신주쿠 선
그 해의 사업 계획에서 5편성 개조 계획이 발표되었다. 최초의 개조는 유라쿠초 선 직통에 영향이 없었던 전 신주쿠 선 소속 6103F-6107F가 대상이 되었다. 개조 제1진의 6103F는 2007년 1월 9일부터 이케부쿠로 선에서 영업 운행을 개시했으며, 이후 그 해 3월까지 6106F와 6107F도 개조를 마치고 운용을 개시했다. 2006년도 내에 완료된 것은 6103F·6106F·6107F의 3개로 6104F·6105F는 2007년도에 준공되었으며 2007년 5월 6105F를 마지막으로 신주쿠 선 소속 편성 개편이 종료되어 개조 후 편성의 유라쿠초 선 직통 운행은 그 해 7월 28일부터 6106F를 시작으로 시작되었다.