Calocedrus decurrens
Der wichtigste Stammfäuleerreger ist der nur an der Weihrauchzeder vorkommende Weißporling "Tyromyces amarus", andere Pilze können die im Holz vorhandenen Abwehrstoffe kaum überwinden. Bei Befall entstehen zahlreiche taschenförmige Faulstellen, welche die Stabilität des Stammes stark vermindern und damit die technische Verwertbarkeit ausschließen. In der Sierra Nevada sind über drei Viertel der Bäume von diesem Erreger befallen. Da starke Schäden erst bei Bäumen über 200 Jahren auftreten, sind jedoch die Auswirkungen auf Wirtschaftswälder mit deutlich kürzeren Umtriebszeiten gering. Weniger bedeutende Stammfäuleerreger sind der Kiefern-Braunporling "Phaeolus schweinitzii" und der Kiefern-Feuerschwamm "Phellinus pini". Ausfälle verursachen auch Wurzelpathogene wie der Gemeine Wurzelschwamm ("Heterobasidion annosum"), der Porenschwamm "Poria weirii" und der Gemeine Hallimasch ("Armillaria mellea"). Der rindenbewohnende Rostpilz "Gymnosporangium libocedri" verursacht Triebanschwellungen und Hexenbesenbildung und bringt auch einzelne Zweige zum Absterben. Dabei handelt es sich um einen wirtswechselnden Pilz, der als Zwischenwirte Rosengewächse (Rosaceae) wie Weißdorn- ("Crataegus") und Felsenbirnenarten ("Amelanchier") nutzt. Weitere Erreger sind der Schwarze Schneeschimmel ("Herbotrichia nigra") und der Rindennekrosen verursachende "Seiridium cardinale", der Auslöser des Zypressensterbens.