자유의지
존슨은 1716년 예일대학교 강사가 되었다. 그는 계몽주의 교육과정을 채택하여 강의하였고 이는 미국 계몽주의의 출발점이 되었다. 그의 제자 가운데 하나였던 조너선 에드워즈는 15세 무렵 존슨의 강의를 들었다. 후일 에드워즈는 존슨의 뒤를 계승하였다. 그러나 존슨과 에드워즈는 예정설, 자유의지, 원죄, 덕의 함양, 아동 교육과 같은 주요 항목에서 서로의 의견을 달리하였다.