セミノール戦争
米墨戦争の間、ジョンストンは2回の名誉昇級を果たし、セルロ・ゴードの戦いとチャプルテペクの戦いの2つの戦いで負傷した。以前のセミノール戦争の時の働きでも名誉昇級したことがあった。カリフォルニア州で勤務し、1860年6月28日にはアメリカ陸軍主計総監に任命された。