Loughborough University
En el verano de 2002, Stoney se unió al Charlton Athletic, buscando jugar regularmente. Consiguió una beca en el Centro Nacional de Desarrollo de Jugadores de la Asociación Inglesa de Fútbol en la Universidad de Loughborough. Fue nombrada capitana del equipo y lo dirigió a la semifinal de la Women's FA Cup.