Soruşturmayı Ergenekon davası'nın ünlü savcısı Zekeriya Öz başlatırken, Öz'ün İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı'na atanması üzerine yerine daha önce Balyoz darbe planı davası'nı yürüten Özel Yetkili Cumhuriyet savcısı Mehmet Berk'e getirildi.