承久之亂
父親後鳥羽上皇及弟順德天皇為承久之亂作準備，在承久三年（1221年）順德天皇又讓位給年僅三歲兒子的懷成親王，是為仲恭天皇。同年、後鳥羽上皇發起承久之亂向全國發布了討伐幕府執權北條義時的敕令，但是很快便被北條泰時和北條時房所率領的幕府軍撃敗。後鳥羽上皇、順德上皇被發配到隱岐及佐渡。土御門上皇並未參與討幕，本來不是被處分對象，但他卻自願提出與父親後鳥羽上皇及弟順德上皇一同受流配之刑。土御門上皇被流放到了土佐國，後改為流放阿波國，因此被稱作土佐院和阿波院。土御門上皇沒有參與倒幕，因而受到了鐮倉幕府的禮遇，當地的守護在阿波國為上皇建造了宮殿。