Motoko Kusanagi
原作や映画版では「人形遣い」を中心に話が進行するが、本作品では「もし草薙素子が人形遣いと出会わず、公安9課に残っていたら」という前提に立ったパラレルワールドとして物語が展開される。一連のS.A.C.シリーズにおけるストーリーは完全オリジナルだが、原作や映画版に対するオマージュが随所に見られる。また「電脳化・義体化社会における人間の定義」という原作のテーマよりも、近未来を舞台に現代社会にも通じる社会問題を主題としている。