Puits de Jacob
Les relations avec les Juifs restent difficiles. Une crise éclate ainsi sous le procurat de Coponius (6-8 ap. J.-C.), lorsque « des Samaritains, entrés en secret à Jérusalem, jetèrent des ossements humains sous les portiques. Dès lors on interdit à tous les Samaritains l'accès du Temple, ce dont on n'avait pas l'habitude auparavant ».Parlant de l'époque de Jésus (dans les années 30 du premier siècle), l'Évangile selon Jean témoigne encore des mauvaises relations entre Samaritains et Juifs : le dialogue entre Jésus et la Samaritaine au Puits de Jacob rappelle que « les Juifs, en effet, n’ont pas de relations avec les Samaritains ». Des Juifs utilisent aussi l'accusation de « samaritain » contre Jésus : « N'avons-nous pas raison de dire que tu es un Samaritain et que tu as un démon? ».