Secondary structure
胺基酸在形成不同的二級結構上有著不同的能力。脯氨酸及甘胺酸會在轉角上出現，並且可以瓦解α螺旋骨架的規則形態，但兩者卻有著不正常的形態能力。在蛋白質內採用螺旋形態的胺基酸有蛋氨酸、丙氨酸、亮氨酸、穀氨酸及賴氨酸（胺基酸單字母編號為「MALEK」）；相反，大型的芳香性殘基（色氨酸、酪氨酸及苯丙氨酸）及Cβ分枝的胺基酸（異亮氨酸、纈氨酸及蘇氨酸）則採用β折疊形態。但是，若單以序列來看，這些都不足以構成一個可靠的方法來預測二級結構。