República Socialista Soviética de Lituania
Sin embargo, durante la Segunda Guerra Mundial sufrió primero la invasión soviética (1940-1941) y, tras un breve levantamiento civil, la ocupación alemana (1941-1944). El ejército nazi llevó a cabo un holocausto de la población judía con el establecimiento del Gueto de Kovno; se estima que hubo más de víctimas. Los soviéticos recuperaron la plaza en 1944 para establecer la República Socialista Soviética de Lituania, y al término del conflicto la capital fue trasladada a Vilna, ya bajo soberanía lituana.