Acorus calamus
此時菖蒲在端午節仍然具備擔任重要角色。兜人形發展成菖蒲製成的武者人形，這是五月人形的濫觴，之後發展成以纸、泥、木等材料制作成以日本传说中或历史上的军事英雄为原型的玩偶及刀、劍、甲、胄等。又有了男孩戴菖蒲鉢卷和把菖蒲插在腰間作為菖蒲刀的習俗，後來演變為木製印上菖蒲圖案的菖蒲太刀。菖蒲切遊戲仍然很流行，據《守貞謾稿》記載，菖蒲切在打石戰被禁後更盛行。而男孩以他們的菖蒲刀互相擊打的遊戲則最遲出現在元祿年間，與真正的端午武鬥同樣稱為菖蒲合戰。家家戶戶都用菖蒲鋪屋頂。幕府中也有端午相關行事，如端午參賀儀式，以及獻上帷子、袴等當季服裝，各大名也會向征夷大將軍獻粽子。京都公家女性則在頭上插菖蒲裝飾，公家貴族繫長命縷，宮中仍保持使用藥玉的傳統，在《後水尾院當時年中行事》、《恒例年中行事》等都有記載宮中使用藥玉作為裝飾或贈答。而關於江戶時代山城国的地方志《雍州府志》又有記載當地人販賣藥玉。