Jabarkan Bayern Munich dari Javi Martínez dalam bahasa melayu

Pada 29 Ogos 2012, beliau menandatangani kontarak lima tahun bersama FC Bayern Munich dengan bayaran sebanyak €40 juta. Beliau menjadi pemain rekod perpindahan terbesar sejak 50 tahun di Bundesliga.

Martínez membuat penampilan pertama pada 2 September iaitu pada hari ulang tahunnya yang ke-24, menentang VfB Stuttgart, 6-1. Beliau menjaringkan gol pertamanya untuk Bayern menentang Hannover 96 pada 24 November. Beliau menjaringkan gol melalui sepakan gunting, Bayern menang 5-0.

Berikutan pasukannya menang 4-0 ke atas FC Barcelona pada perlawanan pertama separuh akhir Liga Juara-Juara UEFA 2012-13 pada 23 April, beliau menjadi kunci utama tentang strategi tiki-taka ke atas rakan senegara, Xavi dan Andrés Iniesta;

Martínez memulakan kempen 2013-14 dengan duduk di bangku simpanan di bawah pengurus baru, Pep Guardiola. Pada 30 Ogos 2013, pada perlawanan Piala Super UEFA menentang Chelsea, beliau berjaya menjaringkan gol pada lewat perlawanan dan berjaya mengheret ke masa tambahan dan Bayern menang melalui tendangan penalti.