독립행정법인
종합연구 대학원 대학은 일본 최초의 박사 과정만을 위하여 설립된 국립 대학원 대학이다. 대학 졸업자 혹은 대학원 석사 과정(박사 전기 과정)수료자를 대상으로 한다. 전자에 대해서는 5년 일관제 박사 과정, 후자에 대해서는 박사 후기 과정이다. 6개의 연구과로 구성되어, 각 연구과는 몇 개의 전공으로 나뉜다. 각 전공의 연구 지도는 "기반기구"(대학본부, 4개의 "대학 공동이용 기관법인"에 속하는 16개의 연구소, 독립행정법인 미디어 교육개발센터 및 독립행정법인 일본 우주항공연구개발기구 우주과학연구소)에서 열린다.