海军舰队
随后乔纳森开始指挥舰队，包括：1996年7月到1997年6月，兼司令；1997年7月，开始担任第7舰队参谋长；1998年10月到1999年12月，司令;2004年8月到2006年9月，担任第7舰队司令；2007年9月到2009年7月，美国海军舰队司令部司令。