アンドロニコス2世パレオロゴス
アヤソフィアは13世紀、ラテン帝国の支配にあった1204 - 1261年にはカトリックの影響下に置かれた（背景については「第4回十字軍」参照）。1261年の奪還後、床の装飾の一部にボードゥアン1世の墓碑文は、ビザンティンの人々が吐き捨てる唾に晒された 。奪回した時、教会は荒れ果てた状態にあった。1317年、アンドロニコス2世パレオロゴスは亡き妃ヴィオランテ・ディ・モンフェラートの遺産を使い、教会の東と北に4つのバットレスを新設した。