기독교 강요
파리 국회 연설과 연루되어 피신한 그는 파리 근교에 머물면서 ‘기독교 강요’ 초판을 구상하게 된다. ‘기독교 강요’는 1535년에 완성됐고, 칼빈은 프랑스의 국왕 프랑수아 1세에게 헌정했다. 이 작품으로 인해 칼빈은 종교개혁의 주도적인 신학자가 됐다. 1541년 칼빈은 제네바에서 새로운 교회제도를 위해 ‘교회법규’를 시의회에 제출했다. 또한  시의 질서를 유지하기 위해 목사와 장로들로 구성되는 감시위원회, ‘종무국’을 구성했다. 이후 제네바는 개혁 교회의 중심지가 됐고, 1559년 칼빈은 제네바 신학교를 설립하고, 그의 교회제도, 신학과 사상 등을 전 유럽에 전파했다.