窒素固定
藍藻は窒素固定能をもつため、有機肥料として用いられることがある。アカウキクサ類 (薄嚢シダ類) は葉の内部に窒素固定能をもつ藍藻 () を共生させており (上記参照)、水田の緑肥に利用されることがある。