スールー王国
1963年9月から1964年5月まで、両国間の外交関係は、かつてスールー王国の一部であった北ボルネオの東部に対するフィリピン側からの要求をめぐる紛争のために途絶えた。この外交関係は、1968年から1969年にかけて、同じ理由で再び途絶えた。