中立パトロール
1939年9月に第二次世界大戦が勃発し、アメリカは当面参戦せず中立パトロールを開始する。中立パトロールでは、西半球のあらゆる海域における敵国の動向を監視し、報告する義務が与えられた。また同時に、「西半球を守るアメリカ海軍」の戦力を誇示する目的もあった。ジェイコブ・ジョーンズも中立パトロールに加わることとなり、2か月にわたるノーフォークでの整備後、哨戒のため1940年4月4日にチャールストンに向けて出港した。もっとも、2か月後には最初の哨戒を終え、士官候補生のための練習艦任務に戻った。9月にはコネチカット州ニューロンドンの音響学校のための訓練に供されるためノーフォークを出港し、ニューロンドンに向かう。12月6日に一時的にノーフォークに戻ったあと、フロリダ州キーウェストにおける音響訓練のため出港。訓練のあとは中立パトロールを再開、1941年3月からキーウェストとユカタン海峡間のカリブ海を哨戒する。5月からはヴィシー政権側の小アンティル諸島、グアドループおよびマルティニークに対する警戒任務を務め、夏の間はカリブ海で行動した。1940年12月、大西洋方面の旧型駆逐艦は兵装の更新改装が実施され、ジェイコブ・ジョーンズも工事が実施された。従来の4インチ砲と魚雷発射管の半数は撤去され、3インチ両用砲6門が4インチ砲と魚雷発射管の撤去跡に装備された。また機銃兵装と爆雷兵装も強化された。