Inquisición portuguesa
Su nueva condición no significó la integración social. La evidente causa forzosa de muchas conversiones les hacía sospechosos de judaizar, y su identificación con los apelativos de "cristiano nuevo" y "marrano" testimoniaba su discriminación social de forma idéntica que en Castilla. En 1506 hubo una matanza de cinco mil conversos en Lisboa (masacre de Lisboa de 1506). En 1536 se estableció la Inquisición portuguesa que en los siglos que tuvo actividad (hasta su abolición en 1821) mandó ejecutar a 1200 personas, quemar en efigie a 600 y condenó a distintas penitencias a 29.000. Buena parte de la comunidad de marranos portugueses se desplazó posteriormente a otros lugares: las Antillas, Brasil, Salónica, Constantinopla, Marruecos, Francia, pero especialmente a Ámsterdam, donde hoy en día se encuentra una excelente documentación de estos hechos en el Museo Histórico JHM. La sinagoga producto de este éxodo fue una de las más grandes de aquellos tiempos, y sigue en uso. En la ciudad portuguesa de Belmonte se constituyó una comunidad marrana muy estricta y endogámica, que persistió aislada hasta época contemporánea, cuando pasó a celebrar públicamente el culto judío en una sinagoga.