Morgenthau Plan
スティムソンは、ヘンリー・モーゲンソーによる、ドイツを脱工業化し小さい州に分割するモーゲンソー・プランに強く反対した。この計画は、ナチの戦争犯罪に対する責任の嫌疑がかかった者は誰でも追放か略式手続きによる投獄をすることも目論んでいた。ルーズヴェルトは当初、この計画に対して同情的だったが、スティムソンの反対に遭い、さらに計画が漏れて大衆の抗議を受けるに至って、彼は方針を転換した。こうしてスティムソンはドイツにおける米国の占領地域の全体的な統制を維持した。