Free Soil Party
1845年、アメリカ合衆国大統領ジェームズ・ポークがモートンをボストン港の税徴収官に指名した。モートンはその職を4年間務めた。アメリカ合衆国上院におけるその指名の承認について幾らか議論となり、南部出身の上院議員が、モートンは以前に奴隷制度に反対する声明を出していたと言ってその指名に反対した。その指名が承認される前であっても、モートンはその政治的に重要な地位を使って、州の党員を自分の構想に合うように持ってくるようにしていたが、党組織の中に既にあった亀裂を広げただけに終わった。その分裂が、ヘンショー一派の政治的謀議のために確認が遅れる事態になり、モートンとバンクロフトの間の政治的関係を永久に分かつ結果になった。1847年の辛辣な州党員集会（ヘンショー一派が奴隷制に反対する党の綱領を認めなかった）の後で、モートンは党から離れ、急成長していた自由土地党の運動に投じた。モートンは民主党と自由土地党の連衡を支持することを拒み、1850年には州知事に民主党のジョージ・バウトウェルを、アメリカ合衆国上院議員に自由土地党のチャールズ・サムナーを選ぶことになった。