
第七条　（役員）
機構に、役員として、その長である理事長及び監事二人を置く。 ２ 機構に、役員として、副理事長一人及び理事五人以内を置くことができる。
第八条　（副理事長及び理事の職務及び権限等）
副理事長は、理事長の定めるところにより、機構を代表し、理事長を補佐して機構の業務を掌理する。 ２ 理事は、理事長の定めるところにより、理事長（副理事長が置かれているときは、理事長及び副理事長）を補佐して機構の業務を掌理する。 ３ 通則法第十九条第二項の個別法で定める役員は、副理事長とする。 ただし、副理事長が置かれていない場合であって理事が置かれているときは理事、副理事長及び理事が置かれていないときは監事とする。 ４ 前項ただし書の場合において、通則法第十九条第二項の規定により理事長の職務を代理し又はその職務を行う監事は、その間、監事の職務を行ってはならない。
第九条　（副理事長及び理事の任期）
副理事長の任期は四年とし、理事の任期は二年とする。
第十条　（役員の欠格条項の特例）
通則法第二十二条に定めるもののほか、次の各号のいずれかに該当する者は、役員となることができない。 一 物品の製造若しくは販売若しくは工事の請負を業とする者であって機構と取引上密接な利害関係を有するもの又はこれらの者が法人であるときはその役員（いかなる名称によるかを問わず、これと同等以上の職権又は支配力を有する者を含む。） 二 前号に掲げる事業者の団体の役員（いかなる名称によるかを問わず、これと同等以上の職権又は支配力を有する者を含む。） ２ 機構の役員の解任に関する通則法第二十三条第一項の規定の適用については、同項中「前条」とあるのは、「前条及び独立行政法人水資源機構法第十条第一項」とする。
第十一条　（役員及び職員の地位）
機構の役員及び職員は、刑法（明治四十年法律第四十五号）その他の罰則の適用については、法令により公務に従事する職員とみなす。
第十二条　
機構は、第四条の目的を達成するため、次の業務を行う。 一 水資源開発基本計画に基づいて、次に掲げる施設（当該施設のうち発電に係る部分を除く。以下この号において同じ。）の新築（イに掲げる施設の新築にあっては、水の供給量を増大させないものに限る。）又は改築を行うこと。 イ ダム、河口堰、湖沼水位調節施設、多目的用水路、専用用水路その他の水資源の開発又は利用のための施設 ロ イに掲げる施設と密接な関連を有する施設 二 次に掲げる施設の操作、維持、修繕その他の管理（ハに掲げる施設の管理にあっては、委託に基づくものに限る。）を行うこと。 イ 水資源開発施設 ロ 愛知豊川用水施設 ハ 水資源開発促進法第三条第一項に規定する水資源開発水系（以下この号及び第十九条の二第一項において「水資源開発水系」という。）における水資源の開発又は利用のための施設であって、イ又はロに掲げる施設と一体的な管理を行うことが当該水資源開発水系における水資源の利用の合理化に資すると認められるもの 三 水資源開発施設又は愛知豊川用水施設についての災害復旧工事を行うこと。 四 第十九条の二第一項に規定する特定河川工事を行うこと。 五 前各号の業務に附帯する業務を行うこと。 ２ 機構は、前項の業務のほか、海外社会資本事業への我が国事業者の参入の促進に関する法律（平成三十年法律第四十号）第五条に規定する業務（第三十七条第二項第六号において「海外調査等業務」という。）を行う。 ３ 機構は、前二項の業務のほか、前二項の業務の遂行に支障のない範囲内で、委託に基づき、次の業務を行うことができる。 一 水資源の開発又は利用に関する調査、測量、設計、試験、研究及び研修を行うこと。 二 水資源の開発若しくは利用のための施設に関する工事又はこれと密接な関連を有する工事を行うこと。 三 水資源の開発又は利用のための施設の管理を行うこと。
第十三条　（事業実施計画）
機構は、前条第一項第一号の業務を行おうとするときは、政令で定めるところにより、水資源開発基本計画に基づいて事業実施計画を作成し、関係都道府県知事に協議するとともに、主務大臣の認可を受けなければならない。 これを変更しようとするときも、同様とする。 ２ 主務大臣は、前項の認可をしようとするときは、あらかじめ、国の関係行政機関の長に協議しなければならない。 ３ 機構は、第一項の規定により事業実施計画を作成し、又は変更しようとするときは、政令で定めるところにより、あらかじめ、当該水資源開発施設を利用して流水を水道若しくは工業用水道の用に供しようとする者（当該事業実施計画の変更に際し、事業からの撤退（当該事業実施計画に係る水資源開発施設を利用して流水を水道又は工業用水道の用に供しようとした者が、その後の事情の変化により当該事業実施計画に係る水資源開発施設を利用して流水を水道又は工業用水道の用に供しようとしなくなることをいう。