阿兹海默病
腦硫脂還涉入乙型澱粉樣蛋白(Amyloid beta)肽的清除。乙型澱粉樣蛋白肽是阿兹海默病的標誌之一。當它們沒有適當的降低，這些肽積聚並產生斑塊，這些斑塊是乙型澱粉樣蛋白肽片的團塊，而且和阿兹海默病有相當的關聯。乙型澱粉樣蛋白肽的清除是很重要的，最好要讓這種斑塊的積累現象不要出現。經由內吞的途徑，腦硫脂可促進乙型澱粉樣蛋白肽的去除。因此，當有高含量的腦硫脂時，則就有較低量的乙型澱粉樣蛋白肽。因為阿兹海默氏疾病的受試者具有較低腦硫脂水平，故而乙型澱粉樣蛋白肽的清除率較低，這使得肽在大腦裡積聚並產生斑塊。