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H-1Bビザと同様、E-3ビザの申請にあたってはまずその雇用者が労働条件申請書（Labor Condition Application; LCA）をアメリカ労働省に提出する。LCAにはE-3ビザを申請するオーストラリア人ということをわかるようにしておく。LCAが認可されたあと、申請者本人がアメリカ領事館にいってビザを申請する。一時的なビザあるいは非移民ビザでアメリカ国内にすでに滞在しているオーストラリア人もE-3を申請してステータスを切り替えることができるが、ビザ免除プログラムで入国しているものはE-3を申請するには一度アメリカを出国する必要がある。