基因治療
過去認為將腺相关病毒用於基因治療時，反向重复序列是病毒基因組中唯一需與轉入的基因順式（"in cis"）組裝的元件，"cap"與"rep"蛋白皆可反式（"in trans"）導入，但有新研究結果顯示"rep"基因編碼區域中有一稱為順式rep依賴型元件（cis-acting Rep-dependent element，簡稱CARE）的序列與轉入的基因順式組裝時也可促進病毒的複製與組裝。