House of Trastámara
ولدت خوانا في طليطلة عاصمة مملكة قشتالة بعد تعميد شقيقها الأكبر الأمير خوان، بحيث كانت الطفل الثالث والابنة الثانية لوالديها فرناندو الثاني ملك أراغون وإيزابيلا الأولى ملكة قشتالة، والديها كليهما ينتميان إلى أسرة تراستامارا، سميت بذلك نسبة لجدتها من أبيها خوانا إنريكيث، كانت لديها بشرة عريضة، وعيون بنية اللون، في حين لون شعرها أشقر الفراولة وكستنائي مثل والدتها وأخوتها.