Cupa Moldovei
După destrămarea Uniunii Sovietice echipa a jucat în Divizia Națională până în 1996. Echipa a reușit să câștige Cupa Moldovei chiar în primul sezon. În finală Bugeac a învins-o cu scorul devastator de 5-0 pe Tiligul-Tiras Tiraspol, una dintre cele mai puternice echipe din țară la acea vreme. În același an, Bugeac a terminat campionatul pe locul trei, cu doar două puncte mai puțin decât Tiligul Tiraspol și Zimbru Chișinău. În al doilea sezon, a terminat campionatul pe locul patru, dar în cupă nu a ajuns nici măcar în semifinale.