Pope Julius III
Король Мануэл I, видевший в томарцах одну из опор королевской власти, в качестве великого магистра последовательно секуляризировал орден Христа. Во времена его правления орден достиг пика могущества и к 1521 году насчитывал 454 командорств в Португалии и её заморских территориях. Его преемник Жуан III объявил пост великого магистра наследственным среди королей Португалии. В 1522 году орден распался на две ветви: рыцарский орден подчинялся португальскому королю, а монашеский орден находился под юрисдикцией папы римского. В 1551 году папа Юлий III закрепил за обладателями португальской короны наследуемый титул правителя всех рыцарских орденов королевства. Отход от религиозных начал вызывал озабоченность Ватикана. Некоторые папы, ссылаясь на активную роль папства в учреждении ордена, ещё с 1319 года, правда крайне редко, награждали за особые заслуги собственным папским орденом Христа, а с 1905 года стали вручать собственный Верховный орден Христа. Португальская монархия поначалу противилась этому; известны случаи помещения кавалеров папского ордена в Португалии под арест.