People's Mujahedin of Iran
اغتيل باهنر في مكتبه، جنبا إلى جنب مع رئيس الجمهورية آنذاك محمد علي رجائي وثلاثة آخرين. عندما انفجرت قنبلة في مكتبه في طهران في 30 آب 1981. و قد تم التعرف على منفذ عملية الاغتيال وهو مسعود الكشميري ناشطٌ في حركة مجاهدي خلق، الذي تسلل إلى داخل مكتب رئيس الوزراء بلباس مسؤول أمن الدولة. و دفن باهنر مع رجائي في مقبرة جنة الزهراء( بهشتى زهرا) في طهران.