Desamortisation in Spanien
Im Jahr 1599 ließ der Kaufmann und Steuereinnehmer Don Juan de Texera in der Nähe des Hafens eine "San Juan Bautista"-Kapelle bauen, die er 1609 dem Franziskanerorden übergab, damit dieser ein Vikariat mit zwei oder drei Geistlichen zur geistlichen Versorgung der 40–50 Einwohner einrichten könnte. Die Kirche sollte unter der Obhut der Gemeinde von La Orotava stehen, die selbst keinen Geistlichen entsenden konnte. Im Laufe der Zeit wurde neben der ursprünglichen Kapelle das heutige Hauptschiff gebaut. Im Jahr 1670 wurde die Kapelle "de las Llagas" und im 18. Jahrhundert die Kapelle "de las Ánimas" errichtet. Im Rahmen der Desamortisation in Spanien wurde im Jahr 1836 das Kloster aufgehoben. Die in den Jahren 1830 und 1832 restaurierte Kirche wurde weiter zu Gottesdienstzwecken verwendet. Als im Jahr 1967 das Klostergebäude durch einen Brand zerstört wurde, erlitt die Kirche nur geringe Beschädigungen. Die Stadtverwaltung von Puerto de la Cruz ließ die Kirche unter Denkmalschutz stellen. Die Conserjería de Cultura der Regierung der Kanarischen Inseln veranlasste eine gründliche Renovierung. In der Kirche werden auch Gottesdienste ausländischer Kirchengemeinden abgehalten.