Guerra de Esmalcalda
Juan Alberto fue el hijo mayor del duque Alberto VII de Mecklemburgo-Güstrow y su esposa Ana de Brandeburgo. Hasta los 13 años de edad, fue educada por el "vicario papista" Johann Sperling. En 1539, su padre le envió a la corte de su tío, el elector protestante Joaquín II de Brandeburgo, donde fue educado junto con el hijo del elector, Juan Jorge. Desde 1541 hasta 1544, acudieron a la recientemente fundada Universidad de Fráncfort del Oder juntos. Juan Alberto fue un devoto defensor del protestantismo cuando regresó a Mecklemburgo. A pesar de todo, combatió del lado imperial en la Guerra de Esmalcalda, a petición de su padre.