Apra Harbor
1965年6月にゴールド班乗組員はグアムのアプラ港でブルー班と交代する。ストーンウォール・ジャクソンは続く5年にわたって同港を拠点として哨戒任務を行った。1970年の春に大西洋艦隊に配属替えされる。4月23日、特別任務のため真珠湾を出港し、5月7日にパナマ運河を通過、大西洋艦隊に合流し第5潜水小艦隊 ("Submarine Flotilla 5, SubFlot 5") から第6潜水小艦隊 ("SubFlot 6") に配属された。8日後にストーンウォール・ジャクソンはコネチカット州ニューロンドンに到着した。