ヒトゲノム計画
最初に成功を収めたのがPhredというプログラムである。Phredは非常に高い精度でクオリティスコアを算出でき、実際にエラーの確率とよく対応していた。Phredは速やかに主要なゲノムシークエンシングセンターから、各研究室に至るまで広く使われるようになった。ヒトゲノム計画では、そのDNA配列の大部分がPhredを使用して処理されたことになる。