行政院
1999年7月1日、「行政院衛生署疾病管制局組織条例」に従い、伝染病予防機能を統合し、新しい伝染病予防機能を構築。行政院衛生署防疫処、行政院衛生署予防医学研究所と行政院衛生署検疫総所が統合され、「行政院衛生署疾病管制局」が発足。