Нова-Игуасу
Фернандес — воспитанник клуба «Ботафого». 28 января 2017 года в поединке Лиги Кариоки против «Нова-Игуасу» Матеус дебютировал в основном составе. 29 мая в матче против «Баии» он дебютировал в бразильской Серии А. В 2018 году Фернандес помог клубу выиграть Лигу Кариока.