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其後，新渡戶稻造整備了製造業的發展後續，1903年兼任京都帝大法科大學的教授而回到日本，但仍擔任臺灣總督府囑託（譯註：任期制官員），持續指導臺灣農業的發展。新渡戶回國後，先後歷任第一高等學校校長、東京帝國大學教授、國際聯盟副事務長、太平洋國際學會理事長。