Helladic period
Älteste Siedlungsspuren finden sich in Boiotien bereits in der Altsteinzeit in Höhlen rund um den Kopaïs-See. Spätestens seit der Jungsteinzeit gab es in den fruchtbaren Binnenebenen eine hohe Bevölkerungsdichte. Aus der Frühen Bronzezeit (Frühhelladikum) sind bisher mindesten 56 Fundplätze bekannt, von denen allerdings die wenigsten systematisch archäologisch erforscht wurden. Die meisten Siedlungen befanden sich in Küstennähe oder an Verkehrswegen zu größeren Häfen. Architekturreste aus dem Frühhelladikum wurden u. a. in Theben, Orchomenos, Eutresis und Lithares ergraben. In mykenischer Zeit waren Theben und Orchomenos die Sitze bedeutender Dynastien, deren rivalisierende Beziehungen offenbar Niederschlag in der späteren mythischen Überlieferung fanden. Der Kopais-See wurde trockengelegt und so neue ausgedehnte Agrargebiete erschlossen, die jedoch nach dem Verfall der mykenischen Palastkultur (ca. 1200 v. Chr.) wieder unter Wasser standen. Die auf einer Insel des (trockengelegten) Sees gelegene Festung Gla wurde bereits kurz vor dem Ende der Palastzeit verlassen.