萊納斯·鮑林
1962年萊納斯·鮑林和艾美·祖柯坎（Emile Zuckerkandl）提出了分子時鐘，透過比較同源蛋白質的差異來推算雙方分歧的時間。祖柯坎將他想到的概念用在鮑林的研究的血紅素上，當時正由瓦特·薛德（Walter Schroeder）定序。結果不但符合已知的脊椎動物種系發生史，還進一步支持一個1957年提出的假說：同一個生物內的不同血紅素蛋白是同源的。從1962至1965年間兩人進一步完善了分子時鐘的理論，而艾莫·P·史密斯（Emil L. Smith）和馬戈列許將分析研伸到細胞色素c。這些研究和當時基於古生物學建立的已知種系發生時間吻合，但是分子時鐘的基本假設——蛋白質的演化速率很一致——是非常有爭議的。