معمودية يسوع
لا يذكر الإنجيل بشكل مباشر معمودية يسوع، لكنه يقتبس من وصف يوحنا المعمدان لنزول الروح القدس على هيئة حمامة، تمامًا مثل رواية الأناجيل الإزائية. هناك عدة خطابات وعظات ليسوع غائبة عن هذا الإنجيل لكنها موجودة في الأناجيل الإزائية، مثل العظة على الجبل وكلمات يسوع فوق جبل الزيتون عن نهاية العالم والدينونة، بالإضافة إلى طرد المسيح للأرواح الشريرة. لم يذكر إنجيل يوحنا جميع الرسل الاثني عشر، لكنّه يذكر رسولًا غير موجود في الأناجيل الإزائية وهو نثنائيل، والذي غالبًا ما يُعتقد أنه ذاته برثولماوس. يتكلم إنجيل يوحنا كذلك عن شكوك الرسول توما في قيامة يسوع بعد ظهوره للتلاميذ، وهو حدث غير مذكور في الأناجيل الإزائية، وأصبح ذلك يُعرف باسم "توما المشكك".