Ghent Altarpiece
De vuelta en los Países Bajos, Coxcie ingresó en la Guilda (gremio) de San Lucas de Malinas en 1539. Poco después se mudó a Bruselas, en cuyo gremio ingresó (1542). Es mencionado en 1546 como pintor de María de Hungría, tía de Felipe II, ocupando la vacante del difunto Van Orley. Produjo obras para el castillo de Binche, y realizó para Felipe II una gran copia del "Políptico de Gante" de Jan van Eyck, cuando el rey se convenció de que no podría adquirir el original. También replicó Coxcie "El descendimiento de la cruz" de Rogier van der Weyden; cuando el original ingresó en el Museo del Prado, la copia de Coxcie lo reemplazó en el monasterio de El Escorial.