Rensselaer Polytechnic Institute
津山藩医・箕作秋坪の三男。菊池大麓は兄、箕作元八は弟。江戸津山藩邸で生まれ、1870年（明治3年）慶應義塾に入学、1872年（明治5年）大学南校に学んだのち1873年（明治6年）に渡米。ハートフォード中学からレンセラー工科大学で土木工学を学び、のちイェール大学、ジョンズ・ホプキンズ大学に転じ動物学を学ぶ。その後英国・ケンブリッジ大学に留学。