합스부르크 군주국
리구레 공화국은 1800년 합스부르크 군주국(오스트리아) 군대에 의해 잠시 점령당했으나, 나폴레옹 보나파르트는 곧 그의 군대와 함께 복귀하였다. 1801년 새로운 헌법이 발표되었는데, 옛 제노바 공화국의 그것과 더 유사한 기관을 설립하고, 상원 대표였던 도제를 선출하였다. 리구레 공화국은 흰색 바탕에 붉은 십자가가 새겨진 옛 제노바 공화국의 국기를 그대로 사용하였다. 1805년 6월 리구레 공화국은 나폴레옹에 의해 프랑스 제1제국에 합병되었다.