Иннокентий VIII
Смерть старшей дочери Лукреции в 1492 году надолго погрузила Маддалену в депрессию. В том же году скончался её свёкор, Иннокентий VIII, который относился к ней с большим уважением, одаривал подарками и часто принимал у себя при папском дворе. Вскоре она, вместе с мужем, покинула Рим. Супруги жили во Флоренции, Пизе и Генуе. Отход Франческетто от политической жизни в Риме позволил Маддалене самостоятельно распоряжаться своим имуществом на территории Флорентийской республики.