Valle Sagrado de los Incas
En 2015 el Museo entró en conflicto con el Ministerio de Cultura debido a la instalación de una escultura de 11 metros con la representación de una deidad ancestral andina no relacionada directamente con la cosmovisión inca. Al estar el Valle Sagrado de los Incas calificado como paisaje cultural y Patrimonio Cultural de la Nación desde el 2006, la instalación de la escultura debió haber contado previamente con la autorización del Ministerio de Cultura. Por esa razón, la Dirección Desconcentrada de Cultura de Cusco (DDC-Cusco) le impuso una multa de 4 UIT. La familia Mérida realizó una apelación pero tanto la DDC-Cusco en mayo de 2016 y el Ministerio de Cultura declararon infundado el recurso de apelación en febrero de 2018.