以下同じ。）をする者を含む。）又は当該事業実施計画に係る水資源開発施設を利用して流水をかんがいの用に供しようとする者の組織する土地改良区の意見を聴くとともに、第二十五条第一項の規定による費用の負担について当該費用の負担をする者の同意を得なければならない。 ４ 土地改良区は、前項の同意をするには、政令で定めるところにより、総会又は総代会の議決を経、かつ、その組合員のうち同項の流水をかんがいの用に供しようとする者（施設の更新のために行う前条第一項第一号の改築の業務で当該改築に係る施設の有している本来の機能の維持を図ることを目的とし、かつ、当該改築に係る施設を利用して現に流水をかんがいの用に供する者の権利又は利益を侵害するおそれがないことが明らかなものとして政令で定める要件に適合するものにあっては、当該現に流水をかんがいの用に供する者を除く。）の三分の二以上の同意を得なければならない。 ５ 主務大臣は、かんがい排水に係る前条第一項第一号の業務（特定施設に係るものを除く。）について第一項の規定による事業実施計画の認可をしたときは、政令で定めるところにより、その旨を公示しなければならない。 ６ 機構は、事業実施計画に基づく事業を廃止しようとするときは、政令で定めるところにより、関係都道府県知事に協議するとともに、主務大臣の認可を受けて、当該事業実施計画を廃止しなければならない。 この場合においては、第二項の規定を準用する。 ７ 機構は、前項の規定により事業実施計画を廃止しようとするときは、政令で定めるところにより、あらかじめ、第三項の規定により意見を聴いた者（当該事業実施計画の廃止前に事業からの撤退をした者を除く。）の意見を聴くとともに、第二十五条第二項の規定による費用の負担について当該費用の負担をする者の同意を得なければならない。
第十四条　（事業の承継等）
国土交通大臣又は農林水産大臣は、それぞれ、国土交通大臣が河川法による河川工事として行っている事業（第十二条第一項第一号の業務に該当するものに限る。）又は国が土地改良事業として行っている事業（同号の業務に該当するものに限る。）のうち、水資源開発基本計画に基づき機構が引き継いで行うべきであると認めるものについては、機構に対し、その実施を求めることができる。 ２ 農林水産大臣は、都道府県が土地改良事業として行っている事業（第十二条第一項第一号の業務に該当するものに限る。）のうち、当該都道府県から機構において行うべき旨の申出があり、かつ、水資源開発基本計画に基づき機構が引き継いで行うべきであると認めるものについては、機構に対し、その実施を求めることができる。 ３ 国土交通大臣又は農林水産大臣は、第一項の規定によりその実施を求めた事業（以下この条及び第二十六条において「国の水資源開発事業」という。）又は前項の規定によりその実施を求めた事業（以下この条において「都道府県の水資源開発事業」という。）について、機構がその求めに応じて第十二条第一項第一号の業務を行おうとする場合において前条第一項の規定による事業実施計画の認可をしたときは、政令で定めるところにより、その旨を公示しなければならない。 ４ 機構は、前項の規定による公示があった日の翌日から、その業務として国の水資源開発事業又は都道府県の水資源開発事業を行うものとする。 ５ 前項の規定により機構が国の水資源開発事業をその業務として行うこととなった時において当該国の水資源開発事業に関し国が有する権利及び義務（当該国の水資源開発事業に関する特別会計に関する法律（平成十九年法律第二十三号）附則第六十六条第十八号の規定による廃止前の国営土地改良事業特別会計法（昭和三十二年法律第七十一号）に基づく国営土地改良事業特別会計、特別会計に関する法律附則第六十七条第一項第十号の規定により設置する国営土地改良事業特別会計及び同法附則第二百三十一条第二項に規定する食料安定供給特別会計の国営土地改良事業勘定の財政融資資金からの負債を含み、政令で定める権利又は義務を除く。）は、その時において機構が承継する。 ６ 第四項の規定により機構が国の水資源開発事業をその業務として行う場合において、国土交通大臣が当該国の水資源開発事業と密接な関連を有する工事（以下この項において「関連工事」という。）で発電に係るものを行っているとき、又は国が委託に基づき関連工事を行っているときは、機構が当該国の水資源開発事業をその業務として行うこととなった時において当該関連工事に関し国が有する権利及び義務（政令で定める権利又は義務を除く。）は、その時において機構が承継する。 ただし、当該関連工事が委託に基づくものである場合において、国がその委託をしている者の同意を得ることができなかったときは、この限りでない。 ７ 第四項の規定により機構が都道府県の水資源開発事業をその業務として行うこととなった時において当該都道府県の水資源開発事業に関し当該都道府県が有する権利及び義務の機構への承継については、当該都道府県と機構とが協議して定めるものとする。 ８ 第四項の規定により機構がその業務として行う国の水資源開発事業が土地改良事業に係るものであるときは、機構は、政令で定めるところにより、第二十五条第一項、第二十六条第一項又は第二十七条の規定による負担金の額のうち、当該国の水資源開発事業を行うにつき国が要した費用の一部に相当する金額を国庫に納付しなければならない。
