DNA 복제
하지만 고균과 세균을 가르는 가장 큰 차이점은 크게 세가지 정도로 요약할 수 있다. 첫째는 유전자 및 단백질의 상동성, 둘째는 세포벽과 세포막의 구성, 셋째는 DNA 복제 및 단백질 합성에서의 진핵세포와의 유사성이다. 고균은 세포막을 구성하는 인지질의 구조에 있어서도 세균과 약 4가지의 차이점을 보이는데, 첫째 글리세롤의 방향성(L-form), 둘째 에테르 결합, 셋째 이소프레노이드 사슬, 넷째, branch가 있다는 점이다. 보통 세균과 막 구성성분이 다르기 때문에 항생제로도 파괴되지 않는다. 세포벽의 경우에도 세균은 펩티도글리칸 층을, 고균은 슈도펩티도글리칸층을 갖는다.