University of Strasbourg
В 1762 году был направлен в Страсбургский университет, где изучал медицину. Вёл из Страсбурга переписку с М. В. Ломоносовым, который готовил Лепёхина к занятию кафедры ботаники в Академии наук. Окончил университет в 1767 году со степенью доктора медицины.