Депортиво Мальдонадо
Перес — воспитанник клуба «Рентистас». 7 марта 2020 года в матче против «Депортиво Мальдонадо» он дебютировал в уругвайской Примере, в составе последнего. В этом же поединке Франко забил свой первый гол за Рентистас.