Jabarkan 2000-an dari Pakistan International Airlines dalam bahasa melayu

Perang di Afghanistan berikutan serangan pada  11 September 2001 memberi kesan negatif terhadap operasi PIA ketika ruang udara Afghanistan ditutup. Namun, setelah penstrukturan semula syarikat penerbangan di bawah pengurusan baru pada bulan April 2001, syarikat penerbangan itu kembali menguntungkan. Kos per pekerja turun 24% antara tahun 2000-3, yang menurunkan kos kejuruteraan dan penyelenggaraan menyebabkan peningkatan pendapatan syarikat penerbangan.Pada bulan Julai 2002, PIA membeli enam pesawat  Boeing 747-300 dari Cathay Pacific, lima daripadanya sudah disewa. Yang keenam tiba tidak lama kemudian dan digunakan terutamanya di laluan Amerika Utara dan Eropah. Pada bulan Oktober 2002, setelah sepuluh tahun tanpa pesanan baru, syarikat penerbangan membuat pesanan untuk lapan Boeing 777 pesawat. Perintah itu merangkumi ketiga-tiga varian 777, iaitu tiga 777-200ER (Jangkauan Luas), dua 777-200LR (Jangkauan Lebih Panjang) dan tiga versi 777-300ER. PIA adalah pelanggan pelancaran yang menghidupkan semula projek Boeing 777-200LR yang, sehingga itu, hanya mempunyai tiga pesanan.

Boeing menyampaikan yang pertama dari tiga pesawat 777-200ER ke PIA pada Januari 2004, dan PIA memperkenalkan livery baru untuk 777-200ER yang diterapkan pada sebagian besar armadanya. PIA juga menyewa enam lagi pesawat Airbus A310-300 terus dari Airbus. Pada 3 November 2005, PIA membuat pesanan untuk membeli tujuh ATR 42 - 500 pesawat untuk menggantikan armada Fokker F27 Friendships yang sudah tua. Pada 10 November 2005, PIA menggunakan 777-200LR untuk menerbangkan penerbangan terpanjang di dunia dengan kapal terbang komersial, yang terbang lebih 21,000 kilometer dengan penerbangan dari timur ke Hong Kong ke London selama 22 jam dan 22 minit - rekod yang masih ada pada akhir 2019. Pada 6 Disember 2005, PIA memperoleh Boeing 777-200ER baru dengan pajakan sepuluh tahun. Pada 23 Disember 2006, PIA menyerahkan Boeing 777 - 300ER pertamanya. Pesawat selebihnya dihantar pada Januari 2007.

Pada 25 Februari 2006, Boeing menyampaikan 777-200LR pertama kepada PIA. ATR menyampaikan dua daripada tujuh pesanan ATR 42 kepada PIA masing-masing pada bulan Mei dan Disember 2006, berikutan syarikat penerbangan itu berhenti menggunakan tentera Lockheed C-130 Hercules untuk perkhidmatan penumpang di wilayah utara Pakistan. Pesawat tentera digunakan selepas kemalangan PIA Flight 688.

Dengan induksi 777 pesawat jarak jauh dalam armadanya, PIA mula menawarkan penerbangan tanpa henti dari Toronto ke Karachi, Islamabad, dan Lahore dari 3 Mac 2006. PIA juga telah merancang penerbangan tanpa henti ke New York City , Chicago,  Washington, dan Houston tetapi tidak dibenarkan oleh pihak berkuasa AS (melainkan syarikat penerbangan itu melakukan persinggahan Eropah dalam penerbangan ke bandar-bandar Amerika) kerana masalah keselamatan setelah 9/11.

Penerbangan PIA dari Multan terhempas pada bulan Julai 2006, menewaskan 45 orang. Siasatan kerajaan kemudiannya menyalahkan pesawat yang berusia kerana nahas itu. Perkhidmatan Houston juga berakhir pada tahun 2006. Berikutan kemalangan itu, pada 5 Mac 2007, Suruhanjaya Eropah melarang semua kecuali 9 armada PIA yang berukuran 42 yang kuat untuk terbang ke Eropah dengan alasan kebimbangan keselamatan terhadap pesawatnya yang sudah tua. Armada Boeing 777 dikecualikan daripada larangan itu, tetapi 15 pesawat berusia lebih dari 20 tahun ketika ini. PIA mendakwa larangan itu diskriminatif dan tidak dapat dibenarkan. Pada 26 Mac 2007, Tariq Saeed Kirmani terpaksa mengundurkan diri setelah mendapat tekanan dari pihak berkuasa kerana larangan EU . Zafar Khan kemudian dilantik sebagai ketua baru Pakistan International Airlines.

Larangan beberapa pesawat dicabut setelah empat bulan pada 5 Julai 2007, berikutan pemeriksaan oleh Pentadbiran Keselamatan Udara Kesatuan Eropah. Dari sebelas pesawat yang dibenarkan beroperasi semula ke EU, lima daripadanya adalah Boeing 747-300s dan enam lagi adalah Airbus A310-300s. Pada 29 November 2007, EU menghapus sepenuhnya larangan tersebut dan seluruh armada PIA diizinkan terbang ke Eropah.