Schweizerische Bundesbahnen
Neben der Führung seines Unternehmens nahm Künzli im wirtschaftlichen Bereich weitere Aufgaben wahr. Von 1868 bis 1877 wirkte er im Bankrat der Bank in Zofingen, von 1873 bis 1908 als Verwaltungsrat der Aargauischen Kreditanstalt (ab 1894 als Präsident). Weitere Verwaltungsratsmandate waren: 1868/69 Schweizerische Centralbahn, 1890–1892 Jura-Simplon-Bahn, 1902–1908 Schweizerische Bundesbahnen und 1895–1908 Elektrizitätswerke Olten-Aarburg (eine der Ursprungsgesellschaften der Atel).