앤드루 존슨
스탠턴은 1868년까지 앤드루 존슨 대통령 아래 지속적으로 전쟁장관의 직위를 보유하였다. 시초적으로 둘은 스탠턴이 해방 노예들이 학대를 받았다는 소문을 들었을 때까지 존슨의 관대한 정책에 동의하였다. 그 후에 대통령과 그의 관계들은 좋지 않았고, 존슨은 내각으로부터 스탠턴을 제거하고 그를 로렌조 토머스와 대체하는 데 시도하였다. 하지만 스탠턴은 그의 직무에 자신을 방책으로 막았고, 임기법을 위반한 존슨의 활동들을 주장한 의회에서 급진파들은 그에 탄핵 소송 절차들을 설립하였다. 하지만 존슨은 단일 투표에 의하여 탄핵을 벗어났고, 스탠턴은 존 스코필드에 의하여 대체되는 데 5월 26일 사임하였다.