معركة وادي المخازن
توفيت خوانا في الإسكوريال بمدريد في 7 سبتمبر 1573 عن عمر يناهز الثمانية والثلاثون عاماُ، دفنت في "الدير النساء حفاة القدمين"، في حين توفى ابنها الوحيد الملك سيباستياو في معركة وادي المخازن في 7 أغسطس 1578 بالدولة السعدية، لم يتزوج قط، استولى شقيقها فيليب الثاني على البرتغال بعد عامين من ذلك موحداً الشبة الجزيرة في الاتحاد عرف تاريخياً بـ الاتحاد الإيبيري.