AFC Cup
В составе «Насафа» Боян Малишич занял своё незаменимое место в стартовом составе и выиграл один титул за другим. В 2011 году он выиграл со своей командой второй по значимости турнир Азии — Кубок АФК. Также в составе «Насафа» он стал вице-чемпионом Узбекистана и финалистом Кубка Узбекистана. В период 2011 и середины 2012 годов в составе «Насафа» он играл в тридцати шести матчах и не смог забить и одного гола.