Ejército de Liberación del Pueblo de Sudán
Dos semanas después de que Museveni anunciase el ultimátum, se informó de que los combatientes del ERS habían cruzado la frontera norte, y establecido bases en el sur de Sudán con la aquiescencia del gobierno de Jartum. El apoyo sudanés era una respuesta a la ayuda que los rebeldes del Ejército de Liberación del Pueblo de Sudán o ELPS ("Sudan People's Liberation Army", SPLA) habían recibido del gobierno de Uganda durante la guerra civil. Al mismo tiempo, considerando que los acholi estaban ahora colaborando con el gobierno de Museveni, Kony comenzó a atacar a los civiles utilizando su acrecentada fuerza militar. Las mutilaciones se hicieron habituales, y en 1994 se llevó a cabo el primer secuestro masivo de niños y jóvenes. Dado que la mayoría de los combatientes del ERS son niños secuestrados, para los acholi una solución militar es vista como una masacre de víctimas inocentes. Los intentos del gobierno de acabar con los rebeldes son por lo tanto otro motivo de agravio para los acholi. La ambigüedad moral de esta situación, en la que los jóvenes rebeldes secuestrados son al mismo tiempo las víctimas y los perpetradores de actos brutales, es clave para la comprensión del actual conflicto.