Repository: conda/conda

Issue:
Conda Deletes All Modules During Update
<!--
Hi!  Read this; it's important.

This is an issue tracker for conda -- the package manager.  File feature requests
for conda here, as well as bug reports about something conda has messed up.

If your issue is a bug report for:
  * a specific conda package from Anaconda ('defaults' channel):
      ==> file at https://github.com/ContinuumIO/anaconda-issues
  * a specific conda package from conda-forge:
      ==> file at the corresponding feedstock under https://github.com/conda-forge
  * repo.anaconda.com access and service:
      ==> file at https://github.com/ContinuumIO/anaconda-issues
  * anaconda.org access and service:
      ==> file at https://anaconda.org/contact/report
  * commands under 'conda build':
      ==> file at https://github.com/conda/conda-build
  * commands under 'conda env':
      ==> please file it here!
  * all other conda commands that start with 'conda':
      ==> please file it here!

If you continue on,

   **please include all requested information below.**

If a maintainer determines the information is required to understand 
your issue, and if it is not provided, your issue may be
closed automatically.

-->

## Current Behavior
<!-- What actually happens?
     If you want to include console output, please use "Steps to Reproduce" below. -->
I attempt to do a `conda update --all` and it informs me that `conda` wants to remove nearly every module.   This can't be correct.


```
conda update --all
Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: done

## Package Plan ##

  environment location: /anaconda3


The following packages will be downloaded:

    package                    |            build
    ---------------------------|-----------------
    libtiff-4.0.10             |    hcb84e12_1001         396 KB
    ------------------------------------------------------------
                                           Total:         396 KB

The following packages will be REMOVED:

  alabaster-0.7.12-py37_0
  anaconda-custom-py37_0
  anaconda-project-0.8.3-py_0
  appscript-1.1.0-py37h1de35cc_0
  astroid-2.2.5-py37_0
  astropy-3.2.1-py37h1de35cc_0
  atomicwrites-1.3.0-py37_1
  babel-2.7.0-py_0
  backports.os-0.1.1-py37_0
  backports.shutil_get_terminal_size-1.0.0-py37_2
  bitarray-0.9.3-py37h1de35cc_0
  bkcharts-0.2-py37_0
  blas-1.0-mkl
  blosc-1.16.3-hd9629dc_0
  bokeh-1.2.0-py37_0
  boto-2.49.0-py37_0
  bottleneck-1.2.1-py37h1d22016_1
  cloudpickle-1.1.1-py_0
  colorama-0.4.1-py37_0
  contextlib2-0.5.5-py37_0
  curl-7.64.1-ha441bb4_0
  cycler-0.10.0-py37_0
  cython-0.29.10-py37h0a44026_0
  cytoolz-0.9.0.1-py37h1de35cc_1
  dask-2.0.0-py_0
  dask-core-2.0.0-py_0
  distributed-2.0.1-py_0
  docutils-0.14-py37_0
  et_xmlfile-1.0.1-py37_0
  fastcache-1.1.0-py37h1de35cc_0
  flask-1.0.3-py37_0
  get_terminal_size-1.0.0-h7520d66_0
  gevent-1.4.0-py37h1de35cc_0
  gmp-6.1.2-hb37e062_1
  gmpy2-2.0.8-py37h6ef4df4_2
  greenlet-0.4.15-py37h1de35cc_0
  h5py-2.9.0-py37h3134771_0
  hdf5-1.10.4-hfa1e0ec_0
  heapdict-1.0.0-py37_2
  html5lib-1.0.1-py37_0
  imageio-2.5.0-py37_0
  imagesize-1.1.0-py37_0
  importlib_metadata-0.17-py37_1
  intel-openmp-2019.4-233
  isort-4.3.20-py37_0
  itsdangerous-1.1.0-py37_0
  jbig-2.1-h4d881f8_0
  jdcal-1.4.1-py_0
  joblib-0.13.2-py37_0
  jupyter-1.0.0-py37_7
  jupyter_console-6.0.0-py37_0
  keyring-18.0.0-py37_0
  kiwisolver-1.1.0-py37h0a44026_0
  krb5-1.16.1-hddcf347_7
  lazy-object-proxy-1.4.1-py37h1de35cc_0
  libcurl-7.64.1-h051b688_0
  libgfortran-3.0.1-h93005f0_2
  libssh2-1.8.2-ha12b0ac_0
  libxslt-1.1.33-h33a18ac_0
  llvm-openmp-4.0.1-hcfea43d_1
  llvmlite-0.29.0-py37h98b8051_0
  locket-0.2.0-py37_1
  lxml-4.3.3-py37hef8c89e_0
  matplotlib-3.1.0-py37h54f8f79_0
  mccabe-0.6.1-py37_1
  mkl-2019.4-233
  mkl-service-2.0.2-py37h1de35cc_0
  mkl_fft-1.0.12-py37h5e564d8_0
  mkl_random-1.0.2-py37h27c97d8_0
  mock-3.0.5-py37_0
  more-itertools-7.0.0-py37_0
  mpc-1.1.0-h6ef4df4_1
  mpfr-4.0.1-h3018a27_3
  mpmath-1.1.0-py37_0
  msgpack-python-0.6.1-py37h04f5b5a_1
  multipledispatch-0.6.0-py37_0
  networkx-2.3-py_0
  nltk-3.4.1-py37_0
  nose-1.3.7-py37_2
  numba-0.44.1-py37h6440ff4_0
  numexpr-2.6.9-py37h7413580_0
  numpy-1.16.4-py37hacdab7b_0
  numpy-base-1.16.4-py37h6575580_0
  numpydoc-0.9.1-py_0
  openpyxl-2.6.2-py_0
  packaging-19.0-py37_0
  pandas-0.24.2-py37h0a44026_0
  partd-0.3.10-py37_1
  path.py-12.0.1-py_0
  pathlib2-2.3.3-py37_0
  patsy-0.5.1-py37_0
  pep8-1.7.1-py37_0
  pluggy-0.12.0-py_0
  ply-3.11-py37_0
  py-1.8.0-py37_0
  pycodestyle-2.5.0-py37_0
  pycrypto-2.6.1-py37h1de35cc_9
  pycurl-7.43.0.2-py37ha12b0ac_0
  pyflakes-2.1.1-py37_0
  pylint-2.3.1-py37_0
  pyodbc-4.0.26-py37h0a44026_0
  pyparsing-2.4.0-py_0
  pytables-3.5.2-py37h5bccee9_1
  pytest-4.6.2-py37_0
  pytest-arraydiff-0.3-py37h39e3cac_0
  pytest-astropy-0.5.0-py37_0
  pytest-doctestplus-0.3.0-py37_0
  pytest-openfiles-0.3.2-py37_0
  pytest-remotedata-0.3.1-py37_0
  pywavelets-1.0.3-py37h1d22016_1
  qtawesome-0.5.7-py37_1
  qtconsole-4.5.1-py_0
  rope-0.14.0-py_0
  scikit-image-0.15.0-py37h0a44026_0
  scikit-learn-0.21.2-py37h27c97d8_0
  scipy-1.2.1-py37h1410ff5_0
  seaborn-0.9.0-py37_0
  simplegeneric-0.8.1-py37_2
  singledispatch-3.4.0.3-py37_0
  snappy-1.1.7-he62c110_3
  snowballstemmer-1.2.1-py37_0
  sortedcollections-1.1.2-py37_0
  sortedcontainers-2.1.0-py37_0
  sphinx-2.1.0-py_0
  sphinxcontrib-1.0-py37_1
  sphinxcontrib-applehelp-1.0.1-py_0
  sphinxcontrib-devhelp-1.0.1-py_0
  sphinxcontrib-htmlhelp-1.0.2-py_0
  sphinxcontrib-jsmath-1.0.1-py_0
  sphinxcontrib-qthelp-1.0.2-py_0
  sphinxcontrib-serializinghtml-1.1.3-py_0
  sphinxcontrib-websupport-1.1.2-py_0
  spyder-3.3.4-py37_0
  spyder-kernels-0.5.0-py37_0
  sqlalchemy-1.3.4-py37h1de35cc_0
  statsmodels-0.9.0-py37h1d22016_0
  sympy-1.4-py37_0
  tblib-1.4.0-py_0
  toolz-0.9.0-py37_0
  unicodecsv-0.14.1-py37_0
  unixodbc-2.3.7-h1de35cc_0
  werkzeug-0.15.4-py_0
  wrapt-1.11.1-py37h1de35cc_0
  wurlitzer-1.0.2-py37_0
  xlrd-1.2.0-py37_0
  xlsxwriter-1.1.8-py_0
  xlwings-0.15.8-py37_0
  xlwt-1.3.0-py37_0
  zict-0.1.4-py37_0
  zipp-0.5.1-py_0

The following packages will be UPDATED:

  libtiff                                 4.0.10-hcb84e12_2 --> 4.0.10-hcb84e12_1001


Proceed ([y]/n)? n


CondaSystemExit: Exiting.

```
### Steps to Reproduce
<!-- If the current behavior is a bug, please provide specific, minimal steps to independently reproduce.
     Include the exact conda commands that reproduce the issue and their output between the ticks below. -->
```
conda update --all
```


## Expected Behavior
<!-- What do you think should happen? -->
I think `conda` should update whichever packages need updating. 

## Environment Information
<details open><summary><code>`conda info`</code></summary><p>
<!-- between the ticks below, paste the output of 'conda info' -->

```
conda info

     active environment : base
    active env location : /anaconda3
            shell level : 1
       user config file : /Users/cgivre/.condarc
 populated config files :
          conda version : 4.7.5
    conda-build version : 3.18.5
         python version : 3.7.3.final.0
       virtual packages :
       base environment : /anaconda3  (writable)
           channel URLs : https://repo.anaconda.com/pkgs/main/osx-64
                          https://repo.anaconda.com/pkgs/main/noarch
                          https://repo.anaconda.com/pkgs/r/osx-64
                          https://repo.anaconda.com/pkgs/r/noarch
          package cache : /anaconda3/pkgs
                          /Users/cgivre/.conda/pkgs
       envs directories : /anaconda3/envs
                          /Users/cgivre/.conda/envs
               platform : osx-64
             user-agent : conda/4.7.5 requests/2.22.0 CPython/3.7.3 Darwin/18.6.0 OSX/10.14.5
                UID:GID : 501:20
             netrc file : None
           offline mode : False
```
</p></details>


<details open><summary><code>`conda config --show-sources`</code></summary><p>
<!-- between the ticks below, paste the output of 'conda config --show-sources' -->

```
(no output)
```
</p></details>


<details><summary><code>`conda list --show-channel-urls`</code></summary><p>
<!-- between the ticks below, paste the output of 'conda list --show-channel-urls' -->

```
conda list --show-channel-urls
# packages in environment at /anaconda3:
#
# Name                    Version                   Build  Channel
_ipyw_jlab_nb_ext_conf    0.1.0                    py37_0    defaults
alabaster                 0.7.12                   py37_0    defaults
anaconda                  custom                   py37_0    defaults
anaconda-client           1.7.2                    py37_0    defaults
anaconda-navigator        1.9.7                    py37_0    defaults
anaconda-project          0.8.3                      py_0    defaults
appnope                   0.1.0                    py37_0    defaults
appscript                 1.1.0            py37h1de35cc_0    defaults
asn1crypto                0.24.0                   py37_0    defaults
astroid                   2.2.5                    py37_0    defaults
astropy                   3.2.1            py37h1de35cc_0    defaults
atomicwrites              1.3.0                    py37_1    defaults
attrs                     19.1.0                   py37_1    defaults
babel                     2.7.0                      py_0    defaults
backcall                  0.1.0                    py37_0    defaults
backports                 1.0                        py_2    defaults
backports.functools_lru_cache 1.5                        py_2    defaults
backports.os              0.1.1                    py37_0    defaults
backports.shutil_get_terminal_size 1.0.0                    py37_2    defaults
backports.tempfile        1.0                        py_1    defaults
backports.weakref         1.0.post1                  py_1    defaults
beautifulsoup4            4.7.1                    py37_1    defaults
bitarray                  0.9.3            py37h1de35cc_0    defaults
bkcharts                  0.2                      py37_0    defaults
blas                      1.0                         mkl    defaults
bleach                    3.1.0                    py37_0    defaults
blosc                     1.16.3               hd9629dc_0    defaults
bokeh                     1.2.0                    py37_0    defaults
boto                      2.49.0                   py37_0    defaults
bottleneck                1.2.1            py37h1d22016_1    defaults
bzip2                     1.0.6                h1de35cc_5    defaults
ca-certificates           2019.5.15                     0    defaults
certifi                   2019.6.16                py37_0    defaults
cffi                      1.12.3           py37hb5b8e2f_0    defaults
chardet                   3.0.4                    py37_1    defaults
click                     7.0                      py37_0    defaults
cloudpickle               1.1.1                      py_0    defaults
clyent                    1.2.2                    py37_1    defaults
colorama                  0.4.1                    py37_0    defaults
conda                     4.7.5                    py37_0    defaults
conda-build               3.18.5                   py37_0    defaults
conda-env                 2.6.0                         1    defaults
conda-package-handling    1.3.10                   py37_0    defaults
conda-verify              3.4.2                      py_0    defaults
contextlib2               0.5.5                    py37_0    defaults
cryptography              2.7              py37ha12b0ac_0    defaults
curl                      7.64.1               ha441bb4_0    defaults
cycler                    0.10.0                   py37_0    defaults
cython                    0.29.10          py37h0a44026_0    defaults
cytoolz                   0.9.0.1          py37h1de35cc_1    defaults
dask                      2.0.0                      py_0    defaults
dask-core                 2.0.0                      py_0    defaults
dbus                      1.13.6               h90a0687_0    defaults
decorator                 4.4.0                    py37_1    defaults
defusedxml                0.6.0                      py_0    defaults
distributed               2.0.1                      py_0    defaults
docutils                  0.14                     py37_0    defaults
entrypoints               0.3                      py37_0    defaults
et_xmlfile                1.0.1                    py37_0    defaults
expat                     2.2.6                h0a44026_0    defaults
fastcache                 1.1.0            py37h1de35cc_0    defaults
filelock                  3.0.12                     py_0    defaults
flask                     1.0.3                    py37_0    defaults
freetype                  2.9.1                hb4e5f40_0    defaults
future                    0.17.1                   py37_0    defaults
get_terminal_size         1.0.0                h7520d66_0    defaults
gettext                   0.19.8.1             h15daf44_3    defaults
gevent                    1.4.0            py37h1de35cc_0    defaults
glib                      2.56.2               hd9629dc_0    defaults
glob2                     0.6                      py37_1    defaults
gmp                       6.1.2                hb37e062_1    defaults
gmpy2                     2.0.8            py37h6ef4df4_2    defaults
greenlet                  0.4.15           py37h1de35cc_0    defaults
h5py                      2.9.0            py37h3134771_0    defaults
hdf5                      1.10.4               hfa1e0ec_0    defaults
heapdict                  1.0.0                    py37_2    defaults
html5lib                  1.0.1                    py37_0    defaults
icu                       58.2                 h4b95b61_1    defaults
idna                      2.8                      py37_0    defaults
imageio                   2.5.0                    py37_0    defaults
imagesize                 1.1.0                    py37_0    defaults
importlib_metadata        0.17                     py37_1    defaults
intel-openmp              2019.4                      233    defaults
ipykernel                 5.1.1            py37h39e3cac_0    defaults
ipython                   7.5.0            py37h39e3cac_0    defaults
ipython_genutils          0.2.0                    py37_0    defaults
ipywidgets                7.4.2                    py37_0    defaults
isort                     4.3.20                   py37_0    defaults
itsdangerous              1.1.0                    py37_0    defaults
jbig                      2.1                  h4d881f8_0    defaults
jdcal                     1.4.1                      py_0    defaults
jedi                      0.13.3                   py37_0    defaults
jinja2                    2.10.1                   py37_0    defaults
joblib                    0.13.2                   py37_0    defaults
jpeg                      9b                   he5867d9_2    defaults
jsonschema                3.0.1                    py37_0    defaults
jupyter                   1.0.0                    py37_7    defaults
jupyter_client            5.2.4                    py37_0    defaults
jupyter_console           6.0.0                    py37_0    defaults
jupyter_core              4.4.0                    py37_0    defaults
jupyterlab                0.35.5           py37hf63ae98_0    defaults
jupyterlab_server         0.2.0                    py37_0    defaults
keyring                   18.0.0                   py37_0    defaults
kiwisolver                1.1.0            py37h0a44026_0    defaults
krb5                      1.16.1               hddcf347_7    defaults
lazy-object-proxy         1.4.1            py37h1de35cc_0    defaults
libarchive                3.3.3                h786848e_5    defaults
libcurl                   7.64.1               h051b688_0    defaults
libcxx                    4.0.1                hcfea43d_1    defaults
libcxxabi                 4.0.1                hcfea43d_1    defaults
libedit                   3.1.20181209         hb402a30_0    defaults
libffi                    3.2.1                h475c297_4    defaults
libgfortran               3.0.1                h93005f0_2    defaults
libiconv                  1.15                 hdd342a3_7    defaults
liblief                   0.9.0                h2a1bed3_2    defaults
libpng                    1.6.37               ha441bb4_0    defaults
libsodium                 1.0.16               h3efe00b_0    defaults
libssh2                   1.8.2                ha12b0ac_0    defaults
libtiff                   4.0.10               hcb84e12_2    defaults
libxml2                   2.9.9                hf6e021a_1    defaults
libxslt                   1.1.33               h33a18ac_0    defaults
llvm-openmp               4.0.1                hcfea43d_1    defaults
llvmlite                  0.29.0           py37h98b8051_0    defaults
locket                    0.2.0                    py37_1    defaults
lxml                      4.3.3            py37hef8c89e_0    defaults
lz4-c                     1.8.1.2              h1de35cc_0    defaults
lzo                       2.10                 h362108e_2    defaults
markupsafe                1.1.1            py37h1de35cc_0    defaults
matplotlib                3.1.0            py37h54f8f79_0    defaults
mccabe                    0.6.1                    py37_1    defaults
mistune                   0.8.4            py37h1de35cc_0    defaults
mkl                       2019.4                      233    defaults
mkl-service               2.0.2            py37h1de35cc_0    defaults
mkl_fft                   1.0.12           py37h5e564d8_0    defaults
mkl_random                1.0.2            py37h27c97d8_0    defaults
mock                      3.0.5                    py37_0    defaults
more-itertools            7.0.0                    py37_0    defaults
mpc                       1.1.0                h6ef4df4_1    defaults
mpfr                      4.0.1                h3018a27_3    defaults
mpmath                    1.1.0                    py37_0    defaults
msgpack-python            0.6.1            py37h04f5b5a_1    defaults
multipledispatch          0.6.0                    py37_0    defaults
navigator-updater         0.2.1                    py37_0    defaults
nbconvert                 5.5.0                      py_0    defaults
nbformat                  4.4.0                    py37_0    defaults
ncurses                   6.1                  h0a44026_1    defaults
networkx                  2.3                        py_0    defaults
nltk                      3.4.1                    py37_0    defaults
nose                      1.3.7                    py37_2    defaults
notebook                  5.7.8                    py37_0    defaults
numba                     0.44.1           py37h6440ff4_0    defaults
numexpr                   2.6.9            py37h7413580_0    defaults
numpy                     1.16.4           py37hacdab7b_0    defaults
numpy-base                1.16.4           py37h6575580_0    defaults
numpydoc                  0.9.1                      py_0    defaults
olefile                   0.46                     py37_0    defaults
openpyxl                  2.6.2                      py_0    defaults
openssl                   1.1.1c               h1de35cc_1    defaults
packaging                 19.0                     py37_0    defaults
pandas                    0.24.2           py37h0a44026_0    defaults
pandoc                    2.2.3.2                       0    defaults
pandocfilters             1.4.2                    py37_1    defaults
parso                     0.4.0                      py_0    defaults
partd                     0.3.10                   py37_1    defaults
path.py                   12.0.1                     py_0    defaults
pathlib2                  2.3.3                    py37_0    defaults
patsy                     0.5.1                    py37_0    defaults
pcre                      8.43                 h0a44026_0    defaults
pep8                      1.7.1                    py37_0    defaults
pexpect                   4.7.0                    py37_0    defaults
pickleshare               0.7.5                    py37_0    defaults
pillow                    6.0.0            py37hb68e598_0    defaults
pip                       19.1.1                   py37_0    defaults
pkginfo                   1.5.0.1                  py37_0    defaults
pluggy                    0.12.0                     py_0    defaults
ply                       3.11                     py37_0    defaults
prometheus_client         0.6.0                    py37_0    defaults
prompt_toolkit            2.0.9                    py37_0    defaults
psutil                    5.6.2            py37h1de35cc_0    defaults
ptyprocess                0.6.0                    py37_0    defaults
py                        1.8.0                    py37_0    defaults
py-lief                   0.9.0            py37h1413db1_2    defaults
pycodestyle               2.5.0                    py37_0    defaults
pycosat                   0.6.3            py37h1de35cc_0    defaults
pycparser                 2.19                     py37_0    defaults
pycrypto                  2.6.1            py37h1de35cc_9    defaults
pycurl                    7.43.0.2         py37ha12b0ac_0    defaults
pyflakes                  2.1.1                    py37_0    defaults
pygments                  2.4.2                      py_0    defaults
pylint                    2.3.1                    py37_0    defaults
pyodbc                    4.0.26           py37h0a44026_0    defaults
pyopenssl                 19.0.0                   py37_0    defaults
pyparsing                 2.4.0                      py_0    defaults
pyqt                      5.9.2            py37h655552a_2    defaults
pyrsistent                0.14.11          py37h1de35cc_0    defaults
pysocks                   1.7.0                    py37_0    defaults
pytables                  3.5.2            py37h5bccee9_1    defaults
pytest                    4.6.2                    py37_0    defaults
pytest-arraydiff          0.3              py37h39e3cac_0    defaults
pytest-astropy            0.5.0                    py37_0    defaults
pytest-doctestplus        0.3.0                    py37_0    defaults
pytest-openfiles          0.3.2                    py37_0    defaults
pytest-remotedata         0.3.1                    py37_0    defaults
python                    3.7.3                h359304d_0    defaults
python-dateutil           2.8.0                    py37_0    defaults
python-libarchive-c       2.8                      py37_6    defaults
python.app                2                        py37_9    defaults
pytz                      2019.1                     py_0    defaults
pywavelets                1.0.3            py37h1d22016_1    defaults
pyyaml                    5.1              py37h1de35cc_0    defaults
pyzmq                     18.0.0           py37h0a44026_0    defaults
qt                        5.9.7                h468cd18_1    defaults
qtawesome                 0.5.7                    py37_1    defaults
qtconsole                 4.5.1                      py_0    defaults
qtpy                      1.7.1                      py_0    defaults
readline                  7.0                  h1de35cc_5    defaults
requests                  2.22.0                   py37_0    defaults
rope                      0.14.0                     py_0    defaults
ruamel_yaml               0.15.46          py37h1de35cc_0    defaults
scikit-image              0.15.0           py37h0a44026_0    defaults
scikit-learn              0.21.2           py37h27c97d8_0    defaults
scipy                     1.2.1            py37h1410ff5_0    defaults
seaborn                   0.9.0                    py37_0    defaults
send2trash                1.5.0                    py37_0    defaults
setuptools                41.0.1                   py37_0    defaults
simplegeneric             0.8.1                    py37_2    defaults
singledispatch            3.4.0.3                  py37_0    defaults
sip                       4.19.8           py37h0a44026_0    defaults
six                       1.12.0                   py37_0    defaults
snappy                    1.1.7                he62c110_3    defaults
snowballstemmer           1.2.1                    py37_0    defaults
sortedcollections         1.1.2                    py37_0    defaults
sortedcontainers          2.1.0                    py37_0    defaults
soupsieve                 1.8                      py37_0    defaults
sphinx                    2.1.0                      py_0    defaults
sphinxcontrib             1.0                      py37_1    defaults
sphinxcontrib-applehelp   1.0.1                      py_0    defaults
sphinxcontrib-devhelp     1.0.1                      py_0    defaults
sphinxcontrib-htmlhelp    1.0.2                      py_0    defaults
sphinxcontrib-jsmath      1.0.1                      py_0    defaults
sphinxcontrib-qthelp      1.0.2                      py_0    defaults
sphinxcontrib-serializinghtml 1.1.3                      py_0    defaults
sphinxcontrib-websupport  1.1.2                      py_0    defaults
spyder                    3.3.4                    py37_0    defaults
spyder-kernels            0.5.0                    py37_0    defaults
sqlalchemy                1.3.4            py37h1de35cc_0    defaults
sqlite                    3.28.0               ha441bb4_0    defaults
statsmodels               0.9.0            py37h1d22016_0    defaults
sympy                     1.4                      py37_0    defaults
tblib                     1.4.0                      py_0    defaults
terminado                 0.8.2                    py37_0    defaults
testpath                  0.4.2                    py37_0    defaults
tk                        8.6.8                ha441bb4_0    defaults
toolz                     0.9.0                    py37_0    defaults
tornado                   6.0.2            py37h1de35cc_0    defaults
tqdm                      4.32.1                     py_0    defaults
traitlets                 4.3.2                    py37_0    defaults
unicodecsv                0.14.1                   py37_0    defaults
unixodbc                  2.3.7                h1de35cc_0    defaults
urllib3                   1.24.2                   py37_0    defaults
virtualenv                16.6.1                   pypi_0    pypi
wcwidth                   0.1.7                    py37_0    defaults
webencodings              0.5.1                    py37_1    defaults
werkzeug                  0.15.4                     py_0    defaults
wheel                     0.33.4                   py37_0    defaults
widgetsnbextension        3.4.2                    py37_0    defaults
wrapt                     1.11.1           py37h1de35cc_0    defaults
wurlitzer                 1.0.2                    py37_0    defaults
xlrd                      1.2.0                    py37_0    defaults
xlsxwriter                1.1.8                      py_0    defaults
xlwings                   0.15.8                   py37_0    defaults
xlwt                      1.3.0                    py37_0    defaults
xz                        5.2.4                h1de35cc_4    defaults
yaml                      0.1.7                hc338f04_2    defaults
zeromq                    4.3.1                h0a44026_3    defaults
zict                      0.1.4                    py37_0    defaults
zipp                      0.5.1                      py_0    defaults
zlib                      1.2.11               h1de35cc_3    defaults
zstd                      1.3.7                h5bba6e5_0    defaults
```
</p></details>



