Jabarkan Jentera asas: adaptasi dalaman dari Adaptasi dalam bahasa melayu

Ada sesetengah adaptasi amat penting yang berkenaan dengan keseluruhan koordinasi sistem-sistem dalam badan. Misalnya, dalam tubuh haiwan vertebrata, adanya kawalan suhu, atau peningkatan fungsi otak, ataupun sistem imun yang lebih berkesan. Bagi tumbuhan pula, contohnya ialah perkembangan sistem pembiakan dalam tumbuhan berbunga. Adaptasi sebegini boleh menyebabkan kladnya (kelompok monofiletik) lebih berdaya hidup dalam berbagai-bagai habitat. Tindakan adaptasi besar sebegini sering menjadi pencetus penyebaran menyesuai yang berjaya menampung kehidupan seluruh kelompok haiwan dan tumbuhan untuk jangka masa yang lama.

Kompromi dan konflik antara adaptasi

Amat benar bahawa Alam Semula Jadi bukannya tahu segalanya; bahawa evolusi genetik... ialah kisah pembaziran, ganti-berganti, kompromi dan kekhilafan besar. Peter Medawar

Sebagus mana pun semua adaptasi tetap ada pincangnya: kaki kuda sesuai sekali untuk berlari atas rumput, sayangnya kuda tidak boleh menggaru belakangnya; bulu mamalia membantu mengawal suhunya, tetapi membuka peluang kepada gangguan ektoparasit; dan burung penguin hanya mampu "terbang" dalam air. Apatah lagi, adaptasi-adaptasi yang berbeza fungsinya boleh saling bercanggah. Tidak jarang terjadinya kompromi dan ganti-berganti, maka tidak tercapainya kesempurnaan. Selection pressures pull in different directions, and the adaptation that results is some kind of compromise.

Memandangkan seluruh fenotip menjadi sasaran pemilihan (semula jadi), maka adalah mustahil untuk memperbaiki segala aspek fenotip itu serentak ke tahap yang sama. Ernst Mayr

Perhatikan tanduk rusa elk Ireland (yang sering dianggap terlampau besar; saiz tanduk rusa biasanya berhubungan alometri dengan saiz badan). Jelas sekali, tanduk rusa berguna sebagai alat pertahanan terhadap pemangsa, serta berjaya mencari teman dalam musim mengawan tahunan; namun mahal sekali harga yang terpaksa dibayar untuk tanduk-tanduk sebegitu. Saiz tanduk pada zaman glasier akhir dipercayai bergantung pada untung rugi keupayaan membiak yang relatif dalam populasi rusa elk ketika itu. Satu lagi contoh: ciri-ciri penyamaran untuk mengelakkan diri daripada dikesan hilang apabila warna-warni badan diserlahkan pada musim mengawan, iaitu ancaman kepada nyawa diimbangi oleh keperluan untuk membiak.

Misalnya, ekor berwarna-warni burung merak (yang tanggal berganti tepat pada setiap musim mengawan) bukan sahaja terlalu menonjol, bahkan membantutkan daya gerak dan terbangnya, tidak lupa juga banyak menggunakan sumber makanan. Darwin menjelaskan kelebihan ekor itu dari segi pemilihan seks: "bergantung pada kelebihan yang ada pada individu tertentu berbanding individu lain yang sama jantina dan spesiesnya, berkaitan dengan pembiakan sahaja."  Pemilihan seks sedemikian yang dipaparkan oleh burung merak ini dipanggil 'pilih pasangan', yang membayangkan bahawa prosesnya memilih individu yang lebih tegap, iaitu yang lebih bernilai kemandiriannya berbanding yang kurang tegap. Sudah sekian lama gagasan pemilihan seks tidak diabaikan, tetapi kini diterima semula. Biasanya, burung merak biru Pavo cristatus merupakan spesies yang agak cemerlang kerana taburan semula jadinya yang luas di India, maka keseluruhan sistem pengawanannya memastikan burung ini cukup berdaya hidup.

Konflik antara saiz otak janin manusia ketika lahir, (yang tidak boleh melebihi 400ccs, agar senang untuk melalui pelvis ibu) dan saiz yang diperlukan untuk otak dewasa (kira-kira 1400ccs), bererti otak bayi baru lahir nyata belum matang. Perkara-perkara terpenting dalam kehidupan manusia (pergerakan, perbualan) terpaksa menunggu sehingga otak membesar hingga matang. Beginilah kesan kompromi kelahiran. Masalahnya berpunca daripada cara manusia berdiri tegak dengan berkaki dua, seandainya tidak bentuk pelvis manusia pasti lebih senang untuk kelahiran bayi. Masalah ini juga dialami oleh orang purba Neanderthal.