John III Doukas Vatatzes
В 1204—1261 годах Магнесия фактически была одной из столиц Никейской империи (наряду с Никеей и Нимфеем): здесь теперь располагались казна и монетный двор, на которых чеканились знаменитые византийские иперпиры. Впрочем, содержание золота в них продолжало постепенно уменьшаться. Здесь же неподалёку располагалась и знаменитая яичная ферма императора: на доходы от продажи яиц голодающим туркам-сельджукам никейский император даже подарил императрице знаменитую корону, получившую название «яичной» ("оатон"). Золотой век средневековой Магнезии наступил когда Никейской империей правил Иоанн III Дука Ватац (1221—1254). 3 ноября 1254 года он скончался в шатре, поставленном в дворцовом саду в Нимфее. Похоронен он был в построенном им монастыре Спасителя в Сосандрах возле Магнесии.