DNAマイクロアレイ
最近発展してきた方法では、QTL解析と遺伝子発現プロファイリング（DNAマイクロアレイを用いて発現パターンを調べる方法）が組み合わせて用いられている。このような発現QTL（e-QTL）を用いると、疾病など形質に関連する遺伝子そのものの他、その発現に影響する調節因子（遺伝子近傍にある調節配列などのシス因子、および遺伝子に結合する転写因子の遺伝子などのトランス因子）を明らかにすることが可能である。