Greco-Persian Wars
Elle se joint ensuite aux autres cités grecques lors de la grande révolte de -499 à l'origine des Guerres médiques, et envoie pour la bataille de Milet. Soumise par les Perses en -494, elle entre dans la ligue de Délos à la fin des guerres médiques. En -424, sept ans après le début de la guerre du Péloponnèse, Athènes, suspectant une défection de Chios, force les citoyens à abattre leurs murs.