Бостон Ривер
Прието — воспитанник клуба «Насьональ». 20 февраля 2013 года в матче Кубка Либертдорес против мексиканской «Толуки» он дебютировал за команду. 2 марта в поединке против «Серро-Ларго» Николас дебютировал в уругвайской Примере. В 2015 году он помог команде выиграть чемпионат. Летом 2016 года для получения игровой практики Прието перешёл в «Бостон Ривер» на правах аренды. 31 августа в матче против «Дефенсор Спортинга» он дебютировал за новую команду.