Operación Puerto doping case
Nachdem kurz vor der Tour de France 2006 im Rahmen der Ermittlungen im Dopingskandal Fuentes eine Liste von 58 verdächtigen Fahrern bekannt wurde, wurden alle genannten Fahrer, darunter Basso, nach einer Abrede der Teammanager vom Start ausgeschlossen. Basso, der jede Verwicklung in den Skandal leugnete, wurde von seinem Team CSC suspendiert.