الحزب الشيوعي العراقي
عزز البكر موقفه في الحزب بمساعدة جهاز الأمن الحزب الذي أنشأه صدام وأجهزة الاستخبارات. واستخدم معظم عام 1968 لقمع الفكر والجماعات غير البعثية؛ على سبيل المثال، بدأت حملة ضد الناصريين والشيوعيين تحت قيادة صدام. فقد ابتكرت الحكومة العديد من مؤامرات التجسس؛ واتهم الجواسيس الذين "ألقي القبض عليهم" بأنهم جزء من مؤامرة صهيونية ضد الدولة. كان الحزب الشيوعي العراقي متشككاً في الحكومة البعثيةالجديدة، حيث تذكر العديد من أعضائها الحملة المناهضة للشيوعية التي شنتها عليهم الحكومة البعثية في عام 1963. بعد توليه السلطة، عرض البكر مناصب وزارية للحزب الشيوعي العراقي في الحكومة الجديدة؛ ورفض الحزب الشيوعي العراقي هذا العرض، ورد البكر بإطلاق حملة منهجية ضد الحزب الشيوعي العراقي والمتعاطفين مع الشيوعية. ومع ذلك، وكما يلاحظ المؤرخ تشارلز تريب في "تاريخ العراق"، بدأت الحملة "لعبة غريبة" حيث قامت الحكومة بالتناوب على اضطهاد وتودد إلى الحزب حتى 1972–1973، عندما تم عرض وقبول عضوية الحزب الشيوعي العراقي في الجبهة الوطنية التقدمية. والسبب وراء هذه" اللعبة الغريبة" كان اعتقاد حزب البعث بأن الحزب الشيوعي كان أكثر خطورة مما كان عليه حقا. عندما انفصل عزيز الحاج عن الحزب الشيوعي العراقي، وأنشأ الحزب الشيوعي العراقي (القيادة المركزية) وبدأ "حربا ثورية شعبية" ضد الحكومة، تم سحقها على النحو الواجب. وبحلول شهر أبريل من عام 1969 كانت الانتفاضة "الثورية الشعبية" قد سحقت، وتراجع الحاج عن معتقداته علنا. والسبب الآخر وراء هذه السياسة المناهضة للشيوعية هو أن العديد من أعضاء حزب البعث تعاطفوا علناً مع الشيوعيين أو القوى الاشتراكية الأخرى. ومع ذلك، في هذه المرحلة، لم يحظ كل من البكر وصدام بالدعم الكافي داخل الحزب لبدء سياسة لا تحظى بشعبية داخله؛ وفي المؤتمر القطري السابع لحزب البعث، أعرب كل من البكر وغيره من القادة البعثيين عن تأييدهم "للاشتراكية الراديكالية".