Зихрон-Яаков
После приезда Яффе поселился в Тверии, где работал в 1891—1893 годах и приобрел отличную репутацию. В 1893 году он переехал в Зихрон-Яаков. Находясь здесь, он лечил от малярии жителей соседней Хадеры, посещая это поселение, по крайней мере, два раза в неделю. Ему удалось вылечить некоторых мужчин, но уровень смертности оставался высоким. Постепенно стало очевидным, что для полного устранения болезни индивидуального лечения явно недостаточно и требуется целая система профилактических мероприятий. В 1895 году Яффе стал представителем организации «Ховевей Цион» в стране.