保加利亚第二帝国
从12世纪起，部分马其顿地区被的塞尔维亚王国征服。在13世纪，继第四次十字军东征后，拜占庭希腊人、萨洛尼卡王国（拉丁十字军建立的短命王国）和保加利亚第二帝国在马其顿的归属上有争议。马其顿南部的大部分处于伊庇鲁斯专制国保护下，后由尼西亚帝国接手；而北部则由保加利亚统治。但1261年后整个马其顿都划归拜占庭统治。直到1341年至1347年间，，塞尔维亚的统治者斯特凡·杜尚趁机扩扩张，并建立塞尔维亚帝国，领土包括全部马其顿地区，以及除了萨洛尼卡、雅典和伯罗奔尼撒以外的希腊的中、北部。杜尚于1355年去世，不久之后帝国分裂，统治马其顿的是和他的儿子。