Lago Cocibolca
El municipio de Comalapa carece de hidrografía propia, los ríos que se observan en su territorio simplemente lo atraviesan en conjunto con sus afluentes y quebradas entre ellos: el río Tecolostote, río Cuisalá, El Jocote, Paso Real o Cofradía, río Potrerillos o Tolinapa. Pertenece al territorio del municipio de Comalapa la isla de La Flor, ubicada en el Lago Cocibolca.