Continental Army
1778년 3월, 맥헨리는 다시 대륙군에 참가하여 대륙군 야영지 밸리 포지에서 1개월 정도 군의관을 맡았다. 1778년 5월, 대륙군 총사령관 조지 워싱턴은 맥헨리를 참모부 서기로 임명했다. 맥헨리는 워싱턴과 함께 2년 반 정도를 보냈다. 그동안 맥헨리는 몬머스 전투, 스프링필드 전투, 뉴저지 전투에 참가했고, 헨리 녹스, 알렉산더 해밀턴, 라파예트 등과 함께 워싱턴에서 가장 친한 ‘군 패밀리’의 일원으로 손꼽혔다.