Secretary of State for Scotland
が運輸大臣を辞任すると、ダーリングはその後任に任命される。この時代、レールトラックの後継組織・ネットワーク・レールの設立を監督した。2003年には、スコットランド大臣との兼任となった。相次ぐ列車事故などで批判に晒されていた運輸省であったが、ダーリングの大臣就任と共に批判は静まった。2006年の内閣改造では、貿易および産業大臣に異動になる。