Daftar perguruan tinggi Islam swasta di Indonesia

Perguruan Tinggi Keagamaan Islam Swasta (PTKIS) adalah perguruan tinggi di Indonesia yang pembinaannya berada di bawah Kementerian Agama. Secara teknis akademik, pembinaan perguruan tinggi keagamaan Islam negeri dilakukan oleh Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia (Kemdikbud), sedangkan secara fungsional dilakukan oleh Kementerian Agama melalui direktorat jendral pendidikan Islam Hanya karena suatu perguruan tinggi membawa nama Islam maupun organisasi Islam, bukan berarti secara otomatis perguruan tinggi tersebut berada di bawah pembinaan Ditjen Pendis. Mereka bisa sepenuhnya di bawah Kemendikbud maupun hanya Fakultas Agama Islamnya (FAI) yang berada di bawah pembinaan Ditjen Pendis. Seperti contohnya Universitas Islam Indonesia yang dibina oleh Kemendikbud, maupun Universitas Muhammadiyah Yogyakarta yang hanya FAInya yang berada di bawah pembinaan Ditjen Pendis Kemenag