Seeadler Harbor
8月1日、フラウンダーは3回目の哨戒でフライングフィッシュ ("USS Flying Fish, SS-229") とともにミンダナオ島方面に向かった。8月8日から9日にかけてゼーアドラー湾で補給した後、第58任務部隊（マーク・ミッチャー中将）によるフィリピンへの航空攻撃に対する救助支援任務に従事した。この哨戒では敵艦との接触はほとんど無く、8月18日午前にの地点で第30号掃海艇に対して魚雷を4本発射し命中しなかったのが唯一の戦闘で、第30号掃海艇は攻撃をかわして爆雷で反撃を行ったため、フラウンダーは潜航避退した。その後8月28日から9月1日までミオス・ウンディ島で燃料等を補給し、補給後は再びフライングフィッシュとともになどで哨戒を続けた。9月28日にゼーアドラー湾に寄港し、10月4日、フラウンダーは61日間の行動を終えてブリスベンに帰投した。