皖系
1916年6月6日袁世凱病逝，倪嗣沖成爲段祺瑞爲首的皖系軍閥的中心人物之一，7月就任安徽省長。府院之争中，段祺瑞與黎元洪分庭抗禮，1916年9月倪策劃皖系督軍組織「十三省聯合会」（即督軍團）。1917年（民国6年）張勳擁立宣統帝，推行丁巳復辟時，他起初秘密支援。段祺瑞開始討伐張勳後，倪的態度突變，任南路討逆軍總司令，参加討伐張勳。復辟失敗後，倪任長江巡閲使兼安徽督軍，仍為皖系的中心。1920年（民国9年）7月直皖戰争皖系敗北，倪於9月被罷免。此後他赴天津意租界隐居。隐居期间，投资银行、纱厂、面粉厂、油漆公司等，还在英、日租界广置房地产。