Мотагуа
Перейра начал карьеру в клубе «Мотагуа». 20 ноября 2014 года в матче против «Платенсе» он дебютировал в Лиге Насьональ. 9 августа 2015 года в поединке против «Виктории» Марсело забил свой первый гол за «Мотагуа».