西班牙宗教裁判所
范·海尔蒙特是帕拉塞尔苏斯的崇拜者这一身份使争论偏离了正常轨道，1623年鲁汶医学行会谴责范·海尔蒙特此书是一本罪恶的小册子。1625年西班牙宗教裁判所则认定他的著作中的二十余条说法有异端的嫌疑，禁止他的著作出版。1627年和1630年范·海尔蒙特两次承认自己有过错,但在同时期他写给马兰·梅森的信中可以看出，他的基本观点并无改变。1634年3月他因“借助化学哲学在世上传播黑暗”被捕入狱四天，后来一直被软禁到1642年。1644年他出版了自己的荷兰语著作《Dageraad ofte Nieuwe Opkomst der Geneeskunst》 （《黎明,或称医学的新兴》)。同年冬天，范·海尔蒙特自知不起，嘱咐儿子要把自己的其它著作整理出版。