Wasserfledermaus
Das Buchara-Mausohr gehört zum Artenkomplex der Wasserfledermaus ("Myotis daubentonii") und galt zeitweise als Unterart der Korea-Wasserfledermaus ("Myotis frater"). Analysen eines mitochondrialen (cyt b) und eines nuklearen Gens (RAG2) kamen zu dem Ergebnis, dass das Buchara-Mausohr ein Schwestertaxon zum Langschwanzmausohr ("Myotis longicaudatus") darstellt.