Pro Patria Union
Nach einer Zeit in der Opposition konnte Isamaaliit in den Parlamentswahlen vom 7. März 1999 erneut eine Koalitionsregierung unter Mart Laar zusammenstellen. Vom 25. März 1999 bis 28. Januar 2002 war Laar erneut Ministerpräsident. In der Regierung setzte Laar sein wirtschaftsliberales Reformprogramm fort. Mit Siim Kallas als Finanzminister und Toomas Hendrik Ilves als Außenminister holte er erfahrene Politiker in die Regierung. Die Regierung brach nach Querelen um Besetzung des Bürgermeisterpostens in Tallinn auseinander. Isamaaliit wurde erneut Oppositionspartei.