Emperor's Cup
2005 unterschrieb Marquinhos einen Vertrag bei Shimizu S-Pulse, bei welchem er in seiner ersten Saison 14 Ligaspiele absolvierte und neunmal ins Tor traf. Des Weiteren bestritt er zwei Spiele im Kaiserpokal, in denen er zwei Tore schoss. In seiner zweiten und letzten Saison kam er in 29 Ligaspielen zum Einsatz, in diesen gelangen ihm elf Treffer. Im Kaiserpokal absolvierte er ebenfalls ein Spiel, dort traf Marquinhos gleich doppelt. Außerdem nahm er noch an Spielen des J. League Cups teil, insgesamt fünf an der Zahl und dreimal konnte er den Ball ins Tor befördern.