デッドエンド
デッドエンド削除 (dead-end elimination、DEE) アルゴリズムは、大域的最低エネルギー配座（global lowest energy conformation、GMEC）の一部ではないことが証明できる回転異性体を削除することにより、問題の探索空間を反復的に縮小する。各反復において、デッドエンド削除アルゴリズムは、各残基位置で可能なすべての回転異性体のペアを比較し、別の回転異性体 ri よりも常に高いエネルギーを持つことが示すことができ、したがってGMECの一部ではない各回転異性体 r′i を除去する。