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Heike Egner studierte Publizistik, Geographie und Politikwissenschaft an der Johannes Gutenberg-Universität Mainz und beendete 1995 das Studium mit dem Abschluss Magister Artium. Im Jahr 2001 wurde sie am Geographischen Institut der Universität Mainz mit der Arbeit "Trend- und Natursport als System. Die Karriere einer Sportlandschaft am Beispiel Moab, Utah" promoviert. 2007 habilitierte sie sich dort mit einer Arbeit zum Thema "Gesellschaft, Mensch, Umwelt – beobachtet. Ein Beitrag zur Theorie der Geographie".