新党さきがけ
1995年、第17回参議院議員通常選挙では新党さきがけ公認で比例区から出馬し、再選。1996年には新党さきがけ議員団座長に就任し、辞任した井出正一代表に代わり、事実上の党代表職を務める。この間、新党さきがけは自社さ連立政権の村山内閣、橋本内閣に参画し、堂本は自由民主党の加藤紘一や社会民主党の辻元清美らが結成したNPO議連に参加。「特定非営利活動促進法（NPO法案）」の成立に尽力した。1997年、UNEP（国連環境計画）の「環境に貢献した25人の女性リーダー」に選ばれた。新党さきがけを離党後、参議院クラブを経て無所属の会に入党。