북보르네오
싱가포르의 독립은 자신들과 마찬가지로 말레이시아에 가입한 보르네오 지역의 두 주(사라왁, 사바/북보르네오)에 큰 영향을 미쳤는데, 사바의 주지사이자 실질적인 통치자였던 툰 푸아드 스테픈스는 자신들이 싱가포르 때문에 말레이시아에 가입했다고 밝혔으나, 싱가포르가 탈퇴한 후 "우리가 말레이시아에 참여하도록 한 이가 먼저 나갔으니, 우리도 더 이상 말레이시아에 있을 필요 없다"고 주장했다. 이는 사라왁, 사바의 말레이시아 존속 여부에 적지 않은 논란을 일으켰고, 현재까지도 계속되고 있다.