香港民主同盟
1990年，他加入香港民主同盟，並投入翌年的區議會選舉成功連任。之後，具有親台背景的港同盟成員，在港同盟改組為民主黨後，加入一二三民主聯盟，吳惠祖則成為副主席，並在1995年9月成功第三度連任。