معركة نافارين
هذا القرار أدى بمحمود خوجة لإصلاح البحرية التونسية وإعادة هيكلة القراصنة وسفنهم. إلا أن ضعف الوسائل والموارد الناجم جزئياً عن اختفاء الفوائد الواسعة التي توفرها القرصنة، منعت تطور أسطول البحرية التونسية نحو البحرية الحديثة. في الواقع، فإن المواد والتصنيع والمهارات مكلفة بشكل خاص في الصناعة البحرية، طالما أننا نتقن التقنيات والمعرفة. انحصر دور محمد خوجة بعد هذه الأحداث في تأمين السواحل والموانئ ومراقبة الجمارك. إلا أن منطقة نفوذ البحرية تناقصت أمام القوة الأوروبية، خاصة بعد الخسارة العثمانية في معركة نافارين في 1827، أين غرق جزء كبير من الأسطول التونسي الذي شارك استجابة لواجبه في مساعدة الإمبراطورية العثمانية. أمير البحر محمد الصغير خسر ثلاثة فرقاطات ذات خمسين مدفع صنعت على الطريقة المعاصرة من بين عدة سفن حربية أصغر.