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文化大革命爆发后，1967年3月，陈伯达通知中华人民共和国公安部部长谢富治：“再把扬帆、饶漱石、潘汉年抓起来。”陈伯达在1981年交代，他在1967年写的让谢富治“再把扬帆、饶漱石、潘汉年抓起来”的条子，“是开会时受命写的”，受谁之命想不起来了。1967年4月，江青成立专案组，亲自主管，名义上是饶漱石专案组，实际重点是扬帆。从此，扬帆受到残酷迫害。原来秦城监狱监管人员属于公安系统，较为讲政策，此时换成中国人民解放军军人，他们对扬帆肆意凌辱，使扬帆重病，一只眼睛还失明了。直到1971年9月林彪九一三事件后，监管条件才略有改善。1975年七八月间，扬帆获释出狱，安置在湖北沙洋劳改农场劳动改造，每月生活费80元。因长期遭受精神和肉体折磨，扬帆的精神已很不正常，幻听幻觉严重。他自认为有架科学仪器，每天和周恩来说话。1978年10月，扬帆的妻子李琼携儿子到农场看他，他认为这是有人欺骗他，便把妻儿赶走了。次日他对指导员说：“昨夜来的不是我老婆儿子，是江青派来整我的特务，你们不要上当。”