コレヒドール島
最高裁判所長官就任時に日本軍がフィリピンへの侵攻を開始。アバド・サントスは、独立準備政府大統領のマニュエル・ケソン、アメリカ極東軍司令官ダグラス・マッカーサーらと共に、コレヒドール島要塞に籠城する。バターン半島の戦いで米比軍は日本軍に敗れ、ケソン大統領とマッカーサーは1942年3月にコレヒドール島要塞を放棄しオーストラリアに脱出。この時アバド・サントスもマッカーサーに同伴して脱出することも可能だったが、フィリピン残留を決意。脱出するケソン大統領より、非占領地域の「フィリピン大統領代行」に任命され、後を託された。