Zinc finger
すべての LINE は少なくとも1つのタンパク質、ORF2 をコードする。ORF2 は RT ドメインとエンドヌクレアーゼ (EN) ドメインをあわせもち、EN 領域は N 末端 および C 末端 RLE のどちらかもしくはまれに両方の活性をもつ。ドメインが存在することもある。進化的に古い R2 および RTE スーパーファミリーを除いて、LINE は通常 ORF1 と呼ばれる別のタンパク質をコードする。ORF1 は Gag-knuckle 型ジンクフィンガー、 ()、エステラーゼのいずれかもしくはすべてを持つ。植物、真菌、昆虫においては 比べて LINE の頻度は低いが、脊椎動物においては頻度が高く、特に哺乳動物においてはゲノムの約20％を占める。