宗教教育
また、当初見込まれていたキリスト教系学校の排除は、私立学校令と同時に公布された明治32年文部省訓令第12号（いわゆる「宗教教育禁止令」）を通じて行われた。同訓令では、各種学校を除く官公私立学校での宗教教育・活動が学科課程・課程外を問わず禁じられたが、宗教教育が継続不可能となったことでキリスト教系学校の多くは深刻な問題に直面した。それは、制限や干渉を受けながらも正規の中学校・高等女学校となるか、徴兵猶予や上級学校進学権といった特典を返上してでも宗教教育を続けるか、といった選択を迫られるものであった。従来の教育方針を掲げ、後者の道を選んだ青山学院の場合は、学校が特典を喪失した後に生徒の中退や転学が相次ぎ、一時期経営が窮地に立たされたという。