Балтийский янтарь
В 2005 году к 750-летию Калининграда/Кёнигсберга в Музее янтаря были выставлены шедевры искусства обработки янтаря XVI—XVIII веков из собрания Государственного музея-заповедника «Царское Село», из знаменитой Янтарной комнаты. Эта выставка положила начало проекту «Янтарные коллекции России и Европы в Калининградском музее янтаря». Состоялись другие тематические выставки: «Балтийский янтарь в собрании Государственного Эрмитажа» (2007 год) в г. Санкт-Петербург, «Союз Земли и Воды» (2008 год) из собрания Музеев Московского Кремля (Оружейной палаты) в г. Москва и другие. В 2005 году музей посетила выставка «Японский янтарь» и выставка «Завоеватели Земли» из Палеонтологического института РАН, посвящённая насекомым, которые населяли планету 650—50 млн лет назад.