イエズス会
その後パラフォクスはイエズス会と対立し、イエズス会が十分の一税を支払っていないことを批判した。1647年にはローマ教皇インノケンティウス10世に対してイエズス会を非難する書簡を送っている。副王とメキシコ大司教フアン・デ・マニョスカはこの問題についてイエズス会の方を持ったが、パラフォクスはイエズス会批判を止めなかった。