Plaza Colonia
Уроженец Монтевидео, Факундо Милан является воспитанником академии местного клуба «Дефенсор Спортинг». В основном составе дебютировал в возрасте 16 лет в матче против клуба «Пласа Колония» 9 октября 2017 года, отметившись «дублем». 9 ноября 2017 года забил гол в ворота «Расинга».