National Republican Greek League
Im September 1942 kehrte er als Agent des Geheimdienstes SOE zurück, um in dem besetzten Land Widerstandskämpfer auszubilden und zu unterstützen. Er ließ sich mit dem Fallschirm absetzen und organisierte als erstes Operationen des griechischen Widerstands mit Kämpfern der ELAS und EDES, mit der Sprengung der Eisenbahnbrücke bei Gorgopotamos. In der Folge versuchte er die Einsätze der rivalisierenden Widerstandsgruppen zu koordinieren – wobei die britische Unterstützung vornehmlich die antikommunistischen EDES erhielt. Woodhouse blieb auch nach Kriegsende noch als britischer Diplomat bis Mai 1946 in Griechenland.