ポール・ポグバ
2016-2017シーズンはジョゼ・モウリーニョが新監督に就任、前シーズンにシュヴァインシュタイガー自身が負傷により期待されたほどの活躍を見せられなかったことやポール・ポグバの加入を受け、モウリーニョの構想外となり戦力外通告を受けた。トップチームでの練習参加を禁じられ、リザーブチーム行きを命じられる冷遇を受けるもシュヴァインシュタイガー自身は残留宣言を行った。10月31日にトップチームの練習にシュヴァインシュタイガーが復帰したことが報じられ、2017年1月29日のFAカップ対ウィガン・アスレティック戦に出場、先発での出場は386日ぶりであった。ウィガン戦で1ゴール・1アシストという活躍を見せたことで、UEFAヨーロッパリーグの決勝トーナメント登録メンバーにも復帰し、2月22日のASサンテティエンヌ戦にも出場していた。