Скапа-Флоу
С 1 октября 1939 года — контр-адмирал. Карл Дёниц лично осуществлял планирование операции против британской военно-морской базы Скапа-Флоу на Оркнейских островах: 13—14 октября 1939 года немецкая подводная лодка U-47 под командованием Гюнтера Прина, специально отобранного для атаки на Скапа-Флоу Дёницем, проникла в гавань Скапа-Флоу через пролив Кирк-Саунд, перегороженный тремя блокшивами. В результате трёх торпедных залпов с подлодки был потоплен британский линкор «Ройял Оук». U-47 благополучно вернулась в Вильгельмсхафен 17 октября.