Discussion:
It's exactly the same on Linux.
The likely reason for this is that update --all frees up all of your constraints to be optional (as they were not explicitly specs) and they get cleaned up.  It's definitely a bug.  I'd avoid update --all until we can get to the bottom of this.
So I get that this is a bug, but I am not clear on where the issue happened. There was a new version of `conda-build` published in 4.7.5 that was supposed to solve the environment faster. Were users supposed to follow some kind of upgrade instructions to install the new `conda-build` or other packages? Did we users install something out of order? I found this issue when I did a `conda update --all` and then the anaconda 4.7.5 got installed. So I can't tell where I as a user was to upgrade in a certain way, didn't do that, and then the bug appeared. Or if there was no defined upgrade path and the bug was somewhere in the conda-build or other package.

What's happening here is this:

1. anaconda is a metapackage. Each version consists of a set of versions that have all gone through QA together as a set.  If you change any version of any package in that collection, you no longer have that metapackage, because you have strayed from that known set.  There is a special version of that metapackage, custom, that is meant to handle this relaxation of constraints.  The "custom" version depends only on a particular version of python - it removes the constraints on all other packages.
2. conda 4.7 builds up its candidates for addition differently from earlier conda versions.  It starts with specs from the history, and tries to constrain things where it can, to speed up the solve.  When conda finds the anaconda metapackage with the "custom" version, it keeps it, but all of those other dependencies are now orphaned.  This is why conda is removing them - they have no spec in the history that tells conda to keep them.

You can restore these by running ``conda install --only-deps anaconda``.  From then on, all of those packages are considered part of your explicit history, and you won't have further problems like this.
Thanks everyone.  I'm glad that everything is restorable, though I wish I had known that before re-installing anaconda.   I'm still not clear as to the correct procedure for updating my system.  I ran the 
`conda install --only-deps anaconda` command.  From this point forward, do I periodically run `conda update --all`?
Yes, that should be fine going forward. The behavior with the metapackage is very undesirable, and we'll be trying to help other people not have that issue in the future. You should be all set, though.
actually , i had the same issue on MacOS mojave , and when i tried to use conda install --only-deps anaconda it still wants to remove lots of packages 


Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: done

## Package Plan ##

  environment location: /anaconda3

  added / updated specs:
    - anaconda


The following packages will be REMOVED:

  anaconda-project-0.8.3-py_0
  astropy-3.2.1-py37h1de35cc_0
  babel-2.7.0-py_0
  bitarray-0.9.3-py37h1de35cc_0
  blosc-1.16.3-hd9629dc_0
  bokeh-1.2.0-py37_0
  cloudpickle-1.1.1-py_0
  cython-0.29.10-py37h0a44026_0
  dask-2.0.0-py_0
  dask-core-2.0.0-py_0
  distributed-2.0.1-py_0
  fastcache-1.1.0-py37h1de35cc_0
  flask-1.0.3-py37_0
  importlib_metadata-0.17-py37_1
  jdcal-1.4.1-py_0
  llvmlite-0.29.0-py37h98b8051_0
  lxml-4.3.3-py37hef8c89e_0
  mkl-service-2.0.2-py37h1de35cc_0
  more-itertools-7.0.0-py37_0
  networkx-2.3-py_0
  nltk-3.4.1-py37_0
  numba-0.44.1-py37h6440ff4_0
  numpydoc-0.9.1-py_0
  openpyxl-2.6.2-py_0
  path.py-12.0.1-py_0
  pluggy-0.12.0-py_0
  pytables-3.5.2-py37h5bccee9_1
  pytest-4.6.2-py37_0
  pytest-arraydiff-0.3-py37h39e3cac_0
  pytest-astropy-0.5.0-py37_0
  pytest-doctestplus-0.3.0-py37_0
  pytest-openfiles-0.3.2-py37_0
  pytest-remotedata-0.3.1-py37_0
  pywavelets-1.0.3-py37h1d22016_1
  rope-0.14.0-py_0
  scikit-image-0.15.0-py37h0a44026_0
  scikit-learn-0.21.2-py37h27c97d8_0
  sphinx-2.1.0-py_0
  sphinxcontrib-websupport-1.1.2-py_0
  spyder-3.3.4-py37_0
  spyder-kernels-0.5.0-py37_0
  sqlalchemy-1.3.4-py37h1de35cc_0
  sympy-1.4-py37_0
  tblib-1.4.0-py_0
  werkzeug-0.15.4-py_0
  xlsxwriter-1.1.8-py_0
  xlwings-0.15.8-py37_0
  zipp-0.5.1-py_0


Apparently I have a related issue, have been recommended to post here what happened.

I work with three different machines, a Linux Mint 19.1 64 bits laptop, a Windows 10 64 bits laptop and a Windows 7 64 bits desktop. I have Anaconda installed on all three machines (base environment only) and I keep them updated.  You can find what I did in here (https://groups.google.com/a/continuum.io/forum/#!topic/anaconda/1PxQi3Q_4WQ), I am pasting below just the (partial) error I could retrieve from my console while doing a simple "conda update conda" on the third machine mentioned above (edited username for privacy):

"""
  tqdm                 pkgs/main/win-64::tqdm-4.31.1-py37_1 --> pkgs/main/noarch
::tqdm-4.32.1-py_0
  urllib3                                     1.24.1-py37_0 --> 1.24.2-py37_0
  vs2015_runtime                     14.15.26706-h3a45250_0 --> 14.15.26706-h3a4
5250_4
  wheel                                       0.33.1-py37_0 --> 0.33.4-py37_0


Proceed ([y]/n)?


Downloading and Extracting Packages
sphinxcontrib-htmlhe | 28 KB     | #################################### | 100%
sphinxcontrib-jsmath | 8 KB      | #################################### | 100%
psutil-5.6.2         | 350 KB    | #################################### | 100%
cffi-1.12.3          | 225 KB    | #################################### | 100%
wheel-0.33.4         | 57 KB     | #################################### | 100%
babel-2.7.0          | 5.8 MB    | #################################### | 100%
tqdm-4.32.1          | 48 KB     | #################################### | 100%
jinja2-2.10.1        | 188 KB    | #################################### | 100%
pillow-6.0.0         | 689 KB    | #################################### | 100%
cryptography-2.7     | 564 KB    | #################################### | 100%
sphinxcontrib-qthelp | 26 KB     | #################################### | 100%
qtpy-1.7.1           | 35 KB     | #################################### | 100%
defusedxml-0.6.0     | 23 KB     | #################################### | 100%
vs2015_runtime-14.15 | 2.4 MB    | #################################### | 100%
sqlite-3.28.0        | 945 KB    | #################################### | 100%
numpydoc-0.9.1       | 31 KB     | #################################### | 100%
filelock-3.0.12      | 12 KB     | #################################### | 100%
rope-0.14.0          | 113 KB    | #################################### | 100%
sphinxcontrib-devhel | 23 KB     | #################################### | 100%
lazy-object-proxy-1. | 31 KB     | #################################### | 100%
pysocks-1.7.0        | 30 KB     | #################################### | 100%
pygments-2.4.2       | 664 KB    | #################################### | 100%
sphinxcontrib-serial | 24 KB     | #################################### | 100%
terminado-0.8.2      | 22 KB     | #################################### | 100%
sphinxcontrib-appleh | 29 KB     | #################################### | 100%
urllib3-1.24.2       | 153 KB    | #################################### | 100%
ipython-7.5.0        | 1.1 MB    | #################################### | 100%
libpng-1.6.37        | 598 KB    | #################################### | 100%
setuptools-41.0.1    | 680 KB    | #################################### | 100%
pyparsing-2.4.0      | 58 KB     | #################################### | 100%
isort-4.3.20         | 86 KB     | #################################### | 100%
pip-19.1.1           | 1.8 MB    | #################################### | 100%
conda-build-3.18.5   | 550 KB    | #################################### | 100%
cloudpickle-1.1.1    | 23 KB     | #################################### | 100%
pytz-2019.1          | 236 KB    | #################################### | 100%
parso-0.4.0          | 66 KB     | #################################### | 100%
sphinx-2.1.0         | 1.4 MB    | #################################### | 100%
ipykernel-5.1.1      | 163 KB    | #################################### | 100%
nbconvert-5.5.0      | 381 KB    | #################################### | 100%
requests-2.22.0      | 90 KB     | #################################### | 100%
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: | DEBUG menuinst_win32:__init__(199): Menu: name: 'Anacon
da${PY_VER} ${PLATFORM}', prefix: 'C:\Users\---\AppData\Local\Continuum\an
aconda3', env_name: 'None', mode: 'user', used_mode: 'user'
DEBUG menuinst_win32:create(323): Shortcut cmd is %windir%\System32\WindowsPower
Shell\v1.0\powershell.exe, args are ['-ExecutionPolicy', 'ByPass', '-NoExit', '-
Command', '"& \'C:\\Users\\---\\AppData\\Local\\Continuum\\anaconda3\\shel
l\\condabin\\conda-hook.ps1\' ; conda activate \'C:\\Users\\---\\AppData\\
Local\\Continuum\\anaconda3\' "']
\ DEBUG menuinst_win32:__init__(199): Menu: name: 'Anaconda${PY_VER} ${PLATFORM}
', prefix: 'C:\Users\---\AppData\Local\Continuum\anaconda3', env_name: 'No
ne', mode: 'user', used_mode: 'user'
DEBUG menuinst_win32:create(323): Shortcut cmd is %windir%\System32\cmd.exe, arg
s are ['"/K"', 'C:\\Users\\---\\AppData\\Local\\Continuum\\anaconda3\\Scri
pts\\activate.bat', 'C:\\Users\\---\\AppData\\Local\\Continuum\\anaconda3'
]
done

(base) C:\Users\--->
"""

And my response from that mailing list post:

You have 2 things coming together to ruin your day.  One is definitely the issue that I pointed you to.  That is causing removal of the console_shortcut package, which takes away your start menu anaconda prompt shortcut.  The next is this: https://github.com/conda/conda/issues/8835

The simplest way to recover is:

* open a cmd shell
* run ``call "path\to\anaconda\root\Scripts\activate"`` - this is what the "anaconda prompt" does
``conda install --only-deps anaconda=2019``

This should restore everything, including your start menu shortcuts.  Future updates will not mess up, because the explicit dependencies will be in the history now.
We are working on fixing the Anaconda metapackage to account for this change in behavior.  The change in behavior is expected and desired, but the side effect here with the anaconda metapackage in particular is not.
I ran "conda install --only-deps anaconda" but the apps shortcuts are still not displayed on the navigator. I am using a MacOS 10.10.5.

Also, I can only create new environments in python2.7.
Hi,

I can confirm that on my Linux Mint 19.1 64 bits laptop all the apps also
disappeared from the Anaconda Navigator (but not on the Windows machines).
At this point I am taking a conservative approach and after having to
reinstall Anaconda on all machines (both Linux and Windows) I am not
performing a "conda update conda" until further notice.

BR,
Paulo


Evangelos Constantinou <notifications@github.com> escreveu no dia quarta,
3/07/2019 à(s) 01:00:

> I ran "conda install --only-deps anaconda" but the apps shortcuts are
> still not displayed on the navigator. I am using a MacOS 10.10.5.
>
> Also, I can only create new environments in python2.7.
>
> —
> You are receiving this because you commented.
> Reply to this email directly, view it on GitHub
> <https://github.com/conda/conda/issues/8842?email_source=notifications&email_token=ACXPIV2Y4VQTM6C5TDT2UC3P5PT3RA5CNFSM4H4G6BNKYY3PNVWWK3TUL52HS4DFVREXG43VMVBW63LNMVXHJKTDN5WW2ZLOORPWSZGODZC33FY#issuecomment-507886999>,
> or mute the thread
> <https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/ACXPIV6NGIF5WHPOKB2WNHLP5PT3RANCNFSM4H4G6BNA>
> .
>


-- 
Paulo Xavier Candeias

I also had the same problem: [https://github.com/ContinuumIO/anaconda-issues/issues/11073#issuecomment-508009172](url)

`conda install --only-deps anaconda` gave me an error when I reopened Spyder.

