ユタ戦争
マーマデュークはその状況に嫌気が差して、ミズーリ州兵隊の任務を辞任しバージニア州リッチモンドに行って、正規南軍の中尉に任官された。アメリカ連合国陸軍省はマーマデュークにアーカンソー州での任務を与え、間もなくマーマデュークはそこで第1アーカンソー大隊の中佐に選ばれた。元はウェストポイント（陸軍士官学校）の歩兵戦術教官だったウィリアム・J・ハーディ中将の参謀を務めた。ユタ戦争のときに指揮官だったアルバート・ジョンストン将軍が1862年初期にその参謀に加わるよう求めた。