Pemuliaan dengan penanda

Pemuliaan dengan penanda atau seleksi dengan penanda adalah pelaksanaan seleksi yang menggunakan penanda secara tidak langsung terhadap sifat/karakteristik sasaran dalam prgram pemuliaan. Dalam pemuliaan dengan penanda, praktis penanda yang digunakan adalah penanda genetik karena tersedia melimpah dan dapat mencakup seluruh genom. Pemuliaan dengan penanda adalah salah satu bentuk penerapan bioteknologi pertanian dalam pemuliaan tanaman maupun ternak.