TATAボックス
クラスIIプロモーター class II promoter は2つの配列から構成されている。その一つであるコアプロモーター core promoter はふつう40～60bpほどの大きさである。4つ以下に細分化されており、-33位を中心に存在するTATAボックス TATA box、そのすぐ上流のTFV IIB認識エレメント TF IIB recognition element：BRE、転写開始部位を中心とするイニシエーター initiator：Inr、さらに下流に下流プロモーターエレメント downstream promoter element：DPE のいくつかを含む。DPEはさらに細分化され、同名のDPEのほか、下流コア配列 downstream core element：DCE、モチーフ10配列 motif ten element：MTE があるコアプロモーターは基本転写因子と結合し、RNAポリメラーゼに与える。一方、クラスIIプロモーターのもう一つの要素は上流プロモーターエレメント upstream promoter element：UPE (上流制御配列 upstream control element とも)で、転写開始に関与するほかの転写因子が結合する。次の項で各エレメントを詳しく紹介する。