UEFA 컵 위너스컵
승격 첫 해, 바이에른은 리그를 3위로 마감하고, DFB-포칼 우승을 거두었다. 그 결과, 바이에른은 이듬해 UEFA 컵 위너스컵 진출권을 획득하였고, 레인저스 FC와 드라마틱한 결승에서 만났다. 이 경기에서 프란츠 "불" 로트 (Franz "the Bull" Roth)는 연장전에서 1-0 결승골을 넣었다. 1967년, 바이에른은 DFB-포칼 타이틀 방어에 성공하였지만, 리그 부진으로 브란코 제베츠 감독이 새로 사령탑에 올랐다. 그는 바이에른의 공격적인 플레이스타일을 더 다듬었고, 그 결과 푸스볼-분데스리가 첫 우승과 더불어 역사상 최초의 국내 더블을 이루었다. 제베츠 감독은 이 시즌을 통틀어 13명의 선수만 기용하였다.