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10月30日、蔡鍔、李根源、唐継尭ら革命派軍人は蜂起し、大漢雲南軍政府を樹立した（重九起義）。李根源は、雲南軍政府の軍政部長兼参議院議長に就任している。その後、李根源はすでに大理で決起していた別の革命派政権を説得し、雲南軍政府に合流させることに成功するなど、省内政治面で大きく貢献した。しかし、梁啓超系で袁世凱支持の蔡鍔と、孫文系で反袁の李根源との間では意見対立が発生している。そして1912年（民国元年）8月、李は雲南軍政府の地位を辞任した。