奥州藤原氏
平安時代末期（12世紀末）には奥州藤原氏の庇護を受け、願行寺は繁栄し、子院四十八坊を形成するまでになった。奥州藤原氏が滅亡とともに衰退し、兵火による焼失も加わって、応仁の乱後には山之坊・宮本坊・嶽之坊の3坊にまで減少した。