مظفر الدين شاه
في سنة 1740 استولى نادر شاه الصفوي على بخارى، ولكنها استعادت استقلالها بعد وفاته، وتولى الحكم فيها سلالة جديدة. وفي عهد الأمير مظفر الدين شاه (1860-1885) ازداد نفوذ الروس وتغلغلهم في بلاد ما وراء النهر، واضطر الأمير مُظفَّر إلى التخلي عن أجزاء واسعة من أراضيه لهم، ولم يتعرض الروس للعاصمة بخارى التي اتسع نفوذها غرباً سنة 1873 على حساب خانات خيوة (خوارزم سابقاً). وفي عهد الأمير عبد الأحد خان (1885-1910) اتفقت كل من روسيا وإنجلترا، التي كانت صاحبة النفوذ في أفغانستان، على رسم الحدود السياسية بين بخارى وأفغانستان، على أن يكون نهر بانج Pandj هو الحد الفاصل بينهما، ونُظمت العلاقات بين بخارى وروسية، وأُعلن قيام إمارة بخارى عام 1887. وفي سنة 1918 بعد قيام الثورة الشيوعية في "روسيا" استولى الثوار على "بخارى" وقاموا بتخريب المدينة، تخريبا لا يقل عن تخريب التتار لها.