フランソワ・カロン
対外的には長崎貿易の利益独占目的と国際紛争の回避、キリシタンの排除を目的として、対外貿易の管理と統制を強化していった。親政が始まった後、長崎奉行の竹中重義に改易と切腹を命じ、新しい長崎奉行を旗本2人から任命して、同時に寛永10年（1633年）から寛永13年（1636年にかけて、長崎奉行に東南アジア方面との貿易の管理と統制を目的とした職務規定（鎖国令）を発布した。寛永12年（1635年）の長崎奉行への職務規定（第三次鎖国令）では、日本人の東南アジア方面との往来が禁止されることになり、宣教師の密航の手段であり国際紛争の火種となっていた朱印船貿易は終焉を迎えた。同時に、朱印船の役割は外国人(オランダ人・ポルトガル人・中国人)が代行することになり、また、寛永12年（1635年）に九州各地の中国人は長崎のみに集住させられ、ポルトガル人は寛永13年（1636年）長崎の出島に隔離された。寛永14年（1637年）に起きた島原の乱を鎮圧した後、ポルトガルとの断交を決意し、寛永16年（1639年）に、オランダ商館長のフランソワ・カロンを通して、台湾経由でも中国産の生糸を確保できることを確認、そして、長崎奉行や九州地方の諸大名に対してポルトガル人の追放を命じた命令（第五次鎖国令）を発布した。寛永18年（1641年）にはオランダ商館を出島に移転し、長崎を通じた貿易の管理・統制である「鎖国」体制を完成させた（ただし、「鎖国」という概念や言葉が生まれるのは19世紀になってからである）。