Battle of Marston Moor
清教徒革命時のイングランド内戦によって、カウリーの人生は変転し始める。カウリーは王党派、イングランド国教会派寄りの保守的な思想を奉じており、このときも王党派に属した。そのために1643年、議会派によって、カウリーは当時務めていたトリニティ・カレッジの研究員の職を解かれ、やむなく母校ケンブリッジを追われることになった。その後、しばらくはフォークランド卿の庇護の下、オックスフォードに滞在する。しかし、マーストン・ムーアの戦いの後、女王に従いフランスに亡命。パリで王党派としての活動を続けることになった。