Mycobacterium tuberculosis
除此之外，自噬也参与获得性免疫，例如加工抗原并通过MHC-Ⅱ的呈递。与此同时，一些結核桿菌的亚群也会进化出一些机制阻碍宿主细胞对其的自噬作用，达到免疫逃避的效果；有些结核杆菌可通过募集并聚合肌动蛋白以逃避泛肽化；而另一些结核杆菌则“丢卒保帅”的策略，主动脱去被泛肽化的细胞壁；这些策略都能使结核杆菌达到从吞噬体中逃离的效果。