Женевское озеро
В годы пребывания на посту профессора Керн, поставивший перед собой цель развития исторической науки в Германии, основал Фрайбургское историческое общество и журнал, посвящённый истории Брайсгау. Одновременно он готовил к завершению издание нюрнбергских хроник и публиковал в различных журналах статьи о реформах Марии Терезии, но в возрасте 37 лет серьёзно заболел. Поездка на лечение на Женевское озеро не помогла, и в ноябре 1873 года Теодор Керн умер. Часть его работ была издана посмертно в 1875 году в Тюбингене под заголовком «Исторические лекции и очерки» .