ジハード団
ムスリム同胞団はイスラーム法（シャリーア）の実施を主張している。これを機械的に適用した場合は、エジプト内のコプト（キリスト教徒）はズィンミーとして厳しい差別・抑圧に苦しまざるを得ないとの懸念を抱く者がおり、実際に同胞団が国内のコプトに対してジズヤ（人頭税）の支払いを求めたこともあった。ゆえにコプトの中には同胞団を敵視する者もいる。ただし、同胞団は、コプトへのジェノサイド・追放も辞さないジハード団などの過激派組織に対しては批判的である。また、コプトとの融和に向けた動きも行っているほか、クリスマスにコプト教会を守る活動を行うことを表明した。2011年から2012年にかけて行われた人民議会選挙においては、一部のコプト司祭らが同胞団系の「自由と公正党」に投票したことを明言した。