Hampton Roads
В начале конфликта в апреле 1861, Брюэртон находился в расширенном туре по Западной Европе, Греции, Палестине и Египте в сопровождении Зеалуса Тоуэра. После повышения до лейтенанта-полковника он был инженером укреплений и улучшений Бухты Балтимора, Форта Монро и Хэмптон-Роудс.