Viceroy of Liangjiang
翌同治3年（1864年）に浙江巡撫に昇進し、政治・軍事ともに実績を上げた。同治6年（1867年）に閩浙総督に就任し、翌同治7年（1868年）に曽国藩の後任の両江総督に異動となった。しかし両江総督在職中の同治9年（1870年）、張文祥によって衆人環視のもと刺殺された。張文祥は処刑されたが原因は不明に終わったため、馬新貽の暗殺はの1つとして数えられ、演劇・映画・テレビドラマの題材として幾度かとりあげられた。死後は直隷総督だった曽国藩が両江総督に復帰、李鴻章が直隷総督に就任した。