フレンスブルク政府
ドイツ内務省で内相ヴィルヘルム・フリックの次官となる。1942年1月に内務省の代表でラインハルト・ハイドリヒの主宰したヴァンゼー会議に出席している。1943年にハインリヒ・ヒムラーが内相となった後も次官の地位を保持した。1945年4月下旬にはヒムラーはアドルフ・ヒトラーの命令で全官位を剥奪された。ヒトラーは自殺にあたっての遺言でパウル・ギースラー（バイエルン州首相・ミュンヘン大管区指導者）をヒムラーの後継内相に指名していた。しかし、大統領となったカール・デーニッツは、シュトゥッカートをデーニッツのフレンスブルク政府の内相に任じた。