Guerras de los Bóeres
Al aumentar sin cesar sus colecciones, especialmente gracias a las donaciones, el museo necesitó en 1893 un espacio más grande. En abril de 1897, Jan Willem Bowdewyn Gunning (1860-1913) se convirtió en el primer director del museo. Por medio de sus relaciones con los otros museos de Sudáfrica, el museo de Transvaal enriqueció rápidamente sus colecciones de zoología y estableció vínculos con otras instituciones en Europa. En enero de 1898, se inauguró un jardín zoológico, aunque solo con algunos animales. Se empezó a construir un nuevo edificio en 1899, pero su edificación fue interrumpida por las Guerras de los Bóeres; por ello, no fue hasta 1912 que el museo se instaló en su nuevo edificio.