Deportivo Cuenca
В начале 2016 года Хуан на правах свободного агента перешёл в эквадорский «Депортиво Куэнка». 7 февраля в матче против «Индепендьенте дель Валье» он дебютировал в чемпионате Эквадора. 23 июля в поединке против «Индепедьенте дель Валье» Сеговия забил свой первый гол за «Депортиво Куэнка».