Serbian League
Seinen Tiefpunkt erreichte der Verein zwischen 2002 und 2006, als er überwiegend in der 4. Liga des inzwischen in Serbien und Montenegro umbenannte Landes spielte, dessen Staatsunion im Jahr 2006 endete. Dieses Jahr markierte einen Wendepunkt für den FK Jagodina. 2006 gelang die Vizemeisterschaft und somit der Aufstieg in die 3. Liga. In der Saison 2006/07 gewann der Verein den Meistertitel der Srpska Liga Ost, eine der vier Sektionen der 3. Liga Serbiens, und spielte somit zur Saison 2007/08 in der 2. Liga. Dort gelang auf Anhieb die Vizemeisterschaft, an der Angreifer Igor Pavlović als Torschützenkönig mit 17. Treffern erheblichen Anteil hatte. Dem Club gelang somit der direkte Durchmarsch in die höchste Spielklasse, die SuperLiga, in der sich der FK Jagodina auch etablieren konnte.