FC Akzhayik
Anfang 2009 wechselte er dann zum FK Atyrau, mit dem noch in derselben Saison der Pokalgewinn gefeiert werden konnte und Atyrau somit für die UEFA Europa League qualifiziert war. Seinen ersten internationalen Einsatz für Atyrau hatte Kostrub am 15. Juli 2010 gegen Győri ETO FC (0:2) aus Ungarn. Zu Saisonbeginn 2011 wurde er wieder von seinem Jugendverein Qairat Almaty unter Vertrag genommen, für den er 27 Spiele absolvierte und dabei ein Tor erzielte. Zur Saison 2012 wurde Kostrub vom Neuaufsteiger Aqschajyq Oral verpflichtet, für den er in dieser Spielzeit auf 25 Einsätze kam und mit Tabellenplatz acht auch der Klassenerhalt in der Premjer-Liga gesichert werden konnte. In der folgenden Saison stand er für Oral 31-mal auf dem Spielfeld und konnte dabei drei Tore erzielen. Nachdem Aqschajyq Oral als Tabellenletzter wieder in die Erste Liga absteigen musste, wechselte er wieder nach Atyrau. Am 22. Februar 2015 erhielt Jewgeni Kostrub einen Vertrag bis zum Jahresende bei Schachtjor Qaraghandy.