Aaron Burr
ジェファーソンが再度大統領候補に指名され、副大統領候補は現職のアーロン・バーに変わってニューヨーク州出身のジョージ・クリントンが指名された。連邦党はピンクニーと元上院議員でニューヨーク州出身のルーファス・キングを対抗馬に選んだ。ジェファーソンの政策に対する攻撃は効果が無く、ジェファーソンは連邦党が地盤にしているニューイングランドの大半の州でも勝利して、圧倒的な勝利を掴んだ。