조광조
이 때 기묘사화가 일어나 조광조(趙光祖) 등이 훈구파의 공격을 받자 야밤에 일처리를 몰래 한 것은 부당하다며 중종 등을 질책하였다. 이후 조광조 등이 훈구파의 탄핵을 받고 파면되자 앞장서서 조광조의 무고함을 변호하였으며, 그가 참여하던 위훈삭제는 실패하였다. 이후 조광조, 김정 등이 유배지에서 사약을 받게 되자 그들을 옹호하였으나 받아들여지지 않았다. 한편 남곤이 그를 탄핵하였지만 중종은 윤은필의 인물됨됨이가 버리기 아깝다며 거절하였다. 곧 훈구파의 공격을 받고 체직되었다가 복직, 1520년 승지, 대사간(大司諫), 1521년 홍문관부제학, 참찬관(參贊官) 등을 지냈다.