アル＝アズハル大学
2013年、コプト教皇タワドロス2世（）は、シーシーがムルシーを大統領職から退任させたことを祝福した。しかし、ムルシー失脚時のエジプトではムスリム同胞団らによってキリスト教会が襲撃され、マムルーク朝時代のようなキリスト教徒に対する激しい迫害が懸念された。この事態に対し、シーシーはアル＝アズハル大学で過激主義を戒める演説を行った。さらにコプト暦のクリスマスイブにコプト教会の聖マルコ教会を訪れ、ムスリムとコプトの友好と、「宗教的改革」（原理主義との戦い）の必要性を訴えた。エジプト大統領がコプト正教会のクリスマスイブの式典に参加するのは初めてであり、タワドロス2世がムルシー政権打倒を支持したことへの返礼とされる。2015年2月、リビアでエジプト人コプトの出稼ぎ労働者21人がISILに惨殺された際、シーシーはタワドロス2世に哀悼の意を伝えた。その後、エジプト空軍はリビアのISIL拠点を空爆した。