Kosovo Liberation Army
كرئيس، واصل روغوفا دعمه للطريق اللاعنفي للحصول على الاستقلال حتى مع قيام مؤيدي المقاومة المسلحة بتشكيل جيش تحرير كوسوفو لمواجهة زيادة القمع الصربي المتزايد على المواطنين من الأصول الألبانية. في عام 1998، حصل روغوفا على فترة ولاية رئاسية ثانية، ولكنه أصبح على خلاف مع جيش تحرير كوسوفو عندما اندلعت حرب كوسوفو. في عام 1999، شارك كعضو في وفد كوسوفو في محادثات رامبوييه الغير ناجحة التي كانت محاولة لوضع نهاية للقتال الجاري آنذاك. أقام رغوفا في العاصمة بريشتينا طوال فترة رئاسته وتم اعتقاله من قبل السلطات الصربية عندما بدأت قوات حلف شمال الأطلسي بقيادة الولايات المتحدة حملة جوية ضد الفظائع الصربية في كوسوفو. تم نفيه إلى روما في ايار 1999 وعاد إلى كوسوفو في صيف ذلك العام بعد وقت قصير من سيطرة جيش تحرير كوسوفو وحلف شمال الأطلسي على كوسوفو.