サイモン・ウィーゼンタール・センター
しかし、雑誌発売を受けてただちに、アメリカ合衆国のユダヤ人団体と駐日イスラエル大使館が、同誌を発行する文藝春秋に抗議を開始した。特にサイモン・ウィーゼンタール・センター（SWC）が内外の企業に対して、『週刊文春』をはじめとする文藝春秋の発行誌全体への広告出稿をボイコットするよう呼びかけた。ただし、イスラエル大使館やSWCは終始一貫して『マルコポーロ』の廃刊は求めていない。