European Investment Bank
На выборах в Европейский парламент 2009 года Альварес занимала третью строку в списке ИСРП и вошла в его состав. В Европейском парламенте Альварес входила в комитет по транспорту и туризму, а также работала во временном комитете по преодолению финансового, экономического и социального кризиса. В июле 2010 года Альварес сложила полномочия европейского парламентария, получив назначение в Европейский инвестиционный банк. В Европейском инвестиционном банке Альварес прослужила до 2014 года и была вынуждена сложить полномочия в связи с обвинениями в коррупции по делу о пенсионных субсидиях в Андалусии на посту министра развития Испании. По приговору Верховного суда Испании, оглашённому 19 ноября 2019 года, Магдалена Альварес была признана виновной в злоупотреблениях служебным положением на посту министра экономики Андалусии в 1994—2004 годах и лишена права занимать должности на государственной службе сроком на 9 лет.