`conda install --only-deps anaconda=2019` fixed it for me for now. This changes the version from Spyder 3.5.5 to Spyder 3.3.3.
There are testing packages that will replace the existing anaconda "custom" metapackages up on the c3i_test2 channel:

conda install -c c3i_test2 anaconda

We are testing these ourselves, and will move them to defaults later today or tomorrow.
I am kind of newbie still to this (ana)conda world, but... what if you do not have any longer the metapackage installed? I needed to remove it to update python because of https://github.com/ContinuumIO/anaconda-issues/issues/10822 and if I try to update, the process says it will delete all those packages as well.
The new metapackage is uploaded.  Further updates might allow updates of more than you expect, but they should no longer go crazy removing things.

```
conda update anaconda
```

if you don't have it installed, you can just install it:

```
conda install anaconda
```

Sorry for our clumsiness on this one, and thank you for your patience.  We'll be writing up a post-mortem next week.  If you continue having issues, please post here.
@msarahan  i still have the same problems, any ideas ? 
Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: done

## Package Plan ##

  environment location: /anaconda3

  added / updated specs:
    - anaconda


The following packages will be downloaded:

    package                    |            build
    ---------------------------|-----------------
    glob2-0.7                  |             py_0          14 KB
    ipython-7.6.0              |   py37h39e3cac_0         1.1 MB
    jupyter_core-4.5.0         |             py_0          48 KB
    parso-0.5.0                |             py_0          67 KB
    prometheus_client-0.7.1    |             py_0          42 KB
    psutil-5.6.3               |   py37h1de35cc_0         333 KB
    python-libarchive-c-2.8    |           py37_8          22 KB
    pyyaml-5.1.1               |   py37h1de35cc_0         170 KB
    qtpy-1.8.0                 |             py_0          38 KB
    tornado-6.0.3              |   py37h1de35cc_0         644 KB
    ------------------------------------------------------------
                                           Total:         2.5 MB

The following packages will be REMOVED:

  alabaster-0.7.12-py37_0
  anaconda-project-0.8.3-py_0
  appscript-1.1.0-py37h1de35cc_0
  astroid-2.2.5-py37_0
  astropy-3.2.1-py37h1de35cc_0
  atomicwrites-1.3.0-py37_1
  babel-2.7.0-py_0
  backports.os-0.1.1-py37_0
  backports.shutil_get_terminal_size-1.0.0-py37_2
  bitarray-0.9.3-py37h1de35cc_0
  bkcharts-0.2-py37_0
  blas-1.0-mkl
  blosc-1.16.3-hd9629dc_0
  bokeh-1.2.0-py37_0
  boto-2.49.0-py37_0
  bottleneck-1.2.1-py37h1d22016_1
  cloudpickle-1.1.1-py_0
  colorama-0.4.1-py37_0
  contextlib2-0.5.5-py37_0
  cycler-0.10.0-py37_0
  cython-0.29.10-py37h0a44026_0
  cytoolz-0.9.0.1-py37h1de35cc_1
  dask-2.0.0-py_0
  dask-core-2.0.0-py_0
  distributed-2.0.1-py_0
  docutils-0.14-py37_0
  et_xmlfile-1.0.1-py37_0
  fastcache-1.1.0-py37h1de35cc_0
  flask-1.0.3-py37_0
  get_terminal_size-1.0.0-h7520d66_0
  gevent-1.4.0-py37h1de35cc_0
  gmp-6.1.2-hb37e062_1
  gmpy2-2.0.8-py37h6ef4df4_2
  greenlet-0.4.15-py37h1de35cc_0
  h5py-2.9.0-py37h3134771_0
  hdf5-1.10.4-hfa1e0ec_0
  heapdict-1.0.0-py37_2
  html5lib-1.0.1-py37_0
  imageio-2.5.0-py37_0
  imagesize-1.1.0-py37_0
  importlib_metadata-0.17-py37_1
  intel-openmp-2019.4-233
  isort-4.3.20-py37_0
  itsdangerous-1.1.0-py37_0
  jbig-2.1-h4d881f8_0
  jdcal-1.4.1-py_0
  joblib-0.13.2-py37_0
  jupyter-1.0.0-py37_7
  jupyter_console-6.0.0-py37_0
  keyring-18.0.0-py37_0
  kiwisolver-1.1.0-py37h0a44026_0
  lazy-object-proxy-1.4.1-py37h1de35cc_0
  libxslt-1.1.33-h33a18ac_0
  llvmlite-0.29.0-py37h98b8051_0
  locket-0.2.0-py37_1
  lxml-4.3.3-py37hef8c89e_0
  matplotlib-3.1.0-py37h54f8f79_0
  mccabe-0.6.1-py37_1
  mkl-2019.4-233
  mkl-service-2.0.2-py37h1de35cc_0
  mkl_fft-1.0.12-py37h5e564d8_0
  mkl_random-1.0.2-py37h27c97d8_0
  mock-3.0.5-py37_0
  more-itertools-7.0.0-py37_0
  mpc-1.1.0-h6ef4df4_1
  mpfr-4.0.1-h3018a27_3
  mpmath-1.1.0-py37_0
  msgpack-python-0.6.1-py37h04f5b5a_1
  multipledispatch-0.6.0-py37_0
  networkx-2.3-py_0
  nltk-3.4.1-py37_0
  nose-1.3.7-py37_2
  numba-0.44.1-py37h6440ff4_0
  numexpr-2.6.9-py37h7413580_0
  numpy-1.16.4-py37hacdab7b_0
  numpy-base-1.16.4-py37h6575580_0
  numpydoc-0.9.1-py_0
  openpyxl-2.6.2-py_0
  packaging-19.0-py37_0
  pandas-0.24.2-py37h0a44026_0
  partd-0.3.10-py37_1
  path.py-12.0.1-py_0
  pathlib2-2.3.3-py37_0
  patsy-0.5.1-py37_0
  pep8-1.7.1-py37_0
  pluggy-0.12.0-py_0
  ply-3.11-py37_0
  py-1.8.0-py37_0
  pycodestyle-2.5.0-py37_0
  pycrypto-2.6.1-py37h1de35cc_9
  pycurl-7.43.0.2-py37ha12b0ac_0
  pyflakes-2.1.1-py37_0
  pylint-2.3.1-py37_0
  pyodbc-4.0.26-py37h0a44026_0
  pyparsing-2.4.0-py_0
  pytables-3.5.2-py37h5bccee9_1
  pytest-4.6.2-py37_0
  pytest-arraydiff-0.3-py37h39e3cac_0
  pytest-astropy-0.5.0-py37_0
  pytest-doctestplus-0.3.0-py37_0
  pytest-openfiles-0.3.2-py37_0
  pytest-remotedata-0.3.1-py37_0
  pywavelets-1.0.3-py37h1d22016_1
  qtawesome-0.5.7-py37_1
  qtconsole-4.5.1-py_0
  rope-0.14.0-py_0
  scikit-image-0.15.0-py37h0a44026_0
  scikit-learn-0.21.2-py37h27c97d8_0
  scipy-1.2.1-py37h1410ff5_0
  seaborn-0.9.0-py37_0
  simplegeneric-0.8.1-py37_2
  singledispatch-3.4.0.3-py37_0
  snappy-1.1.7-he62c110_3
  snowballstemmer-1.2.1-py37_0
  sortedcollections-1.1.2-py37_0
  sortedcontainers-2.1.0-py37_0
  sphinx-2.1.0-py_0
  sphinxcontrib-1.0-py37_1
  sphinxcontrib-applehelp-1.0.1-py_0
  sphinxcontrib-devhelp-1.0.1-py_0
  sphinxcontrib-htmlhelp-1.0.2-py_0
  sphinxcontrib-jsmath-1.0.1-py_0
  sphinxcontrib-qthelp-1.0.2-py_0
  sphinxcontrib-serializinghtml-1.1.3-py_0
  sphinxcontrib-websupport-1.1.2-py_0
  spyder-3.3.4-py37_0
  spyder-kernels-0.5.0-py37_0
  sqlalchemy-1.3.4-py37h1de35cc_0
  statsmodels-0.9.0-py37h1d22016_0
  sympy-1.4-py37_0
  tblib-1.4.0-py_0
  toolz-0.9.0-py37_0
  unicodecsv-0.14.1-py37_0
  werkzeug-0.15.4-py_0
  wrapt-1.11.1-py37h1de35cc_0
  wurlitzer-1.0.2-py37_0
  xlrd-1.2.0-py37_0
  xlsxwriter-1.1.8-py_0
  xlwings-0.15.8-py37_0
  xlwt-1.3.0-py37_0
  zict-0.1.4-py37_0
  zipp-0.5.1-py_0

The following packages will be UPDATED:

  glob2                  pkgs/main/osx-64::glob2-0.6-py37_1 --> pkgs/main/noarch::glob2-0.7-py_0
  ipython                              7.5.0-py37h39e3cac_0 --> 7.6.0-py37h39e3cac_0
  jupyter_core       pkgs/main/osx-64::jupyter_core-4.4.0-~ --> pkgs/main/noarch::jupyter_core-4.5.0-py_0
  parso                                          0.4.0-py_0 --> 0.5.0-py_0
  prometheus_client  pkgs/main/osx-64::prometheus_client-0~ --> pkgs/main/noarch::prometheus_client-0.7.1-py_0
  psutil                               5.6.2-py37h1de35cc_0 --> 5.6.3-py37h1de35cc_0
  python-libarchive~                             2.8-py37_6 --> 2.8-py37_8
  pyyaml                                 5.1-py37h1de35cc_0 --> 5.1.1-py37h1de35cc_0
  qtpy                                           1.7.1-py_0 --> 1.8.0-py_0
  tornado                              6.0.2-py37h1de35cc_0 --> 6.0.3-py37h1de35cc_0

 
I think I was able to resolve by first doing ```conda install -c c3i_test2 anaconda``` and then updating. 
@eltabbal, have you tried that?
@aakhmetz  yeah that is working fine now,  what is the c3i-test3 metapackage ?.  thanks a lot anyhow 
@eltabbal it was a temporary solution proposed in the thread above 
I had this too after the update. But then i did conda update conda first to get to 4.7.5. Then it worked just fine. 

Sent from my iPhone

> On 6 Jul 2019, at 08:07, eltabbal <notifications@github.com> wrote:
> 
> @msarahan i still have the same problems, any ideas ?
> Collecting package metadata (current_repodata.json): done
> Solving environment: done
> 
> Package Plan
> 
> environment location: /anaconda3
> 
> added / updated specs:
> - anaconda
> 
> The following packages will be downloaded:
> 
> package                    |            build
> ---------------------------|-----------------
> glob2-0.7                  |             py_0          14 KB
> ipython-7.6.0              |   py37h39e3cac_0         1.1 MB
> jupyter_core-4.5.0         |             py_0          48 KB
> parso-0.5.0                |             py_0          67 KB
> prometheus_client-0.7.1    |             py_0          42 KB
> psutil-5.6.3               |   py37h1de35cc_0         333 KB
> python-libarchive-c-2.8    |           py37_8          22 KB
> pyyaml-5.1.1               |   py37h1de35cc_0         170 KB
> qtpy-1.8.0                 |             py_0          38 KB
> tornado-6.0.3              |   py37h1de35cc_0         644 KB
> ------------------------------------------------------------
>                                        Total:         2.5 MB
> The following packages will be REMOVED:
> 
> alabaster-0.7.12-py37_0
> anaconda-project-0.8.3-py_0
> appscript-1.1.0-py37h1de35cc_0
> astroid-2.2.5-py37_0
> astropy-3.2.1-py37h1de35cc_0
> atomicwrites-1.3.0-py37_1
> babel-2.7.0-py_0
> backports.os-0.1.1-py37_0
> backports.shutil_get_terminal_size-1.0.0-py37_2
> bitarray-0.9.3-py37h1de35cc_0
> bkcharts-0.2-py37_0
> blas-1.0-mkl
> blosc-1.16.3-hd9629dc_0
> bokeh-1.2.0-py37_0
> boto-2.49.0-py37_0
> bottleneck-1.2.1-py37h1d22016_1
> cloudpickle-1.1.1-py_0
> colorama-0.4.1-py37_0
> contextlib2-0.5.5-py37_0
> cycler-0.10.0-py37_0
> cython-0.29.10-py37h0a44026_0
> cytoolz-0.9.0.1-py37h1de35cc_1
> dask-2.0.0-py_0
> dask-core-2.0.0-py_0
> distributed-2.0.1-py_0
> docutils-0.14-py37_0
> et_xmlfile-1.0.1-py37_0
> fastcache-1.1.0-py37h1de35cc_0
> flask-1.0.3-py37_0
> get_terminal_size-1.0.0-h7520d66_0
> gevent-1.4.0-py37h1de35cc_0
> gmp-6.1.2-hb37e062_1
> gmpy2-2.0.8-py37h6ef4df4_2
> greenlet-0.4.15-py37h1de35cc_0
> h5py-2.9.0-py37h3134771_0
> hdf5-1.10.4-hfa1e0ec_0
> heapdict-1.0.0-py37_2
> html5lib-1.0.1-py37_0
> imageio-2.5.0-py37_0
> imagesize-1.1.0-py37_0
> importlib_metadata-0.17-py37_1
> intel-openmp-2019.4-233
> isort-4.3.20-py37_0
> itsdangerous-1.1.0-py37_0
> jbig-2.1-h4d881f8_0
> jdcal-1.4.1-py_0
> joblib-0.13.2-py37_0
> jupyter-1.0.0-py37_7
> jupyter_console-6.0.0-py37_0
> keyring-18.0.0-py37_0
> kiwisolver-1.1.0-py37h0a44026_0
> lazy-object-proxy-1.4.1-py37h1de35cc_0
> libxslt-1.1.33-h33a18ac_0
> llvmlite-0.29.0-py37h98b8051_0
> locket-0.2.0-py37_1
> lxml-4.3.3-py37hef8c89e_0
> matplotlib-3.1.0-py37h54f8f79_0
> mccabe-0.6.1-py37_1
> mkl-2019.4-233
> mkl-service-2.0.2-py37h1de35cc_0
> mkl_fft-1.0.12-py37h5e564d8_0
> mkl_random-1.0.2-py37h27c97d8_0
> mock-3.0.5-py37_0
> more-itertools-7.0.0-py37_0
> mpc-1.1.0-h6ef4df4_1
> mpfr-4.0.1-h3018a27_3
> mpmath-1.1.0-py37_0
> msgpack-python-0.6.1-py37h04f5b5a_1
> multipledispatch-0.6.0-py37_0
> networkx-2.3-py_0
> nltk-3.4.1-py37_0
> nose-1.3.7-py37_2
> numba-0.44.1-py37h6440ff4_0
> numexpr-2.6.9-py37h7413580_0
> numpy-1.16.4-py37hacdab7b_0
> numpy-base-1.16.4-py37h6575580_0
> numpydoc-0.9.1-py_0
> openpyxl-2.6.2-py_0
> packaging-19.0-py37_0
> pandas-0.24.2-py37h0a44026_0
> partd-0.3.10-py37_1
> path.py-12.0.1-py_0
> pathlib2-2.3.3-py37_0
> patsy-0.5.1-py37_0
> pep8-1.7.1-py37_0
> pluggy-0.12.0-py_0
> ply-3.11-py37_0
> py-1.8.0-py37_0
> pycodestyle-2.5.0-py37_0
> pycrypto-2.6.1-py37h1de35cc_9
> pycurl-7.43.0.2-py37ha12b0ac_0
> pyflakes-2.1.1-py37_0
> pylint-2.3.1-py37_0
> pyodbc-4.0.26-py37h0a44026_0
> pyparsing-2.4.0-py_0
> pytables-3.5.2-py37h5bccee9_1
> pytest-4.6.2-py37_0
> pytest-arraydiff-0.3-py37h39e3cac_0
> pytest-astropy-0.5.0-py37_0
> pytest-doctestplus-0.3.0-py37_0
> pytest-openfiles-0.3.2-py37_0
> pytest-remotedata-0.3.1-py37_0
> pywavelets-1.0.3-py37h1d22016_1
> qtawesome-0.5.7-py37_1
> qtconsole-4.5.1-py_0
> rope-0.14.0-py_0
> scikit-image-0.15.0-py37h0a44026_0
> scikit-learn-0.21.2-py37h27c97d8_0
> scipy-1.2.1-py37h1410ff5_0
> seaborn-0.9.0-py37_0
> simplegeneric-0.8.1-py37_2
> singledispatch-3.4.0.3-py37_0
> snappy-1.1.7-he62c110_3
> snowballstemmer-1.2.1-py37_0
> sortedcollections-1.1.2-py37_0
> sortedcontainers-2.1.0-py37_0
> sphinx-2.1.0-py_0
> sphinxcontrib-1.0-py37_1
> sphinxcontrib-applehelp-1.0.1-py_0
> sphinxcontrib-devhelp-1.0.1-py_0
> sphinxcontrib-htmlhelp-1.0.2-py_0
> sphinxcontrib-jsmath-1.0.1-py_0
> sphinxcontrib-qthelp-1.0.2-py_0
> sphinxcontrib-serializinghtml-1.1.3-py_0
> sphinxcontrib-websupport-1.1.2-py_0
> spyder-3.3.4-py37_0
> spyder-kernels-0.5.0-py37_0
> sqlalchemy-1.3.4-py37h1de35cc_0
> statsmodels-0.9.0-py37h1d22016_0
> sympy-1.4-py37_0
> tblib-1.4.0-py_0
> toolz-0.9.0-py37_0
> unicodecsv-0.14.1-py37_0
> werkzeug-0.15.4-py_0
> wrapt-1.11.1-py37h1de35cc_0
> wurlitzer-1.0.2-py37_0
> xlrd-1.2.0-py37_0
> xlsxwriter-1.1.8-py_0
> xlwings-0.15.8-py37_0
> xlwt-1.3.0-py37_0
> zict-0.1.4-py37_0
> zipp-0.5.1-py_0
> 
> The following packages will be UPDATED:
> 
> glob2 pkgs/main/osx-64::glob2-0.6-py37_1 --> pkgs/main/noarch::glob2-0.7-py_0
> ipython 7.5.0-py37h39e3cac_0 --> 7.6.0-py37h39e3cac_0
> jupyter_core pkgs/main/osx-64::jupyter_core-4.4.0-~ --> pkgs/main/noarch::jupyter_core-4.5.0-py_0
> parso 0.4.0-py_0 --> 0.5.0-py_0
> prometheus_client pkgs/main/osx-64::prometheus_client-0~ --> pkgs/main/noarch::prometheus_client-0.7.1-py_0
> psutil 5.6.2-py37h1de35cc_0 --> 5.6.3-py37h1de35cc_0
> python-libarchive~ 2.8-py37_6 --> 2.8-py37_8
> pyyaml 5.1-py37h1de35cc_0 --> 5.1.1-py37h1de35cc_0
> qtpy 1.7.1-py_0 --> 1.8.0-py_0
> tornado 6.0.2-py37h1de35cc_0 --> 6.0.3-py37h1de35cc_0
> 
> —
> You are receiving this because you are subscribed to this thread.
> Reply to this email directly, view it on GitHub, or mute the thread.

Hi,

I am sorry to say but I think we are not there yet, now all the apps
disappeared from Anaconda Navigator. Or maybe this is an unrelated bug, I
do not know.

