Crocodylus acutus
Se diferencia del cocodrilo americano ("Crocodylus acutus"), su especie más afín desde un punto de vista genético, en que "C. intermedius" no presenta la elevación preorbital típica de "C. acutus", tiene el hocico más acentuado y estrecho, la sínfisis mandibular se extiende hasta el sexto diente, (en el "C. acutus" solo llega hasta el cuarto o el quinto) y en diferencias en el escamado.