Convention on the Conservation of Migratory Species of Wild Animals
Der Syrdarja-Schaufelstör ist vor allem durch die Zerstörung seines Lebensraums bedroht. Der letzte Nachweis der Art stammt von 1960, so dass sie effektiv wahrscheinlich ausgestorben ist. Sie wird im Anhang II des Washingtoner Artenschutz-Übereinkommens und Anhang II der Bonner Konvention gelistet und in der Roten Liste der IUCN als vom Aussterben bedroht ("Critically Endangered") eingeordnet.