ミシガン湖
シボイガンは東でミシガン湖に面している。市内には港はないが、ミシガン湖とシボイガン川河口の間の半島部に位置するブルーハーバー・リゾートには、以前はC.レイス石炭会社（現在のコッホ産業の一部）の本社・活動拠点があり、船への石炭の積み下ろしを行っていた。