Charles A. Lockwood
1月30日、スカルピンは2回目の哨戒でモルッカ海、セレベス島方面に向かった。この頃、日本軍はマカッサルを攻略すべく、ケンダリに部隊を集結させつつあった。2月4日、スカルピンはケンダリ南方、スターリング湾沖で哨戒中の駆逐艦涼風に対して魚雷3本を発射し、うち1本が涼風の右舷前方に命中し損傷を与えた。そのうちにマカッサルに向かう攻略部隊が行動を開始し、スカルピンは3日後の2月7日にこれを迎撃。駆逐艦へ接近し雷撃したが、接近を察知され潜航。6隻の駆逐艦による4時間にも及ぶ激しい爆雷攻撃を回避したあと浮上、スカルピンは駆逐艦満潮の追撃を振り切って戦場を離脱した。2月17日の晩には浮上して攻撃を行おうとしたところを察知され潜航、爆雷攻撃を受け、右舷の主制御器および右舷の推進軸を損傷した。2月28日、スカルピンは29日間の行動を終えてフリーマントルに帰投。南西潜水艦部隊司令官チャールズ・A・ロックウッド少将（アナポリス1912年組）の指揮下に入った。