Yarkent Khanate
1514年，亦力把里汗速檀阿黑麻（Ahmad Alaq）之子薩亦德（Sultan Said Khan）在喀什噶爾建立葉爾羌汗國，伊犁也成為其勢力範圍。此時喀什噶爾的白山派與葉爾羌城的黑山派兩大和卓系統興起，彼此互鬥不已。1677年，瓦剌（衛拉特）蒙古崛起，獲得葉爾羌汗國的臣服。南進新疆的瓦剌四部中，準噶爾部以伊犁为根据地相继控制阿尔泰、塔城等地，逐渐取得统治地位，建立準噶爾汗國。