バーラクザイ朝
バダフシャーンは長らく中継貿易の拠点として繁栄していたが、海上交易が発展した16世紀以降、国際経済におけるバダフシャーンの地位は次第に低下していく。16世紀にバダフシャーンは中央アジアのウズベク国家に併合されるが、現地の住民によって軍隊は追放され、再び旧王朝の子孫によって統治された。17世紀にバダフシャーンは再びウズベクに征服され、アレクサンドロス3世の子孫を自称するウズベクの指導者ヤール・ベクはファイザーバードで独立した政権を建てた。1822年にクンドゥーズの支配者ムラード・ベクはファイザーバードを占領し、ミールザー・カラーンにバダフシャーンの統治を命じた。ムラード・ベクの死後にミールザー・カラーンは独立し、一時はクンドゥーズを併合するが、やがてアフガニスタンのバーラクザイ朝に圧迫される。バダフシャーンの支配者はバーラクザイ朝の干渉によって廃位され、1889年にバーラクザイ朝のアブドゥッラフマーン・ハーンによってバダフシャーンはアフガニスタンに併合された。1895年にロシアとイギリスの間で締結された協定によって河川がアフガニスタンとロシアの国境に定められ、以後アム川を境にバダフシャーンが政治的に分断された状態が続く。