Queenston, Ontario
米英戦争のとき、スコットは1812年のクィーンストン・ハイツの戦いで捕虜になったが、捕虜交換で釈放された。スコットはワシントンに戻り、イギリス軍がクィーンストン・ハイツで捕まったアイルランド系の13名の戦争捕虜を処刑したことに対し、イギリス兵の戦争捕虜に対して懲罰的処置を取るよう上院に圧力をかけた。イギリス軍は処刑した捕虜をイギリス軍の支配下にあるものとみなして、反逆者として処刑していた。上院はスコットの訴えによって議案を提出したが、大統領のジェームズ・マディソンは戦争捕虜の略式処刑は文明国では価値が無いと考え、議案の実行を拒否した。1814年3月、スコットは名誉准将となった。7月にはナイアガラ方面作戦でアメリカ軍第1旅団を率い、チッパワの戦いで決定的な勝利を挙げた。激戦であったランディーズ・レーンの戦いでは負傷したが、アメリカ軍の指揮官ジャコブ・ブラウン少将やイギリス軍の指揮官ゴードン・ドラモンド中将もこの時負傷した。この時受けたスコットの傷は重く、米英戦争の残りの期間は従軍できなかった。