ولاية جنوب دارفور
درس مراحله التعليمية الأولى والوسطى بمدينة نيالا في ولاية جنوب دارفور حاليا، التحق بمدرسة خور طقت الثانوية بمدينة الأبيض، فصل من المدرسة هو وتسعة آخرون بسبب نشاطه السياسي المساند لتنظيم الحركة الإسلامية. استقبلهم التنظيم واستأجر لهم منزل بالخرطوم وواصلوا سنتهم الثانوية الأخيرة من منازل الخرطوم، حيث اجتازوا امتحان الشهادة السودانية بامتياز. دخل علي الحاج كلية الطب جامعة الخرطوم بتفوق، وفيها كان عضواً باللجنة التنفيذية لاتحاد طلاب جامعة خرطوم قبل فصله عام 1963م بسبب نشاطه السياسي كذلك. تخرج من الكلية في عام 1966م. عمل طبيباً بعد التخرج بكل مدن الجنينة ، زالنجي ، نيالا ، سنار ، حلفا الجديدة ، و كركوج، وتخصص في أمراض النساء والولادة بلندن. وهناك شارك في معارضة نظام الرئيس السابق جعفر نميري، لكنه عاد إلى البلاد بعد المصالحة الوطنية.