Andrew Johnson
전쟁의 말기에 핸콕은 링컨 암살 공모자들의 사형을 감독하는 데 할당되었다. 1865년 4월 14일 에이브러햄 링컨 대통령이 암살되었고, 그해 5월 9일까지 군사 워원회는 피고인을 재판하기 위하여 소집되었다. 사실상 암살범 존 윌크스 부스는 이미 사망했으나 그의 공동 공모자들의 재판이 빠르게 시작되어 유죄 판결들에 결과를 가져왔다. 앤드루 존슨 대통령은 7월 7일 사형이 수행되는 데 명령을 내렸다. 핸콕은 사형 선고를 받은 자들의 사형을 감독하는 데 지시를 받았다. 어떤 덜 잘린 공모자들, 특히 메리 서랫을 사형시키는 데 다루기 힘들었어도 핸콕은 그의 명령들을 수행하여 후에 "모든 군인은 내가 비슷한 상황 아래 한 것 처럼 행동할 수 밖에 없다."는 것을 썼다.