阿德利企鵝
巴布亞企鵝是阿德利企鵝屬（"Pygoscelis"）的三個成員之一。粒線體和細胞核的脫氧核糖核酸證據顯示，王企鵝屬（"Aptenodytes"）在約4,000萬年前與其他企鵝族群分支之後的200萬年，阿德利企鵝屬亦開始與其他企鵝出現分支。這以後，直到約距今1,900萬年，阿德利企鵝亦分裂出來，而南極企鵝和巴布亞企鵝則在1,400萬年前才分裂出來。