Ausschuss für Haushaltskontrolle
Nach der Europawahl in Deutschland 2004 wurde Chatzimarkakis Abgeordneter im Europäischen Parlament. Er war Mitglied im Ausschuss für Haushaltskontrolle und stellvertretendes Mitglied im Ausschuss für Industrie, Forschung und Energie. Er war außerdem Vorsitzender der Delegation im gemischten parlamentarischen Ausschuss EU-Ehemalige Jugoslawische Republik Mazedonien. Im Zusammenhang mit dem Maßnahmenbündel der Europäischen Kommission zur Verbesserung der Arzneimittelsicherheit in der EU trat Chatzimarkakis für eine Lockerung des Werbeverbots für verschreibungspflichtige Medikamente ein.