不扩散核武器条约
他的第二個任期於2006年開始。他負責與美國政府，然後與核供應國集團成功簽署了《》，儘管印度尚未簽署《不扩散核武器条约》，但仍允許印度參與民用核貿易。 在2008年孟買連環恐怖襲擊之後，慕克吉在動員世界輿論反對巴基斯坦發揮了關鍵作用。 一年後，他辭去了印度財政部的職務。