チャールストン海軍工廠
その後はキーウェストを拠点としたソナー訓練艦の任務を再開し、1965年まで継続した。この主要な任務はチャールストン海軍工廠でのオーバーホールや、カリブ海での対潜水艦戦演習、アルファ任務部隊との東への展開、ベネズエラ海軍との共同演習で中断された。この間、ジョン・R・ペリーは海軍の対潜水艦戦能力の向上に貢献し、増大するソ連潜水艦の脅威から国を守るという自己の能力を確実に完成された。