jeanflop/post-ocr-correction huggingface dataset:
MATTIONI BE, JURS PC. Prediction of dihydrofolate reductase inhibition and selectivity using computational neural networks and linear discriminant analysis. J Mol Graph Model 2003; 21: 391-419. DEVILLERS J. Genetic Algorithms in Computer-Aided Molecular Design. In "DEVILLERS J Genetic Algorithms in Molecular Modeling". Academic Press Limited ed, London, 1996, pp 1-34. KISSINGER JC, BRUNK BP, CRABTREE J et Coll. The Plasmodium genome database. Nature 2002; 419: 490-492. VOLKER C, BROWN JR. Bioinformatics and the discovery of novel anti-microbial targets. Curr Drug Targets Infect Disord 2002; 2: 279-90. AGRAFIOTIS DK, LOBANOV VS, SALEMME FR. Combinatorial informatics in the post-genomics era. Nat Rev
SALEMME FR. Combinatorial informatics in the post-genomics era. Nat Rev Drug Discov 2002; 1: 337-346. JOACHIMIAK M.P., CHANG C., ROSENTHAL P.J., COHEN F.E. The impact of whole genome sequence data on drug discovery: a malaria case study. Mol Med 2001; 7: 698-710. DOERIG C, MEIJER L, MOTTRAM J. Protein kinases as drug targets in parasitic protozoa. Trends Parasitol 2002; 18: 366-371. Technique MESURES D'IMPACT EN ÉPIDÉMIOLOGIE L. OLLIVIER, R. MICHEL, A. SPIEGEL, J-P. BOUTIN Med Trop 2004; 64: 71-74 RESUME. Lorsqu'il existe une association entre un facteur d'exposition et la survenue d'une maladie, il faut mesurer l'impact de cette association
survenue d'une maladie, il faut mesurer l'impact de cette association en terme de santé publique. La fraction étiologique, la fraction préventive du risque et le nombre de cas évités, permettent de mesurer cet impact. Dans cet article, le calcul et l'interprétation de ces indicateurs sont présentés à partir d'un exemple tiré de la revue Médecine Tropicale. MOTS-CLEFS Mesures d'impact Fraction étiologique du risque Fraction préventive du risque. IMPACT MEASURES IN EPIDEMIOLOGY ABSTRACT. After establishing a link between an exposure factor and occurrence of a disease, it is necessary to measure the impact on public health. The etiologic fraction, preventable fraction,
the impact on public health. The etiologic fraction, preventable fraction, and number of cases avoided can be used to measure such impact. The purpose of this article is to present the calculation and interpretation of these indicators using an example taken from the journal of Medecine Tropicale. KEY WORDS. Impact measures Etiologic fraction Preventive fraction. Dans un précédent article (1), nous avons présenté l'intérêt des mesures d'association en épidémiologie. Le Risque Relatif (RR) et l'Odds Ratio (OR) mesurent la force d'une liaison entre un facteur et la survenue d'une maladie au niveau de l'individu mais ne renseignent pas sur l'impact
au niveau de l'individu mais ne renseignent pas sur l'impact de ce facteur dans la survenue de cette maladie à l'échelle d'une population. Par exemple, on peut montrer que : conduire une automobile les yeux fermés est un facteur de risque d'accident très élevé pour le conducteur et son équipage. Mais ce n'est pas le seul facteur exposant aux accidents car, comme peu de gens conduisent les yeux fermés, la part de ce facteur de risque dans la survenue des accidents de la circulation est sans doute très faible (2). Les mesures d'impact permettent de calculer la proportion de cas
Les mesures d'impact permettent de calculer la proportion de cas attribuables au facteur de risque étudié et le nombre de cas évités si ce facteur de risque est supprimé. Les mesures d'impact permettent d'estimer l'importance d'un facteur en terme de santé publique et donc de définir les priorités d'action (3), mais elles n'ont de sens que s'il existe une relation causale entre le facteur de risque et la survenue de la maladie. Pour présenter les différentes mesures d'impact, nous prenons l'exemple paru dans la revue Médecine Tropicale : FAYE O, CORREA J, CAMARA B et Coll. Mortalité parasitaire au Sénégal.
