古アイルランド語
ケルト学関連では、ストークスは古アイルランド語、ブルトン語、コーンウォール語で書かれたケルト修道院文学の研究、校訂版編纂や翻訳など幅広い分野に従事。主要な校訂版として『』、『』など古アイルランド語で書かれた航海物語、『リズモア書のアイルランド聖人伝』などが知られている。また古アイルランド語文献学関連では『古アイルランド語集成』2巻、『ケルト語辞典編纂用記録』3巻なども刊行した。ケルト学に対するストークスの功績を称え、死後100年にあたる2009年9月18-19日、ケンブリッジ大学で記念会議が開催された。