EAFF East Asian Cup
Niwa war durchgehend in den U-15 bis U-20 Auswahlmannschaften vertreten, wo er 2002 sein erstes internationales Spiel gegen die Vereinigten Arabischen Emirate hatte. 2015 debütierte er für die japanische Fußballnationalmannschaft, mit der er sich für die Fußball-Ostasienmeisterschaft 2015 qualifizierte.