Inquisición portuguesa
Pero la situación cambió con la llegada a Castilla de un gran número de judeoconversos "portugueses" –en realidad eran judíos castellanos que habían marchado a Portugal en 1492 y que en 1497 habían sido obligados a convertirse- tras la implantación definitiva de la Inquisición portuguesa en 1547 –entre 1547 y 1580 en los tres tribunales de Lisboa, Évora y Coímbra hubo 34 autos de fe, con 169 ejecuciones en persona y 51 en efigie y 1998 penitentes- y sobre todo tras la incorporación por Felipe II del reino de Portugal a la Monarquía Hispánica en 1580, que supuso que la Inquisición portuguesa intensificara la persecución de los que judaizaban –entre 1581 y 1600 hubo en los tres tribunales portugueses 50 autos de fe, en los que fueron ejecutados 162 condenados en persona y 59 en efigie y hubo 2.979 penitenciados-. El problema que se planteó fue que buena parte de estos judeoconversos "portugueses" eran marranos, porque hasta cincuenta años después de que se les obligara a bautizarse en 1497 no se implantó la Inquisición allí y durante ese tiempo habían podido seguir practicando más o menos abiertamente la fe judaica. No es de extrañar que la Inquisición española comenzara actuar inmediatamente contra ellos. "A partir de la década de 1590, la presencia de judaizantes portugueses en los procesos inquisitoriales se fue haciendo cada vez más significativa", presencia que se prolongó durante el siglo XVII y principios del siglo XVIII –"de las más de 2.300 personas procesadas por judaizantes por los tribunales españoles entre la década de 1660 y la de 1720, el 43 por 100 era de origen portugués".