Marinid dynasty
13世紀初頭、アルジェリア東部のビスクラ地方で遊牧民族が建国したマリーン朝が台頭し、1248年にフェズはマリーン朝の支配下に入る。マリーン朝はこれまでモロッコを支配していたムワッヒド朝との関係を絶つため、ムワッヒド朝時代の都マラケシュに代えて、フェズを首都に制定した。1276年にマリーン朝の君主アブー・ユースフ・ヤアクーブはフェズの新市街（フェズ・エル・ジェディド）の建設を命じた。1395年には新市街に大モスクが建立され、新たな宮殿も建設される。マリーン朝時代のフェズは旧市街が経済の中心地、フェズ・エル・ジェディドが行政の中心地となり、あたかも双子都市のように機能していた。旧市街には家屋が密集し、14世紀の最盛期にはおよそ100,000人の市民が旧市街に居住していた。武器博物館の裏には、マリーン朝王族の墓地が広がっている。