Jabarkan Jemaah Islamiah dari Huda bin Abdul Haq dalam bahasa melayu

Selepas kekalahan akhirnya Kesatuan Soviet dan penubuhan Taliban sebagai pemerintah Afghanistan, Muklas kembali ke Asia Tenggara untuk menjalankan operasi bagi Jemaah Islamiah. Dia telah dinamakan sebagai ketua "Mantiqi One" JI, yang meliputi rangkaian serantau Sumatra, Kuala Lumpur, Malaysia dan selatan Thailand.

Muklas kemudian membantu mendirikan sekolah Islam di Malaysia yang akan digunakan sebagai tempat latihan tempatan bagi koperasi JI.