遺伝子の水平伝播
好塩性の一部系統からはハロロドプシンの遺伝子が発見されており、配列の相同性から古細菌の高度好塩菌との遺伝子の水平伝播が推察されている。また、現在は特に高塩環境に生息するわけでもない海洋性の"Rubricoccus"や"Rubrivirga"の一部種からも、高度好塩菌に類似するロドプシンとレチナール合成経路の遺伝子が発見されており、これらの祖先がかつて高度好塩菌の祖先と同じ環境で生育していた可能性が指摘されている。