南部諸州
これらの論争は、南部諸州による新国家の長となる野心をトゥームズに与えた。しかしながら1861年2月18日、南部諸州によって設立されたアメリカ連合国の大統領にジェファーソン・デイヴィスが選出されると、トゥームズは連合国の政策に対する批評家となる道を望んだ。だがトゥームズの思惑とは逆に、デイヴィスはトゥームズを連合国の初代国務長官に指名した。トゥームズはデイヴィスのこの要請に対し、数ヶ月間という約束で受諾した。