科隆納家族
另一個可能的兇手是奧爾西尼家族，因為阿方索同情科隆納家族似乎激起了該家族世仇奧爾西尼的不快，並且可能有在1500年7月策畫這裝謀殺的意圖。其中也是被指控參與謀殺的之一的喬萬·瑪麗亞·加吉拉（Giovan Maria Gazzera），他同時也是阿方索的舅舅，在不久後便被神秘的謀殺了。而教宗亞歷山大六世也有可能是此次謀殺的主謀，因為阿方索在1500年5月明確的對教宗撤銷他的姑姑那不勒斯的貝亞特麗切與匈牙利國王馬加什一世的婚姻的表達不滿，但隨著阿方索的死，事實的真相變成了永遠的謎團。