Royal Swedish Academy of Letters, History and Antiquities
Bereits 1821 wurde Nilsson Mitglied der Königlich Schwedischen Akademie der Wissenschaften, 1841 der Kungliga Vitterhets Historie och Antikvitets Akademien. Im Jahr 1822 wurde er zum Mitglied der Leopoldina gewählt. Auch verschiedenen ausländischen Gesellschaften gehörte er an. 1845 bis 1846 war er Rektor der Universität Lund und lebte ab 1856 als Emeritus in Stockholm.