Патаксент
В 1950 году Шепард поступил в Школу морских лётчиков-испытателей Патаксент. После её окончания участвовал в лётных испытаниях и работах по получению данных об освещённости и структуре воздушных масс над территорией Северной Америки, а также в экспериментах по разработке системы заправки в воздухе для американского ВМС. Шепард участвовал в испытаниях палубного истребителя F2H-3 «Бэнши» и первой американской угловой палубы для стартов с авианосца. После своего назначения оперативным офицером в подразделение ночных истребителей 193-го истребительного эскадрона в Моффет Филд (; штат Калифорния), Алан Шепард совершил два выхода в западную часть Тихого океана на борту авианосца Орискани.