الحرب الأهلية السودانية الثانية
اعتمد علم جنوب السودان عقب توقيع اتفاق السلام الشامل الذي أنهى الحرب الأهلية السودانية الثانية. قد كان علم الحركة الشعبية لتحرير السودان. علم جنوب السودان أقدم من الدولة نفسها، حيث تم تبني العلم في عام 2005، بينما استقلت الدولة في عام 2011.