Justinian II
与此同时，皇帝沿袭传统对摩尼教和其余非迦克墩基督教派的弹压措施引起了教会内部的不满。692年查士丁尼在君士坦丁堡召开了五六会议（Quinisext Council），即特劳拉宗教会议，以将其宗教政策付诸实施。该会议澄清了第五次和第六次大公会议的裁决，但由于过于突出拉丁-希腊礼的戒律差异（例如教会人士的回应以及罗马的周六禁食习俗），该次会议极大加剧了君士坦丁堡和罗马教会之间的裂痕，查士丁尼二世要求逮捕教宗色尔爵一世，但是罗马和拉文纳的民兵决定起义，站在教皇一边，于是自查士丁尼二世始，帝国开始彻底失去对意大利的控制。