El Escorial
1868年にイサベル2世が王位を追われた後、セバスティアンはスペイン・ブルボン家内のイサベル系とカルリスタ系を和解させようと試みたが、失敗に終わった。セバスティアンはピレネー山麓のフランス領ポーで死去し、エル・エスコリアル修道院に埋葬された。