معركة أوسترليتز
في وقت لاحق؛ قاد فرانتس النمسا ضد توسعات الفرنسية في القارة؛ بحيث قاد لفترة وجيزة قوات الحلفاء خلال حملة فلاندرز لعام 1794 قبل أن يتم تسليم القيادة لشقيقه الأصغر الأرشيدوق كارل، ومع ذلك انهزمت هذه القوات على يد الفرنسيين؛ وبموجب معاهدة كامبو فورميو تنازل عن الضفة اليسرى لنهر الراين لصالح فرنسا بالمقابل البندقية ودالماسيا، ومع ذلك قاتل مرة أُخرى ضد فرنسا في الحربين التحالف الثانية والثالثة؛ وعندما واجه الهزيمة الساحقة في معركة أوسترليتز في 1805، اضطر إلى موافقة على معاهدة برسبورغ التي أدت إلى إضعاف الإمبراطورية النمساوية وإعادة تنظيم ألمانيا تحت بصمة نابليون فيما عُرف بـ اتحاد الراين الكونفدرالي.