美國運輸部
一直到2005年年底，維珍美國航空才募足了第一筆的營運基金，並向美國運輸部與聯邦航空局提出營運申請。。在決定是否批准該公司的營運申請過程中，引發兩極化的聲浪與討論。來自加州與紐約州的代表支持該航空公司的成立（因為維珍美國航空一開始的航線為往來舊金山，洛杉磯與紐約）。然而最大的反對聲浪來自航空機師協會、全國航空勞工聯盟，與以大陸航空為首幾家航空公司。因為爭議無法解決，維珍美國航空的審查案一延再延。來自反對陣營最大的疑慮，是維珍美國航空在實質上不會是美國人所管理的公司，有可能由維珍集團在背後控制。 在2006年12月7日，美國運輸部正式否決了維珍美國航空的申請案。