ジェームズ島
1861年に南北戦争が始まると、第一次ブルランの戦いで北軍が敗北した後で、スティーブンスは再度アメリカ陸軍に就役した。この時は「カメレオン・ハイランダーズ｣と呼ばれた第79ニューヨーク志願歩兵連隊の大佐となった。9月28日には准将に昇進し、ポートロイヤルの戦いに参戦した。スティーブンスはサウスカロライナ州海岸沖シーアイランズ攻撃に派遣された遠征隊の第2旅団を指揮した。ジェームズ島の戦いでは1個師団を率い、ラマー砦に対する攻撃では自ら指揮して部隊の25%を失った。