اتفاقية السلام الشامل
وبعد توقيع اتفاقية السلام الشامل بين الحكومة والحركة الشعبية لتحرير السودان منهيا 25 عاما من الحرب الأهلية في الجنوب السودانى تم اصدار قانون مصرف السودان المركزي (تعديل) لسنة 2006 حيث حدد طبيعة النظام المصرفي والمصرف وفروعه بحيث يتكون المصرف والنظام المصرفي السوداني من نظام مصرفي مزدوج احدهما إسلامي في شمال السودان والآخر تقليدي في جنوب السودان.