Comparison of fresh frozen vs. formalin fixed paraffin embedded specimens and the expression profiling of 16 target genes in neoplastic and non neoplastic canine mammary tissues using a multiplex branched DNA assay Mammatumoren sind die häufigste Neoplasie der Hündin. Dabei kommen sie bei bestimmten Rassen gehäuft vor. Die Anwendung von Tumormarkern bei Brustkrebs ist bereits intensiv untersucht worden und manche Gene werden beim Menschen bereits routinemäßig als prädiktive diagnostische und prognostische Marker oder für Therapie Optionen genutzt. Der Einsatz von Tumormarkern bei kaninen Mammatumoren ist jedoch zurzeit nur für Forschungszwecke von Bedeutung. Dementsprechend werden in der vorliegenden Studie Genprofile in verschiedenen Mammatumorentitäten des Hundes untersucht um potenzielle prognostische oder prädiktive Marker zu finden. Für die vorliegende Studie wird zur Genexpressionsanalyse aus Mammagewebe des Hundes ein Branched DNA Assay für kryokonservierte und FFPE Proben verwendet. Das Branched DNA Assay ermöglicht die Analyse von Proben mit geringer Menge an RNA (dementsprechend passend für die Untersuchung von wertvollen FFPE Proben) sowie die gleichzeitige Analyse von mehreren Target Genen in einer Probe. Gründe für die vorliegende Untersuchung waren: (i) festzustellen ob FFPE Proben die im Rahmen von histopathologischen Untersuchungen als archiviertes Material einen großen Probenpool darstellen für zukünftige Genexpressions Analysen mit dieser Methode gemessen werden können; (ii) die Vorteile der genutzten Methode mit anderen Methoden wie IHC oder qPCR zu diskutieren. Deshalb wurde untersucht ob die gemessene Genexpression zwischen kryokonservierten und FFPE Proben mit dem b DNA Assay vergleichbar ist und ob die verschiedenen Lagerungszeiten der Proben einen Einfluss auf die Genexpression haben. Zusätzlich wurden die Ergebnisse von drei unterschiedlichen Housekeeping Genen bewertet. Insgesamt zeigte die angewendete Methode sowohl für kryokonservierte als auch für FFPE Proben weitgehend verlässliche Ergebnisse im Mammagewebe des Hundes. Die relative Genexpression der beiden Probenarten zeigte unter Verwendung des Mittelwertes von drei Housekeeping Genen eine Übereinstimmung von 63%. Hierbei muss beachtet werden dass FFPE Proben allgemein eine niedrigere Expression zeigten als die kryokonservierten Proben. Als eine Ursache dafür wurde die Lagerungszeit vermutet. Der daraufhin durchgeführte Vergleich von drei verschiedenen Lagerungszeiten von FFPE Proben ergab dass eine eindeutig höhere Expression der Target Gene in der Gruppe der Proben mit kürzerer Lagerungszeit vorlag während die Expression in den anderen beiden Gruppen mit der Zeit abnahm. Im Bezug auf die eingesetzten Housekeeping Gene stellte sich heraus dass ACTB für die Normalisierung der Daten am wenigsten Unterschiede zwischen kryokonservierten und FFPE Proben im Vergleich der Genexpression innerhalb der histologischen Gruppen zeigte gefolgt von HPRT1 und GAPDH. Die Erkenntnis dass sowohl kryokonservierte als auch FFPE Proben von kaninem Mammagewebe verlässliche Ergebnisse liefern war ein wichtiger Befund für die Analyse verschiedener Target Gen Expressionen in neoplastischem (gutartig und bösartig) und nicht neoplastischem Mammagewebe mit dem Ziel potentielle Tumormarker zu detektieren. 16 Onko und Tumorsuppressorgene (BRCA1; BRCA2; FOXO3; GATA4; HER2; HMGA1; HMGA2; HMGB1; MAPK1; MAPK3; MCL1; MYC; PFDN5; PIK3CA; PTEN und TP53) welche bei der Entwicklung von Neoplasien der Mamma eine Rolle spielen wurden in der vorliegenden Studie mittels Multiplex Branched DNA Assay untersucht. Da auch Hormonrezeptoren eine wichtige Bedeutung bei Brustkrebs beim Menschen besitzen wurde die Expression von ER PR PRLR und GHR in der vorliegenden Studie zeitgleich mitgemessen. Die Ergebnisse und deren Diskussion waren aber Teil einer weiteren Studie. Aufgrund der Tatsache dass lediglich eine Übereinstimmung von 63% im ersten Teil der Studie vorhanden war wurden kryokonservierten und FFPE Proben getrennt voneinander analysiert. Die in der vorliegenden Studie festgestellte signifikante Abnahme der Expression von den Tumorsuppressor Genen TP53 FOXO3 PTEN und PFDN5 in malignen Tumoren bestätigt Ergebnisse früherer Studien und unterstreicht die Bedeutung der genannten Gene beim Zellwachstum. Dabei wurde die FOXO3 Expression in der vorliegenden Studie erstmalig im Zusammenhang mit kaninen Mammatumoren gemessen. Dementsprechend haben diese vier Gene das Potenzial als Tumormarker bei Mammatumoren des Hundes genutzt zu werden. Im Gegenteil zu dem was beim Menschen festgestellt wurde wiesen die Gene HMGA1 HMGB1 MCL1 MAPK3 und PIK3CA welche das Zellwachstum stimulieren sollen eine durchweg niedrigere Expression in malignen Mammatumoren auf. Ensprechend könnten sie in Mammatumoren des Hundes eine andere Aufgabe einnehmen als beim Menschen. Die Multiplex Branched DNA Technologie stellt definitiv eine Methode dar welche die Analyse von mehreren Proben mit einer geringen Menge an Startmaterial von kryokonservierten und FFPE Proben ermöglicht. Dennoch muss beachtet werden dass FFPE Proben im Allgemeinen eine niedrigere Expression der analysierten Target Gene aufweisen als aus kryokonservierten Proben. Dabei spielt die Lagerungszeit eine Rolle. In der vorliegenden Studie wurde im Vergleich mit anderen Studien eine größere Zahl an Proben analysiert wodurch entsprechend eine verlässlichere Aussage zu erwarten ist. Basierend auf den Ergebnissen der vorliegenden Studie können die Tumorsuppressor Gene TP53 FOXO3 PTEN und PFDN5 als potenzielle Marker für das Verhalten von Mammatumoren beim Hund angesehen werden. Der Vergleich der Expressionsmuster der Target Gene in neoplastischem (benigne und maligne Tumoren) und nicht neoplastischem Gewebe könnte für das bessere Verständnis der Tumorpathogenese in verschiedenen kaninen Mammatumor Untergruppen in zukünftigen Studien von Bedeutung sein. Zusätzlich könnten die potenziellen Target Gene Grundlagen sein herauszufinden warum verschiedene Rassen eine Prädisposition für Mammatumoren haben. Die Identifikation von geeigneten Target Genen bietet auch die Voraussetzung in der Zukunft nach gentherapeutischen Ansätzen zu forschen.