Ukrainian Second League
El club fue fundado en 1992 como Zmina (, ), pero cambió su nombre un año después a Zmina-Obolón debido a que procedía de la histórica localidad cercana a Kiev. En 1995 se eliminó el nombre Zmina y quedó solo Obolón. El club adoptó su nombre actual, FC Obolon, el 23 de abril de 2001. En 1995 consiguió su estatus profesional y entró en la Druha Liha, la tercera división ucraniana, en la temporada 1995/96.