Munții Jura
Cracovia se află în sudul Poloniei, pe râul Vistula, într-o vale de la poalele Carpaților, la o altitudine de ; la jumătatea drumului între Munții Jura Polonă (în ) către nord, și Munții Tatra către sud, care formează frontiera naturală cu Slovacia și Cehia; la 230 km vest de granița cu Ucraina. În Cracovia există cinci rezervații naturale, cu o suprafață totală de circa . Datorită valorii lor ecologice, aceste arii sunt protejate de lege. Vestul orașului, pe marginile sale de nord și nord-vest, se mărginește cu o zonă de importanță internațională, denumită Rezervația Jurasică Bielany-Tyniec. Principalele motive pentru protejarea acestei zone sunt fauna și flora de acolo, precum și trăsăturile geomorfologice și peisajul. O altă parte a orașului se află în coridorul ecologic al văii Vistulei. Acest coridor este și el considerat a fi de importanță internațională, făcând parte din rețeaua ecologică pan-europeană. Centrul orașului se află pe malul stâng (nordic) al râului.