Valle Sagrado de los Incas
El río tiene varias partes de su curso protegidas: el Santuario Histórico de Machu Picchu, que ampara el Valle Sagrado de los Incas, en su curso alto; el Santuario Nacional Megantoni, que cuida un corto tramo de la ribera derecha del pongo de Mainique; y el parque nacional Otishi, que defiende la ribera izquierda del mismo tramo del río, al otro lado del pongo.