Chief Justice of the United States
ホプキンズによるエイブラハム・リンカーン支援は、メリーランド州の多くの有力者たちとは正反対の態度だった。中でもアメリカ合衆国最高裁判所長官も務めたロジャー・トーニーは、「ヘイビアス・コーパスを定め、軍隊をメリーランド州内に配備する」という大統領決定に反対し続けた。ホプキンズは1862年にリンカーンへ送った手紙の中で、中傷にとらわれることなく、メリーランド州に軍を駐留させ続けるよう書き送っている。ホプキンズは金銭・兵站の面でもリンカーンを支援すると固く誓約し、自分が投資していたボルチモア・アンド・オハイオ鉄道の自由利用も申し出た。