Deportes Quindío
Джерсон Вергара воспитанник «Университарио Попаян». Свой первый профессиональный контракт подписал в 2011 году с клубом «Депортес Киндио». Проведя за новый клуб 5 игр, вернулся на правах аренды в «Университарио Попаян».