RNAポリメラーゼ
他のアマトキシンと同じく、ε-アマニチンはRNAポリメラーゼIIの阻害剤である。摂取するとRNAポリメラーゼIIと結合し、mRNAの合成を完全に止めてしまい、肝細胞と腎細胞の細胞崩壊を引き起こす。