ميناموتو نو يوريتومو
على مدى القرون التالية، انحدرت قوة الإمبراطور والمحكمة الإمبراطورية تدريجيًا، فمرت أولًا بالعشائر الكبرى من الأرستقراطيين المدنيين –أبرزها عشيرة فوجيوارا– ثم إلى العشائر العسكرية وجيوشها من الساموراي. خرجت عشيرة ميناموتو تحت حكم ميناموتو نو يوريتومو منتصرة من حرب غينبي التي دارت رحاها بين عامي 1180 و1185، وهزمت عشيرة تايرا العسكرية المنافسة لها. بعد الاستيلاء على السلطة، أنشأ يوريتومو عاصمته في كاماكورا وحصل على لقب "شوغون". في عام 1274 و1281، صمدت شوغونية كاماكورا أمام غزوتين مغوليتين، ولكن أُطيح بها في عام 1333 على يد أحد المطالبين المتنافسين على الشوغونية، فبدأت فترة موروماتشي. خلال فترة موروماتشي، ازدادت قوة أمراء الحرب الإقليميين الذين أُطلق عليهم اسم داي-ميو على حساب "الشوغون". ولكن في النهاية، انزلقت اليابان إلى فترة من الحرب الأهلية. على مدى أواخر القرن السادس عشر، أُعيد توحيد اليابان تحت قيادة الداي-ميو أودا نوبوناغا وخليفته تويوتومي هيده-يوشي. بعد وفاة هيده-يوشي في عام 1598، جاء توكوغاوا إيه-ياسو إلى السلطة وعيّنه الإمبراطور شوغونًا. ترأست شوغونية توكوغاوا، التي حكمت من إيدو (طوكيو الحديثة)، حقبة مزدهرة سلمية عُرفت باسم فترة إيدو (1600-1868). فرضت شوغونية توكوغاوا نظامًا طبقيًا صارمًا على المجتمع الياباني وقطعت أي اتصال بالعالم الخارجي تقريبًا.