Battle of Perryville
トーマスはビューエルの下に付いた。1862年の秋に南軍の将軍ブラクストン・ブラッグがケンタッキー州に侵入したとき、北軍の最高司令部はビューエルの用心深い傾向に神経を尖らせ、トーマスにオハイオ軍の指揮を提案してきたが、トーマスがこれを拒絶した。トーマスはペリービルの戦いではビューエル軍の副司令官であった。この戦闘は戦術的には引き分けたが、ブラッグのケンタッキー侵攻を止め、自発的にテネシー州に撤退させた。このときビューエルがブラッグ軍を追撃しなかったことで最高司令部は憤懣を募らせ、ウィリアム・ローズクランズ少将に指揮を交代させた。