Gran Cuenca
El género está estrechamente relacionado con "Protohippus" y "Callippus". En la Formación Barstow, las dos especies de "Scaphohippus" ocurren con solo otro caballo hipsodonte, "Acritohippus stylodontus". "Scaphohippus" aparentemente se desarrolló en las Grandes Llanuras a finales del Hemingfordiano, hace unos 17 a 16 millones de años e invadió la Gran Cuenca hace unos 15 millones de años. Las Grandes Llanuras y la Gran Cuenca quedaron aisladas por barreras tectónicas y "Scaphohippus" se extinguió en las Grandes Llanuras, pero sobrevivió en la Gran Cuenca, hasta que las barreras desaparecieron hace unos 13 millones de años y "Scaphohippus" también se extinguió en la Gran Cuenca.