Maluku Islands
1999년에서 2000년 사이 할마헤라는 기독교도들과 무슬림 사이의 충돌을 겪었다. 분쟁은 처음에는 대다수가 기독교인 카오인들과 거의 전부가 무슬림인 말리푸트인들 사이에서 시작되었으며 곧 종교분쟁의 양상을 띠어 말루쿠 제도 북부 전체로 확산되었다. 자바섬에서 대규모로 들어온 라스카르 지하드나 이슬람수호전대를 비롯한 무장단체들의 항쟁에 수천여 명이 사망하였다. 2000년 6월에는 할마하라에서 술라웨시섬으로 떠나는 난민들 500여명을 실은 여객선이 침몰하였고, 이에 대한 음모론이 나돌았다.