Battle of Fort Sumter
サムター要塞の戦いの後間もなく、ハンターは第3アメリカ騎兵隊の大佐に昇進したが、その3日後の1861年5月17日、リンカーン政権との政治的結び付きが実を結び、第4位の順位の志願兵准将に指名されワシントン方面軍の1個旅団を指揮した。アービン・マクドウェルの下で1個師団を率い1861年7月の第一次ブルランの戦いに参戦し、首と頬に傷を負った。8月には志願兵の少将に昇進した。ジョン・C・フレモント少将の西部軍で師団長を務め、フレモントが指揮官を解任された後の11月2日、西部方面軍の指揮官に指名された。その冬、カンザス方面軍指揮官に転任し、1862年3月、再度南部方面軍と第10軍団指揮官に転任となった。