Mississippi Territory
Au moment de son départ pour Natchez, son frère William Claiborne occupe le poste de gouverneur et surintendant des Affaires indiennes pour le Territoire du Mississippi. Élu en 1804 pour servir dans la Assemblée générale du Territoire du Mississippi, Claiborne connaît une rapide ascension. Nommé colonel de la milice du comté d'Adams, il reçoit l'ordre en 1806 de dépêcher une unité en soutien au général James Wilkinson au cours de l'. Un différend politique entre Claiborne et le gouverneur conduit aux révocations de ses commissions comme colonel de milice et magistrat.