Tribunal Penal Militar Internacional para el Lejano Oriente
Fue ascendido a Almirante de la Flota en 1943. Dos años después, tras la derrota de Japón, Nagano fue detenido por los estadounidenses y acusado de crímenes de guerra por el Tribunal Penal Militar Internacional para el Lejano Oriente y murió en prisión por un ataque al corazón debido a la neumonía que padecía desde su encarcelamiento en la prisión de Sugamo.