코타
민다나오가 서양인과 접촉한 것은 1521년, 페르디난드 마젤란이 이끌었던 스페인 함대가 항해를 했을 때였다.(마젤란은 그해 세부섬 인근의 막탄섬에서 전사했다). 이후 16세기 중반부터 17세기에 걸쳐 잇따라 스페인 항해자와 군인, 선교사가 내항하여 미겔 로페스 데 레가스피가 1565년에 세부를 정복한 직후에는 민다나오섬 북부도 스페인의 식민지 지배 하에 들어갔지만, 민다나오 남부는 이슬람 세력이 강해 스페인의 힘이 미치지 못했다. 16세기부터 현재의 코타 바토 주변에 있었던 마긴다나오 왕국(Sultanate of Maguindanao)은 17세기 술탄의 쿠다라트(Muhammad Dipatuan Qudratullah Nasiruddin)의 통치 하에 민다나오 전역 주변의 섬들을 정복하고 스페인 식민지도 손을 댈 수 없는 존재가 되었다.