Boa constrictor
Der Park gilt als eine der Gegenden mit der weltweit größten Biodiversität, was wohl der engen Verzahnung von primärem Regenwald und Meeresküste geschuldet ist. Vor allem die Avifauna ist dank zahlreicher Zugvögel mit ca. 270 Arten extrem reich und umfasst auch sehr seltene, endemische Arten wie den Braunmantel-Stirnvogel "Psarocolius cassini", den Kerrtinamu "Crypturellus kerriae" oder die Esmeraldas-Ralle "Aramides wolfi". Daneben beherbergt der Naturpark zahlreiche Amphibien – über 140 Froschlurch-Arten, davon etliche endemisch – und ca. 70 Reptilien-Arten, von der Oliv-Bastardschildkröte "Lepidochelys olivacea" bis zur Abgottschlange "Boa constrictor". Unter den größeren Landsäugetieren des Parks sind u. a. der Große Ameisenbär "Myrmecophaga tridactyla", der Ozelot "Felis pardalis" sowie der Jaguar "Panthera onca" zu nennen.