Gran Colombia
Пятнадцать лет спустя, уже в государстве Великая Колумбия, Пей вновь оказался у руля страны. В 1830 году в стране началась гражданская война, и ради установления мира 30 апреля 1831 года занявший пост президента генерал Рафаэль Урданета подал в отставку. Исполнительную власть на себя взял «Ejecutivo Plural» в который вошли Хуан Гарсиа дель Рио, Херонимо Гутиеррес де Мендоса и Хосе Мигель Пей (ставший исполнять обязанности министра обороны). 5 мая 1831 года этот триумвират передал власть Доминиго Кайседо.