Les Noces funèbres
Sous la direction de Tim Burton, Lee retourne au grand écran en 2005, pour deux métrages fantastiques : "Charlie et la Chocolaterie", où il interprète un dentiste inquiétant accompagné une nouvelle fois par Johnny Depp, et le film d'animation "Les Noces funèbres", dans lequel Lee prête sa voix à un pasteur loufoque. Il retrouve le cinéaste américain en 2012 pour incarner le pêcheur Silas Clarney dans "Dark Shadows".