Moreton Bay
11月8日、ワフーは2回目の哨戒でソロモン諸島方面に向かった。ミリ、ジャルート、ブタリタリ近海を抜けて11月22日にブーゲンヴィル島沖の哨区に到着。11月30日深夜、ワフーはの地点で輸送船と駆逐艦を発見したが、接近し切れなかった。この海域で17日間哨戒したが戦果が挙がらないので、トラックとブーゲンヴィル島を結ぶ航路を狙って哨戒海域を移動したが相変わらず戦果はなく、元の海域に戻った。12月10日午後、ワフーはのショートランド諸島東方で「朝潮型駆逐艦」に護衛された3隻の輸送船を発見し、まず魚雷を4本発射して特設運送船（給炭）かもゐ丸（北海道炭礦汽船、5,355トン）に3本を命中させ、かもゐ丸は2時間後に沈没した。爆雷40発による反撃もあったが無事であった。を使った2度目の攻撃のあと、新しい海域に向かった。12月14日朝、ワフーはの地点で病院船まにら丸（大阪商船、9,486トン）を発見。午後には、の地点で12ノットで浮上航行する潜水艦を発見し、魚雷を3本発射して命中させて撃沈したと判断される。これは伊15と推定されたが、実際に雷撃されたのはショートランドからトラックに向かっていた伊2であり、魚雷は命中しなかった。12月15日にはブカ島キエタを偵察。12月26日、ワフーは48日間の行動を終えてブリスベンに帰投した。12月31日、ケネディ少佐は駆逐艦勤務に転じて艦長となり、ノルマンディー上陸作戦に参加した。後任には、ダドリー・W・"マッシュ"モートン中佐（アナポリス1930年組）が昇格した。ワフーは次の哨戒までに、モートン湾で駆逐艦 ("USS Patterson, DD-392") とソナーの試験を行った。