The Stolen Earth
En 2006, il devient le personnage central de la série spin-off "Torchwood", où il dirige une équipe de l'organisation éponyme de la série centrée à Cardiff pour combattre la menace alien. Parallèlement il réapparaît à de multiples reprises dans la série principale auprès de la dixième incarnation du Docteur : il redevient son compagnon dans les épisodes "Utopia", "Que tapent les tambours" et "Le Dernier Seigneur du temps" où il l'aide lui et Martha Jones à vaincre le Maître, l'aide une nouvelle fois à sauver la Terre dans "La Terre volée"/"La Fin du Voyage" et apparaît dans "La Prophétie de Noël,", l'ultime épisode du dixième Docteur, où ce dernier vient le voir en signe d'adieu. Jack Harkness est le premier personnage explicitement non-hétérosexuel de la série : pansexuel assumé, il a bénéficié dès sa première apparition d'un excellent accueil de la part de la critique et des fans, et est rapidement devenu un symbole pour la communauté homosexuelle et bisexuelle de Grande-Bretagne.