ブレスト合同
ポーランドにおいては、1595年にポーランド・リトアニア共和国のカトリック化を推し進め、プロテスタント信仰を禁じた。1596年にはブレスト合同を成立させ、東方典礼を守りつつもローマ教皇の権威を認めるウクライナ東方カトリック教会を成立させる。これは支配下にある正教会のカトリック化を目指すものであった。また1596年にクラクフからワルシャワへと遷都させた（ただしジグムント3世がワルシャワへ居住するのは、1611年以降のことである）。また、ジグムント3世の絶対主義傾向に危機感を抱いたポーランド貴族の一派が1606年にゼブジドフスキの反乱を起こしたが、1609年には反乱者たちは国王に恭順の意を示した。