Somerset House
ジョーンズはイングランド国王チャールズ1世の王妃ヘンリエッタ・マリア・オブ・フランスの依頼によりサマセット・ハウスにローマ・カトリックの教会を建設した。この教会の建設はプロテスタントの間においてチャールズに対する反感をかき立てる原因となった。1642年にイングランド内戦が開始されるとジョーンズのキャリアは事実上終焉した。財産を没収されたジョーンズは余生をサマセット・ハウスの一室で生活している。1652年に死去するとその遺骸はロンドンのセント・ベネット・ポールズ・ウォーフ教会に葬られた。ジョン・デナムとクリストファー・レンがジョーンズの後継として営繕局長官に任命されている。