Gerd Müller
リザーブチームは、有望な若手選手がトップチームに昇格する前の最終段階として主に機能している。バイエルンIIのコーチはエリック・テン・ハグ、アシスタントコーチはゲルト・ミュラーとライナー・ウルリッヒである。1978年からはオーバーリーガ、1994年のレギオナルリーガの発足からはレギオナルリーガ・ズュート（南）に所属していた。2007-08シーズンに新設された3. リーガへの参加資格を得たが、2011年にレギオナルリーガに降格した。これによって1973年以来続いていたプロサッカークラブのセカンドチームが所属できる最高位のリーグへの連続所属記録が途切れた。