熱ショックタンパク質
ハイドロジェノソームは1970年代初頭、米国の研究者である Lindmark と Müller によって発見された。当初は偏性嫌気性であるクロストリジウム属の細菌が細胞内共生したものであると思われたが、後にミトコンドリアに近い小器官であると考えられるようになった。1996年にトリコモナス（"Trichomonas vaginalis"）のハイドロジェノソームからミトコンドリアのものと相同性の高い熱ショックタンパク質が発見され、ハイドロジェノソームがミトコンドリアに由来する構造である事が明らかとなった。