行政法人
2001年（平成13年），依據《》，本館成為獨立行政法人。因屬於行政執行法人（舊特定獨立行政法人），職員具有國家公務員身分。由於公文的收集管理體制落後於各國而遭受批評，2007年12月，日本政府為強化體制，表明未來將把公文書館從獨立行政法人改回國家機關。