الكوريا الرومانية
في نوفمبر 1989، اغتيل ستة كهنة في السلفادور لمعارضتهم النظام العسكري الحاكم. عام 2002، قدمت جامعة بوسطن اليسوعية "برنامج الكنيسة الكاثوليكية في القرن الحادي والعشرين"، حول تحديث وتجديد الكنيسة. في عام 2005، استقال توماس رسيس المحرر اليسوعي في صحيفة اليسوعيين الأمريكيين وهو الحدث الذي تناقلته وسائل الإعلام بشكل كبير واعتبرت أنه "بضغط من الفاتيكان"، إذ إن مقالات ريسي حول مواضيع الإيدز، والمثلية الجنسية، والإجهاض، كانت "ليبرالية إلى حد كبير". في أبريل 2006، زار البابا بندكت السادس عشر مقر الرهبنة ليسوعية "شاكرًا إياهم على الخدمات الجليلة التي قدموها للكنيسة"؛ وكان البابا قد عتمد على يسوعيين في الكوريا الرومانية بشكل كبير، إذ إن معاون عميد مجمع العقيدة والإيمان من الرهبنة اليسوعية، وكذلك الأب فيردريكو لومباردي الناطق باسم الفاتيكان، وبلغ عدد الكرادلة اليسوعيين في مجمع الكرادلة 10 كرادلة. بعد استقالة البابا بندكت السادس عشر، انتخب رئيس أساقفة بيونس آيرس وهو راهب وكاهن يسوعي بابا للكنيسة الكاثوليكية باسم البابا فرنسيس.