Joe Girardi
3月26日に富山県出身の25歳日本人女性とアメリカ合衆国ニューヨーク市内で挙式。翌日に新婦の似顔絵と共に記者会見を行い、結婚を報告した。相手が元会社員で一般人のため、プライバシーを考慮して、顔写真や氏名は公表していない。レギュラーシーズンでは監督の交代もあり、開幕前はレギュラーが確約されなかった。開幕は「8番・指名打者」からのスタートとなったが、序盤は打撃が好調で打順も上がり、一時は打率.337で首位打者に立ち、4月から5月にかけては自己最長となる19試合連続安打を放った。また、この年のオールスターゲームは同年限りで閉場する地元ヤンキースタジアムで行われる最後のオールスターゲームということもあり、松井も「こんな舞台は二度とない。出られれば一生の思い出になると思う」と出場を熱望し、地元の石川県の公式サイト上でファン投票の呼びかけが行われたが落選した。6月になっても好調を持続させ、首位打者争いをしていたが、6月18日の試合前、突然古傷の左膝に痛みが走り、患部に溜まった水を抜く治療を受けた後、監督のジョー・ジラルディとGMのブライアン・キャッシュマンの意向で6月27日に故障者リスト入りした。オフに手術した右膝を無意識にかばい、左足に負担が掛かっていたことが原因だった。持ち上がった手術の話に関しては、7月17日の段階では「（手術を）球団に勧められれば受け入れる 」との考えを示していた。しかし、2日後にキャッシュマンから手術を勧められた際には態度を一転させ、2時間もの説得にもかかわらず手術を拒否した。その後、2ヶ月に渡る治療・リハビリののち、8月19日のブルージェイズ戦から復帰、主に「7番・指名打者」として出場を続けたが、万全には程遠く打撃は低迷。チームのプレーオフ進出も困難になった9月後半からは再び控えに回り、21日のヤンキー・スタジアム最終試合の先発出場を最後にシーズンを終えた。9月22日に左膝の内視鏡手術に踏み切った。最終的に打率は3割を下回る.294、安打数は99、本塁打も一桁の9本と寂しい成績に終わった。