Deportes Iquique
Летом 2017 года Фернандес подписал контракт с «Аудакс Итальяно». 13 августа в матче против «Депортес Икике» он дебютировал в чилийской Примере. 25 ноября в поединке против «Универсидад де Чили» Мануэль забил свой первый гол за «Аудакс Итальяно».