Massachusetts Bay
1686년 이 지역 전체가 뉴잉글랜드 자치령이라는 하나의 정부조직으로 개편되었다. 자치령은 플리머스 식민지 외에, 로드 아일랜드, 매사추세츠 만, 코네티컷 및 뉴햄프셔 각 식민지가 포함되어 있었다. 1688년에는 뉴욕, 웨스트 저지 및 이스트 저지가 추가되었다. 자치령의 총독은 에드먼드 안드로스가 임명되었지만, 별로 지지를 얻지 못해 자치령은 오래 지속되지 못했다. 플리머스 식민지는 반발하여 1688년 4월 자치령에서 탈퇴했고, 자치령 전체는 1688년 명예혁명 때 붕괴되었다. 그러나 플리머스 식민지의 자치권 회복도 오래가지 않았다. 인크리스 메더가 이끄는 뉴잉글랜드 대표단이 자치령 시대에 비활성화된 식민지 임차권을 반환 받기 위해 영국 본국으로 가서 협상을 했다. 플리머스 식민지에 사태를 더욱 악화시킨 것은 원래 설립 때부터 정식 임차권을 얻고 못한 것이었다. 플리머스가 정식 임차권을 얻으려는 희망은 이뤄지지 않았고, 플리머스 식민지는 매사추세츠 만 식민지에 합병시킨다는 새로운 허가서가 내렸왔다. 플리머스 식민지를 종식시킨 공식 선언일은 1691년 10월 17일이었고, 윌리엄 핍스가 새로운 칙허를 가지고 돌아온 1692년 5월 14일 효력을 발생시켰다. 플리머스 의회의 마지막 공식 소집일은 1692년 6월 8일이었다.