Народный фронт освобождения Палестины
В июне 1967 в результате Шестидневной войны был восстановлен израильский контроль над сектором Газа. Во время самой войны и некоторое время после её окончания д-р Абдель-Шафи работал в качестве добровольца в больнице Шифа в Газе. Впоследствии он в течение трёх месяцев находился под арестом израильских военных властей по подозрению в поддержке террористической деятельности движения Жоржа Хабаша «Народный фронт освобождения Палестины» (НФОП). Абдель Шафи отрицал своё членство в этой организации, однако открыто выражал свои симпатии к её целям.