Greater Antilles
溝齒鼩属于鼩形亚目。关于鼩形亚目内部的关系很复杂。分子生物学研究也没有获得明确的结果，因此溝齒鼩与鼩形亚目内其它动物之间的亲属关系也不很清楚。与溝齒鼩最亲近的是岛鼯属，这个属的动物直至上个千年为止在大安的列斯群岛上分布依然很广，但是现在已经灭绝了。它们在形状上类似鼩鼱。