Secretary of State for Foreign and Commonwealth Affairs
その国民投票にて離脱派が勝利したことによって、デーヴィッド・キャメロン首相が首相及び保守党党首を辞任することを発表した際にはポスト・キャメロンに期待されたが、ジョンソンは2016年イギリス保守党党首選挙には名乗りを挙げなかった。その後、保守党党首に選出されたテリーザ・メイが新首相に任命されて、新内閣（第1次メイ内閣）を組閣するに当たり、ジョンソンが外務・英連邦大臣に起用された。ジョンソンの外務・英連邦大臣就任を記者会見中に知らされたアメリカのマーク・トナー国務省報道官は失笑した。初の対外公務となったフランス大使館でのレセプションでは招待客からブーイングで迎えられ、さらにフランスのジャン＝マルク・エロー外相からは「嘘つき」だと名指しで批判された。2018年7月9日、メイ首相の穏健なEU離脱方針に反発したため外務・英連邦大臣を辞任した（第2次メイ内閣）。後任には、ジェレミー・ハントが就いた。