Ayman al-Zawahiri
また、アルカーイダとの関係も指摘されている。2001年に始まったアメリカ軍主導のアフガニスタン空爆以降、イランに逃亡したウサーマ・ビン・ラーディンの息子サアド等、アフガンから逃亡してきた複数のアル＝カーイダ幹部と接触していたとされる。この際、サアドが同組織ナンバー2にあたるアイマン・ザワーヒリーとゴドス軍との間の交渉を仲介したとされる。