Battle of Spotsylvania Court House
1862年、ステュアートは准将に昇進した。一時期騎兵隊の指揮を執ったが、その後歩兵部隊に割り当てられた。クロスキーズの戦いで肩に負傷し、その快復のためにほとんど1年間は復帰できなかった。ゲティスバーグの戦いの直前に再度リー軍の下に就いた。スポットシルバニア・コートハウスの戦いでは捕虜になり、1864年夏に捕虜交換で釈放された。戦争の残り期間は北バージニア軍で指揮官を続けた。アポマトックス・コートハウスでロバート・E・リー将軍が北軍のユリシーズ・グラント中将に降伏したとき、ステュアートもその場に同席した士官の一人だった。