ジュベナール・ハビャリマナ
急進的なフツ至上主義の台頭による政情悪化が収まらず、1994年4月にジュベナール・ハビャリマナが暗殺された事件（ハビャリマナとンタリャミラ両大統領暗殺事件）を発端に、政府と暴徒化したフツによる、ツチと穏健派フツに対するジェノサイドが勃発した（ルワンダ虐殺）。この結果、約100日間のうちに、当時のルワンダの総人口約730万人中、およそ80万人から100万人が殺害されたと見られている。虐殺は、その勃発を受けて侵攻を再開したRPFがルワンダ全土を掌握したことで終息し、フツのパストゥール・ビジムングを大統領、RPFのポール・カガメを副大統領とする新政権が樹立された。