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松本藩最初的藩主是石川數正，數正原為德川家家臣，小牧長久手之戰後，突然投靠豐臣秀吉。1610年（慶長15年），因為家中騷亂被減封，3年後又因為大久保長安事件，第二代康長被撤去藩主一職。其後由小笠原秀政入主，在第二代藩主忠真移執至明石藩後，由高崎藩松平康長以7萬石大名身份入主松本。第二代康直同移封明石藩。由結城秀忠後代松平直政管治，半年後被調往松江藩。之後由老中堀田正盛接替。當正盛移封佐倉藩後，由吉田藩水野忠清接替。