Q:

Что делать, если в класс надо передать два массива? 

Я создал UserControl, содержащий PictureBox, для рисования графиков.  В этот UserControl мне надо передавать два массива: координаты по X и координаты по Y.
Как с помощью индексатора передать в класс один массив я знаю, а как передать второй массив? 

A:

В создании нескольких индексаторов (если я правильно понял вопрос) с одинаковой сигнатурой просто нет необходимости.  Согласно MSDN:

Чаще всего индексаторы реализуются в
типах, главная цель которых —
инкапсуляция внутренней коллекции или
массива. 

Поэтому если, например, необходимо несколько индексаторов для доступа к разным внутренним коллекциям, то это говорит о том, что данный тип не совсем удачен. 
Однако, если нужно контролировать состояние некоторых внутренних коллекций, то можно поступить так, как это сделали в WinForms - унаследовать тип коллекции (от Collection(T), ObservableCollection(T), ...) и производить в его методах все проверки, etc. 