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その後、2001年（平成13年）の中央省庁再編により、旧文部省の中央教育審議会を母体にしつつ、生涯学習審議会、理科教育及び産業教育審議会、教育課程審議会、教育職員養成審議会、大学審議会、保健体育審議会を統合した。しかし、実質的には分科会－部会・委員会方式により3階層をとり、全省庁の中でも最も多様で裾野の広い審議会を形成している。