Biosemiootika: uurimus elu märkidest ja märkide elust

"Biosemotik: En afhandling om livets tegn og tegnenes liv" ("Biosemiotics: An Examination into the Signs of Life and the Life of Signs"; "Biosemiootika: uurimus elu märkidest ja märkide elust") on Jesper Hoffmeyeri raamat biosemiootikast. Raamat ilmus taani keeles 2005 Ries Forlagi väljaandel, inglise keeles Jesper Hoffmeyeri ja Donald Favareau tõlkes ning Donald Favareau toimetatuna 2008  (sarja Approaches to Postmodernity teise raamatuna) ja eesti keeles Ehte Puhangu tõlkes ning Margus Oti ja Liisi Rünkla toimetatuna 2014 Tallinna Ülikooli Kirjastuse väljaandel.

Raamat on pühendatud Thomas Sebeokile.

Kokkuvõte

Ingliskeelse väljaande eessõna
Kui halljänes silmab avamaastikul rebast, siis ta ei põgene, vaid tõuseb püsti, et oma kohalolekust märku anda. Anthony Holley seletab seda nii, et jänes teatab rebasele, et ta on nähtud, ja siis pole kummalgi mõtet joosta, sest rebane ei jõua niikuinii jänesele järele (rebane "teab" seda õppimise tulemusena või instinktiivselt). Neodarvinist ütleks seletuseks, et energiakulu vähendamine suurendab isendi kohasust. Ei saa aga kindel olla, et isendid ise oma käitumises loovalt ei osale. Milleks evolutsioon on andnud imetajate ajule miljardeid energiakulukaid lisaneuroneid, kui aju ei tohi teha otsuseid, mida geenid pole juba ennetanud? Charles Darwinil on õigus, et evolutsioon ei tekita tõenäoliselt käitumist, mis fenotüübi kohasust vähendab, kuid kommunikatsioon on alati kavatsuslik. Elusolendid elavad elu läbi ja võib-olla isegi naudivad seda. Peale loodusliku valiku on olemas looduslik mäng.  Organismid ei püüa ellu jääda, sest nad ei tea, et nad surevad. Nad väldivad instinktiivselt eluohtlikke sündmusi või püüavad neid ära hoida. Neil on püüdlus; seda peab nende uurimisel arvesse võtma. Püüdluse teaduslikult vastutustundlik mõtestamine on üks biosemiootika ülesandeid. Biosemiootika järgi ei ole bioloogiline kommunikatsioon lihtsalt masinlik informatsioonivahetus, vaid põhineb semioosil ehk märgiprotsessidel. Märk on miski, mis viitab millelegi muule, kusjuures viitamise toimumiseks peab olema keegi (vastuvõtlik elussüsteem). Tähendus, mille märk edasi annab, sõltub selle süsteemi, aistiva keha loomusest ja kontekstist; selle keha suhteid  välisega vahendab pidevalt märkide kehtestamine ja kaotamine. Märgiprotsess erineb mehaanilisest infopakettide edastusest selle poolest, et ta sisaldab tõlgendamist. Tavapärane informatsiooniteooria ja peavoolu evolutsiooniteooria ignoreerivad tõlgendamist või eitavad selle põhjuslikku mõjusust. Biosemiootika näeb semioosi ja tõlgendamist loodussüsteemide dünaamika oluliste osadena ning annab mõistestiku, mille abil elusolendid, sealhulgas inimesed tagasi lõimida loodusmaailma, kust nad pärit on, kuid kust vähemalt René Descartesi ajast saadik on teaduslik ontoloogia nad välja jätnud, sest see ajendab teadlasi desemiotiseerima elussüsteemide looduslikult kommunikatiivsed ja fundamentaalselt interaktiivsed protsessid. 

