الكنيسة الصربية الأرثوذكسية
معظم المقدونيين عرقيًا هم أعضاء في الكنيسة المقدونية الأرثوذكسية. وهي كنيسة يمتد نطاق سلطانها الكنسي على أتباعها في مقدونيا الشمالية والشتات المقدوني؛ وقد أعلنت انفصالها عن الكنيسة الصربية الأرثوذكسية عام 1967 ولكنها لم تلق اعترافًا بشرعيتها من الكنائس الأرثوذكسية الأخرى. وينتمي عدد قليل من المقدونيين عرقيًا إلى الكنائس البروتستانتية والكنيسة الكاثوليكية.