Battle of Eylau
1797年のカンポ・フォルミオ条約によってヴェネツィア共和国は解体され、ケルキラ島はフランスに割譲された（フランス領イオニア諸島）。フランスは県を置いたが、1799年にフョードル・ウシャコフ提督率いるロシア・オスマン帝国連合軍によって放逐された。1800年3月21日、ロシアとオスマン帝国による共同の保護国として七島連合共和国（イオニア七島連邦国、）が建国され、ケルキラに自治政府の首都が置かれた。1807年、アイラウの戦いでフランスがロシアを破ると、ティルジット条約によりイオニア諸島はフランス帝国の支配下となり、 が総督として統治した。1809年、イギリス艦隊はケルキラ島を包囲した。イギリス艦隊は他のイオニア諸島の島々を占領したが、ケルキラ島は陥落しなかった。1815年11月5日の第二次パリ条約により、イオニア諸島にはイギリスの保護領「イオニア諸島合衆国」が設立された。ケルキラはイギリスの高等弁務官が駐在する保護領の首都となった。