Реал Картахена
Пардо начал профессиональную карьеру в клубе «Атлетико Уила». В 2008 году он был включён в заявку основной команды и дебютировал в Кубке Мустанга. 2 февраля в поединке против «Онсе Кальдас» Фелипе забил свой первый гол за «Атлетико Уила». В начале 2009 года он перешёл в «Депортиво Кали». 8 февраля в матче против «Энвигадо» Пардо дебютировал за новую команду. 15 февраля в поединке против «Индепендьенте Медельин» он забил свой первый гол за «Депортиво Кали». Летом того же года Пардо перешёл в «Индепендьенте Медельин». 26 июля в матче против «Реал Картахена» он дебютировал за новую команду. 30 ноября в поединке против «Реал Картахена» Фелипе сделал хет-трик, забив свои первые голы за «Медельин». В этом же сезоне Фелипе стал чемпионом Колумбии. 12 февраля 2010 года в матче Кубка Либертадорес против парагвайского «Серро Портеньо» он забил гол. В 2012 году Пардо помог клубу завоевать серебряные медали.