UN-Sonderbeauftragter
Vom 25. Januar 1993 bis zum 21. Dezember 2000 wirkte er in vier Kabinetten als Verteidigungsminister unter Poul Nyrup Rasmussen. In seine Amtszeit fällt die Beteiligung Dänemarks an der Schutztruppe der Vereinten Nationen (UNPROFOR) im ehemaligen Jugoslawien. Auch setzte er sich im Rahmen der NATO-Osterweiterung für eine Aufnahme der baltischen Länder ein, die 2004 verwirklicht werden konnte. Hækkerup gab sein Ministeramt auf, um von Januar bis Dezember 2001 als UN-Sonderbeauftragter die zivile UN-Verwaltung im Kosovo (United Nations Interim Administration Mission in Kosovo, UNMIK) zu leiten. Nach den ersten freien Wahlen legte er sein Mandat nieder.