Gouvernement Tobolsk
Joffe war schon früh in revolutionäre Aktivitäten involviert. Mit 19 Jahren wurde er Mitglied der SDAPR. Nach dem Abschluss des Gymnasiums reiste er nach Berlin, wo er sich an der Medizinischen Fakultät der Friedrich-Wilhelms-Universität immatrikulieren ließ. Dort lernte er den österreichischen Psychiater Alfred Adler kennen, von dem er später in Wien psychoanalytisch behandelt wurde, und interessierte sich für die Lehren Freuds. 1905 kehrte er nach Russland zurück und nahm an der Revolution teil. Nach ihrer Zerschlagung durch die zaristische Regierung ging er ins Exil nach Deutschland, von wo er als „unerwünschte Person“ verwiesen wurde und dann nach Österreich. 1908 schloss er in Wien seine Ausbildung als Arzt ab. Dort lernte er Leo Trotzki kennen, dessen Freund und Weggefährte er wurde. Gemeinsam gaben sie von 1906 bis 1912 die russischsprachige Zeitung "Prawda (Wahrheit)" heraus, die nicht mit dem späteren Leitorgan der Kommunistischen Partei der Sowjetunion zu verwechseln ist. Im Jahr 1912 wurde er während eines Russlandaufenthaltes in Odessa verhaftet und in das Gouvernement Tobolsk verbannt. 1913 wurde seine Beteiligung an der Tätigkeit der illegalen Organisation der Matrosen der Schwarzmeerflotte in den frühen Jahren bekannt. Er wurde wieder verhaftet, kam nach Odessa, wo er 1916 nach einem Prozess zur lebenslangen Verbannung nach Sibirien verurteilt wurde. Dort betätigte er sich als Dorfarzt.