Jemaah Islamiyah
1990年代MILFやNPAは掃討され勢力を弱め、2000年代に入りダバオは落ち着きを取り戻し、ダバオ市は農業に加え情報産業も振興させようとしている。一方、より過激で国際的なネットワークを持つアブ・サヤフやジェマ・イスラミアがダバオから離れたミンダナオ島西部に現れ、これまでテロとは無縁だったダバオでも2003年3月から4月に国際空港旧ターミナルおよび港湾部の客船埠頭で連続爆弾テロが起こり合わせて38人が死亡、200人が負傷した。MILFが関与を疑われているが、彼らは関与を否定している。