盧漢
9月8日下午，盧漢回到昆明，暗示共產黨人迅速轉移。9月9日，在昆明實行大逮捕，由特務頭子、軍統西南特區區長徐遠舉率領數十人執行任務，共逮捕數百人之多；同時解散省議會，查封部分報刊和學校。這就是所謂「九九整肅」事件。經審訊後，有100多人準備槍決，其餘大多判處3年至20年徒刑不等。軍統特務、保密局局長毛人鳳企圖借刀殺人，嫁禍盧漢，乃將處理人員名單報送盧漢要他立即批准。盧漢認為，罪證不足，殺人太多，難以服眾，命令進行複審，這樣就拖下來。11月初，代總統李宗仁路過昆明去香港，盧漢向李宗仁報告，要求從寬處理這批人員，李宗仁為拉攏盧漢，慨然應允。盧漢立即下令，奉李代總統面諭，整肅時所有被捕人員，罪證不足，准予一律釋放。這場風波，乃告結束。為避免生發事端，盧漢命楊文清代理省主席職務，自己稱病在家，暗中策劃和指揮起義。