Национальная библиотека Франции
Шарпантье не только сочинял в течение этого «переходного периода», когда происходила «эволюция музыкального языка, где модальность старых и новых тональных гармоний сосуществует и взаимно обогащает друг друга» (Катрин Чессака, Марк Антуан Шарпантье-2004 издание, с. 464), но он также был уважаемым теоретиком. В начале 1680-х гг. он анализировал гармонию в многоголосой мессе римского композитора Франческо Беретта (Национальная библиотека Франции, Ms. Réserve VM1 260, fol. 55-56). В 1691 написал руководство для использования в музыкальном обучении Филиппа Орлеанского, герцога Шартре; и в 1693 он расширил это руководство. Две версии остались в копиях у Э. Лулье, коллеги Шарпантье, который назвал их Règles de Composition par Monsieur Charpentier and Augmentations tirées de l’original de Mr le duc de Chartres (Национальная библиотека Франции, ms. n.a. fr. 6355, fols. 1-16). Три известные теоретических работы композитора не раскрывают эволюции Шарпантье как теоретика. А в ноябре 2009 года, четвёртый трактат, написанный собственной рукой Шарпантье, был обнаружен в коллекции Библиотеки Лилли в Университете Индианы (Блумингтон, США). Этот трактат был написан в последние месяцы 1698 года и пронумерован «XLI», возможно, он был сорок первый в серии. С появлением этого трактата к образу Шарпантье-композитора добавился и образ ученого, чьи труды по теории музыки охватывают почти два десятилетия, с начала 1680-х по 1698 гг..