David Farragut
1862年8月、ブキャナンは海軍大将に昇進し、アラバマ州モービル湾の海軍部隊の指揮を執ることとなった。そこで装甲艦テネシーの建造を監督し、テネシーが完成するとそれに乗艦し、1864年8月5日のモービル湾の海戦で、北軍のデヴィッド・ファラガット少将の艦隊と戦った。ブキャナンはこの戦闘で負傷し捕虜となった。捕虜交換で開放されたのは1865年2月であった 。その後負傷休暇をとったが、休暇中に南北戦争は終結した。