المعهد الألماني للآثار
في السنوات التالية، أجرت مارغريت أبحاثًا شاملة في البحر الأبيض المتوسط. كانت أول امرأة تتلقى منحة سفر من المعهد الألماني للآثار في عام 1909. ومنذ ذاك الحين وحتى عام 1914، أجرت الأبحاث في أثينا ولاحقًا في روما. أصبحت عضوًا في المعهد الألماني للآثار في عام 1913. عندما نشبت الحرب العالمية الأولى، عادت بايبر إلى ألمانيا وعملت موظفة في الصليب الأحمر. من عيد الفصح عام 1915، علمت الحلقات الدراسية وأدارت معهد الآثار في جامعة برلين لمدرسها السابق جورج لويشك الذي كان مريضًا. بعد أن فارق الحياة في نوفمبر عام 1915، عُيّن خليفة له ولم تتمكن من الاستمرار في التعليم لأن النساء لم يحصلن على التأهيل في ذاك الوقت. تابعت بايبر تعليم الدورات الخاصة خارج منزلها، وكانت دورا وإروين بانوفسكي من بين طلابها.