シャルル＝マリー・ヴィドール
第五代学長アンブロワーズ・トマ (1871 - 1896)、第六代目学長テオドール・デュボワ (1896 - 1905) の時代の教授としては、フランク（オルガン）、シャルル＝マリー・ヴィドール（オルガン）、アレクサンドル・ギルマン（オルガン）、ルイ・ディエメ（ピアノ）、エドゥアール・リスラー（ピアノ）、ラウール・プーニョ（ピアノ）、マルタン・マルシック（ヴァイオリン）、ガブリエル・フォーレ（作曲）、アンドレ・ジェダルジュ（対位法、フーガ）らが挙げられる。エルネスト・ギローのクラスからはクロード・ドビュッシーらが、フォーレのクラスからは、シャルル・ケクラン、ナディア・ブーランジェらが、ヴィドールのクラスからはモーリス・ラヴェルなどの逸材が輩出され、学校は円熟期を迎えたが、その一方、この頃の舞台芸術に寄った教育体制への反発から、ヴァンサン・ダンディらによってスコラ・カントルムが設立され (1894)、後にはやはり同校の体制への反発からエコールノルマル音楽院が設立された (1914)。またローマ賞を巡った『ラヴェル事件』がスキャンダルとなり、デュボワが学長の職を退く結果となった。