Hudson's Bay Company
في 23 ديسمبر 1788 كُسر طومسون كسرًا خطيرًا في عظم الساق، فأجبِر على قضاء فصلي شتاء متتاليين في نقاهة في كمبرلاند هاوس. خلال هذا الوقت صقل ووسع مهاراته الرياضية، والفلكية، والمسح بشكل كبير تحت إشراف فيليب تورنور وهو مساح شركة خليج هدسون. وخلال هذه الفترة أيضًا فقد البصر في عينه اليمنى.