Chudov Monastery
24 февраля 1564 года избран в Московские митрополиты, 5 марта настолован. Оставил митрополию «за немощью великою» в мае 1566 года, но некоторые российские историки считают, что его отказ от кафедры был связан с опричниной. Афанасий вернулся в Чудов монастырь (16 мая 1566 г.) и прожил там до своей смерти. Скончался до 1575 года и был погребён в Чудовом монастыре.