Jabarkan Mengekalkan tradisi pengajian pondok dari Maahad Ahmadi Negeri Sembilan dalam bahasa melayu

Pada tahun 1963 juga, sebahagian tokoh-tokoh tertentu yang tidak bersetuju dengan sistem konvensional yang bakal di bawa KPM telah berpakat membawa SUMT ke Gemencheh, Negeri Sembilan dengan tujuan mengekalkan tradisi sekolah pondok yang berteraskan sistem sanawi yang asalnya diguna pakai di SUMT. Inisiatif tersebut diketuai oleh Allahyarham Ustaz Hamzah bin Maaruf yang telah menghantar satu kertas cadangan kepada pihak berkuasa Negeri Sembilan dan akhirnya diluluskan.

Justeru, Sekolah Agama Menengah, Atas & Sanawi (SAMAS) telah ditubuhkan di kawasan Kampung Sri Asahan di atas tanah yang pada mulanya berkeluasan kira-kira 3-4 ekar sahaja. Tanah tersebut pada ketika itu dikatakan masih dikelilingi hutan, berpaya dan tidak rata. SAMAS kekal di situ sehingga mendapat tanah yang baru dan mula membina bangunan baru di situ pada sekitar awal tahun 1980-an.

Pada tahun 1987 SAMAS telah berpindah tempat ke tanah bersebelahan (seberang jalan) di atas bukit yang berkeluasan kira–kira 20 ekar. Bangunan lama SAMAS telah dijadikan Sekolah Agama Menengah Rendah Gemencheh (SAMRG) pada tahun yang sama.

Pada tahun 1991, Kelas Tahfiz al-Quran telah diperkenalkan dengan pengambilan pertama pelajar seramai 17 orang.

Pada tahun 1992 SAMAS telah diberikan nama baru iaitu Maahad Ahmadi Negeri Sembilan (MANS) bersempena nama mantan Mufti Negeri Sembilan, Sheikh Haji Ahmad bin Sheikh Haji Muhammad Said. Pada tahun 1992 juga, logo baru bagi MANS digunakan.

Pada tahun 2003, kelas tahfiz al-Quran telah dinaik taraf menjadi Institut Tahfiz al-Quran Negeri Sembilan dan dipindahkan lokasinya ke sebuah tempat beberpa kilometer dari MANS.

Pada tahun 2008, Kementerian Pelajaran Malaysia mula mengambil alih pentadbiran Sekolah Menengah Rendah Agama seluruh Negeri Sembilan dari JHEAINS. Akibat penstrukturan semula pemilikan sekolah ini, SAMRG telah dimansuhkan dan diserap ke dalam MANS. MANS telah kembali mengambil alih tapak sekolah SAMRG secara rasmi.

Bangunan lama SAMRG telah dijadikan Kolej STAM sebagai tempat belajar bagi pelajar-pelajar yang menduduki Sijil Tinggi Agama Malaysia (STAM) pada tahun 2010. Bangunan di sekolah lama ini  telah berusia 50 tahun.

Sehingga kini, MANS masih dapat mengekalkan dan melaksanakan sistem sanawi, menghafaz Al-Quran dan menggunakan Bahasa Arab dan Bahasa Melayu sebagai bahasa pengantar.