Battle of Manzikert
しかし、衰亡しつつある東ローマはセルジューク朝の台頭に抵抗できず、そのアルメニア支配も持続はしなかった。セルジューク朝テュルクの軍勢は1048年からアルメニアに侵入し始め、1064年にはアニを急襲し、陥落させた。1071年のマラズギルトの戦いでのセルジューク朝の勝利によって、セルジューク朝によるアルメニア支配は決定的なものとなった（この際にも、アルメニア人の大規模なディアスポラ化が発生した）。しかし、スルタンのマリク・シャーは商業や芸術の振興、インフラの建設、外国語文化の保護といった政策をとったため、アルメニア人の商活動は一層の活発化をみせた。