ナヒチェヴァン自治共和国
1990年、アリエフは共産党を離党してナヒチェヴァンに帰郷し、同地のアゼルバイジャン人議会議員に選ばれた。翌1991年、アリエフはナヒチェヴァン自治共和国最高議会議長に選出され、同時に、この年ソ連から独立を宣言したアゼルバイジャン本国の最高会議副議長に就任した。そして、ソ連崩壊後に戦争状態に陥ったナゴルノ・カラバフを巡る隣国アルメニアとの紛争の結果、アゼルバイジャン政界が混乱を極めた1993年6月15日、最高会議議長に選ばれ、9日後の6月24日、下院によって大統領に選出された。