José II de Austria
Debido a problemas de salud, en 1755 Caprara es apuntado nuncio en Lucerna, y en 1785 se trasladó a Viena, donde residió hasta 1793. La Secretaría de Estado de la Santa Sede se mostró insatisfecha con su acción en Viena, debido a su actitud complaciente y pasiva frente a las reformas religiosas realizadas por el emperador José II de Austria, que buscaba hacer a la Iglesia católica una herramienta del Estado, independiente del Papado. Debido a ello es nombrado cardenal en 1792 por el Papa Pío VI, con el título de "San Onofre".