エルネスト・バルベルデ
2001年から2003年まで率いたハインケス監督時代（2度目）、2003年から2005年まで率いたエルネスト・バルベルデ監督時代を経て、2005-06シーズンと2006-07シーズンのアスレティックは残留争いに巻き込まれた。2005-06シーズンは苦戦を強いられ、クラブ史上初のセグンダ・ディビシオン降格の危機に遭った。最下位のチームの指揮を引き継いだクレメンテ監督（3度目の就任）は、指揮したチームに守備的な安定をもたらすことで広く知られており、降格からチームを救うことが期待された。37節、エスタディオ・デ・リアソールで行われたデポルティーボ・ラ・コルーニャ戦 (2-1) に勝利してトップリーグ残留を決めると、残留を果たしたにもかかわらず、クレメンテ監督は2006-07シーズンの指揮を執ることなく退任。2006-07シーズンは前年度よりも厳しい戦いを強いられ、クラブ史上最悪のシーズンとなった。特にディフェンスが崩壊し、失点数は最下位のジムナスティック・タラゴナに次いでワースト2位の数字を記録。シーズン終盤まで降格圏付近に位置したが、シーズン最終節、サン・マメスでのレバンテUD戦 (2-0) に勝利して辛くもトップリーグ残留を決めた。