二次構造
二次構造中の水素結合パターンは大きくゆがんでおり、これが二次構造の自動的な決定を困難にしている。タンパク質二次構造を形式的に決定する手法はいくつか存在する（例: DSSP、DEFINE、STRIDE、ScrewFit、SST）。