Торос Неса
Гомес начал карьеру в команде из своего родного города «Селая». В 2009 году он дебютировал за клуб в третьем мексиканском дивизионе. В 2010 году Хуан помог команде занять первое место и выйти в Лигу Ассенсо. В конце 2011 года он перещёл в другой клуб второй лиги «Леон». 8 января 2012 года в матче против «Коррекаминос» Гомес дебютировал за новую команду. 29 января в поединке против «Торос Неса» он забил свой первый гол за «Леон». По окончании сезона Хуан помог команде оформить путевку в Лигу MX.