Jabarkan Raja dari Senarai Raja-Raja Malaysia dalam bahasa melayu

Pada 24 Julai 1511, Kesultanan Melaka telah diceroboh oleh penjajah Portugis dan musnah.Sebahagian daripada mereka yang terselamat melarikan diri ke Johor lama dan menubuhkan rejim baru yang dinamakan Kesultanan Johor.Namun, mereka diganggu oleh penjajah Portugis dan Belanda Seterusnya, penguasaan Kesultanan Melaka-Johor beransur lemah; pada 3 September 1699, Paduka Sri Sultan Mahmud Shah II dibunuh oleh Megat Sri Rama di Kota Tinggi. Setelah peristiwa tersebut, Kesultanan Johor jatuh di bawah kendali  Keluarga. Keluarga Pandahara diterima sebagai pemerintah yang sah melalui hubungan perkawinan yang telah berlangsung lama dengan kesultanan. Namun, keabsahan klaim tersebut telah dipertanyakan sejak lama.).

Keturunan Kesultanan Johor moden boleh dikesan kembali kepada keluarga al-Aidarus di Arab Selatan, yang pernah berkahwin rapat dengan Kesultanan Melaka. Sekitar tahun 1812, sejurus selepas kemangkatan Sultan Mahmud Shah III, penjajah Inggeris dan Belanda terus menguruskan dalam urusan pewaris takhta Johor. Di bawah dorongan British, wilayah Johor dibahagikan oleh Sultan Johor ( sebahagian besar kawasan), penjajah British ( Pulau Singapura ), Temenggong (kawasan sepanjang muara Johor) dan Pandahara ( Pahang dan kawasan sekitarnya).Pada tahun 1824, Britain dan Belanda menandatangani Perjanjian Inggris-Belanda. Menurut perjanjian tersebut, disepakati bahwa Johor, yang terletak di bagian selatan Semenanjung Tanah Melayu, menjadi wilayah protektorat Britania yang diperintah oleh Sultan Hussein Shah. Sementara itu, Riau dan Lingga di Indonesia menjadi milik Belanda dan diperintah oleh Sultan Abdul Rahman..

Perjanjian dengan pihak British telah ditandatangani oleh Sultan Ali Shah pada tahun 1885. Setelah memberikan kuasa utama Johor kepada Raja Temenggong Sri Maharaja Tun Daeng Ibrahim, baginda berpindah ke Muar untuk mengekalkan gelaran Sultan. Pada tahun 1879, perang di Johor antara saudara, dan selepas Tun Daeng Abu Bakar mengalahkan Tengku Alam Shah, Raja Temenggong Sri Maharaja diiktiraf sebagai Sultan Johor ortodoks oleh kerajaan British. Pada tahun 1909, Johor menyertai ahli Negeri Melayu selepas menghadapi zaman pendudukan Jepun.

Dalam tradisi Kesultanan Johor, gelaran rasmi Sultan Johor ialah Duli Yang Maha Mulia Seri Paduka Baginda Almutawakkil Alallah Sultan (nama), Sultan dan Yang di-Pertuan Bagi Negeri dan Jajahan Takluk Johor Daulat. Dia juga bertanggungjawab sebagai ketua agama Islam negeri dan mempunyai kuasa untuk melantik menteri, exco, dan mufti. (oleh Allah Kebawah Duli Yang Maha Mulia Paduka Seri Baginda Sultan dan Agong Negeri Johor dan Wilayah-wilayahnya).