Cupa Moldovei
Din anul 1991 clubul poartă denumirea actuală. FC Zimbru și-a păstrat renumele celei mai puternice echipe moldovenești și în campionatul statului independent Republica Moldova, până în anii 2000. În 1992 Zimbru a câștigat ediția inaugurală a campionatului Moldovei. Zimbru este singura echipă care a participat la toate edițiile Diviziei Naționale, de la fondarea ei în 1992 până în prezent. În acest răstimp clubul a devenit de 8 ori campion al Moldovei, câștigând primele cinci sezoane consecutive și opt din primele nouă sezoane ale campionatului Moldovei. De asemenea Zimbru a mai cucerit de 6 ori Cupa Moldovei, de două ori în anii 1990, de trei ori în anii 2000 și ultima dată în 2014. De la câștigarea Cupei Moldovei 2006–07 până la Cupei Moldovei 2013–14, echipa a trecut printr-o ”secetă de 7 ani” în care nu mai câștigase nici un trofeu, aceasta fiind cea mai ”neagră perioadă” a clubului de după Independență încoace, echipa nereușind să urce mai sus de poziția a treia în clasamentul Divizie Naționale.