مانويل الأول ملك البرتغال
شقيقها الوحيد خوان توفي بعد ستة أشهر من الزواج في 1497، وأيضا تلته شقيقتها الكبرى إيزابيلا التي كانت متزوجة من مانويل الأول ملك البرتغال في العام التالي بعد ولادة ابنهما ميغيل دا باز الذي غدى وريثاً للمالك الإسبانية والبرتغالية، إلا أنه أصبح مريضاً بعد عامين وتوفي في 1500، مما جعل خوانا الوريثة الآن، في نوفمبر 1501 غادرت خوانا مع فيليب نحو قشتالة براً في رحلة استغرقت ستة أشهر، تركوا أطفالهم خلفهم في فلاندرز، وذلك اعتراف بها كورتيس تورو كوريثة قشتالة في كاتدرائية طليطلة في 22 نوفمبر 1502، في حين أراغون رفضت الاعتراف بها، على أمل أن والدها يستطيع إنجاب وريث الذكر.