Divine Word Missionaries
Le , son territoire est partagé pour créer le nouveau diocèse de Kupang. Ce dernier est élevé au range d'archidiocèse métropolitain le et le diocèse d'Atambua en devient suffragant. Comme les autres diocèses des petites îles de la Sonde orientale, l'administration du diocèse d'Atambua a longtemps été confiée à des prêtres de la Société du Verbe-Divin (S.V.D).