United States Department of Defense
أحداث القصة تقع في عام 2023 بعد ثلاث سنين من أحداث الجزء الأول، في نيويورك (مدينة) المدمرة التي أخليت من قبل شعبها الخائف والمضطرب بسبب غزو كيف (بالإنجليزية:Ceph) الذين يتسابقون من أجل الوصول إلى تقنية كرايسس (بالإنجليزية:Crysis)، أيضا بسبب انعدام الأمن في نيويورك (مدينة) أصبحت مانهاتن تحت الحكم العسكري وأيضا بسبب العقد مع وزارة دفاع الولايات المتحدة التي أرسلت فرقة من كراينت (بالإنلجيزية:Crynet) لتنظيم مانهاتن. اللعبة تنتقل لمرحلة أخرى وجديدة من حيث الكوارث التي ستحل بالبيئة وانتشار "فيروس مانهاتن" وهو مرض بشع يقوم بتدمير الخلايا بشكل كامل.