Послание к Римлянам
Воспользовавшись образовавшимся свободным временем, Вермильи решил переработать свои более ранние труды: «Комментарий на Послание к Римлянам» (1558), «Диспуты» против Ричарда Смита относительно целибата и монашеских клятв в 1559 году. В том же году с посвящением королеве Елизавете I он опубликовал «Защиту» против епископа Винчестерского Стивена Гардинера по вопросу евхаристии. Эта работа была запланирована ещё в 1556 году, после казни Кранмера, но осуществить план удалось только в Цюрихе. «Комментарии на Книгу Судей» также были изданы в 1561 году. Значительная часть работ Мартира была издана посмертно в 1563 году Кристофом Фрошауэром. Тогда же были опубликованы комментарии к Никомаховой этике под редакцией Джулио Сантеренциано. Сантеренциано подготовил, но не опубликовал комментарии к обеим книгам Самуила; издание осуществил в следующем году Иосия Зимлер вместе с "Preces sacræ ex Psalmis Davidis". В 1566 году издал комментарии к книгам Царей. Наконец, в 1569 году Зимлер издал комментарии к книге Бытия на основе записанных им лекций.