후쿠오카 돔
2008년 4월 중순에 32타석 연속 무안타를 기록하는 등 부진에 시달렸지만 4월 26일의 애리조나 다이아몬드백스전에서 일본인 선수로서는 사상 두 번째인 끝내기 홈런을 기록했다. 5월 16일의 시애틀 매리너스전(세이프코 필드)에서는 다이에 시절의 동료인 조지마 겐지와 2004년 10월 1일의 퍼시픽 리그 플레이오프 2스테이지 경기인 세이부와의 경기(5차전, 후쿠오카 돔) 이후 1,313일 만에 홈런을 기록했다. 그 후에도 주전 2루수로서 출전해 있었지만 3안타를 날린 6월 5일의 뉴욕 메츠와의 경기에서는 주루 플레이 도중에 넘어지면서 오른쪽 어깨 부상을 당했다. 6월 6일에는 메이저 리그 진출 4년 만에 처음으로 부상자 명단에 올랐고 이후 8월 2일에 복귀했지만 오른쪽 어깨 부상의 영향 때문에 결국 9월 1일부로 방출 통보를 받았다. 9월 5일 옛 소속팀인 필라델피아 필리스와 계약을 맺으면서 이구치는 플레이오프 출전 선수 등록 기간이 지나 플레이오프 출전 자격은 없었지만 팀은 월드 시리즈 우승에 제패하여 그의 팀 선배인 다구치 소와 함께 두 번째 팀의 우승을 경험하게 되었다.