箱館戰爭
在蝦夷共和国中，主要擔任箱館市中的巡邏工作。箱館戰爭中，由於土方戰死，在弁天台場的新選組隊士們讓相馬成為隊長，並讓他在投降書狀中署名，新選組的歷史也就此拉下終幕。然後依據高松凌雲的書簡記載，相馬就任隊長是在明治2年（1869年）5月15日。