ジェイムズ・クラーク・ロス
バロウはこの時82歳であり、その経歴の終わりに近づいていた。北西航路を完成させる遠征の指揮官を誰にすべきか検討していたが、おそらくバロウは北極点周辺の海には氷がない開けた水面が広がっているという理論を信じており、それを見つけることも視野にあった。パリーがバロウの第1の選択肢であったが、北極海に飽きてきており、丁重に辞退した。第2の候補者はジェイムズ・クラーク・ロスだったが、ロスは新しい妻に北極には行かないと約束していたのでやはり辞退した。3番目の候補はジェイムズ・フィッツジェイムズであり、その若さ故に海軍本部が却下した。バロウはジョージ・バックを検討したが、バックはあまりに理屈っぽいと考えた。も候補だった可能性があったが、生まれが卑しいうえにアイルランド人であり、これが彼にとって不利だった。バロウの指名先は戸惑いながらも59歳のフランクリンに落ち着くことになった。遠征隊はHMS"エレバス"と"テラー"の2隻の船で構成され、どちらもジェイムズ・クラーク・ロスが南極で使ったことがあった。フィッツジェイムスが"エレバス"の艦長となり、1841年から1844年の南極遠征でロスと共に"テラー"を指揮したクロージャーが、遠征隊の執行士官、かつ"テラー"艦長に指名された。フランクリンは1845年2月7日に遠征隊長に指名され、5月5日に公式指示書を受け取った。