アラフラ海
6ヵ月後オーストラリア沿岸の調査のためにジョン・クレメンツ・ウィッカム船長の指揮の下出港した。最初は西部のスワン川とフィッツロイ川の間から調査が開始され、それからバス海峡の両岸を調査した。1839年5月にはティモール島対岸のアラフラ海沿岸の調査を行った。ウィッカムはビーグル湾とポートダーウィンを命名した。ウィッカムが病気になったため1841年3月にジョン・ロート・ストークスが指揮を引き継ぎ調査を続行した。3度目の航海は1843年に終了した。