Yersinia pestis
19世紀末的第三次鼠疫大流行中發現鼠疫桿菌及鼠疫傳播方法後，大部份醫學及歷史學家，都認為14至16世紀肆虐歐亞的黑死病，是鼠疫的一次大流行。有研究質疑這種說法，認為黑死病只有部份特徵與「鼠疫第三次大流行」相近，懷疑真正導致14世紀黑死病的，可能其實是另一種仍未發現的病原體，不过近年研究已经证实。查士丁尼大瘟疫以及黑死病，均是由鼠疫杆菌引起，和鼠疫第三次大流行属于同一种致病菌。不过尚不能排除有其他病原体共同作用的可能。