Threatened species
旗艦種的應用仍有侷限性，因為旗艦種在管理上可能會與其他受威脅物種發生衝突。如果旗艦種消失，相關利益者可能會受到負面影響。旗艦種的效應有時很有限，而且此種方式可能無法保護該生物群體免於滅絕，例如10大具有魅力的動物群體，包括老虎、獅子、大象、長頸鹿等，目前仍都處在瀕危狀態。