Теннис-Боруссия
Затем он тренировал «Штутгарт» и «Теннис-Боруссия», но не достиг значительных успехов. В ноябре 2001 года Шефер стал тренером сборной Камеруна. Под его руководством сборная Камеруна стала чемпионом Кубка африканских наций в 2002 году и серебряным призёром Кубка конфедераций в 2003 году. Шефер подал в отставку 18 ноября 2004 года, через несколько часов после поражения от сборной Германии со счётом 0:3. Однако решающее значение в принятии этого решения было не поражение, а невыплата заработной платы и премиальных.