二級結構
核酸亦有二級結構，（RNA）分子。RNA二級結構可以分為螺旋（緊接的鹼基對）及不同種類的環（被螺旋圍繞的不成對核苷酸）。莖環結構是一個鹼基對螺旋結構，末端為短少的不成對環。這種莖環結構非常普遍，並且是建構大型结构模体，如三葉草結構（即如在轉運RNA中的四個螺旋結點）的基本單位。內環結構（在長鹼基對螺旋中的短而不成對鹼基）及膨出（在螺旋股中額外插入，但卻在相對股中沒有配對的鹼基）亦很經常會出現。最後，偽結及base triples亦會出現在RNA。