アメリカ連合国陸軍
アメリカ連合国陸軍に加わるため国務長官の辞意を示したトゥームズは、1861年7月19日に准将として任務を受け、連合国ポトマック軍の旅団長に着任した。そして北バージニア軍のデイヴィッド・ジョーンズ率いる師団の下で、半島戦役、七日間の戦い、北バージニア戦役、メリーランド戦役に参加した。トゥームズはアンティータムの戦いで手に傷を負った。