California State University
В округе расположены три публичных университета: Калифорнийский университет в Сан-Диего, Университет штата Калифорния в Сан-Диего (SDSU, от ) и университет штата Калифорния в Сан-Маркосе. В округе имеются несколько частных (католических) колледжей, 24 начальных государственных школы.