ペリービルの戦い
1862年の秋、南軍の将軍ブラクストン・ブラッグがケンタッキー州に侵入し、ビューエルはブラッグ軍を追求してルイビルとオハイオ川を守ることを強いられた。ビューエル軍の1個軍団が1862年10月8日のペリービルの戦いでブラッグの攻撃を受けたが、このときビューエルは戦場の数マイル後方におり、その日遅くまで戦闘が起こっていることに気付かず、敵の小さな軍隊を破るために全軍を効果的に投入しなかった。ペリービルの戦いは戦術的に引き分けたが、これで南軍のケンタッキー侵入を止め、テネシー州への撤退を強いることになった。ビューエルは撤退するブラッグ軍の追撃に失敗し、10月24日に指揮官を解任され、ウィリアム・ローズクランズ少将が後任となった。ビューエルはその後の1年半インディアナポリスの軍事刑務所で過ごし、軍事任務を与えられれば責任の追及から逃れられると期待していた。ブラッグ軍を追撃しなかったのは物資が不足していたためだと主張した。免罪の機会は訪れず、1864年5月23日には退役した。グラントの特別の推薦で指揮官職の提案があったが、シャーマンあるいはエドワード・キャンビーの下で働くのはビューエルの方が2人よりも上官だったので体面を傷つけると言って辞退した。グラントはその自叙伝でこのことを「任務を辞退する時の軍人にとって最悪の言い訳」と言った。