Аугсбургское исповедание
12 марта 1565 года римский папа Пий IV даровал ему сан кардинала, и 15 мая того же года он был возведен в сан кардинала-пресвитера Санти-Додичи-Апостоли. В следующем году папа Пий V ввёл его в комиссию, занимавшуюся правками в декрете Грациана. В 1569 году Маркантонио вошёл в состав комиссии, в соответствии с решениями Тридентского собора занимавшейся подготовкой к официальному изданию латинского перевода Библии — Вульгаты. В марте 1571 года он стал одним из шести кардиналов, которым поручили изучить и опровергнуть Аугсбургское исповедание и Магдебургские центурии.