蛍光X線
ただし原子量の近い元素が高濃度で含まれているときは、目的元素の蛍光X線が他の元素に吸収されたり、（入射光ではなく）他の元素から出た蛍光X線によって目的元素が励起されたりする。これをマトリックス効果という。マトリックスによって検量線の直線性が悪くなるため、ファンダメンタル・パラメータ法などによって補正される。