Черноморские проливы
Затем, занимая в 1939—1944 годах должность посла в Турции, фон Папен стремился предотвратить её возможное вступление в войну против Германии. Благодаря деятельности фон Папена, удалось добиться турецкого нейтралитета, 18 июня 1941 года президент Турции Исмет Инёню подписал Договор о ненападении между Германией и Турцией, кроме того фон Папену удалось убедить турецкую сторону в том, чтобы те закрыли Черноморские проливы для прохода британских военных кораблей. В связи с этим, Сталин распорядился организовать покушение на Франца фон Папена, которое было совершено агентами советской разведки 24 февраля 1942 года, но не увенчалось успехом. В ходе Второй мировой войны гитлеровское правительство пыталось назначить фон Папена послом Германии при папском престоле, однако папа Пий XII отклонил это предложение.