Усама бен Ладен
ИОФМ отрицало связи с группировкой Джемаа Исламия, хотя, как считается, Джемаа Исламия участвовало в подготовке их бойцов. ИОФМ также отрицало связи с аль-Кайдой, хотя и признала, что отправила около 600 добровольцев в тренировочные лагеря аль-Кайды в Афганистане и что Усама бен Ладен отправил деньги на Филиппины, хотя группа отрицает, что напрямую получает какие-либо финансовые средства.