French campaign in Egypt and Syria
بعد فشل الحملة الفرنسية، استعدّ الفرنسيون للجلاء، وهنا خاف الأقباط من أن يتعرضوا لمذبحة أخرى، ورحل المعلم يعقوب إلى فرنسا عام 1801، ومع نهاية الحملة الفرنسية على مصر أشار إيان كولير من جامعة كاليفورنيا أن أعداد الأقباط واليونانيين والمصريين الذين غادروا مصر إلى فرنسا قدر بحوالي 1,500 إلى 1,800 شخص. على الجانب الآخر وفقاً للصحفي أحمد حافظ عوض فقد تقرب الأقباط للفرنسيين أثناء الحملة الفرنسية على مصر، إلا أن ذلك لم ينفعهم و"تعرضوا للظلم من قبل الحملة أكثر من المسلمين"، حيث يرى أن الحملة قد اهتمت بإرضاء الأغلبية بالتودد لها.