البجا
وفي عام 2004 حدث خلاف بين مؤتمر البجا والتجمع الوطني الديمقراطي وبلغ الخلاف أشده عقب المفاوضات التي تمت بين التجمع والحزب الوطني السوداني الحاكم تحت رعاية مصرية في القاهرة عام 2005 حيث انسحب حزب مؤتمر البجا وحزب الأسود الحرة الذي تضم عناصر من قبيلة الرشايدة بزعامة الدكتور مبروك مبارك سليم الرشيدي، من المفاوضات بحجة أنه لم يتم تمثيل مصالحهما إلى حد ما وعدم استعياب التجمع لها، وطلبا التفاوض في منبر منفصل.