José P. Laurel
1943年10月14日にホセ・ラウレル大統領の下でフィリピン第二共和国が独立を宣言した際には、アギナルドもリカルテと共に独立記念式典に参加したが、アギナルドはリカルテとは異なり、それ以上の対日協力を行わなかった。しかしながら、アメリカ軍のフィリピン反攻戦後、再びアメリカ合衆国がコモンウェルス政府と共にフィリピンに戻ると、アギナルドは対日協力者であるとして逮捕され、パラワン島のイワヒグ収容所に収容されたが、第二次世界大戦終結後の1946年、マニュエル・ロハス大統領によって恩赦が与えられ釈放された。1946年7月4日にフィリピン第三共和国が独立を達成した際には、アギナルドは独立記念式典にてフィリピンの国旗を高々と掲げるに至った。