James Monroe
トンプソンは裁判官を務める一方で、連邦政府の行政府に関心を向けていた。1818年11月にジェームズ・モンロー大統領からアメリカ合衆国海軍長官に指名されると、トンプソンは直ちにニューヨーク州最高裁判所長官を辞任し、翌1919年1月に海軍長官に就任した。