Ernst Haeckel
ミューラーはダーウィンと多くの手紙をやりとりした一人で、またミューラーは他にもエルンスト・ヘッケル、アレクサンダー・アガシ（アメリカの科学者。著名な地質学者で動物学者であったルイ・アガシの息子）らとも手紙での交流があった。また、ダーウィンの『人間の由来と性選択』の為に多くの資料を提供した植物学者であるヘルマン・ミューラーは弟である。