蝦夷共和國
1868年，明治新政府宣布設立後，便將北海道納入新政府統治之內。然而在1869年1月，舊幕府軍佔領五稜郭，其首領榎本武揚宣布成立蝦夷共和國，並和新政府軍之間爆發箱館戰爭。在舊幕府軍投降之後，新政府宣布在北海道全境設11國86郡。1869年，新政府創建了開拓使，北海道開始進入大規模開發時代。新政府鼓勵失去工作的武士和士族移民北海道，並且為了加強國防，還設置了屯田兵制度。除了政府動員的移民之外，亦有自發性的大規模移民，其代表例為帶廣的晩成社。1882年，開拓使被廢止，政府改設函館縣、札幌縣、根室縣三個縣來管理北海道。但由於北海道人口分佈不均，這一體制效率不彰。1886年，政府決定廢除三縣，改設。