ヨハン・ゴットフリート・ヘルダー
思想史および文学史上、1794年から1807年ごろまでにおける、初期ドイツ観念論また初期ドイツ・ロマン主義の活動拠点として重要である。現在の大学本部は当時の大学の建物をそのまま用いている。この頃この都市に住んだことのある著名な人物としては、フリードリヒ・フォン・シラー、ルートヴィヒ・ティーク、ヨハン・ゴットフリート・ヘルダー、ノヴァーリス（ハルデンベルク）、フリードリヒ兄弟、アウグスト・ヴィルヘルム・シュレーゲル、フリードリヒ・ヘルダーリン、ヨハン・ゴットリープ・フィヒテ、フリードリヒ・シェリング、ゲオルク・ヴィルヘルム・フリードリヒ・ヘーゲルらが挙げられる。またヨハン・ヴォルフガング・フォン・ゲーテもしばしばイェーナを訪れて大学の運営に携わり彼らと会合したり、大学での実験や研究に参加したりしている。