Holy Loch
スコットランドを拠点としての2度目の配備は、最初の配備に比べると非常に短期間なものとなった。1967年6月半ばから1968年2月までに18回目から21回目まで4度の哨戒が行われた。21回目の哨戒から帰還中の3月20日、セオドア・ルーズベルトはスコットランド西方において座礁する。座礁による損傷の応急修理のため乾ドック入りし、その後4月5日にホーリー・ロッホを出港、本国での修理が行われた。4月18日から20日までチャールストンでミサイルを降ろし、続いてニューロンドンに向かう。4月23日にエレクトリック・ボート社のドックに到着し、修理が行われた。しかしながら同社の労使紛争のため修理は遅れ、10月半ばまで作業は完了しなかった。10月後半に海上公試を行い、その後11月2日にニューロンドンを出航、修理後の整調巡航に向かう。セオドア・ルーズベルトはノーフォーク、プエルトリコ、セント・クロイ島を訪問し、チャールストンには11月27日に到着した。その後チャールストン沖で訓練を行い、1969年前半にホーリー・ロッホでの配備を再開した。