Province of New Jersey
先祖はイングランド系移民サミュエル・リンカーンである。父ジョン・リンカーン（1716年 - 1788年）はニュージャージー植民地モンマス郡で生まれ、ペンシルバニア植民地スクールキル川で育った。自給自足農業を営み、織物により、貿易を学んだ。モルデカイ・リンカーン邸は父の再婚相手の子供たちに残された。1743年、カナーボンタウンシップ、ペンシルベニア州ランカスター郡のエノク・フラワーズの娘レベッカ・モリス（1720年 - 1806年）と結婚した。彼女はジェームズ・モリス未亡人で幼い息子ジョナサン・モリスがいた。