Shabak
En 1995, Dagán se retiró de las FDI. Un año más tarde, se le pidió para regresar al servicio público por el entonces Primer Ministro de Israel, Shimon Peres. Fue agregado al Comité Anti-terrorista comandado por el Jefe del Servicio de Seguridad Nacional (Shabak) Ami Ayalón. Cuando Ayalón recibió el cargo de jefe del Shabak, Dagán se convirtió en jefe del Shabak. Con la elección de Benjamin Netanyahu como Primer Ministro (mediados de 1996), Dagán se desempeñó por primera vez como Jefe de Estado Mayor. Sirvió en el puesto hasta mediados de 1999, cuando también sirvió en la reserva como comandante del Cuerpo del Norte.