福音宣教省
ピウス5世はイエズス会との繋がりが深く、教皇選出前に会の内紛を調停したことがあり、会の創立者の1人で不平不満を唱えたニコラス・ボバディリャを説得してなだめ、1558年のディエゴ・ライネスの第2代総長選出を手助けした。教皇選出後は第3代総長フランシスコ・ボルハと協力してイエズス会内部に関与、1568年にボルハの要望に応え、1日1時間の祈りと聖務日課の朗唱を修道士に義務付けたが、両方とも後に修正あるいは破棄された。またボルハの提案で、海外宣教活動を枢機卿からなる中央委員会に置くことを勧められ、1622年の布教聖省（福音宣教省）設置に結実した。更に1570年にオスマン帝国のヨーロッパ遠征隊派遣に対抗してカトリック諸国結集を計画したピウス5世は、教皇特使を各国へ派遣することを決め、ボルハを随行者に選び、彼は1571年6月30日に使節団に加わって出発したが、病気だったため諸国訪問中に体調が悪化し1572年にローマへ引き返した後に亡くなった。