Comunidad de Desarrollo de África Austral
Para las elecciones de 1995 (las primeras del país con distintas candidaturas), se postuló en el seno del CCM como candidato a la Presidencia de la República. A pesar de tener amplias posibilidades, las bases del partido influenciadas por los dirigentes históricos no le apoyaron y, por un mínimo resultado, fue declarado candidato oficial Mkapa quien ganó las elecciones en octubre. La influencia de Kikwete en amplios sectores sociales le permitieron ser nombrado Ministro de Asuntos Exteriores en el nuevo gabinete. En su haber se encontró haber evitado la incorporación de su país a la Segunda Guerra del Congo e impulsar la Comunidad de Desarrollo de África Austral, consiguiendo un acuerdo de unión aduanera en 2005 con Kenia y Uganda. También medió en la guerra civil de Burundi, ofreciendo el territorio tanzano como lugar neutral de encuentro de las distintas partes enfrentadas, con objetivos de llegar a un acuerdo de paz.