جامعة غيسن
في عام 1874 أصبح روتنغن مُحاضر في جامعة ستراسبورغ، وفي عام 1875 أصبح استاذاً في أكاديمية الزراعة في هوهنهايم، فورتمبرغ. عاد مرة أخرى لجامعة ستراسبورغ أستاذاَ للفيزياء في عام 1876. وفي عام 1879 تم تعيينه لرئاسة قسم الفيزياء في جامعة غيسن. وفي عام 1888 تم تعيينه لرئاسة جامعة فورتسبورغ وفي عام 1900 تم تعيينه لرئاسة جامعة ميونيخ نتيجة طلب خاص من حكومة ولاية بافاريا. وكان لرونتغن عائلة في ولاية ايوا في الولايات المتحدة وقد قرر المهاجرة. وعلى الرغم من أنه قَبل موعد في جامعة كولومبيا في مدينة نيويورك وكان قد اشترى بالفعل تذاكر عبر المحيط الأطلسي، ولكن اندلاع الحرب العالمية غيّرت خططه وبقي في ميونيخ لبقية حياته.