Ägyptische Expedition
Gemeinsam mit Cuvier schrieb Hilaire fünf Artikel über die Naturgeschichte ("Sur la classification des mammifères", 1795). In seiner Schrift "Histoire des Makis, ou singes de Madagascar" (1796) brachte er erstmals seine Ansicht von einem einheitlichen Plan in der Entwicklungsgeschichte der Lebewesen zum Ausdruck. Er begleitete Napoléon Bonapartes Truppen von 1798 bis 1801 als Wissenschaftler nach Ägypten (Ägyptische Expedition).