Fagus sylvatica
Le Murin cryptique présente une grande distribution altitudinale et a été trouvé depuis le niveau de la mer jusqu'à d'altitude. Il serait une espèce typiquement forestière, à l'instar de "M. nattereri". Autour de la localité type en Espagne, le Murin cryptique vit dans les forêts denses de Chêne tauzin ("Quercus pyrenaica") et de Hêtre commun ("Fagus sylvatica"), dans des forêts plus ouvertes avec quelques vieux arbres, ou même dans des zones de prairies subalpines.