Battle of Fredericksburg
1862年9月26日に准将に昇進し、12月にはその旅団を率いてフレデリックスバーグの戦いに参戦した。1863年2月にジョセフ・フッカー少将がポトマック軍を再編した時、フッカーはウォーレンを地形学工兵長に指名し、さらに工兵長に指名した。工兵長としてのウォーレンはチャンセラーズヴィルの戦いでの働きで称賛された。