도쿠가와 요시노부
게이오 3년(1867년) 10월에 쇼군 도쿠가와 요시노부(徳川慶喜)가 대정봉환(大政奉還)을 행하였다. 신센구미는 옛 막부군을 따라 무진전쟁(戊辰戦争)에 참가하였으나, 첫 전투였던 도바 후시미 전투(鳥羽・伏見の戦い)에서 신정부군에 패하였다. 에노모토 다케아키(榎本武揚)가 이끄는 막부 소유의 군함으로 에도로 물러났다. 이 시기 불리함을 깨달은 대원들이 잇따라 탈주하면서 전력이 저하되었다.