Secondary structure
文脈自由文法は、RNAの二次構造のモデリングにも適用される。一本鎖RNA分子におけるヌクレオチドの二次構造は、相補的であり、対を形成する。この基本対がRNA分子の機能において生物学的に重要である。基本対の多くは文脈自由文法で表現できる（例外としてシュードノットがある）。