Депортиво Куэнка
Карабали начал профессиональную карьерув клубе «Депортиво Куэнка». 17 августа 2015 года в матче против «Эмелека» он дебютировал в эквадорской Примере. 10 декабря 2017 года в поединке против своего бывшего клуба «Гуаякиль Сити» Брайан забил свой первый гол за «Депортиво Куэнка». Летом 2019 года Карабали перешёл в «Эмелек». 28 июля в матче против «Текнико Университарио» он дебютировал за новый клуб. 9 ноября 2020 года в поединке против «Универсидад Католика» Брайан забил свой первый гол за «Эмелек».