カリフォルニア・トレイル
ジョンソン郡は政治家トマス・ジョンソンに因んで名付けられ、1855年にカンザス準州が設立した最初の33郡の1つだった。オレゴン・トレイル、カリフォルニア・トレイルおよびサンタフェ・トレイルが、隣接するミズーリ州インデペンデンスに始まり、郡内を通っていた。著名なガンマンのワイルド・ビル・ヒコックが暫く郡内に住んだことがあり、1858年にはモンティチェロ郡区の警官になった。「血を流すカンザス」の時期には、奴隷制度廃止運動家と奴隷制度擁護派の間の多くの戦いの舞台になった。1862年、隣接するミズーリ州からウィリアム・クァントリルが率いる南軍側ゲリラ部隊が、ジョンソン郡のオレイサやスプリングヒルの町を襲撃し、6人を殺し、多くの家や企業を破壊した。