Dharma Initiative
Jack, Kate et Hurley rencontrent Jin dans la jungle qui les emmène à Sawyer, ce dernier étant responsable de la sécurité au sein du Projet Dharma. Sawyer prétend que Jack, Kate et Hurley sont de nouvelles recrues du sous-marin et le trio se joint également au Projet. Jack est assigné la tâche d'« ouvrier » et effectue des tâches de concierge durant trois jours. Sayid s'étant retrouvé sur une autre partie de l'île, il n'a pas pu intégrer le Projet Dharma et il est pris pour un « Hostile ». Il est alors emprisonné, mais s'évade dans la jungle après avoir tiré sur Ben, âgé de douze ans, dans la poitrine. Jack choisit alors de ne pas opérer Ben. À son retour, Faraday révèle qu'il a réexaminé ses équations et a changé d'avis en ce qui concerne la façon dont leur voyage dans le temps influence l'avenir. Faraday propose de faire exploser la bombe à hydrogène, que les « Autres » ont enterré sur l'île, sur le site de la station « Le Cygne » de sorte que cela détruise l'énergie électromagnétique contenue en dessous, afin d'empêcher le crash du vol Oceanic 815. Jack accepte de l'aider dans sa mission, mais Faraday est tué par Eloise Hawking, chef des « Autres », sur le chemin de la bombe. Eloise et Richard Alpert l'aident à obtenir le cœur nucléaire de la bombe et Jack se dirige vers « Le Cygne » avec Sayid, qui a été touché par une balle à l'estomac lors d'une fusillade avec le Projet Dharma. Bien qu'hésitants, Kate, Sawyer, Jin, Juliet et Miles aident également Jack. Jack laisse tomber la bombe dans le trou de forage de la station qui explose peu après.