Real Jaén
После завершения карьеры Франсиско некоторое время тренировал юниорскую команду «Реала» и третий состав клуба — «Реал Мадрид C». В сезоне 2008/09 он возглавлял вторую команду клуба «Реал Хаэн». Кроме того, он работал спортивным аналитиком катарского телеканала «Аль-Джазира», освещая матчи испанской Примеры и чемпионата Европы 2008.