Панамский перешеек
В мае 1901 года капитан Барнетт снова вернулся на береговую службу в главном штабе корпуса морской пехоты в Вашингтоне и вскоре был произведён в майоры. На следующий год он получил командование над батальоном морской пехоты на борту вспомогательного крейсера USS Panther, который отправился на Панамский перешеек, чтобы защищать там американские интересы и охранять железнодорожные перевозки на перешейке.