APG system
ムラサキ目は、クロンキスト体系やAPG体系といった主要な植物分類体系では、長らく認められてはこなかったが、2014年頃のいくつかの科学論文の中ではすでに目として認識されていた。ムラサキ目の定義は、APG体系におけるムラサキ科の定義と本質的に同質のものである。分子系統学的な研究では、狭義のムラサキ科は伝統的に認識されていたハゼリソウ科とレンノア科に対して側系統群になるため、APG IIIの分類体系では広義のムラサキ科を採用している。APG IIIでは、ムラサキ科は真正キク類I(シソ類)のクレードに属すことになったが、他の科との正確な系統関係が分からなかったため帰属する目を与えられなかった。いくつかの遺伝子の塩基配列を用いた系統解析により、ムラサキ目はAPG体系のシソ目の姉妹群であるとされたが、最尤法におけるブートストラップ確率はわずか65%であった。