巽他海峡
2月19日，旗鱼号经过龙目海峡前往爪哇海开始第三次巡航。途中与盟军军舰休斯顿号重巡洋舰和两艘护卫舰相遇，尔后休斯顿号和护卫舰前往巽他海峡，旗鱼号留在附近巡航。3月2日，旗鱼号遭遇一艘敌方驱逐舰，但攻击未能成功。当晚，在龙目海峡入口处发现一艘疑似是加贺号航空母舰的大型舰艇和四艘护航的驱逐舰。旗鱼号发射四枚鱼雷，击中两枚，目标舰沉没。 但事实上，加贺号当时在爪哇岛南部海域，旗鱼号击沉的舰艇是加茂川丸特设飞机运输舰。3月19日，旗鱼号回到澳大利亚弗里曼特爾。