St. Paul's Chapel
クートは1700年にニューヨークに戻り、そこで海賊と不法な海運に対する行動を再開した。1701年の初めにオールバニでイロコイ族との交渉を行ったことに続き（この会議をクートは「これまで味わった中でも最大の疲労」と言っていた）、ニューヨークに戻り、3月5日に痛風が悪化して死に至った。クートはウィリアム砦の礼拝堂に埋葬された。この砦が解体されるときに、その遺骸はニューヨーク市のセント・ポール教会に移された。