Popish Plot
1678 beschuldigte ihn Titus Oates, Teilnehmer an der Papisten-Verschwörung zu sein und Howard wurde im Tower of London inhaftiert. Obwohl in den Folgejahren die fiktive Natur der Verschwörung und ihre Instrumentalisierung offenkundiger wurde, wurde Howard während einer öffentlichen Aufwallung antikatholischer Gefühle im November 1680 zum Tode verurteilt. Sein Hauptentlastungszeuge, Richard Gerard of Hilderstone, war „vorsichtshalber“ verhaftet worden, um den angestrebten Richterspruch nicht zu gefährden. Am 29. Dezember 1680 wurde William Howard, Viscount Stafford auf dem Tower Hill geköpft und in Folge wie schon sein Großvater in der Kirche St. Peter ad Vincula auf dem Gelände des Tower begraben. Anders als bei seinem Großvater sind seine Gebeine bis heute dort bestattet.