Football League First Division
에어 인디아 FC는 1998년 2부 리그로 밀려난 뒤 이듬해 1부 리그로 복귀했고 2000년 미국프로미식축구리그에서도 활약했다. 2001년부터 2004년까지 에어 인디아 FC는 2부 리그에서 뛰면서 힘든 시기를 거쳤다. 2005년에 에어 인디아 FC는 내셔널 풋볼 리그 1부 리그에 진출했으며 2007년에는 에어 인디아 FC가 7위를 차지했고 2005년에는 뭄바이 하우드 챔피언이 되었다.