La Equidad
Летом 2017 года Франсиско перешёл в «Ла Экидад». 10 июля в матче против «Атлетико Хуниор» он дебютировал за новый клуб. 20 июля в поединке против «Хагуарес де Кордоба» Нахера забил свой первый гол за «Ла Экидад». По окончании сезона 2018 завершил карьеру футболиста.