Molucca Sea
11月17日、修理が終わったカペリンは、2回目の哨戒でモルッカ海およびセレベス海方面に向かった。カペリンはハルマヘラ島のカウ湾、モロタイ海峡およびミンダナオ島周辺の、シアオエ島、サンギ島、タラウド諸島、などを偵察した後、12月6日に担当哨戒区域を離れる予定であった。しかし、カペリンはその後消息不明になる。僚艦のボーンフィッシュ ("USS Bonefish, SS-223") が1943年12月2日にアメリカ軍の潜水艦を目撃したことを報告しているが、当時その海域ではカペリンが配備されていた。海軍は12月9日に通信を試みたが応答はなかった。