Snake River
Пилот рассказывает Снейку, что, по словам их двойного агента Дженнифер, у врага есть прототип новой модели Metal Gear 2 на их главной базе. На протяжении своего пути в глубины базы Снейк побеждает самозванца, выдающего себя за Джона, восстанавливая контакт с Ником и в конце концов встречается с Дженнифер, которая обнаруживает, что вражеский командир планирует запустить ядерное оружие по всей Земле. Однако, когда Снейк подходит к логову командира, Ник получает смертельное ранение и умирает, в то время как Дженнифер ловят как шпиона и сажают в плен. Снейк противостоит вражескому командиру, который оказывается кибернетически улучшенный Биг Босс, выживший после предыдущей схватки со Снейком. Снейк побеждает Биг Босса и спасает Дженнифер, которая указывает ему на хранилище, где находится Metal Gear 2. Снейк уничтожает орудие, прежде чем завершился обратный отсчёт.