サンクトペテルブルク・オープン
2005年、メルツァーはダブルスの分野で成績を伸ばし、全豪オープンベスト4・全仏オープンベスト8を経て、10月のサンクトペテルブルク・オープン大会で男子ツアーダブルス初優勝を達成した。全豪オープンで組んだパートナーはアレクサンダー・ワスケであったが、それ以外は大半のトーナメントで同じオーストリアのユリアン・ノールとペアを組んだ。ノールはダブルスのスペシャリストとして知られ、2004年ウィンブルドン選手権男子ダブルス準優勝の実績を持つ人である（後に2007年全米オープン男子ダブルスで優勝した）。2006年9月、ユルゲン・メルツァーはBCRルーマニア・オープンの決勝戦でフィリッポ・ボランドリを6-1, 7-5で破り、ようやく宿願のシングルス初優勝を達成した。この年はノールと組んで6大会のダブルス決勝戦に進み、そのうち2大会で優勝したが、10月に3週連続準優勝の辛酸をなめたことがある。