大東亜共栄圏
上京して目黒不動尊近くの邸宅で暮らし、太平洋協会の嘱託となり、大東亜共栄圏建設に人類学者として参加。大東亜共栄圏建設における国民のイデオロギー的統一を積極的に企てた。また、京都大学での愛弟子にあたる石井四郎が部隊長だった満州731部隊に対しては病理解剖の最高顧問を務め、人材確保・指導などに「異常なまでにてこ入れした」とされる。