Chagatai Khanate
В конце IX века и начале X века в южные районы Восточного Туркестана из Средней Азии проник ислам. В середине X века мусульманская династия Караханидов развязала войну против буддийского княжества Юйтянь, продолжавшуюся более 40 лет. В начале XI века, после распада княжества Юйтянь, ислам распространился по всему Хотанскому району. В середине XIV века Чагатайский улус (государство, основанное вторым сыном монгольского хана Чингисхана в западном регионе) был насильно обращён в ислам, который стал главной религией местных монголов, тюрков (уйгуров и предков узбеков, казахов и киргизов) и таджиков. К началу XVI века ислам почти полностью вытеснил прочие верования и стал главной религией в Восточном Туркестане.