蝦夷共和國
10月20日、於蝦夷地鷲之木上陸後、土方被任為兼道軍總督攻向五稜郭城。箱館（今函館市）・五稜郭占領後、土方率領額兵隊直撲松前城（福山城），未幾應聲陷落。同時、榎本武揚率領海軍掩護、但開陽號軍艦卻在江差沖遇上暴風雨而觸礁沈沒。12月15日榎本為招待各國領事返回五稜郭，並舉辦亞洲第一次記名選舉。開票結果，由通曉國際公法的榎本武揚擔任總裁，並公告列強，成立蝦夷共和國繼續對抗新政府軍。土方就任陸軍奉行並（陸軍副司令，中將缺）、兼箱館市中取締（警察總長）及陸海軍裁判局長（陸海軍憲兵總監）。