Тупак Амару
Существует точка зрения, что исполнение несправедливого приговора над Тупаком Амару в 1572 стало большим пятном на репутации вице-короля Толедо. Есть и противоположные позиции — что Тупак Амару принимал участие в восстании и что Франциско де Толедо предпринимал попытки мирного решения разногласий, что трое его послов к инкам были убиты, и что Тупак Амару впоследствии руководил войсками, сопротивляясь колониальной армии. Король Испании Филипп II отнёсся к казни с осуждением.