District of Maine
1783年6月、ディアボーンは大陸軍を退き、マサチューセッツ州ガーディナー（現在のメイン州）に移住した。ディアボーンはメイン地区担当の連邦保安官となり、1793年まで同職を務めた。1793年、ディアボーンは共和党から連邦下院議員に選出され、1797年まで2期4年、同職を務めた。1801年3月、トーマス・ジェファーソンが大統領に就任すると、ジェファーソン大統領はディアボーンを陸軍長官に任命した。ディアボーンは陸軍長官として、インディアンをミシシッピ川以西に移住させる計画を支援した。ディアボーンはジェファーソン大統領の任期満了となる1809年3月まで同職を務めた。