Seeprovinzen
Ganong veröffentlichte mehrere Lehrbücher zur Botanik und ihrer Didaktik. Er verbrachte seine Sommer meistens mit Kanutouren durch seine Heimat New Brunswick, wo er Karten der Wasserwege zeichnete und Geschichten der Mi’kmaq- und Maliseet-Indianer aufzeichnete, deren Sprachen er auch (in Grundzügen) erlernte. Ganong studierte die (indianischen) Ortsnamen (Toponyme) in New Brunswick und den anderen beiden Seeprovinzen Nova Scotia und Prince Edward Island und veröffentlichte mehrere wegweisende Aufsätze und Monographien dazu. Ganong gab der höchsten Erhebung der Seeprovinzen, dem Mount Carleton, seinen Namen. Er machte sich auch um die Wiedereröffnung des New Brunswick Museum in Saint John verdient, dem er seine Aufzeichnungen vermachte.