Castillo de Dublín
Margarita murió en 1584 a los 69 años, una edad considerada avanzada en aquella época. Gravemente aquejada de artritis, vivió tres años en una fría y húmeda mazmorra en el Castillo de Dublín sin luz natural, siendo enterrada tras su deceso en el cementerio de la Iglesia de San Audoen. Pese a que Margarita tuvo la posibilidad de alterar su testamento, nunca lo cambió, legando sus propiedades (o al menos parte de ellas) a su hijo Walter.