器官捐贈
2002年（民國91年），取得國立臺灣大學醫學院臨床醫學研究所醫學博士。2002年6月6日衛生署成立「財團法人器官捐贈移植登錄中心」，同年因為當時全臺灣只有柯文哲一個人同時了解器官捐贈與心、肺、肝、腎、胰臟等器官移植兩大領域知識，於是接受衛生署醫政處委託，與臺大資訊室掛名專案方式，建立網路器官捐贈登錄制度，並由柯文哲執行。2005年，器官捐贈移植登錄分配系統上路，其中的檢驗程序、表格設計、配對規則、電腦系統軟硬體，以及器官勸募組織的制度，主要由柯文哲負責主導及規劃。臺灣的器官捐贈及移植制度在此後建立。