コンスタンツ大学
2004年6月、コンスタンツ大学は「恥ずべき行為（dishonorable conduct)」を理由にシェーンから博士の学位を剥奪することを発表した。大学側は彼の博士論文の内容自体は問題視せず、それまで注目されたことのないバーデン＝ヴュルテンベルク州大学法の「学位を授与された者が後日に不名誉行為に及んだ場合、学位を剥奪できる」という一節を適用し、ベル研究所でのシェーンの捏造が不名誉行為に該当するとした。シェーンは、学生時代の研究がその後のベル研究所でのスキャンダルにつながったという証拠はないとし、大学の学位剥奪を不当として告訴した。事態は数年に及ぶ法廷論争に発展し、一審ではシェーンの主張が支持されたが、二審では大学側の主張が支持され、2013年7月には連邦行政裁判所が大学側の学位剥奪を支持する裁定を下した。