Strait of Malacca
Главной водной артерией города является река Сиак, примерно в 160 км ниже по течению впадающая в Малаккский пролив. Её ширина в черте города составляет около 100 метров, средняя глубина по фарватеру — 8 метров. По территории Пеканбару протекают также несколько притоков Сиака — небольшие речки "Умбансари, Айрхитам, Симбан, Сетукул, Пенгамбанг, Укуи, Саго, Сенапелан, Лимау, Тампан" и "Саил".