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1590年（天正十八年），豐臣秀吉為了削減德川家康的勢力，將德川家移封到關東，小笠原氏也跟著移封到下總古河。松本一地則改封給由德川家出奔到豐臣家的石川數正。石川數正、康長父子以松本城為松本藩的居城，興建天守(最初的乾小天守)、城郭和城下町，確立了松本城的規模。