Polynesian rat
Bis zur Einführung von anderen Säugetieren hatte die Kleine Neuseelandfledermaus kaum Fressfeinde. Mit der Ankunft des Menschen kamen jedoch auch die Hausratte ("Rattus rattus") und die viel kleinere Pazifische Ratte ("Rattus exulans") sowie Hermeline auf die Inseln. Mit deren Auftauchen verschwanden beide Neuseelandfledermausarten von Taukihepa/Big South Cape Island und den Salomonen. Zusätzlich werden Neuseelandfledermäuse oft von Hauskatzen erbeutet. Natürlich vorkommende Jäger der Kleinen Neuseelandfledermaus sind der Neuseeland-Kuckuckskauz ("Ninox novaeseelandiae"), der Maorifalke ("Falco novaeseelandiae") und bis zu dessen Aussterben um 1960 der Weißwangenkauz ("Sceloglaux albifacies").