Атлетико Рафаэла
Сампедри начал карьеру в клубе «Атлетико Рафаэла». 27 сентября 2008 года в матче против «Олимпо» он дебютировал в Примере B. 4 декабря в матче против «Лос-Андес» Френандо забил свой первый гол за «Атлетико Рафаэла». В 2010 году из-за низкой результативности Сампедри был вынужден покинуть команду и с переменным успехом выступал за клубы «Спортиво Бельграно», «Крусеро-дель-Норте», «Гильермо Браун» и «Бока Унидос» из низшего дивизиона Аргентины.