Organization XIII
3人の乗った列車は不思議な塔に辿り着き、そこで王様の師匠であるイェン・シッドから、世界に再び異変が起きていることを知らされる。ノーバディと呼ばれる怪物を率いるXIII機関が暗躍しているというのだ。ソラは3人の妖精に服を変えてもらい、装いも新たに、再び世界を駆け巡る冒険に出発する。