台湾府
北部以外では、沈葆楨は台湾行政区域と地域開発の一致に尽力し、当時嘉義県の南部となっていた曽文渓以南の地区は県治より距離があり、台湾府の附郭県である台湾県の管轄を強化する目的で台湾県に編入された。この他彰化県の埔里地区には単独の埔里社庁を設置し、北路撫民理蕃同知を中路撫民理蕃同知と改称、後山地区には卑南庁を設置し南路撫民理蕃同知をそれぞれ駐在させた。これにより大甲渓以南の中南部地区は台湾府が設けられ、その下に彰化・嘉義・台湾・鳳山・恒春の5県及び埔里社・澎湖・卑南の3庁が設置される行政体制が確立した。