レパントの海戦
1565年に再びオスマン帝国の大船団に襲われることになるが、スペインの救援とスレイマン1世の死（1566年）によって、辛うじて防衛に成功した。このときオスマン軍撃退に活躍した騎士団総長ジャン・ド・ラ・ヴァレットにちなんでマルタ島の主要港がヴァレッタと名付けられた。続く1571年のレパントの海戦でもマルタ騎士団の船が参加している。