Secondary structure
STRIDE（Structural identification）は、X線結晶構造解析や、その他のタンパク質構造決定手法によって決定されたタンパク質の原子座標に対してタンパク質の二次構造要素を割り当てるためのアルゴリズムである。より一般的なDSSPアルゴリズムによって用いられる水素結合基準に加えて、STRIDE割り当て基準は二面角ポテンシャルも含む。そのようなものとして、個々の二次構造を定義するための基準はDSSPの基準よりも複雑である。STRIDEエネルギー関数はレナード-ジョーンズ様の8-6距離依存ポテンシャルを含む水素結合項と、最適化された水素結合幾何配置の平面性を反映する2つの角度依存因子を含む。個々の二次構造要素（二次構造の分類はDSSPと同じ）に対する基準は、蛋白質構造データバンクから抽出された視覚的に割り当てられた二次構造要素を持つ解かれた構造の実証的検討から導かれた統計的確率因子も含む。