Jabarkan Bayer Leverkusen dari Niko Kovač dalam bahasa melayu

Pada musim panas 1996, Kovač meninggalkan Hertha dan sertai kelab Bundesliga, Bayer Leverkusen. Beliau membuat debut Bundesliga pada 17 Ogos 1996 pada perlawanan pembukaan musim 1996–97, Leverkusen menang 4–2 ke atas Borussia Dortmund. Beliau bermain 32 perlawanan Bundesliga dalam musim pertamanya bersama Bayer Leverkusen dan menjaringkan tiga gol. Walau bagaimanapun, beliau terlepas banyak perlawanan pada musim keduanya di Leverkusen akibat mengalami kecederaan ketika menentang VfB Stuttgart. Dalam musim ketiganya di Bayer Leverkusen, Kovač membuat 77 kemunculan Bundesliga dan menjaringkan lapan gol. Beliau bermain di Leverkusen bersama-sama dengan adik beliau, Robert.