Ribosomal RNA
1999年の文献によると、クラミドフィラ属とクラミジア属で平均DNA-DNA再結合差は10.1％であり、これは属分離の許容値である。一方で、両属の16SリボソームRNA遺伝子配列の相同性は、従来の他の属と比較した場合よりも大きい95％に近いものだったが、研究者らは、16SリボソームRNA遺伝子配列の相同性は、属確立の際の指針の一つにすぎないと考えていた。この研究では、著者らは、クラミドフィラ属とクラミジア属を区別するために、ゲノム内におけるタンパク質及びリボソームRNAをコードする遺伝子の位置の類似性を使用した。また、2つの属の完全長の23SリボソームRNA遺伝子の塩基配列は95％未満同一だった。