Jabarkan Sejarah dari Sekolah Menengah Kebangsaan Agama Arau dalam bahasa melayu

Pada mula sekolah ini ditubuhkan ia dikenali sebagai “Al-Madrasah Al-Alawiyah Al-Diniah”. Sekolah ini ditubuhkan atas daya usaha Jabatan Zakat dan Fitrah Perlis. Penubuhan sekolah telah dicadangkan oleh Raja Perlis ke IV iaitu Raja Syed Alwi ibni Al-Marhum Syed Saffi Jamalullail. Usaha pertama penubuhan sekolah ini berjaya setelah mendapat sebuah rumah sewa di Jalan Tuanku Syed Hussein, Arau. Sekolah ini dikenali sebagai ‘Madrasah Al-Arabiyah Al-Izmiyah’ yang telah diasaskan pada awal tahun 1353H (1933M).

Oleh sebab madrasah ini tidak dapat menampung bilangan penuntut yang semakin bertambah dari 20 orang kepada 40 orang pada tahun 1466H (1936M) bangunan baru telah didirikan. Bangunan bernilai RM29,000 ini dinamakan ‘Madrasah Al-Alawiyah Al-Diniah’ iaitu mengambil sempena nama ke bawah DYMM Al-Marhum Raja Syed Alwi Ibni Al-Marhum Syed Saffi Jamalullail. Sekolah ini telah berkembang begitu cepat sekali iaitu pada tahun 1956 bilangan pelajarnya meningkat ke angka 470 orang. Kemudian pada tahun 1977, Kementerian Pendidikan Malaysia telah mengambil alih sekolah ini daripada Pejabat Zakat dan Fitrah Perlis.  Nama sekolah ini ditukar kepada ‘Sekolah Menengah Kebangsaan Agama Alawiyah’.

Di bawah pentadbiran Kementerian Pendidikan Malaysia kemajuan sekolah ini meningkat dengan begitu cepat sekali. Ramai pelajar dari luar Perlis turut datang untuk belajar di sini. Memandangkan perkembangan yang begitu pesat bangunan baru bernilai RM4.5 juta telah dibina meliputi makmal sains, blok asrama, rumah guru dan rumah pekerja. Bangunan baru ini mula diduduki pada 27 Mei 1985. Prestasi pelajar SMKAA terus meningkat. SMKAA yang dimonopoli oleh pelajar putera telah menerima 8 orang pelajar puteri sulungnya dari Sekolah Menengah Agama Perempuan Kangar (SMKAPK) pada tahun 1992 dalam aliran Sains Tulen. Pada tahun 1996 nama sekolah ini sekali lagi telah ditukar kepada SEKOLAH MENENGAH KEBANGSAAN AGAMA ARAU.