グラム染色
特に、動植物においては最も重要な構造的解剖学的性質の決定が微生物では困難なために（個性を見出すことが困難なために）、3つの機能的属性に依存して分類が行われる。グラム染色法はその細胞外マトリクスへの取り込み機構は明らかになっていないが、明らかにグラム染色以下の形質を反映するために現在でも有用なツールのひとつである。古細菌概念提唱前はこの点で混乱を招いたことがあったが、現在ではほぼ解決されている。