EVA Air
貨客混在機。747-400 Combiとも呼ばれる。胴体後部側面に貨物用のドア（SCD）が付く仕様。1989年6月30日に初飛行。ローンチカスタマーはKLMオランダ航空。2002年4月10日にKLMオランダ航空に引き渡したのを最後に生産終了となっている。ほかにアシアナ航空、ルフトハンザ航空、エールフランス、大韓航空、中国国際航空、エバー航空などが導入したが、2015年1月5日をもってエバー航空からは引退。KLMオランダ航空の747-400 通常型の定員が408名なのに対し、-400 M型の定員は268名となっている。