House of Trastámara
ولدت إليونور بعام 1498 في لوفان، بحيث أنها الابنة الكبرى لوالديها فيليب الوسيم آنذاك دوق بورغندي وانفانتا خوانا من قشتالة وأراغون، أصبحوا لاحقاً ملوك قشتالة منذ 1506، ينتمي والدها إلى أسرة هابسبورغ النمساوية، وفي حين والدتها إلى أسرة تراستامارا الإسبانية، يعتبر والدها أيضًا ابن إمبراطور الروماني المقدس ماكسيميليان الأول وزوجته الأولى ماري دوقة بورغونيا، بينما والدتها هي ابنة الثانية لملوك الكاثوليك فرناندو الثاني ملك أراغون وإيزابيلا الأولى ملكة قشتالة، أشقائها هم إمبراطور الروماني المقدس كارل الخامس، وإمبراطور الروماني المقدس فرديناند الأول، وملكة الدنمارك إيزابيلا، وملكة المجر وبوهيميا ماري، ملكة البرتغال كاترين، سميت "إليونور" بذلك نسبةً جدة والدها الإمبراطورة إليونور من البرتغال.