Jabarkan São Paulo dari Lúcio dalam bahasa melayu

Pada 18 Disember 2012, sehari selepas meninggalkan Juventus, Lúcio menandantangani kontrak selama dua tahun bersama kelab Brazil, São Paulo. Selepas 12 tahun berkelana di Eropah, beliau menyatakan bahawa beliau perlu menyesuaikan dirinya semula di tanah airnya, Brazil. Beliau menjaringkan gol pertamanya untuk São Paulo ketika menentang Botafogo pada 7 April 2013.

Pada Julai 2013, selepas pelantikan Ney Franco sebagai jurulatih baru kelab, Lúcio telah disingkirkan daripada pasukan. Episod ini mula timbul setelah kekalahan 1–0 kepada Internacional dalam aksi liga. Lúcio tidak dapat menepis kritikan oleh Paulo Autuori yang mendakwa jaringan gol Leandro Damião hasil kesilapan mudah oleh bekas kapten pasukan Seleção itu. Oleh sebab itu, Autuori lebih cenderung untuk menyingkirkan Lúcio daripada stafnya.

Selepas insiden itu, Lúcio tidak mengikuti jelajah kelab ke Jerman untuk menyertai kejohanan Piala Audi 2013. Kehadirannya ke kejohanan tersebut telah dipinta oleh kelab lamanya, Bayern Munich. Tanpa kehadirannya, São Paulo memperoleh kurang €40,000 daripada pendapatan awal.

Lúcio tidak menjalani latihan bersama dengan staf-staf kelab yang lain sekali gus menimbulkan satu "masalah" kepada kelab. Beliau juga menolak tawaran oleh kelab-kelab dari Timur Tengah dan Jepun sebaliknya belih lebih cenderung untuk kekal di Brazil. Namun, Lúcio tetap mendapat pendapatan yang menguntungkan meskipun beliau sendiri tidak beraksi. Dengan ketibaan pemain pertahanan seperti Antônio Carlos dan Roger Carvalho, Lúcio secara jelasnya telah hilang peluangnya untuk beraksi lagi. Hal ini menyebabkan beliau mendesak São Paulo untuk memindahkannya ke kelab Eropah sebelum jendela perpindahan ditutup tetapi malangnya ia tidak berjaya. Pada Disember 2013, selepas hampir enam bulan, Lúcio memecahkan kesunyian dengan menyatakan hubungannya yang buruk bersama kelab.