Kejuaraan U-16 Eropa UEFA 1999

Kejuaraan U-16 Eropa UEFA 1999 adalah edisi ke-17 turnamen sepak bola Kejuaraan U-16 Eropa UEFA. Putaran final turnamen ini diselenggarakan di Ceko sejak 24 April hingga 7 Mei 1999. Enam belas tim berpartisipasi pada putaran final. Spanyol menjadi juara dalam turnamen ini setelah mengalahkan Polandia pada pertandingan final di Stadion Andrův, Olomouc. Jerman berada pada peringkat ketiga setelah mengalahkan tuan rumah Ceko dalam pertandingan perebutan tempat ketiga di LeRK Prostějov, Prostějov.