Wiiリモコン
操作はWiiリモコンとヌンチャクにのみ対応しており、他のコントローラ及びWiiリモコン単体には対応していない。操作方法は『プライム3 コラプション』とほぼ同様であり、Wiiリモコンのポインタで照準と視界を調整し、GC版と違い攻撃しながらサムスを動かすことも可能。ビームの種類変更はバイザー変更と同様の方法で行う。