中立パトロール
9月1日に第二次世界大戦が勃発すると、サンフランシスコはノーフォークを拠点として中立パトロールを行った。サンフランシスコは、サンフアンやプエルトリコ、トリニダード島など西インド諸島を航行する客船や貨物船の護衛を10月14日まで行った。ノーフォークに帰投した後、サンフランシスコは1940年1月まで同地に滞在し、1月11日にグアンタナモ湾に向かった。ここで戦隊旗艦の任を重巡ウィチタ (") に譲り、サンフランシスコは太平洋に戻った。