Раджья сабха
В 1996 году партия Левый демократический фронт победила на выборах в законодательную ассамблею Кералы, Энтони стал лидером оппозиции от проигравшей партии Индийский национальный конгресс. В 2001 году вновь становится главным министром Кералы, эту должность он занимал до 29 августа 2004 года. В 2005 году стал депутатом в верхней палате (Раджья сабха) парламента Индии, а в 2006 году возглавил министерство обороны страны.