タイムトンネル
本作は3つの時代を舞台にしており、ウルトラマグナスが瀕死のコンボイからスクランブルシティの指揮官に任命されマトリックスを託された映画『トランスフォーマー ザ・ムービー』（1986年）の時代を起点として、タイムトンネルで過去に当たる『戦え!超ロボット生命体トランスフォーマー』（1985年 - 1986年）や、未来に当たる『戦え!超ロボット生命体トランスフォーマー2010』（1986年 - 1987年）の時代に移動しながらデストロンと戦う。