Neuchâtel Xamax
Махир Халили начинал свою профессиональную карьеру футболиста в албанском клубе «Кастриоти» в 1995 году. Далее он выступал за тиранское «Динамо Тирана», швейцарские «Делемон» и «Ксамакс», словенскую «Горицу».