クリュニー修道院
登位後は乱れた教会秩序の回復のため、皇帝との協調関係を保ちつつ教会の改革に努めた。レオ9世は、ローマ教皇として教会改革にはじめて着手した人物であり、その改革はクリュニー修道院の主張から多大な影響を受けていた。レオ9世はクリュニー修道院出身者をはじめ、数多くの有能な改革者たちを教皇庁に取り込んだ。その中には、後に教皇グレゴリウス7世となるイルデブランドもいた。教皇庁の組織は強化され、数多くの修道院がローマに結び付けつけられた。