Battle of Churubusco
ペンバートンは続いてメキシコにおける軍の1847年の作戦で戦い、3月のベラクルス包囲戦、4月のセルロ・ゴードの戦い、5月のアマゾク近くでの小戦闘、8月のサンアントニオ占領とチュルブスコの戦い、そして最も著名な9月のモリノ・デル・レイの戦いと続いた。9月8日のモリノ・デル・レイにおける功績に対して少佐の階級に名誉昇進した。続いて9月13日のチャプルテペク城の急襲に参加し、その日と翌日のメキシコシティの戦いにも加わったが、そこで負傷した。1846年8月4日からはウィリアム・J・ワース名誉准将の副官の地位にあった。