DNAメチル化
DNMT3aおよびDNMT3bは、発生初期にDNAメチル化様式を形作るDNAメチル化 "de novo" メチルトランスフェラーゼであると考えられている。DNMT3Lは、その他のDNMT3タンパク質と相同性があるが、触媒活性を持たない。その代わりに、DNMT3Lは"de novo" メチルトランスフェラーゼのDNAへの結合能を高め、活性を刺激することによって、これらの酵素を補助する。最後に、tRNA(シトシン-5-)-メチルトランスフェラーゼ（）は、DNAメチルトランスフェラーゼ相同体として同定されたタンパク質であり、全てのDNAメチルトランスフェラーゼに共通の10個の配列モチーフを全て含んでいる。しかしながら、DNMT2 (TRDMT1) はDNAをメチル化せず、代わりにアスパラギン酸tRNAのアンチコドンループに存在するシトシン-38をメチル化する。