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天主教金門、馬祖宗座署理區（簡稱金馬宗座署理區）是天主教會在中華民國福建省設置的教會管區，也是台灣地區唯一的宗座署理區，成立於1968年，涵蓋範圍包括中華民國福建省現今僅有的兩個行政區劃，即金門縣與連江縣（馬祖）。宗座署理由台北總教區總主教兼任。轄有2處堂區，各位於金門與馬祖南竿。