石山本願寺
天正8年（1580年）3月，本願寺與信長之間成立和議，4月9日，與顯如一同離開石山本願寺，轉移至紀伊鷺森御坊，不過留在石山本願寺的長男教如，與對退出感到不滿的信徒一同顯出抵抗姿態並籠城，結果，教如在8月2日離開石山本願寺，但是因為教如在籠城時自稱繼承顯如成為宗主，於是令父子之間不和，顯如與教如斷絕關係。教如一時間進入鷺森，不過不能與顯如見面，於是在東海、北陸流浪。天正10年（1582年）6月，顯如與教如回復關係，教如亦與顯如一同居住並處理寺務。此後因為豐臣秀吉的政策，本願寺移至和泉貝塚、攝津大坂的天滿，天正19年（1591年），移至京都的七條、烏丸（西本願寺）。