Steller sea lion
Среди животных, включённых в Красную книгу России, на территории заповедника отмечены 5 видов беспозвоночных животных и 37 видов позвоночных животных: 1 вид рыб, 2 вида пресмыкающихся, 3 вида млекопитающих и 33 вида птиц. В Книгу редких видов МСОП из видов, обитающих на территории заповедника, занесены калан, сивуч, курильский тюлень (антур), рыбный филин, японский журавль. Сивуч и курильский тюлень образуют на территории заповедника крупные летние лежбища. Японский журавль ежегодно гнездится на территории Алёхинского лесничества. Рыбный филин гнездится по всей территории заповедника.