Claude Puel
その後、7月18日に移籍金1500万ユーロでオリンピック・リヨンと5年契約を締結し、また、リヨンから次のクラブへ移籍する場合の移籍金20%がポルト側に支払われる条項が付随された。なお、同移籍の際にシソコがユース時代に所属していたブロワ・フット41に育成費として16万2500ユーロが支払われている。20日に新加入のミシェル・バストスと記者会見が行われ無事入団を果たし、幹部のベルナール・ラコンブから未来のエリック・アビダルと期待を寄せられたシソコは、8月8日のル・マンUCとの開幕戦で初出場を飾ると、9月26日のトゥールーズFC戦 (2-1) で52分にヤニス・タフェールの同点をアシスト、12月9日のUEFAチャンピオンズリーグ 2009-10でのデブレツェニVSC戦 (4-0) で移籍後初得点を記録する。この得点について「（攻撃的な姿勢を）FCバルセロナにインスパイアされた」と話した。それから、2週間後のモンペリエHSC戦 (1-2) でもアシストをした。最終的に2009-10シーズンは、退団したファビオ・グロッソの穴を埋め、クロード・ピュエル監督の下で不動のレギュラーとしてリーグ戦31試合2アシストを記録し、チャンピオンズリーグではグループリーグから準決勝までの全12試合に先発出場した。