ジェニファー・ガーナー
アフレックはその後『デアデビル』での共演者ジェニファー・ガーナーと交際を始め、9ヵ月後に婚約した。アフレックとガーナーは2005年6月29日にタークス・カイコス諸島で結婚した。2005年12月1日に長女のヴァイオレット・アン、2009年1月6日に次女のセラフィーナ・ローズ・エリザベス、2012年2月27日に長男のサミュエルが誕生した。一家はロサンゼルスとマサチューセッツ州に定住するほか、ジョージア州サバンナに別荘を構えている。