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나이키 제우스는, 한 발의 나이키 핵미사일이 폭발하여 요격을 성공한 경우에, 그 핵폭발로 인해 아군의 레이다가 작동하지 못하게되며, 따라서 뒤따라 날아오는 적의 미사일들을 탐지하지 못한다는 치명적인 기술적 한계가 있었다. 또한, 아군지역 상공에서 핵폭발을 하는 것은 이상적이지 않았다.