Deportes La Serena
В 2001 году Рохас принял приглашение австрийского «Штурма». В 2002 году он помог клубу занять второе место в австрийской Бундеслиге, а также выйти финал Кубка Австрии. В 2006 году Франсиско вернулся на родину, где после сезона в «Унион Эспаньола», завершил карьеру в своём родном клубе «Депортес Ла-Серена».