Университет штата Флорида
Во Флориде он поступил в старшую школу Монтверде Академи, известную хорошей спортивной программой. После завершения школы Франсиско планировал поступать в Университет штата Флорида, но из-за болезней отца и сестры предпочёл подписать контракт с «Кливлендом», выбравшим его на драфте 2011 года под общим восьмым номером. В 2013 году бейсбольный комплекс школы Монтверде Академи был назван в честь Франсиско Линдора. Также был выведен из обращения № 12, под которым он выступал за школьную команду.