乔治城大学
斯通斯崔特卸任后担任乔治城大学修辞学教授，并在多所院校任教长。南北战争时期耶稣会高层要求乔治城大学会士在公开场合保持中立，不要偏向任何一方。但校内大部分耶稣会士和学生站在邦联一边，斯通斯崔特还有亲人加入南方军队。罗马高层任命他担任庶务员。1861至1862年和1863至1864年斯通斯崔特两度进入乔治城大学董事会，担任该校校长期间也不例外。