エジプト・シリア戦役
ナポレオン・ボナパルトは1799年10月に突如エジプト・シリア戦役から本国へ戻ると、ゴイエの支持を得ようとした。11月9日、ナポレオンのブリュメール18日のクーデターが成功すると、ゴイエは総裁職の辞任を拒否、共和政を救おうとしてナポレオンをテュイルリー宮殿に招いて会談しようとした。しかし、ゴイエは逮捕され、リュクサンブール宮殿に移送された。2日後に釈放されると、ゴイエはオーボンヌへ退隠した。