GNU C Library
i686用のコードはCMOV命令が実装されていないので動作しない可能性がある。この命令は条件分岐とMOV命令を組み合わせたものである。CMOV命令を用いたコードを生成するためにより新しいCPUに最適化されたコードを出力するようコンパイラに指示を行うことができる(たとえば、GNU Cコンパイラには-march=i686オプションがある)。i686用のLinuxシステムはVortex86上では基本的に動作しない。なぜなら、i686用にビルドされたGNU Cライブラリはstrcmp命令内でCMOV命令を使用しており、strcmp命令はLinuxの動的ローダ(ld.so)内で使用されているからだ。そのため、共有ライブラリを用いたプログラムは起動することさえできないのである。