Иоанн VI Кантакузин
Пока Ирина была в изгнании, как в Трапезунде, так и в Константинополе произошли дворцовые перевороты. Византийское регентское правительство Иоанна V Палеолога поддерживало дядю её покойного супруга, Михаила, и двоюродного брата Василия, Иоанна III, в их борьбе за власть. Когда Иоанн VI Кантакузин одержал победу в гражданской войне в Византии, он стал поддерживать сына Ирины, Иоанна, в борьбе за престол Трапезунда. Её второй сын Алексей не упоминается после его отъезда из Трапезунда; возможно, он умер вскоре после прибытия в Константинополь. Иоанна поддержал могущественный Никита Схолар, с которым у Михаила были плохие отношения. В результате, слабый и жестокий Михаил был свергнут, а сын Ирины стал новым императором, приняв имя Алексея III.