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오바타는 1885년, 지금의 고치현인 도사 번 출신의 남작 고바타 요시네 (小畑美稲)의 셋째 아들로 태어났다. 1904년 일본 육군사관학교를 16기로 졸업하고, 소위 임관후 근위보병 제1연대, 보병 제49연대를 거쳐 모오카수비대장을 역임하였다.