宋子文
その後、呉国楨は重慶に移り、蔣介石から国防最高委員会政務処処長に抜擢される。9か月後には重慶市市長に起用され、戦時における同市行政を一手に引き受けた。重慶は度々日本軍の空襲を受けたものの、呉が市長就任後に急速に整備した防空壕・地下室などのおかげで死傷者は軽減されている。しかし1941年（民国30年）6月5日に、日本軍の空爆を受け、不備のある防空壕へ逃げ込んだ重慶市民が多数窒息死するという事件が起きてしまう。この事件の責任をとって呉は辞表を提出したが、しばらくそのまま留任させられた。1942年（民国31年）12月、呉は外交部政務次長に移り、部長宋子文の戦時外交を補佐することになる。当時の宋子文はアメリカに常駐状態であったため、国内に留まっていた呉が事実上国内外務官僚を統率し、膨大な外交活動を停滞させない事務手腕を振るった。