Chacarita Juniors
Летом того же года Хуан перешёл в «Чакарита Хуниорс». 17 августа в матче против «Ривер Плейта» он дебютировал в Примере B. 18 мая 2012 года в поединке против «Уракана» Кобелли забил свой первый гол за «Чакарита Хуниорс».