Guinea pig
系統發生學研究顯示水豚屬與岩豚鼠屬有較近的親緣關係，因此都被放在豚鼠科下。Woods 和 Kilpatrick 將其分在水豚亞科下，水豚亞科和岩豚鼠屬在1200萬年前的中新世中期開始分別進化。