Комитет общественного спасения
В разгар революционного террора, 2 марта 1794 года Комитет общественного спасения выдал приказ об аресте Богарне. Он был заключён в (бывший в Париже). 21 апреля была арестована и заключена в ту же тюрьму и его жена Жозефина. По ложному обвинению в измене и содействии капитуляции Майнца приговорён Революционным трибуналом к смертной казни. 23 июля, всего за четыре дня до Термидорианского переворота, гильотинирован на площади Революции в Париже.