Deportivo Cuenca
Лопес — воспитанник клуба «Депортиво Куэнка». В 2010 году в матче против «Эль Насьонала» он дебютировал в эквадорской Примере. 21 октября в поединке против «Универсидад Католика» из Кито Маркос забил свой первый гол за «Депортиво Куэнка». За команде он отыграл пять сезонов, проведя более 200 матчей во всех турнирах.