Holy Loch
続く2年に渡ってロバート・E・リーは活動を続け、10回の抑止哨戒を行った。1963年9月10日に浮きドックのロスアラモス ("USS Los Alamos, AFDB-7") に入渠し、10月4日に哨戒任務を再開した。ホーリー・ロッホを拠点としての活動は1964年まで続き、11月27日に16回めの哨戒に向かう。哨戒は1965年1月28日にメア・アイランド海軍造船所で完了した。