Israeli Labor Party
En 1999, Lipkin-Shahak se unió al nuevo Partido de Centro, encabezado por Yitzhak Mordechai. En éste, fue elegido para la 15ª Knéset, cuando Ehud Barak fue elegido como Primer Ministro en representación del Partido Laborista Israelí. Lipkin-Shahak formó parte del gobierno de Barak como Ministro de Turismo (1999), y más tarde también como Ministro de Transporte (2000, en reemplazo de Mordechai). Poco después abandonó su partido. Cuando Barak no fue reelegido para 2001 (perdiendo contra Ariel Sharón), Lipkin-Shahak renunció a la Knéset.