Gonville and Caius College, Cambridge
1948年、ゴンヴィル・アンド・キーズ・カレッジの学寮長(Master)になるという申し出を受け入れた。この職は名声のあるものであったが定義があいまいであった。Masterはカレッジの名ばかりの長であったが、実際には権限は13人のフェローの評議会にあり、そのうちの1人がMasterであった。チャドウィックはMasterとしてカレッジのアカデミックな評判を改善するために努力した。研究フェローシップを31から49に増やし、才能のある人をカレッジに取り込もうとした。中国の生化学者や、ハンガリー生まれの経済学者を採用するといった物議を醸した決定もあった。Peasants' Revolt（ワットタイラーの乱）として知られるようになったもので、パトリック・ハドリーにより率いられたフェローは、チャドウィックの旧友を投票して辞めさせBauerに置き換えた。チャドウィックの友人はその後数年間で除外され、自身も1958年11月に退職した。ゴンヴィル・アンド・キーズ・カレッジのPhD学生であったフランシス・クリックとジェームズ・ワトソンがDNAの構造を発見したのは、チャドウィックがMasterを務めていたときであった。