Sperm whale
Von den 25 Arten an Meeressäugetieren sind der Pottwal ("Physeter macrocephalus") und der Buckelwal ("Megaptera novaeangliae") die größten Vertreter. Die Gewässer um die Babuyan-Inseln werden jedes Jahr von den Buckelwalen aufgesucht, um ihre Jungen zur Welt zu bringen. Seit dem Jahr 2000 wurden über 100 Exemplare identifiziert. Zu den kleineren Vertretern den Meeressäuger gehören unter anderem der Kleine Pottwal ("Kogia simus"), der Ostpazifische Delfin ("Stenella longirostris") und der Breitschnabeldelfin ("Peponocephala electra") Zu den seltenen Meeressäugern gehören der Irawadidelfin ("Orcaella brevirostris") im Malampaya Sound und der Dugong ("Dugong dugon").