Convention on the Conservation of Migratory Species of Wild Animals
Der Kleine Amudarja-Schaufelstör ist vor allem durch die Zerstörung seines Lebensraums bedroht. Die Art ist schon immer selten gewesen und 1996 wurden zum ersten Mal seit 15 Jahren drei Tiere gefangen. Sie wird im Anhang II des Washingtoner Artenschutz-Übereinkommens und Anhang II der Bonner Konvention gelistet und in der Roten Liste der IUCN als vom Aussterben bedroht ("Critically Endangered") eingeordnet.