Dictyostelium discoideum
細胞性粘菌は、古くは菌類に分類され、広義の変形菌門 (粘菌) のアクラシス綱 (学名: ) にまとめられることが多かった。またアクラシス綱は、タマホコリカビ目とアクラシス目に分けられていた。しかし2020年現在では、細胞性粘菌（広義のアクラシス綱）は、系統的に縁遠い生物をまとめた多系統群であることが明らかとなっている。つまり累積子実体の形成という特徴は、真核生物の中で独立に何度も進化したと考えられている。そのため、現在では「細胞性粘菌」は分類群名として用いられることはない。ただし、モデル生物として広く用いられているタマホコリカビ類、特にその中の1種であるキイロタマホコリカビを指す一般名として、「細胞性粘菌」という語が現在でも広く使われている。そのため、「細胞性粘菌」についての記述がタマホコリカビ類またはキイロタマホコリカビのみを意味しており、他の細胞性粘菌に当てはまらないこともある。