Guerra de Esmalcalda
Sin embargo Francisco rompió la tregua a los cuatro años, en 1542. Las hostilidades entre ambos monarcas terminaron por el Tratado de Crépy, del 18 de septiembre de 1544, y el pontífice recuperó el proyecto del concilio ecuménico. Los príncipes protestantes del imperio no tenían intención de acudir a un concilio presidido por el papa de Roma, hecho que desencadenaría la Guerra de Esmalcalda en 1546. Paulo III apoyó con tropas y dinero al emperador Carlos V que resultó victorioso en la guerra e impuso el Interim de Augsburgo a los rebeldes protestantes.