どうぶつの森シリーズ
本作の発売日と同日にピクミンのamiiboが発売。ピクミンのamiiboを読み込むとピクミンを呼び出すことができ、amiiboがレベルアップするとより多くのピクミンを呼べるようになる。大乱闘スマッシュブラザーズシリーズのオリマー、スーパーマリオシリーズ、どうぶつの森シリーズ、スプラトゥーンのamiiboにも対応している。『ピクミン2』にあった原生生物・お宝図鑑があり、マリオやルイージなどのキャラクターも図鑑に登録される。