Jabarkan Kehidupan peribadi dari Samantha Bee dalam bahasa melayu

Pada tahun 2001, Bee berkahwin dengan Jason Jones, yang pertama kali beliau bertemu pada 1996. Mereka tinggal di Manhattan, New York. Pada Januari 2006, beliau melahirkan anak pertamanya, seorang anak perempuan bernama Piper. Beliau kemudian kembali ke The Daily Show pada Mac 2006. Pada 24 Januari 2008, Bee mengumumkan kehamilan kedua secara langsung semasa liputan media tentang kempen presiden 2008. Pada 2008, beliau melahirkan anak kedua mereka, anak lelaki bernama Fletcher. Anak ketiga mereka, seorang anak perempuan bernama Ripley, dilahirkan pada akhir 2010. Sepanjang kehamilan ketiganya, Bee mendedahkan bahawa beliau dan Jones "hanya berkembang biak seperti petani."

Bee memegang kewarganegaraan Kanada dan Amerika Syarikat setelah menjadi warganegara Amerika pada tahun 2014.