サン・バルテルミの虐殺
アンリはユグノー戦争にも従軍し、反乱者であるユグノー陣営と戦った。1572年8月のサン・バルテルミの虐殺では、ギーズ公アンリ、オマール公クロードとともに、ユグノー派指導者殺害計画の最高指揮官に名を連ねた。その後も異母兄弟のアンジュー公（後のアンリ3世王）の指揮するラ・ロシェル包囲戦に参加し、1573年からは5年にわたるメネルブ包囲戦（）のカトリック側指揮官として活躍した。