International Whaling Commission
同じハンドウイルカ属に属するハンドウイルカ（バンドウイルカ）の亜種とされることもあったが、2000年の国際捕鯨委員会 (IWC) 科学委員会により別の種とされる。また、ルデュックらは、ミナミハンドウイルカは"Tursiops" 属（ハンドウイルカ属）よりも"Stenella" 属（スジイルカ属）により近いと報告している。