Jabarkan Menteri Hal Ehwal Agama dari Fakih Usman dalam bahasa melayu

Pada akhir 1949, kerajaan Indonesia dan Belanda mengadakan persidangan yang berlangsung selama beberapa bulan, yang menyebabkan pengiktirafan Belanda terhadap kedaulatan Indonesia pada 27 Disember 1949. Ini membawa kepada pembentukan Republik Indonesia Syarikat (RIS), yang terdiri daripada enam negara anggota. Pada 21 Januari 1950 Fakih menggantikan Masjkur sebagai Menteri Agama di Kabinet Halim, yang mewakili Republik Indonesia; pada masa ini republik itu terdiri dari Yogyakarta, Banten, dan sebahagian besar Sumatera.Bekerja dengan Menteri Agama RIS Wahid Hasyim, Fakih mula memulakan kurikulum keagamaan yang standard di sekolah awam dan memodenkan pendidikan di sekolah agama. Mereka juga bekerja untuk menyatukan kementerian. Pada 17 Ogos 1950, RIS dan negara anggotanya menjadi republik bersatu. Hasyim dikekalkan sebagai menteri hal ehwal agama, dengan Fakih dilantik pengarah pendidikan agama.

Sementara itu, puak-puak yang berbeza di Masyumi dalam konflik ke atas jalan yang diambil oleh parti; ahli NU menganggap Masyumi menjadi terlalu politik, meninggalkan akar Islamnya. Apabila Kabinet Natsir mula runtuh, Masyumi mengemukakan Fakih sebagai potensi Menteri Agama. Perbuatan ini adalah kontroversi kerana empat daripada lima slot yang diperuntukkan untuk parti itu telah pun diisi oleh anggota bukan NU, dan akhirnya NU ditarik keluar dari Masyumi, berkuat kuasa 5 April 1952. Fakih telah dipilih dengan majoriti lima undi manakala calon yang akan datang, Usman Raliby, menerima empat.

Fakih dijadikan Menteri Hal Ehwal Agama di Kabinet Wilopo dan bersumpah pada 3 April 1952, yang menyebabkan beliau dan keluarganya berpindah ke ibukota di Jakarta. Beliau mula bekerja untuk pembaharuan kementerian, termasuk merumuskan pernyataan misinya: untuk menyediakan guru agama, menggalakkan hubungan antaragama, dan menetapkan tarikh cuti keagamaan. Beliau bekerja dalam struktur dalaman, termasuk merasmikan hierarki kepimpinan kementerian dan pembukaan cawangan wilayah dan wilayah. Kementerian itu juga meneruskan promosi pendidikan agama dan ditugaskan mengendalikan jemaah haji Indonesia yang pergi ke hajij. Kabinet Wilopo runtuh pada 30 Julai 1953, berikutan pertikaian imigresen dan tanah di Medan. Fakih digantikan oleh Masjkur.