Japan New Party
En janvier 1994, tout en restant, pour un temps, membre de la FSD, il rejoint le NPS, petit parti centriste libéral, progressiste et pacifique créé le par de relativement jeunes élus (trentenaires, quadragénaires et quinquagénaires) réformateurs du PLD opposés à la vieille garde du parti (jugée trop immobiliste et corrompue), parmi lesquels l'ancien gouverneur de Shiga et alors Secrétaire général du Cabinet Hosokawa Masayoshi Takemura ou encore le petit-fils du fondateur du PLD Ichirō Hatoyama, Yukio. Deux autres membres de son parti d'origine, dont son président Satsuki Eda, rallient pour leur part à la même époque le Nouveau parti du Japon. Le "Shaminren" finit par se dissoudre officiellement le . Naoto Kan intègre alors l'équipe dirigeante de son nouveau mouvement en reprenant le poste qu'il avait précédemment chez les sociaux-démocrates, à savoir celui de président du Conseil de recherche politique à partir d'avril 1994. Il a également été pendant quelques jours, du 30 août au , président délégué (et donc numéro deux) du NPS.