炭酸脱水酵素
ゾニサミドや他の炭酸脱水酵素阻害薬（トピラマート、フロセミド、ヒドロクロロチアジド）は、アモバルビタールとの間で相互作用し、の結果が不正確になることが知られている。他の炭酸脱水酵素阻害薬と相互作用し、代謝性アシドーシスを惹起することがある。加えて、ゾニサミドの代謝がケトコナゾール、シクロスポリン、ミコナゾール、フルコナゾール、カルバマゼピンで抑制されることが知られている（CYP3A4への作用による）。