行政院經濟建設委員會
該基金設立初期，補助的對象曾含括所有轄有離島的縣市，連無人島也包含在內；但到了2005年，行政院經濟建設委員會成為離島建設基金的新主管單位，補助的範圍也限定在有常住居民的島嶼。