卡累利阿共和国
苏联解体后，帕特鲁舍夫继续在俄罗斯联邦安全部门工作。1992年被任命为俄联邦卡累利阿共和国安全部部长。1994年至1998年，在反间谍局和联邦安全局管理局任各种领导职务。1998年10月，开始担任俄联邦安全局副局长兼经济安全局局长，1999年8月9日升任局长。