Deportes Antofagasta
В начале 2013 года Фернандес вернулся в «Депортиво Лара». В матчах Кубка Либертадорес против аргентинского «Ньюэллс Олд Бойз» и парагвайской «Олимпии» он забил по голу. Летом 2013 года Фернандес был отдан в аренду в чилийский «Депортес Антофагаста». 28 июля в матче против «Унион Эспаньола» он дебютировал в чилийской Примере. 3 ноября в поединке против «Уачипато» Марлон забил свой первый гол за «Депортес Антофагаста».