Wolf Prize
William Moerner est le récipiendaire d'un grand nombre de prix et d'honneurs. Il inclut : le "National Winner of the Outstanding Young Professional Award for 1984" de l'"Electrical engineering honorary society", Eta Kappa Nu, ; l'"IBM Outstanding Technical Achievement Award" pour le "Photon-Gated Spectral Hole-Burning", ; l'"IBM Outstanding Technical Achievement Award for Single-Molecule Detection and Spectroscopy", ; l'"Earle K. Plyler Prize for Molecular Spectroscopy" de la Société américaine de physique (2001) ; le Prix Wolf de chimie (2008) ; l'"Irving Langmuir Award in Chemical Physics" de l'"American Physical Society" (2009) ; le "Pittsburgh Spectroscopy Award" (2012); le "Peter Debye Award in Physical Chemistry" de l'"American Chemical Society" (2013) ; l'"Engineering Alumni Achievement Award" de l'université de Washington (2013) et le prix Nobel de chimie (2014).