Projet Dharma
Après le crash du vol Oceanic 815, Daniel est bouleversé lorsqu'il regarde un journal télévisé montrant des images de l'épave apparente de l'avion dans les profondeurs de l'océan Indien. Widmore se rend chez Daniel et le convainc d'aller sur l'île, qui selon lui va le guérir de ses pertes de mémoires. Daniel est alors recruté dans une équipe secrète aux côtés de Charlotte, Miles et Frank Lapidus. Leur mission est de voyager sur l'île, de mener plusieurs expériences scientifiques liées à l'île, et de désactiver la station « La Tempête » du Projet Dharma, qui contient des gaz toxiques pouvant tuer tous ceux présents sur l'île s'il était libéré. Ils sont également chargés de retrouver Benjamin Linus.