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광복 후에는 출판사인 애지사를 설립해 경영하다가 한국 전쟁 때 서울이 조선인민군에 점령되자 체포되어 인민재판에 회부된 뒤 즉석에서 사형 판결을 받아 죽을 고비를 넘겼다. 타살형이 집행되었음에도 기적적으로 살아남은 김기진은 대한민국 육군의 종군작가단 부단장으로 참전하였고, 금성화랑무공훈장을 수상하며 대표적인 반공주의 문인으로 활동했다. 5·16 군사정변 직후 관제 조직인 재건국민운동본부 중앙회장을 지내기도 했다.《경향신문》 주필을 거쳤고, 국제펜클럽 한국본부와 한국문인협회 등에서 고문을 지냈다.