箱館戰爭
不久，箱館戰爭隨著舊幕府軍戰敗而結束。凌雲雖然與榎本一起行動而有共同的立場、但因為對於敵我方皆施以平等的治療、另外也因為擁有豐富的醫學知識而受到新政府的高度評價、因此減輕對於他的處罰。