T세포
초항원의 T세포 결합부위는 T세포 수용체 베타 체인에 있는 가변부와 상호작용한다. 인간 T세포 레퍼토리는 베타 가변부(Vβ) 요소의 50가지만을 이루므로 주어진 초항원은 T세포군 중 높은 비율을 활성화 시킬 수 있다. 그리고 몇몇 초항원은 베타 가변부의 여러곳에 결합할 수 있다. 이 반응은 초항원 그룹에 따라 조금씩 다르게 나타난다. 다른 사람들 사이에서 우세한 T세포 부위의 형태가 다른 이유로 몇몇 사람들은 특정 초항원에 대해 더욱 강하게 반응한다. 그룹 I 초항원은 CDR2의 베타가변부(Vβ )와 분자의 뼈대부위에 결합한다. 그룹 II 초항원은 형태 의존적인 방식으로 베타가변부에 작용한다. 이런 작용들의 대부분은 특정 베타가변부의 아미노산 곁사슬과는 상관없이 일어난다. 그룹 IV 초항원은 특정 베타가변부 형태의 CDR 고리 세 가지 전부를 끌어들이는 것을 보였다. 초항원의 크고 작은 도메인 사이의 작은 틈에서 상호작용이 일어난다. 그리고 이것은 초항원이 TCR과 MHC 사이에 쐐기 역할을 하도록 한다. 이것은 항원 펩티드를 T 세포 수용체(TCR)에서 멀어지도록 하며 T세포 활성화의 정상적인 작동을 피해간다.