大腸菌
ゆえに、生食用カキのように自然環境からの汚染が避けられず、しかも加熱せず喫食するものについては糞便系大腸菌群（ 食品衛生法上の名称ではE. coli（斜体ではない））が指標とされる場合もある（食品衛生法では生食用カキの成分規格において100gあたりのE.coli最確数が230以下）。糞便系大腸菌群と他の大腸菌群との鑑別にはECテストにおける44.5℃での発育能が用いられるが、さらにICMSF:1978による大腸菌群の分類に従って"E.coli"（大腸菌）のI型やII型、"Enterobacter"といった区分を判別するにはIMViC試験、ゼラチン液化性試験が用いられる。また、糞便系大腸菌群は上水や下水の微生物的な水質の検査項目において「糞便性大腸菌群」の名称で採用されており、ここでは他の大腸菌群との鑑別にM-FC培地も有効とされる。