Аудакс Итальяно
Вегас — воспитанник клуба «Аудакс Итальяно». 11 августа 2013 года в матче против «О’Хиггинс» он дебютировал в чилийской Примере. 7 апреля 2014 года в поединке против «Депортес Икике» Себастьян забил свой первый гол за «Аудакс Итальяно». Летом 2016 года Вегас перешёл в мексиканский «Монаркас Морелия». 2 октября в матче против «Гвадалахары» он дебютировал в мексиканской Примере. 23 августа 2017 года в поединке против УНАМ Пумас Себастьян забил свой первый гол за «Монаркас Морелия».