Richard Alpert
De retour sur l'île, Daniel retrouve les survivants restants et leur explique que l'île fait des bonds à travers le temps de manière aléatoire. À la suite d'un bond dans le temps, il fait venir Desmond hors de la trappe afin de l'avertir que les survivants sont en danger et qu'il ne doit pas oublier de trouver sa mère une fois qu'il aura quitté l'île. À la suite d'un autre bond dans le temps, Daniel et les autres survivants sont capturés par les « Autres » dans les années 1950. Daniel, Charlotte et Miles sont emmenés au camp où Daniel dit à Richard Alpert que la bombe à hydrogène doit être enterrée en raison d'une fissure dans la coque. Après un autre bond dans le temps, Daniel reste avec Charlotte quand elle s'effondre, souffrant des déplacements temporels. Charlotte révèle que, quand elle était une jeune fille, un homme est venu et lui a dit de quitter l'île, et elle se rend compte que cet homme était Daniel lui-même. Charlotte meurt ensuite dans les bras de Daniel. Pendant ce temps, Locke arrête ces sauts dans le temps en déplaçant l'île et le groupe échoue en 1974. Daniel quitte l'île et rejoint le siège du Projet Dharma, à Ann Arbor, au Michigan et y reste durant trois ans avant de revenir sur l'île. À son retour, il tente d'empêcher l'incident qui nécessitera la construction de la station « Le Cygne » responsable du crash du vol 815 et à terme, leur voyage à travers le temps en 1977. Avant de mettre son plan à exécution, il avertit la jeune Charlotte de ne jamais revenir sur l'île après l'avoir quittée. Daniel croyait auparavant que les évènements historiques étaient inaltérables, guidés par des constantes qui ne pouvaient pas être changées mais il est venu à croire que les constantes sont complétées par des variables, en l'occurrence les survivants venus du futur. Daniel projette de faire exploser la bombe à hydrogène afin de neutraliser l'énergie électromagnétique instable qui est sur le point d'être libérée dans un incident au sein du Projet Dharma. Afin de mener à bien son plan, Daniel se rend dans le camp des « Autres » avec Jack et Kate pour parler à sa mère, Eloise Hawking. Il pénètre dans leur camp et menace de tirer sur Richard Alpert tant qu'il n'aura pas vu Eloise. À ce moment, il est abattu par Eloise elle-même. Avant que Daniel meurt, il raconte à Eloise qu'il est son fils et qu'elle ne pouvait ignorer ce qui se passerait en l'envoyant sur l'île.