Депортес Киндио
Медина воспитанник клуба «Атлетико Насьональ». 12 декабря 2012 года в поединке против «Депортес Киндио» он дебютировал за команду в Кубке Мустанга. 29 июля 2012 года в матче против «Депортиво Кали» он забил свой первый гол за клуб. В составе «Атлетико» Стефан трижды выиграл национальное первенство и стал двукратным обладателем Кубка Колумбии.