エリウゲナ
おそらく1050年に、ベレンガリウスは以前ノルマンディーのベック修道院長だったランフランクスに手紙を送った。彼はその手紙の中で、ランフランクスが聖餐に関するパスカシウスの教説に執着してラトラムヌスの(ベレンガリウスはエリウゲナが書いたと思っていた)論考を異端だとみなしていることを残念に思っていると表明している。彼は自分がエリウゲナの説に賛成していると宣言し、自分の考えはアンブロジウス、ヒエロニムス、アウグスティヌスその他の権威によって支持されていると信じていた。この手紙は、ランフランクスがローマで受け取る前に数人の人々によって既に読まれていた。そこでベレンガリウスがよく思われていなかったため、ランフランクスは自分とベレンガリウスの結びつきが自分の関心領域に対して偏見をもたらすのではないかと恐れ、この問題を教皇レオ9世に伝えた。レオ9世は1050年の復活祭後の教会会議でベレンガリウスを破門し、その会議とは別に9月にヴェルチャッリで開かれた会議にベレンガリウスを召喚した。ベレンガリウスは自分が破門されたことの正当性について論難したが、アンリ1世の許可を得るためにトゥールのサン・マルタン修道院の名目上の院長としてまずパリに行くことは受け入れた。そのことを承諾する代わりに、王は彼を牢に繋いだ。そこでベレンガリウスは自身の説を強固にするような観点からヨハネによる福音書を研究することに専念した。彼の友人が二人、彼を擁護しようとしたが、大声で脅された。ラトラムヌスの著書は焚書され、ベレンガリウスは再び糾弾された。