ديفيد نالبانديان
خلال فصل الخريف، لعب فيدرير أربع بطولات متتالية داخل الملاعب المغلقة في أوروبا. فاز بلقب بطولة فيينا بعد هزيمة بطل العالم السابق الأسباني كارلوس مويا 6–3، 6–3، 6–3، بعدها فشل في الوصول إلى المباراة النهائية في بطولات بازل مدينته التي يقطن بها، مدريد للماسترز ثم بطولة باريس للماسترز. في البطولة الختامية في هيوستن تمكن فيدرير للمرة الأولى من الفوز بلقبه الأول في كأس الأساتذة للتنس 2003. كمصنف ثالث في البطولة هزم في المباراة الافتتاحية بدور المجموعات أندريه أغاسي 6–7(3–7)، 6–3، 7–6(9–7) في مباراة مثيرة، ثم مضى بفوز ثان على الأرجنتيني ديفيد نالبانديان 6–3، 6–0، وقد هزم الأرجنتيني للمرة الأولى في مسيرته بعد خمسة هزائم متتالية. وكانت آخر مباراة في دور المجموعات لفيدرير ضد المصنف الثاني عالمياً خوان كارلوس فيريرو من إسبانيا الذي سقط أمام فيدرير 6–3، 6–1. في الدور قبل النهائي تمكن فيدرير من هزيمة بطل العالم الأمريكي أندي روديك 7–6(7–2)، 6–2. دخل فيدرير المباراة النهائية ضد بطل عام 1990 الأمريكي أندريه أغاسي وفاز عليه بمجموعات متتالية وبواقع 6–3، 6–0، 6–4.