Justin I
しかし、こうした平穏も523年を転機として崩れ始めた。この年、西方ではテオドリックの信頼が篤かった教皇ホルミスダスが死亡し、東方ではアナスタシウス1世の死後に皇帝となったユスティヌス1世がテオドリックの信仰していたアリウス派への迫害を始めたからである。テオドリックはアリウス派への迫害が西方にまで広がるのを恐れ、教皇や元老院の動向に疑い深くなった。こうした状況の中で、テオドリックが重用していたローマ人ボエティウスに謀反の疑いがかけられた。ボエティウスは523年に投獄されて翌524年に処刑され、ボエティウスの義父も524年に投獄されて525年に処刑された。この出来事をユスティヌス1世はテオドリックによるカトリックへの挑戦と受け止めた。525年になると東方におけるアリウス派への迫害は更に激しいものとなり、テオドリックはアリウス派への迫害を止めさせるべく教皇ヨハネス1世をコンスタンティノープルへと派遣した。ヨハネス1世は525年にローマを出発して翌526年にコンスタンティノープルに到着した。コンスタンティノープルにローマ教皇が訪れるのは初めてのことだったので、教皇はコンスタンティノープルで歓迎を受けた。ユスティヌス1世はヨハネス1世の要求を受け入れる条件として教皇からの戴冠を求めた。ヨハネス1世はユスティヌス1世への戴冠を行い、アリウス派へ行われていた弾圧をゴート人に対しては例外的に適用しないという妥協案をユスティヌス1世に約束させた。しかしイタリアへと帰国したヨハネス1世はテオドリックから冷たく扱われた。ヨハネス1世の妥協案ではアリウス派への迫害は根本的には解決されていなかったし、ユスティヌス1世を戴冠したことはヨハネス1世と皇帝との結びつきをテオドリックに疑わせるものだった。テオドリックはヨハネス1世をラヴェンナに監禁し、ヨハネス1世は526年5月18日に獄死した。教皇への仕打ちはビザンツ皇帝や既にカトリックに改宗していたフランク人らを刺激したが、こうした緊張が本格的な戦争状態に発展しようとしていた8月30日にテオドリックは没した。ヨルダネスの『』によれば、テオドリックは死に際して娘のアマラスンタと孫のアタラリックを後継者に指名し、元老院やコンスタンティノープルの宮廷との友好関係を維持するよう遺言したという。