佐佐成政
肥後國的大部分則交給了原本支配越中國的佐佐成政，當地豪族天草五人眾也獲得安堵，另外在相良氏家臣深水長智的奔走下，相良賴房也重新獲得肥後人吉2萬石的安堵。但因為佐佐成政檢地失力，引發嚴重的肥後國人一揆，佐佐成政被問罪賜死，在平定當地一揆後，原屬佐佐成政的領地一分為二，切割成加藤清正擁有肥後北半國19萬5千石，小西行長則擁有肥後南半國20萬石，但小西行長在進行檢地時，又遇到天草五人眾的抵制（天草國人一揆），最後與加藤清正平定天草國人一揆，徹底掌握肥後。