Nigerian Civil War
Im kurz darauf einsetzenden Biafra-Krieg war er Kommandeur der 2. Infanterie-Division. Nach der Rückeroberung der Stadt Benin im September sowie dem Massaker von Asaba im Oktober 1967 wurde neben Truppen Biafras zunächst auch Mohammed zu Unrecht beschuldigt, 5,6 Millionen US-Dollar aus einer dortigen Bank gestohlen zu haben. 1968 wurde er zum Oberst befördert und versetzt, 1971 wurde er Brigadegeneral.