Депортиво Перейра
Бедойя начал свою карьеру в 1995 году в клубе «Депортиво Перейра». Во втором своем сезоне он стал футболистом основного состава и по его окончании перешёл в «Депортиво Кали», с которым в 1998 году выиграл Кубок Мустанга. За «Кали» он провел более 100 матчей и забил 5 голов.