José Antonio
2006년 8월 이적시장 말일이 저물 무렵, 언론은 그가 토트넘 홋스퍼나 아스널과 연락했고, 후자의 경우 호세 안토니오 레예스와의 교환도 고려되었다고 덧붙었다. 바프티스타는 계속해서 레알 마드리드를 떠나고 싶지 않다고 밝혔다. 그러나, 2006년 8월 31일, 이적시장 말일, 바프티스타는 호세 안토니오 레예스와 교환으로 12달 임대를 가게 되었다. 2006년 11월 21일, 그는 함부르크와의 UEFA 챔피언스리그 경기에서 아스널 소속으로 첫 골을 기록했다.