로마서
칼빈은 성경에 대한 거의 모든 책들을 주석하였다. 1540년에 로마서 주석은 첫번째 작품이었다. 그는 지속적으로 주석하려고 했으나 6년이 지나서야 고린도전서에 대한 주석을 출판할 수 있었다. 그 작품을 쓴 4년후에는 바울서신에 대한 모든 주석을 출판하였다. 그리고 로마서 주석을 재판하였다. 일반서신을 주석하기 시작하였고 1555년까지 신약성경의 대부분을 주석하여 출판하였다. 칼빈은 신약을 먼저 주석하고 요한 2서, 요한 3서, 요한계시록을 주석하지 않았고, 구약은 시편을 시작으로 여호수아에 이르는 주석을 하였다. 칼빈은 1536년 기독교 강요 초판 발행이후에 그의 최초의 주석인 로마서 주석을 1540년에 출판하였고, 기독교 강요의 개정판이 나온 후에 1546년 1551년 사이 5년 동안 많은 주석들을 출판했다. 1546년에는 고린도전후서를, 1548년은 갈라디아서, 에베소서, 빌립보서, 골로새서, 디모데전후서를, 1549년은 히브리서, 그리고 구약의 이사야서를, 1550년에 데살로니가전후서, 디도서, 1551년은 베드로전후서, 요한일서, 빌레몬서, 야고보서, 유다서에 대한 주석을 출판하였다. 1552년 사도행전 1장에서 13장까지 주석하였고, 1553년은 요한복음을, 1554년은 사도행전 14장에서 28장을 그리고 창세기를, 1555년은 공관복음서에 대한 주석을 출판하였다.