Charles V, Holy Roman Emperor
그녀의 이종사촌인 포르투갈의 주앙 왕세자(훗날 주앙 3세)와 혼담이 오고갔으나 최종적으로는 포르투갈 국왕 마누엘 1세와 결혼했다. 그녀의 동생 카를로스 1세(카를 5세)는 카스티야의 반란에 대한 포르투갈의 원조 가능성을 차단하기 위해 레오노르와 마누엘 1세(1469~1521)의 결혼을 주선했던 것이다. 마누엘 1세는 이전에 레오노르의 이모 두명, 아라곤의 이사벨과 아라곤의 마리아와 결혼했었기에 그녀는 마누엘 1세의 3번째 왕비가 되었다.