Атланта Силвербэкс
Флорес — воспитанник аргентинского клуба «Ривер Плейт». В 2009 году Андрес вернулся на родину, где начал выступать за «Исидро Метапан». Он помог клубу четыре раза выиграть чемпионат. Летом 2012 года Флорес на правах аренды перешёл в датский «Виборг». 16 сентября в матче против «Академиск» он дебютировал в Первой лиге Дании. Летом 2014 года Андрес вновь был отдан в аренду, его новым клубом стал американский «Нью-Йорк Космос». 3 августа в матче против «Каролина Рэйлхокс» он дебютировал в NASL. Через неделю в поединке против «Атланта Силвербэкс» Андрес забил свой первый гол за «Нью-Йорк Космос». По окончании аренды клуб выкупил трансфер Флореса у «Исидро Метапан».