Kapuzinergruft
Da die Kapuzinergruft noch nicht fertiggestellt war, wurden er und seine Frau zunächst im Königinnenkloster beigesetzt. Erst 1633 wurden sie in die Kapuzinergruft überführt. Kaiser Matthias gehört zu jenen 41 Personen, die eine „Getrennte Bestattung“ mit Aufteilung ihres Körpers auf alle drei traditionellen Wiener Begräbnisstätten der Habsburger (Kaisergruft, Herzgruft, Herzogsgruft) erhielten.