카를 5세
1530년 숙모 마가렛이 죽은 후, 메리는 오빠인 카를 5세 황제로부터 네덜란드의 통치와 조카인 도로테아와 덴마크의 크리스티나에 대한 후견인을 맡아달라는 요청을 받았다. 1531년 1월부터 1555년 10월까지 합스부르크 네덜란드 총독을 역임했다. 통치하는 것을 좋아하지 않아서 여러번 사임 허가를 요청했다. 재임 기간 내내 황제와 프랑스 왕 사이의 평화를 유지하기 위해 끊임없이 노력했다.