圣克洛伊岛
行经小安的列斯群岛前，莱尼产生的大浪夺走了哥伦比亚北部两人的生命。狂风暴雨导致波多黎各东南部的农作物严重受损。飓风以最高强度从圣克洛伊岛经过，该岛出现大范围洪灾和侵蚀，但破坏只达到“中等程度”。美属维尔京群岛和波多黎各一共遭受了3.3亿美元（1999年美元，相当于年的美元）的损失。降雨量最高的是法屬聖馬丁的警察局，达867毫米。该岛有3人遇难，超过200套物业被毁。附近的安提瓜和巴布达也有1人丧生，暴雨还污染了当地水源。向南远至格林纳达也受到这场风暴的严重破坏，大浪导致多个城镇和首都之间的联系中断。由于风暴造成了重大损失，其名称“莱尼”因此从大西洋风暴命名名单上退役，以后永远都不会再在北大西洋热带气旋命名时使用。