American Airlines
FAA은 이 시점에서 비행기에 비상사태가 발생했음을 인지했다. 이 때쯤 이미 아메리칸 항공 11편은 세계 무역 센터 북쪽 타워에 충돌하였고 유나이티드 항공 175편도 막 납치되었음이 알려졌고 수 분 후 남쪽 타워에 충돌하였다. 아메리칸 항공 비행기의 두 번째 납치 사실과 유나이티드 항공의 납치 사실이 알려지면서 아메리칸 항공 부사장인 제라드 아페이는 자사 항공기의 전 편성 착륙을 명령하였다. 한편 인디애나폴리스 항공 관제 센터와 아메리칸 항공 파견 직원이 77편과 접촉하러 시도했으나 전부 실패하였다. 비행기가 납치되었을 당시 비행기는 미국 국립 라디오청정구역(NRQZ) 위를 날고 있었다. 항공 관제사가 무선으로 비행기와 연락할 수 없게 되자 인디애나폴리스 항공 관제 센터의 한 관계자는 9시 9분 경 비행기가 추락했을 것 같다고 보고하였다.