ボルツマン方程式
PyMOLはOpenGL Extension Wranglerライブラリ()やを用いており、またプラグインとしてプログラムソフトウェアAPBSを利用してポアソン＝ボルツマン方程式を解いて、タンパク質表面に電荷分布を表示させることが可能となっている。