Houston Texans
В 2006 году Шэнахен перешел в штаб «Хьюстон Тексанс», где работал под руководством Гэри Кубиака на позиции тренера ресиверов. Кубиак хорошо знал отца Кайла Майка Шэнахена, с которым он работал в качестве координатора нападения «Денвер Бронкос». В сезоне 2007 года Шэнахен был повышен до тренера квотербеков. В это же время университет Миннесоты предложил ему должность координатора нападения, но Шэнахен отклонил это предложение, поскольку хотел тренировать в НФЛ.