ジェズ教会
イタリアに戻ると、ボローニャでを設計。1550年にローマへ移住して教皇ユリウス3世のために働きヴィラ・ジュリアなどの建設を手掛けたが、1555年に教皇が亡くなるとアレッサンドロ・ファルネーゼ枢機卿・パルマ公オッターヴィオ・ファルネーゼ兄弟らファルネーゼ家に抱えられ、パルマやピアチェンツァで（または庭園宮殿）、を設計、カプラローラで別のパラッツォ・ファルネーゼも建設、ローマでイエズス会のジェズ教会を設計した（死後ジェズ教会設計はジャコモ・デッラ・ポルタに引き継がれる）。共に働いたミケランジェロはヴィニョーラに大きな影響を与えている。