XIII機関
ロクサスを主人公としてゲーム本編のストーリーを進めていくモード。難易度は従来のシリーズと同じくビギナー（初心者向け）・スタンダード（通常の難易度）・プラウド（上級者向け）の三種から選択する。ロクサスは機関メンバーのサイクスからミッションを受領し、XIII機関の本拠地である「存在しなかった城」からディズニーの世界を含む様々なワールドに赴き、ハートレスを倒すことでのハートの回収、特定のハートレスの探索・討伐、ワールドの調査など、多彩なミッションを遂行していく。1つのミッションを完遂すると「DAY」が進み、これを繰り返すことでシナリオを進めていく。