Каирский университет
По окончании войны вернулся в Париж, где у него уже сложились прочные связи в академической среде. С 1924 года Койре читает курс лекций в Практической школе высших исследований, сначала в качестве доцента, а позже «директора исследований». Докторская диссертация посвящена исследованию творчества немецкого философа-мистика Бёме (1929). Активно участвует в международной научной жизни, много публикуется, часто выступает в Париже и вне его как с отдельными лекциями, так и с целыми курсами. В частности, с 1934 по 1940 год несколько раз посещает Каирский университет в качестве приглашённого профессора.