メルキー・カブレラ
2013年1月、バイオジェネシス・スキャンダルが発覚し、フロリダ州マイアミのアンチエイジングクリニックを経営する自称医師のアンソニー・ボッシュから禁止薬物の提供を受けていたと報じられた。ブラウンは「異議申立ての際に、専門家に助言を貰うために相談しただけ」と釈明したが、「そのような重大な問題なら、なぜチームドクターを介さず、無資格の人物に相談したのか」という追及を受け、逆に疑惑を深める結果になってしまった。その後、ボッシュの手書きメモにアレックス・ロドリゲス、メルキー・カブレラ、フランシスコ・セルベーリと共にブラウンの名前が発見され、支払った代金と思われる記述が見つかった。7月22日にこれまで否定していたクリニックからの禁止薬物購入について認めて謝罪し、本来の処分2回目100試合から短縮された、シーズン残り65試合の出場停止処分を受け入れた。2011年にMVPを受賞していたが、その時2位だったマット・ケンプから「MVPは剥奪されるべきだ」と批判された。