Ejército de Liberación del Pueblo de Sudán
Existen desacuerdos entre el Partido del Congreso Nacional y el Ejército de Liberación del Pueblo de Sudán sobre qué proporción de los votantes tendrán que estar a favor de la independencia (el PCN pide que al menos 75% de la población apoye la secesión), si se les debe permitir votar a los sudaneses del sur que viven en el norte, y el proceso de separación posterior al referéndum (incluyendo la división de la deuda nacional). Se dieron algunos progresos moderados a principios de septiembre de 2010, pero se mantienen los desacuerdos sobre los puntos fundamentales.