بنية البروتين
يعتمد التنبؤ ببنية البروتين الثالثية على معرفة بنية البروتين الأولية ومقارنة البنيات الممكنة المتنبَّئ بها مع بنيات ثالثية معروفة في بنك بيانات البروتينات، وهذا لا يَؤخذ في الحسبان سوى أن المحيط السيتوبلازمي الموجود أثناء تخليق البروتين هو مماثل إلى حد ما للمحيط السيتوبلازمي الذي أثر على بنية البروتينات المسجلة في بنك بيانات البروتينات.