كانتون فريبورغ
ولد لويس أغاسي في موتير (جزء من أوت-فولي في الوقت الحاضر) في كانتون فريبورغ السويسري. بما أنه ابن القس أغاسي، فقد تلقى تعليمه بداية في المنزل، ثم أمضى أربع سنوات في المدرسة الثانوية في بيان، ليلتحق بلوزان في عام 1818 ويكمل دراسته الابتدائية فيها. درس أغاسي في جامعات زيورخ وهايدلبرغ وميونيخ تواليًا، وأثناء وجوده هناك، وسّع معرفته بالتاريخ الطبيعي ولا سيما علم النبات. في عام 1829، حصل على درجة الدكتوراه من جامعة إرلانجن، وفي عام 1830، حصل على درجة دكتوراه في الطب من ميونيخ. انتقل إلى باريس، وكان تحت وصاية ألكسندر فون همبولت (ولاحقًا كرمه المالي). أطلق همبولت وجورج كوفييه على التوالي مسيرته المهنية في الجيولوجيا وعلم الحيوان، لكن علم تصنيف الأسماك سرعان ما أصبح محور عمل حياته.