スペイン異端審問
シクストゥス4世はスペインにおいて教皇庁から独立した独自の異端審問（スペイン異端審問）を行う許可を与えているが、これはアラゴン王フェルナンド2世の求めに応じたものであった。同王のおさめるシチリア王国からの軍事援助がなくなればオスマン帝国の脅威に対してなすすべのない教皇にはこれを拒否することはできなかった。その後、教皇のお墨付きを得たスペイン異端審問所が政治的な理由での告発を繰り返し、必要以上に過激な処罰を行ったことで教皇を悩ませることになる。