アカパンカビ
ビール酵母 ("Saccharomyces") および分裂酵母 ("Schizosaccharomyces") のDNAメチル化レベルは非常に低いが、モデル糸状菌アカパンカビ ("Neurospora crassa") はよく特徴付けられたメチル化システムを有している。アカパンカビにおいていくつかの遺伝子がメチル化を制御し、DNAメチルトランスフェラーゼ "dim-2" の変異は全てのDNAメチル化を抹消するが成長や有性生殖には影響を与えない。アカパンカビゲノムにおける反復DNA は非常に少ないが、メチル化の半分はトランスポゾンの残骸やDNA動原体を含む反復DNAで起こる。DNAメチル化酵素が欠損した遺伝的背景におけるその他の重要な現象を評価できることにより、アカパンカビはDNAメチル化の研究において重要なモデル系となっている。