Mitochondrial DNA
미토콘드리아 DNA는 유효 집단의 크기가 작고 돌연변이율이 높아서 동일 종 내에서 개인이나 집단의 유전적 연관성을 파악하고 종들 간에 계통을 확인하는데 유용한 도구가 되었다. 생물학자들은 미토콘드리아 DNA 서열을 파악하고 비교하여 자료를 얻고 서열 간의 관계도, 곧 생물들 간의 관계도를 작성한다. 서열의 유사도를 파악하는 방법은 미토콘드리아 DNA에 생기는 돌연변이로 인하여 한계가 있다. 두 종이 가까운 편에 속할 때는 미토콘드리아 DNA 서열에서 차이나는 부분을 셀 수 있으므로 매우 유용하지만, 종 사이가 멀어지면서 서열 간의 차이가 커지면 세는 것이 불가능해진다.