Florida State League
Syndergaard commence la saison 2013 avec les Mets de Sainte-Lucie, club de niveau A avancé de la Ligue de l'État de Floride, et est désigné joueur étoile de la ligue. Il est promu en juin de la même année au niveau AA avec les Mets de Binghamton de la Ligue Eastern ; il est sélectionné pour le match des étoiles du futur 2013.