Daftar bendera kotamadya di Jepang

Daftar bendera kotamadya di Jepang mengandung bendera-bendera kotamadya di Jepang. Sebagian besar kotamadya di Jepang memiliki bendera yang unik. Seperti bendera prefektur, bendera kotamadya rata-rata memiliki simbol geometris dwiwarna (mon), biasanya berupa huruf sistem penulisan bahasa Jepang. Karena jumlahnya banyak, daftar ini dibagi per wilayah. Daftar bendera kotamadya di Hokkaidō
Daftar bendera kotamadya di wilayah Tōhoku
Daftar bendera kotamadya di wilayah Kantō
Daftar bendera kotamadya di wilayah Chūbu
Daftar bendera kotamadya di wilayah Kansai
Daftar bendera kotamadya di wilayah Chūgoku
Daftar bendera kotamadya di Shikoku
Daftar bendera kotamadya di Kyūshū