蒙古科学院
后来，图木尔奥其尔被任命为蒙古人民革命党高级党校某部部长，并于1955年担任蒙古人民革命党党史研究所第一任所长。1961年，图木尔奥其尔当选蒙古科学院院士。1954年蒙古人民革命党第十二次代表大会上，图木尔奥其尔当选为蒙古人民革命党中央委员会委员。1958年蒙古人民革命党第十三次代表大会上，当选为蒙古人民革命党中央委员会书记（主管意识形态）、政治局候补委员。由于支持尤睦佳·泽登巴尔反对达希·丹巴有功，1959年图木尔奥其尔升任政治局委员。1960年起，他出任大人民呼拉尔主席团成员。但因为过分积极地反对乔巴山“个人迷信”，危及乔巴山当政时期十分听从乔巴山的泽登巴尔的地位，1960年图木尔奥其尔被逐出政治局。后来，他因为生病而赴中华人民共和国治疗，并同中国共产党进行了接触。