BK Frem København
Nielsen startete seine Karriere bei HB Tórshavn, für die er jedoch nur in der Jugendmannschaft zum Einsatz kam. Nach seinem Wechsel zu BK Frem København in die Viasat Sport Division wurde Nielsen von den Blackburn Rovers für eine „kleine“ aber unbekannte Ablösesumme am 2. Juli 2007 übernommen, nachdem er im April bei Blackburn im Training überzeugen konnte. Nielsen bekam einen Zweijahresvertrag mit der Option auf ein Jahr Verlängerung. Im August 2008 liehen ihn die Rovers für ein halbes Jahr an den schottischen Erstligisten FC Motherwell aus.