كأس الكؤوس الآسيوية
قبل بداية موسم 1997-98، تم تشكيل مجلس هيئة الشرف في 7 يونيو 1997. بعد تشكيل المجلس توج فريق العين بطلاً للدوري العام. في الموسم الذي تبعه، تم التعاقد مع المدرب إيلي بلاتشي، الذي استطاع الفوز بكأس رئيس الدولة الأول بتاريخ النادي وقيادة الفريق إلى مركز الوصيف في الدوري والحصول على المركز الثالث في الظهور الثاني للفريق في بطولة الأندية الآسيوية، بعد مشاركة عام 1986. و في موسمه الثاني استطاع إيلي الحصول على لقب الدوري العام السادس في تاريخ العين، بينما في كأس الكؤوس الآسيوية خرج الفريق على يد فريق الجيش السوري بقانون أهداف خارج الديار من الجولة الأولى. في موسم 2000-01، أتى المدرب الأرجنتيني أوسكار فيلوني، لكنه اقيل واستبدل مؤقتاً بالتونسي مراد محجوب، الذي حقق مع الفريق لقب كأس الخليج للأندية، و حل الفريق بالمركز الرابع في الدوري وخرج من الجولة الثانية في بطولة الأندية الآسيوية. و استطاع العين بعدها تحقيق كأس رئيس الدولة في 2001 وخسر نهائي كأس السوبر الإماراتي في 2002 ووصل إلى الربع النهائي في كأس الكؤوس الآسيوية 2002.