Eichhornia crassipes
本来はインレー湖に自生していないホテイアオイも、大きな問題となっている。急速に増加したホテイアオイは河川や湖の表面を覆い、元から湖に生息している動植物の栄養分と日光を奪っている。過去20年の間に行われた大規模な浚渫機とポンプを使用した汲み上げは、ホテイアオイの増加の抑制に一定の効果を上げた。現地の住民に対する啓発も有効な働きを見せている。漁業の振興のために計画的に放流されている、ソウギョなどの外来種の魚類が湖の生態系に与える影響が懸念されている。