Sechster Kreuzzug
Nur ein Jahr nach der Gefangenschaft übernahm as-Salih Ayyub die Herrschaft als Sultan in Ägypten und Baibars wurde von ihm dem Bahri-Regiment der Militärsklavengarde zugeteilt. Im Jahr 1244 wurde er mit dem Oberbefehl über ein Heer betraut, mit dem er einen Angriff der christlichen Kreuzfahrerbarone auf Ägypten abwehren sollte. In der Schlacht von La Forbie errang er einen vollständigen Sieg über den Feind, allerdings misslang ihm im Anschluss die Eroberung von Askalon. Während des Angriffs des französischen Königs Ludwig IX. der Heilige auf Ägypten (Sechster Kreuzzug) war Baibars dem Kommando des Emirs Fachr ad-Din Yusuf unterstellt. Nachdem der Emir im Kampf um die Stadt al-Mansura am 8. Februar 1250 getötet wurde, übernahm er das Kommando über die Mamlukenkrieger und stellte den Kreuzrittern eine Falle. Indem er deren Vorhut in die Stadt einziehen ließ, konnte er sie im anschließenden Straßenkampf vernichtend schlagen. Als sich die Kreuzfahrer nach Damiette zurückziehen wollten, verfolgte Baibars sie mit seinen Truppen und nahm am 6. April 1250 bei Fariskur den König von Frankreich gefangen und vollendete damit das Scheitern des Kreuzzuges.