동파키스탄
그의 지배에서 전환기는 1965년 인도-파키스탄 전쟁이었으며 많은 이들이 인도의 공격을 격퇴시킴에 불구하고 전쟁은 거꾸로 당시 파키스탄의 재빠르게 발전하는 경제에 영향을 미치고, "타슈켄트 선언"으로 불린 타슈켄트에서 아유브 칸에 의하여 도달된 타협에서 끝났다. 타협은 많은 파키스탄인들에 의하여 부정적으로 인식되었고, 줄피카르 알리 부토가 아유브 칸의 직위를 사임하고 그에게 상대 후보로 차지하는 데 이끌었다. 모리스 제임스에 의하면 "파키스탄인들을 위하여 아유브 칸은 국가를 배신하였고, 인도인들 앞에서 용서할 수 없을 정도로 국면을 잃었다."고 한다. 전쟁은 또한 지방을 위하여 더많은 자치권을 추구한 셰이크 무지부르 라흐만에 의하여 아와미 연맹이 지휘된 동파키스탄(현재의 방글라데시)에서 대립을 늘이기도 하였다.