Петербургский метрополитен
После поступления в Петербургский метрополитен первые два электровоза были переданы в депо «Автово», а впоследствии в депо «Невское» (№ 07) и «Выборгское» (№ 08). Электровоз № 09 вскоре после поступления в метрополитен был направлен в депо «Северное», а № 10 остался в депо «Автово» до ноября 2019 года, после чего был передан в новое депо «Южное». Петербургский метрополитен планировал таким образом полностью заменить старые электровозы на базе вагонов типа Д на новые до конца 2017 года, однако в связи со строительством нового депо появилось потребность увеличить парк электровозов. В итоге один из электровозов ЭД-06 по состоянию на 2020 год ещё остаётся в работе.