بنية البروتين
يستخدم LC-MS في البروتيوميات كوسيلة لاكتشاف وتحديد مكونات خليط معقد. نهج دراسة البروتيوم تصاعدياً بواسطة LC-MS يتطلب هضم إنزيم البروتييز و دنترته باستخدام التربسين كنوع من البروتييز، واليوريا لتشويه بنية البروتين الثالثية، ويودو أسيتاميد لتعديل بقايا السيستين. بعد الهضم، يستخدم جهاز الـ LC-MSللكشف عن البصمة الوراثية للبتيد أو يستخدم جهاز الـ LC-MS / MS (الترادفي) لاشتقاق تسلسل الببتيدات الفردية.