Deutsche Frage
Ludwig II. machte einige Monate nach seinem Regierungsantritt 1864 von der Pfordten als Nachfolger von Max von Neumayr erneut zum Vorsitzenden im Ministerrat. Sein politisches Ziel, die souveräne Existenz Bayerns zu sichern, wollte von der Pfordten durch die Erhaltung der Bundesverfassung erreichen. Von der Pfordten unterschätzte, wie viele Zeitgenossen auch, die Entschlossenheit Bismarcks, die „Deutsche Frage“ unter der Führung Preußens zu klären. Nach dem Scheitern seiner Vermittlungsbemühungen sowie des Preußischen Bundesreformplans und der militärischen Niederlage Bayerns im Deutschen Krieg an der Seite Österreichs gegen Preußen hatte er den Waffenstillstand, den Friedensvertrag und schließlich am 23. August 1866 den geheimen Bündnisvertrag mit Preußen zu schließen. Seine Bundes- und Außenpolitik war somit gescheitert.