Vicente Calderón
1998年にはハビエル・クレメンテ監督が就任したが、ファンと口論になった際にアンダルシアのことを「異国」とほのめかしたことで論争を呼んだ。1998-99シーズンは順位表を滑り落ちて11位となり、UEFAカップでは3回戦でボローニャFC（イタリア）に敗れた。続く2シーズンは何人もの監督が指揮を執り、いったんはセグンダ・ディビシオンに降格したが1シーズンで再び昇格を果たした。昇格1年目の2001-02シーズンにはフアンデ・ラモス監督の下で落ち着きを取り戻し、6位でシーズンを終えた。ラモス監督は1年でチームを去り、かつてレアル・サラゴサでUEFAカップウィナーズカップを勝ち取ったビクトル・フェルナンデス監督が就任した。フェルナンデス監督が指揮した2シーズンの成績は、2002-03シーズンのリーグ戦では8位、2003-04シーズンのリーグ戦では9位であり、前者のシーズンに出場したUEFAカップでは3回戦でAJオセール（フランス）に2試合合計1-2で敗れた。2004年には再びフェレール監督が就任し、2004-05シーズンはチームを4位に導いた。同シーズンのコパ・デル・レイでは決勝に進出し、ビセンテ・カルデロンで行われたCAオサスナとの決勝は延長にもつれ込んだが、下部組織出身のダニの決勝点で2-1と勝利し、28シーズンぶり2回目の優勝を果たした。2005-06シーズンにはアンダルシア州に本拠地を置くクラブとして初めてUEFAチャンピオンズリーグに出場し、予選でASモナコ（モナコ）を2試合合計3-2で破って本選グループリーグに出場した。グループリーグではホームでチェルシーから勝利を挙げたが、結局グループ3位となってUEFAカップに回った。UEFAカップではラウンド16でFCステアウア・ブカレスト（ルーマニア）に2試合合計0-3で敗れた。