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1999年の市長選挙ではバスク民族主義党(PNV)のイニャキ・アスクナが当選し、2003年、2007年、2011年に再選された。ビルバオは2008年と2010年にトランスペアレンシー・インターナショナルの自治体賞（スペイン部門）を受賞した。2009年の同賞ではサン・クガ・デル・バリェスに次いでスペイン第2位となった。2012年には市長のアスクナが世界市長賞を受賞した が、アスクナは任期中の2014年3月20日に前立腺がんで死去した。後任の市長にはバスク民族主義党のイボン・アレソが就任した。