Alonzo Mourning
翌2000-2001シーズンにはサイン・アンド・トレードでマイアミ・ヒートに移籍。この大型トレードは、ジャマール・マッシュバーンやアンソニー・メイソンなどを巻き込む大がかりなトレードとなった。ヒートでも毎シーズン18得点のアベレージを残すリーディングスコアラーとして活躍したが、2001-2002シーズン以降アロンゾ・モーニングの体調不良などでヒートは低迷期に入り、ジョーンズはヒートで初めてプレイオフ不出場を経験。2002-2003シーズンまで我慢の日々が続いたが、ヒートは2003年のNBAドラフトでドウェイン・ウェイドを指名すると、翌2004年にはジョーンズのかつてのチームメイトであるシャキール・オニールをトレードで獲得。ヒートはイースタンカンファレンス屈指の強豪に成長し、ジョーンズもレイカーズ時代以来の優勝を狙える機会に恵まれたかに見えたが、2005年のオフにヒートは補強に乗り出し、5チーム13選手が絡む大規模なトレードを敢行。ジョーンズはジェームス・ポージー、ジェイソン・ウィリアムスとの交換でメンフィス・グリズリーズに放出された(ヒートは翌シーズンに初優勝を果たす)。