New Mexico Territory
À peine arrivé, Thomas Jeffords retourne vers l'est sur le Territoire du Nouveau-Mexique en 1862, en qualité d’éclaireur civil, à la tête des troupes de l'armée de l'Union de Californie. Depuis l'achat de la partie sud du territoire du Nouveau-Mexique par le Congrès les forces confédérées ont gagné tout le sud du Territoire fédéral du Nouveau-Mexique. Rapidement en 1863, le Congrès des confédérés crée le Territoire confédéré de l'Arizona aux dépens du Territoire fédéral du Nouveau-Mexique qui voit sa superficie, d'est en ouest, divisée en deux.