Operation Reinhard
この権限に基づき、ハイドリヒは1942年1月20日にベルリン郊外のヴァンゼーにおいて各省次官を招集して「ヴァンゼー会議」を主宰した。この会議でナチス政権は正式にユダヤ人絶滅を取り決めた。会議の出席者の一人であったアイヒマンは後に「会議では、殺害・根絶・絶滅の方法について話し合われた。方針は決められ、目標が宣言された。最終解決の実行は即時に行うとされたのである。」と証言している。この会議でのユダヤ人絶滅決定に基づいて開始された三大絶滅収容所（ベウジェツ強制収容所、ソビボル強制収容所、トレブリンカ強制収容所）での絶滅作戦は、ハイドリヒの死後に彼を偲んで「ラインハルト作戦」と命名される。ラインハルト作戦に基づいて、ベウジェツでは55万人、ソビボルでは25万人、トレブリンカでは最低73万人が虐殺された。