李斯特菌
细菌發展出了各式各樣的方法使它们能在吞噬细胞胞内存活，躲在其中迴避免疫系统的攻击。为了能安全地待在吞噬细胞内，细菌会表达一种名为「侵染素」（invasin）的蛋白，並設法留在细胞质中，以避免吞噬溶酶体內的有毒化学物质攻击。一些细菌能阻止溶酶体和吞噬体融合，使吞噬溶酶体无法生成。利什曼原蟲（"Leishmania"）等病原体可以在吞噬细胞胞内形成高度特化的液泡，幫助它们在吞噬细胞内生存與繁殖。一些细菌可以在吞噬溶酶体内存活，如金黄色葡萄球菌可以产生过氧化氢酶和超氧化物歧化酶來分解吞噬细胞所产生的杀菌物质（如过氧化氢）。细菌也可能在吞噬溶酶体生成前從吞噬体中逃亡，如李斯特菌（"Listeria monocytogenes"）可以用（listeriolysin O）和磷脂酶C在吞噬体的膜上打洞。