Maison de la sagesse
La dynastie sassanide a été chassée du pouvoir par les armées arabes musulmanes en 638. L'académie a survécu au changement de dirigeants et a fonctionné pendant plusieurs siècles comme institut musulman d'enseignement supérieur. Il a ensuite été supplanté par un institut créé dans la capitale abbasside de Bagdad. En 832 CE, le calife Al-Ma'mūn a fondé la célèbre "Baytu l-Hikma", la Maison de la sagesse. Il y a imité les méthodes de Gundishapur, en effet, la Maison de la sagesse était encadrée par des diplômés de l'ancienne Académie de Gundishapur. On estime que la Maison de la sagesse a été dissoute par Jafar al-Mutawakkil, le successeur d’Al-Mamun. Toutefois, à cette époque le centre intellectuel du califat abbasside a été définitivement transféré à Bagdad, de telle sorte que désormais on trouvera dans la littérature contemporaine peu de références aux universités ou aux hôpitaux de Gundishapur.