Babi Yar
1941年5月1日より親衛隊全国指導者幕僚に配属される。6月29日からロシアに転属となり、ウクライナを管轄する「南ロシア」親衛隊及び警察高級指導者に任命された。同年9月29日から30日にかけてキエフで行われたバビ・ヤールの大虐殺事件はイェッケルンらによって計画され、実行に移された。