Guerra contra el terrorismo
Como fiscal general adjunto del gobierno de George W. Bush, Yoo se hizo conocido por sus opiniones con respecto a los Convenios de Ginebra, que intentaron legitimar la Guerra contra el terrorismo por parte de los Estados Unidos. Fue el autor de los llamados «Memorandos sobre tortura», que se refieren a la utilización de lo que la Agencia Central de Inteligencia ha llamado las técnicas de interrogatorio mejoradas, incluyendo el submarino.