미토콘드리아 DNA
파라과이볼로쥐의 분류학적 상태는 아직 불확실하다. 한때는 검은볼로쥐의 아종으로 간주되었고, 일부는 털꼬리볼로쥐의 이명으로 간주하기도 한다. 미토콘드리아 DNA 분석에 의해 별도의 종으로 지지되고 있지만 종 각각의 정확한 분포 지역이 규명되어야 한다.