Рекопа Южной Америки
В 2000 году Кордоба уехал в перуанский «Спортинг Кристал». В новом клубе он сразу завоевал место в основном составе и провел весь сезон почти без замен. В футбольной лиге Перу он провёл 40 матчей и забил 8 мячей. В 2001 году Фернандо подписал контракт с парагвайской «Олимпией». В 2002 году в составе клуба из Асунсьона он выиграл Кубок Либретадорес, а в 2003 году Рекопа Южной Америки. После «Олимпии» в 2004 году Кордоба вернулся в Аргентину, где выступал за «Кильмес». В 2005 году он завершил карьеру футболиста в команде «Бельграно».