إمبراطورية فيجاياناغارا
وبعد العصر السنغمي، أصبحت معظم تاميل نادو الحالية، بما فيها مادوراى، تحت حكم الكلبرائيون، التي اطاح بهم البانديون حوالى ٥٩٠ م. وأطاحت سلالة تشولا بالبانديون من مادوراى خلال أوائل القرن التاسع. ظلت المدينة تحت سيطرة سلالة تشولا حتى بداية القرن ال ١٣، عندما تأسست امبراطورية البانديون الثانية وكانت مادوراي عاصمة لها. بعد وفاة كولاسيكارا بانديان (١٢٦٨-١٣٠٨ م)، أصبحت مادوراي تحت حكم سلطنة دلهي. ثم انفصلت سلطنة مادوراي عن دلهي وعملت كمملكة مستقلة حتى ضُمت تدريجيا من قبل إمبراطورية فيجاياناغارا عام ١٣٧٨ م. أصبحت مادوراى مستقلة عن فيجاياناجار في عام ١٥٥٩ تحت ولاية سلالة مادوراي ناياك. وانتهى حكم سلالة الناياك في عام ١٧٣٦ م، كما تم غزو مادوراي عدة مرات من قبل حاكم كارناتيك شاندا صاحب (١٧٤٠-١٧٥٤ م) ، ومحمد يوسف خان (١٧٢٥-١٧٦٤ م) في منتصف القرن الثامن عشر.