Mozilla Foundation
ولما صارت شركة موزيلا أحد فروع مؤسسة موزيلا، وخاضعة للضريبة في 3 أغسطس 2005، تم ترشيح بيكر لتولي مهام المدير التنفيذي للكيان الجديد. وعلاوة على ذلك، انضمت بيكر إلى مجلس إدارة شركة موزيلا، مع احتفاظها بمقعدها في مجلس الإدارة بالمؤسسة؛ فضلًا عن منصبها كرئيس الشركة. في 8 يناير 2008، أعلنت موزيلا أن بيكر، أثناء توليها منصب إدارة الشركة، ستترك منصبها كمديرة تنفيذية للمؤسسة؛ وأن الرئيس التنفيذي للعمليات بشركة موكو جون ليلي، سيتولى هذا المنصب خلفًا لها. كانت من ضمن الأسباب وراء هذا التغيير، نمو مؤسسة موزيلا السريع؛ الأمر الذي جعل من العسير أن يواصل المديرون التنفيذيون العمل في مناح عدة.