نخيل الزيت
على الرغم من كونه من الحيوانات القوية المفترسة، إلا ان حجمه الصغير يجعله هدف سهل للافتراس، أكبر تهديد للتمساح القزم هم البشر عن طريق تدمير الأخشاب واستخدام الأراضي لأغراض الزراعة، بالإضافة إلى إنشاء مزارع كبيرة من نخيل الزيت، كما يقبل العديد من الصيادين إلى صيد التمساح القزم من أجل الحصول على جلودهم واستخدامها في صنع بعض المنتجات المحلية.