モートン湾
所属部隊の第53潜水戦隊はパナマから太平洋南西部への移動を命じられた。3月初めに出航し、4月半ばにブリスベンに到着する。S-44は4月24日にモートン湾から最初の哨戒に出撃した。3日後、左舷のエンジンが停止する。しかしながら乗員たちの36時間に及ぶ修理により回復し、S-44は作戦活動を継続した。4月29日から日中は潜航し、夜間に浮上、バッテリーの充電と艦内の換気を行った。5月2日までに哨戒海域のニューブリテン島とニューアイルランド島の間に到達する。6日後、雨のもやの中船影を観測し、2発の魚雷を発射したものの命中せず、再攻撃のため接近を試みたが、船は間もなく姿を消した。翌日の午後、S-44はアドラー湾東で敵駆逐艦への接近を試みたが、これもすぐに引き離されることとなった。5月10日、セントジョージ岬沖で別の標的に接近したものの、敵に発見され攻撃を受けた。