Operation Southern Watch
4度目の配備は1998年6月に行われた。リンカーンは再びサザン・ウォッチ作戦の支援を行うためペルシャ湾に向かった。同地で3ヶ月間を過ごしたが、その年の夏は数年来最も高温の夏となった。飛行甲板の温度は摂氏66度まで上昇した。