村上隆
神戸アニメストリートには目玉をモチーフとしたロゴマークが設定されていたが、これが村上隆の作品と類似しており誤認する恐れがあるということから村上隆側から2015年7月に使用中止の申し入れが入った。両者は2016年3月までで該当のロゴの使用を中止するということで合意し、神戸アニメストリートはロゴマークを新たなデザインに変更することになった。ただし、神戸アニメストリート側は元々この時点でロゴマークを更新する予定であったとしており、この協議のために新たにデザインしたわけではないとしている。なお、村上隆側はロゴマークだけでなく施設全体として村上隆の世界観と似ているとしており、その中で一番目立つロゴマークについて使用中止を申し入れた、同件についてはSNS上でロゴマークが村上隆の作品と似ていると話題になっていたため気づいたと回答している。