Type species
在早期的研究歷史，有許多化石被歸類於鯨龍，目前被發現屬於其他不同恐龍。牛津鯨龍（"C. oxoniensis"）是最著名的種，化石是從英格蘭牛津郡及拉特蘭發現，年代為中侏羅紀的巴柔階，比模式種短體鯨龍（"C. brevis"）所有的資料更多。理察·奧雲在鯨龍的最初研究裡，並沒有標名模式種，導致後來研究的混淆。模式種中間鯨龍（"C. medius"）的化石太少，沒有足夠鑑定的特徵。有學者主張將牛津鯨龍改為新模式種，將中間鯨龍視為疑名；或是使用短體鯨龍作為模式種。