二級結構
生物信息學的其中一種應用是使用預測的RNA二級結構來搜尋用作RNA功能形式而非編碼的基因組。舉例來說，小分子RNA有著由小內環中斷的長莖環結構。計算可能的RNA二級結構可以用動態規劃方法，但是它不能偵測出偽結或是其他鹼基對沒有全面網羅的情況較通用的方法有隨機上下文無關語法。Mfold是一個使用動態規劃的網站。