Ali Hassan al-Majid
في أعقاب مقتل الصدر، شهدت مناطق جنوب العراق، ومدينة صدام (مدينة الصدر حاليًا) اضطرابات ونزاعات عسكرية سُمِيَت بانتفاضة الصدر 1999 حيثُ قامت مجاميع من انصار بالهجوم على قوات الأمن ومراكز الشرطة ومقرات حزب البعث في الجنوب، متهمين حكومة صدام حسين بالضلوع باغتيال الصدر، رغم انه وخلال التحقيق معه بعد احداث غزو العراق عام 2003 من قبل جون نكسون محلل وكالة الإستخبارات الأمريكية نفى صدام قيام حكومته باغتيال محمد صادق الصدر، وقال: "متى ما تخبروني عن مَنْ قتل محمد باقر الحكيم (رئيس المجلس الأعلى للثورة الإسلامية في العراق والّذي قُتِلَ بعد أعقاب غزو العراق عام 2003) سأقول لكم مَنْ قتل الصدر. لقد تحدث بعض أعضاء حكومتي مع هذا الرجل (محمد صادق الصدر) وطلبوا منه الكفّ عن إثارة الناس ولم أسمع عنه شيئاً حتّى بلغني أنّهُ قد قُتِلَ. أمرت حينها بإجراء تحقيق خاص حول الحادث وتلقيت تقريراً من المخابرات العراقية مفاده أنّ مقتله تمّ نتيجة خلاف داخلي بين كبار قادة الحوزة".وأصرّ صدام بأنّه لم يكن لديه أيّ دورٍ في أغتياله فيما تبنى علناً إعدام محمد باقر الصدر بتهمة العمالة لإيران وولاءه للمرشد الإيراني روح الله الخميني. إلا ان تلك الادعاءات لم تلقى رواجاً وكانت غير واقعية خاصة في ظل تورط النظام بالهجوم على مقلدي الصدر في اليوم التالي لاغتياله بعد تجمرهم في جامع المحسن في مدينة الصدر ببغداد حيث أدّت احداث جامع المحسن إلى مقتل ما لايقل عن 80 شخص من انصار الصدر برصاص قوات الامن كما حكمَ على علي حسن المجيد والعشرات من اركان نظام البعث بالإعدام والسجن المؤبد بسبب عمليات تصفية واعتقالات وجرائم ابادة اعقبت اغتيال الصدر في محافظات البصرة وبغداد والناصرية والسماوة والنجف.