新人民軍
しかしフクバラハップ支持の源泉であった農村問題に対する農地改革は不徹底に終り、1965年以降のフェルディナンド・マルコス大統領による独裁体制に対する反発もあり、1960年代末にはフィリピン共産党 (CPP) の武装部門である新人民軍（NPA）および民族民主戦線（NDF）、1970年にはモロ民族解放戦線（MNLF）が武装闘争を開始、フィリピン軍は再び対反乱作戦を余儀なくされることとなった。