Paljud teadlased arvavad, et biosemiootika on katse projitseerida loodusmaailmale antropomorfseid omadusi. See pole tõsi, kuid biosemiootika tahab vältida ka eliminatiivset reduktsionismi ning teadusliku teadmise käsitamist teadmisena, mis põhineb "vaatel eikusagilt", teadmisel, mis ei hõlma meid endid kui teadvaid olendeid, kes pärinevad sellestsamast loodusest, mida me püüame seletada. Niisugune vaade ei võimalda mõista, kuidas üks inimestest maailmas saab olla mina (Thomas Nagel, Vaade eikusagilt). Selleks et vastata, tuleb minasuse olemasolu maailmas kuidagi seletada. Kuidas evolutsioon sai luua mina? Evolutsiooniteooria, mis ei võimalda sellele küsimusele vastata, teeb meist objektistatud biorobotid, zombid. Et autor ei usu, et me oleme zombid, leiab ta, et korralik bioloogia peab otsima minatunde evolutsioonilisi juurvorme. On tarvis piisavalt rikast semioosi mõistet. Biosemiootika viib tagasi elu tekke ja semioosi tekke küsimuse juurde; osutub, et see on üks ja seesama küsimus, sest semioos on algusest peale elu oluline külg. Elu ei saa mõista semiootilise terminoloogia ja mõtteviisita. Interdistsiplinaarsus on viljakas ainult juhul, kui julgetakse probleeme käsitleda võõraste teadusharude kombel.

I Biosemiootikast

Ülevaade
Biosemiootika on interdistsiplinaarne teaduslik projekt, mis põhineb möönmisel, et elu alus on semiootilised protsessid. Elussüsteemide semiootilise loomuse uurimise teke võttis aega, sest see vaidlustab nii loodusteaduse kui ka humanitaarteaduste valitsevaid ontoloogilisi eeldusi.  Biosemiootilise lähenemisega teosed esitasid teedrajavaid uusi viise kultuuri ja looduse mõistmiseks. Paljud neist jäid teaduse ääremaile. Tähtsad varajased biosemiootikud olid Charles Sanders Peirce, Jakob von Uexküll ja ka Gregory Bateson, kuigi nad seda sõna ei kasutanud. Sõna kasutas esimesena arvatavasti Frederich Solomon Rothschild 1962. aastal, kuid see tuli laiemalt kasutusele 1990ndatel. Biosemiootika järgi tõukab elusloodust olemuslikult tagant semioos või see koosneb semioosist ning selle tähendusest või funktsioonist. Claus Emmeche järgi on selle uurimisalas semioosi ilmumine loodusesse, märkide looduslugu, semioosi "horisontaalne" külg ontogeneesis, taimede ja loomade kommunikatsioonis, immuunsüsteemi ja närvisüsteemi sisemistes märgifunktsioonides ning tunnetuse ja keele semiootika. Märgi- ja tähendusprotsessid ei ole kultuuri ja looduse eristamise kriteerium, vaid kultuurilised märgiprotsessid on osa biosemioosist. See pole vastuolus arusaamaga, et elussüsteemid pärinevad molekulaarsetest protsessidest. Lihtsalt molekulaarseid protsesse ei saa ammendavalt kirjeldada keemia raames, sest need on elule oluliste semiootiliste suhete kandjad. Semiootilise dünaamika arvestamine on vajalik elu biokeemilise organisatsiooni rahuldavaks mõistmiseks. Biosemiootika on suguluses ka protsessifilosoofiaga, mille järgi aine ei ole elu alusentiteet, vaid vahestaadium emergentses protsessis. Biosemiootika aitab mõista ka evolutsiooni, sest see kuulub teooriasse, mille järgi orgaaniline evolutsioon on nurgakivi kosmilises semiootilises protsessis, mida Peirce nimetas looduse kalduvuseks kujundada harjumusi. Elu ilmneb globaalses evolutsioonilises semiosfääris.

