デプン寺
アルタン・ハーンの死後もモンゴルはゲルク派を信仰した。1588年にダライ・ラマ3世が死ぬと、アルタン・ハーンの一族は間もなく生まれたアルタン・ハーンの孫がその生まれ変わりだと主張し、その子が1601年にデプン寺でダライ・ラマ4世として即位した。ところがゲルク派は、対立宗派カルマ派を支援するツァン派政権の王テンスンワンボと対立し1605年に敗北したことから、勢力が非常に弱まった。1617年にダライ・ラマ4世が死去するとゲルク派はさらに弱まり、翌年にはツァン王プンツォク・ナムギェルに要所のラサとデプン寺、セラ寺を奪われた。なお、ツァン王がゲルク派を攻撃したのは、ゲルク派が外国勢力であるモンゴルをチベットに入れようとすることに対する危機感からとも言われている。