Club Universidad de Guadalajara
В начале 2015 года Хонатан перешёл в мексиканскую «Леонес Негрос». 12 января в матче против «Монтеррея» он дебютировал в мексиканской Примере. 10 мая в поединке против «Крус Асуль» он сделал «дубль», забив свои первые голы за новую команду.