Ei ole reduktsionistlik
Biosemiootika ei ütle, et inimkond pole eriline, vaid ainult seda, et inimeste ainulaadsus ei tule mitte sellest, et nad kasutavad  märke, vaid et nad on altid õppima kasutama märke sümboliliselt ning seetõttu on neil keelepädevus. Terrence Deaconi (The Symbolic Species) järgi on inimaju erilise keeleande evolutsiooniliseks seletamiseks tarvis eristada ikoone, indekseid ja sümboleid. Keele põhinemine kehalisusel on suhteliselt uus ning tähtis taipamine. Inimkonna tunnetuslik ja emotsionaalne eripära ei ole nii suur, et inimesed võiks loodusnähtuste uurimisel sulgudesse võtta. Inimeste vaim on evolutsiooni käigus loodusest välja kasvanud, ja sellepärast on oodata, et looduses leidub nähtusi, mis meenutavad inimkonda. Kui see nii poleks, tuleks seletada, kuidas me nii erakordseks saime. Üks vastus oleks eitada evolutsiooni kehtivust väljaspool bioloogiat. Teaduse tulemusi ei saa kasutada filosoofiliste positsioonide kritiseerimiseks, sest neil on filosoofiline pagas. Loodusteadus on lihtsalt eriline lugu pretensioonita üldkehtivusele. Selline sotsiaalkonstruktivism küll korrigeerib eksiarvamust, et objektiivne teadus on teaduse ja ühiskonna arengu juhtnöör. Kuid sellisel kujul on see absurdne. Ei saa küll ümber lükata teooriat, et Jumal on fossiilid maa alla pannud teadlaste narritamiseks, kuid tõendid evolutsiooniteooria kasuks on ülekaalukad. Konstruktivism aitab näha meie teooriate, sealhulgas neodarvinismi kallakuid, kuid sotsiaalkonstruktivismi versioon, mille järgi ainult kultuur ja ühiskond on reaalsed, on ise reduktsionism. Biosemiootika ei väida, et inimkonna ühiskondlikud, tunnetuslikud ja emotsionaalsed protsessid on traditsiooniliste bioloogiliste nähtuste ilmingud, nagu sotsiobioloogia ja evolutsiooniline psühholoogia. Biosemiootika ütleb: kui rajada sild inimliku ja loodusliku vahele, eeldagem, et loodusel on juba semiootiline pädevus. Biosemiootika ei nõustu, et inimlikud tähendusmaailmad on illusoorsed, kuid aktsepteerib looduse tähendusmaailma: on olemas bioloogilise interaktsiooni põhjuslikult mõjus maatriks, organismide interaktsiooni looduslik saadus, semiosfäär.