第十五条　（土地改良法の準用）
機構がかんがい排水に係る第十二条第一項第一号の業務（特定施設に係るものを除く。）を行う場合については、土地改良法（昭和二十四年法律第百九十五号）第百二十二条第二項の規定を準用する。 この場合において、同項中「第十条第三項、第四十八条第十一項（第九十五条の二第三項において準用する場合を含む。）、第八十七条第五項（第八十七条の二第十項、第八十七条の三第七項、第八十七条の四第四項（第九十六条の四第一項において準用する場合を含む。）、第八十八条第六項、第十項、第十三項、第十八項及び第十九項（第九十六条の四第一項において準用する場合を含む。）、第九十六条の二第七項並びに第九十六条の三第五項において準用する場合を含む。）、第九十五条第四項、第九十八条第十項又は第九十九条第十二項（第百条の二第二項（第百十一条において準用する場合を含む。）及び第百十一条において準用する場合を含む。）の規定による公告」とあるのは、「独立行政法人水資源機構法第十三条第五項の規定による公示」と読み替えるものとする。
改正理由: 農村人口及び農業者の減少が進む中、土地改良施設の老朽化並びに自然災害の激甚化及び頻発化に対応して、土地改良施設の保全等を図るため、申請によらない国等による基幹的な農業用用排水施設の更新事業の創設、土地改良区が地域の関係者と連携して行う土地改良施設及び末端施設の保全に係る制度の創設、農地中間管理機構が賃借権等を有する農用地に係る土地改良事業の実施主体の拡充等、急施の土地改良事業への再度災害及び老朽化による事故を防止するための事業の追加等の措置を講ずる必要がある。これが、この法律案を提出する理由である。
改正後: 独立行政法人水資源機構法　第十五条　（土地改良法の準用）
機構がかんがい排水に係る第十二条第一項第一号の業務（特定施設に係るものを除く。）を行う場合については、土地改良法（昭和二十四年法律第百九十五号）第百二十二条第二項の規定を準用する。 この場合において、同項中「第十条第三項、第四十八条第十一項（第九十五条の二第三項において準用する場合を含む。）、第八十七条第五項（第八十七条の二第十項、第八十七条の三第七項（第九十六条の四第一項において準用する場合を含む。）、第八十七条の四第四項（第九十六条の四第一項において準用する場合を含む。）、第八十八条第六項、第十項及び第十三項、同条第十八項及び第十九項（これらの規定を第九十六条の四第一項において準用する場合を含む。）、第九十六条の二第七項並びに第九十六条の三第五項において準用する場合を含む。）、第九十五条第四項、第九十八条第十項又は第九十九条第十二項（第百条の二第二項（第百十一条において準用する場合を含む。）及び第百十一条において準用する場合を含む。）の規定による公告」とあるのは、「独立行政法人水資源機構法第十三条第五項の規定による公示」と読み替えるものとする。
第十六条　（施設管理規程）
機構は、水資源開発施設について第十二条第一項第二号の業務を行おうとする場合においては、施設管理規程を作成し、関係都道府県知事（操作を伴う特定施設で政令で定めるもの（以下「操作特定施設」という。）に係る施設管理規程にあっては、政令で定めるところにより、関係都道府県知事又は関係都道府県知事及び関係市町村長）及び当該水資源開発施設の新築又は改築に要する費用について第十三条第三項の規定による同意をした者（事業からの撤退をした者を除く。）に協議するとともに、主務大臣の認可を受けなければならない。 これを変更しようとするときも、同様とする。 ２ 機構は、愛知豊川用水施設について第十二条第一項第二号の業務を行おうとする場合においては、施設管理規程を作成し、関係県知事、愛知豊川用水施設を利用して流水を発電、水道又は工業用水道の用に供しようとする者及び愛知豊川用水施設を利用して流水をかんがいの用に供しようとする者の組織する土地改良区に協議するとともに、主務大臣の認可を受けなければならない。 これを変更しようとするときも、同様とする。 ３ 前二項の施設管理規程には、政令で定める事項（操作特定施設、河川法第四十四条に規定するダム（以下「利水ダム」という。）