Royal Sovereign
その後体調を崩して、1807年に短期間任務を離れたが、すぐに艦隊に戻り、ロイヤル・ソブリンに配属された。その後3年間はカスバート・コリングウッドの次席指揮官として地中海に赴任したが、1809年12月にまた体調を崩してイギリスに戻った。その後まもなくしてコリングウッドが戦死した。このコリングウッドもジョン・ジャーヴィスも、ソーンバラの軍人としての精神と技、そして勇敢さを賞賛したが、ジャーヴィスは、ソーンバラは艦隊の名指揮官になるにはどこか優柔不断であると考えていた。