Alabama House of Representatives
Bei der Democratic National Convention 1860 in Charleston gehörte Lyon zu den Delegierten der Südstaaten, die den Parteitag vorzeitig verließen. Im folgenden Jahr war er Abgeordneter im Repräsentantenhaus von Alabama; die Wahl in den provisorischen Konföderiertenkongress lehnte er ab. Von 1862 bis 1865 war er Abgeordneter im ersten und zweiten Konföderiertenkongress.