Bikini Atoll
1954年，美軍在比基尼环礁一帶進行的核爆實驗將方圓几百里内的島嶼均夷為平地，試圖消滅一隻即將上岸的龐然大物。1999年，隸屬負責探索古老生物的秘密組織「君主計劃」（）的日裔科學家芹澤豬四郎與助手薇薇安·葛拉罕，到菲律賓調查一座發生地陷的採礦場，於地下勘驗時找到一組巨大古老生物化石，並發現化石旁邊寄生著兩個具有放射性的巨型細胞；一個處於休眠狀態，另一個已經破殼釋出某種幼獸並逃入太平洋。幼獸順著洋流遊到日本雀路羅市（）核電站地底結繭生長，獲取核輻射作為食物。但牠從地底入侵過程時造成核洩漏，導致身在核電站中的美國核工程師喬·布洛迪察覺到不尋常的地震現象，卻也目睹同事兼妻子珊卓與她的工程隊受困反應堆中喪生，而雀路羅市很快被軍方封鎖變成核輻射隔離區。