Battle of Pharsalus
紀元前49年、父がガイウス・ユリウス・カエサルとの内戦に突入すると、小ポンペイウスも父に従ってエジプトへ渡り、艦隊を率いた。また、エジプトではクレオパトラ7世と親密な関係にあったとされる（プルタルコス「英雄伝」アントニウス26）。紀元前49年8月、ファルサルスの戦いで父が率いる元老院派が敗退した後は、父と別れてアフリカ属州の州都ウティカへと逃れた。