司馬道子
同年、司馬道子らの圧政に対して、五斗米道系の道士の孫恩に率いられた民衆の反乱が起きた（孫恩の乱）。反乱自体は劉牢之が率いる北府軍団の活躍により元興元年（402年）に鎮圧されたが、この混乱を好機とみた桓玄は、軍団を率いて長江を下り首都建康に迫った。一方の司馬道子父子は劉牢之に勅書を出し桓玄の討伐を命じたが、劉牢之は桓玄に寝返り、建康に入った桓玄は司馬道子父子らを殺害、総百揆・侍中・都督中外諸軍事・丞相・録尚書事・揚州牧などの称号を手に入れた。この時、今まで併用されていた竹簡や布の公文書を廃して全て紙製の公文書に統一したといわれている。