Dinastía Yuan
El idiota uigur, Barchukh, se presentó voluntariamente. (r.1206-1227) y se le dio su hija, Altani (ᠠᠯᠲᠠᠨ) en 1209. A partir de la década de 1260, fueron controlados directamente por la Dinastía Yuan del Gran Khagan Kublai. (r.1260-1294). A partir de la década de 1270, los príncipes mongoles, Qaidu y Duwa, de Asia Central, lanzaron repetidamente incursiones en Uighurstan para tomar el control del Yuan. La mayoría de los uigures, incluida la dinastía gobernante, huyeron a Gansu. (bajo la dinastía Yuan) debido al conflicto entre los mongoles. Las tropas uigures sirvieron a la maquinaria de guerra mongola en Asia Central, China y Oriente Medio. Debido a que eran una de las muchas naciones altamente desarrolladas bajo los mongoles, los uigures ocupaban altos cargos en la corte mongola. Tata-tunga fue el primer escriba de Genghis Khan y cerebro detrás de la escritura uigur-mongoliana que los mongoles usaban hasta ahora. El fundador del Beylicato de Eretna (1335-1381) en Anatolia era un comandante uigur del Ilkanato.