Jabarkan MEKAR SAKURA dari Sekolah Menengah Sains Kuching Utara dalam bahasa melayu

Demi masa depan yang gemilang

Sekolah Menengah Sains Kuching Utara

Untuk agama, bangsa dan negara

Maju sehati, (maju sehati), maju sejiwa

Dalam usaha untuk mencipta logo sekolah, Lembaga Pengurusan Sekolah telah mengadakan satu pertandingan mencipta logo sekolah. Penyertaan pertandingan ini terbuka kepada seluruh warga SAKURA yang berminat. Hasilnya, pertandingan ini menerima penyertaan yang cukup memberangsangkan daripada warga SAKURA, terutamanya kepada pelajar-pelajar yang amat meminati seni lukisan. Setelah dihakimi oleh Jawatankuasa Pemilihan Logo, maka ahli jawatankuasa sebulat suara memilih logo ciptaan En. Bahtiar b. Afandi, Penolong Kanan Akademik dan Pentadbiran SAKURA untuk menjadi pemenang. Logo Sekolah Menengah Sains Kuching Utara telah dirasmikan pada 22 Mei 2013 oleh Pengetua, Dr. Norisah bt. Hj. Suhaili bersama-sama lagu 'MEKAR SAKURA' dalam satu majlis khas.

Logo ini mempunyai pengertian yang tersendiri. Berikut merupakan perincian kepada setiap komponen logo SAKURA: