デポルティーボ・トルーカFC
2005年、選手時代の古巣チーバス・グアダラハラの監督に就任。アペルトゥーラ2006のレギュラーシーズンは8位だったが、リギージャ（プレーオフ）ではティブロネス・ロホス・デ・ベラクルス（レギュラーシーズン9位）、デポルティーボ・トルーカFC（4位）、クルス・アスル（1位）、クラブ・アメリカ（3位）、トルーカ（2度目）を次々と下し、チームにとって11度目の優勝を決めた。この時チェポ自身は40歳27日であり、優勝回数ランキングでチーバスを単独首位に押し上げるとともに、過去10年間でもっとも若い優勝監督となった。