نادي نيكاكسا
و قد اتجه إلى التدريب بعد اعتزاله، وقد درب نادي يونام بوماس في موسم 2005/2006، وفي عام 2006 درب نادي نيكاكسا، وبعد كأس العالم لكرة القدم 2006 أصبح مدربا لمنتخب المكسيك لكرة القدم. لكن إقصاء المنتخب المكسيكي من التأهل لدورة الألعاب الأولمبية بكين 2008 جعل الاتحاد المكسيكي يقرر إقالة هوجو سانشيز من منصبه في فبراير سنة 2008، وبعدها رحل للدوري الإسباني من أجل تدريب فريق ألميريا وتمكن من قيادة هذا النادي إلى الصفوف الوسطى بعد أن كان يتذيل ترتيب الدوري الإسباني قبل مجيئ هوجو سانشيز لتدريبه.