チッパー・ジョーンズ
のMLBドラフトで1巡目全体1位でフロリダ・マーリンズから指名を受けた。過去に高校生野手で全体1位指名を受けた選手には、ケン・グリフィー・ジュニアやチッパー・ジョーンズ、アレックス・ロドリゲスなど後のMVP受賞経験者が並んでおり、当時からゴンザレスがどれほどの高評価を得ていたかがわかる。ゴンザレスは「マネーの心配は一切しなかった。1巡目の、それもトップで指名されたのだから、それだけで十分だった」とマーリンズから提示された条件は度外視し、指名から1日後の6月6日に契約金300万ドルで入団を決めた。同年からマーリンズ傘下のマイナーリーグで試合に出場。