Protectorate of Bohemia and Moravia
1939年，法蘭克晉升為黨衛隊地区总队长，並任命為波希米亞和摩拉維亞保護國的黨衛隊和警察高级領袖與國務秘書長，在保護長官（總督）康斯坦丁·馮·紐賴特之下。雖然職位次於紐賴特，但法蘭克依其對捷克事務的熟悉及希姆萊的支持下逐漸權力增大。在其任上，他嚴厲鎮壓不同政見者，推動逮捕保護國總理阿洛伊斯·埃利亞斯。但這些計劃行動被紐賴特所持的「軟方法」對捷克反抗勢力所拒，因此法蘭克愈加不信任紐賴特並在底下推反紐賴特的政治鬥爭。在1941年9有23日，紐賴特被希特勒解職。法蘭克希望自己成為代理保護長官，最後卻由海德里希出任。起初兩人工作關係緊張，但隨後就擱下歧見，成為有效率的組合。