국민회의
1995년 노동운동 시절부터 노선을 같이하던 김근태와 함께 새정치국민회의의 발기인으로 참여했으며, 1996년도에는 국민회의 공천으로 안산 갑에서 국회의원에 당선되어 내리 2선을 기록했다. 2001년도에는 김대중 정부 최연소 과학기술부 장관에 임명됐다.