Linus Pauling
第一個分子系統分類學研究是用免疫分析和蛋白指紋技術達成。1954年艾倫·博伊登（Alan Boyden）由喬治·努特爾（George Nuttall）的免疫學技術延伸出新的技術。在1960年代初，寇地思·威廉斯（Curtis Williams）和莫里斯·古德曼（Morris Goodman）便用免疫比對來研究靈長類的種系發生。萊納斯·鮑林和他的學生則兼用新發明的電泳和紙質層析來分析部份消化的蛋白質，而建立了二維的資訊，這讓同源蛋白質的比較更加精細。