Межамериканский кубок
Амадор — воспитанник клуба УНАМ Пумас. В 1979 году он дебютировал в мексиканской Примере. В составе команды Рафаэль дважды выиграл Кубок чемпионов КОНКАКАФ, а также Межамериканский кубок и чемпионат Мексики. За «пум» Амадор выступал на протяжении восьми сезонов. В 1987 году он перешёл в «Пуэблу» с которой выиграл Кубок Мексики. По окончании сезона Рафаэль завершил карьеру.