ジハード団
アッザームは対ソ連の戦いの終わったあとには、MAKで訓練したムジャーヒディーンが各地で革命戦士となることを夢想した。一方、ジハード団のアイマン・ザワーヒリーなどアフガニスタンで戦うムジャーヒディーンの中には、敵は異教徒でなくエジプト政府であり、腐敗した世俗のイスラム教徒であるという思いが当時あった。1989年になると、MAK内部で路線対立が表面化、アッザーム暗殺未遂事件が起こる。そして、その年の11月に、金曜礼拝のために2人の息子とペシャーワルのモスクに向っていたアッザームの車は地雷で噴き飛ばされ、3人とも死亡した。既にソ連軍はアフガニスタンからの撤退を始めていた。犯行に及んだものはCIA、ISI、イスラエル諜報特務庁、イランのイスラム革命防衛隊（パースダラーネ）などが疑われたが、アフガニスタン内戦に固執するアッザームと対立するMAK(既にアルカーイダに事実上改組していた)内部の犯行との線も疑われた。