第二次スーダン内戦
NIFは第二次スーダン内戦やダルフール紛争に関して政治手法や暴力の行使を非難されることが多く、例えば神の抵抗軍や、をウガンダと南部スーダンにおける代理部隊として用いた責任を帰される場合もある。