ヴァルキューレ作戦
しかし、1938年のオーストリア併合は音楽祭の流れを大きく変えてしまった。併合前後から歌手の出演に対する干渉が始まっており、併合不可避となった時点でトスカニーニ、ワルターなどユダヤ人音楽家やナチに反対する音楽家が去った。1939年の音楽祭は第二次世界大戦勃発に伴い途中で中止され、翌1940年にはナチの干渉がありながらも辛うじて開催されたが、「ドイツの"音楽祭"はバイロイトだけで十分だ」という理由で「ザルツブルク、音楽と演劇の夏」という名前に変えられた。1941年からはクレメンス・クラウスを音楽監督に据えて辛うじて継続したが、1944年の音楽祭は直前のヒトラー暗殺未遂事件（ヴァルキューレ作戦）の影響と「総力戦」の発令に空襲の危険から、フルトヴェングラー指揮ウィーン・フィルによるただ1回のコンサート（ブルックナーの交響曲第8番）と、シュナイダーハン四重奏団のコンサート1回、リヒャルト・シュトラウスの新作歌劇「ダナエの愛」のゲネラルプローベだけが行われた。そんな中、1938年にワルターの代役としてカール・ベームが初出演し、戦後一時期の活動自粛時期を除いて1980年まで音楽祭の中心として活躍することになる。カラヤンも1938年に本格的な初出演（以前に舞台の伴奏を指揮したことはある）をする予定であったが、指揮する予定の歌劇（「魔笛」）が選から漏れ、初出演は1948年まで待たされることになった。