Lincoln Laboratory
1961年から1963年まで、リンカーン研究所で防空管制システムSAGEのプロジェクトに関わった。そこでハミルトンは、「敵性航空機」を見つけ出すための、最初のAN/FSQ-7コンピュータ（XD-1）用のソフトウェアを書くプログラマーの１人だった。また、空軍ケンブリッジ研究所用のソフトウェアも担当した。