Игрок года ФИФА
Сезон 2007/08 для Месси был также омрачён травмами. 14 сентября 2007 года он получил контрактуру правого бедренного бицепса в игре за сборную Аргентины против Австралии. 15 декабря в матче против «Валенсии» Лионель получил разрыв левого бедренного бицепса. 20 февраля 2008 года после возвращения в игре Лиги чемпионов против «Селтика» Месси сделал дубль, чем помог своей команде победить 3:2. Однако 4 марта в ответном матче у Месси случился рецидив травмы бедренного бицепса. Руководство «Барселоны» созвало специальную комиссию, чтобы выяснить причину частных травм футболиста. Причиной была названа особенность строения мышц Месси, однако врач сборной Аргентины в качестве причины назвал чрезмерные нагрузки на организм Лионеля. Несмотря на травмы, Месси был снова номинирован на «Золотой мяч» и награду «Игрок года ФИФА», но в обоих рейтингах занял второе место, уступив Криштиану Роналду. В целом сезон 2007/08 для Месси и «Барселоны» сложился не очень удачно. «Барса» заняла третье место в чемпионате Испании, а в Лиге чемпионов и Кубке Испании выбыла на стадии полуфинала. После этого сезона с поста главного тренера ушёл Франк Райкард.