地域党
大統領選挙敗退後、彼は中央政界では公的役職についていなかったが、地域党党首として最高会議内で隠然たる勢力を維持していた。ユーリヤ・ティモシェンコ内閣総辞職後、政権側と与野党間の妥協とも言うべき協力宣言に署名し、ユーリー・エハヌロフ首相の2度目の承認決議では彼の会派は全面賛成に回った。しかし、2006年初頭に天然ガス問題がロシアとの間で生じると、政権批判に回り、エハヌロフ内閣不信任決議の立役者となった。このように、ヤヌコーヴィチはユシチェンコ政権の数々の失政により、漁夫の利的に人気を回復し、2006年3月に行われた最高会議選挙で、彼の地域党は比例区32.12%（450議席中186議席）を獲得し、第一党に躍り出た。議会では、地域党は社会党、共産党と連合を組むことで多数派を構成し、2006年8月4日に賛成271票を得て議会承認され首相職に返り咲いた。2007年9月に行われた選挙では、ヤヌコーヴィチを名簿順位第一位に据えた地域党が再び第一党の地位を確保したものの、連合工作で過半数に届かず、野党にまわった。