Club Atlético Huracán
Педро Кубилья самостоятельно руководил рядом уругвайских команд, среди которых были «Сентраль Эспаньол», «Феникс», «Уракан», «Данубио», «Уракан Бусео». Также он работал с зарубежными клубами — чилийским «Сантьяго Морнингом», эквадорским «Депортиво Кито», коста-риканским «Картахинесом», а также с парагвайской «Олимпией».