상제
그는 하느님이 천지만물을 창조했다는 구약성서의 내용이 허황되다고 비판했다. 신후담은 집이 저절로 지어지는 것이 아니라 목수의 제작에 의하여 이루어진다는 비유로 천지의 개벽을 설명할 수는 없다고 하면서, 천지는 태극(眞)에 근원하고 음양(實)에서 이루어지는 것이라는 자연의 생성질서를 반론으로 제시하였다. 여기서 신후담은 상제(하느님)도 천지가 형성된 다음에 생겨나 주재한다 하고, 마치 사람이 태어난 다음에 육신을 주제하지만 마음이 육신을 제작할 수는 없는 것과 같다고 비유하여 창조설을 거부하였다.