Западное полушарие
В 1942 году вместе с Л-15 была выбрана для усиления Северного флота и 24 сентября отправилась в переход из Петропавловска-Камчатского через Панамский канал в Полярный. 25 сентября 1942 года в 8.25 Л-16 вышла из порта под командованием Д. Ф. Гусарова совместно с Л-15 под командованием капитана 3 ранга (впоследствии капитан 2 ранга) Комарова Василия Исаевича в поход для перебазирования на Северный флот. 29 сентября 1942 года лодки пересекли 180-й меридиан и вошли в Западное полушарие. Американский сторожевик встретил подлодки у о. Уналашка. 1 октября 1942 года в 15.40 лодки ошвартовались у пирса военно-морской базы США Датч-Харбор. 5 октября 1942 года в 8.00 лодки вышли из порта Датч-Харбор. 11 октября 1942 года в 11.00 Л-16 на подходах к Панамскому каналу была торпедирована.