Michel Aflaq
في أعقاب المؤتمر القومي السادس لحزب البعث، والعزل التدريجي لمؤسسي الحزب ميشيل عفلق وصلاح البيطار، عاد نجم الأرسوزي للظهور مرةً أخرى بمساعدة حافظ الأسد الذي استعان به للمساعدة في تشكيل أيديولوجي للضباط البعثيين في الجيش السوري ومنحه فيما بعد معاشاً تقاعدياً من الحكومة ، انتُخب الأرسوزي كعضو في القيادة القومية لحزب البعث العربي الاشتراكي عام 1965 ، وفي عام 1966 انقسم الحزب إلى فرعين: حزب البعث العراقي وحزب البعث السوري، وأصبح الأرسوزي هو المنظِّر الأيديولوجي الرئيسي لحزب البعث في سوريا، في حين كان ميشيل عفلق هو المقابل له في حزب البعث العراقي ، توفي زكي الأرسوزي في مدينة دمشق في 2 يوليو عام 1968.