Prague Spring
Din punct de vedere politic, avea vederi antisovietice, astfel, în timpul evenimentelor din mai 1968, numite Primăvara de la Praga, Zatopek s-a cățărat pe un tanc rusesc, cerându-le soldaților sovietici să se întoarcă acasă. Acest lucru i-a atras o serie de probleme, ca pierderea tuturor funcțiilor iar în ultimii ani a fost nevoit să lucreze într-o mină de uraniu, la Jáchymov.