ポーランド派
荒廃時代（大洪水時代）になると、ボフーンはフメリニツキーの後継者であるイヴァン・ヴィホーウシクィイとフメリニツキーの息子ユーリイ・フメリニツキーを支持したが、ヴィホーウシクィイがポーランドと結んだハージャチ条約（1658年）と、ユーリイがモスクワと交わしたスロボディーシュチェ条約（1660年）に対して強く反発し、コサック国家の独立の必要性を主張しつづけた。しかし、コサックの長老たちが親モスクワ派と親ポーランド派に分裂すると、ボフーンは後者に加担せざるを得なくなり、パーヴォロチ連隊の連隊長としてモスクワの軍勢と戦った。