بول بوت
في عام 1976 وصل الخمير الحمر إلى الحكم وأعلن عن دولة كمبوتشيا الديمقراطية والتي تبنت الإلحاد رسميًا، وبالتالي عانى المجتمع المسيحي في كمبوديا من حملات اضطهات واسعة إلى جانب كل من البوذيين والمُسلمين وقد تخللت هذه الحملات اعدامات وسجن المؤمنين وهدم الكنائس والمعابد. بين الأعوام 1975 حتى 1979 قاد بول بوت حملة من المذابح التي أودت بحياة ثلاثة ملايين شخص. وقد حظر حكومة بول بوت جميع الأديان وتأثر المجتمع المسيحي سلبًا من حظر الأديان والمذابح التي قام بها الخمير الحمر. عندما وصل وصل الخمير الحمر إلى السلطة، عاش حوالي 60,000 مسيحي كاثوليكي في كمبوديا، منهم 4,000 فقط من الخمير بينما كان معظمهم من الفيتناميين. نجا عدد قليل من المسيحيين الكاثوليك من مذابح بول بوت، منذ أوائل الثمانينيات من القرن العشرين بدأ العديد من المسيحيين الكاثوليك الناجين في العودة إلى كمبوديا. وفتحت العديد من الجماعات الكاثوليكية الأنشطة الدينية مرة أخرى عن طريق تنظيم الخدمات الليتورجية دون كهنة. في أيام الأحد والأعياد، التقى الكاثوليك إن أمكن للمارسة الطقوس المسيحية. طور عدد قليل من المسيحيين الكاثوليك والبروتستانت أشكال جديدة من التعاون المسكوني والمساعدة المتبادلة خلال هذه الفترة. من بين 10,000 بروتستانتي قتل 8,000 في حقبة الخمير الحمر، وبسبب مكانتها البارزة، تم تفجير كاتدرائية نوتردام الكاثوليكية الكبيرة في بنوم بنه وكنيسة الخمير الإنجيلية في باتامبانج.