リボソームRNA
"Pelagibacter"属、"Pelagibacter ubique"は他の属と遺伝子の数やGC含量が大きく異なり、系統図上の位置について議論がある 。"Pelagibacterales属"、"Rickettsiales"属および"Holosporales"属のゲノムは特にATリッチである。ATリッチはまた人為的なクラスター化を可能にし、収束進化の結果である可能性がある 。反論もある。これに対し、これら属種についてリボソームRNAのGC含量が同定され、この議論が今後決着する可能性がある。リボソームRNAのGC含量は伝統的な系統学的特徴の標識であり、ゲノムのGC含量への反映が小さいためである。例えば、"Holosporales"属の種のゲノムのGC含量は"Pelagibacterales"属と"Rickettsiales"属のそれと同様に小さいが、リボソームRNAのGC含量は2属と比べて非常に高い。したがって、"Holosporales"属は後者の2属よりもゲノム高GC含量の種とより関連が深い。