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Tras la derrota en el levantamiento, logró evitar ser capturado por los alemanes y se trasladó a Cracovia, en donde comenzó a reorganizar el Ejército. El 3 de octubre de 1944, se convirtió en el máximo dirigente de la Armia Krajowa, aunque tras la toma de Berlín, la Unión Soviética ordenó la disolución de la Armia Krajowa e implantó un régimen comunista en Polonia.