Валентиниан III
Только после смерти Феодосия в 395 году и окончательного разделения Империи на две части, префектура Иллирии оформилась окончательно, что и было зафиксировано в . С этого момента её столицей стали Фессалоники. Тем не менее, Западная империя, особенно при Стилихоне, продолжала претендовать на диоцезы Иллирии вплоть до 437 года, когда Валентиниан III признал суверенитет Восточной империи над этой префектурой.