日本会議
1997年に発足した超国家主義・極右主義団体「日本会議」との密接な関係が指摘されている。これまでにも、神政連の元会長である伊豫豆比古命神社名誉宮司・長曽我部延昭をはじめとする神社本庁関係者らが日本会議でも役員を務めており、神社本庁は日本会議の中核構成メンバーの一つとの見方がある。この他、神政連・日本会議の双方に「国会議員懇談会」（議員連盟）があり、参加議員の重複も多い。神政連も日本会議も目指す国家像は重複し、復古的・右翼的な主張を繰り返す。ただし、神政連が“選挙応援団体”に留まっているのに対し、日本会議は明確な右翼イデオロギーを掲げた“国民運動団体”であるとする意見もある。