Sancho III
1035年にサンチョ3世が亡くなると王国は息子たちに分割され、その政治力はサンチョ3世時代まで回復することはなかった。サンチョ3世の長子であるはカスティーリャ王フェルナンド1世に敗れ、西部の国境地域を失っている。1076年にはアラゴン王サンチョ1世がナバラ王国を併合し、ナバラ王国はアラゴン王国と同君連合を結ぶと、サンティアゴ巡礼の活況に合わせてパンプローナ、ハカ、エステーリャなどの町が成長した。ガルシア6世（復興王）が王位に就いた1134年にはアラゴン王国から独立して再び主権を建てたが、カスティーリャ＝レオン王国への臣従とリオハ地方の割譲を余儀なくされている。イベリア半島における政治的影響力を低下させた一方で、巡礼路を通じて貿易商や巡礼者が流入したため、ナバラ王国の商業的重要性は増した。ナバラ王国時代にはイスラーム美術が持ち込まれ、トゥデラのモスクの廃墟、レイレ修道院やフィテロ修道院の象牙細工の小箱などが残っている。