مجدل شمس
بعد تخرجه من مدرسة صيدا، عَمل فارس الخوري مُدرّساً في مجدل شمس وثم في البترون قبل أن يلتحق بالجامعة الأميركية في بيروت، حيث تخصص بعِلم الرياضيات. طَلب منه مؤسس الجامعة، الراهب الأمريكي دانيال بلس، التدريس فيها لمدة عامين بعد تخرجه، وفي 1899 توجه فارس الخوري إلى دمشق ليعمل مديراً لمدرسة الآسية التابعة لبطريركية أنطاكية وسائر المشرق للروم الأرثوذكس، ومُدرّساً في ثانوية مكتب عنبر، إضافة لعمله مُترجماً في القنصلية البريطانية.