Septinsular Republic
En 1801, les îles Ioniennes deviennent indépendantes sous le nom de République des Sept-Îles. Kapodistrias entre alors au gouvernement du nouvel État et y reste de 1802 à 1807. Dès son arrivée aux affaires, il calme, par sa simple présence et ses discours, une rébellion à Céphalonie. Sachant écouter la population, il lance une révision des institutions de la République allant dans le sens d'une démocratisation de la "Constitution Byzantine" imposée par les Russes et les Ottomans.