Real Sociedad
Футболист является капитаном и воспитанником «Реал Сосьедад». Провел всю карьеру в родном клубе. Хавьер Прието завершил карьеру по окончании сезона 2017/18. На прощальный матч Хаби «Реал Сосьедад» вышел с лицом Хавьера Прието вместо эмблемы.