Bacillus subtilis
主として、表面付近ではニホンコウジカビなどのカビ、中心部では枯草菌などの細菌が自然に繁殖する。日本の豆味噌の中間原料となる味噌玉にも似ているが、枯草菌の増殖を抑えて作る味噌玉や麹と異なり、メジュは藁内の枯草菌を積極的に利用する。また、麹が40～70時間で完成するのに対してメジュは短くても2週間はかかる。メジュには下記の微生物が繁殖する。