Grafenfehde
Während der Grafenfehde (1533–1536) wurde das Schloss zweimal erobert und die Stadt niedergebrannt. Nach der Grafenfehde ließ Christian III. Nyborg befestigen. Er ließ das Schloss Nyborg erweitern und modernisieren und ordnete den Bau der großen Wallanlage an, welche die Festung Nyborg bilden sollte. Christian III. machte Nyborg auch zum politischen Zentrum der Reformation indem er Martin Luthers Lehre in seinem Reich als Staatsreligion ausrufen ließ.