William I of the Netherlands
في القرن السابع عشر بدأ النزاع بين التجار الهولنديين والبريطانيين، في 1602 أنشأ الهولنديون شركة الهند الشرقية الهولندية (VOC) وأصبحت القوة الأوربية المهيمنة. وبعد إفلاسها في عام 1800، أنشأت حكومة هولندا مستعمرة جزر الهند الشرقية الهولندية المؤممة. كانت السيطرة الهولندية خلال معظم الفترة الاستعمارية مقتصرة على المناطق الساحلية، بينما كان النفوذ ضعيفاً داخل الجزر، لكن في أوائل القرن العشرين امتدت الهيمنة الهولندية لتشمل حدود إندونيسيا الحالية. خلال الفترة الإستعماريَّة في البلاد، ساهمت سياسة حظر الكاثوليكية في زيادة كبيرة في نسبة وعدد المؤمنين البروتستانت في إندونيسيا. العداء من قبل الهولنديين تجاه الكاثوليكية يعود تاريخها بسبب استقلال الأمّة البروتستانتية الهولندية بعد الحرب الدامية التي امتدت ثمانين عامًا ضد الحكم القمعي الكاثوليكي لأسرة هابسبورغ في إسبانيا. في القرن السادس عشر فتح باب التبشير الهولندي الإصلاحي واللوثري، وبحلول منتصف عقد 1700 تواجد مجتمع لوثري كبير في جاكرتا، وكان يتعبد السكان المحليين في الكنيسة اللوثرية التي بناها الحاكم اللوثري الجنرال غوستاف ويليم فان إمهوف في عام 1749. وفي عام 1817 أسس الهولنديون "إنديش كيرك" كإتحاد مكون من الطوائف الإصلاحية واللوثرية، والمعمدانية والأرمينيانية والمينوناتية. في عام 1835 قرر فيلم الأول ملك هولندي أن مجلس الكنيسة سوف يقوم بالإشراف على الطوائف البروتستانتية في المستعمرة الهولندية. خلال القرن الثامن عشر قدم التجار الأرمن للتجارة في جزيرة جاوة، ومع وصولهم للجزيرة واستقرارهم فيها قاموا ببناء الكنائس الأرمنيَّة الأرثوذكسيَّة إلى جانب المدارس الأرمنيَّة للاهتمام بالجالية.