サパティスタ民族解放軍
しかしながら1970年代以降、インディヘニスモは先住民共同体の自治による異なる文化の共存ではなく先住民の同化・メスティーソ化であるという批判がなされてきた。1994年にはサパティスタ民族解放軍による武装蜂起が発生し、インディヘニスモの弊害が明らかになった。これに対してビセンテ・フォックス大統領時代（任期2000-2006年）の2003年に全国先住民庁は解体され、新たに先住民発展のための全国委員会(CDI)が設立された。国立先住民言語研究所もCDIとともに2003年に発足した。