Энерги Котбус
С 2004 года 17-летний Хедира начал играть во второй команде «Штутгарта», воспитанником которого является. Дебютировал в Бундеслиге 1 октября 2006 года в матче против «Герты». 29 января 2007 года подписал свой первый профессиональный контракт со «Штутгартом» до июня 2009 года. Хедира забил свой первый мяч в основной команде 29 октября в матче против «Шальке 04». 19 мая, в последнем матче сезона 2006/07 против «Энерги Котбус» Хедира забил победный мяч, благодаря которому «Штутгарт» стал чемпионом впервые за 15 лет. 9 июля 2008 года продлил контракт до лета 2011 года. В клубе успешно играл на позиции опорного полузащитника, некоторое время был вице-капитаном команды.