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1998年，政府再推出《香港第三次整體運輸研究》、《香港第二次鐵路發展研究》，當中將多個東部走廊路段分析，提出多個方案組合九廣西鐵（現西鐵綫屯門至南昌段）、南環線（現西鐵綫南昌至尖東段）、尖沙咀支線、九廣東鐵（現稱東鐵綫）、沙田至中環綫（第四條過海鐵路、東九龍綫、大圍至鑽石山鐵路）及馬鞍山鐵路（現屯馬綫一期大圍至烏溪沙段），並考慮分別交由地鐵及九鐵營運，沙田至中環綫因而誕生。同時間，西鐵、尖沙咀支線及馬鐵由九鐵投得營運權。