後醍醐天皇
除了後醍醐天皇，吉水神社也是與源義經躲避源賴朝之地，以及豐臣秀吉舉行吉野花見的本陣，有許多文化資產保存了下來。現存吉水神社本殿是原本的吉水院護摩堂。相鄰的書院為後醍醐天皇的御座間，以及傳聞為源義經躲藏的居所，現已指定為國家重要文化財。