독립행정법인
이처럼 문화재보호위원회의 소관하에 운영되어오던 교토 국립박물관은 1968년 일본 문화청 신설과 함께 부속 기관이 되었다. 2001년에는 일본 중앙부처 개편으로 독립행정법인 제도가 시행되면서 '독립행정법인 국립박물관', 2007년부터는 이름을 바꿔 '독립행정법인 국립문화재기구'(独立行政法人国立文化財機構)가 운영하는 박물관이 되었다.