Порт-Судан
10 июня в 08:30, выполняя рейс из Каира, борт ST-ATN приземлился в аэропорту Хартум. В этот день реверс двигателя (левый) был отключён, что было сделано согласно установленным в компании процедурам. Далее самолёт принял новый экипаж, которому предстояло выполнить пассажирский рейс в Амман (Иордания) с промежуточной посадкой в Дамаске (Сирия) и обратно. Полёт до Аммана прошёл без замечаний, после чего экипаж начал выполнять обратный рейс SD109. Вылет из Дамаска в Хартум выполнен после обеда, на борту находились 11 членов экипажа и 203 пассажира. На подходе к Хартуму экипаж получил данные о неблагоприятных погодных условиях в аэропорту прибытия, поэтому решено следовать на запасной аэродром в Порт-Судан. В топливные баки были залиты 20 тонн авиакеросина A1.