Palazzo Vecchio
1565年12月18日、フィレンツェでフランチェスコと結婚。フランチェスコは彼女を「青白くやせっぽちで魅力に乏しい」と見放し、ジョヴァンナはひどいホームシックに陥った。結婚生活は不幸で、彼女は夫に見向きもされず、トスカーナを自分の国と考えることができなかった。しかし、義父コジモ1世は彼女に優しく、ヴェッキオ宮殿の庭を彼女のために美しく飾り立てた。