ヒストン脱アセチル化酵素
これら多数の化学修飾のうち、いくつかについては修飾酵素と脱修飾酵素が同定されている。例えば、ヒストンのアセチル化・脱アセチル化を担う酵素は、それぞれヒストンアセチルトランスフェラーゼ（histone acetyltransferases [HAT]）・ヒストン脱アセチル化酵素（histone deacetylases [HDAC]）と総称される。また、特定のアミノ酸配列とその化学修飾を認識して結合するタンパク質が知られており、例えば、HP1（heterochromatin protein 1）はそのクロモドメイン（chromodomain）を介してH3K9me3に結合する。その他にも、アセチル化リシンを認識するブロモドメイン（bromodomain）や、メチル化ヒストンテールを認識するTUDORドメイン、PHDドメインが知られている。多くのヒストン修飾酵素・脱修飾酵素（複合体）にもこれらのヒストン修飾認識ドメインが存在する。これらの複合体は、特異的なヒストン修飾を認識してリクルートされ、その修飾の維持やさらなる広がりを触媒する。修飾酵素・認識タンパク質・脱修飾酵素の組み合わせは、writer・reader・eraserと通称されることもある。