东北虎
孙军从未正式退役，但从2005年起淡出球场。由于孙军在吉林东北虎篮球队的核心地位，很早就在队中兼任教练。从2003年起，担任吉林东北虎篮球俱乐部总经理。2004年担任中国国家女篮教练。2008年加入中国国家男篮教练组，任前锋组教练。同年10月29日孙军成为东莞烈豹助理教练並利用其的名气提升东莞队在CBA的影响力。12月14日成为东莞烈豹的执行教练。