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제2차 세계 대전의 종결 이후 학제 개혁에 의해 탄생한 신제 대학의 야구 조직을 통괄하기 위한 목적으로 1947년에 전국 신제 대학 야구 연맹이 결성되었다. 이것은 전쟁 이전에 존재했던 '일본 고등학교 야구 연맹'이나 '일본 전문학교 야구 연맹'(이상의 두 연맹은 전후 설립된 동명의 연맹과는 다르다), '일본 사범학교 야구 연맹'이 해소하여 개편된 것이다.