Deportes Tolima
В начале 2015 года Джонатан перешёл в «Депортес Толима». 31 января в матче против «Бояка Чико» он дебютировал за новый клуб. 12 марта в поединке против «Кукута Депортиво» Эстрада забил свой первый гол за «Депортес Толима». В матчах Южноамериканского кубка против «Атлетико Хуниор» и парагвайского «Спортиво Лукеньо» он забил по голу.