Islamic Courts Union
Через несколько месяцев Союз исламских судов уже контролировали семь из десяти регионов на юге Сомали, включая Могадишо. Они это назвали периодом «беспрецедентной стабильности» и «огромным успехом в борьбе с преступностью». Снятие блокпостов, очистка от мусора, открытие аэро- и морских портов, а также акцент на широкую судебную систему привели к повышению безопасности и свободы. Сложившийся режим получил широкую поддержку (95 %), которые отмечается впервые с распада Сомали в 1991 году, когда обычные граждане могут безопасно ходить по улицам Могадишо. В ответ на расширение влияния СИС Эфиопия увеличила военное присутствие в Байдабо и частично в Бакуле и Гедо в поддержку уязвимого ПФП. СИС категорически возражал и утверждал, что все иностранные войска должны покинуть страну. Дальнейшие переговоры способствовали диалогу между ПФП и СИС, но они потерпели неудачу во второй половине 2006 года. Таким образом, СИС и Эфиопия мобилизовали свои войска. В докладе ООН, опубликованном в ноябре 2006 года, выразили беспокойство относительно неконтролируемого потока оружия в страну, в котором были замешаны десятки государств, нарушавших эмбарго на поставки. Одновременно появились опасения, что Сомали может стать ареной военных действий между Эфиопией и Эритреей. Присутствие иностранных боевиков в составе СИС вызывало озабоченность на Западе. Политика США в отношении Сомали приобрела определённый характер. Американские официальные лица утверждали, что руководство СИС находится под контролем Аль-Каиды, и это будет рассматриваться как основание для того, чтобы США поддерживали действия Эфиопии.