Black Hawk War
イリノイが州に昇格した7年後にマーサー郡は設立された。1825年1月13日にパイク郡に近い未組織地域から作られた。郡が作られても数年間は郡政府が無かった。その管理のためにまず1826年まではスカイラー郡に、続いて1831年まではピオリア郡に、最後はウォーレン郡に付加されていた。1832年のブラック・ホーク戦争の後、開拓者が大挙流入し、1835年に郡政府が組織化された。