The Smoking Man
麦克尔温认为，《第六次大灭绝：命运之爱》代表《档案》终于开始“将科学、宗教信仰和形而上学结合”。斯嘉丽在本集抛开个人经验和推理挽救穆德的生命，相比之下，她在全剧绝大多数分集都是理智当头，不相信有超自然现象，觉得都有某种科学解释。她还在这集发现外星飞船碎片，推断外星人拥有“历史上所有问题的答案”。穆德能够接受过于奇妙并超出科学解释的现象，愿意投身其中寻找真相，而且拥有解开谜团所必需的能力——对外星病毒免疫。剧中探究的还有癌人的道德观念和他与邪恶的紧密联系。网站的肯尼斯·西尔伯（）指出，癌人以花言巧语引诱穆德足以证明他是非常危险的敌人，就像撒旦一样善于权术、操纵人心。蒂莫西·邓恩（）和约瑟夫·弗伊（）也在《癌人的道德沉思》（）一文指出，癌人本集中的恶行与他在辛迪加的任务无关，表明他是真正全身心投入的恶人。两人援引剧中台词“难道你不是在等我长出吸血鬼的獠牙来吗？”，证明癌人完全清楚自己的作为是多少罪恶，但他根本不在乎。