Castillo de Edimburgo
Durante sus años de matrimonio, Jean vivió un tiempo en Dunoon Castle, donde su medio-hermana, María de Escocia, la visitó en 1563, y realizó varias donaciones estando allí. En la noche del 9 de marzo de 1566, Jean Stewart, su madre Elizabeth, y su medio hermana María fueron testigos del asesinato del secretario de la reina, David Rizzio, en el Palacio de Holyrood. Después del "lang siege" del Castillo de Edimburgo en 1573, Lady Jean fue tomada prisionera.