Albert VII
Количество сторонников Реформации и приверженцев учения Мартина Лютера, среди которых были герцоги Мекленбурга Генрих V и Альбрехт VII, в Мекленбурге росло. Альбрехт VII вскоре вновь вернулся в католицизм, а его брат Генрих признал новое учение и в 1526 году вступил в Торгауский союз. Открытый конфликт между двумя братьями привёл к разделу Мекленбурга на Шверин и Гюстров, состоявшемуся 7 мая 1520 года по Нойбранденбургскому династийному договору. Доберанский монастырь оказался в шверинских владениях, подчинённых Генриху V. В 1521 году он назначил в Ростокский университет реформатора Иоахима Слютера. Благодаря Слютеру возникли тесные контакты с Виттенбергом. Слютер был также тем, кто продвигал Реформацию в Мекленбурге. Доберанский монастырь находился под защитой герцога, тем не менее, в ходе генеральной визитации, инициированной в 1552 году Иоганном Альбрехтом I, был опубликован пересмотренный церковный устав, урегулировавший вопросы секуляризации мекленбургских монастырей и передачу их имущества в домен правителей Мекленбурга. Так закончилась эра Доберанского монастыря, получившего подтверждение своих привилегий от императора Священной Римской империи Карла V в 1530 году. 7 марта 1552 года между аббатом Николаусом Пеперкорном и герцогом было заключено соглашение. Аббат заверил герцога в том, что монастырь передаст своё имущество добровольно и без принуждения и вместе со своими братьями удалился в дочерний монастырь Пельплин. Вероятно, упадок монастыря уже наметился до этого, поскольку он был вынужден отказаться от своего доминирующего положения в Ростокском университете ещё в 1419 году. В Доберане разместилась герцогские службы, а монастырь со своими владениями был передан герцогскому военачальнику Юргену Ратенову. Монастырская церковь лишилась своих реликвий, а монастырские сооружения подверглись частичному разрушению. Герцог Ульрих Мекленбург-Гюстровский сумел остановить этот процесс и спасти монастырскую церковь, в которой находились захоронения правящего дома. Вскоре после этого по инициативе супруги Ульриха, герцоги Елизаветы, в монастыре начался ремонт.