Molucca Sea
10月30日、カペリンは最初の哨戒でモルッカ海、フロレス海およびバンダ海を経てマカッサル海峡方面に向かった。ダーウィンで給油した後哨区に向かい、11月11日にアンボン島沖で国玉丸（玉井商船、3,127トン）を撃沈した。しかし、哨戒中に司令塔のハッチ機能、艦首部分の騒音、不完全なレーダーチューブなど多くの不具合が生じ、カペリンは哨戒を一旦打ち切って修理することとなった。11月15日、カペリンは17日間の行動を終えてダーウィンに帰投し、問題箇所を2日間かけて修理した。