Battle of Naseby
1645年2月にトーマス・フェアファクスを総司令官とするニューモデル軍が創設されると副司令官に任命され、兵士の再登録にあたった。しかし騎兵戦の経験が無かったためクロムウェルも副司令官となった状態で6月14日のネイズビーの戦いに臨み、中央で歩兵隊を指揮して国王軍に挑んだが、攻撃の最中重傷を負うも戦場から離れず戦い続けた。戦後議会からこの行動を感謝され医者が派遣されたが、復帰には長い時間がかかり、1646年のに加わっただけだった。内戦終結後は議会と軍が対立、議会が軍縮の一環としてアイルランド遠征に軍の一部を派遣する計画が上がるとその指揮官に目されたが、スキッポンはクロムウェルらと共に軍の議会への抗議を提出、議会からは軍の実情を調査する役割を任じられ、軍と議会の仲裁にあたった。