その他操作を伴う施設に係るものにあっては、政令で定める操作に関する事項を含む。）を定めなければならない。 ４ 主務大臣は、第一項又は第二項の認可をしようとするときは、あらかじめ、国の関係行政機関の長に協議しなければならない。 ５ 主務大臣は、第一項又は第二項の認可をしようとする場合において、当該施設管理規程が利水ダムに係るものであるときは、あらかじめ、河川管理者に協議しなければならない。 ６ 河川管理者は、操作特定施設又は利水ダムに係る施設管理規程の操作に関する事項についての定めによっては、当該操作特定施設若しくは利水ダムに関する工事又は河川の状況の変化その他当該河川に関する特別の事情により、河川管理上支障を生ずると認める場合においては、当該操作に関する事項の変更を要請することができる。 ７ 河川管理者は、前項の要請をしようとする場合において、当該施設管理規程が利水ダムに係るものであるときは、あらかじめ、主務大臣に協議しなければならない。 ８ 機構は、河川管理者から第六項の規定による要請があったときは、速やかに、その要請に応じなければならない。
第十七条　（河川法の特例）
特定施設は、河川管理施設とし、機構は、河川法第九条及び第十条の規定にかかわらず、河川管理施設である特定施設の新築若しくは改築を行い、又は当該新築若しくは改築に係る特定施設若しくは水資源開発公団による旧水公団法第十八条第一項第一号の業務の実施により生じた施設で附則第二条第一項の規定により機構が承継した特定施設の管理を行うことができる。 ２ 機構は、前項の規定により特定施設の新築若しくは改築又は管理を行う場合においては、政令で定めるところにより、河川法に規定する河川管理者の権限を行うことができる。 ３ 機構は、特定施設の新築又は改築の工事を開始しようとするとき、及び当該工事を完了したときは、政令で定めるところにより、その旨を公示しなければならない。 ４ 河川法第四十七条の規定は、機構が設置する利水ダムについては、適用しない。 ５ 河川管理者は、特に必要があると認めるときは、河川管理施設である第十二条第一項第二号ハに掲げる施設の管理を、機構に委託することができる。
第十八条　（特定施設の操作に関する国土交通大臣の指揮）
国土交通大臣は、洪水を防ぐため緊急の必要があると認めるときは、その必要の範囲内において、特定施設の操作に関し、政令で定めるところにより、機構を指揮することができる。 ２ 機構は、国土交通大臣から前項の規定による指揮があったときは、その指揮に従わなければならない。
第十九条　（危害防止のための通知等）
機構は、水資源開発施設又は愛知豊川用水施設を操作することによって流水の状況に著しい変化を生ずると認める場合において、これによって生ずる危害を防止するため必要があると認めるときは、政令で定めるところにより、あらかじめ、関係都道府県知事、関係市町村長及び関係警察署長に通知するとともに、一般に周知させるため必要な措置をとらなければならない。
第十九条の二　（特定河川工事の代行）
機構は、都道府県知事又は指定都市（地方自治法（昭和二十二年法律第六十七号）第二百五十二条の十九第一項の指定都市をいう。以下同じ。）の長（以下「都道府県知事等」という。）から要請があり、かつ、当該都道府県知事等が統括する都道府県又は指定都市における河川管理施設の改築若しくは修繕に関する工事（以下この項において「特定改築等工事」という。）又は公共土木施設災害復旧事業費国庫負担法（昭和二十六年法律第九十七号）の規定の適用を受ける災害復旧事業に係る工事（以下この項において「特定災害復旧工事」という。）の実施体制その他の地域の実情を勘案して、当該都道府県知事等が管理する河川管理施設に係る政令で定める特定改築等工事又は当該河川管理施設に係る特定災害復旧工事（いずれも水資源開発水系に係るものであって、その実施が当該水資源開発水系における水の安定的な供給の確保に資するものであり、かつ、高度の技術を要するもの又は高度の機械力を使用して実施することが適当であると認められるものに限る。以下「特定河川工事」という。）を当該都道府県知事等に代わって自ら行うことが適当であると認められる場合においては、河川法第九条第二項及び第五項並びに第十条第一項及び第二項の規定にかかわらず、これを行うことができる。 ２ 機構は、前項の規定により特定河川工事を行う場合には、政令で定めるところにより、都道府県知事等に代わってその権限の一部を行うものとする。 ３ 機構は、第一項の規定により特定河川工事を行おうとするときは、あらかじめ、政令で定めるところにより、その旨を公示しなければならない。 ４ 機構は、第一項の規定による特定河川工事の全部又は一部を完了したときは、遅滞なく、政令で定めるところにより、その旨を公示しなければならない。
