東シベリア海
1906年、海軍参謀本部に入り、戦後壊滅した海軍の再建に尽力した。統計班長として、バルト海での作戦計画の立案を指揮した。また、砕氷船の建造に関わり、完成した砕氷船は1909年から1910年にかけて地形調査のためヴァイガチ島を経由してウラジオストクに派遣された。コルチャークは地形調査に同行し、収集した資料をロシア帝国科学アカデミーに提供し、カラ海と東シベリア海に関する生活実態は、ロシア帝国科学アカデミーにおいて高い評価を受けた。調査終了後の1910年に海軍参謀本部に戻り、1912年にバルチック艦隊に配属された。