一酸化炭素
燃料は多様な候補が検討されている。しかし、電極触媒として用いられている白金は一酸化炭素で容易に被毒され、すぐに活性を失ってしまうため、燃料中の一酸化炭素が10ppm以下であるという条件がつく。したがって、特に改質による燃料供給は装置が大型化してしまうという問題がある。改質ガスなど燃料に一酸化炭素が含まれる場合は、触媒の一酸化炭素による被毒を回避するために（一酸化炭素）選択酸化反応 (PROX: Preferential Oxidation) により、選択的に一酸化炭素を酸化して除去する。