Dreikronenkrieg
Munk war der Sohn von Erik Munk († 1594), einem wegen seiner Verdienste im Dreikronenkrieg geadelten Offizier. Nachdem sein Vater 1585 in Ungnade gefallen und auf Schloss Dragsholm eingekerkert worden war, wuchs Jens Munk in Südnorwegen und bei seiner Tante im dänischen Aalborg auf. Bereits mit zwölf Jahren fuhr er zur See. Nach einem sechsjährigen Aufenthalt in Brasilien kehrte Munk 1598 nach Dänemark zurück.