Санта-Мария-ин-Трастевере
Вернувшись в Рим, Агостини сначала недолго служил органистом в базилике Санта-Мария-ин-Трастевере, затем капельмейстером в церкви Тринита-деи-Пеллегрини и также в Санта-Мария-ин-Трастевере. В 1619 году занял такую же должность в базилике Сан-Лоренцо-ин-Дамазо, а с 16 февраля 1626 года — в соборе Святого Петра, где оставался до смерти. По Питони и Баини, похоже, что он занял это место в результате музыкального вызова, бросив его тогдашнему капельмейстеру и своему старому соученику Винченцо Уголини, который отказался от соревнования, вероятно, боясь не выдержать сравнения, и был уволен.