Ei ole varjatud vitalism
Tänapäeva bioloogias on vaevalt põlatumat ideed kui vitalism, välja arvatud võib-olla lamarkism. Vitalism ütleb, et elu koosneb füüsikalises looduses mittemõjuvate või tundmatute (või isegi tunnetamatute) elujõudude olemasolust. Biosemiootika neid ei eelda. Vitalism oli vastus probleemidele, mis on senini lahendamata ja toidavad ka biosemiootika otsinguid. Vitalismi seostatakse kõige rohkem Hans Drieschiga, kes töötas välja arengumehaanika, mille järgi loote areng on mehaaniline protsess. Ernst Haeckel esitas biogeneetilise seaduse, mis võetakse sageli kokku kujul "ontogenees rekapituleerib fülogeneesi". Haeckel arvas, et on  leidnud loote arengu ja vormi tekkimise mehaanilise seletuse, ja selle põhjal töötas Wilhelm Roux välja arengumehaanika. Roux arvas, et pärilikkusühikute agregaat munades jaotub iga rakujagunemisega tütarrakkude vahel ebavõrdselt, nii et loote rakud diferentseeruvad üha rohkem, ning küpse organismi rakud moodustavad erineva geneetilise sisuga rakkude mosaiigi; ta nimetas oma teooria mosaiigiteooriaks. Ta sai oma teooriale kinnitust, tappes blastomeeris ühe raku ja jälgides loote edasist arengust. Driesch aga sai teistsuguse tulemuse: ta lahutas merisiiliku kaherakulise embrüo rakud ning kummastki arenes normaalne vastne, kuigi väiksem. Seda võib pidada argumendiks mosiigiteooria vastu. (Tulemuste erinevus tuleb sellest, et Roux' katses saatis tapetud rakk teistele rakkudele signaale, mis loote arengut hälvitasid, Drieschi katses aga lakkas kommunikatsioon sootuks ning programm käivitus uuesti.) Driesch aga jätkas katseid ning leidis, et kaherakulise embrüo normaalse arengu korral pärineb kummastki rakust eri tüüpi kude. Ta järeldas, et blastomeeril on võime kohaneda keskkonnaga ning looterakkude diferentseeerumine toimub rakkude võime tõttu koordineerida sisemisi ja väliseid asjaolusid; embrüo on koostööd tegevate rakkude isekorrastuv tervik, "harmooniline ekvipotentsiaalne süsteem", kus igal osal on võrdne potentsiaal anda panus organismi arengusse. Tal ei õnnestunud aga sellise süsteemi tööle mehaanilist seletust leida. Ta postuleeris entelehhia, mille mõjusus seisneb energia suuna muutmises; seda hakati pidama ja nimetama elujõuks. See käsitus ennetab termodünaamikast inspireeritud vormitekke füüsika mudelit; Drieschi ajal ei suutnud termodünaamika veel olla mittevitalistliku lahenduse aluseks. Reduktsionism oli küll ebaõige, kuid oli eluprotsesside eksperimentaalseks uurimiseks päris hea alus. Produktiivse alternatiivi jaoks polnud veel teoreetilisi vahendeid. Nüüd aga on olemas mittetasakaaluline termodünaamika, kaoseteooria, mittelineaarne dünaamika, keerukuse uurimine ja biosemiootika. Nii Roux kui ka Driesch eksisid, kuid Roux' meetod oli viljakas. Drieschi teooria (neovitalism) sai bioloogidele musternäiteks selle kohta, mis juhtub, kui bioloogia probleemide lahendamisel usaldatakse filosoofiat. Nad ülehindasid molekulaarbioloogia võimet selliseid probleeme lahendada. Bioloogid oleksid juba ammu pidanud küsima, kuidas aineentiteet, DNA segment, saab ühtlasi olla vormientiteet, mis saab munarakule anda instruktsiooni tekitada organism. Informatsioon ei ole aine ega energia. Pole selge, mis on geneetiline informatsioon. Kui see tähendab, et geenid sisaldavad informatsiooni, mis on instruktsioonid munarakule teatud fenotüüpiliste tunnuste loomiseks, siis see pole informatsioon Claude Shannoni mõttes (Shannoni informatsioon). See on informatsioon, millel on tähendus (munaraku jaoks?); see eeldab väärtuslikku või eelistatavat suunda, ja sellist informatsiooni seostataksegi märkide ja semioosiga. Tarvis on ontogeneesi semiootikat.

Petlik metafüüsika?
Biosemiootikal on siiski pistmist vitalismiga tagasihoidlikumas mõttes, mida esindasid ka Claude Bernard, Louis Pasteur ja Niels Bohr. See on idee, et keerukaid nähtusi juhivad osalt mehaanilised jõud ning osalt enesemääramine. Bioloogias nimetatakse seda organitsismiks, ja see on vist põhisuund viimase aja filosoofilisematel bioloogidel (Ernst Mayr, Stephen Jay Gould). Selle suuna esindaja oli ka Jöns Jacob Berzelius, kes rääkis elujõududest, kuid pidas silmas anorgaanilise looduse seadustel põhinevat regulatiivset jõudu, mis loob organiseerituse. Küsimus on selles, kuidas mõista iseorganiseerumist, piirdudes lihtsa põhjuslikkusega. Eriti mittebioloogid usuvad, et looduslik valik seletab looduse ajaloolist arengut ammendavalt. Rod Swenson osutab sellele, et looduslik valik ei seleta järglaste ületootmist, mida looduslik valik eeldab (siin ei saa viidata looduslikule valikule). Bioloogia seletab seda küll DNA replikatsiooni ja rakujagunemise mehhanismidega, kuid ei mõisteta täielikult, kuidas neid protsesse juhitakse, ei mõisteta raku agentsust, selle kalduvust kaasata oma ellujäämisprojekti interaktsiooni. See, et me oskame seletada seda, mida elussüsteemid teevad, et olla viljakad, ei seleta evolutsiooni sügavamas mõttes. Kuidas see viljakus tekib? Milline ajaline liikumapanev jõud on siin mängus? Mis asi on elu agentsus ja kuidas see tekib? Tänapäeva füüsika ei jäta palju pinda sõltuvusele metafüüsikast, mille järgi kõik, mida ei saa taandada lihtsale toimivpõhjuslikkusele, on mittereaalne. David Depew ja Bruce Weber (Evolving Darwinism?) märgivad, et darvinism on ammu liikunud newtonlikult maailmavaatelt tõenäosuslikule vaatele (tekkis neodarvinism) ning kohaneb nüüd viimaste aastakümnete füüsika uute maailmavaadetega. Kui see on nii, peaks saama darvinismi ja biosemiootika vahelise metafüüsilise lahknemise ületada. 

