Jabarkan En Sani Sahwi (1991-2000) dari Sekolah Menengah Kebangsaan Muhibbah, Sabah dalam bahasa melayu

Tn Hj Sh Mahada Sh Attar (2009)

Pn Lim Li Li @ Lily (2009-2015)

Tn Hj Jefri Abdul Ahmad (2016-kini)

SMK Muhibbah mula dibuka dan beroperasi pada 19 Disember 1991 di bangunan blok papan dan mempunyai 4 bilik darjah sahaja. Sebelum mempunyai fasiliti tersendiri, SMK Muhibbah telah beroperasi dengan menumpang kelas di SK Muhibbah yang terletak di bersebelahan tempat. Pada tahun 1995, SMK Muhibbah telah mula beroperasi di bangunan tersendirinya yang mempunyai 3 tingkat serta dua blok bangunan. Pada tahun 1998, satu blok bangunan konkrit satu tingkat telah dibina dan kini digunakan untuk Pendidikan Khas (4 bilik darjah).

Sekolah ini telah membuka aliran tingkatan enam rendah pada tahun 1998. Kini SMK Muhibbah mempunyai 88 orang guru, 13 anggota kakitangan sokongan dan 1,400 orang pelajar termasuk pelajar pendidikan khas. Sekolah ini juga mempunyai 3 blok bangunan tambahan iaitu blok pentadbiran, blok akademik dan blok makmal yang dijangka siap pada tahun 2010. Pada tahun 2011, bangunan baharu telah siap dibina sepenuhnya bagi membolehkan sekolah beroperasi secara satu sidang.

Sejajar dengan sejarahnya, SMK Muhibbah mempunyai falsafah iaitu Pendidikan di SMK Muhibbah memfokuskan pendidikan berkesan dan berkualiti yang menekankan kepada kesepaduan pendidikan berdasarkan kepercayaan dan kepatuhan kepada Tuhan. Pelaksanaan pendidikan bertujuan melahirkan modal insan yang berwawasan, berkemahiran, kreatif dan inovatif, bersahsiah mulia dan seimbang dari segi jasmani, emosi, rohani dan intelek. Usaha ini diharapkan dapat membentuk masyarakat Malaysia yang berilmu pengetahuan, bertanggungjawab, berketrampilan, berakhlak mulia, berdaya saing dan berkeupayaan mencapai kesejahteraan diri serta memberi sumbangan kearah keharmonian dan kemakmuran masyarakat, bangsa, agama dan negara.