اضطهاد المسيحيين
على الرغم من أن البوذية وشنتو في اليابان قد تعايشوا مع بعضهم لقرون، أدى وصول المسيحية من خلال فرانسيس كزافييه إلى اضطهاد واسع النطاق للمسيحيين والاستبعاد النهائي للمسيحية لمئات السنين حتى عهد ميجي، كما رأى حكام اليابان كتهديد. كما تم اضطهاد المسيحيين والبوذيين تحت ولاية شنتو.