ルワンダ紛争
1987年、隣国のウガンダに逃れていたツチ系の難民が主体となり、ルワンダ愛国戦線（RPF）が結成された。1990年以降、ルワンダ帰還を目指したRPFとルワンダ政府の間で内戦に陥った（ルワンダ紛争）。タンザニアやザイールはRPFの攻撃をウガンダによる武力侵攻であるとして、派兵を行っている。経済低迷や政治的混乱の中、さらにRPFの侵攻に晒されたハビャリマナは、これまでの和解政策を改め、反ツチのイデオロギーを掲げるようになる。