牟岐線
また、牟岐線の優等列車は1996年の時点では高徳線特急「うずしお」のうち3往復が牟岐線に乗り入れる形で運行されていたが、1998年にこのうちの1.5往復を徳島駅で系統分割の上で「剣山」と統合し、「剣山」は牟岐線および阿佐海岸鉄道阿佐東線に乗り入れるようになった。翌年には「うずしお」の牟岐線乗り入れが終了し、牟岐線の優等列車は「剣山」と、牟岐線内のみで運行される特急「むろと」の2系統が運行されるようになった。2009年3月14日には、徳島駅での誤乗防止を目的として徳島線から牟岐線に乗り入れる「剣山」が「むろと」に編入されている。また、2011年3月以降は阿佐東線乗り入れは行われていない。一方、牟岐線から徳島線に乗り入れる列車は引き続き「剣山」として運行されていたが、2014年3月15日のダイヤ改正を以て「むろと」の徳島線乗り入れ及び「剣山」の牟岐線乗り入れが廃止され、両列車は運転系統が完全に分離された。