Swiss Air Force
El primer prototipo fue construido en 1953 y voló el 3 de setiembre del mismo año. La Fuerza Aérea Suiza recibió 72 unidades de este avión, mientras que la Marina de Brasil compró 6. La Fuerza Aérea Suiza empleó el Pilatus P-3 como avión de entrenamiento hasta 1983, aunque siguió utilizándolo como avión de enlace por otra década. Entre 1993 y 1995, 65 Pilatus P-3 retirados de la Fuerza Aérea Suiza fueron vendidos en el mercado civil.