Sant'Andrea della Valle
Фламинио Понцио оформлял капеллу Альтемпс в церкви Санта-Мария-ин-Трастевере (1585—1589, вместе с Мартино Лонги Старшим) и одновременно Палаццо Альтемпс, капеллу Колонна в церкви Сан-Джованни-ин-Латерано (1597—1605), капеллу Наро в церкви Санта-Мария-сопра-Минерва (1588—1602), капеллу Ручеллаи в базилике Сант-Андреа-делла-Валле (1603—1605) и многое другое. Около 1608 года Понцио вместе с Джованни Вазанцио начал строительство главного здания на Вилле Боргезе, а также Палаццо Боргезе в Риме. В качестве консультанта Объединения римских ювелиров (dell’Università degli Orefici) Фламинио Понцио проводил работы по реставрации церкви Сант-Элиджо-дельи-Орефичи в Риме (1603—1604 и 1612). Между 1602 и 1605 годами он занимался перестройками Квиринальского дворца.