BK Frem København
Thygesen begann bei Greve IF und Brøndby IF in der Jugend, ehe er zu BK Frem København ging, wo er in der Saison 2002/03 sein Debüt im Profifußball hatte. Mit diesen schaffte er den Aufstieg in die Superliga, wo er mit 30 Spielen Stammspieler wurde.