第一次チェチェン紛争
ソ連崩壊後、エレーナ・ボンネルは、当初、エリツィン政権を支持していたが、チェチェンおよびナゴルノ・カラバフ問題に対するロシアの関与に対しては反対した。特に1994年の第一次チェチェン紛争には反対し、大統領人権委員の公職を辞した。モスクワに在住していたが、その後、娘のいるアメリカ・ボストンに移った。ウラジーミル・プーチンを筆頭とするシロヴィキが統制を強めるロシアについては批判的であった。