Batan Island
1941年12月，太平洋戰爭爆發，他於台灣的研究被迫中止。翌年，他被台灣軍軍方指派前往菲律賓，擔任戰爭所需的民族學研究與菲律賓的戰地文化財產管理。期間還營救了德裔美籍教授（Henry Otley Beyer）並發現菲律賓巴丹島族民與達悟族民，在語言與文化的相近。