Región del Maule
En 2018 fue designado como seremi de Desarrollo Social de la Región del Maule hasta ser nombrado Intendente de la región del Maule. El presidente de Chile Sebastián Piñera designó a Juan Eduardo Prieto como Intendente de la Región del Maule en junio de 2020. El cargo había quedado vacante tras la renuncia de Pablo Milad.