巴尔喀什湖
此时，西北官军主力正在平定陕西及甘肃的动乱，无暇顾及新疆。俄羅斯帝國则乘乱入侵塔城及额尔齐斯河流域，于1864年10月逼迫乌里雅苏台将军签订《中俄勘分西北界约记》，吞并了新疆巴尔喀什湖以东的大片领土（後來的阿拉木圖州）。