阿古柏
在妥明于天山一带攻城略地的同时，阿古柏在南疆占领了库车、和阗、喀什噶尔等地并建立地方割据政权。并于公元1867年（同治六年），阿古柏称“毕杜勒特埃米尔（洪福汗）”，并建立洪福汗国。阿古柏的势力逐渐占领南疆全部地区并开始向北疆扩张。同治九年（1870年），阿古柏听闻徐学功之名，欲与徐共同攻击妥明。为了和徐学功共同攻打吐鲁番，阿古柏称愿将南疆八城贡献给清廷，并请求徐学功推荐自己为哈密王。徐学功与阿古柏一起开始围攻吐鲁番，徐派遣1500名士兵加入围攻吐鲁番的队伍，还提供了数千只棉羊、数百匹匹马、数百头牛以及粮食、绸缎、茶叶等大量物资。在经过近一年的围困后，妥明部下吐鲁番元帅马仲最终投降献城。随后阿古柏直逼迪化、巩宁二城，阿古柏部驻扎在离乌鲁木齐30里的废城达克雅努斯（Daquanus Shahri，疑似为乌拉泊古城）。然而此时已经进入冬季，这一年的冬天异常寒冷，阿古柏的士兵将领多来自在温暖的南疆和中亚，他们不得不依靠徐学功送来的数百车煤炭以保持体温。在此驻扎近一月后，妥明派数万人进攻阿古柏部，最终失利。妥明被迫投降逃离。此时，阿古柏已经将吐鲁番、乌鲁木齐一带划入自己的势力范围。为犒劳徐学功，阿古柏赠予徐学功大量礼物，并许诺马仲来年秋季归还徐学功小麦一万袋。不过之后因为徐学功与阿古柏交恶，拒绝了阿古柏的馈赠。