Cavite City
그러나 카티푸난의 존재는 곧 스페인 당국에게 알려지게 되었고, 같은 해 8월 19일에는 당국에 의한 탄압이 시작되었다. 물러날 길이 없었던 보니파시오 무리들은 8월 30일에 무장 봉기를 시작(산후안 델 몬테 전투)하였고, 이를 통해 독립 혁명이 시작되었다. 당초 마닐라 시내의 전투에서 카티푸난은 고전했지만, 마닐라 근교 카비테 주에 혁명이 번져서 독립파 세력을 만회하였다. 10월에는 이 지방의 카티푸난 조직을 정리했던 에밀리오 아기날도 무리에 의해 카비테 주 동부의 지배가 확립되어 보니파시오를 중심으로 한 카티푸난 조직에서 분리하여 독자적인 세력을 형성했다. 이를 본 스페인 당국은 유배지에서 마닐라에 소환한 리잘에게 반란 교사 혐의를 씌웠고, 12월 30일에 처형함으로써 독립파의 반발을 한층 돋우게 되었다.