パルヴェーズ・ムシャラフ
しかし1999年にパキスタン軍トップのパルヴェーズ・ムシャラフを解任しようとしたシャリーフ首相がで打倒され、後に亡命を強いられると、党は禁止こそされなかったが野党暮らしを強いられた。この間、シャリーフは亡命先のサウジアラビアから党を指導しようとしたが、ザファルッラー・カーン・ジャマーリー（のち首相）ら、党内の親ムシャラフ派がパキスタン・ムスリム連盟カーイデ・アーザム派（PML-Q）を結成し分裂、少数政党に転落するなど苦しい立場に置かれた。そのため政敵ベーナズィール・ブットーのパキスタン人民党と提携するようになった。