スルプスカ共和国
2004年には、ボスニア・ヘルツェゴビナの中央政府にボスニア・ヘルツェゴビナ国防省が新設された。この頃から、ボスニア・ヘルツェゴビナのもうひとつの構成体であるスルプスカ共和国のスルプスカ共和国軍（VRS）との統合が段階的に進められた。2005年にはボスニア・ヘルツェゴビナ連邦軍とスルプスカ共和国軍の兵士からなる民族混成の部隊がイラクに派遣された。2006年、ボスニア・ヘルツェゴビナ連邦軍とスルプスカ共和国軍は完全に統合され、ボスニア・ヘルツェゴビナ国防省の指揮下におかれるボスニア・ヘルツェゴビナ軍となった。