第十九条の三　（機構の意見の聴取）
都道府県知事等は、前条の規定により機構が特定河川工事を行う河川について河川法第五条第六項の指定の変更又は廃止を行おうとする場合には、あらかじめ、機構の意見を聴かなければならない。
第十九条の四　（特定河川工事の廃止等）
機構は、都道府県知事等の同意を得た場合でなければ、特定河川工事を廃止してはならない。 ２ 第十九条の二第四項の規定は、機構が特定河川工事を廃止した場合について準用する。
第十九条の五　（河川管理施設及びその敷地である土地の権利の帰属）
第十九条の二第四項の規定により完了の公示のあった特定河川工事に係る河川管理施設及びその敷地である土地について機構が取得した権利は、その公示の日の翌日において国に帰属するものとする。
第二十条　（環境の保全）
機構は、第十二条に規定する業務の実施に当たっては、環境の保全について配慮しなければならない。
第二十一条　（特定施設に係る国の交付金等）
国は、特定施設の新築又は改築に要する費用（特定施設の新築又は改築に関する事業が廃止されたときは、その廃止に伴い追加的に必要となる費用を含む。）のうち、洪水調節に係る費用その他政令で定める費用を機構に交付するものとする。 ２ 前項の費用の範囲、同項の交付金の額の算出方法その他同項の交付金に関し必要な事項は、政令で定める。 ３ 都道府県は、第一項の規定により国が機構に交付する金額の一部を負担しなければならない。 ４ 前項の規定による都道府県の負担の割合その他同項の規定による都道府県の負担金に関し必要な事項は、政令で定める。
第二十二条　
国は、特定施設の操作、維持、修繕その他の管理に要する費用及び特定施設についての災害復旧工事に要する費用のうち、洪水調節に係る費用その他政令で定める費用を機構に交付するものとする。 ２ 前項の費用の範囲、同項の交付金の額の算出方法その他同項の交付金に関し必要な事項は、政令で定める。 ３ 都道府県は、第一項の規定により国が機構に交付する金額の一部を負担しなければならない。 ４ 前条第四項の規定は、前項の都道府県の負担金について準用する。 ５ 公共土木施設災害復旧事業費国庫負担法の適用に関しては、同法第四条第一項及び第四条の二の災害復旧事業費の総額には、同法第四条第二項に規定するもののほか、第一項の規定により災害復旧工事に要する費用（政令で定めるものを除く。）として機構に交付される金額を含むものとする。
第二十三条　
河川法第五条に規定する二級河川における特定施設の新築又は改築に要する費用（特定施設の新築又は改築に関する事業が廃止されたときは、その廃止に伴い追加的に必要となる費用を含む。）及び当該新築又は改築に係る特定施設の管理に要する費用のうち、洪水調節に係る費用その他政令で定める費用の負担については、前二条の規定にかかわらず、別に政令で定める。
第二十四条　（費用の負担）
特定施設の新築又は改築に係る第二十一条第一項の規定による国の交付金にかんがいに係るものが含まれている場合において、専用の施設を新設し、又は拡張することにより、当該特定施設を利用して流水をかんがいの用に供する者は、政令で定めるところにより、当該特定施設の新築又は改築に要する費用の一部を負担しなければならない。 ２ 前項の規定による負担金は、政令で定めるところにより、都道府県知事が徴収して、これを国に納付するものとする。
第二十五条　
機構は、水資源開発施設を利用して流水を水道若しくは工業用水道の用に供する者（事業からの撤退をした者を含む。）又は水資源開発施設（特定施設でその新築又は改築に係る第二十一条第一項の規定による国の交付金にかんがいに係るものが含まれているもの（以下「かんがい特定施設」という。）を除く。）を利用して流水をかんがいの用に供する者の組織する土地改良区に、政令で定めるところにより、当該水資源開発施設の新築又は改築及び管理並びにこれについての災害復旧工事に要する費用（事業からの撤退をした者にあっては、当該水資源開発施設の新築又は改築に要する費用の一部）を負担させるものとする。 ２ 機構は、水資源開発施設（これを利用して流水を水道又は工業用水道の用に供しようとするものに限る。）の新築又は改築に関する事業を廃止するときは、当該水資源開発施設を利用して流水を水道又は工業用水道の用に供しようとしていた者に、政令で定めるところにより、事業の廃止までに当該水資源開発施設の新築又は改築に要した費用（事業の廃止に伴い追加的に必要となる費用を含む。）を負担させることができる。 ３ 機構は、愛知豊川用水施設を利用して流水を発電、水道若しくは工業用水道の用に供する者又は愛知豊川用水施設を利用して流水をかんがいの用に供する者の組織する土地改良区に、政令で定めるところにより、当該施設の管理及びこれについての災害復旧工事に要する費用を負担させるものとする。
