Jabarkan Sultan cuba membaiki keadaan dari Kesultanan Johor-Riau dalam bahasa melayu

Sultan Abdul Rahman Muazzam Shah meninggal dunia pada tahun 1832 dan digantikan oleh puteranya, Sultan Muhammad II Muazzam Shah (berkuasa 1832-1841). Raja Jaffar, Yam Tuan Muda Riau meninggal dan Sultan tidak tergesa-gesa untuk mengangkat pengganti. Sultan melihat kerosakan yang dilakukan ke Istana dalam kerajaan ayahnya dan memutuskan untuk memperbetulkan dan mengembalikan adat sebagai peraturan yang mengatur perilaku peribadi dan politik. Baginda memanggil Bendahara Ali (Raja Bendahara Pahang) untuk Lingga. Di Lingga, pendalaman fungsi adat diadakan. Bendahara melakukan upacara (sesuai adat) yang bertujuan untuk mendidik bangsawan dan Sultan tentang tugas dan tanggung jawab masing-masing. Islam dan politik telah dibahas. Ini dihadiri oleh seluruh bangsawan dari seluruh Empayar Johor, maka, membuktikan bahawa 'Sultan' di Singapura (Tengku Hussain) tidak diakui oleh orang Melayu. Upacara juga meliputi penabalan Tengku Mahmud (kemudian memerintah sebagai Sultan Mahmud IV Muzaffar Shah) sebagai putera mahkota dan Tun Mutahir sebagai bakal Bendahara.

Pada tahun 1841, Bendahara Ali melantik Temenggung Ibrahim untuk menggantikan ayahnya yang meninggal pada 1825. Jarak waktu yang lama ini kerana ketidaksenangan Bendahara atas isu Singapura. Syarat telah dikenakan selama pelantikan termasuk dikehendaki membuat kunjungan kepada Sultan Mahmud Muzaffar yang berkuasa di Lingga sebagai tanda taat setia yang mengembirakan Tuanku Sultan. 'Sultan Hussein' Singapura telah meninggal pada tahun 1835 dan puteranya, Tengku Ali berharap legitimasi yang diberikan kepada Temenggung Ibrahim dberlakukan juga kepadanya. Inggeris meneruskan permintaan itu pada tahun 1841 kepada Bendahara. Bendahara Ali menolak untuk mengambil bahagian dalam pengkhianatan ini.

Setelah menunggu sejak 1835 untuk ditabalkan sebagai Sultan, pada tahun 1852 Tengku Ali memutuskan untuk 'kembali ke Johor' dengan menyatakan penghormatan dan taat setia kepada Sultan Mahmud IV Muzaffar Shah di Pulau Lingga. Selama tiga tahun Empayar Johor bersatu kembali lagi kecuali Singapura. Bimbang dengan keadaan keadaan ini, Inggeris memanggil Tengku Ali kembali ke Singapura dan mengancam untuk membatalkan persaraannya. Di Singapura, ia sering dikunjungi oleh Sultan Mahmud IV Muzaffar Shah dan hubungan mereka rapat.

Kemunculan kuasa bekas jajahan Johor

Penyatuan tanah daratan Johor dengan Riau

Setelah penggulingan Sultan Mahmud IV Muzaffar oleh Belanda, bangsawan Bugis melantik sultan baru, Sultan Sulaiman II Badrul Alam Shah, Sultan "baru" bagi kerajaan Riau-Lingga didirikan atas sisa Empayar Johor. Sultan Sulaiman menandatangani perjanjian dengan Belanda. Dalam perjanjian tersebut baginda bersetuju untuk mengakui kedaulatan Belanda terhadap kerajaannya. Hanya dengan sebatang pena, dia memecahkan Empayar Johor menjadi 2 bahagian besar dan telah menyerah kedaulatan bahagian wilayah kekuasaannya kepada Belanda. Ini juga menandakan berakhirnya kesultanan Johor sebagai penerus Kesultanan Melaka. Pembahagian ini berlangsung tetap hingga ke hari ini sebagai sempadan Malaysia-Indonesia.