財政部關務署
民國102年（2013年），財政部關稅署進行組織改造，高雄關下設十個單位，包含四個分關，其中馬公支關隸屬「高雄機場分關」，正式編制名稱為「財政部關務署高雄關高雄機場分關離島派出課離島四股」，沿用迄今。