Unhappily Ever After
Goldthwait heiratete 1986 die Filmproduzentin Ann Luly, das Paar bekam zwei Kinder. Die Ehe wurde 1998 geschieden. Mitte 1999 verlobte er sich mit Nikki Cox, die er kennenlernte, als er für "Auf schlimmer und ewig" Mr. Floppy die Stimme lieh. Die Verlobung wurde 2005 gelöst. Von 2009 bis 2014 war er mit Sarah de Sa Rego verheiratet.