イエズス会
副王在任中の1541年4月17日、ロヨラはイエズス会初代総長に選ばれた。彼が派遣した宣教師の1人アントニオ・アラオスがバルセロナに下船、イエズス会支援を説得されたフランシスコはイエズス会士を歓迎、ロヨラと文通を交わし、イエズス会との関係がこの時期から始まった。