同寺ウェブサイトによれば、上醍醐には国宝の薬師堂や清瀧宮（せいりゅうぐう）拝殿などが存在しており、 西国三十三カ所観音霊場 第十一番札所である准胝堂は876年の創建と伝えられ、1939年の火災で焼失。1968年に再建された。