伯爵戦争
1533年、フレゼリク1世死去に伴い、後継者として彼の息子のクリスチャン（のちのクリスチャン3世）と復位を目指すクリスチャン2世の対立が発生した。北海・バルト海の通商権益をめぐるハンザ同盟の思惑、カトリック、プロテスタントの対立も相俟って、1534年にオルデンブルク伯クリストファがハンザ同盟の盟主であるリューベックの支援を受け挙兵し、伯爵戦争が勃発した。最終的にはスウェーデン王グスタフ・ヴァーサの支援を受けたクリスチャン3世が勝利した。結果としてハンザ同盟は衰亡の一途をたどり、一方でスウェーデンの台頭により、スウェーデン、デンマークの北海・バルト海の権益を巡る争いが始まることになった。また、クリスチャン3世は、伯爵戦争の戦後処理として教会の権力を制限し王領を拡大、等を登用し、ルター派を国教とする宗教改革を実施した。また、ノルウェーを完全にデンマークの支配下に置くことに成功した（デンマーク＝ノルウェーの成立）。クリスチャン3世は1541年にスウェーデンとを結び、軍事同盟を締結した。1542年にはフランスと神聖ローマ帝国が交戦状態に陥ったことから、オランダ、神聖ローマ帝国と交戦状態になったものの1544年にカール5世とを締結し和睦、クリスチャン2世をデンマーク国王にしないことを認めさせた。同年、クリスチャン3世は異母弟のとアドルフにスレースヴィとホルシュタイン公国を分割した。アドルフの血統がホルシュタイン＝ゴットルプ家となることになるが、18世紀までデンマークの外交・軍事政策に影響を与えることとなる。