Church of the Gesù
Интенсивные труды негативно сказались на его здоровье. Последнее поручение папы, который назначил его богословом-консультантом Тридентского собора, он выполнял уже будучи тяжело больным. 1 августа 1546 года Пётр Фавр скончался в возрасте сорока лет. Похоронен в главной церкви иезуитов Иль-Джезу.