아케치 미쓰히데
오다 노부나가의 주고쿠 방면 책임자 하시바 히데요시가 미키 성(三木城), 돗토리 성(鳥取城), 다카마쓰 성(高松城)을 차례차례 공략하여 모리 가문을 압박하지만(주고쿠 정벌), 1582년 혼노지의 변으로 오다 노부나가가 절명하자 하시바 히데요시는 모리 가문과 재빨리 화친을 하고 급히 회군하여, 교토 인근 야마자키에서 아케치 미쓰히데(明智光秀)를 격파하였다(야마자키 전투(山崎の戦い)). 그 후, 히데요시는 오다 가문의 실권을 장악하고 명실상부한 천하의 패자로 군림하게 되었다. 이 후, 모리 가문은 도요토미 가문(豊臣氏)에 협력하여 시코쿠 정벌, 규슈 정벌, 오다와라 정벌 등에서 활약하였다. 이에 도요토미 정권의 중신인 다섯 명의 고다이로 중 모리 가문의 사람이 두 명 이나 들어가는 등 모리 가문은 도요토미 정권에서 후대받았다. 도요토미 히데요시 사후, 도쿠가와 이에야스(徳川家康)와 이시다 미쓰나리(石田三成)가 대립하여 일어난 세키가하라 전투에서는, 모리 가문의 당주 모리 데루모토가 명목상의 서군 총대장으로서 전투에 참가하였기 때문에 서군 패전 뒤 모리 가문은 스오, 나가토 2개국 36만 9000석으로 감봉되었다.