印度总督
在军事制度上，马六甲总督之下设有总司令（Captain General）和副司令二职，总司令是最高的军事长官，也由葡萄牙国王任命，同样由葡属印度总督管辖，有时也兼任总督头銜。总司令除了负责军事指挥之外，也负责处理属下士兵的案件。副司令则由葡属印度总督委任。马六甲总督本身的军事裁决权很小，所有与作战有关的事务都需要与副司令（即印度总督）商量，以防止马六甲总督的独断专行。另设有海军统领及各级官兵等。