蝦夷共和国
戊辰戦争のころ、慶応4年明治新政府によって箱館奉行を引き継ぐ箱館裁判所（後の箱館府）が置かれ、また、松前藩は館城に移り館藩となる。館藩は、箱館湾海戦などの行われた箱館戦争で旧幕府軍（蝦夷共和国）と戦っている。蝦夷共和国は外国との条約も結んでいたため、後のガルトネル開墾条約事件の原因ともなった。箱館戦争終結後、箱館県（旧箱館府）は廃され新たに開拓使が箱館に置かれた。