BR,
Paulo


A sábado, 6/07/2019, 11:25, esvhd <notifications@github.com> escreveu:

> I had this too after the update. But then i did conda update conda first
> to get to 4.7.5. Then it worked just fine.
>
> Sent from my iPhone
>
> > On 6 Jul 2019, at 08:07, eltabbal <notifications@github.com> wrote:
> >
> > @msarahan i still have the same problems, any ideas ?
> > Collecting package metadata (current_repodata.json): done
> > Solving environment: done
> >
> > Package Plan
> >
> > environment location: /anaconda3
> >
> > added / updated specs:
> > - anaconda
> >
> > The following packages will be downloaded:
> >
> > package | build
> > ---------------------------|-----------------
> > glob2-0.7 | py_0 14 KB
> > ipython-7.6.0 | py37h39e3cac_0 1.1 MB
> > jupyter_core-4.5.0 | py_0 48 KB
> > parso-0.5.0 | py_0 67 KB
> > prometheus_client-0.7.1 | py_0 42 KB
> > psutil-5.6.3 | py37h1de35cc_0 333 KB
> > python-libarchive-c-2.8 | py37_8 22 KB
> > pyyaml-5.1.1 | py37h1de35cc_0 170 KB
> > qtpy-1.8.0 | py_0 38 KB
> > tornado-6.0.3 | py37h1de35cc_0 644 KB
> > ------------------------------------------------------------
> > Total: 2.5 MB
> > The following packages will be REMOVED:
> >
> > alabaster-0.7.12-py37_0
> > anaconda-project-0.8.3-py_0
> > appscript-1.1.0-py37h1de35cc_0
> > astroid-2.2.5-py37_0
> > astropy-3.2.1-py37h1de35cc_0
> > atomicwrites-1.3.0-py37_1
> > babel-2.7.0-py_0
> > backports.os-0.1.1-py37_0
> > backports.shutil_get_terminal_size-1.0.0-py37_2
> > bitarray-0.9.3-py37h1de35cc_0
> > bkcharts-0.2-py37_0
> > blas-1.0-mkl
> > blosc-1.16.3-hd9629dc_0
> > bokeh-1.2.0-py37_0
> > boto-2.49.0-py37_0
> > bottleneck-1.2.1-py37h1d22016_1
> > cloudpickle-1.1.1-py_0
> > colorama-0.4.1-py37_0
> > contextlib2-0.5.5-py37_0
> > cycler-0.10.0-py37_0
> > cython-0.29.10-py37h0a44026_0
> > cytoolz-0.9.0.1-py37h1de35cc_1
> > dask-2.0.0-py_0
> > dask-core-2.0.0-py_0
> > distributed-2.0.1-py_0
> > docutils-0.14-py37_0
> > et_xmlfile-1.0.1-py37_0
> > fastcache-1.1.0-py37h1de35cc_0
> > flask-1.0.3-py37_0
> > get_terminal_size-1.0.0-h7520d66_0
> > gevent-1.4.0-py37h1de35cc_0
> > gmp-6.1.2-hb37e062_1
> > gmpy2-2.0.8-py37h6ef4df4_2
> > greenlet-0.4.15-py37h1de35cc_0
> > h5py-2.9.0-py37h3134771_0
> > hdf5-1.10.4-hfa1e0ec_0
> > heapdict-1.0.0-py37_2
> > html5lib-1.0.1-py37_0
> > imageio-2.5.0-py37_0
> > imagesize-1.1.0-py37_0
> > importlib_metadata-0.17-py37_1
> > intel-openmp-2019.4-233
> > isort-4.3.20-py37_0
> > itsdangerous-1.1.0-py37_0
> > jbig-2.1-h4d881f8_0
> > jdcal-1.4.1-py_0
> > joblib-0.13.2-py37_0
> > jupyter-1.0.0-py37_7
> > jupyter_console-6.0.0-py37_0
> > keyring-18.0.0-py37_0
> > kiwisolver-1.1.0-py37h0a44026_0
> > lazy-object-proxy-1.4.1-py37h1de35cc_0
> > libxslt-1.1.33-h33a18ac_0
> > llvmlite-0.29.0-py37h98b8051_0
> > locket-0.2.0-py37_1
> > lxml-4.3.3-py37hef8c89e_0
> > matplotlib-3.1.0-py37h54f8f79_0
> > mccabe-0.6.1-py37_1
> > mkl-2019.4-233
> > mkl-service-2.0.2-py37h1de35cc_0
> > mkl_fft-1.0.12-py37h5e564d8_0
> > mkl_random-1.0.2-py37h27c97d8_0
> > mock-3.0.5-py37_0
> > more-itertools-7.0.0-py37_0
> > mpc-1.1.0-h6ef4df4_1
> > mpfr-4.0.1-h3018a27_3
> > mpmath-1.1.0-py37_0
> > msgpack-python-0.6.1-py37h04f5b5a_1
> > multipledispatch-0.6.0-py37_0
> > networkx-2.3-py_0
> > nltk-3.4.1-py37_0
> > nose-1.3.7-py37_2
> > numba-0.44.1-py37h6440ff4_0
> > numexpr-2.6.9-py37h7413580_0
> > numpy-1.16.4-py37hacdab7b_0
> > numpy-base-1.16.4-py37h6575580_0
> > numpydoc-0.9.1-py_0
> > openpyxl-2.6.2-py_0
> > packaging-19.0-py37_0
> > pandas-0.24.2-py37h0a44026_0
> > partd-0.3.10-py37_1
> > path.py-12.0.1-py_0
> > pathlib2-2.3.3-py37_0
> > patsy-0.5.1-py37_0
> > pep8-1.7.1-py37_0
> > pluggy-0.12.0-py_0
> > ply-3.11-py37_0
> > py-1.8.0-py37_0
> > pycodestyle-2.5.0-py37_0
> > pycrypto-2.6.1-py37h1de35cc_9
> > pycurl-7.43.0.2-py37ha12b0ac_0
> > pyflakes-2.1.1-py37_0
> > pylint-2.3.1-py37_0
> > pyodbc-4.0.26-py37h0a44026_0
> > pyparsing-2.4.0-py_0
> > pytables-3.5.2-py37h5bccee9_1
> > pytest-4.6.2-py37_0
> > pytest-arraydiff-0.3-py37h39e3cac_0
> > pytest-astropy-0.5.0-py37_0
> > pytest-doctestplus-0.3.0-py37_0
> > pytest-openfiles-0.3.2-py37_0
> > pytest-remotedata-0.3.1-py37_0
> > pywavelets-1.0.3-py37h1d22016_1
> > qtawesome-0.5.7-py37_1
> > qtconsole-4.5.1-py_0
> > rope-0.14.0-py_0
> > scikit-image-0.15.0-py37h0a44026_0
> > scikit-learn-0.21.2-py37h27c97d8_0
> > scipy-1.2.1-py37h1410ff5_0
> > seaborn-0.9.0-py37_0
> > simplegeneric-0.8.1-py37_2
> > singledispatch-3.4.0.3-py37_0
> > snappy-1.1.7-he62c110_3
> > snowballstemmer-1.2.1-py37_0
> > sortedcollections-1.1.2-py37_0
> > sortedcontainers-2.1.0-py37_0
> > sphinx-2.1.0-py_0
> > sphinxcontrib-1.0-py37_1
> > sphinxcontrib-applehelp-1.0.1-py_0
> > sphinxcontrib-devhelp-1.0.1-py_0
> > sphinxcontrib-htmlhelp-1.0.2-py_0
> > sphinxcontrib-jsmath-1.0.1-py_0
> > sphinxcontrib-qthelp-1.0.2-py_0
> > sphinxcontrib-serializinghtml-1.1.3-py_0
> > sphinxcontrib-websupport-1.1.2-py_0
> > spyder-3.3.4-py37_0
> > spyder-kernels-0.5.0-py37_0
> > sqlalchemy-1.3.4-py37h1de35cc_0
> > statsmodels-0.9.0-py37h1d22016_0
> > sympy-1.4-py37_0
> > tblib-1.4.0-py_0
> > toolz-0.9.0-py37_0
> > unicodecsv-0.14.1-py37_0
> > werkzeug-0.15.4-py_0
> > wrapt-1.11.1-py37h1de35cc_0
> > wurlitzer-1.0.2-py37_0
> > xlrd-1.2.0-py37_0
> > xlsxwriter-1.1.8-py_0
> > xlwings-0.15.8-py37_0
> > xlwt-1.3.0-py37_0
> > zict-0.1.4-py37_0
> > zipp-0.5.1-py_0
> >
> > The following packages will be UPDATED:
> >
> > glob2 pkgs/main/osx-64::glob2-0.6-py37_1 -->
> pkgs/main/noarch::glob2-0.7-py_0
> > ipython 7.5.0-py37h39e3cac_0 --> 7.6.0-py37h39e3cac_0
> > jupyter_core pkgs/main/osx-64::jupyter_core-4.4.0-~ -->
> pkgs/main/noarch::jupyter_core-4.5.0-py_0
> > parso 0.4.0-py_0 --> 0.5.0-py_0
> > prometheus_client pkgs/main/osx-64::prometheus_client-0~ -->
> pkgs/main/noarch::prometheus_client-0.7.1-py_0
> > psutil 5.6.2-py37h1de35cc_0 --> 5.6.3-py37h1de35cc_0
> > python-libarchive~ 2.8-py37_6 --> 2.8-py37_8
> > pyyaml 5.1-py37h1de35cc_0 --> 5.1.1-py37h1de35cc_0
> > qtpy 1.7.1-py_0 --> 1.8.0-py_0
> > tornado 6.0.2-py37h1de35cc_0 --> 6.0.3-py37h1de35cc_0
> >
> > —
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> <https://github.com/conda/conda/issues/8842?email_source=notifications&email_token=ACXPIV6BN5Y2YBFQ77AVNOLP6BXI5A5CNFSM4H4G6BNKYY3PNVWWK3TUL52HS4DFVREXG43VMVBW63LNMVXHJKTDN5WW2ZLOORPWSZGODZKW3DY#issuecomment-508915087>,
> or mute the thread
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> .
>

> I think I was able to resolve by first doing `conda install -c c3i_test2 anaconda` and then updating.
> @eltabbal, have you tried that?

Running conda install -c c3i_test2 anaconda and then conda update anaconda worked for me. All the app shortcuts are back on the navigator, and I can also create new environments in not only Python 3.7
Hi,

I missed that part, sorry about that. Indeed, the apps are back in Anaconda
Navigator but now I get a warning message when using conda update conda
referrig to higher priority channels (superseded channels). Is it safe? Am
I OK with using them when compared to the standard channels?

BR,
Paulo


Evangelos Constantinou <notifications@github.com> escreveu no dia sábado,
6/07/2019 à(s) 23:23:

> I think I was able to resolve by first doing conda install -c c3i_test2
> anaconda and then updating.
> @eltabbal <https://github.com/eltabbal>, have you tried that?
>
> Running conda install -c c3i_test2 anaconda and then conda update anaconda
> worked for me. All the app shortcuts are back on the navigator, and I can
> also create new environments in not only Python 3.7
>
> —
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> <https://github.com/conda/conda/issues/8842?email_source=notifications&email_token=ACXPIV4T3Y2XFJWRP6BGQC3P6ELNLA5CNFSM4H4G6BNKYY3PNVWWK3TUL52HS4DFVREXG43VMVBW63LNMVXHJKTDN5WW2ZLOORPWSZGODZLBGJI#issuecomment-508957477>,
> or mute the thread
> <https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/ACXPIV57LX6HBLBDAUCNBSDP6ELNLANCNFSM4H4G6BNA>
> .
>


-- 
Paulo Xavier Candeias

Hi, again,

this what I ended up doing:

1. uninstall Anaconda;
2. reinstall Anaconda;
3. "conda update conda" -> here I get a warning message about outdated
conda-build
4. "conda update conda-build"
5. "conda update anaconda"

Now everything seems to be working properly.

BR,
Paulo


Paulo Candeias <pxcandeias@gmail.com> escreveu no dia domingo, 7/07/2019
à(s) 16:53:

> Hi,
>
> I missed that part, sorry about that. Indeed, the apps are back in
> Anaconda Navigator but now I get a warning message when using conda update
> conda referrig to higher priority channels (superseded channels). Is it
> safe? Am I OK with using them when compared to the standard channels?
>
> BR,
> Paulo
>
>
> Evangelos Constantinou <notifications@github.com> escreveu no dia sábado,
> 6/07/2019 à(s) 23:23:
>
>> I think I was able to resolve by first doing conda install -c c3i_test2
>> anaconda and then updating.
>> @eltabbal <https://github.com/eltabbal>, have you tried that?
>>
>> Running conda install -c c3i_test2 anaconda and then conda update
>> anaconda worked for me. All the app shortcuts are back on the navigator,
>> and I can also create new environments in not only Python 3.7
>>
>> —
>> You are receiving this because you commented.
>> Reply to this email directly, view it on GitHub
>> <https://github.com/conda/conda/issues/8842?email_source=notifications&email_token=ACXPIV4T3Y2XFJWRP6BGQC3P6ELNLA5CNFSM4H4G6BNKYY3PNVWWK3TUL52HS4DFVREXG43VMVBW63LNMVXHJKTDN5WW2ZLOORPWSZGODZLBGJI#issuecomment-508957477>,
>> or mute the thread
>> <https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/ACXPIV57LX6HBLBDAUCNBSDP6ELNLANCNFSM4H4G6BNA>
>> .
>>
>
>
> --
> Paulo Xavier Candeias
>


-- 
Paulo Xavier Candeias

@msarahan I tried the `conda update anaconda` command, but I am getting some Assertion errors and then the update gets rolled back. Am I doing something wrong? I am running on Ubuntu 18.04 LTS. Is it okay to track this problem under this existing issue, or should this be a new issue? 

```
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done
ERROR conda.core.link:_execute(637): An error occurred while installing package 'None'.
AssertionError()
Attempting to roll back.

Rolling back transaction: done

AssertionError()
()
AssertionError()
```
Hi. I'm looking for a fix that works for Miniconda also - I don't want to install the full Anaconda.

From a fresh install of Miniconda3 4.6.14 (Python 3.7.3 64-bit) on both Windows 10 and Window 7 machines, then running `conda update conda` gives the following:
```
The following NEW packages will be INSTALLED:

  bzip2              pkgs/main/win-64::bzip2-1.0.7-he774522_0
  conda-package-han~ pkgs/main/win-64::conda-package-handling-1.3.10-py37_0
  libarchive         pkgs/main/win-64::libarchive-3.3.3-h0643e63_5
  libiconv           pkgs/main/win-64::libiconv-1.15-h1df5818_7
  libxml2            pkgs/main/win-64::libxml2-2.9.9-h464c3ec_0
  lz4-c              pkgs/main/win-64::lz4-c-1.8.1.2-h2fa13f4_0
  lzo                pkgs/main/win-64::lzo-2.10-h6df0209_2
  python-libarchive~ pkgs/main/win-64::python-libarchive-c-2.8-py37_9
  tqdm               pkgs/main/noarch::tqdm-4.32.1-py_0
  xz                 pkgs/main/win-64::xz-5.2.4-h2fa13f4_4
  zlib               pkgs/main/win-64::zlib-1.2.11-h62dcd97_3
  zstd               pkgs/main/win-64::zstd-1.3.7-h508b16e_0

The following packages will be UPDATED:

  ca-certificates                               2019.1.23-0 --> 2019.5.15-0
  certifi                                   2019.3.9-py37_0 --> 2019.6.16-py37_0
  conda                                       4.6.14-py37_0 --> 4.7.5-py37_0
  openssl                                 1.1.1b-he774522_1 --> 1.1.1c-he774522_1


Proceed ([y]/n)? y
```

After proceeding, `conda update --all` gives:
```
The following packages will be REMOVED:

  console_shortcut-0.1.1-3
  powershell_shortcut-0.0.1-2

The following packages will be UPDATED:

  cffi                                1.12.2-py37h7a1dbc1_1 --> 1.12.3-py37h7a1dbc1_0
  cryptography                         2.6.1-py37h7a1dbc1_0 --> 2.7-py37h7a1dbc1_0
  pip                                         19.0.3-py37_0 --> 19.1.1-py37_0
  pysocks                                      1.6.8-py37_0 --> 1.7.0-py37_0
  python                                   3.7.3-h8c8aaf0_0 --> 3.7.3-h8c8aaf0_1
  requests                                    2.21.0-py37_0 --> 2.22.0-py37_0
  setuptools                                  41.0.0-py37_0 --> 41.0.1-py37_0
  sqlite                                  3.27.2-he774522_0 --> 3.28.0-he774522_0
  urllib3                                     1.24.1-py37_0 --> 1.24.2-py37_0
  vs2015_runtime                     14.15.26706-h3a45250_0 --> 14.15.26706-h3a45250_4
  wheel                                       0.33.1-py37_0 --> 0.33.4-py37_0


Proceed ([y]/n)? n
```

I don't think I want to remove the console and powershell shortcuts?  Or should I not be updating all in Miniconda anyway?  

Thanks!
Hi,

I would like to add some more information after my unintsall/resintall
sequence. Working on a Linux Mint 19.1 64 bits laptop, after the sequence

1. conda update conda
2. conda update conda-build
3. conda update anaconda

previously reported, I went forward and updated two apps in Anaconda
Navigator (Jupyterlab and Spyder). I noticed on the bottom of the window a
few messages about updating the conda environment so I decided to go back
to the bash console and issue a new "conda update conda". I got a long list
of updates to apply, which I didn't accept, but what I found most strange
was the change, on all of them, of architecture from linux to noarch, like
this one:

pkgs/main/linux-64::zipp-0.3.3-py37_1 --> pkgs/main/noarch::zipp-0.5.1-py_0

All the versions are in fact more recent than the ones I have but is it
supposed to change architectures?

BR,
Paulo


dfostr <notifications@github.com> escreveu no dia segunda, 8/07/2019 à(s)
08:25:

> Hi. I'm looking for a fix that works for Miniconda also - I don't want to
> install the full Anaconda.
>
> From a fresh install of Miniconda3 4.6.14 (Python 3.7.3 64-bit) on both
> Windows 10 and Window 7 machines, then running conda update conda gives
> the following:
>
> The following NEW packages will be INSTALLED:
>
>   bzip2              pkgs/main/win-64::bzip2-1.0.7-he774522_0
>   conda-package-han~ pkgs/main/win-64::conda-package-handling-1.3.10-py37_0
>   libarchive         pkgs/main/win-64::libarchive-3.3.3-h0643e63_5
>   libiconv           pkgs/main/win-64::libiconv-1.15-h1df5818_7
>   libxml2            pkgs/main/win-64::libxml2-2.9.9-h464c3ec_0
>   lz4-c              pkgs/main/win-64::lz4-c-1.8.1.2-h2fa13f4_0
>   lzo                pkgs/main/win-64::lzo-2.10-h6df0209_2
>   python-libarchive~ pkgs/main/win-64::python-libarchive-c-2.8-py37_9
>   tqdm               pkgs/main/noarch::tqdm-4.32.1-py_0
>   xz                 pkgs/main/win-64::xz-5.2.4-h2fa13f4_4
>   zlib               pkgs/main/win-64::zlib-1.2.11-h62dcd97_3
>   zstd               pkgs/main/win-64::zstd-1.3.7-h508b16e_0
>
> The following packages will be UPDATED:
>
>   ca-certificates                               2019.1.23-0 --> 2019.5.15-0
>   certifi                                   2019.3.9-py37_0 --> 2019.6.16-py37_0
>   conda                                       4.6.14-py37_0 --> 4.7.5-py37_0
>   openssl                                 1.1.1b-he774522_1 --> 1.1.1c-he774522_1
>
>
> Proceed ([y]/n)? y
>
> But then conda update --all gives:
>
> The following packages will be REMOVED:
>
>   console_shortcut-0.1.1-3
>   powershell_shortcut-0.0.1-2
>
> The following packages will be UPDATED:
>
>   cffi                                1.12.2-py37h7a1dbc1_1 --> 1.12.3-py37h7a1dbc1_0
>   cryptography                         2.6.1-py37h7a1dbc1_0 --> 2.7-py37h7a1dbc1_0
>   pip                                         19.0.3-py37_0 --> 19.1.1-py37_0
>   pysocks                                      1.6.8-py37_0 --> 1.7.0-py37_0
>   python                                   3.7.3-h8c8aaf0_0 --> 3.7.3-h8c8aaf0_1
>   requests                                    2.21.0-py37_0 --> 2.22.0-py37_0
>   setuptools                                  41.0.0-py37_0 --> 41.0.1-py37_0
>   sqlite                                  3.27.2-he774522_0 --> 3.28.0-he774522_0
>   urllib3                                     1.24.1-py37_0 --> 1.24.2-py37_0
>   vs2015_runtime                     14.15.26706-h3a45250_0 --> 14.15.26706-h3a45250_4
>   wheel                                       0.33.1-py37_0 --> 0.33.4-py37_0
>
>
> Proceed ([y]/n)? n
>
> I don't think I want to remove the console and powershell shortcuts? Or
> should I not be updating all in Miniconda anyway?
>
> Thanks!
>
> —
> You are receiving this because you commented.
> Reply to this email directly, view it on GitHub
> <https://github.com/conda/conda/issues/8842?email_source=notifications&email_token=ACXPIV4WLHFWLCI663BHQLTP6LTW7A5CNFSM4H4G6BNKYY3PNVWWK3TUL52HS4DFVREXG43VMVBW63LNMVXHJKTDN5WW2ZLOORPWSZGODZMGX2I#issuecomment-509111273>,
> or mute the thread
> <https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/ACXPIVYWVFRXGFJYNDNM6QLP6LTW7ANCNFSM4H4G6BNA>
> .
>


-- 
Paulo Xavier Candeias

Noarch means it can be used on any platform. It's fine.
Hi Mike,

Thank you. I will then proceed with the updates.

