Arthur MacArthur
アメリカ合衆国の政情以前にフィリピン現地では既に1899年1月4日、駐マニラアメリカ軍のオーティス総司令官がフィリピン領有宣言を発しており、アギナルドをはじめフィリピン国民は一斉に激しく抗議していたが、このフィリピン革命政府の抗議が受け入れられることはなく、2月5日のサンファン橋事件によってフィリピン側に3000名の死傷者が出たことを契機にフィリピン革命政府とアメリカ合衆国との間に新たな戦争が勃発した（米比戦争）。フィリピン軍はアメリカ軍への敗北を重ねた上、内部分裂が進行したためにアギナルドはアントニオ・ルナ准将を粛清して内部を固めた上で6月6日に首都をターラックを移転し、7月7日に新たな革命議会を開催したが、アメリカ軍の追撃は更に進み、1899年11月11日の敗走中にバヤンバンにてゲリラ戦への転換を指示し、1900年8月には最後の拠点イサベラ州パラナンに到達したものの、翌1901年3月にアギナルド大統領はアメリカ軍の捕虜となり、アメリカ軍のアーサー・マッカーサー2世軍政長官に対する「忠誠の誓い」と全軍への休戦を指示した。米比戦争は2年1カ月に及び、フィリピン軍の戦死者12,000人、アメリカ軍の戦死者4000人、フィリピン非戦闘員の犠牲者20万人を出して終結した。