Battle of South Mountain
アプトンは第4アメリカ砲兵隊の少尉に任官され、5月14日には中尉として第5第4アメリカ砲兵隊に配転され、アービン・マクドウェル准将の北東バージニア軍で、ダニエル・タイラー准将の副官となった。7月21日の第一次ブルランの戦いでは、ブラックバーンズフォードでの戦闘中に腕と左脇腹を負傷したが、戦場を去ろうとはしなかった。1862年の半島方面作戦と七日間の戦いの間、第6軍団砲兵予備隊でその砲兵隊の指揮を執った。メリーランド方面作戦では、サウス山の戦いのクランプトンギャップでの戦闘やアンティータムの戦いを含め、第6軍団第1師団の砲兵旅団を指揮した。