أسرة محمد علي
أما الطابق الثاني فيشمل الآثار القبطية والإسلامية وبعض مقتنيات أسرة محمد علي . ومن أهم مقتنيات العصر الفرعوني مجموعة تماثيل لملوك وآلهة وأفراد ولوحات جنائزية وتوابيت آدمية وأواني للأحشاء أي أواني كانوبيه وتمائم . ومن العصرين اليوناني والروماني مجموعة تماثيل لأفراد وآلهة ولوحات جنائزية .