Yamato Province
Während der Kamakura-Zeit und der Muromachi-Zeit wurde Kōfuku-ji vom jeweiligen Shōgunat zum Schutztempel der Provinz Yamato erklärt. Auf Seite des Jimon-Zweiges der Tendai-shū vom Mii-dera beteiligte sich der Tempel in dieser Zeit zusammen mit dem Tōdai-ji an diversen kriegerischen Sōhei-Auseinandersetzungen mit dem Sanmon-Zweig der Tendai-shū vom Enryaku-ji.