Swiss National Museum
Das Hauptgebäude sowie die Stiftung der Nationalbank von Griechenland tragen seinen Namen, ebenso ist eine Strasse in Athen nach ihm benannt. Im Stadthaus in Genf (ehemals Palais Eynard) und im Nationalgarten in Athen ist je eine Büste von Eynard aufgestellt. Sein fotografischer Nachlass befindet sich im Schweizerischen Landesmuseum Zürich.