XIII機関
『KH2FM』では、『COM』で倒されたメンバーの武器にその存在の影が焼き付いた「アブセント・シルエット」がワールドの各地に出現し、バトルを挑むことができる。さらに、ダンジョン「追憶の洞」の最奥地にある「集積の庭園」において、シオンを除く、13人のメンバー全てと再戦できるようになった。「リミットカット版」などと通称される彼らはデータ上の存在であるためかなり強化されており、ディレクターの野村曰く、「ここでの強さがXIII機関の本当の強さだと思ってほしい」とのこと。その強さは『KH2』では最強のボスであったセフィロスを超えるほどである。