동부 표준시
시즌 2는 총 24화로 2005년 9월 21일 오후 9시 (미 동부 표준시)에 방영을 시작하였으며 매주 수요일 오후 9시에 방영되었다. 추락 후 45일 후부터의 이야기를 다루며 생존자들과 아더스과의 충돌이 좀 더 부각되고 각 에피소드에서 운명과 과학이란 존재에 대한 것도 좀 더 중요하게 다뤄진다. 시즌 1에서 등장했던 미스테리 현상에 대해 설명이 등장하고 동시에 새로운 미스테리 현상도 등장한다. 후미 부분에서 생존자들과 아더스의 일원들이 새로 등장한다. 해치의 내부가 드러나고 달마 이니셔티브와 한소 재단의 존재가 등장한다. 생존자 중 한 명이 배신을 하며, 추락의 원인이 밝혀지기도 한다.