Иоанн II Комнин
Большая часть фемы была захвачена сельджуками в конце 11 века, но позже была отвоёвана объединённым войском Иоанна Дуки и участников первого крестового похода (1096—1099). Иоанн II Комнин (пр. 1118—1143) восстановил фему и отправил в Филадельфию своего наместника — дуку. Южная часть Фракисия вошла в состав новой фемы Меласы и Меланоудион. Фракисийская фема стала одним из последних малоазийских владений империи, противостоявшим набегам различных бейликов. К началу XIV века её территория сократилась до города Смирна, захваченного бейликом Айдын в 1330 году.