Casi famosos
No fue hasta que consiguió el papel de Rogue en la película "X-Men" (2000) cuando obtuvo nuevamente el reconocimiento mundial, dicho papel lo repetiría en las secuelas: "X-Men 2" (2003) y ' (2006) y un cameo en la versión cinematográfica de ' (2014). No obstante la carrera de Anna Paquin siguió más vinculada al cine independiente que al comercial. Tras grabar X-Men se puso a las órdenes de Cameron Crowe en la aplaudidísima y premiada con un Óscar al mejor guion original "Casi famosos" (2000). Anna impresionó tanto al director durante su audición que desarrolló más su personaje para la película. También fue dirigida ese año por Gus Van Sant en "Descubriendo a Forrester". Durante las vacaciones de invierno de su primer año en la Universidad de Columbia (2000) se trasladó a Alemania para rodar junto a Joaquín Phoenix "Buffalo Soldiers", un drama bélico con tintes de comedia y un trasfondo de crítica hacia el ejército estadounidense que fue estrenada en el Festival Internacional de Cine de Toronto en 2001 tan solo tres días antes de 11-S. Debido al contexto social surgen fuertes críticas de algunos sectores de la sociedad por lo que el estreno en cines fue pospuesto hasta 2003. En 2002 se traslada a España a grabar la cinta de terror "Darkness" del director catalán Jaume Balagueró y unos meses más tarde consigue un papel en "25th Hour" del director Spike Lee junto a Edward Norton y Philip Seymour Hoffman, en ella interpreta a la problemática alumna por la que Philip Seymour Hoffman se siente atraído. Anna sustituyó a Brittany Murphy dos días antes de que comenzara el rodaje. Para este papel se hizo un piercing en el ombligo.