DNA virüsleri

DNA virüsleri, genetik madde olarak DNA bulunduran ve replikasyon için DNA'ya bağımlı DNA polimeraz enzimine gereksinim duyan virüslerdir. Nükleik asitleri genellikle çift iplikçikli DNA yapısındadır (çiDNA) ancak tek iplikçikli DNA yapısında olanlar da mevcuttur (tiDNA). DNA virüsleri Baltimor sınıflandırma sisteminde I. Grup ya da II. Grup üyeleridir. Tek iplikçikli DNA'lar genellikle enfekte hücrede çift iplikçikli yapıya dönüştürülür. Hepatit B virüsünü de içeren VII. Grup virüsleri DNA genomuna sahip olmalarına rağmen Baltimor sınıflandırmasında DNA virüslerinden ayrı bir sınıfta yer almışlardır, bunun nedeni bu virüslerin ters transkripsiyon yapan virüs olması ve RNA aracılı replikasyon yapmasıdır. DNA virüsleri çiçek hastalığı, herpesvirüs hastalıkları ve su çiçeği gibi önemli hastalıklara neden olabilmektedirler.

Grup I: çiDNA virüsleri
Bu grubun genom çeşitliliği önemli farklılılar gösterir. Bazıları çembersel (sirküler) genoma (Baculoviridae, Papovaviridae ve Polydnaviridae) sahip iken, bazıları da çizgisel (lineer) genoma sahiptirler (Adenoviridae, Herpesviridae ve bazı fajlar). Bazı aileler çembersel ve çizgisel arasında değişim gösterebilen genoma sahip iken (T4 fajı ve bazı Iridoviridaeler). Bazıları da kovalent olarak kapalı uçlu çizgisel genoma sahiptirler (Poxviridae ve Phycodnaviridae).

Konak aralığı
Kaudovirüs takımı türleri,Kortikovirüs ve Tetivirüs aileleri bakterileri enfekte ederler.

Ligamenvirüs takımı türleri, Ampullavirüs, Bicaudavirüs, Clavavirü, Fusellovirü, Globulovirüs, Guttavirüs ve Turrivirüs aileleri; hipertermofilik arkelerin Crenarchaeota türlerini enfekte ederler.

Herpesvirales takımı türleri, Adenovirüs, Asfarvirüs, Iridovirüs, Papillomavirüs, Polyomavirüs ve Poxvirüs aileleri; omurgalıları enfekte ederler..

Ascovirus, Baculovirus, Hytrosaviridae, Iridoviridae, Polydnaviruses aileleri ve Nudivirus cinsi; böcekleri enfekte ederler.

Mimivirüs ailesi türleri, Marseillevirüs, Megavirüs, Mavirüs virofajı ve Uydu virofajı türleri protozoaları enfekte ederler

Nimaviridae ailesi türleri kabukluları enfeke ederler.

Phycodnavirüs ailesi türleri ve Organik Göl virofajı türleri algleri enfekte ederler. Bunlar bitkileri enfekte eden bilinen tek çiDNA virüsleridir.

Plasmavirüs ailesi türleri; Mollicutes sınıfı türlerini enfekte eder.

Pandoravirüs ailesi türleri amipleri enfekte eder.

Dinodnavirus cinsi türleri ateşrengi algleri enfekte ederler.

Rhizidiovirus cinsi türleri stramenopilleri enfekte edeler.

Salterprovirus ve Sphaerolipoviridae cinsi türleri euryarchaeota cinsine enfekte ederler.

Taksonomi
Takım Caudovirales
Aile Myoviridae—Enterobacteria phage T4 dahil
Aile Podoviridae—Enterobacteria phage T7 dahil
Aile Siphoviridae—Enterobacteria phage λ dahil
Takım Herpesvirales
Aile Alloherpesviridae
Aile Herpesviridae— insan herpesvirüsleri ve Varicella Zoster virus dahil
Aile Malacoherpesviridae
Takım Ligamenvirales
Aile Lipothrixviridae
Aile Rudiviridae
Belirlenmemiş aileler
Aile Adenoviridae—insanlarda adenovirüs enfeksiyonu yapanlar dahil.
Aile Ampullaviridae
Aile Ascoviridae
Aile Asfarviridae—Afrika domuz ateşi virüsü dahil
Aile Baculoviridae
Aile Bicaudaviridae
Aile Clavaviridae
Aile Corticoviridae
Aile Fuselloviridae
Aile Globuloviridae
Aile Guttaviridae
Aile Hytrosaviridae
Aile Iridoviridae
Aile Marseilleviridae
Aile Mimiviridae
Aile Nudiviridae
Aile Nimaviridae
Aile Pandoraviridae
Aile Papillomaviridae
Aile Phycodnaviridae
Aile Plasmaviridae
Aile Polydnaviruses
Aile Polyomaviridae—Simian virüs 40, JC virüs, BK virüs dahil
Aile Poxviridae— Sığır çiçeği virüsü, çiçek hastalığı virüsü dahil.
Aile Sphaerolipoviridae
Aile Tectiviridae
Aile Turriviridae
Belirlenmemiş cinsler
Dinodnavirus
Salterprovirus
Rhizidiovirus
Belirlenmemiş türler
Abalone shriveling syndrome-associated virus
Bandicoot papillomatosis carcinomatosis virus
KIs-V
Lentille virus
Megavirus
Mollivirus sibericum virus
Phaeocystis globosa virus
Pithovirus
Virofajlar
Ace Lake Mavirus virophage
Dishui Lake virophage 1
Mavirus virophage
Organic Lake virophage
Phaeocystis globosa virus virophage
Rio Negro virophage
Sputnik virophage
Sputnik virophage 2
Yellowstone Lake virophage 1
Yellowstone Lake virophage 2
Yellowstone Lake virophage 3
Yellowstone Lake virophage 4
Yellowstone Lake virophage 5
Yellowstone Lake virophage 6
Yellowstone Lake virophage 7
Zamilon virophage
Zamilon virophage 2

