William D. Leahy
ヒューストンは1938年9月19日に艦隊旗艦となり、少将が座乗した。旗艦任務は12月28日まで継続し、その後偵察艦隊に復帰した。通常の訓練演習任務に就いたヒューストンは1939年1月4日に演習「"Fleet Problem XX"」に参加しサンフランシスコからノーフォーク、キーウェストまで巡航を行う。キーウェストでは大統領と海軍作戦部長のウィリアム・リーヒ提督が乗艦し、演習を視察した。4月7日にテキサス州ヒューストンに到着、続いてシアトルに向かい5月30日に到着した。