マトウダイ
側棘鰭上目は分類群としての厳密な定義付けを欠いたまま設置され、その単系統性は当初より疑問視されてきた。近年、ミトコンドリアDNAの解析などの分子生物学的手法に基づき、本上目が側系統群であることを示唆する報告が相次いでいる。サケスズキ目とタラ目はそれぞれギンメダイ目（ギンメダイ上目）およびマトウダイ亜目（棘鰭上目）と姉妹群の関係にあり、これらの4群をひとまとめのグループとして扱うことで初めて側棘鰭上目は単系統になるとされる。