Deportivo Anzoátegui
Флорес начал профессиональную карьеру в клубе «Депортиво Лара». В 2006 году он дебютировал в венесуэльской Примере. Летом 2011 года Франсиско перешёл в «Депортиво Ансоатеги». 12 августа в матче против Яракуянос он дебютировал за новую команду. 21 августа в поединке против «Каракаса» Флорес забил свой первый гол за «Депортиво Ансоатеги». В 2012 году он помог команде выиграть Кубок Венесуэлы.