第二十六条　
機構は、かんがい排水に係る第十二条第一項第一号、第二号イ若しくはロ又は第三号の業務（かんがい特定施設に係るものを除く。）の受益地の全部又は一部をその区域に含む都道府県に、政令で定めるところにより、その業務に要する費用（その業務が第十四条第四項の規定により機構がその業務として行う国の水資源開発事業に係るものであるときは、当該国の水資源開発事業を行うにつき国が要した費用を含む。）の一部を負担させることができる。 ２ 前項の都道府県は、政令で定めるところにより、同項に規定する業務によって利益を受ける市町村に対し、その市町村の受ける利益を限度として、同項の規定による負担金の一部を負担させることができる。 ３ 第一項の規定による負担金について前項の規定により市町村が負担すべき金額は、当該市町村の意見を聴いた上、当該都道府県の議会の議決を経て定めなければならない。
第二十七条　（受益者負担金）
機構は、水資源開発施設の新築又は改築によって著しく利益を受ける者があるときは、政令で定めるところにより、その利益を受ける限度において、当該水資源開発施設の新築又は改築に要する費用の一部を負担させることができる。
第二十八条　（強制徴収）
第二十四条第一項、第二十五条又は前条の規定による負担金をその納期限までに納付しない者があるときは、都道府県知事又は機構は、期限を指定して、その納付を督促しなければならない。 ２ 都道府県知事又は機構は、前項の規定により督促をするときは、納付義務者に対し督促状を発する。 この場合において、督促状により指定すべき期限は、督促状を発する日から起算して二十日以上経過した日でなければならない。 ３ 都道府県知事又は機構は、第一項の規定による督促を受けた納付義務者がその指定の期限までにその負担金及び第五項の規定による延滞金を納付しないときは、都道府県知事にあっては地方税の滞納処分の例により、機構にあっては国土交通大臣の認可を受けて国税の滞納処分の例により、滞納処分をすることができる。 ４ 前項の規定による徴収金の先取特権の順位は、国税及び地方税に次ぐものとし、その時効については、国税の例による。 ５ 都道府県知事又は機構は、第一項の規定により督促をしたときは、同項の負担金の額につき年十四・五パーセントの割合で、納期限の翌日からその負担金の完納の日又は財産差押えの日の前日までの日数により計算した延滞金を徴収することができる。 ただし、当該都道府県の条例又は国土交通省令で定める場合は、この限りでない。 ６ 前項の規定により都道府県知事が徴収した延滞金は、当該都道府県に帰属する。
第二十九条　（土地改良区の組合員又は准組合員に対する経費の賦課）
第二十五条の規定により土地改良区が費用を負担する場合においては、当該負担金については、これを土地改良区の事業に要する経費とみなして、土地改良法第三十六条第一項から第三項まで及び第五項、第三十八条並びに第三十九条の規定を適用する。
第三十条　（権利関係の調整）
機構がかんがい排水に係る第十二条第一項第一号、第二号イ若しくはロ又は第三号の業務（かんがい特定施設に係るものを除く。）を行った場合については、土地改良法第五十九条、第六十二条及び第六十五条の規定を準用する。 この場合において、同法第五十九条及び第六十二条第一項中「土地改良事業」とあるのは「独立行政法人水資源機構が行うかんがい排水に係る独立行政法人水資源機構法第十二条第一項第一号、第二号イ若しくはロ又は第三号の業務（同法第二十五条第一項に規定するかんがい特定施設に係るものを除く。）」と、同項中「組合員」とあるのは「独立行政法人水資源機構法第二十九条の規定により適用される土地改良法第三十六条第一項の規定により土地改良区が賦課徴収する金銭を負担した組合員」と読み替えるものとする。
第三十条の二　（費用の負担又は補助）
機構が第十九条の二第一項の規定により特定河川工事を行う場合には、その実施に要する費用の負担及びその費用に関する国の補助については、都道府県知事等が自ら当該特定河川工事を行うものとみなす。 ２ 前項の規定により国が当該都道府県知事等の統括する都道府県又は指定都市に対し交付すべき負担金又は補助金は、機構に交付するものとする。 ３ 前項の場合には、政令で定めるところにより、機構は、補助金等に係る予算の執行の適正化に関する法律（昭和三十年法律第百七十九号）の規定の適用については同法第二条第三項に規定する補助事業者等と、公共土木施設災害復旧事業費国庫負担法の規定の適用については地方公共団体とみなす。 ４ 第一項の都道府県知事等の統括する都道府県又は指定都市は、同項の費用の額から第二項の負担金又は補助金の額を控除した額を機構に支払わなければならない。 ５ 第一項の費用の範囲、前項の規定による支払の方法その他同項の費用に関し必要な事項は、政令で定める。
