Jabarkan Musim 2012–13 dari Robert Lewandowski dalam bahasa melayu

Lewandowski membuat pemunculan pertama dalam kempen Bundesliga dalam perlawanan Dortmund menentang Werder Bremen 2-1 dalam hari pembukaan musim baru. Jaringan pertamanya dalam perlawanan menentang Bayer Leverkusen, 3-0 pada 15 September 2012. Beliau membuat rekod baru dengan menjaringkan gol berturut-turut dalam 12 perlawanan liga konsekutif mengalahkan rekod Friedhelm Konietzka dari musim 1964–65. Beliau menghabiskan musim ini dengan 24 gol liga dengan satu gol untuk memotong penjaring terbanyak Bundesliga, Stefan Kießling. Walau bagaimanapun, Lewandowski tertinggal tiga perlawanan termasuk dua kad kuning dan satu kad merah.

Dalam Liga Juara-Juara musim 2012-13, Lewandowski menjadi penyelamt Dortmund dengan menjaringkan gol kemenangan 1-0 pada minit ke-87 ketika menetang Ajax. Direktor Borussia Dortmund Michael Zorc menyatakan Lewandowski tidak akan memperbaharui kontraknya dan akan meninggalkan Dortmund pada musim panas 2013 atau selepas musim 2013-14.

Pada 24 April 2013, Lewandowski menjadi pemain pertama menjadi hat-trick dalam separuh akhir Liga Juara-Juara ketika Dortmund menewaskan juara Sepanyol, Real Madrid 4–1 dalam perlawanan pertama. Pada 25 Mei, beliau bermain dalam perlawanan akhir Liga Juara-Juara namun Dortmund tewas 2-1 oleh Bayern Munich.