Greek War of Independence
19세기 초, 그리스 독립 전쟁 기간 동안에, 아토스 산 전체와 마찬가지로 스타브로니키타도 가혹한 시간을 겪었다. 오스만 제국이 아토스 산을 침공해서 이 곳의 수사들이 뿔뿔이 흩어짐과 동시에, 이 수도원은 전쟁 자금을 원조한 특별 부채로 인해 극심한 경제적인 난관에 봉착했다. 그러므로, 이 수도원도 아토스 산의 다른 수도원들 처럼 버려졌고 그래서 많은 곳들이 왈라키아, 몰다비아 그리고 다른 국가들의 소유로 넘어갔다. 오스만 군대가 아토스 산을 떠난 이후에도 그 상황은 약 십 년간 지속됐고, 살아남은 수사들은 수도원으로 귀환하기 시작했다.