Венский сецессион
В 1870 году Хельмер вернулся в Вену и далее работал там как свободный художник. В 1873 году у него родился сын, также Эдмунд Хельмер, впоследствии известный юрист. В 1879 году Хельмер получил звание профессора, а с в 1882—1892 годах он являлся доцентом Академии изящных искусств. В 1897 году Хельмер стал одним из основателей художественного движения Венский сецессион. В 1901 году он руководил скульптурной школой, и в 1902—1922 годах — узко специализированной школой искусств. В 1901—1922 годах Хельмер несколько раз избирался ректором и проректором Академии. В последние годы жизни Эдмунд фон Хельмер тяжело болел и передвигался в инвалидной коляске.