Über die Entstehung der Arten
Im Jahr 1852 veröffentlichte Naudin einen Aufsatz „Philosophische Betrachtungen über Arten und Vielfalt“ (frz. „Considérations philosophique sur l’espèce et la variété“), indem er Hybride für die Entstehung neuer Arten verantwortlich machte. Nachdem Charles Darwin 1859 sein Werk „Über die Entstehung der Arten“ veröffentlicht hatte, warf der französische Biologe Joseph Decaisne ihm vor, dass Naudin zentrale Elemente der natürlichen Selektion vor ihm entdeckt habe. In einem überlieferten Brief an Joseph Dalton Hooker widersprach Darwin dieser Unterstellung, da er in Naudin's Werk die Worte „natürliche Selektion“ nicht finden könne.