Annibale Carracci
16世紀終わりにペスト流行があり人口を7万2000人から5万9000人へ減らし、1630年には4万7000人だったが、市の繁栄は続いた。人口はのちに回復し、6万人から6万5000人で固定された。1564年、大学の所在地であるに沿ってネットゥーノ広場とバンキ広場が建設された。教皇領時代の支配は多くの教会やその他の宗教施設が建設され、古いものが修繕された。ボローニャには96箇所の修道院があり、これはどのイタリア他都市よりも多かった。この時代にボローニャで活躍した芸術家らは、アンニーバレ・カラッチ、ドメニキーノ、グエルチーノといったヨーロッパに高名をとどろかせた者らを含むボローニャ派を形成した。