収穫人戦争
1647年から1648年にナポリで発生したマサニエロの蜂起を鎮定、1651年までシチリア総督を務め、1651年からは2年がかりでカタルーニャの収穫人戦争の鎮圧に成功した。鎮圧に際してフアン・ホセは武力弾圧ではなく講和を優先し、カタルーニャ地方の臣民の支持を得た。その功績もあり、1652年から1659年にはネーデルラント最高司令官に任命されたが、スペインはオランダ共和国、フランスとの二正面戦を強いられ、元フランスの将軍でスペインに身を寄せていたコンデ公ルイ2世を加えてテュレンヌ率いるフランス軍と戦ったがネーデルラントの都市を次々と奪われ、1658年6月14日にフランス・スペイン戦争におけるダンケルク近郊の砂丘の戦いでフランス軍相手に手痛い敗北を喫してしまった。1669年以降はアラゴン総督と要職を歴任した。