Club Sport Emelec
Летом 2014 года Мауро на правах аренды перешёл в эквадорский «Эмелек». 31 июля в матче против «Депортиво Кито» он дебютировал в эквадорской Примере. В том же году Фернандес стал чемпионом Эквадора. 25 февраля 2015 года в поединке Кубка Либертадорес против боливийского «Стронгеста» он забил свой первый гол за «Эмелек»