Indy Eleven
Серхио Пенья начинал свою карьеру футболиста в гондурасском клубе «Реал Сосьедад» из своего родного города Токоа. В июле 2014 года он на правах аренды перешёл в «Инди Илевен», команду Североамериканской футбольной лиги. В феврале 2015 года Пенья заключил полноценный контракт с американским клубом, но с начала 2016 года вновь играет за гондурасский «Реал Сосьедад».