XIII機関
『KH』シリーズのナンバリングタイトルとしては第2作目であり、第1作目の『キングダム ハーツ』の続編であるが、シナリオは『KH』→『COM』→『KH2』と連続しているため『COM』との関連性も強く、また『COM』で起こった出来事の詳細は『KH2』上においては省略されている（敵組織であるXIII機関の一部が『COM』で倒されているため欠員がある、「ナミネにお礼を言う」というジミニーメモなど）。製作側は「『COM』を知らなくてもプレイに支障はない」と発言しているが、GBAで発売された『COM』はハードの違いからプレイしていないユーザーも多かったため、本作の英語音声版『ファイナル ミックス』にPS2版リメイク『Re:チェイン オブ メモリーズ』が付属することとなった（詳しくは後述）。