Wolf Prize
Cotton reçoit la Médaille William-H.-Nichols en 1975, le Willard Gibbs Award en 1980 et est lauréat de la "National Medal of Science" des États-Unis en 1982. En 1998 il reçoit la Médaille Priestley, ce qui représente la reconnaissance la plus haute accordée par l"'American Chemical Society", et en 2000 le Prix Wolf international.