Usbeken-Khanat
Das geschwächte Reich der Timuriden wurde vom Usbeken-Khanat unter der Dynastie der Scheibaniden besiegt, sodass dieses Khanat die Gebiete rund um den Flusslauf des Syrdarjas bis nach Tadschikistan kontrollieren konnte. 1468 wurde dieses Khanat von Kasachen, die sich vom Usbeken-Khanat abgespalten hatten, besiegt. Das Usbeken-Khanat konnte um 1500 aber durch Mohammed Scheibani wiedererrichtet werden. Bereits nach dem Tod Scheibanis zeichneten sich mehrere einzelne Khanate ab, die im frühen 16. Jahrhundert noch im Usbeken-Khanat zusammengefasst waren. Eine Bedrohung für die Region war auch das aufstrebende Mogulreich unter Babur, der mehrmals versuchte Samarkand einzunehmen, aber von den Usbeken zurückgedrängt wurde. Vom 16.–19. Jahrhundert war Tadschikistan in der Hand verschiedener Khanat, vor allem des Buchara-Emirats. Damals trug das heutige Tadschikistan daher auch den Namen Ost-Buchara. Ständige Auseinandersetzungen zwischen den Khanaten prägten diese Phase der tadschikischen Geschichte.