Bahnstrecke Neustrelitz–Warnemünde
Unterdessen war bereits 1886 die Bahnstrecke Neustrelitz–Warnemünde "(Lloydbahn)" fertiggestellt worden, mit der eine Verbindung von Berlin über Neustrelitz zur Ostsee nach Warnemünde entstand. Für die Weiterführung nach Warnemünde lag der Friedrich-Franz-Bahnhof ungünstig. Die Lloydbahn bekam deswegen einen eigenen Bahnhof, "Lloydbahnhof" genannt, den heutigen Rostocker Hauptbahnhof. 1894 ging auch die Lloydbahn in der 1889/90 als mecklenburgische Staatsbahn gebildeten Mecklenburgischen Friedrich-Franz-Bahn (M.F.F.E) auf. Die neue Gesellschaft hatte damit sowohl im Personen- als auch im Güterverkehr fortan zwei große Bahnhöfe in Rostock zu betreiben. Für die Übernahme des Gesamtverkehrs war der Friedrich-Franz-Bahnhof zu klein, zudem hatte der Lloydbahnhof als Durchgangsbahnhof betriebliche Vorteile. Mitte der 1890er Jahre gab es lange Debatten zwischen den verschiedenen Kreisen über die „Rostocker Bahnhofsfrage“.