كأس الكؤوس الآسيوية
بقيادة عمو بابا كما شارك بمعسكر آخر بالكويت وسجل هناك هدفا ضد بوتوفاجو البرازيلي وانتهت المباراة 3-1 للعراق الأولمبي كما شارك مع الرشيد في بطولة الاندية الآسيوية وسجل هدفا ضد نادي الهلال السعودي يوم خسرنا 2-1 في الرياض، كما ساهم مع الرشيد بالفوز ببطولة الاندية العربية وسجل هدفين هناك ضد النجم الساحلي التونسي في الرياض وانتهت المبارت 5-1 وسجل أحد اهداف الفوز في النهائي ضد الاتحاد السعودي يوم فزنا بنتيجة 2-1 وفي جولة الإياب من التصفيات الأولمبية عام 1988 سجل حبيب جعفر في مسقط هدفين ضد قطر وانتهت المباراة 4-1 وفي خليجي 9 الرياض 1988 حقق مع منتخبنا الوطني ذهب الدورة واختير حبيب جعفر كأفضل لاعب في البطولة وسجل في البطولة هدفا ضد قطر وانتهت المباراة 3-0 بعدها شارك عام 1989 مع الرشيد في بطولة الاندية الاسوية ووصل معه إلى الدور النصف نهائي وسجل هدفا في البطولة ضد نادي موهون باجان الهندي، كما شارك في عودة العراق لتصفيات العالم العسكرية وفي عام 1990 شارك بدورة الخليج العاشرة في الكويت التي انسحب منها المنتخب الوطني فيما بعد وسجل حبيب جعفر في هذه البطولة هدف الفوز ضد البحرين، كما شارك ببطولة الصداقة والسلام وسجل بنفس العام هدفا ضد الصين في مباراة ودية جرت في بغداد استعدادا للدورة الآسيوية وانتهت المباراة 4-1 وفي عام 1992 شارك مع العراق في بطولة الأردن الودية وقدم أداء رائع في هذه بطولة التي احرز منتخبنا فيها المركز الثاني وسجل فيها ضد إثيوبيا هدفين يوم فزنا 13-0 في اربد الأردنية وهدف الفوز ضد مولدوفا يوم فزنا 1-0 وفي عام 1993غاب حبيب لمدة عام بعد تعرضه لاصابة في أولى مباريات الدوري ضد الزوراء موسم 92-93 وفي العام الذي تلاه شارك في تصفيات كاس العالم وسجل ضد كوريا ج في الدوحة القطرية يوم تعادلنا 2-2 وفي عام 1996 شارك مع العراق في تصفيات آسيا بعد غياب طويل للعراق عن البطولة وساهم مع المنتخب في التاهل لنهائيات امم آسيا الحادية عشر بالإمارات وفي عام 1997 سجل هدفا ضد الأردن في بغداد ضمن مباراة ودية يومها كان المنتخب بقيادة المدرب يحيى علوان وشارك بنفس العام ببطولة نهرو الدولية واختير كأفضل لاعب في البطولة رغم عدم اشتراكه في المباراة النهائية ضد أوزبكستان لحصوله على إنذارين وشارك بنفس العام مع المنتخب في نهائيات كاس العالم وسجل بنفس العام هدفا ضد نادي السد القطري في مباراة ودية في العاصمة القطرية الدوحة وانتهت المباراة 3-0 لمنتخبنا الوطني استعدادا لتصفيات كاس العالم التي خرجنا منها بعد خسارة ضد كازاخستان 3-1 وفي عام 2000 شارك مع الطلبة في كأس الكؤوس الآسيوية وسجل الهدف الثالث ضد نادي السد القطري في المباراة التي جرت في عمان وانتهت 3-3 وتاهل وقتها السد بفارق الاهداف عن نادي الطلبة، كما أصبح حبيب جعفر كابتن المنتخب العراقي في هذا العام وفي عام 2001 شارك بتصفيات كاس العالم للمرة الرابعة محققا رقم النجم أحمد راضي وسجل هدفا فيها ضد النيبال في المباراة التي جرت في العاصمة بغداد وانتهت بفوز العراق بنتيجة 9-1 بقيادة المدرب عدنان حمد