ギリシャ国鉄
スコピエの中央駅は市中心部から2km東に離れた場所に位置し、交通センターとして1963年の地震で破壊された初代の鉄道駅に代わり1970年代に整備された。新しく整備された駅には10線の発着線が備えられているが、列車の発着本数がそれほど多くないためすべては使用されていない。スコピエからはマケドニア鉄道などによりセルビアのベオグラードやコソボのプリシュティナへ国際列車が運行されている。ギリシャのテッサロニキへも国際列車が運行されていたが、2010年のギリシャの経済危機以降、ギリシャ国鉄の経営上の理由により運行が休止されていたが、2014年5月に運行が再開された。