Indian rhinoceros
Zusammen mit seinem nächsten Verwandten, dem Java-Nashorn, gehört das Panzernashorn zur Gattung "Rhinoceros", welche durch ein einzelnes Horn auf der Nase charakterisiert ist. Innerhalb der Gattung "Rhinoceros" stellt das Panzernashorn aufgrund der Zahnmorphologie die etwas modernere Form dar. Die stammesgeschichtlichen Linien von Panzer- und Java-Nashorn trennten sich molekulargenetischen Untersuchungen zufolge bereits vor etwa 11,7 Millionen Jahren. Weiterhin sind beide Nashornarten Teil der Untertribus Rhinocerotina. Die zu den Rhinocerotina nächstverwandte Gruppe sind die Dicerorhinina, zu denen das Sumatra-Nashorn ("Dicerorhinus sumatrensis") als einzige überlebende Art gehört. Die Auftrennung dieser beiden Gruppen erfolgte vor etwa 26 Millionen Jahren. Es liegen aber für die einzelnen Diversifizierungszeiträume auch deutlich jüngere Daten vor. So trennten sich die Rhinocerotina und Dicerorhinina erst vor gut 14,8 Millionen Jahren, während sich erstere vor 4,3 Millionen Jahren aufspalteten.