대륙군
1776년, 링컨은 준장에 이어 소장으로 승격되어, 보스턴 지역의 모든 매사추세츠 부대를 지휘했다. 영국군이 보스턴에서 철수한 후 링컨은 뉴욕에서 조지 워싱턴 장군에 합류, 화이트 플래인스 전투에서는 우익을 지휘했다. 인디펜던스 요새 전투 직후에 링컨은 대륙군 소장이 되었다.