بنو قريظة
خلال معركة الخندق، اتُهمت قبيلة بني قريظة اليهودية التي كانت تقع مساكنها في جنوب المدينة المنورة بالخيانة. بعد تراجع الائتلاف، حاصر المسلمون بنو قريظة، وهي القبيلة اليهودية الرئيسية المتبقية في المدينة. نزل بنو قريظة عند من اتضوه حكما عليهم وهو سعد بن معاذ والذي حكم عليهم بكم اليهود بالخائن وهو القتل. في تعامل محمد على يهود المدينة، بصرف النظر عن التفسيرات السياسية، أوضح المؤرخون الغربيون وكتاب السيرة أنه "عقاب يهود المدينة، الذين دعوا إلى التحول ورفضوا، يجسدون حكايات القرآن بما حدث لهؤلاء الذين رفضوا أنبياء القديم ". ويضيف بيترز أن محمد قد شجعه نجاحاته العسكرية، وأراد أيضًا دفع مصلحته. كما كانت هناك دوافع اقتصادية وفقًا لبيترز فأن فقر المهاجرين الميكان كان مصدر قلق للمسلمين. يجادل بيترز بأن تعامل محمد مع يهود المدينة كان "غير عادي" وأنه "يتعارض تمامًا مع معاملة محمد لليهود الذين قابلهم خارج المدينة". وفقًا لما قاله ولش، فإن تعامل محمد مع القبائل اليهودية الرئيسية الثلاث جعل النبي محمد أقرب إلى هدفه المتمثل في تنظيم مجتمع على أساس ديني صارم. ولكن ذلك يتناقض مع دستور المدينة ومع ما يراه المسلمون كذلك.