薩斯奎哈納河
薩斯奎哈納河流域委員會採用水質指數來評估基流條件下河溪的一般健康狀況。按照污染程度，指數把河溪水質大致分為五個級別：極佳、良好、普通、惡劣、極劣。根據薩斯奎哈納河流域委員會在2020年發表的報告，河流水質介乎良好與普通之間，但同時部分監測站所得的水質數據屬惡劣，另有少部份地區的水質屬極佳或極劣。河流的主要污染物來源包括含有氮和磷元素的地表逕流（主要來自區內農場和已發展地區），長期積聚在水壩的沉積物，廢棄礦井的排水，以及老舊廢水處理設施的排放或洩漏等。這些污染物除了危害河流健康外，亦會威脅其他河流使用者和野生動物的安全，並可能對經濟造成破壞性影響。2016年，賓夕凡尼亞州環境保護部發表河流水質監測報告，指哈里斯堡河段的大腸菌群含量較高，並把鄰近8公里（5英里）的河段列為「受損」。2018年，紐約州賓漢頓政府把1.3億公升（3500萬美制加侖）未經處理的廢水排入河流。而在2020年，環保組織「下薩斯奎哈納河守護者」發表同類報告，指哈里斯堡河段的大腸桿菌水平較游泳或水上娛樂的安全標準高出2.5倍以上，城市島沙灘公園亦因河水細菌含量高而被迫關閉，並把矛頭指向該市在風暴期間把雨水和受污染廢水混合排放至河流的做法。另外，河流流域存在不少荒廢煤礦，這些橙黃色的煤礦排水通常含有高濃度的酸和有毒金屬，並會以滲入水道和小溪的形式破壞周遭環境和水中生態。