UEFA Cup Winners' Cup
Thomas a venit pentru prima dată la Werder Bremen în 1 iulie, 1972 și a fost jucător la echipa de tineret până în 1978. Atunci s-a dovedit a fi un talent înnăscut, marcând 13 goluri în 262 de meciuri doar în Bundesliga. Ca jucător izbândit să cucerească cu Werder campionatul de două ori (1987-88, 1992-93), Cupa Germaniei tot de două ori (1990-91, 1993-94), și odată Cupa Cupelor UEFA (1991-92). Aceste obiective le-a atins la finalul carierei de fotbalist: între anii 1988 și 1994.