تدمير البيئة
أعظم التهديدات والأخطار التي تواجه السلحفاة المفلطحة هي تدمير بيئتها الطبيعية والصيد الجائر لأجل الاتّجار بها كحيواناتٍ أليفة. فقد جعل شكل هذا الحيوان المُميَّز منه سلعة مطلوبة لمحلات الحيوانات المنزلية وحدائق الحيوان، فأصبح السكان المحليون يكثرون جمعه من بيئته الطبيعية لبيعه إلى الشركات الأجنبية. وبما أن معدل تكاثر هذا النوع منخفض (يضع بيضة واحدة غالباً في كل مرة)، فإنَّه يحتاج إلى وقتٍ طويل للتعافي. كما إنَّ البيئات الطبيعية المناسبة لإقامة السلاحف المفلطحة محدودة، وهي تزداد حدة مع تدمير البيئة الطبيعية المتزايد نتيجة الأنشطة البشرية، فالسلحفاة مهددة في كينيا بسبب إزالة سهوب الشجيرات الشائكة للبناء والزراعة، وأما في تنزانيا فإنَّها مهددة بسبب الرعي الجائر للمواشي ومنافستها السلاحف على غذائها الطبيعي.