동학 농민 운동
19세기의 동학 농민 운동 당시에도 주류와 생각이 다른 사람을 가리켜서 사문난적이라 불렀다 한다. 동학 농민 운동 당시 동학의 주요 지도자였던 오지영의 진술에 따르면, 농민군 1차 봉기 당시 최시형은 호남의 전봉준과 호서의 서장옥 등은 나라의 역적이고 사문난적이다 라 규정하고, 동시에 남접의 농민군을 칠 예정이었다 한다.