Bonner Konvention
Die Zweifarbfledermaus wird wie die anderen 50 europäischen Fledermausarten durch die Bonner Konvention zur Erhaltung wandernder wild lebender Tierarten und die Berner Konvention über die Erhaltung der europäischen wildlebenden Pflanzen und Tiere und ihrer natürlichen Lebensräume geschützt. In der FFH-Richtlinie ist die Zweifarbfledermaus im Anhang IV für die Arten, die besonderen Schutz auch außerhalb der ausgewiesenen Schutzgebiete erhalten sollen, erwähnt. Sie ist damit nach dem Bundesnaturschutzgesetz in Deutschland streng geschützt.