아시카가 요시미쓰
1336년(겐무 3년)에 아시카가 다카우지가 고묘 천황을 옹립하여 북조를 수립한 뒤 무로마치 막부를 개창하였고, 고다이고 천황은 요시노에 남조를 수립하면서 왕조는 둘로 분열되었다. 남북조 시대에 교토 쟁탈전이 벌어져 남조에 의한 교토 점령이 4차례 행해졌지만 모두 단기간으로 아시카가 군에 의하여 격퇴되었다. 남조가 쇠퇴하고 무로마치 시대에 교토는 무로마치 막부가 교토에 설치되면서 정치 도시로서의 기능이 부활하였다. 1392년(메이토쿠 3년)에 남북조를 통일한 3대 쇼군 아시카가 요시미쓰(足利義満)는 쇼군의 저택을 교토의 무로마치(室町)로 옮겼기 때문에 무로마치도노(室町殿)라고도 불렸으며 이후에 아시카가 가문의 쇼군을 가리키는 일반적인 호칭으로 정착되었다.