ジョージ・ヘンリー・トーマス
南北戦争が始まる直前の1861年3月16日、クリッテンデンはまだ6月10日までアメリカ陸軍任務から除隊していなかったが、アメリカ連合国の大佐への任官を受けた。1861年8月15日には准将に昇進し、短期間バージニア州で南軍のポトマック軍旅団指揮官を務めた。1861年11月9日には少将に昇進し、東テネシー地区軍を指揮した。1862年1月18日、クリッテンデンとフェリックス・ゾリコッファー少将はミル・スプリングスの戦いで北軍のジョージ・ヘンリー・トーマス准将軍に敗北し、この戦争の南軍として初めての重大な敗北を記録した。このために南軍による東部ケンタッキー州の支配が崩れた。