Eksperimentaalbioloogid on umbusklikud ideede suhtes, mille järgi eluprotsesside aluseks on taandumatud vormimääratlused. Kui eluprotsessid kuuluvad semiootiliste suhete võrku, siis ei saa neid täielikult kirjeldada ühel, molekulaarsel keerukustasandil, sest neid tuleb mõista tähendusliku sisu suhtes, mida saab määratleda ainult kõrgemalt tasandilt. Biosemiootika peab austama keerukustasandite osalist autonoomiat ning on seetõttu looduse hierarhilisusest ja emergentsusest väga teadlik. Eluprotsesside eksperimentaalne uurimine on siiski ka biosemiootika seisukohast keskne. Erinevus on tõlgenduses, kuid tekib ka uusi küsimuseasetusi. Traditsioonilise bioloogia edusammud ongi suuresti teinud biosemiootika vajalikuks ning seda inspireerinud. Bioloogias kohtab väljendeid, mis on mõtestatud ainult semiootika vaatepunktist. Claus Emmeche nimetab seda spontaanseks semiootikaks. Tavaliselt öeldakse, et tegu on hooletu keelekasutusega ning tähenduse saaks tagasi viia looduslikule valikule viitavale jutule. Aga võib-olla selline keelekasutus on nii levinud sellepärast, et see peegeldab midagi tähtsat elu enese juures. Biokeemiat ja molekulaarbioloogiat saabki Hoffmeyeri arvates mõista ainult semiootiliselt.

Biosemiootika toob tõesti kaasa metafüüsilisi vaateid, millel pole traditsioonilises bioloogias kohta. Loodusteaduse alusnähtusteks peavad saama loodusseaduste ja aatomite asemel elu ja märgid. Elu koosneb molekulidest, mis ilmnevad märkidena.

2 Pinnad seespool pindu

Biomembraanid
Inimesed on sünnist saadik rohkem nahk kui midagi muud. Thure von Uexküll ütleb, et vastsündinu nahk on omamoodi tegelikueelne atmosfäär ning vastsündinu saab teadlikuks ainult puute, maitse ja lõhna kvaliteetidest ja nende erinevustest, intensiivsusastmetest. Vastsündinu nahk on omamoodi aju: seal hanguvad kohtumised maailmaga esimest korda ebamäärasteks teadmise struktureeringuteks. Pole juhus, et nii nahk kui ka aju pärinevad ektodermist. Aga enamasti õpetatakse meid, et välimus on petlik ning tuleb vaadata sügavale pinna alla. Ent võib ka väita, et uskumine sisimasse olendisse, tõelisse minasse,  on suuremalt jaolt kultuuriline kallak. Ja siis võib olla vahelduseks kasulik püüda näha maailma naha vaatekohast. Sest mõte, et isiksusel on koht, ei ole eriti ilmne, ja seda ei saa teaduslikult kinnitada. Kõike, mis kuulub reaalsuse piirkonda, mida grammatika nimetab ainsuse 1. isikuks, peetakse loodusteaduse vaatepiirist põhimõtteliselt väljajäävaks ning seetõttu peavad paljud filosoofid (Daniel Dennett, Paul Churchland) seda kujuteldavaks. Ent sellest, et see, et oleme isikud, eeldab aju, ei järeldu, et see, et oleme isikud, on ajus; ja kui me peaksime selle mõnda kindlasse kohta asetama, miks siis mitte nahasse? Seal me ju kohtume ümbritseva maailmaga ja seal toimub kõik, mis teeb rõõmu. Hoffmeyer usub, et nahk on meie isiksuse hädavajalik osa.

