Yersinia pestis
第三次鼠疫大流行期间，鼠疫桿菌于1894年由巴斯德研究所（Pasteur Institute）的法國醫生和細菌學家亞歷山大·耶爾辛在香港鼠疫大流行時所發現。耶爾辛是巴斯德的學生。北里柴三郎，一名日本細菌學家和科赫（Robert Koch）的學生，當時也正在從事尋找鼠疫病原體的研究。然而，耶爾辛先一步確定鼠疫和鼠疫桿菌的關係。這個細菌原被稱為鼠疫巴斯德氏桿菌（"Pasteurella pestis"），後來被重新命名為鼠疫耶爾辛氏桿菌（"Yersinia pestis"）。