حصار لينينغراد
ومع اندلاع الحرب العالمية الثانية ألقت مفوضية الشعب للشؤون الداخلية القبض على ميريتسكوف بتهمة الانضمام لخلية عسكرية ضالعة في التآمر على الاتحاد السوفيتي وإن أُفرج عنه بعد أشهر قليلة ليعود لقيادة الجيش السابع ثم جبهة فولخوف من بعده أثناء حصار لينينغراد قبل أن يقود الجبهة الكاريلية أثناء هجوم بيتسامو-شيركينس ومع اقتراب وضع الحرب لأوزاها، انتقل ميريتسكوف لقيادة جبهة الشرق الأقصى السوفيتي حيث قاد العمليات العسكرية أثناء الغزو السوفيتي لمنشوريا.