上海アリス幻樂団
2011年3月8日に「上海アリス幻樂団」「東方プロジェクト」の商標が、上海アリス幻樂団並びにZUNとは無関係の第三者（以下「同商標の権利者」と称する）により「商標出願2011-20143」「商標出願2011-20144」として特許庁に出願され、同年9月9日に「商標登録番号 第5436764号」「商標登録番号 第5436765号」として登録された。これに対し、ZUNは異議申立を行った。しかし、「東方プロジェクト」の商標に対して「作品群の総称として使われることはあっても、個々の作品の商標としては使われていない」という理由から、2012年5月に商標登録維持の決定がされた。上海アリス幻樂団並びにZUNは、この件について同商標の権利者と交渉を継続しているとしていた。また、上海アリス幻樂団の活動や、上海アリス幻樂団以外の者による二次創作活動には、影響がないとしている。「商標登録番号 第5436764号」「商標登録番号 第5436765号」は後に商標権者が移動し、2014年4月には株式会社ピンクカンパニーが所持していた。その後、同社が所持していた「商標登録番号 第5436764号」「商標登録番号 第5436765号」もZUNに移動された。