국민연금
2006년 2월부터 2007년 5월까지 보건복지부 장관직을 역임했다. 보건복지부 장관 인사청문회를 앞두고 당시 야당 의원들이 유시민에 대한 대한 국민연금 보험료 미납 의혹을 제기했다. 1999년 7월부터 2000년 8월까지 13개월 동안 보험료를 내지 않았다는 것이다. 유시민은 또한 소득을 축소 신고함으로써 건강보험료 수백만원을 덜 냈다는 의혹도 받았다. 이에 대해 유시민은 "국민연금 보험료를 일시적으로 미납하게 되었음을 대단히 송구스럽게 생각하며 국민 여러분의 이해를 구합니다."라고 해명했다.