미토콘드리아 DNA
최근까지 모든 쇠정어리고래는 하나의 단일종으로 간주해 왔다. 그러나 미토콘드리아 DNA 검사에 의해 북방쇠정어리고래는 남방쇠정어리고래와는 다른 별도의 종이라는 사실이 밝혀졌다. 또한, 이 검사를 통해 남방쇠정어리고래는 북방쇠정어리고래와 가장 밀접한 관계에 있다는 사실이 확인되었다.