行政院
被災地の復興事業を推進するため、行政院は特別条例第4条の規定に基づき、行政院モーラコット台風復興推進委員会を設置した。この委員会では復興事業の調整、審査、政策決定、推進および監督を行うこととされた。行政院は、被害を受けた地域の大半が中南部に集中していたことから、委員会の事務局を高雄市の行政院南部連合服務中心に置いた。委員会の正副召集人は行政院長および副院長が兼任し、併せて設けられた執行長および副執行長が、復興に係る各業務を行った。