Deportes Iquique
Кобелли — воспитанник клуба «Ньюэллс Олд Бойз». В 2008 году для получения игровой практики он был отдан в аренду в чилийский «Сантьяго Уондерерс», но так и не дебютировал за клуб. В начале 2010 года Хуан на правах аренды перешёл в «Депортес Икике». 31 января в матче против «Сан-Маркоса» он дебютировал в чилийской Примере. 7 февраля в поединке против «Кокимбо Унидо» Кобелли забил свой первый гол за «Депортес Икике». В том же году он помог команде завоевать Кубок Чили. По окончании аренды Хуан вернулся в «Ньюэллс Олд Бойз». 11 февраля 2011 года в матче против «Эстудиантеса» он дебютировал в аргентинской Примере. В этом же поединке Кобелли забил свой первый гол за «бойз».