Clan des Foot
La série a été controversée notamment pour les traumatismes que les tortues subissent : Raphaël perd un œil, Léonardo une main, et Donatello se retrouve paralysé, à la suite d'une chute d'hélicoptère. Pour pouvoir à nouveau se mouvoir, il fusionne avec un cyborg, tout en partageant sa conscience avec celle d’une intelligence artificielle, prenant le contrôle des deux lorsqu’elle se sentait menacée. Dans l’un des arcs de ce troisième volume, on retrouve Raphaël travaillant pour le Clan des Foot, décimé par la mafia de New York, contre qui il lutte. Il trouve le matériel de Shredder, alors défait, et porte son armure. Il rallie ce qui reste du Clan des Foot, avant de rencontrer des problèmes avec la fille de Shredder, apparaissant alors pour la première fois.