ガルダン・ハーン
一方、清の支配下には入っていないハルハ諸部とオイラトは、この事態を受けて積年の対立に終止符を打って同盟を締結し、1640年には部族間関係の取り決めをまとめたハルハ・オイラト法典を制定した。ハルハ諸部は清朝に対しては朝貢を行い、1655年には有力者8人がその冊封を受けて名目的に臣従することで清朝との間に安定した関係を築き、朝貢国としての内政自治を保持した。しかし17世紀後半に至って、オイラトの覇権を握ったジュンガル部のガルダン・ハーンがハルハに侵攻すると、ハルハはジュンガルの圧迫を避けて清に服属した。これにより、かつての元（北元）の故地のモンゴルは全て清の支配下に入った。