تطهير عرقي
بعد الغزو، أخذ تنظيم القاعدة بوضع أقدامه في البلاد. وفي صباح يوم الأربعاء 22 فبراير 2006 قام ارهابيون باقتحام مرقدي الإمامين العسكريين، مما ادى إلى انهيار القبة الخاصة بالضريح التي تعتبر واحدة من أكبر قباب العالم الإسلامي ، وبعدها حدثت أعمال عنف طائفية أدت إلى عمليات تطهير عرقي متبادل (سني – شيعي) في العراق، وكانت هناك العديد من الهجمات على الأقليات العرقية مثل اليزيديين والمندائيين والآشوريين وغيرهم.