Сан-Хосе (Коста-Рика)
Фернандес родился 18 июля 1834 года в Сан-Хосе (Коста-Рика). Его родителями были Мануэль Хосе Фернандес Чакон, глава государства в 1835 году, и Долорес Ореамуно Муньос. Его сестра Пасифика Фернандес Ореамуно была женой Хосе Марии Кастро Мадриса, президента Коста-Рики с 1847 по 1849 и с 1866 по 1868 годы. 25 декабря 1861 года Фернандес женился на сестре президента Томаса Гуардии Гутьерреса Кристине. От этого брака родились двое детей — Мануэль и Пасифика, выданная за Бернардо Сото Альфаро, президенте Коста-Рики в 1885—1890 годах.