Peste negra
Clemente VI es también el papa que reinó durante la expansión de la Peste negra. Esta epidemia recorrió toda Europa entre 1347-1350, y se cree que mató cerca de un tercio de la población del continente. Surgió entre la aterrada población europea la idea de que los judíos eran los responsables de la peste negra, lo que suscitó linchamientos y masacres de judíos en toda Europa. El papa reaccionó enérgicamente publicando en 1348, dos bulas en las que condenaba toda violencia contra los judíos declarando que los que creían que los judíos eran responsables de la epidemia habían sido "seducidos por ese mentiroso que es el diablo" y, además, ordenó a la jerarquía de la Iglesia para que tomara las medidas necesarias para la protección de los judíos. El papa proclamó sobre la peste: «Pestilencia con la que Dios está castigando a sus gentes».