제1제국
제3차 대프랑스 동맹 당시 요한은 다시 프랑스 제1제국 및 바이에른 선제후국의 군대와 맞서 싸웠다. 1805년 그는 티롤 백국의 반란에 맞서서 방어를 성공적으로 이끌어냈고, 이에 따라 마리아 테레사 훈장을 받았다. 그러나 1805년 프레스부르크 화의에 따라 오스트리아는 티롤과 포어아를베르크주를 바이에른에게 할양해야 했다. 요한은 티롤을 복종시키고 당시 티롤 반란을 도왔던 요제프 호마이어 남작과 친분을 유지했다.