Coquimbo Unido
Менесес — воспитанник клуба «Сан-Луис Кильота» из своего родного города. 12 февраля 2012 года в матче против «Кокимбо Унидо» он дебютировал в чилийской Примере B. 11 августа 2013 года в поединке против «Магальянес» Жан забил свой первый гол за «Сан-Луис Кильота». В 2015 году Менесес помог клубу выйти в элиту. 9 августа в матче против «Сантьяго Уондерерс» он дебютировал в чилийской Примере.