Jabarkan Kerjaya dari Joko Anwar dalam bahasa melayu

Semasa temuramah bersama Nia Dinata di The Jakarta Post, penerbit filem itu tertarik dan bertanya kepadanya untuk menulis bagi projek terbarunya yang kemudiannya bertajuk Arisan! (2003). Filem ini melayakkannya kejayaan komersial dan kritikan dan memenangi beberapa anugerah termasuk "Filem Terbaik" di Festival Filem Indonesia 2005 dan "Filem Terbaik" di Anugerah Filem MTV Indonesia 2004. Beliau terus mengarahkan filem cetera, sebuah filem romantik Janji Joni (2005), yang ditulisnya semasa di kolej pada 1998. Arahan sulung pertamanya ini merupakan pecah panggung #1 di Indonesia pada tahun itu dan memenangi "Filem Terbaik" MTV Indonesia Movie Awards 2005. Yayasan SET yang dipengerusikan oleh pembikin filem ternama Indonesia, Garin Nugroho memberikannya sebuah anugerah khas bagi penceritaan inovatif di dalam sebuah filem. Janji Joni telah dipilih di beberapa festival filem antarabangsa seperti Festival Filem Sydney dan Festival Filem Antarabangsa Pusan. Filem ini menghidupkan semula kerjaya Barry Prima, pelakon seni mempertahankan diri antarabangsa, yang merupakan wira sanjungan Joko semasa kecil.

Pada 2007, Joko menulis dan mengarahkan Kala, penghargaan Indonesia pertama untuk film noir yang menerima ulasan dari pengkritik. Sight & Sound memilih filem itu sebagai salah satu filem terbaik dan juga menamakan Joko sebagai salah satu pembikin filem paling pintar di Asia. Filem ini telah dipertontonkan di beberapa festival filem dan memenangi Hadiah di Festival Filem Asia New York. The Hollywood Reporter menamakan filem itu sebagai "noir yang sofistikated sebagai penghargaan bagi karya Fritz Lang "M.""  Filem ini juga telah dibandingkan dengan karya oleh Alex Proyas dan Kiyoshi Kurosawa.

Selain filem-filem yang diarahkan oleh Anwar sendiri, beliau juga telah menulis beberapa lakonlayar untuk pengarah lain, termasuk komedi seks Quickie Express yang memenangi Filem Terbaik 2008 di Festival Filem Antarabangsa Jakarta dan thriler Jakarta Undercover. Kedua-dua filem itu berjaya di pecah panggung. Beliau juga menulis Fiksi yang memenangi beberapa anugerah di Indonesia termasuk Filem Terbaik dan Lakonlayar Terbaik di Festival Filem Indonesia.

Filem seterusnya Anwar, Forbidden Door, dikeluarkan pada tahun 2009 yang merupakan pencetus psikologi yang juga menerima ulasan sambutan daripada pengkritik. Richard Corliss dari TIME menulis bahawa "Sebagai licik kerana ia sakit, filem itu boleh menjadi kad panggilan Anwar untuk pekerjaan antarabangsa, jika hanya mogul Hollywood yang menginginkan sesuatu daripada jarak sempitnya sendiri". Beliau juga menyebut filem itu sebagai "contoh filem apa yang boleh tetapi jarang berani cuba". Maggie Lee dari The Hollywood Reporter menulis bahawa filem Anwar "boleh membuatkan Hitchcock dan Almodovar bangga", dan menyebut bahawa "Joko Anwar mengaksesnya dengan kengerian yang menyeramkan dengan pelbagai penghormatan auteur".  Filem ini telah dipertontonkan di beberapa festival filem termasuk di The Times BFI Festival Filem London, Festival Filem Antarabangsa Rotterdam, Festival Filem Asia New York, dan Dead by Dawn.