Jabarkan Kelab dan Persatuan dari Sekolah Menengah Kebangsaan Agama Tun Datu Mustapha dalam bahasa melayu

Persatuan Sains, Matematik dan Teknologi (STEM)

Kelab Rukun Negara dan Kelab Malaysiaku

Kelab Reka Bentuk dan Teknologi

Sukan dan Permainan / 1 Murid 1 Sukan (1M1S)

Pasukan Bulan Sabit Merah Malaysia

Pasukan Pergerakan Puteri Islam Malaysia

Pasukan Pengakap Kelana (Tingkatan 6)

Kor Kadet Polis Diraja Malaysia

Pada tahun 2010, sidang redaksi sekolah yang diketuai oleh Puan Zuariah Binti Bakar sebagai Ketua Editor pada ketika itu telah menerbitkan edisi pertama majalah sekolah yang diberi nama UFUK untuk menggarap kembali segala catatan dan peristiwa penting yang berlaku sepanjang penubuhan SMKA Tun Datu Mustapha. Edisi kedua Majalah UFUK telah diterbitkan pada hujung tahun yang sama diketuai oleh Puan Khairulza Binti Abd Rashid selaku Ketua Editor sidang redaksi. Penerbitan edisi kedua tersebut telah memberikan input serta informasi yang bermanfaat selain menjadi cendera kenang-kenangan buat pelajar yang menamatkan alam persekolahan di SMKA Tun Datu Mustapha.