FSB
După ce a devenit președinte, Vladimir Putin a lansat o reorganizare majoră a FSB. În primul rând, FSB poate fi pus sub control direct de către președinte printr-un decret emis la 17 mai 2000. Structura internă a agenției a fost reformată printr-un decret semnat la 17 iunie 2000. În structura rezultată, FSB trebuia să aibă un director, un prim adjunct director și nouă directori adjuncți, inclusiv un posibil secretar de stat și șefii a șase departamente : Departamentul de Securitate Economică, Departamentul de Contrainformații, Serviciul de organizare și personal, Departamentul de activitate, Departamentul de Analiză, Prognoză și Planificare Strategică, Departamentul pentru Protecția Sistemului Constituțional și Lupta împotriva Terorismului. În 2003, responsabilitățile agenției au fost considerate considerabil extinse. Serviciul de Grăniceri din Rusia, cu personalul său de 210.000, a fost integrat în FSB printr-un decret care a fost semnat la 11 martie 2003. Fuziunea a fost finalizată până la 1 iulie 2003. În plus, Agenția Federală de Comunicare și Informații Guvernamentale (FAPSI ) a fost desființată, iar FSB a primit o mare parte din funcțiile sale, în timp ce alte părți au fost trimise la Ministerul Apărării [6]. Printre motivele acestei întăriri a FSB s-au numărat nevoia sporită de securitate după creșterea atacurilor teroriste împotriva civililor ruși începând cu criza de ostatic din Moscova; necesitatea de a pune capăt luptelor permanente dintre FSB, FAPSI și polițiștii de frontieră datorită funcțiilor lor suprapuse și nevoia unui răspuns mai eficient la migrație, traficul de droguri și comerțul ilegal cu arme. De asemenea, sa subliniat că FSB a fost singura bază de putere a noului președinte, iar restructurarea a întărit poziția lui Putin (vezi grupurile politice aflate sub președinția lui Vladimir Putin). La 28 iunie 2004, într-un discurs adresat ofițerilor FSB de rang înalt, Putin a subliniat trei sarcini majore ale agenției: neutralizarea spionajului străin, protejarea securității economice și financiare a țării și combaterea crimei organizate. În septembrie 2006, FSB a fost agitat de o remaniere majoră, care, combinată cu unele schimbări anterioare (cele mai remarcabile, cele ale directorilor adjuncți FSB Yury Zaostrovtsev și Vladimir Anisimov în 2004 și, respectiv, 2005), au fost considerate a fi legate de trei scandaluri de corupție care se desfășoară încet din anul 2000. Unii analiști au considerat o încercare de a submina influența directorului FSB, Nikolay Patrushev, deoarece a fost echipa lui Patrushev din cadrul Direcției KGB Karelian de la sfârșitul anilor 1980 - începutul anilor 1990, care a suferit cel mai mult fusese în vacanță în timpul evenimentului.