Campeonato del mundo de ajedrez
Makogónov también fue muy conocido como entrenador de ajedrez. Ayudó a Vasili Smyslov a preparar su match por el Campeonato del mundo de ajedrez de 1957 contra Mijaíl Botvínnik. Entrenó a Vladímir Bagírov y a Genrij Chepukaitis y por recomendación de Botvínnik, se convirtió en uno de los primeros profesores de Gari Kaspárov. Su hermano, Mijaíl Makogónov (1900-1943), fue también un maestro de ajedrez, los dos empataron en el primer campeonato de ajedrez de Bakú en 1923.