复杂系统
二十一世纪初，他开始关注生命系统以及认知过程中的复杂性。他在中国较早将复杂性研究引入认知神经科学，探讨宏观学习过程和记忆的涌现机制。他创造性地提出脑与神经系统的功能是神经元集体活动涌现的结果，是从低级到高级的逐层涌现，而这种涌现的机制使大脑高级认知功能产生的基础。在大脑系统的研究中，方福康设计了具体的思路，主要有如下特点：寻找复杂系统中核心的少维子系统，计算并发现所讨论具体对象的低维吸引子的动力学行为，这些吸引子决定了该系统状态变化的主要特征，分层次、分步骤、由简到繁、由易到难地建立复杂系统的动力学方程。定性分析方程的性质和计算机模拟求解相结合，将神经计算结果与神经实验及宏观行为进行对比，在模型的建立和计算过程中借鉴其他复杂系统研究中所显示的共性规律。