フィリップ・スカイラー
さらに1791年の上院議員選ではハミルトンの義父フィリップ・スカイラーを破り、1797年まで連邦上院議員を務めた。この頃に全国的な政党が結成され、バーは1792年に成立した民主共和党へ入党した。ニューヨーク州の政界における重要人物となり、ハミルトンよりも影響力を持つようになった。それはタマニー協会の後ろ盾によるものであり、バーはタマニー協会を社交クラブから政治組織に変化させた。1792年の大統領選挙の選挙人投票では、サウスカロライナ州の1票がアーロン・バーに投じられた。さらに、1796年の大統領選挙では民主共和党の大統領候補となったトマス・ジェファーソンから副大統領候補に指名され、選挙人投票で30票を得たが落選した。