パシフィック・サーフライナー
アムトラックのサンタフェ駅があり、ロサンゼルス - サンディエゴ間（一部はサンルイスオビスポ - ロサンゼルス - サンディエゴ間）を結ぶ、パシフィック・サーフライナーが頻繁に発着する。市内にはサンディエゴ・トロリーと呼ばれる路面電車が数系統走っており、このうちブルーラインは前まで伸びている。このサンディエゴ・トロリーの最初の路線の開業は1981年に遡り、カナダのエドモントンやカルガリーと並んで北米におけるLRTの導入例としては最初期の部類に入る。2011年には、これらのライトレール路線に加えてPCCカーで都心部を環状運転するシルバーラインが開業した。