プレートテクトニクス
地学団体研究会の主要な創設者として、同会の活動に長年にわたり大きな影響を与えた。当時の「日米科学協力」といわゆる「近代主義」に強く反対し、プレートテクトニクス論に批判的な立場を取った。2008年に泊次郎は著書『プレートテクトニクスの拒絶と受容』（東京大学出版会）において、この井尻の姿勢が日本におけるプレートテクトニクス論の受容の遅れを招いた一因であり、日本の地質学の発展を妨げたと指摘した。