Sultan Ahmed Mosque
Sin embargo el 27 de julio de 1635 fue ejecutado junto a su hermano Süleyman. Las órdenes fueron emitidas por su hermano Murad, las causas de su ejecución fueron desconocidas. Aunque probablemente Bayezid trató de rebelarse o simplemente fue por la crueldad de Murad. Fue enterrado al lado de su padre en la Mezquita Azul.