William of Orange
Однако правление Якова II продлилось недолго. В 1688 г. он был изгнан из страны, а королём стал Вильгельм Оранский, женатый на Марии II Стюарт. Пенн не поддержал нового монарха, принёсшего в страну войну и хаос, и вновь попал в тюрьму за близость к бывшему королю.