Blue Mountain
In Begleitung von Florence zog er im Dezember 1862 von Khartoum aus mit einer eigenen Karawane nilaufwärts. Sein Ziel waren die Quellen des Weißen Nils. In Gondokoro traf er am 15. Februar auf John Speke und James Grant, die von Sansibar aus zum Victoriasee vorgestoßen waren und sich nun nilabwärts auf dem Heimweg befanden. Baker fand die beiden ziemlich erschöpft und abgerissen. Er versorgte sie mit neuer Kleidung und wandte sich wieder südwärts. Auf seiner Suche entdeckte Baker im März 1864 den Albertsee und die Murchison-Fälle, eine der größten Sehenswürdigkeiten Afrikas. Auf dieser Expeditionsreise sah er auch die noch wenig bekannten Gebirgsmassen, die erstmals von Henry A. Stanley am 24. Mai 1888 gesichteten Schneekappen des Ruwenzori-Massivs "durch den Dunst der Ebene undeutlich hindurchschimmern" und gab ihm den Namen "Blaue Berge" ("Blue Mountains") ohne sich jedoch über dessen Bedeutung klar zu werden. Im Mai 1865 war er wieder in Khartoum. Im Oktober kehrte er mit seiner Frau, die er mittlerweile geheiratet hatte, nach England zurück.