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平成11年（1999年）4月27日に閣議決定された「審議会等の整理合理化に関する基本的計画」に基づき、それまでの運輸政策審議会を発展改組し、運輸技術審議会、観光政策審議会、海運造船合理化審議会、港湾審議会、航空審議会、新幹線鉄道審議会、海上安全船員教育審議会、気象審議会の8つの審議会を廃止かつその機能を吸収することで、新たに「交通政策審議会」として設置されることとなった。平成13年（2001年）1月6日、中央省庁等改革基本法（平成10年6月12日法律第103号）の施行とともに発足した。