Jabarkan Kerja kemudian dari Fakih Usman dalam bahasa melayu

Fakih terus bekerjasama dengan kementerian dan Muhammadiyah, berkhidmat sebagai Timbalan Pengerusi Pertama organisasi di bawah Ahmad Rasyid Sutan Mansur. Pada tahun 1956 beliau merupakan salah satu daripada tiga ahli Muhammadiyah yang membentangkan konsep mereka sebagai masyarakat Islam yang benar, yang menekankan pendidikan sosial. Selama tempoh ini beliau lebih aktif dengan Masyumi, dan setelah pemilihan Majelis Konstituen 1955, Fakih menjadi anggota Majelis Perlembagaan Indonesia. Perhimpunan ini, bertujuan untuk mencapai persetujuan untuk perlembagaan negara baru, gagal memperoleh konsensus, dan dibubarkan oleh presiden Sukarno dengan keputusannya pada 5 Julai 1959. Pada tahun itu Fakih bekerjasama dengan Hamka, Joesoef Poear Abdullah, dan Ahmad Joesoef untuk melancarkan majalah Pandji Masjarakat. Sukarno kemudian membubarkan Masyumi pada 17 Ogos 1960 setelah pemimpin Masyumi, seperti Mohammad Natsir dan Sjafruddin Prawiranegara, terlibat dengan Kerajaan Revolusi Republik Indonesia; Fakih terlibat dalam rundingan dengan Kerajaan Revolusi, bekerja dengan Mohammad Roem.

Pembubaran Masyumi meninggalkan Fakih dengan lebih banyak waktu untuk memberi tumpuan kepada Muhammadiyah, berkhidmat sebagai Timbalan Pengerusi Kedua di bawah Junus Anis. Semasa kursus kepemimpinan yang dijalankan oleh organisasi semasa Ramadhan pada 1380 Hijrah (Februari/Mac 1961), Fakih mula mempromosikan identiti institusi melalui kuliahnya "Apakah Muhammadiyah Itu". Ini menggariskan organisasi sebagai satu yang berpusat di dunia, memfokuskan kepada isu dunia sebenar, dan bersedia bekerja dengan kerajaan untuk memastikan masa depan yang makmur bagi umat Islam. Konsep-konsep ini kemudiannya dirumuskan melalui tahun 1962 dan dibentuk sebagai identiti institusi, yang meminta Muhammadiyah bekerja untuk mewujudkan masyarakat Islam yang benar-benar menentang politik haluan kiri. Ini seterusnya, diikuti dengan pemfaktoran semula dalam organisasi untuk lebih menyesuaikan diri identiti baru.

Dari tahun 1962 hingga 1965 Fakih berkhidmat sebagai Timbalan Pengerusi Pertama Muhammadiyah di bawah Ahmad Badawi, memberikan panduan kepada para pemimpin agama muda. Semasa pembunuhan dan perubahan kuasa yang menyusul percubaan rampasan Gerakan 30 September, Fakih dan beberapa anggota Muhammadiyah menghantar surat meminta Masyumi supaya diperbaharui; kebenaran ini tidak diberikan. Untuk penggal kedua Badawi, Fakih berkhidmat sebagai penasihat kepada pengerusi, sering mengambil tanggungjawab pengurusan. Beliau dipilih sebagai pengerusi organisasi di Kongres Muhammadiyah ke-37 pada tahun 1968.