Ligue de hockey junior de l'Ontario
Pour la saison suivante, Marner évolue vers l'équipe des Flyers de Don Mills (toujours dans la ligue du Grand Toronto) où il effectue sa première année en tant que ', enregistrant 86 points en 55 matchs. Il termine second de la ligue en nombre de buts, juste derrière Dylan Strome (qui joue pour les Marlboros de Toronto). A la fin de sa saison avec les Flyers, il est immédiatement invité à rejoindre les Buzzers de St. Michael's dans la Ligue de hockey junior de l'Ontario pour la fin de leur saison et les séries éliminatoires, l'équipe remporte le championnat.