Battle of South Mountain
半島でのその成功の故に、北バージニア軍ジェイムズ・ロングストリート少将の第1軍団で、1個師団を任されるようになった。北バージニア方面作戦ではその師団を率いて、北軍をほとんど崩壊寸前まで追い込んだ第二次ブルランの戦いでは、ロングストリートがジョン・ポープ軍の左翼に大量攻撃を掛けたときに、衝撃的な部隊の主要指導者となってその評判を継続した。北軍を追撃しているときに、捕獲した救急車について上官との論争に巻き込まれた。ロングストリートはこの論争の件でフッドを逮捕し、軍隊から去るように命令したが、リー将軍が干渉しフッドを留まらせた。メリーランド方面作戦の時は、サウス山の戦いの直前に、フッドはまだ事実上拘束されて後衛にいた。そのテキサス騎兵が馬で通りすがったリー将軍に向かって「フッドを出してくれ」と叫んだ。フッドはその行動に対して謝罪を拒んでいたものの、リーはフッドを指揮に戻した。しかし、この2人の将軍は最終的に仲が良くなった。