Supercopa Libertadores
После звёздного 1984 года команда постепенно сдала свои позиции одного из сильнейших клубов мира. Относительный прорыв был в середине 1990-х годов, когда «Индепендьенте» выиграл дважды подряд второй на тот момент турнир Южной Америки — Суперкубок Либертадорес, а также стал чемпионом Аргентины в Клаусуре 1994. Значится в коллекции клуба и Рекопа 1994 года — аналога европейского Суперкубка.