Депортес Ла-Серена
Рохас начал карьеру в клубе «Депортес Ла-Серена» из своего родного города. В 1993 году он дебютировал за команду в чилийской Примеру. По окончании сезона Франсиско покинул команду и перешёл в «Коло-Коло». В 1996 году он завоевал Кубок Чили и выиграл чемпионат. Летом того же года Рохас перешёл в испанский «Тенерифе». 1 сентября в матче против «Компостелы» он дебютировал в Ла Лиге. На Канарских островах Франсиско провёл полгода, после чего вернулся в «Коло-Коло». С командой он ещё дважды стал чемпионом Чили.