Galilean moons
وعلى الرغم من قرب المسبار نيو هورايزونز من كوكب المشتري، إلا أن الأجهزة الموجودة عليه أجرت قياسات دقيقة لمدارات أقمار كوكب المشتري الداخلية وخاصة القمر أماثيا. كذلك قامت كاميرات المسبار بقياس البراكين على سطح القمر آيو، ودرست أقمار غاليليو الأربعة بالتفصيل، كما أجرت دراسات عن بعد للأقمار الخارجية هيمالايا وإيلارا. كما درس المسبار البقعة الحمراء الصغيرة والغلاف الجوي المغناطيسي لكوكب المشتري ونظام الحلقة الرقيقة.