Association of Football Federations of Azerbaijan
دوري أذربيجان الممتاز 1999-00 هو الموسم 9 من  دوري أذربيجان الممتاز. أقيم خلال الفترة أغسطس 1999 وحتى 20 مايو 2000، وأشرف على تنظيمه اتحاد أذربيجان لكرة القدم، وكان عدد الأندية المشاركة فيه  12، وفاز فيه نادي شامكير.