Conseil de défense croate
En 1991, lorsque la guerre de Croatie éclate, Slobodan Praljak s'engage dans l'armée croate et dirige une unité formée d'artistes et d'intellectuels, avec laquelle il prend possession de la ville de Sunja en repoussant les forces yougoslaves. Il est alors fait général, entre au ministère de la Défense et devient l'un des 14 membres du Conseil de défense croate (HVO), dont il prend le commandement du au . Il est responsable de crimes de guerre à Mostar et de la destruction du Vieux Pont, en , avant de démissionner de ses fonctions au HVO.