Ejército de Liberación del Pueblo de Sudán
El poder ejecutivo reside en el presidente de Sudán del Sur, quien es el jefe de estado, jefe de gobierno y comandante en jefe del Ejército de Liberación del Pueblo de Sudán. Este cargo fue establecido por los protocolos de 2005, siendo John Garang (fundador del ELPS) el primer presidente hasta su muerte en un accidente el 30 de julio de 2005. Salva Kiir Mayardit, su sucesor, fue juramentado como primer vicepresidente de Sudán y presidente del Gobierno Autónomo de Sudán del Sur el 11 de agosto de 2005. Tras la independencia, Kiir Mayardit fue el primer presidente de la República de Sudán del Sur.