貴格利
此後，亞他那修趁著君士坦丁大帝過世，時值337年，返回家鄉亞歷山太，但敵對他的亞流派人起來抗議，宣稱亞他那修不是合法的主教，其中為首的叫貴格利（Gregory），他取得政府的支持，想要以武力逼亞他那修把教會的建築交出來給他，結果引發的動亂不斷擴大，為了避免暴亂持續升高，亞他那修被迫在339年決定離城走避羅馬。可是當他到達亞歷山大港口時，因為政府把動亂原因歸咎於他，禁止他出港搭船離開，所幸亞他那修說服了一位軍官，帶他偷渡出港，並帶他搭船前往羅馬。當時，亞流派與尼西亞派雙方人馬都想取得羅馬主教尤利烏斯的支持。到達羅馬後，亞他那修親自陳明其尼西亞大公會議的立場，很快地取得羅馬聖職人員的支持，羅馬主教並召開會議，宣布亞他那修為亞歷山太教會的合法主教，而貴格利則是不法篡位者。但是亞他那修仍然停留在羅馬，一直等到346年，在亞歷山大的那位主教貴格利過世後，並且經過西方皇帝君士坦斯一世向東方皇帝君士坦提乌斯二世提出要求，讓亞他那修回到亞歷山大，之後亞他那修又再度回到家鄉亞歷山大城。整個亞歷山大城因為他們所愛戴的主教回鄉而大大地慶祝，並且在那裏產生了信仰上的復興。