조큐의 난
고시라카와 법황의 뒤를 이어 원정을 행했던 손자 고토바 상황은 당시 가마쿠라 바쿠후의 쇼군 미나모토노 사네토모의 암살을 호기로 삼아 가마쿠라 바쿠후를 무너뜨리고 황권의 부흥을 꾀했지만 실패했고(조큐의 난), 오히려 상황 자신은 유배되고 황권의 저하 및 싯켄(執權) 호조(北條) 집안의 정치 개입을 초래했다. 조큐의 난 이후 즉위한 고호리카와 천황의 아버지가 예외적으로 황위도 거치지 않고 원정을 행하는(고다카쿠라인) 해괴한 사태까지 발생하고 있다. 조큐의 난 이후 원정은 공가 정권의 중추로 그 역할을 다했다. 특히 조큐의 난 이후 처음으로 본격적인 원정을 행하게 된 고사가인(後嵯峨院) 때에 원정의 여러 제도가 정비되었는데, 고사가인은 주사(奏事, 헨칸이나 쿠로우도에 의한 상주)를 전하는 직무인 전주(傳奏)를 제도화하고, 인이 가마쿠라 바쿠후의 효죠슈(評定衆)와 함께 상론(소송)에 관여하는 인효죠(院評定)를 확립하는 등 원정의 기능 강화에 애썼다.