Базельский университет
В 1844 году Эккер был назначен ординарным профессором анатомии и физиологии в Базельский университет, в 1850 году был приглашен профессором зоологии и сравнительной анатомии в альма-матер, а с 1857 года перешел на кафедру анатомии, где учредил антропологическую коллекцию при университете и этнографический музей.