조큐의 난
가마쿠라 시대에도 교토의 조정은 정치 기능을 발휘하고 있었지만, 가마쿠라도노(鎌倉殿) 미나모토노 요리토모(源頼朝)가 1185년(분지 원년)에 슈고(守護)와 지토(地頭)를 임명하는 칙허를 얻어 일본 전역에 대한 지배권을 강화하면서 교토는 상대적으로 경제 도시로서의 성격을 강화하게 된다. 1221년(조큐 3년)에 조큐의 난(承久の乱)을 계기로 조정에 대한 막부의 우위가 증명되어 가마쿠라 막부는 교토에 로쿠하라 단다이(六波羅探題)를 설치하여 조정의 감시와 교토의 치안 유지를 담당하게 한다. 가마쿠라 시대 말기 고다이고 천황의 토막(討幕) 운동에 동조한 아시카가 다카우지(足利尊氏)가 교토를 공격하여 로쿠하라 단다이를 멸하였고, 유배되었다가 교토로 귀환한 고다이고 천황에 의한 겐무 신정이 실시되었다.