نهر ميزوري
في 18 يناير 1803 أرسل جيفرسون رسالة سرية إلى الكونغرس يحثهم فيها على تطوير التجارة الهنود في وادي نهر ميزوري وأوصاهم بإرسال فريق استكشافي لتلك المنطقة، رغم أن تلك المنطقة تسيطر عليها إسبانيا وتملكها فرنسا. خصص الكونغرس النفقات اللازمة للحملة، وأشار الرئيس على لويس أن يتقدم نحو منبع نهر ميزوري ويعبر الجبال إلى المحيط الهادئ. وبموافقة من الرئيس، اختار لويس أن يرافقه الملازم وليام كلارك وهو صديق قديم وأحد رفاقه في الجيش. تم وضع الترتيبات تحت إشراف وزارة الحرب، وظلت تجهز بسرية حتى أتت الأخبار أن فرنسا باعت لويزيانا للولايات المتحدة.