Battle Angel Alita
その後はウルトラジャンプ（集英社）にて『灰者』『水中騎士』を連載、2000年より同誌にて『銃夢』の続編となる『銃夢 LastOrder』を連載した。しかし、『銃夢』新装版における表現問題を巡って集英社と木城との間でトラブルが生じ、連載は中断し、『銃夢 LastOrder』は2011年に『イブニング』（講談社）で移籍連載することとなった。『銃夢 LastOrder』の連載は2014年に終了し、同年より「銃夢シリーズ最終章」を銘打った『銃夢火星戦記』を『イブニング』にて連載している。