爱尔兰共和军
这件事导致了反对条约的爱尔兰共和军和自由邦的军队在都柏林的内战的爆发。在柯林斯的指挥下，自由邦的军队很快就控制了首都。在1922年7月，反对条约的军队占据着南部省份芒斯特还有其它的几个地方。德瓦莱拉和其他反对条约的议员们和反条约的爱尔兰共和军在一起。到了1922年中期，柯林斯正式卸下临时政府主席的职务，成为国家军队的总司令。这是一支以亲条约的爱尔兰共和军为核心而成立的正规军队。自由邦军队在英国的支持下在内战中迅速地发展起来。1922年7、8月间柯林斯和理查德·穆尔卡希还有Eoin O'Duffy决定实施一系列的登陆以夺回芒斯特和西部地区。作为这次行动的一部分，柯林斯拒绝了同僚们的建议，也忍受着胃痛和沮丧，前往他的老家科克。据说柯林斯告诉他的战友们说“他们不会在我自己的家乡向我开枪。”