Cubs de l'Iowa
Au camp d'entraînement des Cubs en 2015, Baez est en compétition avec Tommy La Stella et Arismendy Alcantara pour le poste de joueur de deuxième but. Il est assigné aux mineures chez les Cubs de l'Iowa, où il connaît une bonne saison avant de se fracturer un doigt lors d'une tentative de vol de but qui l'envoie le sur la liste des joueurs blessés pour 4 à 8 semaines.