Imperial Crypt
クラウディアは1676年4月、結核により22歳で死去した。皇后の心臓のみはカプツィーナー納骨堂に納められたが、その他の遺骸は皇后の意志により、ウィーンのドミニコ教会（）の、母親の遺骸の隣に葬られた。クラウディアの死によりハプスブルク家の分家であるチロル州侯家は断絶し、チロルの相続権はレオポルト1世に渡った。レオポルト1世はクラウディアの死から8カ月後、プファルツ＝ノイブルク家の公女エレオノーレ・マグダレーネと再婚した。