Marele Război al Nordului
În 1561 Bochnia a ars într-un incendiu și depozite de sare au fost epuizate, ceea ce a dus la declinul orașului. În 1655 Bochnia a fost capturată de suedezi, în 1657 de către transilvăneni, și în 1662, de către cazaci. În anii 1660, au existat doar 54 de case încă în picioare. În 1702, orașul a fost distrus în Marele Război al Nordului. Incendiile în 1709 și 1751 au cauzat alte daune. În 1772, Bochnia a fost anexată de către Imperiul Austriac, și a rămas o parte din Galiția până în 1918. Austriecii lichidat ambele mănăstiri, și au dărâmat primăria împreună cu zidul de apărare. În 1867, județul Bochnia a fost creat și orașul a început o redresare lentă stimulată de construcția căii ferate. În 1886, a fost deschisă prima bibliotecă publică, în secolul al XIX-lea, lucrări de apă și canalizare și în 1913 s-a construit un cinematograf.