Ernst Kaltenbrunner
1944年2月半ば、カナリスは国防軍情報部長から解職された。同年7月20日にヒトラー暗殺未遂事件が発生するとその3日後にライバルの親衛隊情報部 (国家保安本部第VI局）のヴァルター・シェレンベルクに逮捕された。ドイツ敗戦の直前である1945年4月に国家保安本部長のエルンスト・カルテンブルンナーは、国防軍情報部の金庫からカナリスの反逆を示す証拠文書を発見し、4月5日にこれをヒトラーに報告した。ヒトラーは即座にカナリスとその関係者の処刑を命じた。4月9日にカナリスはディートリヒ・ボンヘッファーやハンス・オスターとともにフロッセンビュルク強制収容所で絞首刑に処された。