Индиос
В начале 2010 года Хонатан перешёл в мексиканский «Сантос Лагуна». 23 января в поединке против «Индиос» он дебютировал в мексиканской Примере. 19 февраля в матче против УАНЛ Тигрес Ласерда забил свой первый гол за «Лагуну». В первых двух сезонах он помог клубу дважды занять второе место.