Jabarkan Kemalangan dari Jabatan Kereta Api Negeri Sabah dalam bahasa melayu

Pada 9 April 2008, sebuah kereta api JKNS terjunam ke dalam Sungai Padas sedalam 10 meter setelah tergelincir dari landasan akibat tanah runtuh berhampiran Tenom, mengorbankan 2 penumpang.

Pada 31 Oktober 2011, sebuah kereta api JKNS yang membawa 200 penumpang dari stesen Tanjung Aru menuju ke Papar bertembung dengan sebuah lori tangki yang dikatakan cuba menggunakan lintasan kereta api haram di Kepayan, Kota Kinabalu. Pertembungan tersebut menyebabkan satu letupan yang mengakibatkan 12 orang cedera parah dan tiada kematian.

Pada November 2014,kereta api ke Papar terbabas kerana terlanggar perengkuh yang digunakan untuk membaiki laluan kereta api selepas Banjir Asia Selatan dan Asia Tenggara  telah memutuskan rel kereta api Dari Kota Kinabalu ke Papar.