국제 자연 보전 연맹
긴발톱두더지쥐는 희귀종이지만, 넓은 분포 지역을 가지며 알려진 특별한 위협 요인은 없다. 국제 자연 보전 연맹(IUCN)이 보전 등급을 "관심대상종"으로 분류하고 있다.