ヒストン脱アセチル化酵素
実際に、Usmanova et al. 2008 は SINE がクロマチンの再構成および構造において直接のシグナルとして働くことを示唆している。この論文では、マウスおよびヒト染色体における SINE のグローバル分布を調査すると、その分布が遺伝子およびの分布と非常に類似していることが述べられている。SINE の分布は他のノンコーディング遺伝因子tioの分布よりも顕著に遺伝子の分布と類似しており、LINE の分布とも大きく異なる。このことは、SINE の分布が LINE により媒介されるレトロトランスポジションによる単なる偶然ではなく、遺伝子調節に一定の役割を果たすことを示唆している。さらに、SINE は ポリコームタンパク質に対応するモチーフを持つことが多い 。YY1 は、発達やシグナリングに関わる様々な遺伝子の転写抑制因子として働くジンクフィンガータンパク質である。YY1 ポリコームタンパク質はヒストン脱アセチル化酵素およびヒストンの活性に影響すると考えられており、これによりクロマチン再構成が促され、しばしばヘテロクロマチン（遺伝子沈黙状態）の形成へとつながるとされる。したがって、クロマチン再構成を通じたポリコーム依存遺伝子群沈黙化において SINE が「シグナルブースター」として機能することが示唆される。弛緩しており転写機構が接触しやすいユークロマチンと緊密で転写機構が一般に接触できないヘテロクロマチンとの間の違いをもたらすのは様々な種類の相互作用の累積的な結果であるが、SINE はこの過程における一定の進化的役割を果したと考えられる。