기독교 근본주의
하지만, 반대하는 가장 큰 원인은 대한민국 보수파 개신교 교단들이 지지하는 신학때문이다. 그 신학적 성향은 보수적인 신복음주의 계열이다. WCC는 종교통합을 위해 교리적으로 일치될 수 없는 기독교 근본주의를 포함한 종교적 근본주의나 원리주의에 대해 주의할 것을 밝힌다. 다양한 종교의 근본주의와 함께 기독교 근본주의에 대해 반대를 밝히는 WCC를 보수적 개신교에서는 반대한다. 기독교 근본주의와 관련한 개신교 교단들이 WCC의 신학이 잘못되었음을 지적하기 위한 기독교 근본주의적 공격이 종교다원주의이다. 기독교 근본주의 성향의 교단들은 절대로 타종교의 교리와 타협하는 일이 없으므로, 다른 종교나 새로운 사상을 자신들의 교리와 신조와 섞으려는 기독교 교단은 사실상 자신들의 신앙을 포기하는 행위와 다를바 없다고 주장한다. 기독교 근본주의 교단은 악의 존재인 다른 종교와 진리면에서 타협하려는 시도를 종교다원주의로 규정하고, 이를 시도하는 기독교 교단을 악과 접촉하는 단체라고 피력한다.