イスラム集団
1990年代の同胞団はイスラムの理想と現実との落差に悩まされ、国家や新興イスラム勢力からの攻撃に晒された。湾岸危機が生じると、ムバーラクは統制下にあるイスラム勢力に、エジプトの外交政策を支持する声明を出させた。一方の同胞団は湾岸危機への対応を巡って分裂し、国際的にも孤立した。湾岸戦争が終わると、スーダンの支援を受けたとされるイスラム集団やジハード団によるリベラル派・コプトへの襲撃が相次ぐ。ムバーラクはこの事態を受けて同胞団の主張を逆手に取り、エジプトを「宗教国家」であると宣言して、モスクの国有化に乗り出す。国の管理が強化されたモスクでは急進派や同胞団が排除された。また、選挙のたびに同胞団に対する締め付けが行われ、同胞団系の無所属議員は選挙のたびに人数を後退させ、与党・国民民主党（NDP）の議席が増加した。しかし、2000年選挙では17議席を獲得し、復調傾向を見せた。