جون نوكس
في 5 ديسمبر 1560 توفي الملك فرانسوا الثاني، بسبب عدوى في الأذن الوسطى أدت إلى ظهور خراج في دماغه. وقد تأثر ماري كثيرا لفراقه. عندها أصبحت حماتها كاترين دي ميديشي وصية على شقيق الملك الراحل تشارلز التاسع البالغ من العمر عشر سنوات، وورث العرش الفرنسي. ثم عادت ماري إلى اسكتلندا بعد تسعة أشهر، ووصلت إلى ليث في 19 أغسطس 1561. امضت ماري حياتها في فرنسا منذ أن كانت في سن الخامسة، لم يكن لديها خبرة بالوضع السياسي الخطير والمعقد في اسكتلندا. وبما أنها كاثوليكية متدينة، فقد اعتبرت في محل شك من قبل بعض رعاياها، وكذلك من ملكة إنجلترا. كانت اسكتلندا ممزقة بين الفصائل الكاثوليكية والبروتستانتية، وكان أخ ماري الغير الشرعي، إيرل موراي يتزعم البروتستانت. المبشر البروتستانتي جون نوكس يعظ ماري، ويدينها لسماع القداس، والرقص، وارتداء الملابس بإسهاب. وقد استدعته أن يحضر إليها محتجة على فعله لكن دون جدوى، واتهمته فيما بعد بالخيانة، لكن تمت تبرئته واطلق سراحه.