Brown v. Board of Education
Мун был согласен с «Новым кусом» Рузвельта Новой Сделкой и начал работать в правительстве. В 50-х годах началось общественное движение против коммунизма, которое получило название «маккартизм». Чиновников увольняли и вносили в черный список, и маккартизм являлся угрозой для всего Американского общества, так что стоило отделиться от коммунистических образов мыслей и действий, особенно для чернокожих. Кроме статьи «Негр смотрит на Советский Союз» 1934 года Мун не отзывался о коммунизме положительно. В переломных годах 1948—1964 Генри Ли Мун являлся главным представителем НААСП. За это время президент Трумэн десегрегировал военные силы, и было принято историческое и трансформирующее решение по делу «Браун против Совета по образованию Топика, Канзаса» Верховного суда. Среды самых сложных задач Муна в должности главным лицом НААСП, был утешение семей Эммет Тилл и лидера НААСП Медгар Эверс.