西班牙宗教裁判所
1494年6月，在托尔克马达健康恶化之时，他退休至阿维拉的圣托马斯修道院。教皇亚历山大六世派去四个助理检察官以维持西班牙宗教裁判所。1498年，托尔克马达葬于圣托马斯修道院。在1832年他的坟墓被人掘开，尸骨被盗走并焚毁。