Pleolipovirüsler
Pleolipovirüsler olarak bilinen bir gruptur, benzer genom organizasyonuna sahip olmalarına rağmen, tek ya da çift iplikçikli DNA genomu yapısında olmalarıyla farklılıklar gösterirler. Bu grup mevcut sınıflandırma sistemine uymamaktadır ve bu grup için yeni bir takson gerekmektedir.

Bu virüsler litik değillerdir ve virionları lipit veziküllerin kapladığı genomlar ile karaktrizedir. Nükleoproteinlere sahip değillerdir. Viral zardaki lipitler, konak hücre zarından seçici olmayan bir şekilde elde edilmiştir. Virionlar iki ya da üç adet büyük yapısal protein barındırırlar.

Bu grupta aşağıdaki virüsler bulunmaktadır:
Haloarcula hispanica pleomorphic virus 1
Halogeometricum pleomorphic virus 1
Halorubrum pleomorphic virus 1
Halorubrum pleomorphic virus 2
Halorubrum pleomorphic virus 3
Halorubrum pleomorphic virus 6
SNJ2

Grup II: tiDNA virüsleri
Bakteriyofajların ilk olarak 1927'de keşfedilmelerine rağmen, sadece 1959'da Sinshemer çalışmasında Phi X 174 fajının tek iplikçikli DNA yapısında olabileceğini öne sürmiştür.

Taksonomi
Aileler genom doğası ve konak aralığı temel alınarak gruplandırılmışlardır. Aşağıda bu aileler yer almaktadırlar.
Aile Anelloviridae
Aile Bacillariodnaviridae
Aile Bidnaviridae
Aile Circoviridae
Aile Geminiviridae
Aile Inoviridae
Aile Microviridae
Aile Nanoviridae
Aile Parvoviridae
Aile Spiraviridae

Sınıflandırma
Çembersel tek iplikçikli virüslerin bir bölümünün dört tipe ayrıldığı öne sürülmüştür. Bu bölümlendirmenin, onların filogenetik ilişkilerini yansıttığı görülmektedir.

Tip I, küçük çembersel DNA (yaklaşık 2-kb) ile karakterizedir, Rep proteini ve büyük açık okuma alanı (ORF) zıt yönlerdedir. Bu tip: sirkovirüslerin, geminivirüslerin ve nanovirüslerin karakteridtikleridir.

Tip II, genomları benzersiz ve ayrı iki Rep ve ORFlardan oluşur.

Tip III, genomları aynı yönelimde iki büyük ORF içerir. Bu tipik bit anellovirüs düzenidir.

Tip IV, genomları 8'e kadar olabilen ORF ile beraber 4-kb'ı bulan büyük genomlardandır. Bu genom tipi İnovirüsler ve Mikrovirüslerde bulunur.

Konak aralığı
Bidnavirüs ve Parvovirüs aileleri çizgisel genoma sahip iken diğer aileler çembersel genoma sahiptirler Bidnavirüsler iki parçalı genoma sahiptirler ve omurgalıları enfekte ederler. İnovirüsler ve Mikrovirüsler bakterileri enfekte ederler. Anellovirüsler ve Sircovirüsler hayvanları (memelileri ve kuşları ayrı ayrı olarak) enfekte ederler; ve Geminivirüsler ve Nanovirüsler bitkileri enfekte ederler. Bacillariodnavirüsler diatomları enfekte ederler ve eşsiz genoma sahiptirler: ana kromozom daireseldir (~6 kilobaz uzunluğunda): küçük kromozom doğrusaldır (~1 kilobaz uzunluğunda) ve ana kromozomun tamamlayıcısıdır. Spiravirüsler üyeleri arkeleri enfekte ederler. Mycodnavirüsler üyeleri mantarları enfekte ederler.

Moleküler biyoloji
Bu gruptaki virüsler, genom replikasyonu için çift iplikçikli DNA aracısı replikatif bir forma ihtiyaçları vardır. Bu form, normal olarak konak hücre DNA polimerazı yardımıyla virüs DNA'sından oluşturulur.

Kaynakça
Konuyla ilgili yayınlar
Academic Press. Birleşik Devletler Ulusal Biyoteknoloji Merkezi, Ulusal Sağlık Enstitüsü, Ulusal Tıp Kütüpanesi.