巴達維亞共和國
1794年，羅伯斯庇爾被處決後，西哀士在隨後的憲法辯論過程中，重新成為一個重要的政治人物。 1795年，他出使海牙，並且著手制定法蘭西和巴達維亞共和國之間的條約。他憎恨督政府制定實施的共和三年宪法，並拒絕出任共和國的督導(Director)。 1798年5月，他出任作為法蘭西駐柏林宮廷的，盡量敦促普魯士王國與法蘭西結盟反對第二次反法同盟；這一努力最終以失敗告終。他的聲望仍然增長，1799年5月，他被任命為法蘭西督導替代。