Neisseria meningitidis
Rappuoli gilt auch als einer der Begründer der reversen Impfstoffentwicklung, basierend auf Sequenzierungen des Genoms des Erregers. Zuerst wandte er diese Methode auf der Suche nach einem Impfstoff gegen Meningokokken vom Subtyp B an. Er überzeugte 1997 Craig Venter, der bereits mit seiner Firma TIGR das Genom des Grippevirus sequenziert hatte, die Sequenzierung von Neisseria meningitidis vom Typ B anzugehen, was bis 2000 gelang und statt gut einem Dutzend über 90 potentielle Oberflächenproteine als Ansatzpunkte für Impfstoffe lieferte. Rappuoli arbeitete darauf gestützt in den 2000er-Jahren an der Entwicklung eines Impfstoffs gegen Meningokokken Typ B.