Artistenfakultät
Die Artistenfakultät und mit ihr Hermann Wilken waren davon zunächst nicht betroffen. Erst die Verweigerung der Unterschrift unter die Konkordienformel führte 1580 zur Entlassung Wilkens und fünf weiterer Professoren der Artistenfakultät sowie der juristischen und der medizinischen Fakultät. Auch Wilken fand 1581 ein Unterkommen am Casimirianum in Neustadt, wo er aber nicht mehr Griechisch lehrte, sondern Mathematik. Als Professor der Mathematik kehrte er 1584, nach dem Tod Ludwigs VI. und dem neuerlichen Umschwung in der Kurpfalz, an die Heidelberger Universität zurück. Wilken, der zeitlebens Professor der Artistenfakultät blieb, starb 1603 in Heidelberg.