良渚文化
第二種觀點認為馬橋文化跟良渚文化差異太大，幾乎沒有玉器，卻有小件銅器，而良渚文化是沒有銅器的。良渚文化的石器磨得十分精細光潔，而馬橋文化的石器卻十分粗糙，兩者的陶器形制也完全不同，兩種文化的差異遠遠超出同一文化序列的範圍，因此馬橋文化不是承襲良渚文化。不少學者認為，由於環太湖地區地勢低窪，而且良渚文化地層上有一層淤泥，反映良渚文化晚期氣候突變，當地降水增多，水患嚴重，許多聚落被淹，良渚先民大規模遷徙，導致良渚文化消失。有學者認為，約在4200年前，他們一支南下粵北，融入了石峽文化，主體則渡江北上，融入華夏文化。有學者認為良渚文化農業惡化，約4000年前，良渚文化因海侵和水災，許多聚落和農田因水淹而放棄，稻田變成湖泊，農業經濟大受打擊，良渚複雜的社會文明解體。洪水帶來饑荒和瘟疫，導致良渚文化突然衰落。不過水患是江南水鄉的常態，當地人不會一籌莫展，洪水說難以成立。也有學者指出，良渚文化中期以後，天氣變得溫涼乾燥，不利稻作生產，導致失收和蟲害，無法維持貴族階層的奢華消費，社會因而崩潰。