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보네이는 1년간 국정을 총괄한 뒤 후안 보쉬에게 권력을 이양하였다. 하지만, 보쉬의 정부는 7개월밖에 가지 못한 채 군사쿠데타로 전복되었다. 그 이후 1965년 4월 24일 내전이 시작되었다. 군부는 보쉬를 복귀시킬려 했던 임시정부를 향해 반란을 일으켰고, 린든 존슨(Lyndon Johnson) 미국대통령은 4월 28일 카리브 해 일대에 공산주의가 확산되는 것을 막고 반란을 막기 위해 42,000 달러를 보냈다. 임시정부 지도자 엑토르 가르시아 고도이(Héctor García Godoy)는 1966년 대통령 선거를 열어, 후임을 선출하겠다고 약속했다. 마침내 발라게르는 대통령 선거에 출마, 후안 보쉬 前대통령을 물리치고 재선된다.