第二次スーダン内戦
ヌメイリ、、オマル・アル＝バシールら北部の「アラブ人」主導の政権と第二次スーダン内戦で争った。1989年には国民民主同盟にも加盟している。2005年1月南北内戦の包括和平協定が結ばれ、ジョン・ガランを大統領とする南スーダンの半自治政府が認められたが、7月30日ジョン・ガランが死亡し、議長と南スーダン共和国大統領職はサルバ・キール・マヤルディに引継がれた。