ポート・ロイヤル
ジャマイカ島に帰還したモーガンは、ポート・ロイヤルでは人気者であった。しかし、イギリス本国では、パナマ遠征に対してのスペインの怒りの抗議があったため、モーガンとジャマイカ島総督モディフォードを拘留し、ロンドンに送らなければならなかった。しかし、二人とも船の中での病気を理由にし、釈放された。そればかりではなく、二人とも国家の役職つきでジャマイカ島に戻ってきた。モーガンは治安判事、海事裁判所長などを歴任し、1680年には、ジャマイカ島代理総督にまでなった。モーガンはポート･ロイヤルから海賊船を締め出し、「三ヶ月以内に海賊を廃業した者には土地を与えるが、廃業しない者は絞首刑にする」と最終通告を出した。しかし、裏では、ずいぶん海賊を見逃していたようである。