北元
洪武元年（1368年），明军占领大都，元惠宗（顺帝）逃往上都，史称北元。这年冬天至洪武二年，明军与北元军队在北京、山西等地交战，北元兵败，北元重夺中原的企图破灭。这一年，明军攻占上都，俘获北元将士万人，缴获大量车、马、牛，元惠宗撤往應昌城。洪武三年，明军再次北征。明朝进军途中，元惠宗病逝，昭宗即位。应昌城最终被明军攻克，明军俘获惠宗嫡孙、北元后妃、贵族王公、将领士兵，夺得大量财物。昭宗逃脱，北元汗廷远迁漠北，离开内蒙古。洪武五年，朱元璋派三路大军北伐，意图一举扫灭北元，此战明军主力被击败。后明朝暂缓大举进兵漠北，转为采取军事手段或者政治招降夺取元朝原先控制的西北、东北地区。明朝取得了内蒙古西部和东南部，设立多个卫所和羁縻卫所。盘踞辽东的纳哈出部归降明朝后，听命北元的地方势力几乎全数不存。由于窝阔台系、阿里不哥系诸王日趋反叛北元大汗，北元汗廷后来常驻呼伦贝尔一带。洪武二十一年（1388年），明军在捕鱼儿海大败北元，北元末主败逃，军队、财物大多被明军虏获。此战过后，明朝又几次出兵清理北元残部，蒙古势力基本退出漠南，明朝控制了自亦集乃到呼伦贝尔的内蒙古大部分地区。靖难之役中，朱棣凭借兀良哈三卫控制了宁王朱權。后来朱棣南下用兵、取得天下过程中，兀良哈三卫多次立功。