Война в Персидском заливе
После окончания Академии военно-воздушных сил в 1984 году Джонсон начал службу на базе ВВС США (Reese Air Force Base) в штате Техас. Он служил в качестве пилота-инструктора на самолётах Нортроп Т-38с «Тэлон» до 1989 года. Затем он летал на самолётах Макдоннелл-Дуглас F-15E «Страйк Игл» и служил на базе ВВС (Seymour Johnson Air Force Base) в Северной Каролине. В 1990 году Джонсон был переведён в Саудовскую Аравию. Он участвовал в операции Война в Персидском заливе. В 1993 году Джонсон начал службу лётчиком-испытателем на военно-воздушной базе Эдвардс в Калифорнии. Он испытывал самолёты F-15C/E, NF-15B и T-38A/B. В общей сложности Джонсон имеет более 4000 часов налёта на сорока типах самолётов. 1 февраля 2009 года Джонсон уволился из ВВС США.