Текнико Университарио
Рохас начал профессиональную карьеру в клубе «Текнико Университарио». В 2009 году он перешёл в «Эмелек», с которым в первом же сезоне завоевал серебро Примеры А. В 2011 году Рохас на правах аренды отправился в мексиканский «Монаркас Морелия». 9 января в матче против «Атласа» он дебютировал в мексиканской Примере. 20 февраля в поединке против «Америки» Жоао забил свой первый гол за команду. После удачного сезона руководство «персиков» выкупило трансфер Рохаса у «Эмелека». После бронзы Клаусуры, Жоао провёл ещё два сезона в Морелии.