European stonechat
Der Kanarenschmätzer wurde lange Zeit als Unterart des Schwarzkehlchen (damals "Saxicola torquatus") angesehen. Untersuchungen der mitochondrialen DNA ergaben jedoch, dass dieser Komplex in mehrere Arten aufgegliedert werden kann. Dabei bildet der Kanarenschmätzer ein Schwestertaxon zum Europäischen Schwarzkehlchen ("Saxicola rubicola"), während die beiden als Gruppe wiederum nah mit dem Sibirischen Schwarzkehlchen ("Saxicola maura") verwandt sind. Das Afrikanische Schwarzkehlchen ("Saxicola torquatus", die bisherige Nominatform) ist hingegen näher mit dem Réunionschwarzkehlchen ("Saxicola tectes") verwandt. Der Kanarenschmätzer ist vermutlich aus einer Population Europäischer Schwarzkehlchen aus Europa oder Nordafrika hervorgegangen. Die Abspaltung erfolgte vermutlich vor etwa 1,3–1,7 Millionen Jahren.