CORREA J, CAMARA B et Coll. Mortalité parasitaire au Sénégal. Travail du Service de médecine des collectivités (L.O., R.M., Assistants des hôpitaux des armées : A.S., J-P.B., Professeurs agrégés du SSA), Institut de Médecine Tropicale du Service de Santé des Armées, Marseille, France. Correspondance: L.O. OLLIVIER, Service de médecine des collectivités, Institut de Médecine Tropicale du Service de Santé des Armées, Marseille, France. Fax: +33 (0) 4 91 52 26 07 E-mail : imts.u.medco@ulladoofi Article sollicité. palustre en milieu pédiatrique dakarois : étude des facteurs de risque. MedTrop 1998; 58 : 361-364) et utilisé pour l'article sur «les mesures d'association
: 361-364) et utilisé pour l'article sur «les mesures d'association en épidémiologie» (1). LA FRACTION ÉTIOLOGIQUE DU RISQUE DANS LES ENQUÊTES DE COHORTE Nous avions imaginé que Faye et Coll avaient réalisé une enquête de cohorte pour étudier différents facteurs de risque de décès chez les enfants admis pour paludisme dans l'Hôpital d'Enfants Albert Royer de Dakar d'octobre 1992 à novembre 1995. Le délai de prise en charge des malades était l'un des facteurs d'exposition étudiés. Les résultats sont présentés dans le tableau I. Nous allons voir que nous pouvons calculer deux types de fractions étiologiques selon que nous nous
calculer deux types de fractions étiologiques selon que nous nous intéressons aux seuls enfants exposés au risque ou à la totalité des enfants de l'étude. Le risque Rp de décéder lors d'un paludisme est égal à 0,42 (71/170). Le risque R2 de décéder quand le délai de prise en charge est strictement inférieur à 24 heures est égal à 0,29 (38/132). R2 est le risque « incontournable » de décéder de paludisme même lorsque le délai de prise en charge est satisfaisant. Le risque R, de décéder quand le délai de prise en charge est supérieur ou égal à 24
de prise en charge est supérieur ou égal à 24 heures est égal à 0,87 (33/38). R1 est donc constitué du risque incontournable R2 auquel est ajouté un risque lié au facteur d'exposition étudié, ici un délai de prise en charge supérieur ou égal à 24 heures. La fraction étiologique dans le « groupe exposé » (FEe) est la proportion de cas que l'on peut attribuer au facteur de risque dans le « groupe exposé ». La FEe peut s'écrire de deux façons : La fraction étiologique est comprise entre 0 et 1. Elle peut être présentée comme une fraction,
0 et 1. Elle peut être présentée comme une fraction, ou multipliée par 100 et exprimée sous forme d'un pourcentage. Une FEe proche de 0 signifie que le facteur étudié joue un rôle très faible dans la survenue de la maladie. Une FEe proche de 1 indique que le facteur étudié est responsable de la quasi-totalité des cas chez les exposés. Dans l'exemple, FEe = 0,67. Cela signifie que 67 des décès survenus chez les enfants présentant un paludisme et pris en charge dans un délai supérieur ou égal à 24 heures sont attribuables à ce délai de prise en
24 heures sont attribuables à ce délai de prise en charge. Donc, 67 des décès survenus chez les enfants atteints de paludisme et pris en charge au-delà de 24 heures auraient pu être évités par une prise en charge précoce. Le nombre de cas évitables chez les exposés est alors égal au produit de la FEe par le nombre de cas survenus chez les exposés. Sur les 33 enfants décédés pris en charge au-delà de 24 heures, 22 (0,67x33) auraient pu ne pas décéder si la prise en charge avait été plus précoce. Les 11 autres décès (33-22) seraient survenus
été plus précoce. Les 11 autres décès (33-22) seraient survenus même si le délai de prise en charge avait été inférieur à 24 heures car imputables à d'autres facteurs. La fraction étiologique dans le « groupe exposé » est bien une mesure de l'impact du retard de prise en charge du paludisme de l'enfant en terme de santé publique. La fraction étiologique dans la « population » (Fep) est la proportion de cas dans la population globale (« groupe non exposé » et « groupe exposé » réunis) que l'on peut attribuer au facteur étudié. La fraction étiologique dans la
