Депортес Ла-Серена
В 2011 году он вернулся в «Сантьяго Морнинг», но отыграв сезон перешёл в «Депортес Ла-Серена». 28 января в матче против «Рейнджерс» Арруэ дебютировал за новый клуб. 16 июля в поединке против своего бывшего клуба «Универсидад де Чили» он сделал «дубль», забив свои первые голы за «Депортес Ла-Серена». В начале 2013 года Франсиско перешёл в «Уачипато». 26 января в матче против «Сан-Маркос де Арика» он дебютировал за новый клуб. 2 февраля 2014 года в поединке против своей родной команды «Коло-Коло» Арруэ забил свой первый гол за «Уиачипато».