クルト・ダリューゲ
翌1939年にベーメン・メーレン保護領総督に就任し、第二次世界大戦中はチェコ人のレジスタンス鎮圧などにあたったが、全体的には穏健な統治をおこない、強権的統治を求めるヒトラーからは失望された。1941年には副総督職が新設され、国家保安本部長官ラインハルト・ハイドリヒが副総督としてプラハに赴任してきた。ハイドリヒはチェコ全土に激しい弾圧をおこない、ノイラートは実権を喪失していった。ハイドリヒ暗殺後も後継の副総督となったクルト・ダリューゲや親衛隊及び警察高級指導者のカール・ヘルマン・フランク（後、ベーメン・メーレン保護領担当国務相）に実権を奪われた。さらに1943年8月24日には総督を辞職することとなり、前内相ヴィルヘルム・フリックと交代している。以降直接政治に関係することはなくなった。