墾丁國家公園
至於野生族群則是位於墾丁國家公園，多年來外界質疑台灣原生種早已滅絕，復育的多屬引進、雜交品種，但台大動物科學技術系教授朱有田，受墾丁國家公園管理處委託進行多年的基因比對研究，發現450年前的台灣古代梅花鹿與目前墾丁梅花鹿粒線體序列相同，近年再分析80頭墾丁梅花鹿母系粒線體與父系Y染色體基因序列，也未發現其他鹿科或非台灣梅花鹿DNA序列，相關指標也呈現未受民間雜交的「紅鹿」基因滲入(以往民間鹿場為增加鹿茸產量，將梅花鹿與 Cervus elaphus 雜交)。二十餘年的墾丁社頂自然公園復育野放計畫十分成功，經過多次野放及定期調查，目前在墾丁國家公園野生梅花鹿總數已達過兩千隻以上，且有持續上升之勢，也引起野放在其他原棲地的聲浪，目前也有民間保育團體墾丁鹿境持續與墾丁國家公園管理處共同復育。另一野生族群則是位於綠島，則是由以前島民飼養後溢出的個體組成的野生族群，總數也已經超過兩百隻，但是梅花鹿對於綠島來說仍是外來種，也引起不同的意見。