Jabarkan 2000–2009 dari Jodie Foster dalam bahasa melayu

Projek pertama Foster pada dekad baru adalah Waking the Dead (2000) yang diterbitkan olehnya. Beliau menolak untuk menyambung wataknya sebagai Clarice Starling dalam Hannibal (2001) dan menumpukan terhadap projek arahan baru, Flora Plum. Filem ini dibintangi Claire Danes dan Russell Crowe tetapi terpaksa dihentikan selepas Crowe mengalami kecederaan di set dan tidak mampu untuk menyelesaikan penggambaran dalam masa yang ditetapkan; Foster gagal untuk menghidupkan semula projek ini beberapa kali dalam tahun-tahun berikutnya. Foster menutup Egg Pictures pada tahun 2001. Produksi terakhir syarikat ini, The Dangerous Lives of Altar Boys, ditayangkan di Festival Filem Sundance pada bulan Januari 2002. Ia menerima ulasan baik dan ditayangkan secara terhad di teater pada musim panas.

Selepas pembatalan Flora Plum, Foster mengambil peranan utama dalam filem thriller David Fincher, Panic Room.

Selepas penampilan kecil dalam drama Perancis, A Very Long Engagement (2004), Foster membintangi tiga lagi filem thriller. Yang pertama adalah Flightplan (2005) dimana beliau melakonkan watak seorang wanita dimana anak perempuannya hilang ketika dalam penerbangan. Filem ini mencapai kejayaan box office tetapi menerima ulasan negatif. Ia disusuli dengan filem Spike Lee, Inside Man (2006), juga dibintangi Denzel Washington dan Clive Owen. Filem thriller ketiga adalah The Brave One (2007). Filem ini gagal mencapai kejayaan tetapi Foster mendapat pencalonan Golden Globe keenamnya. Filem terakhir beliau pada dekad ini adalah Nim's Island (2008), juga dibintangi Gerard Butler dan Abigail Breslin. Pada tahun 2009, beliau menyuarakan watak Maggie dalam sebuah episod The Simpsons bertajuk "Four Great Women and a Manicure".