Ayyubid dynasty
Собор был преобразован в мечеть в период арабского правления в Палестине, в XI веке. Арабский географ аль-Мукаддаси писал, что мечеть находилась посреди Наблуса и «очень хорошо вымощена». Крестоносцы превратили мечеть в церковь, но внесли при этом несколько изменений, включая дополнительное строительство апсиды. В 1187 году Айюбиды во главе с Салах ад-Дином снова превратили здание в мечеть. 30 октября 1242 года здание было сожжено тамплиерами при разграблении города.