Schweizerische Bundesbahnen
Die einzelnen Strecken und deren Betrieb verteilen sich auf die vier Unternehmen Schweizerische Bundesbahnen (SBB), Südostbahn (SOB), Thurbo und Appenzeller Bahnen (AB), wobei Thurbo ein 90-prozentiges Tochterunternehmen der SBB ist. Bei der Gründung der S-Bahn St. Gallen waren mit der Trogenerbahn (TB), die heute Teil der AB ist, fünf Unternehmen beteiligt. Alle vier beteiligten Bahnunternehmen sind mehrheitlich im Eigentum verschiedener staatlicher Institutionen.