Swiss Super League
유스팀에서 짧은 시간을 보낸 후, 라키티치는 2005년 9월 29일에 NK 쉬로키 브리예그와의 UEFA 컵 원정 경기에서 FC 바젤에서의 데뷔 경기를 가졌고, 2006년 4월 15일 뇌샤텔 크사막스와의 원정 경기에서 첫 스위스 슈퍼리그 출장을 기록했다. 비록 이 두 경기가 라키티치의 FC 바젤 첫시즌의 전부일 뿐이었지만 그의 두 번째 시즌에서는 스위스 슈퍼리그 33경기 출전에 11골을 기록해 팀을 위해 커다란 기여를 하였다. 또한 이 시즌 UEFA 컵에서 9경기를 출장해 라키티치는 2006-2007 스위스 슈퍼리그 최우수 영 플레이어 상과 함께 FC 세인트 갈렌을 상대로 넣은 인상적인 골로 인하여 '올해의 골' 상을 수상하였다.