Indonesian National Armed Forces
ホルブルックは「人権外交」を標榜したカーター政権の方針もあり、東アジア・太平洋担当国務次官補として、当時すでに国際問題化していた東ティモール問題にも携わっている。1977年8月には、東ティモールでインドネシア国軍による激しい弾圧が行われているさなかにインドネシアを訪問し、スハルト大統領（当時）と会談した。