푸리에 변환
이온이 원운동을 하면서 전류를 생성하게 되는데 이 때 radio frequency는 이온들을 들뜨게 하여 측정 가능한 전류(image current)를 생성할 수 있도록 도와주게 된다. 이렇게 검출된 신호를 각 싸이클로트론 주파수에 대해 Fourier transform하게 되어 각 m/z ratio에 대한 정보를 얻을 수 있게 된다. 이러한 푸리에 변환-이온 싸이클로트론 공명 질량 분석기는 높은 분해능과 높은 정확도를 가진다는 장점이 있다.