ياسر عرفات
استمر بسام أبو شريف في عمله كمستشار للرئيس ياسر عرفات، رغم عدم رضاه عن مباحثات واتفاق أوسلو. وحذر ياسر عرفات خطيا من مخطط لاغتياله بالسم قبل حدوثه (نشر صورة للرسالة في كتابه ياسر عرفات). وبعد اغتيال ياسر عرفات نُحي بسام أبو شريف عن موقعه بقرار من محمود عباس، وذلك ضمن موجة عامة لابعاد كل من كان يؤيد الزعيم الراحل ياسر عرفات الذي اعتبرته إسرائيل إرهابيا.