Prince of Orange
16세기에 들어 흐로닝언은 도시의 독립성을 지키려 더 노력하였다. 그러나 카를 5세는 흐로닝언은 다른 네덜란드 영토와 함께 묶이는 것이 좋다고 생각했고 1536년 마침내 흐로닝언을 정복하였다. 16세기까지 도시의 주류는 가톨릭이었다. 카를 5세의 뒤를 이른 펠리페 2세에게 도시 사람들은 충성을 다했다. 그러나 '성상 파괴 운동(Beeldenstorm)'이 그 종지부를 찍게 하였다. 남부 주(州)의 오라녜 공에게서 파견된 괴한들이 흐로닝언에 들어와 교회에 있는 가톨릭의 상징들과 수도원을 부수고 흐로닝언과 위트레흐트 대주교의 권력을 상징하는 St. Walburgkerk 대성당을 파괴했다. 이때부터 wooden church는 Martinikerk라는 이름으로 불리는 흐로닝언의 가장 중심적인 교회가 됐다. Martinikerk 교회는 높이 100m에 이르는 Martinitower로도 유명하다. 이때부터 오라녜 공 마우리츠와 스페인 왕 펠리페 2세 사이에 전쟁이 지속됐다. 1594년 스페인군은 흐로닝언에서 철수했다. 이 시기 도시는 번창하는 중이었다. 흐로닝언은 거의 2배에 가까운 크기로 도시가 커졌다.