Constitutions of Clarendon
1660年の王政復古でチャールズ2世および王党派やイングランド国教会が復帰、キッフィンは革命前の迫害される立場に逆戻りして再び苦難の道を歩むことになった。王政復古前の2月に武器隠匿の罪で逮捕、すぐに釈放されたが5月には国王崇拝に熱狂的な暴徒により教会の集会場を破壊されたり、1661年1月に第五王国派のが起こした反乱に連座の嫌疑をかけられ逮捕されたが釈放、2月にも非合法集会出席で逮捕・釈放されている。クラレンドン法典の公布でバプテストを含む非国教徒の迫害は深刻になり、1662年末にバプテストはニューゲート監獄で289人収監、ロンドン塔で18人収監された。