독립행정법인
기구면에서는 1950년(쇼와 25년)에 문화재보호위원회가 설치되면서 도쿄 국립박물관은 위원회의 부속 기관이 되었다. 문화재보호위원회가 1968년(쇼와 43년)에 폐지되고 문화청이 신설됨에 따라 박물관은 문화청의 부속 기관이 되었다. 중앙성청의 재편에 수반하여 독립행정법인제도가 발족된 2001년(헤이세이 13년)에는 독립행정법인 국립박물관의 관할하로 옮겨져 2007년(헤이세이 19년)에 독립행정법인 국립문화재기구의 시설이 된다.