ヨハン・ゲオルク1世
ベルンハルト2世は公国創設から6年後の1678年に死去、息子のが3歳で公位を継承した。ザクセン＝ヴァイマル公（1678年 - 1683年）、ザクセン＝アイゼナハ公ヨハン・ゲオルク1世（1683年 - 1686年）、ザクセン＝ヴァイマル公（1686年 - 1690年）が相次いで摂政を務めたが、ヨハン・ヴィルヘルムが15歳で夭折したことでザクセン＝イェーナ公の家系は断絶、遺領は1692年にザクセン＝ヴァイマルとザクセン＝アイゼナハの間で分割された。