Трейнта-и-Трес
Эмилиано Альфаро начинал заниматься футболом в команде родного города «Уракан» (Трейнта-и-Трес). В 2005 году перешёл в столичный «Ливерпуль» и вскоре дебютировал за основной состав клуба. В том году Альфаро принял участие в молодёжном чемпионате Южной Америки, на котором сборная Уругвая (до 17 лет) заняла второе место, а сам Альфаро отметился одним забитым голом в ворота сборной Чили. Это дало путёвку на юношеский чемпионат мира того же года. На нём Альфаро провёл две игры. Уругвайцы выступили неудачно, проиграв все три игры группового этапа. В 2007 году Альфаро выступал за молодёжную сборную Уругвая.