السودان الإنجليزي المصري
في أوائل القرن العشرين، شجعت حكومة السودان الإنجليزي المصري البعثات التبشيرية على تأسيس وبناء المدارس في جنوب السودان. في عام 1900 أنشأ المونسنيور أنطونيو ريوفيجيو بعثة في لول. وفي عام 1904، بدأت ثلاث بعثات أخرى في بحر الغزال. في عام 1905 افتتح الكاثوليك مدرسة ستاك التذكارية كبعثة رئيسية ولتحضير أطفال زعماء القبائل المحليَّة للعمل في الحكومة الإستعماريَّة. في فبراير من عام 1907 قام الكاهن باولو ماروني بتعميد أول ثمانية مسيحيين في كانجنجو. بحلول عام 1913 تم تعميد ما بين 200 إلى 300 من الجنوبيين في واو. وأصبحت واو مركزاً إدارياً للنيابة الرسولية في نفس العام، والتي أصبحت أبرشية في عام 1974. وعندما أرادت حكومة السودان الإنجليزي المصري زيادة التعاون مع البعثات التبشيرية في المجال التعليمي في عشرينيات القرن العشرين، كانت البعثات الكاثوليكية تختلف عن البعثات البروتستانتية في اعتقادهم أنه ينبغي للحكومة أن تساعد الكنيسة في تثقيف جنوب السودان.. وكانت مدارس كومبوني الفنية في بحر الغزال تضم أولاداً يدرسون النجارة والبناء والبستنة. في حين تعلمت الفتيات الدين واللغة الإنجليزية والتطريز والنظافة. وتمت معالجة قضية اللغة المستخدمة في التدريس في المدارس كثيراَ في الثلاثينيات من القرن العشرين، حيث كانت تستخدم بعض المدارس الكاثوليكية اللغة المحليَّة في كان غيرها من المدارس تُفضل استخدام اللغة الإنجليزية. وتم إنشاء جمعيات الأولاد للخريجين في بعض المدارس في الثلاثينيات والأربعينيات من القرن العشرين لتعزيز الاختلاط العرقي. على الرغم من هذا، وفقاً لبعض خريجي مدرسة البعثة من قبيلة الدينكا فإنهم قد تلقوا معاملة غير عادلة من الكنيسة الكاثوليكية. لقد اعتقدوا أن السبب في ذلك هو اعتبار الدينكا مُستقلين عن الكنيسة بشكل كبير.