Climate change
Изменение климата на участках произрастания вида вызывает угрозу для его существования. Костенец дагестанский находится на грани исчезновения («critically endangered») согласно данным Международного союза охраны природы. Площадь участков произрастания оценивается примерно в 60 км²; общая численность экземпляров составляет 1500—2500 (более 250 экземпляров в каждой субпопуляции).