Recopa Sudamericana
В 2006 году Мильоре перешёл в «Бока Хуниорс». В новом клубе он был сменщиком Маурисио Каранты. Несмотря на это Пабло выиграл в составе «Боки» аргентинскую Примеру, а также завоевал Кубок Либертадорес и Рекопа Южной Америки. В 2007 году Мильоре стал серебряным призёром клубного чемпионата мира в Японии. В 2008 году для получения игровой практики он на правах аренды перешёл в «Расинг» из Авельянеды. 24 августа в матче против «Индепендьенте» Пабло дебютировал за новый клуб.