S.L. Benfica
1999년 포르투갈의 SL 벤피카 B팀의 감독을 맡으면서 지도자로 첫 발을 내디뎠다. 이후 포르투갈과 독일의 여러 팀의 감독을 하다가 2003-04시즌을 앞두고 FC 포르투의 수석코치로 합류하며 조세 무리뉴 감독을 보좌했다. 이 시즌에 FC 포르투는 UEFA 챔피언스리그 우승을 하면서 코치로서 우승을 경험하게 되었다. 포르투의 수석코치에서 물러난 모라이스는 CD 산타 클라라의 감독으로 취임했다.