Botany Bay
ボタニー湾の名称からも察せられるように、バンクスにはオーストラリアに対して終生、強い思い入れがあり、ニューサウスウェールズ入植地のもっとも強力な擁護者であった。1779年、バンクスは下院議会で証言を行ない、自分の考えでは本国の囚人の受け入れ先として最も条件に適うのは、ニューホランド（当時のオーストラリアの呼称）沿岸地域のボタニー湾である、と主張した。バンクスの肩入れはその後も一向に衰えず、その後20年間、入植地の発展に尽力し続けた。実際、彼はオーストラリア諸問題に関する英国政府の総合顧問を務めた。入植地の農業と貿易の発展に対しても助力を惜しまず、初期の自由移民の航海にも便宜を図った。また、オーストラリアの地にメリノ羊を導入することを最初に提案したのも彼である。アーサー・フィリップら初期3代のニューサウスウェールズ総督たちは、バンクスと緊密な連絡を保っていた。オーストラリアの探険に取り組んだマシュー・フリンダース、ジョージ・バス、ジェームズ・グラント海軍大尉らの活躍に常に関心を払っていたし、アラン・カニンガムらバンクスがキューガーデンの植物収集のために雇用した探検家らも、オーストラリアの探険史に重要な足跡を残した。