Liga de Suabia
El emperador Federico III se negó a reconocer que el "Ewige Richtung" tuviera validez para todos los territorios de los Habsburgo. Su hijo Maximiliano I fue elegido Rey de Romanos y a través de su matrimonio con María de Borgoña había reunido las posesiones de los Habsburgo con las de Borgoña. Su posición en el sur de Alemania era más fuerte que la de su antecesor Segismundo, pues había logrado crear la Liga de Suabia con la participación de todas las ciudades importantes, los príncipes y los territorios de la Austria anterior. Cuando Maximiliano I conquistó el Franco Condado en 1493, la Confederación suiza corría el peligro de verse cercada por los Habsburgo. Entonces Maximiliano I intentó restaurar el poder real, lo cual fue considerado como una afrenta por los confederados, quienes tampoco quisieron acudir a la Dieta de Worms (1495) y firmaron un pacto con las Tres Ligas de los Grisones. Un ejército imperial atacó el monasterio de Müstair en 1498, perteneciente a la Liga de la Casa de Dios, desatando la Guerra de Suabia en 1499, en el curso de la cual los confederados vencieron en varias batallas importantes (Batalla de Dornach) a las tropas de la Liga de Suabia y del rey. En la consiguiente Paz de Basilea, del 22 de septiembre de 1499, el Sacro Imperio Romano Germánico reconocía la independencia de facto de la Confederación suiza, a la que cedía además definitivamente Turgovia.