蝦夷共和国
日本初の選挙によって蝦夷共和国総裁に選ばれた榎本は、蝦夷を独立国とすべく新政府に嘆願するも一蹴される。一方開陽を失った軍事力を恢復するため、土方らは宮古湾へ向けて出航する。明治新政府が誇る最新艦甲鉄（ストーンウォールジャクソン）号をアボルダージで奪うためである（宮古湾海戦）。しかし政府軍参謀黒田清隆はこの作戦を察知。アボルダージは失敗に終わり、やがて、蝦夷地に新政府軍が上陸。次第に劣勢に追い込まれた蝦夷軍は、じわじわと追い詰められる。榎本の考えを理解しつつあった土方や中島三郎助も戦死。切腹しようとする榎本を松平太郎・大鳥圭介・大塚霍之丞らが押しとどめて降伏を説得。黒田ら政府軍の一部も、榎本ら蝦夷共和国軍の中の人材が失われることを惜しんで降伏を待っていた。箱館病院長高松凌雲の仲介の下、蝦夷共和国軍は降伏した。