浩罕汗国
为了维持对新疆的统治，清朝不得不在该地区投放大量的财力人力。进入19世纪后，为了牵制浩罕汗国扩大疆域的野心，清朝开始在新疆地区逐步限制浩罕商人的活动。另一方面，强盛起来的浩罕汗国对清朝这种措施颇为不满，同时也觊觎清朝控制之下的喀什地方。为此，浩罕一直支持新疆反抗清廷統治，拒绝引渡大和卓之子萨木萨克，并在大英帝國支持下为萨木萨克策划复国。1820年，萨木萨克死后，1826年，穆罕默德·奥马尔汗的儿子，穆罕默德·阿里汗又支持大和卓的孙子张格尔入疆建立“赛义德·张格尔苏丹国”，出兵叶尔羌地区，史称张格尔之乱。