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林敬三獲得了東大學士學位後，即進到內務省上班，展開公務員生涯，先是於1929年經委任為所屬文官，1932年及1935年則分別獲得京都府社會課長、神奈川縣社會課長之職。1941年3月後，他加入內閣工作，並於1942年出任該院第一部第一課課長。1943年，林同時兼任內閣參事與法制局参事，1944年裡還陸續歷任內務監察官、內務省地方局總務課長和行政課長等職務。