Flavian dynasty
四皇帝の年（69年）には第3軍団は、最初はオトに、そしてウェスパシアヌスに従軍、そしてウィテリウスとの戦いに勝利、ウェスパシアヌスはフラウィウス朝を創設する。また、この戦いでは小プリニウスがトリブヌス・ミリトゥムを務めている。フラウィウス朝期には軍団はシリアへ駐在、2世紀の属州ユダヤにおける一連の内乱（ユダヤ戦争、バル・コクバの乱など）に抗する。五賢帝時代にはルキウス・ウェルスの指揮下で、そして後のセウェルス朝の創始者セプティミウス・セウェルスの指揮下ではパルティアとの戦いにも参加した。