第三十条の三　
機構が第十九条の四第一項の規定により特定河川工事を廃止したときは、当該特定河川工事に要した費用の負担については、機構が都道府県知事等と協議して定めるものとする。
第三十一条　（積立金の処分）
機構は、通則法第二十九条第二項第一号に規定する中期目標の期間（以下この項において「中期目標の期間」という。）の最後の事業年度に係る通則法第四十四条第一項又は第二項の規定による整理を行った後、同条第一項の規定による積立金があるときは、その額に相当する金額のうち国土交通大臣の承認を受けた金額を、当該中期目標の期間の次の中期目標の期間に係る通則法第三十条第一項の認可を受けた中期計画（同項後段の規定による変更の認可を受けたときは、その変更後のもの）の定めるところにより、当該次の中期目標の期間における第十二条に規定する業務の財源に充てることができる。 ２ 機構は、前項に規定する積立金の額のうち第十二条第一項第二号ハ及び第五号、第二項並びに第三項の業務に係る利益によるものとして国土交通省令で定める額に相当する金額から前項の規定による承認を受けた金額のうち当該業務の財源に充てるべき金額を控除してなお残余があるときは、その残余の額を国庫に納付しなければならない。 ３ 前二項に定めるもののほか、納付金の納付手続その他積立金の処分に関し必要な事項は、政令で定める。
第三十二条　（長期借入金及び水資源債券）
機構は、第十二条第一項第一号、第二号イ若しくはロ又は第三号の業務に必要な費用に充てるため、国土交通大臣の認可を受けて、長期借入金をし、又は水資源債券（以下「債券」という。）を発行することができる。 ２ 前項の規定による債券の債権者は、機構の財産について他の債権者に先立って自己の債権の弁済を受ける権利を有する。 ３ 前項の先取特権の順位は、民法（明治二十九年法律第八十九号）の規定による一般の先取特権に次ぐものとする。 ４ 機構は、国土交通大臣の認可を受けて、債券の発行に関する事務の全部又は一部を銀行又は信託会社に委託することができる。 ５ 会社法（平成十七年法律第八十六号）第七百五条第一項及び第二項並びに第七百九条の規定は、前項の規定により委託を受けた銀行又は信託会社について準用する。 ６ 前各項に定めるもののほか、債券に関し必要な事項は、政令で定める。
第三十三条　（債務保証）
政府は、法人に対する政府の財政援助の制限に関する法律（昭和二十一年法律第二十四号）第三条の規定にかかわらず、国会の議決を経た金額の範囲内において、機構の長期借入金又は債券に係る債務（国際復興開発銀行等からの外資の受入に関する特別措置に関する法律（昭和二十八年法律第五十一号）第二条の規定に基づき政府が保証契約をすることができる債務を除く。）について保証することができる。
第三十四条　（償還計画）
機構は、毎事業年度、長期借入金及び債券の償還計画を立てて、国土交通大臣の認可を受けなければならない。
第三十五条　（補助金）
政府は、予算の範囲内において、政令で定めるところにより、機構に対し、第十二条第一項第一号又は第三号の業務に要する経費の一部を補助することができる。
第三十六条　（審査請求）
この法律に基づく機構の処分又はその不作為に不服がある者は、主務大臣に対して審査請求をすることができる。 この場合において、主務大臣は、行政不服審査法（平成二十六年法律第六十八号）第二十五条第二項及び第三項、第四十六条第一項及び第二項、第四十七条並びに第四十九条第三項の規定の適用については、機構の上級行政庁とみなす。
第三十七条　（主務大臣等）
機構に係る通則法（第十九条第九項、第三章及び第六十四条第一項を除く。）における主務大臣は、国土交通大臣とする。 ２ 機構に係るこの法律並びに通則法第十九条第九項、第三章及び第六十四条第一項における主務大臣は、次のとおりとする。 一 役員及び職員並びに財務及び会計その他管理業務に関する事項については、国土交通大臣 二 特定施設（特定施設である多目的ダムの利用に係る多目的用水路で政令で定めるものを含む。）の新築、改築、管理その他の業務に関する事項については、国土交通大臣 三 愛知豊川用水施設の管理その他の業務に関する事項については、農林水産大臣 四 前二号に掲げる施設以外のダム、 堰 せき 、水路その他の水資源の開発又は利用のための施設（多目的のものを含む。）の新築、改築、管理その他の業務に関する事項（次号及び第六号に掲げるものを除く。）については、政令で定めるところにより、厚生労働大臣、農林水産大臣、経済産業大臣又は国土交通大臣 五 特定河川工事に係る業務に関する事項については、国土交通大臣 六 海外調査等業務に関する事項については、国土交通大臣 ３ 機構に係る通則法における主務省令は、国土交通省令とする。 ただし、通則法第三章における主務省令は、主務大臣が共同で発する命令とする。
