崔浩
太武帝滅北涼後，命崔浩監秘書事，主持監修《國紀》，而高允與張偉領著作郎去編寫。當時崔浩寵信著作令史閔湛，閔湛不但上疏稱許崔浩所注釋的《詩經》、《論語》、《尚書》及《周易》更勝馬融、鄭玄、王肅及賈逵所注釋的經典，建議都收集全國所有前人注釋經典的書，而改用崔浩注釋的版本；又求下詔命崔浩注釋《禮記》，以讓天下人得知《禮記》的正確解釋。及後更勸崔浩將寫好的國史刻在石上，想用這種能長久保存的方式彰顯崔浩直筆寫史的事。崔浩和皇太子拓跋晃都同意這樣做，最終在平城西郊祭天壇東三里建成了刊載《國記》及崔浩所注《五經》的大型石銘林。高允得聞此事後，就和諸作郎宗欽說：「閔湛所做的，短時間內恐怕造成崔家極大的災禍，連我們也不剩了。」這些石碑都放在道路旁當眼處，看過的行人都對其直書北魏一些史事有所不滿，並很快就讓太武帝知道，終令崔浩和其家族清河崔氏被族誅，並因而波及其姻親范陽盧氏、太原郭氏及河東柳氏。而崔浩被收捕那晚，高允正在中書省當值，皇太子拓跋晃特別命東宮侍郎吳延召見高允，並讓他留宿東宮。明天一早，太子命高允隨行去見太武帝，表示進去後自己會在太武帝面前為他說話，並囑咐即使太武帝有問題要召他也要和自己說的口徑一致。進去後太子即向太武帝表示高允在東宮做事多年一直小心慎密，得自己信賴，修國史一事雖然和崔浩共事，但一直是受制於崔浩，求獲特赦。太武帝及後召高允進見並問他國史是否都是崔浩寫的，但高允卻如實答