海上保安庁
国土交通省の外局である海上保安庁では、「国土交通大臣旗」を制定している。旗のデザイン（旗章）については、2001年の依命通達「国土交通大臣旗について」により定められている。海上保安庁の船舶に国土交通大臣が乗船する際には、必ず当該の船舶に掲げられる。また、海上保安庁以外の船舶が、大臣旗や庁旗、長官旗などの「海上保安庁の旗」に類似した旗を掲げることは、海上保安庁法により禁じられている。