Sumatran rhinoceros
Le Rhinocéros de Sumatra est considéré comme l'espèce ayant le moins divergé parmi toutes les espèces existantes, car elle partage plus de traits communs avec ses ancêtres du Miocène que les autres espèces. D'après les fossiles du genre "Dicerorhinus", les paléontologues estiment que ce genre est apparu au Miocène inférieur, il y a 23 à 16 millions d'années. De nombreux fossiles ont été classés comme membres de "Dicerorhinus", comme "Dicerorhinus gwebinensis", qui semble très proche du Rhinocéros de Sumatra, mais aucune autre espèce récente n'a été placée dans ce genre. Une datation moléculaire suggère que la scission entre "Dicerorhinus" et les quatre autres espèces encore existantes a eu lieu vers 25,9 millions d'années avant notre ère. Trois hypothèses ont été proposées pour expliquer la relation entre le Rhinocéros de Sumatra et les autres espèces existantes. Une d'entre elles suggère que le Rhinocéros de Sumatra est étroitement lié aux Rhinocéros noirs et blancs d'Afrique, comme en témoigne le fait que l'espèce a deux cornes, au lieu d'une seule. D'autres taxonomistes considèrent le Rhinocéros de Sumatra comme un taxon frère des Rhinocéros d'Inde et de Java car leurs aires de répartition sont proches. Une troisième hypothèse, basée sur des analyses plus récentes, suggère que les deux rhinocéros d'Afrique, les deux rhinocéros d'Asie et le Rhinocéros de Sumatra représentent trois lignées distinctes qui divergèrent il y a environ 25,9 millions années, et il peut donc être difficile de déterminer quel groupe a divergé le premier. Les plus vieux spécimens de Rhinocéros de Sumatra retrouvés datent du Pléistocène moyen, c'est-à-dire il y a environ , mais l'espèce est certainement beaucoup plus ancienne et elle a pu diverger il y a 3 millions d'années voire plus.