Daftar ekoregion di Indonesia

Berikut ini adalah daftar ekoregion di Indonesia. WWF mendefinisikan ekoregion sebagai "wilayah daratan atau air besar yang mengandung perpaduan alamiah yang khas di daerah tersebut". Ada ekoregion darat, air tawar, dan laut. Ekoregion diklasifikasikan menjadi bioma atau jenis habitat utama. Indonesia membagi dua zona ekologi darat Bumi. Zona ekologi adalah pembagian permukaan Bumi berdasarkan pola persebaran tumbuhan dan hewan secara historis dan evolusioner. Zona ekologi terbagi menjadi bioregion yang terbagi lagi menjadi beberapa ekoregion. Zona ekologi Indomalaya membentang melintasi bagian barat kepulauan Indonesia sampai Australasia di bagian timur. Garis Wallace menjadi garis pembagi antara Kalimantan dan Sulawesi serta Bali dan Lombok. Di sebelah barat Garis Wallacea adalah bioregion Sundaland yang juga mencakup Malaysia dan Brunei. Saat permukaan laut turun pada Zaman Es, Lempeng Sunda yang dangkal menjadi kering sehingga menghubungkan pulau-pulau Sundaland dengan benua Asia. Sundaland memiliki banyak mamalia besar dari Asia, termasuk badak, gajah Asia, dan kera. Di sebelah timur Garis Wallacea adalah bioregion Wallacea yang terdiri atas pulau-pulau yang tidak pernah terhubung dengan sebuah benua, tetapi terdorong ke utara oleh pergerakan benua Australia. Wallacea adalah kawasan transisi antara Asia dan Australia. Kawasan ini memiliki flora yang kebanyakan berciri khas Indomalaya dengan sedikit campuran Australasia dan fauna reptil dan burung yang kebanyakan berciri khas Australia tanpa mamalia besar. Kepulauan Aru dan Nugini Indonesia terhubung oleh Lempeng Sahul dangkal dengan benua Australia. Kedua daerah ini pernah terhubung pada Zaman Es. Nugini memiliki flora Asia dengan elemen Australasia dan fauna yang mirip dengan fauna Australia.