الكنيسة الأسقفية الأمريكية
بعد فترة وجيزة من انتقال الجزيرة للسيادة الأمريكيَّة، وافقت الطوائف البروتستانتية الأمريكية على تقسيم الجزيرة من أجل تسهيل تغلغل التبشير. وكانت الكنائس الأنجليكانية الموجودة في بونس وبييكس بمثابة حجر الأساس لأبرشية الكنيسة الأسقفية الأمريكية، والتي ملكت آنذاك حوالي ستة أساقفة أبرشيات. وبدأت الكنائس المشيخية، والميثودية، والمعمدانية والأبرشانيَّة في العمل التبشيري. وفي حين عين الرئيس الأمريكي محافظ على بورتوريكو والذين كانوا من الكاثوليك، أثرت هذه الطوائف البروتستانتية في السياسات الحكوميَّة. بعد عقد 1940 حصل تغير في طبيعة وتأثير الكنائس البروتسانتية. ومع ذلك ظلت البروتستانتية في نمو، خاصةً الكنائس الخمسينية، وخصوصًا بين طبقة الفقراء والريف.