وتعرض نظام العقيد إلى الكثير من الانتكاسات كان أهمها و"أكثرها إيلاما" انشقاق ابن عم القذافي وممثله الشخصي أحمد قذاف الدم، ليأتي انشقاق وزير خارجيته موسى كوسا ، الذي يعد واحدا من أقرب المقربين إلى الزعيم الليبي وأحد أهم حافظي أسرار نظامه نتيجة عمله في أجهزة الأمن منذ عقود.