奥羽本線
単式ホーム1面1線を有する地上駅である。待合室兼用の簡素な駅舎がある。奥羽本線の線路が並行（単線並列）しているが、奥羽本線に南新庄駅は存在しないため、奥羽本線側にはホームは設置されていない。新庄駅管理の無人駅。