Стронгест
Фернандес — воспитанник клуба «Блуминг». 26 марта 2018 года в матче против «Стронгест» он дебютировал в чемпионате Боливии. 11 марта 2019 года в поединке против «Стронгест» Роберто забил свой первый гол за «Блуминг». В том же году Фернандес перешёл в испанский «Культураль Леонеса». 15 сентября в матче против «Логроньеса» он дебютировал в Сегунде B.