Gulf of Finland
據當晚的天氣預報，芬蘭灣附近海面有暴風雨，風速每秒可能會超過20米，但按照愛沙尼亞號的設計，當日風浪並不會對船隻造成威脅。9月28日00:00左右，愛沙尼亞號駛至芬蘭灣口于特島（）附近海面，當時的風速高達了每秒27米，此時輪船突然劇烈晃動，隨后船艙便開始進水。