Дельта реки
Территория заповедника разбросана по всей котловине и поделена на 6 географических участков: Северное побережье оз. Сасыкколь и система Тысячных озёр; Дельта реки Тентек; Острова Аралтобе на оз. Алаколь; Дельта рек Эмель и Шагантогай; Залив Малый Алаколь; Восточное побережье оз. Жаланашколь и урочище Кызылкайын в Джунгарских воротах.