Sprecher des Repräsentantenhauses der Vereinigten Staaten
Fortan unterstützte Watson die "Farmers' Alliance". Mit deren Unterstützung wurde er 1890 ins US-Repräsentantenhaus gewählt. 1891 nahm er seine Arbeit auf. Watson verließ die Demokratische Fraktion und wurde stattdessen Mitglied der Fraktion der Populist Party. Von den acht weiteren Fraktionsmitgliedern wurde Watson am Tage seines Übertritts erfolglos zur Wahl zum Sprecher des Repräsentantenhauses der Vereinigten Staaten vorgeschlagen. Er war eine der treibenden Kräfte bei der Gründung der Populist Party in seinem Heimatstaat. Die Populist Party befürwortete das öffentliche Eigentum an den Eisenbahnen, Dampfschiffslinien und Telefon- und Telegrafensystemen, war also gegen jedwede Privatisierung. Zudem setzte sie sich für kostenlose und unbegrenzte Silberprägung, die Abschaffung der Nationalbanken, ein System der progressiven Einkommensteuer und die Direktwahl der Senatoren der Vereinigten Staaten ein. Watson setzte sich außerdem stark für das Wahlrecht von Afroamerikanern ein.