Fonds zur Förderung der wissenschaftlichen Forschung
Im Jahr 1998 gewann Scherzer den Förderungspreis der Österreichischen Mathematischen Gesellschaft und 1999 den START-Preis des Fonds zur Förderung der wissenschaftlichen Forschung (FWF). 2005 wurde ihm der Wissenschaftspreis des Landes Tirol verliehen.