ジャラールッディーン・メングベルディー
その後もバーミヤーンはヒンドゥークシュ山中の中継都市として政治的・経済的重要性を失わず繁栄し続けたが、13世紀にホラズム・シャー朝を壊滅させて中央アジアを席巻したモンゴル帝国の軍隊が、現在のアフガニスタン南部にあたるガズナにいたジャラールッディーン・メングベルディー率いるホラズム・シャーの残党を追ってヒンドゥークシュに攻め入ったとき、チンギス・ハーン自ら率いるモンゴル軍に攻略された。この戦闘中、チンギスの次男チャガタイの子、モエトゥケンがバーミヤーン側の放った矢にあたって戦死したため、愛孫の死に激怒したチンギス・ハーンによって全ての住民が殺害され、町は徹底的に破壊されたと言われる。これによって千年以上繁栄を続けてきたバーミヤーン市は全くの廃墟となってその後数百年にわたって人の住むことがなく、「呪われた町」と呼ばれる死の町であったとされる。