Унион Ла-Калера
Микольта — воспитанник клуба «Фуэрса Амарилья». 6 августа 2017 года в матче против «Макара» он дебютировал в эквадорской Примере. Летом 2018 года Микольта перешёл в чилийский «Унион Ла-Калера». 26 августа в матче против «Депортес Икике» он дебютировал в чилийской Примере. В начале 2019 года Сантьяго присоединился к ЛДУ Лоха, выступающем во Втором Дивизионе Эквадора.