جامعة كيب تاون
بعد عودته إلى جنوب أفريقيا عام 1958، عُين برنارد كرئيس لقسم الجراحة التجريبية في مستشفى جروت شور، مع شغله لمنصب مشترك في جامعة كيب تاون. تمت ترقيته إلى مُحاضر بدوام كامل ومُدير البحث الجراحي في جامعة كيب تاون. سافر إلى موسكو عام 1960 لكي يلتقي بفلاديمير ديميكوف، وهو خبير في زراعة الأعضاء (نَسب الفضل لاحقًا لإنجاز ديميكوف قائلًا «إذا كان هنالك أب لزرع القلب والرئة فإن ديميكوف يستحق هذا اللقب بالتأكيد»). عُين في عام 1961 رئيسًا لقسم الجراحة القلبية في المستشفيات التعليمية لجامعة كيب تاون. ترقّى إلى منصب أستاذ مساعد في قسم الجراحة في جامعة كيب تاون عام 1962. أصبح أخ برنارد الأصغر ماريو الذي درس الطب أيضًا اليد اليمنى لبرنارد في قسم الجراحة القلبية. مع الوقت، أصبح برنارد معروفًا بالجراح العبقري مع إسهاماته العديدة في معالجة الأمراض القلبية، مثل رباعية فالو وشذوذ إبشتاين. رُقّيَ إلى أستاذ في العلوم الجراحية في قسم الجراحة في جامعة كيب تاون عام 1972. أصبح برنارد عام 1981 عضوًا مؤسسًا للمجلس الثقافي العالمي. من بين الجوائز العديدة التي استلمها على مر السنين، فقد حصل على لقب أستاذ إيميرتوس عام 1984.