Balabac Strait
9月3日、パーゴは5回目の哨戒で南シナ海に向かった。9月10日夜、パーゴはの地点で特設捕獲網艇檜丸（宇和島運輸、599トン）を発見し、まず魚雷を3本発射したが命中せず、続いて魚雷を4本発射。魚雷は檜丸の艦橋の下ほかに2本命中して撃沈した。9月14日から15日にかけての深夜にのナトゥナ諸島近辺の海域に機雷を敷設した後、9月22日にはのバラバク海峡近海で輸送船団を発見し、魚雷を6本発射して3つの爆発を聴取して「5,000トン級輸送船1隻の撃破」を報じる。9月26日未明、パーゴはのボルネオ島北西岸でレーダー、次いで目視により敷設艦蒼鷹を発見。パーゴは蒼鷹を千歳型水上機母艦あるいは香取型練習巡洋艦と判断しており、魚雷を3本発射して1本か2本命中させて「撃破」した。続いて魚雷を4本発射して1本を命中させ、さらに魚雷をもう1本発射したが、こちらは命中しなかった。この目標が蒼鷹で、撃沈したことが伝えられたのは、戦争が終わってからのことであった。10月7日、パーゴは34日間の行動を終えてフリーマントルに帰投した。