Arthur, Prince of Wales
1501 wohnte Katherine der Hochzeit ihres Neffen Arthur Tudor mit der jungen Prinzessin Katharina von Aragón bei, sowie ein Jahr später der Verlobung ihrer Nichte Margaret Tudor. Im selben Jahr geriet William Courtenay unter Verdacht, mit Edmund de la Pole, 3. Duke of Suffolk, gegen Heinrich VII. zu konspirieren, was zu seiner Verhaftung in Calais und der Aberkennung seiner Titel und Besitztümer führte. Damit fielen seine Ländereien und Titel nach dem Tod seines Vaters zurück an die Krone. Katherine, völlig auf sich gestellt und mit drei kleinen Kindern, fand Unterstützung bei ihrer Schwester Elizabeth. Die Königin holte u. a. Katherines Sohn Henry Courtenay an den Hof und ließ ihn vom gleichen Tutor unterrichten wie ihre eigenen Kinder. Katherines kleiner Sohn Edward starb jedoch am 12. oder 13. Juli desselben Jahres. Aus den Ausgaben der königlichen Buchhaltung wird geschlossen, dass Katherine in dieser Zeit zum permanenten Gefolge ihrer Schwester gehörte. Zu Elizabeths Beerdigung im Februar 1503 führte Katherine den Trauerzug an.