Jabarkan Kepimpinan Khadaffy Janjalani (1999-2007) dari Abu Sayyaf dalam bahasa melayu

Sehingga kematiannya dalam pertempuran pada 4 September 2006, Khaddafy Janjalani dianggap pemimpin nominal kumpulan dengan Angkatan Tentera Filipina. Khadaffy Janjalani berusia 23 tahun kemudian mengambil kepimpinan salah satu daripada puak Abu Sayyaf dalam perjuangan internesin. Beliau kemudian bekerja untuk menyatukan kepimpinan beliau daripada Abu Sayyaf, menyebabkan kumpulan itu untuk hadir aktif bagi tempoh. Selepas kepimpinan Janjalani yang telah diperolehi, Abu Sayyaf memulakan strategi baru, kerana mereka meneruskan untuk mengambil tebusan.

Motif kumpulan bagi penculikan menjadi lebih kewangan daripada agama sepanjang tempoh kepimpinan Khadaffy, menurut penduduk tempatan di kawasan-kawasan yang berkaitan dengan Abu Sayyaf. Wang tebusan mungkin kaedah pembiayaan kumpulan. Kumpulan itu memperluaskan operasinya ke Malaysia pada tahun 2000 apabila ia menculik warga asing dari dua pusat peranginan. Tindakan ini telah dikutuk oleh kebanyakan pemimpin dalam dunia Islam.

Ia juga bertanggungjawab untuk penculikan dan pembunuhan terhadap lebih dari 30 warga asing dan ulama Kristian dan pekerja, termasuk Martin dan Gracia Burnham.

Seorang komander bernama Abu Sabaya telah dibunuh pada tahun 2002 ketika cuba untuk mengelakkan daya.

Galib Andang, salah seorang pemimpin kumpulan itu, telah ditangkap di Sulu pada Disember 2003.

Satu letupan di sebuah pangkalan tentera di Jolo pada 18 Februari 2006 telah dipersalahkan ke atas Abu Sayyaf oleh Brig. General Alexander Aleo, seorang pegawai Tentera Darat.

Khadaffy Janjalani didakwa di Mahkamah Daerah Amerika Syarikat bagi Daerah Columbia kerana penglibatannya dalam serangan pengganas, termasuk pengambilan tebusan oleh Abu Sayyaf dan pembunuhan, terhadap warga Amerika Syarikat dan warga asing lain di dalam dan sekitar Republik Filipina.

Oleh itu, pada 24 Februari 2006, Janjalani adalah antara enam berhijrah dalam kumpulan yang kedua dan yang paling baru-baru ini berhijrah didakwa yang akan ditambah kepada Senarai Pengganas Paling Dikehendaki FBI bersama-sama dengan dua rakan-rakan ahli kumpulan Abu Sayyaf, termasuk Isnilon Totoni Hapilon dan Jainal Antel Sali, Jr.

Pada 13 Disember 2006, ia telah melaporkan bahawa ahli Abu Sayyaf mungkin telah merancang serangan semasa sidang kemuncak ASEAN di Filipina. Kumpulan itu dilaporkan telah berlatih bersama kumpulan militan Jemaah Islamiyah. Plot dilaporkan terlibat meletupkan bom kereta di Bandar Cebu di mana sidang kemuncak itu dijadualkan untuk mengambil tempat.

Pada 27 Disember 2006, tentera Filipina melaporkan bahawa mayat Janjalani yang telah ditemui berhampiran Patikul, di Jolo di selatan Filipina dan ujian DNA telah diarahkan untuk mengesahkan penemuan itu. Dia dikatakan telah ditembak di leher dalam pertemuan dengan tentera kerajaan pada September Luba Hills, bandar Patikul di Sulu.