フス戦争
ドイツ人の去ったプラハ大学では、ベーメン人が中心となった。その彼らの精神的支柱となったのが、ヤン・フスであった。しかし、その異端的教義によりコンスタンツ公会議でフスが焚刑に処せられると、ベーメンではフス戦争が勃発する。これに対処したのは、ハンガリー王にして皇帝だったジギスムント（ヴェンツェルの弟）であった。ジギスムントはフス戦争を鎮圧した後、バーゼル公会議にてプラハ大学に与えられていた特権を剥奪している。これにより、大学としてのプラハ大学はいったん終結することとなる。