第三次対仏大同盟
フェルディナントは有能な統治者だった。彼はの医学部を創設、高名な教師を任命して教育改革を行わせた。またバート・ガスタイン、、の山道の改善を命じたが、経済改革についてはザルツブルクのギルドに反対された。1805年10月、第三次対仏大同盟戦争によりフランス軍が再び侵攻してくると、フェルディナントは前任者のコロレド大司教のようにザルツブルクを離れて、ウィーンにある兄の宮廷へ向かうことを余儀なくされた。