Passauer Vertrag
1552 wurde in der Stadt der Passauer Vertrag geschlossen, der ein Wegbereiter für die Tolerierung der lutherischen Konfession im Augsburger Religionsfrieden war. In dem Vertrag wurde das Luthertum erstmals formell durch den Kaiser anerkannt. Von 1622 bis 1633 wurde die Philosophisch-Theologische Hochschule gegründet, die bis auf wenige Unterbrechungen bis 1978, bis zur Eingliederung in die Universität, bestand.