ميروسلاف كلوزه
لعب مولر في شبابه مع تي إس في بال، وفي سن العاشرة قطع مسافة 50 كيلومترًا (31 ميلًا) للانضمام إلى فريق بايرن ميونخ المحلي في الدوري الألماني عام 2000. تقدم من خلال أكاديمية الشباب وكان جزءًا من الفريق الذي أنهى في المركز الثاني في دوري الدرجة الأولى الألماني تحت 19 عام 2007. شارك لأول مرة مع الفريق الرديف في مارس 2008 عندما حل محل ستيفان فورستنير في مباراة بالدوري الإقليمي ضد أونترهاخينغ، والتي سجل فيها هدفًا. شارك في مباراتين إضافيتين في الدوري الإقليمي في موسم 2007–08، بينما استمر في اللعب مع فريق تحت 19 سنة. في الموسم التالي، تأهل الفريق الثاني لبايرن إلى البطولة التي تم تشكيلها حديثًا وهي الدوري الألماني الدرجة الثالثة، ومولر أثبت نفسه كلاعب رئيسي – لعب 32 من أصل 38 مباراة وسجل 15 هدف&lt;ref name="Spieler-Statistik 2008/092"&gt;&lt;/ref&gt; ليصبح خامس هدافي الدوري. كما شارك في الفريق الأول تحت قيادة المدرب يورغن كلينسمان؛ شارك في المباريات الودية استعدادًا للموسم الجديد، وشارك لأول مرة في 15 أغسطس 2008، عندما دخل كبديل عن ميروسلاف كلوزه في الدقائق العشر الأخيرة من مباراة في الدوري ضد هامبورغ. على الرغم من شعور مولر بأن أدائه لم يسير على ما يرام، فقد شارك في ثلاث مباريات أخرى في الدوري الألماني في ذلك الموسم وشارك لأول مرة في دوري أبطال أوروبا في 10 مارس 2009 عندما تم استبداله في الدقيقة 72 لصالح باستيان شفاينشتايغر في مباراة الفوز 7–1 على سبورتينغ لشبونة. سجل الهدف الأخير لبايرن ميونخ حيث فازوا 12–1 في مجموع المباراتين.