حوض تاريم
استمرت الحرب بين دزنغار وتشينغ عشر سنوات. أثناء نزاع دزنغار، قام شقيقان من أقتاقليك، يدعى الأصغر خوجة (بالصينية: 霍集占)، والمعروف أيضًا باسم خواجا جهان، وأخوه، الأخ خوجة (بالصينية: 波羅尼都)، والمعروف باسم برهان الدين، بعد أن اعتبروا قاصرين في حوض تاريم من قبل دزنغارز، انضموا أولاً إلى تشينغ وتمردوا ضد حكم دزنغار حتى النصر الأخير لتشينغ على دزنغارز، ثم تمردوا ضد تشينغ، وهو الإجراء الذي أدى إلى غزو واحتلال حوض تاريم على يد تشينغ في عام 1759. كان الأويغور في تورفان وهامي مثل أمين خوجة حلفاء لتشينغ في هذا الصراع، وساعد هؤلاء الأويغور أيضًا في حكم تشينغ على حكم آل تايشير الأويغور في حوض تاريم. انتهت الحملة الأخيرة ضد دزونغارس في 1750 مع إبادة دزونغارس بشكل جماعي. خلق «الحل النهائي» للإبادة الجماعية من أجل حل مشكلة المغول في دزنغار وجعلها أرضًا خالية من الدزنغاريين، والتي أعقبتها مستوطنة برعاية تشينغ لملايين الأشخاص الآخرين في دزنغاريا. في شمال شينجيانغ، جلبت أسرة تشينغ هان وهوي وأويغور وشيبي وداور وسولسون وتاركانش مسلم تارانشيس وكازاخستان، مع ثلث إجمالي سكان شينجيانغ الذين يتألفون من هوي وهان في المنطقة الشمالية، بينما كان ثلثي الأويغور تقريباً في حوض تاريم جنوب شينجيانغ. في دزنغاريا، أنشأ كينغ مدنًا جديدة مثل أورومتشي وينينغ. يقطن الآن العديد من الكازاخستانيين حوض دزنغريان نفسه. لذا كوّن شينجيانغ وغير تركيبته الديموغرافية أيضًا. أدى سحق الزنجاريين البوذيين على يد تشينغ إلى تمكين البيج المسلمين في جنوب شينجيانغ، وهجرة المسلمين إلى شمال شينجيانغ، وزيادة الترك بالإضافة للتسامح مع القوة الإسلامية، ومع الثقافة والهوية المسلمة التركية، وحتى تم أحيانًا الترويج لها من قِبل أسرة تشينغ. لذلك جادل هنري شوارز بأن «انتصار تشينغ كان -بمعنى ما- نصرًا للإسلام».