고즈케 국
안에이 7년(1778년) 5월 17일 시바타 번의 8대 번주 미조구치 나오야스의 세자인 미조구치 나오노부의 맏아들로 태어났다. (『간세이 중수 제가보()』에서는 안에이 원년(1772년)에 태어났다고 되어 있다. 안에이 7년에 태어났다는 서술은 시바타 번의 「어기록()」에 근거하였다.) 나오노부는 나오야스의 동생으로서 양자로 들어갔기 때문에, 나오토키는 실제로는 나오야스의 조카에 해당한다. 어머니는 고즈케 국 다테바야시 번주 마쓰다이라 다케치카의 딸 도모히메()이다.