الحرب الأهلية السودانية الثانية
أنشأت جامعة أعالي النيل عام 1991. وبسبب الحرب الأهلية السودانية الثانية، نقلت بعض كليات الجامعة للخرطوم حفاظاً على سلامة الموظفين والطلبة والبنية التحتية. بعد استقلال جنوب السودان في تموز (يوليو) 2011، أعيد دمج الكليات وأنشطة الجامعة في الحرم الجامعي الرئيسي في مدينة ملكال في ولاية أعالي النيل، شمال شرق جنوب السودان.