ヨウェリ・ムセベニ
1962年、イギリスから独立したウガンダを日本は国家承認し、外交関係が樹立される。しかし独立当初はウガンダ側の情勢が不安定であり、地理的・歴史的な接点も少なかったことからナイロビの在ケニア日本国大使館がウガンダを兼轄した。その後、1986年には日本を含む西側諸国が支持するヨウェリ・ムセベニが政権を取り、日本はこれを承認。ムセベニ政権下で安定と経済成長を遂げたウガンダの首都カンパラには、1997年在ウガンダ日本大使館が開設した。一方、ウガンダ側は1973年12月に東京に駐日ウガンダ大使館を設立。1987年には財政事情の悪化により一時閉鎖に追い込まれるも、1994年に業務を再開している。