フレデリックスバーグの戦い
アプトンは1862年10月23日に第121ニューヨーク志願歩兵連隊の大佐に指名された。12月のフレデリックスバーグの戦いではその連隊を率い、ゲティスバーグの戦いの初めでは第6軍団第1師団の第2旅団を指揮した。ゲティスバーグにはその軍団がメリーランド州マンチェスターから1晩に35マイル (56 km) を行軍して到着したが、予備隊として残された。ブリストー方面作戦では、1863年11月のラッパハノック駅の戦いでの勇敢な行動を称えられ、正規軍の少佐に名誉昇進した。