Lal Masjid
Musharraf devient officiellement président en 2001, puis fait voter des amendements à la Constitution renforçant son pouvoir en 2003. À partir de 2004, l'armée pakistanaise est confrontée à une insurrection islamiste dans le Nord-Ouest, surtout menée par les talibans pakistanais. Les combats et attaques terroristes s'intensifient surtout en 2007 avec l'assaut de la Mosquée rouge. Par ailleurs, Musharraf fait adopter la loi de protection des femmes en 2006, qui revient sur certaines dispositions islamistes de Zia.