葉爾羌汗國
1570年，東察合台汗國（此時為吐魯番汗國）最後一任可汗馬速被葉爾羌汗國俘虜，阿克蘇成為突厥與蒙古軍閥的根據地，並由和卓管治，臣屬於葉爾羌汗國與後來的準噶爾汗國。1757年（乾隆二十二年），清軍擊潰準噶爾，入主新疆，隔年設立阿克蘇辦事大臣。