Jabarkan Sejarah dari Sekolah Menengah Kebangsaan Agama Tun Datu Mustapha dalam bahasa melayu

Sekolah Menengah Kebangsaan Agama Tun Datu Mustapha, Papar (SMKA TDM) telah dimulakan operasinya pada 6 Januari 2003 dengan menggunakan tapak SMKA Limauan Kota Kinabalu. Tapak dan bangunan asalnya ialah Kampus Universiti Kebangsaan Malaysia Cawangan Sabah sejak tahun 1973 yang di bawah pengawasan Yayasan Sabah. Kemudian pihak Yayasan Sabah membuat penyerahan rasmi pada tahun 1997 kepada Jabatan Pendidikan Sabah melalui Datuk Dr. Hasbullah Mohd. Taha, Pengarah Pendidikan Sabah ketika itu. Maka, rasmilah tapak dan bangunan asal ini di bawah kawalan dan penjagaan Jabatan Pendidikan Sabah.

Pada Disember 2002, SMKA Limauan berpindah ke bangunan baru di Kimanis. SMKA Tun Datu Mustapha mengambil alih bangunan ini bermula pada 6 Januari 2003. Pada 7 Januari 2003, sekolah ini menerima pendaftaran pelajar seramai 120 orang dengan membuka 4 kelas tingkatan satu dan 1 kelas tingkatan dua. Pada 12 Januari 2003, Majlis Penyerahan Kunci dan Inventori SMKA Tun Datu Mustapha diadakan dengan rasminya dengan disaksikan oleh Pemangku Ketua Sektor SPPIM, Ustaz Mohd. Kassim Tusin.

Sejak dibuka, SMKA Tun Datu Mustapha telah diterajui oleh Ustazah Fatmawati Binti Mohd. Sahari sebagai Pemangku Pengetua merangkap Penolong Kanan Pentadbiran, dibantu oleh Ustaz Ismail Haji Anam sebagai Penolong Kanan HEM dan Puan Raimah Samari sebagai Penyelia Kanan KOKUM bersama 17 orang guru dan 6 orang staf sokongan. Bermula 16 September 2003, Ustaz Haidon Hadi Sapiri memulakan tugas sebagai Pengetua pertama SMKA Tun Datu Mustapha dibantu oleh Ustazah Fatmawati Binti Mohd. Sahari sebagai Penolong Kanan Pentadbiran, Ustaz Ismail Bin Haji Anam sebagai Penolong Kanan Hal Ehwal Murid dan Ustaz Melih Bin Bedin sebagai Penolong Kanan Kokurikulum bersama 36 orang guru dan 10 orang staf sokongan.

Pada bulan Jun 2012, semua warga sekolah SMKA Tun Datu Mustapha telah berpindah ke bangunan baharu yang terletak berhampiran dengan lokasi asal. Beberapa blok akademik telah diubahsuai untuk dijadikan asrama bagi semua pelajar sementara pembinaan asrama dijalankan di tapak bangunan yang lama. Pada awal tahun 2013, SMKA Tun Datu Mustapha menyambut kedatangan pengetua baharu iaitu Datuk Ustaz Haji Saifulzaman bin Sangul yang menggantikan Ustaz Haidon Hadi Sapiri yang berpindah ke SMKA Keningau. Beliau dibantu oleh Ustazah Shamiza Ahamad sebagai Penolong Kanan Pentadbiran, Ustaz Agus Salim bin Abdul Ghafur sebagai Penolong Kanan Hal Ehwal Murid dan Puan Dayang Rosimah Binti Awg. Tengah sebagai Penolong kanan Kokurikulum.

Pada akhir bulan Mac 2019, SMKA Tun Datu Mustapha menyambut kedatangan Pengetua baharu iaitu Ustaz Rapihi Bin Derim @ Wasihim yang sebelum ini berkhidmat sebagai Pengetua di SMKA Tun Said, Kota Belud, menggantikan Datuk Ustaz Haji Saifulzaman Bin Sangul yang dilantik menjadi Pengarah Jabatan Hal Ehwal Agama Islam Negeri Sabah. Pentadbiran SMKA Tun Datu Mustapha yang baharu diterajui oleh Ustaz Rapihi Bin Derim @ Wasihim dan dibantu oleh tiga orang Penolong Kanan baharu bermula pada bulan Jun 2020 iaitu Puan Zainab Binti Ahmad selaku Penolong Kanan Pentadbiran yang berpindah dari SMKA Tun Juhar, Sandakan, Encik Nasbi Bin Lasai selaku Penolong Kanan Kokurikulum yang berpindah dari SMKA Tun Said dan Puan Elizah Binti Abdul Hamid selaku Penolong Kanan Hal Ehwal Murid.