Operación Puerto doping case
Im Juli 2006 kehrte Walter Godefroot überraschend in den Profi-Radsport zurück, er sollte das vom Dopingskandal Fuentes stark betroffene Team Astana als Berater der Teamleitung unterstützen, um die Neustrukturierung des Teams voranzutreiben. Im Juli 2007 beendete Astana die Zusammenarbeit, nachdem mehrere ehemals von Godefroot geleitete Teams ihn der Mitwisserschaft und Anstiftung bezüglich des organisierten Dopings bezichtigten.