Papado de Aviñón
No obstante, en el siglo XV la basílica se encontraba en estado ruinoso, y tras el Papado de Aviñón, comenzó a discutirse la reparación de parte de la estructura. Las obras fueron encomendadas a los arquitectos Leon Battista Alberti y Bernardo Rossellino, quienes mejoraron el ábside y agregaron una loggia de varios pisos a la fachada del atrio, cuya construcción continuó de manera intermitente hasta que comenzaron las obras de la nueva basílica.