الانشقاق العظيم
تضررت العلاقات بدرجة أكبر بسبب الانشقاق العظيم بين الغرب الكاثوليكي والشرق الأرثوذكسي الذي أدى إلى وصف البيزنطيين بالزنادقة في الغرب. خلال القرون اللاحقة للإمبراطورية -وخاصةً بعد التتويج الإمبراطوري لملك الفرنجة شارلمان (768-814) في روما عام 800- لم يعتبر الأوروبيون الغربيون البيزنطيين ورثة للإمبراطورية الرومانية، بل جزءًا من مملكة يونانية شرقية. مع تراجع الإمبراطورية البيزنطية أصبح البيزنطيون وأراضيهم تحت السيطرة الأجنبية، ومعظمها تحت الحكم العثماني. احتفظ العثمانيون واليونانيون العثمانيون حتى القرن العشرين بتسمية «روم» للرعايا الأرثوذكس الناطقين باليونانية في الدولة العثمانية، وتسمية «الملة الرومية» (بالتركيَّة: millet-i Rûm) لجميع السكان الأرثوذكس الشرقيين.