Jabarkan Logo Sekolah dari Sekolah Menengah Kebangsaan Keningau II dalam bahasa melayu

PUTIH – Melambangkan kesucian dan kemurnian hasrat dan matlamat dalam pendidikan

MERAH – Tanda berani dan cekal hati dalam menghadapi apa jua halangan dan cabaran

BIRU – Tanda tekun dan usaha yang berterusan di samping memastikan keseimbangan jasmani, emosi, rohani dan intelek

HIJAU – Sebagai lambang kedamaian dan kepatuhan pada peraturan sekolah

COKLAT – Tanda tegas dan teguh pendirian.  Warna ini juga merupakan warna rasmi SMK Keningau II

Nota: Kombinasi warna Merah, Biru dan Putih adalah warna asas bagi bendera negeri Sabah.

BUKU – Lambang ilmu pengetahuan

PENA – Lambang kreativiti guru dan pelajar

5 BULATAN – Tanda sokongan dn perpaduan daripada komuniti sekoalh yang terdiri daripada pelbagai etnik, agama dan budaya dalam menjalankan proses pengajaran dan pembelajaran termasuk aktiviti akademik, sukan, unit beruniform, kelab dan persatuan kea rah kecermelangan

1997 ( 1417 ) – Merupakan titik mula SMK Keningau II dibuka untuk sesi pengajaran dan pembelajaran