Jabarkan Pengeboman kedutaan 1998 dari Mohammed Atef dalam bahasa melayu

Pada 7 Mei 1998, Atef menghantar faks kepada Bin Laden tentang fatwa yang ditandatangi oleh para ilmuwan Afghan pada 7 Mei, yang merestui serangan terhadap orang awam Amerika Syairkat. Tiga bulan kemudian, al-Qaeda menjalankan pengeboman kedutaan Amerika Syarikat 1998, maka Atef didakwa kerana terlibat dalam persiapan untuk serangan itu.

Ekoran serangan balas Amerika, Atef meraba periksa para wartawan yang ingin berjumpa dengan Bin Laden. Pada 4 November, waran tangkap untuk Atef dikeluarkan di AS.

Atef juga turut berbual dengan Hambali di Singapura yang memburu pembiayaan al-Qaeda untuk operasi Jemaah Islamiyah. Sebagai balasan, apabila Atef memberitahu Hambali akan keperluan al-Qaeda untuk jurutera biologi yang baru, Hambali mengutuskan Yazid Sufaat kepada al-Zawahiri.