Peter and Paul Fortress
臨時政府首相となったゲオルギー・リヴォフは、プロトポポフが希望するなら「病気」を理由に内相の辞任を認めると言及した。「辞任」したプロトポポフはゴリツィンら元閣僚と共にペトロパヴロフスク要塞に収監された。収監後、ペトロパヴロフスク要塞でによる取り調べを受けたプロトポポフは、内相時代の活動について詳細な供述調書を書いたが、やがて幻覚に苦しむようになり、軍病院に搬送された。十月革命が発生してボリシェヴィキ政権が樹立されると、チェーカーによってモスクワで処刑された。