沖田總司
而在沖田總司病重之際，永倉也負起帶領第一隊的重責大任。從1868年（慶應4年）與新政府軍戰鬥的戊辰戰争，到後來京都的鳥羽伏見之戰，在槍林彈雨中永倉率領的敢死隊給了薩長聯軍相當深刻的印象。戰敗後仍率領著原新選組改名的甲陽鎮撫隊奮力戰鬥，然在甲州勝沼之戰依舊不敵裝備精良的新政府軍，率領剩餘殘部撤退到江戶。但是後來與近藤與土方不和，與原田自組靖兵隊（靖共隊）奮戰。然而在米澤藩等待會津藩援軍時，得知會津藩已經投降後，永倉回到江戶並接受松前藩之保護。後成為藩醫杉村介庵的婿養子。