Jabarkan Simbol Sains dan Teknologi dari Sekolah Menengah Sains Dungun dalam bahasa melayu

Melambangkan sekolah ini adalah dalam jurusan sains

Tenaga pendidik yang berwibawa menjadi penerang kepada pelajar-pelajar untuk mencapai kecemerlangan

Bendera Negeri Terengganu dan Jalur Gemilang

Sekolah Menenengah Sains Dungun merupakan sekolah Berasrama Penuh (Sekolah Persekutuan) yang terletak di Negeri Terengganu, Malaysia

Merah : Melambangkan berani menempuh cabaran untuk menuju kejayaan dalam semua bidang dan sentiasa bercita-cita tinggi

Kuning : Melambangkan perpaduan antara masyarakat SMSD

Biru : Melambangkan hidup dalam keadaan yang harmoni, pelajar-pelajar yang berbilang bangsa dan datangnya dari pelbagai-bagai negeri bersatu padu dalam usaha meraih kejayaan

Putih : Tanda kesucian rohani dan jasmani yang melahirkan keikhlasan, kejujuran dan sifat-sifat terpuji dalam segala tindakan