맥길 대학교
그러다가 러더퍼드는 1898년 맥길 대학교 교수직을 맡으러 캐나다로 떠난다. 몬트리올에 있는 맥길 대학교는 연구하기에 더 할 나위 없이 좋은 곳이었다. 러더퍼드는 방사체에 관한 연구, 특히 알파파의 방사를 연구하였고 이것은 맥도널드 연구소에서도 계속되었다. 러더퍼드는 이곳에서 R. B. 오언스()와 토륨의 방사를 연구하였고 라돈의 동위 원소인 토론(Thoron)을 발견하였다. 1900년에는 프레더릭 소디와 함께 방사현상을 분자상 반응이 아닌 원자상 반응으로서 간주하는 “붕괴이론”을 고안해 다양한 실험에서의 근거로 사용했다.