Jabarkan Seusai perang dari Perang Boshin dalam bahasa melayu

Kediaman Maharaja dipindahkan dari Kyoto ke Tokyo pada akhir 1868. Sistem prefektur menggantikan sistem domain pada tahun 1871. Prefektur dipimpin oleh gubernur yang diangkat oleh Maharaja. Kelas samurai dihapus dan para mantan samurai dipekerjakan sebagai pegawai administrasi atau pengusaha, namun sebagian di antaranya menjadi orang miskin. Pejabat dari Domain Satsuma, Chōshū, dan Tosa diberi kedudukan tinggi dalam pemerintahan kerana dianggap berjasa. Mereka menjadi bagian dari kelas penguasa baru yang disebut oligarki Meiji dan diformalisasikan dalam bentuk genrō.

Sejumlah pendukung mantan shogun dipenjara, namun tidak dihukum mati. Pemberian grasi kepada mereka merupakan hasil dari kerja keras Saigō Takamori dan Iwakura Tomomi, serta saran Harry Smith Parkes. Menurut Ernest Satow, Parkes berkata kepada Saigō, "soal kerasnya tindakan terhadap Keiki Yoshinobu dan pendukungnya, khususnya dalam cara hukuman, dapat merugikan reputasi pemerintah baru dalam opini negara-negara Eropa." Setelah dua hingga tiga tahun dipenjara, sebagian dari mereka diundang untuk bekerja dalam pemerintahan yang baru. Beberapa di antaranya menjadi pejabat tinggi. Enomoto Takeaki misalnya, di kumudian hari bertugas sebagai duta Jepun untuk Rusia dan Cina, serta menteri pendidikan

Pihak empayar tidak jadi mengusir orang asing dari Jepun, melainan beralih ke modernisasi negeri dan melakukan negosiasi ulang perjanjian tidak adil dengan kekuatan asing. Perubahan kebijakan terhadap orang asing terjadi pada awal Perang Boshin. Pada 8 April 1868, papan-papan pengumuman baru dipasang di Kyoto (dan kemudian di seluruh negeri) yang secara khusus melarang kekerasan terhadap orang asing. Semasa Perang Boshin, Maharaja Meiji secara pribadi menerima delegasi dari Europa, pertama di Kyoto, dan kemudian di Osaka dan Tokyo. Maharaja Meiji juga secara tidak diduga-duga di Tokyo menerima kunjungan Alfred, Duke dari Edinburgh.

Pada zaman Meiji, selain dengan Perancis, hubungan luar negeri Jepun dengan negara-negara asing mulai membaik. Misi militer kedua Perancis diundang ke Jepun pada tahun 1873, dan misi militer ketiga pada tahun 1884. Hubungan tingkat tinggi dengan Perancis pulih pada tahun 1886 ditandai dengan ikut sertanya insinyur angkatan laut Louis-Émile Bertin dalam membangun armada Angkatan Laut empayar Jepun.

Setelah bertahta, Maharaja Meiji mengeluarkan Sumpah Tertulis Lima Pasal yang isinya berupa seruan pembentukan dewan musyawarah, kesempatan untuk berusaha bagi rakyat, penghapusan semua kebijakan lama yang buruk, dan mencari ilmu hingga ke ujung dunia untuk memperkuat kekuasaan Maharaja. Pembaruan selama reformasi Meiji berpuncak dengan dikeluarkannya Konstitusi Meiji pada tahun 1889. Walaupun sudah diberi kemudahan oleh istana, sebagian dari mantan samurai menganggap reformasi Meiji hanya merugikan kepentingan mereka, termasuk akibat dibentuknya tentara dari prajurit orang biasa, kehilangan prestise yang sudah turun-temurun, dan penghasilan. Ketidakpuasan mantan samurai berpuncak pada Pemberontakan Saga 1874 dan pemberontakan Chōshū tahun 1876. Mantan samurai Satsuma di bawah pimpinan Saigō Takamori memulai Pemberontakan Satsuma pada tahun 1877. Sebelumnya Saigō mundur dari pemerintahan akibat perbedaan pendapat. Pemberontakan Satsuma menuntut dikembalikannya kelas samurai dan pemerintahan yang lebih bermoral. Slogan mereka, . Pemberontakan Satsuma berakhir dengan kekalahan total pihak pemberontak dalam Pertempuran Shiroyama.