Алькояно
В сезоне 2007/08 Бордалас вернулся в третий дивизион с футбольным клубом «Алькояно». В сезоне 2009/10 он возглавил футбольный клуб «Эльче», выступавший во втором дивизионе. В первый сезон Бордаласа в качестве тренера «Эльче» оказался на 6 месте в турнирной таблице и получил шанс на повышение. В следующем сезоне Пепе вывел клуб на 4 позицию, тем самым достигнув финала плей-офф, в котором «Эльче» проиграл футбольному клубу «Гранада». Третий сезон команда Хосе начала хорошо, но после поражения 0:2 в матче против «Вильярреала Б» Бордалас был уволен.