独立協会
1897年8月28日、独立協会の第2代会長に選出された。徐載弼・李承晩・李商在などと共に独立協会を率いて、討論会の開催や講演活動を続けている。10月28日には万民合同会会長に選出され、1898年3月に行われた万民共同会では、ロシアの軍事教官や財政顧問の撤収を求める反露運動を展開した。皇国協会側は「尹致昊大統領説」、「朴泳孝大統領説」等を流して独立協会を苦境に追い詰め、政府に圧力をかけた。開化派がクーデターを起こして共和国を構成して尹致昊自身は大統領ないしは副大統領になるというデマが市中に流布され、苦境に立たされた。そして、独立協会の廃止と献議6条に署名した大臣らを罷免した官報を見て、高宗と政府、日露両国を非難した。