モロ・イスラム解放戦線
アブ・サヤフはミンダナオ島でフィリピン警察や軍相手にゲリラ戦を行い、マレーシアやインドネシアでも活動を行うようになっていったが、1998年にジャンジャラーニはフィリピン警察との銃撃戦で殺害される。精神的指導者を失ったアブ・サヤフは二つに分裂し、イスラム社会の独立運動より強盗や身代金目的の誘拐を繰り返す犯罪集団となり、絶頂期には4000人いた構成員も2000年頃には100人以下にまで減った。多くはモロ・イスラム解放戦線（MILF）などに合流したと考えられる。