アイマン・ザワーヒリー
アフガニスタンからソ連軍が撤退する頃になるとMAK内部でアブドゥッラー・アッザームとアイマン・ザワーヒリーとの間で路線対立が表面化する。ザワーヒリーらエジプト・イスラム・ジハード団（EIJ）から合流していたムジャーヒディーンらはMAKを世界各地にイスラム国家を樹立するためのジハードの集団としたかった。一方、アッザームはMAKの資金と組織はまずアフガニスタンでのイスラム国家建国に向けられるべきだと主張した。1989年11月、MAK創設者のアッザームは何者かによってペシャーワルで爆殺されMAKのトップにはナンバー２だったウサーマ・ビン＝ラーディンが就任した。ビン＝ラーディンはアッザームの方針に理解を示していたが、これ以降、MAKの路線はEIJの考えに沿って進み、MAKはアルカーイダに改組された。