サンペドロ湾
真珠湾で訓練の後、カウペンスは6月13日にレイテ島サンペドロ湾に向けて出航した。途中、同じくサンペドロ湾に向かう空母レキシントン (USS "Lexington", CV-16) およびハンコック (USS "Hancock", CV-19) と第12.4任務群（ラルフ・E・ジェニングス少将）を構成しながら任務群は6月20日にウェーク島を攻撃し、艦載機は新型の白燐爆弾で攻撃した。サンペドロ湾に到着すると第38任務部隊（ジョン・S・マケイン・シニア中将）に再合流する。7月1日、任務部隊は日本本土に対する最終攻撃のため出撃し、7月10日以降、東京や呉を始めとして本州、北海道の様々な都市に対して8月15日まで艦載機による攻撃を行った。カウペンスは第38.4任務群（アーサー・W・ラドフォード少将）に加わり、カウペンスの艦載機は7月14日と15日に室蘭を攻撃し、7月16日には横須賀に潜んでいた戦艦長門を攻撃した。さらに7月24日の呉軍港空襲にも参加している。