조에쓰 신칸센
2011년 동일본여객철도 발표에 따르면 향후 5년간 전량 퇴역을 검토했으며, 같은 해 12월에 도호쿠 신칸센 노선에 E5계 차량 도입을 순차별로 시작하면서 조에쓰 신칸센 노선에 E4계 차량을 이적과 동시에 E1계 차량 퇴역을 발표했다. 한편 E4계 16량 편성을 운행하기 위해 에치고유자와 이북 구간에 승강장 개량 공사가 실시되었고 이후 조에쓰 신칸센 전 구간에 E4계 16량 편성이 운행하기 시작했다. 2012년 4월에 2편성이 퇴역하기 시작했고, 4편성의 경우 Max 다니가와 2회 왕복, Max 도키 4회 왕복 운행했다. 같은 해 3월 다이야 개정으로 E4계 16량 편성으로 변경과 동시에 E1계의 운행 종료를 발표했다. 같은 해 9월 29일에 다이야 개정으로 운행이 중단되었고 10월 27일에 고마워요 Max 아사히호()와 10월 28일에 안녕 Max E1 도키호()를 끝으로 운행을 종료했다. 이로서 E1계가 도입한지 19년 만에 전량 퇴역되었다.