Mongol Empire
13世紀初頭、チンギス・カンによってモンゴル帝国が建国されると、メクリン部もまたモンゴル帝国の傘下に入った。モンゴル帝国に投降したメクリン部の長は娘のムカイ・ハトゥン(Mūkāī Khātūn)を差し出し、チンギス・カンはムカイ・ハトゥンを寵愛したが、子供はできなかった。モンゴル帝国時代、メクリン部の住地はオゴデイ家・チャガタイ家と近かったため、この両家との関係が深かった。