金玺诏书
除了他的帝国要求之外，腓特烈的统治期是帝国中央集权瓦解的转折点。当他专注于将西西里建立成一个现代的中央集权国家时，他大部分时间都不在德意志,并给予德意志的诸侯们广泛的特权：在1220年的《神圣诸侯契约》（）中，腓特烈下放很多权力给主教，如制定关税、铸币和设防。在1232年的《世俗诸候法案》（）中又将大部分上述特权分给了世俗地区。虽然事先这些特权很多都已经存在，但现在它们被广泛而一次性地授予。1232年的《世俗诸候法案》中更首次将德意志的诸侯们称为Domini Terræ，即他们领地的主人，这也是政治术语一次非凡的进步。另外，针对帝国中唯一一个实质王国——波希米亞王國这个重要的区域势力，腓特烈又在1212年颁布西西里金玺诏书，承认了国王普热米斯尔·奥托卡一世（自1198年开始使用国王头衔）及其后代的王室头衔，并将波西米亚公国晋升为王国，作为奥托卡支持其成为皇帝的回报，波希米亞国王从此被豁免除参与帝国会议之外的所有义务。腓特烈希望通过这类广泛的特权授予，拉拢德意志的诸侯们，以使在他专注于意大利事务期间，德意志的诸侯们能帮他维持好阿尔卑斯山以北的秩序。事实上这类政策至少在腓特烈在位期间有一定成效：1234年的亨利叛乱之际，在红胡子时期一直给皇帝添堵的德意志诸侯们这次都坚定地站在皇帝一方，而使叛乱在半年内便被平定。