Der Geheimagent
Auch Musca und die Armee kommen bald an und nehmen die Piraten gefangen. Der Geheimagent, der sich ebenfalls als ein Nachkomme der ursprünglichen Bewohner Laputas entpuppt, öffnet mithilfe des Steins ein geheimes Tor und übernimmt die Macht in der fliegenden Stadt. Mit Sheeta als Geisel an seiner Seite tötet er die Soldaten und will mit den mächtigen Waffen Laputas die Weltherrschaft an sich reißen. Jedoch gelingt es Sheeta und Pazu, ihn zu überwältigen und die Zerstörungsformel zu sprechen. Der Kern der Stadt zerstört sich und reißt Musca in die Tiefe. Sie fliegen mit einem Gleiter davon, während der obere Teil Laputas, die friedliche Stadt, die durch einen riesigen Baum vor der Zerstörung geschützt wurde, immer weiter in den Himmel entschwebt.