Grover Cleveland
1886年、トンプソンはグロバー・クリーブランド大統領から財務次官補に指名された。トンプソンはそれを受理し、サウスカロライナ州知事を辞任した。1889年、トンプソンはベンジャミン・ハリソン大統領から国家公務員任用委員会の委員に指名され、就任した。