한신·아와지 대지진
고베시의 한신·아와지 대지진 부흥 사업에 의한 재개발 사업에 수반해 2003년 12월 1일에 폐지된 고베 항역의 대체역이다. 고베 항역은 전신인 오노바마 역에서부터 통산하면 96년 간의 역사를 기록하지만, 도카이도 본선 나다 역 동쪽의 히가시나다 신호장으로 본선과 분기된 화물선으로 연결된 것에 비해 고베 화물 터미널역은 하역장이 본선과 병행하게 설계되어 있어 도착 승강장으로 들어온 컨테이너가 적재를 끝내면 바로 출발이 가능한 착발선 하역 방식을 채용했기 때문에 컨테이너 수송에 필요한 시간을 단축시켜 마감 및 인도 시간을 크게 단축하는 등 편리성이 향상되었다.