Жуан III
После того как король Португалии Дон Жуан III обратился к Обществу Иисуса с предложением начать миссионерскую деятельность на территории Бразилии, Нобрега в 1549 году отправился в путь вместе с военно-морским флотом первого генерал-губернатора Бразилии Томе ди Созы (другом и советником которого он стал впоследствии). Деятельность ордена иезуитов в колонии подразумевала обращение в христианство индейских аборигенов, основание церквей и семинарий, обучение колонистов, которые на начальном этапе состояли, в основном, из ссыльных — преступников, а также лиц, отправленных в ссылку по политическим и религиозным причинам.