종교의 자유
1964년 9월 14일, 제2차 바티칸 공의회 제3회기를 개최한 바오로 6세는 공의회 교부들에게 공의회에서 나와야 할 가장 중요한 문헌은 교회에 관한 문헌이라고 말하였다. 공의회에서 교황과 주교들의 관계와 역할에 대한 논의를 시작하자, 바오로 6세는 교황의 수위권을 재차 확인하는 교회헌장 《인류의 빛》(Lumen Gentium)을 발표하였다. 또한, 미국의 주교들이 가장 먼저 종교의 자유 문제를 조속히 결의하여야 한다고 촉구하였으나, 바오로 6세는 종교의 자유 문제는 교회 일치 운동과 같은 부류의 문헌과 같이 승인되어야 한다고 밀어붙였다. 공의회는 1965년 12월 8일 원죄 없이 잉태되신 동정 마리아 대축일에 폐막하였다.