清水建設
在4號月台再往西側的區域還有數條鐵軌可供列車停放，而此區域過去曾設置長崎車輛中心。但在規劃九州新幹線長崎段時，已計劃將此區域轉給新幹線及在來線遷置月台使用。因此，長崎車輛中心的功能於2014年中轉至早岐車站旁設立的佐世保車輛中心，以騰出用地施工。上述高架站場已於2020年3月28日（原訂2019年末）建成並局部投用，而長崎站亦已整體遷至該站體（而該站場由清水建設、西海、三基聯營承建），舊有站場將予以拆卸作其他發展之用，當中舊有站廳將於2022-23年間改建為站前廣場。新站場將設有在來線及新幹線月台各4個，均為島式月台。