Jabarkan Abu Sayyaf dari Isnilon Hapilon dalam bahasa melayu

Tidak berpuas hati dengan MNLF semasa bersembunyi di Sampinit, Hapilon menyertai kumpulan Abu Sayyaf yang dipimpin oleh [[Abdurajak Abubakar Janjalani], yang juga menjadi mentor keagamaannya. Beliau akhirnya memasuki pangkat Abu Sayyaf, menjadi salah satu pemimpin kumpulan.

Pada bulan Jun 2002, Hapilon dan empat rakannya Abu Sayyaf saf pimpinan—Khadaffy Janjalani, Hamsiraji Marusi Sali, Aldam Tilao, dan Jainal Antel Sali, Jr.—didakwa secara tidak sengaja oleh kerajaan Amerika Syarikat atas peranan mereka dalam penculikan Dos Palmas 2000 daripada tujuh orang Filipina dan tiga orang Amerika, dan akhirnya memenggal kepala salah seorang daripada warga Amerika, Guillermo Sobero. Penculikan Jeffrey Schilling pada Ogos 2000, dan kematian dua orang tebusan-mubaligh Amerika Martin Burnham dan jururawat Filipina, Ediborah Yap-juga disebut dalam dakwaan itu.

Pada bulan Julai 2002, pihak berkuasa Filipina menyerbu tempat persembunyian Hapilon di Bandar Zamboanga dengan tujuan untuk menangkapnya. Walau bagaimanapun, dia berjaya melarikan diri lebih awal.

Pada Mei 2008, Hapilon ditembak di tangan semasa operasi ketenteraan di Jolo. Anaknya, Tabari, juga pejuang Abu Sayyaf, cedera parah.

Hapilon cedera pada April 2013, dalam serangan ketenteraan yang membunuh lapan anggota militan Islam lain di Tipo-Tipo, Basilan. Hapilon mengalami "luka ringan" di kepala semasa serangan itu, tetapi pengikutnya berjaya menyeretnya dengan selamat sebelum tentera dapat mengawal pangkalan mereka. There were United States intelligence reports claiming he may have suffered a stroke at some point.

Kerajaan Islam di Wilayah Selatan

Pada 23 Julai 2014, video Hapilon bersama lelaki bertopeng lain dimuat naik ke YouTube, di mana mereka  bersumpah setia kepada Abu Bakr al-Baghdadi, pemimpin dari  ISIS.

Pada 9 April 2016, komander yang berpangkalan di Basilan Hapilon dan Furuji Indama mengetuai 100-150 pejuang Abu Sayyaf pada  serangan terhadap pasukan kerajaan di Tipo-Tipo, Basilan. Sekurang-kurangnya lapan belas tentera terbunuh dan lebih daripada lima puluh askar lain cedera dalam penentuan sepuluh jam. Anak lelaki Hapilon, Ubaida, adalah antara lima pejuang Abu Sayyaf yang terbunuh dalam pertemuan tersebut. Pasukan kerajaan tambahan dikerahkan untuk menangkap atau membunuh Hapilon.

Video 21 Jun 2016 oleh ISIL bertajuk "Struktur Pepejal" yang diiktiraf oleh Hapilon sebagai  mujahid yang diberi kuasa untuk memimpin  jihadis Negara Islam di Filipina, dan menamakannya sebagai [ [emir]] untuk Asia Tenggara. Video itu juga menyeru militan Islam Asia Tenggara untuk pergi ke Filipina dan terlibat dalam jihad.

Sehingga Januari 2017, ISIL mengakui beliau sebagai ahli mereka. Dia diketahui berada di Butig, Lanao del Sur untuk membetulkan kumpulan Maute dan bergabung dengan Abu Sayyaf untuk menubuhkan Negara Islam di Filipina. Beliau kemudiannya dinaikkan pangkat sebagai emir "Wilayah Selatan".

Pada Mei 2017, semasa operasi bersama Angkatan Tentera Filipina dan Polis Nasional Filipina untuk menawan Hapilon, militan dari [[kumpulan Maute] melancarkan serangan  Marawi. Pada masa itu, Hapilon berada di Marawi, bersama penyokongnya. Dia dipercayai cedera.

Pada 16 Oktober, Isnilon dan Omar Maute terbunuh dalam operasi tentera di Marawi, yang menyelamatkan 17 tebusan. Kematian itu disahkan oleh Setiausaha Pertahanan Delfin Lorenzana.