Operation Reinhard
1939年12月，城中开始设立克拉科夫犹太人区，1941年3月之后，所有城中的犹太人口全数迁入区内，许多人或者病死，或者饿死。莱茵哈德行动中，这些犹太人都被送入了集中营，如：贝尔赛克灭绝营、克拉科夫-普拉佐集中营以及奥斯维辛集中营。二战末期，克拉科夫所受损伤较小，城中的古迹因此大多未遭毁坏。1945年1月，苏联军队进入了克拉科夫。他们随后开始逮捕波兰救国军成员和忠于波兰流亡政府的人。