Ryker's Island
El juego comienza con el Punisher siendo capturado por agentes de la policía después de matar a varios delincuentes de la Yakuza en un edificio desconocido. Después de abandonar el edificio, es arrestado por la policía y más tarde es transferido a la Isla Ryker y es interrogado por los detectives Molly Van Richtofen y Martin Soap. El resto del juego se produce en momentos de flashback durante el interrogatorio.