Order of Friars Minor Capuchin
Der Gehaubte Kapuziner wird innerhalb der Kapuzineraffen zur gehaubten Gruppe gerechnet, die daneben noch den Rückenstreifen-Kapuziner, den Schwarzen Kapuziner, den Gelbbrust-Kapuziner sowie den wiederentdeckten Goldkapuziner umfasst. Diese Arten wurden früher mit dem Gehaubten Kapuziner zu einer Art zusammengefasst, heute aber meist getrennt betrachtet. Manchmal wird zusätzlich "Sapajus macrocephalus" im Westen des Verbreitungsgebietes als eigene Art abgetrennt.