アソーカ・タノ
その後、マンダロリアン・スーパー・コマンドーたちはシディアスからモールを奪還し、再びモールを頂点とした第三勢力としてクローン戦争に介入。シディアス殺害を目的に様々な破壊活動を起こす。クローン戦争終盤、シディアスの弟子となる可能性のあるアナキン・スカイウォーカーを誘き寄せるため、マンダロアの首都サンダーリを占領したモールとコマンドーたちであったが、同時期にシディアスの策略によりアナキンはコルサントの戦いに参戦。サンダーリに対してはアナキンの副官であるクローン・コマンダー・レックスと、彼の軍事アドバイザーとして協力する事になったアナキンの元弟子アソーカ・タノが率いるクローン大隊「第501大隊」、そして、ボ＝カターン・クライズ率いる「ナイト・アウル」が進攻した。この戦いでモールは再び逮捕され、単独で逃亡。コマンドーたちも多くが戦死、生き残りも共和国の捕虜となった。