International Commission on Zoological Nomenclature
ミトコンドリアDNAによる系統解析により、フナ属はゲンゴロウブナ（"Carassius cuvieri"）、ヨーロッパブナ（"Carassius carassius"）の順に分岐したことが分かっている。残るフナ属について、最も古く命名されたのは長江の個体群を原種とするキンギョ（"Carassius auratus"）であるが、動物命名法国際審議会の裁定（Opinion 2027）によりアムール川の個体群をタイプ標本とする本種が保全名とされているため、1種とする場合には日本・長江・アムール川のフナ属全て、2種とする場合には最も古く分岐した日本の個体群を除く長江・アムール川のフナ属全てが本種に該当することとなる。従って、ギンブナをはじめとする日本のフナ属とは同一種または近縁種となる。また、長江とアムール川の個体群を同一種とする限りキンギョの原種であると言える。