Cairo University
1919年、フセインは妻スザンヌを連れてエジプトへ戻り、カイロ大学の歴史学の教授になった。彼は芸術学部でアラビア文学の教授にもなったほか、エジプトの高等教育の充実や近代化に向けた評論活動にも奔走する。1926年にはカイロ大学文学部にアフマド・アミーンを教授として推薦している。1931年に後述の事件でカイロ大学を解雇された後はカイロ・アメリカ大学に着任し、1942年には教育大臣の顧問になり、アレクサンドリア大学開学時には初代総長にもなった。