Торос Неса
Мора начал карьеру в клубе «Атлетико Морелия». 14 ноября 1996 года в матче против «Толуки» дебютировал в мексиканской Примере. 17 ноября в поединке против «Торос Неса» Эмилио забил свой первый гол за «персиков». Несмотря на постоянное место в основе Мора забивал крайне мало. В 2000 году он перешёл в «Крус Асуль». В 2001 году помог клубу выйти в финал Кубка Либертадорес, но его вклад был крайне скромен, так как Мора был футболистом резерва.