Congress of the Confederate States
ベイカー郡は1861年に設立された。郡名は判事であり、アメリカ連合国議会上院議員を務めたジェイムズ・マクネア・ベイカーに因んで名付けられた。南北戦争中の1864年、フロリダ州では唯一の大規模会戦となったオラスティの戦いがベイカー郡に近いレイクシティの近くで起こった。