行政法人
管理组织方面，随着1950年文化财保护委员会的设立，东京国立博物馆成为该委员会的附属机构。1968年，该委员会废止，改由文化厅管理博物馆。2001年，随着重组中央省厅的独立行政法人制度的实施，博物馆先后归独立行政法人国立博物馆和独立行政法人国立文化财机构（2007年起）管理。