Gw mau tau Bayern Munich dari Thiago Alcântara. Jelasin dalam bahasa melayu

Pada 14 Julai 2013, Thiago menandatangani kontrak empat tahun bersama kelab Bayern Munich denga bayaran 25 juta euro. Thiago membuat debut untuk Bayern ketika perlawanan DFL-Supercup 2013 tewas kepada Borussia Dortmund, 4-2 pada 27 Julai. Beliau membuat debut di Bundesliga ketika menang itpis 1-0 ke atas Eintracht Frankfurt pada 11 Ogos 2013.

Pada 21 Disember 2013, beliau menjaringkan gol pertamanya di kejohanan besar untuk Bayern pada perlawanan akhir Piala Dunia Kelab FIFA 2013 menentang Raja Casablanca dari Maghribi, Bayern menang 2-0. Pada 29 Januari 2014, beliau menjaringkan gol melalui sepakan gunting pada masa tambahan ketika menentang VfB Stuttgart dan diundi sebagai Gol Terbaik Bulanan. Empat hari kemudian, beliau merekodkan rekod baru Bundesliga apabila menyentuh bola sebanyak 185 kali pada perlawanan menentangEintracht Frankfurt. Pada 23 Februari, beliau menjaringkan dua gol semasa melakar kemenangan 4-0 ke atas Hannover 96. Gol itu merupakan gol terakhir Thiago pada musim ini. Beliau menamatkan musim dengna kecederaan lutut ketika menentang 1899 Hoffenheim enam hari kemudian walaupun Bayern menjuarai liga dan piala.

Selepas kira-kira setahun cedera, Thiago kembali pada 4 April 2015 menggantikan Philipp Lahm untuk bermain 21 minit terakhir ketika menang 1-0 ke atas Borussia Dortmund. Empat hari kemudian, beliau juga menggantikan Lahm pada perlawanan suku akhir DFB-Pokal menentang Bayer Leverkusen. Beliau menyudahkan tendangan penalti terakhir untuk membawa Bayern ke separuh akhir selepas terikat seri tanpa jaringan. Pada 15 April, beliau menjaringkan gol tunggal untuk Bayern pada perlawanan pertama suku akhir Liga Juara-Juara menentang FC Porto, tewas 3-1. Enam hari kemudian, beliau menanduk masuk hantaran lintang oleh Juan Bernat untuk menjaringkan gol pembukaan ketika Bayern membelasah Porto 6-1 di halaman sendiri pada perlawanan timbang balik Liga Juara-Juara, Bayern layak ke separuh akhir selepas membenam Porto 7-4 pada agregat. Pada 26 April, Thiago meraikan kemenangan kedua Bundesliga bersama Bayern selepas VfL Wolfsburg tewas kepada Borussia Mönchengladbach.