James V of Scotland
Im Jahre 1544, als englische Truppen erneut durch Schottland jagten, wurde die Abtei schwer beschädigt und niemals wieder vollständig restauriert. Dies führte zu ihrem Niedergang als bewohntes Kloster. Der letzte Abt war James Stuart (der Sohn von Jakob V.), der 1559 starb. Im Jahre 1590 starb der letzte Mönch von Melrose Abbey.