西南戰爭
1871年廢藩置縣，熊本縣縣廳在城內二丸設置。同年縣廳改在花畑邸鎮西鎮台。駐守熊本鎮台後，將老朽化的櫓及多重櫓逐個拆卸。特別是西出丸石垣。在西南戰爭前，只俘留本丸主要部份的天守及本丸御殿。