Red River Campaign
フランクリンはメキシコ湾方面軍の軍団長に転任となり、1864年の不運だったレッド川方面作戦に第19軍団を率いて参戦した。ルイジアナ州のマンスフィールドの戦いでは足を負傷した。その負傷で戦場から退いてくる途中の1864年7月、ワシントンD.C.近くの列車の中で南軍のゲリラ、ハリー・ギルモア少佐に捕まったが、翌日逃げ出した。フランクリンの軍歴の残りは傷による障害で制限され、一連の政治的また指揮の不運で損なわれた。ウェストポイントでの同級で、友人かつ後の大統領となったユリシーズ・グラントの支援があったとしても、もはや上級指揮官を務めることはできなかった。