Claude Puel
2000年代はクラブの黄金期となった。2001年にはクープ・ドゥ・ラ・リーグで初優勝し、2001-02シーズンにはディヴィジョン・アンで初優勝を飾った。2002-03シーズンにはリーグ戦2連覇、2003-04シーズンにはリーグ戦3連覇を遂げ、同シーズンのUEFAチャンピオンズリーグではベスト8となった。2005-06シーズンにはリーグの連覇記録を更新する5連覇を達成し、2007-08シーズンには7連覇目を記録するとともに、クープ・ドゥ・フランスでも優勝して2冠を達成。UEFAチャンピオンズリーグでは決勝トーナメント1回戦でマンチェスター・ユナイテッドFC（イングランド）に敗れたが、マンチェスター・Uは同シーズンの大会で優勝した。2008年6月、下部組織の選手育成・強化を目的に、姉妹都市の横浜市に本拠地を置く日本の横浜F・マリノスと業務提携を結んだ。同夏のシーズンオフには、LOSCリール・メトロポールを指揮していたクロード・ピュエル監督を招聘し、ウーゴ・ロリス、ジャン・マクーン、エデルソンなど若手有望株を獲得し、世代交代を図りつつも8連覇を目指した。序盤戦から2009年4月初めまで首位を走り続けたが、ジュニーニョ・ペルナンブカーノなどのベテランを怪我で欠いたチームには一体感と躍動感が不足し、ボルドーとマルセイユの後塵を拝してリーグ連覇記録が途絶えた。8連覇はならなかったが、UEFAチャンピオンズリーグの出場権は確保した。UEFAチャンピオンズリーグでも決勝トーナメント1回戦でFCバルセロナ（スペイン）に敗れたが、前シーズンと同じく、リヨンを倒したバルセロナが優勝を飾った。