Mohammad Khatami
據報導，哈梅內伊反對在伊朗首都興建一座遜尼派的清真寺。《亞洲時報》引述一名德黑蘭學生稱，前任改革派總統穆罕默德·哈塔米表示哈梅內伊沒有堅守他的競選時的承諾，允許在德黑蘭興建遜尼派清真寺。導致168人喪生的裏海航空7908號班機空難發生後，哈梅內伊保持緘默，也沒有宣佈全國哀悼，這引起了伊朗基督徒，伊朗裔美國人及其他伊朗社群的憤怒。與什葉派伊拉克教士穆罕默德·巴格爾·哈基姆的身亡比對，當時哈梅內伊發佈了通知，宣佈全國舉行三天哀悼。