이시다 미쓰나리
10월 1일, 고니시 유키나가는 서군의 다른 장수들과 마찬가지로 시가에서 조리돌림당한 뒤 교토 로쿠조의 강변에서 이시다 미쓰나리, 안코쿠지 에케이와 함께 참수되었다. 이때 정토종 승려가 머리 위에 경문을 갖다 대는 것을 자신은 기리시탄이라는 이유로 거절했고, 예전 포르투갈 왕비 오스트리아의 마르가리타로부터 선물받은 예수와 성모 마리아의 이콘을 들어 세 번 머리 위로 대고 난 뒤에 참수되었다고 한다. 또한 죽기 직전 같은 기리시탄인 구로다 나가마사에게 자신의 고해성사를 요청했지만 도쿠가와 이에야스의 명이라는 이유로 그는 거절했고, 사제를 불러오는 것조차 허락되지 않았다. 고니시 유키나가가 처형된 이후 그의 목은 도쿠가와측에 의해 산조 대교에 효수되었고, 예수회측 사료에는 그의 시체를 교회에서 거둔 뒤에 고해성사를 행하고 기독교식으로 장례를 치렀지만, 머리와 몸이 함께 매장되지는 못했다고 한다.