الحرب الأهلية السودانية الثانية
في أعقاب الحرب الأهلية السودانية الأولى (1955-1972) قام الراهب هوبير باربييه من الآباء البيض، ببناء مركز طبي في واو بدعم من رجال الدين المحليين. وكان الهدف من المركز هو المساعدة في إعادة بناء المنطقة، وتحسين البنية التحتية الطبية وتمكين تدريب الممرضات والأطباء. نمت الاضطهادات الموجهه ضد المسيحيين خصوصًا بعد عام 1985، حيث تم قتل القساوسة وقادة الكنيسة، وتدمير القرى المسيحية، وكذلك الكنائس والمستشفيات والمدارس المسيحية، وتم تفجير عدد من الكنائس خلا قداديس يوم الأحد. على الرغم من الاضطهادات، زادت أعداد المسيحيين السودانيين من 1.6 مليون نسمة في عام 1980 إلى 11 مليونًا في عام 2010. أثناء الحرب الأهلية السودانية الثانية حصلت أشكال من العبودية. تشير التقديرات إلى اختطاف حوالي 14,000 إلى 200,000 شخص من النساء والأطفال من عرقية الدينكا. جعلت الحرب الأهلية السودانية الثانية (1983-2005) البنية التحتية غير صالحة للإستخدام؛ ومع ذلك فقد أعيد فتح المركز الطبي الكاثوليكي في فبراير من عام 2010 تحت اسم معهد التدريب الصحي الكاثوليكي. خلال الحرب الأهلية السودانية الثانية حاول مجلس كنائس السودان الجديد، وهو منظمة مسكونية، لجمع الرؤساء للحديث عن السلام. وفي عام 2000 أسس الأسقف باريد تابان قرية كورون للسلام. وشارك المسؤولون الكاثوليك أيضاً في محاولات أخرى للسلام خلال هذه الفترة.