聯合國善後救濟總署
李卓敏在外考察兩年後，於1945年回國，備受國民政府器重的他旋獲委任為行政院善後救濟總署（簡稱「行總」）副署長，跟隨署長蔣廷黼與聯合國善後救濟總署（簡稱「聯總」）協調在中國的戰後重建和救濟工作。然而，李卓敏及其部下合共六名行總高層在1947年8月被密告貪污瀆職，罪狀包括私吞救濟物資和敲詐行總運輸承辦商等；其中李卓敏更被指生活窮奢極侈，他除了從敵產管理處領得前屬於汪精衛的上海私邸作為官邸，府上僕役更多達18人，其中兩人由行總支薪，另外府上的兩部醫院用冷藏器，也是由行總提供。未幾，李卓敏再被指控任人為親，當中包括於1946年初派員30人出訪美國時，把掛名為分署專員的胞妹李卓衣安插其中，此後一直未有返國；其後行總於1946年中決定裁員時，其胞姊卻獲任用為行總農委會科員。