Atlético de Rafaela
Фонтанини начал карьеру в клубе «Атлетико Рафаэла» из своего родного города. В 2008 году он дебютировал в аргентинской Примере. В первых сезонах Фабрисио появлялся на поле в считанных встречах и поэтому в 2010 году он на правах аренды перешёл в «Кильмес». 7 августа в поединке против «Колона» Фонтанини дебютировал за новую команду. Он провёл почти весь сезон без замен и по возвращении из аренды завоевал место в основе «Атлетико Рафаэла». 1 октября в матче против «Лануса» Фабрисио забил свой первый гол за клуб.