Талавера-де-ла-Рейна
Франсиско де Агирре родился в Талавера-де-ла-Рейна, его родителями были Эрнандо де ла Руа и Констанса де Менесес. Несмотря на то, что его отец и дед носили фамилию «де ла Руа», во всех документах Франсиско идёт под фамилией «де Агирре»; предполагается, что это была фамилия матери его отца либо кого-то из предков матери (в Испании того времени было нормальным использовать ту фамилию кого-нибудь из предков, которая была более почётной, чем фамилии родителей). В войсках императора Карла V он участвовал в Итальянских войнах — в частности, принимал участие в знаменитой битве при Павии 1525 года.