El último de los Señores del Tiempo
Tras el episodio final de la primera temporada de "Torchwood", Jack vuelve a "Doctor Who" para los tres últimos episodios de la tercera temporada, "Utopía", "El sonido de los tambores" y "El último de los Señores del Tiempo", situados narrativamente justo después del final de esa primera temporada de "Torchwood". En ellos, el Décimo Doctor ha aterrizado la TARDIS justo encima de Torchwood para recargarla en la falla temporal, y Jack ha oído el sonido de la TARDIS tras activarse el sensor conectado a la mano cortada. Logra agarrarse al exterior de la cabina justo antes de que se dematerialice, y viaja por el vórtice temporal agarrado al exterior de la cabina. El proceso hubiera sido mortal para cualquier otra persona, pero sobrevive gracias a su inmortalidad. Una vez con el Décimo Doctor y conociendo a Martha Jones, se pondrá al día sobre la supervivencia de Rose y conocerá las circunstancias que provocaron su inmortalidad, todo ello mientras desmantelan los planes de El Amo de apoderarse de la Tierra y del Universo.