エッジヒルの戦い
ジェームズ1世の死後は、後に清教徒革命（イングランド内戦）で処刑されるチャールズ1世に仕えた。1625年から彼の侍医となり、1631年からは常勤侍医に命じられ、多忙のため医師会と聖バーソロミュー病院から身を引き、国王の側に同行したり病院の業務引き継ぎを行い、国王の命令でレノックス公爵ジェイムズ・ステュワートやアランデル伯爵トマス・ハワードに随行して2回ヨーロッパ旅行へ出かけたりもした（それぞれ1630年 - 1632年、1636年）。1639年に上位常勤侍医に昇進、1642年に勃発した第一次イングランド内戦に際し、ハーベーはステュアート朝（王党派）を支持してロンドンを脱出しノッティンガムにいたチャールズ1世の下に合流、10月23日のエッジヒルの戦いでは前線に立って王子たちを守った。こうした行動で聖バーソロミュー病院から給料支払いを停止されるも、宮廷が置かれたオックスフォードで研究者たちと親交を深めていった。