Nuba-Berge
Die SPLA unter Garang blieb die wichtigste Rebellengruppe des Südens. Verhandlungen über ein Ende des Bürgerkrieges mit der Regierung blieben zunächst ergebnislos, 2002 wurde jedoch ein Waffenstillstand für die Nuba-Berge erreicht. 2003 konnte das Machakos-Abkommen geschlossen werden, ein Rahmenabkommen für weitere Verhandlungen. Darin akzeptierte die Regierung „Selbstbestimmung“ für den Südsudan, während die SPLM das Ziel aufgab, auch im Nordsudan die Scharia abzuschaffen.