秋田新幹線
當初預定E3系列車只會以「小町」號和「那須野」號（）的名義行駛，故E3系車身上原本有「」和「JR Akita Shinkansen」的字樣。但實際上E3系列車除了行走秋田新幹線外，有時候會跟E2系、E5系列車併結，成為往來盛岡的「疾風」號（）、「山彥」號（）和「那須野」號列車。後來當E3系被安排在更多的東北新幹線「山彥」號和「那須野」號班次上服務時，JR東日本將部分E3系的秋田新幹線標識移除。