Popish Plot
治世の晩年は、カトリック信仰を宣言したヨーク公ジェームズの王位継承問題で議会が紛糾し、カトリック陰謀事件やライハウス陰謀事件が起こり、王位排除法案が提出されるまでになった。ジェームズの排除により、代わりにプロテスタントで庶子のモンマス公ジェームズ・スコットが王位継承者に想定されたが、チャールズ2世は王権の侵害として頑なにモンマスへの継承を認めようとしなかった。その際、ジェームズの王位継承を認めるグループが「トーリー党」（後の保守党につながる）、認めないグループは「ホイッグ党」（後の自由党につながる）と称され、これが二大政党制の起源ともいわれる。しかし、これらのグループ内で離合集散が繰り返されており、この段階で今日のような政党が成立していたわけではない。