أنصار الدين
هناك مجموعة أخرى مهيمنة من الطوارق، وهي جماعة أنصار الدين الإسلامية التي حاربت في البداية جنبًا إلى جنب مع حركة تحرير أزواد ضد الحكومة. على عكس حركة تحرير أزواد، لم تسعَ حركة أنصار الدين إلى الاستقلال بل لفرض الشريعة الإسلامية في مختلف أنحاء مالي. كان زعيم الحركة إياد أغ غالي جزءًا من التمرد الذي وقع في أوائل التسعينيات، وأفادت التقارير بارتباطه بجناح تابع لتنظيم القاعدة في بلاد المغرب الإسلامي بقيادة قريبه حمادة أغ حماة، إلى جانب دائرة الاستعلام والأمن الجزائرية.