Justinian I
이오아니나가 정확히 언제 창건되었는지는 알 수 없으나, 비잔티움 제국의 유스티니아누스 1세(재위 527년~565년)가 지은 "새롭고, 잘 요새화된 도시"가 이오아니나인 것으로 여겨진다. 이오아니나라는 이름은 879년에 처음 나타난다. 1082년 노르만인이 점령하였다가, 13세기에 세워진 에페이로스 공국의 주요 도시가 되었다. 1358년부터 1416년까지는 에페이로스 공국의 수도였다. 그러나 이 곳은 1430년 오스만 투르크제국의 지배하에 들어갔다.