中央・総武緩行線
2000年代に入ると中央・総武緩行線へのE231系0番台の投入や山手線へのE231系500番台投入により、首都圏のほぼ全体に影響を及ぼす本系列の大規模転配属（大転配）が行われた。この転属は中央・総武緩行線用10両編成3本（ただし、大転配に関わるのは2編成である）、山手線用11両編成52本（埼京線へのサハ204形転用による捻出分含む）とサハ1両、総計593両にも及ぶものとなった。