ヨウェリ・ムセベニ
アミンを追放した後は、緊張した競争と政治的・民族的ライバルによる政権争いが起きた。ユスフ・ルレがタンザニアから大統領として送り込まれた。1979年6月に、大統領権限拡大に対する論争の後、当時UNLFの最高統治機構であった国家諮問会議 (NCC) がルレをゴッドフリー・ビナイサに挿げ替えた。ビナイサは1980年5月12日に自ら、UNLFの強力な組織であるパウロ・ムワンガとその副官のヨウェリ・ムセベニ（当時ウガンダ愛国運動の指導者だった）が率いる軍事委員会を引退した。サウロ・ムソケ、ポリカープ・ニャムチョンチョ、ジョエル・ハンター・ワチャ・オルウォルの3人の委員からなる大統領委員会は国を率いることを約束した。彼らは1980年の総選挙までウガンダを統治し、その選挙ではウガンダ人民会議のミルトン・オボテが勝った。その選挙は論争の的になった。ヨウェリ・ムセベニは不正選挙を訴え、オボテ政府に対して武力反乱を起こすことを宣言し、ウガンダ紛争に突き進んで行った。