SD-Karte
Im eShop erworbene Software wird automatisch auf der angeschlossenen SD-Karte, oder im Fall von DSiWare im systeminternen Speicher installiert. Speicherplatz wird im Benutzerinterface des 3DS in „Blöcken“ angegeben, ein „Block“ entspricht 128 Kilobyte. Während Virtual Console und Nintendo 3DS Download-Software nur auf der SD-Karte gespeichert werden kann, ist DSiWare über den Menüpunkt „Datenverwaltung“ in den Systemeinstellungen frei zwischen SD-Karte und internem Speicher bewegbar. Von der Software erstellte Daten wie z. B. Speicherstände oder die relative Position des Icons im „Home“-Menü werden dabei mit verschoben. Jedoch ist das Starten von auf einer SD-Karte gespeicherter DSiWare nicht möglich.