Balabac Strait
護衛を担当したのは、ヒ船団と同じ第一海上護衛隊であった。一部区間では馬公防備戦隊や第四海上護衛隊の協力も得た。特別船団と言っても護衛兵力は少なく、ヒ船団が輸送船の1/2以上の数の護衛艦を伴ったのに対して、初期のミ船団では輸送船の1/4-1/3程度の隻数と一般の輸送船団と大差なかった。質的にも特設艦船である商船改装の特設砲艦や捕鯨船改装の特設駆潜艇など雑多な寄せ集めだった。最終期のミ25船団では護衛艦全てが海防艦で構成されるなど徐々に強化された。このほか、日本の第三南遣艦隊がパラワン島とボルネオ島の間のバラバク海峡に対潜機雷を敷設しており、ミリからパラワン島と南沙諸島の間のパラワン水道を経てマニラに至る経路は敵潜水艦の侵入が困難で安全と考えられていた。もっとも、アメリカ海軍はバラバク海峡への機雷敷設にしばらく気付かなかったため、アメリカの潜水艦クレヴァルが同海峡を通過してミ02船団を襲い、既述のように日新丸を撃沈している。