Дефенсор Спортинг
Фернандес — воспитанник клубов «Дефенсор Спортинг» и «Ривер Плейт Монтевидео». 12 мая 2018 года в матче против «Дефенсор Спортинг» он дебютировал в уругвайской Примере, в составе последнего. Летом 2020 года Фернандес перешёл в нидерландский «Херенвен», подписав контракт на 3 года.