Andean condor
しかし2000年代後半からの分子系統では、コウノトリ科とコンドル科の類縁関係は完全に否定された。コンドル科とタカ亜目の類縁性には若干の不確かさがあるものの、コンドル科はタカ亜目と共に 、コウノトリ科は という強く支持された別々の大系統に属し、互いに近縁な可能性はない。初期の分子系統で得られた類縁性は短枝誘引（、変異速度が遅い種同士がまとまる誤差）が原因のひとつである。AOU は2007年にコンドル科をタカ目 に戻し（その後の版でタカ目 に分離した）、SACC はコンドル科を からコンドル目とした。