Túpac Amaru II
تكيف العديد من سكان أمريكا الأصليين مع الطرق الإسبانية من خلال الخروج عن تقاليدهم ومحاولة الدخول بنشاط في اقتصاد السوق، واستخدموا أيضًا المحاكم لحماية مصالحهم، خاصةً ضد تقييمات الضريبة. في حين تشبث البعض الآخر بعاداتهم قدر الإمكان، وتمرد البعض ضد الحكام البيض. حدثت تمردات محلية، غير منسقة في الغالب طوال الحكم الاستعماري. حدثت أكثر من 100 ثورة في القرن الثامن عشر في بوليفيا وبيرو. ازداد استياء الأمريكيين الأصليين من الحكم الاستعماري في القرن الثامن عشر عندما طالبت إسبانيا بدفع مبالغ أعلى من الجزية وزيادة التزامات ميتا في محاولة لتحسين نواتج التعدين. أدى هذا إلى إشعال التمرد الكبير لتوباك أمارو الثاني. ولد خوسيه غابرييل كوندوركانكي، هذا الأمريكي الأصلي المتعلم، الناطق بالإسبانية، الاسم من سلفه توباك أمارو. على الرغم من إصرار توباك أمارو الثاني على أن حركته كانت إصلاحية ولم تكن تسعى للإطاحة بالحكم الإسباني، إلا أن مطالبه شملت منطقة تتمتع بالحكم الذاتي. سرعان ما أصبحت الانتفاضة ثورة شاملة. احتشد نحو 60,000 من الأمريكيين الأصليين في بيرو وجبال الأنديز البوليفية من أجل هذه القضية. بعد إحراز بعض الانتصارات الأولية، بما في ذلك هزيمة جيش إسباني مكون من 1200 رجل، أُلقي القبض على توباك أمارو الثاني وأُعدم في مايو 1781. ومع ذلك، استمرت الثورة، بصورة رئيسية في بيرو العليا. هناك، قاد أحد مؤيدي توباك أمارو الثاني، الزعيم  الأمريكي الأصلي توماس كاتاري، انتفاضة في بوتوسي خلال الأشهر الأولى من عام 1780. قتل الإسبان كاتاري قبل شهر من إعدام توباك أمارو الثاني. اندلعت ثورة كبرى أخرى بقيادة جوليان أبازا، وهو من الساكستون، وأخذ اسم الثائرين الشهيدين من خلال تسمية نفسه توباك كاتاري (تهجئة كاتاري أيضًا). حاصر لاباز لأكثر من 100 يوم في 1781. خلال الحصار، توفي 20,000 شخص. في عام 1782، أُعدمت امرأة من شعب أيمارا، بارتولينا سيسا، لتحريضها على ثورة أخرى. لم تنجح إسبانيا في إخماد كل الثورات حتى عام 1783 ثم شرعت في إعدام الآلاف من الأمريكيين الأصليين.