キャプテン・ビーフハート
自らの音楽活動に従事するかたわら、ザッパはプロデュース業にも力を注いだ。高校からの友人であるキャプテン・ビーフハート（ドン・ヴァン・ヴリート）のアルバム『トラウト・マスク・レプリカ』（1969年）は、ザッパのプロデュース作の中でも代表作に数えられている。当初ザッパはMGMレーベルに所属していたが、ヴェルヴェット・アンダーグラウンドと同様、充分なプロモーションを受けられず不遇だった。やがて彼は「ストレイト」「ディスクリート」などのインディーズ・レーベルを設立する。これらのレーベルからアルバムを発表したロック・ミュージシャンには、キャプテン・ビーフハート、アリス・クーパー、ティム・バックリィ、ザ・GTOズ、テッド・ニュージェント＆アンボイ・デュークス（彼等のみディスクリート）などがいた。ザッパは後に、バーキング・パンプキンやビザールなどのインディーズ・レーベルを立ち上げている。