로마 교황청
더불어 제2차 바티칸 공의회의 제3회기와 제4회기 사이에 바오로 6세는 로마 교황청 기구 개편, 교회법 개정, 가톨릭 신자와 다른 종교 신자의 혼인에 대한 규정, 산아 제한에 대한 입장 표명 등 여러 굵직한 현안들을 능숙하게 처리하였다.