존 애덤스
해리슨은 1798년 6월 군직을 사임하고 존 애덤스 대통령이 그를 노스웨스트 준주 영토의 장관으로 임명하였다. 1799년 해리슨은 노스웨스트 준주로부터 의회로 처음으로 선출된 대의원이었다. 의회에서 해리슨은 서부의 토지들을 가난한 사람이 사들이는 데 충분하도록 작은 부분으로 나누는 법안을 통과시키는 데 토지 개발자들을 확신시켰다.