The Well-Tempered Clavier
De su música instrumental solo los corales para órgano están destinados a su uso en la iglesia. Mucha de ella, especialmente la destinada al teclado, es de carácter didáctico, con frecuencia escritas para el aprendizaje de su hijo Wilhelm Friedemann. Entre las didácticas destacan "El clave bien temperado" y las series de "Suites inglesas" y "francesas".