James Madison
의회가 1812년 전쟁을 선포하였을 때 존슨은 의용병들을 모집하러 켄터키주로 돌아왔다. 그는 그해 후순에 의회로 복귀하였고 인디언들의 기동성 게릴라전을 물리치는 계획을 제안하였다. 그는 제임스 매디슨 대통령에게 자신의 계획들을 증정하여 1813년의 여름 자신의 전술들을 이용하는 데 허용되었다. 탬스 전투에서 존슨은 테쿰세 추장을 살해하면서 명예를 얻었으나 심하게 부상을 당하였다.