カール・ヴィルヘルム・シェーレ
最初の生化学の応用は、おおよそ5000年前、パンを膨らませるために酵母を用いたことにさかのぼるだろう。18世紀後半にはカール・ヴィルヘルム・シェーレ (Karl Wilhelm Scheele) が生物から乳酸やリンゴ酸など有機化合物を生物材料から取り出す事に成功していたが、これら有機化合物は生物内からのみ抽出しうるものと考えられていた。しかし1828年にフリードリヒ・ヴェーラー (Friedrich Wöhler) が無機物であるシアン酸アンモニウムの加熱によって人工的に有機物である尿素を得ることに成功し人工的に有機物が合成できることが示された。1833年には、酵素の1つであるジアスターゼ（アミラーゼ）がアンセルム・ペイアン (Anselme Payen) によって発見された。19世紀中盤以降、発酵の原因については論争が続いてきたが、1897年にエドゥアルト・ブフナーによって生体細胞がなくとも糖を発酵させうることを証明した。