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各類佛教中以藏传佛教最為興盛. 藏传佛教約唐中期自吐蕃傳入唐朝，專以祈禱禁咒為事。漢傳佛教在唐武宗时遭受打擊，宋朝時只剩禪宗慢慢恢復，然敵不過道教與理學。藏传佛教中，薩迦派（花教）自窩闊台汗至元世祖期間逐漸获得蒙元朝廷的尊重。忽必烈早在攻擊吐蕃時即於薩迦派的喇嘛扮底達講和，而後扮底達的繼承人八思巴被元世祖奉為國師（後升為帝師），賜玉印，任中原法王，命統天下佛教，並兼任總制院（後改名為宣政院）使來管理吐蕃（今西藏）事務，這是以宗教領袖統治西藏地區之始。八思巴還為元朝建立八思巴文。藏传佛教在元朝皇帝的推崇下，在社會與政治上均有極高的地位。諸位元朝皇帝均受藏传佛教的戒律，藏传佛教也逐漸推廣到蒙古各部。然而皇室用於佛事之錢要占國家財政支出一半（皇帝即位前要灌顶），寺院也擁有龐大的產業，部分喇嘛也驕縱不法，危害社會。例如元世祖時，江南佛教總統喇嘛楊璉真珈喜好掘墓，曾挖掘宋朝諸陵與諸大臣墳墓百餘所；包庇平民不輸租賦者，達兩萬三千戶，其餘如奪人產業，姦污婦女等類之事，更為常見。