World Disarmament Conference
1981 kehrte Wegener in den Auswärtigen Dienst zurück und leitete bis 1986 als Botschafter die Delegation der Bundesrepublik Deutschland bei der Genfer Abrüstungskonferenz und anderen internationalen Abrüstungsgremien. 1986 bis 1991 war er Beigeordneter Generalsekretär für Politische Angelegenheiten der NATO, Brüssel und damit zuständig für den politischen Bereich des Generalsekretariats der Allianz unter den Generalsekretären Lord Carrington und Manfred Wörner.