Historische Musikwissenschaft
Seit 2008 hat Henke den Lehrstuhl für Historische Musikwissenschaft an der Universität Siegen inne. Von 2013 bis 2015 war er parallel dazu Forschungsgastprofessor der Donau-Universität Krems. Er ist Herausgeber der Reihe "Si! Kollektion Musikwissenschaft", die im UniverSi Verlag Siegen erscheint.