الحركة الشعبية لتحرير السودان
درس باقان في كلية القانون في جامعة الخرطوم و من ثم غادر إلى كوبا و انضم إلى الحركة الشعبية لتحرير السودان سنة 1983 . تولى خلال مسيرته السياسية عدة المناصب منها الأمين العام للتجمع الوطني الديمقراطي و الأمين العام الحركة الشعبية لتحرير السودان.