セルビア救国政府
1941年4月、ドイツのザグレブ（クロアチア）の外交スタッフになり、ウスタシャのアンテ・パヴェリッチの擁立を支持した。1941年から1942年にかけてクロアチア独立国とセルビア救国政府のパルチザンとユダヤ人の迫害・殺害に重要な役割を果たした。1943年の春から秋にかけてハンガリー王国に派遣され、摂政ホルティ・ミクローシュの監視を任された。フェーゼンマイヤーは、「ホルティが枢軸国から離脱しようとしている」として、ハンガリーに軍事介入するようにヒトラーとリッベントロップに報告した。1944年3月19日、ヒトラーはマルガレーテ作戦Iを発動し、フェーゼンマイヤーはドイツに占領されたハンガリーの「大ドイツ国の正式代表者」であるハンガリー駐在特使に任命される。