체코어
이후 프라하 지역의 다수를 차지하는 체코어 사용자들의 반발이 계속되자, 1882년 대학은 독일어 대학과 체코어 대학으로 분리되었다. 1918년 체코슬로바키아가 건국된 후 체코어 대학의 명칭은 카렐 대학교로 환원되었고, 독일어 대학은 1945년까지 존속했다. 제2차 세계 대전 시기에 아돌프 히틀러가 이끄는 독일 군대가 체코슬로바키아를 침공하자 체코어 대학이 폐쇄되었다. 1945년 체코어 대학은 재개교하고, 독일어 대학은 폐교하였다.