سلاح الجو الملكي الكندي
في يوم 25 أغسطس 1943، انضم فاركهارسون إلى سلاح الجو الملكي الكندي ووُكِّل بالفرقة الجوية القائدة الأولى، المُتمركزة في ترنتون بأونتاريو. أُرسل للمملكة المتحدة عام 1944 وعاد بعدها بوقتٍ قصير للفرقة الجوية قبل أن يتم تسريحه من الخدمة يوم 22 نوفمبر 1945 برتبة قائد جناح. أثناء الحرب، ترأَّس لجنة البنسلين بكندا، والتي نظمت توزيع البنسلين، مُضاد حيوي حل محل السلفوناميد الذي كان يُستخدم قبل ذلك في الحرب، للقوات المسلحة، وعمل مُستشاراً لمُدير الخدمات الطبية بالقوات الجوية الملكية الكندية. كما كان يُستشار في الأمور الطبية من الأقسام الأخرى بالقوات المُسلحة الكندية وعدة جمعيات طبية للحلفاء. وأشرف على التجارب الطبية التي تتضمن العلاج بالبنسلين بمستشفيات أونتاريو فيما بين عامي 1943 و1944، عُيِّنَ مُديراً طبياً مؤقتاً بمُستشفى المُحاربين القدامى بشارع كريستي بأونتاريو. بعد نهاية الحرب الأوروبية، سافر فاركهارسون إلى بلجيكا ليُشرف على قسم العلاج بالبنسلين، ولاحقاً أصبح مُشاركاً في علاج المُحاربين القدامى. وتقديراً لجهوده في الحرب، أصبح فاركهارسون عضواً ضمن رتبة الإمبراطورية البريطانية في يناير 1946. كما خدم أخوه تشارلز في الحربين العالميتين أيضاً.