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Nach der Besetzung Polens durch deutsche Truppen schloss Skibniewski sich noch im Jahr 1939 der militärischen Untergrundorganisation "Związek Walki Zbrojnej" (deutsch: "Verband für den Bewaffneten Kampf", später in Polnische Heimatarmee umbenannt) an. Zusammen mit Stanisław Dziewulski und Marczewski erarbeitete Skibniewski über vier Jahre lang in der Wohnung Dziewulskis im Dziewulski-Palais Pläne für den Wiederaufbau und die Entwicklung Warschaus. Parallel engagierte er sich im Architekturbüro PAU, das ebenfalls im Untergrund betrieben wurde. Die PAU-Mitglieder trafen sich konspirativ in einer Wohnung im Warschauer Stadtteil Żoliborz sowie im wiederhergestellten „Helvetia“-Gebäude. 1943 wurde Skibniewski von der Gestapo zur Verhaftung ausgeschrieben. Bei Ausbruch des Warschauer Aufstandes führte er eine Kampfgruppe von 17 Männern im Stadtteil Bielany. Kurze Zeit später wurde er von einer ukrainischen Einheit des Generals Andrei Andrejewitsch Wlassow gefangen genommen. Skibniewski wurde zur Zwangsarbeit nach Deutschland deportiert; am Eisenbahnknotenpunkt Artern bei Halle musste er Schwerstarbeit leisten.