改正理由: 生活衛生等関係行政の機能強化を図るため、食品衛生法による食品衛生基準に関する権限を厚生労働大臣から内閣総理大臣に、水道法等による権限を厚生労働大臣から国土交通大臣及び環境大臣に移管するとともに、関係審議会の新設及び所掌事務の見直しを行う必要がある。これが、この法律案を提出する理由である。
改正後: 独立行政法人水資源機構法　第三十七条　（主務大臣等）
機構に係る通則法（第十九条第九項、第三章及び第六十四条第一項を除く。）における主務大臣は、国土交通大臣とする。 ２ 機構に係るこの法律並びに通則法第十九条第九項、第三章及び第六十四条第一項における主務大臣は、次のとおりとする。 一 役員及び職員並びに財務及び会計その他管理業務に関する事項については、国土交通大臣 二 特定施設（特定施設である多目的ダムの利用に係る多目的用水路で政令で定めるものを含む。）の新築、改築、管理その他の業務に関する事項については、国土交通大臣 三 愛知豊川用水施設の管理その他の業務に関する事項については、農林水産大臣 四 前二号に掲げる施設以外のダム、 堰 せき 、水路その他の水資源の開発又は利用のための施設（多目的のものを含む。）の新築、改築、管理その他の業務に関する事項（次号及び第六号に掲げるものを除く。）については、政令で定めるところにより、農林水産大臣、経済産業大臣又は国土交通大臣 五 特定河川工事に係る業務に関する事項については、国土交通大臣 六 海外調査等業務に関する事項については、国土交通大臣 ３ 機構に係る通則法における主務省令は、国土交通省令とする。 ただし、通則法第三章における主務省令は、主務大臣が共同で発する命令とする。
第三十八条　（協議）
国土交通大臣は、次の場合には、あらかじめ、主務大臣（国土交通大臣を除く。）に協議しなければならない。 一 通則法第四十六条の二第一項、第二項若しくは第三項ただし書又は第四十八条の規定による認可をしようとするとき。 二 第三十一条第一項又は通則法第三十八条第一項若しくは第四十四条第三項の規定による承認をしようとするとき。 三 第三十一条第二項又は通則法第三十七条若しくは第五十条の規定により国土交通省令を定めようとするとき。
第三十九条　
主務大臣（国土交通大臣を除く。）は、次の場合には、あらかじめ、国土交通大臣に協議しなければならない。 一 第十三条第一項若しくは第六項又は第十六条第一項若しくは第二項の規定による認可をしようとするとき。 二 通則法第三十条第三項又は第三十五条の三の規定による命令をしようとするとき。
第四十条　
国土交通大臣は、次の場合には、あらかじめ、財務大臣に協議しなければならない。 一 第三十一条第一項の規定による承認をしようとするとき。 二 第三十一条第二項の規定により国土交通省令を定めようとするとき。 三 第三十二条第一項若しくは第四項又は第三十四条の規定による認可をしようとするとき。
第四十一条　（国土交通大臣の経由）
主務大臣（国土交通大臣を除く。）又は機構は、次の行為については、国土交通大臣を経てしなければならない。 一 機構の通則法第二十八条第一項若しくは第三十条第一項の規定による主務大臣への認可の申請又は主務大臣のこれらの規定による認可の機構への通知 二 主務大臣の通則法第二十九条第一項の規定による機構への指示 三 機構の通則法第三十一条第一項の規定による主務大臣への届出 四 機構の通則法第三十二条第二項の規定による主務大臣への提出 五 主務大臣の通則法第六十七条第一号又は第四号（通則法第三十条第一項に係る部分に限る。）の規定による財務大臣との協議
第四十三条　（他の法令の準用）
不動産登記法（平成十六年法律第百二十三号）及び政令で定めるその他の法令については、政令で定めるところにより、機構を国の行政機関とみなして、これらの法令を準用する。
第四十四条　（国家公務員宿舎法の適用除外）
国家公務員宿舎法（昭和二十四年法律第百十七号）の規定は、機構の役員及び職員には適用しない。
第四十五条　（事務の区分）
第二十四条第二項並びに第二十八条第一項から第三項まで及び第五項の規定により都道府県が処理することとされている事務は、地方自治法第二条第九項第一号に規定する第一号法定受託事務とする。
第四十六条　
次の各号のいずれかに該当する場合には、その違反行為をした機構の役員は、二十万円以下の過料に処する。 一 この法律の規定により国土交通大臣又は主務大臣の認可又は承認を受けなければならない場合において、その認可又は承認を受けなかったとき。 二 第十二条に規定する業務以外の業務を行ったとき。