連邦党
その後間もなくマサチューセッツ州議会はアダムズを連邦党員として上院議員に選出し、1803年3月4日から同職を務める。上院議員としてアダムズはルイジアナ買収および1807年の禁輸法を支持したが、この行動でマサチューセッツ州の連邦党員は彼の支持を取りやめることとなった。連邦党が実権を握るマサチューセッツ立法府は後任を半年早く選出し、1808年6月3日にアダムズとの交代を選択した。6月8日にアダムズは同職を辞任し、連邦党と袂を分かち民主共和党に入党した。上院議員であった間に、アダムズは修辞学の教授としてハーバード大学で教鞭を執った。