Sun Microsystems
2006년 8월 런칭 시점에 EC2 서비스는 리눅스를, 나중에는 썬 마이크로시스템즈' 오픈솔라리스와 솔라리스 익스프레스 커뮤니티 에디션을 제공하였다. 2008년 10월, EC2는 사용 가능 운영 체제 목록에 윈도우 서버 2003, 윈도우 서버 2008 운영 체제를 추가하였다. 2010년 12월 기준으로, FreeBSD에서의 동작이 보고되었다. 2011년 3월, NetBSD AMI의 이용이 가능하게 되었다. 2012년 11월 윈도우 서버 2012 지원이 추가되었다.