ممتلكات الدولة
ولم تقف الاعتداءات على الكنيسة عند هذا الحد، ففي سنوات الحروب بين الفرس والرومان التي تمكن فيها الإمبراطور "هرقل" من طرد الفرس من ممتلكات الدولة الرومانية عام 629 م. تعرضت كنيسة المهد للهدم من قبل الفرس عام 614 م، بينما أبقى الفرس على بعض مباني الكنيسة عندما شاهدوا نماذج من الفن الفارسي الساساني على أعمدة وجدران الكنسية. وفي القرن الثاني عشر قام الصليبيون بتزيين الكنيسة بالفسيفساء على الجدران وبالرسومات على الأعمدة وبالرخام على الأرضيات، واليوم لم يبق منهى إلى القليل بسبب تخريب الكنيسة من قبل الجنود الأتراك في الفترة العثمانية.