Pope Gregory IX
تم إنشاء محاكم التفتيش من خلال المرسوم البابوي، "أبوليندام"، الصادر في نهاية القرن الثاني عشر من قبل البابا لوسيوس الثالث لمحاربة بدعة ألبيجينسية في جنوب فرنسا. كان هناك عدد كبير من محاكم محاكم التفتيش البابوية في مختلف الممالك الأوروبية خلال العصور الوسطى من خلال وسائل دبلوماسية وسياسية مختلفة. في مملكة أراغون، تم إنشاء محكمة التفتيش البابوية بموجب قانون "Excommunicamus" للبابا غريغوري التاسع، في عام 1232، في عهد الالبيجين بدعة كشرط للسلام مع أراغون. لم يستقبل الأراغون محاكم التفتيش بشكل سيئ، مما أدى إلى حظر الإهانات أو الهجوم عليها. كانت روما مهتمة بشكل خاص بالتأثير "الهرطقي" للمسلمين واليهود في شبه الجزيرة الأيبيرية على الكاثوليك. ضغطت على الممالك لقبول محاكم التفتيش البابوية بعد أراغون. تنازلت نافارا في القرن الثالث عشر والبرتغال بحلول نهاية القرن الرابع عشر، على الرغم من أن "محاكم التفتيش الرومانية" كانت غير نشطة. رفضت قشتالة بثبات، واثقة من وضعها البارز في أوروبا وقوتها العسكرية لإبقاء تدخل البابا تحت السيطرة. بحلول نهاية العصور الوسطى، إنجلترا، بسبب المسافة والامتثال الطوعي، و قشتالة (الجزء المستقبلي من إسبانيا) بسبب المقاومة والقوة، كانت ممالك أوروبا الغربية الوحيدة يقاومون بنجاح إنشاء محاكم التفتيش في عوالمهم.