Ориенте Петролеро
Сауседо начал профессиональную карьеру в клубе «Ориенте Петролеро». 6 мая 2010 года в матче против «Хорхе Вильстерманн» он дебютировал в чемпионате Боливии. 19 июля в поединке против «Сан-Хосе Оруро» Фернандо забил свой первый гол за «Ориенте Петролеро». В своём первом сезоне Сауседо стал чемпионом страны. 15 апреля 2011 года в матче Кубка Либертадорес против бразильского «Гремио» Фернандо забил гол. В начале 2015 года он перешёл в «Гуабиру», за которую отыграл полгода.