ЕС Сетиф
Мунганга начал выступать в чемпионате ДР Конго в 2013 году в клубе «Вита», в составе которого Нельсон дошёл до финала Лиги чемпионов КАФ 2014. Нельсон принял участие в обоих финальных матчах против «ЕС Сетиф».