معاهدة الاتحاد الأوروبي
في 27 يوليو 2016، أُعلن أنه كبير مفاوضي المفوضية الأوروبية مع المملكة المتحدة بشأن الانسحاب من الاتحاد الأوروبي، بموجب من معاهدة الاتحاد الأوروبي. وتعليقًا على التعيين، قال يونكر: «أردت سياسيًا متمرسًا لهذه الوظيفة الصعبة».