Pope Gregory XIII
隨著印刷術的發展和《聖經》譯本的出現，教會權威開始受到挑戰。1474年開始，教會授權科隆大學檢查和取締問題書籍，開展了具現代意義的審查制度與禁書。在16世紀初，因德意志宗教改革乃至於全歐洲的宗教改革和文藝復興的發展，進一步出現了大量基督新教和人文主義的書籍。1517年，羅馬設立禁書審定院（Congregation of the Index）審查所有教會刊物。1542年，羅馬教廷恢復異端裁判所。1543年，教廷宣布不得印刷或出售任何未經教會許可的書籍。1559年，第一版《禁書目錄》在教宗保祿四世親自監督下編定及頒布。其後的教宗額我略十三世亦對《禁書目錄》加以核訂。