綠線
地下二樓為捷運藍線與綠線的上行軌（北向）共同月台；地下三樓則為下行軌（南向）共同月台（藍線的軌道皆在西側，而綠線的軌道皆在東側），為地下平行交會車站。過去由於綠線當中的松山線仍在興建，因此先行開闢小南門線營運區間（西門—中正紀念堂），採用單線雙向方式運行。本站綠線側月台與軌道的使用，也改為由2號月台（第二層綠線上行軌）與4號月台（第三層綠線下行軌）的其中一個進行小南門線的營運，另一個則不開放，每四個月交替（換軌行駛）一次。信義線通車後，直通新店線台電大樓站，台北捷運綠線於尖峰時段兩個月台都做為下行發車月台，離峰時則只使用2號月台。