ホーリー・ロッホ
ブルー、ゴールド両班の乗組員による整調訓練および建造所による信頼性確認期間の後、トーマス・ジェファーソンは10月前半に第14潜水戦隊に配属された。1963年10月28日、ブルー班乗員が乗り組み最初の戦略抑止哨戒に出航、12月にスコットランドのホーリー・ロッホで巡航を完了した。続く4年間ホーリー・ロッホを拠点として哨戒を続け、第14潜水戦隊の旗艦任務も務めた。1966年には、コネチカット州ニューロンドンに帰還し2度の訓練と回復期間を経験する。1967年1月12日に15回目の抑止哨戒を開始し、哨戒を完了するとニューポート・ニューズ造船所に入渠、最初のオーバーホールと燃料交換を行った。1968年6月17日に出航準備を完了し、ゴールド、ブルー両班による回復訓練の後10月29日に16回の抑止哨戒を開始、1968年12月5日にスペインのロタで完了した。