FC Nordsjælland
Андерсен — воспитанник клуба «Норшелланн». 17 июля 2017 года в матче против «Оденсе» он дебютировал в датской Суперлиге. 29 мая 2020 года в поединке против «Силькеборга» Магнус забил свой первый гол за «Норшелланн».