自然選択説
初めて自然選択説の概要を見たときには全く賛成しておらず、その後10年にわたって自然選択説の第一の批判者であった。1853年の著書では種は不変であると述べている。『種の起源』と同時期に出版された彼はこのエッセイで自然選択説への支持を表明し、科学界から認められた人物の中でダーウィンを公的に支持した最初の人物となった。科学史家の松永俊男はフッカーの転換を1859年の初頭と指摘している。1858年にダーウィンがアルフレッド・ラッセル・ウォレスから自然選択説を述べた論文を受け取ると、ダーウィンの長年の研究を知っていたフッカーはチャールズ・ライエルと共に、自然選択説を共同発表することを勧め、同年のロンドン・リンネ協会で欠席したダーウィンの代わりに二人の論文を代読した。