Jabarkan Spektrum dari Ikatan peptida dalam bahasa melayu

Panjang gelombang penyerapan untuk ikatan peptida ialah pada nilai 190–230 nm,  yang menjadikannya sangat terdedah kepada sinaran UV .

Penyahtempatan yang ketara bagi pasangan elektron tunggal pada atom nitrogen memberikan kumpulan itu watak ikatan dua kali separa. Ikatan ganda dua separa menjadikan kumpulan amida satah, berlaku sama ada dalam isomer cis atau trans. Dalam keadaan terungkap protein, kumpulan peptida bebas untuk mengisomerikan dan menerima pakai kedua-dua isomer; walau bagaimanapun, dalam keadaan terlipat, hanya satu jenis isomer sahaja yang diterima pakai pada setiap kedudukan (dengan pengecualian yang jarang berlaku). Bentuk trans lebih disukai dalam kebanyakan ikatan peptida (kira-kira nisbah 1000:1 dalam populasi trans:cis). Walau bagaimanapun, kumpulan peptida X-Pro cenderung mempunyai nisbah kira-kira 30:1, mungkin kerana simetri antara atom C α dan C δ dalam prolin menjadikan isomer cis dan trans hampir sama dalam tenaga. (lihat rajah)

Sudut dihedral yang dikaitkan dengan kumpulan peptida (ditakrifkan oleh empat atom Cα–C'–N–Cα) yang dilambangkan dengan  ;  untuk isomer cis (konformasi synperiplanar), dan  untuk isomer trans (konformasi antiperiplanar). Kumpulan amida boleh mengisomerikan tentang ikatan C'–N antara bentuk cis dan trans, walaupun perlahan-lahan ( saat pada suhu bilik). Peralihan menyatakan  memerlukan ikatan berganda separa dipecahkan, supaya tenaga pengaktifan adalah kira-kira 80 kJ/mol (20 kcal/mol). Walau bagaimanapun, tenaga pengaktifan boleh diturunkan (dan pengisomeran dimangkinkan) dengan perubahan yang memihak kepada bentuk ikatan tunggal, seperti meletakkan kumpulan peptida dalam persekitaran hidrofobik atau menderma ikatan hidrogen kepada atom nitrogen kumpulan peptida X-Pro. Kedua-dua mekanisme ini untuk menurunkan tenaga pengaktifan telah diperhatikan dalam isomerase peptidyl prolyl (PPIases), yang merupakan enzim semulajadi yang memangkinkan pengisomeran cis-trans bagi ikatan peptida X-Pro.

Lipatan protein yang konformasi biasanya lebih cepat terlipat (biasanya 10–100 ms) daripada pengisomeran cis-trans (10–100 s). Isomer bukan asli bagi sesetengah kumpulan peptida boleh mengganggu lipatan konformasi dengan ketara, sama ada dengan memperlahankannya atau menghalangnya daripada berlaku sehingga isomer asli dicapai. Walau bagaimanapun, tidak semua kumpulan peptida mempunyai kesan yang sama pada lipatan; isomer bukan asli kumpulan peptida lain mungkin tidak akan menjejaskan lipatan sama sekali.