Empire of Nicaea
Более века длилось византийское правление в городе. Но в 1204 году, после захвата Константинополя крестоносцами и падения Византии, город был захвачен рыцарями-иоаннитами, владевшими тогда Родосом, а через несколько лет Никейская империя захватила город. Но это стоило для империи очень большой цены: всю торговлю города захватили союзные генуэзцы, также им принадлежал один из замков города. В 1222 году никейские греки предприняли последнюю попытку восстановить город, но бо́льшая его часть так и осталась в руинах вплоть до 1330 года. Зимней столицей Никейской империи был близлежащий Нимфей (ныне — Кемальпаша), расположенный на некотором удалении от моря, а значит и более защищённый от пиратов. В 1317—1329 годах за город и его крепости боролись турки, генуэзцы и крестоносцы. Победу одержали наступавшие с континента турки бейлика Айдын. В 1402 году город захватил Тамерлан.