G protein
一般的に、GAPの標的Gタンパク質に対する特異性は極めて高い傾向にある。特異性の正確な機構は完全には知られていないが、この特異性はさまざまな要因に由来すると考えられている。最も基礎的なレベルでは、GAPとGタンパク質間の特異性は、単純にタンパク質発現の時期と位置に由来すると考えられている。例えば、RGS9-1は網膜の桿体細胞と錐体細胞に特異的に発現しており、この領域でに関与するGタンパク質と相互作用する唯一のGAPである。特定のGAPと特定のGタンパク質が同じ時間と場所で発現されることで、その特異性が保証されていることもある。一方、足場タンパク質によって、相互作用の特異性が得られていることもある。また、GAPが特定のGタンパク質にしか認識されないアミノ酸ドメインを持っていることもある。これらのメカニズムによって、GAPはそれぞれ特定のGタンパク質に対して調節を行っている。