Jabarkan Intifada Kedua (2000–2005) dari Barisan Demokratik untuk Pembebasan Palestin dalam bahasa melayu

DFLP sebahagian besarnya tidak dapat menghadiri semasa Intifada al-Aqsa, yang bermula pada tahun 2000. Kepimpinan ditempatkan di Damsyik, dan kebanyakan organisasi DFLP di Wilayah Pendudukan terbongkar dalam perpecahan FIDA. Kapasiti ketenteraannya semakin pudar sejak gencatan senjata 1993 antara PLO dan Israel, yang dihormati DFLP walaupun mereka membantah Perjanjian Oslo.

Sejak permulaan Intifada Palestin Kedua, DFLP telah melakukan beberapa serangan menembak terhadap sasaran Israel, seperti serangan 25 Ogos 2001 ke atas pangkalan tentera di Gaza yang telah membunuh tiga tentera Israel dan mencederakan tujuh.   Walau bagaimanapun, keupayaan ketenteraannya di Wilayah Pendudukan masih terhad, dan penumpuan semula pada perjuangan bersenjata semasa Intifada telah melemahkan organisasi tersebut.

Seorang anonim mengaku bertanggungjawab atas serangan 11 September di Amerika Syarikat bagi pihak DFLP pada 11 September 2001. Ini segera dinafikan oleh Nayef Hawatmeh, yang mengutuk sekeras-kerasnya serangan itu.  Walaupun tuduhan itu mendapat perhatian pada hari-hari selepas serangan, ia kini secara universal dianggap palsu.