National Security Council
2000年陳水扁當選台灣中華民國總統，他出任總統辦公室秘書。2004年陳水扁當選連任後，林轉任國家安全會議諮詢委員。2007年入第二次張俊雄內閣，任不管部會政務委員。2008年2月轉任國家安全會議副秘書長，2008年5月20日交接卸任。