Daftar perguruan tinggi negeri di Daerah Istimewa Yogyakarta

Berikut daftar perguruan tinggi di Daerah Istimewa Yogyakarta yang dikelola oleh Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia (PTN), Kementerian Agama (PTKN), serta perguruan tinggi yang dioperasikan oleh Kementerian/Lembaga non-Kementerian yang terdaftar dalam pangkalan data pendidikan tinggi Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi. Daftar ini merujuk pada Undang-undang Nomor 20 Tahun 2003 tentang Sistem Pendidikan Nasional, perguruan tinggi dapat berbentuk Universitas, Institut, Sekolah Tinggi, Politeknik, atau Akademi.