Operation Southern Watch
リンカーンの第3の配備は1995年4月に始められ、ペルシャ湾でサザン・ウォッチ作戦およびヴィジラント・センチネル作戦の支援を行った。補給作業中に艦載機の発艦態勢に入ろうとしたリンカーンは、サクラメント ("USS Sacramento, AOE-1") の左舷に接触した。リンカーンは M -フレームと女性士官室を損傷し、サクラメントは船体構造に大きな穴が開いた。リンカーンは作戦活動を継続したものの、サクラメントはドバイのジャベル・アリで乾ドック入りし、修理に数週間を要した。