주일학교
1904년 윤치호와 함께 황성기독교청년회(皇城基督敎靑年會)의 이사로 선출되었고 그해 가을 YMCA 청년회 교육부 간사에 임명되었다. 그 뒤 YMCA 이사회 이사 겸 서기를 거쳐 YMCA 교사로 임명되었다. 얼마 뒤에는 YMCA 중학교 교장에 임명됐다. 1904년부터 1913년까지 언더우드의 비서로 있으면서 YMCA학교 학생부 담당 겸 간사, YMCA 학교 교사, 경신학교 교사, 기독교 주일학교 교장이 되었다. YMCA청년회 학관의 학감으로 재직 중일 때는 양반 출신 학생들은 스포츠를 천히 여기고 그 시간을 거부했다 한다. 그러나 김규식은 강제로 체조를 시키고 스포츠를 장려했다. 이 때문에 많은 학생들이 학교를 떠나는 소동이 일어나기도 하였다.