Сербская православная церковь
Церковный скандал отягощал отношения в прошлом. Сербская православная церковь не признает Македонскую православную церковь, которая объявила о своей автокефалии в 1967 году. Во время визита в Республику Македонию в мае 2009 года президент Сербии Борис Тадич отметил, что его страна желает урегулирования этого вопроса. Сербская православная церковь в прошлом блокировала посещение государственных делегаций Республики Македонии монастыря Прохора Пчиньского на юге Сербии в день Республики Македонии, где были заложены основы государственности Республики Македонии во время Второй мировой войны на первом пленарном заседании АСНОМ. Однако, в 2009 году Сербская православная церковь неожиданно разрешила визит делегации парламента Республики Македонии.