Pope Clement VIII
بحلول 1593 اقترح زوجها هنري الرابع عليها إلغاء الزواج لأول مرة، استأنفت مارغريت هذه المفاوضات من أجل محاولة في تحسين وضعها المالي، وخاصة أنها كانت تعرف أن الملك بحاجة إلى وريث لتعزيز سلطته، لهذا كان يحتاج إلى دعم زوجته من أجل زواج مرة أُخرى، بدأت المفاوضات بعد عودة السلام إلى البلاد واعتناق زوجها الكاثوليكية مرة أُخرى، لدعم بطلان الزواج أمام البابا، طرح الزوجين أسباب عديدة منها عقم الزوجين وقرابة الدم وأيضا عيوب الشكلية للزواج، أثناء محادثات تحسن وضعها المالي، ولكنها كانت غير راضية على فكرة زواجه من عشيقته المفضلة غابرييل دي إستري والدة ابنه سيزار الذي تم إضفاء الشرعية عليه في 1595، وبذلك توقفت المفاوضات، ولكنها بعد وفاة غابرييل بسبب تسمم الحمل في 1599، عادت مارغريت مرة أُخرى في إستئناف مفاوضات مرة أُخرى في مقابل تعويض مالي كبير وإبقاء على ألقابها الملكية، خلال المحاكمة أبلغت العديد من الشهود بقول الزور بأنها تم إجبارها على الزواج من قبل والدتها وشارل التاسع، وبذلك أعلن كليمنت الثامن عن مرسوم البابوي في 24 أكتوبر 1599 لإلغاء الزواج، وفي 17 ديسمبر أعلن رئيس أساقفة آرل إلغاء زواجهما، وبعد مرور عام تزوج هنري الرابع من ماريا دي ميديشي وبعد تسعة أشهر أنجبت الوريث المنتظر.