Real Jaén
В январе 1996 года Хосе перешёл в «Бока Хуниорс», за который выступал до лета. В июле Басуальдо уехал в Испанию, где выступал за команды Сегунды, «Экстремадуру» и «Реал Хаэн». В 1998 году он вернулся в Аргентину, подписав контракт с командой «Депортиво Эспаньол». В новом клубе он провел полгода, после чего во второй раз решил попробовать свои силы в стане «Бока Хуниорс». В составе «Боки» Басульдо три раза выиграл чемпионат Аргентины, а также во второй раз в карьере стал обладателем Кубка Либертадорес. После ухода из клуба в 2001 году Хосе пытался реанимировать свою карьеру, возвращаясь в свои бывшие команды. В 2003 году он принял решение о завершении карьеры футболиста в клубе, в котором её начал.