Srpska Liga
Von dort an verbrachte der Verein sein Bestehen überwiegend im Amateurbereich. 2009 wurde jedoch der Aufstieg in die Srpska Liga Vojvodina geschafft, eine der vier Sektionen der dritten Liga, und eine Saison später der in die Prva Liga. Die Saison 2011/12 beendete man sensationell auf dem zweiten Platz, der zum Aufstieg in die SuperLiga qualifizierte. So gelangen dem FK Donji Srem drei aufeinander folgende Aufstiege. Seitdem konnte man sich in der 1. Liga halten.