Département de la Guerre des États-Unis
En tant que conseiller juridique pour le compte du Département de la Guerre des États-Unis, il rédige des recommandations et des rapports qui sont utilisés par le Congrès et le pouvoir exécutif afin de gérer la gouvernance des nouveaux territoires acquises par les États-Unis après la guerre hispano-américaine. Ces rapports sont regroupés dans un livre publié en 1902, qui est par ailleurs considéré par les analystes comme un ouvrage majeur sur le sujet. Durant son mandat de gouverneur, Magoon met en pratique les bases de ces recommandations.