Спортинг Кристал
Пачеко — воспитанник клуба «Спортинг Кристал». 20 августа 2016 года в матче против «Унион Комерсио» он дебютировал в перуанской Примере, в возрасте семнадцати лет. В том же сезоне Фернандо помог выиграть чемпионат. 3 марта в поединке против «Универсидад Сан-Мартин» Фернандо забил свой первый гол за «Спортинг Кристал».