東西線
至於與東京地下鐵東西線的相互直通運行方面，在東西線的列車會在中央線側的中野站，與三鷹站和總武線側的西船橋站與津田沼站進入JR區間。總武線側平日清晨與黃昏以外時段及假日，中央線側的中野站與三鷹站緩行線的清晨、深夜時間帶不會進行直通運行外，其餘時間大約有一半的列車會與東西線直通。東葉高速線的車輛會直接進入東西線，午間東西線的快速列車於中野站折返。本區間緩行線月台，若有東西線直通列車同時行駛，月台上的顯示版會以「總武線」標示經御茶之水站的列車，而東西線直通列車就會以「東西線」表示（開往東京之中央線各站停車部分為空白表示）。（ATOS）則以「總武線直通 各站停車…」、「地下鐵東西線直通 快速…」來標示運行路線名稱。