James V of Scotland
Tras la muerte de Jacobo V de Escocia en el Palacio de Falkland el 14 de diciembre de 1542, Beaton trató de convertirse en uno de los regentes de la pequeña soberana María I, pero no lo consiguió, recayendo finalmente el cargo en el Conde de Arran, afín a la corriente anglófila, que lo hizo detener y encarcelar, primero en el Palacio Dalkeith y luego en el Castillo Blackness. Tras tener noticia la Santa Sede del arresto del Cardenal Primado, se produjo un interdicto papal según el cual todas las iglesias del país deberían cerrarse y la administración de los sacramentos debería suspenderse.