Ernährungssicherung
Er war Mitglied des Zentrums für tropische und subtropische Landwirtschaft. Zu Heidhues’ Hauptforschungsgebieten zählten Strategien zur Armutsreduzierung, Ernährungssicherung, nachhaltigem Management natürlicher Ressourcen und Institutionenentwicklung im ländlichen Raum mit besonderer Orientierung auf ländliche Finanzmärkte in Subsahara-Afrika und Südostasien. Er befasste sich überdies mit gesamtwirtschaftlichen und ökologischen Bewertungsproblemen von Innovationen.