Логроньес
В 1989 году защитник перешёл в «Сельту», а в 1992 году помог клубу выйти в Ла Лигу. С 1993 по 1997 Хуан Карлос выступал за такие клубы, как «Логроньес» и «Толедо». В период с 1997 по 2000 он входил в состав футбольного клуба «Кордова».