Enomoto Takeaki
倒幕派组成了新的政府，揭示基本施政方針的「五条御誓文」則於同年4月6日公布。新政府军、舊幕府军雙方決戰江戶之前，幕府代表勝海舟與新政府代表西鄉隆盛達成協議：以國家為重，一致對外。1868年5月3日，江戶不流血和平開城，幕府至此正式瓦解。不过在日本東北地区，以會津藩为首组成的奥羽越列藩同盟，仍然继续反对新政府。由于新政府軍掌握軍力優勢，叛乱於同年11月即被平定。舊幕府海军将领榎本武揚率八艘军舰和幕府残兵至北海道，並在1869年1月建立“虾夷共和国”。同年6月，在新政府军的进攻下，榎本武揚投降。因戰爭開始的1868年干支為戊辰年，而被称为“戊辰战争”的内战至此结束。