Ураба
Дуке начал профессиональную карьеру в клубе «Атлетико», но так и не дебютировал за команду. В 2006 году он перешёл в «Депортиво Перейра», в составе которого дебютировал в Кубке Мустанга. Первые сезоны Джефферсон часто выходил на поле, но затем проиграл конкуренцию и был переведён в «дубль». В 2011 году Дуке перешёл в «Леонес Ураба». 27 марта в матче против «Кортулуа» он дебютировал за новую команду. 10 сентября в поединке против «Форталеса Сипакира» Джефферсон забил свой первый гол за «Леонес Ураба». Два сезона подряд Дуке становился лучшим бомбардиром второго дивизиона Колумбии.