Y-хромосома
Ни одна из современных пород лошадей не существовала в доисторические времена, это доказывают генетические исследования. ДНК из Y-хромосом (Y-ДНК) и ДНК митхондрий (М-ДНК) эксмурских пони подверглись аналогичным исследованиям. Y-хромосома передаётся по мужской линии, и она общая у всех современных лошадей, кроме одной отличной гаплогруппы из Китая, что означает небольшое количество жеребцов в популяции, из которой позже произошла домашняя лошадь. У эксмурских пони Y-хромосома также аналогична общей массе.