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주손지는 겐무(建武) 4년(1337년)에 큰 화재로 곤지키도를 제외한 대부분의 전각이 불타버렸다. 에도 시대(江戸時代)에 주손지는 센다이 번(仙台藩)의 영내에 들었고, 다테 씨(伊達氏)의 비호를 받아 절간의 보수와 건립이 이루어졌다. 조오(承応) 3년(1654년)부터는 센다이 센가쿠인(仙岳院)이 벳토지(別当寺)가 되었다. 간분(寛文) 5년(1665년)에는 에도 간에이지(寛永寺)의 말사가 되었는데, 겐로쿠(元禄) 2년(1689년)에 《오쿠노 호소미치》(奥の細道)라는 기행문으로 유명한 마쓰오 바쇼(松尾芭蕉)가 절을 방문했을 때는 이미 주손지가 거의 황폐화되어 있었기 때문에 이를 한탄했다는 일화가 있다.