聯邦黨
傑佛遜與紐約的阿龙·伯尔緊密合作，重新集結其政黨，特別為對付新稅開徵而投入1800年美國總統選舉。聯邦黨反擊傑佛遜為自然神論者、無神論者，稱他為基督徒之敵。傑佛遜與伯爾在選舉人團中，票數並列第一，須由時為聯邦黨所控制的美国众议院決斷選舉結果。