晚侏罗世
由于眼齿鸟的尺寸过小引起的特殊化导致难以对其分类做出精确的结论，原始描述论文中的系统发育分析支持眼齿鸟在鸟翼类中的基础位置，而且比始祖鸟更接近现代鸟类，并指出在晚侏罗世和早白垩世之间存在着大约5000万年的。这篇论文中的系统发生树显示它也有可能是一种反鸟类，就像其他保存在缅甸琥珀中的“鸟类”一样。