W. Averell Harriman
ホワイトハウスで働いた後は国務省に戻り、 ニコラス・カッツェンバック国務次官の特別補佐官を務めた。この後、民主党のジョンソン政権から共和党のニクソン政権へと政権が交代したが、ホルブルックは次のエリオット・リチャードソン国務次官の下でも引き続き特別補佐官職に留まり、しばらくの間職務にあたった。特別補佐官在職中の1968年にベトナムとの和平を目指して開始されたパリでの秘密交渉においては、W・アヴェレル・ハリマン元ニューヨーク州知事とサイラス・ヴァンス国防副長官の2人を首席代表とする代表団の一員に加わっているほか、この他にもベトナム戦争の秘密報告書で、のちにニューヨーク・タイムズ紙がスクープしたことで知られるペンタゴン・ペーパーズの作成にも携わっている。