エイサ・グレイ
オレゴン州に移ってすぐ、トーマスと弟のジョセフは植物学に興味を持ち、彼らが見つけた水草をハーバード大学のエイサ・グレイに送り、グレイはこれにの名をつけて記載した。1877年から標本館を作り、2152種の標本を集めた。ハウエルの標本は多くのアメリカの標本館やヨーロッパに送られた。1881年に地域の植物の一覧を発表した。1897年から1903年にかけて『北西アメリカの植物』（"A Flora of Northwest America: Containing brief descriptions of all the known indigenous and naturalized plants growing without cultivation north of California, west of Utah, and south of British Columbia"）を発表した。資金不足からタイプを借り、手綴りの原稿をポートランドに出版のため運んだ。この著作はオレゴン州とワシントン州の植物に関する著作の中で最も包括的なリストであった。