Albert V
Но после смерти Альбрехта в 1508 году начались новые распри, приведшие к совместному правлению Вильгельма (ум. 1550) и Людвига (ум. 1545). Они оба оказали реформации, нашедшей многочисленных приверженцев и в Баварии, самое решительное противодействие и в 1541 году призвали в страну иезуитов. После смерти Людвига Бавария вновь оказалась объединена в руках Вильгельма. Его сын, Альбрехт V Великодушный тоже содействовал миссии иезуитов, а также покровительствовал наукам и искусствам. Из трех его сыновей ему наследовал в 1579 году Вильгельм V Благочестивый, которого в 1597 году сейм вынудил передать правление своему старшему сыну Максимилиану I и удалиться в монастырь.