Nahk on inimese suurim ja mitmekesiseim elund. Täiskasvanu naha pindala on poolteist kuni kaks ruutmeetrit ning see sisaldab 60 km närvikiude ja 15 km veresooni ning miljoneid valu-, temperatuuri-, rõhu- ja puuteretseptoreid. Nahk parandab end füüsiliste ja psüühiliste traumade järel ning ütleb meile kõige rohkem meie endi ning teiste inimeste ja maailma kohta. Värvus, tekstuur, pinge ja lõhn tekitavad alalise infovahetuse tulva üle naha. Guillani-Barrèsi sündroomi korral kaob kompimine. Tekib tunne, et mina piirid kaovad, enda sisse lukustatuse tunne, füüsilise kohalolu puudumise tunne, lootusetu üksinduse tunne. Nahk hoiab maailma füüsiliselt eemal, kuid psühholoogiliselt kohal. Nahk annab kuuluvuselamuse, võimaldab maailma tunda saada. See eeldab retseptoreid nahas ning aistingutele antavaid bioloogilisi tähendusi. Sensoorsed ärritajad integreeritakse vormiks. Ühest närvilõpmest lähtuvaid impulsse võrreldakse naaberlõpmetest lähtuvatega (diskriminatiivne meel) ning lihastest ja liigestest lähtuvatega (kinesteetiline meel). Neid integreerib stereognostiline meel. Seda läheb tarvis, et ära tunda seljale joonistatud number kaks. Seda võimet tuleb treenida. Kinesteetilist meelt tuleb elu jooksul arendada ning näiteks tantsijatel ja jalgpalluritel on see väga arenenud. Seljale joonistatud numbri äratundmiseks tuleb treenida põhiliselt puutemeelt nahas eneses ning nende signaalide seostamine teiste meeleelundite signaalidega on väheoluline. Tavalisemates olukordades aga tuleb stereognostilist meelt integreerida kõigi teist meeltega, et luua toimuvast optimaalne pilt. See nõuab pikka tõlgenduste ja tõlgendite ahelat järjest integreeritumatel tasanditel.

Kõrvakiilu semiootika 

Peirce'i järgi on märk miski, mis käib kellegi jaoks mingis suhtes millegi kohta. Näiteks kõrvakiil on tavaliselt kellegi viha märk. Märgisuhtes on veel puudu kolmas osaline, tõlgendus sellel, kes kõrvakiilu saab, või näiteks sõbral, kes seda pealt näeb. Märgisuhteid nimetatakse triaadilisteks, sest need on täpselt kolme (reaalse või kujutletava) osalise vahel. Kõrvakiil on primaarne märk (märgikandja), viha või agressiivsus, mis selle põhjustab, objekt, millele see osutab. Tõlgend on protsess, vaimsed seosed tõlgendaja ajus ja kehas, mis seovad kõrvakiilu ja viha märgisuhtesse. Tõlgend on sageli teadvustamata, nagu näiteks siis, kui vaatleja spontaanselt reageerib karistava rünnakuga. Vaatleja võib kõrvakiilu tõlgendada ka õeluse märgina. Primaarset märki ehk märgikandjat ehk esitist tuleb eristada märgist, mis on kogu triaad. Kõrvakiil on märk ainult sellepärast, et ta osaleb triaadilises suhtes. Triaad on lahutamatu tervik, mida ei saa käsitada düaadiliste suhete tervikuna. Tõlgend ("keegi") ei ole tingimata isik, ja see pole sama mis tõlgendaja. Märgisuhte moodustab viis, kuidas triaad on kokku seotud. Teadliku (vaimse) semioosi (kõrvakiilu tajutakse märgina, et ollakse teises inimeses viha tekitanud) all toimub keeruline võrk täiesti teadvustamata biosemiootilisi (kehalisi) protsesse.

