ウィリアム・ブラッドフォード
1795年、リーはワシントン大統領から司法長官に指名された。この指名は前任のウィリアム・ブラッドフォードが在任中に死去したことに伴うものであり、1795年12月10日に上院の承認を得て着任した。リーはワシントン大統領の後任のジョン・アダムズ大統領の下でも引き続き司法長官を任された。リーはアダムズ大統領の任期満了となる1801年2月19日まで司法長官を務めた。