Croatian Defence Council
Après un séjour aux États-Unis, Prlić revient à Mostar en 1992 et prend une part active dans la guerre de Bosnie. Il rejoint le Conseil de défense croate ("Hrvatsko vijeće obrane, HVO") dont il est nommé chef par Mate Boban, président de la Communauté croate de Bosnie. Celle-ci devient en la République croate d'Herceg-Bosna à la fin août 1993 et Jadranko Prlić en devient Premier ministre en novembre suivant, en conservant des fonctions en grande partie les mêmes.