Albirex Niigata
В декабре 2012 года Силва заключил контракт с японским клубом «Альбирекс Ниигата». Он сразу же освоился в Японии и в сезоне 2013 года был одним из лидеров команде, которая добилась лучшего результата в своей истории, заняв седьмое место в чемпионате. Среди всех игроков Джей-лиги Силва стал лидером по числу отборов. После этого Лео заключил с клубом новый контракт на пять лет. В 2014 году бразилец вошёл в символическую сборную Джей-лиги, три года подряд совершал больше всех отборов среди игроков лиги, а в 2016 году одним из японских спортивных изданий был назван лучшим легионером в истории чемпионата Японии, опередив соотечественника Дунгу. За четыре сезона в «Альбирекс Ниигата» Лео Силва сыграл 122 матча и забил 16 голов в Джей-лиге.