序列分析
2003年，米勒發表了一篇分子種系發生學研究，以核糖體DNA（ITS）的序列分析鉚釘菇科類群的親緣關係，結果顯示該科可分為色釘菇屬與鉚釘菇屬兩大類群，不過分布於俄羅斯西伯利亞東部的""可能是本科最基部的類群，在演化樹上分支時間比色釘菇屬和鉚釘菇屬兩大類群分支的時間還早。另外米勒也認為鉚釘菇科中單型的腹菌（"Gomphogaster"）可能是屬於鉚釘菇屬的類群。2009年，另一則以ITS序列分析鉚釘菇科類群親緣關係的研究則顯示鉚釘菇屬為一單系群，為色釘菇屬的姊妹群，其中"G. borealis"為鉚釘菇屬演化支中的基群。2018年又有一則研究以ITS序列分析鉚釘菇科類群的親緣關係，結果亦顯示鉚釘菇屬為單系群，不過鉚釘菇屬是須腹菌屬、乳牛肝菌屬等類群的姊妹群，而三者共組的演化支為色釘菇屬的姊妹群。