Geschichte Roms
Weiterhin schrieb Pastor über die Geschichte Roms während der Renaissance und über die Reformation. Er führte den Begriff „Katholische Restauration“ für die innerkirchliche Reformbewegung ein, anstelle der Bezeichnung „Katholische Reformation“, die der Protestant Wilhelm Maurenbrecher verwendete. Auch heute noch von Bedeutung ist seine 1899 in zwei Bänden veröffentlichte Biographie August Reichenspergers, da Pastor ausführlich Dokumente aus dessen privatem Nachlass zitiert, die mittlerweile nicht mehr erhalten sind.