Торос Неса
В 1987 году Негрете вернулся в родной «Пумас». За пум Мануэль выступал ещё четыре года с перерывом на сезон в «Монтеррее», с которым он завоевал Кубок Мексики. В 1992 году Негрете перешёл в «Атланте». С клубом из Канкуна он выиграл Примеру. В конце сезона он покинул команду и по сезону отыграл за «Торос Неса» и «Акапулько». В 1995 году Мануэль вернулся в «Атланте», где и завершил карьеру.