Abreicherung
Wenn die markierten Zellen die Zielzellen (englisch "target cells") für die weiteren Versuche sind, nennt man das Verfahren auch "positive Selektion" (englisch "positive selection"). Handelt es sich hingegen bei den unmarkierten Zellen um die Zielzellen, nennt man die Abtrennung einer bestimmten Zellpopulation mittels MACS auch "Abreicherung" (englisch "Depletion"). Diese Strategie kann auch eingesetzt werden, um eine bestimmte Zellfraktion zu gewinnen, für die keine spezifischen Antikörper oder MicroBeads zur Verfügung stehen oder wenn die Markierung mit MicroBeads nachteilig für die weiteren Versuche ist. In diesem Fall werden durch wiederholte Abreicherung alle anderen Zellpopulationen entfernt, bis nur die gewünschten Zellen in unmarkierter Form übrig sind.