コンゴ王国
両島はアフリカとブラジルを結ぶ奴隷貿易の中継拠点としても栄えた。コンゴ王国の国王アフォンソ1世は、サントメ島の領主フェルナンド・メロの強欲と、サントメ島にてコンゴ王国から連行された住民が奴隷として酷使されていることを憂慮し、ポルトガル王マヌエル1世に対して、同島を封土として引き渡すように要求した。しかし、ポルトガルはこのコンゴ王の要求を無視したため、アフォンソ1世は1526年よりジョアン3世に宛てて幾度か手紙を書き、コンゴ王国を蝕む奴隷貿易を中止するように訴えた。ポルトガル王がこの訴えを無視した為、コンゴ王アフォンソ1世はローマ教皇パウルス3世に手紙を送り、1535年に教皇パウルス3世から事態に善処する旨の返事を得たものの、実際にはカトリック教会による奴隷貿易への対策はなされなかった。