台灣獨立運動
之後從事台灣獨立運動，為了工作方便，1951年希望家屬遷往雅加達，於是等候在車站，妻子與兒女們因丈母娘反對而無法前往，而陳智雄只能隻身投入台灣獨立運動。1957年妻子陳英娘被阿姨安排改嫁，三位孩子由陳英娘母親扶養，她曾告誡子女們不要責怪父親。