크로아티아 독립 전쟁
2001년 4월 1일에는 유고슬라비아 당국으로부터 부패, 권력 남용, 횡령 혐의로 체포되었다. 조란 진지치 유고슬라비아 연방 총리는 네덜란드 헤이그에 위치한 구유고슬라비아 국제형사재판소에 밀로셰비치에 대한 신병 인도 절차를 수행했다. 밀로셰비치는 구유고슬라비아 국제형사재판소로부터 크로아티아 독립 전쟁, 보스니아 전쟁, 코소보 전쟁에서 인도에 반한 죄에 해당하는 전쟁 범죄를 자행한 혐의로 기소되었다.