Army of the Mississippi
アプトンは治療休暇から戻ると、騎兵指揮官として終戦まで続け、戦闘兵種全てへの精通を果たした。ジェイムズ・H・ウィルソン少将の下でミシシッピ軍事師団の騎兵軍団第4師団を率いた。この師団はウィルソンの襲撃中のセルマの戦いに参戦した。