国家宗教事务局
1991年，离开共青团系统，出任中共中央统战部民族宗教局局长。1995年5月，任国务院宗教事务局局长。1998年3月，国务院决定，将“国务院宗教事务局”更名为“国家宗教事务局”，叶小文继续担任局长职务。此外，他还当选第九、十、十一届全国政协常务委员；曾兼任全国哲学社会科学规划领导小组社会学学科组成员，中国宗教学会顾问，中国社会学会、中国人权研究会常务理事，中国综合开发研究院理事，中央社会主义学院、公安大学等兼职教授。叶小文负责国家宗教事务局前后14年。