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1917年（民国6年），张勋复辟失败后，皖系段祺瑞重掌北京政府。直系齐燮元随直系要人李純赴江蘇省。直系齐燮元任江蘇督軍参謀長兼江寧鎮守使、蘇皖贛三省巡閲副使。为应对孙中山的護法軍政府，皖系段祺瑞主张「武力統一」。直系馮国璋主张「和平統一」。10月，皖系段祺瑞决定派兵赴湖南省讨伐護法軍政府，直系李純及湖北督軍王占元、江西督軍陳光遠要求段祺瑞停止行动。此后，皖系段祺瑞被迫取消讨伐南方軍，并且卸任国務总理。