Lal Masjid
Le général Musharraf, président du Pakistan (2001-2008), a remplacé le chef de l'ISI, le général Ashfaq Kayani, par le général , ancien secrétaire de Musharraf et proche de la femme de ce dernier, le . Ce changement de direction eut lieu un peu plus de deux mois après l'assaut de la Mosquée rouge à Islamabad, au cours duquel l'ISI fut écarté, en raison de ses liens avec les islamistes, au profit du "Military Intelligence". L'arrestation en février 2010 du 2 des taliban afghan, Abdul Ghani Baradar, lors d'une opération conjointe de l'ISI et des États-Unis, pourrait cependant marquer un tournant dans les relations entre les services et les islamistes.