中世紀後期
基爾肯尼是古代王國的首都，教堂目前所在的位置自6世紀以來便有基督徒的存在。據推測，此處最早的教堂是木製的，後來在中世紀後期被一座羅曼式的石製教堂所取代，接著取而代之的才是現在這座聖卡尼斯座堂。現存的這座教堂本身的歷史可以追溯至13世紀。