Russian Professional Football League
新生ロシアとなってからは、SKAはもったらロシア・セカンドディビジョン（3部）に在籍した。わずかな例外として1994年のサードディビジョン（4部）、1998年のアマチュアフットボールリーグ（4部）への降格、2002年のファーストディビジョン（2部）への昇格がある。2002年のファーストディビジョンでSKAは17位となり1年で降格した。2006年のセカンドディビジョン南ゾーンでSKAは2位だったが、ディナモ・マハチカラ、FCヴォルガル＝ガスプロム・アストラハン、ラダ・トリアッチがライセンスを与えられずに降格したため、SKAはファーストディビジョンへの復帰が決まった。ファーストディビジョンでは2007年は17位、2008年は13位となった。2008年は降格圏の外だったにもかかわらず、資金難からファーストディビジョンへの参加を断念し、2009年は自主的にセカンドディビジョンに降格した。