Jabarkan Kontroversi dari Rakyat Merdeka dalam bahasa melayu

Pada bulan September 2003, bekas ketua penyunting Rakyat Merdeka, Karim Paputungan dijatuhkan hukuman penjara 5 bulan, digantung selama 10 bulan oleh Mahkamah Daerah Jakarta Pusat, karena menghina pembicara DPR, Akbar Tandjung. Dalam kes yang berasingan, Suparatkam, penyunting lain, dijatuhkan hukuman penjara 6 bulan dan percubaan selama 1 tahun, setelah didapati bersalah oleh mahkamah Jakarta kerana "menyebarkan kebencian" setelah dia menerbitkan berita utama yang mengkritik pemerintah Indonesia dan kemudian Presiden Megawati Sukarnoputri.

Pada 27 Mac 2006, akhbar itu menerbitkan kartun editorial halaman depan yang menggambarkan Perdana Menteri Australia dan Menteri Luar Negeri sebagai 'binatang dingo yang sedang berkongkek'.