Чакарита Хуниорс
Менендес — воспитанник клуба «Чакарита Хуниорс». 5 июня 2011 года в матче против «Бока Унидос» он дебютировал в Примере Насьональ. В начале 2012 года Хонатан подписал контракт с дублирующей командой испанской «Севильи». В испанском третьем дивизионе он провёл три сезона, но так и не дебютировал за основную команду. В начале 2015 года Менендес на правах свободного агента вернулся в «Чакарита Хуниорс». 11 августа в матче против «Феррокарриль Оэсте» он забил свой первый за родную команду.