Sturgis, South Dakota
Когда началась гражданская война, Стерджис находился в форте Смит в Арканзасе. Он ушёл оттуда с гарнизоном в форт Ливенворт в апреле 1861 года, после чего ему было присвоено звание майора (3 мая) и он был направлен в Миссури, где ему поручили бригаду в Западной армии Натаниэля Лайона. 10 августа он командовал этой бригадой в сражении при Уильсонс-Крик, и после гибели Лайона принял командование армией, успешно организовав её отступление. За отличие при Уильсонс-Крик ему было присвоено звание подполковника регулярной армии и звание бригадного генерала добровольческой армии.