アルバ・ユリア
1541年、クルジュはトランシルヴァニア公国の一部となった。公国の首府はアルバ・ユリアにおかれたが、クルジュはトランシルヴァニア公国の文化と宗教の中心となった。1581年、ステファン・バートリがイエズス会の学校をクルジュに建てた。1545年から1570年の間、多くのザクセン人がユニテリアンの信仰のために街を離れたが、オスマン帝国とハンガリー王国の戦争で、さらにザクセン人などドイツ系住民の人口は減少することになった。かわってハンガリー人の人口が増え、クルジュはハンガリー人の貴族と知識階級の活動の中心都市となった。