ドレフュス事件
一方で、この間、急進共和派はドレフュス事件の影響で議席を増やし、1905年には政教分離法を成立させた。ペギーはこうした動きに批判的であった。まもなくカトリックに回心する個人的な宗教感情からではなく、政治が信教の問題に介入するべきではないと考えていたからであり、政治と宗教を分離するよりは、むしろ、宗教を含む個人の思想・信条の問題を政治から切り離すべきであると考えていた。彼は1910年に発表した『われらの青春』（磯見辰典訳『われらの青春 - ドレフュス事件を生きたひとびと』、大野一道訳『もう一つのドレフュス事件 - 社会主義への洞察』）で、こうしたドレフュス事件の顛末（大統領による特赦という政治的妥協、その後の「政治的マキャヴェリズム」）を「すべては神秘（ミスティック）に始まり、政治（ポリティック）に終わる」と表現した。