Republic of Texas
22 декабря 1838 года, Мирабо Ламар, второй президент Республика Техас, назначил Джонстона военным министром. Он обеспечил оборону границы Техаса от мексиканского вторжения, а в 1839 году провел кампанию против индейцев в северном Техасе. В феврале 1840 года он ушел в отставку и вернулся в Кентукки.