ミシシッピ軍
ジョンソンは、シャイローの戦いでミシシッピ軍の一個旅団を率いた。その2日目の1862年4月7日には師団長になったが、砲弾の衝撃波によって重傷を負った。その傷から快復すると、ブラクストン・ブラッグ将軍のケンタッキー侵攻とペリービルの戦いで旅団を率い、その後はストーンズリバーの戦い、タラホーマ方面作戦、チカマウガの戦いと続き、さらにジェイムズ・ロングストリート中将の下でノックスビル方面作戦に参戦した。