聯邦黨
此後林肯專注於波士頓的稅收職責。當聯邦黨與民主共和黨的鴻溝逐步加深之際，林肯站到了溫和聯邦黨的一方。共和黨內部雖然多次構思將林肯免職，但礙於林肯的過人聲望，一直沒有付諸行動。當林肯在1806年以健康為由向聯邦政府請辭時，共和黨總統湯瑪斯·傑佛遜蓄意請林肯暫時留職，卻不提名候補人選，讓林肯執行聯邦黨大力反對的《1807年禁運法令》。然而林肯的健康卻繼續惡化，行動不便，只能交由副手辦事。到1809年1月，林肯決定自行離職，引發聯邦黨及共和黨的另一輪互相攻伐。1810年5月9日，林肯在家鄉興咸鎮因病去世。