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1271年，忽必烈改國號為大元，建立元朝，而忽必烈即為元世祖，又於1279年滅掉了南宋，统治全中国。此時原蒙古帝國已分裂為元朝和四大汗國，各自為政，大蒙古國不復存在。而這時西藏則為元朝所設立的宣政院所管轄。一方面，由於元世祖及其後的元朝皇帝的大力支持，宣政院的職權一直由薩迦派所掌握，負責統治整個西藏地區。另一方面，元政府不僅成功在政治上控制了西藏，在文化和其他層面也受到西藏很大的影響，比如八思巴就曾經根據忽必烈的要求，按照藏文字母的拼音方式創造了蒙古文字，史稱「八思巴文」。兩者的關係是互惠的。元朝还几次派遣官员入藏，在萨迦本钦的配合下，清查西藏各地的户口，确定各个万户的贡赋，并且建立驿站以及保证驿站交通的乌拉差役制度，在此基础上，元朝在西藏驻扎军队，设立各级官府，以保证对西藏的统治和政令的推行。