Haemophilus influenzae
扁桃腺炎大多因病毒感染引起，不過約有5%~40%的病例是由細菌感染引起。由A型鏈球菌引起的扁桃腺炎稱為鏈球菌性咽炎。由淋病雙球菌、、流感嗜血桿菌等其他細菌引起則較罕見。扁桃腺炎通常是透過空氣於人群間傳播感染。如等評分系統可以協助釐清可能原因，並可以透過咽拭子或快速鏈球菌檢查法確診。