St. Louis Symphony
1988年にはミラノ・スカラ座にてニコロ・ヨメッリの歌劇《フェトンテ》の蘇演を指揮したが、その後ギラン・バレー症候群に神経系を冒され、1年間の休養を取ることを余儀なくされた。全快したかに思われたため、演奏活動を再開し、1996年にはレナード・スラットキンの後任としてセントルイス交響楽団の指揮者に就任するが、2002年に健康の不調によって退任に追い込まれた。今度は筋萎縮性側索硬化症に冒されていた。2004年8月29日にアムステルダムの自宅にて永眠。セントルイス交響楽団は、フォンクの追悼演奏会を催してベルリオーズの《死者のためのミサ曲》を上演した。