Iglesia ortodoxa de Grecia
El gobierno otomano consideró a la Iglesia ortodoxa de Grecia y al Patriarcado Ecuménico de Constantinopla como las principales autoridades de toda la población cristiana ortodoxa del Imperio, sin importar su origen étnico. Aunque el Estado otomano no obligó a la población a convertirse al islam, los cristianos enfrentaron varias formas de discriminación, encaminadas a señalar su estatus inferior dentro del Imperio. Esta discriminación hacia los cristianos, sumada al maltrato de las autoridades otomanas locales, fueron la causa de muchas conversiones al islam, al menos superficialmente. En el , muchos «cripto-cristianos» regresaron a sus antiguas prácticas religiosas.