Commission européenne des droits de l'homme
Initialement, le Comité était financé par Igor Kaliapine, le fondateur de l'organisation. Les avocats qui ont travaillé sur le cas d'Alexei Mikheev l'ont fait sur une base volontaire. L'organisation a bénéficié du soutien de la Commission européenne des droits de l'homme, la Fondation Soros. Auparavant, l’organisation avait également bénéficié des dons privés et des fonds présidentiels (2% du financement total). En 2015, le Comité contre la torture a été inscrit au registre des agents étrangers conformément à la décision du Département du ministère de la justice des régions d'Orenbourg et de Nijni Novgorod. Le Ministère de la Justice considérait que le financement étranger provenait du fait que la majorité des membres du comité étaient payés dans une autre organisation, le Bureau des enquêtes publiques. Depuis 2019, l'organisation ne reçoit pas de financement du tout. Le Comité est un organisme public non enregistré qui n'a ni enregistrement ni compte bancaire.