Prozessorzeit
Zwischen 2000 und 2010 hat sich die Länge einer Aminosäuresequenz der von Folding@home untersuchten Proteine um den Faktor vier erhöht, während sich die Zeitskalen für Proteinfaltungssimulationen um sechs Größenordnungen erhöht haben. Im Jahr 2002 verwendete Folding@home Markov-Zustandsmodelle um eine Prozessorzeit von ungefähr eine Million Tagen mit Simulationen über einen Zeitraum von mehreren Monaten durchzuführen, und im Jahr 2011 erfolgte eine parallele Verarbeitung einer weiteren Simulation, die insgesamt eine Prozessorzeit von 10 Millionen Rechenstunden erforderte. Im Januar 2010 simulierte Folding@home mithilfe von HMM die Dynamik des langsam faltenden NTL9-Proteins mit 32 Aminosäureresten mit einer Simulationszeit von 1,52 Millisekunden, eine Zeitskala, die mit experimentellen Vorhersagen der Faltungsrate übereinstimmt, aber tausendmal länger als die früher erreichte Zeit ist. Das Modell bestand aus vielen einzelnen Trajektorien, die jeweils um zwei Größenordnungen kürzer waren, und lieferte eine genaue Darstellung der Energielandschaft des Proteins.