First Sudanese Civil War
Vom zweiten Sezessionskrieg im Südsudan 1983–2005 war Lakes weniger stark betroffen als andere Gebiete. Jedoch bleiben auch nach dem Ende des Krieges Kleinwaffen weit verbreitet, und es kommt gelegentlich zu Überfällen durch Banden. Bei einer Entwaffnungsaktion in Rumbek im September 2008 begingen SPLA-Soldaten Plünderungen und Übergriffe gegen Zivilisten.