Balabac Strait
5月12日、シールは3回目の哨戒で南シナ海に向かった。セレベス海とスールー海を抜け、マレー半島近海の哨戒海域に向けて進んでいった。5月28日早朝、シールは南シナ海に入り、その夜にの地点で陸軍船辰福丸（辰馬汽船、1,946トン）に向けて発砲し、損傷を与えた。さらに魚雷を二度にわたって発射したが命中しなかった。辰福丸は、駆けつけた僚艦ソードフィッシュ ("USS Swordfish, SS-193") の雷撃により沈没した。6月7日にはのカムラン湾沖で7隻からなる第409船団を攻撃したものの、護衛艦の特設砲艦唐山丸（東亜海運、2,103トン）と航空機の制圧により、7時間も深深度潜航を余儀なくされた。6月15日から17日までは時化に悩まされた。6月18日に至っては空気漏れを発見し、6月19日に哨戒海域を撤収した。シールはバラバク海峡を抜け、6月23日にマカッサル海峡を通過した。7月4日、シールは53日間の行動を終えてフリーマントルに帰投した。