Coquimbo Unido
Ибарра начал карьеру выступая за клубы «Кокимбо Унидо», «Сантьяго Морнинг» и «Депортес Мелипилья». В 2004 году он перешёл в «Универсидад де Чили» в составе которого в том же году выиграл чилийскую Примеру. В следующем сезоне Мануэль помог команде завоевать серебро чемпионата. В 2006 году он покинул «Универсидад де Чили» и следующие два сезона играл за «Кобресаль» и «Унион Эспаньола». В 2008 году Ибарра завершил карьеру в клубе «Аудакс Итальяно».