Secretary of State
1905年9月5日、ベイコンは国務長官エリフ・ルートから賞賛を受け、国務次官補に指名された。ベイコンは1909年1月27日まで国務次官補を務め、1906年に国務長官エリフ・ルートが南アメリカ諸国を歴訪した際には国務長官の職務を代行した。