小濱線
東舞鶴車站為高架車站設計，站內配有島式月台一座與兩條乘車線。東舞鶴車站同時是舞鶴線與小濱線兩條鐵路線的終點站，在這裡兩條路線的軌道雖然是互通的，但實際上除了小濱線的末班車會直通運行至西舞鶴車站過夜停放，作為隔天的首班車開往敦賀車站。其他班次列車並不從舞鶴線直通運行進入小濱線。由於這緣故，同一條乘車線的兩端會同時有不同路線的列車停靠，其中小濱線那頭的列車在抵達東舞鶴後會回頭朝敦賀方向離去，而來自舞鶴線綾部與西舞鶴方向的列車，抵站後則是回頭朝原本的方向離去。