신제
1952년 1월, 결국 구제 3연맹 측에서 "이해를 보여 협력한다"는 입장을 취하며 간신히 전국적인 통일 조직이 결성되게 되었다. 같은 해에는 전국 대학 야구 연맹과 전국 신제 대학 야구 연맹이 각각 해소한 뒤 그 위에 합병을 하는 형태로 새로운 전국 대학 야구 연맹이 발족했다. 합병 시에는 기존의 신제 대학 야구 연맹 측이 전국을 지역별로 나눈 지구 운영을 편성하고 있었으므로 운영상 그대로의 형태로 전환시킨 것이 새로운 조직으로의 개편에 혼란이 적었기 때문에 구래의 신제 대학 야구 연맹에 소속해 있던 지역에는 그들을 약간 수정한 형태로 지구 연맹으로 운영이 채택되었다. 한편, 구제 대학부터 3연맹은 원래 독립성이 높았고 전국 조직 개편의 교섭 단계에서 협력을 청한 입장이 존중되어 전일본 대학 야구 선수권 대회에서 나뉜 지구에 통합되지 않는 각각의 단독 출전권을 갖게 되었다. 1952년 8월에 개최된 제1회 전일본 대학 야구 선수권 대회 실시 당시의 조직은 아래와 같다.