Mexican Empire
Nach der Unabhängigkeit von Spanien widersetzte Molina sich jedoch der von Gaínza betriebenen Annexion Zentralamerikas an das junge Kaiserreich Mexiko. Er gehörte der Verfassunggebenden Versammlung an, die am 1. Juli 1823 die erneute Unabhängigkeit Zentralamerikas, dieses Mal von Mexiko, beschloss und wurde zum Präsidenten der Regierungsjunta bestimmt, der der mexikanische Generalkapitän Vicente Filisola am 10. Juli 1823 die Macht übertrug. Allerdings schied er bereits am 4. Oktober 1823 aus der Regierungsjunta aus.