جوزيف هنري
في النهاية، أصبح مساعد الأمين العام لمعهد سميثسونيان جوزيف هنري. ساعد بيرد خلال وظيفته هذه في تطوير تبادل المنشورات والمجلات، وهذا ما زوّد العلماء في أنحاء العالم بمنشورات كان سيصعب الوصول إليها. دعم أعمال ويليام ستيمبسون، وروبرت كينيكوت، وهنري أولك، وهنري براينت. في الفترة الممتدة بين عمله مساعدًا والعام 1855، عمل مع جوزيف هنري لتوفير المعدات العلمية والاحتياجات لمسح الحدود بين الولايات المتحدة الأمريكية والمكسيك. حصل على درجة الدكتوراه في العلوم الفيزيائية عام 1856 من جامعة ديكنسون. حصل في عامي1852  و1857 على مجموعة عينات من المعهد الوطني لتطوير العلوم. لكن لم تُضم هذه العينات إلى مجموعة العينات الدائمة في معهد سميثسونيان حتى العام 1858. حَضر بيرد جنازة إبراهام لينكولن في عام 1865، برفقة جوزيف هنري. في عام 1870، كان بيرد يقضي عطلته في وودز هول في ماساتشوستس، وهناك طوّر اهتمامه بالبحث البحري. واصل قيادة الرحلات الاستكشافية في نوفا سكوشا ونيو إنغلاند.