Pope Gregory III
بعد عام 1478 أغلق المجمع الديني مرارً بسبب صراعات بين الرهبان، وكانت الكنيسة حتى عهد السلطان سليمان القانوني مهددة للتحول إلى مسجد ليخدم الموريسكيون الذين طردوا في تلك السنوات من إسبانيا، والذين تم إعادة توطينهم في غلطة. لكن بفضل وساطة من الملك فرانسوا الأول ملك فرنسا، تمَّكن الرهبان البقاء في المجمع الديني، وأصبحت الكنيسة تحت ملكية السفير الفرنسي في مقر الباب العالي. في 18 نوفمبر من عام 1583، تولى اليسوعيون رئاسة الكنيسة بعد حصولهن على اذن من البابا غريغوري الثالث عشر بناءًا على طلب من إدارة جنوة في غلطة، وقام الرهبان بتأسيس مدرسة في حرم الدير. وعلى مدار التاريخ تعرض الدير لحريق عدة مرات.