一月起義
1863年，一月起義失敗後，維爾紐斯古物博物館被重組、國有化，所有和前波蘭立陶宛聯邦有關的文物都被移到莫斯科的魯緬采夫博物館，博物館則改組為新成立的維爾紐斯公共圖書館附屬機關。改組後的圖書館及博物館被用於推動俄羅斯化政策，展示許多俄羅斯帝國或東正教會相關文物。至此，維爾紐斯失去最後一個重要的前立陶宛大公國文化重鎮，逐漸化為俄羅斯帝國省級城市之一，失去其在波蘭－立陶宛文化中的主導地位。雖然如此，博物館仍持續營運，直到第一次世界大戰爆發，重要館藏皆被疏散至魯緬采夫博物館；遺留在維爾紐斯且未於戰火中消失的少數館藏，則由其他博物館保存，包括立陶宛國家博物館、立陶宛美術館及維爾紐斯大學地質學與動物學博物館等。