マリオ・バロテッリ
翌2009-10シーズンはローマは開幕から2連敗というスタートを切り、4年間指揮を執ったスパレッティが監督を辞任、後任には前ユベントスのクラウディオ・ラニエリが就任した。スパレッティの辞任については、トッティも「避けられないことだった」と話している。ラニエリの就任後チームの成績は好転し、セリエAで24試合無敗を記録するなど優勝争いを展開。トッティはチャンピオンズリーグ予選では第3ラウンドのKAAヘント戦の1stレグ、プレーオフのFC VSSコシツェ戦の2ndレグでそれぞれハットトリックを達成、セリエAでも11月22日のバーリ戦でセリエAでは7年ぶりとなるハットトリックを記録した。その8日後、ローマと新たに5年間の契約を結んだことを正式に発表し、その後はクラブのディレクターに就任すると述べた。その後、複数の怪我に悩まされていたも関わらず、ガブリエル・バティストゥータ、ジュゼッペ・シニョーリ クルト・ハムリンらの通算得点数を抜き、セリエA歴代単独6位の得点数となった。コッパ・イタリアでは決勝に進出し2シーズンぶりにインテルと対戦したが、ローマは0-1で敗れ、またこの試合でトッティは終了間際にマリオ・バロテッリを後ろから蹴りつけ、退場処分を受けた。この行為でトッティは多くの批判を受け、一時は引退を考えるほどに悩むこととなった。