ジェマ・イスラミア
翌年、ジェマ・イスラミヤの数人のメンバーが爆破事件への関与の疑いで逮捕された。2004年に、2人のイスラム教徒の男、ママサオ・ナガ（別名 Zainal Paks）とAbdul Pata（別名 モハマド・アミール）はマラウイ市でフィリピン軍に逮捕された。彼らは、ジェマ・イスラミアの有名メンバーであるFathur Rahman Al-Ghoziによって、LRT-1の列車運転手台爆破事件の実行犯として特定されたと思われる。