東京國際機場
成立初期，日本航空快運的總部設於大阪國際機場；但由於在東京國際機場始發之航班愈來愈多（有相當一部分都是由母公司日本航空委託運行），2011年10月31日，日本航空快運總部正式由大阪國際機場搬遷到東京國際機場，以便更充分與日航集團其他成員互相融合。