Alabama House of Representatives
Herndon verfolgte ebenfalls eine politische Laufbahn. Er war 1850 Redakteur für die Demokraten in Eutaw. Dann war er in den Jahren 1857 und 1858 Mitglied im Repräsentantenhaus von Alabama. Danach war er in den Jahren 1858 und 1859 Kurator an der University of Alabama. Herndon zog 1859 wieder nach Greene County. Er nahm 1861 an der "State Secession Convention" teil.