University of Mississippi
曼宁的父亲是密西西比大学的传奇四分卫，但曼宁选择了主打传球进攻的田纳西大学Volunteer。这一选择令密西西比大学的球迷大为失望，在召开了新闻发布会后，曼宁的父亲收到了200多个威胁信和7000多个威胁电话。大学四年，曼宁创下了一堆旷古烁今的校队队史纪录：1381次传球出手，队史第一；863次传球完成，队史第一；62.49%传球成功率，队史第一；传球码数11201码，队史第一；传球达阵数89次，队史第一。曼寧担當正選四分衛时，取得了39勝6負。亦打破了Southeastern Conference的記錄（這個紀錄後來被喬治亞大學的打破，取得42勝）。在-{zh-hans:碗;zh-hk:碗;zh-tw:盃;}-賽方面，取得3勝1負的成績。