미국 에너지부
본래 원자력 에너지 위원회 (Atomic Energy Commission) 소유였으나 현재는 미국 에너지부 (United States Department of Energy, DOE) 산하이다. 개소하던 해부터 비영리 연구법인인 Associated Universities, Inc. (AUI)에서 운영해왔으나, 1998년 인근 소나무 숲지대 지하수층으로 트리튬이 유출되는 사고 이후로 운영 계약이 파기되어 지금은 스토니브룩 대학과 바텔 기념 재단이 동등하게 참여하는 브룩헤이븐 과학 연합 (Brookhaven Science Associates)에서 운영을 맡고 있다.