Supreme Headquarters Allied Powers Europe
在欧特殊作戦軍司令官職には2006年6月に就任し、2008年3月までの2年近くにわたって同職を務めた。在任中は、NATO（北大西洋条約機構）連合軍の指揮に当たる欧州連合軍最高司令部に新設された特殊作戦部隊調整センター（NATO Special Operations Forces Coordination Centre）の初代センター長にも就任し、NATO軍の特殊作戦部隊の作戦能力や相互運用性の増強を図る役割を担った。この時の欧州連合軍最高司令官兼EUCOM司令官であった海兵隊大将は上官にあたるが、マクレイヴンは、ジョーンズが退役後にバラク・オバマ政権下で国家安全保障問題担当大統領補佐官を務めた折に、再び共に仕事をすることになる。