Кристиан V
Бартолин посетил итальянского ботаника Петро Кастелли в Мессине в 1644 году. В 1663 году Бартолин купил Хагестедгард, сгоревший в 1670 году вместе с его библиотекой и множеством манускриптов. Кристиан V Датский назначил Бартолина придворным врачом со значительным жалованием и освободил его владения от уплаты налогов в качестве компенсации за потерю. В 1680 году здоровье Бартолина ухудшилось, имение было продано, и он вернулся в Копенгаген, где и скончался. Томас Бартолин был похоронен в церкви "Vor Frue Kirke".