Red Cloud
A mediados de la década de 1870, la atención de los dos científicos se dirigió hacia Dakota del Sur, donde el descubrimiento de oro en las Black Hills aumentó las tensiones entre los nativos americanos y los Estados Unidos. Marsh, que deseaba los fósiles que se encontraban en aquella región, se vio envuelto en las políticas ejército-indios. Con el objetivo de ganarse el apoyo del jefe Nube Roja de los siux para poder hacer prospecciones, Marsh prometió pagar a Nube Roja por los fósiles encontrados y volver a Washington a hacer presión allí en su favor en lo referente al trato inadecuado que recibían. Finalmente, Marsh se escabulló del campamento y, según su propio relato (posiblemente embellecido), acumuló vagones llenos de fósiles y se retiró justo antes de que llegara un grupo hostil de miniconjous. Sí que intercedió en nombre de Nube Roja ante del Departamento del Interior y la administración, pero su intención podría haber sido ganarse una reputación frente a la administración impopular de Ulysses S. Grant. En 1875, tanto Cope como Marsh hicieron una pausa en sus recolecciones, ya que sentían la presión financiera y la necesidad de catalogar sus hallazgos acumulados, pero nuevos descubrimientos los harían volver al oeste antes del final de la década.