Despotate of Epirus
中世にはこの地域はヴァガネティアと呼ばれ、ローマ帝国、次いで東ローマ帝国の統治下におかれた。1205年、東ローマ皇帝・イサキオス2世アンゲロスおよびアレクシオス3世アンゲロスの従兄弟であるミカエル1世コムネノス・ドゥーカスは、エピロス専制侯国を建国し、15世紀までこの地を治めた。ヴァガネティアをはじめとするエピルス全域がコンスタンティノポリス、テッサリア、ペロポネソス半島からのギリシャ人難民の新しい定住地となり、ミカエル1世は「ラテン帝国の洪水から人々を救った第2のノア」と形容されるようになった。この時代に、アルバニア人やアルーマニア人がこの地に移住したことが記されている。エピルス専制侯国はブルガリア帝国、ニカイア帝国、アンジュー＝シチリア朝などと度々衝突した。エピルスではやがてヨハネス5世パレオロゴスとヨハネス6世カンタクゼノスの内戦に入り、1348年にステファン・ウロシュ4世ドゥシャンひきいるセルビア王国に征服された。この間、アルバニア人国家がこの地域に築かれた。1358年の夏、エピロス専制侯国オルシーニ朝の最後の君主・ニキフォロス2世ドゥカス・オルシーニは、アルバニア人の酋長たちに打ち負かされた。更にセルビア皇帝の承認を受け、これらのアルバニア人酋長はエピルスに2つの国家・アルタ公国（）とジロカストラ公国（）を打ち立てた。エピルスの内部分裂はオスマン帝国による侵攻を容易にし、1430年にはヨアニナが、1449年にはアルタが、1460年にはアンゲロカストロ（）が、1479年にはヴォニツァ（）がオスマン帝国に征服され、エピロス専制侯国や新しいアルバニア人国家はその歴史を閉じ、オスマン帝国の支配下となった。