Charles V, Holy Roman Emperor
그러나 후안은 결혼한 지 1년도 되지 않아 죽었다. 마르게리타는 1501년 사보이아 공작 필리베르토 2세와 세 번째로 결혼을 했지만 그 또한 1504년 병사했다. 이후 마르게리타는 더 이상 결혼하지 않고 네덜란드 총독을 지내며 카를(훗날 카를 5세)을 비롯한 조카들을 돌보았다.