Escherichia coli
每個人每天平均從糞便中排出1011到1013個大腸桿菌。各種糞便細菌和類似的生活在土壤或植物降解物中的細菌（最常見的是產氣腸桿菌，學名"Enterobacter aerogenes"）一起被歸爲“大腸桿菌群”（）。大腸桿菌群不形成內孢子，可在膽鹽存在下生長，革蘭氏陽性菌則否，該菌群可以利用乳糖並產氣，這個特性可以用來當概略性菌群的判定基礎，因為大腸桿菌群容易培養，而且容易跟其他菌分辨，所以是理想的指標菌，除非有特別的異形菌存在增加鑑定的困難度外，異常的乳糖發酵代表衛生可能有問題。