Traditsioonilises biokeemias eeldatakse, et tõlgendamine on illusioon või toimub ainult psüühika tasandil. Viimane vaade eeldab dualistlikku käsitust, mille järgi biokeemia masinavärk psühholoogilisi protsesse ei juhi. Ent selle vastu räägib see, et psühhofarmakonidega saab mis tahes meeleolu esile kutsuda. Enamik inimesi on valmis uskuma ka seda, et psühholoogiline heaolu mõjutab tervist. Biosemiootika ei käsita vaimuprotsesse ontoloogiliselt ainulaadse nähtusena, vaid kõigile elusolenditele omase organiseerituse ja interaktsiooni huvitava laiendusena. Enamik teoreetikuid lükkab tagasi nii dualismi kui ka biosemiootika ning väidab lihtsalt, et kõik nähtused saab taandada toimivpõhjuslikkusele ning tunne, et meil on isiklik põhjuslik vabadus, on illusioon. See vaade on tänapäeva bioloogia ontoloogia üks levinumaid ja juurdunumaid koostisosi; see on tekkinud kiriku ja teaduse konfliktist ning kannab suurt ajaloolist ja emotsionaalset pagasit. Isegi kui eitada, et bioloogiapõhisel semiootilisel vabadusel on loodusmaailma ontoloogias koht, on rakuprotsessi triaadilisel kirjeldusel see pragmaatiline eelis, et see organiseerib meie teadmise biokeemilistest protsessidest nii, et see peegeldab nende funktsiooni laiemas kontekstis. Sensoorse raku füüsilise tegevuse täielik kirjeldus on liiga vaene, kui ei lisandu arusaamist rollist, mis sellel on aistingu tekitamisel.

Mina 
Naha semiootika hõlmab lisaks rõhu- ja valumeelega seotud elementide palju teisi. See on kasutajaliides, mis ühendab meid välismaailmaga. Nahk on piir ja ühendaja, nii et raske on teaduslikult öelda, kus mina algab ja lõpeb. Meil pole selget arusaamist, mis meie mina on. Kas ta on füüsiline või vaimne? Kas on olemas puhtvaimsed entiteedid? Biosemiootikas on mina probleem tihedalt seotud bioloogilise osutamise probleemiga. Nahal on sise- ja väliskülg ning see tekitab asümmeetria sisemise ja välise vahel. Mina on olemas ainult niivõrd, kui seesmisel on intentsionaalsus (osutamine) välise poole. Ent väljapoole osutamine põhineb sissepoole osutamisel, teisele osutamine eeldab enesele osutamist. Maurice Merleau-Ponty ütleb, et tõendid teisest inimesest on võimalikud sellepärast, et ma ei ole iseendale läbipaistev ja minu subjektiivsus toob kaasa tema keha. Siin on oluline just kehalisus. Merleau-Ponty jaoks on subjektiivsus kehaline ning kehana olemasolemine ei ole olemasolemine puhta subjektina ega puhta objektina, vaid viisil, mis selle vastanduse ületab. Iseenda ja teise läbielamisel on kehalisus ühine nimetaja: me oleme sarnased sellepärast, et nii iseenda kui ka teise läbielamine on mul kehastunud. Et iseenda läbielamine on kehalisuse läbielamine, ei saa seda lahutada teise läbielamisest. Dan Zahavi ütleb selle kohta: ma olen alati endale võõras ning seetõttu teistele avatud. Ent kuigi fenomenoloogia on inspireeriv, ei saa me lasta oma uudishimu halvata arusaamal, et fenomenoloogia on transtsendentaalne ja elimineerib teadusliku teadmise. Püüame välja töötada naha semiootika, mis näitab seda mina selle 
evolutsiooniliste eellaste taustal, üldistame selle mina teistele organismidele. 

