Хувентуд Лас-Пьедрас
Летом 2012 года Хуан присоединился к «Атлетико Тукуман». 12 августа в матче против «Крусеро-дель-Норте» он дебютировал за новую команду. 30 марта 2013 года в поединке против «Депортиво Мерло» Кобелли забил свой первый гол за «Атлетико Тукуман». Летом того же года Хуан перешёл в уругвайский «Суд Америка». 18 августа в матче против «Хувентуд Лас-Пьедрас» он дебютировал в уругвайской Примере. В этом же поединке Хуан забил свой первый гол за «Суд Америку».