上下エジプト
前5千年紀に入ると、上下エジプト、更にスーダンで土器の使用や農耕・牧畜の確実な証拠を伴った文化（新石器時代の文化）が続々と登場する。最も早期と見られるのは上下エジプト結節点そばのファイユーム地方に登場したファイユーム文化（"Faiyumian"）であり、前5230年-前4230年頃にかけて存続した。この文化はナイル川流域における農耕・牧畜の導入の確実な痕跡を残す最古の文化である。下エジプト（ナイルデルタ）においては前5000年頃、または前4750年頃にメリムデ文化が登場した。この地域ではナイル川流域最古の定住農耕村落遺跡が発見されている。ファイユーム文化とメリムデ文化の終末期に平行する前5千年紀末にはオマリ文化（"Omari Culture"）が登場している。