ニホンジカ
哺乳類は主にニホンジカ、ニホンザル、イノシシ、タヌキ、ホンドギツネ、ニホンカモシカ、ツキノワグマなどが生息している。特にニホンジカの数が増加（#環境問題を参照）しており駆除が必要とされているが、一方でツキノワグマは丹沢山地全域で30頭前後しか生息しておらず、絶滅の恐れもある。