Battle of San Jacinto
1835年12月、オースティンはブランチ・アーチャーとウィリアム・ワートンとともにアメリカ合衆国からテキサス共和国のコミッショナーに指名された。1836年6月10日にサミュエル・ヒューストンからサンジャシントの戦いにおける勝利の一報を受けたとき、オースティンはニューオーリンズにいた。8月にはテキサスに戻り、ピーチ・ポイントで休養した。8月4日には大統領に立候補することを表明した。選挙の2週間前（8月20日）にサミュエル・ヒューストンが立候補するまではオースティンはこの選挙に勝てると確信していた。オースティンは書き記した。「昔からの移民者達の多くはヒューストンに投票するだろう、彼らは重大な事柄を見極めることができないのだ」。ヒューストンはテキサス東部とレッド・リバー地域、そしてほとんどの兵士から得票した。オースティンの得票587に対してヒューストンは5,119票、ヘンリー・スミスは743票であった。