Republic of Genoa
1492年，热那亚共和国入侵科西嘉，将阿雅克肖划为的省会，并在阿雅克肖建立了一处军事城堡，被称为“博洛营地”（），这一年普遍被认为是阿雅克肖建城史的开端。至16世纪初，阿雅克肖城堡附近出现了村落，人口数量超过700。1553年帕尔马围城战期间，法国元帅曾驻扎阿雅克肖，并在此地创建了图书馆等设施，后于1559年返回法兰西大陆。1563年，西班牙国王腓力二世率兵占领了阿雅克肖，将阿雅克肖城堡扩建成为科西嘉西海岸重要的港口及防御工事。1575年，热那亚共和国军队反攻阿雅克肖，重新开始对这一地区的统治。17世纪后，热那亚共和国对科西嘉的苛政引发了当地居民的不满及反抗，自18世纪中期开始，科西嘉爱国者帕斯夸莱·保利开始组织一系列示威活动，谋求科西嘉独立。1768年，热那亚共和国为获得法兰西王室对其在意大利战争中的支持，通过《凡尔赛条约》将科西嘉整体卖给了法国。