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安地斯神鷹及其他六種新大陸禿鷲的準確分類仍然不明。雖然新大陸禿鷲與舊大陸禿鷲有著相似的外表及接近的生態位，但牠們卻是源自於不同地方及互不相關的祖先。兩者之間的分野仍在爭論中，早期有指新大陸禿鷲較接近鸛，較近期的說法則指牠們應與舊大陸禿鷲一同分類在隼形目或自成一目的美洲鷲目中。美國鳥類學者協會（American Ornithologists' Union）就將新大陸禿鷲從鸛形目改為地位未定，並註有分類在隼形目或美洲鷲目的可能性。