Guerra filipino-estadounidense
La cuarta batería era Battery Thomas, llamada así por el capitán Evan Thomas, que había muerto en la batalla de Sand Butte en 1873 durante la Guerra de Modoc. El armamento de esta batería consistía en dos cañones Armstrong británicos de fuego rápido de 4,7 pulgadas. El papel de la batería era evitar que las naves enemigas más pequeñas pasaran por el canal del barco frente al fuerte. La batería se desactivó en 1917 y se retiraron sus armas. La quinta batería fue Battery Schenk, llamada así por el teniente William T. Schenck, quien murió en acción en Luzón en 1900 durante la Guerra filipino-estadounidense. La batería inicialmente tenía dos, luego se incrementó a tres, cañones de fuego rápido de 3 pulgadas. También protegió el canal de navegación.