Francis Xavier
حوالي 48.1% من سكان مالوكو من أتباع الديانة المسيحية ويعتنق حوالي 41.6% من السكان المذهب البروتستانتي في حين أنَّ 6.7% من السكان من أتباع المذهب الروماني الكاثوليكي. في حين كان التأثير الديني البرتغالي على ملقا وسومطرة صغير جدًا، كانت مهمتهم إلى مالوكو، وهي جزر التوابل الهامة من الأرخبيل الشرقي، أكثر أهمية. هبطوا أولا في أمبون، حيث استقطبوا السكان الأصليين بالفعل ووجد البرتغاليون أنفسهم متحالفين مع أولو سيوا، والتي جعلت معارضتهم للولي-ليما المسيحية خيارًا جذابًا. وسعت سلطنة تيرنات الإسلامية إلى رعاية البرتغاليين، وتقدم الاحتكار التجاري في مقابل الدعم العسكري ضد الممالك المحلية المتنافسة. في عام 1534، تم تأسيس أول طائفة كاثوليكية في هالماهيرا، نتيجة لنداء إلى البرتغاليين للحماية من هالماهيرا ضد التوغلات التيرناتية الحماية المقدمة على شرط التحول إلى المسيحية. وقد أدى المزيد من التبشير إلى تحول العديد من نبلاء تيرنات إلى المسيحية، في حين عمل المبشر اليسوعي فرنسيس كسفاريوس والذي عمل في أمبون وجزيرة تيرنات وموروتاي في هالماهيرا بين عام 1546 وعام 1547. ويقال انه قد تعمد خمسمائة شخص على يد فرنسيس كسفاريوس. رفض السلطان هايرون من سلطنة تيرنات التحول إلى المسيحية، كمدافع عن العقيدة الإسلامية، وشن ابنه الحرب ضد البرتغاليين وحلفائهم المسيحيين المحليين. ونتيجة لذلك، تم التخلي عن البعثة اليسوعية تقريبا في عام 1573، وقتل المسيحيون أو تم اجبارهم على اعتناق الإسلام. ولم ينج القاطنين حول الحصن اليسوعي في أمبون. خلال الحقبة الإستعمارية عاد نشاط البعثات المسيحية وجذبت العديد من السكان المحليين. وتم دعم الطائفة المسيحية من خلال إنشاء العديد من المدارس البروتستانتية.