Jabarkan Sejarah kemudian dari Masjid Kaunas dalam bahasa melayu

Semasa Perang Dunia II, Masjid ditutup dan dirompak. Kegiatan keagamaan berlangsung selepas perang sehingga 1947, apabila pemilikan Masjid dipindahkan ke Perbandaran Kaunas.

Semasa zaman Soviet, bangunan itu digunakan untuk sarkas dan perpustakaan. Terdapat rancangan untuk menubuhkan sebuah muzium seni Islam/Oriental. Rupa luaran Masjid serupa dengan rupa asalnya, tetapi, segala hiasan dalaman diganti dengan peredaran zaman.

Pada tahun 1989, Masjid Kaunas telah dikembalikan kepada umat beriman. Pada tahun 1991 ibadat pertama diadakan. Oleh itu, sejak kemerdekaan Lithuania, Komuniti Agama Islam Kota Kaunas (Kauno Miesto Musulmonų Religinė Bendruomenė) memiliki Masjid. Komuniti Agama Islam Kota Kaunas telah menjadi ahli Council of Lithuania Muslim Religious Communities - Muftiate sejak 2019.

Pada tahun 2018, masjid Kaunas telah diubah suai sepenuhnya. Ini dibiayai oleh Agensi Kerjasama dan Penyelarasan Turki. Pengubahsuaian dalaman dan luaran telah direalisasikan di bawah seliaan Jabatan Warisan Budaya di bawah Kementerian Kebudayaan.