2군단
지휘를 맡은 첫해에 리는 2명의 주요 차급 지휘관을 거느렸다. 우익은 제임스 롱스트리트 중장이었고, 좌익은 스톤월 잭슨 중장의 지휘를 받고 있었다. 이 날개들은 1862년 11월 6일, 1군단(롱스트리트)과 2군단 (잭슨)으로 재편성되었다. 챈슬러스빌 전투 후 잭슨이 사망하자 리는 1863년 5월 30일에 북버지니아군을 3개 군단으로 재편성했다. 롱스트리트는 여전히 1군단을 지휘했고, 잭슨의 2군단이 2개 군단으로 나뉘어 각기 리처드 S. 이월 중장과 A.P 힐 중장이 지휘하게 되었다. 리처드 H. 앤더슨의 4군단이 1864년 10월 19일 편성되었고, 1865년 4월 8일 4군단은 2군단에 흡수/통합되었다. 3개 군단의 지휘관들은 1864년과 1865년에 자주 바뀌었다. 기병군단은 젭 스튜어트가 지휘했다. 기병군단은 1862년 8월 17일 창설되었고, 1864년 5월 11일, 스튜어트가 치명적인 부상을 입은 날 해체되었다. 예비 포병대는 윌리엄 펜들턴 준장이 지휘했다.