アテネ公国
1205年にラテン帝国が建設されると、アッティカ一帯はボニファチオが打ち立てたテッサロニキ王国の影響下に入り、ダフニ修道院は、1207年にアテネ公国のラ・ロシュのオトンによって、ベルヴォーの大司教が管理するカトリックの聖堂になった。その時に中央聖堂の外ナルテクスと区画塀が敷設され、モザイクはほとんど無傷のまま残されたが、中央ドームの『パントクラトール』の一部が破損した。