بنية البروتين
تم تطوير طرق حسابية جديدة لفهم نتائج تجربة المسح الطفري العميق. يقارن مصطلح "phydms" نتيجة تجربة المسح الطفري العميق بشجرة النشوء والتطور. يسمح هذا للمستخدم بالاستنتاج إذا كانت عملية الاختيار في الطبيعة تطبق قيودًا مماثلة على البروتين كما تشير نتائج الفحص التحولي العميق. قد يسمح ذلك للمجرب بالاختيار بين ظروف تجريبية مختلفة بناءً على مدى انعكاسها على الطبيعة. كما تم استخدام المسح التحولي العميق لاستنتاج تفاعلات البروتين_البروتين. استخدم المؤلفون نموذجًا ديناميكيًا حراريًا للتنبؤ بآثار الطفرات في أجزاء مختلفة من dimer. ويمكن أيضا أن تستخدم بنية طفرية عميقة لاستنتاج بنية البروتين. يمكن أن تتكون رواسب ايجابية قوية بين طفرتين في مسح طفري عميق مؤشرا على جزأين من البروتين قريبان من بعضهما البعض في مساحة ثلاثية الأبعاد. يمكن بعد ذلك استخدام هذه المعلومات لاستنتاج بنية البروتين. تم إثبات مبدأ هذا النهج من قبل مجموعتين باستخدام البروتين GB1.