准噶尔汗国
在清朝初期，今日的新疆一带不属于中央政权管辖之下。当时新疆一带分为南北两部分，天山以北为蒙古人的准噶尔汗国，被清廷称为“准部”；天山以南为伊斯兰教的叶尔羌汗国，被清廷称为“回部”。叶尔羌汗国后来被准噶尔吞并。强大的准噶尔汗国曾经长期与清朝交战，后来不敌清朝。1758年，准噶尔被清朝征服。1759年，清廷平定回部的大小和卓之乱，回疆归于清廷统治之下，设置总理回疆事务参赞大臣以管辖之。