Daftar kota di Indonesia

Berikut ini adalah daftar kota otonom di Indonesia. Kota otonom adalah kota yang sudah memiliki pemerintahan sendiri atau setara dengan Kota madya. Kota otonom bukan bagian dari suatu kabupaten atau menjadi ibu kota suatu kabupaten. Tidak semua ibu kota provinsi di Indonesia berupa kota otonom walaupun sering disebut sebagai kota, terdiri dari Tanjung Selor, Mamuju, Timika, Merauke dan Manokwari.