Höllenfahrt Christi
1548 ging er als "lector secundarius" und Pastor an den Dom seiner Vaterstadt. Johannes Aepinus ordinierte ihn und führte ihn in sein neues Amt ein. Im Streit über die Höllenfahrt Christi stand er auf Aepinus’ Seite. Nach Aepinus’ Tode 1553 blieb die Superintendentur zwei Jahre vakant, bis der Rat sich 1555 entschloss, von Eitzen zu wählen. Neben dem Amt des Superintendenten übernahm er entsprechend der Kirchenordnung auch den Vorsitz im Schulwesen als "Lector primarius". Da die Kirchenordnung dafür eine Promotion voraussetzte, begab er sich wiederum nach Wittenberg und erwarb 1556 den akademischen Grad des Doktor der Theologie.