UEFA 인터토토컵
독립을 하게 되면서 1996년에 질리나는 2부리그에서 리그를 진행했으나 한 시즌만에 승격하여 1997년부터 수페르리가에서 리그를 진행하게 되었다. 97년에는 UEFA 인터토토컵 진출권을 따내었으나 조별리그에서 다섯팀 가운데 4위에 머물고 말았다. 1999년에도 인터토토컵에 진출하였으나 2라운드에서 FC 메스에 합계 4-2로 패하였다.