Khwarazmian dynasty
Nach den Seldschuken fiel Qom unter die Kontrolle der Atabegs von Aserbaidschan und Choresm-Schahs. In diesen beiden Perioden waren die bemerkenswerten Ereignisse die Hinrichtung von ʿAzz-al-Din Yaḥyā, der der Schiiten war und die Renovierung der Fliesen des Heiligtums durch die Choresm-Schahs, um die Bevölkerung von der schlechten wirtschaftlichen Instabilität abzulenken. Bis die Mongolen im Jahr 614/1217 nach Qom kamen war die Stadt unter der Kontrolle von ʿAlāʾ-al-Din Muḥammad.