能登鐵道
在能登鐵道接管路能登線和七尾線前，此站由西日本旅客鐵道（JR西日本）營運。後來當能登鐵道接管能登線後，能登鐵道的車站便改名為「能登穴水站」（），以分辨JR西日本和能登鐵道兩家車站。當時能登鐵道設有獨自的木屋風車站大樓。隨著七尾線也由能登鐵道接管，車站大樓使用JR西日本的那一座，並改回車站名稱為「穴水站」。後來，舊能登穴水站的車站大樓變成了能登鐵道的總部（隨著能登線廢止，便遷移至）。舊大堂部分變成了商店。在跨線橋上於冬天期間會開設蠔料理店「穴水站月台 熱熱亭」。在2015年3月，鄰接車站大樓的地方開設了物產館「四季彩彩」，同時也把車站大樓的外觀進行外牆翻新工程。在「四季彩彩」中販賣了於能登地方的土產物和能登鐵道商品，該處也有蕎麥麵、烏冬類的輕食店。