Coquimbo Unido
Летом 2016 года Фернандес перешёл в «Кокимбо Унидо». 30 июня в матче против «Кобрелоа» он дебютировал за новый клуб. 13 августа в поединке против «Ньюбленс» Мануэль забил свой первый гол за «Кокимбо Унидо».