Ghetto Litzmannstadt
Koppe war hauptverantwortlich für die Deportation der Juden ins Ghetto Litzmannstadt und das Vernichtungslager Kulmhof. Er sandte Himmler am 10. September 1941 ein Schreiben, in dem er anbot, aus dem Deutschen Reich „60000 Juden im Ghetto Litzmannstadt“ aufzunehmen. Auf Weisung des Gauleiters Arthur Greiser und Koppes wurde in Chełmno nad Nerem durch das "Sonderkommando Lange" ein Vernichtungslager eingerichtet, wo ab Dezember 1941 mittels Gaswagen Massenmorde an Juden und „Zigeunern“ begangen wurden. Koppe delegierte die Aufsicht über das ihm offiziell unterstehende "Sonderkommando Lange" an den örtlichen Inspekteur der Sicherheitspolizei und des SD Ernst Damzog.