フランシスコ・ピサロ
フランシスコ・ピサロのペルー支配権は確立したように見えたが、フランシスコ・ピサロは1541年にアルマグロ派によって暗殺された。スペイン王権は巻き返しを図り、1542年にカルロス1世によってペルー副王領が創設され、副王が派遣された。ペルーのピサロ派はゴンサーロ・ピサロを擁立して自立する動きがあったものの、副王の切り崩しにあってゴンサーロは処刑された。1549年にエンコミエンダの再配分が王権によってなされたことにより、ペルーにおけるスペイン王権の支配は確立した。南アメリカのスペイン領全てを統括するペルー副王領の首都にリマが選ばれると、以降ラテンアメリカ諸国の独立までリマはスペインによる南アメリカ支配の中心地となった。