直皖戰爭
因直皖戰爭皖軍戰敗，邊防軍也因此撤銷解編，人員裝備被吳佩孚所屬部隊吸收。秦德純因其資歷因此未被遣退，而是繼續在直系部隊服務，1921年擔任孫傳芳總部參謀。1922年底，完成陸軍大學教育畢業。1923年（民国12年）畢業後，秦德純被分配到駐紮河南省的陸軍第二十四旅（旅長王為蔚）擔任旅參謀長，該單位在1924年擴張為陸軍第24師。同年第二次直奉戰争直系敗北，24師接受馮玉祥國民軍第二軍（軍長岳維峻）的收編，將部隊更名為國民軍第二軍第5師，秦德純續任該師參謀長兼騎兵團團長，駐周家口整訓。