베네딕도회
한편, 요한과 벤체슬라우스는 보헤미아 내에서 한창 논란이 된 클라드루비의 베네딕도회 대수도원의 새 수도원장 임명을 둘러싸고 서로 입장을 달리하였다. 당시 베네딕도회 대수도원장은 지역의 유지로써 벤체슬라우스 왕의 입장에서는 귀족들과의 권력 싸움에서 우위를 차지하기 위해서는 굉장히 중요한 요소였다. 벤체슬라우스 왕은 대립교황이었던 아비뇽 교황을 지지하였으며, 이에 맞서 프라하 대교구장은 로마 교황을 지지하였다. 요한은 벤체슬라우스 왕의 바람과는 달리 새 수도원장 후보로 프라하 대교구장이 내세운 후보를 지지하였다. 결국 요한은 왕의 명령에 의해 1393년 3월 20일 죽임을 당하였다.