司馬道子
司馬道子此後忌憚王恭和殷仲堪以軍事相逼，於是以司馬尚之與司馬休之有才略而引其為腹心，又聽從司馬尚之所說樹立外藩，於是出司馬王愉為江州刺史。不過，此舉招來豫州刺史庾楷不滿，因為司馬道子割原本由他都督的豫州四郡交給了王愉都督。庾楷上表抗議不果後就鼓動王恭討伐司馬尚之，王恭終在隆安元年（398年）與庾楷及殷仲堪、桓玄舉兵討伐王愉及司馬尚之兄弟。司馬道子曾試圖勸止庾楷，但遭庾楷拒絕。司馬道子面對王恭諸軍舉兵，不知所措，會稽王世子司馬元顯則力主討伐王恭，朝廷加司馬道子黃鉞，以司馬元顯為征討都督，統王珣、謝琰等人抵抗。司馬道子將軍事都委託給司馬元顯，自己則終日飲酒。及後司馬尚之大敗給桓玄，進至石頭城，司馬道子守中堂以備桓玄進攻，但期間卻發生小插曲，有一匹馬在軍中亂走，士兵擾亂不安，竟令不少士兵掉進長江江水中溺死。