ホーボーケン駅
ワールド・トレード・センター駅はアメリカ同時多発テロ事件で倒壊したツインタワーの下にあったため破壊されエクスチェンジ・プレイス駅も閉鎖されたため、この区間の営業は変更を余儀なくされた。平日はニューアーク・ペン駅 - 33丁目駅間の運行となり、週末はニューアーク・ペン駅 - ホーボーケン駅間で運行された。深夜帯にはニューアーク・ペン駅 - 33丁目駅間をホーボーケン駅経由で運行されたが、この時期に深夜帯に運行していたパストレインの路線はこの区間のみであった。2003年6月29日にエクスチェンジ・プレイス駅が営業を再開すると、ニューアーク・ペン駅 - エクスチェンジ・プレイス駅間で終日営業が行われるようになった。同年11月23日にはワールド・トレード・センター仮駅が開業し、ワールド・トレード・センターまでの運行が再開された。