Sud América
В начале 2015 года Барбоса на правах аренды присоединился к «Суд Америка». 18 апреля в матче против «Дефенсор Спортинг» он дебютировал за новую команду. По окончании аренды «Суд Америка» выкупил трансфера Барбосы. 12 ноября 2016 года Джонатан в поединке против «Феникса» забил свой первый гол за клуб. Летом 2017 году Барбоса перешёл в «Серро». 4 февраля в матче против «Расинга» он дебютировал за новую команду. 24 марта 2018 года в поединке против «Дефенсор Спортинг» Джордан забил свой первый гол за «Серро». Летом того же года Барбоса на правах аренды перешёл в колумбийский «Индепендьенте Медельин». 30 июля в матче против «Бояка Чико» он дебютировал в колумбийской Серии A.