Achtzigjähriger Krieg
Im 16. Jahrhundert wurden beide Gebiete den Spanischen Niederlanden zugerechnet, das Dorf Baarle also eigentlich nicht geteilt. Mit dem Aufkommen des Protestantismus in der Region begann jedoch die spanische Herrschaft zu bröckeln. In den Niederlanden sind die damit verbundenen Revolten als Achtzigjähriger Krieg (beginnend 1568) bekannt. Baarle-Nassau gehörte Wilhelm dem Schweiger von Nassau und wurde so Bestandteil der Republik der Sieben Vereinigten Niederlande. Baarle-Hertog gehörte zu den Spanischen Niederlanden und wurde 1598 durch Philipp II. von Spanien dem Erzherzog Albrecht VII. von Österreich übereignet. Die Feindschaft zwischen den Vereinigten Provinzen und den Österreichern flammte immer wieder auf, bis im Westfälischen Frieden 1648 Baarle formal in zwei Teile gespalten wurde: Baarle-Nassau ging an die Niederländische Republik, Baarle-Hertog an die Spanischen Niederlande. Damit begann die formale Aufteilung des Dorfes auf unterschiedliche Länder.