Herrschaft der Dreißig
Trotz seiner guten Verbindungen zur oligarchischen Partei scheint Nikomachos während der kurzlebigen Herrschaft der Dreißig aufgrund einer Verbannung (so behauptete er jedenfalls hinterher selbst) einige Zeit im Ausland gewesen zu sein. Nach dem Zusammenbruch der Tyrannis 403 v. Chr. kehrte er dann zunächst in sein Amt zurück und hat noch längere Zeit seine frühere Tätigkeit wieder ausgeübt, bis er seines Amts enthoben und (wahrscheinlich) 399 v. Chr. vor Gericht gestellt wurde. Wahrscheinlich hatte die Klage gegen ihn Erfolg und er wurde zum Tode verurteilt.