Ulysses S. Grant
بقي ستانتون وزيرا للحرب بعد اغتيال لينكون وفي عهد الرئيس الجديد أندرو جونسون خلال السنوات الأولى من عصر إعادة الإعمار. وعارض سياسات جونسون المتساهلة تجاه الولايات الكونفدرالية السابقة. وقد أدت محاولة جونسون لفصل ستانتون في نهاية المطاف إلى سحب الثقة عن الرئيس جونسون من قبل الجمهوريين الراديكاليين في مجلس النواب. عاد ستانتون إلى القانون بعد تقاعده من وزارة الحرب، وفي عام 1869 تم ترشيحه كقاضى معاون في المحكمة العليا من قبل خليفة جونسون، الرئيس يوليسيس جرانت؛ بيد أنه توفي بعد أربعة ايام من تأكيد تعيينه من قبل مجلس الشيوخ.