Castillo de Edimburgo
En 1693 fue encarcelado durante un corto tiempo en el castillo de Stirling por su negativa a presentarse ante el Consejo Privado. Fue encerrado nuevamente en Stirling en 1694 y, a partir de 1696, en el castillo de Edimburgo. Bruce fue expulsado del Parlamento en 1702; su puesto pasó a su hijo, John Bruce, quien votó a favor de la Unión y a continuación fue miembro del Parlamento en Westminster. Bruce volvió a ser encarcelado en el Castillo de Edimburgo en 1708, de donde fue liberado poco antes de su muerte, a comienzos de 1710. William Bruce se encuentra sepultado en la parcela de su familia en Kinross Kirk, cuyas ruinas aún pueden observarse junto a la Casa Kinross.