Portland Pirates
14 июля 2006 года Торнтон подписал годичный контракт с «Анахайм Дакс», имея статус неограниченно свободного агента. В начале сезона Торнтон играл в фарм-клубе «Анахайма» в АХЛ «Портленд Пайретс» и был капитаном команды. Но начиная с декабря он уже был в основном составе «Дакс», с которыми выиграл Кубок Стэнли, проведя 48 матчей в регулярном чемпионате и 15 матчей в плей-офф, в том числе четыре — в финальной серии против «Оттавы Сенаторз».