表面流出
アメリカン・リバーズという環境グループは2005年、サスケハナ川の水質が酷い汚染に見舞われていることを取り上げ、「アメリカで最も危機に瀕している川」であると報じた。主な汚染源としては流域の農業に用いられている過剰な量の堆肥、農地の表面流出、都市や郊外における洪水による表面流出、および未処理・処理不十分な下水の垂れ流しが挙げられている。2003年の調査では、チェサピーク湾に流れ込む窒素の44%、リンの21%、堆積物の21%がサスケハナ川1本から流れていることが判明した。2010年までにサスケハナ川流域の汚染が改善されない場合、ペンシルベニア州当局は環境保護庁（EPA）による制裁を受ける可能性がある。サスケハナ川は1997年にEPAによってアメリカン・ヘリテージ・リバーの1つに指定されており、流域の環境改善にあたっては州に対して連邦政府より技術援助が受けられるようになっている。