Viceroyalty of Peru
征服後、現在のエクアドルに相当する地域はペルー副王領の一部に編入され、スペイン人による植民地支配が始まった。キトはペルー副王領の統治下に置かれ、副王領の首都はペルーのリマに置かれた。1563年にはキトにアウディエンシア（聴聞庁）が設置された。ペルー副王領の行政組織は第五代副王フランシスコ・デ・トレド(任:1569-1581)によって整備された。征服以降インディオと呼ばれるようになった先住民はレドゥクシオンに強制集住させられ、またミタ制のような先住民強制労働制度の整備に従って、アルト・ペルーのポトシ鉱山にて酷使させられ、重労働と疫病により先住民人口は激減した。植民地時代が下るとメスティーソ（スペイン人と先住民の混血者）が増加し、また、アフリカから黒人奴隷（アフリカ系エクアドル人）も連行され、植民地時代中にスペイン人を頂点とするピラミッド型の人種主義社会が築き上げられた。およそ300年のスペインの植民地支配の間に、土着の人々はスペインの国教だったキリスト教カトリック教会に改宗した。