National Soccer League 1998–1999

National Soccer League 1998–1999 adalah edisi ke-23 dari penyelenggaraan National Soccer League, turnamen liga sepak bola tertinggi di Australia. South Melbourne merupakan juara bertahan setelah menjadi juara pada edisi sebelumnya. Pada kompetisi reguler, Sydney United menjadi pemuncak klasemen. Musim ini dimenangkan oleh South Melbourne, setelah mengalahkan Sydney United pada pertandingan final dengan skor 3–2. Medali Johnny Warren diraih oleh pemain Marconi-Fairfield, Brad Maloney, sementara medali Joe Marston diraih oleh pemain South Melbourne, Goran Lozanovski. Pemain Sydney United, Mile Sterjovski menjadi pencetak gol terbanyak dengan raihan 18 gol.