紐約市公共運輸局
到了1989年10月，紐約市公共運輸局計劃廢除JFK特快，指出該路線沒有吸引足夠乘客。當時每日只有3,200人使用列車，比起列車開始營運之時的高峰4,000至5,000人有所下跌。時任紐約市公共運輸局副行政總裁喬治·米勒稱，廢除列車每年可節省700萬美元開支，並將144名工人和12節地鐵列車用於更有效的地鐵營運上。高達47%的JFK特快乘客都是霍華德海灘以及洛克威一帶，願意額外付費的通勤者。此時，列車已經是每小時一班。