Georgy Malenkov
1940年、粛清のペースが再び加速され始めた。この時期のベリヤは、ポーランドとバルト三国の占領、及び同国の人々の強制移住を指揮した。1941年には内務人民委員部の議長となっており、当時のソヴィエトの警察官僚システムにおいて、最高の地位にあった。同年2月、彼は人民委員会議副議長となり、同年6月にナチス・ドイツがソヴィエトに侵入すると、連邦国防委員となった。第二次大戦中の彼は主に国内問題にあたり、NKVDの労働キャンプに収容されていた数百万もの人々を、戦時生産活動に使役した。彼はゲオルギー・マレンコフとともに、武器、航空機、航空機エンジンの生産を監督したが、これがベリヤとマレンコフとの同盟の始まりであり、後に大きな意味を持つことになる。