قناة موزمبيق
غادر الأسطول لشبونة بتاريخ 6 أبريل سنة 1506، وتولّى ألبوكيرك قيادة سفينته بنفسه، بعد أن فقد القبطان المعين لتولّي القيادة بعد وقت قصير من المغادرة. عثر الأسطول أثناء توجهه شرقًا حول أفريقيا على القبطان "خوان دا نوفا" جانحًا مع طاقمه وسفينته "زهرة البحار" (بالبرتغالية: Frol de la mar) في قناة موزمبيق أثناء عودتهم من الهند، فأنقذوهم، فما كان من أولئك إلا أن انضموا إلى الأسطول. بعد الوصول إلى مالندي، أرسل القبطان "دا كونها" بضعة مبعوثين إلى الحبشة، التي كان يُعتقد حينها أنها أقرب مما هي عليه، وقد تضمنت البعثة الكاهن "خوياو غوميز" و"خوياو سنتشاز"، ورجل مسلم تونسي يُدعى "سعيد محمد" كان قد عجز عن قطع الطريق البحرية إلى الحبشة، وقد أرسل هؤلاء إلى جزيرة سقطرى في بادئ الأمر ومن ثم إلى ميناء رأس عسير في القرن الأفريقي.