Técnico Universitario
Санчес — воспитанник клуба «Манта» из своего родного города. В 2014 году он дебютировал за команду во Второй лиге Эквадора. В 2017 году Джон перешёл в «Индепендьенте дель Валье». 19 февраля в матче против «Текнико Университарио» он дебютировал в эквадорской Примере. В поединке против «Эмелека» Джон забил свой первый гол за «Индепендьенте дель Валье». В матчах Южноамериканского кубка против аргентинского «Индепендьенте» и бразильского «Коринтианса».