Bahía de Tokio
La guardia costera japonesa está investigando un yate abandonado en la bahía de Tokio cuando algo ataca al barco. Tiempo después el Aqua-Line Bahía de Tokio se derrumba misteriosamente. Tras la viralización de un video que muestra a una extraña criatura acuática cerca del Aqua-Line, el director adjunto del gabinete de Japón, Randō Yaguchi, considera que el incidente fue provocado por un ser vivo; esta teoría es inicialmente rechazada, pero cuando una enorme cola sale del océano su teoría es aceptada. Más tarde la enorme criatura, que se revela es Godzilla, emerge del océano, desplazándose sobre sus dos patas traseras y, mientras se intenta evacuar la ciudad, Godzilla destruye todo a su paso. Yaguchi es puesto al frente de una comisión encargada de investigar al kaijū. Por las altas lecturas radioactivas se teoriza que Godzilla despertó a raíz de una fisión nuclear. Estados Unidos envía a uno de sus agentes, Kayoko Anne Patterson, quien revela que el zoólogo Gōrō Maki había estado investigado la mutaciones causadas por la contaminación radioactiva y la teoría de una enorme criatura marina, pero los Estados Unidos lo encubrió. El yate abandonado en la bahía de Tokio era de Maki y antes de suicidarse le había entregado su investigación a Patterson para que la ocultase.