Jabarkan Era profesional dari Sabah F.C. (Malaysia) dalam bahasa melayu

Apabila bola sepak profesional diperkenalkan oleh Persatuan Bola Sepak Malaysia (FAM), Sabah juga terkenal sebagai antara pasukan paling kompetitif di Liga Malaysia. Barisan pemain profesional yang berkualiti telah dihasilkan semasa 1990-an, terutamanya Matlan yang membantu Sabah menamatkan saingan sebagai naib juara pada Piala FA Malaysia 1993 dan 1994, dan pernah dilantik sebagai kapten pasukan kebangsaan oleh jurulatih pasukan kebangsaan Malaysia ketika itu. Claude Le Roy . Keputusan positif yang diperolehi dari awal era profesional bagaimanapun telah dicemari dengan skandal mengatur perlawanan yang menggegarkan bola sepak Malaysia pada tahun 1994. Skandal itu hampir memusnahkan bola sepak Sabah dan Malaysia amnya. Matlan adalah salah seorang daripada beberapa pemain yang didapati bersalah kerana terlibat dalam skandal itu. Sebagai hukuman atas penglibatan mereka dalam mengatur perlawanan, dia dan pemain lain telah dilarang seumur hidup oleh FIFA daripada terlibat dalam bola sepak dan dibuang negeri dari negeri Sabah oleh kerajaan negeri di bawah Akta Kediaman Terhad.  Selepas skandal itu, Sabah memulakan proses pembinaan semula untuk mendapatkan semula reputasi mereka dalam bola sepak Malaysia. Sabah memenangi trofi profesional pertama mereka, Piala FA Malaysia pada 1995. Pada musim 1996, Sabah memenangi kejuaraan liga pertama mereka dan mara ke final Piala Malaysia buat kali pertama tetapi ditewaskan oleh Selangor menerusi sepakan penalti. David Rocastle, Sabah mara ke final Piala FA Malaysia 1998. Musim 2000 boleh dianggap sebagai yang terburuk di Sabah sejak menyertai liga profesional Malaysia. Mereka diturunkan ke divisyen dua dan tidak dapat melepasi peringkat kumpulan Piala Malaysia. Bagaimanapun, Sabah dengan cepat memperoleh semula prestasinya pada musim 2001 di mana mereka menamatkan saingan sebagai naib juara di belakang Johor FC. Pada musim 2002, Sabah membariskan pemain berkaliber seperti Zainizam Marjan, Khairul Azman Mohamed dan penyerang import Josiah Seton, menduduki tempat ketiga dalam liga dan sekali lagi berjaya mara ke final Piala Malaysia dengan menewaskan Selangor Public Bank dan Perak. Sabah bagaimanapun menamatkan saingan sebagai naib juara sekali lagi dengan tewas kepada pasukan yang sama yang menewaskan mereka pada final 1996, Selangor. Kali ini, Sabah tewas dengan 'gol emas' yang dijaringkan oleh Mohd Amri Yahyah. Pada tahun 2003, Sabah sekali lagi menduduki tempat ketiga dalam Liga Perdana Satu. Sabah sekali lagi mara ke final Piala Malaysia. Kali ini mereka tewas kepada pasukan kelab Selangor MPPJ dengan 0–3, dengan hatrik daripada Juan Manuel Arostegui.

Tahun-tahun awal dalam Liga Super Malaysia

Apabila Liga Super Malaysia (MSL) diperkenalkan pada 2004, Sabah bergelut untuk bersaing dengan pasukan lain dalam liga teratas. Sabah hanya berjaya kekal dalam Liga Super selama dua musim apabila mereka diturunkan ke Liga Perdana Malaysia (MPL) untuk musim 2005/06. Selepas penyingkiran ke liga divisyen ke-2, Sabah terus bergelut untuk promosi kembali ke divisyen teratas. Mereka tewas kepada Pahang pada play-off musim 2006/07 untuk mendapatkan tempat di Liga Super Malaysia 2007/08.