United States Secretary of the Navy
Il est ensuite nommé juge à la cour suprême de l'État du New Hampshire, poste qu'il occupe jusqu'en 1823. Il s'installe en 1819 à Portsmouth. Woodbury est élu gouverneur du New Hampshire en 1823, mandat qu'il occupe jusqu'en 1825. Le , il est élu en tant que Démocrate Jacksonien au Sénat des États-Unis, où il se montre un fidèle Jacksonien. Il préside le "Committee on Commerce" (commission au commerce) du Sénat. Le , il est nommé Secrétaire à la Marine des États-Unis par Andrew Jackson, qui en fait le son Secrétaire du Trésor. À ce poste, il œuvre avec succès à la fermeture de la Second Bank of the United States.