European Challenge Cup
Летом 2012 года стало известно, что О’Брайену придётся прооперировать бедро из-за полученной травмы и он пропустит начало нового сезона. Игрок вернулся в строй лишь в конце ноября и сразу же провёл полным матч с «Глазго Уорриорз». Клуб не сумел квалифицироваться в плей-офф Кубка Хейнекен и с третьего места в группе попал в Европейский кубок вызова, второй по престижности еврокубок. Шон сыграл в победном финале против «Стад Франсе», но ни в том матче ни в сезоне в целом результативными действиями отметиться не сумел.