Shenandoah Valley
アメリカ合衆国国勢調査局に拠れば、郡域全面積は212平方マイル (549.1 km2)であり、このうち陸地210平方マイル (543.9 km2)、水域は2平方マイル (5.2 km2)で水域率は0.96%である。ジョン・デンバーのヒット曲『故郷へかえりたい』に歌われるブルーリッジ山脈とシェナンドー・バレーがあることで、ジェファーソン郡は州内唯一の郡である。州内の標高最低地点は郡内のハーパーズ・フェリーの東、ポトマック川沿いにあり、ポトマック川はそこからメリーランド州内に流れている。