Sportivo Luqueño
خاض لويس نونيز مسيرته مع نادي سبورتيفو لوكوينو في موسم 2000 في المرة الأولى ليلعب معه سبعة مواسم ثم في موسم 2007 واستمر معه طيلة ثلاثة مواسم، مشاركًا طوالها في 233 مباراة سجل خلالها 10 أهداف. ثم انتقل إلى نادي ذي سترونغيست ما بين عامي 2006 و2007 لمدة موسم واحد، حيث شارك في 7 مباريات ولم يسجل أي هدف. لينتقل بعدها إلى نادي غواراني ما بين عامي 2009 و2010 لمدة موسم واحد، مشاركًا في 27 مباراة ولم يسجل أي هدف أيضًا. ثم انتقل إلى ما بين عامي 2010 و2011 لمدة موسم واحد، مشاركًا في 8 مباريات ولم يسجل أي هدف أيضًا.