États impériaux
Les différends entre les archevêques et les citoyens bisontins se prolongèrent jusqu'au , puis s'atténuèrent peu à peu sous les Habsbourg et l'annexion française. Besançon rejoint donc la France par les traités de Nimègue en 1678/1679; toutefois, les archevêques ont gardé le statut de princes du Saint-Empire ayant droit de siéger et de voter à la diète d'Empire comme États impériaux jusqu'au recès de 1803. Par exemple la matricule d'Empire, arrêtée à la diète de Worms en 1521, recense les trois électeurs ecclésiastiques et quatre États impériaux au rang de princes-archevêques ("Erzstifte") : à Magdebourg (avec Halberstadt), Salzbourg, Besançon et Brême. Le diocèse coïncide pratiquement durant tout l'Ancien Régime avec le comté de Bourgogne (ou Franche-Comté y compris le comté de Montbéliard).