Эфесский собор
В V веке митрополия была вовлечена в различные церковные споры. Первый Ефесский Собор состоялся в 431 году нашей эры, а Второй Эфесский собор, называемый также «разбойничим», был проведён в 449 году нашей эры. Епископ Александрийский Кирилл председательствовал на Первом Соборе, созванном императором Феодосием II для разрешения несторианского спора. Мемнон, епископ Эфесский, поддержал Кирилла в осуждении Константинопольского архиепископа Нестория за ересь. Суд был проведён поспешно, прежде чем успели прибыть восточные сторонники Нестория. Когда прибыла Восточная делегация во главе с Иоанном Антиохийским, они были шокированы случившимся и устроили свой собственный суд. Они признали Кирилла и Мемнона виновными и заключили их в тюрьму. Кирилл подкупил правительственных чиновников, чтобы вернуть себе прежнее положение. Два года спустя Иоанн и Кирилл пришли к взаимному соглашению, которое временно разрешило спор, пока папа Диоскор I Александрийский не созвал Второй Эфесский собор. В 475 году Миафизитский Патриарх Александрии Тимофей II Элур (457—477), поддержанный императором Василиском (475—476), восстановил Миафизита Павла митрополитом Эфесским на Соборе, созванном в Эфесе, который рассматривал вопрос о принятии миафизитского циркуляра Василиска. Константинопольский патриарх Акакий (472—489) отказался принять эти решения и вынудил императора отменить их. Епископы Диоцеза Асия были вынуждены отказаться от решений этого собора, а митрополит Эфесский Павел был низложен во время правления императора Зенона.