Wüstenkampagne
San Rafael wurde 1805 als Festung gegen die Indianer vom Vizekönig Rafael de Sobremonte gegründet, dessen Namen der Ort von dort an trug. Ab 1860 konsolidierte sich die Siedlung endgültig, als sich hier Kolonisten aus Italien und Frankreich ansiedelten, die in der Nachbarschaft Landwirtschaft betrieben. Während der sogenannten Wüstenkampagne, dem Vernichtungsfeldzug des Generals Julio Argentino Roca gegen die Indianer Ende der 1870er-Jahre war San Rafael einer der Hauptmilitärstützpunkte gegen die Mapuches. 1903 wurde der Ort an das Eisenbahnnetz angebunden, was das Bevölkerungswachstum deutlich ankurbelte. 1922 erhielt San Rafael die Stadtrechte.