苦難の行軍
1994年7月8日、金日成主席が死去。金正日は国家元首の地位を正式に継承はしなかったものの、この日より事実上の最高指導者として統治を開始した。1997年10月8日、金日成の死によって空席となっていた朝鮮労働党中央委員会総書記に「推戴」され、1998年9月の最高人民会議第10期第1回会議において改めて国防委員会委員長に選出された。同会議において、国防委員長は「国家の最高職責」とされた。経済政策の失敗で苦難の行軍が起きたため、1997年から2000年にかけて、金正日は最高指導者の地位をより確立させるべくかつて三大革命赤旗獲得運動を共に進めた義理の弟の張成沢を使って古参幹部とその側近と彼らの親族の大規模な粛清（深化組事件）を行った。