Duchy of Mantua
Marias Onkel, Kardinal Ferdinando Gonzaga (* 1587, † 1626), kam auf die Nachricht vom Tod seines Bruders Herzog Francesco IV. in Eilmärschen von Rom nach Mantua um seiner Familie die Nachfolge in den italienischen Herzogtümern zu sichern und übernahm dort am 3. Jänner 1613 die Kontrolle. Er verfügte, dass Maria nicht an ihren Großvater nach Piemont ausgeliefert, sondern in Mantua in die Obhut des Klosters Sant’Orsola gegeben wurde, wo sie von ihrer Großtante, Margherita Gonzaga (* 1564, † 1618), einer Tochter von Guglielmo Gonzaga, Herzog von Mantua und Witwe von Alfonso II. d’Este (* 1533, † 1597), Herzog von Ferrara, betreut wurde. Zugleich überredete er die Mutter Marias – seine Schwägern Margarete von Savoyen – im Herzogtum Mantua zu verbleiben und stellte ihr das Schloss Goito (in der Provinz Mantua) als Residenz zur Verfügung, um dort die eventuelle Geburt eines Thronfolgers abzuwarten.