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1950년 6월 25일 한국전쟁이 발발하고 최민순은 미처 피난을 가지 못한 채 적 치하에서 숨어 지내다 9월 29일 서울로 돌아왔다. 이듬해 1.4 후퇴로 대구에 머물러 있으면서 대구교구장 최덕홍 주교의 권으로 대구대교구 출판부장, 《대구매일》의 주간, 《천구교회보》 사장으로 피임되었다. 연후 1951년 6월 9일을 기하여 《대구매일》을 《대구매일신보》로 개명하고 수필과 및 신설한 문화란에 글을 쓰고 구상 시인과 논설을 맡아 쓰다 도저히 생리에 맞지 않다 하여 1953년 제3기 주주총회에서 신문에서 물러앉는다. 1954년 1월 15일 《천주교회보》를 《가톨릭時報》로 개명하고 이를 유지하기 위해 사설·호교론·신심관계·시 등을 여러 필명으로 기고하였다. 서울이 수복되고 서울 대신학교로 복임하여 원고만 보내 오다 1956년 6월 서정길 주교에게 서한을 보내 사퇴하였다. 1960년 8월 3일 스페인으로 신비신학 연구차 유학하였다. 일단 파리 성모몽소승천 수도회의 모원에 잠깐 머물렀다 1960년 10월부터 마드리드 분원에서 유하였다. 이곳에서 기도·순례를 하고 마드리드 대학의 신비가들과 고전연구에 몰두하였고 특히 《돈키호테》의 번역에 집중하였다. 스페인 체류중이던 1961년 10월 18일 《신곡》 번역으로 국제펜클럽 한국본부 주관 제2회 한국번역문학상을 수상. 1962년 9월 25일 귀국할 때까지 최민순은 그간의 삶을 반추하였으며 또한 아빌라의 성녀 데레사와 및 십자가의 성 요한의 영성에 심취하였다.