Nuba Mountains
Das Naivasha-Abkommen hatte an verschiedenen Stellen die Frage nach den Grenzen des zukünftigen Staatsgebietes des Südsudan offengelassen. Dies betraf vor allem die Regionen Abyei, die Nuba-Berge und Southern Blue Nile, die zu "Transitional Area" erklärt wurden, über deren Zugehörigkeit später entschieden werden sollte. Für die Region Abyei wurde ein Referendum geplant, in dem sich die Bevölkerung über die Zugehörigkeit zum Norden oder Süden äußern sollte. Für die Nubaberge und Teile des Bundesstaates An-Nil al-azraq (Blauer Nil), die geographisch eindeutig im Nordsudan liegen, kulturell aber dem Süden nahestehen und wo daher Teile der Bevölkerung auf Seiten des Südens im Bürgerkrieg gekämpft hatten, waren ebenfalls Volksbefragungen ("Popular Consultations") vorgesehen.