Hakodate Main Line
函館本線を所属線としており、千歳線を加えた2路線が乗り入れている。当駅はJR北海道の基本計画上での千歳線の終点であるが、千歳線の列車は全て函館本線に乗り入れて札幌駅へ直通する。当駅から札幌駅までは複々線となっており、函館本線系統（外側2線）・千歳線系統（内側2線）がそれぞれ別々の線路を使用する。