Inner Niger Delta
Djenné liegt in der Massina, einer 40.000 km² großen Niederung mit Binnendelta des Niger und des Bani. Die Stadt selbst liegt auf einer 88 ha großen Insel, umspült von einem Seitenarm des Bani, die bei Niedrigwasser durch eine Furt und einen Damm und bei Hochwasser mit einer Fähre erreicht werden kann. Die nächsten Städte sind San (150 km) und die Hauptstadt Bamako (390 km) im Südwesten, Mopti (130 km) und Timbuktu (350 km) im Nordosten.