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南宋灭亡之后，王惲（1227–1304），受命整理南宋宫廷收藏，王惲的清单中没有提到《女史箴图》，元朝时期《女史箴图》由谁收藏未知，但是画中有一个八思巴文写成的“阿里”的收藏章，所以元朝时期该画很可能由一个回鹘官员收藏。