대륙회의
버몬트에는 영국군과 대륙군 탈영병의 피난처가 있었다. 앨런은 오늘 벌링턴 시가 된 위누스키 강 하류 삼각주에 있던 자택에 자리 잡았다. 알렌은 버몬트 의회에서 활발하게 활동을 계속하였고, 버몬트 군 장군에 임명되었다. 1778년, 앨런은 대륙회의 장소에 등장 버몬트가 독립국이 된 것을 인정하라고 촉구했다. 뉴욕 식민지와 뉴햄프셔 식민지 사이의 버몬트에 관한 분쟁이 남아 있었기 때문에 대륙회의는 버몬트의 독립을 인정하는 것을 망설였다. 앨런은 이어 1780년부터 1783년까지 캐나다 총독과 교섭을 계속하였고, 버몬트를 군사적으로 보호하기 위해 영국 식민지 중 하나로 남아 생존을 도모했다. 이 때문에 대륙회의는 앨런을 반역죄로 고발했다. 그러나 캐나다와 협상이 분명히 버몬트의 군사 행동을 일으킨 경우를 상정한 것이었기 때문에 기소되지는 않았다.