الكوريا الرومانية
كان البابا قد تطرق ومنذ عظته الأولى بعد انتخابه، أنه سيقوم "بخدمة المحبة" وأنه يضع "الحوار المسكوني" و"المصالحة بين المسيحيين" على رأس أولوياته. في عام 1964 حصل في القدس اللقاء الأول بين البابا وبطريركي القدس والقسطنطينية الأرثوذكسيات وكان ذلك أول لقاء بين قادة الكنيستين منذ أربعة قرون. وفي عام 1965 تم رفع الحرم الديني المتبادل بين روما والقسطنطينية وهو ما تبعه خطوات بارزة مشابهة في رفع الحرم بين مختلف الكنائس، وفي عام 1967 زار البابا مقر بطريركية إسطنبول في الفنار وكذلك في العالم نفسه قام البطريرك أثيناغوراس بزيارة الفاتيكان. ولعلّ تأسيس أمانة سر خاصة في الكوريا الرومانية تعنى بشؤون غير الكاثوليك وتشكيل اللجنة اللاهوتية للحوار بين الأرثوذكس والكاثوليك أحد أبرز نشاطات البابا في هذا الصدد. وقد أفضت هذه النقاشات إلى نتائج حاسمة، مثل قبول أوليّة كرسي روما في الكنيسة الأرثوذكسية كما كان معمولاً به قبل الانشقاق العظيم عام 1054، ولكن الخلاف مكث حول سلطة وأولية كرسي بطرس. كما حلت اللجان المذكورة الخلاف مع الكنائس الأرثوذكسية المشرقية المتعلق مجمع خلقيدونية عام 1988 وتم طي صفحته.