Tratado de Paz de Moscú
Kekkonen quedaría fuera del gobierno en 1939, al poco tiempo de iniciarse la Segunda Guerra Mundial, aunque pudo continuar en el parlamento. De hecho, en 1940 votó en contra del Tratado de Paz de Moscú que ponía fin a la guerra de Invierno porque suponía la integración de Carelia Oriental en la Unión Soviética, incluyendo la circunscripción de Víborg a la que representaba. Durante la guerra de continuación su labor se limitó a cargos de segunda fila, entre ellos la presidencia del Centro de Refugiados de Carelia (1940-1943) y distintas comisiones. Teniendo en cuenta la pérdida de Carelia, pasó a presentarse por la demarcación de Oulu.