Operation Southern Watch
2000年8月、5回目の配備が行われ、ペルシャ湾でのサザン・ウォッチ作戦支援に入る。この配備でリンカーンおよび航空団、戦闘群の艦艇は海軍部隊勲功章を受章した。さらにリンカーンは太平洋艦隊において最も指揮系統が改善された艦としてアーレイ・バーク賞を受賞した。