Confederate States Army
南軍はハンリーがチャールストンに到着してから直ぐ、その民間人建造者かつ所有者からこの艦を押収し、アメリカ連合国陸軍に引き渡した。この時点からハンリーはアメリカ連合国陸軍の艦艇として運用されることになるが、ホレス・ハンリーとその共同事業者はこの潜水艦の試験や運航に関わり続けた。南軍の艦船としてCSSハンリーと呼ばれることがあるが、アメリカ連合国政府が公式にこの艦艇に就役命令を出したことは無かった。