حرب الأيقونات
في عام 726 أصدر الإمبراطور ليو الثالث الإيساوري سلسلة من المراسيم ضد تبجيل الأيقونات، وأمر الجيش بإزالة جميع الأيقونات إيذاناً بفترة حرب الأيقونات البيزنطية. في ذلك الوقت، أُزيلت جميع الصور والتماثيل الدينية من آيا صوفيا. بعد فترة توقف قصيرة خلال حقبة الإمبراطورة أيرين أثينا (797-802)، عادت الأيقونات إلى المبنى. وقام الإمبراطور ثيوفيلوس من الأسرة العمورية (829-842) بإضافة أبواب من البرونز بجناحين ومثبتة حروفه عند المدخل الجنوبي للكنيسة. وتعرضت الكاتدرائية لأضرار متكررة، كان أولها في حريق كبير في عام 859، ومرة أخرى في زلزال في 8 يناير من عام 869، والذي تسبب في انهيار نصف القباب. أمر الإمبراطور باسل الأول لاحقاً بترميم شامل للكنيسة. بصرف النظر عن الفسيفساء، تمت إضافة العديد من الزخارف التصويرية خلال النصف الثاني من القرن التاسع مثل: صورة ليسوع في القبة المركزية. والقديسين الأرثوذكس الشرقيين والأنبياء وآباء الكنيسة في الطبلة أدناه؛ بالإضافة إلى شخصيات تاريخية مرتبطة بهذه الكنيسة، مثل البطريرك إغناطيوس؛ وبعض المشاهد من الأناجيل.