معمودية يسوع
قسّمَ العلماء إنجيل يوحنا إلى أربعة أقسام حسب موضوع كل منها: المقدمة، سفر الآيات، سفر المجد، والخاتمة التي تتضمن الإصحاح 21 المُثير للجدل. يتحدث الإنجيل بشكل مباشر عن ألوهية يسوع ويُعرفّه في على أنه «كلمة الله» أي اللوغوس، ويُصوّر صلب يسوع بأنه تمجيد له من خلال عودته إلى الآب. لا يتضمن الإنجيل معلومات مفصلة عن الأسرار المقدسة المسيحية، بل يحوي عدداً قليلاً من الإشارات التي تدل على المعمودية، وأخرى تدل على الأفخارستيا تتلخص في عظة خبز الحياة وغسل المسيح لأرجل تلاميذه. يركّز إنجيل يوحنا على الفرد وعلاقته بيسوع بدلًا من الجماعة، ويدعو إلى «الثبات في المسيح»، وبدلًا من تفسير الآخرة على أنها نهاية الزمان، يُظهر إيمانًا بالأخرويَّات المحققة التي تعني خدمة يسوع والحفاظ على إرثه الدائم. يتحدث الإنجيل بشكل مُختلف عن العلاقة بين يسوع ويوحنا المعمدان، ويجعل خدمتيهما متداخلتين، ولا يذكر معمودية يسوع على يد يوحنا، بل يجعل يوحنا خاضعًا ليسوع. يُجادل بعض العلماء كذلك أن إنجيل يوحنا يرتبط مع المسيحية الغنوصية، ويتجلّى ذلك في عدة آيات تُشير إلى أفكار ومعتقدات تتبناها الغنوصية، مثل فكرتي أن الخلاص يأتي من الإيمان والمعرفة، والمخلّص الذي جاء من عالم آخر ووعد بأخذ المؤمنين به إلى مسكن سماوي.