阿古柏
关于徐学功和阿古柏交恶的主要导火索是阿古柏命降将马仲作为当地阿奇木伯克而徐学功未得一职，徐学功对此极为不满。不过在此之前，二人互相已经多有不满。阿古柏认为徐学功徐学功勇猛却无远识，加上虽然百战却不得一阶，故而轻视的态度使得二人关系急转直下。除此之外，因为阿古柏占领昌吉、绥来、呼图壁等地时，要求当地无论回汉，均剃头易服，不仅执行严苛的刑法，还加重赋税甚至掠夺庄园等暴行，也使得徐学功对阿古柏不满。《伊米德史》中记载徐学功因为和马仲有仇，方才帮助阿古柏，借机消灭马仲。然而马仲的投降使得徐学功的愿望没有实现。最终，马仲上任阿奇木伯克使得徐、阿二人关系彻底破裂。关于徐学功和阿古柏的关系，亚历克塞·库罗帕特金所著《喀什噶尔》一书中也有所记录。徐学功在协助阿古柏拿下乌鲁木齐、古牧地（今乌鲁木齐市米东区古牧地镇）、绥来县、古城等地后，因为这些地方大都是攻占而得，所以最初这些地方的管辖权均属于徐学功。然而当阿古柏借助汉人的力量占领这些城镇后，开始改变对汉人的态度。开始排挤汉人，并解散由汉人组成的队伍。阿古柏的部队和投降的妥明部队开始接管这些地方，徐学功则必须服从于他们。这使得受辱的徐学功最终选择离开。