peut attribuer au facteur étudié. La fraction étiologique dans la population est souvent appelée Risque Attribuable (RA) dans la littérature scientifique francophone. La fraction étiologique dans la population se calcule de la façon suivante : Dans l'exemple, FEp = 0,31. Cela signifie que 31 des décès survenus chez les 170 enfants de l'étude sont attribuables à un délai de prise en charge supérieur ou égal à 24 heures. Donc, 31 des décès auraient été évités si la prise en charge avait été plus précoce. Le nombre de cas évitables dans la population est alors égal au produit de la FEp
la population est alors égal au produit de la FEp par le nombre total de cas survenus dans l'ensemble de la population. Sur les 71 enfants décédés, 22 (0,31x71) auraient pu ne pas décéder si la prise en charge avait été plus précoce. Le nombre de décès évités si le facteur de risque était supprimé est le même qu'on le calcule à partir de la FEe ou de la FEp. Par définition les sujets non exposés ne sont pas soumis au facteur de risque, donc la suppression de ce facteur ne diminue pas le nombre de décès chez les sujets
ne diminue pas le nombre de décès chez les sujets non exposés. La fraction étiologique en population s'écrit également : avec Pe : proportion de sujets exposés au facteur dans la population Dans l'exemple, Pe est égale à 0,22 (38/170). La fraction étiologique attribuable à un facteur d'exposition dépend de la proportion de sujets exposés à ce facteur. LA FRACTION ÉTIOLOGIQUE DU RISQUE DANS LES ENQUÊTES CAS-TÉMOINS Prenons un autre exemple. Dans une région française, des auteurs réalisent une enquête cas-témoins pour étudier le lien entre les décès par cancer du poumon et l'exposition professionnelle à l'amiante. Le recrutement des
du poumon et l'exposition professionnelle à l'amiante. Le recrutement des cas et des témoins se fait grâce aux certificats des décès survenus en 1999. Les cas sont des hommes de plus de 55 ans décédés d'un cancer du poumon et les témoins sont des hommes de plus de 55 ans décédés d'une autre maladie. Les auteurs ont inclus deux témoins par cas. Les données fictives très librement inspirées d'une étude française (4) sont présentées dans le tableau II. Puisque l'Odds ratio (OR) représente généralement un estimateur acceptable du risque relatif RR, la fraction étiologique dans le « groupe exposé »
RR, la fraction étiologique dans le « groupe exposé » est estimée dans une enquête cas-témoins par : Dans l'exemple, l'OR est égal à 1,54 et la FEe = 0,35. Cela signifie que 35 des décès par cancer du poumon chez les hommes de plus de 55 ans sont attribuables à une exposition professionnelle à l'amiante. Donc, 35 de ces décès auraient pu être évités par une meilleure application des mesures de protection. Le nombre de cas évitables se calcule de la même façon que dans une enquête de cohorte. La proportion vraie de la population exposée au facteur n'est
La proportion vraie de la population exposée au facteur n'est pas connue mais elle peut être estimée par la proportion de témoins exposés au facteur (Pe) en supposant que les témoins sont représentatifs de la population. FEp = Pe x FEe Dans l'exemple, Pe est égale à 0,36 (420/1166). Cela signifie que 36% des sujets de plus de 55 ans ont été exposés à l'amiante au cours de leur activité professionnelle. Donc FEp est égal à 0,13 (0,36x0,35). Cela signifie que dans cette population, 13 des décès par cancer du poumon sont attribuables à une exposition professionnelle à l'amiante. La
poumon sont attribuables à une exposition professionnelle à l'amiante. La proportion de la population exposée à un facteur de risque, ici l'amiante, est spécifique de cette population. Elle varie d'une population à l'autre et peut même varier au sein d'une population selon la tranche d'âge étudiée. Ainsi, la fraction de risques de cancers du poumon attribuable à l'amiante en France est effectivement de 13% chez les hommes de plus de 55 ans, mais elle est de 5% chez les hommes âgés de 35 à 54 ans. Il n'est donc pas possible d'utiliser les données publiées dans la littérature scientifique internationale
