Chagatai Khanate
1225年後，克孜勒蘇成為中亞察合台汗國的領地。1306年，察合台汗國分裂，克孜勒蘇由東察合台汗國（蒙兀兒）統治。1353年，東察合台汗禿忽魯帖木兒（Tughluq Timur）皈依伊斯蘭，伊斯蘭在克孜勒蘇的地位再次上升。1418年成为東察合台汗国（亦力把里）首府大臣朵豁剌惕（杜格拉特）家族的世襲领地，朵豁剌惕部以此為根據地，在1466年進軍喀什噶爾。1514年， 薩亦德打敗了杜格拉特部埃米爾阿布·巴克爾，建立了葉爾羌汗國，一併獲得克孜勒蘇。