蝦夷共和国
蝦夷共和国では主に箱館市中の取締の任にあたる。箱館戦争で土方が戦死すると、弁天台場にいた新選組隊士は相馬を隊長として恭順の書状に名前をしたため、新選組の歴史に幕を引いた。なお高松凌雲の書簡によると、相馬が隊長に就任したのは明治2年（1869年）5月15日である。