シエラマドレ山脈
1886年、アリゾナ州におけるジェロニモたちアパッチ族の抵抗戦（アパッチ戦争）に対する軍指揮官としてジョージ・クルック将軍と交代した。クルックはチリカーワ・アパッチ族指導者を捕まえるための行動でアパッチ族斥候に過度に頼りきっていた。マイルズはその代わりに白人部隊に頼り、過酷なシエラマドレ山脈でジェロニモたちを追って3,000マイル (4,800 km) も動き回ったが虚しかった。最終的にアパッチ族のやり方を学んでいたチャールズ・W・ゲイトウッド少尉が、ジェロニモとその追随者達はフロリダ州の居留地に追放監禁されるという条件でその降伏を交渉することに成功した。この追放者の中には陸軍のために働いたチリカーワ族の者まで含まれており、マイルズが彼らと同意したことを破っていた。マイルズはゲイトウッドが交渉に成功した功績を否定し、ゲイトウッドをダコタ準州に転籍させた。この作戦の間、マイルズの特殊信号部隊が日光反射信号機を広範に活用し、野戦における有用性を証明した。特殊信号部隊はW・A・グラスフォード大尉の指揮下にあった。