Sumatran rhinoceros
يُعدّ وحيد القرن السومطري أقل أنواع وحيد القرن الحية اختلافاً عن أسلافهم المنقرضة، فهو يتشارك الكثير من السّمات والصّفات مع أسلافه من عصر الميوسين. تشير الدلائل التاريخية في سجل الأحافير إلى أن جنس "ثنائي القرون" ظهر في عصر الميوسين المبكر، قبل نحو 23 إلى 16 مليون سنة، وقد صُنِّفت معه عدة أنواعٍ منقرضة من وحيد القرن، إلا أن النوع السومطري هو الوحيد الباقي من الجنس حتى اليوم. تظهر التحاليل أنّ جنس ثنائي القرن انفصل عن الأنواع الأربع الباقية الأخرى من وحيد القرن قبل 25.9 ± 1.9 مليون سنة، وقد وُضِعت ثلاث فرضيات لتوضيح العلاقة بين وحيد القرن السومطري والأنواع الحية الأخرى من الكركدنيات. تقول الفرضية الأولى أنّ وحيد القرن السومطري وثيق الصلة بقريبيه الأسود والأبيض في أفريقيا، بدلالة أن النوع لديه قرنان لا واحد فقط. فيما تذهب الفرضية الثانية إلى أن النوع السومطري هو صنف شقيق للنوعين الجاويّ والهنديّ، بالنظر إلى قرب مناطق تواجدهم الجغرافية وتداخلها الكبير. وأما الفرضية الثالثة والأحدث فتفيد بأن النوعين الأفريقيَّين والنوعين الآسيويَّين والنوع السومطري منفرداً تمثّل ثلاث تفرّعاتٍ أساسيّةً للكركدنيات انفصلت عن بعضها البعض قبل 25.9 مليون سنة، وقد يكون هذا سبب عدم وضوح أيٍّ من المجموعات ظهرت أولاً.