Wilayah administrasi khusus di Indonesia

Undang-Undang Dasar Negara Republik Indonesia Tahun 1945 mengatur mengenai wilayah administrasi khusus di Indonesia, yang ditegaskan dalam Pasal 18B Ayat (1): Dalam Undang-Undang Pemerintahan Daerah terbaru, yaitu UU No. 23 Tahun 2014, perbedaan definisi daerah khusus dan daerah istimewa tidak disebutkan sama sekali. Namun, berdasarkan peraturan perundang-undangan yang mengatur status kekhususan dan keistimewaan dari daerah-daerah tersebut di Indonesia, serta menurut pendapat Mahkamah Konstitusi Republik Indonesia (MK), dapat disimpulkan bahwa pengertian keduanya adalah sebagai berikut. Daerah khusus adalah daerah yang diberikan otonomi khusus, yaitu otonomi daerah dengan suatu kekhususan yang tidak dimiliki oleh daerah-daerah lainnya. Otonomi khusus tersebut terkait dengan kenyataan dan kebutuhan politik yang karena posisi dan keadaannya mengharuskan suatu daerah diberikan status khusus yang tidak bisa disamakan dengan daerah lainnya.
Daerah istimewa adalah daerah dengan penyelenggaraan tata kelola daerah yang bersifat istimewa bila dibandingkan dengan daerah-daerah lainnya. Keistimewaan daerah tersebut terkait dengan hak asal usul dan kesejarahan daerah tersebut sejak sebelum lahirnya Negara Kesatuan Republik Indonesia. Saat ini, provinsi-provinsi di Indonesia yang memiliki status kekhususan adalah Daerah Khusus Ibukota Jakarta yang memiliki kekhususan utama sebagai ibu kota negara Indonesia, Provinsi Aceh yang memiliki kekhususan utama sebagai pusat penerapan syariat Islam dalam sendi-sendi penyelenggaraan daerah, serta Provinsi Papua Barat Daya, Papua Barat, Papua Tengah, Papua Pegunungan, Papua Selatan dan Papua yang memiliki kekhususan utama dalam pengakuan dan penghormatan khusus atas orang-orang asli Papua. Sementara itu, provinsi-provinsi di Indonesia yang memiliki status keistimewaan adalah Provinsi Daerah Istimewa Aceh yang memiliki keistimewaan utama menjadi pusat penyebaran agama dan kebudayaan Islam sejak zaman kerajaan-kerajaan Islam, dan juga Daerah Istimewa Yogyakarta yang memiliki keistimewaan utama berupa pemerintahan daerah yang dipimpin oleh Gubernur yang bertakhta sebagai Sultan Hamengkubuwana dan Wakil Gubernur yang bertakhta sebagai Adipati Paku Alam dengan masa jabatan seumur hidup.