第四次十字军东征
直到10世纪末期/11世纪早期，爱琴海军区才被拆分为基克拉泽斯、斯波拉泽斯、希俄斯和阿卑多斯等更小的区划。爱琴海军区实际管辖地仅剩马尔马拉海的一些海岸以及君士坦丁堡的一些地区，沦为了普通省。11世纪末期，在一位拜占庭大将军的命令下爱琴海军区剩余的船只全部被并入君士坦丁堡的的帝国舰队。12世纪时爱琴海军区原本管辖的地区基本都受奥普西金军区管辖，随后第四次十字军东征中签订的《》也反映了这一点。爱琴海军区于1204年第四次十字军东征后被正式废除。