Piri Reis
على الرغم من ذلك، كان تعيين محمد باشا غير متوافق مع رغبات البحريين، إذ لم يكن محمد باشا قائداً بحرياً أبداً. والمعروف أن تعيينه هذا كان ورائه الصدر الأعظم رستم باشا الذي _وعلى الرغم من حٌسن علاقته ببربروس_ إلا أنه لم يكن يستريح للبحارة. كان جنود البحرية يريدون قائداً منهم ليعين عليهم إذ كانت الدولة تزخر بالكثير منهم أمثال طورغوت رايس، بيري ريس، صالح رايس، حسن باشا بن خير الدين بربروس، مراد رايس وغيرهم. لذا كانت معاملة البحارة لصقللي بها فتور. أثر ذلك في محمد باشا وظهر ذلك لاحقاً عليه، إذ أصبح ناقماً على البحارة ويتضح ذلك من تعيينه لاحقاً لقادة بريين على الأسطول العثماني وإبعاده القيادة عن البحريين.