Сан-Луиджи-деи-Франчези
С мая 1585 до октября 1586 года был капельмейстером Братства Святой Троицы пилигримов ("Confraternita della SS. Trinità dei Pellegrini"), затем с теми же обязанностями перешёл в римскую церковь Санта-Мария-аи-Монти. С 1591 до 1608 года был капельмейстером другой римской церкви — Сан-Луиджи-деи-Франчези, заменив на этой должности брата Джованни Мария, перешедшего в папский хор. Два брата жили вместе в доме, который принадлежал церкви, и большую часть своего времени тратили на обучение мальчиков из хора. В это время Нанино был связан с кардиналом Монтальто, богатым и влиятельным покровителем искусства и музыки, и, возможно, служил ему как учитель, композитор и архивариус в его церкви Сан-Лоренцо-ин-Дамазо.