GROMACS

GROMACS, başta proteinler, lipitler ve nükleik asitler olmak üzere biyomoleküllerin moleküler dinamik simülasyonları için geliştirilmiş bir yazılım paketidir. İlk olarak Groningen Üniversitesi Biyofiziksel Kimya Bölümü'nde geliştirilmiş olup, günümüzde dünyanın çeşitli üniversiteleri ve araştırma merkezlerinden katkı sağlayan geliştiriciler tarafından sürdürülmektedir. GROMACS, en hızlı ve en yaygın kullanılan moleküler dinamik yazılımlarından biri olup hem merkezi işlem birimleri (CPU) hem de grafik işlem birimleri (GPU) üzerinde çalışabilmektedir. Bu çok katmanlı paralelleştirme mimarisi sayesinde GROMACS, yüksek performanslı moleküler dinamik simülasyonları gerçekleştirebilmektedir.

Tarihi
GROMACS projesi, 1991 yılında Hollanda'daki Groningen Üniversitesi Biyofiziksel Kimya Bölümü'nde başlatıldı ( 1991-2000). Yazılımın adı başlangıçta GROningen MAchine for Chemical Simulations ("Groningen Kimyasal Simülasyon Makinesi") ifadesinin kısaltması olarak kullanılsa da günümüzde GROMACS, herhangi bir ifadenin kısaltması olarak kabul edilmemektedir. Projenin ilk amacı, moleküler simülasyonlar için halka mimarisine dayalı özel bir paralel bilgisayar sistemi geliştirmekti. (Bu mimari daha sonra modern donanım tasarımlarıyla yer değiştirmiştir.) Moleküler dinamik hesaplamalarına ilişkin temel rutinler, aynı araştırma grubu tarafından geliştirilen Fortran 77 tabanlı GROMOS programı esas alınarak C programlama dili ile yeniden yazılmıştır.

2001 yılından bu yana GROMACS, İsveç'teki Kraliyet Teknoloji Enstitüsü (KTH) ile Uppsala Üniversitesi bünyesindeki GROMACS geliştirme ekipleri tarafından geliştirilmeye devam etmektedir.

Özellikleri
GROMACS, komut satırı arayüzü üzerinden çalışır ve giriş ile çıkış işlemleri için dosyalar kullanır. Yazılım, hesaplamanın ilerleme durumunu ve tahmini tamamlanma süresini (ETA) gösteren geri bildirimler, bir yörünge görüntüleyicisi ve yörünge analizine yönelik kapsamlı bir araç kütüphanesi sunar.

GROMACS, 4.5 sürümünden bu yana GPU hızlandırmasını desteklemektedir. İlk olarak yalnızca Nvidia ekran kartlarıyla sınırlı olan bu destek zamanla genişletilmiş ve geliştirilmiştir. 2023 sürümü itibarıyla GROMACS, CUDA, OpenCL ve SYCL arka uçlarını kullanarak AMD, Apple, Intel ve Nvidia grafik işlemcilerinde çalışabilmekte ve çoğu durumda CPU'ya kıyasla önemli ölçüde daha yüksek performans sunmaktadır. GROMACS 5 ile birlikte, önceki XTC biçimine göre daha yüksek sıkıştırma sağlayan TNG adlı yeni bir yörünge (trajectory) dosya biçimi kullanıma sunulmuştur. Yapay yaşamın evrimini inceleyen dağıtık hesaplama projesi EvoGrid de GROMACS'tan yararlanmaktadır.

Geliştirici şakaları (Easter eggs)
Ocak 2010 itibarıyla GROMACS'ın kaynak kodunda, geliştiriciler ile biyokimya araştırmacıları arasında yapılan şakalardan doğan yaklaşık 400 farklı ters kısaltma bulunmaktadır. Bunlar arasında "Gromacs Runs On Most of All Computer Systems", "Gromacs Runs One Microsecond At Cannonball Speeds", "Good ROcking Metal Altar for Chronical SInner", "Working on GROwing Old MAkes el Chrono Sweat", "Drugs are Bad mmokay" ve "Great Red Owns Many ACres of Sand" gibi ifadeler yer almaktadır.

Bu ters kısaltmalar rastgele seçilerek zaman zaman GROMACS'ın çıktı akışında görüntülenebilmektedir. Bunlardan biri olan "Giving Russians Opium May Alter Current Situation" ifadesi ise kamuoyunda tepkiye neden olmuştur.

Ayrıca bakınız
NAMD

Kaynakça
Dış bağlantılar