ベンジャミン・リンカーン
フロリダからの帰還後、南部の諸連隊はマサチューセッツのベンジャミン・リンカーン少将の指揮下に置かれた。ピンクニーはリンカーンに、北部人としてその南部の軍隊に関わる手助けを行う副官が必要であることを確信させた。ジャクソンがこの任に選ばれ、一時的に少佐の位に昇進した。ジャクソンはリンカーンの副官として、1779年のストノフェリーの戦いとサバンナ包囲戦に参戦した。1780年、リンカーン将軍は長きにわたったチャールストン包囲戦の後で降伏した。ジャクソンは捕虜士官としてフィラデルフィアに船で連れて行かれた。数ヶ月後、捕虜交換で大陸軍に戻された。