Inquisición portuguesa
A comienzos del siglo XIX, la estructura aún conservaba las almenas piramidales típica de los monumentos mudéjares sobre la columnada. En 1836 cesó su actividad como carnicería. En 1840, Cuhna Rivara, director de la Biblioteca Pública de Évora, obtuvo permiso de la Inquisición portuguesa para disponer de los edificios anexos al monumento, que se encontraban incluidos en la fachada septentrional del templo. Estas estructuras se demolieron y se llevó a cabo la primera gran excavación arqueológica en Portugal. Los primeros resultados revelaron depósitos de un acueducto primitivo. La arquitectura de esta zona alcanzó su límite en 1863, cuando se destruyó parcialmente la techumbre; los depósitos excavados también se dañaron en grandes proporciones debido a la ampliación de la propia plaza principal. En 1869, Augusto Filipe Simões propuso la demolición urgente de la estructuras medievales, defendiedno la restauración de la fachada primitiva del templo romano. Tres años más tarde, bajo la dirección del arquitecto italiano Giuseppe Cinatti, finalmente se eliminaron los vestigios de las estructuras medievales y se comenzó un programa de restauración en línea con el romanticismo imperante de la época.