連邦巡回区控訴裁判所
後に、アメリカ連邦政府はA-12の開発にあたって「アメリカ海軍の契約停止のプロセスが正当に行われていたならばこれほどの予算を浪費することなく開発計画を中止できたはずである」として、ジェネラル・ダイナミクスとマクドネル・ダグラスの2社に対して過大に支払われた開発費用の返還を求める国費返還請求の訴訟を行った。裁判の結果、アメリカ海軍による契約停止プロセスは正当に行われていたと認められたものの、2009年6月2日、連邦巡回区控訴裁判所は2社に対して13億5,000万ドルと契約解消となった1991年以降の延滞利息の支払いを命じる判決を言い渡した。両社は上訴し、2010年9月、最高裁判所にて開かれた意見陳述で「計画のキャンセルは不当であり、開発費用の増大は軍当局が国防機密を盾に必要な情報を提供しなかったことが原因であり、当社に直接の責任はない」との主張を展開、2011年5月には最高裁判所は控訴裁判所へ判決差戻しを命じた。最終的には2014年5月にジェネラル・ダイナミクスとマクドネル・ダグラスを吸収合併したボーイング社の両社が2億ドルずつ、計4億ドルを返還することで合意した。