法華経
日祐は、日常（法華経寺初代）・日高（法華経寺2世）が遺した日蓮真蹟である遺文の保存・整理に努め、更なる蒐集にも尽力した。また、法華経の転読・写経の繰り返しや日蓮の教義に対する研究を深めて、『問答肝要抄』『宗体決疑抄』などを著した。