マルキオン
そのほか、シノペのマルキオンに関する研究書『マルキオン（"Marcion"）』（第二版1924）において、旧約聖書をすべて排除し、自ら改変したルカ福音書、および牧会書簡とヘブライ書を除く10のパウロ書簡のみを正典としたマルキオンをプロテスタントの先駆者であると示唆したため、第二次世界大戦後にブーバーらによって反ユダヤ主義の嫌疑をかけられることとなった（ただし、ハルナックは1930年に死去しているため、ナチスの政権獲得を知るよしもなかった）。現在ではハルナックやその著書に反ユダヤ主義的傾向を見出す向きはほとんどない。