淋菌
男性の尿道炎の70%は非淋菌性であり、そのうち30-50%がクラミジアを検出するが、そのクラミジア性尿道炎と非クラミジア性非淋菌性尿道炎との症状の差はみられないため、症状による鑑別は困難であり検査により容易となる。初診時にグラム染色で淋菌の診断が得られれば、クラミジアの検査も行う。淋菌感染者の20-30%がクラミジアの感染を合併しており、クラミジアの検査も必須とされる。グラム染色で淋菌が検出できなければ、核酸増殖法（SDA法）を行う。