サンマテオ郡
現在都市間鉄道は、サンフランシスコからサンマテオ郡やサンタクララ郡のいくつかの都市、例えばサンマテオ、レッドウッドシティ、パロアルト、サンノゼ、ギルロイ、などを結ぶコミューターレールであるカルトレイン以外にはサンフランシスコ市内に乗り入れていない。アムトラックは、湾を越えたオークランドやエメリービルにある駅までサンフランシスコの様々な場所から連絡バスを走らせている。