Игрок года ФИФА
В сезоне 2006/07 Месси испытывал проблемы из-за травм. 12 ноября 2006 года в матче с «Реал Сарагосой» полузащитники Сапатер и Селадес грубо сыграли против Лионеля, из-за чего он сломал плюсневую кость и выбыл на два с половиной месяца. 11 марта 2007 года в «Эль-Класико» против «Реала» Месси сделал хет-трик, матч закончился вничью 3:3. Это был первый хет-трик аргентинца на профессиональном уровне. 18 апреля в полуфинале Кубка Испании против «Хетафе» Месси получил мяч в центре поля, обошёл на скорости пятерых соперников и забил гол нерабочей правой. Этот гол журналисты сравнили с «голом столетия» от Диего Марадоны. Благодаря своим успехам, Месси был впервые номинирован на «Золотой мяч» и занял третье место, уступив только Кака и Криштиану Роналду. Также он был номинирован на награду «Игрок года ФИФА», однако по итогам голосования занял второе место, после того же Кака. Для клуба сезон 2006/07 был менее успешным: «Барселона» заняла второе место в чемпионате, не вышла в финал Кубка Испании, а в Лиге чемпионов не смогла дойти даже до четвертьфинала.