平城天皇
在桓武天皇當政的平安時代初期，曾經一度將左右兩個馬寮合併為一個部門「主馬寮」，而後在下一任天皇，平城天皇時代裡，大同3年（808年）合併了兵部省下屬的機構兵馬司進入馬寮裡面，並重新將馬寮分為左右兩個機構。