星室庁
ボイルの最も有名な政敵はチャールズ1世の側近のストラフォード伯爵トマス・ウェントワースであった。ストラフォードは1633年にアイルランド総督（Lord Deputy）としてアイルランドに赴任し、最初は上手くボイルから彼の特権と収入をはく奪した。ボイルはストラフォードのアイルランドでの計画に対して、辛抱強く逆境の中で力を蓄え、このボイルによる効果的な政治的策略がストラフォード失脚の重要な要因となった。ストラフォードがボイルに対して行った屈辱的な行為の典型例として、ボイルの妻の墓をダブリンの聖パトリック大聖堂から移動させたことが挙げられる。ボイルはまた、ヨール大学（Youghal College）の資金の不正流用疑惑で、アイルランドの星室庁とも言えるコート・オブ・キャッスル・チャンバー (Court of Castle Chamber) に起訴された。