University of Alabama
1862年，墨菲被推举为第41阿拉巴马步兵团中校，但不久后他又选择回到阿拉巴马大学继续担任教务长。1865年，南北战争进入了到最后的阶段，南方败局已定。联邦军准将率领一个骑兵旅凭借之余威乘胜入侵阿拉巴马。当克劳克斯顿率部进入塔斯卡卢萨之时，墨菲集结仅有的300名阿拉巴马大学学生军与第41阿拉巴马步兵团残部配合，迎击1500人之众的联邦军队。由于人数和装备的绝对劣势，平均年龄只有十五岁左右的学生军很快不敌，旋即撤出战场，J·T·墨菲也在战斗中负伤。联邦军队随后火烧塔斯卡卢萨城和阿拉巴马大学，将这座邦联军队在南方最后几座重要补给据点之一彻底焚毁。不久，南北战争结束，墨菲回到阿拉巴马大学继续任教。