准噶尔汗国
南疆和北疆以天山山脊线为界划分。汉朝在南疆设西域都护府，魏晋时期设西域长史府。唐朝统治西域的安西都护府曾治南疆的龟兹，统辖“安西四镇”。十四世纪先后属于东察合台汗国、吐鲁番汗国、叶尔羌汗国。清朝初年，南疆的回部臣属准噶尔汗国。清朝灭准噶尔汗国，平回部。1987年4月10日中央军委决定设立南疆军区，为正军级单位。负责管理南疆各军分区及西藏阿里军分区，归乌鲁木齐军区建制领导。