人為選択
とはいえ、ネオダーウィニズムのそのような考え方を補強する事例は、自然界ではなく実験室から生まれてくる方が圧倒的に多いという点で、マーギュリスのような挑戦に弱い面がある。実験室での人為選択がどのように作用するかは明確であるが、自然界でも全く同じに作用するかどうかには議論がある。実際、ゲノムマッピング技術によって主要な系統樹の系譜が広範囲にクロスリンクされていることが明らかとなってきた。これはマーギュリスが主張したように、細菌によって遺伝子が転送された証拠となる可能性もある。