フランツ・フェルディナント
フランツ・ヨーゼフ1世の弟カール・ルートヴィヒ大公と、その2番目の妻で両シチリア王フェルディナンド2世の娘であるマリーア・アンヌンツィアータの間の第4子、長女として生まれた。マルガレーテ・ゾフィーの名前は、父の最初の妻マルガレーテと父方の祖母ゾフィーに因むものである。マルガレーテ・ゾフィーは帝位継承者フランツ・フェルディナント大公の同母妹であり、フランツ・フェルディナントとは仲が良かった。