Ору-Прету
Шагас был сыном "Жозе Жустиниану дас Шагаса" (), кофейного плантатора (предками которого были фермеры, приехавшие в Бразилию из Португалии ещё в середине XVI века), и "Марианы Кандиды Шагас" (). Отец мальчика умер, когда ему было всего 4 года. В семилетнем возрасте был направлен в школу-интернат иезуитов, располагавшийся в Иту (Сан-Паулу; позже продолжал обучение в средней школе в Сан-Жуан-дел-Рей и в горной школе в Ору-Прету (Минас-Жерайс). Под влиянием дяди-врача поступил в 1897 году в медицинский институт в Рио-де-Жанейро, который окончил в 1902 году.