クロウ族
ロッキー山脈分水嶺を横断後の同年7月3日、隊はルイスがマリアス川を探索できるよう2つに分割された。ルイス率いる4人の分隊は、その後ブラックフット族と出会った。彼らとの接触は当初好意的なものであったが、夜間にブラックフット族が隊の武器を盗み取ろうとしたことが明るみに出た。このことが発端となった争いで、2人のブラックフット族が死亡し、死は全て隊のせいであると非難された。その後ルイス、ドロイヤールとフィールド兄弟の4人の隊は、次のキャンプまで両日中に160キロメートル（100マイル）逃避した。一方でクラークの隊は、クロウ族の領土に足を踏み入れていた。クロウ族は「馬盗み」でよく知られていた。ある晩、クラークの隊の馬は全ていなくなり、一人のクロウ族も見当たらなかった。その後ルイスとクラークは8月11日にイエローストーン川とミズーリ川の合流地点に達するまで、別々で行動していた。クラークの隊は牛皮舟を利用して川を下っていた。双方の隊が再会した際、片目が盲目でもう片方の目も近眼であったクラークの隊のハンター、ピエール・クルザットがルイスをヘラジカと見間違えて発砲し、ルイスは腿を負傷した。そこから、一行は再び合流しミズーリ川に沿って手早く帰路につくことができた。そして1806年9月23日、遂に探検隊は出発地であるセントルイスへ到着したのである。