グランドコモロ島
首都のモロニがあるグランドコモロ島の支配に反発し、1997年からアンジュアン島とモヘリ島で分離独立の動きがあったが、連邦再編と各島の自治権拡大を謳った新憲法が採択され、コモロ連合への国名改称とともに、現在では両島ともコモロに留まる意向を示している。しかし連合政府の権限強化を謳った2009年の憲法改正の際には、再び各島の間で対立が発生した。