Landwirtschaftsministerium der Vereinigten Staaten
1878 wurde er Entomologe beim Landwirtschaftsministerium der Vereinigten Staaten (USDA), seine beiden Assistenten wurden Theodore Pergande (1840–1916) und Leland Ossian Howard (1857–1950). Riley kündigte schon 1879 wegen Differenzen mit seinem Vorgesetzten, trat die Stelle 1881 jedoch wieder an und blieb bis 1894.