Fort Leavenworth
ステュアートは1858年1月14日にマリア・H・キンジーと結婚した。この二人はカンザスで出会っており、結婚した後はレブンワース砦に住んでいたが、ステュアートが遠征任務に出たり、フロンティアの基地に駐屯している間の長期間は別居していた。夫妻には1860年に生まれたマリーと1864年に生まれたアンの2人の娘ができた。