أبو يزيد
و لكن أثناء اجتياح قوات أبو يزيد لمدينة باجة أثناء ثورة صاحب الحمار دمّرت الكنيسة مرّة أخرى. إثرى هذا قرر الخليفة المنصور بالله الفاطمي سنة 945م بناء مسجد على أنقاض الكنيسة.