Alfonso Soriano
にはチームの中軸として、自身初となる30本塁打・20盗塁を記録。この年にこれを達成したのは、リーの他にはアルフォンソ・ソリアーノしかいない。マーリンズはワイルドカードとしてポストシーズンに進出し、ワールドシリーズに出場。同シリーズでもヤンキースを4勝2敗で下し、世界一となった。リーはリーグ優勝決定戦で打率.188・OPS.579、ワールドシリーズでは打率.208・OPS.448と不振に陥ったが、自身初の世界一を経験したうえ、シーズン終了後にはゴールドグラブ賞も初めて受賞した。