Ptolemy VI Philometor
في البداية، استمرت الحكم المشترك للأخوين وكليوباترا الثانية ، التي أقيمت خلال الحرب. لكن الفشل التام للقوات المصرية في الحرب السورية السادسة ترك هيبة الملكية البطلمية تضاءل بشكل خطير وتسبب في خلاف دائم بين بطليموس السادس وبطليموس الثامن. وفي عام 165 قبل الميلاد، حاول ديونيسيوس بيتوسارابيس، وهو كاتب بارز يبدو أنه من أصل مصري، الاستفادة من الصراع بين الإخوة من أجل السيطرة على الحكومة. وأخبر أهل الإسكندرية أن بطليموس السادس حاول حمله على اغتيال بطليموس الثامن وحاول حشد غوغاء لدعمه. تمكن بطليموس السادس من إقناع بطليموس الثامن بأن الاتهامات كانت غير صحيحة وظهر الأخوان معًا في الملعب علانية، ونزع فتيل الأزمة. فر ديونيسيوس من المدينة وأقنع بعض الوحدات العسكرية بالتمرد. ووقع قتال عنيف في الفيوم خلال العام التالي عام 164 قبل الميلاد.هذا وثورة أخرى وتسرعة الأحدث في سلسلة من التمردات التي حاولت الإطاحة بالبطالمة وإعادة تأسيس الحكم المصري الأصلي. نجح بطليموس السادس في قمع التمرد بعد حصار مرير في بانوبوليس. وفي وقت متأخر من عام 164 قبل الميلاد ربما لم يمض وقت طويل بعد عودة بطليموس السادس من الجنوب، بطليموس الثامن، الذي كان يبلغ من العمر الآن حوالي عشرين عامًا، طرد بطليموس السادس وكليوباترا الثانية بطريقة ما من السلطة. هرب بطليموس السادس إلى روما ثم قبرص. لكن المسار الدقيق للأحداث غير معروف، لكن ديودوروس سيكولوس أفاد بأن المحرض على الطرد كان يدعى تيموثيوس، الذي أصبح بعد ذلك الوزير المسيطر. لبطليموس الثامن يفترض انه يحمل لقب (`` المحسّن ") ، الذي استدعى سلفه بطليموس الثالث وميزه عن بطليموس السادس وكليوباترا الثانية اللذان يحملان لقب فيلوميتور. يقال أن بطليموس الثامن تصرف بطريقة استبدادية، واستخدم وزيره تيموثيوس للتعذيب والإعدام التعسفي للقضاء على أعدائه. في صيف 163 قبل الميلاد، قام أهل الإسكندرية بأعمال شغب ضد بطليموس الثامن وطردوه بدوره واستدعاء بطليموس السادس.