Nebraska Territory
1855年、モートンは妻とともにネブラスカ準州に移住し、ネブラスカシティに土地を所有した。モートンは1858年から1861年までネブラスカ準州秘書官を務めた。また1858年12月から1859年5月まで、および1861年2月から同年3月まで、準州知事代行も務めた。