プエブロの反乱
スペイン人はプエブロ・インディアンを強制的にキリスト教に改宗させたが、同時に先進の農業手法をプエブロ族にもたらし、ナバホ族やアパッチ族からの防衛を行ったため両者はうまく共存していた。しかし1670年代に飢饉が一帯を襲うとスペイン統治は弱体化し、1680年にはメディスンマンの取締りに端を発してポペに率いられたプエブロ・インディアンが武装蜂起し、プエブロの反乱を起こした。プエブロ族はサンタフェからスペイン人入植者を追い出し、10年以上に亘り部族統治を行った。プエブロの反乱は北米史で成功を収めた数少ないインディアンの反乱のひとつとして知られている。ところがサンタフェの統治権を巡ってプエブロ族内で激しい内紛が絶えず、また度重なる飢饉のためプエブロ族は次第に統治能力を失った。1692年にディエゴ・デ・バルガスに率いられたスペイン軍がサンタフェでプエブロ族の酋長たちと話し合い、この地を無血占領（Bloodless Reconquest）すると、サンタフェは1810年までヌエボ・メヒコの主都として栄え、同年に勃発したメキシコ独立戦争が1824年に終わると、サンタフェは新生メキシコの憲法によって、メキシコ領ヌエボ・メヒコの州都となった。