Japan Air Self-Defense Force
就任之初的上村負責領導航空自衛隊的參謀機構——（空幕），且是航空自衛隊唯一一位不具舊日軍背景的將領，其餘皆曾為戰前陸軍或海軍軍官。在空幕長任內，他曾發表訓示、指出航空自衛隊在創隊第一年度須優先培養飛行、整備等方面的教官人員，還為此派員接受美軍訓練、在開設飛行學校、和。上村健太郎領導航空自衛隊至1956年7月2日為止，退役時的最終階級為空將。