Guantanamo Bay Naval Base
2006年、グァンタナモ米軍基地に移送、収監された。2001年のアメリカ同時多発テロ事件の起案者とされ、2007年、これらの容疑を認めた。2008年、マイケル・ヘイデン中央情報局長官は、モハメドに対し、ウォーターボーディングによる水責め尋問を行ったことを認めた。2012年にグァンタナモ米軍基地の軍事法廷で他4名と共に裁判が開始されることが全米各紙で報道され、死刑を求刑する予定とも報じられていたが、最終的に2019年8月30日に、死刑を求刑する裁判は2021年1月11日に開廷されると決定した。