Минерос Гуаяна
В начале 2017 года Флорес присоединился к «Минерос Гуаяна». 4 февраля в матче против своего бывшего клуба «Депортиво Лара» он дебютировал за новую команду. В своём дебютном сезоне Франсиско во второй раз стал обладателем национального кубка. 14 августа 2019 года в поединке против «Депортиво Лара» Франсиско забил свой первый гол за «Минерос Гуаяна». В начале 2020 года в Флорес перешёл в колумбийский «Индепендьенте Медельин». 2 февраля в матче против «Атлетико Хуниор» он дебютировал в Кубке Мустанга.