Salivary gland
有些內源性反轉錄病毒和LTR反轉錄轉座子被細胞用作調控自身基因表現的一種方式。LTR序列插入基因的5'後可能被用作啟動子或強化子影響基因表現，在某些案例中甚至可影響下游約70kb處基因的表現。人類基因的啟動子中即有完整的內源性反轉錄病毒序列，可調控其在唾腺的表現；基因主要的啟動子也是來自內源性反轉錄病毒的LTR。有些案例中，內源性反轉錄病毒的序列成為基因新的啟動子，進而影響基因表現的組織種類，生殖組織中即有許多此類案例，例如編碼芳香化酶的CYP19基因在大部分哺乳類中表現於腦部與生殖器官，但在靈長類中，因內源性反轉錄病毒LTR的插入而可在胎盤細胞中轉錄出一個5端序列卻有差異的mRNA（transcript variant），進而在胎盤中表現蛋白，影響懷孕時雌激素的水平。、和也都由啟動子的LTR序列調控其在胎盤的表現，這些現象顯示LTR可能可與胎盤表現的轉錄因子結合，也能是胎盤DNA缺乏甲基化而不抑制其表現所致。另外有假說認為胚胎中深入胎盤的滋胚層細胞可能利用內源性反轉錄病毒抑制母體的免疫反應，以避免受到母體免疫細胞的攻擊，此機制可能對胎生的演化相當重要。