روجيه لومير
بعد كأس العالم 2002، تولى المدرب السابق لمنتخب فرنسا روجيه لومير زمام الأمور، ليصبح المدرب الخامس لتونس في أقل من عامين لذلك تم إختياره من أجل إستقرار الفريق، كان لومير مهمًا بفضل قيادته للفوز لأول مرة ببطولة كأس الأمم الأفريقية 2004، والتي إستضافتها تونس لأن مسيرته التدريبية تؤهله لتدريب الفريق أثناء فوزه بلقب كأس العالم 1998 كمساعد، بطولة أمم أوروبا 2000 وكأس القارات 2001. أثناء الاستعداد للبطولة، أسس الفريق نفسه كأفضل المرشحين مع العديد من النتائج الودية المثيرة للإعجاب، مما أدى إلى تعادل فرنسا والبرتغال 1–1 والفوز على السويد 2–1، بالإضافة إلى النتائج الجيدة مع العمالقة الأفارقة بفوزهم على السنغال، الكاميرون، غانا وساحل العاج. كل هذه المؤشرات بالإضافة إلى استضافة البطولة وضعت الفريق التونسي مرشح قوي للفوز بالكأس. تقدمت تونس بدون هزيمة من مرحلة المجموعات، حيث هزمت رواندا 2–1 في المباراة الافتتاحية للبطولة قبل الفوز بالمباراة الثانية ضد جمهورية الكونغو الديمقراطية 3–0 وتعادلها مع غينيا 1–1. ثم فاز الفريق على السنغال 1–0 في الربع النهائي بفضل هدف جوهر المناري في الدقيقة 65 والفوز على نيجيريا بركلات الترجيح 5–3 في النصف النهائي بعد تعادله 1–1. أمام المغرب في النهائي، هدفان من أقدام فرانسيلودو سانتوس وزياد الجزيري منحت تونس الفوز 1–2، مما يعني أن تونس فازت بلقب كأس الأمم الأفريقية لأول مرة في تاريخها. أصبح روجيه لومير أول مدرب يفوز بلقبين قاريتين مختلفتين، حيث سبق أن فاز بلقب بطولة الأمم الأوروبية 2000 مع فرنسا. أعطى النصر اللقب الحالي للفريق التونسي، "نسور قرطاج"، وبناءً عليه، تم تغيير شعار الجامعة التونسية لكرة القدم إلى تصميمها الحالي، والذي يشتمل على النسر. مكن الفريق التونسي الفوز بكأول لقب من كأس الأمم الأفريقية التأهل لبطولة كأس القارات 2005 المقامة في ألمانيا، حيث تشاركوا في مجموعة صعبة بما في ذلك ألمانيا المضيفة، الأرجنتين وأستراليا.