第二次スーダン内戦
南コルドファン州はスーダン共和国の一部であるが、ヌバ山地などの地域に南スーダンの部族集団が多く居住し、住民の中には第二次スーダン内戦の際に反政府勢力に参加した者もいた。1994年にコルドファン地方は北コルドファン州、南コルドファン州、西コルドファン州に分割され、州が成立した。2005年に西コルドファン州は廃止され、北コルドファン州と南コルドファン州に分割・合併される。