蝦夷共和國
戰爭结束后曾退出军队返回鹿兒島，但隨即在翌年1月重新被委任軍職，征討當時盤據北海道，由榎本武揚率領的舊幕府海軍（自稱為蝦夷共和國）。箱館戰爭（又稱五稜郭之戰）在2月份開始之時被委為公卿清水谷公考中將的參謀，並在3月率軍由東京出港。途中，在宮古灣停泊時和舊幕府海軍相遇，登陸北海道後擔任戰鬥總指揮，在5月進逼箱館城（今函館），並於11日對箱館發動總攻擊，親自率領少量兵力佔據城後的箱館山，力勸榎本武揚歸降，17日取下函館城。戰後黑田清隆強烈地要求新政府從寬處理榎本武揚等人，結果在明治5年（1872年）1月6日榎本武揚一干人等被釋放。