Japan Series
En 1993, tras varios años sin conseguir títulos, la directiva de la franquicia volvió a llamar a Nagashima como técnico. Bajo sus primeros años consiguió la Liga de 1994 y 1996, y la Serie de Japón en 1994 con jugadores como Hideki Matsui. Tras caer en la final de 1996 ante Orix BlueWave, los propietarios anunciaron una fuerte renovación con fichajes como Katsumi Hirosawa, Hiroo Ishii y Kazuhiro Kiyohara. Pero la falta de organización, mala defensa y errores tácticos de Nagashima hicieron que el equipo rindiese por debajo de lo esperado. Tras vencer en 2000 Liga y Serie, Nagashima abandonó el equipo en 2001 para dirigir al combinado nacional.