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Il découvre ensuite rapidement la Ligue 2 puisque Viorel Moldovan en fait un titulaire sur les six premières journées de la saison 2016-2017 avant que Kenji-Van Boto se blesse. Après le limogeage de Viorel Moldovan, Kenji-Van Boto continue de jouer puisqu'il participe à 18 rencontres de Ligue 2 lors de la saison 2016-2017. Il inscrit également son premier but cette saison là contre l'AS Saint-Étienne (L1) en de finale de Coupe de France.