Albany River Rats
28 марта 2007 года, после завершения сезона в студенческой лиге, подписал контракт с клубом Американской хоккейной лиги «Спрингфилд Фэлконс». После окончания сезона 2007/08 Джейкоб Микфликер подписал контракт с другим клубом АХЛ «Рочестер Американс». Сезон 2009/2010 провёл в клубе «Олбани Ривер Рэтс», в 2011 году клуб переехал в Северную Каролину в город Шарлотт и стал называться «Шарлотт Чекерс». В сезоне 2011/2012 выступал за «Херши Беарс».