モートン湾
オーバーホールの後6月7日に S-44はモートン湾を出航し、再びソロモン諸島へと向かった。その週の内にガダルカナル島沖での哨戒に入り、同島からサボ島、フロリダ島沖を哨戒した。数日後ガダルカナル島南方へ向かい、6月21日に特設砲艦京城丸（朝鮮郵船、2,626トン）に2発の魚雷を発射、これを撃沈した。爆発と破片の雨および日本軍機の攻撃で S-44は潜航を強いられた。14:15、S-44は砲艦に魚雷を発射した。14:18に敵機が爆弾を投下、これが司令塔の至近距離で爆発し30ガロンの海水が流入、測深機、ジャイロコンパスおよび製氷機を破損し海水の漏出が始まった。S-44 の1番潜望鏡は損傷したものと思われたが、修理のため浮上すると日本兵のコートが引っかかっていたことが判明した。