Игрок года ФИФА
В августе 1991 года после пяти игр в новом сезоне Лаудруп получил травму крестообразной связки правого колена. В декабре 1991 года он заявил, что новые руководители «Баварии», Франц Беккенбауэр и Карл-Хайнц Румменигге, создали хаос в команде, публично критикуя молодых игроков клуба. Он вернулся в команду в феврале 1992 года и сыграл последние 15 матчей сезона, «Бавария» финишировала десятой. Несмотря на травму, в сезоне 1991/92 Лаудруп снова стал футболистом года в Дании и занял пятое место в ходе выбора лауреата премии «Игрок года ФИФА». Травмы, плохая игра команды и конфликты с руководством клуба привели к тому, что Лаудруп отказался продлевать свой контракт и покинул «Баварию» летом 1992 года.