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吉列尔莫·阿莫尔生於巴倫西亞自治區阿利坎特省贝尼多尔姆，是巴塞罗那的青訓產品，在1988/89球季首次代表約翰·告魯夫執教的巴塞一隊上場，並成為隊力最具影響力的球員之一。阿莫尔在巴塞期間曾連續四年稱霸西甲冠軍，贏得1991–92年歐洲冠軍盃（他並沒有在決賽對桑普多利亚賽事上場）。1993/94球季，阿莫尔在聯賽上場37次並打進個人最佳的單季8球紀錄，球隊最後贏得西甲冠軍，亦是四連冠的最後一年。1990年4月5日西班牙國王盃決賽對皇家馬德里，他的進球為賽事先開紀錄，最終以2-0在馬斯泰拿球場捧盃而回。