Carnegie Institution for Science
1914年、モーリーはカーネギー研究所に対してマヤ碑文の全面的な調査を行う計画を提出した。この計画は認められ、1915年からモーリーはカーネギー研究所の考古学者としてマヤの発掘調査を主導した。モーリーはコパン、ペテン、チチェン・イッツァなどを調査した。1929年の改組で歴史研究部門の主任はアルフレッド・V・キダーとなり、モーリーは碑文研究を主に行うようになった。