菲律賓政府
此後，與菲律賓政府爆發了。9月28日，經過戰鬥後菲律賓政府軍獲勝，邦薩摩洛實際上已經喪失所有實質控制的領土。然而，MNLF仍然持續爭取邦薩摩洛的獨立。