World Council of Churches
ジョージア正教会は1962年にソビエト国内の他の教会とともに世界教会協議会に加わっており、イリア2世は1978年から1983年まで世界教会協議会の共同議長を務めた。1997年5月、正教会の保守派聖職者グループはイリア2世について「エキュメニズムの異端」に参加したとして、分裂を示唆した。イリア2世は聖シノドを急遽召集し、世界教会協議会を決定・発表した。2002年、ジョージア大統領エドゥアルド・シェヴァルドナゼとイリア2世は「ジョージア国とジョージア使徒伝承独立正教会の間の憲章協約」（）を締結。ジョージア正教会にいくつかの特権が与えられ、特に総主教の座にある者に対しては法的免責が与えられた。