今村均
根据1941年11月26日制定的《关于占领地军政实施的陆海军中央协定》（占領地軍政実施ニ関スル陸海軍中央協定），荷属东印度被划为三个单独的占领区：爪哇和马都拉划归今村均的陆军第16军管辖；苏门答腊划归山下奉文的陆军第25军管辖，25軍的司令部設在新加坡，同時在1943年4月前一直控制著馬來亞，失去馬來亞後，其控制範圍限縮到僅有蘇門答臘，並將司令部移至武吉丁宜，而第16軍司令部設在雅加達；荷属婆罗洲、西里伯斯、马鹿加及小巽他群岛则由海军第二南遣艦隊管辖。每一占领区设立军政监部，负责地方行政，军政监部首脑由驻军司令兼任，下设总务、内政、司法、警察、市政工程、经济事务、审计和宣传八个部。