第三次チャタヌーガの戦い
ジョンストンは傷が癒えた後に軍に復帰し、西部戦線の主要指揮官である西部方面軍の指揮官に任命されたがこの肩書きはブラクストン・ブラッグ将軍のテネシー軍、ジョン・C・ペンバートン中将のミシシッピおよび東ルイジアナ方面軍を統括すると言う名ばかりのものだった。ペンバートンは包囲されたビックスバーグ市の中にあって北軍のユリシーズ・グラント少将の軍と対峙しており、ジョンストンは一時的に町を棄ててジョンストンの部隊に加わり、数の上でグラント軍を上回ろうとペンバートンに呼びかけたが、デイヴィスはベンバートンにビックスバーグ市に留まるように命令したためこれは実現しなかった。1863年7月4日にヴィックスバーグは陥落し、ミシシッピ川の最後の砦が落ちた事を聞いた南部は大いに狼狽した。その年11月に行われた第三次チャタヌーガの戦いでブラッグの率いるテネシー軍が敗北し、デイヴィスは渋々ながら旧友であるブラッグを解任してその後釜にジョンストンを据えた。