BK Frem København
Nicki Bille Nielsen begann seine Karriere 1993 in der Jugendmannschaft von "Boldklubben Hellas". Von dort aus wechselte er im Zweijahrestakt zu "Rikken FC" und Kjøbenhavns Boldklub. 1999 kam er dann zu BK Frem København, wo er bis zum Sommer 2005 in der Jugend spielte und dann in die erste Mannschaft hochgezogen wurde. Am 31. Juli folgte sein erstes Profispiel gegen Fremad Amager. Im Oktober 2005 unterschrieb er einen Zweijahresvertrag, verhandelte aber schon einen Monat später mit den englischen Vereinen Newcastle United und FC Portsmouth. Obwohl er sich nicht als Stammspieler sah, absolvierte er in der Saison 2005/06 alle 38 Partien, in denen er vier Tore erzielte.