The Smoking Man
編劇克里斯·卡特表示，該片「結合了《X檔案》前五季所有未解的謎團」。該片劇情接續電視劇的最後一集《》，在該集中，X檔案辦公室被癌人燒毀。用來散播病毒的蜜蜂在首集《》出現過。片中也揭示了電視劇中神秘物體「」的真面目：外星病毒。穆德在片中首度透露，他是因為童年時目睹妹妹被外星人擄走，才立志追蹤外星人。秘密組織辛迪加的陰謀也在該片中揭露：他們打算讓人類與外星人混種。《X檔案：征服未來》的後續劇情由《X檔案》首集《》接續。