器官捐贈
2002年，財團法人器官捐贈移植登錄中心成立，负责統籌全台灣的器官捐贈與移植手術，但因缺少登錄系統，實際業務無法展開。台大醫院外科急救室主任柯文哲接受衛生署醫政處委託，以專案方式進行器官捐贈登錄制度的建立。2005年，器官捐贈移植登錄分配系統上路，其中的器官檢驗程序、表格設計、器官配對規則、電腦系統軟硬體，以及器官勸募組織的制度，主要都由柯文哲負責進行設計及協調。台灣的器官捐贈及移植制度在此後建立。