教会史
バロニウスが教会史を講話するようになった翌年の1559年、マティアス・フラキウスによる『マクデブルクの諸世紀教会史』第1巻が刊行された。エウセビオス以来久しく行われてこなかった使徒時代から今日に至るまでの教会史作成の試みがプロテスタントによって開始されたことにカトリック側は大きな衝撃を受けた。バロニウスは枢機卿アントニオ・カラッファよりカトリックの立場に基づく教会史の執筆を要請された。バロニウスは当初これを躊躇したが、この事業を行い得るのはバロニウスだけであると考えたネリの説得によってようやく執筆を引き受けることになった。