生化危機系列
其後由於卡普空業積持續下滑，加上GameCube的主機銷量以及「生化危機0」遊戲銷量未如理想，當時卡普空要求三上真司放棄生化危機系列只支持GameCube平臺但受三上真司反對。2004年11月1日（《生化危機4》GameCube版本發售前約兩個半月），卡普空在未得到三上真司的同意下，宣佈將會移植《生化危機4》至PlayStation 2平臺上，破壞了跟任天堂的共識，同時決定三上真司不會擔任移植版本的遊戲監督職位，改由松下邦臣負責，並且由稻船敬二擔任執行製作人，自此三上真司不再負責《惡靈古堡》系列的開發。