福音宣教省
更に海外宣教、特にアメリカ大陸伝道を推進、ローマ学院で養成された多くの宣教師は世界各地へと赴いた。南北アメリカへ派遣された宣教師達は明暗が分かれ、1566年から1572年にかけてスペインからフロリダ半島へ派遣された遠征隊に同行したイエズス会士は、現地でインディアンに妨害されたり殺されたりして成果を挙げられなかったが、北アメリカの難航を見た宣教師達が南アメリカへ宣教先変更をフランシスコへ進言したため、イエズス会士は1568年にペルーへ、1572年にメキシコへ派遣された。ペルーはフランシスコが宣教に期待を寄せていたホセ・デ・アコスタら優秀な人材が現地の先住民の生活改善と布教に努力し言葉を翻訳、教会・学校などインフラ整備で成果を挙げ、メキシコのほかエクアドル（1586年）、コロンビア（1589年）、チリ（1593年）などフランシスコの死後新しい管区が開かれていった。フランシスコは海外宣教師へ宛てた文書で改宗者を注意深く教育することについて指摘、ピウス5世への提案に海外宣教活動を枢機卿からなる中央委員会に置くことを勧め、1622年の布教聖省（福音宣教省）設置に結実した。