Lavrentiy Beria
عاد أباكوموف إلى مقر موسكو في 12 فبراير من عام 1941 كرائد كبير لأمن الدولة، وأصبح أحد نواب لافرينتي بيريا- الذي كان مفوض الشعب للشؤون الداخلية (رئيس المفوضية الشعبية للشؤون الداخلية)- بعد إعادة تنظيم وإنشاء مفوضية الشعب لأمن الدولة الجديدة. في 19 يوليو من عام 1941، أصبح أباكوف رئيس القسم الخاص التابع للمفوضية الشعبية للشؤون الداخلية الذي كان مسؤولاً عن مكافحة التجسس والأمن الداخلي في الجيش الأحمر.