Manhattan Project
В июне 1942 года Николс вновь был переведён Маршаллом, на этот раз в Вашингтон, округ Колумбия. Незадолго до этого Маршалл был назначен окружным инженером вновь образовывавшегося «Манхэттенского инженерного округа» ("Manhattan Engineer District", впоследствии переименованном в Манхэттенский проект) и получил одобрение укомплектовать его офицерами и гражданскими из Округа Сиракьюз, работы по которому раз подходили к завершению. Маршалл назначил Николса своим заместителем, и 16 августа 1942 года, вместе с официальным созданием Манхэттенского Округа, тот вступил в должность.