Petrusakten
Die "Kirchenväterkommission" der Berlin-Brandenburgischen Akademie der Wissenschaften beauftragte Schmidt mit der Veröffentlichung des Codex Brucianus und der Pistis Sophia im Rahmen der Publikationsreihe "Die griechischen christlichen Schriftsteller der ersten drei Jahrhunderte". Für die Herausgabe des inzwischen stark zerstörten Codex Brucianus konnte Schmidt auf die Abschriften von Karl Gottfried Woide und Moritz Gotthilf Schwartze zurückgreifen, die entstanden, als der Codex noch in besserem Zustand war. Er gab die Petrusakten und die Paulusakten heraus. 1909 wurde er außerordentlicher Professor an der Universität Berlin, 1921 Honorarprofessor und 1928 ordentlicher Professor für Kirchengeschichte sowie koptische Sprache und Literatur. Schmidt war zusammen mit Harnack Herausgeber der "Texte und Untersuchungen zur Geschichte der altchristlichen Literatur". Carl Schmidt bearbeitete auch manichäische Handschriften und spielte eine wichtige Rolle beim Erwerb von koptischen Manuskripten für die Berliner Papyrussammlung, darunter der Codex Berolinensis Gnosticus 8502. Schmidt war Mitglied der Deutschen Morgenländischen Gesellschaft und der Gesellschaft für Kirchengeschichte.