سيراكيوز، نيويورك
ولد بيريغان في مدينة فرجينيا بولاية مينيسوتا، وهو ابن فريدا بيريغان (كنيتها قبل الزواج فرومهارت) وهي تنحدر من أصول ألمانية، وتوماس بيريغان، وهو إيرلندي كاثوليكي من الجيل الثاني وعضو نشط في اتحاد التجارة. كان بيريغان الخامس من بين ستة أولاد، وكان أخوه الأصغر ناشط السلام الزميل فيليب بيريغان. انتقلت عائلته عندما كان بعمر الخامسة إلى سيراكيوز، نيويورك؛ وفي عام 1946 حاز بيريغان على إجازة جامعية من سانت أندرو أون هودسون، وهو معهد لاهوت يسوعي في هايد بارك، نيويورك؛ وفي عام 1952 نال درجة الماجستير من كلية وودستوك في بالتيمور، ماريلاند. كان مخلصاً للكنيسة الكاثوليكية في صباه، وانضم إلى اليسوعيين مباشرة بعد إنهائه الثانوية عام 1939 ورسم كهنوتيًا في 19 يوليو 1952.