Sporting Cristal
Лопес — воспитанник клуба «Универсидад Сан-Мартин». 14 августа 2016 года в матче против «Спорт Уанкайо» он дебютировал в перуанской Примере. Летом 2017 года Маркос перешёл в «Спортинг Кристал». 25 февраля 2018 году в матче против «Комерсиантес Унидос» он дебютировал за новую команду. В поединке против «Депортиво Мунисипаль» Лопес забил свой первый гол за «Спортинг Кристал».