Operation Southern Watch
ポート・ロイヤルの二度目の配備は「ジョン・C・ステニス」空母戦闘群へであった。同部隊の一員としてサザン・ウォッチ作戦に参加している。同作戦参加後間もなく、国連制裁決議に違反してイラクから石油を密輸した容疑をかけられた船舶を追跡中に主軸を破損し、7月に帰還、乾ドック入りし修理と改良を行った。