Coral reef
Город расположен на берегу одноимённой бухты Индийского океана возле устья реки Галана. Коралловые рифы служат защитой Малинди от океанских штормов. Малинди находится на расстоянии 120 км к северо-востоку от Момбасы — административного центра Прибрежной провинции.