シェイズの反乱
独立戦争後、ジェファーソンは、個人の自由を守る為に必要なときは反逆や暴力で政府を拘束することを提唱した。1787年1月30日付けのジェームズ・マディソンに宛てた手紙で、「ここかしこの小さな反乱は良い事であり、物理的な嵐と同じくらい政治の世界では必要である。...それは政府の健康のために必要な薬である。」と書いた。同様にアビゲイル・アダムズに宛てた1787年2月22日付けの手紙では、「政府に対する抵抗の精神はある状況下では大変貴重なので、私は常にそれを活動的にしておきたいと願う。それは間違ったときに行使されることも多いが、全くやらないよりも良いくらいである。」と記した。シェイズの反乱について流血沙汰があったと聞いた後で、ジョン・アダムズの義理の息子であるウィリアム・S・スミスに宛てた1787年11月13日付けの手紙では、「1世紀か2世紀の間に何人かの命が失われることが重要であることか、自由の木は愛国者と暴政者の血で時から時を経て新しくされていかなければならない。それが自然の肥料である。」と書いた。1787年にウィリアム・S・スミスに宛てた別の手紙では、「そしてどの国が、為政者が時から時を経て警告されなければ、人々が抵抗の精神を保つその自由を守ることができるだろうか？ 彼らに武器を取らせよ。」と記した。