Sportivo Luqueño
Араухо — воспитанник клуба «Насьональ» из своего родного города. 16 февраля 2014 года в матче против «Спортиво Лукеньо» он дебютировал в парагвайской Примере. 26 июня в дерби против «Гуарани» Энрике забил свой первый гол за «Насьональ», реализовав пенальти.