Jabarkan Atlético Madrid dari Juanfran Torres dalam bahasa melayu

Pada 11 Januari 2011, Juanfran menandatangani Atlético Madrid sehingga Jun 2015 dengan bayaran sebanyak €4 juta. Beliau membuat debut untuk Colchoneros dua hari kemudian, tewas 3-1 kepada Real Madrid pada perlawanan Copa del Rey.

Juanfran menjaringkan gol pertamanya untuk Atlético pada 21 Mei 2011, ketika menang tipis 4–3 ke atas Mallorca. Perlawanan itu merupakan perlawanan terakhir kempen liga 2010-11. Pada musim 2011-12, beliau bermain di posisi pertahanan yang diuruskan oleh pengurus baru, Diego Simeone. Pada 24 Mei 2014, Juanfran bermain 120 minit ketika perlawanan akhir Liga Juara-Juara UEFA 2013-14 di mana Atletico tewas 4-1 kepada Real Madrid di Estádio da Luz. Sebulan kemudian, beliau melanjutkan kontraknya sehingga 2018.