Latin American Episcopal Conference
1999 wurde Masserdotti als Nachfolger von Bischof Erwin Kräutler CPPS zum Vorsitzenden des Indianermissionsrates (Conselho Indigenista Missionário, CIMI) sowie zum stellvertretenden Vorsitzenden des Missionsausschusses der Brasilianischen Bischofskonferenz (CNBB) gewählt. 2004 wurde er Mitglied der CELAM-Kommission "Dimensão Missionária de Além Fronteiras", einer Kommission der Lateinamerikanischen Bischofskonferenz (CELAM) zur Koordinierung und Förderung der Mission.