霍爾木茲海峽
2003年5月6日，企業號換駐第1航空團，開始在近海試航訓練。8月28日企業號再次前往阿拉伯海，在10月13日橫越蘇伊士運河，再在22日進入霍爾木茲海峽，開始參與阿富汗及伊拉克戰爭。此程也是F-14戰鬥機最後一次在艦上執勤。11月5日至15日，企業號參與了分解山脈行動（Operation Mountain Resolve），派飛機支援聯軍空降興都庫什山脈，並擊斃阿富汗伊斯蘭協會（Hezbi Islami）的武裝人員。16日至18日企業號又參與鐵鎚行動（Operation Iron Hammer），支援美軍於巴格達搜捕伊拉克游擊隊。12月21日企業號到巴林麥納瑪休假，在2004年2月初啟程返國，並途經那不勒斯，最後於2月29日返抵諾福克，再次進入船塢待命。