Second Sudanese Civil War
أنشأت جامعة أعالي النيل عام 1991. وبسبب الحرب الأهلية السودانية الثانية، نقلت بعض كليات الجامعة للخرطوم حفاظاً على سلامة الموظفين والطلبة والبنية التحتية. بعد استقلال جنوب السودان في تموز (يوليو) 2011، أعيد دمج الكليات وأنشطة الجامعة في الحرم الجامعي الرئيسي في مدينة ملكال في ولاية أعالي النيل، شمال شرق جنوب السودان.