パナマ地峡
帝国は16世紀初め頃まで栄えていたが、1492年にジェノヴァ人の航海者クリストーバル・コロンがアメリカ大陸に到達し、パナマ地峡が1501年にスペイン人のロドリーゴ・デ・バスティーダスによって征服されると、パナマ地峡から南にもたらされたヨーロッパの疫病が帝国内でも流行し、ワイナ・カパックがこの疫病によって病死した。その後帝位継承などの重大な問題を巡ってキト派のアタワルパと、クスコ派のワスカルの二人の皇子の間で激しい内戦が繰り広げられた。