International Military Tribunal for the Far East
Después de la rendición japonesa, Matsui fue juzgado por el Tribunal Penal Militar Internacional para el Lejano Oriente, por su inacción durante la masacre de Nankín. Matsui manifestó vergüenza por la masacre de Nankín, pero culpó indirectamente al Príncipe Yasuhiko Asaka y al Teniente General Heisuke Yanagawa, comandante del 10º Ejército, de la matanza, al no haber detenido a los hombres bajo su mando directo. Matsui alegó que algunos oficiales se rieron cuando manifestó indignación por lo ocurrido, y que al encontrarse enfermo, él no pudo intervenir.