ユルゲン・クロップ
2008年夏、マインツの監督だったユルゲン・クロップが1部クラブのボルシア・ドルトムントの新監督に就任すると、スボティッチは監督について移籍する形となり、2008年6月4日、ドルトムントと5年契約を結んだ。2008/09年のブンデスリーガでスボティッチは強固な守備力と6つのゴールで注目され、ブンデスリーガのベストイレブンに選ばれた。