バッファロー・ソルジャー
南北戦争が終わった後、マッケンジーは正規軍に留まり、工兵司令部の恒久的大尉の階級に戻された。その後のインディアン戦争の時代にアメリカ合衆国西部で従軍し、1867年には第41アメリカ歩兵連隊（後に第24アメリカ歩兵連隊、バッファロー・ソルジャーの1部隊）で正規軍の大佐に指名され、アメリカ合衆国南西部でアパッチ族インディアンと戦った。1871年2月25日、テキサス州ジャックスボロのリチャードソン砦で第4アメリカ騎兵隊長となった。この連隊を率いてテキサス州西部のリャノ・エスタカードでノースフォークの戦いに参戦し、アメリカ合衆国政府の政策である居留地への移住に抵抗していたインディアンを破る為にその特異な地形に合った戦術を完成させた。1871年遅く、足に矢傷を負って、7度目の負傷となった。