Jabarkan Prinsip sekolah dari Sekolah Menengah Kebangsaan Agama Tun Datu Mustapha dalam bahasa melayu

Pendidikan Berkualiti, Insan Terdidik, Negara Sejahtera.

Melestarikan Sistem Pendidikan yang Berkualiti untuk Membangunkan Potensi Individu bagi Memenuhi Aspirasi Negara.

Hijau - Suasana dan persekitaran yang selamat.

Kuning - Kesetiaan kepada raja dan negara.

Bulan Sabit - Melambangkan agama Islam.

Piala - Kecemerlangan dalam semua aspek.

Pen Hijau - Menuntut ilmu untuk akhirat.

Pen Kuning - Menuntut ilmu untuk dunia.

Buku - Penerapan budaya membaca.

3 Bucu Di atas - Melambangkan ilmu, iman, taqwa.

SMK Agama Tun Datu Mustapha

Penegak Agama makmurkan bumi bertuah

Sahsiah terpuji mengikut syiar ilahi

Quran dan hadis jadi panduan

Bergerak maju memburu seribu harapan

Lirik lagu sekolah telah dicipta oleh Ustaz Haidon Hadi Sapiri, Ustaz Melih Bedin, Haji Zakaria Bin Haji Nasip dan Puan Hajah Rosana Binti Abdullah.