ChemSpider

ChemSpider, kimyasal maddelerin bir veritabanıdır. ChemSpider, Kraliyet Kimya Derneği'ne (Royal Society of Chemistry) aittir.

Veritabanı
Veritabanı, aşağıdakiler dahil 270'ten fazla veri kaynağından 100 milyondan fazla molekül içerir.

EPA DSSTox
ABD Gıda ve İlaç Dairesi (FDA)
İnsan Metabolom Veritabanı
Heterosiklik Kimya Dergisi
KEGG
KUMGM
LeadScope
LipidMAPS
Marinlit
MDPI
MICAD
MLSMR
MMDB
MOLI
MTDP
Nanojen
Doğa Kimyasal Biyoloji
NCGC
Ulusal Alerji ve Bulaşıcı Hastalıklar Enstitüsü (NIAID)
Ulusal Sağlık Enstitüleri (NIH)
NINDS Onaylı İlaç Tarama Programı
Ulusal Standartlar ve Teknoloji Enstitüsü (NIST)
NIST Kimya Web Kitabı
NMMLSC
NMR Kaydırma DB
PANACHE
PCMD
PDSP
Peptitler
Geleceğin Prous Science İlaçları
QSAR
Ar-Ge Kimyasalları
San Diego Kimyasal Genomik Merkezi
SGCOxCompounds, SGCStoCompounds
SMID
Teknik Özellikler
Yapısal Genomik Konsorsiyumu
SureChem
Synthon-Lab
Thomson Pharma
Toplam TOSLab Yapı Taşları
UM-BBD
UPCMLD
KullanışlıChem
Web of Science
xPharm

Her kimyasala, karşılık gelen bir URL'nin parçasını oluşturan benzersiz tanıtıcı (unique identifier) verilir. Örneğin, aseton 175'tir ve bu nedenle URL'sine sahiptir.

Kitle kaynak kullanımı
ChemSpider veritabanı, kimyasal yapı biriktirme, spektrum biriktirme ve kullanıcı küratörlüğü dahil olmak üzere kullanıcı katkılarıyla güncellenebilmektedir. Bu, çevrimiçi bir kimya veritabanı geliştirmek için kitle kaynaklı bir yaklaşımdır. Verilerin kitle kaynaklı küratörlüğü, biyomedikal ve kimya literatürünün metin madenciliği uygulamalarında kullanılan kimyasal yapılarla ilişkili bir kimyasal isim sözlüğü üretti.

Ancak, veritabanı haklarından feragat edilmez ve veri indirme olanağı mevcut değildir; Aslında, SSS yalnızca sınırlı indirmelere izin verildiğini bile belirtilmiştir: Bu nedenle çatallama hakkı garanti edilmez ve proje özgür / açık olarak değerlendirilemez.

Araştırma
Bir dizi mevcut arama modülü sağlanmıştır:

Standart arama, sistematik isimler, ticari isimler, eşanlamlılar ve kayıt numaraları için sorgulamaya izin verir.
Gelişmiş arama, moleküler formül ve moleküler ağırlık aralığı, CAS Kayıt Numaraları (Chemical Abstracts Service), tedarikçiler vb. kullanarak kimyasal yapıya, kimyasal altyapıya göre etkileşimli aramaya izin verir. Arama, bulunan sonuçları genişletmek veya kısıtlamak için kullanılabilir.
Mobil cihazlarda yapı araması, iOS (iPhone / iPod / iPad) ve Android işletim sistemleri için ücretsiz uygulamalar kullanılarak yapılabilir.

Kimya belgesi işaretlemesi
ChemSpider veritabanı, kimya belgesi işaretlemesinin temeli olarak metin madenciliği ile birlikte kullanılmıştır. ChemMantis, Kimya İşaretleme ve İsimlendirme Dönüşümü Entegre Sistemi, belgelerden ve web sayfalarından kimyasal isimleri tanımlamak ve çıkarmak için algoritmalar kullanır ve ChemSpider veri tabanındaki isim-yapı dönüştürme algoritmalarını ve sözlük aramalarını kullanarak kimyasal isimleri kimyasal yapılara dönüştürür. Sonuç olarak, ChemSpider aracılığıyla 150'den fazla veri kaynağında kimya dokümanları üzerine bilgi arama sağlayan entegre bir sistem oluşturulmuştur.