possible d'utiliser les données publiées dans la littérature scientifique internationale pour calculer le nombre de cancers attendus dans une population. Il faut utiliser les fractions de risques attribuables au pays de niveau d'industrialisation identique. 0"' ..+.LA FRACTION PRÉVENTIVE DU RISQUE 0-'0 La fraction préventive du risque FPe se calcule de la même manière que la fraction étiologique lorsque le facteur étudié est un facteur protecteur, par exemple un vaccin, une chimioprophylaxie ou toute autre action de prévention. FPe est la proportion de cas qui seraient survenus en excès si le facteur protecteur n'avait pas été présent. Elle est comprise entre
facteur protecteur n'avait pas été présent. Elle est comprise entre 0 et 1. Elle ne peut être calculée que si le facteur étudié est un facteur de protection et donc que si RR ou OR sont statistiquement différents et inférieurs à 1 (la borne supérieure de l'intervalle de confiance doit être strictement inférieure à 1). La fraction préventive du risque chez les exposés, et en population, se calcule de façon analogue dans les enquêtes de cohorte et dans les enquêtes cas-témoins (Tableau III). Une FPe proche de 0 signifie que le facteur étudié joue un rôle très faible dans la
le facteur étudié joue un rôle très faible dans la prévention de la maladie. Quand elle est proche de 1, cela signifie que la quasi-totalité des cas ont été évités par ce facteur protecteur. Tableau III Calcul de la fraction préventive chez les exposés et en population selon le type d'enquête Type d'enquête Cohorte Cas-témoins Chez les cas FPC = 1-RR FPC = 1-OR En population FPe = Pe (1-RR) FPe = Pe (1-OR) Influence des mesures d'association sur les mesures d'impact Reprenons l'exemple de l'enquête de cohorte en augmentant le RR sans modifier la proportion d'enfants exposés au facteur
le RR sans modifier la proportion d'enfants exposés au facteur de risque (Tableau IV). Tableau IV Distribution fictive de 170 enfants selon le délai de prise en charge et l'évolution du paludisme avec un risque relatif augmenté. Décédés Non décédés Total Délai > 24 heures 34 38 Délai < 24 heures 20 112 132 Total 54 150 204 La proportion d'enfants pris en charge dans un délai supérieur à 24 heures est égale à 0,22 (38/170). Elle est inchangée par rapport à l'exemple précédent. Mais le risque relatif a augmenté : RR=(34/38)/(20/132)=5,9 au lieu de 3,0. La fraction étiologique dans
: RR=(34/38)/(20/132)=5,9 au lieu de 3,0. La fraction étiologique dans le « groupe exposé » qui se calcule à partir du risque relatif augmente donc : FEe= 0,83 au lieu de 0,67. De même, la fraction étiologique en « population » augmente : FEp = 0,52 au lieu de 0,42. Le nombre de décès évités par une prise en charge plus précoce est égal à 28 (0.83x34 ou 0,52x54). Le nombre de décès évités par une prise en charge plus précoce augmente donc par rapport au premier exemple (28 au lieu de 22). En effet, lorsque le RR (ou l'OR)
lieu de 22). En effet, lorsque le RR (ou l'OR) augmente et que la proportion de sujets exposés au facteur de risque est inchangée, le nombre de cas évités augmente. Influence de l'exposition sur les mesures d'impact Modifions cette fois la proportion d'enfants exposés au facteur de risque sans modifier le RR (Tableau V). Dans ce nouvel exemple, la proportion d'enfants pris en charge tardivement augmente (0,31 au lieu de 0,22) alors que le risque relatif et les mesures d'impact sont peu différents du premier exemple (RR=3,1 au lieu de 3,0; FEe = 0,68 au lieu de 0,67; FEp= 0,40
3,0; FEe = 0,68 au lieu de 0,67; FEp= 0,40 au lieu de 0,42). De ce fait, le nombre de décès évités par une prise en charge plus précoce est égal à 35 (0,68x52 ou 0,40x89). Le nombre de décès évités par une prise en charge plus précoce a augmenté par rapport au premier exemple (35 au lieu de 22). En effet, lorsque la fréquence d'exposition augmente dans une population et que le RR (ou l'OR) est inchangé, le nombre de cas évités augmente. Tableau V Distribution fictive de 170 enfants selon l'évolution du paludisme et un risque de prise
