Southwest Chief
シカゴと初めて鉄道が結ばれたのは1864年だった。現在はBNSF鉄道に属する3線が町の北端を走っており、メトラとアムトラックが旅客列車を走らせている。BNSF鉄道は隣接するオーロラのオーロラ交通センターからシカゴ・ユニオン駅まで列車を走らせており、ネイパービル市内には国道59号線駅とネイパービル駅の2つの駅がある。アムトラックはネイパービルを通る4系統を運行している。イリノイ・ゼファー号とカール・サンドバーグ号はクィンシー行き、カリフォルニア・ゼファー号はカリフォルニア州オークランド行き、サウスウェスト・チーフ号はロサンゼルス行きである。