Jabarkan Beraksi di Piala UEFA dari Empoli F.C. dalam bahasa melayu

Siri kenaikan ke Serie A pada 2002 dan 2005 dilihat kelab ini berjuang mengelak penyingkiran. Ia berakhir pada musim 2005–06 di tempat kesepuluh liga. Berikutan skandal "calciopoli" yang merupakan skandal menetapkan perlawanan Serie A pada penghujung musim, mereka memperoleh tiket ke kelayakan Piala UEFA buat musim seterusnya, walau bagaimanapun, mereka tidak dapat beraksi oleh kerana pengurusan kelab tidak memenuhi peraturan UEFA. Pada musim 2006–07, Empoli sekali lagi layak ke Piala UEFA.

Dengan menandatangani beberapa pemain muda dari kelab ternama Serie A seperti Rincón dari Inter, Ignazio Abate dan Lino Marzoratti dari Milan dan Sebastian Giovinco, Claudio Marchisio dan Rej Volpato dari Juventus secara pinjaman. Empoli mencatat perlawanan debutnya di Piala UEFA dengan dua perlawanan timbang balik menentang Zürich yang berkesudahan tewas 4-2 pada agregat. Prestasi hambar yang dilemparkan pada musim ini menyebabkan pengerusi kelab, Fabrizio Corsi mengambil tindakan untuk memecat Luigi Cagni yang membawa Empoli ke Piala UEFA dan tempatnya digantikan oleh Alberto Malesani. Walau bagaimanapun, nasib dan prestasi kelab tidak berubah dan Malesani dipecat selepas tewas 2-0 kepada Sampdoria. Cagni dilantik semula pada 31 Mac 2008 tetapi pasukan ini menghadapi penyingkiran pada masa terakhir. Cagni meletak jawatan dan digantikan oleh Silvio Baldini bagi menghadapi musim 2008–09 di Serie B. Di bawah pengurusan Baldini, Empoli tidak menunjukkan sebarang peningkatan dan Tuscan hanya menghuni tempat kelima sebelum tewas pada perlawanan play-off ke Serie A oleh Brescia.