Pope Gregory IX
Григорий IX и Фридрих пришли к перемирию, но после разгрома Фридрихом Ломбардской лиги в 1239 году вероятность того, что он сможет доминировать во всей Италии, превратилась в реальную угрозу. В 1239 году Григорий IX отлучил его от церкви. Началась война. Попытка организации собора для осуждения императора в 1241 году была сорвана действиями императорского сына Энцио, перехватившего на море корабли с епископами. Войско императора подступило к Риму, в то время как монголы вышли на границы Германии (существует версия о стратегическом союзе монголов с императором против гвельфов).