Escherichia coli
歷史上三種终止密码子皆是於噬菌體突變株中發現的，终止密码子的突變造成噬菌體感染大腸桿菌的能力降低，或者只能感染特定血清型的大腸桿菌。UAG（琥珀密碼子）是首個被發現的終止密碼子，最早由理查德·愛潑斯坦（Richard Epstein）與查爾斯·斯坦伯格（Charles Steinberg）分離，並以他們的好友哈里斯·伯恩斯坦（Harris Bernstein）之姓命名，Bernstein在德文中即為琥珀之意。琥珀密碼子突變的噬菌體只能感染部分突變的大腸桿菌，例如tRNA突變而核糖體可以對UAG連讀（readthrough）者。UAA（赭石密码子）是第二個被發現的密碼子，其發現者刻意選用礦石的名稱命名，以與琥珀密碼子相對應，赭石密码子突變的噬菌體也只能感染部分突變的大腸桿菌。UGA（蛋白石密码子）則是最晚發現的密碼子。