Coquimbo Unido
В начале 2016 года Франсиско перешёл в «Кокимбо Унидо» из второго чилийского дивизиона. 17 января в матче против «Рейнджерс» он дебютировал за новый клуб. 31 января в поединке против своего бывшего клуба «Сантьяго Морнинг» Арруэ забил свой первый гол за «Кокимбо Унидо».