RNAウイルス
相同組換えはいくつかのウイルスのグループでも生じる。ヘルペスウイルスなどのDNAウイルスでは、組換えは細菌や真核生物と似た切断-再結合（break-and-rejoin）機構で起こる。一部のRNAウイルス、特にレトロウイルスやピコルナウイルス、コロナウイルスといった一本鎖プラス鎖RNAウイルスでは相同組換えの証拠が存在する。インフルエンザウイルスなどの一本鎖マイナス鎖RNAウイルスでも相同組換えが起こるどうかに関しては議論がある。