秋田新幹線
1997年（平成9年）3月22日開通的秋田新幹線，正式使用基本番台的E3系電車。到了1999年（平成11年），山形新幹線伸延至新-{庄}-，E3系1000番台亦於山形新幹線開始運行；而在2008年至2009年的時候則製造了E3系2000番台，以代替先前行駛的400系電車編組，所以E3系電車總共有三種編組。