Henry Halleck
リンカーンは軍事専門用語を学ぶために、ヘンリー・ハレックの著書「軍事科学の基礎」を議会図書館から借りて研究した。ワシントンD.C.の陸軍省に入る電報による報告は労を惜しまず目を通した。軍事行動のすべての面に目を光らせており、知事達と相談し、過去の成功体験（および出身州と支持政党）を元に将軍達を選定した。1862年1月、陸軍省の非効率さと不当利得行為について多くの苦情が出ると、サイモン・キャメロンに代えてエドウィン・スタントンを陸軍長官に据えた。スタントンは、リンカーンの指導下では反奴隷制共和党員に転じた多くの保守派民主党員の一人だった（1860年大統領選挙ではブレッキンリッジを支持した）。戦略に関しては、2つの優先事項を求めた。ワシントンの守りを固めることと、迅速で決定的な勝利という北部の要求を満足させるために攻撃的な姿勢を貫くことだった。北部の主要新聞編集者は90日以内の勝利を予測した。リンカーンは週2回閣僚との午後のミーティングを開くこととした。妻のメアリーはリンカーンがあまりに懸命に働くことを心配していたので、馬車に乗ることを強制することがあった。リンカーンは参謀総長でヨーロッパの軍事学者アントワーヌ＝アンリ・ジョミニの弟子であるヘンリー・ハレックから、ミシシッピ川のような戦略的地点を支配することの重要さを学んだ。またミシシッピ州ビックスバーグの重要さをよく知っており、単に領土を占領するよりも敵軍を倒すことの必要性を理解していた。