Congo français
Le , il est nommé Chef de Station de au Congo français, chargé de l’administration de la région de Batah. Outre ses fonctions d’administrateur, Henri Pobéguin continue ses explorations, ses relevés cartographiques et ses recherches naturalistes. Jusqu’en 1890, il effectue le relevé de toutes les côtes du Congo de Massabé à la rivière Campo, et réalise un atlas des côtes du Congo français.