Торриш-Новаш
Хотя Франсишку да Кошта Гомиш тяжело переживал вынужденную разлуку с семьёй, его учёба продвигалась успешно. В 1931 году он окончил Военный колледж, поступил в португальскую армию, с 18 июля 1931 года служил сержантом в 9-м кавалерийском полку, с 1933 года обучался на кавалерийских курсах, а 1 ноября 1935 года принёс присягу и получил звание алферса (прапорщика). В 1936 году Кошта Гомиш прошёл обучение в Кавалерийской школе в Торриш-Новаш и в июле был переведен в 3-й кавалерийский полк в Эштремоше, а в 1938 году — в 4-й батальон Национальной республиканской гвардии в Порту. 1 декабря 1939 года он получил звание лейтенанта кавалерии. Во время службы в Порту, Кошта Гомиш, обладавший хорошими аналитическими способностями, поступил на математический факультет Университета Порту, который он с отличием закончил в 1944 году, получив степень бакалавра с отличием. Одновременно, в 1943 году он был направлен на капитанские курсы в Торриш-Новаш. 1 декабря 1944 года Коште Гомишу присвоили воинское звание капитана и направили на Курсы генерального штаба в Главной офицерской школе (, 1944—1948). С 1945 года капитан Кошта Гомиш одновременно служил в 3-м отделе министерства обороны, в 1947 году участвовал в семинаре по ядерной физике во Франции, а в 1948 году был приписан к Генеральному штабу и направлен на службу в штаб-квартиру 3-го военного округа в Коимбру.