Ukrainian Second League
La primera temporada de la historia del FC Sevastopol, fue la temporada 2002-03 y los comienzos fueron graves. El club pasó cinco temporadas en la Druha Liha hasta que, finalmente, en la temporada 2006-07 el club logró el ascenso a la Persha Liha tras proclamarse campeón. Además, en esa misma temporada, el equipo alcanzó los cuartos de final de la Copa de Ucrania.