Jabarkan Perang Dunia II dari Cooktown, Queensland dalam bahasa melayu

Menjelang tahun 1940, bukti kecil Cooktown atau masa lalu menarik Maytown kekal. Semasa Perang Dunia Kedua, Cooktown menjadi pangkalan penting bagi usaha perang. Penduduk awam Cooktown digalakkan untuk berpindah menghadapi kemajuan Jepun dan pada tahun 1942 majoriti telah ditinggalkan. Orang-orang Aborigin dalam misi Lutheran di Hope Vale dan Bloomfield secara paksa dihapuskan - kebanyakan dibawa ke selatan ke Woorabinda pada bulan Mei, 1942, sementara beberapa orang tua dihantar ke Pulau Palm. Mubaligh kanan, Pastor Schwartz (dikenali sebagai Muni kepada orang tempatan), telah ditangkap dan diletakkan di tempat tahanan kerana dia disyaki sebagai simpatisan musuh. Orang Aborigin tidak dibenarkan pulang ke tanah air mereka sehingga tahun 1949, selepas berakhirnya perang. Ramai orang Orang Asli meninggal dunia ketika berpindah dari tanah tradisional mereka, dan banyak keluarga Aborigin dan putih tidak pernah pulang dari pengasingan mereka.

Seramai 20,000 pasukan Australia dan Amerika ditempatkan di dalam dan di sekitar bandar. Lapangan terbang sibuk memainkan peranan utama dalam Pertempuran Laut Koral yang penting apabila pengembangan Jepun ke tanah besar Australia akhirnya dihentikan.

Unit ketenteraan terakhir, Skuadron Base Operasi Ke-27 dari RAAF, menghentikan operasi di Cooktown pada bulan April 1946.