الحرب الشيشانية الأولى
في عام 1991، تمت ترقية ليتفينينكو إلى هيئة الأركان المركزية للدائرة الفيدرالية لمكافحة التجسس، وتخصص في أنشطة مكافحة الإرهاب وتسلل الجريمة المنظمة. حصل على لقب "MUR المخضرم" للعمليات التي أجريت مع دائرة التحقيقات الجنائية في موسكو. وشهد ليتفينينكو أيضًا الخدمة العسكرية النشطة في العديد مما يسمى "النقاط الساخنة" في الاتحاد السوفيتي السابق وروسيا. خلال الحرب الشيشانية الأولى، زرع ليتفينينكو العديد من عملاء FSB في الشيشان. على الرغم من أنه كان يطلق عليه غالبًا "جاسوسًا روسيًا" من قبل الصحافة الغربية، إلا أنه طوال حياته المهنية لم يكن "عميلًا للمخابرات" ولم يتعامل مع الأسرار بخلاف المعلومات المتعلقة بالعمليات ضد الجماعات الإجرامية المنظمة.