First Battle of Bull Run
1861年2月、ハントンはバージニア脱退協議会の代議員となり、脱退を提唱した。南北戦争が始まると、南軍の第8バージニア歩兵連隊の大佐に任官され、7月の第一次ブルランの戦いに参戦した。10月にその連隊はリーズバーグ近くでネイサン・G・エバンス旅団の一部となり、ボールズブラフの戦いで北軍と対戦してその部隊の指揮を執り北軍をポトマック川まで撤退させた。