애플 II
애플 IIGS는 기존 애플 II 소프트웨어의 대부분을 실행할 수 있는데, 초기 애플 II의 운영체제로 Apple DOS, ProDOS 8, Apple Pascal를 모두 실행할 수 있으며, 애플 II+, IIe, IIc와 마찬가지로 IIGS도 Applesoft BASIC이 내장되어 있어 간단한 어셈블리 언어 프로그래밍을 사용할 수 있다. 디스크에서 로드된 운영체제 역시 가능하다.