FIFA World Player of the Year
في [[الدوري الإيطالي 2008–09|موسم 2008–09]]، بوفون غاب مرة أخرى بسبب الإصابات. من سبتمبر حتى يناير، الحارس المرمى الاحتياطي [[أليكس مانينغر|الكسندر مانينجر]] كان هو بديله وقد حصل على الثناء عندما حل محل بوفون. نظراً لإصابات بوفون المتكررة، مانينجر قدم أداء جيد مع يوفنتوس ولكن مع قرب نهاية الموسم كان أداءه هو والفريق ضعيف (بوفون كان ينظر بنظرة يأس عندما تعادل الفريق مع [[نادي ليتشي|ليتشي]] و[[أتالانتا]])، كانت هناك شائعات حول بوفون أن بوفون مستاءًا وأراد من إدارة النادي التدخل فوراً. وقد أعترف بنفسه أنه يشعر بخيبة أمل في النتائج الحالية، لكنه أكد أن ليس لديه أي نية لمغادرة الفريق. بعد نقاش مع الإدارة، اطمأن بوفون على مستقبلة مع الفريق ووقع عقد التمديد حتى عام 2013. أنهى بوفون ويوفنتوس الموسم بنبرة قوية مع إثنين من الانتصارات، وإنهاء الدوري في المركز الثاني خلف إنتر ميلان. كما خرج من [[كأس إيطاليا]] في دور نصف النهائي ضد الذي فاز باللقب [[نادي لاتسيو|لاتسيو]] والخروج في دور 16 من [[دوري أبطال أوروبا 2008–09|دوري أبطال أوروبا]] أمام [[تشيلسي]]. رُشح بوفون ل[[جائزة أفضل لاعب كرة قدم في العالم 2009|جائزة أفضل لاعب في العالم لعام 2009]] للموسم السادس على التوالي منذ أول ترشيح له في عام 2003. لعب بوفون مباراته رقم 300 مع يوفنتوس ولكن في تلك المباراة سقط فريقه في فخ التعادل على أرضه 3–3 أمام كييفو عام 2009.