ショートランド諸島
1943年、ショートランド諸島に位置する小島・バラレ島には日本軍にとって南方最後の航空部隊基地があり、そこには四十数名の無法者がいた。彼らは、隊長の中村甲太以下、全て組織からはみ出した軍規違反者で、大の士官嫌い。そんなバラレ島に新しい指揮官として加茂正人が赴任して来た。ある時、加茂が司令部の命令を無視し、危機に陥った中村を救ったことから、一同は団結。かくして、黒雲のように覆い被さる敵を迎撃する「ゼロ戦黒雲隊」の活躍が始まった。