Club Universidad de Guadalajara
Эрнандес — воспитанник мексиканского клуба «Индиос». 13 ноября 2010 года в матче против «Леонес Негрос» он дебютировал в Лиге Ассенсо. В 2013 году Алонсо перешёл в «Монтеррей». 20 апреля в матче против «Сантос Лагуна» он дебютировал в мексиканской Примере. 27 августа 2014 года в поединке Кубка Мексики против «Атлетико Сан-Луис» Эрнандес забил свой первый гол за «Монтеррей».