Peter, Duke of Coimbra
Johannas Vater Eduard hatte in seinem Testament seine Frau Eleonore als Regentin für Johannas Bruder Alfons eingesetzt. Nach teilweise gewalttätigen Auseinandersetzungen übernahm Johannas Onkel Peter von Portugal die Vormundschaft für Alfons. Eleonore verließ zusammen mit Johanna 1439 Portugal und starb 1445, als Johanna sechs Jahre alt war, in Toledo.