トップハム・ハット卿
ソドー島を走るノース・ウェスタン鉄道には、エドワードやゴードンなどの大きな機関車たちが働いていた。ある日、島に緑色の小さなタンク機関車「トーマス」がやってきた。トーマスは鉄道の重役のトップハム・ハット卿にナップフォード駅での入れ替えを命じられるが、慣れない仕事にトーマスは失敗を繰り返す。様々な経験を経てトーマスは成長していくが、ある日島で働く機関車のジェームスが貨車に押されて暴走する様子を目撃し、救援に向かうこととなる。