カロライナ方面作戦
1864年2月、ブラッグはリッチモンドに派遣された。その公式命令は「アメリカ連合国諸州の軍事作戦遂行にあたること」とされてはいたが、実質的にはかってロバート・E・リーが当たっていた直接の指揮が無くデイヴィスに軍事的助言を行う役目だった。ブラッグはその組織化能力を使い汚職を減らし物資供給の仕組みを改善した。南軍の徴兵の仕組みについて、指示の鎖を合理化し徴兵に関する抗議の流れを減らすことで、形を整えた。後には、ノースカロライナ州ウィルミントンの防衛軍、ノースカロライナとバージニア南部方面軍、ジョージア州オーガスタ防衛軍、同じくサバンナ防衛軍、サウスカロライナ州チャールストン防衛軍および1865年1月には再びウィルミントン防衛軍を順番に指揮した。第二次フィッシャー砦の戦いにおける指揮ではウィルミントンを失うことになったが、防衛軍の大部隊と共に脱出に成功し、キンストンでは小さな勝利を収めた。戦争の終わり近く、ジョセフ・ジョンストン指揮下のテネシー軍で軍団指揮官（指揮した範囲は1個師団以下の大きさだった）を務め、シャーマンに対抗するカロライナ方面作戦に従軍し、ベントンビルの戦いに加わった。リーがアポマトックス・コートハウスで降伏した後、ブラッグはジェファーソン・デイヴィスに伴いサウスカロライナ州を通ってジョージア州に逃亡した。