Каирский университет
Мухаммед Гонейм окончил Каирский университет в 1934 году, где он занимался на кафедре египтологии, основанной русским египтологом В. С. Голенищевым, который был первым руководителем этой кафедры с 1924 по 1929 годы. После окончания университета Мухаммед Гонейм работал сначала хранителем Департамента древностей в Саккара, а затем, в 1939 году получил должность Главного инспектора Департамента древностей в Саккара. В качестве инспектора Департамента древностей учёный успел поработать в Асуане, в Эдфу (Идфу), в фиванском некрополе в Луксоре, какое-то время занимал эту должность для всего Южного Египта.