Магелланов пролив
Проход в ненастную погоду через Магелланов пролив отнял у членов экспедиции невероятно много сил. Команда страдала от голода, из-за нехватки фруктов на кораблях произошла вспышка цинги, росло недовольство и ходили разговоры о мятеже. Чтобы воспрепятствовать росту мятежных настроений, адмирал арестовал и судил Якоба Клаасзона ван Илпендама, бывшего, по его мнению, лидером оппозиционной партии. Суд, состоявшийся на борту «Маврициуса» признал его вину и приговорил его к высадке на необитаемом острове, его место занял бывший командир корабля «Эндрахт» Питер Эсайсзоон ван Линт. Дальнейшая судьба осужденного вице-адмирала неизвестна. Со всеми этими задержками и неурядицами, у ван Ноорта ушло 116 дней на проход через Магелланов пролив — на сто дней больше, чем для той же задачи понадобилось сэру Френсису Дрейку. Таким образом, Тихого океана экспедиция достигла только в феврале-марте 1600 года. К моменту выхода в Тихий океан на кораблях оставалось лишь около половины команды, покинувшей гавань Роттердама — 147 человек.