黎昭統帝
景興四十七年（1786年），阮惠率西山軍北伐，攻滅鄭主。隨後阮惠將黎昭統帝扶上皇位。此時吳時任前往投奔，被昭統帝任命為戶部都給事中。後為校討兼纂修國史，繼續編寫父親吳時仕的《大越史記全書續編》，並修訂了黎熙宗至黎懿宗之間的五朝實錄。吳時任經西山朝中書令陳文紀的推薦，得到了阮惠的欣賞，擔任工部侍郎。阮惠率軍離開昇龍（今河內市）的時候，留大司馬吳文楚管理北河事務，吳時任則作為阮惠的親信謀士留在了昇龍。