Jabarkan Sejarah (Versi Lain) dari Cheng Hoon Teng dalam bahasa melayu

Tapak kuil ini diasaskan semasa era Malaka Belanda oleh Kapitan Cina Tay Kie Ki Tay Hong Yong pada tahun 1645. Struktur tambahan kemudiannya dibina pada tahun 1673 di bawah pimpinan Kapitan Li Wei King Koon Chang dengan bahan yang diimport dari China. Kuil itu berfungsi sebagai tempat ibadat utama bagi masyarakat orang Hoklo (Hokkien) tempatan. Kapitan Chan Ki Lock membina dewan utama untuk kuil pada tahun 1704. Pada tahun 1801, struktur kuil telah diubah suai di bawah pimpinan Kapitan Chua Su Cheong Tok Ping yang merupakan bapa kepada Choa Chong Long, Kapitan pertama Singapura, dengan penambahan struktur tambahan.

Pada tahun 1962, kemudian Abbot (Buddhisme) Seck Kim Seng telah ditahbiskan Houn Jiyu-Kennett, seorang Zen biarawati dari England dan bakal pengasas Order of Buddhist Contemplatives , di kuil ini. Kuil ini telah dianugerahkan anugerah UNESCO untuk pemulihan seni bina yang cemerlang pada tahun 2003.