ディスカバリー遠征
スコットが指揮した最初の南極探検「ディスカバリー遠征」では、シャクルトンは次席航海士だった。本隊の南行きに加わり、壊血病を患って肉体的に衰弱した後、1903年に救援船"モーニング"で本国に送り返された。スコットの判断は「彼の現在の健康状態ではこれ以上の困難さを経験すべきではない」だった。シャクルトンは体が衰弱したことを個人的な不名誉と感じ、イングランドに戻ったとき、ディスカバリー遠征で副隊長だったアルバート・アーミテージの言葉を借りれば、「スコットよりも良い男に」なって見せると決断した。それでもディスカバリー遠征の2回目の救援船"テラノバ"の艤装を手伝った後、その一等航海士として速やかに南極に戻るチャンスは辞退した。オットー・ノルデンショルドの遠征隊がウェッデル海で立ち往生したときに、その救援に備えていた船"ウルグアイ"の装備も手伝った。その後の数年間でシャクルトンは南極での経歴を再開させる希望を間歇的に養いながら、他の選択肢も探しており、1906年には工業界の大物ウィリアム・ベアドモア卿のために、広報担当の役員として働いていた。