El Escorial
フェルナンドは1575年の夏にガラパガルに滞在中、赤痢に倒れた。一旦は回復したものの3年後に赤痢が再発し、7歳の誕生日を迎える直前に亡くなった。遺骸はエル・エスコリアル修道院の王子廟（）に葬られた。