Santa Maria in Trastevere
В 1766 году у Боттари случился апоплексический удар, он с трудом выздоровел. Благодаря энергичному вмешательству кардинала Корсини его повысили до первого хранителя библиотеки Ватикана (1768), но вторая атака весной 1773 года оставила его полупарализованным и почти немым. Боттари скончался в Риме 5 июня 1775 года и был похоронен в Санта-Мария-ин-Трастевере.