일본공산당
1958년 일본공산당의 당수가 된다. 그 해 겐지는 공식적으로 일본에서의 폭력 공산 혁명을 요구하던 과거의 노선을 포기하고 겐지와 일본공산당은 온건노선을 취하기 시작했다. 미야모토 겐지 하에서의 일본공산당은 주거 문제, 인플레이션, 그리고 교육 문제 등을 이슈로 제기하기 시작했다. 이 와중에 겐지는 무산계급독재의 노선 대신 민주주의와 자유를 옹호하는 노선을 취하며 1977년까지 당수를 지냈다. 현재의 일본공산당 또한 이 노선을 따른다. 일본공산당 당수로서의 활동 이외에도 그는 정치에 대한 독자적 노선과 시선으로 알려져 있다.