サンフランシスコ海軍造船所
1962年6月1日、サーモンはサンディエゴを出航し、3回目の西太平洋配備に就く。6月13日から16日までタヒチのパペーテを訪問し、続いて第7艦隊での任務のため横須賀に向かった。対潜部隊と共に艦隊演習を行い、しばしば独立した水上艦部隊と共に自由模擬戦を行った。この配備の間、函館、佐世保、那覇、香港を訪問している。サーモンは12月20日にサンディエゴに帰還し、第1潜水戦隊の旗艦となる。加えて過去5年間連続して戦闘効率において優秀性を示したことにより、ゴールド「E」を受章、部隊における最優秀艦と評価された。サーモンはゴールド「E」を受章した初の潜水艦であった。1964年6月3日、サンフランシスコ海軍造船所に入渠し FRAM II 改修が始められる。作業完了後1965年4月19日に出航し、ワシントン州ピュージェット・サウンドに移動、評価および聴音試験を行う。5月4日にサンディエゴに帰還し、沿岸での活動を再開した。