Tokyo Stock Exchange
Mag Garden a été fondé le par Yoshihiro Hosaka, qui travaillait auparavant comme éditeur chez Enix (devenu Square Enix) avant de partir. Elle a commencé comme une entreprise issue de la scission de la division d'édition de mangas d'Enix juste avant la fusion de la société avec Square. La fusion de Square-Enix a provoqué un soulèvement parmi les membres du personnel des mangakas. Craignant que leur manga soit abandonné à la publication et fatigués des traitements durs, ils ont quitté Square Enix pour aider à créer Mag Garden, où ils continueraient également à publier leur série. La création de Mag Garden et le départ de Square Enix des anciens mangakas ont provoqué des différends juridiques sur des questions de droit d'auteur entre les deux sociétés. La bataille juridique s'est terminée en et Square Enix a accepté de contribuer à hauteur de 50% au capital de Mag Garden. Les mangas qui étaient autrefois publiés sous Enix par les anciens auteurs de l'éditeur devaient continuer la publication sous de nouveaux titres. Le , Mag Garden est devenue une société distincte et indépendante et a été admise sur le marché «  » de la Bourse de Tokyo après la vente par Square Enix de toutes ses actions restantes.