Наполеоновские войны
Наполеоновские войны стали фатальными для собраний библиотеки: в 1797 году 500 манускриптов были конфискованы французской директорией. Однако в 1815 году большую часть увезённого, за исключением 36 манускриптов, удалось вернуть в Ватикан.