شبيبة بجاية
شهد العقد الأول من القرن الحادي والعشرين تراجعًا في نتائج الفريق نتيجة لضعف الموارد المالية وزحف ظاهرة أندية الشركات والمؤسسات في الكرة المصرية والتي اثرت سلبًا على الأندية الشعبية التقليدية في مصر. فرغم أن المصري استهل هذا العقد بالحصول على المركز الثالث بالدوري بعد الزمالك والأهلي في موسم 2000/2001 إلا انه في المواسم التالية ارتضى المصري بمجرد التواجد في منتصف جدول ترتيب المسابقة. شارك المصري في عام 2002 في كأس الكونفدرالية الإفريقية للأندية بصفته صاحب المركز الثالث ببطولة الدوري ووصل الفريق للدور قبل النهائي للبطولة، حيث اصطدم بفريق شبيبة القبائل الجزائري والذي تأهل للمباراة النهائية بعد فوزه على المصري بهدفين نظيفين بالجزائر في مباراة العودة في الوقت الذي كانت مباراة الذهاب قد انتهت فيه بهدف نظيف سجله إبراهيم المصري. عاد بعدها المصري للظهور في البطولات الخارجية من خلال المشاركة في بطولة دوري أبطال العرب عام 2008 ولكن لم يبل الفريق بلاًء حسنًا حيث خرج من دور ال32 على يد نادي الطليعة السوري، كما لم تكن مشاركته موفقة في بطولة كأس شمال أفريقيا للأندية الفائزة بالكؤوس عام 2009 حيث فاز على فريق شبيبة بجاية الجزائري بهدف في بورسعيد قبل أن يلقى الخسارة في بجاية بهدفين نظيفين.