アマゾン盆地
プエルト・マルドナルドは熱帯のアマゾン盆地に位置するため、年間を通して温暖湿潤である。年間平均気温は26度で、8月から9月が最も暑い。降水量は年に1000ミリ以上ある。10月から4月は雨季にあたる。市街はほとんどが傾斜地に建てられているため、洪水の影響はほとんど受けないが、この時期にはよく陸路が不通となる。乾季は6月から8月である。