감독 대행
6월 13일 수원 FC전 4:3 승리를 통해 리그 2승을 거두며 연패를 끊어냄과 동시에 구단 통산 200승을 거두었다. 한편 6월 30일 It's Daejeon 축구대회 본경기를 앞두고 창단 20주년을 맞아 이벤트성 경기로 김은중, 이관우, 장철우 등의 대전 구단 레전드들을 대거 연합한 대전 시티즌 OB팀과 조영구, 방대한 등의 연예인들이 소속된 회오리 축구단과의 친선 경기를 가졌고, 대전 OB팀이 김은중의 해트트릭과 이관우의 멀티골을 앞세워 5:1로 승리하였다. 한편 대전은 여름이적시장에서 경남 FC로부터 대전 시티즌 출신 전상훈과 박주성을 영입함으로써 수비를 보강함과 동시에 대전의 2014년 K리그 챌린지 우승과 승격의 주역인 김찬희와 브라질 용병 브루노을 영입하면서 공격진을 보강하였고, 시즌 중반 합류한 네명의 새로운 선수들은 7월 3일 FC 안양과의 홈경기를 통해 처음 기용되었고, 모두 다 좋은 활약을 펼쳤으며, 특히 김찬희와 브루노가 나란히 한 골을 기록하며 2:0 승리를 거두었다. 8월 5일 수원 FC와의 홈경기에서 2:0 승리를 거두며 대략 3개월만에 리그 최하위에서 벗어났다. 하지만 곧바로 다시 리그 최하위로 추락하였으며, 8월 들어 경남과 성남과의 연이은 두경기 서 4골씩, 총 8골을 실점하는 등 다시 부진하기 시작하였고, 결국 8월 31일 이영익 감독이 성적 부진에 책임을 지고 사퇴하면서 김종현 코치가 감독 대행으로 잔여 시즌을 지휘하게 되었고, 9월 3일 부산 아이파크전을 통해 감독 대행으로서 첫 경기를 치렀으나 4:2로 패했다. 9월 10일 아산 무궁화와의 경기에서 대전은 전반에만 장준영이 부상당하고 박재우가 퇴장당하는 악재 속에 1:0으로 끌려갔지만, 후반 막판 김찬희와 황인범의 극장골로 2:1 극장승을 기록, 김종현 감독 대행 부임 후 첫승과 더불어 2017시즌 첫 원정승을 거두었으며,9월 16일 리그 1위 경남 FC와의 홈경기서 전반에 장원석이 퇴장당하고 한골을 허용하는 등 아산전과 똑같은 악조건 속에 전반을 끝냈으나, 후반들어 두골을 기록하고 특히 두번째골은 후반 추가시간에 기록하며 두경기 연속으로 퇴장으로 인한 수적 열세 속에 극장골로 2:1 역전승을 거두며 시즌 첫 연승을 거두었다. 9월 23일 수원 FC전 패배로 대전은 승강 플레이오프 진출이 좌절되며 2년 연속 K리그 클래식 승격에 실패하였다. 10월 10일 과거 대전 시티즌을 이끌고 2014시즌 K리그 챌린지 우승과 승격을 이끌었던 現 부산 아이파크 조진호 감독이 급성 심장마비로 별세하면서 많은 대전팬들에게 큰 충격을 주었으며, 같은 날 윤정섭 대표이사가 성적부진의 책임을 지고 대표이사직에서 사의를 표명하였다. 10월 22일 성남 FC전에서 1:1 무승부를 거두며 2017시즌 K리그 챌린지 최하위가 확정되며 과거 K리그 챌린지 우승 경험팀으로서의 자존심을 구겼다.