Makerere University
التحقت جوديث ناباكوبا بمدرسة نديجي الثانوية، في مقاطعة لوويرو، وحصلت على كل من شهادة التعليم في عام 1994، وشهادة التعليم المتقدمة في عام 1997. قُبلت جوديث في جامعة ماكيريري، وهي أكبر وأقدم جامعة عامة في أوغندا، وتخرجت بدرجة البكالوريوس في الاتصال الجماهيري في عام 2002. ثم حصلت على درجة الماجستير في حقوق الإنسان من جامعة ماكيريري.