ECバイーア
ハファエルは2005年1月、アングラ・ドス・レイスECからECバイーアに移籍し、同クラブのユースチームに所属した。ECバイーアのユースチームは2005年にベロオリゾンテ・ジュニア杯およびバイーア州ジュニアリーグで準優勝した。ハファエルはサンパウロ州ジュニア杯において、大会宣伝の顔として起用された。ハファエルはサンパウロ州ジュニア杯で、注目を集めた。ハファエルは2006年1月28日にECバイーアのトップチームに昇格した。ハファエルは間もなくチームで主導的な役割を果たす存在となった。