مجمع خلقيدونية
بعد تحقيقه الانتصار على الفرس الساسانيين، أدرك هرقل كما سلفه يوسطيان الأول من قبل، أهمية حل الخلاف حول مجمع خلقيدونية حفاظًا على وحدة الإمبراطورية ولرأب الصدع الكبير الذي طرأ على المجتمع بنتيجتها والذي وصف "بأكبر صدع طرأ على الإمبراطورية البيزنطية وأشده خطورة"؛ كان الخلاف حول مجمع خلقيدونية منذ عام 450 يتعلق بين القائلين بأنّ "في المسيح طبيعتان متحدتان في شخص واحد"، وبين القائلين "بأن شخص المسيح ذي طبيعة واحدة من جوهرين أو طبعين مختفلين"، وكانت الصيغة الأولى قد أقرت في مجمع خلقيدونية ودعمها كرسي روما والقسطنطينية، والملكيون في أنطاكية والإسكندرية وأقلية من السريان، والصيغة الثانية تمسك بها رافضو المجمع الخليقدوني، ودعمتها غالبية السريان والأقباط والأحباش والأرمن.