サンミゲル島
北側の3島（サンミゲル島、サンタクルス島、サンタローザ島）では1990年代にイヌワシが繁殖するようになった。シマハイイロギツネは島内の頂点捕食者であったために新たな捕食者から身を守るすべを持たず、イヌワシによる捕食が主要因となって個体数が各島で壊滅的に減少した。これらの3島では個体数回復のために各島ごとにシマハイイロギツネの飼育と繁殖が順次開始された。この当時残っていた個体数はサンミゲル島で15匹、サンタローザ島で15匹、サンタクルス島でおよそ55匹であり、サンミゲル島では1999年にメス1匹を除く14匹が、サンタローザ島では2000年と翌年に全15匹が飼育下に移された（サンミゲル島における残りの1匹ものちに飼育下に入れられ野生の個体はいなくなった）。飼育下で個体数は急速に増加し、2003年から順次野生に返され始め2008年には全ての個体の解放が完了した。このころには野生下でも飼育下を上回る速度で個体数が増加するようになっていた。同時にイヌワシを減らす取り組みも行われ、1999年からはイヌワシを捕獲しカリフォルニア北東部へ放つ取り組みも行われた。さらに生態系レベルのより大きな行動として、ハクトウワシの再導入とサンタクルス島における野生化したブタおよびサンタローザ島におけるミュールジカやアメリカアカシカの駆除が行われた。ハクトウワシはかつてはチャンネル諸島で繁殖しており主に魚や海鳥を捕食したが、1960年代までに島から姿を消していた。ハクトウワシが繁殖しているとイヌワシの巣作りを抑えられると考えられている。また在来種でないブタ、ミュールジカ、アメリカアカシカの存在はそれらを餌とするイヌワシの個体数増加を促し、間接的にシマハイイロギツネの減少につながる。