Индианский университет в Блумингтоне
В 1981 году закончил Индианский университет в Блумингтоне, где в течение двух лет играл за команду «Индиана Хузерс», в которой провёл успешную карьеру под руководством тренера, члена Зала славы баскетбола, Боба Найта. В сезоне 1980/1981 годов «Хузерс» стали чемпионами Национальной ассоциации студенческого спорта (NCAA), а Айзея Томас был признан самым выдающимся игроком этого баскетбольного турнира. В финальном матче «Хузерс» переиграли команду Джеймса Уорти «Северная Каролина Тар Хилз» со счётом 63—50, в которой Томас стал лучшим игроком своей команды, набрав 23 очка. По итогам сезона Томас был включён в 1-ю всеамериканскую сборную NCAA.