Metro-North Railroad
1995年起，随着大都會北方鐵路和美国国家铁路客运公司引入了新一代的P32AC-DM型双动力源机车，使用寿命将近50年的FL9型机车开始逐步被淘汰。2005年10月23日，大都會北方鐵路、康涅狄格州运输部、合作举办了一次FL9型机车的活动。2009年，大都會北方鐵路的FL9型机车全部停运报废。不少FL9型机车在退役后都进入博物馆保存或者转让予地方铁路使用，例如部分从美铁退役的FL9型机车被购入及用来牵引旅游列车，还有两台机车被购入，用来牵引布伦瑞克至罗克兰的短途旅客列车。