ジョゼ・マヌエル・ドゥラン・バローゾ
2009年、メルケル首相の推薦により次期欧州委員会に委員として加わることが発表された。エッティンガーはこれまで欧州政治に関わったことが全くなかったため、欧州議会の一部には反対の声もあったが、ジョゼ・マヌエル・ドゥラン・バローゾ委員長はメルケル首相の提案を受け入れ、要職であるエネルギー担当委員とした。エッティンガーは11月に欧州委員就任を控えてCDU州代表を辞任した。翌年2月9日の欧州議会による第二次バローゾ欧州委員会承認に伴い、翌日エッティンガーはバーデン＝ヴュルテンベルク州首相を辞任して欧州委員に就任した。後任の州首相には党州代表の後任でもあるシュテファン・マップスが就任した。