Yamagata Aritomo
Одновременно с административной реформой шли преобразования в структуре правительства. За основу новой исполнительной вертикали была взята структура японского правительства VIII века. С 15 августа 1869 года правительство делилось на три палаты: главную, левую и правую. Главная палата выполняла функции кабинета министров. В её состав входили большой государственный министр, левый и правый министры, и советники. Левая палата была законодательным органом власти и совещательным органом при главной палате. В состав правой палаты входили восемь министерств, которые руководились министрами и их заместителями. Большинство постов в правительстве занимали выходцы из бывших княжеств Сацума (Сайго Такамори, Окубо Тосимити, Курода Киётака), Тёсю (Кидо Такаёси, Ито Хиробуми, Иноуэ Каору, Ямагата Аритомо), Тоса (Итагаки Тайсукэ, Гото Сёдзиро, Сасаки Такаюки) и Хидзэн (Окума Сигэнобу, Оки Такато, Соэдзима Танэоми, Это Симпэй), образовавшие в нём так называемые ханские фракции. Главные должности занимали столичные аристократы, такие как Сандзё Санэтоми и Ивакура Томоми.