中国科学院生物物理研究所
1949年，中华人民共和国成立后，贝时璋曾参与协助筹建中国科学院。1950年，离开浙江大学，赴上海，出任中国科学院实验生物学研究所研究员，兼任所长。1954年，中国科学院实验生物学研究所迁往北京。1955年，被聘为中国科学院生物学部委员（中国科学院生物学学部院士）。1956年，参与制订“十二年科学技术发展远景规划”。1957年，成立北京实验生物学研究所，贝时璋担任研究员，兼任所长。1958年，北京实验生物学研究所改建为中国科学院生物物理研究所，贝时璋担任研究员，并兼任所长。1983年，贝时璋改任中国科学院生物物理研究所名誉所长。1958年，兼任中国科学技术大学生物物理学系系主任。1972年，率领中国科学家代表团访问美国。1973年，撰写《科学技术基本建设的建议》。1978年—1982年，兼任中国科学技术大学研究生院生物学教学部主任。1977年，参加制定中国《国家八年科学规划》。1978年—1984年，担任中国动物学会理事长。1980年—1983年，担任中国生物物理学会理事长。1983年—1986年，任中国生物物理学会名誉理事长。1958年—1983年，先后担任有《中国科学》的编委和副主编。1980年，出任《中国大百科全书》生物卷编写委员会主任。1984年，出任《中国大百科全书》总编委会副主任。2009年10月29日上午9点30分，贝时璋在家中睡眠中安详辞世，享年107岁。他也是民国37年选举的首届中央研究院院士的最后一位在世者。