Депортес Киндио
Эрнандес начал профессиональную карьеру в 2004 году в составе «Депортес Киндио», затем он перешёл в «Мильонариос», в котором провёл один сезон и присоединился к эквадорскому клубу «Эмелек». В составе «Эмелека» 14 февраля 2007 года Себастьян дебютировал в Кубке Либертадорес, проведя 61 минуту на поле в матче против аргентинского клуба «Велес Сарсфилд». Всего за эквадорскую команду в Кубке Либертадорес Эрнандес провёл 6 игр. Летом 2007 Себастьян вернулся в Колумбию, подписав контракт с «Депортиво Кали», на следующий сезон он перешёл в свой первый клуб, «Депортес Киндио», а ещё через год присоединился к «Онсе Кальдас».