Imperial Crypt
ラクセンブルク宮殿に家族と一緒に滞在中だった1740年6月7日、にわかに発病して激しい嘔吐を繰り返した。胃痙攣と嘔吐を繰り返しながら、同日中にわずか3歳で死去した。遺骸はカプツィーナー納骨堂内のいわゆる「マリア・テレジア納骨堂（Maria-Theresien-Gruft）」に埋葬された。両親は1743年に生まれた娘にもマリア・エリーザベトと名付けている。