Satsuma Province
Willis beteiligte sich am Boshin-Krieg als Leiter der medizinischen Einsätze für die Provinz Satsuma. Während der Schlacht von Toba-Fushimi richtete er ein Militärhospital im Tempel Shōkoku-ji in Kyoto ein, nicht weit entfernt von der Frontlinie. Bis zum Ende des Boshin-Krieges setzte er seine Einsatztätigkeit als Medizinberater für die Satsuma Provinz fort.