Zentralamerikanische Konföderation
Auch Fruto Chamorro Pérez wurde Mitglied der "Partido Legitimista". 1836 wurde er Abgeordneter im Parlament und von 1839 bis 1842 war er Senator. 1842 wurde der Versuch unternommen die Zentralamerikanische Konföderation als "Representación Nacional de Centroamérica" zu reanimieren. 1843 wurde Fruto Chamorro zum "Jefe Supremo" dieses Gremiums bestellt und residierte in San Miguel in El Salvador. 1845 wurde Fruto Chamorro Prefeto, Militärgouverneur des Departamento Granada und Finanzminister. Im November 1851, unter der Regierung von Laureano Pineda, war Fruto Chamorro Oberbefehlshaber der Armee. Am 1. April 1853 wurde Fruto Chamorro "Supremo Director" von Nicaragua.