Maitland, New South Wales
波纳於1808年12月19日生於愛丁堡，他的父亲是苏格兰律师詹姆斯·波纳（1758-1821年），母亲马乔里·皮奥特·梅特兰。这个家庭住在爱丁堡的布劳顿区。他在爱丁堡接受教育。他在愛丁堡神學院讀書時，在当时最有名的一位教授托马斯·查默斯（Thomas Chalmers）手下嚴格受教，查默斯在當時神學家中是一個非常愛主且有豐盛屬靈生命的人。在他手下所有學生中，波納是最傑出的一位。和查默斯在一起那一段時間，實在為波納帶來極大的祝福，而且對他一生的事工具有決定性的影響力。