アイマラ
サンプルは少ないものの、ミトコンドリアDNA (以下、mDNA) による分析で、現在のアイマラ族とチリ北部にあるサン・ペドロ・デ・アタカマから発見されたミイラから採取したmDNAが近いという調査結果もある。同じく、ティワナク遺跡出土の人骨から採取したmDNAはアマゾンの先住民に近く、アイマラ族とはやや離れるという説もある。これもサンプル数が少ないため確証にはいたっていない。さらに、言語の系統から、リマ東方の山間部がアイマラ語族の故地という説もある（後述）。