Депортиво Перейра
Эрнандес — воспитанник клуба «Депортиво Перейра» из своего родного города. 7 апреля 2015 года в матче против «Депортес Киндио» он дебютировал в колумбийской Примере B, в возрасте 16 лет. 5 сентября в поединке против «Реал Сантандер» Хуан забил свой первый гол за «Депортиво Перейра». 3 июля 2016 года в матче против «Тигрес» он сделал хет-трик. По итогам второго сезона Эрнандес в возрасте 17 лет, стал лучшим бомбардиром чемпионата.