足利尊氏
然而回到京都的後醍醐天皇在建武新政中失敗，遭致武士階層的不滿。1335年（建武2年），足利尊氏在鐮倉反叛後醍醐天皇，後醍醐命令新田義貞討伐足利尊氏，而光嚴上皇則向尊氏下達了討伐義貞的院宣。翌年足利尊氏戰敗，逃亡九州；不久足利尊氏恢復了勢力並佔領了京都，8月15日立光嚴上皇的弟弟豐仁親王即位，是為光明天皇。光嚴上皇在京都開設院政，足利尊氏則在京都開設室町幕府。大覺寺統的後醍醐天皇逃往吉野，重新開設朝廷，與光明天皇的北朝並立，日本歷史正式進入南北朝時代。此後在1348年，光明天皇將皇位讓給了光嚴上皇的兒子崇光天皇，光嚴上皇依舊以治天之君的身份開設院政。