奇琴伊察
不久，他在同时运作研究所的多个项目时出现了困难。1926年，与墨西哥联邦政府发生了一场关于奇琴伊察所在的种植园的所有权的纠纷。幸好在一段时间的停顿后，挖掘和重建工作得以继续进行。由于经费的问题和进度超时，同时有一些重建工作的质量遭到了批评，卡内基董事会开始认为同时运作数个项目不是莫利的所长。1929年，所有的项目的统一管理权移交给艾尔弗雷德·基德尔，莫利则专-{注}-于奇琴伊察的工作。