フランソワ・カロン
寛永14年（1637年）、追いつめられたキリシタンらが島原の乱を起こすと、翌年乱を鎮圧した幕府は、ポルトガルとの貿易の打ち切りを望むようになった。寛永16年（1639年）、将軍の徳川家光と老中全員、オランダ商館長であるフランソワ・カロンとの会談が行われ、幕府側はカロンから、台湾経由で生糸などの中国製品などを確保できること、台湾に渡航している中国人が明朝からの渡航許可を与えられた商人であり、かつ、密航者ではないこと、オランダがスペインとポルトガルの妨害を跳ね返す軍事力を備えていることなどを確認し、オランダがポルトガルと朱印船の代行ができることを信じ、ポルトガルとの貿易の打ち切りを決定した。これを受けて幕府は、長崎奉行のみならず、九州地方の大名を中心とした全国の大名に、ポルトガル船の来航禁止と、ポルトガル船に対する警戒と打払いを趣旨とした命令(「第五次鎖国令」)が発布され、ポルトガル人はこれを受けて出島から追放された。