Депортес Толима
В июле 2012 года Себастьян перешёл в «Индепендьенте Медельин», за который дебютировал 29 июля, отыграв весь матч против «Депортиво Пасто». Эрнандес был игроком основного состава, проведя 24 матча и забив 2 гола. Первый мяч за «Индепендьенте» он провёл 22 октября в игре с «Депортес Толима».