Сан-Хосе (Коста-Рика)
В 1998 году он ушел из FLACSO, чтобы посвятить себя письму. В 1999 году он был назначен директором программы Международной организации труда по поддержке мелких предприятий, однако несколько месяцев спустя в августе того же года у него был диагностирован рак. Он умер через год 7 августа 2000 года и был похоронен на кладбище Монтесакро в Сан-Хосе (Коста-Рика). У него остались дети, сами ставшие известными учёными: писатель и журналист Рафаэль Менхивар Очоя, социолог и историк Маурисио Менхивар Очоя и психолог Ана Эльси Менхивар Очоя.