单纯疱疹
某些病毒可以在脑细胞中复制并穿過突触。因此，经过修饰以表达标记物（例如荧光蛋白）的病毒可用于追踪多个大脑区域之间突触的连通性。 跨神经元/突触复制和传播的两种示踪病毒分別為单纯疱疹病毒1型（HSV） 和弹状病毒。 单纯疱疹病毒被用来追踪大脑和胃之间的连接，以检查与内脏感覺过程有关的大脑区域。 另一项研究将单纯疱疹病毒注入眼睛，从而使从视网膜到视觉系统的可视化。 从突触复制到体细胞的示踪病毒的一个例子是伪狂犬病病毒。 双重感染模型透过使用带有不同荧光基因的伪狂犬病病毒可以解析复杂的突触结构。