バターン死の行進
バターン半島の陥落後、1942年8月に参謀本部附となり、内地へ戻る。「日本ニュース」第115号にて、「本間将軍帰還」の肉声・映像が残っている。同月、予備役に編入され、以後は軍務に就くことなく、フィリピン協会理事長を務めて終戦を迎えた。予備役編入の理由は、バターン攻略の不手際をとがめられたものとされる。終戦後、「バターン死の行進の関係者が処罰されるのでは」という話を陸軍が聞きつけ、「先手を打って処罰すれば刑が軽くなるのではないか」（いわゆる『一事不再理』の発想）と考え、本間の陸軍中将としての礼遇を停止した。しかし、結局マニラ戦犯裁判で、バターン死の行進の責任者（戦犯）として召喚された。本間は前述のとおり人道主義者であり、バターン死の行進での捕虜への非人道行為は本間の責任ではなく、部下の責任であった。しかし、結果的に責任をとることとなり、有罪判決が下り、本間は死刑と決まった。この訴状はこの裁判のために作った事後法の「指揮者責任」だった。有罪判決が下ると本間の弁護団はアメリカ連邦最高裁判所に人身保護令を求めたが、6対2の判決で再審が却下された。