American alligator
分岐学的に、アメリカアリゲーターと、ナイルワニやインドガビアルよりもそれに近縁な全てのワニとして定義される。これはアリゲーターのステムベースの定義であり、クラウンベースのアリゲーター科よりも包括的である。アリゲーター科は現生アリゲーターとカイマンの最も近い共通祖先と（現生種・化石種を問わず）その全ての子孫のみを含む。一方でアリゲーター上科は、クロコダイルまたはガビアルよりも現生アリゲーターに近縁な、より基盤的な絶滅したアリゲーターの祖先も含む。現生種のみを考える場合にはアリゲーター上科はアリゲーター科と同義であるため、アリゲーター科のみが用いられる。アリゲーター上科が用いられるのは、古生物学の文脈においてのみである。