Water quality
Sie ist bereits wenige 100 Meter nach dem Quellgebiet einer Belastung durch Abwässer aus Haushalten und Landwirtschaft unterworfen und muss mit Gewässergüteklasse II-III bewertet werden. Im weiteren Verlauf verbessert sich die Gewässergütesituation der Werre jedoch wieder, sodass der Werreabschnitt von Horn-Bad Meinberg bis Detmold der Gewässergüteklasse II (mäßig verschmutzt) zugerechnet werden kann. In der Ortspassage Detmolds bis zur Einmündung des Knochenbaches am westlichen Stadtrand weist die Werre einen höheren Verschmutzungsgrad auf und wird mit Gewässergüteklasse II-III bewertet. Mit Einmündung des Knochenbaches, der im Unterlauf ebenfalls der Gewässergüteklasse II zugeordnet wird, bessert sich die Gütesituation erneut auf Gewässergüteklasse II. Zwischen der Einmündung des Bentgrabens und des Bexterbaches weist die Werre lokal eine verschlechterte Gewässergüte auf und ist kritisch belastet (Gewässergüteklasse II-III). Nach einer lokalen Güteverbesserung auf Gewässergüteklasse II muss die Ortspassage Schötmars, Bad Salzuflens sowie Ahmsens erneut mit Gewässergüteklasse II-III beurteilt werden.