국제펜클럽
1961년 5·16 군사정변으로 집권한 군부에 의해 연행되었다. 그를 비롯한 민족일보 간부 13명을 "북한을 찬양·고무한 죄"로 구속한 뒤 이 중 그를 비롯한 8명에게 사형선고를 내렸다. 8월 12일 군사재판으로 열린 1심에서 사형을 선고받았다. 이 재판에서 육군대령이 재판장을 맡고 군인 2명과 민간인 2명이 심판관을 맡았는데, 이회창이 당시 민간인 심판관으로 참여해 이후 논란이 됐다. 10월 31일 상고심에서도 사형이 확정되었다. 사형 이유는 조용수가 총련 자금을 받아 민족일보를 창간, 무분별한 평화통일론을 주장하여 북한을 이롭게 했다는 것이다. 조용수의 사형 판결이 정해지자 이에 대해 국제신문인협회(IPI), 국제펜클럽(PEN) 등 국제적으로 항의성명이 이어지고 구명운동이 벌어졌다.