Binghamton, New York
말린스는 2001년 시즌의 시작에서 플로리다 주립 리그의 브레버드카운티 매너티스로 지정되었다. 그는 자신의 38과 3분의 2 이닝에서 득점을 허용하지 않았고, 13개의 경기에서 1.23의 방어율과 101개의 스트라이크아웃과 함께 6승 0패로 갔다. 말린스의 총지배인 데이브 돔브로스키는 그의 향상에 "그는 내가 여태까지 교제한 아무 전망 선수로서 플로리다 주립 리그에 투수를 맡았다"고 의견을 남겨 동부 리그의 더블 A 포틀랜드 시독스로 진급으로 이끌었다. 베켓은 6월 16일 자신의 시독스 데뷔에서 자신이 향한 첫 9명의 타자들 중 8명을 스트라이크아웃 시켰다. 8월 13일 그는 빙엄턴 메츠를 상대로 무안타를 던지는 데 2명의 다른 시독스 투수들과 합쳤다. 팀을 위한 13개의 출발 경기에서 그는 8승 1패의 기록을 가졌고, 102명의 타자들을 스트라이크아웃 시켰다.