Holy Loch
9月の残りおよび10月の第1週までロバート・E・リーはフロリダ州ケープカナベラル沖で整調作業を続け、10月10日に海軍長官がオブザーバーとして乗艦して、ポラリスミサイルの発射試験を行った。チャールストンに帰還するとクーパー川サイトで配備に向けての準備に入る。12月4日にチャールストンを出航し17回目の哨戒に向かう。哨戒は1967年1月30日にホーリー・ロッホで完了した。