アイルランド内戦
アイルランド内戦が開始されると、彼は自由国政府の指導者の一人として強硬策を主張した。これはイギリスの介入をおそれたためであった。1922年から1923年にかけて、逮捕されていた反条約派メンバーのうち77人がオイギンスの命令により処刑された。政府軍の指揮にも関与したが、リチャード・マルケイの証言では軍事的知識を有していなかったとされる。