Эмират Афганистан
Флаг был утверждён эмиром Музаффаром в 1868 году. Вскоре, в этом же году, Бухарский Эмират попал в вассальную зависимость к Российской Империи и получил статус её протектората. Даже после фактической потери независимости флаг продолжал использоваться как символ эмирата. Данный флаг использовался также последующими эмирами Бухарского Эмирата: Сеид-Абдул-Ахад-Ханом и Сейид Алим-ханом. 2 сентября 1920 года РККА и младобухарцы заняли Бухару, а 8 октября была провозглашена Бухарская Народная Советская Республика. Эмир и его правительство бежали в восточную часть Бухарского Эмирата, а затем в Эмират Афганистан.