데이터 마이닝
분자 마이닝 연구, 특별히 구조화된 데이터 마이닝 연구의 경우에는 예측기반의 유사행렬이나 자동 조각 구도를 분자 부분구조(substructure)로 적용하는 것이다. 더 나아가서 최대 공통 골격구조 검색(maximum common subgraph searches) 또는 그래프 커널을 이용하는 연구도 있다.