笑い男
意識不明に陥ったトグサの記憶から村井ワクチンや今来栖、マトリ及び厚生労働省の暗躍を知った公安9課は事態究明のため、今来栖の行方を追う。一方、マトリにひまわりの会の殲滅を命じた厚生労働省医薬局長の新見は、旧知の今来栖の裏切りに業を煮やし、マトリに彼の行方を追わせる。実は今来栖は笑い男の脅迫を受けており、彼の目的は、かつての瀬良野氏誘拐も含め村井ワクチンが不当に不認可にされた真相を世間に暴露させることであった。今来栖の居場所を知った9課とマトリ双方の激しい身柄争奪戦が始まり、草薙とバトーはマトリの課員達を排除していく。任務を達成したかと思いきや、今来栖は別の暗殺者によって狙撃され殺されてしまう。しかし、その場には笑い男も来ており、接種者リストの原本をバトーに託して姿を消す（「置き去りの軌跡」）。