Halbinsel-Feldzug
1861 wurde Sully nach Fort Leavenworth versetzt und mit der Aufstellung von Truppen für die Union und der Vertreibung der Konföderierten aus St. Joseph und Independence, Missouri beauftragt. 1862 nahm Sully am Halbinsel-Feldzug als Kommandeur des 1. Minnesota-Infanterie-Regiments und an der Schlacht am Antietam teil. Er stieg hierbei zum Oberst und schließlich zum Brigadegeneral auf. Sein Verband war aus Gefangenen der Konföderierten aufgestellt worden.