Deportivo Maldonado
Себальос начал профессиональную карьеру в клубе «Депортиво Мальдонадо». 22 марта 2014 года в матче против «Пласа Колония» он дебютировал в уругвайской Сегунде. 28 октября в поединке против «Торке» Хоакин забил свой первый гол за «Депортиво Мальдонадо».