Межамериканский кубок
Негрете воспитанник клуба УНАМ Пумас. В 1979 году он дебютировал за основной состав в мексиканской Примере. В составе команды Мануэль дважды выиграл Кубок чемпионов КОНКАКАФ, а также Межамериканский кубок и чемпионат Мексики. За «пум» Негрете выступал на протяжении семи сезонов. В 1986 году он уехал в Европу, где выступал за Лиссабонский «Спортинг», а затем «одноимённый клуб» из Хихона.