什叶派
倭马亚王朝的建立伴随着其最大的反对者伊斯兰教什叶派的兴起。什叶派不承认倭马亚王朝的哈里发地位为合法，坚持哈里发一职只能从先知女婿阿里的后代中产生。由于阿里的长子哈桑主动放弃哈里发地位并于穆阿维叶一世统治时期被毒死，什叶派转而支持阿里的次子侯赛因成为哈里发。侯赛因在682年（叶齐德一世统治时期）于库法附近被倭马亚王朝军队杀害，使什叶派极为震怒。阿卜杜拉·伊本·祖拜尔（穆罕默德最初的信徒和战友祖拜尔之子）强烈反对倭马亚王朝，他实际上占领了阿拉伯帝国境内的很多地区，并于汉志（希贾兹）建立了自己的政权。在哈里发阿卜杜勒·马利克时代，倭马亚王朝才消灭了麦加的什叶派政权。在整个倭马亚王朝时期，政府与什叶派一直发生战斗，但什叶派从未被彻底剪除。而且什叶派最后协助阿拔斯王朝终结了倭马亚家族的统治。