Société de banque suisse
Mais il est aussi un architecte constructeur, édifiant des maisons ouvrières aussi bien que des maisons de campagne cossues ou encore, à la rue de la Corraterie, à Genève, un bâtiment administratif de style Louis XV achevé en 1912 pour la Société de banque suisse. À Chambésy, il réalise en 1901 la chapelle des Cornillons et se charge en 1902-1903 de la construction de l’église du Petit-Lancy, deux édifices religieux qui portent tous deux la marque du Heimatstil. Même durant la Première Guerre mondiale, Fatio construit des villas et développe une architecture ouvrière dans le cadre de la "Société genevoise pour l’amélioration du logement". De 1919 à 1930, il enseigne à l’École des Beaux-Arts de Genève. En 1942, il réaliste les travaux d'élévation de la façade nord du château du Reposoir.