Kosovo Liberation Army
Während der bewaffneten Auseinandersetzungen 1998 war er unter dem Decknamen "Gjarpri" („Die Schlange“) UÇK-Kommandeur in der Region Mališevo/Malisheva. Am 13. August 1998 wurde Thaçi zu einem der politischen Vertreter des Generalstabs der UÇK ernannt. In der Folgezeit war er faktisch politischer Führer der UÇK. Im Februar 1999 wurde er wegen mehrerer terroristischer Anschläge auf jugoslawische Polizisten in Drenas zur Fahndung ausgeschrieben.