Kwajalein Atoll
До конца 1941 года «Ясукуни-мару» базировался на Такао, патрулировал острова Рюкю и китайское побережье. Во время атаки на Пёрл-Харбор перемещён в Кваджалейн. 20 декабря судно перевели в 3-ю дивизию подводных лодок. Кваджалейн был атакован 1 февраля 1942 года самолётами с американского авианосца «Энтерпрайз». «Ясукуни-мару» получил попадание бомбы, повредившей заднюю орудийную башню и корму. С 1 марта по 23 апреля судно находилось на ремонте в Куре и вновь вернулось туда 23 ноября для обслуживания.