Battle of South Mountain
サウス山の戦い後、リーは准将に昇進した。従兄弟のフィッツヒュー・リー准将の指揮下でアンティータムの戦いに参戦した。フレデリックスバーグの戦いとチャンセラーズヴィルの戦いでは、スチュアートの騎兵軍団に属する第3旅団を指揮した。ゲティスバーグ方面作戦の緒戦であるブランディ・ステーションの戦いで負傷し、快復中の2週間後にバージニア州ヒッコリーヒルで北軍に捕まった。1864年2月25日に南軍に戻るまで、ニューヨーク州で戦争捕虜になっていた。このとき北軍のニール・S・ダウ准将と捕虜交換された。4月、リーは少将に昇進し、ピーターズバーグ包囲戦の開始時点からアポマトックス方面作戦で父の北バージニア軍が撤退するまで、騎兵軍団で1個師団を指揮した。戦争が終わるまでに、南軍騎兵隊の副指揮官に昇格していた。1865年4月9日、アポマトックス・コートハウスで父と共に降伏した。