Minnesota River
アメリカ合衆国国勢調査局によると、マンケイト市は総面積50.36km2（19.44mi2）である。そのうち49.42km2（19.08mi2）が陸地で0.93km2（0.36mi2）が水域である。総面積の1.85%が水域となっている。市域はミシシッピ川の支流で、マンケイトで流路を東南東から北へと変えるミネソタ川の南東岸に広がっている。中心部より上流、市域西端では、ミネソタ川の支流であるブルーアース川がミネソタ川に合流する。ミネソタ川の対岸、ニコレット郡側には、ノースマンケイトの市域が広がっている。