Whiskey Rebellion
彼はバージニア国民軍に加わり、1794年にウィスキー税反乱を鎮圧する派遣隊の一員として戦地に派遣された。1795年、ルイスはその後1801年まで所属することとなる正規軍に加入。ここで後に探検を共にすることとなる、ウィリアム・クラークと知り合う。その後ルイスは大尉の地位を獲得した。