Clube Náutico Capibaribe
Карлос Эдуардо начинал свою карьеру будучи игроком бразильского клуба «Деспортиво Бразил» и выступая на правах аренды за другие бразильские команды «Итуано», «Флуминенсе» и «Гремио Пруденти». 31 мая 2009 года он дебютировал в бразильской Серии А, выйдя на замену в середине второго тайма гостевого матча «Флуминенсе» против «Наутико Ресифи». 6 августа того же года Карлос Эдуардо забил свой первый гол в Серии А, доведя счёт до разгромного в домашнем поединке с командой «Спорт Ресифи».