ハイタカ
市街地・農耕地に生息するエゾモモンガの天敵はクロテン・エゾフクロウ・ハイタカ・ネコ（飼い猫・野良猫とも）などである。またシマフクロウ・クマタカなど希少な猛禽類もエゾモモンガを餌とする。