LDU Quito
После окончания аренды он был продан в эквадорский ЛДУ Кито. 9 августа в матче против «Аукаса» Альвес дебютировал в эквадорской Примере. 23 августа в поединке против «Депортиво Кито» Джонатан забил свой первый гол за ЛДУ Кито. В своём дебютном сезоне он помог команде завоевать серебряные медали.