黑旗軍
回到清朝境內的黑旗軍部眾，後跟隨劉永福，先後前往南澳鎮、石碣鎮赴任。清廷對黑旗軍十分猜忌，經過多年裁減，黑旗軍只剩下三四百名老兵，其餘遣散回鄉里。1894年，甲午战争爆發，劉永福奉清政府命令重新編組黑旗军，前往臺灣協防。臺灣巡撫唐景崧令其进驻台南。翌年清朝戰敗，將臺灣割讓給日本。劉永福與臺灣士紳丘逢甲在臺灣策動獨立，成立臺灣民主國，擁立唐景崧為總統。在不久之後的乙未戰爭中，日军聯合部份傾日的臺灣人先遣分队，將黑旗軍击溃。隨後唐景崧棄職而走，刘永福帶領殘軍，在臺南自立為大總統。戰事失利後，化装乘英國籍輪船「塞里斯號」逃到廈門。失去了主帥的黑旗軍，在與日軍交戰中死者大半。在日本佔領臺灣之後，黑旗軍殘部被遣返回清朝，被清廷強制解散。