Сантьяго Морнинг
Летом 2011 года Фелипе присоединился к «Сантьяго Морнинг». 10 сентября в матче против «Сантьяго Уондерерс» он дебютировал за новую команду. 2 октября в поединке против «Ньюбленсе» Флорес забил свой первый гол за «Сантьяго Морнинг». В начале 2012 года он во второй раз перешёл в «Кобрелоа», а летом вернулся в родной «Коло-Коло». В 2014 году Фелипе в третий раз выиграл чемпионат в составе клуба. 19 февраля 2015 года в матче Кубка Либертадорес против бразильского «Атлетико Минейро» он забил гол.