Северный Калимантан
К ускоренному закреплению позиций на восточнокалимантанском побережье голландцев подтолкнула британская колониальная экспансия в смежных районах острова: в конце 1830-х годов Джеймс Брук приступил к покорению Саравака, а в 1844 году другой британский авантюрист Джеймс Эрскин Мюррей () предпринял экспедицию в султанат . К 1850 году Гааге удалось заключить соглашения о протекторате со всеми государственными образованиями, находившимися в восточной части нынешнего индонезийского Калимантана, в том числе с теми, которые полностью или частично располагались на территории провинции Северный Калимантан: султанатами Булунган, и  — последние два образовались в 1810-е годы в результате раскола Берау. Тем не менее, реальное голландское присутствие на этих территориях ещё долгое время было весьма незначительным, что позволяло соседним феодальным образованиям оказывать ощутимое влияние по крайней мере на часть из них. Так, Булунган сохранял зависимость от султаната Сулу до 1878 года, когда было подписано испано-британское соглашение о разграничении колониальных владений в Юго-Восточной Азии. Окончательное установление фактического контроля голландцев над внутренними районами провинции относится к 1900-м годам — периоду, когда владения Нидерландской Ост-Индии были распространены на всю территории современной Индонезии, а делимитация границ колониальных владений Нидерландов и Великобритании на северо-востоке Калимантана была завершена только в 1915 году. К этому же времени относится открытие и начало разработки нефтяных месторождений в северо-восточной части нынешней провинции, в частности, на острове Таракан, которые в короткий срок стали одним из важнейшим источников нефти в колонии.