Sant'Andrea della Valle
Второй храм был разобран в 1689 году за счёт Краковской академии. В том же году был заложен краеугольный камень нового храма. Первоначальный проект костёла, предложеный архитектором Тильманом из Гамерен, ссылался на план римской церкви Сан-Карло-аи-Катинари, которая представляла собой образец для архитекторов университетского храма парижской Сорбоны. Однако профессора Краковской академии отвергли проект и предложили Тильману в качестве образца храм Сант-Андреа-делла-Валле, принадлежавший ордену театинцов — конкурентов иезуитов. Краковские учёные хотели зданием костёла затмить краковский Костёл Святых Петра и Павла, находившийся тогда в управлении иезуитов. Новый проект, разработанный Тильманом, получил одобрение и начались строительные работы. С 1692 года строительством заведовал священник  — приходский священник и одновременно профессор Краковской Академии. В 1703 году костёл был освящён епископом . В конце 18 века башни храма получили новые шпили в стиле позднего барокко по проекту священника , схожие по форме со шпилями часовой башни на Вавеле.