ミディ運河
県にはその名称の由来となったガロンヌ川の源流が流れる。県の輪郭は川の流れる方向に従う。川はフランスのフォスに入り、サン＝ゴーダンス近郊のモントレジョーを通過し、トゥールーズの中心を通過して県から流れ出る。ガロンヌ川が県内を流れる全長は200kmを超える。県を東西にミディ運河とガロンヌ運河が流れる。オート＝ガロンヌは3つの異なる地方に分けられる。南部のモンタニューズ地方はピレネー山脈に含まれる。ペルディゲール峰（3222m）は、県最高峰である。県北部のプルミエール・プレーヌ地方は、その南東部をコマンジュと接している。ラ・グランド・プレーヌ・トゥールーザン地方は北に向かって伸びる。