米国愛国者法
2001年のアメリカ同時多発テロ事件と、これに起因する米国愛国者法（USA Patriot Act）を巡るアメリカ市民の自由規制を巡る論争により、2001年8月から2002年12月の間にACLU協会員は20%増加し、その後も会員数は増加し続け2004年8月には400,000人に達した。ACLUは米国愛国者法、2003年国内安全保障強化法（Domestic Security Enhancement Act of 2003、PATRIOT 2）他、国内テロリズムの危険性に応じて提議された法案に対して、権利章典を侵害しているとして声高に反対してきている。米国愛国者法がACLU職員を反テロリズム監視リストに照らし合わて査察することを要求してきたことに反発して、ACLUは連邦政府職員と釣り合う賃金を保証するための基金を提供する連邦政府寄付プログラムから脱退する。このことによりACLUは約500,000ドルの資金を失ったと発表している。