Compañía del Noroeste
Después de que Fraser regresase a su trabajo en el distrito de Athabasca en 1809, Stuart fue puesto a cargo del distrito de Nueva Caledonia desde su sede en Fort St. James, situado en el que ahora lleva su nombre, el lago Stuart. En ese puesto Stuart fue decisivo en el establecimiento de una serie de nuevos puestos comerciales, sobre todo Kamloops House. También lo fue en lograr acabar con la competencia de la Pacific Fur Company, la compañía peletera rival estadounidense de John Jacob Astor. Stuart se convirtió en socio de la Compañía del Noroeste en 1813 y luego en un factor jefe de la Compañía de la Bahía de Hudson, tras la obligada fusión con la Compañía del Noroeste en 1821.