Timor Occidental
El número de protestantes y musulmanes disminuyó significativamente después de septiembre de 1999 porque estos grupos estaban representados de manera desproporcionada entre los partidarios de la integración con Indonesia y entre los funcionarios públicos indonesios asignados para trabajar en la provincia de otras partes de Indonesia, muchos de los cuales abandonaron el país en 1999. Las fuerzas militares indonesias anteriormente estacionadas en el país incluían un número significativo de protestantes, quienes desempeñaron un papel importante en el establecimiento de iglesias protestantes en el territorio. Menos de la mitad de esas congregaciones existían después de septiembre de 1999, y muchos protestantes se encontraban entre los que permanecían en Timor Occidental. Cabe recordar que por una parte la dictadura de Suharto promovió la colonización forzada de muchos indonesios de etnia austronesia y religión musulmana (conocida como "Transmigrasi"), y estos marcharon del país apenas se hubo producido la retirada de los militares ocupantes.