BR,
Paulo


Mike Sarahan <notifications@github.com> escreveu em seg, 8/07/2019 às 14:09
:

> Noarch means it can be used on any platform. It's fine.
>
> —
> You are receiving this because you commented.
> Reply to this email directly, view it on GitHub
> <https://github.com/conda/conda/issues/8842?email_source=notifications&email_token=ACXPIVYBANQQEKSFZPEFQNLP6M4BPA5CNFSM4H4G6BNKYY3PNVWWK3TUL52HS4DFVREXG43VMVBW63LNMVXHJKTDN5WW2ZLOORPWSZGODZNA4IQ#issuecomment-509218338>,
> or mute the thread
> <https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/ACXPIV25CFIB64QBVG6GQW3P6M4BPANCNFSM4H4G6BNA>
> .
>
-- 
Paulo Xavier Candeias

When will it be safe to do a complete reinstall of Anaconda and then do "conda upgrade --all" as usual?  In other words, when will the bugs be squashed definitively?  Already?  Next week?  Never?
The problems with the anaconda metapackage should be gone.  The undesired removal of powershell_shortcut and console_shortcut will be fixed in the next conda release, 4.7.6.  `conda update --all` should be fine for most people now.  If you are someone who installs packages only to immediately remove them, so that you get that package's dependencies, then you need to adapt to using `conda install --only-deps` instead of the install-then-remove dance.
Sorry, msarahan, but this problem is not gone.  I did a clean install of 2019.03, then did  conda upgrade --all  and then did  conda upgrade --all again.  The following is what happened.  This is on an iMac running MacOS Mojave 10.14.5.

108-211-183-124:~ ojohns$ conda upgrade --all
WARNING: The conda.compat module is deprecated and will be removed in a future release.
Collecting package metadata: done
Solving environment: done
## Package Plan ##
environment location: /Users/ojohns/anaconda3
The following packages will be downloaded:

    package                    |            build
    ---------------------------|-----------------
    _anaconda_depends-2019.03  |           py37_0           5 KB
    anaconda-custom            |           py37_1           3 KB
    anaconda-project-0.8.3     |             py_0         212 KB
    astropy-3.2.1              |   py37h1de35cc_0         6.9 MB
    babel-2.7.0                |             py_0         5.8 MB
    backports-1.0              |             py_2         139 KB
    backports.functools_lru_cache-1.5|             py_2           9 KB
    backports.tempfile-1.0     |             py_1          12 KB
    backports.weakref-1.0.post1|             py_1           7 KB
    bitarray-0.9.3             |   py37h1de35cc_0          59 KB
    blosc-1.16.3               |       hd9629dc_0          64 KB
    bokeh-1.2.0                |           py37_0         3.9 MB
    bzip2-1.0.7                |       h1de35cc_0         104 KB
    ca-certificates-2019.5.15  |                0         133 KB
    certifi-2019.6.16          |           py37_0         154 KB
    cffi-1.12.3                |   py37hb5b8e2f_0         214 KB
    cloudpickle-1.2.1          |             py_0          28 KB
    conda-4.7.5                |           py37_0         3.0 MB
    conda-build-3.18.7         |           py37_0         528 KB
    conda-package-handling-1.3.11|           py37_0         260 KB
    conda-verify-3.4.2         |             py_0          25 KB
    cryptography-2.7           |   py37ha12b0ac_0         571 KB
    curl-7.64.1                |       ha441bb4_0         131 KB
    cython-0.29.11             |   py37h0a44026_0         2.0 MB
    dask-2.1.0                 |             py_0          11 KB
    dask-core-2.1.0            |             py_0         578 KB
    defusedxml-0.6.0           |             py_0          23 KB
    distributed-2.1.0          |             py_0         369 KB
    fastcache-1.1.0            |   py37h1de35cc_0          29 KB
    filelock-3.0.12            |             py_0          12 KB
    flask-1.0.3                |           py37_0         123 KB
    glob2-0.7                  |             py_0          14 KB
    importlib_metadata-0.17    |           py37_1          39 KB
    intel-openmp-2019.4        |              233         1.1 MB
    ipykernel-5.1.1            |   py37h39e3cac_0         162 KB
    ipython-7.6.1              |   py37h39e3cac_0         1.1 MB
    isort-4.3.21               |           py37_0          68 KB
    jdcal-1.4.1                |             py_0          11 KB
    jinja2-2.10.1              |           py37_0         188 KB
    joblib-0.13.2              |           py37_0         367 KB
    jupyter_core-4.5.0         |             py_0          48 KB
    jupyterlab-0.35.5          |   py37hf63ae98_0        10.6 MB
    kiwisolver-1.1.0           |   py37h0a44026_0          60 KB
    lazy-object-proxy-1.4.1    |   py37h1de35cc_0          28 KB
    libcurl-7.64.1             |       h051b688_0         546 KB
    libpng-1.6.37              |       ha441bb4_0         325 KB
    libssh2-1.8.2              |       ha12b0ac_0         221 KB
    libxml2-2.9.9              |       hf6e021a_1         1.9 MB
    llvm-openmp-4.0.1          |       hcfea43d_1         454 KB
    llvmlite-0.29.0            |   py37h98b8051_0        13.7 MB
    lxml-4.3.4                 |   py37hef8c89e_0         1.3 MB
    matplotlib-3.1.0           |   py37h54f8f79_0         6.6 MB
    mkl-2019.4                 |              233       155.2 MB
    mkl-service-2.0.2          |   py37h1de35cc_0          51 KB
    mkl_fft-1.0.12             |   py37h5e564d8_0         155 KB
    mock-3.0.5                 |           py37_0          47 KB
    more-itertools-7.0.0       |           py37_0          93 KB
    nbconvert-5.5.0            |             py_0         381 KB
    networkx-2.3               |             py_0         1.1 MB
    nltk-3.4.3                 |           py37_0         2.1 MB
    numba-0.44.1               |   py37h6440ff4_0         2.8 MB
    numpy-1.16.4               |   py37hacdab7b_0          49 KB
    numpy-base-1.16.4          |   py37h6575580_0         4.2 MB
    numpydoc-0.9.1             |             py_0          31 KB
    openpyxl-2.6.2             |             py_0         157 KB
    openssl-1.1.1c             |       h1de35cc_1         3.4 MB
    parso-0.5.0                |             py_0          67 KB
    partd-1.0.0                |             py_0          19 KB
    path.py-12.0.1             |             py_0          23 KB
    pathlib2-2.3.4             |           py37_0          36 KB
    pexpect-4.7.0              |           py37_0          82 KB
    pillow-6.0.0               |   py37hb68e598_0         579 KB
    pip-19.1.1                 |           py37_0         1.8 MB
    pluggy-0.12.0              |             py_0          20 KB
    prometheus_client-0.7.1    |             py_0          42 KB
    psutil-5.6.3               |   py37h1de35cc_0         333 KB
    pycurl-7.43.0.3            |   py37ha12b0ac_0          71 KB
    pygments-2.4.2             |             py_0         664 KB
    pyparsing-2.4.0            |             py_0          58 KB
    pysocks-1.7.0              |           py37_0          29 KB
    pytables-3.5.2             |   py37h5bccee9_1         1.4 MB
    pytest-5.0.0               |           py37_0         358 KB
    python-libarchive-c-2.8    |          py37_10          22 KB
    pytz-2019.1                |             py_0         236 KB
    pywavelets-1.0.3           |   py37h1d22016_1         4.2 MB
    pyyaml-5.1.1               |   py37h1de35cc_0         170 KB
    qtconsole-4.5.1            |             py_0          92 KB
    qtpy-1.8.0                 |             py_0          38 KB
    requests-2.22.0            |           py37_0          89 KB
    rope-0.14.0                |             py_0         113 KB
    scikit-image-0.15.0        |   py37h0a44026_0        27.6 MB
    scikit-learn-0.21.2        |   py37h27c97d8_0         5.9 MB
    setuptools-41.0.1          |           py37_0         635 KB
    snowballstemmer-1.9.0      |             py_0          53 KB
    sphinx-2.1.2               |             py_0         1.4 MB
    sphinxcontrib-applehelp-1.0.1|             py_0          29 KB
    sphinxcontrib-devhelp-1.0.1|             py_0          23 KB
    sphinxcontrib-htmlhelp-1.0.2|             py_0          28 KB
    sphinxcontrib-jsmath-1.0.1 |             py_0           8 KB
    sphinxcontrib-qthelp-1.0.2 |             py_0          26 KB
    sphinxcontrib-serializinghtml-1.1.3|             py_0          24 KB
    sphinxcontrib-websupport-1.1.2|             py_0          35 KB
    spyder-3.3.5               |           py37_0         2.5 MB
    spyder-kernels-0.5.0       |           py37_0          69 KB
    sqlalchemy-1.3.5           |   py37h1de35cc_0         1.7 MB
    sqlite-3.28.0              |       ha441bb4_0         2.3 MB
    statsmodels-0.10.0         |   py37h1d22016_0         8.8 MB
    sympy-1.4                  |           py37_0         9.7 MB
    tblib-1.4.0                |             py_0          14 KB
    terminado-0.8.2            |           py37_0          22 KB
    tornado-6.0.3              |   py37h1de35cc_0         644 KB
    tqdm-4.32.1                |             py_0          48 KB
    urllib3-1.24.2             |           py37_0         152 KB
    werkzeug-0.15.4            |             py_0         262 KB
    wheel-0.33.4               |           py37_0          39 KB
    wrapt-1.11.2               |   py37h1de35cc_0          44 KB
    xlsxwriter-1.1.8           |             py_0         105 KB
    xlwings-0.15.8             |           py37_0         464 KB
    zict-1.0.0                 |             py_0          12 KB
    zipp-0.5.1                 |             py_0           8 KB
    ------------------------------------------------------------
                                           Total:       307.1 MB

The following NEW packages will be INSTALLED:

  _anaconda_depends  pkgs/main/osx-64::_anaconda_depends-2019.03-py37_0
  backports.functoo~ pkgs/main/noarch::backports.functools_lru_cache-1.5-py_2
  backports.tempfile pkgs/main/noarch::backports.tempfile-1.0-py_1
  backports.weakref  pkgs/main/noarch::backports.weakref-1.0.post1-py_1
  conda-package-han~ pkgs/main/osx-64::conda-package-handling-1.3.11-py37_0
  joblib             pkgs/main/osx-64::joblib-0.13.2-py37_0
  llvm-openmp        pkgs/main/osx-64::llvm-openmp-4.0.1-hcfea43d_1
  mock               pkgs/main/osx-64::mock-3.0.5-py37_0
  sphinxcontrib-app~ pkgs/main/noarch::sphinxcontrib-applehelp-1.0.1-py_0
  sphinxcontrib-dev~ pkgs/main/noarch::sphinxcontrib-devhelp-1.0.1-py_0
  sphinxcontrib-htm~ pkgs/main/noarch::sphinxcontrib-htmlhelp-1.0.2-py_0
  sphinxcontrib-jsm~ pkgs/main/noarch::sphinxcontrib-jsmath-1.0.1-py_0
  sphinxcontrib-qth~ pkgs/main/noarch::sphinxcontrib-qthelp-1.0.2-py_0
  sphinxcontrib-ser~ pkgs/main/noarch::sphinxcontrib-serializinghtml-1.1.3-py_0

The following packages will be UPDATED:

  anaconda-project   pkgs/main/osx-64::anaconda-project-0.~ --> pkgs/main/noarch::anaconda-project-0.8.3-py_0
  astropy                              3.1.2-py37h1de35cc_0 --> 3.2.1-py37h1de35cc_0
  babel                pkgs/main/osx-64::babel-2.6.0-py37_0 --> pkgs/main/noarch::babel-2.7.0-py_0
  backports          pkgs/main/osx-64::backports-1.0-py37_1 --> pkgs/main/noarch::backports-1.0-py_2
  bitarray                             0.8.3-py37h1de35cc_0 --> 0.9.3-py37h1de35cc_0
  blosc                                   1.15.0-hd9629dc_0 --> 1.16.3-hd9629dc_0
  bokeh                                        1.0.4-py37_0 --> 1.2.0-py37_0
  bzip2                                    1.0.6-h1de35cc_5 --> 1.0.7-h1de35cc_0
  ca-certificates                               2019.1.23-0 --> 2019.5.15-0
  certifi                                   2019.3.9-py37_0 --> 2019.6.16-py37_0
  cffi                                1.12.2-py37hb5b8e2f_1 --> 1.12.3-py37hb5b8e2f_0
  cloudpickle        pkgs/main/osx-64::cloudpickle-0.8.0-p~ --> pkgs/main/noarch::cloudpickle-1.2.1-py_0
  conda                                       4.6.11-py37_0 --> 4.7.5-py37_0
  conda-build                                 3.17.8-py37_0 --> 3.18.7-py37_0
  conda-verify       pkgs/main/osx-64::conda-verify-3.1.1-~ --> pkgs/main/noarch::conda-verify-3.4.2-py_0
  cryptography                         2.6.1-py37ha12b0ac_0 --> 2.7-py37ha12b0ac_0
  curl                                    7.64.0-ha441bb4_2 --> 7.64.1-ha441bb4_0
  cython                              0.29.6-py37h0a44026_0 --> 0.29.11-py37h0a44026_0
  dask                  pkgs/main/osx-64::dask-1.1.4-py37_1 --> pkgs/main/noarch::dask-2.1.0-py_0
  dask-core          pkgs/main/osx-64::dask-core-1.1.4-py3~ --> pkgs/main/noarch::dask-core-2.1.0-py_0
  defusedxml         pkgs/main/osx-64::defusedxml-0.5.0-py~ --> pkgs/main/noarch::defusedxml-0.6.0-py_0
  distributed        pkgs/main/osx-64::distributed-1.26.0-~ --> pkgs/main/noarch::distributed-2.1.0-py_0
  fastcache                            1.0.2-py37h1de35cc_2 --> 1.1.0-py37h1de35cc_0
  filelock           pkgs/main/osx-64::filelock-3.0.10-py3~ --> pkgs/main/noarch::filelock-3.0.12-py_0
  flask                                        1.0.2-py37_1 --> 1.0.3-py37_0
  glob2                  pkgs/main/osx-64::glob2-0.6-py37_1 --> pkgs/main/noarch::glob2-0.7-py_0
  importlib_metadata                             0.8-py37_0 --> 0.17-py37_1
  intel-openmp                                   2019.3-199 --> 2019.4-233
  ipykernel                            5.1.0-py37h39e3cac_0 --> 5.1.1-py37h39e3cac_0
  ipython                              7.4.0-py37h39e3cac_0 --> 7.6.1-py37h39e3cac_0
  isort                                       4.3.16-py37_0 --> 4.3.21-py37_0
  jdcal                  pkgs/main/osx-64::jdcal-1.4-py37_0 --> pkgs/main/noarch::jdcal-1.4.1-py_0
  jinja2                                        2.10-py37_0 --> 2.10.1-py37_0
  jupyter_core       pkgs/main/osx-64::jupyter_core-4.4.0-~ --> pkgs/main/noarch::jupyter_core-4.5.0-py_0
  jupyterlab                          0.35.4-py37hf63ae98_0 --> 0.35.5-py37hf63ae98_0
  kiwisolver                           1.0.1-py37h0a44026_0 --> 1.1.0-py37h0a44026_0
  lazy-object-proxy                    1.3.1-py37h1de35cc_2 --> 1.4.1-py37h1de35cc_0
  libcurl                                 7.64.0-h051b688_2 --> 7.64.1-h051b688_0
  libpng                                  1.6.36-ha441bb4_0 --> 1.6.37-ha441bb4_0
  libssh2                                  1.8.0-ha12b0ac_4 --> 1.8.2-ha12b0ac_0
  libxml2                                  2.9.9-hab757c2_0 --> 2.9.9-hf6e021a_1
  llvmlite                            0.28.0-py37h8c7ce04_0 --> 0.29.0-py37h98b8051_0
  lxml                                 4.3.2-py37hef8c89e_0 --> 4.3.4-py37hef8c89e_0
  matplotlib                           3.0.3-py37h54f8f79_0 --> 3.1.0-py37h54f8f79_0
  mkl                                            2019.3-199 --> 2019.4-233
  mkl-service                          1.1.2-py37hfbe908c_5 --> 2.0.2-py37h1de35cc_0
  mkl_fft                             1.0.10-py37h5e564d8_0 --> 1.0.12-py37h5e564d8_0
  more-itertools                               6.0.0-py37_0 --> 7.0.0-py37_0
  nbconvert          pkgs/main/osx-64::nbconvert-5.4.1-py3~ --> pkgs/main/noarch::nbconvert-5.5.0-py_0
  networkx            pkgs/main/osx-64::networkx-2.2-py37_1 --> pkgs/main/noarch::networkx-2.3-py_0
  nltk                                           3.4-py37_1 --> 3.4.3-py37_0
  numba                               0.43.1-py37h6440ff4_0 --> 0.44.1-py37h6440ff4_0
  numpy                               1.16.2-py37hacdab7b_0 --> 1.16.4-py37hacdab7b_0
  numpy-base                          1.16.2-py37h6575580_0 --> 1.16.4-py37h6575580_0
  numpydoc           pkgs/main/osx-64::numpydoc-0.8.0-py37~ --> pkgs/main/noarch::numpydoc-0.9.1-py_0
  openpyxl           pkgs/main/osx-64::openpyxl-2.6.1-py37~ --> pkgs/main/noarch::openpyxl-2.6.2-py_0
  openssl                                 1.1.1b-h1de35cc_1 --> 1.1.1c-h1de35cc_1
  parso                pkgs/main/osx-64::parso-0.3.4-py37_0 --> pkgs/main/noarch::parso-0.5.0-py_0
  partd               pkgs/main/osx-64::partd-0.3.10-py37_1 --> pkgs/main/noarch::partd-1.0.0-py_0
  path.py            pkgs/main/osx-64::path.py-11.5.0-py37~ --> pkgs/main/noarch::path.py-12.0.1-py_0
  pathlib2                                     2.3.3-py37_0 --> 2.3.4-py37_0
  pexpect                                      4.6.0-py37_0 --> 4.7.0-py37_0
  pillow                               5.4.1-py37hb68e598_0 --> 6.0.0-py37hb68e598_0
  pip                                         19.0.3-py37_0 --> 19.1.1-py37_0
  pluggy              pkgs/main/osx-64::pluggy-0.9.0-py37_0 --> pkgs/main/noarch::pluggy-0.12.0-py_0
  prometheus_client  pkgs/main/osx-64::prometheus_client-0~ --> pkgs/main/noarch::prometheus_client-0.7.1-py_0
  psutil                               5.6.1-py37h1de35cc_0 --> 5.6.3-py37h1de35cc_0
  pycurl                            7.43.0.2-py37ha12b0ac_0 --> 7.43.0.3-py37ha12b0ac_0
  pygments           pkgs/main/osx-64::pygments-2.3.1-py37~ --> pkgs/main/noarch::pygments-2.4.2-py_0
  pyparsing          pkgs/main/osx-64::pyparsing-2.3.1-py3~ --> pkgs/main/noarch::pyparsing-2.4.0-py_0
  pysocks                                      1.6.8-py37_0 --> 1.7.0-py37_0
  pytables                             3.5.1-py37h5bccee9_0 --> 3.5.2-py37h5bccee9_1
  pytest                                       4.3.1-py37_0 --> 5.0.0-py37_0
  python-libarchive~                             2.8-py37_6 --> 2.8-py37_10
  pytz                 pkgs/main/osx-64::pytz-2018.9-py37_0 --> pkgs/main/noarch::pytz-2019.1-py_0
  pywavelets                           1.0.2-py37h1d22016_0 --> 1.0.3-py37h1d22016_1
  pyyaml                                 5.1-py37h1de35cc_0 --> 5.1.1-py37h1de35cc_0
  qtconsole          pkgs/main/osx-64::qtconsole-4.4.3-py3~ --> pkgs/main/noarch::qtconsole-4.5.1-py_0
  qtpy                  pkgs/main/osx-64::qtpy-1.7.0-py37_1 --> pkgs/main/noarch::qtpy-1.8.0-py_0
  requests                                    2.21.0-py37_0 --> 2.22.0-py37_0
  rope                 pkgs/main/osx-64::rope-0.12.0-py37_0 --> pkgs/main/noarch::rope-0.14.0-py_0
  scikit-image                        0.14.2-py37h0a44026_0 --> 0.15.0-py37h0a44026_0
  scikit-learn                        0.20.3-py37h27c97d8_0 --> 0.21.2-py37h27c97d8_0
  setuptools                                  40.8.0-py37_0 --> 41.0.1-py37_0
  snowballstemmer    pkgs/main/osx-64::snowballstemmer-1.2~ --> pkgs/main/noarch::snowballstemmer-1.9.0-py_0
  sphinx              pkgs/main/osx-64::sphinx-1.8.5-py37_0 --> pkgs/main/noarch::sphinx-2.1.2-py_0
  sphinxcontrib-web~ pkgs/main/osx-64::sphinxcontrib-websu~ --> pkgs/main/noarch::sphinxcontrib-websupport-1.1.2-py_0
  spyder                                       3.3.3-py37_0 --> 3.3.5-py37_0
  spyder-kernels                               0.4.2-py37_0 --> 0.5.0-py37_0
  sqlalchemy                           1.3.1-py37h1de35cc_0 --> 1.3.5-py37h1de35cc_0
  sqlite                                  3.27.2-ha441bb4_0 --> 3.28.0-ha441bb4_0
  statsmodels                          0.9.0-py37h1d22016_0 --> 0.10.0-py37h1d22016_0
  sympy                                          1.3-py37_0 --> 1.4-py37_0
  tblib                pkgs/main/osx-64::tblib-1.3.2-py37_0 --> pkgs/main/noarch::tblib-1.4.0-py_0
  terminado                                    0.8.1-py37_1 --> 0.8.2-py37_0
  tornado                              6.0.2-py37h1de35cc_0 --> 6.0.3-py37h1de35cc_0
  tqdm                 pkgs/main/osx-64::tqdm-4.31.1-py37_1 --> pkgs/main/noarch::tqdm-4.32.1-py_0
  urllib3                                     1.24.1-py37_0 --> 1.24.2-py37_0
  werkzeug           pkgs/main/osx-64::werkzeug-0.14.1-py3~ --> pkgs/main/noarch::werkzeug-0.15.4-py_0
  wheel                                       0.33.1-py37_0 --> 0.33.4-py37_0
  wrapt                               1.11.1-py37h1de35cc_0 --> 1.11.2-py37h1de35cc_0
  xlsxwriter         pkgs/main/osx-64::xlsxwriter-1.1.5-py~ --> pkgs/main/noarch::xlsxwriter-1.1.8-py_0
  xlwings                                     0.15.4-py37_0 --> 0.15.8-py37_0
  zict                  pkgs/main/osx-64::zict-0.1.4-py37_0 --> pkgs/main/noarch::zict-1.0.0-py_0
  zipp                  pkgs/main/osx-64::zipp-0.3.3-py37_1 --> pkgs/main/noarch::zipp-0.5.1-py_0

