Брестская уния
Однако в правление Сигизмунда III религиозная обстановка в стране изменилась; среди многих причин этого называют победу Контрреформации; взгляды ряда влиятельных иерархов католической и православной церквей, включая Петра Скаргу и Ипатия Поцея, по различным религиозным вопросам, таким, например, как вопрос о единстве веры и полезности этого для страны и общества; ослабление православной церкви в XVI веке в ходе Реформации и Ливонской войны (разорение Полоцка и взятие в плен российскими войсками православного архиепископа Арсения) и др. В 1596 году на церковном соборе была принята Брестская уния, приведшая к возникновению униатской церкви. Первым следствием этого события явился резкий рост религиозной конфронтации, доходящей до восстаний и убийств (таких, например, как восстания, связанные с деятельностью архиепископа Иосафата, и его убийство). Уния также вызвала рост самоорганизации общества в форме братств и бурное распространение полемической литературы.