ジェームズ・T・カーク
西暦2259年（前作の1年後）、ジェームズ・T・カーク率いるU.S.S.エンタープライズは、未開の惑星ニビルの原住民を火山の爆発による危機から救うが、噴火口に取り残されたスポックを救助する際に宇宙船を現地人に目撃されてしまう。探査という本来の目的から逸脱した上、最優先の指令である「艦隊の誓い」に違反したカークは船長の任を解かれてしまうものの、クリストファー・パイクの温情により副官に指名される。