Deportivo Táchira
В начале 2013 года Флорес перешёл в «Депортиво Тачира». 3 февраля в матче против «Монагас» он дебютировал за новую команду. 5 мая в поединке против своего бывшего клуба «Депортиво Лара» Франсиско забил свой первый гол за «Депортиво Тачира». В 2015 году он стал чемпионом страны в составе клуба.