Страсбургский университет
В 1872 году Вальдейер приехал профессором анатомии в Страсбургский университет, а в 1883 году вернулся в Берлин. Там он посвятил себя преимущественно анатомическому образованию. С 1898 по 1899 годы он был ректором Университета имени Фридриха Вильгельма в Берлине.