Jabarkan Logo dari Sekolah Menengah Sains Labuan dalam bahasa melayu

Kuning               : Taat setia kepada Raja, Negara dan mengamalkan prinsip-prinsip Rukun Negara

Biru                    : Kegigihan memperjuangkan cita-cita

Bentuk Angkup  : Jurusan Sains

Pulau dan Laut  : Kesemestaan dan keterbukaan dalam pemikiran

Sebelum itu, sekitar bulan April 1987, keputusan Peperiksaan SPM yang pertama bagi SBPL telah diumumkan. Kelulusan 98.6% dikira cukup hebat dengan keadaan SBPL yang serba kekurangan. Dan bermula dari sinilah keputusan peperiksaan SBPL dalam peperiksaan SRP/PMR, SPM dan STPM terus meningkat.

Bermula dari tahun 1989 hingga 1994, kelulusan pencapaian SRP/PMR ialah 100% manakala peperiksaan SPM pula mencapai kelulusan 100% selama tiga tahun berturut-turut (1992-1994). Begitu juga dengan peperiksaan STPM, pencapaiannya adalah 100% lulus. Sekali lagi berjaya meraih 100% lulus peringkat PMR pada tahun 2000.

Setiap tahun SMSL berjaya mencatatkan Gred Purata Sekolah (GPS) yang cemerlang dan berjaya mengekalkan tempat sebagai sekolah terbaik di WP Labuan.

Sehingga kini, SMSL sudah banyak melahirkan pelajar-pelajar yang cemerlang dan berjaya melanjutkan pelajaran ke peringkat yang lebih tinggi.