軍統合情報局
ムジャーヒディーンはサウジアラビアの資金で運営され、CIAや軍統合情報局（ISI）が訓練を行っていたが、1989年にソ連軍が全面撤収し、冷戦が終わると、ムジャヒディーンにはその後続いた内戦に参加する者もいたが、ジャンジャラーニは故郷であるフィリピンのバシラン州へ帰り、ミンダナオ島周辺のイスラム社会をキリスト教徒（カトリック）中心のフィリピンから独立させることを目的に武装組織を結成した。モロ民族解放戦線（MNLF）からの過激な分派としてジャンジャラーニにはビン・ラーディンから設立資金が渡された、とされる。「アブ・サヤフ」はかつて共に戦ったアブドゥル・ラスル・サイヤフからとった名である。アブ・サヤフはアルカーイダのラムジ・ユセフなどから軍事援助を受けた。