Al-Hakim bi-Amr Allah
في بداية حياة ابن يونس، جاءت الخلافة الفاطمية للسلطة وأسست المدينة الجديدة القاهرة. في القاهرة، عمل ابن يونس كعالم فلك للخلافة الفاطمية لمدة 26 عامًا، في البداية كان عمله مع الخليفة العزيز بالله ثم مع الخليفة الحاكم بأمر الله. كرس ابن يونس أشهر أعماله في علم الفلك "الزيج الكبير الحاكمي" للخليفة الحاكم بأمر الله.