Brigadas de los Mártires de Al-Aqsa
A raíz de una crisis de gobierno en 2002, Shaul Mofaz fue motivo de polémica al ser nombrado Ministro de Defensa de Ariel Sharón. A pesar de su apoyo a un acuerdo con los palestinos, estaba decidido a "liquidar" a Yaser Arafat, y no estaba dispuesto a hacer concesiones en la guerra contra grupos terroristas como Hamás, Yihad Islámica y Brigadas de los Mártires de Al-Aqsa.