Tomb Raider
졸리와 아버지와의 관계는 원만하지 않았다. 이혼을 하면서 어머니와 같이 살았기 때문인데, 오랜 세월 동안 관계가 멀어져 있었다. 이후 《툼 레이더》 (2001)에 함께 출연하면서 화해했으나, 관계가 다시 악화되었다. 졸리는 배우로서의 정체성을 확고히하기 위해 중간 이름을 예명으로 오랫동안 써왔다. 2002년 7월 자신의 성인 보이트를 법적으로 아예 삭제해달라고 요청했고, 2002년 9월 12일부로 법적 삭제가 인정되었다. 그 해 8월 존 보이트는 《액세스 할리우드》와의 인터뷰에서 "졸리는 심각한 정신적 문제"가 있다고 말했다. 이에 대해 졸리는 더 이상 아버지와의 관계는 없다고 답했다. 당시 아들 매독스를 입양했기 때문에 아버지와 연관되는 것은 건강상 좋지 않다고 판단해서였다. 2007년 1월 27일 어머니가 난소암으로 사망했고, 이를 계기로 6년 동안 사이가 좋지 않았던 아버지와 화해했다.