히에이 산
그러나, 혼간지는 무가(武家)의 봉건관계 밖의 권력을 장악하였기 때문에 히에이 산 엔랴쿠지와 사카이의 상인들과 마찬가지로, 에이로쿠 11년(1568년)에 상락하여 기나이 장악을 꾀하던 오다 노부나가의 압박을 받게 되었다. 이윽고 겐뇨는 노부나가와 싸울 것을 결의하고, 겐키 원년(1570년)부터 혼간지와 오다 가문은 교전 상태에 들어갔다(노다 성·후쿠시마 성 전투(野田城・福島城の戦い)). 이 전투를 이시야마 전투(石山合戦)라고 한다.