Atlético Bucaramanga
В начале 2018 года Альвес перешёл в колумбийский «Атлетико Хуниор». 4 февраля в матче против «Атлетико Букараманга» он дебютировал в Кубке Мустанга. 26 февраля в поединке против «Бояка Чико» Джонатан забил свой первый гол за «Атлетико Хуниор».