Surgeon General
1939年11月27日、再建された海軍において海軍軍医中将()の階級を得ると共に海軍衛生局長官(Chef des Marinemedizinalamte)に就任する。この職は後にと改称されている。フィケンシャーは海軍軍医総監の地位や権限を定める「海軍軍医総監の為の規約」の作成に携わり、これは1942年7月に海軍総司令エーリヒ・レーダー提督によって承認されている。1942年9月1日、海軍軍医大将(Admiraloberstabsarzt)に昇進。1943年11月30日には海軍を退役するが、以後も衛生計画・経済局長(Leiter des Amts für sanitäre Planung und Wirtschaft)やカール・ブラントSS中将の後任者たる医療衛生委員会総長(Generalkommissar für das Sanitäts- und Gesundheitswesen)として敗戦まで務めた。また、海軍軍医総監の職は海軍軍医中将が引き継いだ。