Аскании
В феврале 1921 Фортунатов добился издания декрета Совнаркома Украинской ССР об «Аскании-Нова» и приказа Реввоенсовета, запрещающего воинским частям останавливаться в заповеднике. Сам Фортунатов был назначен заведующим научной частью «Аскании-Нова» и в этом качестве внёс значительный вклад в спасение заповедника. В 1923—1924 он работал в Московском зоопарке, а в 1925—1928 являлся заведующим зоопарком в Аскании-Нова. Руководил работами по выведению зубров методом поглотительного скрещивания, которые привели к восстановлению этого вида. Занимался восстановлением и других видов животных — степного орла, стрепета, байбака. Был избран членом-корреспондентом Украинского комитета охраны памятников природы, возглавлял Крымский, приморские и Кавказский заповедники. Был автором десятков научных статей, участником природоохранных съездов и конференций.