コロラド高原
フラッグスタッフはコロラド高原の南西端に位置し、標高2,000mを超える。アリゾナ州最高点をなす旧火山、ハンフリーズ・ピーク（、標高3,850m）はフラッグスタッフのすぐ北に位置する。ハンフリーズ・ピークは冬にはスキーのメッカとなる。また、フラッグスタッフはグランドキャニオンやバリンジャー・クレーターなど近隣の観光地への玄関口としての役割も果たしている。