أمير البرتغال
سيباستياو كان الابن الوحيد لـ جواو مانويل، أمير البرتغال وزوجته خوانا من إسبانيا، يعتبر سيباستياو حفيد جواو الثالث من البرتغال وحفيد الإمبراطور روماني مقدس كارل الخامس (كارلوس الأول) وإيزابيلا أفيز شقيقة جواو الثالث.