チャールズ・A・ロックウッド
3月28日、当初の任務を終えた阿波丸はシンガポールを発って日本への帰途に就いた。協定では帰路でも安全が保障されていたため、日本軍は再び軍事輸送への利用を計画した。船長は反対したが軍の要求に押し切られた。阿波丸には、船が撃沈されて滞留していた商船員480人、三井物産支店長以下の商社員・技術者・大東亜省次官以下の公務員など非戦闘員600人、軍人・軍属820人が便乗することになり、乗員と合わせて2004-2130人が乗り込んだ。また、スズ・タングステン・アルミニウムなどの地金5000トン以上、生ゴム2000トン以上、重油及びガソリン2500トンという大量の軍需資源が船倉には収められた。アメリカ軍は暗号解読で日本側の工作を知り、航空偵察で阿波丸が物資を積んで喫水が深くなった状態であることも把握していた。アメリカ太平洋潜水艦隊司令官のチャールズ・A・ロックウッド中将は、チェスター・ニミッツ大将に攻撃許可を要請したが返答は届かなかった。