大糸線
JR東日本の篠ノ井線と大糸線、アルピコ交通の上高地線が乗り入れている。JRの駅としての所属線は篠ノ井線であり、大糸線と上高地線は当駅を起点としている。篠ノ井線の列車については、塩尻駅を介して中央本線（中央東線・中央西線）へ直通する列車も多数設定されている。そのためJR東日本では、旅客案内上は当駅以南も中央本線の一部として案内されている。大糸線は駅ナンバー「42」が、アルピコ交通上高地線では駅番号「AK-01」が付与されている。