Jabarkan Motto dari Sekolah Menengah Kebangsaan Agama Putrajaya dalam bahasa melayu

Bermaksud mengutamakan ilmu pengetahuan ke arah melahirkan modal insan

Bermaksud berpegang teguh kepada nilai agama selaras dengan konsep sekolah menengah kebangsaan agama.

Bermaksud menghayati kejujuran dan ketulusan serta sentiasa bertanggungjawab dalam menjaga nama baik sekolah daripada sebarang bentuk unsur yang negatif.

Penubuhan SMKA Putrajaya adalah berasaskan kepada desakan daripada masyarakat Putrajaya yang inginkan sebuah SMKA dibangunkan di Putrajaya.

Pada bulan Mac 2010, Timbalan Perdana Menteri Malaysia merangkap Menteri Pelajaran Malaysia, Tan Sri Muhyiddin Yassin telah mengumumkan pembukaan SMKA Putrajaya mulai 1 Januari 2011 di dalam mesyuarat susulan Jemaah Menteri, Kementerian Pelajaran Malaysia (KPM). Beberapa bahagian di KPM seperti di Bahagian Pendidikan, Bahagian Pembangunan Sumber Manusia, Bahagian Pembangunan dan Pengurusan Aset mengadakan beberapa siri mesyuarat bersama dengan Jabatan Pendidikan Wilayah Persekutuan Putrajaya (JPWPP). Keputusan akhir mesyuarat menetapkan SMKA Putrajaya akan beroperasi sementara di SMK Putrajaya Presint 11 (2) mulai 1 Januari 2011 dan melibatkan 75 orang murid beserta 3 kelas.

Pada 16 Oktober 2010, Ketua Unit Pendidikan Islam PPWPP, Ustaz Samzini Abdullah dilantik sebagai caretaker 1 sekolah, diikuti oleh Pn. Halizah bt Abdul Majid dan Pn. Roslah bt Mohd Rani sebagai caretaker 2. Pada 16 Disember 2010, sesi pemilihan murid Imtihan Qabul telah diadakan di PPWPP dan seramai 100 orang murid telah terpilih ke sekolah ini. Sesi pendaftaran sekolah dan orientasi tingkatan 1 diadakan pada 30 Disember 2010. Pada 16 Januari 2011, Tuan Hj. Othman Bin Hashim,mantan pengetua SMKA Tun Juhar Sandakan(2007-2011), Sabah dilantik sebagai Pengetua SMAPUTRA dan mengambil alih pengurusan daripada barisan caretaker. Pengumuman pembukaan SMKA Putrajaya dibuat di laman web Perbadanan Putrajaya.

Setakat hari ini, sekolah ini mempunyai seramai kira-kira 600 orang murid dan 50 orang guru.