Al-Gama'a al-Islamiyya
ザワーヒリーらはアルカーイダの拠点があったアフガニスタンのジャラーラーバードに入り、両者は統合された。1997年にはイスラム集団が起こしたルクソール事件にも関与した。この事件でザワーヒリーは1999年にエジプトの軍事法廷で被告人不在のまま死刑判決を受けた。1998年2月23日、ユダヤ・十字軍に対する聖戦のための国際イスラム戦線の名前で、ビン・ラーディン連名でファトワーを宣告した。同年6月24日、ビン・ラーディンと共にアルカーイダの会合を開催した。同年8月、ケニア・タンザニアでアメリカ大使館爆破事件を起こし、この頃から国際的な注目を集めるようになった。2000年に米艦コール襲撃事件を起こすと、ビン・ラーディンとザワーヒリーはアメリカの報復を逃れるためにアフガニスタンのカーブルに移動した。