新石器革命
几乎每一个可能的亚非语语族相互关系都有严肃的支持者，尽管除了少数几种亚非语外，其他所有语言的亚分类都有相当大的共识。分解亚非语系谱系树发生的部分困难来自这些语族的时间深度。亚非语系的古埃及语(后来发展为今日的科普特语)是世界上有书面记录的最早的两种语言之一(另一种是苏美尔语，是孤立语言)，光是书面形式就出现在约公元前3000年，同属亚非语系的阿卡德语也在非常早时就有书面记录(约公元前2000年)。共同的原始亚非语必须比这些语言还老，而且这些语言还分属当时已经分化出的不同语族。在亚非语使用者人群中，也没有普遍的基因特征。也有理论认为亚非语系的扩张要归功于新石器革命，新石器革命发源自亚非语地区。也有人认为亚非语系可能在旧石器时代晚期就已经广泛分布。