盛岡藩
慶應4年(1868年)正月、吉村參與鳥羽伏見之戰，不過後來是戰死或脫離戰場則不詳。根據子母澤寛所寫，知道新選組離開大阪但卻迷路的吉村想向盛岡藩請求回歸，身為管家的大野次郎右衛門以他身為武士卻有不應該的行為而要求他切腹，並且就在盛岡藩的藩邸裡進行。在他切腹的房間裡放置著二分金十枚和一張紙，據說吉村在紙上寫著請把錢匯款到他的家族的要求。