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진에어는 아시아나항공과 에어부산에 이어서 국내 항공사 중 두번째로 모회사-자회사간 코드쉐어 협정을 체결하였다. 2020년 8월 기준으로 진에어와 코드쉐어를 실시 중인 항공사는 다음과 같다.