Maximilian I
그러나 1621년, 팔츠 선제후 프리드리히 5세가 신성 로마 제국 황제 페르디난트 2세에 대항하여 30년 전쟁에서 반란을 일으켰다가 실패한다. 이에 따라 프리드리히 5세는 선제후 지위를 빼앗기고, 대신 같은 비텔스바흐 왕가인 바이에른 공작 막시밀리안 1세가 1623년 선제후의 지위를 넘겨받았다. 이로써 바이에른 공국은 바이에른 선제후국으로 격상된다. 1628년에는 프리드리히 5세의 영토였던 오버팔츠마저 바이에른에 합병된다. 나중에 베스트팔렌 조약에 따라 프리드리히 5세의 아들이 새로운 선제후 지위를 신설하여 선제후 자리에 오르지만, 막시밀리안 1세의 후손들은 프리드리히 5세로부터 빼앗은 선제후 지위를 계속 유지하였다. 1777년에 막시밀리안 1세 계통의 피가 끊기면서 프리드리히 5세 계통 분파와 막시밀리안 1세 계통의 분파가 하나로 합쳐진다. 이 같은 동군연합은 신성 로마 제국이 해체될 때까지 계속되었다. 나폴레옹 전쟁에서 프랑스 편으로 참전하여, 1805년 프레스부르크 조약 이후 당시 바이에른 선제후였던 막시밀리안 1세 요제프는 스스로 바이에른 국왕이라 칭하였다. 신성 로마 제국이 이듬해인 1806년에 해체되면서 바이에른 선제후국은 바이에른 왕국이 되었다.