凯瑟琳·德·美第奇
但是，個性搖擺且愛慕虛榮的安托萬不久被王室及天主教狂熱派領袖吉斯家族收買，轉而反對自己的家庭和結盟宗（胡安娜被迫逃離丈夫），結果在1562年的魯昂圍攻時中流彈死亡。胡安娜成為寡婦之後，立刻下令在王國內驅逐天主教神父、禁止在贝阿恩舉行天主教彌撒。面對教皇的威脅，她毫不妥協，並挫敗了好幾次陰謀與叛亂，譬如教皇曾計畫將胡安娜綁架到並轉送到西班牙的宗教裁判所囚禁；之後又宣布沒收她的領地財產、主張納瓦爾王國可被任何人侵略並統治，以消滅「異端」的胡安娜（幸好以上宣布受到法王查理九世及王太后凯瑟琳·德·美第奇的抵制而無效）。1567年她頒布一項法令，在納瓦爾王國確立了對結盟宗的信仰。