المحكمة الجزائية المتخصصة
في عام 2009م الموافق/ رجب 1430هـ اعتقلت الداخلية السعودية العشرات من مديري وموظفي وداعمي ومستثمري أموال المؤسسة ضمن إطار حملة مكافحة الإرهاب وعلى رأسهم مدير المؤسسة عقيل العقيل ووجهت لهم تهم الارتباط بمنظمات إرهابية. في 13 جمادى الثانية 1435هـ/ 2014م صدر حكم ابتدائي ببراءة العديد من منسوبي المؤسسة بالإضافة إلى عقيل العقيل من المحكمة الجزائية المتخصصة وظل في الحبس إلى أن تم إطلاق سراحة في الخامس من رمضان لعام 1435هـ -ورغم ذلك يرجح أنه تم إعادة بعضهم للسجن-.