哲蚌寺
他在第三世达赖喇嘛圓寂后，經過甘丹寺、哲蚌寺、色拉寺查訪，被確認為達賴轉世靈童。明神宗萬曆三十年（1602年），由三大寺派人迎到西藏，次年在藏北熱振寺舉行坐床典禮，到哲蚌寺學經，以甘丹赤巴班覺嘉措為師，受沙彌戒，取名云丹嘉措。萬曆三十五年（1607年），回到扎什倫布寺向住持羅桑曲結堅贊學經，後來返回色拉寺、哲蚌寺。萬曆四十二年（1614年），第四世班禅额尔德尼在哲蚌寺為云丹嘉措授比丘戒。云丹嘉措就任哲蚌寺、色拉寺堪布。他派頓月曲青嘉措到青海建立佑寧寺。萬曆四十四年（1616年）十二月十五，在哲蚌寺圓寂,也使得蒙古的軍隊駐紮到了前藏地區,讓格魯派暫時免於受到其他包含薩迦派與葛瑪葛舉派(紅帽派)的排擠,使得格魯派能夠有一個傳教的空間