Army of Northern Virginia
1862年4月、ノーフォーク軍管区と半島軍管区が北バージニア軍管区に統合・拡大された。1862年春、ジョージ・マクレラン少将率いる北軍ポトマック軍の半島方面作戦が開始されると、ジョンストンはアメリカ連合国の首都であるバージニア州リッチモンド防衛のため、北バージニア軍を南方に移動させざるを得なくなった。ジョンストンは防衛戦術を取りながら北軍の侵攻を遅滞させたが、5月31日のセブンパインズの戦いで重傷を負った。