Theobroma cacao
カカオの栽培には年平均気温25 ℃前後の高温な気候と、年間降水量2000 mmを超える湿潤な気候が必要とされる。それを満たすサントメ島は、ポルトガル植民地としてカカオの栽培に特化してきた。2015年のカカオ豆の輸出は総輸出の82.6％を占めており、1997年には耕地の39％でカカオが栽培され、農業生産額でも20％を超えているなど、カカオのモノカルチャー経済に近い構造になっている。しかし、カカオの生産量自体が独立時の混乱によって激減しており、独立直前の1975年のカカオ生産量が約10000トンだったのに対し、2005年のカカオ豆の生産量は3500トン超、2009年は2500トン、2014年に3200トンと、おおよそ3分の1程度にまで生産が低下している。その他の農産物は、ココナッツ（2.9万トン）、タロイモ（2.8万トン）、バナナ（2.7万トン）、キャッサバ（6000トン）などがある。しかしながら、カカオ豆以外は自給用作物であり、他の農産物は輸出額の2%未満である。