Hokkaido Nippon-Ham Fighters
2012년 프로 야구 드래프트 회의를 앞두고 일본 프로 야구 뿐만 아니라 메이저 리그 구단 쪽에서도 오타니에게 눈독을 들였는데 애당초 본인은 “(미국이냐 일본이냐는) 5대 5” 라고 말했다가 로스앤젤레스 다저스와 텍사스 레인저스, 보스턴 레드삭스와의 면담을 거쳐 그 해 10월 21일에 메이저 리그에 도전하겠다는 입장을 밝혔다. 기자회견 자리에서 오타니는 “마이너에서부터 시작하게 될테지만 메이저 리그에 도전하고 싶다. 입학할 때부터 꿈이었다. 젊을 때 가고 싶다는 마음이 있었다. 일본 프로 야구도 동경했지만 메이저 리그 쪽에 대한 동경이 컸다”라고 말했다. 그런데 23일에 홋카이도 닛폰햄 파이터스 단장인 야마다 마사오가 오타니를 드래프트 회의에서 1순위로 지명하겠다고 말했고 닛폰햄 감독인 구리야마 히데키도 역시 “오타니한테는 정말로 미안하지만 지명하겠다”고 밝혔다. 드래프트 회의 당일인 10월 25일에는 닛폰햄이 오타니를 단독 1순위로 지명하여 교섭권을 따냈다. 지명 후에 열린 기자회견에서 오타니는 “깜짝 놀랐고 동요하기도 했다. 하지만 제 마음은 변함없다. 저를 좋게 평가해 주신 것은 감사하지만 미국에서 뛰고 싶다는 마음은 변함없다” 라고 밝혔고 지명 인사차 닛폰햄이 방문했을 때도 만나주지 않았다.