Chagatai Khanate
1306年，察合台汗國分裂，喀什噶爾成為東察合台汗國（蒙兀兒）首都。1353年，東察合台汗禿忽魯帖木兒（Tughluq Timur）皈依伊斯蘭，伊斯蘭在喀什噶爾的地位再次上升。1387年，東察合台汗國往北遷都伊犁。1389年，帖木兒起兵，三年後，喀什噶爾被帖木爾帝國攻下，直到1432年才被東察合台汗國收復。1466年後，喀什噶爾陷入長期戰亂，成為杜格拉特氏族屬地。1514年， 薩亦德打敗了杜格拉特部埃米爾阿布·巴克爾，建立了葉爾羌汗國，喀什噶爾成為他遷都葉爾羌（今莎車）前的首都。