Massachusetts House of Representatives
Dans le même temps, Clark est aussi l’un des trois membres d’une commission chargée en 1863 par le gouverneur du Massachusetts John Albion Andrew d’étudier la possibilité de créer une académie militaire dans l’État. Il est aussi grand électeur en 1864, et élu à la Chambre des représentants du Massachusetts en 1864-1865, ainsi qu’en 1867. Il est aussi membre de l’Académie américaine des arts et des sciences, ainsi que de plusieurs autres sociétés scientifiques.