동학 농민 운동
조선 말기 사회의 혼란과 더불어 1894년 동학 농민 운동, 1895년 청일전쟁 이후 교인이 급증하자 새 예배당을 신축하였고 이때부터 제한적으로나마 남녀가 같이 예배를 드리기 시작했다. 또한 1893년 곤당골 승동교회, 1894년 연못골 연동교회, 1896년 서교동교회, 1906년 노량진교회를 개척하였다. 당시 예배당의 위치는 지금의 경희궁과 서울역사박물관의 맞은 편에 위치한 한국씨티은행 서울 지점 자리이다.