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嘉靖二十一年十二月（1543年初），徐阶丁忧期满，回朝升任国子监祭酒，在任内徐阶整顿了国子监的拨历。原本国子监有派监生在各部历事，由吏部文选司所开，徐阶上任后将各个监生的具体历事日期每月公开榜示，杜绝了以前存在的“偷拨”等弊端，而他自己也拒绝那些希望走后门的权贵，诸生对徐阶众心悦服。后来徐阶又关注监生的膳银问题，以前的祭酒对于发放膳银不闻不问，全权授理的典薄大多把膳银占为己有，用各种理由搪塞监生。因此徐阶让人记录人数，每天选一名堂官，在旁监督，一同为监生发放膳银。后来还每个月派堂官随典薄出馔米，防止官吏冒支。而后来多位以直言著称的言官也是徐阶担任祭酒时的门生，例如杨继盛，还被徐阶称为一名奇才，只是缺少指引。