Yoweri Museveni
最高機関だった革命委員会は1993年10月、民政移管に向け解散し、同委員会の権限は内閣に委譲されたが、バシールが首相を兼任したまま大統領に就任した。1994年にコルドファン州が、北コルドファン州、南コルドファン州、西コルドファン州の3州に分割された。同年、スーダン人民解放軍（SPLA）の新たな後ろ盾となっていたウガンダを非難すると、2月6日にはヨウェリ・ムセベニ大統領から神の抵抗軍へ最後通牒が伝えられたが、その2週間後に神の抵抗軍は南スーダンへの越境を開始した（）。