Molecular dynamics
利用分子动力学的方法可以模拟蛋白质的折叠和结合过程。通过分布式计算，如Folding@Home计划，为分子动力学模拟注入了活力。小的α螺旋蛋白结构域，如的头部和HIV辅助蛋白已经成功地在计算机中（"in silico"）被模拟。将标准的分子动力学和量子力学计算相结合的混合方法已经被用于探索视紫红质分子的电子态。