서식지 파괴
남생이 개체군 위협 요소로는 서식지 파괴, 외래 생태교란종인 붉은귀거북과의 경쟁, 새끼 남생이를 잡아먹는 황소개구리 등을 꼽을 수 있다. 이 외에도 사람에 의한 포획을 꼽을 수 있는데, 남생이의 배갑이 한약재료로 쓰이면서 개체군이 많이 소멸되었다. 따라서 대한민국은 남생이를 천연기념물 453호로 지정하여 개체군 보호에 노력하고 있다. 현재 서울대공원 남생이 복원센터에서 복원 프로젝트를 진행하고 있다.