Balabac Strait
太平洋戦争開戦時には姉妹艦の伊124とともに第6潜水戦隊第9潜水隊を編成。1941年11月、伊123は横須賀を出港して海南島三亜に寄港。太平洋戦争緒戦のフィリピンの戦いには「伊号第百二十三潜水艦」と「伊号第百二十四潜水艦」の2隻のみが投入された。2隻は12月1日に三亜より出撃した。「伊号第百二十三潜水艦」は横舵故障により潜航不能となったが、12月7日にボルネオ島北方のバラバク海峡に88式繋留触発機雷40個を敷設した。この時敷設した機雷で米潜水艦フライアー ("USS Flier, SS-250") を撃沈している。12月9日、カムラン湾に帰投。