American crocodile
Se han registrado tres especies de reptiles, iguana común, lagartija Stenocercus iridescens y el geko Lepidodactylus lugubris, además se observó una especie de anfibio, el sapo común Chaunus marinus; no se encontraron especies amenazadas ni endémicas en este grupo. Usuarios del Refugio, involucrados en la actividad pesquera afirman observar frecuentemente en sus faenas a la boa o matacaballo Boa constrictor spp., que es una especie amenazada bajo la categoría vulnerable VU A4(c,d); y, algunos pocos coinciden en por lo menos haber tenido un avistamiento de cocodrilo de la Costa Crocodylus acutus especie en peligro crítico