グーシ・ハーン
清は自らをモンゴル高原諸勢力の宗主国と考えていたので、清とダライ・ラマ5世が直接の外交を持ったことは、モンゴル高原のチベットに対する立場を有名無実なものにした。しかもダライ・ラマ5世がチベットに帰国した後、ダライ・ラマ5世に影響力を持った人物が次々と他界した。1655年にオイラトの長グーシ・ハーンが、1656年にグーシ・ハーンが選んだチベットの摂政ソナム・ラプテンが、1656年にゲルク派の高僧が、1657年に師のパンチェン・ラマ4世が次々と死に、ダライ・ラマ5世は権力を振るいやすくなった。なお、タクパ・ギェンツェンは殺害されており、これをダライ・ラマ5世派の陰謀と考える人もいる。タクパ・ギェンツェンは死後にゲルク派全体でドルジェ・シュクデンとして広く信仰を集め保守強硬派の暗殺部隊の旗印となっていたが、1970年代にダライ・ラマ14世が禁止して以降、大きな内紛を呼んでいる。グーシ・ハーンの後を継いだ息子はチベットへの関心が薄く、実力も父ほどにはなかったので、チベットに自分の代理として摂政を立てたが、次第にモンゴル諸勢力の影響力は落ちていった。