كوتا كينابالو
تمتلك اليابان سفارة في العاصمة الماليزية، كوالالامبور، ومكتبًا قنصليًا في مدينة جورج تاون في ولاية بينانق الماليزية، إضافة إلى مكتب قنصلي في مدينة كوتا كينابالو. بالمقابل، تمتلك ماليزيا سفارة في حي شيبويا في العاصمة اليابانية، طوكيو. تربط البلدان علاقات دبلوماسية ودية. يمتلك 80% من الماليزيين، وفقًا لاستطلاع رأي أجرته مؤسسة بيو عام 2013، نظرة إيجابية تجاه اليابان وتأثيرها على المنطقة.