동부 표준시
시즌 3는 총 23화로 2006년 10월 4일 오후 9시 (미 동부 표준시)에 방영을 시작하여 매주 수요일 오후 9시에 방영되다가 11월 8일 방영 분 이후 2월 7일까지 방영이 중단되었다. 2월 7일 방영 재개 후에는 매주 수요일 오후 10시에 방영되었다. 시즌 3는 추락 후 67일 후 부터의 이야기를 다룬다. 이 시즌에서는 새로운 생존자들도 소개되며, 디아더스의 대부분이 소개된다. 생존자들은 디아더스와의 깊은 교류를 통해 그들을 파악하고 또한 섬의 비밀과 역사에 대해 조금 더 알아나간다. 디아더스의 한 일원이 생존자 팀에 합류하는 한 편, 생존자 팀의 한 일원이 디아더스 쪽에 남는다. 또한 섬 외부에서 구조팀으로 추정되는 외부인이 발견된다. 시즌 후반 부에 디아더스와 생존자팀의 전쟁이 가시화되며, 생존자팀은 구조팀과 연락을 시도한다.