Лудогорец
18 января 2013 года Эрнандес присоединился к болгарскому клубу «Лудогорец», в новой команде он получил футболку с номером 10. По итогам сезона «Лудогорец» стал чемпионом Болгарии. Себастьян принял участие в 9 матчах турнира.