シェーグレン症候群
またEBVは近年、様々な自己免疫疾患（全身性エリテマトーデス・関節リウマチ・シェーグレン症候群・多発性硬化症・バセドウ病など）における自己抗体産生・自己免疫応答の引き金となり、自己免疫疾患の原因となっているとことが明らかにされている。EBVとパーキンソン病をはじめとする神経変性疾患との関連性も指摘されている。