Through Train
게이힌 도호쿠 선과 직결 운행하는 열차들은 사쿠라기초 역, 이소고 역, 오후나 역에서 회차하여 다시 돌아오는 형태로 운행한다. 네기시 선 요코하마 ~ 이소고 간은 5분 간격, 이소고 ~ 오후나 간은 10분 간격으로 운행된다. 단, 사쿠라기초 ~ 네기시 간은 화물 열차가 빈번히 운행되기 때문에, 화물 열차의 통과를 사이에 두고 10분 간격으로 운행되기도 한다. 게이힌 도호쿠 선의 오미야 방면 직결 운행 열차, 요코하마 선의 하치오지 방면 직결 운행 열차 모두 쾌속 열차가 운행되고 있지만, 네기시 선 안에서는 각 역에 정차한다.