지토 천황
원래의 야쿠시지는 아스카 시대에 일본의 수도였던 후지와라쿄에 세워졌다. 680년에 덴무 천황은 황후의 병이 치유되기를 기원하며 절의 건립을 명하였으나 완성을 보지 못하고 그 다음 천황인 지토 천황 때로 이어졌다. 불교 신자들에게 헌사하는 이러한 사원의 건설은 중국과 한국으로부터 일본에 불교가 처음 전래되던 시기에 일본 귀족들이 흔히 행하던 것이었다. 덴무 천황이 사망한 후 지토 천황에 의해 698년에 절이 완성되었고 황실이 새로운 수도로 이전한지 8년 후에 나라로 이전되었다.