독립협회
그해 별군직으로 임명되었으나 한직이었다. 1896년 7월 2일 서재필, 윤치호, 이상재(李商在) 등과 독립협회의 창립총회에 참여했으며, 이때 남궁억은 독립협회의 중앙위원 겸 수석 총무로서 또 서기가 되었다가 독립협회 평의원, 사법 위원을 겸하였다. 1897년 관직을 사퇴하였다. 한편 독립협회 기관지인 《대조선독립협회회보 (大朝鮮獨立協會會報)》의 발행에도 참가하였다.