Energieministerium der Vereinigten Staaten
Happer leitete 1991–1993 die Energieforschung im Energieministerium der Vereinigten Staaten unter der Regierung George H. W. Bush. Er unterzeichnete unter anderem die vom George C. Marshall Institute unterstützte, gegen das Kyoto-Protokoll gerichtete Oregon-Petition im Jahr 1999. 2014 sagte er in einem Interview, Kohlenstoffdioxid sei von Nutzen für die Erde, "die Dämonisierung von Kohlendioxid" sei hingegen "wie die Dämonisierung der Juden unter Hitler".