Pope Boniface IX
Современная базилика несколько раз сменила владельцев. В 1403 году папа Бонифаций IX передал базилику монахам-амброзианцам (Конгрегации святого Амвросия Медиоланского, основанной в 1379 году). В 1645 году, по протекции "Камилло Памфили", кардинала-непота Иннокентия X, базилика была передана доминиканцам из монастыря при церкви Сан-Систо-Веккьо. В 1677 году ввиду усилившихся антикатолических гонений в Ирландии в Сан-Клементе пришли ирландские доминиканцы, управляющие базиликой и прилегающим монастырём до настоящего времени.