Iriomote cat
亜種ツシマヤマネコ（アムールヤマネコ）や亜種イリオモテヤマネコを独立種とする説もあった。亜種ツシマヤマネコと本種の南アジア個体群とのアイソザイムの分子系統推定では、遺伝的距離が小さいことから本種の亜種とする説が有力とされる。亜種イリオモテヤマネコと本種の東南アジア個体群とのミトコンドリアDNA内の12SやリボソームRNA・チトクロムbの分子系統学的解析が一致あるいはほぼ一致することから本種の亜種とする説が有力とされた。チトクロムbの塩基置換速度および多様度から、亜種イリオモテヤマネコと他亜種は200,000年前に分岐したと推定されている。