Holy Alliance
1571年にはローマ教皇ピウス5世により24歳という若さで神聖同盟軍総司令官に推挙された。5月14日に教皇大使がマドリッドを訪れ、5月20日にスペイン王により神聖同盟参加の署名がされると同時にドン・フアンの総司令官の任務受諾が公表された。10月7日のレパント海戦において神聖同盟の連合艦隊を指揮し、圧倒的勝利を収めた。