Volga Region
Es folgten zwei Abstiege in Folge in den Jahren 1998 und 1999, so dass der FK Tjumen in die drittklassige 2. Division durchgereicht wurde. Im Jahr 2003 zog sich der Verein zwischenzeitlich aus dem Profifußball zurück, jedoch schaffte die Mannschaft 2005 als Tabellenerster in der eigenen Amateur-Gruppe die Rückkehr in den professionellen Fußball. 2014 nach dem Gewinn der Staffelmeisterschaft "Ural-Powolschje" im Perwenstwo PFL konnte die Rückkehr in das russische Unterhaus gefeiert werden. In der Saison 2017/18 wäre der Verein als Vorletzter sportlich aus dem zweitklassigen Perwenstwo FNL abgestiegen, jedoch profitierte Tjumen vom Rückzug mehrerer Teams aus der Liga, wodurch es keine sportlichen Absteiger gab. In der Folgesaison stieg der Verein als Tabellenletzter in die dritte Liga ab.