Tribunal militaire international pour l'Extrême-Orient
Au Tribunal militaire international pour l'Extrême-Orient qui se tient à Tokyo après la guerre, Kido est accusé au titre de criminel de guerre de classe A. Il essaye dans un premier temps de plaider coupable afin de protéger l'empereur en endossant toutes la responsabilité des décisions impériales. Son journal personnel, tenu en détail depuis 1930 et volontairement remis à l'accusation, devient un important document pour déterminer le fonctionnement interne du gouvernement japonais durant la guerre et est souvent cité par l'accusation comme preuve contre les accusés, dont Kido lui-même. Kido est déclaré coupable des chefs d'accusation 1, 27, 29, 31 et 32 et condamné à la prison à vie à la prison de Sugamo à Tokyo.