Hox gene
現生節足動物の4つの亜門の中で、鋏角類は最初に分岐した単系統群で、残り全ての現生節足動物（大顎類）の姉妹群になるという系統位置は、ホメオティック遺伝子発現、および多くの形態学と分子系統学的見解に強く支持される。他にも甲殻類などと姉妹群になる（Schizoramiaをなす）、多足類と単系統群になる（またはParadoxopodaをなす）、もしくは鋏角類は多系統群（Cormogonida説、後述参照）などの異説はかつてあったが、いずれも後に否定的とされる。