Ayman al-Zawahiri
さらに、アルカイダ系武装集団は、2013年9月に協力体制にあったはずの自由シリア軍に攻撃を仕掛けるなど、アサド政権、他の反政府勢力、クルド系武装勢力と敵対し、シリア国内は複数勢力の戦いになりつつある。更にアルカーイダと協力関係にあった武装集団ISIL（イラク・レバントのイスラム国）が、2013年5月に出されたアルカイダの指導者アイマン・ザワーヒリーの解散命令を無視してシリアでの活動を続けているなど、アルカイダやアル＝ヌスラ戦線との不和も表面化している。