La pesadilla
En la 2ª temporada, el tema es la "Pesadilla Neogenética" en el que Spider-Man continuó con su mutación hasta convertirse en un Monstruo Araña ("Man-Spider"); en el 1 y 2 capítulo "Los Seis Villanos" aparecen los 6 Siniestros, como Seis Villanos, (una formación compuesta por Rino, Shocker, Doc. Octopus, Misterio, el Escorpión y el Camaleón), en el capítulo 4 "El plan de los mutantes" se da la aparición de los X-Men con la formación sacada de . En el capítulo 7 "Llega el Castigador" aparecen más personajes de Marvel, como The Punisher o Blade, en el capítulo 13 "El graznido del Buitre" aparece el Buitre, el cual, en el capítulo 14 "La pesadilla final", con la ayuda del Dr. Connors, curaría involuntariamente a Spider-Man de su enfermedad.