Quba Khanate
Юность Бакиханова протекала на фоне жестокости и произвола ханов, их междоусобных войн и неурядиц. Показательна история, как в детстве Бакиханов спас одного нукера, которого слуги кубинского правителя собирались казнить. Положение семьи в то время было непростым. Незадолго до рождения Бакиханова между его отцом Мирза Мухаммад-ханом II и дядей Мухаммад Кули-ханом возникла борьба за ханскую власть, закончившаяся свержением Мирза Мухаммад-хана II. Последний перебрался к Шейх Али-хану, приходившемся тому двоюродным братом по матери. После кончины Мухаммад Кули-хана на престол вступил его племянник Хусейн Кули-хан. В борьбе с ним Мирза Мухаммад-хан II опирался на помощь Шейх Али-хана и даже пытался использовать династические браки как с Шейх Али-ханом, так и с Хусейн Кули-ханом, но полного успеха не добился. И хотя в какие-то времена часть Бакинского ханства находилась под его управлением, он в конечном итоге был изгнан Хусейн Кули-ханом с бакинских владений. В противостоянии с ним Мирза Мухаммад-хан II и его братья в дальнейшем начали склоняться в сторону России, что вызвало гнев со стороны Шейх Али-хана кубинского. В союзе с Мирзой Мухаммад-ханом II русская армия под командованием С. А. Булгакова двинулась на Баку. Хусейн Кули-хан бежал в Персию, а Бакинское ханство вошло в состав Российской империи. Начиная с этого времени между Мирза Мухаммад-ханом II и Шейх Али-ханом началась вражда. Последний был разбит в 1808 году генерал-майором Гурьевым, а уже в 1809 году Кубинское ханство было передано в управление Мирзе Мухаммад-хану II, возглавившему «временное управление» Кубинской провинции.