Сан-Луис Кильота
В 2008 году Мануэль перешёл в «Универсидад де Чили», подписав контракт на 2 года. 27 января в матче против «Депортес Консепсьон» он забил свой первый гол за новую команду. В своём дебютном сезоне Вильялобос стал лучшим бомбардиром команды. В 2009 году он помог клубу выиграть чемпионат. В том же году в матчах Кубка Либертадорес против бразильского «Крузейро» и боливийской «Ауроры» Мануэль забил по голу. В начале 2010 года Вильялобос перешёл в «Уачипато». В матче против «Сан-Луис Кильота» он дебютировал за новую команду. В этом же поединке Мануэль забил свой первый гол за «Уачипато». 8 августа 2010 года в матче против «Сантьяго Уондерерс» он сделал хет-трик. На протяжении трёх сезонов Вильялобос был лучшим бомбардиром «Уачипато», а 2012 году помог клубу выиграть чемпионат.