الناصر محمد بن قلاوون
وفي زمن السلطان الناصر محمد بن قلاوون عام 728 هـ الموافق 1328، تهدّم أجزاء من المسجد منها الرواق القِبلي والباب الشرقي والمطهرة والأوقاف التابعة للمسجد بسبب سيل جارف، فتم إعادة بناء ما تم هدمه يأمر من نائب دمشق آنذاك. وتشير بعض المصادر إلى أن المسجد زمن الناصر محمد بن قلاوون كان يحوي مدرسة على غرار المدارس المُلحَقة بالمساجد في الشام والقدس وتسمى بالمدرسة اليقينية وهي داخله ضمن المسجد في المنطقة الشمالية الشرقية.