Enrique III el Negro
En 1032, Besanzón fue anexionada al Sacro Imperio Romano Germánico como todo el Condado de Borgoña. El arzobispo de Besanzón, Hugues de Salins, gracias al apoyo del emperador Enrique III el Negro, se convirtió entonces en señor de la ciudad que prosperó por su impulso. Tras la muerte de este arzobispo en el año 1066, una lucha por su sucesión ocasionó un largo período de crisis. Así, durante toda la Edad Media, Besanzón permaneció como una ciudad directamente sometida a la autoridad imperial e independiente del Condado de Borgoña, cuya capital era Dole.