Muscovy duck
En la Ciénaga se han registrado más de 150 especies de aves, la mayoría de ellas acuáticas y muchas migratorias boreales. Es uno de los sitios más importantes en Ecuador para aves acuáticas congregatorias, entre las que se incluyen algunas especies altamente amenazadas en el país, como Netta erythrophthalma y Cairina moschata. El sitio alberga regularmente un elevado número de especies congregatorias (más de 50.000 individuos). Hay además un registro de Carduelis siemiradzkii, especie globalmente vulnerable.