Flotte de la mer Noire
Après le déclenchement de la Première Guerre mondiale Kłoczkowski reprend le commandement des sous-marins de la mer Noire. En 1918 le chef de l'État ukrainien Pavlo Skoropadsky nomme Kłoczkowski représentant d'Ukraine pour les relations avec l'Allemagne. Le il devient le chef de la Flotte de la mer Noire de l'Hetmanat, en novembre de la même année il devient commandant de la base navale de Sébastopol et commandant en chef de la Flotte ukrainienne. Au cours de son service dans la flotte de la mer Noire il est membre de l'association de militaires polonais dans l'empire russe.