فترة جومون
كانت جزر ريوكيو مأهولة بين 32 ألف و18 ألف سنة مضت، ولكن مصابهم وعلاقتهم بشعب ريوكيوان المعاصر غير مؤكدين. خلال فترة جومون (كايزوكا) أم كما يطلق عليها اسم «فترة كومة الصدف» (6700 – 1000 سنة قبل الحاضر) شمال جزر ريوكيو، عاش الشعب ضمن مجتمع باحث عن الطعام، وعثر في البر الرئيسي على أدوات فخارية من فترة جومون. وفي الجزء الأخير من فترة جومون، تحركت المواقع الأثرية بالقرب من شاطئ البحر، مما يشير إلى انخراط الشعب في صيد الأسماك. من الجدير بالذكر أنه منذ النصف الأخير من فترة جومون، طورت جزر ريوكيو ثقافتها الخاصة بها. يرى بعض الباحثين أن والتأثير الثقافي كانا ذا تأثير أكبر من اختلاط الأعراض والأنماط الجسمانية. كان لثقافة يايوي التي تعود تقليديًا إلى القرن الثالث قبل الميلاد، ومؤخرًا إلى نحو ألف سنة، تأثير كبير على الجزر اليابانية. عرفت تلك الفترة إدخال فخار يايوي، والأدوات المعدنية وزراعة الأرز، ولكن على الرغم من استخراج بعض من الأدوات وفخار يايوي في جزر أوكيناوا، إلا أن زراعة الأرز لم تبدأ حتى القرن الثاني عشر، ولم تتوسع ثقافتا يايوي وكوفون (250 – 538) للوصول إلى جزر ريوكيو. كانت ثقافة جزر ريوكيو الجنوبية معزولة عن الشمال، وتميزت فترة شيموتابارو (4500 – 3000 سنة قبل الحاضر) بنمط معين من الفخار، ولم يُصنع أي نمط من الفخار في المنطقة خلال فترة الإيه سيراميك (2500 – 800 سنة قبل الحاضر). أظهرت ثقافة الياياما ما قبل التاريخ خاصتهم تقاربات مشتركة مع ثقافات تايوانية مختلفة، وعلى نطاق أوسع، تحمل جزر ساكيشيما آثارًا مشابهة لتلك الموجودة لدى ثقافات جنوب شرق آسيا وجنوب المحيط الهادئ. يبدو أن جزر أمامي تمتعت بالقدر الأعلى من نفوذ البر الرئيسي الياباني. من ناحية أخرى، توحد شمال وجنوب جزر ريوكيو ثقافيًا في القرن العاشر.