Fullmetal Alchemist
В Японии у компании есть отдел по изданию манги (изначально принадлежавший Enix) под названием Gangan Comics, он издает свою продукцию только для японского рынка. Тем не менее, в 2010 году Square Enix открыла интернет-магазин цифровых версий манги для североамериканской аудитории посредством собственной службы Members. Таким образом доступны несколько заметных серий, вошедших в антологии Gangan. В число изданий Gangan Comics входят «Стальной алхимик», Soul Eater и множество иных наименований. Помимо оригинальных работ Square Enix издает ряд адаптаций своих игровых серий, например Dragon Quest, Kingdom Hearts и Star Ocean. Некоторые из них получили аниме-адаптации. Самым успешным изданием Square Enix является «Стальной алхимик», общемировые продажи которого превышают 64 млн копий. В США лицензию на издание серии получило издательство Viz Media, а права на распространение двух аниме-адаптаций были даны Funimation Entertainment.