Apostolic Penitentiary
Après le retrait d'Ottaviani, de Magistris rejoint la section pour les affaires publiques de l’Église au sein de la secrétairerie d'État, section dirigée par Agostino Casaroli. Au début du pontificat de Jean-Paul II, tandis que ce dernier est nommé cardinal secrétaire d'État, le , Luigi de Magistris est nommé régent de la Pénitencerie apostolique.