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1885年，台湾建省，撤除福建巡抚一职，由闽浙总督兼任。戊戌变法期间，光绪帝于光绪二十四年（1898年）裁撤湖北、广东、云南三省巡抚，以总督兼管巡抚事，但在戊戌政变之后被恢复旧制。清末新政时，湖北、广东、云南三省巡抚于光绪三十一年（1905年）再度被裁撤，由总督兼管其事务。