桓玄
事後桓玄調劉牢之為會稽內史以削其軍權，劉牢之圖據廣陵（今江蘇揚州市）叛桓玄，但劉裕認為人心已去，事必不成而拒絕與劉牢之合作，最終劉牢之因失去僚屬的支持而自殺。桓脩後以劉裕為其中兵參軍，並於同年參與討伐統領孫恩餘黨的盧循、徐道覆。當時桓玄诛殺了多名北府舊將，但劉裕仍領兵討伐盧循部眾，更獲加任彭城內史。及至桓玄篡位後次年（404年），劉裕跟從桓脩入朝建康，桓玄亦十分賞識他，出遊都殷勤接引，賞賜亦甚為豐厚。當時桓玄皇后劉氏就勸桓玄除去劉裕，但桓玄仍圖借助劉裕攻略中原，拒絕加害。