Chiapas F.C.
8 июля 2012 года Кордоба подписывает контракт с мексиканским клубом «Хагуарес Чьяпас». «Ягуары» в лице Джона видели потенциальную замену, своему лучшему бомбардиру Джексону Мартинесу, ушедшему в «Порту». 21 июля в матче против «УАНЛ Тигрес», Кордоба дебютировал в Лиге MX. 8 октября в поединке против «Сан-Луиса», колумбийский нападающий забил свой первый гол за клуб.