巴哈伊信仰
不過，哈梅內伊並沒有將之延伸到巴哈伊信仰的宗教自由上，他支持迫害巴哈伊信仰，又簽署了縮減巴哈伊信仰在國內外影響力的多個方案。根據一封由伊朗武裝部隊指揮部主席寫給情報及國家安全部、革命衛隊及警方的信件，哈梅內伊下令指揮部識別巴哈伊信仰的信徒，監視他們的活動，並要搜集信徒的所有資料。