Jabarkan Rencana utama: pertahanan antibiotik dari Escherichia coli dalam bahasa melayu

Jangkitan bakteria biasanya dirawat dengan antibiotik. Namun, sensitiviti antibiotik dari strain yang berbeza E. coli sangat bervariasi. Sebagai organisma Gram-negatif, E. coli yang dapat bertahan terhadap banyak antibiotik yang berkesan terhadap organisma Gram-positif. Antibiotik yang boleh digunakan untuk mengubati jangkitan E. coli termasuk amoksisilin serta penisilin semi-sintetik yang lain, banyak sefalosporin, carbapenems, aztreonam, trimetoprim-sulfametoksazol, Ciprofloxacin, nitrofurantoin dan aminoglikosida.

pertahanan antibiotik merupakan masalah yang berkembang. Beberapa hal ini kerana terlalu banyak digunakan antibiotik pada manusia, tetapi beberapa dari itu mungkin disebabkan oleh penggunaan antibiotik sebagai promotor pertumbuhan dalam makanan haiwan [50] Penyelidikan yang diterbitkan dalam jurnal Science pada Ogos 2007 ditemui. Bahawa tingkat mutasi adaptif pada E. coli adalah "pada urutan 10-5 pada genome pada generasi, yang 1,000 kali lebih tinggi daripada anggaran sebelum ini," sebuah penemuan yang mungkin mempunyai arti penting bagi kajian dan pengurusan pertahanan antibiotik bakteria. [51]

Antibiotik-tahan E. coli juga boleh meneruskan gen yang bertanggung jawab untuk pertahanan antibiotik dengan spesies lain bakteria, seperti Staphylococcus aureus, melalui proses yang disebut pemindahan gen horizontal. E. coli sering membawa multidrug plasmid tahan dan di bawah tekanan mudah dengan alihan tersebut plasmid dengan spesies lain. Memang, E. coli adalah ahli sering biofilm di mana banyak spesies bakteria yang ada di dekat satu sama lain. Campuran ini spesies membolehkan E. coli strain yang piliated untuk menerima dan pemindahan plasmid dari dan ke bakteria yang lain. Jadi E. coli dan enterobacteria lain waduk penting pertahanan antibiotik dipindahmilik. [52]