火焰之纹章系列
加贺昭三的离职使得Intelligent Systems的内部开发体制发生了变化，再加上64DD销量不佳这一因素，《火焰之纹章 暗黑巫女》的开发在2000年被作为一个GBA游戏项目重新启动。在这样的变革中，只有极少数原先N64游戏的概念被保留下来。2002年3月29日，《暗黑巫女》更名为《火焰之纹章 封印之剑》，作为系列第六作在GBA平台发售，这也是火焰之纹章系列首部登陆掌上游戏机的作品。《封印之剑》的凭借不错的销量使得系列成功地走出了前作的销量低谷。随后它的前传《火焰之纹章 烈火之剑》和故事背景设定于另一片大陆的《火焰之纹章 圣魔之光石》两部作品也相继在GBA平台发售。在GBA平台作品的开发伊始，制作人山下就希望能让系列作品再次登陆家用机平台。但由于家用机平台开发费用高昂，因此将它设定为一个五年内的构想，为了实现这一目标，山下认为需要先将火焰之纹章系列推广成一个在世界范围内受欢迎的游戏系列。于是《烈火之剑》成为系列首部正式在海外发行，并推出英文版的作品。自此之后，系列的主要作品均在海外发行了相应的英文版。此外，神游科技曾在2007年制作了《烈火之剑》和《封印之剑》的中文版并通过了中国软件审批，但是这两作从未正式发售。