Zinc finger
原核生物では、5S rRNAの遺伝子は典型的にはrRNAオペロン中、小サブユニットと大サブユニットのrRNA遺伝子の下流に位置し、ポリシストロンの前駆体として共に転写される。真核生物の核ゲノムでは複数の5S rRNA遺伝子コピー（5S rDNA）がタンデムリピートとして密集して存在しており、そのコピー数は種によって異なる。真核生物の5S rRNAはRNAポリメラーゼIIIによって合成されるが、他のrRNAはRNAポリメラーゼIによって転写された45S前駆体からの切断によって形成される。ツメガエル"Xenopus"の卵母細胞では、9つのジンクフィンガーからなる転写因子TFIIIAの4番目から7番目のフィンガーが5S rRNAの中心領域に結合する。5S rRNAとTFIIIAの結合は、5S rRNAの遺伝子の転写を抑制し、リボソームの組み立てに必要となるまで5S rRNA転写産物を安定化する役割がある。