Insulele Ionice
În perioada patriarhatului lui Sofronie a avut loc secularizarea averilor mănăstirești din Principatele Unite Române (decembrie 1863), când domnitorul Alexandru Ioan Cuza a confiscat toate proprietățile funciare din România ale Patriarhiei Ecumenice, ale Mănăstirii Sfânta Ecaterina din Muntele Sinai și ale mănăstirilor de la Muntele Athos și a separat Biserica Ortodoxă Română de Patriarhia Ecumenică. În anul 1865 Patriarhia Constantinopolului a acordat Bisericii Ortodoxe a Greciei jurisdicția asupra mitropoliilor de pe Insulele Ionice, care fuseseră retrocedate Greciei în anul 1864.