Inner Niger Delta
Zwischen 1823 und 1862 stand die Stadt unter der Oberhoheit des Fulbe-Kalifats von Massina, jedoch lag die eigentliche Autorität in der Hand des Kunta-Clans der al-Baqqai, die im 19. Jahrhundert als die bedeutendsten Korangelehrten im westlichen Sudan galten. Der Scheikh Sidi Ahmad al-Baqqai handelte 1844 einen Vertrag mit den Fulbe aus, nachdem diese die lebensnotwendigen Nahrungsmittellieferungen aus dem Nigerbinnendelta nach Timbuktu unterbrochen hatten. Der Vertrag sah vor, dass Timbuktu von den Fulbe nicht militärisch besetzt wurde. Die inneren Angelegenheiten der Stadt sollten von der Songhai-Elite unter Leitung des "Qadi", des Obersten Richters, geregelt werden, während der Kalif von Massina nur durch einen Steuereinnehmer vertreten war. Tatsächlich aber war der Scheikh angesichts seines Ansehens und seiner spirituellen Autorität der eigentlich starke Mann in Timbuktu, der es sich leisten konnte, dem Oberherrn in Massina die Auslieferung des Christen Heinrich Barth zu verweigern und dem Kalifen in einer "fatwa" massive Verstöße gegen die Gesetze des Islam vorzuwerfen.