пълна предвидимост е необходимо да бъдат разгледани няколко аспекта при оценяването на алергенността, за да се получи пълен набор от доказателства, свеждащи до минимум всяка изразена неопределеност по отношение на въпросните протеини.
 От съществена важност при изучаване на структурните характеристики и биологичните и физикохимичните свойства на даден новоекспресиран протеин е изследваният протеин да е еквивалентен по отношение на структура и активност на новоекспресирания протеин в генетично модифицираното растение. Приемат се изследвания, извършени с пречистени целеви протеини, приготвени чрез експресия в организми като Escherichia coli, при условие че свойствата на микробиалния заместващ протеин са идентични с тези на експресирания в растението протеин, като по този начин се вземат предвид всички следтрансформационни изменения, възникващи по-специално в растението.
 Заявителят проверява дали източникът на трансгена е алергенен. Когато въведеният генетичен материал е получен от зърна на пшеница, ръж, ечемик, овес или съответни зърнени култури, заявителят оценява така също новоекспресираните протеини по отношение на възможната им роля в проявяването на глутен-чувствителна ентеропатия или други ентеропатии, които не са IgE-медиирани. Когато събитията на трансформация са свързани, заявителят представя оценка на всяка възможност за повишаване на алергенността при хора и животни, като използва подход на база конкретен случай. Тези евентуални въздействия могат да произтичат от добавени, синергични или антагонистични въздействия на генните продукти.
 Заявителят използва интегриран подход на база конкретен случай — т.е. подход, отчитащ значимостта на различните данни — при оценяването на евентуалната алергенност на новоекспресирани протеини. Този подход включва:
 а)
 Съпоставяне на хомоложност на аминокиселинната последователност между новоекспресирания протеин и известните алергени
 Във всеки случай се извършва търсене за хомоложности в последователността и/или структурни сходства между експресирания протеин и известните алергени, за да се установи евентуална кръстосана реактивност на IgE между новоекспресирания протеин и известните алергени. Заявителят гарантира, че качеството и изчерпателността на базите данни са възможно най-актуални. За минимално изискване се счита критерий на база на изравняване, включващ 35 % идентичност на последователността с известен алерген през интервал от най-малко 80 аминокиселини. Всички използвани при анализа параметри за изравняване на последователността се предоставят, включително изчисление на процента идентичност (RFID). PID се изчислява през интервал от 80 аминокиселини с прекъсвания, за може въведените пропуски да се третират като разминавания. В някои случаи за оценяване на къси пептидни фрагменти, като например ORF, може да се извърши търсене на последователности от съседни идентични или химически сходни аминокиселинни остатъци. Такова търсене обаче не се извършва рутинно за установяване на потенциални линейни свързващи се с IgE епитопи поради по-слабата му чувствителност или специфичност.
 б)
 Специфичен серумен скрининг
 Когато има дадена индикация за хомоложност на последователността или структурни сходства, важна процедура за преценка на възможността излагането на новоекспресираните протеини да предизвика алергична реакция при индивиди, които вече са сенсибилизирани към кръстосано реагиращи протеини, се базира на изследвания in vitro, при които се измерва способността на специфичния IgE от серум от алергични пациенти да се свързва с изследвания(те) протеин(и). Специфичността и сходството на човешкия отговор на IgE се различават при различните индивиди. По-специално специфичността на IgE антителата към различните алергени, които се срещат в дадена храна/източник, и/или към различните епитопи, които