Fisk University
隣人たちの寄付を頼って、デュボイスはテキサス州ナッシュビルのであるフィスク大学に入学し1885年から1888年まで学んだ。南部への旅と居住は彼にとって南部のレイシズムを初めて経験する場となった。当時の南部はジム・クロウ法のもと、偏見がはびこり、黒人の投票権が制限され、が行われていた。リンチはこの後の10年間にピークを向かえる。フィスク大学から学位を取得した後、デュボイスはハーバード大学（当時フィスク大学の単位を認めていなかった）に入学して1888年から1890年まで学び、アメリカの有名な哲学者であったウィリアム・ジェームズから強い影響受けた。デュボイスはハーバードの3年分の学資をアルバイト（summer jobs）、遺産、奨学金、友人からの借金などで賄った。1890年、ハーバード大学はデュボイスに史上2番目となるcum laudeを授与した。1891年、デュボイスはハーバード大学の社会学大学院（the sociology graduate school）に入学するための奨学金を受け取った。