威尼斯潟湖
雖然意大利總理西尔维奥·贝卢斯科尼深信這項計劃能保護威尼斯，但環保人士及威尼斯市長對此亦感到懷疑，認為此計劃是贝卢斯科尼好大喜功之舉。威尼斯潟湖是具有高度生態價值的地點，興建防波堤後，威尼斯潟湖與運河將因此淪為一潭死水，將會對動物的棲息地與物種造成重大的傷害。其次，巨大的建築費更令反對人士感到這項計劃是否物有所值，威尼斯相隔十多年的時間才會有較大規模的洪水來襲，但卻要負擔數十億建築費及每年過千萬維修費的摩西計劃，令到本來經濟已大不如前的威尼斯情況雪上加霜，浪費公帑。再者，有科學家認為，摩西計劃根本未能真正解決威尼斯的水患問題，該批科學家指出，在未來一世紀全球海平面將平均上漲50厘米，但在計劃中，只預測平均上漲22厘米，當中28厘米的相距將會導致下雨排水亦會引發洪水，令計劃的活動水閘將長時間豎立，令潟湖的生態受到影響。