第6回十字軍
しかし破門皇帝の身でありながら、1228年には第6回十字軍の総司令官としてシリアに遠征する。当時、アイユーブ朝のスルタン・アル＝カーミル（サラディンの甥）は国内での内紛などの諸事情もあって、フリードリヒ2世の軍と戦っているような余裕がなく、交渉によって聖地エルサレムをフリードリヒ2世に譲渡することで和睦した。フリードリヒ2世は、多くの犠牲者を出して争ったエルサレム奪回を無血で果たしたのである。これは現在においても高く評価されている。