バーモント共和国
一旦独立がなると、新しい国の政府には参加してもよいと考え、連合会議では代議員を務めた(1785-87)。その代議員としての影響力はその同時代人にも認められた。ジェレマイア・ウォズワースはジョンソンについて友人に「ジョンソン博士はあなたや私自身よりも大きな影響力があると信じる。南部の代議員は彼のことを非常に好ましいと思っている」と書き送った。1785年、バーモント共和国はジョンソンが大陸会議でバーモントの利益を代弁してくれたことに感謝して、元キングズ・カレッジの土地にある町をジョンソンに送った.。この町、バーモント州ジョンソンと小さな大学である州立ジョンソン・カレッジがその名を冠している。