转录因子
转录因子能够与这样类似的序列结合，此外还有和相对较短的序列结合的倾向。因此，由于DNA序列足够长，也难怪会偶然出现一些可以结合的区域。然而实际上，转录因子并不结合到全部拥有兼容性的序列上。比如与DNA的亲和性以及耦合因子的使用可能性，其他的制约缩小了转录因子实际的结合范围。综上，有的DNA序列即使被全部解析，我们也无法简单预测那里实际上是否有转录因子结合的位点。