Gotō Islands
據海上保安廳的統計，長崎縣島嶼數多達971個，數量高居日本首位，佔長崎縣面積的45%。長崎縣的島嶼中面積超過1,000平方米的島嶼有594個，有人島有72個。距離長崎縣本土較近的主要離島有平戶島、生月島、、、等島嶼。長崎縣外海的離島可以分為對馬島、壹岐島和五島列島三個部分。壹岐島本島和屬島面積共有139平方公里，全島是平坦的熔岩台地。自該島出發可乘坐高速船在一小時內到達福岡市。對馬島面積698平方公里，是長崎縣面積最大的島嶼。對馬也是日本距朝鮮半島最近的領土，距離釜山市只有40公里。五島列島由中通島、若松島、奈留島、久賀島、福江島五個主島和約200個屬島構成，面積638平方公里。五島列島在古代是日本距中國最近的地點，因此是遣唐使的出發地和倭寇的根據地。近世時則以基督教文化而著稱。