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목화쥐아과(Sigmodontinae)는 쥐상과 비단털쥐과에 속하는 설치류 아과의 하나이다. 다양성이 가장 풍부한 포유류 분류군의 하나로 최소 376종의 신대륙 쥐와 생쥐를 포함하고 있다.