Атлетико Насьональ
Летом 2012 года Нахера вернулся на родину заключив контракт с «Атлетико Насьональ». В составе нового клуба он четыре раза выиграл чемпионат, а также дважды завоевал Кубок Колумбии и стал победителем Суперлиги. В 2016 году Нахера стал обладателем Кубка Либертадорес в составе «Атлетико Насьональ».