Rhesus-Inkompatibilität
1958 übernahm Helmut Kyank die Leitung der Rostocker Klinik. Auf dessen Rat befasste sich Wilken mit immunologischen Untersuchungen in der Schwangerschaft, worüber Wilken 1963 habilitiert wurde. 1960 wurde er zum Oberarzt und 1964 zum Hochschuldozenten ernannt. Andere Arbeitsgebiete von Wilken waren Infektionen in der Schwangerschaft und das damals aktuelle Problem der Rhesus-Inkompatibilität, wobei er als erster in der DDR die intrauterine Bluttransfusion des Fetus nach Liley durchführte.