カロライナ方面作戦
1861年に南北戦争が開戦すると、ベルナップは志願兵として軍務に就き、12月7日に第15アイオワ連隊の少佐に任官された。ベルナップはシャイローの戦いとコリンスの戦いで戦闘経験を積み、1862年8月20日に中佐となった。1863年6月3日、ベルナップは西部戦線での勇敢さを評価され、大佐に昇進した。ベルナップは第15アイオワ連隊を指揮し、ヴィックスバーグの戦いでの北軍の勝利に貢献した。1864年7月30日、ベルナップは模範的な軍務を評価され、北軍志願兵の准将に昇進した。ベルナップは第17軍団で第4師団第3旅団の指揮権を与えられた。1864年11月、ベルナップはウィリアム・シャーマン少将に協力し、ジョージア州での海への進軍に参加した。1865年3月13日、ベルナップは勇敢さと軍功を評価され、名誉少将となった。ベルナップはカロライナ方面作戦に参加し、第17軍団を指揮した。そして終戦後の1865年8月24日、ベルナップは名誉除隊となり、少将として志願兵を退役した。