PCI Express
X399 소켓을 사용하며 쿼드 SLI/크로스파이어 설정을 위해 총 66개의 PCI 익스프레스 레인을 지원한다. PCI 익스프레스 ×16 슬롯은 보통 이같이 대부분의 X399 메인보드에서 설정된다: slot 1 — ×16, slot 2 — ×8, slot 3 — ×16, slot 4 — ×8). 슬롯 2와 4는 점유하는 경우 M.2 슬롯과 대역을 공유한다. PCI 익스프레스 ×8 슬롯은 M.2 슬롯이 점유한 경우 x4 속도로 변경된다.