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本連合は1957年（昭和32年）に設立したが、その4年前の1953年に第1回全日本実業団対抗陸上競技選手権大会が開催された。これを機に地域の実業団連盟がつくられるようになり、1955年（昭和30年）に関西実業団陸上競技連盟と中部実業団陸上競技連盟が結成された。この動きに他地域の連盟結成に影響を与えるとともに連合結成へ動き出すようになり、1957年の実業団対抗陸上が開催される小田原市で日本実業団連合結成を目標にすることになった。1957年に西日本実業団陸上競技連盟（1965年に九州実業団陸上競技連盟に改称）と東日本実業団陸上競技連盟が結成され、その直後に日本実業団陸上競技連合が発足した。初代会長には川崎重工業の手塚敏雄が就いた。日本実業団連合結成後も地域の実業団連盟の再編が行われ、1961年（昭和36年）に中国実業団陸上競技連盟が関西から分離、1971年（昭和46年）に北陸実業団陸上競技連盟が中部から分離して発足した。