Jabarkan Kritikan dari Islam Nusantara dalam bahasa melayu

Sebaik sahaja diumumkan, Islam Nusantara menghadapi bangkangan dan kritikan dari aliran-aliran Islam yang lain, yang datang khususnya dari para penganut aliran wahabi dan salafi, atau aliran-aliran seumpamanya yang hendak "membersihkan" Islam dari unsur-unsur tempatan yang dianggap tidak Islamik dan sering dikecam sebagai amalan syirik atau bidaah. Hizbut Tahrir Indonesia telah terang-terang menentang konsep Islam Nusantara. Islam Nusantara dikritik sebagai suatu bentuk Islam sinkretisme yang merosakkan "kesempurnaan" dan ketunggalan Islam, serta dianggap merosakkan perpaduan ummah.

Muhammadiyah, salah satu pertubuhan Islam berpengaruh di Indonesia — walaupun tidak menentang secara langsung konsep ini, menekankan bahawa istilah Islam Nusantara perlu digunakan secara berhati-hati dan berpada-pada agar tidak menindas aliran Islam lain yang mempunyai perbezaan fahaman mengenai Islam. Jika Islam Nusantara disokong dan diangkat sebagai aliran Islam utama oleh negara, dikhuatiri bahawa aliran-aliran Islam lain akan mengalami penindasan dan diskriminasi.