The following packages will be DOWNGRADED:

  anaconda                                   2019.03-py37_0 --> custom-py37_1


Proceed ([y]/n)? y


Downloading and Extracting Packages
conda-verify-3.4.2   | 25 KB     | ######################################################################################################################################### | 100% 
kiwisolver-1.1.0     | 60 KB     | ######################################################################################################################################### | 100% 
sphinxcontrib-appleh | 29 KB     | ######################################################################################################################################### | 100% 
openpyxl-2.6.2       | 157 KB    | ######################################################################################################################################### | 100% 
libxml2-2.9.9        | 1.9 MB    | ######################################################################################################################################### | 100% 
flask-1.0.3          | 123 KB    | ######################################################################################################################################### | 100% 
cython-0.29.11       | 2.0 MB    | ######################################################################################################################################### | 100% 
libssh2-1.8.2        | 221 KB    | ######################################################################################################################################### | 100% 
tblib-1.4.0          | 14 KB     | ######################################################################################################################################### | 100% 
statsmodels-0.10.0   | 8.8 MB    | ######################################################################################################################################### | 100% 
tornado-6.0.3        | 644 KB    | ######################################################################################################################################### | 100% 
bitarray-0.9.3       | 59 KB     | ######################################################################################################################################### | 100% 
sphinxcontrib-htmlhe | 28 KB     | ######################################################################################################################################### | 100% 
sphinxcontrib-jsmath | 8 KB      | ######################################################################################################################################### | 100% 
sphinxcontrib-qthelp | 26 KB     | ######################################################################################################################################### | 100% 
libcurl-7.64.1       | 546 KB    | ######################################################################################################################################### | 100% 
bzip2-1.0.7          | 104 KB    | ######################################################################################################################################### | 100% 
pysocks-1.7.0        | 29 KB     | ######################################################################################################################################### | 100% 
conda-4.7.5          | 3.0 MB    | ######################################################################################################################################### | 100% 
qtpy-1.8.0           | 38 KB     | ######################################################################################################################################### | 100% 
isort-4.3.21         | 68 KB     | ######################################################################################################################################### | 100% 
lazy-object-proxy-1. | 28 KB     | ######################################################################################################################################### | 100% 
path.py-12.0.1       | 23 KB     | ######################################################################################################################################### | 100% 
partd-1.0.0          | 19 KB     | ######################################################################################################################################### | 100% 
pip-19.1.1           | 1.8 MB    | ######################################################################################################################################### | 100% 
scikit-image-0.15.0  | 27.6 MB   | ######################################################################################################################################### | 100% 
psutil-5.6.3         | 333 KB    | ######################################################################################################################################### | 100% 
pathlib2-2.3.4       | 36 KB     | ######################################################################################################################################### | 100% 
ca-certificates-2019 | 133 KB    | ######################################################################################################################################### | 100% 
pyparsing-2.4.0      | 58 KB     | ######################################################################################################################################### | 100% 
pluggy-0.12.0        | 20 KB     | ######################################################################################################################################### | 100% 
setuptools-41.0.1    | 635 KB    | ######################################################################################################################################### | 100% 
jinja2-2.10.1        | 188 KB    | ######################################################################################################################################### | 100% 
babel-2.7.0          | 5.8 MB    | ######################################################################################################################################### | 100% 
conda-package-handli | 260 KB    | ######################################################################################################################################### | 100% 
sympy-1.4            | 9.7 MB    | ######################################################################################################################################### | 100% 
bokeh-1.2.0          | 3.9 MB    | ######################################################################################################################################### | 100% 
mkl-2019.4           | 155.2 MB  | ######################################################################################################################################### | 100% 
numpy-1.16.4         | 49 KB     | ######################################################################################################################################### | 100% 
anaconda-custom      | 3 KB      | ######################################################################################################################################### | 100% 
jdcal-1.4.1          | 11 KB     | ######################################################################################################################################### | 100% 
distributed-2.1.0    | 369 KB    | ######################################################################################################################################### | 100% 
xlsxwriter-1.1.8     | 105 KB    | ######################################################################################################################################### | 100% 
urllib3-1.24.2       | 152 KB    | ######################################################################################################################################### | 100% 
terminado-0.8.2      | 22 KB     | ######################################################################################################################################### | 100% 
cloudpickle-1.2.1    | 28 KB     | ######################################################################################################################################### | 100% 
nltk-3.4.3           | 2.1 MB    | ######################################################################################################################################### | 100% 
jupyterlab-0.35.5    | 10.6 MB   | ######################################################################################################################################### | 100% 
openssl-1.1.1c       | 3.4 MB    | ######################################################################################################################################### | 100% 
pexpect-4.7.0        | 82 KB     | ######################################################################################################################################### | 100% 
matplotlib-3.1.0     | 6.6 MB    | ######################################################################################################################################### | 100% 
wrapt-1.11.2         | 44 KB     | ######################################################################################################################################### | 100% 
numpy-base-1.16.4    | 4.2 MB    | ######################################################################################################################################### | 100% 
parso-0.5.0          | 67 KB     | ######################################################################################################################################### | 100% 
backports.tempfile-1 | 12 KB     | ######################################################################################################################################### | 100% 
pillow-6.0.0         | 579 KB    | ######################################################################################################################################### | 100% 
backports-1.0        | 139 KB    | ######################################################################################################################################### | 100% 
spyder-kernels-0.5.0 | 69 KB     | ######################################################################################################################################### | 100% 
numpydoc-0.9.1       | 31 KB     | ######################################################################################################################################### | 100% 
blosc-1.16.3         | 64 KB     | ######################################################################################################################################### | 100% 
pyyaml-5.1.1         | 170 KB    | ######################################################################################################################################### | 100% 
llvm-openmp-4.0.1    | 454 KB    | ######################################################################################################################################### | 100% 
pytest-5.0.0         | 358 KB    | ######################################################################################################################################### | 100% 
glob2-0.7            | 14 KB     | ######################################################################################################################################### | 100% 
joblib-0.13.2        | 367 KB    | ######################################################################################################################################### | 100% 
sqlalchemy-1.3.5     | 1.7 MB    | ######################################################################################################################################### | 100% 
wheel-0.33.4         | 39 KB     | ######################################################################################################################################### | 100% 
cryptography-2.7     | 571 KB    | ######################################################################################################################################### | 100% 
sphinxcontrib-websup | 35 KB     | ######################################################################################################################################### | 100% 
ipykernel-5.1.1      | 162 KB    | ######################################################################################################################################### | 100% 
pycurl-7.43.0.3      | 71 KB     | ######################################################################################################################################### | 100% 
mkl-service-2.0.2    | 51 KB     | ######################################################################################################################################### | 100% 
zict-1.0.0           | 12 KB     | ######################################################################################################################################### | 100% 
backports.weakref-1. | 7 KB      | ######################################################################################################################################### | 100% 
spyder-3.3.5         | 2.5 MB    | ######################################################################################################################################### | 100% 
numba-0.44.1         | 2.8 MB    | ######################################################################################################################################### | 100% 
astropy-3.2.1        | 6.9 MB    | ######################################################################################################################################### | 100% 
qtconsole-4.5.1      | 92 KB     | ######################################################################################################################################### | 100% 
anaconda-project-0.8 | 212 KB    | ######################################################################################################################################### | 100% 
prometheus_client-0. | 42 KB     | ######################################################################################################################################### | 100% 
mock-3.0.5           | 47 KB     | ######################################################################################################################################### | 100% 
werkzeug-0.15.4      | 262 KB    | ######################################################################################################################################### | 100% 
conda-build-3.18.7   | 528 KB    | ######################################################################################################################################### | 100% 
nbconvert-5.5.0      | 381 KB    | ######################################################################################################################################### | 100% 
ipython-7.6.1        | 1.1 MB    | ######################################################################################################################################### | 100% 
sqlite-3.28.0        | 2.3 MB    | ######################################################################################################################################### | 100% 
dask-core-2.1.0      | 578 KB    | ######################################################################################################################################### | 100% 
llvmlite-0.29.0      | 13.7 MB   | ######################################################################################################################################### | 100% 
libpng-1.6.37        | 325 KB    | ######################################################################################################################################### | 100% 
python-libarchive-c- | 22 KB     | ######################################################################################################################################### | 100% 
dask-2.1.0           | 11 KB     | ######################################################################################################################################### | 100% 
xlwings-0.15.8       | 464 KB    | ######################################################################################################################################### | 100% 
backports.functools_ | 9 KB      | ######################################################################################################################################### | 100% 
fastcache-1.1.0      | 29 KB     | ######################################################################################################################################### | 100% 
cffi-1.12.3          | 214 KB    | ######################################################################################################################################### | 100% 
zipp-0.5.1           | 8 KB      | ######################################################################################################################################### | 100% 
pytables-3.5.2       | 1.4 MB    | ######################################################################################################################################### | 100% 
pygments-2.4.2       | 664 KB    | ######################################################################################################################################### | 100% 
pywavelets-1.0.3     | 4.2 MB    | ######################################################################################################################################### | 100% 
certifi-2019.6.16    | 154 KB    | ######################################################################################################################################### | 100% 
networkx-2.3         | 1.1 MB    | ######################################################################################################################################### | 100% 
defusedxml-0.6.0     | 23 KB     | ######################################################################################################################################### | 100% 
pytz-2019.1          | 236 KB    | ######################################################################################################################################### | 100% 
scikit-learn-0.21.2  | 5.9 MB    | ######################################################################################################################################### | 100% 
rope-0.14.0          | 113 KB    | ######################################################################################################################################### | 100% 
_anaconda_depends-20 | 5 KB      | ######################################################################################################################################### | 100% 
requests-2.22.0      | 89 KB     | ######################################################################################################################################### | 100% 
filelock-3.0.12      | 12 KB     | ######################################################################################################################################### | 100% 
intel-openmp-2019.4  | 1.1 MB    | ######################################################################################################################################### | 100% 
tqdm-4.32.1          | 48 KB     | ######################################################################################################################################### | 100% 
snowballstemmer-1.9. | 53 KB     | ######################################################################################################################################### | 100% 
importlib_metadata-0 | 39 KB     | ######################################################################################################################################### | 100% 
jupyter_core-4.5.0   | 48 KB     | ######################################################################################################################################### | 100% 
sphinxcontrib-devhel | 23 KB     | ######################################################################################################################################### | 100% 
mkl_fft-1.0.12       | 155 KB    | ######################################################################################################################################### | 100% 
curl-7.64.1          | 131 KB    | ######################################################################################################################################### | 100% 
lxml-4.3.4           | 1.3 MB    | ######################################################################################################################################### | 100% 
more-itertools-7.0.0 | 93 KB     | ######################################################################################################################################### | 100% 
sphinxcontrib-serial | 24 KB     | ######################################################################################################################################### | 100% 
sphinx-2.1.2         | 1.4 MB    | ######################################################################################################################################### | 100% 
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done


108-211-183-124:~ ojohns$ conda upgrade --all
Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: done
## Package Plan ##
  environment location: /Users/ojohns/anaconda3
The following packages will be REMOVED:
  _anaconda_depends-2019.03-py37_0
  alabaster-0.7.12-py37_0
  anaconda-custom-py37_1
  anaconda-project-0.8.3-py_0
  appscript-1.1.0-py37h1de35cc_0
  astroid-2.2.5-py37_0
  astropy-3.2.1-py37h1de35cc_0
  atomicwrites-1.3.0-py37_1
  babel-2.7.0-py_0
  backports.os-0.1.1-py37_0
  backports.shutil_get_terminal_size-1.0.0-py37_2
  bitarray-0.9.3-py37h1de35cc_0
  bkcharts-0.2-py37_0
  blas-1.0-mkl
  blosc-1.16.3-hd9629dc_0
  bokeh-1.2.0-py37_0
  boto-2.49.0-py37_0
  bottleneck-1.2.1-py37h1d22016_1
  cloudpickle-1.2.1-py_0
  colorama-0.4.1-py37_0
  contextlib2-0.5.5-py37_0
  curl-7.64.1-ha441bb4_0
  cycler-0.10.0-py37_0
  cython-0.29.11-py37h0a44026_0
  cytoolz-0.9.0.1-py37h1de35cc_1
  dask-2.1.0-py_0
  dask-core-2.1.0-py_0
  distributed-2.1.0-py_0
  docutils-0.14-py37_0
  et_xmlfile-1.0.1-py37_0
  fastcache-1.1.0-py37h1de35cc_0
  flask-1.0.3-py37_0
  get_terminal_size-1.0.0-h7520d66_0
  gevent-1.4.0-py37h1de35cc_0
  gmp-6.1.2-hb37e062_1
  gmpy2-2.0.8-py37h6ef4df4_2
  greenlet-0.4.15-py37h1de35cc_0
  h5py-2.9.0-py37h3134771_0
  hdf5-1.10.4-hfa1e0ec_0
  heapdict-1.0.0-py37_2
  html5lib-1.0.1-py37_0
  imageio-2.5.0-py37_0
  imagesize-1.1.0-py37_0
  importlib_metadata-0.17-py37_1
  intel-openmp-2019.4-233
  isort-4.3.21-py37_0
  itsdangerous-1.1.0-py37_0
  jbig-2.1-h4d881f8_0
  jdcal-1.4.1-py_0
  joblib-0.13.2-py37_0
  jupyter-1.0.0-py37_7
  jupyter_console-6.0.0-py37_0
  keyring-18.0.0-py37_0
  kiwisolver-1.1.0-py37h0a44026_0
  krb5-1.16.1-hddcf347_7
  lazy-object-proxy-1.4.1-py37h1de35cc_0
  libcurl-7.64.1-h051b688_0
  libgfortran-3.0.1-h93005f0_2
  libssh2-1.8.2-ha12b0ac_0
  libxslt-1.1.33-h33a18ac_0
  llvm-openmp-4.0.1-hcfea43d_1
  llvmlite-0.29.0-py37h98b8051_0
  locket-0.2.0-py37_1
  lxml-4.3.4-py37hef8c89e_0
  matplotlib-3.1.0-py37h54f8f79_0
  mccabe-0.6.1-py37_1
  mkl-2019.4-233
  mkl-service-2.0.2-py37h1de35cc_0
  mkl_fft-1.0.12-py37h5e564d8_0
  mkl_random-1.0.2-py37h27c97d8_0
  mock-3.0.5-py37_0
  more-itertools-7.0.0-py37_0
  mpc-1.1.0-h6ef4df4_1
  mpfr-4.0.1-h3018a27_3
  mpmath-1.1.0-py37_0
  msgpack-python-0.6.1-py37h04f5b5a_1
  multipledispatch-0.6.0-py37_0
  networkx-2.3-py_0
  nltk-3.4.3-py37_0
  nose-1.3.7-py37_2
  numba-0.44.1-py37h6440ff4_0
  numexpr-2.6.9-py37h7413580_0
  numpy-1.16.4-py37hacdab7b_0
  numpy-base-1.16.4-py37h6575580_0
  numpydoc-0.9.1-py_0
  openpyxl-2.6.2-py_0
  packaging-19.0-py37_0
  pandas-0.24.2-py37h0a44026_0
  partd-1.0.0-py_0
  path.py-12.0.1-py_0
  pathlib2-2.3.4-py37_0
  patsy-0.5.1-py37_0
  pep8-1.7.1-py37_0
  pluggy-0.12.0-py_0
  ply-3.11-py37_0
  py-1.8.0-py37_0
  pycodestyle-2.5.0-py37_0
  pycrypto-2.6.1-py37h1de35cc_9
  pycurl-7.43.0.3-py37ha12b0ac_0
  pyflakes-2.1.1-py37_0
  pylint-2.3.1-py37_0
  pyodbc-4.0.26-py37h0a44026_0
  pyparsing-2.4.0-py_0
  pytables-3.5.2-py37h5bccee9_1
  pytest-5.0.0-py37_0
  pytest-arraydiff-0.3-py37h39e3cac_0
  pytest-astropy-0.5.0-py37_0
  pytest-doctestplus-0.3.0-py37_0
  pytest-openfiles-0.3.2-py37_0
  pytest-remotedata-0.3.1-py37_0
  pywavelets-1.0.3-py37h1d22016_1
  qtawesome-0.5.7-py37_1
  qtconsole-4.5.1-py_0
  rope-0.14.0-py_0
  scikit-image-0.15.0-py37h0a44026_0
  scikit-learn-0.21.2-py37h27c97d8_0
  scipy-1.2.1-py37h1410ff5_0
  seaborn-0.9.0-py37_0
  simplegeneric-0.8.1-py37_2
  singledispatch-3.4.0.3-py37_0
  snappy-1.1.7-he62c110_3
  snowballstemmer-1.9.0-py_0
  sortedcollections-1.1.2-py37_0
  sortedcontainers-2.1.0-py37_0
  sphinx-2.1.2-py_0
  sphinxcontrib-1.0-py37_1
  sphinxcontrib-applehelp-1.0.1-py_0
  sphinxcontrib-devhelp-1.0.1-py_0
  sphinxcontrib-htmlhelp-1.0.2-py_0
  sphinxcontrib-jsmath-1.0.1-py_0
  sphinxcontrib-qthelp-1.0.2-py_0
  sphinxcontrib-serializinghtml-1.1.3-py_0
  sphinxcontrib-websupport-1.1.2-py_0
  spyder-3.3.5-py37_0
  spyder-kernels-0.5.0-py37_0
  sqlalchemy-1.3.5-py37h1de35cc_0
  statsmodels-0.10.0-py37h1d22016_0
  sympy-1.4-py37_0
  tblib-1.4.0-py_0
  toolz-0.9.0-py37_0
  unicodecsv-0.14.1-py37_0
  unixodbc-2.3.7-h1de35cc_0
  werkzeug-0.15.4-py_0
  wrapt-1.11.2-py37h1de35cc_0
  wurlitzer-1.0.2-py37_0
  xlrd-1.2.0-py37_0
  xlsxwriter-1.1.8-py_0
  xlwings-0.15.8-py37_0
  xlwt-1.3.0-py37_0
  zict-1.0.0-py_0
  zipp-0.5.1-py_0

