アラフラ海
9月18日、シスコは最初の哨戒で南シナ海に向かったが、まもなく水圧システムに故障が発生。その修理のために即日ダーウィンに引き返し、修理後翌19日に再出撃したが、以降帰還することはなかった。シスコはアラフラ海とスールー海を経由するコースを進んで南シナ海に向かい、到着後に哨戒に従事する命令を受けており、その通り道にはフィリピンの島々が点在していた。当時、これらの島々には現地人や米比軍の残党が島に立て篭もってゲリラを展開しており、そういったゲリラに対する糧食や武器弾薬などの支援物資の輸送に潜水艦が使われていた。シスコはこういった任務とは関係なかったものの、結果的に潜水艦による補給に対する警戒を強めた日本側に捕捉されることとなった。9月28日、シスコは日本の対潜攻撃を受け、この戦闘により失われた。シスコを撃沈したのは第九五四航空隊の九七式艦上攻撃機および砲艦唐津であるとされる。