Tommy John surgery
2001年是柏奈特在大聯盟的第一個完整的球季，當年的成績為11勝12敗和4.05防禦率。5月12日，柏奈特投出生涯的第一個無安打比賽，這場比賽的對手是聖地牙哥教士，但是這場比賽他也投出9次保送，這在棒球比賽裡面是蠻特別的紀錄，比賽結果是以3：0由馬林魚獲勝，這場比賽投出9次保送，但三振卻只有7次。2002年柏奈特繳出12勝9敗、3.30防禦率和203次三振的成績，這是在2008年以前他大聯盟最佳的成績。2002年球季柏奈特主要的投球武器是快速球，平均為每小時94.9英里（miles per hour, mph）。2003年柏奈特只先發四場比賽就因傷進行尺骨附屬韌帶重建術，本球季宣布提前結束，而無緣參與2003年世界大賽。2004年柏奈特一直到6月才回到球場上，今年總共先發19場比賽，獲得7勝6敗和3.68防禦率的成績，這一年所投出的快速球可以達到102 mph，不過到了9月的時候，柏奈特因肘部受傷而休息了幾場比賽。