ワシントン・アンド・リー大学
戦後、ペンドルトンはレキシントンに戻り、グレイス教会の教区牧師に復職して終生この職を続けた。ロバート・E・リーとの友好関係は継続し、その元指揮官を説得してレキシントンに来させ、後にワシントン・アンド・リー大学となる学校の学長に就かせた。リーはそのお返しにペンドルトンの教区民の1人となり、1870年、リーが最後の公的会議にでたのはグレイス教会集会所での集まりであり、そこでリーは教会指導者集団を指導してペンドルトンの給与を上げるよう相互誓約を作らせた。