Clostridium botulinum
類毒素用來作為疫苗的原因是會引發對原始毒素的免疫反應，或是增加抗體的反應（因為类毒素标记和毒素标记都會保留下來）。例如破傷風類毒素是由破傷風梭菌分泌的所製備。像百白破疫苗中就有破傷風類毒素。肉毒桿菌毒素是由肉毒桿菌產生，後者會產生致命的肉毒桿菌中毒，而肉毒桿菌類毒素即為其疫苗。有時病患在接種疫苗後會有一些副作用，一般而言，副作用是因為免疫反應以及之後清除類毒素的效果，不是類毒素本身的直接影響。類毒素的毒性較弱，甚至沒有毒性，因此影響也會比毒素輕微許多。