Qinghai–Tibet Railway
Zwischen 1868 und 1869 erstellte Malinowski für Henry Meiggs die Machbarkeitsstudie für die Eisenbahnstrecke Callao–Lima–La Oroya. Im Dezember 1869 vereinbarte Meiggs mit der peruanischen Regierung den Bau der "Ferrocarril Central Trasandino", der späteren Ferrocarril Central Andino. Malinowski erstellte die Planung und leitete als Chefingenieur den Bau dieser Strecke, die mit einer großen Anzahl von Spitzkehren, Tunneln und Brücken, darunter der Verrugas-Brücke, bis auf eine Höhe von 4781 m steigt. Sie war die höchstgelegene Eisenbahnstrecke der Welt, bis 2005 die Lhasa-Bahn gebaut wurde.