Thaksin Shinawatra
بعد الهبوط، تلقي النادي احتجاجات الجمهور خارج الملعب، تم تعيين رئيس جديد للنادي اسمه ديفيد بيرنشتاين، وفي تلك الفترة دخل النادي إلى أكبر انضباط مالي في تاريخه. تحت قيادة المدرب جو رويل، تم الترويج للنادي في المحاولة الأولى، حقق بطريقة دراماتيكية في المباراة الفاصلة ضد غيلينغهام وصعد النادي بعدها إلى الدرجة الثانية. روج السيتي ترويجأ ثانيأ ساعد النادي في الصعود إلى دوري الدرجة الاولى، ولكن تبين أن هذه كانت خطوة بعيدة جدأ لتعافي النادي، وفي عام 2001 هبط السيتي مرة أخرى. كيفن كيغان أصبح مدرب الفريق بدل جو رويل في نهاية الموسم، عاد بعدها النادي إلى الدرجة الأولى وبعدها أخذ المركز الأول في دوري الدرجة الاولى صاعدأ إلى الدرجة الممتازة، حطم النادي الرقم القياسي لعدد الأهداف والنقاط المكتسبة في موسم واحد. كان موسم 2002-03 آخر موسم تكون به مباريات السيتي على ملعب ماين رود، المباراة الأخيرة كانت مع مانشستر يونايتد فاز بها السيتي 3-1، وبذلك تنتهي سلسلة من 13 (توضيح) عاما دون الفوز بألدربي. تأهل السيتي إلى المنافسات الأوروبية التي كان غائبأ عليها ل25 عامأ. في نهاية الموسم 2003 انتقل السيتي إلى ملعب جديد اسمه ملعب مدينة مانشستر. المواسم الأربعة الأولى على ملعب أنهاها السيتي في منتصف الدوري. أصبح مدرب منتخب انكلترا السابق السويدي سفين غوران إريكسون المدرب الأول للنادي من خارج انكلترا بتعينه عام 2007. تلاشت البداية الجيدة للسيتي التي كانت في النصف الأول للدوري في النصف الثاني من الموسم، وأقيل بعدها سفين غوران إريكسون في يونيو 2008. وتم استبداله بمارك هيوز بعد يومين من أقالة المدرب السابق في 4 (عدد) يونيو 2008. بحلول عام 2008، كان النادي في موقف حرج ماليأ. وكان تاكسين شيناواترا مالك النادي قبل عام، وورطته السياسية جعلت أمواله تنجمد. ثم بعدها، في أغسطس 2008، تم شراء النادي من قبل مجموعة أبوظبي الاتحاد للتنمية والاستثمار. وأعقب شراء النادي سلسلة من العروض للاعبين البارزين؛ سجل النادي أعلى صفقة شراء إنكليزية عندما قام بشراء اللاعب البرازيلي روبينيو من ريال مدريد الأسباني مقابل 32.5 مليون جنيه استرليني. لم تأتي العروض بتحسن كثير على الموسم حيث رغم تدفق الأموال أنهى السيتي الموسم في المركز العاشر، في الدوري الأوروبي وصل السيتي إلى ربع النهائي لكنه خسر أمام هامبورغ. خلال صيف عام 2009، أنفق النادي مبلغأ كبيرأ لم يسبق أن أنفق النادي مثله في موسم واحد، المبلغ كان 100 مليون جنيه استرليني واللاعبين كانو غاريث باري، روكي سانتا كروز، كولو توريه، إيمانويل أديبايور، كارلوس تيفيز، جوليون ليسكوت. في ديسمبر 2009، تم أستبدال المدرب مارك هيوز بروبيرتو مانشيني. وبعدها أنهى السيتي الدوري في المركز الخامس باعجوبة، وتأهل للتنافس في الدوري الأوروبي للموسم 2010-11.