龍谷大學
京都市內共有38所大學。2009年，在京都就讀的大學生多達13萬9237人，在日本所有都市中位列第二位，學生佔總人口的比例則高居政令指定都市首位。1886年帝國大學令頒發之後，日本第二個帝國大學—京都帝國大學即設在京都。同時民間相繼創辦了眾多私立大學。京都的大學中，歷史最悠久且學術地位最高的是京都大学。京都大學創立於1897年，素以自主獨立的傳統和自由的校風聞名。在28位日本人诺贝尔奖得主中，有11人都畢業於京都大學或在京都大學任教。而在私立大學中，以同志社大學和立命馆大学規模最大。同志社大學由在1875年創建，其前身是同志社英學校，是日本最早的一批私立高等教育機構並在1920年依大學令昇格為大學。立命館大學則是由曾參與創建京都帝國大學的於1900年設立，其前身是京都法政學校，在1913年改為現名並在1922年按大學令昇格為大學。除了這三所大學之外，京都市的主要大學還有、龍谷大學、佛教大學、京都女子大學、大谷大學、花園大學、京都精華大學、京都外国语大学、京都教育大學、京都府立大學、等。