X染色体
X染色体SNPの結果が常染色体DNA検査に含まれることもある。男性も女性も母からX染色体を受け継ぐが、女性のみ2つ目のX染色体を父から受け継ぐ。 X染色体は特別な継承パターンを持ち、atDNAよりも祖先候補を大きく絞り込むのに有用である。例えばある男性とX染色体の一致が見られた場合、それは母系の側から来たことがわかる。 常染色体DNAのように、X染色体DNAも各世代でランダムな組み換えが起こる（ただし父から娘へのX染色体は変化せずに引き継がれる）。男性と女性とで可能なX染色体DNAの継承パターンを表した専用のチャートがある。