帝国南極横断探検隊
アーネスト・シャクルトンはディスカバリー遠征のときからクリーンを良く知っており、スコットの最後の遠征でもクリーンの功績を知っていた。スコットと同様にクリーンを深く信用していた。シャクルトンの言葉ではクリーンが「切り札」の価値があった。クリーンはシャクルトンの帝国南極横断探検隊に二等航海士として1914年5月25日に参加した。様々な任務があった。カナダの犬調教の専門家が雇用されたものの現れなかったときには、犬を御するチームの1つを任され、この遠征初期に犬のサリーが生んだ子犬の世話をし、養育することに関わった。