Kerch Strait
Phanagoria liegt auf der östlichen Seite der Straße von Kertsch, die das Schwarze Meer mit dem Asowschen Meer verbindet. Die Stadt wurde an der nördlichen Seite der Spitze der Taman-Halbinsel, einige Kilometer östlich von Hermonassa erbaut. Ungefähr ein Drittel des früheren Stadtgebiets liegt heute unter Wasser.