Genel başkanlığı süresince partiyi kimin yönettiği, başkanlık sistemi ve "Paralel Yapıyla Mücadele", MİT müsteşarı Hakan Fidan 'ın milletvekili adaylığı ve benzeri gibi konular da, Ahmet Davutoğlu'na eleştiriler gelirken, geçen haftalar da, bir televizyon programında gazeteci Nasuhi Güngör'ün "Davutoğlu'yla bu iş artık gitmez" demesi üzerine, Cumhurbaşkanı Erdoğan ile Başbakan Davutoğlu arasında anlaşmazlıkların yaşandığı yorumları yapıldı.