إعادة بناء إيفانجيليون
في سلسلة أفلام "إعادة بناء إيفانجيليون"، عاد شينجي كبطل القصة المركزي. ظهر لأول مرة في الفيلم الأول '، حيث يظهر متحدثاً بشكل أكبر من السابق في المسلسل. في هذا الفيلم، دور شينجي مشابه بشكل كبير دوره السابق في المسلسل التلفزيوني، حيث تم تعيينه كقائد الوحدة-01، وتعاون مع ريه في هزيمة الملاك رامييل. ظهور شينجي التالي في '. في هذا الفيلم، يتابع شينجي مهامه كقائد للوحدة-01، وإن كان بتردد. في قتاله مع باردييل، حيث أجبره والده على إضرار أسكا بشكل خطير، ترك شينجي مهامه وقرر مغادرة نيرف. بعد أن التهم زيرويل ريه، عاد شينجي وانتصر على الملاك عن طريق اندماجه مع الإيفانجيليون. في "3.0"، بعد 15 سنة، استيقظ شينجي في عالم متغير بسبب الاصطدام الثالث الذي بدأه. الجميع يعاملونه بكراهية عدا كاورو، حتى أسكا لكمت نافذة تفصل بينهما. مستنسخة من ريه تقود الآن مارك.09، معروفة أيضاً باسم وعاء الآدمين. علم شينجي أنه رغم محاولته إنقاذ ريه، اكتشف أنه لم ينقذها. حاول هو وكاورو محو الاصطدام الثالث باستعمال رمحي لونغينوس وكاسيوس، لكن بدل ذلك بدأ الاصطدام الرابع، مدمراً طوكيو-3 أكثر مما هي عليه. بعدها ضحى كاورو بنفسه تاركاً شينجي الذي فقد إرادة الحياة.