Once Caldas
Карбонеро начал профессиональную карьеру в клубе «Онсе Кальдас». 4 февраля 2018 года в матче против «Хагуарес де Кордова» он дебютировал в Кубке Мустанга. 2 ноября в поединке Кубка Колумбии против «Атлетико Насьональ» Хоан забил свой первый гол за «Онсе Кальдас».