Jabarkan Statistik dari Zvonimir Boban dalam bahasa melayu

Apabila Croatia mengisytiharkan kemerdekaannya daripada Yugoslavia, Boban meninggalkan Yugoslavia lalu menyertai pasukan kebangsaan Croatia. Beliau membuat debut untuk pasukan kebangsaan Croatia pada perlawanan persahabatan menentang Romania pada 22 Disember 1990. Perlawanan tersebut merupakan perlawanan kedua Croatia sebagai sebuah negeri bebas sejak 1956. Boban bermain pada perlawanan terakhirnya untuk Croatia pada 13 November 1999 sewaktu menentang Perancis. Beliau menyalahkan kecederaannya bagi keputusannya untuk membuat keputusan bersara dari pasukan kebangsaan tetapi masih bermain untuk kelabnya pada masa itu, Milan buat dua musim lagi. Dalam kariernya bersama pasukan Croatia, Boban bermain 51 perlawanan dan menjaringkan 12 gol.

Boban mengetuai pasukan Croatia yang menjadi tempat ketiga dalam kejohanan Piala Dunia 1998. Kesilapan Boban pada perlawanan separuh akhir membenarkan tuan rumah, Perancis untuk merapatkan kedudukan selepas Croatia ketinggalan satu gol. Lebih teruk lagi, Boban mengalami kecederaan dan mahu dikeluarkan pada separuh masa tetapi beliau tetap bermain sehingga minit ke-65 sebelum digantikan oleh Silvio Maric. Perancis menang 2-1 pada perlawanan itu lalu menjadi juara kejohanan itu. Croatia seterusnya menewaskan Belanda bagi merebut tempat ketiga. Boban melakukan hantaran kepada Davor Šuker untuk menjaringkan gol kemenangan. Selain itu, Boban turut menjadi kapten pasukannya dalam kejohanan Euro 1996 dan laluan mereka terhenti di peringkat suku akhir.