美国中央司令部
之后，托马斯晋升中将，回到本土，在中央情报局担任负责军事事务的副局长， 2014年8月，托马斯续任中将，接替晋升上将担任美国特种作战司令部司令的约瑟夫·沃特尔三世陆军上将，出任联合特种作战司令部司令。2016年3月30日，托马斯晋升上将，再次接替了转任美国中央司令部司令的约瑟夫·沃特尔三世陆军上将，担任美国特种作战司令部司令。