Jabarkan Sejarah dari Masjid Shah Jahan, Thatta dalam bahasa melayu

Prasasti Persia di masjid menunjukkan bahawa ia dibina antara 1644 dan 1647,  semasa pemerintahan Maharaja Mughal Shah Jahan . Satu tambahan timur diselesaikan pada tahun 1659,  semasa pemerintahan Maharaja Aurangzeb.

Mihrab masjid pada mulanya telah diselaraskan dengan Mekah. Para mistik Sufi, Makhdum Nooh, yang dikebumikan di bandaraya Hala yang berdekatan dikatakan telah didekati oleh perancang masjid untuk memperbaiki penjajarannya. Tradisi popular mengekalkan bahawa Makhdum Nooh kemudian membetulkan kesilapan semalaman dengan kuasa doanya, sehingga memastikan statusnya sebagai seorang kudus.  Rekod sejarah menunjukkan bahawa mihrab masjid sebenarnya telah dibina semula sebulan selepas pembinaan masjid.