미국 남동부
목화쥐는 버지니아 주 남동부와 플로리다 주, 텍사스 주, 켄터키 주를 거칠게 경계로 이루는 미국 남동부 지역에서 발견된다. 활엽수림과 습지, 앞이 트인 개활지 가장자리, 염분이 있는 사바나 지역과 모래 언덕 가장자리, 관목 지대, 바위가 많은 절벽과 암층이 포함되는 다양한 서식지에서 서식한다. 규칙적으로 침수가 되는 지형을 좋아하는 것으로 추정된다.