約翰·伯戈因
林肯的軍事能力很快便受到考驗。他在邦德溪戰役中遭到英軍突襲，幾乎被俘。由於林肯此前沒有任何實戰經驗，令到約翰·亞當斯等議會領袖對他的任命抱有質疑。不過華盛頓及彌敦內爾·格連等高級將軍卻一致為林肯辯護，重申林肯有實際才華。1777年7月，約翰·伯戈因率領英軍由加拿大南下。當時提康德羅加堡的守將阿瑟·聖克萊及北軍指揮官菲力·斯凱勒礙於兵力懸殊，而選擇棄堡撤退。兩人雖然在戰略上令到伯戈因飽受拖延，但新英格蘭地區卻對提康德羅加堡不戰而退極為憤怒，部分新英格蘭民兵更拒絕聽命兩人。華盛頓隨即派林肯到紐約，指揮及安撫新英格蘭地區的民兵，而議會最終改為任命霍雷肖·蓋茨接掌北軍。