Clube Náutico Capibaribe
Бонатини — воспитанник клуба «Крузейро». В 2012 году его взял в аренду с опцией выкупа итальянский «Ювентус». Бонатини выступал за юношеский состав туринцев и принял участие в нескольких турнирах, но окончании срока клуб вернул его обратно. В 2013 году для получения игровой практики Лео на правах аренды перешёл в «Гояс». 27 октября в матче против «Наутико Ресифи» он дебютировал в бразильской Серии B. 5 февраля 2014 года в поединке Лиги Гояно против «Анаполины» Бонатини забил свой первый гол за «Гояс».