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人事院は3人の人事官をもって組織される合議制の執行機関である。人事官は、両議院の同意を経て内閣によって任命され、うち1人は人事院を代表する人事院総裁として命ぜられる。人事院の意思決定は少なくとも1週間に1回行われる人事院会議による。人事院の下には、事務部門である事務総局が置かれ、人事院が予算の範囲内において事務総長以下の職員が任命する。また、国公法及び国家公務員倫理法に基づき、国家公務員倫理審査会が設置されている。