ナフダ
1991年に政府がイスラーム主義政党のナフダに徹底した弾圧を加えると、マルズーキは彼に法を順守させようとして呼びよせたザイン・アル＝アービディーン・ベン・アリー大統領と対決した。1993年には「良心の囚人の国家防衛委員会」創立委員となったが、委員会が政権の支持者に乗っ取られたのち辞めさせられた。虚偽報道の喧伝や、禁止されているイスラーム主義団体に関与したかどで、何回か起訴もされた。その後、自由国民委員会を結成。アラブ人権委員会の委員長に就任し、2011年1月17日現在、その役員でもある。