Fossilt DNA

Fossilt DNA eller aDNA (efter eng. ancient DNA) er en type DNA som stammer fra biologiske prøver, der ikke bevidst er blevet konserveret med henblik på senere DNA-analyser. 
Eksempler på fossilt DNA kunne være analyser af DNA der inddrives fra arkæologiske og historiske skeletmaterialer, mumificerede væv, samlinger af optøede medicinske prøver, konserverede planterester, is- og permafrostkerner samt holocænt plankton i hav og sø sedimenter m.m. 

I modsætning til moderne genetiske undersøgelser, er fossile DNA-prøver karakteriseret ved en forholdsvis lav kvalitet af DNA. Det sætter grænser for, hvad man kan opnå med analyserne. På grund af den naturlige nedbrydning af DNA-molekylerne er der en øvre grænse for hvor længe DNA kan eksistere. Nuværende skøn tyder på, at i optimale omgivelser, dvs. miljøer, såsom som steder med permafrost eller isdække, er den øvre grænse maks. 1 million år. Tidligere undersøgelser af DNA fra længere tilbage i tiden har vist sig fejlagtige blandt andet fordi at prøver let forurenes med nutidigt DNA (se under Problemer).

I fremtiden håber man blandt andet på at kunne bruge fossilt DNA til at genskabe uddøde dyr eller enddog bevare udrydningstruede dyr. Samtidigt er det også målet for meget forskning at lære mere om de organismer, dyr såvel som planter, der har eksisteret gennem historien.

Fossilt DNA historisk 

Det første studie af fossilt DNA udførtes i 1984 i en publikation af Russ Higuchi et al fra Berkeley Universitet. Formålet var at revolutionere molekylærbiologien og det blev udført ved hjælp af en prøve fra et 150 år gammelt museums eksemplar af Quaggaen (Equus quagga),(Higuchi et al. 1984).
Ved hjælp af undersøgelser af såvel naturligt som kunstigt fossilt DNA fastslog Svante Pääbo at metoden ikke kun var begrænset til de relativt nutidige museumsprøver, men kunne repliceres indenfor en række prøver af mumificerede mennesker, som var dateret til at være flere tusinde år gamle (Svante Pääbo 1985a; Pääbo 1985b; Pääbo1986).
På trods af de noget omstændige og tidskrævende metoder man dengang brugte til at sekvensere fossilt DNA var det et afgørende skridt i udviklingen indenfor området. Med udviklingen af PCR (Polymerase Chain Reaction)(Mullis and Faloona 1987; Saiki et al. 1988) i sen firserne blev det billigere, hurtigere og mere effektivt at sekvensere og udviklingen tog for alvor fart.

Fossilt DNA i isborekerner 

Analyser af op til 400.000 år gammelt fossilt DNA i grønlandske isborekerner viser stor biodiversitet af den forhistoriske grønlandske fauna og flora. Danske forskere har taget nye metoder i brug til undersøgelse af små mængder DNA i isborekernerne fra Grønland.

Problemer 
Fossilt DNA kan indeholde et stort og med tiden endnu voksende antal mutationer, der er indtruffet efter døden. Nogle regioner af polynukleotidet er mere modtageligt overfor denne nedbrydning og derfor kan sekvenseret datas eventuelle mutationer overses på trods af de statistiske test der bruges til at verificere resultaterne 
På grund af blandt andet klimaforandringer tyder det på at permafrosten på den nordlige halvkugle er begyndt at tø. Grunden til at DNA'et er velbevaret skyldes at det er nedfrosset og optøs det kan det resultere i at vigtige data i form af fossilt DNA går tabt.

Fossilt DNA i populærkultur 
Filmen Jurassic Park(1993) skabte en massiv offentlig interesse for mulighederne indenfor udvinding af fossilt DNA. I filmen bruges fossilt DNA af firmaet InGen til at klone dinosaurer i en forlystelsespark. Dinosaur-DNA'et udvindes fra en fossileret myg der er indkapslet i rav. Det har endnu ikke været muligt at udføre reproducerbare forsøg der kan udvinde fossilt DNA fra rav.

Forskere specialiseret indenfor fossilt DNA 

 Lori Baker 
 Gila Kahila Bar-Gal
 Ian Barnes
 Deborah Bolnick 
 Abigail Bouwman 
 Terry A. Brown 
 Joachim Burger
 Ruth Bollongino
 Graciela Cabana
 David Caramelli
 Marco J.L. Coolen
 Jason A. Eshleman
 Marina Faerman
 E.L. Rodriguez Florez
 Carles Lalueza Fox
 Eva-Maria Geigl
 M. Thomas P. Gilbert
 Chuck Greenblatt
 Martin Bay Hebsgaard
 Michael Hofreiter
 K. Ann Horsburgh
 Susanne Hummel
 Frederika Kaestle
 Brian M. Kemp
 Diana M. Lawrence
 Cecil M. Lewis Jr.
 Odile Loreille
 Ripan Malhi
 Carney Matheson
 Lisa Matisoo-Smith
 Connie Mulligan
 Dennis H. O'Rourke
 Svante Pääbo
 Hendrik Poinar
 Carsten Pusch
 Beth Shapiro
 Beth Shook
 Astrid Schmidt 
 David Glenn Smith 
 Meradeth Snow
 Mark Spiegelman
 Anne C. Stone
 Mark G. Thomas
 Eske Willerslev
 Dongya Yang

Se også 

DNA
Genom
Human mitochondrial DNA haplogroups
Human Y-chromosome DNA haplogroup
Kromosom
List of DNA tested mummies
List of genetic results derived from historical figures
Systematik (biologi)
Tyrannosaurus, Dinosaur mummy

Eksterne links 

Famous mtDNA 
Ancient mtDNA 
Tooth gives up oldest human mtDNA 
Extinct cave bear mtDNA sequenced 
British teacher finds long-lost relative: 9,000-year-old man  – mtDNA analysis.
Genetic characterization of the body attributed to the evangelist Luke  (PDF) better link http://www.pnas.org/cgi/content/full/98/23/13460  – mtDNA
Unravelling the mummy mystery – using DNA  – no data on YDNA only mtDNA
Evidence of the Past: A Map and Status of Ancient Remains  – samples from USA no sequence data here.

Referencer 

Biokemi
Evolutionsteori
DNA