아시카가 요시미쓰
제3대 무로마치 정이대장군 아시카가 요시미쓰 대에 이르러 남조가 멸망하여 남북조가 통일되고, 막부는 전국을 장악하게 되었다. 가마쿠라 막부와 마찬가지로 무로마치 막부도 각 율령국에 수호를 파견했지만, 수호의 권한은 점차 확대되어 갔다. 이윽고 수호직은 세습되게 되어 수호다이묘(守護大名)가 탄생했고, 수호령국제()라는 지방지배체제가 확립되었다. 무로마치 막부는 중앙의 막부와 지방의 수호다이묘들의 연합정권 성격을 띠고 있었다. 유력한 수호다이묘 몇 개 국을 합치면 그 군사력은 막부를 초과하는 경우까지 있었다. 남북조가 통일된 이후에도 종종 전란이 발생했다. 1467년에는 유력 수호다이묘인 야마나(山名) 군과 호소카와(細川) 군이 교토에서 무력충돌을 일으켰고(오닌의 난), 전쟁은 교토에서 지방으로까지 확대되었다.