독립행정법인
2002년 12월 18일에 독립행정법인 철도건설·운수시설정비지원기구법이 공표되어 기구 설립이 결정되었다. 2003년 10월 1일, 법률이 시행되고 독립행정법인 철도건설·운수시설정비지원기구가 출범하였다. 이에 따라 일본철도건설공단 및 운수시설정비사업단이 각자 해산했다.