FC 바이에른 뮌헨
그는 바이에른 뮌헨에 이적한 뒤, 처음에는 U-17팀과 U-19팀에서 활약하다, 2009-10 시즌에는 FC 바이에른 뮌헨 II로 승격되었다. 그는 2009년 8월, 디나모 드레스덴과의 3. 리가 경기에서 뮌헨 리저브팀 데뷔전을 치렀고, 2009년 8월 29일에는 그는 FC 바이에른 뮌헨 II 소속으로 첫 골을 기록하였다. 그는 UEFA 챔피언스리그 2009-10을 앞두고 FC 바이에른 뮌헨의 스쿼드에 등록되었으며, 등번호 27번을 받았다. 2010년 1월, 알라바는 잔여 시즌 동안 FC 바이에른 뮌헨 1군과의 훈련이 확정되었고, 리저브 팀 동료 디에고 콘텐토와 메멧 에키치도 같이 승격되었다.