Comisión de la Unión Africana
El 30 de enero de 2017, fue elegido para suceder a Nkosazana Dlamini-Zuma de Sudáfrica como presidente de la Comisión de la Unión Africana, derrotando a Amina Mohamed de Kenia. Hissein Brahim Taha fue designado para reemplazarlo como Ministro de Relaciones Exteriores de Chad el 5 de febrero de 2017. Faki asumió el cargo de presidente de la Comisión de la Unión Africana el 14 de marzo de 2017.