ウーゴ・サンチェス
2000年3月にはウーゴ・サンチェスが監督に就任し、短期間監督を務めた。ミゲル・メヒア・バロン監督を挟み、2001年9月に再びウーゴ・サンチェスが監督に就任すると、クラウスーラ2004ではプーマスを13年ぶりのリーグ優勝に導いた。プーマスはアペルトゥーラ2004でも優勝し、大会形式が2ステージ制に変更されてから初めて2連覇したクラブとなった。2004年にはカンペオン・デ・カンペオーネスでも優勝し、またレアル・マドリードが主催するトロフェオ・アルフレッド・ディ・ステファノ（プレシーズンの親善大会）ではヨーロッパ外に本拠地を置くクラブとして初めて優勝。2005年のコパ・スダメリカーナでは決勝まで勝ち進み、決勝のボカ・ジュニアーズとの試合はPK戦にもつれ込んだが、論議を醸したロベルト・アボンダンシェリのPKストップの前に敗れた。2005年から2006年にかけての国内リーグでは、クラウスーラ2005で16位、アペルトゥーラ2005で16位、クラウスーラ2006で10位、アペルトゥーラ2006で16位と低迷し、2006年には降格の危機に瀕した。しかし、2006年7月にリカルド・フェレッティが監督に就任すると、フェレッティ監督はチームに安定性と統制をもたらして降格を回避し、アペルトゥーラ2007では3年ぶりにリギージャ決勝に進出したが、アトランテFCに2試合合計1-2で敗れている。クラウスーラ2009では再びリギージャ決勝に進出し、CFパチューカを延長戦の末に破って6回目の優勝を果たした。2010年7月にはフェレッティ監督が退任してギジェルモ・バスケス監督が就任。クラウスーラ2011はレギュラーシーズン8位だったが、リギージャ準々決勝ではクルス・アスル（レギュラーシーズン1位）を、準決勝ではモンテレイ（レギュラーシーズン2位）、決勝ではモナルカス・モレリア（レギュラーシーズン3位）を破り、7回目の優勝を果たした。