Deportes Iquique
В начале 2013 года Мануэль вернулся в «Депортес Икике». В матчах Кубка Либертадорес против эквадорского «Эмелека», аргентинского «Велес Сарсфилд» и уругвайского «Пеньяроля» он забил четыре мяча. В том же году Вильялобос помог клубу завоевать Кубок Чили. 20 апреля 2017 года в поединке Кубка Либертадорес против венесуэльской «Саморы» он забил гол.