La Equidad
В начале 2015 года Бонилья для получения игровой практики перешёл в «Ла Экидад». 7 марта в матче против «Мильонариос» он дебютировал за новую команду. 1 января 2016 года Бонилья вернулся в «Атлетико Насьональ». В том же году он стал обладателем Кубка Либертадорес в составе клуба.