Johnston Atoll
4月2日、アポゴンは3回目の哨戒で日本近海に向かった。2日後の4月4日にジョンストン島で給油した後、哨戒海域に向かった。しかし、出港の翌日に乗組員が20ミリ機銃を整備していた際、弾倉に残っていたカートリッジが乗組員の足の上に落ち負傷させたため、アポゴンはこの負傷した乗組員を上陸させるべくジョンストン島に戻った。負傷した乗組員を上陸させた後、4月6日に再出撃した。この哨戒では目立った戦果はなかった。5月22日、アポゴンは49日間の行動を終えてマジュロに帰投した。