大和國
足利義材被廢，被政元流放至越中國，於明應八年（1499年）串通延曆寺僧眾侵略近江國。政元察覺了義材的陰謀，命令赤澤朝經、波波伯部宗量火燒延歷寺，寺內根本中堂、大講堂、常行堂、法華堂、延命院、四王院、經藏、鐘樓以及山上主要伽藍全部被燒毀。政元乘勢擊破了畠山政長之子畠山尚順，尚順逃亡大和國，政元於十二月又攻入大和國，討伐幫助尚順的筒井順賢、十市遠治等大和國人眾，火燒喜光寺・法華寺・西大寺・額安寺等寺，佔領了大和國北部。這些舉動擴大了細川家的版圖，政元還將迫使周邊的國人眾臣服爲被官，實質上將其領國化。