Kaiserreich Mexiko
Als die zentralamerikanische Regierung für die Annexion durch das Kaiserreich Mexiko stimmte, war Delgado dagegen. Als "Supremo Director" der Provinz San Salvador führte er am 11. Januar 1822 die Proteste gegen die Annexion durch das Mexikanische Kaiserreich unter Agustín de Itúrbide. Am 11. Januar 1822 trennte sich El Salvador von Guatemala, um nicht durch Mexiko annektiert zu werden. Als Antwort wurde San Salvador von April 1822 bis 9. Februar 1823 durch Truppen aus San Miguel und aus Mexiko angegriffen.