东京大学
1984年，相田卓三开始担任东京大学合成化学系的助理教授。在他的早期的研究生涯，他致力于使用金属卟啉配合物开发精密的大分子合成。1986年，相田卓三作为访问学者赴美国IBM Almaden研究中心开展研究。1989年晋升为东京大学讲师，1991年晋升为东京大学副教授，1996年起担任东京大学化学与生物技术系的全职教授。