Депортиво Пасто
В начале 2015 года Фернандес на правах аренды присоединился к колумбийскому «Депортиво Пасто». 16 февраля в матче против «Онсе Кальдас» он дебютировал в Кубке Мустанга. 23 февраля в поединке против «Атлетико Насьональ» Марлон забил свой первый гол за «Депортиво Пасто». В начале 2016 года Фернандес подписал контракт с «Карабобо». 31 января в матче против «Петаре» он дебютировал за новую команду. 13 февраля в поединке против «Депортиво Ансоатеги» Марлон забил свой первый гол за «Карабобо».