Tarihçe
ChemSpider, Royal Society of Chemistry (RSC) tarafından Mayıs 2009'da satın alındı. RSC tarafından satın alınmadan önce, ChemSpider özel bir şirket olan ChemZoo Inc. tarafından kontrol ediliyordu. Sistem ilk olarak Mart 2007'de beta sürüm şeklinde piyasaya sürüldü ve Mart 2008'de piyasaya asıl sürümünü gerçekleştirdi. ChemSpider, bir kimya veritabanının genel desteğini, WiChempedia uygulaması aracılığıyla Vikipedi kimyasal yapı koleksiyonunun desteğini içerecek şekilde genişletti.

Hizmetler
Sistemin bir dizi hizmeti çevrimiçi olarak sunulur. Bunlar arasında kimyasal adların kimyasal yapılara dönüştürülmesi, SMILES ve InChI dizilerinin oluşturulması ve birçok fiziksel kimya parametresinin tahmin edilmesi ve Nükleer manyetik rezonans (NMR) tahminine izin veren bir web hizmetine entegrasyon yer alır.

Sentetik Sayfalar
SyntheticPages, Royal Society of Chemistry tarafından işletilen sentetik kimya prosedürlerinin ücretsiz, etkileşimli bir veritabanıdır.

Kullanıcılar kendi yaptıkları sentetik prosedürleri sitede yayınlanmak üzere sunarlar. Bu prosedürler orijinal çalışmalar olabilir, ancak daha çok literatüre dayanmaktadır. Orijinal yayınlanmış prosedüre atıflar uygun olduğunda yapılır. Yayınlanmadan önce bilimsel bir editör tarafından kontrol edilirler. Sayfalar, bilimsel bir dergi makalesi gibi resmî hakem incelemesinden geçmez, ancak oturum açmış kullanıcılar tarafından yorum yapılabilir. Yorumlar ayrıca bilimsel editörler tarafından yönetilmektedir. Amaç, laboratuvarda yararlı kimyasal sentezin nasıl yapılacağına dair pratik deneyim toplamaktır. Sıradan bir akademik dergide yayınlanan deneysel yöntemler resmî olarak kısaca listelenirken, ChemSpider SyntheticPages'deki prosedürler daha pratik ayrıntılarla verilmektedir. Kayıt dışılık teşvik edilir. Gönderenlerin yorumları da buna dahildir. Karşılaştırılabilir miktarda ayrıntıya sahip diğer yayınlar arasında Organik Sentezler ve İnorganik Sentezler sayılabilir. SyntheticPages sitesi ilk olarak Profesörler Kevin Booker-Milburn (Bristol Üniversitesi), Stephen Caddick (University College London), Peter Scott (Warwick Üniversitesi) ve Dr Max Hammond tarafından kurulmuştur.

Şubat 2010'da ChemSpider | SyntheticPages (CS | SP) oluşumuyla birleşme duyuruldu.

OpenPHACTS
ChemSpider, bir Yenilikçi İlaç Girişimi olan OpenPHACTS projesinin bir parçası olarak kimyasal bileşik deposu olarak da hizmet vermektedir. Open PHACTS, küçük moleküllü ilaç keşiflerindeki -farklı bilgi kaynakları, standartların eksikliği ve aşırı bilgi yüklemesi gibi- darboğazları ele almak için açık standartlar, açık erişim, anlamsal ağ yaklaşımı uygulamaktadır.

Ayrıca bakınız
Ulusal Standartlar ve Teknoloji Enstitüsü (NIST)
PubChem
DrugBank

Kaynakça