Jabarkan Karya dari Azyumardi Azra dalam bahasa melayu

Jaringan Ulama, terbit tahun 1994

Pergolakan Poitik Islam, terbit tahun 1996

Islam Reformis, terbit tahun 1999

Konteks Berteologi di Indonesia, terbit tahun 1999

Menuju Masyarakat Madani, terbit tahun 1999

Pendidikan Islam: Tradisi dan Modernisasi Menuju Milenium Baru, terbit tahun 1999

Esei-esei Pendidikan Islam dan Cendekiawan Muslim,1999

Renaisans Islam di Asia Tenggara – buku ini berjaya memenangi anugerah nasional sebagai buku terbaik untuk kategori ilmu-ilmu sosial dan humaniora di tahun 1999, terbit tahun 1999

Islam Substantif, terbit tahun 2000

Historiografi Islam Kontemporer: Wacana, Aktualitas dan Aktor Sejarah (2002)

Paradigma Baru Pendidikan Nasional: Rekonstruksi dan Demokratisasi (2002)

Reposisi Hubungan Agama dan Negara (2002)

Menggapai Solidaritas: Tensi antara Demokrasi, Fundamentalisme, dan Humanisme (2002)

Konflik Baru Antar-Peradaban: Globalisasi, Radikalisme, dan Pluralitas

Islam Nusantara: Jaringan Global dan Lokal (2002)

Surau: Pendidikan Islam Tradisional dalam Transisi dan Modernisasi (2003)

Disertasi doktor berjudul "The Transmission of Islamic Reformism to Indonesia: Network of Middle Eastern and Malay-Indonesian Ulama in the Seventeenth and Eighteenth Centuries", pada tahun 2004 sesudah direvisi diterbitkan secara simultan di Canberra (Allen Unwin dan AAAS), di Honolulu (Hawaii University Press), dan di Leiden Negeri Belanda (KITLV Press).