Verteidigungsministerium des Vereinigten Königreichs
2008 wurde er Direktor für Personalstrategie und -führung im Marinestab im Verteidigungsministerium des Vereinigten Königreichs. Noch im selben Jahr wurde er Leitender Stabsoffizier beim Chef des britischen Verteidigungsstabes. 2011 wurde Johnstone zum Konteradmiral befördert und zum Flag Officer Sea Training (FOST), zugleich Abteilungsleiter Ausbildung der Royal Navy, ernannt. Im Mai 2013 wurde er stellvertretender Chef des Stabes im Marinestab. Seit Oktober 2015 ist er als nunmehr Vizeadmiral Kommandeur des Allied Maritime Command.