Copa Conmebol
1989, 1990 und 1997 gelang Botafogo wieder der Gewinn der Rio-Staatsmeisterschaft. Zwei weitere der größten Erfolge gelangen in den 1990er Jahren. Nachdem 1993 bereits die südamerikanische Copa Conmebol, vergleichbar dem europäischen UEFA-Pokal, gewonnen wurde, gewann Botafogo 1995 zum zweiten Mal die brasilianische Meisterschaft.