Bleeding Kansas
フロリダの情勢が落ち着き始めると、カンザス州レブンワース砦勤務となった。「血を流すカンザス」での党派的争いの間は西部で、またモルモン戦争の後ではユタ準州で勤務した。この紛争が解決した後で、1858年11月にカリフォルニア州南部に駐屯した。ハンコックは1861年に南北戦争が勃発するまでそこに留まり、アリーや子供達も加わった。このとき後に南軍の将軍となるアルバート・ジョンストンの下で大尉と補給係将校補佐を務めた。カリフォルニアでは、多くの南部の士官と親しくなり、特にバージニア州出身のルイス・アーミステッドと親しくなった。