蝦夷共和國
慶應三年十一月，末代幕府將軍德川慶喜實行大政奉還。不久新政府和幕府之間展開戊辰戰爭，新選組站在幕府一方參與1868年初的鳥羽伏見之戰，被新政府軍擊敗。新選組屢敗屢戰，甲州勝沼之戰後，新選組返回江戶，部份隊員在這時離隊。近藤勇被新政府軍捕獲處死，沖田總司也因肺結核而病逝。新選組其後參與宇都宮城之戰和會津戰爭，齋藤一在會津戰爭期間離隊。土方歲三與部份隊員跟隨其他擁護幕府的軍隊退到北海道，成立蝦夷共和國及參與箱館戰爭。明治二年（1869年）五月，土方與明治政府軍作戰時中彈身亡，相馬主計接任，與餘下的新選組隊員投降，不久蝦夷共和國也隨著總統榎本武揚的投降而滅亡。