マッコウクジラ
本種やダイオウイカのような巨大な深海棲イカ類にとっての第一の天敵はマッコウクジラであると考えられており、マッコウクジラの消化器官からは本種の嘴（くちばし）も発見されている。過去の捕鯨調査での胃内容物に含まれるビーク(くちばし)からの分析によれば、本種の生息域である南氷洋でのマッコウクジラの餌は個体数で14％、重量で77％ほどが本種を含むサメハダホウズキイカ科であると言う。マッコウクジラの皮膚には巨大イカ類の吸盤の鉤爪によって付けられたと見られる円形の傷痕が確認されることが多く、巨大なイカ類もおとなしくマッコウクジラに捕食されているわけではなく、激しい抵抗を行っている習性がうかがえる。