Inquisición portuguesa
El período de más intensa persecución de los judeoconversos duró hasta 1530; desde 1531 hasta 1560, sin embargo, el porcentaje de casos de judeoconversos en los procesos inquisitoriales bajó muy significativamente, hasta llegar a ser solo el 3 % del total. Hubo un rebrote de las persecuciones cuando se descubrió un grupo de judaizantes, en 1588, en Quintanar de la Orden, y en la última década del volvieron a aumentar las denuncias. A comienzos del comienzan a retornar a España algunos judeoconversos que se habían instalado en Portugal, huyendo de las persecuciones que la Inquisición portuguesa, fundada en 1532, estaba realizando en el país vecino. Esto se traduce en un rápido aumento de los procesos a judaizantes, de los que fueron víctimas varios prestigiosos financieros. En 1691, en varios autos de fe, fueron quemados en Mallorca 36 chuetas o judeoconversos mallorquines.