行政院大陸委員會
2000年，民主進步黨候選人陳水扁當選總統，並在5月20日執政。這是該黨首次執政，對內需要擴展民意支持、鞏固政權基礎，對外則要穩定海峽兩岸關係、安撫美國。經過邀請，陳水扁任命蔡英文擔任行政院大陸委員會主任委員，並參加國家安全會議，開始其高層政治生涯。這是她第一次真正步入政壇，也正式與中華人民共和國交手。作為陳水扁任內首位行政院大陸委員會主任委員，她還是行政院大陸委員會首位女性主任委員、及首位完成4年任期的主任委員。