Саксен-Альтенбург
В 1838 г. занял пост музикдиректора герцогства Саксен-Альтенбург, продолжая спорадически гастролировать в Лейпциге как дирижёр. К альтенбургскому периоду относятся наиболее масштабные сочинения Мюллера: оперы «Рюбецаль» (1840) и «Олеандо» (1859), оратория «Христос на кресте» (; 1853).