Jabarkan Bendera Sekolah dari Sekolah Menengah Kebangsaan Kudat II dalam bahasa melayu

Merah : Melambangkan keberanian, bertenaga dan semangat juang warga sekolah dalam menghadapi pelbagai cabaran dan kekal abadi merentasi zaman,

Kuning : Melambangkan ketaatan kepada tuhan dan kesetiaan kepada pemimpin dengan amalan budaya cemerlang.

Biru : Melambangkan perpaduan dan semangat muhibbah melalui kesatuan fikiran dan tindakan berkonsepkan budaya penyayang dalam kalangan warga sekolah yang menjadi tunjang kepada suasana kedamaian, keamanan dan keharmonian kaum berbilang bangsa.