承久之亂
同年，祖父後鳥羽上皇發起承久之亂向全國發布了討伐幕府執權北條義時的敕令，很快便被北條泰時和北條時房所率領的幕府軍撃敗。後鳥羽上皇、順德上皇被發配到隱岐島及佐渡島（土御門上皇並未參與討幕，本來不是被處分對象，但他卻自願隨父親後鳥羽上皇及弟順德上皇一同受流配之刑。）。