Operation Southern Watch
1998年にはリムパック '98 に参加し、その後ペルシャ湾に向かう。12月19日、デザート・フォックス作戦の支援として空襲を行い、その後サザン・ウォッチ作戦の支援を行う。これらの航空支援は1999年3月まで継続した。1999年7月にカール・ヴィンソンはピュージェット・サウンド海軍造船所に入渠し、11ヶ月のオーバーホールおよび改修が行われた。その費用は2億3000万ドル以上が費やされた。改修後の整調は2000年まで継続した。