ローデシア・ニヤサランド連邦
1964年7月、ローデシア・ニヤサランド連邦からのマラウイ共和国独立と同時に日本は同国を承認し、外交関係が樹立した。1992年2月には、駐日マラウイ大使館が東京に開設している。一方、日本大使館は当初は在ケニア日本国大使館が兼轄し、1989年9月より兼轄先がより近距離の在ザンビア日本国大使館に移動。2008年1月に首都リロングウェに在マラウイ日本国大使館が開設した。