加拿大海洋省份
飓风胡安的最高强度保持了超过24小时。向西北方向移动了较长一段时间后，风暴转向加速北上。9月28日，飓风的风眼清晰程度有所降低，飓风强度也有小幅下降。由于前进速度较快，因此胡安经过的海域虽然水温明显下降，但风暴并未大幅减弱，到了9月29日在沙德湾和普罗斯佩克特之间登陆时，其风速仍然达到了每小时160公里。登陆后胡安继续快速穿越南部加拿大海洋省份，并在这一过程中迅速减弱，虽然穿越新斯科舍半岛过程中还有飓风强度，但到了9月29日清晨进入爱德华王子岛上空时就已降级成热带风暴。当天下午，风暴在圣罗伦斯湾西北上空由一片大型温带低气压吸收。