Affaires non classées
Sa première rencontre avec les Affaires non classées, appelées « X-Files » (dû au fait qu'« il y a toujours de la place dans les X », dixit la première secrétaire qui dut ranger ce type de dossiers) fut en 1990 : le dernier mot d'un vieil homme chez qui l'on retrouva un cadavre vidé de sa substance interne fut « Mulder ». Fox interrogea l'ex-agent du FBI qui s'était occupé de l'affaire des premiers meurtres du vieil homme, ce qui l'informa de l'importance des X-files dans le complot gouvernemental. La présence de son père dans cette histoire mystérieuse dut le pousser, ainsi que la disparition de sa sœur à ouvrir le service des affaires non classées en 1991.