Hox gene
MADSボックス遺伝子の中には、花の発生においてホメオティック遺伝子と類似の働きを果たすものがある。"AGAMOUS "や"DEFICIENS "といった遺伝子がその例で、花発生のABCモデルにおいて花器官のアイデンティティの決定に関わっている。花成の時期の決定にもMADSボックス遺伝子が関わっている。シロイヌナズナでは、MADSボックス遺伝子の"SOC1 "と"Flowering Locus C" ("FLC ")が花成における主要な分子経路を統合するのに重要な役割を果たしていることが示された。こういった遺伝子は正しいタイミングで花を咲かせるのに必須の役割を果たし、繁殖において最も成功が見込める時に確実に受精が起こるような仕組みを実現している。