San Salvador
1980年6月26日に、大学は再び軍事勢力により占領され、3年もの間占拠は続いた。1986年10月10日に起きた地震(サンサルバドル地震)では、サンサルバドルにある大学のキャンパスのインフラストラクチャーに深刻な被害が出た。国内内戦の期間中(1980年〜1992年)は、エルサルバドル大学にとって衰退の時代を余儀なくされた期間でもあった。