린든 B. 존슨
트루먼, 케네디뿐만 아니라 린든 B. 존슨, 리처드 닉슨도 그에게 함부로 대하지 못했다고 한다. 많은 비판자들은 그가 연방수사국의 사법권을 남용했다고 주장했다. 그는 정적과 정치 활동가를 위협하는 데 연방수사국을 이용하여 정치 지도자들의 비밀을 모았으며, 불법적인 방법으로 증거를 수집했다. 후버가 그렇게 오랫동안 연방수사국 국장으로 재직할 수 있었던 것도 그 때문이었다.(현재는 임기가 10년으로 제한되었다.)