خليج تونكين
أصبح ماكنمارا مستشارا مقربا لكيندي، ودعا لاستخدام الحصار أثناء أزمة الصواريخ الكوبية. وضع كينيدي ومكنمارا إستراتيجية دفاعية في الحرب الباردة تدعى "الاستجابة المرنة"، التي توقعت الحاجة إلى للرد العسكري الفوري. قام مكنمارا بتوحيد مهام المخابرات واللوجستيات داخل البنتاجون في وكالتين مركزيتين هما وكالة استخبارات الدفاع ووكالة تأمين الدفاع. ترأس ماكنمارا خلال إدارة كينيدي عملية حشد الجنود الأمريكيين في جنوب فيتنام. تصاعد عدد الجنود الأمريكيين في فيتنام بعد حادث خليج تونكين عام 1964. خشي ماكنمارا وصانعو القرار الأمريكيون الآخرون من أن يؤدي سقوط فيتنام الجنوبية في يد الشيوعيين إلى سقوط الحكومات الأخرى في المنطقة.