جوزيف بونابرت
خلال حكم جوزيف بونابرت على مملكة إسبانيا النابليونية أنهى محاكم التفتيش الإسبانية، ويعود ذلك جزئيًا لأن جوزيف بونابرت كان على خلاف مع البابا بيوس السابع في ذلك الوقت. مع عودة فيرناندو السابع ملك إسبانيا إلى السلطة عام 1814 ألغي الدستور في بيان فالنسيا، وأصبح ملكًا مطلقًا يحكم بموجب المراسيم وأعاد محاكم التفتيش الإسبانية، التي ألغاها جوزيف بونابرت. في عام 1834 ألغيت محاكم التفتيش الإسبانية نهائياً خلال عهد إيزابيل الثانية ملكة إسبانيا، نتيجة لإنتصار الليبراليين في الحرب الكارلية الأولى، والذين أرادوا تقليص قوة الكنيسة وسلطتها في البلاد. يشير المؤرخين أنه على الرغم من توجيه محاكم التفتيش الإسبانية التهم إلى حوالي 150,000 شخص الا أنّ حالات الإعدام لم تتجاوز 3,000 حالة منذ تأسيس محاكم التفتيش الإسبانية عام 1478 حتى إلغاؤها عام 1834.