Croatian War of Independence
أحد التفسيرات لهذا الانخفاض السكاني الأخير هو حرب الاستقلال الكرواتية. ففي خلال الحرب شُرِدت قطاعات كبيرة من السكان مع زيادة الهجرة. في عام 1991، في المناطق ذات الأغلبية الصربية، أكثر من 400,000 من الكروات والعرقيات الأخرى من غير الصرب هجّروا بإزالة منازلهم من قبل القوات الصربية الكرواتية أو فروا من العنف. وفي عام 1995، خلال الأيام الأخيرة من الحرب، أكثر من 120,000 وهرب حوالي 200,000 صربي من البلاد قبل وصول القوات الكرواتية أثناء عملية العاصفة. وخلال العقد الذي تلا نهاية الحرب، عاد من اللاجئين الصرب حوالي 117,000 من 300,000 نزحوا من كرواتيا خلال فترة الحرب، معظم الصرب المتبقيين في كرواتيا يعيشون في المناطق المحتلة في حرب الاستقلال الكرواتية. بعض الصرب استقروا في المناطق التي سكنوها سابقاً قبل الحرب، في حين أن بعض المستوطنات الصربية السابقة بكرواتيا تمت تسويتها بالأرض من قبل اللاجئين الكروات من البوسنة والهرسك، ومعظمهم من جمهورية صرب البوسنة.