Estado secreto polaco
Las actitudes en la República Socialista Soviética de Lituania fueron similares a las de los funcionarios de Bielorrusia. El partido comunista lituano estaba dirigido por una facción nacionalista, que apoyaron la eliminación de la intelectualidad polaca, sobre todo de la muy disputada región de Vilna. La ciudad de Vilna se consideraba a sí misma como la capital histórica de Lituania, aunque a principios del siglo XX, su población era en un 60% polaca, 30% judía y solo un 2-3% se autodenominaban lituanos. La población rural polaca se vio sin embargo, muy importante para la economía, y un blanco fácil para las políticas de asimilación (Lituanizacion). La repatriación de los polacos de Vilna, por otro lado, se fomentó y se facilitó una rápida despolonizacion y lituanizacion de la ciudad. Por otro lado, la ideología lituana declaró que muchos de los individuos que se declaraban a sí mismos como polacos, eran de facto futuros lituanos. Una vez más, se negó a la población rural el derecho a salir de Lituania debido a su falta de documentación legal de pre-guerra que documentase su ciudadanía polaca. Contrariamente a un acuerdo con Polonia, muchas personas fueron amenazadas con el pago de deudas o con arrestos si decidían la repatriación. Individuos relacionados con la resistencia polaca (Armia Krajowa y Estado secreto polaco) fueron perseguidos por las autoridades de la ocupación soviética. Al final, sólo el 50% 400.000 personas registradas como polacas fueron deportadas. Dovile Budryte estima que alrededor de 150.000 personas fueron deportadas.