Манаби
В 1882 году вновь тайно вернулся в Эквадор, чтобы продолжить борьбу против Вейнтимильи. В 1883 году он был провозглашен верховным лидером (jefe supremo) в своей родной провинции Манаби и объединился с другими лидерами сопротивления властям. В январе того же года им удалось изгнать президента из столицы, в июле он подал в отставку. Альваро оказался в оппозиции новому правительству во главе с Хосе Пласидо Кааманьо и вновь начал вооруженную борьбу. После поражения в морском сражении при Харамихо (5-6 декабря 1884) он бежал в Перу. Затем он отправился в поездку по всей Америке с целью поиска финансовой и идеологической поддержки в борьбе за либерализм в Эквадоре.