Daubenton's bat
Die Haarige Wasserfledermaus wird als eigenständige Art den Mausohren (Gattung "Myotis") zugeordnet. Die wissenschaftliche Erstbeschreibung stammt von dem deutschen Naturforscher Wilhelm Peters aus dem Jahr 1871, der sie zusammen mit der Chinesischen Wasserfledermaus ("Myotis laniger") anhand von drei Individuen aus Xiamen in der Provinz Fujian im "Catalogue of the Mammals of China" von Robert Swinhoe als "Vespertilio fimbriatus" beschrieb. Teilweise wurde die Art in eine sehr nahe Verwandtschaft mit der Kleinen Bartfledermaus ("Myotis mystacinus"), der Ostasiatischen Wasserfledermaus ("Myotis macrodactylus") und der Langfußfledermaus ("Myotis capaccinii") gestellt und eine Eingliederung in eine dieser Arten diskutiert.