ヤルカンド・ハン国
15世紀以降のホータンは、モグーリスタン・ハン国、ヤルカンド・ハン国、ジュンガル部といった遊牧民族の支配を受けた。ヤルカンド・ハン国の支配下では、市内の東の一角に領主の城（旧城）が建てられた。1680年にヤルカンド・ハン国がジュンガルに滅ぼされると、ホータンはガルダン・ハーンが任命した白山党のホージャによって統治される。