拉卜楞寺
大藏寺在古代向与拉萨色拉寺昧院、拉萨下密院及甘肃拉卜楞寺有密切关系，寺僧如离寺赴拉萨进修高等佛学，多入色拉寺昧院嘉绒堂成为学僧；拉卜楞寺则因曾保护大藏寺免于某年代的苯教势力侵占，而与大藏寺从此结交，其两位法台贡唐仁波切及嘉木漾仁波切皆曾当大藏寺的方丈。故此，大藏寺在佛学教育上隶属色拉寺昧院体系，又同时因曾受拉卜楞寺的保护照顾而与其有密切交往。若论寺院之历史，大藏寺却建于色拉寺及拉卜楞寺创建之前。在全盛时期，大藏寺本身又有多间属下寺院。