카를 5세
주앙 3세의 5남 주앙 마누엘과 에스파냐 왕 카를로스 1세(신성 로마 제국의 황제 카를 5세)의 딸 후아나의 소생. 아버지 주앙 마누엘의 어머니 카타리나는 카를로스 1세의 여동생, 어머니 후아나의 어머니 이사벨은 주앙 3세의 여동생이며, 세바스티앙의 부모는 부계와 모계 쌍방에서 사촌남매의 관계에 있었다.