قوات فرنسا الحرة
في منتصف الحرب العالمية الثانية وصلت قوات فرنسا الحرة إلى سورية لتحريرها من حكم ألمانيا النازية، وسُمّي تاج الدين الحسني رئيساً للجمهورية سنة 1941. وقد أوعز شارل ديغول، قائد قوات فرنسا الحرة، بإعطاء الشعب السوري استقلاله عن الانتداب، مع شرط بقاء جيوش الحلفاء في سورية حتى انتهاء الحرب في أوروبا. شُكلت حكومة وطنية برئاسة حسن الحكيم عُيّن فيها وزيراً للخارجية، ممثلاً عن الكتلة الوطنية. وبعث برسائل إلى كافة رؤساء وملوك العالم، معلناً استقلال سورية وتم تبادل العلاقات الدبلوماسية بين دمشق وكلّ من بريطانيا واليونان وإيران ومصر والسعودية والعراق. وقد حافظ الخوري على منصبه في كافة الحكومات التي تعاقبت على عهد الشيخ تاج، من حسن الحكيم (أيلول – نيسان 1942) إلى حسني البرازي (نيسان 1942 – كانون الثاني 1943) وصولاً إلى جميل الأُلشي، الذي عُيّن رئيساً للحكومة قبل أيام معدودة من وفاة رئيس الجمهورية في 17 كانون الثاني 1943. وعند تشكيل حكومة الأُلشي وتسلّمه رئاسة الدولة بالوكالة، أبقى على فايز الخوري في منصبه وزيراً للخارجية من كانون الثاني وحتى آذار 1943.