Сфаксьен
Бен-Юссеф начал карьеру в клубе «Сфаксьен». В 2012 году в матче против «Ла-Марсы» он дебютировал в чемпионате Туниса. 20 мая в поединке против «Джарджиса» Фахреддин забил свой первый гол за «Сфаксьен». В 2013 году он помог клубу выиграть чемпионат. В начале 2015 года Бен-Юссеф перешёл во французский «Мец». 18 апреля в матче против «Ланса» он дебютировал в Лиге 1.