First Sudanese Civil War
Im zweiten Sezessionskrieg im Südsudan wurde Nimule zunächst von Milizen der einheimischen Volksgruppe Madi kontrolliert. 1989 fiel die Stadt jedoch an die Rebellen der Sudanesischen Volksbefreiungsarmee (SPLA). Viele Madi flohen daraufhin in das benachbarte Uganda. Nimule wurde zur Garnisonsstadt, in der vorwiegend SPLA-Soldaten lebten sowie Dinka, die ab den 1990er Jahren vor allem aus Jonglei flohen.