قوانين نيوتن للحركة
هذه الدالة، المشار إليها كدالة محتملة، تحسب الطاقة الكامنة الجزيئية كمجموع شروط الطاقة التي تصف انحراف أطوال الرابطة وزواياها وزوايا الالتواء بعيدًا عن قيم التوازن، بالإضافة إلى المصطلحات الخاصة بالأزواج الغير مرتبطة من الذرات التي تصف فان در فالز والتفاعلات الكهروستاتيكية. إن مجموعة المعلمات المكونة من أطوال الرابطة المتوازنة وزوايا الرابطة وقيم الشحنة الجزئية وثوابت القوة ومعلمات فان در والاس يطلق عليها مجتمعة "حقل قوة". تستخدم التطبيقات المختلفة للميكانيكا الجزيئية تعبيرات رياضية مختلفة ومعلمات مختلفة للدالة الكامنة. طورت حقول القوة الشائعة المستخدمة اليوم باستخدام حسابات كمية عالية المستوى و / أو ملائمة للبيانات التجريبية. تُستخدم الطريقة، التي يُطلق عليها اسم "تصغير الطاقة"، لإيجاد مواضع ذات انحدار صفري لجميع الذرات، وبعبارة أخرى، حد أدنى محلي للطاقة. حالات الطاقة المنخفضة أكثر استقرارًا ويتم فحصها كثيرًا بسبب دورها في العمليات الكيميائية والبيولوجية. من ناحية أخرى، تحاكي محاكاة الديناميات الجزيئية سلوك النظام كدالة للوقت. وهو ينطوي على حل قوانين نيوتن للحركة، وبشكل أساسي القانون الثاني formula_3. يؤدي دمج قوانين نيوتن للحركة، باستخدام خوارزميات تكامل مختلفة، إلى مسارات ذرية في المكان والزمان. تعرف القوة على الذرة بأنها الانحدار السلبي لوظيفة الطاقة الكامنة. إن طريقة تقليل الطاقة مفيدة للحصول على صورة ثابتة للمقارنة بين حالات أنظمة مشابهة، بينما توفر الديناميكيات الجزيئية معلومات حول العمليات الديناميكية مع التضمين الجوهري لتأثيرات درجات الحرارة.