DNA microarray
SAGE法と同様に遺伝子発現プロファイリングに用いられる技術としてはDNAマイクロアレイがある。しかしSAGE法はDNAシークエンシングに基づく技術であり、蛍光強度というアナログで定性的なデータを生むハイブリダイゼーションとは異なる。またDNAマイクロアレイではアレイに用いる遺伝子の配列を解読しておかねばならないが、SAGE法では実験者が前もって mRNA の配列を知っておく必要は無い。そのためSAGE法は探索的であり、新奇の遺伝子が発見される可能性がある。コストの面ではDNAマイクロアレイの方がずっと有利であるが、一般にSAGE法ではそれほど大規模な解析は行われない。