Caenorhabditis elegans
在許多真核生物中，當反義RNA上的鹼基與基因的某段mRNA互補時，反義RNA可以抑制轉譯。反義RNA存在於細胞中之時，其互補的基因就不會合成蛋白質。這也許是一種對抗反轉錄轉座子或病毒複制的一種機制（retrotransposons是以雙股RNA作中介狀態的转座子），因為這兩者都能使用雙链RNA當中介物。在生物化學的研究中，藉由使用一段反義mRNA使得標靶mRNA無法作用（RNA干擾），這種方法已經被广泛用于研究基因的功能；例如利用RNA干擾技术，秀麗隱桿線蟲中所有基因的作用幾乎已經被研究完了。