合衆国艦隊
しかし、アメリカの第二次世界大戦参戦後、海軍の指揮権を巡って合衆国艦隊司令長官アーネスト・キング大将との間に確執を生じ、1942年3月にルーズベルト大統領の命令で作戦部長を更迭された。後任の作戦部長にはキングが任命され、キングは作戦部長と合衆国艦隊司令長官を兼任した。スタークは在欧アメリカ海軍の司令官としてヨーロッパに派遣された。1946年退役。