狄奧多西一世
隨著基督教的興起，在4世紀末期，羅馬皇帝狄奧多西一世命令關閉當地所有神廟，並將大部份神廟改為教堂，此後在西元636年被穆斯林軍隊佔領以後，巴勒貝克陸續被阿拉伯人征服，先後由倭马亚王朝、阿巴斯王朝、法蒂玛王朝統治，在經歷多場地震與暴力洗劫後，巴勒贝克至此再也沒有再恢復昔日的光輝。