Khanate of Bukhara
Ein anderer Teil der Nogaier bzw. der Mangit wanderte mit den Usbeken um 1500 bis Qarshi und Buchara, wobei angenommen werden kann, dass ihnen im 16. bis 18. Jh. weitere Gruppen folgten. Als das Khanat Astrachan 1555 an den russischen Zaren fiel, floh ein Astrachaner Prinz ins Usbeken-Khanat und heiratete in die Herrscherfamilie ein. Während der aus Astrachan stammenden Dschaniden-Dynastie in Buchara (1598–1785) hatten die Nogaier auch dort großen Einfluss. Ein Nogaier namens Muhammad Rahim (reg. 1753–1758) usurpierte sogar selbst den Thron von Buchara. Dem letzten Dschaniden Abu'l Ghazi (1758–85) folgte sein Schwiegersohn, der Nogaier Ma'sum Schah (reg. 1785–1800), der das Emirat Buchara begründete und dessen Mangiten-Dynastie dort bis 1920 an der Macht blieb.