Southwest Area Fleet
改称当時、引き続き連合艦隊の指揮でマレー作戦・蘭印作戦に従事した。1942年（昭和17年）4月10日、3個南遣艦隊が連合した南西方面艦隊が発足すると、南西方面艦隊の指揮下に置かれた。1943年（昭和18年）4月15日に南西方面艦隊司令部と第二南遣艦隊司令部が分離し、第一南遣艦隊は兵力部署において西方部隊となった。