Pope Pius VII
بعد ذلك بعامين، تعرضت الولايات البابوية ككل لغزو القوات الفرنسية، التي أعلنتها جمهورية رومانية. توفي البابا بيوس السادس في المنفى في فرنسا عام 1799. تمت استعادة الدولة البابوية في يونيو 1800 وعاد إليها البابا بيوس السابع، ولكن الفرنسيين غزوها مرة أخرى في 1808، وهذه المرة ضم ما تبقى من دولة الكنيسة إلى فرنسا، لتشكل إقليمي التيبر وتراسامين.