Jabarkan Kembali ke Benfica dari Rui Costa dalam bahasa melayu

Pada 25 Mei 2006, Rui Costa kembali semula ke Benfica untuk beraksi pada musim akan datang selepas diumumkan dalam satu sidang perjumpaan. Beliau dilepaskan oleh Milan selepas Costa dan kelabnya mencapai persetujuan untuk menamatkan kontraknya. Kedatangan Costa ke Benfica dipuji oleh bekas pemain antarabangsa Portugal dan Benfica, Eusébio. Costa membuat debut untuk Benfica pada perlawanan kelayakan Liga Juara-Juara 2006-07 menentang FK Austria Wien pada Ogos 2006. Pada perlawanan seterunya di Estádio da Luz, Costa menjaringkan gol untuk Benfica dan akhirnya pasukannya menang 3-0 dan mara ke peringkat kumpulan.

Selepas musim baru bermula, Costa malangnya mengalami kecederaan serius yang memaksa beliau diketepikan selama tiga bulan. Costa kembali pada Januari 2007 pada perlawanan Taça de Portugal menentang Oliveira do Bairro S.C.. Berikutan Costa kembali, beliau banyak beraksi dalam kesebelasan utama di bawah jurulatih Fernando Santos. Musim pertama Costa di Benfica menyaksikan pasukannya menduduki tangga ketiga di belakang Porto dan Sporting dalam saingan Primeira Liga. Pada kejohanan lain pula, Benfica disingkirkan dalam pusingan 16 Taça de Portugal dan tersingkir pada peringkat suku akhir Piala UEFA menentang Espanyol.

Sebelum bermulanya musim 2007-08, Costa mengumumkan musim itu bahawa musim terakhirnya baginya sebagai seorang pemain profesional. Walaupun pemecatan jurulatih Ferdinand Santos pada awal musim, Costa tetap sebagai pemain utama di bawah jurulatih baharu, José Antonio Camacho. Costa membantu Benfica melangkah ke peringkat kumpulan Liga Juara-Juara selepas menjaringkan dua gol menentang Copenhagen pada perlawanan pertama kelayakan Liga Juara-Juara. Beliau juga pemain penting pada perlawanan kedua menentang kelab Denmark itu yang berkesudahan Benfica menang 1-0 di tempat lawan. Seterusnya menandakan Benfica beraksi di peringkat kumpulan Liga Juara-Juara buat tiga musim berturut-turut.

Costa menjaringkan gol liga pertamanya sejak beliau berpindah ke Benfica pada perlawanan menentang Nacional pada September 2007. Persembahan cemerlang Costa pada saingan liga membolehkan beliau memperoleh anugerah Pemain Terbaik Bulanan SJPF bagi bulan September 2007.  Pada saingan Liga Juara-Juara pula, Benfica tersingkir dari layak ke pusingan seterusnya selepas menduduki tempat ketiga di belakang Milan dan Celtic F.C. sebelum Benfica layak terus ke peringkat kalah mati Piala UEFA.

Pada tahun baru, Benfica dilihat tidak dapat mencabar kejuaraan liga selepas jatuh ke tangga pertengahan liga dan keutamaan Benfica kini adalah merebut tempat ke kelayakan Liga Juara-Juara. Benfica juga disingkirkan oleh Getafe pada pusingan 16 dalam Piala UEFA. Di bawah kapten Costa, Benfica juga tersingkir dari Taça de Portugal apabila mereka tewas kepada Sporting pada separuh akhir walaupun Costa menjaringkan gol pada perlawanan itu, Benfica tewas 5-3. Costa beraksi untuk perlawanan terakhirnya bersama Benfica pada 11 Mei 2008 di Estádio da Luz menentang Vitória de Setúbal. Beliau dikeluarkan pada minit ke-86 perlawanan sambil meneriam tepukan gemuruh oleh peminat seluruh stadium.