Club Universidad Nacional
В начале 2020 года Васкес перешёл в УНАМ Пумас. 12 января в матче против «Пачуки» он дебютировал за новую команду. 2 февраля в поединке против «Сантос Лагуна» Хоан забил свой первый гол за УНАМ Пумас.