2, раздел 1.1 от Кодекса за признатите организации „призната организация“ по определение означава организация, която е била оценена от държава на флага и по отношение на която е установено, че отговаря на изискванията на част 2 от Кодекса за признатите организации. За разлика от това, според определението в член 2, буква д) от Регламент (ЕО) No 391/2009 за призната организация се счита „организация, призната в съответствие с настоящия регламент“. Въз основа на оценката от страна на Комисията, изложена в съображения 21—23, изглежда, че няколко разпоредби в част 2 от Кодекса за признатите организации са несъвместими с Регламент (ЕО) No 391/2009. От тук следва, че организация, призната по смисъла на определението в Кодекса за признатите организации, няма да отговаря на всички изисквания на Регламент (ЕО) No 391/2009 и поради това няма да отговаря на определението за призната организация, установено в законодателството на Съюза.
 (21)
 На пето място, в част 2, раздел 1.3 от Кодекса за признатите организации „задължителното сертифициране и услуги“ се определят като единна категория дейности, които една призната организация има право да извършва от името на държавата на флага, включително издаването на свидетелства, които едновременно отговарят на изискванията за задължителни свидетелства и за свидетелства за клас. За разлика от това в определенията, фигуриращи в член 2, букви ж) и и) от Регламент (ЕО) No 391/2009, се прави ясно разграничение между „задължително свидетелство“, което е свидетелство, издадено от държавата на флага или от нейно име в съответствие с международните конвенции, и „свидетелство за клас“, което е документ, издаден от призната организация в качеството ѝ на класификационна организация, с който се удостоверява годността на кораба за конкретна употреба или услуга в съответствие с правилата и процедурите, установени и разгласени от тази призната организация. Оттук следва, че в правото на Съюза задължителните свидетелства се разграничават от свидетелствата за клас и имат различен характер. Задължителните свидетелства имат публичен характер, докато свидетелствата за клас имат частен характер, тъй като се издават от класификационна организация в съответствие с нейните собствени правила, процедури и условия. Следователно класификационните свидетелства, издадени за един кораб от призната организация в потвърждение на това, че са спазени класификационните правила и процедури, включително когато се верифицират от държава на флага като доказателство, че са спазени изискванията на правило 3-1 в глава II-I, част А-1 от Конвенцията SOLAS, са документи със строго частен характер и не са акт на държава на флага, нито се издават от името на някоя държава на флага. В Кодекса за признатите организации обаче системно се посочва, че „задължителното сертифициране и услуги“ се извършват от признатата организация „от името на държавата на флага“, което противоречи на правното разграничение, установено със законодателството на Съюза. Независимо от това противоречие, ако тази разпоредба на Кодекса за признатите организации бъде приета за норма в правовия ред на Съюза, въпросната разпоредба ще породи явен риск в рамките на ЕС да станат неприложими изискванията във връзка с признаването, които се съдържат в Регламент (ЕО) No 391/2009 и се отнасят за цялостната дейност на организацията, независимо от флага.
 (22)
 На шесто място, в част 2, раздел