Хорошо темперированный клавир
Не считая фуг к магнификатам Пахельбель написал около 30 фуг, большинство из которых трёх- или четырёхголосные. Некоторые написаны в простой двухчастной форме. Во времена Пахельбеля фуга ещё не достигла вершины развития, и он стал одним из композиторов, внесших большой вклад в развитие этой формы. Неудивительно поэтому, что очень немного его произведений можно охарактеризовать как имитационные ричеркары, не признавая их строгими фугами. Пахельбель также стал одним из первых композиторов, соединившим фугу с небольшой предшествующей пьесой, такой как прелюдия или токката. Нововведение Пахельбеля быстро завоевало популярность у европейских композиторов (например, цикл «Хорошо темперированный клавир» И. С. Баха состоит из 48 прелюдий и фуг).