クェゼリンの戦い
1944年2月にマーシャル諸島でのクェゼリンの戦い、エニウェトクの戦い、及びトラック島空襲があり、南洋庁下の各島は激戦地と化していった。3月にはパラオ大空襲があり、本庁の置かれていたコロール島の市街は空母艦載機による爆撃で7割方焼失した。同年4月14日の閣議決定「南洋群島戦時非常措置要綱」により、軍人を南洋庁職員に特別任用すると同時に南洋庁職員は軍属となり、コロール島の隣島でパラオ諸島で最大であるバベルダオブ島のジャングル内に退避する。この時点で南洋庁は機能停止する。