Alcatraz Island
Игра начинается с того, что подлодка с морскими пехотинцами США плывет по Гудзону. Среди них протагонист и главный герой второй части — морпех с позывным "Алькатрас" (настоящее имя, Джеймс Родригес, раскрывается в новеллизации игры ). Подлодку атакуют пришельцы. Почти весь экипаж подлодки был убит, а Алькатраса спасает солдат в "нанокостюме" с позывным Пророк. Его слова: "«Алькатрас? Так тебя зовут? Алькатрас… Судьба злая тетка… Потерпи, сейчас мы тебя оденем…»". Далее Алькатрас теряет сознание. После этого, главный герой просыпается уже в нанокостюме. Недалеко от места, где Алькатрас очнулся, он обнаруживает тело своего спасителя. Далее включается запись, сохранённая в костюме, в которой Пророк рассказывает о том, что сам заражен, и о важной миссии, которую он теперь передаёт Алькатрасу, равно как и нанокостюм. Затем Пророк убивает себя выстрелом в висок. И сразу становится ясным первое задание новоиспечённого суперсолдата — найти "Нейтана Гулда", учёного, вместе с Пророком нашедшего способ победить цефов. После ролика Гулд связывается с Алькатрасом, но ничего не зная о кончине своего друга, Нейтан считает Алькатраса Пророком (сам Алькатрас не отвечает ему). Он даёт Алькатрасу координаты своей лаборатории.