フェルナンド・モリエンテス
しかし1990年代末頃、それまでの放漫経営がたたって巨額の負債を抱え込み、好成績を収めながら2003-04シーズン開始直前には2部への強制降格を言い渡されるほど厳しい経営状況に追い込まれる（この時は各方面からの援助もあり、降格措置は免れた）。長年にわたってクラブの会長職にあったジャン＝ルイ・カンポラは2003年6月に辞任した。しかしこの2003-04シーズンはディディエ・デシャンの下、レアル・マドリード、チェルシーFCを破ってUEFAチャンピオンズリーグ決勝まで進出し、初のCLのタイトルを手にしかけるが、FCポルトに3-0で敗れて準優勝に終わった。当時の主なメンバーは、パトリス・エヴラ、リュドヴィク・ジュリ、ジェローム・ロタン、フェルナンド・モリエンテス、ダド・プルショなどがいた。