カンビュセス2世
エジプトの同盟破棄は、ポリュクラテスがエジプトの敵だったペルシア王カンビュセス2世と同盟したせいだったのかも知れない。この時期までにポリュクラテスは三段櫂船40隻を建造していた。おそらく、そのような艦隊を持った国はサモスが最初だったと思われる。ポリュクラテスはその三段櫂船に政治的に危険と思われる人々を乗せ、カンビュセス2世の所に向かわせ、カンビュセス2世には彼らを処刑するよう頼んだ。しかし、その計画を察した人々はポリュクラテスを倒すためにエジプトから引き返した。反乱軍は海上でポリュクラテスを破ったが、サモス島を落とすことはできなかった。反乱軍はギリシア本土に向かい、スパルタならびにコリントスと同盟し、サモス島を包囲攻撃したがうまく行かず、40日後に撤退した。