Rat der Fünfhundert
Daunou gehörte von 1795 bis 1797 sowie von 1798 bis 1799 dem Rat der Fünfhundert an und fungierte vom 28. Oktober bis 21. November 1795 als dessen erster Präsident. Vom 18. August bis 21. September 1798 stand er erneut dem Rat der Fünfhundert vor, seine dritte und letzte Präsidentschaft währte vom 22. bis 26. Dezember 1799. Des Weiteren zählte der gemäßigte Republikaner zu den Gründern des "„Institut national des sciences et des arts“" (seit 1806 "„Institut de France“") und, als Gesandter der Französischen Republik in Rom, zu den Verfassern des Grundgesetzes der Römischen Republik von 1798. Doch Anfang 1799 schloss sich Daunou der Partei um Sieyès und Talleyrand an und arbeitete auf den Sturz des Direktoriums hin.