Basilan Island
Президентство Альвареса было прервано, когда командир Тайтунга, Исидро Мидель, сотрудничавший с американцами в обмен на президентство, отдал приказ о ликвидации майора Меланио Калисто, который исполнял обязанности президента Замбоанга, так как Альварес уехал в Басилан, чтобы набрать больше сил. 16 ноября 1899 Мидель выставил белый флаг над Фортом Пилар в качестве сигнала оккупационным американским войскам. Таким образом, правительство Альвареса было свергнуто. Сам Альварес и его союзники были вынуждены бежать в близлежащий город Мерседес, затем на остров Басилан. В декабре 1899 23-ий американский пехотный полк командира Пратта прибыл в Замбоангу и захватил Форт Пилар. После этого Замбоанга, возглавляемая Исидро Миделем, фактически оказалась под протекторатом США.