Newport Gwent Dragons
С 1994 по 2003 годы работал тренером клуба «Нит», выиграв в 1995 году чемпионат Уэльса с этой командой. В 2003—2008 годах руководил клубом «Оспрейз» после его образования, пост тренера покинул 16 мая 2008 года по взаимной договорённости с руководством клуба. Под руководством Джонса «Оспрейз» выиграли дважды Кельтскую лигу в сезонах 2004/2005 и 2006/2007, а также Англо-валлийский кубок в 2008 году. С ноября 2008 года был помощником тренера «Ньюпорт Гвент Дрэгонс», в июне 2009 года отправился работать в Абу-Даби (ОАЭ), где был тренером регбийной команды Британской школы. В июне 2011 года Лин Джонс возглавил английский клуб «Лондон Уэлш», с которым вышел в Премьер-Лигу. В 2013 году стал тренером клуба «Ньюпорт Гвент Дрэгонс» (также просто «Дрэгонс»), окончательно закрепившись на посту после ухода Даррена Эдвардса в феврале 2014 года.