Kivu del Norte
En 2006, luego de algunos conflictos dentro de la UPC, volvió a Kivu del Norte, su provincia natal, y se unió al Congreso Nacional para la Defensa del Pueblo (CNDP) de Laurent Nkunda. Para abril de 2008, se creía que se encontraba viviendo en el distrito de Masisi en Kivu del Norte, ocupando la posición de Comandante en Jefe del CNDP. El CNDP ha sido hoy en día incorporado en el ejército regular congolés y Ntaganda ocupa la posición de General dentro del ejército, pese a ser buscado por la CPI.