Condado de Nassau
Mateen nació el 16 de noviembre de 1986 en New Hyde Park, Condado de Nassau, Nueva York como Omar Mir Seddique. Sus padres, de origen afgano, emigraron a los Estados Unidos en la década de 1980 y son simpatizantes de los talibanes. Su padre, Mir Seddique Mateen, es un pastún, el grupo etnolingüístico de lengua irania oriental mayoritario en Afganistán.