Pleurotus ostreatus
分子系統学の登場はキシメジ科に属する単系統群の分類を大きく助けた。分子系統学からの証拠があってキシメジ科からの分離が提案された例がいくつかあったものの、これまではリンネの分類群というより分岐学で定義されていたが、2006年にキシメジ科からヒドナンギウム科()、シメジ科()、ホウライタケ科()、クヌギタケ科()、ツキヨタケ科()、タマバリタケ科()、ヒラタケ科()などを分離することが正式に公表された。