Inquisición portuguesa
Este libro recibió una difusión amplia en Europa, tanto en círculos protestantes como católicos, y hubo ediciones sucesivas exitosas (París, 1541, Lovaina, 1544, Leiden, 1561, Colonia, 1574). Esto dio popularidad al autor, pero el poderoso cardenal Enrique de Portugal, Gran Inquisidor de Portugal, prohibió el libro en todo el reino. «Movido por el despecho», como dirán más tarde varios de los testigos, el provincial de los jesuitas Simão Rodrigues, compañero de Ignacio de Loyola, delató a Goes ante la Inquisición portuguesa de Évora el 5 de septiembre de 1545 y de nuevo, en Lisboa, el 24 de septiembre de 1550, por haber tenido trato familiar con herejes excomulgados, uno de ellos Roque de Almeida, y por sus dudas sobre las indulgencias y la confesión auricular (el jesuita Simão Rodríguez añadía además haberle oído dudas sobre gracia y predestinación y sobre el poder del papa), así como por haber leído obras prohibidas e inobservar prácticas religiosas comunes como guardar los ayunos y rezar las horas canónicas. Sin embargo, este proceso, secreto como todos los de la Inquisición, no obró efectos entonces contra él.