In the Line of Fire
Одной из его лучших ролей в кино стал виконт де Вальмон в экранизации классического романа «Опасные связи» (1988). Вскоре актёра пригласил Бернардо Бертолуччи на главную роль в своём фильме «Под покровом небес» (1990), затем он сыграл изобретательного убийцу в боевике Вольфганга Петерсена «На линии огня». За эту работу актёр удостоился второй номинации на «Оскар». В 1999 году он исполнил роль самого себя в нашумевшем фэнтэзи «Быть Джоном Малковичем». В 2008 г. снялся у братьев Коэнов в комедии «После прочтения сжечь». Несмотря на головокружительную карьеру в кинематографе, Джон Малкович продолжает выступать как театральный актёр.