Работнички
Маркоский — воспитанник клуба «Работнички». 18 августа 2012 года в матче против «Дриты» он дебютировал в чемпионате Македонии. 10 августа 2013 года в поединке против «Македония Гёрче Петров» Кире забил свой первый гол за «Работничков». В 2014 году он помог клубу выиграть чемпионат и завоевать Кубок Македонии. В 2015 году Кире вновь стал обладателем национального кубка. Провёл более 100 матчей за «Работнички».