Mike Schmidt
は24本塁打を放つも、打率.230の低打率に終わる。この年終盤に鮮烈なデビューを果たした新人グレッグ・ジェフリーズを三塁に起用してジョンソンをトレードで放出するという噂もされたが、1989年には奮起。ジェフリーズを二塁に追いやり、36本塁打41盗塁を記録し、2度目の「30-30」を達成。同年はオールスター初出場を果たし、シーズン途中で引退しながらファン投票で選出されたマイク・シュミットに代わって先発出場。同年は、シルバースラッガー賞も受賞した。