Proceed ([y]/n)? n
CondaSystemExit: Exiting.


Thanks for your patience.  We have reproduced it and are looking into it.

On Thu, Jul 11, 2019 at 11:27 AM o12johns <notifications@github.com> wrote:

> Sorry, msarahan, but this problem is not gone. I did a clean install of
> 2019.03, then did conda upgrade --all and then did conda upgrade --all
> again. The following is what happened. This is on an iMac running MacOS
> Mojave 10.14.5.
>
> 108-211-183-124:~ ojohns$ conda upgrade --all
> WARNING: The conda.compat module is deprecated and will be removed in a
> future release.
> Collecting package metadata: done
> Solving environment: done
> Package Plan
>
> environment location: /Users/ojohns/anaconda3
> The following packages will be downloaded:
>
> package                    |            build
> ---------------------------|-----------------
> _anaconda_depends-2019.03  |           py37_0           5 KB
> anaconda-custom            |           py37_1           3 KB
> anaconda-project-0.8.3     |             py_0         212 KB
> astropy-3.2.1              |   py37h1de35cc_0         6.9 MB
> babel-2.7.0                |             py_0         5.8 MB
> backports-1.0              |             py_2         139 KB
> backports.functools_lru_cache-1.5|             py_2           9 KB
> backports.tempfile-1.0     |             py_1          12 KB
> backports.weakref-1.0.post1|             py_1           7 KB
> bitarray-0.9.3             |   py37h1de35cc_0          59 KB
> blosc-1.16.3               |       hd9629dc_0          64 KB
> bokeh-1.2.0                |           py37_0         3.9 MB
> bzip2-1.0.7                |       h1de35cc_0         104 KB
> ca-certificates-2019.5.15  |                0         133 KB
> certifi-2019.6.16          |           py37_0         154 KB
> cffi-1.12.3                |   py37hb5b8e2f_0         214 KB
> cloudpickle-1.2.1          |             py_0          28 KB
> conda-4.7.5                |           py37_0         3.0 MB
> conda-build-3.18.7         |           py37_0         528 KB
> conda-package-handling-1.3.11|           py37_0         260 KB
> conda-verify-3.4.2         |             py_0          25 KB
> cryptography-2.7           |   py37ha12b0ac_0         571 KB
> curl-7.64.1                |       ha441bb4_0         131 KB
> cython-0.29.11             |   py37h0a44026_0         2.0 MB
> dask-2.1.0                 |             py_0          11 KB
> dask-core-2.1.0            |             py_0         578 KB
> defusedxml-0.6.0           |             py_0          23 KB
> distributed-2.1.0          |             py_0         369 KB
> fastcache-1.1.0            |   py37h1de35cc_0          29 KB
> filelock-3.0.12            |             py_0          12 KB
> flask-1.0.3                |           py37_0         123 KB
> glob2-0.7                  |             py_0          14 KB
> importlib_metadata-0.17    |           py37_1          39 KB
> intel-openmp-2019.4        |              233         1.1 MB
> ipykernel-5.1.1            |   py37h39e3cac_0         162 KB
> ipython-7.6.1              |   py37h39e3cac_0         1.1 MB
> isort-4.3.21               |           py37_0          68 KB
> jdcal-1.4.1                |             py_0          11 KB
> jinja2-2.10.1              |           py37_0         188 KB
> joblib-0.13.2              |           py37_0         367 KB
> jupyter_core-4.5.0         |             py_0          48 KB
> jupyterlab-0.35.5          |   py37hf63ae98_0        10.6 MB
> kiwisolver-1.1.0           |   py37h0a44026_0          60 KB
> lazy-object-proxy-1.4.1    |   py37h1de35cc_0          28 KB
> libcurl-7.64.1             |       h051b688_0         546 KB
> libpng-1.6.37              |       ha441bb4_0         325 KB
> libssh2-1.8.2              |       ha12b0ac_0         221 KB
> libxml2-2.9.9              |       hf6e021a_1         1.9 MB
> llvm-openmp-4.0.1          |       hcfea43d_1         454 KB
> llvmlite-0.29.0            |   py37h98b8051_0        13.7 MB
> lxml-4.3.4                 |   py37hef8c89e_0         1.3 MB
> matplotlib-3.1.0           |   py37h54f8f79_0         6.6 MB
> mkl-2019.4                 |              233       155.2 MB
> mkl-service-2.0.2          |   py37h1de35cc_0          51 KB
> mkl_fft-1.0.12             |   py37h5e564d8_0         155 KB
> mock-3.0.5                 |           py37_0          47 KB
> more-itertools-7.0.0       |           py37_0          93 KB
> nbconvert-5.5.0            |             py_0         381 KB
> networkx-2.3               |             py_0         1.1 MB
> nltk-3.4.3                 |           py37_0         2.1 MB
> numba-0.44.1               |   py37h6440ff4_0         2.8 MB
> numpy-1.16.4               |   py37hacdab7b_0          49 KB
> numpy-base-1.16.4          |   py37h6575580_0         4.2 MB
> numpydoc-0.9.1             |             py_0          31 KB
> openpyxl-2.6.2             |             py_0         157 KB
> openssl-1.1.1c             |       h1de35cc_1         3.4 MB
> parso-0.5.0                |             py_0          67 KB
> partd-1.0.0                |             py_0          19 KB
> path.py-12.0.1             |             py_0          23 KB
> pathlib2-2.3.4             |           py37_0          36 KB
> pexpect-4.7.0              |           py37_0          82 KB
> pillow-6.0.0               |   py37hb68e598_0         579 KB
> pip-19.1.1                 |           py37_0         1.8 MB
> pluggy-0.12.0              |             py_0          20 KB
> prometheus_client-0.7.1    |             py_0          42 KB
> psutil-5.6.3               |   py37h1de35cc_0         333 KB
> pycurl-7.43.0.3            |   py37ha12b0ac_0          71 KB
> pygments-2.4.2             |             py_0         664 KB
> pyparsing-2.4.0            |             py_0          58 KB
> pysocks-1.7.0              |           py37_0          29 KB
> pytables-3.5.2             |   py37h5bccee9_1         1.4 MB
> pytest-5.0.0               |           py37_0         358 KB
> python-libarchive-c-2.8    |          py37_10          22 KB
> pytz-2019.1                |             py_0         236 KB
> pywavelets-1.0.3           |   py37h1d22016_1         4.2 MB
> pyyaml-5.1.1               |   py37h1de35cc_0         170 KB
> qtconsole-4.5.1            |             py_0          92 KB
> qtpy-1.8.0                 |             py_0          38 KB
> requests-2.22.0            |           py37_0          89 KB
> rope-0.14.0                |             py_0         113 KB
> scikit-image-0.15.0        |   py37h0a44026_0        27.6 MB
> scikit-learn-0.21.2        |   py37h27c97d8_0         5.9 MB
> setuptools-41.0.1          |           py37_0         635 KB
> snowballstemmer-1.9.0      |             py_0          53 KB
> sphinx-2.1.2               |             py_0         1.4 MB
> sphinxcontrib-applehelp-1.0.1|             py_0          29 KB
> sphinxcontrib-devhelp-1.0.1|             py_0          23 KB
> sphinxcontrib-htmlhelp-1.0.2|             py_0          28 KB
> sphinxcontrib-jsmath-1.0.1 |             py_0           8 KB
> sphinxcontrib-qthelp-1.0.2 |             py_0          26 KB
> sphinxcontrib-serializinghtml-1.1.3|             py_0          24 KB
> sphinxcontrib-websupport-1.1.2|             py_0          35 KB
> spyder-3.3.5               |           py37_0         2.5 MB
> spyder-kernels-0.5.0       |           py37_0          69 KB
> sqlalchemy-1.3.5           |   py37h1de35cc_0         1.7 MB
> sqlite-3.28.0              |       ha441bb4_0         2.3 MB
> statsmodels-0.10.0         |   py37h1d22016_0         8.8 MB
> sympy-1.4                  |           py37_0         9.7 MB
> tblib-1.4.0                |             py_0          14 KB
> terminado-0.8.2            |           py37_0          22 KB
> tornado-6.0.3              |   py37h1de35cc_0         644 KB
> tqdm-4.32.1                |             py_0          48 KB
> urllib3-1.24.2             |           py37_0         152 KB
> werkzeug-0.15.4            |             py_0         262 KB
> wheel-0.33.4               |           py37_0          39 KB
> wrapt-1.11.2               |   py37h1de35cc_0          44 KB
> xlsxwriter-1.1.8           |             py_0         105 KB
> xlwings-0.15.8             |           py37_0         464 KB
> zict-1.0.0                 |             py_0          12 KB
> zipp-0.5.1                 |             py_0           8 KB
> ------------------------------------------------------------
>                                        Total:       307.1 MB
>
> The following NEW packages will be INSTALLED:
>
> _anaconda_depends pkgs/main/osx-64::_anaconda_depends-2019.03-py37_0
> backports.functoo~ pkgs/main/noarch::backports.functools_lru_cache-1.5-py_2
> backports.tempfile pkgs/main/noarch::backports.tempfile-1.0-py_1
> backports.weakref pkgs/main/noarch::backports.weakref-1.0.post1-py_1
> conda-package-han~ pkgs/main/osx-64::conda-package-handling-1.3.11-py37_0
> joblib pkgs/main/osx-64::joblib-0.13.2-py37_0
> llvm-openmp pkgs/main/osx-64::llvm-openmp-4.0.1-hcfea43d_1
> mock pkgs/main/osx-64::mock-3.0.5-py37_0
> sphinxcontrib-app~ pkgs/main/noarch::sphinxcontrib-applehelp-1.0.1-py_0
> sphinxcontrib-dev~ pkgs/main/noarch::sphinxcontrib-devhelp-1.0.1-py_0
> sphinxcontrib-htm~ pkgs/main/noarch::sphinxcontrib-htmlhelp-1.0.2-py_0
> sphinxcontrib-jsm~ pkgs/main/noarch::sphinxcontrib-jsmath-1.0.1-py_0
> sphinxcontrib-qth~ pkgs/main/noarch::sphinxcontrib-qthelp-1.0.2-py_0
> sphinxcontrib-ser~
> pkgs/main/noarch::sphinxcontrib-serializinghtml-1.1.3-py_0
>
> The following packages will be UPDATED:
>
> anaconda-project pkgs/main/osx-64::anaconda-project-0.~ -->
> pkgs/main/noarch::anaconda-project-0.8.3-py_0
> astropy 3.1.2-py37h1de35cc_0 --> 3.2.1-py37h1de35cc_0
> babel pkgs/main/osx-64::babel-2.6.0-py37_0 -->
> pkgs/main/noarch::babel-2.7.0-py_0
> backports pkgs/main/osx-64::backports-1.0-py37_1 -->
> pkgs/main/noarch::backports-1.0-py_2
> bitarray 0.8.3-py37h1de35cc_0 --> 0.9.3-py37h1de35cc_0
> blosc 1.15.0-hd9629dc_0 --> 1.16.3-hd9629dc_0
> bokeh 1.0.4-py37_0 --> 1.2.0-py37_0
> bzip2 1.0.6-h1de35cc_5 --> 1.0.7-h1de35cc_0
> ca-certificates 2019.1.23-0 --> 2019.5.15-0
> certifi 2019.3.9-py37_0 --> 2019.6.16-py37_0
> cffi 1.12.2-py37hb5b8e2f_1 --> 1.12.3-py37hb5b8e2f_0
> cloudpickle pkgs/main/osx-64::cloudpickle-0.8.0-p~ -->
> pkgs/main/noarch::cloudpickle-1.2.1-py_0
> conda 4.6.11-py37_0 --> 4.7.5-py37_0
> conda-build 3.17.8-py37_0 --> 3.18.7-py37_0
> conda-verify pkgs/main/osx-64::conda-verify-3.1.1-~ -->
> pkgs/main/noarch::conda-verify-3.4.2-py_0
> cryptography 2.6.1-py37ha12b0ac_0 --> 2.7-py37ha12b0ac_0
> curl 7.64.0-ha441bb4_2 --> 7.64.1-ha441bb4_0
> cython 0.29.6-py37h0a44026_0 --> 0.29.11-py37h0a44026_0
> dask pkgs/main/osx-64::dask-1.1.4-py37_1 -->
> pkgs/main/noarch::dask-2.1.0-py_0
> dask-core pkgs/main/osx-64::dask-core-1.1.4-py3~ -->
> pkgs/main/noarch::dask-core-2.1.0-py_0
> defusedxml pkgs/main/osx-64::defusedxml-0.5.0-py~ -->
> pkgs/main/noarch::defusedxml-0.6.0-py_0
> distributed pkgs/main/osx-64::distributed-1.26.0-~ -->
> pkgs/main/noarch::distributed-2.1.0-py_0
> fastcache 1.0.2-py37h1de35cc_2 --> 1.1.0-py37h1de35cc_0
> filelock pkgs/main/osx-64::filelock-3.0.10-py3~ -->
> pkgs/main/noarch::filelock-3.0.12-py_0
> flask 1.0.2-py37_1 --> 1.0.3-py37_0
> glob2 pkgs/main/osx-64::glob2-0.6-py37_1 -->
> pkgs/main/noarch::glob2-0.7-py_0
> importlib_metadata 0.8-py37_0 --> 0.17-py37_1
> intel-openmp 2019.3-199 --> 2019.4-233
> ipykernel 5.1.0-py37h39e3cac_0 --> 5.1.1-py37h39e3cac_0
> ipython 7.4.0-py37h39e3cac_0 --> 7.6.1-py37h39e3cac_0
> isort 4.3.16-py37_0 --> 4.3.21-py37_0
> jdcal pkgs/main/osx-64::jdcal-1.4-py37_0 -->
> pkgs/main/noarch::jdcal-1.4.1-py_0
> jinja2 2.10-py37_0 --> 2.10.1-py37_0
> jupyter_core pkgs/main/osx-64::jupyter_core-4.4.0-~ -->
> pkgs/main/noarch::jupyter_core-4.5.0-py_0
> jupyterlab 0.35.4-py37hf63ae98_0 --> 0.35.5-py37hf63ae98_0
> kiwisolver 1.0.1-py37h0a44026_0 --> 1.1.0-py37h0a44026_0
> lazy-object-proxy 1.3.1-py37h1de35cc_2 --> 1.4.1-py37h1de35cc_0
> libcurl 7.64.0-h051b688_2 --> 7.64.1-h051b688_0
> libpng 1.6.36-ha441bb4_0 --> 1.6.37-ha441bb4_0
> libssh2 1.8.0-ha12b0ac_4 --> 1.8.2-ha12b0ac_0
> libxml2 2.9.9-hab757c2_0 --> 2.9.9-hf6e021a_1
> llvmlite 0.28.0-py37h8c7ce04_0 --> 0.29.0-py37h98b8051_0
> lxml 4.3.2-py37hef8c89e_0 --> 4.3.4-py37hef8c89e_0
> matplotlib 3.0.3-py37h54f8f79_0 --> 3.1.0-py37h54f8f79_0
> mkl 2019.3-199 --> 2019.4-233
> mkl-service 1.1.2-py37hfbe908c_5 --> 2.0.2-py37h1de35cc_0
> mkl_fft 1.0.10-py37h5e564d8_0 --> 1.0.12-py37h5e564d8_0
> more-itertools 6.0.0-py37_0 --> 7.0.0-py37_0
> nbconvert pkgs/main/osx-64::nbconvert-5.4.1-py3~ -->
> pkgs/main/noarch::nbconvert-5.5.0-py_0
> networkx pkgs/main/osx-64::networkx-2.2-py37_1 -->
> pkgs/main/noarch::networkx-2.3-py_0
> nltk 3.4-py37_1 --> 3.4.3-py37_0
> numba 0.43.1-py37h6440ff4_0 --> 0.44.1-py37h6440ff4_0
> numpy 1.16.2-py37hacdab7b_0 --> 1.16.4-py37hacdab7b_0
> numpy-base 1.16.2-py37h6575580_0 --> 1.16.4-py37h6575580_0
> numpydoc pkgs/main/osx-64::numpydoc-0.8.0-py37~ -->
> pkgs/main/noarch::numpydoc-0.9.1-py_0
> openpyxl pkgs/main/osx-64::openpyxl-2.6.1-py37~ -->
> pkgs/main/noarch::openpyxl-2.6.2-py_0
> openssl 1.1.1b-h1de35cc_1 --> 1.1.1c-h1de35cc_1
> parso pkgs/main/osx-64::parso-0.3.4-py37_0 -->
> pkgs/main/noarch::parso-0.5.0-py_0
> partd pkgs/main/osx-64::partd-0.3.10-py37_1 -->
> pkgs/main/noarch::partd-1.0.0-py_0
> path.py pkgs/main/osx-64::path.py-11.5.0-py37~ -->
> pkgs/main/noarch::path.py-12.0.1-py_0
> pathlib2 2.3.3-py37_0 --> 2.3.4-py37_0
> pexpect 4.6.0-py37_0 --> 4.7.0-py37_0
> pillow 5.4.1-py37hb68e598_0 --> 6.0.0-py37hb68e598_0
> pip 19.0.3-py37_0 --> 19.1.1-py37_0
> pluggy pkgs/main/osx-64::pluggy-0.9.0-py37_0 -->
> pkgs/main/noarch::pluggy-0.12.0-py_0
> prometheus_client pkgs/main/osx-64::prometheus_client-0~ -->
> pkgs/main/noarch::prometheus_client-0.7.1-py_0
> psutil 5.6.1-py37h1de35cc_0 --> 5.6.3-py37h1de35cc_0
> pycurl 7.43.0.2-py37ha12b0ac_0 --> 7.43.0.3-py37ha12b0ac_0
> pygments pkgs/main/osx-64::pygments-2.3.1-py37~ -->
> pkgs/main/noarch::pygments-2.4.2-py_0
> pyparsing pkgs/main/osx-64::pyparsing-2.3.1-py3~ -->
> pkgs/main/noarch::pyparsing-2.4.0-py_0
> pysocks 1.6.8-py37_0 --> 1.7.0-py37_0
> pytables 3.5.1-py37h5bccee9_0 --> 3.5.2-py37h5bccee9_1
> pytest 4.3.1-py37_0 --> 5.0.0-py37_0
> python-libarchive~ 2.8-py37_6 --> 2.8-py37_10
> pytz pkgs/main/osx-64::pytz-2018.9-py37_0 -->
> pkgs/main/noarch::pytz-2019.1-py_0
> pywavelets 1.0.2-py37h1d22016_0 --> 1.0.3-py37h1d22016_1
> pyyaml 5.1-py37h1de35cc_0 --> 5.1.1-py37h1de35cc_0
> qtconsole pkgs/main/osx-64::qtconsole-4.4.3-py3~ -->
> pkgs/main/noarch::qtconsole-4.5.1-py_0
> qtpy pkgs/main/osx-64::qtpy-1.7.0-py37_1 -->
> pkgs/main/noarch::qtpy-1.8.0-py_0
> requests 2.21.0-py37_0 --> 2.22.0-py37_0
> rope pkgs/main/osx-64::rope-0.12.0-py37_0 -->
> pkgs/main/noarch::rope-0.14.0-py_0
> scikit-image 0.14.2-py37h0a44026_0 --> 0.15.0-py37h0a44026_0
> scikit-learn 0.20.3-py37h27c97d8_0 --> 0.21.2-py37h27c97d8_0
> setuptools 40.8.0-py37_0 --> 41.0.1-py37_0
> snowballstemmer pkgs/main/osx-64::snowballstemmer-1.2~ -->
> pkgs/main/noarch::snowballstemmer-1.9.0-py_0
> sphinx pkgs/main/osx-64::sphinx-1.8.5-py37_0 -->
> pkgs/main/noarch::sphinx-2.1.2-py_0
> sphinxcontrib-web~ pkgs/main/osx-64::sphinxcontrib-websu~ -->
> pkgs/main/noarch::sphinxcontrib-websupport-1.1.2-py_0
> spyder 3.3.3-py37_0 --> 3.3.5-py37_0
> spyder-kernels 0.4.2-py37_0 --> 0.5.0-py37_0
> sqlalchemy 1.3.1-py37h1de35cc_0 --> 1.3.5-py37h1de35cc_0
> sqlite 3.27.2-ha441bb4_0 --> 3.28.0-ha441bb4_0
> statsmodels 0.9.0-py37h1d22016_0 --> 0.10.0-py37h1d22016_0
> sympy 1.3-py37_0 --> 1.4-py37_0
> tblib pkgs/main/osx-64::tblib-1.3.2-py37_0 -->
> pkgs/main/noarch::tblib-1.4.0-py_0
> terminado 0.8.1-py37_1 --> 0.8.2-py37_0
> tornado 6.0.2-py37h1de35cc_0 --> 6.0.3-py37h1de35cc_0