Naha all on teisigi rakukihte, mis ümbritsevad kudesid või elundeid, pinna all teisigi pindu. Nende all on teisigi pindu – membraanid, mis ümbritsevad rakke. Täiskasvanud inimese kehas on viiskümmend triljonit rakku. Rakumembraanide kogupindala on vähemalt 300 000 m². Ja raku seeski on palju bioloogilise tähtsusega pindu. Organellide (näiteks mitokondrid, lüsosoomid, Golgi aparaadid, rakutuumad, endoplasmaatiline retiikulum) pindade kogupindala on rakumembraanide kogupindalast kümneid või isegi sadu kordi suurem. Nii et inimese kehas on võib-olla 30 km² membraane. Ja igas membraanis käib biosemiootiline tegevus: vahetatakse molekulaarseid sõnumeid, et viia biokeemilised funktsioonid kummalgi pool membraani omavahel kooskõlla. Inimese nahk kui metamembraan ilmutab väga spetsiaalsel moel sedasama seesmise kasutajaliidese printsiipi, millel eluprotsessid on kõige üldisemalt ehitatud. 

Tõsi küll, organismi väliskiht (nahk, karvastik, sulestik, kitiinkest või midagi muud) on spetsiaalne selle poolest, et selles on ainulaadset liiki kasutajaliides. Tuleb märkida üldist raskust, millega biosemiootika uustulnukad mõnikord rinda pistavad, nimelt tõlgendaja rolli loomust. Semiootikat peetakse sageli teaduseks, mis püüab olematuks seletada isikut või organismi, kelle harjumuspärane põhiline roll asendatakse tema seljataga toimuvate semiootiliste protsessidega. Lääne teadus ongi püüdnud postuleerida virtuaalseid toimijaid (Adam Smithi nähtamatu käsi, Karl Marxi kapital, Sigmund Freudi oidipaalne väljatõrjumine, biheivioristide tingimine, sotsiobioloogide isekad geenid), mille jõud on toimivpõhjuslikud, kuid ometi nähtamatud (kas samamoodi nagu nende väärtustatud ideaal gravitatsioon?) ning mida peetakse olemuslikuks dünaamikaks asjade pinnapealse funktsioneerimise all. Ent biosemiootika ületab indiviidide autonoomia ignoreerimise traditsiooni semiootilise emergentsuse teooria abil. Kuigi Peirce'i märgiskeemis on tõlgendajate asemel tõlgendid, on tõlgendajad siiski olemas. Semiootilise emergentsuse idee järgi ei ole isiku või organismi "taga" keskset suunajat, vaid teda pidevalt regenereeritakse kui aktiivset, loovat autoriteeti. Isik ei ole püsiv olend, vaid pidev saamine. Tuleb tunnistada organisatsioonitasandite emergentset autonoomiat. Miljardeid aastaid tagasi kujunesid üherakulise organismi tütarrakkudel omavahel sümbiootilised suhted ning neil kujunes isegi ühine ontogeneetiline diferentseerumine, nii et emergeerus väike hulkrakne organism, mille rakkudel oli omavahel seotud eluajalugu, kuid eristunud rollid oma uues koostöises eluviisis. Nüüd ei saa teadlased enam piirduda iga raku tegevuse eraldi kirjeldamisega, vaid tuleb arvestada, et on olemas holistiliselt autonoomne tegija, tõlgendaja (või Stanley Salthe järgi tõlgendajate süsteem), kes suudab väliskeskkonnaga kauplemise semiootilisi protsesse korraldada kollektiivi kasuks ja üksikrakkude huvide arvel. Hulkrakse organismi ilmumises võib näha uut liiki põhjuslikkuse, vormpõhjuslikkuse ilmumist.

Lipiidne kaksikkiht

Biosemiootika
Teaduslik kirjandus
Raamatud