Penrith, Cumbria
Родился 11 сентября 1844 года в городе Пенрит в Камбрии. Сын богослова Джона Николсона и его жены Энни Элизабет Воринг. Его младшая сестра — писательница Энн Ирленд. Получил образование в гимназии Эпплби, а затем учился в университетах в Гёттингене (Ph.D., 1866) и Эдинбурге (D.Sc., 1867, MD, 1869).