Barito River
Реки в большинстве регионов образуют густую сеть и, как правило, полноводны круглый год, хотя сезонные колебания дебета бывают заметны. Наиболее длинные и полноводные протекают на Калимантане: Капуас (1143 км), Махакам (920 км), Барито (900 км). Эти и другие реки на гористых участках местности образуют пороги и водопады. Русла равнинных рек на многих участках имеют непостоянные очертания вследствие обильного отложения наносов. Дебит рек, как правило, подвержен существенным сезонным колебаниям: в сезон дождей случаются разливы, нередко приводящие к масштабным наводнениям. Самое большое озеро — Тоба в северной части острова Суматра (около 1145 км²), которое является крупнейшим вулканическим озером планеты и, имея глубину более 500 м, принадлежит к числу наиболее глубоководных озёр мира.