島原之亂
寬永15年（1638年），島原之亂爆發，小倉城主小笠原忠真與侍從伊織出陣鎮壓，武藏與忠真外甥中津城城主小笠原長次也參陣其中。從島原之亂後從武藏寄給延岡城主有馬直純的書信中，寫著「我不會再被石頭打到了」的記載看來，武藏有被當時島原一揆軍投石擊中而負傷。