ボゴール植物園
1930年にオランダに戻り、ライデン大学の生物学の教授、ライデン植物標本館の館長となった。バース・ベッキングの仮説を提唱するのはライデン大学の教授の時代である。1940年にジャワ島のボゴール植物園の園長に任じられ、植物園の再建のための方策に着手した。家族は1940年にインドネシアに渡ったが、バース＝ベッキングは第二次世界大戦のドイツのオランダ占領のためにオランダを離れられなかった。2度、イギリスへの脱出を試みたことにより、収容所に収監され、収容所内で流行したチフスの研究を行い、植物地理学の著書の執筆を始めた。