Paraguayan War
Flores schloss mit Argentinien und Brasilien eine Tripelallianz gegen den Diktator Francisco Solano López in Paraguay. Im Tripel-Allianz-Krieg übernahm er das Kommando über die Vorhut der verbündeten Truppen. Bei den folgenden Kämpfen konnte er sich mehrfach auszeichnen, musste jedoch nach starken Verlusten im September 1866 nach Montevideo zurückkehren.