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1992年9月，该局改归中国人民解放军总参谋部作战部建制，成为中国人民解放军总参谋部作战部测绘局。1996年颁布《中国人民解放军测绘条例》。1997年4月，《国家计委关于中国地壳运动观测网络国家重大科学工程项目建议书的批复》同意由国家地震局、总参测绘局、中国科学院、国家测绘局共同建设中国地壳运动观测网络国家重大科学工程项目。