联邦调查局
胡佛亲自指挥联邦调查局对肯尼迪遇刺案进行调查。众议院调查暗杀专门委员会于1979年公布了一份调查报告，批评了联邦调查局、沃伦报告以及其他部门的表现。该调查报告同时还批评了联邦调查局不愿意彻查遇刺案相关阴谋可能性的做法。