方濟·沙勿略
而葡萄牙人在貿易創收的同時，自1540年開始向當地人傳教，而同年新成立的耶穌會也來到果阿，殖民政府重視傳教工作並為受洗教徒提供物質獎勵，因而這些所謂基督徒中產生了大量，有些甚至還信奉原來的宗教。判定的所謂“”也從葡萄牙本土遷移到果阿，這些人有許多是和一些假意改信的猶太人，因此並不受天主教徒歡迎。聖徒方濟·沙勿略在1545年寫信給若昂三世，要求建立果阿宗教裁判所，這也是印度天主教的一大敗筆。在1557年果阿成為了獨立的總教區，附屬柯枝、馬六甲-柔佛兩大教區，而整個東方也都處於果亞總教區管轄之下，管轄權一直擴展到澳門、日本。