Colegio de Belén
En marzo de 1813, uno de sus correos, que era llevado por un arriero, fue interceptado; Leona, al enterarse, huyó con rumbo a San Ignacio, Michoacán, y de ahí a Huixquilucan, en el Estado de México. De regreso a la capital, su tío logró que la recluyeran en el Colegio de Belén de las Mochas, en vez de ser enviada a la cárcel. Estuvo presa durante 42 días. No pudo evitar que las autoridades la procesaran conforme a la justicia. La Real Junta de Seguridad y Buen Orden le instruyó un proceso en el que fueron apareciendo los documentos que la inculparon; entre otros, los relativos a sus intentos de huida para pasarse al campo de los rebeldes; fue sometida a interrogatorio, y se presentaron las pruebas que la inculpaban. Nunca delató a sus compañeros; fue declarada culpable y se le condenó a formal prisión y a la incautación de todos sus bienes.