地球の危機
人類は、27,000光年離れた惑星アマールの月への移民を計画。移民船団を第1次、第2次と出発させるが、いずれも航海中に謎の敵から攻撃され、消息を絶ってしまう。宇宙の辺境で貨物船の船長に就いていた古代は地球の危機に際して帰還し、第3次移民船団の護衛艦隊司令の任に就く。アクエリアスの水で宇宙に出来た海の氷塊内に建設されたドックで修復・強化改装を受けて甦った新生ヤマトの艦長として、アマールへ出発する。