Народный суд
После капитуляции был арестован и осуждён. В ноябре 1947 года Народный суд в Братиславе приговорил Штефана Тисо к 30 годам лишения свободы. Он не дожил до окончания срока и ушёл из жизни 28 марта 1959 года в тюрьме.