Jabarkan Susun atur dari Masjid Shah Jahan, Thatta dalam bahasa melayu

Tata letak masjid mungkin dipengaruhi oleh Masjid Humayun yang bergaya Timurid konservatif di Kachhpura, berhampiran bandar Agra,  di India moden. Pintu masuk utama ke kompleks masjid adalah melalui Charbagh gaya Parsi, atau taman segi empat.

Dewan solat utama terletak di sebelah barat halaman tengahnya, yang menampilkan iwans, atau portal, di setiap empat arah kardinalnya. Halaman ini berbentuk segi empat tepat, dan berukuran 169 kaki dengan 97 kaki. Ia dikelilingi oleh galeri meluncur, yang dipenuhi dengan 33 gerbang.

Ciri mihrab masjid ini menampilkan skrin yang menusuk - unsur yang biasa digunakan pada monumen pemakaman Mughal, tetapi tidak biasa di masjid Mughal.  Masjid ini mempunyai akustik cemerlang; seseorang yang bercakap di satu hujung kubah boleh didengar dari ujung yang lain apabila ucapannya melebihi 100 decibel.  Doa di dewan doa utama dapat didengar di seluruh bangunan.

Masjid adalah luar biasa kerana kekurangan menara. Ia mempunyai sejumlah 93 kubah, sebahagian besar struktur di Pakistan.