暫定委員会
1944年の大統領選でローズヴェルトが4選を果たし、ハルの後任の国務長官にエドワード・ステティニアス (Edward R. Stettinius) が就任すると、クレイトンは初代経済担当国務次官補に任命され、己の信ずる自由貿易政策を推進することが可能になった。彼は暫定委員会の委員に任命され、原爆開発によって生ずると予想される問題について陸軍長官ヘンリー・L・スティムソンと大統領ハリー・S・トルーマンに助言した。さらにポツダム会議の際には米国経済代表団議長として参加し、賠償問題を交渉した。