Lake Kivu
Im Februar 2003 wurden Ntakirutimana und sein Sohn Gérard durch das International Criminal Tribunal for Rwanda des Völkermordes in Ruanda für schuldig befunden. Das Tribunal sah es als erwiesen an, dass Ntakirutimana bewaffnete Truppen zum Mugonero-Komplex, einer Örtlichkeit nahe dem Kiwusee, transportiert hatte, wo diese hunderte von Tutsi-Flüchtlingen töteten. Ntakirutimana wurde zu zehn Jahren Gefängnis verurteilt. Am 6. Dezember 2006 wurde er nach zehn Jahren Haft entlassen.