Holy Lance
Además de las influencias psicológicas y filosóficas, en "Evangelion" también abundan las alusiones a religiones exóticas para Japón, como el judaísmo y el cristianismo, que juegan un papel central. Esta caracterización se debió a un intento de hacer la serie más interesante y atrayente. Un ejemplo de estas referencias es que los conocimientos de la organización SEELE se basan en los manuscritos del mar Muerto. También se usan elementos de la cábala, como el Sefirot y el árbol de la vida. Los ángeles son una referencia a los ángeles del Antiguo Testamento, basados ampliamente en la angelología. La Lanza de Longinus es una reminiscencia a la Lanza Sagrada, con la que Longino atravesó el costado de Jesús en la cruz; sin embargo, según Patrick Drazen la lanza tiene también otros significados, siendo los de la lanza usada por los dioses sintoístas Izanagi e Izanami para crear el mundo. Por Drazen, los personajes Shinji, Asuka y Rei pueden ser vistos como la encarnación de los dioses Susanoo, Uzume y Amaterasu: Shinji, al igual que Susanoo, no es aceptado por su entorno; Asuka es como Uzume, orgullosa y fiera; mientras que Rei, como Amaterasu, vuelve a «nacer».