セリアック病
胃腸炎でなくとも似た徴候および症状を呈することのあるものに虫垂炎、腸捻転、炎症性腸疾患、尿路感染症および糖尿病などがあり、鑑別が必要である。このほか膵不全、短腸症候群、ウィップル病、セリアック病、瀉下薬中毒も考慮する必要がある。鑑別診断は嘔吐または下痢のいずれかのみを呈する患者の方が、双方の症状を呈する患者よりもいくぶん複雑化する。