伊宁事变
民國三十三年（1944年）1月，伊宁事变爆发。在苏联政府的支持下，新疆省开始了反對國民政府統治的「三區革命」（「三區」是指當時新疆的伊犁、塔城和阿山三個地區），再度打出「東突厥斯坦」的旗號，並殘酷屠殺當地的漢族回族人民。9月，蔣中正將盛世才調到重慶任国民政府林業部長，派吳忠信任新疆省長，並命令回族军阀馬步芳派一個軍的騎兵駐紮在新疆各地，對東突厥斯坦獨立運動的活動進行鎮壓。民國三十五年（1946年）6月，「三區革命」領導人阿合買提江、阿不都克里木·阿巴索夫等撤銷了艾力汗·吐烈的職務，將「東突厥斯坦共和國」改組為伊犁專區參議會。爆发三区革命的地区，认同中央政府的汉族民众被大肆屠杀，其中，伊宁事变中，随着国军战败，伊宁的汉族民众被屠戮殆尽。而在三区当地民众中却形成归化苏联国籍的高潮，更加深了新疆固有的苏联侨民问题。这一社会问题在此后深刻影响新疆十余年。中国方面研究者将苏联政府归化新疆民众举动，视为其在中国新疆构建势力基础，更有形容为“鸠占鹊巢”。