アラスカ購入
1865年8月、バンクスはアンドリュー・ジョンソン大統領によって任務を解かれ、1865年から1873年に再び合衆国下院議員となり、外交問題委員会の委員長を務め、時には共和党党員集会の議長も務めた。アラスカ購入法案の最後の成立に重要な役割を演じ、またマニフェスト・デスティニーを早くから強く推奨した者の一人でもあった。カナダやカリブ海諸島についてその地域のヨーロッパの影響力を減じるためにアメリカ合衆国がそれらを獲得すべきと考えた。またクレディット・モビリア・スキャンダルの調査委員会にも携わった。