Mega Man
同前作以动作游戏为主的洛克人系列不同，该游戏为即时战术角色扮演游戏。玩家如果想要在游戏中推进剧情则必须在游戏中的两个世界操纵光热斗和洛克人，每一个角色都有着特定的任务以促进另一方的任务推进。如果玩家操作光热斗，玩家可以在世界地图范围游走，和非玩家角色进行互动，检查邮件，购买物品，发起网络任务或者通过PET与洛克人对话。对比传统的洛克人系列关卡之间战斗与人物移动均为同一个人物设定，EXE的战斗仅在网络世界同病毒或头目进行战斗时才发生。网络世界由各种分支路径和节点组成，洛克人可以访问新的或者以前已经访问过的地点，并在各地点寻找或购买物品以及消灭病毒。战斗并非在网络世界的一个特定地点标示而是将会在洛克人移动时随机遇敌。战场本身由2组9块方格组成，其中一组洛克人可以自由移动，另一组则为敌人的领域。和其它洛克人系列类似，洛克人.EXE拥有一把臂式加农炮“洛克炮”。玩家可以在洛克人所处的方格中自由移动并向病毒开火，每局战斗通过将病毒的HP降为0以完成消灭病毒的目的。如果洛克人被击倒，游戏即结束。游戏中可以寻找到一些特定的威力提升程序来提升洛克人的HP，防御力或者洛克炮的攻击力。