蝦夷共和国
その後、幹部を決定する選挙が行われ、榎本を総裁とする「蝦夷共和国」（五稜郭が本陣）が成立し、歳三は幹部として陸軍奉行並となり、箱館市中取締や陸海軍裁判局頭取も兼ねた。箱館の地でも歳三は冷静だったという。箱館政府が樹立され、榎本らが祝杯を交わしている時も歳三は1人沈黙を保ち、「今は酒を飲み浮かれるときではない」と言っていたと伝わる。