Massina
Angesichts der Bedrohung durch den Dschihad des Fulbe-Predigers Hadsch Umar sah sich al-Baqqai ab 1860 gezwungen, Verbündete zu finden. Zuerst nahm er Kontakte mit den Franzosen am Senegal auf, erkannte aber, dass er von dort keine militärische Hilfe erwarten konnte. So suchte er die Annäherung an das Kalifat von Massina, konnte nicht verhindern, dass dieses 1862 von den Truppen Umars erobert wurde. Timbuktu geriet unter die Kontrolle der religiösen Fundamentalisten. Zwei Jahre später sammelte al-Baqqai eine aus Fulbe, Kunta-Mauren und Tuareg bestehenden Armee, die Timbuktu befreite und die Anhänger Umars aus Massina vertrieb. Nach dem Tod al-Baqqais im Jahre 1865 gewannen die Tuareg wieder die Macht über die Handelsstadt, was den endgültigen wirtschaftlichen Niedergang der Stadt zur Folge hatte. Erst die Eroberung durch die Franzosen in den Jahren 1893–1894 beendete die Herrschaft der Wüstennomaden.