總武本線
隨著工程動工，御茶之水站也從原地往東側的與聖橋之間移動。出入口設於御茶之水橋與聖橋兩側。月台改為兩座島式月台，連結兩國的總武本線在內側，中央本線在外側。總武本線在出御茶之水後，爬上千分比33的上坡跨越中央本線上行線。該線連通中央本線緩行線、急行線兩線，配線上可進行折返。月台完成時全長152.2公尺，川側的中央本線上行、總武本線下行月台寬度為6.5公尺，山側的總武本線上行、中央本線下行月台寬度為5.8公尺。