Croatia Open
Para el año 2009 Nicolás cuenta con el ranking necesario para jugar torneos del ATP Tour sin embargo los resultados no son positivos por lo que vuelve a jugar torneos challengers para mantenerse en el Top 100. Sus victorias más importantes en el circuito fueron ante Mardy Fish en el Masters de Miami y ante David Ferrer en el Torneo de Umag, en donde logró llegar hasta cuartos de final; su mejor actuación en el año. En octubre logra alcanzar la final del Challenger de Santiago perdiendo ante el argentino Eduardo Schwank, y el 22 de noviembre logra el campeonato en el challenger de Cancún al vencer en la final al Esloveno Grega Žemlja por 6-3 7-5, sin embargo Nicolás termina la temporada por primera vez en 11 años fuera del Top 100, ubicándose en la posición Nº112 y logrando un récord de sólo 7 victorias y 12 derrotas en torneos del ATP Tour.