Hospital de San Bartolomé
Promovido al arzobispado de Lima por bula del Papa Urbano VIII (16 de julio de 1640), se embarcó en el puerto de Islay y arribó al Callao, haciendo su entrada a su nueva sede el 21 de mayo de 1642. Hizo la visita pastoral de su diócesis en 1646. Corrigió los abusos que se habían introducido entre los eclesiásticos. Favoreció la construcción de la iglesia del Sagrario, la erección del convento de las ermitañas agustinas descalzas o Monasterio de Nuestra Señora del Prado (donde profesaba su sobrina Hipólita de Villacorta) y la fundación del Hospital de San Bartolomé para negros libres (hoy Hospital Nacional Docente Madre Niño San Bartolomé).