Cold Spring Harbor, New York
1956年沃森到哈佛大學當助教，1961年獲升為教授。1962年，與克里克、魏爾金斯因為對DNA結構的研究而共同獲得諾貝爾生理醫學獎。1965年出版了劃時代的教科書《基因的分子生物學》（"Molecular Biology of the Gene"），1968年出版《雙螺旋》，同年開始兼任位於紐約長島的冷泉港實驗室（Cold Spring Harbor Laboratory）的總管，並將研究方向轉移到癌症。1976年辭去哈佛的職位，專注於冷泉港的職務。1988年，獲國立衛生研究院委任為人类基因组计划的助理主管，一年後成為人體基因組研究國家中心的首任主管，擔當此職直至1992年。1994年，成為冷泉港首任總裁。