Рей Аянами
Согласно сюжету, мальчик Икари Синдзи вызывается в город-крепость Токио-3 своим отцом Гэндо Икари для пилотирования биоробота «Евангелион». Сначала он отказывается пилотировать Евангелион, но после того, как видит, что вместо него в Евангелион посадят тяжело раненую Рей Аянами и чтобы не позволить своему отцу называть себя трусом, соглашается занять место пилота. Таким образом, в целом сюжет манги повторяет сюжет сериала, но имеется ряд отличий. Так, если в сериале было 17 , то в манге их число сокращено до двенадцати (число апостолов Христа), а Тодзи Судзухара, согласно сериалу, раненый при применении псевдопилота, по манге был псевдопилотом убит. Также гораздо чётче показана линия отношений главного героя аниме и манги Синдзи Икари и другого пилота Евангелиона Рей Аянами и значительно полнее раскрыты характеры персонажей. Так, например, только из манги можно узнать о прошлом Рёдзи Кадзи и причинах, по которым он стал шпионом.