United States Strategic Command
E-6の初飛行は1987年6月18日に行われた。1989年より部隊配備が始まり、1992年までに16機が生産された。当初の愛称はギリシャ神話の神にちなんだ「ハーミーズ」であったが、この愛称はヘルペスに似ていたため搭乗員から不評であり、1991年に同じ神のローマ神話での名前である「マーキュリー」に変更されている。空軍のEC-135ルッキング・グラス()退役に伴い、通信中継のみではなく、それまで同機が担っていた戦時におけるアメリカ戦略軍空中指揮機（コマンドポスト）の任務が付与され、通信機材の更なる増強などの改造が全機に対して行われた。この型はE-6Bと呼ばれ、1997年12月に初号機の改装が完了、1998年10月より就役を開始し、2003年までに全機の改装が完了した。