Bacillus subtilis
枯草菌の亜種である"Bacillus subtilis natto"が産生するが、単なる枯草菌"Bacillus subtilis"ではナットウキナーゼはない。一般的な納豆1グラム当たり0.99国際単位のナットウキナーゼが含まれ、ナットウキナーゼが多いと表示されているもので1.78国際単位となる。