enfants selon l'évolution du paludisme et un risque de prise en charge tardive augmenté. Décédés Non décédés Total Délai > 24 heures 52 53 Délai < 24 heures 37 80 117 Total 89 133 222 Olivier et Collaborateurs CONCLUSION Les mesures d'impact (la Fraction Étiologique et la Fraction Préventive) permettent de mesurer l'impact d'un facteur en terme de santé publique. Mais c'est le nombre de cas évités qui constitue la mesure la plus importante. Mesurer l'impact d'un facteur de risque est algébriquement simple. Juger de l'opportunité d'un tel calcul est plus délicat car cette décision suppose que l'on se situe
plus délicat car cette décision suppose que l'on se situe bien dans une relation causale. La notion de cas « attribuables » ou « évités » n'a de sens que si le facteur étudié est un agent causal de la maladie. POUR EN SAVOIR PLUS 1 OLLIVIER L, MICHEL R, SPIEGEL A, BOUTIN JP Les mesures d'association en épidémiologie. Med Trop 2003; 63 : 75-78. 2 ANCELLE T Statistique épidémiologique : collection «Sciences Fondamentales». Maloine. 2002. 3 DABIS F, DRUCKER J, MOREN A Épidémiologie d'intervention. Arnette ed, 1995. 4 IMBERNON E Estimation du nombre de cas de certains cancers attribuables
E Estimation du nombre de cas de certains cancers attribuables à des facteurs professionnels. InVS ed, Saint-Maurice, 2003, 28p. À l'écoute des spécialités RATTRAPAGE DU CALENDRIER VACCINAL EN FRANCE N. GUÉRIN ET LE GROUPE DE PÉDIATRIE TROPICALE DE LA SOCIÉTÉ FRANÇAISE DE PÉDIATRIE Med Trop 2004; 64 : 75-80 RÉSUMÉ. Des problèmes importants pour les rattrapages vaccinaux, concernant l'ensemble des vaccinations, se posent parfois chez les enfants venant de pays en développement, qu'ils rejoignent leur famille en France ou qu'ils aient été adoptés. Il faut s'enquérir des vaccinations déjà reçues avant l'arrivée en France et au besoin les compléter en
avant l'arrivée en France et au besoin les compléter en fonction du calendrier vaccinal français. En cas de doute ou de difficultés de lecture ou d'interprétation des documents, on peut se faire aider par une traduction et aussi par la consultation du calendrier en vigueur dans le pays d'origine. Enfin, en cas de doute sur la qualité de la vaccination reçue antérieurement ou en l'absence de document sur les vaccins reçus, les enfants sont considérés comme réceptifs et à vacciner. Après une première dose de vaccin demandant des doses itératives, un titrage des anticorps circulants permet soit de compléter la
un titrage des anticorps circulants permet soit de compléter la protection en cas de réponse de type primaire, soit d'éviter des doses inutiles en cas de réponse de type rappel. MOTS-CÉS Statut vaccinal Rattrapage vaccinal Adoption internationale. N. Guérin et le Groupe de Pédiatrie Tropicale de la Société Française de Pédiatrie upd Updating immunization schedules in France ABSTRACT. Complete updating of the immunization schedules can be a major problem in children arriving in France from developing countries either to join their families or to be adopted. It is necessary to determine which vaccinations have already been administered prior to arrival
determine which vaccinations have already been administered prior to arrival in France and if necessary complete the schedule in accordance with the French immunization schedule. In case of doubt or difficulty in reading or interpreting records, it may be helpful to obtain a translation or consult the prevailing immunization schedule in the country of origin. In case of doubt about the quality of previous vaccinations due to missing immunization records, the child should be considered as exposed and undergo vaccination. For vaccination requiring a series of injections, circulating antibodies should be measured after the first dose. The series should be
