Championnat du Paraguay de football
La jeune équipe remporte son premier Championnat du Paraguay de football en 1909, le troisième championnat de l'histoire. Deux ans plus tard, elle remportera son second championnat. En 1910, la création des équipes réserves et du championnat de deuxième division permet à la seconde équipe du club de remporter la première édition du championnat du Paraguay de football D2. Le club connaît alors une longue disette, et doit se contenter de plusieurs places de dauphin, avant de regagner un titre de champion en 1924, puis en 1926. Durant les années 30, le Club Nacional ne gagne pas de titre, malgré la révélation Arsenio Erico, considéré comme le plus grand joueur paraguayen de l'histoire, qui joue au club de 1930 à 1933, avant de partir en Argentine au CA Independiente. Le club passe alors 14 ans sans remporter de titre national.