ガウス関数
メタダイナミクス法は、略式に「自由エネルギーの落とし穴を計算上の砂で埋める」と説明される。このアルゴリズムでは系が少数の反応座標で説明できることを仮定する。シミュレーション中、反応座標系上における系の位置が計算され、正のガウス関数型ポテンシャルが実際のエネルギー地形に加算される。こうすることで、以前の場所に系が戻ってくることを抑制する。シミュレーションが進行するにつれて、ガウス関数はどんどん足し上がって系はさらに元の場所に戻りづらくなっていき、エネルギー地形を完全に調べつくしてしまうに至ると、仮想ポテンシャルは平らになり、反応座標が激しく変動しはじめる。ここに至って、加算したガウス関数型ポテンシャルの総和の符号を反転してやれば、系のエネルギー地形が得られる。