فلسطين الأولى
يعتبر بداية العصر البيزنطي المسيحي بمثابة العصر الذهبي للطائفة السامرية، لكن خلال القرنين الخامس والسادس أطلق السامريون ثورات في مقاطعة فلسطين الأولى البيزنطية، حيث أدّى نزاع بين سكان المدينة من السامريين والمسيحيين إلى بروز عدد من الانتفاضات السامرية ضد الحكم البيزنطي. تميزت الثورات بالعنف الشديد من كلا الجانبين، وقد أدى قمعها على أيدي البيزنطيين وحلفائهم الغساسنة المسيحيين إلى إنخفاض عدد السكان السامريين بشدة حيث أعتنق الكثير من السامريين الديانة المسيحية. في عام 1020 تعرض كل من السامريين والمسيحيين واليهود للإضطهاد الشديد من الخليفة الحاكم بأمر الله الفاطمي. أثناء الحملات الصليبية، كان السامريون، مثل السكان المسيحيين غير اللاتينيين في مملكة بيت المقدس، مواطنين من الدرجة الثانية، لكن تم التسامح معهم وربما تم تفضيلهم لأنهم كانوا مُطعين وقد ورد ذكرهم بشكل إيجابي في العهد الجديد المسيحي. كما سمح لهم ببناء معبد جديد لهم في عام 1130.