ジハード団
ザワーヒリーはスイス国籍とオランダ国籍の2つの偽名と偽のパスポートを用いて活動、この時期、アルカーイダの副官として密かにイランに接近、イラン革命に倣いエジプトで革命を起こすことを画策した。1990年代になるとイスラーム原理主義ネットワークを世界的に拡大しようと動き、1993年にはアフガニスタンの子供を助ける基金の募金活動と称してアメリカに入り、カリフォルニア州に滞在した。1995年にはジハード団として、ザワーヒリーはイスラマバードの在パキスタン・エジプト大使館爆破事件を主導した。1994年以降、ジハード団内部の抗争が激化、ザワーヒリーはスーダンを離れ東アジアや東南アジアを回った。1996年にはチェチェンに入るがロシア国境を越えたところで逮捕され翌年釈放された。