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被查封的北梁寺随即被刘锦棠改为了文昌阁。《老残游记》作者刘鹗曾在这座文昌阁创作《老残游记续集》。到了民国十四年（1925年），主治新疆的杨增新曾在文昌阁内祭孔。而到了盛世才治疆时期，宗教活动被视为封建迷信，盛世才主张铲除封建迷信的政策导致文昌阁停止了祭祀活动，并开始衰败。此后，茅盾和杜重远曾先后前往新疆采风，在迪化期间，他们都在文昌阁之中居住过。新疆和平解放后，文昌阁的大殿被隔成几间房间，并成为了新疆军区某工厂家属院的一部分。1994年3月10日，文昌阁被列为乌鲁木齐市文物保护单位。然而因为常年有人居住，且没有进行过彻底的维修，到二十一世纪初，文昌阁出现了屋顶漏雨、木柱腐朽的情况。直到2003年，对文昌阁进行过一次落架维修。2005年9月，文昌阁曾经过布展，并对外开放。与此同时，文昌阁也被开辟为供奉文昌帝君的场所，供游人参观祭拜。在二十一世纪10年代前后曾举办过数次文昌祭祀、送祝福红蛋等活动及各类展览。