ソーク研究所
その後、米ソーク研究所で非常勤フェローとして研究生活を送る。1990年頃からクリストフ・コッホとの共同研究をはじめ、なぜ脳から意識が生じるか、という意識の問題に取り組み始める。クリックは、意識を脳内の生理学的な過程に置き換える還元主義の立場から研究を進め、1994年に『驚くべき仮説』(The Astonishing Hypothesis)を発表して、科学的方法に基づきながら脳を単純な神経細胞が複雑な組合せとして研究することを論じている。