Nazi eugenics
Gerhard Baader forschte im Bereich der Geschichte der Antike, des Mittelalters und der Neuzeit. Ab 1980 behandelte er die Sozialgeschichte der Medizin sowie die Emigrationsforschung. Er engagierte sich bei der Herausgabe von Tagungsbänden des Vereins für Sozialgeschichte der Medizin und des wegweisenden Sammelbandes "Eugenik in Österreich". Besonders untersuchte er den Einfluss deutscher Medizin beim Aufbau des Gesundheitswesens in Palästina (Israel). Die Medizin im Talmud, besonders in ihrem Verhältnis zur griechischen Medizin, fand ebenfalls sein Interesse. Er zählt zu den Pionieren der historischen Forschung zur Medizin im Nationalsozialismus. Im Jahr 1980 gründete er die „Arbeitsgemeinschaft zur Medizin im Nationalsozialismus“ und 1982 den „Arbeitskreis für die Erforschung der Geschichte der NS-Euthanasie und Zwangssterilisation“. Mit dem Kirchenhistoriker Werner Affeldt (1928–2019) forschte er ab 1984 interdisziplinär zur Geschichte von Frauen in Antike und Mittelalter im neuen Forschungsgebiet der Frauen- und Geschlechtergeschichte. Heftige Diskussion mit Robert Jütte, dem Direktor des Instituts für Geschichte der Medizin der Robert Bosch Stiftung ergaben sich aus Baaders Ansicht, dass alternative Heilkulturen eine besondere Affinität zu rassistischem Gedankengut hätten.