Кентуккийский университет
В 1886 году Моргану была присвоена степень бакалавра в Государственном колледже штата Кентукки (преобразован в Кентуккийский университет). В 1887 году он поступил в Университет Джонса Хопкинса (Школа медицины Джонса Хопкинса) и три года спустя получил докторскую степень за исследования в области эмбриологии морских пауков. Освоив сравнительные и описательные методы биологии, Морган пришёл к выводу, что с их помощью невозможно объяснить механизм наследственной передачи признаков.