Shimōsa Province
Erste Versuche der Regierung, die Fuke-shū zu regulieren, fanden im letzten Viertel des 17. Jahrhunderts statt. Als Hauptsitze der Fuke-shū in dieser Zeit galten die Tempel Ryōhō-ji () in der Provinz Musashi, Ichigatsu-ji () in der Provinz Shimousa und Myōan-ji () in Shirakawa (), Kyōto. 1847 wurde die Fuke-shū als eigenständige Schule aufgelöst und ihre Anhänger rechtmäßig der Rinzai-shū unterstellt. Nachdem das Tokugawa-Shōgunat endete ("bakumatsu"), verbot die neue Meiji-Regierung die Fuke-shū per Kabinettsbeschluss im Oktober des Jahres 1871. Die Tempel wurden geschlossen und die Anhänger sämtlich zu Laien erklärt. Ein Jahr später wurden die für die Fuke-shū essentiellen Tätigkeiten, das Betteln um Almosen und das Spielen auf der Shakuhachi zu spirituellen Zwecken, verboten.