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Bei Kriegsende geriet Danckwerts in amerikanische Kriegsgefangenschaft und wurde im Rahmen der Nürnberger Prozesse vernommen. Aus der alliierten Internierung wurde er 1947 entlassen. Im Wilhelmstraßen-Prozess sagte er am 26./27. August 1948 als Entlastungszeuge für Wilhelm Stuckart, einen Teilnehmer der Wannseekonferenz, aus.