反日感情
しかし、第二次世界大戦が勃発するとそれは反日感情を刺激し、日系人のチリ社会への統合を妨害した。1943年の初頭に、多くの日系チリ人が戦略的な要地（銅鉱山など）から内陸部に移動させられた。同時に、日系コミュニティは強力な統合と、戦時中の反日感情に直面した際の相互扶助を行った。これらの提携は戦後日系慈善社会組織（Sociedad Japonesa de Beneficencia）として蘇った。