图特摩斯一世
哈特謝普蘇特是法老图特摩斯一世與雅赫摩斯王后的長女。她有三個兄弟分別是图特摩斯二世，阿蒙摩斯和娃德杰摩斯。由於阿蒙摩斯和娃德傑摩斯於圖特摩斯一世去世前死去。圖特摩斯二世才能得到繼位的權利，但因為他是圖特摩斯一世與側室姆特諾費列特的兒子，並沒有完全的王權，所以圖特摩斯一世將哈特謝普蘇特許配給他以便得到正式合法的王權。哈特謝普蘇特也有一個妹妹妮斐鲁碧提，但史書文件並沒有關於她的詳細記載，僅與父親圖特摩斯一世和母親雅赫摩斯王后出現於一副壁畫，她可能早夭。哈特謝普蘇特與图特摩斯二世生有一個女兒，涅弗鲁利，她可能是图特摩斯三世的皇后，但没有任何文物显示他们有婚约，在哈特谢普苏特倒台前去世，享年16岁。她的祖母是仙塞妮普。仙塞妮普的家世不详，丈夫身份有待考察，或为阿蒙霍特普一世的姐妹或妾室，出现于停灵庙的几副壁画。部分學者認為哈特謝普蘇特在與圖特摩斯二世結婚前擁有一個情人赛门姆特（亦称"森穆特"）。他是哈特谢普苏特时期的大臣兼建筑师。賽門姆特是农夫（后为大臣）拉摩斯与哈诺费雷特夫妇的儿子，涅弗鲁利公主的家庭教师，与哈布森尼布为当时势力最强大的大臣，擁有极大的权势，在哈特謝普蘇特倒台後失去記載。