Guerra de los Mil Días
Como liberal, defendió la autonomía del istmo de Panamá, y combatió en la Guerra de los Mil Días. El 30 de marzo de 1900, Mendoza desembarcó en Punta Burica junto a Belisario Porras y Eusebio A. Morales, para iniciar la Guerra de los Mil días en territorio istmeño. Después vivió en la provincia de Bocas del Toro, donde continuó ejerciendo como abogado y periodista, apoyó la candidatura presidencial de José Domingo de Obaldía, y fue secretario de Hacienda en el gobierno de Obaldía. Fue el primer ministro de Justicia de la República de Panamá.