be measured after the first dose. The series should be completed only if results show a primary reaction. This approach avoids administration of unnecessary doses. KEY WORDS. Immunization status Immunization updating International adoption. D Les problèmes importants pour les rattrapages vaccinaux, concernant l'ensemble des vaccinations, se posent parfois chez les enfants venant de pays en développement, qu'ils rejoignent leur famille en France ou qu'ils aient été adoptés. Des questions sont soulevées sur le calendrier vaccinal proposé dans les pays d'origine, sur l'interprétation des documents, sur la manière de compléter le calendrier vaccinal, enfin sur la qualité des vaccins administrés. Des
calendrier vaccinal, enfin sur la qualité des vaccins administrés. Des problèmes ont été récemment évoqués lors du titrage des anticorps d'enfants qui avaient reçu leur vaccination (1-5). Les titres en anticorps de certains enfants étaient insuffisants, soulevant des interrogations sur l'authenticité des documents, la qualité des vaccins, les techniques de vaccinations et de conservation des vaccins. Dans ces circonstances, les médecins ont souvent tendance à reprendre l'ensemble du calendrier de vaccinations (6). L'expérience prouve que trop souvent, on tend à recommencer tout à zéro et que les enfants reçoivent un nombre très important d'injections vaccinales, souvent inutiles. C'est pourquoi la
nombre très important d'injections vaccinales, souvent inutiles. C'est pourquoi la conduite à tenir que nous proposons ici, sans aucun caractère d'obligation, permet de conseiller utilement les médecins et leurs patients, tout en évitant des injections sans objet. Le rattrapage des vaccinations doit permettre d'aligner le statut vaccinal à celui recommandé par le Conseil Supérieur d'Hygiène Publique de France (7, 8) en fonction de l'âge. Les principes sont de se fier aux données écrites sur le statut vaccinal; proposer les vaccinations manquantes ou compléter la série interrompue en fonction de l'âge de la personne. N. Guérin et le Groupe de Pédiatrie
de la personne. N. Guérin et le Groupe de Pédiatrie Tropicale de la Société Française de Pédiatrie Le vaccin antipneumococcique heptavalent conjugué est recommandé pour les enfants présentant une pathologie les exposant à un risque élevé d'infection invasive à pneumocoque ainsi que pour les enfants âgés de moins de 2 ans en fonction de leur mode de vie. La plupart des pays en développement appliquent un calendrier vaccinal, parfois très simplifié par rapport à celui qui est proposé dans les pays industrialisés. L'OMS recommande pour les enfants un calendrier de vaccination type : le programme élargi de vaccination (Tableau II).
vaccination type : le programme élargi de vaccination (Tableau II). Les rappels sont administrés de façon variable selon les pays. Des calendriers plus élaborés sont utilisés dans la plupart des pays et sont en principe détaillés et actualisés sur les sites des différents bureaux régionaux de l'OMS. Par exemple, la région européenne qui comprend tous les pays de l'Europe géographique, plus les pays asiatiques issus de l'ex-URSS, la Turquie et Israël, tient à jour un site www.cisid.dk, dans lequel sont détaillés les calendriers de tous les pays de la région. Pour l'ensemble des pays du monde, on peut obtenir ces
Pour l'ensemble des pays du monde, on peut obtenir ces informations sur le site du siège de l'OMS à Genève (www.who.int). LA QUALITÉ DES DOCUMENTS DISPONIBLES Des documents certifiant les vaccinations de l'enfant sont parfois disponibles. Mais Schulte observe que chez 65 des enfants adoptés, le statut vaccinal est incertain ou inconnu. Dans les cas où des documents existent, ils peuvent généralement être considérés comme valables et il n'est pas nécessaire de recommencer les immunisations. Les difficultés d'ordre linguistique peuvent également survenir : un H et un B peuvent évoquer pour un médecin français la composante Hib, alors que dans