> tqdm pkgs/main/osx-64::tqdm-4.31.1-py37_1 -->
> pkgs/main/noarch::tqdm-4.32.1-py_0
> urllib3 1.24.1-py37_0 --> 1.24.2-py37_0
> werkzeug pkgs/main/osx-64::werkzeug-0.14.1-py3~ -->
> pkgs/main/noarch::werkzeug-0.15.4-py_0
> wheel 0.33.1-py37_0 --> 0.33.4-py37_0
> wrapt 1.11.1-py37h1de35cc_0 --> 1.11.2-py37h1de35cc_0
> xlsxwriter pkgs/main/osx-64::xlsxwriter-1.1.5-py~ -->
> pkgs/main/noarch::xlsxwriter-1.1.8-py_0
> xlwings 0.15.4-py37_0 --> 0.15.8-py37_0
> zict pkgs/main/osx-64::zict-0.1.4-py37_0 -->
> pkgs/main/noarch::zict-1.0.0-py_0
> zipp pkgs/main/osx-64::zipp-0.3.3-py37_1 -->
> pkgs/main/noarch::zipp-0.5.1-py_0
>
> The following packages will be DOWNGRADED:
>
> anaconda 2019.03-py37_0 --> custom-py37_1
>
> Proceed ([y]/n)? y
>
> Downloading and Extracting Packages
> conda-verify-3.4.2 | 25 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> kiwisolver-1.1.0 | 60 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> sphinxcontrib-appleh | 29 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> openpyxl-2.6.2 | 157 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> libxml2-2.9.9 | 1.9 MB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> flask-1.0.3 | 123 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> cython-0.29.11 | 2.0 MB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> libssh2-1.8.2 | 221 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> tblib-1.4.0 | 14 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> statsmodels-0.10.0 | 8.8 MB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> tornado-6.0.3 | 644 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> bitarray-0.9.3 | 59 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> sphinxcontrib-htmlhe | 28 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> sphinxcontrib-jsmath | 8 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> sphinxcontrib-qthelp | 26 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> libcurl-7.64.1 | 546 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> bzip2-1.0.7 | 104 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> pysocks-1.7.0 | 29 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> conda-4.7.5 | 3.0 MB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> qtpy-1.8.0 | 38 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> isort-4.3.21 | 68 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> lazy-object-proxy-1. | 28 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> path.py-12.0.1 | 23 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> partd-1.0.0 | 19 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> pip-19.1.1 | 1.8 MB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> scikit-image-0.15.0 | 27.6 MB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> psutil-5.6.3 | 333 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> pathlib2-2.3.4 | 36 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> ca-certificates-2019 | 133 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> pyparsing-2.4.0 | 58 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> pluggy-0.12.0 | 20 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> setuptools-41.0.1 | 635 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> jinja2-2.10.1 | 188 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> babel-2.7.0 | 5.8 MB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> conda-package-handli | 260 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> sympy-1.4 | 9.7 MB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> bokeh-1.2.0 | 3.9 MB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> mkl-2019.4 | 155.2 MB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> numpy-1.16.4 | 49 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> anaconda-custom | 3 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> jdcal-1.4.1 | 11 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> distributed-2.1.0 | 369 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> xlsxwriter-1.1.8 | 105 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> urllib3-1.24.2 | 152 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> terminado-0.8.2 | 22 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> cloudpickle-1.2.1 | 28 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> nltk-3.4.3 | 2.1 MB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> jupyterlab-0.35.5 | 10.6 MB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> openssl-1.1.1c | 3.4 MB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> pexpect-4.7.0 | 82 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> matplotlib-3.1.0 | 6.6 MB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> wrapt-1.11.2 | 44 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> numpy-base-1.16.4 | 4.2 MB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> parso-0.5.0 | 67 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> backports.tempfile-1 | 12 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> pillow-6.0.0 | 579 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> backports-1.0 | 139 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> spyder-kernels-0.5.0 | 69 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> numpydoc-0.9.1 | 31 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> blosc-1.16.3 | 64 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> pyyaml-5.1.1 | 170 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> llvm-openmp-4.0.1 | 454 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> pytest-5.0.0 | 358 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> glob2-0.7 | 14 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> joblib-0.13.2 | 367 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> sqlalchemy-1.3.5 | 1.7 MB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> wheel-0.33.4 | 39 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> cryptography-2.7 | 571 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> sphinxcontrib-websup | 35 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> ipykernel-5.1.1 | 162 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> pycurl-7.43.0.3 | 71 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> mkl-service-2.0.2 | 51 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> zict-1.0.0 | 12 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> backports.weakref-1. | 7 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> spyder-3.3.5 | 2.5 MB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> numba-0.44.1 | 2.8 MB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> astropy-3.2.1 | 6.9 MB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> qtconsole-4.5.1 | 92 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> anaconda-project-0.8 | 212 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> prometheus_client-0. | 42 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> mock-3.0.5 | 47 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> werkzeug-0.15.4 | 262 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> conda-build-3.18.7 | 528 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> nbconvert-5.5.0 | 381 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> ipython-7.6.1 | 1.1 MB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> sqlite-3.28.0 | 2.3 MB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> dask-core-2.1.0 | 578 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> llvmlite-0.29.0 | 13.7 MB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> libpng-1.6.37 | 325 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> python-libarchive-c- | 22 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> dask-2.1.0 | 11 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> xlwings-0.15.8 | 464 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> backports.functools_ | 9 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> fastcache-1.1.0 | 29 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> cffi-1.12.3 | 214 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> zipp-0.5.1 | 8 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> pytables-3.5.2 | 1.4 MB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> pygments-2.4.2 | 664 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> pywavelets-1.0.3 | 4.2 MB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> certifi-2019.6.16 | 154 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> networkx-2.3 | 1.1 MB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> defusedxml-0.6.0 | 23 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> pytz-2019.1 | 236 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> scikit-learn-0.21.2 | 5.9 MB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> rope-0.14.0 | 113 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> _anaconda_depends-20 | 5 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> requests-2.22.0 | 89 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> filelock-3.0.12 | 12 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> intel-openmp-2019.4 | 1.1 MB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> tqdm-4.32.1 | 48 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> snowballstemmer-1.9. | 53 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> importlib_metadata-0 | 39 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> jupyter_core-4.5.0 | 48 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> sphinxcontrib-devhel | 23 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> mkl_fft-1.0.12 | 155 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> curl-7.64.1 | 131 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> lxml-4.3.4 | 1.3 MB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> more-itertools-7.0.0 | 93 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> sphinxcontrib-serial | 24 KB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> sphinx-2.1.2 | 1.4 MB |
> #########################################################################################################################################
> | 100%
> Preparing transaction: done
> Verifying transaction: done
> Executing transaction: done
>
> 108-211-183-124:~ ojohns$ conda upgrade --all
> Collecting package metadata (current_repodata.json): done
> Solving environment: done
> Package Plan
>
> environment location: /Users/ojohns/anaconda3
> The following packages will be REMOVED:
> _anaconda_depends-2019.03-py37_0
> alabaster-0.7.12-py37_0
> anaconda-custom-py37_1
> anaconda-project-0.8.3-py_0
> appscript-1.1.0-py37h1de35cc_0
> astroid-2.2.5-py37_0
> astropy-3.2.1-py37h1de35cc_0
> atomicwrites-1.3.0-py37_1
> babel-2.7.0-py_0
> backports.os-0.1.1-py37_0
> backports.shutil_get_terminal_size-1.0.0-py37_2
> bitarray-0.9.3-py37h1de35cc_0
> bkcharts-0.2-py37_0
> blas-1.0-mkl
> blosc-1.16.3-hd9629dc_0
> bokeh-1.2.0-py37_0
> boto-2.49.0-py37_0
> bottleneck-1.2.1-py37h1d22016_1
> cloudpickle-1.2.1-py_0
> colorama-0.4.1-py37_0
> contextlib2-0.5.5-py37_0
> curl-7.64.1-ha441bb4_0
> cycler-0.10.0-py37_0
> cython-0.29.11-py37h0a44026_0
> cytoolz-0.9.0.1-py37h1de35cc_1
> dask-2.1.0-py_0
> dask-core-2.1.0-py_0
> distributed-2.1.0-py_0
> docutils-0.14-py37_0
> et_xmlfile-1.0.1-py37_0
> fastcache-1.1.0-py37h1de35cc_0
> flask-1.0.3-py37_0
> get_terminal_size-1.0.0-h7520d66_0
> gevent-1.4.0-py37h1de35cc_0
> gmp-6.1.2-hb37e062_1
> gmpy2-2.0.8-py37h6ef4df4_2
> greenlet-0.4.15-py37h1de35cc_0
> h5py-2.9.0-py37h3134771_0
> hdf5-1.10.4-hfa1e0ec_0
> heapdict-1.0.0-py37_2
> html5lib-1.0.1-py37_0
> imageio-2.5.0-py37_0
> imagesize-1.1.0-py37_0
> importlib_metadata-0.17-py37_1
> intel-openmp-2019.4-233
> isort-4.3.21-py37_0
> itsdangerous-1.1.0-py37_0
> jbig-2.1-h4d881f8_0
> jdcal-1.4.1-py_0
> joblib-0.13.2-py37_0
> jupyter-1.0.0-py37_7
> jupyter_console-6.0.0-py37_0
> keyring-18.0.0-py37_0
> kiwisolver-1.1.0-py37h0a44026_0
> krb5-1.16.1-hddcf347_7
> lazy-object-proxy-1.4.1-py37h1de35cc_0
> libcurl-7.64.1-h051b688_0
> libgfortran-3.0.1-h93005f0_2
> libssh2-1.8.2-ha12b0ac_0
> libxslt-1.1.33-h33a18ac_0
> llvm-openmp-4.0.1-hcfea43d_1
> llvmlite-0.29.0-py37h98b8051_0
> locket-0.2.0-py37_1
> lxml-4.3.4-py37hef8c89e_0
> matplotlib-3.1.0-py37h54f8f79_0
> mccabe-0.6.1-py37_1
> mkl-2019.4-233
> mkl-service-2.0.2-py37h1de35cc_0
> mkl_fft-1.0.12-py37h5e564d8_0
> mkl_random-1.0.2-py37h27c97d8_0
> mock-3.0.5-py37_0
> more-itertools-7.0.0-py37_0
> mpc-1.1.0-h6ef4df4_1
> mpfr-4.0.1-h3018a27_3
> mpmath-1.1.0-py37_0
> msgpack-python-0.6.1-py37h04f5b5a_1
> multipledispatch-0.6.0-py37_0
> networkx-2.3-py_0
> nltk-3.4.3-py37_0
> nose-1.3.7-py37_2
> numba-0.44.1-py37h6440ff4_0
> numexpr-2.6.9-py37h7413580_0
> numpy-1.16.4-py37hacdab7b_0
> numpy-base-1.16.4-py37h6575580_0
> numpydoc-0.9.1-py_0
> openpyxl-2.6.2-py_0
> packaging-19.0-py37_0
> pandas-0.24.2-py37h0a44026_0
> partd-1.0.0-py_0
> path.py-12.0.1-py_0
> pathlib2-2.3.4-py37_0
> patsy-0.5.1-py37_0
> pep8-1.7.1-py37_0
> pluggy-0.12.0-py_0
> ply-3.11-py37_0
> py-1.8.0-py37_0
> pycodestyle-2.5.0-py37_0
> pycrypto-2.6.1-py37h1de35cc_9
> pycurl-7.43.0.3-py37ha12b0ac_0
> pyflakes-2.1.1-py37_0
> pylint-2.3.1-py37_0
> pyodbc-4.0.26-py37h0a44026_0
> pyparsing-2.4.0-py_0
> pytables-3.5.2-py37h5bccee9_1
> pytest-5.0.0-py37_0
> pytest-arraydiff-0.3-py37h39e3cac_0
> pytest-astropy-0.5.0-py37_0
> pytest-doctestplus-0.3.0-py37_0
> pytest-openfiles-0.3.2-py37_0
> pytest-remotedata-0.3.1-py37_0
> pywavelets-1.0.3-py37h1d22016_1
> qtawesome-0.5.7-py37_1
> qtconsole-4.5.1-py_0
> rope-0.14.0-py_0
> scikit-image-0.15.0-py37h0a44026_0
> scikit-learn-0.21.2-py37h27c97d8_0
> scipy-1.2.1-py37h1410ff5_0
> seaborn-0.9.0-py37_0
> simplegeneric-0.8.1-py37_2
> singledispatch-3.4.0.3-py37_0
> snappy-1.1.7-he62c110_3
> snowballstemmer-1.9.0-py_0
> sortedcollections-1.1.2-py37_0
> sortedcontainers-2.1.0-py37_0
> sphinx-2.1.2-py_0
> sphinxcontrib-1.0-py37_1
> sphinxcontrib-applehelp-1.0.1-py_0
> sphinxcontrib-devhelp-1.0.1-py_0
> sphinxcontrib-htmlhelp-1.0.2-py_0
> sphinxcontrib-jsmath-1.0.1-py_0
> sphinxcontrib-qthelp-1.0.2-py_0
> sphinxcontrib-serializinghtml-1.1.3-py_0
> sphinxcontrib-websupport-1.1.2-py_0
> spyder-3.3.5-py37_0
> spyder-kernels-0.5.0-py37_0
> sqlalchemy-1.3.5-py37h1de35cc_0
> statsmodels-0.10.0-py37h1d22016_0
> sympy-1.4-py37_0
> tblib-1.4.0-py_0
> toolz-0.9.0-py37_0
> unicodecsv-0.14.1-py37_0
> unixodbc-2.3.7-h1de35cc_0
> werkzeug-0.15.4-py_0
> wrapt-1.11.2-py37h1de35cc_0
> wurlitzer-1.0.2-py37_0
> xlrd-1.2.0-py37_0
> xlsxwriter-1.1.8-py_0
> xlwings-0.15.8-py37_0
> xlwt-1.3.0-py37_0
> zict-1.0.0-py_0
> zipp-0.5.1-py_0
>
> Proceed ([y]/n)? n
> CondaSystemExit: Exiting.
>
> —
> You are receiving this because you were mentioned.
> Reply to this email directly, view it on GitHub
> <https://github.com/conda/conda/issues/8842?email_source=notifications&email_token=AAAJL6OSTKBNLUGDU7NDQA3P65NN5A5CNFSM4H4G6BNKYY3PNVWWK3TUL52HS4DFVREXG43VMVBW63LNMVXHJKTDN5WW2ZLOORPWSZGODZXH4ZY#issuecomment-510557799>,
> or mute the thread
> <https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/AAAJL6NHW2CYUOW2F365D7TP65NN5ANCNFSM4H4G6BNA>
> .
>


Resolving patch:
diff --git a/conda/history.py b/conda/history.py
--- a/conda/history.py
+++ b/conda/history.py
@@ -281,9 +281,8 @@ def get_requested_specs_map(self):
         # Conda hasn't always been good about recording when specs have been removed from
         # environments.  If the package isn't installed in the current environment, then we
         # shouldn't try to force it here.
-        prefix_recs = tuple(PrefixData(self.prefix).iter_records())
-        return dict((name, spec) for name, spec in iteritems(spec_map)
-                    if any(spec.match(dist) for dist in prefix_recs))
+        prefix_recs = set(_.name for _ in PrefixData(self.prefix).iter_records())
+        return dict((name, spec) for name, spec in iteritems(spec_map) if name in prefix_recs)
 
     def construct_states(self):
         """


Test patch: