Iran–Contra affair
1988年の大統領選挙に向けた運動を開始するが、1987年に、イラン・コントラ事件で揺れていたレーガン政権の大統領首席補佐官に就任するよう要請され、大統領選への出馬をあきらめ就任した。就任後は、政権への国民の信頼回復に努めた。ベーカーは前任者のドナルド・リーガンやジェイムズ・ベイカーのように事実上の首相として強権を振るうことに対して批判的であったが、十分に指導力を発揮した。