Делийский султанат
В течение следующих столетий город переходил под контроль Саманидов, Газневидов, Гуридов и Хорезмшахов. В 1200-х годах произошло монгольское нашествие, орда сжигала и уничтожала всё на своём пути и опустошила Кабул. Многие источники упоминают о массовой резне, устроенной монголами среди местного населения, как месть за убийство внука Чингисхана. После монгольского завоевания были образованы новые государства, а Кабул вошёл в состав Чагатайского улуса. Во время монголо-татарского нашествия многие выходцы из Афганистана бежали в Индию, распространяя влияние ислама, а позднее установили Делийский султанат. При Бабуре Кабул временно стал столицей государства Великих Моголов. Бабур похоронен в Кабуле.