Football War
Otra rivalidad importante en el conjunto hondureño es hacia , con quien disputó su primera oportunidad para clasificar en una Copa del Mundo. Tras ambos ganar sus partidos como local, jugaron en México el partido definitivo el 27 de junio de 1969, siendo El Salvador el que se clasificó al Mundial de México 1970 tras vencer 3-2. De este hecho, más la tensión entre ambos países surgió la llamada Guerra del Fútbol.