Boca Juniors
바타글리아는 산타페주 출신이지만, 보카 주니어스 유소년팀에서 축구 경력을 시작했다. 1998년 5월 31일 프로무대에 데뷔했고, 곧 보카 주니어스의 중요한 선수가 되었다. 그는 그 클럽에서 5년을 뛰었고, 2003-04 시즌의 중반부에 스페인 프리메라리가의 비야레알 CF가 2천 8백만 유로를 지불하여 그를 영입하였다.