République démocratique hongroise
En , Mihály Károlyi établit le République démocratique hongroise et Mihály Polányi devient secrétaire au ministère de la santé. Lorsque les communistes prennent le pouvoir en mars 1919, il refuse de servir dans l'Armée rouge et retourne à la médecine. Lors du renversement du régime de Béla Kun, Polányi émigre à Karlsruhe et est invité par Fritz Haber à rejoindre le Kaiser Wilhelm Institut pour la chimie de la fibre à Berlin. En 1923, Polányi se convertit au christianisme et se marie à Magda Elizabeth Kemény lors d'une cérémonie catholique. En 1926, il prend la tête du professorat du département de l'Institut pour la chimie physique et l'électrochimie. En 1929, Magda donne naissance à János (John) qui, une fois adulte, s'établit au Canada, et à qui fut décerné le prix Nobel de chimie de 1986. Son autre fils, György (George), devient un économiste britannique connu.