知恵の館
サーサーン朝は、638年にイスラム帝国のアラブ軍に敗れた。学院は統治者の交替を生き延びて、高等教育のイスラム学院として、数世紀の間存続した。それは後に、アッバース朝の首都バグダードに設立された学院と競合した。832年に、カリフのマアムーンは、有名な知恵の館（バイト・アル＝ヒクマ）を設立した。そこでは、ジュンディーシャープールの方法が模倣された。実際に、知恵の館は、元のジュンディーシャープール学院の卒業生を職員にしていた。知恵の館は、マアムーンの後継者のムタワッキルの下で解散されたと信じられている。しかし、その頃までには、アッバース朝の知的な中心は、はっきりとバグダードに移っていた。ジュンディーシャープールの大学や病院は、以後は文献にほとんどでてこない。