Lake Superior
Der Kleine Anjui entfließt in dem auf dem Anadyr-Plateau gelegenen See "Bolschoje Werchneje" (russisch für "Großer Oberer See") der Gytgylwegytgyn-Seen (tschukschisch ). Er durchfließt die Mittelgebirgslandschaft westlich der Halbinsel Tschukotka in vorwiegend westlicher Richtung bis zum Zusammenfluss mit dem Großen Anjui zum Anjui am Ostrand des Kolyma-Tieflands. Der Anjui mündet bereits nach acht Kilometern in den Unterlauf der Kolyma. Großer und Kleiner Anjui sind schon gut 15 Kilometer oberhalb (südlich) ihres Zusammenflusses durch einen schmalen Arm verbunden.