Roy Halladay
は投手陣に故障者が続出し、新人主体の先発ローテーションを余儀なくされる。序盤は好調で40試合消化時点では27勝13敗で地区首位に立っていた。しかし、直後に9連敗を喫すると、それ以降は急激に失速し、2年連続の地区4位に終わった。オフの10月3日に大型契約失敗を繰り返したGMのリッチアーディを解任し、後任にアレックス・アンソポロスが就任した。エースのロイ・ハラデイがフィラデルフィア・フィリーズにトレードされ、チームは再建へと舵を切った。