第一次バーバリ戦争
しかしながら、この期間にトラクスタンはリチャード・デイルと共に階級論争に関わった。トラクスタンは1800年の数ヶ月間、プレジデント ("USS President") の指揮を執り、その後間もなく海軍を退役、ニュージャージー州のパースアンボイに居を定め、後にフィラデルフィアへ移り住んだ。彼は第一次バーバリ戦争が始まると1801年に軍に戻るよう要請されたが、これを拒否し完全に引退した。