Гамбургский университет
Вернер Бурмейстер родился 26 июня 1895 года в Шверине в семье купца Генриха Бурмейстера и его жены Софи (в девичестве, Карштадт; род. 1859, Гревесмюлен), являвшейся сестрой и первоначальной совладелицей известного универмага «Karstadt Warenhaus GmbH». Вернер окончил среднюю школу «Fridericianum Schwerin», после чего получал высшее образование в нескольких университетах. В 1923 году он, под руководством Макса Хауттмана (1888—1926), написал и защитил диссертацию о монументальной живописи в Мекленбурге — став кандидатом наук в Ростокском университете. Затем Бурмейстер перешел в Гамбургский университет, где в 1931 году защитил докторскую диссертацию на тему «Северонемецкая средневековая кирпичная готика и ее отношение к западноевропейской» (Die norddeutsche mittelalterliche Backsteinkunst und ihre Beziehungen zu Westeuropa).