سيراكيوز، نيويورك
في تمام الساعة 08:13، استجاب طيارو الرحلة 11 لتعليمات بالاستدارة عشرين درجة نحو اليمين صادرة من مركز بوسطن. بعد عدة ثواني، أمر مركز بوسطن الطيارين بزيادة الارتفاع، ولم يكن هنالك استجابة. ذهبت عدة محاولات للتواصل مع الرحلة دون إجابة، وعندما أصبح واضحًا أنّ الرحلة بدأت تخلق خطر جويًا، بدأ المراقبون الجويون بإعادة توجيه الطائرات القادمة لمسافات كافية بعيدًا عن خط طيران الرحلة 11. قال المراقب الجوي في مركز بوسطن توم روبرتس: «نقلنا كل الطائرات بعيدًا عن ألباني، نيويورك إلى سيراكيوز، نيويورك، لأنّ هذا هو الطريق الذي كانت تتحرك فيه». في الساعة 08:19، اتصلت بيتي أونغ مضيفة الطيران على متن الرحلة 11 بمكتب حجز الخطوط الجوية الأمريكية لإبلاغهم أن الرحلة قد اختُطفت. في الساعة 08:21، توقف جهاز الإرسال والاستقبال في الرحلة 11 عن بث المعلومات المتعلقة بارتفاعها أو هويتها.