ブルネイ・ムアラ地区
一方海洋の国境は各国との条約により画定させている。ブルネイとは、ブルネイ領のテンブロン地区とブルネイ・ムアラ地区に挟まれた水域に関して20年以上の書簡のやり取りにより2009年5月にようやく国境を確定させた。インドネシアとも海上国境では主張が食い違う部分があり、特にサバ州の近辺で顕著である。これに関してもマレーシア政府はインドネシア政府と協議を重ね、現在までに16ヶ所の国境について合意に達した。またシンガポールやフィリピンとも領海問題を抱えている。