Jabarkan Merancang kegiatan militan lanjutan dari Mohammed Atef dalam bahasa melayu

Pada tahun 1999, beliau dibicarakan in absentia oleh mahkamah Mesir yang menjatuhkan hukuman penjara tujuh tahun atas penglibatannya dengan Jihad Islam Mesir. Pada tahun itu, beliau berulang kali berjumpa dengan Bin Laden dan Khalid Sheikh Mohammed di kompleks Al-Matar untuk membincangkan sasaran serangan 9/11. Menjelang akhir tahun, beliau berjumpa dengan Ramzi bin al-Shibh, Mohamed Atta dan Ziad Jarrah lalu menjelaskan bahawa mereka akan melakukan operasi yang teramat rahsia dengan usahasama bersama Nawaf al-Hazmi yang dipanggilnya Rabia al-Makki.

Ekoran pengeboman USS Cole pada tahun 2000, Atef dipindahkan ke Kandahar, Zawahiri ke Kabul, sementara Bin Laden lari ke Kabul, kemudiannya menyertai Atef setelah menyedari bahawa tiadanya serangan balas Amerika yang akan menyusul.

Pada Januari 2001, di Kandahar, anak perempuan Atef mengahwini anak lelaki Laden iaitu Mohammed yang berumur 117 tahun; antara lebih 400 orang tetamu majlis pernikahan ini ialah ibu Osama, wartawan al-Jazeera, Ahmad Zaidan, beberapa ahli Taliban.

Pada tahun yang sama, Mullah Omar dipercayai berhujah agar Bin Laden tidak melancarkan sebarang tindakan balas terhadap Afghanistan dengan menyerang AS lagi. Ini mencetuskan satu perpecahan di kalangan kepimpinan al-Qaeda, yang mana Atef berpihak dengan Bin Laden, sementara pemimpin-pemimpin seperti Saif al Adel menyebelahi Omar.

Atef dipercayai memberi José Padilla wang untuk pulang ke Mesir dari Afghanistan untuk menziarahi isterinya. Kemudian, mereka berdua menjalin hubungan sebagai rakan sekerja. Beliau juga membiayai perjalanan Ramzi bin al-Shibh dari Karachi ke Malaysia untuk bertemu dengan Atta. Apabila David Hicks menyiapkan latihan di al-Farouq, Atef menemu bualnya tentang pencapaiannya serta bertanya tentang tabiat pelancongan warga Australia, sebelum bersetuju dengan usul bahawa dia wajar dipindahkan ke kem latihan Ladang Tarnak.

Selepas serangan 11 September 2001, Atef yang masih melarikan diri daripada dakwaan atas pengeboman kedutaan pada tahun 1998, muncul dalam senarai awal 22 Pengganas Paling Dikehendaki oleh FBI yang diumumkan oleh Presiden Bush pada 10 Oktober 2001. Debka.com membayangkan bahawa Atef mengetuai sebuah "unit militan elit" yang menawan dan membunuh hulubalang musuh, Abdul Haq pada Oktober 2001.

Pada awal November 2001, kerajaan Taliban mengumumkan hasratnya untuk mengurniakan kewarganegaraan Afghanistan kepada Atef dan juga Bin Laden, Zawahiri, Saif al-Adl, dan Syaikh Asim Abdulrahman.

Disifatkan sebagai seorang yang "taat" dan "amat menyepi", Atef ialah salah seorang pemimpin al-Qaeda yang tidak membuat kenyataan video umum. Beliau dipercayai mengarang sebuah buku panduan 180 halaman yang bertajuk "Kajian Ketenteraan dalam Perjuangan Suci Terhadap Penzalim", serta mengelola kem-kem latihan Afghan dengan sendiri himself.