ウィスキー税反乱
1794年、モーガンは短期間国軍に呼び戻され、ウィスキー税反乱を鎮圧する軍隊を指揮した。軍隊の示威行動のみで一発の銃弾を発射することもなく、反乱は収まった。モーガンは連邦党から2度連邦議会議員選挙に出馬した。1794年は落選したが、2回目は当選し1797年から1799年まで議員を務めた。モーガンは1802年の66歳の誕生日にウィンチェスターの娘の家で死んだ。最初はオールドストーン長老派教会墓地に埋葬されたが、後の南北戦争後にウィンチェスターのマウント・ヘブロン墓地に移葬された。1950年代初期、その遺骸をカウペンスに移す動きがあったが、フレデリック・ウィンチェスター歴史協会が巡回裁判所の差止め命令を得てそれを止めた。この出来事は雑誌ライフに載ったやらせ写真に写された。