난보쿠초 시대
문헌 사료에 나오는 가장 오래된 무라카미 수군의 기록은 [[1349년]]의 것으로, 노지마 무라카미 씨가 교토 도지(東寺) 소속의 영지였던 유게 장원(弓削庄) 부근에서 해상 경호를 청탁받았다고 하는 것이다. [[난보쿠초 시대|남북조 시대]]에는 인노시마, 유게시마(弓削島) 등을 중심으로 세토 내해의 제해권을 장악했고, 해상 거점마다 관문을 두어 통행세를 거두었으며 물길 안내인을 보내거나 해상 경호 청부 등을 맡아 활약했다.