John James Audubon
オーデュボン郡は1851年1月15日に、ポタワタミー郡から分離して設立された。名称は著名な野生生物画の画家で鳥類学者、ジョン・ジェームズ・オーデュボン（1785年 - 1851年）にちなんで名付けられたが、当人は設立の年に亡くなっている。現在の郡庁舎は1940年に開設されたものである。