Swiss Super League
스위스 슈퍼리그 2012-13 시즌이 종료되었을 때, 엘네니는 바젤에서 리그 우승과 스위스컵 준우승을 이룩하였다. UEFA 유로파리그 2012-13에서 바젤은 준결승전까지 진출하여, UEFA 챔피언스리그의 디펜딩 챔피언인 첼시를 상대하였으나, 홈과 원정에서 모두 패하며, 합계 2-5로 탈락하였다.