Battle of the Thames
シェルビーは1期目の知事職を辞めた後、公的生活から身を退いていたが、差し迫った米英戦争のために政界に呼び戻された。ケンタッキー人はシェルビーに再度知事選に出馬し、予想される紛争時に指導してくれるよう促した。シェルビーは容易に再選され、ウィリアム・ハリソン将軍の要請でテムズの戦いでケンタッキー州部隊を指揮した。戦争が終わったときにジェームズ・モンロー大統領からアメリカ合衆国陸軍長官になるよう提案があったが、これを辞退した。シェルビーはその最後の公的任務として、アンドリュー・ジャクソンとともにチカソー族インディアンからジャクソン買収と呼ばれる土地購入を交渉する委員となった。1826年7月18日、シェルビーはケンタッキー州リンカーン郡で死んだ。