جبهة فارابوندو مارتي للتحرير الوطني
دخل كليمنتس بعدها كلية الطب وأدرك أن الاستغلال والفقر والظلم هي غالبًا أسباب المرض. سمع لاحقًا أن الولايات المتحدة الأمريكية سترسل مساعدات عسكرية إلى حكومة دولة السلفادور، وهي حكومة دكتاتورية تملك فرقًا عسكرية مدربة من قبل الولايات المتحدة الأمريكية قتلت وشردت المئات من المواطنين السلفادوريين واغتصبت وأعدمت أربع راهبات أمريكيات في عام 1980 مع سحب المساعدات الأمريكية. اختار العمل في خضم الحرب الأهلية في السلفادور في منطقة تسيطر عليها جبهة فارابوندو مارتي للتحرير الوطني (FMLN) خوفًا من تطور الوضع كما حصل في فيتنام. قُصفت القرى التي خدم بها وأُطلقت صواريخ عليها بواسطة نفس سلاح الطيران الذي كان قد تدرب فيه من قبل.