Basilan Island
Замбоанга находится на южной оконечности одноименного полуострова. Её отделяет 460 морских миль от Манилы, 365 миль — от города Кота-Кинабалу в Малайзии, и 345 миль — от Менадо в Индонезии. Дистанция в 372 морских мили отделяют Замбоангу от города Себу, и 340 миль — от города Давао. Территорию города омывает море Сулу на западе, море Сулавеси и пролив Басилан — на юге, залив Моро — на востоке.