Индепендьенте Медельин
Мена — воспитанник клуба «Индепендьенте Медельин». 16 апреля 2011 года в матче против «Ла Экидад» он дебютировал в Кубке Мустанга. 15 мая в поединке против «Кукута Депортиво» Джефферсон забил свой первый гол за «Индепендьенте Медельин».