Halbinsel-Feldzug
Nach dem Halbinsel-Feldzug zog er sich von den Schlachtfeldern zurück. Ein Grund hierfür war sein Schwiegersohn Jeb Stuart, der auf Seiten der Konföderation seinen Dienst versah. Cooke war Richter beim Militärgericht, kommandierte den Distrikt von Baton Rouge und war Superintendent der US Army für das Büro des Generaladjutanten. Am 17. Juni 1866 vergab Präsident Andrew Johnson an Cooke den Ehrendienstgrad des Generalmajors der US Army.