Sachsenpokal
2004 wurde Müller für ein halbes Jahr Trainer des Schweizer Super-Ligisten FC Wil, er wurde mit der Mannschaft zwar Schweizer Cupsieger, der Verein stieg aber ab. Am 15. Dezember 2005 wurde er schließlich wieder Trainer beim Chemnitzer FC, schaffte es allerdings nicht, den Verein vor dem Abstieg in die Oberliga Nordost zu bewahren, wurde aber Sachsenpokal-Sieger. Am 7. April 2007 wurde er beim CFC nach mehreren Spielen ohne Sieg entlassen.