All Boys
Джильотти начал карьеру в клубе четвёртого дивизиона «Атлетико Хенераль Ламадрид». После успешного сезона он перешёл в «Архентинос Хуниорс», но так и не дебютировал за команду. Летом 2008 года Эммануэль присоединился к «Олл Бойз». 9 августа в матче против «Институто» он дебютировал в Примере B Насьональ. В этом же поединке Эммануэль забил свой первый гол за «Олл Бойз». По окончании сезона Джильотти перешёл в «Атлетико Тукуман». 3 сентября 2009 года в матче против «Уракана» он аргентинской Примере. 8 ноября в поединке против «Тигре» Эммануэль забил свой первый гол за «Атлетико Тукуман».