Yersinia pestis
1890年，耶爾森前往法屬印度支那，被僱用為醫師，曾參與過奥古斯特·帕维對老撾的探索。第三次鼠疫大流行期间，1894年，在法國政府和巴斯德研究所要求下，他前往疫埠香港，調查當地爆發的嚴重鼠疫。他在堅尼地城一間茅屋中進行研究，發現了導致鼠疫的鼠疫桿菌，成為他人生中最重要的研究成果；雖然同在香港的日本細菌學家北里柴三郎稍早前亦有類似成果，但其樣本受到污染因而受到質疑。耶爾森又首次觀察到疫鼠與人類身上有同樣的桿菌，藉此推測疫症很有可能是從囓齒動物傳播給人類的。