ヴロツワフ大学
祖父はバルト・ドイツ人のエストニアの Karuse の牧師で、父親は後にサンクトペテルブルクの教育研究所の所長になる人物である。母親はエストニアの百姓娘で、両親の身分の違いによりミッデンドルフが9歳になるまで結婚は許されず、母親とエストニアで暮らした。ドルパットの大学で医学を学び、1837年に卒業した後、ベルリン大学、エアランゲン・ニュルンベルク大学、ウィーン大学、ヴロツワフ大学で研究を続け、1839年にカール・エルンスト・フォン・ベーアのもとで、キエフ大学の動物学の助教授の職を得た。