イギリス領東アフリカ
ムスリム商人の活動が盛んになるにつれ、インド洋交易の拠点の一つとして栄えた。1331年には、イブン・バットゥータもこの街を訪れている。1498年のヴァスコ・ダ・ガマ以来、ポルトガルが進出し、現地勢力とポルトガルの抗争が続いた。18世紀半ばには、アラビア半島南部で勢力を伸ばしていたオマーンが、ポルトガル勢力をモンバサから駆逐した。18世紀後半、オマーン本土で内乱が起きると、土着化したオマーン人豪族マズルイ家がモンバサを支配下に収め独立したが、1828年、オマーンのスルタンサイイド・サイードの攻撃に屈し、再びオマーン領となった。19世紀後半になると、イギリスの支配下におかれ、イギリス領東アフリカの重要な外港となった。1896年よりウガンダに向かって鉄道敷設が始まり、1901年にはビクトリア湖付近のキスムまで、1931年にはカンパラにまで開通した。