État indépendant du Congo
Emin entra alors au service de la Compagnie de l'Afrique orientale allemande et fut accompagné par le Docteur Stuhlmann et le Père Schynse en expédition vers les lacs intérieurs. Il fut assassiné à Kinena (État indépendant du Congo), par les soldats arabo-swahilis des marchands arabes d'esclaves de la région de Kibonge, probablement le (la dernière inscription dans son journal date du ). Égorgé, sa tête fut envoyée à Kibonge ; son corps, ainsi que ceux de ses compagnons, ne fut jamais retrouvé, au contraire de son journal qui fut récupéré à Kasongo en , auprès de deux esclaves des Arabes, par Francis Dhanis au cours des campagnes de l'État indépendant du Congo contre les Arabo-Swahilis.