長崎本線
JR九州の長崎本線と大村線、島原鉄道の島原鉄道線の計3路線が乗り入れている。大村線は当駅が終点、島原鉄道線は当駅が起点である。JR九州における当駅の所属線は長崎本線である。SUGOCAに対応するが、当駅がSUGOCA長崎エリアにおける長崎本線の東端駅であるため、長崎本線長崎方面（含む長与支線）と大村線の当駅から竹松までのみ利用可能であり、長崎本線鳥栖方面や島原鉄道島原方面へは利用できない（なお、島原鉄道は当初nimocaを導入することが決まっていたが、長崎自動車グループに回収されたため白紙撤回になった）。