Mount Hamiguitan
正式描述的作者们将汉密吉伊坦山猪笼草与小瓮猪笼草、棉兰老岛猪笼草和盾叶猪笼草进行了比较。这些物种被认为与汉密吉伊坦山猪笼草之间存在着密切的近缘关系。它们之间的区别在于：小瓮猪笼草的各方面均较小型，植株除花序外大部分无毛被。棉兰老岛猪笼草上位笼更为细长，形状与其明显不同。同时，棉兰老岛猪笼草的叶片末端为急尖，而汉密吉伊坦山猪笼草为钝尖。汉密吉伊坦山猪笼草独特的捕虫笼和笼蔓形态也与盾叶猪笼草不同。此外，汉密吉伊坦山猪笼草很容易长出上位笼和攀援茎，而盾叶猪笼草并不具备这样的特征。