西貢條約
嗣德十五年（1862年），越南和法國達成《西貢條約》，阮知方返回順化。同年，北寧省發生叛亂，阮文盛推舉黎維褞為盟主，反抗阮朝。廷臣再次以阮知方深諳行陣為由，舉薦他擔任西北總統軍務大臣，前往平定叛亂。阮知方到任後，平定了北寧省叛亂。次年，阮知方升署協辦大學士。隨後，阮知方收復了太原省，抓獲了叛亂首領。不久阮知方又改任總統海安軍務大臣，討伐據守海陽和廣安的殘餘叛軍。嗣德十八年（1865年），阮知方遣阮文偉擊退侵犯海陽的叛軍。不久又聯合清軍，收復被叛軍佔領的海寧。嗣德十九年（1866年），是年大計，阮知方升授武顯殿大學士。同年十月，因為平定叛軍的功勞，阮知方和另一位平叛功臣武仲平被召回順化。