John C. Breckinridge
シーゲルは新しい軍隊を率いて1864年のバレー方面作戦を始め、シェナンドー渓谷への侵攻を開始した。1864年5月15日のニューマーケットの戦いでは南軍ジョン・ブレッキンリッジ少将軍に完敗したが、そのときバージニア士官学校の若い士官候補生部隊がその敗北に著しい役割を果たしたために特に当惑させられることになった。7月にはハーパーズ・フェリーで南軍ジュバル・アーリー中将軍と戦ったが、その後間もなく「攻撃性の欠如」を理由に指揮官職を解任され、デイビッド・ハンター少将と交代させられた。シーゲルは戦争の残り期間実戦の指揮を執ることは無かった。