Ejército Guerrillero de los Pobres
En 1978, contribuyó a la formación del Comité de Unidad Campesina, entidad que buscaba la defensa de la población rural. En 1980, Fernando informó a sus superiores jesuitas sobre la decisión de pasar a la clandestinidad e incorporarse al Ejército Guerrillero de los Pobres (EGP), organización armada de izquierda, bajo el nombre de Comandante Carlos. Pocos meses después, pasó a formar parte de la Dirección Nacional del EGP, encabezada por Rolando Morán.