마이크로소프트 윈도
스턱스넷은 외부 PLC를 재프로그램할 수 있는 능력이 있어, 제거를 더 어렵게 만들 수 있다. 시만텍의 Liam O'Murchu는 마이크로소프트 윈도 시스템을 고치는 것만으로는 문제가 완전히 해결되지 않을 것이라고 경고했다. 스턱스넷의 제거 과정에서 실수를 일으키면 시스템에 해를 끼칠 것으로 예상되었으나, 지멘스는 발견 후 4개월 동안 22명의 고객의 시스템에서 스턱스넷이 성공적으로 제거되었다고 보고했다.