Thomas Gage
1763年、フレンチ・インディアン戦争後のイギリスの方針を不満に感じたインディアンにより、ポンティアック戦争が起こった。彼らが蜂起する前に、ジョンソンはジェフリー・アマーストに、イロコイ連邦との付き合い方、たとえば族長への贈り物をするようにと忠告した。しかし、インディアンたちとの抗争を潜り抜けてきたアマーストはジョンソンの忠告に従わず、最終的に本国へ召還された。代わりに派遣されたのはトマス・ゲイジであった。アマーストの召還はジョンソンの地位を強めた。というのも、インディアン側から和解を要求したからであり、これはジョンソンの専門分野であった。ジョンソンは1766年にポンティアクと条約の交渉に臨み、これで戦争は終わった。