Бостон Ривер
Араухо — воспитанник столичного клуба «Монтевидео Уондерерс». 2августа 2019 года в поединке Южноамериканского кубок против бразильского «Коринтианса» Сесар дебютировал за основной состав. 9 августа 2020 года в матче против «Бостон Ривер» он дебютировал в уругвайской Примере.