حي بن يقظان
أهم ما يميز إنتاج زيدان فيما يتعلق بالفكر الفلسفي في الإسلام هو اهتمامه بالفلسفة المشرقية التي تعبر عن الفكر الفلسفي العربي الذي نزع عن نفسه ربقة الفكر المشائي اليوناني. لهذا نجد أهم أعماله في هذا السياق "حي بن يقظان، النصوص الأربعة ومبدعوها". لقد أخرج في هذا الكتاب النصوص التي تتناول قصة حي بن يقظان وتجلياتها المختلفة عند ابن سينا وابن طفيل والسهروردي وأضاف إليه نصًا آخر لم يكن قد حظي بشهرة سابقيه وهو نص فاضل بن ناطق لابن النفيس. وهكذا يكون هذا الكتاب أشمل إخراجٍ لواحدة من أعمق التيمات الفلسفية في التراث العربي. كما أن له كتاب آخر له أهمية كبيرة من زاوية مناقشة علم الكلام الإسلامي وأصوله وجذوره، وهو كتاب اللاهوت العربي، وجذور العنف الديني. والكتاب أيضاً يعد محاولة جديدة لفهم جذور العنف الديني في الديانات السماوية الثلاث: اليهودية، والمسيحية، والإسلام.