Battle of Pharsalus
紀元前51年、ウァティニウスはカエサルのレガトゥスとしてガリアに戻った。紀元前49年に始まったカエサルのローマ内戦の間、ウァティニウスはカエサルと共に行動した。ギリシアでは、カエサルはウァティニウスを講和交渉の使者としてポンペイウスに派遣している。最大の戦いとなったファルサルスの戦いには参加せずに、ブルディンシウム（現在のブリンディジ）を、ポンペイウスの艦隊の一部を率いていたデキムス・ラエリウス（）から防衛した。