Депортиво Кали
В декабре 2012 года он подписал контракт с «Депортиво Кали». Во второй половине 2013 года ему удалось довести команду до финала чемпионата, соперником был «Атлетико Насьональ». После безголевой ничьи на «Паскуаль Герреро» «Атлетико» выиграл у себя дома, на «Атанасио Хирардот», со счётом 2:0. В январе 2014 года команды снова встретились в Суперлиге Колумбии (матч между победителем Апертуры и Финалисасьон), «Депортиво Кали» удалось взять реванш у «Атлетико Насьональ» в серии пенальти. Таким образом, Альварес выиграл свой первый трофей с «Депортиво Кали» и второй трофей в качестве тренера. На 25 февраля 2014 года он был уволен из «Депортиво Кали» после того, как команда набрала всего одно очко в шести матчах.