Jabarkan Pengenalan dan ekspresi jantina dari Hak LGBT di Malaysia dalam bahasa melayu

Laporan Hak Asasi Manusia melaporkan bahawa undang-undang syariah peringkat negeri (undang-undang syariah) yang melarang orang berpakaian silang dan transgender "menghadapi penangkapan sewenang-wenang, serangan fizikal dan seksual, pemenjaraan, penafian diskriminasi terhadap penjagaan kesihatan dan pekerjaan, dan penyalahgunaan lain."

Individu transgender sering ditangkap oleh pegawai polis di bawah undang-undang sivil yang mentadbir "kebencian awam", dan jika mereka adalah Muslim, boleh dikenakan lagi oleh pegawai agama di bawah Undang-Undang Syariah untuk "menyamar" wanita. Laporan 2014 Human Rights Watch mendakwa orang transgender tertakluk kepada "serangan, pemerasan dan pelanggaran hak privasi mereka" oleh polis, dan penghinaan, serangan fizikal dan seksual oleh pegawai Jabatan Agama.

Pada tahun 1998, 45 orang Islam pondan dituduh dan disabitkan di mahkamah untuk berpakaian sebagai wanita, dan dua puluh tiga lagi orang transgender menghadapi denda yang sama dan dipenjarakan pada tahun 1999.

Telah dianggarkan bahawa sebilangan besar orang transgender dipaksa bekerja di jalanan sebagai pekerja seks komersial untuk mendapatkan nafkah.

Pada November 2014, tiga wanita transgender dari negeri Negeri Sembilan yang ditangkap kerana berpakaian salib melalui undang-undang Syariah berjaya merayu untuk mengkaji semula undang-undang kehakiman di Mahkamah Rayuan Malaysia pakaian orang dengan keganasan jantina. Oleh kerana kekurangan sebutan mengenai keganasan gender dan kekurangan bukti perubatan untuk tuntutan penasihat undang-undang negeri bahawa orang-orang transgender tidak siuman, mahkamah sebulat suara mengisytiharkan undang-undang Syariah anti berpakaian salib sebagai tidak sah dan melanggar hak perlembagaan "kebebasan ungkapan, pergerakan dan hak hidup dalam martabat dan kesamaan". Pada 8 Oktober 2015, Mahkamah Persekutuan Malaysia membatalkan keputusan berdasarkan alasan prosedur. Mahkamah mendapati bahawa ketiga-tiga wanita sepatutnya mendapat kebenaran kehakiman hakim Mahkamah Persekutuan apabila mereka memulakan cabaran perlembagaan mereka. Walaupun hakim Mahkamah Tinggi telah membenarkan kebenaran pada bulan November 2011, Mahkamah Persekutuan memutuskan bahawa ia telah melakukan begitu salah.

Pada bulan Ogos 2016, Mahkamah Tinggi Kuala Lumpur mengarahkan Jabatan Pendaftaran Negara (JPN) untuk mengemaskini maklumat lelaki trans pada kad pengenalan untuk lebih mencerminkan identiti jantina dan nama yang dipilih. Hakim berpendapat bahawa "plaintif mempunyai hak perlembagaan berharga untuk hidup di bawah Perkara 5(1) Perlembagaan Persekutuan, dan konsep kehidupan di bawah Perkara 5 mestilah merangkumi hak plaintif untuk hidup dengan martabat sebagai seorang lelaki dan diberikan secara sah pengiktirafan kehakiman sebagai lelaki." JPN kemudiannya merayu keputusan itu.