ウィリアム・フィップス
1686年、ダドリーがニューイングランド自治領の暫定首長に指名されたとき、ストートンはその評議員に指名され、その評議員の互選で副議長に選出された。エドマンド・アンドロスの治世下では、判事と評議員を務めていた。判事としてのストートンは、自治領政府に対する税問題での抗議を行ったイプスウィッチ町の指導者に特に厳しくあたった。その抗議は代表権の無い状態でニューイングランド自治領が支配するのは、イングランド人の権利を侵しているという主張に基づいていた。アンドロスは、1688年にイングランドで起きた名誉革命によって触発された無血蜂起により、1689年4月に逮捕され、ストートンはその蜂起の首謀者の宣言に署名した一人となった。このとき人民側を支持する声明を出したにも拘わらず、ストートンはアンドロスと親しくしていたために不人気であり、選挙で選ばれる役人にはなれなかった。ストートンは政治的な力を持つマザー家に訴えた。マザー家とはまだ公的的な関係を保っていた。1692年、インクリース・マザーとウィリアム・フィップス卿がロンドンから新しくマサチューセッツ湾直轄植民地の認証状をもって到着し、フィップスには国王による総督の任命書、ストートンには副総督の任命書がもたらされた。