イリオモテヤマネコ
本線はイリオモテヤマネコの生息域を通っている。イリオモテヤマネコは山麓から海岸にかけての地域を沢沿いに移動するため、沿岸部を走る本線を横断し、交通事故に遭うことが多い。1977年（昭和52年）の全線開通以降、毎年数頭が交通事故に遭っており、2010年代には西表島全域での交通事故が平均4.57件/年に急増。1978年から2018年3月までの累計では、80件の事故が発生し、76頭が死亡している。