Popish Plot
Am 2. November 1679 wurde Gadbury inhaftiert und fälschlicherweise einer Beteiligung an der Papisten-Verschwörung beschuldigt, wovon er 1681 freigesprochen wurde und Haftentschädigung erhielt. Im Juni 1690 wurde er einer Verschwörung gegen Wilhelm III. (Oranien) verdächtigt und verbrachte erneut einige Wochen in Haft, ohne dass es zum Prozess kam oder er verurteilt wurde.