飯田線
水窪車站是1955年飯田線為了迴避新建的佐久間大壩（）進行改線，而同時設置的幾個新車站之一。相對於鄰近幾個飯田線上的車站，在地方行政區合併改制前曾經是舊水窪町主車站的本站，無論是利用率與重要性都高了許多。除了是快速列車的停車站之外，也是行駛於飯田線上的特急列車「伊那路」的停車站之一。