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1995年6月30日、ペルー全国人権団体連合会（CHDDHH）が、バリオス・アルトス事件に関して、ペルー政府を相手取って米州人権条約第7章に基づく米州機構人権委員会に告発する。同年8月28日に、審理手続きが開始となる。2000年3月7日、米州機構人権委員会は、「ペルー政府に、バリオスアルトス事件について、恩赦法を無効とし、捜査の再開し、被害者・遺族への補償の実施を行うこと」を要求する報告書を発表する。同年6月8日に、米州人権委員会は（米州人権条約第8条に基づく）米州機構人権裁判所に告訴する。同年11月、フジモリ大統領は罷免される。ペルー政府のバリオス・アルトス事件に対する方針が変更される。2001年3月14日、ペルー政府側が、管轄権問題や事実関係を争わないことを確認し、「ペルー政府が、バリオス・アルトス事件を捜査し、責任者を罰し、被害者に補償をすること、人道に対する罪に関する時効不適用条約に批准すること」という内容の判決が、米州機構人権裁判所によって出される。同年8月には、ペルー政府が、遺族と重傷者に、合計330万ドルもの補償に同意する。