カネム・ボルヌ帝国
ソンガイ王国滅亡後、この地域に流域を束ねる巨大帝国が出現することはなかった。サアド朝はトンブクトゥやガオなど主要都市に代官を置いて統治したものの、まもなく本国モロッコで内乱が起き、サアド朝の統治権は名ばかりのものとなった。駐留軍のモロッコ人は土着化しつつ1833年までガオ、トンブクトゥ、ジェンネといった重要都市の支配権を握り続けたものの、流域全体に支配権を及ぼす力はなく、それ以外の地域には群小国家が乱立することとなった。政情の不安定化と大勢力の消滅は交易の拠点の東遷を招き、サハラ交易のメインルートは東のハウサ諸王国や、さらに東のカネム・ボルヌ帝国へと移っていった。そんな中、1660年ごろにセグーで建国された（セグー王国）が、幾度かの消長を繰り返しながら内陸デルタの最大勢力となっていった。これまでの内陸デルタの諸王国とは違い、バンバラ王国はイスラム教を受け入れず独自の宗教を維持し続けた。バンバラ人がイスラム教を受け入れるのは19世紀のフラニの聖戦（後述）以後のこととなる。