West Timor
Los asesinatos en masa continuaron sin cesar a medida que las fuerzas indonesias avanzaban en las regiones montañosas de Timor Oriental controladas por Fretilin. Una guía timorense para un alto oficial indonesio le dijo al excónsul australiano al portugués Timor James Dunn que durante los primeros meses de la lucha de las tropas del TNI «mataron a la mayoría de los timorenses que encontraron». En febrero de 1976, después de capturar la aldea de Aileu, al sur de Dili, y expulsar a las fuerzas de Fretilin restantes, las tropas indonesias mataron a tiros a la mayoría de la población de la ciudad, supuestamente disparando a todos los mayores de tres años. Los niños pequeños que se salvaron fueron devueltos a Dili en camiones. En el momento en que Aileu cayó ante las fuerzas indonesias, la población era de alrededor de 5,000; cuando los socorristas indonesios visitaron la aldea en septiembre de 1976, únicamente quedaban 1.000. En junio de 1976, las tropas del TNI gravemente golpeadas por un ataque de Fretilin exigieron represalias contra un gran campo de refugiados que albergaba a 5-6,000 timorenses en Lamaknan, cerca de la frontera de Timor Occidental. Después de incendiar varias casas, los soldados indonesios masacraron a 2.000 hombres, mujeres y niños.