Prussian Academy of Sciences
1744年に再びベルリンに招かれ、1746年プロイセン科学アカデミーの会長になった。1756年に始まった七年戦争でプロイセンと祖国フランスが戦争になったことはモーペルテュイの立場を都合の悪いものにしたが、表立って彼の地位が脅かされることはついになかった。1757年に科学アカデミー会長を引退、翌1758年にバーゼルに移り翌1759年病没。