グレン・モーガン
第2シーズンは製作者のクリス・カーターが同時期に製作していた『Xファイル』に専念するため現場を離れグレン・モーガンとジェームズ・ウォンに指揮を任せる。異常性が日本国外に報じられたオウム真理教事件の実態も反映して、前シーズンとは大きく作風が異なり、「ミレニアム」組織が、新たなる千年期（ミレニアム）を目前にして聖書に基づく独自の世界秩序を構築するために暗躍する秘密結社として描かれ、神秘主義的なオカルトドラマとして展開する。この大きな設定変更にファンの多くが戸惑い、批評も賛否両論となった。またこのシーズンではフランクの家族に多くの焦点が当てられ妻キャサリンが重要な役どころとなる。非常に特異なシーズンであるためカルト化しており、とりわけシーズン最終話は異常さが際立っている。