帕米爾高原
新疆地區的領土爭議主要是帕米爾高原地區。在清朝時代，帕米爾高原全境屬於中國所管轄，1890年間，由於俄國欲取新疆、英國對西藏有野心，因此簽訂英俄協定，由英國取得瓦罕帕米爾，俄國取得一大片的北部帕米爾高原。中華民國成立以後帕米爾高原始終無法有效統治。但中華民國政府始終將帕米爾高原西邊的噴赤河視為中國的極西點。在1960年代中華人民共和國與阿富汗簽訂邊界條約，正式放棄瓦罕帕米爾。此地包含阿母河和喀拉湖。2011年1月13日塔吉克斯坦议会表決通過中塔两国政府签署的勘界协定，決定歸還給中國1158平方公里，即2002年《關於中塔國界的補充協定》中的中華人民共和國獲得的第十五界點至第二十三界點一線新定國界與原實際控制線之間的領土。但反對黨領袖卡比里（Mukhiddin Kabiri）批評說，塔吉克斯坦 無條件將土地送給中華人民共和國，正代表塔吉克斯坦外交的一大挫敗。但塔吉克斯坦外交部部長札里非（Khamrokon Zarifi）卻認為，這是塔吉克斯坦的一大勝利，因為中國原本聲稱擁有的領土範圍，多達2萬8千平方公里。而中华人民共和国外交部发言人洪磊在例行記者會上表示兩國領土爭議已全面解決。他說：「根據兩國平等協商結果，依照國際法條文，全面解決兩國領土爭議。」洪磊表示，在與塔吉克斯坦解決領土爭議後，未來中、塔雙方將可進行更大規模的合作與交流。