АТФ-синтаза
Точная структура АТФ-синтазы все еще остается предметом исследований. Хотя А1А0-АТФ-синтазы напоминают эукариотические V1V0-типа, они являются функционально продуцирующими АТФ, а эукариотические наоборот гидролизуют и потребляют АТФ для создания ионного градиента. Большинство архей имеют ротор из 12 субъединиц. Каталитический домен, который генерирует АТФ, имеет три сайта связывания. Таким образом, для синтеза молекулы АТФ достаточно четырех протонов. Исключением является АТФ-синтаза "Mc. janaschii" и "Mc. maripaludis", где роторный элемент имеет только 8 групп. В среднем 2,6 протона достаточно для синтеза одной молекулы АТФ.