Emerald Tablet
Mais à partir du début du , un certain nombre d'auteurs contestent l'attribution de la "Table d'émeraude" à Hermès Trismégiste, et à travers elle, attaquent l'Antiquité et la validité de l'alchimie. C'est d'abord un alchimiste « repenti », le médecin lorrain Nicolas Guibert, en 1603. Mais c'est le jésuite et génie des langues Athanasius Kircher qui porte l'attaque la plus forte dans son monumental "Oedipus Aegyptiacus" (Rome, 1652-53). Il note qu'aucun texte ne parle de la "Table d'émeraude" avant le Moyen Âge et que sa découverte par Alexandre le Grand n'est évoquée par aucun témoignage antique. En comparant le vocabulaire utilisé avec celui du "Corpus Hermeticum" (dont il avait été prouvé par Isaac Casaubon en 1614, qu'il datait seulement du ), il affirme que la "Table d'émeraude" est un faux d'un alchimiste médiéval. Quant à l'enseignement alchimique de la "Table d'émeraude", il ne se résume pas à la pierre philosophale et à la transmutation des métaux, mais porte sur « la substance la plus profonde de chaque chose », la "quintessence" des alchimistes. Dans une autre perspective, Wilhelm Christoph Kriegsmann publie en 1657 un commentaire, dans lequel il essaie de montrer, avec les méthodes linguistiques de l'époque, que la "Table d’émeraude" n'était pas originellement écrite en égyptien mais en phénicien. Il poursuit ses études des textes anciens, et en 1684 soutient qu'Hermès Trismégiste n'est pas le Thot égyptien, mais le Taaut des Phéniciens, de surcroît fondateur du peuple germanique sous le nom du dieu Tuisto, cité par Tacite.