Real Jaén
В качестве тренера Франсиско начал работать с молодёжными составами «Эспаньола», потом тренировал «Корию», «Реал Хаэн», «Эстремадуру», «Фигерас» и «Нумансию»). В июле 2006 года он возглавил «Бадалону».