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쌀 품종의 기원에 대해서는 자포니카 쌀은 중국에서, 인디카 쌀은 인도에서 기원했다는 다중기원설과 모두 같은 쌀 품종에서 유래됐다는 단일기원설이 존재했었다. 2011년 3월, 미국 미국국립과학원회보(PNAS)는 쌀 유전자의 분자 시계를 분석한 결과 자포니카와 인디카가 모두 한 쌀 품종에서 약 3,900년 전에 분화됐으며 쌀 자체의 기원지는 8,200년 전 중국의 양쯔강 유역이라고 결론지었다.