カンザス大学
その後、ブラウンは2年ほどニュージャージー・ネッツのコーチを務めるが、1983年より1988年までカンザス大学のコーチに就任する。この頃からブラウンのコーチとしての手腕が注目されるようになり、NCAAのコーチ・オブ・ザ・イヤー（1988年）にも選出されるようになった。そして1988年のNCAAチャンピオンシップでカンザス大学を優勝に導いた。