Guerra de Esmalcalda
Durante la Guerra de Esmalcalda, debió huir a Eisleben, donde falleció a edad avanzada el 10 u 11 de abril de 1547. Stephan Agricola fue un luterano acérrimo, serio y dedicado. Su hijo, también Stephan, tradujo algunos de los comentarios de Lutero sobre los profetas menores.