Pope Julius III
Канизий и другие иезуиты с 1552 г. регулярно совершали пастырские поездки по Австрии, посещали отдалённые сельские приходы, читали там проповеди, пытались бороться с распространёнными суевериями и протестантской «ересью», совершали мессы, посещали больных. Деятельность Канизия в Вене способствовала благосклонному отношению к нему Фердинанда I: с мая 1553 г. он исполнял обязанности придворного проповедника. После смерти в 1553 г. Венского епископа Кристофа Вертвайна некоторые представители венского духовенства пожелали видеть Канизия преемником и рекомендовали его кандидатуру. Канизий решительно отказался от предложенной ему епископской кафедры и обратился к главе ордена с просьбой воспрепятствовать утверждению его кандидатуры в Риме. Папа Римский Юлий III не стал утверждать Канизия епископом, однако специальным письмом назначил его на год администратором Венской кафедры.