Secondary structure
蛋白質及RNA二級結構都可以用在協助多重序列比對。這種比對在加入有關的二級結構資料後，可以變得更為準確。但有時對RNA卻不太有用，這是由於RNA鹼基對比序列更受到高度保存。一些不能比對一級結構的蛋白質，二級結構有時亦可以找出它們之間的關係來。