위구르어
대항해시대3에서 가장 특징적인 요소는 언어이다. 언어가 통하지 않는 곳에서는 의사소통 자체가 불가능하고, 통하지 않는 언어로 쓰여진 책은 읽을 수조차 없다. 언어를 통하게 하기 위해서는 해당언어에 능통한 항해사를 고용하거나, 조합이나 교회 등에서 해당언어를 직접 배우는 수밖에 없다. 게임 내에서 등장하는 언어는 스페인어,포르투갈어,로망스어,게르만어,슬라브 그리스어,페르시아어,위구르어,아랍어,중국어,아프리카토착어,중남미토착어,동아시아토착어,동남아시아토착어 등으로 다양하다. 특히 게임 초반에는 몇몇 특정언어는 이를 갖추고 있는 항해사가 매우 부족하기 때문에 언어의 장벽이 게임의 난이도를 높이고 있기도 하다.