Mongolian and Tibetan Affairs Commission
国共内戦の敗北にともない、1949年に中華民国政府が南京から台北へと移転すると、蒙蔵委員会は中国大陸における業務を遂行することが不可能となり、その権力は脆弱なものとなった。ただし、台湾の中華民国政府が「中国の正統（合法）な国家」であることを自任し続け、中華民国による中国再統一に備えて国家組織を温存し続けたことから、蒙蔵委員会は存在し続けた。1949年以降、蒙蔵委員会は主にチベット亡命政府との交流や、モンゴル人民共和国（現：モンゴル国）との経済・教育・文化関連の交流を手掛けてきた。ただし、2002年に中華民国政府はモンゴル国の独立を実質的に承認し、外交部がウランバートルに台北貿易経済代表処を開設した（それまでの中華民国政府と蒙蔵委員会はモンゴル人民共和国を「偽蒙古人民共和国」と呼んで領有権を主張していた）。そのため、蒙蔵委員会は以前より業務範囲が狭まっている。