جودة المياه
فيما يتعلق[بماء الشرب، فإن المعالجة البيولوجية للمياه تشمل استخدام الميكروبات الطبيعية الموجودة في المياه السطحية لتحسين جودة المياه. في ظل الظروف المثلى، التي تشمل الانخفاض النسبي للعكارة وزيادة محتوى الأكسجين، تحلل الكائنات الحية المادة في المياه ومن ثم تتحسن جودة المياه. تستخدم المرشحات الرملية البطيئة أو مرشحات الكربون في توفير مكان تنمو عليه هذه الميكروبات. تقلل أنظمة المعالجة البيولوجية بشكل فعال من الأمراض التي تنقلها المياه، والكربون العضوي المذاب، وتعكر لون المياه السطحية، وتحسين جودة المياه بشكل عام.