Jabarkan Kritikan dari Fathul Bari Mat Jahya dalam bahasa melayu

Dr. Fathul Bari mendapat kritikan pedas dan nasihat berhikmah daripada dua orang tokoh Islam di Malaysia iaitu al-Ustaz Dr. Mohd Asri Zainul Abidin, Mufti negeri Perlis semasa program Wacana Perdana di Kelantan atas kontroversi politik beliau  dan Ulama' Hadits dan Dakwah unggul di Malaysia iaitu Syeikh Maulana al-Ustaz Haji Abdul Hamid Chin, Mudir di Madrasah Miftahul Ulum, Sri Petaling, Selangor yang juga mempunyai sanad hadits daripada al-Imam Bukhari sepertimana Ulama Hadits Malaysia lainnya seperti al-Ustaz Dr. Abdul Basit kerana kritis Dr. Fathul Bari ke atas kitab Fadhail Amal karangan Ulama' Hadits, Syeikh Maulana Zakariyya al-Kandahlawi.  Bagaimanapun, al-Ustaz Dr. Abdul Basit mengaku bahawa kitab Fadhail Amal ada mengandungi hadis daif dan hadis mauduk. Beliau digesa untuk memohon kemaafan kepada institusi Hadits seluruh Malaysia secara terbuka dan memohon taubat kepada Allah Taala.

Dr. Fathul Bari serta Ustaz Mohd Rizal Azizan juga pernah dikritik dan dibidas keras oleh beberapa tokoh Islam di Malaysia melalui media dan ceramah setelah mengatakan bahawa zikir/syair taubat 'Ilahilastulil firdaus' Imam Syafie adalah syirik.