Spiritaner
Von 1982 bis 1986 war er in einer Pfarrei im Bistum Kumasi in Ghana tätig. 1986 wurde er Provinzrat der irischen Spiritaner. Von 1990 bis 1996 war John Fogarty Rektor des Philosophats der Spiritaner in Ejisu im Ejisu-Juaben District in Ghana. Von 1994 bis 1998 war er Provinzassistent in Irland. 1998 wurde er vom Generalkapitel der Spiritaner zu deren ersten Generalassistenten im Generalrat, dem obersten Leitungsgremium der Spiritaner, in Rom gewählt. 2005 übernahm er die Leitung des Zentrums der Spiritaner an der Duquesne University im US-amerikanischen Pittsburgh. 2010 erfolgte die Wahl zum ersten Provinzial der neuerrichteten Ordensprovinz der Vereinigten Staaten.