Recopa Sudamericana
Летом 2001 года Нестор перешёл в «Олимпию». В 2002 году он стал обладателем Кубка Либертадорес, являясь основным футболистом команды, что является наивысшим достижением в его карьере. В следующем году Исаси выиграл также Рекопа Южной Америки. В 2004 году Нестор перешёл в Серро Портеньо, с которым выиграл свой первый чемпионат. В 2005 году он покинул клуб и после этого без особого успеха выступал за «Насьональ», чилийский «Депортес Антофагаста» и возвращался в «Олимпию». В 2009 году он закончил карьеру в перуанской «Альянса Лима».