بنية البروتين
هناك استراتيجيتان عامتان لهندسة البروتين: تصميم البروتين العقلاني والتطور المباشر. هذه الأساليب ليست مستقلة ؛ غالبًا ما يطبق الباحثون كليهما معا. في المستقبل قد يتوصل إلى معرفة أكثر تفصيلاً عن بنية البروتين ووظيفته ، والتقدم في الفحص عالي الإنتاجية( (HTS) ، من قدرات هندسة البروتين بشكل كبير. في نهاية المطاف ، قد يتم تضمين الأحماض الأمينية غير الطبيعية ، من خلال طرق اجدد ، مثل الشفرة الوراثية الموسعة( Expanded genetic code )، التي تسمح بتشفير الأحماض الأمينية الجديدة(novel amino acid) في الشفرة الوراثية.