日本鯨類研究所
反捕鯨団体は、日本鯨類研究所および共同船舶の調査捕鯨に対し、様々な方法で批判・妨害を繰り返している。当初はグリーンピース、近年ではより過激なシー・シェパードによる妨害行為への対策には、数億円規模での費用が計上され、2012年には震災復興費用から5億円が割り当てられている（後述）。