Jabarkan Bayern Munich dari Louis van Gaal dalam bahasa melayu

Pada 1 Julai 2009, Van Gaal mengambil alih sebagai pengurus Bayern Munich. Van Gaal mengatakan itu merupakan kelab impiannya. Pada 28 Ogos 2009, Van Gaal menandatangani pemain Arjen Robben dari Real Madrid. Van Gaal memulakan kerjayanya di Bayern hambar selepas hanya menang satu daripada empat perlawanan. Bayern juga kalah pada pusingan pertama Liga Juara-Juara UEFA 2009-1 selepas dua kali tewas kepada Bordeaux. Van Gaal membawa masuk banyak pemain muda seperti Thomas Müller, Holger Badstuber dan Bastian Schweinsteiger serta penyerang Itali Luca Toni.

Pada 8 Mei 2010, FC Bayern menjadi juara Bundesliga selepas menang 3-1 ke atas Hertha BSC, membuat van Gaal menjadi jurulatih Belanda pertama memenangi Bundesliga. Pada 15 Mei 2010, Bayern menjuarai DFB-Pokal selepas menewaskan Werder Bremen, 4-0.

Pada perlawanan Liga Juara-Juara, Bayern menang 4–4 melalui gol lawan pada suku akhir menentang Manchester United. Bayern kemudian menang 4-0 pada agregat menentang Olympique Lyonnais pada separuh akhir. Pada perlawanan akhir, van Gaal bertemu bekas murid dan pembantunya di Barcelona, iaitu jurulatih Inter, José Mourinho. Bayern tewas 2-0 pada perlawanan akhir kepada Inter. Pada 25 Mei 2010, Karl-Heinz Rummenigge melanjutkan kontrak van Gaal di Bayern selama setahun. Pada penghujung musim, van Gaal diundi sebagai pengurus bola sepak terbaik Jerman oleh pemain bola sepak profesional Jerman.

Van Gaal memulakan musim 2010-11 dengan menjuarai DFL-Supercup selepas 14 tahun. Pada 7 Mac 2011, Bayern membatalkan kontrak van Gaal selepas penghujung musim 2010-11. Beliau kemudian dipecat pada awal musim 2011.