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감사원의 입장변화도 도마 위에 오르고 있다. 감사원은 지난 2006년에 이어 2007년에도 공공기관들이 혁신도시 정책을 따르고 있는지 점검하기 위해 공사들을 상대로 강도 높은 감사를 진행했는데 이는 혁신도시 사업을 독려하기 위한 목적이었다. 2007년에는 제일 먼저 착공한 도시에 300억원을 지원하기도 했다. 그러나 2008년 3월 30일부터 ‘혁신도시 추진실태’에 대한 예비조사를 실시해 경제효과가 없는 애물단지 사업이라는 결과를 내놓았다. 연간 1조3천억원 정도인 공공기관 지방이전의 부가가치 증가효과가 4조원대로 부풀려졌다는 것이다.