柴田勝家
1576年（天正4年）柴田勝豐被柴田勝家命令築城，勝豐由豐原寺城移到此地，當時與柴田勝家建造的北庄城是同時期建造的。本能寺之變後，勝豐遷到長濱城，由城代安井家清管治。1583年柴田勝家被羽柴秀吉擊敗，丸岡城為丹羽長秀轄下的領地，並由青山宗勝成為城主。1600年（慶長5年）關原之戰後，青山忠元支持西軍被移封，由結城秀康管轄，並由家臣今村盛次為2萬6千石城主。1612年盛次因越前騒動失勢，由本多成重成為新的城主。