Серро Портеньо
Алонсо — воспитанник клуба «Серро Портеньо». 10 марта 2013 года в матче против «Депортиво Капиата» он дебютировал в парагвайской Примере. 5 августа в поединке против «Серро Портеньо ПФ» Хуниор забил свой первый гол за команду. В том же сезоне Алонсо помог клубу выиграть чемпионат.