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2014年烏克蘭親歐盟示威期間，阿爾法小組的狙擊手被指控獲授權對示威者開槍，故在新政府成立後便遭到清算和重組，並被派到烏克蘭東部地區鎮壓獲俄羅斯政府支持的分離主義叛軍。同年四月末，3名阿爾法小組的隊員被頓巴斯的民兵組織俘虜，期間遭到毆打，並出現在俄羅斯的電視節目當中。據烏克蘭安全局的發言人所稱，分離主義武裝人員在安全局內加插了卧底內應。一名叫亞歷山大·霍達科夫斯基的頓涅茨克州前阿爾法小組指揮官更在舊政府倒台後帶領著數名隨同的戰士一同叛逃，並成為了叛軍組織—東方營的指揮官，後來更成為了頓涅茨克人民共和國的安全部長。總括而言，烏克蘭安全局指出有約30%的阿爾法小組隊員目前下落不明，當中很大機會是加入了頓涅茨克或盧甘斯克地區的叛軍組織作戰。至2014年3月為止只有200名活躍的阿爾法小組隊員仍然效忠於烏克蘭政府。