Stadelheim Prison
Der Prozess fand seit dem 6. Mai 2013 vor dem Staatsschutzsenat des Oberlandesgerichts München statt. Zschäpes Verteidiger waren Wolfgang Heer (Köln), Wolfgang Stahl (Koblenz), Anja Sturm (Köln) und seit Juli 2015 als vierter Pflichtverteidiger Mathias Grasel (München). Im November 2015 kam als fünfter (Wahl-)Verteidiger Grasels Kanzleikollege Hermann Borchert dazu. Zschäpe lehnte seitdem jeden Kontakt mit ihren Altverteidigern ab (siehe Verteidigerkrise). Beate Zschäpe, ursprünglich in der Haftanstalt Köln-Ossendorf inhaftiert, befand sich seit Mitte März 2013 in der Justizvollzugsanstalt München. Eine Untersuchung durch den vom Gericht bestimmten psychiatrischen Gutachter Henning Saß lehnte sie ab. Die Verteidigung bestreitet eine Mittäterschaft Zschäpes an den Morden, Anschlägen und weiteren Taten des NSU. Am Anfang der Hauptverhandlung machte Zschäpe von ihrem Aussageverweigerungsrecht Gebrauch.