Sacred Heart
Die evangelische Pfarrei Sankt Peter und Paul in Ebermergen gehört zum Dekanat Donauwörth im Kirchenkreis Augsburg. Zur Pfarrei gehören noch Brünsee, Marbach und die Untere Reismühle. Die Katholiken von Ebermergen gehören seit 2004 zur katholischen Pfarrei Heiligstes Herz Jesu in Harburg.