Jabarkan Lagu Sekolah dari Sekolah Menengah Sains Kepala Batas dalam bahasa melayu

Berganding bahu atas satu harapan

Tersemat kukuh di hati kami

Mencipta nama di persada dunia

Sekolah ini ditadbir oleh Puan Jamaah binti Taman yang merupakan Pengetua Cemerlang yang diiktiraf daripada Sekolah Menengah Kebangsaan Dato Onn Butterworth. Pengetua ke-2 ialah Encik Mohd Jaafar Bin Mohd Ramli yang tiba dari Sekolah Menengah Sains Pokok Sena (SAINA). Seterusnya, Pengetua ke-3 ialah Puan Azizah binti Abu Bakar. Hari ini, SMS Kepala Batas berada di bawah pentadbiran Encik Azlan Nor bin Hussin selaku pengetua sekolah yang keempat.