الثورة الفلبينية
عند ترحيل ريزال، أنشأ العديد من القوميين الفلبينيين كاتيبونان، وهي جمعية سرية أخرى، ولكن هذه المرة بهدف الحصول على الاستقلال عن إسبانيا من خلال ثورة. وبوحي من أعمال ريزال، نظمت جمعية كاتيبونان مقاومة مسلحة ضد الحكم الإسباني بقيادة أندريس بونيفاسيو. وبعد اكتشاف أنشطة الجمعية في أغسطس عام 1896، بدأت الثورة الفلبينية. تمرد أعضاء كاتيبونان في كالوكان، وأسسوا جمهورية تاغالوغ وأعلنوا ثورة مسلحة على مستوى البلاد. أما ريزال، الذي لم يكن له دور في الثورة، حوكم عرفيًا بتهمة إثارة التمرد والفتنة والتآمر. أدين بجميع التهم وأعدم رميًا بالرصاص. وفي عام 1897، عُزل بونيفاسيو وأُعدم من قبل إميليو أغينالدو، الذي تولى قيادة الحركة الثورية. وبعد طرد الإسبان من الأرخبيل، أسس أغينالدو ديكتاتورية وأعلن الاستقلال. لكن اتفاقية باريس تنازلت رسميًا عن الفلبين للولايات المتحدة، ما أشعل نزاعًا مسلحًا مع جمهورية الفلبين الأولى المنشأة حديثًا.