Juan Fernández Islands
1836年にペルー・ボリビア連合国が成立すると、ペルー海軍は連合の海軍へと引き継がれた。ペルー・ボリビア連合とチリは対立し、同年8月21日夜にチリ艦隊がカヤオの連合艦隊を奇襲して、両国は事実上の戦争状態に入った（）。その後、同年12月28日にチリが宣戦布告し、正式に戦争が始まった。カヤオ奇襲でペルー海軍は3隻を拿捕されたが、なおも戦争序盤はチリ海軍より優勢で、ファン・フェルナンデス諸島の占領、各地の艦砲射撃などを行った。1837年9月にアイラ島へ来襲したチリ軍の撃退に成功し、1838年1月12日にもアイラ島沖でチリ艦隊と交戦した。しかし、1838年から次第にペルー海軍が劣勢となり、ペルー北部への上陸作戦を許し、1839年1月12日のにも敗北した。同年に戦争はペルー・ボリビア連合の敗北で終わり、連合は解体されてペルーは独立、ペルー海軍も元通りペルーのものとなった。