House of Orange-Nassau
1597年11月7日にデン・ハーグにおいて、オランダ総督・オラニエ公ウィレム1世の娘エミリアと結婚した。マヌエルがカトリック信徒だったのに対し、エミリアの実家は欧州で最も熱心なカルヴァン派信徒の諸侯家の1つであった。オラニエ＝ナッサウ家はこの結婚に猛反対したが、婚約を解消させることは出来ず、2人はカトリックの司祭が主宰した秘密結婚式を執り行った。マヌエルはオラニエ＝ナッサウ家に睨まれてヴェーゼル（現ドイツ領ノルトライン＝ヴェストファーレン州デュッセルドルフ行政管区ヴェーゼル郡）に逃亡し、エミリアは当初は家族に軟禁されたものの、脱走して12月には夫に合流した。