حرب الاستقلال الإسبانية
لسوء الحظ، قضي على كل التطوير الأولي نتيجة حرب الاستقلال الإسبانية ففي 4 أغسطس 1809م، أثناء الحصار الثاني للمدينة من قبل القوات الفرنسية، دمر المبنى. ثم أعيد إعمارها مجددا بعد الحرب، لكن شرط التمويل الكبير جعل هذه العملية طويلة، كانت المكتبة بلا مقر دائم طوال القرن التاسع عشر ومعظم القرن العشرين.