井伊直政
不過在1600年關原之戰石田三成敗給德川家康後，本地成為德川四天王之一井伊直政的領地，井伊直政決定廢棄已有超過四百年歷史的佐和山城，於1603年在佐和山西方約約1.5公里的彥根山開始興建彥根城，因此佐和山藩也被改設為彥根藩，直到19世紀末江戶時代結束，本地一直都是彥根藩的領地，僅在南部有部分區域為江戶幕府的直屬領，並委由位於滋賀郡大津的負責管理。