聯邦黨
國家最初的兩個主要政黨因辯論傑伊協定日漸分化。反對華盛頓政府政策的，包括許多前反聯邦主義者，冠名“共和黨人”，合倂民主共和黨。支持政府政策的冠名“聯邦黨人”，在漢密爾頓的領導下組成聯邦黨。1793年，當傑佛遜離職時，麥迪遜成為民主共和黨的實際領袖。1796年總統大選降至，麥迪遜說服傑佛遜競選。麥迪遜也為傑佛遜競選做鋪墊，在各州爭取支持，希望能確保傑佛遜勝利。儘管麥迪遜出力不少，聯邦黨人約翰·亞當斯以微弱優勢勝出，在選票上擊敗傑佛遜。麥迪遜沒有尋求連任，於1797年離開國會，回到蒙彼利埃。