バハーイー教
一方、バハーイー教（イラン最大の宗教的マイノリティー）は、非公認で迫害の歴史がある。バハーイー教は19世紀半ば十二イマーム派シャイヒー派を背景に出現したバーブ教の系譜を継ぐもので、1979年の革命後には処刑や高等教育を受ける権利を否定されるなど厳しく迫害されている（これについてはバハーイー教の迫害およびイランの宗教的マイノリティー、イランにおける宗教的迫害を参照）。ホメイニー自身もたびたび、バハーイー教を「邪教」と断じて禁教令を擁護していた。歴史的にはマニによるマニ教もイラン起源とも言える。またマズダク教は弾圧されて姿を消した。