Jabarkan Kepimpinan Abubakar Janjalani (1989-1998) dari Abu Sayyaf dalam bahasa melayu

MNLF telah sederhana menjadi sebuah kerajaan politik ditubuhkan, ARMM. Ia telah ditubuhkan pada tahun 1989, diinstitusikan sepenuhnya oleh 1996 dan yang akhirnya menjadi kerajaan yang memerintah di selatan Mindanao.

Apabila Abdurajik Abubakar Janjalani pulang ke pulau Basilan pada tahun 1990, ia mengumpulkan ahli radikal MNLF lama yang mahu meneruskan perjuangan bersenjata untuk menubuhkan sebuah negara Islam yang merdeka dan pada tahun 1991 telah menubuhkan Abu Sayyaf.

Janjalani telah menyediakan beberapa pembiayaan oleh Arab Islam, Mohammed Jamal Khalifa, yang datang ke Filipina pada 1987 atau 1988 dan merupakan ketua yayasan Pertubuhan Bantuan Islam Antarabangsa cawangan Filipina. Seorang penyeberang dari Abu Sayyaf memberitahu pihak berkuasa Filipina, "IIRO merupakan disebalik pembinaan Masjid, bangunan sekolah dan projek-projek mata pencarian lain" tetapi hanya "di kawasan ditembusi, sangat dipengaruhi dan dikawal oleh Abu Sayyaf." Menurut penyeberang yang "Hanya 10 hingga 30% daripada dana asing pergi ke bantuan dan mata pencarian projek-projek yang sah dan yang lain pergi ke operasi pengganas." Khalifa telah berkahwin dengan seorang wanita tempatan, Alice "Jameelah" Yabo,

Menjelang tahun 1995, Abu Sayyaf aktif dalam pengeboman besar-besaran dan serangan di Filipina. serangan pertama di Abu Sayyaf adalah serangan ke atas bandar Ipil di Mindanao pada April 1995. Tahun ini juga menandakan pelepasan Khadaffy Janjalani berusia 20 tahun dari Camp Crame di Manila bersama-sama dengan ahli lain bernama Jovenal Bruno.

Pada 18 Disember 1998, Abdurajik Abubakar Janjalani terbunuh dalam pertempuran dengan Polis Kebangsaan Filipina di Pulau Basilan. Beliau dipercayai telah berusia 39 tahun semasa kematiannya. Kematian Aburajik Abubakar Janjalani menandakan titik perubahan dalam operasi Abu Sayyaf, beralih daripada tumpuan ideologi kepada yang lebih umum penculikan, pembunuhan dan rompakan, kerana adik Khadaffy Janjalani menggantikan Abdurajak.

Oleh itu, berada di garis pembahagian sosial atau politik, Basilan, Jolo dan Sulu telah melihat beberapa pertempuran paling sengit antara tentera kerajaan dan kumpulan pemisah Islam Abu Sayyaf melalui awal 1990-an. Abu Sayyaf terutamanya beroperasi di selatan Filipina dengan ahli-ahli perjalanan ke Manila dan wilayah-wilayah lain di negara ini. Dilaporkan bahawa Abu Sayyaf telah mula berkembang ke negara jiran Malaysia dan Indonesia menjelang awal 1990-an.

Abu Sayyaf adalah salah satu yang paling kecil, tetapi kuat daripada kumpulan pemisah Islam di Filipina. Beberapa anggota Abu Sayyaf telah belajar atau bekerja di Arab Saudi dan membangunkan hubungan dengan Mujahidin semasa berlawan dan latihan dalam perang menentang pencerobohan Soviet ke atas Afghanistan. Abu Sayyaf mengisytiharkan diri mereka sebagai mujahidin dan pejuang kebebasan tetapi tidak disokong oleh ramai orang di Filipina termasuk ulama yang beragama Islam.