Chagatai Khanate
1207–08年間，高昌回鶻放棄西遼，改為效忠成吉思汗，在1224-1227年間，阿克蘇是曼尕賴（Mangalai）的國都，之後一度成為窩闊台汗國（Ögedeids）領地，在1286年被察合台汗國奪走，此後由察合台系統治將近三百年，當時的察合台語演變至今成為維吾爾語。在帖木兒汗國與東察合台汗國（蒙兀兒斯坦）的紀錄中，此城都有重要的經貿地位。