Jabarkan Ahli parlimen dan duta dari Muhammad Prakosa dalam bahasa melayu

Selepas tempoh jawatan menterinya berakhir, Prakosa semakin terlibat dalam hal ehwal dalaman PDI-P. Beliau menjadi salah seorang pengerusi parti dari 2005 hingga 2010 dan bekerja sebagai penyelidik dalam agensi penyelidikan dan pembangunan parti. Prakosa dicalonkan sebagai anggota Dewan Perwakilan Rakyat (DPR) dari daerah pengundian Jawa Tengah IX. Beliau memenangi pilihan raya yang diadakan pada 2009, dan seterusnya dipilih bagi penggal kedua dan ketiga pada 2014 dan 2019, masing-masing.

Semasa menjadi ahli parlimen, Prakosa menjadi ahli majlis etika DPR. Pada 2015, Prakosa mencetuskan kontroversi di kalangan anggota PDI-P dalam DPR selepas memberikan pendapat berbeza dalam kes Setya Novanto yang ditangkap memeras ugut saham dari Freeport Indonesia. Prakosa menerima sekatan daripada Megawati dan disingkirkan daripada majlis etika sejurus selepas kes itu diketahui umum.

Pada Februari 2021, Presiden Joko Widodo mencalonkan Prakosa sebagai Duta Besar Indonesia ke Itali. Prakosa sebelum ini pernah ditawarkan jawatan yang sama semasa presiden Susilo Bambang Yudhoyono pada Ogos 2011, tetapi menolak tawaran itu atas alasan peribadi. Pihak DPR meluluskan pencalonannya dan beliau telah mengangkat sumpah jawatan pada 17 November 2021. Beliau juga memegang kelayakan serentak ke Malta, San Marino, Cyprus, FAO, IFAD, UNIDROIT dan WFP.

Walaupun dilantik pada 2021, Prakosa mula membentangkan bukti kelayakannya sekitar awal 2022. Beliau menyampaikan watikahnya kepada Presiden Itali Sergio Mattarella, dan Presiden Cyprus Nicos Anastasiades, pada 18 Februari 2022 serta kepada Ketua Pengarah Pertubuhan Makanan dan Pertanian Qu Dongyu pada 3 Mac 2022.

Prakosa meninggal dunia di Rom pada pagi 17 Januari 2023 pada usia 62 tahun.