Marshall Space Flight Center
打ち上げ後の運用はコロラド大学ボルダー校の大気宇宙物理学研究所 (LASP) に置かれるミッション・オペレーションセンターとマーシャル宇宙飛行センターのサイエンス・オペレーションセンターが担当する。軌道傾斜角0.2度の近赤道軌道を周回するIXPEへのコマンド送信と観測データ受信は、赤道直下に位置するケニア沖のルイージ・ブログリオ宇宙センターにおいて行われ、そのバックアップとしてシンガポールのKSAT地上局が使用される。計画の主任研究科学者は、かつてOSO-8でかに星雲のX線偏光観測に携わった、マーシャル宇宙飛行センターのマーティン・ワイスコフ博士が務める。