Vierge du Pilier
Après avoir obtenu la bénédiction et l'encouragement de son père, il entre au séminaire et étudie d'abord à Logrono, puis à Saragosse où il peut faire les trois années de la licence en théologie qu'il termine avec de bonnes notes. Après avoir reçu la tonsure, première étape vers l'ordination, il est nommé supérieur du séminaire. Son rôle est de guider les autres séminaristes dans une conduite propre de la vie cléricale. Tout ce temps, Josémaria est conscient que Dieu le veut prêtre sans en savoir tout à fait la raison. Il prie quotidiennement la Vierge du Pilier (de la cathédrale de Saragosse), de lui faire voir ce que Dieu attend de lui. Son père meurt en . Il est ordonné diacre à Saragosse le samedi , et prêtre le .