Jabarkan 2016–17: Kembali ke Atalanta dari Mattia Caldara dalam bahasa melayu

Selepas berjaya memikat minat jurulatih baru Gian Piero Gasperini semasa sesi pra-musim, Caldara mendapat tempat dalam kesebelasan utama Atalanta buat musim 2016–17 dalam formasi jurulatih 3–4–3 selain menyaksikan beliau baru mula beraksi di barisan pertahanan tengah yang menggunakan tiga orang pemain sebagai bek tengah. Pada 2 Oktober, beliau kembali melakukan penampilannya di Serie A bersama Atalanta ketika aksi menewaskan Napoli 1-0. Pada 26 Oktober, Caldara menjaringkan gol pertamanya untuk Atalanta serta gol tunggal perlawanan pada minit ke-60 permainan semasa mengalahkan Pescara. Pada 6 November, beliau menjaringkan gol keduanya untuk Atalanta pada minit ke-24 perlawanan semasa menundukkan Sassuolo 3-0. Pada 20 November, beliau menghasilkan gol ketiganya untuk kelab pada minit ke-62 perlawanan ketika menentang Roma yang berakhir dengan kemenangan 2-1 milik Atalanta.