African Union Commission
ستكون الأمانة مسؤولة عن تنسيق تنفيذ الاتفاقية وستكون هيئة مستقلة داخل نظام الاتحاد الأفريقي. على الرغم من أنها ستكون لها شخصية قانونية مستقلة، إلا أنها ستعمل عن كثب مع مفوضية الاتحاد الأفريقي وتتلقى ميزانيتها من الاتحاد الأفريقي. سيقرر مجلس الوزراء المسؤول عن التجارة موقع المقر والهيكل والدور والمسؤوليات.