قياس التدفق الخلوي
لهذه التكنولوجيا تطبيقات في العديد من المجالات، بما في ذلك البيولوجيا الجزيئية وعلم الأمراض، وعلم المناعة، وعلم الأحياء النباتية والأحياء البحرية. كما أن لها تطبيقاً واسعاً في الطب (وخاصة في زراعة الأعضاء، أمراض الدم، علم مناعة الأورام والعلاج الكيميائي وعلم الوراثة والجينات، وفرز الحيوانات المنوية لاختيار الجنس مسبقاً). في علم الأحياء البحرية يمكن استغلال خصائص الوميض الفلورسينتي الذاتي في عوالق التمثيل الضوئي بواسطة أجهزة قياس التدفق الخلوي من أجل تحديد مدى وفرة تلك العوالق الهيكل البنائي لمجتمعاتها. في مجال هندسة البروتين، يتم استخدام قياس التدفق الخلوي بالتزامن مع عرض الخميرة والعرض البكتيري لتحديد تنوعات من بروتينات السطح المعرضة cell surface- displayed proteins ذات خصائص مرغوبة. كما أنها تستخدم لتحديد عدد مجموعات الكروموسومات في سمك الشبوط العشبي grass carp fry.