President of Pakistan
وفي عام 1961 دعاه رئيس باكستان الجنرال محمد أيوب خان ليشرف على معهد إسلامي للبحوث في إسلام أباد، ومن صلاحيات هذا المعهد إيجاد توجّه جديد في كيفية التعليم والبحث الإسلاميين. لكن التعليمات والتوجيهات التي ٌقدمها فضل الرحمن والتي صادفت صدور كتابه "الإسلام"، أثارت غضب الأوساط المحافظة التي ردت علية بشدة، مما اضطره إلى مغادرة باكستان في عام 1968م، مهاجرا إلى الولايات المتحدة الأمريكية.