石垣島
公園包含西表島和石垣島兩大主要島嶼，石垣島和西表島之間稱做的珊瑚礁海域，以及該海域的黑島、竹富島、小濱島、新城島、西表島北方的鳩間島和西南方的仲之神島等島嶼。