Jabarkan Sejarah dari Sekolah Menengah Kebangsaan Agama Keningau dalam bahasa melayu

Idea asal penubuhan sekolah ini telah disuarakan oleh Allahyarham Tun Ghabar Baba pada tahun 1994. Pada tahun 2008, Kementerian Pelajaran Malaysia telah meluluskan tapak dan tempat pembinaan SMK Agama Keningau. Pembinaan telah dimulakan pada tahun 2010 dan pada tahun 2012, sekolah ini telah siap dibina. Sekolah ini telah dibuka dan beroperasi pada tanggal 16 Februari 2013. Tarikh ini merupakan tarikh yang bersejarah bagi warga SMK Agama Keningau kerana sebuah sekolah agama berasrama penuh di Keningau telah dibuka.

Peneraju utama sekolah ini ialah pengetua pertama Allahyarham Ustaz Haidon Hadi Sapiri. Pada mulanya sekolah ini diterajui oleh seramai 12 orang guru termasuk pengetua, penolong kanan 1, penolong kanan kokurikulum dan 5 orang anggota kumpulan pelaksana (AKP). Sehingga 1 Julai 2013, bilangan guru bertambah dengan kehadiran guru-guru muda seramai 9 orang termasuklah Cikgu Raja Mohd Hazwan Raja Mamat yang sangat hensem. Ustaz Rafizal belum datang lagi. Sekolah ini buat julung-julung kalinya telah menerima pendaftaran murid pertama pada 16 Februari 2013 seramai 152 orang yang terdiri daripada pelajar tingkatan 1 dan tingkatan 4. Uniknya, nama sekolah ini diberi kerana berasal daripada perkataan keningau/koningau atau keliangau yang bermaksud kayu manis. Tambahan pula, Daerah Keningau terkenal dengan pokok kayu manis.

Pada tahun 2020, bilangan pelajar sekolah ini telah mencecah 580 orang dan bilangan guru dan staf seramai 60 orang. Pada awal tahun 2019, sekolah ini telah dipimpin oleh pengetua baharu iaitu Ustaz Yusof Jasmin yang sebelum ini bertugas di SMK Desa Wawasan Tambunan. Beliau dibantu oleh Encik Saripin Muji selaku PK1, Ustaz Sulaimin Musinin selaku PK HEM dan Encik Hamiun Suani selaku PK KOKUM. Barisan Pentadbir iaitu Puan Sufiah Hanum (KB Kemanusiaan), Puan Rolita Gibon (KB Sains Matematik), Ustaz Esibi Lakui (KB Bahasa), Puan Suraya Salih (KB VOTEK) dan Ustaz Saimin Jamirin (KB Pengajian Islam). Manakala Cik Afiah Raffe dan Cik Hidayah Hadi Haidon merupakan kaunselor sekolah ini.