강화 조약
일본과는 1929년 12월 21일에 국교가 수립되었다. 1941년 12월, 태평양전쟁 발발에 따라 쿠바는 미국과 함께 대일 전쟁을 선포하였다. 1952년 11월, 샌프란시스코 강화 조약 체결에 따라, 국교가 회복되었고, 1960년에 통상협정을 체결(발효는 1961년)하였다. 1898년 이후, 일본인 이민이 쿠바에 정착하기 시작하여, 1999년 기준으로, 일본인계는 약 800명(재단법인 해외 일본인계 협회의 자료)이 쿠바에 거주한다. 양국 관계는, 정치·경제의 양면에서 양호한 편이다. 주(駐)페루 일본 대사공저 점거 사건 때, 일본 정부의 요청에 의하여, 쿠바는 게릴라의 망명 수락을 수락한 바 있다. 음악이나 스포츠를 통한 민간 교류도 왕성하다.