Hongrie ottomane
Le Sultan, comme partout ailleurs dans ses territoires (à l'exception de la Hongrie ottomane), favorisa l'église orthodoxe grecque. Selon le système du « millet », il considérait le patriarche œcuménique comme le dirigeant des chrétiens orthodoxes de l’Empire. À ce titre le patriarche devait répondre du bon comportement des Grecs, et en échange il lui était laissé de larges pouvoirs sur la communauté ainsi que les propriétés et les privilèges qu’il avait déjà sous l’Empire byzantin. Dans l'ensemble de l'Empire, les Catholiques ne bénéficiaient pas du même statut, mais pouvaient être protégés par des « Capitulations ». Toutefois, dans les Cyclades, le catholicisme était la religion de l'ennemi vénitien : l'orthodoxie profita de cette situation pour tenter de reconquérir le terrain perdu lors de l'occupation latine.