ジンクフィンガー
CCHH型のジンクフィンガードメインは、真核生物のゲノム中で最も一般的なDNA結合ドメインである。高いDNA配列認識特異性を達成するために、いくつかのジンクフィンガーがモジュール状に利用される。ジンクフィンガーはββα型のタンパク質フォールドを持ち、βヘアピンとαヘリックスは亜鉛イオン（Zn2+）で連結されている。αヘリックスのタンパク質側鎖による主溝側からのDNA塩基との相互作用によって、DNAの配列特異的な認識が可能となる。近年、ジンクフィンガーはRNAを認識する能力もあることが発見されている。CCHH型のジンクフィンガーには2つのRNA認識様式が存在する。1つはRNA二重らせんの主鎖に対する非特異的結合で、もう1つは、バルジとして外に出た個々の塩基を特異的に認識するものである。これらに加えてCCCH型のジンクフィンガーにはさらに異なるRNA結合様式が存在し、一本鎖RNAの配列特異的な認識が行われる。配列特異的なRNAの認識は、タンパク質の主鎖の官能基とRNA塩基のワトソン・クリック端との分子間水素結合ネットワークによって達成されている。