Charles Wilson
その後、1979年にソ連軍のアフガニスタン侵攻が起きると、ISIはCIAと組み、ハク大統領による反共主義政策もあってソ連や共産主義勢力と闘うムジャーヒディーンに、チャールズ・ウィルソンや中華人民共和国などによる武器援助を大々的に支援した。またハク大統領によるパキスタンの核開発にも深く関与した。このころからイスラム原理主義の影響が強くなったとされ、アフガニスタン紛争では最初はグルブッディーン・ヘクマティヤール率いるイスラム党（ヘクマティヤール派）の、後にはターリバーンの後ろ盾になったとされる。特に80年代にISI長官を務めたはISIの最も有名な人物で「ターリバーンのゴッドファーザー」などとも呼ばれ、アメリカが国際連合にハミド・グルのテロリスト指定を迫った際は中国が拒否権を行使している。