جائزة وولف
حصل ياماناكا على جائزة وولف في الطب سنة 2011 مناصفة مع عالم الأحياء الألماني رودلف يينيش، وجائزة الألفية للتقنية سنة 2012 مناصفة مع مهندس البرمجيات الفنلندي الأمريكي لينوس تورفالدس، وتوج ذلك في العام ذاته بحصوله على جائزة نوبل في الطب مناصفة مع البريطاني جون غوردون لاكتشافهما إمكانية تحويل الخلايا الناضجة إلى خلايا جذعية.