عيدي أمين
في عام 1961 تم الاعتراف بنمو كنيسة أوغندا الأنجليكانية مع إنشاء مقاطعة أوغندا ورواندا أوروندي، وكان ليزلي براون، أول رئيس مطران للمقاطعة. وقد خلف براون عام 1966 من قبل أول رئيس أساقفة أوغندي، وهو إيريكا سابتي. وشهدت العلاقات بين الأنجليكان والرومان الكاثوليك التي توترت منذ قتال 1892 منعطفاً جديداً مع تأسيس المجلس المسيحي المشترك في أوغندا. وفي عام 1971، وصل عيدي أمين إلى السلطة من خلال انقلاب واستقبل الانقلاب في البداية بحماسة من قبل السكان عمومًا في أوغندا. وأصبحت طبيعة النظام الوحشي والفاسد واضحة للدكتاتور عيدي أمين سبباً لمعارضة الكنائس المسيحية خصوصاً الكاثوليكية والأنجليكانية لسياسات عيدي أمين. أدى هذا إلى إعدام جاناني لووم رئيس الأساقفة للكنيسة الأنجليكانية عام 1976 بناء على أوامر عيدي أمين. وأدت الإطاحة بعيدي أمين عام 1979 إلى إحلال الديمقراطية في أوغندا، وعلى الرغم من ذلك ظل السلام بعيد المنال في شمال أوغندا مع تمرد جيش الرب للمقاومة، وهي حركة مسيحية مسلحة في شمال أوغندا، ترجع جذورها إلى امرأة تدعى أليس لاكوينا. ففي ثمانينيات القرن العشرين اعتقدت لاكوينا أن الروح المقدسة خاطبتها وأمرتها بالإطاحة بالحكومة الأوغندية لما تمارسه من ظلم وجور ضد شعب أتشولي. وتأسس جيش الرب كمعارضة أوغندية من قبائل الأتشولي في الثمانينات وبالتحديد عام 1986 على يد جوزيف كوني وهو نفس العام الذي استولى فيه الرئيس يوري موسيفيني على السلطة في كمبالا. واستندت في تحركها على ادعاءات بإهمال الحكومات الأوغندية للمناطق الواقعة شمال أوغندا.