Guerre des Duchés
La croissance de l'entreprise était étroitement liée aux événements politiques : la guerre de Sécession (1861–1865) fit par exemple nettement baisser l'émigration européenne ; la Guerre des Duchés (1864) puis la Guerre de 1870 ont désorganisé le trafic en Mer du Nord, même si HAPAG parvint à se maintenir parmi les premières compagnies de transport maritime. En 1867, elle ouvrit une ligne vers la Nouvelle-Orléans qui toutefois ne répondit pas aux espérances des investisseurs, et fut fermée en 1874 ; en revanche, les lignes des Indes-Occidentales (Antilles) et d'Amérique latine, inaugurées en 1871, étaient florissantes. La flotte immatricula en 1866 ses premiers cargos de de la classe Hammonia, et passa commande en 1872 des vapeurs "Alsatia" et "Lotharingia" () à des arsenaux allemands.