Арабский социалистический союз
С 1959 по 1963 год был политическим заключенным из-за своего отказа распустить Египетскую коммунистическую партию Египта и влиться в правящий Арабский социалистический союз, созданный президентом Гамалем Абдель Насером. Алим прошёл пытки, принудительный и тюрьму, где погибли несколько его товарищей, в том числе Аттия аль-Шефии и Фарид Хаддад. При этом Махмуд Амин Алим, наряду с Исмаилом Сабри Абдаллахом и Фуадом Мурси, позже оказал арабскому национализму («арабскому социализму») большую услугу, наводя мосты между коммунистами и националистами, чтобы противостоять экономическим и политическим вызовам арабского мира.