在独ソ連軍政府
第二次世界大戦が1945年に終わると、ロストック大学は在独ソ連軍政府（のちの東ドイツ）の管轄に入り、1946年2月24日に再開した。法学部は1951年に閉鎖され、1950年に農学部が設置されたほか、造船学部が1951年に開設され、この学科は1963年に工学部となった。ロストック大学は、伝統あるドイツの大学の中ではじめて工学部を開設した大学であった。1976年に大学は初代ドイツ民主共和国大統領ヴィルヘルム・ピークにちなんで、ヴィルヘルム・ピーク大学へと名称変更した。この名称変更はドイツ再統一の後に取り消され、元の名前に戻った。