Сан-Луис Кильота
Венегас — воспитанник клуба «Пачука». 31 июля 2016 года в матче против «Некаксы» он дебютировал в мексиканской Примере, заменив во втором тайме Вильсона Морело. В начале 2017 года Франсиско на правах аренды перешёл в чилийский «Эвертон» из Винья-дель-Мар. 6 августа в матче против «Сан-Луис Кильота» он дебютировал в чилийской Примере. 22 октября в поединке против «Сантьяго Уондерерс» Франсиско забил свой первый гол за «Эвертон».