Abdurrahman Wahid
في عام 1999، بعد سقوط النظام جديد، ذكر الرئيس الإندونيسي عبد الرحمن وحيد ووزير الخارجية علوي شهاب رغبتهما في فتح العلاقات مع إسرائيل وإن كان ذلك فقط على المستوى الروابط الاقتصادية والتجارية. يعتقد وحيد أن إندونيسيا ليس لديها سبب لتكون ضد إسرائيل. وأشار إلى حقيقة أن إندونيسيا لديها "علاقات طويلة الأمد" مع الصين والاتحاد السوفيتي، وهما دولتان يعتبران أن الإلحاد جزء من دساتيرهما، وأوضح كذلك أن إسرائيل "تتمتع بسمعة طيبة كأمة ذات تقدير كبير لله والدين". ومع ذلك، بعد عزل وحيد من منصبه في عام 2001، لم يتم بذل أي جهد لتحسين العلاقات بين إندونيسيا وإسرائيل.