T세포
제2형 주조직 적합성 복합체에 있는 펩타이드 조각은, 체내에 있는 수많은 T세포에 의해 인식될 수 있게 된다. 즉, T세포 수용체가 제2형 주조직 적합성 복합체와 결합을 시도하게 되는데, 이때 어느 펩타이드가 제2형 주조직 적합성 복합체 위에 있느냐에 따라 T세포 수용체와의 결합 강도가 정해진다. 만약 충분히 강한 결합이 형성되면, T세포는 비로소 활성화되어, 여러 사이토카인을 분비하여 면역 반응을 일으키게 된다.