House of Borgia
1497年6月、ボルジア家の旧領にあたるガンディアの公爵と教皇軍最高司令官を兼任していたフアン・ボルジアがピアッツァ・デッラ・ジュディッカ（ローマ市内のゲットー）で殺害される事件が起こった。フアンと激しい敵対関係にあった枢機卿 (イル・モールの弟) やグイドバルド・ダ・モンテフェルトロ（ウルビーノ公）らと共に、チェーザレもフアンの殺害犯として噂された。これによってボルジア家の政治や軍事部門を担当する人物が消える事となった。フランチェスコ・グイチャルディーニは自著で、アレクサンデル6世がフアンを溺愛したことにチェーザレが嫉妬したのが主たる原因、としている。なお、フアン殺害の同時期にフィレンツェの修道士ジロラモ・サヴォナローラの破門がアレクサンデル6世より公表された。