All Boys
Сильва — воспитанник клуба «Эстудиантес» из своего родного города. В 2011 году он был включен в заявку основной команды на сезон. 10 июня 2012 года в матче против «Олл Бойз» он дебютировал в аргентинской Примере. Начиная с сезона 2013/2014 Хонатан стал одним из лидеров обороны клуба.