Jabarkan Villarreal dari Manuel Pellegrini dalam bahasa melayu

Pellegrini mengambil alih peranan pengurus di Villarreal CF pada 1 Julai 2004. Dalam musim pertamanya di kelab itu, Villarreal layak ke Liga Juara-Juara Eropah selepas menduduki tempat ketiga liga dan layak ke suku akhir Piala UEFA. Pada musim berikutnya, Villarreal layak ke separuh akhir Liga Juara-Juara Eropah 2005–06 sebelum tewas kepada Arsenal. Villarreal kemudiannya menduduki tempat ketujuh dalam La Liga pada tahun itu. Pada dua musim berikutnya menyaksikan Villarreal menduduki tempat kelima dan tempat kedua di dalam liga, yang merupakan satu pencapaian bersejarah untuk kelab. Pellegrini membawa El Submarino Amarillo ke peringkat kalah mati Liga Juara-Juara Eropah dimana mereka diundi menentang Arsenal sekali lagi semasa peringkat suku akhir, kalah 4–1 secara agregat.

Semasa akhir-akhir tahun 2007, Villarreal menawarkan Pellegrini kontrak lanjutan sehingga tahun 2011. Pada 31 Mei 2009, selepas perlawanan terakhir La Liga untuk Villarreal, Pellegrini berkata: "Tiada sesiapa dari Real Madrid yang bercakap dengan saya. Saya ada kontrak bersama Villarreal, kami menamatkan liga hari ini, dan esok kami akan pergi bercuti," selepas ditanya oleh media berkenaan khabar angin bahawa dia sedang berbincang dengan Madrid.

Pada 1 Jun 2009, seorang eksekutif Villarreal mengumumkan bahawa Pellegrini tidak akan terus bersama kelab itu. Eksekutif kelab Valencia itu mengatakan bahawa jika Real Madrid ingin menandatangani jurulatih Chile itu, mereka perlu membayar klausa penamatan Pellegrini sebanyak €4 juta.