Jabarkan Pengislaman dari Etnik Melayu dalam bahasa melayu

Dua perkembangan utama yang mengubah sejarah Melayu muncul pada permulaan abad ke-12 dan ke-15. Yang pertama ialah ketibaan Islam: dan yang kedua ialah kebangkitan Kesultanan Melaka di pesisir pantai barat daya semenanjung tanah Melayu.

Agama Islam tersebar di kawasan pesisir pantai yang kininya sebahagian daripada negeri Kedah, Perak, Kelantan dan Terengganu, dari sekurang-kurangnya abad ke-12. Bukti arkeologi terawal tentang kedatangan Islam di semenanjung ialah sebuah batu bersurat bertarikh abad ke-14 yang ditemui di negeri Terengganu, Malaysia.

Pada abad ke-15, Kesultanan Melaka, yang pengaruhnya melangkaui bahagian barat kepulauan Nusantara, menjadi pusat utama penyebaran agama Islam di timur. Tradisi Melaka kemudiannya diwariskan ke generasi seterusnya dan membentuk nilai-nilai utama identiti Melayu. Ketika era inilah, agama Islam menjadi sebati dengan masyarakat dan budaya Melayu dan menjadi aspek terpenting dalam pentakrifan identiti "Melayu"..

Pada tahun 1511, bandar Melaka jatuh ke tangan konkuistador Portugis. Meskipun begitu, Melaka tetap menjadi suatu prototaip institusi: satu paradigma tata urus negara dan satu titik rujukan budaya untuk negeri-negeri pengganti seperti Kesultanan Johor dan Kesultanan Pahang.

Di seberang Selat Singapura, satu lagi kerajaan Melayu, Kesultanan Riau Lingga telah bangkit menjadi pesaing pelabuhan maritim yang utama kepada Melaka. Riau Lingga mencapai puncak kegemilangannya pada pertengahan abad ke-19 apabila ia mengawal tanah jauh ke utara ke kawasan yang kininya Pulau Siantan, Natuna dan sehingga ke Pulau Tambelan Indonesia.

Kesultanan-kesultanan Melayu utama yang lain ialah Kesultanan Kedah (1136–kini) dan Kesultanan Patani (1516–1771) yang menguasai bahagian utara semenanjung.