Secondary structure
次に、それらのドメインはCATHの構造階層の中で分類される。クラス（C）レベルでは、二次構造の内容に応じてドメインが割り当てられる。すなわち、すべてがαヘリックス、すべてがβシート、αとβの混合、または二次構造がほとんどないなどである。アーキテクチャ（A）レベルでは、三次元空間における二次構造の配置に関する情報を用いて割り当てを行う。トポロジー／フォールド（T）レベルでは、二次構造の要素がどのように接続され、配置されているかの情報が用いられる。相同スーパーファミリー（H）レベルでは、ドメインが進化によって関連していること、すなわちそれらが相同であることを示す十分な証拠がある場合に割り当てられる。